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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65           <!-- JAL-3187 -->Option to show 'virtual' codon features on protein (or vice versa)
  66           </li>
  67           <li>
  68           <!-- JAL-3304 -->Option to export virtual features if shown
  69           </li>
  70           <li>
  71           <!-- JAL-3302 -->Option to transfer virtual features to Chimera
  72           </li>
  73           <li>
  74           <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  75           </li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values POS,
  78             ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  79           </li>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation while parsing
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  85            </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  88            </li>
  89         </ul><em>Jalview Installer</em>
  90             <ul>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
  93             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 100           </li>
 101               <li>
 102                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 103               <li>
 104                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 105         </ul> <em>Release processes</em>
 106         <ul>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 109           </li>
 110         </ul> <em>Build System</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 117             report
 118           </li>
 119         </ul>
 120       </td>
 121       <td align="left" valign="top">
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 131             with annotation and exceptions thrown when only a few
 132             columns shown in wrapped mode
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 136             wrapped alignment figure with annotations
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 140             ID fails with ClassCastException
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 144             Project
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 148             feature settings dialog also selects columns
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 152             IllegalArgumentException in some circumstances
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be opened for a view
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if alignment window is closed
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 162             help documentation for 2.11.0 release
 163           </li>
 164         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 165         <ul>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in PDB/Uniprot search panel
 168           </li>
 169         </ul> <em>Installer</em>
 170         <ul>
 171           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 172           </li>
 173         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 174         <ul>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from repository
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of memory
 180           </li>
 181         </ul>
 182         <em>New Known Issues</em>
 183         <ul>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 186             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 187             command line
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 191             clipped in headless figure export when Right Align option
 192             enabled
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output
 196           </li>
 197         </ul>
 198       </td>
 199     </tr>
 200     <tr>
 201       <td width="60" align="center" nowrap>
 202           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 203             <em>04/07/2019</em></strong>
 204       </td>
 205       <td align="left" valign="top">
 206         <ul>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 209             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 210             source project) rather than InstallAnywhere
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 214             settings, receive over the air updates and launch specific
 215             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 216               Rings' GetDown</a>)
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 220             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 224             arguments and switch between different getdown channels
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 228             or alignment files
 229           </li>
 230
 231           <li>
 232             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 233             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 236             'Translate as cDNA'</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 239           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 240             <ul>
 241                       <li>
 242             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 243             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 244           <li>
 245                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 246                 features can be filtered and shaded according to any
 247                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 248                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 249                 file)
 250               </li>
 251               <li>
 252                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 253                 stored and restored from Jalview Projects
 254               </li>
 255               <li>
 256                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 257                 recognise variant features
 258               </li>
 259               <li>
 260                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 261                 sequences (also coloured red by default)
 262               </li>
 263               <li>
 264                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 265                 details
 266               </li>
 267               <li>
 268                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 269                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 270               </li>
 271               <li>
 272                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 273                 dialog
 274               </li>
 275             </ul>
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 279             tree and PCA calculations
 280           </li>
 281           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 282             <ul>
 283               <li>
 284                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 285                 and Viewer state saved in Jalview Project
 286               </li>
 287               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 288                 drop-down menus</li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 291                 incrementally
 292               </li>
 293               <li>
 294                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 295               </li>
 296             </ul>
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 300           </li>
 301           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 302           <ul>
 303               <li>
 304                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 305                 multiple groups when working with large alignments
 306               </li>
 307               <li>
 308                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 309                 Stockholm files
 310               </li>
 311             </ul>
 312           <li><strong>User Interface</strong>
 313           <ul>
 314               <li>
 315                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 316                 view
 317               </li>
 318               <li>
 319                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 320                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 321                 default (can be changed in user preferences)
 322               </li>
 323               <li>
 324                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 325                 to the Overwrite Dialog
 326               </li>
 327               <li>
 328                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 329                 sequences are hidden
 330               </li>
 331               <li>
 332                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 333                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 334               </li>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 337                 labels
 338               </li>
 339               <li>
 340                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 341                 when in wrapped mode
 342               </li>
 343               <li>
 344                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 345                 annotation
 346               </li>
 347               <li>
 348                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 349               </li>
 350               <li>
 351                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 352                 panel
 353               </li>
 354               <li>
 355                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 356                 popup menu
 357               </li>
 358               <li>
 359               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 360               <li>
 361               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 362
 363
 364             </ul></li>
 365             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 366           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 367             <ul>
 368               <li>
 369                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 370                 trapping CMD-Q
 371               </li>
 372             </ul></li>
 373         </ul>
 374         <em>Deprecations</em>
 375         <ul>
 376           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 377             capabilities removed from the Jalview Desktop
 378           </li>
 379           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 380             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 381             and XML based data retrieval clients</li>
 382           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 383           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 384         </ul> <em>Documentation</em>
 385         <ul>
 386           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 387             not supported in EPS figure export
 388           </li>
 389           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 390         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 391         <ul>
 392           <li>
 393           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 394           </li>
 395       <li>
 396       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 397           <li>
 398           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 399             gradle-eclipse
 400           </li>
 401           <li>
 402           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 403             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 404             execution
 405           </li>
 406           <li>
 407           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 408             operations
 409           </li>
 410           <li>
 411           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 412             issues resolved
 413           </li>
 414           <li>
 415           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 416             markdown (with HTML rendering)
 417           </li>
 418           <li>
 419           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 420           </li>
 421           <li>
 422           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 423             versions of Jalview
 424           </li>
 425         </ul>
 426       </td>
 427       <td align="left" valign="top">
 428         <ul>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 434             superposition in Jmol fail on Windows
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 438             structures for sequences with lots of PDB structures
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 442             monospaced font
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 446             project involving multiple views
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 450             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 451             Annotation dialog hides columns
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 455             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 456             one view, then making another selection in the other view
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 460             columns
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 464             Settings and Jalview Preferences panels
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 468             overview with large alignments
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 472             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 473             mouse moved to the left of the first column
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 477             hidden column marker via scale popup menu
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 481             doesn't tell users the invalid URL
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 485             score from view
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 489             show cross references or Fetch Database References are shown in
 490             red in original view
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 494             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 498             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 502             when columns are hidden
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 506             Columns by Annotation description
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 510             out of Scale or Annotation Panel
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 514             scale panel
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 518             alignment down
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 522             scale panel
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 526             Page Up in wrapped mode
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 536             on opening an alignment
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 540             Colour menu
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 544             different groups in the alignment are selected
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 548             correctly in menu
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 552             threshold limit
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 556             threshold gets 'unrounded'
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 560             colour
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 570             Tree font
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 574             project file
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 578             shown in complementary view
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 582             without normalisation
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 586             of report
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 590           </li>
 591           <li>
 592           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 593           </li>
 594         </ul> <em>Editing</em>
 595         <ul>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 598             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 599             sequence
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 603             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 604             removed (Known defect since 2.10)
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 608             dialog corrupts dataset sequence
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 612             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 613           </li>
 614         </ul> <em>Datamodel</em>
 615         <ul>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 618             sequence's End is greater than its length
 619           </li>
 620         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 621           general release)</em>
 622         <ul>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 625           </li>
 626         </ul> <em>New Known Defects</em>
 627         <ul>
 628         <li>
 629         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 630         </li>
 631         <li>
 632           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 633           regions of protein alignment.
 634         </li>
 635         <li>
 636           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 637           is restored from a Jalview 2.11 project
 638         </li>
 639         <li>
 640           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 641           'New View'
 642         </li>
 643         <li>
 644           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 645           columns within hidden columns
 646         </li>
 647         <li>
 648           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 649           window after dragging left to select columns to left of visible
 650           region
 651         </li>
 652         <li>
 653           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 654           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 655           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 656           create a Score filter instead.
 657         </li>
 658         <li>
 659         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 660         <li>
 661         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 662         </li>
 663         <li>
 664           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 665           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 666         </li>
 667         </ul>
 668         <em>Java 11 Specific defects</em>
 669           <ul>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 672               alphabetically when saved
 673             </li>
 674         </ul>
 675       </td>
 676     </tr>
 677     <tr>
 678     <td width="60" nowrap>
 679       <div align="center">
 680         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 681       </div>
 682     </td>
 683     <td><div align="left">
 684         <em></em>
 685         <ul>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 688               InstallAnywhere increased to 1G.
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 692               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 693               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 694                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 695                 properties file.</em>
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 699               API and sequence data now imported as JSON.
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 703               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 704               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 705               property.
 706             </li>
 707           </ul>
 708           <em>Development</em>
 709           <ul>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 712               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 713                 Clover</a>
 714             </li>
 715           </ul>
 716         </div></td>
 717     <td><div align="left">
 718         <em></em>
 719         <ul>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 722               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 723               alignment.
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 727               annotation displayed.
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 731               for newly created group when 'Apply to all groups'
 732               selected
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 736               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 737               visible.
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 741               when sequences are selected in exported view.</em>
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 745               aren't rendered with correct colour.
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 749               types of knotted RNA secondary structure.
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 753               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 754               do not start at 1.
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 758               annotation when columns are inserted into an alignment,
 759               and when exporting as Stockholm flatfile.
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 763               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 764               treated as RNA secondary structure.
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 768               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 772               transfers focus to previous window on OSX
 773             </li>
 774           </ul>
 775           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 779               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 780               box.
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 784               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 785               'look and feel' which has improved compatibility with the
 786               latest version of OSX.
 787             </li>
 788           </ul>
 789         </div>
 790     </td>
 791     </tr>
 792     <tr>
 793       <td width="60" nowrap>
 794         <div align="center">
 795           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 796             <em>7/06/2018</em></strong>
 797         </div>
 798       </td>
 799       <td><div align="left">
 800           <em></em>
 801           <ul>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 804               annotation retrieved from Uniprot
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 808               onto the Jalview Desktop
 809             </li>
 810           </ul>
 811         </div></td>
 812       <td><div align="left">
 813           <em></em>
 814           <ul>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 817               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 821               right-hand column parsed correctly
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 825               not alignment area in exported graphic
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 829               window has input focus
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 833               annotation added to view (Windows)
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 837               network connectivity is poor
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 841               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 842                 the currently open URL and links from a page viewed in
 843                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 844                 you are using Edge, only links in the page can be
 845                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 846                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 847             </li>
 848           </ul>
 849           <em>New Known Defects</em>
 850           <ul>
 851             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 852           </ul>
 853         </div></td>
 854     </tr>
 855     <tr>
 856       <td width="60" nowrap>
 857         <div align="center">
 858           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 859         </div>
 860       </td>
 861       <td><div align="left">
 862           <em></em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 866               for disabling automatic superposition of multiple
 867               structures and open structures in existing views
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 871               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 872               adjust them.
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 876               Ensembl services
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 880               and lots of hidden columns
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 884               of features (particularly when transparency is disabled)
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 888               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 889               generally available
 890             </li>
 891           </ul>
 892           </div>
 893       </td>
 894       <td><div align="left">
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 898               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 902               overlapping alignment panel
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 906               sequence as gaps
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 910               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 911               UTR
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 915               factor annotation not added to sequence when local PDB
 916               file associated with it by drag'n'drop or structure
 917               chooser
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 921               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 925               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 929               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 933               columns in annotation row
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 937               honored in batch mode
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 941               for structures added to existing Jmol view
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 945               entries after importing project with multiple views
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 949               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 950               with negative residue numbers or missing residues fails
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 954               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 955               as generated by CONSURF)
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 959               tooltip doesn't include a text description of mutation
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 963               structure and/or overview windows are also shown
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 967               very slow for alignments with large numbers of sequences
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 971               with 'StringIndexOutOfBounds'
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 975               platforms running Java 10
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 979               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 980             </li>
 981           </ul>
 982           <em>Applet</em>
 983           <ul>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 986               should copy the group consensus when popup is opened on it
 987             </li>
 988           </ul>
 989           <em>Batch Mode</em>
 990           <ul>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 993           </li>
 994           </ul>
 995           <em>New Known Defects</em>
 996           <ul>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 999               editing a large alignment and overview is displayed
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1003               repeatedly after a series of edits even when the overview
1004               is no longer reflecting updates
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1008               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1009               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1010               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1014               option gives blank output
1015             </li>
1016           </ul>
1017         </div>
1018           </td>
1019     </tr>
1020     <tr>
1021       <td width="60" nowrap>
1022         <div align="center">
1023           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1024         </div>
1025       </td>
1026       <td><div align="left">
1027           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1028               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1029       <td><div align="left">
1030           <em>Desktop</em><ul>
1031           <ul>
1032             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1033             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1034             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1035             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1036             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1037             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1038             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1039           </ul>
1040           </div>
1041       </td>
1042     </tr>
1043     <tr>
1044       <td width="60" nowrap>
1045         <div align="center">
1046           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1047         </div>
1048       </td>
1049       <td><div align="left">
1050           <em></em>
1051           <ul>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1054               rendering of sequence features
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1058               429 rate limit request hander
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1062               their colours have changed
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1066               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1070               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1074               view from Ensembl locus cross-references
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1078               Alignment report
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1082               feature can be disabled
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1086               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1090               Uniprot
1091             </li>
1092           </ul>
1093           <em>Scripting</em>
1094           <ul>
1095             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1096             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1097               percent identity scores for current alignment.</li>
1098           </ul>
1099           <em>Testing and Deployment</em>
1100           <ul>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1103             </li>
1104           </ul>
1105         </div></td>
1106       <td><div align="left">
1107           <em>General</em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1111               threshold text field doesn't trigger an update to the
1112               alignment view
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1116               strings in parallel
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1120               alignment window is closed
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1124               group visibility
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1128               takes a long time in Cursor mode
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>Desktop</em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1135               cannot be viewed in Chimera
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1139               CDS/Protein view
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1143               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1144               Search Dialogs
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1154               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1158               scrolling right in unwapped alignment view
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1162               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1163               database
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1167               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1171               features of same type and group to be selected for
1172               amending
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1176               alignments when hidden columns are present
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1180               displaying several structures
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1184               moving a window
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1188               within the Jalview desktop on OSX
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1192               when in wrapped alignment mode
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1196               hand end of alignment
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1200               each selected sequence do not have correct start/end
1201               positions
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1205               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1209               restoring project until a new view is created
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1213               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1214               configured (since 2.10.2b2)
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1218               position is adjusted
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1222               in a multi-chain structure when viewing alignment
1223               involving more than one chain (since 2.10)
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1227               if new selection moves alignment window
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1231               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1235               that produces correctly annotated transcripts and products
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1239               doesn't update associated structure view
1240             </li>
1241           </ul>
1242           <em>Applet</em><br />
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1246               closing alignment panel
1247             </li>
1248           </ul>
1249           <em>BioJSON</em><br />
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1253               non-positional features
1254             </li>
1255           </ul>
1256           <em>New Known Issues</em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1260               sequence features correctly (for many previous versions of
1261               Jalview)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1265               using cursor in wrapped panel other than top
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1269               graduated colour threshold
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1273               always preserve numbering and sequence features
1274             </li>
1275           </ul>
1276           <em>Known Java 9 Issues</em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1280               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1281               9.01, OSX 10.10)
1282             </li>
1283           </ul>
1284         </div></td>
1285     </tr>
1286     <tr>
1287       <td width="60" nowrap>
1288         <div align="center">
1289           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1290             <em>2/10/2017</em></strong>
1291         </div>
1292       </td>
1293       <td><div align="left">
1294           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1298             </li>
1299             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1300             </li>
1301           </ul>
1302         </div></td>
1303       <td><div align="left">
1304         </div></td>
1305     </tr>
1306     <tr>
1307       <td width="60" nowrap>
1308         <div align="center">
1309           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1310             <em>7/9/2017</em></strong>
1311         </div>
1312       </td>
1313       <td><div align="left">
1314           <em></em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1318               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1319               white)
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1323               Preferences
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1327               in size and progress bar shown as higher resolution
1328               overview is recalculated
1329             </li>
1330
1331           </ul>
1332         </div></td>
1333       <td><div align="left">
1334           <em></em>
1335           <ul>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1338               column region row by row
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1342               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1346               format setting is unticked
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1350               if group has show boxes format setting unticked
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1354               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1355               include sequences and columns not currently displayed
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1359               assemblies are imported via CIF file
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1363               displayed when threshold or conservation colouring is also
1364               enabled.
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1368               server version
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1372               dragging a selected region off the visible region of the
1373               alignment
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1377               colourscheme to all groups in a view
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1381               initially after font size change using the Font chooser or
1382               middle-mouse zoom
1383             </li>
1384           </ul>
1385         </div></td>
1386     </tr>
1387     <tr>
1388       <td width="60" nowrap>
1389         <div align="center">
1390           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1391         </div>
1392       </td>
1393       <td><div align="left">
1394           <em>Calculations</em>
1395           <ul>
1396
1397             <li>
1398               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1399               ungapped positions in each column of the alignment.
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1403               a calculation dialog box
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1407               and memory efficiency (~30x faster)
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1411               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1412               and other calculations
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1416               files within the Jalview codebase
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1420               Similarity may have different topology due to increased
1421               precision
1422             </li>
1423           </ul>
1424           <em>Rendering</em>
1425           <ul>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1428               model for alignments and groups
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1432               scripts
1433             </li>
1434           </ul>
1435           <em>Overview</em>
1436           <ul>
1437             <li>
1438               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1439               with alignment and overview windows
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1443               overview
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1447               omitted in Overview
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1451               adjustment of visible position
1452             </li>
1453           </ul>
1454
1455           <em>Data import/export</em>
1456           <ul>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1459               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1463               annotation input/output via stockholm flatfile
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1467               extension when importing structure files without embedded
1468               names or PDB accessions
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1472               format sequence substitution matrices
1473             </li>
1474           </ul>
1475           <em>User Interface</em>
1476           <ul>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1479               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1480               the application.
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1484               via Overview or sequence motif search operations
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1488               opened by double clicking gaps within sequence feature
1489               extent
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1493               aligned positions were available to create a 3D structure
1494               superposition.
1495             </li>
1496           </ul>
1497           <em>3D Structure</em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1501               coloured in linked structure views
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1505               file-based command exchange
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1509               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1510               structures are already available for sequences
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1514               the Jalview project rather than downloaded again when the
1515               project is reopened.
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1519               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1520               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1521                 Feature</strong>)
1522             </li>
1523           </ul>
1524           <em>Web Services</em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1531               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1532               Analysis services
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1536               cross-references provided by identifiers.org and the
1537               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1538             </li>
1539           </ul>
1540
1541           <em>Scripting</em>
1542           <ul>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1545               identifying file formats (instead of String constants)
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1549               efficiency when counting all displayed features (not
1550               backwards compatible with 2.10.1)
1551             </li>
1552           </ul>
1553           <em>Example files</em>
1554           <ul>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1557               included in the example feature file
1558             </li>
1559           </ul>
1560           <em>Documentation</em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1564               with the built-in Java help viewer
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1568               sequence description' option
1569             </li>
1570           </ul>
1571           <em>Test Suite</em>
1572           <ul>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1575               Uniprot REST Free Text Search Client
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1582               during tests
1583             </li>
1584           </ul>
1585         </div></td>
1586       <td><div align="left">
1587           <em>Calculations</em>
1588           <ul>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1591               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1592               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1593             </li>
1594             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1595               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1596               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1597               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1598               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1599               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1600               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1601               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1602               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1603               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1604               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1605               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1606               // for 2.10.1 mode <br />
1607               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1608               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1609                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1610                 calculations (not recommended)</em></li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1613               scaling of branch lengths for trees computed using
1614               Sequence Feature Similarity.
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1618               generating output report when working with highly
1619               redundant alignments
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1623               right of selected region when gaps present on right-hand
1624               boundary
1625             </li>
1626           </ul>
1627           <em>User Interface</em>
1628           <ul>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1631               doesn't reselect a specific sequence's associated
1632               annotation after it was used for colouring a view
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1636               opened on a region of alignment without groups
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1640               of an alignment with overlapping groups
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1644               name and description match
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1648               hidden regions results in incorrect hidden regions
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1652               changing colour does not apply Conservation slider value
1653               to all groups
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1657               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1661               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1665               gaps before start of features
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1669               restored to UI when feature colour is edited
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1673               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1677               as graduate feature colour settings are modified via the
1678               dialog box
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1682               when a group defined on the alignment is resized
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1686               wrapped view result in positional status updates
1687             </li>
1688
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1691               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1695               alignment included gapped columns
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1699               widgets don't permanently disappear
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1703               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1704               T-Coffee column reliability scores)
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1708               sequence feature on gaps only
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1712               button from a Find inherit previously defined feature type
1713               rather than the Find query string
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1717               exporting tree calculated in Jalview
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1721               and then revealing them reorders sequences on the
1722               alignment
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1726               doesn't update to reflect available set of groups after
1727               interactively adding or modifying features
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1731               Linux
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1735               only excluded gaps in current sequence and ignored
1736               selection.
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>Rendering</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1743               erratically when hidden rows or columns are present
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1747               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1748               sequence colouring
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1752               colour and group colour menu for protein alignments
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1756               reflect currently selected view or group's shading
1757               thresholds
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1761               when rendered on overview and structures when opacity at
1762               100%
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1766               overview when features overlaid on alignment
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1770               recovered correctly from Jalview project file
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1774               (automatically via preferences) are different to the main
1775               alignment panel
1776             </li>
1777           </ul>
1778           <em>Data import/export</em>
1779           <ul>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1782               load
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1786               added after a sequence was imported are not written to
1787               Stockholm File
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1791               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1795               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1799               with lightGray or darkGray via features file (but can
1800               specify lightgray)
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1804               when alignment view imported from project
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1808               structure and sequences extracted from structure files
1809               imported via URL and viewed in Jmol
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1813               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1814               the project is loaded and the structure viewed
1815             </li>
1816           </ul>
1817           <em>Web Services</em>
1818           <ul>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1821               release of Ensembl v.88
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1825               appear enabled in Preferences->Connections
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1829               removed from console output
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1833               Ensembl by Peptide ID
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1837               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1838               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1839               due to 'null' string rather than empty string used for
1840               residues with no corresponding PDB mapping).
1841             </li>
1842           </ul>
1843           <em>Application UI</em>
1844           <ul>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1847               menu
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1851               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1852               new documentation and tooltips added)
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1856               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1860               new features are added to alignment
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1864               changes to feature colours via the Amend features dialog
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1868               edit graduated feature colour via amend features dialog
1869               box
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1873               selection menu changes colours of alignment views
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1877               from alignment calculation workers after alignment has
1878               been closed
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1882               groups now 'Create Group'
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1886               Create/Undefine group doesn't always work
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1890               shown again after pressing 'Cancel'
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1894               adjusts start position in wrap mode
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1898               ambiguous amino acids
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1902               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1903               proteins
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1907               Defined' don't appear in Colours menu
1908             </li>
1909           </ul>
1910           <em>Applet</em>
1911           <ul>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1914               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1918               overview or linked structure view
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1922               work (since 2.8)
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1926               user-defined colourscheme doesn't restore original
1927               colourscheme
1928             </li>
1929           </ul>
1930           <em>Test Suite</em>
1931           <ul>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1934               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1938               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1939               problems with deep array comparison equality asserts in
1940               successive versions of TestNG
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1944               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1945             </li>
1946           </ul>
1947           <em>New Known Issues</em>
1948           <ul>
1949             <li>
1950               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1951               phase after a sequence motif find operation
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1955               containing just upper and lower case letters are
1956               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1960               reliably from eggnog Ortholog database
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1964               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1965               to mark columns containing highlighted regions.
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1969               doesn't always add secondary structure annotation.
1970             </li>
1971           </ul>
1972         </div>
1973     <tr>
1974       <td width="60" nowrap>
1975         <div align="center">
1976           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1977         </div>
1978       </td>
1979       <td><div align="left">
1980           <em>General</em>
1981           <ul>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1984               for all consensus calculations
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1988               3rd Oct 2016)
1989             </li>
1990             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1991               for 2016-2017</li>
1992           </ul>
1993           <em>Application</em>
1994           <ul>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1997               set of database cross-references, sorted alphabetically
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2001               from database cross references. Users with custom links
2002               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2003                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2007               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2008               Chimera session
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2012               the Chimera it is connected to is shut down
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2016               columns menu item to mark columns containing highlighted
2017               regions (e.g. from structure selections or results of a
2018               Find operation)
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2022               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2023               MSAviewer
2024             </li>
2025           </ul>
2026         </div></td>
2027       <td>
2028         <div align="left">
2029           <em>General</em>
2030           <ul>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2033               are not coloured or thresholded according to percent
2034               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2038               hydrophobic
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2042               threshold, amino acid properties)
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2046               reported as mapped to residues in a structure file in the
2047               View Mapping report
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2051               could be added multiple times to a sequence
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2055               bond features shown as two highlighted residues rather
2056               than a range in linked structure views, and treated
2057               correctly when selecting and computing trees from features
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2061               cross-references are matched to database name regardless
2062               of case
2063             </li>
2064
2065           </ul>
2066           <em>Application</em>
2067           <ul>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2070               names without regular expressions also offer links from
2071               Sequence ID
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2075               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2076               update Jalview configuration
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2080               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2084               files with similarly named sequences if dropped onto the
2085               alignment
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2089               entries where more chains exist in the PDB accession than
2090               are reported in the SIFTS file
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2094               the structure view when displayed with Chimera
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2098               panel's View->Show Chains submenu
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2102               work for wrapped alignment views
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2106               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2110               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2111               first annotation row
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2115               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2119               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2120             </li>
2121             <!-- JAL-2319 -->
2122             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2123             coordindate data
2124             </li>
2125           </ul>
2126           <!--           <em>New Known Issues</em>
2127           <ul>
2128             <li></li>
2129           </ul> -->
2130         </div>
2131       </td>
2132     </tr>
2133     <td width="60" nowrap>
2134       <div align="center">
2135         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2136           <em>25/10/2016</em></strong>
2137       </div>
2138     </td>
2139     <td><em>Application</em>
2140       <ul>
2141         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2142           view if structures already loaded</li>
2143         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2144           structure views</li>
2145       </ul></td>
2146     <td>
2147       <div align="left">
2148         <em>General</em>
2149         <ul>
2150           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2151             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2152           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2153             example sequences/projects/trees</li>
2154         </ul>
2155         <em>Application</em>
2156         <ul>
2157           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2158             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2159           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2160             without timeout for structures with multiple models or
2161             multiple sequences in alignment</li>
2162           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2163             PDB ID HEADER line</li>
2164           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2165             is performed</li>
2166           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2167             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2168           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2169           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2170             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2171             option</li>
2172           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2173             is created on the alignment</li>
2174           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2175             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2176             pop-up menu</li>
2177         </ul>
2178         <em>Build and deployment</em>
2179         <ul>
2180           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2181             tags</li>
2182         </ul>
2183         <em>New Known Issues</em>
2184         <ul>
2185           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2186             on Windows</li>
2187         </ul>
2188       </div>
2189     </td>
2190     </tr>
2191     <tr>
2192       <td width="60" nowrap>
2193         <div align="center">
2194           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2195         </div>
2196       </td>
2197       <td><em>General</em>
2198         <ul>
2199           <li>
2200             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2204             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2205             better PDB parsing.
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2209             reference sequence
2210           </li>
2211           <li>
2212             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2213             mousing over sequence associated annotation
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2217             for manual entry
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2221             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2222             for each column
2223           </li>
2224           <li>
2225             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2226             showing or hiding columns containing a feature
2227           </li>
2228           <li>
2229             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2230             group and sequence associated annotation labels
2231           </li>
2232           <li>
2233             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2234             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2235             dialogs
2236           </li>
2237
2238         </ul> <em>Application</em>
2239         <ul>
2240           <li>
2241             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2242             gene/transcript view
2243           </li>
2244           <li>
2245             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2246             dialog
2247           </li>
2248           <li>
2249             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2250             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2251           </li>
2252           <li>
2253             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2254             Pfam sources to xfam.org
2255           </li>
2256           <li>
2257             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2261             over sequences in Jalview
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2265             regions in ENA and EMBL
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2269             for record retrieval via ENA rest API
2270           </li>
2271           <li>
2272             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2273             complement operator
2274           </li>
2275           <li>
2276             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2277             groovy script execution
2278           </li>
2279           <li>
2280             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2281             alignment window's Calculate menu
2282           </li>
2283           <li>
2284             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2285             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2286           </li>
2287           <li>
2288             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2289             calculation workers from groovy scripts
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2293             Jalview projects
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2297             associations are now saved/restored from project
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2301             before sequence fetcher is opened
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2305             database chooser opens a sequence fetcher
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2309             the UniProt REST API
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2313             the news reader opening
2314           </li>
2315           <li>
2316             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2317             querying stored in preferences
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2321             search results
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2325           </li>
2326           <li>
2327             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2328             menu for nucleotide sequences
2329           </li>
2330           <li>
2331             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2332             and feature counts preserves alignment ordering (and
2333             debugged for complex feature sets).
2334           </li>
2335           <li>
2336             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2337             viewing structures with Jalview 2.10
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2341             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2342             Ensembl Genomes REST API
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2346             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2347             (Ensembl)
2348           </li>
2349           <li>
2350             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2351             sequences
2352           </li>
2353           <li>
2354             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2355             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2356             data from external database records.
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2360             efficient recovery of sequence coding and alignment
2361             annotation relationships.
2362           </li>
2363         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2364         <ul>
2365           <li>
2366             -- JAL---
2367           </li>
2368         </ul> --></td>
2369       <td>
2370         <div align="left">
2371           <em>General</em>
2372           <ul>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2375               menu on OSX
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2379               includes graduated colourschemes
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2383               working with big alignments and lots of hidden columns
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2387               at right of alignment window
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2391               contents
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2395               for DNA alignments
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2399               based tree calculation
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2403               unconserved enabled for group on alignment
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2407               set as reference
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2411               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2412               annotation
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2416               hidden columns present
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2420               user created annotation added to alignment
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2424               '()' base pair annotation
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2428               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2429               Consensus
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2433               feature not working
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2437               beginning of sequence
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2441               entry 3a6s
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2445               from a tree when t-coffee scores are shown
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2449               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2453               some structures
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2457               to Clustal, PIR and PileUp output
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2461               not visible causes alignment window to repaint
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2465               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2466               scores associated with features and annotation rows
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2470               calculation should be case independent
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2474               columns
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2478               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2479               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2483               problems when reference sequence defined and 'show
2484               non-conserved' enabled
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2488               load even when Consensus calculation is disabled
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2492               alignment does nothing
2493             </li>
2494           </ul>
2495           <em>Application</em>
2496           <ul>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2499               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2500               yet fixed for El Capitan)
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2504               output when running on non-gb/us i18n platforms
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2508               hidden sequences as flat-file alignment
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2512               launching Chimera
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2516               (also hotfix for 2.9.0b2)
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2520               reference sequence defined
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2524               alignments and views when revealing hidden columns
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2528               view in a cDNA/Protein splitframe
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2532               sequence from project when only one sequence is
2533               represented
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2537               in Structure Chooser
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2541               structure consensus didn't refresh annotation panel
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2545               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2549               dialogs format columns correctly, don't display array
2550               data, sort columns according to type
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2554               file chooser is cancelled during an image export
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2558               sequence name containing special characters
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2562               case insensitive
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2566               formatting don't wrap
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2570               truncated so L looks like I in consensus annotation
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2574               currently displayed features for the current selection or
2575               view
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2579               after fetching cross-references, and restoring from
2580               project
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2584               followed in the structure viewer
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2588               splitframe not restored from project
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2592               trailing end of protein alignment in transcript/product
2593               splitview when pad-gaps not enabled by default
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2597               is case dependent
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2601               article has been read (reopened issue due to
2602               internationalisation problems)
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2606               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2607               cross-references
2608             </li>
2609
2610             <li>
2611               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2612               alignment as HTML
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2616               multiple structures are shown for one or more sequences.
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2620               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2621               is enabled.
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2625               specific PDB id for sequence
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2629               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2630               columns' is disabled.
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2634               selects lowest rather than highest resolution structures
2635               for each sequence
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2639               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2643               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2647               after clicking on it to create new annotation for a
2648               column.
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2652               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2653             </li>
2654             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2655             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2656           </ul>
2657           <em>Applet</em>
2658           <ul>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2661               hidden columns present before start of sequence
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2665               (JSON jars)
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2669               sequences are hidden in applet
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2673               deployment on examples pages.
2674             </li>
2675           </ul>
2676         </div>
2677       </td>
2678     </tr>
2679     <tr>
2680       <td width="60" nowrap>
2681         <div align="center">
2682           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2683             <em>16/10/2015</em></strong>
2684         </div>
2685       </td>
2686       <td><em>General</em>
2687         <ul>
2688           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2689             jars</li>
2690         </ul></td>
2691       <td>
2692         <div align="left">
2693           <em>Application</em>
2694           <ul>
2695             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2696               shown when tree is partitioned</li>
2697             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2698               multiple cDNA/Protein split views</li>
2699           </ul>
2700         </div>
2701       </td>
2702     </tr>
2703     <tr>
2704       <td width="60" nowrap>
2705         <div align="center">
2706           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2707             <em>8/10/2015</em></strong>
2708         </div>
2709       </td>
2710       <td><em>General</em>
2711         <ul>
2712           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2713             2.9</li>
2714         </ul> <em>Application</em>
2715         <ul>
2716           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2717           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2718           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2719         </ul> <em>Applet</em>
2720         <ul>
2721           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2722         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2723         <ul>
2724           <li>
2725             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2726             suite
2727           </li>
2728         </ul></td>
2729       <td>
2730         <div align="left">
2731           <em>General</em>
2732           <ul>
2733             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2734               incorrect when sequence start > 1</li>
2735             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2736               documentation</li>
2737             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2738             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2739               loading a features file containing HTML tags in feature
2740               description</li>
2741
2742           </ul>
2743           <em>Application</em>
2744           <ul>
2745             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2746               reimport</li>
2747             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2748               with 'trim retrieved sequences'</li>
2749             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2750               deleting selected columns</li>
2751             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2752               JNLP templates for webstart launch</li>
2753             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2754               unreleased structures for download or viewing</li>
2755             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2756               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2757             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2758               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2759             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2760               recovered from jalview project</li>
2761             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2762               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2763               alignment view</li>
2764             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2765               color schemes from BioJSON</li>
2766           </ul>
2767           <em>Applet</em>
2768           <ul>
2769             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2770               frame</li>
2771             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2772           </ul>
2773         </div>
2774       </td>
2775     </tr>
2776     <tr>
2777       <td><div align="center">
2778           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2779         </div></td>
2780       <td><em>General</em>
2781         <ul>
2782           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2783             alignments:
2784             <ul>
2785               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2786                 and DNA alignment views</li>
2787               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2788                 cDNA alignment views</li>
2789               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2790                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2791               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2792                 protein sequences</li>
2793             </ul>
2794           </li>
2795           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2796           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2797             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2798           <li>New alignment annotation file statements for
2799             reference sequences and marking hidden columns</li>
2800           <li>Reference sequence based alignment shading to
2801             highlight variation</li>
2802           <li>Select or hide columns according to alignment
2803             annotation</li>
2804           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2805           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2806             acid conservation row</li>
2807           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2808         </ul> <em>Application</em>
2809         <ul>
2810           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2811             <ul>
2812               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2813                 view with cDNA/Protein</li>
2814               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2815                 sequences are placed in the same alignment</li>
2816               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2817                 projects</li>
2818             </ul>
2819           </li>
2820
2821           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2822           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2823             Jalview windows</li>
2824
2825           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2826           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2827           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2828             be shown in VARNA</li>
2829
2830           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2831             as the active selected region</li>
2832
2833           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2834             similarity</li>
2835           <li>New Export options
2836             <ul>
2837               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2838                 region export in flat file generation</li>
2839
2840               <li>Export alignment views for display with the <a
2841                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2842
2843               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2844               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2845                 alignment figures to HTML</li>
2846           </li>
2847           <li>3D structure retrieval and display
2848             <ul>
2849               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2850                 Search API</li>
2851               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2852                 PDB structures for a sequence set</li>
2853             </ul>
2854           </li>
2855
2856           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2857             predictions</li>
2858           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2859             for one or a group of sequences</li>
2860           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2861             from the JPred4 web server</li>
2862           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2863             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2864             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2865           </li>
2866           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2867             VARNA 2D Structure'</li>
2868           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2869             Structure ..."</li>
2870
2871         </ul> <em>Applet</em>
2872         <ul>
2873           <li>New layout for applet example pages</li>
2874           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2875             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2876           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2877             Protein alignments</li>
2878         </ul> <em>Development and deployment</em>
2879         <ul>
2880           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2881           <li>Include installation type and git revision in build
2882             properties and console log output</li>
2883           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2884             storing BioJsMSA Templates</li>
2885           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2886         </ul></td>
2887       <td>
2888         <!-- <em>General</em>
2889         <ul>
2890         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2891         <ul>
2892           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2893           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2894           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2895             predictions are not highlighted in amber</li>
2896           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2897             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2898           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2899             associated structure views</li>
2900           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2901             width checkbox not enabled</li>
2902           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2903             creating user defined colours</li>
2904           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2905             mappings for just that viewer's sequences</li>
2906           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2907             multiple models in Chimera</li>
2908           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2909             over Jmol structure</li>
2910           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2911             output to text box</li>
2912           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2913             have incorrect sequence start/end</li>
2914           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2915             Jalview fails</li>
2916           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2917             work for nucleotide</li>
2918           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2919             to a grey/invisible alignment window</li>
2920           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2921             imports to different position</li>
2922           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2923             on some platforms</li>
2924           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2925             populated</li>
2926           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2927             console if Chimera has been opened</li>
2928           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2929           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2930             retrieved</li>
2931           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2932           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2933             either sequence shows on first structure</li>
2934           <li>'Show annotations' options should not make
2935             non-positional annotations visible</li>
2936           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2937             in right place after 'view flanking regions'</li>
2938           <li>File Save As type unset when current file format is
2939             unknown</li>
2940           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2941             projects</li>
2942           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2943             responsive</li>
2944           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2945             several views on same alignment</li>
2946           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2947           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2948             spaces</li>
2949         </ul> <em>Applet</em>
2950         <ul>
2951           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2952           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2953             descriptions containing angle brackets</li>
2954         </ul> <em>General</em>
2955         <ul>
2956           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2957             via jalview annotation file</li>
2958           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2959             with RNA secondary structure</li>
2960           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2961             translation doesn't work.</li>
2962           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2963           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2964             positions</li>
2965           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2966             choosing 1pt font</li>
2967           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2968             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2969             'h'</li>
2970           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2971             new feature</li>
2972           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2973             order dependent</li>
2974           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2975             sequences</li>
2976           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2977         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2978         <ul>
2979           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2980             www.jalview.org</li>
2981         </ul> <em>Application Known issues</em>
2982         <ul>
2983           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2984           <li>Misleading message appears after trying to delete
2985             solid column.</li>
2986           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2987             version launches</li>
2988           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2989             fails with a sequence mismatch</li>
2990           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2991             scrolling alignment to right</li>
2992           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2993             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2994           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2995             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2996           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2997             ultra-high resolution</li>
2998           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2999             quality and conservation</li>
3000           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3001             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3002         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3003         <ul>
3004           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3005           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3006             window is being resized</li>
3007
3008         </ul>
3009       </td>
3010     </tr>
3011     <tr>
3012       <td><div align="center">
3013           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3014         </div></td>
3015       <td><em>General</em>
3016         <ul>
3017           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3018             Certum.PL.</li>
3019           <li>Features and annotation preserved when performing
3020             pairwise alignment</li>
3021           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3022             imported/exported/displayed</li>
3023           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3024             protein secondary structure</li>
3025           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3026               post-hoc with 2.9 release</em>)
3027           </li>
3028
3029         </ul> <em>Application</em>
3030         <ul>
3031           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3032             with 3D structures</li>
3033           <li>Support for parsing RNAML</li>
3034           <li>Annotations menu for layout
3035             <ul>
3036               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3037               <li>place sequence annotation above/below alignment
3038                 annotation</li>
3039             </ul>
3040           <li>Output in Stockholm format</li>
3041           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3042             translation</li>
3043           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3044           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3045             shared between alignments</li>
3046           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3047             Jalview</li>
3048           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3049             all or current selection</li>
3050           <li>disorder and secondary structure predictions
3051             available as dataset annotation</li>
3052           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3053
3054
3055           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3056             alignments from Rfam</li>
3057           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3058
3059           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3060             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3061           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3062           <li>include installation type in build properties and
3063             console log output</li>
3064           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3065             annotation</li>
3066         </ul></td>
3067       <td>
3068         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3069         <ul>
3070           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3071             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3072           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3073             alignment</li>
3074           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3075           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3076           <li>Double click on sequence associated annotation
3077             selects only first column</li>
3078           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3079             leaves shown in tree</li>
3080           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3081             properly</li>
3082           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3083           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3084             screen and buttons not visible</li>
3085           <li>author list isn't updated if already written to
3086             Jalview properties</li>
3087           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3088             from database</li>
3089           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3090           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3091             browser search window</li>
3092           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3093             in feature settings dialog</li>
3094           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3095             desktop</li>
3096           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3097             pass validation</li>
3098           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3099             fit on screen</li>
3100           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3101             tooltip</li>
3102           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3103             defined user preset</li>
3104           <li>MSA web services warns user if they were launched
3105             with invalid input</li>
3106           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3107             Java 8</li>
3108           <li>
3109             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3110             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3111             created
3112           </li>
3113
3114         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3115         <ul>
3116         </ul> <em>General</em>
3117         <ul>
3118         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3119         <ul>
3120           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3121             memory allocation</li>
3122           <li>launchApp service doesn't automatically open
3123             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3124           <li>
3125             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3126             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3127             1.7_055 is available
3128           </li>
3129         </ul> <em>Application Known issues</em>
3130         <ul>
3131           <li>
3132             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3133             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3134             alignment to right
3135           </li>
3136           <li>
3137             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3138             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3139             with large number of ID
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3143             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3144             start/end
3145           </li>
3146           <li>
3147             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3148             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3149             structure tracks are rearranged
3150           </li>
3151           <li>
3152             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3153             invalid rna structure positional highlighting does not
3154             highlight position of invalid base pairs
3155           </li>
3156           <li>
3157             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3158             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3159             project from alignment window file menu
3160           </li>
3161           <li>
3162             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3163             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3164             structures
3165           </li>
3166           <li>
3167             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3168             colour by RNA Helices not enabled when user created
3169             annotation added to alignment
3170           </li>
3171           <li>
3172             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3173             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3174           </li>
3175         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3176         <ul>
3177           <li>
3178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3179             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3180           </li>
3181           <li>
3182             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3183             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3184           </li>
3185
3186           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3187             when selected</li>
3188         </ul>
3189       </td>
3190     </tr>
3191     <tr>
3192       <td><div align="center">
3193           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3194         </div></td>
3195       <td>
3196         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3197         <em>General</em>
3198         <ul>
3199           <li>Internationalisation of user interface (usually
3200             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3201           <li>Define/Undefine group on current selection with
3202             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3203           <li>Improved group creation/removal options in
3204             alignment/sequence Popup menu</li>
3205           <li>Sensible precision for symbol distribution
3206             percentages shown in logo tooltip.</li>
3207           <li>Annotation panel height set according to amount of
3208             annotation when alignment first opened</li>
3209         </ul> <em>Application</em>
3210         <ul>
3211           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3212             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3213           <li>Select columns containing particular features from
3214             Feature Settings dialog</li>
3215           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3216             sequences</li>
3217           <li>Update Jalview project format:
3218             <ul>
3219               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3220               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3221                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3222               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3223                 colouring</li>
3224             </ul>
3225           </li>
3226           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3227             (PAM250)</li>
3228           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3229             flanking regions for an alignment</li>
3230         </ul>
3231       </td>
3232       <td>
3233         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3234         <ul>
3235           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3236             running after job is cancelled</li>
3237           <li>cannot export features from alignments imported from
3238             Jalview/VAMSAS projects</li>
3239           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3240             float values</li>
3241           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3242             have 'display all symbols' flag set</li>
3243           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3244             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3245           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3246             Jalview</li>
3247           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3248             Lion/Webstart</li>
3249           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3250           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3251           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3252             alignment onto desktop</li>
3253           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3254             'extract scores' function</li>
3255           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3256             alignment window</li>
3257           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3258             performing IUPred disorder prediction</li>
3259           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3260             changing 'normalise logo' display setting</li>
3261           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3262             nothing matches query</li>
3263           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3264             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3265           </li>
3266           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3267             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3268           </li>
3269           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3270             Jalview's menu</li>
3271           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3272             'invalid literal/length code'</li>
3273           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3274             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3275           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3276             colourscheme</li>
3277
3278         </ul> <em>Applet</em>
3279         <ul>
3280           <li>Remove group option is shown even when selection is
3281             not a group</li>
3282           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3283             don't affect groups</li>
3284           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3285             colourscheme name</li>
3286           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3287             Annotation panel is not displayed</li>
3288           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3289             embedded windows</li>
3290         </ul> <em>Other</em>
3291         <ul>
3292           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3293             single sequence were not calculated</li>
3294           <li>annotation files that contain only groups imported as
3295             annotation and junk sequences</li>
3296           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3297             recognised as PFAM or BLC</li>
3298           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3299             doesn't affect background (2.8.0b1)
3300           <li></li>
3301           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3302           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3303             trailing gaps</li>
3304           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3305             registered correctly on import</li>
3306           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3307             certain alignments</li>
3308           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3309             existing annotation based 'use original colours'
3310             colourscheme loses original colours setting</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td><div align="center">
3316           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3317             <em>30/1/2014</em></strong>
3318         </div></td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3322             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3323             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3324             open source project).
3325           </li>
3326           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3327           <li>Output in Stockholm format</li>
3328           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3329           <li>Export/import group and sequence associated line
3330             graph thresholds</li>
3331           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3332             ambiguity codes</li>
3333           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3334             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3335             works</li>
3336           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3337         </ul> <em>Other improvements</em>
3338         <ul>
3339           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3340           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3341             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3342           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3343             files</li>
3344           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3345           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3346             link but no description</li>
3347           <li>Select primary source when selecting authority in
3348             database fetcher GUI</li>
3349           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3350             Jalview</li>
3351           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3357             displayed</li>
3358           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3359             secondary structure annotation line</li>
3360           <li>Sequence database accessions not imported when
3361             fetching alignments from Rfam</li>
3362           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3363             identical IDs</li>
3364           <li>View all structures does not always superpose
3365             structures</li>
3366           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3367             reflect user or preset settings</li>
3368           <li>Null pointer exceptions for some services without
3369             presets or adjustable parameters</li>
3370           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3371             discover PDB xRefs</li>
3372           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3373             features with DAS</li>
3374           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3375             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3376           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3377             residue follows a gap</li>
3378           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3379             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3380           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3381             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3382           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3383             annotation already exists on alignment</li>
3384           <li>oninit javascript function should be called after
3385             initialisation completes</li>
3386           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3387             alignment window display</li>
3388           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3389           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3390             to annotation file</li>
3391           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3392             groups created</li>
3393           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3394             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3395           <li>Pressing return several times causes Number Format
3396             exceptions in keyboard mode</li>
3397           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3398             correct partitions for input data</li>
3399           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3400           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3401           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3402           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3403             mode</li>
3404           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3405             changes one row&#39;s threshold</li>
3406           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3407             doesn&#39;t open</li>
3408           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3409             quality histograms</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412     </tr>
3413     <tr>
3414       <td><div align="center">
3415           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3416         </div></td>
3417       <td><em>Application</em>
3418         <ul>
3419           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3420             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3421           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3422             preferences</li>
3423           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3424             in Jalview alignment window</li>
3425           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3426             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3427           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3428             RNA and ambiguity codes</li>
3429
3430           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3431           <li>Support fetching and database reference look up
3432             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3433             refs')</li>
3434           <li>Jalview project improvements
3435             <ul>
3436               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3437                 flag for annotation</li>
3438               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3439                 alignment</li>
3440               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3441                 Jalview project</li>
3442
3443             </ul>
3444           </li>
3445           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3446           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3447             running</li>
3448           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3449           <li>visual indication that web service results are still
3450             being retrieved from server</li>
3451           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3452             starts up for first time</li>
3453           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3454             services</li>
3455           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3456             client library</li>
3457           <li>Examples directory and Groovy library included in
3458             InstallAnywhere distribution</li>
3459         </ul> <em>Applet</em>
3460         <ul>
3461           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3462             visualization applet example</li>
3463         </ul> <em>General</em>
3464         <ul>
3465           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3466           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3467             defaults</li>
3468           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3469             calculation</li>
3470           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3471             matrices
3472           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3473             in HTML</li>
3474           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3475             structure contacts</li>
3476           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3477           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3478           <li>Parse sequence associated secondary structure
3479             information in Stockholm files</li>
3480           <li>HTML Export database accessions and annotation
3481             information presented in tooltip for sequences</li>
3482           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3483             style RNA alignment files</li>
3484           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3485             alignment</li>
3486           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3487             shade each sequence according to its associated alignment
3488             annotation</li>
3489           <li>New Jalview Logo</li>
3490         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3491         <ul>
3492           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3493           <li>New Website!</li>
3494         </ul></td>
3495       <td><em>Application</em>
3496         <ul>
3497           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3498             wsdbfetch REST service</li>
3499           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3500           <li>Filetype associations not installed for webstart
3501             launch</li>
3502           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3503             job execution in full once it is complete</li>
3504           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3505             uploaded via ali_file parameter</li>
3506           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3507           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3508           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3509             submitted for prediction</li>
3510           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3511             desktop window</li>
3512           <li>Putting fractional value into integer text box in
3513             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3514           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3515             windows 7</li>
3516           <li>View all structures fails with exception shown in
3517             structure view</li>
3518           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3519             escaped in a platform independent way</li>
3520           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3521             using proxy</li>
3522           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3523             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3524           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3525             failure when java web start temporary file caching is
3526             disabled</li>
3527           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3528             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3529           <li>Errors during processing of command line arguments
3530             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3531           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3532             DAS sources in sequence fetcher</li>
3533           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3534             dialog is shown</li>
3535           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3536           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3537           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3538           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3539             on OSX Mountain Lion</li>
3540           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3541             sequences with alignment annotation are pasted into the
3542             alignment</li>
3543           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3544             when loaded from Jalview project</li>
3545           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3546           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3547             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3548           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3549             associated with all views</li>
3550           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3551             annotation rows to new window</li>
3552         </ul> <em>Applet</em>
3553         <ul>
3554           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3555             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3556           <li>loading features via javascript API automatically
3557             enables feature display</li>
3558           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3559             work</li>
3560         </ul> <em>General</em>
3561         <ul>
3562           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3563           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3564             and then deselected</li>
3565           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3566           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3567             coloured with clustalx</li>
3568           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3569             exceptions and redraw errors</li>
3570           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3571             reconfigured view</li>
3572           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3573             colour</li>
3574           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3575             for lots of labels</li>
3576         </ul>
3577     </tr>
3578     <tr>
3579       <td>
3580         <div align="center">
3581           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3582         </div>
3583       </td>
3584       <td><em>Application</em>
3585         <ul>
3586           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3587           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3588           <li>View/alignment association menu to enable user to
3589             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3590             its colours/correspondences from</li>
3591           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3592           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3593             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3594           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3595           <li>Annotation row column label formatting attributes
3596             stored in project file</li>
3597           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3598             rows preserved in Jalview project file</li>
3599           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3600             saved using Desktop window menu</li>
3601           <li>Visual indication that command line arguments are
3602             still being processed</li>
3603           <li>Groovy script execution from URL</li>
3604           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3605             preferences</li>
3606           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3607             alignment with sequences that have high similarity and
3608             matching IDs</li>
3609           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3610           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3611             structures in same window</li>
3612           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3613           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3614             analysis function in its own submenu</li>
3615         </ul> <em>Applet</em>
3616         <ul>
3617           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3618             groups</li>
3619           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3620           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3621           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3622           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3623           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3624             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3625           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3626           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3627             parameters are treated as such</li>
3628           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3629             <ul>
3630               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3631               <li>Javascript callbacks for
3632                 <ul>
3633                   <li>Applet initialisation</li>
3634                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3635                 </ul>
3636               </li>
3637               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3638                 functions</li>
3639               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3640               <li>javascript structure viewer harness to pass
3641                 messages between Jmol and Jalview when running as
3642                 distinct applets</li>
3643               <li>sortBy method</li>
3644               <li>Set of applet and application examples shipped
3645                 with documentation</li>
3646               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3647                 javascript message exchange</li>
3648             </ul>
3649         </ul> <em>General</em>
3650         <ul>
3651           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3652             multiple alignments</li>
3653           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3654           <li>User configurable link to enable redirects to a
3655             www.Jalview.org mirror</li>
3656           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3657           <li>Configurable newline string when writing alignment
3658             and other flat files</li>
3659           <li>Allow alignment annotation description lines to
3660             contain html tags</li>
3661         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3662         <ul>
3663           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3664             examples</li>
3665           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3666             using a web service before displaying the result in the
3667             Jalview desktop</li>
3668           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3669           <li>Ant target to publish example html files with applet
3670             archive</li>
3671           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3672           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3673         </ul></td>
3674       <td><em>Application</em>
3675         <ul>
3676           <li>User defined colourscheme throws exception when
3677             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3678           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3679             dialog for valid filename/format</li>
3680           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3681           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3682             P37173</li>
3683           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3684             which sequence is to be associated with the file</li>
3685           <li>Find All raises null pointer exception when query
3686             only matches sequence IDs</li>
3687           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3688           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3689             2.4 cannot be loaded</li>
3690           <li>Filetype associations not installed for webstart
3691             launch</li>
3692           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3693             with sequences in different alignments do not get coloured
3694             by their associated sequence</li>
3695           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3696             not preserved when project is loaded</li>
3697           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3698             stored in Jalview project</li>
3699           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3700             Jalview project</li>
3701           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3702           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3703             by conservation</li>
3704           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3705             created on new view</li>
3706           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3707             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3708           <li>Alignment quality not updated after alignment
3709             annotation row is hidden then shown</li>
3710           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3711             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3712           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3713             properly</li>
3714           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3715             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3716           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3717           <li>Structures imported from file and saved in project
3718             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3719           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3720             job execution in full once it is complete</li>
3721         </ul> <em>Applet</em>
3722         <ul>
3723           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3724             annotation rows are displayed</li>
3725           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3726             codebase</li>
3727           <li>View follows highlighting does not work for positions
3728             in sequences</li>
3729           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3730           <li>Export features raises exception when no features
3731             exist</li>
3732           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3733             for javascript api is modified when separator string
3734             provided as parameter</li>
3735           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3736             alignment with no existing selection</li>
3737           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3738             to applet&#39;s codebase</li>
3739           <li>Status bar not updated after finished searching and
3740             search wraps around to first result</li>
3741           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3742             several Jalview applets causes race conditions and memory
3743             leaks</li>
3744           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3745             not sent from Jmol in applet</li>
3746           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3747             applet API fatally hang browser</li>
3748         </ul> <em>General</em>
3749         <ul>
3750           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3751             position with wrapped view and hidden regions</li>
3752           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3753             with/without hidden columns</li>
3754           <li>Sequence length given in alignment properties window
3755             is off by 1</li>
3756           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3757             import PDB like structure files</li>
3758           <li>Positional search results are only highlighted
3759             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3760           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3761           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3762             given sequence position</li>
3763           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3764             output</li>
3765           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3766             from nucleotide chains correctly</li>
3767           <li>Structure colours not updated when tree partition
3768             changed in alignment</li>
3769           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3770             parsed in interleaved stockholm</li>
3771           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3772             state</li>
3773           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3774             properly</li>
3775           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3776             properly associated with their pdb files</li>
3777         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3778         <ul>
3779           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3780             ApplyCopyright tool</li>
3781         </ul></td>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td>
3785         <div align="center">
3786           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td><em>Application</em>
3790         <ul>
3791           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3792             contact web services</li>
3793           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3794             service job window</li>
3795           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3796         </ul></td>
3797       <td>
3798         <ul>
3799           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3800             pir file emitted by Jalview</li>
3801           <li>Existing feature settings transferred to new
3802             alignment view created from cut'n'paste</li>
3803           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3804             parsing PDB files</li>
3805           <li>Consensus and conservation annotation rows
3806             occasionally become blank for all new windows</li>
3807           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3808             in wrapped view mode</li>
3809         </ul> <em>Application</em>
3810         <ul>
3811           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3812             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3813           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3814             parameter names</li>
3815           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3816             is down</li>
3817         </ul>
3818       </td>
3819     </tr>
3820     <tr>
3821       <td>
3822         <div align="center">
3823           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3824         </div>
3825       </td>
3826       <td><em>Application</em>
3827         <ul>
3828           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3829             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3830             (JABAWS)
3831           </li>
3832           <li>Web Services preference tab</li>
3833           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3834             preferences</li>
3835           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3836           <li>Superpose structures using associated sequence
3837             alignment</li>
3838           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3839             viewer</li>
3840         </ul> <em>Applet</em>
3841         <ul>
3842           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3843             link out mechanism</li>
3844         </ul> <em>Other</em>
3845         <ul>
3846           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3847             series 12</li>
3848           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3849             require Java 1.5</li>
3850           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3851             sequence annotation files</li>
3852           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3853             type colour specification</li>
3854           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3855             script to check if it being run in an interactive session or
3856             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3857         </ul></td>
3858       <td>
3859         <ul>
3860           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3861             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3862         </ul> <em>Application</em>
3863         <ul>
3864           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3865             selected Regions menu item</li>
3866           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3867             part of a valid accession ID</li>
3868           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3869             runs out of memory</li>
3870           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3871             analysis results</li>
3872           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3873             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3874           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3875         </ul> <em>Applet</em>
3876         <ul>
3877           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3878             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3879             defined.</li>
3880         </ul>
3881       </td>
3882     </tr>
3883     <tr>
3884       <td>
3885         <div align="center">
3886           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3887         </div>
3888       </td>
3889       <td></td>
3890       <td>
3891         <ul>
3892           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3893             sequence IDs</li>
3894           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3895             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3896           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3897             import correctly</li>
3898           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3899             number of columns are hidden</li>
3900           <li>annotation label popup menu not providing correct
3901             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3902             present</li>
3903           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3904             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3905           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3906             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3907
3908         </ul> <em>Applet</em>
3909         <ul>
3910           <li>annotation panel disappears when annotation is
3911             hidden/removed</li>
3912         </ul> <em>Application</em>
3913         <ul>
3914           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3915             alignment opened where annotation panel is visible but no
3916             annotations are present on alignment</li>
3917           <li>pasted region containing hidden columns is
3918             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3919           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3920             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3921           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3922             selected Rregions menu item.</li>
3923           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3924             'Un' or 'Non'conserved</li>
3925           <li>Sequence feature settings are being shared by
3926             multiple distinct alignments</li>
3927           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3928             changed</li>
3929           <li>double click on group annotation to select sequences
3930             does not propagate to associated trees</li>
3931           <li>Mac OSX specific issues:
3932             <ul>
3933               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3934                 window background</li>
3935               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3936                 name set correctly</li>
3937               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3938                 save feature colourscheme button</li>
3939             </ul>
3940           </li>
3941         </ul>
3942       </td>
3943     </tr>
3944     <tr>
3945
3946       <td>
3947         <div align="center">
3948           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td><em>New Capabilities</em>
3952         <ul>
3953           <li>URL links generated from description line for
3954             regular-expression based URL links (applet and application)
3955
3956           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3957             menu</li>
3958           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3959             structures</li>
3960           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3961             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3962           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3963             average score or total feature count for each sequence.</li>
3964           <li>Shading features by score or associated description</li>
3965           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3966             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3967           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3968             hide everything but the currently selected region.</li>
3969           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3970         </ul> <em>Application</em>
3971         <ul>
3972           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3973             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3974           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3975             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3976           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3977             database references and protein_name is parsed as
3978             description line (BioSapiens terms).</li>
3979           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3980             references in sequence ID tooltip from View menu in
3981             application.</li>
3982           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3983       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3984           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3985             conservation plots</li>
3986           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3987             and visualized as sequence logos</li>
3988           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3989             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3990           </li>
3991           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3992             when a new tree is opened.</li>
3993           <li>Jalview Java Console</li>
3994           <li>Better placement of desktop window when moving
3995             between different screens.</li>
3996           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3997             consensus annotation</li>
3998           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3999             Workflows</li>
4000           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4001             <ul>
4002               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4003                 used to preserve views, structures, and tree display
4004                 settings)</li>
4005               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4006                 command line</li>
4007               <li>Sharing of selected regions between views and
4008                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4009               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4010             </ul></li>
4011         </ul> <em>Applet</em>
4012         <ul>
4013           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4014           <li>New Parameters
4015             <ul>
4016               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4017                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4018                 opened.</li>
4019               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4020                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4021               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4022                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4023               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4024                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4025                 view</li>
4026               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4027                 increase the height or width of a cell in the alignment
4028                 grid relative to the current font size.</li>
4029             </ul>
4030           </li>
4031           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4032             tooltip</li>
4033         </ul> <em>Other</em>
4034         <ul>
4035           <li>Features format: graduated colour definitions and
4036             specification of feature scores</li>
4037           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4038             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4039             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4040           <li>XML formats extended to support graduated feature
4041             colourschemes, group associated annotation, and profile
4042             visualization settings.</li></td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4046             rather than description</li>
4047           <li>Non-positional features are now included in sequence
4048             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4049             visibility in tooltip).</li>
4050           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4051           <li>Added URL embedding instructions to features file
4052             documentation.</li>
4053           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4054             'X' in peptide product</li>
4055           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4056             sequence ID and sequence string and query strings do not
4057             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4058           <li>AMSA files only contain first column of
4059             multi-character column annotation labels</li>
4060           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4061             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4062             exported and re-imported)</li>
4063           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4064             name</li>
4065           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4066             as subsequence matches, and correctly reports total number
4067             of both.</li>
4068           <li>Application:
4069             <ul>
4070               <li>Better handling of exceptions during sequence
4071                 retrieval</li>
4072               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4073                 link text excludes the start_end suffix</li>
4074               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4075                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4076               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4077               <li>Sequence description lines properly shared via
4078                 VAMSAS</li>
4079               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4080                 data sources</li>
4081               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4082                 completes before alignment figures are generated.</li>
4083               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4084                 first time.</li>
4085               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4086                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4087               <li>User defined group colours properly recovered
4088                 from Jalview projects.</li>
4089             </ul>
4090           </li>
4091         </ul>
4092       </td>
4093
4094     </tr>
4095     <tr>
4096       <td>
4097         <div align="center">
4098           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4099         </div>
4100       </td>
4101       <td>
4102         <ul>
4103           <li>Experimental support for google analytics usage
4104             tracking.</li>
4105           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4106         </ul>
4107       </td>
4108       <td>
4109         <ul>
4110           <li>Race condition in applet preventing startup in
4111             jre1.6.0u12+.</li>
4112           <li>Exception when feature created from selection beyond
4113             length of sequence.</li>
4114           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4115           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4116             all sequences with a given id</li>
4117           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4118             ID string searches</li>
4119           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4120             alignment to fail with exception</li>
4121         </ul> <em>Application Issues</em>
4122         <ul>
4123           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4124           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4125             data sources</li>
4126         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4127         <ul>
4128           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4129             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4130           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4131             version (java class versioning error fixed)</li>
4132         </ul>
4133       </td>
4134     </tr>
4135     <tr>
4136       <td>
4137
4138         <div align="center">
4139           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4140         </div>
4141       </td>
4142       <td><em>User Interface</em>
4143         <ul>
4144           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4145             translation and protein products</li>
4146           <li>Linked highlighting of structure associated with
4147             residue mapping to codon position</li>
4148           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4149             and 'clear' button</li>
4150           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4151             Tools menu</li>
4152           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4153             numeric data in description line</li>
4154           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4155           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4156             of sequence</li>
4157         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4158         <ul>
4159           <li>JPred3 web service</li>
4160           <li>Prototype sequence search client (no public services
4161             available yet)</li>
4162           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4163             PFAM</li>
4164           <li>URL Links created for matching database cross
4165             references as well as sequence ID</li>
4166           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4167         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4168         <ul>
4169           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4170             databases</li>
4171           <li>Generalised database reference retrieval and
4172             validation to all fetchable databases</li>
4173           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4174             sequence command</li>
4175         </ul> <em>Import and Export</em>
4176         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4177         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4178           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4179         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4180           File</li>
4181         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4182           triplet as name of colourscheme</li>
4183         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4184         <ul>
4185           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4186           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4187             alignments (experimental)</li>
4188           <li>Create new or select existing session to join</li>
4189           <li>load and save of vamsas documents</li>
4190         </ul> <em>Application command line</em>
4191         <ul>
4192           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4193             from applet)</li>
4194           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4195             of DAS servers to query for alignment features</li>
4196           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4197             that are also automatically queried for features</li>
4198           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4199             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4200         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4201         <ul>
4202           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4203             application (when using &quot;View in full
4204             application&quot;)</li>
4205         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4206         <ul>
4207           <li>feature group display control parameter</li>
4208           <li>debug parameter</li>
4209           <li>showbutton parameter</li>
4210         </ul> <em>Applet API methods</em>
4211         <ul>
4212           <li>newView public method</li>
4213           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4214           <li>Feature display control methods</li>
4215           <li>get list of currently selected sequences</li>
4216         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4217         <ul>
4218           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4219           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4220             Jalview release.</li>
4221           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4222             property controls execution of obfuscator</li>
4223           <li>Build target for generating source distribution</li>
4224           <li>Debug flag for javacc</li>
4225           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4226             jalview.bin.Cache</li>
4227           <li>Continuous Build Integration for stable and
4228             development version of Application, Applet and source
4229             distribution</li>
4230         </ul></td>
4231       <td>
4232         <ul>
4233           <li>selected region output includes visible annotations
4234             (for certain formats)</li>
4235           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4236             for editing</li>
4237           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4238           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4239           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4240           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4241             comments</li>
4242           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4243             filenames containing a ':'</li>
4244           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4245             global sequence features</li>
4246           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4247             references from alignment sequences goes to zero</li>
4248           <li>Close of tree branch colour box without colour
4249             selection causes cascading exceptions</li>
4250           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4251           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4252             file parsing fails.</li>
4253           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4254           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4255             not a valid output format</li>
4256           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4257             vamsas</li>
4258           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4259           <li>error messages passed up and output when data read
4260             fails</li>
4261           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4262             sequence is edited</li>
4263           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4264             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4265           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4266             filetype</li>
4267           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4268             import fixed for PFAM records</li>
4269           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4270             window list</li>
4271           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4272             can be read and written correctly to annotation file</li>
4273           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4274             correctly</li>
4275           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4276             non-italic font for representatives in Applet</li>
4277           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4278             Macs.</li>
4279           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4280             Applet)</li>
4281           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4282             due to null pointer exceptions</li>
4283           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4284             first column of alignment</li>
4285           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4286             July 2008</li>
4287           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4288             file is case-insensitive</li>
4289           <li>Sequence features read from Features file appended to
4290             all sequences with matching IDs</li>
4291           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4292             containing a sub-sequence</li>
4293           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4294           <li>feature and annotation file applet parameters
4295             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4296           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4297           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4298             splash-screen version check to complete</li>
4299           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4300             when passing them to the launchApp service</li>
4301           <li>display name and local features preserved in results
4302             retrieved from web service</li>
4303           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4304             sequence fetcher initialisation</li>
4305           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4306             dasobert DAS client</li>
4307           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4308             association</li>
4309           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4310             sequences
4311           </li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314     </tr>
4315     <tr>
4316       <td>
4317         <div align="center">
4318           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4319         </div>
4320       </td>
4321       <td>
4322         <ul>
4323           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4324           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4325           <li>Slide sequences</li>
4326           <li>Edit sequence in place</li>
4327           <li>EMBL CDS features</li>
4328           <li>DAS Feature mapping</li>
4329           <li>Feature ordering</li>
4330           <li>Alignment Properties</li>
4331           <li>Annotation Scores</li>
4332           <li>Sort by scores</li>
4333           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4334         </ul>
4335       </td>
4336       <td>
4337         <ul>
4338           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4339           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4340           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4341           <li>Feature group display state in XML</li>
4342           <li>Feature ordering in XML</li>
4343           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4344           <li>Stockholm alignment properties</li>
4345           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4346           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4347           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4348           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4349         </ul>
4350       </td>
4351
4352     </tr>
4353     <tr>
4354       <td>
4355         <div align="center">
4356           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4357         </div>
4358       </td>
4359       <td>
4360         <ul>
4361           <li>Non standard characters can be read and displayed
4362           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4363             applet via textbox
4364           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4365             name &amp; description
4366           <li>Preference setting to display sequence name in
4367             italics
4368           <li>Annotation file format extended to allow
4369             Sequence_groups to be defined
4370           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4371             specified in preferences
4372           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4373             sequences
4374         </ul>
4375       </td>
4376       <td>
4377         <ul>
4378           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4379             installed
4380           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4381           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4382         </ul>
4383       </td>
4384     </tr>
4385     <tr>
4386       <td>
4387         <div align="center">
4388           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4389         </div>
4390       </td>
4391       <td>
4392         <ul>
4393           <li>Multiple views on alignment
4394           <li>Sequence feature editing
4395           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4396           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4397           <li>Background dependent text colour
4398           <li>Right align sequence ids
4399           <li>User-defined lower case residue colours
4400           <li>Format Menu
4401           <li>Select Menu
4402           <li>Menu item accelerator keys
4403           <li>Control-V pastes to current alignment
4404           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4405           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4406           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4407
4408           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4409         </ul>
4410       </td>
4411       <td>
4412         <ul>
4413           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4414           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4415             calculations
4416           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4417             edits
4418           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4419             of alignment)
4420           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4421
4422           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4423             display correctly
4424           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4425           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4426             analysis results
4427           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4428             &#8739;
4429           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4430           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4431           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4432
4433         </ul>
4434       </td>
4435     </tr>
4436     <tr>
4437       <td>
4438         <div align="center">
4439           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4440         </div>
4441       </td>
4442       <td>
4443         <ul>
4444           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4445         </ul>
4446       </td>
4447       <td>
4448         <ul>
4449           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4450             sequence id panel has been resized</li>
4451           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4452             rendered</li>
4453           <li>Annotation files with sequence references - all
4454             elements in file are relative to sequence position</li>
4455           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4456         </ul>
4457       </td>
4458     </tr>
4459     <tr>
4460       <td>
4461         <div align="center">
4462           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4463         </div>
4464       </td>
4465       <td>
4466         <ul>
4467           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4468           <li>DAS Feature fetching</li>
4469           <li>Hide sequences and columns</li>
4470           <li>Export Annotations and Features</li>
4471           <li>GFF file reading / writing</li>
4472           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4473             files</li>
4474           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4475           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4476           <li>Applet can launch the full application</li>
4477           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4478             required)</li>
4479           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4480           <li>Applet can load sequences from parameter
4481             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4482           </li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485       <td>
4486         <ul>
4487           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4488           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4489           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4490         </ul>
4491       </td>
4492     </tr>
4493     <tr>
4494       <td>
4495         <div align="center">
4496           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4497         </div>
4498       </td>
4499       <td>
4500         <ul>
4501           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4502           <li>Choose to match case when searching</li>
4503           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4504             expand the visible width and height of the alignment</li>
4505         </ul>
4506       </td>
4507       <td>
4508         <ul>
4509           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4510         </ul>
4511       </td>
4512     </tr>
4513     <tr>
4514       <td>
4515         <div align="center">
4516           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4517         </div>
4518       </td>
4519       <td>&nbsp;</td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4523           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4524             value</li>
4525         </ul>
4526       </td>
4527     </tr>
4528     <tr>
4529       <td>
4530         <div align="center">
4531           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4532         </div>
4533       </td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4537           <li>Keyboard editing</li>
4538           <li>Create sequence features from searches</li>
4539           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4540             alignments</li>
4541           <li>Features file allows grouping of features</li>
4542           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4543           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4544           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4550           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4551             descriptions saved.</li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554     </tr>
4555     <tr>
4556       <td>
4557         <div align="center">
4558           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4559         </div>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4564           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4565           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4566             name for file output</li>
4567           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4568           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4569             used for HTML form input</li>
4570         </ul>
4571       </td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>HTML output writes groups and features</li>
4575           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4576           <li>File IO bugs</li>
4577         </ul>
4578       </td>
4579     </tr>
4580     <tr>
4581       <td>
4582         <div align="center">
4583           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4584         </div>
4585       </td>
4586       <td>
4587         <ul>
4588           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4589           <li>More options for PCA viewer</li>
4590         </ul>
4591       </td>
4592       <td>
4593         <ul>
4594           <li>GUI bugs resolved</li>
4595           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4596         </ul>
4597       </td>
4598     </tr>
4599     <tr>
4600       <td height="63">
4601         <div align="center">
4602           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4603         </div>
4604       </td>
4605       <td>
4606         <ul>
4607           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4608           <li>Jar files are executable</li>
4609           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4610         </ul>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4615           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4616           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4617         </ul>
4618       </td>
4619     </tr>
4620     <tr>
4621       <td>
4622         <div align="center">
4623           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4624         </div>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4629         </ul>
4630       </td>
4631       <td>
4632         <ul>
4633           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4634         </ul>
4635       </td>
4636     </tr>
4637     <tr>
4638       <td>
4639         <div align="center">
4640           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4641         </div>
4642       </td>
4643       <td>
4644         <ul>
4645           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4646             size</li>
4647         </ul>
4648       </td>
4649       <td>
4650         <ul>
4651           <li>Improved JPred client reliability</li>
4652           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655     </tr>
4656     <tr>
4657       <td>
4658         <div align="center">
4659           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4660         </div>
4661       </td>
4662       <td>
4663         <ul>
4664           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4665           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4666           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4667             to Colour Menu</li>
4668           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4669           <li>Unix users can set default web browser</li>
4670           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4671           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4672         </ul>
4673       </td>
4674       <td>
4675         <ul>
4676           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4677         </ul>
4678       </td>
4679     </tr>
4680     <tr>
4681       <td>
4682         <div align="center">
4683           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4684         </div>
4685       </td>
4686       <td>&nbsp;</td>
4687       <td>
4688         <ul>
4689           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4690             alignment order.</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695       <td>
4696         <div align="center">
4697           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4698         </div>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4703           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4704           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4705             annotations.</li>
4706           <li>Version and build date written to build properties
4707             file.</li>
4708           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4709             at launch of Jalview.</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712       <td>
4713         <ul>
4714           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4715           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4716           <li>Can remove groups one by one.</li>
4717           <li>Filechooser icons installed.</li>
4718           <li>Finder ignores return character when searching.
4719             Return key will initiate a search.<br>
4720           </li>
4721         </ul>
4722       </td>
4723     </tr>
4724     <tr>
4725       <td>
4726         <div align="center">
4727           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4728         </div>
4729       </td>
4730       <td>
4731         <ul>
4732           <li>New codebase</li>
4733         </ul>
4734       </td>
4735       <td>&nbsp;</td>
4736     </tr>
4737   </table>
4738   <p>&nbsp;</p>
4739 </body>
4740 </html>