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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  59         id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
  60         <em>26/02/2021</em></strong></td>
  61     <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
  62         Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
  63       <ul>
  64         <li>
  65           <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
  66           launch of the news browser (like -nonews argument)
  67         </li>
  68         <li>
  69           <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
  70           download of linkout URLs from
  71           www.jalview.org/services/identifiers
  72         </li>
  73         <li>
  74           <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
  75           download of BIOJSHTML templates
  76         </li>
  77         <li>
  78           <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to trigger
  79           a one off JABAWS discovery if autodiscovery was disabled
  80         </li>
  81       </ul></td>
  82     <td align="left" valign="top">
  83       <ul>
  84         <li><!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in Jmol</li>
  85       </ul>
  86     </td>
  87     </tr>
  88     <tr>
  89       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  90           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
  91           <em>29/10/2020</em></strong></td>
  92       <td align="left" valign="top">
  93         <ul>
  94
  95         </ul>
  96       </td>
  97       <td align="left" valign="top">
  98         <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 101             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 105             sequences can be classed as nucleotide
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 109             sequences after alignment of protein products (known defect
 110             first reported for 2.11.1.0)
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 114             features outwith CDS shown overlaid on protein
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 118             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 119             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 123             CDS features
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 127             always select corresponding protein sequences
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 131             column selection doesn't always ignore hidden columns
 132           </li>
 133         </ul> <em>Installer</em>
 134         <ul>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 137             Windows prevents install4j launching getdown
 138           </li>
 139         </ul> <em>Development</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 143             version numbers in doc/building.md
 144           </li>
 145         </ul>
 146       </td>
 147     </tr>
 148     <tr>
 149       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 150           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 151           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 152       <td align="left" valign="top">
 153         <ul>
 154         </ul>
 155       </td>
 156       <td align="left" valign="top">
 157         <ul>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 160             "Encountered problems opening
 161             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 162           </li>
 163         </ul>
 164       </td>
 165     </tr>
 166     <tr>
 167       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 168           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 169           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 170       <td align="left" valign="top">
 171         <ul>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 174             residue in cursor mode
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 178             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 182             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 183             improved compatibility with JalviewJS
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 187             alignments from Pfam and Rfam
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 191             import (no longer based on .gz extension)
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 198             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 199             EMBL flat file
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 203             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 204             saving or making backup files.
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 208             <ul>
 209               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 210               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 211             </ul>
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 215             when running on Linux (Requires Java 11+)
 216           </li>
 217         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 218         <ul>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 221             through a system property
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 225             line help for configuring Jalview's memory
 226           </li>
 227         </ul>
 228       </td>
 229       <td align="left" valign="top">
 230         <ul>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 233             but not calculated and no protein or DNA score models are
 234             available for tree/PCA calculation when launched with
 235             Turkish language locale
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 239             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 243             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 247             sequence under the cursor
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 251             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 255             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 256             '%s'" on the console
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 260             when there are both local and complementary features mapped
 261             to the position under the cursor
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 265             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 269             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 273             internationalised text for some messages and log output
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 277             hidden gapped columns
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 281             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 285             specifying output format when exporting an alignment via the
 286             command line
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 290             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 291             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 292             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 293             file again, and if that fails, delete the original file and
 294             save in place.)
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 298             via command line
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 302             program and documentation
 303           </li>
 304         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 308             first time for a version that has different jars to the
 309             previous launched version.
 310           </li>
 311         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 312         <ul>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 315             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 316             OutOfMemory error.
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 320             monitor the release channel
 321           </li>
 322         </ul> <em>New Known defects</em>
 323         <ul>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 326             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 327             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 328             genome of RNA viruses)
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 332             are ordered differently when shown on alignment and in
 333             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 337             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 338             works for the top left quadrant of the alignment window
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 342             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 346             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 350             protein products for certain ENA records are repeatedly
 351             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 352           </li>
 353         </ul>
 354       </td>
 355     </tr>
 356     <tr>
 357       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 358           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 359           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 360       <td align="left" valign="top">
 361         <ul>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 364             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 365             for display in alignments, on structure views (including
 366             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 367             export.
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 371             exported and re-imported as GFF3 files
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 375             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 379             validation while parsing
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 383             position if reopened
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 387             of associated view
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 391             enabled by default
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 395             tooltips and menus
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 399             with no feature types visible
 400           </li>
 401           <li>
 402           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 403           </li>
 404         </ul><em>Jalview Installer</em>
 405             <ul>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 408             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 415           </li>
 416               <li>
 417                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 418               <li>
 419                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 420         </ul> <em>Release processes</em>
 421         <ul>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 427           </li>
 428         </ul> <em>Build System</em>
 429         <ul>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 435             report
 436           </li>
 437         </ul>
 438         <em>Groovy Scripts</em>
 439             <ul>
 440           <li>
 441             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 442             to stdout containing the consensus sequence for each
 443             alignment in a Jalview session
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 447             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 448             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 449           </li>
 450         </ul>
 451       </td>
 452       <td align="left" valign="top">
 453         <ul>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 456             'Show hidden markers' option is not ticked
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 460             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 461             jalview preferences or properties file
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 465             'Show Sequence Features' option is not ticked
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 469             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 470             features are visible
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 474             equal when split frame is first opened
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 478             correct after editing a sequence's start position
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 482             with annotation and exceptions thrown when only a few
 483             columns shown in wrapped mode
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 487             wrapped alignment figure with annotations
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 491             ID fails with ClassCastException
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 495             Project
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 499             feature settings dialog also selects columns
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 503             IllegalArgumentException in some circumstances
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 507             opened for a view
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 511             alignment window is closed
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 515             help documentation for 2.11.0 release
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 519             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 520             Uniprot Accession
 521           </li>
 522         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 523         <ul>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 526             PDB/Uniprot search panel
 527           </li>
 528         </ul> <em>Installer</em>
 529         <ul>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 532             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 533           </li>
 534         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 535         <ul>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 538             repository
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 542             memory
 543           </li>
 544         </ul> <em>New Known Issues</em>
 545         <ul>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 548             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 549             command line
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 553             clipped in headless figure export when Right Align option
 554             enabled
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 558             'Source' in console output
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 562             bamboo server but run fine locally.
 563           </li>
 564         </ul>
 565       </td>
 566     </tr>
 567     <tr>
 568       <td width="60" align="center" nowrap>
 569           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 570             <em>04/07/2019</em></strong>
 571       </td>
 572       <td align="left" valign="top">
 573         <ul>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 576             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 577             source project) rather than InstallAnywhere
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 581             settings, receive over the air updates and launch specific
 582             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 583               Rings' GetDown</a>)
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 587             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 591             arguments and switch between different getdown channels
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 595             or alignment files
 596           </li>
 597
 598           <li>
 599             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 600             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 603             'Translate as cDNA'</li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 606           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 607             <ul>
 608                       <li>
 609             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 610             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 611           <li>
 612                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 613                 features can be filtered and shaded according to any
 614                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 615                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 616                 file)
 617               </li>
 618               <li>
 619                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 620                 stored and restored from Jalview Projects
 621               </li>
 622               <li>
 623                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 624                 recognise variant features
 625               </li>
 626               <li>
 627                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 628                 sequences (also coloured red by default)
 629               </li>
 630               <li>
 631                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 632                 details
 633               </li>
 634               <li>
 635                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 636                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 637               </li>
 638               <li>
 639                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 640                 dialog
 641               </li>
 642             </ul>
 643           </li>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 646             tree and PCA calculations
 647           </li>
 648           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 649             <ul>
 650               <li>
 651                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 652                 and Viewer state saved in Jalview Project
 653               </li>
 654               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 655                 drop-down menus</li>
 656               <li>
 657                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 658                 incrementally
 659               </li>
 660               <li>
 661                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 662               </li>
 663             </ul>
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 667           </li>
 668           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 669           <ul>
 670               <li>
 671                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 672                 multiple groups when working with large alignments
 673               </li>
 674               <li>
 675                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 676                 Stockholm files
 677               </li>
 678             </ul>
 679           <li><strong>User Interface</strong>
 680           <ul>
 681               <li>
 682                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 683                 view
 684               </li>
 685               <li>
 686                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 687                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 688                 default (can be changed in user preferences)
 689               </li>
 690               <li>
 691                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 692                 to the Overwrite Dialog
 693               </li>
 694               <li>
 695                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 696                 sequences are hidden
 697               </li>
 698               <li>
 699                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 700                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 701               </li>
 702               <li>
 703                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 704                 labels
 705               </li>
 706               <li>
 707                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 708                 when in wrapped mode
 709               </li>
 710               <li>
 711                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 712                 annotation
 713               </li>
 714               <li>
 715                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 716               </li>
 717               <li>
 718                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 719                 panel
 720               </li>
 721               <li>
 722                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 723                 popup menu
 724               </li>
 725               <li>
 726               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 727               <li>
 728               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 729
 730
 731             </ul></li>
 732             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 733           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 734             <ul>
 735               <li>
 736                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 737                 trapping CMD-Q
 738               </li>
 739             </ul></li>
 740         </ul>
 741         <em>Deprecations</em>
 742         <ul>
 743           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 744             capabilities removed from the Jalview Desktop
 745           </li>
 746           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 747             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 748             and XML based data retrieval clients</li>
 749           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 750           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 751         </ul> <em>Documentation</em>
 752         <ul>
 753           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 754             not supported in EPS figure export
 755           </li>
 756           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 757         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 758         <ul>
 759           <li>
 760           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 761           </li>
 762       <li>
 763       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 764           <li>
 765           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 766             gradle-eclipse
 767           </li>
 768           <li>
 769           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 770             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 771             execution
 772           </li>
 773           <li>
 774           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 775             operations
 776           </li>
 777           <li>
 778           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 779             issues resolved
 780           </li>
 781           <li>
 782           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 783             markdown (with HTML rendering)
 784           </li>
 785           <li>
 786           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 787           </li>
 788           <li>
 789           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 790             versions of Jalview
 791           </li>
 792         </ul>
 793       </td>
 794       <td align="left" valign="top">
 795         <ul>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 801             superposition in Jmol fail on Windows
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 805             structures for sequences with lots of PDB structures
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 809             monospaced font
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 813             project involving multiple views
 814           </li>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 817             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 818             Annotation dialog hides columns
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 822             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 823             one view, then making another selection in the other view
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 827             columns
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 831             Settings and Jalview Preferences panels
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 835             overview with large alignments
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 839             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 840             mouse moved to the left of the first column
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 844             hidden column marker via scale popup menu
 845           </li>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 848             doesn't tell users the invalid URL
 849           </li>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 852             score from view
 853           </li>
 854           <li>
 855             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 856             show cross references or Fetch Database References are shown in
 857             red in original view
 858           </li>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 861             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 862           </li>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 865             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 869             when columns are hidden
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 873             Columns by Annotation description
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 877             out of Scale or Annotation Panel
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 881             scale panel
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 885             alignment down
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 889             scale panel
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 893             Page Up in wrapped mode
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 897           </li>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 903             on opening an alignment
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 907             Colour menu
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 911             different groups in the alignment are selected
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 915             correctly in menu
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 919             threshold limit
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 923             threshold gets 'unrounded'
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 927             colour
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 937             Tree font
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 941             project file
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 945             shown in complementary view
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 949             without normalisation
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 953             of report
 954           </li>
 955           <li>
 956             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 957           </li>
 958           <li>
 959           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 960           </li>
 961         </ul> <em>Editing</em>
 962         <ul>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 965             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 966             sequence
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 970             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 971             removed (Known defect since 2.10)
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 975             dialog corrupts dataset sequence
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 979             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 980           </li>
 981         </ul> <em>Datamodel</em>
 982         <ul>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 985             sequence's End is greater than its length
 986           </li>
 987         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 988           general release)</em>
 989         <ul>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 992           </li>
 993         </ul> <em>New Known Defects</em>
 994         <ul>
 995         <li>
 996         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 997         </li>
 998         <li>
 999           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1000           regions of protein alignment.
1001         </li>
1002         <li>
1003           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1004           is restored from a Jalview 2.11 project
1005         </li>
1006         <li>
1007           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1008           'New View'
1009         </li>
1010         <li>
1011           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1012           columns within hidden columns
1013         </li>
1014         <li>
1015           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1016           window after dragging left to select columns to left of visible
1017           region
1018         </li>
1019         <li>
1020           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1021           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1022           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1023           create a Score filter instead.
1024         </li>
1025         <li>
1026         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1027         <li>
1028         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1029         </li>
1030         <li>
1031           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1032           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1033         </li>
1034         </ul>
1035         <em>Java 11 Specific defects</em>
1036           <ul>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1039               alphabetically when saved
1040             </li>
1041         </ul>
1042       </td>
1043     </tr>
1044     <tr>
1045     <td width="60" nowrap>
1046       <div align="center">
1047         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1048       </div>
1049     </td>
1050     <td><div align="left">
1051         <em></em>
1052         <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1055               InstallAnywhere increased to 1G.
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1059               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1060               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1061                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1062                 properties file.</em>
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1066               API and sequence data now imported as JSON.
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1070               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1071               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1072               property.
1073             </li>
1074           </ul>
1075           <em>Development</em>
1076           <ul>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1079               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1080                 Clover</a>
1081             </li>
1082           </ul>
1083         </div></td>
1084     <td><div align="left">
1085         <em></em>
1086         <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1089               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1090               alignment.
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1094               annotation displayed.
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1098               for newly created group when 'Apply to all groups'
1099               selected
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1103               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1104               visible.
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1108               when sequences are selected in exported view.</em>
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1112               aren't rendered with correct colour.
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1116               types of knotted RNA secondary structure.
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1120               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1121               do not start at 1.
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1125               annotation when columns are inserted into an alignment,
1126               and when exporting as Stockholm flatfile.
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1130               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1131               treated as RNA secondary structure.
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1135               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1139               transfers focus to previous window on OSX
1140             </li>
1141           </ul>
1142           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1143           <ul>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1146               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1147               box.
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1151               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1152               'look and feel' which has improved compatibility with the
1153               latest version of OSX.
1154             </li>
1155           </ul>
1156         </div>
1157     </td>
1158     </tr>
1159     <tr>
1160       <td width="60" nowrap>
1161         <div align="center">
1162           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1163             <em>7/06/2018</em></strong>
1164         </div>
1165       </td>
1166       <td><div align="left">
1167           <em></em>
1168           <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1171               annotation retrieved from Uniprot
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1175               onto the Jalview Desktop
1176             </li>
1177           </ul>
1178         </div></td>
1179       <td><div align="left">
1180           <em></em>
1181           <ul>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1184               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1188               right-hand column parsed correctly
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1192               not alignment area in exported graphic
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1196               window has input focus
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1200               annotation added to view (Windows)
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1204               network connectivity is poor
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1208               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1209                 the currently open URL and links from a page viewed in
1210                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1211                 you are using Edge, only links in the page can be
1212                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1213                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1214             </li>
1215           </ul>
1216           <em>New Known Defects</em>
1217           <ul>
1218             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1219           </ul>
1220         </div></td>
1221     </tr>
1222     <tr>
1223       <td width="60" nowrap>
1224         <div align="center">
1225           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1226         </div>
1227       </td>
1228       <td><div align="left">
1229           <em></em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1233               for disabling automatic superposition of multiple
1234               structures and open structures in existing views
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1238               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1239               adjust them.
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1243               Ensembl services
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1247               and lots of hidden columns
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1251               of features (particularly when transparency is disabled)
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1255               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1256               generally available
1257             </li>
1258           </ul>
1259           </div>
1260       </td>
1261       <td><div align="left">
1262           <ul>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1265               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1269               overlapping alignment panel
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1273               sequence as gaps
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1277               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1278               UTR
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1282               factor annotation not added to sequence when local PDB
1283               file associated with it by drag'n'drop or structure
1284               chooser
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1288               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1292               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1296               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1300               columns in annotation row
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1304               honored in batch mode
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1308               for structures added to existing Jmol view
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1312               entries after importing project with multiple views
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1316               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1317               with negative residue numbers or missing residues fails
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1321               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1322               as generated by CONSURF)
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1326               tooltip doesn't include a text description of mutation
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1330               structure and/or overview windows are also shown
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1334               very slow for alignments with large numbers of sequences
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1338               with 'StringIndexOutOfBounds'
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1342               platforms running Java 10
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1346               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1347             </li>
1348           </ul>
1349           <em>Applet</em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1353               should copy the group consensus when popup is opened on it
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>Batch Mode</em>
1357           <ul>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1360           </li>
1361           </ul>
1362           <em>New Known Defects</em>
1363           <ul>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1366               editing a large alignment and overview is displayed
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1370               repeatedly after a series of edits even when the overview
1371               is no longer reflecting updates
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1375               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1376               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1377               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1381               option gives blank output
1382             </li>
1383           </ul>
1384         </div>
1385           </td>
1386     </tr>
1387     <tr>
1388       <td width="60" nowrap>
1389         <div align="center">
1390           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1391         </div>
1392       </td>
1393       <td><div align="left">
1394           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1395               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1396       <td><div align="left">
1397           <em>Desktop</em><ul>
1398           <ul>
1399             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1400             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1401             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1402             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1403             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1404             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1405             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1406           </ul>
1407           </div>
1408       </td>
1409     </tr>
1410     <tr>
1411       <td width="60" nowrap>
1412         <div align="center">
1413           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1414         </div>
1415       </td>
1416       <td><div align="left">
1417           <em></em>
1418           <ul>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1421               rendering of sequence features
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1425               429 rate limit request hander
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1429               their colours have changed
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1433               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1437               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1441               view from Ensembl locus cross-references
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1445               Alignment report
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1449               feature can be disabled
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1453               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1457               Uniprot
1458             </li>
1459           </ul>
1460           <em>Scripting</em>
1461           <ul>
1462             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1463             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1464               percent identity scores for current alignment.</li>
1465           </ul>
1466           <em>Testing and Deployment</em>
1467           <ul>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1470             </li>
1471           </ul>
1472         </div></td>
1473       <td><div align="left">
1474           <em>General</em>
1475           <ul>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1478               threshold text field doesn't trigger an update to the
1479               alignment view
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1483               strings in parallel
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1487               alignment window is closed
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1491               group visibility
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1495               takes a long time in Cursor mode
1496             </li>
1497           </ul>
1498           <em>Desktop</em>
1499           <ul>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1502               cannot be viewed in Chimera
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1506               CDS/Protein view
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1510               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1511               Search Dialogs
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1521               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1525               scrolling right in unwapped alignment view
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1529               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1530               database
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1534               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1538               features of same type and group to be selected for
1539               amending
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1543               alignments when hidden columns are present
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1547               displaying several structures
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1551               moving a window
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1555               within the Jalview desktop on OSX
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1559               when in wrapped alignment mode
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1563               hand end of alignment
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1567               each selected sequence do not have correct start/end
1568               positions
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1572               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1576               restoring project until a new view is created
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1580               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1581               configured (since 2.10.2b2)
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1585               position is adjusted
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1589               in a multi-chain structure when viewing alignment
1590               involving more than one chain (since 2.10)
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1594               if new selection moves alignment window
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1598               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1602               that produces correctly annotated transcripts and products
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1606               doesn't update associated structure view
1607             </li>
1608           </ul>
1609           <em>Applet</em><br />
1610           <ul>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1613               closing alignment panel
1614             </li>
1615           </ul>
1616           <em>BioJSON</em><br />
1617           <ul>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1620               non-positional features
1621             </li>
1622           </ul>
1623           <em>New Known Issues</em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1627               sequence features correctly (for many previous versions of
1628               Jalview)
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1632               using cursor in wrapped panel other than top
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1636               graduated colour threshold
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1640               always preserve numbering and sequence features
1641             </li>
1642           </ul>
1643           <em>Known Java 9 Issues</em>
1644           <ul>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1647               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1648               9.01, OSX 10.10)
1649             </li>
1650           </ul>
1651         </div></td>
1652     </tr>
1653     <tr>
1654       <td width="60" nowrap>
1655         <div align="center">
1656           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1657             <em>2/10/2017</em></strong>
1658         </div>
1659       </td>
1660       <td><div align="left">
1661           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1662           <ul>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1665             </li>
1666             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1667             </li>
1668           </ul>
1669         </div></td>
1670       <td><div align="left">
1671         </div></td>
1672     </tr>
1673     <tr>
1674       <td width="60" nowrap>
1675         <div align="center">
1676           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1677             <em>7/9/2017</em></strong>
1678         </div>
1679       </td>
1680       <td><div align="left">
1681           <em></em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1685               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1686               white)
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1690               Preferences
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1694               in size and progress bar shown as higher resolution
1695               overview is recalculated
1696             </li>
1697
1698           </ul>
1699         </div></td>
1700       <td><div align="left">
1701           <em></em>
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1705               column region row by row
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1709               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1713               format setting is unticked
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1717               if group has show boxes format setting unticked
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1721               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1722               include sequences and columns not currently displayed
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1726               assemblies are imported via CIF file
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1730               displayed when threshold or conservation colouring is also
1731               enabled.
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1735               server version
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1739               dragging a selected region off the visible region of the
1740               alignment
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1744               colourscheme to all groups in a view
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1748               initially after font size change using the Font chooser or
1749               middle-mouse zoom
1750             </li>
1751           </ul>
1752         </div></td>
1753     </tr>
1754     <tr>
1755       <td width="60" nowrap>
1756         <div align="center">
1757           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1758         </div>
1759       </td>
1760       <td><div align="left">
1761           <em>Calculations</em>
1762           <ul>
1763
1764             <li>
1765               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1766               ungapped positions in each column of the alignment.
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1770               a calculation dialog box
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1774               and memory efficiency (~30x faster)
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1778               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1779               and other calculations
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1783               files within the Jalview codebase
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1787               Similarity may have different topology due to increased
1788               precision
1789             </li>
1790           </ul>
1791           <em>Rendering</em>
1792           <ul>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1795               model for alignments and groups
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1799               scripts
1800             </li>
1801           </ul>
1802           <em>Overview</em>
1803           <ul>
1804             <li>
1805               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1806               with alignment and overview windows
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1810               overview
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1814               omitted in Overview
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1818               adjustment of visible position
1819             </li>
1820           </ul>
1821
1822           <em>Data import/export</em>
1823           <ul>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1826               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1830               annotation input/output via stockholm flatfile
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1834               extension when importing structure files without embedded
1835               names or PDB accessions
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1839               format sequence substitution matrices
1840             </li>
1841           </ul>
1842           <em>User Interface</em>
1843           <ul>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1846               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1847               the application.
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1851               via Overview or sequence motif search operations
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1855               opened by double clicking gaps within sequence feature
1856               extent
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1860               aligned positions were available to create a 3D structure
1861               superposition.
1862             </li>
1863           </ul>
1864           <em>3D Structure</em>
1865           <ul>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1868               coloured in linked structure views
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1872               file-based command exchange
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1876               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1877               structures are already available for sequences
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1881               the Jalview project rather than downloaded again when the
1882               project is reopened.
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1886               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1887               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1888                 Feature</strong>)
1889             </li>
1890           </ul>
1891           <em>Web Services</em>
1892           <ul>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1898               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1899               Analysis services
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1903               cross-references provided by identifiers.org and the
1904               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1905             </li>
1906           </ul>
1907
1908           <em>Scripting</em>
1909           <ul>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1912               identifying file formats (instead of String constants)
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1916               efficiency when counting all displayed features (not
1917               backwards compatible with 2.10.1)
1918             </li>
1919           </ul>
1920           <em>Example files</em>
1921           <ul>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1924               included in the example feature file
1925             </li>
1926           </ul>
1927           <em>Documentation</em>
1928           <ul>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1931               with the built-in Java help viewer
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1935               sequence description' option
1936             </li>
1937           </ul>
1938           <em>Test Suite</em>
1939           <ul>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1942               Uniprot REST Free Text Search Client
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1949               during tests
1950             </li>
1951           </ul>
1952         </div></td>
1953       <td><div align="left">
1954           <em>Calculations</em>
1955           <ul>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1958               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1959               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1960             </li>
1961             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1962               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1963               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1964               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1965               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1966               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1967               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1968               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1969               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1970               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1971               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1972               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1973               // for 2.10.1 mode <br />
1974               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1975               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1976                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1977                 calculations (not recommended)</em></li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1980               scaling of branch lengths for trees computed using
1981               Sequence Feature Similarity.
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1985               generating output report when working with highly
1986               redundant alignments
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1990               right of selected region when gaps present on right-hand
1991               boundary
1992             </li>
1993           </ul>
1994           <em>User Interface</em>
1995           <ul>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1998               doesn't reselect a specific sequence's associated
1999               annotation after it was used for colouring a view
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2003               opened on a region of alignment without groups
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2007               of an alignment with overlapping groups
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2011               name and description match
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2015               hidden regions results in incorrect hidden regions
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2019               changing colour does not apply Conservation slider value
2020               to all groups
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2024               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2028               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2032               gaps before start of features
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2036               restored to UI when feature colour is edited
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2040               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2044               as graduate feature colour settings are modified via the
2045               dialog box
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2049               when a group defined on the alignment is resized
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2053               wrapped view result in positional status updates
2054             </li>
2055
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2058               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2062               alignment included gapped columns
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2066               widgets don't permanently disappear
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2070               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2071               T-Coffee column reliability scores)
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2075               sequence feature on gaps only
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2079               button from a Find inherit previously defined feature type
2080               rather than the Find query string
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2084               exporting tree calculated in Jalview
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2088               and then revealing them reorders sequences on the
2089               alignment
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2093               doesn't update to reflect available set of groups after
2094               interactively adding or modifying features
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2098               Linux
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2102               only excluded gaps in current sequence and ignored
2103               selection.
2104             </li>
2105           </ul>
2106           <em>Rendering</em>
2107           <ul>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2110               erratically when hidden rows or columns are present
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2114               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2115               sequence colouring
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2119               colour and group colour menu for protein alignments
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2123               reflect currently selected view or group's shading
2124               thresholds
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2128               when rendered on overview and structures when opacity at
2129               100%
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2133               overview when features overlaid on alignment
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2137               recovered correctly from Jalview project file
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2141               (automatically via preferences) are different to the main
2142               alignment panel
2143             </li>
2144           </ul>
2145           <em>Data import/export</em>
2146           <ul>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2149               load
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2153               added after a sequence was imported are not written to
2154               Stockholm File
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2158               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2162               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2166               with lightGray or darkGray via features file (but can
2167               specify lightgray)
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2171               when alignment view imported from project
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2175               structure and sequences extracted from structure files
2176               imported via URL and viewed in Jmol
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2180               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2181               the project is loaded and the structure viewed
2182             </li>
2183           </ul>
2184           <em>Web Services</em>
2185           <ul>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2188               release of Ensembl v.88
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2192               appear enabled in Preferences->Connections
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2196               removed from console output
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2200               Ensembl by Peptide ID
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2204               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2205               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2206               due to 'null' string rather than empty string used for
2207               residues with no corresponding PDB mapping).
2208             </li>
2209           </ul>
2210           <em>Application UI</em>
2211           <ul>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2214               menu
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2218               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2219               new documentation and tooltips added)
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2223               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2227               new features are added to alignment
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2231               changes to feature colours via the Amend features dialog
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2235               edit graduated feature colour via amend features dialog
2236               box
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2240               selection menu changes colours of alignment views
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2244               from alignment calculation workers after alignment has
2245               been closed
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2249               groups now 'Create Group'
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2253               Create/Undefine group doesn't always work
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2257               shown again after pressing 'Cancel'
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2261               adjusts start position in wrap mode
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2265               ambiguous amino acids
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2269               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2270               proteins
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2274               Defined' don't appear in Colours menu
2275             </li>
2276           </ul>
2277           <em>Applet</em>
2278           <ul>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2281               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2285               overview or linked structure view
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2289               work (since 2.8)
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2293               user-defined colourscheme doesn't restore original
2294               colourscheme
2295             </li>
2296           </ul>
2297           <em>Test Suite</em>
2298           <ul>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2301               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2305               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2306               problems with deep array comparison equality asserts in
2307               successive versions of TestNG
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2311               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2312             </li>
2313           </ul>
2314           <em>New Known Issues</em>
2315           <ul>
2316             <li>
2317               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2318               phase after a sequence motif find operation
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2322               containing just upper and lower case letters are
2323               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2327               reliably from eggnog Ortholog database
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2331               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2332               to mark columns containing highlighted regions.
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2336               doesn't always add secondary structure annotation.
2337             </li>
2338           </ul>
2339         </div>
2340     <tr>
2341       <td width="60" nowrap>
2342         <div align="center">
2343           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2344         </div>
2345       </td>
2346       <td><div align="left">
2347           <em>General</em>
2348           <ul>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2351               for all consensus calculations
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2355               3rd Oct 2016)
2356             </li>
2357             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2358               for 2016-2017</li>
2359           </ul>
2360           <em>Application</em>
2361           <ul>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2364               set of database cross-references, sorted alphabetically
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2368               from database cross references. Users with custom links
2369               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2370                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2374               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2375               Chimera session
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2379               the Chimera it is connected to is shut down
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2383               columns menu item to mark columns containing highlighted
2384               regions (e.g. from structure selections or results of a
2385               Find operation)
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2389               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2390               MSAviewer
2391             </li>
2392           </ul>
2393         </div></td>
2394       <td>
2395         <div align="left">
2396           <em>General</em>
2397           <ul>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2400               are not coloured or thresholded according to percent
2401               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2405               hydrophobic
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2409               threshold, amino acid properties)
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2413               reported as mapped to residues in a structure file in the
2414               View Mapping report
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2418               could be added multiple times to a sequence
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2422               bond features shown as two highlighted residues rather
2423               than a range in linked structure views, and treated
2424               correctly when selecting and computing trees from features
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2428               cross-references are matched to database name regardless
2429               of case
2430             </li>
2431
2432           </ul>
2433           <em>Application</em>
2434           <ul>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2437               names without regular expressions also offer links from
2438               Sequence ID
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2442               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2443               update Jalview configuration
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2447               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2451               files with similarly named sequences if dropped onto the
2452               alignment
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2456               entries where more chains exist in the PDB accession than
2457               are reported in the SIFTS file
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2461               the structure view when displayed with Chimera
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2465               panel's View->Show Chains submenu
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2469               work for wrapped alignment views
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2473               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2477               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2478               first annotation row
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2482               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2486               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2487             </li>
2488             <!-- JAL-2319 -->
2489             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2490             coordindate data
2491             </li>
2492           </ul>
2493           <!--           <em>New Known Issues</em>
2494           <ul>
2495             <li></li>
2496           </ul> -->
2497         </div>
2498       </td>
2499     </tr>
2500     <td width="60" nowrap>
2501       <div align="center">
2502         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2503           <em>25/10/2016</em></strong>
2504       </div>
2505     </td>
2506     <td><em>Application</em>
2507       <ul>
2508         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2509           view if structures already loaded</li>
2510         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2511           structure views</li>
2512       </ul></td>
2513     <td>
2514       <div align="left">
2515         <em>General</em>
2516         <ul>
2517           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2518             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2519           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2520             example sequences/projects/trees</li>
2521         </ul>
2522         <em>Application</em>
2523         <ul>
2524           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2525             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2526           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2527             without timeout for structures with multiple models or
2528             multiple sequences in alignment</li>
2529           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2530             PDB ID HEADER line</li>
2531           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2532             is performed</li>
2533           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2534             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2535           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2536           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2537             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2538             option</li>
2539           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2540             is created on the alignment</li>
2541           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2542             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2543             pop-up menu</li>
2544         </ul>
2545         <em>Build and deployment</em>
2546         <ul>
2547           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2548             tags</li>
2549         </ul>
2550         <em>New Known Issues</em>
2551         <ul>
2552           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2553             on Windows</li>
2554         </ul>
2555       </div>
2556     </td>
2557     </tr>
2558     <tr>
2559       <td width="60" nowrap>
2560         <div align="center">
2561           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2562         </div>
2563       </td>
2564       <td><em>General</em>
2565         <ul>
2566           <li>
2567             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2571             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2572             better PDB parsing.
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2576             reference sequence
2577           </li>
2578           <li>
2579             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2580             mousing over sequence associated annotation
2581           </li>
2582           <li>
2583             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2584             for manual entry
2585           </li>
2586           <li>
2587             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2588             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2589             for each column
2590           </li>
2591           <li>
2592             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2593             showing or hiding columns containing a feature
2594           </li>
2595           <li>
2596             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2597             group and sequence associated annotation labels
2598           </li>
2599           <li>
2600             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2601             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2602             dialogs
2603           </li>
2604
2605         </ul> <em>Application</em>
2606         <ul>
2607           <li>
2608             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2609             gene/transcript view
2610           </li>
2611           <li>
2612             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2613             dialog
2614           </li>
2615           <li>
2616             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2617             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2618           </li>
2619           <li>
2620             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2621             Pfam sources to xfam.org
2622           </li>
2623           <li>
2624             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2625           </li>
2626           <li>
2627             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2628             over sequences in Jalview
2629           </li>
2630           <li>
2631             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2632             regions in ENA and EMBL
2633           </li>
2634           <li>
2635             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2636             for record retrieval via ENA rest API
2637           </li>
2638           <li>
2639             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2640             complement operator
2641           </li>
2642           <li>
2643             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2644             groovy script execution
2645           </li>
2646           <li>
2647             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2648             alignment window's Calculate menu
2649           </li>
2650           <li>
2651             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2652             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2653           </li>
2654           <li>
2655             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2656             calculation workers from groovy scripts
2657           </li>
2658           <li>
2659             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2660             Jalview projects
2661           </li>
2662           <li>
2663             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2664             associations are now saved/restored from project
2665           </li>
2666           <li>
2667             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2668             before sequence fetcher is opened
2669           </li>
2670           <li>
2671             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2672             database chooser opens a sequence fetcher
2673           </li>
2674           <li>
2675             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2676             the UniProt REST API
2677           </li>
2678           <li>
2679             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2680             the news reader opening
2681           </li>
2682           <li>
2683             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2684             querying stored in preferences
2685           </li>
2686           <li>
2687             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2688             search results
2689           </li>
2690           <li>
2691             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2692           </li>
2693           <li>
2694             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2695             menu for nucleotide sequences
2696           </li>
2697           <li>
2698             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2699             and feature counts preserves alignment ordering (and
2700             debugged for complex feature sets).
2701           </li>
2702           <li>
2703             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2704             viewing structures with Jalview 2.10
2705           </li>
2706           <li>
2707             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2708             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2709             Ensembl Genomes REST API
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2713             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2714             (Ensembl)
2715           </li>
2716           <li>
2717             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2718             sequences
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2722             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2723             data from external database records.
2724           </li>
2725           <li>
2726             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2727             efficient recovery of sequence coding and alignment
2728             annotation relationships.
2729           </li>
2730         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2731         <ul>
2732           <li>
2733             -- JAL---
2734           </li>
2735         </ul> --></td>
2736       <td>
2737         <div align="left">
2738           <em>General</em>
2739           <ul>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2742               menu on OSX
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2746               includes graduated colourschemes
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2750               working with big alignments and lots of hidden columns
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2754               at right of alignment window
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2758               contents
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2762               for DNA alignments
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2766               based tree calculation
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2770               unconserved enabled for group on alignment
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2774               set as reference
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2778               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2779               annotation
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2783               hidden columns present
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2787               user created annotation added to alignment
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2791               '()' base pair annotation
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2795               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2796               Consensus
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2800               feature not working
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2804               beginning of sequence
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2808               entry 3a6s
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2812               from a tree when t-coffee scores are shown
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2816               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2820               some structures
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2824               to Clustal, PIR and PileUp output
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2828               not visible causes alignment window to repaint
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2832               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2833               scores associated with features and annotation rows
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2837               calculation should be case independent
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2841               columns
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2845               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2846               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2850               problems when reference sequence defined and 'show
2851               non-conserved' enabled
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2855               load even when Consensus calculation is disabled
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2859               alignment does nothing
2860             </li>
2861           </ul>
2862           <em>Application</em>
2863           <ul>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2866               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2867               yet fixed for El Capitan)
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2871               output when running on non-gb/us i18n platforms
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2875               hidden sequences as flat-file alignment
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2879               launching Chimera
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2883               (also hotfix for 2.9.0b2)
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2887               reference sequence defined
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2891               alignments and views when revealing hidden columns
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2895               view in a cDNA/Protein splitframe
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2899               sequence from project when only one sequence is
2900               represented
2901             </li>
2902             <li>
2903               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2904               in Structure Chooser
2905             </li>
2906             <li>
2907               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2908               structure consensus didn't refresh annotation panel
2909             </li>
2910             <li>
2911               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2912               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2913             </li>
2914             <li>
2915               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2916               dialogs format columns correctly, don't display array
2917               data, sort columns according to type
2918             </li>
2919             <li>
2920               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2921               file chooser is cancelled during an image export
2922             </li>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2925               sequence name containing special characters
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2929               case insensitive
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2933               formatting don't wrap
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2937               truncated so L looks like I in consensus annotation
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2941               currently displayed features for the current selection or
2942               view
2943             </li>
2944             <li>
2945               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2946               after fetching cross-references, and restoring from
2947               project
2948             </li>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2951               followed in the structure viewer
2952             </li>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2955               splitframe not restored from project
2956             </li>
2957             <li>
2958               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2959               trailing end of protein alignment in transcript/product
2960               splitview when pad-gaps not enabled by default
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2964               is case dependent
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2968               article has been read (reopened issue due to
2969               internationalisation problems)
2970             </li>
2971             <li>
2972               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2973               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2974               cross-references
2975             </li>
2976
2977             <li>
2978               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2979               alignment as HTML
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2983               multiple structures are shown for one or more sequences.
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2987               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2988               is enabled.
2989             </li>
2990             <li>
2991               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2992               specific PDB id for sequence
2993             </li>
2994             <li>
2995               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2996               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2997               columns' is disabled.
2998             </li>
2999             <li>
3000               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3001               selects lowest rather than highest resolution structures
3002               for each sequence
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3006               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3007             </li>
3008             <li>
3009               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3010               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3011             </li>
3012             <li>
3013               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3014               after clicking on it to create new annotation for a
3015               column.
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3019               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3020             </li>
3021             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3022             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3023           </ul>
3024           <em>Applet</em>
3025           <ul>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3028               hidden columns present before start of sequence
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3032               (JSON jars)
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3036               sequences are hidden in applet
3037             </li>
3038             <li>
3039               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3040               deployment on examples pages.
3041             </li>
3042           </ul>
3043         </div>
3044       </td>
3045     </tr>
3046     <tr>
3047       <td width="60" nowrap>
3048         <div align="center">
3049           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3050             <em>16/10/2015</em></strong>
3051         </div>
3052       </td>
3053       <td><em>General</em>
3054         <ul>
3055           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3056             jars</li>
3057         </ul></td>
3058       <td>
3059         <div align="left">
3060           <em>Application</em>
3061           <ul>
3062             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3063               shown when tree is partitioned</li>
3064             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3065               multiple cDNA/Protein split views</li>
3066           </ul>
3067         </div>
3068       </td>
3069     </tr>
3070     <tr>
3071       <td width="60" nowrap>
3072         <div align="center">
3073           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3074             <em>8/10/2015</em></strong>
3075         </div>
3076       </td>
3077       <td><em>General</em>
3078         <ul>
3079           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3080             2.9</li>
3081         </ul> <em>Application</em>
3082         <ul>
3083           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3084           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3085           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3086         </ul> <em>Applet</em>
3087         <ul>
3088           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3089         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3090         <ul>
3091           <li>
3092             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3093             suite
3094           </li>
3095         </ul></td>
3096       <td>
3097         <div align="left">
3098           <em>General</em>
3099           <ul>
3100             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3101               incorrect when sequence start > 1</li>
3102             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3103               documentation</li>
3104             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3105             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3106               loading a features file containing HTML tags in feature
3107               description</li>
3108
3109           </ul>
3110           <em>Application</em>
3111           <ul>
3112             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3113               reimport</li>
3114             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3115               with 'trim retrieved sequences'</li>
3116             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3117               deleting selected columns</li>
3118             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3119               JNLP templates for webstart launch</li>
3120             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3121               unreleased structures for download or viewing</li>
3122             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3123               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3124             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3125               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3126             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3127               recovered from jalview project</li>
3128             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3129               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3130               alignment view</li>
3131             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3132               color schemes from BioJSON</li>
3133           </ul>
3134           <em>Applet</em>
3135           <ul>
3136             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3137               frame</li>
3138             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3139           </ul>
3140         </div>
3141       </td>
3142     </tr>
3143     <tr>
3144       <td><div align="center">
3145           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3146         </div></td>
3147       <td><em>General</em>
3148         <ul>
3149           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3150             alignments:
3151             <ul>
3152               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3153                 and DNA alignment views</li>
3154               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3155                 cDNA alignment views</li>
3156               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3157                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3158               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3159                 protein sequences</li>
3160             </ul>
3161           </li>
3162           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3163           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3164             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3165           <li>New alignment annotation file statements for
3166             reference sequences and marking hidden columns</li>
3167           <li>Reference sequence based alignment shading to
3168             highlight variation</li>
3169           <li>Select or hide columns according to alignment
3170             annotation</li>
3171           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3172           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3173             acid conservation row</li>
3174           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3175         </ul> <em>Application</em>
3176         <ul>
3177           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3178             <ul>
3179               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3180                 view with cDNA/Protein</li>
3181               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3182                 sequences are placed in the same alignment</li>
3183               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3184                 projects</li>
3185             </ul>
3186           </li>
3187
3188           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3189           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3190             Jalview windows</li>
3191
3192           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3193           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3194           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3195             be shown in VARNA</li>
3196
3197           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3198             as the active selected region</li>
3199
3200           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3201             similarity</li>
3202           <li>New Export options
3203             <ul>
3204               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3205                 region export in flat file generation</li>
3206
3207               <li>Export alignment views for display with the <a
3208                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3209
3210               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3211               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3212                 alignment figures to HTML</li>
3213           </li>
3214           <li>3D structure retrieval and display
3215             <ul>
3216               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3217                 Search API</li>
3218               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3219                 PDB structures for a sequence set</li>
3220             </ul>
3221           </li>
3222
3223           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3224             predictions</li>
3225           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3226             for one or a group of sequences</li>
3227           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3228             from the JPred4 web server</li>
3229           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3230             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3231             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3232           </li>
3233           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3234             VARNA 2D Structure'</li>
3235           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3236             Structure ..."</li>
3237
3238         </ul> <em>Applet</em>
3239         <ul>
3240           <li>New layout for applet example pages</li>
3241           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3242             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3243           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3244             Protein alignments</li>
3245         </ul> <em>Development and deployment</em>
3246         <ul>
3247           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3248           <li>Include installation type and git revision in build
3249             properties and console log output</li>
3250           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3251             storing BioJsMSA Templates</li>
3252           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3253         </ul></td>
3254       <td>
3255         <!-- <em>General</em>
3256         <ul>
3257         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3258         <ul>
3259           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3260           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3261           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3262             predictions are not highlighted in amber</li>
3263           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3264             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3265           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3266             associated structure views</li>
3267           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3268             width checkbox not enabled</li>
3269           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3270             creating user defined colours</li>
3271           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3272             mappings for just that viewer's sequences</li>
3273           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3274             multiple models in Chimera</li>
3275           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3276             over Jmol structure</li>
3277           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3278             output to text box</li>
3279           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3280             have incorrect sequence start/end</li>
3281           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3282             Jalview fails</li>
3283           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3284             work for nucleotide</li>
3285           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3286             to a grey/invisible alignment window</li>
3287           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3288             imports to different position</li>
3289           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3290             on some platforms</li>
3291           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3292             populated</li>
3293           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3294             console if Chimera has been opened</li>
3295           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3296           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3297             retrieved</li>
3298           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3299           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3300             either sequence shows on first structure</li>
3301           <li>'Show annotations' options should not make
3302             non-positional annotations visible</li>
3303           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3304             in right place after 'view flanking regions'</li>
3305           <li>File Save As type unset when current file format is
3306             unknown</li>
3307           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3308             projects</li>
3309           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3310             responsive</li>
3311           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3312             several views on same alignment</li>
3313           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3314           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3315             spaces</li>
3316         </ul> <em>Applet</em>
3317         <ul>
3318           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3319           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3320             descriptions containing angle brackets</li>
3321         </ul> <em>General</em>
3322         <ul>
3323           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3324             via jalview annotation file</li>
3325           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3326             with RNA secondary structure</li>
3327           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3328             translation doesn't work.</li>
3329           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3330           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3331             positions</li>
3332           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3333             choosing 1pt font</li>
3334           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3335             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3336             'h'</li>
3337           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3338             new feature</li>
3339           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3340             order dependent</li>
3341           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3342             sequences</li>
3343           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3344         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3345         <ul>
3346           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3347             www.jalview.org</li>
3348         </ul> <em>Application Known issues</em>
3349         <ul>
3350           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3351           <li>Misleading message appears after trying to delete
3352             solid column.</li>
3353           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3354             version launches</li>
3355           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3356             fails with a sequence mismatch</li>
3357           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3358             scrolling alignment to right</li>
3359           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3360             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3361           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3362             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3363           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3364             ultra-high resolution</li>
3365           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3366             quality and conservation</li>
3367           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3368             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3369         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3370         <ul>
3371           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3372           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3373             window is being resized</li>
3374
3375         </ul>
3376       </td>
3377     </tr>
3378     <tr>
3379       <td><div align="center">
3380           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3381         </div></td>
3382       <td><em>General</em>
3383         <ul>
3384           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3385             Certum.PL.</li>
3386           <li>Features and annotation preserved when performing
3387             pairwise alignment</li>
3388           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3389             imported/exported/displayed</li>
3390           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3391             protein secondary structure</li>
3392           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3393               post-hoc with 2.9 release</em>)
3394           </li>
3395
3396         </ul> <em>Application</em>
3397         <ul>
3398           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3399             with 3D structures</li>
3400           <li>Support for parsing RNAML</li>
3401           <li>Annotations menu for layout
3402             <ul>
3403               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3404               <li>place sequence annotation above/below alignment
3405                 annotation</li>
3406             </ul>
3407           <li>Output in Stockholm format</li>
3408           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3409             translation</li>
3410           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3411           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3412             shared between alignments</li>
3413           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3414             Jalview</li>
3415           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3416             all or current selection</li>
3417           <li>disorder and secondary structure predictions
3418             available as dataset annotation</li>
3419           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3420
3421
3422           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3423             alignments from Rfam</li>
3424           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3425
3426           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3427             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3428           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3429           <li>include installation type in build properties and
3430             console log output</li>
3431           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3432             annotation</li>
3433         </ul></td>
3434       <td>
3435         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3436         <ul>
3437           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3438             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3439           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3440             alignment</li>
3441           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3442           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3443           <li>Double click on sequence associated annotation
3444             selects only first column</li>
3445           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3446             leaves shown in tree</li>
3447           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3448             properly</li>
3449           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3450           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3451             screen and buttons not visible</li>
3452           <li>author list isn't updated if already written to
3453             Jalview properties</li>
3454           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3455             from database</li>
3456           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3457           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3458             browser search window</li>
3459           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3460             in feature settings dialog</li>
3461           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3462             desktop</li>
3463           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3464             pass validation</li>
3465           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3466             fit on screen</li>
3467           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3468             tooltip</li>
3469           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3470             defined user preset</li>
3471           <li>MSA web services warns user if they were launched
3472             with invalid input</li>
3473           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3474             Java 8</li>
3475           <li>
3476             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3477             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3478             created
3479           </li>
3480
3481         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3482         <ul>
3483         </ul> <em>General</em>
3484         <ul>
3485         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3486         <ul>
3487           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3488             memory allocation</li>
3489           <li>launchApp service doesn't automatically open
3490             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3491           <li>
3492             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3493             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3494             1.7_055 is available
3495           </li>
3496         </ul> <em>Application Known issues</em>
3497         <ul>
3498           <li>
3499             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3500             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3501             alignment to right
3502           </li>
3503           <li>
3504             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3505             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3506             with large number of ID
3507           </li>
3508           <li>
3509             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3510             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3511             start/end
3512           </li>
3513           <li>
3514             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3515             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3516             structure tracks are rearranged
3517           </li>
3518           <li>
3519             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3520             invalid rna structure positional highlighting does not
3521             highlight position of invalid base pairs
3522           </li>
3523           <li>
3524             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3525             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3526             project from alignment window file menu
3527           </li>
3528           <li>
3529             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3530             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3531             structures
3532           </li>
3533           <li>
3534             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3535             colour by RNA Helices not enabled when user created
3536             annotation added to alignment
3537           </li>
3538           <li>
3539             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3540             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3541           </li>
3542         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3543         <ul>
3544           <li>
3545             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3546             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3547           </li>
3548           <li>
3549             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3550             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3551           </li>
3552
3553           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3554             when selected</li>
3555         </ul>
3556       </td>
3557     </tr>
3558     <tr>
3559       <td><div align="center">
3560           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3561         </div></td>
3562       <td>
3563         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3564         <em>General</em>
3565         <ul>
3566           <li>Internationalisation of user interface (usually
3567             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3568           <li>Define/Undefine group on current selection with
3569             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3570           <li>Improved group creation/removal options in
3571             alignment/sequence Popup menu</li>
3572           <li>Sensible precision for symbol distribution
3573             percentages shown in logo tooltip.</li>
3574           <li>Annotation panel height set according to amount of
3575             annotation when alignment first opened</li>
3576         </ul> <em>Application</em>
3577         <ul>
3578           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3579             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3580           <li>Select columns containing particular features from
3581             Feature Settings dialog</li>
3582           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3583             sequences</li>
3584           <li>Update Jalview project format:
3585             <ul>
3586               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3587               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3588                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3589               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3590                 colouring</li>
3591             </ul>
3592           </li>
3593           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3594             (PAM250)</li>
3595           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3596             flanking regions for an alignment</li>
3597         </ul>
3598       </td>
3599       <td>
3600         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3601         <ul>
3602           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3603             running after job is cancelled</li>
3604           <li>cannot export features from alignments imported from
3605             Jalview/VAMSAS projects</li>
3606           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3607             float values</li>
3608           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3609             have 'display all symbols' flag set</li>
3610           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3611             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3612           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3613             Jalview</li>
3614           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3615             Lion/Webstart</li>
3616           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3617           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3618           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3619             alignment onto desktop</li>
3620           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3621             'extract scores' function</li>
3622           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3623             alignment window</li>
3624           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3625             performing IUPred disorder prediction</li>
3626           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3627             changing 'normalise logo' display setting</li>
3628           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3629             nothing matches query</li>
3630           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3631             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3632           </li>
3633           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3634             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3635           </li>
3636           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3637             Jalview's menu</li>
3638           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3639             'invalid literal/length code'</li>
3640           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3641             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3642           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3643             colourscheme</li>
3644
3645         </ul> <em>Applet</em>
3646         <ul>
3647           <li>Remove group option is shown even when selection is
3648             not a group</li>
3649           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3650             don't affect groups</li>
3651           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3652             colourscheme name</li>
3653           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3654             Annotation panel is not displayed</li>
3655           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3656             embedded windows</li>
3657         </ul> <em>Other</em>
3658         <ul>
3659           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3660             single sequence were not calculated</li>
3661           <li>annotation files that contain only groups imported as
3662             annotation and junk sequences</li>
3663           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3664             recognised as PFAM or BLC</li>
3665           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3666             doesn't affect background (2.8.0b1)
3667           <li></li>
3668           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3669           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3670             trailing gaps</li>
3671           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3672             registered correctly on import</li>
3673           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3674             certain alignments</li>
3675           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3676             existing annotation based 'use original colours'
3677             colourscheme loses original colours setting</li>
3678         </ul>
3679       </td>
3680     </tr>
3681     <tr>
3682       <td><div align="center">
3683           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3684             <em>30/1/2014</em></strong>
3685         </div></td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3689             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3690             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3691             open source project).
3692           </li>
3693           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3694           <li>Output in Stockholm format</li>
3695           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3696           <li>Export/import group and sequence associated line
3697             graph thresholds</li>
3698           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3699             ambiguity codes</li>
3700           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3701             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3702             works</li>
3703           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3704         </ul> <em>Other improvements</em>
3705         <ul>
3706           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3707           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3708             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3709           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3710             files</li>
3711           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3712           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3713             link but no description</li>
3714           <li>Select primary source when selecting authority in
3715             database fetcher GUI</li>
3716           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3717             Jalview</li>
3718           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3719         </ul>
3720       </td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3724             displayed</li>
3725           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3726             secondary structure annotation line</li>
3727           <li>Sequence database accessions not imported when
3728             fetching alignments from Rfam</li>
3729           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3730             identical IDs</li>
3731           <li>View all structures does not always superpose
3732             structures</li>
3733           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3734             reflect user or preset settings</li>
3735           <li>Null pointer exceptions for some services without
3736             presets or adjustable parameters</li>
3737           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3738             discover PDB xRefs</li>
3739           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3740             features with DAS</li>
3741           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3742             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3743           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3744             residue follows a gap</li>
3745           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3746             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3747           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3748             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3749           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3750             annotation already exists on alignment</li>
3751           <li>oninit javascript function should be called after
3752             initialisation completes</li>
3753           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3754             alignment window display</li>
3755           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3756           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3757             to annotation file</li>
3758           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3759             groups created</li>
3760           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3761             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3762           <li>Pressing return several times causes Number Format
3763             exceptions in keyboard mode</li>
3764           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3765             correct partitions for input data</li>
3766           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3767           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3768           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3769           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3770             mode</li>
3771           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3772             changes one row&#39;s threshold</li>
3773           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3774             doesn&#39;t open</li>
3775           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3776             quality histograms</li>
3777         </ul>
3778       </td>
3779     </tr>
3780     <tr>
3781       <td><div align="center">
3782           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3783         </div></td>
3784       <td><em>Application</em>
3785         <ul>
3786           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3787             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3788           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3789             preferences</li>
3790           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3791             in Jalview alignment window</li>
3792           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3793             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3794           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3795             RNA and ambiguity codes</li>
3796
3797           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3798           <li>Support fetching and database reference look up
3799             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3800             refs')</li>
3801           <li>Jalview project improvements
3802             <ul>
3803               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3804                 flag for annotation</li>
3805               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3806                 alignment</li>
3807               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3808                 Jalview project</li>
3809
3810             </ul>
3811           </li>
3812           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3813           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3814             running</li>
3815           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3816           <li>visual indication that web service results are still
3817             being retrieved from server</li>
3818           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3819             starts up for first time</li>
3820           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3821             services</li>
3822           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3823             client library</li>
3824           <li>Examples directory and Groovy library included in
3825             InstallAnywhere distribution</li>
3826         </ul> <em>Applet</em>
3827         <ul>
3828           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3829             visualization applet example</li>
3830         </ul> <em>General</em>
3831         <ul>
3832           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3833           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3834             defaults</li>
3835           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3836             calculation</li>
3837           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3838             matrices
3839           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3840             in HTML</li>
3841           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3842             structure contacts</li>
3843           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3844           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3845           <li>Parse sequence associated secondary structure
3846             information in Stockholm files</li>
3847           <li>HTML Export database accessions and annotation
3848             information presented in tooltip for sequences</li>
3849           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3850             style RNA alignment files</li>
3851           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3852             alignment</li>
3853           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3854             shade each sequence according to its associated alignment
3855             annotation</li>
3856           <li>New Jalview Logo</li>
3857         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3858         <ul>
3859           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3860           <li>New Website!</li>
3861         </ul></td>
3862       <td><em>Application</em>
3863         <ul>
3864           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3865             wsdbfetch REST service</li>
3866           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3867           <li>Filetype associations not installed for webstart
3868             launch</li>
3869           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3870             job execution in full once it is complete</li>
3871           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3872             uploaded via ali_file parameter</li>
3873           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3874           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3875           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3876             submitted for prediction</li>
3877           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3878             desktop window</li>
3879           <li>Putting fractional value into integer text box in
3880             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3881           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3882             windows 7</li>
3883           <li>View all structures fails with exception shown in
3884             structure view</li>
3885           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3886             escaped in a platform independent way</li>
3887           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3888             using proxy</li>
3889           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3890             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3891           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3892             failure when java web start temporary file caching is
3893             disabled</li>
3894           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3895             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3896           <li>Errors during processing of command line arguments
3897             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3898           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3899             DAS sources in sequence fetcher</li>
3900           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3901             dialog is shown</li>
3902           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3903           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3904           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3905           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3906             on OSX Mountain Lion</li>
3907           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3908             sequences with alignment annotation are pasted into the
3909             alignment</li>
3910           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3911             when loaded from Jalview project</li>
3912           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3913           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3914             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3915           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3916             associated with all views</li>
3917           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3918             annotation rows to new window</li>
3919         </ul> <em>Applet</em>
3920         <ul>
3921           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3922             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3923           <li>loading features via javascript API automatically
3924             enables feature display</li>
3925           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3926             work</li>
3927         </ul> <em>General</em>
3928         <ul>
3929           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3930           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3931             and then deselected</li>
3932           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3933           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3934             coloured with clustalx</li>
3935           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3936             exceptions and redraw errors</li>
3937           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3938             reconfigured view</li>
3939           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3940             colour</li>
3941           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3942             for lots of labels</li>
3943         </ul>
3944     </tr>
3945     <tr>
3946       <td>
3947         <div align="center">
3948           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td><em>Application</em>
3952         <ul>
3953           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3954           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3955           <li>View/alignment association menu to enable user to
3956             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3957             its colours/correspondences from</li>
3958           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3959           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3960             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3961           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3962           <li>Annotation row column label formatting attributes
3963             stored in project file</li>
3964           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3965             rows preserved in Jalview project file</li>
3966           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3967             saved using Desktop window menu</li>
3968           <li>Visual indication that command line arguments are
3969             still being processed</li>
3970           <li>Groovy script execution from URL</li>
3971           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3972             preferences</li>
3973           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3974             alignment with sequences that have high similarity and
3975             matching IDs</li>
3976           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3977           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3978             structures in same window</li>
3979           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3980           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3981             analysis function in its own submenu</li>
3982         </ul> <em>Applet</em>
3983         <ul>
3984           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3985             groups</li>
3986           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3987           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3988           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3989           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3990           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3991             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3992           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3993           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3994             parameters are treated as such</li>
3995           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3996             <ul>
3997               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3998               <li>Javascript callbacks for
3999                 <ul>
4000                   <li>Applet initialisation</li>
4001                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4002                 </ul>
4003               </li>
4004               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4005                 functions</li>
4006               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4007               <li>javascript structure viewer harness to pass
4008                 messages between Jmol and Jalview when running as
4009                 distinct applets</li>
4010               <li>sortBy method</li>
4011               <li>Set of applet and application examples shipped
4012                 with documentation</li>
4013               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4014                 javascript message exchange</li>
4015             </ul>
4016         </ul> <em>General</em>
4017         <ul>
4018           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4019             multiple alignments</li>
4020           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4021           <li>User configurable link to enable redirects to a
4022             www.Jalview.org mirror</li>
4023           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4024           <li>Configurable newline string when writing alignment
4025             and other flat files</li>
4026           <li>Allow alignment annotation description lines to
4027             contain html tags</li>
4028         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4029         <ul>
4030           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4031             examples</li>
4032           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4033             using a web service before displaying the result in the
4034             Jalview desktop</li>
4035           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4036           <li>Ant target to publish example html files with applet
4037             archive</li>
4038           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4039           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4040         </ul></td>
4041       <td><em>Application</em>
4042         <ul>
4043           <li>User defined colourscheme throws exception when
4044             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4045           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4046             dialog for valid filename/format</li>
4047           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4048           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4049             P37173</li>
4050           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4051             which sequence is to be associated with the file</li>
4052           <li>Find All raises null pointer exception when query
4053             only matches sequence IDs</li>
4054           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4055           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4056             2.4 cannot be loaded</li>
4057           <li>Filetype associations not installed for webstart
4058             launch</li>
4059           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4060             with sequences in different alignments do not get coloured
4061             by their associated sequence</li>
4062           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4063             not preserved when project is loaded</li>
4064           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4065             stored in Jalview project</li>
4066           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4067             Jalview project</li>
4068           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4069           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4070             by conservation</li>
4071           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4072             created on new view</li>
4073           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4074             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4075           <li>Alignment quality not updated after alignment
4076             annotation row is hidden then shown</li>
4077           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4078             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4079           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4080             properly</li>
4081           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4082             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4083           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4084           <li>Structures imported from file and saved in project
4085             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4086           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4087             job execution in full once it is complete</li>
4088         </ul> <em>Applet</em>
4089         <ul>
4090           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4091             annotation rows are displayed</li>
4092           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4093             codebase</li>
4094           <li>View follows highlighting does not work for positions
4095             in sequences</li>
4096           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4097           <li>Export features raises exception when no features
4098             exist</li>
4099           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4100             for javascript api is modified when separator string
4101             provided as parameter</li>
4102           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4103             alignment with no existing selection</li>
4104           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4105             to applet&#39;s codebase</li>
4106           <li>Status bar not updated after finished searching and
4107             search wraps around to first result</li>
4108           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4109             several Jalview applets causes race conditions and memory
4110             leaks</li>
4111           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4112             not sent from Jmol in applet</li>
4113           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4114             applet API fatally hang browser</li>
4115         </ul> <em>General</em>
4116         <ul>
4117           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4118             position with wrapped view and hidden regions</li>
4119           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4120             with/without hidden columns</li>
4121           <li>Sequence length given in alignment properties window
4122             is off by 1</li>
4123           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4124             import PDB like structure files</li>
4125           <li>Positional search results are only highlighted
4126             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4127           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4128           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4129             given sequence position</li>
4130           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4131             output</li>
4132           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4133             from nucleotide chains correctly</li>
4134           <li>Structure colours not updated when tree partition
4135             changed in alignment</li>
4136           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4137             parsed in interleaved stockholm</li>
4138           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4139             state</li>
4140           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4141             properly</li>
4142           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4143             properly associated with their pdb files</li>
4144         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4145         <ul>
4146           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4147             ApplyCopyright tool</li>
4148         </ul></td>
4149     </tr>
4150     <tr>
4151       <td>
4152         <div align="center">
4153           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4154         </div>
4155       </td>
4156       <td><em>Application</em>
4157         <ul>
4158           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4159             contact web services</li>
4160           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4161             service job window</li>
4162           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4163         </ul></td>
4164       <td>
4165         <ul>
4166           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4167             pir file emitted by Jalview</li>
4168           <li>Existing feature settings transferred to new
4169             alignment view created from cut'n'paste</li>
4170           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4171             parsing PDB files</li>
4172           <li>Consensus and conservation annotation rows
4173             occasionally become blank for all new windows</li>
4174           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4175             in wrapped view mode</li>
4176         </ul> <em>Application</em>
4177         <ul>
4178           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4179             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4180           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4181             parameter names</li>
4182           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4183             is down</li>
4184         </ul>
4185       </td>
4186     </tr>
4187     <tr>
4188       <td>
4189         <div align="center">
4190           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4191         </div>
4192       </td>
4193       <td><em>Application</em>
4194         <ul>
4195           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4196             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4197             (JABAWS)
4198           </li>
4199           <li>Web Services preference tab</li>
4200           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4201             preferences</li>
4202           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4203           <li>Superpose structures using associated sequence
4204             alignment</li>
4205           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4206             viewer</li>
4207         </ul> <em>Applet</em>
4208         <ul>
4209           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4210             link out mechanism</li>
4211         </ul> <em>Other</em>
4212         <ul>
4213           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4214             series 12</li>
4215           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4216             require Java 1.5</li>
4217           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4218             sequence annotation files</li>
4219           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4220             type colour specification</li>
4221           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4222             script to check if it being run in an interactive session or
4223             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4224         </ul></td>
4225       <td>
4226         <ul>
4227           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4228             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4229         </ul> <em>Application</em>
4230         <ul>
4231           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4232             selected Regions menu item</li>
4233           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4234             part of a valid accession ID</li>
4235           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4236             runs out of memory</li>
4237           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4238             analysis results</li>
4239           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4240             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4241           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4242         </ul> <em>Applet</em>
4243         <ul>
4244           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4245             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4246             defined.</li>
4247         </ul>
4248       </td>
4249     </tr>
4250     <tr>
4251       <td>
4252         <div align="center">
4253           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4254         </div>
4255       </td>
4256       <td></td>
4257       <td>
4258         <ul>
4259           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4260             sequence IDs</li>
4261           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4262             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4263           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4264             import correctly</li>
4265           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4266             number of columns are hidden</li>
4267           <li>annotation label popup menu not providing correct
4268             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4269             present</li>
4270           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4271             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4272           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4273             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4274
4275         </ul> <em>Applet</em>
4276         <ul>
4277           <li>annotation panel disappears when annotation is
4278             hidden/removed</li>
4279         </ul> <em>Application</em>
4280         <ul>
4281           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4282             alignment opened where annotation panel is visible but no
4283             annotations are present on alignment</li>
4284           <li>pasted region containing hidden columns is
4285             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4286           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4287             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4288           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4289             selected Rregions menu item.</li>
4290           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4291             'Un' or 'Non'conserved</li>
4292           <li>Sequence feature settings are being shared by
4293             multiple distinct alignments</li>
4294           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4295             changed</li>
4296           <li>double click on group annotation to select sequences
4297             does not propagate to associated trees</li>
4298           <li>Mac OSX specific issues:
4299             <ul>
4300               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4301                 window background</li>
4302               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4303                 name set correctly</li>
4304               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4305                 save feature colourscheme button</li>
4306             </ul>
4307           </li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310     </tr>
4311     <tr>
4312
4313       <td>
4314         <div align="center">
4315           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4316         </div>
4317       </td>
4318       <td><em>New Capabilities</em>
4319         <ul>
4320           <li>URL links generated from description line for
4321             regular-expression based URL links (applet and application)
4322
4323           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4324             menu</li>
4325           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4326             structures</li>
4327           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4328             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4329           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4330             average score or total feature count for each sequence.</li>
4331           <li>Shading features by score or associated description</li>
4332           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4333             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4334           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4335             hide everything but the currently selected region.</li>
4336           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4337         </ul> <em>Application</em>
4338         <ul>
4339           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4340             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4341           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4342             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4343           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4344             database references and protein_name is parsed as
4345             description line (BioSapiens terms).</li>
4346           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4347             references in sequence ID tooltip from View menu in
4348             application.</li>
4349           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4350       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4351           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4352             conservation plots</li>
4353           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4354             and visualized as sequence logos</li>
4355           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4356             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4357           </li>
4358           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4359             when a new tree is opened.</li>
4360           <li>Jalview Java Console</li>
4361           <li>Better placement of desktop window when moving
4362             between different screens.</li>
4363           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4364             consensus annotation</li>
4365           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4366             Workflows</li>
4367           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4368             <ul>
4369               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4370                 used to preserve views, structures, and tree display
4371                 settings)</li>
4372               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4373                 command line</li>
4374               <li>Sharing of selected regions between views and
4375                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4376               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4377             </ul></li>
4378         </ul> <em>Applet</em>
4379         <ul>
4380           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4381           <li>New Parameters
4382             <ul>
4383               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4384                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4385                 opened.</li>
4386               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4387                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4388               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4389                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4390               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4391                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4392                 view</li>
4393               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4394                 increase the height or width of a cell in the alignment
4395                 grid relative to the current font size.</li>
4396             </ul>
4397           </li>
4398           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4399             tooltip</li>
4400         </ul> <em>Other</em>
4401         <ul>
4402           <li>Features format: graduated colour definitions and
4403             specification of feature scores</li>
4404           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4405             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4406             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4407           <li>XML formats extended to support graduated feature
4408             colourschemes, group associated annotation, and profile
4409             visualization settings.</li></td>
4410       <td>
4411         <ul>
4412           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4413             rather than description</li>
4414           <li>Non-positional features are now included in sequence
4415             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4416             visibility in tooltip).</li>
4417           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4418           <li>Added URL embedding instructions to features file
4419             documentation.</li>
4420           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4421             'X' in peptide product</li>
4422           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4423             sequence ID and sequence string and query strings do not
4424             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4425           <li>AMSA files only contain first column of
4426             multi-character column annotation labels</li>
4427           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4428             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4429             exported and re-imported)</li>
4430           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4431             name</li>
4432           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4433             as subsequence matches, and correctly reports total number
4434             of both.</li>
4435           <li>Application:
4436             <ul>
4437               <li>Better handling of exceptions during sequence
4438                 retrieval</li>
4439               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4440                 link text excludes the start_end suffix</li>
4441               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4442                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4443               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4444               <li>Sequence description lines properly shared via
4445                 VAMSAS</li>
4446               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4447                 data sources</li>
4448               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4449                 completes before alignment figures are generated.</li>
4450               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4451                 first time.</li>
4452               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4453                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4454               <li>User defined group colours properly recovered
4455                 from Jalview projects.</li>
4456             </ul>
4457           </li>
4458         </ul>
4459       </td>
4460
4461     </tr>
4462     <tr>
4463       <td>
4464         <div align="center">
4465           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4466         </div>
4467       </td>
4468       <td>
4469         <ul>
4470           <li>Experimental support for google analytics usage
4471             tracking.</li>
4472           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475       <td>
4476         <ul>
4477           <li>Race condition in applet preventing startup in
4478             jre1.6.0u12+.</li>
4479           <li>Exception when feature created from selection beyond
4480             length of sequence.</li>
4481           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4482           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4483             all sequences with a given id</li>
4484           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4485             ID string searches</li>
4486           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4487             alignment to fail with exception</li>
4488         </ul> <em>Application Issues</em>
4489         <ul>
4490           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4491           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4492             data sources</li>
4493         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4494         <ul>
4495           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4496             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4497           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4498             version (java class versioning error fixed)</li>
4499         </ul>
4500       </td>
4501     </tr>
4502     <tr>
4503       <td>
4504
4505         <div align="center">
4506           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4507         </div>
4508       </td>
4509       <td><em>User Interface</em>
4510         <ul>
4511           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4512             translation and protein products</li>
4513           <li>Linked highlighting of structure associated with
4514             residue mapping to codon position</li>
4515           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4516             and 'clear' button</li>
4517           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4518             Tools menu</li>
4519           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4520             numeric data in description line</li>
4521           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4522           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4523             of sequence</li>
4524         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4525         <ul>
4526           <li>JPred3 web service</li>
4527           <li>Prototype sequence search client (no public services
4528             available yet)</li>
4529           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4530             PFAM</li>
4531           <li>URL Links created for matching database cross
4532             references as well as sequence ID</li>
4533           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4534         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4535         <ul>
4536           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4537             databases</li>
4538           <li>Generalised database reference retrieval and
4539             validation to all fetchable databases</li>
4540           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4541             sequence command</li>
4542         </ul> <em>Import and Export</em>
4543         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4544         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4545           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4546         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4547           File</li>
4548         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4549           triplet as name of colourscheme</li>
4550         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4551         <ul>
4552           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4553           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4554             alignments (experimental)</li>
4555           <li>Create new or select existing session to join</li>
4556           <li>load and save of vamsas documents</li>
4557         </ul> <em>Application command line</em>
4558         <ul>
4559           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4560             from applet)</li>
4561           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4562             of DAS servers to query for alignment features</li>
4563           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4564             that are also automatically queried for features</li>
4565           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4566             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4567         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4568         <ul>
4569           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4570             application (when using &quot;View in full
4571             application&quot;)</li>
4572         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4573         <ul>
4574           <li>feature group display control parameter</li>
4575           <li>debug parameter</li>
4576           <li>showbutton parameter</li>
4577         </ul> <em>Applet API methods</em>
4578         <ul>
4579           <li>newView public method</li>
4580           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4581           <li>Feature display control methods</li>
4582           <li>get list of currently selected sequences</li>
4583         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4584         <ul>
4585           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4586           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4587             Jalview release.</li>
4588           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4589             property controls execution of obfuscator</li>
4590           <li>Build target for generating source distribution</li>
4591           <li>Debug flag for javacc</li>
4592           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4593             jalview.bin.Cache</li>
4594           <li>Continuous Build Integration for stable and
4595             development version of Application, Applet and source
4596             distribution</li>
4597         </ul></td>
4598       <td>
4599         <ul>
4600           <li>selected region output includes visible annotations
4601             (for certain formats)</li>
4602           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4603             for editing</li>
4604           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4605           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4606           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4607           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4608             comments</li>
4609           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4610             filenames containing a ':'</li>
4611           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4612             global sequence features</li>
4613           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4614             references from alignment sequences goes to zero</li>
4615           <li>Close of tree branch colour box without colour
4616             selection causes cascading exceptions</li>
4617           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4618           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4619             file parsing fails.</li>
4620           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4621           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4622             not a valid output format</li>
4623           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4624             vamsas</li>
4625           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4626           <li>error messages passed up and output when data read
4627             fails</li>
4628           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4629             sequence is edited</li>
4630           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4631             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4632           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4633             filetype</li>
4634           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4635             import fixed for PFAM records</li>
4636           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4637             window list</li>
4638           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4639             can be read and written correctly to annotation file</li>
4640           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4641             correctly</li>
4642           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4643             non-italic font for representatives in Applet</li>
4644           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4645             Macs.</li>
4646           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4647             Applet)</li>
4648           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4649             due to null pointer exceptions</li>
4650           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4651             first column of alignment</li>
4652           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4653             July 2008</li>
4654           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4655             file is case-insensitive</li>
4656           <li>Sequence features read from Features file appended to
4657             all sequences with matching IDs</li>
4658           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4659             containing a sub-sequence</li>
4660           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4661           <li>feature and annotation file applet parameters
4662             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4663           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4664           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4665             splash-screen version check to complete</li>
4666           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4667             when passing them to the launchApp service</li>
4668           <li>display name and local features preserved in results
4669             retrieved from web service</li>
4670           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4671             sequence fetcher initialisation</li>
4672           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4673             dasobert DAS client</li>
4674           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4675             association</li>
4676           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4677             sequences
4678           </li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681     </tr>
4682     <tr>
4683       <td>
4684         <div align="center">
4685           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4686         </div>
4687       </td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4691           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4692           <li>Slide sequences</li>
4693           <li>Edit sequence in place</li>
4694           <li>EMBL CDS features</li>
4695           <li>DAS Feature mapping</li>
4696           <li>Feature ordering</li>
4697           <li>Alignment Properties</li>
4698           <li>Annotation Scores</li>
4699           <li>Sort by scores</li>
4700           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4701         </ul>
4702       </td>
4703       <td>
4704         <ul>
4705           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4706           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4707           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4708           <li>Feature group display state in XML</li>
4709           <li>Feature ordering in XML</li>
4710           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4711           <li>Stockholm alignment properties</li>
4712           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4713           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4714           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4715           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718
4719     </tr>
4720     <tr>
4721       <td>
4722         <div align="center">
4723           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4724         </div>
4725       </td>
4726       <td>
4727         <ul>
4728           <li>Non standard characters can be read and displayed
4729           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4730             applet via textbox
4731           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4732             name &amp; description
4733           <li>Preference setting to display sequence name in
4734             italics
4735           <li>Annotation file format extended to allow
4736             Sequence_groups to be defined
4737           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4738             specified in preferences
4739           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4740             sequences
4741         </ul>
4742       </td>
4743       <td>
4744         <ul>
4745           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4746             installed
4747           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4748           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4749         </ul>
4750       </td>
4751     </tr>
4752     <tr>
4753       <td>
4754         <div align="center">
4755           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4756         </div>
4757       </td>
4758       <td>
4759         <ul>
4760           <li>Multiple views on alignment
4761           <li>Sequence feature editing
4762           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4763           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4764           <li>Background dependent text colour
4765           <li>Right align sequence ids
4766           <li>User-defined lower case residue colours
4767           <li>Format Menu
4768           <li>Select Menu
4769           <li>Menu item accelerator keys
4770           <li>Control-V pastes to current alignment
4771           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4772           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4773           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4774
4775           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4776         </ul>
4777       </td>
4778       <td>
4779         <ul>
4780           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4781           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4782             calculations
4783           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4784             edits
4785           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4786             of alignment)
4787           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4788
4789           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4790             display correctly
4791           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4792           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4793             analysis results
4794           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4795             &#8739;
4796           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4797           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4798           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4799
4800         </ul>
4801       </td>
4802     </tr>
4803     <tr>
4804       <td>
4805         <div align="center">
4806           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4807         </div>
4808       </td>
4809       <td>
4810         <ul>
4811           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4812         </ul>
4813       </td>
4814       <td>
4815         <ul>
4816           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4817             sequence id panel has been resized</li>
4818           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4819             rendered</li>
4820           <li>Annotation files with sequence references - all
4821             elements in file are relative to sequence position</li>
4822           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4823         </ul>
4824       </td>
4825     </tr>
4826     <tr>
4827       <td>
4828         <div align="center">
4829           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4830         </div>
4831       </td>
4832       <td>
4833         <ul>
4834           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4835           <li>DAS Feature fetching</li>
4836           <li>Hide sequences and columns</li>
4837           <li>Export Annotations and Features</li>
4838           <li>GFF file reading / writing</li>
4839           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4840             files</li>
4841           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4842           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4843           <li>Applet can launch the full application</li>
4844           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4845             required)</li>
4846           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4847           <li>Applet can load sequences from parameter
4848             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4849           </li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852       <td>
4853         <ul>
4854           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4855           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4856           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4857         </ul>
4858       </td>
4859     </tr>
4860     <tr>
4861       <td>
4862         <div align="center">
4863           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4864         </div>
4865       </td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4869           <li>Choose to match case when searching</li>
4870           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4871             expand the visible width and height of the alignment</li>
4872         </ul>
4873       </td>
4874       <td>
4875         <ul>
4876           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4877         </ul>
4878       </td>
4879     </tr>
4880     <tr>
4881       <td>
4882         <div align="center">
4883           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4884         </div>
4885       </td>
4886       <td>&nbsp;</td>
4887       <td>
4888         <ul>
4889           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4890           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4891             value</li>
4892         </ul>
4893       </td>
4894     </tr>
4895     <tr>
4896       <td>
4897         <div align="center">
4898           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4899         </div>
4900       </td>
4901       <td>
4902         <ul>
4903           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4904           <li>Keyboard editing</li>
4905           <li>Create sequence features from searches</li>
4906           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4907             alignments</li>
4908           <li>Features file allows grouping of features</li>
4909           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4910           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4911           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4912         </ul>
4913       </td>
4914       <td>
4915         <ul>
4916           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4917           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4918             descriptions saved.</li>
4919         </ul>
4920       </td>
4921     </tr>
4922     <tr>
4923       <td>
4924         <div align="center">
4925           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4926         </div>
4927       </td>
4928       <td>
4929         <ul>
4930           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4931           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4932           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4933             name for file output</li>
4934           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4935           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4936             used for HTML form input</li>
4937         </ul>
4938       </td>
4939       <td>
4940         <ul>
4941           <li>HTML output writes groups and features</li>
4942           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4943           <li>File IO bugs</li>
4944         </ul>
4945       </td>
4946     </tr>
4947     <tr>
4948       <td>
4949         <div align="center">
4950           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4951         </div>
4952       </td>
4953       <td>
4954         <ul>
4955           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4956           <li>More options for PCA viewer</li>
4957         </ul>
4958       </td>
4959       <td>
4960         <ul>
4961           <li>GUI bugs resolved</li>
4962           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4963         </ul>
4964       </td>
4965     </tr>
4966     <tr>
4967       <td height="63">
4968         <div align="center">
4969           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4970         </div>
4971       </td>
4972       <td>
4973         <ul>
4974           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4975           <li>Jar files are executable</li>
4976           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4977         </ul>
4978       </td>
4979       <td>
4980         <ul>
4981           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4982           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4983           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4984         </ul>
4985       </td>
4986     </tr>
4987     <tr>
4988       <td>
4989         <div align="center">
4990           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4991         </div>
4992       </td>
4993       <td>
4994         <ul>
4995           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4996         </ul>
4997       </td>
4998       <td>
4999         <ul>
5000           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5001         </ul>
5002       </td>
5003     </tr>
5004     <tr>
5005       <td>
5006         <div align="center">
5007           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5008         </div>
5009       </td>
5010       <td>
5011         <ul>
5012           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5013             size</li>
5014         </ul>
5015       </td>
5016       <td>
5017         <ul>
5018           <li>Improved JPred client reliability</li>
5019           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5020         </ul>
5021       </td>
5022     </tr>
5023     <tr>
5024       <td>
5025         <div align="center">
5026           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5027         </div>
5028       </td>
5029       <td>
5030         <ul>
5031           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5032           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5033           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5034             to Colour Menu</li>
5035           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5036           <li>Unix users can set default web browser</li>
5037           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5038           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5039         </ul>
5040       </td>
5041       <td>
5042         <ul>
5043           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5044         </ul>
5045       </td>
5046     </tr>
5047     <tr>
5048       <td>
5049         <div align="center">
5050           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5051         </div>
5052       </td>
5053       <td>&nbsp;</td>
5054       <td>
5055         <ul>
5056           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5057             alignment order.</li>
5058         </ul>
5059       </td>
5060     </tr>
5061     <tr>
5062       <td>
5063         <div align="center">
5064           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5065         </div>
5066       </td>
5067       <td>
5068         <ul>
5069           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5070           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5071           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5072             annotations.</li>
5073           <li>Version and build date written to build properties
5074             file.</li>
5075           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5076             at launch of Jalview.</li>
5077         </ul>
5078       </td>
5079       <td>
5080         <ul>
5081           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5082           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5083           <li>Can remove groups one by one.</li>
5084           <li>Filechooser icons installed.</li>
5085           <li>Finder ignores return character when searching.
5086             Return key will initiate a search.<br>
5087           </li>
5088         </ul>
5089       </td>
5090     </tr>
5091     <tr>
5092       <td>
5093         <div align="center">
5094           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5095         </div>
5096       </td>
5097       <td>
5098         <ul>
5099           <li>New codebase</li>
5100         </ul>
5101       </td>
5102       <td>&nbsp;</td>
5103     </tr>
5104   </table>
5105   <p>&nbsp;</p>
5106 </body>
5107 </html>