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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li></li>
  70         </ul>
  71       </td>
  72       <td align="left" valign="top">
  73         <ul>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
  76             alignment (Since Jalview 2.10.3)
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
  80             doesn't slide selected sequences
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
  84             multiple EMBL gene products shown for a single contig
  85           </li>
  86         </ul>
  87       </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  91           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  92           <em>22/04/2020</em></strong></td>
  93       <td align="left" valign="top">
  94         <ul>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
  97             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
  98             for display in alignments, on structure views (including
  99             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 100             export.
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 104             exported and re-imported as GFF3 files
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 108             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 112             validation while parsing
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 116             position if reopened
 117           </li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 120             of associated view
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 124             enabled by default
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 128             tooltips and menus
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 132             with no feature types visible
 133           </li>
 134           <li>
 135           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 136           </li>
 137         </ul><em>Jalview Installer</em>
 138             <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 141             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 148           </li>
 149               <li>
 150                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 151               <li>
 152                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 153         </ul> <em>Release processes</em>
 154         <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 160           </li>
 161         </ul> <em>Build System</em>
 162         <ul>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 168             report
 169           </li>
 170         </ul>
 171         <em>Groovy Scripts</em>
 172             <ul>
 173           <li>
 174             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 175             to stdout containing the consensus sequence for each
 176             alignment in a Jalview session
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 180             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 181             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 182           </li>
 183         </ul>
 184       </td>
 185       <td align="left" valign="top">
 186         <ul>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 189             'Show hidden markers' option is not ticked
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 193             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 194             jalview preferences or properties file
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 198             'Show Sequence Features' option is not ticked
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 202             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 203             features are visible
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 207             equal when split frame is first opened
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 211             correct after editing a sequence's start position
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 215             with annotation and exceptions thrown when only a few
 216             columns shown in wrapped mode
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 220             wrapped alignment figure with annotations
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 224             ID fails with ClassCastException
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 228             Project
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 232             feature settings dialog also selects columns
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 236             IllegalArgumentException in some circumstances
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 240             opened for a view
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 244             alignment window is closed
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 248             help documentation for 2.11.0 release
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 252             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 253             Uniprot Accession
 254           </li>
 255         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 256         <ul>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 259             PDB/Uniprot search panel
 260           </li>
 261         </ul> <em>Installer</em>
 262         <ul>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 265             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 266           </li>
 267         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 268         <ul>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 271             repository
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 275             memory
 276           </li>
 277         </ul> <em>New Known Issues</em>
 278         <ul>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 281             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 282             command line
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 286             clipped in headless figure export when Right Align option
 287             enabled
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 291             'Source' in console output
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 295             bamboo server but run fine locally.
 296           </li>
 297         </ul>
 298       </td>
 299     </tr>
 300     <tr>
 301       <td width="60" align="center" nowrap>
 302           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 303             <em>04/07/2019</em></strong>
 304       </td>
 305       <td align="left" valign="top">
 306         <ul>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 309             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 310             source project) rather than InstallAnywhere
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 314             settings, receive over the air updates and launch specific
 315             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 316               Rings' GetDown</a>)
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 320             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 324             arguments and switch between different getdown channels
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 328             or alignment files
 329           </li>
 330
 331           <li>
 332             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 333             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 336             'Translate as cDNA'</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 339           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 340             <ul>
 341                       <li>
 342             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 343             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 344           <li>
 345                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 346                 features can be filtered and shaded according to any
 347                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 348                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 349                 file)
 350               </li>
 351               <li>
 352                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 353                 stored and restored from Jalview Projects
 354               </li>
 355               <li>
 356                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 357                 recognise variant features
 358               </li>
 359               <li>
 360                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 361                 sequences (also coloured red by default)
 362               </li>
 363               <li>
 364                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 365                 details
 366               </li>
 367               <li>
 368                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 369                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 370               </li>
 371               <li>
 372                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 373                 dialog
 374               </li>
 375             </ul>
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 379             tree and PCA calculations
 380           </li>
 381           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 382             <ul>
 383               <li>
 384                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 385                 and Viewer state saved in Jalview Project
 386               </li>
 387               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 388                 drop-down menus</li>
 389               <li>
 390                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 391                 incrementally
 392               </li>
 393               <li>
 394                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 395               </li>
 396             </ul>
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 400           </li>
 401           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 402           <ul>
 403               <li>
 404                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 405                 multiple groups when working with large alignments
 406               </li>
 407               <li>
 408                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 409                 Stockholm files
 410               </li>
 411             </ul>
 412           <li><strong>User Interface</strong>
 413           <ul>
 414               <li>
 415                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 416                 view
 417               </li>
 418               <li>
 419                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 420                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 421                 default (can be changed in user preferences)
 422               </li>
 423               <li>
 424                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 425                 to the Overwrite Dialog
 426               </li>
 427               <li>
 428                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 429                 sequences are hidden
 430               </li>
 431               <li>
 432                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 433                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 434               </li>
 435               <li>
 436                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 437                 labels
 438               </li>
 439               <li>
 440                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 441                 when in wrapped mode
 442               </li>
 443               <li>
 444                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 445                 annotation
 446               </li>
 447               <li>
 448                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 449               </li>
 450               <li>
 451                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 452                 panel
 453               </li>
 454               <li>
 455                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 456                 popup menu
 457               </li>
 458               <li>
 459               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 460               <li>
 461               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 462
 463
 464             </ul></li>
 465             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 466           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 467             <ul>
 468               <li>
 469                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 470                 trapping CMD-Q
 471               </li>
 472             </ul></li>
 473         </ul>
 474         <em>Deprecations</em>
 475         <ul>
 476           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 477             capabilities removed from the Jalview Desktop
 478           </li>
 479           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 480             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 481             and XML based data retrieval clients</li>
 482           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 483           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 484         </ul> <em>Documentation</em>
 485         <ul>
 486           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 487             not supported in EPS figure export
 488           </li>
 489           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 490         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 491         <ul>
 492           <li>
 493           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 494           </li>
 495       <li>
 496       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 497           <li>
 498           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 499             gradle-eclipse
 500           </li>
 501           <li>
 502           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 503             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 504             execution
 505           </li>
 506           <li>
 507           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 508             operations
 509           </li>
 510           <li>
 511           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 512             issues resolved
 513           </li>
 514           <li>
 515           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 516             markdown (with HTML rendering)
 517           </li>
 518           <li>
 519           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 520           </li>
 521           <li>
 522           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 523             versions of Jalview
 524           </li>
 525         </ul>
 526       </td>
 527       <td align="left" valign="top">
 528         <ul>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 534             superposition in Jmol fail on Windows
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 538             structures for sequences with lots of PDB structures
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 542             monospaced font
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 546             project involving multiple views
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 550             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 551             Annotation dialog hides columns
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 555             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 556             one view, then making another selection in the other view
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 560             columns
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 564             Settings and Jalview Preferences panels
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 568             overview with large alignments
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 572             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 573             mouse moved to the left of the first column
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 577             hidden column marker via scale popup menu
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 581             doesn't tell users the invalid URL
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 585             score from view
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 589             show cross references or Fetch Database References are shown in
 590             red in original view
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 594             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 598             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 602             when columns are hidden
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 606             Columns by Annotation description
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 610             out of Scale or Annotation Panel
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 614             scale panel
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 618             alignment down
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 622             scale panel
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 626             Page Up in wrapped mode
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 636             on opening an alignment
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 640             Colour menu
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 644             different groups in the alignment are selected
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 648             correctly in menu
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 652             threshold limit
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 656             threshold gets 'unrounded'
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 660             colour
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 670             Tree font
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 674             project file
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 678             shown in complementary view
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 682             without normalisation
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 686             of report
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 690           </li>
 691           <li>
 692           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 693           </li>
 694         </ul> <em>Editing</em>
 695         <ul>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 698             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 699             sequence
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 703             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 704             removed (Known defect since 2.10)
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 708             dialog corrupts dataset sequence
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 712             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 713           </li>
 714         </ul> <em>Datamodel</em>
 715         <ul>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 718             sequence's End is greater than its length
 719           </li>
 720         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 721           general release)</em>
 722         <ul>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 725           </li>
 726         </ul> <em>New Known Defects</em>
 727         <ul>
 728         <li>
 729         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 730         </li>
 731         <li>
 732           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 733           regions of protein alignment.
 734         </li>
 735         <li>
 736           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 737           is restored from a Jalview 2.11 project
 738         </li>
 739         <li>
 740           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 741           'New View'
 742         </li>
 743         <li>
 744           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 745           columns within hidden columns
 746         </li>
 747         <li>
 748           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 749           window after dragging left to select columns to left of visible
 750           region
 751         </li>
 752         <li>
 753           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 754           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 755           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 756           create a Score filter instead.
 757         </li>
 758         <li>
 759         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 760         <li>
 761         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 762         </li>
 763         <li>
 764           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 765           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 766         </li>
 767         </ul>
 768         <em>Java 11 Specific defects</em>
 769           <ul>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 772               alphabetically when saved
 773             </li>
 774         </ul>
 775       </td>
 776     </tr>
 777     <tr>
 778     <td width="60" nowrap>
 779       <div align="center">
 780         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 781       </div>
 782     </td>
 783     <td><div align="left">
 784         <em></em>
 785         <ul>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 788               InstallAnywhere increased to 1G.
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 792               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 793               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 794                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 795                 properties file.</em>
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 799               API and sequence data now imported as JSON.
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 803               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 804               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 805               property.
 806             </li>
 807           </ul>
 808           <em>Development</em>
 809           <ul>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 812               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 813                 Clover</a>
 814             </li>
 815           </ul>
 816         </div></td>
 817     <td><div align="left">
 818         <em></em>
 819         <ul>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 822               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 823               alignment.
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 827               annotation displayed.
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 831               for newly created group when 'Apply to all groups'
 832               selected
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 836               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 837               visible.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 841               when sequences are selected in exported view.</em>
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 845               aren't rendered with correct colour.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 849               types of knotted RNA secondary structure.
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 853               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 854               do not start at 1.
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 858               annotation when columns are inserted into an alignment,
 859               and when exporting as Stockholm flatfile.
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 863               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 864               treated as RNA secondary structure.
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 868               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 872               transfers focus to previous window on OSX
 873             </li>
 874           </ul>
 875           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 879               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 880               box.
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 884               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 885               'look and feel' which has improved compatibility with the
 886               latest version of OSX.
 887             </li>
 888           </ul>
 889         </div>
 890     </td>
 891     </tr>
 892     <tr>
 893       <td width="60" nowrap>
 894         <div align="center">
 895           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 896             <em>7/06/2018</em></strong>
 897         </div>
 898       </td>
 899       <td><div align="left">
 900           <em></em>
 901           <ul>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 904               annotation retrieved from Uniprot
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 908               onto the Jalview Desktop
 909             </li>
 910           </ul>
 911         </div></td>
 912       <td><div align="left">
 913           <em></em>
 914           <ul>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 917               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 921               right-hand column parsed correctly
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 925               not alignment area in exported graphic
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 929               window has input focus
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 933               annotation added to view (Windows)
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 937               network connectivity is poor
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 941               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 942                 the currently open URL and links from a page viewed in
 943                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 944                 you are using Edge, only links in the page can be
 945                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 946                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 947             </li>
 948           </ul>
 949           <em>New Known Defects</em>
 950           <ul>
 951             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 952           </ul>
 953         </div></td>
 954     </tr>
 955     <tr>
 956       <td width="60" nowrap>
 957         <div align="center">
 958           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 959         </div>
 960       </td>
 961       <td><div align="left">
 962           <em></em>
 963           <ul>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 966               for disabling automatic superposition of multiple
 967               structures and open structures in existing views
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 971               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 972               adjust them.
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 976               Ensembl services
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 980               and lots of hidden columns
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 984               of features (particularly when transparency is disabled)
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 988               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 989               generally available
 990             </li>
 991           </ul>
 992           </div>
 993       </td>
 994       <td><div align="left">
 995           <ul>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 998               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1002               overlapping alignment panel
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1006               sequence as gaps
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1010               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1011               UTR
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1015               factor annotation not added to sequence when local PDB
1016               file associated with it by drag'n'drop or structure
1017               chooser
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1021               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1025               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1029               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1033               columns in annotation row
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1037               honored in batch mode
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1041               for structures added to existing Jmol view
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1045               entries after importing project with multiple views
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1049               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1050               with negative residue numbers or missing residues fails
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1054               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1055               as generated by CONSURF)
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1059               tooltip doesn't include a text description of mutation
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1063               structure and/or overview windows are also shown
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1067               very slow for alignments with large numbers of sequences
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1071               with 'StringIndexOutOfBounds'
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1075               platforms running Java 10
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1079               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1080             </li>
1081           </ul>
1082           <em>Applet</em>
1083           <ul>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1086               should copy the group consensus when popup is opened on it
1087             </li>
1088           </ul>
1089           <em>Batch Mode</em>
1090           <ul>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1093           </li>
1094           </ul>
1095           <em>New Known Defects</em>
1096           <ul>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1099               editing a large alignment and overview is displayed
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1103               repeatedly after a series of edits even when the overview
1104               is no longer reflecting updates
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1108               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1109               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1110               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1114               option gives blank output
1115             </li>
1116           </ul>
1117         </div>
1118           </td>
1119     </tr>
1120     <tr>
1121       <td width="60" nowrap>
1122         <div align="center">
1123           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1124         </div>
1125       </td>
1126       <td><div align="left">
1127           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1128               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1129       <td><div align="left">
1130           <em>Desktop</em><ul>
1131           <ul>
1132             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1133             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1134             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1135             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1136             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1137             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1138             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1139           </ul>
1140           </div>
1141       </td>
1142     </tr>
1143     <tr>
1144       <td width="60" nowrap>
1145         <div align="center">
1146           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1147         </div>
1148       </td>
1149       <td><div align="left">
1150           <em></em>
1151           <ul>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1154               rendering of sequence features
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1158               429 rate limit request hander
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1162               their colours have changed
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1166               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1170               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1174               view from Ensembl locus cross-references
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1178               Alignment report
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1182               feature can be disabled
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1186               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1190               Uniprot
1191             </li>
1192           </ul>
1193           <em>Scripting</em>
1194           <ul>
1195             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1196             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1197               percent identity scores for current alignment.</li>
1198           </ul>
1199           <em>Testing and Deployment</em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1203             </li>
1204           </ul>
1205         </div></td>
1206       <td><div align="left">
1207           <em>General</em>
1208           <ul>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1211               threshold text field doesn't trigger an update to the
1212               alignment view
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1216               strings in parallel
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1220               alignment window is closed
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1224               group visibility
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1228               takes a long time in Cursor mode
1229             </li>
1230           </ul>
1231           <em>Desktop</em>
1232           <ul>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1235               cannot be viewed in Chimera
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1239               CDS/Protein view
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1243               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1244               Search Dialogs
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1254               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1258               scrolling right in unwapped alignment view
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1262               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1263               database
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1267               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1271               features of same type and group to be selected for
1272               amending
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1276               alignments when hidden columns are present
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1280               displaying several structures
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1284               moving a window
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1288               within the Jalview desktop on OSX
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1292               when in wrapped alignment mode
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1296               hand end of alignment
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1300               each selected sequence do not have correct start/end
1301               positions
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1305               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1309               restoring project until a new view is created
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1313               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1314               configured (since 2.10.2b2)
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1318               position is adjusted
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1322               in a multi-chain structure when viewing alignment
1323               involving more than one chain (since 2.10)
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1327               if new selection moves alignment window
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1331               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1335               that produces correctly annotated transcripts and products
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1339               doesn't update associated structure view
1340             </li>
1341           </ul>
1342           <em>Applet</em><br />
1343           <ul>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1346               closing alignment panel
1347             </li>
1348           </ul>
1349           <em>BioJSON</em><br />
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1353               non-positional features
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>New Known Issues</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1360               sequence features correctly (for many previous versions of
1361               Jalview)
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1365               using cursor in wrapped panel other than top
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1369               graduated colour threshold
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1373               always preserve numbering and sequence features
1374             </li>
1375           </ul>
1376           <em>Known Java 9 Issues</em>
1377           <ul>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1380               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1381               9.01, OSX 10.10)
1382             </li>
1383           </ul>
1384         </div></td>
1385     </tr>
1386     <tr>
1387       <td width="60" nowrap>
1388         <div align="center">
1389           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1390             <em>2/10/2017</em></strong>
1391         </div>
1392       </td>
1393       <td><div align="left">
1394           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1395           <ul>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1398             </li>
1399             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1400             </li>
1401           </ul>
1402         </div></td>
1403       <td><div align="left">
1404         </div></td>
1405     </tr>
1406     <tr>
1407       <td width="60" nowrap>
1408         <div align="center">
1409           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1410             <em>7/9/2017</em></strong>
1411         </div>
1412       </td>
1413       <td><div align="left">
1414           <em></em>
1415           <ul>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1418               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1419               white)
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1423               Preferences
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1427               in size and progress bar shown as higher resolution
1428               overview is recalculated
1429             </li>
1430
1431           </ul>
1432         </div></td>
1433       <td><div align="left">
1434           <em></em>
1435           <ul>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1438               column region row by row
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1442               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1446               format setting is unticked
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1450               if group has show boxes format setting unticked
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1454               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1455               include sequences and columns not currently displayed
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1459               assemblies are imported via CIF file
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1463               displayed when threshold or conservation colouring is also
1464               enabled.
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1468               server version
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1472               dragging a selected region off the visible region of the
1473               alignment
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1477               colourscheme to all groups in a view
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1481               initially after font size change using the Font chooser or
1482               middle-mouse zoom
1483             </li>
1484           </ul>
1485         </div></td>
1486     </tr>
1487     <tr>
1488       <td width="60" nowrap>
1489         <div align="center">
1490           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1491         </div>
1492       </td>
1493       <td><div align="left">
1494           <em>Calculations</em>
1495           <ul>
1496
1497             <li>
1498               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1499               ungapped positions in each column of the alignment.
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1503               a calculation dialog box
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1507               and memory efficiency (~30x faster)
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1511               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1512               and other calculations
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1516               files within the Jalview codebase
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1520               Similarity may have different topology due to increased
1521               precision
1522             </li>
1523           </ul>
1524           <em>Rendering</em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1528               model for alignments and groups
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1532               scripts
1533             </li>
1534           </ul>
1535           <em>Overview</em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1539               with alignment and overview windows
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1543               overview
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1547               omitted in Overview
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1551               adjustment of visible position
1552             </li>
1553           </ul>
1554
1555           <em>Data import/export</em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1559               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1563               annotation input/output via stockholm flatfile
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1567               extension when importing structure files without embedded
1568               names or PDB accessions
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1572               format sequence substitution matrices
1573             </li>
1574           </ul>
1575           <em>User Interface</em>
1576           <ul>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1579               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1580               the application.
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1584               via Overview or sequence motif search operations
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1588               opened by double clicking gaps within sequence feature
1589               extent
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1593               aligned positions were available to create a 3D structure
1594               superposition.
1595             </li>
1596           </ul>
1597           <em>3D Structure</em>
1598           <ul>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1601               coloured in linked structure views
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1605               file-based command exchange
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1609               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1610               structures are already available for sequences
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1614               the Jalview project rather than downloaded again when the
1615               project is reopened.
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1619               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1620               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1621                 Feature</strong>)
1622             </li>
1623           </ul>
1624           <em>Web Services</em>
1625           <ul>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1631               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1632               Analysis services
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1636               cross-references provided by identifiers.org and the
1637               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1638             </li>
1639           </ul>
1640
1641           <em>Scripting</em>
1642           <ul>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1645               identifying file formats (instead of String constants)
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1649               efficiency when counting all displayed features (not
1650               backwards compatible with 2.10.1)
1651             </li>
1652           </ul>
1653           <em>Example files</em>
1654           <ul>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1657               included in the example feature file
1658             </li>
1659           </ul>
1660           <em>Documentation</em>
1661           <ul>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1664               with the built-in Java help viewer
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1668               sequence description' option
1669             </li>
1670           </ul>
1671           <em>Test Suite</em>
1672           <ul>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1675               Uniprot REST Free Text Search Client
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1682               during tests
1683             </li>
1684           </ul>
1685         </div></td>
1686       <td><div align="left">
1687           <em>Calculations</em>
1688           <ul>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1691               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1692               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1693             </li>
1694             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1695               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1696               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1697               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1698               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1699               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1700               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1701               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1702               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1703               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1704               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1705               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1706               // for 2.10.1 mode <br />
1707               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1708               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1709                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1710                 calculations (not recommended)</em></li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1713               scaling of branch lengths for trees computed using
1714               Sequence Feature Similarity.
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1718               generating output report when working with highly
1719               redundant alignments
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1723               right of selected region when gaps present on right-hand
1724               boundary
1725             </li>
1726           </ul>
1727           <em>User Interface</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1731               doesn't reselect a specific sequence's associated
1732               annotation after it was used for colouring a view
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1736               opened on a region of alignment without groups
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1740               of an alignment with overlapping groups
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1744               name and description match
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1748               hidden regions results in incorrect hidden regions
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1752               changing colour does not apply Conservation slider value
1753               to all groups
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1757               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1761               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1765               gaps before start of features
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1769               restored to UI when feature colour is edited
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1773               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1777               as graduate feature colour settings are modified via the
1778               dialog box
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1782               when a group defined on the alignment is resized
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1786               wrapped view result in positional status updates
1787             </li>
1788
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1791               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1795               alignment included gapped columns
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1799               widgets don't permanently disappear
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1803               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1804               T-Coffee column reliability scores)
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1808               sequence feature on gaps only
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1812               button from a Find inherit previously defined feature type
1813               rather than the Find query string
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1817               exporting tree calculated in Jalview
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1821               and then revealing them reorders sequences on the
1822               alignment
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1826               doesn't update to reflect available set of groups after
1827               interactively adding or modifying features
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1831               Linux
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1835               only excluded gaps in current sequence and ignored
1836               selection.
1837             </li>
1838           </ul>
1839           <em>Rendering</em>
1840           <ul>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1843               erratically when hidden rows or columns are present
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1847               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1848               sequence colouring
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1852               colour and group colour menu for protein alignments
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1856               reflect currently selected view or group's shading
1857               thresholds
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1861               when rendered on overview and structures when opacity at
1862               100%
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1866               overview when features overlaid on alignment
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1870               recovered correctly from Jalview project file
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1874               (automatically via preferences) are different to the main
1875               alignment panel
1876             </li>
1877           </ul>
1878           <em>Data import/export</em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1882               load
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1886               added after a sequence was imported are not written to
1887               Stockholm File
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1891               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1895               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1899               with lightGray or darkGray via features file (but can
1900               specify lightgray)
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1904               when alignment view imported from project
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1908               structure and sequences extracted from structure files
1909               imported via URL and viewed in Jmol
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1913               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1914               the project is loaded and the structure viewed
1915             </li>
1916           </ul>
1917           <em>Web Services</em>
1918           <ul>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1921               release of Ensembl v.88
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1925               appear enabled in Preferences->Connections
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1929               removed from console output
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1933               Ensembl by Peptide ID
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1937               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1938               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1939               due to 'null' string rather than empty string used for
1940               residues with no corresponding PDB mapping).
1941             </li>
1942           </ul>
1943           <em>Application UI</em>
1944           <ul>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1947               menu
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1951               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1952               new documentation and tooltips added)
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1956               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1960               new features are added to alignment
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1964               changes to feature colours via the Amend features dialog
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1968               edit graduated feature colour via amend features dialog
1969               box
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1973               selection menu changes colours of alignment views
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1977               from alignment calculation workers after alignment has
1978               been closed
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1982               groups now 'Create Group'
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1986               Create/Undefine group doesn't always work
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1990               shown again after pressing 'Cancel'
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1994               adjusts start position in wrap mode
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1998               ambiguous amino acids
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2002               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2003               proteins
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2007               Defined' don't appear in Colours menu
2008             </li>
2009           </ul>
2010           <em>Applet</em>
2011           <ul>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2014               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2018               overview or linked structure view
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2022               work (since 2.8)
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2026               user-defined colourscheme doesn't restore original
2027               colourscheme
2028             </li>
2029           </ul>
2030           <em>Test Suite</em>
2031           <ul>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2034               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2038               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2039               problems with deep array comparison equality asserts in
2040               successive versions of TestNG
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2044               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2045             </li>
2046           </ul>
2047           <em>New Known Issues</em>
2048           <ul>
2049             <li>
2050               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2051               phase after a sequence motif find operation
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2055               containing just upper and lower case letters are
2056               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2060               reliably from eggnog Ortholog database
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2064               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2065               to mark columns containing highlighted regions.
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2069               doesn't always add secondary structure annotation.
2070             </li>
2071           </ul>
2072         </div>
2073     <tr>
2074       <td width="60" nowrap>
2075         <div align="center">
2076           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2077         </div>
2078       </td>
2079       <td><div align="left">
2080           <em>General</em>
2081           <ul>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2084               for all consensus calculations
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2088               3rd Oct 2016)
2089             </li>
2090             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2091               for 2016-2017</li>
2092           </ul>
2093           <em>Application</em>
2094           <ul>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2097               set of database cross-references, sorted alphabetically
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2101               from database cross references. Users with custom links
2102               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2103                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2107               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2108               Chimera session
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2112               the Chimera it is connected to is shut down
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2116               columns menu item to mark columns containing highlighted
2117               regions (e.g. from structure selections or results of a
2118               Find operation)
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2122               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2123               MSAviewer
2124             </li>
2125           </ul>
2126         </div></td>
2127       <td>
2128         <div align="left">
2129           <em>General</em>
2130           <ul>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2133               are not coloured or thresholded according to percent
2134               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2138               hydrophobic
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2142               threshold, amino acid properties)
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2146               reported as mapped to residues in a structure file in the
2147               View Mapping report
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2151               could be added multiple times to a sequence
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2155               bond features shown as two highlighted residues rather
2156               than a range in linked structure views, and treated
2157               correctly when selecting and computing trees from features
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2161               cross-references are matched to database name regardless
2162               of case
2163             </li>
2164
2165           </ul>
2166           <em>Application</em>
2167           <ul>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2170               names without regular expressions also offer links from
2171               Sequence ID
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2175               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2176               update Jalview configuration
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2180               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2184               files with similarly named sequences if dropped onto the
2185               alignment
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2189               entries where more chains exist in the PDB accession than
2190               are reported in the SIFTS file
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2194               the structure view when displayed with Chimera
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2198               panel's View->Show Chains submenu
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2202               work for wrapped alignment views
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2206               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2210               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2211               first annotation row
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2215               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2219               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2220             </li>
2221             <!-- JAL-2319 -->
2222             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2223             coordindate data
2224             </li>
2225           </ul>
2226           <!--           <em>New Known Issues</em>
2227           <ul>
2228             <li></li>
2229           </ul> -->
2230         </div>
2231       </td>
2232     </tr>
2233     <td width="60" nowrap>
2234       <div align="center">
2235         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2236           <em>25/10/2016</em></strong>
2237       </div>
2238     </td>
2239     <td><em>Application</em>
2240       <ul>
2241         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2242           view if structures already loaded</li>
2243         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2244           structure views</li>
2245       </ul></td>
2246     <td>
2247       <div align="left">
2248         <em>General</em>
2249         <ul>
2250           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2251             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2252           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2253             example sequences/projects/trees</li>
2254         </ul>
2255         <em>Application</em>
2256         <ul>
2257           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2258             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2259           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2260             without timeout for structures with multiple models or
2261             multiple sequences in alignment</li>
2262           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2263             PDB ID HEADER line</li>
2264           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2265             is performed</li>
2266           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2267             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2268           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2269           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2270             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2271             option</li>
2272           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2273             is created on the alignment</li>
2274           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2275             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2276             pop-up menu</li>
2277         </ul>
2278         <em>Build and deployment</em>
2279         <ul>
2280           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2281             tags</li>
2282         </ul>
2283         <em>New Known Issues</em>
2284         <ul>
2285           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2286             on Windows</li>
2287         </ul>
2288       </div>
2289     </td>
2290     </tr>
2291     <tr>
2292       <td width="60" nowrap>
2293         <div align="center">
2294           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2295         </div>
2296       </td>
2297       <td><em>General</em>
2298         <ul>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2301           </li>
2302           <li>
2303             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2304             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2305             better PDB parsing.
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2309             reference sequence
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2313             mousing over sequence associated annotation
2314           </li>
2315           <li>
2316             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2317             for manual entry
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2321             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2322             for each column
2323           </li>
2324           <li>
2325             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2326             showing or hiding columns containing a feature
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2330             group and sequence associated annotation labels
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2334             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2335             dialogs
2336           </li>
2337
2338         </ul> <em>Application</em>
2339         <ul>
2340           <li>
2341             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2342             gene/transcript view
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2346             dialog
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2350             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2351           </li>
2352           <li>
2353             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2354             Pfam sources to xfam.org
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2361             over sequences in Jalview
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2365             regions in ENA and EMBL
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2369             for record retrieval via ENA rest API
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2373             complement operator
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2377             groovy script execution
2378           </li>
2379           <li>
2380             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2381             alignment window's Calculate menu
2382           </li>
2383           <li>
2384             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2385             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2389             calculation workers from groovy scripts
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2393             Jalview projects
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2397             associations are now saved/restored from project
2398           </li>
2399           <li>
2400             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2401             before sequence fetcher is opened
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2405             database chooser opens a sequence fetcher
2406           </li>
2407           <li>
2408             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2409             the UniProt REST API
2410           </li>
2411           <li>
2412             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2413             the news reader opening
2414           </li>
2415           <li>
2416             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2417             querying stored in preferences
2418           </li>
2419           <li>
2420             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2421             search results
2422           </li>
2423           <li>
2424             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2428             menu for nucleotide sequences
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2432             and feature counts preserves alignment ordering (and
2433             debugged for complex feature sets).
2434           </li>
2435           <li>
2436             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2437             viewing structures with Jalview 2.10
2438           </li>
2439           <li>
2440             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2441             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2442             Ensembl Genomes REST API
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2446             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2447             (Ensembl)
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2451             sequences
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2455             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2456             data from external database records.
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2460             efficient recovery of sequence coding and alignment
2461             annotation relationships.
2462           </li>
2463         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2464         <ul>
2465           <li>
2466             -- JAL---
2467           </li>
2468         </ul> --></td>
2469       <td>
2470         <div align="left">
2471           <em>General</em>
2472           <ul>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2475               menu on OSX
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2479               includes graduated colourschemes
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2483               working with big alignments and lots of hidden columns
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2487               at right of alignment window
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2491               contents
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2495               for DNA alignments
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2499               based tree calculation
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2503               unconserved enabled for group on alignment
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2507               set as reference
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2511               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2512               annotation
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2516               hidden columns present
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2520               user created annotation added to alignment
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2524               '()' base pair annotation
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2528               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2529               Consensus
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2533               feature not working
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2537               beginning of sequence
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2541               entry 3a6s
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2545               from a tree when t-coffee scores are shown
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2549               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2553               some structures
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2557               to Clustal, PIR and PileUp output
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2561               not visible causes alignment window to repaint
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2565               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2566               scores associated with features and annotation rows
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2570               calculation should be case independent
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2574               columns
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2578               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2579               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2583               problems when reference sequence defined and 'show
2584               non-conserved' enabled
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2588               load even when Consensus calculation is disabled
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2592               alignment does nothing
2593             </li>
2594           </ul>
2595           <em>Application</em>
2596           <ul>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2599               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2600               yet fixed for El Capitan)
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2604               output when running on non-gb/us i18n platforms
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2608               hidden sequences as flat-file alignment
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2612               launching Chimera
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2616               (also hotfix for 2.9.0b2)
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2620               reference sequence defined
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2624               alignments and views when revealing hidden columns
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2628               view in a cDNA/Protein splitframe
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2632               sequence from project when only one sequence is
2633               represented
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2637               in Structure Chooser
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2641               structure consensus didn't refresh annotation panel
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2645               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2649               dialogs format columns correctly, don't display array
2650               data, sort columns according to type
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2654               file chooser is cancelled during an image export
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2658               sequence name containing special characters
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2662               case insensitive
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2666               formatting don't wrap
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2670               truncated so L looks like I in consensus annotation
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2674               currently displayed features for the current selection or
2675               view
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2679               after fetching cross-references, and restoring from
2680               project
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2684               followed in the structure viewer
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2688               splitframe not restored from project
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2692               trailing end of protein alignment in transcript/product
2693               splitview when pad-gaps not enabled by default
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2697               is case dependent
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2701               article has been read (reopened issue due to
2702               internationalisation problems)
2703             </li>
2704             <li>
2705               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2706               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2707               cross-references
2708             </li>
2709
2710             <li>
2711               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2712               alignment as HTML
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2716               multiple structures are shown for one or more sequences.
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2720               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2721               is enabled.
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2725               specific PDB id for sequence
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2729               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2730               columns' is disabled.
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2734               selects lowest rather than highest resolution structures
2735               for each sequence
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2739               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2743               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2747               after clicking on it to create new annotation for a
2748               column.
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2752               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2753             </li>
2754             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2755             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2756           </ul>
2757           <em>Applet</em>
2758           <ul>
2759             <li>
2760               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2761               hidden columns present before start of sequence
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2765               (JSON jars)
2766             </li>
2767             <li>
2768               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2769               sequences are hidden in applet
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2773               deployment on examples pages.
2774             </li>
2775           </ul>
2776         </div>
2777       </td>
2778     </tr>
2779     <tr>
2780       <td width="60" nowrap>
2781         <div align="center">
2782           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2783             <em>16/10/2015</em></strong>
2784         </div>
2785       </td>
2786       <td><em>General</em>
2787         <ul>
2788           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2789             jars</li>
2790         </ul></td>
2791       <td>
2792         <div align="left">
2793           <em>Application</em>
2794           <ul>
2795             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2796               shown when tree is partitioned</li>
2797             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2798               multiple cDNA/Protein split views</li>
2799           </ul>
2800         </div>
2801       </td>
2802     </tr>
2803     <tr>
2804       <td width="60" nowrap>
2805         <div align="center">
2806           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2807             <em>8/10/2015</em></strong>
2808         </div>
2809       </td>
2810       <td><em>General</em>
2811         <ul>
2812           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2813             2.9</li>
2814         </ul> <em>Application</em>
2815         <ul>
2816           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2817           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2818           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2819         </ul> <em>Applet</em>
2820         <ul>
2821           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2822         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2823         <ul>
2824           <li>
2825             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2826             suite
2827           </li>
2828         </ul></td>
2829       <td>
2830         <div align="left">
2831           <em>General</em>
2832           <ul>
2833             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2834               incorrect when sequence start > 1</li>
2835             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2836               documentation</li>
2837             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2838             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2839               loading a features file containing HTML tags in feature
2840               description</li>
2841
2842           </ul>
2843           <em>Application</em>
2844           <ul>
2845             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2846               reimport</li>
2847             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2848               with 'trim retrieved sequences'</li>
2849             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2850               deleting selected columns</li>
2851             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2852               JNLP templates for webstart launch</li>
2853             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2854               unreleased structures for download or viewing</li>
2855             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2856               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2857             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2858               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2859             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2860               recovered from jalview project</li>
2861             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2862               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2863               alignment view</li>
2864             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2865               color schemes from BioJSON</li>
2866           </ul>
2867           <em>Applet</em>
2868           <ul>
2869             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2870               frame</li>
2871             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2872           </ul>
2873         </div>
2874       </td>
2875     </tr>
2876     <tr>
2877       <td><div align="center">
2878           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2879         </div></td>
2880       <td><em>General</em>
2881         <ul>
2882           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2883             alignments:
2884             <ul>
2885               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2886                 and DNA alignment views</li>
2887               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2888                 cDNA alignment views</li>
2889               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2890                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2891               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2892                 protein sequences</li>
2893             </ul>
2894           </li>
2895           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2896           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2897             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2898           <li>New alignment annotation file statements for
2899             reference sequences and marking hidden columns</li>
2900           <li>Reference sequence based alignment shading to
2901             highlight variation</li>
2902           <li>Select or hide columns according to alignment
2903             annotation</li>
2904           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2905           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2906             acid conservation row</li>
2907           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2908         </ul> <em>Application</em>
2909         <ul>
2910           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2911             <ul>
2912               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2913                 view with cDNA/Protein</li>
2914               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2915                 sequences are placed in the same alignment</li>
2916               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2917                 projects</li>
2918             </ul>
2919           </li>
2920
2921           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2922           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2923             Jalview windows</li>
2924
2925           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2926           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2927           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2928             be shown in VARNA</li>
2929
2930           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2931             as the active selected region</li>
2932
2933           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2934             similarity</li>
2935           <li>New Export options
2936             <ul>
2937               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2938                 region export in flat file generation</li>
2939
2940               <li>Export alignment views for display with the <a
2941                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2942
2943               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2944               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2945                 alignment figures to HTML</li>
2946           </li>
2947           <li>3D structure retrieval and display
2948             <ul>
2949               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2950                 Search API</li>
2951               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2952                 PDB structures for a sequence set</li>
2953             </ul>
2954           </li>
2955
2956           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2957             predictions</li>
2958           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2959             for one or a group of sequences</li>
2960           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2961             from the JPred4 web server</li>
2962           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2963             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2964             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2965           </li>
2966           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2967             VARNA 2D Structure'</li>
2968           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2969             Structure ..."</li>
2970
2971         </ul> <em>Applet</em>
2972         <ul>
2973           <li>New layout for applet example pages</li>
2974           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2975             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2976           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2977             Protein alignments</li>
2978         </ul> <em>Development and deployment</em>
2979         <ul>
2980           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2981           <li>Include installation type and git revision in build
2982             properties and console log output</li>
2983           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2984             storing BioJsMSA Templates</li>
2985           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2986         </ul></td>
2987       <td>
2988         <!-- <em>General</em>
2989         <ul>
2990         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2991         <ul>
2992           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2993           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2994           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2995             predictions are not highlighted in amber</li>
2996           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2997             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2998           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2999             associated structure views</li>
3000           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3001             width checkbox not enabled</li>
3002           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3003             creating user defined colours</li>
3004           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3005             mappings for just that viewer's sequences</li>
3006           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3007             multiple models in Chimera</li>
3008           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3009             over Jmol structure</li>
3010           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3011             output to text box</li>
3012           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3013             have incorrect sequence start/end</li>
3014           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3015             Jalview fails</li>
3016           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3017             work for nucleotide</li>
3018           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3019             to a grey/invisible alignment window</li>
3020           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3021             imports to different position</li>
3022           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3023             on some platforms</li>
3024           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3025             populated</li>
3026           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3027             console if Chimera has been opened</li>
3028           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3029           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3030             retrieved</li>
3031           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3032           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3033             either sequence shows on first structure</li>
3034           <li>'Show annotations' options should not make
3035             non-positional annotations visible</li>
3036           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3037             in right place after 'view flanking regions'</li>
3038           <li>File Save As type unset when current file format is
3039             unknown</li>
3040           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3041             projects</li>
3042           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3043             responsive</li>
3044           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3045             several views on same alignment</li>
3046           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3047           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3048             spaces</li>
3049         </ul> <em>Applet</em>
3050         <ul>
3051           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3052           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3053             descriptions containing angle brackets</li>
3054         </ul> <em>General</em>
3055         <ul>
3056           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3057             via jalview annotation file</li>
3058           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3059             with RNA secondary structure</li>
3060           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3061             translation doesn't work.</li>
3062           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3063           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3064             positions</li>
3065           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3066             choosing 1pt font</li>
3067           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3068             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3069             'h'</li>
3070           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3071             new feature</li>
3072           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3073             order dependent</li>
3074           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3075             sequences</li>
3076           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3077         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3078         <ul>
3079           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3080             www.jalview.org</li>
3081         </ul> <em>Application Known issues</em>
3082         <ul>
3083           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3084           <li>Misleading message appears after trying to delete
3085             solid column.</li>
3086           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3087             version launches</li>
3088           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3089             fails with a sequence mismatch</li>
3090           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3091             scrolling alignment to right</li>
3092           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3093             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3094           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3095             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3096           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3097             ultra-high resolution</li>
3098           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3099             quality and conservation</li>
3100           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3101             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3102         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3103         <ul>
3104           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3105           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3106             window is being resized</li>
3107
3108         </ul>
3109       </td>
3110     </tr>
3111     <tr>
3112       <td><div align="center">
3113           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3114         </div></td>
3115       <td><em>General</em>
3116         <ul>
3117           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3118             Certum.PL.</li>
3119           <li>Features and annotation preserved when performing
3120             pairwise alignment</li>
3121           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3122             imported/exported/displayed</li>
3123           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3124             protein secondary structure</li>
3125           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3126               post-hoc with 2.9 release</em>)
3127           </li>
3128
3129         </ul> <em>Application</em>
3130         <ul>
3131           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3132             with 3D structures</li>
3133           <li>Support for parsing RNAML</li>
3134           <li>Annotations menu for layout
3135             <ul>
3136               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3137               <li>place sequence annotation above/below alignment
3138                 annotation</li>
3139             </ul>
3140           <li>Output in Stockholm format</li>
3141           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3142             translation</li>
3143           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3144           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3145             shared between alignments</li>
3146           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3147             Jalview</li>
3148           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3149             all or current selection</li>
3150           <li>disorder and secondary structure predictions
3151             available as dataset annotation</li>
3152           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3153
3154
3155           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3156             alignments from Rfam</li>
3157           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3158
3159           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3160             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3161           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3162           <li>include installation type in build properties and
3163             console log output</li>
3164           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3165             annotation</li>
3166         </ul></td>
3167       <td>
3168         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3169         <ul>
3170           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3171             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3172           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3173             alignment</li>
3174           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3175           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3176           <li>Double click on sequence associated annotation
3177             selects only first column</li>
3178           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3179             leaves shown in tree</li>
3180           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3181             properly</li>
3182           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3183           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3184             screen and buttons not visible</li>
3185           <li>author list isn't updated if already written to
3186             Jalview properties</li>
3187           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3188             from database</li>
3189           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3190           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3191             browser search window</li>
3192           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3193             in feature settings dialog</li>
3194           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3195             desktop</li>
3196           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3197             pass validation</li>
3198           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3199             fit on screen</li>
3200           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3201             tooltip</li>
3202           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3203             defined user preset</li>
3204           <li>MSA web services warns user if they were launched
3205             with invalid input</li>
3206           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3207             Java 8</li>
3208           <li>
3209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3210             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3211             created
3212           </li>
3213
3214         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3215         <ul>
3216         </ul> <em>General</em>
3217         <ul>
3218         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3219         <ul>
3220           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3221             memory allocation</li>
3222           <li>launchApp service doesn't automatically open
3223             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3224           <li>
3225             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3226             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3227             1.7_055 is available
3228           </li>
3229         </ul> <em>Application Known issues</em>
3230         <ul>
3231           <li>
3232             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3233             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3234             alignment to right
3235           </li>
3236           <li>
3237             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3238             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3239             with large number of ID
3240           </li>
3241           <li>
3242             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3243             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3244             start/end
3245           </li>
3246           <li>
3247             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3248             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3249             structure tracks are rearranged
3250           </li>
3251           <li>
3252             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3253             invalid rna structure positional highlighting does not
3254             highlight position of invalid base pairs
3255           </li>
3256           <li>
3257             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3258             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3259             project from alignment window file menu
3260           </li>
3261           <li>
3262             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3263             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3264             structures
3265           </li>
3266           <li>
3267             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3268             colour by RNA Helices not enabled when user created
3269             annotation added to alignment
3270           </li>
3271           <li>
3272             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3273             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3274           </li>
3275         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3276         <ul>
3277           <li>
3278             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3279             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3280           </li>
3281           <li>
3282             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3283             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3284           </li>
3285
3286           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3287             when selected</li>
3288         </ul>
3289       </td>
3290     </tr>
3291     <tr>
3292       <td><div align="center">
3293           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3294         </div></td>
3295       <td>
3296         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3297         <em>General</em>
3298         <ul>
3299           <li>Internationalisation of user interface (usually
3300             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3301           <li>Define/Undefine group on current selection with
3302             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3303           <li>Improved group creation/removal options in
3304             alignment/sequence Popup menu</li>
3305           <li>Sensible precision for symbol distribution
3306             percentages shown in logo tooltip.</li>
3307           <li>Annotation panel height set according to amount of
3308             annotation when alignment first opened</li>
3309         </ul> <em>Application</em>
3310         <ul>
3311           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3312             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3313           <li>Select columns containing particular features from
3314             Feature Settings dialog</li>
3315           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3316             sequences</li>
3317           <li>Update Jalview project format:
3318             <ul>
3319               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3320               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3321                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3322               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3323                 colouring</li>
3324             </ul>
3325           </li>
3326           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3327             (PAM250)</li>
3328           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3329             flanking regions for an alignment</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3334         <ul>
3335           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3336             running after job is cancelled</li>
3337           <li>cannot export features from alignments imported from
3338             Jalview/VAMSAS projects</li>
3339           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3340             float values</li>
3341           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3342             have 'display all symbols' flag set</li>
3343           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3344             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3345           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3346             Jalview</li>
3347           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3348             Lion/Webstart</li>
3349           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3350           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3351           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3352             alignment onto desktop</li>
3353           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3354             'extract scores' function</li>
3355           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3356             alignment window</li>
3357           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3358             performing IUPred disorder prediction</li>
3359           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3360             changing 'normalise logo' display setting</li>
3361           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3362             nothing matches query</li>
3363           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3364             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3365           </li>
3366           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3367             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3368           </li>
3369           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3370             Jalview's menu</li>
3371           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3372             'invalid literal/length code'</li>
3373           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3374             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3375           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3376             colourscheme</li>
3377
3378         </ul> <em>Applet</em>
3379         <ul>
3380           <li>Remove group option is shown even when selection is
3381             not a group</li>
3382           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3383             don't affect groups</li>
3384           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3385             colourscheme name</li>
3386           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3387             Annotation panel is not displayed</li>
3388           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3389             embedded windows</li>
3390         </ul> <em>Other</em>
3391         <ul>
3392           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3393             single sequence were not calculated</li>
3394           <li>annotation files that contain only groups imported as
3395             annotation and junk sequences</li>
3396           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3397             recognised as PFAM or BLC</li>
3398           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3399             doesn't affect background (2.8.0b1)
3400           <li></li>
3401           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3402           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3403             trailing gaps</li>
3404           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3405             registered correctly on import</li>
3406           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3407             certain alignments</li>
3408           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3409             existing annotation based 'use original colours'
3410             colourscheme loses original colours setting</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413     </tr>
3414     <tr>
3415       <td><div align="center">
3416           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3417             <em>30/1/2014</em></strong>
3418         </div></td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3422             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3423             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3424             open source project).
3425           </li>
3426           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3427           <li>Output in Stockholm format</li>
3428           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3429           <li>Export/import group and sequence associated line
3430             graph thresholds</li>
3431           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3432             ambiguity codes</li>
3433           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3434             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3435             works</li>
3436           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3437         </ul> <em>Other improvements</em>
3438         <ul>
3439           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3440           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3441             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3442           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3443             files</li>
3444           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3445           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3446             link but no description</li>
3447           <li>Select primary source when selecting authority in
3448             database fetcher GUI</li>
3449           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3450             Jalview</li>
3451           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3457             displayed</li>
3458           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3459             secondary structure annotation line</li>
3460           <li>Sequence database accessions not imported when
3461             fetching alignments from Rfam</li>
3462           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3463             identical IDs</li>
3464           <li>View all structures does not always superpose
3465             structures</li>
3466           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3467             reflect user or preset settings</li>
3468           <li>Null pointer exceptions for some services without
3469             presets or adjustable parameters</li>
3470           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3471             discover PDB xRefs</li>
3472           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3473             features with DAS</li>
3474           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3475             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3476           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3477             residue follows a gap</li>
3478           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3479             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3480           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3481             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3482           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3483             annotation already exists on alignment</li>
3484           <li>oninit javascript function should be called after
3485             initialisation completes</li>
3486           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3487             alignment window display</li>
3488           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3489           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3490             to annotation file</li>
3491           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3492             groups created</li>
3493           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3494             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3495           <li>Pressing return several times causes Number Format
3496             exceptions in keyboard mode</li>
3497           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3498             correct partitions for input data</li>
3499           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3500           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3501           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3502           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3503             mode</li>
3504           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3505             changes one row&#39;s threshold</li>
3506           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3507             doesn&#39;t open</li>
3508           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3509             quality histograms</li>
3510         </ul>
3511       </td>
3512     </tr>
3513     <tr>
3514       <td><div align="center">
3515           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3516         </div></td>
3517       <td><em>Application</em>
3518         <ul>
3519           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3520             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3521           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3522             preferences</li>
3523           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3524             in Jalview alignment window</li>
3525           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3526             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3527           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3528             RNA and ambiguity codes</li>
3529
3530           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3531           <li>Support fetching and database reference look up
3532             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3533             refs')</li>
3534           <li>Jalview project improvements
3535             <ul>
3536               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3537                 flag for annotation</li>
3538               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3539                 alignment</li>
3540               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3541                 Jalview project</li>
3542
3543             </ul>
3544           </li>
3545           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3546           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3547             running</li>
3548           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3549           <li>visual indication that web service results are still
3550             being retrieved from server</li>
3551           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3552             starts up for first time</li>
3553           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3554             services</li>
3555           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3556             client library</li>
3557           <li>Examples directory and Groovy library included in
3558             InstallAnywhere distribution</li>
3559         </ul> <em>Applet</em>
3560         <ul>
3561           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3562             visualization applet example</li>
3563         </ul> <em>General</em>
3564         <ul>
3565           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3566           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3567             defaults</li>
3568           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3569             calculation</li>
3570           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3571             matrices
3572           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3573             in HTML</li>
3574           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3575             structure contacts</li>
3576           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3577           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3578           <li>Parse sequence associated secondary structure
3579             information in Stockholm files</li>
3580           <li>HTML Export database accessions and annotation
3581             information presented in tooltip for sequences</li>
3582           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3583             style RNA alignment files</li>
3584           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3585             alignment</li>
3586           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3587             shade each sequence according to its associated alignment
3588             annotation</li>
3589           <li>New Jalview Logo</li>
3590         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3591         <ul>
3592           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3593           <li>New Website!</li>
3594         </ul></td>
3595       <td><em>Application</em>
3596         <ul>
3597           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3598             wsdbfetch REST service</li>
3599           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3600           <li>Filetype associations not installed for webstart
3601             launch</li>
3602           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3603             job execution in full once it is complete</li>
3604           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3605             uploaded via ali_file parameter</li>
3606           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3607           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3608           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3609             submitted for prediction</li>
3610           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3611             desktop window</li>
3612           <li>Putting fractional value into integer text box in
3613             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3614           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3615             windows 7</li>
3616           <li>View all structures fails with exception shown in
3617             structure view</li>
3618           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3619             escaped in a platform independent way</li>
3620           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3621             using proxy</li>
3622           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3623             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3624           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3625             failure when java web start temporary file caching is
3626             disabled</li>
3627           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3628             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3629           <li>Errors during processing of command line arguments
3630             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3631           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3632             DAS sources in sequence fetcher</li>
3633           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3634             dialog is shown</li>
3635           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3636           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3637           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3638           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3639             on OSX Mountain Lion</li>
3640           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3641             sequences with alignment annotation are pasted into the
3642             alignment</li>
3643           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3644             when loaded from Jalview project</li>
3645           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3646           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3647             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3648           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3649             associated with all views</li>
3650           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3651             annotation rows to new window</li>
3652         </ul> <em>Applet</em>
3653         <ul>
3654           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3655             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3656           <li>loading features via javascript API automatically
3657             enables feature display</li>
3658           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3659             work</li>
3660         </ul> <em>General</em>
3661         <ul>
3662           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3663           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3664             and then deselected</li>
3665           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3666           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3667             coloured with clustalx</li>
3668           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3669             exceptions and redraw errors</li>
3670           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3671             reconfigured view</li>
3672           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3673             colour</li>
3674           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3675             for lots of labels</li>
3676         </ul>
3677     </tr>
3678     <tr>
3679       <td>
3680         <div align="center">
3681           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3682         </div>
3683       </td>
3684       <td><em>Application</em>
3685         <ul>
3686           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3687           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3688           <li>View/alignment association menu to enable user to
3689             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3690             its colours/correspondences from</li>
3691           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3692           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3693             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3694           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3695           <li>Annotation row column label formatting attributes
3696             stored in project file</li>
3697           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3698             rows preserved in Jalview project file</li>
3699           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3700             saved using Desktop window menu</li>
3701           <li>Visual indication that command line arguments are
3702             still being processed</li>
3703           <li>Groovy script execution from URL</li>
3704           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3705             preferences</li>
3706           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3707             alignment with sequences that have high similarity and
3708             matching IDs</li>
3709           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3710           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3711             structures in same window</li>
3712           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3713           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3714             analysis function in its own submenu</li>
3715         </ul> <em>Applet</em>
3716         <ul>
3717           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3718             groups</li>
3719           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3720           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3721           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3722           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3723           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3724             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3725           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3726           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3727             parameters are treated as such</li>
3728           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3729             <ul>
3730               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3731               <li>Javascript callbacks for
3732                 <ul>
3733                   <li>Applet initialisation</li>
3734                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3735                 </ul>
3736               </li>
3737               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3738                 functions</li>
3739               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3740               <li>javascript structure viewer harness to pass
3741                 messages between Jmol and Jalview when running as
3742                 distinct applets</li>
3743               <li>sortBy method</li>
3744               <li>Set of applet and application examples shipped
3745                 with documentation</li>
3746               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3747                 javascript message exchange</li>
3748             </ul>
3749         </ul> <em>General</em>
3750         <ul>
3751           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3752             multiple alignments</li>
3753           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3754           <li>User configurable link to enable redirects to a
3755             www.Jalview.org mirror</li>
3756           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3757           <li>Configurable newline string when writing alignment
3758             and other flat files</li>
3759           <li>Allow alignment annotation description lines to
3760             contain html tags</li>
3761         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3762         <ul>
3763           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3764             examples</li>
3765           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3766             using a web service before displaying the result in the
3767             Jalview desktop</li>
3768           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3769           <li>Ant target to publish example html files with applet
3770             archive</li>
3771           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3772           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3773         </ul></td>
3774       <td><em>Application</em>
3775         <ul>
3776           <li>User defined colourscheme throws exception when
3777             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3778           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3779             dialog for valid filename/format</li>
3780           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3781           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3782             P37173</li>
3783           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3784             which sequence is to be associated with the file</li>
3785           <li>Find All raises null pointer exception when query
3786             only matches sequence IDs</li>
3787           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3788           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3789             2.4 cannot be loaded</li>
3790           <li>Filetype associations not installed for webstart
3791             launch</li>
3792           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3793             with sequences in different alignments do not get coloured
3794             by their associated sequence</li>
3795           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3796             not preserved when project is loaded</li>
3797           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3798             stored in Jalview project</li>
3799           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3800             Jalview project</li>
3801           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3802           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3803             by conservation</li>
3804           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3805             created on new view</li>
3806           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3807             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3808           <li>Alignment quality not updated after alignment
3809             annotation row is hidden then shown</li>
3810           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3811             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3812           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3813             properly</li>
3814           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3815             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3816           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3817           <li>Structures imported from file and saved in project
3818             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3819           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3820             job execution in full once it is complete</li>
3821         </ul> <em>Applet</em>
3822         <ul>
3823           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3824             annotation rows are displayed</li>
3825           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3826             codebase</li>
3827           <li>View follows highlighting does not work for positions
3828             in sequences</li>
3829           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3830           <li>Export features raises exception when no features
3831             exist</li>
3832           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3833             for javascript api is modified when separator string
3834             provided as parameter</li>
3835           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3836             alignment with no existing selection</li>
3837           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3838             to applet&#39;s codebase</li>
3839           <li>Status bar not updated after finished searching and
3840             search wraps around to first result</li>
3841           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3842             several Jalview applets causes race conditions and memory
3843             leaks</li>
3844           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3845             not sent from Jmol in applet</li>
3846           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3847             applet API fatally hang browser</li>
3848         </ul> <em>General</em>
3849         <ul>
3850           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3851             position with wrapped view and hidden regions</li>
3852           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3853             with/without hidden columns</li>
3854           <li>Sequence length given in alignment properties window
3855             is off by 1</li>
3856           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3857             import PDB like structure files</li>
3858           <li>Positional search results are only highlighted
3859             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3860           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3861           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3862             given sequence position</li>
3863           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3864             output</li>
3865           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3866             from nucleotide chains correctly</li>
3867           <li>Structure colours not updated when tree partition
3868             changed in alignment</li>
3869           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3870             parsed in interleaved stockholm</li>
3871           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3872             state</li>
3873           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3874             properly</li>
3875           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3876             properly associated with their pdb files</li>
3877         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3878         <ul>
3879           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3880             ApplyCopyright tool</li>
3881         </ul></td>
3882     </tr>
3883     <tr>
3884       <td>
3885         <div align="center">
3886           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3887         </div>
3888       </td>
3889       <td><em>Application</em>
3890         <ul>
3891           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3892             contact web services</li>
3893           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3894             service job window</li>
3895           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3896         </ul></td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3900             pir file emitted by Jalview</li>
3901           <li>Existing feature settings transferred to new
3902             alignment view created from cut'n'paste</li>
3903           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3904             parsing PDB files</li>
3905           <li>Consensus and conservation annotation rows
3906             occasionally become blank for all new windows</li>
3907           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3908             in wrapped view mode</li>
3909         </ul> <em>Application</em>
3910         <ul>
3911           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3912             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3913           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3914             parameter names</li>
3915           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3916             is down</li>
3917         </ul>
3918       </td>
3919     </tr>
3920     <tr>
3921       <td>
3922         <div align="center">
3923           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3924         </div>
3925       </td>
3926       <td><em>Application</em>
3927         <ul>
3928           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3929             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3930             (JABAWS)
3931           </li>
3932           <li>Web Services preference tab</li>
3933           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3934             preferences</li>
3935           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3936           <li>Superpose structures using associated sequence
3937             alignment</li>
3938           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3939             viewer</li>
3940         </ul> <em>Applet</em>
3941         <ul>
3942           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3943             link out mechanism</li>
3944         </ul> <em>Other</em>
3945         <ul>
3946           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3947             series 12</li>
3948           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3949             require Java 1.5</li>
3950           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3951             sequence annotation files</li>
3952           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3953             type colour specification</li>
3954           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3955             script to check if it being run in an interactive session or
3956             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3957         </ul></td>
3958       <td>
3959         <ul>
3960           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3961             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3962         </ul> <em>Application</em>
3963         <ul>
3964           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3965             selected Regions menu item</li>
3966           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3967             part of a valid accession ID</li>
3968           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3969             runs out of memory</li>
3970           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3971             analysis results</li>
3972           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3973             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3974           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3975         </ul> <em>Applet</em>
3976         <ul>
3977           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3978             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3979             defined.</li>
3980         </ul>
3981       </td>
3982     </tr>
3983     <tr>
3984       <td>
3985         <div align="center">
3986           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3987         </div>
3988       </td>
3989       <td></td>
3990       <td>
3991         <ul>
3992           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3993             sequence IDs</li>
3994           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3995             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3996           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3997             import correctly</li>
3998           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3999             number of columns are hidden</li>
4000           <li>annotation label popup menu not providing correct
4001             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4002             present</li>
4003           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4004             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4005           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4006             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4007
4008         </ul> <em>Applet</em>
4009         <ul>
4010           <li>annotation panel disappears when annotation is
4011             hidden/removed</li>
4012         </ul> <em>Application</em>
4013         <ul>
4014           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4015             alignment opened where annotation panel is visible but no
4016             annotations are present on alignment</li>
4017           <li>pasted region containing hidden columns is
4018             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4019           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4020             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4021           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4022             selected Rregions menu item.</li>
4023           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4024             'Un' or 'Non'conserved</li>
4025           <li>Sequence feature settings are being shared by
4026             multiple distinct alignments</li>
4027           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4028             changed</li>
4029           <li>double click on group annotation to select sequences
4030             does not propagate to associated trees</li>
4031           <li>Mac OSX specific issues:
4032             <ul>
4033               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4034                 window background</li>
4035               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4036                 name set correctly</li>
4037               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4038                 save feature colourscheme button</li>
4039             </ul>
4040           </li>
4041         </ul>
4042       </td>
4043     </tr>
4044     <tr>
4045
4046       <td>
4047         <div align="center">
4048           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4049         </div>
4050       </td>
4051       <td><em>New Capabilities</em>
4052         <ul>
4053           <li>URL links generated from description line for
4054             regular-expression based URL links (applet and application)
4055
4056           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4057             menu</li>
4058           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4059             structures</li>
4060           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4061             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4062           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4063             average score or total feature count for each sequence.</li>
4064           <li>Shading features by score or associated description</li>
4065           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4066             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4067           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4068             hide everything but the currently selected region.</li>
4069           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4070         </ul> <em>Application</em>
4071         <ul>
4072           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4073             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4074           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4075             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4076           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4077             database references and protein_name is parsed as
4078             description line (BioSapiens terms).</li>
4079           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4080             references in sequence ID tooltip from View menu in
4081             application.</li>
4082           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4083       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4084           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4085             conservation plots</li>
4086           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4087             and visualized as sequence logos</li>
4088           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4089             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4090           </li>
4091           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4092             when a new tree is opened.</li>
4093           <li>Jalview Java Console</li>
4094           <li>Better placement of desktop window when moving
4095             between different screens.</li>
4096           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4097             consensus annotation</li>
4098           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4099             Workflows</li>
4100           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4101             <ul>
4102               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4103                 used to preserve views, structures, and tree display
4104                 settings)</li>
4105               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4106                 command line</li>
4107               <li>Sharing of selected regions between views and
4108                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4109               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4110             </ul></li>
4111         </ul> <em>Applet</em>
4112         <ul>
4113           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4114           <li>New Parameters
4115             <ul>
4116               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4117                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4118                 opened.</li>
4119               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4120                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4121               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4122                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4123               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4124                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4125                 view</li>
4126               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4127                 increase the height or width of a cell in the alignment
4128                 grid relative to the current font size.</li>
4129             </ul>
4130           </li>
4131           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4132             tooltip</li>
4133         </ul> <em>Other</em>
4134         <ul>
4135           <li>Features format: graduated colour definitions and
4136             specification of feature scores</li>
4137           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4138             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4139             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4140           <li>XML formats extended to support graduated feature
4141             colourschemes, group associated annotation, and profile
4142             visualization settings.</li></td>
4143       <td>
4144         <ul>
4145           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4146             rather than description</li>
4147           <li>Non-positional features are now included in sequence
4148             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4149             visibility in tooltip).</li>
4150           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4151           <li>Added URL embedding instructions to features file
4152             documentation.</li>
4153           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4154             'X' in peptide product</li>
4155           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4156             sequence ID and sequence string and query strings do not
4157             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4158           <li>AMSA files only contain first column of
4159             multi-character column annotation labels</li>
4160           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4161             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4162             exported and re-imported)</li>
4163           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4164             name</li>
4165           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4166             as subsequence matches, and correctly reports total number
4167             of both.</li>
4168           <li>Application:
4169             <ul>
4170               <li>Better handling of exceptions during sequence
4171                 retrieval</li>
4172               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4173                 link text excludes the start_end suffix</li>
4174               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4175                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4176               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4177               <li>Sequence description lines properly shared via
4178                 VAMSAS</li>
4179               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4180                 data sources</li>
4181               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4182                 completes before alignment figures are generated.</li>
4183               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4184                 first time.</li>
4185               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4186                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4187               <li>User defined group colours properly recovered
4188                 from Jalview projects.</li>
4189             </ul>
4190           </li>
4191         </ul>
4192       </td>
4193
4194     </tr>
4195     <tr>
4196       <td>
4197         <div align="center">
4198           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4199         </div>
4200       </td>
4201       <td>
4202         <ul>
4203           <li>Experimental support for google analytics usage
4204             tracking.</li>
4205           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4206         </ul>
4207       </td>
4208       <td>
4209         <ul>
4210           <li>Race condition in applet preventing startup in
4211             jre1.6.0u12+.</li>
4212           <li>Exception when feature created from selection beyond
4213             length of sequence.</li>
4214           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4215           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4216             all sequences with a given id</li>
4217           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4218             ID string searches</li>
4219           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4220             alignment to fail with exception</li>
4221         </ul> <em>Application Issues</em>
4222         <ul>
4223           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4224           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4225             data sources</li>
4226         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4227         <ul>
4228           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4229             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4230           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4231             version (java class versioning error fixed)</li>
4232         </ul>
4233       </td>
4234     </tr>
4235     <tr>
4236       <td>
4237
4238         <div align="center">
4239           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4240         </div>
4241       </td>
4242       <td><em>User Interface</em>
4243         <ul>
4244           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4245             translation and protein products</li>
4246           <li>Linked highlighting of structure associated with
4247             residue mapping to codon position</li>
4248           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4249             and 'clear' button</li>
4250           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4251             Tools menu</li>
4252           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4253             numeric data in description line</li>
4254           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4255           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4256             of sequence</li>
4257         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4258         <ul>
4259           <li>JPred3 web service</li>
4260           <li>Prototype sequence search client (no public services
4261             available yet)</li>
4262           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4263             PFAM</li>
4264           <li>URL Links created for matching database cross
4265             references as well as sequence ID</li>
4266           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4267         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4268         <ul>
4269           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4270             databases</li>
4271           <li>Generalised database reference retrieval and
4272             validation to all fetchable databases</li>
4273           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4274             sequence command</li>
4275         </ul> <em>Import and Export</em>
4276         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4277         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4278           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4279         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4280           File</li>
4281         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4282           triplet as name of colourscheme</li>
4283         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4284         <ul>
4285           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4286           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4287             alignments (experimental)</li>
4288           <li>Create new or select existing session to join</li>
4289           <li>load and save of vamsas documents</li>
4290         </ul> <em>Application command line</em>
4291         <ul>
4292           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4293             from applet)</li>
4294           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4295             of DAS servers to query for alignment features</li>
4296           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4297             that are also automatically queried for features</li>
4298           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4299             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4300         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4301         <ul>
4302           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4303             application (when using &quot;View in full
4304             application&quot;)</li>
4305         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4306         <ul>
4307           <li>feature group display control parameter</li>
4308           <li>debug parameter</li>
4309           <li>showbutton parameter</li>
4310         </ul> <em>Applet API methods</em>
4311         <ul>
4312           <li>newView public method</li>
4313           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4314           <li>Feature display control methods</li>
4315           <li>get list of currently selected sequences</li>
4316         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4317         <ul>
4318           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4319           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4320             Jalview release.</li>
4321           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4322             property controls execution of obfuscator</li>
4323           <li>Build target for generating source distribution</li>
4324           <li>Debug flag for javacc</li>
4325           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4326             jalview.bin.Cache</li>
4327           <li>Continuous Build Integration for stable and
4328             development version of Application, Applet and source
4329             distribution</li>
4330         </ul></td>
4331       <td>
4332         <ul>
4333           <li>selected region output includes visible annotations
4334             (for certain formats)</li>
4335           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4336             for editing</li>
4337           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4338           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4339           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4340           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4341             comments</li>
4342           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4343             filenames containing a ':'</li>
4344           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4345             global sequence features</li>
4346           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4347             references from alignment sequences goes to zero</li>
4348           <li>Close of tree branch colour box without colour
4349             selection causes cascading exceptions</li>
4350           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4351           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4352             file parsing fails.</li>
4353           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4354           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4355             not a valid output format</li>
4356           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4357             vamsas</li>
4358           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4359           <li>error messages passed up and output when data read
4360             fails</li>
4361           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4362             sequence is edited</li>
4363           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4364             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4365           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4366             filetype</li>
4367           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4368             import fixed for PFAM records</li>
4369           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4370             window list</li>
4371           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4372             can be read and written correctly to annotation file</li>
4373           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4374             correctly</li>
4375           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4376             non-italic font for representatives in Applet</li>
4377           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4378             Macs.</li>
4379           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4380             Applet)</li>
4381           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4382             due to null pointer exceptions</li>
4383           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4384             first column of alignment</li>
4385           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4386             July 2008</li>
4387           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4388             file is case-insensitive</li>
4389           <li>Sequence features read from Features file appended to
4390             all sequences with matching IDs</li>
4391           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4392             containing a sub-sequence</li>
4393           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4394           <li>feature and annotation file applet parameters
4395             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4396           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4397           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4398             splash-screen version check to complete</li>
4399           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4400             when passing them to the launchApp service</li>
4401           <li>display name and local features preserved in results
4402             retrieved from web service</li>
4403           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4404             sequence fetcher initialisation</li>
4405           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4406             dasobert DAS client</li>
4407           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4408             association</li>
4409           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4410             sequences
4411           </li>
4412         </ul>
4413       </td>
4414     </tr>
4415     <tr>
4416       <td>
4417         <div align="center">
4418           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4419         </div>
4420       </td>
4421       <td>
4422         <ul>
4423           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4424           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4425           <li>Slide sequences</li>
4426           <li>Edit sequence in place</li>
4427           <li>EMBL CDS features</li>
4428           <li>DAS Feature mapping</li>
4429           <li>Feature ordering</li>
4430           <li>Alignment Properties</li>
4431           <li>Annotation Scores</li>
4432           <li>Sort by scores</li>
4433           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4434         </ul>
4435       </td>
4436       <td>
4437         <ul>
4438           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4439           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4440           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4441           <li>Feature group display state in XML</li>
4442           <li>Feature ordering in XML</li>
4443           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4444           <li>Stockholm alignment properties</li>
4445           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4446           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4447           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4448           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4449         </ul>
4450       </td>
4451
4452     </tr>
4453     <tr>
4454       <td>
4455         <div align="center">
4456           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4457         </div>
4458       </td>
4459       <td>
4460         <ul>
4461           <li>Non standard characters can be read and displayed
4462           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4463             applet via textbox
4464           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4465             name &amp; description
4466           <li>Preference setting to display sequence name in
4467             italics
4468           <li>Annotation file format extended to allow
4469             Sequence_groups to be defined
4470           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4471             specified in preferences
4472           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4473             sequences
4474         </ul>
4475       </td>
4476       <td>
4477         <ul>
4478           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4479             installed
4480           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4481           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4482         </ul>
4483       </td>
4484     </tr>
4485     <tr>
4486       <td>
4487         <div align="center">
4488           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4489         </div>
4490       </td>
4491       <td>
4492         <ul>
4493           <li>Multiple views on alignment
4494           <li>Sequence feature editing
4495           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4496           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4497           <li>Background dependent text colour
4498           <li>Right align sequence ids
4499           <li>User-defined lower case residue colours
4500           <li>Format Menu
4501           <li>Select Menu
4502           <li>Menu item accelerator keys
4503           <li>Control-V pastes to current alignment
4504           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4505           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4506           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4507
4508           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4509         </ul>
4510       </td>
4511       <td>
4512         <ul>
4513           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4514           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4515             calculations
4516           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4517             edits
4518           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4519             of alignment)
4520           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4521
4522           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4523             display correctly
4524           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4525           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4526             analysis results
4527           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4528             &#8739;
4529           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4530           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4531           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4532
4533         </ul>
4534       </td>
4535     </tr>
4536     <tr>
4537       <td>
4538         <div align="center">
4539           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4540         </div>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4550             sequence id panel has been resized</li>
4551           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4552             rendered</li>
4553           <li>Annotation files with sequence references - all
4554             elements in file are relative to sequence position</li>
4555           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4556         </ul>
4557       </td>
4558     </tr>
4559     <tr>
4560       <td>
4561         <div align="center">
4562           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4563         </div>
4564       </td>
4565       <td>
4566         <ul>
4567           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4568           <li>DAS Feature fetching</li>
4569           <li>Hide sequences and columns</li>
4570           <li>Export Annotations and Features</li>
4571           <li>GFF file reading / writing</li>
4572           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4573             files</li>
4574           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4575           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4576           <li>Applet can launch the full application</li>
4577           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4578             required)</li>
4579           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4580           <li>Applet can load sequences from parameter
4581             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4582           </li>
4583         </ul>
4584       </td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4588           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4589           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4590         </ul>
4591       </td>
4592     </tr>
4593     <tr>
4594       <td>
4595         <div align="center">
4596           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4597         </div>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4602           <li>Choose to match case when searching</li>
4603           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4604             expand the visible width and height of the alignment</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607       <td>
4608         <ul>
4609           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4610         </ul>
4611       </td>
4612     </tr>
4613     <tr>
4614       <td>
4615         <div align="center">
4616           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4617         </div>
4618       </td>
4619       <td>&nbsp;</td>
4620       <td>
4621         <ul>
4622           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4623           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4624             value</li>
4625         </ul>
4626       </td>
4627     </tr>
4628     <tr>
4629       <td>
4630         <div align="center">
4631           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4632         </div>
4633       </td>
4634       <td>
4635         <ul>
4636           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4637           <li>Keyboard editing</li>
4638           <li>Create sequence features from searches</li>
4639           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4640             alignments</li>
4641           <li>Features file allows grouping of features</li>
4642           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4643           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4644           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4645         </ul>
4646       </td>
4647       <td>
4648         <ul>
4649           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4650           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4651             descriptions saved.</li>
4652         </ul>
4653       </td>
4654     </tr>
4655     <tr>
4656       <td>
4657         <div align="center">
4658           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4659         </div>
4660       </td>
4661       <td>
4662         <ul>
4663           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4664           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4665           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4666             name for file output</li>
4667           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4668           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4669             used for HTML form input</li>
4670         </ul>
4671       </td>
4672       <td>
4673         <ul>
4674           <li>HTML output writes groups and features</li>
4675           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4676           <li>File IO bugs</li>
4677         </ul>
4678       </td>
4679     </tr>
4680     <tr>
4681       <td>
4682         <div align="center">
4683           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4684         </div>
4685       </td>
4686       <td>
4687         <ul>
4688           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4689           <li>More options for PCA viewer</li>
4690         </ul>
4691       </td>
4692       <td>
4693         <ul>
4694           <li>GUI bugs resolved</li>
4695           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4696         </ul>
4697       </td>
4698     </tr>
4699     <tr>
4700       <td height="63">
4701         <div align="center">
4702           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4703         </div>
4704       </td>
4705       <td>
4706         <ul>
4707           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4708           <li>Jar files are executable</li>
4709           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712       <td>
4713         <ul>
4714           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4715           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4716           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719     </tr>
4720     <tr>
4721       <td>
4722         <div align="center">
4723           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4724         </div>
4725       </td>
4726       <td>
4727         <ul>
4728           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4734         </ul>
4735       </td>
4736     </tr>
4737     <tr>
4738       <td>
4739         <div align="center">
4740           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4741         </div>
4742       </td>
4743       <td>
4744         <ul>
4745           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4746             size</li>
4747         </ul>
4748       </td>
4749       <td>
4750         <ul>
4751           <li>Improved JPred client reliability</li>
4752           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4753         </ul>
4754       </td>
4755     </tr>
4756     <tr>
4757       <td>
4758         <div align="center">
4759           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4760         </div>
4761       </td>
4762       <td>
4763         <ul>
4764           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4765           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4766           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4767             to Colour Menu</li>
4768           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4769           <li>Unix users can set default web browser</li>
4770           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4771           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4777         </ul>
4778       </td>
4779     </tr>
4780     <tr>
4781       <td>
4782         <div align="center">
4783           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4784         </div>
4785       </td>
4786       <td>&nbsp;</td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4790             alignment order.</li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793     </tr>
4794     <tr>
4795       <td>
4796         <div align="center">
4797           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4798         </div>
4799       </td>
4800       <td>
4801         <ul>
4802           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4803           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4804           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4805             annotations.</li>
4806           <li>Version and build date written to build properties
4807             file.</li>
4808           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4809             at launch of Jalview.</li>
4810         </ul>
4811       </td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4815           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4816           <li>Can remove groups one by one.</li>
4817           <li>Filechooser icons installed.</li>
4818           <li>Finder ignores return character when searching.
4819             Return key will initiate a search.<br>
4820           </li>
4821         </ul>
4822       </td>
4823     </tr>
4824     <tr>
4825       <td>
4826         <div align="center">
4827           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4828         </div>
4829       </td>
4830       <td>
4831         <ul>
4832           <li>New codebase</li>
4833         </ul>
4834       </td>
4835       <td>&nbsp;</td>
4836     </tr>
4837   </table>
4838   <p>&nbsp;</p>
4839 </body>
4840 </html>