help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.1</a><br />
  62           <em>31/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3973 -->Distribution Tarball includes git commit
  67             and branch details
  68           </li>
  69         </ul>
  70       </td>
  71       <td align="left" valign="top">
  72         <ul>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3975 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  75             using the "Create sequence feature" dialog
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
  79             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
  83             from its source tarball
  84           </li>
  85         </ul> <em>New Known Issues</em>
  86         <ul>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3984 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  89             using the "Text Colour" dialog
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
  93             colouring same structure from different views (since
  94             2.11.2.0)
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3980 --> Sequence ID tooltip not showing during
  98             long running retrieval/crossref operations (affects at least
  99             2.11.1 onwards)
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
 103             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 107             not working due to VAqua requiring
 108             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 112             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 113           </li>
 114         </ul>
 115       </td>
 116     </tr>
 117     <tr>
 118       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 119           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 120           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 121       <td align="left" valign="top">
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 125             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 126             Chimera.
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 130             with Uniprot references via 3D-Beacons
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 134             Uniprot sequences according to number of residues in
 135             structure mapped to positions involved in the alignment
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 139             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 140             Annotation' for a sequence
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 147             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 153             memory settings at launch
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 157             non-alphanumerics when discovering database references with
 158             'Fetch DB Refs'
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 162             Console whilst discovering database references for a
 163             sequence
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 167             schema
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 171             disabled by default
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 175             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 176             fetcher dialog.
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 180             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 181             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 182             drosophila_melanogaster)
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 186             argument to prevent automatic discovery of analysis
 187             webservices on launch
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 191             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 192             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 193             textbox
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 197             proxies that require authentication
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 201             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 205             to 14.31.53
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 209             text
 210           </li>
 211         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 212         <ul>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 215             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 216             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 217             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 218               is the recommended workaround for known issue about
 219               working directory preservation when running native
 220               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 221           </em>
 222           </li>
 223           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 224             OSX releases (Monterey)</li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 227             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 228             the OSX disk image
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 232             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 236             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 237             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 238             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 242             configuration from jalview_properties
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 246             to get at Jalview's development builds
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 250             and Jalview Develop applications.
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 254             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 255             than anonymous 'Java' icons
 256           </li>
 257         </ul> <em>JalviewJS</em>
 258         <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 261             with SIFTS
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 265             JalviewJS only
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 269             reported once per key (avoids excessive log output in js
 270             console)
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 274             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 281             GUI additions and improvements in sync with Java
 282             application.
 283           </li>
 284         </ul> <em>Development</em>
 285         <ul>
 286           <li>
 287             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 294             process, added support for system package provided eclipse
 295             installs on linux
 296           </li>
 297           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 300             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 301             Jalview Launcher
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 305             with Java 17 (next LTS target)
 306           </li>
 307         </ul>
 308       </td>
 309       <td align="left" valign="top">
 310         <ul>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 313             execution
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 317             disappears when only one structure is shown (and many
 318             sequences:one chain mappings are present)
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 322             the first SEQUENCE_GROUP defined
 323           </li>
 324
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 327             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 328             trees (known defect from 2.11.1.3)
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 332             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 336             base in DNA sequences
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 340             Structure Preferences
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 350             modified graduated colour
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 354             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 355             clustal colouring is enabled
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 362             from Preferences
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 366             routing to stderr and appear as a raw template
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 370             numerical field doesn't update the value of the parameter
 371             until return is pressed.
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 375             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 376             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 377             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 378           </li>
 379         </ul> <em>JalviewJS</em>
 380         <ul>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 383             down) percentage values causing a divide by zero
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 387             via Info.args when there are arguments on the URL
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 394             JalviewJS
 395           </li>
 396         </ul> <em>Development</em>
 397         <ul>
 398           <li>Gradle
 399             <ul>
 400               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 401               <li>
 402                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 403                 Gradle v.6.6+
 404               </li>
 405             </ul>
 406           </li>
 407
 408         </ul> <em>Known Issues</em>
 409         <ul>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 412             suppressed when structures associated with a sequence are
 413             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 414             series)
 415           </li>
 416         </ul>
 417       </td>
 418     </tr>
 419     <tr>
 420       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 421           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 422           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 423       <td></td>
 424       <td align="left" valign="top">
 425         <ul>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 428             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 429             Unix/BSD OSs)
 430           </li>
 431         </ul> <em>Security</em>
 432         <ul>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 435             certificates.
 436           </li>
 437         </ul>
 438     </tr>
 439     <tr>
 440       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 441           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 442           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 443
 444       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 445         <ul>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 448             2.16.0 to 2.17.0.
 449           </li>
 450         </ul></td>
 451       <td></td>
 452     </tr>
 453     <tr>
 454       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 455           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 456           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 457
 458       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 459         <ul>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 462             (was log4j 1.2.x).
 463         </ul> <em>Development</em>
 464         <ul>
 465           <li>Updated building instructions</li>
 466         </ul></td>
 467       <td>
 468         <ul>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 471             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 472             and display)
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 476             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 477             only)
 478           </li>
 479         </ul> <em>Development</em>
 480         <ul>
 481           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 482         </ul>
 483       </td>
 484     </tr>
 485     <tr>
 486       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 487           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 488           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 489       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 490           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 491         <ul>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 494             launch of the news browser (like -nonews argument)
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 498             download of linkout URLs from
 499             www.jalview.org/services/identifiers
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 503             download of BIOJSHTML templates
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 507             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 508             disabled
 509           </li>
 510         </ul></td>
 511       <td align="left" valign="top">
 512         <ul>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 515             Jmol
 516           </li>
 517         </ul> <em>New Known defects</em>
 518         <ul>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 521             always restored from project (since 2.10.3)
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 525             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 526           </li>
 527         </ul>
 528       </td>
 529     </tr>
 530     <tr>
 531       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 532           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 533           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 534       <td align="left" valign="top">
 535         <ul>
 536
 537         </ul>
 538       </td>
 539       <td align="left" valign="top">
 540         <ul>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 543             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 547             sequences can be classed as nucleotide
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 551             sequences after alignment of protein products (known defect
 552             first reported for 2.11.1.0)
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 556             features outwith CDS shown overlaid on protein
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 560             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 561             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 565             CDS features
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 569             always select corresponding protein sequences
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 573             column selection doesn't always ignore hidden columns
 574           </li>
 575         </ul> <em>Installer</em>
 576         <ul>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 579             Windows prevents install4j launching getdown
 580           </li>
 581         </ul> <em>Development</em>
 582         <ul>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 585             version numbers in doc/building.md
 586           </li>
 587         </ul>
 588       </td>
 589     </tr>
 590     <tr>
 591       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 592           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 593           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 594       <td align="left" valign="top">
 595         <ul>
 596         </ul>
 597       </td>
 598       <td align="left" valign="top">
 599         <ul>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 602             "Encountered problems opening
 603             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 604           </li>
 605         </ul>
 606       </td>
 607     </tr>
 608     <tr>
 609       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 610           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 611           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 612       <td align="left" valign="top">
 613         <ul>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 616             residue in cursor mode
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 620             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 624             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 625             improved compatibility with JalviewJS
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 629             alignments from Pfam and Rfam
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 633             import (no longer based on .gz extension)
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 640             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 641             EMBL flat file
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 645             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 646             saving or making backup files.
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 650             <ul>
 651               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 652               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 653             </ul>
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 657             when running on Linux (Requires Java 11+)
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 661             green ones) are not automatically displayed when associated
 662             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 663             PDB.
 664           </li>
 665         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 666         <ul>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 669             through a system property
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 673             line help for configuring Jalview's memory
 674           </li>
 675         </ul>
 676       </td>
 677       <td align="left" valign="top">
 678         <ul>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 681             but not calculated and no protein or DNA score models are
 682             available for tree/PCA calculation when launched with
 683             Turkish language locale
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 687             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 691             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 695             sequence under the cursor
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 699             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 703             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 704             '%s'" on the console
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 708             when there are both local and complementary features mapped
 709             to the position under the cursor
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 713             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 717             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 721             internationalised text for some messages and log output
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 725             hidden gapped columns
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 729             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 733             specifying output format when exporting an alignment via the
 734             command line
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 738             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 739             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 740             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 741             file again, and if that fails, delete the original file and
 742             save in place.)
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 746             sequence features displayed causes displayed features to be
 747             hidden.
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 751             via command line
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 755             program and documentation
 756           </li>
 757         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 758         <ul>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 761             first time for a version that has different jars to the
 762             previous launched version.
 763           </li>
 764         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 765         <ul>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 768             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 769             OutOfMemory error.
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 773             monitor the release channel
 774           </li>
 775         </ul> <em>New Known defects</em>
 776         <ul>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 779             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 780             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 781             RNA viruses)
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 785             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 786             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 790             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 791             works for the top left quadrant of the alignment window
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 795             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 799             when alignment view restored from project (since Jalview
 800             2.11.0)
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 804             protein products for certain ENA records are repeatedly
 805             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 806           </li>
 807         </ul>
 808       </td>
 809     </tr>
 810     <tr>
 811       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 812           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 813           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 814       <td align="left" valign="top">
 815         <ul>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 818             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 819             for display in alignments, on structure views (including
 820             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 821             export.
 822           </li>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 825             exported and re-imported as GFF3 files
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 829             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 833             validation while parsing
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 837             position if reopened
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 841             of associated view
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 845             enabled by default
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 849             tooltips and menus
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 853             with no feature types visible
 854           </li>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 857             attributes with large integer values
 858           </li>
 859         </ul>
 860         <em>Jalview Installer</em>
 861         <ul>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 864             installer template version reported in console (may be null
 865             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 869             higher quality background images
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 873             generated with install4j 8.0.4
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 877             Platforms
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 881             setting when running on large memory machines
 882           </li>
 883         </ul> <em>Release processes</em>
 884         <ul>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 890             access to test-release channel builds
 891           </li>
 892         </ul> <em>Build System</em>
 893         <ul>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 899             report
 900           </li>
 901         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 902         <ul>
 903           <li>
 904             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 905             to stdout containing the consensus sequence for each
 906             alignment in a Jalview session
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 910             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 911             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 912           </li>
 913         </ul>
 914       </td>
 915       <td align="left" valign="top">
 916         <ul>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 919             'Show hidden markers' option is not ticked
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 923             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 924             jalview preferences or properties file
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 928             'Show Sequence Features' option is not ticked
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 932             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 933             features are visible
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 937             equal when split frame is first opened
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 941             correct after editing a sequence's start position
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 945             with annotation and exceptions thrown when only a few
 946             columns shown in wrapped mode
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 950             wrapped alignment figure with annotations
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 954             ID fails with ClassCastException
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 958             Project
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 962             feature settings dialog also selects columns
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 966             IllegalArgumentException in some circumstances
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 970             opened for a view
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 974             alignment window is closed
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 978             help documentation for 2.11.0 release
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 982             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 983             Uniprot Accession
 984           </li>
 985         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 986         <ul>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 989             PDB/Uniprot search panel
 990           </li>
 991         </ul> <em>Installer</em>
 992         <ul>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 995             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 996           </li>
 997         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 998         <ul>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
1001             repository
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
1005             memory
1006           </li>
1007         </ul> <em>New Known Issues</em>
1008         <ul>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1011             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1012             command line
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1016             clipped in headless figure export when Right Align option
1017             enabled
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1021             'Source' in console output
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1025             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1026           </li>
1027         </ul>
1028       </td>
1029     </tr>
1030     <tr>
1031       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1032           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1033       <td align="left" valign="top">
1034         <ul>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1037             Application and Installers built with <a
1038             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1039             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1040             InstallAnywhere
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1044             memory settings, receive over the air updates and launch
1045             specific versions via (<a
1046             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1047               Rings' GetDown</a>)
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1051             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1052             files)
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1056             line arguments and switch between different getdown channels
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1060             project or alignment files
1061           </li>
1062
1063           <li>
1064             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1065             data files
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1069             updated to version 2.12.0
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1073             'Translate as cDNA'
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1077           </li>
1078           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1079               of Sequence Features</strong>
1080             <ul>
1081               <li>
1082                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1083                 implementation that allows updates) used for Sequence
1084                 Feature collections
1085               </li>
1086               <li>
1087                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1088                 features can be filtered and shaded according to any
1089                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1090                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1091                 file)
1092               </li>
1093               <li>
1094                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1095                 stored and restored from Jalview Projects
1096               </li>
1097               <li>
1098                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1099                 BioJava) to recognise variant features
1100               </li>
1101               <li>
1102                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1103                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1104               </li>
1105               <li>
1106                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1107                 selected sequence feature's details
1108               </li>
1109               <li>
1110                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1111                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1112                 and filter aware)
1113               </li>
1114               <li>
1115                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1116                 Settings dialog
1117               </li>
1118             </ul></li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1121             and PCA calculations
1122           </li>
1123           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1124             <ul>
1125               <li>
1126                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1127                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1128               </li>
1129               <li>
1130                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1131                 viewer's drop-down menus
1132               </li>
1133               <li>
1134                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1135                 PCA image incrementally
1136               </li>
1137               <li>
1138                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1139               </li>
1140             </ul></li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1143           </li>
1144           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1145             <ul>
1146               <li>
1147                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1148                 selections and multiple groups when working with large
1149                 alignments
1150               </li>
1151               <li>
1152                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1153                 parsing Stockholm files
1154               </li>
1155             </ul>
1156           <li><strong>User Interface</strong>
1157             <ul>
1158               <li>
1159                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1160                 each view
1161               </li>
1162               <li>
1163                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1164                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1165                 regions of alignment are shown by default (can be
1166                 changed in user preferences)
1167               </li>
1168               <li>
1169                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1170                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1171               </li>
1172               <li>
1173                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1174                 when all sequences are hidden
1175               </li>
1176               <li>
1177                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1178                 selection region, and gap count when inserting or
1179                 deleting gaps
1180               </li>
1181               <li>
1182                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1183                 annotation labels
1184               </li>
1185               <li>
1186                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1187                 shown when in wrapped mode
1188               </li>
1189               <li>
1190                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1191                 left/right in a graph or histogram annotation
1192               </li>
1193               <li>
1194                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1195                 search panels
1196               </li>
1197               <li>
1198                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1199                 Overview panel
1200               </li>
1201               <li>
1202                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1203                 sequence id popup menu
1204               </li>
1205               <li>
1206                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1207                 not shown if no subgroups are created
1208               </li>
1209               <li>
1210                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1211                 search history by right-clicking search box
1212               </li>
1213
1214
1215             </ul></li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1218             Groovy v2.5
1219           </li>
1220           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1221               release)</strong>
1222             <ul>
1223               <li>
1224                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1225                 entry and trapping CMD-Q
1226               </li>
1227             </ul></li>
1228         </ul> <em>Deprecations</em>
1229         <ul>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1232             capabilities removed from the Jalview Desktop
1233           </li>
1234           <li>
1235             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1236             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1237             projects and XML based data retrieval clients
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1241             removal
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1245             Start
1246           </li>
1247         </ul> <em>Documentation</em>
1248         <ul>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1251             effects not supported in EPS figure export
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1255             dialog
1256           </li>
1257         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1258         <ul>
1259           <li>
1260             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1261             from Ant to Gradle
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1265             keys in Message bundles
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1269             gradle-eclipse
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1273             continuous integration for unattended Test Suite execution
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1277             operations
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1281             issues resolved
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1285             markdown (with HTML rendering)
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1292             versions of Jalview
1293           </li>
1294         </ul>
1295       </td>
1296       <td align="left" valign="top">
1297         <ul>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1303             superposition in Jmol fail on Windows
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1307             discovering structures for sequences with lots of PDB
1308             structures
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1312             with monospaced font
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1316             Jalview project involving multiple views
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1320             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1321             Annotation dialog hides columns
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1325             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1326             selection in one view, then making another selection in the
1327             other view
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1331             columns
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1335             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1339             redrawing the overview with large alignments
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1343             region if columns were selected by dragging right-to-left
1344             and the mouse moved to the left of the first column
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1348             a hidden column marker via scale popup menu
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1352             URLs doesn't tell users the invalid URL
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1356             score from view
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1360             during show cross references or Fetch Database References
1361             are shown in red in original view
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1365             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1366             p.Res.null)
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1370             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1374             printed when columns are hidden
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1378             Columns by Annotation description
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1382             dragging out of Scale or Annotation Panel
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1386             out of scale panel
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1390             alignment down
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1394             in scale panel
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1398             Down, Page Up in wrapped mode
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1408             selected on opening an alignment
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1412             in Colour menu
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1416             when different groups in the alignment are selected
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1420             shown correctly in menu
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1424             min/max threshold limit
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1428             threshold gets 'unrounded'
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1432             colour
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1436             axis
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1440           </li>
1441           <li>
1442             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1443             alignment, not Tree font
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1447             from project file
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1451             Overview shown in complementary view
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1455             shown without normalisation
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1459             positioned at top of report
1460           </li>
1461           <li>
1462             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1466             OSX Mojave
1467           </li>
1468         </ul> <em>Editing</em>
1469         <ul>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1472             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1473             via 'Edit' sequence
1474           </li>
1475           <li>
1476             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1477             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1478             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1482             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1486             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1487             in 2.10.5)
1488           </li>
1489         </ul> <em>Datamodel</em>
1490         <ul>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1493             sequence's End is greater than its length
1494           </li>
1495         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1496           release)</em>
1497         <ul>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1500           </li>
1501         </ul> <em>New Known Defects</em>
1502         <ul>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1505             clicking ignores bounds of an existing selected region
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1509             gapped regions of protein alignment.
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1513             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1517             after 'New View'
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1521             columns within hidden columns
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1525             re-enters window after dragging left to select columns to
1526             left of visible region
1527           </li>
1528           <li>
1529             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1530             description string and thresholded by score in earlier
1531             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1532             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1533           </li>
1534           <li>
1535             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1536             reset group visibility
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1540             linked CDS/Protein view
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1544             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1545           </li>
1546         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1547         <ul>
1548           <li>
1549             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1550             alphabetically when saved
1551           </li>
1552         </ul>
1553       </td>
1554     </tr>
1555     <tr>
1556       <td width="60" nowrap>
1557         <div align="center">
1558           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1559         </div>
1560       </td>
1561       <td><div align="left">
1562           <em></em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1566               InstallAnywhere increased to 1G.
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1570               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1571               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1572                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1573                 properties file.</em>
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1577               API and sequence data now imported as JSON.
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1581               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1582               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1583               property.
1584             </li>
1585           </ul>
1586           <em>Development</em>
1587           <ul>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1590               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1591                 Clover</a>
1592             </li>
1593           </ul>
1594         </div></td>
1595       <td><div align="left">
1596           <em></em>
1597           <ul>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1600               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1601               alignment.
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1605               annotation displayed.
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1609               for newly created group when 'Apply to all groups'
1610               selected
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1614               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1615               visible.
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1619               when sequences are selected in exported view.</em>
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1623               aren't rendered with correct colour.
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1627               types of knotted RNA secondary structure.
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1631               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1632               do not start at 1.
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1636               annotation when columns are inserted into an alignment,
1637               and when exporting as Stockholm flatfile.
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1641               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1642               treated as RNA secondary structure.
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1646               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1650               transfers focus to previous window on OSX
1651             </li>
1652           </ul>
1653           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1654           <ul>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1657               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1658               box.
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1662               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1663               'look and feel' which has improved compatibility with the
1664               latest version of OSX.
1665             </li>
1666           </ul>
1667         </div></td>
1668     </tr>
1669     <tr>
1670       <td width="60" nowrap>
1671         <div align="center">
1672           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1673             <em>7/06/2018</em></strong>
1674         </div>
1675       </td>
1676       <td><div align="left">
1677           <em></em>
1678           <ul>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1681               annotation retrieved from Uniprot
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1685               onto the Jalview Desktop
1686             </li>
1687           </ul>
1688         </div></td>
1689       <td><div align="left">
1690           <em></em>
1691           <ul>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1694               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1698               right-hand column parsed correctly
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1702               not alignment area in exported graphic
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1706               window has input focus
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1710               annotation added to view (Windows)
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1714               network connectivity is poor
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1718               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1719                 the currently open URL and links from a page viewed in
1720                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1721                 you are using Edge, only links in the page can be
1722                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1723                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1724             </li>
1725           </ul>
1726           <em>New Known Defects</em>
1727           <ul>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1730               Annotation
1731             </li>
1732           </ul>
1733         </div></td>
1734     </tr>
1735     <tr>
1736       <td width="60" nowrap>
1737         <div align="center">
1738           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1739         </div>
1740       </td>
1741       <td><div align="left">
1742           <em></em>
1743           <ul>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1746               for disabling automatic superposition of multiple
1747               structures and open structures in existing views
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1751               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1752               adjust them.
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1756               Ensembl services
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1760               and lots of hidden columns
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1764               of features (particularly when transparency is disabled)
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1768               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1769               made generally available
1770             </li>
1771           </ul>
1772         </div></td>
1773       <td><div align="left">
1774           <ul>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1777               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1781               overlapping alignment panel
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1785               sequence as gaps
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1789               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1790               UTR
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1794               factor annotation not added to sequence when local PDB
1795               file associated with it by drag'n'drop or structure
1796               chooser
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1800               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1804               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1808               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1812               columns in annotation row
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1816               not honored in batch mode
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1820               for structures added to existing Jmol view
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1824               entries after importing project with multiple views
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1828               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1829               with negative residue numbers or missing residues fails
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1833               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1834               files (e.g. as generated by CONSURF)
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1838               tooltip doesn't include a text description of mutation
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1842               structure and/or overview windows are also shown
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1846               regions very slow for alignments with large numbers of
1847               sequences
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1851               with 'StringIndexOutOfBounds'
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1855               Feel for OSX platforms running Java 10
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1859               view appears to do nothing because the view is hidden
1860               behind the alignment view
1861             </li>
1862           </ul>
1863           <em>Applet</em>
1864           <ul>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1867               should copy the group consensus when popup is opened on it
1868             </li>
1869           </ul>
1870           <em>Batch Mode</em>
1871           <ul>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1874               respected
1875             </li>
1876           </ul>
1877           <em>New Known Defects</em>
1878           <ul>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1881               editing a large alignment and overview is displayed
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1885               repeatedly after a series of edits even when the overview
1886               is no longer reflecting updates
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1890               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1891               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1892               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1896               CSV option gives blank output
1897             </li>
1898           </ul>
1899         </div></td>
1900     </tr>
1901     <tr>
1902       <td width="60" nowrap>
1903         <div align="center">
1904           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1905             <em>24/1/2018</em></strong>
1906         </div>
1907       </td>
1908       <td><div align="left">
1909           <ul>
1910             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1911               30th November 2018)</li>
1912           </ul>
1913         </div></td>
1914       <td><div align="left">
1915           <em>Desktop</em>
1916           <ul>
1917             <ul>
1918               <li>
1919                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1920                 several sequences and structures are selected for
1921                 viewing/superposing
1922               </li>
1923               <li>
1924                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1925                 vertically via trackpad and scrollwheel
1926               </li>
1927               <li>
1928                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1929                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1930                 start of alignment
1931               </li>
1932               <li>
1933                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1934                 scrolled into view if columns are hidden
1935               </li>
1936               <li>
1937                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1938                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1939                 hidden columns
1940               </li>
1941               <li>
1942                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1943                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1944                 effect
1945               </li>
1946               <li>
1947                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1948                 relationships when retrieving sequences from
1949                 EnsemblGenomes
1950               </li>
1951             </ul>
1952         </div></td>
1953     </tr>
1954     <tr>
1955       <td width="60" nowrap>
1956         <div align="center">
1957           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1958         </div>
1959       </td>
1960       <td><div align="left">
1961           <em></em>
1962           <ul>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1965               rendering of sequence features
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1969               429 rate limit request hander
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1973               their colours have changed
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1977               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1981               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1985               view from Ensembl locus cross-references
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1989               Alignment report
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1993               feature can be disabled
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1997               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
2001               Uniprot
2002             </li>
2003           </ul>
2004           <em>Scripting</em>
2005           <ul>
2006             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2007             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2008               percent identity scores for current alignment.</li>
2009           </ul>
2010           <em>Testing and Deployment</em>
2011           <ul>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2014             </li>
2015           </ul>
2016         </div></td>
2017       <td><div align="left">
2018           <em>General</em>
2019           <ul>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2022               threshold text field doesn't trigger an update to the
2023               alignment view
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2027               strings in parallel
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2031               alignment window is closed
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2035               group visibility
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2039               takes a long time in Cursor mode
2040             </li>
2041           </ul>
2042           <em>Desktop</em>
2043           <ul>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2046               cannot be viewed in Chimera
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2050               CDS/Protein view
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2054               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2055               Search Dialogs
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2065               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2069               scrolling right in unwapped alignment view
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2073               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2074               database
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2078               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2082               features of same type and group to be selected for
2083               amending
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2087               alignments when hidden columns are present
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2091               displaying several structures
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2095               moving a window
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2099               within the Jalview desktop on OSX
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2103               when in wrapped alignment mode
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2107               hand end of alignment
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2111               each selected sequence do not have correct start/end
2112               positions
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2116               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2120               restoring project until a new view is created
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2124               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2125               configured (since 2.10.2b2)
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2129               position is adjusted
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2133               in a multi-chain structure when viewing alignment
2134               involving more than one chain (since 2.10)
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2138               if new selection moves alignment window
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2142               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2146               that produces correctly annotated transcripts and products
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2150               doesn't update associated structure view
2151             </li>
2152           </ul>
2153           <em>Applet</em><br />
2154           <ul>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2157               closing alignment panel
2158             </li>
2159           </ul>
2160           <em>BioJSON</em><br />
2161           <ul>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2164               non-positional features
2165             </li>
2166           </ul>
2167           <em>New Known Issues</em>
2168           <ul>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2171               sequence features correctly (for many previous versions of
2172               Jalview)
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2176               using cursor in wrapped panel other than top
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2180               graduated colour threshold
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2184               always preserve numbering and sequence features
2185             </li>
2186           </ul>
2187           <em>Known Java 9 Issues</em>
2188           <ul>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2191               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2192               9.01, OSX 10.10)
2193             </li>
2194           </ul>
2195         </div></td>
2196     </tr>
2197     <tr>
2198       <td width="60" nowrap>
2199         <div align="center">
2200           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2201             <em>2/10/2017</em></strong>
2202         </div>
2203       </td>
2204       <td><div align="left">
2205           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2206           <ul>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2209               at uniprot.org
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2213               ebi.ac.uk
2214             </li>
2215           </ul>
2216         </div></td>
2217       <td><div align="left"></div></td>
2218     </tr>
2219     <tr>
2220       <td width="60" nowrap>
2221         <div align="center">
2222           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2223             <em>7/9/2017</em></strong>
2224         </div>
2225       </td>
2226       <td><div align="left">
2227           <em></em>
2228           <ul>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2231               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2232               white)
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2236               Preferences
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2240               in size and progress bar shown as higher resolution
2241               overview is recalculated
2242             </li>
2243
2244           </ul>
2245         </div></td>
2246       <td><div align="left">
2247           <em></em>
2248           <ul>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2251               column region row by row
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2255               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2259               format setting is unticked
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2263               if group has show boxes format setting unticked
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2267               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2268               include sequences and columns not currently displayed
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2272               assemblies are imported via CIF file
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2276               displayed when threshold or conservation colouring is also
2277               enabled.
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2281               server version
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2285               dragging a selected region off the visible region of the
2286               alignment
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2290               colourscheme to all groups in a view
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2294               initially after font size change using the Font chooser or
2295               middle-mouse zoom
2296             </li>
2297           </ul>
2298         </div></td>
2299     </tr>
2300     <tr>
2301       <td width="60" nowrap>
2302         <div align="center">
2303           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2304         </div>
2305       </td>
2306       <td><div align="left">
2307           <em>Calculations</em>
2308           <ul>
2309
2310             <li>
2311               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2312               ungapped positions in each column of the alignment.
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2316               a calculation dialog box
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2320               and memory efficiency (~30x faster)
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2324               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2325               and other calculations
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2329               files within the Jalview codebase
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2333               Similarity may have different topology due to increased
2334               precision
2335             </li>
2336           </ul>
2337           <em>Rendering</em>
2338           <ul>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2341               model for alignments and groups
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2345               scripts
2346             </li>
2347           </ul>
2348           <em>Overview</em>
2349           <ul>
2350             <li>
2351               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2352               with alignment and overview windows
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2356               overview
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2360               omitted in Overview
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2364               adjustment of visible position
2365             </li>
2366           </ul>
2367
2368           <em>Data import/export</em>
2369           <ul>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2372               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2376               annotation input/output via stockholm flatfile
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2380               extension when importing structure files without embedded
2381               names or PDB accessions
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2385               format sequence substitution matrices
2386             </li>
2387           </ul>
2388           <em>User Interface</em>
2389           <ul>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2392               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2393               the application.
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2397               via Overview or sequence motif search operations
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2401               opened by double clicking gaps within sequence feature
2402               extent
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2406               aligned positions were available to create a 3D structure
2407               superposition.
2408             </li>
2409           </ul>
2410           <em>3D Structure</em>
2411           <ul>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2414               coloured in linked structure views
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2418               file-based command exchange
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2422               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2423               structures are already available for sequences
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2427               the Jalview project rather than downloaded again when the
2428               project is reopened.
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2432               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2433               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2434                 Feature</strong>)
2435             </li>
2436           </ul>
2437           <em>Web Services</em>
2438           <ul>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2444               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2445               Analysis services
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2449               cross-references provided by identifiers.org and the
2450               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2451             </li>
2452           </ul>
2453
2454           <em>Scripting</em>
2455           <ul>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2458               identifying file formats (instead of String constants)
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2462               efficiency when counting all displayed features (not
2463               backwards compatible with 2.10.1)
2464             </li>
2465           </ul>
2466           <em>Example files</em>
2467           <ul>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2470               included in the example feature file
2471             </li>
2472           </ul>
2473           <em>Documentation</em>
2474           <ul>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2477               with the built-in Java help viewer
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2481               sequence description' option
2482             </li>
2483           </ul>
2484           <em>Test Suite</em>
2485           <ul>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2488               Uniprot REST Free Text Search Client
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2495               during tests
2496             </li>
2497           </ul>
2498         </div></td>
2499       <td><div align="left">
2500           <em>Calculations</em>
2501           <ul>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2504               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2505               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2506             </li>
2507             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2508               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2509               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2510               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2511               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2512               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2513               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2514               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2515               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2516               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2517               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2518               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2519               // for 2.10.1 mode <br />
2520               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2521               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2522                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2523                 calculations (not recommended)</em></li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2526               scaling of branch lengths for trees computed using
2527               Sequence Feature Similarity.
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2531               generating output report when working with highly
2532               redundant alignments
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2536               right of selected region when gaps present on right-hand
2537               boundary
2538             </li>
2539           </ul>
2540           <em>User Interface</em>
2541           <ul>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2544               doesn't reselect a specific sequence's associated
2545               annotation after it was used for colouring a view
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2549               opened on a region of alignment without groups
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2553               of an alignment with overlapping groups
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2557               name and description match
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2561               hidden regions results in incorrect hidden regions
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2565               changing colour does not apply Conservation slider value
2566               to all groups
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2570               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2574               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2578               gaps before start of features
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2582               restored to UI when feature colour is edited
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2586               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2590               as graduate feature colour settings are modified via the
2591               dialog box
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2595               when a group defined on the alignment is resized
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2599               wrapped view result in positional status updates
2600             </li>
2601
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2604               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2608               alignment included gapped columns
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2612               widgets don't permanently disappear
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2616               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2617               T-Coffee column reliability scores)
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2621               sequence feature on gaps only
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2625               button from a Find inherit previously defined feature type
2626               rather than the Find query string
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2630               exporting tree calculated in Jalview
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2634               and then revealing them reorders sequences on the
2635               alignment
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2639               doesn't update to reflect available set of groups after
2640               interactively adding or modifying features
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2644               Linux
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2648               only excluded gaps in current sequence and ignored
2649               selection.
2650             </li>
2651           </ul>
2652           <em>Rendering</em>
2653           <ul>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2656               erratically when hidden rows or columns are present
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2660               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2661               sequence colouring
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2665               colour and group colour menu for protein alignments
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2669               reflect currently selected view or group's shading
2670               thresholds
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2674               when rendered on overview and structures when opacity at
2675               100%
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2679               overview when features overlaid on alignment
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2683               recovered correctly from Jalview project file
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2687               opened (automatically via preferences) are different to
2688               the main alignment panel
2689             </li>
2690           </ul>
2691           <em>Data import/export</em>
2692           <ul>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2695               load
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2699               added after a sequence was imported are not written to
2700               Stockholm File
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2704               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2708               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2712               with lightGray or darkGray via features file (but can
2713               specify lightgray)
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2717               when alignment view imported from project
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2721               structure and sequences extracted from structure files
2722               imported via URL and viewed in Jmol
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2726               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2727               the project is loaded and the structure viewed
2728             </li>
2729           </ul>
2730           <em>Web Services</em>
2731           <ul>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2734               release of Ensembl v.88
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2738               appear enabled in Preferences->Connections
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2742               removed from console output
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2746               Ensembl by Peptide ID
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2750               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2751               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2752               due to 'null' string rather than empty string used for
2753               residues with no corresponding PDB mapping).
2754             </li>
2755           </ul>
2756           <em>Application UI</em>
2757           <ul>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2760               menu
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2764               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2765               new documentation and tooltips added)
2766             </li>
2767             <li>
2768               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2769               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2773               new features are added to alignment
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2777               changes to feature colours via the Amend features dialog
2778             </li>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2781               edit graduated feature colour via amend features dialog
2782               box
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2786               selection menu changes colours of alignment views
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2790               from alignment calculation workers after alignment has
2791               been closed
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2795               groups now 'Create Group'
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2799               Create/Undefine group doesn't always work
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2803               shown again after pressing 'Cancel'
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2807               adjusts start position in wrap mode
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2811               ambiguous amino acids
2812             </li>
2813             <li>
2814               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2815               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2816               proteins
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2820               Defined' don't appear in Colours menu
2821             </li>
2822           </ul>
2823           <em>Applet</em>
2824           <ul>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2827               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2831               overview or linked structure view
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2835               work (since 2.8)
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2839               user-defined colourscheme doesn't restore original
2840               colourscheme
2841             </li>
2842           </ul>
2843           <em>Test Suite</em>
2844           <ul>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2847               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2851               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2852               problems with deep array comparison equality asserts in
2853               successive versions of TestNG
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2857               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2858             </li>
2859           </ul>
2860           <em>New Known Issues</em>
2861           <ul>
2862             <li>
2863               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2864               phase after a sequence motif find operation
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2868               containing just upper and lower case letters are
2869               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2873               reliably from eggnog Ortholog database
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2877               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2878               to mark columns containing highlighted regions.
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2882               doesn't always add secondary structure annotation.
2883             </li>
2884           </ul>
2885         </div>
2886     <tr>
2887       <td width="60" nowrap>
2888         <div align="center">
2889           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2890         </div>
2891       </td>
2892       <td><div align="left">
2893           <em>General</em>
2894           <ul>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2897               for all consensus calculations
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2901               3rd Oct 2016)
2902             </li>
2903             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2904               for 2016-2017</li>
2905           </ul>
2906           <em>Application</em>
2907           <ul>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2910               set of database cross-references, sorted alphabetically
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2914               from database cross references. Users with custom links
2915               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2916                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2917             </li>
2918             <li>
2919               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2920               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2921               Chimera session
2922             </li>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2925               the Chimera it is connected to is shut down
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2929               columns menu item to mark columns containing highlighted
2930               regions (e.g. from structure selections or results of a
2931               Find operation)
2932             </li>
2933             <li>
2934               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2935               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2936               MSAviewer
2937             </li>
2938           </ul>
2939         </div></td>
2940       <td>
2941         <div align="left">
2942           <em>General</em>
2943           <ul>
2944             <li>
2945               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2946               are not coloured or thresholded according to percent
2947               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2948             </li>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2951               hydrophobic
2952             </li>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2955               threshold, amino acid properties)
2956             </li>
2957             <li>
2958               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2959               reported as mapped to residues in a structure file in the
2960               View Mapping report
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2964               could be added multiple times to a sequence
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2968               bond features shown as two highlighted residues rather
2969               than a range in linked structure views, and treated
2970               correctly when selecting and computing trees from features
2971             </li>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2974               cross-references are matched to database name regardless
2975               of case
2976             </li>
2977
2978           </ul>
2979           <em>Application</em>
2980           <ul>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2983               names without regular expressions also offer links from
2984               Sequence ID
2985             </li>
2986             <li>
2987               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2988               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2989               update Jalview configuration
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2993               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2997               files with similarly named sequences if dropped onto the
2998               alignment
2999             </li>
3000             <li>
3001               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
3002               entries where more chains exist in the PDB accession than
3003               are reported in the SIFTS file
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3007               the structure view when displayed with Chimera
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3011               panel's View->Show Chains submenu
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3015               work for wrapped alignment views
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3019               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3023               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3024               first annotation row
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3028               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3032               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3033             </li>
3034             <!-- JAL-2319 -->
3035             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3036             coordindate data
3037             </li>
3038           </ul>
3039           <!--           <em>New Known Issues</em>
3040           <ul>
3041             <li></li>
3042           </ul> -->
3043         </div>
3044       </td>
3045     </tr>
3046     <td width="60" nowrap>
3047       <div align="center">
3048         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3049           <em>25/10/2016</em></strong>
3050       </div>
3051     </td>
3052     <td><em>Application</em>
3053       <ul>
3054         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3055           view if structures already loaded</li>
3056         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3057           structure views</li>
3058       </ul></td>
3059     <td>
3060       <div align="left">
3061         <em>General</em>
3062         <ul>
3063           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3064             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3065           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3066             example sequences/projects/trees</li>
3067         </ul>
3068         <em>Application</em>
3069         <ul>
3070           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3071             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3072           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3073             without timeout for structures with multiple models or
3074             multiple sequences in alignment</li>
3075           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3076             PDB ID HEADER line</li>
3077           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3078             is performed</li>
3079           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3080             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3081           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3082           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3083             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3084             option</li>
3085           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3086             is created on the alignment</li>
3087           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3088             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3089             pop-up menu</li>
3090         </ul>
3091         <em>Build and deployment</em>
3092         <ul>
3093           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3094             tags</li>
3095         </ul>
3096         <em>New Known Issues</em>
3097         <ul>
3098           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3099             on Windows</li>
3100         </ul>
3101       </div>
3102     </td>
3103     </tr>
3104     <tr>
3105       <td width="60" nowrap>
3106         <div align="center">
3107           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3108         </div>
3109       </td>
3110       <td><em>General</em>
3111         <ul>
3112           <li>
3113             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3114           </li>
3115           <li>
3116             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3117             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3118             better PDB parsing.
3119           </li>
3120           <li>
3121             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3122             reference sequence
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3126             mousing over sequence associated annotation
3127           </li>
3128           <li>
3129             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3130             for manual entry
3131           </li>
3132           <li>
3133             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3134             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3135             for each column
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3139             showing or hiding columns containing a feature
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3143             group and sequence associated annotation labels
3144           </li>
3145           <li>
3146             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3147             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3148             dialogs
3149           </li>
3150
3151         </ul> <em>Application</em>
3152         <ul>
3153           <li>
3154             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3155             gene/transcript view
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3159             dialog
3160           </li>
3161           <li>
3162             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3163             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3167             Pfam sources to xfam.org
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3174             over sequences in Jalview
3175           </li>
3176           <li>
3177             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3178             regions in ENA and EMBL
3179           </li>
3180           <li>
3181             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3182             for record retrieval via ENA rest API
3183           </li>
3184           <li>
3185             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3186             complement operator
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3190             groovy script execution
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3194             alignment window's Calculate menu
3195           </li>
3196           <li>
3197             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3198             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3199           </li>
3200           <li>
3201             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3202             calculation workers from groovy scripts
3203           </li>
3204           <li>
3205             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3206             Jalview projects
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3210             associations are now saved/restored from project
3211           </li>
3212           <li>
3213             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3214             before sequence fetcher is opened
3215           </li>
3216           <li>
3217             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3218             database chooser opens a sequence fetcher
3219           </li>
3220           <li>
3221             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3222             the UniProt REST API
3223           </li>
3224           <li>
3225             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3226             the news reader opening
3227           </li>
3228           <li>
3229             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3230             querying stored in preferences
3231           </li>
3232           <li>
3233             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3234             search results
3235           </li>
3236           <li>
3237             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3238           </li>
3239           <li>
3240             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3241             menu for nucleotide sequences
3242           </li>
3243           <li>
3244             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3245             and feature counts preserves alignment ordering (and
3246             debugged for complex feature sets).
3247           </li>
3248           <li>
3249             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3250             viewing structures with Jalview 2.10
3251           </li>
3252           <li>
3253             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3254             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3255             Ensembl Genomes REST API
3256           </li>
3257           <li>
3258             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3259             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3260             (Ensembl)
3261           </li>
3262           <li>
3263             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3264             sequences
3265           </li>
3266           <li>
3267             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3268             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3269             data from external database records.
3270           </li>
3271           <li>
3272             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3273             efficient recovery of sequence coding and alignment
3274             annotation relationships.
3275           </li>
3276         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3277         <ul>
3278           <li>
3279             -- JAL---
3280           </li>
3281         </ul> --></td>
3282       <td>
3283         <div align="left">
3284           <em>General</em>
3285           <ul>
3286             <li>
3287               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3288               menu on OSX
3289             </li>
3290             <li>
3291               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3292               includes graduated colourschemes
3293             </li>
3294             <li>
3295               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3296               working with big alignments and lots of hidden columns
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3300               at right of alignment window
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3304               contents
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3308               for DNA alignments
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3312               based tree calculation
3313             </li>
3314             <li>
3315               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3316               unconserved enabled for group on alignment
3317             </li>
3318             <li>
3319               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3320               set as reference
3321             </li>
3322             <li>
3323               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3324               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3325               annotation
3326             </li>
3327             <li>
3328               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3329               hidden columns present
3330             </li>
3331             <li>
3332               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3333               user created annotation added to alignment
3334             </li>
3335             <li>
3336               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3337               '()' base pair annotation
3338             </li>
3339             <li>
3340               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3341               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3342               Consensus
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3346               feature not working
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3350               beginning of sequence
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3354               entry 3a6s
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3358               from a tree when t-coffee scores are shown
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3362               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3366               some structures
3367             </li>
3368             <li>
3369               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3370               to Clustal, PIR and PileUp output
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3374               not visible causes alignment window to repaint
3375             </li>
3376             <li>
3377               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3378               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3379               scores associated with features and annotation rows
3380             </li>
3381             <li>
3382               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3383               calculation should be case independent
3384             </li>
3385             <li>
3386               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3387               columns
3388             </li>
3389             <li>
3390               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3391               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3392               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3393             </li>
3394             <li>
3395               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3396               problems when reference sequence defined and 'show
3397               non-conserved' enabled
3398             </li>
3399             <li>
3400               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3401               load even when Consensus calculation is disabled
3402             </li>
3403             <li>
3404               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3405               alignment does nothing
3406             </li>
3407           </ul>
3408           <em>Application</em>
3409           <ul>
3410             <li>
3411               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3412               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3413               yet fixed for El Capitan)
3414             </li>
3415             <li>
3416               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3417               output when running on non-gb/us i18n platforms
3418             </li>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3421               hidden sequences as flat-file alignment
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3425               launching Chimera
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3429               (also hotfix for 2.9.0b2)
3430             </li>
3431             <li>
3432               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3433               reference sequence defined
3434             </li>
3435             <li>
3436               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3437               alignments and views when revealing hidden columns
3438             </li>
3439             <li>
3440               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3441               view in a cDNA/Protein splitframe
3442             </li>
3443             <li>
3444               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3445               sequence from project when only one sequence is
3446               represented
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3450               in Structure Chooser
3451             </li>
3452             <li>
3453               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3454               structure consensus didn't refresh annotation panel
3455             </li>
3456             <li>
3457               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3458               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3459             </li>
3460             <li>
3461               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3462               dialogs format columns correctly, don't display array
3463               data, sort columns according to type
3464             </li>
3465             <li>
3466               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3467               file chooser is cancelled during an image export
3468             </li>
3469             <li>
3470               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3471               sequence name containing special characters
3472             </li>
3473             <li>
3474               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3475               case insensitive
3476             </li>
3477             <li>
3478               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3479               formatting don't wrap
3480             </li>
3481             <li>
3482               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3483               truncated so L looks like I in consensus annotation
3484             </li>
3485             <li>
3486               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3487               currently displayed features for the current selection or
3488               view
3489             </li>
3490             <li>
3491               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3492               after fetching cross-references, and restoring from
3493               project
3494             </li>
3495             <li>
3496               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3497               followed in the structure viewer
3498             </li>
3499             <li>
3500               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3501               splitframe not restored from project
3502             </li>
3503             <li>
3504               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3505               trailing end of protein alignment in transcript/product
3506               splitview when pad-gaps not enabled by default
3507             </li>
3508             <li>
3509               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3510               is case dependent
3511             </li>
3512             <li>
3513               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3514               article has been read (reopened issue due to
3515               internationalisation problems)
3516             </li>
3517             <li>
3518               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3519               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3520               cross-references
3521             </li>
3522
3523             <li>
3524               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3525               alignment as HTML
3526             </li>
3527             <li>
3528               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3529               multiple structures are shown for one or more sequences.
3530             </li>
3531             <li>
3532               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3533               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3534               is enabled.
3535             </li>
3536             <li>
3537               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3538               specific PDB id for sequence
3539             </li>
3540             <li>
3541               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3542               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3543               columns' is disabled.
3544             </li>
3545             <li>
3546               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3547               selects lowest rather than highest resolution structures
3548               for each sequence
3549             </li>
3550             <li>
3551               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3552               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3553             </li>
3554             <li>
3555               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3556               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3557             </li>
3558             <li>
3559               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3560               after clicking on it to create new annotation for a
3561               column.
3562             </li>
3563             <li>
3564               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3565               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3566             </li>
3567             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3568             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3569           </ul>
3570           <em>Applet</em>
3571           <ul>
3572             <li>
3573               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3574               hidden columns present before start of sequence
3575             </li>
3576             <li>
3577               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3578               (JSON jars)
3579             </li>
3580             <li>
3581               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3582               sequences are hidden in applet
3583             </li>
3584             <li>
3585               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3586               deployment on examples pages.
3587             </li>
3588           </ul>
3589         </div>
3590       </td>
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td width="60" nowrap>
3594         <div align="center">
3595           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3596             <em>16/10/2015</em></strong>
3597         </div>
3598       </td>
3599       <td><em>General</em>
3600         <ul>
3601           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3602             jars</li>
3603         </ul></td>
3604       <td>
3605         <div align="left">
3606           <em>Application</em>
3607           <ul>
3608             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3609               shown when tree is partitioned</li>
3610             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3611               multiple cDNA/Protein split views</li>
3612           </ul>
3613         </div>
3614       </td>
3615     </tr>
3616     <tr>
3617       <td width="60" nowrap>
3618         <div align="center">
3619           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3620             <em>8/10/2015</em></strong>
3621         </div>
3622       </td>
3623       <td><em>General</em>
3624         <ul>
3625           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3626             2.9</li>
3627         </ul> <em>Application</em>
3628         <ul>
3629           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3630           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3631           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3632         </ul> <em>Applet</em>
3633         <ul>
3634           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3635         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3636         <ul>
3637           <li>
3638             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3639             suite
3640           </li>
3641         </ul></td>
3642       <td>
3643         <div align="left">
3644           <em>General</em>
3645           <ul>
3646             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3647               incorrect when sequence start > 1</li>
3648             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3649               documentation</li>
3650             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3651             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3652               loading a features file containing HTML tags in feature
3653               description</li>
3654
3655           </ul>
3656           <em>Application</em>
3657           <ul>
3658             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3659               reimport</li>
3660             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3661               with 'trim retrieved sequences'</li>
3662             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3663               deleting selected columns</li>
3664             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3665               JNLP templates for webstart launch</li>
3666             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3667               unreleased structures for download or viewing</li>
3668             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3669               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3670             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3671               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3672             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3673               recovered from jalview project</li>
3674             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3675               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3676               alignment view</li>
3677             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3678               color schemes from BioJSON</li>
3679           </ul>
3680           <em>Applet</em>
3681           <ul>
3682             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3683               frame</li>
3684             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3685           </ul>
3686         </div>
3687       </td>
3688     </tr>
3689     <tr>
3690       <td><div align="center">
3691           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3692         </div></td>
3693       <td><em>General</em>
3694         <ul>
3695           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3696             alignments:
3697             <ul>
3698               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3699                 and DNA alignment views</li>
3700               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3701                 cDNA alignment views</li>
3702               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3703                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3704               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3705                 protein sequences</li>
3706             </ul>
3707           </li>
3708           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3709           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3710             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3711           <li>New alignment annotation file statements for
3712             reference sequences and marking hidden columns</li>
3713           <li>Reference sequence based alignment shading to
3714             highlight variation</li>
3715           <li>Select or hide columns according to alignment
3716             annotation</li>
3717           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3718           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3719             acid conservation row</li>
3720           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3721         </ul> <em>Application</em>
3722         <ul>
3723           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3724             <ul>
3725               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3726                 view with cDNA/Protein</li>
3727               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3728                 sequences are placed in the same alignment</li>
3729               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3730                 projects</li>
3731             </ul>
3732           </li>
3733
3734           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3735           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3736             Jalview windows</li>
3737
3738           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3739           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3740           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3741             be shown in VARNA</li>
3742
3743           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3744             as the active selected region</li>
3745
3746           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3747             similarity</li>
3748           <li>New Export options
3749             <ul>
3750               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3751                 region export in flat file generation</li>
3752
3753               <li>Export alignment views for display with the <a
3754                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3755
3756               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3757               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3758                 alignment figures to HTML</li>
3759           </li>
3760           <li>3D structure retrieval and display
3761             <ul>
3762               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3763                 Search API</li>
3764               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3765                 PDB structures for a sequence set</li>
3766             </ul>
3767           </li>
3768
3769           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3770             predictions</li>
3771           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3772             for one or a group of sequences</li>
3773           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3774             from the JPred4 web server</li>
3775           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3776             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3777             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3778           </li>
3779           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3780             VARNA 2D Structure'</li>
3781           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3782             Structure ..."</li>
3783
3784         </ul> <em>Applet</em>
3785         <ul>
3786           <li>New layout for applet example pages</li>
3787           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3788             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3789           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3790             Protein alignments</li>
3791         </ul> <em>Development and deployment</em>
3792         <ul>
3793           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3794           <li>Include installation type and git revision in build
3795             properties and console log output</li>
3796           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3797             storing BioJsMSA Templates</li>
3798           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3799         </ul></td>
3800       <td>
3801         <!-- <em>General</em>
3802         <ul>
3803         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3804         <ul>
3805           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3806           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3807           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3808             predictions are not highlighted in amber</li>
3809           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3810             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3811           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3812             associated structure views</li>
3813           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3814             width checkbox not enabled</li>
3815           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3816             creating user defined colours</li>
3817           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3818             mappings for just that viewer's sequences</li>
3819           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3820             multiple models in Chimera</li>
3821           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3822             over Jmol structure</li>
3823           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3824             output to text box</li>
3825           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3826             have incorrect sequence start/end</li>
3827           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3828             Jalview fails</li>
3829           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3830             work for nucleotide</li>
3831           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3832             to a grey/invisible alignment window</li>
3833           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3834             imports to different position</li>
3835           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3836             on some platforms</li>
3837           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3838             populated</li>
3839           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3840             console if Chimera has been opened</li>
3841           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3842           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3843             retrieved</li>
3844           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3845           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3846             either sequence shows on first structure</li>
3847           <li>'Show annotations' options should not make
3848             non-positional annotations visible</li>
3849           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3850             in right place after 'view flanking regions'</li>
3851           <li>File Save As type unset when current file format is
3852             unknown</li>
3853           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3854             projects</li>
3855           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3856             responsive</li>
3857           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3858             several views on same alignment</li>
3859           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3860           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3861             spaces</li>
3862         </ul> <em>Applet</em>
3863         <ul>
3864           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3865           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3866             descriptions containing angle brackets</li>
3867         </ul> <em>General</em>
3868         <ul>
3869           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3870             via jalview annotation file</li>
3871           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3872             with RNA secondary structure</li>
3873           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3874             translation doesn't work.</li>
3875           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3876           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3877             positions</li>
3878           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3879             choosing 1pt font</li>
3880           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3881             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3882             'h'</li>
3883           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3884             new feature</li>
3885           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3886             order dependent</li>
3887           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3888             sequences</li>
3889           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3890         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3891         <ul>
3892           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3893             www.jalview.org</li>
3894         </ul> <em>Application Known issues</em>
3895         <ul>
3896           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3897           <li>Misleading message appears after trying to delete
3898             solid column.</li>
3899           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3900             version launches</li>
3901           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3902             fails with a sequence mismatch</li>
3903           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3904             scrolling alignment to right</li>
3905           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3906             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3907           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3908             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3909           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3910             ultra-high resolution</li>
3911           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3912             quality and conservation</li>
3913           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3914             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3915         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3916         <ul>
3917           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3918           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3919             window is being resized</li>
3920
3921         </ul>
3922       </td>
3923     </tr>
3924     <tr>
3925       <td><div align="center">
3926           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3927         </div></td>
3928       <td><em>General</em>
3929         <ul>
3930           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3931             Certum.PL.</li>
3932           <li>Features and annotation preserved when performing
3933             pairwise alignment</li>
3934           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3935             imported/exported/displayed</li>
3936           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3937             protein secondary structure</li>
3938           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3939               post-hoc with 2.9 release</em>)
3940           </li>
3941
3942         </ul> <em>Application</em>
3943         <ul>
3944           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3945             with 3D structures</li>
3946           <li>Support for parsing RNAML</li>
3947           <li>Annotations menu for layout
3948             <ul>
3949               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3950               <li>place sequence annotation above/below alignment
3951                 annotation</li>
3952             </ul>
3953           <li>Output in Stockholm format</li>
3954           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3955             translation</li>
3956           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3957           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3958             shared between alignments</li>
3959           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3960             Jalview</li>
3961           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3962             all or current selection</li>
3963           <li>disorder and secondary structure predictions
3964             available as dataset annotation</li>
3965           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3966
3967
3968           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3969             alignments from Rfam</li>
3970           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3971
3972           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3973             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3974           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3975           <li>include installation type in build properties and
3976             console log output</li>
3977           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3978             annotation</li>
3979         </ul></td>
3980       <td>
3981         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3982         <ul>
3983           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3984             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3985           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3986             alignment</li>
3987           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3988           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3989           <li>Double click on sequence associated annotation
3990             selects only first column</li>
3991           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3992             leaves shown in tree</li>
3993           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3994             properly</li>
3995           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3996           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3997             screen and buttons not visible</li>
3998           <li>author list isn't updated if already written to
3999             Jalview properties</li>
4000           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
4001             from database</li>
4002           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
4003           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
4004             browser search window</li>
4005           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
4006             in feature settings dialog</li>
4007           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4008             desktop</li>
4009           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4010             pass validation</li>
4011           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4012             fit on screen</li>
4013           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4014             tooltip</li>
4015           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4016             defined user preset</li>
4017           <li>MSA web services warns user if they were launched
4018             with invalid input</li>
4019           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4020             Java 8</li>
4021           <li>
4022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4023             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4024             created
4025           </li>
4026
4027         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4028         <ul>
4029         </ul> <em>General</em>
4030         <ul>
4031         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4032         <ul>
4033           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4034             memory allocation</li>
4035           <li>launchApp service doesn't automatically open
4036             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4037           <li>
4038             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4039             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4040             1.7_055 is available
4041           </li>
4042         </ul> <em>Application Known issues</em>
4043         <ul>
4044           <li>
4045             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4046             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4047             alignment to right
4048           </li>
4049           <li>
4050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4051             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4052             with large number of ID
4053           </li>
4054           <li>
4055             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4056             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4057             start/end
4058           </li>
4059           <li>
4060             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4061             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4062             structure tracks are rearranged
4063           </li>
4064           <li>
4065             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4066             invalid rna structure positional highlighting does not
4067             highlight position of invalid base pairs
4068           </li>
4069           <li>
4070             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4071             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4072             project from alignment window file menu
4073           </li>
4074           <li>
4075             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4076             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4077             structures
4078           </li>
4079           <li>
4080             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4081             colour by RNA Helices not enabled when user created
4082             annotation added to alignment
4083           </li>
4084           <li>
4085             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4086             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4087           </li>
4088         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4089         <ul>
4090           <li>
4091             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4092             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4093           </li>
4094           <li>
4095             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4096             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4097           </li>
4098
4099           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4100             when selected</li>
4101         </ul>
4102       </td>
4103     </tr>
4104     <tr>
4105       <td><div align="center">
4106           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4107         </div></td>
4108       <td>
4109         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4110         <em>General</em>
4111         <ul>
4112           <li>Internationalisation of user interface (usually
4113             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4114           <li>Define/Undefine group on current selection with
4115             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4116           <li>Improved group creation/removal options in
4117             alignment/sequence Popup menu</li>
4118           <li>Sensible precision for symbol distribution
4119             percentages shown in logo tooltip.</li>
4120           <li>Annotation panel height set according to amount of
4121             annotation when alignment first opened</li>
4122         </ul> <em>Application</em>
4123         <ul>
4124           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4125             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4126           <li>Select columns containing particular features from
4127             Feature Settings dialog</li>
4128           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4129             sequences</li>
4130           <li>Update Jalview project format:
4131             <ul>
4132               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4133               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4134                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4135               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4136                 colouring</li>
4137             </ul>
4138           </li>
4139           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4140             (PAM250)</li>
4141           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4142             flanking regions for an alignment</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145       <td>
4146         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4147         <ul>
4148           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4149             running after job is cancelled</li>
4150           <li>cannot export features from alignments imported from
4151             Jalview/VAMSAS projects</li>
4152           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4153             float values</li>
4154           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4155             have 'display all symbols' flag set</li>
4156           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4157             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4158           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4159             Jalview</li>
4160           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4161             Lion/Webstart</li>
4162           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4163           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4164           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4165             alignment onto desktop</li>
4166           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4167             'extract scores' function</li>
4168           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4169             alignment window</li>
4170           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4171             performing IUPred disorder prediction</li>
4172           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4173             changing 'normalise logo' display setting</li>
4174           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4175             nothing matches query</li>
4176           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4177             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4178           </li>
4179           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4180             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4181           </li>
4182           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4183             Jalview's menu</li>
4184           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4185             'invalid literal/length code'</li>
4186           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4187             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4188           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4189             colourscheme</li>
4190
4191         </ul> <em>Applet</em>
4192         <ul>
4193           <li>Remove group option is shown even when selection is
4194             not a group</li>
4195           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4196             don't affect groups</li>
4197           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4198             colourscheme name</li>
4199           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4200             Annotation panel is not displayed</li>
4201           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4202             embedded windows</li>
4203         </ul> <em>Other</em>
4204         <ul>
4205           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4206             single sequence were not calculated</li>
4207           <li>annotation files that contain only groups imported as
4208             annotation and junk sequences</li>
4209           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4210             recognised as PFAM or BLC</li>
4211           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4212             doesn't affect background (2.8.0b1)
4213           <li></li>
4214           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4215           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4216             trailing gaps</li>
4217           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4218             registered correctly on import</li>
4219           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4220             certain alignments</li>
4221           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4222             existing annotation based 'use original colours'
4223             colourscheme loses original colours setting</li>
4224         </ul>
4225       </td>
4226     </tr>
4227     <tr>
4228       <td><div align="center">
4229           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4230             <em>30/1/2014</em></strong>
4231         </div></td>
4232       <td>
4233         <ul>
4234           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4235             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4236             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4237             open source project).
4238           </li>
4239           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4240           <li>Output in Stockholm format</li>
4241           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4242           <li>Export/import group and sequence associated line
4243             graph thresholds</li>
4244           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4245             ambiguity codes</li>
4246           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4247             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4248             works</li>
4249           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4250         </ul> <em>Other improvements</em>
4251         <ul>
4252           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4253           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4254             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4255           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4256             files</li>
4257           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4258           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4259             link but no description</li>
4260           <li>Select primary source when selecting authority in
4261             database fetcher GUI</li>
4262           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4263             Jalview</li>
4264           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4265         </ul>
4266       </td>
4267       <td>
4268         <ul>
4269           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4270             displayed</li>
4271           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4272             secondary structure annotation line</li>
4273           <li>Sequence database accessions not imported when
4274             fetching alignments from Rfam</li>
4275           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4276             identical IDs</li>
4277           <li>View all structures does not always superpose
4278             structures</li>
4279           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4280             reflect user or preset settings</li>
4281           <li>Null pointer exceptions for some services without
4282             presets or adjustable parameters</li>
4283           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4284             discover PDB xRefs</li>
4285           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4286             features with DAS</li>
4287           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4288             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4289           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4290             residue follows a gap</li>
4291           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4292             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4293           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4294             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4295           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4296             annotation already exists on alignment</li>
4297           <li>oninit javascript function should be called after
4298             initialisation completes</li>
4299           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4300             alignment window display</li>
4301           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4302           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4303             to annotation file</li>
4304           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4305             groups created</li>
4306           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4307             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4308           <li>Pressing return several times causes Number Format
4309             exceptions in keyboard mode</li>
4310           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4311             correct partitions for input data</li>
4312           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4313           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4314           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4315           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4316             mode</li>
4317           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4318             changes one row&#39;s threshold</li>
4319           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4320             doesn&#39;t open</li>
4321           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4322             quality histograms</li>
4323         </ul>
4324       </td>
4325     </tr>
4326     <tr>
4327       <td><div align="center">
4328           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4329         </div></td>
4330       <td><em>Application</em>
4331         <ul>
4332           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4333             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4334           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4335             preferences</li>
4336           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4337             in Jalview alignment window</li>
4338           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4339             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4340           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4341             RNA and ambiguity codes</li>
4342
4343           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4344           <li>Support fetching and database reference look up
4345             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4346             refs')</li>
4347           <li>Jalview project improvements
4348             <ul>
4349               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4350                 flag for annotation</li>
4351               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4352                 alignment</li>
4353               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4354                 Jalview project</li>
4355
4356             </ul>
4357           </li>
4358           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4359           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4360             running</li>
4361           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4362           <li>visual indication that web service results are still
4363             being retrieved from server</li>
4364           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4365             starts up for first time</li>
4366           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4367             services</li>
4368           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4369             client library</li>
4370           <li>Examples directory and Groovy library included in
4371             InstallAnywhere distribution</li>
4372         </ul> <em>Applet</em>
4373         <ul>
4374           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4375             visualization applet example</li>
4376         </ul> <em>General</em>
4377         <ul>
4378           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4379           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4380             defaults</li>
4381           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4382             calculation</li>
4383           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4384             matrices
4385           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4386             in HTML</li>
4387           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4388             structure contacts</li>
4389           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4390           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4391           <li>Parse sequence associated secondary structure
4392             information in Stockholm files</li>
4393           <li>HTML Export database accessions and annotation
4394             information presented in tooltip for sequences</li>
4395           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4396             style RNA alignment files</li>
4397           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4398             alignment</li>
4399           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4400             shade each sequence according to its associated alignment
4401             annotation</li>
4402           <li>New Jalview Logo</li>
4403         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4404         <ul>
4405           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4406           <li>New Website!</li>
4407         </ul></td>
4408       <td><em>Application</em>
4409         <ul>
4410           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4411             wsdbfetch REST service</li>
4412           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4413           <li>Filetype associations not installed for webstart
4414             launch</li>
4415           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4416             job execution in full once it is complete</li>
4417           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4418             uploaded via ali_file parameter</li>
4419           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4420           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4421           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4422             submitted for prediction</li>
4423           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4424             desktop window</li>
4425           <li>Putting fractional value into integer text box in
4426             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4427           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4428             windows 7</li>
4429           <li>View all structures fails with exception shown in
4430             structure view</li>
4431           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4432             escaped in a platform independent way</li>
4433           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4434             using proxy</li>
4435           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4436             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4437           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4438             failure when java web start temporary file caching is
4439             disabled</li>
4440           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4441             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4442           <li>Errors during processing of command line arguments
4443             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4444           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4445             DAS sources in sequence fetcher</li>
4446           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4447             dialog is shown</li>
4448           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4449           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4450           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4451           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4452             on OSX Mountain Lion</li>
4453           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4454             sequences with alignment annotation are pasted into the
4455             alignment</li>
4456           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4457             when loaded from Jalview project</li>
4458           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4459           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4460             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4461           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4462             associated with all views</li>
4463           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4464             annotation rows to new window</li>
4465         </ul> <em>Applet</em>
4466         <ul>
4467           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4468             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4469           <li>loading features via javascript API automatically
4470             enables feature display</li>
4471           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4472             work</li>
4473         </ul> <em>General</em>
4474         <ul>
4475           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4476           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4477             and then deselected</li>
4478           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4479           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4480             coloured with clustalx</li>
4481           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4482             exceptions and redraw errors</li>
4483           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4484             reconfigured view</li>
4485           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4486             colour</li>
4487           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4488             for lots of labels</li>
4489         </ul>
4490     </tr>
4491     <tr>
4492       <td>
4493         <div align="center">
4494           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4495         </div>
4496       </td>
4497       <td><em>Application</em>
4498         <ul>
4499           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4500           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4501           <li>View/alignment association menu to enable user to
4502             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4503             its colours/correspondences from</li>
4504           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4505           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4506             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4507           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4508           <li>Annotation row column label formatting attributes
4509             stored in project file</li>
4510           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4511             rows preserved in Jalview project file</li>
4512           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4513             saved using Desktop window menu</li>
4514           <li>Visual indication that command line arguments are
4515             still being processed</li>
4516           <li>Groovy script execution from URL</li>
4517           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4518             preferences</li>
4519           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4520             alignment with sequences that have high similarity and
4521             matching IDs</li>
4522           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4523           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4524             structures in same window</li>
4525           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4526           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4527             analysis function in its own submenu</li>
4528         </ul> <em>Applet</em>
4529         <ul>
4530           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4531             groups</li>
4532           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4533           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4534           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4535           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4536           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4537             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4538           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4539           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4540             parameters are treated as such</li>
4541           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4542             <ul>
4543               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4544               <li>Javascript callbacks for
4545                 <ul>
4546                   <li>Applet initialisation</li>
4547                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4548                 </ul>
4549               </li>
4550               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4551                 functions</li>
4552               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4553               <li>javascript structure viewer harness to pass
4554                 messages between Jmol and Jalview when running as
4555                 distinct applets</li>
4556               <li>sortBy method</li>
4557               <li>Set of applet and application examples shipped
4558                 with documentation</li>
4559               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4560                 javascript message exchange</li>
4561             </ul>
4562         </ul> <em>General</em>
4563         <ul>
4564           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4565             multiple alignments</li>
4566           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4567           <li>User configurable link to enable redirects to a
4568             www.Jalview.org mirror</li>
4569           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4570           <li>Configurable newline string when writing alignment
4571             and other flat files</li>
4572           <li>Allow alignment annotation description lines to
4573             contain html tags</li>
4574         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4575         <ul>
4576           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4577             examples</li>
4578           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4579             using a web service before displaying the result in the
4580             Jalview desktop</li>
4581           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4582           <li>Ant target to publish example html files with applet
4583             archive</li>
4584           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4585           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4586         </ul></td>
4587       <td><em>Application</em>
4588         <ul>
4589           <li>User defined colourscheme throws exception when
4590             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4591           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4592             dialog for valid filename/format</li>
4593           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4594           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4595             P37173</li>
4596           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4597             which sequence is to be associated with the file</li>
4598           <li>Find All raises null pointer exception when query
4599             only matches sequence IDs</li>
4600           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4601           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4602             2.4 cannot be loaded</li>
4603           <li>Filetype associations not installed for webstart
4604             launch</li>
4605           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4606             with sequences in different alignments do not get coloured
4607             by their associated sequence</li>
4608           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4609             not preserved when project is loaded</li>
4610           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4611             stored in Jalview project</li>
4612           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4613             Jalview project</li>
4614           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4615           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4616             by conservation</li>
4617           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4618             created on new view</li>
4619           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4620             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4621           <li>Alignment quality not updated after alignment
4622             annotation row is hidden then shown</li>
4623           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4624             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4625           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4626             properly</li>
4627           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4628             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4629           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4630           <li>Structures imported from file and saved in project
4631             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4632           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4633             job execution in full once it is complete</li>
4634         </ul> <em>Applet</em>
4635         <ul>
4636           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4637             annotation rows are displayed</li>
4638           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4639             codebase</li>
4640           <li>View follows highlighting does not work for positions
4641             in sequences</li>
4642           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4643           <li>Export features raises exception when no features
4644             exist</li>
4645           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4646             for javascript api is modified when separator string
4647             provided as parameter</li>
4648           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4649             alignment with no existing selection</li>
4650           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4651             to applet&#39;s codebase</li>
4652           <li>Status bar not updated after finished searching and
4653             search wraps around to first result</li>
4654           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4655             several Jalview applets causes race conditions and memory
4656             leaks</li>
4657           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4658             not sent from Jmol in applet</li>
4659           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4660             applet API fatally hang browser</li>
4661         </ul> <em>General</em>
4662         <ul>
4663           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4664             position with wrapped view and hidden regions</li>
4665           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4666             with/without hidden columns</li>
4667           <li>Sequence length given in alignment properties window
4668             is off by 1</li>
4669           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4670             import PDB like structure files</li>
4671           <li>Positional search results are only highlighted
4672             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4673           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4674           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4675             given sequence position</li>
4676           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4677             output</li>
4678           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4679             from nucleotide chains correctly</li>
4680           <li>Structure colours not updated when tree partition
4681             changed in alignment</li>
4682           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4683             parsed in interleaved stockholm</li>
4684           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4685             state</li>
4686           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4687             properly</li>
4688           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4689             properly associated with their pdb files</li>
4690         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4691         <ul>
4692           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4693             ApplyCopyright tool</li>
4694         </ul></td>
4695     </tr>
4696     <tr>
4697       <td>
4698         <div align="center">
4699           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4700         </div>
4701       </td>
4702       <td><em>Application</em>
4703         <ul>
4704           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4705             contact web services</li>
4706           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4707             service job window</li>
4708           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4709         </ul></td>
4710       <td>
4711         <ul>
4712           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4713             pir file emitted by Jalview</li>
4714           <li>Existing feature settings transferred to new
4715             alignment view created from cut'n'paste</li>
4716           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4717             parsing PDB files</li>
4718           <li>Consensus and conservation annotation rows
4719             occasionally become blank for all new windows</li>
4720           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4721             in wrapped view mode</li>
4722         </ul> <em>Application</em>
4723         <ul>
4724           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4725             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4726           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4727             parameter names</li>
4728           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4729             is down</li>
4730         </ul>
4731       </td>
4732     </tr>
4733     <tr>
4734       <td>
4735         <div align="center">
4736           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4737         </div>
4738       </td>
4739       <td><em>Application</em>
4740         <ul>
4741           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4742             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4743             (JABAWS)
4744           </li>
4745           <li>Web Services preference tab</li>
4746           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4747             preferences</li>
4748           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4749           <li>Superpose structures using associated sequence
4750             alignment</li>
4751           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4752             viewer</li>
4753         </ul> <em>Applet</em>
4754         <ul>
4755           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4756             link out mechanism</li>
4757         </ul> <em>Other</em>
4758         <ul>
4759           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4760             series 12</li>
4761           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4762             require Java 1.5</li>
4763           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4764             sequence annotation files</li>
4765           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4766             type colour specification</li>
4767           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4768             script to check if it being run in an interactive session or
4769             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4770         </ul></td>
4771       <td>
4772         <ul>
4773           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4774             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4775         </ul> <em>Application</em>
4776         <ul>
4777           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4778             selected Regions menu item</li>
4779           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4780             part of a valid accession ID</li>
4781           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4782             runs out of memory</li>
4783           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4784             analysis results</li>
4785           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4786             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4787           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4788         </ul> <em>Applet</em>
4789         <ul>
4790           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4791             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4792             defined.</li>
4793         </ul>
4794       </td>
4795     </tr>
4796     <tr>
4797       <td>
4798         <div align="center">
4799           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4800         </div>
4801       </td>
4802       <td></td>
4803       <td>
4804         <ul>
4805           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4806             sequence IDs</li>
4807           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4808             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4809           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4810             import correctly</li>
4811           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4812             number of columns are hidden</li>
4813           <li>annotation label popup menu not providing correct
4814             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4815             present</li>
4816           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4817             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4818           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4819             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4820
4821         </ul> <em>Applet</em>
4822         <ul>
4823           <li>annotation panel disappears when annotation is
4824             hidden/removed</li>
4825         </ul> <em>Application</em>
4826         <ul>
4827           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4828             alignment opened where annotation panel is visible but no
4829             annotations are present on alignment</li>
4830           <li>pasted region containing hidden columns is
4831             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4832           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4833             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4834           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4835             selected Rregions menu item.</li>
4836           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4837             'Un' or 'Non'conserved</li>
4838           <li>Sequence feature settings are being shared by
4839             multiple distinct alignments</li>
4840           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4841             changed</li>
4842           <li>double click on group annotation to select sequences
4843             does not propagate to associated trees</li>
4844           <li>Mac OSX specific issues:
4845             <ul>
4846               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4847                 window background</li>
4848               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4849                 name set correctly</li>
4850               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4851                 save feature colourscheme button</li>
4852             </ul>
4853           </li>
4854         </ul>
4855       </td>
4856     </tr>
4857     <tr>
4858
4859       <td>
4860         <div align="center">
4861           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4862         </div>
4863       </td>
4864       <td><em>New Capabilities</em>
4865         <ul>
4866           <li>URL links generated from description line for
4867             regular-expression based URL links (applet and application)
4868
4869
4870           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4871             menu</li>
4872           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4873             structures</li>
4874           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4875             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4876           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4877             average score or total feature count for each sequence.</li>
4878           <li>Shading features by score or associated description</li>
4879           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4880             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4881           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4882             hide everything but the currently selected region.</li>
4883           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4884         </ul> <em>Application</em>
4885         <ul>
4886           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4887             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4888           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4889             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4890           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4891             database references and protein_name is parsed as
4892             description line (BioSapiens terms).</li>
4893           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4894             references in sequence ID tooltip from View menu in
4895             application.</li>
4896           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4897       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4898           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4899             conservation plots</li>
4900           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4901             and visualized as sequence logos</li>
4902           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4903             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4904           </li>
4905           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4906             when a new tree is opened.</li>
4907           <li>Jalview Java Console</li>
4908           <li>Better placement of desktop window when moving
4909             between different screens.</li>
4910           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4911             consensus annotation</li>
4912           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4913             Workflows</li>
4914           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4915             <ul>
4916               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4917                 used to preserve views, structures, and tree display
4918                 settings)</li>
4919               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4920                 command line</li>
4921               <li>Sharing of selected regions between views and
4922                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4923               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4924             </ul></li>
4925         </ul> <em>Applet</em>
4926         <ul>
4927           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4928           <li>New Parameters
4929             <ul>
4930               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4931                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4932                 opened.</li>
4933               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4934                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4935               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4936                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4937               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4938                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4939                 view</li>
4940               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4941                 increase the height or width of a cell in the alignment
4942                 grid relative to the current font size.</li>
4943             </ul>
4944           </li>
4945           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4946             tooltip</li>
4947         </ul> <em>Other</em>
4948         <ul>
4949           <li>Features format: graduated colour definitions and
4950             specification of feature scores</li>
4951           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4952             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4953             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4954           <li>XML formats extended to support graduated feature
4955             colourschemes, group associated annotation, and profile
4956             visualization settings.</li></td>
4957       <td>
4958         <ul>
4959           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4960             rather than description</li>
4961           <li>Non-positional features are now included in sequence
4962             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4963             visibility in tooltip).</li>
4964           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4965           <li>Added URL embedding instructions to features file
4966             documentation.</li>
4967           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4968             'X' in peptide product</li>
4969           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4970             sequence ID and sequence string and query strings do not
4971             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4972           <li>AMSA files only contain first column of
4973             multi-character column annotation labels</li>
4974           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4975             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4976             exported and re-imported)</li>
4977           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4978             name</li>
4979           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4980             as subsequence matches, and correctly reports total number
4981             of both.</li>
4982           <li>Application:
4983             <ul>
4984               <li>Better handling of exceptions during sequence
4985                 retrieval</li>
4986               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4987                 link text excludes the start_end suffix</li>
4988               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4989                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4990               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4991               <li>Sequence description lines properly shared via
4992                 VAMSAS</li>
4993               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4994                 data sources</li>
4995               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4996                 completes before alignment figures are generated.</li>
4997               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4998                 first time.</li>
4999               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
5000                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
5001               <li>User defined group colours properly recovered
5002                 from Jalview projects.</li>
5003             </ul>
5004           </li>
5005         </ul>
5006       </td>
5007
5008     </tr>
5009     <tr>
5010       <td>
5011         <div align="center">
5012           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5013         </div>
5014       </td>
5015       <td>
5016         <ul>
5017           <li>Experimental support for google analytics usage
5018             tracking.</li>
5019           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5020         </ul>
5021       </td>
5022       <td>
5023         <ul>
5024           <li>Race condition in applet preventing startup in
5025             jre1.6.0u12+.</li>
5026           <li>Exception when feature created from selection beyond
5027             length of sequence.</li>
5028           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5029           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5030             all sequences with a given id</li>
5031           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5032             ID string searches</li>
5033           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5034             alignment to fail with exception</li>
5035         </ul> <em>Application Issues</em>
5036         <ul>
5037           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5038           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5039             data sources</li>
5040         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5041         <ul>
5042           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5043             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5044           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5045             version (java class versioning error fixed)</li>
5046         </ul>
5047       </td>
5048     </tr>
5049     <tr>
5050       <td>
5051
5052         <div align="center">
5053           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5054         </div>
5055       </td>
5056       <td><em>User Interface</em>
5057         <ul>
5058           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5059             translation and protein products</li>
5060           <li>Linked highlighting of structure associated with
5061             residue mapping to codon position</li>
5062           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5063             and 'clear' button</li>
5064           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5065             Tools menu</li>
5066           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5067             numeric data in description line</li>
5068           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5069           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5070             of sequence</li>
5071         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5072         <ul>
5073           <li>JPred3 web service</li>
5074           <li>Prototype sequence search client (no public services
5075             available yet)</li>
5076           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5077             PFAM</li>
5078           <li>URL Links created for matching database cross
5079             references as well as sequence ID</li>
5080           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5081         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5082         <ul>
5083           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5084             databases</li>
5085           <li>Generalised database reference retrieval and
5086             validation to all fetchable databases</li>
5087           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5088             sequence command</li>
5089         </ul> <em>Import and Export</em>
5090         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5091         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5092           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5093         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5094           File</li>
5095         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5096           triplet as name of colourscheme</li>
5097         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5098         <ul>
5099           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5100           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5101             alignments (experimental)</li>
5102           <li>Create new or select existing session to join</li>
5103           <li>load and save of vamsas documents</li>
5104         </ul> <em>Application command line</em>
5105         <ul>
5106           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5107             from applet)</li>
5108           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5109             of DAS servers to query for alignment features</li>
5110           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5111             that are also automatically queried for features</li>
5112           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5113             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5114         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5115         <ul>
5116           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5117             application (when using &quot;View in full
5118             application&quot;)</li>
5119         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5120         <ul>
5121           <li>feature group display control parameter</li>
5122           <li>debug parameter</li>
5123           <li>showbutton parameter</li>
5124         </ul> <em>Applet API methods</em>
5125         <ul>
5126           <li>newView public method</li>
5127           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5128           <li>Feature display control methods</li>
5129           <li>get list of currently selected sequences</li>
5130         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5131         <ul>
5132           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5133           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5134             Jalview release.</li>
5135           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5136             property controls execution of obfuscator</li>
5137           <li>Build target for generating source distribution</li>
5138           <li>Debug flag for javacc</li>
5139           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5140             jalview.bin.Cache</li>
5141           <li>Continuous Build Integration for stable and
5142             development version of Application, Applet and source
5143             distribution</li>
5144         </ul></td>
5145       <td>
5146         <ul>
5147           <li>selected region output includes visible annotations
5148             (for certain formats)</li>
5149           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5150             for editing</li>
5151           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5152           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5153           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5154           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5155             comments</li>
5156           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5157             filenames containing a ':'</li>
5158           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5159             global sequence features</li>
5160           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5161             references from alignment sequences goes to zero</li>
5162           <li>Close of tree branch colour box without colour
5163             selection causes cascading exceptions</li>
5164           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5165           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5166             file parsing fails.</li>
5167           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5168           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5169             not a valid output format</li>
5170           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5171             vamsas</li>
5172           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5173           <li>error messages passed up and output when data read
5174             fails</li>
5175           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5176             sequence is edited</li>
5177           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5178             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5179           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5180             filetype</li>
5181           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5182             import fixed for PFAM records</li>
5183           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5184             window list</li>
5185           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5186             can be read and written correctly to annotation file</li>
5187           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5188             correctly</li>
5189           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5190             non-italic font for representatives in Applet</li>
5191           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5192             Macs.</li>
5193           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5194             Applet)</li>
5195           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5196             due to null pointer exceptions</li>
5197           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5198             first column of alignment</li>
5199           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5200             July 2008</li>
5201           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5202             file is case-insensitive</li>
5203           <li>Sequence features read from Features file appended to
5204             all sequences with matching IDs</li>
5205           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5206             containing a sub-sequence</li>
5207           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5208           <li>feature and annotation file applet parameters
5209             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5210           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5211           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5212             splash-screen version check to complete</li>
5213           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5214             when passing them to the launchApp service</li>
5215           <li>display name and local features preserved in results
5216             retrieved from web service</li>
5217           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5218             sequence fetcher initialisation</li>
5219           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5220             dasobert DAS client</li>
5221           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5222             association</li>
5223           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5224             sequences
5225           </li>
5226         </ul>
5227       </td>
5228     </tr>
5229     <tr>
5230       <td>
5231         <div align="center">
5232           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5233         </div>
5234       </td>
5235       <td>
5236         <ul>
5237           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5238           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5239           <li>Slide sequences</li>
5240           <li>Edit sequence in place</li>
5241           <li>EMBL CDS features</li>
5242           <li>DAS Feature mapping</li>
5243           <li>Feature ordering</li>
5244           <li>Alignment Properties</li>
5245           <li>Annotation Scores</li>
5246           <li>Sort by scores</li>
5247           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5248         </ul>
5249       </td>
5250       <td>
5251         <ul>
5252           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5253           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5254           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5255           <li>Feature group display state in XML</li>
5256           <li>Feature ordering in XML</li>
5257           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5258           <li>Stockholm alignment properties</li>
5259           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5260           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5261           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5262           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5263         </ul>
5264       </td>
5265
5266     </tr>
5267     <tr>
5268       <td>
5269         <div align="center">
5270           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5271         </div>
5272       </td>
5273       <td>
5274         <ul>
5275           <li>Non standard characters can be read and displayed
5276           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5277             applet via textbox
5278           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5279             name &amp; description
5280           <li>Preference setting to display sequence name in
5281             italics
5282           <li>Annotation file format extended to allow
5283             Sequence_groups to be defined
5284           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5285             specified in preferences
5286           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5287             sequences
5288         </ul>
5289       </td>
5290       <td>
5291         <ul>
5292           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5293             installed
5294           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5295           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5296         </ul>
5297       </td>
5298     </tr>
5299     <tr>
5300       <td>
5301         <div align="center">
5302           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5303         </div>
5304       </td>
5305       <td>
5306         <ul>
5307           <li>Multiple views on alignment
5308           <li>Sequence feature editing
5309           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5310           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5311           <li>Background dependent text colour
5312           <li>Right align sequence ids
5313           <li>User-defined lower case residue colours
5314           <li>Format Menu
5315           <li>Select Menu
5316           <li>Menu item accelerator keys
5317           <li>Control-V pastes to current alignment
5318           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5319           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5320           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5321
5322
5323           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5324         </ul>
5325       </td>
5326       <td>
5327         <ul>
5328           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5329           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5330             calculations
5331           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5332             edits
5333           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5334             of alignment)
5335           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5336
5337
5338           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5339             display correctly
5340           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5341           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5342             analysis results
5343           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5344             &#8739;
5345           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5346           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5347           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5348
5349
5350         </ul>
5351       </td>
5352     </tr>
5353     <tr>
5354       <td>
5355         <div align="center">
5356           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5357         </div>
5358       </td>
5359       <td>
5360         <ul>
5361           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5362         </ul>
5363       </td>
5364       <td>
5365         <ul>
5366           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5367             sequence id panel has been resized</li>
5368           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5369             rendered</li>
5370           <li>Annotation files with sequence references - all
5371             elements in file are relative to sequence position</li>
5372           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5373         </ul>
5374       </td>
5375     </tr>
5376     <tr>
5377       <td>
5378         <div align="center">
5379           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5380         </div>
5381       </td>
5382       <td>
5383         <ul>
5384           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5385           <li>DAS Feature fetching</li>
5386           <li>Hide sequences and columns</li>
5387           <li>Export Annotations and Features</li>
5388           <li>GFF file reading / writing</li>
5389           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5390             files</li>
5391           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5392           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5393           <li>Applet can launch the full application</li>
5394           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5395             required)</li>
5396           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5397           <li>Applet can load sequences from parameter
5398             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5399           </li>
5400         </ul>
5401       </td>
5402       <td>
5403         <ul>
5404           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5405           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5406           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5407         </ul>
5408       </td>
5409     </tr>
5410     <tr>
5411       <td>
5412         <div align="center">
5413           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5414         </div>
5415       </td>
5416       <td>
5417         <ul>
5418           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5419           <li>Choose to match case when searching</li>
5420           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5421             expand the visible width and height of the alignment</li>
5422         </ul>
5423       </td>
5424       <td>
5425         <ul>
5426           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5427         </ul>
5428       </td>
5429     </tr>
5430     <tr>
5431       <td>
5432         <div align="center">
5433           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5434         </div>
5435       </td>
5436       <td>&nbsp;</td>
5437       <td>
5438         <ul>
5439           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5440           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5441             value</li>
5442         </ul>
5443       </td>
5444     </tr>
5445     <tr>
5446       <td>
5447         <div align="center">
5448           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5449         </div>
5450       </td>
5451       <td>
5452         <ul>
5453           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5454           <li>Keyboard editing</li>
5455           <li>Create sequence features from searches</li>
5456           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5457             alignments</li>
5458           <li>Features file allows grouping of features</li>
5459           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5460           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5461           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5462         </ul>
5463       </td>
5464       <td>
5465         <ul>
5466           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5467           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5468             descriptions saved.</li>
5469         </ul>
5470       </td>
5471     </tr>
5472     <tr>
5473       <td>
5474         <div align="center">
5475           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5476         </div>
5477       </td>
5478       <td>
5479         <ul>
5480           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5481           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5482           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5483             name for file output</li>
5484           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5485           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5486             used for HTML form input</li>
5487         </ul>
5488       </td>
5489       <td>
5490         <ul>
5491           <li>HTML output writes groups and features</li>
5492           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5493           <li>File IO bugs</li>
5494         </ul>
5495       </td>
5496     </tr>
5497     <tr>
5498       <td>
5499         <div align="center">
5500           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5501         </div>
5502       </td>
5503       <td>
5504         <ul>
5505           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5506           <li>More options for PCA viewer</li>
5507         </ul>
5508       </td>
5509       <td>
5510         <ul>
5511           <li>GUI bugs resolved</li>
5512           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5513         </ul>
5514       </td>
5515     </tr>
5516     <tr>
5517       <td height="63">
5518         <div align="center">
5519           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5520         </div>
5521       </td>
5522       <td>
5523         <ul>
5524           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5525           <li>Jar files are executable</li>
5526           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5527         </ul>
5528       </td>
5529       <td>
5530         <ul>
5531           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5532           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5533           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5534         </ul>
5535       </td>
5536     </tr>
5537     <tr>
5538       <td>
5539         <div align="center">
5540           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5541         </div>
5542       </td>
5543       <td>
5544         <ul>
5545           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5546         </ul>
5547       </td>
5548       <td>
5549         <ul>
5550           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5551         </ul>
5552       </td>
5553     </tr>
5554     <tr>
5555       <td>
5556         <div align="center">
5557           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5558         </div>
5559       </td>
5560       <td>
5561         <ul>
5562           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5563             size</li>
5564         </ul>
5565       </td>
5566       <td>
5567         <ul>
5568           <li>Improved JPred client reliability</li>
5569           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5570         </ul>
5571       </td>
5572     </tr>
5573     <tr>
5574       <td>
5575         <div align="center">
5576           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5577         </div>
5578       </td>
5579       <td>
5580         <ul>
5581           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5582           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5583           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5584             to Colour Menu</li>
5585           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5586           <li>Unix users can set default web browser</li>
5587           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5588           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5589         </ul>
5590       </td>
5591       <td>
5592         <ul>
5593           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5594         </ul>
5595       </td>
5596     </tr>
5597     <tr>
5598       <td>
5599         <div align="center">
5600           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5601         </div>
5602       </td>
5603       <td>&nbsp;</td>
5604       <td>
5605         <ul>
5606           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5607             alignment order.</li>
5608         </ul>
5609       </td>
5610     </tr>
5611     <tr>
5612       <td>
5613         <div align="center">
5614           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5615         </div>
5616       </td>
5617       <td>
5618         <ul>
5619           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5620           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5621           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5622             annotations.</li>
5623           <li>Version and build date written to build properties
5624             file.</li>
5625           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5626             at launch of Jalview.</li>
5627         </ul>
5628       </td>
5629       <td>
5630         <ul>
5631           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5632           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5633           <li>Can remove groups one by one.</li>
5634           <li>Filechooser icons installed.</li>
5635           <li>Finder ignores return character when searching.
5636             Return key will initiate a search.<br>
5637           </li>
5638         </ul>
5639       </td>
5640     </tr>
5641     <tr>
5642       <td>
5643         <div align="center">
5644           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5645         </div>
5646       </td>
5647       <td>
5648         <ul>
5649           <li>New codebase</li>
5650         </ul>
5651       </td>
5652       <td>&nbsp;</td>
5653     </tr>
5654   </table>
5655   <p>&nbsp;</p>
5656 </body>
5657 </html>