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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 246         </ul>
 247       </td>
 248                         <td align="left" valign="top">
 249                                 <ul>
 250                                         <li>
 251                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 252                                         </li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 255                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 256                                         </li>
 257                                         <li>
 258                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 259                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 260                                         </li>
 261                                         <li>
 262                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 263                                                 monospaced font
 264                                         </li>
 265                                         <li>
 266                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 267                                                 project involving multiple views
 268                                         </li>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 271                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 272                                                 Annotation dialog hides columns
 273                                         </li>
 274                                         <li>
 275                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 276                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 277                                                 one view, then making another selection in the other view
 278                                         </li>
 279                                         <li>
 280                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 281                                                 columns
 282                                         </li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 285                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 286                                         </li>
 287                                         <li>
 288                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 289                                                 overview updates with large alignments
 290                                         </li>
 291                                         <li>
 292                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 293                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 294                                                 mouse moved to the left of the first column
 295                                         </li>
 296                                         <li>
 297                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 298                                                 hidden column marker via scale popup menu
 299                                         </li>
 300                                         <li>
 301                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 302                                                 doesn't tell users the invalid URL
 303                                         </li>
 304                                         <li>
 305                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 306                                                 export as Jalview features file
 307                                         </li>
 308                                         <li>
 309                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 310                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 311                                         </li>
 312                                         <li>
 313                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 314                                                 when columns are hidden
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 318                                                 Columns by Annotation description
 319                                         </li>
 320                                         <li>
 321                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 322                                                 out of Scale or Annotation Panel
 323                                         </li>
 324                                         <li>
 325                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 326                                                 scale panel
 327                                         </li>
 328                                         <li>
 329                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 330                                                 alignment down
 331                                         </li>
 332                                         <li>
 333                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 334                                                 scale panel
 335                                         </li>
 336                                         <li>
 337                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 338                                                 Page Up in wrapped mode
 339                                         </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions
 342                                         </li>
 343                                         <li>
 344                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 348                                                 on opening an alignment
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 352                                                 Colour menu
 353                                         </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 356                                                 different groups in the alignment are selected
 357                                         </li>
 358                                         <li>
 359                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 360                                                 correctly in menu
 361                                         </li>
 362                                         <li>
 363                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 364                                                 threshold limit
 365                                         </li>
 366                                         <li>
 367                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 368                                                 threshold gets 'unrounded'
 369                                         </li>
 370                                         <li>
 371                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 372                                                 colour
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 376                                         </li>
 377                                         <li>
 378                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 379                                         </li>
 380                                         <li>
 381                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 382                                                 Tree font
 383                                         </li>
 384                                         <li>
 385                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 386                                                 project file
 387                                         </li>
 388                                         <li>
 389                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 390                                                 shown in complementary view
 391                                         </li>
 392                                         <li>
 393                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 394                                                 peptide sequence
 395                                         </li>
 396                                         <li>
 397                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 398                                                 of report
 399                                         </li>
 400                                         <li>
 401                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 402                                         </li>
 403                                 </ul> <em>Editing</em>
 404                                 <ul>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 407                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 408                                                 sequence
 409                                         </li>
 410                                         <li>
 411                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 412                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 413                                                 removed (Known defect since 2.10)
 414                                         </li>
 415                                         <li>
 416                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 417                                                 dialog corrupts dataset sequence
 418                                         </li>
 419                                         <li>
 420                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled when
 421                                                 shown without normalisation
 422                                         </li>
 423                                 </ul>
 424                                 <em>New Known Defects</em>
 425                                 <ul>
 426                                         <li>
 427                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 428                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 429                                         </li>
 430                                         <li>
 431                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 432                                                 'New View'
 433                                         </li>
 434                                         <li>
 435                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 436                                                 columns within hidden columns
 437                                         </li>
 438                                         <li>
 439                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 440                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 441                                                 region
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 445                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 446                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 447                                                 create a Score filter instead.
 448                                         </li>
 449                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 450             <ul>
 451               <li>
 452               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 453
 454             </ul></li>
 455
 456                                 </ul>
 457                         </td>
 458                 </tr>
 459     <tr>
 460     <td width="60" nowrap>
 461       <div align="center">
 462         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 463       </div>
 464     </td>
 465     <td><div align="left">
 466         <em></em>
 467         <ul>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 470               InstallAnywhere increased to 1G.
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 474               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 475               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 476                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 477                 properties file.</em>
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 481               API and sequence data now imported as JSON.
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 485               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 486               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 487               property.
 488             </li>
 489           </ul>
 490           <em>Development</em>
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 494               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 495                 Clover</a>
 496             </li>
 497           </ul>
 498         </div></td>
 499     <td><div align="left">
 500         <em></em>
 501         <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 504               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 505               alignment.
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 509               annotation displayed.
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 513               for newly created group when 'Apply to all groups'
 514               selected
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 518               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 519               visible.
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 523               when sequences are selected in exported view.</em>
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 527               aren't rendered with correct colour.
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 531               types of knotted RNA secondary structure.
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 535               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 536               do not start at 1.
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 540               annotation when columns are inserted into an alignment,
 541               and when exporting as Stockholm flatfile.
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 545               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 546               treated as RNA secondary structure.
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 550               (not .jar) when saving a jalview project file.
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 554               transfers focus to previous window on OSX
 555             </li>
 556           </ul>
 557           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 561               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 562               box.
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 566               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 567               'look and feel' which has improved compatibility with the
 568               latest version of OSX.
 569             </li>
 570           </ul>
 571         </div>
 572     </td>
 573     </tr>
 574     <tr>
 575       <td width="60" nowrap>
 576         <div align="center">
 577           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 578             <em>7/06/2018</em></strong>
 579         </div>
 580       </td>
 581       <td><div align="left">
 582           <em></em>
 583           <ul>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 586               annotation retrieved from Uniprot
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 590               onto the Jalview Desktop
 591             </li>
 592           </ul>
 593         </div></td>
 594       <td><div align="left">
 595           <em></em>
 596           <ul>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 599               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 603               right-hand column parsed correctly
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 607               not alignment area in exported graphic
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 611               window has input focus
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 615               annotation added to view (Windows)
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 619               network connectivity is poor
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 623               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 624                 the currently open URL and links from a page viewed in
 625                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 626                 you are using Edge, only links in the page can be
 627                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 628                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 629             </li>
 630           </ul>
 631         </div></td>
 632     </tr>
 633     <tr>
 634       <td width="60" nowrap>
 635         <div align="center">
 636           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 637         </div>
 638       </td>
 639       <td><div align="left">
 640           <em></em>
 641           <ul>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 644               for disabling automatic superposition of multiple
 645               structures and open structures in existing views
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 649               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 650               adjust them.
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 654               Ensembl services
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 658               and lots of hidden columns
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 662               of features (particularly when transparency is disabled)
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 666               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 667               generally available
 668             </li>
 669           </ul>
 670           </div>
 671       </td>
 672       <td><div align="left">
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 676               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 680               overlapping alignment panel
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 684               sequence as gaps
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 688               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 689               UTR
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 693               factor annotation not added to sequence when local PDB
 694               file associated with it by drag'n'drop or structure
 695               chooser
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 699               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 703               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 707               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 711               columns in annotation row
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 715               honored in batch mode
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 719               for structures added to existing Jmol view
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 723               entries after importing project with multiple views
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 727               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 728               with negative residue numbers or missing residues fails
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 732               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 733               as generated by CONSURF)
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 737               tooltip doesn't include a text description of mutation
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 741               structure and/or overview windows are also shown
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 745               very slow for alignments with large numbers of sequences
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 749               with 'StringIndexOutOfBounds'
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 753               platforms running Java 10
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 757               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 758             </li>
 759           </ul>
 760           <em>Applet</em>
 761           <ul>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 764               should copy the group consensus when popup is opened on it
 765             </li>
 766           </ul>
 767           <em>Batch Mode</em>
 768           <ul>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 771           </li>
 772           </ul>
 773           <em>New Known Defects</em>
 774           <ul>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 777               editing a large alignment and overview is displayed
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 781               repeatedly after a series of edits even when the overview
 782               is no longer reflecting updates
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 786               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 787               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 788               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 789             </li>
 790           </ul>
 791         </div>
 792           </td>
 793     </tr>
 794     <tr>
 795       <td width="60" nowrap>
 796         <div align="center">
 797           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 798         </div>
 799       </td>
 800       <td><div align="left">
 801           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 802               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 803       <td><div align="left">
 804           <em>Desktop</em><ul>
 805           <ul>
 806             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 807             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 808             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 809             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 810             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 811             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 812             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 813           </ul>
 814           </div>
 815       </td>
 816     </tr>
 817     <tr>
 818       <td width="60" nowrap>
 819         <div align="center">
 820           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 821         </div>
 822       </td>
 823       <td><div align="left">
 824           <em></em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 828               rendering of sequence features
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 832               429 rate limit request hander
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 836               their colours have changed
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 840               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 844               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 848               view from Ensembl locus cross-references
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 852               Alignment report
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 856               feature can be disabled
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 860               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 864               Uniprot
 865             </li>
 866           </ul>
 867           <em>Scripting</em>
 868           <ul>
 869             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 870             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 871               percent identity scores for current alignment.</li>
 872           </ul>
 873           <em>Testing and Deployment</em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 877             </li>
 878           </ul>
 879         </div></td>
 880       <td><div align="left">
 881           <em>General</em>
 882           <ul>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 885               threshold text field doesn't trigger an update to the
 886               alignment view
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 890               strings in parallel
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 894               alignment window is closed
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 898               group visibility
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 902               takes a long time in Cursor mode
 903             </li>
 904           </ul>
 905           <em>Desktop</em>
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 909               cannot be viewed in Chimera
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 913               CDS/Protein view
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 917               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 918               Search Dialogs
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 928               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 932               scrolling right in unwapped alignment view
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 936               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 937               database
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 941               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 945               features of same type and group to be selected for
 946               amending
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 950               alignments when hidden columns are present
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 954               displaying several structures
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 958               moving a window
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 962               within the Jalview desktop on OSX
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 966               when in wrapped alignment mode
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 970               hand end of alignment
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 974               each selected sequence do not have correct start/end
 975               positions
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 979               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 983               restoring project until a new view is created
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 987               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 988               configured (since 2.10.2b2)
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 992               position is adjusted
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 996               in a multi-chain structure when viewing alignment
 997               involving more than one chain (since 2.10)
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1001               if new selection moves alignment window
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1005               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1009               that produces correctly annotated transcripts and products
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1013               doesn't update associated structure view
1014             </li>
1015           </ul>
1016           <em>Applet</em><br />
1017           <ul>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1020               closing alignment panel
1021             </li>
1022           </ul>
1023           <em>BioJSON</em><br />
1024           <ul>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1027               non-positional features
1028             </li>
1029           </ul>
1030           <em>New Known Issues</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1034               sequence features correctly (for many previous versions of
1035               Jalview)
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1039               using cursor in wrapped panel other than top
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1043               graduated colour threshold
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1047               always preserve numbering and sequence features
1048             </li>
1049           </ul>
1050           <em>Known Java 9 Issues</em>
1051           <ul>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1054               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1055               9.01, OSX 10.10)
1056             </li>
1057           </ul>
1058         </div></td>
1059     </tr>
1060     <tr>
1061       <td width="60" nowrap>
1062         <div align="center">
1063           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1064             <em>2/10/2017</em></strong>
1065         </div>
1066       </td>
1067       <td><div align="left">
1068           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1069           <ul>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1072             </li>
1073             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1074             </li>
1075           </ul>
1076         </div></td>
1077       <td><div align="left">
1078         </div></td>
1079     </tr>
1080     <tr>
1081       <td width="60" nowrap>
1082         <div align="center">
1083           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1084             <em>7/9/2017</em></strong>
1085         </div>
1086       </td>
1087       <td><div align="left">
1088           <em></em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1092               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1093               white)
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1097               Preferences
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1101               in size and progress bar shown as higher resolution
1102               overview is recalculated
1103             </li>
1104
1105           </ul>
1106         </div></td>
1107       <td><div align="left">
1108           <em></em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1112               column region row by row
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1116               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1120               format setting is unticked
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1124               if group has show boxes format setting unticked
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1128               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1129               include sequences and columns not currently displayed
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1133               assemblies are imported via CIF file
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1137               displayed when threshold or conservation colouring is also
1138               enabled.
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1142               server version
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1146               dragging a selected region off the visible region of the
1147               alignment
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1151               colourscheme to all groups in a view
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1155               initially after font size change using the Font chooser or
1156               middle-mouse zoom
1157             </li>
1158           </ul>
1159         </div></td>
1160     </tr>
1161     <tr>
1162       <td width="60" nowrap>
1163         <div align="center">
1164           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1165         </div>
1166       </td>
1167       <td><div align="left">
1168           <em>Calculations</em>
1169           <ul>
1170
1171             <li>
1172               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1173               ungapped positions in each column of the alignment.
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1177               a calculation dialog box
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1181               and memory efficiency (~30x faster)
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1185               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1186               and other calculations
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1190               files within the Jalview codebase
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1194               Similarity may have different topology due to increased
1195               precision
1196             </li>
1197           </ul>
1198           <em>Rendering</em>
1199           <ul>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1202               model for alignments and groups
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1206               scripts
1207             </li>
1208           </ul>
1209           <em>Overview</em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1213               with alignment and overview windows
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1217               overview
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1221               omitted in Overview
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1225               adjustment of visible position
1226             </li>
1227           </ul>
1228
1229           <em>Data import/export</em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1233               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1237               annotation input/output via stockholm flatfile
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1241               extension when importing structure files without embedded
1242               names or PDB accessions
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1246               format sequence substitution matrices
1247             </li>
1248           </ul>
1249           <em>User Interface</em>
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1253               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1254               the application.
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1258               via Overview or sequence motif search operations
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1262               opened by double clicking gaps within sequence feature
1263               extent
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1267               aligned positions were available to create a 3D structure
1268               superposition.
1269             </li>
1270           </ul>
1271           <em>3D Structure</em>
1272           <ul>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1275               coloured in linked structure views
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1279               file-based command exchange
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1283               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1284               structures are already available for sequences
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1288               the Jalview project rather than downloaded again when the
1289               project is reopened.
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1293               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1294               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1295                 Feature</strong>)
1296             </li>
1297           </ul>
1298           <em>Web Services</em>
1299           <ul>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1305               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1306               Analysis services
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1310               cross-references provided by identifiers.org and the
1311               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1312             </li>
1313           </ul>
1314
1315           <em>Scripting</em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1319               identifying file formats (instead of String constants)
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1323               efficiency when counting all displayed features (not
1324               backwards compatible with 2.10.1)
1325             </li>
1326           </ul>
1327           <em>Example files</em>
1328           <ul>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1331               included in the example feature file
1332             </li>
1333           </ul>
1334           <em>Documentation</em>
1335           <ul>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1338               with the built-in Java help viewer
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1342               sequence description' option
1343             </li>
1344           </ul>
1345           <em>Test Suite</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1349               Uniprot REST Free Text Search Client
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1356               during tests
1357             </li>
1358           </ul>
1359         </div></td>
1360       <td><div align="left">
1361           <em>Calculations</em>
1362           <ul>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1365               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1366               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1367             </li>
1368             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1369               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1370               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1371               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1372               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1373               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1374               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1375               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1376               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1377               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1378               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1379               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1380               // for 2.10.1 mode <br />
1381               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1382               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1383                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1384                 calculations (not recommended)</em></li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1387               scaling of branch lengths for trees computed using
1388               Sequence Feature Similarity.
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1392               generating output report when working with highly
1393               redundant alignments
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1397               right of selected region when gaps present on right-hand
1398               boundary
1399             </li>
1400           </ul>
1401           <em>User Interface</em>
1402           <ul>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1405               doesn't reselect a specific sequence's associated
1406               annotation after it was used for colouring a view
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1410               opened on a region of alignment without groups
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1414               of an alignment with overlapping groups
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1418               name and description match
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1422               hidden regions results in incorrect hidden regions
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1426               changing colour does not apply Conservation slider value
1427               to all groups
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1431               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1435               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1439               gaps before start of features
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1443               restored to UI when feature colour is edited
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1447               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1451               as graduate feature colour settings are modified via the
1452               dialog box
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1456               when a group defined on the alignment is resized
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1460               wrapped view result in positional status updates
1461             </li>
1462
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1465               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1469               alignment included gapped columns
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1473               widgets don't permanently disappear
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1477               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1478               T-Coffee column reliability scores)
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1482               sequence feature on gaps only
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1486               button from a Find inherit previously defined feature type
1487               rather than the Find query string
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1491               exporting tree calculated in Jalview
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1495               and then revealing them reorders sequences on the
1496               alignment
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1500               doesn't update to reflect available set of groups after
1501               interactively adding or modifying features
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1505               Linux
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1509               only excluded gaps in current sequence and ignored
1510               selection.
1511             </li>
1512           </ul>
1513           <em>Rendering</em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1517               erratically when hidden rows or columns are present
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1521               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1522               sequence colouring
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1526               colour and group colour menu for protein alignments
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1530               reflect currently selected view or group's shading
1531               thresholds
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1535               when rendered on overview and structures when opacity at
1536               100%
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1540               overview when features overlaid on alignment
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1544               recovered correctly from Jalview project file
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1548               (automatically via preferences) are different to the main
1549               alignment panel
1550             </li>
1551           </ul>
1552           <em>Data import/export</em>
1553           <ul>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1556               load
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1560               added after a sequence was imported are not written to
1561               Stockholm File
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1565               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1569               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1573               with lightGray or darkGray via features file (but can
1574               specify lightgray)
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1578               when alignment view imported from project
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1582               structure and sequences extracted from structure files
1583               imported via URL and viewed in Jmol
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1587               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1588               the project is loaded and the structure viewed
1589             </li>
1590           </ul>
1591           <em>Web Services</em>
1592           <ul>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1595               release of Ensembl v.88
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1599               appear enabled in Preferences->Connections
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1603               removed from console output
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1607               Ensembl by Peptide ID
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1611               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1612               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1613               due to 'null' string rather than empty string used for
1614               residues with no corresponding PDB mapping).
1615             </li>
1616           </ul>
1617           <em>Application UI</em>
1618           <ul>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1621               menu
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1625               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1626               new documentation and tooltips added)
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1630               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1634               new features are added to alignment
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1638               changes to feature colours via the Amend features dialog
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1642               edit graduated feature colour via amend features dialog
1643               box
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1647               selection menu changes colours of alignment views
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1651               from alignment calculation workers after alignment has
1652               been closed
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1656               groups now 'Create Group'
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1660               Create/Undefine group doesn't always work
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1664               shown again after pressing 'Cancel'
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1668               adjusts start position in wrap mode
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1672               ambiguous amino acids
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1676               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1677               proteins
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1681               Defined' don't appear in Colours menu
1682             </li>
1683           </ul>
1684           <em>Applet</em>
1685           <ul>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1688               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1692               overview or linked structure view
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1696               work (since 2.8)
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1700               user-defined colourscheme doesn't restore original
1701               colourscheme
1702             </li>
1703           </ul>
1704           <em>Test Suite</em>
1705           <ul>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1708               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1712               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1713               problems with deep array comparison equality asserts in
1714               successive versions of TestNG
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1718               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1719             </li>
1720           </ul>
1721           <em>New Known Issues</em>
1722           <ul>
1723             <li>
1724               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1725               phase after a sequence motif find operation
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1729               containing just upper and lower case letters are
1730               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1734               reliably from eggnog Ortholog database
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1738               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1739               to mark columns containing highlighted regions.
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1743               doesn't always add secondary structure annotation.
1744             </li>
1745           </ul>
1746         </div>
1747     <tr>
1748       <td width="60" nowrap>
1749         <div align="center">
1750           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1751         </div>
1752       </td>
1753       <td><div align="left">
1754           <em>General</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1758               for all consensus calculations
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1762               3rd Oct 2016)
1763             </li>
1764             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1765               for 2016-2017</li>
1766           </ul>
1767           <em>Application</em>
1768           <ul>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1771               set of database cross-references, sorted alphabetically
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1775               from database cross references. Users with custom links
1776               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1777                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1781               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1782               Chimera session
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1786               the Chimera it is connected to is shut down
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1790               columns menu item to mark columns containing highlighted
1791               regions (e.g. from structure selections or results of a
1792               Find operation)
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1796               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1797               MSAviewer
1798             </li>
1799           </ul>
1800         </div></td>
1801       <td>
1802         <div align="left">
1803           <em>General</em>
1804           <ul>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1807               are not coloured or thresholded according to percent
1808               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1812               hydrophobic
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1816               threshold, amino acid properties)
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1820               reported as mapped to residues in a structure file in the
1821               View Mapping report
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1825               could be added multiple times to a sequence
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1829               bond features shown as two highlighted residues rather
1830               than a range in linked structure views, and treated
1831               correctly when selecting and computing trees from features
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1835               cross-references are matched to database name regardless
1836               of case
1837             </li>
1838
1839           </ul>
1840           <em>Application</em>
1841           <ul>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1844               names without regular expressions also offer links from
1845               Sequence ID
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1849               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1850               update Jalview configuration
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1854               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1858               files with similarly named sequences if dropped onto the
1859               alignment
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1863               entries where more chains exist in the PDB accession than
1864               are reported in the SIFTS file
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1868               the structure view when displayed with Chimera
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1872               panel's View->Show Chains submenu
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1876               work for wrapped alignment views
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1880               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1884               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1885               first annotation row
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1889               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1893               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1894             </li>
1895             <!-- JAL-2319 -->
1896             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1897             coordindate data
1898             </li>
1899           </ul>
1900           <!--           <em>New Known Issues</em>
1901           <ul>
1902             <li></li>
1903           </ul> -->
1904         </div>
1905       </td>
1906     </tr>
1907     <td width="60" nowrap>
1908       <div align="center">
1909         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1910           <em>25/10/2016</em></strong>
1911       </div>
1912     </td>
1913     <td><em>Application</em>
1914       <ul>
1915         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1916           view if structures already loaded</li>
1917         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1918           structure views</li>
1919       </ul></td>
1920     <td>
1921       <div align="left">
1922         <em>General</em>
1923         <ul>
1924           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1925             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1926           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1927             example sequences/projects/trees</li>
1928         </ul>
1929         <em>Application</em>
1930         <ul>
1931           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1932             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1933           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1934             without timeout for structures with multiple models or
1935             multiple sequences in alignment</li>
1936           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1937             PDB ID HEADER line</li>
1938           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1939             is performed</li>
1940           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1941             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1942           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1943           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1944             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1945             option</li>
1946           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1947             is created on the alignment</li>
1948           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1949             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1950             pop-up menu</li>
1951         </ul>
1952         <em>Build and deployment</em>
1953         <ul>
1954           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1955             tags</li>
1956         </ul>
1957         <em>New Known Issues</em>
1958         <ul>
1959           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1960             on Windows</li>
1961         </ul>
1962       </div>
1963     </td>
1964     </tr>
1965     <tr>
1966       <td width="60" nowrap>
1967         <div align="center">
1968           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1969         </div>
1970       </td>
1971       <td><em>General</em>
1972         <ul>
1973           <li>
1974             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1978             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1979             better PDB parsing.
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1983             reference sequence
1984           </li>
1985           <li>
1986             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1987             mousing over sequence associated annotation
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1991             for manual entry
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1995             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1996             for each column
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2000             showing or hiding columns containing a feature
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2004             group and sequence associated annotation labels
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2008             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2009             dialogs
2010           </li>
2011
2012         </ul> <em>Application</em>
2013         <ul>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2016             gene/transcript view
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2020             dialog
2021           </li>
2022           <li>
2023             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2024             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2028             Pfam sources to xfam.org
2029           </li>
2030           <li>
2031             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2035             over sequences in Jalview
2036           </li>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2039             regions in ENA and EMBL
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2043             for record retrieval via ENA rest API
2044           </li>
2045           <li>
2046             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2047             complement operator
2048           </li>
2049           <li>
2050             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2051             groovy script execution
2052           </li>
2053           <li>
2054             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2055             alignment window's Calculate menu
2056           </li>
2057           <li>
2058             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2059             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2060           </li>
2061           <li>
2062             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2063             calculation workers from groovy scripts
2064           </li>
2065           <li>
2066             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2067             Jalview projects
2068           </li>
2069           <li>
2070             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2071             associations are now saved/restored from project
2072           </li>
2073           <li>
2074             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2075             before sequence fetcher is opened
2076           </li>
2077           <li>
2078             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2079             database chooser opens a sequence fetcher
2080           </li>
2081           <li>
2082             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2083             the UniProt REST API
2084           </li>
2085           <li>
2086             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2087             the news reader opening
2088           </li>
2089           <li>
2090             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2091             querying stored in preferences
2092           </li>
2093           <li>
2094             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2095             search results
2096           </li>
2097           <li>
2098             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2099           </li>
2100           <li>
2101             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2102             menu for nucleotide sequences
2103           </li>
2104           <li>
2105             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2106             and feature counts preserves alignment ordering (and
2107             debugged for complex feature sets).
2108           </li>
2109           <li>
2110             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2111             viewing structures with Jalview 2.10
2112           </li>
2113           <li>
2114             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2115             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2116             Ensembl Genomes REST API
2117           </li>
2118           <li>
2119             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2120             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2121             (Ensembl)
2122           </li>
2123           <li>
2124             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2125             sequences
2126           </li>
2127           <li>
2128             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2129             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2130             data from external database records.
2131           </li>
2132           <li>
2133             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2134             efficient recovery of sequence coding and alignment
2135             annotation relationships.
2136           </li>
2137         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2138         <ul>
2139           <li>
2140             -- JAL---
2141           </li>
2142         </ul> --></td>
2143       <td>
2144         <div align="left">
2145           <em>General</em>
2146           <ul>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2149               menu on OSX
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2153               includes graduated colourschemes
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2157               working with big alignments and lots of hidden columns
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2161               at right of alignment window
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2165               contents
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2169               for DNA alignments
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2173               based tree calculation
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2177               unconserved enabled for group on alignment
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2181               set as reference
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2185               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2186               annotation
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2190               hidden columns present
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2194               user created annotation added to alignment
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2198               '()' base pair annotation
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2202               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2203               Consensus
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2207               feature not working
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2211               beginning of sequence
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2215               entry 3a6s
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2219               from a tree when t-coffee scores are shown
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2223               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2227               some structures
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2231               to Clustal, PIR and PileUp output
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2235               not visible causes alignment window to repaint
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2239               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2240               scores associated with features and annotation rows
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2244               calculation should be case independent
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2248               columns
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2252               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2253               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2257               problems when reference sequence defined and 'show
2258               non-conserved' enabled
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2262               load even when Consensus calculation is disabled
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2266               alignment does nothing
2267             </li>
2268           </ul>
2269           <em>Application</em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2273               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2274               yet fixed for El Capitan)
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2278               output when running on non-gb/us i18n platforms
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2282               hidden sequences as flat-file alignment
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2286               launching Chimera
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2290               (also hotfix for 2.9.0b2)
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2294               reference sequence defined
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2298               alignments and views when revealing hidden columns
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2302               view in a cDNA/Protein splitframe
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2306               sequence from project when only one sequence is
2307               represented
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2311               in Structure Chooser
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2315               structure consensus didn't refresh annotation panel
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2319               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2323               dialogs format columns correctly, don't display array
2324               data, sort columns according to type
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2328               file chooser is cancelled during an image export
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2332               sequence name containing special characters
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2336               case insensitive
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2340               formatting don't wrap
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2344               truncated so L looks like I in consensus annotation
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2348               currently displayed features for the current selection or
2349               view
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2353               after fetching cross-references, and restoring from
2354               project
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2358               followed in the structure viewer
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2362               splitframe not restored from project
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2366               trailing end of protein alignment in transcript/product
2367               splitview when pad-gaps not enabled by default
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2371               is case dependent
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2375               article has been read (reopened issue due to
2376               internationalisation problems)
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2380               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2381               cross-references
2382             </li>
2383
2384             <li>
2385               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2386               alignment as HTML
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2390               multiple structures are shown for one or more sequences.
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2394               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2395               is enabled.
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2399               specific PDB id for sequence
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2403               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2404               columns' is disabled.
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2408               selects lowest rather than highest resolution structures
2409               for each sequence
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2413               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2417               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2421               after clicking on it to create new annotation for a
2422               column.
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2426               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2427             </li>
2428             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2429             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2430           </ul>
2431           <em>Applet</em>
2432           <ul>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2435               hidden columns present before start of sequence
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2439               (JSON jars)
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2443               sequences are hidden in applet
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2447               deployment on examples pages.
2448             </li>
2449           </ul>
2450         </div>
2451       </td>
2452     </tr>
2453     <tr>
2454       <td width="60" nowrap>
2455         <div align="center">
2456           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2457             <em>16/10/2015</em></strong>
2458         </div>
2459       </td>
2460       <td><em>General</em>
2461         <ul>
2462           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2463             jars</li>
2464         </ul></td>
2465       <td>
2466         <div align="left">
2467           <em>Application</em>
2468           <ul>
2469             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2470               shown when tree is partitioned</li>
2471             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2472               multiple cDNA/Protein split views</li>
2473           </ul>
2474         </div>
2475       </td>
2476     </tr>
2477     <tr>
2478       <td width="60" nowrap>
2479         <div align="center">
2480           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2481             <em>8/10/2015</em></strong>
2482         </div>
2483       </td>
2484       <td><em>General</em>
2485         <ul>
2486           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2487             2.9</li>
2488         </ul> <em>Application</em>
2489         <ul>
2490           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2491           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2492           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2493         </ul> <em>Applet</em>
2494         <ul>
2495           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2496         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2497         <ul>
2498           <li>
2499             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2500             suite
2501           </li>
2502         </ul></td>
2503       <td>
2504         <div align="left">
2505           <em>General</em>
2506           <ul>
2507             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2508               incorrect when sequence start > 1</li>
2509             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2510               documentation</li>
2511             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2512             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2513               loading a features file containing HTML tags in feature
2514               description</li>
2515
2516           </ul>
2517           <em>Application</em>
2518           <ul>
2519             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2520               reimport</li>
2521             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2522               with 'trim retrieved sequences'</li>
2523             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2524               deleting selected columns</li>
2525             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2526               JNLP templates for webstart launch</li>
2527             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2528               unreleased structures for download or viewing</li>
2529             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2530               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2531             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2532               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2533             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2534               recovered from jalview project</li>
2535             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2536               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2537               alignment view</li>
2538             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2539               color schemes from BioJSON</li>
2540           </ul>
2541           <em>Applet</em>
2542           <ul>
2543             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2544               frame</li>
2545             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2546           </ul>
2547         </div>
2548       </td>
2549     </tr>
2550     <tr>
2551       <td><div align="center">
2552           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2553         </div></td>
2554       <td><em>General</em>
2555         <ul>
2556           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2557             alignments:
2558             <ul>
2559               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2560                 and DNA alignment views</li>
2561               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2562                 cDNA alignment views</li>
2563               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2564                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2565               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2566                 protein sequences</li>
2567             </ul>
2568           </li>
2569           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2570           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2571             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2572           <li>New alignment annotation file statements for
2573             reference sequences and marking hidden columns</li>
2574           <li>Reference sequence based alignment shading to
2575             highlight variation</li>
2576           <li>Select or hide columns according to alignment
2577             annotation</li>
2578           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2579           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2580             acid conservation row</li>
2581           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2582         </ul> <em>Application</em>
2583         <ul>
2584           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2585             <ul>
2586               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2587                 view with cDNA/Protein</li>
2588               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2589                 sequences are placed in the same alignment</li>
2590               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2591                 projects</li>
2592             </ul>
2593           </li>
2594
2595           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2596           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2597             Jalview windows</li>
2598
2599           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2600           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2601           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2602             be shown in VARNA</li>
2603
2604           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2605             as the active selected region</li>
2606
2607           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2608             similarity</li>
2609           <li>New Export options
2610             <ul>
2611               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2612                 region export in flat file generation</li>
2613
2614               <li>Export alignment views for display with the <a
2615                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2616
2617               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2618               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2619                 alignment figures to HTML</li>
2620           </li>
2621           <li>3D structure retrieval and display
2622             <ul>
2623               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2624                 Search API</li>
2625               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2626                 PDB structures for a sequence set</li>
2627             </ul>
2628           </li>
2629
2630           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2631             predictions</li>
2632           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2633             for one or a group of sequences</li>
2634           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2635             from the JPred4 web server</li>
2636           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2637             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2638             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2639           </li>
2640           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2641             VARNA 2D Structure'</li>
2642           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2643             Structure ..."</li>
2644
2645         </ul> <em>Applet</em>
2646         <ul>
2647           <li>New layout for applet example pages</li>
2648           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2649             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2650           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2651             Protein alignments</li>
2652         </ul> <em>Development and deployment</em>
2653         <ul>
2654           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2655           <li>Include installation type and git revision in build
2656             properties and console log output</li>
2657           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2658             storing BioJsMSA Templates</li>
2659           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2660         </ul></td>
2661       <td>
2662         <!-- <em>General</em>
2663         <ul>
2664         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2665         <ul>
2666           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2667           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2668           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2669             predictions are not highlighted in amber</li>
2670           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2671             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2672           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2673             associated structure views</li>
2674           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2675             width checkbox not enabled</li>
2676           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2677             creating user defined colours</li>
2678           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2679             mappings for just that viewer's sequences</li>
2680           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2681             multiple models in Chimera</li>
2682           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2683             over Jmol structure</li>
2684           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2685             output to text box</li>
2686           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2687             have incorrect sequence start/end</li>
2688           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2689             Jalview fails</li>
2690           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2691             work for nucleotide</li>
2692           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2693             to a grey/invisible alignment window</li>
2694           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2695             imports to different position</li>
2696           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2697             on some platforms</li>
2698           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2699             populated</li>
2700           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2701             console if Chimera has been opened</li>
2702           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2703           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2704             retrieved</li>
2705           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2706           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2707             either sequence shows on first structure</li>
2708           <li>'Show annotations' options should not make
2709             non-positional annotations visible</li>
2710           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2711             in right place after 'view flanking regions'</li>
2712           <li>File Save As type unset when current file format is
2713             unknown</li>
2714           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2715             projects</li>
2716           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2717             responsive</li>
2718           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2719             several views on same alignment</li>
2720           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2721           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2722             spaces</li>
2723         </ul> <em>Applet</em>
2724         <ul>
2725           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2726           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2727             descriptions containing angle brackets</li>
2728         </ul> <em>General</em>
2729         <ul>
2730           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2731             via jalview annotation file</li>
2732           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2733             with RNA secondary structure</li>
2734           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2735             translation doesn't work.</li>
2736           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2737           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2738             positions</li>
2739           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2740             choosing 1pt font</li>
2741           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2742             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2743             'h'</li>
2744           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2745             new feature</li>
2746           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2747             order dependent</li>
2748           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2749             sequences</li>
2750           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2751         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2752         <ul>
2753           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2754             www.jalview.org</li>
2755         </ul> <em>Application Known issues</em>
2756         <ul>
2757           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2758           <li>Misleading message appears after trying to delete
2759             solid column.</li>
2760           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2761             version launches</li>
2762           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2763             fails with a sequence mismatch</li>
2764           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2765             scrolling alignment to right</li>
2766           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2767             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2768           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2769             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2770           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2771             ultra-high resolution</li>
2772           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2773             quality and conservation</li>
2774           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2775             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2776         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2777         <ul>
2778           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2779           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2780             window is being resized</li>
2781
2782         </ul>
2783       </td>
2784     </tr>
2785     <tr>
2786       <td><div align="center">
2787           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2788         </div></td>
2789       <td><em>General</em>
2790         <ul>
2791           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2792             Certum.PL.</li>
2793           <li>Features and annotation preserved when performing
2794             pairwise alignment</li>
2795           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2796             imported/exported/displayed</li>
2797           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2798             protein secondary structure</li>
2799           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2800               post-hoc with 2.9 release</em>)
2801           </li>
2802
2803         </ul> <em>Application</em>
2804         <ul>
2805           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2806             with 3D structures</li>
2807           <li>Support for parsing RNAML</li>
2808           <li>Annotations menu for layout
2809             <ul>
2810               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2811               <li>place sequence annotation above/below alignment
2812                 annotation</li>
2813             </ul>
2814           <li>Output in Stockholm format</li>
2815           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2816             translation</li>
2817           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2818           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2819             shared between alignments</li>
2820           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2821             Jalview</li>
2822           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2823             all or current selection</li>
2824           <li>disorder and secondary structure predictions
2825             available as dataset annotation</li>
2826           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2827
2828
2829           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2830             alignments from Rfam</li>
2831           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2832
2833           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2834             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2835           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2836           <li>include installation type in build properties and
2837             console log output</li>
2838           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2839             annotation</li>
2840         </ul></td>
2841       <td>
2842         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2843         <ul>
2844           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2845             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2846           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2847             alignment</li>
2848           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2849           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2850           <li>Double click on sequence associated annotation
2851             selects only first column</li>
2852           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2853             leaves shown in tree</li>
2854           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2855             properly</li>
2856           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2857           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2858             screen and buttons not visible</li>
2859           <li>author list isn't updated if already written to
2860             Jalview properties</li>
2861           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2862             from database</li>
2863           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2864           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2865             browser search window</li>
2866           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2867             in feature settings dialog</li>
2868           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2869             desktop</li>
2870           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2871             pass validation</li>
2872           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2873             fit on screen</li>
2874           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2875             tooltip</li>
2876           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2877             defined user preset</li>
2878           <li>MSA web services warns user if they were launched
2879             with invalid input</li>
2880           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2881             Java 8</li>
2882           <li>
2883             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2884             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2885             created
2886           </li>
2887
2888         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2889         <ul>
2890         </ul> <em>General</em>
2891         <ul>
2892         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2893         <ul>
2894           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2895             memory allocation</li>
2896           <li>launchApp service doesn't automatically open
2897             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2898           <li>
2899             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2900             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2901             1.7_055 is available
2902           </li>
2903         </ul> <em>Application Known issues</em>
2904         <ul>
2905           <li>
2906             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2907             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2908             alignment to right
2909           </li>
2910           <li>
2911             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2912             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2913             with large number of ID
2914           </li>
2915           <li>
2916             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2917             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2918             start/end
2919           </li>
2920           <li>
2921             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2922             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2923             structure tracks are rearranged
2924           </li>
2925           <li>
2926             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2927             invalid rna structure positional highlighting does not
2928             highlight position of invalid base pairs
2929           </li>
2930           <li>
2931             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2932             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2933             project from alignment window file menu
2934           </li>
2935           <li>
2936             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2937             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2938             structures
2939           </li>
2940           <li>
2941             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2942             colour by RNA Helices not enabled when user created
2943             annotation added to alignment
2944           </li>
2945           <li>
2946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2947             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2948           </li>
2949         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2950         <ul>
2951           <li>
2952             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2953             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2954           </li>
2955           <li>
2956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2957             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2958           </li>
2959
2960           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2961             when selected</li>
2962         </ul>
2963       </td>
2964     </tr>
2965     <tr>
2966       <td><div align="center">
2967           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2968         </div></td>
2969       <td>
2970         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2971         <em>General</em>
2972         <ul>
2973           <li>Internationalisation of user interface (usually
2974             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2975           <li>Define/Undefine group on current selection with
2976             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2977           <li>Improved group creation/removal options in
2978             alignment/sequence Popup menu</li>
2979           <li>Sensible precision for symbol distribution
2980             percentages shown in logo tooltip.</li>
2981           <li>Annotation panel height set according to amount of
2982             annotation when alignment first opened</li>
2983         </ul> <em>Application</em>
2984         <ul>
2985           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2986             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2987           <li>Select columns containing particular features from
2988             Feature Settings dialog</li>
2989           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2990             sequences</li>
2991           <li>Update Jalview project format:
2992             <ul>
2993               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2994               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2995                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2996               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2997                 colouring</li>
2998             </ul>
2999           </li>
3000           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3001             (PAM250)</li>
3002           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3003             flanking regions for an alignment</li>
3004         </ul>
3005       </td>
3006       <td>
3007         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3008         <ul>
3009           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3010             running after job is cancelled</li>
3011           <li>cannot export features from alignments imported from
3012             Jalview/VAMSAS projects</li>
3013           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3014             float values</li>
3015           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3016             have 'display all symbols' flag set</li>
3017           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3018             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3019           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3020             Jalview</li>
3021           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3022             Lion/Webstart</li>
3023           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3024           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3025           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3026             alignment onto desktop</li>
3027           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3028             'extract scores' function</li>
3029           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3030             alignment window</li>
3031           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3032             performing IUPred disorder prediction</li>
3033           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3034             changing 'normalise logo' display setting</li>
3035           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3036             nothing matches query</li>
3037           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3038             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3039           </li>
3040           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3041             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3042           </li>
3043           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3044             Jalview's menu</li>
3045           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3046             'invalid literal/length code'</li>
3047           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3048             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3049           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3050             colourscheme</li>
3051
3052         </ul> <em>Applet</em>
3053         <ul>
3054           <li>Remove group option is shown even when selection is
3055             not a group</li>
3056           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3057             don't affect groups</li>
3058           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3059             colourscheme name</li>
3060           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3061             Annotation panel is not displayed</li>
3062           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3063             embedded windows</li>
3064         </ul> <em>Other</em>
3065         <ul>
3066           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3067             single sequence were not calculated</li>
3068           <li>annotation files that contain only groups imported as
3069             annotation and junk sequences</li>
3070           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3071             recognised as PFAM or BLC</li>
3072           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3073             doesn't affect background (2.8.0b1)
3074           <li></li>
3075           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3076           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3077             trailing gaps</li>
3078           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3079             registered correctly on import</li>
3080           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3081             certain alignments</li>
3082           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3083             existing annotation based 'use original colours'
3084             colourscheme loses original colours setting</li>
3085         </ul>
3086       </td>
3087     </tr>
3088     <tr>
3089       <td><div align="center">
3090           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3091             <em>30/1/2014</em></strong>
3092         </div></td>
3093       <td>
3094         <ul>
3095           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3096             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3097             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3098             open source project).
3099           </li>
3100           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3101           <li>Output in Stockholm format</li>
3102           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3103           <li>Export/import group and sequence associated line
3104             graph thresholds</li>
3105           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3106             ambiguity codes</li>
3107           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3108             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3109             works</li>
3110           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3111         </ul> <em>Other improvements</em>
3112         <ul>
3113           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3114           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3115             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3116           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3117             files</li>
3118           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3119           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3120             link but no description</li>
3121           <li>Select primary source when selecting authority in
3122             database fetcher GUI</li>
3123           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3124             Jalview</li>
3125           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3126         </ul>
3127       </td>
3128       <td>
3129         <ul>
3130           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3131             displayed</li>
3132           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3133             secondary structure annotation line</li>
3134           <li>Sequence database accessions not imported when
3135             fetching alignments from Rfam</li>
3136           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3137             identical IDs</li>
3138           <li>View all structures does not always superpose
3139             structures</li>
3140           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3141             reflect user or preset settings</li>
3142           <li>Null pointer exceptions for some services without
3143             presets or adjustable parameters</li>
3144           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3145             discover PDB xRefs</li>
3146           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3147             features with DAS</li>
3148           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3149             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3150           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3151             residue follows a gap</li>
3152           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3153             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3154           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3155             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3156           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3157             annotation already exists on alignment</li>
3158           <li>oninit javascript function should be called after
3159             initialisation completes</li>
3160           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3161             alignment window display</li>
3162           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3163           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3164             to annotation file</li>
3165           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3166             groups created</li>
3167           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3168             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3169           <li>Pressing return several times causes Number Format
3170             exceptions in keyboard mode</li>
3171           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3172             correct partitions for input data</li>
3173           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3174           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3175           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3176           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3177             mode</li>
3178           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3179             changes one row&#39;s threshold</li>
3180           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3181             doesn&#39;t open</li>
3182           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3183             quality histograms</li>
3184         </ul>
3185       </td>
3186     </tr>
3187     <tr>
3188       <td><div align="center">
3189           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3190         </div></td>
3191       <td><em>Application</em>
3192         <ul>
3193           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3194             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3195           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3196             preferences</li>
3197           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3198             in Jalview alignment window</li>
3199           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3200             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3201           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3202             RNA and ambiguity codes</li>
3203
3204           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3205           <li>Support fetching and database reference look up
3206             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3207             refs')</li>
3208           <li>Jalview project improvements
3209             <ul>
3210               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3211                 flag for annotation</li>
3212               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3213                 alignment</li>
3214               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3215                 Jalview project</li>
3216
3217             </ul>
3218           </li>
3219           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3220           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3221             running</li>
3222           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3223           <li>visual indication that web service results are still
3224             being retrieved from server</li>
3225           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3226             starts up for first time</li>
3227           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3228             services</li>
3229           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3230             client library</li>
3231           <li>Examples directory and Groovy library included in
3232             InstallAnywhere distribution</li>
3233         </ul> <em>Applet</em>
3234         <ul>
3235           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3236             visualization applet example</li>
3237         </ul> <em>General</em>
3238         <ul>
3239           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3240           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3241             defaults</li>
3242           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3243             calculation</li>
3244           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3245             matrices
3246           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3247             in HTML</li>
3248           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3249             structure contacts</li>
3250           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3251           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3252           <li>Parse sequence associated secondary structure
3253             information in Stockholm files</li>
3254           <li>HTML Export database accessions and annotation
3255             information presented in tooltip for sequences</li>
3256           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3257             style RNA alignment files</li>
3258           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3259             alignment</li>
3260           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3261             shade each sequence according to its associated alignment
3262             annotation</li>
3263           <li>New Jalview Logo</li>
3264         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3265         <ul>
3266           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3267           <li>New Website!</li>
3268         </ul></td>
3269       <td><em>Application</em>
3270         <ul>
3271           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3272             wsdbfetch REST service</li>
3273           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3274           <li>Filetype associations not installed for webstart
3275             launch</li>
3276           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3277             job execution in full once it is complete</li>
3278           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3279             uploaded via ali_file parameter</li>
3280           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3281           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3282           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3283             submitted for prediction</li>
3284           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3285             desktop window</li>
3286           <li>Putting fractional value into integer text box in
3287             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3288           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3289             windows 7</li>
3290           <li>View all structures fails with exception shown in
3291             structure view</li>
3292           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3293             escaped in a platform independent way</li>
3294           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3295             using proxy</li>
3296           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3297             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3298           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3299             failure when java web start temporary file caching is
3300             disabled</li>
3301           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3302             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3303           <li>Errors during processing of command line arguments
3304             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3305           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3306             DAS sources in sequence fetcher</li>
3307           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3308             dialog is shown</li>
3309           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3310           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3311           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3312           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3313             on OSX Mountain Lion</li>
3314           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3315             sequences with alignment annotation are pasted into the
3316             alignment</li>
3317           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3318             when loaded from Jalview project</li>
3319           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3320           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3321             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3322           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3323             associated with all views</li>
3324           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3325             annotation rows to new window</li>
3326         </ul> <em>Applet</em>
3327         <ul>
3328           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3329             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3330           <li>loading features via javascript API automatically
3331             enables feature display</li>
3332           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3333             work</li>
3334         </ul> <em>General</em>
3335         <ul>
3336           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3337           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3338             and then deselected</li>
3339           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3340           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3341             coloured with clustalx</li>
3342           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3343             exceptions and redraw errors</li>
3344           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3345             reconfigured view</li>
3346           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3347             colour</li>
3348           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3349             for lots of labels</li>
3350         </ul>
3351     </tr>
3352     <tr>
3353       <td>
3354         <div align="center">
3355           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3356         </div>
3357       </td>
3358       <td><em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3361           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3362           <li>View/alignment association menu to enable user to
3363             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3364             its colours/correspondences from</li>
3365           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3366           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3367             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3368           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3369           <li>Annotation row column label formatting attributes
3370             stored in project file</li>
3371           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3372             rows preserved in Jalview project file</li>
3373           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3374             saved using Desktop window menu</li>
3375           <li>Visual indication that command line arguments are
3376             still being processed</li>
3377           <li>Groovy script execution from URL</li>
3378           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3379             preferences</li>
3380           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3381             alignment with sequences that have high similarity and
3382             matching IDs</li>
3383           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3384           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3385             structures in same window</li>
3386           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3387           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3388             analysis function in its own submenu</li>
3389         </ul> <em>Applet</em>
3390         <ul>
3391           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3392             groups</li>
3393           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3394           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3395           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3396           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3397           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3398             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3399           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3400           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3401             parameters are treated as such</li>
3402           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3403             <ul>
3404               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3405               <li>Javascript callbacks for
3406                 <ul>
3407                   <li>Applet initialisation</li>
3408                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3409                 </ul>
3410               </li>
3411               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3412                 functions</li>
3413               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3414               <li>javascript structure viewer harness to pass
3415                 messages between Jmol and Jalview when running as
3416                 distinct applets</li>
3417               <li>sortBy method</li>
3418               <li>Set of applet and application examples shipped
3419                 with documentation</li>
3420               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3421                 javascript message exchange</li>
3422             </ul>
3423         </ul> <em>General</em>
3424         <ul>
3425           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3426             multiple alignments</li>
3427           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3428           <li>User configurable link to enable redirects to a
3429             www.Jalview.org mirror</li>
3430           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3431           <li>Configurable newline string when writing alignment
3432             and other flat files</li>
3433           <li>Allow alignment annotation description lines to
3434             contain html tags</li>
3435         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3436         <ul>
3437           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3438             examples</li>
3439           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3440             using a web service before displaying the result in the
3441             Jalview desktop</li>
3442           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3443           <li>Ant target to publish example html files with applet
3444             archive</li>
3445           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3446           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3447         </ul></td>
3448       <td><em>Application</em>
3449         <ul>
3450           <li>User defined colourscheme throws exception when
3451             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3452           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3453             dialog for valid filename/format</li>
3454           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3455           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3456             P37173</li>
3457           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3458             which sequence is to be associated with the file</li>
3459           <li>Find All raises null pointer exception when query
3460             only matches sequence IDs</li>
3461           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3462           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3463             2.4 cannot be loaded</li>
3464           <li>Filetype associations not installed for webstart
3465             launch</li>
3466           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3467             with sequences in different alignments do not get coloured
3468             by their associated sequence</li>
3469           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3470             not preserved when project is loaded</li>
3471           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3472             stored in Jalview project</li>
3473           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3474             Jalview project</li>
3475           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3476           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3477             by conservation</li>
3478           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3479             created on new view</li>
3480           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3481             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3482           <li>Alignment quality not updated after alignment
3483             annotation row is hidden then shown</li>
3484           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3485             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3486           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3487             properly</li>
3488           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3489             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3490           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3491           <li>Structures imported from file and saved in project
3492             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3493           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3494             job execution in full once it is complete</li>
3495         </ul> <em>Applet</em>
3496         <ul>
3497           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3498             annotation rows are displayed</li>
3499           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3500             codebase</li>
3501           <li>View follows highlighting does not work for positions
3502             in sequences</li>
3503           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3504           <li>Export features raises exception when no features
3505             exist</li>
3506           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3507             for javascript api is modified when separator string
3508             provided as parameter</li>
3509           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3510             alignment with no existing selection</li>
3511           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3512             to applet&#39;s codebase</li>
3513           <li>Status bar not updated after finished searching and
3514             search wraps around to first result</li>
3515           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3516             several Jalview applets causes race conditions and memory
3517             leaks</li>
3518           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3519             not sent from Jmol in applet</li>
3520           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3521             applet API fatally hang browser</li>
3522         </ul> <em>General</em>
3523         <ul>
3524           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3525             position with wrapped view and hidden regions</li>
3526           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3527             with/without hidden columns</li>
3528           <li>Sequence length given in alignment properties window
3529             is off by 1</li>
3530           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3531             import PDB like structure files</li>
3532           <li>Positional search results are only highlighted
3533             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3534           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3535           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3536             given sequence position</li>
3537           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3538             output</li>
3539           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3540             from nucleotide chains correctly</li>
3541           <li>Structure colours not updated when tree partition
3542             changed in alignment</li>
3543           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3544             parsed in interleaved stockholm</li>
3545           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3546             state</li>
3547           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3548             properly</li>
3549           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3550             properly associated with their pdb files</li>
3551         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3552         <ul>
3553           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3554             ApplyCopyright tool</li>
3555         </ul></td>
3556     </tr>
3557     <tr>
3558       <td>
3559         <div align="center">
3560           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3561         </div>
3562       </td>
3563       <td><em>Application</em>
3564         <ul>
3565           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3566             contact web services</li>
3567           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3568             service job window</li>
3569           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3570         </ul></td>
3571       <td>
3572         <ul>
3573           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3574             pir file emitted by Jalview</li>
3575           <li>Existing feature settings transferred to new
3576             alignment view created from cut'n'paste</li>
3577           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3578             parsing PDB files</li>
3579           <li>Consensus and conservation annotation rows
3580             occasionally become blank for all new windows</li>
3581           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3582             in wrapped view mode</li>
3583         </ul> <em>Application</em>
3584         <ul>
3585           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3586             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3587           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3588             parameter names</li>
3589           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3590             is down</li>
3591         </ul>
3592       </td>
3593     </tr>
3594     <tr>
3595       <td>
3596         <div align="center">
3597           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3598         </div>
3599       </td>
3600       <td><em>Application</em>
3601         <ul>
3602           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3603             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3604             (JABAWS)
3605           </li>
3606           <li>Web Services preference tab</li>
3607           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3608             preferences</li>
3609           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3610           <li>Superpose structures using associated sequence
3611             alignment</li>
3612           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3613             viewer</li>
3614         </ul> <em>Applet</em>
3615         <ul>
3616           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3617             link out mechanism</li>
3618         </ul> <em>Other</em>
3619         <ul>
3620           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3621             series 12</li>
3622           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3623             require Java 1.5</li>
3624           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3625             sequence annotation files</li>
3626           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3627             type colour specification</li>
3628           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3629             script to check if it being run in an interactive session or
3630             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3631         </ul></td>
3632       <td>
3633         <ul>
3634           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3635             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3636         </ul> <em>Application</em>
3637         <ul>
3638           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3639             selected Regions menu item</li>
3640           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3641             part of a valid accession ID</li>
3642           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3643             runs out of memory</li>
3644           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3645             analysis results</li>
3646           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3647             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3648           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3649         </ul> <em>Applet</em>
3650         <ul>
3651           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3652             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3653             defined.</li>
3654         </ul>
3655       </td>
3656     </tr>
3657     <tr>
3658       <td>
3659         <div align="center">
3660           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3661         </div>
3662       </td>
3663       <td></td>
3664       <td>
3665         <ul>
3666           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3667             sequence IDs</li>
3668           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3669             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3670           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3671             import correctly</li>
3672           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3673             number of columns are hidden</li>
3674           <li>annotation label popup menu not providing correct
3675             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3676             present</li>
3677           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3678             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3679           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3680             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3681
3682         </ul> <em>Applet</em>
3683         <ul>
3684           <li>annotation panel disappears when annotation is
3685             hidden/removed</li>
3686         </ul> <em>Application</em>
3687         <ul>
3688           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3689             alignment opened where annotation panel is visible but no
3690             annotations are present on alignment</li>
3691           <li>pasted region containing hidden columns is
3692             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3693           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3694             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3695           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3696             selected Rregions menu item.</li>
3697           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3698             'Un' or 'Non'conserved</li>
3699           <li>Sequence feature settings are being shared by
3700             multiple distinct alignments</li>
3701           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3702             changed</li>
3703           <li>double click on group annotation to select sequences
3704             does not propagate to associated trees</li>
3705           <li>Mac OSX specific issues:
3706             <ul>
3707               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3708                 window background</li>
3709               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3710                 name set correctly</li>
3711               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3712                 save feature colourscheme button</li>
3713             </ul>
3714           </li>
3715         </ul>
3716       </td>
3717     </tr>
3718     <tr>
3719
3720       <td>
3721         <div align="center">
3722           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3723         </div>
3724       </td>
3725       <td><em>New Capabilities</em>
3726         <ul>
3727           <li>URL links generated from description line for
3728             regular-expression based URL links (applet and application)
3729
3730           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3731             menu</li>
3732           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3733             structures</li>
3734           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3735             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3736           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3737             average score or total feature count for each sequence.</li>
3738           <li>Shading features by score or associated description</li>
3739           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3740             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3741           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3742             hide everything but the currently selected region.</li>
3743           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3744         </ul> <em>Application</em>
3745         <ul>
3746           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3747             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3748           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3749             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3750           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3751             database references and protein_name is parsed as
3752             description line (BioSapiens terms).</li>
3753           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3754             references in sequence ID tooltip from View menu in
3755             application.</li>
3756           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3757       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3758           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3759             conservation plots</li>
3760           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3761             and visualized as sequence logos</li>
3762           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3763             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3764           </li>
3765           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3766             when a new tree is opened.</li>
3767           <li>Jalview Java Console</li>
3768           <li>Better placement of desktop window when moving
3769             between different screens.</li>
3770           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3771             consensus annotation</li>
3772           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3773             Workflows</li>
3774           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3775             <ul>
3776               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3777                 used to preserve views, structures, and tree display
3778                 settings)</li>
3779               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3780                 command line</li>
3781               <li>Sharing of selected regions between views and
3782                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3783               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3784             </ul></li>
3785         </ul> <em>Applet</em>
3786         <ul>
3787           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3788           <li>New Parameters
3789             <ul>
3790               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3791                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3792                 opened.</li>
3793               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3794                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3795               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3796                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3797               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3798                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3799                 view</li>
3800               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3801                 increase the height or width of a cell in the alignment
3802                 grid relative to the current font size.</li>
3803             </ul>
3804           </li>
3805           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3806             tooltip</li>
3807         </ul> <em>Other</em>
3808         <ul>
3809           <li>Features format: graduated colour definitions and
3810             specification of feature scores</li>
3811           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3812             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3813             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3814           <li>XML formats extended to support graduated feature
3815             colourschemes, group associated annotation, and profile
3816             visualization settings.</li></td>
3817       <td>
3818         <ul>
3819           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3820             rather than description</li>
3821           <li>Non-positional features are now included in sequence
3822             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3823             visibility in tooltip).</li>
3824           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3825           <li>Added URL embedding instructions to features file
3826             documentation.</li>
3827           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3828             'X' in peptide product</li>
3829           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3830             sequence ID and sequence string and query strings do not
3831             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3832           <li>AMSA files only contain first column of
3833             multi-character column annotation labels</li>
3834           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3835             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3836             exported and re-imported)</li>
3837           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3838             name</li>
3839           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3840             as subsequence matches, and correctly reports total number
3841             of both.</li>
3842           <li>Application:
3843             <ul>
3844               <li>Better handling of exceptions during sequence
3845                 retrieval</li>
3846               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3847                 link text excludes the start_end suffix</li>
3848               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3849                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3850               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3851               <li>Sequence description lines properly shared via
3852                 VAMSAS</li>
3853               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3854                 data sources</li>
3855               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3856                 completes before alignment figures are generated.</li>
3857               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3858                 first time.</li>
3859               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3860                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3861               <li>User defined group colours properly recovered
3862                 from Jalview projects.</li>
3863             </ul>
3864           </li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867
3868     </tr>
3869     <tr>
3870       <td>
3871         <div align="center">
3872           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3873         </div>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>Experimental support for google analytics usage
3878             tracking.</li>
3879           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3880         </ul>
3881       </td>
3882       <td>
3883         <ul>
3884           <li>Race condition in applet preventing startup in
3885             jre1.6.0u12+.</li>
3886           <li>Exception when feature created from selection beyond
3887             length of sequence.</li>
3888           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3889           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3890             all sequences with a given id</li>
3891           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3892             ID string searches</li>
3893           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3894             alignment to fail with exception</li>
3895         </ul> <em>Application Issues</em>
3896         <ul>
3897           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3898           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3899             data sources</li>
3900         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3901         <ul>
3902           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3903             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3904           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3905             version (java class versioning error fixed)</li>
3906         </ul>
3907       </td>
3908     </tr>
3909     <tr>
3910       <td>
3911
3912         <div align="center">
3913           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3914         </div>
3915       </td>
3916       <td><em>User Interface</em>
3917         <ul>
3918           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3919             translation and protein products</li>
3920           <li>Linked highlighting of structure associated with
3921             residue mapping to codon position</li>
3922           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3923             and 'clear' button</li>
3924           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3925             Tools menu</li>
3926           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3927             numeric data in description line</li>
3928           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3929           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3930             of sequence</li>
3931         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3932         <ul>
3933           <li>JPred3 web service</li>
3934           <li>Prototype sequence search client (no public services
3935             available yet)</li>
3936           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3937             PFAM</li>
3938           <li>URL Links created for matching database cross
3939             references as well as sequence ID</li>
3940           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3941         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3942         <ul>
3943           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3944             databases</li>
3945           <li>Generalised database reference retrieval and
3946             validation to all fetchable databases</li>
3947           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3948             sequence command</li>
3949         </ul> <em>Import and Export</em>
3950         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3951         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3952           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3953         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3954           File</li>
3955         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3956           triplet as name of colourscheme</li>
3957         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3958         <ul>
3959           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3960           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3961             alignments (experimental)</li>
3962           <li>Create new or select existing session to join</li>
3963           <li>load and save of vamsas documents</li>
3964         </ul> <em>Application command line</em>
3965         <ul>
3966           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3967             from applet)</li>
3968           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3969             of DAS servers to query for alignment features</li>
3970           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3971             that are also automatically queried for features</li>
3972           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3973             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3974         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3975         <ul>
3976           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3977             application (when using &quot;View in full
3978             application&quot;)</li>
3979         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3980         <ul>
3981           <li>feature group display control parameter</li>
3982           <li>debug parameter</li>
3983           <li>showbutton parameter</li>
3984         </ul> <em>Applet API methods</em>
3985         <ul>
3986           <li>newView public method</li>
3987           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3988           <li>Feature display control methods</li>
3989           <li>get list of currently selected sequences</li>
3990         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3991         <ul>
3992           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3993           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3994             Jalview release.</li>
3995           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3996             property controls execution of obfuscator</li>
3997           <li>Build target for generating source distribution</li>
3998           <li>Debug flag for javacc</li>
3999           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4000             jalview.bin.Cache</li>
4001           <li>Continuous Build Integration for stable and
4002             development version of Application, Applet and source
4003             distribution</li>
4004         </ul></td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>selected region output includes visible annotations
4008             (for certain formats)</li>
4009           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4010             for editing</li>
4011           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4012           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4013           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4014           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4015             comments</li>
4016           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4017             filenames containing a ':'</li>
4018           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4019             global sequence features</li>
4020           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4021             references from alignment sequences goes to zero</li>
4022           <li>Close of tree branch colour box without colour
4023             selection causes cascading exceptions</li>
4024           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4025           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4026             file parsing fails.</li>
4027           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4028           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4029             not a valid output format</li>
4030           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4031             vamsas</li>
4032           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4033           <li>error messages passed up and output when data read
4034             fails</li>
4035           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4036             sequence is edited</li>
4037           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4038             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4039           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4040             filetype</li>
4041           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4042             import fixed for PFAM records</li>
4043           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4044             window list</li>
4045           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4046             can be read and written correctly to annotation file</li>
4047           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4048             correctly</li>
4049           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4050             non-italic font for representatives in Applet</li>
4051           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4052             Macs.</li>
4053           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4054             Applet)</li>
4055           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4056             due to null pointer exceptions</li>
4057           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4058             first column of alignment</li>
4059           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4060             July 2008</li>
4061           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4062             file is case-insensitive</li>
4063           <li>Sequence features read from Features file appended to
4064             all sequences with matching IDs</li>
4065           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4066             containing a sub-sequence</li>
4067           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4068           <li>feature and annotation file applet parameters
4069             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4070           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4071           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4072             splash-screen version check to complete</li>
4073           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4074             when passing them to the launchApp service</li>
4075           <li>display name and local features preserved in results
4076             retrieved from web service</li>
4077           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4078             sequence fetcher initialisation</li>
4079           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4080             dasobert DAS client</li>
4081           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4082             association</li>
4083           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4084             sequences
4085           </li>
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td>
4091         <div align="center">
4092           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4093         </div>
4094       </td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4098           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4099           <li>Slide sequences</li>
4100           <li>Edit sequence in place</li>
4101           <li>EMBL CDS features</li>
4102           <li>DAS Feature mapping</li>
4103           <li>Feature ordering</li>
4104           <li>Alignment Properties</li>
4105           <li>Annotation Scores</li>
4106           <li>Sort by scores</li>
4107           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4108         </ul>
4109       </td>
4110       <td>
4111         <ul>
4112           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4113           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4114           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4115           <li>Feature group display state in XML</li>
4116           <li>Feature ordering in XML</li>
4117           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4118           <li>Stockholm alignment properties</li>
4119           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4120           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4121           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4122           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4123         </ul>
4124       </td>
4125
4126     </tr>
4127     <tr>
4128       <td>
4129         <div align="center">
4130           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4131         </div>
4132       </td>
4133       <td>
4134         <ul>
4135           <li>Non standard characters can be read and displayed
4136           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4137             applet via textbox
4138           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4139             name &amp; description
4140           <li>Preference setting to display sequence name in
4141             italics
4142           <li>Annotation file format extended to allow
4143             Sequence_groups to be defined
4144           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4145             specified in preferences
4146           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4147             sequences
4148         </ul>
4149       </td>
4150       <td>
4151         <ul>
4152           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4153             installed
4154           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4155           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4156         </ul>
4157       </td>
4158     </tr>
4159     <tr>
4160       <td>
4161         <div align="center">
4162           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4163         </div>
4164       </td>
4165       <td>
4166         <ul>
4167           <li>Multiple views on alignment
4168           <li>Sequence feature editing
4169           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4170           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4171           <li>Background dependent text colour
4172           <li>Right align sequence ids
4173           <li>User-defined lower case residue colours
4174           <li>Format Menu
4175           <li>Select Menu
4176           <li>Menu item accelerator keys
4177           <li>Control-V pastes to current alignment
4178           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4179           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4180           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4181
4182           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4183         </ul>
4184       </td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4188           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4189             calculations
4190           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4191             edits
4192           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4193             of alignment)
4194           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4195
4196           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4197             display correctly
4198           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4199           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4200             analysis results
4201           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4202             &#8739;
4203           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4204           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4205           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4206
4207         </ul>
4208       </td>
4209     </tr>
4210     <tr>
4211       <td>
4212         <div align="center">
4213           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4214         </div>
4215       </td>
4216       <td>
4217         <ul>
4218           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4219         </ul>
4220       </td>
4221       <td>
4222         <ul>
4223           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4224             sequence id panel has been resized</li>
4225           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4226             rendered</li>
4227           <li>Annotation files with sequence references - all
4228             elements in file are relative to sequence position</li>
4229           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4230         </ul>
4231       </td>
4232     </tr>
4233     <tr>
4234       <td>
4235         <div align="center">
4236           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4237         </div>
4238       </td>
4239       <td>
4240         <ul>
4241           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4242           <li>DAS Feature fetching</li>
4243           <li>Hide sequences and columns</li>
4244           <li>Export Annotations and Features</li>
4245           <li>GFF file reading / writing</li>
4246           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4247             files</li>
4248           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4249           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4250           <li>Applet can launch the full application</li>
4251           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4252             required)</li>
4253           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4254           <li>Applet can load sequences from parameter
4255             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4256           </li>
4257         </ul>
4258       </td>
4259       <td>
4260         <ul>
4261           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4262           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4263           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4264         </ul>
4265       </td>
4266     </tr>
4267     <tr>
4268       <td>
4269         <div align="center">
4270           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4271         </div>
4272       </td>
4273       <td>
4274         <ul>
4275           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4276           <li>Choose to match case when searching</li>
4277           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4278             expand the visible width and height of the alignment</li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281       <td>
4282         <ul>
4283           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4284         </ul>
4285       </td>
4286     </tr>
4287     <tr>
4288       <td>
4289         <div align="center">
4290           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4291         </div>
4292       </td>
4293       <td>&nbsp;</td>
4294       <td>
4295         <ul>
4296           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4297           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4298             value</li>
4299         </ul>
4300       </td>
4301     </tr>
4302     <tr>
4303       <td>
4304         <div align="center">
4305           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4306         </div>
4307       </td>
4308       <td>
4309         <ul>
4310           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4311           <li>Keyboard editing</li>
4312           <li>Create sequence features from searches</li>
4313           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4314             alignments</li>
4315           <li>Features file allows grouping of features</li>
4316           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4317           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4318           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4319         </ul>
4320       </td>
4321       <td>
4322         <ul>
4323           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4324           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4325             descriptions saved.</li>
4326         </ul>
4327       </td>
4328     </tr>
4329     <tr>
4330       <td>
4331         <div align="center">
4332           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4333         </div>
4334       </td>
4335       <td>
4336         <ul>
4337           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4338           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4339           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4340             name for file output</li>
4341           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4342           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4343             used for HTML form input</li>
4344         </ul>
4345       </td>
4346       <td>
4347         <ul>
4348           <li>HTML output writes groups and features</li>
4349           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4350           <li>File IO bugs</li>
4351         </ul>
4352       </td>
4353     </tr>
4354     <tr>
4355       <td>
4356         <div align="center">
4357           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4358         </div>
4359       </td>
4360       <td>
4361         <ul>
4362           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4363           <li>More options for PCA viewer</li>
4364         </ul>
4365       </td>
4366       <td>
4367         <ul>
4368           <li>GUI bugs resolved</li>
4369           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4370         </ul>
4371       </td>
4372     </tr>
4373     <tr>
4374       <td height="63">
4375         <div align="center">
4376           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4377         </div>
4378       </td>
4379       <td>
4380         <ul>
4381           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4382           <li>Jar files are executable</li>
4383           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4384         </ul>
4385       </td>
4386       <td>
4387         <ul>
4388           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4389           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4390           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4391         </ul>
4392       </td>
4393     </tr>
4394     <tr>
4395       <td>
4396         <div align="center">
4397           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4398         </div>
4399       </td>
4400       <td>
4401         <ul>
4402           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405       <td>
4406         <ul>
4407           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4408         </ul>
4409       </td>
4410     </tr>
4411     <tr>
4412       <td>
4413         <div align="center">
4414           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4415         </div>
4416       </td>
4417       <td>
4418         <ul>
4419           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4420             size</li>
4421         </ul>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>Improved JPred client reliability</li>
4426           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4427         </ul>
4428       </td>
4429     </tr>
4430     <tr>
4431       <td>
4432         <div align="center">
4433           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4434         </div>
4435       </td>
4436       <td>
4437         <ul>
4438           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4439           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4440           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4441             to Colour Menu</li>
4442           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4443           <li>Unix users can set default web browser</li>
4444           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4445           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4446         </ul>
4447       </td>
4448       <td>
4449         <ul>
4450           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4451         </ul>
4452       </td>
4453     </tr>
4454     <tr>
4455       <td>
4456         <div align="center">
4457           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4458         </div>
4459       </td>
4460       <td>&nbsp;</td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4464             alignment order.</li>
4465         </ul>
4466       </td>
4467     </tr>
4468     <tr>
4469       <td>
4470         <div align="center">
4471           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4472         </div>
4473       </td>
4474       <td>
4475         <ul>
4476           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4477           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4478           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4479             annotations.</li>
4480           <li>Version and build date written to build properties
4481             file.</li>
4482           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4483             at launch of Jalview.</li>
4484         </ul>
4485       </td>
4486       <td>
4487         <ul>
4488           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4489           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4490           <li>Can remove groups one by one.</li>
4491           <li>Filechooser icons installed.</li>
4492           <li>Finder ignores return character when searching.
4493             Return key will initiate a search.<br>
4494           </li>
4495         </ul>
4496       </td>
4497     </tr>
4498     <tr>
4499       <td>
4500         <div align="center">
4501           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4502         </div>
4503       </td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>New codebase</li>
4507         </ul>
4508       </td>
4509       <td>&nbsp;</td>
4510     </tr>
4511   </table>
4512   <p>&nbsp;</p>
4513 </body>
4514 </html>