help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 126             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 130             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 134             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 138             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 139             '%s'" on the console
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 143             when there are both local and complementary features mapped
 144             to the position under the cursor
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 148             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 152             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 156             internationalised text for some messages and log output
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 160             hidden gapped columns
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 164             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 165           </li>
 166         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 167         <ul>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 170             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 171             OutOfMemory error.
 172           </li>
 173         </ul> <em>New Known defects</em>
 174         <ul>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 177             are ordered differently when shown on alignment and in
 178             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 182             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 183             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 184             Workaround is to try to save the file again, and if that
 185             fails, delete the original file and save in place.
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 189             alignment window not working correctly when in a HiDPI
 190             scaled mode in Linux
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 194             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 195           </li>
 196         </ul>
 197       </td>
 198     </tr>
 199     <tr>
 200       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 201           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 202           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 203       <td align="left" valign="top">
 204         <ul>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 207             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 208             for display in alignments, on structure views (including
 209             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 210             export.
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 214             exported and re-imported as GFF3 files
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 218             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 222             validation while parsing
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 226             position if reopened
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 230             of associated view
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 234             enabled by default
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 238             tooltips and menus
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 242             with no feature types visible
 243           </li>
 244           <li>
 245           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 246           </li>
 247         </ul><em>Jalview Installer</em>
 248             <ul>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 251             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 258           </li>
 259               <li>
 260                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 261               <li>
 262                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 263         </ul> <em>Release processes</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 270           </li>
 271         </ul> <em>Build System</em>
 272         <ul>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 278             report
 279           </li>
 280         </ul>
 281         <em>Groovy Scripts</em>
 282             <ul>
 283           <li>
 284             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 285             to stdout containing the consensus sequence for each
 286             alignment in a Jalview session
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 290             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 291             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 292           </li>
 293         </ul>
 294       </td>
 295       <td align="left" valign="top">
 296         <ul>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 299             'Show hidden markers' option is not ticked
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 303             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 304             jalview preferences or properties file
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 308             'Show Sequence Features' option is not ticked
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 312             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 313             features are visible
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 317             equal when split frame is first opened
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 321             correct after editing a sequence's start position
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 325             with annotation and exceptions thrown when only a few
 326             columns shown in wrapped mode
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 330             wrapped alignment figure with annotations
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 334             ID fails with ClassCastException
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 338             Project
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 342             feature settings dialog also selects columns
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 346             IllegalArgumentException in some circumstances
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 350             opened for a view
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 354             alignment window is closed
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 358             help documentation for 2.11.0 release
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 362             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 363             Uniprot Accession
 364           </li>
 365         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 369             PDB/Uniprot search panel
 370           </li>
 371         </ul> <em>Installer</em>
 372         <ul>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 375             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 376           </li>
 377         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 378         <ul>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 381             repository
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 385             memory
 386           </li>
 387         </ul> <em>New Known Issues</em>
 388         <ul>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 391             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 392             command line
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 396             clipped in headless figure export when Right Align option
 397             enabled
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 401             'Source' in console output
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 405             bamboo server but run fine locally.
 406           </li>
 407         </ul>
 408       </td>
 409     </tr>
 410     <tr>
 411       <td width="60" align="center" nowrap>
 412           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 413             <em>04/07/2019</em></strong>
 414       </td>
 415       <td align="left" valign="top">
 416         <ul>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 419             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 420             source project) rather than InstallAnywhere
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 424             settings, receive over the air updates and launch specific
 425             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 426               Rings' GetDown</a>)
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 430             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 434             arguments and switch between different getdown channels
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 438             or alignment files
 439           </li>
 440
 441           <li>
 442             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 443             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 446             'Translate as cDNA'</li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 449           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 450             <ul>
 451                       <li>
 452             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 453             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 454           <li>
 455                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 456                 features can be filtered and shaded according to any
 457                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 458                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 459                 file)
 460               </li>
 461               <li>
 462                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 463                 stored and restored from Jalview Projects
 464               </li>
 465               <li>
 466                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 467                 recognise variant features
 468               </li>
 469               <li>
 470                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 471                 sequences (also coloured red by default)
 472               </li>
 473               <li>
 474                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 475                 details
 476               </li>
 477               <li>
 478                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 479                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 480               </li>
 481               <li>
 482                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 483                 dialog
 484               </li>
 485             </ul>
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 489             tree and PCA calculations
 490           </li>
 491           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 492             <ul>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 495                 and Viewer state saved in Jalview Project
 496               </li>
 497               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 498                 drop-down menus</li>
 499               <li>
 500                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 501                 incrementally
 502               </li>
 503               <li>
 504                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 505               </li>
 506             </ul>
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 510           </li>
 511           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 512           <ul>
 513               <li>
 514                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 515                 multiple groups when working with large alignments
 516               </li>
 517               <li>
 518                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 519                 Stockholm files
 520               </li>
 521             </ul>
 522           <li><strong>User Interface</strong>
 523           <ul>
 524               <li>
 525                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 526                 view
 527               </li>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 530                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 531                 default (can be changed in user preferences)
 532               </li>
 533               <li>
 534                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 535                 to the Overwrite Dialog
 536               </li>
 537               <li>
 538                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 539                 sequences are hidden
 540               </li>
 541               <li>
 542                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 543                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 544               </li>
 545               <li>
 546                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 547                 labels
 548               </li>
 549               <li>
 550                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 551                 when in wrapped mode
 552               </li>
 553               <li>
 554                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 555                 annotation
 556               </li>
 557               <li>
 558                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 559               </li>
 560               <li>
 561                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 562                 panel
 563               </li>
 564               <li>
 565                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 566                 popup menu
 567               </li>
 568               <li>
 569               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 570               <li>
 571               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 572
 573
 574             </ul></li>
 575             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 576           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 577             <ul>
 578               <li>
 579                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 580                 trapping CMD-Q
 581               </li>
 582             </ul></li>
 583         </ul>
 584         <em>Deprecations</em>
 585         <ul>
 586           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 587             capabilities removed from the Jalview Desktop
 588           </li>
 589           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 590             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 591             and XML based data retrieval clients</li>
 592           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 593           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 594         </ul> <em>Documentation</em>
 595         <ul>
 596           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 597             not supported in EPS figure export
 598           </li>
 599           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 600         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 601         <ul>
 602           <li>
 603           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 604           </li>
 605       <li>
 606       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 607           <li>
 608           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 609             gradle-eclipse
 610           </li>
 611           <li>
 612           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 613             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 614             execution
 615           </li>
 616           <li>
 617           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 618             operations
 619           </li>
 620           <li>
 621           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 622             issues resolved
 623           </li>
 624           <li>
 625           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 626             markdown (with HTML rendering)
 627           </li>
 628           <li>
 629           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 630           </li>
 631           <li>
 632           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 633             versions of Jalview
 634           </li>
 635         </ul>
 636       </td>
 637       <td align="left" valign="top">
 638         <ul>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 644             superposition in Jmol fail on Windows
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 648             structures for sequences with lots of PDB structures
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 652             monospaced font
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 656             project involving multiple views
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 660             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 661             Annotation dialog hides columns
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 665             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 666             one view, then making another selection in the other view
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 670             columns
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 674             Settings and Jalview Preferences panels
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 678             overview with large alignments
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 682             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 683             mouse moved to the left of the first column
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 687             hidden column marker via scale popup menu
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 691             doesn't tell users the invalid URL
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 695             score from view
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 699             show cross references or Fetch Database References are shown in
 700             red in original view
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 704             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 708             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 712             when columns are hidden
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 716             Columns by Annotation description
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 720             out of Scale or Annotation Panel
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 724             scale panel
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 728             alignment down
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 732             scale panel
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 736             Page Up in wrapped mode
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 746             on opening an alignment
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 750             Colour menu
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 754             different groups in the alignment are selected
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 758             correctly in menu
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 762             threshold limit
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 766             threshold gets 'unrounded'
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 770             colour
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 780             Tree font
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 784             project file
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 788             shown in complementary view
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 792             without normalisation
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 796             of report
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 800           </li>
 801           <li>
 802           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 803           </li>
 804         </ul> <em>Editing</em>
 805         <ul>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 808             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 809             sequence
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 813             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 814             removed (Known defect since 2.10)
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 818             dialog corrupts dataset sequence
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 822             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 823           </li>
 824         </ul> <em>Datamodel</em>
 825         <ul>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 828             sequence's End is greater than its length
 829           </li>
 830         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 831           general release)</em>
 832         <ul>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 835           </li>
 836         </ul> <em>New Known Defects</em>
 837         <ul>
 838         <li>
 839         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 840         </li>
 841         <li>
 842           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 843           regions of protein alignment.
 844         </li>
 845         <li>
 846           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 847           is restored from a Jalview 2.11 project
 848         </li>
 849         <li>
 850           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 851           'New View'
 852         </li>
 853         <li>
 854           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 855           columns within hidden columns
 856         </li>
 857         <li>
 858           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 859           window after dragging left to select columns to left of visible
 860           region
 861         </li>
 862         <li>
 863           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 864           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 865           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 866           create a Score filter instead.
 867         </li>
 868         <li>
 869         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 870         <li>
 871         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 872         </li>
 873         <li>
 874           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 875           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 876         </li>
 877         </ul>
 878         <em>Java 11 Specific defects</em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 882               alphabetically when saved
 883             </li>
 884         </ul>
 885       </td>
 886     </tr>
 887     <tr>
 888     <td width="60" nowrap>
 889       <div align="center">
 890         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 891       </div>
 892     </td>
 893     <td><div align="left">
 894         <em></em>
 895         <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 898               InstallAnywhere increased to 1G.
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 902               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 903               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 904                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 905                 properties file.</em>
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 909               API and sequence data now imported as JSON.
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 913               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 914               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 915               property.
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>Development</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 922               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 923                 Clover</a>
 924             </li>
 925           </ul>
 926         </div></td>
 927     <td><div align="left">
 928         <em></em>
 929         <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 932               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 933               alignment.
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 937               annotation displayed.
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 941               for newly created group when 'Apply to all groups'
 942               selected
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 946               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 947               visible.
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 951               when sequences are selected in exported view.</em>
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 955               aren't rendered with correct colour.
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 959               types of knotted RNA secondary structure.
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 963               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 964               do not start at 1.
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 968               annotation when columns are inserted into an alignment,
 969               and when exporting as Stockholm flatfile.
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 973               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 974               treated as RNA secondary structure.
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 978               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 982               transfers focus to previous window on OSX
 983             </li>
 984           </ul>
 985           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 986           <ul>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 989               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 990               box.
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 994               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 995               'look and feel' which has improved compatibility with the
 996               latest version of OSX.
 997             </li>
 998           </ul>
 999         </div>
1000     </td>
1001     </tr>
1002     <tr>
1003       <td width="60" nowrap>
1004         <div align="center">
1005           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1006             <em>7/06/2018</em></strong>
1007         </div>
1008       </td>
1009       <td><div align="left">
1010           <em></em>
1011           <ul>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1014               annotation retrieved from Uniprot
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1018               onto the Jalview Desktop
1019             </li>
1020           </ul>
1021         </div></td>
1022       <td><div align="left">
1023           <em></em>
1024           <ul>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1027               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1031               right-hand column parsed correctly
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1035               not alignment area in exported graphic
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1039               window has input focus
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1043               annotation added to view (Windows)
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1047               network connectivity is poor
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1051               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1052                 the currently open URL and links from a page viewed in
1053                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1054                 you are using Edge, only links in the page can be
1055                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1056                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1057             </li>
1058           </ul>
1059           <em>New Known Defects</em>
1060           <ul>
1061             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1062           </ul>
1063         </div></td>
1064     </tr>
1065     <tr>
1066       <td width="60" nowrap>
1067         <div align="center">
1068           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1069         </div>
1070       </td>
1071       <td><div align="left">
1072           <em></em>
1073           <ul>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1076               for disabling automatic superposition of multiple
1077               structures and open structures in existing views
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1081               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1082               adjust them.
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1086               Ensembl services
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1090               and lots of hidden columns
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1094               of features (particularly when transparency is disabled)
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1098               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1099               generally available
1100             </li>
1101           </ul>
1102           </div>
1103       </td>
1104       <td><div align="left">
1105           <ul>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1112               overlapping alignment panel
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1116               sequence as gaps
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1120               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1121               UTR
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1125               factor annotation not added to sequence when local PDB
1126               file associated with it by drag'n'drop or structure
1127               chooser
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1131               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1135               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1139               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1143               columns in annotation row
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1147               honored in batch mode
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1151               for structures added to existing Jmol view
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1155               entries after importing project with multiple views
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1159               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1160               with negative residue numbers or missing residues fails
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1164               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1165               as generated by CONSURF)
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1169               tooltip doesn't include a text description of mutation
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1173               structure and/or overview windows are also shown
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1177               very slow for alignments with large numbers of sequences
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1181               with 'StringIndexOutOfBounds'
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1185               platforms running Java 10
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1189               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1190             </li>
1191           </ul>
1192           <em>Applet</em>
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1196               should copy the group consensus when popup is opened on it
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <em>Batch Mode</em>
1200           <ul>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1203           </li>
1204           </ul>
1205           <em>New Known Defects</em>
1206           <ul>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1209               editing a large alignment and overview is displayed
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1213               repeatedly after a series of edits even when the overview
1214               is no longer reflecting updates
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1218               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1219               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1220               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1224               option gives blank output
1225             </li>
1226           </ul>
1227         </div>
1228           </td>
1229     </tr>
1230     <tr>
1231       <td width="60" nowrap>
1232         <div align="center">
1233           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1234         </div>
1235       </td>
1236       <td><div align="left">
1237           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1238               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1239       <td><div align="left">
1240           <em>Desktop</em><ul>
1241           <ul>
1242             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1243             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1244             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1245             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1246             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1247             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1248             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1249           </ul>
1250           </div>
1251       </td>
1252     </tr>
1253     <tr>
1254       <td width="60" nowrap>
1255         <div align="center">
1256           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1257         </div>
1258       </td>
1259       <td><div align="left">
1260           <em></em>
1261           <ul>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1264               rendering of sequence features
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1268               429 rate limit request hander
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1272               their colours have changed
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1276               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1280               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1284               view from Ensembl locus cross-references
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1288               Alignment report
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1292               feature can be disabled
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1296               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1300               Uniprot
1301             </li>
1302           </ul>
1303           <em>Scripting</em>
1304           <ul>
1305             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1306             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1307               percent identity scores for current alignment.</li>
1308           </ul>
1309           <em>Testing and Deployment</em>
1310           <ul>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1313             </li>
1314           </ul>
1315         </div></td>
1316       <td><div align="left">
1317           <em>General</em>
1318           <ul>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1321               threshold text field doesn't trigger an update to the
1322               alignment view
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1326               strings in parallel
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1330               alignment window is closed
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1334               group visibility
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1338               takes a long time in Cursor mode
1339             </li>
1340           </ul>
1341           <em>Desktop</em>
1342           <ul>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1345               cannot be viewed in Chimera
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1349               CDS/Protein view
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1353               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1354               Search Dialogs
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1364               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1368               scrolling right in unwapped alignment view
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1372               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1373               database
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1377               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1381               features of same type and group to be selected for
1382               amending
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1386               alignments when hidden columns are present
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1390               displaying several structures
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1394               moving a window
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1398               within the Jalview desktop on OSX
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1402               when in wrapped alignment mode
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1406               hand end of alignment
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1410               each selected sequence do not have correct start/end
1411               positions
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1415               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1419               restoring project until a new view is created
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1423               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1424               configured (since 2.10.2b2)
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1428               position is adjusted
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1432               in a multi-chain structure when viewing alignment
1433               involving more than one chain (since 2.10)
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1437               if new selection moves alignment window
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1441               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1445               that produces correctly annotated transcripts and products
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1449               doesn't update associated structure view
1450             </li>
1451           </ul>
1452           <em>Applet</em><br />
1453           <ul>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1456               closing alignment panel
1457             </li>
1458           </ul>
1459           <em>BioJSON</em><br />
1460           <ul>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1463               non-positional features
1464             </li>
1465           </ul>
1466           <em>New Known Issues</em>
1467           <ul>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1470               sequence features correctly (for many previous versions of
1471               Jalview)
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1475               using cursor in wrapped panel other than top
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1479               graduated colour threshold
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1483               always preserve numbering and sequence features
1484             </li>
1485           </ul>
1486           <em>Known Java 9 Issues</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1490               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1491               9.01, OSX 10.10)
1492             </li>
1493           </ul>
1494         </div></td>
1495     </tr>
1496     <tr>
1497       <td width="60" nowrap>
1498         <div align="center">
1499           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1500             <em>2/10/2017</em></strong>
1501         </div>
1502       </td>
1503       <td><div align="left">
1504           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1505           <ul>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1508             </li>
1509             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1510             </li>
1511           </ul>
1512         </div></td>
1513       <td><div align="left">
1514         </div></td>
1515     </tr>
1516     <tr>
1517       <td width="60" nowrap>
1518         <div align="center">
1519           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1520             <em>7/9/2017</em></strong>
1521         </div>
1522       </td>
1523       <td><div align="left">
1524           <em></em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1528               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1529               white)
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1533               Preferences
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1537               in size and progress bar shown as higher resolution
1538               overview is recalculated
1539             </li>
1540
1541           </ul>
1542         </div></td>
1543       <td><div align="left">
1544           <em></em>
1545           <ul>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1548               column region row by row
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1552               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1556               format setting is unticked
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1560               if group has show boxes format setting unticked
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1564               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1565               include sequences and columns not currently displayed
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1569               assemblies are imported via CIF file
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1573               displayed when threshold or conservation colouring is also
1574               enabled.
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1578               server version
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1582               dragging a selected region off the visible region of the
1583               alignment
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1587               colourscheme to all groups in a view
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1591               initially after font size change using the Font chooser or
1592               middle-mouse zoom
1593             </li>
1594           </ul>
1595         </div></td>
1596     </tr>
1597     <tr>
1598       <td width="60" nowrap>
1599         <div align="center">
1600           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1601         </div>
1602       </td>
1603       <td><div align="left">
1604           <em>Calculations</em>
1605           <ul>
1606
1607             <li>
1608               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1609               ungapped positions in each column of the alignment.
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1613               a calculation dialog box
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1617               and memory efficiency (~30x faster)
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1621               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1622               and other calculations
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1626               files within the Jalview codebase
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1630               Similarity may have different topology due to increased
1631               precision
1632             </li>
1633           </ul>
1634           <em>Rendering</em>
1635           <ul>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1638               model for alignments and groups
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1642               scripts
1643             </li>
1644           </ul>
1645           <em>Overview</em>
1646           <ul>
1647             <li>
1648               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1649               with alignment and overview windows
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1653               overview
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1657               omitted in Overview
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1661               adjustment of visible position
1662             </li>
1663           </ul>
1664
1665           <em>Data import/export</em>
1666           <ul>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1669               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1673               annotation input/output via stockholm flatfile
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1677               extension when importing structure files without embedded
1678               names or PDB accessions
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1682               format sequence substitution matrices
1683             </li>
1684           </ul>
1685           <em>User Interface</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1689               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1690               the application.
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1694               via Overview or sequence motif search operations
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1698               opened by double clicking gaps within sequence feature
1699               extent
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1703               aligned positions were available to create a 3D structure
1704               superposition.
1705             </li>
1706           </ul>
1707           <em>3D Structure</em>
1708           <ul>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1711               coloured in linked structure views
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1715               file-based command exchange
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1719               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1720               structures are already available for sequences
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1724               the Jalview project rather than downloaded again when the
1725               project is reopened.
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1729               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1730               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1731                 Feature</strong>)
1732             </li>
1733           </ul>
1734           <em>Web Services</em>
1735           <ul>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1741               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1742               Analysis services
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1746               cross-references provided by identifiers.org and the
1747               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1748             </li>
1749           </ul>
1750
1751           <em>Scripting</em>
1752           <ul>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1755               identifying file formats (instead of String constants)
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1759               efficiency when counting all displayed features (not
1760               backwards compatible with 2.10.1)
1761             </li>
1762           </ul>
1763           <em>Example files</em>
1764           <ul>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1767               included in the example feature file
1768             </li>
1769           </ul>
1770           <em>Documentation</em>
1771           <ul>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1774               with the built-in Java help viewer
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1778               sequence description' option
1779             </li>
1780           </ul>
1781           <em>Test Suite</em>
1782           <ul>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1785               Uniprot REST Free Text Search Client
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1792               during tests
1793             </li>
1794           </ul>
1795         </div></td>
1796       <td><div align="left">
1797           <em>Calculations</em>
1798           <ul>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1801               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1802               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1803             </li>
1804             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1805               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1806               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1807               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1808               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1809               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1810               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1811               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1812               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1813               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1814               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1815               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1816               // for 2.10.1 mode <br />
1817               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1818               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1819                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1820                 calculations (not recommended)</em></li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1823               scaling of branch lengths for trees computed using
1824               Sequence Feature Similarity.
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1828               generating output report when working with highly
1829               redundant alignments
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1833               right of selected region when gaps present on right-hand
1834               boundary
1835             </li>
1836           </ul>
1837           <em>User Interface</em>
1838           <ul>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1841               doesn't reselect a specific sequence's associated
1842               annotation after it was used for colouring a view
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1846               opened on a region of alignment without groups
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1850               of an alignment with overlapping groups
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1854               name and description match
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1858               hidden regions results in incorrect hidden regions
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1862               changing colour does not apply Conservation slider value
1863               to all groups
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1867               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1871               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1875               gaps before start of features
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1879               restored to UI when feature colour is edited
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1883               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1887               as graduate feature colour settings are modified via the
1888               dialog box
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1892               when a group defined on the alignment is resized
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1896               wrapped view result in positional status updates
1897             </li>
1898
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1901               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1905               alignment included gapped columns
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1909               widgets don't permanently disappear
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1913               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1914               T-Coffee column reliability scores)
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1918               sequence feature on gaps only
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1922               button from a Find inherit previously defined feature type
1923               rather than the Find query string
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1927               exporting tree calculated in Jalview
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1931               and then revealing them reorders sequences on the
1932               alignment
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1936               doesn't update to reflect available set of groups after
1937               interactively adding or modifying features
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1941               Linux
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1945               only excluded gaps in current sequence and ignored
1946               selection.
1947             </li>
1948           </ul>
1949           <em>Rendering</em>
1950           <ul>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1953               erratically when hidden rows or columns are present
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1957               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1958               sequence colouring
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1962               colour and group colour menu for protein alignments
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1966               reflect currently selected view or group's shading
1967               thresholds
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1971               when rendered on overview and structures when opacity at
1972               100%
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1976               overview when features overlaid on alignment
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1980               recovered correctly from Jalview project file
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1984               (automatically via preferences) are different to the main
1985               alignment panel
1986             </li>
1987           </ul>
1988           <em>Data import/export</em>
1989           <ul>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1992               load
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1996               added after a sequence was imported are not written to
1997               Stockholm File
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2001               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2005               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2009               with lightGray or darkGray via features file (but can
2010               specify lightgray)
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2014               when alignment view imported from project
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2018               structure and sequences extracted from structure files
2019               imported via URL and viewed in Jmol
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2023               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2024               the project is loaded and the structure viewed
2025             </li>
2026           </ul>
2027           <em>Web Services</em>
2028           <ul>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2031               release of Ensembl v.88
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2035               appear enabled in Preferences->Connections
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2039               removed from console output
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2043               Ensembl by Peptide ID
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2047               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2048               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2049               due to 'null' string rather than empty string used for
2050               residues with no corresponding PDB mapping).
2051             </li>
2052           </ul>
2053           <em>Application UI</em>
2054           <ul>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2057               menu
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2061               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2062               new documentation and tooltips added)
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2066               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2070               new features are added to alignment
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2074               changes to feature colours via the Amend features dialog
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2078               edit graduated feature colour via amend features dialog
2079               box
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2083               selection menu changes colours of alignment views
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2087               from alignment calculation workers after alignment has
2088               been closed
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2092               groups now 'Create Group'
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2096               Create/Undefine group doesn't always work
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2100               shown again after pressing 'Cancel'
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2104               adjusts start position in wrap mode
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2108               ambiguous amino acids
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2112               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2113               proteins
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2117               Defined' don't appear in Colours menu
2118             </li>
2119           </ul>
2120           <em>Applet</em>
2121           <ul>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2124               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2128               overview or linked structure view
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2132               work (since 2.8)
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2136               user-defined colourscheme doesn't restore original
2137               colourscheme
2138             </li>
2139           </ul>
2140           <em>Test Suite</em>
2141           <ul>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2144               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2148               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2149               problems with deep array comparison equality asserts in
2150               successive versions of TestNG
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2154               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2155             </li>
2156           </ul>
2157           <em>New Known Issues</em>
2158           <ul>
2159             <li>
2160               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2161               phase after a sequence motif find operation
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2165               containing just upper and lower case letters are
2166               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2170               reliably from eggnog Ortholog database
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2174               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2175               to mark columns containing highlighted regions.
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2179               doesn't always add secondary structure annotation.
2180             </li>
2181           </ul>
2182         </div>
2183     <tr>
2184       <td width="60" nowrap>
2185         <div align="center">
2186           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2187         </div>
2188       </td>
2189       <td><div align="left">
2190           <em>General</em>
2191           <ul>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2194               for all consensus calculations
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2198               3rd Oct 2016)
2199             </li>
2200             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2201               for 2016-2017</li>
2202           </ul>
2203           <em>Application</em>
2204           <ul>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2207               set of database cross-references, sorted alphabetically
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2211               from database cross references. Users with custom links
2212               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2213                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2217               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2218               Chimera session
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2222               the Chimera it is connected to is shut down
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2226               columns menu item to mark columns containing highlighted
2227               regions (e.g. from structure selections or results of a
2228               Find operation)
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2232               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2233               MSAviewer
2234             </li>
2235           </ul>
2236         </div></td>
2237       <td>
2238         <div align="left">
2239           <em>General</em>
2240           <ul>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2243               are not coloured or thresholded according to percent
2244               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2248               hydrophobic
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2252               threshold, amino acid properties)
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2256               reported as mapped to residues in a structure file in the
2257               View Mapping report
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2261               could be added multiple times to a sequence
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2265               bond features shown as two highlighted residues rather
2266               than a range in linked structure views, and treated
2267               correctly when selecting and computing trees from features
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2271               cross-references are matched to database name regardless
2272               of case
2273             </li>
2274
2275           </ul>
2276           <em>Application</em>
2277           <ul>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2280               names without regular expressions also offer links from
2281               Sequence ID
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2285               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2286               update Jalview configuration
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2290               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2294               files with similarly named sequences if dropped onto the
2295               alignment
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2299               entries where more chains exist in the PDB accession than
2300               are reported in the SIFTS file
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2304               the structure view when displayed with Chimera
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2308               panel's View->Show Chains submenu
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2312               work for wrapped alignment views
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2316               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2320               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2321               first annotation row
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2325               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2329               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2330             </li>
2331             <!-- JAL-2319 -->
2332             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2333             coordindate data
2334             </li>
2335           </ul>
2336           <!--           <em>New Known Issues</em>
2337           <ul>
2338             <li></li>
2339           </ul> -->
2340         </div>
2341       </td>
2342     </tr>
2343     <td width="60" nowrap>
2344       <div align="center">
2345         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2346           <em>25/10/2016</em></strong>
2347       </div>
2348     </td>
2349     <td><em>Application</em>
2350       <ul>
2351         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2352           view if structures already loaded</li>
2353         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2354           structure views</li>
2355       </ul></td>
2356     <td>
2357       <div align="left">
2358         <em>General</em>
2359         <ul>
2360           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2361             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2362           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2363             example sequences/projects/trees</li>
2364         </ul>
2365         <em>Application</em>
2366         <ul>
2367           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2368             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2369           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2370             without timeout for structures with multiple models or
2371             multiple sequences in alignment</li>
2372           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2373             PDB ID HEADER line</li>
2374           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2375             is performed</li>
2376           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2377             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2378           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2379           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2380             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2381             option</li>
2382           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2383             is created on the alignment</li>
2384           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2385             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2386             pop-up menu</li>
2387         </ul>
2388         <em>Build and deployment</em>
2389         <ul>
2390           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2391             tags</li>
2392         </ul>
2393         <em>New Known Issues</em>
2394         <ul>
2395           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2396             on Windows</li>
2397         </ul>
2398       </div>
2399     </td>
2400     </tr>
2401     <tr>
2402       <td width="60" nowrap>
2403         <div align="center">
2404           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2405         </div>
2406       </td>
2407       <td><em>General</em>
2408         <ul>
2409           <li>
2410             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2414             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2415             better PDB parsing.
2416           </li>
2417           <li>
2418             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2419             reference sequence
2420           </li>
2421           <li>
2422             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2423             mousing over sequence associated annotation
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2427             for manual entry
2428           </li>
2429           <li>
2430             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2431             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2432             for each column
2433           </li>
2434           <li>
2435             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2436             showing or hiding columns containing a feature
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2440             group and sequence associated annotation labels
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2444             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2445             dialogs
2446           </li>
2447
2448         </ul> <em>Application</em>
2449         <ul>
2450           <li>
2451             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2452             gene/transcript view
2453           </li>
2454           <li>
2455             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2456             dialog
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2460             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2464             Pfam sources to xfam.org
2465           </li>
2466           <li>
2467             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2471             over sequences in Jalview
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2475             regions in ENA and EMBL
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2479             for record retrieval via ENA rest API
2480           </li>
2481           <li>
2482             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2483             complement operator
2484           </li>
2485           <li>
2486             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2487             groovy script execution
2488           </li>
2489           <li>
2490             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2491             alignment window's Calculate menu
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2495             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2499             calculation workers from groovy scripts
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2503             Jalview projects
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2507             associations are now saved/restored from project
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2511             before sequence fetcher is opened
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2515             database chooser opens a sequence fetcher
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2519             the UniProt REST API
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2523             the news reader opening
2524           </li>
2525           <li>
2526             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2527             querying stored in preferences
2528           </li>
2529           <li>
2530             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2531             search results
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2538             menu for nucleotide sequences
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2542             and feature counts preserves alignment ordering (and
2543             debugged for complex feature sets).
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2547             viewing structures with Jalview 2.10
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2551             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2552             Ensembl Genomes REST API
2553           </li>
2554           <li>
2555             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2556             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2557             (Ensembl)
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2561             sequences
2562           </li>
2563           <li>
2564             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2565             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2566             data from external database records.
2567           </li>
2568           <li>
2569             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2570             efficient recovery of sequence coding and alignment
2571             annotation relationships.
2572           </li>
2573         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2574         <ul>
2575           <li>
2576             -- JAL---
2577           </li>
2578         </ul> --></td>
2579       <td>
2580         <div align="left">
2581           <em>General</em>
2582           <ul>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2585               menu on OSX
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2589               includes graduated colourschemes
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2593               working with big alignments and lots of hidden columns
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2597               at right of alignment window
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2601               contents
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2605               for DNA alignments
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2609               based tree calculation
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2613               unconserved enabled for group on alignment
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2617               set as reference
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2621               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2622               annotation
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2626               hidden columns present
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2630               user created annotation added to alignment
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2634               '()' base pair annotation
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2638               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2639               Consensus
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2643               feature not working
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2647               beginning of sequence
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2651               entry 3a6s
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2655               from a tree when t-coffee scores are shown
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2659               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2663               some structures
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2667               to Clustal, PIR and PileUp output
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2671               not visible causes alignment window to repaint
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2675               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2676               scores associated with features and annotation rows
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2680               calculation should be case independent
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2684               columns
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2688               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2689               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2693               problems when reference sequence defined and 'show
2694               non-conserved' enabled
2695             </li>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2698               load even when Consensus calculation is disabled
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2702               alignment does nothing
2703             </li>
2704           </ul>
2705           <em>Application</em>
2706           <ul>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2709               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2710               yet fixed for El Capitan)
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2714               output when running on non-gb/us i18n platforms
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2718               hidden sequences as flat-file alignment
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2722               launching Chimera
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2726               (also hotfix for 2.9.0b2)
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2730               reference sequence defined
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2734               alignments and views when revealing hidden columns
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2738               view in a cDNA/Protein splitframe
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2742               sequence from project when only one sequence is
2743               represented
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2747               in Structure Chooser
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2751               structure consensus didn't refresh annotation panel
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2755               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2759               dialogs format columns correctly, don't display array
2760               data, sort columns according to type
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2764               file chooser is cancelled during an image export
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2768               sequence name containing special characters
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2772               case insensitive
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2776               formatting don't wrap
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2780               truncated so L looks like I in consensus annotation
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2784               currently displayed features for the current selection or
2785               view
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2789               after fetching cross-references, and restoring from
2790               project
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2794               followed in the structure viewer
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2798               splitframe not restored from project
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2802               trailing end of protein alignment in transcript/product
2803               splitview when pad-gaps not enabled by default
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2807               is case dependent
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2811               article has been read (reopened issue due to
2812               internationalisation problems)
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2816               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2817               cross-references
2818             </li>
2819
2820             <li>
2821               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2822               alignment as HTML
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2826               multiple structures are shown for one or more sequences.
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2830               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2831               is enabled.
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2835               specific PDB id for sequence
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2839               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2840               columns' is disabled.
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2844               selects lowest rather than highest resolution structures
2845               for each sequence
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2849               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2853               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2857               after clicking on it to create new annotation for a
2858               column.
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2862               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2863             </li>
2864             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2865             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2866           </ul>
2867           <em>Applet</em>
2868           <ul>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2871               hidden columns present before start of sequence
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2875               (JSON jars)
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2879               sequences are hidden in applet
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2883               deployment on examples pages.
2884             </li>
2885           </ul>
2886         </div>
2887       </td>
2888     </tr>
2889     <tr>
2890       <td width="60" nowrap>
2891         <div align="center">
2892           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2893             <em>16/10/2015</em></strong>
2894         </div>
2895       </td>
2896       <td><em>General</em>
2897         <ul>
2898           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2899             jars</li>
2900         </ul></td>
2901       <td>
2902         <div align="left">
2903           <em>Application</em>
2904           <ul>
2905             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2906               shown when tree is partitioned</li>
2907             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2908               multiple cDNA/Protein split views</li>
2909           </ul>
2910         </div>
2911       </td>
2912     </tr>
2913     <tr>
2914       <td width="60" nowrap>
2915         <div align="center">
2916           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2917             <em>8/10/2015</em></strong>
2918         </div>
2919       </td>
2920       <td><em>General</em>
2921         <ul>
2922           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2923             2.9</li>
2924         </ul> <em>Application</em>
2925         <ul>
2926           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2927           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2928           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2929         </ul> <em>Applet</em>
2930         <ul>
2931           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2932         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2933         <ul>
2934           <li>
2935             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2936             suite
2937           </li>
2938         </ul></td>
2939       <td>
2940         <div align="left">
2941           <em>General</em>
2942           <ul>
2943             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2944               incorrect when sequence start > 1</li>
2945             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2946               documentation</li>
2947             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2948             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2949               loading a features file containing HTML tags in feature
2950               description</li>
2951
2952           </ul>
2953           <em>Application</em>
2954           <ul>
2955             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2956               reimport</li>
2957             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2958               with 'trim retrieved sequences'</li>
2959             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2960               deleting selected columns</li>
2961             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2962               JNLP templates for webstart launch</li>
2963             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2964               unreleased structures for download or viewing</li>
2965             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2966               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2967             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2968               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2969             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2970               recovered from jalview project</li>
2971             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2972               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2973               alignment view</li>
2974             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2975               color schemes from BioJSON</li>
2976           </ul>
2977           <em>Applet</em>
2978           <ul>
2979             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2980               frame</li>
2981             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2982           </ul>
2983         </div>
2984       </td>
2985     </tr>
2986     <tr>
2987       <td><div align="center">
2988           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2989         </div></td>
2990       <td><em>General</em>
2991         <ul>
2992           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2993             alignments:
2994             <ul>
2995               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2996                 and DNA alignment views</li>
2997               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2998                 cDNA alignment views</li>
2999               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3000                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3001               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3002                 protein sequences</li>
3003             </ul>
3004           </li>
3005           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3006           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3007             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3008           <li>New alignment annotation file statements for
3009             reference sequences and marking hidden columns</li>
3010           <li>Reference sequence based alignment shading to
3011             highlight variation</li>
3012           <li>Select or hide columns according to alignment
3013             annotation</li>
3014           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3015           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3016             acid conservation row</li>
3017           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3018         </ul> <em>Application</em>
3019         <ul>
3020           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3021             <ul>
3022               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3023                 view with cDNA/Protein</li>
3024               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3025                 sequences are placed in the same alignment</li>
3026               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3027                 projects</li>
3028             </ul>
3029           </li>
3030
3031           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3032           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3033             Jalview windows</li>
3034
3035           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3036           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3037           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3038             be shown in VARNA</li>
3039
3040           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3041             as the active selected region</li>
3042
3043           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3044             similarity</li>
3045           <li>New Export options
3046             <ul>
3047               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3048                 region export in flat file generation</li>
3049
3050               <li>Export alignment views for display with the <a
3051                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3052
3053               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3054               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3055                 alignment figures to HTML</li>
3056           </li>
3057           <li>3D structure retrieval and display
3058             <ul>
3059               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3060                 Search API</li>
3061               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3062                 PDB structures for a sequence set</li>
3063             </ul>
3064           </li>
3065
3066           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3067             predictions</li>
3068           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3069             for one or a group of sequences</li>
3070           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3071             from the JPred4 web server</li>
3072           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3073             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3074             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3075           </li>
3076           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3077             VARNA 2D Structure'</li>
3078           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3079             Structure ..."</li>
3080
3081         </ul> <em>Applet</em>
3082         <ul>
3083           <li>New layout for applet example pages</li>
3084           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3085             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3086           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3087             Protein alignments</li>
3088         </ul> <em>Development and deployment</em>
3089         <ul>
3090           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3091           <li>Include installation type and git revision in build
3092             properties and console log output</li>
3093           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3094             storing BioJsMSA Templates</li>
3095           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3096         </ul></td>
3097       <td>
3098         <!-- <em>General</em>
3099         <ul>
3100         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3101         <ul>
3102           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3103           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3104           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3105             predictions are not highlighted in amber</li>
3106           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3107             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3108           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3109             associated structure views</li>
3110           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3111             width checkbox not enabled</li>
3112           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3113             creating user defined colours</li>
3114           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3115             mappings for just that viewer's sequences</li>
3116           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3117             multiple models in Chimera</li>
3118           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3119             over Jmol structure</li>
3120           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3121             output to text box</li>
3122           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3123             have incorrect sequence start/end</li>
3124           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3125             Jalview fails</li>
3126           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3127             work for nucleotide</li>
3128           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3129             to a grey/invisible alignment window</li>
3130           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3131             imports to different position</li>
3132           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3133             on some platforms</li>
3134           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3135             populated</li>
3136           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3137             console if Chimera has been opened</li>
3138           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3139           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3140             retrieved</li>
3141           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3142           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3143             either sequence shows on first structure</li>
3144           <li>'Show annotations' options should not make
3145             non-positional annotations visible</li>
3146           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3147             in right place after 'view flanking regions'</li>
3148           <li>File Save As type unset when current file format is
3149             unknown</li>
3150           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3151             projects</li>
3152           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3153             responsive</li>
3154           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3155             several views on same alignment</li>
3156           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3157           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3158             spaces</li>
3159         </ul> <em>Applet</em>
3160         <ul>
3161           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3162           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3163             descriptions containing angle brackets</li>
3164         </ul> <em>General</em>
3165         <ul>
3166           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3167             via jalview annotation file</li>
3168           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3169             with RNA secondary structure</li>
3170           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3171             translation doesn't work.</li>
3172           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3173           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3174             positions</li>
3175           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3176             choosing 1pt font</li>
3177           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3178             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3179             'h'</li>
3180           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3181             new feature</li>
3182           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3183             order dependent</li>
3184           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3185             sequences</li>
3186           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3187         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3188         <ul>
3189           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3190             www.jalview.org</li>
3191         </ul> <em>Application Known issues</em>
3192         <ul>
3193           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3194           <li>Misleading message appears after trying to delete
3195             solid column.</li>
3196           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3197             version launches</li>
3198           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3199             fails with a sequence mismatch</li>
3200           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3201             scrolling alignment to right</li>
3202           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3203             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3204           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3205             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3206           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3207             ultra-high resolution</li>
3208           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3209             quality and conservation</li>
3210           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3211             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3212         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3213         <ul>
3214           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3215           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3216             window is being resized</li>
3217
3218         </ul>
3219       </td>
3220     </tr>
3221     <tr>
3222       <td><div align="center">
3223           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3224         </div></td>
3225       <td><em>General</em>
3226         <ul>
3227           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3228             Certum.PL.</li>
3229           <li>Features and annotation preserved when performing
3230             pairwise alignment</li>
3231           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3232             imported/exported/displayed</li>
3233           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3234             protein secondary structure</li>
3235           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3236               post-hoc with 2.9 release</em>)
3237           </li>
3238
3239         </ul> <em>Application</em>
3240         <ul>
3241           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3242             with 3D structures</li>
3243           <li>Support for parsing RNAML</li>
3244           <li>Annotations menu for layout
3245             <ul>
3246               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3247               <li>place sequence annotation above/below alignment
3248                 annotation</li>
3249             </ul>
3250           <li>Output in Stockholm format</li>
3251           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3252             translation</li>
3253           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3254           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3255             shared between alignments</li>
3256           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3257             Jalview</li>
3258           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3259             all or current selection</li>
3260           <li>disorder and secondary structure predictions
3261             available as dataset annotation</li>
3262           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3263
3264
3265           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3266             alignments from Rfam</li>
3267           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3268
3269           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3270             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3271           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3272           <li>include installation type in build properties and
3273             console log output</li>
3274           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3275             annotation</li>
3276         </ul></td>
3277       <td>
3278         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3279         <ul>
3280           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3281             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3282           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3283             alignment</li>
3284           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3285           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3286           <li>Double click on sequence associated annotation
3287             selects only first column</li>
3288           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3289             leaves shown in tree</li>
3290           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3291             properly</li>
3292           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3293           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3294             screen and buttons not visible</li>
3295           <li>author list isn't updated if already written to
3296             Jalview properties</li>
3297           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3298             from database</li>
3299           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3300           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3301             browser search window</li>
3302           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3303             in feature settings dialog</li>
3304           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3305             desktop</li>
3306           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3307             pass validation</li>
3308           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3309             fit on screen</li>
3310           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3311             tooltip</li>
3312           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3313             defined user preset</li>
3314           <li>MSA web services warns user if they were launched
3315             with invalid input</li>
3316           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3317             Java 8</li>
3318           <li>
3319             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3320             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3321             created
3322           </li>
3323
3324         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3325         <ul>
3326         </ul> <em>General</em>
3327         <ul>
3328         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3329         <ul>
3330           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3331             memory allocation</li>
3332           <li>launchApp service doesn't automatically open
3333             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3334           <li>
3335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3336             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3337             1.7_055 is available
3338           </li>
3339         </ul> <em>Application Known issues</em>
3340         <ul>
3341           <li>
3342             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3343             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3344             alignment to right
3345           </li>
3346           <li>
3347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3348             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3349             with large number of ID
3350           </li>
3351           <li>
3352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3353             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3354             start/end
3355           </li>
3356           <li>
3357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3358             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3359             structure tracks are rearranged
3360           </li>
3361           <li>
3362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3363             invalid rna structure positional highlighting does not
3364             highlight position of invalid base pairs
3365           </li>
3366           <li>
3367             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3368             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3369             project from alignment window file menu
3370           </li>
3371           <li>
3372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3373             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3374             structures
3375           </li>
3376           <li>
3377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3378             colour by RNA Helices not enabled when user created
3379             annotation added to alignment
3380           </li>
3381           <li>
3382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3383             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3384           </li>
3385         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3386         <ul>
3387           <li>
3388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3389             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3390           </li>
3391           <li>
3392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3393             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3394           </li>
3395
3396           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3397             when selected</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400     </tr>
3401     <tr>
3402       <td><div align="center">
3403           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3404         </div></td>
3405       <td>
3406         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3407         <em>General</em>
3408         <ul>
3409           <li>Internationalisation of user interface (usually
3410             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3411           <li>Define/Undefine group on current selection with
3412             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3413           <li>Improved group creation/removal options in
3414             alignment/sequence Popup menu</li>
3415           <li>Sensible precision for symbol distribution
3416             percentages shown in logo tooltip.</li>
3417           <li>Annotation panel height set according to amount of
3418             annotation when alignment first opened</li>
3419         </ul> <em>Application</em>
3420         <ul>
3421           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3422             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3423           <li>Select columns containing particular features from
3424             Feature Settings dialog</li>
3425           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3426             sequences</li>
3427           <li>Update Jalview project format:
3428             <ul>
3429               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3430               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3431                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3432               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3433                 colouring</li>
3434             </ul>
3435           </li>
3436           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3437             (PAM250)</li>
3438           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3439             flanking regions for an alignment</li>
3440         </ul>
3441       </td>
3442       <td>
3443         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3444         <ul>
3445           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3446             running after job is cancelled</li>
3447           <li>cannot export features from alignments imported from
3448             Jalview/VAMSAS projects</li>
3449           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3450             float values</li>
3451           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3452             have 'display all symbols' flag set</li>
3453           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3454             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3455           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3456             Jalview</li>
3457           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3458             Lion/Webstart</li>
3459           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3460           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3461           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3462             alignment onto desktop</li>
3463           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3464             'extract scores' function</li>
3465           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3466             alignment window</li>
3467           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3468             performing IUPred disorder prediction</li>
3469           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3470             changing 'normalise logo' display setting</li>
3471           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3472             nothing matches query</li>
3473           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3474             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3475           </li>
3476           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3477             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3478           </li>
3479           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3480             Jalview's menu</li>
3481           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3482             'invalid literal/length code'</li>
3483           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3484             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3485           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3486             colourscheme</li>
3487
3488         </ul> <em>Applet</em>
3489         <ul>
3490           <li>Remove group option is shown even when selection is
3491             not a group</li>
3492           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3493             don't affect groups</li>
3494           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3495             colourscheme name</li>
3496           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3497             Annotation panel is not displayed</li>
3498           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3499             embedded windows</li>
3500         </ul> <em>Other</em>
3501         <ul>
3502           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3503             single sequence were not calculated</li>
3504           <li>annotation files that contain only groups imported as
3505             annotation and junk sequences</li>
3506           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3507             recognised as PFAM or BLC</li>
3508           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3509             doesn't affect background (2.8.0b1)
3510           <li></li>
3511           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3512           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3513             trailing gaps</li>
3514           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3515             registered correctly on import</li>
3516           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3517             certain alignments</li>
3518           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3519             existing annotation based 'use original colours'
3520             colourscheme loses original colours setting</li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523     </tr>
3524     <tr>
3525       <td><div align="center">
3526           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3527             <em>30/1/2014</em></strong>
3528         </div></td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3532             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3533             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3534             open source project).
3535           </li>
3536           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3537           <li>Output in Stockholm format</li>
3538           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3539           <li>Export/import group and sequence associated line
3540             graph thresholds</li>
3541           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3542             ambiguity codes</li>
3543           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3544             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3545             works</li>
3546           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3547         </ul> <em>Other improvements</em>
3548         <ul>
3549           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3550           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3551             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3552           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3553             files</li>
3554           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3555           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3556             link but no description</li>
3557           <li>Select primary source when selecting authority in
3558             database fetcher GUI</li>
3559           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3560             Jalview</li>
3561           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3562         </ul>
3563       </td>
3564       <td>
3565         <ul>
3566           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3567             displayed</li>
3568           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3569             secondary structure annotation line</li>
3570           <li>Sequence database accessions not imported when
3571             fetching alignments from Rfam</li>
3572           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3573             identical IDs</li>
3574           <li>View all structures does not always superpose
3575             structures</li>
3576           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3577             reflect user or preset settings</li>
3578           <li>Null pointer exceptions for some services without
3579             presets or adjustable parameters</li>
3580           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3581             discover PDB xRefs</li>
3582           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3583             features with DAS</li>
3584           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3585             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3586           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3587             residue follows a gap</li>
3588           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3589             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3590           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3591             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3592           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3593             annotation already exists on alignment</li>
3594           <li>oninit javascript function should be called after
3595             initialisation completes</li>
3596           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3597             alignment window display</li>
3598           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3599           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3600             to annotation file</li>
3601           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3602             groups created</li>
3603           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3604             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3605           <li>Pressing return several times causes Number Format
3606             exceptions in keyboard mode</li>
3607           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3608             correct partitions for input data</li>
3609           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3610           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3611           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3612           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3613             mode</li>
3614           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3615             changes one row&#39;s threshold</li>
3616           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3617             doesn&#39;t open</li>
3618           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3619             quality histograms</li>
3620         </ul>
3621       </td>
3622     </tr>
3623     <tr>
3624       <td><div align="center">
3625           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3626         </div></td>
3627       <td><em>Application</em>
3628         <ul>
3629           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3630             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3631           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3632             preferences</li>
3633           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3634             in Jalview alignment window</li>
3635           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3636             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3637           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3638             RNA and ambiguity codes</li>
3639
3640           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3641           <li>Support fetching and database reference look up
3642             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3643             refs')</li>
3644           <li>Jalview project improvements
3645             <ul>
3646               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3647                 flag for annotation</li>
3648               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3649                 alignment</li>
3650               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3651                 Jalview project</li>
3652
3653             </ul>
3654           </li>
3655           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3656           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3657             running</li>
3658           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3659           <li>visual indication that web service results are still
3660             being retrieved from server</li>
3661           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3662             starts up for first time</li>
3663           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3664             services</li>
3665           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3666             client library</li>
3667           <li>Examples directory and Groovy library included in
3668             InstallAnywhere distribution</li>
3669         </ul> <em>Applet</em>
3670         <ul>
3671           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3672             visualization applet example</li>
3673         </ul> <em>General</em>
3674         <ul>
3675           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3676           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3677             defaults</li>
3678           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3679             calculation</li>
3680           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3681             matrices
3682           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3683             in HTML</li>
3684           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3685             structure contacts</li>
3686           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3687           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3688           <li>Parse sequence associated secondary structure
3689             information in Stockholm files</li>
3690           <li>HTML Export database accessions and annotation
3691             information presented in tooltip for sequences</li>
3692           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3693             style RNA alignment files</li>
3694           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3695             alignment</li>
3696           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3697             shade each sequence according to its associated alignment
3698             annotation</li>
3699           <li>New Jalview Logo</li>
3700         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3701         <ul>
3702           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3703           <li>New Website!</li>
3704         </ul></td>
3705       <td><em>Application</em>
3706         <ul>
3707           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3708             wsdbfetch REST service</li>
3709           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3710           <li>Filetype associations not installed for webstart
3711             launch</li>
3712           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3713             job execution in full once it is complete</li>
3714           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3715             uploaded via ali_file parameter</li>
3716           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3717           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3718           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3719             submitted for prediction</li>
3720           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3721             desktop window</li>
3722           <li>Putting fractional value into integer text box in
3723             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3724           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3725             windows 7</li>
3726           <li>View all structures fails with exception shown in
3727             structure view</li>
3728           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3729             escaped in a platform independent way</li>
3730           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3731             using proxy</li>
3732           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3733             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3734           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3735             failure when java web start temporary file caching is
3736             disabled</li>
3737           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3738             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3739           <li>Errors during processing of command line arguments
3740             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3741           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3742             DAS sources in sequence fetcher</li>
3743           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3744             dialog is shown</li>
3745           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3746           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3747           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3748           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3749             on OSX Mountain Lion</li>
3750           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3751             sequences with alignment annotation are pasted into the
3752             alignment</li>
3753           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3754             when loaded from Jalview project</li>
3755           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3756           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3757             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3758           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3759             associated with all views</li>
3760           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3761             annotation rows to new window</li>
3762         </ul> <em>Applet</em>
3763         <ul>
3764           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3765             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3766           <li>loading features via javascript API automatically
3767             enables feature display</li>
3768           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3769             work</li>
3770         </ul> <em>General</em>
3771         <ul>
3772           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3773           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3774             and then deselected</li>
3775           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3776           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3777             coloured with clustalx</li>
3778           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3779             exceptions and redraw errors</li>
3780           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3781             reconfigured view</li>
3782           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3783             colour</li>
3784           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3785             for lots of labels</li>
3786         </ul>
3787     </tr>
3788     <tr>
3789       <td>
3790         <div align="center">
3791           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3792         </div>
3793       </td>
3794       <td><em>Application</em>
3795         <ul>
3796           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3797           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3798           <li>View/alignment association menu to enable user to
3799             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3800             its colours/correspondences from</li>
3801           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3802           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3803             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3804           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3805           <li>Annotation row column label formatting attributes
3806             stored in project file</li>
3807           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3808             rows preserved in Jalview project file</li>
3809           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3810             saved using Desktop window menu</li>
3811           <li>Visual indication that command line arguments are
3812             still being processed</li>
3813           <li>Groovy script execution from URL</li>
3814           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3815             preferences</li>
3816           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3817             alignment with sequences that have high similarity and
3818             matching IDs</li>
3819           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3820           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3821             structures in same window</li>
3822           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3823           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3824             analysis function in its own submenu</li>
3825         </ul> <em>Applet</em>
3826         <ul>
3827           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3828             groups</li>
3829           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3830           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3831           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3832           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3833           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3834             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3835           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3836           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3837             parameters are treated as such</li>
3838           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3839             <ul>
3840               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3841               <li>Javascript callbacks for
3842                 <ul>
3843                   <li>Applet initialisation</li>
3844                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3845                 </ul>
3846               </li>
3847               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3848                 functions</li>
3849               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3850               <li>javascript structure viewer harness to pass
3851                 messages between Jmol and Jalview when running as
3852                 distinct applets</li>
3853               <li>sortBy method</li>
3854               <li>Set of applet and application examples shipped
3855                 with documentation</li>
3856               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3857                 javascript message exchange</li>
3858             </ul>
3859         </ul> <em>General</em>
3860         <ul>
3861           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3862             multiple alignments</li>
3863           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3864           <li>User configurable link to enable redirects to a
3865             www.Jalview.org mirror</li>
3866           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3867           <li>Configurable newline string when writing alignment
3868             and other flat files</li>
3869           <li>Allow alignment annotation description lines to
3870             contain html tags</li>
3871         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3872         <ul>
3873           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3874             examples</li>
3875           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3876             using a web service before displaying the result in the
3877             Jalview desktop</li>
3878           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3879           <li>Ant target to publish example html files with applet
3880             archive</li>
3881           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3882           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3883         </ul></td>
3884       <td><em>Application</em>
3885         <ul>
3886           <li>User defined colourscheme throws exception when
3887             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3888           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3889             dialog for valid filename/format</li>
3890           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3891           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3892             P37173</li>
3893           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3894             which sequence is to be associated with the file</li>
3895           <li>Find All raises null pointer exception when query
3896             only matches sequence IDs</li>
3897           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3898           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3899             2.4 cannot be loaded</li>
3900           <li>Filetype associations not installed for webstart
3901             launch</li>
3902           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3903             with sequences in different alignments do not get coloured
3904             by their associated sequence</li>
3905           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3906             not preserved when project is loaded</li>
3907           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3908             stored in Jalview project</li>
3909           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3910             Jalview project</li>
3911           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3912           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3913             by conservation</li>
3914           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3915             created on new view</li>
3916           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3917             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3918           <li>Alignment quality not updated after alignment
3919             annotation row is hidden then shown</li>
3920           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3921             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3922           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3923             properly</li>
3924           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3925             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3926           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3927           <li>Structures imported from file and saved in project
3928             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3929           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3930             job execution in full once it is complete</li>
3931         </ul> <em>Applet</em>
3932         <ul>
3933           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3934             annotation rows are displayed</li>
3935           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3936             codebase</li>
3937           <li>View follows highlighting does not work for positions
3938             in sequences</li>
3939           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3940           <li>Export features raises exception when no features
3941             exist</li>
3942           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3943             for javascript api is modified when separator string
3944             provided as parameter</li>
3945           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3946             alignment with no existing selection</li>
3947           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3948             to applet&#39;s codebase</li>
3949           <li>Status bar not updated after finished searching and
3950             search wraps around to first result</li>
3951           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3952             several Jalview applets causes race conditions and memory
3953             leaks</li>
3954           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3955             not sent from Jmol in applet</li>
3956           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3957             applet API fatally hang browser</li>
3958         </ul> <em>General</em>
3959         <ul>
3960           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3961             position with wrapped view and hidden regions</li>
3962           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3963             with/without hidden columns</li>
3964           <li>Sequence length given in alignment properties window
3965             is off by 1</li>
3966           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3967             import PDB like structure files</li>
3968           <li>Positional search results are only highlighted
3969             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3970           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3971           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3972             given sequence position</li>
3973           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3974             output</li>
3975           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3976             from nucleotide chains correctly</li>
3977           <li>Structure colours not updated when tree partition
3978             changed in alignment</li>
3979           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3980             parsed in interleaved stockholm</li>
3981           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3982             state</li>
3983           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3984             properly</li>
3985           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3986             properly associated with their pdb files</li>
3987         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3988         <ul>
3989           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3990             ApplyCopyright tool</li>
3991         </ul></td>
3992     </tr>
3993     <tr>
3994       <td>
3995         <div align="center">
3996           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3997         </div>
3998       </td>
3999       <td><em>Application</em>
4000         <ul>
4001           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4002             contact web services</li>
4003           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4004             service job window</li>
4005           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4006         </ul></td>
4007       <td>
4008         <ul>
4009           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4010             pir file emitted by Jalview</li>
4011           <li>Existing feature settings transferred to new
4012             alignment view created from cut'n'paste</li>
4013           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4014             parsing PDB files</li>
4015           <li>Consensus and conservation annotation rows
4016             occasionally become blank for all new windows</li>
4017           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4018             in wrapped view mode</li>
4019         </ul> <em>Application</em>
4020         <ul>
4021           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4022             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4023           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4024             parameter names</li>
4025           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4026             is down</li>
4027         </ul>
4028       </td>
4029     </tr>
4030     <tr>
4031       <td>
4032         <div align="center">
4033           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4034         </div>
4035       </td>
4036       <td><em>Application</em>
4037         <ul>
4038           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4039             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4040             (JABAWS)
4041           </li>
4042           <li>Web Services preference tab</li>
4043           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4044             preferences</li>
4045           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4046           <li>Superpose structures using associated sequence
4047             alignment</li>
4048           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4049             viewer</li>
4050         </ul> <em>Applet</em>
4051         <ul>
4052           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4053             link out mechanism</li>
4054         </ul> <em>Other</em>
4055         <ul>
4056           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4057             series 12</li>
4058           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4059             require Java 1.5</li>
4060           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4061             sequence annotation files</li>
4062           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4063             type colour specification</li>
4064           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4065             script to check if it being run in an interactive session or
4066             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4067         </ul></td>
4068       <td>
4069         <ul>
4070           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4071             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4072         </ul> <em>Application</em>
4073         <ul>
4074           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4075             selected Regions menu item</li>
4076           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4077             part of a valid accession ID</li>
4078           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4079             runs out of memory</li>
4080           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4081             analysis results</li>
4082           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4083             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4084           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4085         </ul> <em>Applet</em>
4086         <ul>
4087           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4088             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4089             defined.</li>
4090         </ul>
4091       </td>
4092     </tr>
4093     <tr>
4094       <td>
4095         <div align="center">
4096           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4097         </div>
4098       </td>
4099       <td></td>
4100       <td>
4101         <ul>
4102           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4103             sequence IDs</li>
4104           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4105             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4106           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4107             import correctly</li>
4108           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4109             number of columns are hidden</li>
4110           <li>annotation label popup menu not providing correct
4111             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4112             present</li>
4113           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4114             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4115           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4116             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4117
4118         </ul> <em>Applet</em>
4119         <ul>
4120           <li>annotation panel disappears when annotation is
4121             hidden/removed</li>
4122         </ul> <em>Application</em>
4123         <ul>
4124           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4125             alignment opened where annotation panel is visible but no
4126             annotations are present on alignment</li>
4127           <li>pasted region containing hidden columns is
4128             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4129           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4130             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4131           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4132             selected Rregions menu item.</li>
4133           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4134             'Un' or 'Non'conserved</li>
4135           <li>Sequence feature settings are being shared by
4136             multiple distinct alignments</li>
4137           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4138             changed</li>
4139           <li>double click on group annotation to select sequences
4140             does not propagate to associated trees</li>
4141           <li>Mac OSX specific issues:
4142             <ul>
4143               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4144                 window background</li>
4145               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4146                 name set correctly</li>
4147               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4148                 save feature colourscheme button</li>
4149             </ul>
4150           </li>
4151         </ul>
4152       </td>
4153     </tr>
4154     <tr>
4155
4156       <td>
4157         <div align="center">
4158           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4159         </div>
4160       </td>
4161       <td><em>New Capabilities</em>
4162         <ul>
4163           <li>URL links generated from description line for
4164             regular-expression based URL links (applet and application)
4165
4166           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4167             menu</li>
4168           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4169             structures</li>
4170           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4171             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4172           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4173             average score or total feature count for each sequence.</li>
4174           <li>Shading features by score or associated description</li>
4175           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4176             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4177           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4178             hide everything but the currently selected region.</li>
4179           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4180         </ul> <em>Application</em>
4181         <ul>
4182           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4183             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4184           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4185             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4186           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4187             database references and protein_name is parsed as
4188             description line (BioSapiens terms).</li>
4189           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4190             references in sequence ID tooltip from View menu in
4191             application.</li>
4192           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4193       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4194           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4195             conservation plots</li>
4196           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4197             and visualized as sequence logos</li>
4198           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4199             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4200           </li>
4201           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4202             when a new tree is opened.</li>
4203           <li>Jalview Java Console</li>
4204           <li>Better placement of desktop window when moving
4205             between different screens.</li>
4206           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4207             consensus annotation</li>
4208           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4209             Workflows</li>
4210           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4211             <ul>
4212               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4213                 used to preserve views, structures, and tree display
4214                 settings)</li>
4215               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4216                 command line</li>
4217               <li>Sharing of selected regions between views and
4218                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4219               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4220             </ul></li>
4221         </ul> <em>Applet</em>
4222         <ul>
4223           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4224           <li>New Parameters
4225             <ul>
4226               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4227                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4228                 opened.</li>
4229               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4230                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4231               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4232                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4233               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4234                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4235                 view</li>
4236               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4237                 increase the height or width of a cell in the alignment
4238                 grid relative to the current font size.</li>
4239             </ul>
4240           </li>
4241           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4242             tooltip</li>
4243         </ul> <em>Other</em>
4244         <ul>
4245           <li>Features format: graduated colour definitions and
4246             specification of feature scores</li>
4247           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4248             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4249             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4250           <li>XML formats extended to support graduated feature
4251             colourschemes, group associated annotation, and profile
4252             visualization settings.</li></td>
4253       <td>
4254         <ul>
4255           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4256             rather than description</li>
4257           <li>Non-positional features are now included in sequence
4258             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4259             visibility in tooltip).</li>
4260           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4261           <li>Added URL embedding instructions to features file
4262             documentation.</li>
4263           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4264             'X' in peptide product</li>
4265           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4266             sequence ID and sequence string and query strings do not
4267             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4268           <li>AMSA files only contain first column of
4269             multi-character column annotation labels</li>
4270           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4271             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4272             exported and re-imported)</li>
4273           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4274             name</li>
4275           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4276             as subsequence matches, and correctly reports total number
4277             of both.</li>
4278           <li>Application:
4279             <ul>
4280               <li>Better handling of exceptions during sequence
4281                 retrieval</li>
4282               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4283                 link text excludes the start_end suffix</li>
4284               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4285                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4286               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4287               <li>Sequence description lines properly shared via
4288                 VAMSAS</li>
4289               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4290                 data sources</li>
4291               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4292                 completes before alignment figures are generated.</li>
4293               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4294                 first time.</li>
4295               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4296                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4297               <li>User defined group colours properly recovered
4298                 from Jalview projects.</li>
4299             </ul>
4300           </li>
4301         </ul>
4302       </td>
4303
4304     </tr>
4305     <tr>
4306       <td>
4307         <div align="center">
4308           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4309         </div>
4310       </td>
4311       <td>
4312         <ul>
4313           <li>Experimental support for google analytics usage
4314             tracking.</li>
4315           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4316         </ul>
4317       </td>
4318       <td>
4319         <ul>
4320           <li>Race condition in applet preventing startup in
4321             jre1.6.0u12+.</li>
4322           <li>Exception when feature created from selection beyond
4323             length of sequence.</li>
4324           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4325           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4326             all sequences with a given id</li>
4327           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4328             ID string searches</li>
4329           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4330             alignment to fail with exception</li>
4331         </ul> <em>Application Issues</em>
4332         <ul>
4333           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4334           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4335             data sources</li>
4336         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4337         <ul>
4338           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4339             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4340           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4341             version (java class versioning error fixed)</li>
4342         </ul>
4343       </td>
4344     </tr>
4345     <tr>
4346       <td>
4347
4348         <div align="center">
4349           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4350         </div>
4351       </td>
4352       <td><em>User Interface</em>
4353         <ul>
4354           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4355             translation and protein products</li>
4356           <li>Linked highlighting of structure associated with
4357             residue mapping to codon position</li>
4358           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4359             and 'clear' button</li>
4360           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4361             Tools menu</li>
4362           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4363             numeric data in description line</li>
4364           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4365           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4366             of sequence</li>
4367         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4368         <ul>
4369           <li>JPred3 web service</li>
4370           <li>Prototype sequence search client (no public services
4371             available yet)</li>
4372           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4373             PFAM</li>
4374           <li>URL Links created for matching database cross
4375             references as well as sequence ID</li>
4376           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4377         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4378         <ul>
4379           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4380             databases</li>
4381           <li>Generalised database reference retrieval and
4382             validation to all fetchable databases</li>
4383           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4384             sequence command</li>
4385         </ul> <em>Import and Export</em>
4386         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4387         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4388           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4389         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4390           File</li>
4391         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4392           triplet as name of colourscheme</li>
4393         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4394         <ul>
4395           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4396           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4397             alignments (experimental)</li>
4398           <li>Create new or select existing session to join</li>
4399           <li>load and save of vamsas documents</li>
4400         </ul> <em>Application command line</em>
4401         <ul>
4402           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4403             from applet)</li>
4404           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4405             of DAS servers to query for alignment features</li>
4406           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4407             that are also automatically queried for features</li>
4408           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4409             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4410         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4411         <ul>
4412           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4413             application (when using &quot;View in full
4414             application&quot;)</li>
4415         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4416         <ul>
4417           <li>feature group display control parameter</li>
4418           <li>debug parameter</li>
4419           <li>showbutton parameter</li>
4420         </ul> <em>Applet API methods</em>
4421         <ul>
4422           <li>newView public method</li>
4423           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4424           <li>Feature display control methods</li>
4425           <li>get list of currently selected sequences</li>
4426         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4427         <ul>
4428           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4429           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4430             Jalview release.</li>
4431           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4432             property controls execution of obfuscator</li>
4433           <li>Build target for generating source distribution</li>
4434           <li>Debug flag for javacc</li>
4435           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4436             jalview.bin.Cache</li>
4437           <li>Continuous Build Integration for stable and
4438             development version of Application, Applet and source
4439             distribution</li>
4440         </ul></td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>selected region output includes visible annotations
4444             (for certain formats)</li>
4445           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4446             for editing</li>
4447           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4448           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4449           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4450           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4451             comments</li>
4452           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4453             filenames containing a ':'</li>
4454           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4455             global sequence features</li>
4456           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4457             references from alignment sequences goes to zero</li>
4458           <li>Close of tree branch colour box without colour
4459             selection causes cascading exceptions</li>
4460           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4461           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4462             file parsing fails.</li>
4463           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4464           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4465             not a valid output format</li>
4466           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4467             vamsas</li>
4468           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4469           <li>error messages passed up and output when data read
4470             fails</li>
4471           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4472             sequence is edited</li>
4473           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4474             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4475           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4476             filetype</li>
4477           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4478             import fixed for PFAM records</li>
4479           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4480             window list</li>
4481           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4482             can be read and written correctly to annotation file</li>
4483           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4484             correctly</li>
4485           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4486             non-italic font for representatives in Applet</li>
4487           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4488             Macs.</li>
4489           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4490             Applet)</li>
4491           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4492             due to null pointer exceptions</li>
4493           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4494             first column of alignment</li>
4495           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4496             July 2008</li>
4497           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4498             file is case-insensitive</li>
4499           <li>Sequence features read from Features file appended to
4500             all sequences with matching IDs</li>
4501           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4502             containing a sub-sequence</li>
4503           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4504           <li>feature and annotation file applet parameters
4505             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4506           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4507           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4508             splash-screen version check to complete</li>
4509           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4510             when passing them to the launchApp service</li>
4511           <li>display name and local features preserved in results
4512             retrieved from web service</li>
4513           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4514             sequence fetcher initialisation</li>
4515           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4516             dasobert DAS client</li>
4517           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4518             association</li>
4519           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4520             sequences
4521           </li>
4522         </ul>
4523       </td>
4524     </tr>
4525     <tr>
4526       <td>
4527         <div align="center">
4528           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4529         </div>
4530       </td>
4531       <td>
4532         <ul>
4533           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4534           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4535           <li>Slide sequences</li>
4536           <li>Edit sequence in place</li>
4537           <li>EMBL CDS features</li>
4538           <li>DAS Feature mapping</li>
4539           <li>Feature ordering</li>
4540           <li>Alignment Properties</li>
4541           <li>Annotation Scores</li>
4542           <li>Sort by scores</li>
4543           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4544         </ul>
4545       </td>
4546       <td>
4547         <ul>
4548           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4549           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4550           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4551           <li>Feature group display state in XML</li>
4552           <li>Feature ordering in XML</li>
4553           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4554           <li>Stockholm alignment properties</li>
4555           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4556           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4557           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4558           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4559         </ul>
4560       </td>
4561
4562     </tr>
4563     <tr>
4564       <td>
4565         <div align="center">
4566           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4567         </div>
4568       </td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>Non standard characters can be read and displayed
4572           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4573             applet via textbox
4574           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4575             name &amp; description
4576           <li>Preference setting to display sequence name in
4577             italics
4578           <li>Annotation file format extended to allow
4579             Sequence_groups to be defined
4580           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4581             specified in preferences
4582           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4583             sequences
4584         </ul>
4585       </td>
4586       <td>
4587         <ul>
4588           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4589             installed
4590           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4591           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4592         </ul>
4593       </td>
4594     </tr>
4595     <tr>
4596       <td>
4597         <div align="center">
4598           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4599         </div>
4600       </td>
4601       <td>
4602         <ul>
4603           <li>Multiple views on alignment
4604           <li>Sequence feature editing
4605           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4606           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4607           <li>Background dependent text colour
4608           <li>Right align sequence ids
4609           <li>User-defined lower case residue colours
4610           <li>Format Menu
4611           <li>Select Menu
4612           <li>Menu item accelerator keys
4613           <li>Control-V pastes to current alignment
4614           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4615           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4616           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4617
4618           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4619         </ul>
4620       </td>
4621       <td>
4622         <ul>
4623           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4624           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4625             calculations
4626           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4627             edits
4628           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4629             of alignment)
4630           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4631
4632           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4633             display correctly
4634           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4635           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4636             analysis results
4637           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4638             &#8739;
4639           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4640           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4641           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4642
4643         </ul>
4644       </td>
4645     </tr>
4646     <tr>
4647       <td>
4648         <div align="center">
4649           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4650         </div>
4651       </td>
4652       <td>
4653         <ul>
4654           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4655         </ul>
4656       </td>
4657       <td>
4658         <ul>
4659           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4660             sequence id panel has been resized</li>
4661           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4662             rendered</li>
4663           <li>Annotation files with sequence references - all
4664             elements in file are relative to sequence position</li>
4665           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4666         </ul>
4667       </td>
4668     </tr>
4669     <tr>
4670       <td>
4671         <div align="center">
4672           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4673         </div>
4674       </td>
4675       <td>
4676         <ul>
4677           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4678           <li>DAS Feature fetching</li>
4679           <li>Hide sequences and columns</li>
4680           <li>Export Annotations and Features</li>
4681           <li>GFF file reading / writing</li>
4682           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4683             files</li>
4684           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4685           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4686           <li>Applet can launch the full application</li>
4687           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4688             required)</li>
4689           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4690           <li>Applet can load sequences from parameter
4691             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4692           </li>
4693         </ul>
4694       </td>
4695       <td>
4696         <ul>
4697           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4698           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4699           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4700         </ul>
4701       </td>
4702     </tr>
4703     <tr>
4704       <td>
4705         <div align="center">
4706           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4707         </div>
4708       </td>
4709       <td>
4710         <ul>
4711           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4712           <li>Choose to match case when searching</li>
4713           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4714             expand the visible width and height of the alignment</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717       <td>
4718         <ul>
4719           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4720         </ul>
4721       </td>
4722     </tr>
4723     <tr>
4724       <td>
4725         <div align="center">
4726           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4727         </div>
4728       </td>
4729       <td>&nbsp;</td>
4730       <td>
4731         <ul>
4732           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4733           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4734             value</li>
4735         </ul>
4736       </td>
4737     </tr>
4738     <tr>
4739       <td>
4740         <div align="center">
4741           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4742         </div>
4743       </td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4747           <li>Keyboard editing</li>
4748           <li>Create sequence features from searches</li>
4749           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4750             alignments</li>
4751           <li>Features file allows grouping of features</li>
4752           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4753           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4754           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4755         </ul>
4756       </td>
4757       <td>
4758         <ul>
4759           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4760           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4761             descriptions saved.</li>
4762         </ul>
4763       </td>
4764     </tr>
4765     <tr>
4766       <td>
4767         <div align="center">
4768           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4769         </div>
4770       </td>
4771       <td>
4772         <ul>
4773           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4774           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4775           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4776             name for file output</li>
4777           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4778           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4779             used for HTML form input</li>
4780         </ul>
4781       </td>
4782       <td>
4783         <ul>
4784           <li>HTML output writes groups and features</li>
4785           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4786           <li>File IO bugs</li>
4787         </ul>
4788       </td>
4789     </tr>
4790     <tr>
4791       <td>
4792         <div align="center">
4793           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4794         </div>
4795       </td>
4796       <td>
4797         <ul>
4798           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4799           <li>More options for PCA viewer</li>
4800         </ul>
4801       </td>
4802       <td>
4803         <ul>
4804           <li>GUI bugs resolved</li>
4805           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4806         </ul>
4807       </td>
4808     </tr>
4809     <tr>
4810       <td height="63">
4811         <div align="center">
4812           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4813         </div>
4814       </td>
4815       <td>
4816         <ul>
4817           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4818           <li>Jar files are executable</li>
4819           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4820         </ul>
4821       </td>
4822       <td>
4823         <ul>
4824           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4825           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4826           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4827         </ul>
4828       </td>
4829     </tr>
4830     <tr>
4831       <td>
4832         <div align="center">
4833           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4834         </div>
4835       </td>
4836       <td>
4837         <ul>
4838           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4839         </ul>
4840       </td>
4841       <td>
4842         <ul>
4843           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846     </tr>
4847     <tr>
4848       <td>
4849         <div align="center">
4850           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4851         </div>
4852       </td>
4853       <td>
4854         <ul>
4855           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4856             size</li>
4857         </ul>
4858       </td>
4859       <td>
4860         <ul>
4861           <li>Improved JPred client reliability</li>
4862           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4863         </ul>
4864       </td>
4865     </tr>
4866     <tr>
4867       <td>
4868         <div align="center">
4869           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4870         </div>
4871       </td>
4872       <td>
4873         <ul>
4874           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4875           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4876           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4877             to Colour Menu</li>
4878           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4879           <li>Unix users can set default web browser</li>
4880           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4881           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884       <td>
4885         <ul>
4886           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4887         </ul>
4888       </td>
4889     </tr>
4890     <tr>
4891       <td>
4892         <div align="center">
4893           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4894         </div>
4895       </td>
4896       <td>&nbsp;</td>
4897       <td>
4898         <ul>
4899           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4900             alignment order.</li>
4901         </ul>
4902       </td>
4903     </tr>
4904     <tr>
4905       <td>
4906         <div align="center">
4907           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4908         </div>
4909       </td>
4910       <td>
4911         <ul>
4912           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4913           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4914           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4915             annotations.</li>
4916           <li>Version and build date written to build properties
4917             file.</li>
4918           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4919             at launch of Jalview.</li>
4920         </ul>
4921       </td>
4922       <td>
4923         <ul>
4924           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4925           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4926           <li>Can remove groups one by one.</li>
4927           <li>Filechooser icons installed.</li>
4928           <li>Finder ignores return character when searching.
4929             Return key will initiate a search.<br>
4930           </li>
4931         </ul>
4932       </td>
4933     </tr>
4934     <tr>
4935       <td>
4936         <div align="center">
4937           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4938         </div>
4939       </td>
4940       <td>
4941         <ul>
4942           <li>New codebase</li>
4943         </ul>
4944       </td>
4945       <td>&nbsp;</td>
4946     </tr>
4947   </table>
4948   <p>&nbsp;</p>
4949 </body>
4950 </html>