help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59       <tr>
  60         <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61             id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
  62             <em></em></strong>
  63         </td>
  64         <td>
  65         </td>
  66         <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  67           <ul>
  68             <li>
  69               <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate certificates.
  70             </li>
  71           </ul>
  72         </td>
  73       </tr>
  74       <tr>
  75       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  76           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
  77           <em>6/01/2022</em></strong></td>
  78
  79       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  80         <ul>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
  83             </li>
  84         </ul></td>
  85       <td>
  86       </td>
  87     </tr>
  88     <tr>
  89       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  90           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
  91           <em>20/12/2021</em></strong></td>
  92
  93       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  94         <ul>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
  97             (was log4j 1.2.x).
  98         </ul> <em>Development</em>
  99         <ul>
 100           <li>Updated building instructions</li>
 101         </ul></td>
 102       <td>
 103         <ul>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 106             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 107             and display)
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 111             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 112             only)
 113           </li>
 114         </ul> <em>Development</em>
 115         <ul>
 116           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 117         </ul>
 118       </td>
 119     </tr>
 120     <tr>
 121       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 122           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 123           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 124       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 125           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 129             launch of the news browser (like -nonews argument)
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 133             download of linkout URLs from
 134             www.jalview.org/services/identifiers
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 138             download of BIOJSHTML templates
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 142             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 143             disabled
 144           </li>
 145         </ul></td>
 146       <td align="left" valign="top">
 147         <ul>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 150             Jmol
 151           </li>
 152         </ul> <em>New Known defects</em>
 153         <ul>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 156             always restored from project (since 2.10.3)
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 160             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 161           </li>
 162         </ul>
 163       </td>
 164     </tr>
 165     <tr>
 166       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 167           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 168           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 169       <td align="left" valign="top">
 170         <ul>
 171
 172         </ul>
 173       </td>
 174       <td align="left" valign="top">
 175         <ul>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 178             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 182             sequences can be classed as nucleotide
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 186             sequences after alignment of protein products (known defect
 187             first reported for 2.11.1.0)
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 191             features outwith CDS shown overlaid on protein
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 195             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 196             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 200             CDS features
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 204             always select corresponding protein sequences
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 208             column selection doesn't always ignore hidden columns
 209           </li>
 210         </ul> <em>Installer</em>
 211         <ul>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 214             Windows prevents install4j launching getdown
 215           </li>
 216         </ul> <em>Development</em>
 217         <ul>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 220             version numbers in doc/building.md
 221           </li>
 222         </ul>
 223       </td>
 224     </tr>
 225     <tr>
 226       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 227           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 228           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 229       <td align="left" valign="top">
 230         <ul>
 231         </ul>
 232       </td>
 233       <td align="left" valign="top">
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 237             "Encountered problems opening
 238             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 239           </li>
 240         </ul>
 241       </td>
 242     </tr>
 243     <tr>
 244       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 245           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 246           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 247       <td align="left" valign="top">
 248         <ul>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 251             residue in cursor mode
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 255             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 259             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 260             improved compatibility with JalviewJS
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 264             alignments from Pfam and Rfam
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 268             import (no longer based on .gz extension)
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 275             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 276             EMBL flat file
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 280             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 281             saving or making backup files.
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 285             <ul>
 286               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 287               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 288             </ul>
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 292             when running on Linux (Requires Java 11+)
 293           </li>
 294         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 295         <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 298             through a system property
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 302             line help for configuring Jalview's memory
 303           </li>
 304         </ul>
 305       </td>
 306       <td align="left" valign="top">
 307         <ul>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 310             but not calculated and no protein or DNA score models are
 311             available for tree/PCA calculation when launched with
 312             Turkish language locale
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 316             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 320             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 324             sequence under the cursor
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 328             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 332             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 333             '%s'" on the console
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 337             when there are both local and complementary features mapped
 338             to the position under the cursor
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 342             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 346             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 350             internationalised text for some messages and log output
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 354             hidden gapped columns
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 358             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 362             specifying output format when exporting an alignment via the
 363             command line
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 367             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 368             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 369             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 370             file again, and if that fails, delete the original file and
 371             save in place.)
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 375             via command line
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 379             program and documentation
 380           </li>
 381         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 382         <ul>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 385             first time for a version that has different jars to the
 386             previous launched version.
 387           </li>
 388         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 389         <ul>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 392             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 393             OutOfMemory error.
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 397             monitor the release channel
 398           </li>
 399         </ul> <em>New Known defects</em>
 400         <ul>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 403             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 404             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 405             genome of RNA viruses)
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 409             are ordered differently when shown on alignment and in
 410             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 414             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 415             works for the top left quadrant of the alignment window
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 419             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 423             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 427             protein products for certain ENA records are repeatedly
 428             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 429           </li>
 430         </ul>
 431       </td>
 432     </tr>
 433     <tr>
 434       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 435           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 436           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 437       <td align="left" valign="top">
 438         <ul>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 441             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 442             for display in alignments, on structure views (including
 443             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 444             export.
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 448             exported and re-imported as GFF3 files
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 452             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 456             validation while parsing
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 460             position if reopened
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 464             of associated view
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 468             enabled by default
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 472             tooltips and menus
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 476             with no feature types visible
 477           </li>
 478           <li>
 479           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 480           </li>
 481         </ul><em>Jalview Installer</em>
 482             <ul>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 485             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 492           </li>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 495               <li>
 496                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 497         </ul> <em>Release processes</em>
 498         <ul>
 499           <li>
 500             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 504           </li>
 505         </ul> <em>Build System</em>
 506         <ul>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 512             report
 513           </li>
 514         </ul>
 515         <em>Groovy Scripts</em>
 516             <ul>
 517           <li>
 518             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 519             to stdout containing the consensus sequence for each
 520             alignment in a Jalview session
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 524             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 525             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 526           </li>
 527         </ul>
 528       </td>
 529       <td align="left" valign="top">
 530         <ul>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 533             'Show hidden markers' option is not ticked
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 537             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 538             jalview preferences or properties file
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 542             'Show Sequence Features' option is not ticked
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 546             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 547             features are visible
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 551             equal when split frame is first opened
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 555             correct after editing a sequence's start position
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 559             with annotation and exceptions thrown when only a few
 560             columns shown in wrapped mode
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 564             wrapped alignment figure with annotations
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 568             ID fails with ClassCastException
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 572             Project
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 576             feature settings dialog also selects columns
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 580             IllegalArgumentException in some circumstances
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 584             opened for a view
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 588             alignment window is closed
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 592             help documentation for 2.11.0 release
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 596             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 597             Uniprot Accession
 598           </li>
 599         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 600         <ul>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 603             PDB/Uniprot search panel
 604           </li>
 605         </ul> <em>Installer</em>
 606         <ul>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 609             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 610           </li>
 611         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 612         <ul>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 615             repository
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 619             memory
 620           </li>
 621         </ul> <em>New Known Issues</em>
 622         <ul>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 625             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 626             command line
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 630             clipped in headless figure export when Right Align option
 631             enabled
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 635             'Source' in console output
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 639             bamboo server but run fine locally.
 640           </li>
 641         </ul>
 642       </td>
 643     </tr>
 644     <tr>
 645       <td width="60" align="center" nowrap>
 646           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 647             <em>04/07/2019</em></strong>
 648       </td>
 649       <td align="left" valign="top">
 650         <ul>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 653             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 654             source project) rather than InstallAnywhere
 655           </li>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 658             settings, receive over the air updates and launch specific
 659             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 660               Rings' GetDown</a>)
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 664             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 668             arguments and switch between different getdown channels
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 672             or alignment files
 673           </li>
 674
 675           <li>
 676             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 677             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 680             'Translate as cDNA'</li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 683           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 684             <ul>
 685                       <li>
 686             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 687             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 688           <li>
 689                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 690                 features can be filtered and shaded according to any
 691                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 692                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 693                 file)
 694               </li>
 695               <li>
 696                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 697                 stored and restored from Jalview Projects
 698               </li>
 699               <li>
 700                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 701                 recognise variant features
 702               </li>
 703               <li>
 704                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 705                 sequences (also coloured red by default)
 706               </li>
 707               <li>
 708                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 709                 details
 710               </li>
 711               <li>
 712                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 713                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 714               </li>
 715               <li>
 716                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 717                 dialog
 718               </li>
 719             </ul>
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 723             tree and PCA calculations
 724           </li>
 725           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 726             <ul>
 727               <li>
 728                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 729                 and Viewer state saved in Jalview Project
 730               </li>
 731               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 732                 drop-down menus</li>
 733               <li>
 734                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 735                 incrementally
 736               </li>
 737               <li>
 738                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 739               </li>
 740             </ul>
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 744           </li>
 745           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 746           <ul>
 747               <li>
 748                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 749                 multiple groups when working with large alignments
 750               </li>
 751               <li>
 752                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 753                 Stockholm files
 754               </li>
 755             </ul>
 756           <li><strong>User Interface</strong>
 757           <ul>
 758               <li>
 759                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 760                 view
 761               </li>
 762               <li>
 763                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 764                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 765                 default (can be changed in user preferences)
 766               </li>
 767               <li>
 768                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 769                 to the Overwrite Dialog
 770               </li>
 771               <li>
 772                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 773                 sequences are hidden
 774               </li>
 775               <li>
 776                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 777                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 778               </li>
 779               <li>
 780                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 781                 labels
 782               </li>
 783               <li>
 784                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 785                 when in wrapped mode
 786               </li>
 787               <li>
 788                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 789                 annotation
 790               </li>
 791               <li>
 792                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 793               </li>
 794               <li>
 795                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 796                 panel
 797               </li>
 798               <li>
 799                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 800                 popup menu
 801               </li>
 802               <li>
 803               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 804               <li>
 805               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 806
 807
 808             </ul></li>
 809             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 810           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 811             <ul>
 812               <li>
 813                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 814                 trapping CMD-Q
 815               </li>
 816             </ul></li>
 817         </ul>
 818         <em>Deprecations</em>
 819         <ul>
 820           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 821             capabilities removed from the Jalview Desktop
 822           </li>
 823           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 824             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 825             and XML based data retrieval clients</li>
 826           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 827           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 828         </ul> <em>Documentation</em>
 829         <ul>
 830           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 831             not supported in EPS figure export
 832           </li>
 833           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 834         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 835         <ul>
 836           <li>
 837           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 838           </li>
 839       <li>
 840       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 841           <li>
 842           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 843             gradle-eclipse
 844           </li>
 845           <li>
 846           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 847             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 848             execution
 849           </li>
 850           <li>
 851           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 852             operations
 853           </li>
 854           <li>
 855           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 856             issues resolved
 857           </li>
 858           <li>
 859           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 860             markdown (with HTML rendering)
 861           </li>
 862           <li>
 863           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 864           </li>
 865           <li>
 866           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 867             versions of Jalview
 868           </li>
 869         </ul>
 870       </td>
 871       <td align="left" valign="top">
 872         <ul>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 878             superposition in Jmol fail on Windows
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 882             structures for sequences with lots of PDB structures
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 886             monospaced font
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 890             project involving multiple views
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 894             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 895             Annotation dialog hides columns
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 899             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 900             one view, then making another selection in the other view
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 904             columns
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 908             Settings and Jalview Preferences panels
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 912             overview with large alignments
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 916             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 917             mouse moved to the left of the first column
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 921             hidden column marker via scale popup menu
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 925             doesn't tell users the invalid URL
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 929             score from view
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 933             show cross references or Fetch Database References are shown in
 934             red in original view
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 938             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 942             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 946             when columns are hidden
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 950             Columns by Annotation description
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 954             out of Scale or Annotation Panel
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 958             scale panel
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 962             alignment down
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 966             scale panel
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 970             Page Up in wrapped mode
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 980             on opening an alignment
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 984             Colour menu
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 988             different groups in the alignment are selected
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 992             correctly in menu
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 996             threshold limit
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1000             threshold gets 'unrounded'
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1004             colour
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1014             Tree font
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1018             project file
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1022             shown in complementary view
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1026             without normalisation
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1030             of report
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1034           </li>
1035           <li>
1036           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1037           </li>
1038         </ul> <em>Editing</em>
1039         <ul>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1042             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1043             sequence
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1047             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1048             removed (Known defect since 2.10)
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1052             dialog corrupts dataset sequence
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1056             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1057           </li>
1058         </ul> <em>Datamodel</em>
1059         <ul>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1062             sequence's End is greater than its length
1063           </li>
1064         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1065           general release)</em>
1066         <ul>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1069           </li>
1070         </ul> <em>New Known Defects</em>
1071         <ul>
1072         <li>
1073         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1074         </li>
1075         <li>
1076           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1077           regions of protein alignment.
1078         </li>
1079         <li>
1080           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1081           is restored from a Jalview 2.11 project
1082         </li>
1083         <li>
1084           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1085           'New View'
1086         </li>
1087         <li>
1088           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1089           columns within hidden columns
1090         </li>
1091         <li>
1092           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1093           window after dragging left to select columns to left of visible
1094           region
1095         </li>
1096         <li>
1097           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1098           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1099           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1100           create a Score filter instead.
1101         </li>
1102         <li>
1103         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1104         <li>
1105         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1106         </li>
1107         <li>
1108           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1109           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1110         </li>
1111         </ul>
1112         <em>Java 11 Specific defects</em>
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1116               alphabetically when saved
1117             </li>
1118         </ul>
1119       </td>
1120     </tr>
1121     <tr>
1122     <td width="60" nowrap>
1123       <div align="center">
1124         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1125       </div>
1126     </td>
1127     <td><div align="left">
1128         <em></em>
1129         <ul>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1132               InstallAnywhere increased to 1G.
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1136               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1137               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1138                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1139                 properties file.</em>
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1143               API and sequence data now imported as JSON.
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1147               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1148               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1149               property.
1150             </li>
1151           </ul>
1152           <em>Development</em>
1153           <ul>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1156               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1157                 Clover</a>
1158             </li>
1159           </ul>
1160         </div></td>
1161     <td><div align="left">
1162         <em></em>
1163         <ul>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1166               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1167               alignment.
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1171               annotation displayed.
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1175               for newly created group when 'Apply to all groups'
1176               selected
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1180               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1181               visible.
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1185               when sequences are selected in exported view.</em>
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1189               aren't rendered with correct colour.
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1193               types of knotted RNA secondary structure.
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1197               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1198               do not start at 1.
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1202               annotation when columns are inserted into an alignment,
1203               and when exporting as Stockholm flatfile.
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1207               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1208               treated as RNA secondary structure.
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1212               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1216               transfers focus to previous window on OSX
1217             </li>
1218           </ul>
1219           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1220           <ul>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1223               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1224               box.
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1228               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1229               'look and feel' which has improved compatibility with the
1230               latest version of OSX.
1231             </li>
1232           </ul>
1233         </div>
1234     </td>
1235     </tr>
1236     <tr>
1237       <td width="60" nowrap>
1238         <div align="center">
1239           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1240             <em>7/06/2018</em></strong>
1241         </div>
1242       </td>
1243       <td><div align="left">
1244           <em></em>
1245           <ul>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1248               annotation retrieved from Uniprot
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1252               onto the Jalview Desktop
1253             </li>
1254           </ul>
1255         </div></td>
1256       <td><div align="left">
1257           <em></em>
1258           <ul>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1261               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1265               right-hand column parsed correctly
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1269               not alignment area in exported graphic
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1273               window has input focus
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1277               annotation added to view (Windows)
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1281               network connectivity is poor
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1285               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1286                 the currently open URL and links from a page viewed in
1287                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1288                 you are using Edge, only links in the page can be
1289                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1290                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1291             </li>
1292           </ul>
1293           <em>New Known Defects</em>
1294           <ul>
1295             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1296           </ul>
1297         </div></td>
1298     </tr>
1299     <tr>
1300       <td width="60" nowrap>
1301         <div align="center">
1302           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1303         </div>
1304       </td>
1305       <td><div align="left">
1306           <em></em>
1307           <ul>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1310               for disabling automatic superposition of multiple
1311               structures and open structures in existing views
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1315               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1316               adjust them.
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1320               Ensembl services
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1324               and lots of hidden columns
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1328               of features (particularly when transparency is disabled)
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1332               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1333               generally available
1334             </li>
1335           </ul>
1336           </div>
1337       </td>
1338       <td><div align="left">
1339           <ul>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1342               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1346               overlapping alignment panel
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1350               sequence as gaps
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1354               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1355               UTR
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1359               factor annotation not added to sequence when local PDB
1360               file associated with it by drag'n'drop or structure
1361               chooser
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1365               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1369               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1373               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1377               columns in annotation row
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1381               honored in batch mode
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1385               for structures added to existing Jmol view
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1389               entries after importing project with multiple views
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1393               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1394               with negative residue numbers or missing residues fails
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1398               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1399               as generated by CONSURF)
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1403               tooltip doesn't include a text description of mutation
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1407               structure and/or overview windows are also shown
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1411               very slow for alignments with large numbers of sequences
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1415               with 'StringIndexOutOfBounds'
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1419               platforms running Java 10
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1423               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1424             </li>
1425           </ul>
1426           <em>Applet</em>
1427           <ul>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1430               should copy the group consensus when popup is opened on it
1431             </li>
1432           </ul>
1433           <em>Batch Mode</em>
1434           <ul>
1435           <li>
1436             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1437           </li>
1438           </ul>
1439           <em>New Known Defects</em>
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1443               editing a large alignment and overview is displayed
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1447               repeatedly after a series of edits even when the overview
1448               is no longer reflecting updates
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1452               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1453               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1454               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1458               option gives blank output
1459             </li>
1460           </ul>
1461         </div>
1462           </td>
1463     </tr>
1464     <tr>
1465       <td width="60" nowrap>
1466         <div align="center">
1467           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1468         </div>
1469       </td>
1470       <td><div align="left">
1471           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1472               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1473       <td><div align="left">
1474           <em>Desktop</em><ul>
1475           <ul>
1476             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1477             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1478             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1479             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1480             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1481             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1482             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1483           </ul>
1484           </div>
1485       </td>
1486     </tr>
1487     <tr>
1488       <td width="60" nowrap>
1489         <div align="center">
1490           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1491         </div>
1492       </td>
1493       <td><div align="left">
1494           <em></em>
1495           <ul>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1498               rendering of sequence features
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1502               429 rate limit request hander
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1506               their colours have changed
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1510               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1514               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1518               view from Ensembl locus cross-references
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1522               Alignment report
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1526               feature can be disabled
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1530               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1534               Uniprot
1535             </li>
1536           </ul>
1537           <em>Scripting</em>
1538           <ul>
1539             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1540             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1541               percent identity scores for current alignment.</li>
1542           </ul>
1543           <em>Testing and Deployment</em>
1544           <ul>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1547             </li>
1548           </ul>
1549         </div></td>
1550       <td><div align="left">
1551           <em>General</em>
1552           <ul>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1555               threshold text field doesn't trigger an update to the
1556               alignment view
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1560               strings in parallel
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1564               alignment window is closed
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1568               group visibility
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1572               takes a long time in Cursor mode
1573             </li>
1574           </ul>
1575           <em>Desktop</em>
1576           <ul>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1579               cannot be viewed in Chimera
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1583               CDS/Protein view
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1587               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1588               Search Dialogs
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1598               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1602               scrolling right in unwapped alignment view
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1606               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1607               database
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1611               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1615               features of same type and group to be selected for
1616               amending
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1620               alignments when hidden columns are present
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1624               displaying several structures
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1628               moving a window
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1632               within the Jalview desktop on OSX
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1636               when in wrapped alignment mode
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1640               hand end of alignment
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1644               each selected sequence do not have correct start/end
1645               positions
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1649               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1653               restoring project until a new view is created
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1657               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1658               configured (since 2.10.2b2)
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1662               position is adjusted
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1666               in a multi-chain structure when viewing alignment
1667               involving more than one chain (since 2.10)
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1671               if new selection moves alignment window
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1675               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1679               that produces correctly annotated transcripts and products
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1683               doesn't update associated structure view
1684             </li>
1685           </ul>
1686           <em>Applet</em><br />
1687           <ul>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1690               closing alignment panel
1691             </li>
1692           </ul>
1693           <em>BioJSON</em><br />
1694           <ul>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1697               non-positional features
1698             </li>
1699           </ul>
1700           <em>New Known Issues</em>
1701           <ul>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1704               sequence features correctly (for many previous versions of
1705               Jalview)
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1709               using cursor in wrapped panel other than top
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1713               graduated colour threshold
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1717               always preserve numbering and sequence features
1718             </li>
1719           </ul>
1720           <em>Known Java 9 Issues</em>
1721           <ul>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1724               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1725               9.01, OSX 10.10)
1726             </li>
1727           </ul>
1728         </div></td>
1729     </tr>
1730     <tr>
1731       <td width="60" nowrap>
1732         <div align="center">
1733           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1734             <em>2/10/2017</em></strong>
1735         </div>
1736       </td>
1737       <td><div align="left">
1738           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1739           <ul>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1742             </li>
1743             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1744             </li>
1745           </ul>
1746         </div></td>
1747       <td><div align="left">
1748         </div></td>
1749     </tr>
1750     <tr>
1751       <td width="60" nowrap>
1752         <div align="center">
1753           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1754             <em>7/9/2017</em></strong>
1755         </div>
1756       </td>
1757       <td><div align="left">
1758           <em></em>
1759           <ul>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1762               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1763               white)
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1767               Preferences
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1771               in size and progress bar shown as higher resolution
1772               overview is recalculated
1773             </li>
1774
1775           </ul>
1776         </div></td>
1777       <td><div align="left">
1778           <em></em>
1779           <ul>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1782               column region row by row
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1786               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1790               format setting is unticked
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1794               if group has show boxes format setting unticked
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1798               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1799               include sequences and columns not currently displayed
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1803               assemblies are imported via CIF file
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1807               displayed when threshold or conservation colouring is also
1808               enabled.
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1812               server version
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1816               dragging a selected region off the visible region of the
1817               alignment
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1821               colourscheme to all groups in a view
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1825               initially after font size change using the Font chooser or
1826               middle-mouse zoom
1827             </li>
1828           </ul>
1829         </div></td>
1830     </tr>
1831     <tr>
1832       <td width="60" nowrap>
1833         <div align="center">
1834           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1835         </div>
1836       </td>
1837       <td><div align="left">
1838           <em>Calculations</em>
1839           <ul>
1840
1841             <li>
1842               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1843               ungapped positions in each column of the alignment.
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1847               a calculation dialog box
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1851               and memory efficiency (~30x faster)
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1855               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1856               and other calculations
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1860               files within the Jalview codebase
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1864               Similarity may have different topology due to increased
1865               precision
1866             </li>
1867           </ul>
1868           <em>Rendering</em>
1869           <ul>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1872               model for alignments and groups
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1876               scripts
1877             </li>
1878           </ul>
1879           <em>Overview</em>
1880           <ul>
1881             <li>
1882               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1883               with alignment and overview windows
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1887               overview
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1891               omitted in Overview
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1895               adjustment of visible position
1896             </li>
1897           </ul>
1898
1899           <em>Data import/export</em>
1900           <ul>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1903               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1907               annotation input/output via stockholm flatfile
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1911               extension when importing structure files without embedded
1912               names or PDB accessions
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1916               format sequence substitution matrices
1917             </li>
1918           </ul>
1919           <em>User Interface</em>
1920           <ul>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1923               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1924               the application.
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1928               via Overview or sequence motif search operations
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1932               opened by double clicking gaps within sequence feature
1933               extent
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1937               aligned positions were available to create a 3D structure
1938               superposition.
1939             </li>
1940           </ul>
1941           <em>3D Structure</em>
1942           <ul>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1945               coloured in linked structure views
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1949               file-based command exchange
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1953               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1954               structures are already available for sequences
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1958               the Jalview project rather than downloaded again when the
1959               project is reopened.
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1963               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1964               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1965                 Feature</strong>)
1966             </li>
1967           </ul>
1968           <em>Web Services</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1975               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1976               Analysis services
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1980               cross-references provided by identifiers.org and the
1981               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1982             </li>
1983           </ul>
1984
1985           <em>Scripting</em>
1986           <ul>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1989               identifying file formats (instead of String constants)
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1993               efficiency when counting all displayed features (not
1994               backwards compatible with 2.10.1)
1995             </li>
1996           </ul>
1997           <em>Example files</em>
1998           <ul>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2001               included in the example feature file
2002             </li>
2003           </ul>
2004           <em>Documentation</em>
2005           <ul>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2008               with the built-in Java help viewer
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2012               sequence description' option
2013             </li>
2014           </ul>
2015           <em>Test Suite</em>
2016           <ul>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2019               Uniprot REST Free Text Search Client
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2026               during tests
2027             </li>
2028           </ul>
2029         </div></td>
2030       <td><div align="left">
2031           <em>Calculations</em>
2032           <ul>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2035               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2036               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2037             </li>
2038             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2039               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2040               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2041               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2042               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2043               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2044               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2045               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2046               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2047               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2048               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2049               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2050               // for 2.10.1 mode <br />
2051               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2052               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2053                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2054                 calculations (not recommended)</em></li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2057               scaling of branch lengths for trees computed using
2058               Sequence Feature Similarity.
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2062               generating output report when working with highly
2063               redundant alignments
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2067               right of selected region when gaps present on right-hand
2068               boundary
2069             </li>
2070           </ul>
2071           <em>User Interface</em>
2072           <ul>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2075               doesn't reselect a specific sequence's associated
2076               annotation after it was used for colouring a view
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2080               opened on a region of alignment without groups
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2084               of an alignment with overlapping groups
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2088               name and description match
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2092               hidden regions results in incorrect hidden regions
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2096               changing colour does not apply Conservation slider value
2097               to all groups
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2101               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2105               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2109               gaps before start of features
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2113               restored to UI when feature colour is edited
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2117               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2121               as graduate feature colour settings are modified via the
2122               dialog box
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2126               when a group defined on the alignment is resized
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2130               wrapped view result in positional status updates
2131             </li>
2132
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2135               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2139               alignment included gapped columns
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2143               widgets don't permanently disappear
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2147               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2148               T-Coffee column reliability scores)
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2152               sequence feature on gaps only
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2156               button from a Find inherit previously defined feature type
2157               rather than the Find query string
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2161               exporting tree calculated in Jalview
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2165               and then revealing them reorders sequences on the
2166               alignment
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2170               doesn't update to reflect available set of groups after
2171               interactively adding or modifying features
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2175               Linux
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2179               only excluded gaps in current sequence and ignored
2180               selection.
2181             </li>
2182           </ul>
2183           <em>Rendering</em>
2184           <ul>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2187               erratically when hidden rows or columns are present
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2191               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2192               sequence colouring
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2196               colour and group colour menu for protein alignments
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2200               reflect currently selected view or group's shading
2201               thresholds
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2205               when rendered on overview and structures when opacity at
2206               100%
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2210               overview when features overlaid on alignment
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2214               recovered correctly from Jalview project file
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2218               (automatically via preferences) are different to the main
2219               alignment panel
2220             </li>
2221           </ul>
2222           <em>Data import/export</em>
2223           <ul>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2226               load
2227             </li>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2230               added after a sequence was imported are not written to
2231               Stockholm File
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2235               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2239               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2243               with lightGray or darkGray via features file (but can
2244               specify lightgray)
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2248               when alignment view imported from project
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2252               structure and sequences extracted from structure files
2253               imported via URL and viewed in Jmol
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2257               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2258               the project is loaded and the structure viewed
2259             </li>
2260           </ul>
2261           <em>Web Services</em>
2262           <ul>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2265               release of Ensembl v.88
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2269               appear enabled in Preferences->Connections
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2273               removed from console output
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2277               Ensembl by Peptide ID
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2281               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2282               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2283               due to 'null' string rather than empty string used for
2284               residues with no corresponding PDB mapping).
2285             </li>
2286           </ul>
2287           <em>Application UI</em>
2288           <ul>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2291               menu
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2295               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2296               new documentation and tooltips added)
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2300               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2304               new features are added to alignment
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2308               changes to feature colours via the Amend features dialog
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2312               edit graduated feature colour via amend features dialog
2313               box
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2317               selection menu changes colours of alignment views
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2321               from alignment calculation workers after alignment has
2322               been closed
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2326               groups now 'Create Group'
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2330               Create/Undefine group doesn't always work
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2334               shown again after pressing 'Cancel'
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2338               adjusts start position in wrap mode
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2342               ambiguous amino acids
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2346               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2347               proteins
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2351               Defined' don't appear in Colours menu
2352             </li>
2353           </ul>
2354           <em>Applet</em>
2355           <ul>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2358               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2362               overview or linked structure view
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2366               work (since 2.8)
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2370               user-defined colourscheme doesn't restore original
2371               colourscheme
2372             </li>
2373           </ul>
2374           <em>Test Suite</em>
2375           <ul>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2378               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2382               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2383               problems with deep array comparison equality asserts in
2384               successive versions of TestNG
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2388               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2389             </li>
2390           </ul>
2391           <em>New Known Issues</em>
2392           <ul>
2393             <li>
2394               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2395               phase after a sequence motif find operation
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2399               containing just upper and lower case letters are
2400               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2404               reliably from eggnog Ortholog database
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2408               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2409               to mark columns containing highlighted regions.
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2413               doesn't always add secondary structure annotation.
2414             </li>
2415           </ul>
2416         </div>
2417     <tr>
2418       <td width="60" nowrap>
2419         <div align="center">
2420           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2421         </div>
2422       </td>
2423       <td><div align="left">
2424           <em>General</em>
2425           <ul>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2428               for all consensus calculations
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2432               3rd Oct 2016)
2433             </li>
2434             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2435               for 2016-2017</li>
2436           </ul>
2437           <em>Application</em>
2438           <ul>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2441               set of database cross-references, sorted alphabetically
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2445               from database cross references. Users with custom links
2446               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2447                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2451               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2452               Chimera session
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2456               the Chimera it is connected to is shut down
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2460               columns menu item to mark columns containing highlighted
2461               regions (e.g. from structure selections or results of a
2462               Find operation)
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2466               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2467               MSAviewer
2468             </li>
2469           </ul>
2470         </div></td>
2471       <td>
2472         <div align="left">
2473           <em>General</em>
2474           <ul>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2477               are not coloured or thresholded according to percent
2478               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2482               hydrophobic
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2486               threshold, amino acid properties)
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2490               reported as mapped to residues in a structure file in the
2491               View Mapping report
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2495               could be added multiple times to a sequence
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2499               bond features shown as two highlighted residues rather
2500               than a range in linked structure views, and treated
2501               correctly when selecting and computing trees from features
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2505               cross-references are matched to database name regardless
2506               of case
2507             </li>
2508
2509           </ul>
2510           <em>Application</em>
2511           <ul>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2514               names without regular expressions also offer links from
2515               Sequence ID
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2519               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2520               update Jalview configuration
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2524               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2528               files with similarly named sequences if dropped onto the
2529               alignment
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2533               entries where more chains exist in the PDB accession than
2534               are reported in the SIFTS file
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2538               the structure view when displayed with Chimera
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2542               panel's View->Show Chains submenu
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2546               work for wrapped alignment views
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2550               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2554               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2555               first annotation row
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2559               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2563               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2564             </li>
2565             <!-- JAL-2319 -->
2566             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2567             coordindate data
2568             </li>
2569           </ul>
2570           <!--           <em>New Known Issues</em>
2571           <ul>
2572             <li></li>
2573           </ul> -->
2574         </div>
2575       </td>
2576     </tr>
2577     <td width="60" nowrap>
2578       <div align="center">
2579         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2580           <em>25/10/2016</em></strong>
2581       </div>
2582     </td>
2583     <td><em>Application</em>
2584       <ul>
2585         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2586           view if structures already loaded</li>
2587         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2588           structure views</li>
2589       </ul></td>
2590     <td>
2591       <div align="left">
2592         <em>General</em>
2593         <ul>
2594           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2595             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2596           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2597             example sequences/projects/trees</li>
2598         </ul>
2599         <em>Application</em>
2600         <ul>
2601           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2602             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2603           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2604             without timeout for structures with multiple models or
2605             multiple sequences in alignment</li>
2606           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2607             PDB ID HEADER line</li>
2608           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2609             is performed</li>
2610           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2611             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2612           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2613           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2614             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2615             option</li>
2616           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2617             is created on the alignment</li>
2618           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2619             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2620             pop-up menu</li>
2621         </ul>
2622         <em>Build and deployment</em>
2623         <ul>
2624           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2625             tags</li>
2626         </ul>
2627         <em>New Known Issues</em>
2628         <ul>
2629           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2630             on Windows</li>
2631         </ul>
2632       </div>
2633     </td>
2634     </tr>
2635     <tr>
2636       <td width="60" nowrap>
2637         <div align="center">
2638           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2639         </div>
2640       </td>
2641       <td><em>General</em>
2642         <ul>
2643           <li>
2644             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2645           </li>
2646           <li>
2647             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2648             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2649             better PDB parsing.
2650           </li>
2651           <li>
2652             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2653             reference sequence
2654           </li>
2655           <li>
2656             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2657             mousing over sequence associated annotation
2658           </li>
2659           <li>
2660             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2661             for manual entry
2662           </li>
2663           <li>
2664             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2665             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2666             for each column
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2670             showing or hiding columns containing a feature
2671           </li>
2672           <li>
2673             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2674             group and sequence associated annotation labels
2675           </li>
2676           <li>
2677             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2678             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2679             dialogs
2680           </li>
2681
2682         </ul> <em>Application</em>
2683         <ul>
2684           <li>
2685             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2686             gene/transcript view
2687           </li>
2688           <li>
2689             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2690             dialog
2691           </li>
2692           <li>
2693             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2694             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2695           </li>
2696           <li>
2697             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2698             Pfam sources to xfam.org
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2702           </li>
2703           <li>
2704             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2705             over sequences in Jalview
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2709             regions in ENA and EMBL
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2713             for record retrieval via ENA rest API
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2717             complement operator
2718           </li>
2719           <li>
2720             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2721             groovy script execution
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2725             alignment window's Calculate menu
2726           </li>
2727           <li>
2728             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2729             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2730           </li>
2731           <li>
2732             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2733             calculation workers from groovy scripts
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2737             Jalview projects
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2741             associations are now saved/restored from project
2742           </li>
2743           <li>
2744             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2745             before sequence fetcher is opened
2746           </li>
2747           <li>
2748             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2749             database chooser opens a sequence fetcher
2750           </li>
2751           <li>
2752             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2753             the UniProt REST API
2754           </li>
2755           <li>
2756             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2757             the news reader opening
2758           </li>
2759           <li>
2760             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2761             querying stored in preferences
2762           </li>
2763           <li>
2764             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2765             search results
2766           </li>
2767           <li>
2768             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2769           </li>
2770           <li>
2771             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2772             menu for nucleotide sequences
2773           </li>
2774           <li>
2775             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2776             and feature counts preserves alignment ordering (and
2777             debugged for complex feature sets).
2778           </li>
2779           <li>
2780             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2781             viewing structures with Jalview 2.10
2782           </li>
2783           <li>
2784             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2785             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2786             Ensembl Genomes REST API
2787           </li>
2788           <li>
2789             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2790             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2791             (Ensembl)
2792           </li>
2793           <li>
2794             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2795             sequences
2796           </li>
2797           <li>
2798             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2799             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2800             data from external database records.
2801           </li>
2802           <li>
2803             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2804             efficient recovery of sequence coding and alignment
2805             annotation relationships.
2806           </li>
2807         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2808         <ul>
2809           <li>
2810             -- JAL---
2811           </li>
2812         </ul> --></td>
2813       <td>
2814         <div align="left">
2815           <em>General</em>
2816           <ul>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2819               menu on OSX
2820             </li>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2823               includes graduated colourschemes
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2827               working with big alignments and lots of hidden columns
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2831               at right of alignment window
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2835               contents
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2839               for DNA alignments
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2843               based tree calculation
2844             </li>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2847               unconserved enabled for group on alignment
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2851               set as reference
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2855               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2856               annotation
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2860               hidden columns present
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2864               user created annotation added to alignment
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2868               '()' base pair annotation
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2872               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2873               Consensus
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2877               feature not working
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2881               beginning of sequence
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2885               entry 3a6s
2886             </li>
2887             <li>
2888               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2889               from a tree when t-coffee scores are shown
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2893               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2897               some structures
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2901               to Clustal, PIR and PileUp output
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2905               not visible causes alignment window to repaint
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2909               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2910               scores associated with features and annotation rows
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2914               calculation should be case independent
2915             </li>
2916             <li>
2917               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2918               columns
2919             </li>
2920             <li>
2921               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2922               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2923               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2924             </li>
2925             <li>
2926               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2927               problems when reference sequence defined and 'show
2928               non-conserved' enabled
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2932               load even when Consensus calculation is disabled
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2936               alignment does nothing
2937             </li>
2938           </ul>
2939           <em>Application</em>
2940           <ul>
2941             <li>
2942               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2943               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2944               yet fixed for El Capitan)
2945             </li>
2946             <li>
2947               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2948               output when running on non-gb/us i18n platforms
2949             </li>
2950             <li>
2951               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2952               hidden sequences as flat-file alignment
2953             </li>
2954             <li>
2955               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2956               launching Chimera
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2960               (also hotfix for 2.9.0b2)
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2964               reference sequence defined
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2968               alignments and views when revealing hidden columns
2969             </li>
2970             <li>
2971               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2972               view in a cDNA/Protein splitframe
2973             </li>
2974             <li>
2975               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2976               sequence from project when only one sequence is
2977               represented
2978             </li>
2979             <li>
2980               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2981               in Structure Chooser
2982             </li>
2983             <li>
2984               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2985               structure consensus didn't refresh annotation panel
2986             </li>
2987             <li>
2988               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2989               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2993               dialogs format columns correctly, don't display array
2994               data, sort columns according to type
2995             </li>
2996             <li>
2997               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2998               file chooser is cancelled during an image export
2999             </li>
3000             <li>
3001               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3002               sequence name containing special characters
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3006               case insensitive
3007             </li>
3008             <li>
3009               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3010               formatting don't wrap
3011             </li>
3012             <li>
3013               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3014               truncated so L looks like I in consensus annotation
3015             </li>
3016             <li>
3017               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3018               currently displayed features for the current selection or
3019               view
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3023               after fetching cross-references, and restoring from
3024               project
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3028               followed in the structure viewer
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3032               splitframe not restored from project
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3036               trailing end of protein alignment in transcript/product
3037               splitview when pad-gaps not enabled by default
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3041               is case dependent
3042             </li>
3043             <li>
3044               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3045               article has been read (reopened issue due to
3046               internationalisation problems)
3047             </li>
3048             <li>
3049               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3050               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3051               cross-references
3052             </li>
3053
3054             <li>
3055               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3056               alignment as HTML
3057             </li>
3058             <li>
3059               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3060               multiple structures are shown for one or more sequences.
3061             </li>
3062             <li>
3063               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3064               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3065               is enabled.
3066             </li>
3067             <li>
3068               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3069               specific PDB id for sequence
3070             </li>
3071             <li>
3072               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3073               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3074               columns' is disabled.
3075             </li>
3076             <li>
3077               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3078               selects lowest rather than highest resolution structures
3079               for each sequence
3080             </li>
3081             <li>
3082               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3083               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3084             </li>
3085             <li>
3086               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3087               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3088             </li>
3089             <li>
3090               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3091               after clicking on it to create new annotation for a
3092               column.
3093             </li>
3094             <li>
3095               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3096               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3097             </li>
3098             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3099             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3100           </ul>
3101           <em>Applet</em>
3102           <ul>
3103             <li>
3104               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3105               hidden columns present before start of sequence
3106             </li>
3107             <li>
3108               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3109               (JSON jars)
3110             </li>
3111             <li>
3112               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3113               sequences are hidden in applet
3114             </li>
3115             <li>
3116               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3117               deployment on examples pages.
3118             </li>
3119           </ul>
3120         </div>
3121       </td>
3122     </tr>
3123     <tr>
3124       <td width="60" nowrap>
3125         <div align="center">
3126           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3127             <em>16/10/2015</em></strong>
3128         </div>
3129       </td>
3130       <td><em>General</em>
3131         <ul>
3132           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3133             jars</li>
3134         </ul></td>
3135       <td>
3136         <div align="left">
3137           <em>Application</em>
3138           <ul>
3139             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3140               shown when tree is partitioned</li>
3141             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3142               multiple cDNA/Protein split views</li>
3143           </ul>
3144         </div>
3145       </td>
3146     </tr>
3147     <tr>
3148       <td width="60" nowrap>
3149         <div align="center">
3150           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3151             <em>8/10/2015</em></strong>
3152         </div>
3153       </td>
3154       <td><em>General</em>
3155         <ul>
3156           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3157             2.9</li>
3158         </ul> <em>Application</em>
3159         <ul>
3160           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3161           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3162           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3163         </ul> <em>Applet</em>
3164         <ul>
3165           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3166         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3167         <ul>
3168           <li>
3169             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3170             suite
3171           </li>
3172         </ul></td>
3173       <td>
3174         <div align="left">
3175           <em>General</em>
3176           <ul>
3177             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3178               incorrect when sequence start > 1</li>
3179             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3180               documentation</li>
3181             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3182             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3183               loading a features file containing HTML tags in feature
3184               description</li>
3185
3186           </ul>
3187           <em>Application</em>
3188           <ul>
3189             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3190               reimport</li>
3191             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3192               with 'trim retrieved sequences'</li>
3193             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3194               deleting selected columns</li>
3195             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3196               JNLP templates for webstart launch</li>
3197             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3198               unreleased structures for download or viewing</li>
3199             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3200               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3201             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3202               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3203             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3204               recovered from jalview project</li>
3205             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3206               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3207               alignment view</li>
3208             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3209               color schemes from BioJSON</li>
3210           </ul>
3211           <em>Applet</em>
3212           <ul>
3213             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3214               frame</li>
3215             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3216           </ul>
3217         </div>
3218       </td>
3219     </tr>
3220     <tr>
3221       <td><div align="center">
3222           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3223         </div></td>
3224       <td><em>General</em>
3225         <ul>
3226           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3227             alignments:
3228             <ul>
3229               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3230                 and DNA alignment views</li>
3231               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3232                 cDNA alignment views</li>
3233               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3234                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3235               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3236                 protein sequences</li>
3237             </ul>
3238           </li>
3239           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3240           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3241             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3242           <li>New alignment annotation file statements for
3243             reference sequences and marking hidden columns</li>
3244           <li>Reference sequence based alignment shading to
3245             highlight variation</li>
3246           <li>Select or hide columns according to alignment
3247             annotation</li>
3248           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3249           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3250             acid conservation row</li>
3251           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3252         </ul> <em>Application</em>
3253         <ul>
3254           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3255             <ul>
3256               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3257                 view with cDNA/Protein</li>
3258               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3259                 sequences are placed in the same alignment</li>
3260               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3261                 projects</li>
3262             </ul>
3263           </li>
3264
3265           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3266           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3267             Jalview windows</li>
3268
3269           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3270           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3271           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3272             be shown in VARNA</li>
3273
3274           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3275             as the active selected region</li>
3276
3277           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3278             similarity</li>
3279           <li>New Export options
3280             <ul>
3281               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3282                 region export in flat file generation</li>
3283
3284               <li>Export alignment views for display with the <a
3285                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3286
3287               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3288               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3289                 alignment figures to HTML</li>
3290           </li>
3291           <li>3D structure retrieval and display
3292             <ul>
3293               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3294                 Search API</li>
3295               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3296                 PDB structures for a sequence set</li>
3297             </ul>
3298           </li>
3299
3300           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3301             predictions</li>
3302           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3303             for one or a group of sequences</li>
3304           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3305             from the JPred4 web server</li>
3306           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3307             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3308             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3309           </li>
3310           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3311             VARNA 2D Structure'</li>
3312           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3313             Structure ..."</li>
3314
3315         </ul> <em>Applet</em>
3316         <ul>
3317           <li>New layout for applet example pages</li>
3318           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3319             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3320           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3321             Protein alignments</li>
3322         </ul> <em>Development and deployment</em>
3323         <ul>
3324           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3325           <li>Include installation type and git revision in build
3326             properties and console log output</li>
3327           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3328             storing BioJsMSA Templates</li>
3329           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3330         </ul></td>
3331       <td>
3332         <!-- <em>General</em>
3333         <ul>
3334         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3335         <ul>
3336           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3337           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3338           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3339             predictions are not highlighted in amber</li>
3340           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3341             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3342           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3343             associated structure views</li>
3344           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3345             width checkbox not enabled</li>
3346           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3347             creating user defined colours</li>
3348           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3349             mappings for just that viewer's sequences</li>
3350           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3351             multiple models in Chimera</li>
3352           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3353             over Jmol structure</li>
3354           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3355             output to text box</li>
3356           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3357             have incorrect sequence start/end</li>
3358           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3359             Jalview fails</li>
3360           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3361             work for nucleotide</li>
3362           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3363             to a grey/invisible alignment window</li>
3364           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3365             imports to different position</li>
3366           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3367             on some platforms</li>
3368           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3369             populated</li>
3370           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3371             console if Chimera has been opened</li>
3372           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3373           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3374             retrieved</li>
3375           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3376           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3377             either sequence shows on first structure</li>
3378           <li>'Show annotations' options should not make
3379             non-positional annotations visible</li>
3380           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3381             in right place after 'view flanking regions'</li>
3382           <li>File Save As type unset when current file format is
3383             unknown</li>
3384           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3385             projects</li>
3386           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3387             responsive</li>
3388           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3389             several views on same alignment</li>
3390           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3391           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3392             spaces</li>
3393         </ul> <em>Applet</em>
3394         <ul>
3395           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3396           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3397             descriptions containing angle brackets</li>
3398         </ul> <em>General</em>
3399         <ul>
3400           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3401             via jalview annotation file</li>
3402           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3403             with RNA secondary structure</li>
3404           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3405             translation doesn't work.</li>
3406           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3407           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3408             positions</li>
3409           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3410             choosing 1pt font</li>
3411           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3412             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3413             'h'</li>
3414           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3415             new feature</li>
3416           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3417             order dependent</li>
3418           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3419             sequences</li>
3420           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3421         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3422         <ul>
3423           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3424             www.jalview.org</li>
3425         </ul> <em>Application Known issues</em>
3426         <ul>
3427           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3428           <li>Misleading message appears after trying to delete
3429             solid column.</li>
3430           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3431             version launches</li>
3432           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3433             fails with a sequence mismatch</li>
3434           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3435             scrolling alignment to right</li>
3436           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3437             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3438           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3439             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3440           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3441             ultra-high resolution</li>
3442           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3443             quality and conservation</li>
3444           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3445             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3446         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3447         <ul>
3448           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3449           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3450             window is being resized</li>
3451
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td><div align="center">
3457           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3458         </div></td>
3459       <td><em>General</em>
3460         <ul>
3461           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3462             Certum.PL.</li>
3463           <li>Features and annotation preserved when performing
3464             pairwise alignment</li>
3465           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3466             imported/exported/displayed</li>
3467           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3468             protein secondary structure</li>
3469           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3470               post-hoc with 2.9 release</em>)
3471           </li>
3472
3473         </ul> <em>Application</em>
3474         <ul>
3475           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3476             with 3D structures</li>
3477           <li>Support for parsing RNAML</li>
3478           <li>Annotations menu for layout
3479             <ul>
3480               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3481               <li>place sequence annotation above/below alignment
3482                 annotation</li>
3483             </ul>
3484           <li>Output in Stockholm format</li>
3485           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3486             translation</li>
3487           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3488           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3489             shared between alignments</li>
3490           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3491             Jalview</li>
3492           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3493             all or current selection</li>
3494           <li>disorder and secondary structure predictions
3495             available as dataset annotation</li>
3496           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3497
3498
3499           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3500             alignments from Rfam</li>
3501           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3502
3503           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3504             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3505           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3506           <li>include installation type in build properties and
3507             console log output</li>
3508           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3509             annotation</li>
3510         </ul></td>
3511       <td>
3512         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3513         <ul>
3514           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3515             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3516           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3517             alignment</li>
3518           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3519           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3520           <li>Double click on sequence associated annotation
3521             selects only first column</li>
3522           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3523             leaves shown in tree</li>
3524           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3525             properly</li>
3526           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3527           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3528             screen and buttons not visible</li>
3529           <li>author list isn't updated if already written to
3530             Jalview properties</li>
3531           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3532             from database</li>
3533           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3534           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3535             browser search window</li>
3536           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3537             in feature settings dialog</li>
3538           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3539             desktop</li>
3540           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3541             pass validation</li>
3542           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3543             fit on screen</li>
3544           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3545             tooltip</li>
3546           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3547             defined user preset</li>
3548           <li>MSA web services warns user if they were launched
3549             with invalid input</li>
3550           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3551             Java 8</li>
3552           <li>
3553             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3554             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3555             created
3556           </li>
3557
3558         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3559         <ul>
3560         </ul> <em>General</em>
3561         <ul>
3562         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3563         <ul>
3564           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3565             memory allocation</li>
3566           <li>launchApp service doesn't automatically open
3567             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3568           <li>
3569             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3570             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3571             1.7_055 is available
3572           </li>
3573         </ul> <em>Application Known issues</em>
3574         <ul>
3575           <li>
3576             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3577             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3578             alignment to right
3579           </li>
3580           <li>
3581             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3582             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3583             with large number of ID
3584           </li>
3585           <li>
3586             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3587             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3588             start/end
3589           </li>
3590           <li>
3591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3592             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3593             structure tracks are rearranged
3594           </li>
3595           <li>
3596             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3597             invalid rna structure positional highlighting does not
3598             highlight position of invalid base pairs
3599           </li>
3600           <li>
3601             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3602             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3603             project from alignment window file menu
3604           </li>
3605           <li>
3606             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3607             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3608             structures
3609           </li>
3610           <li>
3611             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3612             colour by RNA Helices not enabled when user created
3613             annotation added to alignment
3614           </li>
3615           <li>
3616             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3617             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3618           </li>
3619         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3620         <ul>
3621           <li>
3622             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3623             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3624           </li>
3625           <li>
3626             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3627             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3628           </li>
3629
3630           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3631             when selected</li>
3632         </ul>
3633       </td>
3634     </tr>
3635     <tr>
3636       <td><div align="center">
3637           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3638         </div></td>
3639       <td>
3640         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3641         <em>General</em>
3642         <ul>
3643           <li>Internationalisation of user interface (usually
3644             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3645           <li>Define/Undefine group on current selection with
3646             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3647           <li>Improved group creation/removal options in
3648             alignment/sequence Popup menu</li>
3649           <li>Sensible precision for symbol distribution
3650             percentages shown in logo tooltip.</li>
3651           <li>Annotation panel height set according to amount of
3652             annotation when alignment first opened</li>
3653         </ul> <em>Application</em>
3654         <ul>
3655           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3656             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3657           <li>Select columns containing particular features from
3658             Feature Settings dialog</li>
3659           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3660             sequences</li>
3661           <li>Update Jalview project format:
3662             <ul>
3663               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3664               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3665                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3666               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3667                 colouring</li>
3668             </ul>
3669           </li>
3670           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3671             (PAM250)</li>
3672           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3673             flanking regions for an alignment</li>
3674         </ul>
3675       </td>
3676       <td>
3677         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3678         <ul>
3679           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3680             running after job is cancelled</li>
3681           <li>cannot export features from alignments imported from
3682             Jalview/VAMSAS projects</li>
3683           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3684             float values</li>
3685           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3686             have 'display all symbols' flag set</li>
3687           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3688             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3689           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3690             Jalview</li>
3691           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3692             Lion/Webstart</li>
3693           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3694           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3695           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3696             alignment onto desktop</li>
3697           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3698             'extract scores' function</li>
3699           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3700             alignment window</li>
3701           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3702             performing IUPred disorder prediction</li>
3703           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3704             changing 'normalise logo' display setting</li>
3705           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3706             nothing matches query</li>
3707           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3708             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3709           </li>
3710           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3711             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3712           </li>
3713           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3714             Jalview's menu</li>
3715           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3716             'invalid literal/length code'</li>
3717           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3718             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3719           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3720             colourscheme</li>
3721
3722         </ul> <em>Applet</em>
3723         <ul>
3724           <li>Remove group option is shown even when selection is
3725             not a group</li>
3726           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3727             don't affect groups</li>
3728           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3729             colourscheme name</li>
3730           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3731             Annotation panel is not displayed</li>
3732           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3733             embedded windows</li>
3734         </ul> <em>Other</em>
3735         <ul>
3736           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3737             single sequence were not calculated</li>
3738           <li>annotation files that contain only groups imported as
3739             annotation and junk sequences</li>
3740           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3741             recognised as PFAM or BLC</li>
3742           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3743             doesn't affect background (2.8.0b1)
3744           <li></li>
3745           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3746           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3747             trailing gaps</li>
3748           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3749             registered correctly on import</li>
3750           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3751             certain alignments</li>
3752           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3753             existing annotation based 'use original colours'
3754             colourscheme loses original colours setting</li>
3755         </ul>
3756       </td>
3757     </tr>
3758     <tr>
3759       <td><div align="center">
3760           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3761             <em>30/1/2014</em></strong>
3762         </div></td>
3763       <td>
3764         <ul>
3765           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3766             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3767             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3768             open source project).
3769           </li>
3770           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3771           <li>Output in Stockholm format</li>
3772           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3773           <li>Export/import group and sequence associated line
3774             graph thresholds</li>
3775           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3776             ambiguity codes</li>
3777           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3778             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3779             works</li>
3780           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3781         </ul> <em>Other improvements</em>
3782         <ul>
3783           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3784           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3785             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3786           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3787             files</li>
3788           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3789           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3790             link but no description</li>
3791           <li>Select primary source when selecting authority in
3792             database fetcher GUI</li>
3793           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3794             Jalview</li>
3795           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3796         </ul>
3797       </td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3801             displayed</li>
3802           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3803             secondary structure annotation line</li>
3804           <li>Sequence database accessions not imported when
3805             fetching alignments from Rfam</li>
3806           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3807             identical IDs</li>
3808           <li>View all structures does not always superpose
3809             structures</li>
3810           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3811             reflect user or preset settings</li>
3812           <li>Null pointer exceptions for some services without
3813             presets or adjustable parameters</li>
3814           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3815             discover PDB xRefs</li>
3816           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3817             features with DAS</li>
3818           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3819             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3820           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3821             residue follows a gap</li>
3822           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3823             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3824           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3825             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3826           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3827             annotation already exists on alignment</li>
3828           <li>oninit javascript function should be called after
3829             initialisation completes</li>
3830           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3831             alignment window display</li>
3832           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3833           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3834             to annotation file</li>
3835           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3836             groups created</li>
3837           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3838             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3839           <li>Pressing return several times causes Number Format
3840             exceptions in keyboard mode</li>
3841           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3842             correct partitions for input data</li>
3843           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3844           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3845           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3846           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3847             mode</li>
3848           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3849             changes one row&#39;s threshold</li>
3850           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3851             doesn&#39;t open</li>
3852           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3853             quality histograms</li>
3854         </ul>
3855       </td>
3856     </tr>
3857     <tr>
3858       <td><div align="center">
3859           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3860         </div></td>
3861       <td><em>Application</em>
3862         <ul>
3863           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3864             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3865           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3866             preferences</li>
3867           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3868             in Jalview alignment window</li>
3869           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3870             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3871           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3872             RNA and ambiguity codes</li>
3873
3874           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3875           <li>Support fetching and database reference look up
3876             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3877             refs')</li>
3878           <li>Jalview project improvements
3879             <ul>
3880               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3881                 flag for annotation</li>
3882               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3883                 alignment</li>
3884               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3885                 Jalview project</li>
3886
3887             </ul>
3888           </li>
3889           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3890           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3891             running</li>
3892           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3893           <li>visual indication that web service results are still
3894             being retrieved from server</li>
3895           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3896             starts up for first time</li>
3897           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3898             services</li>
3899           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3900             client library</li>
3901           <li>Examples directory and Groovy library included in
3902             InstallAnywhere distribution</li>
3903         </ul> <em>Applet</em>
3904         <ul>
3905           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3906             visualization applet example</li>
3907         </ul> <em>General</em>
3908         <ul>
3909           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3910           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3911             defaults</li>
3912           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3913             calculation</li>
3914           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3915             matrices
3916           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3917             in HTML</li>
3918           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3919             structure contacts</li>
3920           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3921           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3922           <li>Parse sequence associated secondary structure
3923             information in Stockholm files</li>
3924           <li>HTML Export database accessions and annotation
3925             information presented in tooltip for sequences</li>
3926           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3927             style RNA alignment files</li>
3928           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3929             alignment</li>
3930           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3931             shade each sequence according to its associated alignment
3932             annotation</li>
3933           <li>New Jalview Logo</li>
3934         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3935         <ul>
3936           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3937           <li>New Website!</li>
3938         </ul></td>
3939       <td><em>Application</em>
3940         <ul>
3941           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3942             wsdbfetch REST service</li>
3943           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3944           <li>Filetype associations not installed for webstart
3945             launch</li>
3946           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3947             job execution in full once it is complete</li>
3948           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3949             uploaded via ali_file parameter</li>
3950           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3951           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3952           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3953             submitted for prediction</li>
3954           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3955             desktop window</li>
3956           <li>Putting fractional value into integer text box in
3957             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3958           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3959             windows 7</li>
3960           <li>View all structures fails with exception shown in
3961             structure view</li>
3962           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3963             escaped in a platform independent way</li>
3964           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3965             using proxy</li>
3966           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3967             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3968           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3969             failure when java web start temporary file caching is
3970             disabled</li>
3971           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3972             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3973           <li>Errors during processing of command line arguments
3974             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3975           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3976             DAS sources in sequence fetcher</li>
3977           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3978             dialog is shown</li>
3979           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3980           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3981           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3982           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3983             on OSX Mountain Lion</li>
3984           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3985             sequences with alignment annotation are pasted into the
3986             alignment</li>
3987           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3988             when loaded from Jalview project</li>
3989           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3990           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3991             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3992           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3993             associated with all views</li>
3994           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3995             annotation rows to new window</li>
3996         </ul> <em>Applet</em>
3997         <ul>
3998           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3999             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4000           <li>loading features via javascript API automatically
4001             enables feature display</li>
4002           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4003             work</li>
4004         </ul> <em>General</em>
4005         <ul>
4006           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4007           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4008             and then deselected</li>
4009           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4010           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4011             coloured with clustalx</li>
4012           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4013             exceptions and redraw errors</li>
4014           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4015             reconfigured view</li>
4016           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4017             colour</li>
4018           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4019             for lots of labels</li>
4020         </ul>
4021     </tr>
4022     <tr>
4023       <td>
4024         <div align="center">
4025           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4026         </div>
4027       </td>
4028       <td><em>Application</em>
4029         <ul>
4030           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4031           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4032           <li>View/alignment association menu to enable user to
4033             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4034             its colours/correspondences from</li>
4035           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4036           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4037             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4038           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4039           <li>Annotation row column label formatting attributes
4040             stored in project file</li>
4041           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4042             rows preserved in Jalview project file</li>
4043           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4044             saved using Desktop window menu</li>
4045           <li>Visual indication that command line arguments are
4046             still being processed</li>
4047           <li>Groovy script execution from URL</li>
4048           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4049             preferences</li>
4050           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4051             alignment with sequences that have high similarity and
4052             matching IDs</li>
4053           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4054           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4055             structures in same window</li>
4056           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4057           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4058             analysis function in its own submenu</li>
4059         </ul> <em>Applet</em>
4060         <ul>
4061           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4062             groups</li>
4063           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4064           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4065           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4066           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4067           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4068             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4069           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4070           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4071             parameters are treated as such</li>
4072           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4073             <ul>
4074               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4075               <li>Javascript callbacks for
4076                 <ul>
4077                   <li>Applet initialisation</li>
4078                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4079                 </ul>
4080               </li>
4081               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4082                 functions</li>
4083               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4084               <li>javascript structure viewer harness to pass
4085                 messages between Jmol and Jalview when running as
4086                 distinct applets</li>
4087               <li>sortBy method</li>
4088               <li>Set of applet and application examples shipped
4089                 with documentation</li>
4090               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4091                 javascript message exchange</li>
4092             </ul>
4093         </ul> <em>General</em>
4094         <ul>
4095           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4096             multiple alignments</li>
4097           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4098           <li>User configurable link to enable redirects to a
4099             www.Jalview.org mirror</li>
4100           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4101           <li>Configurable newline string when writing alignment
4102             and other flat files</li>
4103           <li>Allow alignment annotation description lines to
4104             contain html tags</li>
4105         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4106         <ul>
4107           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4108             examples</li>
4109           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4110             using a web service before displaying the result in the
4111             Jalview desktop</li>
4112           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4113           <li>Ant target to publish example html files with applet
4114             archive</li>
4115           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4116           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4117         </ul></td>
4118       <td><em>Application</em>
4119         <ul>
4120           <li>User defined colourscheme throws exception when
4121             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4122           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4123             dialog for valid filename/format</li>
4124           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4125           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4126             P37173</li>
4127           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4128             which sequence is to be associated with the file</li>
4129           <li>Find All raises null pointer exception when query
4130             only matches sequence IDs</li>
4131           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4132           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4133             2.4 cannot be loaded</li>
4134           <li>Filetype associations not installed for webstart
4135             launch</li>
4136           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4137             with sequences in different alignments do not get coloured
4138             by their associated sequence</li>
4139           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4140             not preserved when project is loaded</li>
4141           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4142             stored in Jalview project</li>
4143           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4144             Jalview project</li>
4145           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4146           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4147             by conservation</li>
4148           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4149             created on new view</li>
4150           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4151             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4152           <li>Alignment quality not updated after alignment
4153             annotation row is hidden then shown</li>
4154           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4155             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4156           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4157             properly</li>
4158           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4159             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4160           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4161           <li>Structures imported from file and saved in project
4162             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4163           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4164             job execution in full once it is complete</li>
4165         </ul> <em>Applet</em>
4166         <ul>
4167           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4168             annotation rows are displayed</li>
4169           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4170             codebase</li>
4171           <li>View follows highlighting does not work for positions
4172             in sequences</li>
4173           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4174           <li>Export features raises exception when no features
4175             exist</li>
4176           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4177             for javascript api is modified when separator string
4178             provided as parameter</li>
4179           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4180             alignment with no existing selection</li>
4181           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4182             to applet&#39;s codebase</li>
4183           <li>Status bar not updated after finished searching and
4184             search wraps around to first result</li>
4185           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4186             several Jalview applets causes race conditions and memory
4187             leaks</li>
4188           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4189             not sent from Jmol in applet</li>
4190           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4191             applet API fatally hang browser</li>
4192         </ul> <em>General</em>
4193         <ul>
4194           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4195             position with wrapped view and hidden regions</li>
4196           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4197             with/without hidden columns</li>
4198           <li>Sequence length given in alignment properties window
4199             is off by 1</li>
4200           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4201             import PDB like structure files</li>
4202           <li>Positional search results are only highlighted
4203             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4204           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4205           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4206             given sequence position</li>
4207           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4208             output</li>
4209           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4210             from nucleotide chains correctly</li>
4211           <li>Structure colours not updated when tree partition
4212             changed in alignment</li>
4213           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4214             parsed in interleaved stockholm</li>
4215           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4216             state</li>
4217           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4218             properly</li>
4219           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4220             properly associated with their pdb files</li>
4221         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4222         <ul>
4223           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4224             ApplyCopyright tool</li>
4225         </ul></td>
4226     </tr>
4227     <tr>
4228       <td>
4229         <div align="center">
4230           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4231         </div>
4232       </td>
4233       <td><em>Application</em>
4234         <ul>
4235           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4236             contact web services</li>
4237           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4238             service job window</li>
4239           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4240         </ul></td>
4241       <td>
4242         <ul>
4243           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4244             pir file emitted by Jalview</li>
4245           <li>Existing feature settings transferred to new
4246             alignment view created from cut'n'paste</li>
4247           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4248             parsing PDB files</li>
4249           <li>Consensus and conservation annotation rows
4250             occasionally become blank for all new windows</li>
4251           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4252             in wrapped view mode</li>
4253         </ul> <em>Application</em>
4254         <ul>
4255           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4256             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4257           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4258             parameter names</li>
4259           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4260             is down</li>
4261         </ul>
4262       </td>
4263     </tr>
4264     <tr>
4265       <td>
4266         <div align="center">
4267           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4268         </div>
4269       </td>
4270       <td><em>Application</em>
4271         <ul>
4272           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4273             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4274             (JABAWS)
4275           </li>
4276           <li>Web Services preference tab</li>
4277           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4278             preferences</li>
4279           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4280           <li>Superpose structures using associated sequence
4281             alignment</li>
4282           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4283             viewer</li>
4284         </ul> <em>Applet</em>
4285         <ul>
4286           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4287             link out mechanism</li>
4288         </ul> <em>Other</em>
4289         <ul>
4290           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4291             series 12</li>
4292           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4293             require Java 1.5</li>
4294           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4295             sequence annotation files</li>
4296           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4297             type colour specification</li>
4298           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4299             script to check if it being run in an interactive session or
4300             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4301         </ul></td>
4302       <td>
4303         <ul>
4304           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4305             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4306         </ul> <em>Application</em>
4307         <ul>
4308           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4309             selected Regions menu item</li>
4310           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4311             part of a valid accession ID</li>
4312           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4313             runs out of memory</li>
4314           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4315             analysis results</li>
4316           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4317             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4318           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4319         </ul> <em>Applet</em>
4320         <ul>
4321           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4322             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4323             defined.</li>
4324         </ul>
4325       </td>
4326     </tr>
4327     <tr>
4328       <td>
4329         <div align="center">
4330           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4331         </div>
4332       </td>
4333       <td></td>
4334       <td>
4335         <ul>
4336           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4337             sequence IDs</li>
4338           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4339             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4340           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4341             import correctly</li>
4342           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4343             number of columns are hidden</li>
4344           <li>annotation label popup menu not providing correct
4345             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4346             present</li>
4347           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4348             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4349           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4350             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4351
4352         </ul> <em>Applet</em>
4353         <ul>
4354           <li>annotation panel disappears when annotation is
4355             hidden/removed</li>
4356         </ul> <em>Application</em>
4357         <ul>
4358           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4359             alignment opened where annotation panel is visible but no
4360             annotations are present on alignment</li>
4361           <li>pasted region containing hidden columns is
4362             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4363           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4364             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4365           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4366             selected Rregions menu item.</li>
4367           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4368             'Un' or 'Non'conserved</li>
4369           <li>Sequence feature settings are being shared by
4370             multiple distinct alignments</li>
4371           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4372             changed</li>
4373           <li>double click on group annotation to select sequences
4374             does not propagate to associated trees</li>
4375           <li>Mac OSX specific issues:
4376             <ul>
4377               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4378                 window background</li>
4379               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4380                 name set correctly</li>
4381               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4382                 save feature colourscheme button</li>
4383             </ul>
4384           </li>
4385         </ul>
4386       </td>
4387     </tr>
4388     <tr>
4389
4390       <td>
4391         <div align="center">
4392           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4393         </div>
4394       </td>
4395       <td><em>New Capabilities</em>
4396         <ul>
4397           <li>URL links generated from description line for
4398             regular-expression based URL links (applet and application)
4399
4400           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4401             menu</li>
4402           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4403             structures</li>
4404           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4405             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4406           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4407             average score or total feature count for each sequence.</li>
4408           <li>Shading features by score or associated description</li>
4409           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4410             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4411           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4412             hide everything but the currently selected region.</li>
4413           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4414         </ul> <em>Application</em>
4415         <ul>
4416           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4417             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4418           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4419             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4420           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4421             database references and protein_name is parsed as
4422             description line (BioSapiens terms).</li>
4423           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4424             references in sequence ID tooltip from View menu in
4425             application.</li>
4426           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4427       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4428           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4429             conservation plots</li>
4430           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4431             and visualized as sequence logos</li>
4432           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4433             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4434           </li>
4435           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4436             when a new tree is opened.</li>
4437           <li>Jalview Java Console</li>
4438           <li>Better placement of desktop window when moving
4439             between different screens.</li>
4440           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4441             consensus annotation</li>
4442           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4443             Workflows</li>
4444           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4445             <ul>
4446               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4447                 used to preserve views, structures, and tree display
4448                 settings)</li>
4449               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4450                 command line</li>
4451               <li>Sharing of selected regions between views and
4452                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4453               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4454             </ul></li>
4455         </ul> <em>Applet</em>
4456         <ul>
4457           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4458           <li>New Parameters
4459             <ul>
4460               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4461                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4462                 opened.</li>
4463               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4464                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4465               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4466                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4467               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4468                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4469                 view</li>
4470               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4471                 increase the height or width of a cell in the alignment
4472                 grid relative to the current font size.</li>
4473             </ul>
4474           </li>
4475           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4476             tooltip</li>
4477         </ul> <em>Other</em>
4478         <ul>
4479           <li>Features format: graduated colour definitions and
4480             specification of feature scores</li>
4481           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4482             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4483             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4484           <li>XML formats extended to support graduated feature
4485             colourschemes, group associated annotation, and profile
4486             visualization settings.</li></td>
4487       <td>
4488         <ul>
4489           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4490             rather than description</li>
4491           <li>Non-positional features are now included in sequence
4492             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4493             visibility in tooltip).</li>
4494           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4495           <li>Added URL embedding instructions to features file
4496             documentation.</li>
4497           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4498             'X' in peptide product</li>
4499           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4500             sequence ID and sequence string and query strings do not
4501             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4502           <li>AMSA files only contain first column of
4503             multi-character column annotation labels</li>
4504           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4505             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4506             exported and re-imported)</li>
4507           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4508             name</li>
4509           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4510             as subsequence matches, and correctly reports total number
4511             of both.</li>
4512           <li>Application:
4513             <ul>
4514               <li>Better handling of exceptions during sequence
4515                 retrieval</li>
4516               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4517                 link text excludes the start_end suffix</li>
4518               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4519                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4520               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4521               <li>Sequence description lines properly shared via
4522                 VAMSAS</li>
4523               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4524                 data sources</li>
4525               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4526                 completes before alignment figures are generated.</li>
4527               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4528                 first time.</li>
4529               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4530                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4531               <li>User defined group colours properly recovered
4532                 from Jalview projects.</li>
4533             </ul>
4534           </li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537
4538     </tr>
4539     <tr>
4540       <td>
4541         <div align="center">
4542           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4543         </div>
4544       </td>
4545       <td>
4546         <ul>
4547           <li>Experimental support for google analytics usage
4548             tracking.</li>
4549           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4550         </ul>
4551       </td>
4552       <td>
4553         <ul>
4554           <li>Race condition in applet preventing startup in
4555             jre1.6.0u12+.</li>
4556           <li>Exception when feature created from selection beyond
4557             length of sequence.</li>
4558           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4559           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4560             all sequences with a given id</li>
4561           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4562             ID string searches</li>
4563           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4564             alignment to fail with exception</li>
4565         </ul> <em>Application Issues</em>
4566         <ul>
4567           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4568           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4569             data sources</li>
4570         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4571         <ul>
4572           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4573             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4574           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4575             version (java class versioning error fixed)</li>
4576         </ul>
4577       </td>
4578     </tr>
4579     <tr>
4580       <td>
4581
4582         <div align="center">
4583           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4584         </div>
4585       </td>
4586       <td><em>User Interface</em>
4587         <ul>
4588           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4589             translation and protein products</li>
4590           <li>Linked highlighting of structure associated with
4591             residue mapping to codon position</li>
4592           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4593             and 'clear' button</li>
4594           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4595             Tools menu</li>
4596           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4597             numeric data in description line</li>
4598           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4599           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4600             of sequence</li>
4601         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4602         <ul>
4603           <li>JPred3 web service</li>
4604           <li>Prototype sequence search client (no public services
4605             available yet)</li>
4606           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4607             PFAM</li>
4608           <li>URL Links created for matching database cross
4609             references as well as sequence ID</li>
4610           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4611         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4612         <ul>
4613           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4614             databases</li>
4615           <li>Generalised database reference retrieval and
4616             validation to all fetchable databases</li>
4617           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4618             sequence command</li>
4619         </ul> <em>Import and Export</em>
4620         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4621         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4622           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4623         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4624           File</li>
4625         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4626           triplet as name of colourscheme</li>
4627         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4628         <ul>
4629           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4630           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4631             alignments (experimental)</li>
4632           <li>Create new or select existing session to join</li>
4633           <li>load and save of vamsas documents</li>
4634         </ul> <em>Application command line</em>
4635         <ul>
4636           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4637             from applet)</li>
4638           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4639             of DAS servers to query for alignment features</li>
4640           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4641             that are also automatically queried for features</li>
4642           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4643             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4644         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4645         <ul>
4646           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4647             application (when using &quot;View in full
4648             application&quot;)</li>
4649         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4650         <ul>
4651           <li>feature group display control parameter</li>
4652           <li>debug parameter</li>
4653           <li>showbutton parameter</li>
4654         </ul> <em>Applet API methods</em>
4655         <ul>
4656           <li>newView public method</li>
4657           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4658           <li>Feature display control methods</li>
4659           <li>get list of currently selected sequences</li>
4660         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4661         <ul>
4662           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4663           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4664             Jalview release.</li>
4665           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4666             property controls execution of obfuscator</li>
4667           <li>Build target for generating source distribution</li>
4668           <li>Debug flag for javacc</li>
4669           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4670             jalview.bin.Cache</li>
4671           <li>Continuous Build Integration for stable and
4672             development version of Application, Applet and source
4673             distribution</li>
4674         </ul></td>
4675       <td>
4676         <ul>
4677           <li>selected region output includes visible annotations
4678             (for certain formats)</li>
4679           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4680             for editing</li>
4681           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4682           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4683           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4684           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4685             comments</li>
4686           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4687             filenames containing a ':'</li>
4688           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4689             global sequence features</li>
4690           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4691             references from alignment sequences goes to zero</li>
4692           <li>Close of tree branch colour box without colour
4693             selection causes cascading exceptions</li>
4694           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4695           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4696             file parsing fails.</li>
4697           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4698           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4699             not a valid output format</li>
4700           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4701             vamsas</li>
4702           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4703           <li>error messages passed up and output when data read
4704             fails</li>
4705           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4706             sequence is edited</li>
4707           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4708             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4709           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4710             filetype</li>
4711           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4712             import fixed for PFAM records</li>
4713           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4714             window list</li>
4715           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4716             can be read and written correctly to annotation file</li>
4717           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4718             correctly</li>
4719           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4720             non-italic font for representatives in Applet</li>
4721           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4722             Macs.</li>
4723           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4724             Applet)</li>
4725           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4726             due to null pointer exceptions</li>
4727           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4728             first column of alignment</li>
4729           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4730             July 2008</li>
4731           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4732             file is case-insensitive</li>
4733           <li>Sequence features read from Features file appended to
4734             all sequences with matching IDs</li>
4735           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4736             containing a sub-sequence</li>
4737           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4738           <li>feature and annotation file applet parameters
4739             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4740           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4741           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4742             splash-screen version check to complete</li>
4743           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4744             when passing them to the launchApp service</li>
4745           <li>display name and local features preserved in results
4746             retrieved from web service</li>
4747           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4748             sequence fetcher initialisation</li>
4749           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4750             dasobert DAS client</li>
4751           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4752             association</li>
4753           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4754             sequences
4755           </li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758     </tr>
4759     <tr>
4760       <td>
4761         <div align="center">
4762           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4763         </div>
4764       </td>
4765       <td>
4766         <ul>
4767           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4768           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4769           <li>Slide sequences</li>
4770           <li>Edit sequence in place</li>
4771           <li>EMBL CDS features</li>
4772           <li>DAS Feature mapping</li>
4773           <li>Feature ordering</li>
4774           <li>Alignment Properties</li>
4775           <li>Annotation Scores</li>
4776           <li>Sort by scores</li>
4777           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4783           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4784           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4785           <li>Feature group display state in XML</li>
4786           <li>Feature ordering in XML</li>
4787           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4788           <li>Stockholm alignment properties</li>
4789           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4790           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4791           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4792           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4793         </ul>
4794       </td>
4795
4796     </tr>
4797     <tr>
4798       <td>
4799         <div align="center">
4800           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4801         </div>
4802       </td>
4803       <td>
4804         <ul>
4805           <li>Non standard characters can be read and displayed
4806           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4807             applet via textbox
4808           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4809             name &amp; description
4810           <li>Preference setting to display sequence name in
4811             italics
4812           <li>Annotation file format extended to allow
4813             Sequence_groups to be defined
4814           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4815             specified in preferences
4816           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4817             sequences
4818         </ul>
4819       </td>
4820       <td>
4821         <ul>
4822           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4823             installed
4824           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4825           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4826         </ul>
4827       </td>
4828     </tr>
4829     <tr>
4830       <td>
4831         <div align="center">
4832           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4833         </div>
4834       </td>
4835       <td>
4836         <ul>
4837           <li>Multiple views on alignment
4838           <li>Sequence feature editing
4839           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4840           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4841           <li>Background dependent text colour
4842           <li>Right align sequence ids
4843           <li>User-defined lower case residue colours
4844           <li>Format Menu
4845           <li>Select Menu
4846           <li>Menu item accelerator keys
4847           <li>Control-V pastes to current alignment
4848           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4849           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4850           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4851
4852           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4853         </ul>
4854       </td>
4855       <td>
4856         <ul>
4857           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4858           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4859             calculations
4860           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4861             edits
4862           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4863             of alignment)
4864           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4865
4866           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4867             display correctly
4868           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4869           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4870             analysis results
4871           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4872             &#8739;
4873           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4874           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4875           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4876
4877         </ul>
4878       </td>
4879     </tr>
4880     <tr>
4881       <td>
4882         <div align="center">
4883           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4884         </div>
4885       </td>
4886       <td>
4887         <ul>
4888           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4889         </ul>
4890       </td>
4891       <td>
4892         <ul>
4893           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4894             sequence id panel has been resized</li>
4895           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4896             rendered</li>
4897           <li>Annotation files with sequence references - all
4898             elements in file are relative to sequence position</li>
4899           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4900         </ul>
4901       </td>
4902     </tr>
4903     <tr>
4904       <td>
4905         <div align="center">
4906           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4907         </div>
4908       </td>
4909       <td>
4910         <ul>
4911           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4912           <li>DAS Feature fetching</li>
4913           <li>Hide sequences and columns</li>
4914           <li>Export Annotations and Features</li>
4915           <li>GFF file reading / writing</li>
4916           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4917             files</li>
4918           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4919           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4920           <li>Applet can launch the full application</li>
4921           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4922             required)</li>
4923           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4924           <li>Applet can load sequences from parameter
4925             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4926           </li>
4927         </ul>
4928       </td>
4929       <td>
4930         <ul>
4931           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4932           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4933           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4934         </ul>
4935       </td>
4936     </tr>
4937     <tr>
4938       <td>
4939         <div align="center">
4940           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4941         </div>
4942       </td>
4943       <td>
4944         <ul>
4945           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4946           <li>Choose to match case when searching</li>
4947           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4948             expand the visible width and height of the alignment</li>
4949         </ul>
4950       </td>
4951       <td>
4952         <ul>
4953           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4954         </ul>
4955       </td>
4956     </tr>
4957     <tr>
4958       <td>
4959         <div align="center">
4960           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4961         </div>
4962       </td>
4963       <td>&nbsp;</td>
4964       <td>
4965         <ul>
4966           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4967           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4968             value</li>
4969         </ul>
4970       </td>
4971     </tr>
4972     <tr>
4973       <td>
4974         <div align="center">
4975           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4976         </div>
4977       </td>
4978       <td>
4979         <ul>
4980           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4981           <li>Keyboard editing</li>
4982           <li>Create sequence features from searches</li>
4983           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4984             alignments</li>
4985           <li>Features file allows grouping of features</li>
4986           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4987           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4988           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4989         </ul>
4990       </td>
4991       <td>
4992         <ul>
4993           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4994           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4995             descriptions saved.</li>
4996         </ul>
4997       </td>
4998     </tr>
4999     <tr>
5000       <td>
5001         <div align="center">
5002           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5003         </div>
5004       </td>
5005       <td>
5006         <ul>
5007           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5008           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5009           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5010             name for file output</li>
5011           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5012           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5013             used for HTML form input</li>
5014         </ul>
5015       </td>
5016       <td>
5017         <ul>
5018           <li>HTML output writes groups and features</li>
5019           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5020           <li>File IO bugs</li>
5021         </ul>
5022       </td>
5023     </tr>
5024     <tr>
5025       <td>
5026         <div align="center">
5027           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5028         </div>
5029       </td>
5030       <td>
5031         <ul>
5032           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5033           <li>More options for PCA viewer</li>
5034         </ul>
5035       </td>
5036       <td>
5037         <ul>
5038           <li>GUI bugs resolved</li>
5039           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5040         </ul>
5041       </td>
5042     </tr>
5043     <tr>
5044       <td height="63">
5045         <div align="center">
5046           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5047         </div>
5048       </td>
5049       <td>
5050         <ul>
5051           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5052           <li>Jar files are executable</li>
5053           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5054         </ul>
5055       </td>
5056       <td>
5057         <ul>
5058           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5059           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5060           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5061         </ul>
5062       </td>
5063     </tr>
5064     <tr>
5065       <td>
5066         <div align="center">
5067           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5068         </div>
5069       </td>
5070       <td>
5071         <ul>
5072           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5073         </ul>
5074       </td>
5075       <td>
5076         <ul>
5077           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5078         </ul>
5079       </td>
5080     </tr>
5081     <tr>
5082       <td>
5083         <div align="center">
5084           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5085         </div>
5086       </td>
5087       <td>
5088         <ul>
5089           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5090             size</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093       <td>
5094         <ul>
5095           <li>Improved JPred client reliability</li>
5096           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5097         </ul>
5098       </td>
5099     </tr>
5100     <tr>
5101       <td>
5102         <div align="center">
5103           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5104         </div>
5105       </td>
5106       <td>
5107         <ul>
5108           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5109           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5110           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5111             to Colour Menu</li>
5112           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5113           <li>Unix users can set default web browser</li>
5114           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5115           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5116         </ul>
5117       </td>
5118       <td>
5119         <ul>
5120           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5121         </ul>
5122       </td>
5123     </tr>
5124     <tr>
5125       <td>
5126         <div align="center">
5127           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5128         </div>
5129       </td>
5130       <td>&nbsp;</td>
5131       <td>
5132         <ul>
5133           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5134             alignment order.</li>
5135         </ul>
5136       </td>
5137     </tr>
5138     <tr>
5139       <td>
5140         <div align="center">
5141           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5142         </div>
5143       </td>
5144       <td>
5145         <ul>
5146           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5147           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5148           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5149             annotations.</li>
5150           <li>Version and build date written to build properties
5151             file.</li>
5152           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5153             at launch of Jalview.</li>
5154         </ul>
5155       </td>
5156       <td>
5157         <ul>
5158           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5159           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5160           <li>Can remove groups one by one.</li>
5161           <li>Filechooser icons installed.</li>
5162           <li>Finder ignores return character when searching.
5163             Return key will initiate a search.<br>
5164           </li>
5165         </ul>
5166       </td>
5167     </tr>
5168     <tr>
5169       <td>
5170         <div align="center">
5171           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5172         </div>
5173       </td>
5174       <td>
5175         <ul>
5176           <li>New codebase</li>
5177         </ul>
5178       </td>
5179       <td>&nbsp;</td>
5180     </tr>
5181   </table>
5182   <p>&nbsp;</p>
5183 </body>
5184 </html>