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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>16/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li><!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  65           </li>
  66           <li>
  67             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS, ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation
  71             while parsing (e.g. AF* attributes)
  72           </li>
  73
  74           <li>
  75           <!-- JAL -->
  76           </li>
  77         </ul> <em>Release processes</em>
  78         <ul>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  81           </li>
  82         </ul> <em>Build System</em>
  83         <ul>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
  89             report
  90           </li>
  91         </ul> <em>Deprecations</em>
  92       </td>
  93       <td align="left" valign="top">
  94         <ul>
  95           <li>
  96             <!-- -->
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 100             with annotation and exceptions thrown when only a few
 101             columns shown in wrapped mode
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 105             wrapped alignment figure with annotations
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 109             ID fails with ClassCastException
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 113             Project
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 117             feature settings dialog also selects columns
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 121             IllegalArgumentException in some circumstances
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 125             help documentation for 2.11.0 release
 126           </li>
 127         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 128         <ul>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 131           </li>
 132         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 133         <ul>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 136             repository
 137           </li>
 138         </ul>
 139         <em>New Known Issues</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 143             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 144             command line
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 148             clipped in headless figure export when Right Align option
 149             enabled
 150           </li>
 151         </ul>
 152       </td>
 153     </tr>
 154     <tr>
 155       <td width="60" align="center" nowrap>
 156           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 157             <em>04/07/2019</em></strong>
 158       </td>
 159       <td align="left" valign="top">
 160         <ul>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 163             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 164             source project) rather than InstallAnywhere
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 168             settings, receive over the air updates and launch specific
 169             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 170               Rings' GetDown</a>)
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 174             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 178             arguments and switch between different getdown channels
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 182             or alignment files
 183           </li>
 184
 185           <li>
 186             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 187             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 190             'Translate as cDNA'</li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 193           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 194             <ul>
 195                       <li>
 196             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 197             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 198           <li>
 199                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 200                 features can be filtered and shaded according to any
 201                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 202                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 203                 file)
 204               </li>
 205               <li>
 206                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 207                 stored and restored from Jalview Projects
 208               </li>
 209               <li>
 210                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 211                 recognise variant features
 212               </li>
 213               <li>
 214                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 215                 sequences (also coloured red by default)
 216               </li>
 217               <li>
 218                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 219                 details
 220               </li>
 221               <li>
 222                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 223                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 224               </li>
 225               <li>
 226                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 227                 dialog
 228               </li>
 229             </ul>
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 233             tree and PCA calculations
 234           </li>
 235           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 236             <ul>
 237               <li>
 238                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 239                 and Viewer state saved in Jalview Project
 240               </li>
 241               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 242                 drop-down menus</li>
 243               <li>
 244                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 245                 incrementally
 246               </li>
 247               <li>
 248                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 249               </li>
 250             </ul>
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 254           </li>
 255           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 256           <ul>
 257               <li>
 258                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 259                 multiple groups when working with large alignments
 260               </li>
 261               <li>
 262                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 263                 Stockholm files
 264               </li>
 265             </ul>
 266           <li><strong>User Interface</strong>
 267           <ul>
 268               <li>
 269                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 270                 view
 271               </li>
 272               <li>
 273                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 274                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 275                 default (can be changed in user preferences)
 276               </li>
 277               <li>
 278                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 279                 to the Overwrite Dialog
 280               </li>
 281               <li>
 282                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 283                 sequences are hidden
 284               </li>
 285               <li>
 286                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 287                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 288               </li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 291                 labels
 292               </li>
 293               <li>
 294                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 295                 when in wrapped mode
 296               </li>
 297               <li>
 298                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 299                 annotation
 300               </li>
 301               <li>
 302                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 303               </li>
 304               <li>
 305                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 306                 panel
 307               </li>
 308               <li>
 309                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 310                 popup menu
 311               </li>
 312               <li>
 313               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 314               <li>
 315               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 316
 317
 318             </ul></li>
 319             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 320           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 321             <ul>
 322               <li>
 323                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 324                 trapping CMD-Q
 325               </li>
 326             </ul></li>
 327         </ul>
 328         <em>Deprecations</em>
 329         <ul>
 330           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 331             capabilities removed from the Jalview Desktop
 332           </li>
 333           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 334             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 335             and XML based data retrieval clients</li>
 336           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 337           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 338         </ul> <em>Documentation</em>
 339         <ul>
 340           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 341             not supported in EPS figure export
 342           </li>
 343           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 344         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 345         <ul>
 346           <li>
 347           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 348           </li>
 349       <li>
 350       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 351           <li>
 352           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 353             gradle-eclipse
 354           </li>
 355           <li>
 356           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 357             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 358             execution
 359           </li>
 360           <li>
 361           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 362             operations
 363           </li>
 364           <li>
 365           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 366             issues resolved
 367           </li>
 368           <li>
 369           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 370             markdown (with HTML rendering)
 371           </li>
 372           <li>
 373           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 374           </li>
 375           <li>
 376           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 377             versions of Jalview
 378           </li>
 379         </ul>
 380       </td>
 381       <td align="left" valign="top">
 382         <ul>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 388             superposition in Jmol fail on Windows
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 392             structures for sequences with lots of PDB structures
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 396             monospaced font
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 400             project involving multiple views
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 404             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 405             Annotation dialog hides columns
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 409             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 410             one view, then making another selection in the other view
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 414             columns
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 418             Settings and Jalview Preferences panels
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 422             overview with large alignments
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 426             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 427             mouse moved to the left of the first column
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 431             hidden column marker via scale popup menu
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 435             doesn't tell users the invalid URL
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 439             score from view
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 443             show cross references or Fetch Database References are shown in
 444             red in original view
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 448             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 452             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 456             when columns are hidden
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 460             Columns by Annotation description
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 464             out of Scale or Annotation Panel
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 468             scale panel
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 472             alignment down
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 476             scale panel
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 480             Page Up in wrapped mode
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 490             on opening an alignment
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 494             Colour menu
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 498             different groups in the alignment are selected
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 502             correctly in menu
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 506             threshold limit
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 510             threshold gets 'unrounded'
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 514             colour
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 524             Tree font
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 528             project file
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 532             shown in complementary view
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 536             without normalisation
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 540             of report
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 544           </li>
 545           <li>
 546           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 547           </li>
 548         </ul> <em>Editing</em>
 549         <ul>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 552             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 553             sequence
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 557             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 558             removed (Known defect since 2.10)
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 562             dialog corrupts dataset sequence
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 566             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 567           </li>
 568         </ul> <em>Datamodel</em>
 569         <ul>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 572             sequence's End is greater than its length
 573           </li>
 574         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 575           general release)</em>
 576         <ul>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 579           </li>
 580         </ul> <em>New Known Defects</em>
 581         <ul>
 582         <li>
 583         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 584         </li>
 585         <li>
 586           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 587           regions of protein alignment.
 588         </li>
 589         <li>
 590           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 591           is restored from a Jalview 2.11 project
 592         </li>
 593         <li>
 594           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 595           'New View'
 596         </li>
 597         <li>
 598           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 599           columns within hidden columns
 600         </li>
 601         <li>
 602           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 603           window after dragging left to select columns to left of visible
 604           region
 605         </li>
 606         <li>
 607           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 608           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 609           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 610           create a Score filter instead.
 611         </li>
 612         <li>
 613         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 614         <li>
 615         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 616         </li>
 617         <li>
 618           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 619           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 620         </li>
 621         </ul>
 622         <em>Java 11 Specific defects</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 626               alphabetically when saved
 627             </li>
 628         </ul>
 629       </td>
 630     </tr>
 631     <tr>
 632     <td width="60" nowrap>
 633       <div align="center">
 634         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 635       </div>
 636     </td>
 637     <td><div align="left">
 638         <em></em>
 639         <ul>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 642               InstallAnywhere increased to 1G.
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 646               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 647               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 648                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 649                 properties file.</em>
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 653               API and sequence data now imported as JSON.
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 657               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 658               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 659               property.
 660             </li>
 661           </ul>
 662           <em>Development</em>
 663           <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 666               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 667                 Clover</a>
 668             </li>
 669           </ul>
 670         </div></td>
 671     <td><div align="left">
 672         <em></em>
 673         <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 676               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 677               alignment.
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 681               annotation displayed.
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 685               for newly created group when 'Apply to all groups'
 686               selected
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 690               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 691               visible.
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 695               when sequences are selected in exported view.</em>
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 699               aren't rendered with correct colour.
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 703               types of knotted RNA secondary structure.
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 707               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 708               do not start at 1.
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 712               annotation when columns are inserted into an alignment,
 713               and when exporting as Stockholm flatfile.
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 717               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 718               treated as RNA secondary structure.
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 722               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 726               transfers focus to previous window on OSX
 727             </li>
 728           </ul>
 729           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 733               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 734               box.
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 738               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 739               'look and feel' which has improved compatibility with the
 740               latest version of OSX.
 741             </li>
 742           </ul>
 743         </div>
 744     </td>
 745     </tr>
 746     <tr>
 747       <td width="60" nowrap>
 748         <div align="center">
 749           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 750             <em>7/06/2018</em></strong>
 751         </div>
 752       </td>
 753       <td><div align="left">
 754           <em></em>
 755           <ul>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 758               annotation retrieved from Uniprot
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 762               onto the Jalview Desktop
 763             </li>
 764           </ul>
 765         </div></td>
 766       <td><div align="left">
 767           <em></em>
 768           <ul>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 771               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 775               right-hand column parsed correctly
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 779               not alignment area in exported graphic
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 783               window has input focus
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 787               annotation added to view (Windows)
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 791               network connectivity is poor
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 795               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 796                 the currently open URL and links from a page viewed in
 797                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 798                 you are using Edge, only links in the page can be
 799                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 800                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 801             </li>
 802           </ul>
 803           <em>New Known Defects</em>
 804           <ul>
 805             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 806           </ul>
 807         </div></td>
 808     </tr>
 809     <tr>
 810       <td width="60" nowrap>
 811         <div align="center">
 812           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 813         </div>
 814       </td>
 815       <td><div align="left">
 816           <em></em>
 817           <ul>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 820               for disabling automatic superposition of multiple
 821               structures and open structures in existing views
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 825               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 826               adjust them.
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 830               Ensembl services
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 834               and lots of hidden columns
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 838               of features (particularly when transparency is disabled)
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 842               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 843               generally available
 844             </li>
 845           </ul>
 846           </div>
 847       </td>
 848       <td><div align="left">
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 852               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 856               overlapping alignment panel
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 860               sequence as gaps
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 864               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 865               UTR
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 869               factor annotation not added to sequence when local PDB
 870               file associated with it by drag'n'drop or structure
 871               chooser
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 875               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 879               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 883               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 887               columns in annotation row
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 891               honored in batch mode
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 895               for structures added to existing Jmol view
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 899               entries after importing project with multiple views
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 903               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 904               with negative residue numbers or missing residues fails
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 908               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 909               as generated by CONSURF)
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 913               tooltip doesn't include a text description of mutation
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 917               structure and/or overview windows are also shown
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 921               very slow for alignments with large numbers of sequences
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 925               with 'StringIndexOutOfBounds'
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 929               platforms running Java 10
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 933               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 934             </li>
 935           </ul>
 936           <em>Applet</em>
 937           <ul>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 940               should copy the group consensus when popup is opened on it
 941             </li>
 942           </ul>
 943           <em>Batch Mode</em>
 944           <ul>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 947           </li>
 948           </ul>
 949           <em>New Known Defects</em>
 950           <ul>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 953               editing a large alignment and overview is displayed
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 957               repeatedly after a series of edits even when the overview
 958               is no longer reflecting updates
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 962               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 963               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 964               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 968               option gives blank output
 969             </li>
 970           </ul>
 971         </div>
 972           </td>
 973     </tr>
 974     <tr>
 975       <td width="60" nowrap>
 976         <div align="center">
 977           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 978         </div>
 979       </td>
 980       <td><div align="left">
 981           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 982               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 983       <td><div align="left">
 984           <em>Desktop</em><ul>
 985           <ul>
 986             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 987             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 988             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 989             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 990             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 991             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 992             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 993           </ul>
 994           </div>
 995       </td>
 996     </tr>
 997     <tr>
 998       <td width="60" nowrap>
 999         <div align="center">
1000           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1001         </div>
1002       </td>
1003       <td><div align="left">
1004           <em></em>
1005           <ul>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1008               rendering of sequence features
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1012               429 rate limit request hander
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1016               their colours have changed
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1020               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1024               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1028               view from Ensembl locus cross-references
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1032               Alignment report
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1036               feature can be disabled
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1040               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1044               Uniprot
1045             </li>
1046           </ul>
1047           <em>Scripting</em>
1048           <ul>
1049             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1050             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1051               percent identity scores for current alignment.</li>
1052           </ul>
1053           <em>Testing and Deployment</em>
1054           <ul>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1057             </li>
1058           </ul>
1059         </div></td>
1060       <td><div align="left">
1061           <em>General</em>
1062           <ul>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1065               threshold text field doesn't trigger an update to the
1066               alignment view
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1070               strings in parallel
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1074               alignment window is closed
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1078               group visibility
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1082               takes a long time in Cursor mode
1083             </li>
1084           </ul>
1085           <em>Desktop</em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1089               cannot be viewed in Chimera
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1093               CDS/Protein view
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1097               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1098               Search Dialogs
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1108               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1112               scrolling right in unwapped alignment view
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1116               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1117               database
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1121               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1125               features of same type and group to be selected for
1126               amending
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1130               alignments when hidden columns are present
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1134               displaying several structures
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1138               moving a window
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1142               within the Jalview desktop on OSX
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1146               when in wrapped alignment mode
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1150               hand end of alignment
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1154               each selected sequence do not have correct start/end
1155               positions
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1159               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1163               restoring project until a new view is created
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1167               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1168               configured (since 2.10.2b2)
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1172               position is adjusted
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1176               in a multi-chain structure when viewing alignment
1177               involving more than one chain (since 2.10)
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1181               if new selection moves alignment window
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1185               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1189               that produces correctly annotated transcripts and products
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1193               doesn't update associated structure view
1194             </li>
1195           </ul>
1196           <em>Applet</em><br />
1197           <ul>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1200               closing alignment panel
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>BioJSON</em><br />
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1207               non-positional features
1208             </li>
1209           </ul>
1210           <em>New Known Issues</em>
1211           <ul>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1214               sequence features correctly (for many previous versions of
1215               Jalview)
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1219               using cursor in wrapped panel other than top
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1223               graduated colour threshold
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1227               always preserve numbering and sequence features
1228             </li>
1229           </ul>
1230           <em>Known Java 9 Issues</em>
1231           <ul>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1234               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1235               9.01, OSX 10.10)
1236             </li>
1237           </ul>
1238         </div></td>
1239     </tr>
1240     <tr>
1241       <td width="60" nowrap>
1242         <div align="center">
1243           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1244             <em>2/10/2017</em></strong>
1245         </div>
1246       </td>
1247       <td><div align="left">
1248           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1252             </li>
1253             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1254             </li>
1255           </ul>
1256         </div></td>
1257       <td><div align="left">
1258         </div></td>
1259     </tr>
1260     <tr>
1261       <td width="60" nowrap>
1262         <div align="center">
1263           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1264             <em>7/9/2017</em></strong>
1265         </div>
1266       </td>
1267       <td><div align="left">
1268           <em></em>
1269           <ul>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1272               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1273               white)
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1277               Preferences
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1281               in size and progress bar shown as higher resolution
1282               overview is recalculated
1283             </li>
1284
1285           </ul>
1286         </div></td>
1287       <td><div align="left">
1288           <em></em>
1289           <ul>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1292               column region row by row
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1296               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1300               format setting is unticked
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1304               if group has show boxes format setting unticked
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1308               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1309               include sequences and columns not currently displayed
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1313               assemblies are imported via CIF file
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1317               displayed when threshold or conservation colouring is also
1318               enabled.
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1322               server version
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1326               dragging a selected region off the visible region of the
1327               alignment
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1331               colourscheme to all groups in a view
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1335               initially after font size change using the Font chooser or
1336               middle-mouse zoom
1337             </li>
1338           </ul>
1339         </div></td>
1340     </tr>
1341     <tr>
1342       <td width="60" nowrap>
1343         <div align="center">
1344           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1345         </div>
1346       </td>
1347       <td><div align="left">
1348           <em>Calculations</em>
1349           <ul>
1350
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1353               ungapped positions in each column of the alignment.
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1357               a calculation dialog box
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1361               and memory efficiency (~30x faster)
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1365               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1366               and other calculations
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1370               files within the Jalview codebase
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1374               Similarity may have different topology due to increased
1375               precision
1376             </li>
1377           </ul>
1378           <em>Rendering</em>
1379           <ul>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1382               model for alignments and groups
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1386               scripts
1387             </li>
1388           </ul>
1389           <em>Overview</em>
1390           <ul>
1391             <li>
1392               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1393               with alignment and overview windows
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1397               overview
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1401               omitted in Overview
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1405               adjustment of visible position
1406             </li>
1407           </ul>
1408
1409           <em>Data import/export</em>
1410           <ul>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1413               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1417               annotation input/output via stockholm flatfile
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1421               extension when importing structure files without embedded
1422               names or PDB accessions
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1426               format sequence substitution matrices
1427             </li>
1428           </ul>
1429           <em>User Interface</em>
1430           <ul>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1433               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1434               the application.
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1438               via Overview or sequence motif search operations
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1442               opened by double clicking gaps within sequence feature
1443               extent
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1447               aligned positions were available to create a 3D structure
1448               superposition.
1449             </li>
1450           </ul>
1451           <em>3D Structure</em>
1452           <ul>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1455               coloured in linked structure views
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1459               file-based command exchange
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1463               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1464               structures are already available for sequences
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1468               the Jalview project rather than downloaded again when the
1469               project is reopened.
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1473               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1474               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1475                 Feature</strong>)
1476             </li>
1477           </ul>
1478           <em>Web Services</em>
1479           <ul>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1485               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1486               Analysis services
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1490               cross-references provided by identifiers.org and the
1491               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1492             </li>
1493           </ul>
1494
1495           <em>Scripting</em>
1496           <ul>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1499               identifying file formats (instead of String constants)
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1503               efficiency when counting all displayed features (not
1504               backwards compatible with 2.10.1)
1505             </li>
1506           </ul>
1507           <em>Example files</em>
1508           <ul>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1511               included in the example feature file
1512             </li>
1513           </ul>
1514           <em>Documentation</em>
1515           <ul>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1518               with the built-in Java help viewer
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1522               sequence description' option
1523             </li>
1524           </ul>
1525           <em>Test Suite</em>
1526           <ul>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1529               Uniprot REST Free Text Search Client
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1536               during tests
1537             </li>
1538           </ul>
1539         </div></td>
1540       <td><div align="left">
1541           <em>Calculations</em>
1542           <ul>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1545               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1546               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1547             </li>
1548             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1549               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1550               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1551               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1552               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1553               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1554               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1555               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1556               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1557               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1558               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1559               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1560               // for 2.10.1 mode <br />
1561               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1562               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1563                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1564                 calculations (not recommended)</em></li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1567               scaling of branch lengths for trees computed using
1568               Sequence Feature Similarity.
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1572               generating output report when working with highly
1573               redundant alignments
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1577               right of selected region when gaps present on right-hand
1578               boundary
1579             </li>
1580           </ul>
1581           <em>User Interface</em>
1582           <ul>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1585               doesn't reselect a specific sequence's associated
1586               annotation after it was used for colouring a view
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1590               opened on a region of alignment without groups
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1594               of an alignment with overlapping groups
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1598               name and description match
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1602               hidden regions results in incorrect hidden regions
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1606               changing colour does not apply Conservation slider value
1607               to all groups
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1611               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1615               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1619               gaps before start of features
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1623               restored to UI when feature colour is edited
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1627               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1631               as graduate feature colour settings are modified via the
1632               dialog box
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1636               when a group defined on the alignment is resized
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1640               wrapped view result in positional status updates
1641             </li>
1642
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1645               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1649               alignment included gapped columns
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1653               widgets don't permanently disappear
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1657               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1658               T-Coffee column reliability scores)
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1662               sequence feature on gaps only
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1666               button from a Find inherit previously defined feature type
1667               rather than the Find query string
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1671               exporting tree calculated in Jalview
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1675               and then revealing them reorders sequences on the
1676               alignment
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1680               doesn't update to reflect available set of groups after
1681               interactively adding or modifying features
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1685               Linux
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1689               only excluded gaps in current sequence and ignored
1690               selection.
1691             </li>
1692           </ul>
1693           <em>Rendering</em>
1694           <ul>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1697               erratically when hidden rows or columns are present
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1701               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1702               sequence colouring
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1706               colour and group colour menu for protein alignments
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1710               reflect currently selected view or group's shading
1711               thresholds
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1715               when rendered on overview and structures when opacity at
1716               100%
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1720               overview when features overlaid on alignment
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1724               recovered correctly from Jalview project file
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1728               (automatically via preferences) are different to the main
1729               alignment panel
1730             </li>
1731           </ul>
1732           <em>Data import/export</em>
1733           <ul>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1736               load
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1740               added after a sequence was imported are not written to
1741               Stockholm File
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1745               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1749               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1753               with lightGray or darkGray via features file (but can
1754               specify lightgray)
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1758               when alignment view imported from project
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1762               structure and sequences extracted from structure files
1763               imported via URL and viewed in Jmol
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1767               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1768               the project is loaded and the structure viewed
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>Web Services</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1775               release of Ensembl v.88
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1779               appear enabled in Preferences->Connections
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1783               removed from console output
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1787               Ensembl by Peptide ID
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1791               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1792               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1793               due to 'null' string rather than empty string used for
1794               residues with no corresponding PDB mapping).
1795             </li>
1796           </ul>
1797           <em>Application UI</em>
1798           <ul>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1801               menu
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1805               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1806               new documentation and tooltips added)
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1810               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1814               new features are added to alignment
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1818               changes to feature colours via the Amend features dialog
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1822               edit graduated feature colour via amend features dialog
1823               box
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1827               selection menu changes colours of alignment views
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1831               from alignment calculation workers after alignment has
1832               been closed
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1836               groups now 'Create Group'
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1840               Create/Undefine group doesn't always work
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1844               shown again after pressing 'Cancel'
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1848               adjusts start position in wrap mode
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1852               ambiguous amino acids
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1856               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1857               proteins
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1861               Defined' don't appear in Colours menu
1862             </li>
1863           </ul>
1864           <em>Applet</em>
1865           <ul>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1868               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1872               overview or linked structure view
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1876               work (since 2.8)
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1880               user-defined colourscheme doesn't restore original
1881               colourscheme
1882             </li>
1883           </ul>
1884           <em>Test Suite</em>
1885           <ul>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1888               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1892               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1893               problems with deep array comparison equality asserts in
1894               successive versions of TestNG
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1898               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1899             </li>
1900           </ul>
1901           <em>New Known Issues</em>
1902           <ul>
1903             <li>
1904               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1905               phase after a sequence motif find operation
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1909               containing just upper and lower case letters are
1910               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1914               reliably from eggnog Ortholog database
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1918               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1919               to mark columns containing highlighted regions.
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1923               doesn't always add secondary structure annotation.
1924             </li>
1925           </ul>
1926         </div>
1927     <tr>
1928       <td width="60" nowrap>
1929         <div align="center">
1930           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1931         </div>
1932       </td>
1933       <td><div align="left">
1934           <em>General</em>
1935           <ul>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1938               for all consensus calculations
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1942               3rd Oct 2016)
1943             </li>
1944             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1945               for 2016-2017</li>
1946           </ul>
1947           <em>Application</em>
1948           <ul>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1951               set of database cross-references, sorted alphabetically
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1955               from database cross references. Users with custom links
1956               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1957                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1961               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1962               Chimera session
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1966               the Chimera it is connected to is shut down
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1970               columns menu item to mark columns containing highlighted
1971               regions (e.g. from structure selections or results of a
1972               Find operation)
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1976               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1977               MSAviewer
1978             </li>
1979           </ul>
1980         </div></td>
1981       <td>
1982         <div align="left">
1983           <em>General</em>
1984           <ul>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1987               are not coloured or thresholded according to percent
1988               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1992               hydrophobic
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1996               threshold, amino acid properties)
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2000               reported as mapped to residues in a structure file in the
2001               View Mapping report
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2005               could be added multiple times to a sequence
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2009               bond features shown as two highlighted residues rather
2010               than a range in linked structure views, and treated
2011               correctly when selecting and computing trees from features
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2015               cross-references are matched to database name regardless
2016               of case
2017             </li>
2018
2019           </ul>
2020           <em>Application</em>
2021           <ul>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2024               names without regular expressions also offer links from
2025               Sequence ID
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2029               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2030               update Jalview configuration
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2034               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2038               files with similarly named sequences if dropped onto the
2039               alignment
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2043               entries where more chains exist in the PDB accession than
2044               are reported in the SIFTS file
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2048               the structure view when displayed with Chimera
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2052               panel's View->Show Chains submenu
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2056               work for wrapped alignment views
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2060               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2064               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2065               first annotation row
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2069               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2073               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2074             </li>
2075             <!-- JAL-2319 -->
2076             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2077             coordindate data
2078             </li>
2079           </ul>
2080           <!--           <em>New Known Issues</em>
2081           <ul>
2082             <li></li>
2083           </ul> -->
2084         </div>
2085       </td>
2086     </tr>
2087     <td width="60" nowrap>
2088       <div align="center">
2089         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2090           <em>25/10/2016</em></strong>
2091       </div>
2092     </td>
2093     <td><em>Application</em>
2094       <ul>
2095         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2096           view if structures already loaded</li>
2097         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2098           structure views</li>
2099       </ul></td>
2100     <td>
2101       <div align="left">
2102         <em>General</em>
2103         <ul>
2104           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2105             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2106           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2107             example sequences/projects/trees</li>
2108         </ul>
2109         <em>Application</em>
2110         <ul>
2111           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2112             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2113           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2114             without timeout for structures with multiple models or
2115             multiple sequences in alignment</li>
2116           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2117             PDB ID HEADER line</li>
2118           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2119             is performed</li>
2120           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2121             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2122           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2123           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2124             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2125             option</li>
2126           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2127             is created on the alignment</li>
2128           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2129             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2130             pop-up menu</li>
2131         </ul>
2132         <em>Build and deployment</em>
2133         <ul>
2134           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2135             tags</li>
2136         </ul>
2137         <em>New Known Issues</em>
2138         <ul>
2139           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2140             on Windows</li>
2141         </ul>
2142       </div>
2143     </td>
2144     </tr>
2145     <tr>
2146       <td width="60" nowrap>
2147         <div align="center">
2148           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2149         </div>
2150       </td>
2151       <td><em>General</em>
2152         <ul>
2153           <li>
2154             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2158             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2159             better PDB parsing.
2160           </li>
2161           <li>
2162             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2163             reference sequence
2164           </li>
2165           <li>
2166             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2167             mousing over sequence associated annotation
2168           </li>
2169           <li>
2170             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2171             for manual entry
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2175             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2176             for each column
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2180             showing or hiding columns containing a feature
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2184             group and sequence associated annotation labels
2185           </li>
2186           <li>
2187             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2188             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2189             dialogs
2190           </li>
2191
2192         </ul> <em>Application</em>
2193         <ul>
2194           <li>
2195             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2196             gene/transcript view
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2200             dialog
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2204             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2205           </li>
2206           <li>
2207             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2208             Pfam sources to xfam.org
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2215             over sequences in Jalview
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2219             regions in ENA and EMBL
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2223             for record retrieval via ENA rest API
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2227             complement operator
2228           </li>
2229           <li>
2230             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2231             groovy script execution
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2235             alignment window's Calculate menu
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2239             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2240           </li>
2241           <li>
2242             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2243             calculation workers from groovy scripts
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2247             Jalview projects
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2251             associations are now saved/restored from project
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2255             before sequence fetcher is opened
2256           </li>
2257           <li>
2258             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2259             database chooser opens a sequence fetcher
2260           </li>
2261           <li>
2262             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2263             the UniProt REST API
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2267             the news reader opening
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2271             querying stored in preferences
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2275             search results
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2282             menu for nucleotide sequences
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2286             and feature counts preserves alignment ordering (and
2287             debugged for complex feature sets).
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2291             viewing structures with Jalview 2.10
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2295             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2296             Ensembl Genomes REST API
2297           </li>
2298           <li>
2299             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2300             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2301             (Ensembl)
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2305             sequences
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2309             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2310             data from external database records.
2311           </li>
2312           <li>
2313             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2314             efficient recovery of sequence coding and alignment
2315             annotation relationships.
2316           </li>
2317         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2318         <ul>
2319           <li>
2320             -- JAL---
2321           </li>
2322         </ul> --></td>
2323       <td>
2324         <div align="left">
2325           <em>General</em>
2326           <ul>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2329               menu on OSX
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2333               includes graduated colourschemes
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2337               working with big alignments and lots of hidden columns
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2341               at right of alignment window
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2345               contents
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2349               for DNA alignments
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2353               based tree calculation
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2357               unconserved enabled for group on alignment
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2361               set as reference
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2365               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2366               annotation
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2370               hidden columns present
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2374               user created annotation added to alignment
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2378               '()' base pair annotation
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2382               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2383               Consensus
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2387               feature not working
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2391               beginning of sequence
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2395               entry 3a6s
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2399               from a tree when t-coffee scores are shown
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2403               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2407               some structures
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2411               to Clustal, PIR and PileUp output
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2415               not visible causes alignment window to repaint
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2419               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2420               scores associated with features and annotation rows
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2424               calculation should be case independent
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2428               columns
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2432               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2433               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2437               problems when reference sequence defined and 'show
2438               non-conserved' enabled
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2442               load even when Consensus calculation is disabled
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2446               alignment does nothing
2447             </li>
2448           </ul>
2449           <em>Application</em>
2450           <ul>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2453               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2454               yet fixed for El Capitan)
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2458               output when running on non-gb/us i18n platforms
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2462               hidden sequences as flat-file alignment
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2466               launching Chimera
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2470               (also hotfix for 2.9.0b2)
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2474               reference sequence defined
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2478               alignments and views when revealing hidden columns
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2482               view in a cDNA/Protein splitframe
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2486               sequence from project when only one sequence is
2487               represented
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2491               in Structure Chooser
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2495               structure consensus didn't refresh annotation panel
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2499               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2503               dialogs format columns correctly, don't display array
2504               data, sort columns according to type
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2508               file chooser is cancelled during an image export
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2512               sequence name containing special characters
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2516               case insensitive
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2520               formatting don't wrap
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2524               truncated so L looks like I in consensus annotation
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2528               currently displayed features for the current selection or
2529               view
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2533               after fetching cross-references, and restoring from
2534               project
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2538               followed in the structure viewer
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2542               splitframe not restored from project
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2546               trailing end of protein alignment in transcript/product
2547               splitview when pad-gaps not enabled by default
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2551               is case dependent
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2555               article has been read (reopened issue due to
2556               internationalisation problems)
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2560               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2561               cross-references
2562             </li>
2563
2564             <li>
2565               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2566               alignment as HTML
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2570               multiple structures are shown for one or more sequences.
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2574               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2575               is enabled.
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2579               specific PDB id for sequence
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2583               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2584               columns' is disabled.
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2588               selects lowest rather than highest resolution structures
2589               for each sequence
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2593               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2597               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2601               after clicking on it to create new annotation for a
2602               column.
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2606               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2607             </li>
2608             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2609             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2610           </ul>
2611           <em>Applet</em>
2612           <ul>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2615               hidden columns present before start of sequence
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2619               (JSON jars)
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2623               sequences are hidden in applet
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2627               deployment on examples pages.
2628             </li>
2629           </ul>
2630         </div>
2631       </td>
2632     </tr>
2633     <tr>
2634       <td width="60" nowrap>
2635         <div align="center">
2636           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2637             <em>16/10/2015</em></strong>
2638         </div>
2639       </td>
2640       <td><em>General</em>
2641         <ul>
2642           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2643             jars</li>
2644         </ul></td>
2645       <td>
2646         <div align="left">
2647           <em>Application</em>
2648           <ul>
2649             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2650               shown when tree is partitioned</li>
2651             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2652               multiple cDNA/Protein split views</li>
2653           </ul>
2654         </div>
2655       </td>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td width="60" nowrap>
2659         <div align="center">
2660           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2661             <em>8/10/2015</em></strong>
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td><em>General</em>
2665         <ul>
2666           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2667             2.9</li>
2668         </ul> <em>Application</em>
2669         <ul>
2670           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2671           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2672           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2673         </ul> <em>Applet</em>
2674         <ul>
2675           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2676         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2677         <ul>
2678           <li>
2679             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2680             suite
2681           </li>
2682         </ul></td>
2683       <td>
2684         <div align="left">
2685           <em>General</em>
2686           <ul>
2687             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2688               incorrect when sequence start > 1</li>
2689             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2690               documentation</li>
2691             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2692             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2693               loading a features file containing HTML tags in feature
2694               description</li>
2695
2696           </ul>
2697           <em>Application</em>
2698           <ul>
2699             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2700               reimport</li>
2701             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2702               with 'trim retrieved sequences'</li>
2703             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2704               deleting selected columns</li>
2705             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2706               JNLP templates for webstart launch</li>
2707             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2708               unreleased structures for download or viewing</li>
2709             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2710               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2711             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2712               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2713             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2714               recovered from jalview project</li>
2715             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2716               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2717               alignment view</li>
2718             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2719               color schemes from BioJSON</li>
2720           </ul>
2721           <em>Applet</em>
2722           <ul>
2723             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2724               frame</li>
2725             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2726           </ul>
2727         </div>
2728       </td>
2729     </tr>
2730     <tr>
2731       <td><div align="center">
2732           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2733         </div></td>
2734       <td><em>General</em>
2735         <ul>
2736           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2737             alignments:
2738             <ul>
2739               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2740                 and DNA alignment views</li>
2741               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2742                 cDNA alignment views</li>
2743               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2744                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2745               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2746                 protein sequences</li>
2747             </ul>
2748           </li>
2749           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2750           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2751             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2752           <li>New alignment annotation file statements for
2753             reference sequences and marking hidden columns</li>
2754           <li>Reference sequence based alignment shading to
2755             highlight variation</li>
2756           <li>Select or hide columns according to alignment
2757             annotation</li>
2758           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2759           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2760             acid conservation row</li>
2761           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2762         </ul> <em>Application</em>
2763         <ul>
2764           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2765             <ul>
2766               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2767                 view with cDNA/Protein</li>
2768               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2769                 sequences are placed in the same alignment</li>
2770               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2771                 projects</li>
2772             </ul>
2773           </li>
2774
2775           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2776           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2777             Jalview windows</li>
2778
2779           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2780           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2781           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2782             be shown in VARNA</li>
2783
2784           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2785             as the active selected region</li>
2786
2787           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2788             similarity</li>
2789           <li>New Export options
2790             <ul>
2791               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2792                 region export in flat file generation</li>
2793
2794               <li>Export alignment views for display with the <a
2795                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2796
2797               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2798               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2799                 alignment figures to HTML</li>
2800           </li>
2801           <li>3D structure retrieval and display
2802             <ul>
2803               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2804                 Search API</li>
2805               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2806                 PDB structures for a sequence set</li>
2807             </ul>
2808           </li>
2809
2810           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2811             predictions</li>
2812           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2813             for one or a group of sequences</li>
2814           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2815             from the JPred4 web server</li>
2816           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2817             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2818             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2819           </li>
2820           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2821             VARNA 2D Structure'</li>
2822           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2823             Structure ..."</li>
2824
2825         </ul> <em>Applet</em>
2826         <ul>
2827           <li>New layout for applet example pages</li>
2828           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2829             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2830           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2831             Protein alignments</li>
2832         </ul> <em>Development and deployment</em>
2833         <ul>
2834           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2835           <li>Include installation type and git revision in build
2836             properties and console log output</li>
2837           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2838             storing BioJsMSA Templates</li>
2839           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2840         </ul></td>
2841       <td>
2842         <!-- <em>General</em>
2843         <ul>
2844         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2845         <ul>
2846           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2847           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2848           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2849             predictions are not highlighted in amber</li>
2850           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2851             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2852           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2853             associated structure views</li>
2854           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2855             width checkbox not enabled</li>
2856           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2857             creating user defined colours</li>
2858           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2859             mappings for just that viewer's sequences</li>
2860           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2861             multiple models in Chimera</li>
2862           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2863             over Jmol structure</li>
2864           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2865             output to text box</li>
2866           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2867             have incorrect sequence start/end</li>
2868           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2869             Jalview fails</li>
2870           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2871             work for nucleotide</li>
2872           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2873             to a grey/invisible alignment window</li>
2874           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2875             imports to different position</li>
2876           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2877             on some platforms</li>
2878           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2879             populated</li>
2880           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2881             console if Chimera has been opened</li>
2882           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2883           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2884             retrieved</li>
2885           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2886           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2887             either sequence shows on first structure</li>
2888           <li>'Show annotations' options should not make
2889             non-positional annotations visible</li>
2890           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2891             in right place after 'view flanking regions'</li>
2892           <li>File Save As type unset when current file format is
2893             unknown</li>
2894           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2895             projects</li>
2896           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2897             responsive</li>
2898           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2899             several views on same alignment</li>
2900           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2901           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2902             spaces</li>
2903         </ul> <em>Applet</em>
2904         <ul>
2905           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2906           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2907             descriptions containing angle brackets</li>
2908         </ul> <em>General</em>
2909         <ul>
2910           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2911             via jalview annotation file</li>
2912           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2913             with RNA secondary structure</li>
2914           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2915             translation doesn't work.</li>
2916           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2917           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2918             positions</li>
2919           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2920             choosing 1pt font</li>
2921           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2922             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2923             'h'</li>
2924           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2925             new feature</li>
2926           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2927             order dependent</li>
2928           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2929             sequences</li>
2930           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2931         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2932         <ul>
2933           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2934             www.jalview.org</li>
2935         </ul> <em>Application Known issues</em>
2936         <ul>
2937           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2938           <li>Misleading message appears after trying to delete
2939             solid column.</li>
2940           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2941             version launches</li>
2942           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2943             fails with a sequence mismatch</li>
2944           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2945             scrolling alignment to right</li>
2946           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2947             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2948           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2949             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2950           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2951             ultra-high resolution</li>
2952           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2953             quality and conservation</li>
2954           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2955             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2956         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2957         <ul>
2958           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2959           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2960             window is being resized</li>
2961
2962         </ul>
2963       </td>
2964     </tr>
2965     <tr>
2966       <td><div align="center">
2967           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2968         </div></td>
2969       <td><em>General</em>
2970         <ul>
2971           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2972             Certum.PL.</li>
2973           <li>Features and annotation preserved when performing
2974             pairwise alignment</li>
2975           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2976             imported/exported/displayed</li>
2977           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2978             protein secondary structure</li>
2979           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2980               post-hoc with 2.9 release</em>)
2981           </li>
2982
2983         </ul> <em>Application</em>
2984         <ul>
2985           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2986             with 3D structures</li>
2987           <li>Support for parsing RNAML</li>
2988           <li>Annotations menu for layout
2989             <ul>
2990               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2991               <li>place sequence annotation above/below alignment
2992                 annotation</li>
2993             </ul>
2994           <li>Output in Stockholm format</li>
2995           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2996             translation</li>
2997           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2998           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2999             shared between alignments</li>
3000           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3001             Jalview</li>
3002           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3003             all or current selection</li>
3004           <li>disorder and secondary structure predictions
3005             available as dataset annotation</li>
3006           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3007
3008
3009           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3010             alignments from Rfam</li>
3011           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3012
3013           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3014             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3015           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3016           <li>include installation type in build properties and
3017             console log output</li>
3018           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3019             annotation</li>
3020         </ul></td>
3021       <td>
3022         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3023         <ul>
3024           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3025             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3026           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3027             alignment</li>
3028           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3029           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3030           <li>Double click on sequence associated annotation
3031             selects only first column</li>
3032           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3033             leaves shown in tree</li>
3034           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3035             properly</li>
3036           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3037           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3038             screen and buttons not visible</li>
3039           <li>author list isn't updated if already written to
3040             Jalview properties</li>
3041           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3042             from database</li>
3043           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3044           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3045             browser search window</li>
3046           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3047             in feature settings dialog</li>
3048           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3049             desktop</li>
3050           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3051             pass validation</li>
3052           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3053             fit on screen</li>
3054           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3055             tooltip</li>
3056           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3057             defined user preset</li>
3058           <li>MSA web services warns user if they were launched
3059             with invalid input</li>
3060           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3061             Java 8</li>
3062           <li>
3063             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3064             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3065             created
3066           </li>
3067
3068         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3069         <ul>
3070         </ul> <em>General</em>
3071         <ul>
3072         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3073         <ul>
3074           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3075             memory allocation</li>
3076           <li>launchApp service doesn't automatically open
3077             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3078           <li>
3079             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3080             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3081             1.7_055 is available
3082           </li>
3083         </ul> <em>Application Known issues</em>
3084         <ul>
3085           <li>
3086             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3087             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3088             alignment to right
3089           </li>
3090           <li>
3091             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3092             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3093             with large number of ID
3094           </li>
3095           <li>
3096             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3097             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3098             start/end
3099           </li>
3100           <li>
3101             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3102             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3103             structure tracks are rearranged
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3107             invalid rna structure positional highlighting does not
3108             highlight position of invalid base pairs
3109           </li>
3110           <li>
3111             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3112             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3113             project from alignment window file menu
3114           </li>
3115           <li>
3116             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3117             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3118             structures
3119           </li>
3120           <li>
3121             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3122             colour by RNA Helices not enabled when user created
3123             annotation added to alignment
3124           </li>
3125           <li>
3126             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3127             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3128           </li>
3129         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3130         <ul>
3131           <li>
3132             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3133             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3134           </li>
3135           <li>
3136             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3137             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3138           </li>
3139
3140           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3141             when selected</li>
3142         </ul>
3143       </td>
3144     </tr>
3145     <tr>
3146       <td><div align="center">
3147           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3148         </div></td>
3149       <td>
3150         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3151         <em>General</em>
3152         <ul>
3153           <li>Internationalisation of user interface (usually
3154             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3155           <li>Define/Undefine group on current selection with
3156             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3157           <li>Improved group creation/removal options in
3158             alignment/sequence Popup menu</li>
3159           <li>Sensible precision for symbol distribution
3160             percentages shown in logo tooltip.</li>
3161           <li>Annotation panel height set according to amount of
3162             annotation when alignment first opened</li>
3163         </ul> <em>Application</em>
3164         <ul>
3165           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3166             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3167           <li>Select columns containing particular features from
3168             Feature Settings dialog</li>
3169           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3170             sequences</li>
3171           <li>Update Jalview project format:
3172             <ul>
3173               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3174               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3175                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3176               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3177                 colouring</li>
3178             </ul>
3179           </li>
3180           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3181             (PAM250)</li>
3182           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3183             flanking regions for an alignment</li>
3184         </ul>
3185       </td>
3186       <td>
3187         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3188         <ul>
3189           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3190             running after job is cancelled</li>
3191           <li>cannot export features from alignments imported from
3192             Jalview/VAMSAS projects</li>
3193           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3194             float values</li>
3195           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3196             have 'display all symbols' flag set</li>
3197           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3198             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3199           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3200             Jalview</li>
3201           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3202             Lion/Webstart</li>
3203           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3204           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3205           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3206             alignment onto desktop</li>
3207           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3208             'extract scores' function</li>
3209           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3210             alignment window</li>
3211           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3212             performing IUPred disorder prediction</li>
3213           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3214             changing 'normalise logo' display setting</li>
3215           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3216             nothing matches query</li>
3217           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3218             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3219           </li>
3220           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3221             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3222           </li>
3223           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3224             Jalview's menu</li>
3225           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3226             'invalid literal/length code'</li>
3227           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3228             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3229           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3230             colourscheme</li>
3231
3232         </ul> <em>Applet</em>
3233         <ul>
3234           <li>Remove group option is shown even when selection is
3235             not a group</li>
3236           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3237             don't affect groups</li>
3238           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3239             colourscheme name</li>
3240           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3241             Annotation panel is not displayed</li>
3242           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3243             embedded windows</li>
3244         </ul> <em>Other</em>
3245         <ul>
3246           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3247             single sequence were not calculated</li>
3248           <li>annotation files that contain only groups imported as
3249             annotation and junk sequences</li>
3250           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3251             recognised as PFAM or BLC</li>
3252           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3253             doesn't affect background (2.8.0b1)
3254           <li></li>
3255           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3256           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3257             trailing gaps</li>
3258           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3259             registered correctly on import</li>
3260           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3261             certain alignments</li>
3262           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3263             existing annotation based 'use original colours'
3264             colourscheme loses original colours setting</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267     </tr>
3268     <tr>
3269       <td><div align="center">
3270           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3271             <em>30/1/2014</em></strong>
3272         </div></td>
3273       <td>
3274         <ul>
3275           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3276             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3277             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3278             open source project).
3279           </li>
3280           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3281           <li>Output in Stockholm format</li>
3282           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3283           <li>Export/import group and sequence associated line
3284             graph thresholds</li>
3285           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3286             ambiguity codes</li>
3287           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3288             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3289             works</li>
3290           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3291         </ul> <em>Other improvements</em>
3292         <ul>
3293           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3294           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3295             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3296           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3297             files</li>
3298           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3299           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3300             link but no description</li>
3301           <li>Select primary source when selecting authority in
3302             database fetcher GUI</li>
3303           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3304             Jalview</li>
3305           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3311             displayed</li>
3312           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3313             secondary structure annotation line</li>
3314           <li>Sequence database accessions not imported when
3315             fetching alignments from Rfam</li>
3316           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3317             identical IDs</li>
3318           <li>View all structures does not always superpose
3319             structures</li>
3320           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3321             reflect user or preset settings</li>
3322           <li>Null pointer exceptions for some services without
3323             presets or adjustable parameters</li>
3324           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3325             discover PDB xRefs</li>
3326           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3327             features with DAS</li>
3328           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3329             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3330           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3331             residue follows a gap</li>
3332           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3333             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3334           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3335             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3336           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3337             annotation already exists on alignment</li>
3338           <li>oninit javascript function should be called after
3339             initialisation completes</li>
3340           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3341             alignment window display</li>
3342           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3343           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3344             to annotation file</li>
3345           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3346             groups created</li>
3347           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3348             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3349           <li>Pressing return several times causes Number Format
3350             exceptions in keyboard mode</li>
3351           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3352             correct partitions for input data</li>
3353           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3354           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3355           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3356           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3357             mode</li>
3358           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3359             changes one row&#39;s threshold</li>
3360           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3361             doesn&#39;t open</li>
3362           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3363             quality histograms</li>
3364         </ul>
3365       </td>
3366     </tr>
3367     <tr>
3368       <td><div align="center">
3369           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3370         </div></td>
3371       <td><em>Application</em>
3372         <ul>
3373           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3374             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3375           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3376             preferences</li>
3377           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3378             in Jalview alignment window</li>
3379           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3380             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3381           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3382             RNA and ambiguity codes</li>
3383
3384           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3385           <li>Support fetching and database reference look up
3386             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3387             refs')</li>
3388           <li>Jalview project improvements
3389             <ul>
3390               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3391                 flag for annotation</li>
3392               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3393                 alignment</li>
3394               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3395                 Jalview project</li>
3396
3397             </ul>
3398           </li>
3399           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3400           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3401             running</li>
3402           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3403           <li>visual indication that web service results are still
3404             being retrieved from server</li>
3405           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3406             starts up for first time</li>
3407           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3408             services</li>
3409           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3410             client library</li>
3411           <li>Examples directory and Groovy library included in
3412             InstallAnywhere distribution</li>
3413         </ul> <em>Applet</em>
3414         <ul>
3415           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3416             visualization applet example</li>
3417         </ul> <em>General</em>
3418         <ul>
3419           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3420           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3421             defaults</li>
3422           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3423             calculation</li>
3424           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3425             matrices
3426           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3427             in HTML</li>
3428           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3429             structure contacts</li>
3430           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3431           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3432           <li>Parse sequence associated secondary structure
3433             information in Stockholm files</li>
3434           <li>HTML Export database accessions and annotation
3435             information presented in tooltip for sequences</li>
3436           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3437             style RNA alignment files</li>
3438           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3439             alignment</li>
3440           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3441             shade each sequence according to its associated alignment
3442             annotation</li>
3443           <li>New Jalview Logo</li>
3444         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3445         <ul>
3446           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3447           <li>New Website!</li>
3448         </ul></td>
3449       <td><em>Application</em>
3450         <ul>
3451           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3452             wsdbfetch REST service</li>
3453           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3454           <li>Filetype associations not installed for webstart
3455             launch</li>
3456           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3457             job execution in full once it is complete</li>
3458           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3459             uploaded via ali_file parameter</li>
3460           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3461           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3462           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3463             submitted for prediction</li>
3464           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3465             desktop window</li>
3466           <li>Putting fractional value into integer text box in
3467             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3468           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3469             windows 7</li>
3470           <li>View all structures fails with exception shown in
3471             structure view</li>
3472           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3473             escaped in a platform independent way</li>
3474           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3475             using proxy</li>
3476           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3477             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3478           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3479             failure when java web start temporary file caching is
3480             disabled</li>
3481           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3482             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3483           <li>Errors during processing of command line arguments
3484             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3485           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3486             DAS sources in sequence fetcher</li>
3487           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3488             dialog is shown</li>
3489           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3490           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3491           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3492           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3493             on OSX Mountain Lion</li>
3494           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3495             sequences with alignment annotation are pasted into the
3496             alignment</li>
3497           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3498             when loaded from Jalview project</li>
3499           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3500           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3501             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3502           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3503             associated with all views</li>
3504           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3505             annotation rows to new window</li>
3506         </ul> <em>Applet</em>
3507         <ul>
3508           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3509             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3510           <li>loading features via javascript API automatically
3511             enables feature display</li>
3512           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3513             work</li>
3514         </ul> <em>General</em>
3515         <ul>
3516           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3517           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3518             and then deselected</li>
3519           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3520           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3521             coloured with clustalx</li>
3522           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3523             exceptions and redraw errors</li>
3524           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3525             reconfigured view</li>
3526           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3527             colour</li>
3528           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3529             for lots of labels</li>
3530         </ul>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td>
3534         <div align="center">
3535           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3536         </div>
3537       </td>
3538       <td><em>Application</em>
3539         <ul>
3540           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3541           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3542           <li>View/alignment association menu to enable user to
3543             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3544             its colours/correspondences from</li>
3545           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3546           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3547             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3548           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3549           <li>Annotation row column label formatting attributes
3550             stored in project file</li>
3551           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3552             rows preserved in Jalview project file</li>
3553           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3554             saved using Desktop window menu</li>
3555           <li>Visual indication that command line arguments are
3556             still being processed</li>
3557           <li>Groovy script execution from URL</li>
3558           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3559             preferences</li>
3560           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3561             alignment with sequences that have high similarity and
3562             matching IDs</li>
3563           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3564           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3565             structures in same window</li>
3566           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3567           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3568             analysis function in its own submenu</li>
3569         </ul> <em>Applet</em>
3570         <ul>
3571           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3572             groups</li>
3573           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3574           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3575           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3576           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3577           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3578             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3579           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3580           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3581             parameters are treated as such</li>
3582           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3583             <ul>
3584               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3585               <li>Javascript callbacks for
3586                 <ul>
3587                   <li>Applet initialisation</li>
3588                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3589                 </ul>
3590               </li>
3591               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3592                 functions</li>
3593               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3594               <li>javascript structure viewer harness to pass
3595                 messages between Jmol and Jalview when running as
3596                 distinct applets</li>
3597               <li>sortBy method</li>
3598               <li>Set of applet and application examples shipped
3599                 with documentation</li>
3600               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3601                 javascript message exchange</li>
3602             </ul>
3603         </ul> <em>General</em>
3604         <ul>
3605           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3606             multiple alignments</li>
3607           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3608           <li>User configurable link to enable redirects to a
3609             www.Jalview.org mirror</li>
3610           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3611           <li>Configurable newline string when writing alignment
3612             and other flat files</li>
3613           <li>Allow alignment annotation description lines to
3614             contain html tags</li>
3615         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3616         <ul>
3617           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3618             examples</li>
3619           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3620             using a web service before displaying the result in the
3621             Jalview desktop</li>
3622           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3623           <li>Ant target to publish example html files with applet
3624             archive</li>
3625           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3626           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3627         </ul></td>
3628       <td><em>Application</em>
3629         <ul>
3630           <li>User defined colourscheme throws exception when
3631             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3632           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3633             dialog for valid filename/format</li>
3634           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3635           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3636             P37173</li>
3637           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3638             which sequence is to be associated with the file</li>
3639           <li>Find All raises null pointer exception when query
3640             only matches sequence IDs</li>
3641           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3642           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3643             2.4 cannot be loaded</li>
3644           <li>Filetype associations not installed for webstart
3645             launch</li>
3646           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3647             with sequences in different alignments do not get coloured
3648             by their associated sequence</li>
3649           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3650             not preserved when project is loaded</li>
3651           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3652             stored in Jalview project</li>
3653           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3654             Jalview project</li>
3655           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3656           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3657             by conservation</li>
3658           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3659             created on new view</li>
3660           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3661             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3662           <li>Alignment quality not updated after alignment
3663             annotation row is hidden then shown</li>
3664           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3665             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3666           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3667             properly</li>
3668           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3669             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3670           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3671           <li>Structures imported from file and saved in project
3672             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3673           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3674             job execution in full once it is complete</li>
3675         </ul> <em>Applet</em>
3676         <ul>
3677           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3678             annotation rows are displayed</li>
3679           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3680             codebase</li>
3681           <li>View follows highlighting does not work for positions
3682             in sequences</li>
3683           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3684           <li>Export features raises exception when no features
3685             exist</li>
3686           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3687             for javascript api is modified when separator string
3688             provided as parameter</li>
3689           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3690             alignment with no existing selection</li>
3691           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3692             to applet&#39;s codebase</li>
3693           <li>Status bar not updated after finished searching and
3694             search wraps around to first result</li>
3695           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3696             several Jalview applets causes race conditions and memory
3697             leaks</li>
3698           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3699             not sent from Jmol in applet</li>
3700           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3701             applet API fatally hang browser</li>
3702         </ul> <em>General</em>
3703         <ul>
3704           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3705             position with wrapped view and hidden regions</li>
3706           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3707             with/without hidden columns</li>
3708           <li>Sequence length given in alignment properties window
3709             is off by 1</li>
3710           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3711             import PDB like structure files</li>
3712           <li>Positional search results are only highlighted
3713             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3714           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3715           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3716             given sequence position</li>
3717           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3718             output</li>
3719           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3720             from nucleotide chains correctly</li>
3721           <li>Structure colours not updated when tree partition
3722             changed in alignment</li>
3723           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3724             parsed in interleaved stockholm</li>
3725           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3726             state</li>
3727           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3728             properly</li>
3729           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3730             properly associated with their pdb files</li>
3731         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3732         <ul>
3733           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3734             ApplyCopyright tool</li>
3735         </ul></td>
3736     </tr>
3737     <tr>
3738       <td>
3739         <div align="center">
3740           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3741         </div>
3742       </td>
3743       <td><em>Application</em>
3744         <ul>
3745           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3746             contact web services</li>
3747           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3748             service job window</li>
3749           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3750         </ul></td>
3751       <td>
3752         <ul>
3753           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3754             pir file emitted by Jalview</li>
3755           <li>Existing feature settings transferred to new
3756             alignment view created from cut'n'paste</li>
3757           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3758             parsing PDB files</li>
3759           <li>Consensus and conservation annotation rows
3760             occasionally become blank for all new windows</li>
3761           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3762             in wrapped view mode</li>
3763         </ul> <em>Application</em>
3764         <ul>
3765           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3766             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3767           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3768             parameter names</li>
3769           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3770             is down</li>
3771         </ul>
3772       </td>
3773     </tr>
3774     <tr>
3775       <td>
3776         <div align="center">
3777           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3778         </div>
3779       </td>
3780       <td><em>Application</em>
3781         <ul>
3782           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3783             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3784             (JABAWS)
3785           </li>
3786           <li>Web Services preference tab</li>
3787           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3788             preferences</li>
3789           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3790           <li>Superpose structures using associated sequence
3791             alignment</li>
3792           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3793             viewer</li>
3794         </ul> <em>Applet</em>
3795         <ul>
3796           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3797             link out mechanism</li>
3798         </ul> <em>Other</em>
3799         <ul>
3800           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3801             series 12</li>
3802           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3803             require Java 1.5</li>
3804           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3805             sequence annotation files</li>
3806           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3807             type colour specification</li>
3808           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3809             script to check if it being run in an interactive session or
3810             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3811         </ul></td>
3812       <td>
3813         <ul>
3814           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3815             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3816         </ul> <em>Application</em>
3817         <ul>
3818           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3819             selected Regions menu item</li>
3820           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3821             part of a valid accession ID</li>
3822           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3823             runs out of memory</li>
3824           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3825             analysis results</li>
3826           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3827             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3828           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3829         </ul> <em>Applet</em>
3830         <ul>
3831           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3832             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3833             defined.</li>
3834         </ul>
3835       </td>
3836     </tr>
3837     <tr>
3838       <td>
3839         <div align="center">
3840           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3841         </div>
3842       </td>
3843       <td></td>
3844       <td>
3845         <ul>
3846           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3847             sequence IDs</li>
3848           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3849             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3850           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3851             import correctly</li>
3852           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3853             number of columns are hidden</li>
3854           <li>annotation label popup menu not providing correct
3855             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3856             present</li>
3857           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3858             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3859           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3860             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3861
3862         </ul> <em>Applet</em>
3863         <ul>
3864           <li>annotation panel disappears when annotation is
3865             hidden/removed</li>
3866         </ul> <em>Application</em>
3867         <ul>
3868           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3869             alignment opened where annotation panel is visible but no
3870             annotations are present on alignment</li>
3871           <li>pasted region containing hidden columns is
3872             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3873           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3874             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3875           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3876             selected Rregions menu item.</li>
3877           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3878             'Un' or 'Non'conserved</li>
3879           <li>Sequence feature settings are being shared by
3880             multiple distinct alignments</li>
3881           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3882             changed</li>
3883           <li>double click on group annotation to select sequences
3884             does not propagate to associated trees</li>
3885           <li>Mac OSX specific issues:
3886             <ul>
3887               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3888                 window background</li>
3889               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3890                 name set correctly</li>
3891               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3892                 save feature colourscheme button</li>
3893             </ul>
3894           </li>
3895         </ul>
3896       </td>
3897     </tr>
3898     <tr>
3899
3900       <td>
3901         <div align="center">
3902           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3903         </div>
3904       </td>
3905       <td><em>New Capabilities</em>
3906         <ul>
3907           <li>URL links generated from description line for
3908             regular-expression based URL links (applet and application)
3909
3910           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3911             menu</li>
3912           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3913             structures</li>
3914           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3915             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3916           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3917             average score or total feature count for each sequence.</li>
3918           <li>Shading features by score or associated description</li>
3919           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3920             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3921           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3922             hide everything but the currently selected region.</li>
3923           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3924         </ul> <em>Application</em>
3925         <ul>
3926           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3927             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3928           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3929             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3930           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3931             database references and protein_name is parsed as
3932             description line (BioSapiens terms).</li>
3933           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3934             references in sequence ID tooltip from View menu in
3935             application.</li>
3936           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3937       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3938           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3939             conservation plots</li>
3940           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3941             and visualized as sequence logos</li>
3942           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3943             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3944           </li>
3945           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3946             when a new tree is opened.</li>
3947           <li>Jalview Java Console</li>
3948           <li>Better placement of desktop window when moving
3949             between different screens.</li>
3950           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3951             consensus annotation</li>
3952           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3953             Workflows</li>
3954           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3955             <ul>
3956               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3957                 used to preserve views, structures, and tree display
3958                 settings)</li>
3959               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3960                 command line</li>
3961               <li>Sharing of selected regions between views and
3962                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3963               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3964             </ul></li>
3965         </ul> <em>Applet</em>
3966         <ul>
3967           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3968           <li>New Parameters
3969             <ul>
3970               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3971                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3972                 opened.</li>
3973               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3974                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3975               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3976                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3977               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3978                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3979                 view</li>
3980               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3981                 increase the height or width of a cell in the alignment
3982                 grid relative to the current font size.</li>
3983             </ul>
3984           </li>
3985           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3986             tooltip</li>
3987         </ul> <em>Other</em>
3988         <ul>
3989           <li>Features format: graduated colour definitions and
3990             specification of feature scores</li>
3991           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3992             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3993             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3994           <li>XML formats extended to support graduated feature
3995             colourschemes, group associated annotation, and profile
3996             visualization settings.</li></td>
3997       <td>
3998         <ul>
3999           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4000             rather than description</li>
4001           <li>Non-positional features are now included in sequence
4002             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4003             visibility in tooltip).</li>
4004           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4005           <li>Added URL embedding instructions to features file
4006             documentation.</li>
4007           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4008             'X' in peptide product</li>
4009           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4010             sequence ID and sequence string and query strings do not
4011             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4012           <li>AMSA files only contain first column of
4013             multi-character column annotation labels</li>
4014           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4015             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4016             exported and re-imported)</li>
4017           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4018             name</li>
4019           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4020             as subsequence matches, and correctly reports total number
4021             of both.</li>
4022           <li>Application:
4023             <ul>
4024               <li>Better handling of exceptions during sequence
4025                 retrieval</li>
4026               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4027                 link text excludes the start_end suffix</li>
4028               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4029                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4030               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4031               <li>Sequence description lines properly shared via
4032                 VAMSAS</li>
4033               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4034                 data sources</li>
4035               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4036                 completes before alignment figures are generated.</li>
4037               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4038                 first time.</li>
4039               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4040                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4041               <li>User defined group colours properly recovered
4042                 from Jalview projects.</li>
4043             </ul>
4044           </li>
4045         </ul>
4046       </td>
4047
4048     </tr>
4049     <tr>
4050       <td>
4051         <div align="center">
4052           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4053         </div>
4054       </td>
4055       <td>
4056         <ul>
4057           <li>Experimental support for google analytics usage
4058             tracking.</li>
4059           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062       <td>
4063         <ul>
4064           <li>Race condition in applet preventing startup in
4065             jre1.6.0u12+.</li>
4066           <li>Exception when feature created from selection beyond
4067             length of sequence.</li>
4068           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4069           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4070             all sequences with a given id</li>
4071           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4072             ID string searches</li>
4073           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4074             alignment to fail with exception</li>
4075         </ul> <em>Application Issues</em>
4076         <ul>
4077           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4078           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4079             data sources</li>
4080         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4081         <ul>
4082           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4083             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4084           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4085             version (java class versioning error fixed)</li>
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td>
4091
4092         <div align="center">
4093           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4094         </div>
4095       </td>
4096       <td><em>User Interface</em>
4097         <ul>
4098           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4099             translation and protein products</li>
4100           <li>Linked highlighting of structure associated with
4101             residue mapping to codon position</li>
4102           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4103             and 'clear' button</li>
4104           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4105             Tools menu</li>
4106           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4107             numeric data in description line</li>
4108           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4109           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4110             of sequence</li>
4111         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4112         <ul>
4113           <li>JPred3 web service</li>
4114           <li>Prototype sequence search client (no public services
4115             available yet)</li>
4116           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4117             PFAM</li>
4118           <li>URL Links created for matching database cross
4119             references as well as sequence ID</li>
4120           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4121         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4122         <ul>
4123           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4124             databases</li>
4125           <li>Generalised database reference retrieval and
4126             validation to all fetchable databases</li>
4127           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4128             sequence command</li>
4129         </ul> <em>Import and Export</em>
4130         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4131         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4132           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4133         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4134           File</li>
4135         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4136           triplet as name of colourscheme</li>
4137         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4138         <ul>
4139           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4140           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4141             alignments (experimental)</li>
4142           <li>Create new or select existing session to join</li>
4143           <li>load and save of vamsas documents</li>
4144         </ul> <em>Application command line</em>
4145         <ul>
4146           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4147             from applet)</li>
4148           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4149             of DAS servers to query for alignment features</li>
4150           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4151             that are also automatically queried for features</li>
4152           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4153             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4154         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4155         <ul>
4156           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4157             application (when using &quot;View in full
4158             application&quot;)</li>
4159         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4160         <ul>
4161           <li>feature group display control parameter</li>
4162           <li>debug parameter</li>
4163           <li>showbutton parameter</li>
4164         </ul> <em>Applet API methods</em>
4165         <ul>
4166           <li>newView public method</li>
4167           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4168           <li>Feature display control methods</li>
4169           <li>get list of currently selected sequences</li>
4170         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4171         <ul>
4172           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4173           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4174             Jalview release.</li>
4175           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4176             property controls execution of obfuscator</li>
4177           <li>Build target for generating source distribution</li>
4178           <li>Debug flag for javacc</li>
4179           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4180             jalview.bin.Cache</li>
4181           <li>Continuous Build Integration for stable and
4182             development version of Application, Applet and source
4183             distribution</li>
4184         </ul></td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>selected region output includes visible annotations
4188             (for certain formats)</li>
4189           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4190             for editing</li>
4191           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4192           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4193           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4194           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4195             comments</li>
4196           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4197             filenames containing a ':'</li>
4198           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4199             global sequence features</li>
4200           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4201             references from alignment sequences goes to zero</li>
4202           <li>Close of tree branch colour box without colour
4203             selection causes cascading exceptions</li>
4204           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4205           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4206             file parsing fails.</li>
4207           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4208           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4209             not a valid output format</li>
4210           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4211             vamsas</li>
4212           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4213           <li>error messages passed up and output when data read
4214             fails</li>
4215           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4216             sequence is edited</li>
4217           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4218             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4219           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4220             filetype</li>
4221           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4222             import fixed for PFAM records</li>
4223           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4224             window list</li>
4225           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4226             can be read and written correctly to annotation file</li>
4227           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4228             correctly</li>
4229           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4230             non-italic font for representatives in Applet</li>
4231           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4232             Macs.</li>
4233           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4234             Applet)</li>
4235           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4236             due to null pointer exceptions</li>
4237           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4238             first column of alignment</li>
4239           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4240             July 2008</li>
4241           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4242             file is case-insensitive</li>
4243           <li>Sequence features read from Features file appended to
4244             all sequences with matching IDs</li>
4245           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4246             containing a sub-sequence</li>
4247           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4248           <li>feature and annotation file applet parameters
4249             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4250           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4251           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4252             splash-screen version check to complete</li>
4253           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4254             when passing them to the launchApp service</li>
4255           <li>display name and local features preserved in results
4256             retrieved from web service</li>
4257           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4258             sequence fetcher initialisation</li>
4259           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4260             dasobert DAS client</li>
4261           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4262             association</li>
4263           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4264             sequences
4265           </li>
4266         </ul>
4267       </td>
4268     </tr>
4269     <tr>
4270       <td>
4271         <div align="center">
4272           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4273         </div>
4274       </td>
4275       <td>
4276         <ul>
4277           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4278           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4279           <li>Slide sequences</li>
4280           <li>Edit sequence in place</li>
4281           <li>EMBL CDS features</li>
4282           <li>DAS Feature mapping</li>
4283           <li>Feature ordering</li>
4284           <li>Alignment Properties</li>
4285           <li>Annotation Scores</li>
4286           <li>Sort by scores</li>
4287           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4288         </ul>
4289       </td>
4290       <td>
4291         <ul>
4292           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4293           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4294           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4295           <li>Feature group display state in XML</li>
4296           <li>Feature ordering in XML</li>
4297           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4298           <li>Stockholm alignment properties</li>
4299           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4300           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4301           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4302           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4303         </ul>
4304       </td>
4305
4306     </tr>
4307     <tr>
4308       <td>
4309         <div align="center">
4310           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4311         </div>
4312       </td>
4313       <td>
4314         <ul>
4315           <li>Non standard characters can be read and displayed
4316           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4317             applet via textbox
4318           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4319             name &amp; description
4320           <li>Preference setting to display sequence name in
4321             italics
4322           <li>Annotation file format extended to allow
4323             Sequence_groups to be defined
4324           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4325             specified in preferences
4326           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4327             sequences
4328         </ul>
4329       </td>
4330       <td>
4331         <ul>
4332           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4333             installed
4334           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4335           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4336         </ul>
4337       </td>
4338     </tr>
4339     <tr>
4340       <td>
4341         <div align="center">
4342           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4343         </div>
4344       </td>
4345       <td>
4346         <ul>
4347           <li>Multiple views on alignment
4348           <li>Sequence feature editing
4349           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4350           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4351           <li>Background dependent text colour
4352           <li>Right align sequence ids
4353           <li>User-defined lower case residue colours
4354           <li>Format Menu
4355           <li>Select Menu
4356           <li>Menu item accelerator keys
4357           <li>Control-V pastes to current alignment
4358           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4359           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4360           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4361
4362           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4363         </ul>
4364       </td>
4365       <td>
4366         <ul>
4367           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4368           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4369             calculations
4370           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4371             edits
4372           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4373             of alignment)
4374           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4375
4376           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4377             display correctly
4378           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4379           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4380             analysis results
4381           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4382             &#8739;
4383           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4384           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4385           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4386
4387         </ul>
4388       </td>
4389     </tr>
4390     <tr>
4391       <td>
4392         <div align="center">
4393           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4394         </div>
4395       </td>
4396       <td>
4397         <ul>
4398           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4399         </ul>
4400       </td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4404             sequence id panel has been resized</li>
4405           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4406             rendered</li>
4407           <li>Annotation files with sequence references - all
4408             elements in file are relative to sequence position</li>
4409           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4410         </ul>
4411       </td>
4412     </tr>
4413     <tr>
4414       <td>
4415         <div align="center">
4416           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4417         </div>
4418       </td>
4419       <td>
4420         <ul>
4421           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4422           <li>DAS Feature fetching</li>
4423           <li>Hide sequences and columns</li>
4424           <li>Export Annotations and Features</li>
4425           <li>GFF file reading / writing</li>
4426           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4427             files</li>
4428           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4429           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4430           <li>Applet can launch the full application</li>
4431           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4432             required)</li>
4433           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4434           <li>Applet can load sequences from parameter
4435             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4436           </li>
4437         </ul>
4438       </td>
4439       <td>
4440         <ul>
4441           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4442           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4443           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4444         </ul>
4445       </td>
4446     </tr>
4447     <tr>
4448       <td>
4449         <div align="center">
4450           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4451         </div>
4452       </td>
4453       <td>
4454         <ul>
4455           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4456           <li>Choose to match case when searching</li>
4457           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4458             expand the visible width and height of the alignment</li>
4459         </ul>
4460       </td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4464         </ul>
4465       </td>
4466     </tr>
4467     <tr>
4468       <td>
4469         <div align="center">
4470           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4471         </div>
4472       </td>
4473       <td>&nbsp;</td>
4474       <td>
4475         <ul>
4476           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4477           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4478             value</li>
4479         </ul>
4480       </td>
4481     </tr>
4482     <tr>
4483       <td>
4484         <div align="center">
4485           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4486         </div>
4487       </td>
4488       <td>
4489         <ul>
4490           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4491           <li>Keyboard editing</li>
4492           <li>Create sequence features from searches</li>
4493           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4494             alignments</li>
4495           <li>Features file allows grouping of features</li>
4496           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4497           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4498           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4499         </ul>
4500       </td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4504           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4505             descriptions saved.</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508     </tr>
4509     <tr>
4510       <td>
4511         <div align="center">
4512           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4513         </div>
4514       </td>
4515       <td>
4516         <ul>
4517           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4518           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4519           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4520             name for file output</li>
4521           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4522           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4523             used for HTML form input</li>
4524         </ul>
4525       </td>
4526       <td>
4527         <ul>
4528           <li>HTML output writes groups and features</li>
4529           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4530           <li>File IO bugs</li>
4531         </ul>
4532       </td>
4533     </tr>
4534     <tr>
4535       <td>
4536         <div align="center">
4537           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4538         </div>
4539       </td>
4540       <td>
4541         <ul>
4542           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4543           <li>More options for PCA viewer</li>
4544         </ul>
4545       </td>
4546       <td>
4547         <ul>
4548           <li>GUI bugs resolved</li>
4549           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4550         </ul>
4551       </td>
4552     </tr>
4553     <tr>
4554       <td height="63">
4555         <div align="center">
4556           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4557         </div>
4558       </td>
4559       <td>
4560         <ul>
4561           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4562           <li>Jar files are executable</li>
4563           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4564         </ul>
4565       </td>
4566       <td>
4567         <ul>
4568           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4569           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4570           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4571         </ul>
4572       </td>
4573     </tr>
4574     <tr>
4575       <td>
4576         <div align="center">
4577           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4578         </div>
4579       </td>
4580       <td>
4581         <ul>
4582           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4583         </ul>
4584       </td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4588         </ul>
4589       </td>
4590     </tr>
4591     <tr>
4592       <td>
4593         <div align="center">
4594           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4595         </div>
4596       </td>
4597       <td>
4598         <ul>
4599           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4600             size</li>
4601         </ul>
4602       </td>
4603       <td>
4604         <ul>
4605           <li>Improved JPred client reliability</li>
4606           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4607         </ul>
4608       </td>
4609     </tr>
4610     <tr>
4611       <td>
4612         <div align="center">
4613           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4614         </div>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4619           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4620           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4621             to Colour Menu</li>
4622           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4623           <li>Unix users can set default web browser</li>
4624           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4625           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4626         </ul>
4627       </td>
4628       <td>
4629         <ul>
4630           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4631         </ul>
4632       </td>
4633     </tr>
4634     <tr>
4635       <td>
4636         <div align="center">
4637           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4638         </div>
4639       </td>
4640       <td>&nbsp;</td>
4641       <td>
4642         <ul>
4643           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4644             alignment order.</li>
4645         </ul>
4646       </td>
4647     </tr>
4648     <tr>
4649       <td>
4650         <div align="center">
4651           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4652         </div>
4653       </td>
4654       <td>
4655         <ul>
4656           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4657           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4658           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4659             annotations.</li>
4660           <li>Version and build date written to build properties
4661             file.</li>
4662           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4663             at launch of Jalview.</li>
4664         </ul>
4665       </td>
4666       <td>
4667         <ul>
4668           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4669           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4670           <li>Can remove groups one by one.</li>
4671           <li>Filechooser icons installed.</li>
4672           <li>Finder ignores return character when searching.
4673             Return key will initiate a search.<br>
4674           </li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677     </tr>
4678     <tr>
4679       <td>
4680         <div align="center">
4681           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4682         </div>
4683       </td>
4684       <td>
4685         <ul>
4686           <li>New codebase</li>
4687         </ul>
4688       </td>
4689       <td>&nbsp;</td>
4690     </tr>
4691   </table>
4692   <p>&nbsp;</p>
4693 </body>
4694 </html>