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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>25/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li><!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  65           </li>
  66           <li>
  67             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS,
  68             ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  72             validation while parsing (e.g. AF* attributes)
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  76             enabled by default
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL -->
  80           </li>
  81         </ul><em>Jalview Installer</em>
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
  85             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
  89          </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3393 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
  92           </li>
  93           <li><!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
  94           <li><!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
  95         </ul> <em>Release processes</em>
  96         <ul>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  99           </li>
 100         </ul> <em>Build System</em>
 101         <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 107             report
 108           </li>
 109         </ul> <em>Deprecations</em>
 110       </td>
 111       <td align="left" valign="top">
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- -->
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3412 -->ID margin for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position via GUI
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 124             with annotation and exceptions thrown when only a few
 125             columns shown in wrapped mode
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 129             wrapped alignment figure with annotations
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 133             ID fails with ClassCastException
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 137             Project
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 141             feature settings dialog also selects columns
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 145             IllegalArgumentException in some circumstances
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 149             help documentation for 2.11.0 release
 150           </li>
 151         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 152         <ul>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 155           </li>
 156         </ul> <em>Installer</em>
 157         <ul>
 158           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview does not automatically create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)</li>
 159         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 160         <ul>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 163             repository
 164           </li>
 165         </ul>
 166         <em>New Known Issues</em>
 167         <ul>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 170             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 171             command line
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 175             clipped in headless figure export when Right Align option
 176             enabled
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output.
 180           </li>
 181         </ul>
 182       </td>
 183     </tr>
 184     <tr>
 185       <td width="60" align="center" nowrap>
 186           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 187             <em>04/07/2019</em></strong>
 188       </td>
 189       <td align="left" valign="top">
 190         <ul>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 193             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 194             source project) rather than InstallAnywhere
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 198             settings, receive over the air updates and launch specific
 199             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 200               Rings' GetDown</a>)
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 204             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 208             arguments and switch between different getdown channels
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 212             or alignment files
 213           </li>
 214
 215           <li>
 216             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 217             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 220             'Translate as cDNA'</li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 223           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 224             <ul>
 225                       <li>
 226             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 227             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 228           <li>
 229                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 230                 features can be filtered and shaded according to any
 231                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 232                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 233                 file)
 234               </li>
 235               <li>
 236                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 237                 stored and restored from Jalview Projects
 238               </li>
 239               <li>
 240                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 241                 recognise variant features
 242               </li>
 243               <li>
 244                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 245                 sequences (also coloured red by default)
 246               </li>
 247               <li>
 248                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 249                 details
 250               </li>
 251               <li>
 252                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 253                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 254               </li>
 255               <li>
 256                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 257                 dialog
 258               </li>
 259             </ul>
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 263             tree and PCA calculations
 264           </li>
 265           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 266             <ul>
 267               <li>
 268                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 269                 and Viewer state saved in Jalview Project
 270               </li>
 271               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 272                 drop-down menus</li>
 273               <li>
 274                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 275                 incrementally
 276               </li>
 277               <li>
 278                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 279               </li>
 280             </ul>
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 284           </li>
 285           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 286           <ul>
 287               <li>
 288                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 289                 multiple groups when working with large alignments
 290               </li>
 291               <li>
 292                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 293                 Stockholm files
 294               </li>
 295             </ul>
 296           <li><strong>User Interface</strong>
 297           <ul>
 298               <li>
 299                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 300                 view
 301               </li>
 302               <li>
 303                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 304                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 305                 default (can be changed in user preferences)
 306               </li>
 307               <li>
 308                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 309                 to the Overwrite Dialog
 310               </li>
 311               <li>
 312                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 313                 sequences are hidden
 314               </li>
 315               <li>
 316                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 317                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 318               </li>
 319               <li>
 320                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 321                 labels
 322               </li>
 323               <li>
 324                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 325                 when in wrapped mode
 326               </li>
 327               <li>
 328                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 329                 annotation
 330               </li>
 331               <li>
 332                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 333               </li>
 334               <li>
 335                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 336                 panel
 337               </li>
 338               <li>
 339                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 340                 popup menu
 341               </li>
 342               <li>
 343               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 344               <li>
 345               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 346
 347
 348             </ul></li>
 349             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 350           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 351             <ul>
 352               <li>
 353                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 354                 trapping CMD-Q
 355               </li>
 356             </ul></li>
 357         </ul>
 358         <em>Deprecations</em>
 359         <ul>
 360           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 361             capabilities removed from the Jalview Desktop
 362           </li>
 363           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 364             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 365             and XML based data retrieval clients</li>
 366           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 367           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 368         </ul> <em>Documentation</em>
 369         <ul>
 370           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 371             not supported in EPS figure export
 372           </li>
 373           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 374         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 375         <ul>
 376           <li>
 377           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 378           </li>
 379       <li>
 380       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 381           <li>
 382           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 383             gradle-eclipse
 384           </li>
 385           <li>
 386           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 387             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 388             execution
 389           </li>
 390           <li>
 391           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 392             operations
 393           </li>
 394           <li>
 395           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 396             issues resolved
 397           </li>
 398           <li>
 399           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 400             markdown (with HTML rendering)
 401           </li>
 402           <li>
 403           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 404           </li>
 405           <li>
 406           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 407             versions of Jalview
 408           </li>
 409         </ul>
 410       </td>
 411       <td align="left" valign="top">
 412         <ul>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 418             superposition in Jmol fail on Windows
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 422             structures for sequences with lots of PDB structures
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 426             monospaced font
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 430             project involving multiple views
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 434             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 435             Annotation dialog hides columns
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 439             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 440             one view, then making another selection in the other view
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 444             columns
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 448             Settings and Jalview Preferences panels
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 452             overview with large alignments
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 456             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 457             mouse moved to the left of the first column
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 461             hidden column marker via scale popup menu
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 465             doesn't tell users the invalid URL
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 469             score from view
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 473             show cross references or Fetch Database References are shown in
 474             red in original view
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 478             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 482             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 486             when columns are hidden
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 490             Columns by Annotation description
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 494             out of Scale or Annotation Panel
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 498             scale panel
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 502             alignment down
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 506             scale panel
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 510             Page Up in wrapped mode
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 520             on opening an alignment
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 524             Colour menu
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 528             different groups in the alignment are selected
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 532             correctly in menu
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 536             threshold limit
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 540             threshold gets 'unrounded'
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 544             colour
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 554             Tree font
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 558             project file
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 562             shown in complementary view
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 566             without normalisation
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 570             of report
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 574           </li>
 575           <li>
 576           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 577           </li>
 578         </ul> <em>Editing</em>
 579         <ul>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 582             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 583             sequence
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 587             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 588             removed (Known defect since 2.10)
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 592             dialog corrupts dataset sequence
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 596             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 597           </li>
 598         </ul> <em>Datamodel</em>
 599         <ul>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 602             sequence's End is greater than its length
 603           </li>
 604         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 605           general release)</em>
 606         <ul>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 609           </li>
 610         </ul> <em>New Known Defects</em>
 611         <ul>
 612         <li>
 613         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 614         </li>
 615         <li>
 616           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 617           regions of protein alignment.
 618         </li>
 619         <li>
 620           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 621           is restored from a Jalview 2.11 project
 622         </li>
 623         <li>
 624           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 625           'New View'
 626         </li>
 627         <li>
 628           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 629           columns within hidden columns
 630         </li>
 631         <li>
 632           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 633           window after dragging left to select columns to left of visible
 634           region
 635         </li>
 636         <li>
 637           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 638           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 639           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 640           create a Score filter instead.
 641         </li>
 642         <li>
 643         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 644         <li>
 645         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 646         </li>
 647         <li>
 648           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 649           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 650         </li>
 651         </ul>
 652         <em>Java 11 Specific defects</em>
 653           <ul>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 656               alphabetically when saved
 657             </li>
 658         </ul>
 659       </td>
 660     </tr>
 661     <tr>
 662     <td width="60" nowrap>
 663       <div align="center">
 664         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 665       </div>
 666     </td>
 667     <td><div align="left">
 668         <em></em>
 669         <ul>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 672               InstallAnywhere increased to 1G.
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 676               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 677               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 678                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 679                 properties file.</em>
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 683               API and sequence data now imported as JSON.
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 687               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 688               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 689               property.
 690             </li>
 691           </ul>
 692           <em>Development</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 696               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 697                 Clover</a>
 698             </li>
 699           </ul>
 700         </div></td>
 701     <td><div align="left">
 702         <em></em>
 703         <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 706               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 707               alignment.
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 711               annotation displayed.
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 715               for newly created group when 'Apply to all groups'
 716               selected
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 720               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 721               visible.
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 725               when sequences are selected in exported view.</em>
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 729               aren't rendered with correct colour.
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 733               types of knotted RNA secondary structure.
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 737               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 738               do not start at 1.
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 742               annotation when columns are inserted into an alignment,
 743               and when exporting as Stockholm flatfile.
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 747               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 748               treated as RNA secondary structure.
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 752               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 756               transfers focus to previous window on OSX
 757             </li>
 758           </ul>
 759           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 763               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 764               box.
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 768               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 769               'look and feel' which has improved compatibility with the
 770               latest version of OSX.
 771             </li>
 772           </ul>
 773         </div>
 774     </td>
 775     </tr>
 776     <tr>
 777       <td width="60" nowrap>
 778         <div align="center">
 779           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 780             <em>7/06/2018</em></strong>
 781         </div>
 782       </td>
 783       <td><div align="left">
 784           <em></em>
 785           <ul>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 788               annotation retrieved from Uniprot
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 792               onto the Jalview Desktop
 793             </li>
 794           </ul>
 795         </div></td>
 796       <td><div align="left">
 797           <em></em>
 798           <ul>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 801               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 805               right-hand column parsed correctly
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 809               not alignment area in exported graphic
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 813               window has input focus
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 817               annotation added to view (Windows)
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 821               network connectivity is poor
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 825               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 826                 the currently open URL and links from a page viewed in
 827                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 828                 you are using Edge, only links in the page can be
 829                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 830                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 831             </li>
 832           </ul>
 833           <em>New Known Defects</em>
 834           <ul>
 835             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 836           </ul>
 837         </div></td>
 838     </tr>
 839     <tr>
 840       <td width="60" nowrap>
 841         <div align="center">
 842           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 843         </div>
 844       </td>
 845       <td><div align="left">
 846           <em></em>
 847           <ul>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 850               for disabling automatic superposition of multiple
 851               structures and open structures in existing views
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 855               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 856               adjust them.
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 860               Ensembl services
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 864               and lots of hidden columns
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 868               of features (particularly when transparency is disabled)
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 872               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 873               generally available
 874             </li>
 875           </ul>
 876           </div>
 877       </td>
 878       <td><div align="left">
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 882               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 886               overlapping alignment panel
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 890               sequence as gaps
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 894               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 895               UTR
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 899               factor annotation not added to sequence when local PDB
 900               file associated with it by drag'n'drop or structure
 901               chooser
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 905               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 909               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 913               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 917               columns in annotation row
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 921               honored in batch mode
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 925               for structures added to existing Jmol view
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 929               entries after importing project with multiple views
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 933               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 934               with negative residue numbers or missing residues fails
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 938               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 939               as generated by CONSURF)
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 943               tooltip doesn't include a text description of mutation
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 947               structure and/or overview windows are also shown
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 951               very slow for alignments with large numbers of sequences
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 955               with 'StringIndexOutOfBounds'
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 959               platforms running Java 10
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 963               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 964             </li>
 965           </ul>
 966           <em>Applet</em>
 967           <ul>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 970               should copy the group consensus when popup is opened on it
 971             </li>
 972           </ul>
 973           <em>Batch Mode</em>
 974           <ul>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 977           </li>
 978           </ul>
 979           <em>New Known Defects</em>
 980           <ul>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 983               editing a large alignment and overview is displayed
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 987               repeatedly after a series of edits even when the overview
 988               is no longer reflecting updates
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 992               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 993               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 994               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 998               option gives blank output
 999             </li>
1000           </ul>
1001         </div>
1002           </td>
1003     </tr>
1004     <tr>
1005       <td width="60" nowrap>
1006         <div align="center">
1007           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1008         </div>
1009       </td>
1010       <td><div align="left">
1011           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1012               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1013       <td><div align="left">
1014           <em>Desktop</em><ul>
1015           <ul>
1016             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1017             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1018             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1019             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1020             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1021             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1022             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1023           </ul>
1024           </div>
1025       </td>
1026     </tr>
1027     <tr>
1028       <td width="60" nowrap>
1029         <div align="center">
1030           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1031         </div>
1032       </td>
1033       <td><div align="left">
1034           <em></em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1038               rendering of sequence features
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1042               429 rate limit request hander
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1046               their colours have changed
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1050               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1054               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1058               view from Ensembl locus cross-references
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1062               Alignment report
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1066               feature can be disabled
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1070               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1074               Uniprot
1075             </li>
1076           </ul>
1077           <em>Scripting</em>
1078           <ul>
1079             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1080             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1081               percent identity scores for current alignment.</li>
1082           </ul>
1083           <em>Testing and Deployment</em>
1084           <ul>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1087             </li>
1088           </ul>
1089         </div></td>
1090       <td><div align="left">
1091           <em>General</em>
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1095               threshold text field doesn't trigger an update to the
1096               alignment view
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1100               strings in parallel
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1104               alignment window is closed
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1108               group visibility
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1112               takes a long time in Cursor mode
1113             </li>
1114           </ul>
1115           <em>Desktop</em>
1116           <ul>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1119               cannot be viewed in Chimera
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1123               CDS/Protein view
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1127               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1128               Search Dialogs
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1138               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1142               scrolling right in unwapped alignment view
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1146               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1147               database
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1151               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1155               features of same type and group to be selected for
1156               amending
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1160               alignments when hidden columns are present
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1164               displaying several structures
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1168               moving a window
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1172               within the Jalview desktop on OSX
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1176               when in wrapped alignment mode
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1180               hand end of alignment
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1184               each selected sequence do not have correct start/end
1185               positions
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1189               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1193               restoring project until a new view is created
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1197               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1198               configured (since 2.10.2b2)
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1202               position is adjusted
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1206               in a multi-chain structure when viewing alignment
1207               involving more than one chain (since 2.10)
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1211               if new selection moves alignment window
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1215               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1219               that produces correctly annotated transcripts and products
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1223               doesn't update associated structure view
1224             </li>
1225           </ul>
1226           <em>Applet</em><br />
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1230               closing alignment panel
1231             </li>
1232           </ul>
1233           <em>BioJSON</em><br />
1234           <ul>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1237               non-positional features
1238             </li>
1239           </ul>
1240           <em>New Known Issues</em>
1241           <ul>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1244               sequence features correctly (for many previous versions of
1245               Jalview)
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1249               using cursor in wrapped panel other than top
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1253               graduated colour threshold
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1257               always preserve numbering and sequence features
1258             </li>
1259           </ul>
1260           <em>Known Java 9 Issues</em>
1261           <ul>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1264               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1265               9.01, OSX 10.10)
1266             </li>
1267           </ul>
1268         </div></td>
1269     </tr>
1270     <tr>
1271       <td width="60" nowrap>
1272         <div align="center">
1273           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1274             <em>2/10/2017</em></strong>
1275         </div>
1276       </td>
1277       <td><div align="left">
1278           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1279           <ul>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1282             </li>
1283             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1284             </li>
1285           </ul>
1286         </div></td>
1287       <td><div align="left">
1288         </div></td>
1289     </tr>
1290     <tr>
1291       <td width="60" nowrap>
1292         <div align="center">
1293           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1294             <em>7/9/2017</em></strong>
1295         </div>
1296       </td>
1297       <td><div align="left">
1298           <em></em>
1299           <ul>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1302               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1303               white)
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1307               Preferences
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1311               in size and progress bar shown as higher resolution
1312               overview is recalculated
1313             </li>
1314
1315           </ul>
1316         </div></td>
1317       <td><div align="left">
1318           <em></em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1322               column region row by row
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1326               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1330               format setting is unticked
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1334               if group has show boxes format setting unticked
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1338               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1339               include sequences and columns not currently displayed
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1343               assemblies are imported via CIF file
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1347               displayed when threshold or conservation colouring is also
1348               enabled.
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1352               server version
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1356               dragging a selected region off the visible region of the
1357               alignment
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1361               colourscheme to all groups in a view
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1365               initially after font size change using the Font chooser or
1366               middle-mouse zoom
1367             </li>
1368           </ul>
1369         </div></td>
1370     </tr>
1371     <tr>
1372       <td width="60" nowrap>
1373         <div align="center">
1374           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1375         </div>
1376       </td>
1377       <td><div align="left">
1378           <em>Calculations</em>
1379           <ul>
1380
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1383               ungapped positions in each column of the alignment.
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1387               a calculation dialog box
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1391               and memory efficiency (~30x faster)
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1395               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1396               and other calculations
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1400               files within the Jalview codebase
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1404               Similarity may have different topology due to increased
1405               precision
1406             </li>
1407           </ul>
1408           <em>Rendering</em>
1409           <ul>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1412               model for alignments and groups
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1416               scripts
1417             </li>
1418           </ul>
1419           <em>Overview</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1423               with alignment and overview windows
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1427               overview
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1431               omitted in Overview
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1435               adjustment of visible position
1436             </li>
1437           </ul>
1438
1439           <em>Data import/export</em>
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1443               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1447               annotation input/output via stockholm flatfile
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1451               extension when importing structure files without embedded
1452               names or PDB accessions
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1456               format sequence substitution matrices
1457             </li>
1458           </ul>
1459           <em>User Interface</em>
1460           <ul>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1463               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1464               the application.
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1468               via Overview or sequence motif search operations
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1472               opened by double clicking gaps within sequence feature
1473               extent
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1477               aligned positions were available to create a 3D structure
1478               superposition.
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>3D Structure</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1485               coloured in linked structure views
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1489               file-based command exchange
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1493               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1494               structures are already available for sequences
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1498               the Jalview project rather than downloaded again when the
1499               project is reopened.
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1503               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1504               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1505                 Feature</strong>)
1506             </li>
1507           </ul>
1508           <em>Web Services</em>
1509           <ul>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1515               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1516               Analysis services
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1520               cross-references provided by identifiers.org and the
1521               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1522             </li>
1523           </ul>
1524
1525           <em>Scripting</em>
1526           <ul>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1529               identifying file formats (instead of String constants)
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1533               efficiency when counting all displayed features (not
1534               backwards compatible with 2.10.1)
1535             </li>
1536           </ul>
1537           <em>Example files</em>
1538           <ul>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1541               included in the example feature file
1542             </li>
1543           </ul>
1544           <em>Documentation</em>
1545           <ul>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1548               with the built-in Java help viewer
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1552               sequence description' option
1553             </li>
1554           </ul>
1555           <em>Test Suite</em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1559               Uniprot REST Free Text Search Client
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1566               during tests
1567             </li>
1568           </ul>
1569         </div></td>
1570       <td><div align="left">
1571           <em>Calculations</em>
1572           <ul>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1575               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1576               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1577             </li>
1578             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1579               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1580               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1581               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1582               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1583               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1584               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1585               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1586               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1587               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1588               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1589               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1590               // for 2.10.1 mode <br />
1591               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1592               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1593                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1594                 calculations (not recommended)</em></li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1597               scaling of branch lengths for trees computed using
1598               Sequence Feature Similarity.
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1602               generating output report when working with highly
1603               redundant alignments
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1607               right of selected region when gaps present on right-hand
1608               boundary
1609             </li>
1610           </ul>
1611           <em>User Interface</em>
1612           <ul>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1615               doesn't reselect a specific sequence's associated
1616               annotation after it was used for colouring a view
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1620               opened on a region of alignment without groups
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1624               of an alignment with overlapping groups
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1628               name and description match
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1632               hidden regions results in incorrect hidden regions
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1636               changing colour does not apply Conservation slider value
1637               to all groups
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1641               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1645               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1649               gaps before start of features
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1653               restored to UI when feature colour is edited
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1657               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1661               as graduate feature colour settings are modified via the
1662               dialog box
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1666               when a group defined on the alignment is resized
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1670               wrapped view result in positional status updates
1671             </li>
1672
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1675               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1679               alignment included gapped columns
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1683               widgets don't permanently disappear
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1687               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1688               T-Coffee column reliability scores)
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1692               sequence feature on gaps only
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1696               button from a Find inherit previously defined feature type
1697               rather than the Find query string
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1701               exporting tree calculated in Jalview
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1705               and then revealing them reorders sequences on the
1706               alignment
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1710               doesn't update to reflect available set of groups after
1711               interactively adding or modifying features
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1715               Linux
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1719               only excluded gaps in current sequence and ignored
1720               selection.
1721             </li>
1722           </ul>
1723           <em>Rendering</em>
1724           <ul>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1727               erratically when hidden rows or columns are present
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1731               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1732               sequence colouring
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1736               colour and group colour menu for protein alignments
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1740               reflect currently selected view or group's shading
1741               thresholds
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1745               when rendered on overview and structures when opacity at
1746               100%
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1750               overview when features overlaid on alignment
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1754               recovered correctly from Jalview project file
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1758               (automatically via preferences) are different to the main
1759               alignment panel
1760             </li>
1761           </ul>
1762           <em>Data import/export</em>
1763           <ul>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1766               load
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1770               added after a sequence was imported are not written to
1771               Stockholm File
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1775               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1779               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1783               with lightGray or darkGray via features file (but can
1784               specify lightgray)
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1788               when alignment view imported from project
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1792               structure and sequences extracted from structure files
1793               imported via URL and viewed in Jmol
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1797               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1798               the project is loaded and the structure viewed
1799             </li>
1800           </ul>
1801           <em>Web Services</em>
1802           <ul>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1805               release of Ensembl v.88
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1809               appear enabled in Preferences->Connections
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1813               removed from console output
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1817               Ensembl by Peptide ID
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1821               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1822               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1823               due to 'null' string rather than empty string used for
1824               residues with no corresponding PDB mapping).
1825             </li>
1826           </ul>
1827           <em>Application UI</em>
1828           <ul>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1831               menu
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1835               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1836               new documentation and tooltips added)
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1840               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1844               new features are added to alignment
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1848               changes to feature colours via the Amend features dialog
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1852               edit graduated feature colour via amend features dialog
1853               box
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1857               selection menu changes colours of alignment views
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1861               from alignment calculation workers after alignment has
1862               been closed
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1866               groups now 'Create Group'
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1870               Create/Undefine group doesn't always work
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1874               shown again after pressing 'Cancel'
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1878               adjusts start position in wrap mode
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1882               ambiguous amino acids
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1886               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1887               proteins
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1891               Defined' don't appear in Colours menu
1892             </li>
1893           </ul>
1894           <em>Applet</em>
1895           <ul>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1898               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1902               overview or linked structure view
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1906               work (since 2.8)
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1910               user-defined colourscheme doesn't restore original
1911               colourscheme
1912             </li>
1913           </ul>
1914           <em>Test Suite</em>
1915           <ul>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1918               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1922               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1923               problems with deep array comparison equality asserts in
1924               successive versions of TestNG
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1928               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1929             </li>
1930           </ul>
1931           <em>New Known Issues</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1935               phase after a sequence motif find operation
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1939               containing just upper and lower case letters are
1940               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1944               reliably from eggnog Ortholog database
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1948               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1949               to mark columns containing highlighted regions.
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1953               doesn't always add secondary structure annotation.
1954             </li>
1955           </ul>
1956         </div>
1957     <tr>
1958       <td width="60" nowrap>
1959         <div align="center">
1960           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1961         </div>
1962       </td>
1963       <td><div align="left">
1964           <em>General</em>
1965           <ul>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1968               for all consensus calculations
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1972               3rd Oct 2016)
1973             </li>
1974             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1975               for 2016-2017</li>
1976           </ul>
1977           <em>Application</em>
1978           <ul>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1981               set of database cross-references, sorted alphabetically
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1985               from database cross references. Users with custom links
1986               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1987                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1991               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1992               Chimera session
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1996               the Chimera it is connected to is shut down
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2000               columns menu item to mark columns containing highlighted
2001               regions (e.g. from structure selections or results of a
2002               Find operation)
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2006               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2007               MSAviewer
2008             </li>
2009           </ul>
2010         </div></td>
2011       <td>
2012         <div align="left">
2013           <em>General</em>
2014           <ul>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2017               are not coloured or thresholded according to percent
2018               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2022               hydrophobic
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2026               threshold, amino acid properties)
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2030               reported as mapped to residues in a structure file in the
2031               View Mapping report
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2035               could be added multiple times to a sequence
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2039               bond features shown as two highlighted residues rather
2040               than a range in linked structure views, and treated
2041               correctly when selecting and computing trees from features
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2045               cross-references are matched to database name regardless
2046               of case
2047             </li>
2048
2049           </ul>
2050           <em>Application</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2054               names without regular expressions also offer links from
2055               Sequence ID
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2059               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2060               update Jalview configuration
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2064               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2068               files with similarly named sequences if dropped onto the
2069               alignment
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2073               entries where more chains exist in the PDB accession than
2074               are reported in the SIFTS file
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2078               the structure view when displayed with Chimera
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2082               panel's View->Show Chains submenu
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2086               work for wrapped alignment views
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2090               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2094               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2095               first annotation row
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2099               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2103               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2104             </li>
2105             <!-- JAL-2319 -->
2106             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2107             coordindate data
2108             </li>
2109           </ul>
2110           <!--           <em>New Known Issues</em>
2111           <ul>
2112             <li></li>
2113           </ul> -->
2114         </div>
2115       </td>
2116     </tr>
2117     <td width="60" nowrap>
2118       <div align="center">
2119         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2120           <em>25/10/2016</em></strong>
2121       </div>
2122     </td>
2123     <td><em>Application</em>
2124       <ul>
2125         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2126           view if structures already loaded</li>
2127         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2128           structure views</li>
2129       </ul></td>
2130     <td>
2131       <div align="left">
2132         <em>General</em>
2133         <ul>
2134           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2135             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2136           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2137             example sequences/projects/trees</li>
2138         </ul>
2139         <em>Application</em>
2140         <ul>
2141           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2142             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2143           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2144             without timeout for structures with multiple models or
2145             multiple sequences in alignment</li>
2146           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2147             PDB ID HEADER line</li>
2148           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2149             is performed</li>
2150           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2151             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2152           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2153           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2154             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2155             option</li>
2156           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2157             is created on the alignment</li>
2158           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2159             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2160             pop-up menu</li>
2161         </ul>
2162         <em>Build and deployment</em>
2163         <ul>
2164           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2165             tags</li>
2166         </ul>
2167         <em>New Known Issues</em>
2168         <ul>
2169           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2170             on Windows</li>
2171         </ul>
2172       </div>
2173     </td>
2174     </tr>
2175     <tr>
2176       <td width="60" nowrap>
2177         <div align="center">
2178           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2179         </div>
2180       </td>
2181       <td><em>General</em>
2182         <ul>
2183           <li>
2184             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2185           </li>
2186           <li>
2187             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2188             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2189             better PDB parsing.
2190           </li>
2191           <li>
2192             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2193             reference sequence
2194           </li>
2195           <li>
2196             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2197             mousing over sequence associated annotation
2198           </li>
2199           <li>
2200             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2201             for manual entry
2202           </li>
2203           <li>
2204             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2205             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2206             for each column
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2210             showing or hiding columns containing a feature
2211           </li>
2212           <li>
2213             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2214             group and sequence associated annotation labels
2215           </li>
2216           <li>
2217             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2218             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2219             dialogs
2220           </li>
2221
2222         </ul> <em>Application</em>
2223         <ul>
2224           <li>
2225             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2226             gene/transcript view
2227           </li>
2228           <li>
2229             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2230             dialog
2231           </li>
2232           <li>
2233             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2234             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2235           </li>
2236           <li>
2237             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2238             Pfam sources to xfam.org
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2245             over sequences in Jalview
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2249             regions in ENA and EMBL
2250           </li>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2253             for record retrieval via ENA rest API
2254           </li>
2255           <li>
2256             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2257             complement operator
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2261             groovy script execution
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2265             alignment window's Calculate menu
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2269             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2270           </li>
2271           <li>
2272             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2273             calculation workers from groovy scripts
2274           </li>
2275           <li>
2276             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2277             Jalview projects
2278           </li>
2279           <li>
2280             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2281             associations are now saved/restored from project
2282           </li>
2283           <li>
2284             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2285             before sequence fetcher is opened
2286           </li>
2287           <li>
2288             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2289             database chooser opens a sequence fetcher
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2293             the UniProt REST API
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2297             the news reader opening
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2301             querying stored in preferences
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2305             search results
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2309           </li>
2310           <li>
2311             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2312             menu for nucleotide sequences
2313           </li>
2314           <li>
2315             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2316             and feature counts preserves alignment ordering (and
2317             debugged for complex feature sets).
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2321             viewing structures with Jalview 2.10
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2325             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2326             Ensembl Genomes REST API
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2330             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2331             (Ensembl)
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2335             sequences
2336           </li>
2337           <li>
2338             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2339             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2340             data from external database records.
2341           </li>
2342           <li>
2343             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2344             efficient recovery of sequence coding and alignment
2345             annotation relationships.
2346           </li>
2347         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2348         <ul>
2349           <li>
2350             -- JAL---
2351           </li>
2352         </ul> --></td>
2353       <td>
2354         <div align="left">
2355           <em>General</em>
2356           <ul>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2359               menu on OSX
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2363               includes graduated colourschemes
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2367               working with big alignments and lots of hidden columns
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2371               at right of alignment window
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2375               contents
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2379               for DNA alignments
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2383               based tree calculation
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2387               unconserved enabled for group on alignment
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2391               set as reference
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2395               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2396               annotation
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2400               hidden columns present
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2404               user created annotation added to alignment
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2408               '()' base pair annotation
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2412               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2413               Consensus
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2417               feature not working
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2421               beginning of sequence
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2425               entry 3a6s
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2429               from a tree when t-coffee scores are shown
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2433               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2437               some structures
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2441               to Clustal, PIR and PileUp output
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2445               not visible causes alignment window to repaint
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2449               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2450               scores associated with features and annotation rows
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2454               calculation should be case independent
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2458               columns
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2462               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2463               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2467               problems when reference sequence defined and 'show
2468               non-conserved' enabled
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2472               load even when Consensus calculation is disabled
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2476               alignment does nothing
2477             </li>
2478           </ul>
2479           <em>Application</em>
2480           <ul>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2483               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2484               yet fixed for El Capitan)
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2488               output when running on non-gb/us i18n platforms
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2492               hidden sequences as flat-file alignment
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2496               launching Chimera
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2500               (also hotfix for 2.9.0b2)
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2504               reference sequence defined
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2508               alignments and views when revealing hidden columns
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2512               view in a cDNA/Protein splitframe
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2516               sequence from project when only one sequence is
2517               represented
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2521               in Structure Chooser
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2525               structure consensus didn't refresh annotation panel
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2529               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2533               dialogs format columns correctly, don't display array
2534               data, sort columns according to type
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2538               file chooser is cancelled during an image export
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2542               sequence name containing special characters
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2546               case insensitive
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2550               formatting don't wrap
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2554               truncated so L looks like I in consensus annotation
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2558               currently displayed features for the current selection or
2559               view
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2563               after fetching cross-references, and restoring from
2564               project
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2568               followed in the structure viewer
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2572               splitframe not restored from project
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2576               trailing end of protein alignment in transcript/product
2577               splitview when pad-gaps not enabled by default
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2581               is case dependent
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2585               article has been read (reopened issue due to
2586               internationalisation problems)
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2590               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2591               cross-references
2592             </li>
2593
2594             <li>
2595               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2596               alignment as HTML
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2600               multiple structures are shown for one or more sequences.
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2604               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2605               is enabled.
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2609               specific PDB id for sequence
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2613               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2614               columns' is disabled.
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2618               selects lowest rather than highest resolution structures
2619               for each sequence
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2623               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2627               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2631               after clicking on it to create new annotation for a
2632               column.
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2636               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2637             </li>
2638             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2639             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2640           </ul>
2641           <em>Applet</em>
2642           <ul>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2645               hidden columns present before start of sequence
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2649               (JSON jars)
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2653               sequences are hidden in applet
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2657               deployment on examples pages.
2658             </li>
2659           </ul>
2660         </div>
2661       </td>
2662     </tr>
2663     <tr>
2664       <td width="60" nowrap>
2665         <div align="center">
2666           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2667             <em>16/10/2015</em></strong>
2668         </div>
2669       </td>
2670       <td><em>General</em>
2671         <ul>
2672           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2673             jars</li>
2674         </ul></td>
2675       <td>
2676         <div align="left">
2677           <em>Application</em>
2678           <ul>
2679             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2680               shown when tree is partitioned</li>
2681             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2682               multiple cDNA/Protein split views</li>
2683           </ul>
2684         </div>
2685       </td>
2686     </tr>
2687     <tr>
2688       <td width="60" nowrap>
2689         <div align="center">
2690           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2691             <em>8/10/2015</em></strong>
2692         </div>
2693       </td>
2694       <td><em>General</em>
2695         <ul>
2696           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2697             2.9</li>
2698         </ul> <em>Application</em>
2699         <ul>
2700           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2701           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2702           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2703         </ul> <em>Applet</em>
2704         <ul>
2705           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2706         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2707         <ul>
2708           <li>
2709             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2710             suite
2711           </li>
2712         </ul></td>
2713       <td>
2714         <div align="left">
2715           <em>General</em>
2716           <ul>
2717             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2718               incorrect when sequence start > 1</li>
2719             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2720               documentation</li>
2721             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2722             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2723               loading a features file containing HTML tags in feature
2724               description</li>
2725
2726           </ul>
2727           <em>Application</em>
2728           <ul>
2729             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2730               reimport</li>
2731             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2732               with 'trim retrieved sequences'</li>
2733             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2734               deleting selected columns</li>
2735             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2736               JNLP templates for webstart launch</li>
2737             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2738               unreleased structures for download or viewing</li>
2739             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2740               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2741             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2742               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2743             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2744               recovered from jalview project</li>
2745             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2746               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2747               alignment view</li>
2748             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2749               color schemes from BioJSON</li>
2750           </ul>
2751           <em>Applet</em>
2752           <ul>
2753             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2754               frame</li>
2755             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2756           </ul>
2757         </div>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td><div align="center">
2762           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2763         </div></td>
2764       <td><em>General</em>
2765         <ul>
2766           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2767             alignments:
2768             <ul>
2769               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2770                 and DNA alignment views</li>
2771               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2772                 cDNA alignment views</li>
2773               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2774                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2775               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2776                 protein sequences</li>
2777             </ul>
2778           </li>
2779           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2780           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2781             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2782           <li>New alignment annotation file statements for
2783             reference sequences and marking hidden columns</li>
2784           <li>Reference sequence based alignment shading to
2785             highlight variation</li>
2786           <li>Select or hide columns according to alignment
2787             annotation</li>
2788           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2789           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2790             acid conservation row</li>
2791           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2792         </ul> <em>Application</em>
2793         <ul>
2794           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2795             <ul>
2796               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2797                 view with cDNA/Protein</li>
2798               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2799                 sequences are placed in the same alignment</li>
2800               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2801                 projects</li>
2802             </ul>
2803           </li>
2804
2805           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2806           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2807             Jalview windows</li>
2808
2809           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2810           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2811           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2812             be shown in VARNA</li>
2813
2814           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2815             as the active selected region</li>
2816
2817           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2818             similarity</li>
2819           <li>New Export options
2820             <ul>
2821               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2822                 region export in flat file generation</li>
2823
2824               <li>Export alignment views for display with the <a
2825                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2826
2827               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2828               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2829                 alignment figures to HTML</li>
2830           </li>
2831           <li>3D structure retrieval and display
2832             <ul>
2833               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2834                 Search API</li>
2835               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2836                 PDB structures for a sequence set</li>
2837             </ul>
2838           </li>
2839
2840           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2841             predictions</li>
2842           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2843             for one or a group of sequences</li>
2844           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2845             from the JPred4 web server</li>
2846           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2847             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2848             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2849           </li>
2850           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2851             VARNA 2D Structure'</li>
2852           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2853             Structure ..."</li>
2854
2855         </ul> <em>Applet</em>
2856         <ul>
2857           <li>New layout for applet example pages</li>
2858           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2859             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2860           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2861             Protein alignments</li>
2862         </ul> <em>Development and deployment</em>
2863         <ul>
2864           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2865           <li>Include installation type and git revision in build
2866             properties and console log output</li>
2867           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2868             storing BioJsMSA Templates</li>
2869           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2870         </ul></td>
2871       <td>
2872         <!-- <em>General</em>
2873         <ul>
2874         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2875         <ul>
2876           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2877           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2878           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2879             predictions are not highlighted in amber</li>
2880           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2881             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2882           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2883             associated structure views</li>
2884           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2885             width checkbox not enabled</li>
2886           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2887             creating user defined colours</li>
2888           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2889             mappings for just that viewer's sequences</li>
2890           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2891             multiple models in Chimera</li>
2892           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2893             over Jmol structure</li>
2894           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2895             output to text box</li>
2896           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2897             have incorrect sequence start/end</li>
2898           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2899             Jalview fails</li>
2900           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2901             work for nucleotide</li>
2902           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2903             to a grey/invisible alignment window</li>
2904           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2905             imports to different position</li>
2906           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2907             on some platforms</li>
2908           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2909             populated</li>
2910           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2911             console if Chimera has been opened</li>
2912           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2913           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2914             retrieved</li>
2915           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2916           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2917             either sequence shows on first structure</li>
2918           <li>'Show annotations' options should not make
2919             non-positional annotations visible</li>
2920           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2921             in right place after 'view flanking regions'</li>
2922           <li>File Save As type unset when current file format is
2923             unknown</li>
2924           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2925             projects</li>
2926           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2927             responsive</li>
2928           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2929             several views on same alignment</li>
2930           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2931           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2932             spaces</li>
2933         </ul> <em>Applet</em>
2934         <ul>
2935           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2936           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2937             descriptions containing angle brackets</li>
2938         </ul> <em>General</em>
2939         <ul>
2940           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2941             via jalview annotation file</li>
2942           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2943             with RNA secondary structure</li>
2944           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2945             translation doesn't work.</li>
2946           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2947           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2948             positions</li>
2949           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2950             choosing 1pt font</li>
2951           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2952             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2953             'h'</li>
2954           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2955             new feature</li>
2956           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2957             order dependent</li>
2958           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2959             sequences</li>
2960           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2961         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2962         <ul>
2963           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2964             www.jalview.org</li>
2965         </ul> <em>Application Known issues</em>
2966         <ul>
2967           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2968           <li>Misleading message appears after trying to delete
2969             solid column.</li>
2970           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2971             version launches</li>
2972           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2973             fails with a sequence mismatch</li>
2974           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2975             scrolling alignment to right</li>
2976           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2977             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2978           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2979             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2980           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2981             ultra-high resolution</li>
2982           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2983             quality and conservation</li>
2984           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2985             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2986         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2987         <ul>
2988           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2989           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2990             window is being resized</li>
2991
2992         </ul>
2993       </td>
2994     </tr>
2995     <tr>
2996       <td><div align="center">
2997           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2998         </div></td>
2999       <td><em>General</em>
3000         <ul>
3001           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3002             Certum.PL.</li>
3003           <li>Features and annotation preserved when performing
3004             pairwise alignment</li>
3005           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3006             imported/exported/displayed</li>
3007           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3008             protein secondary structure</li>
3009           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3010               post-hoc with 2.9 release</em>)
3011           </li>
3012
3013         </ul> <em>Application</em>
3014         <ul>
3015           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3016             with 3D structures</li>
3017           <li>Support for parsing RNAML</li>
3018           <li>Annotations menu for layout
3019             <ul>
3020               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3021               <li>place sequence annotation above/below alignment
3022                 annotation</li>
3023             </ul>
3024           <li>Output in Stockholm format</li>
3025           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3026             translation</li>
3027           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3028           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3029             shared between alignments</li>
3030           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3031             Jalview</li>
3032           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3033             all or current selection</li>
3034           <li>disorder and secondary structure predictions
3035             available as dataset annotation</li>
3036           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3037
3038
3039           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3040             alignments from Rfam</li>
3041           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3042
3043           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3044             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3045           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3046           <li>include installation type in build properties and
3047             console log output</li>
3048           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3049             annotation</li>
3050         </ul></td>
3051       <td>
3052         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3053         <ul>
3054           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3055             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3056           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3057             alignment</li>
3058           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3059           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3060           <li>Double click on sequence associated annotation
3061             selects only first column</li>
3062           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3063             leaves shown in tree</li>
3064           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3065             properly</li>
3066           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3067           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3068             screen and buttons not visible</li>
3069           <li>author list isn't updated if already written to
3070             Jalview properties</li>
3071           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3072             from database</li>
3073           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3074           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3075             browser search window</li>
3076           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3077             in feature settings dialog</li>
3078           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3079             desktop</li>
3080           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3081             pass validation</li>
3082           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3083             fit on screen</li>
3084           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3085             tooltip</li>
3086           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3087             defined user preset</li>
3088           <li>MSA web services warns user if they were launched
3089             with invalid input</li>
3090           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3091             Java 8</li>
3092           <li>
3093             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3094             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3095             created
3096           </li>
3097
3098         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3099         <ul>
3100         </ul> <em>General</em>
3101         <ul>
3102         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3103         <ul>
3104           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3105             memory allocation</li>
3106           <li>launchApp service doesn't automatically open
3107             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3108           <li>
3109             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3110             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3111             1.7_055 is available
3112           </li>
3113         </ul> <em>Application Known issues</em>
3114         <ul>
3115           <li>
3116             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3117             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3118             alignment to right
3119           </li>
3120           <li>
3121             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3122             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3123             with large number of ID
3124           </li>
3125           <li>
3126             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3127             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3128             start/end
3129           </li>
3130           <li>
3131             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3132             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3133             structure tracks are rearranged
3134           </li>
3135           <li>
3136             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3137             invalid rna structure positional highlighting does not
3138             highlight position of invalid base pairs
3139           </li>
3140           <li>
3141             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3142             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3143             project from alignment window file menu
3144           </li>
3145           <li>
3146             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3147             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3148             structures
3149           </li>
3150           <li>
3151             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3152             colour by RNA Helices not enabled when user created
3153             annotation added to alignment
3154           </li>
3155           <li>
3156             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3157             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3158           </li>
3159         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3160         <ul>
3161           <li>
3162             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3163             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3167             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3168           </li>
3169
3170           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3171             when selected</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174     </tr>
3175     <tr>
3176       <td><div align="center">
3177           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3178         </div></td>
3179       <td>
3180         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3181         <em>General</em>
3182         <ul>
3183           <li>Internationalisation of user interface (usually
3184             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3185           <li>Define/Undefine group on current selection with
3186             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3187           <li>Improved group creation/removal options in
3188             alignment/sequence Popup menu</li>
3189           <li>Sensible precision for symbol distribution
3190             percentages shown in logo tooltip.</li>
3191           <li>Annotation panel height set according to amount of
3192             annotation when alignment first opened</li>
3193         </ul> <em>Application</em>
3194         <ul>
3195           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3196             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3197           <li>Select columns containing particular features from
3198             Feature Settings dialog</li>
3199           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3200             sequences</li>
3201           <li>Update Jalview project format:
3202             <ul>
3203               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3204               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3205                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3206               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3207                 colouring</li>
3208             </ul>
3209           </li>
3210           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3211             (PAM250)</li>
3212           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3213             flanking regions for an alignment</li>
3214         </ul>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3218         <ul>
3219           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3220             running after job is cancelled</li>
3221           <li>cannot export features from alignments imported from
3222             Jalview/VAMSAS projects</li>
3223           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3224             float values</li>
3225           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3226             have 'display all symbols' flag set</li>
3227           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3228             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3229           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3230             Jalview</li>
3231           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3232             Lion/Webstart</li>
3233           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3234           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3235           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3236             alignment onto desktop</li>
3237           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3238             'extract scores' function</li>
3239           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3240             alignment window</li>
3241           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3242             performing IUPred disorder prediction</li>
3243           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3244             changing 'normalise logo' display setting</li>
3245           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3246             nothing matches query</li>
3247           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3248             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3249           </li>
3250           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3251             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3252           </li>
3253           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3254             Jalview's menu</li>
3255           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3256             'invalid literal/length code'</li>
3257           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3258             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3259           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3260             colourscheme</li>
3261
3262         </ul> <em>Applet</em>
3263         <ul>
3264           <li>Remove group option is shown even when selection is
3265             not a group</li>
3266           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3267             don't affect groups</li>
3268           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3269             colourscheme name</li>
3270           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3271             Annotation panel is not displayed</li>
3272           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3273             embedded windows</li>
3274         </ul> <em>Other</em>
3275         <ul>
3276           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3277             single sequence were not calculated</li>
3278           <li>annotation files that contain only groups imported as
3279             annotation and junk sequences</li>
3280           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3281             recognised as PFAM or BLC</li>
3282           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3283             doesn't affect background (2.8.0b1)
3284           <li></li>
3285           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3286           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3287             trailing gaps</li>
3288           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3289             registered correctly on import</li>
3290           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3291             certain alignments</li>
3292           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3293             existing annotation based 'use original colours'
3294             colourscheme loses original colours setting</li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297     </tr>
3298     <tr>
3299       <td><div align="center">
3300           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3301             <em>30/1/2014</em></strong>
3302         </div></td>
3303       <td>
3304         <ul>
3305           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3306             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3307             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3308             open source project).
3309           </li>
3310           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3311           <li>Output in Stockholm format</li>
3312           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3313           <li>Export/import group and sequence associated line
3314             graph thresholds</li>
3315           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3316             ambiguity codes</li>
3317           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3318             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3319             works</li>
3320           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3321         </ul> <em>Other improvements</em>
3322         <ul>
3323           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3324           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3325             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3326           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3327             files</li>
3328           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3329           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3330             link but no description</li>
3331           <li>Select primary source when selecting authority in
3332             database fetcher GUI</li>
3333           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3334             Jalview</li>
3335           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3336         </ul>
3337       </td>
3338       <td>
3339         <ul>
3340           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3341             displayed</li>
3342           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3343             secondary structure annotation line</li>
3344           <li>Sequence database accessions not imported when
3345             fetching alignments from Rfam</li>
3346           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3347             identical IDs</li>
3348           <li>View all structures does not always superpose
3349             structures</li>
3350           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3351             reflect user or preset settings</li>
3352           <li>Null pointer exceptions for some services without
3353             presets or adjustable parameters</li>
3354           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3355             discover PDB xRefs</li>
3356           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3357             features with DAS</li>
3358           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3359             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3360           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3361             residue follows a gap</li>
3362           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3363             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3364           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3365             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3366           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3367             annotation already exists on alignment</li>
3368           <li>oninit javascript function should be called after
3369             initialisation completes</li>
3370           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3371             alignment window display</li>
3372           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3373           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3374             to annotation file</li>
3375           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3376             groups created</li>
3377           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3378             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3379           <li>Pressing return several times causes Number Format
3380             exceptions in keyboard mode</li>
3381           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3382             correct partitions for input data</li>
3383           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3384           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3385           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3386           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3387             mode</li>
3388           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3389             changes one row&#39;s threshold</li>
3390           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3391             doesn&#39;t open</li>
3392           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3393             quality histograms</li>
3394         </ul>
3395       </td>
3396     </tr>
3397     <tr>
3398       <td><div align="center">
3399           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3400         </div></td>
3401       <td><em>Application</em>
3402         <ul>
3403           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3404             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3405           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3406             preferences</li>
3407           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3408             in Jalview alignment window</li>
3409           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3410             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3411           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3412             RNA and ambiguity codes</li>
3413
3414           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3415           <li>Support fetching and database reference look up
3416             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3417             refs')</li>
3418           <li>Jalview project improvements
3419             <ul>
3420               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3421                 flag for annotation</li>
3422               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3423                 alignment</li>
3424               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3425                 Jalview project</li>
3426
3427             </ul>
3428           </li>
3429           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3430           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3431             running</li>
3432           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3433           <li>visual indication that web service results are still
3434             being retrieved from server</li>
3435           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3436             starts up for first time</li>
3437           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3438             services</li>
3439           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3440             client library</li>
3441           <li>Examples directory and Groovy library included in
3442             InstallAnywhere distribution</li>
3443         </ul> <em>Applet</em>
3444         <ul>
3445           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3446             visualization applet example</li>
3447         </ul> <em>General</em>
3448         <ul>
3449           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3450           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3451             defaults</li>
3452           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3453             calculation</li>
3454           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3455             matrices
3456           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3457             in HTML</li>
3458           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3459             structure contacts</li>
3460           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3461           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3462           <li>Parse sequence associated secondary structure
3463             information in Stockholm files</li>
3464           <li>HTML Export database accessions and annotation
3465             information presented in tooltip for sequences</li>
3466           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3467             style RNA alignment files</li>
3468           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3469             alignment</li>
3470           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3471             shade each sequence according to its associated alignment
3472             annotation</li>
3473           <li>New Jalview Logo</li>
3474         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3475         <ul>
3476           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3477           <li>New Website!</li>
3478         </ul></td>
3479       <td><em>Application</em>
3480         <ul>
3481           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3482             wsdbfetch REST service</li>
3483           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3484           <li>Filetype associations not installed for webstart
3485             launch</li>
3486           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3487             job execution in full once it is complete</li>
3488           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3489             uploaded via ali_file parameter</li>
3490           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3491           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3492           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3493             submitted for prediction</li>
3494           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3495             desktop window</li>
3496           <li>Putting fractional value into integer text box in
3497             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3498           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3499             windows 7</li>
3500           <li>View all structures fails with exception shown in
3501             structure view</li>
3502           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3503             escaped in a platform independent way</li>
3504           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3505             using proxy</li>
3506           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3507             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3508           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3509             failure when java web start temporary file caching is
3510             disabled</li>
3511           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3512             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3513           <li>Errors during processing of command line arguments
3514             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3515           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3516             DAS sources in sequence fetcher</li>
3517           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3518             dialog is shown</li>
3519           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3520           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3521           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3522           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3523             on OSX Mountain Lion</li>
3524           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3525             sequences with alignment annotation are pasted into the
3526             alignment</li>
3527           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3528             when loaded from Jalview project</li>
3529           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3530           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3531             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3532           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3533             associated with all views</li>
3534           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3535             annotation rows to new window</li>
3536         </ul> <em>Applet</em>
3537         <ul>
3538           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3539             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3540           <li>loading features via javascript API automatically
3541             enables feature display</li>
3542           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3543             work</li>
3544         </ul> <em>General</em>
3545         <ul>
3546           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3547           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3548             and then deselected</li>
3549           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3550           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3551             coloured with clustalx</li>
3552           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3553             exceptions and redraw errors</li>
3554           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3555             reconfigured view</li>
3556           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3557             colour</li>
3558           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3559             for lots of labels</li>
3560         </ul>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td>
3564         <div align="center">
3565           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td><em>Application</em>
3569         <ul>
3570           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3571           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3572           <li>View/alignment association menu to enable user to
3573             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3574             its colours/correspondences from</li>
3575           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3576           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3577             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3578           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3579           <li>Annotation row column label formatting attributes
3580             stored in project file</li>
3581           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3582             rows preserved in Jalview project file</li>
3583           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3584             saved using Desktop window menu</li>
3585           <li>Visual indication that command line arguments are
3586             still being processed</li>
3587           <li>Groovy script execution from URL</li>
3588           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3589             preferences</li>
3590           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3591             alignment with sequences that have high similarity and
3592             matching IDs</li>
3593           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3594           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3595             structures in same window</li>
3596           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3597           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3598             analysis function in its own submenu</li>
3599         </ul> <em>Applet</em>
3600         <ul>
3601           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3602             groups</li>
3603           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3604           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3605           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3606           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3607           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3608             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3609           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3610           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3611             parameters are treated as such</li>
3612           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3613             <ul>
3614               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3615               <li>Javascript callbacks for
3616                 <ul>
3617                   <li>Applet initialisation</li>
3618                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3619                 </ul>
3620               </li>
3621               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3622                 functions</li>
3623               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3624               <li>javascript structure viewer harness to pass
3625                 messages between Jmol and Jalview when running as
3626                 distinct applets</li>
3627               <li>sortBy method</li>
3628               <li>Set of applet and application examples shipped
3629                 with documentation</li>
3630               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3631                 javascript message exchange</li>
3632             </ul>
3633         </ul> <em>General</em>
3634         <ul>
3635           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3636             multiple alignments</li>
3637           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3638           <li>User configurable link to enable redirects to a
3639             www.Jalview.org mirror</li>
3640           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3641           <li>Configurable newline string when writing alignment
3642             and other flat files</li>
3643           <li>Allow alignment annotation description lines to
3644             contain html tags</li>
3645         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3646         <ul>
3647           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3648             examples</li>
3649           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3650             using a web service before displaying the result in the
3651             Jalview desktop</li>
3652           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3653           <li>Ant target to publish example html files with applet
3654             archive</li>
3655           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3656           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3657         </ul></td>
3658       <td><em>Application</em>
3659         <ul>
3660           <li>User defined colourscheme throws exception when
3661             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3662           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3663             dialog for valid filename/format</li>
3664           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3665           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3666             P37173</li>
3667           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3668             which sequence is to be associated with the file</li>
3669           <li>Find All raises null pointer exception when query
3670             only matches sequence IDs</li>
3671           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3672           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3673             2.4 cannot be loaded</li>
3674           <li>Filetype associations not installed for webstart
3675             launch</li>
3676           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3677             with sequences in different alignments do not get coloured
3678             by their associated sequence</li>
3679           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3680             not preserved when project is loaded</li>
3681           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3682             stored in Jalview project</li>
3683           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3684             Jalview project</li>
3685           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3686           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3687             by conservation</li>
3688           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3689             created on new view</li>
3690           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3691             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3692           <li>Alignment quality not updated after alignment
3693             annotation row is hidden then shown</li>
3694           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3695             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3696           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3697             properly</li>
3698           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3699             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3700           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3701           <li>Structures imported from file and saved in project
3702             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3703           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3704             job execution in full once it is complete</li>
3705         </ul> <em>Applet</em>
3706         <ul>
3707           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3708             annotation rows are displayed</li>
3709           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3710             codebase</li>
3711           <li>View follows highlighting does not work for positions
3712             in sequences</li>
3713           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3714           <li>Export features raises exception when no features
3715             exist</li>
3716           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3717             for javascript api is modified when separator string
3718             provided as parameter</li>
3719           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3720             alignment with no existing selection</li>
3721           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3722             to applet&#39;s codebase</li>
3723           <li>Status bar not updated after finished searching and
3724             search wraps around to first result</li>
3725           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3726             several Jalview applets causes race conditions and memory
3727             leaks</li>
3728           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3729             not sent from Jmol in applet</li>
3730           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3731             applet API fatally hang browser</li>
3732         </ul> <em>General</em>
3733         <ul>
3734           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3735             position with wrapped view and hidden regions</li>
3736           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3737             with/without hidden columns</li>
3738           <li>Sequence length given in alignment properties window
3739             is off by 1</li>
3740           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3741             import PDB like structure files</li>
3742           <li>Positional search results are only highlighted
3743             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3744           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3745           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3746             given sequence position</li>
3747           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3748             output</li>
3749           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3750             from nucleotide chains correctly</li>
3751           <li>Structure colours not updated when tree partition
3752             changed in alignment</li>
3753           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3754             parsed in interleaved stockholm</li>
3755           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3756             state</li>
3757           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3758             properly</li>
3759           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3760             properly associated with their pdb files</li>
3761         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3762         <ul>
3763           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3764             ApplyCopyright tool</li>
3765         </ul></td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td>
3769         <div align="center">
3770           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3771         </div>
3772       </td>
3773       <td><em>Application</em>
3774         <ul>
3775           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3776             contact web services</li>
3777           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3778             service job window</li>
3779           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3780         </ul></td>
3781       <td>
3782         <ul>
3783           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3784             pir file emitted by Jalview</li>
3785           <li>Existing feature settings transferred to new
3786             alignment view created from cut'n'paste</li>
3787           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3788             parsing PDB files</li>
3789           <li>Consensus and conservation annotation rows
3790             occasionally become blank for all new windows</li>
3791           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3792             in wrapped view mode</li>
3793         </ul> <em>Application</em>
3794         <ul>
3795           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3796             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3797           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3798             parameter names</li>
3799           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3800             is down</li>
3801         </ul>
3802       </td>
3803     </tr>
3804     <tr>
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td><em>Application</em>
3811         <ul>
3812           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3813             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3814             (JABAWS)
3815           </li>
3816           <li>Web Services preference tab</li>
3817           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3818             preferences</li>
3819           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3820           <li>Superpose structures using associated sequence
3821             alignment</li>
3822           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3823             viewer</li>
3824         </ul> <em>Applet</em>
3825         <ul>
3826           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3827             link out mechanism</li>
3828         </ul> <em>Other</em>
3829         <ul>
3830           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3831             series 12</li>
3832           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3833             require Java 1.5</li>
3834           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3835             sequence annotation files</li>
3836           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3837             type colour specification</li>
3838           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3839             script to check if it being run in an interactive session or
3840             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3841         </ul></td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3845             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3846         </ul> <em>Application</em>
3847         <ul>
3848           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3849             selected Regions menu item</li>
3850           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3851             part of a valid accession ID</li>
3852           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3853             runs out of memory</li>
3854           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3855             analysis results</li>
3856           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3857             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3858           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3859         </ul> <em>Applet</em>
3860         <ul>
3861           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3862             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3863             defined.</li>
3864         </ul>
3865       </td>
3866     </tr>
3867     <tr>
3868       <td>
3869         <div align="center">
3870           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3871         </div>
3872       </td>
3873       <td></td>
3874       <td>
3875         <ul>
3876           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3877             sequence IDs</li>
3878           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3879             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3880           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3881             import correctly</li>
3882           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3883             number of columns are hidden</li>
3884           <li>annotation label popup menu not providing correct
3885             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3886             present</li>
3887           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3888             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3889           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3890             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3891
3892         </ul> <em>Applet</em>
3893         <ul>
3894           <li>annotation panel disappears when annotation is
3895             hidden/removed</li>
3896         </ul> <em>Application</em>
3897         <ul>
3898           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3899             alignment opened where annotation panel is visible but no
3900             annotations are present on alignment</li>
3901           <li>pasted region containing hidden columns is
3902             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3903           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3904             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3905           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3906             selected Rregions menu item.</li>
3907           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3908             'Un' or 'Non'conserved</li>
3909           <li>Sequence feature settings are being shared by
3910             multiple distinct alignments</li>
3911           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3912             changed</li>
3913           <li>double click on group annotation to select sequences
3914             does not propagate to associated trees</li>
3915           <li>Mac OSX specific issues:
3916             <ul>
3917               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3918                 window background</li>
3919               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3920                 name set correctly</li>
3921               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3922                 save feature colourscheme button</li>
3923             </ul>
3924           </li>
3925         </ul>
3926       </td>
3927     </tr>
3928     <tr>
3929
3930       <td>
3931         <div align="center">
3932           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3933         </div>
3934       </td>
3935       <td><em>New Capabilities</em>
3936         <ul>
3937           <li>URL links generated from description line for
3938             regular-expression based URL links (applet and application)
3939
3940           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3941             menu</li>
3942           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3943             structures</li>
3944           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3945             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3946           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3947             average score or total feature count for each sequence.</li>
3948           <li>Shading features by score or associated description</li>
3949           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3950             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3951           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3952             hide everything but the currently selected region.</li>
3953           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3954         </ul> <em>Application</em>
3955         <ul>
3956           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3957             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3958           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3959             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3960           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3961             database references and protein_name is parsed as
3962             description line (BioSapiens terms).</li>
3963           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3964             references in sequence ID tooltip from View menu in
3965             application.</li>
3966           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3967       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3968           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3969             conservation plots</li>
3970           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3971             and visualized as sequence logos</li>
3972           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3973             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3974           </li>
3975           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3976             when a new tree is opened.</li>
3977           <li>Jalview Java Console</li>
3978           <li>Better placement of desktop window when moving
3979             between different screens.</li>
3980           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3981             consensus annotation</li>
3982           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3983             Workflows</li>
3984           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3985             <ul>
3986               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3987                 used to preserve views, structures, and tree display
3988                 settings)</li>
3989               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3990                 command line</li>
3991               <li>Sharing of selected regions between views and
3992                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3993               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3994             </ul></li>
3995         </ul> <em>Applet</em>
3996         <ul>
3997           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3998           <li>New Parameters
3999             <ul>
4000               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4001                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4002                 opened.</li>
4003               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4004                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4005               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4006                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4007               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4008                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4009                 view</li>
4010               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4011                 increase the height or width of a cell in the alignment
4012                 grid relative to the current font size.</li>
4013             </ul>
4014           </li>
4015           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4016             tooltip</li>
4017         </ul> <em>Other</em>
4018         <ul>
4019           <li>Features format: graduated colour definitions and
4020             specification of feature scores</li>
4021           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4022             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4023             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4024           <li>XML formats extended to support graduated feature
4025             colourschemes, group associated annotation, and profile
4026             visualization settings.</li></td>
4027       <td>
4028         <ul>
4029           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4030             rather than description</li>
4031           <li>Non-positional features are now included in sequence
4032             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4033             visibility in tooltip).</li>
4034           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4035           <li>Added URL embedding instructions to features file
4036             documentation.</li>
4037           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4038             'X' in peptide product</li>
4039           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4040             sequence ID and sequence string and query strings do not
4041             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4042           <li>AMSA files only contain first column of
4043             multi-character column annotation labels</li>
4044           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4045             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4046             exported and re-imported)</li>
4047           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4048             name</li>
4049           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4050             as subsequence matches, and correctly reports total number
4051             of both.</li>
4052           <li>Application:
4053             <ul>
4054               <li>Better handling of exceptions during sequence
4055                 retrieval</li>
4056               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4057                 link text excludes the start_end suffix</li>
4058               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4059                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4060               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4061               <li>Sequence description lines properly shared via
4062                 VAMSAS</li>
4063               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4064                 data sources</li>
4065               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4066                 completes before alignment figures are generated.</li>
4067               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4068                 first time.</li>
4069               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4070                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4071               <li>User defined group colours properly recovered
4072                 from Jalview projects.</li>
4073             </ul>
4074           </li>
4075         </ul>
4076       </td>
4077
4078     </tr>
4079     <tr>
4080       <td>
4081         <div align="center">
4082           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4083         </div>
4084       </td>
4085       <td>
4086         <ul>
4087           <li>Experimental support for google analytics usage
4088             tracking.</li>
4089           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4090         </ul>
4091       </td>
4092       <td>
4093         <ul>
4094           <li>Race condition in applet preventing startup in
4095             jre1.6.0u12+.</li>
4096           <li>Exception when feature created from selection beyond
4097             length of sequence.</li>
4098           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4099           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4100             all sequences with a given id</li>
4101           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4102             ID string searches</li>
4103           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4104             alignment to fail with exception</li>
4105         </ul> <em>Application Issues</em>
4106         <ul>
4107           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4108           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4109             data sources</li>
4110         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4111         <ul>
4112           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4113             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4114           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4115             version (java class versioning error fixed)</li>
4116         </ul>
4117       </td>
4118     </tr>
4119     <tr>
4120       <td>
4121
4122         <div align="center">
4123           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4124         </div>
4125       </td>
4126       <td><em>User Interface</em>
4127         <ul>
4128           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4129             translation and protein products</li>
4130           <li>Linked highlighting of structure associated with
4131             residue mapping to codon position</li>
4132           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4133             and 'clear' button</li>
4134           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4135             Tools menu</li>
4136           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4137             numeric data in description line</li>
4138           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4139           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4140             of sequence</li>
4141         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4142         <ul>
4143           <li>JPred3 web service</li>
4144           <li>Prototype sequence search client (no public services
4145             available yet)</li>
4146           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4147             PFAM</li>
4148           <li>URL Links created for matching database cross
4149             references as well as sequence ID</li>
4150           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4151         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4152         <ul>
4153           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4154             databases</li>
4155           <li>Generalised database reference retrieval and
4156             validation to all fetchable databases</li>
4157           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4158             sequence command</li>
4159         </ul> <em>Import and Export</em>
4160         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4161         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4162           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4163         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4164           File</li>
4165         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4166           triplet as name of colourscheme</li>
4167         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4168         <ul>
4169           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4170           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4171             alignments (experimental)</li>
4172           <li>Create new or select existing session to join</li>
4173           <li>load and save of vamsas documents</li>
4174         </ul> <em>Application command line</em>
4175         <ul>
4176           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4177             from applet)</li>
4178           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4179             of DAS servers to query for alignment features</li>
4180           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4181             that are also automatically queried for features</li>
4182           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4183             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4184         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4185         <ul>
4186           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4187             application (when using &quot;View in full
4188             application&quot;)</li>
4189         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4190         <ul>
4191           <li>feature group display control parameter</li>
4192           <li>debug parameter</li>
4193           <li>showbutton parameter</li>
4194         </ul> <em>Applet API methods</em>
4195         <ul>
4196           <li>newView public method</li>
4197           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4198           <li>Feature display control methods</li>
4199           <li>get list of currently selected sequences</li>
4200         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4201         <ul>
4202           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4203           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4204             Jalview release.</li>
4205           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4206             property controls execution of obfuscator</li>
4207           <li>Build target for generating source distribution</li>
4208           <li>Debug flag for javacc</li>
4209           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4210             jalview.bin.Cache</li>
4211           <li>Continuous Build Integration for stable and
4212             development version of Application, Applet and source
4213             distribution</li>
4214         </ul></td>
4215       <td>
4216         <ul>
4217           <li>selected region output includes visible annotations
4218             (for certain formats)</li>
4219           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4220             for editing</li>
4221           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4222           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4223           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4224           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4225             comments</li>
4226           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4227             filenames containing a ':'</li>
4228           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4229             global sequence features</li>
4230           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4231             references from alignment sequences goes to zero</li>
4232           <li>Close of tree branch colour box without colour
4233             selection causes cascading exceptions</li>
4234           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4235           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4236             file parsing fails.</li>
4237           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4238           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4239             not a valid output format</li>
4240           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4241             vamsas</li>
4242           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4243           <li>error messages passed up and output when data read
4244             fails</li>
4245           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4246             sequence is edited</li>
4247           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4248             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4249           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4250             filetype</li>
4251           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4252             import fixed for PFAM records</li>
4253           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4254             window list</li>
4255           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4256             can be read and written correctly to annotation file</li>
4257           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4258             correctly</li>
4259           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4260             non-italic font for representatives in Applet</li>
4261           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4262             Macs.</li>
4263           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4264             Applet)</li>
4265           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4266             due to null pointer exceptions</li>
4267           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4268             first column of alignment</li>
4269           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4270             July 2008</li>
4271           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4272             file is case-insensitive</li>
4273           <li>Sequence features read from Features file appended to
4274             all sequences with matching IDs</li>
4275           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4276             containing a sub-sequence</li>
4277           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4278           <li>feature and annotation file applet parameters
4279             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4280           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4281           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4282             splash-screen version check to complete</li>
4283           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4284             when passing them to the launchApp service</li>
4285           <li>display name and local features preserved in results
4286             retrieved from web service</li>
4287           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4288             sequence fetcher initialisation</li>
4289           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4290             dasobert DAS client</li>
4291           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4292             association</li>
4293           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4294             sequences
4295           </li>
4296         </ul>
4297       </td>
4298     </tr>
4299     <tr>
4300       <td>
4301         <div align="center">
4302           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4303         </div>
4304       </td>
4305       <td>
4306         <ul>
4307           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4308           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4309           <li>Slide sequences</li>
4310           <li>Edit sequence in place</li>
4311           <li>EMBL CDS features</li>
4312           <li>DAS Feature mapping</li>
4313           <li>Feature ordering</li>
4314           <li>Alignment Properties</li>
4315           <li>Annotation Scores</li>
4316           <li>Sort by scores</li>
4317           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4318         </ul>
4319       </td>
4320       <td>
4321         <ul>
4322           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4323           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4324           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4325           <li>Feature group display state in XML</li>
4326           <li>Feature ordering in XML</li>
4327           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4328           <li>Stockholm alignment properties</li>
4329           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4330           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4331           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4332           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4333         </ul>
4334       </td>
4335
4336     </tr>
4337     <tr>
4338       <td>
4339         <div align="center">
4340           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4341         </div>
4342       </td>
4343       <td>
4344         <ul>
4345           <li>Non standard characters can be read and displayed
4346           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4347             applet via textbox
4348           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4349             name &amp; description
4350           <li>Preference setting to display sequence name in
4351             italics
4352           <li>Annotation file format extended to allow
4353             Sequence_groups to be defined
4354           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4355             specified in preferences
4356           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4357             sequences
4358         </ul>
4359       </td>
4360       <td>
4361         <ul>
4362           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4363             installed
4364           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4365           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4366         </ul>
4367       </td>
4368     </tr>
4369     <tr>
4370       <td>
4371         <div align="center">
4372           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4373         </div>
4374       </td>
4375       <td>
4376         <ul>
4377           <li>Multiple views on alignment
4378           <li>Sequence feature editing
4379           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4380           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4381           <li>Background dependent text colour
4382           <li>Right align sequence ids
4383           <li>User-defined lower case residue colours
4384           <li>Format Menu
4385           <li>Select Menu
4386           <li>Menu item accelerator keys
4387           <li>Control-V pastes to current alignment
4388           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4389           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4390           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4391
4392           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4393         </ul>
4394       </td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4398           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4399             calculations
4400           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4401             edits
4402           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4403             of alignment)
4404           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4405
4406           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4407             display correctly
4408           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4409           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4410             analysis results
4411           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4412             &#8739;
4413           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4414           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4415           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4416
4417         </ul>
4418       </td>
4419     </tr>
4420     <tr>
4421       <td>
4422         <div align="center">
4423           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4424         </div>
4425       </td>
4426       <td>
4427         <ul>
4428           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4429         </ul>
4430       </td>
4431       <td>
4432         <ul>
4433           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4434             sequence id panel has been resized</li>
4435           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4436             rendered</li>
4437           <li>Annotation files with sequence references - all
4438             elements in file are relative to sequence position</li>
4439           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4440         </ul>
4441       </td>
4442     </tr>
4443     <tr>
4444       <td>
4445         <div align="center">
4446           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4447         </div>
4448       </td>
4449       <td>
4450         <ul>
4451           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4452           <li>DAS Feature fetching</li>
4453           <li>Hide sequences and columns</li>
4454           <li>Export Annotations and Features</li>
4455           <li>GFF file reading / writing</li>
4456           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4457             files</li>
4458           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4459           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4460           <li>Applet can launch the full application</li>
4461           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4462             required)</li>
4463           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4464           <li>Applet can load sequences from parameter
4465             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4466           </li>
4467         </ul>
4468       </td>
4469       <td>
4470         <ul>
4471           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4472           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4473           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4474         </ul>
4475       </td>
4476     </tr>
4477     <tr>
4478       <td>
4479         <div align="center">
4480           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4481         </div>
4482       </td>
4483       <td>
4484         <ul>
4485           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4486           <li>Choose to match case when searching</li>
4487           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4488             expand the visible width and height of the alignment</li>
4489         </ul>
4490       </td>
4491       <td>
4492         <ul>
4493           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4494         </ul>
4495       </td>
4496     </tr>
4497     <tr>
4498       <td>
4499         <div align="center">
4500           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4501         </div>
4502       </td>
4503       <td>&nbsp;</td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4507           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4508             value</li>
4509         </ul>
4510       </td>
4511     </tr>
4512     <tr>
4513       <td>
4514         <div align="center">
4515           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4516         </div>
4517       </td>
4518       <td>
4519         <ul>
4520           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4521           <li>Keyboard editing</li>
4522           <li>Create sequence features from searches</li>
4523           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4524             alignments</li>
4525           <li>Features file allows grouping of features</li>
4526           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4527           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4528           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4529         </ul>
4530       </td>
4531       <td>
4532         <ul>
4533           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4534           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4535             descriptions saved.</li>
4536         </ul>
4537       </td>
4538     </tr>
4539     <tr>
4540       <td>
4541         <div align="center">
4542           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4543         </div>
4544       </td>
4545       <td>
4546         <ul>
4547           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4548           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4549           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4550             name for file output</li>
4551           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4552           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4553             used for HTML form input</li>
4554         </ul>
4555       </td>
4556       <td>
4557         <ul>
4558           <li>HTML output writes groups and features</li>
4559           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4560           <li>File IO bugs</li>
4561         </ul>
4562       </td>
4563     </tr>
4564     <tr>
4565       <td>
4566         <div align="center">
4567           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4568         </div>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4573           <li>More options for PCA viewer</li>
4574         </ul>
4575       </td>
4576       <td>
4577         <ul>
4578           <li>GUI bugs resolved</li>
4579           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4580         </ul>
4581       </td>
4582     </tr>
4583     <tr>
4584       <td height="63">
4585         <div align="center">
4586           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4587         </div>
4588       </td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4592           <li>Jar files are executable</li>
4593           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596       <td>
4597         <ul>
4598           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4599           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4600           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4601         </ul>
4602       </td>
4603     </tr>
4604     <tr>
4605       <td>
4606         <div align="center">
4607           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4608         </div>
4609       </td>
4610       <td>
4611         <ul>
4612           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4613         </ul>
4614       </td>
4615       <td>
4616         <ul>
4617           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4618         </ul>
4619       </td>
4620     </tr>
4621     <tr>
4622       <td>
4623         <div align="center">
4624           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4625         </div>
4626       </td>
4627       <td>
4628         <ul>
4629           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4630             size</li>
4631         </ul>
4632       </td>
4633       <td>
4634         <ul>
4635           <li>Improved JPred client reliability</li>
4636           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4637         </ul>
4638       </td>
4639     </tr>
4640     <tr>
4641       <td>
4642         <div align="center">
4643           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4644         </div>
4645       </td>
4646       <td>
4647         <ul>
4648           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4649           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4650           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4651             to Colour Menu</li>
4652           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4653           <li>Unix users can set default web browser</li>
4654           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4655           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4656         </ul>
4657       </td>
4658       <td>
4659         <ul>
4660           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4661         </ul>
4662       </td>
4663     </tr>
4664     <tr>
4665       <td>
4666         <div align="center">
4667           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4668         </div>
4669       </td>
4670       <td>&nbsp;</td>
4671       <td>
4672         <ul>
4673           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4674             alignment order.</li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677     </tr>
4678     <tr>
4679       <td>
4680         <div align="center">
4681           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4682         </div>
4683       </td>
4684       <td>
4685         <ul>
4686           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4687           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4688           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4689             annotations.</li>
4690           <li>Version and build date written to build properties
4691             file.</li>
4692           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4693             at launch of Jalview.</li>
4694         </ul>
4695       </td>
4696       <td>
4697         <ul>
4698           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4699           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4700           <li>Can remove groups one by one.</li>
4701           <li>Filechooser icons installed.</li>
4702           <li>Finder ignores return character when searching.
4703             Return key will initiate a search.<br>
4704           </li>
4705         </ul>
4706       </td>
4707     </tr>
4708     <tr>
4709       <td>
4710         <div align="center">
4711           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4712         </div>
4713       </td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>New codebase</li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719       <td>&nbsp;</td>
4720     </tr>
4721   </table>
4722   <p>&nbsp;</p>
4723 </body>
4724 </html>