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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>25/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li><!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  65           </li>
  66           <li>
  67             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS,
  68             ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  72             validation while parsing (e.g. AF* attributes)
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  76             enabled by default
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL -->
  80           </li>
  81         </ul><em>Jalview Installer</em>
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
  85             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
  89          </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3393 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
  92           </li>
  93           <li><!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
  94           <li><!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
  95         </ul> <em>Release processes</em>
  96         <ul>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  99           </li>
 100         </ul> <em>Build System</em>
 101         <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 107             report
 108           </li>
 109         </ul> <em>Deprecations</em>
 110       </td>
 111       <td align="left" valign="top">
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- -->
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position via GUI
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 121             with annotation and exceptions thrown when only a few
 122             columns shown in wrapped mode
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 126             wrapped alignment figure with annotations
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 130             ID fails with ClassCastException
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 134             Project
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 138             feature settings dialog also selects columns
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 142             IllegalArgumentException in some circumstances
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 146             help documentation for 2.11.0 release
 147           </li>
 148         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 149         <ul>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 152           </li>
 153         </ul> <em>Installer</em>
 154         <ul>
 155           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview does not automatically create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)</li>
 156         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 157         <ul>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 160             repository
 161           </li>
 162         </ul>
 163         <em>New Known Issues</em>
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 167             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 168             command line
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 172             clipped in headless figure export when Right Align option
 173             enabled
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output.
 177           </li>
 178         </ul>
 179       </td>
 180     </tr>
 181     <tr>
 182       <td width="60" align="center" nowrap>
 183           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 184             <em>04/07/2019</em></strong>
 185       </td>
 186       <td align="left" valign="top">
 187         <ul>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 190             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 191             source project) rather than InstallAnywhere
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 195             settings, receive over the air updates and launch specific
 196             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 197               Rings' GetDown</a>)
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 201             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 205             arguments and switch between different getdown channels
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 209             or alignment files
 210           </li>
 211
 212           <li>
 213             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 214             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 217             'Translate as cDNA'</li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 220           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 221             <ul>
 222                       <li>
 223             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 224             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 225           <li>
 226                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 227                 features can be filtered and shaded according to any
 228                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 229                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 230                 file)
 231               </li>
 232               <li>
 233                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 234                 stored and restored from Jalview Projects
 235               </li>
 236               <li>
 237                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 238                 recognise variant features
 239               </li>
 240               <li>
 241                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 242                 sequences (also coloured red by default)
 243               </li>
 244               <li>
 245                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 246                 details
 247               </li>
 248               <li>
 249                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 250                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 251               </li>
 252               <li>
 253                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 254                 dialog
 255               </li>
 256             </ul>
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 260             tree and PCA calculations
 261           </li>
 262           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 263             <ul>
 264               <li>
 265                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 266                 and Viewer state saved in Jalview Project
 267               </li>
 268               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 269                 drop-down menus</li>
 270               <li>
 271                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 272                 incrementally
 273               </li>
 274               <li>
 275                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 276               </li>
 277             </ul>
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 281           </li>
 282           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 283           <ul>
 284               <li>
 285                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 286                 multiple groups when working with large alignments
 287               </li>
 288               <li>
 289                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 290                 Stockholm files
 291               </li>
 292             </ul>
 293           <li><strong>User Interface</strong>
 294           <ul>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 297                 view
 298               </li>
 299               <li>
 300                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 301                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 302                 default (can be changed in user preferences)
 303               </li>
 304               <li>
 305                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 306                 to the Overwrite Dialog
 307               </li>
 308               <li>
 309                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 310                 sequences are hidden
 311               </li>
 312               <li>
 313                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 314                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 315               </li>
 316               <li>
 317                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 318                 labels
 319               </li>
 320               <li>
 321                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 322                 when in wrapped mode
 323               </li>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 326                 annotation
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 330               </li>
 331               <li>
 332                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 333                 panel
 334               </li>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 337                 popup menu
 338               </li>
 339               <li>
 340               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 341               <li>
 342               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 343
 344
 345             </ul></li>
 346             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 347           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 348             <ul>
 349               <li>
 350                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 351                 trapping CMD-Q
 352               </li>
 353             </ul></li>
 354         </ul>
 355         <em>Deprecations</em>
 356         <ul>
 357           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 358             capabilities removed from the Jalview Desktop
 359           </li>
 360           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 361             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 362             and XML based data retrieval clients</li>
 363           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 364           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 365         </ul> <em>Documentation</em>
 366         <ul>
 367           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 368             not supported in EPS figure export
 369           </li>
 370           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 371         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 372         <ul>
 373           <li>
 374           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 375           </li>
 376       <li>
 377       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 378           <li>
 379           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 380             gradle-eclipse
 381           </li>
 382           <li>
 383           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 384             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 385             execution
 386           </li>
 387           <li>
 388           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 389             operations
 390           </li>
 391           <li>
 392           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 393             issues resolved
 394           </li>
 395           <li>
 396           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 397             markdown (with HTML rendering)
 398           </li>
 399           <li>
 400           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 401           </li>
 402           <li>
 403           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 404             versions of Jalview
 405           </li>
 406         </ul>
 407       </td>
 408       <td align="left" valign="top">
 409         <ul>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 415             superposition in Jmol fail on Windows
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 419             structures for sequences with lots of PDB structures
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 423             monospaced font
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 427             project involving multiple views
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 431             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 432             Annotation dialog hides columns
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 436             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 437             one view, then making another selection in the other view
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 441             columns
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 445             Settings and Jalview Preferences panels
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 449             overview with large alignments
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 453             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 454             mouse moved to the left of the first column
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 458             hidden column marker via scale popup menu
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 462             doesn't tell users the invalid URL
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 466             score from view
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 470             show cross references or Fetch Database References are shown in
 471             red in original view
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 475             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 479             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 483             when columns are hidden
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 487             Columns by Annotation description
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 491             out of Scale or Annotation Panel
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 495             scale panel
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 499             alignment down
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 503             scale panel
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 507             Page Up in wrapped mode
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 517             on opening an alignment
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 521             Colour menu
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 525             different groups in the alignment are selected
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 529             correctly in menu
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 533             threshold limit
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 537             threshold gets 'unrounded'
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 541             colour
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 551             Tree font
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 555             project file
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 559             shown in complementary view
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 563             without normalisation
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 567             of report
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 571           </li>
 572           <li>
 573           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 574           </li>
 575         </ul> <em>Editing</em>
 576         <ul>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 579             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 580             sequence
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 584             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 585             removed (Known defect since 2.10)
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 589             dialog corrupts dataset sequence
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 593             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 594           </li>
 595         </ul> <em>Datamodel</em>
 596         <ul>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 599             sequence's End is greater than its length
 600           </li>
 601         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 602           general release)</em>
 603         <ul>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 606           </li>
 607         </ul> <em>New Known Defects</em>
 608         <ul>
 609         <li>
 610         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 611         </li>
 612         <li>
 613           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 614           regions of protein alignment.
 615         </li>
 616         <li>
 617           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 618           is restored from a Jalview 2.11 project
 619         </li>
 620         <li>
 621           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 622           'New View'
 623         </li>
 624         <li>
 625           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 626           columns within hidden columns
 627         </li>
 628         <li>
 629           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 630           window after dragging left to select columns to left of visible
 631           region
 632         </li>
 633         <li>
 634           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 635           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 636           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 637           create a Score filter instead.
 638         </li>
 639         <li>
 640         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 641         <li>
 642         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 643         </li>
 644         <li>
 645           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 646           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 647         </li>
 648         </ul>
 649         <em>Java 11 Specific defects</em>
 650           <ul>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 653               alphabetically when saved
 654             </li>
 655         </ul>
 656       </td>
 657     </tr>
 658     <tr>
 659     <td width="60" nowrap>
 660       <div align="center">
 661         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 662       </div>
 663     </td>
 664     <td><div align="left">
 665         <em></em>
 666         <ul>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 669               InstallAnywhere increased to 1G.
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 673               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 674               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 675                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 676                 properties file.</em>
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 680               API and sequence data now imported as JSON.
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 684               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 685               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 686               property.
 687             </li>
 688           </ul>
 689           <em>Development</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 693               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 694                 Clover</a>
 695             </li>
 696           </ul>
 697         </div></td>
 698     <td><div align="left">
 699         <em></em>
 700         <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 703               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 704               alignment.
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 708               annotation displayed.
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 712               for newly created group when 'Apply to all groups'
 713               selected
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 717               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 718               visible.
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 722               when sequences are selected in exported view.</em>
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 726               aren't rendered with correct colour.
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 730               types of knotted RNA secondary structure.
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 734               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 735               do not start at 1.
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 739               annotation when columns are inserted into an alignment,
 740               and when exporting as Stockholm flatfile.
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 744               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 745               treated as RNA secondary structure.
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 749               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 753               transfers focus to previous window on OSX
 754             </li>
 755           </ul>
 756           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 757           <ul>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 760               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 761               box.
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 765               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 766               'look and feel' which has improved compatibility with the
 767               latest version of OSX.
 768             </li>
 769           </ul>
 770         </div>
 771     </td>
 772     </tr>
 773     <tr>
 774       <td width="60" nowrap>
 775         <div align="center">
 776           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 777             <em>7/06/2018</em></strong>
 778         </div>
 779       </td>
 780       <td><div align="left">
 781           <em></em>
 782           <ul>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 785               annotation retrieved from Uniprot
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 789               onto the Jalview Desktop
 790             </li>
 791           </ul>
 792         </div></td>
 793       <td><div align="left">
 794           <em></em>
 795           <ul>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 798               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 802               right-hand column parsed correctly
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 806               not alignment area in exported graphic
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 810               window has input focus
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 814               annotation added to view (Windows)
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 818               network connectivity is poor
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 822               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 823                 the currently open URL and links from a page viewed in
 824                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 825                 you are using Edge, only links in the page can be
 826                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 827                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 828             </li>
 829           </ul>
 830           <em>New Known Defects</em>
 831           <ul>
 832             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 833           </ul>
 834         </div></td>
 835     </tr>
 836     <tr>
 837       <td width="60" nowrap>
 838         <div align="center">
 839           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 840         </div>
 841       </td>
 842       <td><div align="left">
 843           <em></em>
 844           <ul>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 847               for disabling automatic superposition of multiple
 848               structures and open structures in existing views
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 852               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 853               adjust them.
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 857               Ensembl services
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 861               and lots of hidden columns
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 865               of features (particularly when transparency is disabled)
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 869               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 870               generally available
 871             </li>
 872           </ul>
 873           </div>
 874       </td>
 875       <td><div align="left">
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 879               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 883               overlapping alignment panel
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 887               sequence as gaps
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 891               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 892               UTR
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 896               factor annotation not added to sequence when local PDB
 897               file associated with it by drag'n'drop or structure
 898               chooser
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 902               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 906               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 910               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 914               columns in annotation row
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 918               honored in batch mode
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 922               for structures added to existing Jmol view
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 926               entries after importing project with multiple views
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 930               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 931               with negative residue numbers or missing residues fails
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 935               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 936               as generated by CONSURF)
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 940               tooltip doesn't include a text description of mutation
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 944               structure and/or overview windows are also shown
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 948               very slow for alignments with large numbers of sequences
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 952               with 'StringIndexOutOfBounds'
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 956               platforms running Java 10
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 960               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 961             </li>
 962           </ul>
 963           <em>Applet</em>
 964           <ul>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 967               should copy the group consensus when popup is opened on it
 968             </li>
 969           </ul>
 970           <em>Batch Mode</em>
 971           <ul>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 974           </li>
 975           </ul>
 976           <em>New Known Defects</em>
 977           <ul>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 980               editing a large alignment and overview is displayed
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 984               repeatedly after a series of edits even when the overview
 985               is no longer reflecting updates
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 989               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 990               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 991               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 995               option gives blank output
 996             </li>
 997           </ul>
 998         </div>
 999           </td>
1000     </tr>
1001     <tr>
1002       <td width="60" nowrap>
1003         <div align="center">
1004           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1005         </div>
1006       </td>
1007       <td><div align="left">
1008           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1009               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1010       <td><div align="left">
1011           <em>Desktop</em><ul>
1012           <ul>
1013             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1014             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1015             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1016             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1017             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1018             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1019             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1020           </ul>
1021           </div>
1022       </td>
1023     </tr>
1024     <tr>
1025       <td width="60" nowrap>
1026         <div align="center">
1027           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1028         </div>
1029       </td>
1030       <td><div align="left">
1031           <em></em>
1032           <ul>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1035               rendering of sequence features
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1039               429 rate limit request hander
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1043               their colours have changed
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1047               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1051               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1055               view from Ensembl locus cross-references
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1059               Alignment report
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1063               feature can be disabled
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1067               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1071               Uniprot
1072             </li>
1073           </ul>
1074           <em>Scripting</em>
1075           <ul>
1076             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1077             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1078               percent identity scores for current alignment.</li>
1079           </ul>
1080           <em>Testing and Deployment</em>
1081           <ul>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1084             </li>
1085           </ul>
1086         </div></td>
1087       <td><div align="left">
1088           <em>General</em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1092               threshold text field doesn't trigger an update to the
1093               alignment view
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1097               strings in parallel
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1101               alignment window is closed
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1105               group visibility
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1109               takes a long time in Cursor mode
1110             </li>
1111           </ul>
1112           <em>Desktop</em>
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1116               cannot be viewed in Chimera
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1120               CDS/Protein view
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1124               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1125               Search Dialogs
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1135               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1139               scrolling right in unwapped alignment view
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1143               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1144               database
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1148               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1152               features of same type and group to be selected for
1153               amending
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1157               alignments when hidden columns are present
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1161               displaying several structures
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1165               moving a window
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1169               within the Jalview desktop on OSX
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1173               when in wrapped alignment mode
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1177               hand end of alignment
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1181               each selected sequence do not have correct start/end
1182               positions
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1186               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1190               restoring project until a new view is created
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1194               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1195               configured (since 2.10.2b2)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1199               position is adjusted
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1203               in a multi-chain structure when viewing alignment
1204               involving more than one chain (since 2.10)
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1208               if new selection moves alignment window
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1212               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1216               that produces correctly annotated transcripts and products
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1220               doesn't update associated structure view
1221             </li>
1222           </ul>
1223           <em>Applet</em><br />
1224           <ul>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1227               closing alignment panel
1228             </li>
1229           </ul>
1230           <em>BioJSON</em><br />
1231           <ul>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1234               non-positional features
1235             </li>
1236           </ul>
1237           <em>New Known Issues</em>
1238           <ul>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1241               sequence features correctly (for many previous versions of
1242               Jalview)
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1246               using cursor in wrapped panel other than top
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1250               graduated colour threshold
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1254               always preserve numbering and sequence features
1255             </li>
1256           </ul>
1257           <em>Known Java 9 Issues</em>
1258           <ul>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1261               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1262               9.01, OSX 10.10)
1263             </li>
1264           </ul>
1265         </div></td>
1266     </tr>
1267     <tr>
1268       <td width="60" nowrap>
1269         <div align="center">
1270           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1271             <em>2/10/2017</em></strong>
1272         </div>
1273       </td>
1274       <td><div align="left">
1275           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1279             </li>
1280             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1281             </li>
1282           </ul>
1283         </div></td>
1284       <td><div align="left">
1285         </div></td>
1286     </tr>
1287     <tr>
1288       <td width="60" nowrap>
1289         <div align="center">
1290           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1291             <em>7/9/2017</em></strong>
1292         </div>
1293       </td>
1294       <td><div align="left">
1295           <em></em>
1296           <ul>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1299               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1300               white)
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1304               Preferences
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1308               in size and progress bar shown as higher resolution
1309               overview is recalculated
1310             </li>
1311
1312           </ul>
1313         </div></td>
1314       <td><div align="left">
1315           <em></em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1319               column region row by row
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1323               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1327               format setting is unticked
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1331               if group has show boxes format setting unticked
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1335               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1336               include sequences and columns not currently displayed
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1340               assemblies are imported via CIF file
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1344               displayed when threshold or conservation colouring is also
1345               enabled.
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1349               server version
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1353               dragging a selected region off the visible region of the
1354               alignment
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1358               colourscheme to all groups in a view
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1362               initially after font size change using the Font chooser or
1363               middle-mouse zoom
1364             </li>
1365           </ul>
1366         </div></td>
1367     </tr>
1368     <tr>
1369       <td width="60" nowrap>
1370         <div align="center">
1371           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1372         </div>
1373       </td>
1374       <td><div align="left">
1375           <em>Calculations</em>
1376           <ul>
1377
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1380               ungapped positions in each column of the alignment.
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1384               a calculation dialog box
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1388               and memory efficiency (~30x faster)
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1392               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1393               and other calculations
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1397               files within the Jalview codebase
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1401               Similarity may have different topology due to increased
1402               precision
1403             </li>
1404           </ul>
1405           <em>Rendering</em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1409               model for alignments and groups
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1413               scripts
1414             </li>
1415           </ul>
1416           <em>Overview</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1420               with alignment and overview windows
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1424               overview
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1428               omitted in Overview
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1432               adjustment of visible position
1433             </li>
1434           </ul>
1435
1436           <em>Data import/export</em>
1437           <ul>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1440               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1444               annotation input/output via stockholm flatfile
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1448               extension when importing structure files without embedded
1449               names or PDB accessions
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1453               format sequence substitution matrices
1454             </li>
1455           </ul>
1456           <em>User Interface</em>
1457           <ul>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1460               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1461               the application.
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1465               via Overview or sequence motif search operations
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1469               opened by double clicking gaps within sequence feature
1470               extent
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1474               aligned positions were available to create a 3D structure
1475               superposition.
1476             </li>
1477           </ul>
1478           <em>3D Structure</em>
1479           <ul>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1482               coloured in linked structure views
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1486               file-based command exchange
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1490               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1491               structures are already available for sequences
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1495               the Jalview project rather than downloaded again when the
1496               project is reopened.
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1500               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1501               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1502                 Feature</strong>)
1503             </li>
1504           </ul>
1505           <em>Web Services</em>
1506           <ul>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1512               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1513               Analysis services
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1517               cross-references provided by identifiers.org and the
1518               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1519             </li>
1520           </ul>
1521
1522           <em>Scripting</em>
1523           <ul>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1526               identifying file formats (instead of String constants)
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1530               efficiency when counting all displayed features (not
1531               backwards compatible with 2.10.1)
1532             </li>
1533           </ul>
1534           <em>Example files</em>
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1538               included in the example feature file
1539             </li>
1540           </ul>
1541           <em>Documentation</em>
1542           <ul>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1545               with the built-in Java help viewer
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1549               sequence description' option
1550             </li>
1551           </ul>
1552           <em>Test Suite</em>
1553           <ul>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1556               Uniprot REST Free Text Search Client
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1563               during tests
1564             </li>
1565           </ul>
1566         </div></td>
1567       <td><div align="left">
1568           <em>Calculations</em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1572               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1573               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1574             </li>
1575             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1576               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1577               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1578               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1579               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1580               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1581               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1582               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1583               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1584               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1585               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1586               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1587               // for 2.10.1 mode <br />
1588               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1589               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1590                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1591                 calculations (not recommended)</em></li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1594               scaling of branch lengths for trees computed using
1595               Sequence Feature Similarity.
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1599               generating output report when working with highly
1600               redundant alignments
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1604               right of selected region when gaps present on right-hand
1605               boundary
1606             </li>
1607           </ul>
1608           <em>User Interface</em>
1609           <ul>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1612               doesn't reselect a specific sequence's associated
1613               annotation after it was used for colouring a view
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1617               opened on a region of alignment without groups
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1621               of an alignment with overlapping groups
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1625               name and description match
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1629               hidden regions results in incorrect hidden regions
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1633               changing colour does not apply Conservation slider value
1634               to all groups
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1638               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1642               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1646               gaps before start of features
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1650               restored to UI when feature colour is edited
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1654               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1658               as graduate feature colour settings are modified via the
1659               dialog box
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1663               when a group defined on the alignment is resized
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1667               wrapped view result in positional status updates
1668             </li>
1669
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1672               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1676               alignment included gapped columns
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1680               widgets don't permanently disappear
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1684               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1685               T-Coffee column reliability scores)
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1689               sequence feature on gaps only
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1693               button from a Find inherit previously defined feature type
1694               rather than the Find query string
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1698               exporting tree calculated in Jalview
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1702               and then revealing them reorders sequences on the
1703               alignment
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1707               doesn't update to reflect available set of groups after
1708               interactively adding or modifying features
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1712               Linux
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1716               only excluded gaps in current sequence and ignored
1717               selection.
1718             </li>
1719           </ul>
1720           <em>Rendering</em>
1721           <ul>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1724               erratically when hidden rows or columns are present
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1728               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1729               sequence colouring
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1733               colour and group colour menu for protein alignments
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1737               reflect currently selected view or group's shading
1738               thresholds
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1742               when rendered on overview and structures when opacity at
1743               100%
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1747               overview when features overlaid on alignment
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1751               recovered correctly from Jalview project file
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1755               (automatically via preferences) are different to the main
1756               alignment panel
1757             </li>
1758           </ul>
1759           <em>Data import/export</em>
1760           <ul>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1763               load
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1767               added after a sequence was imported are not written to
1768               Stockholm File
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1772               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1776               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1780               with lightGray or darkGray via features file (but can
1781               specify lightgray)
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1785               when alignment view imported from project
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1789               structure and sequences extracted from structure files
1790               imported via URL and viewed in Jmol
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1794               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1795               the project is loaded and the structure viewed
1796             </li>
1797           </ul>
1798           <em>Web Services</em>
1799           <ul>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1802               release of Ensembl v.88
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1806               appear enabled in Preferences->Connections
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1810               removed from console output
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1814               Ensembl by Peptide ID
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1818               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1819               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1820               due to 'null' string rather than empty string used for
1821               residues with no corresponding PDB mapping).
1822             </li>
1823           </ul>
1824           <em>Application UI</em>
1825           <ul>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1828               menu
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1832               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1833               new documentation and tooltips added)
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1837               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1841               new features are added to alignment
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1845               changes to feature colours via the Amend features dialog
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1849               edit graduated feature colour via amend features dialog
1850               box
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1854               selection menu changes colours of alignment views
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1858               from alignment calculation workers after alignment has
1859               been closed
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1863               groups now 'Create Group'
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1867               Create/Undefine group doesn't always work
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1871               shown again after pressing 'Cancel'
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1875               adjusts start position in wrap mode
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1879               ambiguous amino acids
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1883               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1884               proteins
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1888               Defined' don't appear in Colours menu
1889             </li>
1890           </ul>
1891           <em>Applet</em>
1892           <ul>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1895               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1899               overview or linked structure view
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1903               work (since 2.8)
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1907               user-defined colourscheme doesn't restore original
1908               colourscheme
1909             </li>
1910           </ul>
1911           <em>Test Suite</em>
1912           <ul>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1915               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1919               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1920               problems with deep array comparison equality asserts in
1921               successive versions of TestNG
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1925               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1926             </li>
1927           </ul>
1928           <em>New Known Issues</em>
1929           <ul>
1930             <li>
1931               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1932               phase after a sequence motif find operation
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1936               containing just upper and lower case letters are
1937               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1941               reliably from eggnog Ortholog database
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1945               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1946               to mark columns containing highlighted regions.
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1950               doesn't always add secondary structure annotation.
1951             </li>
1952           </ul>
1953         </div>
1954     <tr>
1955       <td width="60" nowrap>
1956         <div align="center">
1957           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1958         </div>
1959       </td>
1960       <td><div align="left">
1961           <em>General</em>
1962           <ul>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1965               for all consensus calculations
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1969               3rd Oct 2016)
1970             </li>
1971             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1972               for 2016-2017</li>
1973           </ul>
1974           <em>Application</em>
1975           <ul>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1978               set of database cross-references, sorted alphabetically
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1982               from database cross references. Users with custom links
1983               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1984                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1988               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1989               Chimera session
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1993               the Chimera it is connected to is shut down
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1997               columns menu item to mark columns containing highlighted
1998               regions (e.g. from structure selections or results of a
1999               Find operation)
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2003               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2004               MSAviewer
2005             </li>
2006           </ul>
2007         </div></td>
2008       <td>
2009         <div align="left">
2010           <em>General</em>
2011           <ul>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2014               are not coloured or thresholded according to percent
2015               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2019               hydrophobic
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2023               threshold, amino acid properties)
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2027               reported as mapped to residues in a structure file in the
2028               View Mapping report
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2032               could be added multiple times to a sequence
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2036               bond features shown as two highlighted residues rather
2037               than a range in linked structure views, and treated
2038               correctly when selecting and computing trees from features
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2042               cross-references are matched to database name regardless
2043               of case
2044             </li>
2045
2046           </ul>
2047           <em>Application</em>
2048           <ul>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2051               names without regular expressions also offer links from
2052               Sequence ID
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2056               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2057               update Jalview configuration
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2061               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2065               files with similarly named sequences if dropped onto the
2066               alignment
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2070               entries where more chains exist in the PDB accession than
2071               are reported in the SIFTS file
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2075               the structure view when displayed with Chimera
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2079               panel's View->Show Chains submenu
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2083               work for wrapped alignment views
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2087               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2091               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2092               first annotation row
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2096               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2100               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2101             </li>
2102             <!-- JAL-2319 -->
2103             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2104             coordindate data
2105             </li>
2106           </ul>
2107           <!--           <em>New Known Issues</em>
2108           <ul>
2109             <li></li>
2110           </ul> -->
2111         </div>
2112       </td>
2113     </tr>
2114     <td width="60" nowrap>
2115       <div align="center">
2116         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2117           <em>25/10/2016</em></strong>
2118       </div>
2119     </td>
2120     <td><em>Application</em>
2121       <ul>
2122         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2123           view if structures already loaded</li>
2124         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2125           structure views</li>
2126       </ul></td>
2127     <td>
2128       <div align="left">
2129         <em>General</em>
2130         <ul>
2131           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2132             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2133           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2134             example sequences/projects/trees</li>
2135         </ul>
2136         <em>Application</em>
2137         <ul>
2138           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2139             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2140           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2141             without timeout for structures with multiple models or
2142             multiple sequences in alignment</li>
2143           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2144             PDB ID HEADER line</li>
2145           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2146             is performed</li>
2147           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2148             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2149           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2150           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2151             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2152             option</li>
2153           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2154             is created on the alignment</li>
2155           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2156             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2157             pop-up menu</li>
2158         </ul>
2159         <em>Build and deployment</em>
2160         <ul>
2161           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2162             tags</li>
2163         </ul>
2164         <em>New Known Issues</em>
2165         <ul>
2166           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2167             on Windows</li>
2168         </ul>
2169       </div>
2170     </td>
2171     </tr>
2172     <tr>
2173       <td width="60" nowrap>
2174         <div align="center">
2175           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2176         </div>
2177       </td>
2178       <td><em>General</em>
2179         <ul>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2182           </li>
2183           <li>
2184             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2185             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2186             better PDB parsing.
2187           </li>
2188           <li>
2189             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2190             reference sequence
2191           </li>
2192           <li>
2193             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2194             mousing over sequence associated annotation
2195           </li>
2196           <li>
2197             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2198             for manual entry
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2202             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2203             for each column
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2207             showing or hiding columns containing a feature
2208           </li>
2209           <li>
2210             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2211             group and sequence associated annotation labels
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2215             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2216             dialogs
2217           </li>
2218
2219         </ul> <em>Application</em>
2220         <ul>
2221           <li>
2222             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2223             gene/transcript view
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2227             dialog
2228           </li>
2229           <li>
2230             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2231             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2235             Pfam sources to xfam.org
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2242             over sequences in Jalview
2243           </li>
2244           <li>
2245             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2246             regions in ENA and EMBL
2247           </li>
2248           <li>
2249             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2250             for record retrieval via ENA rest API
2251           </li>
2252           <li>
2253             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2254             complement operator
2255           </li>
2256           <li>
2257             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2258             groovy script execution
2259           </li>
2260           <li>
2261             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2262             alignment window's Calculate menu
2263           </li>
2264           <li>
2265             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2266             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2267           </li>
2268           <li>
2269             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2270             calculation workers from groovy scripts
2271           </li>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2274             Jalview projects
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2278             associations are now saved/restored from project
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2282             before sequence fetcher is opened
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2286             database chooser opens a sequence fetcher
2287           </li>
2288           <li>
2289             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2290             the UniProt REST API
2291           </li>
2292           <li>
2293             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2294             the news reader opening
2295           </li>
2296           <li>
2297             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2298             querying stored in preferences
2299           </li>
2300           <li>
2301             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2302             search results
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2309             menu for nucleotide sequences
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2313             and feature counts preserves alignment ordering (and
2314             debugged for complex feature sets).
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2318             viewing structures with Jalview 2.10
2319           </li>
2320           <li>
2321             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2322             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2323             Ensembl Genomes REST API
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2327             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2328             (Ensembl)
2329           </li>
2330           <li>
2331             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2332             sequences
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2336             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2337             data from external database records.
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2341             efficient recovery of sequence coding and alignment
2342             annotation relationships.
2343           </li>
2344         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2345         <ul>
2346           <li>
2347             -- JAL---
2348           </li>
2349         </ul> --></td>
2350       <td>
2351         <div align="left">
2352           <em>General</em>
2353           <ul>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2356               menu on OSX
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2360               includes graduated colourschemes
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2364               working with big alignments and lots of hidden columns
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2368               at right of alignment window
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2372               contents
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2376               for DNA alignments
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2380               based tree calculation
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2384               unconserved enabled for group on alignment
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2388               set as reference
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2392               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2393               annotation
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2397               hidden columns present
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2401               user created annotation added to alignment
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2405               '()' base pair annotation
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2409               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2410               Consensus
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2414               feature not working
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2418               beginning of sequence
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2422               entry 3a6s
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2426               from a tree when t-coffee scores are shown
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2430               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2434               some structures
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2438               to Clustal, PIR and PileUp output
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2442               not visible causes alignment window to repaint
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2446               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2447               scores associated with features and annotation rows
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2451               calculation should be case independent
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2455               columns
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2459               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2460               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2464               problems when reference sequence defined and 'show
2465               non-conserved' enabled
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2469               load even when Consensus calculation is disabled
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2473               alignment does nothing
2474             </li>
2475           </ul>
2476           <em>Application</em>
2477           <ul>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2480               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2481               yet fixed for El Capitan)
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2485               output when running on non-gb/us i18n platforms
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2489               hidden sequences as flat-file alignment
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2493               launching Chimera
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2497               (also hotfix for 2.9.0b2)
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2501               reference sequence defined
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2505               alignments and views when revealing hidden columns
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2509               view in a cDNA/Protein splitframe
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2513               sequence from project when only one sequence is
2514               represented
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2518               in Structure Chooser
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2522               structure consensus didn't refresh annotation panel
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2526               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2530               dialogs format columns correctly, don't display array
2531               data, sort columns according to type
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2535               file chooser is cancelled during an image export
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2539               sequence name containing special characters
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2543               case insensitive
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2547               formatting don't wrap
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2551               truncated so L looks like I in consensus annotation
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2555               currently displayed features for the current selection or
2556               view
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2560               after fetching cross-references, and restoring from
2561               project
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2565               followed in the structure viewer
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2569               splitframe not restored from project
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2573               trailing end of protein alignment in transcript/product
2574               splitview when pad-gaps not enabled by default
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2578               is case dependent
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2582               article has been read (reopened issue due to
2583               internationalisation problems)
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2587               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2588               cross-references
2589             </li>
2590
2591             <li>
2592               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2593               alignment as HTML
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2597               multiple structures are shown for one or more sequences.
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2601               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2602               is enabled.
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2606               specific PDB id for sequence
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2610               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2611               columns' is disabled.
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2615               selects lowest rather than highest resolution structures
2616               for each sequence
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2620               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2624               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2628               after clicking on it to create new annotation for a
2629               column.
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2633               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2634             </li>
2635             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2636             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2637           </ul>
2638           <em>Applet</em>
2639           <ul>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2642               hidden columns present before start of sequence
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2646               (JSON jars)
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2650               sequences are hidden in applet
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2654               deployment on examples pages.
2655             </li>
2656           </ul>
2657         </div>
2658       </td>
2659     </tr>
2660     <tr>
2661       <td width="60" nowrap>
2662         <div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2664             <em>16/10/2015</em></strong>
2665         </div>
2666       </td>
2667       <td><em>General</em>
2668         <ul>
2669           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2670             jars</li>
2671         </ul></td>
2672       <td>
2673         <div align="left">
2674           <em>Application</em>
2675           <ul>
2676             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2677               shown when tree is partitioned</li>
2678             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2679               multiple cDNA/Protein split views</li>
2680           </ul>
2681         </div>
2682       </td>
2683     </tr>
2684     <tr>
2685       <td width="60" nowrap>
2686         <div align="center">
2687           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2688             <em>8/10/2015</em></strong>
2689         </div>
2690       </td>
2691       <td><em>General</em>
2692         <ul>
2693           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2694             2.9</li>
2695         </ul> <em>Application</em>
2696         <ul>
2697           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2698           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2699           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2700         </ul> <em>Applet</em>
2701         <ul>
2702           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2703         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2704         <ul>
2705           <li>
2706             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2707             suite
2708           </li>
2709         </ul></td>
2710       <td>
2711         <div align="left">
2712           <em>General</em>
2713           <ul>
2714             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2715               incorrect when sequence start > 1</li>
2716             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2717               documentation</li>
2718             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2719             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2720               loading a features file containing HTML tags in feature
2721               description</li>
2722
2723           </ul>
2724           <em>Application</em>
2725           <ul>
2726             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2727               reimport</li>
2728             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2729               with 'trim retrieved sequences'</li>
2730             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2731               deleting selected columns</li>
2732             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2733               JNLP templates for webstart launch</li>
2734             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2735               unreleased structures for download or viewing</li>
2736             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2737               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2738             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2739               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2740             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2741               recovered from jalview project</li>
2742             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2743               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2744               alignment view</li>
2745             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2746               color schemes from BioJSON</li>
2747           </ul>
2748           <em>Applet</em>
2749           <ul>
2750             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2751               frame</li>
2752             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2753           </ul>
2754         </div>
2755       </td>
2756     </tr>
2757     <tr>
2758       <td><div align="center">
2759           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2760         </div></td>
2761       <td><em>General</em>
2762         <ul>
2763           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2764             alignments:
2765             <ul>
2766               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2767                 and DNA alignment views</li>
2768               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2769                 cDNA alignment views</li>
2770               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2771                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2772               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2773                 protein sequences</li>
2774             </ul>
2775           </li>
2776           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2777           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2778             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2779           <li>New alignment annotation file statements for
2780             reference sequences and marking hidden columns</li>
2781           <li>Reference sequence based alignment shading to
2782             highlight variation</li>
2783           <li>Select or hide columns according to alignment
2784             annotation</li>
2785           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2786           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2787             acid conservation row</li>
2788           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2789         </ul> <em>Application</em>
2790         <ul>
2791           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2792             <ul>
2793               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2794                 view with cDNA/Protein</li>
2795               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2796                 sequences are placed in the same alignment</li>
2797               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2798                 projects</li>
2799             </ul>
2800           </li>
2801
2802           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2803           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2804             Jalview windows</li>
2805
2806           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2807           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2808           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2809             be shown in VARNA</li>
2810
2811           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2812             as the active selected region</li>
2813
2814           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2815             similarity</li>
2816           <li>New Export options
2817             <ul>
2818               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2819                 region export in flat file generation</li>
2820
2821               <li>Export alignment views for display with the <a
2822                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2823
2824               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2825               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2826                 alignment figures to HTML</li>
2827           </li>
2828           <li>3D structure retrieval and display
2829             <ul>
2830               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2831                 Search API</li>
2832               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2833                 PDB structures for a sequence set</li>
2834             </ul>
2835           </li>
2836
2837           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2838             predictions</li>
2839           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2840             for one or a group of sequences</li>
2841           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2842             from the JPred4 web server</li>
2843           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2844             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2845             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2846           </li>
2847           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2848             VARNA 2D Structure'</li>
2849           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2850             Structure ..."</li>
2851
2852         </ul> <em>Applet</em>
2853         <ul>
2854           <li>New layout for applet example pages</li>
2855           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2856             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2857           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2858             Protein alignments</li>
2859         </ul> <em>Development and deployment</em>
2860         <ul>
2861           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2862           <li>Include installation type and git revision in build
2863             properties and console log output</li>
2864           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2865             storing BioJsMSA Templates</li>
2866           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2867         </ul></td>
2868       <td>
2869         <!-- <em>General</em>
2870         <ul>
2871         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2872         <ul>
2873           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2874           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2875           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2876             predictions are not highlighted in amber</li>
2877           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2878             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2879           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2880             associated structure views</li>
2881           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2882             width checkbox not enabled</li>
2883           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2884             creating user defined colours</li>
2885           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2886             mappings for just that viewer's sequences</li>
2887           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2888             multiple models in Chimera</li>
2889           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2890             over Jmol structure</li>
2891           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2892             output to text box</li>
2893           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2894             have incorrect sequence start/end</li>
2895           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2896             Jalview fails</li>
2897           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2898             work for nucleotide</li>
2899           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2900             to a grey/invisible alignment window</li>
2901           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2902             imports to different position</li>
2903           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2904             on some platforms</li>
2905           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2906             populated</li>
2907           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2908             console if Chimera has been opened</li>
2909           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2910           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2911             retrieved</li>
2912           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2913           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2914             either sequence shows on first structure</li>
2915           <li>'Show annotations' options should not make
2916             non-positional annotations visible</li>
2917           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2918             in right place after 'view flanking regions'</li>
2919           <li>File Save As type unset when current file format is
2920             unknown</li>
2921           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2922             projects</li>
2923           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2924             responsive</li>
2925           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2926             several views on same alignment</li>
2927           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2928           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2929             spaces</li>
2930         </ul> <em>Applet</em>
2931         <ul>
2932           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2933           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2934             descriptions containing angle brackets</li>
2935         </ul> <em>General</em>
2936         <ul>
2937           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2938             via jalview annotation file</li>
2939           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2940             with RNA secondary structure</li>
2941           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2942             translation doesn't work.</li>
2943           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2944           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2945             positions</li>
2946           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2947             choosing 1pt font</li>
2948           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2949             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2950             'h'</li>
2951           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2952             new feature</li>
2953           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2954             order dependent</li>
2955           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2956             sequences</li>
2957           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2958         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2959         <ul>
2960           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2961             www.jalview.org</li>
2962         </ul> <em>Application Known issues</em>
2963         <ul>
2964           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2965           <li>Misleading message appears after trying to delete
2966             solid column.</li>
2967           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2968             version launches</li>
2969           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2970             fails with a sequence mismatch</li>
2971           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2972             scrolling alignment to right</li>
2973           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2974             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2975           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2976             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2977           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2978             ultra-high resolution</li>
2979           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2980             quality and conservation</li>
2981           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2982             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2983         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2984         <ul>
2985           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2986           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2987             window is being resized</li>
2988
2989         </ul>
2990       </td>
2991     </tr>
2992     <tr>
2993       <td><div align="center">
2994           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2995         </div></td>
2996       <td><em>General</em>
2997         <ul>
2998           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2999             Certum.PL.</li>
3000           <li>Features and annotation preserved when performing
3001             pairwise alignment</li>
3002           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3003             imported/exported/displayed</li>
3004           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3005             protein secondary structure</li>
3006           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3007               post-hoc with 2.9 release</em>)
3008           </li>
3009
3010         </ul> <em>Application</em>
3011         <ul>
3012           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3013             with 3D structures</li>
3014           <li>Support for parsing RNAML</li>
3015           <li>Annotations menu for layout
3016             <ul>
3017               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3018               <li>place sequence annotation above/below alignment
3019                 annotation</li>
3020             </ul>
3021           <li>Output in Stockholm format</li>
3022           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3023             translation</li>
3024           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3025           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3026             shared between alignments</li>
3027           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3028             Jalview</li>
3029           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3030             all or current selection</li>
3031           <li>disorder and secondary structure predictions
3032             available as dataset annotation</li>
3033           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3034
3035
3036           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3037             alignments from Rfam</li>
3038           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3039
3040           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3041             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3042           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3043           <li>include installation type in build properties and
3044             console log output</li>
3045           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3046             annotation</li>
3047         </ul></td>
3048       <td>
3049         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3050         <ul>
3051           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3052             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3053           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3054             alignment</li>
3055           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3056           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3057           <li>Double click on sequence associated annotation
3058             selects only first column</li>
3059           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3060             leaves shown in tree</li>
3061           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3062             properly</li>
3063           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3064           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3065             screen and buttons not visible</li>
3066           <li>author list isn't updated if already written to
3067             Jalview properties</li>
3068           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3069             from database</li>
3070           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3071           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3072             browser search window</li>
3073           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3074             in feature settings dialog</li>
3075           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3076             desktop</li>
3077           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3078             pass validation</li>
3079           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3080             fit on screen</li>
3081           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3082             tooltip</li>
3083           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3084             defined user preset</li>
3085           <li>MSA web services warns user if they were launched
3086             with invalid input</li>
3087           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3088             Java 8</li>
3089           <li>
3090             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3091             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3092             created
3093           </li>
3094
3095         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3096         <ul>
3097         </ul> <em>General</em>
3098         <ul>
3099         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3100         <ul>
3101           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3102             memory allocation</li>
3103           <li>launchApp service doesn't automatically open
3104             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3105           <li>
3106             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3107             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3108             1.7_055 is available
3109           </li>
3110         </ul> <em>Application Known issues</em>
3111         <ul>
3112           <li>
3113             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3114             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3115             alignment to right
3116           </li>
3117           <li>
3118             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3119             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3120             with large number of ID
3121           </li>
3122           <li>
3123             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3124             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3125             start/end
3126           </li>
3127           <li>
3128             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3129             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3130             structure tracks are rearranged
3131           </li>
3132           <li>
3133             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3134             invalid rna structure positional highlighting does not
3135             highlight position of invalid base pairs
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3139             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3140             project from alignment window file menu
3141           </li>
3142           <li>
3143             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3144             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3145             structures
3146           </li>
3147           <li>
3148             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3149             colour by RNA Helices not enabled when user created
3150             annotation added to alignment
3151           </li>
3152           <li>
3153             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3154             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3155           </li>
3156         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3157         <ul>
3158           <li>
3159             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3160             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3164             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3165           </li>
3166
3167           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3168             when selected</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td><div align="center">
3174           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3175         </div></td>
3176       <td>
3177         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3178         <em>General</em>
3179         <ul>
3180           <li>Internationalisation of user interface (usually
3181             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3182           <li>Define/Undefine group on current selection with
3183             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3184           <li>Improved group creation/removal options in
3185             alignment/sequence Popup menu</li>
3186           <li>Sensible precision for symbol distribution
3187             percentages shown in logo tooltip.</li>
3188           <li>Annotation panel height set according to amount of
3189             annotation when alignment first opened</li>
3190         </ul> <em>Application</em>
3191         <ul>
3192           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3193             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3194           <li>Select columns containing particular features from
3195             Feature Settings dialog</li>
3196           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3197             sequences</li>
3198           <li>Update Jalview project format:
3199             <ul>
3200               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3201               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3202                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3203               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3204                 colouring</li>
3205             </ul>
3206           </li>
3207           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3208             (PAM250)</li>
3209           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3210             flanking regions for an alignment</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213       <td>
3214         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3215         <ul>
3216           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3217             running after job is cancelled</li>
3218           <li>cannot export features from alignments imported from
3219             Jalview/VAMSAS projects</li>
3220           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3221             float values</li>
3222           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3223             have 'display all symbols' flag set</li>
3224           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3225             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3226           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3227             Jalview</li>
3228           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3229             Lion/Webstart</li>
3230           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3231           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3232           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3233             alignment onto desktop</li>
3234           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3235             'extract scores' function</li>
3236           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3237             alignment window</li>
3238           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3239             performing IUPred disorder prediction</li>
3240           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3241             changing 'normalise logo' display setting</li>
3242           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3243             nothing matches query</li>
3244           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3245             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3246           </li>
3247           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3248             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3249           </li>
3250           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3251             Jalview's menu</li>
3252           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3253             'invalid literal/length code'</li>
3254           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3255             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3256           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3257             colourscheme</li>
3258
3259         </ul> <em>Applet</em>
3260         <ul>
3261           <li>Remove group option is shown even when selection is
3262             not a group</li>
3263           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3264             don't affect groups</li>
3265           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3266             colourscheme name</li>
3267           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3268             Annotation panel is not displayed</li>
3269           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3270             embedded windows</li>
3271         </ul> <em>Other</em>
3272         <ul>
3273           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3274             single sequence were not calculated</li>
3275           <li>annotation files that contain only groups imported as
3276             annotation and junk sequences</li>
3277           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3278             recognised as PFAM or BLC</li>
3279           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3280             doesn't affect background (2.8.0b1)
3281           <li></li>
3282           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3283           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3284             trailing gaps</li>
3285           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3286             registered correctly on import</li>
3287           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3288             certain alignments</li>
3289           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3290             existing annotation based 'use original colours'
3291             colourscheme loses original colours setting</li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294     </tr>
3295     <tr>
3296       <td><div align="center">
3297           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3298             <em>30/1/2014</em></strong>
3299         </div></td>
3300       <td>
3301         <ul>
3302           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3303             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3304             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3305             open source project).
3306           </li>
3307           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3308           <li>Output in Stockholm format</li>
3309           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3310           <li>Export/import group and sequence associated line
3311             graph thresholds</li>
3312           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3313             ambiguity codes</li>
3314           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3315             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3316             works</li>
3317           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3318         </ul> <em>Other improvements</em>
3319         <ul>
3320           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3321           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3322             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3323           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3324             files</li>
3325           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3326           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3327             link but no description</li>
3328           <li>Select primary source when selecting authority in
3329             database fetcher GUI</li>
3330           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3331             Jalview</li>
3332           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335       <td>
3336         <ul>
3337           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3338             displayed</li>
3339           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3340             secondary structure annotation line</li>
3341           <li>Sequence database accessions not imported when
3342             fetching alignments from Rfam</li>
3343           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3344             identical IDs</li>
3345           <li>View all structures does not always superpose
3346             structures</li>
3347           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3348             reflect user or preset settings</li>
3349           <li>Null pointer exceptions for some services without
3350             presets or adjustable parameters</li>
3351           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3352             discover PDB xRefs</li>
3353           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3354             features with DAS</li>
3355           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3356             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3357           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3358             residue follows a gap</li>
3359           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3360             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3361           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3362             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3363           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3364             annotation already exists on alignment</li>
3365           <li>oninit javascript function should be called after
3366             initialisation completes</li>
3367           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3368             alignment window display</li>
3369           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3370           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3371             to annotation file</li>
3372           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3373             groups created</li>
3374           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3375             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3376           <li>Pressing return several times causes Number Format
3377             exceptions in keyboard mode</li>
3378           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3379             correct partitions for input data</li>
3380           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3381           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3382           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3383           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3384             mode</li>
3385           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3386             changes one row&#39;s threshold</li>
3387           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3388             doesn&#39;t open</li>
3389           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3390             quality histograms</li>
3391         </ul>
3392       </td>
3393     </tr>
3394     <tr>
3395       <td><div align="center">
3396           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3397         </div></td>
3398       <td><em>Application</em>
3399         <ul>
3400           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3401             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3402           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3403             preferences</li>
3404           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3405             in Jalview alignment window</li>
3406           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3407             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3408           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3409             RNA and ambiguity codes</li>
3410
3411           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3412           <li>Support fetching and database reference look up
3413             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3414             refs')</li>
3415           <li>Jalview project improvements
3416             <ul>
3417               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3418                 flag for annotation</li>
3419               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3420                 alignment</li>
3421               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3422                 Jalview project</li>
3423
3424             </ul>
3425           </li>
3426           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3427           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3428             running</li>
3429           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3430           <li>visual indication that web service results are still
3431             being retrieved from server</li>
3432           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3433             starts up for first time</li>
3434           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3435             services</li>
3436           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3437             client library</li>
3438           <li>Examples directory and Groovy library included in
3439             InstallAnywhere distribution</li>
3440         </ul> <em>Applet</em>
3441         <ul>
3442           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3443             visualization applet example</li>
3444         </ul> <em>General</em>
3445         <ul>
3446           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3447           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3448             defaults</li>
3449           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3450             calculation</li>
3451           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3452             matrices
3453           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3454             in HTML</li>
3455           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3456             structure contacts</li>
3457           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3458           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3459           <li>Parse sequence associated secondary structure
3460             information in Stockholm files</li>
3461           <li>HTML Export database accessions and annotation
3462             information presented in tooltip for sequences</li>
3463           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3464             style RNA alignment files</li>
3465           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3466             alignment</li>
3467           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3468             shade each sequence according to its associated alignment
3469             annotation</li>
3470           <li>New Jalview Logo</li>
3471         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3472         <ul>
3473           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3474           <li>New Website!</li>
3475         </ul></td>
3476       <td><em>Application</em>
3477         <ul>
3478           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3479             wsdbfetch REST service</li>
3480           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3481           <li>Filetype associations not installed for webstart
3482             launch</li>
3483           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3484             job execution in full once it is complete</li>
3485           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3486             uploaded via ali_file parameter</li>
3487           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3488           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3489           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3490             submitted for prediction</li>
3491           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3492             desktop window</li>
3493           <li>Putting fractional value into integer text box in
3494             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3495           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3496             windows 7</li>
3497           <li>View all structures fails with exception shown in
3498             structure view</li>
3499           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3500             escaped in a platform independent way</li>
3501           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3502             using proxy</li>
3503           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3504             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3505           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3506             failure when java web start temporary file caching is
3507             disabled</li>
3508           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3509             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3510           <li>Errors during processing of command line arguments
3511             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3512           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3513             DAS sources in sequence fetcher</li>
3514           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3515             dialog is shown</li>
3516           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3517           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3518           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3519           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3520             on OSX Mountain Lion</li>
3521           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3522             sequences with alignment annotation are pasted into the
3523             alignment</li>
3524           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3525             when loaded from Jalview project</li>
3526           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3527           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3528             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3529           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3530             associated with all views</li>
3531           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3532             annotation rows to new window</li>
3533         </ul> <em>Applet</em>
3534         <ul>
3535           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3536             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3537           <li>loading features via javascript API automatically
3538             enables feature display</li>
3539           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3540             work</li>
3541         </ul> <em>General</em>
3542         <ul>
3543           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3544           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3545             and then deselected</li>
3546           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3547           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3548             coloured with clustalx</li>
3549           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3550             exceptions and redraw errors</li>
3551           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3552             reconfigured view</li>
3553           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3554             colour</li>
3555           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3556             for lots of labels</li>
3557         </ul>
3558     </tr>
3559     <tr>
3560       <td>
3561         <div align="center">
3562           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3563         </div>
3564       </td>
3565       <td><em>Application</em>
3566         <ul>
3567           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3568           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3569           <li>View/alignment association menu to enable user to
3570             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3571             its colours/correspondences from</li>
3572           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3573           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3574             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3575           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3576           <li>Annotation row column label formatting attributes
3577             stored in project file</li>
3578           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3579             rows preserved in Jalview project file</li>
3580           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3581             saved using Desktop window menu</li>
3582           <li>Visual indication that command line arguments are
3583             still being processed</li>
3584           <li>Groovy script execution from URL</li>
3585           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3586             preferences</li>
3587           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3588             alignment with sequences that have high similarity and
3589             matching IDs</li>
3590           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3591           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3592             structures in same window</li>
3593           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3594           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3595             analysis function in its own submenu</li>
3596         </ul> <em>Applet</em>
3597         <ul>
3598           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3599             groups</li>
3600           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3601           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3602           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3603           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3604           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3605             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3606           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3607           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3608             parameters are treated as such</li>
3609           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3610             <ul>
3611               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3612               <li>Javascript callbacks for
3613                 <ul>
3614                   <li>Applet initialisation</li>
3615                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3616                 </ul>
3617               </li>
3618               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3619                 functions</li>
3620               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3621               <li>javascript structure viewer harness to pass
3622                 messages between Jmol and Jalview when running as
3623                 distinct applets</li>
3624               <li>sortBy method</li>
3625               <li>Set of applet and application examples shipped
3626                 with documentation</li>
3627               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3628                 javascript message exchange</li>
3629             </ul>
3630         </ul> <em>General</em>
3631         <ul>
3632           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3633             multiple alignments</li>
3634           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3635           <li>User configurable link to enable redirects to a
3636             www.Jalview.org mirror</li>
3637           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3638           <li>Configurable newline string when writing alignment
3639             and other flat files</li>
3640           <li>Allow alignment annotation description lines to
3641             contain html tags</li>
3642         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3643         <ul>
3644           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3645             examples</li>
3646           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3647             using a web service before displaying the result in the
3648             Jalview desktop</li>
3649           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3650           <li>Ant target to publish example html files with applet
3651             archive</li>
3652           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3653           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3654         </ul></td>
3655       <td><em>Application</em>
3656         <ul>
3657           <li>User defined colourscheme throws exception when
3658             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3659           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3660             dialog for valid filename/format</li>
3661           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3662           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3663             P37173</li>
3664           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3665             which sequence is to be associated with the file</li>
3666           <li>Find All raises null pointer exception when query
3667             only matches sequence IDs</li>
3668           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3669           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3670             2.4 cannot be loaded</li>
3671           <li>Filetype associations not installed for webstart
3672             launch</li>
3673           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3674             with sequences in different alignments do not get coloured
3675             by their associated sequence</li>
3676           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3677             not preserved when project is loaded</li>
3678           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3679             stored in Jalview project</li>
3680           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3681             Jalview project</li>
3682           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3683           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3684             by conservation</li>
3685           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3686             created on new view</li>
3687           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3688             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3689           <li>Alignment quality not updated after alignment
3690             annotation row is hidden then shown</li>
3691           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3692             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3693           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3694             properly</li>
3695           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3696             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3697           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3698           <li>Structures imported from file and saved in project
3699             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3700           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3701             job execution in full once it is complete</li>
3702         </ul> <em>Applet</em>
3703         <ul>
3704           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3705             annotation rows are displayed</li>
3706           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3707             codebase</li>
3708           <li>View follows highlighting does not work for positions
3709             in sequences</li>
3710           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3711           <li>Export features raises exception when no features
3712             exist</li>
3713           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3714             for javascript api is modified when separator string
3715             provided as parameter</li>
3716           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3717             alignment with no existing selection</li>
3718           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3719             to applet&#39;s codebase</li>
3720           <li>Status bar not updated after finished searching and
3721             search wraps around to first result</li>
3722           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3723             several Jalview applets causes race conditions and memory
3724             leaks</li>
3725           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3726             not sent from Jmol in applet</li>
3727           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3728             applet API fatally hang browser</li>
3729         </ul> <em>General</em>
3730         <ul>
3731           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3732             position with wrapped view and hidden regions</li>
3733           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3734             with/without hidden columns</li>
3735           <li>Sequence length given in alignment properties window
3736             is off by 1</li>
3737           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3738             import PDB like structure files</li>
3739           <li>Positional search results are only highlighted
3740             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3741           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3742           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3743             given sequence position</li>
3744           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3745             output</li>
3746           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3747             from nucleotide chains correctly</li>
3748           <li>Structure colours not updated when tree partition
3749             changed in alignment</li>
3750           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3751             parsed in interleaved stockholm</li>
3752           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3753             state</li>
3754           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3755             properly</li>
3756           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3757             properly associated with their pdb files</li>
3758         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3759         <ul>
3760           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3761             ApplyCopyright tool</li>
3762         </ul></td>
3763     </tr>
3764     <tr>
3765       <td>
3766         <div align="center">
3767           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3768         </div>
3769       </td>
3770       <td><em>Application</em>
3771         <ul>
3772           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3773             contact web services</li>
3774           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3775             service job window</li>
3776           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3777         </ul></td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3781             pir file emitted by Jalview</li>
3782           <li>Existing feature settings transferred to new
3783             alignment view created from cut'n'paste</li>
3784           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3785             parsing PDB files</li>
3786           <li>Consensus and conservation annotation rows
3787             occasionally become blank for all new windows</li>
3788           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3789             in wrapped view mode</li>
3790         </ul> <em>Application</em>
3791         <ul>
3792           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3793             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3794           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3795             parameter names</li>
3796           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3797             is down</li>
3798         </ul>
3799       </td>
3800     </tr>
3801     <tr>
3802       <td>
3803         <div align="center">
3804           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3805         </div>
3806       </td>
3807       <td><em>Application</em>
3808         <ul>
3809           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3810             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3811             (JABAWS)
3812           </li>
3813           <li>Web Services preference tab</li>
3814           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3815             preferences</li>
3816           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3817           <li>Superpose structures using associated sequence
3818             alignment</li>
3819           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3820             viewer</li>
3821         </ul> <em>Applet</em>
3822         <ul>
3823           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3824             link out mechanism</li>
3825         </ul> <em>Other</em>
3826         <ul>
3827           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3828             series 12</li>
3829           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3830             require Java 1.5</li>
3831           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3832             sequence annotation files</li>
3833           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3834             type colour specification</li>
3835           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3836             script to check if it being run in an interactive session or
3837             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3838         </ul></td>
3839       <td>
3840         <ul>
3841           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3842             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3843         </ul> <em>Application</em>
3844         <ul>
3845           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3846             selected Regions menu item</li>
3847           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3848             part of a valid accession ID</li>
3849           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3850             runs out of memory</li>
3851           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3852             analysis results</li>
3853           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3854             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3855           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3856         </ul> <em>Applet</em>
3857         <ul>
3858           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3859             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3860             defined.</li>
3861         </ul>
3862       </td>
3863     </tr>
3864     <tr>
3865       <td>
3866         <div align="center">
3867           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3868         </div>
3869       </td>
3870       <td></td>
3871       <td>
3872         <ul>
3873           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3874             sequence IDs</li>
3875           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3876             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3877           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3878             import correctly</li>
3879           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3880             number of columns are hidden</li>
3881           <li>annotation label popup menu not providing correct
3882             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3883             present</li>
3884           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3885             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3886           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3887             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3888
3889         </ul> <em>Applet</em>
3890         <ul>
3891           <li>annotation panel disappears when annotation is
3892             hidden/removed</li>
3893         </ul> <em>Application</em>
3894         <ul>
3895           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3896             alignment opened where annotation panel is visible but no
3897             annotations are present on alignment</li>
3898           <li>pasted region containing hidden columns is
3899             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3900           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3901             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3902           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3903             selected Rregions menu item.</li>
3904           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3905             'Un' or 'Non'conserved</li>
3906           <li>Sequence feature settings are being shared by
3907             multiple distinct alignments</li>
3908           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3909             changed</li>
3910           <li>double click on group annotation to select sequences
3911             does not propagate to associated trees</li>
3912           <li>Mac OSX specific issues:
3913             <ul>
3914               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3915                 window background</li>
3916               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3917                 name set correctly</li>
3918               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3919                 save feature colourscheme button</li>
3920             </ul>
3921           </li>
3922         </ul>
3923       </td>
3924     </tr>
3925     <tr>
3926
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td><em>New Capabilities</em>
3933         <ul>
3934           <li>URL links generated from description line for
3935             regular-expression based URL links (applet and application)
3936
3937           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3938             menu</li>
3939           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3940             structures</li>
3941           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3942             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3943           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3944             average score or total feature count for each sequence.</li>
3945           <li>Shading features by score or associated description</li>
3946           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3947             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3948           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3949             hide everything but the currently selected region.</li>
3950           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3951         </ul> <em>Application</em>
3952         <ul>
3953           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3954             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3955           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3956             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3957           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3958             database references and protein_name is parsed as
3959             description line (BioSapiens terms).</li>
3960           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3961             references in sequence ID tooltip from View menu in
3962             application.</li>
3963           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3964       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3965           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3966             conservation plots</li>
3967           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3968             and visualized as sequence logos</li>
3969           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3970             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3971           </li>
3972           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3973             when a new tree is opened.</li>
3974           <li>Jalview Java Console</li>
3975           <li>Better placement of desktop window when moving
3976             between different screens.</li>
3977           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3978             consensus annotation</li>
3979           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3980             Workflows</li>
3981           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3982             <ul>
3983               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3984                 used to preserve views, structures, and tree display
3985                 settings)</li>
3986               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3987                 command line</li>
3988               <li>Sharing of selected regions between views and
3989                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3990               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3991             </ul></li>
3992         </ul> <em>Applet</em>
3993         <ul>
3994           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3995           <li>New Parameters
3996             <ul>
3997               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3998                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3999                 opened.</li>
4000               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4001                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4002               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4003                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4004               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4005                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4006                 view</li>
4007               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4008                 increase the height or width of a cell in the alignment
4009                 grid relative to the current font size.</li>
4010             </ul>
4011           </li>
4012           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4013             tooltip</li>
4014         </ul> <em>Other</em>
4015         <ul>
4016           <li>Features format: graduated colour definitions and
4017             specification of feature scores</li>
4018           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4019             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4020             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4021           <li>XML formats extended to support graduated feature
4022             colourschemes, group associated annotation, and profile
4023             visualization settings.</li></td>
4024       <td>
4025         <ul>
4026           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4027             rather than description</li>
4028           <li>Non-positional features are now included in sequence
4029             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4030             visibility in tooltip).</li>
4031           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4032           <li>Added URL embedding instructions to features file
4033             documentation.</li>
4034           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4035             'X' in peptide product</li>
4036           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4037             sequence ID and sequence string and query strings do not
4038             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4039           <li>AMSA files only contain first column of
4040             multi-character column annotation labels</li>
4041           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4042             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4043             exported and re-imported)</li>
4044           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4045             name</li>
4046           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4047             as subsequence matches, and correctly reports total number
4048             of both.</li>
4049           <li>Application:
4050             <ul>
4051               <li>Better handling of exceptions during sequence
4052                 retrieval</li>
4053               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4054                 link text excludes the start_end suffix</li>
4055               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4056                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4057               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4058               <li>Sequence description lines properly shared via
4059                 VAMSAS</li>
4060               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4061                 data sources</li>
4062               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4063                 completes before alignment figures are generated.</li>
4064               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4065                 first time.</li>
4066               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4067                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4068               <li>User defined group colours properly recovered
4069                 from Jalview projects.</li>
4070             </ul>
4071           </li>
4072         </ul>
4073       </td>
4074
4075     </tr>
4076     <tr>
4077       <td>
4078         <div align="center">
4079           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4080         </div>
4081       </td>
4082       <td>
4083         <ul>
4084           <li>Experimental support for google analytics usage
4085             tracking.</li>
4086           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4087         </ul>
4088       </td>
4089       <td>
4090         <ul>
4091           <li>Race condition in applet preventing startup in
4092             jre1.6.0u12+.</li>
4093           <li>Exception when feature created from selection beyond
4094             length of sequence.</li>
4095           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4096           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4097             all sequences with a given id</li>
4098           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4099             ID string searches</li>
4100           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4101             alignment to fail with exception</li>
4102         </ul> <em>Application Issues</em>
4103         <ul>
4104           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4105           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4106             data sources</li>
4107         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4108         <ul>
4109           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4110             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4111           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4112             version (java class versioning error fixed)</li>
4113         </ul>
4114       </td>
4115     </tr>
4116     <tr>
4117       <td>
4118
4119         <div align="center">
4120           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4121         </div>
4122       </td>
4123       <td><em>User Interface</em>
4124         <ul>
4125           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4126             translation and protein products</li>
4127           <li>Linked highlighting of structure associated with
4128             residue mapping to codon position</li>
4129           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4130             and 'clear' button</li>
4131           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4132             Tools menu</li>
4133           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4134             numeric data in description line</li>
4135           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4136           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4137             of sequence</li>
4138         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4139         <ul>
4140           <li>JPred3 web service</li>
4141           <li>Prototype sequence search client (no public services
4142             available yet)</li>
4143           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4144             PFAM</li>
4145           <li>URL Links created for matching database cross
4146             references as well as sequence ID</li>
4147           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4148         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4149         <ul>
4150           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4151             databases</li>
4152           <li>Generalised database reference retrieval and
4153             validation to all fetchable databases</li>
4154           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4155             sequence command</li>
4156         </ul> <em>Import and Export</em>
4157         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4158         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4159           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4160         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4161           File</li>
4162         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4163           triplet as name of colourscheme</li>
4164         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4165         <ul>
4166           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4167           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4168             alignments (experimental)</li>
4169           <li>Create new or select existing session to join</li>
4170           <li>load and save of vamsas documents</li>
4171         </ul> <em>Application command line</em>
4172         <ul>
4173           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4174             from applet)</li>
4175           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4176             of DAS servers to query for alignment features</li>
4177           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4178             that are also automatically queried for features</li>
4179           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4180             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4181         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4182         <ul>
4183           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4184             application (when using &quot;View in full
4185             application&quot;)</li>
4186         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4187         <ul>
4188           <li>feature group display control parameter</li>
4189           <li>debug parameter</li>
4190           <li>showbutton parameter</li>
4191         </ul> <em>Applet API methods</em>
4192         <ul>
4193           <li>newView public method</li>
4194           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4195           <li>Feature display control methods</li>
4196           <li>get list of currently selected sequences</li>
4197         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4198         <ul>
4199           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4200           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4201             Jalview release.</li>
4202           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4203             property controls execution of obfuscator</li>
4204           <li>Build target for generating source distribution</li>
4205           <li>Debug flag for javacc</li>
4206           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4207             jalview.bin.Cache</li>
4208           <li>Continuous Build Integration for stable and
4209             development version of Application, Applet and source
4210             distribution</li>
4211         </ul></td>
4212       <td>
4213         <ul>
4214           <li>selected region output includes visible annotations
4215             (for certain formats)</li>
4216           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4217             for editing</li>
4218           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4219           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4220           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4221           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4222             comments</li>
4223           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4224             filenames containing a ':'</li>
4225           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4226             global sequence features</li>
4227           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4228             references from alignment sequences goes to zero</li>
4229           <li>Close of tree branch colour box without colour
4230             selection causes cascading exceptions</li>
4231           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4232           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4233             file parsing fails.</li>
4234           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4235           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4236             not a valid output format</li>
4237           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4238             vamsas</li>
4239           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4240           <li>error messages passed up and output when data read
4241             fails</li>
4242           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4243             sequence is edited</li>
4244           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4245             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4246           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4247             filetype</li>
4248           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4249             import fixed for PFAM records</li>
4250           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4251             window list</li>
4252           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4253             can be read and written correctly to annotation file</li>
4254           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4255             correctly</li>
4256           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4257             non-italic font for representatives in Applet</li>
4258           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4259             Macs.</li>
4260           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4261             Applet)</li>
4262           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4263             due to null pointer exceptions</li>
4264           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4265             first column of alignment</li>
4266           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4267             July 2008</li>
4268           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4269             file is case-insensitive</li>
4270           <li>Sequence features read from Features file appended to
4271             all sequences with matching IDs</li>
4272           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4273             containing a sub-sequence</li>
4274           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4275           <li>feature and annotation file applet parameters
4276             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4277           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4278           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4279             splash-screen version check to complete</li>
4280           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4281             when passing them to the launchApp service</li>
4282           <li>display name and local features preserved in results
4283             retrieved from web service</li>
4284           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4285             sequence fetcher initialisation</li>
4286           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4287             dasobert DAS client</li>
4288           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4289             association</li>
4290           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4291             sequences
4292           </li>
4293         </ul>
4294       </td>
4295     </tr>
4296     <tr>
4297       <td>
4298         <div align="center">
4299           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4300         </div>
4301       </td>
4302       <td>
4303         <ul>
4304           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4305           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4306           <li>Slide sequences</li>
4307           <li>Edit sequence in place</li>
4308           <li>EMBL CDS features</li>
4309           <li>DAS Feature mapping</li>
4310           <li>Feature ordering</li>
4311           <li>Alignment Properties</li>
4312           <li>Annotation Scores</li>
4313           <li>Sort by scores</li>
4314           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4315         </ul>
4316       </td>
4317       <td>
4318         <ul>
4319           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4320           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4321           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4322           <li>Feature group display state in XML</li>
4323           <li>Feature ordering in XML</li>
4324           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4325           <li>Stockholm alignment properties</li>
4326           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4327           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4328           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4329           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4330         </ul>
4331       </td>
4332
4333     </tr>
4334     <tr>
4335       <td>
4336         <div align="center">
4337           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4338         </div>
4339       </td>
4340       <td>
4341         <ul>
4342           <li>Non standard characters can be read and displayed
4343           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4344             applet via textbox
4345           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4346             name &amp; description
4347           <li>Preference setting to display sequence name in
4348             italics
4349           <li>Annotation file format extended to allow
4350             Sequence_groups to be defined
4351           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4352             specified in preferences
4353           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4354             sequences
4355         </ul>
4356       </td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4360             installed
4361           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4362           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4363         </ul>
4364       </td>
4365     </tr>
4366     <tr>
4367       <td>
4368         <div align="center">
4369           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4370         </div>
4371       </td>
4372       <td>
4373         <ul>
4374           <li>Multiple views on alignment
4375           <li>Sequence feature editing
4376           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4377           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4378           <li>Background dependent text colour
4379           <li>Right align sequence ids
4380           <li>User-defined lower case residue colours
4381           <li>Format Menu
4382           <li>Select Menu
4383           <li>Menu item accelerator keys
4384           <li>Control-V pastes to current alignment
4385           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4386           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4387           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4388
4389           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4390         </ul>
4391       </td>
4392       <td>
4393         <ul>
4394           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4395           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4396             calculations
4397           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4398             edits
4399           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4400             of alignment)
4401           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4402
4403           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4404             display correctly
4405           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4406           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4407             analysis results
4408           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4409             &#8739;
4410           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4411           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4412           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4413
4414         </ul>
4415       </td>
4416     </tr>
4417     <tr>
4418       <td>
4419         <div align="center">
4420           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4421         </div>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428       <td>
4429         <ul>
4430           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4431             sequence id panel has been resized</li>
4432           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4433             rendered</li>
4434           <li>Annotation files with sequence references - all
4435             elements in file are relative to sequence position</li>
4436           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4437         </ul>
4438       </td>
4439     </tr>
4440     <tr>
4441       <td>
4442         <div align="center">
4443           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4444         </div>
4445       </td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4449           <li>DAS Feature fetching</li>
4450           <li>Hide sequences and columns</li>
4451           <li>Export Annotations and Features</li>
4452           <li>GFF file reading / writing</li>
4453           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4454             files</li>
4455           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4456           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4457           <li>Applet can launch the full application</li>
4458           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4459             required)</li>
4460           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4461           <li>Applet can load sequences from parameter
4462             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4463           </li>
4464         </ul>
4465       </td>
4466       <td>
4467         <ul>
4468           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4469           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4470           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4471         </ul>
4472       </td>
4473     </tr>
4474     <tr>
4475       <td>
4476         <div align="center">
4477           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4478         </div>
4479       </td>
4480       <td>
4481         <ul>
4482           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4483           <li>Choose to match case when searching</li>
4484           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4485             expand the visible width and height of the alignment</li>
4486         </ul>
4487       </td>
4488       <td>
4489         <ul>
4490           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4491         </ul>
4492       </td>
4493     </tr>
4494     <tr>
4495       <td>
4496         <div align="center">
4497           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4498         </div>
4499       </td>
4500       <td>&nbsp;</td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4504           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4505             value</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508     </tr>
4509     <tr>
4510       <td>
4511         <div align="center">
4512           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4513         </div>
4514       </td>
4515       <td>
4516         <ul>
4517           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4518           <li>Keyboard editing</li>
4519           <li>Create sequence features from searches</li>
4520           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4521             alignments</li>
4522           <li>Features file allows grouping of features</li>
4523           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4524           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4525           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4526         </ul>
4527       </td>
4528       <td>
4529         <ul>
4530           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4531           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4532             descriptions saved.</li>
4533         </ul>
4534       </td>
4535     </tr>
4536     <tr>
4537       <td>
4538         <div align="center">
4539           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4540         </div>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4545           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4546           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4547             name for file output</li>
4548           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4549           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4550             used for HTML form input</li>
4551         </ul>
4552       </td>
4553       <td>
4554         <ul>
4555           <li>HTML output writes groups and features</li>
4556           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4557           <li>File IO bugs</li>
4558         </ul>
4559       </td>
4560     </tr>
4561     <tr>
4562       <td>
4563         <div align="center">
4564           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4565         </div>
4566       </td>
4567       <td>
4568         <ul>
4569           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4570           <li>More options for PCA viewer</li>
4571         </ul>
4572       </td>
4573       <td>
4574         <ul>
4575           <li>GUI bugs resolved</li>
4576           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4577         </ul>
4578       </td>
4579     </tr>
4580     <tr>
4581       <td height="63">
4582         <div align="center">
4583           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4584         </div>
4585       </td>
4586       <td>
4587         <ul>
4588           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4589           <li>Jar files are executable</li>
4590           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4591         </ul>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4596           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4597           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4598         </ul>
4599       </td>
4600     </tr>
4601     <tr>
4602       <td>
4603         <div align="center">
4604           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4605         </div>
4606       </td>
4607       <td>
4608         <ul>
4609           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4610         </ul>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4615         </ul>
4616       </td>
4617     </tr>
4618     <tr>
4619       <td>
4620         <div align="center">
4621           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4622         </div>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4627             size</li>
4628         </ul>
4629       </td>
4630       <td>
4631         <ul>
4632           <li>Improved JPred client reliability</li>
4633           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4634         </ul>
4635       </td>
4636     </tr>
4637     <tr>
4638       <td>
4639         <div align="center">
4640           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4641         </div>
4642       </td>
4643       <td>
4644         <ul>
4645           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4646           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4647           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4648             to Colour Menu</li>
4649           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4650           <li>Unix users can set default web browser</li>
4651           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4652           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655       <td>
4656         <ul>
4657           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4658         </ul>
4659       </td>
4660     </tr>
4661     <tr>
4662       <td>
4663         <div align="center">
4664           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4665         </div>
4666       </td>
4667       <td>&nbsp;</td>
4668       <td>
4669         <ul>
4670           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4671             alignment order.</li>
4672         </ul>
4673       </td>
4674     </tr>
4675     <tr>
4676       <td>
4677         <div align="center">
4678           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4679         </div>
4680       </td>
4681       <td>
4682         <ul>
4683           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4684           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4685           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4686             annotations.</li>
4687           <li>Version and build date written to build properties
4688             file.</li>
4689           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4690             at launch of Jalview.</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693       <td>
4694         <ul>
4695           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4696           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4697           <li>Can remove groups one by one.</li>
4698           <li>Filechooser icons installed.</li>
4699           <li>Finder ignores return character when searching.
4700             Return key will initiate a search.<br>
4701           </li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704     </tr>
4705     <tr>
4706       <td>
4707         <div align="center">
4708           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4709         </div>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>New codebase</li>
4714         </ul>
4715       </td>
4716       <td>&nbsp;</td>
4717     </tr>
4718   </table>
4719   <p>&nbsp;</p>
4720 </body>
4721 </html>