help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>01/02/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- -->
  67           </li>
  68         </ul> <!-- <em>Development</em>
  69         <ul>
  70           <li>Updated building instructions</li>
  71         </ul> -->
  72
  73       </td>
  74       <td>
  75         <ul>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
  78             Structure Preferences
  79           </li>
  80         </ul> <em>Development</em>
  81         <ul>
  82           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  83         </ul>
  84       </td>
  85     </tr>
  86     <tr>
  87       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  88           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
  89           <em>18/01/2022</em></strong></td>
  90       <td></td>
  91       <td align="left" valign="top">
  92         <ul>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
  95             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
  96             Unix/BSD OSs)
  97           </li>
  98         </ul> <em>Security</em>
  99         <ul>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 102             certificates.
 103           </li>
 104         </ul>
 105     </tr>
 106     <tr>
 107       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 108           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 109           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 110
 111       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 115             </li>
 116         </ul></td>
 117       <td>
 118       </td>
 119     </tr>
 120     <tr>
 121       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 122           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 123           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 124
 125       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 129             (was log4j 1.2.x).
 130         </ul> <em>Development</em>
 131         <ul>
 132           <li>Updated building instructions</li>
 133         </ul></td>
 134       <td>
 135         <ul>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 138             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 139             and display)
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 143             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 144             only)
 145           </li>
 146         </ul> <em>Development</em>
 147         <ul>
 148           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 149         </ul>
 150       </td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 154           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 155           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 156       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 157           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 158         <ul>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 161             launch of the news browser (like -nonews argument)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 165             download of linkout URLs from
 166             www.jalview.org/services/identifiers
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 170             download of BIOJSHTML templates
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 174             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 175             disabled
 176           </li>
 177         </ul></td>
 178       <td align="left" valign="top">
 179         <ul>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 182             Jmol
 183           </li>
 184         </ul> <em>New Known defects</em>
 185         <ul>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 188             always restored from project (since 2.10.3)
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 192             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 193           </li>
 194         </ul>
 195       </td>
 196     </tr>
 197     <tr>
 198       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 199           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 200           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 201       <td align="left" valign="top">
 202         <ul>
 203
 204         </ul>
 205       </td>
 206       <td align="left" valign="top">
 207         <ul>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 210             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 214             sequences can be classed as nucleotide
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 218             sequences after alignment of protein products (known defect
 219             first reported for 2.11.1.0)
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 223             features outwith CDS shown overlaid on protein
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 227             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 228             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 232             CDS features
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 236             always select corresponding protein sequences
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 240             column selection doesn't always ignore hidden columns
 241           </li>
 242         </ul> <em>Installer</em>
 243         <ul>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 246             Windows prevents install4j launching getdown
 247           </li>
 248         </ul> <em>Development</em>
 249         <ul>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 252             version numbers in doc/building.md
 253           </li>
 254         </ul>
 255       </td>
 256     </tr>
 257     <tr>
 258       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 259           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 260           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 261       <td align="left" valign="top">
 262         <ul>
 263         </ul>
 264       </td>
 265       <td align="left" valign="top">
 266         <ul>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 269             "Encountered problems opening
 270             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 271           </li>
 272         </ul>
 273       </td>
 274     </tr>
 275     <tr>
 276       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 277           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 278           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 279       <td align="left" valign="top">
 280         <ul>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 283             residue in cursor mode
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 287             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 291             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 292             improved compatibility with JalviewJS
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 296             alignments from Pfam and Rfam
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 300             import (no longer based on .gz extension)
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 307             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 308             EMBL flat file
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 312             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 313             saving or making backup files.
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 317             <ul>
 318               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 319               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 320             </ul>
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 324             when running on Linux (Requires Java 11+)
 325           </li>
 326         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 330             through a system property
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 334             line help for configuring Jalview's memory
 335           </li>
 336         </ul>
 337       </td>
 338       <td align="left" valign="top">
 339         <ul>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 342             but not calculated and no protein or DNA score models are
 343             available for tree/PCA calculation when launched with
 344             Turkish language locale
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 348             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 352             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 356             sequence under the cursor
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 360             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 364             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 365             '%s'" on the console
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 369             when there are both local and complementary features mapped
 370             to the position under the cursor
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 374             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 378             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 382             internationalised text for some messages and log output
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 386             hidden gapped columns
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 390             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 394             specifying output format when exporting an alignment via the
 395             command line
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 399             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 400             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 401             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 402             file again, and if that fails, delete the original file and
 403             save in place.)
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 407             via command line
 408           </li>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 411             program and documentation
 412           </li>
 413         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 414         <ul>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 417             first time for a version that has different jars to the
 418             previous launched version.
 419           </li>
 420         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 421         <ul>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 424             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 425             OutOfMemory error.
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 429             monitor the release channel
 430           </li>
 431         </ul> <em>New Known defects</em>
 432         <ul>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 435             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 436             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 437             genome of RNA viruses)
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 441             are ordered differently when shown on alignment and in
 442             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 446             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 447             works for the top left quadrant of the alignment window
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 451             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 455             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 459             protein products for certain ENA records are repeatedly
 460             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 461           </li>
 462         </ul>
 463       </td>
 464     </tr>
 465     <tr>
 466       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 467           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 468           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 469       <td align="left" valign="top">
 470         <ul>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 473             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 474             for display in alignments, on structure views (including
 475             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 476             export.
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 480             exported and re-imported as GFF3 files
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 484             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 488             validation while parsing
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 492             position if reopened
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 496             of associated view
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 500             enabled by default
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 504             tooltips and menus
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 508             with no feature types visible
 509           </li>
 510           <li>
 511           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 512           </li>
 513         </ul><em>Jalview Installer</em>
 514             <ul>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 517             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 524           </li>
 525               <li>
 526                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 527               <li>
 528                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 529         </ul> <em>Release processes</em>
 530         <ul>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 536           </li>
 537         </ul> <em>Build System</em>
 538         <ul>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 544             report
 545           </li>
 546         </ul>
 547         <em>Groovy Scripts</em>
 548             <ul>
 549           <li>
 550             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 551             to stdout containing the consensus sequence for each
 552             alignment in a Jalview session
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 556             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 557             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 558           </li>
 559         </ul>
 560       </td>
 561       <td align="left" valign="top">
 562         <ul>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 565             'Show hidden markers' option is not ticked
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 569             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 570             jalview preferences or properties file
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 574             'Show Sequence Features' option is not ticked
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 578             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 579             features are visible
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 583             equal when split frame is first opened
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 587             correct after editing a sequence's start position
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 591             with annotation and exceptions thrown when only a few
 592             columns shown in wrapped mode
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 596             wrapped alignment figure with annotations
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 600             ID fails with ClassCastException
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 604             Project
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 608             feature settings dialog also selects columns
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 612             IllegalArgumentException in some circumstances
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 616             opened for a view
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 620             alignment window is closed
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 624             help documentation for 2.11.0 release
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 628             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 629             Uniprot Accession
 630           </li>
 631         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 632         <ul>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 635             PDB/Uniprot search panel
 636           </li>
 637         </ul> <em>Installer</em>
 638         <ul>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 641             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 642           </li>
 643         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 644         <ul>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 647             repository
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 651             memory
 652           </li>
 653         </ul> <em>New Known Issues</em>
 654         <ul>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 657             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 658             command line
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 662             clipped in headless figure export when Right Align option
 663             enabled
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 667             'Source' in console output
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 671             bamboo server but run fine locally.
 672           </li>
 673         </ul>
 674       </td>
 675     </tr>
 676     <tr>
 677       <td width="60" align="center" nowrap>
 678           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 679             <em>04/07/2019</em></strong>
 680       </td>
 681       <td align="left" valign="top">
 682         <ul>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 685             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 686             source project) rather than InstallAnywhere
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 690             settings, receive over the air updates and launch specific
 691             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 692               Rings' GetDown</a>)
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 696             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 700             arguments and switch between different getdown channels
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 704             or alignment files
 705           </li>
 706
 707           <li>
 708             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 709             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 712             'Translate as cDNA'</li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 715           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 716             <ul>
 717                       <li>
 718             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 719             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 720           <li>
 721                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 722                 features can be filtered and shaded according to any
 723                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 724                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 725                 file)
 726               </li>
 727               <li>
 728                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 729                 stored and restored from Jalview Projects
 730               </li>
 731               <li>
 732                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 733                 recognise variant features
 734               </li>
 735               <li>
 736                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 737                 sequences (also coloured red by default)
 738               </li>
 739               <li>
 740                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 741                 details
 742               </li>
 743               <li>
 744                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 745                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 746               </li>
 747               <li>
 748                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 749                 dialog
 750               </li>
 751             </ul>
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 755             tree and PCA calculations
 756           </li>
 757           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 758             <ul>
 759               <li>
 760                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 761                 and Viewer state saved in Jalview Project
 762               </li>
 763               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 764                 drop-down menus</li>
 765               <li>
 766                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 767                 incrementally
 768               </li>
 769               <li>
 770                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 771               </li>
 772             </ul>
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 776           </li>
 777           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 778           <ul>
 779               <li>
 780                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 781                 multiple groups when working with large alignments
 782               </li>
 783               <li>
 784                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 785                 Stockholm files
 786               </li>
 787             </ul>
 788           <li><strong>User Interface</strong>
 789           <ul>
 790               <li>
 791                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 792                 view
 793               </li>
 794               <li>
 795                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 796                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 797                 default (can be changed in user preferences)
 798               </li>
 799               <li>
 800                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 801                 to the Overwrite Dialog
 802               </li>
 803               <li>
 804                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 805                 sequences are hidden
 806               </li>
 807               <li>
 808                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 809                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 810               </li>
 811               <li>
 812                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 813                 labels
 814               </li>
 815               <li>
 816                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 817                 when in wrapped mode
 818               </li>
 819               <li>
 820                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 821                 annotation
 822               </li>
 823               <li>
 824                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 825               </li>
 826               <li>
 827                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 828                 panel
 829               </li>
 830               <li>
 831                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 832                 popup menu
 833               </li>
 834               <li>
 835               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 836               <li>
 837               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 838
 839
 840             </ul></li>
 841             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 842           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 843             <ul>
 844               <li>
 845                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 846                 trapping CMD-Q
 847               </li>
 848             </ul></li>
 849         </ul>
 850         <em>Deprecations</em>
 851         <ul>
 852           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 853             capabilities removed from the Jalview Desktop
 854           </li>
 855           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 856             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 857             and XML based data retrieval clients</li>
 858           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 859           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 860         </ul> <em>Documentation</em>
 861         <ul>
 862           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 863             not supported in EPS figure export
 864           </li>
 865           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 866         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 867         <ul>
 868           <li>
 869           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 870           </li>
 871       <li>
 872       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 873           <li>
 874           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 875             gradle-eclipse
 876           </li>
 877           <li>
 878           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 879             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 880             execution
 881           </li>
 882           <li>
 883           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 884             operations
 885           </li>
 886           <li>
 887           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 888             issues resolved
 889           </li>
 890           <li>
 891           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 892             markdown (with HTML rendering)
 893           </li>
 894           <li>
 895           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 896           </li>
 897           <li>
 898           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 899             versions of Jalview
 900           </li>
 901         </ul>
 902       </td>
 903       <td align="left" valign="top">
 904         <ul>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 910             superposition in Jmol fail on Windows
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 914             structures for sequences with lots of PDB structures
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 918             monospaced font
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 922             project involving multiple views
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 926             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 927             Annotation dialog hides columns
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 931             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 932             one view, then making another selection in the other view
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 936             columns
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 940             Settings and Jalview Preferences panels
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 944             overview with large alignments
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 948             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 949             mouse moved to the left of the first column
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 953             hidden column marker via scale popup menu
 954           </li>
 955           <li>
 956             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 957             doesn't tell users the invalid URL
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 961             score from view
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 965             show cross references or Fetch Database References are shown in
 966             red in original view
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 970             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 974             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 978             when columns are hidden
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 982             Columns by Annotation description
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 986             out of Scale or Annotation Panel
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 990             scale panel
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 994             alignment down
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 998             scale panel
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1002             Page Up in wrapped mode
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1012             on opening an alignment
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1016             Colour menu
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1020             different groups in the alignment are selected
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1024             correctly in menu
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1028             threshold limit
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1032             threshold gets 'unrounded'
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1036             colour
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1046             Tree font
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1050             project file
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1054             shown in complementary view
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1058             without normalisation
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1062             of report
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1066           </li>
1067           <li>
1068           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1069           </li>
1070         </ul> <em>Editing</em>
1071         <ul>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1074             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1075             sequence
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1079             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1080             removed (Known defect since 2.10)
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1084             dialog corrupts dataset sequence
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1088             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1089           </li>
1090         </ul> <em>Datamodel</em>
1091         <ul>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1094             sequence's End is greater than its length
1095           </li>
1096         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1097           general release)</em>
1098         <ul>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1101           </li>
1102         </ul> <em>New Known Defects</em>
1103         <ul>
1104         <li>
1105         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1106         </li>
1107         <li>
1108           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1109           regions of protein alignment.
1110         </li>
1111         <li>
1112           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1113           is restored from a Jalview 2.11 project
1114         </li>
1115         <li>
1116           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1117           'New View'
1118         </li>
1119         <li>
1120           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1121           columns within hidden columns
1122         </li>
1123         <li>
1124           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1125           window after dragging left to select columns to left of visible
1126           region
1127         </li>
1128         <li>
1129           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1130           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1131           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1132           create a Score filter instead.
1133         </li>
1134         <li>
1135         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1136         <li>
1137         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1138         </li>
1139         <li>
1140           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1141           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1142         </li>
1143         </ul>
1144         <em>Java 11 Specific defects</em>
1145           <ul>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1148               alphabetically when saved
1149             </li>
1150         </ul>
1151       </td>
1152     </tr>
1153     <tr>
1154     <td width="60" nowrap>
1155       <div align="center">
1156         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1157       </div>
1158     </td>
1159     <td><div align="left">
1160         <em></em>
1161         <ul>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1164               InstallAnywhere increased to 1G.
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1168               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1169               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1170                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1171                 properties file.</em>
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1175               API and sequence data now imported as JSON.
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1179               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1180               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1181               property.
1182             </li>
1183           </ul>
1184           <em>Development</em>
1185           <ul>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1188               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1189                 Clover</a>
1190             </li>
1191           </ul>
1192         </div></td>
1193     <td><div align="left">
1194         <em></em>
1195         <ul>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1198               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1199               alignment.
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1203               annotation displayed.
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1207               for newly created group when 'Apply to all groups'
1208               selected
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1212               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1213               visible.
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1217               when sequences are selected in exported view.</em>
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1221               aren't rendered with correct colour.
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1225               types of knotted RNA secondary structure.
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1229               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1230               do not start at 1.
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1234               annotation when columns are inserted into an alignment,
1235               and when exporting as Stockholm flatfile.
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1239               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1240               treated as RNA secondary structure.
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1244               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1248               transfers focus to previous window on OSX
1249             </li>
1250           </ul>
1251           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1252           <ul>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1255               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1256               box.
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1260               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1261               'look and feel' which has improved compatibility with the
1262               latest version of OSX.
1263             </li>
1264           </ul>
1265         </div>
1266     </td>
1267     </tr>
1268     <tr>
1269       <td width="60" nowrap>
1270         <div align="center">
1271           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1272             <em>7/06/2018</em></strong>
1273         </div>
1274       </td>
1275       <td><div align="left">
1276           <em></em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1280               annotation retrieved from Uniprot
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1284               onto the Jalview Desktop
1285             </li>
1286           </ul>
1287         </div></td>
1288       <td><div align="left">
1289           <em></em>
1290           <ul>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1293               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1297               right-hand column parsed correctly
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1301               not alignment area in exported graphic
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1305               window has input focus
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1309               annotation added to view (Windows)
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1313               network connectivity is poor
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1317               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1318                 the currently open URL and links from a page viewed in
1319                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1320                 you are using Edge, only links in the page can be
1321                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1322                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1323             </li>
1324           </ul>
1325           <em>New Known Defects</em>
1326           <ul>
1327             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1328           </ul>
1329         </div></td>
1330     </tr>
1331     <tr>
1332       <td width="60" nowrap>
1333         <div align="center">
1334           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1335         </div>
1336       </td>
1337       <td><div align="left">
1338           <em></em>
1339           <ul>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1342               for disabling automatic superposition of multiple
1343               structures and open structures in existing views
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1347               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1348               adjust them.
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1352               Ensembl services
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1356               and lots of hidden columns
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1360               of features (particularly when transparency is disabled)
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1364               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1365               generally available
1366             </li>
1367           </ul>
1368           </div>
1369       </td>
1370       <td><div align="left">
1371           <ul>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1374               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1378               overlapping alignment panel
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1382               sequence as gaps
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1386               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1387               UTR
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1391               factor annotation not added to sequence when local PDB
1392               file associated with it by drag'n'drop or structure
1393               chooser
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1397               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1401               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1405               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1409               columns in annotation row
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1413               honored in batch mode
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1417               for structures added to existing Jmol view
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1421               entries after importing project with multiple views
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1425               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1426               with negative residue numbers or missing residues fails
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1430               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1431               as generated by CONSURF)
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1435               tooltip doesn't include a text description of mutation
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1439               structure and/or overview windows are also shown
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1443               very slow for alignments with large numbers of sequences
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1447               with 'StringIndexOutOfBounds'
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1451               platforms running Java 10
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1455               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1456             </li>
1457           </ul>
1458           <em>Applet</em>
1459           <ul>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1462               should copy the group consensus when popup is opened on it
1463             </li>
1464           </ul>
1465           <em>Batch Mode</em>
1466           <ul>
1467           <li>
1468             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1469           </li>
1470           </ul>
1471           <em>New Known Defects</em>
1472           <ul>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1475               editing a large alignment and overview is displayed
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1479               repeatedly after a series of edits even when the overview
1480               is no longer reflecting updates
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1484               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1485               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1486               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1490               option gives blank output
1491             </li>
1492           </ul>
1493         </div>
1494           </td>
1495     </tr>
1496     <tr>
1497       <td width="60" nowrap>
1498         <div align="center">
1499           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1500         </div>
1501       </td>
1502       <td><div align="left">
1503           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1504               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1505       <td><div align="left">
1506           <em>Desktop</em><ul>
1507           <ul>
1508             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1509             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1510             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1511             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1512             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1513             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1514             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1515           </ul>
1516           </div>
1517       </td>
1518     </tr>
1519     <tr>
1520       <td width="60" nowrap>
1521         <div align="center">
1522           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1523         </div>
1524       </td>
1525       <td><div align="left">
1526           <em></em>
1527           <ul>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1530               rendering of sequence features
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1534               429 rate limit request hander
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1538               their colours have changed
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1542               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1546               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1550               view from Ensembl locus cross-references
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1554               Alignment report
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1558               feature can be disabled
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1562               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1566               Uniprot
1567             </li>
1568           </ul>
1569           <em>Scripting</em>
1570           <ul>
1571             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1572             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1573               percent identity scores for current alignment.</li>
1574           </ul>
1575           <em>Testing and Deployment</em>
1576           <ul>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1579             </li>
1580           </ul>
1581         </div></td>
1582       <td><div align="left">
1583           <em>General</em>
1584           <ul>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1587               threshold text field doesn't trigger an update to the
1588               alignment view
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1592               strings in parallel
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1596               alignment window is closed
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1600               group visibility
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1604               takes a long time in Cursor mode
1605             </li>
1606           </ul>
1607           <em>Desktop</em>
1608           <ul>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1611               cannot be viewed in Chimera
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1615               CDS/Protein view
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1619               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1620               Search Dialogs
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1630               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1634               scrolling right in unwapped alignment view
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1638               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1639               database
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1643               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1647               features of same type and group to be selected for
1648               amending
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1652               alignments when hidden columns are present
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1656               displaying several structures
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1660               moving a window
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1664               within the Jalview desktop on OSX
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1668               when in wrapped alignment mode
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1672               hand end of alignment
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1676               each selected sequence do not have correct start/end
1677               positions
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1681               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1685               restoring project until a new view is created
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1689               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1690               configured (since 2.10.2b2)
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1694               position is adjusted
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1698               in a multi-chain structure when viewing alignment
1699               involving more than one chain (since 2.10)
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1703               if new selection moves alignment window
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1707               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1711               that produces correctly annotated transcripts and products
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1715               doesn't update associated structure view
1716             </li>
1717           </ul>
1718           <em>Applet</em><br />
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1722               closing alignment panel
1723             </li>
1724           </ul>
1725           <em>BioJSON</em><br />
1726           <ul>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1729               non-positional features
1730             </li>
1731           </ul>
1732           <em>New Known Issues</em>
1733           <ul>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1736               sequence features correctly (for many previous versions of
1737               Jalview)
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1741               using cursor in wrapped panel other than top
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1745               graduated colour threshold
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1749               always preserve numbering and sequence features
1750             </li>
1751           </ul>
1752           <em>Known Java 9 Issues</em>
1753           <ul>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1756               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1757               9.01, OSX 10.10)
1758             </li>
1759           </ul>
1760         </div></td>
1761     </tr>
1762     <tr>
1763       <td width="60" nowrap>
1764         <div align="center">
1765           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1766             <em>2/10/2017</em></strong>
1767         </div>
1768       </td>
1769       <td><div align="left">
1770           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1771           <ul>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1774             </li>
1775             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1776             </li>
1777           </ul>
1778         </div></td>
1779       <td><div align="left">
1780         </div></td>
1781     </tr>
1782     <tr>
1783       <td width="60" nowrap>
1784         <div align="center">
1785           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1786             <em>7/9/2017</em></strong>
1787         </div>
1788       </td>
1789       <td><div align="left">
1790           <em></em>
1791           <ul>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1794               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1795               white)
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1799               Preferences
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1803               in size and progress bar shown as higher resolution
1804               overview is recalculated
1805             </li>
1806
1807           </ul>
1808         </div></td>
1809       <td><div align="left">
1810           <em></em>
1811           <ul>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1814               column region row by row
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1818               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1822               format setting is unticked
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1826               if group has show boxes format setting unticked
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1830               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1831               include sequences and columns not currently displayed
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1835               assemblies are imported via CIF file
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1839               displayed when threshold or conservation colouring is also
1840               enabled.
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1844               server version
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1848               dragging a selected region off the visible region of the
1849               alignment
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1853               colourscheme to all groups in a view
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1857               initially after font size change using the Font chooser or
1858               middle-mouse zoom
1859             </li>
1860           </ul>
1861         </div></td>
1862     </tr>
1863     <tr>
1864       <td width="60" nowrap>
1865         <div align="center">
1866           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1867         </div>
1868       </td>
1869       <td><div align="left">
1870           <em>Calculations</em>
1871           <ul>
1872
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1875               ungapped positions in each column of the alignment.
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1879               a calculation dialog box
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1883               and memory efficiency (~30x faster)
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1887               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1888               and other calculations
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1892               files within the Jalview codebase
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1896               Similarity may have different topology due to increased
1897               precision
1898             </li>
1899           </ul>
1900           <em>Rendering</em>
1901           <ul>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1904               model for alignments and groups
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1908               scripts
1909             </li>
1910           </ul>
1911           <em>Overview</em>
1912           <ul>
1913             <li>
1914               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1915               with alignment and overview windows
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1919               overview
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1923               omitted in Overview
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1927               adjustment of visible position
1928             </li>
1929           </ul>
1930
1931           <em>Data import/export</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1935               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1939               annotation input/output via stockholm flatfile
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1943               extension when importing structure files without embedded
1944               names or PDB accessions
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1948               format sequence substitution matrices
1949             </li>
1950           </ul>
1951           <em>User Interface</em>
1952           <ul>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1955               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1956               the application.
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1960               via Overview or sequence motif search operations
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1964               opened by double clicking gaps within sequence feature
1965               extent
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1969               aligned positions were available to create a 3D structure
1970               superposition.
1971             </li>
1972           </ul>
1973           <em>3D Structure</em>
1974           <ul>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1977               coloured in linked structure views
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1981               file-based command exchange
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1985               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1986               structures are already available for sequences
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1990               the Jalview project rather than downloaded again when the
1991               project is reopened.
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1995               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1996               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1997                 Feature</strong>)
1998             </li>
1999           </ul>
2000           <em>Web Services</em>
2001           <ul>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2007               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2008               Analysis services
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2012               cross-references provided by identifiers.org and the
2013               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2014             </li>
2015           </ul>
2016
2017           <em>Scripting</em>
2018           <ul>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2021               identifying file formats (instead of String constants)
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2025               efficiency when counting all displayed features (not
2026               backwards compatible with 2.10.1)
2027             </li>
2028           </ul>
2029           <em>Example files</em>
2030           <ul>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2033               included in the example feature file
2034             </li>
2035           </ul>
2036           <em>Documentation</em>
2037           <ul>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2040               with the built-in Java help viewer
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2044               sequence description' option
2045             </li>
2046           </ul>
2047           <em>Test Suite</em>
2048           <ul>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2051               Uniprot REST Free Text Search Client
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2058               during tests
2059             </li>
2060           </ul>
2061         </div></td>
2062       <td><div align="left">
2063           <em>Calculations</em>
2064           <ul>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2067               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2068               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2069             </li>
2070             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2071               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2072               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2073               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2074               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2075               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2076               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2077               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2078               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2079               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2080               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2081               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2082               // for 2.10.1 mode <br />
2083               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2084               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2085                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2086                 calculations (not recommended)</em></li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2089               scaling of branch lengths for trees computed using
2090               Sequence Feature Similarity.
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2094               generating output report when working with highly
2095               redundant alignments
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2099               right of selected region when gaps present on right-hand
2100               boundary
2101             </li>
2102           </ul>
2103           <em>User Interface</em>
2104           <ul>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2107               doesn't reselect a specific sequence's associated
2108               annotation after it was used for colouring a view
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2112               opened on a region of alignment without groups
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2116               of an alignment with overlapping groups
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2120               name and description match
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2124               hidden regions results in incorrect hidden regions
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2128               changing colour does not apply Conservation slider value
2129               to all groups
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2133               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2137               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2141               gaps before start of features
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2145               restored to UI when feature colour is edited
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2149               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2153               as graduate feature colour settings are modified via the
2154               dialog box
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2158               when a group defined on the alignment is resized
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2162               wrapped view result in positional status updates
2163             </li>
2164
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2167               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2171               alignment included gapped columns
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2175               widgets don't permanently disappear
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2179               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2180               T-Coffee column reliability scores)
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2184               sequence feature on gaps only
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2188               button from a Find inherit previously defined feature type
2189               rather than the Find query string
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2193               exporting tree calculated in Jalview
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2197               and then revealing them reorders sequences on the
2198               alignment
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2202               doesn't update to reflect available set of groups after
2203               interactively adding or modifying features
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2207               Linux
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2211               only excluded gaps in current sequence and ignored
2212               selection.
2213             </li>
2214           </ul>
2215           <em>Rendering</em>
2216           <ul>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2219               erratically when hidden rows or columns are present
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2223               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2224               sequence colouring
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2228               colour and group colour menu for protein alignments
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2232               reflect currently selected view or group's shading
2233               thresholds
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2237               when rendered on overview and structures when opacity at
2238               100%
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2242               overview when features overlaid on alignment
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2246               recovered correctly from Jalview project file
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2250               (automatically via preferences) are different to the main
2251               alignment panel
2252             </li>
2253           </ul>
2254           <em>Data import/export</em>
2255           <ul>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2258               load
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2262               added after a sequence was imported are not written to
2263               Stockholm File
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2267               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2271               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2275               with lightGray or darkGray via features file (but can
2276               specify lightgray)
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2280               when alignment view imported from project
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2284               structure and sequences extracted from structure files
2285               imported via URL and viewed in Jmol
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2289               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2290               the project is loaded and the structure viewed
2291             </li>
2292           </ul>
2293           <em>Web Services</em>
2294           <ul>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2297               release of Ensembl v.88
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2301               appear enabled in Preferences->Connections
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2305               removed from console output
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2309               Ensembl by Peptide ID
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2313               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2314               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2315               due to 'null' string rather than empty string used for
2316               residues with no corresponding PDB mapping).
2317             </li>
2318           </ul>
2319           <em>Application UI</em>
2320           <ul>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2323               menu
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2327               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2328               new documentation and tooltips added)
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2332               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2336               new features are added to alignment
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2340               changes to feature colours via the Amend features dialog
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2344               edit graduated feature colour via amend features dialog
2345               box
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2349               selection menu changes colours of alignment views
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2353               from alignment calculation workers after alignment has
2354               been closed
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2358               groups now 'Create Group'
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2362               Create/Undefine group doesn't always work
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2366               shown again after pressing 'Cancel'
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2370               adjusts start position in wrap mode
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2374               ambiguous amino acids
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2378               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2379               proteins
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2383               Defined' don't appear in Colours menu
2384             </li>
2385           </ul>
2386           <em>Applet</em>
2387           <ul>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2390               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2394               overview or linked structure view
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2398               work (since 2.8)
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2402               user-defined colourscheme doesn't restore original
2403               colourscheme
2404             </li>
2405           </ul>
2406           <em>Test Suite</em>
2407           <ul>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2410               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2414               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2415               problems with deep array comparison equality asserts in
2416               successive versions of TestNG
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2420               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2421             </li>
2422           </ul>
2423           <em>New Known Issues</em>
2424           <ul>
2425             <li>
2426               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2427               phase after a sequence motif find operation
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2431               containing just upper and lower case letters are
2432               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2436               reliably from eggnog Ortholog database
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2440               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2441               to mark columns containing highlighted regions.
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2445               doesn't always add secondary structure annotation.
2446             </li>
2447           </ul>
2448         </div>
2449     <tr>
2450       <td width="60" nowrap>
2451         <div align="center">
2452           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2453         </div>
2454       </td>
2455       <td><div align="left">
2456           <em>General</em>
2457           <ul>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2460               for all consensus calculations
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2464               3rd Oct 2016)
2465             </li>
2466             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2467               for 2016-2017</li>
2468           </ul>
2469           <em>Application</em>
2470           <ul>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2473               set of database cross-references, sorted alphabetically
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2477               from database cross references. Users with custom links
2478               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2479                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2483               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2484               Chimera session
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2488               the Chimera it is connected to is shut down
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2492               columns menu item to mark columns containing highlighted
2493               regions (e.g. from structure selections or results of a
2494               Find operation)
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2498               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2499               MSAviewer
2500             </li>
2501           </ul>
2502         </div></td>
2503       <td>
2504         <div align="left">
2505           <em>General</em>
2506           <ul>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2509               are not coloured or thresholded according to percent
2510               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2514               hydrophobic
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2518               threshold, amino acid properties)
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2522               reported as mapped to residues in a structure file in the
2523               View Mapping report
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2527               could be added multiple times to a sequence
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2531               bond features shown as two highlighted residues rather
2532               than a range in linked structure views, and treated
2533               correctly when selecting and computing trees from features
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2537               cross-references are matched to database name regardless
2538               of case
2539             </li>
2540
2541           </ul>
2542           <em>Application</em>
2543           <ul>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2546               names without regular expressions also offer links from
2547               Sequence ID
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2551               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2552               update Jalview configuration
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2556               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2560               files with similarly named sequences if dropped onto the
2561               alignment
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2565               entries where more chains exist in the PDB accession than
2566               are reported in the SIFTS file
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2570               the structure view when displayed with Chimera
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2574               panel's View->Show Chains submenu
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2578               work for wrapped alignment views
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2582               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2586               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2587               first annotation row
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2591               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2595               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2596             </li>
2597             <!-- JAL-2319 -->
2598             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2599             coordindate data
2600             </li>
2601           </ul>
2602           <!--           <em>New Known Issues</em>
2603           <ul>
2604             <li></li>
2605           </ul> -->
2606         </div>
2607       </td>
2608     </tr>
2609     <td width="60" nowrap>
2610       <div align="center">
2611         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2612           <em>25/10/2016</em></strong>
2613       </div>
2614     </td>
2615     <td><em>Application</em>
2616       <ul>
2617         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2618           view if structures already loaded</li>
2619         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2620           structure views</li>
2621       </ul></td>
2622     <td>
2623       <div align="left">
2624         <em>General</em>
2625         <ul>
2626           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2627             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2628           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2629             example sequences/projects/trees</li>
2630         </ul>
2631         <em>Application</em>
2632         <ul>
2633           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2634             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2635           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2636             without timeout for structures with multiple models or
2637             multiple sequences in alignment</li>
2638           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2639             PDB ID HEADER line</li>
2640           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2641             is performed</li>
2642           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2643             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2644           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2645           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2646             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2647             option</li>
2648           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2649             is created on the alignment</li>
2650           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2651             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2652             pop-up menu</li>
2653         </ul>
2654         <em>Build and deployment</em>
2655         <ul>
2656           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2657             tags</li>
2658         </ul>
2659         <em>New Known Issues</em>
2660         <ul>
2661           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2662             on Windows</li>
2663         </ul>
2664       </div>
2665     </td>
2666     </tr>
2667     <tr>
2668       <td width="60" nowrap>
2669         <div align="center">
2670           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2671         </div>
2672       </td>
2673       <td><em>General</em>
2674         <ul>
2675           <li>
2676             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2677           </li>
2678           <li>
2679             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2680             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2681             better PDB parsing.
2682           </li>
2683           <li>
2684             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2685             reference sequence
2686           </li>
2687           <li>
2688             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2689             mousing over sequence associated annotation
2690           </li>
2691           <li>
2692             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2693             for manual entry
2694           </li>
2695           <li>
2696             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2697             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2698             for each column
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2702             showing or hiding columns containing a feature
2703           </li>
2704           <li>
2705             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2706             group and sequence associated annotation labels
2707           </li>
2708           <li>
2709             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2710             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2711             dialogs
2712           </li>
2713
2714         </ul> <em>Application</em>
2715         <ul>
2716           <li>
2717             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2718             gene/transcript view
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2722             dialog
2723           </li>
2724           <li>
2725             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2726             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2727           </li>
2728           <li>
2729             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2730             Pfam sources to xfam.org
2731           </li>
2732           <li>
2733             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2737             over sequences in Jalview
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2741             regions in ENA and EMBL
2742           </li>
2743           <li>
2744             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2745             for record retrieval via ENA rest API
2746           </li>
2747           <li>
2748             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2749             complement operator
2750           </li>
2751           <li>
2752             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2753             groovy script execution
2754           </li>
2755           <li>
2756             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2757             alignment window's Calculate menu
2758           </li>
2759           <li>
2760             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2761             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2762           </li>
2763           <li>
2764             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2765             calculation workers from groovy scripts
2766           </li>
2767           <li>
2768             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2769             Jalview projects
2770           </li>
2771           <li>
2772             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2773             associations are now saved/restored from project
2774           </li>
2775           <li>
2776             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2777             before sequence fetcher is opened
2778           </li>
2779           <li>
2780             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2781             database chooser opens a sequence fetcher
2782           </li>
2783           <li>
2784             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2785             the UniProt REST API
2786           </li>
2787           <li>
2788             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2789             the news reader opening
2790           </li>
2791           <li>
2792             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2793             querying stored in preferences
2794           </li>
2795           <li>
2796             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2797             search results
2798           </li>
2799           <li>
2800             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2801           </li>
2802           <li>
2803             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2804             menu for nucleotide sequences
2805           </li>
2806           <li>
2807             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2808             and feature counts preserves alignment ordering (and
2809             debugged for complex feature sets).
2810           </li>
2811           <li>
2812             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2813             viewing structures with Jalview 2.10
2814           </li>
2815           <li>
2816             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2817             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2818             Ensembl Genomes REST API
2819           </li>
2820           <li>
2821             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2822             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2823             (Ensembl)
2824           </li>
2825           <li>
2826             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2827             sequences
2828           </li>
2829           <li>
2830             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2831             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2832             data from external database records.
2833           </li>
2834           <li>
2835             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2836             efficient recovery of sequence coding and alignment
2837             annotation relationships.
2838           </li>
2839         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2840         <ul>
2841           <li>
2842             -- JAL---
2843           </li>
2844         </ul> --></td>
2845       <td>
2846         <div align="left">
2847           <em>General</em>
2848           <ul>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2851               menu on OSX
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2855               includes graduated colourschemes
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2859               working with big alignments and lots of hidden columns
2860             </li>
2861             <li>
2862               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2863               at right of alignment window
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2867               contents
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2871               for DNA alignments
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2875               based tree calculation
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2879               unconserved enabled for group on alignment
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2883               set as reference
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2887               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2888               annotation
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2892               hidden columns present
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2896               user created annotation added to alignment
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2900               '()' base pair annotation
2901             </li>
2902             <li>
2903               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2904               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2905               Consensus
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2909               feature not working
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2913               beginning of sequence
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2917               entry 3a6s
2918             </li>
2919             <li>
2920               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2921               from a tree when t-coffee scores are shown
2922             </li>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2925               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2929               some structures
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2933               to Clustal, PIR and PileUp output
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2937               not visible causes alignment window to repaint
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2941               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2942               scores associated with features and annotation rows
2943             </li>
2944             <li>
2945               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2946               calculation should be case independent
2947             </li>
2948             <li>
2949               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2950               columns
2951             </li>
2952             <li>
2953               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2954               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2955               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2956             </li>
2957             <li>
2958               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2959               problems when reference sequence defined and 'show
2960               non-conserved' enabled
2961             </li>
2962             <li>
2963               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2964               load even when Consensus calculation is disabled
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2968               alignment does nothing
2969             </li>
2970           </ul>
2971           <em>Application</em>
2972           <ul>
2973             <li>
2974               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2975               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2976               yet fixed for El Capitan)
2977             </li>
2978             <li>
2979               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2980               output when running on non-gb/us i18n platforms
2981             </li>
2982             <li>
2983               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2984               hidden sequences as flat-file alignment
2985             </li>
2986             <li>
2987               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2988               launching Chimera
2989             </li>
2990             <li>
2991               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2992               (also hotfix for 2.9.0b2)
2993             </li>
2994             <li>
2995               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2996               reference sequence defined
2997             </li>
2998             <li>
2999               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3000               alignments and views when revealing hidden columns
3001             </li>
3002             <li>
3003               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3004               view in a cDNA/Protein splitframe
3005             </li>
3006             <li>
3007               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3008               sequence from project when only one sequence is
3009               represented
3010             </li>
3011             <li>
3012               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3013               in Structure Chooser
3014             </li>
3015             <li>
3016               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3017               structure consensus didn't refresh annotation panel
3018             </li>
3019             <li>
3020               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3021               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3022             </li>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3025               dialogs format columns correctly, don't display array
3026               data, sort columns according to type
3027             </li>
3028             <li>
3029               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3030               file chooser is cancelled during an image export
3031             </li>
3032             <li>
3033               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3034               sequence name containing special characters
3035             </li>
3036             <li>
3037               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3038               case insensitive
3039             </li>
3040             <li>
3041               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3042               formatting don't wrap
3043             </li>
3044             <li>
3045               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3046               truncated so L looks like I in consensus annotation
3047             </li>
3048             <li>
3049               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3050               currently displayed features for the current selection or
3051               view
3052             </li>
3053             <li>
3054               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3055               after fetching cross-references, and restoring from
3056               project
3057             </li>
3058             <li>
3059               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3060               followed in the structure viewer
3061             </li>
3062             <li>
3063               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3064               splitframe not restored from project
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3068               trailing end of protein alignment in transcript/product
3069               splitview when pad-gaps not enabled by default
3070             </li>
3071             <li>
3072               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3073               is case dependent
3074             </li>
3075             <li>
3076               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3077               article has been read (reopened issue due to
3078               internationalisation problems)
3079             </li>
3080             <li>
3081               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3082               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3083               cross-references
3084             </li>
3085
3086             <li>
3087               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3088               alignment as HTML
3089             </li>
3090             <li>
3091               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3092               multiple structures are shown for one or more sequences.
3093             </li>
3094             <li>
3095               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3096               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3097               is enabled.
3098             </li>
3099             <li>
3100               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3101               specific PDB id for sequence
3102             </li>
3103             <li>
3104               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3105               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3106               columns' is disabled.
3107             </li>
3108             <li>
3109               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3110               selects lowest rather than highest resolution structures
3111               for each sequence
3112             </li>
3113             <li>
3114               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3115               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3116             </li>
3117             <li>
3118               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3119               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3120             </li>
3121             <li>
3122               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3123               after clicking on it to create new annotation for a
3124               column.
3125             </li>
3126             <li>
3127               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3128               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3129             </li>
3130             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3131             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3132           </ul>
3133           <em>Applet</em>
3134           <ul>
3135             <li>
3136               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3137               hidden columns present before start of sequence
3138             </li>
3139             <li>
3140               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3141               (JSON jars)
3142             </li>
3143             <li>
3144               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3145               sequences are hidden in applet
3146             </li>
3147             <li>
3148               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3149               deployment on examples pages.
3150             </li>
3151           </ul>
3152         </div>
3153       </td>
3154     </tr>
3155     <tr>
3156       <td width="60" nowrap>
3157         <div align="center">
3158           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3159             <em>16/10/2015</em></strong>
3160         </div>
3161       </td>
3162       <td><em>General</em>
3163         <ul>
3164           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3165             jars</li>
3166         </ul></td>
3167       <td>
3168         <div align="left">
3169           <em>Application</em>
3170           <ul>
3171             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3172               shown when tree is partitioned</li>
3173             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3174               multiple cDNA/Protein split views</li>
3175           </ul>
3176         </div>
3177       </td>
3178     </tr>
3179     <tr>
3180       <td width="60" nowrap>
3181         <div align="center">
3182           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3183             <em>8/10/2015</em></strong>
3184         </div>
3185       </td>
3186       <td><em>General</em>
3187         <ul>
3188           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3189             2.9</li>
3190         </ul> <em>Application</em>
3191         <ul>
3192           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3193           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3194           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3195         </ul> <em>Applet</em>
3196         <ul>
3197           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3198         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3199         <ul>
3200           <li>
3201             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3202             suite
3203           </li>
3204         </ul></td>
3205       <td>
3206         <div align="left">
3207           <em>General</em>
3208           <ul>
3209             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3210               incorrect when sequence start > 1</li>
3211             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3212               documentation</li>
3213             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3214             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3215               loading a features file containing HTML tags in feature
3216               description</li>
3217
3218           </ul>
3219           <em>Application</em>
3220           <ul>
3221             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3222               reimport</li>
3223             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3224               with 'trim retrieved sequences'</li>
3225             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3226               deleting selected columns</li>
3227             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3228               JNLP templates for webstart launch</li>
3229             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3230               unreleased structures for download or viewing</li>
3231             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3232               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3233             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3234               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3235             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3236               recovered from jalview project</li>
3237             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3238               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3239               alignment view</li>
3240             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3241               color schemes from BioJSON</li>
3242           </ul>
3243           <em>Applet</em>
3244           <ul>
3245             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3246               frame</li>
3247             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3248           </ul>
3249         </div>
3250       </td>
3251     </tr>
3252     <tr>
3253       <td><div align="center">
3254           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3255         </div></td>
3256       <td><em>General</em>
3257         <ul>
3258           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3259             alignments:
3260             <ul>
3261               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3262                 and DNA alignment views</li>
3263               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3264                 cDNA alignment views</li>
3265               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3266                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3267               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3268                 protein sequences</li>
3269             </ul>
3270           </li>
3271           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3272           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3273             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3274           <li>New alignment annotation file statements for
3275             reference sequences and marking hidden columns</li>
3276           <li>Reference sequence based alignment shading to
3277             highlight variation</li>
3278           <li>Select or hide columns according to alignment
3279             annotation</li>
3280           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3281           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3282             acid conservation row</li>
3283           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3284         </ul> <em>Application</em>
3285         <ul>
3286           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3287             <ul>
3288               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3289                 view with cDNA/Protein</li>
3290               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3291                 sequences are placed in the same alignment</li>
3292               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3293                 projects</li>
3294             </ul>
3295           </li>
3296
3297           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3298           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3299             Jalview windows</li>
3300
3301           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3302           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3303           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3304             be shown in VARNA</li>
3305
3306           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3307             as the active selected region</li>
3308
3309           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3310             similarity</li>
3311           <li>New Export options
3312             <ul>
3313               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3314                 region export in flat file generation</li>
3315
3316               <li>Export alignment views for display with the <a
3317                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3318
3319               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3320               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3321                 alignment figures to HTML</li>
3322           </li>
3323           <li>3D structure retrieval and display
3324             <ul>
3325               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3326                 Search API</li>
3327               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3328                 PDB structures for a sequence set</li>
3329             </ul>
3330           </li>
3331
3332           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3333             predictions</li>
3334           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3335             for one or a group of sequences</li>
3336           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3337             from the JPred4 web server</li>
3338           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3339             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3340             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3341           </li>
3342           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3343             VARNA 2D Structure'</li>
3344           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3345             Structure ..."</li>
3346
3347         </ul> <em>Applet</em>
3348         <ul>
3349           <li>New layout for applet example pages</li>
3350           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3351             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3352           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3353             Protein alignments</li>
3354         </ul> <em>Development and deployment</em>
3355         <ul>
3356           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3357           <li>Include installation type and git revision in build
3358             properties and console log output</li>
3359           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3360             storing BioJsMSA Templates</li>
3361           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3362         </ul></td>
3363       <td>
3364         <!-- <em>General</em>
3365         <ul>
3366         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3367         <ul>
3368           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3369           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3370           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3371             predictions are not highlighted in amber</li>
3372           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3373             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3374           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3375             associated structure views</li>
3376           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3377             width checkbox not enabled</li>
3378           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3379             creating user defined colours</li>
3380           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3381             mappings for just that viewer's sequences</li>
3382           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3383             multiple models in Chimera</li>
3384           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3385             over Jmol structure</li>
3386           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3387             output to text box</li>
3388           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3389             have incorrect sequence start/end</li>
3390           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3391             Jalview fails</li>
3392           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3393             work for nucleotide</li>
3394           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3395             to a grey/invisible alignment window</li>
3396           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3397             imports to different position</li>
3398           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3399             on some platforms</li>
3400           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3401             populated</li>
3402           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3403             console if Chimera has been opened</li>
3404           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3405           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3406             retrieved</li>
3407           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3408           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3409             either sequence shows on first structure</li>
3410           <li>'Show annotations' options should not make
3411             non-positional annotations visible</li>
3412           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3413             in right place after 'view flanking regions'</li>
3414           <li>File Save As type unset when current file format is
3415             unknown</li>
3416           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3417             projects</li>
3418           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3419             responsive</li>
3420           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3421             several views on same alignment</li>
3422           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3423           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3424             spaces</li>
3425         </ul> <em>Applet</em>
3426         <ul>
3427           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3428           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3429             descriptions containing angle brackets</li>
3430         </ul> <em>General</em>
3431         <ul>
3432           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3433             via jalview annotation file</li>
3434           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3435             with RNA secondary structure</li>
3436           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3437             translation doesn't work.</li>
3438           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3439           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3440             positions</li>
3441           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3442             choosing 1pt font</li>
3443           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3444             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3445             'h'</li>
3446           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3447             new feature</li>
3448           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3449             order dependent</li>
3450           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3451             sequences</li>
3452           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3453         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3454         <ul>
3455           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3456             www.jalview.org</li>
3457         </ul> <em>Application Known issues</em>
3458         <ul>
3459           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3460           <li>Misleading message appears after trying to delete
3461             solid column.</li>
3462           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3463             version launches</li>
3464           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3465             fails with a sequence mismatch</li>
3466           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3467             scrolling alignment to right</li>
3468           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3469             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3470           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3471             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3472           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3473             ultra-high resolution</li>
3474           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3475             quality and conservation</li>
3476           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3477             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3478         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3479         <ul>
3480           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3481           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3482             window is being resized</li>
3483
3484         </ul>
3485       </td>
3486     </tr>
3487     <tr>
3488       <td><div align="center">
3489           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3490         </div></td>
3491       <td><em>General</em>
3492         <ul>
3493           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3494             Certum.PL.</li>
3495           <li>Features and annotation preserved when performing
3496             pairwise alignment</li>
3497           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3498             imported/exported/displayed</li>
3499           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3500             protein secondary structure</li>
3501           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3502               post-hoc with 2.9 release</em>)
3503           </li>
3504
3505         </ul> <em>Application</em>
3506         <ul>
3507           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3508             with 3D structures</li>
3509           <li>Support for parsing RNAML</li>
3510           <li>Annotations menu for layout
3511             <ul>
3512               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3513               <li>place sequence annotation above/below alignment
3514                 annotation</li>
3515             </ul>
3516           <li>Output in Stockholm format</li>
3517           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3518             translation</li>
3519           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3520           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3521             shared between alignments</li>
3522           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3523             Jalview</li>
3524           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3525             all or current selection</li>
3526           <li>disorder and secondary structure predictions
3527             available as dataset annotation</li>
3528           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3529
3530
3531           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3532             alignments from Rfam</li>
3533           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3534
3535           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3536             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3537           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3538           <li>include installation type in build properties and
3539             console log output</li>
3540           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3541             annotation</li>
3542         </ul></td>
3543       <td>
3544         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3545         <ul>
3546           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3547             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3548           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3549             alignment</li>
3550           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3551           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3552           <li>Double click on sequence associated annotation
3553             selects only first column</li>
3554           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3555             leaves shown in tree</li>
3556           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3557             properly</li>
3558           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3559           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3560             screen and buttons not visible</li>
3561           <li>author list isn't updated if already written to
3562             Jalview properties</li>
3563           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3564             from database</li>
3565           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3566           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3567             browser search window</li>
3568           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3569             in feature settings dialog</li>
3570           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3571             desktop</li>
3572           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3573             pass validation</li>
3574           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3575             fit on screen</li>
3576           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3577             tooltip</li>
3578           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3579             defined user preset</li>
3580           <li>MSA web services warns user if they were launched
3581             with invalid input</li>
3582           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3583             Java 8</li>
3584           <li>
3585             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3586             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3587             created
3588           </li>
3589
3590         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3591         <ul>
3592         </ul> <em>General</em>
3593         <ul>
3594         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3595         <ul>
3596           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3597             memory allocation</li>
3598           <li>launchApp service doesn't automatically open
3599             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3600           <li>
3601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3602             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3603             1.7_055 is available
3604           </li>
3605         </ul> <em>Application Known issues</em>
3606         <ul>
3607           <li>
3608             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3609             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3610             alignment to right
3611           </li>
3612           <li>
3613             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3614             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3615             with large number of ID
3616           </li>
3617           <li>
3618             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3619             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3620             start/end
3621           </li>
3622           <li>
3623             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3624             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3625             structure tracks are rearranged
3626           </li>
3627           <li>
3628             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3629             invalid rna structure positional highlighting does not
3630             highlight position of invalid base pairs
3631           </li>
3632           <li>
3633             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3634             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3635             project from alignment window file menu
3636           </li>
3637           <li>
3638             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3639             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3640             structures
3641           </li>
3642           <li>
3643             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3644             colour by RNA Helices not enabled when user created
3645             annotation added to alignment
3646           </li>
3647           <li>
3648             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3649             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3650           </li>
3651         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3652         <ul>
3653           <li>
3654             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3655             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3656           </li>
3657           <li>
3658             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3659             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3660           </li>
3661
3662           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3663             when selected</li>
3664         </ul>
3665       </td>
3666     </tr>
3667     <tr>
3668       <td><div align="center">
3669           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3670         </div></td>
3671       <td>
3672         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3673         <em>General</em>
3674         <ul>
3675           <li>Internationalisation of user interface (usually
3676             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3677           <li>Define/Undefine group on current selection with
3678             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3679           <li>Improved group creation/removal options in
3680             alignment/sequence Popup menu</li>
3681           <li>Sensible precision for symbol distribution
3682             percentages shown in logo tooltip.</li>
3683           <li>Annotation panel height set according to amount of
3684             annotation when alignment first opened</li>
3685         </ul> <em>Application</em>
3686         <ul>
3687           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3688             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3689           <li>Select columns containing particular features from
3690             Feature Settings dialog</li>
3691           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3692             sequences</li>
3693           <li>Update Jalview project format:
3694             <ul>
3695               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3696               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3697                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3698               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3699                 colouring</li>
3700             </ul>
3701           </li>
3702           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3703             (PAM250)</li>
3704           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3705             flanking regions for an alignment</li>
3706         </ul>
3707       </td>
3708       <td>
3709         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3710         <ul>
3711           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3712             running after job is cancelled</li>
3713           <li>cannot export features from alignments imported from
3714             Jalview/VAMSAS projects</li>
3715           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3716             float values</li>
3717           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3718             have 'display all symbols' flag set</li>
3719           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3720             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3721           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3722             Jalview</li>
3723           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3724             Lion/Webstart</li>
3725           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3726           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3727           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3728             alignment onto desktop</li>
3729           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3730             'extract scores' function</li>
3731           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3732             alignment window</li>
3733           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3734             performing IUPred disorder prediction</li>
3735           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3736             changing 'normalise logo' display setting</li>
3737           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3738             nothing matches query</li>
3739           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3740             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3741           </li>
3742           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3743             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3744           </li>
3745           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3746             Jalview's menu</li>
3747           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3748             'invalid literal/length code'</li>
3749           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3750             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3751           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3752             colourscheme</li>
3753
3754         </ul> <em>Applet</em>
3755         <ul>
3756           <li>Remove group option is shown even when selection is
3757             not a group</li>
3758           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3759             don't affect groups</li>
3760           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3761             colourscheme name</li>
3762           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3763             Annotation panel is not displayed</li>
3764           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3765             embedded windows</li>
3766         </ul> <em>Other</em>
3767         <ul>
3768           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3769             single sequence were not calculated</li>
3770           <li>annotation files that contain only groups imported as
3771             annotation and junk sequences</li>
3772           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3773             recognised as PFAM or BLC</li>
3774           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3775             doesn't affect background (2.8.0b1)
3776           <li></li>
3777           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3778           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3779             trailing gaps</li>
3780           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3781             registered correctly on import</li>
3782           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3783             certain alignments</li>
3784           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3785             existing annotation based 'use original colours'
3786             colourscheme loses original colours setting</li>
3787         </ul>
3788       </td>
3789     </tr>
3790     <tr>
3791       <td><div align="center">
3792           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3793             <em>30/1/2014</em></strong>
3794         </div></td>
3795       <td>
3796         <ul>
3797           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3798             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3799             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3800             open source project).
3801           </li>
3802           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3803           <li>Output in Stockholm format</li>
3804           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3805           <li>Export/import group and sequence associated line
3806             graph thresholds</li>
3807           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3808             ambiguity codes</li>
3809           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3810             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3811             works</li>
3812           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3813         </ul> <em>Other improvements</em>
3814         <ul>
3815           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3816           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3817             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3818           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3819             files</li>
3820           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3821           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3822             link but no description</li>
3823           <li>Select primary source when selecting authority in
3824             database fetcher GUI</li>
3825           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3826             Jalview</li>
3827           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3828         </ul>
3829       </td>
3830       <td>
3831         <ul>
3832           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3833             displayed</li>
3834           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3835             secondary structure annotation line</li>
3836           <li>Sequence database accessions not imported when
3837             fetching alignments from Rfam</li>
3838           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3839             identical IDs</li>
3840           <li>View all structures does not always superpose
3841             structures</li>
3842           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3843             reflect user or preset settings</li>
3844           <li>Null pointer exceptions for some services without
3845             presets or adjustable parameters</li>
3846           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3847             discover PDB xRefs</li>
3848           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3849             features with DAS</li>
3850           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3851             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3852           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3853             residue follows a gap</li>
3854           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3855             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3856           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3857             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3858           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3859             annotation already exists on alignment</li>
3860           <li>oninit javascript function should be called after
3861             initialisation completes</li>
3862           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3863             alignment window display</li>
3864           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3865           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3866             to annotation file</li>
3867           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3868             groups created</li>
3869           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3870             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3871           <li>Pressing return several times causes Number Format
3872             exceptions in keyboard mode</li>
3873           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3874             correct partitions for input data</li>
3875           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3876           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3877           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3878           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3879             mode</li>
3880           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3881             changes one row&#39;s threshold</li>
3882           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3883             doesn&#39;t open</li>
3884           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3885             quality histograms</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888     </tr>
3889     <tr>
3890       <td><div align="center">
3891           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3892         </div></td>
3893       <td><em>Application</em>
3894         <ul>
3895           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3896             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3897           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3898             preferences</li>
3899           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3900             in Jalview alignment window</li>
3901           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3902             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3903           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3904             RNA and ambiguity codes</li>
3905
3906           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3907           <li>Support fetching and database reference look up
3908             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3909             refs')</li>
3910           <li>Jalview project improvements
3911             <ul>
3912               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3913                 flag for annotation</li>
3914               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3915                 alignment</li>
3916               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3917                 Jalview project</li>
3918
3919             </ul>
3920           </li>
3921           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3922           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3923             running</li>
3924           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3925           <li>visual indication that web service results are still
3926             being retrieved from server</li>
3927           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3928             starts up for first time</li>
3929           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3930             services</li>
3931           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3932             client library</li>
3933           <li>Examples directory and Groovy library included in
3934             InstallAnywhere distribution</li>
3935         </ul> <em>Applet</em>
3936         <ul>
3937           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3938             visualization applet example</li>
3939         </ul> <em>General</em>
3940         <ul>
3941           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3942           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3943             defaults</li>
3944           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3945             calculation</li>
3946           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3947             matrices
3948           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3949             in HTML</li>
3950           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3951             structure contacts</li>
3952           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3953           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3954           <li>Parse sequence associated secondary structure
3955             information in Stockholm files</li>
3956           <li>HTML Export database accessions and annotation
3957             information presented in tooltip for sequences</li>
3958           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3959             style RNA alignment files</li>
3960           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3961             alignment</li>
3962           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3963             shade each sequence according to its associated alignment
3964             annotation</li>
3965           <li>New Jalview Logo</li>
3966         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3967         <ul>
3968           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3969           <li>New Website!</li>
3970         </ul></td>
3971       <td><em>Application</em>
3972         <ul>
3973           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3974             wsdbfetch REST service</li>
3975           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3976           <li>Filetype associations not installed for webstart
3977             launch</li>
3978           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3979             job execution in full once it is complete</li>
3980           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3981             uploaded via ali_file parameter</li>
3982           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3983           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3984           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3985             submitted for prediction</li>
3986           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3987             desktop window</li>
3988           <li>Putting fractional value into integer text box in
3989             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3990           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3991             windows 7</li>
3992           <li>View all structures fails with exception shown in
3993             structure view</li>
3994           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3995             escaped in a platform independent way</li>
3996           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3997             using proxy</li>
3998           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3999             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4000           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4001             failure when java web start temporary file caching is
4002             disabled</li>
4003           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4004             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4005           <li>Errors during processing of command line arguments
4006             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4007           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4008             DAS sources in sequence fetcher</li>
4009           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4010             dialog is shown</li>
4011           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4012           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4013           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4014           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4015             on OSX Mountain Lion</li>
4016           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4017             sequences with alignment annotation are pasted into the
4018             alignment</li>
4019           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4020             when loaded from Jalview project</li>
4021           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4022           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4023             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4024           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4025             associated with all views</li>
4026           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4027             annotation rows to new window</li>
4028         </ul> <em>Applet</em>
4029         <ul>
4030           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4031             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4032           <li>loading features via javascript API automatically
4033             enables feature display</li>
4034           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4035             work</li>
4036         </ul> <em>General</em>
4037         <ul>
4038           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4039           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4040             and then deselected</li>
4041           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4042           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4043             coloured with clustalx</li>
4044           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4045             exceptions and redraw errors</li>
4046           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4047             reconfigured view</li>
4048           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4049             colour</li>
4050           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4051             for lots of labels</li>
4052         </ul>
4053     </tr>
4054     <tr>
4055       <td>
4056         <div align="center">
4057           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4058         </div>
4059       </td>
4060       <td><em>Application</em>
4061         <ul>
4062           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4063           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4064           <li>View/alignment association menu to enable user to
4065             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4066             its colours/correspondences from</li>
4067           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4068           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4069             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4070           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4071           <li>Annotation row column label formatting attributes
4072             stored in project file</li>
4073           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4074             rows preserved in Jalview project file</li>
4075           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4076             saved using Desktop window menu</li>
4077           <li>Visual indication that command line arguments are
4078             still being processed</li>
4079           <li>Groovy script execution from URL</li>
4080           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4081             preferences</li>
4082           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4083             alignment with sequences that have high similarity and
4084             matching IDs</li>
4085           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4086           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4087             structures in same window</li>
4088           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4089           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4090             analysis function in its own submenu</li>
4091         </ul> <em>Applet</em>
4092         <ul>
4093           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4094             groups</li>
4095           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4096           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4097           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4098           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4099           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4100             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4101           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4102           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4103             parameters are treated as such</li>
4104           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4105             <ul>
4106               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4107               <li>Javascript callbacks for
4108                 <ul>
4109                   <li>Applet initialisation</li>
4110                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4111                 </ul>
4112               </li>
4113               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4114                 functions</li>
4115               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4116               <li>javascript structure viewer harness to pass
4117                 messages between Jmol and Jalview when running as
4118                 distinct applets</li>
4119               <li>sortBy method</li>
4120               <li>Set of applet and application examples shipped
4121                 with documentation</li>
4122               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4123                 javascript message exchange</li>
4124             </ul>
4125         </ul> <em>General</em>
4126         <ul>
4127           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4128             multiple alignments</li>
4129           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4130           <li>User configurable link to enable redirects to a
4131             www.Jalview.org mirror</li>
4132           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4133           <li>Configurable newline string when writing alignment
4134             and other flat files</li>
4135           <li>Allow alignment annotation description lines to
4136             contain html tags</li>
4137         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4138         <ul>
4139           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4140             examples</li>
4141           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4142             using a web service before displaying the result in the
4143             Jalview desktop</li>
4144           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4145           <li>Ant target to publish example html files with applet
4146             archive</li>
4147           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4148           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4149         </ul></td>
4150       <td><em>Application</em>
4151         <ul>
4152           <li>User defined colourscheme throws exception when
4153             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4154           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4155             dialog for valid filename/format</li>
4156           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4157           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4158             P37173</li>
4159           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4160             which sequence is to be associated with the file</li>
4161           <li>Find All raises null pointer exception when query
4162             only matches sequence IDs</li>
4163           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4164           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4165             2.4 cannot be loaded</li>
4166           <li>Filetype associations not installed for webstart
4167             launch</li>
4168           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4169             with sequences in different alignments do not get coloured
4170             by their associated sequence</li>
4171           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4172             not preserved when project is loaded</li>
4173           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4174             stored in Jalview project</li>
4175           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4176             Jalview project</li>
4177           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4178           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4179             by conservation</li>
4180           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4181             created on new view</li>
4182           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4183             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4184           <li>Alignment quality not updated after alignment
4185             annotation row is hidden then shown</li>
4186           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4187             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4188           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4189             properly</li>
4190           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4191             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4192           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4193           <li>Structures imported from file and saved in project
4194             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4195           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4196             job execution in full once it is complete</li>
4197         </ul> <em>Applet</em>
4198         <ul>
4199           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4200             annotation rows are displayed</li>
4201           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4202             codebase</li>
4203           <li>View follows highlighting does not work for positions
4204             in sequences</li>
4205           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4206           <li>Export features raises exception when no features
4207             exist</li>
4208           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4209             for javascript api is modified when separator string
4210             provided as parameter</li>
4211           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4212             alignment with no existing selection</li>
4213           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4214             to applet&#39;s codebase</li>
4215           <li>Status bar not updated after finished searching and
4216             search wraps around to first result</li>
4217           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4218             several Jalview applets causes race conditions and memory
4219             leaks</li>
4220           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4221             not sent from Jmol in applet</li>
4222           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4223             applet API fatally hang browser</li>
4224         </ul> <em>General</em>
4225         <ul>
4226           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4227             position with wrapped view and hidden regions</li>
4228           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4229             with/without hidden columns</li>
4230           <li>Sequence length given in alignment properties window
4231             is off by 1</li>
4232           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4233             import PDB like structure files</li>
4234           <li>Positional search results are only highlighted
4235             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4236           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4237           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4238             given sequence position</li>
4239           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4240             output</li>
4241           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4242             from nucleotide chains correctly</li>
4243           <li>Structure colours not updated when tree partition
4244             changed in alignment</li>
4245           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4246             parsed in interleaved stockholm</li>
4247           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4248             state</li>
4249           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4250             properly</li>
4251           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4252             properly associated with their pdb files</li>
4253         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4254         <ul>
4255           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4256             ApplyCopyright tool</li>
4257         </ul></td>
4258     </tr>
4259     <tr>
4260       <td>
4261         <div align="center">
4262           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4263         </div>
4264       </td>
4265       <td><em>Application</em>
4266         <ul>
4267           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4268             contact web services</li>
4269           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4270             service job window</li>
4271           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4272         </ul></td>
4273       <td>
4274         <ul>
4275           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4276             pir file emitted by Jalview</li>
4277           <li>Existing feature settings transferred to new
4278             alignment view created from cut'n'paste</li>
4279           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4280             parsing PDB files</li>
4281           <li>Consensus and conservation annotation rows
4282             occasionally become blank for all new windows</li>
4283           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4284             in wrapped view mode</li>
4285         </ul> <em>Application</em>
4286         <ul>
4287           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4288             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4289           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4290             parameter names</li>
4291           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4292             is down</li>
4293         </ul>
4294       </td>
4295     </tr>
4296     <tr>
4297       <td>
4298         <div align="center">
4299           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4300         </div>
4301       </td>
4302       <td><em>Application</em>
4303         <ul>
4304           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4305             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4306             (JABAWS)
4307           </li>
4308           <li>Web Services preference tab</li>
4309           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4310             preferences</li>
4311           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4312           <li>Superpose structures using associated sequence
4313             alignment</li>
4314           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4315             viewer</li>
4316         </ul> <em>Applet</em>
4317         <ul>
4318           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4319             link out mechanism</li>
4320         </ul> <em>Other</em>
4321         <ul>
4322           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4323             series 12</li>
4324           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4325             require Java 1.5</li>
4326           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4327             sequence annotation files</li>
4328           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4329             type colour specification</li>
4330           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4331             script to check if it being run in an interactive session or
4332             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4333         </ul></td>
4334       <td>
4335         <ul>
4336           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4337             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4338         </ul> <em>Application</em>
4339         <ul>
4340           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4341             selected Regions menu item</li>
4342           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4343             part of a valid accession ID</li>
4344           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4345             runs out of memory</li>
4346           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4347             analysis results</li>
4348           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4349             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4350           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4351         </ul> <em>Applet</em>
4352         <ul>
4353           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4354             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4355             defined.</li>
4356         </ul>
4357       </td>
4358     </tr>
4359     <tr>
4360       <td>
4361         <div align="center">
4362           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4363         </div>
4364       </td>
4365       <td></td>
4366       <td>
4367         <ul>
4368           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4369             sequence IDs</li>
4370           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4371             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4372           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4373             import correctly</li>
4374           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4375             number of columns are hidden</li>
4376           <li>annotation label popup menu not providing correct
4377             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4378             present</li>
4379           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4380             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4381           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4382             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4383
4384         </ul> <em>Applet</em>
4385         <ul>
4386           <li>annotation panel disappears when annotation is
4387             hidden/removed</li>
4388         </ul> <em>Application</em>
4389         <ul>
4390           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4391             alignment opened where annotation panel is visible but no
4392             annotations are present on alignment</li>
4393           <li>pasted region containing hidden columns is
4394             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4395           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4396             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4397           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4398             selected Rregions menu item.</li>
4399           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4400             'Un' or 'Non'conserved</li>
4401           <li>Sequence feature settings are being shared by
4402             multiple distinct alignments</li>
4403           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4404             changed</li>
4405           <li>double click on group annotation to select sequences
4406             does not propagate to associated trees</li>
4407           <li>Mac OSX specific issues:
4408             <ul>
4409               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4410                 window background</li>
4411               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4412                 name set correctly</li>
4413               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4414                 save feature colourscheme button</li>
4415             </ul>
4416           </li>
4417         </ul>
4418       </td>
4419     </tr>
4420     <tr>
4421
4422       <td>
4423         <div align="center">
4424           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4425         </div>
4426       </td>
4427       <td><em>New Capabilities</em>
4428         <ul>
4429           <li>URL links generated from description line for
4430             regular-expression based URL links (applet and application)
4431
4432           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4433             menu</li>
4434           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4435             structures</li>
4436           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4437             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4438           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4439             average score or total feature count for each sequence.</li>
4440           <li>Shading features by score or associated description</li>
4441           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4442             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4443           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4444             hide everything but the currently selected region.</li>
4445           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4446         </ul> <em>Application</em>
4447         <ul>
4448           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4449             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4450           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4451             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4452           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4453             database references and protein_name is parsed as
4454             description line (BioSapiens terms).</li>
4455           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4456             references in sequence ID tooltip from View menu in
4457             application.</li>
4458           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4459       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4460           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4461             conservation plots</li>
4462           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4463             and visualized as sequence logos</li>
4464           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4465             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4466           </li>
4467           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4468             when a new tree is opened.</li>
4469           <li>Jalview Java Console</li>
4470           <li>Better placement of desktop window when moving
4471             between different screens.</li>
4472           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4473             consensus annotation</li>
4474           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4475             Workflows</li>
4476           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4477             <ul>
4478               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4479                 used to preserve views, structures, and tree display
4480                 settings)</li>
4481               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4482                 command line</li>
4483               <li>Sharing of selected regions between views and
4484                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4485               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4486             </ul></li>
4487         </ul> <em>Applet</em>
4488         <ul>
4489           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4490           <li>New Parameters
4491             <ul>
4492               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4493                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4494                 opened.</li>
4495               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4496                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4497               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4498                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4499               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4500                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4501                 view</li>
4502               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4503                 increase the height or width of a cell in the alignment
4504                 grid relative to the current font size.</li>
4505             </ul>
4506           </li>
4507           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4508             tooltip</li>
4509         </ul> <em>Other</em>
4510         <ul>
4511           <li>Features format: graduated colour definitions and
4512             specification of feature scores</li>
4513           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4514             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4515             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4516           <li>XML formats extended to support graduated feature
4517             colourschemes, group associated annotation, and profile
4518             visualization settings.</li></td>
4519       <td>
4520         <ul>
4521           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4522             rather than description</li>
4523           <li>Non-positional features are now included in sequence
4524             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4525             visibility in tooltip).</li>
4526           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4527           <li>Added URL embedding instructions to features file
4528             documentation.</li>
4529           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4530             'X' in peptide product</li>
4531           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4532             sequence ID and sequence string and query strings do not
4533             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4534           <li>AMSA files only contain first column of
4535             multi-character column annotation labels</li>
4536           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4537             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4538             exported and re-imported)</li>
4539           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4540             name</li>
4541           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4542             as subsequence matches, and correctly reports total number
4543             of both.</li>
4544           <li>Application:
4545             <ul>
4546               <li>Better handling of exceptions during sequence
4547                 retrieval</li>
4548               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4549                 link text excludes the start_end suffix</li>
4550               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4551                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4552               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4553               <li>Sequence description lines properly shared via
4554                 VAMSAS</li>
4555               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4556                 data sources</li>
4557               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4558                 completes before alignment figures are generated.</li>
4559               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4560                 first time.</li>
4561               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4562                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4563               <li>User defined group colours properly recovered
4564                 from Jalview projects.</li>
4565             </ul>
4566           </li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569
4570     </tr>
4571     <tr>
4572       <td>
4573         <div align="center">
4574           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4575         </div>
4576       </td>
4577       <td>
4578         <ul>
4579           <li>Experimental support for google analytics usage
4580             tracking.</li>
4581           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4582         </ul>
4583       </td>
4584       <td>
4585         <ul>
4586           <li>Race condition in applet preventing startup in
4587             jre1.6.0u12+.</li>
4588           <li>Exception when feature created from selection beyond
4589             length of sequence.</li>
4590           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4591           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4592             all sequences with a given id</li>
4593           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4594             ID string searches</li>
4595           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4596             alignment to fail with exception</li>
4597         </ul> <em>Application Issues</em>
4598         <ul>
4599           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4600           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4601             data sources</li>
4602         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4603         <ul>
4604           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4605             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4606           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4607             version (java class versioning error fixed)</li>
4608         </ul>
4609       </td>
4610     </tr>
4611     <tr>
4612       <td>
4613
4614         <div align="center">
4615           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4616         </div>
4617       </td>
4618       <td><em>User Interface</em>
4619         <ul>
4620           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4621             translation and protein products</li>
4622           <li>Linked highlighting of structure associated with
4623             residue mapping to codon position</li>
4624           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4625             and 'clear' button</li>
4626           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4627             Tools menu</li>
4628           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4629             numeric data in description line</li>
4630           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4631           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4632             of sequence</li>
4633         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4634         <ul>
4635           <li>JPred3 web service</li>
4636           <li>Prototype sequence search client (no public services
4637             available yet)</li>
4638           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4639             PFAM</li>
4640           <li>URL Links created for matching database cross
4641             references as well as sequence ID</li>
4642           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4643         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4644         <ul>
4645           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4646             databases</li>
4647           <li>Generalised database reference retrieval and
4648             validation to all fetchable databases</li>
4649           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4650             sequence command</li>
4651         </ul> <em>Import and Export</em>
4652         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4653         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4654           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4655         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4656           File</li>
4657         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4658           triplet as name of colourscheme</li>
4659         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4660         <ul>
4661           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4662           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4663             alignments (experimental)</li>
4664           <li>Create new or select existing session to join</li>
4665           <li>load and save of vamsas documents</li>
4666         </ul> <em>Application command line</em>
4667         <ul>
4668           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4669             from applet)</li>
4670           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4671             of DAS servers to query for alignment features</li>
4672           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4673             that are also automatically queried for features</li>
4674           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4675             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4676         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4677         <ul>
4678           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4679             application (when using &quot;View in full
4680             application&quot;)</li>
4681         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4682         <ul>
4683           <li>feature group display control parameter</li>
4684           <li>debug parameter</li>
4685           <li>showbutton parameter</li>
4686         </ul> <em>Applet API methods</em>
4687         <ul>
4688           <li>newView public method</li>
4689           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4690           <li>Feature display control methods</li>
4691           <li>get list of currently selected sequences</li>
4692         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4693         <ul>
4694           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4695           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4696             Jalview release.</li>
4697           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4698             property controls execution of obfuscator</li>
4699           <li>Build target for generating source distribution</li>
4700           <li>Debug flag for javacc</li>
4701           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4702             jalview.bin.Cache</li>
4703           <li>Continuous Build Integration for stable and
4704             development version of Application, Applet and source
4705             distribution</li>
4706         </ul></td>
4707       <td>
4708         <ul>
4709           <li>selected region output includes visible annotations
4710             (for certain formats)</li>
4711           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4712             for editing</li>
4713           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4714           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4715           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4716           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4717             comments</li>
4718           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4719             filenames containing a ':'</li>
4720           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4721             global sequence features</li>
4722           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4723             references from alignment sequences goes to zero</li>
4724           <li>Close of tree branch colour box without colour
4725             selection causes cascading exceptions</li>
4726           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4727           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4728             file parsing fails.</li>
4729           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4730           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4731             not a valid output format</li>
4732           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4733             vamsas</li>
4734           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4735           <li>error messages passed up and output when data read
4736             fails</li>
4737           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4738             sequence is edited</li>
4739           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4740             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4741           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4742             filetype</li>
4743           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4744             import fixed for PFAM records</li>
4745           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4746             window list</li>
4747           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4748             can be read and written correctly to annotation file</li>
4749           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4750             correctly</li>
4751           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4752             non-italic font for representatives in Applet</li>
4753           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4754             Macs.</li>
4755           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4756             Applet)</li>
4757           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4758             due to null pointer exceptions</li>
4759           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4760             first column of alignment</li>
4761           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4762             July 2008</li>
4763           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4764             file is case-insensitive</li>
4765           <li>Sequence features read from Features file appended to
4766             all sequences with matching IDs</li>
4767           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4768             containing a sub-sequence</li>
4769           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4770           <li>feature and annotation file applet parameters
4771             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4772           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4773           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4774             splash-screen version check to complete</li>
4775           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4776             when passing them to the launchApp service</li>
4777           <li>display name and local features preserved in results
4778             retrieved from web service</li>
4779           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4780             sequence fetcher initialisation</li>
4781           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4782             dasobert DAS client</li>
4783           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4784             association</li>
4785           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4786             sequences
4787           </li>
4788         </ul>
4789       </td>
4790     </tr>
4791     <tr>
4792       <td>
4793         <div align="center">
4794           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4795         </div>
4796       </td>
4797       <td>
4798         <ul>
4799           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4800           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4801           <li>Slide sequences</li>
4802           <li>Edit sequence in place</li>
4803           <li>EMBL CDS features</li>
4804           <li>DAS Feature mapping</li>
4805           <li>Feature ordering</li>
4806           <li>Alignment Properties</li>
4807           <li>Annotation Scores</li>
4808           <li>Sort by scores</li>
4809           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4810         </ul>
4811       </td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4815           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4816           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4817           <li>Feature group display state in XML</li>
4818           <li>Feature ordering in XML</li>
4819           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4820           <li>Stockholm alignment properties</li>
4821           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4822           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4823           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4824           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4825         </ul>
4826       </td>
4827
4828     </tr>
4829     <tr>
4830       <td>
4831         <div align="center">
4832           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4833         </div>
4834       </td>
4835       <td>
4836         <ul>
4837           <li>Non standard characters can be read and displayed
4838           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4839             applet via textbox
4840           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4841             name &amp; description
4842           <li>Preference setting to display sequence name in
4843             italics
4844           <li>Annotation file format extended to allow
4845             Sequence_groups to be defined
4846           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4847             specified in preferences
4848           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4849             sequences
4850         </ul>
4851       </td>
4852       <td>
4853         <ul>
4854           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4855             installed
4856           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4857           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4858         </ul>
4859       </td>
4860     </tr>
4861     <tr>
4862       <td>
4863         <div align="center">
4864           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4865         </div>
4866       </td>
4867       <td>
4868         <ul>
4869           <li>Multiple views on alignment
4870           <li>Sequence feature editing
4871           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4872           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4873           <li>Background dependent text colour
4874           <li>Right align sequence ids
4875           <li>User-defined lower case residue colours
4876           <li>Format Menu
4877           <li>Select Menu
4878           <li>Menu item accelerator keys
4879           <li>Control-V pastes to current alignment
4880           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4881           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4882           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4883
4884           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4885         </ul>
4886       </td>
4887       <td>
4888         <ul>
4889           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4890           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4891             calculations
4892           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4893             edits
4894           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4895             of alignment)
4896           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4897
4898           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4899             display correctly
4900           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4901           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4902             analysis results
4903           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4904             &#8739;
4905           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4906           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4907           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4908
4909         </ul>
4910       </td>
4911     </tr>
4912     <tr>
4913       <td>
4914         <div align="center">
4915           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4916         </div>
4917       </td>
4918       <td>
4919         <ul>
4920           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4921         </ul>
4922       </td>
4923       <td>
4924         <ul>
4925           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4926             sequence id panel has been resized</li>
4927           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4928             rendered</li>
4929           <li>Annotation files with sequence references - all
4930             elements in file are relative to sequence position</li>
4931           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4932         </ul>
4933       </td>
4934     </tr>
4935     <tr>
4936       <td>
4937         <div align="center">
4938           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4939         </div>
4940       </td>
4941       <td>
4942         <ul>
4943           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4944           <li>DAS Feature fetching</li>
4945           <li>Hide sequences and columns</li>
4946           <li>Export Annotations and Features</li>
4947           <li>GFF file reading / writing</li>
4948           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4949             files</li>
4950           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4951           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4952           <li>Applet can launch the full application</li>
4953           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4954             required)</li>
4955           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4956           <li>Applet can load sequences from parameter
4957             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4958           </li>
4959         </ul>
4960       </td>
4961       <td>
4962         <ul>
4963           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4964           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4965           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4966         </ul>
4967       </td>
4968     </tr>
4969     <tr>
4970       <td>
4971         <div align="center">
4972           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4973         </div>
4974       </td>
4975       <td>
4976         <ul>
4977           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4978           <li>Choose to match case when searching</li>
4979           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4980             expand the visible width and height of the alignment</li>
4981         </ul>
4982       </td>
4983       <td>
4984         <ul>
4985           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4986         </ul>
4987       </td>
4988     </tr>
4989     <tr>
4990       <td>
4991         <div align="center">
4992           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4993         </div>
4994       </td>
4995       <td>&nbsp;</td>
4996       <td>
4997         <ul>
4998           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4999           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5000             value</li>
5001         </ul>
5002       </td>
5003     </tr>
5004     <tr>
5005       <td>
5006         <div align="center">
5007           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5008         </div>
5009       </td>
5010       <td>
5011         <ul>
5012           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5013           <li>Keyboard editing</li>
5014           <li>Create sequence features from searches</li>
5015           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5016             alignments</li>
5017           <li>Features file allows grouping of features</li>
5018           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5019           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5020           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5021         </ul>
5022       </td>
5023       <td>
5024         <ul>
5025           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5026           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5027             descriptions saved.</li>
5028         </ul>
5029       </td>
5030     </tr>
5031     <tr>
5032       <td>
5033         <div align="center">
5034           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5035         </div>
5036       </td>
5037       <td>
5038         <ul>
5039           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5040           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5041           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5042             name for file output</li>
5043           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5044           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5045             used for HTML form input</li>
5046         </ul>
5047       </td>
5048       <td>
5049         <ul>
5050           <li>HTML output writes groups and features</li>
5051           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5052           <li>File IO bugs</li>
5053         </ul>
5054       </td>
5055     </tr>
5056     <tr>
5057       <td>
5058         <div align="center">
5059           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5060         </div>
5061       </td>
5062       <td>
5063         <ul>
5064           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5065           <li>More options for PCA viewer</li>
5066         </ul>
5067       </td>
5068       <td>
5069         <ul>
5070           <li>GUI bugs resolved</li>
5071           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5072         </ul>
5073       </td>
5074     </tr>
5075     <tr>
5076       <td height="63">
5077         <div align="center">
5078           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5079         </div>
5080       </td>
5081       <td>
5082         <ul>
5083           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5084           <li>Jar files are executable</li>
5085           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5086         </ul>
5087       </td>
5088       <td>
5089         <ul>
5090           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5091           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5092           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5093         </ul>
5094       </td>
5095     </tr>
5096     <tr>
5097       <td>
5098         <div align="center">
5099           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5100         </div>
5101       </td>
5102       <td>
5103         <ul>
5104           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5105         </ul>
5106       </td>
5107       <td>
5108         <ul>
5109           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5110         </ul>
5111       </td>
5112     </tr>
5113     <tr>
5114       <td>
5115         <div align="center">
5116           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5117         </div>
5118       </td>
5119       <td>
5120         <ul>
5121           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5122             size</li>
5123         </ul>
5124       </td>
5125       <td>
5126         <ul>
5127           <li>Improved JPred client reliability</li>
5128           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5129         </ul>
5130       </td>
5131     </tr>
5132     <tr>
5133       <td>
5134         <div align="center">
5135           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5136         </div>
5137       </td>
5138       <td>
5139         <ul>
5140           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5141           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5142           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5143             to Colour Menu</li>
5144           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5145           <li>Unix users can set default web browser</li>
5146           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5147           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5148         </ul>
5149       </td>
5150       <td>
5151         <ul>
5152           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5153         </ul>
5154       </td>
5155     </tr>
5156     <tr>
5157       <td>
5158         <div align="center">
5159           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5160         </div>
5161       </td>
5162       <td>&nbsp;</td>
5163       <td>
5164         <ul>
5165           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5166             alignment order.</li>
5167         </ul>
5168       </td>
5169     </tr>
5170     <tr>
5171       <td>
5172         <div align="center">
5173           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5174         </div>
5175       </td>
5176       <td>
5177         <ul>
5178           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5179           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5180           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5181             annotations.</li>
5182           <li>Version and build date written to build properties
5183             file.</li>
5184           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5185             at launch of Jalview.</li>
5186         </ul>
5187       </td>
5188       <td>
5189         <ul>
5190           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5191           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5192           <li>Can remove groups one by one.</li>
5193           <li>Filechooser icons installed.</li>
5194           <li>Finder ignores return character when searching.
5195             Return key will initiate a search.<br>
5196           </li>
5197         </ul>
5198       </td>
5199     </tr>
5200     <tr>
5201       <td>
5202         <div align="center">
5203           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5204         </div>
5205       </td>
5206       <td>
5207         <ul>
5208           <li>New codebase</li>
5209         </ul>
5210       </td>
5211       <td>&nbsp;</td>
5212     </tr>
5213   </table>
5214   <p>&nbsp;</p>
5215 </body>
5216 </html>