help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 112             argument to prevent automatic discovery of analysis
 113             webservices on launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 117             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 118             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 119             textbox
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 123             text
 124           </li>
 125         </ul>
 126         <em>Jalview Native App</em>
 127         <ul>
 128           <li>
 129             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 130             to get at Jalview's development builds
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 134             and Jalview Develop applications.
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 138             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 139             than anonymous 'Java' icons
 140           </li>
 141         </ul> <em>JalviewJS</em>
 142         <ul>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 145             SIFTS
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 152             reported once per key (avoids excessive log output in js
 153             console)
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 157             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 158           </li>
 159           <li></li>
 160         </ul> <em>Development</em>
 161         <ul>
 162           <li>
 163             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 164           </li>
 165           <li>Updated building instructions</li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 168             process, added support for system package provided eclipse
 169             installs on linux
 170           </li>
 171           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 172           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 173             Sur and Monterey</li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 176             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 177             the DMG
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 181             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 182             Jalview Launcher
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 186             with Java 17 (next LTS target)
 187           </li>
 188
 189         </ul>
 190
 191       </td>
 192       <td>
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 196             execution
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 200             disappears when only one structure is shown (and many
 201             sequences:one chain mappings are present)
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 205             the first SEQUENCE_GROUP defined
 206
 207           </li>
 208
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 211             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 212             trees (known defect from 2.11.1.3)
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 216             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 220             base in DNA sequences
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 224             Structure Preferences
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 234             modified graduated colour
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 238             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 239             clustal colouring is enabled
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 246             routing to stderr and appear as a raw template
 247           </li>
 248         </ul> <em>JalviewJS</em>
 249         <ul>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 252             down) percentage values causing a divide by zero
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- -->
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- -->
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- -->
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- -->
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 268             via Info.args when there are arguments on the URL
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 275             JalviewJS
 276           </li>
 277         </ul> <em>Development</em>
 278         <ul>
 279           <li>Gradle
 280             <ul>
 281               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 282               <li>
 283                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 284                 Gradle v.6.6+
 285               </li>
 286             </ul>
 287           </li>
 288
 289         </ul>
 290       </td>
 291     </tr>
 292     <tr>
 293       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 294           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 295           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 296       <td></td>
 297       <td align="left" valign="top">
 298         <ul>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 301             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 302             Unix/BSD OSs)
 303           </li>
 304         </ul> <em>Security</em>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 308             certificates.
 309           </li>
 310         </ul>
 311     </tr>
 312     <tr>
 313       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 314           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 315           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 316
 317       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 318         <ul>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 321             2.16.0 to 2.17.0.
 322           </li>
 323         </ul></td>
 324       <td></td>
 325     </tr>
 326     <tr>
 327       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 328           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 329           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 330
 331       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 332         <ul>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 335             (was log4j 1.2.x).
 336         </ul> <em>Development</em>
 337         <ul>
 338           <li>Updated building instructions</li>
 339         </ul></td>
 340       <td>
 341         <ul>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 344             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 345             and display)
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 349             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 350             only)
 351           </li>
 352         </ul> <em>Development</em>
 353         <ul>
 354           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 355         </ul>
 356       </td>
 357     </tr>
 358     <tr>
 359       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 360           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 361           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 362       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 363           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 364         <ul>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 367             launch of the news browser (like -nonews argument)
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 371             download of linkout URLs from
 372             www.jalview.org/services/identifiers
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 376             download of BIOJSHTML templates
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 380             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 381             disabled
 382           </li>
 383         </ul></td>
 384       <td align="left" valign="top">
 385         <ul>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 388             Jmol
 389           </li>
 390         </ul> <em>New Known defects</em>
 391         <ul>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 394             always restored from project (since 2.10.3)
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 398             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 399           </li>
 400         </ul>
 401       </td>
 402     </tr>
 403     <tr>
 404       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 405           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 406           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 407       <td align="left" valign="top">
 408         <ul>
 409
 410         </ul>
 411       </td>
 412       <td align="left" valign="top">
 413         <ul>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 416             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 420             sequences can be classed as nucleotide
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 424             sequences after alignment of protein products (known defect
 425             first reported for 2.11.1.0)
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 429             features outwith CDS shown overlaid on protein
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 433             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 434             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 438             CDS features
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 442             always select corresponding protein sequences
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 446             column selection doesn't always ignore hidden columns
 447           </li>
 448         </ul> <em>Installer</em>
 449         <ul>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 452             Windows prevents install4j launching getdown
 453           </li>
 454         </ul> <em>Development</em>
 455         <ul>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 458             version numbers in doc/building.md
 459           </li>
 460         </ul>
 461       </td>
 462     </tr>
 463     <tr>
 464       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 465           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 466           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 467       <td align="left" valign="top">
 468         <ul>
 469         </ul>
 470       </td>
 471       <td align="left" valign="top">
 472         <ul>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 475             "Encountered problems opening
 476             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 477           </li>
 478         </ul>
 479       </td>
 480     </tr>
 481     <tr>
 482       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 483           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 484           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 485       <td align="left" valign="top">
 486         <ul>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 489             residue in cursor mode
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 493             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 497             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 498             improved compatibility with JalviewJS
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 502             alignments from Pfam and Rfam
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 506             import (no longer based on .gz extension)
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 513             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 514             EMBL flat file
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 518             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 519             saving or making backup files.
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 523             <ul>
 524               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 525               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 526             </ul>
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 530             when running on Linux (Requires Java 11+)
 531           </li>
 532         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 533         <ul>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 536             through a system property
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 540             line help for configuring Jalview's memory
 541           </li>
 542         </ul>
 543       </td>
 544       <td align="left" valign="top">
 545         <ul>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 548             but not calculated and no protein or DNA score models are
 549             available for tree/PCA calculation when launched with
 550             Turkish language locale
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 554             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 558             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 562             sequence under the cursor
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 566             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 570             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 571             '%s'" on the console
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 575             when there are both local and complementary features mapped
 576             to the position under the cursor
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 580             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 584             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 588             internationalised text for some messages and log output
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 592             hidden gapped columns
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 596             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 600             specifying output format when exporting an alignment via the
 601             command line
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 605             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 606             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 607             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 608             file again, and if that fails, delete the original file and
 609             save in place.)
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 613             via command line
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 617             program and documentation
 618           </li>
 619         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 620         <ul>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 623             first time for a version that has different jars to the
 624             previous launched version.
 625           </li>
 626         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 627         <ul>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 630             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 631             OutOfMemory error.
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 635             monitor the release channel
 636           </li>
 637         </ul> <em>New Known defects</em>
 638         <ul>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 641             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 642             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 643             RNA viruses)
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 647             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 648             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 652             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 653             works for the top left quadrant of the alignment window
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 657             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 661             when alignment view restored from project (since Jalview
 662             2.11.0)
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 666             protein products for certain ENA records are repeatedly
 667             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 668           </li>
 669         </ul>
 670       </td>
 671     </tr>
 672     <tr>
 673       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 674           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 675           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 676       <td align="left" valign="top">
 677         <ul>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 680             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 681             for display in alignments, on structure views (including
 682             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 683             export.
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 687             exported and re-imported as GFF3 files
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 691             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 695             validation while parsing
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 699             position if reopened
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 703             of associated view
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 707             enabled by default
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 711             tooltips and menus
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 715             with no feature types visible
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 719             attributes with large integer values
 720           </li>
 721         </ul>
 722         <em>Jalview Installer</em>
 723         <ul>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 726             installer template version reported in console (may be null
 727             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 731             higher quality background images
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 735             generated with install4j 8.0.4
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 739             Platforms
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 743             setting when running on large memory machines
 744           </li>
 745         </ul> <em>Release processes</em>
 746         <ul>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 752             access to test-release channel builds
 753           </li>
 754         </ul> <em>Build System</em>
 755         <ul>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 761             report
 762           </li>
 763         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 764         <ul>
 765           <li>
 766             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 767             to stdout containing the consensus sequence for each
 768             alignment in a Jalview session
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 772             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 773             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 774           </li>
 775         </ul>
 776       </td>
 777       <td align="left" valign="top">
 778         <ul>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 781             'Show hidden markers' option is not ticked
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 785             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 786             jalview preferences or properties file
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 790             'Show Sequence Features' option is not ticked
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 794             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 795             features are visible
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 799             equal when split frame is first opened
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 803             correct after editing a sequence's start position
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 807             with annotation and exceptions thrown when only a few
 808             columns shown in wrapped mode
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 812             wrapped alignment figure with annotations
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 816             ID fails with ClassCastException
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 820             Project
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 824             feature settings dialog also selects columns
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 828             IllegalArgumentException in some circumstances
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 832             opened for a view
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 836             alignment window is closed
 837           </li>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 840             help documentation for 2.11.0 release
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 844             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 845             Uniprot Accession
 846           </li>
 847         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 848         <ul>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 851             PDB/Uniprot search panel
 852           </li>
 853         </ul> <em>Installer</em>
 854         <ul>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 857             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 858           </li>
 859         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 860         <ul>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 863             repository
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 867             memory
 868           </li>
 869         </ul> <em>New Known Issues</em>
 870         <ul>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 873             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 874             command line
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 878             clipped in headless figure export when Right Align option
 879             enabled
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 883             'Source' in console output
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 887             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 888           </li>
 889         </ul>
 890       </td>
 891     </tr>
 892     <tr>
 893       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 894           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 895       <td align="left" valign="top">
 896         <ul>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 899             Application and Installers built with <a
 900             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 901             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 902             InstallAnywhere
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 906             memory settings, receive over the air updates and launch
 907             specific versions via (<a
 908             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 909               Rings' GetDown</a>)
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 913             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 914             files)
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 918             line arguments and switch between different getdown channels
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 922             project or alignment files
 923           </li>
 924
 925           <li>
 926             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 927             data files
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 931             updated to version 2.12.0
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 935             'Translate as cDNA'
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 939           </li>
 940           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 941               of Sequence Features</strong>
 942             <ul>
 943               <li>
 944                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 945                 implementation that allows updates) used for Sequence
 946                 Feature collections
 947               </li>
 948               <li>
 949                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 950                 features can be filtered and shaded according to any
 951                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 952                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 953                 file)
 954               </li>
 955               <li>
 956                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 957                 stored and restored from Jalview Projects
 958               </li>
 959               <li>
 960                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 961                 BioJava) to recognise variant features
 962               </li>
 963               <li>
 964                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 965                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 966               </li>
 967               <li>
 968                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 969                 selected sequence feature's details
 970               </li>
 971               <li>
 972                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 973                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 974                 and filter aware)
 975               </li>
 976               <li>
 977                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 978                 Settings dialog
 979               </li>
 980             </ul></li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 983             and PCA calculations
 984           </li>
 985           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 986             <ul>
 987               <li>
 988                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 989                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 990               </li>
 991               <li>
 992                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 993                 viewer's drop-down menus
 994               </li>
 995               <li>
 996                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
 997                 PCA image incrementally
 998               </li>
 999               <li>
1000                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1001               </li>
1002             </ul></li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1005           </li>
1006           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1007             <ul>
1008               <li>
1009                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1010                 selections and multiple groups when working with large
1011                 alignments
1012               </li>
1013               <li>
1014                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1015                 parsing Stockholm files
1016               </li>
1017             </ul>
1018           <li><strong>User Interface</strong>
1019             <ul>
1020               <li>
1021                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1022                 each view
1023               </li>
1024               <li>
1025                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1026                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1027                 regions of alignment are shown by default (can be
1028                 changed in user preferences)
1029               </li>
1030               <li>
1031                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1032                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1033               </li>
1034               <li>
1035                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1036                 when all sequences are hidden
1037               </li>
1038               <li>
1039                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1040                 selection region, and gap count when inserting or
1041                 deleting gaps
1042               </li>
1043               <li>
1044                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1045                 annotation labels
1046               </li>
1047               <li>
1048                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1049                 shown when in wrapped mode
1050               </li>
1051               <li>
1052                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1053                 left/right in a graph or histogram annotation
1054               </li>
1055               <li>
1056                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1057                 search panels
1058               </li>
1059               <li>
1060                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1061                 Overview panel
1062               </li>
1063               <li>
1064                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1065                 sequence id popup menu
1066               </li>
1067               <li>
1068                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1069                 not shown if no subgroups are created
1070               </li>
1071               <li>
1072                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1073                 search history by right-clicking search box
1074               </li>
1075
1076
1077             </ul></li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1080             Groovy v2.5
1081           </li>
1082           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1083               release)</strong>
1084             <ul>
1085               <li>
1086                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1087                 entry and trapping CMD-Q
1088               </li>
1089             </ul></li>
1090         </ul> <em>Deprecations</em>
1091         <ul>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1094             capabilities removed from the Jalview Desktop
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1098             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1099             projects and XML based data retrieval clients
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1103             removal
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1107             Start
1108           </li>
1109         </ul> <em>Documentation</em>
1110         <ul>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1113             effects not supported in EPS figure export
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1117             dialog
1118           </li>
1119         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1120         <ul>
1121           <li>
1122             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1123             from Ant to Gradle
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1127             keys in Message bundles
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1131             gradle-eclipse
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1135             continuous integration for unattended Test Suite execution
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1139             operations
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1143             issues resolved
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1147             markdown (with HTML rendering)
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1154             versions of Jalview
1155           </li>
1156         </ul>
1157       </td>
1158       <td align="left" valign="top">
1159         <ul>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1165             superposition in Jmol fail on Windows
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1169             discovering structures for sequences with lots of PDB
1170             structures
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1174             with monospaced font
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1178             Jalview project involving multiple views
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1182             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1183             Annotation dialog hides columns
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1187             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1188             selection in one view, then making another selection in the
1189             other view
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1193             columns
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1197             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1198           </li>
1199           <li>
1200             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1201             redrawing the overview with large alignments
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1205             region if columns were selected by dragging right-to-left
1206             and the mouse moved to the left of the first column
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1210             a hidden column marker via scale popup menu
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1214             URLs doesn't tell users the invalid URL
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1218             score from view
1219           </li>
1220           <li>
1221             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1222             during show cross references or Fetch Database References
1223             are shown in red in original view
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1227             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1228             p.Res.null)
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1232             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1233           </li>
1234           <li>
1235             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1236             printed when columns are hidden
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1240             Columns by Annotation description
1241           </li>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1244             dragging out of Scale or Annotation Panel
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1248             out of scale panel
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1252             alignment down
1253           </li>
1254           <li>
1255             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1256             in scale panel
1257           </li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1260             Down, Page Up in wrapped mode
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1267           </li>
1268           <li>
1269             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1270             selected on opening an alignment
1271           </li>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1274             in Colour menu
1275           </li>
1276           <li>
1277             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1278             when different groups in the alignment are selected
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1282             shown correctly in menu
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1286             min/max threshold limit
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1290             threshold gets 'unrounded'
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1294             colour
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1298             axis
1299           </li>
1300           <li>
1301             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1305             alignment, not Tree font
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1309             from project file
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1313             Overview shown in complementary view
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1317             shown without normalisation
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1321             positioned at top of report
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1328             OSX Mojave
1329           </li>
1330         </ul> <em>Editing</em>
1331         <ul>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1334             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1335             via 'Edit' sequence
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1339             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1340             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1344             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1348             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1349             in 2.10.5)
1350           </li>
1351         </ul> <em>Datamodel</em>
1352         <ul>
1353           <li>
1354             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1355             sequence's End is greater than its length
1356           </li>
1357         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1358           release)</em>
1359         <ul>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1362           </li>
1363         </ul> <em>New Known Defects</em>
1364         <ul>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1367             clicking ignores bounds of an existing selected region
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1371             gapped regions of protein alignment.
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1375             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1379             after 'New View'
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1383             columns within hidden columns
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1387             re-enters window after dragging left to select columns to
1388             left of visible region
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1392             description string and thresholded by score in earlier
1393             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1394             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1398             reset group visibility
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1402             linked CDS/Protein view
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1406             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1407           </li>
1408         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1409         <ul>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1412             alphabetically when saved
1413           </li>
1414         </ul>
1415       </td>
1416     </tr>
1417     <tr>
1418       <td width="60" nowrap>
1419         <div align="center">
1420           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1421         </div>
1422       </td>
1423       <td><div align="left">
1424           <em></em>
1425           <ul>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1428               InstallAnywhere increased to 1G.
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1432               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1433               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1434                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1435                 properties file.</em>
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1439               API and sequence data now imported as JSON.
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1443               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1444               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1445               property.
1446             </li>
1447           </ul>
1448           <em>Development</em>
1449           <ul>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1452               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1453                 Clover</a>
1454             </li>
1455           </ul>
1456         </div></td>
1457       <td><div align="left">
1458           <em></em>
1459           <ul>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1462               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1463               alignment.
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1467               annotation displayed.
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1471               for newly created group when 'Apply to all groups'
1472               selected
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1476               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1477               visible.
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1481               when sequences are selected in exported view.</em>
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1485               aren't rendered with correct colour.
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1489               types of knotted RNA secondary structure.
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1493               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1494               do not start at 1.
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1498               annotation when columns are inserted into an alignment,
1499               and when exporting as Stockholm flatfile.
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1503               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1504               treated as RNA secondary structure.
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1508               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1512               transfers focus to previous window on OSX
1513             </li>
1514           </ul>
1515           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1516           <ul>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1519               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1520               box.
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1524               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1525               'look and feel' which has improved compatibility with the
1526               latest version of OSX.
1527             </li>
1528           </ul>
1529         </div></td>
1530     </tr>
1531     <tr>
1532       <td width="60" nowrap>
1533         <div align="center">
1534           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1535             <em>7/06/2018</em></strong>
1536         </div>
1537       </td>
1538       <td><div align="left">
1539           <em></em>
1540           <ul>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1543               annotation retrieved from Uniprot
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1547               onto the Jalview Desktop
1548             </li>
1549           </ul>
1550         </div></td>
1551       <td><div align="left">
1552           <em></em>
1553           <ul>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1556               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1560               right-hand column parsed correctly
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1564               not alignment area in exported graphic
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1568               window has input focus
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1572               annotation added to view (Windows)
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1576               network connectivity is poor
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1580               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1581                 the currently open URL and links from a page viewed in
1582                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1583                 you are using Edge, only links in the page can be
1584                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1585                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1586             </li>
1587           </ul>
1588           <em>New Known Defects</em>
1589           <ul>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1592               Annotation
1593             </li>
1594           </ul>
1595         </div></td>
1596     </tr>
1597     <tr>
1598       <td width="60" nowrap>
1599         <div align="center">
1600           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1601         </div>
1602       </td>
1603       <td><div align="left">
1604           <em></em>
1605           <ul>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1608               for disabling automatic superposition of multiple
1609               structures and open structures in existing views
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1613               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1614               adjust them.
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1618               Ensembl services
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1622               and lots of hidden columns
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1626               of features (particularly when transparency is disabled)
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1630               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1631               made generally available
1632             </li>
1633           </ul>
1634         </div></td>
1635       <td><div align="left">
1636           <ul>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1639               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1643               overlapping alignment panel
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1647               sequence as gaps
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1651               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1652               UTR
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1656               factor annotation not added to sequence when local PDB
1657               file associated with it by drag'n'drop or structure
1658               chooser
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1662               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1666               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1670               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1674               columns in annotation row
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1678               not honored in batch mode
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1682               for structures added to existing Jmol view
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1686               entries after importing project with multiple views
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1690               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1691               with negative residue numbers or missing residues fails
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1695               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1696               files (e.g. as generated by CONSURF)
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1700               tooltip doesn't include a text description of mutation
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1704               structure and/or overview windows are also shown
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1708               regions very slow for alignments with large numbers of
1709               sequences
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1713               with 'StringIndexOutOfBounds'
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1717               Feel for OSX platforms running Java 10
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1721               view appears to do nothing because the view is hidden
1722               behind the alignment view
1723             </li>
1724           </ul>
1725           <em>Applet</em>
1726           <ul>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1729               should copy the group consensus when popup is opened on it
1730             </li>
1731           </ul>
1732           <em>Batch Mode</em>
1733           <ul>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1736               respected
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>New Known Defects</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1743               editing a large alignment and overview is displayed
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1747               repeatedly after a series of edits even when the overview
1748               is no longer reflecting updates
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1752               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1753               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1754               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1758               CSV option gives blank output
1759             </li>
1760           </ul>
1761         </div></td>
1762     </tr>
1763     <tr>
1764       <td width="60" nowrap>
1765         <div align="center">
1766           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1767             <em>24/1/2018</em></strong>
1768         </div>
1769       </td>
1770       <td><div align="left">
1771           <ul>
1772             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1773               30th November 2018)</li>
1774           </ul>
1775         </div></td>
1776       <td><div align="left">
1777           <em>Desktop</em>
1778           <ul>
1779             <ul>
1780               <li>
1781                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1782                 several sequences and structures are selected for
1783                 viewing/superposing
1784               </li>
1785               <li>
1786                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1787                 vertically via trackpad and scrollwheel
1788               </li>
1789               <li>
1790                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1791                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1792                 start of alignment
1793               </li>
1794               <li>
1795                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1796                 scrolled into view if columns are hidden
1797               </li>
1798               <li>
1799                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1800                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1801                 hidden columns
1802               </li>
1803               <li>
1804                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1805                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1806                 effect
1807               </li>
1808               <li>
1809                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1810                 relationships when retrieving sequences from
1811                 EnsemblGenomes
1812               </li>
1813             </ul>
1814         </div></td>
1815     </tr>
1816     <tr>
1817       <td width="60" nowrap>
1818         <div align="center">
1819           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1820         </div>
1821       </td>
1822       <td><div align="left">
1823           <em></em>
1824           <ul>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1827               rendering of sequence features
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1831               429 rate limit request hander
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1835               their colours have changed
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1839               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1843               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1847               view from Ensembl locus cross-references
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1851               Alignment report
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1855               feature can be disabled
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1859               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1863               Uniprot
1864             </li>
1865           </ul>
1866           <em>Scripting</em>
1867           <ul>
1868             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1869             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1870               percent identity scores for current alignment.</li>
1871           </ul>
1872           <em>Testing and Deployment</em>
1873           <ul>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1876             </li>
1877           </ul>
1878         </div></td>
1879       <td><div align="left">
1880           <em>General</em>
1881           <ul>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1884               threshold text field doesn't trigger an update to the
1885               alignment view
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1889               strings in parallel
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1893               alignment window is closed
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1897               group visibility
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1901               takes a long time in Cursor mode
1902             </li>
1903           </ul>
1904           <em>Desktop</em>
1905           <ul>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1908               cannot be viewed in Chimera
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1912               CDS/Protein view
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1916               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1917               Search Dialogs
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1927               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1931               scrolling right in unwapped alignment view
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1935               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1936               database
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1940               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1944               features of same type and group to be selected for
1945               amending
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1949               alignments when hidden columns are present
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1953               displaying several structures
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1957               moving a window
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1961               within the Jalview desktop on OSX
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1965               when in wrapped alignment mode
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1969               hand end of alignment
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1973               each selected sequence do not have correct start/end
1974               positions
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1978               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1982               restoring project until a new view is created
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1986               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1987               configured (since 2.10.2b2)
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1991               position is adjusted
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1995               in a multi-chain structure when viewing alignment
1996               involving more than one chain (since 2.10)
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2000               if new selection moves alignment window
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2004               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2008               that produces correctly annotated transcripts and products
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2012               doesn't update associated structure view
2013             </li>
2014           </ul>
2015           <em>Applet</em><br />
2016           <ul>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2019               closing alignment panel
2020             </li>
2021           </ul>
2022           <em>BioJSON</em><br />
2023           <ul>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2026               non-positional features
2027             </li>
2028           </ul>
2029           <em>New Known Issues</em>
2030           <ul>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2033               sequence features correctly (for many previous versions of
2034               Jalview)
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2038               using cursor in wrapped panel other than top
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2042               graduated colour threshold
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2046               always preserve numbering and sequence features
2047             </li>
2048           </ul>
2049           <em>Known Java 9 Issues</em>
2050           <ul>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2053               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2054               9.01, OSX 10.10)
2055             </li>
2056           </ul>
2057         </div></td>
2058     </tr>
2059     <tr>
2060       <td width="60" nowrap>
2061         <div align="center">
2062           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2063             <em>2/10/2017</em></strong>
2064         </div>
2065       </td>
2066       <td><div align="left">
2067           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2068           <ul>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2071               at uniprot.org
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2075               ebi.ac.uk
2076             </li>
2077           </ul>
2078         </div></td>
2079       <td><div align="left"></div></td>
2080     </tr>
2081     <tr>
2082       <td width="60" nowrap>
2083         <div align="center">
2084           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2085             <em>7/9/2017</em></strong>
2086         </div>
2087       </td>
2088       <td><div align="left">
2089           <em></em>
2090           <ul>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2093               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2094               white)
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2098               Preferences
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2102               in size and progress bar shown as higher resolution
2103               overview is recalculated
2104             </li>
2105
2106           </ul>
2107         </div></td>
2108       <td><div align="left">
2109           <em></em>
2110           <ul>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2113               column region row by row
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2117               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2121               format setting is unticked
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2125               if group has show boxes format setting unticked
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2129               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2130               include sequences and columns not currently displayed
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2134               assemblies are imported via CIF file
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2138               displayed when threshold or conservation colouring is also
2139               enabled.
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2143               server version
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2147               dragging a selected region off the visible region of the
2148               alignment
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2152               colourscheme to all groups in a view
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2156               initially after font size change using the Font chooser or
2157               middle-mouse zoom
2158             </li>
2159           </ul>
2160         </div></td>
2161     </tr>
2162     <tr>
2163       <td width="60" nowrap>
2164         <div align="center">
2165           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2166         </div>
2167       </td>
2168       <td><div align="left">
2169           <em>Calculations</em>
2170           <ul>
2171
2172             <li>
2173               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2174               ungapped positions in each column of the alignment.
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2178               a calculation dialog box
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2182               and memory efficiency (~30x faster)
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2186               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2187               and other calculations
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2191               files within the Jalview codebase
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2195               Similarity may have different topology due to increased
2196               precision
2197             </li>
2198           </ul>
2199           <em>Rendering</em>
2200           <ul>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2203               model for alignments and groups
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2207               scripts
2208             </li>
2209           </ul>
2210           <em>Overview</em>
2211           <ul>
2212             <li>
2213               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2214               with alignment and overview windows
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2218               overview
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2222               omitted in Overview
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2226               adjustment of visible position
2227             </li>
2228           </ul>
2229
2230           <em>Data import/export</em>
2231           <ul>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2234               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2238               annotation input/output via stockholm flatfile
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2242               extension when importing structure files without embedded
2243               names or PDB accessions
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2247               format sequence substitution matrices
2248             </li>
2249           </ul>
2250           <em>User Interface</em>
2251           <ul>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2254               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2255               the application.
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2259               via Overview or sequence motif search operations
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2263               opened by double clicking gaps within sequence feature
2264               extent
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2268               aligned positions were available to create a 3D structure
2269               superposition.
2270             </li>
2271           </ul>
2272           <em>3D Structure</em>
2273           <ul>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2276               coloured in linked structure views
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2280               file-based command exchange
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2284               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2285               structures are already available for sequences
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2289               the Jalview project rather than downloaded again when the
2290               project is reopened.
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2294               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2295               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2296                 Feature</strong>)
2297             </li>
2298           </ul>
2299           <em>Web Services</em>
2300           <ul>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2306               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2307               Analysis services
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2311               cross-references provided by identifiers.org and the
2312               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2313             </li>
2314           </ul>
2315
2316           <em>Scripting</em>
2317           <ul>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2320               identifying file formats (instead of String constants)
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2324               efficiency when counting all displayed features (not
2325               backwards compatible with 2.10.1)
2326             </li>
2327           </ul>
2328           <em>Example files</em>
2329           <ul>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2332               included in the example feature file
2333             </li>
2334           </ul>
2335           <em>Documentation</em>
2336           <ul>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2339               with the built-in Java help viewer
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2343               sequence description' option
2344             </li>
2345           </ul>
2346           <em>Test Suite</em>
2347           <ul>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2350               Uniprot REST Free Text Search Client
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2357               during tests
2358             </li>
2359           </ul>
2360         </div></td>
2361       <td><div align="left">
2362           <em>Calculations</em>
2363           <ul>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2366               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2367               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2368             </li>
2369             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2370               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2371               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2372               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2373               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2374               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2375               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2376               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2377               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2378               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2379               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2380               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2381               // for 2.10.1 mode <br />
2382               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2383               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2384                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2385                 calculations (not recommended)</em></li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2388               scaling of branch lengths for trees computed using
2389               Sequence Feature Similarity.
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2393               generating output report when working with highly
2394               redundant alignments
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2398               right of selected region when gaps present on right-hand
2399               boundary
2400             </li>
2401           </ul>
2402           <em>User Interface</em>
2403           <ul>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2406               doesn't reselect a specific sequence's associated
2407               annotation after it was used for colouring a view
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2411               opened on a region of alignment without groups
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2415               of an alignment with overlapping groups
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2419               name and description match
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2423               hidden regions results in incorrect hidden regions
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2427               changing colour does not apply Conservation slider value
2428               to all groups
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2432               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2436               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2440               gaps before start of features
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2444               restored to UI when feature colour is edited
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2448               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2452               as graduate feature colour settings are modified via the
2453               dialog box
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2457               when a group defined on the alignment is resized
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2461               wrapped view result in positional status updates
2462             </li>
2463
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2466               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2470               alignment included gapped columns
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2474               widgets don't permanently disappear
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2478               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2479               T-Coffee column reliability scores)
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2483               sequence feature on gaps only
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2487               button from a Find inherit previously defined feature type
2488               rather than the Find query string
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2492               exporting tree calculated in Jalview
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2496               and then revealing them reorders sequences on the
2497               alignment
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2501               doesn't update to reflect available set of groups after
2502               interactively adding or modifying features
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2506               Linux
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2510               only excluded gaps in current sequence and ignored
2511               selection.
2512             </li>
2513           </ul>
2514           <em>Rendering</em>
2515           <ul>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2518               erratically when hidden rows or columns are present
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2522               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2523               sequence colouring
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2527               colour and group colour menu for protein alignments
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2531               reflect currently selected view or group's shading
2532               thresholds
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2536               when rendered on overview and structures when opacity at
2537               100%
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2541               overview when features overlaid on alignment
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2545               recovered correctly from Jalview project file
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2549               opened (automatically via preferences) are different to
2550               the main alignment panel
2551             </li>
2552           </ul>
2553           <em>Data import/export</em>
2554           <ul>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2557               load
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2561               added after a sequence was imported are not written to
2562               Stockholm File
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2566               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2570               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2574               with lightGray or darkGray via features file (but can
2575               specify lightgray)
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2579               when alignment view imported from project
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2583               structure and sequences extracted from structure files
2584               imported via URL and viewed in Jmol
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2588               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2589               the project is loaded and the structure viewed
2590             </li>
2591           </ul>
2592           <em>Web Services</em>
2593           <ul>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2596               release of Ensembl v.88
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2600               appear enabled in Preferences->Connections
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2604               removed from console output
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2608               Ensembl by Peptide ID
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2612               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2613               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2614               due to 'null' string rather than empty string used for
2615               residues with no corresponding PDB mapping).
2616             </li>
2617           </ul>
2618           <em>Application UI</em>
2619           <ul>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2622               menu
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2626               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2627               new documentation and tooltips added)
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2631               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2635               new features are added to alignment
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2639               changes to feature colours via the Amend features dialog
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2643               edit graduated feature colour via amend features dialog
2644               box
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2648               selection menu changes colours of alignment views
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2652               from alignment calculation workers after alignment has
2653               been closed
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2657               groups now 'Create Group'
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2661               Create/Undefine group doesn't always work
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2665               shown again after pressing 'Cancel'
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2669               adjusts start position in wrap mode
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2673               ambiguous amino acids
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2677               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2678               proteins
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2682               Defined' don't appear in Colours menu
2683             </li>
2684           </ul>
2685           <em>Applet</em>
2686           <ul>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2689               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2693               overview or linked structure view
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2697               work (since 2.8)
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2701               user-defined colourscheme doesn't restore original
2702               colourscheme
2703             </li>
2704           </ul>
2705           <em>Test Suite</em>
2706           <ul>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2709               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2713               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2714               problems with deep array comparison equality asserts in
2715               successive versions of TestNG
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2719               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2720             </li>
2721           </ul>
2722           <em>New Known Issues</em>
2723           <ul>
2724             <li>
2725               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2726               phase after a sequence motif find operation
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2730               containing just upper and lower case letters are
2731               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2735               reliably from eggnog Ortholog database
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2739               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2740               to mark columns containing highlighted regions.
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2744               doesn't always add secondary structure annotation.
2745             </li>
2746           </ul>
2747         </div>
2748     <tr>
2749       <td width="60" nowrap>
2750         <div align="center">
2751           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2752         </div>
2753       </td>
2754       <td><div align="left">
2755           <em>General</em>
2756           <ul>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2759               for all consensus calculations
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2763               3rd Oct 2016)
2764             </li>
2765             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2766               for 2016-2017</li>
2767           </ul>
2768           <em>Application</em>
2769           <ul>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2772               set of database cross-references, sorted alphabetically
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2776               from database cross references. Users with custom links
2777               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2778                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2782               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2783               Chimera session
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2787               the Chimera it is connected to is shut down
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2791               columns menu item to mark columns containing highlighted
2792               regions (e.g. from structure selections or results of a
2793               Find operation)
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2797               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2798               MSAviewer
2799             </li>
2800           </ul>
2801         </div></td>
2802       <td>
2803         <div align="left">
2804           <em>General</em>
2805           <ul>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2808               are not coloured or thresholded according to percent
2809               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2813               hydrophobic
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2817               threshold, amino acid properties)
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2821               reported as mapped to residues in a structure file in the
2822               View Mapping report
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2826               could be added multiple times to a sequence
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2830               bond features shown as two highlighted residues rather
2831               than a range in linked structure views, and treated
2832               correctly when selecting and computing trees from features
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2836               cross-references are matched to database name regardless
2837               of case
2838             </li>
2839
2840           </ul>
2841           <em>Application</em>
2842           <ul>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2845               names without regular expressions also offer links from
2846               Sequence ID
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2850               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2851               update Jalview configuration
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2855               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2859               files with similarly named sequences if dropped onto the
2860               alignment
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2864               entries where more chains exist in the PDB accession than
2865               are reported in the SIFTS file
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2869               the structure view when displayed with Chimera
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2873               panel's View->Show Chains submenu
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2877               work for wrapped alignment views
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2881               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2885               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2886               first annotation row
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2890               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2894               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2895             </li>
2896             <!-- JAL-2319 -->
2897             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2898             coordindate data
2899             </li>
2900           </ul>
2901           <!--           <em>New Known Issues</em>
2902           <ul>
2903             <li></li>
2904           </ul> -->
2905         </div>
2906       </td>
2907     </tr>
2908     <td width="60" nowrap>
2909       <div align="center">
2910         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2911           <em>25/10/2016</em></strong>
2912       </div>
2913     </td>
2914     <td><em>Application</em>
2915       <ul>
2916         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2917           view if structures already loaded</li>
2918         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2919           structure views</li>
2920       </ul></td>
2921     <td>
2922       <div align="left">
2923         <em>General</em>
2924         <ul>
2925           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2926             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2927           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2928             example sequences/projects/trees</li>
2929         </ul>
2930         <em>Application</em>
2931         <ul>
2932           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2933             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2934           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2935             without timeout for structures with multiple models or
2936             multiple sequences in alignment</li>
2937           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2938             PDB ID HEADER line</li>
2939           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2940             is performed</li>
2941           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2942             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2943           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2944           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2945             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2946             option</li>
2947           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2948             is created on the alignment</li>
2949           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2950             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2951             pop-up menu</li>
2952         </ul>
2953         <em>Build and deployment</em>
2954         <ul>
2955           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2956             tags</li>
2957         </ul>
2958         <em>New Known Issues</em>
2959         <ul>
2960           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2961             on Windows</li>
2962         </ul>
2963       </div>
2964     </td>
2965     </tr>
2966     <tr>
2967       <td width="60" nowrap>
2968         <div align="center">
2969           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2970         </div>
2971       </td>
2972       <td><em>General</em>
2973         <ul>
2974           <li>
2975             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2976           </li>
2977           <li>
2978             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2979             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2980             better PDB parsing.
2981           </li>
2982           <li>
2983             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2984             reference sequence
2985           </li>
2986           <li>
2987             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2988             mousing over sequence associated annotation
2989           </li>
2990           <li>
2991             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2992             for manual entry
2993           </li>
2994           <li>
2995             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2996             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2997             for each column
2998           </li>
2999           <li>
3000             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3001             showing or hiding columns containing a feature
3002           </li>
3003           <li>
3004             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3005             group and sequence associated annotation labels
3006           </li>
3007           <li>
3008             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3009             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3010             dialogs
3011           </li>
3012
3013         </ul> <em>Application</em>
3014         <ul>
3015           <li>
3016             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3017             gene/transcript view
3018           </li>
3019           <li>
3020             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3021             dialog
3022           </li>
3023           <li>
3024             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3025             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3026           </li>
3027           <li>
3028             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3029             Pfam sources to xfam.org
3030           </li>
3031           <li>
3032             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3033           </li>
3034           <li>
3035             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3036             over sequences in Jalview
3037           </li>
3038           <li>
3039             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3040             regions in ENA and EMBL
3041           </li>
3042           <li>
3043             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3044             for record retrieval via ENA rest API
3045           </li>
3046           <li>
3047             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3048             complement operator
3049           </li>
3050           <li>
3051             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3052             groovy script execution
3053           </li>
3054           <li>
3055             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3056             alignment window's Calculate menu
3057           </li>
3058           <li>
3059             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3060             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3061           </li>
3062           <li>
3063             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3064             calculation workers from groovy scripts
3065           </li>
3066           <li>
3067             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3068             Jalview projects
3069           </li>
3070           <li>
3071             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3072             associations are now saved/restored from project
3073           </li>
3074           <li>
3075             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3076             before sequence fetcher is opened
3077           </li>
3078           <li>
3079             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3080             database chooser opens a sequence fetcher
3081           </li>
3082           <li>
3083             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3084             the UniProt REST API
3085           </li>
3086           <li>
3087             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3088             the news reader opening
3089           </li>
3090           <li>
3091             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3092             querying stored in preferences
3093           </li>
3094           <li>
3095             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3096             search results
3097           </li>
3098           <li>
3099             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3103             menu for nucleotide sequences
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3107             and feature counts preserves alignment ordering (and
3108             debugged for complex feature sets).
3109           </li>
3110           <li>
3111             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3112             viewing structures with Jalview 2.10
3113           </li>
3114           <li>
3115             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3116             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3117             Ensembl Genomes REST API
3118           </li>
3119           <li>
3120             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3121             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3122             (Ensembl)
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3126             sequences
3127           </li>
3128           <li>
3129             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3130             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3131             data from external database records.
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3135             efficient recovery of sequence coding and alignment
3136             annotation relationships.
3137           </li>
3138         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3139         <ul>
3140           <li>
3141             -- JAL---
3142           </li>
3143         </ul> --></td>
3144       <td>
3145         <div align="left">
3146           <em>General</em>
3147           <ul>
3148             <li>
3149               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3150               menu on OSX
3151             </li>
3152             <li>
3153               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3154               includes graduated colourschemes
3155             </li>
3156             <li>
3157               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3158               working with big alignments and lots of hidden columns
3159             </li>
3160             <li>
3161               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3162               at right of alignment window
3163             </li>
3164             <li>
3165               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3166               contents
3167             </li>
3168             <li>
3169               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3170               for DNA alignments
3171             </li>
3172             <li>
3173               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3174               based tree calculation
3175             </li>
3176             <li>
3177               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3178               unconserved enabled for group on alignment
3179             </li>
3180             <li>
3181               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3182               set as reference
3183             </li>
3184             <li>
3185               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3186               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3187               annotation
3188             </li>
3189             <li>
3190               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3191               hidden columns present
3192             </li>
3193             <li>
3194               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3195               user created annotation added to alignment
3196             </li>
3197             <li>
3198               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3199               '()' base pair annotation
3200             </li>
3201             <li>
3202               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3203               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3204               Consensus
3205             </li>
3206             <li>
3207               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3208               feature not working
3209             </li>
3210             <li>
3211               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3212               beginning of sequence
3213             </li>
3214             <li>
3215               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3216               entry 3a6s
3217             </li>
3218             <li>
3219               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3220               from a tree when t-coffee scores are shown
3221             </li>
3222             <li>
3223               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3224               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3225             </li>
3226             <li>
3227               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3228               some structures
3229             </li>
3230             <li>
3231               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3232               to Clustal, PIR and PileUp output
3233             </li>
3234             <li>
3235               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3236               not visible causes alignment window to repaint
3237             </li>
3238             <li>
3239               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3240               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3241               scores associated with features and annotation rows
3242             </li>
3243             <li>
3244               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3245               calculation should be case independent
3246             </li>
3247             <li>
3248               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3249               columns
3250             </li>
3251             <li>
3252               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3253               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3254               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3255             </li>
3256             <li>
3257               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3258               problems when reference sequence defined and 'show
3259               non-conserved' enabled
3260             </li>
3261             <li>
3262               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3263               load even when Consensus calculation is disabled
3264             </li>
3265             <li>
3266               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3267               alignment does nothing
3268             </li>
3269           </ul>
3270           <em>Application</em>
3271           <ul>
3272             <li>
3273               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3274               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3275               yet fixed for El Capitan)
3276             </li>
3277             <li>
3278               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3279               output when running on non-gb/us i18n platforms
3280             </li>
3281             <li>
3282               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3283               hidden sequences as flat-file alignment
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3287               launching Chimera
3288             </li>
3289             <li>
3290               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3291               (also hotfix for 2.9.0b2)
3292             </li>
3293             <li>
3294               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3295               reference sequence defined
3296             </li>
3297             <li>
3298               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3299               alignments and views when revealing hidden columns
3300             </li>
3301             <li>
3302               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3303               view in a cDNA/Protein splitframe
3304             </li>
3305             <li>
3306               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3307               sequence from project when only one sequence is
3308               represented
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3312               in Structure Chooser
3313             </li>
3314             <li>
3315               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3316               structure consensus didn't refresh annotation panel
3317             </li>
3318             <li>
3319               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3320               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3321             </li>
3322             <li>
3323               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3324               dialogs format columns correctly, don't display array
3325               data, sort columns according to type
3326             </li>
3327             <li>
3328               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3329               file chooser is cancelled during an image export
3330             </li>
3331             <li>
3332               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3333               sequence name containing special characters
3334             </li>
3335             <li>
3336               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3337               case insensitive
3338             </li>
3339             <li>
3340               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3341               formatting don't wrap
3342             </li>
3343             <li>
3344               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3345               truncated so L looks like I in consensus annotation
3346             </li>
3347             <li>
3348               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3349               currently displayed features for the current selection or
3350               view
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3354               after fetching cross-references, and restoring from
3355               project
3356             </li>
3357             <li>
3358               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3359               followed in the structure viewer
3360             </li>
3361             <li>
3362               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3363               splitframe not restored from project
3364             </li>
3365             <li>
3366               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3367               trailing end of protein alignment in transcript/product
3368               splitview when pad-gaps not enabled by default
3369             </li>
3370             <li>
3371               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3372               is case dependent
3373             </li>
3374             <li>
3375               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3376               article has been read (reopened issue due to
3377               internationalisation problems)
3378             </li>
3379             <li>
3380               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3381               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3382               cross-references
3383             </li>
3384
3385             <li>
3386               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3387               alignment as HTML
3388             </li>
3389             <li>
3390               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3391               multiple structures are shown for one or more sequences.
3392             </li>
3393             <li>
3394               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3395               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3396               is enabled.
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3400               specific PDB id for sequence
3401             </li>
3402             <li>
3403               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3404               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3405               columns' is disabled.
3406             </li>
3407             <li>
3408               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3409               selects lowest rather than highest resolution structures
3410               for each sequence
3411             </li>
3412             <li>
3413               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3414               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3415             </li>
3416             <li>
3417               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3418               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3419             </li>
3420             <li>
3421               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3422               after clicking on it to create new annotation for a
3423               column.
3424             </li>
3425             <li>
3426               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3427               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3428             </li>
3429             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3430             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3431           </ul>
3432           <em>Applet</em>
3433           <ul>
3434             <li>
3435               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3436               hidden columns present before start of sequence
3437             </li>
3438             <li>
3439               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3440               (JSON jars)
3441             </li>
3442             <li>
3443               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3444               sequences are hidden in applet
3445             </li>
3446             <li>
3447               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3448               deployment on examples pages.
3449             </li>
3450           </ul>
3451         </div>
3452       </td>
3453     </tr>
3454     <tr>
3455       <td width="60" nowrap>
3456         <div align="center">
3457           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3458             <em>16/10/2015</em></strong>
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td><em>General</em>
3462         <ul>
3463           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3464             jars</li>
3465         </ul></td>
3466       <td>
3467         <div align="left">
3468           <em>Application</em>
3469           <ul>
3470             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3471               shown when tree is partitioned</li>
3472             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3473               multiple cDNA/Protein split views</li>
3474           </ul>
3475         </div>
3476       </td>
3477     </tr>
3478     <tr>
3479       <td width="60" nowrap>
3480         <div align="center">
3481           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3482             <em>8/10/2015</em></strong>
3483         </div>
3484       </td>
3485       <td><em>General</em>
3486         <ul>
3487           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3488             2.9</li>
3489         </ul> <em>Application</em>
3490         <ul>
3491           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3492           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3493           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3494         </ul> <em>Applet</em>
3495         <ul>
3496           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3497         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3498         <ul>
3499           <li>
3500             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3501             suite
3502           </li>
3503         </ul></td>
3504       <td>
3505         <div align="left">
3506           <em>General</em>
3507           <ul>
3508             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3509               incorrect when sequence start > 1</li>
3510             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3511               documentation</li>
3512             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3513             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3514               loading a features file containing HTML tags in feature
3515               description</li>
3516
3517           </ul>
3518           <em>Application</em>
3519           <ul>
3520             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3521               reimport</li>
3522             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3523               with 'trim retrieved sequences'</li>
3524             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3525               deleting selected columns</li>
3526             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3527               JNLP templates for webstart launch</li>
3528             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3529               unreleased structures for download or viewing</li>
3530             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3531               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3532             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3533               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3534             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3535               recovered from jalview project</li>
3536             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3537               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3538               alignment view</li>
3539             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3540               color schemes from BioJSON</li>
3541           </ul>
3542           <em>Applet</em>
3543           <ul>
3544             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3545               frame</li>
3546             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3547           </ul>
3548         </div>
3549       </td>
3550     </tr>
3551     <tr>
3552       <td><div align="center">
3553           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3554         </div></td>
3555       <td><em>General</em>
3556         <ul>
3557           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3558             alignments:
3559             <ul>
3560               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3561                 and DNA alignment views</li>
3562               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3563                 cDNA alignment views</li>
3564               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3565                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3566               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3567                 protein sequences</li>
3568             </ul>
3569           </li>
3570           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3571           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3572             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3573           <li>New alignment annotation file statements for
3574             reference sequences and marking hidden columns</li>
3575           <li>Reference sequence based alignment shading to
3576             highlight variation</li>
3577           <li>Select or hide columns according to alignment
3578             annotation</li>
3579           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3580           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3581             acid conservation row</li>
3582           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3583         </ul> <em>Application</em>
3584         <ul>
3585           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3586             <ul>
3587               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3588                 view with cDNA/Protein</li>
3589               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3590                 sequences are placed in the same alignment</li>
3591               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3592                 projects</li>
3593             </ul>
3594           </li>
3595
3596           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3597           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3598             Jalview windows</li>
3599
3600           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3601           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3602           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3603             be shown in VARNA</li>
3604
3605           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3606             as the active selected region</li>
3607
3608           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3609             similarity</li>
3610           <li>New Export options
3611             <ul>
3612               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3613                 region export in flat file generation</li>
3614
3615               <li>Export alignment views for display with the <a
3616                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3617
3618               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3619               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3620                 alignment figures to HTML</li>
3621           </li>
3622           <li>3D structure retrieval and display
3623             <ul>
3624               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3625                 Search API</li>
3626               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3627                 PDB structures for a sequence set</li>
3628             </ul>
3629           </li>
3630
3631           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3632             predictions</li>
3633           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3634             for one or a group of sequences</li>
3635           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3636             from the JPred4 web server</li>
3637           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3638             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3639             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3640           </li>
3641           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3642             VARNA 2D Structure'</li>
3643           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3644             Structure ..."</li>
3645
3646         </ul> <em>Applet</em>
3647         <ul>
3648           <li>New layout for applet example pages</li>
3649           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3650             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3651           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3652             Protein alignments</li>
3653         </ul> <em>Development and deployment</em>
3654         <ul>
3655           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3656           <li>Include installation type and git revision in build
3657             properties and console log output</li>
3658           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3659             storing BioJsMSA Templates</li>
3660           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3661         </ul></td>
3662       <td>
3663         <!-- <em>General</em>
3664         <ul>
3665         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3666         <ul>
3667           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3668           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3669           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3670             predictions are not highlighted in amber</li>
3671           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3672             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3673           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3674             associated structure views</li>
3675           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3676             width checkbox not enabled</li>
3677           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3678             creating user defined colours</li>
3679           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3680             mappings for just that viewer's sequences</li>
3681           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3682             multiple models in Chimera</li>
3683           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3684             over Jmol structure</li>
3685           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3686             output to text box</li>
3687           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3688             have incorrect sequence start/end</li>
3689           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3690             Jalview fails</li>
3691           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3692             work for nucleotide</li>
3693           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3694             to a grey/invisible alignment window</li>
3695           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3696             imports to different position</li>
3697           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3698             on some platforms</li>
3699           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3700             populated</li>
3701           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3702             console if Chimera has been opened</li>
3703           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3704           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3705             retrieved</li>
3706           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3707           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3708             either sequence shows on first structure</li>
3709           <li>'Show annotations' options should not make
3710             non-positional annotations visible</li>
3711           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3712             in right place after 'view flanking regions'</li>
3713           <li>File Save As type unset when current file format is
3714             unknown</li>
3715           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3716             projects</li>
3717           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3718             responsive</li>
3719           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3720             several views on same alignment</li>
3721           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3722           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3723             spaces</li>
3724         </ul> <em>Applet</em>
3725         <ul>
3726           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3727           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3728             descriptions containing angle brackets</li>
3729         </ul> <em>General</em>
3730         <ul>
3731           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3732             via jalview annotation file</li>
3733           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3734             with RNA secondary structure</li>
3735           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3736             translation doesn't work.</li>
3737           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3738           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3739             positions</li>
3740           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3741             choosing 1pt font</li>
3742           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3743             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3744             'h'</li>
3745           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3746             new feature</li>
3747           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3748             order dependent</li>
3749           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3750             sequences</li>
3751           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3752         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3753         <ul>
3754           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3755             www.jalview.org</li>
3756         </ul> <em>Application Known issues</em>
3757         <ul>
3758           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3759           <li>Misleading message appears after trying to delete
3760             solid column.</li>
3761           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3762             version launches</li>
3763           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3764             fails with a sequence mismatch</li>
3765           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3766             scrolling alignment to right</li>
3767           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3768             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3769           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3770             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3771           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3772             ultra-high resolution</li>
3773           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3774             quality and conservation</li>
3775           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3776             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3777         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3778         <ul>
3779           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3780           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3781             window is being resized</li>
3782
3783         </ul>
3784       </td>
3785     </tr>
3786     <tr>
3787       <td><div align="center">
3788           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3789         </div></td>
3790       <td><em>General</em>
3791         <ul>
3792           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3793             Certum.PL.</li>
3794           <li>Features and annotation preserved when performing
3795             pairwise alignment</li>
3796           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3797             imported/exported/displayed</li>
3798           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3799             protein secondary structure</li>
3800           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3801               post-hoc with 2.9 release</em>)
3802           </li>
3803
3804         </ul> <em>Application</em>
3805         <ul>
3806           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3807             with 3D structures</li>
3808           <li>Support for parsing RNAML</li>
3809           <li>Annotations menu for layout
3810             <ul>
3811               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3812               <li>place sequence annotation above/below alignment
3813                 annotation</li>
3814             </ul>
3815           <li>Output in Stockholm format</li>
3816           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3817             translation</li>
3818           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3819           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3820             shared between alignments</li>
3821           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3822             Jalview</li>
3823           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3824             all or current selection</li>
3825           <li>disorder and secondary structure predictions
3826             available as dataset annotation</li>
3827           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3828
3829
3830           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3831             alignments from Rfam</li>
3832           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3833
3834           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3835             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3836           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3837           <li>include installation type in build properties and
3838             console log output</li>
3839           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3840             annotation</li>
3841         </ul></td>
3842       <td>
3843         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3844         <ul>
3845           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3846             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3847           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3848             alignment</li>
3849           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3850           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3851           <li>Double click on sequence associated annotation
3852             selects only first column</li>
3853           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3854             leaves shown in tree</li>
3855           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3856             properly</li>
3857           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3858           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3859             screen and buttons not visible</li>
3860           <li>author list isn't updated if already written to
3861             Jalview properties</li>
3862           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3863             from database</li>
3864           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3865           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3866             browser search window</li>
3867           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3868             in feature settings dialog</li>
3869           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3870             desktop</li>
3871           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3872             pass validation</li>
3873           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3874             fit on screen</li>
3875           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3876             tooltip</li>
3877           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3878             defined user preset</li>
3879           <li>MSA web services warns user if they were launched
3880             with invalid input</li>
3881           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3882             Java 8</li>
3883           <li>
3884             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3885             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3886             created
3887           </li>
3888
3889         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3890         <ul>
3891         </ul> <em>General</em>
3892         <ul>
3893         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3894         <ul>
3895           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3896             memory allocation</li>
3897           <li>launchApp service doesn't automatically open
3898             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3899           <li>
3900             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3901             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3902             1.7_055 is available
3903           </li>
3904         </ul> <em>Application Known issues</em>
3905         <ul>
3906           <li>
3907             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3908             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3909             alignment to right
3910           </li>
3911           <li>
3912             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3913             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3914             with large number of ID
3915           </li>
3916           <li>
3917             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3918             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3919             start/end
3920           </li>
3921           <li>
3922             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3923             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3924             structure tracks are rearranged
3925           </li>
3926           <li>
3927             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3928             invalid rna structure positional highlighting does not
3929             highlight position of invalid base pairs
3930           </li>
3931           <li>
3932             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3933             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3934             project from alignment window file menu
3935           </li>
3936           <li>
3937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3938             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3939             structures
3940           </li>
3941           <li>
3942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3943             colour by RNA Helices not enabled when user created
3944             annotation added to alignment
3945           </li>
3946           <li>
3947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3948             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3949           </li>
3950         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3951         <ul>
3952           <li>
3953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3954             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3955           </li>
3956           <li>
3957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3958             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3959           </li>
3960
3961           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3962             when selected</li>
3963         </ul>
3964       </td>
3965     </tr>
3966     <tr>
3967       <td><div align="center">
3968           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3969         </div></td>
3970       <td>
3971         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3972         <em>General</em>
3973         <ul>
3974           <li>Internationalisation of user interface (usually
3975             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3976           <li>Define/Undefine group on current selection with
3977             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3978           <li>Improved group creation/removal options in
3979             alignment/sequence Popup menu</li>
3980           <li>Sensible precision for symbol distribution
3981             percentages shown in logo tooltip.</li>
3982           <li>Annotation panel height set according to amount of
3983             annotation when alignment first opened</li>
3984         </ul> <em>Application</em>
3985         <ul>
3986           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3987             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3988           <li>Select columns containing particular features from
3989             Feature Settings dialog</li>
3990           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3991             sequences</li>
3992           <li>Update Jalview project format:
3993             <ul>
3994               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3995               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3996                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3997               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3998                 colouring</li>
3999             </ul>
4000           </li>
4001           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4002             (PAM250)</li>
4003           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4004             flanking regions for an alignment</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007       <td>
4008         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4009         <ul>
4010           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4011             running after job is cancelled</li>
4012           <li>cannot export features from alignments imported from
4013             Jalview/VAMSAS projects</li>
4014           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4015             float values</li>
4016           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4017             have 'display all symbols' flag set</li>
4018           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4019             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4020           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4021             Jalview</li>
4022           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4023             Lion/Webstart</li>
4024           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4025           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4026           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4027             alignment onto desktop</li>
4028           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4029             'extract scores' function</li>
4030           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4031             alignment window</li>
4032           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4033             performing IUPred disorder prediction</li>
4034           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4035             changing 'normalise logo' display setting</li>
4036           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4037             nothing matches query</li>
4038           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4039             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4040           </li>
4041           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4042             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4043           </li>
4044           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4045             Jalview's menu</li>
4046           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4047             'invalid literal/length code'</li>
4048           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4049             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4050           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4051             colourscheme</li>
4052
4053         </ul> <em>Applet</em>
4054         <ul>
4055           <li>Remove group option is shown even when selection is
4056             not a group</li>
4057           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4058             don't affect groups</li>
4059           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4060             colourscheme name</li>
4061           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4062             Annotation panel is not displayed</li>
4063           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4064             embedded windows</li>
4065         </ul> <em>Other</em>
4066         <ul>
4067           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4068             single sequence were not calculated</li>
4069           <li>annotation files that contain only groups imported as
4070             annotation and junk sequences</li>
4071           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4072             recognised as PFAM or BLC</li>
4073           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4074             doesn't affect background (2.8.0b1)
4075           <li></li>
4076           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4077           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4078             trailing gaps</li>
4079           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4080             registered correctly on import</li>
4081           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4082             certain alignments</li>
4083           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4084             existing annotation based 'use original colours'
4085             colourscheme loses original colours setting</li>
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td><div align="center">
4091           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4092             <em>30/1/2014</em></strong>
4093         </div></td>
4094       <td>
4095         <ul>
4096           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4097             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4098             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4099             open source project).
4100           </li>
4101           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4102           <li>Output in Stockholm format</li>
4103           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4104           <li>Export/import group and sequence associated line
4105             graph thresholds</li>
4106           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4107             ambiguity codes</li>
4108           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4109             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4110             works</li>
4111           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4112         </ul> <em>Other improvements</em>
4113         <ul>
4114           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4115           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4116             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4117           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4118             files</li>
4119           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4120           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4121             link but no description</li>
4122           <li>Select primary source when selecting authority in
4123             database fetcher GUI</li>
4124           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4125             Jalview</li>
4126           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4127         </ul>
4128       </td>
4129       <td>
4130         <ul>
4131           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4132             displayed</li>
4133           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4134             secondary structure annotation line</li>
4135           <li>Sequence database accessions not imported when
4136             fetching alignments from Rfam</li>
4137           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4138             identical IDs</li>
4139           <li>View all structures does not always superpose
4140             structures</li>
4141           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4142             reflect user or preset settings</li>
4143           <li>Null pointer exceptions for some services without
4144             presets or adjustable parameters</li>
4145           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4146             discover PDB xRefs</li>
4147           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4148             features with DAS</li>
4149           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4150             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4151           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4152             residue follows a gap</li>
4153           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4154             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4155           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4156             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4157           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4158             annotation already exists on alignment</li>
4159           <li>oninit javascript function should be called after
4160             initialisation completes</li>
4161           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4162             alignment window display</li>
4163           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4164           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4165             to annotation file</li>
4166           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4167             groups created</li>
4168           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4169             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4170           <li>Pressing return several times causes Number Format
4171             exceptions in keyboard mode</li>
4172           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4173             correct partitions for input data</li>
4174           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4175           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4176           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4177           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4178             mode</li>
4179           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4180             changes one row&#39;s threshold</li>
4181           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4182             doesn&#39;t open</li>
4183           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4184             quality histograms</li>
4185         </ul>
4186       </td>
4187     </tr>
4188     <tr>
4189       <td><div align="center">
4190           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4191         </div></td>
4192       <td><em>Application</em>
4193         <ul>
4194           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4195             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4196           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4197             preferences</li>
4198           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4199             in Jalview alignment window</li>
4200           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4201             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4202           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4203             RNA and ambiguity codes</li>
4204
4205           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4206           <li>Support fetching and database reference look up
4207             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4208             refs')</li>
4209           <li>Jalview project improvements
4210             <ul>
4211               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4212                 flag for annotation</li>
4213               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4214                 alignment</li>
4215               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4216                 Jalview project</li>
4217
4218             </ul>
4219           </li>
4220           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4221           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4222             running</li>
4223           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4224           <li>visual indication that web service results are still
4225             being retrieved from server</li>
4226           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4227             starts up for first time</li>
4228           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4229             services</li>
4230           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4231             client library</li>
4232           <li>Examples directory and Groovy library included in
4233             InstallAnywhere distribution</li>
4234         </ul> <em>Applet</em>
4235         <ul>
4236           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4237             visualization applet example</li>
4238         </ul> <em>General</em>
4239         <ul>
4240           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4241           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4242             defaults</li>
4243           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4244             calculation</li>
4245           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4246             matrices
4247           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4248             in HTML</li>
4249           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4250             structure contacts</li>
4251           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4252           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4253           <li>Parse sequence associated secondary structure
4254             information in Stockholm files</li>
4255           <li>HTML Export database accessions and annotation
4256             information presented in tooltip for sequences</li>
4257           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4258             style RNA alignment files</li>
4259           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4260             alignment</li>
4261           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4262             shade each sequence according to its associated alignment
4263             annotation</li>
4264           <li>New Jalview Logo</li>
4265         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4266         <ul>
4267           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4268           <li>New Website!</li>
4269         </ul></td>
4270       <td><em>Application</em>
4271         <ul>
4272           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4273             wsdbfetch REST service</li>
4274           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4275           <li>Filetype associations not installed for webstart
4276             launch</li>
4277           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4278             job execution in full once it is complete</li>
4279           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4280             uploaded via ali_file parameter</li>
4281           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4282           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4283           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4284             submitted for prediction</li>
4285           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4286             desktop window</li>
4287           <li>Putting fractional value into integer text box in
4288             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4289           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4290             windows 7</li>
4291           <li>View all structures fails with exception shown in
4292             structure view</li>
4293           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4294             escaped in a platform independent way</li>
4295           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4296             using proxy</li>
4297           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4298             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4299           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4300             failure when java web start temporary file caching is
4301             disabled</li>
4302           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4303             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4304           <li>Errors during processing of command line arguments
4305             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4306           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4307             DAS sources in sequence fetcher</li>
4308           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4309             dialog is shown</li>
4310           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4311           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4312           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4313           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4314             on OSX Mountain Lion</li>
4315           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4316             sequences with alignment annotation are pasted into the
4317             alignment</li>
4318           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4319             when loaded from Jalview project</li>
4320           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4321           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4322             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4323           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4324             associated with all views</li>
4325           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4326             annotation rows to new window</li>
4327         </ul> <em>Applet</em>
4328         <ul>
4329           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4330             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4331           <li>loading features via javascript API automatically
4332             enables feature display</li>
4333           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4334             work</li>
4335         </ul> <em>General</em>
4336         <ul>
4337           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4338           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4339             and then deselected</li>
4340           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4341           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4342             coloured with clustalx</li>
4343           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4344             exceptions and redraw errors</li>
4345           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4346             reconfigured view</li>
4347           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4348             colour</li>
4349           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4350             for lots of labels</li>
4351         </ul>
4352     </tr>
4353     <tr>
4354       <td>
4355         <div align="center">
4356           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4357         </div>
4358       </td>
4359       <td><em>Application</em>
4360         <ul>
4361           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4362           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4363           <li>View/alignment association menu to enable user to
4364             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4365             its colours/correspondences from</li>
4366           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4367           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4368             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4369           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4370           <li>Annotation row column label formatting attributes
4371             stored in project file</li>
4372           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4373             rows preserved in Jalview project file</li>
4374           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4375             saved using Desktop window menu</li>
4376           <li>Visual indication that command line arguments are
4377             still being processed</li>
4378           <li>Groovy script execution from URL</li>
4379           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4380             preferences</li>
4381           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4382             alignment with sequences that have high similarity and
4383             matching IDs</li>
4384           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4385           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4386             structures in same window</li>
4387           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4388           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4389             analysis function in its own submenu</li>
4390         </ul> <em>Applet</em>
4391         <ul>
4392           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4393             groups</li>
4394           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4395           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4396           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4397           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4398           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4399             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4400           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4401           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4402             parameters are treated as such</li>
4403           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4404             <ul>
4405               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4406               <li>Javascript callbacks for
4407                 <ul>
4408                   <li>Applet initialisation</li>
4409                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4410                 </ul>
4411               </li>
4412               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4413                 functions</li>
4414               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4415               <li>javascript structure viewer harness to pass
4416                 messages between Jmol and Jalview when running as
4417                 distinct applets</li>
4418               <li>sortBy method</li>
4419               <li>Set of applet and application examples shipped
4420                 with documentation</li>
4421               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4422                 javascript message exchange</li>
4423             </ul>
4424         </ul> <em>General</em>
4425         <ul>
4426           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4427             multiple alignments</li>
4428           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4429           <li>User configurable link to enable redirects to a
4430             www.Jalview.org mirror</li>
4431           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4432           <li>Configurable newline string when writing alignment
4433             and other flat files</li>
4434           <li>Allow alignment annotation description lines to
4435             contain html tags</li>
4436         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4437         <ul>
4438           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4439             examples</li>
4440           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4441             using a web service before displaying the result in the
4442             Jalview desktop</li>
4443           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4444           <li>Ant target to publish example html files with applet
4445             archive</li>
4446           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4447           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4448         </ul></td>
4449       <td><em>Application</em>
4450         <ul>
4451           <li>User defined colourscheme throws exception when
4452             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4453           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4454             dialog for valid filename/format</li>
4455           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4456           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4457             P37173</li>
4458           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4459             which sequence is to be associated with the file</li>
4460           <li>Find All raises null pointer exception when query
4461             only matches sequence IDs</li>
4462           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4463           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4464             2.4 cannot be loaded</li>
4465           <li>Filetype associations not installed for webstart
4466             launch</li>
4467           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4468             with sequences in different alignments do not get coloured
4469             by their associated sequence</li>
4470           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4471             not preserved when project is loaded</li>
4472           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4473             stored in Jalview project</li>
4474           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4475             Jalview project</li>
4476           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4477           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4478             by conservation</li>
4479           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4480             created on new view</li>
4481           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4482             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4483           <li>Alignment quality not updated after alignment
4484             annotation row is hidden then shown</li>
4485           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4486             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4487           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4488             properly</li>
4489           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4490             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4491           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4492           <li>Structures imported from file and saved in project
4493             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4494           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4495             job execution in full once it is complete</li>
4496         </ul> <em>Applet</em>
4497         <ul>
4498           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4499             annotation rows are displayed</li>
4500           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4501             codebase</li>
4502           <li>View follows highlighting does not work for positions
4503             in sequences</li>
4504           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4505           <li>Export features raises exception when no features
4506             exist</li>
4507           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4508             for javascript api is modified when separator string
4509             provided as parameter</li>
4510           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4511             alignment with no existing selection</li>
4512           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4513             to applet&#39;s codebase</li>
4514           <li>Status bar not updated after finished searching and
4515             search wraps around to first result</li>
4516           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4517             several Jalview applets causes race conditions and memory
4518             leaks</li>
4519           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4520             not sent from Jmol in applet</li>
4521           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4522             applet API fatally hang browser</li>
4523         </ul> <em>General</em>
4524         <ul>
4525           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4526             position with wrapped view and hidden regions</li>
4527           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4528             with/without hidden columns</li>
4529           <li>Sequence length given in alignment properties window
4530             is off by 1</li>
4531           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4532             import PDB like structure files</li>
4533           <li>Positional search results are only highlighted
4534             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4535           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4536           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4537             given sequence position</li>
4538           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4539             output</li>
4540           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4541             from nucleotide chains correctly</li>
4542           <li>Structure colours not updated when tree partition
4543             changed in alignment</li>
4544           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4545             parsed in interleaved stockholm</li>
4546           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4547             state</li>
4548           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4549             properly</li>
4550           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4551             properly associated with their pdb files</li>
4552         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4553         <ul>
4554           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4555             ApplyCopyright tool</li>
4556         </ul></td>
4557     </tr>
4558     <tr>
4559       <td>
4560         <div align="center">
4561           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4562         </div>
4563       </td>
4564       <td><em>Application</em>
4565         <ul>
4566           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4567             contact web services</li>
4568           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4569             service job window</li>
4570           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4571         </ul></td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4575             pir file emitted by Jalview</li>
4576           <li>Existing feature settings transferred to new
4577             alignment view created from cut'n'paste</li>
4578           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4579             parsing PDB files</li>
4580           <li>Consensus and conservation annotation rows
4581             occasionally become blank for all new windows</li>
4582           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4583             in wrapped view mode</li>
4584         </ul> <em>Application</em>
4585         <ul>
4586           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4587             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4588           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4589             parameter names</li>
4590           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4591             is down</li>
4592         </ul>
4593       </td>
4594     </tr>
4595     <tr>
4596       <td>
4597         <div align="center">
4598           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4599         </div>
4600       </td>
4601       <td><em>Application</em>
4602         <ul>
4603           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4604             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4605             (JABAWS)
4606           </li>
4607           <li>Web Services preference tab</li>
4608           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4609             preferences</li>
4610           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4611           <li>Superpose structures using associated sequence
4612             alignment</li>
4613           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4614             viewer</li>
4615         </ul> <em>Applet</em>
4616         <ul>
4617           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4618             link out mechanism</li>
4619         </ul> <em>Other</em>
4620         <ul>
4621           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4622             series 12</li>
4623           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4624             require Java 1.5</li>
4625           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4626             sequence annotation files</li>
4627           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4628             type colour specification</li>
4629           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4630             script to check if it being run in an interactive session or
4631             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4632         </ul></td>
4633       <td>
4634         <ul>
4635           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4636             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4637         </ul> <em>Application</em>
4638         <ul>
4639           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4640             selected Regions menu item</li>
4641           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4642             part of a valid accession ID</li>
4643           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4644             runs out of memory</li>
4645           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4646             analysis results</li>
4647           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4648             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4649           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4650         </ul> <em>Applet</em>
4651         <ul>
4652           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4653             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4654             defined.</li>
4655         </ul>
4656       </td>
4657     </tr>
4658     <tr>
4659       <td>
4660         <div align="center">
4661           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4662         </div>
4663       </td>
4664       <td></td>
4665       <td>
4666         <ul>
4667           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4668             sequence IDs</li>
4669           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4670             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4671           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4672             import correctly</li>
4673           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4674             number of columns are hidden</li>
4675           <li>annotation label popup menu not providing correct
4676             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4677             present</li>
4678           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4679             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4680           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4681             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4682
4683         </ul> <em>Applet</em>
4684         <ul>
4685           <li>annotation panel disappears when annotation is
4686             hidden/removed</li>
4687         </ul> <em>Application</em>
4688         <ul>
4689           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4690             alignment opened where annotation panel is visible but no
4691             annotations are present on alignment</li>
4692           <li>pasted region containing hidden columns is
4693             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4694           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4695             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4696           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4697             selected Rregions menu item.</li>
4698           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4699             'Un' or 'Non'conserved</li>
4700           <li>Sequence feature settings are being shared by
4701             multiple distinct alignments</li>
4702           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4703             changed</li>
4704           <li>double click on group annotation to select sequences
4705             does not propagate to associated trees</li>
4706           <li>Mac OSX specific issues:
4707             <ul>
4708               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4709                 window background</li>
4710               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4711                 name set correctly</li>
4712               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4713                 save feature colourscheme button</li>
4714             </ul>
4715           </li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718     </tr>
4719     <tr>
4720
4721       <td>
4722         <div align="center">
4723           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4724         </div>
4725       </td>
4726       <td><em>New Capabilities</em>
4727         <ul>
4728           <li>URL links generated from description line for
4729             regular-expression based URL links (applet and application)
4730
4731
4732           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4733             menu</li>
4734           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4735             structures</li>
4736           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4737             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4738           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4739             average score or total feature count for each sequence.</li>
4740           <li>Shading features by score or associated description</li>
4741           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4742             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4743           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4744             hide everything but the currently selected region.</li>
4745           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4746         </ul> <em>Application</em>
4747         <ul>
4748           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4749             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4750           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4751             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4752           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4753             database references and protein_name is parsed as
4754             description line (BioSapiens terms).</li>
4755           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4756             references in sequence ID tooltip from View menu in
4757             application.</li>
4758           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4759       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4760           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4761             conservation plots</li>
4762           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4763             and visualized as sequence logos</li>
4764           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4765             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4766           </li>
4767           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4768             when a new tree is opened.</li>
4769           <li>Jalview Java Console</li>
4770           <li>Better placement of desktop window when moving
4771             between different screens.</li>
4772           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4773             consensus annotation</li>
4774           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4775             Workflows</li>
4776           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4777             <ul>
4778               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4779                 used to preserve views, structures, and tree display
4780                 settings)</li>
4781               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4782                 command line</li>
4783               <li>Sharing of selected regions between views and
4784                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4785               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4786             </ul></li>
4787         </ul> <em>Applet</em>
4788         <ul>
4789           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4790           <li>New Parameters
4791             <ul>
4792               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4793                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4794                 opened.</li>
4795               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4796                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4797               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4798                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4799               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4800                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4801                 view</li>
4802               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4803                 increase the height or width of a cell in the alignment
4804                 grid relative to the current font size.</li>
4805             </ul>
4806           </li>
4807           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4808             tooltip</li>
4809         </ul> <em>Other</em>
4810         <ul>
4811           <li>Features format: graduated colour definitions and
4812             specification of feature scores</li>
4813           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4814             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4815             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4816           <li>XML formats extended to support graduated feature
4817             colourschemes, group associated annotation, and profile
4818             visualization settings.</li></td>
4819       <td>
4820         <ul>
4821           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4822             rather than description</li>
4823           <li>Non-positional features are now included in sequence
4824             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4825             visibility in tooltip).</li>
4826           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4827           <li>Added URL embedding instructions to features file
4828             documentation.</li>
4829           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4830             'X' in peptide product</li>
4831           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4832             sequence ID and sequence string and query strings do not
4833             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4834           <li>AMSA files only contain first column of
4835             multi-character column annotation labels</li>
4836           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4837             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4838             exported and re-imported)</li>
4839           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4840             name</li>
4841           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4842             as subsequence matches, and correctly reports total number
4843             of both.</li>
4844           <li>Application:
4845             <ul>
4846               <li>Better handling of exceptions during sequence
4847                 retrieval</li>
4848               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4849                 link text excludes the start_end suffix</li>
4850               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4851                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4852               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4853               <li>Sequence description lines properly shared via
4854                 VAMSAS</li>
4855               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4856                 data sources</li>
4857               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4858                 completes before alignment figures are generated.</li>
4859               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4860                 first time.</li>
4861               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4862                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4863               <li>User defined group colours properly recovered
4864                 from Jalview projects.</li>
4865             </ul>
4866           </li>
4867         </ul>
4868       </td>
4869
4870     </tr>
4871     <tr>
4872       <td>
4873         <div align="center">
4874           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4875         </div>
4876       </td>
4877       <td>
4878         <ul>
4879           <li>Experimental support for google analytics usage
4880             tracking.</li>
4881           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884       <td>
4885         <ul>
4886           <li>Race condition in applet preventing startup in
4887             jre1.6.0u12+.</li>
4888           <li>Exception when feature created from selection beyond
4889             length of sequence.</li>
4890           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4891           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4892             all sequences with a given id</li>
4893           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4894             ID string searches</li>
4895           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4896             alignment to fail with exception</li>
4897         </ul> <em>Application Issues</em>
4898         <ul>
4899           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4900           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4901             data sources</li>
4902         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4903         <ul>
4904           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4905             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4906           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4907             version (java class versioning error fixed)</li>
4908         </ul>
4909       </td>
4910     </tr>
4911     <tr>
4912       <td>
4913
4914         <div align="center">
4915           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4916         </div>
4917       </td>
4918       <td><em>User Interface</em>
4919         <ul>
4920           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4921             translation and protein products</li>
4922           <li>Linked highlighting of structure associated with
4923             residue mapping to codon position</li>
4924           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4925             and 'clear' button</li>
4926           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4927             Tools menu</li>
4928           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4929             numeric data in description line</li>
4930           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4931           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4932             of sequence</li>
4933         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4934         <ul>
4935           <li>JPred3 web service</li>
4936           <li>Prototype sequence search client (no public services
4937             available yet)</li>
4938           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4939             PFAM</li>
4940           <li>URL Links created for matching database cross
4941             references as well as sequence ID</li>
4942           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4943         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4944         <ul>
4945           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4946             databases</li>
4947           <li>Generalised database reference retrieval and
4948             validation to all fetchable databases</li>
4949           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4950             sequence command</li>
4951         </ul> <em>Import and Export</em>
4952         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4953         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4954           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4955         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4956           File</li>
4957         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4958           triplet as name of colourscheme</li>
4959         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4960         <ul>
4961           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4962           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4963             alignments (experimental)</li>
4964           <li>Create new or select existing session to join</li>
4965           <li>load and save of vamsas documents</li>
4966         </ul> <em>Application command line</em>
4967         <ul>
4968           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4969             from applet)</li>
4970           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4971             of DAS servers to query for alignment features</li>
4972           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4973             that are also automatically queried for features</li>
4974           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4975             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4976         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4977         <ul>
4978           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4979             application (when using &quot;View in full
4980             application&quot;)</li>
4981         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4982         <ul>
4983           <li>feature group display control parameter</li>
4984           <li>debug parameter</li>
4985           <li>showbutton parameter</li>
4986         </ul> <em>Applet API methods</em>
4987         <ul>
4988           <li>newView public method</li>
4989           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4990           <li>Feature display control methods</li>
4991           <li>get list of currently selected sequences</li>
4992         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4993         <ul>
4994           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4995           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4996             Jalview release.</li>
4997           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4998             property controls execution of obfuscator</li>
4999           <li>Build target for generating source distribution</li>
5000           <li>Debug flag for javacc</li>
5001           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5002             jalview.bin.Cache</li>
5003           <li>Continuous Build Integration for stable and
5004             development version of Application, Applet and source
5005             distribution</li>
5006         </ul></td>
5007       <td>
5008         <ul>
5009           <li>selected region output includes visible annotations
5010             (for certain formats)</li>
5011           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5012             for editing</li>
5013           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5014           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5015           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5016           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5017             comments</li>
5018           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5019             filenames containing a ':'</li>
5020           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5021             global sequence features</li>
5022           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5023             references from alignment sequences goes to zero</li>
5024           <li>Close of tree branch colour box without colour
5025             selection causes cascading exceptions</li>
5026           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5027           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5028             file parsing fails.</li>
5029           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5030           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5031             not a valid output format</li>
5032           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5033             vamsas</li>
5034           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5035           <li>error messages passed up and output when data read
5036             fails</li>
5037           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5038             sequence is edited</li>
5039           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5040             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5041           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5042             filetype</li>
5043           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5044             import fixed for PFAM records</li>
5045           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5046             window list</li>
5047           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5048             can be read and written correctly to annotation file</li>
5049           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5050             correctly</li>
5051           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5052             non-italic font for representatives in Applet</li>
5053           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5054             Macs.</li>
5055           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5056             Applet)</li>
5057           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5058             due to null pointer exceptions</li>
5059           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5060             first column of alignment</li>
5061           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5062             July 2008</li>
5063           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5064             file is case-insensitive</li>
5065           <li>Sequence features read from Features file appended to
5066             all sequences with matching IDs</li>
5067           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5068             containing a sub-sequence</li>
5069           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5070           <li>feature and annotation file applet parameters
5071             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5072           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5073           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5074             splash-screen version check to complete</li>
5075           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5076             when passing them to the launchApp service</li>
5077           <li>display name and local features preserved in results
5078             retrieved from web service</li>
5079           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5080             sequence fetcher initialisation</li>
5081           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5082             dasobert DAS client</li>
5083           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5084             association</li>
5085           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5086             sequences
5087           </li>
5088         </ul>
5089       </td>
5090     </tr>
5091     <tr>
5092       <td>
5093         <div align="center">
5094           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5095         </div>
5096       </td>
5097       <td>
5098         <ul>
5099           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5100           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5101           <li>Slide sequences</li>
5102           <li>Edit sequence in place</li>
5103           <li>EMBL CDS features</li>
5104           <li>DAS Feature mapping</li>
5105           <li>Feature ordering</li>
5106           <li>Alignment Properties</li>
5107           <li>Annotation Scores</li>
5108           <li>Sort by scores</li>
5109           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5110         </ul>
5111       </td>
5112       <td>
5113         <ul>
5114           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5115           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5116           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5117           <li>Feature group display state in XML</li>
5118           <li>Feature ordering in XML</li>
5119           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5120           <li>Stockholm alignment properties</li>
5121           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5122           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5123           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5124           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5125         </ul>
5126       </td>
5127
5128     </tr>
5129     <tr>
5130       <td>
5131         <div align="center">
5132           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5133         </div>
5134       </td>
5135       <td>
5136         <ul>
5137           <li>Non standard characters can be read and displayed
5138           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5139             applet via textbox
5140           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5141             name &amp; description
5142           <li>Preference setting to display sequence name in
5143             italics
5144           <li>Annotation file format extended to allow
5145             Sequence_groups to be defined
5146           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5147             specified in preferences
5148           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5149             sequences
5150         </ul>
5151       </td>
5152       <td>
5153         <ul>
5154           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5155             installed
5156           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5157           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5158         </ul>
5159       </td>
5160     </tr>
5161     <tr>
5162       <td>
5163         <div align="center">
5164           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5165         </div>
5166       </td>
5167       <td>
5168         <ul>
5169           <li>Multiple views on alignment
5170           <li>Sequence feature editing
5171           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5172           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5173           <li>Background dependent text colour
5174           <li>Right align sequence ids
5175           <li>User-defined lower case residue colours
5176           <li>Format Menu
5177           <li>Select Menu
5178           <li>Menu item accelerator keys
5179           <li>Control-V pastes to current alignment
5180           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5181           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5182           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5183
5184
5185           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5186         </ul>
5187       </td>
5188       <td>
5189         <ul>
5190           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5191           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5192             calculations
5193           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5194             edits
5195           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5196             of alignment)
5197           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5198
5199
5200           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5201             display correctly
5202           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5203           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5204             analysis results
5205           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5206             &#8739;
5207           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5208           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5209           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5210
5211
5212         </ul>
5213       </td>
5214     </tr>
5215     <tr>
5216       <td>
5217         <div align="center">
5218           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5219         </div>
5220       </td>
5221       <td>
5222         <ul>
5223           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5224         </ul>
5225       </td>
5226       <td>
5227         <ul>
5228           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5229             sequence id panel has been resized</li>
5230           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5231             rendered</li>
5232           <li>Annotation files with sequence references - all
5233             elements in file are relative to sequence position</li>
5234           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5235         </ul>
5236       </td>
5237     </tr>
5238     <tr>
5239       <td>
5240         <div align="center">
5241           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5242         </div>
5243       </td>
5244       <td>
5245         <ul>
5246           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5247           <li>DAS Feature fetching</li>
5248           <li>Hide sequences and columns</li>
5249           <li>Export Annotations and Features</li>
5250           <li>GFF file reading / writing</li>
5251           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5252             files</li>
5253           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5254           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5255           <li>Applet can launch the full application</li>
5256           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5257             required)</li>
5258           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5259           <li>Applet can load sequences from parameter
5260             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5261           </li>
5262         </ul>
5263       </td>
5264       <td>
5265         <ul>
5266           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5267           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5268           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5269         </ul>
5270       </td>
5271     </tr>
5272     <tr>
5273       <td>
5274         <div align="center">
5275           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5276         </div>
5277       </td>
5278       <td>
5279         <ul>
5280           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5281           <li>Choose to match case when searching</li>
5282           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5283             expand the visible width and height of the alignment</li>
5284         </ul>
5285       </td>
5286       <td>
5287         <ul>
5288           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5289         </ul>
5290       </td>
5291     </tr>
5292     <tr>
5293       <td>
5294         <div align="center">
5295           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5296         </div>
5297       </td>
5298       <td>&nbsp;</td>
5299       <td>
5300         <ul>
5301           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5302           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5303             value</li>
5304         </ul>
5305       </td>
5306     </tr>
5307     <tr>
5308       <td>
5309         <div align="center">
5310           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5311         </div>
5312       </td>
5313       <td>
5314         <ul>
5315           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5316           <li>Keyboard editing</li>
5317           <li>Create sequence features from searches</li>
5318           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5319             alignments</li>
5320           <li>Features file allows grouping of features</li>
5321           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5322           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5323           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5324         </ul>
5325       </td>
5326       <td>
5327         <ul>
5328           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5329           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5330             descriptions saved.</li>
5331         </ul>
5332       </td>
5333     </tr>
5334     <tr>
5335       <td>
5336         <div align="center">
5337           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5338         </div>
5339       </td>
5340       <td>
5341         <ul>
5342           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5343           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5344           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5345             name for file output</li>
5346           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5347           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5348             used for HTML form input</li>
5349         </ul>
5350       </td>
5351       <td>
5352         <ul>
5353           <li>HTML output writes groups and features</li>
5354           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5355           <li>File IO bugs</li>
5356         </ul>
5357       </td>
5358     </tr>
5359     <tr>
5360       <td>
5361         <div align="center">
5362           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5363         </div>
5364       </td>
5365       <td>
5366         <ul>
5367           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5368           <li>More options for PCA viewer</li>
5369         </ul>
5370       </td>
5371       <td>
5372         <ul>
5373           <li>GUI bugs resolved</li>
5374           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5375         </ul>
5376       </td>
5377     </tr>
5378     <tr>
5379       <td height="63">
5380         <div align="center">
5381           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5382         </div>
5383       </td>
5384       <td>
5385         <ul>
5386           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5387           <li>Jar files are executable</li>
5388           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5389         </ul>
5390       </td>
5391       <td>
5392         <ul>
5393           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5394           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5395           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5396         </ul>
5397       </td>
5398     </tr>
5399     <tr>
5400       <td>
5401         <div align="center">
5402           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5403         </div>
5404       </td>
5405       <td>
5406         <ul>
5407           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5408         </ul>
5409       </td>
5410       <td>
5411         <ul>
5412           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5413         </ul>
5414       </td>
5415     </tr>
5416     <tr>
5417       <td>
5418         <div align="center">
5419           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5420         </div>
5421       </td>
5422       <td>
5423         <ul>
5424           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5425             size</li>
5426         </ul>
5427       </td>
5428       <td>
5429         <ul>
5430           <li>Improved JPred client reliability</li>
5431           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5432         </ul>
5433       </td>
5434     </tr>
5435     <tr>
5436       <td>
5437         <div align="center">
5438           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5439         </div>
5440       </td>
5441       <td>
5442         <ul>
5443           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5444           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5445           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5446             to Colour Menu</li>
5447           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5448           <li>Unix users can set default web browser</li>
5449           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5450           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5451         </ul>
5452       </td>
5453       <td>
5454         <ul>
5455           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5456         </ul>
5457       </td>
5458     </tr>
5459     <tr>
5460       <td>
5461         <div align="center">
5462           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5463         </div>
5464       </td>
5465       <td>&nbsp;</td>
5466       <td>
5467         <ul>
5468           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5469             alignment order.</li>
5470         </ul>
5471       </td>
5472     </tr>
5473     <tr>
5474       <td>
5475         <div align="center">
5476           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5477         </div>
5478       </td>
5479       <td>
5480         <ul>
5481           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5482           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5483           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5484             annotations.</li>
5485           <li>Version and build date written to build properties
5486             file.</li>
5487           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5488             at launch of Jalview.</li>
5489         </ul>
5490       </td>
5491       <td>
5492         <ul>
5493           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5494           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5495           <li>Can remove groups one by one.</li>
5496           <li>Filechooser icons installed.</li>
5497           <li>Finder ignores return character when searching.
5498             Return key will initiate a search.<br>
5499           </li>
5500         </ul>
5501       </td>
5502     </tr>
5503     <tr>
5504       <td>
5505         <div align="center">
5506           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5507         </div>
5508       </td>
5509       <td>
5510         <ul>
5511           <li>New codebase</li>
5512         </ul>
5513       </td>
5514       <td>&nbsp;</td>
5515     </tr>
5516   </table>
5517   <p>&nbsp;</p>
5518 </body>
5519 </html>