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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>16/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- -->
  66           </li>
  67         </ul> <em>Release processes</em>
  68         <ul>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  71           </li>
  72         </ul> <em>Build System</em>
  73         <ul>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
  79             report
  80           </li>
  81         </ul> <em>Deprecations</em>
  82       </td>
  83       <td align="left" valign="top">
  84         <ul>
  85           <li>
  86             <!-- -->
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- -->
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
  93             wrapped alignment figure with annotations
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
  97             ID fails with ClassCastException
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 101             Project
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 105             feature settings dialog also selects columns
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 109             IllegalArgumentException in some circumstances
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 113             help documentation for 2.11.0 release
 114           </li>
 115         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 116         <ul>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 119           </li>
 120         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 121         <ul>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 124             repository
 125           </li>
 126         </ul>
 127         <em>New Known Issues</em>
 128         <ul>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 131             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 132             command line
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 136             clipped in headless figure export when Right Align option
 137             enabled
 138           </li>
 139         </ul>
 140       </td>
 141     </tr>
 142     <tr>
 143       <td width="60" align="center" nowrap>
 144           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 145             <em>04/07/2019</em></strong>
 146       </td>
 147       <td align="left" valign="top">
 148         <ul>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 151             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 152             source project) rather than InstallAnywhere
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 156             settings, receive over the air updates and launch specific
 157             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 158               Rings' GetDown</a>)
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 162             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 166             arguments and switch between different getdown channels
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 170             or alignment files
 171           </li>
 172
 173           <li>
 174             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 175             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 178             'Translate as cDNA'</li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 181           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 182             <ul>
 183                       <li>
 184             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 185             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 186           <li>
 187                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 188                 features can be filtered and shaded according to any
 189                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 190                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 191                 file)
 192               </li>
 193               <li>
 194                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 195                 stored and restored from Jalview Projects
 196               </li>
 197               <li>
 198                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 199                 recognise variant features
 200               </li>
 201               <li>
 202                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 203                 sequences (also coloured red by default)
 204               </li>
 205               <li>
 206                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 207                 details
 208               </li>
 209               <li>
 210                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 211                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 212               </li>
 213               <li>
 214                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 215                 dialog
 216               </li>
 217             </ul>
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 221             tree and PCA calculations
 222           </li>
 223           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 224             <ul>
 225               <li>
 226                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 227                 and Viewer state saved in Jalview Project
 228               </li>
 229               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 230                 drop-down menus</li>
 231               <li>
 232                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 233                 incrementally
 234               </li>
 235               <li>
 236                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 237               </li>
 238             </ul>
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 242           </li>
 243           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 244           <ul>
 245               <li>
 246                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 247                 multiple groups when working with large alignments
 248               </li>
 249               <li>
 250                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 251                 Stockholm files
 252               </li>
 253             </ul>
 254           <li><strong>User Interface</strong>
 255           <ul>
 256               <li>
 257                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 258                 view
 259               </li>
 260               <li>
 261                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 262                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 263                 default (can be changed in user preferences)
 264               </li>
 265               <li>
 266                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 267                 to the Overwrite Dialog
 268               </li>
 269               <li>
 270                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 271                 sequences are hidden
 272               </li>
 273               <li>
 274                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 275                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 276               </li>
 277               <li>
 278                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 279                 labels
 280               </li>
 281               <li>
 282                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 283                 when in wrapped mode
 284               </li>
 285               <li>
 286                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 287                 annotation
 288               </li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 291               </li>
 292               <li>
 293                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 294                 panel
 295               </li>
 296               <li>
 297                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 298                 popup menu
 299               </li>
 300               <li>
 301               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 302               <li>
 303               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 304
 305
 306             </ul></li>
 307             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 308           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 309             <ul>
 310               <li>
 311                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 312                 trapping CMD-Q
 313               </li>
 314             </ul></li>
 315         </ul>
 316         <em>Deprecations</em>
 317         <ul>
 318           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 319             capabilities removed from the Jalview Desktop
 320           </li>
 321           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 322             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 323             and XML based data retrieval clients</li>
 324           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 325           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 326         </ul> <em>Documentation</em>
 327         <ul>
 328           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 329             not supported in EPS figure export
 330           </li>
 331           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 332         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 333         <ul>
 334           <li>
 335           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 336           </li>
 337       <li>
 338       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 339           <li>
 340           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 341             gradle-eclipse
 342           </li>
 343           <li>
 344           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 345             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 346             execution
 347           </li>
 348           <li>
 349           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 350             operations
 351           </li>
 352           <li>
 353           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 354             issues resolved
 355           </li>
 356           <li>
 357           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 358             markdown (with HTML rendering)
 359           </li>
 360           <li>
 361           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 362           </li>
 363           <li>
 364           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 365             versions of Jalview
 366           </li>
 367         </ul>
 368       </td>
 369       <td align="left" valign="top">
 370         <ul>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 376             superposition in Jmol fail on Windows
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 380             structures for sequences with lots of PDB structures
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 384             monospaced font
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 388             project involving multiple views
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 392             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 393             Annotation dialog hides columns
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 397             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 398             one view, then making another selection in the other view
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 402             columns
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 406             Settings and Jalview Preferences panels
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 410             overview with large alignments
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 414             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 415             mouse moved to the left of the first column
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 419             hidden column marker via scale popup menu
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 423             doesn't tell users the invalid URL
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 427             score from view
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 431             show cross references or Fetch Database References are shown in
 432             red in original view
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 436             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 440             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 444             when columns are hidden
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 448             Columns by Annotation description
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 452             out of Scale or Annotation Panel
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 456             scale panel
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 460             alignment down
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 464             scale panel
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 468             Page Up in wrapped mode
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 478             on opening an alignment
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 482             Colour menu
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 486             different groups in the alignment are selected
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 490             correctly in menu
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 494             threshold limit
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 498             threshold gets 'unrounded'
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 502             colour
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 512             Tree font
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 516             project file
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 520             shown in complementary view
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 524             without normalisation
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 528             of report
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 532           </li>
 533           <li>
 534           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 535           </li>
 536         </ul> <em>Editing</em>
 537         <ul>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 540             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 541             sequence
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 545             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 546             removed (Known defect since 2.10)
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 550             dialog corrupts dataset sequence
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 554             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 555           </li>
 556         </ul> <em>Datamodel</em>
 557         <ul>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 560             sequence's End is greater than its length
 561           </li>
 562         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 563           general release)</em>
 564         <ul>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 567           </li>
 568         </ul> <em>New Known Defects</em>
 569         <ul>
 570         <li>
 571         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 572         </li>
 573         <li>
 574           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 575           regions of protein alignment.
 576         </li>
 577         <li>
 578           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 579           is restored from a Jalview 2.11 project
 580         </li>
 581         <li>
 582           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 583           'New View'
 584         </li>
 585         <li>
 586           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 587           columns within hidden columns
 588         </li>
 589         <li>
 590           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 591           window after dragging left to select columns to left of visible
 592           region
 593         </li>
 594         <li>
 595           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 596           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 597           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 598           create a Score filter instead.
 599         </li>
 600         <li>
 601         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 602         <li>
 603         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 604         </li>
 605         <li>
 606           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 607           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 608         </li>
 609         </ul>
 610         <em>Java 11 Specific defects</em>
 611           <ul>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 614               alphabetically when saved
 615             </li>
 616         </ul>
 617       </td>
 618     </tr>
 619     <tr>
 620     <td width="60" nowrap>
 621       <div align="center">
 622         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 623       </div>
 624     </td>
 625     <td><div align="left">
 626         <em></em>
 627         <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 630               InstallAnywhere increased to 1G.
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 634               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 635               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 636                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 637                 properties file.</em>
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 641               API and sequence data now imported as JSON.
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 645               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 646               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 647               property.
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Development</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 654               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 655                 Clover</a>
 656             </li>
 657           </ul>
 658         </div></td>
 659     <td><div align="left">
 660         <em></em>
 661         <ul>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 664               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 665               alignment.
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 669               annotation displayed.
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 673               for newly created group when 'Apply to all groups'
 674               selected
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 678               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 679               visible.
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 683               when sequences are selected in exported view.</em>
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 687               aren't rendered with correct colour.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 691               types of knotted RNA secondary structure.
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 695               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 696               do not start at 1.
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 700               annotation when columns are inserted into an alignment,
 701               and when exporting as Stockholm flatfile.
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 705               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 706               treated as RNA secondary structure.
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 710               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 714               transfers focus to previous window on OSX
 715             </li>
 716           </ul>
 717           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 718           <ul>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 721               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 722               box.
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 726               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 727               'look and feel' which has improved compatibility with the
 728               latest version of OSX.
 729             </li>
 730           </ul>
 731         </div>
 732     </td>
 733     </tr>
 734     <tr>
 735       <td width="60" nowrap>
 736         <div align="center">
 737           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 738             <em>7/06/2018</em></strong>
 739         </div>
 740       </td>
 741       <td><div align="left">
 742           <em></em>
 743           <ul>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 746               annotation retrieved from Uniprot
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 750               onto the Jalview Desktop
 751             </li>
 752           </ul>
 753         </div></td>
 754       <td><div align="left">
 755           <em></em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 759               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 763               right-hand column parsed correctly
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 767               not alignment area in exported graphic
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 771               window has input focus
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 775               annotation added to view (Windows)
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 779               network connectivity is poor
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 783               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 784                 the currently open URL and links from a page viewed in
 785                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 786                 you are using Edge, only links in the page can be
 787                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 788                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 789             </li>
 790           </ul>
 791           <em>New Known Defects</em>
 792           <ul>
 793             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 794           </ul>
 795         </div></td>
 796     </tr>
 797     <tr>
 798       <td width="60" nowrap>
 799         <div align="center">
 800           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 801         </div>
 802       </td>
 803       <td><div align="left">
 804           <em></em>
 805           <ul>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 808               for disabling automatic superposition of multiple
 809               structures and open structures in existing views
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 813               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 814               adjust them.
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 818               Ensembl services
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 822               and lots of hidden columns
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 826               of features (particularly when transparency is disabled)
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 830               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 831               generally available
 832             </li>
 833           </ul>
 834           </div>
 835       </td>
 836       <td><div align="left">
 837           <ul>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 840               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 844               overlapping alignment panel
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 848               sequence as gaps
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 852               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 853               UTR
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 857               factor annotation not added to sequence when local PDB
 858               file associated with it by drag'n'drop or structure
 859               chooser
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 863               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 867               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 871               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 875               columns in annotation row
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 879               honored in batch mode
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 883               for structures added to existing Jmol view
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 887               entries after importing project with multiple views
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 891               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 892               with negative residue numbers or missing residues fails
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 896               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 897               as generated by CONSURF)
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 901               tooltip doesn't include a text description of mutation
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 905               structure and/or overview windows are also shown
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 909               very slow for alignments with large numbers of sequences
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 913               with 'StringIndexOutOfBounds'
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 917               platforms running Java 10
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 921               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 922             </li>
 923           </ul>
 924           <em>Applet</em>
 925           <ul>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 928               should copy the group consensus when popup is opened on it
 929             </li>
 930           </ul>
 931           <em>Batch Mode</em>
 932           <ul>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 935           </li>
 936           </ul>
 937           <em>New Known Defects</em>
 938           <ul>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 941               editing a large alignment and overview is displayed
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 945               repeatedly after a series of edits even when the overview
 946               is no longer reflecting updates
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 950               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 951               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 952               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 956               option gives blank output
 957             </li>
 958           </ul>
 959         </div>
 960           </td>
 961     </tr>
 962     <tr>
 963       <td width="60" nowrap>
 964         <div align="center">
 965           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 966         </div>
 967       </td>
 968       <td><div align="left">
 969           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 970               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 971       <td><div align="left">
 972           <em>Desktop</em><ul>
 973           <ul>
 974             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 975             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 976             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 977             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 978             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 979             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 980             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 981           </ul>
 982           </div>
 983       </td>
 984     </tr>
 985     <tr>
 986       <td width="60" nowrap>
 987         <div align="center">
 988           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 989         </div>
 990       </td>
 991       <td><div align="left">
 992           <em></em>
 993           <ul>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 996               rendering of sequence features
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1000               429 rate limit request hander
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1004               their colours have changed
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1008               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1012               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1016               view from Ensembl locus cross-references
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1020               Alignment report
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1024               feature can be disabled
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1028               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1032               Uniprot
1033             </li>
1034           </ul>
1035           <em>Scripting</em>
1036           <ul>
1037             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1038             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1039               percent identity scores for current alignment.</li>
1040           </ul>
1041           <em>Testing and Deployment</em>
1042           <ul>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1045             </li>
1046           </ul>
1047         </div></td>
1048       <td><div align="left">
1049           <em>General</em>
1050           <ul>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1053               threshold text field doesn't trigger an update to the
1054               alignment view
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1058               strings in parallel
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1062               alignment window is closed
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1066               group visibility
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1070               takes a long time in Cursor mode
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>Desktop</em>
1074           <ul>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1077               cannot be viewed in Chimera
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1081               CDS/Protein view
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1085               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1086               Search Dialogs
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1096               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1100               scrolling right in unwapped alignment view
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1104               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1105               database
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1109               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1113               features of same type and group to be selected for
1114               amending
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1118               alignments when hidden columns are present
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1122               displaying several structures
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1126               moving a window
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1130               within the Jalview desktop on OSX
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1134               when in wrapped alignment mode
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1138               hand end of alignment
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1142               each selected sequence do not have correct start/end
1143               positions
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1147               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1151               restoring project until a new view is created
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1155               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1156               configured (since 2.10.2b2)
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1160               position is adjusted
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1164               in a multi-chain structure when viewing alignment
1165               involving more than one chain (since 2.10)
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1169               if new selection moves alignment window
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1173               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1177               that produces correctly annotated transcripts and products
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1181               doesn't update associated structure view
1182             </li>
1183           </ul>
1184           <em>Applet</em><br />
1185           <ul>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1188               closing alignment panel
1189             </li>
1190           </ul>
1191           <em>BioJSON</em><br />
1192           <ul>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1195               non-positional features
1196             </li>
1197           </ul>
1198           <em>New Known Issues</em>
1199           <ul>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1202               sequence features correctly (for many previous versions of
1203               Jalview)
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1207               using cursor in wrapped panel other than top
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1211               graduated colour threshold
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1215               always preserve numbering and sequence features
1216             </li>
1217           </ul>
1218           <em>Known Java 9 Issues</em>
1219           <ul>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1222               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1223               9.01, OSX 10.10)
1224             </li>
1225           </ul>
1226         </div></td>
1227     </tr>
1228     <tr>
1229       <td width="60" nowrap>
1230         <div align="center">
1231           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1232             <em>2/10/2017</em></strong>
1233         </div>
1234       </td>
1235       <td><div align="left">
1236           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1237           <ul>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1240             </li>
1241             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1242             </li>
1243           </ul>
1244         </div></td>
1245       <td><div align="left">
1246         </div></td>
1247     </tr>
1248     <tr>
1249       <td width="60" nowrap>
1250         <div align="center">
1251           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1252             <em>7/9/2017</em></strong>
1253         </div>
1254       </td>
1255       <td><div align="left">
1256           <em></em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1260               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1261               white)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1265               Preferences
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1269               in size and progress bar shown as higher resolution
1270               overview is recalculated
1271             </li>
1272
1273           </ul>
1274         </div></td>
1275       <td><div align="left">
1276           <em></em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1280               column region row by row
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1284               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1288               format setting is unticked
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1292               if group has show boxes format setting unticked
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1296               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1297               include sequences and columns not currently displayed
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1301               assemblies are imported via CIF file
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1305               displayed when threshold or conservation colouring is also
1306               enabled.
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1310               server version
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1314               dragging a selected region off the visible region of the
1315               alignment
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1319               colourscheme to all groups in a view
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1323               initially after font size change using the Font chooser or
1324               middle-mouse zoom
1325             </li>
1326           </ul>
1327         </div></td>
1328     </tr>
1329     <tr>
1330       <td width="60" nowrap>
1331         <div align="center">
1332           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1333         </div>
1334       </td>
1335       <td><div align="left">
1336           <em>Calculations</em>
1337           <ul>
1338
1339             <li>
1340               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1341               ungapped positions in each column of the alignment.
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1345               a calculation dialog box
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1349               and memory efficiency (~30x faster)
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1353               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1354               and other calculations
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1358               files within the Jalview codebase
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1362               Similarity may have different topology due to increased
1363               precision
1364             </li>
1365           </ul>
1366           <em>Rendering</em>
1367           <ul>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1370               model for alignments and groups
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1374               scripts
1375             </li>
1376           </ul>
1377           <em>Overview</em>
1378           <ul>
1379             <li>
1380               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1381               with alignment and overview windows
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1385               overview
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1389               omitted in Overview
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1393               adjustment of visible position
1394             </li>
1395           </ul>
1396
1397           <em>Data import/export</em>
1398           <ul>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1401               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1405               annotation input/output via stockholm flatfile
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1409               extension when importing structure files without embedded
1410               names or PDB accessions
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1414               format sequence substitution matrices
1415             </li>
1416           </ul>
1417           <em>User Interface</em>
1418           <ul>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1421               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1422               the application.
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1426               via Overview or sequence motif search operations
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1430               opened by double clicking gaps within sequence feature
1431               extent
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1435               aligned positions were available to create a 3D structure
1436               superposition.
1437             </li>
1438           </ul>
1439           <em>3D Structure</em>
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1443               coloured in linked structure views
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1447               file-based command exchange
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1451               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1452               structures are already available for sequences
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1456               the Jalview project rather than downloaded again when the
1457               project is reopened.
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1461               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1462               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1463                 Feature</strong>)
1464             </li>
1465           </ul>
1466           <em>Web Services</em>
1467           <ul>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1473               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1474               Analysis services
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1478               cross-references provided by identifiers.org and the
1479               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1480             </li>
1481           </ul>
1482
1483           <em>Scripting</em>
1484           <ul>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1487               identifying file formats (instead of String constants)
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1491               efficiency when counting all displayed features (not
1492               backwards compatible with 2.10.1)
1493             </li>
1494           </ul>
1495           <em>Example files</em>
1496           <ul>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1499               included in the example feature file
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>Documentation</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1506               with the built-in Java help viewer
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1510               sequence description' option
1511             </li>
1512           </ul>
1513           <em>Test Suite</em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1517               Uniprot REST Free Text Search Client
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1524               during tests
1525             </li>
1526           </ul>
1527         </div></td>
1528       <td><div align="left">
1529           <em>Calculations</em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1533               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1534               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1535             </li>
1536             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1537               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1538               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1539               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1540               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1541               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1542               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1543               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1544               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1545               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1546               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1547               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1548               // for 2.10.1 mode <br />
1549               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1550               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1551                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1552                 calculations (not recommended)</em></li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1555               scaling of branch lengths for trees computed using
1556               Sequence Feature Similarity.
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1560               generating output report when working with highly
1561               redundant alignments
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1565               right of selected region when gaps present on right-hand
1566               boundary
1567             </li>
1568           </ul>
1569           <em>User Interface</em>
1570           <ul>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1573               doesn't reselect a specific sequence's associated
1574               annotation after it was used for colouring a view
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1578               opened on a region of alignment without groups
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1582               of an alignment with overlapping groups
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1586               name and description match
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1590               hidden regions results in incorrect hidden regions
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1594               changing colour does not apply Conservation slider value
1595               to all groups
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1599               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1603               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1607               gaps before start of features
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1611               restored to UI when feature colour is edited
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1615               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1619               as graduate feature colour settings are modified via the
1620               dialog box
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1624               when a group defined on the alignment is resized
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1628               wrapped view result in positional status updates
1629             </li>
1630
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1633               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1637               alignment included gapped columns
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1641               widgets don't permanently disappear
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1645               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1646               T-Coffee column reliability scores)
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1650               sequence feature on gaps only
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1654               button from a Find inherit previously defined feature type
1655               rather than the Find query string
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1659               exporting tree calculated in Jalview
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1663               and then revealing them reorders sequences on the
1664               alignment
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1668               doesn't update to reflect available set of groups after
1669               interactively adding or modifying features
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1673               Linux
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1677               only excluded gaps in current sequence and ignored
1678               selection.
1679             </li>
1680           </ul>
1681           <em>Rendering</em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1685               erratically when hidden rows or columns are present
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1689               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1690               sequence colouring
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1694               colour and group colour menu for protein alignments
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1698               reflect currently selected view or group's shading
1699               thresholds
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1703               when rendered on overview and structures when opacity at
1704               100%
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1708               overview when features overlaid on alignment
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1712               recovered correctly from Jalview project file
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1716               (automatically via preferences) are different to the main
1717               alignment panel
1718             </li>
1719           </ul>
1720           <em>Data import/export</em>
1721           <ul>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1724               load
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1728               added after a sequence was imported are not written to
1729               Stockholm File
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1733               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1737               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1741               with lightGray or darkGray via features file (but can
1742               specify lightgray)
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1746               when alignment view imported from project
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1750               structure and sequences extracted from structure files
1751               imported via URL and viewed in Jmol
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1755               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1756               the project is loaded and the structure viewed
1757             </li>
1758           </ul>
1759           <em>Web Services</em>
1760           <ul>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1763               release of Ensembl v.88
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1767               appear enabled in Preferences->Connections
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1771               removed from console output
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1775               Ensembl by Peptide ID
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1779               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1780               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1781               due to 'null' string rather than empty string used for
1782               residues with no corresponding PDB mapping).
1783             </li>
1784           </ul>
1785           <em>Application UI</em>
1786           <ul>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1789               menu
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1793               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1794               new documentation and tooltips added)
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1798               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1802               new features are added to alignment
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1806               changes to feature colours via the Amend features dialog
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1810               edit graduated feature colour via amend features dialog
1811               box
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1815               selection menu changes colours of alignment views
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1819               from alignment calculation workers after alignment has
1820               been closed
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1824               groups now 'Create Group'
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1828               Create/Undefine group doesn't always work
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1832               shown again after pressing 'Cancel'
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1836               adjusts start position in wrap mode
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1840               ambiguous amino acids
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1844               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1845               proteins
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1849               Defined' don't appear in Colours menu
1850             </li>
1851           </ul>
1852           <em>Applet</em>
1853           <ul>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1856               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1860               overview or linked structure view
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1864               work (since 2.8)
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1868               user-defined colourscheme doesn't restore original
1869               colourscheme
1870             </li>
1871           </ul>
1872           <em>Test Suite</em>
1873           <ul>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1876               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1880               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1881               problems with deep array comparison equality asserts in
1882               successive versions of TestNG
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1886               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1887             </li>
1888           </ul>
1889           <em>New Known Issues</em>
1890           <ul>
1891             <li>
1892               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1893               phase after a sequence motif find operation
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1897               containing just upper and lower case letters are
1898               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1902               reliably from eggnog Ortholog database
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1906               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1907               to mark columns containing highlighted regions.
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1911               doesn't always add secondary structure annotation.
1912             </li>
1913           </ul>
1914         </div>
1915     <tr>
1916       <td width="60" nowrap>
1917         <div align="center">
1918           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1919         </div>
1920       </td>
1921       <td><div align="left">
1922           <em>General</em>
1923           <ul>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1926               for all consensus calculations
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1930               3rd Oct 2016)
1931             </li>
1932             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1933               for 2016-2017</li>
1934           </ul>
1935           <em>Application</em>
1936           <ul>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1939               set of database cross-references, sorted alphabetically
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1943               from database cross references. Users with custom links
1944               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1945                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1949               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1950               Chimera session
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1954               the Chimera it is connected to is shut down
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1958               columns menu item to mark columns containing highlighted
1959               regions (e.g. from structure selections or results of a
1960               Find operation)
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1964               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1965               MSAviewer
1966             </li>
1967           </ul>
1968         </div></td>
1969       <td>
1970         <div align="left">
1971           <em>General</em>
1972           <ul>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1975               are not coloured or thresholded according to percent
1976               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1980               hydrophobic
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1984               threshold, amino acid properties)
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1988               reported as mapped to residues in a structure file in the
1989               View Mapping report
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1993               could be added multiple times to a sequence
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1997               bond features shown as two highlighted residues rather
1998               than a range in linked structure views, and treated
1999               correctly when selecting and computing trees from features
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2003               cross-references are matched to database name regardless
2004               of case
2005             </li>
2006
2007           </ul>
2008           <em>Application</em>
2009           <ul>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2012               names without regular expressions also offer links from
2013               Sequence ID
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2017               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2018               update Jalview configuration
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2022               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2026               files with similarly named sequences if dropped onto the
2027               alignment
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2031               entries where more chains exist in the PDB accession than
2032               are reported in the SIFTS file
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2036               the structure view when displayed with Chimera
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2040               panel's View->Show Chains submenu
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2044               work for wrapped alignment views
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2048               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2052               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2053               first annotation row
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2057               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2061               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2062             </li>
2063             <!-- JAL-2319 -->
2064             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2065             coordindate data
2066             </li>
2067           </ul>
2068           <!--           <em>New Known Issues</em>
2069           <ul>
2070             <li></li>
2071           </ul> -->
2072         </div>
2073       </td>
2074     </tr>
2075     <td width="60" nowrap>
2076       <div align="center">
2077         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2078           <em>25/10/2016</em></strong>
2079       </div>
2080     </td>
2081     <td><em>Application</em>
2082       <ul>
2083         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2084           view if structures already loaded</li>
2085         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2086           structure views</li>
2087       </ul></td>
2088     <td>
2089       <div align="left">
2090         <em>General</em>
2091         <ul>
2092           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2093             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2094           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2095             example sequences/projects/trees</li>
2096         </ul>
2097         <em>Application</em>
2098         <ul>
2099           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2100             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2101           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2102             without timeout for structures with multiple models or
2103             multiple sequences in alignment</li>
2104           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2105             PDB ID HEADER line</li>
2106           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2107             is performed</li>
2108           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2109             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2110           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2111           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2112             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2113             option</li>
2114           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2115             is created on the alignment</li>
2116           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2117             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2118             pop-up menu</li>
2119         </ul>
2120         <em>Build and deployment</em>
2121         <ul>
2122           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2123             tags</li>
2124         </ul>
2125         <em>New Known Issues</em>
2126         <ul>
2127           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2128             on Windows</li>
2129         </ul>
2130       </div>
2131     </td>
2132     </tr>
2133     <tr>
2134       <td width="60" nowrap>
2135         <div align="center">
2136           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2137         </div>
2138       </td>
2139       <td><em>General</em>
2140         <ul>
2141           <li>
2142             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2143           </li>
2144           <li>
2145             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2146             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2147             better PDB parsing.
2148           </li>
2149           <li>
2150             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2151             reference sequence
2152           </li>
2153           <li>
2154             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2155             mousing over sequence associated annotation
2156           </li>
2157           <li>
2158             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2159             for manual entry
2160           </li>
2161           <li>
2162             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2163             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2164             for each column
2165           </li>
2166           <li>
2167             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2168             showing or hiding columns containing a feature
2169           </li>
2170           <li>
2171             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2172             group and sequence associated annotation labels
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2176             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2177             dialogs
2178           </li>
2179
2180         </ul> <em>Application</em>
2181         <ul>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2184             gene/transcript view
2185           </li>
2186           <li>
2187             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2188             dialog
2189           </li>
2190           <li>
2191             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2192             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2193           </li>
2194           <li>
2195             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2196             Pfam sources to xfam.org
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2200           </li>
2201           <li>
2202             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2203             over sequences in Jalview
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2207             regions in ENA and EMBL
2208           </li>
2209           <li>
2210             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2211             for record retrieval via ENA rest API
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2215             complement operator
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2219             groovy script execution
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2223             alignment window's Calculate menu
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2227             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2228           </li>
2229           <li>
2230             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2231             calculation workers from groovy scripts
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2235             Jalview projects
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2239             associations are now saved/restored from project
2240           </li>
2241           <li>
2242             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2243             before sequence fetcher is opened
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2247             database chooser opens a sequence fetcher
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2251             the UniProt REST API
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2255             the news reader opening
2256           </li>
2257           <li>
2258             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2259             querying stored in preferences
2260           </li>
2261           <li>
2262             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2263             search results
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2267           </li>
2268           <li>
2269             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2270             menu for nucleotide sequences
2271           </li>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2274             and feature counts preserves alignment ordering (and
2275             debugged for complex feature sets).
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2279             viewing structures with Jalview 2.10
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2283             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2284             Ensembl Genomes REST API
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2288             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2289             (Ensembl)
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2293             sequences
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2297             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2298             data from external database records.
2299           </li>
2300           <li>
2301             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2302             efficient recovery of sequence coding and alignment
2303             annotation relationships.
2304           </li>
2305         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2306         <ul>
2307           <li>
2308             -- JAL---
2309           </li>
2310         </ul> --></td>
2311       <td>
2312         <div align="left">
2313           <em>General</em>
2314           <ul>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2317               menu on OSX
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2321               includes graduated colourschemes
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2325               working with big alignments and lots of hidden columns
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2329               at right of alignment window
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2333               contents
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2337               for DNA alignments
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2341               based tree calculation
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2345               unconserved enabled for group on alignment
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2349               set as reference
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2353               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2354               annotation
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2358               hidden columns present
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2362               user created annotation added to alignment
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2366               '()' base pair annotation
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2370               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2371               Consensus
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2375               feature not working
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2379               beginning of sequence
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2383               entry 3a6s
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2387               from a tree when t-coffee scores are shown
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2391               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2395               some structures
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2399               to Clustal, PIR and PileUp output
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2403               not visible causes alignment window to repaint
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2407               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2408               scores associated with features and annotation rows
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2412               calculation should be case independent
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2416               columns
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2420               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2421               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2425               problems when reference sequence defined and 'show
2426               non-conserved' enabled
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2430               load even when Consensus calculation is disabled
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2434               alignment does nothing
2435             </li>
2436           </ul>
2437           <em>Application</em>
2438           <ul>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2441               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2442               yet fixed for El Capitan)
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2446               output when running on non-gb/us i18n platforms
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2450               hidden sequences as flat-file alignment
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2454               launching Chimera
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2458               (also hotfix for 2.9.0b2)
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2462               reference sequence defined
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2466               alignments and views when revealing hidden columns
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2470               view in a cDNA/Protein splitframe
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2474               sequence from project when only one sequence is
2475               represented
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2479               in Structure Chooser
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2483               structure consensus didn't refresh annotation panel
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2487               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2491               dialogs format columns correctly, don't display array
2492               data, sort columns according to type
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2496               file chooser is cancelled during an image export
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2500               sequence name containing special characters
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2504               case insensitive
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2508               formatting don't wrap
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2512               truncated so L looks like I in consensus annotation
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2516               currently displayed features for the current selection or
2517               view
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2521               after fetching cross-references, and restoring from
2522               project
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2526               followed in the structure viewer
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2530               splitframe not restored from project
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2534               trailing end of protein alignment in transcript/product
2535               splitview when pad-gaps not enabled by default
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2539               is case dependent
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2543               article has been read (reopened issue due to
2544               internationalisation problems)
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2548               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2549               cross-references
2550             </li>
2551
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2554               alignment as HTML
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2558               multiple structures are shown for one or more sequences.
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2562               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2563               is enabled.
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2567               specific PDB id for sequence
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2571               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2572               columns' is disabled.
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2576               selects lowest rather than highest resolution structures
2577               for each sequence
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2581               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2585               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2589               after clicking on it to create new annotation for a
2590               column.
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2594               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2595             </li>
2596             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2597             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2598           </ul>
2599           <em>Applet</em>
2600           <ul>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2603               hidden columns present before start of sequence
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2607               (JSON jars)
2608             </li>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2611               sequences are hidden in applet
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2615               deployment on examples pages.
2616             </li>
2617           </ul>
2618         </div>
2619       </td>
2620     </tr>
2621     <tr>
2622       <td width="60" nowrap>
2623         <div align="center">
2624           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2625             <em>16/10/2015</em></strong>
2626         </div>
2627       </td>
2628       <td><em>General</em>
2629         <ul>
2630           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2631             jars</li>
2632         </ul></td>
2633       <td>
2634         <div align="left">
2635           <em>Application</em>
2636           <ul>
2637             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2638               shown when tree is partitioned</li>
2639             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2640               multiple cDNA/Protein split views</li>
2641           </ul>
2642         </div>
2643       </td>
2644     </tr>
2645     <tr>
2646       <td width="60" nowrap>
2647         <div align="center">
2648           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2649             <em>8/10/2015</em></strong>
2650         </div>
2651       </td>
2652       <td><em>General</em>
2653         <ul>
2654           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2655             2.9</li>
2656         </ul> <em>Application</em>
2657         <ul>
2658           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2659           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2660           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2661         </ul> <em>Applet</em>
2662         <ul>
2663           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2664         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2665         <ul>
2666           <li>
2667             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2668             suite
2669           </li>
2670         </ul></td>
2671       <td>
2672         <div align="left">
2673           <em>General</em>
2674           <ul>
2675             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2676               incorrect when sequence start > 1</li>
2677             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2678               documentation</li>
2679             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2680             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2681               loading a features file containing HTML tags in feature
2682               description</li>
2683
2684           </ul>
2685           <em>Application</em>
2686           <ul>
2687             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2688               reimport</li>
2689             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2690               with 'trim retrieved sequences'</li>
2691             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2692               deleting selected columns</li>
2693             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2694               JNLP templates for webstart launch</li>
2695             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2696               unreleased structures for download or viewing</li>
2697             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2698               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2699             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2700               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2701             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2702               recovered from jalview project</li>
2703             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2704               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2705               alignment view</li>
2706             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2707               color schemes from BioJSON</li>
2708           </ul>
2709           <em>Applet</em>
2710           <ul>
2711             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2712               frame</li>
2713             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2714           </ul>
2715         </div>
2716       </td>
2717     </tr>
2718     <tr>
2719       <td><div align="center">
2720           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2721         </div></td>
2722       <td><em>General</em>
2723         <ul>
2724           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2725             alignments:
2726             <ul>
2727               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2728                 and DNA alignment views</li>
2729               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2730                 cDNA alignment views</li>
2731               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2732                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2733               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2734                 protein sequences</li>
2735             </ul>
2736           </li>
2737           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2738           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2739             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2740           <li>New alignment annotation file statements for
2741             reference sequences and marking hidden columns</li>
2742           <li>Reference sequence based alignment shading to
2743             highlight variation</li>
2744           <li>Select or hide columns according to alignment
2745             annotation</li>
2746           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2747           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2748             acid conservation row</li>
2749           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2750         </ul> <em>Application</em>
2751         <ul>
2752           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2753             <ul>
2754               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2755                 view with cDNA/Protein</li>
2756               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2757                 sequences are placed in the same alignment</li>
2758               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2759                 projects</li>
2760             </ul>
2761           </li>
2762
2763           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2764           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2765             Jalview windows</li>
2766
2767           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2768           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2769           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2770             be shown in VARNA</li>
2771
2772           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2773             as the active selected region</li>
2774
2775           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2776             similarity</li>
2777           <li>New Export options
2778             <ul>
2779               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2780                 region export in flat file generation</li>
2781
2782               <li>Export alignment views for display with the <a
2783                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2784
2785               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2786               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2787                 alignment figures to HTML</li>
2788           </li>
2789           <li>3D structure retrieval and display
2790             <ul>
2791               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2792                 Search API</li>
2793               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2794                 PDB structures for a sequence set</li>
2795             </ul>
2796           </li>
2797
2798           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2799             predictions</li>
2800           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2801             for one or a group of sequences</li>
2802           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2803             from the JPred4 web server</li>
2804           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2805             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2806             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2807           </li>
2808           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2809             VARNA 2D Structure'</li>
2810           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2811             Structure ..."</li>
2812
2813         </ul> <em>Applet</em>
2814         <ul>
2815           <li>New layout for applet example pages</li>
2816           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2817             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2818           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2819             Protein alignments</li>
2820         </ul> <em>Development and deployment</em>
2821         <ul>
2822           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2823           <li>Include installation type and git revision in build
2824             properties and console log output</li>
2825           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2826             storing BioJsMSA Templates</li>
2827           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2828         </ul></td>
2829       <td>
2830         <!-- <em>General</em>
2831         <ul>
2832         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2833         <ul>
2834           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2835           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2836           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2837             predictions are not highlighted in amber</li>
2838           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2839             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2840           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2841             associated structure views</li>
2842           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2843             width checkbox not enabled</li>
2844           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2845             creating user defined colours</li>
2846           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2847             mappings for just that viewer's sequences</li>
2848           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2849             multiple models in Chimera</li>
2850           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2851             over Jmol structure</li>
2852           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2853             output to text box</li>
2854           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2855             have incorrect sequence start/end</li>
2856           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2857             Jalview fails</li>
2858           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2859             work for nucleotide</li>
2860           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2861             to a grey/invisible alignment window</li>
2862           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2863             imports to different position</li>
2864           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2865             on some platforms</li>
2866           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2867             populated</li>
2868           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2869             console if Chimera has been opened</li>
2870           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2871           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2872             retrieved</li>
2873           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2874           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2875             either sequence shows on first structure</li>
2876           <li>'Show annotations' options should not make
2877             non-positional annotations visible</li>
2878           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2879             in right place after 'view flanking regions'</li>
2880           <li>File Save As type unset when current file format is
2881             unknown</li>
2882           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2883             projects</li>
2884           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2885             responsive</li>
2886           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2887             several views on same alignment</li>
2888           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2889           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2890             spaces</li>
2891         </ul> <em>Applet</em>
2892         <ul>
2893           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2894           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2895             descriptions containing angle brackets</li>
2896         </ul> <em>General</em>
2897         <ul>
2898           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2899             via jalview annotation file</li>
2900           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2901             with RNA secondary structure</li>
2902           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2903             translation doesn't work.</li>
2904           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2905           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2906             positions</li>
2907           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2908             choosing 1pt font</li>
2909           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2910             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2911             'h'</li>
2912           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2913             new feature</li>
2914           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2915             order dependent</li>
2916           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2917             sequences</li>
2918           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2919         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2920         <ul>
2921           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2922             www.jalview.org</li>
2923         </ul> <em>Application Known issues</em>
2924         <ul>
2925           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2926           <li>Misleading message appears after trying to delete
2927             solid column.</li>
2928           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2929             version launches</li>
2930           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2931             fails with a sequence mismatch</li>
2932           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2933             scrolling alignment to right</li>
2934           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2935             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2936           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2937             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2938           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2939             ultra-high resolution</li>
2940           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2941             quality and conservation</li>
2942           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2943             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2944         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2945         <ul>
2946           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2947           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2948             window is being resized</li>
2949
2950         </ul>
2951       </td>
2952     </tr>
2953     <tr>
2954       <td><div align="center">
2955           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2956         </div></td>
2957       <td><em>General</em>
2958         <ul>
2959           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2960             Certum.PL.</li>
2961           <li>Features and annotation preserved when performing
2962             pairwise alignment</li>
2963           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2964             imported/exported/displayed</li>
2965           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2966             protein secondary structure</li>
2967           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2968               post-hoc with 2.9 release</em>)
2969           </li>
2970
2971         </ul> <em>Application</em>
2972         <ul>
2973           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2974             with 3D structures</li>
2975           <li>Support for parsing RNAML</li>
2976           <li>Annotations menu for layout
2977             <ul>
2978               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2979               <li>place sequence annotation above/below alignment
2980                 annotation</li>
2981             </ul>
2982           <li>Output in Stockholm format</li>
2983           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2984             translation</li>
2985           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2986           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2987             shared between alignments</li>
2988           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2989             Jalview</li>
2990           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2991             all or current selection</li>
2992           <li>disorder and secondary structure predictions
2993             available as dataset annotation</li>
2994           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2995
2996
2997           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2998             alignments from Rfam</li>
2999           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3000
3001           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3002             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3003           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3004           <li>include installation type in build properties and
3005             console log output</li>
3006           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3007             annotation</li>
3008         </ul></td>
3009       <td>
3010         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3011         <ul>
3012           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3013             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3014           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3015             alignment</li>
3016           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3017           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3018           <li>Double click on sequence associated annotation
3019             selects only first column</li>
3020           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3021             leaves shown in tree</li>
3022           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3023             properly</li>
3024           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3025           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3026             screen and buttons not visible</li>
3027           <li>author list isn't updated if already written to
3028             Jalview properties</li>
3029           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3030             from database</li>
3031           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3032           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3033             browser search window</li>
3034           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3035             in feature settings dialog</li>
3036           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3037             desktop</li>
3038           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3039             pass validation</li>
3040           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3041             fit on screen</li>
3042           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3043             tooltip</li>
3044           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3045             defined user preset</li>
3046           <li>MSA web services warns user if they were launched
3047             with invalid input</li>
3048           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3049             Java 8</li>
3050           <li>
3051             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3052             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3053             created
3054           </li>
3055
3056         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3057         <ul>
3058         </ul> <em>General</em>
3059         <ul>
3060         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3061         <ul>
3062           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3063             memory allocation</li>
3064           <li>launchApp service doesn't automatically open
3065             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3066           <li>
3067             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3068             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3069             1.7_055 is available
3070           </li>
3071         </ul> <em>Application Known issues</em>
3072         <ul>
3073           <li>
3074             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3075             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3076             alignment to right
3077           </li>
3078           <li>
3079             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3080             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3081             with large number of ID
3082           </li>
3083           <li>
3084             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3085             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3086             start/end
3087           </li>
3088           <li>
3089             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3090             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3091             structure tracks are rearranged
3092           </li>
3093           <li>
3094             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3095             invalid rna structure positional highlighting does not
3096             highlight position of invalid base pairs
3097           </li>
3098           <li>
3099             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3100             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3101             project from alignment window file menu
3102           </li>
3103           <li>
3104             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3105             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3106             structures
3107           </li>
3108           <li>
3109             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3110             colour by RNA Helices not enabled when user created
3111             annotation added to alignment
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3115             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3116           </li>
3117         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3118         <ul>
3119           <li>
3120             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3121             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3122           </li>
3123           <li>
3124             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3125             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3126           </li>
3127
3128           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3129             when selected</li>
3130         </ul>
3131       </td>
3132     </tr>
3133     <tr>
3134       <td><div align="center">
3135           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3136         </div></td>
3137       <td>
3138         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3139         <em>General</em>
3140         <ul>
3141           <li>Internationalisation of user interface (usually
3142             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3143           <li>Define/Undefine group on current selection with
3144             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3145           <li>Improved group creation/removal options in
3146             alignment/sequence Popup menu</li>
3147           <li>Sensible precision for symbol distribution
3148             percentages shown in logo tooltip.</li>
3149           <li>Annotation panel height set according to amount of
3150             annotation when alignment first opened</li>
3151         </ul> <em>Application</em>
3152         <ul>
3153           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3154             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3155           <li>Select columns containing particular features from
3156             Feature Settings dialog</li>
3157           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3158             sequences</li>
3159           <li>Update Jalview project format:
3160             <ul>
3161               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3162               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3163                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3164               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3165                 colouring</li>
3166             </ul>
3167           </li>
3168           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3169             (PAM250)</li>
3170           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3171             flanking regions for an alignment</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174       <td>
3175         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3176         <ul>
3177           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3178             running after job is cancelled</li>
3179           <li>cannot export features from alignments imported from
3180             Jalview/VAMSAS projects</li>
3181           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3182             float values</li>
3183           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3184             have 'display all symbols' flag set</li>
3185           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3186             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3187           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3188             Jalview</li>
3189           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3190             Lion/Webstart</li>
3191           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3192           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3193           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3194             alignment onto desktop</li>
3195           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3196             'extract scores' function</li>
3197           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3198             alignment window</li>
3199           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3200             performing IUPred disorder prediction</li>
3201           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3202             changing 'normalise logo' display setting</li>
3203           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3204             nothing matches query</li>
3205           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3206             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3207           </li>
3208           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3209             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3210           </li>
3211           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3212             Jalview's menu</li>
3213           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3214             'invalid literal/length code'</li>
3215           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3216             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3217           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3218             colourscheme</li>
3219
3220         </ul> <em>Applet</em>
3221         <ul>
3222           <li>Remove group option is shown even when selection is
3223             not a group</li>
3224           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3225             don't affect groups</li>
3226           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3227             colourscheme name</li>
3228           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3229             Annotation panel is not displayed</li>
3230           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3231             embedded windows</li>
3232         </ul> <em>Other</em>
3233         <ul>
3234           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3235             single sequence were not calculated</li>
3236           <li>annotation files that contain only groups imported as
3237             annotation and junk sequences</li>
3238           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3239             recognised as PFAM or BLC</li>
3240           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3241             doesn't affect background (2.8.0b1)
3242           <li></li>
3243           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3244           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3245             trailing gaps</li>
3246           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3247             registered correctly on import</li>
3248           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3249             certain alignments</li>
3250           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3251             existing annotation based 'use original colours'
3252             colourscheme loses original colours setting</li>
3253         </ul>
3254       </td>
3255     </tr>
3256     <tr>
3257       <td><div align="center">
3258           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3259             <em>30/1/2014</em></strong>
3260         </div></td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3264             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3265             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3266             open source project).
3267           </li>
3268           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3269           <li>Output in Stockholm format</li>
3270           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3271           <li>Export/import group and sequence associated line
3272             graph thresholds</li>
3273           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3274             ambiguity codes</li>
3275           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3276             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3277             works</li>
3278           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3279         </ul> <em>Other improvements</em>
3280         <ul>
3281           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3282           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3283             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3284           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3285             files</li>
3286           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3287           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3288             link but no description</li>
3289           <li>Select primary source when selecting authority in
3290             database fetcher GUI</li>
3291           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3292             Jalview</li>
3293           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3294         </ul>
3295       </td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3299             displayed</li>
3300           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3301             secondary structure annotation line</li>
3302           <li>Sequence database accessions not imported when
3303             fetching alignments from Rfam</li>
3304           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3305             identical IDs</li>
3306           <li>View all structures does not always superpose
3307             structures</li>
3308           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3309             reflect user or preset settings</li>
3310           <li>Null pointer exceptions for some services without
3311             presets or adjustable parameters</li>
3312           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3313             discover PDB xRefs</li>
3314           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3315             features with DAS</li>
3316           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3317             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3318           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3319             residue follows a gap</li>
3320           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3321             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3322           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3323             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3324           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3325             annotation already exists on alignment</li>
3326           <li>oninit javascript function should be called after
3327             initialisation completes</li>
3328           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3329             alignment window display</li>
3330           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3331           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3332             to annotation file</li>
3333           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3334             groups created</li>
3335           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3336             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3337           <li>Pressing return several times causes Number Format
3338             exceptions in keyboard mode</li>
3339           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3340             correct partitions for input data</li>
3341           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3342           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3343           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3344           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3345             mode</li>
3346           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3347             changes one row&#39;s threshold</li>
3348           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3349             doesn&#39;t open</li>
3350           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3351             quality histograms</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354     </tr>
3355     <tr>
3356       <td><div align="center">
3357           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3358         </div></td>
3359       <td><em>Application</em>
3360         <ul>
3361           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3362             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3363           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3364             preferences</li>
3365           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3366             in Jalview alignment window</li>
3367           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3368             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3369           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3370             RNA and ambiguity codes</li>
3371
3372           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3373           <li>Support fetching and database reference look up
3374             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3375             refs')</li>
3376           <li>Jalview project improvements
3377             <ul>
3378               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3379                 flag for annotation</li>
3380               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3381                 alignment</li>
3382               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3383                 Jalview project</li>
3384
3385             </ul>
3386           </li>
3387           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3388           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3389             running</li>
3390           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3391           <li>visual indication that web service results are still
3392             being retrieved from server</li>
3393           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3394             starts up for first time</li>
3395           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3396             services</li>
3397           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3398             client library</li>
3399           <li>Examples directory and Groovy library included in
3400             InstallAnywhere distribution</li>
3401         </ul> <em>Applet</em>
3402         <ul>
3403           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3404             visualization applet example</li>
3405         </ul> <em>General</em>
3406         <ul>
3407           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3408           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3409             defaults</li>
3410           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3411             calculation</li>
3412           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3413             matrices
3414           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3415             in HTML</li>
3416           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3417             structure contacts</li>
3418           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3419           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3420           <li>Parse sequence associated secondary structure
3421             information in Stockholm files</li>
3422           <li>HTML Export database accessions and annotation
3423             information presented in tooltip for sequences</li>
3424           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3425             style RNA alignment files</li>
3426           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3427             alignment</li>
3428           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3429             shade each sequence according to its associated alignment
3430             annotation</li>
3431           <li>New Jalview Logo</li>
3432         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3433         <ul>
3434           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3435           <li>New Website!</li>
3436         </ul></td>
3437       <td><em>Application</em>
3438         <ul>
3439           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3440             wsdbfetch REST service</li>
3441           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3442           <li>Filetype associations not installed for webstart
3443             launch</li>
3444           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3445             job execution in full once it is complete</li>
3446           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3447             uploaded via ali_file parameter</li>
3448           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3449           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3450           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3451             submitted for prediction</li>
3452           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3453             desktop window</li>
3454           <li>Putting fractional value into integer text box in
3455             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3456           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3457             windows 7</li>
3458           <li>View all structures fails with exception shown in
3459             structure view</li>
3460           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3461             escaped in a platform independent way</li>
3462           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3463             using proxy</li>
3464           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3465             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3466           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3467             failure when java web start temporary file caching is
3468             disabled</li>
3469           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3470             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3471           <li>Errors during processing of command line arguments
3472             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3473           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3474             DAS sources in sequence fetcher</li>
3475           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3476             dialog is shown</li>
3477           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3478           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3479           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3480           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3481             on OSX Mountain Lion</li>
3482           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3483             sequences with alignment annotation are pasted into the
3484             alignment</li>
3485           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3486             when loaded from Jalview project</li>
3487           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3488           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3489             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3490           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3491             associated with all views</li>
3492           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3493             annotation rows to new window</li>
3494         </ul> <em>Applet</em>
3495         <ul>
3496           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3497             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3498           <li>loading features via javascript API automatically
3499             enables feature display</li>
3500           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3501             work</li>
3502         </ul> <em>General</em>
3503         <ul>
3504           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3505           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3506             and then deselected</li>
3507           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3508           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3509             coloured with clustalx</li>
3510           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3511             exceptions and redraw errors</li>
3512           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3513             reconfigured view</li>
3514           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3515             colour</li>
3516           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3517             for lots of labels</li>
3518         </ul>
3519     </tr>
3520     <tr>
3521       <td>
3522         <div align="center">
3523           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3524         </div>
3525       </td>
3526       <td><em>Application</em>
3527         <ul>
3528           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3529           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3530           <li>View/alignment association menu to enable user to
3531             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3532             its colours/correspondences from</li>
3533           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3534           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3535             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3536           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3537           <li>Annotation row column label formatting attributes
3538             stored in project file</li>
3539           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3540             rows preserved in Jalview project file</li>
3541           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3542             saved using Desktop window menu</li>
3543           <li>Visual indication that command line arguments are
3544             still being processed</li>
3545           <li>Groovy script execution from URL</li>
3546           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3547             preferences</li>
3548           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3549             alignment with sequences that have high similarity and
3550             matching IDs</li>
3551           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3552           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3553             structures in same window</li>
3554           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3555           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3556             analysis function in its own submenu</li>
3557         </ul> <em>Applet</em>
3558         <ul>
3559           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3560             groups</li>
3561           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3562           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3563           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3564           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3565           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3566             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3567           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3568           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3569             parameters are treated as such</li>
3570           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3571             <ul>
3572               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3573               <li>Javascript callbacks for
3574                 <ul>
3575                   <li>Applet initialisation</li>
3576                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3577                 </ul>
3578               </li>
3579               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3580                 functions</li>
3581               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3582               <li>javascript structure viewer harness to pass
3583                 messages between Jmol and Jalview when running as
3584                 distinct applets</li>
3585               <li>sortBy method</li>
3586               <li>Set of applet and application examples shipped
3587                 with documentation</li>
3588               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3589                 javascript message exchange</li>
3590             </ul>
3591         </ul> <em>General</em>
3592         <ul>
3593           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3594             multiple alignments</li>
3595           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3596           <li>User configurable link to enable redirects to a
3597             www.Jalview.org mirror</li>
3598           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3599           <li>Configurable newline string when writing alignment
3600             and other flat files</li>
3601           <li>Allow alignment annotation description lines to
3602             contain html tags</li>
3603         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3604         <ul>
3605           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3606             examples</li>
3607           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3608             using a web service before displaying the result in the
3609             Jalview desktop</li>
3610           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3611           <li>Ant target to publish example html files with applet
3612             archive</li>
3613           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3614           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3615         </ul></td>
3616       <td><em>Application</em>
3617         <ul>
3618           <li>User defined colourscheme throws exception when
3619             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3620           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3621             dialog for valid filename/format</li>
3622           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3623           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3624             P37173</li>
3625           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3626             which sequence is to be associated with the file</li>
3627           <li>Find All raises null pointer exception when query
3628             only matches sequence IDs</li>
3629           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3630           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3631             2.4 cannot be loaded</li>
3632           <li>Filetype associations not installed for webstart
3633             launch</li>
3634           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3635             with sequences in different alignments do not get coloured
3636             by their associated sequence</li>
3637           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3638             not preserved when project is loaded</li>
3639           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3640             stored in Jalview project</li>
3641           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3642             Jalview project</li>
3643           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3644           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3645             by conservation</li>
3646           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3647             created on new view</li>
3648           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3649             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3650           <li>Alignment quality not updated after alignment
3651             annotation row is hidden then shown</li>
3652           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3653             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3654           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3655             properly</li>
3656           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3657             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3658           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3659           <li>Structures imported from file and saved in project
3660             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3661           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3662             job execution in full once it is complete</li>
3663         </ul> <em>Applet</em>
3664         <ul>
3665           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3666             annotation rows are displayed</li>
3667           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3668             codebase</li>
3669           <li>View follows highlighting does not work for positions
3670             in sequences</li>
3671           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3672           <li>Export features raises exception when no features
3673             exist</li>
3674           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3675             for javascript api is modified when separator string
3676             provided as parameter</li>
3677           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3678             alignment with no existing selection</li>
3679           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3680             to applet&#39;s codebase</li>
3681           <li>Status bar not updated after finished searching and
3682             search wraps around to first result</li>
3683           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3684             several Jalview applets causes race conditions and memory
3685             leaks</li>
3686           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3687             not sent from Jmol in applet</li>
3688           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3689             applet API fatally hang browser</li>
3690         </ul> <em>General</em>
3691         <ul>
3692           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3693             position with wrapped view and hidden regions</li>
3694           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3695             with/without hidden columns</li>
3696           <li>Sequence length given in alignment properties window
3697             is off by 1</li>
3698           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3699             import PDB like structure files</li>
3700           <li>Positional search results are only highlighted
3701             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3702           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3703           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3704             given sequence position</li>
3705           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3706             output</li>
3707           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3708             from nucleotide chains correctly</li>
3709           <li>Structure colours not updated when tree partition
3710             changed in alignment</li>
3711           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3712             parsed in interleaved stockholm</li>
3713           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3714             state</li>
3715           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3716             properly</li>
3717           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3718             properly associated with their pdb files</li>
3719         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3720         <ul>
3721           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3722             ApplyCopyright tool</li>
3723         </ul></td>
3724     </tr>
3725     <tr>
3726       <td>
3727         <div align="center">
3728           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3729         </div>
3730       </td>
3731       <td><em>Application</em>
3732         <ul>
3733           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3734             contact web services</li>
3735           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3736             service job window</li>
3737           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3738         </ul></td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3742             pir file emitted by Jalview</li>
3743           <li>Existing feature settings transferred to new
3744             alignment view created from cut'n'paste</li>
3745           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3746             parsing PDB files</li>
3747           <li>Consensus and conservation annotation rows
3748             occasionally become blank for all new windows</li>
3749           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3750             in wrapped view mode</li>
3751         </ul> <em>Application</em>
3752         <ul>
3753           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3754             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3755           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3756             parameter names</li>
3757           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3758             is down</li>
3759         </ul>
3760       </td>
3761     </tr>
3762     <tr>
3763       <td>
3764         <div align="center">
3765           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3766         </div>
3767       </td>
3768       <td><em>Application</em>
3769         <ul>
3770           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3771             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3772             (JABAWS)
3773           </li>
3774           <li>Web Services preference tab</li>
3775           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3776             preferences</li>
3777           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3778           <li>Superpose structures using associated sequence
3779             alignment</li>
3780           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3781             viewer</li>
3782         </ul> <em>Applet</em>
3783         <ul>
3784           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3785             link out mechanism</li>
3786         </ul> <em>Other</em>
3787         <ul>
3788           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3789             series 12</li>
3790           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3791             require Java 1.5</li>
3792           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3793             sequence annotation files</li>
3794           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3795             type colour specification</li>
3796           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3797             script to check if it being run in an interactive session or
3798             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3799         </ul></td>
3800       <td>
3801         <ul>
3802           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3803             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3804         </ul> <em>Application</em>
3805         <ul>
3806           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3807             selected Regions menu item</li>
3808           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3809             part of a valid accession ID</li>
3810           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3811             runs out of memory</li>
3812           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3813             analysis results</li>
3814           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3815             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3816           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3817         </ul> <em>Applet</em>
3818         <ul>
3819           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3820             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3821             defined.</li>
3822         </ul>
3823       </td>
3824     </tr>
3825     <tr>
3826       <td>
3827         <div align="center">
3828           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3829         </div>
3830       </td>
3831       <td></td>
3832       <td>
3833         <ul>
3834           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3835             sequence IDs</li>
3836           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3837             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3838           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3839             import correctly</li>
3840           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3841             number of columns are hidden</li>
3842           <li>annotation label popup menu not providing correct
3843             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3844             present</li>
3845           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3846             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3847           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3848             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3849
3850         </ul> <em>Applet</em>
3851         <ul>
3852           <li>annotation panel disappears when annotation is
3853             hidden/removed</li>
3854         </ul> <em>Application</em>
3855         <ul>
3856           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3857             alignment opened where annotation panel is visible but no
3858             annotations are present on alignment</li>
3859           <li>pasted region containing hidden columns is
3860             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3861           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3862             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3863           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3864             selected Rregions menu item.</li>
3865           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3866             'Un' or 'Non'conserved</li>
3867           <li>Sequence feature settings are being shared by
3868             multiple distinct alignments</li>
3869           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3870             changed</li>
3871           <li>double click on group annotation to select sequences
3872             does not propagate to associated trees</li>
3873           <li>Mac OSX specific issues:
3874             <ul>
3875               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3876                 window background</li>
3877               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3878                 name set correctly</li>
3879               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3880                 save feature colourscheme button</li>
3881             </ul>
3882           </li>
3883         </ul>
3884       </td>
3885     </tr>
3886     <tr>
3887
3888       <td>
3889         <div align="center">
3890           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3891         </div>
3892       </td>
3893       <td><em>New Capabilities</em>
3894         <ul>
3895           <li>URL links generated from description line for
3896             regular-expression based URL links (applet and application)
3897
3898           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3899             menu</li>
3900           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3901             structures</li>
3902           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3903             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3904           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3905             average score or total feature count for each sequence.</li>
3906           <li>Shading features by score or associated description</li>
3907           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3908             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3909           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3910             hide everything but the currently selected region.</li>
3911           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3912         </ul> <em>Application</em>
3913         <ul>
3914           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3915             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3916           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3917             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3918           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3919             database references and protein_name is parsed as
3920             description line (BioSapiens terms).</li>
3921           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3922             references in sequence ID tooltip from View menu in
3923             application.</li>
3924           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3925       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3926           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3927             conservation plots</li>
3928           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3929             and visualized as sequence logos</li>
3930           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3931             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3932           </li>
3933           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3934             when a new tree is opened.</li>
3935           <li>Jalview Java Console</li>
3936           <li>Better placement of desktop window when moving
3937             between different screens.</li>
3938           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3939             consensus annotation</li>
3940           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3941             Workflows</li>
3942           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3943             <ul>
3944               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3945                 used to preserve views, structures, and tree display
3946                 settings)</li>
3947               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3948                 command line</li>
3949               <li>Sharing of selected regions between views and
3950                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3951               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3952             </ul></li>
3953         </ul> <em>Applet</em>
3954         <ul>
3955           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3956           <li>New Parameters
3957             <ul>
3958               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3959                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3960                 opened.</li>
3961               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3962                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3963               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3964                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3965               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3966                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3967                 view</li>
3968               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3969                 increase the height or width of a cell in the alignment
3970                 grid relative to the current font size.</li>
3971             </ul>
3972           </li>
3973           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3974             tooltip</li>
3975         </ul> <em>Other</em>
3976         <ul>
3977           <li>Features format: graduated colour definitions and
3978             specification of feature scores</li>
3979           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3980             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3981             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3982           <li>XML formats extended to support graduated feature
3983             colourschemes, group associated annotation, and profile
3984             visualization settings.</li></td>
3985       <td>
3986         <ul>
3987           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3988             rather than description</li>
3989           <li>Non-positional features are now included in sequence
3990             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3991             visibility in tooltip).</li>
3992           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3993           <li>Added URL embedding instructions to features file
3994             documentation.</li>
3995           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3996             'X' in peptide product</li>
3997           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3998             sequence ID and sequence string and query strings do not
3999             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4000           <li>AMSA files only contain first column of
4001             multi-character column annotation labels</li>
4002           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4003             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4004             exported and re-imported)</li>
4005           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4006             name</li>
4007           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4008             as subsequence matches, and correctly reports total number
4009             of both.</li>
4010           <li>Application:
4011             <ul>
4012               <li>Better handling of exceptions during sequence
4013                 retrieval</li>
4014               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4015                 link text excludes the start_end suffix</li>
4016               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4017                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4018               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4019               <li>Sequence description lines properly shared via
4020                 VAMSAS</li>
4021               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4022                 data sources</li>
4023               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4024                 completes before alignment figures are generated.</li>
4025               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4026                 first time.</li>
4027               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4028                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4029               <li>User defined group colours properly recovered
4030                 from Jalview projects.</li>
4031             </ul>
4032           </li>
4033         </ul>
4034       </td>
4035
4036     </tr>
4037     <tr>
4038       <td>
4039         <div align="center">
4040           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4041         </div>
4042       </td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Experimental support for google analytics usage
4046             tracking.</li>
4047           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4048         </ul>
4049       </td>
4050       <td>
4051         <ul>
4052           <li>Race condition in applet preventing startup in
4053             jre1.6.0u12+.</li>
4054           <li>Exception when feature created from selection beyond
4055             length of sequence.</li>
4056           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4057           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4058             all sequences with a given id</li>
4059           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4060             ID string searches</li>
4061           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4062             alignment to fail with exception</li>
4063         </ul> <em>Application Issues</em>
4064         <ul>
4065           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4066           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4067             data sources</li>
4068         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4069         <ul>
4070           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4071             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4072           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4073             version (java class versioning error fixed)</li>
4074         </ul>
4075       </td>
4076     </tr>
4077     <tr>
4078       <td>
4079
4080         <div align="center">
4081           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4082         </div>
4083       </td>
4084       <td><em>User Interface</em>
4085         <ul>
4086           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4087             translation and protein products</li>
4088           <li>Linked highlighting of structure associated with
4089             residue mapping to codon position</li>
4090           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4091             and 'clear' button</li>
4092           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4093             Tools menu</li>
4094           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4095             numeric data in description line</li>
4096           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4097           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4098             of sequence</li>
4099         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4100         <ul>
4101           <li>JPred3 web service</li>
4102           <li>Prototype sequence search client (no public services
4103             available yet)</li>
4104           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4105             PFAM</li>
4106           <li>URL Links created for matching database cross
4107             references as well as sequence ID</li>
4108           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4109         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4110         <ul>
4111           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4112             databases</li>
4113           <li>Generalised database reference retrieval and
4114             validation to all fetchable databases</li>
4115           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4116             sequence command</li>
4117         </ul> <em>Import and Export</em>
4118         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4119         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4120           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4121         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4122           File</li>
4123         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4124           triplet as name of colourscheme</li>
4125         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4126         <ul>
4127           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4128           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4129             alignments (experimental)</li>
4130           <li>Create new or select existing session to join</li>
4131           <li>load and save of vamsas documents</li>
4132         </ul> <em>Application command line</em>
4133         <ul>
4134           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4135             from applet)</li>
4136           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4137             of DAS servers to query for alignment features</li>
4138           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4139             that are also automatically queried for features</li>
4140           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4141             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4142         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4143         <ul>
4144           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4145             application (when using &quot;View in full
4146             application&quot;)</li>
4147         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4148         <ul>
4149           <li>feature group display control parameter</li>
4150           <li>debug parameter</li>
4151           <li>showbutton parameter</li>
4152         </ul> <em>Applet API methods</em>
4153         <ul>
4154           <li>newView public method</li>
4155           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4156           <li>Feature display control methods</li>
4157           <li>get list of currently selected sequences</li>
4158         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4159         <ul>
4160           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4161           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4162             Jalview release.</li>
4163           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4164             property controls execution of obfuscator</li>
4165           <li>Build target for generating source distribution</li>
4166           <li>Debug flag for javacc</li>
4167           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4168             jalview.bin.Cache</li>
4169           <li>Continuous Build Integration for stable and
4170             development version of Application, Applet and source
4171             distribution</li>
4172         </ul></td>
4173       <td>
4174         <ul>
4175           <li>selected region output includes visible annotations
4176             (for certain formats)</li>
4177           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4178             for editing</li>
4179           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4180           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4181           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4182           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4183             comments</li>
4184           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4185             filenames containing a ':'</li>
4186           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4187             global sequence features</li>
4188           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4189             references from alignment sequences goes to zero</li>
4190           <li>Close of tree branch colour box without colour
4191             selection causes cascading exceptions</li>
4192           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4193           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4194             file parsing fails.</li>
4195           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4196           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4197             not a valid output format</li>
4198           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4199             vamsas</li>
4200           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4201           <li>error messages passed up and output when data read
4202             fails</li>
4203           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4204             sequence is edited</li>
4205           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4206             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4207           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4208             filetype</li>
4209           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4210             import fixed for PFAM records</li>
4211           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4212             window list</li>
4213           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4214             can be read and written correctly to annotation file</li>
4215           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4216             correctly</li>
4217           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4218             non-italic font for representatives in Applet</li>
4219           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4220             Macs.</li>
4221           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4222             Applet)</li>
4223           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4224             due to null pointer exceptions</li>
4225           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4226             first column of alignment</li>
4227           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4228             July 2008</li>
4229           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4230             file is case-insensitive</li>
4231           <li>Sequence features read from Features file appended to
4232             all sequences with matching IDs</li>
4233           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4234             containing a sub-sequence</li>
4235           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4236           <li>feature and annotation file applet parameters
4237             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4238           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4239           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4240             splash-screen version check to complete</li>
4241           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4242             when passing them to the launchApp service</li>
4243           <li>display name and local features preserved in results
4244             retrieved from web service</li>
4245           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4246             sequence fetcher initialisation</li>
4247           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4248             dasobert DAS client</li>
4249           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4250             association</li>
4251           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4252             sequences
4253           </li>
4254         </ul>
4255       </td>
4256     </tr>
4257     <tr>
4258       <td>
4259         <div align="center">
4260           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4261         </div>
4262       </td>
4263       <td>
4264         <ul>
4265           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4266           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4267           <li>Slide sequences</li>
4268           <li>Edit sequence in place</li>
4269           <li>EMBL CDS features</li>
4270           <li>DAS Feature mapping</li>
4271           <li>Feature ordering</li>
4272           <li>Alignment Properties</li>
4273           <li>Annotation Scores</li>
4274           <li>Sort by scores</li>
4275           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4276         </ul>
4277       </td>
4278       <td>
4279         <ul>
4280           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4281           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4282           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4283           <li>Feature group display state in XML</li>
4284           <li>Feature ordering in XML</li>
4285           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4286           <li>Stockholm alignment properties</li>
4287           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4288           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4289           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4290           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4291         </ul>
4292       </td>
4293
4294     </tr>
4295     <tr>
4296       <td>
4297         <div align="center">
4298           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4299         </div>
4300       </td>
4301       <td>
4302         <ul>
4303           <li>Non standard characters can be read and displayed
4304           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4305             applet via textbox
4306           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4307             name &amp; description
4308           <li>Preference setting to display sequence name in
4309             italics
4310           <li>Annotation file format extended to allow
4311             Sequence_groups to be defined
4312           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4313             specified in preferences
4314           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4315             sequences
4316         </ul>
4317       </td>
4318       <td>
4319         <ul>
4320           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4321             installed
4322           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4323           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4324         </ul>
4325       </td>
4326     </tr>
4327     <tr>
4328       <td>
4329         <div align="center">
4330           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4331         </div>
4332       </td>
4333       <td>
4334         <ul>
4335           <li>Multiple views on alignment
4336           <li>Sequence feature editing
4337           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4338           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4339           <li>Background dependent text colour
4340           <li>Right align sequence ids
4341           <li>User-defined lower case residue colours
4342           <li>Format Menu
4343           <li>Select Menu
4344           <li>Menu item accelerator keys
4345           <li>Control-V pastes to current alignment
4346           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4347           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4348           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4349
4350           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4351         </ul>
4352       </td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4356           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4357             calculations
4358           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4359             edits
4360           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4361             of alignment)
4362           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4363
4364           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4365             display correctly
4366           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4367           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4368             analysis results
4369           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4370             &#8739;
4371           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4372           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4373           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4374
4375         </ul>
4376       </td>
4377     </tr>
4378     <tr>
4379       <td>
4380         <div align="center">
4381           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4382         </div>
4383       </td>
4384       <td>
4385         <ul>
4386           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4387         </ul>
4388       </td>
4389       <td>
4390         <ul>
4391           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4392             sequence id panel has been resized</li>
4393           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4394             rendered</li>
4395           <li>Annotation files with sequence references - all
4396             elements in file are relative to sequence position</li>
4397           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4398         </ul>
4399       </td>
4400     </tr>
4401     <tr>
4402       <td>
4403         <div align="center">
4404           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4405         </div>
4406       </td>
4407       <td>
4408         <ul>
4409           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4410           <li>DAS Feature fetching</li>
4411           <li>Hide sequences and columns</li>
4412           <li>Export Annotations and Features</li>
4413           <li>GFF file reading / writing</li>
4414           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4415             files</li>
4416           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4417           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4418           <li>Applet can launch the full application</li>
4419           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4420             required)</li>
4421           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4422           <li>Applet can load sequences from parameter
4423             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4424           </li>
4425         </ul>
4426       </td>
4427       <td>
4428         <ul>
4429           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4430           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4431           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4432         </ul>
4433       </td>
4434     </tr>
4435     <tr>
4436       <td>
4437         <div align="center">
4438           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4439         </div>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4444           <li>Choose to match case when searching</li>
4445           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4446             expand the visible width and height of the alignment</li>
4447         </ul>
4448       </td>
4449       <td>
4450         <ul>
4451           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4452         </ul>
4453       </td>
4454     </tr>
4455     <tr>
4456       <td>
4457         <div align="center">
4458           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4459         </div>
4460       </td>
4461       <td>&nbsp;</td>
4462       <td>
4463         <ul>
4464           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4465           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4466             value</li>
4467         </ul>
4468       </td>
4469     </tr>
4470     <tr>
4471       <td>
4472         <div align="center">
4473           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4474         </div>
4475       </td>
4476       <td>
4477         <ul>
4478           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4479           <li>Keyboard editing</li>
4480           <li>Create sequence features from searches</li>
4481           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4482             alignments</li>
4483           <li>Features file allows grouping of features</li>
4484           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4485           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4486           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4487         </ul>
4488       </td>
4489       <td>
4490         <ul>
4491           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4492           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4493             descriptions saved.</li>
4494         </ul>
4495       </td>
4496     </tr>
4497     <tr>
4498       <td>
4499         <div align="center">
4500           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4501         </div>
4502       </td>
4503       <td>
4504         <ul>
4505           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4506           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4507           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4508             name for file output</li>
4509           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4510           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4511             used for HTML form input</li>
4512         </ul>
4513       </td>
4514       <td>
4515         <ul>
4516           <li>HTML output writes groups and features</li>
4517           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4518           <li>File IO bugs</li>
4519         </ul>
4520       </td>
4521     </tr>
4522     <tr>
4523       <td>
4524         <div align="center">
4525           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4526         </div>
4527       </td>
4528       <td>
4529         <ul>
4530           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4531           <li>More options for PCA viewer</li>
4532         </ul>
4533       </td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>GUI bugs resolved</li>
4537           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4538         </ul>
4539       </td>
4540     </tr>
4541     <tr>
4542       <td height="63">
4543         <div align="center">
4544           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4545         </div>
4546       </td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4550           <li>Jar files are executable</li>
4551           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554       <td>
4555         <ul>
4556           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4557           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4558           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4559         </ul>
4560       </td>
4561     </tr>
4562     <tr>
4563       <td>
4564         <div align="center">
4565           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4566         </div>
4567       </td>
4568       <td>
4569         <ul>
4570           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4571         </ul>
4572       </td>
4573       <td>
4574         <ul>
4575           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4576         </ul>
4577       </td>
4578     </tr>
4579     <tr>
4580       <td>
4581         <div align="center">
4582           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4583         </div>
4584       </td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4588             size</li>
4589         </ul>
4590       </td>
4591       <td>
4592         <ul>
4593           <li>Improved JPred client reliability</li>
4594           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4595         </ul>
4596       </td>
4597     </tr>
4598     <tr>
4599       <td>
4600         <div align="center">
4601           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4602         </div>
4603       </td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4607           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4608           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4609             to Colour Menu</li>
4610           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4611           <li>Unix users can set default web browser</li>
4612           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4613           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4614         </ul>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4619         </ul>
4620       </td>
4621     </tr>
4622     <tr>
4623       <td>
4624         <div align="center">
4625           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4626         </div>
4627       </td>
4628       <td>&nbsp;</td>
4629       <td>
4630         <ul>
4631           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4632             alignment order.</li>
4633         </ul>
4634       </td>
4635     </tr>
4636     <tr>
4637       <td>
4638         <div align="center">
4639           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4640         </div>
4641       </td>
4642       <td>
4643         <ul>
4644           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4645           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4646           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4647             annotations.</li>
4648           <li>Version and build date written to build properties
4649             file.</li>
4650           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4651             at launch of Jalview.</li>
4652         </ul>
4653       </td>
4654       <td>
4655         <ul>
4656           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4657           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4658           <li>Can remove groups one by one.</li>
4659           <li>Filechooser icons installed.</li>
4660           <li>Finder ignores return character when searching.
4661             Return key will initiate a search.<br>
4662           </li>
4663         </ul>
4664       </td>
4665     </tr>
4666     <tr>
4667       <td>
4668         <div align="center">
4669           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4670         </div>
4671       </td>
4672       <td>
4673         <ul>
4674           <li>New codebase</li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677       <td>&nbsp;</td>
4678     </tr>
4679   </table>
4680   <p>&nbsp;</p>
4681 </body>
4682 </html>