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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 126             but not calculated and no protein or DNA score models are
 127             available for tree/PCA calculation when launched with
 128             Turkish language locale
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 132             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 136             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 140             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 144             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 145             '%s'" on the console
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 149             when there are both local and complementary features mapped
 150             to the position under the cursor
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 154             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 158             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 162             internationalised text for some messages and log output
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 166             hidden gapped columns
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 170             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 174             specifying output format when exporting an alignment via the
 175             command line
 176           </li>
 177         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 178         <ul>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 181             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 182             OutOfMemory error.
 183           </li>
 184         </ul> <em>New Known defects</em>
 185         <ul>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 188             are ordered differently when shown on alignment and in
 189             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 193             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 194             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 195             Workaround is to try to save the file again, and if that
 196             fails, delete the original file and save in place.
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 200             alignment window not working correctly when in a HiDPI
 201             scaled mode in Linux
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 205             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 209             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 210           </li>
 211         </ul>
 212       </td>
 213     </tr>
 214     <tr>
 215       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 216           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 217           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 218       <td align="left" valign="top">
 219         <ul>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 222             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 223             for display in alignments, on structure views (including
 224             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 225             export.
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 229             exported and re-imported as GFF3 files
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 233             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 237             validation while parsing
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 241             position if reopened
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 245             of associated view
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 249             enabled by default
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 253             tooltips and menus
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 257             with no feature types visible
 258           </li>
 259           <li>
 260           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 261           </li>
 262         </ul><em>Jalview Installer</em>
 263             <ul>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 266             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 273           </li>
 274               <li>
 275                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 276               <li>
 277                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 278         </ul> <em>Release processes</em>
 279         <ul>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 285           </li>
 286         </ul> <em>Build System</em>
 287         <ul>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 293             report
 294           </li>
 295         </ul>
 296         <em>Groovy Scripts</em>
 297             <ul>
 298           <li>
 299             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 300             to stdout containing the consensus sequence for each
 301             alignment in a Jalview session
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 305             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 306             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 307           </li>
 308         </ul>
 309       </td>
 310       <td align="left" valign="top">
 311         <ul>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 314             'Show hidden markers' option is not ticked
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 318             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 319             jalview preferences or properties file
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 323             'Show Sequence Features' option is not ticked
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 327             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 328             features are visible
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 332             equal when split frame is first opened
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 336             correct after editing a sequence's start position
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 340             with annotation and exceptions thrown when only a few
 341             columns shown in wrapped mode
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 345             wrapped alignment figure with annotations
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 349             ID fails with ClassCastException
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 353             Project
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 357             feature settings dialog also selects columns
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 361             IllegalArgumentException in some circumstances
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 365             opened for a view
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 369             alignment window is closed
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 373             help documentation for 2.11.0 release
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 377             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 378             Uniprot Accession
 379           </li>
 380         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 381         <ul>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 384             PDB/Uniprot search panel
 385           </li>
 386         </ul> <em>Installer</em>
 387         <ul>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 390             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 391           </li>
 392         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 393         <ul>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 396             repository
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 400             memory
 401           </li>
 402         </ul> <em>New Known Issues</em>
 403         <ul>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 406             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 407             command line
 408           </li>
 409           <li>
 410             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 411             clipped in headless figure export when Right Align option
 412             enabled
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 416             'Source' in console output
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 420             bamboo server but run fine locally.
 421           </li>
 422         </ul>
 423       </td>
 424     </tr>
 425     <tr>
 426       <td width="60" align="center" nowrap>
 427           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 428             <em>04/07/2019</em></strong>
 429       </td>
 430       <td align="left" valign="top">
 431         <ul>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 434             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 435             source project) rather than InstallAnywhere
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 439             settings, receive over the air updates and launch specific
 440             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 441               Rings' GetDown</a>)
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 445             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 449             arguments and switch between different getdown channels
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 453             or alignment files
 454           </li>
 455
 456           <li>
 457             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 458             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 461             'Translate as cDNA'</li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 464           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 465             <ul>
 466                       <li>
 467             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 468             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 469           <li>
 470                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 471                 features can be filtered and shaded according to any
 472                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 473                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 474                 file)
 475               </li>
 476               <li>
 477                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 478                 stored and restored from Jalview Projects
 479               </li>
 480               <li>
 481                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 482                 recognise variant features
 483               </li>
 484               <li>
 485                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 486                 sequences (also coloured red by default)
 487               </li>
 488               <li>
 489                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 490                 details
 491               </li>
 492               <li>
 493                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 494                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 495               </li>
 496               <li>
 497                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 498                 dialog
 499               </li>
 500             </ul>
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 504             tree and PCA calculations
 505           </li>
 506           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 507             <ul>
 508               <li>
 509                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 510                 and Viewer state saved in Jalview Project
 511               </li>
 512               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 513                 drop-down menus</li>
 514               <li>
 515                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 516                 incrementally
 517               </li>
 518               <li>
 519                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 520               </li>
 521             </ul>
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 525           </li>
 526           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 527           <ul>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 530                 multiple groups when working with large alignments
 531               </li>
 532               <li>
 533                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 534                 Stockholm files
 535               </li>
 536             </ul>
 537           <li><strong>User Interface</strong>
 538           <ul>
 539               <li>
 540                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 541                 view
 542               </li>
 543               <li>
 544                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 545                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 546                 default (can be changed in user preferences)
 547               </li>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 550                 to the Overwrite Dialog
 551               </li>
 552               <li>
 553                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 554                 sequences are hidden
 555               </li>
 556               <li>
 557                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 558                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 559               </li>
 560               <li>
 561                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 562                 labels
 563               </li>
 564               <li>
 565                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 566                 when in wrapped mode
 567               </li>
 568               <li>
 569                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 570                 annotation
 571               </li>
 572               <li>
 573                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 574               </li>
 575               <li>
 576                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 577                 panel
 578               </li>
 579               <li>
 580                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 581                 popup menu
 582               </li>
 583               <li>
 584               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 585               <li>
 586               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 587
 588
 589             </ul></li>
 590             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 591           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 592             <ul>
 593               <li>
 594                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 595                 trapping CMD-Q
 596               </li>
 597             </ul></li>
 598         </ul>
 599         <em>Deprecations</em>
 600         <ul>
 601           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 602             capabilities removed from the Jalview Desktop
 603           </li>
 604           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 605             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 606             and XML based data retrieval clients</li>
 607           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 608           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 609         </ul> <em>Documentation</em>
 610         <ul>
 611           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 612             not supported in EPS figure export
 613           </li>
 614           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 615         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 616         <ul>
 617           <li>
 618           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 619           </li>
 620       <li>
 621       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 622           <li>
 623           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 624             gradle-eclipse
 625           </li>
 626           <li>
 627           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 628             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 629             execution
 630           </li>
 631           <li>
 632           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 633             operations
 634           </li>
 635           <li>
 636           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 637             issues resolved
 638           </li>
 639           <li>
 640           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 641             markdown (with HTML rendering)
 642           </li>
 643           <li>
 644           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 645           </li>
 646           <li>
 647           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 648             versions of Jalview
 649           </li>
 650         </ul>
 651       </td>
 652       <td align="left" valign="top">
 653         <ul>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 659             superposition in Jmol fail on Windows
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 663             structures for sequences with lots of PDB structures
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 667             monospaced font
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 671             project involving multiple views
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 675             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 676             Annotation dialog hides columns
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 680             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 681             one view, then making another selection in the other view
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 685             columns
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 689             Settings and Jalview Preferences panels
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 693             overview with large alignments
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 697             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 698             mouse moved to the left of the first column
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 702             hidden column marker via scale popup menu
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 706             doesn't tell users the invalid URL
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 710             score from view
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 714             show cross references or Fetch Database References are shown in
 715             red in original view
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 719             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 723             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 727             when columns are hidden
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 731             Columns by Annotation description
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 735             out of Scale or Annotation Panel
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 739             scale panel
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 743             alignment down
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 747             scale panel
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 751             Page Up in wrapped mode
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 761             on opening an alignment
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 765             Colour menu
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 769             different groups in the alignment are selected
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 773             correctly in menu
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 777             threshold limit
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 781             threshold gets 'unrounded'
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 785             colour
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 795             Tree font
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 799             project file
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 803             shown in complementary view
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 807             without normalisation
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 811             of report
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 815           </li>
 816           <li>
 817           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 818           </li>
 819         </ul> <em>Editing</em>
 820         <ul>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 823             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 824             sequence
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 828             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 829             removed (Known defect since 2.10)
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 833             dialog corrupts dataset sequence
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 837             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 838           </li>
 839         </ul> <em>Datamodel</em>
 840         <ul>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 843             sequence's End is greater than its length
 844           </li>
 845         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 846           general release)</em>
 847         <ul>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 850           </li>
 851         </ul> <em>New Known Defects</em>
 852         <ul>
 853         <li>
 854         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 855         </li>
 856         <li>
 857           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 858           regions of protein alignment.
 859         </li>
 860         <li>
 861           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 862           is restored from a Jalview 2.11 project
 863         </li>
 864         <li>
 865           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 866           'New View'
 867         </li>
 868         <li>
 869           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 870           columns within hidden columns
 871         </li>
 872         <li>
 873           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 874           window after dragging left to select columns to left of visible
 875           region
 876         </li>
 877         <li>
 878           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 879           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 880           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 881           create a Score filter instead.
 882         </li>
 883         <li>
 884         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 885         <li>
 886         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 887         </li>
 888         <li>
 889           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 890           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 891         </li>
 892         </ul>
 893         <em>Java 11 Specific defects</em>
 894           <ul>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 897               alphabetically when saved
 898             </li>
 899         </ul>
 900       </td>
 901     </tr>
 902     <tr>
 903     <td width="60" nowrap>
 904       <div align="center">
 905         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 906       </div>
 907     </td>
 908     <td><div align="left">
 909         <em></em>
 910         <ul>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 913               InstallAnywhere increased to 1G.
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 917               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 918               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 919                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 920                 properties file.</em>
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 924               API and sequence data now imported as JSON.
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 928               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 929               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 930               property.
 931             </li>
 932           </ul>
 933           <em>Development</em>
 934           <ul>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 937               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 938                 Clover</a>
 939             </li>
 940           </ul>
 941         </div></td>
 942     <td><div align="left">
 943         <em></em>
 944         <ul>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 947               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 948               alignment.
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 952               annotation displayed.
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 956               for newly created group when 'Apply to all groups'
 957               selected
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 961               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 962               visible.
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 966               when sequences are selected in exported view.</em>
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 970               aren't rendered with correct colour.
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 974               types of knotted RNA secondary structure.
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 978               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 979               do not start at 1.
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 983               annotation when columns are inserted into an alignment,
 984               and when exporting as Stockholm flatfile.
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 988               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 989               treated as RNA secondary structure.
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 993               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 997               transfers focus to previous window on OSX
 998             </li>
 999           </ul>
1000           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1001           <ul>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1004               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1005               box.
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1009               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1010               'look and feel' which has improved compatibility with the
1011               latest version of OSX.
1012             </li>
1013           </ul>
1014         </div>
1015     </td>
1016     </tr>
1017     <tr>
1018       <td width="60" nowrap>
1019         <div align="center">
1020           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1021             <em>7/06/2018</em></strong>
1022         </div>
1023       </td>
1024       <td><div align="left">
1025           <em></em>
1026           <ul>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1029               annotation retrieved from Uniprot
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1033               onto the Jalview Desktop
1034             </li>
1035           </ul>
1036         </div></td>
1037       <td><div align="left">
1038           <em></em>
1039           <ul>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1042               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1046               right-hand column parsed correctly
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1050               not alignment area in exported graphic
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1054               window has input focus
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1058               annotation added to view (Windows)
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1062               network connectivity is poor
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1066               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1067                 the currently open URL and links from a page viewed in
1068                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1069                 you are using Edge, only links in the page can be
1070                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1071                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1072             </li>
1073           </ul>
1074           <em>New Known Defects</em>
1075           <ul>
1076             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1077           </ul>
1078         </div></td>
1079     </tr>
1080     <tr>
1081       <td width="60" nowrap>
1082         <div align="center">
1083           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1084         </div>
1085       </td>
1086       <td><div align="left">
1087           <em></em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1091               for disabling automatic superposition of multiple
1092               structures and open structures in existing views
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1096               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1097               adjust them.
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1101               Ensembl services
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1105               and lots of hidden columns
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1109               of features (particularly when transparency is disabled)
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1113               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1114               generally available
1115             </li>
1116           </ul>
1117           </div>
1118       </td>
1119       <td><div align="left">
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1123               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1127               overlapping alignment panel
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1131               sequence as gaps
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1135               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1136               UTR
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1140               factor annotation not added to sequence when local PDB
1141               file associated with it by drag'n'drop or structure
1142               chooser
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1146               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1150               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1154               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1158               columns in annotation row
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1162               honored in batch mode
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1166               for structures added to existing Jmol view
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1170               entries after importing project with multiple views
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1174               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1175               with negative residue numbers or missing residues fails
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1179               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1180               as generated by CONSURF)
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1184               tooltip doesn't include a text description of mutation
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1188               structure and/or overview windows are also shown
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1192               very slow for alignments with large numbers of sequences
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1196               with 'StringIndexOutOfBounds'
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1200               platforms running Java 10
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1204               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1205             </li>
1206           </ul>
1207           <em>Applet</em>
1208           <ul>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1211               should copy the group consensus when popup is opened on it
1212             </li>
1213           </ul>
1214           <em>Batch Mode</em>
1215           <ul>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1218           </li>
1219           </ul>
1220           <em>New Known Defects</em>
1221           <ul>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1224               editing a large alignment and overview is displayed
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1228               repeatedly after a series of edits even when the overview
1229               is no longer reflecting updates
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1233               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1234               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1235               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1239               option gives blank output
1240             </li>
1241           </ul>
1242         </div>
1243           </td>
1244     </tr>
1245     <tr>
1246       <td width="60" nowrap>
1247         <div align="center">
1248           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1249         </div>
1250       </td>
1251       <td><div align="left">
1252           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1253               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1254       <td><div align="left">
1255           <em>Desktop</em><ul>
1256           <ul>
1257             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1258             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1259             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1260             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1261             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1262             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1263             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1264           </ul>
1265           </div>
1266       </td>
1267     </tr>
1268     <tr>
1269       <td width="60" nowrap>
1270         <div align="center">
1271           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1272         </div>
1273       </td>
1274       <td><div align="left">
1275           <em></em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1279               rendering of sequence features
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1283               429 rate limit request hander
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1287               their colours have changed
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1291               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1295               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1299               view from Ensembl locus cross-references
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1303               Alignment report
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1307               feature can be disabled
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1311               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1315               Uniprot
1316             </li>
1317           </ul>
1318           <em>Scripting</em>
1319           <ul>
1320             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1321             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1322               percent identity scores for current alignment.</li>
1323           </ul>
1324           <em>Testing and Deployment</em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1328             </li>
1329           </ul>
1330         </div></td>
1331       <td><div align="left">
1332           <em>General</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1336               threshold text field doesn't trigger an update to the
1337               alignment view
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1341               strings in parallel
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1345               alignment window is closed
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1349               group visibility
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1353               takes a long time in Cursor mode
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>Desktop</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1360               cannot be viewed in Chimera
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1364               CDS/Protein view
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1368               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1369               Search Dialogs
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1379               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1383               scrolling right in unwapped alignment view
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1387               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1388               database
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1392               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1396               features of same type and group to be selected for
1397               amending
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1401               alignments when hidden columns are present
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1405               displaying several structures
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1409               moving a window
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1413               within the Jalview desktop on OSX
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1417               when in wrapped alignment mode
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1421               hand end of alignment
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1425               each selected sequence do not have correct start/end
1426               positions
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1430               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1434               restoring project until a new view is created
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1438               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1439               configured (since 2.10.2b2)
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1443               position is adjusted
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1447               in a multi-chain structure when viewing alignment
1448               involving more than one chain (since 2.10)
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1452               if new selection moves alignment window
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1456               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1460               that produces correctly annotated transcripts and products
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1464               doesn't update associated structure view
1465             </li>
1466           </ul>
1467           <em>Applet</em><br />
1468           <ul>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1471               closing alignment panel
1472             </li>
1473           </ul>
1474           <em>BioJSON</em><br />
1475           <ul>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1478               non-positional features
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>New Known Issues</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1485               sequence features correctly (for many previous versions of
1486               Jalview)
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1490               using cursor in wrapped panel other than top
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1494               graduated colour threshold
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1498               always preserve numbering and sequence features
1499             </li>
1500           </ul>
1501           <em>Known Java 9 Issues</em>
1502           <ul>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1505               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1506               9.01, OSX 10.10)
1507             </li>
1508           </ul>
1509         </div></td>
1510     </tr>
1511     <tr>
1512       <td width="60" nowrap>
1513         <div align="center">
1514           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1515             <em>2/10/2017</em></strong>
1516         </div>
1517       </td>
1518       <td><div align="left">
1519           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1520           <ul>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1523             </li>
1524             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1525             </li>
1526           </ul>
1527         </div></td>
1528       <td><div align="left">
1529         </div></td>
1530     </tr>
1531     <tr>
1532       <td width="60" nowrap>
1533         <div align="center">
1534           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1535             <em>7/9/2017</em></strong>
1536         </div>
1537       </td>
1538       <td><div align="left">
1539           <em></em>
1540           <ul>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1543               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1544               white)
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1548               Preferences
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1552               in size and progress bar shown as higher resolution
1553               overview is recalculated
1554             </li>
1555
1556           </ul>
1557         </div></td>
1558       <td><div align="left">
1559           <em></em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1563               column region row by row
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1567               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1571               format setting is unticked
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1575               if group has show boxes format setting unticked
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1579               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1580               include sequences and columns not currently displayed
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1584               assemblies are imported via CIF file
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1588               displayed when threshold or conservation colouring is also
1589               enabled.
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1593               server version
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1597               dragging a selected region off the visible region of the
1598               alignment
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1602               colourscheme to all groups in a view
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1606               initially after font size change using the Font chooser or
1607               middle-mouse zoom
1608             </li>
1609           </ul>
1610         </div></td>
1611     </tr>
1612     <tr>
1613       <td width="60" nowrap>
1614         <div align="center">
1615           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1616         </div>
1617       </td>
1618       <td><div align="left">
1619           <em>Calculations</em>
1620           <ul>
1621
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1624               ungapped positions in each column of the alignment.
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1628               a calculation dialog box
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1632               and memory efficiency (~30x faster)
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1636               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1637               and other calculations
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1641               files within the Jalview codebase
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1645               Similarity may have different topology due to increased
1646               precision
1647             </li>
1648           </ul>
1649           <em>Rendering</em>
1650           <ul>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1653               model for alignments and groups
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1657               scripts
1658             </li>
1659           </ul>
1660           <em>Overview</em>
1661           <ul>
1662             <li>
1663               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1664               with alignment and overview windows
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1668               overview
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1672               omitted in Overview
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1676               adjustment of visible position
1677             </li>
1678           </ul>
1679
1680           <em>Data import/export</em>
1681           <ul>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1684               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1688               annotation input/output via stockholm flatfile
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1692               extension when importing structure files without embedded
1693               names or PDB accessions
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1697               format sequence substitution matrices
1698             </li>
1699           </ul>
1700           <em>User Interface</em>
1701           <ul>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1704               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1705               the application.
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1709               via Overview or sequence motif search operations
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1713               opened by double clicking gaps within sequence feature
1714               extent
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1718               aligned positions were available to create a 3D structure
1719               superposition.
1720             </li>
1721           </ul>
1722           <em>3D Structure</em>
1723           <ul>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1726               coloured in linked structure views
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1730               file-based command exchange
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1734               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1735               structures are already available for sequences
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1739               the Jalview project rather than downloaded again when the
1740               project is reopened.
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1744               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1745               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1746                 Feature</strong>)
1747             </li>
1748           </ul>
1749           <em>Web Services</em>
1750           <ul>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1756               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1757               Analysis services
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1761               cross-references provided by identifiers.org and the
1762               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1763             </li>
1764           </ul>
1765
1766           <em>Scripting</em>
1767           <ul>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1770               identifying file formats (instead of String constants)
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1774               efficiency when counting all displayed features (not
1775               backwards compatible with 2.10.1)
1776             </li>
1777           </ul>
1778           <em>Example files</em>
1779           <ul>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1782               included in the example feature file
1783             </li>
1784           </ul>
1785           <em>Documentation</em>
1786           <ul>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1789               with the built-in Java help viewer
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1793               sequence description' option
1794             </li>
1795           </ul>
1796           <em>Test Suite</em>
1797           <ul>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1800               Uniprot REST Free Text Search Client
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1807               during tests
1808             </li>
1809           </ul>
1810         </div></td>
1811       <td><div align="left">
1812           <em>Calculations</em>
1813           <ul>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1816               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1817               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1818             </li>
1819             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1820               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1821               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1822               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1823               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1824               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1825               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1826               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1827               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1828               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1829               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1830               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1831               // for 2.10.1 mode <br />
1832               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1833               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1834                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1835                 calculations (not recommended)</em></li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1838               scaling of branch lengths for trees computed using
1839               Sequence Feature Similarity.
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1843               generating output report when working with highly
1844               redundant alignments
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1848               right of selected region when gaps present on right-hand
1849               boundary
1850             </li>
1851           </ul>
1852           <em>User Interface</em>
1853           <ul>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1856               doesn't reselect a specific sequence's associated
1857               annotation after it was used for colouring a view
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1861               opened on a region of alignment without groups
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1865               of an alignment with overlapping groups
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1869               name and description match
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1873               hidden regions results in incorrect hidden regions
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1877               changing colour does not apply Conservation slider value
1878               to all groups
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1882               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1886               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1890               gaps before start of features
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1894               restored to UI when feature colour is edited
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1898               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1902               as graduate feature colour settings are modified via the
1903               dialog box
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1907               when a group defined on the alignment is resized
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1911               wrapped view result in positional status updates
1912             </li>
1913
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1916               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1920               alignment included gapped columns
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1924               widgets don't permanently disappear
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1928               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1929               T-Coffee column reliability scores)
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1933               sequence feature on gaps only
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1937               button from a Find inherit previously defined feature type
1938               rather than the Find query string
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1942               exporting tree calculated in Jalview
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1946               and then revealing them reorders sequences on the
1947               alignment
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1951               doesn't update to reflect available set of groups after
1952               interactively adding or modifying features
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1956               Linux
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1960               only excluded gaps in current sequence and ignored
1961               selection.
1962             </li>
1963           </ul>
1964           <em>Rendering</em>
1965           <ul>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1968               erratically when hidden rows or columns are present
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1972               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1973               sequence colouring
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1977               colour and group colour menu for protein alignments
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1981               reflect currently selected view or group's shading
1982               thresholds
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1986               when rendered on overview and structures when opacity at
1987               100%
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1991               overview when features overlaid on alignment
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1995               recovered correctly from Jalview project file
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1999               (automatically via preferences) are different to the main
2000               alignment panel
2001             </li>
2002           </ul>
2003           <em>Data import/export</em>
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2007               load
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2011               added after a sequence was imported are not written to
2012               Stockholm File
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2016               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2020               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2024               with lightGray or darkGray via features file (but can
2025               specify lightgray)
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2029               when alignment view imported from project
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2033               structure and sequences extracted from structure files
2034               imported via URL and viewed in Jmol
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2038               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2039               the project is loaded and the structure viewed
2040             </li>
2041           </ul>
2042           <em>Web Services</em>
2043           <ul>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2046               release of Ensembl v.88
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2050               appear enabled in Preferences->Connections
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2054               removed from console output
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2058               Ensembl by Peptide ID
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2062               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2063               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2064               due to 'null' string rather than empty string used for
2065               residues with no corresponding PDB mapping).
2066             </li>
2067           </ul>
2068           <em>Application UI</em>
2069           <ul>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2072               menu
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2076               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2077               new documentation and tooltips added)
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2081               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2085               new features are added to alignment
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2089               changes to feature colours via the Amend features dialog
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2093               edit graduated feature colour via amend features dialog
2094               box
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2098               selection menu changes colours of alignment views
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2102               from alignment calculation workers after alignment has
2103               been closed
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2107               groups now 'Create Group'
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2111               Create/Undefine group doesn't always work
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2115               shown again after pressing 'Cancel'
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2119               adjusts start position in wrap mode
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2123               ambiguous amino acids
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2127               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2128               proteins
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2132               Defined' don't appear in Colours menu
2133             </li>
2134           </ul>
2135           <em>Applet</em>
2136           <ul>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2139               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2143               overview or linked structure view
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2147               work (since 2.8)
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2151               user-defined colourscheme doesn't restore original
2152               colourscheme
2153             </li>
2154           </ul>
2155           <em>Test Suite</em>
2156           <ul>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2159               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2163               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2164               problems with deep array comparison equality asserts in
2165               successive versions of TestNG
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2169               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2170             </li>
2171           </ul>
2172           <em>New Known Issues</em>
2173           <ul>
2174             <li>
2175               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2176               phase after a sequence motif find operation
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2180               containing just upper and lower case letters are
2181               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2185               reliably from eggnog Ortholog database
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2189               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2190               to mark columns containing highlighted regions.
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2194               doesn't always add secondary structure annotation.
2195             </li>
2196           </ul>
2197         </div>
2198     <tr>
2199       <td width="60" nowrap>
2200         <div align="center">
2201           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2202         </div>
2203       </td>
2204       <td><div align="left">
2205           <em>General</em>
2206           <ul>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2209               for all consensus calculations
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2213               3rd Oct 2016)
2214             </li>
2215             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2216               for 2016-2017</li>
2217           </ul>
2218           <em>Application</em>
2219           <ul>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2222               set of database cross-references, sorted alphabetically
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2226               from database cross references. Users with custom links
2227               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2228                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2232               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2233               Chimera session
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2237               the Chimera it is connected to is shut down
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2241               columns menu item to mark columns containing highlighted
2242               regions (e.g. from structure selections or results of a
2243               Find operation)
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2247               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2248               MSAviewer
2249             </li>
2250           </ul>
2251         </div></td>
2252       <td>
2253         <div align="left">
2254           <em>General</em>
2255           <ul>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2258               are not coloured or thresholded according to percent
2259               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2263               hydrophobic
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2267               threshold, amino acid properties)
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2271               reported as mapped to residues in a structure file in the
2272               View Mapping report
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2276               could be added multiple times to a sequence
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2280               bond features shown as two highlighted residues rather
2281               than a range in linked structure views, and treated
2282               correctly when selecting and computing trees from features
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2286               cross-references are matched to database name regardless
2287               of case
2288             </li>
2289
2290           </ul>
2291           <em>Application</em>
2292           <ul>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2295               names without regular expressions also offer links from
2296               Sequence ID
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2300               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2301               update Jalview configuration
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2305               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2309               files with similarly named sequences if dropped onto the
2310               alignment
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2314               entries where more chains exist in the PDB accession than
2315               are reported in the SIFTS file
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2319               the structure view when displayed with Chimera
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2323               panel's View->Show Chains submenu
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2327               work for wrapped alignment views
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2331               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2335               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2336               first annotation row
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2340               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2344               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2345             </li>
2346             <!-- JAL-2319 -->
2347             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2348             coordindate data
2349             </li>
2350           </ul>
2351           <!--           <em>New Known Issues</em>
2352           <ul>
2353             <li></li>
2354           </ul> -->
2355         </div>
2356       </td>
2357     </tr>
2358     <td width="60" nowrap>
2359       <div align="center">
2360         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2361           <em>25/10/2016</em></strong>
2362       </div>
2363     </td>
2364     <td><em>Application</em>
2365       <ul>
2366         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2367           view if structures already loaded</li>
2368         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2369           structure views</li>
2370       </ul></td>
2371     <td>
2372       <div align="left">
2373         <em>General</em>
2374         <ul>
2375           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2376             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2377           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2378             example sequences/projects/trees</li>
2379         </ul>
2380         <em>Application</em>
2381         <ul>
2382           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2383             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2384           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2385             without timeout for structures with multiple models or
2386             multiple sequences in alignment</li>
2387           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2388             PDB ID HEADER line</li>
2389           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2390             is performed</li>
2391           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2392             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2393           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2394           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2395             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2396             option</li>
2397           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2398             is created on the alignment</li>
2399           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2400             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2401             pop-up menu</li>
2402         </ul>
2403         <em>Build and deployment</em>
2404         <ul>
2405           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2406             tags</li>
2407         </ul>
2408         <em>New Known Issues</em>
2409         <ul>
2410           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2411             on Windows</li>
2412         </ul>
2413       </div>
2414     </td>
2415     </tr>
2416     <tr>
2417       <td width="60" nowrap>
2418         <div align="center">
2419           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2420         </div>
2421       </td>
2422       <td><em>General</em>
2423         <ul>
2424           <li>
2425             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2426           </li>
2427           <li>
2428             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2429             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2430             better PDB parsing.
2431           </li>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2434             reference sequence
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2438             mousing over sequence associated annotation
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2442             for manual entry
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2446             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2447             for each column
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2451             showing or hiding columns containing a feature
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2455             group and sequence associated annotation labels
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2459             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2460             dialogs
2461           </li>
2462
2463         </ul> <em>Application</em>
2464         <ul>
2465           <li>
2466             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2467             gene/transcript view
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2471             dialog
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2475             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2479             Pfam sources to xfam.org
2480           </li>
2481           <li>
2482             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2486             over sequences in Jalview
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2490             regions in ENA and EMBL
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2494             for record retrieval via ENA rest API
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2498             complement operator
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2502             groovy script execution
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2506             alignment window's Calculate menu
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2510             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2514             calculation workers from groovy scripts
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2518             Jalview projects
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2522             associations are now saved/restored from project
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2526             before sequence fetcher is opened
2527           </li>
2528           <li>
2529             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2530             database chooser opens a sequence fetcher
2531           </li>
2532           <li>
2533             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2534             the UniProt REST API
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2538             the news reader opening
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2542             querying stored in preferences
2543           </li>
2544           <li>
2545             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2546             search results
2547           </li>
2548           <li>
2549             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2550           </li>
2551           <li>
2552             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2553             menu for nucleotide sequences
2554           </li>
2555           <li>
2556             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2557             and feature counts preserves alignment ordering (and
2558             debugged for complex feature sets).
2559           </li>
2560           <li>
2561             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2562             viewing structures with Jalview 2.10
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2566             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2567             Ensembl Genomes REST API
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2571             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2572             (Ensembl)
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2576             sequences
2577           </li>
2578           <li>
2579             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2580             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2581             data from external database records.
2582           </li>
2583           <li>
2584             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2585             efficient recovery of sequence coding and alignment
2586             annotation relationships.
2587           </li>
2588         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2589         <ul>
2590           <li>
2591             -- JAL---
2592           </li>
2593         </ul> --></td>
2594       <td>
2595         <div align="left">
2596           <em>General</em>
2597           <ul>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2600               menu on OSX
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2604               includes graduated colourschemes
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2608               working with big alignments and lots of hidden columns
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2612               at right of alignment window
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2616               contents
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2620               for DNA alignments
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2624               based tree calculation
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2628               unconserved enabled for group on alignment
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2632               set as reference
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2636               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2637               annotation
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2641               hidden columns present
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2645               user created annotation added to alignment
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2649               '()' base pair annotation
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2653               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2654               Consensus
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2658               feature not working
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2662               beginning of sequence
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2666               entry 3a6s
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2670               from a tree when t-coffee scores are shown
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2674               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2678               some structures
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2682               to Clustal, PIR and PileUp output
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2686               not visible causes alignment window to repaint
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2690               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2691               scores associated with features and annotation rows
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2695               calculation should be case independent
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2699               columns
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2703               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2704               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2708               problems when reference sequence defined and 'show
2709               non-conserved' enabled
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2713               load even when Consensus calculation is disabled
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2717               alignment does nothing
2718             </li>
2719           </ul>
2720           <em>Application</em>
2721           <ul>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2724               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2725               yet fixed for El Capitan)
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2729               output when running on non-gb/us i18n platforms
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2733               hidden sequences as flat-file alignment
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2737               launching Chimera
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2741               (also hotfix for 2.9.0b2)
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2745               reference sequence defined
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2749               alignments and views when revealing hidden columns
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2753               view in a cDNA/Protein splitframe
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2757               sequence from project when only one sequence is
2758               represented
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2762               in Structure Chooser
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2766               structure consensus didn't refresh annotation panel
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2770               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2774               dialogs format columns correctly, don't display array
2775               data, sort columns according to type
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2779               file chooser is cancelled during an image export
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2783               sequence name containing special characters
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2787               case insensitive
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2791               formatting don't wrap
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2795               truncated so L looks like I in consensus annotation
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2799               currently displayed features for the current selection or
2800               view
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2804               after fetching cross-references, and restoring from
2805               project
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2809               followed in the structure viewer
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2813               splitframe not restored from project
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2817               trailing end of protein alignment in transcript/product
2818               splitview when pad-gaps not enabled by default
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2822               is case dependent
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2826               article has been read (reopened issue due to
2827               internationalisation problems)
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2831               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2832               cross-references
2833             </li>
2834
2835             <li>
2836               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2837               alignment as HTML
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2841               multiple structures are shown for one or more sequences.
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2845               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2846               is enabled.
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2850               specific PDB id for sequence
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2854               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2855               columns' is disabled.
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2859               selects lowest rather than highest resolution structures
2860               for each sequence
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2864               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2868               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2872               after clicking on it to create new annotation for a
2873               column.
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2877               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2878             </li>
2879             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2880             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2881           </ul>
2882           <em>Applet</em>
2883           <ul>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2886               hidden columns present before start of sequence
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2890               (JSON jars)
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2894               sequences are hidden in applet
2895             </li>
2896             <li>
2897               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2898               deployment on examples pages.
2899             </li>
2900           </ul>
2901         </div>
2902       </td>
2903     </tr>
2904     <tr>
2905       <td width="60" nowrap>
2906         <div align="center">
2907           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2908             <em>16/10/2015</em></strong>
2909         </div>
2910       </td>
2911       <td><em>General</em>
2912         <ul>
2913           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2914             jars</li>
2915         </ul></td>
2916       <td>
2917         <div align="left">
2918           <em>Application</em>
2919           <ul>
2920             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2921               shown when tree is partitioned</li>
2922             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2923               multiple cDNA/Protein split views</li>
2924           </ul>
2925         </div>
2926       </td>
2927     </tr>
2928     <tr>
2929       <td width="60" nowrap>
2930         <div align="center">
2931           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2932             <em>8/10/2015</em></strong>
2933         </div>
2934       </td>
2935       <td><em>General</em>
2936         <ul>
2937           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2938             2.9</li>
2939         </ul> <em>Application</em>
2940         <ul>
2941           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2942           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2943           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2944         </ul> <em>Applet</em>
2945         <ul>
2946           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2947         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2948         <ul>
2949           <li>
2950             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2951             suite
2952           </li>
2953         </ul></td>
2954       <td>
2955         <div align="left">
2956           <em>General</em>
2957           <ul>
2958             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2959               incorrect when sequence start > 1</li>
2960             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2961               documentation</li>
2962             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2963             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2964               loading a features file containing HTML tags in feature
2965               description</li>
2966
2967           </ul>
2968           <em>Application</em>
2969           <ul>
2970             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2971               reimport</li>
2972             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2973               with 'trim retrieved sequences'</li>
2974             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2975               deleting selected columns</li>
2976             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2977               JNLP templates for webstart launch</li>
2978             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2979               unreleased structures for download or viewing</li>
2980             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2981               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2982             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2983               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2984             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2985               recovered from jalview project</li>
2986             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2987               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2988               alignment view</li>
2989             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2990               color schemes from BioJSON</li>
2991           </ul>
2992           <em>Applet</em>
2993           <ul>
2994             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2995               frame</li>
2996             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2997           </ul>
2998         </div>
2999       </td>
3000     </tr>
3001     <tr>
3002       <td><div align="center">
3003           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3004         </div></td>
3005       <td><em>General</em>
3006         <ul>
3007           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3008             alignments:
3009             <ul>
3010               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3011                 and DNA alignment views</li>
3012               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3013                 cDNA alignment views</li>
3014               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3015                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3016               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3017                 protein sequences</li>
3018             </ul>
3019           </li>
3020           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3021           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3022             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3023           <li>New alignment annotation file statements for
3024             reference sequences and marking hidden columns</li>
3025           <li>Reference sequence based alignment shading to
3026             highlight variation</li>
3027           <li>Select or hide columns according to alignment
3028             annotation</li>
3029           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3030           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3031             acid conservation row</li>
3032           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3033         </ul> <em>Application</em>
3034         <ul>
3035           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3036             <ul>
3037               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3038                 view with cDNA/Protein</li>
3039               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3040                 sequences are placed in the same alignment</li>
3041               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3042                 projects</li>
3043             </ul>
3044           </li>
3045
3046           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3047           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3048             Jalview windows</li>
3049
3050           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3051           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3052           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3053             be shown in VARNA</li>
3054
3055           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3056             as the active selected region</li>
3057
3058           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3059             similarity</li>
3060           <li>New Export options
3061             <ul>
3062               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3063                 region export in flat file generation</li>
3064
3065               <li>Export alignment views for display with the <a
3066                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3067
3068               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3069               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3070                 alignment figures to HTML</li>
3071           </li>
3072           <li>3D structure retrieval and display
3073             <ul>
3074               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3075                 Search API</li>
3076               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3077                 PDB structures for a sequence set</li>
3078             </ul>
3079           </li>
3080
3081           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3082             predictions</li>
3083           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3084             for one or a group of sequences</li>
3085           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3086             from the JPred4 web server</li>
3087           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3088             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3089             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3090           </li>
3091           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3092             VARNA 2D Structure'</li>
3093           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3094             Structure ..."</li>
3095
3096         </ul> <em>Applet</em>
3097         <ul>
3098           <li>New layout for applet example pages</li>
3099           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3100             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3101           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3102             Protein alignments</li>
3103         </ul> <em>Development and deployment</em>
3104         <ul>
3105           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3106           <li>Include installation type and git revision in build
3107             properties and console log output</li>
3108           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3109             storing BioJsMSA Templates</li>
3110           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3111         </ul></td>
3112       <td>
3113         <!-- <em>General</em>
3114         <ul>
3115         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3116         <ul>
3117           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3118           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3119           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3120             predictions are not highlighted in amber</li>
3121           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3122             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3123           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3124             associated structure views</li>
3125           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3126             width checkbox not enabled</li>
3127           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3128             creating user defined colours</li>
3129           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3130             mappings for just that viewer's sequences</li>
3131           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3132             multiple models in Chimera</li>
3133           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3134             over Jmol structure</li>
3135           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3136             output to text box</li>
3137           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3138             have incorrect sequence start/end</li>
3139           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3140             Jalview fails</li>
3141           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3142             work for nucleotide</li>
3143           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3144             to a grey/invisible alignment window</li>
3145           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3146             imports to different position</li>
3147           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3148             on some platforms</li>
3149           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3150             populated</li>
3151           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3152             console if Chimera has been opened</li>
3153           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3154           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3155             retrieved</li>
3156           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3157           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3158             either sequence shows on first structure</li>
3159           <li>'Show annotations' options should not make
3160             non-positional annotations visible</li>
3161           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3162             in right place after 'view flanking regions'</li>
3163           <li>File Save As type unset when current file format is
3164             unknown</li>
3165           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3166             projects</li>
3167           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3168             responsive</li>
3169           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3170             several views on same alignment</li>
3171           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3172           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3173             spaces</li>
3174         </ul> <em>Applet</em>
3175         <ul>
3176           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3177           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3178             descriptions containing angle brackets</li>
3179         </ul> <em>General</em>
3180         <ul>
3181           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3182             via jalview annotation file</li>
3183           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3184             with RNA secondary structure</li>
3185           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3186             translation doesn't work.</li>
3187           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3188           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3189             positions</li>
3190           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3191             choosing 1pt font</li>
3192           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3193             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3194             'h'</li>
3195           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3196             new feature</li>
3197           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3198             order dependent</li>
3199           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3200             sequences</li>
3201           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3202         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3203         <ul>
3204           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3205             www.jalview.org</li>
3206         </ul> <em>Application Known issues</em>
3207         <ul>
3208           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3209           <li>Misleading message appears after trying to delete
3210             solid column.</li>
3211           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3212             version launches</li>
3213           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3214             fails with a sequence mismatch</li>
3215           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3216             scrolling alignment to right</li>
3217           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3218             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3219           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3220             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3221           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3222             ultra-high resolution</li>
3223           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3224             quality and conservation</li>
3225           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3226             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3227         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3228         <ul>
3229           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3230           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3231             window is being resized</li>
3232
3233         </ul>
3234       </td>
3235     </tr>
3236     <tr>
3237       <td><div align="center">
3238           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3239         </div></td>
3240       <td><em>General</em>
3241         <ul>
3242           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3243             Certum.PL.</li>
3244           <li>Features and annotation preserved when performing
3245             pairwise alignment</li>
3246           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3247             imported/exported/displayed</li>
3248           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3249             protein secondary structure</li>
3250           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3251               post-hoc with 2.9 release</em>)
3252           </li>
3253
3254         </ul> <em>Application</em>
3255         <ul>
3256           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3257             with 3D structures</li>
3258           <li>Support for parsing RNAML</li>
3259           <li>Annotations menu for layout
3260             <ul>
3261               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3262               <li>place sequence annotation above/below alignment
3263                 annotation</li>
3264             </ul>
3265           <li>Output in Stockholm format</li>
3266           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3267             translation</li>
3268           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3269           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3270             shared between alignments</li>
3271           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3272             Jalview</li>
3273           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3274             all or current selection</li>
3275           <li>disorder and secondary structure predictions
3276             available as dataset annotation</li>
3277           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3278
3279
3280           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3281             alignments from Rfam</li>
3282           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3283
3284           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3285             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3286           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3287           <li>include installation type in build properties and
3288             console log output</li>
3289           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3290             annotation</li>
3291         </ul></td>
3292       <td>
3293         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3294         <ul>
3295           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3296             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3297           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3298             alignment</li>
3299           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3300           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3301           <li>Double click on sequence associated annotation
3302             selects only first column</li>
3303           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3304             leaves shown in tree</li>
3305           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3306             properly</li>
3307           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3308           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3309             screen and buttons not visible</li>
3310           <li>author list isn't updated if already written to
3311             Jalview properties</li>
3312           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3313             from database</li>
3314           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3315           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3316             browser search window</li>
3317           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3318             in feature settings dialog</li>
3319           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3320             desktop</li>
3321           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3322             pass validation</li>
3323           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3324             fit on screen</li>
3325           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3326             tooltip</li>
3327           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3328             defined user preset</li>
3329           <li>MSA web services warns user if they were launched
3330             with invalid input</li>
3331           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3332             Java 8</li>
3333           <li>
3334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3335             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3336             created
3337           </li>
3338
3339         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3340         <ul>
3341         </ul> <em>General</em>
3342         <ul>
3343         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3344         <ul>
3345           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3346             memory allocation</li>
3347           <li>launchApp service doesn't automatically open
3348             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3349           <li>
3350             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3351             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3352             1.7_055 is available
3353           </li>
3354         </ul> <em>Application Known issues</em>
3355         <ul>
3356           <li>
3357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3358             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3359             alignment to right
3360           </li>
3361           <li>
3362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3363             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3364             with large number of ID
3365           </li>
3366           <li>
3367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3368             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3369             start/end
3370           </li>
3371           <li>
3372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3373             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3374             structure tracks are rearranged
3375           </li>
3376           <li>
3377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3378             invalid rna structure positional highlighting does not
3379             highlight position of invalid base pairs
3380           </li>
3381           <li>
3382             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3383             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3384             project from alignment window file menu
3385           </li>
3386           <li>
3387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3388             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3389             structures
3390           </li>
3391           <li>
3392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3393             colour by RNA Helices not enabled when user created
3394             annotation added to alignment
3395           </li>
3396           <li>
3397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3398             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3399           </li>
3400         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3401         <ul>
3402           <li>
3403             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3404             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3405           </li>
3406           <li>
3407             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3408             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3409           </li>
3410
3411           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3412             when selected</li>
3413         </ul>
3414       </td>
3415     </tr>
3416     <tr>
3417       <td><div align="center">
3418           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3419         </div></td>
3420       <td>
3421         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3422         <em>General</em>
3423         <ul>
3424           <li>Internationalisation of user interface (usually
3425             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3426           <li>Define/Undefine group on current selection with
3427             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3428           <li>Improved group creation/removal options in
3429             alignment/sequence Popup menu</li>
3430           <li>Sensible precision for symbol distribution
3431             percentages shown in logo tooltip.</li>
3432           <li>Annotation panel height set according to amount of
3433             annotation when alignment first opened</li>
3434         </ul> <em>Application</em>
3435         <ul>
3436           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3437             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3438           <li>Select columns containing particular features from
3439             Feature Settings dialog</li>
3440           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3441             sequences</li>
3442           <li>Update Jalview project format:
3443             <ul>
3444               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3445               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3446                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3447               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3448                 colouring</li>
3449             </ul>
3450           </li>
3451           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3452             (PAM250)</li>
3453           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3454             flanking regions for an alignment</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457       <td>
3458         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3459         <ul>
3460           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3461             running after job is cancelled</li>
3462           <li>cannot export features from alignments imported from
3463             Jalview/VAMSAS projects</li>
3464           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3465             float values</li>
3466           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3467             have 'display all symbols' flag set</li>
3468           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3469             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3470           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3471             Jalview</li>
3472           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3473             Lion/Webstart</li>
3474           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3475           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3476           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3477             alignment onto desktop</li>
3478           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3479             'extract scores' function</li>
3480           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3481             alignment window</li>
3482           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3483             performing IUPred disorder prediction</li>
3484           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3485             changing 'normalise logo' display setting</li>
3486           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3487             nothing matches query</li>
3488           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3489             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3490           </li>
3491           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3492             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3493           </li>
3494           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3495             Jalview's menu</li>
3496           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3497             'invalid literal/length code'</li>
3498           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3499             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3500           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3501             colourscheme</li>
3502
3503         </ul> <em>Applet</em>
3504         <ul>
3505           <li>Remove group option is shown even when selection is
3506             not a group</li>
3507           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3508             don't affect groups</li>
3509           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3510             colourscheme name</li>
3511           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3512             Annotation panel is not displayed</li>
3513           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3514             embedded windows</li>
3515         </ul> <em>Other</em>
3516         <ul>
3517           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3518             single sequence were not calculated</li>
3519           <li>annotation files that contain only groups imported as
3520             annotation and junk sequences</li>
3521           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3522             recognised as PFAM or BLC</li>
3523           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3524             doesn't affect background (2.8.0b1)
3525           <li></li>
3526           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3527           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3528             trailing gaps</li>
3529           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3530             registered correctly on import</li>
3531           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3532             certain alignments</li>
3533           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3534             existing annotation based 'use original colours'
3535             colourscheme loses original colours setting</li>
3536         </ul>
3537       </td>
3538     </tr>
3539     <tr>
3540       <td><div align="center">
3541           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3542             <em>30/1/2014</em></strong>
3543         </div></td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3547             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3548             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3549             open source project).
3550           </li>
3551           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3552           <li>Output in Stockholm format</li>
3553           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3554           <li>Export/import group and sequence associated line
3555             graph thresholds</li>
3556           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3557             ambiguity codes</li>
3558           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3559             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3560             works</li>
3561           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3562         </ul> <em>Other improvements</em>
3563         <ul>
3564           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3565           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3566             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3567           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3568             files</li>
3569           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3570           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3571             link but no description</li>
3572           <li>Select primary source when selecting authority in
3573             database fetcher GUI</li>
3574           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3575             Jalview</li>
3576           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3577         </ul>
3578       </td>
3579       <td>
3580         <ul>
3581           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3582             displayed</li>
3583           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3584             secondary structure annotation line</li>
3585           <li>Sequence database accessions not imported when
3586             fetching alignments from Rfam</li>
3587           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3588             identical IDs</li>
3589           <li>View all structures does not always superpose
3590             structures</li>
3591           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3592             reflect user or preset settings</li>
3593           <li>Null pointer exceptions for some services without
3594             presets or adjustable parameters</li>
3595           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3596             discover PDB xRefs</li>
3597           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3598             features with DAS</li>
3599           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3600             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3601           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3602             residue follows a gap</li>
3603           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3604             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3605           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3606             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3607           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3608             annotation already exists on alignment</li>
3609           <li>oninit javascript function should be called after
3610             initialisation completes</li>
3611           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3612             alignment window display</li>
3613           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3614           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3615             to annotation file</li>
3616           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3617             groups created</li>
3618           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3619             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3620           <li>Pressing return several times causes Number Format
3621             exceptions in keyboard mode</li>
3622           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3623             correct partitions for input data</li>
3624           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3625           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3626           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3627           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3628             mode</li>
3629           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3630             changes one row&#39;s threshold</li>
3631           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3632             doesn&#39;t open</li>
3633           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3634             quality histograms</li>
3635         </ul>
3636       </td>
3637     </tr>
3638     <tr>
3639       <td><div align="center">
3640           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3641         </div></td>
3642       <td><em>Application</em>
3643         <ul>
3644           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3645             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3646           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3647             preferences</li>
3648           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3649             in Jalview alignment window</li>
3650           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3651             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3652           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3653             RNA and ambiguity codes</li>
3654
3655           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3656           <li>Support fetching and database reference look up
3657             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3658             refs')</li>
3659           <li>Jalview project improvements
3660             <ul>
3661               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3662                 flag for annotation</li>
3663               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3664                 alignment</li>
3665               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3666                 Jalview project</li>
3667
3668             </ul>
3669           </li>
3670           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3671           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3672             running</li>
3673           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3674           <li>visual indication that web service results are still
3675             being retrieved from server</li>
3676           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3677             starts up for first time</li>
3678           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3679             services</li>
3680           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3681             client library</li>
3682           <li>Examples directory and Groovy library included in
3683             InstallAnywhere distribution</li>
3684         </ul> <em>Applet</em>
3685         <ul>
3686           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3687             visualization applet example</li>
3688         </ul> <em>General</em>
3689         <ul>
3690           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3691           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3692             defaults</li>
3693           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3694             calculation</li>
3695           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3696             matrices
3697           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3698             in HTML</li>
3699           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3700             structure contacts</li>
3701           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3702           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3703           <li>Parse sequence associated secondary structure
3704             information in Stockholm files</li>
3705           <li>HTML Export database accessions and annotation
3706             information presented in tooltip for sequences</li>
3707           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3708             style RNA alignment files</li>
3709           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3710             alignment</li>
3711           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3712             shade each sequence according to its associated alignment
3713             annotation</li>
3714           <li>New Jalview Logo</li>
3715         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3716         <ul>
3717           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3718           <li>New Website!</li>
3719         </ul></td>
3720       <td><em>Application</em>
3721         <ul>
3722           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3723             wsdbfetch REST service</li>
3724           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3725           <li>Filetype associations not installed for webstart
3726             launch</li>
3727           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3728             job execution in full once it is complete</li>
3729           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3730             uploaded via ali_file parameter</li>
3731           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3732           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3733           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3734             submitted for prediction</li>
3735           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3736             desktop window</li>
3737           <li>Putting fractional value into integer text box in
3738             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3739           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3740             windows 7</li>
3741           <li>View all structures fails with exception shown in
3742             structure view</li>
3743           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3744             escaped in a platform independent way</li>
3745           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3746             using proxy</li>
3747           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3748             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3749           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3750             failure when java web start temporary file caching is
3751             disabled</li>
3752           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3753             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3754           <li>Errors during processing of command line arguments
3755             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3756           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3757             DAS sources in sequence fetcher</li>
3758           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3759             dialog is shown</li>
3760           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3761           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3762           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3763           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3764             on OSX Mountain Lion</li>
3765           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3766             sequences with alignment annotation are pasted into the
3767             alignment</li>
3768           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3769             when loaded from Jalview project</li>
3770           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3771           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3772             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3773           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3774             associated with all views</li>
3775           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3776             annotation rows to new window</li>
3777         </ul> <em>Applet</em>
3778         <ul>
3779           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3780             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3781           <li>loading features via javascript API automatically
3782             enables feature display</li>
3783           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3784             work</li>
3785         </ul> <em>General</em>
3786         <ul>
3787           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3788           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3789             and then deselected</li>
3790           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3791           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3792             coloured with clustalx</li>
3793           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3794             exceptions and redraw errors</li>
3795           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3796             reconfigured view</li>
3797           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3798             colour</li>
3799           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3800             for lots of labels</li>
3801         </ul>
3802     </tr>
3803     <tr>
3804       <td>
3805         <div align="center">
3806           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3807         </div>
3808       </td>
3809       <td><em>Application</em>
3810         <ul>
3811           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3812           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3813           <li>View/alignment association menu to enable user to
3814             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3815             its colours/correspondences from</li>
3816           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3817           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3818             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3819           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3820           <li>Annotation row column label formatting attributes
3821             stored in project file</li>
3822           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3823             rows preserved in Jalview project file</li>
3824           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3825             saved using Desktop window menu</li>
3826           <li>Visual indication that command line arguments are
3827             still being processed</li>
3828           <li>Groovy script execution from URL</li>
3829           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3830             preferences</li>
3831           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3832             alignment with sequences that have high similarity and
3833             matching IDs</li>
3834           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3835           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3836             structures in same window</li>
3837           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3838           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3839             analysis function in its own submenu</li>
3840         </ul> <em>Applet</em>
3841         <ul>
3842           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3843             groups</li>
3844           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3845           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3846           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3847           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3848           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3849             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3850           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3851           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3852             parameters are treated as such</li>
3853           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3854             <ul>
3855               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3856               <li>Javascript callbacks for
3857                 <ul>
3858                   <li>Applet initialisation</li>
3859                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3860                 </ul>
3861               </li>
3862               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3863                 functions</li>
3864               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3865               <li>javascript structure viewer harness to pass
3866                 messages between Jmol and Jalview when running as
3867                 distinct applets</li>
3868               <li>sortBy method</li>
3869               <li>Set of applet and application examples shipped
3870                 with documentation</li>
3871               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3872                 javascript message exchange</li>
3873             </ul>
3874         </ul> <em>General</em>
3875         <ul>
3876           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3877             multiple alignments</li>
3878           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3879           <li>User configurable link to enable redirects to a
3880             www.Jalview.org mirror</li>
3881           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3882           <li>Configurable newline string when writing alignment
3883             and other flat files</li>
3884           <li>Allow alignment annotation description lines to
3885             contain html tags</li>
3886         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3887         <ul>
3888           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3889             examples</li>
3890           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3891             using a web service before displaying the result in the
3892             Jalview desktop</li>
3893           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3894           <li>Ant target to publish example html files with applet
3895             archive</li>
3896           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3897           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3898         </ul></td>
3899       <td><em>Application</em>
3900         <ul>
3901           <li>User defined colourscheme throws exception when
3902             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3903           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3904             dialog for valid filename/format</li>
3905           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3906           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3907             P37173</li>
3908           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3909             which sequence is to be associated with the file</li>
3910           <li>Find All raises null pointer exception when query
3911             only matches sequence IDs</li>
3912           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3913           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3914             2.4 cannot be loaded</li>
3915           <li>Filetype associations not installed for webstart
3916             launch</li>
3917           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3918             with sequences in different alignments do not get coloured
3919             by their associated sequence</li>
3920           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3921             not preserved when project is loaded</li>
3922           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3923             stored in Jalview project</li>
3924           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3925             Jalview project</li>
3926           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3927           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3928             by conservation</li>
3929           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3930             created on new view</li>
3931           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3932             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3933           <li>Alignment quality not updated after alignment
3934             annotation row is hidden then shown</li>
3935           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3936             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3937           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3938             properly</li>
3939           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3940             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3941           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3942           <li>Structures imported from file and saved in project
3943             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3944           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3945             job execution in full once it is complete</li>
3946         </ul> <em>Applet</em>
3947         <ul>
3948           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3949             annotation rows are displayed</li>
3950           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3951             codebase</li>
3952           <li>View follows highlighting does not work for positions
3953             in sequences</li>
3954           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3955           <li>Export features raises exception when no features
3956             exist</li>
3957           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3958             for javascript api is modified when separator string
3959             provided as parameter</li>
3960           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3961             alignment with no existing selection</li>
3962           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3963             to applet&#39;s codebase</li>
3964           <li>Status bar not updated after finished searching and
3965             search wraps around to first result</li>
3966           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3967             several Jalview applets causes race conditions and memory
3968             leaks</li>
3969           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3970             not sent from Jmol in applet</li>
3971           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3972             applet API fatally hang browser</li>
3973         </ul> <em>General</em>
3974         <ul>
3975           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3976             position with wrapped view and hidden regions</li>
3977           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3978             with/without hidden columns</li>
3979           <li>Sequence length given in alignment properties window
3980             is off by 1</li>
3981           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3982             import PDB like structure files</li>
3983           <li>Positional search results are only highlighted
3984             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3985           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3986           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3987             given sequence position</li>
3988           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3989             output</li>
3990           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3991             from nucleotide chains correctly</li>
3992           <li>Structure colours not updated when tree partition
3993             changed in alignment</li>
3994           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3995             parsed in interleaved stockholm</li>
3996           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3997             state</li>
3998           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3999             properly</li>
4000           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4001             properly associated with their pdb files</li>
4002         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4003         <ul>
4004           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4005             ApplyCopyright tool</li>
4006         </ul></td>
4007     </tr>
4008     <tr>
4009       <td>
4010         <div align="center">
4011           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4012         </div>
4013       </td>
4014       <td><em>Application</em>
4015         <ul>
4016           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4017             contact web services</li>
4018           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4019             service job window</li>
4020           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4021         </ul></td>
4022       <td>
4023         <ul>
4024           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4025             pir file emitted by Jalview</li>
4026           <li>Existing feature settings transferred to new
4027             alignment view created from cut'n'paste</li>
4028           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4029             parsing PDB files</li>
4030           <li>Consensus and conservation annotation rows
4031             occasionally become blank for all new windows</li>
4032           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4033             in wrapped view mode</li>
4034         </ul> <em>Application</em>
4035         <ul>
4036           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4037             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4038           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4039             parameter names</li>
4040           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4041             is down</li>
4042         </ul>
4043       </td>
4044     </tr>
4045     <tr>
4046       <td>
4047         <div align="center">
4048           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4049         </div>
4050       </td>
4051       <td><em>Application</em>
4052         <ul>
4053           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4054             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4055             (JABAWS)
4056           </li>
4057           <li>Web Services preference tab</li>
4058           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4059             preferences</li>
4060           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4061           <li>Superpose structures using associated sequence
4062             alignment</li>
4063           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4064             viewer</li>
4065         </ul> <em>Applet</em>
4066         <ul>
4067           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4068             link out mechanism</li>
4069         </ul> <em>Other</em>
4070         <ul>
4071           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4072             series 12</li>
4073           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4074             require Java 1.5</li>
4075           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4076             sequence annotation files</li>
4077           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4078             type colour specification</li>
4079           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4080             script to check if it being run in an interactive session or
4081             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4082         </ul></td>
4083       <td>
4084         <ul>
4085           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4086             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4087         </ul> <em>Application</em>
4088         <ul>
4089           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4090             selected Regions menu item</li>
4091           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4092             part of a valid accession ID</li>
4093           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4094             runs out of memory</li>
4095           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4096             analysis results</li>
4097           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4098             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4099           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4100         </ul> <em>Applet</em>
4101         <ul>
4102           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4103             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4104             defined.</li>
4105         </ul>
4106       </td>
4107     </tr>
4108     <tr>
4109       <td>
4110         <div align="center">
4111           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4112         </div>
4113       </td>
4114       <td></td>
4115       <td>
4116         <ul>
4117           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4118             sequence IDs</li>
4119           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4120             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4121           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4122             import correctly</li>
4123           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4124             number of columns are hidden</li>
4125           <li>annotation label popup menu not providing correct
4126             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4127             present</li>
4128           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4129             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4130           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4131             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4132
4133         </ul> <em>Applet</em>
4134         <ul>
4135           <li>annotation panel disappears when annotation is
4136             hidden/removed</li>
4137         </ul> <em>Application</em>
4138         <ul>
4139           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4140             alignment opened where annotation panel is visible but no
4141             annotations are present on alignment</li>
4142           <li>pasted region containing hidden columns is
4143             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4144           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4145             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4146           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4147             selected Rregions menu item.</li>
4148           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4149             'Un' or 'Non'conserved</li>
4150           <li>Sequence feature settings are being shared by
4151             multiple distinct alignments</li>
4152           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4153             changed</li>
4154           <li>double click on group annotation to select sequences
4155             does not propagate to associated trees</li>
4156           <li>Mac OSX specific issues:
4157             <ul>
4158               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4159                 window background</li>
4160               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4161                 name set correctly</li>
4162               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4163                 save feature colourscheme button</li>
4164             </ul>
4165           </li>
4166         </ul>
4167       </td>
4168     </tr>
4169     <tr>
4170
4171       <td>
4172         <div align="center">
4173           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4174         </div>
4175       </td>
4176       <td><em>New Capabilities</em>
4177         <ul>
4178           <li>URL links generated from description line for
4179             regular-expression based URL links (applet and application)
4180
4181           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4182             menu</li>
4183           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4184             structures</li>
4185           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4186             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4187           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4188             average score or total feature count for each sequence.</li>
4189           <li>Shading features by score or associated description</li>
4190           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4191             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4192           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4193             hide everything but the currently selected region.</li>
4194           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4195         </ul> <em>Application</em>
4196         <ul>
4197           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4198             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4199           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4200             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4201           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4202             database references and protein_name is parsed as
4203             description line (BioSapiens terms).</li>
4204           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4205             references in sequence ID tooltip from View menu in
4206             application.</li>
4207           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4208       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4209           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4210             conservation plots</li>
4211           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4212             and visualized as sequence logos</li>
4213           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4214             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4215           </li>
4216           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4217             when a new tree is opened.</li>
4218           <li>Jalview Java Console</li>
4219           <li>Better placement of desktop window when moving
4220             between different screens.</li>
4221           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4222             consensus annotation</li>
4223           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4224             Workflows</li>
4225           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4226             <ul>
4227               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4228                 used to preserve views, structures, and tree display
4229                 settings)</li>
4230               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4231                 command line</li>
4232               <li>Sharing of selected regions between views and
4233                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4234               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4235             </ul></li>
4236         </ul> <em>Applet</em>
4237         <ul>
4238           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4239           <li>New Parameters
4240             <ul>
4241               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4242                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4243                 opened.</li>
4244               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4245                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4246               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4247                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4248               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4249                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4250                 view</li>
4251               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4252                 increase the height or width of a cell in the alignment
4253                 grid relative to the current font size.</li>
4254             </ul>
4255           </li>
4256           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4257             tooltip</li>
4258         </ul> <em>Other</em>
4259         <ul>
4260           <li>Features format: graduated colour definitions and
4261             specification of feature scores</li>
4262           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4263             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4264             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4265           <li>XML formats extended to support graduated feature
4266             colourschemes, group associated annotation, and profile
4267             visualization settings.</li></td>
4268       <td>
4269         <ul>
4270           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4271             rather than description</li>
4272           <li>Non-positional features are now included in sequence
4273             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4274             visibility in tooltip).</li>
4275           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4276           <li>Added URL embedding instructions to features file
4277             documentation.</li>
4278           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4279             'X' in peptide product</li>
4280           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4281             sequence ID and sequence string and query strings do not
4282             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4283           <li>AMSA files only contain first column of
4284             multi-character column annotation labels</li>
4285           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4286             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4287             exported and re-imported)</li>
4288           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4289             name</li>
4290           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4291             as subsequence matches, and correctly reports total number
4292             of both.</li>
4293           <li>Application:
4294             <ul>
4295               <li>Better handling of exceptions during sequence
4296                 retrieval</li>
4297               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4298                 link text excludes the start_end suffix</li>
4299               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4300                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4301               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4302               <li>Sequence description lines properly shared via
4303                 VAMSAS</li>
4304               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4305                 data sources</li>
4306               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4307                 completes before alignment figures are generated.</li>
4308               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4309                 first time.</li>
4310               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4311                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4312               <li>User defined group colours properly recovered
4313                 from Jalview projects.</li>
4314             </ul>
4315           </li>
4316         </ul>
4317       </td>
4318
4319     </tr>
4320     <tr>
4321       <td>
4322         <div align="center">
4323           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4324         </div>
4325       </td>
4326       <td>
4327         <ul>
4328           <li>Experimental support for google analytics usage
4329             tracking.</li>
4330           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4331         </ul>
4332       </td>
4333       <td>
4334         <ul>
4335           <li>Race condition in applet preventing startup in
4336             jre1.6.0u12+.</li>
4337           <li>Exception when feature created from selection beyond
4338             length of sequence.</li>
4339           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4340           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4341             all sequences with a given id</li>
4342           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4343             ID string searches</li>
4344           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4345             alignment to fail with exception</li>
4346         </ul> <em>Application Issues</em>
4347         <ul>
4348           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4349           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4350             data sources</li>
4351         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4352         <ul>
4353           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4354             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4355           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4356             version (java class versioning error fixed)</li>
4357         </ul>
4358       </td>
4359     </tr>
4360     <tr>
4361       <td>
4362
4363         <div align="center">
4364           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4365         </div>
4366       </td>
4367       <td><em>User Interface</em>
4368         <ul>
4369           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4370             translation and protein products</li>
4371           <li>Linked highlighting of structure associated with
4372             residue mapping to codon position</li>
4373           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4374             and 'clear' button</li>
4375           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4376             Tools menu</li>
4377           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4378             numeric data in description line</li>
4379           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4380           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4381             of sequence</li>
4382         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4383         <ul>
4384           <li>JPred3 web service</li>
4385           <li>Prototype sequence search client (no public services
4386             available yet)</li>
4387           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4388             PFAM</li>
4389           <li>URL Links created for matching database cross
4390             references as well as sequence ID</li>
4391           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4392         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4393         <ul>
4394           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4395             databases</li>
4396           <li>Generalised database reference retrieval and
4397             validation to all fetchable databases</li>
4398           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4399             sequence command</li>
4400         </ul> <em>Import and Export</em>
4401         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4402         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4403           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4404         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4405           File</li>
4406         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4407           triplet as name of colourscheme</li>
4408         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4409         <ul>
4410           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4411           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4412             alignments (experimental)</li>
4413           <li>Create new or select existing session to join</li>
4414           <li>load and save of vamsas documents</li>
4415         </ul> <em>Application command line</em>
4416         <ul>
4417           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4418             from applet)</li>
4419           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4420             of DAS servers to query for alignment features</li>
4421           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4422             that are also automatically queried for features</li>
4423           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4424             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4425         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4426         <ul>
4427           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4428             application (when using &quot;View in full
4429             application&quot;)</li>
4430         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4431         <ul>
4432           <li>feature group display control parameter</li>
4433           <li>debug parameter</li>
4434           <li>showbutton parameter</li>
4435         </ul> <em>Applet API methods</em>
4436         <ul>
4437           <li>newView public method</li>
4438           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4439           <li>Feature display control methods</li>
4440           <li>get list of currently selected sequences</li>
4441         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4442         <ul>
4443           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4444           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4445             Jalview release.</li>
4446           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4447             property controls execution of obfuscator</li>
4448           <li>Build target for generating source distribution</li>
4449           <li>Debug flag for javacc</li>
4450           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4451             jalview.bin.Cache</li>
4452           <li>Continuous Build Integration for stable and
4453             development version of Application, Applet and source
4454             distribution</li>
4455         </ul></td>
4456       <td>
4457         <ul>
4458           <li>selected region output includes visible annotations
4459             (for certain formats)</li>
4460           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4461             for editing</li>
4462           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4463           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4464           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4465           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4466             comments</li>
4467           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4468             filenames containing a ':'</li>
4469           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4470             global sequence features</li>
4471           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4472             references from alignment sequences goes to zero</li>
4473           <li>Close of tree branch colour box without colour
4474             selection causes cascading exceptions</li>
4475           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4476           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4477             file parsing fails.</li>
4478           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4479           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4480             not a valid output format</li>
4481           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4482             vamsas</li>
4483           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4484           <li>error messages passed up and output when data read
4485             fails</li>
4486           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4487             sequence is edited</li>
4488           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4489             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4490           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4491             filetype</li>
4492           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4493             import fixed for PFAM records</li>
4494           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4495             window list</li>
4496           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4497             can be read and written correctly to annotation file</li>
4498           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4499             correctly</li>
4500           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4501             non-italic font for representatives in Applet</li>
4502           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4503             Macs.</li>
4504           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4505             Applet)</li>
4506           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4507             due to null pointer exceptions</li>
4508           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4509             first column of alignment</li>
4510           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4511             July 2008</li>
4512           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4513             file is case-insensitive</li>
4514           <li>Sequence features read from Features file appended to
4515             all sequences with matching IDs</li>
4516           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4517             containing a sub-sequence</li>
4518           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4519           <li>feature and annotation file applet parameters
4520             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4521           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4522           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4523             splash-screen version check to complete</li>
4524           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4525             when passing them to the launchApp service</li>
4526           <li>display name and local features preserved in results
4527             retrieved from web service</li>
4528           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4529             sequence fetcher initialisation</li>
4530           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4531             dasobert DAS client</li>
4532           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4533             association</li>
4534           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4535             sequences
4536           </li>
4537         </ul>
4538       </td>
4539     </tr>
4540     <tr>
4541       <td>
4542         <div align="center">
4543           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4544         </div>
4545       </td>
4546       <td>
4547         <ul>
4548           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4549           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4550           <li>Slide sequences</li>
4551           <li>Edit sequence in place</li>
4552           <li>EMBL CDS features</li>
4553           <li>DAS Feature mapping</li>
4554           <li>Feature ordering</li>
4555           <li>Alignment Properties</li>
4556           <li>Annotation Scores</li>
4557           <li>Sort by scores</li>
4558           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4559         </ul>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4564           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4565           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4566           <li>Feature group display state in XML</li>
4567           <li>Feature ordering in XML</li>
4568           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4569           <li>Stockholm alignment properties</li>
4570           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4571           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4572           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4573           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4574         </ul>
4575       </td>
4576
4577     </tr>
4578     <tr>
4579       <td>
4580         <div align="center">
4581           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4582         </div>
4583       </td>
4584       <td>
4585         <ul>
4586           <li>Non standard characters can be read and displayed
4587           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4588             applet via textbox
4589           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4590             name &amp; description
4591           <li>Preference setting to display sequence name in
4592             italics
4593           <li>Annotation file format extended to allow
4594             Sequence_groups to be defined
4595           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4596             specified in preferences
4597           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4598             sequences
4599         </ul>
4600       </td>
4601       <td>
4602         <ul>
4603           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4604             installed
4605           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4606           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4607         </ul>
4608       </td>
4609     </tr>
4610     <tr>
4611       <td>
4612         <div align="center">
4613           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4614         </div>
4615       </td>
4616       <td>
4617         <ul>
4618           <li>Multiple views on alignment
4619           <li>Sequence feature editing
4620           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4621           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4622           <li>Background dependent text colour
4623           <li>Right align sequence ids
4624           <li>User-defined lower case residue colours
4625           <li>Format Menu
4626           <li>Select Menu
4627           <li>Menu item accelerator keys
4628           <li>Control-V pastes to current alignment
4629           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4630           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4631           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4632
4633           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4634         </ul>
4635       </td>
4636       <td>
4637         <ul>
4638           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4639           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4640             calculations
4641           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4642             edits
4643           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4644             of alignment)
4645           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4646
4647           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4648             display correctly
4649           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4650           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4651             analysis results
4652           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4653             &#8739;
4654           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4655           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4656           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4657
4658         </ul>
4659       </td>
4660     </tr>
4661     <tr>
4662       <td>
4663         <div align="center">
4664           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4665         </div>
4666       </td>
4667       <td>
4668         <ul>
4669           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4670         </ul>
4671       </td>
4672       <td>
4673         <ul>
4674           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4675             sequence id panel has been resized</li>
4676           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4677             rendered</li>
4678           <li>Annotation files with sequence references - all
4679             elements in file are relative to sequence position</li>
4680           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4681         </ul>
4682       </td>
4683     </tr>
4684     <tr>
4685       <td>
4686         <div align="center">
4687           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4688         </div>
4689       </td>
4690       <td>
4691         <ul>
4692           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4693           <li>DAS Feature fetching</li>
4694           <li>Hide sequences and columns</li>
4695           <li>Export Annotations and Features</li>
4696           <li>GFF file reading / writing</li>
4697           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4698             files</li>
4699           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4700           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4701           <li>Applet can launch the full application</li>
4702           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4703             required)</li>
4704           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4705           <li>Applet can load sequences from parameter
4706             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4707           </li>
4708         </ul>
4709       </td>
4710       <td>
4711         <ul>
4712           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4713           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4714           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717     </tr>
4718     <tr>
4719       <td>
4720         <div align="center">
4721           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td>
4725         <ul>
4726           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4727           <li>Choose to match case when searching</li>
4728           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4729             expand the visible width and height of the alignment</li>
4730         </ul>
4731       </td>
4732       <td>
4733         <ul>
4734           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4735         </ul>
4736       </td>
4737     </tr>
4738     <tr>
4739       <td>
4740         <div align="center">
4741           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4742         </div>
4743       </td>
4744       <td>&nbsp;</td>
4745       <td>
4746         <ul>
4747           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4748           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4749             value</li>
4750         </ul>
4751       </td>
4752     </tr>
4753     <tr>
4754       <td>
4755         <div align="center">
4756           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4757         </div>
4758       </td>
4759       <td>
4760         <ul>
4761           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4762           <li>Keyboard editing</li>
4763           <li>Create sequence features from searches</li>
4764           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4765             alignments</li>
4766           <li>Features file allows grouping of features</li>
4767           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4768           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4769           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4770         </ul>
4771       </td>
4772       <td>
4773         <ul>
4774           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4775           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4776             descriptions saved.</li>
4777         </ul>
4778       </td>
4779     </tr>
4780     <tr>
4781       <td>
4782         <div align="center">
4783           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4784         </div>
4785       </td>
4786       <td>
4787         <ul>
4788           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4789           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4790           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4791             name for file output</li>
4792           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4793           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4794             used for HTML form input</li>
4795         </ul>
4796       </td>
4797       <td>
4798         <ul>
4799           <li>HTML output writes groups and features</li>
4800           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4801           <li>File IO bugs</li>
4802         </ul>
4803       </td>
4804     </tr>
4805     <tr>
4806       <td>
4807         <div align="center">
4808           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4809         </div>
4810       </td>
4811       <td>
4812         <ul>
4813           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4814           <li>More options for PCA viewer</li>
4815         </ul>
4816       </td>
4817       <td>
4818         <ul>
4819           <li>GUI bugs resolved</li>
4820           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4821         </ul>
4822       </td>
4823     </tr>
4824     <tr>
4825       <td height="63">
4826         <div align="center">
4827           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4828         </div>
4829       </td>
4830       <td>
4831         <ul>
4832           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4833           <li>Jar files are executable</li>
4834           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4835         </ul>
4836       </td>
4837       <td>
4838         <ul>
4839           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4840           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4841           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4842         </ul>
4843       </td>
4844     </tr>
4845     <tr>
4846       <td>
4847         <div align="center">
4848           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4849         </div>
4850       </td>
4851       <td>
4852         <ul>
4853           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4854         </ul>
4855       </td>
4856       <td>
4857         <ul>
4858           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4859         </ul>
4860       </td>
4861     </tr>
4862     <tr>
4863       <td>
4864         <div align="center">
4865           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4866         </div>
4867       </td>
4868       <td>
4869         <ul>
4870           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4871             size</li>
4872         </ul>
4873       </td>
4874       <td>
4875         <ul>
4876           <li>Improved JPred client reliability</li>
4877           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4878         </ul>
4879       </td>
4880     </tr>
4881     <tr>
4882       <td>
4883         <div align="center">
4884           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4885         </div>
4886       </td>
4887       <td>
4888         <ul>
4889           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4890           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4891           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4892             to Colour Menu</li>
4893           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4894           <li>Unix users can set default web browser</li>
4895           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4896           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4897         </ul>
4898       </td>
4899       <td>
4900         <ul>
4901           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4902         </ul>
4903       </td>
4904     </tr>
4905     <tr>
4906       <td>
4907         <div align="center">
4908           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4909         </div>
4910       </td>
4911       <td>&nbsp;</td>
4912       <td>
4913         <ul>
4914           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4915             alignment order.</li>
4916         </ul>
4917       </td>
4918     </tr>
4919     <tr>
4920       <td>
4921         <div align="center">
4922           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4923         </div>
4924       </td>
4925       <td>
4926         <ul>
4927           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4928           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4929           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4930             annotations.</li>
4931           <li>Version and build date written to build properties
4932             file.</li>
4933           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4934             at launch of Jalview.</li>
4935         </ul>
4936       </td>
4937       <td>
4938         <ul>
4939           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4940           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4941           <li>Can remove groups one by one.</li>
4942           <li>Filechooser icons installed.</li>
4943           <li>Finder ignores return character when searching.
4944             Return key will initiate a search.<br>
4945           </li>
4946         </ul>
4947       </td>
4948     </tr>
4949     <tr>
4950       <td>
4951         <div align="center">
4952           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4953         </div>
4954       </td>
4955       <td>
4956         <ul>
4957           <li>New codebase</li>
4958         </ul>
4959       </td>
4960       <td>&nbsp;</td>
4961     </tr>
4962   </table>
4963   <p>&nbsp;</p>
4964 </body>
4965 </html>