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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>25/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS, ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  66           </li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation
  69             while parsing (e.g. AF* attributes)
  70           </li>
  71
  72           <li>
  73           <!-- JAL -->
  74           </li>
  75         </ul> <em>Release processes</em>
  76         <ul>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  79           </li>
  80         </ul> <em>Build System</em>
  81         <ul>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
  87             report
  88           </li>
  89         </ul> <em>Deprecations</em>
  90       </td>
  91       <td align="left" valign="top">
  92         <ul>
  93           <li>
  94             <!-- -->
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
  98             with annotation and exceptions thrown when only a few
  99             columns shown in wrapped mode
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 103             wrapped alignment figure with annotations
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 107             ID fails with ClassCastException
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 111             Project
 112           </li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 115             feature settings dialog also selects columns
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 119             IllegalArgumentException in some circumstances
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 123             help documentation for 2.11.0 release
 124           </li>
 125         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 129           </li>
 130         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 134             repository
 135           </li>
 136         </ul>
 137         <em>New Known Issues</em>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 141             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 142             command line
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 146             clipped in headless figure export when Right Align option
 147             enabled
 148           </li>
 149         </ul>
 150       </td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td width="60" align="center" nowrap>
 154           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 155             <em>04/07/2019</em></strong>
 156       </td>
 157       <td align="left" valign="top">
 158         <ul>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 161             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 162             source project) rather than InstallAnywhere
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 166             settings, receive over the air updates and launch specific
 167             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 168               Rings' GetDown</a>)
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 172             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 176             arguments and switch between different getdown channels
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 180             or alignment files
 181           </li>
 182
 183           <li>
 184             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 185             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 188             'Translate as cDNA'</li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 191           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 192             <ul>
 193                       <li>
 194             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 195             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 196           <li>
 197                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 198                 features can be filtered and shaded according to any
 199                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 200                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 201                 file)
 202               </li>
 203               <li>
 204                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 205                 stored and restored from Jalview Projects
 206               </li>
 207               <li>
 208                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 209                 recognise variant features
 210               </li>
 211               <li>
 212                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 213                 sequences (also coloured red by default)
 214               </li>
 215               <li>
 216                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 217                 details
 218               </li>
 219               <li>
 220                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 221                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 222               </li>
 223               <li>
 224                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 225                 dialog
 226               </li>
 227             </ul>
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 231             tree and PCA calculations
 232           </li>
 233           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 234             <ul>
 235               <li>
 236                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 237                 and Viewer state saved in Jalview Project
 238               </li>
 239               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 240                 drop-down menus</li>
 241               <li>
 242                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 243                 incrementally
 244               </li>
 245               <li>
 246                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 247               </li>
 248             </ul>
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 252           </li>
 253           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 254           <ul>
 255               <li>
 256                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 257                 multiple groups when working with large alignments
 258               </li>
 259               <li>
 260                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 261                 Stockholm files
 262               </li>
 263             </ul>
 264           <li><strong>User Interface</strong>
 265           <ul>
 266               <li>
 267                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 268                 view
 269               </li>
 270               <li>
 271                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 272                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 273                 default (can be changed in user preferences)
 274               </li>
 275               <li>
 276                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 277                 to the Overwrite Dialog
 278               </li>
 279               <li>
 280                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 281                 sequences are hidden
 282               </li>
 283               <li>
 284                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 285                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 286               </li>
 287               <li>
 288                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 289                 labels
 290               </li>
 291               <li>
 292                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 293                 when in wrapped mode
 294               </li>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 297                 annotation
 298               </li>
 299               <li>
 300                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 301               </li>
 302               <li>
 303                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 304                 panel
 305               </li>
 306               <li>
 307                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 308                 popup menu
 309               </li>
 310               <li>
 311               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 312               <li>
 313               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 314
 315
 316             </ul></li>
 317             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 318           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 319             <ul>
 320               <li>
 321                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 322                 trapping CMD-Q
 323               </li>
 324             </ul></li>
 325         </ul>
 326         <em>Deprecations</em>
 327         <ul>
 328           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 329             capabilities removed from the Jalview Desktop
 330           </li>
 331           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 332             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 333             and XML based data retrieval clients</li>
 334           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 335           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 336         </ul> <em>Documentation</em>
 337         <ul>
 338           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 339             not supported in EPS figure export
 340           </li>
 341           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 342         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 343         <ul>
 344           <li>
 345           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 346           </li>
 347       <li>
 348       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 349           <li>
 350           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 351             gradle-eclipse
 352           </li>
 353           <li>
 354           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 355             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 356             execution
 357           </li>
 358           <li>
 359           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 360             operations
 361           </li>
 362           <li>
 363           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 364             issues resolved
 365           </li>
 366           <li>
 367           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 368             markdown (with HTML rendering)
 369           </li>
 370           <li>
 371           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 372           </li>
 373           <li>
 374           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 375             versions of Jalview
 376           </li>
 377         </ul>
 378       </td>
 379       <td align="left" valign="top">
 380         <ul>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 386             superposition in Jmol fail on Windows
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 390             structures for sequences with lots of PDB structures
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 394             monospaced font
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 398             project involving multiple views
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 402             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 403             Annotation dialog hides columns
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 407             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 408             one view, then making another selection in the other view
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 412             columns
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 416             Settings and Jalview Preferences panels
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 420             overview with large alignments
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 424             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 425             mouse moved to the left of the first column
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 429             hidden column marker via scale popup menu
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 433             doesn't tell users the invalid URL
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 437             score from view
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 441             show cross references or Fetch Database References are shown in
 442             red in original view
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 446             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 450             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 454             when columns are hidden
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 458             Columns by Annotation description
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 462             out of Scale or Annotation Panel
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 466             scale panel
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 470             alignment down
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 474             scale panel
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 478             Page Up in wrapped mode
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 488             on opening an alignment
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 492             Colour menu
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 496             different groups in the alignment are selected
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 500             correctly in menu
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 504             threshold limit
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 508             threshold gets 'unrounded'
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 512             colour
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 522             Tree font
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 526             project file
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 530             shown in complementary view
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 534             without normalisation
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 538             of report
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 542           </li>
 543           <li>
 544           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 545           </li>
 546         </ul> <em>Editing</em>
 547         <ul>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 550             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 551             sequence
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 555             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 556             removed (Known defect since 2.10)
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 560             dialog corrupts dataset sequence
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 564             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 565           </li>
 566         </ul> <em>Datamodel</em>
 567         <ul>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 570             sequence's End is greater than its length
 571           </li>
 572         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 573           general release)</em>
 574         <ul>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 577           </li>
 578         </ul> <em>New Known Defects</em>
 579         <ul>
 580         <li>
 581         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 582         </li>
 583         <li>
 584           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 585           regions of protein alignment.
 586         </li>
 587         <li>
 588           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 589           is restored from a Jalview 2.11 project
 590         </li>
 591         <li>
 592           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 593           'New View'
 594         </li>
 595         <li>
 596           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 597           columns within hidden columns
 598         </li>
 599         <li>
 600           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 601           window after dragging left to select columns to left of visible
 602           region
 603         </li>
 604         <li>
 605           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 606           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 607           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 608           create a Score filter instead.
 609         </li>
 610         <li>
 611         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 612         <li>
 613         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 614         </li>
 615         <li>
 616           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 617           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 618         </li>
 619         </ul>
 620         <em>Java 11 Specific defects</em>
 621           <ul>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 624               alphabetically when saved
 625             </li>
 626         </ul>
 627       </td>
 628     </tr>
 629     <tr>
 630     <td width="60" nowrap>
 631       <div align="center">
 632         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 633       </div>
 634     </td>
 635     <td><div align="left">
 636         <em></em>
 637         <ul>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 640               InstallAnywhere increased to 1G.
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 644               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 645               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 646                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 647                 properties file.</em>
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 651               API and sequence data now imported as JSON.
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 655               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 656               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 657               property.
 658             </li>
 659           </ul>
 660           <em>Development</em>
 661           <ul>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 664               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 665                 Clover</a>
 666             </li>
 667           </ul>
 668         </div></td>
 669     <td><div align="left">
 670         <em></em>
 671         <ul>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 674               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 675               alignment.
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 679               annotation displayed.
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 683               for newly created group when 'Apply to all groups'
 684               selected
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 688               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 689               visible.
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 693               when sequences are selected in exported view.</em>
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 697               aren't rendered with correct colour.
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 701               types of knotted RNA secondary structure.
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 705               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 706               do not start at 1.
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 710               annotation when columns are inserted into an alignment,
 711               and when exporting as Stockholm flatfile.
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 715               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 716               treated as RNA secondary structure.
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 720               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 724               transfers focus to previous window on OSX
 725             </li>
 726           </ul>
 727           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 728           <ul>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 731               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 732               box.
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 736               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 737               'look and feel' which has improved compatibility with the
 738               latest version of OSX.
 739             </li>
 740           </ul>
 741         </div>
 742     </td>
 743     </tr>
 744     <tr>
 745       <td width="60" nowrap>
 746         <div align="center">
 747           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 748             <em>7/06/2018</em></strong>
 749         </div>
 750       </td>
 751       <td><div align="left">
 752           <em></em>
 753           <ul>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 756               annotation retrieved from Uniprot
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 760               onto the Jalview Desktop
 761             </li>
 762           </ul>
 763         </div></td>
 764       <td><div align="left">
 765           <em></em>
 766           <ul>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 769               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 773               right-hand column parsed correctly
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 777               not alignment area in exported graphic
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 781               window has input focus
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 785               annotation added to view (Windows)
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 789               network connectivity is poor
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 793               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 794                 the currently open URL and links from a page viewed in
 795                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 796                 you are using Edge, only links in the page can be
 797                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 798                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 799             </li>
 800           </ul>
 801           <em>New Known Defects</em>
 802           <ul>
 803             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 804           </ul>
 805         </div></td>
 806     </tr>
 807     <tr>
 808       <td width="60" nowrap>
 809         <div align="center">
 810           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 811         </div>
 812       </td>
 813       <td><div align="left">
 814           <em></em>
 815           <ul>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 818               for disabling automatic superposition of multiple
 819               structures and open structures in existing views
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 823               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 824               adjust them.
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 828               Ensembl services
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 832               and lots of hidden columns
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 836               of features (particularly when transparency is disabled)
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 840               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 841               generally available
 842             </li>
 843           </ul>
 844           </div>
 845       </td>
 846       <td><div align="left">
 847           <ul>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 850               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 854               overlapping alignment panel
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 858               sequence as gaps
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 862               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 863               UTR
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 867               factor annotation not added to sequence when local PDB
 868               file associated with it by drag'n'drop or structure
 869               chooser
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 873               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 877               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 881               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 885               columns in annotation row
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 889               honored in batch mode
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 893               for structures added to existing Jmol view
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 897               entries after importing project with multiple views
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 901               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 902               with negative residue numbers or missing residues fails
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 906               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 907               as generated by CONSURF)
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 911               tooltip doesn't include a text description of mutation
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 915               structure and/or overview windows are also shown
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 919               very slow for alignments with large numbers of sequences
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 923               with 'StringIndexOutOfBounds'
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 927               platforms running Java 10
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 931               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 932             </li>
 933           </ul>
 934           <em>Applet</em>
 935           <ul>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 938               should copy the group consensus when popup is opened on it
 939             </li>
 940           </ul>
 941           <em>Batch Mode</em>
 942           <ul>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 945           </li>
 946           </ul>
 947           <em>New Known Defects</em>
 948           <ul>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 951               editing a large alignment and overview is displayed
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 955               repeatedly after a series of edits even when the overview
 956               is no longer reflecting updates
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 960               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 961               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 962               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 966               option gives blank output
 967             </li>
 968           </ul>
 969         </div>
 970           </td>
 971     </tr>
 972     <tr>
 973       <td width="60" nowrap>
 974         <div align="center">
 975           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 976         </div>
 977       </td>
 978       <td><div align="left">
 979           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 980               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 981       <td><div align="left">
 982           <em>Desktop</em><ul>
 983           <ul>
 984             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 985             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 986             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 987             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 988             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 989             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 990             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 991           </ul>
 992           </div>
 993       </td>
 994     </tr>
 995     <tr>
 996       <td width="60" nowrap>
 997         <div align="center">
 998           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 999         </div>
1000       </td>
1001       <td><div align="left">
1002           <em></em>
1003           <ul>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1006               rendering of sequence features
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1010               429 rate limit request hander
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1014               their colours have changed
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1018               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1022               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1026               view from Ensembl locus cross-references
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1030               Alignment report
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1034               feature can be disabled
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1038               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1042               Uniprot
1043             </li>
1044           </ul>
1045           <em>Scripting</em>
1046           <ul>
1047             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1048             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1049               percent identity scores for current alignment.</li>
1050           </ul>
1051           <em>Testing and Deployment</em>
1052           <ul>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1055             </li>
1056           </ul>
1057         </div></td>
1058       <td><div align="left">
1059           <em>General</em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1063               threshold text field doesn't trigger an update to the
1064               alignment view
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1068               strings in parallel
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1072               alignment window is closed
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1076               group visibility
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1080               takes a long time in Cursor mode
1081             </li>
1082           </ul>
1083           <em>Desktop</em>
1084           <ul>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1087               cannot be viewed in Chimera
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1091               CDS/Protein view
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1095               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1096               Search Dialogs
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1106               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1110               scrolling right in unwapped alignment view
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1114               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1115               database
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1119               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1123               features of same type and group to be selected for
1124               amending
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1128               alignments when hidden columns are present
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1132               displaying several structures
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1136               moving a window
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1140               within the Jalview desktop on OSX
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1144               when in wrapped alignment mode
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1148               hand end of alignment
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1152               each selected sequence do not have correct start/end
1153               positions
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1157               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1161               restoring project until a new view is created
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1165               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1166               configured (since 2.10.2b2)
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1170               position is adjusted
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1174               in a multi-chain structure when viewing alignment
1175               involving more than one chain (since 2.10)
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1179               if new selection moves alignment window
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1183               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1187               that produces correctly annotated transcripts and products
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1191               doesn't update associated structure view
1192             </li>
1193           </ul>
1194           <em>Applet</em><br />
1195           <ul>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1198               closing alignment panel
1199             </li>
1200           </ul>
1201           <em>BioJSON</em><br />
1202           <ul>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1205               non-positional features
1206             </li>
1207           </ul>
1208           <em>New Known Issues</em>
1209           <ul>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1212               sequence features correctly (for many previous versions of
1213               Jalview)
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1217               using cursor in wrapped panel other than top
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1221               graduated colour threshold
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1225               always preserve numbering and sequence features
1226             </li>
1227           </ul>
1228           <em>Known Java 9 Issues</em>
1229           <ul>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1232               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1233               9.01, OSX 10.10)
1234             </li>
1235           </ul>
1236         </div></td>
1237     </tr>
1238     <tr>
1239       <td width="60" nowrap>
1240         <div align="center">
1241           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1242             <em>2/10/2017</em></strong>
1243         </div>
1244       </td>
1245       <td><div align="left">
1246           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1247           <ul>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1250             </li>
1251             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1252             </li>
1253           </ul>
1254         </div></td>
1255       <td><div align="left">
1256         </div></td>
1257     </tr>
1258     <tr>
1259       <td width="60" nowrap>
1260         <div align="center">
1261           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1262             <em>7/9/2017</em></strong>
1263         </div>
1264       </td>
1265       <td><div align="left">
1266           <em></em>
1267           <ul>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1270               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1271               white)
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1275               Preferences
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1279               in size and progress bar shown as higher resolution
1280               overview is recalculated
1281             </li>
1282
1283           </ul>
1284         </div></td>
1285       <td><div align="left">
1286           <em></em>
1287           <ul>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1290               column region row by row
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1294               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1298               format setting is unticked
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1302               if group has show boxes format setting unticked
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1306               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1307               include sequences and columns not currently displayed
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1311               assemblies are imported via CIF file
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1315               displayed when threshold or conservation colouring is also
1316               enabled.
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1320               server version
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1324               dragging a selected region off the visible region of the
1325               alignment
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1329               colourscheme to all groups in a view
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1333               initially after font size change using the Font chooser or
1334               middle-mouse zoom
1335             </li>
1336           </ul>
1337         </div></td>
1338     </tr>
1339     <tr>
1340       <td width="60" nowrap>
1341         <div align="center">
1342           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1343         </div>
1344       </td>
1345       <td><div align="left">
1346           <em>Calculations</em>
1347           <ul>
1348
1349             <li>
1350               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1351               ungapped positions in each column of the alignment.
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1355               a calculation dialog box
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1359               and memory efficiency (~30x faster)
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1363               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1364               and other calculations
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1368               files within the Jalview codebase
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1372               Similarity may have different topology due to increased
1373               precision
1374             </li>
1375           </ul>
1376           <em>Rendering</em>
1377           <ul>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1380               model for alignments and groups
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1384               scripts
1385             </li>
1386           </ul>
1387           <em>Overview</em>
1388           <ul>
1389             <li>
1390               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1391               with alignment and overview windows
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1395               overview
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1399               omitted in Overview
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1403               adjustment of visible position
1404             </li>
1405           </ul>
1406
1407           <em>Data import/export</em>
1408           <ul>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1411               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1415               annotation input/output via stockholm flatfile
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1419               extension when importing structure files without embedded
1420               names or PDB accessions
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1424               format sequence substitution matrices
1425             </li>
1426           </ul>
1427           <em>User Interface</em>
1428           <ul>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1431               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1432               the application.
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1436               via Overview or sequence motif search operations
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1440               opened by double clicking gaps within sequence feature
1441               extent
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1445               aligned positions were available to create a 3D structure
1446               superposition.
1447             </li>
1448           </ul>
1449           <em>3D Structure</em>
1450           <ul>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1453               coloured in linked structure views
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1457               file-based command exchange
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1461               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1462               structures are already available for sequences
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1466               the Jalview project rather than downloaded again when the
1467               project is reopened.
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1471               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1472               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1473                 Feature</strong>)
1474             </li>
1475           </ul>
1476           <em>Web Services</em>
1477           <ul>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1483               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1484               Analysis services
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1488               cross-references provided by identifiers.org and the
1489               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1490             </li>
1491           </ul>
1492
1493           <em>Scripting</em>
1494           <ul>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1497               identifying file formats (instead of String constants)
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1501               efficiency when counting all displayed features (not
1502               backwards compatible with 2.10.1)
1503             </li>
1504           </ul>
1505           <em>Example files</em>
1506           <ul>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1509               included in the example feature file
1510             </li>
1511           </ul>
1512           <em>Documentation</em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1516               with the built-in Java help viewer
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1520               sequence description' option
1521             </li>
1522           </ul>
1523           <em>Test Suite</em>
1524           <ul>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1527               Uniprot REST Free Text Search Client
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1534               during tests
1535             </li>
1536           </ul>
1537         </div></td>
1538       <td><div align="left">
1539           <em>Calculations</em>
1540           <ul>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1543               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1544               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1545             </li>
1546             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1547               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1548               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1549               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1550               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1551               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1552               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1553               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1554               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1555               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1556               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1557               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1558               // for 2.10.1 mode <br />
1559               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1560               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1561                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1562                 calculations (not recommended)</em></li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1565               scaling of branch lengths for trees computed using
1566               Sequence Feature Similarity.
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1570               generating output report when working with highly
1571               redundant alignments
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1575               right of selected region when gaps present on right-hand
1576               boundary
1577             </li>
1578           </ul>
1579           <em>User Interface</em>
1580           <ul>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1583               doesn't reselect a specific sequence's associated
1584               annotation after it was used for colouring a view
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1588               opened on a region of alignment without groups
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1592               of an alignment with overlapping groups
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1596               name and description match
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1600               hidden regions results in incorrect hidden regions
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1604               changing colour does not apply Conservation slider value
1605               to all groups
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1609               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1613               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1617               gaps before start of features
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1621               restored to UI when feature colour is edited
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1625               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1629               as graduate feature colour settings are modified via the
1630               dialog box
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1634               when a group defined on the alignment is resized
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1638               wrapped view result in positional status updates
1639             </li>
1640
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1643               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1647               alignment included gapped columns
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1651               widgets don't permanently disappear
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1655               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1656               T-Coffee column reliability scores)
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1660               sequence feature on gaps only
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1664               button from a Find inherit previously defined feature type
1665               rather than the Find query string
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1669               exporting tree calculated in Jalview
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1673               and then revealing them reorders sequences on the
1674               alignment
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1678               doesn't update to reflect available set of groups after
1679               interactively adding or modifying features
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1683               Linux
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1687               only excluded gaps in current sequence and ignored
1688               selection.
1689             </li>
1690           </ul>
1691           <em>Rendering</em>
1692           <ul>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1695               erratically when hidden rows or columns are present
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1699               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1700               sequence colouring
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1704               colour and group colour menu for protein alignments
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1708               reflect currently selected view or group's shading
1709               thresholds
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1713               when rendered on overview and structures when opacity at
1714               100%
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1718               overview when features overlaid on alignment
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1722               recovered correctly from Jalview project file
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1726               (automatically via preferences) are different to the main
1727               alignment panel
1728             </li>
1729           </ul>
1730           <em>Data import/export</em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1734               load
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1738               added after a sequence was imported are not written to
1739               Stockholm File
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1743               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1747               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1751               with lightGray or darkGray via features file (but can
1752               specify lightgray)
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1756               when alignment view imported from project
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1760               structure and sequences extracted from structure files
1761               imported via URL and viewed in Jmol
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1765               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1766               the project is loaded and the structure viewed
1767             </li>
1768           </ul>
1769           <em>Web Services</em>
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1773               release of Ensembl v.88
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1777               appear enabled in Preferences->Connections
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1781               removed from console output
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1785               Ensembl by Peptide ID
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1789               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1790               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1791               due to 'null' string rather than empty string used for
1792               residues with no corresponding PDB mapping).
1793             </li>
1794           </ul>
1795           <em>Application UI</em>
1796           <ul>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1799               menu
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1803               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1804               new documentation and tooltips added)
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1808               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1812               new features are added to alignment
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1816               changes to feature colours via the Amend features dialog
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1820               edit graduated feature colour via amend features dialog
1821               box
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1825               selection menu changes colours of alignment views
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1829               from alignment calculation workers after alignment has
1830               been closed
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1834               groups now 'Create Group'
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1838               Create/Undefine group doesn't always work
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1842               shown again after pressing 'Cancel'
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1846               adjusts start position in wrap mode
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1850               ambiguous amino acids
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1854               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1855               proteins
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1859               Defined' don't appear in Colours menu
1860             </li>
1861           </ul>
1862           <em>Applet</em>
1863           <ul>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1866               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1870               overview or linked structure view
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1874               work (since 2.8)
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1878               user-defined colourscheme doesn't restore original
1879               colourscheme
1880             </li>
1881           </ul>
1882           <em>Test Suite</em>
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1886               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1890               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1891               problems with deep array comparison equality asserts in
1892               successive versions of TestNG
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1896               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1897             </li>
1898           </ul>
1899           <em>New Known Issues</em>
1900           <ul>
1901             <li>
1902               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1903               phase after a sequence motif find operation
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1907               containing just upper and lower case letters are
1908               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1912               reliably from eggnog Ortholog database
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1916               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1917               to mark columns containing highlighted regions.
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1921               doesn't always add secondary structure annotation.
1922             </li>
1923           </ul>
1924         </div>
1925     <tr>
1926       <td width="60" nowrap>
1927         <div align="center">
1928           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1929         </div>
1930       </td>
1931       <td><div align="left">
1932           <em>General</em>
1933           <ul>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1936               for all consensus calculations
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1940               3rd Oct 2016)
1941             </li>
1942             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1943               for 2016-2017</li>
1944           </ul>
1945           <em>Application</em>
1946           <ul>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1949               set of database cross-references, sorted alphabetically
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1953               from database cross references. Users with custom links
1954               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1955                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1959               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1960               Chimera session
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1964               the Chimera it is connected to is shut down
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1968               columns menu item to mark columns containing highlighted
1969               regions (e.g. from structure selections or results of a
1970               Find operation)
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1974               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1975               MSAviewer
1976             </li>
1977           </ul>
1978         </div></td>
1979       <td>
1980         <div align="left">
1981           <em>General</em>
1982           <ul>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1985               are not coloured or thresholded according to percent
1986               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1990               hydrophobic
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1994               threshold, amino acid properties)
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1998               reported as mapped to residues in a structure file in the
1999               View Mapping report
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2003               could be added multiple times to a sequence
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2007               bond features shown as two highlighted residues rather
2008               than a range in linked structure views, and treated
2009               correctly when selecting and computing trees from features
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2013               cross-references are matched to database name regardless
2014               of case
2015             </li>
2016
2017           </ul>
2018           <em>Application</em>
2019           <ul>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2022               names without regular expressions also offer links from
2023               Sequence ID
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2027               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2028               update Jalview configuration
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2032               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2036               files with similarly named sequences if dropped onto the
2037               alignment
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2041               entries where more chains exist in the PDB accession than
2042               are reported in the SIFTS file
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2046               the structure view when displayed with Chimera
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2050               panel's View->Show Chains submenu
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2054               work for wrapped alignment views
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2058               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2062               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2063               first annotation row
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2067               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2071               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2072             </li>
2073             <!-- JAL-2319 -->
2074             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2075             coordindate data
2076             </li>
2077           </ul>
2078           <!--           <em>New Known Issues</em>
2079           <ul>
2080             <li></li>
2081           </ul> -->
2082         </div>
2083       </td>
2084     </tr>
2085     <td width="60" nowrap>
2086       <div align="center">
2087         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2088           <em>25/10/2016</em></strong>
2089       </div>
2090     </td>
2091     <td><em>Application</em>
2092       <ul>
2093         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2094           view if structures already loaded</li>
2095         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2096           structure views</li>
2097       </ul></td>
2098     <td>
2099       <div align="left">
2100         <em>General</em>
2101         <ul>
2102           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2103             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2104           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2105             example sequences/projects/trees</li>
2106         </ul>
2107         <em>Application</em>
2108         <ul>
2109           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2110             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2111           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2112             without timeout for structures with multiple models or
2113             multiple sequences in alignment</li>
2114           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2115             PDB ID HEADER line</li>
2116           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2117             is performed</li>
2118           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2119             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2120           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2121           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2122             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2123             option</li>
2124           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2125             is created on the alignment</li>
2126           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2127             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2128             pop-up menu</li>
2129         </ul>
2130         <em>Build and deployment</em>
2131         <ul>
2132           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2133             tags</li>
2134         </ul>
2135         <em>New Known Issues</em>
2136         <ul>
2137           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2138             on Windows</li>
2139         </ul>
2140       </div>
2141     </td>
2142     </tr>
2143     <tr>
2144       <td width="60" nowrap>
2145         <div align="center">
2146           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2147         </div>
2148       </td>
2149       <td><em>General</em>
2150         <ul>
2151           <li>
2152             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2156             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2157             better PDB parsing.
2158           </li>
2159           <li>
2160             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2161             reference sequence
2162           </li>
2163           <li>
2164             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2165             mousing over sequence associated annotation
2166           </li>
2167           <li>
2168             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2169             for manual entry
2170           </li>
2171           <li>
2172             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2173             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2174             for each column
2175           </li>
2176           <li>
2177             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2178             showing or hiding columns containing a feature
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2182             group and sequence associated annotation labels
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2186             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2187             dialogs
2188           </li>
2189
2190         </ul> <em>Application</em>
2191         <ul>
2192           <li>
2193             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2194             gene/transcript view
2195           </li>
2196           <li>
2197             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2198             dialog
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2202             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2203           </li>
2204           <li>
2205             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2206             Pfam sources to xfam.org
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2210           </li>
2211           <li>
2212             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2213             over sequences in Jalview
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2217             regions in ENA and EMBL
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2221             for record retrieval via ENA rest API
2222           </li>
2223           <li>
2224             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2225             complement operator
2226           </li>
2227           <li>
2228             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2229             groovy script execution
2230           </li>
2231           <li>
2232             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2233             alignment window's Calculate menu
2234           </li>
2235           <li>
2236             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2237             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2241             calculation workers from groovy scripts
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2245             Jalview projects
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2249             associations are now saved/restored from project
2250           </li>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2253             before sequence fetcher is opened
2254           </li>
2255           <li>
2256             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2257             database chooser opens a sequence fetcher
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2261             the UniProt REST API
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2265             the news reader opening
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2269             querying stored in preferences
2270           </li>
2271           <li>
2272             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2273             search results
2274           </li>
2275           <li>
2276             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2277           </li>
2278           <li>
2279             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2280             menu for nucleotide sequences
2281           </li>
2282           <li>
2283             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2284             and feature counts preserves alignment ordering (and
2285             debugged for complex feature sets).
2286           </li>
2287           <li>
2288             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2289             viewing structures with Jalview 2.10
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2293             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2294             Ensembl Genomes REST API
2295           </li>
2296           <li>
2297             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2298             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2299             (Ensembl)
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2303             sequences
2304           </li>
2305           <li>
2306             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2307             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2308             data from external database records.
2309           </li>
2310           <li>
2311             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2312             efficient recovery of sequence coding and alignment
2313             annotation relationships.
2314           </li>
2315         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2316         <ul>
2317           <li>
2318             -- JAL---
2319           </li>
2320         </ul> --></td>
2321       <td>
2322         <div align="left">
2323           <em>General</em>
2324           <ul>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2327               menu on OSX
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2331               includes graduated colourschemes
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2335               working with big alignments and lots of hidden columns
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2339               at right of alignment window
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2343               contents
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2347               for DNA alignments
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2351               based tree calculation
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2355               unconserved enabled for group on alignment
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2359               set as reference
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2363               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2364               annotation
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2368               hidden columns present
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2372               user created annotation added to alignment
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2376               '()' base pair annotation
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2380               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2381               Consensus
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2385               feature not working
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2389               beginning of sequence
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2393               entry 3a6s
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2397               from a tree when t-coffee scores are shown
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2401               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2405               some structures
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2409               to Clustal, PIR and PileUp output
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2413               not visible causes alignment window to repaint
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2417               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2418               scores associated with features and annotation rows
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2422               calculation should be case independent
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2426               columns
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2430               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2431               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2435               problems when reference sequence defined and 'show
2436               non-conserved' enabled
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2440               load even when Consensus calculation is disabled
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2444               alignment does nothing
2445             </li>
2446           </ul>
2447           <em>Application</em>
2448           <ul>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2451               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2452               yet fixed for El Capitan)
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2456               output when running on non-gb/us i18n platforms
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2460               hidden sequences as flat-file alignment
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2464               launching Chimera
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2468               (also hotfix for 2.9.0b2)
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2472               reference sequence defined
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2476               alignments and views when revealing hidden columns
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2480               view in a cDNA/Protein splitframe
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2484               sequence from project when only one sequence is
2485               represented
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2489               in Structure Chooser
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2493               structure consensus didn't refresh annotation panel
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2497               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2501               dialogs format columns correctly, don't display array
2502               data, sort columns according to type
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2506               file chooser is cancelled during an image export
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2510               sequence name containing special characters
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2514               case insensitive
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2518               formatting don't wrap
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2522               truncated so L looks like I in consensus annotation
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2526               currently displayed features for the current selection or
2527               view
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2531               after fetching cross-references, and restoring from
2532               project
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2536               followed in the structure viewer
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2540               splitframe not restored from project
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2544               trailing end of protein alignment in transcript/product
2545               splitview when pad-gaps not enabled by default
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2549               is case dependent
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2553               article has been read (reopened issue due to
2554               internationalisation problems)
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2558               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2559               cross-references
2560             </li>
2561
2562             <li>
2563               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2564               alignment as HTML
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2568               multiple structures are shown for one or more sequences.
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2572               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2573               is enabled.
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2577               specific PDB id for sequence
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2581               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2582               columns' is disabled.
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2586               selects lowest rather than highest resolution structures
2587               for each sequence
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2591               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2595               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2599               after clicking on it to create new annotation for a
2600               column.
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2604               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2605             </li>
2606             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2607             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2608           </ul>
2609           <em>Applet</em>
2610           <ul>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2613               hidden columns present before start of sequence
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2617               (JSON jars)
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2621               sequences are hidden in applet
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2625               deployment on examples pages.
2626             </li>
2627           </ul>
2628         </div>
2629       </td>
2630     </tr>
2631     <tr>
2632       <td width="60" nowrap>
2633         <div align="center">
2634           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2635             <em>16/10/2015</em></strong>
2636         </div>
2637       </td>
2638       <td><em>General</em>
2639         <ul>
2640           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2641             jars</li>
2642         </ul></td>
2643       <td>
2644         <div align="left">
2645           <em>Application</em>
2646           <ul>
2647             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2648               shown when tree is partitioned</li>
2649             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2650               multiple cDNA/Protein split views</li>
2651           </ul>
2652         </div>
2653       </td>
2654     </tr>
2655     <tr>
2656       <td width="60" nowrap>
2657         <div align="center">
2658           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2659             <em>8/10/2015</em></strong>
2660         </div>
2661       </td>
2662       <td><em>General</em>
2663         <ul>
2664           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2665             2.9</li>
2666         </ul> <em>Application</em>
2667         <ul>
2668           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2669           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2670           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2671         </ul> <em>Applet</em>
2672         <ul>
2673           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2674         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2675         <ul>
2676           <li>
2677             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2678             suite
2679           </li>
2680         </ul></td>
2681       <td>
2682         <div align="left">
2683           <em>General</em>
2684           <ul>
2685             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2686               incorrect when sequence start > 1</li>
2687             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2688               documentation</li>
2689             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2690             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2691               loading a features file containing HTML tags in feature
2692               description</li>
2693
2694           </ul>
2695           <em>Application</em>
2696           <ul>
2697             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2698               reimport</li>
2699             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2700               with 'trim retrieved sequences'</li>
2701             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2702               deleting selected columns</li>
2703             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2704               JNLP templates for webstart launch</li>
2705             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2706               unreleased structures for download or viewing</li>
2707             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2708               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2709             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2710               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2711             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2712               recovered from jalview project</li>
2713             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2714               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2715               alignment view</li>
2716             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2717               color schemes from BioJSON</li>
2718           </ul>
2719           <em>Applet</em>
2720           <ul>
2721             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2722               frame</li>
2723             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2724           </ul>
2725         </div>
2726       </td>
2727     </tr>
2728     <tr>
2729       <td><div align="center">
2730           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2731         </div></td>
2732       <td><em>General</em>
2733         <ul>
2734           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2735             alignments:
2736             <ul>
2737               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2738                 and DNA alignment views</li>
2739               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2740                 cDNA alignment views</li>
2741               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2742                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2743               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2744                 protein sequences</li>
2745             </ul>
2746           </li>
2747           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2748           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2749             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2750           <li>New alignment annotation file statements for
2751             reference sequences and marking hidden columns</li>
2752           <li>Reference sequence based alignment shading to
2753             highlight variation</li>
2754           <li>Select or hide columns according to alignment
2755             annotation</li>
2756           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2757           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2758             acid conservation row</li>
2759           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2760         </ul> <em>Application</em>
2761         <ul>
2762           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2763             <ul>
2764               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2765                 view with cDNA/Protein</li>
2766               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2767                 sequences are placed in the same alignment</li>
2768               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2769                 projects</li>
2770             </ul>
2771           </li>
2772
2773           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2774           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2775             Jalview windows</li>
2776
2777           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2778           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2779           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2780             be shown in VARNA</li>
2781
2782           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2783             as the active selected region</li>
2784
2785           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2786             similarity</li>
2787           <li>New Export options
2788             <ul>
2789               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2790                 region export in flat file generation</li>
2791
2792               <li>Export alignment views for display with the <a
2793                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2794
2795               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2796               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2797                 alignment figures to HTML</li>
2798           </li>
2799           <li>3D structure retrieval and display
2800             <ul>
2801               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2802                 Search API</li>
2803               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2804                 PDB structures for a sequence set</li>
2805             </ul>
2806           </li>
2807
2808           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2809             predictions</li>
2810           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2811             for one or a group of sequences</li>
2812           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2813             from the JPred4 web server</li>
2814           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2815             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2816             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2817           </li>
2818           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2819             VARNA 2D Structure'</li>
2820           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2821             Structure ..."</li>
2822
2823         </ul> <em>Applet</em>
2824         <ul>
2825           <li>New layout for applet example pages</li>
2826           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2827             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2828           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2829             Protein alignments</li>
2830         </ul> <em>Development and deployment</em>
2831         <ul>
2832           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2833           <li>Include installation type and git revision in build
2834             properties and console log output</li>
2835           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2836             storing BioJsMSA Templates</li>
2837           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2838         </ul></td>
2839       <td>
2840         <!-- <em>General</em>
2841         <ul>
2842         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2843         <ul>
2844           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2845           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2846           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2847             predictions are not highlighted in amber</li>
2848           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2849             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2850           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2851             associated structure views</li>
2852           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2853             width checkbox not enabled</li>
2854           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2855             creating user defined colours</li>
2856           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2857             mappings for just that viewer's sequences</li>
2858           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2859             multiple models in Chimera</li>
2860           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2861             over Jmol structure</li>
2862           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2863             output to text box</li>
2864           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2865             have incorrect sequence start/end</li>
2866           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2867             Jalview fails</li>
2868           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2869             work for nucleotide</li>
2870           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2871             to a grey/invisible alignment window</li>
2872           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2873             imports to different position</li>
2874           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2875             on some platforms</li>
2876           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2877             populated</li>
2878           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2879             console if Chimera has been opened</li>
2880           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2881           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2882             retrieved</li>
2883           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2884           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2885             either sequence shows on first structure</li>
2886           <li>'Show annotations' options should not make
2887             non-positional annotations visible</li>
2888           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2889             in right place after 'view flanking regions'</li>
2890           <li>File Save As type unset when current file format is
2891             unknown</li>
2892           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2893             projects</li>
2894           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2895             responsive</li>
2896           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2897             several views on same alignment</li>
2898           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2899           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2900             spaces</li>
2901         </ul> <em>Applet</em>
2902         <ul>
2903           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2904           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2905             descriptions containing angle brackets</li>
2906         </ul> <em>General</em>
2907         <ul>
2908           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2909             via jalview annotation file</li>
2910           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2911             with RNA secondary structure</li>
2912           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2913             translation doesn't work.</li>
2914           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2915           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2916             positions</li>
2917           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2918             choosing 1pt font</li>
2919           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2920             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2921             'h'</li>
2922           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2923             new feature</li>
2924           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2925             order dependent</li>
2926           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2927             sequences</li>
2928           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2929         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2930         <ul>
2931           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2932             www.jalview.org</li>
2933         </ul> <em>Application Known issues</em>
2934         <ul>
2935           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2936           <li>Misleading message appears after trying to delete
2937             solid column.</li>
2938           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2939             version launches</li>
2940           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2941             fails with a sequence mismatch</li>
2942           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2943             scrolling alignment to right</li>
2944           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2945             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2946           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2947             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2948           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2949             ultra-high resolution</li>
2950           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2951             quality and conservation</li>
2952           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2953             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2954         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2955         <ul>
2956           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2957           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2958             window is being resized</li>
2959
2960         </ul>
2961       </td>
2962     </tr>
2963     <tr>
2964       <td><div align="center">
2965           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2966         </div></td>
2967       <td><em>General</em>
2968         <ul>
2969           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2970             Certum.PL.</li>
2971           <li>Features and annotation preserved when performing
2972             pairwise alignment</li>
2973           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2974             imported/exported/displayed</li>
2975           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2976             protein secondary structure</li>
2977           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2978               post-hoc with 2.9 release</em>)
2979           </li>
2980
2981         </ul> <em>Application</em>
2982         <ul>
2983           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2984             with 3D structures</li>
2985           <li>Support for parsing RNAML</li>
2986           <li>Annotations menu for layout
2987             <ul>
2988               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2989               <li>place sequence annotation above/below alignment
2990                 annotation</li>
2991             </ul>
2992           <li>Output in Stockholm format</li>
2993           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2994             translation</li>
2995           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2996           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2997             shared between alignments</li>
2998           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2999             Jalview</li>
3000           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3001             all or current selection</li>
3002           <li>disorder and secondary structure predictions
3003             available as dataset annotation</li>
3004           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3005
3006
3007           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3008             alignments from Rfam</li>
3009           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3010
3011           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3012             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3013           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3014           <li>include installation type in build properties and
3015             console log output</li>
3016           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3017             annotation</li>
3018         </ul></td>
3019       <td>
3020         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3021         <ul>
3022           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3023             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3024           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3025             alignment</li>
3026           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3027           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3028           <li>Double click on sequence associated annotation
3029             selects only first column</li>
3030           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3031             leaves shown in tree</li>
3032           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3033             properly</li>
3034           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3035           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3036             screen and buttons not visible</li>
3037           <li>author list isn't updated if already written to
3038             Jalview properties</li>
3039           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3040             from database</li>
3041           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3042           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3043             browser search window</li>
3044           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3045             in feature settings dialog</li>
3046           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3047             desktop</li>
3048           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3049             pass validation</li>
3050           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3051             fit on screen</li>
3052           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3053             tooltip</li>
3054           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3055             defined user preset</li>
3056           <li>MSA web services warns user if they were launched
3057             with invalid input</li>
3058           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3059             Java 8</li>
3060           <li>
3061             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3062             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3063             created
3064           </li>
3065
3066         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3067         <ul>
3068         </ul> <em>General</em>
3069         <ul>
3070         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3071         <ul>
3072           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3073             memory allocation</li>
3074           <li>launchApp service doesn't automatically open
3075             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3076           <li>
3077             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3078             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3079             1.7_055 is available
3080           </li>
3081         </ul> <em>Application Known issues</em>
3082         <ul>
3083           <li>
3084             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3085             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3086             alignment to right
3087           </li>
3088           <li>
3089             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3090             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3091             with large number of ID
3092           </li>
3093           <li>
3094             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3095             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3096             start/end
3097           </li>
3098           <li>
3099             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3100             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3101             structure tracks are rearranged
3102           </li>
3103           <li>
3104             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3105             invalid rna structure positional highlighting does not
3106             highlight position of invalid base pairs
3107           </li>
3108           <li>
3109             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3110             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3111             project from alignment window file menu
3112           </li>
3113           <li>
3114             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3115             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3116             structures
3117           </li>
3118           <li>
3119             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3120             colour by RNA Helices not enabled when user created
3121             annotation added to alignment
3122           </li>
3123           <li>
3124             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3125             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3126           </li>
3127         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3128         <ul>
3129           <li>
3130             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3131             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3135             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3136           </li>
3137
3138           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3139             when selected</li>
3140         </ul>
3141       </td>
3142     </tr>
3143     <tr>
3144       <td><div align="center">
3145           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3146         </div></td>
3147       <td>
3148         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3149         <em>General</em>
3150         <ul>
3151           <li>Internationalisation of user interface (usually
3152             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3153           <li>Define/Undefine group on current selection with
3154             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3155           <li>Improved group creation/removal options in
3156             alignment/sequence Popup menu</li>
3157           <li>Sensible precision for symbol distribution
3158             percentages shown in logo tooltip.</li>
3159           <li>Annotation panel height set according to amount of
3160             annotation when alignment first opened</li>
3161         </ul> <em>Application</em>
3162         <ul>
3163           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3164             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3165           <li>Select columns containing particular features from
3166             Feature Settings dialog</li>
3167           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3168             sequences</li>
3169           <li>Update Jalview project format:
3170             <ul>
3171               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3172               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3173                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3174               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3175                 colouring</li>
3176             </ul>
3177           </li>
3178           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3179             (PAM250)</li>
3180           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3181             flanking regions for an alignment</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184       <td>
3185         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3186         <ul>
3187           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3188             running after job is cancelled</li>
3189           <li>cannot export features from alignments imported from
3190             Jalview/VAMSAS projects</li>
3191           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3192             float values</li>
3193           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3194             have 'display all symbols' flag set</li>
3195           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3196             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3197           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3198             Jalview</li>
3199           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3200             Lion/Webstart</li>
3201           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3202           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3203           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3204             alignment onto desktop</li>
3205           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3206             'extract scores' function</li>
3207           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3208             alignment window</li>
3209           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3210             performing IUPred disorder prediction</li>
3211           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3212             changing 'normalise logo' display setting</li>
3213           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3214             nothing matches query</li>
3215           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3216             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3217           </li>
3218           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3219             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3220           </li>
3221           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3222             Jalview's menu</li>
3223           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3224             'invalid literal/length code'</li>
3225           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3226             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3227           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3228             colourscheme</li>
3229
3230         </ul> <em>Applet</em>
3231         <ul>
3232           <li>Remove group option is shown even when selection is
3233             not a group</li>
3234           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3235             don't affect groups</li>
3236           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3237             colourscheme name</li>
3238           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3239             Annotation panel is not displayed</li>
3240           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3241             embedded windows</li>
3242         </ul> <em>Other</em>
3243         <ul>
3244           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3245             single sequence were not calculated</li>
3246           <li>annotation files that contain only groups imported as
3247             annotation and junk sequences</li>
3248           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3249             recognised as PFAM or BLC</li>
3250           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3251             doesn't affect background (2.8.0b1)
3252           <li></li>
3253           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3254           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3255             trailing gaps</li>
3256           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3257             registered correctly on import</li>
3258           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3259             certain alignments</li>
3260           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3261             existing annotation based 'use original colours'
3262             colourscheme loses original colours setting</li>
3263         </ul>
3264       </td>
3265     </tr>
3266     <tr>
3267       <td><div align="center">
3268           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3269             <em>30/1/2014</em></strong>
3270         </div></td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3274             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3275             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3276             open source project).
3277           </li>
3278           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3279           <li>Output in Stockholm format</li>
3280           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3281           <li>Export/import group and sequence associated line
3282             graph thresholds</li>
3283           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3284             ambiguity codes</li>
3285           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3286             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3287             works</li>
3288           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3289         </ul> <em>Other improvements</em>
3290         <ul>
3291           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3292           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3293             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3294           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3295             files</li>
3296           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3297           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3298             link but no description</li>
3299           <li>Select primary source when selecting authority in
3300             database fetcher GUI</li>
3301           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3302             Jalview</li>
3303           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3304         </ul>
3305       </td>
3306       <td>
3307         <ul>
3308           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3309             displayed</li>
3310           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3311             secondary structure annotation line</li>
3312           <li>Sequence database accessions not imported when
3313             fetching alignments from Rfam</li>
3314           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3315             identical IDs</li>
3316           <li>View all structures does not always superpose
3317             structures</li>
3318           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3319             reflect user or preset settings</li>
3320           <li>Null pointer exceptions for some services without
3321             presets or adjustable parameters</li>
3322           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3323             discover PDB xRefs</li>
3324           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3325             features with DAS</li>
3326           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3327             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3328           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3329             residue follows a gap</li>
3330           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3331             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3332           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3333             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3334           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3335             annotation already exists on alignment</li>
3336           <li>oninit javascript function should be called after
3337             initialisation completes</li>
3338           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3339             alignment window display</li>
3340           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3341           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3342             to annotation file</li>
3343           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3344             groups created</li>
3345           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3346             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3347           <li>Pressing return several times causes Number Format
3348             exceptions in keyboard mode</li>
3349           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3350             correct partitions for input data</li>
3351           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3352           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3353           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3354           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3355             mode</li>
3356           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3357             changes one row&#39;s threshold</li>
3358           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3359             doesn&#39;t open</li>
3360           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3361             quality histograms</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364     </tr>
3365     <tr>
3366       <td><div align="center">
3367           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3368         </div></td>
3369       <td><em>Application</em>
3370         <ul>
3371           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3372             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3373           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3374             preferences</li>
3375           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3376             in Jalview alignment window</li>
3377           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3378             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3379           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3380             RNA and ambiguity codes</li>
3381
3382           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3383           <li>Support fetching and database reference look up
3384             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3385             refs')</li>
3386           <li>Jalview project improvements
3387             <ul>
3388               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3389                 flag for annotation</li>
3390               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3391                 alignment</li>
3392               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3393                 Jalview project</li>
3394
3395             </ul>
3396           </li>
3397           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3398           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3399             running</li>
3400           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3401           <li>visual indication that web service results are still
3402             being retrieved from server</li>
3403           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3404             starts up for first time</li>
3405           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3406             services</li>
3407           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3408             client library</li>
3409           <li>Examples directory and Groovy library included in
3410             InstallAnywhere distribution</li>
3411         </ul> <em>Applet</em>
3412         <ul>
3413           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3414             visualization applet example</li>
3415         </ul> <em>General</em>
3416         <ul>
3417           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3418           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3419             defaults</li>
3420           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3421             calculation</li>
3422           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3423             matrices
3424           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3425             in HTML</li>
3426           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3427             structure contacts</li>
3428           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3429           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3430           <li>Parse sequence associated secondary structure
3431             information in Stockholm files</li>
3432           <li>HTML Export database accessions and annotation
3433             information presented in tooltip for sequences</li>
3434           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3435             style RNA alignment files</li>
3436           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3437             alignment</li>
3438           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3439             shade each sequence according to its associated alignment
3440             annotation</li>
3441           <li>New Jalview Logo</li>
3442         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3443         <ul>
3444           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3445           <li>New Website!</li>
3446         </ul></td>
3447       <td><em>Application</em>
3448         <ul>
3449           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3450             wsdbfetch REST service</li>
3451           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3452           <li>Filetype associations not installed for webstart
3453             launch</li>
3454           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3455             job execution in full once it is complete</li>
3456           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3457             uploaded via ali_file parameter</li>
3458           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3459           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3460           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3461             submitted for prediction</li>
3462           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3463             desktop window</li>
3464           <li>Putting fractional value into integer text box in
3465             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3466           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3467             windows 7</li>
3468           <li>View all structures fails with exception shown in
3469             structure view</li>
3470           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3471             escaped in a platform independent way</li>
3472           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3473             using proxy</li>
3474           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3475             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3476           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3477             failure when java web start temporary file caching is
3478             disabled</li>
3479           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3480             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3481           <li>Errors during processing of command line arguments
3482             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3483           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3484             DAS sources in sequence fetcher</li>
3485           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3486             dialog is shown</li>
3487           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3488           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3489           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3490           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3491             on OSX Mountain Lion</li>
3492           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3493             sequences with alignment annotation are pasted into the
3494             alignment</li>
3495           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3496             when loaded from Jalview project</li>
3497           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3498           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3499             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3500           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3501             associated with all views</li>
3502           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3503             annotation rows to new window</li>
3504         </ul> <em>Applet</em>
3505         <ul>
3506           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3507             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3508           <li>loading features via javascript API automatically
3509             enables feature display</li>
3510           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3511             work</li>
3512         </ul> <em>General</em>
3513         <ul>
3514           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3515           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3516             and then deselected</li>
3517           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3518           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3519             coloured with clustalx</li>
3520           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3521             exceptions and redraw errors</li>
3522           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3523             reconfigured view</li>
3524           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3525             colour</li>
3526           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3527             for lots of labels</li>
3528         </ul>
3529     </tr>
3530     <tr>
3531       <td>
3532         <div align="center">
3533           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3534         </div>
3535       </td>
3536       <td><em>Application</em>
3537         <ul>
3538           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3539           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3540           <li>View/alignment association menu to enable user to
3541             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3542             its colours/correspondences from</li>
3543           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3544           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3545             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3546           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3547           <li>Annotation row column label formatting attributes
3548             stored in project file</li>
3549           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3550             rows preserved in Jalview project file</li>
3551           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3552             saved using Desktop window menu</li>
3553           <li>Visual indication that command line arguments are
3554             still being processed</li>
3555           <li>Groovy script execution from URL</li>
3556           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3557             preferences</li>
3558           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3559             alignment with sequences that have high similarity and
3560             matching IDs</li>
3561           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3562           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3563             structures in same window</li>
3564           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3565           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3566             analysis function in its own submenu</li>
3567         </ul> <em>Applet</em>
3568         <ul>
3569           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3570             groups</li>
3571           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3572           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3573           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3574           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3575           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3576             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3577           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3578           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3579             parameters are treated as such</li>
3580           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3581             <ul>
3582               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3583               <li>Javascript callbacks for
3584                 <ul>
3585                   <li>Applet initialisation</li>
3586                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3587                 </ul>
3588               </li>
3589               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3590                 functions</li>
3591               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3592               <li>javascript structure viewer harness to pass
3593                 messages between Jmol and Jalview when running as
3594                 distinct applets</li>
3595               <li>sortBy method</li>
3596               <li>Set of applet and application examples shipped
3597                 with documentation</li>
3598               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3599                 javascript message exchange</li>
3600             </ul>
3601         </ul> <em>General</em>
3602         <ul>
3603           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3604             multiple alignments</li>
3605           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3606           <li>User configurable link to enable redirects to a
3607             www.Jalview.org mirror</li>
3608           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3609           <li>Configurable newline string when writing alignment
3610             and other flat files</li>
3611           <li>Allow alignment annotation description lines to
3612             contain html tags</li>
3613         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3614         <ul>
3615           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3616             examples</li>
3617           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3618             using a web service before displaying the result in the
3619             Jalview desktop</li>
3620           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3621           <li>Ant target to publish example html files with applet
3622             archive</li>
3623           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3624           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3625         </ul></td>
3626       <td><em>Application</em>
3627         <ul>
3628           <li>User defined colourscheme throws exception when
3629             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3630           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3631             dialog for valid filename/format</li>
3632           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3633           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3634             P37173</li>
3635           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3636             which sequence is to be associated with the file</li>
3637           <li>Find All raises null pointer exception when query
3638             only matches sequence IDs</li>
3639           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3640           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3641             2.4 cannot be loaded</li>
3642           <li>Filetype associations not installed for webstart
3643             launch</li>
3644           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3645             with sequences in different alignments do not get coloured
3646             by their associated sequence</li>
3647           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3648             not preserved when project is loaded</li>
3649           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3650             stored in Jalview project</li>
3651           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3652             Jalview project</li>
3653           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3654           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3655             by conservation</li>
3656           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3657             created on new view</li>
3658           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3659             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3660           <li>Alignment quality not updated after alignment
3661             annotation row is hidden then shown</li>
3662           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3663             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3664           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3665             properly</li>
3666           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3667             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3668           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3669           <li>Structures imported from file and saved in project
3670             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3671           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3672             job execution in full once it is complete</li>
3673         </ul> <em>Applet</em>
3674         <ul>
3675           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3676             annotation rows are displayed</li>
3677           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3678             codebase</li>
3679           <li>View follows highlighting does not work for positions
3680             in sequences</li>
3681           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3682           <li>Export features raises exception when no features
3683             exist</li>
3684           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3685             for javascript api is modified when separator string
3686             provided as parameter</li>
3687           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3688             alignment with no existing selection</li>
3689           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3690             to applet&#39;s codebase</li>
3691           <li>Status bar not updated after finished searching and
3692             search wraps around to first result</li>
3693           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3694             several Jalview applets causes race conditions and memory
3695             leaks</li>
3696           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3697             not sent from Jmol in applet</li>
3698           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3699             applet API fatally hang browser</li>
3700         </ul> <em>General</em>
3701         <ul>
3702           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3703             position with wrapped view and hidden regions</li>
3704           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3705             with/without hidden columns</li>
3706           <li>Sequence length given in alignment properties window
3707             is off by 1</li>
3708           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3709             import PDB like structure files</li>
3710           <li>Positional search results are only highlighted
3711             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3712           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3713           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3714             given sequence position</li>
3715           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3716             output</li>
3717           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3718             from nucleotide chains correctly</li>
3719           <li>Structure colours not updated when tree partition
3720             changed in alignment</li>
3721           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3722             parsed in interleaved stockholm</li>
3723           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3724             state</li>
3725           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3726             properly</li>
3727           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3728             properly associated with their pdb files</li>
3729         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3730         <ul>
3731           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3732             ApplyCopyright tool</li>
3733         </ul></td>
3734     </tr>
3735     <tr>
3736       <td>
3737         <div align="center">
3738           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3739         </div>
3740       </td>
3741       <td><em>Application</em>
3742         <ul>
3743           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3744             contact web services</li>
3745           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3746             service job window</li>
3747           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3748         </ul></td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3752             pir file emitted by Jalview</li>
3753           <li>Existing feature settings transferred to new
3754             alignment view created from cut'n'paste</li>
3755           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3756             parsing PDB files</li>
3757           <li>Consensus and conservation annotation rows
3758             occasionally become blank for all new windows</li>
3759           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3760             in wrapped view mode</li>
3761         </ul> <em>Application</em>
3762         <ul>
3763           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3764             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3765           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3766             parameter names</li>
3767           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3768             is down</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771     </tr>
3772     <tr>
3773       <td>
3774         <div align="center">
3775           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3776         </div>
3777       </td>
3778       <td><em>Application</em>
3779         <ul>
3780           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3781             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3782             (JABAWS)
3783           </li>
3784           <li>Web Services preference tab</li>
3785           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3786             preferences</li>
3787           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3788           <li>Superpose structures using associated sequence
3789             alignment</li>
3790           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3791             viewer</li>
3792         </ul> <em>Applet</em>
3793         <ul>
3794           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3795             link out mechanism</li>
3796         </ul> <em>Other</em>
3797         <ul>
3798           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3799             series 12</li>
3800           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3801             require Java 1.5</li>
3802           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3803             sequence annotation files</li>
3804           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3805             type colour specification</li>
3806           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3807             script to check if it being run in an interactive session or
3808             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3809         </ul></td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3813             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3814         </ul> <em>Application</em>
3815         <ul>
3816           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3817             selected Regions menu item</li>
3818           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3819             part of a valid accession ID</li>
3820           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3821             runs out of memory</li>
3822           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3823             analysis results</li>
3824           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3825             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3826           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3827         </ul> <em>Applet</em>
3828         <ul>
3829           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3830             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3831             defined.</li>
3832         </ul>
3833       </td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td>
3837         <div align="center">
3838           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3839         </div>
3840       </td>
3841       <td></td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3845             sequence IDs</li>
3846           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3847             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3848           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3849             import correctly</li>
3850           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3851             number of columns are hidden</li>
3852           <li>annotation label popup menu not providing correct
3853             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3854             present</li>
3855           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3856             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3857           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3858             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3859
3860         </ul> <em>Applet</em>
3861         <ul>
3862           <li>annotation panel disappears when annotation is
3863             hidden/removed</li>
3864         </ul> <em>Application</em>
3865         <ul>
3866           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3867             alignment opened where annotation panel is visible but no
3868             annotations are present on alignment</li>
3869           <li>pasted region containing hidden columns is
3870             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3871           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3872             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3873           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3874             selected Rregions menu item.</li>
3875           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3876             'Un' or 'Non'conserved</li>
3877           <li>Sequence feature settings are being shared by
3878             multiple distinct alignments</li>
3879           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3880             changed</li>
3881           <li>double click on group annotation to select sequences
3882             does not propagate to associated trees</li>
3883           <li>Mac OSX specific issues:
3884             <ul>
3885               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3886                 window background</li>
3887               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3888                 name set correctly</li>
3889               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3890                 save feature colourscheme button</li>
3891             </ul>
3892           </li>
3893         </ul>
3894       </td>
3895     </tr>
3896     <tr>
3897
3898       <td>
3899         <div align="center">
3900           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3901         </div>
3902       </td>
3903       <td><em>New Capabilities</em>
3904         <ul>
3905           <li>URL links generated from description line for
3906             regular-expression based URL links (applet and application)
3907
3908           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3909             menu</li>
3910           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3911             structures</li>
3912           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3913             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3914           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3915             average score or total feature count for each sequence.</li>
3916           <li>Shading features by score or associated description</li>
3917           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3918             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3919           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3920             hide everything but the currently selected region.</li>
3921           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3922         </ul> <em>Application</em>
3923         <ul>
3924           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3925             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3926           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3927             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3928           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3929             database references and protein_name is parsed as
3930             description line (BioSapiens terms).</li>
3931           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3932             references in sequence ID tooltip from View menu in
3933             application.</li>
3934           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3935       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3936           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3937             conservation plots</li>
3938           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3939             and visualized as sequence logos</li>
3940           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3941             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3942           </li>
3943           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3944             when a new tree is opened.</li>
3945           <li>Jalview Java Console</li>
3946           <li>Better placement of desktop window when moving
3947             between different screens.</li>
3948           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3949             consensus annotation</li>
3950           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3951             Workflows</li>
3952           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3953             <ul>
3954               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3955                 used to preserve views, structures, and tree display
3956                 settings)</li>
3957               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3958                 command line</li>
3959               <li>Sharing of selected regions between views and
3960                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3961               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3962             </ul></li>
3963         </ul> <em>Applet</em>
3964         <ul>
3965           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3966           <li>New Parameters
3967             <ul>
3968               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3969                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3970                 opened.</li>
3971               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3972                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3973               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3974                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3975               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3976                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3977                 view</li>
3978               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3979                 increase the height or width of a cell in the alignment
3980                 grid relative to the current font size.</li>
3981             </ul>
3982           </li>
3983           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3984             tooltip</li>
3985         </ul> <em>Other</em>
3986         <ul>
3987           <li>Features format: graduated colour definitions and
3988             specification of feature scores</li>
3989           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3990             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3991             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3992           <li>XML formats extended to support graduated feature
3993             colourschemes, group associated annotation, and profile
3994             visualization settings.</li></td>
3995       <td>
3996         <ul>
3997           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3998             rather than description</li>
3999           <li>Non-positional features are now included in sequence
4000             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4001             visibility in tooltip).</li>
4002           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4003           <li>Added URL embedding instructions to features file
4004             documentation.</li>
4005           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4006             'X' in peptide product</li>
4007           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4008             sequence ID and sequence string and query strings do not
4009             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4010           <li>AMSA files only contain first column of
4011             multi-character column annotation labels</li>
4012           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4013             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4014             exported and re-imported)</li>
4015           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4016             name</li>
4017           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4018             as subsequence matches, and correctly reports total number
4019             of both.</li>
4020           <li>Application:
4021             <ul>
4022               <li>Better handling of exceptions during sequence
4023                 retrieval</li>
4024               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4025                 link text excludes the start_end suffix</li>
4026               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4027                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4028               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4029               <li>Sequence description lines properly shared via
4030                 VAMSAS</li>
4031               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4032                 data sources</li>
4033               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4034                 completes before alignment figures are generated.</li>
4035               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4036                 first time.</li>
4037               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4038                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4039               <li>User defined group colours properly recovered
4040                 from Jalview projects.</li>
4041             </ul>
4042           </li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045
4046     </tr>
4047     <tr>
4048       <td>
4049         <div align="center">
4050           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4051         </div>
4052       </td>
4053       <td>
4054         <ul>
4055           <li>Experimental support for google analytics usage
4056             tracking.</li>
4057           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4058         </ul>
4059       </td>
4060       <td>
4061         <ul>
4062           <li>Race condition in applet preventing startup in
4063             jre1.6.0u12+.</li>
4064           <li>Exception when feature created from selection beyond
4065             length of sequence.</li>
4066           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4067           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4068             all sequences with a given id</li>
4069           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4070             ID string searches</li>
4071           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4072             alignment to fail with exception</li>
4073         </ul> <em>Application Issues</em>
4074         <ul>
4075           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4076           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4077             data sources</li>
4078         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4079         <ul>
4080           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4081             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4082           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4083             version (java class versioning error fixed)</li>
4084         </ul>
4085       </td>
4086     </tr>
4087     <tr>
4088       <td>
4089
4090         <div align="center">
4091           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4092         </div>
4093       </td>
4094       <td><em>User Interface</em>
4095         <ul>
4096           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4097             translation and protein products</li>
4098           <li>Linked highlighting of structure associated with
4099             residue mapping to codon position</li>
4100           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4101             and 'clear' button</li>
4102           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4103             Tools menu</li>
4104           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4105             numeric data in description line</li>
4106           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4107           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4108             of sequence</li>
4109         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4110         <ul>
4111           <li>JPred3 web service</li>
4112           <li>Prototype sequence search client (no public services
4113             available yet)</li>
4114           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4115             PFAM</li>
4116           <li>URL Links created for matching database cross
4117             references as well as sequence ID</li>
4118           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4119         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4120         <ul>
4121           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4122             databases</li>
4123           <li>Generalised database reference retrieval and
4124             validation to all fetchable databases</li>
4125           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4126             sequence command</li>
4127         </ul> <em>Import and Export</em>
4128         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4129         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4130           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4131         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4132           File</li>
4133         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4134           triplet as name of colourscheme</li>
4135         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4136         <ul>
4137           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4138           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4139             alignments (experimental)</li>
4140           <li>Create new or select existing session to join</li>
4141           <li>load and save of vamsas documents</li>
4142         </ul> <em>Application command line</em>
4143         <ul>
4144           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4145             from applet)</li>
4146           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4147             of DAS servers to query for alignment features</li>
4148           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4149             that are also automatically queried for features</li>
4150           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4151             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4152         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4153         <ul>
4154           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4155             application (when using &quot;View in full
4156             application&quot;)</li>
4157         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4158         <ul>
4159           <li>feature group display control parameter</li>
4160           <li>debug parameter</li>
4161           <li>showbutton parameter</li>
4162         </ul> <em>Applet API methods</em>
4163         <ul>
4164           <li>newView public method</li>
4165           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4166           <li>Feature display control methods</li>
4167           <li>get list of currently selected sequences</li>
4168         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4169         <ul>
4170           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4171           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4172             Jalview release.</li>
4173           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4174             property controls execution of obfuscator</li>
4175           <li>Build target for generating source distribution</li>
4176           <li>Debug flag for javacc</li>
4177           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4178             jalview.bin.Cache</li>
4179           <li>Continuous Build Integration for stable and
4180             development version of Application, Applet and source
4181             distribution</li>
4182         </ul></td>
4183       <td>
4184         <ul>
4185           <li>selected region output includes visible annotations
4186             (for certain formats)</li>
4187           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4188             for editing</li>
4189           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4190           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4191           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4192           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4193             comments</li>
4194           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4195             filenames containing a ':'</li>
4196           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4197             global sequence features</li>
4198           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4199             references from alignment sequences goes to zero</li>
4200           <li>Close of tree branch colour box without colour
4201             selection causes cascading exceptions</li>
4202           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4203           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4204             file parsing fails.</li>
4205           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4206           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4207             not a valid output format</li>
4208           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4209             vamsas</li>
4210           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4211           <li>error messages passed up and output when data read
4212             fails</li>
4213           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4214             sequence is edited</li>
4215           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4216             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4217           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4218             filetype</li>
4219           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4220             import fixed for PFAM records</li>
4221           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4222             window list</li>
4223           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4224             can be read and written correctly to annotation file</li>
4225           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4226             correctly</li>
4227           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4228             non-italic font for representatives in Applet</li>
4229           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4230             Macs.</li>
4231           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4232             Applet)</li>
4233           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4234             due to null pointer exceptions</li>
4235           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4236             first column of alignment</li>
4237           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4238             July 2008</li>
4239           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4240             file is case-insensitive</li>
4241           <li>Sequence features read from Features file appended to
4242             all sequences with matching IDs</li>
4243           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4244             containing a sub-sequence</li>
4245           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4246           <li>feature and annotation file applet parameters
4247             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4248           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4249           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4250             splash-screen version check to complete</li>
4251           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4252             when passing them to the launchApp service</li>
4253           <li>display name and local features preserved in results
4254             retrieved from web service</li>
4255           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4256             sequence fetcher initialisation</li>
4257           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4258             dasobert DAS client</li>
4259           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4260             association</li>
4261           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4262             sequences
4263           </li>
4264         </ul>
4265       </td>
4266     </tr>
4267     <tr>
4268       <td>
4269         <div align="center">
4270           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4271         </div>
4272       </td>
4273       <td>
4274         <ul>
4275           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4276           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4277           <li>Slide sequences</li>
4278           <li>Edit sequence in place</li>
4279           <li>EMBL CDS features</li>
4280           <li>DAS Feature mapping</li>
4281           <li>Feature ordering</li>
4282           <li>Alignment Properties</li>
4283           <li>Annotation Scores</li>
4284           <li>Sort by scores</li>
4285           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4286         </ul>
4287       </td>
4288       <td>
4289         <ul>
4290           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4291           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4292           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4293           <li>Feature group display state in XML</li>
4294           <li>Feature ordering in XML</li>
4295           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4296           <li>Stockholm alignment properties</li>
4297           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4298           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4299           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4300           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4301         </ul>
4302       </td>
4303
4304     </tr>
4305     <tr>
4306       <td>
4307         <div align="center">
4308           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4309         </div>
4310       </td>
4311       <td>
4312         <ul>
4313           <li>Non standard characters can be read and displayed
4314           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4315             applet via textbox
4316           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4317             name &amp; description
4318           <li>Preference setting to display sequence name in
4319             italics
4320           <li>Annotation file format extended to allow
4321             Sequence_groups to be defined
4322           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4323             specified in preferences
4324           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4325             sequences
4326         </ul>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4331             installed
4332           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4333           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4334         </ul>
4335       </td>
4336     </tr>
4337     <tr>
4338       <td>
4339         <div align="center">
4340           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4341         </div>
4342       </td>
4343       <td>
4344         <ul>
4345           <li>Multiple views on alignment
4346           <li>Sequence feature editing
4347           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4348           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4349           <li>Background dependent text colour
4350           <li>Right align sequence ids
4351           <li>User-defined lower case residue colours
4352           <li>Format Menu
4353           <li>Select Menu
4354           <li>Menu item accelerator keys
4355           <li>Control-V pastes to current alignment
4356           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4357           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4358           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4359
4360           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4361         </ul>
4362       </td>
4363       <td>
4364         <ul>
4365           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4366           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4367             calculations
4368           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4369             edits
4370           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4371             of alignment)
4372           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4373
4374           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4375             display correctly
4376           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4377           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4378             analysis results
4379           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4380             &#8739;
4381           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4382           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4383           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4384
4385         </ul>
4386       </td>
4387     </tr>
4388     <tr>
4389       <td>
4390         <div align="center">
4391           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4392         </div>
4393       </td>
4394       <td>
4395         <ul>
4396           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4397         </ul>
4398       </td>
4399       <td>
4400         <ul>
4401           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4402             sequence id panel has been resized</li>
4403           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4404             rendered</li>
4405           <li>Annotation files with sequence references - all
4406             elements in file are relative to sequence position</li>
4407           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4408         </ul>
4409       </td>
4410     </tr>
4411     <tr>
4412       <td>
4413         <div align="center">
4414           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4415         </div>
4416       </td>
4417       <td>
4418         <ul>
4419           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4420           <li>DAS Feature fetching</li>
4421           <li>Hide sequences and columns</li>
4422           <li>Export Annotations and Features</li>
4423           <li>GFF file reading / writing</li>
4424           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4425             files</li>
4426           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4427           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4428           <li>Applet can launch the full application</li>
4429           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4430             required)</li>
4431           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4432           <li>Applet can load sequences from parameter
4433             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4434           </li>
4435         </ul>
4436       </td>
4437       <td>
4438         <ul>
4439           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4440           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4441           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4442         </ul>
4443       </td>
4444     </tr>
4445     <tr>
4446       <td>
4447         <div align="center">
4448           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4449         </div>
4450       </td>
4451       <td>
4452         <ul>
4453           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4454           <li>Choose to match case when searching</li>
4455           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4456             expand the visible width and height of the alignment</li>
4457         </ul>
4458       </td>
4459       <td>
4460         <ul>
4461           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4462         </ul>
4463       </td>
4464     </tr>
4465     <tr>
4466       <td>
4467         <div align="center">
4468           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4469         </div>
4470       </td>
4471       <td>&nbsp;</td>
4472       <td>
4473         <ul>
4474           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4475           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4476             value</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479     </tr>
4480     <tr>
4481       <td>
4482         <div align="center">
4483           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4484         </div>
4485       </td>
4486       <td>
4487         <ul>
4488           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4489           <li>Keyboard editing</li>
4490           <li>Create sequence features from searches</li>
4491           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4492             alignments</li>
4493           <li>Features file allows grouping of features</li>
4494           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4495           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4496           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4497         </ul>
4498       </td>
4499       <td>
4500         <ul>
4501           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4502           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4503             descriptions saved.</li>
4504         </ul>
4505       </td>
4506     </tr>
4507     <tr>
4508       <td>
4509         <div align="center">
4510           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4511         </div>
4512       </td>
4513       <td>
4514         <ul>
4515           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4516           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4517           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4518             name for file output</li>
4519           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4520           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4521             used for HTML form input</li>
4522         </ul>
4523       </td>
4524       <td>
4525         <ul>
4526           <li>HTML output writes groups and features</li>
4527           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4528           <li>File IO bugs</li>
4529         </ul>
4530       </td>
4531     </tr>
4532     <tr>
4533       <td>
4534         <div align="center">
4535           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4536         </div>
4537       </td>
4538       <td>
4539         <ul>
4540           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4541           <li>More options for PCA viewer</li>
4542         </ul>
4543       </td>
4544       <td>
4545         <ul>
4546           <li>GUI bugs resolved</li>
4547           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550     </tr>
4551     <tr>
4552       <td height="63">
4553         <div align="center">
4554           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4555         </div>
4556       </td>
4557       <td>
4558         <ul>
4559           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4560           <li>Jar files are executable</li>
4561           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4562         </ul>
4563       </td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4567           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4568           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4569         </ul>
4570       </td>
4571     </tr>
4572     <tr>
4573       <td>
4574         <div align="center">
4575           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4576         </div>
4577       </td>
4578       <td>
4579         <ul>
4580           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583       <td>
4584         <ul>
4585           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4586         </ul>
4587       </td>
4588     </tr>
4589     <tr>
4590       <td>
4591         <div align="center">
4592           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4593         </div>
4594       </td>
4595       <td>
4596         <ul>
4597           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4598             size</li>
4599         </ul>
4600       </td>
4601       <td>
4602         <ul>
4603           <li>Improved JPred client reliability</li>
4604           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607     </tr>
4608     <tr>
4609       <td>
4610         <div align="center">
4611           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4612         </div>
4613       </td>
4614       <td>
4615         <ul>
4616           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4617           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4618           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4619             to Colour Menu</li>
4620           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4621           <li>Unix users can set default web browser</li>
4622           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4623           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4624         </ul>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4629         </ul>
4630       </td>
4631     </tr>
4632     <tr>
4633       <td>
4634         <div align="center">
4635           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4636         </div>
4637       </td>
4638       <td>&nbsp;</td>
4639       <td>
4640         <ul>
4641           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4642             alignment order.</li>
4643         </ul>
4644       </td>
4645     </tr>
4646     <tr>
4647       <td>
4648         <div align="center">
4649           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4650         </div>
4651       </td>
4652       <td>
4653         <ul>
4654           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4655           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4656           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4657             annotations.</li>
4658           <li>Version and build date written to build properties
4659             file.</li>
4660           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4661             at launch of Jalview.</li>
4662         </ul>
4663       </td>
4664       <td>
4665         <ul>
4666           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4667           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4668           <li>Can remove groups one by one.</li>
4669           <li>Filechooser icons installed.</li>
4670           <li>Finder ignores return character when searching.
4671             Return key will initiate a search.<br>
4672           </li>
4673         </ul>
4674       </td>
4675     </tr>
4676     <tr>
4677       <td>
4678         <div align="center">
4679           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4680         </div>
4681       </td>
4682       <td>
4683         <ul>
4684           <li>New codebase</li>
4685         </ul>
4686       </td>
4687       <td>&nbsp;</td>
4688     </tr>
4689   </table>
4690   <p>&nbsp;</p>
4691 </body>
4692 </html>