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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>27/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 111                                                                 sequences
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 115                                                                 details
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 119                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 123                                                                 dialog
 124                                                         </li>
 125                                                 </ul>
 126                                         </li>
 127                                         <li>
 128                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 129                                                 tree and PCA calculations
 130                                         </li>
 131                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 132             <ul>
 133                                                         <li>
 134                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 135                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 136                                                         </li>
 137                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 138                                                                 drop-down menus</li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 141                                                                 incrementally
 142                                                         </li>
 143                                                         <li>
 144                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 145                                                         </li>
 146                                                 </ul>
 147                                         </li>
 148                                         <li>
 149                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 150                                         </li>
 151                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 152                                         <ul>
 153                                                         <li>
 154                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 155                                                                 multiple groups when working with large alignments
 156                                                         </li>
 157                                                         <li>
 158                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 159                                                                 Stockholm files
 160                                                         </li>
 161                                                 </ul>
 162                                         <li><strong>User Interface</strong>
 163                                         <ul>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 166                                                                 view
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 170                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 171                                                                 default (can be changed in user preferences)
 172                                                         </li>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 175                                                                 to the Overwrite Dialog
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 179                                                                 sequences are hidden
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 183                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 187                                                                 labels
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 191                                                                 when in wrapped mode
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 195                                                                 annotation
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 199                                                         </li>
 200                                                         <li>
 201                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 202                                                                 panel
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 206                                                                 popup menu
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 210                                                         <li>
 211                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 212
 213
 214                                                 </ul></li>
 215                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 216                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 217                                                 <ul>
 218                                                         <li>
 219                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 220                                                                 trapping CMD-Q
 221                                                         </li>
 222                                                 </ul></li>
 223                                 </ul>
 224         <em>Deprecations</em>
 225         <ul>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 228             capabilities removed from the Jalview Desktop
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 232             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 233             and XML based data retrieval clients</li>
 234           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 235           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 236         </ul> <em>Documentation</em>
 237                                 <ul>
 238                                         <li>
 239                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 240                                                 not supported in EPS figure export
 241                                         </li>
 242                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 243                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 244         <ul>
 245                 <li>
 246                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 247                                         </li>
 248                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 249                                         <li>
 250                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 251                                                 gradle-eclipse
 252                                         </li>
 253           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 254           Atlassian Bamboo continuous integration for
 255             unattended Test Suite execution</li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 258             operations</li>
 259           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 260           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 261         </ul>
 262       </td>
 263                         <td align="left" valign="top">
 264                                 <ul>
 265                                         <li>
 266                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 267                                         </li>
 268                                         <li>
 269                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 270                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 271                                         </li>
 272                                         <li>
 273                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 274                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 275                                         </li>
 276                                         <li>
 277                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 278                                                 monospaced font
 279                                         </li>
 280                                         <li>
 281                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 282                                                 project involving multiple views
 283                                         </li>
 284                                         <li>
 285                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 286                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 287                                                 Annotation dialog hides columns
 288                                         </li>
 289                                         <li>
 290                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 291                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 292                                                 one view, then making another selection in the other view
 293                                         </li>
 294                                         <li>
 295                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 296                                                 columns
 297                                         </li>
 298                                         <li>
 299                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 300                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 301                                         </li>
 302                                         <li>
 303                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 304                                                 overview updates with large alignments
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 308                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 309                                                 mouse moved to the left of the first column
 310                                         </li>
 311                                         <li>
 312                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 313                                                 hidden column marker via scale popup menu
 314                                         </li>
 315                                         <li>
 316                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 317                                                 doesn't tell users the invalid URL
 318                                         </li>
 319                                         <li>
 320                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 321                                                 export as Jalview features file
 322                                         </li>
 323                                         <li>
 324                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 325                                                 score from view
 326                                         </li>
 327                                         <li>
 328                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 329                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 330                                         </li>
 331                                         <li>
 332                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 333                                                 when columns are hidden
 334                                         </li>
 335                                         <li>
 336                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 337                                                 Columns by Annotation description
 338                                         </li>
 339                                         <li>
 340                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 341                                                 out of Scale or Annotation Panel
 342                                         </li>
 343                                         <li>
 344                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 345                                                 scale panel
 346                                         </li>
 347                                         <li>
 348                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 349                                                 alignment down
 350                                         </li>
 351                                         <li>
 352                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 353                                                 scale panel
 354                                         </li>
 355                                         <li>
 356                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 357                                                 Page Up in wrapped mode
 358                                         </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 361                                         </li>
 362                                         <li>
 363                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 364                                         </li>
 365                                         <li>
 366                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 367                                                 on opening an alignment
 368                                         </li>
 369                                         <li>
 370                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 371                                                 Colour menu
 372                                         </li>
 373                                         <li>
 374                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 375                                                 different groups in the alignment are selected
 376                                         </li>
 377                                         <li>
 378                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 379                                                 correctly in menu
 380                                         </li>
 381                                         <li>
 382                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 383                                                 threshold limit
 384                                         </li>
 385                                         <li>
 386                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 387                                                 threshold gets 'unrounded'
 388                                         </li>
 389                                         <li>
 390                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 391                                                 colour
 392                                         </li>
 393                                         <li>
 394                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 395                                         </li>
 396                                         <li>
 397                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 398                                         </li>
 399                                         <li>
 400                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 401                                                 Tree font
 402                                         </li>
 403                                         <li>
 404                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 405                                                 project file
 406                                         </li>
 407                                         <li>
 408                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 409                                                 shown in complementary view
 410                                         </li>
 411                                         <li>
 412                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 413                                                 peptide sequence
 414                                         </li>
 415                                         <li>
 416                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 417                                                 without normalisation
 418                                         </li>
 419                                         <li>
 420                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 421                                                 of report
 422                                         </li>
 423                                         <li>
 424                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 425                                         </li>
 426                                 </ul> <em>Editing</em>
 427                                 <ul>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 430                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 431                                                 sequence
 432                                         </li>
 433                                         <li>
 434                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 435                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 436                                                 removed (Known defect since 2.10)
 437                                         </li>
 438                                         <li>
 439                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 440                                                 dialog corrupts dataset sequence
 441                                         </li>
 442                                         <li>
 443                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 444                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 445                                         </li>
 446                                 </ul>
 447                                 <em>Datamodel</em>
 448                                 <ul>
 449                                         <li>
 450                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 451                                                 sequence's End is greater than its length
 452                                         </li>
 453                                 </ul> <em>New Known Defects</em>
 454                                 <ul>
 455                                         <li>
 456                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 457                                                 regions of protein alignment.
 458                                         </li>
 459                                         <li>
 460                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 461                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 462                                         </li>
 463                                         <li>
 464                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 465                                                 'New View'
 466                                         </li>
 467                                         <li>
 468                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 469                                                 columns within hidden columns
 470                                         </li>
 471                                         <li>
 472                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 473                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 474                                                 region
 475                                         </li>
 476                                         <li>
 477                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 478                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 479                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 480                                                 create a Score filter instead.
 481                                         </li>
 482                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 483             <ul>
 484               <li>
 485               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 486
 487             </ul></li>
 488
 489                                 </ul>
 490                         </td>
 491                 </tr>
 492     <tr>
 493     <td width="60" nowrap>
 494       <div align="center">
 495         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 496       </div>
 497     </td>
 498     <td><div align="left">
 499         <em></em>
 500         <ul>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 503               InstallAnywhere increased to 1G.
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 507               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 508               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 509                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 510                 properties file.</em>
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 514               API and sequence data now imported as JSON.
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 518               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 519               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 520               property.
 521             </li>
 522           </ul>
 523           <em>Development</em>
 524           <ul>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 527               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 528                 Clover</a>
 529             </li>
 530           </ul>
 531         </div></td>
 532     <td><div align="left">
 533         <em></em>
 534         <ul>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 537               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 538               alignment.
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 542               annotation displayed.
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 546               for newly created group when 'Apply to all groups'
 547               selected
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 551               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 552               visible.
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 556               when sequences are selected in exported view.</em>
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 560               aren't rendered with correct colour.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 564               types of knotted RNA secondary structure.
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 568               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 569               do not start at 1.
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 573               annotation when columns are inserted into an alignment,
 574               and when exporting as Stockholm flatfile.
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 578               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 579               treated as RNA secondary structure.
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 583               (not .jar) when saving a jalview project file.
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 587               transfers focus to previous window on OSX
 588             </li>
 589           </ul>
 590           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 594               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 595               box.
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 599               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 600               'look and feel' which has improved compatibility with the
 601               latest version of OSX.
 602             </li>
 603           </ul>
 604         </div>
 605     </td>
 606     </tr>
 607     <tr>
 608       <td width="60" nowrap>
 609         <div align="center">
 610           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 611             <em>7/06/2018</em></strong>
 612         </div>
 613       </td>
 614       <td><div align="left">
 615           <em></em>
 616           <ul>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 619               annotation retrieved from Uniprot
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 623               onto the Jalview Desktop
 624             </li>
 625           </ul>
 626         </div></td>
 627       <td><div align="left">
 628           <em></em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 632               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 636               right-hand column parsed correctly
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 640               not alignment area in exported graphic
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 644               window has input focus
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 648               annotation added to view (Windows)
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 652               network connectivity is poor
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 656               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 657                 the currently open URL and links from a page viewed in
 658                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 659                 you are using Edge, only links in the page can be
 660                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 661                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 662             </li>
 663           </ul>
 664           <em>New Known Defects</em>
 665           <ul>
 666             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 667           </ul>
 668         </div></td>
 669     </tr>
 670     <tr>
 671       <td width="60" nowrap>
 672         <div align="center">
 673           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 674         </div>
 675       </td>
 676       <td><div align="left">
 677           <em></em>
 678           <ul>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 681               for disabling automatic superposition of multiple
 682               structures and open structures in existing views
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 686               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 687               adjust them.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 691               Ensembl services
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 695               and lots of hidden columns
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 699               of features (particularly when transparency is disabled)
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 703               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 704               generally available
 705             </li>
 706           </ul>
 707           </div>
 708       </td>
 709       <td><div align="left">
 710           <ul>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 713               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 717               overlapping alignment panel
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 721               sequence as gaps
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 725               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 726               UTR
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 730               factor annotation not added to sequence when local PDB
 731               file associated with it by drag'n'drop or structure
 732               chooser
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 736               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 740               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 744               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 748               columns in annotation row
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 752               honored in batch mode
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 756               for structures added to existing Jmol view
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 760               entries after importing project with multiple views
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 764               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 765               with negative residue numbers or missing residues fails
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 769               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 770               as generated by CONSURF)
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 774               tooltip doesn't include a text description of mutation
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 778               structure and/or overview windows are also shown
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 782               very slow for alignments with large numbers of sequences
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 786               with 'StringIndexOutOfBounds'
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 790               platforms running Java 10
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 794               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 795             </li>
 796           </ul>
 797           <em>Applet</em>
 798           <ul>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 801               should copy the group consensus when popup is opened on it
 802             </li>
 803           </ul>
 804           <em>Batch Mode</em>
 805           <ul>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 808           </li>
 809           </ul>
 810           <em>New Known Defects</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 814               editing a large alignment and overview is displayed
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 818               repeatedly after a series of edits even when the overview
 819               is no longer reflecting updates
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 823               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 824               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 825               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 826             </li>
 827                                                 <li>
 828                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 829                                                         option gives blank output
 830                                                 </li>
 831                                         </ul>
 832         </div>
 833           </td>
 834     </tr>
 835     <tr>
 836       <td width="60" nowrap>
 837         <div align="center">
 838           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 839         </div>
 840       </td>
 841       <td><div align="left">
 842           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 843               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 844       <td><div align="left">
 845           <em>Desktop</em><ul>
 846           <ul>
 847             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 848             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 849             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 850             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 851             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 852             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 853             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 854           </ul>
 855           </div>
 856       </td>
 857     </tr>
 858     <tr>
 859       <td width="60" nowrap>
 860         <div align="center">
 861           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 862         </div>
 863       </td>
 864       <td><div align="left">
 865           <em></em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 869               rendering of sequence features
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 873               429 rate limit request hander
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 877               their colours have changed
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 881               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 885               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 889               view from Ensembl locus cross-references
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 893               Alignment report
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 897               feature can be disabled
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 901               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 905               Uniprot
 906             </li>
 907           </ul>
 908           <em>Scripting</em>
 909           <ul>
 910             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 911             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 912               percent identity scores for current alignment.</li>
 913           </ul>
 914           <em>Testing and Deployment</em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 918             </li>
 919           </ul>
 920         </div></td>
 921       <td><div align="left">
 922           <em>General</em>
 923           <ul>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 926               threshold text field doesn't trigger an update to the
 927               alignment view
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 931               strings in parallel
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 935               alignment window is closed
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 939               group visibility
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 943               takes a long time in Cursor mode
 944             </li>
 945           </ul>
 946           <em>Desktop</em>
 947           <ul>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 950               cannot be viewed in Chimera
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 954               CDS/Protein view
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 958               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 959               Search Dialogs
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 969               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 973               scrolling right in unwapped alignment view
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 977               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 978               database
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 982               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 986               features of same type and group to be selected for
 987               amending
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 991               alignments when hidden columns are present
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 995               displaying several structures
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 999               moving a window
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1003               within the Jalview desktop on OSX
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1007               when in wrapped alignment mode
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1011               hand end of alignment
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1015               each selected sequence do not have correct start/end
1016               positions
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1020               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1024               restoring project until a new view is created
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1028               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1029               configured (since 2.10.2b2)
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1033               position is adjusted
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1037               in a multi-chain structure when viewing alignment
1038               involving more than one chain (since 2.10)
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1042               if new selection moves alignment window
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1046               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1050               that produces correctly annotated transcripts and products
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1054               doesn't update associated structure view
1055             </li>
1056           </ul>
1057           <em>Applet</em><br />
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1061               closing alignment panel
1062             </li>
1063           </ul>
1064           <em>BioJSON</em><br />
1065           <ul>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1068               non-positional features
1069             </li>
1070           </ul>
1071           <em>New Known Issues</em>
1072           <ul>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1075               sequence features correctly (for many previous versions of
1076               Jalview)
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1080               using cursor in wrapped panel other than top
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1084               graduated colour threshold
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1088               always preserve numbering and sequence features
1089             </li>
1090           </ul>
1091           <em>Known Java 9 Issues</em>
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1095               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1096               9.01, OSX 10.10)
1097             </li>
1098           </ul>
1099         </div></td>
1100     </tr>
1101     <tr>
1102       <td width="60" nowrap>
1103         <div align="center">
1104           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1105             <em>2/10/2017</em></strong>
1106         </div>
1107       </td>
1108       <td><div align="left">
1109           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1113             </li>
1114             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1115             </li>
1116           </ul>
1117         </div></td>
1118       <td><div align="left">
1119         </div></td>
1120     </tr>
1121     <tr>
1122       <td width="60" nowrap>
1123         <div align="center">
1124           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1125             <em>7/9/2017</em></strong>
1126         </div>
1127       </td>
1128       <td><div align="left">
1129           <em></em>
1130           <ul>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1133               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1134               white)
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1138               Preferences
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1142               in size and progress bar shown as higher resolution
1143               overview is recalculated
1144             </li>
1145
1146           </ul>
1147         </div></td>
1148       <td><div align="left">
1149           <em></em>
1150           <ul>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1153               column region row by row
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1157               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1161               format setting is unticked
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1165               if group has show boxes format setting unticked
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1169               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1170               include sequences and columns not currently displayed
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1174               assemblies are imported via CIF file
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1178               displayed when threshold or conservation colouring is also
1179               enabled.
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1183               server version
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1187               dragging a selected region off the visible region of the
1188               alignment
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1192               colourscheme to all groups in a view
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1196               initially after font size change using the Font chooser or
1197               middle-mouse zoom
1198             </li>
1199           </ul>
1200         </div></td>
1201     </tr>
1202     <tr>
1203       <td width="60" nowrap>
1204         <div align="center">
1205           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1206         </div>
1207       </td>
1208       <td><div align="left">
1209           <em>Calculations</em>
1210           <ul>
1211
1212             <li>
1213               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1214               ungapped positions in each column of the alignment.
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1218               a calculation dialog box
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1222               and memory efficiency (~30x faster)
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1226               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1227               and other calculations
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1231               files within the Jalview codebase
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1235               Similarity may have different topology due to increased
1236               precision
1237             </li>
1238           </ul>
1239           <em>Rendering</em>
1240           <ul>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1243               model for alignments and groups
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1247               scripts
1248             </li>
1249           </ul>
1250           <em>Overview</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1254               with alignment and overview windows
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1258               overview
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1262               omitted in Overview
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1266               adjustment of visible position
1267             </li>
1268           </ul>
1269
1270           <em>Data import/export</em>
1271           <ul>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1274               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1278               annotation input/output via stockholm flatfile
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1282               extension when importing structure files without embedded
1283               names or PDB accessions
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1287               format sequence substitution matrices
1288             </li>
1289           </ul>
1290           <em>User Interface</em>
1291           <ul>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1294               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1295               the application.
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1299               via Overview or sequence motif search operations
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1303               opened by double clicking gaps within sequence feature
1304               extent
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1308               aligned positions were available to create a 3D structure
1309               superposition.
1310             </li>
1311           </ul>
1312           <em>3D Structure</em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1316               coloured in linked structure views
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1320               file-based command exchange
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1324               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1325               structures are already available for sequences
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1329               the Jalview project rather than downloaded again when the
1330               project is reopened.
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1334               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1335               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1336                 Feature</strong>)
1337             </li>
1338           </ul>
1339           <em>Web Services</em>
1340           <ul>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1346               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1347               Analysis services
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1351               cross-references provided by identifiers.org and the
1352               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1353             </li>
1354           </ul>
1355
1356           <em>Scripting</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1360               identifying file formats (instead of String constants)
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1364               efficiency when counting all displayed features (not
1365               backwards compatible with 2.10.1)
1366             </li>
1367           </ul>
1368           <em>Example files</em>
1369           <ul>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1372               included in the example feature file
1373             </li>
1374           </ul>
1375           <em>Documentation</em>
1376           <ul>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1379               with the built-in Java help viewer
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1383               sequence description' option
1384             </li>
1385           </ul>
1386           <em>Test Suite</em>
1387           <ul>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1390               Uniprot REST Free Text Search Client
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1397               during tests
1398             </li>
1399           </ul>
1400         </div></td>
1401       <td><div align="left">
1402           <em>Calculations</em>
1403           <ul>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1406               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1407               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1408             </li>
1409             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1410               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1411               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1412               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1413               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1414               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1415               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1416               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1417               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1418               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1419               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1420               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1421               // for 2.10.1 mode <br />
1422               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1423               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1424                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1425                 calculations (not recommended)</em></li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1428               scaling of branch lengths for trees computed using
1429               Sequence Feature Similarity.
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1433               generating output report when working with highly
1434               redundant alignments
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1438               right of selected region when gaps present on right-hand
1439               boundary
1440             </li>
1441           </ul>
1442           <em>User Interface</em>
1443           <ul>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1446               doesn't reselect a specific sequence's associated
1447               annotation after it was used for colouring a view
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1451               opened on a region of alignment without groups
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1455               of an alignment with overlapping groups
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1459               name and description match
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1463               hidden regions results in incorrect hidden regions
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1467               changing colour does not apply Conservation slider value
1468               to all groups
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1472               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1476               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1480               gaps before start of features
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1484               restored to UI when feature colour is edited
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1488               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1492               as graduate feature colour settings are modified via the
1493               dialog box
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1497               when a group defined on the alignment is resized
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1501               wrapped view result in positional status updates
1502             </li>
1503
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1506               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1510               alignment included gapped columns
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1514               widgets don't permanently disappear
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1518               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1519               T-Coffee column reliability scores)
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1523               sequence feature on gaps only
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1527               button from a Find inherit previously defined feature type
1528               rather than the Find query string
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1532               exporting tree calculated in Jalview
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1536               and then revealing them reorders sequences on the
1537               alignment
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1541               doesn't update to reflect available set of groups after
1542               interactively adding or modifying features
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1546               Linux
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1550               only excluded gaps in current sequence and ignored
1551               selection.
1552             </li>
1553           </ul>
1554           <em>Rendering</em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1558               erratically when hidden rows or columns are present
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1562               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1563               sequence colouring
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1567               colour and group colour menu for protein alignments
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1571               reflect currently selected view or group's shading
1572               thresholds
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1576               when rendered on overview and structures when opacity at
1577               100%
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1581               overview when features overlaid on alignment
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1585               recovered correctly from Jalview project file
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1589               (automatically via preferences) are different to the main
1590               alignment panel
1591             </li>
1592           </ul>
1593           <em>Data import/export</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1597               load
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1601               added after a sequence was imported are not written to
1602               Stockholm File
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1606               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1610               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1614               with lightGray or darkGray via features file (but can
1615               specify lightgray)
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1619               when alignment view imported from project
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1623               structure and sequences extracted from structure files
1624               imported via URL and viewed in Jmol
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1628               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1629               the project is loaded and the structure viewed
1630             </li>
1631           </ul>
1632           <em>Web Services</em>
1633           <ul>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1636               release of Ensembl v.88
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1640               appear enabled in Preferences->Connections
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1644               removed from console output
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1648               Ensembl by Peptide ID
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1652               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1653               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1654               due to 'null' string rather than empty string used for
1655               residues with no corresponding PDB mapping).
1656             </li>
1657           </ul>
1658           <em>Application UI</em>
1659           <ul>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1662               menu
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1666               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1667               new documentation and tooltips added)
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1671               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1675               new features are added to alignment
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1679               changes to feature colours via the Amend features dialog
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1683               edit graduated feature colour via amend features dialog
1684               box
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1688               selection menu changes colours of alignment views
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1692               from alignment calculation workers after alignment has
1693               been closed
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1697               groups now 'Create Group'
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1701               Create/Undefine group doesn't always work
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1705               shown again after pressing 'Cancel'
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1709               adjusts start position in wrap mode
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1713               ambiguous amino acids
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1717               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1718               proteins
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1722               Defined' don't appear in Colours menu
1723             </li>
1724           </ul>
1725           <em>Applet</em>
1726           <ul>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1729               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1733               overview or linked structure view
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1737               work (since 2.8)
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1741               user-defined colourscheme doesn't restore original
1742               colourscheme
1743             </li>
1744           </ul>
1745           <em>Test Suite</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1749               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1753               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1754               problems with deep array comparison equality asserts in
1755               successive versions of TestNG
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1759               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1760             </li>
1761           </ul>
1762           <em>New Known Issues</em>
1763           <ul>
1764             <li>
1765               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1766               phase after a sequence motif find operation
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1770               containing just upper and lower case letters are
1771               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1775               reliably from eggnog Ortholog database
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1779               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1780               to mark columns containing highlighted regions.
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1784               doesn't always add secondary structure annotation.
1785             </li>
1786           </ul>
1787         </div>
1788     <tr>
1789       <td width="60" nowrap>
1790         <div align="center">
1791           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1792         </div>
1793       </td>
1794       <td><div align="left">
1795           <em>General</em>
1796           <ul>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1799               for all consensus calculations
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1803               3rd Oct 2016)
1804             </li>
1805             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1806               for 2016-2017</li>
1807           </ul>
1808           <em>Application</em>
1809           <ul>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1812               set of database cross-references, sorted alphabetically
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1816               from database cross references. Users with custom links
1817               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1818                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1822               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1823               Chimera session
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1827               the Chimera it is connected to is shut down
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1831               columns menu item to mark columns containing highlighted
1832               regions (e.g. from structure selections or results of a
1833               Find operation)
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1837               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1838               MSAviewer
1839             </li>
1840           </ul>
1841         </div></td>
1842       <td>
1843         <div align="left">
1844           <em>General</em>
1845           <ul>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1848               are not coloured or thresholded according to percent
1849               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1853               hydrophobic
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1857               threshold, amino acid properties)
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1861               reported as mapped to residues in a structure file in the
1862               View Mapping report
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1866               could be added multiple times to a sequence
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1870               bond features shown as two highlighted residues rather
1871               than a range in linked structure views, and treated
1872               correctly when selecting and computing trees from features
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1876               cross-references are matched to database name regardless
1877               of case
1878             </li>
1879
1880           </ul>
1881           <em>Application</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1885               names without regular expressions also offer links from
1886               Sequence ID
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1890               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1891               update Jalview configuration
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1895               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1899               files with similarly named sequences if dropped onto the
1900               alignment
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1904               entries where more chains exist in the PDB accession than
1905               are reported in the SIFTS file
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1909               the structure view when displayed with Chimera
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1913               panel's View->Show Chains submenu
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1917               work for wrapped alignment views
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1921               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1925               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1926               first annotation row
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1930               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1934               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1935             </li>
1936             <!-- JAL-2319 -->
1937             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1938             coordindate data
1939             </li>
1940           </ul>
1941           <!--           <em>New Known Issues</em>
1942           <ul>
1943             <li></li>
1944           </ul> -->
1945         </div>
1946       </td>
1947     </tr>
1948     <td width="60" nowrap>
1949       <div align="center">
1950         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1951           <em>25/10/2016</em></strong>
1952       </div>
1953     </td>
1954     <td><em>Application</em>
1955       <ul>
1956         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1957           view if structures already loaded</li>
1958         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1959           structure views</li>
1960       </ul></td>
1961     <td>
1962       <div align="left">
1963         <em>General</em>
1964         <ul>
1965           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1966             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1967           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1968             example sequences/projects/trees</li>
1969         </ul>
1970         <em>Application</em>
1971         <ul>
1972           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1973             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1974           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1975             without timeout for structures with multiple models or
1976             multiple sequences in alignment</li>
1977           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1978             PDB ID HEADER line</li>
1979           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1980             is performed</li>
1981           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1982             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1983           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1984           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1985             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1986             option</li>
1987           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1988             is created on the alignment</li>
1989           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1990             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1991             pop-up menu</li>
1992         </ul>
1993         <em>Build and deployment</em>
1994         <ul>
1995           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1996             tags</li>
1997         </ul>
1998         <em>New Known Issues</em>
1999         <ul>
2000           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2001             on Windows</li>
2002         </ul>
2003       </div>
2004     </td>
2005     </tr>
2006     <tr>
2007       <td width="60" nowrap>
2008         <div align="center">
2009           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2010         </div>
2011       </td>
2012       <td><em>General</em>
2013         <ul>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2016           </li>
2017           <li>
2018             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2019             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2020             better PDB parsing.
2021           </li>
2022           <li>
2023             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2024             reference sequence
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2028             mousing over sequence associated annotation
2029           </li>
2030           <li>
2031             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2032             for manual entry
2033           </li>
2034           <li>
2035             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2036             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2037             for each column
2038           </li>
2039           <li>
2040             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2041             showing or hiding columns containing a feature
2042           </li>
2043           <li>
2044             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2045             group and sequence associated annotation labels
2046           </li>
2047           <li>
2048             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2049             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2050             dialogs
2051           </li>
2052
2053         </ul> <em>Application</em>
2054         <ul>
2055           <li>
2056             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2057             gene/transcript view
2058           </li>
2059           <li>
2060             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2061             dialog
2062           </li>
2063           <li>
2064             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2065             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2066           </li>
2067           <li>
2068             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2069             Pfam sources to xfam.org
2070           </li>
2071           <li>
2072             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2076             over sequences in Jalview
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2080             regions in ENA and EMBL
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2084             for record retrieval via ENA rest API
2085           </li>
2086           <li>
2087             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2088             complement operator
2089           </li>
2090           <li>
2091             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2092             groovy script execution
2093           </li>
2094           <li>
2095             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2096             alignment window's Calculate menu
2097           </li>
2098           <li>
2099             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2100             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2101           </li>
2102           <li>
2103             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2104             calculation workers from groovy scripts
2105           </li>
2106           <li>
2107             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2108             Jalview projects
2109           </li>
2110           <li>
2111             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2112             associations are now saved/restored from project
2113           </li>
2114           <li>
2115             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2116             before sequence fetcher is opened
2117           </li>
2118           <li>
2119             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2120             database chooser opens a sequence fetcher
2121           </li>
2122           <li>
2123             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2124             the UniProt REST API
2125           </li>
2126           <li>
2127             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2128             the news reader opening
2129           </li>
2130           <li>
2131             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2132             querying stored in preferences
2133           </li>
2134           <li>
2135             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2136             search results
2137           </li>
2138           <li>
2139             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2143             menu for nucleotide sequences
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2147             and feature counts preserves alignment ordering (and
2148             debugged for complex feature sets).
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2152             viewing structures with Jalview 2.10
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2156             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2157             Ensembl Genomes REST API
2158           </li>
2159           <li>
2160             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2161             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2162             (Ensembl)
2163           </li>
2164           <li>
2165             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2166             sequences
2167           </li>
2168           <li>
2169             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2170             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2171             data from external database records.
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2175             efficient recovery of sequence coding and alignment
2176             annotation relationships.
2177           </li>
2178         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2179         <ul>
2180           <li>
2181             -- JAL---
2182           </li>
2183         </ul> --></td>
2184       <td>
2185         <div align="left">
2186           <em>General</em>
2187           <ul>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2190               menu on OSX
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2194               includes graduated colourschemes
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2198               working with big alignments and lots of hidden columns
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2202               at right of alignment window
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2206               contents
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2210               for DNA alignments
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2214               based tree calculation
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2218               unconserved enabled for group on alignment
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2222               set as reference
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2226               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2227               annotation
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2231               hidden columns present
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2235               user created annotation added to alignment
2236             </li>
2237             <li>
2238               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2239               '()' base pair annotation
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2243               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2244               Consensus
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2248               feature not working
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2252               beginning of sequence
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2256               entry 3a6s
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2260               from a tree when t-coffee scores are shown
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2264               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2268               some structures
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2272               to Clustal, PIR and PileUp output
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2276               not visible causes alignment window to repaint
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2280               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2281               scores associated with features and annotation rows
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2285               calculation should be case independent
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2289               columns
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2293               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2294               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2298               problems when reference sequence defined and 'show
2299               non-conserved' enabled
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2303               load even when Consensus calculation is disabled
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2307               alignment does nothing
2308             </li>
2309           </ul>
2310           <em>Application</em>
2311           <ul>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2314               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2315               yet fixed for El Capitan)
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2319               output when running on non-gb/us i18n platforms
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2323               hidden sequences as flat-file alignment
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2327               launching Chimera
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2331               (also hotfix for 2.9.0b2)
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2335               reference sequence defined
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2339               alignments and views when revealing hidden columns
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2343               view in a cDNA/Protein splitframe
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2347               sequence from project when only one sequence is
2348               represented
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2352               in Structure Chooser
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2356               structure consensus didn't refresh annotation panel
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2360               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2364               dialogs format columns correctly, don't display array
2365               data, sort columns according to type
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2369               file chooser is cancelled during an image export
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2373               sequence name containing special characters
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2377               case insensitive
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2381               formatting don't wrap
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2385               truncated so L looks like I in consensus annotation
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2389               currently displayed features for the current selection or
2390               view
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2394               after fetching cross-references, and restoring from
2395               project
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2399               followed in the structure viewer
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2403               splitframe not restored from project
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2407               trailing end of protein alignment in transcript/product
2408               splitview when pad-gaps not enabled by default
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2412               is case dependent
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2416               article has been read (reopened issue due to
2417               internationalisation problems)
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2421               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2422               cross-references
2423             </li>
2424
2425             <li>
2426               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2427               alignment as HTML
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2431               multiple structures are shown for one or more sequences.
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2435               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2436               is enabled.
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2440               specific PDB id for sequence
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2444               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2445               columns' is disabled.
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2449               selects lowest rather than highest resolution structures
2450               for each sequence
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2454               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2458               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2462               after clicking on it to create new annotation for a
2463               column.
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2467               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2468             </li>
2469             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2470             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2471           </ul>
2472           <em>Applet</em>
2473           <ul>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2476               hidden columns present before start of sequence
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2480               (JSON jars)
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2484               sequences are hidden in applet
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2488               deployment on examples pages.
2489             </li>
2490           </ul>
2491         </div>
2492       </td>
2493     </tr>
2494     <tr>
2495       <td width="60" nowrap>
2496         <div align="center">
2497           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2498             <em>16/10/2015</em></strong>
2499         </div>
2500       </td>
2501       <td><em>General</em>
2502         <ul>
2503           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2504             jars</li>
2505         </ul></td>
2506       <td>
2507         <div align="left">
2508           <em>Application</em>
2509           <ul>
2510             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2511               shown when tree is partitioned</li>
2512             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2513               multiple cDNA/Protein split views</li>
2514           </ul>
2515         </div>
2516       </td>
2517     </tr>
2518     <tr>
2519       <td width="60" nowrap>
2520         <div align="center">
2521           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2522             <em>8/10/2015</em></strong>
2523         </div>
2524       </td>
2525       <td><em>General</em>
2526         <ul>
2527           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2528             2.9</li>
2529         </ul> <em>Application</em>
2530         <ul>
2531           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2532           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2533           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2534         </ul> <em>Applet</em>
2535         <ul>
2536           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2537         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2538         <ul>
2539           <li>
2540             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2541             suite
2542           </li>
2543         </ul></td>
2544       <td>
2545         <div align="left">
2546           <em>General</em>
2547           <ul>
2548             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2549               incorrect when sequence start > 1</li>
2550             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2551               documentation</li>
2552             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2553             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2554               loading a features file containing HTML tags in feature
2555               description</li>
2556
2557           </ul>
2558           <em>Application</em>
2559           <ul>
2560             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2561               reimport</li>
2562             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2563               with 'trim retrieved sequences'</li>
2564             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2565               deleting selected columns</li>
2566             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2567               JNLP templates for webstart launch</li>
2568             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2569               unreleased structures for download or viewing</li>
2570             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2571               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2572             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2573               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2574             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2575               recovered from jalview project</li>
2576             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2577               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2578               alignment view</li>
2579             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2580               color schemes from BioJSON</li>
2581           </ul>
2582           <em>Applet</em>
2583           <ul>
2584             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2585               frame</li>
2586             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2587           </ul>
2588         </div>
2589       </td>
2590     </tr>
2591     <tr>
2592       <td><div align="center">
2593           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2594         </div></td>
2595       <td><em>General</em>
2596         <ul>
2597           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2598             alignments:
2599             <ul>
2600               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2601                 and DNA alignment views</li>
2602               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2603                 cDNA alignment views</li>
2604               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2605                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2606               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2607                 protein sequences</li>
2608             </ul>
2609           </li>
2610           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2611           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2612             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2613           <li>New alignment annotation file statements for
2614             reference sequences and marking hidden columns</li>
2615           <li>Reference sequence based alignment shading to
2616             highlight variation</li>
2617           <li>Select or hide columns according to alignment
2618             annotation</li>
2619           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2620           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2621             acid conservation row</li>
2622           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2623         </ul> <em>Application</em>
2624         <ul>
2625           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2626             <ul>
2627               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2628                 view with cDNA/Protein</li>
2629               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2630                 sequences are placed in the same alignment</li>
2631               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2632                 projects</li>
2633             </ul>
2634           </li>
2635
2636           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2637           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2638             Jalview windows</li>
2639
2640           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2641           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2642           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2643             be shown in VARNA</li>
2644
2645           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2646             as the active selected region</li>
2647
2648           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2649             similarity</li>
2650           <li>New Export options
2651             <ul>
2652               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2653                 region export in flat file generation</li>
2654
2655               <li>Export alignment views for display with the <a
2656                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2657
2658               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2659               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2660                 alignment figures to HTML</li>
2661           </li>
2662           <li>3D structure retrieval and display
2663             <ul>
2664               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2665                 Search API</li>
2666               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2667                 PDB structures for a sequence set</li>
2668             </ul>
2669           </li>
2670
2671           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2672             predictions</li>
2673           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2674             for one or a group of sequences</li>
2675           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2676             from the JPred4 web server</li>
2677           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2678             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2679             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2680           </li>
2681           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2682             VARNA 2D Structure'</li>
2683           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2684             Structure ..."</li>
2685
2686         </ul> <em>Applet</em>
2687         <ul>
2688           <li>New layout for applet example pages</li>
2689           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2690             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2691           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2692             Protein alignments</li>
2693         </ul> <em>Development and deployment</em>
2694         <ul>
2695           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2696           <li>Include installation type and git revision in build
2697             properties and console log output</li>
2698           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2699             storing BioJsMSA Templates</li>
2700           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2701         </ul></td>
2702       <td>
2703         <!-- <em>General</em>
2704         <ul>
2705         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2706         <ul>
2707           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2708           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2709           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2710             predictions are not highlighted in amber</li>
2711           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2712             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2713           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2714             associated structure views</li>
2715           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2716             width checkbox not enabled</li>
2717           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2718             creating user defined colours</li>
2719           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2720             mappings for just that viewer's sequences</li>
2721           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2722             multiple models in Chimera</li>
2723           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2724             over Jmol structure</li>
2725           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2726             output to text box</li>
2727           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2728             have incorrect sequence start/end</li>
2729           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2730             Jalview fails</li>
2731           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2732             work for nucleotide</li>
2733           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2734             to a grey/invisible alignment window</li>
2735           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2736             imports to different position</li>
2737           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2738             on some platforms</li>
2739           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2740             populated</li>
2741           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2742             console if Chimera has been opened</li>
2743           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2744           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2745             retrieved</li>
2746           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2747           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2748             either sequence shows on first structure</li>
2749           <li>'Show annotations' options should not make
2750             non-positional annotations visible</li>
2751           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2752             in right place after 'view flanking regions'</li>
2753           <li>File Save As type unset when current file format is
2754             unknown</li>
2755           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2756             projects</li>
2757           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2758             responsive</li>
2759           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2760             several views on same alignment</li>
2761           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2762           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2763             spaces</li>
2764         </ul> <em>Applet</em>
2765         <ul>
2766           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2767           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2768             descriptions containing angle brackets</li>
2769         </ul> <em>General</em>
2770         <ul>
2771           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2772             via jalview annotation file</li>
2773           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2774             with RNA secondary structure</li>
2775           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2776             translation doesn't work.</li>
2777           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2778           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2779             positions</li>
2780           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2781             choosing 1pt font</li>
2782           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2783             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2784             'h'</li>
2785           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2786             new feature</li>
2787           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2788             order dependent</li>
2789           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2790             sequences</li>
2791           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2792         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2793         <ul>
2794           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2795             www.jalview.org</li>
2796         </ul> <em>Application Known issues</em>
2797         <ul>
2798           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2799           <li>Misleading message appears after trying to delete
2800             solid column.</li>
2801           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2802             version launches</li>
2803           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2804             fails with a sequence mismatch</li>
2805           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2806             scrolling alignment to right</li>
2807           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2808             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2809           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2810             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2811           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2812             ultra-high resolution</li>
2813           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2814             quality and conservation</li>
2815           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2816             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2817         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2818         <ul>
2819           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2820           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2821             window is being resized</li>
2822
2823         </ul>
2824       </td>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827       <td><div align="center">
2828           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2829         </div></td>
2830       <td><em>General</em>
2831         <ul>
2832           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2833             Certum.PL.</li>
2834           <li>Features and annotation preserved when performing
2835             pairwise alignment</li>
2836           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2837             imported/exported/displayed</li>
2838           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2839             protein secondary structure</li>
2840           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2841               post-hoc with 2.9 release</em>)
2842           </li>
2843
2844         </ul> <em>Application</em>
2845         <ul>
2846           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2847             with 3D structures</li>
2848           <li>Support for parsing RNAML</li>
2849           <li>Annotations menu for layout
2850             <ul>
2851               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2852               <li>place sequence annotation above/below alignment
2853                 annotation</li>
2854             </ul>
2855           <li>Output in Stockholm format</li>
2856           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2857             translation</li>
2858           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2859           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2860             shared between alignments</li>
2861           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2862             Jalview</li>
2863           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2864             all or current selection</li>
2865           <li>disorder and secondary structure predictions
2866             available as dataset annotation</li>
2867           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2868
2869
2870           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2871             alignments from Rfam</li>
2872           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2873
2874           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2875             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2876           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2877           <li>include installation type in build properties and
2878             console log output</li>
2879           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2880             annotation</li>
2881         </ul></td>
2882       <td>
2883         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2884         <ul>
2885           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2886             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2887           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2888             alignment</li>
2889           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2890           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2891           <li>Double click on sequence associated annotation
2892             selects only first column</li>
2893           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2894             leaves shown in tree</li>
2895           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2896             properly</li>
2897           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2898           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2899             screen and buttons not visible</li>
2900           <li>author list isn't updated if already written to
2901             Jalview properties</li>
2902           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2903             from database</li>
2904           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2905           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2906             browser search window</li>
2907           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2908             in feature settings dialog</li>
2909           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2910             desktop</li>
2911           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2912             pass validation</li>
2913           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2914             fit on screen</li>
2915           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2916             tooltip</li>
2917           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2918             defined user preset</li>
2919           <li>MSA web services warns user if they were launched
2920             with invalid input</li>
2921           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2922             Java 8</li>
2923           <li>
2924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2925             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2926             created
2927           </li>
2928
2929         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2930         <ul>
2931         </ul> <em>General</em>
2932         <ul>
2933         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2934         <ul>
2935           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2936             memory allocation</li>
2937           <li>launchApp service doesn't automatically open
2938             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2939           <li>
2940             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2941             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2942             1.7_055 is available
2943           </li>
2944         </ul> <em>Application Known issues</em>
2945         <ul>
2946           <li>
2947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2948             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2949             alignment to right
2950           </li>
2951           <li>
2952             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2953             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2954             with large number of ID
2955           </li>
2956           <li>
2957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2958             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2959             start/end
2960           </li>
2961           <li>
2962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2963             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2964             structure tracks are rearranged
2965           </li>
2966           <li>
2967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2968             invalid rna structure positional highlighting does not
2969             highlight position of invalid base pairs
2970           </li>
2971           <li>
2972             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2973             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2974             project from alignment window file menu
2975           </li>
2976           <li>
2977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2978             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2979             structures
2980           </li>
2981           <li>
2982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2983             colour by RNA Helices not enabled when user created
2984             annotation added to alignment
2985           </li>
2986           <li>
2987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2988             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2989           </li>
2990         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2991         <ul>
2992           <li>
2993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2994             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2995           </li>
2996           <li>
2997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2998             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2999           </li>
3000
3001           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3002             when selected</li>
3003         </ul>
3004       </td>
3005     </tr>
3006     <tr>
3007       <td><div align="center">
3008           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3009         </div></td>
3010       <td>
3011         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3012         <em>General</em>
3013         <ul>
3014           <li>Internationalisation of user interface (usually
3015             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3016           <li>Define/Undefine group on current selection with
3017             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3018           <li>Improved group creation/removal options in
3019             alignment/sequence Popup menu</li>
3020           <li>Sensible precision for symbol distribution
3021             percentages shown in logo tooltip.</li>
3022           <li>Annotation panel height set according to amount of
3023             annotation when alignment first opened</li>
3024         </ul> <em>Application</em>
3025         <ul>
3026           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3027             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3028           <li>Select columns containing particular features from
3029             Feature Settings dialog</li>
3030           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3031             sequences</li>
3032           <li>Update Jalview project format:
3033             <ul>
3034               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3035               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3036                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3037               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3038                 colouring</li>
3039             </ul>
3040           </li>
3041           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3042             (PAM250)</li>
3043           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3044             flanking regions for an alignment</li>
3045         </ul>
3046       </td>
3047       <td>
3048         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3049         <ul>
3050           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3051             running after job is cancelled</li>
3052           <li>cannot export features from alignments imported from
3053             Jalview/VAMSAS projects</li>
3054           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3055             float values</li>
3056           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3057             have 'display all symbols' flag set</li>
3058           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3059             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3060           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3061             Jalview</li>
3062           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3063             Lion/Webstart</li>
3064           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3065           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3066           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3067             alignment onto desktop</li>
3068           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3069             'extract scores' function</li>
3070           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3071             alignment window</li>
3072           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3073             performing IUPred disorder prediction</li>
3074           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3075             changing 'normalise logo' display setting</li>
3076           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3077             nothing matches query</li>
3078           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3079             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3080           </li>
3081           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3082             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3083           </li>
3084           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3085             Jalview's menu</li>
3086           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3087             'invalid literal/length code'</li>
3088           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3089             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3090           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3091             colourscheme</li>
3092
3093         </ul> <em>Applet</em>
3094         <ul>
3095           <li>Remove group option is shown even when selection is
3096             not a group</li>
3097           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3098             don't affect groups</li>
3099           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3100             colourscheme name</li>
3101           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3102             Annotation panel is not displayed</li>
3103           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3104             embedded windows</li>
3105         </ul> <em>Other</em>
3106         <ul>
3107           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3108             single sequence were not calculated</li>
3109           <li>annotation files that contain only groups imported as
3110             annotation and junk sequences</li>
3111           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3112             recognised as PFAM or BLC</li>
3113           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3114             doesn't affect background (2.8.0b1)
3115           <li></li>
3116           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3117           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3118             trailing gaps</li>
3119           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3120             registered correctly on import</li>
3121           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3122             certain alignments</li>
3123           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3124             existing annotation based 'use original colours'
3125             colourscheme loses original colours setting</li>
3126         </ul>
3127       </td>
3128     </tr>
3129     <tr>
3130       <td><div align="center">
3131           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3132             <em>30/1/2014</em></strong>
3133         </div></td>
3134       <td>
3135         <ul>
3136           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3137             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3138             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3139             open source project).
3140           </li>
3141           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3142           <li>Output in Stockholm format</li>
3143           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3144           <li>Export/import group and sequence associated line
3145             graph thresholds</li>
3146           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3147             ambiguity codes</li>
3148           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3149             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3150             works</li>
3151           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3152         </ul> <em>Other improvements</em>
3153         <ul>
3154           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3155           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3156             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3157           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3158             files</li>
3159           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3160           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3161             link but no description</li>
3162           <li>Select primary source when selecting authority in
3163             database fetcher GUI</li>
3164           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3165             Jalview</li>
3166           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3167         </ul>
3168       </td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3172             displayed</li>
3173           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3174             secondary structure annotation line</li>
3175           <li>Sequence database accessions not imported when
3176             fetching alignments from Rfam</li>
3177           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3178             identical IDs</li>
3179           <li>View all structures does not always superpose
3180             structures</li>
3181           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3182             reflect user or preset settings</li>
3183           <li>Null pointer exceptions for some services without
3184             presets or adjustable parameters</li>
3185           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3186             discover PDB xRefs</li>
3187           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3188             features with DAS</li>
3189           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3190             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3191           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3192             residue follows a gap</li>
3193           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3194             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3195           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3196             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3197           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3198             annotation already exists on alignment</li>
3199           <li>oninit javascript function should be called after
3200             initialisation completes</li>
3201           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3202             alignment window display</li>
3203           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3204           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3205             to annotation file</li>
3206           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3207             groups created</li>
3208           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3209             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3210           <li>Pressing return several times causes Number Format
3211             exceptions in keyboard mode</li>
3212           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3213             correct partitions for input data</li>
3214           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3215           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3216           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3217           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3218             mode</li>
3219           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3220             changes one row&#39;s threshold</li>
3221           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3222             doesn&#39;t open</li>
3223           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3224             quality histograms</li>
3225         </ul>
3226       </td>
3227     </tr>
3228     <tr>
3229       <td><div align="center">
3230           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3231         </div></td>
3232       <td><em>Application</em>
3233         <ul>
3234           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3235             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3236           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3237             preferences</li>
3238           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3239             in Jalview alignment window</li>
3240           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3241             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3242           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3243             RNA and ambiguity codes</li>
3244
3245           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3246           <li>Support fetching and database reference look up
3247             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3248             refs')</li>
3249           <li>Jalview project improvements
3250             <ul>
3251               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3252                 flag for annotation</li>
3253               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3254                 alignment</li>
3255               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3256                 Jalview project</li>
3257
3258             </ul>
3259           </li>
3260           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3261           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3262             running</li>
3263           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3264           <li>visual indication that web service results are still
3265             being retrieved from server</li>
3266           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3267             starts up for first time</li>
3268           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3269             services</li>
3270           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3271             client library</li>
3272           <li>Examples directory and Groovy library included in
3273             InstallAnywhere distribution</li>
3274         </ul> <em>Applet</em>
3275         <ul>
3276           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3277             visualization applet example</li>
3278         </ul> <em>General</em>
3279         <ul>
3280           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3281           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3282             defaults</li>
3283           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3284             calculation</li>
3285           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3286             matrices
3287           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3288             in HTML</li>
3289           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3290             structure contacts</li>
3291           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3292           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3293           <li>Parse sequence associated secondary structure
3294             information in Stockholm files</li>
3295           <li>HTML Export database accessions and annotation
3296             information presented in tooltip for sequences</li>
3297           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3298             style RNA alignment files</li>
3299           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3300             alignment</li>
3301           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3302             shade each sequence according to its associated alignment
3303             annotation</li>
3304           <li>New Jalview Logo</li>
3305         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3306         <ul>
3307           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3308           <li>New Website!</li>
3309         </ul></td>
3310       <td><em>Application</em>
3311         <ul>
3312           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3313             wsdbfetch REST service</li>
3314           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3315           <li>Filetype associations not installed for webstart
3316             launch</li>
3317           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3318             job execution in full once it is complete</li>
3319           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3320             uploaded via ali_file parameter</li>
3321           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3322           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3323           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3324             submitted for prediction</li>
3325           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3326             desktop window</li>
3327           <li>Putting fractional value into integer text box in
3328             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3329           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3330             windows 7</li>
3331           <li>View all structures fails with exception shown in
3332             structure view</li>
3333           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3334             escaped in a platform independent way</li>
3335           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3336             using proxy</li>
3337           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3338             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3339           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3340             failure when java web start temporary file caching is
3341             disabled</li>
3342           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3343             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3344           <li>Errors during processing of command line arguments
3345             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3346           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3347             DAS sources in sequence fetcher</li>
3348           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3349             dialog is shown</li>
3350           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3351           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3352           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3353           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3354             on OSX Mountain Lion</li>
3355           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3356             sequences with alignment annotation are pasted into the
3357             alignment</li>
3358           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3359             when loaded from Jalview project</li>
3360           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3361           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3362             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3363           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3364             associated with all views</li>
3365           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3366             annotation rows to new window</li>
3367         </ul> <em>Applet</em>
3368         <ul>
3369           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3370             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3371           <li>loading features via javascript API automatically
3372             enables feature display</li>
3373           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3374             work</li>
3375         </ul> <em>General</em>
3376         <ul>
3377           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3378           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3379             and then deselected</li>
3380           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3381           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3382             coloured with clustalx</li>
3383           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3384             exceptions and redraw errors</li>
3385           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3386             reconfigured view</li>
3387           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3388             colour</li>
3389           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3390             for lots of labels</li>
3391         </ul>
3392     </tr>
3393     <tr>
3394       <td>
3395         <div align="center">
3396           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3397         </div>
3398       </td>
3399       <td><em>Application</em>
3400         <ul>
3401           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3402           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3403           <li>View/alignment association menu to enable user to
3404             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3405             its colours/correspondences from</li>
3406           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3407           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3408             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3409           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3410           <li>Annotation row column label formatting attributes
3411             stored in project file</li>
3412           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3413             rows preserved in Jalview project file</li>
3414           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3415             saved using Desktop window menu</li>
3416           <li>Visual indication that command line arguments are
3417             still being processed</li>
3418           <li>Groovy script execution from URL</li>
3419           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3420             preferences</li>
3421           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3422             alignment with sequences that have high similarity and
3423             matching IDs</li>
3424           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3425           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3426             structures in same window</li>
3427           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3428           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3429             analysis function in its own submenu</li>
3430         </ul> <em>Applet</em>
3431         <ul>
3432           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3433             groups</li>
3434           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3435           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3436           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3437           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3438           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3439             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3440           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3441           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3442             parameters are treated as such</li>
3443           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3444             <ul>
3445               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3446               <li>Javascript callbacks for
3447                 <ul>
3448                   <li>Applet initialisation</li>
3449                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3450                 </ul>
3451               </li>
3452               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3453                 functions</li>
3454               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3455               <li>javascript structure viewer harness to pass
3456                 messages between Jmol and Jalview when running as
3457                 distinct applets</li>
3458               <li>sortBy method</li>
3459               <li>Set of applet and application examples shipped
3460                 with documentation</li>
3461               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3462                 javascript message exchange</li>
3463             </ul>
3464         </ul> <em>General</em>
3465         <ul>
3466           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3467             multiple alignments</li>
3468           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3469           <li>User configurable link to enable redirects to a
3470             www.Jalview.org mirror</li>
3471           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3472           <li>Configurable newline string when writing alignment
3473             and other flat files</li>
3474           <li>Allow alignment annotation description lines to
3475             contain html tags</li>
3476         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3477         <ul>
3478           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3479             examples</li>
3480           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3481             using a web service before displaying the result in the
3482             Jalview desktop</li>
3483           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3484           <li>Ant target to publish example html files with applet
3485             archive</li>
3486           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3487           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3488         </ul></td>
3489       <td><em>Application</em>
3490         <ul>
3491           <li>User defined colourscheme throws exception when
3492             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3493           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3494             dialog for valid filename/format</li>
3495           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3496           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3497             P37173</li>
3498           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3499             which sequence is to be associated with the file</li>
3500           <li>Find All raises null pointer exception when query
3501             only matches sequence IDs</li>
3502           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3503           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3504             2.4 cannot be loaded</li>
3505           <li>Filetype associations not installed for webstart
3506             launch</li>
3507           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3508             with sequences in different alignments do not get coloured
3509             by their associated sequence</li>
3510           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3511             not preserved when project is loaded</li>
3512           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3513             stored in Jalview project</li>
3514           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3515             Jalview project</li>
3516           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3517           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3518             by conservation</li>
3519           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3520             created on new view</li>
3521           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3522             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3523           <li>Alignment quality not updated after alignment
3524             annotation row is hidden then shown</li>
3525           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3526             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3527           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3528             properly</li>
3529           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3530             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3531           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3532           <li>Structures imported from file and saved in project
3533             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3534           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3535             job execution in full once it is complete</li>
3536         </ul> <em>Applet</em>
3537         <ul>
3538           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3539             annotation rows are displayed</li>
3540           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3541             codebase</li>
3542           <li>View follows highlighting does not work for positions
3543             in sequences</li>
3544           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3545           <li>Export features raises exception when no features
3546             exist</li>
3547           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3548             for javascript api is modified when separator string
3549             provided as parameter</li>
3550           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3551             alignment with no existing selection</li>
3552           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3553             to applet&#39;s codebase</li>
3554           <li>Status bar not updated after finished searching and
3555             search wraps around to first result</li>
3556           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3557             several Jalview applets causes race conditions and memory
3558             leaks</li>
3559           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3560             not sent from Jmol in applet</li>
3561           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3562             applet API fatally hang browser</li>
3563         </ul> <em>General</em>
3564         <ul>
3565           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3566             position with wrapped view and hidden regions</li>
3567           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3568             with/without hidden columns</li>
3569           <li>Sequence length given in alignment properties window
3570             is off by 1</li>
3571           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3572             import PDB like structure files</li>
3573           <li>Positional search results are only highlighted
3574             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3575           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3576           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3577             given sequence position</li>
3578           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3579             output</li>
3580           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3581             from nucleotide chains correctly</li>
3582           <li>Structure colours not updated when tree partition
3583             changed in alignment</li>
3584           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3585             parsed in interleaved stockholm</li>
3586           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3587             state</li>
3588           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3589             properly</li>
3590           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3591             properly associated with their pdb files</li>
3592         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3593         <ul>
3594           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3595             ApplyCopyright tool</li>
3596         </ul></td>
3597     </tr>
3598     <tr>
3599       <td>
3600         <div align="center">
3601           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3602         </div>
3603       </td>
3604       <td><em>Application</em>
3605         <ul>
3606           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3607             contact web services</li>
3608           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3609             service job window</li>
3610           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3611         </ul></td>
3612       <td>
3613         <ul>
3614           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3615             pir file emitted by Jalview</li>
3616           <li>Existing feature settings transferred to new
3617             alignment view created from cut'n'paste</li>
3618           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3619             parsing PDB files</li>
3620           <li>Consensus and conservation annotation rows
3621             occasionally become blank for all new windows</li>
3622           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3623             in wrapped view mode</li>
3624         </ul> <em>Application</em>
3625         <ul>
3626           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3627             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3628           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3629             parameter names</li>
3630           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3631             is down</li>
3632         </ul>
3633       </td>
3634     </tr>
3635     <tr>
3636       <td>
3637         <div align="center">
3638           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3639         </div>
3640       </td>
3641       <td><em>Application</em>
3642         <ul>
3643           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3644             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3645             (JABAWS)
3646           </li>
3647           <li>Web Services preference tab</li>
3648           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3649             preferences</li>
3650           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3651           <li>Superpose structures using associated sequence
3652             alignment</li>
3653           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3654             viewer</li>
3655         </ul> <em>Applet</em>
3656         <ul>
3657           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3658             link out mechanism</li>
3659         </ul> <em>Other</em>
3660         <ul>
3661           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3662             series 12</li>
3663           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3664             require Java 1.5</li>
3665           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3666             sequence annotation files</li>
3667           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3668             type colour specification</li>
3669           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3670             script to check if it being run in an interactive session or
3671             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3672         </ul></td>
3673       <td>
3674         <ul>
3675           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3676             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3677         </ul> <em>Application</em>
3678         <ul>
3679           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3680             selected Regions menu item</li>
3681           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3682             part of a valid accession ID</li>
3683           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3684             runs out of memory</li>
3685           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3686             analysis results</li>
3687           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3688             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3689           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3690         </ul> <em>Applet</em>
3691         <ul>
3692           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3693             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3694             defined.</li>
3695         </ul>
3696       </td>
3697     </tr>
3698     <tr>
3699       <td>
3700         <div align="center">
3701           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3702         </div>
3703       </td>
3704       <td></td>
3705       <td>
3706         <ul>
3707           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3708             sequence IDs</li>
3709           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3710             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3711           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3712             import correctly</li>
3713           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3714             number of columns are hidden</li>
3715           <li>annotation label popup menu not providing correct
3716             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3717             present</li>
3718           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3719             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3720           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3721             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3722
3723         </ul> <em>Applet</em>
3724         <ul>
3725           <li>annotation panel disappears when annotation is
3726             hidden/removed</li>
3727         </ul> <em>Application</em>
3728         <ul>
3729           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3730             alignment opened where annotation panel is visible but no
3731             annotations are present on alignment</li>
3732           <li>pasted region containing hidden columns is
3733             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3734           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3735             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3736           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3737             selected Rregions menu item.</li>
3738           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3739             'Un' or 'Non'conserved</li>
3740           <li>Sequence feature settings are being shared by
3741             multiple distinct alignments</li>
3742           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3743             changed</li>
3744           <li>double click on group annotation to select sequences
3745             does not propagate to associated trees</li>
3746           <li>Mac OSX specific issues:
3747             <ul>
3748               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3749                 window background</li>
3750               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3751                 name set correctly</li>
3752               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3753                 save feature colourscheme button</li>
3754             </ul>
3755           </li>
3756         </ul>
3757       </td>
3758     </tr>
3759     <tr>
3760
3761       <td>
3762         <div align="center">
3763           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3764         </div>
3765       </td>
3766       <td><em>New Capabilities</em>
3767         <ul>
3768           <li>URL links generated from description line for
3769             regular-expression based URL links (applet and application)
3770
3771           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3772             menu</li>
3773           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3774             structures</li>
3775           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3776             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3777           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3778             average score or total feature count for each sequence.</li>
3779           <li>Shading features by score or associated description</li>
3780           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3781             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3782           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3783             hide everything but the currently selected region.</li>
3784           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3785         </ul> <em>Application</em>
3786         <ul>
3787           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3788             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3789           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3790             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3791           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3792             database references and protein_name is parsed as
3793             description line (BioSapiens terms).</li>
3794           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3795             references in sequence ID tooltip from View menu in
3796             application.</li>
3797           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3798       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3799           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3800             conservation plots</li>
3801           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3802             and visualized as sequence logos</li>
3803           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3804             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3805           </li>
3806           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3807             when a new tree is opened.</li>
3808           <li>Jalview Java Console</li>
3809           <li>Better placement of desktop window when moving
3810             between different screens.</li>
3811           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3812             consensus annotation</li>
3813           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3814             Workflows</li>
3815           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3816             <ul>
3817               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3818                 used to preserve views, structures, and tree display
3819                 settings)</li>
3820               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3821                 command line</li>
3822               <li>Sharing of selected regions between views and
3823                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3824               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3825             </ul></li>
3826         </ul> <em>Applet</em>
3827         <ul>
3828           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3829           <li>New Parameters
3830             <ul>
3831               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3832                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3833                 opened.</li>
3834               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3835                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3836               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3837                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3838               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3839                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3840                 view</li>
3841               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3842                 increase the height or width of a cell in the alignment
3843                 grid relative to the current font size.</li>
3844             </ul>
3845           </li>
3846           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3847             tooltip</li>
3848         </ul> <em>Other</em>
3849         <ul>
3850           <li>Features format: graduated colour definitions and
3851             specification of feature scores</li>
3852           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3853             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3854             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3855           <li>XML formats extended to support graduated feature
3856             colourschemes, group associated annotation, and profile
3857             visualization settings.</li></td>
3858       <td>
3859         <ul>
3860           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3861             rather than description</li>
3862           <li>Non-positional features are now included in sequence
3863             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3864             visibility in tooltip).</li>
3865           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3866           <li>Added URL embedding instructions to features file
3867             documentation.</li>
3868           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3869             'X' in peptide product</li>
3870           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3871             sequence ID and sequence string and query strings do not
3872             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3873           <li>AMSA files only contain first column of
3874             multi-character column annotation labels</li>
3875           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3876             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3877             exported and re-imported)</li>
3878           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3879             name</li>
3880           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3881             as subsequence matches, and correctly reports total number
3882             of both.</li>
3883           <li>Application:
3884             <ul>
3885               <li>Better handling of exceptions during sequence
3886                 retrieval</li>
3887               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3888                 link text excludes the start_end suffix</li>
3889               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3890                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3891               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3892               <li>Sequence description lines properly shared via
3893                 VAMSAS</li>
3894               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3895                 data sources</li>
3896               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3897                 completes before alignment figures are generated.</li>
3898               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3899                 first time.</li>
3900               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3901                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3902               <li>User defined group colours properly recovered
3903                 from Jalview projects.</li>
3904             </ul>
3905           </li>
3906         </ul>
3907       </td>
3908
3909     </tr>
3910     <tr>
3911       <td>
3912         <div align="center">
3913           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3914         </div>
3915       </td>
3916       <td>
3917         <ul>
3918           <li>Experimental support for google analytics usage
3919             tracking.</li>
3920           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3921         </ul>
3922       </td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>Race condition in applet preventing startup in
3926             jre1.6.0u12+.</li>
3927           <li>Exception when feature created from selection beyond
3928             length of sequence.</li>
3929           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3930           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3931             all sequences with a given id</li>
3932           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3933             ID string searches</li>
3934           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3935             alignment to fail with exception</li>
3936         </ul> <em>Application Issues</em>
3937         <ul>
3938           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3939           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3940             data sources</li>
3941         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3942         <ul>
3943           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3944             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3945           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3946             version (java class versioning error fixed)</li>
3947         </ul>
3948       </td>
3949     </tr>
3950     <tr>
3951       <td>
3952
3953         <div align="center">
3954           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td><em>User Interface</em>
3958         <ul>
3959           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3960             translation and protein products</li>
3961           <li>Linked highlighting of structure associated with
3962             residue mapping to codon position</li>
3963           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3964             and 'clear' button</li>
3965           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3966             Tools menu</li>
3967           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3968             numeric data in description line</li>
3969           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3970           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3971             of sequence</li>
3972         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3973         <ul>
3974           <li>JPred3 web service</li>
3975           <li>Prototype sequence search client (no public services
3976             available yet)</li>
3977           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3978             PFAM</li>
3979           <li>URL Links created for matching database cross
3980             references as well as sequence ID</li>
3981           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3982         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3983         <ul>
3984           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3985             databases</li>
3986           <li>Generalised database reference retrieval and
3987             validation to all fetchable databases</li>
3988           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3989             sequence command</li>
3990         </ul> <em>Import and Export</em>
3991         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3992         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3993           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3994         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3995           File</li>
3996         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3997           triplet as name of colourscheme</li>
3998         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3999         <ul>
4000           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4001           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4002             alignments (experimental)</li>
4003           <li>Create new or select existing session to join</li>
4004           <li>load and save of vamsas documents</li>
4005         </ul> <em>Application command line</em>
4006         <ul>
4007           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4008             from applet)</li>
4009           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4010             of DAS servers to query for alignment features</li>
4011           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4012             that are also automatically queried for features</li>
4013           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4014             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4015         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4016         <ul>
4017           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4018             application (when using &quot;View in full
4019             application&quot;)</li>
4020         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4021         <ul>
4022           <li>feature group display control parameter</li>
4023           <li>debug parameter</li>
4024           <li>showbutton parameter</li>
4025         </ul> <em>Applet API methods</em>
4026         <ul>
4027           <li>newView public method</li>
4028           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4029           <li>Feature display control methods</li>
4030           <li>get list of currently selected sequences</li>
4031         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4032         <ul>
4033           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4034           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4035             Jalview release.</li>
4036           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4037             property controls execution of obfuscator</li>
4038           <li>Build target for generating source distribution</li>
4039           <li>Debug flag for javacc</li>
4040           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4041             jalview.bin.Cache</li>
4042           <li>Continuous Build Integration for stable and
4043             development version of Application, Applet and source
4044             distribution</li>
4045         </ul></td>
4046       <td>
4047         <ul>
4048           <li>selected region output includes visible annotations
4049             (for certain formats)</li>
4050           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4051             for editing</li>
4052           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4053           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4054           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4055           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4056             comments</li>
4057           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4058             filenames containing a ':'</li>
4059           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4060             global sequence features</li>
4061           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4062             references from alignment sequences goes to zero</li>
4063           <li>Close of tree branch colour box without colour
4064             selection causes cascading exceptions</li>
4065           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4066           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4067             file parsing fails.</li>
4068           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4069           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4070             not a valid output format</li>
4071           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4072             vamsas</li>
4073           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4074           <li>error messages passed up and output when data read
4075             fails</li>
4076           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4077             sequence is edited</li>
4078           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4079             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4080           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4081             filetype</li>
4082           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4083             import fixed for PFAM records</li>
4084           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4085             window list</li>
4086           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4087             can be read and written correctly to annotation file</li>
4088           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4089             correctly</li>
4090           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4091             non-italic font for representatives in Applet</li>
4092           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4093             Macs.</li>
4094           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4095             Applet)</li>
4096           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4097             due to null pointer exceptions</li>
4098           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4099             first column of alignment</li>
4100           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4101             July 2008</li>
4102           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4103             file is case-insensitive</li>
4104           <li>Sequence features read from Features file appended to
4105             all sequences with matching IDs</li>
4106           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4107             containing a sub-sequence</li>
4108           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4109           <li>feature and annotation file applet parameters
4110             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4111           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4112           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4113             splash-screen version check to complete</li>
4114           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4115             when passing them to the launchApp service</li>
4116           <li>display name and local features preserved in results
4117             retrieved from web service</li>
4118           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4119             sequence fetcher initialisation</li>
4120           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4121             dasobert DAS client</li>
4122           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4123             association</li>
4124           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4125             sequences
4126           </li>
4127         </ul>
4128       </td>
4129     </tr>
4130     <tr>
4131       <td>
4132         <div align="center">
4133           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4134         </div>
4135       </td>
4136       <td>
4137         <ul>
4138           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4139           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4140           <li>Slide sequences</li>
4141           <li>Edit sequence in place</li>
4142           <li>EMBL CDS features</li>
4143           <li>DAS Feature mapping</li>
4144           <li>Feature ordering</li>
4145           <li>Alignment Properties</li>
4146           <li>Annotation Scores</li>
4147           <li>Sort by scores</li>
4148           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4149         </ul>
4150       </td>
4151       <td>
4152         <ul>
4153           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4154           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4155           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4156           <li>Feature group display state in XML</li>
4157           <li>Feature ordering in XML</li>
4158           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4159           <li>Stockholm alignment properties</li>
4160           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4161           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4162           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4163           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4164         </ul>
4165       </td>
4166
4167     </tr>
4168     <tr>
4169       <td>
4170         <div align="center">
4171           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4172         </div>
4173       </td>
4174       <td>
4175         <ul>
4176           <li>Non standard characters can be read and displayed
4177           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4178             applet via textbox
4179           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4180             name &amp; description
4181           <li>Preference setting to display sequence name in
4182             italics
4183           <li>Annotation file format extended to allow
4184             Sequence_groups to be defined
4185           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4186             specified in preferences
4187           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4188             sequences
4189         </ul>
4190       </td>
4191       <td>
4192         <ul>
4193           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4194             installed
4195           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4196           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4197         </ul>
4198       </td>
4199     </tr>
4200     <tr>
4201       <td>
4202         <div align="center">
4203           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4204         </div>
4205       </td>
4206       <td>
4207         <ul>
4208           <li>Multiple views on alignment
4209           <li>Sequence feature editing
4210           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4211           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4212           <li>Background dependent text colour
4213           <li>Right align sequence ids
4214           <li>User-defined lower case residue colours
4215           <li>Format Menu
4216           <li>Select Menu
4217           <li>Menu item accelerator keys
4218           <li>Control-V pastes to current alignment
4219           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4220           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4221           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4222
4223           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4224         </ul>
4225       </td>
4226       <td>
4227         <ul>
4228           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4229           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4230             calculations
4231           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4232             edits
4233           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4234             of alignment)
4235           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4236
4237           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4238             display correctly
4239           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4240           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4241             analysis results
4242           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4243             &#8739;
4244           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4245           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4246           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4247
4248         </ul>
4249       </td>
4250     </tr>
4251     <tr>
4252       <td>
4253         <div align="center">
4254           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4255         </div>
4256       </td>
4257       <td>
4258         <ul>
4259           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4260         </ul>
4261       </td>
4262       <td>
4263         <ul>
4264           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4265             sequence id panel has been resized</li>
4266           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4267             rendered</li>
4268           <li>Annotation files with sequence references - all
4269             elements in file are relative to sequence position</li>
4270           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4271         </ul>
4272       </td>
4273     </tr>
4274     <tr>
4275       <td>
4276         <div align="center">
4277           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4278         </div>
4279       </td>
4280       <td>
4281         <ul>
4282           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4283           <li>DAS Feature fetching</li>
4284           <li>Hide sequences and columns</li>
4285           <li>Export Annotations and Features</li>
4286           <li>GFF file reading / writing</li>
4287           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4288             files</li>
4289           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4290           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4291           <li>Applet can launch the full application</li>
4292           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4293             required)</li>
4294           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4295           <li>Applet can load sequences from parameter
4296             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4297           </li>
4298         </ul>
4299       </td>
4300       <td>
4301         <ul>
4302           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4303           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4304           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4305         </ul>
4306       </td>
4307     </tr>
4308     <tr>
4309       <td>
4310         <div align="center">
4311           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4312         </div>
4313       </td>
4314       <td>
4315         <ul>
4316           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4317           <li>Choose to match case when searching</li>
4318           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4319             expand the visible width and height of the alignment</li>
4320         </ul>
4321       </td>
4322       <td>
4323         <ul>
4324           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4325         </ul>
4326       </td>
4327     </tr>
4328     <tr>
4329       <td>
4330         <div align="center">
4331           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4332         </div>
4333       </td>
4334       <td>&nbsp;</td>
4335       <td>
4336         <ul>
4337           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4338           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4339             value</li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342     </tr>
4343     <tr>
4344       <td>
4345         <div align="center">
4346           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4347         </div>
4348       </td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4352           <li>Keyboard editing</li>
4353           <li>Create sequence features from searches</li>
4354           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4355             alignments</li>
4356           <li>Features file allows grouping of features</li>
4357           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4358           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4359           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4360         </ul>
4361       </td>
4362       <td>
4363         <ul>
4364           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4365           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4366             descriptions saved.</li>
4367         </ul>
4368       </td>
4369     </tr>
4370     <tr>
4371       <td>
4372         <div align="center">
4373           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4374         </div>
4375       </td>
4376       <td>
4377         <ul>
4378           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4379           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4380           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4381             name for file output</li>
4382           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4383           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4384             used for HTML form input</li>
4385         </ul>
4386       </td>
4387       <td>
4388         <ul>
4389           <li>HTML output writes groups and features</li>
4390           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4391           <li>File IO bugs</li>
4392         </ul>
4393       </td>
4394     </tr>
4395     <tr>
4396       <td>
4397         <div align="center">
4398           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4399         </div>
4400       </td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4404           <li>More options for PCA viewer</li>
4405         </ul>
4406       </td>
4407       <td>
4408         <ul>
4409           <li>GUI bugs resolved</li>
4410           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4411         </ul>
4412       </td>
4413     </tr>
4414     <tr>
4415       <td height="63">
4416         <div align="center">
4417           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4418         </div>
4419       </td>
4420       <td>
4421         <ul>
4422           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4423           <li>Jar files are executable</li>
4424           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4425         </ul>
4426       </td>
4427       <td>
4428         <ul>
4429           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4430           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4431           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4432         </ul>
4433       </td>
4434     </tr>
4435     <tr>
4436       <td>
4437         <div align="center">
4438           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4439         </div>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4444         </ul>
4445       </td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4449         </ul>
4450       </td>
4451     </tr>
4452     <tr>
4453       <td>
4454         <div align="center">
4455           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4456         </div>
4457       </td>
4458       <td>
4459         <ul>
4460           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4461             size</li>
4462         </ul>
4463       </td>
4464       <td>
4465         <ul>
4466           <li>Improved JPred client reliability</li>
4467           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4468         </ul>
4469       </td>
4470     </tr>
4471     <tr>
4472       <td>
4473         <div align="center">
4474           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4475         </div>
4476       </td>
4477       <td>
4478         <ul>
4479           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4480           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4481           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4482             to Colour Menu</li>
4483           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4484           <li>Unix users can set default web browser</li>
4485           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4486           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4487         </ul>
4488       </td>
4489       <td>
4490         <ul>
4491           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4492         </ul>
4493       </td>
4494     </tr>
4495     <tr>
4496       <td>
4497         <div align="center">
4498           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4499         </div>
4500       </td>
4501       <td>&nbsp;</td>
4502       <td>
4503         <ul>
4504           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4505             alignment order.</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508     </tr>
4509     <tr>
4510       <td>
4511         <div align="center">
4512           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4513         </div>
4514       </td>
4515       <td>
4516         <ul>
4517           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4518           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4519           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4520             annotations.</li>
4521           <li>Version and build date written to build properties
4522             file.</li>
4523           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4524             at launch of Jalview.</li>
4525         </ul>
4526       </td>
4527       <td>
4528         <ul>
4529           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4530           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4531           <li>Can remove groups one by one.</li>
4532           <li>Filechooser icons installed.</li>
4533           <li>Finder ignores return character when searching.
4534             Return key will initiate a search.<br>
4535           </li>
4536         </ul>
4537       </td>
4538     </tr>
4539     <tr>
4540       <td>
4541         <div align="center">
4542           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4543         </div>
4544       </td>
4545       <td>
4546         <ul>
4547           <li>New codebase</li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550       <td>&nbsp;</td>
4551     </tr>
4552   </table>
4553   <p>&nbsp;</p>
4554 </body>
4555 </html>