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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
  61           <em>27/10/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64
  65         </ul>
  66       </td>
  67       <td align="left" valign="top">
  68         <ul>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
  71             positions in a sequence
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
  75             Windows prevents install4j launching getdown
  76           </li>
  77         </ul>
  78       </td>
  79     </tr>
  80     <tr>
  81       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  82           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
  83           <em>25/09/2020</em></strong></td>
  84       <td align="left" valign="top">
  85         <ul>
  86         </ul>
  87       </td>
  88       <td align="left" valign="top">
  89         <ul>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
  92             "Encountered problems opening
  93             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
  94           </li>
  95         </ul>
  96       </td>
  97     </tr>
  98     <tr>
  99       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 100           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 101           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 102       <td align="left" valign="top">
 103         <ul>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 106             residue in cursor mode
 107           </li>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 110             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 114             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 115             improved compatibility with JalviewJS
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 119             alignments from Pfam and Rfam
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 123             import (no longer based on .gz extension)
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 130             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 131             EMBL flat file
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 135             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 136             saving or making backup files.
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 140             <ul>
 141               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 142               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 143             </ul>
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 147             when running on Linux (Requires Java 11+)
 148           </li>
 149         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 150         <ul>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 153             through a system property
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 157             line help for configuring Jalview's memory
 158           </li>
 159         </ul>
 160       </td>
 161       <td align="left" valign="top">
 162         <ul>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 165             but not calculated and no protein or DNA score models are
 166             available for tree/PCA calculation when launched with
 167             Turkish language locale
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 171             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 175             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 179             sequence under the cursor
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 183             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 187             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 188             '%s'" on the console
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 192             when there are both local and complementary features mapped
 193             to the position under the cursor
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 197             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 201             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 205             internationalised text for some messages and log output
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 209             hidden gapped columns
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 213             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 217             specifying output format when exporting an alignment via the
 218             command line
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 222             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 223             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 224             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 225             file again, and if that fails, delete the original file and
 226             save in place.)
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 230             via command line
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 234             program and documentation
 235           </li>
 236         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 237         <ul>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 240             first time for a version that has different jars to the
 241             previous launched version.
 242           </li>
 243         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 244         <ul>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 247             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 248             OutOfMemory error.
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 252             monitor the release channel
 253           </li>
 254         </ul> <em>New Known defects</em>
 255         <ul>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 258             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 259             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 260             genome of RNA viruses)
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 264             are ordered differently when shown on alignment and in
 265             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 269             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 270             works for the top left quadrant of the alignment window
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 274             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 278             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 279           </li>
 280         </ul>
 281       </td>
 282     </tr>
 283     <tr>
 284       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 285           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 286           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 287       <td align="left" valign="top">
 288         <ul>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 291             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 292             for display in alignments, on structure views (including
 293             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 294             export.
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 298             exported and re-imported as GFF3 files
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 302             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 306             validation while parsing
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 310             position if reopened
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 314             of associated view
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 318             enabled by default
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 322             tooltips and menus
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 326             with no feature types visible
 327           </li>
 328           <li>
 329           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 330           </li>
 331         </ul><em>Jalview Installer</em>
 332             <ul>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 335             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 342           </li>
 343               <li>
 344                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 345               <li>
 346                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 347         </ul> <em>Release processes</em>
 348         <ul>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 354           </li>
 355         </ul> <em>Build System</em>
 356         <ul>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 362             report
 363           </li>
 364         </ul>
 365         <em>Groovy Scripts</em>
 366             <ul>
 367           <li>
 368             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 369             to stdout containing the consensus sequence for each
 370             alignment in a Jalview session
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 374             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 375             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 376           </li>
 377         </ul>
 378       </td>
 379       <td align="left" valign="top">
 380         <ul>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 383             'Show hidden markers' option is not ticked
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 387             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 388             jalview preferences or properties file
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 392             'Show Sequence Features' option is not ticked
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 396             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 397             features are visible
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 401             equal when split frame is first opened
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 405             correct after editing a sequence's start position
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 409             with annotation and exceptions thrown when only a few
 410             columns shown in wrapped mode
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 414             wrapped alignment figure with annotations
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 418             ID fails with ClassCastException
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 422             Project
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 426             feature settings dialog also selects columns
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 430             IllegalArgumentException in some circumstances
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 434             opened for a view
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 438             alignment window is closed
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 442             help documentation for 2.11.0 release
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 446             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 447             Uniprot Accession
 448           </li>
 449         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 450         <ul>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 453             PDB/Uniprot search panel
 454           </li>
 455         </ul> <em>Installer</em>
 456         <ul>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 459             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 460           </li>
 461         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 462         <ul>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 465             repository
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 469             memory
 470           </li>
 471         </ul> <em>New Known Issues</em>
 472         <ul>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 475             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 476             command line
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 480             clipped in headless figure export when Right Align option
 481             enabled
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 485             'Source' in console output
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 489             bamboo server but run fine locally.
 490           </li>
 491         </ul>
 492       </td>
 493     </tr>
 494     <tr>
 495       <td width="60" align="center" nowrap>
 496           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 497             <em>04/07/2019</em></strong>
 498       </td>
 499       <td align="left" valign="top">
 500         <ul>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 503             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 504             source project) rather than InstallAnywhere
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 508             settings, receive over the air updates and launch specific
 509             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 510               Rings' GetDown</a>)
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 514             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 518             arguments and switch between different getdown channels
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 522             or alignment files
 523           </li>
 524
 525           <li>
 526             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 527             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 530             'Translate as cDNA'</li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 533           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 534             <ul>
 535                       <li>
 536             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 537             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 538           <li>
 539                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 540                 features can be filtered and shaded according to any
 541                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 542                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 543                 file)
 544               </li>
 545               <li>
 546                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 547                 stored and restored from Jalview Projects
 548               </li>
 549               <li>
 550                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 551                 recognise variant features
 552               </li>
 553               <li>
 554                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 555                 sequences (also coloured red by default)
 556               </li>
 557               <li>
 558                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 559                 details
 560               </li>
 561               <li>
 562                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 563                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 564               </li>
 565               <li>
 566                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 567                 dialog
 568               </li>
 569             </ul>
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 573             tree and PCA calculations
 574           </li>
 575           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 576             <ul>
 577               <li>
 578                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 579                 and Viewer state saved in Jalview Project
 580               </li>
 581               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 582                 drop-down menus</li>
 583               <li>
 584                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 585                 incrementally
 586               </li>
 587               <li>
 588                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 589               </li>
 590             </ul>
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 594           </li>
 595           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 596           <ul>
 597               <li>
 598                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 599                 multiple groups when working with large alignments
 600               </li>
 601               <li>
 602                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 603                 Stockholm files
 604               </li>
 605             </ul>
 606           <li><strong>User Interface</strong>
 607           <ul>
 608               <li>
 609                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 610                 view
 611               </li>
 612               <li>
 613                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 614                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 615                 default (can be changed in user preferences)
 616               </li>
 617               <li>
 618                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 619                 to the Overwrite Dialog
 620               </li>
 621               <li>
 622                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 623                 sequences are hidden
 624               </li>
 625               <li>
 626                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 627                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 628               </li>
 629               <li>
 630                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 631                 labels
 632               </li>
 633               <li>
 634                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 635                 when in wrapped mode
 636               </li>
 637               <li>
 638                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 639                 annotation
 640               </li>
 641               <li>
 642                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 643               </li>
 644               <li>
 645                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 646                 panel
 647               </li>
 648               <li>
 649                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 650                 popup menu
 651               </li>
 652               <li>
 653               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 654               <li>
 655               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 656
 657
 658             </ul></li>
 659             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 660           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 661             <ul>
 662               <li>
 663                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 664                 trapping CMD-Q
 665               </li>
 666             </ul></li>
 667         </ul>
 668         <em>Deprecations</em>
 669         <ul>
 670           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 671             capabilities removed from the Jalview Desktop
 672           </li>
 673           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 674             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 675             and XML based data retrieval clients</li>
 676           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 677           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 678         </ul> <em>Documentation</em>
 679         <ul>
 680           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 681             not supported in EPS figure export
 682           </li>
 683           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 684         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 685         <ul>
 686           <li>
 687           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 688           </li>
 689       <li>
 690       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 691           <li>
 692           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 693             gradle-eclipse
 694           </li>
 695           <li>
 696           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 697             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 698             execution
 699           </li>
 700           <li>
 701           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 702             operations
 703           </li>
 704           <li>
 705           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 706             issues resolved
 707           </li>
 708           <li>
 709           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 710             markdown (with HTML rendering)
 711           </li>
 712           <li>
 713           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 714           </li>
 715           <li>
 716           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 717             versions of Jalview
 718           </li>
 719         </ul>
 720       </td>
 721       <td align="left" valign="top">
 722         <ul>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 728             superposition in Jmol fail on Windows
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 732             structures for sequences with lots of PDB structures
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 736             monospaced font
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 740             project involving multiple views
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 744             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 745             Annotation dialog hides columns
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 749             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 750             one view, then making another selection in the other view
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 754             columns
 755           </li>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 758             Settings and Jalview Preferences panels
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 762             overview with large alignments
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 766             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 767             mouse moved to the left of the first column
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 771             hidden column marker via scale popup menu
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 775             doesn't tell users the invalid URL
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 779             score from view
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 783             show cross references or Fetch Database References are shown in
 784             red in original view
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 788             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 792             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 796             when columns are hidden
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 800             Columns by Annotation description
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 804             out of Scale or Annotation Panel
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 808             scale panel
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 812             alignment down
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 816             scale panel
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 820             Page Up in wrapped mode
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 830             on opening an alignment
 831           </li>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 834             Colour menu
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 838             different groups in the alignment are selected
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 842             correctly in menu
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 846             threshold limit
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 850             threshold gets 'unrounded'
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 854             colour
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 858           </li>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 864             Tree font
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 868             project file
 869           </li>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 872             shown in complementary view
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 876             without normalisation
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 880             of report
 881           </li>
 882           <li>
 883             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 884           </li>
 885           <li>
 886           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 887           </li>
 888         </ul> <em>Editing</em>
 889         <ul>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 892             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 893             sequence
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 897             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 898             removed (Known defect since 2.10)
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 902             dialog corrupts dataset sequence
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 906             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 907           </li>
 908         </ul> <em>Datamodel</em>
 909         <ul>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 912             sequence's End is greater than its length
 913           </li>
 914         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 915           general release)</em>
 916         <ul>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 919           </li>
 920         </ul> <em>New Known Defects</em>
 921         <ul>
 922         <li>
 923         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 924         </li>
 925         <li>
 926           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 927           regions of protein alignment.
 928         </li>
 929         <li>
 930           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 931           is restored from a Jalview 2.11 project
 932         </li>
 933         <li>
 934           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 935           'New View'
 936         </li>
 937         <li>
 938           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 939           columns within hidden columns
 940         </li>
 941         <li>
 942           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 943           window after dragging left to select columns to left of visible
 944           region
 945         </li>
 946         <li>
 947           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 948           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 949           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 950           create a Score filter instead.
 951         </li>
 952         <li>
 953         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 954         <li>
 955         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 956         </li>
 957         <li>
 958           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 959           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 960         </li>
 961         </ul>
 962         <em>Java 11 Specific defects</em>
 963           <ul>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 966               alphabetically when saved
 967             </li>
 968         </ul>
 969       </td>
 970     </tr>
 971     <tr>
 972     <td width="60" nowrap>
 973       <div align="center">
 974         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 975       </div>
 976     </td>
 977     <td><div align="left">
 978         <em></em>
 979         <ul>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 982               InstallAnywhere increased to 1G.
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 986               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 987               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 988                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 989                 properties file.</em>
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 993               API and sequence data now imported as JSON.
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 997               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 998               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 999               property.
1000             </li>
1001           </ul>
1002           <em>Development</em>
1003           <ul>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1006               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1007                 Clover</a>
1008             </li>
1009           </ul>
1010         </div></td>
1011     <td><div align="left">
1012         <em></em>
1013         <ul>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1016               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1017               alignment.
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1021               annotation displayed.
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1025               for newly created group when 'Apply to all groups'
1026               selected
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1030               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1031               visible.
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1035               when sequences are selected in exported view.</em>
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1039               aren't rendered with correct colour.
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1043               types of knotted RNA secondary structure.
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1047               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1048               do not start at 1.
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1052               annotation when columns are inserted into an alignment,
1053               and when exporting as Stockholm flatfile.
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1057               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1058               treated as RNA secondary structure.
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1062               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1066               transfers focus to previous window on OSX
1067             </li>
1068           </ul>
1069           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1070           <ul>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1073               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1074               box.
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1078               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1079               'look and feel' which has improved compatibility with the
1080               latest version of OSX.
1081             </li>
1082           </ul>
1083         </div>
1084     </td>
1085     </tr>
1086     <tr>
1087       <td width="60" nowrap>
1088         <div align="center">
1089           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1090             <em>7/06/2018</em></strong>
1091         </div>
1092       </td>
1093       <td><div align="left">
1094           <em></em>
1095           <ul>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1098               annotation retrieved from Uniprot
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1102               onto the Jalview Desktop
1103             </li>
1104           </ul>
1105         </div></td>
1106       <td><div align="left">
1107           <em></em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1111               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1115               right-hand column parsed correctly
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1119               not alignment area in exported graphic
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1123               window has input focus
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1127               annotation added to view (Windows)
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1131               network connectivity is poor
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1135               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1136                 the currently open URL and links from a page viewed in
1137                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1138                 you are using Edge, only links in the page can be
1139                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1140                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1141             </li>
1142           </ul>
1143           <em>New Known Defects</em>
1144           <ul>
1145             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1146           </ul>
1147         </div></td>
1148     </tr>
1149     <tr>
1150       <td width="60" nowrap>
1151         <div align="center">
1152           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1153         </div>
1154       </td>
1155       <td><div align="left">
1156           <em></em>
1157           <ul>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1160               for disabling automatic superposition of multiple
1161               structures and open structures in existing views
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1165               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1166               adjust them.
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1170               Ensembl services
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1174               and lots of hidden columns
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1178               of features (particularly when transparency is disabled)
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1182               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1183               generally available
1184             </li>
1185           </ul>
1186           </div>
1187       </td>
1188       <td><div align="left">
1189           <ul>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1192               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1196               overlapping alignment panel
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1200               sequence as gaps
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1204               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1205               UTR
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1209               factor annotation not added to sequence when local PDB
1210               file associated with it by drag'n'drop or structure
1211               chooser
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1215               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1219               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1223               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1227               columns in annotation row
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1231               honored in batch mode
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1235               for structures added to existing Jmol view
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1239               entries after importing project with multiple views
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1243               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1244               with negative residue numbers or missing residues fails
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1248               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1249               as generated by CONSURF)
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1253               tooltip doesn't include a text description of mutation
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1257               structure and/or overview windows are also shown
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1261               very slow for alignments with large numbers of sequences
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1265               with 'StringIndexOutOfBounds'
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1269               platforms running Java 10
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1273               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1274             </li>
1275           </ul>
1276           <em>Applet</em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1280               should copy the group consensus when popup is opened on it
1281             </li>
1282           </ul>
1283           <em>Batch Mode</em>
1284           <ul>
1285           <li>
1286             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1287           </li>
1288           </ul>
1289           <em>New Known Defects</em>
1290           <ul>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1293               editing a large alignment and overview is displayed
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1297               repeatedly after a series of edits even when the overview
1298               is no longer reflecting updates
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1302               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1303               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1304               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1308               option gives blank output
1309             </li>
1310           </ul>
1311         </div>
1312           </td>
1313     </tr>
1314     <tr>
1315       <td width="60" nowrap>
1316         <div align="center">
1317           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1318         </div>
1319       </td>
1320       <td><div align="left">
1321           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1322               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1323       <td><div align="left">
1324           <em>Desktop</em><ul>
1325           <ul>
1326             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1327             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1328             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1329             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1330             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1331             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1332             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1333           </ul>
1334           </div>
1335       </td>
1336     </tr>
1337     <tr>
1338       <td width="60" nowrap>
1339         <div align="center">
1340           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1341         </div>
1342       </td>
1343       <td><div align="left">
1344           <em></em>
1345           <ul>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1348               rendering of sequence features
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1352               429 rate limit request hander
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1356               their colours have changed
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1360               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1364               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1368               view from Ensembl locus cross-references
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1372               Alignment report
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1376               feature can be disabled
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1380               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1384               Uniprot
1385             </li>
1386           </ul>
1387           <em>Scripting</em>
1388           <ul>
1389             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1390             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1391               percent identity scores for current alignment.</li>
1392           </ul>
1393           <em>Testing and Deployment</em>
1394           <ul>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1397             </li>
1398           </ul>
1399         </div></td>
1400       <td><div align="left">
1401           <em>General</em>
1402           <ul>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1405               threshold text field doesn't trigger an update to the
1406               alignment view
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1410               strings in parallel
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1414               alignment window is closed
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1418               group visibility
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1422               takes a long time in Cursor mode
1423             </li>
1424           </ul>
1425           <em>Desktop</em>
1426           <ul>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1429               cannot be viewed in Chimera
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1433               CDS/Protein view
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1437               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1438               Search Dialogs
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1448               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1452               scrolling right in unwapped alignment view
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1456               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1457               database
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1461               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1465               features of same type and group to be selected for
1466               amending
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1470               alignments when hidden columns are present
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1474               displaying several structures
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1478               moving a window
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1482               within the Jalview desktop on OSX
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1486               when in wrapped alignment mode
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1490               hand end of alignment
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1494               each selected sequence do not have correct start/end
1495               positions
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1499               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1503               restoring project until a new view is created
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1507               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1508               configured (since 2.10.2b2)
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1512               position is adjusted
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1516               in a multi-chain structure when viewing alignment
1517               involving more than one chain (since 2.10)
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1521               if new selection moves alignment window
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1525               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1529               that produces correctly annotated transcripts and products
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1533               doesn't update associated structure view
1534             </li>
1535           </ul>
1536           <em>Applet</em><br />
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1540               closing alignment panel
1541             </li>
1542           </ul>
1543           <em>BioJSON</em><br />
1544           <ul>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1547               non-positional features
1548             </li>
1549           </ul>
1550           <em>New Known Issues</em>
1551           <ul>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1554               sequence features correctly (for many previous versions of
1555               Jalview)
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1559               using cursor in wrapped panel other than top
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1563               graduated colour threshold
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1567               always preserve numbering and sequence features
1568             </li>
1569           </ul>
1570           <em>Known Java 9 Issues</em>
1571           <ul>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1574               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1575               9.01, OSX 10.10)
1576             </li>
1577           </ul>
1578         </div></td>
1579     </tr>
1580     <tr>
1581       <td width="60" nowrap>
1582         <div align="center">
1583           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1584             <em>2/10/2017</em></strong>
1585         </div>
1586       </td>
1587       <td><div align="left">
1588           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1589           <ul>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1592             </li>
1593             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1594             </li>
1595           </ul>
1596         </div></td>
1597       <td><div align="left">
1598         </div></td>
1599     </tr>
1600     <tr>
1601       <td width="60" nowrap>
1602         <div align="center">
1603           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1604             <em>7/9/2017</em></strong>
1605         </div>
1606       </td>
1607       <td><div align="left">
1608           <em></em>
1609           <ul>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1612               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1613               white)
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1617               Preferences
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1621               in size and progress bar shown as higher resolution
1622               overview is recalculated
1623             </li>
1624
1625           </ul>
1626         </div></td>
1627       <td><div align="left">
1628           <em></em>
1629           <ul>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1632               column region row by row
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1636               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1640               format setting is unticked
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1644               if group has show boxes format setting unticked
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1648               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1649               include sequences and columns not currently displayed
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1653               assemblies are imported via CIF file
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1657               displayed when threshold or conservation colouring is also
1658               enabled.
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1662               server version
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1666               dragging a selected region off the visible region of the
1667               alignment
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1671               colourscheme to all groups in a view
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1675               initially after font size change using the Font chooser or
1676               middle-mouse zoom
1677             </li>
1678           </ul>
1679         </div></td>
1680     </tr>
1681     <tr>
1682       <td width="60" nowrap>
1683         <div align="center">
1684           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1685         </div>
1686       </td>
1687       <td><div align="left">
1688           <em>Calculations</em>
1689           <ul>
1690
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1693               ungapped positions in each column of the alignment.
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1697               a calculation dialog box
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1701               and memory efficiency (~30x faster)
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1705               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1706               and other calculations
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1710               files within the Jalview codebase
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1714               Similarity may have different topology due to increased
1715               precision
1716             </li>
1717           </ul>
1718           <em>Rendering</em>
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1722               model for alignments and groups
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1726               scripts
1727             </li>
1728           </ul>
1729           <em>Overview</em>
1730           <ul>
1731             <li>
1732               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1733               with alignment and overview windows
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1737               overview
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1741               omitted in Overview
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1745               adjustment of visible position
1746             </li>
1747           </ul>
1748
1749           <em>Data import/export</em>
1750           <ul>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1753               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1757               annotation input/output via stockholm flatfile
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1761               extension when importing structure files without embedded
1762               names or PDB accessions
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1766               format sequence substitution matrices
1767             </li>
1768           </ul>
1769           <em>User Interface</em>
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1773               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1774               the application.
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1778               via Overview or sequence motif search operations
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1782               opened by double clicking gaps within sequence feature
1783               extent
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1787               aligned positions were available to create a 3D structure
1788               superposition.
1789             </li>
1790           </ul>
1791           <em>3D Structure</em>
1792           <ul>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1795               coloured in linked structure views
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1799               file-based command exchange
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1803               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1804               structures are already available for sequences
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1808               the Jalview project rather than downloaded again when the
1809               project is reopened.
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1813               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1814               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1815                 Feature</strong>)
1816             </li>
1817           </ul>
1818           <em>Web Services</em>
1819           <ul>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1825               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1826               Analysis services
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1830               cross-references provided by identifiers.org and the
1831               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1832             </li>
1833           </ul>
1834
1835           <em>Scripting</em>
1836           <ul>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1839               identifying file formats (instead of String constants)
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1843               efficiency when counting all displayed features (not
1844               backwards compatible with 2.10.1)
1845             </li>
1846           </ul>
1847           <em>Example files</em>
1848           <ul>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1851               included in the example feature file
1852             </li>
1853           </ul>
1854           <em>Documentation</em>
1855           <ul>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1858               with the built-in Java help viewer
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1862               sequence description' option
1863             </li>
1864           </ul>
1865           <em>Test Suite</em>
1866           <ul>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1869               Uniprot REST Free Text Search Client
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1876               during tests
1877             </li>
1878           </ul>
1879         </div></td>
1880       <td><div align="left">
1881           <em>Calculations</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1885               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1886               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1887             </li>
1888             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1889               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1890               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1891               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1892               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1893               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1894               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1895               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1896               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1897               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1898               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1899               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1900               // for 2.10.1 mode <br />
1901               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1902               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1903                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1904                 calculations (not recommended)</em></li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1907               scaling of branch lengths for trees computed using
1908               Sequence Feature Similarity.
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1912               generating output report when working with highly
1913               redundant alignments
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1917               right of selected region when gaps present on right-hand
1918               boundary
1919             </li>
1920           </ul>
1921           <em>User Interface</em>
1922           <ul>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1925               doesn't reselect a specific sequence's associated
1926               annotation after it was used for colouring a view
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1930               opened on a region of alignment without groups
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1934               of an alignment with overlapping groups
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1938               name and description match
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1942               hidden regions results in incorrect hidden regions
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1946               changing colour does not apply Conservation slider value
1947               to all groups
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1951               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1955               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1959               gaps before start of features
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1963               restored to UI when feature colour is edited
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1967               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1971               as graduate feature colour settings are modified via the
1972               dialog box
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1976               when a group defined on the alignment is resized
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1980               wrapped view result in positional status updates
1981             </li>
1982
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1985               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1989               alignment included gapped columns
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1993               widgets don't permanently disappear
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1997               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1998               T-Coffee column reliability scores)
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2002               sequence feature on gaps only
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2006               button from a Find inherit previously defined feature type
2007               rather than the Find query string
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2011               exporting tree calculated in Jalview
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2015               and then revealing them reorders sequences on the
2016               alignment
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2020               doesn't update to reflect available set of groups after
2021               interactively adding or modifying features
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2025               Linux
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2029               only excluded gaps in current sequence and ignored
2030               selection.
2031             </li>
2032           </ul>
2033           <em>Rendering</em>
2034           <ul>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2037               erratically when hidden rows or columns are present
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2041               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2042               sequence colouring
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2046               colour and group colour menu for protein alignments
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2050               reflect currently selected view or group's shading
2051               thresholds
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2055               when rendered on overview and structures when opacity at
2056               100%
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2060               overview when features overlaid on alignment
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2064               recovered correctly from Jalview project file
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2068               (automatically via preferences) are different to the main
2069               alignment panel
2070             </li>
2071           </ul>
2072           <em>Data import/export</em>
2073           <ul>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2076               load
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2080               added after a sequence was imported are not written to
2081               Stockholm File
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2085               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2089               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2093               with lightGray or darkGray via features file (but can
2094               specify lightgray)
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2098               when alignment view imported from project
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2102               structure and sequences extracted from structure files
2103               imported via URL and viewed in Jmol
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2107               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2108               the project is loaded and the structure viewed
2109             </li>
2110           </ul>
2111           <em>Web Services</em>
2112           <ul>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2115               release of Ensembl v.88
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2119               appear enabled in Preferences->Connections
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2123               removed from console output
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2127               Ensembl by Peptide ID
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2131               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2132               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2133               due to 'null' string rather than empty string used for
2134               residues with no corresponding PDB mapping).
2135             </li>
2136           </ul>
2137           <em>Application UI</em>
2138           <ul>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2141               menu
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2145               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2146               new documentation and tooltips added)
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2150               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2154               new features are added to alignment
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2158               changes to feature colours via the Amend features dialog
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2162               edit graduated feature colour via amend features dialog
2163               box
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2167               selection menu changes colours of alignment views
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2171               from alignment calculation workers after alignment has
2172               been closed
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2176               groups now 'Create Group'
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2180               Create/Undefine group doesn't always work
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2184               shown again after pressing 'Cancel'
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2188               adjusts start position in wrap mode
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2192               ambiguous amino acids
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2196               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2197               proteins
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2201               Defined' don't appear in Colours menu
2202             </li>
2203           </ul>
2204           <em>Applet</em>
2205           <ul>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2208               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2212               overview or linked structure view
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2216               work (since 2.8)
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2220               user-defined colourscheme doesn't restore original
2221               colourscheme
2222             </li>
2223           </ul>
2224           <em>Test Suite</em>
2225           <ul>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2228               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2232               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2233               problems with deep array comparison equality asserts in
2234               successive versions of TestNG
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2238               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2239             </li>
2240           </ul>
2241           <em>New Known Issues</em>
2242           <ul>
2243             <li>
2244               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2245               phase after a sequence motif find operation
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2249               containing just upper and lower case letters are
2250               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2254               reliably from eggnog Ortholog database
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2258               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2259               to mark columns containing highlighted regions.
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2263               doesn't always add secondary structure annotation.
2264             </li>
2265           </ul>
2266         </div>
2267     <tr>
2268       <td width="60" nowrap>
2269         <div align="center">
2270           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2271         </div>
2272       </td>
2273       <td><div align="left">
2274           <em>General</em>
2275           <ul>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2278               for all consensus calculations
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2282               3rd Oct 2016)
2283             </li>
2284             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2285               for 2016-2017</li>
2286           </ul>
2287           <em>Application</em>
2288           <ul>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2291               set of database cross-references, sorted alphabetically
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2295               from database cross references. Users with custom links
2296               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2297                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2301               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2302               Chimera session
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2306               the Chimera it is connected to is shut down
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2310               columns menu item to mark columns containing highlighted
2311               regions (e.g. from structure selections or results of a
2312               Find operation)
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2316               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2317               MSAviewer
2318             </li>
2319           </ul>
2320         </div></td>
2321       <td>
2322         <div align="left">
2323           <em>General</em>
2324           <ul>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2327               are not coloured or thresholded according to percent
2328               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2332               hydrophobic
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2336               threshold, amino acid properties)
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2340               reported as mapped to residues in a structure file in the
2341               View Mapping report
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2345               could be added multiple times to a sequence
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2349               bond features shown as two highlighted residues rather
2350               than a range in linked structure views, and treated
2351               correctly when selecting and computing trees from features
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2355               cross-references are matched to database name regardless
2356               of case
2357             </li>
2358
2359           </ul>
2360           <em>Application</em>
2361           <ul>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2364               names without regular expressions also offer links from
2365               Sequence ID
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2369               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2370               update Jalview configuration
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2374               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2378               files with similarly named sequences if dropped onto the
2379               alignment
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2383               entries where more chains exist in the PDB accession than
2384               are reported in the SIFTS file
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2388               the structure view when displayed with Chimera
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2392               panel's View->Show Chains submenu
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2396               work for wrapped alignment views
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2400               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2404               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2405               first annotation row
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2409               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2413               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2414             </li>
2415             <!-- JAL-2319 -->
2416             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2417             coordindate data
2418             </li>
2419           </ul>
2420           <!--           <em>New Known Issues</em>
2421           <ul>
2422             <li></li>
2423           </ul> -->
2424         </div>
2425       </td>
2426     </tr>
2427     <td width="60" nowrap>
2428       <div align="center">
2429         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2430           <em>25/10/2016</em></strong>
2431       </div>
2432     </td>
2433     <td><em>Application</em>
2434       <ul>
2435         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2436           view if structures already loaded</li>
2437         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2438           structure views</li>
2439       </ul></td>
2440     <td>
2441       <div align="left">
2442         <em>General</em>
2443         <ul>
2444           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2445             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2446           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2447             example sequences/projects/trees</li>
2448         </ul>
2449         <em>Application</em>
2450         <ul>
2451           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2452             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2453           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2454             without timeout for structures with multiple models or
2455             multiple sequences in alignment</li>
2456           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2457             PDB ID HEADER line</li>
2458           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2459             is performed</li>
2460           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2461             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2462           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2463           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2464             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2465             option</li>
2466           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2467             is created on the alignment</li>
2468           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2469             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2470             pop-up menu</li>
2471         </ul>
2472         <em>Build and deployment</em>
2473         <ul>
2474           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2475             tags</li>
2476         </ul>
2477         <em>New Known Issues</em>
2478         <ul>
2479           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2480             on Windows</li>
2481         </ul>
2482       </div>
2483     </td>
2484     </tr>
2485     <tr>
2486       <td width="60" nowrap>
2487         <div align="center">
2488           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2489         </div>
2490       </td>
2491       <td><em>General</em>
2492         <ul>
2493           <li>
2494             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2498             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2499             better PDB parsing.
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2503             reference sequence
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2507             mousing over sequence associated annotation
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2511             for manual entry
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2515             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2516             for each column
2517           </li>
2518           <li>
2519             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2520             showing or hiding columns containing a feature
2521           </li>
2522           <li>
2523             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2524             group and sequence associated annotation labels
2525           </li>
2526           <li>
2527             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2528             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2529             dialogs
2530           </li>
2531
2532         </ul> <em>Application</em>
2533         <ul>
2534           <li>
2535             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2536             gene/transcript view
2537           </li>
2538           <li>
2539             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2540             dialog
2541           </li>
2542           <li>
2543             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2544             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2545           </li>
2546           <li>
2547             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2548             Pfam sources to xfam.org
2549           </li>
2550           <li>
2551             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2552           </li>
2553           <li>
2554             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2555             over sequences in Jalview
2556           </li>
2557           <li>
2558             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2559             regions in ENA and EMBL
2560           </li>
2561           <li>
2562             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2563             for record retrieval via ENA rest API
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2567             complement operator
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2571             groovy script execution
2572           </li>
2573           <li>
2574             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2575             alignment window's Calculate menu
2576           </li>
2577           <li>
2578             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2579             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2580           </li>
2581           <li>
2582             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2583             calculation workers from groovy scripts
2584           </li>
2585           <li>
2586             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2587             Jalview projects
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2591             associations are now saved/restored from project
2592           </li>
2593           <li>
2594             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2595             before sequence fetcher is opened
2596           </li>
2597           <li>
2598             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2599             database chooser opens a sequence fetcher
2600           </li>
2601           <li>
2602             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2603             the UniProt REST API
2604           </li>
2605           <li>
2606             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2607             the news reader opening
2608           </li>
2609           <li>
2610             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2611             querying stored in preferences
2612           </li>
2613           <li>
2614             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2615             search results
2616           </li>
2617           <li>
2618             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2619           </li>
2620           <li>
2621             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2622             menu for nucleotide sequences
2623           </li>
2624           <li>
2625             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2626             and feature counts preserves alignment ordering (and
2627             debugged for complex feature sets).
2628           </li>
2629           <li>
2630             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2631             viewing structures with Jalview 2.10
2632           </li>
2633           <li>
2634             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2635             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2636             Ensembl Genomes REST API
2637           </li>
2638           <li>
2639             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2640             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2641             (Ensembl)
2642           </li>
2643           <li>
2644             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2645             sequences
2646           </li>
2647           <li>
2648             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2649             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2650             data from external database records.
2651           </li>
2652           <li>
2653             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2654             efficient recovery of sequence coding and alignment
2655             annotation relationships.
2656           </li>
2657         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2658         <ul>
2659           <li>
2660             -- JAL---
2661           </li>
2662         </ul> --></td>
2663       <td>
2664         <div align="left">
2665           <em>General</em>
2666           <ul>
2667             <li>
2668               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2669               menu on OSX
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2673               includes graduated colourschemes
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2677               working with big alignments and lots of hidden columns
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2681               at right of alignment window
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2685               contents
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2689               for DNA alignments
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2693               based tree calculation
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2697               unconserved enabled for group on alignment
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2701               set as reference
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2705               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2706               annotation
2707             </li>
2708             <li>
2709               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2710               hidden columns present
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2714               user created annotation added to alignment
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2718               '()' base pair annotation
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2722               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2723               Consensus
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2727               feature not working
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2731               beginning of sequence
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2735               entry 3a6s
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2739               from a tree when t-coffee scores are shown
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2743               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2747               some structures
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2751               to Clustal, PIR and PileUp output
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2755               not visible causes alignment window to repaint
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2759               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2760               scores associated with features and annotation rows
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2764               calculation should be case independent
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2768               columns
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2772               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2773               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2777               problems when reference sequence defined and 'show
2778               non-conserved' enabled
2779             </li>
2780             <li>
2781               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2782               load even when Consensus calculation is disabled
2783             </li>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2786               alignment does nothing
2787             </li>
2788           </ul>
2789           <em>Application</em>
2790           <ul>
2791             <li>
2792               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2793               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2794               yet fixed for El Capitan)
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2798               output when running on non-gb/us i18n platforms
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2802               hidden sequences as flat-file alignment
2803             </li>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2806               launching Chimera
2807             </li>
2808             <li>
2809               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2810               (also hotfix for 2.9.0b2)
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2814               reference sequence defined
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2818               alignments and views when revealing hidden columns
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2822               view in a cDNA/Protein splitframe
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2826               sequence from project when only one sequence is
2827               represented
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2831               in Structure Chooser
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2835               structure consensus didn't refresh annotation panel
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2839               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2843               dialogs format columns correctly, don't display array
2844               data, sort columns according to type
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2848               file chooser is cancelled during an image export
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2852               sequence name containing special characters
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2856               case insensitive
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2860               formatting don't wrap
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2864               truncated so L looks like I in consensus annotation
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2868               currently displayed features for the current selection or
2869               view
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2873               after fetching cross-references, and restoring from
2874               project
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2878               followed in the structure viewer
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2882               splitframe not restored from project
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2886               trailing end of protein alignment in transcript/product
2887               splitview when pad-gaps not enabled by default
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2891               is case dependent
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2895               article has been read (reopened issue due to
2896               internationalisation problems)
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2900               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2901               cross-references
2902             </li>
2903
2904             <li>
2905               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2906               alignment as HTML
2907             </li>
2908             <li>
2909               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2910               multiple structures are shown for one or more sequences.
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2914               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2915               is enabled.
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2919               specific PDB id for sequence
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2923               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2924               columns' is disabled.
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2928               selects lowest rather than highest resolution structures
2929               for each sequence
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2933               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2937               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2941               after clicking on it to create new annotation for a
2942               column.
2943             </li>
2944             <li>
2945               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2946               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2947             </li>
2948             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2949             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2950           </ul>
2951           <em>Applet</em>
2952           <ul>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2955               hidden columns present before start of sequence
2956             </li>
2957             <li>
2958               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2959               (JSON jars)
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2963               sequences are hidden in applet
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2967               deployment on examples pages.
2968             </li>
2969           </ul>
2970         </div>
2971       </td>
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td width="60" nowrap>
2975         <div align="center">
2976           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2977             <em>16/10/2015</em></strong>
2978         </div>
2979       </td>
2980       <td><em>General</em>
2981         <ul>
2982           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2983             jars</li>
2984         </ul></td>
2985       <td>
2986         <div align="left">
2987           <em>Application</em>
2988           <ul>
2989             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2990               shown when tree is partitioned</li>
2991             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2992               multiple cDNA/Protein split views</li>
2993           </ul>
2994         </div>
2995       </td>
2996     </tr>
2997     <tr>
2998       <td width="60" nowrap>
2999         <div align="center">
3000           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3001             <em>8/10/2015</em></strong>
3002         </div>
3003       </td>
3004       <td><em>General</em>
3005         <ul>
3006           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3007             2.9</li>
3008         </ul> <em>Application</em>
3009         <ul>
3010           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3011           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3012           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3013         </ul> <em>Applet</em>
3014         <ul>
3015           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3016         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3017         <ul>
3018           <li>
3019             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3020             suite
3021           </li>
3022         </ul></td>
3023       <td>
3024         <div align="left">
3025           <em>General</em>
3026           <ul>
3027             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3028               incorrect when sequence start > 1</li>
3029             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3030               documentation</li>
3031             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3032             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3033               loading a features file containing HTML tags in feature
3034               description</li>
3035
3036           </ul>
3037           <em>Application</em>
3038           <ul>
3039             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3040               reimport</li>
3041             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3042               with 'trim retrieved sequences'</li>
3043             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3044               deleting selected columns</li>
3045             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3046               JNLP templates for webstart launch</li>
3047             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3048               unreleased structures for download or viewing</li>
3049             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3050               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3051             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3052               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3053             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3054               recovered from jalview project</li>
3055             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3056               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3057               alignment view</li>
3058             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3059               color schemes from BioJSON</li>
3060           </ul>
3061           <em>Applet</em>
3062           <ul>
3063             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3064               frame</li>
3065             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3066           </ul>
3067         </div>
3068       </td>
3069     </tr>
3070     <tr>
3071       <td><div align="center">
3072           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3073         </div></td>
3074       <td><em>General</em>
3075         <ul>
3076           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3077             alignments:
3078             <ul>
3079               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3080                 and DNA alignment views</li>
3081               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3082                 cDNA alignment views</li>
3083               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3084                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3085               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3086                 protein sequences</li>
3087             </ul>
3088           </li>
3089           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3090           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3091             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3092           <li>New alignment annotation file statements for
3093             reference sequences and marking hidden columns</li>
3094           <li>Reference sequence based alignment shading to
3095             highlight variation</li>
3096           <li>Select or hide columns according to alignment
3097             annotation</li>
3098           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3099           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3100             acid conservation row</li>
3101           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3102         </ul> <em>Application</em>
3103         <ul>
3104           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3105             <ul>
3106               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3107                 view with cDNA/Protein</li>
3108               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3109                 sequences are placed in the same alignment</li>
3110               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3111                 projects</li>
3112             </ul>
3113           </li>
3114
3115           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3116           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3117             Jalview windows</li>
3118
3119           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3120           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3121           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3122             be shown in VARNA</li>
3123
3124           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3125             as the active selected region</li>
3126
3127           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3128             similarity</li>
3129           <li>New Export options
3130             <ul>
3131               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3132                 region export in flat file generation</li>
3133
3134               <li>Export alignment views for display with the <a
3135                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3136
3137               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3138               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3139                 alignment figures to HTML</li>
3140           </li>
3141           <li>3D structure retrieval and display
3142             <ul>
3143               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3144                 Search API</li>
3145               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3146                 PDB structures for a sequence set</li>
3147             </ul>
3148           </li>
3149
3150           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3151             predictions</li>
3152           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3153             for one or a group of sequences</li>
3154           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3155             from the JPred4 web server</li>
3156           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3157             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3158             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3159           </li>
3160           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3161             VARNA 2D Structure'</li>
3162           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3163             Structure ..."</li>
3164
3165         </ul> <em>Applet</em>
3166         <ul>
3167           <li>New layout for applet example pages</li>
3168           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3169             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3170           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3171             Protein alignments</li>
3172         </ul> <em>Development and deployment</em>
3173         <ul>
3174           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3175           <li>Include installation type and git revision in build
3176             properties and console log output</li>
3177           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3178             storing BioJsMSA Templates</li>
3179           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3180         </ul></td>
3181       <td>
3182         <!-- <em>General</em>
3183         <ul>
3184         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3185         <ul>
3186           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3187           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3188           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3189             predictions are not highlighted in amber</li>
3190           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3191             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3192           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3193             associated structure views</li>
3194           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3195             width checkbox not enabled</li>
3196           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3197             creating user defined colours</li>
3198           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3199             mappings for just that viewer's sequences</li>
3200           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3201             multiple models in Chimera</li>
3202           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3203             over Jmol structure</li>
3204           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3205             output to text box</li>
3206           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3207             have incorrect sequence start/end</li>
3208           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3209             Jalview fails</li>
3210           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3211             work for nucleotide</li>
3212           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3213             to a grey/invisible alignment window</li>
3214           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3215             imports to different position</li>
3216           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3217             on some platforms</li>
3218           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3219             populated</li>
3220           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3221             console if Chimera has been opened</li>
3222           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3223           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3224             retrieved</li>
3225           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3226           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3227             either sequence shows on first structure</li>
3228           <li>'Show annotations' options should not make
3229             non-positional annotations visible</li>
3230           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3231             in right place after 'view flanking regions'</li>
3232           <li>File Save As type unset when current file format is
3233             unknown</li>
3234           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3235             projects</li>
3236           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3237             responsive</li>
3238           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3239             several views on same alignment</li>
3240           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3241           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3242             spaces</li>
3243         </ul> <em>Applet</em>
3244         <ul>
3245           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3246           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3247             descriptions containing angle brackets</li>
3248         </ul> <em>General</em>
3249         <ul>
3250           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3251             via jalview annotation file</li>
3252           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3253             with RNA secondary structure</li>
3254           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3255             translation doesn't work.</li>
3256           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3257           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3258             positions</li>
3259           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3260             choosing 1pt font</li>
3261           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3262             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3263             'h'</li>
3264           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3265             new feature</li>
3266           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3267             order dependent</li>
3268           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3269             sequences</li>
3270           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3271         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3272         <ul>
3273           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3274             www.jalview.org</li>
3275         </ul> <em>Application Known issues</em>
3276         <ul>
3277           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3278           <li>Misleading message appears after trying to delete
3279             solid column.</li>
3280           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3281             version launches</li>
3282           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3283             fails with a sequence mismatch</li>
3284           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3285             scrolling alignment to right</li>
3286           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3287             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3288           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3289             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3290           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3291             ultra-high resolution</li>
3292           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3293             quality and conservation</li>
3294           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3295             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3296         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3297         <ul>
3298           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3299           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3300             window is being resized</li>
3301
3302         </ul>
3303       </td>
3304     </tr>
3305     <tr>
3306       <td><div align="center">
3307           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3308         </div></td>
3309       <td><em>General</em>
3310         <ul>
3311           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3312             Certum.PL.</li>
3313           <li>Features and annotation preserved when performing
3314             pairwise alignment</li>
3315           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3316             imported/exported/displayed</li>
3317           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3318             protein secondary structure</li>
3319           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3320               post-hoc with 2.9 release</em>)
3321           </li>
3322
3323         </ul> <em>Application</em>
3324         <ul>
3325           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3326             with 3D structures</li>
3327           <li>Support for parsing RNAML</li>
3328           <li>Annotations menu for layout
3329             <ul>
3330               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3331               <li>place sequence annotation above/below alignment
3332                 annotation</li>
3333             </ul>
3334           <li>Output in Stockholm format</li>
3335           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3336             translation</li>
3337           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3338           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3339             shared between alignments</li>
3340           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3341             Jalview</li>
3342           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3343             all or current selection</li>
3344           <li>disorder and secondary structure predictions
3345             available as dataset annotation</li>
3346           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3347
3348
3349           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3350             alignments from Rfam</li>
3351           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3352
3353           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3354             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3355           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3356           <li>include installation type in build properties and
3357             console log output</li>
3358           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3359             annotation</li>
3360         </ul></td>
3361       <td>
3362         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3363         <ul>
3364           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3365             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3366           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3367             alignment</li>
3368           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3369           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3370           <li>Double click on sequence associated annotation
3371             selects only first column</li>
3372           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3373             leaves shown in tree</li>
3374           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3375             properly</li>
3376           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3377           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3378             screen and buttons not visible</li>
3379           <li>author list isn't updated if already written to
3380             Jalview properties</li>
3381           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3382             from database</li>
3383           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3384           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3385             browser search window</li>
3386           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3387             in feature settings dialog</li>
3388           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3389             desktop</li>
3390           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3391             pass validation</li>
3392           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3393             fit on screen</li>
3394           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3395             tooltip</li>
3396           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3397             defined user preset</li>
3398           <li>MSA web services warns user if they were launched
3399             with invalid input</li>
3400           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3401             Java 8</li>
3402           <li>
3403             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3404             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3405             created
3406           </li>
3407
3408         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3409         <ul>
3410         </ul> <em>General</em>
3411         <ul>
3412         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3413         <ul>
3414           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3415             memory allocation</li>
3416           <li>launchApp service doesn't automatically open
3417             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3418           <li>
3419             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3420             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3421             1.7_055 is available
3422           </li>
3423         </ul> <em>Application Known issues</em>
3424         <ul>
3425           <li>
3426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3427             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3428             alignment to right
3429           </li>
3430           <li>
3431             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3432             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3433             with large number of ID
3434           </li>
3435           <li>
3436             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3437             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3438             start/end
3439           </li>
3440           <li>
3441             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3442             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3443             structure tracks are rearranged
3444           </li>
3445           <li>
3446             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3447             invalid rna structure positional highlighting does not
3448             highlight position of invalid base pairs
3449           </li>
3450           <li>
3451             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3452             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3453             project from alignment window file menu
3454           </li>
3455           <li>
3456             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3457             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3458             structures
3459           </li>
3460           <li>
3461             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3462             colour by RNA Helices not enabled when user created
3463             annotation added to alignment
3464           </li>
3465           <li>
3466             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3467             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3468           </li>
3469         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3470         <ul>
3471           <li>
3472             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3473             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3474           </li>
3475           <li>
3476             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3477             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3478           </li>
3479
3480           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3481             when selected</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484     </tr>
3485     <tr>
3486       <td><div align="center">
3487           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3488         </div></td>
3489       <td>
3490         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3491         <em>General</em>
3492         <ul>
3493           <li>Internationalisation of user interface (usually
3494             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3495           <li>Define/Undefine group on current selection with
3496             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3497           <li>Improved group creation/removal options in
3498             alignment/sequence Popup menu</li>
3499           <li>Sensible precision for symbol distribution
3500             percentages shown in logo tooltip.</li>
3501           <li>Annotation panel height set according to amount of
3502             annotation when alignment first opened</li>
3503         </ul> <em>Application</em>
3504         <ul>
3505           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3506             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3507           <li>Select columns containing particular features from
3508             Feature Settings dialog</li>
3509           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3510             sequences</li>
3511           <li>Update Jalview project format:
3512             <ul>
3513               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3514               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3515                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3516               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3517                 colouring</li>
3518             </ul>
3519           </li>
3520           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3521             (PAM250)</li>
3522           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3523             flanking regions for an alignment</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3528         <ul>
3529           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3530             running after job is cancelled</li>
3531           <li>cannot export features from alignments imported from
3532             Jalview/VAMSAS projects</li>
3533           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3534             float values</li>
3535           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3536             have 'display all symbols' flag set</li>
3537           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3538             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3539           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3540             Jalview</li>
3541           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3542             Lion/Webstart</li>
3543           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3544           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3545           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3546             alignment onto desktop</li>
3547           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3548             'extract scores' function</li>
3549           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3550             alignment window</li>
3551           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3552             performing IUPred disorder prediction</li>
3553           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3554             changing 'normalise logo' display setting</li>
3555           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3556             nothing matches query</li>
3557           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3558             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3559           </li>
3560           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3561             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3562           </li>
3563           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3564             Jalview's menu</li>
3565           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3566             'invalid literal/length code'</li>
3567           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3568             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3569           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3570             colourscheme</li>
3571
3572         </ul> <em>Applet</em>
3573         <ul>
3574           <li>Remove group option is shown even when selection is
3575             not a group</li>
3576           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3577             don't affect groups</li>
3578           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3579             colourscheme name</li>
3580           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3581             Annotation panel is not displayed</li>
3582           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3583             embedded windows</li>
3584         </ul> <em>Other</em>
3585         <ul>
3586           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3587             single sequence were not calculated</li>
3588           <li>annotation files that contain only groups imported as
3589             annotation and junk sequences</li>
3590           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3591             recognised as PFAM or BLC</li>
3592           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3593             doesn't affect background (2.8.0b1)
3594           <li></li>
3595           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3596           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3597             trailing gaps</li>
3598           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3599             registered correctly on import</li>
3600           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3601             certain alignments</li>
3602           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3603             existing annotation based 'use original colours'
3604             colourscheme loses original colours setting</li>
3605         </ul>
3606       </td>
3607     </tr>
3608     <tr>
3609       <td><div align="center">
3610           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3611             <em>30/1/2014</em></strong>
3612         </div></td>
3613       <td>
3614         <ul>
3615           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3616             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3617             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3618             open source project).
3619           </li>
3620           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3621           <li>Output in Stockholm format</li>
3622           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3623           <li>Export/import group and sequence associated line
3624             graph thresholds</li>
3625           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3626             ambiguity codes</li>
3627           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3628             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3629             works</li>
3630           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3631         </ul> <em>Other improvements</em>
3632         <ul>
3633           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3634           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3635             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3636           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3637             files</li>
3638           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3639           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3640             link but no description</li>
3641           <li>Select primary source when selecting authority in
3642             database fetcher GUI</li>
3643           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3644             Jalview</li>
3645           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3646         </ul>
3647       </td>
3648       <td>
3649         <ul>
3650           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3651             displayed</li>
3652           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3653             secondary structure annotation line</li>
3654           <li>Sequence database accessions not imported when
3655             fetching alignments from Rfam</li>
3656           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3657             identical IDs</li>
3658           <li>View all structures does not always superpose
3659             structures</li>
3660           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3661             reflect user or preset settings</li>
3662           <li>Null pointer exceptions for some services without
3663             presets or adjustable parameters</li>
3664           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3665             discover PDB xRefs</li>
3666           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3667             features with DAS</li>
3668           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3669             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3670           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3671             residue follows a gap</li>
3672           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3673             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3674           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3675             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3676           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3677             annotation already exists on alignment</li>
3678           <li>oninit javascript function should be called after
3679             initialisation completes</li>
3680           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3681             alignment window display</li>
3682           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3683           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3684             to annotation file</li>
3685           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3686             groups created</li>
3687           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3688             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3689           <li>Pressing return several times causes Number Format
3690             exceptions in keyboard mode</li>
3691           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3692             correct partitions for input data</li>
3693           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3694           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3695           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3696           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3697             mode</li>
3698           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3699             changes one row&#39;s threshold</li>
3700           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3701             doesn&#39;t open</li>
3702           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3703             quality histograms</li>
3704         </ul>
3705       </td>
3706     </tr>
3707     <tr>
3708       <td><div align="center">
3709           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3710         </div></td>
3711       <td><em>Application</em>
3712         <ul>
3713           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3714             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3715           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3716             preferences</li>
3717           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3718             in Jalview alignment window</li>
3719           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3720             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3721           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3722             RNA and ambiguity codes</li>
3723
3724           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3725           <li>Support fetching and database reference look up
3726             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3727             refs')</li>
3728           <li>Jalview project improvements
3729             <ul>
3730               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3731                 flag for annotation</li>
3732               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3733                 alignment</li>
3734               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3735                 Jalview project</li>
3736
3737             </ul>
3738           </li>
3739           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3740           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3741             running</li>
3742           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3743           <li>visual indication that web service results are still
3744             being retrieved from server</li>
3745           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3746             starts up for first time</li>
3747           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3748             services</li>
3749           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3750             client library</li>
3751           <li>Examples directory and Groovy library included in
3752             InstallAnywhere distribution</li>
3753         </ul> <em>Applet</em>
3754         <ul>
3755           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3756             visualization applet example</li>
3757         </ul> <em>General</em>
3758         <ul>
3759           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3760           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3761             defaults</li>
3762           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3763             calculation</li>
3764           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3765             matrices
3766           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3767             in HTML</li>
3768           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3769             structure contacts</li>
3770           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3771           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3772           <li>Parse sequence associated secondary structure
3773             information in Stockholm files</li>
3774           <li>HTML Export database accessions and annotation
3775             information presented in tooltip for sequences</li>
3776           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3777             style RNA alignment files</li>
3778           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3779             alignment</li>
3780           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3781             shade each sequence according to its associated alignment
3782             annotation</li>
3783           <li>New Jalview Logo</li>
3784         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3785         <ul>
3786           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3787           <li>New Website!</li>
3788         </ul></td>
3789       <td><em>Application</em>
3790         <ul>
3791           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3792             wsdbfetch REST service</li>
3793           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3794           <li>Filetype associations not installed for webstart
3795             launch</li>
3796           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3797             job execution in full once it is complete</li>
3798           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3799             uploaded via ali_file parameter</li>
3800           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3801           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3802           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3803             submitted for prediction</li>
3804           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3805             desktop window</li>
3806           <li>Putting fractional value into integer text box in
3807             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3808           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3809             windows 7</li>
3810           <li>View all structures fails with exception shown in
3811             structure view</li>
3812           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3813             escaped in a platform independent way</li>
3814           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3815             using proxy</li>
3816           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3817             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3818           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3819             failure when java web start temporary file caching is
3820             disabled</li>
3821           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3822             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3823           <li>Errors during processing of command line arguments
3824             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3825           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3826             DAS sources in sequence fetcher</li>
3827           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3828             dialog is shown</li>
3829           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3830           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3831           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3832           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3833             on OSX Mountain Lion</li>
3834           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3835             sequences with alignment annotation are pasted into the
3836             alignment</li>
3837           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3838             when loaded from Jalview project</li>
3839           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3840           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3841             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3842           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3843             associated with all views</li>
3844           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3845             annotation rows to new window</li>
3846         </ul> <em>Applet</em>
3847         <ul>
3848           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3849             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3850           <li>loading features via javascript API automatically
3851             enables feature display</li>
3852           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3853             work</li>
3854         </ul> <em>General</em>
3855         <ul>
3856           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3857           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3858             and then deselected</li>
3859           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3860           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3861             coloured with clustalx</li>
3862           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3863             exceptions and redraw errors</li>
3864           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3865             reconfigured view</li>
3866           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3867             colour</li>
3868           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3869             for lots of labels</li>
3870         </ul>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873       <td>
3874         <div align="center">
3875           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3876         </div>
3877       </td>
3878       <td><em>Application</em>
3879         <ul>
3880           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3881           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3882           <li>View/alignment association menu to enable user to
3883             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3884             its colours/correspondences from</li>
3885           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3886           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3887             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3888           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3889           <li>Annotation row column label formatting attributes
3890             stored in project file</li>
3891           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3892             rows preserved in Jalview project file</li>
3893           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3894             saved using Desktop window menu</li>
3895           <li>Visual indication that command line arguments are
3896             still being processed</li>
3897           <li>Groovy script execution from URL</li>
3898           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3899             preferences</li>
3900           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3901             alignment with sequences that have high similarity and
3902             matching IDs</li>
3903           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3904           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3905             structures in same window</li>
3906           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3907           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3908             analysis function in its own submenu</li>
3909         </ul> <em>Applet</em>
3910         <ul>
3911           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3912             groups</li>
3913           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3914           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3915           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3916           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3917           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3918             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3919           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3920           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3921             parameters are treated as such</li>
3922           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3923             <ul>
3924               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3925               <li>Javascript callbacks for
3926                 <ul>
3927                   <li>Applet initialisation</li>
3928                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3929                 </ul>
3930               </li>
3931               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3932                 functions</li>
3933               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3934               <li>javascript structure viewer harness to pass
3935                 messages between Jmol and Jalview when running as
3936                 distinct applets</li>
3937               <li>sortBy method</li>
3938               <li>Set of applet and application examples shipped
3939                 with documentation</li>
3940               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3941                 javascript message exchange</li>
3942             </ul>
3943         </ul> <em>General</em>
3944         <ul>
3945           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3946             multiple alignments</li>
3947           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3948           <li>User configurable link to enable redirects to a
3949             www.Jalview.org mirror</li>
3950           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3951           <li>Configurable newline string when writing alignment
3952             and other flat files</li>
3953           <li>Allow alignment annotation description lines to
3954             contain html tags</li>
3955         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3956         <ul>
3957           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3958             examples</li>
3959           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3960             using a web service before displaying the result in the
3961             Jalview desktop</li>
3962           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3963           <li>Ant target to publish example html files with applet
3964             archive</li>
3965           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3966           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3967         </ul></td>
3968       <td><em>Application</em>
3969         <ul>
3970           <li>User defined colourscheme throws exception when
3971             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3972           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3973             dialog for valid filename/format</li>
3974           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3975           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3976             P37173</li>
3977           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3978             which sequence is to be associated with the file</li>
3979           <li>Find All raises null pointer exception when query
3980             only matches sequence IDs</li>
3981           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3982           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3983             2.4 cannot be loaded</li>
3984           <li>Filetype associations not installed for webstart
3985             launch</li>
3986           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3987             with sequences in different alignments do not get coloured
3988             by their associated sequence</li>
3989           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3990             not preserved when project is loaded</li>
3991           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3992             stored in Jalview project</li>
3993           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3994             Jalview project</li>
3995           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3996           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3997             by conservation</li>
3998           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3999             created on new view</li>
4000           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4001             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4002           <li>Alignment quality not updated after alignment
4003             annotation row is hidden then shown</li>
4004           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4005             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4006           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4007             properly</li>
4008           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4009             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4010           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4011           <li>Structures imported from file and saved in project
4012             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4013           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4014             job execution in full once it is complete</li>
4015         </ul> <em>Applet</em>
4016         <ul>
4017           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4018             annotation rows are displayed</li>
4019           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4020             codebase</li>
4021           <li>View follows highlighting does not work for positions
4022             in sequences</li>
4023           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4024           <li>Export features raises exception when no features
4025             exist</li>
4026           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4027             for javascript api is modified when separator string
4028             provided as parameter</li>
4029           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4030             alignment with no existing selection</li>
4031           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4032             to applet&#39;s codebase</li>
4033           <li>Status bar not updated after finished searching and
4034             search wraps around to first result</li>
4035           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4036             several Jalview applets causes race conditions and memory
4037             leaks</li>
4038           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4039             not sent from Jmol in applet</li>
4040           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4041             applet API fatally hang browser</li>
4042         </ul> <em>General</em>
4043         <ul>
4044           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4045             position with wrapped view and hidden regions</li>
4046           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4047             with/without hidden columns</li>
4048           <li>Sequence length given in alignment properties window
4049             is off by 1</li>
4050           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4051             import PDB like structure files</li>
4052           <li>Positional search results are only highlighted
4053             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4054           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4055           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4056             given sequence position</li>
4057           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4058             output</li>
4059           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4060             from nucleotide chains correctly</li>
4061           <li>Structure colours not updated when tree partition
4062             changed in alignment</li>
4063           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4064             parsed in interleaved stockholm</li>
4065           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4066             state</li>
4067           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4068             properly</li>
4069           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4070             properly associated with their pdb files</li>
4071         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4072         <ul>
4073           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4074             ApplyCopyright tool</li>
4075         </ul></td>
4076     </tr>
4077     <tr>
4078       <td>
4079         <div align="center">
4080           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4081         </div>
4082       </td>
4083       <td><em>Application</em>
4084         <ul>
4085           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4086             contact web services</li>
4087           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4088             service job window</li>
4089           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4090         </ul></td>
4091       <td>
4092         <ul>
4093           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4094             pir file emitted by Jalview</li>
4095           <li>Existing feature settings transferred to new
4096             alignment view created from cut'n'paste</li>
4097           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4098             parsing PDB files</li>
4099           <li>Consensus and conservation annotation rows
4100             occasionally become blank for all new windows</li>
4101           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4102             in wrapped view mode</li>
4103         </ul> <em>Application</em>
4104         <ul>
4105           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4106             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4107           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4108             parameter names</li>
4109           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4110             is down</li>
4111         </ul>
4112       </td>
4113     </tr>
4114     <tr>
4115       <td>
4116         <div align="center">
4117           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4118         </div>
4119       </td>
4120       <td><em>Application</em>
4121         <ul>
4122           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4123             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4124             (JABAWS)
4125           </li>
4126           <li>Web Services preference tab</li>
4127           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4128             preferences</li>
4129           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4130           <li>Superpose structures using associated sequence
4131             alignment</li>
4132           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4133             viewer</li>
4134         </ul> <em>Applet</em>
4135         <ul>
4136           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4137             link out mechanism</li>
4138         </ul> <em>Other</em>
4139         <ul>
4140           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4141             series 12</li>
4142           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4143             require Java 1.5</li>
4144           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4145             sequence annotation files</li>
4146           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4147             type colour specification</li>
4148           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4149             script to check if it being run in an interactive session or
4150             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4151         </ul></td>
4152       <td>
4153         <ul>
4154           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4155             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4156         </ul> <em>Application</em>
4157         <ul>
4158           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4159             selected Regions menu item</li>
4160           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4161             part of a valid accession ID</li>
4162           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4163             runs out of memory</li>
4164           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4165             analysis results</li>
4166           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4167             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4168           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4169         </ul> <em>Applet</em>
4170         <ul>
4171           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4172             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4173             defined.</li>
4174         </ul>
4175       </td>
4176     </tr>
4177     <tr>
4178       <td>
4179         <div align="center">
4180           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4181         </div>
4182       </td>
4183       <td></td>
4184       <td>
4185         <ul>
4186           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4187             sequence IDs</li>
4188           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4189             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4190           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4191             import correctly</li>
4192           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4193             number of columns are hidden</li>
4194           <li>annotation label popup menu not providing correct
4195             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4196             present</li>
4197           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4198             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4199           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4200             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4201
4202         </ul> <em>Applet</em>
4203         <ul>
4204           <li>annotation panel disappears when annotation is
4205             hidden/removed</li>
4206         </ul> <em>Application</em>
4207         <ul>
4208           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4209             alignment opened where annotation panel is visible but no
4210             annotations are present on alignment</li>
4211           <li>pasted region containing hidden columns is
4212             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4213           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4214             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4215           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4216             selected Rregions menu item.</li>
4217           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4218             'Un' or 'Non'conserved</li>
4219           <li>Sequence feature settings are being shared by
4220             multiple distinct alignments</li>
4221           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4222             changed</li>
4223           <li>double click on group annotation to select sequences
4224             does not propagate to associated trees</li>
4225           <li>Mac OSX specific issues:
4226             <ul>
4227               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4228                 window background</li>
4229               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4230                 name set correctly</li>
4231               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4232                 save feature colourscheme button</li>
4233             </ul>
4234           </li>
4235         </ul>
4236       </td>
4237     </tr>
4238     <tr>
4239
4240       <td>
4241         <div align="center">
4242           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4243         </div>
4244       </td>
4245       <td><em>New Capabilities</em>
4246         <ul>
4247           <li>URL links generated from description line for
4248             regular-expression based URL links (applet and application)
4249
4250           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4251             menu</li>
4252           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4253             structures</li>
4254           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4255             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4256           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4257             average score or total feature count for each sequence.</li>
4258           <li>Shading features by score or associated description</li>
4259           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4260             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4261           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4262             hide everything but the currently selected region.</li>
4263           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4264         </ul> <em>Application</em>
4265         <ul>
4266           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4267             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4268           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4269             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4270           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4271             database references and protein_name is parsed as
4272             description line (BioSapiens terms).</li>
4273           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4274             references in sequence ID tooltip from View menu in
4275             application.</li>
4276           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4277       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4278           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4279             conservation plots</li>
4280           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4281             and visualized as sequence logos</li>
4282           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4283             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4284           </li>
4285           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4286             when a new tree is opened.</li>
4287           <li>Jalview Java Console</li>
4288           <li>Better placement of desktop window when moving
4289             between different screens.</li>
4290           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4291             consensus annotation</li>
4292           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4293             Workflows</li>
4294           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4295             <ul>
4296               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4297                 used to preserve views, structures, and tree display
4298                 settings)</li>
4299               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4300                 command line</li>
4301               <li>Sharing of selected regions between views and
4302                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4303               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4304             </ul></li>
4305         </ul> <em>Applet</em>
4306         <ul>
4307           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4308           <li>New Parameters
4309             <ul>
4310               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4311                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4312                 opened.</li>
4313               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4314                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4315               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4316                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4317               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4318                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4319                 view</li>
4320               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4321                 increase the height or width of a cell in the alignment
4322                 grid relative to the current font size.</li>
4323             </ul>
4324           </li>
4325           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4326             tooltip</li>
4327         </ul> <em>Other</em>
4328         <ul>
4329           <li>Features format: graduated colour definitions and
4330             specification of feature scores</li>
4331           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4332             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4333             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4334           <li>XML formats extended to support graduated feature
4335             colourschemes, group associated annotation, and profile
4336             visualization settings.</li></td>
4337       <td>
4338         <ul>
4339           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4340             rather than description</li>
4341           <li>Non-positional features are now included in sequence
4342             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4343             visibility in tooltip).</li>
4344           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4345           <li>Added URL embedding instructions to features file
4346             documentation.</li>
4347           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4348             'X' in peptide product</li>
4349           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4350             sequence ID and sequence string and query strings do not
4351             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4352           <li>AMSA files only contain first column of
4353             multi-character column annotation labels</li>
4354           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4355             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4356             exported and re-imported)</li>
4357           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4358             name</li>
4359           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4360             as subsequence matches, and correctly reports total number
4361             of both.</li>
4362           <li>Application:
4363             <ul>
4364               <li>Better handling of exceptions during sequence
4365                 retrieval</li>
4366               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4367                 link text excludes the start_end suffix</li>
4368               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4369                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4370               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4371               <li>Sequence description lines properly shared via
4372                 VAMSAS</li>
4373               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4374                 data sources</li>
4375               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4376                 completes before alignment figures are generated.</li>
4377               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4378                 first time.</li>
4379               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4380                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4381               <li>User defined group colours properly recovered
4382                 from Jalview projects.</li>
4383             </ul>
4384           </li>
4385         </ul>
4386       </td>
4387
4388     </tr>
4389     <tr>
4390       <td>
4391         <div align="center">
4392           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4393         </div>
4394       </td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>Experimental support for google analytics usage
4398             tracking.</li>
4399           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4400         </ul>
4401       </td>
4402       <td>
4403         <ul>
4404           <li>Race condition in applet preventing startup in
4405             jre1.6.0u12+.</li>
4406           <li>Exception when feature created from selection beyond
4407             length of sequence.</li>
4408           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4409           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4410             all sequences with a given id</li>
4411           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4412             ID string searches</li>
4413           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4414             alignment to fail with exception</li>
4415         </ul> <em>Application Issues</em>
4416         <ul>
4417           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4418           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4419             data sources</li>
4420         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4421         <ul>
4422           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4423             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4424           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4425             version (java class versioning error fixed)</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428     </tr>
4429     <tr>
4430       <td>
4431
4432         <div align="center">
4433           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4434         </div>
4435       </td>
4436       <td><em>User Interface</em>
4437         <ul>
4438           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4439             translation and protein products</li>
4440           <li>Linked highlighting of structure associated with
4441             residue mapping to codon position</li>
4442           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4443             and 'clear' button</li>
4444           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4445             Tools menu</li>
4446           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4447             numeric data in description line</li>
4448           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4449           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4450             of sequence</li>
4451         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4452         <ul>
4453           <li>JPred3 web service</li>
4454           <li>Prototype sequence search client (no public services
4455             available yet)</li>
4456           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4457             PFAM</li>
4458           <li>URL Links created for matching database cross
4459             references as well as sequence ID</li>
4460           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4461         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4462         <ul>
4463           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4464             databases</li>
4465           <li>Generalised database reference retrieval and
4466             validation to all fetchable databases</li>
4467           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4468             sequence command</li>
4469         </ul> <em>Import and Export</em>
4470         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4471         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4472           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4473         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4474           File</li>
4475         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4476           triplet as name of colourscheme</li>
4477         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4478         <ul>
4479           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4480           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4481             alignments (experimental)</li>
4482           <li>Create new or select existing session to join</li>
4483           <li>load and save of vamsas documents</li>
4484         </ul> <em>Application command line</em>
4485         <ul>
4486           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4487             from applet)</li>
4488           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4489             of DAS servers to query for alignment features</li>
4490           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4491             that are also automatically queried for features</li>
4492           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4493             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4494         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4495         <ul>
4496           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4497             application (when using &quot;View in full
4498             application&quot;)</li>
4499         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4500         <ul>
4501           <li>feature group display control parameter</li>
4502           <li>debug parameter</li>
4503           <li>showbutton parameter</li>
4504         </ul> <em>Applet API methods</em>
4505         <ul>
4506           <li>newView public method</li>
4507           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4508           <li>Feature display control methods</li>
4509           <li>get list of currently selected sequences</li>
4510         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4511         <ul>
4512           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4513           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4514             Jalview release.</li>
4515           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4516             property controls execution of obfuscator</li>
4517           <li>Build target for generating source distribution</li>
4518           <li>Debug flag for javacc</li>
4519           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4520             jalview.bin.Cache</li>
4521           <li>Continuous Build Integration for stable and
4522             development version of Application, Applet and source
4523             distribution</li>
4524         </ul></td>
4525       <td>
4526         <ul>
4527           <li>selected region output includes visible annotations
4528             (for certain formats)</li>
4529           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4530             for editing</li>
4531           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4532           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4533           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4534           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4535             comments</li>
4536           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4537             filenames containing a ':'</li>
4538           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4539             global sequence features</li>
4540           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4541             references from alignment sequences goes to zero</li>
4542           <li>Close of tree branch colour box without colour
4543             selection causes cascading exceptions</li>
4544           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4545           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4546             file parsing fails.</li>
4547           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4548           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4549             not a valid output format</li>
4550           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4551             vamsas</li>
4552           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4553           <li>error messages passed up and output when data read
4554             fails</li>
4555           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4556             sequence is edited</li>
4557           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4558             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4559           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4560             filetype</li>
4561           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4562             import fixed for PFAM records</li>
4563           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4564             window list</li>
4565           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4566             can be read and written correctly to annotation file</li>
4567           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4568             correctly</li>
4569           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4570             non-italic font for representatives in Applet</li>
4571           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4572             Macs.</li>
4573           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4574             Applet)</li>
4575           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4576             due to null pointer exceptions</li>
4577           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4578             first column of alignment</li>
4579           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4580             July 2008</li>
4581           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4582             file is case-insensitive</li>
4583           <li>Sequence features read from Features file appended to
4584             all sequences with matching IDs</li>
4585           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4586             containing a sub-sequence</li>
4587           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4588           <li>feature and annotation file applet parameters
4589             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4590           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4591           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4592             splash-screen version check to complete</li>
4593           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4594             when passing them to the launchApp service</li>
4595           <li>display name and local features preserved in results
4596             retrieved from web service</li>
4597           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4598             sequence fetcher initialisation</li>
4599           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4600             dasobert DAS client</li>
4601           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4602             association</li>
4603           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4604             sequences
4605           </li>
4606         </ul>
4607       </td>
4608     </tr>
4609     <tr>
4610       <td>
4611         <div align="center">
4612           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4613         </div>
4614       </td>
4615       <td>
4616         <ul>
4617           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4618           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4619           <li>Slide sequences</li>
4620           <li>Edit sequence in place</li>
4621           <li>EMBL CDS features</li>
4622           <li>DAS Feature mapping</li>
4623           <li>Feature ordering</li>
4624           <li>Alignment Properties</li>
4625           <li>Annotation Scores</li>
4626           <li>Sort by scores</li>
4627           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4628         </ul>
4629       </td>
4630       <td>
4631         <ul>
4632           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4633           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4634           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4635           <li>Feature group display state in XML</li>
4636           <li>Feature ordering in XML</li>
4637           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4638           <li>Stockholm alignment properties</li>
4639           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4640           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4641           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4642           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4643         </ul>
4644       </td>
4645
4646     </tr>
4647     <tr>
4648       <td>
4649         <div align="center">
4650           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4651         </div>
4652       </td>
4653       <td>
4654         <ul>
4655           <li>Non standard characters can be read and displayed
4656           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4657             applet via textbox
4658           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4659             name &amp; description
4660           <li>Preference setting to display sequence name in
4661             italics
4662           <li>Annotation file format extended to allow
4663             Sequence_groups to be defined
4664           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4665             specified in preferences
4666           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4667             sequences
4668         </ul>
4669       </td>
4670       <td>
4671         <ul>
4672           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4673             installed
4674           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4675           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4676         </ul>
4677       </td>
4678     </tr>
4679     <tr>
4680       <td>
4681         <div align="center">
4682           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4683         </div>
4684       </td>
4685       <td>
4686         <ul>
4687           <li>Multiple views on alignment
4688           <li>Sequence feature editing
4689           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4690           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4691           <li>Background dependent text colour
4692           <li>Right align sequence ids
4693           <li>User-defined lower case residue colours
4694           <li>Format Menu
4695           <li>Select Menu
4696           <li>Menu item accelerator keys
4697           <li>Control-V pastes to current alignment
4698           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4699           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4700           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4701
4702           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4703         </ul>
4704       </td>
4705       <td>
4706         <ul>
4707           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4708           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4709             calculations
4710           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4711             edits
4712           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4713             of alignment)
4714           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4715
4716           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4717             display correctly
4718           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4719           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4720             analysis results
4721           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4722             &#8739;
4723           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4724           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4725           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4726
4727         </ul>
4728       </td>
4729     </tr>
4730     <tr>
4731       <td>
4732         <div align="center">
4733           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4734         </div>
4735       </td>
4736       <td>
4737         <ul>
4738           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741       <td>
4742         <ul>
4743           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4744             sequence id panel has been resized</li>
4745           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4746             rendered</li>
4747           <li>Annotation files with sequence references - all
4748             elements in file are relative to sequence position</li>
4749           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4750         </ul>
4751       </td>
4752     </tr>
4753     <tr>
4754       <td>
4755         <div align="center">
4756           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4757         </div>
4758       </td>
4759       <td>
4760         <ul>
4761           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4762           <li>DAS Feature fetching</li>
4763           <li>Hide sequences and columns</li>
4764           <li>Export Annotations and Features</li>
4765           <li>GFF file reading / writing</li>
4766           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4767             files</li>
4768           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4769           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4770           <li>Applet can launch the full application</li>
4771           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4772             required)</li>
4773           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4774           <li>Applet can load sequences from parameter
4775             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4776           </li>
4777         </ul>
4778       </td>
4779       <td>
4780         <ul>
4781           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4782           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4783           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4784         </ul>
4785       </td>
4786     </tr>
4787     <tr>
4788       <td>
4789         <div align="center">
4790           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4791         </div>
4792       </td>
4793       <td>
4794         <ul>
4795           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4796           <li>Choose to match case when searching</li>
4797           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4798             expand the visible width and height of the alignment</li>
4799         </ul>
4800       </td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4804         </ul>
4805       </td>
4806     </tr>
4807     <tr>
4808       <td>
4809         <div align="center">
4810           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4811         </div>
4812       </td>
4813       <td>&nbsp;</td>
4814       <td>
4815         <ul>
4816           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4817           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4818             value</li>
4819         </ul>
4820       </td>
4821     </tr>
4822     <tr>
4823       <td>
4824         <div align="center">
4825           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4826         </div>
4827       </td>
4828       <td>
4829         <ul>
4830           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4831           <li>Keyboard editing</li>
4832           <li>Create sequence features from searches</li>
4833           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4834             alignments</li>
4835           <li>Features file allows grouping of features</li>
4836           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4837           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4838           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4839         </ul>
4840       </td>
4841       <td>
4842         <ul>
4843           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4844           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4845             descriptions saved.</li>
4846         </ul>
4847       </td>
4848     </tr>
4849     <tr>
4850       <td>
4851         <div align="center">
4852           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4853         </div>
4854       </td>
4855       <td>
4856         <ul>
4857           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4858           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4859           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4860             name for file output</li>
4861           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4862           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4863             used for HTML form input</li>
4864         </ul>
4865       </td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>HTML output writes groups and features</li>
4869           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4870           <li>File IO bugs</li>
4871         </ul>
4872       </td>
4873     </tr>
4874     <tr>
4875       <td>
4876         <div align="center">
4877           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4878         </div>
4879       </td>
4880       <td>
4881         <ul>
4882           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4883           <li>More options for PCA viewer</li>
4884         </ul>
4885       </td>
4886       <td>
4887         <ul>
4888           <li>GUI bugs resolved</li>
4889           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4890         </ul>
4891       </td>
4892     </tr>
4893     <tr>
4894       <td height="63">
4895         <div align="center">
4896           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4897         </div>
4898       </td>
4899       <td>
4900         <ul>
4901           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4902           <li>Jar files are executable</li>
4903           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4904         </ul>
4905       </td>
4906       <td>
4907         <ul>
4908           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4909           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4910           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4911         </ul>
4912       </td>
4913     </tr>
4914     <tr>
4915       <td>
4916         <div align="center">
4917           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4918         </div>
4919       </td>
4920       <td>
4921         <ul>
4922           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4923         </ul>
4924       </td>
4925       <td>
4926         <ul>
4927           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4928         </ul>
4929       </td>
4930     </tr>
4931     <tr>
4932       <td>
4933         <div align="center">
4934           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4935         </div>
4936       </td>
4937       <td>
4938         <ul>
4939           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4940             size</li>
4941         </ul>
4942       </td>
4943       <td>
4944         <ul>
4945           <li>Improved JPred client reliability</li>
4946           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4947         </ul>
4948       </td>
4949     </tr>
4950     <tr>
4951       <td>
4952         <div align="center">
4953           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4954         </div>
4955       </td>
4956       <td>
4957         <ul>
4958           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4959           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4960           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4961             to Colour Menu</li>
4962           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4963           <li>Unix users can set default web browser</li>
4964           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4965           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4966         </ul>
4967       </td>
4968       <td>
4969         <ul>
4970           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4971         </ul>
4972       </td>
4973     </tr>
4974     <tr>
4975       <td>
4976         <div align="center">
4977           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4978         </div>
4979       </td>
4980       <td>&nbsp;</td>
4981       <td>
4982         <ul>
4983           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4984             alignment order.</li>
4985         </ul>
4986       </td>
4987     </tr>
4988     <tr>
4989       <td>
4990         <div align="center">
4991           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4992         </div>
4993       </td>
4994       <td>
4995         <ul>
4996           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4997           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4998           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4999             annotations.</li>
5000           <li>Version and build date written to build properties
5001             file.</li>
5002           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5003             at launch of Jalview.</li>
5004         </ul>
5005       </td>
5006       <td>
5007         <ul>
5008           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5009           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5010           <li>Can remove groups one by one.</li>
5011           <li>Filechooser icons installed.</li>
5012           <li>Finder ignores return character when searching.
5013             Return key will initiate a search.<br>
5014           </li>
5015         </ul>
5016       </td>
5017     </tr>
5018     <tr>
5019       <td>
5020         <div align="center">
5021           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5022         </div>
5023       </td>
5024       <td>
5025         <ul>
5026           <li>New codebase</li>
5027         </ul>
5028       </td>
5029       <td>&nbsp;</td>
5030     </tr>
5031   </table>
5032   <p>&nbsp;</p>
5033 </body>
5034 </html>