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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 126             but not calculated and no protein or DNA score models are
 127             available for tree/PCA calculation when launched with
 128             Turkish language locale
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 132             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 136             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 140             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 144             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 145             '%s'" on the console
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 149             when there are both local and complementary features mapped
 150             to the position under the cursor
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 154             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 158             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 162             internationalised text for some messages and log output
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 166             hidden gapped columns
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 170             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 174             specifying output format when exporting an alignment via the
 175             command line
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 179             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 180             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 181             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 182             file again, and if that fails, delete the original file and
 183             save in place.)
 184           </li>
 185         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 186         <ul>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 189             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 190             OutOfMemory error.
 191           </li>
 192         </ul> <em>New Known defects</em>
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 196             are ordered differently when shown on alignment and in
 197             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 201             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 202             works for the top left quadrant of the alignment window
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 206             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 210             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 211           </li>
 212         </ul>
 213       </td>
 214     </tr>
 215     <tr>
 216       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 217           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 218           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 219       <td align="left" valign="top">
 220         <ul>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 223             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 224             for display in alignments, on structure views (including
 225             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 226             export.
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 230             exported and re-imported as GFF3 files
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 234             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 238             validation while parsing
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 242             position if reopened
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 246             of associated view
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 250             enabled by default
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 254             tooltips and menus
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 258             with no feature types visible
 259           </li>
 260           <li>
 261           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 262           </li>
 263         </ul><em>Jalview Installer</em>
 264             <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 267             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 274           </li>
 275               <li>
 276                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 277               <li>
 278                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 279         </ul> <em>Release processes</em>
 280         <ul>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 286           </li>
 287         </ul> <em>Build System</em>
 288         <ul>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 294             report
 295           </li>
 296         </ul>
 297         <em>Groovy Scripts</em>
 298             <ul>
 299           <li>
 300             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 301             to stdout containing the consensus sequence for each
 302             alignment in a Jalview session
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 306             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 307             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 308           </li>
 309         </ul>
 310       </td>
 311       <td align="left" valign="top">
 312         <ul>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 315             'Show hidden markers' option is not ticked
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 319             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 320             jalview preferences or properties file
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 324             'Show Sequence Features' option is not ticked
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 328             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 329             features are visible
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 333             equal when split frame is first opened
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 337             correct after editing a sequence's start position
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 341             with annotation and exceptions thrown when only a few
 342             columns shown in wrapped mode
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 346             wrapped alignment figure with annotations
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 350             ID fails with ClassCastException
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 354             Project
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 358             feature settings dialog also selects columns
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 362             IllegalArgumentException in some circumstances
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 366             opened for a view
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 370             alignment window is closed
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 374             help documentation for 2.11.0 release
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 378             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 379             Uniprot Accession
 380           </li>
 381         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 382         <ul>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 385             PDB/Uniprot search panel
 386           </li>
 387         </ul> <em>Installer</em>
 388         <ul>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 391             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 392           </li>
 393         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 397             repository
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 401             memory
 402           </li>
 403         </ul> <em>New Known Issues</em>
 404         <ul>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 407             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 408             command line
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 412             clipped in headless figure export when Right Align option
 413             enabled
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 417             'Source' in console output
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 421             bamboo server but run fine locally.
 422           </li>
 423         </ul>
 424       </td>
 425     </tr>
 426     <tr>
 427       <td width="60" align="center" nowrap>
 428           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 429             <em>04/07/2019</em></strong>
 430       </td>
 431       <td align="left" valign="top">
 432         <ul>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 435             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 436             source project) rather than InstallAnywhere
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 440             settings, receive over the air updates and launch specific
 441             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 442               Rings' GetDown</a>)
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 446             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 450             arguments and switch between different getdown channels
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 454             or alignment files
 455           </li>
 456
 457           <li>
 458             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 459             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 462             'Translate as cDNA'</li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 465           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 466             <ul>
 467                       <li>
 468             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 469             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 470           <li>
 471                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 472                 features can be filtered and shaded according to any
 473                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 474                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 475                 file)
 476               </li>
 477               <li>
 478                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 479                 stored and restored from Jalview Projects
 480               </li>
 481               <li>
 482                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 483                 recognise variant features
 484               </li>
 485               <li>
 486                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 487                 sequences (also coloured red by default)
 488               </li>
 489               <li>
 490                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 491                 details
 492               </li>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 495                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 496               </li>
 497               <li>
 498                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 499                 dialog
 500               </li>
 501             </ul>
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 505             tree and PCA calculations
 506           </li>
 507           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 508             <ul>
 509               <li>
 510                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 511                 and Viewer state saved in Jalview Project
 512               </li>
 513               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 514                 drop-down menus</li>
 515               <li>
 516                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 517                 incrementally
 518               </li>
 519               <li>
 520                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 521               </li>
 522             </ul>
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 526           </li>
 527           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 528           <ul>
 529               <li>
 530                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 531                 multiple groups when working with large alignments
 532               </li>
 533               <li>
 534                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 535                 Stockholm files
 536               </li>
 537             </ul>
 538           <li><strong>User Interface</strong>
 539           <ul>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 542                 view
 543               </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 546                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 547                 default (can be changed in user preferences)
 548               </li>
 549               <li>
 550                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 551                 to the Overwrite Dialog
 552               </li>
 553               <li>
 554                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 555                 sequences are hidden
 556               </li>
 557               <li>
 558                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 559                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 560               </li>
 561               <li>
 562                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 563                 labels
 564               </li>
 565               <li>
 566                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 567                 when in wrapped mode
 568               </li>
 569               <li>
 570                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 571                 annotation
 572               </li>
 573               <li>
 574                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 575               </li>
 576               <li>
 577                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 578                 panel
 579               </li>
 580               <li>
 581                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 582                 popup menu
 583               </li>
 584               <li>
 585               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 586               <li>
 587               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 588
 589
 590             </ul></li>
 591             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 592           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 593             <ul>
 594               <li>
 595                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 596                 trapping CMD-Q
 597               </li>
 598             </ul></li>
 599         </ul>
 600         <em>Deprecations</em>
 601         <ul>
 602           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 603             capabilities removed from the Jalview Desktop
 604           </li>
 605           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 606             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 607             and XML based data retrieval clients</li>
 608           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 609           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 610         </ul> <em>Documentation</em>
 611         <ul>
 612           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 613             not supported in EPS figure export
 614           </li>
 615           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 616         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 617         <ul>
 618           <li>
 619           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 620           </li>
 621       <li>
 622       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 623           <li>
 624           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 625             gradle-eclipse
 626           </li>
 627           <li>
 628           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 629             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 630             execution
 631           </li>
 632           <li>
 633           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 634             operations
 635           </li>
 636           <li>
 637           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 638             issues resolved
 639           </li>
 640           <li>
 641           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 642             markdown (with HTML rendering)
 643           </li>
 644           <li>
 645           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 646           </li>
 647           <li>
 648           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 649             versions of Jalview
 650           </li>
 651         </ul>
 652       </td>
 653       <td align="left" valign="top">
 654         <ul>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 660             superposition in Jmol fail on Windows
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 664             structures for sequences with lots of PDB structures
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 668             monospaced font
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 672             project involving multiple views
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 676             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 677             Annotation dialog hides columns
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 681             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 682             one view, then making another selection in the other view
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 686             columns
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 690             Settings and Jalview Preferences panels
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 694             overview with large alignments
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 698             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 699             mouse moved to the left of the first column
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 703             hidden column marker via scale popup menu
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 707             doesn't tell users the invalid URL
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 711             score from view
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 715             show cross references or Fetch Database References are shown in
 716             red in original view
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 720             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 724             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 728             when columns are hidden
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 732             Columns by Annotation description
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 736             out of Scale or Annotation Panel
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 740             scale panel
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 744             alignment down
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 748             scale panel
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 752             Page Up in wrapped mode
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 762             on opening an alignment
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 766             Colour menu
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 770             different groups in the alignment are selected
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 774             correctly in menu
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 778             threshold limit
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 782             threshold gets 'unrounded'
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 786             colour
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 796             Tree font
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 800             project file
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 804             shown in complementary view
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 808             without normalisation
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 812             of report
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 816           </li>
 817           <li>
 818           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 819           </li>
 820         </ul> <em>Editing</em>
 821         <ul>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 824             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 825             sequence
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 829             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 830             removed (Known defect since 2.10)
 831           </li>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 834             dialog corrupts dataset sequence
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 838             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 839           </li>
 840         </ul> <em>Datamodel</em>
 841         <ul>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 844             sequence's End is greater than its length
 845           </li>
 846         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 847           general release)</em>
 848         <ul>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 851           </li>
 852         </ul> <em>New Known Defects</em>
 853         <ul>
 854         <li>
 855         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 856         </li>
 857         <li>
 858           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 859           regions of protein alignment.
 860         </li>
 861         <li>
 862           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 863           is restored from a Jalview 2.11 project
 864         </li>
 865         <li>
 866           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 867           'New View'
 868         </li>
 869         <li>
 870           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 871           columns within hidden columns
 872         </li>
 873         <li>
 874           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 875           window after dragging left to select columns to left of visible
 876           region
 877         </li>
 878         <li>
 879           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 880           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 881           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 882           create a Score filter instead.
 883         </li>
 884         <li>
 885         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 886         <li>
 887         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 888         </li>
 889         <li>
 890           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 891           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 892         </li>
 893         </ul>
 894         <em>Java 11 Specific defects</em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 898               alphabetically when saved
 899             </li>
 900         </ul>
 901       </td>
 902     </tr>
 903     <tr>
 904     <td width="60" nowrap>
 905       <div align="center">
 906         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 907       </div>
 908     </td>
 909     <td><div align="left">
 910         <em></em>
 911         <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 914               InstallAnywhere increased to 1G.
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 918               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 919               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 920                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 921                 properties file.</em>
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 925               API and sequence data now imported as JSON.
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 929               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 930               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 931               property.
 932             </li>
 933           </ul>
 934           <em>Development</em>
 935           <ul>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 938               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 939                 Clover</a>
 940             </li>
 941           </ul>
 942         </div></td>
 943     <td><div align="left">
 944         <em></em>
 945         <ul>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 948               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 949               alignment.
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 953               annotation displayed.
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 957               for newly created group when 'Apply to all groups'
 958               selected
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 962               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 963               visible.
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 967               when sequences are selected in exported view.</em>
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 971               aren't rendered with correct colour.
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 975               types of knotted RNA secondary structure.
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 979               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 980               do not start at 1.
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 984               annotation when columns are inserted into an alignment,
 985               and when exporting as Stockholm flatfile.
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 989               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 990               treated as RNA secondary structure.
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 994               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 998               transfers focus to previous window on OSX
 999             </li>
1000           </ul>
1001           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1005               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1006               box.
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1010               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1011               'look and feel' which has improved compatibility with the
1012               latest version of OSX.
1013             </li>
1014           </ul>
1015         </div>
1016     </td>
1017     </tr>
1018     <tr>
1019       <td width="60" nowrap>
1020         <div align="center">
1021           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1022             <em>7/06/2018</em></strong>
1023         </div>
1024       </td>
1025       <td><div align="left">
1026           <em></em>
1027           <ul>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1030               annotation retrieved from Uniprot
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1034               onto the Jalview Desktop
1035             </li>
1036           </ul>
1037         </div></td>
1038       <td><div align="left">
1039           <em></em>
1040           <ul>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1043               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1047               right-hand column parsed correctly
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1051               not alignment area in exported graphic
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1055               window has input focus
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1059               annotation added to view (Windows)
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1063               network connectivity is poor
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1067               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1068                 the currently open URL and links from a page viewed in
1069                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1070                 you are using Edge, only links in the page can be
1071                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1072                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1073             </li>
1074           </ul>
1075           <em>New Known Defects</em>
1076           <ul>
1077             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1078           </ul>
1079         </div></td>
1080     </tr>
1081     <tr>
1082       <td width="60" nowrap>
1083         <div align="center">
1084           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1085         </div>
1086       </td>
1087       <td><div align="left">
1088           <em></em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1092               for disabling automatic superposition of multiple
1093               structures and open structures in existing views
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1097               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1098               adjust them.
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1102               Ensembl services
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1106               and lots of hidden columns
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1110               of features (particularly when transparency is disabled)
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1114               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1115               generally available
1116             </li>
1117           </ul>
1118           </div>
1119       </td>
1120       <td><div align="left">
1121           <ul>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1124               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1128               overlapping alignment panel
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1132               sequence as gaps
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1136               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1137               UTR
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1141               factor annotation not added to sequence when local PDB
1142               file associated with it by drag'n'drop or structure
1143               chooser
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1147               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1151               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1155               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1159               columns in annotation row
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1163               honored in batch mode
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1167               for structures added to existing Jmol view
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1171               entries after importing project with multiple views
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1175               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1176               with negative residue numbers or missing residues fails
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1180               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1181               as generated by CONSURF)
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1185               tooltip doesn't include a text description of mutation
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1189               structure and/or overview windows are also shown
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1193               very slow for alignments with large numbers of sequences
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1197               with 'StringIndexOutOfBounds'
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1201               platforms running Java 10
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1205               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1206             </li>
1207           </ul>
1208           <em>Applet</em>
1209           <ul>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1212               should copy the group consensus when popup is opened on it
1213             </li>
1214           </ul>
1215           <em>Batch Mode</em>
1216           <ul>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1219           </li>
1220           </ul>
1221           <em>New Known Defects</em>
1222           <ul>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1225               editing a large alignment and overview is displayed
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1229               repeatedly after a series of edits even when the overview
1230               is no longer reflecting updates
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1234               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1235               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1236               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1240               option gives blank output
1241             </li>
1242           </ul>
1243         </div>
1244           </td>
1245     </tr>
1246     <tr>
1247       <td width="60" nowrap>
1248         <div align="center">
1249           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1250         </div>
1251       </td>
1252       <td><div align="left">
1253           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1254               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1255       <td><div align="left">
1256           <em>Desktop</em><ul>
1257           <ul>
1258             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1259             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1260             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1261             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1262             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1263             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1264             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1265           </ul>
1266           </div>
1267       </td>
1268     </tr>
1269     <tr>
1270       <td width="60" nowrap>
1271         <div align="center">
1272           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1273         </div>
1274       </td>
1275       <td><div align="left">
1276           <em></em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1280               rendering of sequence features
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1284               429 rate limit request hander
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1288               their colours have changed
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1292               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1296               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1300               view from Ensembl locus cross-references
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1304               Alignment report
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1308               feature can be disabled
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1312               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1316               Uniprot
1317             </li>
1318           </ul>
1319           <em>Scripting</em>
1320           <ul>
1321             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1322             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1323               percent identity scores for current alignment.</li>
1324           </ul>
1325           <em>Testing and Deployment</em>
1326           <ul>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1329             </li>
1330           </ul>
1331         </div></td>
1332       <td><div align="left">
1333           <em>General</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1337               threshold text field doesn't trigger an update to the
1338               alignment view
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1342               strings in parallel
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1346               alignment window is closed
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1350               group visibility
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1354               takes a long time in Cursor mode
1355             </li>
1356           </ul>
1357           <em>Desktop</em>
1358           <ul>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1361               cannot be viewed in Chimera
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1365               CDS/Protein view
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1369               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1370               Search Dialogs
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1380               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1384               scrolling right in unwapped alignment view
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1388               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1389               database
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1393               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1397               features of same type and group to be selected for
1398               amending
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1402               alignments when hidden columns are present
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1406               displaying several structures
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1410               moving a window
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1414               within the Jalview desktop on OSX
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1418               when in wrapped alignment mode
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1422               hand end of alignment
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1426               each selected sequence do not have correct start/end
1427               positions
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1431               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1435               restoring project until a new view is created
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1439               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1440               configured (since 2.10.2b2)
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1444               position is adjusted
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1448               in a multi-chain structure when viewing alignment
1449               involving more than one chain (since 2.10)
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1453               if new selection moves alignment window
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1457               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1461               that produces correctly annotated transcripts and products
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1465               doesn't update associated structure view
1466             </li>
1467           </ul>
1468           <em>Applet</em><br />
1469           <ul>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1472               closing alignment panel
1473             </li>
1474           </ul>
1475           <em>BioJSON</em><br />
1476           <ul>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1479               non-positional features
1480             </li>
1481           </ul>
1482           <em>New Known Issues</em>
1483           <ul>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1486               sequence features correctly (for many previous versions of
1487               Jalview)
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1491               using cursor in wrapped panel other than top
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1495               graduated colour threshold
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1499               always preserve numbering and sequence features
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>Known Java 9 Issues</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1506               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1507               9.01, OSX 10.10)
1508             </li>
1509           </ul>
1510         </div></td>
1511     </tr>
1512     <tr>
1513       <td width="60" nowrap>
1514         <div align="center">
1515           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1516             <em>2/10/2017</em></strong>
1517         </div>
1518       </td>
1519       <td><div align="left">
1520           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1521           <ul>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1524             </li>
1525             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1526             </li>
1527           </ul>
1528         </div></td>
1529       <td><div align="left">
1530         </div></td>
1531     </tr>
1532     <tr>
1533       <td width="60" nowrap>
1534         <div align="center">
1535           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1536             <em>7/9/2017</em></strong>
1537         </div>
1538       </td>
1539       <td><div align="left">
1540           <em></em>
1541           <ul>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1544               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1545               white)
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1549               Preferences
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1553               in size and progress bar shown as higher resolution
1554               overview is recalculated
1555             </li>
1556
1557           </ul>
1558         </div></td>
1559       <td><div align="left">
1560           <em></em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1564               column region row by row
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1568               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1572               format setting is unticked
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1576               if group has show boxes format setting unticked
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1580               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1581               include sequences and columns not currently displayed
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1585               assemblies are imported via CIF file
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1589               displayed when threshold or conservation colouring is also
1590               enabled.
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1594               server version
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1598               dragging a selected region off the visible region of the
1599               alignment
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1603               colourscheme to all groups in a view
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1607               initially after font size change using the Font chooser or
1608               middle-mouse zoom
1609             </li>
1610           </ul>
1611         </div></td>
1612     </tr>
1613     <tr>
1614       <td width="60" nowrap>
1615         <div align="center">
1616           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1617         </div>
1618       </td>
1619       <td><div align="left">
1620           <em>Calculations</em>
1621           <ul>
1622
1623             <li>
1624               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1625               ungapped positions in each column of the alignment.
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1629               a calculation dialog box
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1633               and memory efficiency (~30x faster)
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1637               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1638               and other calculations
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1642               files within the Jalview codebase
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1646               Similarity may have different topology due to increased
1647               precision
1648             </li>
1649           </ul>
1650           <em>Rendering</em>
1651           <ul>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1654               model for alignments and groups
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1658               scripts
1659             </li>
1660           </ul>
1661           <em>Overview</em>
1662           <ul>
1663             <li>
1664               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1665               with alignment and overview windows
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1669               overview
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1673               omitted in Overview
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1677               adjustment of visible position
1678             </li>
1679           </ul>
1680
1681           <em>Data import/export</em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1685               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1689               annotation input/output via stockholm flatfile
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1693               extension when importing structure files without embedded
1694               names or PDB accessions
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1698               format sequence substitution matrices
1699             </li>
1700           </ul>
1701           <em>User Interface</em>
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1705               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1706               the application.
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1710               via Overview or sequence motif search operations
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1714               opened by double clicking gaps within sequence feature
1715               extent
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1719               aligned positions were available to create a 3D structure
1720               superposition.
1721             </li>
1722           </ul>
1723           <em>3D Structure</em>
1724           <ul>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1727               coloured in linked structure views
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1731               file-based command exchange
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1735               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1736               structures are already available for sequences
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1740               the Jalview project rather than downloaded again when the
1741               project is reopened.
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1745               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1746               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1747                 Feature</strong>)
1748             </li>
1749           </ul>
1750           <em>Web Services</em>
1751           <ul>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1757               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1758               Analysis services
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1762               cross-references provided by identifiers.org and the
1763               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1764             </li>
1765           </ul>
1766
1767           <em>Scripting</em>
1768           <ul>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1771               identifying file formats (instead of String constants)
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1775               efficiency when counting all displayed features (not
1776               backwards compatible with 2.10.1)
1777             </li>
1778           </ul>
1779           <em>Example files</em>
1780           <ul>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1783               included in the example feature file
1784             </li>
1785           </ul>
1786           <em>Documentation</em>
1787           <ul>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1790               with the built-in Java help viewer
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1794               sequence description' option
1795             </li>
1796           </ul>
1797           <em>Test Suite</em>
1798           <ul>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1801               Uniprot REST Free Text Search Client
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1808               during tests
1809             </li>
1810           </ul>
1811         </div></td>
1812       <td><div align="left">
1813           <em>Calculations</em>
1814           <ul>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1817               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1818               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1819             </li>
1820             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1821               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1822               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1823               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1824               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1825               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1826               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1827               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1828               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1829               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1830               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1831               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1832               // for 2.10.1 mode <br />
1833               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1834               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1835                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1836                 calculations (not recommended)</em></li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1839               scaling of branch lengths for trees computed using
1840               Sequence Feature Similarity.
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1844               generating output report when working with highly
1845               redundant alignments
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1849               right of selected region when gaps present on right-hand
1850               boundary
1851             </li>
1852           </ul>
1853           <em>User Interface</em>
1854           <ul>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1857               doesn't reselect a specific sequence's associated
1858               annotation after it was used for colouring a view
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1862               opened on a region of alignment without groups
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1866               of an alignment with overlapping groups
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1870               name and description match
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1874               hidden regions results in incorrect hidden regions
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1878               changing colour does not apply Conservation slider value
1879               to all groups
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1883               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1887               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1891               gaps before start of features
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1895               restored to UI when feature colour is edited
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1899               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1903               as graduate feature colour settings are modified via the
1904               dialog box
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1908               when a group defined on the alignment is resized
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1912               wrapped view result in positional status updates
1913             </li>
1914
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1917               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1921               alignment included gapped columns
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1925               widgets don't permanently disappear
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1929               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1930               T-Coffee column reliability scores)
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1934               sequence feature on gaps only
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1938               button from a Find inherit previously defined feature type
1939               rather than the Find query string
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1943               exporting tree calculated in Jalview
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1947               and then revealing them reorders sequences on the
1948               alignment
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1952               doesn't update to reflect available set of groups after
1953               interactively adding or modifying features
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1957               Linux
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1961               only excluded gaps in current sequence and ignored
1962               selection.
1963             </li>
1964           </ul>
1965           <em>Rendering</em>
1966           <ul>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1969               erratically when hidden rows or columns are present
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1973               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1974               sequence colouring
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1978               colour and group colour menu for protein alignments
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1982               reflect currently selected view or group's shading
1983               thresholds
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1987               when rendered on overview and structures when opacity at
1988               100%
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1992               overview when features overlaid on alignment
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1996               recovered correctly from Jalview project file
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2000               (automatically via preferences) are different to the main
2001               alignment panel
2002             </li>
2003           </ul>
2004           <em>Data import/export</em>
2005           <ul>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2008               load
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2012               added after a sequence was imported are not written to
2013               Stockholm File
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2017               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2021               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2025               with lightGray or darkGray via features file (but can
2026               specify lightgray)
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2030               when alignment view imported from project
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2034               structure and sequences extracted from structure files
2035               imported via URL and viewed in Jmol
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2039               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2040               the project is loaded and the structure viewed
2041             </li>
2042           </ul>
2043           <em>Web Services</em>
2044           <ul>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2047               release of Ensembl v.88
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2051               appear enabled in Preferences->Connections
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2055               removed from console output
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2059               Ensembl by Peptide ID
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2063               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2064               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2065               due to 'null' string rather than empty string used for
2066               residues with no corresponding PDB mapping).
2067             </li>
2068           </ul>
2069           <em>Application UI</em>
2070           <ul>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2073               menu
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2077               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2078               new documentation and tooltips added)
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2082               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2086               new features are added to alignment
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2090               changes to feature colours via the Amend features dialog
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2094               edit graduated feature colour via amend features dialog
2095               box
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2099               selection menu changes colours of alignment views
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2103               from alignment calculation workers after alignment has
2104               been closed
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2108               groups now 'Create Group'
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2112               Create/Undefine group doesn't always work
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2116               shown again after pressing 'Cancel'
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2120               adjusts start position in wrap mode
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2124               ambiguous amino acids
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2128               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2129               proteins
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2133               Defined' don't appear in Colours menu
2134             </li>
2135           </ul>
2136           <em>Applet</em>
2137           <ul>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2140               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2144               overview or linked structure view
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2148               work (since 2.8)
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2152               user-defined colourscheme doesn't restore original
2153               colourscheme
2154             </li>
2155           </ul>
2156           <em>Test Suite</em>
2157           <ul>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2160               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2164               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2165               problems with deep array comparison equality asserts in
2166               successive versions of TestNG
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2170               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2171             </li>
2172           </ul>
2173           <em>New Known Issues</em>
2174           <ul>
2175             <li>
2176               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2177               phase after a sequence motif find operation
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2181               containing just upper and lower case letters are
2182               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2186               reliably from eggnog Ortholog database
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2190               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2191               to mark columns containing highlighted regions.
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2195               doesn't always add secondary structure annotation.
2196             </li>
2197           </ul>
2198         </div>
2199     <tr>
2200       <td width="60" nowrap>
2201         <div align="center">
2202           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2203         </div>
2204       </td>
2205       <td><div align="left">
2206           <em>General</em>
2207           <ul>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2210               for all consensus calculations
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2214               3rd Oct 2016)
2215             </li>
2216             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2217               for 2016-2017</li>
2218           </ul>
2219           <em>Application</em>
2220           <ul>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2223               set of database cross-references, sorted alphabetically
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2227               from database cross references. Users with custom links
2228               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2229                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2233               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2234               Chimera session
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2238               the Chimera it is connected to is shut down
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2242               columns menu item to mark columns containing highlighted
2243               regions (e.g. from structure selections or results of a
2244               Find operation)
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2248               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2249               MSAviewer
2250             </li>
2251           </ul>
2252         </div></td>
2253       <td>
2254         <div align="left">
2255           <em>General</em>
2256           <ul>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2259               are not coloured or thresholded according to percent
2260               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2264               hydrophobic
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2268               threshold, amino acid properties)
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2272               reported as mapped to residues in a structure file in the
2273               View Mapping report
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2277               could be added multiple times to a sequence
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2281               bond features shown as two highlighted residues rather
2282               than a range in linked structure views, and treated
2283               correctly when selecting and computing trees from features
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2287               cross-references are matched to database name regardless
2288               of case
2289             </li>
2290
2291           </ul>
2292           <em>Application</em>
2293           <ul>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2296               names without regular expressions also offer links from
2297               Sequence ID
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2301               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2302               update Jalview configuration
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2306               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2310               files with similarly named sequences if dropped onto the
2311               alignment
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2315               entries where more chains exist in the PDB accession than
2316               are reported in the SIFTS file
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2320               the structure view when displayed with Chimera
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2324               panel's View->Show Chains submenu
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2328               work for wrapped alignment views
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2332               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2336               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2337               first annotation row
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2341               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2345               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2346             </li>
2347             <!-- JAL-2319 -->
2348             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2349             coordindate data
2350             </li>
2351           </ul>
2352           <!--           <em>New Known Issues</em>
2353           <ul>
2354             <li></li>
2355           </ul> -->
2356         </div>
2357       </td>
2358     </tr>
2359     <td width="60" nowrap>
2360       <div align="center">
2361         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2362           <em>25/10/2016</em></strong>
2363       </div>
2364     </td>
2365     <td><em>Application</em>
2366       <ul>
2367         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2368           view if structures already loaded</li>
2369         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2370           structure views</li>
2371       </ul></td>
2372     <td>
2373       <div align="left">
2374         <em>General</em>
2375         <ul>
2376           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2377             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2378           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2379             example sequences/projects/trees</li>
2380         </ul>
2381         <em>Application</em>
2382         <ul>
2383           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2384             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2385           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2386             without timeout for structures with multiple models or
2387             multiple sequences in alignment</li>
2388           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2389             PDB ID HEADER line</li>
2390           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2391             is performed</li>
2392           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2393             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2394           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2395           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2396             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2397             option</li>
2398           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2399             is created on the alignment</li>
2400           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2401             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2402             pop-up menu</li>
2403         </ul>
2404         <em>Build and deployment</em>
2405         <ul>
2406           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2407             tags</li>
2408         </ul>
2409         <em>New Known Issues</em>
2410         <ul>
2411           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2412             on Windows</li>
2413         </ul>
2414       </div>
2415     </td>
2416     </tr>
2417     <tr>
2418       <td width="60" nowrap>
2419         <div align="center">
2420           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2421         </div>
2422       </td>
2423       <td><em>General</em>
2424         <ul>
2425           <li>
2426             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2430             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2431             better PDB parsing.
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2435             reference sequence
2436           </li>
2437           <li>
2438             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2439             mousing over sequence associated annotation
2440           </li>
2441           <li>
2442             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2443             for manual entry
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2447             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2448             for each column
2449           </li>
2450           <li>
2451             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2452             showing or hiding columns containing a feature
2453           </li>
2454           <li>
2455             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2456             group and sequence associated annotation labels
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2460             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2461             dialogs
2462           </li>
2463
2464         </ul> <em>Application</em>
2465         <ul>
2466           <li>
2467             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2468             gene/transcript view
2469           </li>
2470           <li>
2471             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2472             dialog
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2476             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2480             Pfam sources to xfam.org
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2484           </li>
2485           <li>
2486             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2487             over sequences in Jalview
2488           </li>
2489           <li>
2490             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2491             regions in ENA and EMBL
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2495             for record retrieval via ENA rest API
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2499             complement operator
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2503             groovy script execution
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2507             alignment window's Calculate menu
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2511             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2515             calculation workers from groovy scripts
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2519             Jalview projects
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2523             associations are now saved/restored from project
2524           </li>
2525           <li>
2526             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2527             before sequence fetcher is opened
2528           </li>
2529           <li>
2530             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2531             database chooser opens a sequence fetcher
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2535             the UniProt REST API
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2539             the news reader opening
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2543             querying stored in preferences
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2547             search results
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2551           </li>
2552           <li>
2553             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2554             menu for nucleotide sequences
2555           </li>
2556           <li>
2557             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2558             and feature counts preserves alignment ordering (and
2559             debugged for complex feature sets).
2560           </li>
2561           <li>
2562             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2563             viewing structures with Jalview 2.10
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2567             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2568             Ensembl Genomes REST API
2569           </li>
2570           <li>
2571             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2572             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2573             (Ensembl)
2574           </li>
2575           <li>
2576             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2577             sequences
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2581             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2582             data from external database records.
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2586             efficient recovery of sequence coding and alignment
2587             annotation relationships.
2588           </li>
2589         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2590         <ul>
2591           <li>
2592             -- JAL---
2593           </li>
2594         </ul> --></td>
2595       <td>
2596         <div align="left">
2597           <em>General</em>
2598           <ul>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2601               menu on OSX
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2605               includes graduated colourschemes
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2609               working with big alignments and lots of hidden columns
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2613               at right of alignment window
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2617               contents
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2621               for DNA alignments
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2625               based tree calculation
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2629               unconserved enabled for group on alignment
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2633               set as reference
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2637               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2638               annotation
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2642               hidden columns present
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2646               user created annotation added to alignment
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2650               '()' base pair annotation
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2654               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2655               Consensus
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2659               feature not working
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2663               beginning of sequence
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2667               entry 3a6s
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2671               from a tree when t-coffee scores are shown
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2675               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2679               some structures
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2683               to Clustal, PIR and PileUp output
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2687               not visible causes alignment window to repaint
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2691               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2692               scores associated with features and annotation rows
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2696               calculation should be case independent
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2700               columns
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2704               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2705               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2709               problems when reference sequence defined and 'show
2710               non-conserved' enabled
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2714               load even when Consensus calculation is disabled
2715             </li>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2718               alignment does nothing
2719             </li>
2720           </ul>
2721           <em>Application</em>
2722           <ul>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2725               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2726               yet fixed for El Capitan)
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2730               output when running on non-gb/us i18n platforms
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2734               hidden sequences as flat-file alignment
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2738               launching Chimera
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2742               (also hotfix for 2.9.0b2)
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2746               reference sequence defined
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2750               alignments and views when revealing hidden columns
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2754               view in a cDNA/Protein splitframe
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2758               sequence from project when only one sequence is
2759               represented
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2763               in Structure Chooser
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2767               structure consensus didn't refresh annotation panel
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2771               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2775               dialogs format columns correctly, don't display array
2776               data, sort columns according to type
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2780               file chooser is cancelled during an image export
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2784               sequence name containing special characters
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2788               case insensitive
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2792               formatting don't wrap
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2796               truncated so L looks like I in consensus annotation
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2800               currently displayed features for the current selection or
2801               view
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2805               after fetching cross-references, and restoring from
2806               project
2807             </li>
2808             <li>
2809               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2810               followed in the structure viewer
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2814               splitframe not restored from project
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2818               trailing end of protein alignment in transcript/product
2819               splitview when pad-gaps not enabled by default
2820             </li>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2823               is case dependent
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2827               article has been read (reopened issue due to
2828               internationalisation problems)
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2832               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2833               cross-references
2834             </li>
2835
2836             <li>
2837               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2838               alignment as HTML
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2842               multiple structures are shown for one or more sequences.
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2846               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2847               is enabled.
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2851               specific PDB id for sequence
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2855               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2856               columns' is disabled.
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2860               selects lowest rather than highest resolution structures
2861               for each sequence
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2865               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2869               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2873               after clicking on it to create new annotation for a
2874               column.
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2878               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2879             </li>
2880             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2881             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2882           </ul>
2883           <em>Applet</em>
2884           <ul>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2887               hidden columns present before start of sequence
2888             </li>
2889             <li>
2890               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2891               (JSON jars)
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2895               sequences are hidden in applet
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2899               deployment on examples pages.
2900             </li>
2901           </ul>
2902         </div>
2903       </td>
2904     </tr>
2905     <tr>
2906       <td width="60" nowrap>
2907         <div align="center">
2908           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2909             <em>16/10/2015</em></strong>
2910         </div>
2911       </td>
2912       <td><em>General</em>
2913         <ul>
2914           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2915             jars</li>
2916         </ul></td>
2917       <td>
2918         <div align="left">
2919           <em>Application</em>
2920           <ul>
2921             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2922               shown when tree is partitioned</li>
2923             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2924               multiple cDNA/Protein split views</li>
2925           </ul>
2926         </div>
2927       </td>
2928     </tr>
2929     <tr>
2930       <td width="60" nowrap>
2931         <div align="center">
2932           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2933             <em>8/10/2015</em></strong>
2934         </div>
2935       </td>
2936       <td><em>General</em>
2937         <ul>
2938           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2939             2.9</li>
2940         </ul> <em>Application</em>
2941         <ul>
2942           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2943           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2944           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2945         </ul> <em>Applet</em>
2946         <ul>
2947           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2948         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2949         <ul>
2950           <li>
2951             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2952             suite
2953           </li>
2954         </ul></td>
2955       <td>
2956         <div align="left">
2957           <em>General</em>
2958           <ul>
2959             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2960               incorrect when sequence start > 1</li>
2961             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2962               documentation</li>
2963             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2964             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2965               loading a features file containing HTML tags in feature
2966               description</li>
2967
2968           </ul>
2969           <em>Application</em>
2970           <ul>
2971             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2972               reimport</li>
2973             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2974               with 'trim retrieved sequences'</li>
2975             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2976               deleting selected columns</li>
2977             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2978               JNLP templates for webstart launch</li>
2979             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2980               unreleased structures for download or viewing</li>
2981             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2982               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2983             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2984               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2985             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2986               recovered from jalview project</li>
2987             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2988               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2989               alignment view</li>
2990             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2991               color schemes from BioJSON</li>
2992           </ul>
2993           <em>Applet</em>
2994           <ul>
2995             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2996               frame</li>
2997             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2998           </ul>
2999         </div>
3000       </td>
3001     </tr>
3002     <tr>
3003       <td><div align="center">
3004           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3005         </div></td>
3006       <td><em>General</em>
3007         <ul>
3008           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3009             alignments:
3010             <ul>
3011               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3012                 and DNA alignment views</li>
3013               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3014                 cDNA alignment views</li>
3015               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3016                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3017               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3018                 protein sequences</li>
3019             </ul>
3020           </li>
3021           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3022           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3023             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3024           <li>New alignment annotation file statements for
3025             reference sequences and marking hidden columns</li>
3026           <li>Reference sequence based alignment shading to
3027             highlight variation</li>
3028           <li>Select or hide columns according to alignment
3029             annotation</li>
3030           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3031           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3032             acid conservation row</li>
3033           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3034         </ul> <em>Application</em>
3035         <ul>
3036           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3037             <ul>
3038               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3039                 view with cDNA/Protein</li>
3040               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3041                 sequences are placed in the same alignment</li>
3042               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3043                 projects</li>
3044             </ul>
3045           </li>
3046
3047           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3048           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3049             Jalview windows</li>
3050
3051           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3052           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3053           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3054             be shown in VARNA</li>
3055
3056           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3057             as the active selected region</li>
3058
3059           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3060             similarity</li>
3061           <li>New Export options
3062             <ul>
3063               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3064                 region export in flat file generation</li>
3065
3066               <li>Export alignment views for display with the <a
3067                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3068
3069               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3070               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3071                 alignment figures to HTML</li>
3072           </li>
3073           <li>3D structure retrieval and display
3074             <ul>
3075               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3076                 Search API</li>
3077               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3078                 PDB structures for a sequence set</li>
3079             </ul>
3080           </li>
3081
3082           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3083             predictions</li>
3084           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3085             for one or a group of sequences</li>
3086           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3087             from the JPred4 web server</li>
3088           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3089             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3090             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3091           </li>
3092           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3093             VARNA 2D Structure'</li>
3094           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3095             Structure ..."</li>
3096
3097         </ul> <em>Applet</em>
3098         <ul>
3099           <li>New layout for applet example pages</li>
3100           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3101             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3102           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3103             Protein alignments</li>
3104         </ul> <em>Development and deployment</em>
3105         <ul>
3106           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3107           <li>Include installation type and git revision in build
3108             properties and console log output</li>
3109           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3110             storing BioJsMSA Templates</li>
3111           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3112         </ul></td>
3113       <td>
3114         <!-- <em>General</em>
3115         <ul>
3116         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3117         <ul>
3118           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3119           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3120           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3121             predictions are not highlighted in amber</li>
3122           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3123             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3124           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3125             associated structure views</li>
3126           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3127             width checkbox not enabled</li>
3128           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3129             creating user defined colours</li>
3130           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3131             mappings for just that viewer's sequences</li>
3132           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3133             multiple models in Chimera</li>
3134           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3135             over Jmol structure</li>
3136           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3137             output to text box</li>
3138           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3139             have incorrect sequence start/end</li>
3140           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3141             Jalview fails</li>
3142           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3143             work for nucleotide</li>
3144           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3145             to a grey/invisible alignment window</li>
3146           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3147             imports to different position</li>
3148           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3149             on some platforms</li>
3150           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3151             populated</li>
3152           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3153             console if Chimera has been opened</li>
3154           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3155           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3156             retrieved</li>
3157           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3158           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3159             either sequence shows on first structure</li>
3160           <li>'Show annotations' options should not make
3161             non-positional annotations visible</li>
3162           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3163             in right place after 'view flanking regions'</li>
3164           <li>File Save As type unset when current file format is
3165             unknown</li>
3166           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3167             projects</li>
3168           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3169             responsive</li>
3170           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3171             several views on same alignment</li>
3172           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3173           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3174             spaces</li>
3175         </ul> <em>Applet</em>
3176         <ul>
3177           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3178           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3179             descriptions containing angle brackets</li>
3180         </ul> <em>General</em>
3181         <ul>
3182           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3183             via jalview annotation file</li>
3184           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3185             with RNA secondary structure</li>
3186           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3187             translation doesn't work.</li>
3188           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3189           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3190             positions</li>
3191           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3192             choosing 1pt font</li>
3193           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3194             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3195             'h'</li>
3196           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3197             new feature</li>
3198           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3199             order dependent</li>
3200           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3201             sequences</li>
3202           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3203         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3204         <ul>
3205           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3206             www.jalview.org</li>
3207         </ul> <em>Application Known issues</em>
3208         <ul>
3209           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3210           <li>Misleading message appears after trying to delete
3211             solid column.</li>
3212           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3213             version launches</li>
3214           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3215             fails with a sequence mismatch</li>
3216           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3217             scrolling alignment to right</li>
3218           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3219             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3220           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3221             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3222           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3223             ultra-high resolution</li>
3224           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3225             quality and conservation</li>
3226           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3227             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3228         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3229         <ul>
3230           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3231           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3232             window is being resized</li>
3233
3234         </ul>
3235       </td>
3236     </tr>
3237     <tr>
3238       <td><div align="center">
3239           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3240         </div></td>
3241       <td><em>General</em>
3242         <ul>
3243           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3244             Certum.PL.</li>
3245           <li>Features and annotation preserved when performing
3246             pairwise alignment</li>
3247           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3248             imported/exported/displayed</li>
3249           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3250             protein secondary structure</li>
3251           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3252               post-hoc with 2.9 release</em>)
3253           </li>
3254
3255         </ul> <em>Application</em>
3256         <ul>
3257           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3258             with 3D structures</li>
3259           <li>Support for parsing RNAML</li>
3260           <li>Annotations menu for layout
3261             <ul>
3262               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3263               <li>place sequence annotation above/below alignment
3264                 annotation</li>
3265             </ul>
3266           <li>Output in Stockholm format</li>
3267           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3268             translation</li>
3269           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3270           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3271             shared between alignments</li>
3272           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3273             Jalview</li>
3274           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3275             all or current selection</li>
3276           <li>disorder and secondary structure predictions
3277             available as dataset annotation</li>
3278           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3279
3280
3281           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3282             alignments from Rfam</li>
3283           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3284
3285           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3286             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3287           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3288           <li>include installation type in build properties and
3289             console log output</li>
3290           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3291             annotation</li>
3292         </ul></td>
3293       <td>
3294         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3295         <ul>
3296           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3297             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3298           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3299             alignment</li>
3300           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3301           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3302           <li>Double click on sequence associated annotation
3303             selects only first column</li>
3304           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3305             leaves shown in tree</li>
3306           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3307             properly</li>
3308           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3309           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3310             screen and buttons not visible</li>
3311           <li>author list isn't updated if already written to
3312             Jalview properties</li>
3313           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3314             from database</li>
3315           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3316           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3317             browser search window</li>
3318           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3319             in feature settings dialog</li>
3320           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3321             desktop</li>
3322           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3323             pass validation</li>
3324           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3325             fit on screen</li>
3326           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3327             tooltip</li>
3328           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3329             defined user preset</li>
3330           <li>MSA web services warns user if they were launched
3331             with invalid input</li>
3332           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3333             Java 8</li>
3334           <li>
3335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3336             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3337             created
3338           </li>
3339
3340         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3341         <ul>
3342         </ul> <em>General</em>
3343         <ul>
3344         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3345         <ul>
3346           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3347             memory allocation</li>
3348           <li>launchApp service doesn't automatically open
3349             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3350           <li>
3351             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3352             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3353             1.7_055 is available
3354           </li>
3355         </ul> <em>Application Known issues</em>
3356         <ul>
3357           <li>
3358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3359             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3360             alignment to right
3361           </li>
3362           <li>
3363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3364             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3365             with large number of ID
3366           </li>
3367           <li>
3368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3369             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3370             start/end
3371           </li>
3372           <li>
3373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3374             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3375             structure tracks are rearranged
3376           </li>
3377           <li>
3378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3379             invalid rna structure positional highlighting does not
3380             highlight position of invalid base pairs
3381           </li>
3382           <li>
3383             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3384             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3385             project from alignment window file menu
3386           </li>
3387           <li>
3388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3389             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3390             structures
3391           </li>
3392           <li>
3393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3394             colour by RNA Helices not enabled when user created
3395             annotation added to alignment
3396           </li>
3397           <li>
3398             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3399             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3400           </li>
3401         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3402         <ul>
3403           <li>
3404             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3405             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3406           </li>
3407           <li>
3408             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3409             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3410           </li>
3411
3412           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3413             when selected</li>
3414         </ul>
3415       </td>
3416     </tr>
3417     <tr>
3418       <td><div align="center">
3419           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3420         </div></td>
3421       <td>
3422         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3423         <em>General</em>
3424         <ul>
3425           <li>Internationalisation of user interface (usually
3426             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3427           <li>Define/Undefine group on current selection with
3428             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3429           <li>Improved group creation/removal options in
3430             alignment/sequence Popup menu</li>
3431           <li>Sensible precision for symbol distribution
3432             percentages shown in logo tooltip.</li>
3433           <li>Annotation panel height set according to amount of
3434             annotation when alignment first opened</li>
3435         </ul> <em>Application</em>
3436         <ul>
3437           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3438             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3439           <li>Select columns containing particular features from
3440             Feature Settings dialog</li>
3441           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3442             sequences</li>
3443           <li>Update Jalview project format:
3444             <ul>
3445               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3446               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3447                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3448               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3449                 colouring</li>
3450             </ul>
3451           </li>
3452           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3453             (PAM250)</li>
3454           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3455             flanking regions for an alignment</li>
3456         </ul>
3457       </td>
3458       <td>
3459         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3460         <ul>
3461           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3462             running after job is cancelled</li>
3463           <li>cannot export features from alignments imported from
3464             Jalview/VAMSAS projects</li>
3465           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3466             float values</li>
3467           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3468             have 'display all symbols' flag set</li>
3469           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3470             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3471           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3472             Jalview</li>
3473           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3474             Lion/Webstart</li>
3475           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3476           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3477           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3478             alignment onto desktop</li>
3479           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3480             'extract scores' function</li>
3481           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3482             alignment window</li>
3483           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3484             performing IUPred disorder prediction</li>
3485           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3486             changing 'normalise logo' display setting</li>
3487           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3488             nothing matches query</li>
3489           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3490             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3491           </li>
3492           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3493             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3494           </li>
3495           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3496             Jalview's menu</li>
3497           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3498             'invalid literal/length code'</li>
3499           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3500             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3501           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3502             colourscheme</li>
3503
3504         </ul> <em>Applet</em>
3505         <ul>
3506           <li>Remove group option is shown even when selection is
3507             not a group</li>
3508           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3509             don't affect groups</li>
3510           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3511             colourscheme name</li>
3512           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3513             Annotation panel is not displayed</li>
3514           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3515             embedded windows</li>
3516         </ul> <em>Other</em>
3517         <ul>
3518           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3519             single sequence were not calculated</li>
3520           <li>annotation files that contain only groups imported as
3521             annotation and junk sequences</li>
3522           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3523             recognised as PFAM or BLC</li>
3524           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3525             doesn't affect background (2.8.0b1)
3526           <li></li>
3527           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3528           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3529             trailing gaps</li>
3530           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3531             registered correctly on import</li>
3532           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3533             certain alignments</li>
3534           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3535             existing annotation based 'use original colours'
3536             colourscheme loses original colours setting</li>
3537         </ul>
3538       </td>
3539     </tr>
3540     <tr>
3541       <td><div align="center">
3542           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3543             <em>30/1/2014</em></strong>
3544         </div></td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3548             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3549             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3550             open source project).
3551           </li>
3552           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3553           <li>Output in Stockholm format</li>
3554           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3555           <li>Export/import group and sequence associated line
3556             graph thresholds</li>
3557           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3558             ambiguity codes</li>
3559           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3560             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3561             works</li>
3562           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3563         </ul> <em>Other improvements</em>
3564         <ul>
3565           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3566           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3567             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3568           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3569             files</li>
3570           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3571           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3572             link but no description</li>
3573           <li>Select primary source when selecting authority in
3574             database fetcher GUI</li>
3575           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3576             Jalview</li>
3577           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3578         </ul>
3579       </td>
3580       <td>
3581         <ul>
3582           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3583             displayed</li>
3584           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3585             secondary structure annotation line</li>
3586           <li>Sequence database accessions not imported when
3587             fetching alignments from Rfam</li>
3588           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3589             identical IDs</li>
3590           <li>View all structures does not always superpose
3591             structures</li>
3592           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3593             reflect user or preset settings</li>
3594           <li>Null pointer exceptions for some services without
3595             presets or adjustable parameters</li>
3596           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3597             discover PDB xRefs</li>
3598           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3599             features with DAS</li>
3600           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3601             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3602           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3603             residue follows a gap</li>
3604           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3605             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3606           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3607             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3608           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3609             annotation already exists on alignment</li>
3610           <li>oninit javascript function should be called after
3611             initialisation completes</li>
3612           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3613             alignment window display</li>
3614           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3615           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3616             to annotation file</li>
3617           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3618             groups created</li>
3619           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3620             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3621           <li>Pressing return several times causes Number Format
3622             exceptions in keyboard mode</li>
3623           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3624             correct partitions for input data</li>
3625           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3626           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3627           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3628           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3629             mode</li>
3630           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3631             changes one row&#39;s threshold</li>
3632           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3633             doesn&#39;t open</li>
3634           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3635             quality histograms</li>
3636         </ul>
3637       </td>
3638     </tr>
3639     <tr>
3640       <td><div align="center">
3641           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3642         </div></td>
3643       <td><em>Application</em>
3644         <ul>
3645           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3646             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3647           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3648             preferences</li>
3649           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3650             in Jalview alignment window</li>
3651           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3652             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3653           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3654             RNA and ambiguity codes</li>
3655
3656           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3657           <li>Support fetching and database reference look up
3658             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3659             refs')</li>
3660           <li>Jalview project improvements
3661             <ul>
3662               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3663                 flag for annotation</li>
3664               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3665                 alignment</li>
3666               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3667                 Jalview project</li>
3668
3669             </ul>
3670           </li>
3671           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3672           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3673             running</li>
3674           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3675           <li>visual indication that web service results are still
3676             being retrieved from server</li>
3677           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3678             starts up for first time</li>
3679           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3680             services</li>
3681           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3682             client library</li>
3683           <li>Examples directory and Groovy library included in
3684             InstallAnywhere distribution</li>
3685         </ul> <em>Applet</em>
3686         <ul>
3687           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3688             visualization applet example</li>
3689         </ul> <em>General</em>
3690         <ul>
3691           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3692           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3693             defaults</li>
3694           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3695             calculation</li>
3696           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3697             matrices
3698           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3699             in HTML</li>
3700           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3701             structure contacts</li>
3702           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3703           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3704           <li>Parse sequence associated secondary structure
3705             information in Stockholm files</li>
3706           <li>HTML Export database accessions and annotation
3707             information presented in tooltip for sequences</li>
3708           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3709             style RNA alignment files</li>
3710           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3711             alignment</li>
3712           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3713             shade each sequence according to its associated alignment
3714             annotation</li>
3715           <li>New Jalview Logo</li>
3716         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3717         <ul>
3718           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3719           <li>New Website!</li>
3720         </ul></td>
3721       <td><em>Application</em>
3722         <ul>
3723           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3724             wsdbfetch REST service</li>
3725           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3726           <li>Filetype associations not installed for webstart
3727             launch</li>
3728           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3729             job execution in full once it is complete</li>
3730           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3731             uploaded via ali_file parameter</li>
3732           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3733           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3734           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3735             submitted for prediction</li>
3736           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3737             desktop window</li>
3738           <li>Putting fractional value into integer text box in
3739             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3740           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3741             windows 7</li>
3742           <li>View all structures fails with exception shown in
3743             structure view</li>
3744           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3745             escaped in a platform independent way</li>
3746           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3747             using proxy</li>
3748           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3749             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3750           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3751             failure when java web start temporary file caching is
3752             disabled</li>
3753           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3754             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3755           <li>Errors during processing of command line arguments
3756             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3757           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3758             DAS sources in sequence fetcher</li>
3759           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3760             dialog is shown</li>
3761           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3762           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3763           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3764           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3765             on OSX Mountain Lion</li>
3766           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3767             sequences with alignment annotation are pasted into the
3768             alignment</li>
3769           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3770             when loaded from Jalview project</li>
3771           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3772           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3773             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3774           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3775             associated with all views</li>
3776           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3777             annotation rows to new window</li>
3778         </ul> <em>Applet</em>
3779         <ul>
3780           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3781             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3782           <li>loading features via javascript API automatically
3783             enables feature display</li>
3784           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3785             work</li>
3786         </ul> <em>General</em>
3787         <ul>
3788           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3789           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3790             and then deselected</li>
3791           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3792           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3793             coloured with clustalx</li>
3794           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3795             exceptions and redraw errors</li>
3796           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3797             reconfigured view</li>
3798           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3799             colour</li>
3800           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3801             for lots of labels</li>
3802         </ul>
3803     </tr>
3804     <tr>
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td><em>Application</em>
3811         <ul>
3812           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3813           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3814           <li>View/alignment association menu to enable user to
3815             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3816             its colours/correspondences from</li>
3817           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3818           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3819             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3820           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3821           <li>Annotation row column label formatting attributes
3822             stored in project file</li>
3823           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3824             rows preserved in Jalview project file</li>
3825           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3826             saved using Desktop window menu</li>
3827           <li>Visual indication that command line arguments are
3828             still being processed</li>
3829           <li>Groovy script execution from URL</li>
3830           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3831             preferences</li>
3832           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3833             alignment with sequences that have high similarity and
3834             matching IDs</li>
3835           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3836           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3837             structures in same window</li>
3838           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3839           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3840             analysis function in its own submenu</li>
3841         </ul> <em>Applet</em>
3842         <ul>
3843           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3844             groups</li>
3845           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3846           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3847           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3848           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3849           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3850             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3851           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3852           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3853             parameters are treated as such</li>
3854           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3855             <ul>
3856               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3857               <li>Javascript callbacks for
3858                 <ul>
3859                   <li>Applet initialisation</li>
3860                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3861                 </ul>
3862               </li>
3863               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3864                 functions</li>
3865               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3866               <li>javascript structure viewer harness to pass
3867                 messages between Jmol and Jalview when running as
3868                 distinct applets</li>
3869               <li>sortBy method</li>
3870               <li>Set of applet and application examples shipped
3871                 with documentation</li>
3872               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3873                 javascript message exchange</li>
3874             </ul>
3875         </ul> <em>General</em>
3876         <ul>
3877           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3878             multiple alignments</li>
3879           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3880           <li>User configurable link to enable redirects to a
3881             www.Jalview.org mirror</li>
3882           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3883           <li>Configurable newline string when writing alignment
3884             and other flat files</li>
3885           <li>Allow alignment annotation description lines to
3886             contain html tags</li>
3887         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3888         <ul>
3889           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3890             examples</li>
3891           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3892             using a web service before displaying the result in the
3893             Jalview desktop</li>
3894           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3895           <li>Ant target to publish example html files with applet
3896             archive</li>
3897           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3898           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3899         </ul></td>
3900       <td><em>Application</em>
3901         <ul>
3902           <li>User defined colourscheme throws exception when
3903             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3904           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3905             dialog for valid filename/format</li>
3906           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3907           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3908             P37173</li>
3909           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3910             which sequence is to be associated with the file</li>
3911           <li>Find All raises null pointer exception when query
3912             only matches sequence IDs</li>
3913           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3914           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3915             2.4 cannot be loaded</li>
3916           <li>Filetype associations not installed for webstart
3917             launch</li>
3918           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3919             with sequences in different alignments do not get coloured
3920             by their associated sequence</li>
3921           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3922             not preserved when project is loaded</li>
3923           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3924             stored in Jalview project</li>
3925           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3926             Jalview project</li>
3927           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3928           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3929             by conservation</li>
3930           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3931             created on new view</li>
3932           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3933             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3934           <li>Alignment quality not updated after alignment
3935             annotation row is hidden then shown</li>
3936           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3937             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3938           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3939             properly</li>
3940           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3941             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3942           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3943           <li>Structures imported from file and saved in project
3944             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3945           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3946             job execution in full once it is complete</li>
3947         </ul> <em>Applet</em>
3948         <ul>
3949           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3950             annotation rows are displayed</li>
3951           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3952             codebase</li>
3953           <li>View follows highlighting does not work for positions
3954             in sequences</li>
3955           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3956           <li>Export features raises exception when no features
3957             exist</li>
3958           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3959             for javascript api is modified when separator string
3960             provided as parameter</li>
3961           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3962             alignment with no existing selection</li>
3963           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3964             to applet&#39;s codebase</li>
3965           <li>Status bar not updated after finished searching and
3966             search wraps around to first result</li>
3967           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3968             several Jalview applets causes race conditions and memory
3969             leaks</li>
3970           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3971             not sent from Jmol in applet</li>
3972           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3973             applet API fatally hang browser</li>
3974         </ul> <em>General</em>
3975         <ul>
3976           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3977             position with wrapped view and hidden regions</li>
3978           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3979             with/without hidden columns</li>
3980           <li>Sequence length given in alignment properties window
3981             is off by 1</li>
3982           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3983             import PDB like structure files</li>
3984           <li>Positional search results are only highlighted
3985             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3986           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3987           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3988             given sequence position</li>
3989           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3990             output</li>
3991           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3992             from nucleotide chains correctly</li>
3993           <li>Structure colours not updated when tree partition
3994             changed in alignment</li>
3995           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3996             parsed in interleaved stockholm</li>
3997           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3998             state</li>
3999           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4000             properly</li>
4001           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4002             properly associated with their pdb files</li>
4003         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4004         <ul>
4005           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4006             ApplyCopyright tool</li>
4007         </ul></td>
4008     </tr>
4009     <tr>
4010       <td>
4011         <div align="center">
4012           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4013         </div>
4014       </td>
4015       <td><em>Application</em>
4016         <ul>
4017           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4018             contact web services</li>
4019           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4020             service job window</li>
4021           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4022         </ul></td>
4023       <td>
4024         <ul>
4025           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4026             pir file emitted by Jalview</li>
4027           <li>Existing feature settings transferred to new
4028             alignment view created from cut'n'paste</li>
4029           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4030             parsing PDB files</li>
4031           <li>Consensus and conservation annotation rows
4032             occasionally become blank for all new windows</li>
4033           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4034             in wrapped view mode</li>
4035         </ul> <em>Application</em>
4036         <ul>
4037           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4038             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4039           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4040             parameter names</li>
4041           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4042             is down</li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045     </tr>
4046     <tr>
4047       <td>
4048         <div align="center">
4049           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4050         </div>
4051       </td>
4052       <td><em>Application</em>
4053         <ul>
4054           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4055             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4056             (JABAWS)
4057           </li>
4058           <li>Web Services preference tab</li>
4059           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4060             preferences</li>
4061           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4062           <li>Superpose structures using associated sequence
4063             alignment</li>
4064           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4065             viewer</li>
4066         </ul> <em>Applet</em>
4067         <ul>
4068           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4069             link out mechanism</li>
4070         </ul> <em>Other</em>
4071         <ul>
4072           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4073             series 12</li>
4074           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4075             require Java 1.5</li>
4076           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4077             sequence annotation files</li>
4078           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4079             type colour specification</li>
4080           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4081             script to check if it being run in an interactive session or
4082             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4083         </ul></td>
4084       <td>
4085         <ul>
4086           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4087             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4088         </ul> <em>Application</em>
4089         <ul>
4090           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4091             selected Regions menu item</li>
4092           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4093             part of a valid accession ID</li>
4094           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4095             runs out of memory</li>
4096           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4097             analysis results</li>
4098           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4099             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4100           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4101         </ul> <em>Applet</em>
4102         <ul>
4103           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4104             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4105             defined.</li>
4106         </ul>
4107       </td>
4108     </tr>
4109     <tr>
4110       <td>
4111         <div align="center">
4112           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4113         </div>
4114       </td>
4115       <td></td>
4116       <td>
4117         <ul>
4118           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4119             sequence IDs</li>
4120           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4121             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4122           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4123             import correctly</li>
4124           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4125             number of columns are hidden</li>
4126           <li>annotation label popup menu not providing correct
4127             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4128             present</li>
4129           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4130             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4131           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4132             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4133
4134         </ul> <em>Applet</em>
4135         <ul>
4136           <li>annotation panel disappears when annotation is
4137             hidden/removed</li>
4138         </ul> <em>Application</em>
4139         <ul>
4140           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4141             alignment opened where annotation panel is visible but no
4142             annotations are present on alignment</li>
4143           <li>pasted region containing hidden columns is
4144             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4145           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4146             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4147           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4148             selected Rregions menu item.</li>
4149           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4150             'Un' or 'Non'conserved</li>
4151           <li>Sequence feature settings are being shared by
4152             multiple distinct alignments</li>
4153           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4154             changed</li>
4155           <li>double click on group annotation to select sequences
4156             does not propagate to associated trees</li>
4157           <li>Mac OSX specific issues:
4158             <ul>
4159               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4160                 window background</li>
4161               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4162                 name set correctly</li>
4163               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4164                 save feature colourscheme button</li>
4165             </ul>
4166           </li>
4167         </ul>
4168       </td>
4169     </tr>
4170     <tr>
4171
4172       <td>
4173         <div align="center">
4174           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4175         </div>
4176       </td>
4177       <td><em>New Capabilities</em>
4178         <ul>
4179           <li>URL links generated from description line for
4180             regular-expression based URL links (applet and application)
4181
4182           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4183             menu</li>
4184           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4185             structures</li>
4186           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4187             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4188           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4189             average score or total feature count for each sequence.</li>
4190           <li>Shading features by score or associated description</li>
4191           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4192             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4193           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4194             hide everything but the currently selected region.</li>
4195           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4196         </ul> <em>Application</em>
4197         <ul>
4198           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4199             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4200           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4201             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4202           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4203             database references and protein_name is parsed as
4204             description line (BioSapiens terms).</li>
4205           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4206             references in sequence ID tooltip from View menu in
4207             application.</li>
4208           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4209       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4210           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4211             conservation plots</li>
4212           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4213             and visualized as sequence logos</li>
4214           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4215             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4216           </li>
4217           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4218             when a new tree is opened.</li>
4219           <li>Jalview Java Console</li>
4220           <li>Better placement of desktop window when moving
4221             between different screens.</li>
4222           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4223             consensus annotation</li>
4224           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4225             Workflows</li>
4226           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4227             <ul>
4228               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4229                 used to preserve views, structures, and tree display
4230                 settings)</li>
4231               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4232                 command line</li>
4233               <li>Sharing of selected regions between views and
4234                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4235               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4236             </ul></li>
4237         </ul> <em>Applet</em>
4238         <ul>
4239           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4240           <li>New Parameters
4241             <ul>
4242               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4243                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4244                 opened.</li>
4245               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4246                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4247               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4248                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4249               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4250                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4251                 view</li>
4252               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4253                 increase the height or width of a cell in the alignment
4254                 grid relative to the current font size.</li>
4255             </ul>
4256           </li>
4257           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4258             tooltip</li>
4259         </ul> <em>Other</em>
4260         <ul>
4261           <li>Features format: graduated colour definitions and
4262             specification of feature scores</li>
4263           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4264             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4265             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4266           <li>XML formats extended to support graduated feature
4267             colourschemes, group associated annotation, and profile
4268             visualization settings.</li></td>
4269       <td>
4270         <ul>
4271           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4272             rather than description</li>
4273           <li>Non-positional features are now included in sequence
4274             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4275             visibility in tooltip).</li>
4276           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4277           <li>Added URL embedding instructions to features file
4278             documentation.</li>
4279           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4280             'X' in peptide product</li>
4281           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4282             sequence ID and sequence string and query strings do not
4283             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4284           <li>AMSA files only contain first column of
4285             multi-character column annotation labels</li>
4286           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4287             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4288             exported and re-imported)</li>
4289           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4290             name</li>
4291           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4292             as subsequence matches, and correctly reports total number
4293             of both.</li>
4294           <li>Application:
4295             <ul>
4296               <li>Better handling of exceptions during sequence
4297                 retrieval</li>
4298               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4299                 link text excludes the start_end suffix</li>
4300               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4301                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4302               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4303               <li>Sequence description lines properly shared via
4304                 VAMSAS</li>
4305               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4306                 data sources</li>
4307               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4308                 completes before alignment figures are generated.</li>
4309               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4310                 first time.</li>
4311               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4312                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4313               <li>User defined group colours properly recovered
4314                 from Jalview projects.</li>
4315             </ul>
4316           </li>
4317         </ul>
4318       </td>
4319
4320     </tr>
4321     <tr>
4322       <td>
4323         <div align="center">
4324           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4325         </div>
4326       </td>
4327       <td>
4328         <ul>
4329           <li>Experimental support for google analytics usage
4330             tracking.</li>
4331           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4332         </ul>
4333       </td>
4334       <td>
4335         <ul>
4336           <li>Race condition in applet preventing startup in
4337             jre1.6.0u12+.</li>
4338           <li>Exception when feature created from selection beyond
4339             length of sequence.</li>
4340           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4341           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4342             all sequences with a given id</li>
4343           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4344             ID string searches</li>
4345           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4346             alignment to fail with exception</li>
4347         </ul> <em>Application Issues</em>
4348         <ul>
4349           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4350           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4351             data sources</li>
4352         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4353         <ul>
4354           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4355             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4356           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4357             version (java class versioning error fixed)</li>
4358         </ul>
4359       </td>
4360     </tr>
4361     <tr>
4362       <td>
4363
4364         <div align="center">
4365           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4366         </div>
4367       </td>
4368       <td><em>User Interface</em>
4369         <ul>
4370           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4371             translation and protein products</li>
4372           <li>Linked highlighting of structure associated with
4373             residue mapping to codon position</li>
4374           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4375             and 'clear' button</li>
4376           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4377             Tools menu</li>
4378           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4379             numeric data in description line</li>
4380           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4381           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4382             of sequence</li>
4383         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4384         <ul>
4385           <li>JPred3 web service</li>
4386           <li>Prototype sequence search client (no public services
4387             available yet)</li>
4388           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4389             PFAM</li>
4390           <li>URL Links created for matching database cross
4391             references as well as sequence ID</li>
4392           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4393         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4394         <ul>
4395           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4396             databases</li>
4397           <li>Generalised database reference retrieval and
4398             validation to all fetchable databases</li>
4399           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4400             sequence command</li>
4401         </ul> <em>Import and Export</em>
4402         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4403         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4404           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4405         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4406           File</li>
4407         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4408           triplet as name of colourscheme</li>
4409         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4410         <ul>
4411           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4412           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4413             alignments (experimental)</li>
4414           <li>Create new or select existing session to join</li>
4415           <li>load and save of vamsas documents</li>
4416         </ul> <em>Application command line</em>
4417         <ul>
4418           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4419             from applet)</li>
4420           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4421             of DAS servers to query for alignment features</li>
4422           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4423             that are also automatically queried for features</li>
4424           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4425             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4426         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4427         <ul>
4428           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4429             application (when using &quot;View in full
4430             application&quot;)</li>
4431         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4432         <ul>
4433           <li>feature group display control parameter</li>
4434           <li>debug parameter</li>
4435           <li>showbutton parameter</li>
4436         </ul> <em>Applet API methods</em>
4437         <ul>
4438           <li>newView public method</li>
4439           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4440           <li>Feature display control methods</li>
4441           <li>get list of currently selected sequences</li>
4442         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4443         <ul>
4444           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4445           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4446             Jalview release.</li>
4447           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4448             property controls execution of obfuscator</li>
4449           <li>Build target for generating source distribution</li>
4450           <li>Debug flag for javacc</li>
4451           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4452             jalview.bin.Cache</li>
4453           <li>Continuous Build Integration for stable and
4454             development version of Application, Applet and source
4455             distribution</li>
4456         </ul></td>
4457       <td>
4458         <ul>
4459           <li>selected region output includes visible annotations
4460             (for certain formats)</li>
4461           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4462             for editing</li>
4463           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4464           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4465           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4466           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4467             comments</li>
4468           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4469             filenames containing a ':'</li>
4470           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4471             global sequence features</li>
4472           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4473             references from alignment sequences goes to zero</li>
4474           <li>Close of tree branch colour box without colour
4475             selection causes cascading exceptions</li>
4476           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4477           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4478             file parsing fails.</li>
4479           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4480           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4481             not a valid output format</li>
4482           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4483             vamsas</li>
4484           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4485           <li>error messages passed up and output when data read
4486             fails</li>
4487           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4488             sequence is edited</li>
4489           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4490             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4491           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4492             filetype</li>
4493           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4494             import fixed for PFAM records</li>
4495           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4496             window list</li>
4497           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4498             can be read and written correctly to annotation file</li>
4499           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4500             correctly</li>
4501           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4502             non-italic font for representatives in Applet</li>
4503           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4504             Macs.</li>
4505           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4506             Applet)</li>
4507           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4508             due to null pointer exceptions</li>
4509           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4510             first column of alignment</li>
4511           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4512             July 2008</li>
4513           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4514             file is case-insensitive</li>
4515           <li>Sequence features read from Features file appended to
4516             all sequences with matching IDs</li>
4517           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4518             containing a sub-sequence</li>
4519           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4520           <li>feature and annotation file applet parameters
4521             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4522           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4523           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4524             splash-screen version check to complete</li>
4525           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4526             when passing them to the launchApp service</li>
4527           <li>display name and local features preserved in results
4528             retrieved from web service</li>
4529           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4530             sequence fetcher initialisation</li>
4531           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4532             dasobert DAS client</li>
4533           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4534             association</li>
4535           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4536             sequences
4537           </li>
4538         </ul>
4539       </td>
4540     </tr>
4541     <tr>
4542       <td>
4543         <div align="center">
4544           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4545         </div>
4546       </td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4550           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4551           <li>Slide sequences</li>
4552           <li>Edit sequence in place</li>
4553           <li>EMBL CDS features</li>
4554           <li>DAS Feature mapping</li>
4555           <li>Feature ordering</li>
4556           <li>Alignment Properties</li>
4557           <li>Annotation Scores</li>
4558           <li>Sort by scores</li>
4559           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4560         </ul>
4561       </td>
4562       <td>
4563         <ul>
4564           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4565           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4566           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4567           <li>Feature group display state in XML</li>
4568           <li>Feature ordering in XML</li>
4569           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4570           <li>Stockholm alignment properties</li>
4571           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4572           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4573           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4574           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4575         </ul>
4576       </td>
4577
4578     </tr>
4579     <tr>
4580       <td>
4581         <div align="center">
4582           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4583         </div>
4584       </td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Non standard characters can be read and displayed
4588           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4589             applet via textbox
4590           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4591             name &amp; description
4592           <li>Preference setting to display sequence name in
4593             italics
4594           <li>Annotation file format extended to allow
4595             Sequence_groups to be defined
4596           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4597             specified in preferences
4598           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4599             sequences
4600         </ul>
4601       </td>
4602       <td>
4603         <ul>
4604           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4605             installed
4606           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4607           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4608         </ul>
4609       </td>
4610     </tr>
4611     <tr>
4612       <td>
4613         <div align="center">
4614           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4615         </div>
4616       </td>
4617       <td>
4618         <ul>
4619           <li>Multiple views on alignment
4620           <li>Sequence feature editing
4621           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4622           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4623           <li>Background dependent text colour
4624           <li>Right align sequence ids
4625           <li>User-defined lower case residue colours
4626           <li>Format Menu
4627           <li>Select Menu
4628           <li>Menu item accelerator keys
4629           <li>Control-V pastes to current alignment
4630           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4631           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4632           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4633
4634           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4635         </ul>
4636       </td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4640           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4641             calculations
4642           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4643             edits
4644           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4645             of alignment)
4646           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4647
4648           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4649             display correctly
4650           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4651           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4652             analysis results
4653           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4654             &#8739;
4655           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4656           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4657           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4658
4659         </ul>
4660       </td>
4661     </tr>
4662     <tr>
4663       <td>
4664         <div align="center">
4665           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4666         </div>
4667       </td>
4668       <td>
4669         <ul>
4670           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4671         </ul>
4672       </td>
4673       <td>
4674         <ul>
4675           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4676             sequence id panel has been resized</li>
4677           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4678             rendered</li>
4679           <li>Annotation files with sequence references - all
4680             elements in file are relative to sequence position</li>
4681           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4682         </ul>
4683       </td>
4684     </tr>
4685     <tr>
4686       <td>
4687         <div align="center">
4688           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4689         </div>
4690       </td>
4691       <td>
4692         <ul>
4693           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4694           <li>DAS Feature fetching</li>
4695           <li>Hide sequences and columns</li>
4696           <li>Export Annotations and Features</li>
4697           <li>GFF file reading / writing</li>
4698           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4699             files</li>
4700           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4701           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4702           <li>Applet can launch the full application</li>
4703           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4704             required)</li>
4705           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4706           <li>Applet can load sequences from parameter
4707             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4708           </li>
4709         </ul>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4714           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4715           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718     </tr>
4719     <tr>
4720       <td>
4721         <div align="center">
4722           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4723         </div>
4724       </td>
4725       <td>
4726         <ul>
4727           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4728           <li>Choose to match case when searching</li>
4729           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4730             expand the visible width and height of the alignment</li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733       <td>
4734         <ul>
4735           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4736         </ul>
4737       </td>
4738     </tr>
4739     <tr>
4740       <td>
4741         <div align="center">
4742           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4743         </div>
4744       </td>
4745       <td>&nbsp;</td>
4746       <td>
4747         <ul>
4748           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4749           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4750             value</li>
4751         </ul>
4752       </td>
4753     </tr>
4754     <tr>
4755       <td>
4756         <div align="center">
4757           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4758         </div>
4759       </td>
4760       <td>
4761         <ul>
4762           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4763           <li>Keyboard editing</li>
4764           <li>Create sequence features from searches</li>
4765           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4766             alignments</li>
4767           <li>Features file allows grouping of features</li>
4768           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4769           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4770           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4771         </ul>
4772       </td>
4773       <td>
4774         <ul>
4775           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4776           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4777             descriptions saved.</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780     </tr>
4781     <tr>
4782       <td>
4783         <div align="center">
4784           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4785         </div>
4786       </td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4790           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4791           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4792             name for file output</li>
4793           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4794           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4795             used for HTML form input</li>
4796         </ul>
4797       </td>
4798       <td>
4799         <ul>
4800           <li>HTML output writes groups and features</li>
4801           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4802           <li>File IO bugs</li>
4803         </ul>
4804       </td>
4805     </tr>
4806     <tr>
4807       <td>
4808         <div align="center">
4809           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4810         </div>
4811       </td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4815           <li>More options for PCA viewer</li>
4816         </ul>
4817       </td>
4818       <td>
4819         <ul>
4820           <li>GUI bugs resolved</li>
4821           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4822         </ul>
4823       </td>
4824     </tr>
4825     <tr>
4826       <td height="63">
4827         <div align="center">
4828           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4829         </div>
4830       </td>
4831       <td>
4832         <ul>
4833           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4834           <li>Jar files are executable</li>
4835           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4836         </ul>
4837       </td>
4838       <td>
4839         <ul>
4840           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4841           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4842           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4843         </ul>
4844       </td>
4845     </tr>
4846     <tr>
4847       <td>
4848         <div align="center">
4849           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4850         </div>
4851       </td>
4852       <td>
4853         <ul>
4854           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4855         </ul>
4856       </td>
4857       <td>
4858         <ul>
4859           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4860         </ul>
4861       </td>
4862     </tr>
4863     <tr>
4864       <td>
4865         <div align="center">
4866           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4867         </div>
4868       </td>
4869       <td>
4870         <ul>
4871           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4872             size</li>
4873         </ul>
4874       </td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>Improved JPred client reliability</li>
4878           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4879         </ul>
4880       </td>
4881     </tr>
4882     <tr>
4883       <td>
4884         <div align="center">
4885           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4886         </div>
4887       </td>
4888       <td>
4889         <ul>
4890           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4891           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4892           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4893             to Colour Menu</li>
4894           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4895           <li>Unix users can set default web browser</li>
4896           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4897           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4898         </ul>
4899       </td>
4900       <td>
4901         <ul>
4902           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4903         </ul>
4904       </td>
4905     </tr>
4906     <tr>
4907       <td>
4908         <div align="center">
4909           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4910         </div>
4911       </td>
4912       <td>&nbsp;</td>
4913       <td>
4914         <ul>
4915           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4916             alignment order.</li>
4917         </ul>
4918       </td>
4919     </tr>
4920     <tr>
4921       <td>
4922         <div align="center">
4923           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4924         </div>
4925       </td>
4926       <td>
4927         <ul>
4928           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4929           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4930           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4931             annotations.</li>
4932           <li>Version and build date written to build properties
4933             file.</li>
4934           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4935             at launch of Jalview.</li>
4936         </ul>
4937       </td>
4938       <td>
4939         <ul>
4940           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4941           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4942           <li>Can remove groups one by one.</li>
4943           <li>Filechooser icons installed.</li>
4944           <li>Finder ignores return character when searching.
4945             Return key will initiate a search.<br>
4946           </li>
4947         </ul>
4948       </td>
4949     </tr>
4950     <tr>
4951       <td>
4952         <div align="center">
4953           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4954         </div>
4955       </td>
4956       <td>
4957         <ul>
4958           <li>New codebase</li>
4959         </ul>
4960       </td>
4961       <td>&nbsp;</td>
4962     </tr>
4963   </table>
4964   <p>&nbsp;</p>
4965 </body>
4966 </html>