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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>2/04/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
  87             of associated view
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  91             enabled by default
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  95             tooltips and menus
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  99             with no feature types visible
 100           </li>
 101         </ul><em>Jalview Installer</em>
 102             <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 105             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 112           </li>
 113               <li>
 114                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 115               <li>
 116                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 117         </ul> <em>Release processes</em>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 121           </li>
 122         </ul> <em>Build System</em>
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 129             report
 130           </li>
 131         </ul>
 132         <em>Groovy Scripts</em>
 133             <ul>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 136             to stdout containing the consensus sequence for each
 137             alignment in a Jalview session
 138           </li>
 139         </ul>
 140       </td>
 141       <td align="left" valign="top">
 142         <ul>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 145             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 146             features are visible
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 150             equal when split frame is first opened
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 154             correct after editing a sequence's start position
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 158             with annotation and exceptions thrown when only a few
 159             columns shown in wrapped mode
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 163             wrapped alignment figure with annotations
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 167             ID fails with ClassCastException
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 171             Project
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 175             feature settings dialog also selects columns
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 179             IllegalArgumentException in some circumstances
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 183             opened for a view
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 187             alignment window is closed
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 191             help documentation for 2.11.0 release
 192           </li>
 193         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 194         <ul>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 197             PDB/Uniprot search panel
 198           </li>
 199         </ul> <em>Installer</em>
 200         <ul>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 203             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 204           </li>
 205         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 206         <ul>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 209             repository
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 213             memory
 214           </li>
 215         </ul> <em>New Known Issues</em>
 216         <ul>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 219             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 220             command line
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 224             clipped in headless figure export when Right Align option
 225             enabled
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 229             'Source' in console output
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 233             bamboo server but run fine locally.
 234           </li>
 235         </ul>
 236       </td>
 237     </tr>
 238     <tr>
 239       <td width="60" align="center" nowrap>
 240           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 241             <em>04/07/2019</em></strong>
 242       </td>
 243       <td align="left" valign="top">
 244         <ul>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 247             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 248             source project) rather than InstallAnywhere
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 252             settings, receive over the air updates and launch specific
 253             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 254               Rings' GetDown</a>)
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 258             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 262             arguments and switch between different getdown channels
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 266             or alignment files
 267           </li>
 268
 269           <li>
 270             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 271             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 274             'Translate as cDNA'</li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 277           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 278             <ul>
 279                       <li>
 280             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 281             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 282           <li>
 283                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 284                 features can be filtered and shaded according to any
 285                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 286                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 287                 file)
 288               </li>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 291                 stored and restored from Jalview Projects
 292               </li>
 293               <li>
 294                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 295                 recognise variant features
 296               </li>
 297               <li>
 298                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 299                 sequences (also coloured red by default)
 300               </li>
 301               <li>
 302                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 303                 details
 304               </li>
 305               <li>
 306                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 307                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 308               </li>
 309               <li>
 310                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 311                 dialog
 312               </li>
 313             </ul>
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 317             tree and PCA calculations
 318           </li>
 319           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 320             <ul>
 321               <li>
 322                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 323                 and Viewer state saved in Jalview Project
 324               </li>
 325               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 326                 drop-down menus</li>
 327               <li>
 328                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 329                 incrementally
 330               </li>
 331               <li>
 332                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 333               </li>
 334             </ul>
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 338           </li>
 339           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 340           <ul>
 341               <li>
 342                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 343                 multiple groups when working with large alignments
 344               </li>
 345               <li>
 346                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 347                 Stockholm files
 348               </li>
 349             </ul>
 350           <li><strong>User Interface</strong>
 351           <ul>
 352               <li>
 353                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 354                 view
 355               </li>
 356               <li>
 357                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 358                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 359                 default (can be changed in user preferences)
 360               </li>
 361               <li>
 362                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 363                 to the Overwrite Dialog
 364               </li>
 365               <li>
 366                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 367                 sequences are hidden
 368               </li>
 369               <li>
 370                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 371                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 372               </li>
 373               <li>
 374                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 375                 labels
 376               </li>
 377               <li>
 378                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 379                 when in wrapped mode
 380               </li>
 381               <li>
 382                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 383                 annotation
 384               </li>
 385               <li>
 386                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 387               </li>
 388               <li>
 389                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 390                 panel
 391               </li>
 392               <li>
 393                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 394                 popup menu
 395               </li>
 396               <li>
 397               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 398               <li>
 399               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 400
 401
 402             </ul></li>
 403             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 404           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 405             <ul>
 406               <li>
 407                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 408                 trapping CMD-Q
 409               </li>
 410             </ul></li>
 411         </ul>
 412         <em>Deprecations</em>
 413         <ul>
 414           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 415             capabilities removed from the Jalview Desktop
 416           </li>
 417           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 418             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 419             and XML based data retrieval clients</li>
 420           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 421           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 422         </ul> <em>Documentation</em>
 423         <ul>
 424           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 425             not supported in EPS figure export
 426           </li>
 427           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 428         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 429         <ul>
 430           <li>
 431           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 432           </li>
 433       <li>
 434       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 435           <li>
 436           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 437             gradle-eclipse
 438           </li>
 439           <li>
 440           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 441             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 442             execution
 443           </li>
 444           <li>
 445           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 446             operations
 447           </li>
 448           <li>
 449           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 450             issues resolved
 451           </li>
 452           <li>
 453           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 454             markdown (with HTML rendering)
 455           </li>
 456           <li>
 457           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 458           </li>
 459           <li>
 460           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 461             versions of Jalview
 462           </li>
 463         </ul>
 464       </td>
 465       <td align="left" valign="top">
 466         <ul>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 472             superposition in Jmol fail on Windows
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 476             structures for sequences with lots of PDB structures
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 480             monospaced font
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 484             project involving multiple views
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 488             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 489             Annotation dialog hides columns
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 493             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 494             one view, then making another selection in the other view
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 498             columns
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 502             Settings and Jalview Preferences panels
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 506             overview with large alignments
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 510             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 511             mouse moved to the left of the first column
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 515             hidden column marker via scale popup menu
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 519             doesn't tell users the invalid URL
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 523             score from view
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 527             show cross references or Fetch Database References are shown in
 528             red in original view
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 532             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 536             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 540             when columns are hidden
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 544             Columns by Annotation description
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 548             out of Scale or Annotation Panel
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 552             scale panel
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 556             alignment down
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 560             scale panel
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 564             Page Up in wrapped mode
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 574             on opening an alignment
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 578             Colour menu
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 582             different groups in the alignment are selected
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 586             correctly in menu
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 590             threshold limit
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 594             threshold gets 'unrounded'
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 598             colour
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 608             Tree font
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 612             project file
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 616             shown in complementary view
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 620             without normalisation
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 624             of report
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 628           </li>
 629           <li>
 630           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 631           </li>
 632         </ul> <em>Editing</em>
 633         <ul>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 636             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 637             sequence
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 641             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 642             removed (Known defect since 2.10)
 643           </li>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 646             dialog corrupts dataset sequence
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 650             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 651           </li>
 652         </ul> <em>Datamodel</em>
 653         <ul>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 656             sequence's End is greater than its length
 657           </li>
 658         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 659           general release)</em>
 660         <ul>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 663           </li>
 664         </ul> <em>New Known Defects</em>
 665         <ul>
 666         <li>
 667         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 668         </li>
 669         <li>
 670           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 671           regions of protein alignment.
 672         </li>
 673         <li>
 674           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 675           is restored from a Jalview 2.11 project
 676         </li>
 677         <li>
 678           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 679           'New View'
 680         </li>
 681         <li>
 682           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 683           columns within hidden columns
 684         </li>
 685         <li>
 686           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 687           window after dragging left to select columns to left of visible
 688           region
 689         </li>
 690         <li>
 691           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 692           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 693           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 694           create a Score filter instead.
 695         </li>
 696         <li>
 697         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 698         <li>
 699         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 700         </li>
 701         <li>
 702           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 703           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 704         </li>
 705         </ul>
 706         <em>Java 11 Specific defects</em>
 707           <ul>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 710               alphabetically when saved
 711             </li>
 712         </ul>
 713       </td>
 714     </tr>
 715     <tr>
 716     <td width="60" nowrap>
 717       <div align="center">
 718         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 719       </div>
 720     </td>
 721     <td><div align="left">
 722         <em></em>
 723         <ul>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 726               InstallAnywhere increased to 1G.
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 730               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 731               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 732                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 733                 properties file.</em>
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 737               API and sequence data now imported as JSON.
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 741               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 742               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 743               property.
 744             </li>
 745           </ul>
 746           <em>Development</em>
 747           <ul>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 750               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 751                 Clover</a>
 752             </li>
 753           </ul>
 754         </div></td>
 755     <td><div align="left">
 756         <em></em>
 757         <ul>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 760               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 761               alignment.
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 765               annotation displayed.
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 769               for newly created group when 'Apply to all groups'
 770               selected
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 774               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 775               visible.
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 779               when sequences are selected in exported view.</em>
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 783               aren't rendered with correct colour.
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 787               types of knotted RNA secondary structure.
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 791               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 792               do not start at 1.
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 796               annotation when columns are inserted into an alignment,
 797               and when exporting as Stockholm flatfile.
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 801               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 802               treated as RNA secondary structure.
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 806               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 810               transfers focus to previous window on OSX
 811             </li>
 812           </ul>
 813           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 814           <ul>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 817               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 818               box.
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 822               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 823               'look and feel' which has improved compatibility with the
 824               latest version of OSX.
 825             </li>
 826           </ul>
 827         </div>
 828     </td>
 829     </tr>
 830     <tr>
 831       <td width="60" nowrap>
 832         <div align="center">
 833           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 834             <em>7/06/2018</em></strong>
 835         </div>
 836       </td>
 837       <td><div align="left">
 838           <em></em>
 839           <ul>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 842               annotation retrieved from Uniprot
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 846               onto the Jalview Desktop
 847             </li>
 848           </ul>
 849         </div></td>
 850       <td><div align="left">
 851           <em></em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 855               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 859               right-hand column parsed correctly
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 863               not alignment area in exported graphic
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 867               window has input focus
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 871               annotation added to view (Windows)
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 875               network connectivity is poor
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 879               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 880                 the currently open URL and links from a page viewed in
 881                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 882                 you are using Edge, only links in the page can be
 883                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 884                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 885             </li>
 886           </ul>
 887           <em>New Known Defects</em>
 888           <ul>
 889             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 890           </ul>
 891         </div></td>
 892     </tr>
 893     <tr>
 894       <td width="60" nowrap>
 895         <div align="center">
 896           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 897         </div>
 898       </td>
 899       <td><div align="left">
 900           <em></em>
 901           <ul>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 904               for disabling automatic superposition of multiple
 905               structures and open structures in existing views
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 909               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 910               adjust them.
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 914               Ensembl services
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 918               and lots of hidden columns
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 922               of features (particularly when transparency is disabled)
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 926               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 927               generally available
 928             </li>
 929           </ul>
 930           </div>
 931       </td>
 932       <td><div align="left">
 933           <ul>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 936               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 940               overlapping alignment panel
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 944               sequence as gaps
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 948               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 949               UTR
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 953               factor annotation not added to sequence when local PDB
 954               file associated with it by drag'n'drop or structure
 955               chooser
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 959               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 963               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 967               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 971               columns in annotation row
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 975               honored in batch mode
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 979               for structures added to existing Jmol view
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 983               entries after importing project with multiple views
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 987               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 988               with negative residue numbers or missing residues fails
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 992               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 993               as generated by CONSURF)
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 997               tooltip doesn't include a text description of mutation
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1001               structure and/or overview windows are also shown
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1005               very slow for alignments with large numbers of sequences
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1009               with 'StringIndexOutOfBounds'
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1013               platforms running Java 10
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1017               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1018             </li>
1019           </ul>
1020           <em>Applet</em>
1021           <ul>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1024               should copy the group consensus when popup is opened on it
1025             </li>
1026           </ul>
1027           <em>Batch Mode</em>
1028           <ul>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1031           </li>
1032           </ul>
1033           <em>New Known Defects</em>
1034           <ul>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1037               editing a large alignment and overview is displayed
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1041               repeatedly after a series of edits even when the overview
1042               is no longer reflecting updates
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1046               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1047               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1048               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1052               option gives blank output
1053             </li>
1054           </ul>
1055         </div>
1056           </td>
1057     </tr>
1058     <tr>
1059       <td width="60" nowrap>
1060         <div align="center">
1061           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1062         </div>
1063       </td>
1064       <td><div align="left">
1065           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1066               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1067       <td><div align="left">
1068           <em>Desktop</em><ul>
1069           <ul>
1070             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1071             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1072             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1073             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1074             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1075             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1076             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1077           </ul>
1078           </div>
1079       </td>
1080     </tr>
1081     <tr>
1082       <td width="60" nowrap>
1083         <div align="center">
1084           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1085         </div>
1086       </td>
1087       <td><div align="left">
1088           <em></em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1092               rendering of sequence features
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1096               429 rate limit request hander
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1100               their colours have changed
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1104               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1108               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1112               view from Ensembl locus cross-references
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1116               Alignment report
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1120               feature can be disabled
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1124               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1128               Uniprot
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>Scripting</em>
1132           <ul>
1133             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1134             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1135               percent identity scores for current alignment.</li>
1136           </ul>
1137           <em>Testing and Deployment</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1141             </li>
1142           </ul>
1143         </div></td>
1144       <td><div align="left">
1145           <em>General</em>
1146           <ul>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1149               threshold text field doesn't trigger an update to the
1150               alignment view
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1154               strings in parallel
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1158               alignment window is closed
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1162               group visibility
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1166               takes a long time in Cursor mode
1167             </li>
1168           </ul>
1169           <em>Desktop</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1173               cannot be viewed in Chimera
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1177               CDS/Protein view
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1181               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1182               Search Dialogs
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1192               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1196               scrolling right in unwapped alignment view
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1200               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1201               database
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1205               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1209               features of same type and group to be selected for
1210               amending
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1214               alignments when hidden columns are present
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1218               displaying several structures
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1222               moving a window
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1226               within the Jalview desktop on OSX
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1230               when in wrapped alignment mode
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1234               hand end of alignment
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1238               each selected sequence do not have correct start/end
1239               positions
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1243               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1247               restoring project until a new view is created
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1251               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1252               configured (since 2.10.2b2)
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1256               position is adjusted
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1260               in a multi-chain structure when viewing alignment
1261               involving more than one chain (since 2.10)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1265               if new selection moves alignment window
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1269               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1273               that produces correctly annotated transcripts and products
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1277               doesn't update associated structure view
1278             </li>
1279           </ul>
1280           <em>Applet</em><br />
1281           <ul>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1284               closing alignment panel
1285             </li>
1286           </ul>
1287           <em>BioJSON</em><br />
1288           <ul>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1291               non-positional features
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>New Known Issues</em>
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1298               sequence features correctly (for many previous versions of
1299               Jalview)
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1303               using cursor in wrapped panel other than top
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1307               graduated colour threshold
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1311               always preserve numbering and sequence features
1312             </li>
1313           </ul>
1314           <em>Known Java 9 Issues</em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1318               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1319               9.01, OSX 10.10)
1320             </li>
1321           </ul>
1322         </div></td>
1323     </tr>
1324     <tr>
1325       <td width="60" nowrap>
1326         <div align="center">
1327           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1328             <em>2/10/2017</em></strong>
1329         </div>
1330       </td>
1331       <td><div align="left">
1332           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1336             </li>
1337             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1338             </li>
1339           </ul>
1340         </div></td>
1341       <td><div align="left">
1342         </div></td>
1343     </tr>
1344     <tr>
1345       <td width="60" nowrap>
1346         <div align="center">
1347           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1348             <em>7/9/2017</em></strong>
1349         </div>
1350       </td>
1351       <td><div align="left">
1352           <em></em>
1353           <ul>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1356               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1357               white)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1361               Preferences
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1365               in size and progress bar shown as higher resolution
1366               overview is recalculated
1367             </li>
1368
1369           </ul>
1370         </div></td>
1371       <td><div align="left">
1372           <em></em>
1373           <ul>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1376               column region row by row
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1380               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1384               format setting is unticked
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1388               if group has show boxes format setting unticked
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1392               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1393               include sequences and columns not currently displayed
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1397               assemblies are imported via CIF file
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1401               displayed when threshold or conservation colouring is also
1402               enabled.
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1406               server version
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1410               dragging a selected region off the visible region of the
1411               alignment
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1415               colourscheme to all groups in a view
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1419               initially after font size change using the Font chooser or
1420               middle-mouse zoom
1421             </li>
1422           </ul>
1423         </div></td>
1424     </tr>
1425     <tr>
1426       <td width="60" nowrap>
1427         <div align="center">
1428           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1429         </div>
1430       </td>
1431       <td><div align="left">
1432           <em>Calculations</em>
1433           <ul>
1434
1435             <li>
1436               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1437               ungapped positions in each column of the alignment.
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1441               a calculation dialog box
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1445               and memory efficiency (~30x faster)
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1449               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1450               and other calculations
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1454               files within the Jalview codebase
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1458               Similarity may have different topology due to increased
1459               precision
1460             </li>
1461           </ul>
1462           <em>Rendering</em>
1463           <ul>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1466               model for alignments and groups
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1470               scripts
1471             </li>
1472           </ul>
1473           <em>Overview</em>
1474           <ul>
1475             <li>
1476               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1477               with alignment and overview windows
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1481               overview
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1485               omitted in Overview
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1489               adjustment of visible position
1490             </li>
1491           </ul>
1492
1493           <em>Data import/export</em>
1494           <ul>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1497               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1501               annotation input/output via stockholm flatfile
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1505               extension when importing structure files without embedded
1506               names or PDB accessions
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1510               format sequence substitution matrices
1511             </li>
1512           </ul>
1513           <em>User Interface</em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1517               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1518               the application.
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1522               via Overview or sequence motif search operations
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1526               opened by double clicking gaps within sequence feature
1527               extent
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1531               aligned positions were available to create a 3D structure
1532               superposition.
1533             </li>
1534           </ul>
1535           <em>3D Structure</em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1539               coloured in linked structure views
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1543               file-based command exchange
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1547               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1548               structures are already available for sequences
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1552               the Jalview project rather than downloaded again when the
1553               project is reopened.
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1557               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1558               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1559                 Feature</strong>)
1560             </li>
1561           </ul>
1562           <em>Web Services</em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1569               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1570               Analysis services
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1574               cross-references provided by identifiers.org and the
1575               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1576             </li>
1577           </ul>
1578
1579           <em>Scripting</em>
1580           <ul>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1583               identifying file formats (instead of String constants)
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1587               efficiency when counting all displayed features (not
1588               backwards compatible with 2.10.1)
1589             </li>
1590           </ul>
1591           <em>Example files</em>
1592           <ul>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1595               included in the example feature file
1596             </li>
1597           </ul>
1598           <em>Documentation</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1602               with the built-in Java help viewer
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1606               sequence description' option
1607             </li>
1608           </ul>
1609           <em>Test Suite</em>
1610           <ul>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1613               Uniprot REST Free Text Search Client
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1620               during tests
1621             </li>
1622           </ul>
1623         </div></td>
1624       <td><div align="left">
1625           <em>Calculations</em>
1626           <ul>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1629               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1630               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1631             </li>
1632             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1633               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1634               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1635               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1636               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1637               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1638               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1639               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1640               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1641               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1642               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1643               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1644               // for 2.10.1 mode <br />
1645               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1646               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1647                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1648                 calculations (not recommended)</em></li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1651               scaling of branch lengths for trees computed using
1652               Sequence Feature Similarity.
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1656               generating output report when working with highly
1657               redundant alignments
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1661               right of selected region when gaps present on right-hand
1662               boundary
1663             </li>
1664           </ul>
1665           <em>User Interface</em>
1666           <ul>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1669               doesn't reselect a specific sequence's associated
1670               annotation after it was used for colouring a view
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1674               opened on a region of alignment without groups
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1678               of an alignment with overlapping groups
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1682               name and description match
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1686               hidden regions results in incorrect hidden regions
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1690               changing colour does not apply Conservation slider value
1691               to all groups
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1695               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1699               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1703               gaps before start of features
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1707               restored to UI when feature colour is edited
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1711               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1715               as graduate feature colour settings are modified via the
1716               dialog box
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1720               when a group defined on the alignment is resized
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1724               wrapped view result in positional status updates
1725             </li>
1726
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1729               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1733               alignment included gapped columns
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1737               widgets don't permanently disappear
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1741               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1742               T-Coffee column reliability scores)
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1746               sequence feature on gaps only
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1750               button from a Find inherit previously defined feature type
1751               rather than the Find query string
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1755               exporting tree calculated in Jalview
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1759               and then revealing them reorders sequences on the
1760               alignment
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1764               doesn't update to reflect available set of groups after
1765               interactively adding or modifying features
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1769               Linux
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1773               only excluded gaps in current sequence and ignored
1774               selection.
1775             </li>
1776           </ul>
1777           <em>Rendering</em>
1778           <ul>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1781               erratically when hidden rows or columns are present
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1785               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1786               sequence colouring
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1790               colour and group colour menu for protein alignments
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1794               reflect currently selected view or group's shading
1795               thresholds
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1799               when rendered on overview and structures when opacity at
1800               100%
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1804               overview when features overlaid on alignment
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1808               recovered correctly from Jalview project file
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1812               (automatically via preferences) are different to the main
1813               alignment panel
1814             </li>
1815           </ul>
1816           <em>Data import/export</em>
1817           <ul>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1820               load
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1824               added after a sequence was imported are not written to
1825               Stockholm File
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1829               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1833               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1837               with lightGray or darkGray via features file (but can
1838               specify lightgray)
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1842               when alignment view imported from project
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1846               structure and sequences extracted from structure files
1847               imported via URL and viewed in Jmol
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1851               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1852               the project is loaded and the structure viewed
1853             </li>
1854           </ul>
1855           <em>Web Services</em>
1856           <ul>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1859               release of Ensembl v.88
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1863               appear enabled in Preferences->Connections
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1867               removed from console output
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1871               Ensembl by Peptide ID
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1875               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1876               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1877               due to 'null' string rather than empty string used for
1878               residues with no corresponding PDB mapping).
1879             </li>
1880           </ul>
1881           <em>Application UI</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1885               menu
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1889               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1890               new documentation and tooltips added)
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1894               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1898               new features are added to alignment
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1902               changes to feature colours via the Amend features dialog
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1906               edit graduated feature colour via amend features dialog
1907               box
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1911               selection menu changes colours of alignment views
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1915               from alignment calculation workers after alignment has
1916               been closed
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1920               groups now 'Create Group'
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1924               Create/Undefine group doesn't always work
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1928               shown again after pressing 'Cancel'
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1932               adjusts start position in wrap mode
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1936               ambiguous amino acids
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1940               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1941               proteins
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1945               Defined' don't appear in Colours menu
1946             </li>
1947           </ul>
1948           <em>Applet</em>
1949           <ul>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1952               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1956               overview or linked structure view
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1960               work (since 2.8)
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1964               user-defined colourscheme doesn't restore original
1965               colourscheme
1966             </li>
1967           </ul>
1968           <em>Test Suite</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1972               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1976               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1977               problems with deep array comparison equality asserts in
1978               successive versions of TestNG
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1982               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1983             </li>
1984           </ul>
1985           <em>New Known Issues</em>
1986           <ul>
1987             <li>
1988               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1989               phase after a sequence motif find operation
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1993               containing just upper and lower case letters are
1994               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1998               reliably from eggnog Ortholog database
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2002               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2003               to mark columns containing highlighted regions.
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2007               doesn't always add secondary structure annotation.
2008             </li>
2009           </ul>
2010         </div>
2011     <tr>
2012       <td width="60" nowrap>
2013         <div align="center">
2014           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2015         </div>
2016       </td>
2017       <td><div align="left">
2018           <em>General</em>
2019           <ul>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2022               for all consensus calculations
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2026               3rd Oct 2016)
2027             </li>
2028             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2029               for 2016-2017</li>
2030           </ul>
2031           <em>Application</em>
2032           <ul>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2035               set of database cross-references, sorted alphabetically
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2039               from database cross references. Users with custom links
2040               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2041                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2045               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2046               Chimera session
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2050               the Chimera it is connected to is shut down
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2054               columns menu item to mark columns containing highlighted
2055               regions (e.g. from structure selections or results of a
2056               Find operation)
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2060               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2061               MSAviewer
2062             </li>
2063           </ul>
2064         </div></td>
2065       <td>
2066         <div align="left">
2067           <em>General</em>
2068           <ul>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2071               are not coloured or thresholded according to percent
2072               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2076               hydrophobic
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2080               threshold, amino acid properties)
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2084               reported as mapped to residues in a structure file in the
2085               View Mapping report
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2089               could be added multiple times to a sequence
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2093               bond features shown as two highlighted residues rather
2094               than a range in linked structure views, and treated
2095               correctly when selecting and computing trees from features
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2099               cross-references are matched to database name regardless
2100               of case
2101             </li>
2102
2103           </ul>
2104           <em>Application</em>
2105           <ul>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2108               names without regular expressions also offer links from
2109               Sequence ID
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2113               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2114               update Jalview configuration
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2118               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2122               files with similarly named sequences if dropped onto the
2123               alignment
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2127               entries where more chains exist in the PDB accession than
2128               are reported in the SIFTS file
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2132               the structure view when displayed with Chimera
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2136               panel's View->Show Chains submenu
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2140               work for wrapped alignment views
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2144               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2148               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2149               first annotation row
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2153               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2157               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2158             </li>
2159             <!-- JAL-2319 -->
2160             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2161             coordindate data
2162             </li>
2163           </ul>
2164           <!--           <em>New Known Issues</em>
2165           <ul>
2166             <li></li>
2167           </ul> -->
2168         </div>
2169       </td>
2170     </tr>
2171     <td width="60" nowrap>
2172       <div align="center">
2173         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2174           <em>25/10/2016</em></strong>
2175       </div>
2176     </td>
2177     <td><em>Application</em>
2178       <ul>
2179         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2180           view if structures already loaded</li>
2181         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2182           structure views</li>
2183       </ul></td>
2184     <td>
2185       <div align="left">
2186         <em>General</em>
2187         <ul>
2188           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2189             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2190           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2191             example sequences/projects/trees</li>
2192         </ul>
2193         <em>Application</em>
2194         <ul>
2195           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2196             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2197           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2198             without timeout for structures with multiple models or
2199             multiple sequences in alignment</li>
2200           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2201             PDB ID HEADER line</li>
2202           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2203             is performed</li>
2204           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2205             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2206           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2207           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2208             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2209             option</li>
2210           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2211             is created on the alignment</li>
2212           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2213             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2214             pop-up menu</li>
2215         </ul>
2216         <em>Build and deployment</em>
2217         <ul>
2218           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2219             tags</li>
2220         </ul>
2221         <em>New Known Issues</em>
2222         <ul>
2223           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2224             on Windows</li>
2225         </ul>
2226       </div>
2227     </td>
2228     </tr>
2229     <tr>
2230       <td width="60" nowrap>
2231         <div align="center">
2232           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2233         </div>
2234       </td>
2235       <td><em>General</em>
2236         <ul>
2237           <li>
2238             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2242             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2243             better PDB parsing.
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2247             reference sequence
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2251             mousing over sequence associated annotation
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2255             for manual entry
2256           </li>
2257           <li>
2258             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2259             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2260             for each column
2261           </li>
2262           <li>
2263             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2264             showing or hiding columns containing a feature
2265           </li>
2266           <li>
2267             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2268             group and sequence associated annotation labels
2269           </li>
2270           <li>
2271             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2272             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2273             dialogs
2274           </li>
2275
2276         </ul> <em>Application</em>
2277         <ul>
2278           <li>
2279             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2280             gene/transcript view
2281           </li>
2282           <li>
2283             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2284             dialog
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2288             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2289           </li>
2290           <li>
2291             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2292             Pfam sources to xfam.org
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2299             over sequences in Jalview
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2303             regions in ENA and EMBL
2304           </li>
2305           <li>
2306             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2307             for record retrieval via ENA rest API
2308           </li>
2309           <li>
2310             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2311             complement operator
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2315             groovy script execution
2316           </li>
2317           <li>
2318             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2319             alignment window's Calculate menu
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2323             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2327             calculation workers from groovy scripts
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2331             Jalview projects
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2335             associations are now saved/restored from project
2336           </li>
2337           <li>
2338             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2339             before sequence fetcher is opened
2340           </li>
2341           <li>
2342             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2343             database chooser opens a sequence fetcher
2344           </li>
2345           <li>
2346             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2347             the UniProt REST API
2348           </li>
2349           <li>
2350             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2351             the news reader opening
2352           </li>
2353           <li>
2354             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2355             querying stored in preferences
2356           </li>
2357           <li>
2358             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2359             search results
2360           </li>
2361           <li>
2362             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2366             menu for nucleotide sequences
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2370             and feature counts preserves alignment ordering (and
2371             debugged for complex feature sets).
2372           </li>
2373           <li>
2374             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2375             viewing structures with Jalview 2.10
2376           </li>
2377           <li>
2378             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2379             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2380             Ensembl Genomes REST API
2381           </li>
2382           <li>
2383             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2384             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2385             (Ensembl)
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2389             sequences
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2393             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2394             data from external database records.
2395           </li>
2396           <li>
2397             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2398             efficient recovery of sequence coding and alignment
2399             annotation relationships.
2400           </li>
2401         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2402         <ul>
2403           <li>
2404             -- JAL---
2405           </li>
2406         </ul> --></td>
2407       <td>
2408         <div align="left">
2409           <em>General</em>
2410           <ul>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2413               menu on OSX
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2417               includes graduated colourschemes
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2421               working with big alignments and lots of hidden columns
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2425               at right of alignment window
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2429               contents
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2433               for DNA alignments
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2437               based tree calculation
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2441               unconserved enabled for group on alignment
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2445               set as reference
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2449               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2450               annotation
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2454               hidden columns present
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2458               user created annotation added to alignment
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2462               '()' base pair annotation
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2466               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2467               Consensus
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2471               feature not working
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2475               beginning of sequence
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2479               entry 3a6s
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2483               from a tree when t-coffee scores are shown
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2487               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2491               some structures
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2495               to Clustal, PIR and PileUp output
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2499               not visible causes alignment window to repaint
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2503               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2504               scores associated with features and annotation rows
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2508               calculation should be case independent
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2512               columns
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2516               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2517               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2521               problems when reference sequence defined and 'show
2522               non-conserved' enabled
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2526               load even when Consensus calculation is disabled
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2530               alignment does nothing
2531             </li>
2532           </ul>
2533           <em>Application</em>
2534           <ul>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2537               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2538               yet fixed for El Capitan)
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2542               output when running on non-gb/us i18n platforms
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2546               hidden sequences as flat-file alignment
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2550               launching Chimera
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2554               (also hotfix for 2.9.0b2)
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2558               reference sequence defined
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2562               alignments and views when revealing hidden columns
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2566               view in a cDNA/Protein splitframe
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2570               sequence from project when only one sequence is
2571               represented
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2575               in Structure Chooser
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2579               structure consensus didn't refresh annotation panel
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2583               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2587               dialogs format columns correctly, don't display array
2588               data, sort columns according to type
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2592               file chooser is cancelled during an image export
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2596               sequence name containing special characters
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2600               case insensitive
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2604               formatting don't wrap
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2608               truncated so L looks like I in consensus annotation
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2612               currently displayed features for the current selection or
2613               view
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2617               after fetching cross-references, and restoring from
2618               project
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2622               followed in the structure viewer
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2626               splitframe not restored from project
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2630               trailing end of protein alignment in transcript/product
2631               splitview when pad-gaps not enabled by default
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2635               is case dependent
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2639               article has been read (reopened issue due to
2640               internationalisation problems)
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2644               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2645               cross-references
2646             </li>
2647
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2650               alignment as HTML
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2654               multiple structures are shown for one or more sequences.
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2658               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2659               is enabled.
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2663               specific PDB id for sequence
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2667               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2668               columns' is disabled.
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2672               selects lowest rather than highest resolution structures
2673               for each sequence
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2677               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2681               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2685               after clicking on it to create new annotation for a
2686               column.
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2690               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2691             </li>
2692             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2693             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2694           </ul>
2695           <em>Applet</em>
2696           <ul>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2699               hidden columns present before start of sequence
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2703               (JSON jars)
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2707               sequences are hidden in applet
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2711               deployment on examples pages.
2712             </li>
2713           </ul>
2714         </div>
2715       </td>
2716     </tr>
2717     <tr>
2718       <td width="60" nowrap>
2719         <div align="center">
2720           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2721             <em>16/10/2015</em></strong>
2722         </div>
2723       </td>
2724       <td><em>General</em>
2725         <ul>
2726           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2727             jars</li>
2728         </ul></td>
2729       <td>
2730         <div align="left">
2731           <em>Application</em>
2732           <ul>
2733             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2734               shown when tree is partitioned</li>
2735             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2736               multiple cDNA/Protein split views</li>
2737           </ul>
2738         </div>
2739       </td>
2740     </tr>
2741     <tr>
2742       <td width="60" nowrap>
2743         <div align="center">
2744           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2745             <em>8/10/2015</em></strong>
2746         </div>
2747       </td>
2748       <td><em>General</em>
2749         <ul>
2750           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2751             2.9</li>
2752         </ul> <em>Application</em>
2753         <ul>
2754           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2755           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2756           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2757         </ul> <em>Applet</em>
2758         <ul>
2759           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2760         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2761         <ul>
2762           <li>
2763             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2764             suite
2765           </li>
2766         </ul></td>
2767       <td>
2768         <div align="left">
2769           <em>General</em>
2770           <ul>
2771             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2772               incorrect when sequence start > 1</li>
2773             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2774               documentation</li>
2775             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2776             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2777               loading a features file containing HTML tags in feature
2778               description</li>
2779
2780           </ul>
2781           <em>Application</em>
2782           <ul>
2783             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2784               reimport</li>
2785             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2786               with 'trim retrieved sequences'</li>
2787             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2788               deleting selected columns</li>
2789             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2790               JNLP templates for webstart launch</li>
2791             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2792               unreleased structures for download or viewing</li>
2793             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2794               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2795             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2796               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2797             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2798               recovered from jalview project</li>
2799             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2800               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2801               alignment view</li>
2802             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2803               color schemes from BioJSON</li>
2804           </ul>
2805           <em>Applet</em>
2806           <ul>
2807             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2808               frame</li>
2809             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2810           </ul>
2811         </div>
2812       </td>
2813     </tr>
2814     <tr>
2815       <td><div align="center">
2816           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2817         </div></td>
2818       <td><em>General</em>
2819         <ul>
2820           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2821             alignments:
2822             <ul>
2823               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2824                 and DNA alignment views</li>
2825               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2826                 cDNA alignment views</li>
2827               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2828                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2829               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2830                 protein sequences</li>
2831             </ul>
2832           </li>
2833           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2834           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2835             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2836           <li>New alignment annotation file statements for
2837             reference sequences and marking hidden columns</li>
2838           <li>Reference sequence based alignment shading to
2839             highlight variation</li>
2840           <li>Select or hide columns according to alignment
2841             annotation</li>
2842           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2843           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2844             acid conservation row</li>
2845           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2846         </ul> <em>Application</em>
2847         <ul>
2848           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2849             <ul>
2850               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2851                 view with cDNA/Protein</li>
2852               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2853                 sequences are placed in the same alignment</li>
2854               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2855                 projects</li>
2856             </ul>
2857           </li>
2858
2859           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2860           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2861             Jalview windows</li>
2862
2863           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2864           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2865           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2866             be shown in VARNA</li>
2867
2868           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2869             as the active selected region</li>
2870
2871           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2872             similarity</li>
2873           <li>New Export options
2874             <ul>
2875               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2876                 region export in flat file generation</li>
2877
2878               <li>Export alignment views for display with the <a
2879                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2880
2881               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2882               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2883                 alignment figures to HTML</li>
2884           </li>
2885           <li>3D structure retrieval and display
2886             <ul>
2887               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2888                 Search API</li>
2889               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2890                 PDB structures for a sequence set</li>
2891             </ul>
2892           </li>
2893
2894           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2895             predictions</li>
2896           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2897             for one or a group of sequences</li>
2898           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2899             from the JPred4 web server</li>
2900           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2901             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2902             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2903           </li>
2904           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2905             VARNA 2D Structure'</li>
2906           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2907             Structure ..."</li>
2908
2909         </ul> <em>Applet</em>
2910         <ul>
2911           <li>New layout for applet example pages</li>
2912           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2913             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2914           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2915             Protein alignments</li>
2916         </ul> <em>Development and deployment</em>
2917         <ul>
2918           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2919           <li>Include installation type and git revision in build
2920             properties and console log output</li>
2921           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2922             storing BioJsMSA Templates</li>
2923           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2924         </ul></td>
2925       <td>
2926         <!-- <em>General</em>
2927         <ul>
2928         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2929         <ul>
2930           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2931           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2932           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2933             predictions are not highlighted in amber</li>
2934           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2935             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2936           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2937             associated structure views</li>
2938           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2939             width checkbox not enabled</li>
2940           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2941             creating user defined colours</li>
2942           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2943             mappings for just that viewer's sequences</li>
2944           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2945             multiple models in Chimera</li>
2946           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2947             over Jmol structure</li>
2948           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2949             output to text box</li>
2950           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2951             have incorrect sequence start/end</li>
2952           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2953             Jalview fails</li>
2954           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2955             work for nucleotide</li>
2956           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2957             to a grey/invisible alignment window</li>
2958           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2959             imports to different position</li>
2960           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2961             on some platforms</li>
2962           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2963             populated</li>
2964           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2965             console if Chimera has been opened</li>
2966           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2967           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2968             retrieved</li>
2969           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2970           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2971             either sequence shows on first structure</li>
2972           <li>'Show annotations' options should not make
2973             non-positional annotations visible</li>
2974           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2975             in right place after 'view flanking regions'</li>
2976           <li>File Save As type unset when current file format is
2977             unknown</li>
2978           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2979             projects</li>
2980           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2981             responsive</li>
2982           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2983             several views on same alignment</li>
2984           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2985           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2986             spaces</li>
2987         </ul> <em>Applet</em>
2988         <ul>
2989           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2990           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2991             descriptions containing angle brackets</li>
2992         </ul> <em>General</em>
2993         <ul>
2994           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2995             via jalview annotation file</li>
2996           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2997             with RNA secondary structure</li>
2998           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2999             translation doesn't work.</li>
3000           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3001           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3002             positions</li>
3003           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3004             choosing 1pt font</li>
3005           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3006             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3007             'h'</li>
3008           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3009             new feature</li>
3010           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3011             order dependent</li>
3012           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3013             sequences</li>
3014           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3015         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3016         <ul>
3017           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3018             www.jalview.org</li>
3019         </ul> <em>Application Known issues</em>
3020         <ul>
3021           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3022           <li>Misleading message appears after trying to delete
3023             solid column.</li>
3024           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3025             version launches</li>
3026           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3027             fails with a sequence mismatch</li>
3028           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3029             scrolling alignment to right</li>
3030           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3031             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3032           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3033             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3034           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3035             ultra-high resolution</li>
3036           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3037             quality and conservation</li>
3038           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3039             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3040         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3041         <ul>
3042           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3043           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3044             window is being resized</li>
3045
3046         </ul>
3047       </td>
3048     </tr>
3049     <tr>
3050       <td><div align="center">
3051           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3052         </div></td>
3053       <td><em>General</em>
3054         <ul>
3055           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3056             Certum.PL.</li>
3057           <li>Features and annotation preserved when performing
3058             pairwise alignment</li>
3059           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3060             imported/exported/displayed</li>
3061           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3062             protein secondary structure</li>
3063           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3064               post-hoc with 2.9 release</em>)
3065           </li>
3066
3067         </ul> <em>Application</em>
3068         <ul>
3069           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3070             with 3D structures</li>
3071           <li>Support for parsing RNAML</li>
3072           <li>Annotations menu for layout
3073             <ul>
3074               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3075               <li>place sequence annotation above/below alignment
3076                 annotation</li>
3077             </ul>
3078           <li>Output in Stockholm format</li>
3079           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3080             translation</li>
3081           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3082           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3083             shared between alignments</li>
3084           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3085             Jalview</li>
3086           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3087             all or current selection</li>
3088           <li>disorder and secondary structure predictions
3089             available as dataset annotation</li>
3090           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3091
3092
3093           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3094             alignments from Rfam</li>
3095           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3096
3097           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3098             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3099           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3100           <li>include installation type in build properties and
3101             console log output</li>
3102           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3103             annotation</li>
3104         </ul></td>
3105       <td>
3106         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3107         <ul>
3108           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3109             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3110           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3111             alignment</li>
3112           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3113           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3114           <li>Double click on sequence associated annotation
3115             selects only first column</li>
3116           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3117             leaves shown in tree</li>
3118           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3119             properly</li>
3120           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3121           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3122             screen and buttons not visible</li>
3123           <li>author list isn't updated if already written to
3124             Jalview properties</li>
3125           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3126             from database</li>
3127           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3128           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3129             browser search window</li>
3130           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3131             in feature settings dialog</li>
3132           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3133             desktop</li>
3134           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3135             pass validation</li>
3136           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3137             fit on screen</li>
3138           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3139             tooltip</li>
3140           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3141             defined user preset</li>
3142           <li>MSA web services warns user if they were launched
3143             with invalid input</li>
3144           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3145             Java 8</li>
3146           <li>
3147             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3148             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3149             created
3150           </li>
3151
3152         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3153         <ul>
3154         </ul> <em>General</em>
3155         <ul>
3156         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3157         <ul>
3158           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3159             memory allocation</li>
3160           <li>launchApp service doesn't automatically open
3161             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3162           <li>
3163             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3164             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3165             1.7_055 is available
3166           </li>
3167         </ul> <em>Application Known issues</em>
3168         <ul>
3169           <li>
3170             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3171             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3172             alignment to right
3173           </li>
3174           <li>
3175             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3176             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3177             with large number of ID
3178           </li>
3179           <li>
3180             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3181             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3182             start/end
3183           </li>
3184           <li>
3185             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3186             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3187             structure tracks are rearranged
3188           </li>
3189           <li>
3190             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3191             invalid rna structure positional highlighting does not
3192             highlight position of invalid base pairs
3193           </li>
3194           <li>
3195             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3196             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3197             project from alignment window file menu
3198           </li>
3199           <li>
3200             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3201             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3202             structures
3203           </li>
3204           <li>
3205             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3206             colour by RNA Helices not enabled when user created
3207             annotation added to alignment
3208           </li>
3209           <li>
3210             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3211             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3212           </li>
3213         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3214         <ul>
3215           <li>
3216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3217             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3218           </li>
3219           <li>
3220             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3221             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3222           </li>
3223
3224           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3225             when selected</li>
3226         </ul>
3227       </td>
3228     </tr>
3229     <tr>
3230       <td><div align="center">
3231           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3232         </div></td>
3233       <td>
3234         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3235         <em>General</em>
3236         <ul>
3237           <li>Internationalisation of user interface (usually
3238             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3239           <li>Define/Undefine group on current selection with
3240             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3241           <li>Improved group creation/removal options in
3242             alignment/sequence Popup menu</li>
3243           <li>Sensible precision for symbol distribution
3244             percentages shown in logo tooltip.</li>
3245           <li>Annotation panel height set according to amount of
3246             annotation when alignment first opened</li>
3247         </ul> <em>Application</em>
3248         <ul>
3249           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3250             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3251           <li>Select columns containing particular features from
3252             Feature Settings dialog</li>
3253           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3254             sequences</li>
3255           <li>Update Jalview project format:
3256             <ul>
3257               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3258               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3259                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3260               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3261                 colouring</li>
3262             </ul>
3263           </li>
3264           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3265             (PAM250)</li>
3266           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3267             flanking regions for an alignment</li>
3268         </ul>
3269       </td>
3270       <td>
3271         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3272         <ul>
3273           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3274             running after job is cancelled</li>
3275           <li>cannot export features from alignments imported from
3276             Jalview/VAMSAS projects</li>
3277           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3278             float values</li>
3279           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3280             have 'display all symbols' flag set</li>
3281           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3282             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3283           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3284             Jalview</li>
3285           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3286             Lion/Webstart</li>
3287           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3288           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3289           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3290             alignment onto desktop</li>
3291           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3292             'extract scores' function</li>
3293           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3294             alignment window</li>
3295           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3296             performing IUPred disorder prediction</li>
3297           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3298             changing 'normalise logo' display setting</li>
3299           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3300             nothing matches query</li>
3301           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3302             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3303           </li>
3304           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3305             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3306           </li>
3307           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3308             Jalview's menu</li>
3309           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3310             'invalid literal/length code'</li>
3311           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3312             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3313           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3314             colourscheme</li>
3315
3316         </ul> <em>Applet</em>
3317         <ul>
3318           <li>Remove group option is shown even when selection is
3319             not a group</li>
3320           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3321             don't affect groups</li>
3322           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3323             colourscheme name</li>
3324           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3325             Annotation panel is not displayed</li>
3326           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3327             embedded windows</li>
3328         </ul> <em>Other</em>
3329         <ul>
3330           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3331             single sequence were not calculated</li>
3332           <li>annotation files that contain only groups imported as
3333             annotation and junk sequences</li>
3334           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3335             recognised as PFAM or BLC</li>
3336           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3337             doesn't affect background (2.8.0b1)
3338           <li></li>
3339           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3340           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3341             trailing gaps</li>
3342           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3343             registered correctly on import</li>
3344           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3345             certain alignments</li>
3346           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3347             existing annotation based 'use original colours'
3348             colourscheme loses original colours setting</li>
3349         </ul>
3350       </td>
3351     </tr>
3352     <tr>
3353       <td><div align="center">
3354           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3355             <em>30/1/2014</em></strong>
3356         </div></td>
3357       <td>
3358         <ul>
3359           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3360             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3361             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3362             open source project).
3363           </li>
3364           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3365           <li>Output in Stockholm format</li>
3366           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3367           <li>Export/import group and sequence associated line
3368             graph thresholds</li>
3369           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3370             ambiguity codes</li>
3371           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3372             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3373             works</li>
3374           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3375         </ul> <em>Other improvements</em>
3376         <ul>
3377           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3378           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3379             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3380           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3381             files</li>
3382           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3383           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3384             link but no description</li>
3385           <li>Select primary source when selecting authority in
3386             database fetcher GUI</li>
3387           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3388             Jalview</li>
3389           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392       <td>
3393         <ul>
3394           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3395             displayed</li>
3396           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3397             secondary structure annotation line</li>
3398           <li>Sequence database accessions not imported when
3399             fetching alignments from Rfam</li>
3400           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3401             identical IDs</li>
3402           <li>View all structures does not always superpose
3403             structures</li>
3404           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3405             reflect user or preset settings</li>
3406           <li>Null pointer exceptions for some services without
3407             presets or adjustable parameters</li>
3408           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3409             discover PDB xRefs</li>
3410           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3411             features with DAS</li>
3412           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3413             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3414           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3415             residue follows a gap</li>
3416           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3417             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3418           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3419             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3420           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3421             annotation already exists on alignment</li>
3422           <li>oninit javascript function should be called after
3423             initialisation completes</li>
3424           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3425             alignment window display</li>
3426           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3427           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3428             to annotation file</li>
3429           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3430             groups created</li>
3431           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3432             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3433           <li>Pressing return several times causes Number Format
3434             exceptions in keyboard mode</li>
3435           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3436             correct partitions for input data</li>
3437           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3438           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3439           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3440           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3441             mode</li>
3442           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3443             changes one row&#39;s threshold</li>
3444           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3445             doesn&#39;t open</li>
3446           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3447             quality histograms</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450     </tr>
3451     <tr>
3452       <td><div align="center">
3453           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3454         </div></td>
3455       <td><em>Application</em>
3456         <ul>
3457           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3458             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3459           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3460             preferences</li>
3461           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3462             in Jalview alignment window</li>
3463           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3464             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3465           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3466             RNA and ambiguity codes</li>
3467
3468           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3469           <li>Support fetching and database reference look up
3470             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3471             refs')</li>
3472           <li>Jalview project improvements
3473             <ul>
3474               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3475                 flag for annotation</li>
3476               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3477                 alignment</li>
3478               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3479                 Jalview project</li>
3480
3481             </ul>
3482           </li>
3483           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3484           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3485             running</li>
3486           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3487           <li>visual indication that web service results are still
3488             being retrieved from server</li>
3489           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3490             starts up for first time</li>
3491           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3492             services</li>
3493           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3494             client library</li>
3495           <li>Examples directory and Groovy library included in
3496             InstallAnywhere distribution</li>
3497         </ul> <em>Applet</em>
3498         <ul>
3499           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3500             visualization applet example</li>
3501         </ul> <em>General</em>
3502         <ul>
3503           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3504           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3505             defaults</li>
3506           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3507             calculation</li>
3508           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3509             matrices
3510           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3511             in HTML</li>
3512           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3513             structure contacts</li>
3514           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3515           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3516           <li>Parse sequence associated secondary structure
3517             information in Stockholm files</li>
3518           <li>HTML Export database accessions and annotation
3519             information presented in tooltip for sequences</li>
3520           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3521             style RNA alignment files</li>
3522           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3523             alignment</li>
3524           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3525             shade each sequence according to its associated alignment
3526             annotation</li>
3527           <li>New Jalview Logo</li>
3528         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3529         <ul>
3530           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3531           <li>New Website!</li>
3532         </ul></td>
3533       <td><em>Application</em>
3534         <ul>
3535           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3536             wsdbfetch REST service</li>
3537           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3538           <li>Filetype associations not installed for webstart
3539             launch</li>
3540           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3541             job execution in full once it is complete</li>
3542           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3543             uploaded via ali_file parameter</li>
3544           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3545           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3546           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3547             submitted for prediction</li>
3548           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3549             desktop window</li>
3550           <li>Putting fractional value into integer text box in
3551             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3552           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3553             windows 7</li>
3554           <li>View all structures fails with exception shown in
3555             structure view</li>
3556           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3557             escaped in a platform independent way</li>
3558           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3559             using proxy</li>
3560           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3561             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3562           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3563             failure when java web start temporary file caching is
3564             disabled</li>
3565           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3566             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3567           <li>Errors during processing of command line arguments
3568             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3569           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3570             DAS sources in sequence fetcher</li>
3571           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3572             dialog is shown</li>
3573           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3574           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3575           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3576           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3577             on OSX Mountain Lion</li>
3578           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3579             sequences with alignment annotation are pasted into the
3580             alignment</li>
3581           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3582             when loaded from Jalview project</li>
3583           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3584           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3585             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3586           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3587             associated with all views</li>
3588           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3589             annotation rows to new window</li>
3590         </ul> <em>Applet</em>
3591         <ul>
3592           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3593             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3594           <li>loading features via javascript API automatically
3595             enables feature display</li>
3596           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3597             work</li>
3598         </ul> <em>General</em>
3599         <ul>
3600           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3601           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3602             and then deselected</li>
3603           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3604           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3605             coloured with clustalx</li>
3606           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3607             exceptions and redraw errors</li>
3608           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3609             reconfigured view</li>
3610           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3611             colour</li>
3612           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3613             for lots of labels</li>
3614         </ul>
3615     </tr>
3616     <tr>
3617       <td>
3618         <div align="center">
3619           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3620         </div>
3621       </td>
3622       <td><em>Application</em>
3623         <ul>
3624           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3625           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3626           <li>View/alignment association menu to enable user to
3627             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3628             its colours/correspondences from</li>
3629           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3630           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3631             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3632           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3633           <li>Annotation row column label formatting attributes
3634             stored in project file</li>
3635           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3636             rows preserved in Jalview project file</li>
3637           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3638             saved using Desktop window menu</li>
3639           <li>Visual indication that command line arguments are
3640             still being processed</li>
3641           <li>Groovy script execution from URL</li>
3642           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3643             preferences</li>
3644           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3645             alignment with sequences that have high similarity and
3646             matching IDs</li>
3647           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3648           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3649             structures in same window</li>
3650           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3651           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3652             analysis function in its own submenu</li>
3653         </ul> <em>Applet</em>
3654         <ul>
3655           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3656             groups</li>
3657           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3658           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3659           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3660           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3661           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3662             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3663           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3664           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3665             parameters are treated as such</li>
3666           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3667             <ul>
3668               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3669               <li>Javascript callbacks for
3670                 <ul>
3671                   <li>Applet initialisation</li>
3672                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3673                 </ul>
3674               </li>
3675               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3676                 functions</li>
3677               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3678               <li>javascript structure viewer harness to pass
3679                 messages between Jmol and Jalview when running as
3680                 distinct applets</li>
3681               <li>sortBy method</li>
3682               <li>Set of applet and application examples shipped
3683                 with documentation</li>
3684               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3685                 javascript message exchange</li>
3686             </ul>
3687         </ul> <em>General</em>
3688         <ul>
3689           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3690             multiple alignments</li>
3691           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3692           <li>User configurable link to enable redirects to a
3693             www.Jalview.org mirror</li>
3694           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3695           <li>Configurable newline string when writing alignment
3696             and other flat files</li>
3697           <li>Allow alignment annotation description lines to
3698             contain html tags</li>
3699         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3700         <ul>
3701           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3702             examples</li>
3703           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3704             using a web service before displaying the result in the
3705             Jalview desktop</li>
3706           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3707           <li>Ant target to publish example html files with applet
3708             archive</li>
3709           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3710           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3711         </ul></td>
3712       <td><em>Application</em>
3713         <ul>
3714           <li>User defined colourscheme throws exception when
3715             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3716           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3717             dialog for valid filename/format</li>
3718           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3719           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3720             P37173</li>
3721           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3722             which sequence is to be associated with the file</li>
3723           <li>Find All raises null pointer exception when query
3724             only matches sequence IDs</li>
3725           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3726           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3727             2.4 cannot be loaded</li>
3728           <li>Filetype associations not installed for webstart
3729             launch</li>
3730           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3731             with sequences in different alignments do not get coloured
3732             by their associated sequence</li>
3733           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3734             not preserved when project is loaded</li>
3735           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3736             stored in Jalview project</li>
3737           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3738             Jalview project</li>
3739           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3740           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3741             by conservation</li>
3742           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3743             created on new view</li>
3744           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3745             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3746           <li>Alignment quality not updated after alignment
3747             annotation row is hidden then shown</li>
3748           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3749             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3750           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3751             properly</li>
3752           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3753             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3754           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3755           <li>Structures imported from file and saved in project
3756             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3757           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3758             job execution in full once it is complete</li>
3759         </ul> <em>Applet</em>
3760         <ul>
3761           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3762             annotation rows are displayed</li>
3763           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3764             codebase</li>
3765           <li>View follows highlighting does not work for positions
3766             in sequences</li>
3767           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3768           <li>Export features raises exception when no features
3769             exist</li>
3770           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3771             for javascript api is modified when separator string
3772             provided as parameter</li>
3773           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3774             alignment with no existing selection</li>
3775           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3776             to applet&#39;s codebase</li>
3777           <li>Status bar not updated after finished searching and
3778             search wraps around to first result</li>
3779           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3780             several Jalview applets causes race conditions and memory
3781             leaks</li>
3782           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3783             not sent from Jmol in applet</li>
3784           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3785             applet API fatally hang browser</li>
3786         </ul> <em>General</em>
3787         <ul>
3788           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3789             position with wrapped view and hidden regions</li>
3790           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3791             with/without hidden columns</li>
3792           <li>Sequence length given in alignment properties window
3793             is off by 1</li>
3794           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3795             import PDB like structure files</li>
3796           <li>Positional search results are only highlighted
3797             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3798           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3799           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3800             given sequence position</li>
3801           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3802             output</li>
3803           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3804             from nucleotide chains correctly</li>
3805           <li>Structure colours not updated when tree partition
3806             changed in alignment</li>
3807           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3808             parsed in interleaved stockholm</li>
3809           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3810             state</li>
3811           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3812             properly</li>
3813           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3814             properly associated with their pdb files</li>
3815         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3816         <ul>
3817           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3818             ApplyCopyright tool</li>
3819         </ul></td>
3820     </tr>
3821     <tr>
3822       <td>
3823         <div align="center">
3824           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3825         </div>
3826       </td>
3827       <td><em>Application</em>
3828         <ul>
3829           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3830             contact web services</li>
3831           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3832             service job window</li>
3833           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3834         </ul></td>
3835       <td>
3836         <ul>
3837           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3838             pir file emitted by Jalview</li>
3839           <li>Existing feature settings transferred to new
3840             alignment view created from cut'n'paste</li>
3841           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3842             parsing PDB files</li>
3843           <li>Consensus and conservation annotation rows
3844             occasionally become blank for all new windows</li>
3845           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3846             in wrapped view mode</li>
3847         </ul> <em>Application</em>
3848         <ul>
3849           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3850             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3851           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3852             parameter names</li>
3853           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3854             is down</li>
3855         </ul>
3856       </td>
3857     </tr>
3858     <tr>
3859       <td>
3860         <div align="center">
3861           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3862         </div>
3863       </td>
3864       <td><em>Application</em>
3865         <ul>
3866           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3867             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3868             (JABAWS)
3869           </li>
3870           <li>Web Services preference tab</li>
3871           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3872             preferences</li>
3873           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3874           <li>Superpose structures using associated sequence
3875             alignment</li>
3876           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3877             viewer</li>
3878         </ul> <em>Applet</em>
3879         <ul>
3880           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3881             link out mechanism</li>
3882         </ul> <em>Other</em>
3883         <ul>
3884           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3885             series 12</li>
3886           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3887             require Java 1.5</li>
3888           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3889             sequence annotation files</li>
3890           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3891             type colour specification</li>
3892           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3893             script to check if it being run in an interactive session or
3894             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3895         </ul></td>
3896       <td>
3897         <ul>
3898           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3899             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3900         </ul> <em>Application</em>
3901         <ul>
3902           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3903             selected Regions menu item</li>
3904           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3905             part of a valid accession ID</li>
3906           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3907             runs out of memory</li>
3908           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3909             analysis results</li>
3910           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3911             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3912           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3913         </ul> <em>Applet</em>
3914         <ul>
3915           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3916             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3917             defined.</li>
3918         </ul>
3919       </td>
3920     </tr>
3921     <tr>
3922       <td>
3923         <div align="center">
3924           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3925         </div>
3926       </td>
3927       <td></td>
3928       <td>
3929         <ul>
3930           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3931             sequence IDs</li>
3932           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3933             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3934           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3935             import correctly</li>
3936           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3937             number of columns are hidden</li>
3938           <li>annotation label popup menu not providing correct
3939             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3940             present</li>
3941           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3942             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3943           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3944             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3945
3946         </ul> <em>Applet</em>
3947         <ul>
3948           <li>annotation panel disappears when annotation is
3949             hidden/removed</li>
3950         </ul> <em>Application</em>
3951         <ul>
3952           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3953             alignment opened where annotation panel is visible but no
3954             annotations are present on alignment</li>
3955           <li>pasted region containing hidden columns is
3956             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3957           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3958             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3959           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3960             selected Rregions menu item.</li>
3961           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3962             'Un' or 'Non'conserved</li>
3963           <li>Sequence feature settings are being shared by
3964             multiple distinct alignments</li>
3965           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3966             changed</li>
3967           <li>double click on group annotation to select sequences
3968             does not propagate to associated trees</li>
3969           <li>Mac OSX specific issues:
3970             <ul>
3971               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3972                 window background</li>
3973               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3974                 name set correctly</li>
3975               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3976                 save feature colourscheme button</li>
3977             </ul>
3978           </li>
3979         </ul>
3980       </td>
3981     </tr>
3982     <tr>
3983
3984       <td>
3985         <div align="center">
3986           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3987         </div>
3988       </td>
3989       <td><em>New Capabilities</em>
3990         <ul>
3991           <li>URL links generated from description line for
3992             regular-expression based URL links (applet and application)
3993
3994           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3995             menu</li>
3996           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3997             structures</li>
3998           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3999             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4000           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4001             average score or total feature count for each sequence.</li>
4002           <li>Shading features by score or associated description</li>
4003           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4004             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4005           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4006             hide everything but the currently selected region.</li>
4007           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4008         </ul> <em>Application</em>
4009         <ul>
4010           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4011             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4012           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4013             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4014           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4015             database references and protein_name is parsed as
4016             description line (BioSapiens terms).</li>
4017           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4018             references in sequence ID tooltip from View menu in
4019             application.</li>
4020           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4021       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4022           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4023             conservation plots</li>
4024           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4025             and visualized as sequence logos</li>
4026           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4027             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4028           </li>
4029           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4030             when a new tree is opened.</li>
4031           <li>Jalview Java Console</li>
4032           <li>Better placement of desktop window when moving
4033             between different screens.</li>
4034           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4035             consensus annotation</li>
4036           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4037             Workflows</li>
4038           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4039             <ul>
4040               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4041                 used to preserve views, structures, and tree display
4042                 settings)</li>
4043               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4044                 command line</li>
4045               <li>Sharing of selected regions between views and
4046                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4047               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4048             </ul></li>
4049         </ul> <em>Applet</em>
4050         <ul>
4051           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4052           <li>New Parameters
4053             <ul>
4054               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4055                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4056                 opened.</li>
4057               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4058                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4059               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4060                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4061               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4062                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4063                 view</li>
4064               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4065                 increase the height or width of a cell in the alignment
4066                 grid relative to the current font size.</li>
4067             </ul>
4068           </li>
4069           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4070             tooltip</li>
4071         </ul> <em>Other</em>
4072         <ul>
4073           <li>Features format: graduated colour definitions and
4074             specification of feature scores</li>
4075           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4076             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4077             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4078           <li>XML formats extended to support graduated feature
4079             colourschemes, group associated annotation, and profile
4080             visualization settings.</li></td>
4081       <td>
4082         <ul>
4083           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4084             rather than description</li>
4085           <li>Non-positional features are now included in sequence
4086             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4087             visibility in tooltip).</li>
4088           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4089           <li>Added URL embedding instructions to features file
4090             documentation.</li>
4091           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4092             'X' in peptide product</li>
4093           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4094             sequence ID and sequence string and query strings do not
4095             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4096           <li>AMSA files only contain first column of
4097             multi-character column annotation labels</li>
4098           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4099             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4100             exported and re-imported)</li>
4101           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4102             name</li>
4103           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4104             as subsequence matches, and correctly reports total number
4105             of both.</li>
4106           <li>Application:
4107             <ul>
4108               <li>Better handling of exceptions during sequence
4109                 retrieval</li>
4110               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4111                 link text excludes the start_end suffix</li>
4112               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4113                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4114               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4115               <li>Sequence description lines properly shared via
4116                 VAMSAS</li>
4117               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4118                 data sources</li>
4119               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4120                 completes before alignment figures are generated.</li>
4121               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4122                 first time.</li>
4123               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4124                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4125               <li>User defined group colours properly recovered
4126                 from Jalview projects.</li>
4127             </ul>
4128           </li>
4129         </ul>
4130       </td>
4131
4132     </tr>
4133     <tr>
4134       <td>
4135         <div align="center">
4136           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4137         </div>
4138       </td>
4139       <td>
4140         <ul>
4141           <li>Experimental support for google analytics usage
4142             tracking.</li>
4143           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4144         </ul>
4145       </td>
4146       <td>
4147         <ul>
4148           <li>Race condition in applet preventing startup in
4149             jre1.6.0u12+.</li>
4150           <li>Exception when feature created from selection beyond
4151             length of sequence.</li>
4152           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4153           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4154             all sequences with a given id</li>
4155           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4156             ID string searches</li>
4157           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4158             alignment to fail with exception</li>
4159         </ul> <em>Application Issues</em>
4160         <ul>
4161           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4162           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4163             data sources</li>
4164         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4165         <ul>
4166           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4167             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4168           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4169             version (java class versioning error fixed)</li>
4170         </ul>
4171       </td>
4172     </tr>
4173     <tr>
4174       <td>
4175
4176         <div align="center">
4177           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4178         </div>
4179       </td>
4180       <td><em>User Interface</em>
4181         <ul>
4182           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4183             translation and protein products</li>
4184           <li>Linked highlighting of structure associated with
4185             residue mapping to codon position</li>
4186           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4187             and 'clear' button</li>
4188           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4189             Tools menu</li>
4190           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4191             numeric data in description line</li>
4192           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4193           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4194             of sequence</li>
4195         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4196         <ul>
4197           <li>JPred3 web service</li>
4198           <li>Prototype sequence search client (no public services
4199             available yet)</li>
4200           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4201             PFAM</li>
4202           <li>URL Links created for matching database cross
4203             references as well as sequence ID</li>
4204           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4205         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4206         <ul>
4207           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4208             databases</li>
4209           <li>Generalised database reference retrieval and
4210             validation to all fetchable databases</li>
4211           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4212             sequence command</li>
4213         </ul> <em>Import and Export</em>
4214         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4215         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4216           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4217         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4218           File</li>
4219         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4220           triplet as name of colourscheme</li>
4221         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4222         <ul>
4223           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4224           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4225             alignments (experimental)</li>
4226           <li>Create new or select existing session to join</li>
4227           <li>load and save of vamsas documents</li>
4228         </ul> <em>Application command line</em>
4229         <ul>
4230           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4231             from applet)</li>
4232           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4233             of DAS servers to query for alignment features</li>
4234           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4235             that are also automatically queried for features</li>
4236           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4237             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4238         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4239         <ul>
4240           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4241             application (when using &quot;View in full
4242             application&quot;)</li>
4243         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4244         <ul>
4245           <li>feature group display control parameter</li>
4246           <li>debug parameter</li>
4247           <li>showbutton parameter</li>
4248         </ul> <em>Applet API methods</em>
4249         <ul>
4250           <li>newView public method</li>
4251           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4252           <li>Feature display control methods</li>
4253           <li>get list of currently selected sequences</li>
4254         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4255         <ul>
4256           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4257           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4258             Jalview release.</li>
4259           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4260             property controls execution of obfuscator</li>
4261           <li>Build target for generating source distribution</li>
4262           <li>Debug flag for javacc</li>
4263           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4264             jalview.bin.Cache</li>
4265           <li>Continuous Build Integration for stable and
4266             development version of Application, Applet and source
4267             distribution</li>
4268         </ul></td>
4269       <td>
4270         <ul>
4271           <li>selected region output includes visible annotations
4272             (for certain formats)</li>
4273           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4274             for editing</li>
4275           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4276           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4277           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4278           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4279             comments</li>
4280           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4281             filenames containing a ':'</li>
4282           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4283             global sequence features</li>
4284           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4285             references from alignment sequences goes to zero</li>
4286           <li>Close of tree branch colour box without colour
4287             selection causes cascading exceptions</li>
4288           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4289           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4290             file parsing fails.</li>
4291           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4292           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4293             not a valid output format</li>
4294           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4295             vamsas</li>
4296           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4297           <li>error messages passed up and output when data read
4298             fails</li>
4299           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4300             sequence is edited</li>
4301           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4302             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4303           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4304             filetype</li>
4305           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4306             import fixed for PFAM records</li>
4307           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4308             window list</li>
4309           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4310             can be read and written correctly to annotation file</li>
4311           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4312             correctly</li>
4313           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4314             non-italic font for representatives in Applet</li>
4315           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4316             Macs.</li>
4317           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4318             Applet)</li>
4319           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4320             due to null pointer exceptions</li>
4321           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4322             first column of alignment</li>
4323           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4324             July 2008</li>
4325           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4326             file is case-insensitive</li>
4327           <li>Sequence features read from Features file appended to
4328             all sequences with matching IDs</li>
4329           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4330             containing a sub-sequence</li>
4331           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4332           <li>feature and annotation file applet parameters
4333             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4334           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4335           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4336             splash-screen version check to complete</li>
4337           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4338             when passing them to the launchApp service</li>
4339           <li>display name and local features preserved in results
4340             retrieved from web service</li>
4341           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4342             sequence fetcher initialisation</li>
4343           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4344             dasobert DAS client</li>
4345           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4346             association</li>
4347           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4348             sequences
4349           </li>
4350         </ul>
4351       </td>
4352     </tr>
4353     <tr>
4354       <td>
4355         <div align="center">
4356           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4357         </div>
4358       </td>
4359       <td>
4360         <ul>
4361           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4362           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4363           <li>Slide sequences</li>
4364           <li>Edit sequence in place</li>
4365           <li>EMBL CDS features</li>
4366           <li>DAS Feature mapping</li>
4367           <li>Feature ordering</li>
4368           <li>Alignment Properties</li>
4369           <li>Annotation Scores</li>
4370           <li>Sort by scores</li>
4371           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4372         </ul>
4373       </td>
4374       <td>
4375         <ul>
4376           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4377           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4378           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4379           <li>Feature group display state in XML</li>
4380           <li>Feature ordering in XML</li>
4381           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4382           <li>Stockholm alignment properties</li>
4383           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4384           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4385           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4386           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4387         </ul>
4388       </td>
4389
4390     </tr>
4391     <tr>
4392       <td>
4393         <div align="center">
4394           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4395         </div>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Non standard characters can be read and displayed
4400           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4401             applet via textbox
4402           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4403             name &amp; description
4404           <li>Preference setting to display sequence name in
4405             italics
4406           <li>Annotation file format extended to allow
4407             Sequence_groups to be defined
4408           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4409             specified in preferences
4410           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4411             sequences
4412         </ul>
4413       </td>
4414       <td>
4415         <ul>
4416           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4417             installed
4418           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4419           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4420         </ul>
4421       </td>
4422     </tr>
4423     <tr>
4424       <td>
4425         <div align="center">
4426           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4427         </div>
4428       </td>
4429       <td>
4430         <ul>
4431           <li>Multiple views on alignment
4432           <li>Sequence feature editing
4433           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4434           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4435           <li>Background dependent text colour
4436           <li>Right align sequence ids
4437           <li>User-defined lower case residue colours
4438           <li>Format Menu
4439           <li>Select Menu
4440           <li>Menu item accelerator keys
4441           <li>Control-V pastes to current alignment
4442           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4443           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4444           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4445
4446           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4447         </ul>
4448       </td>
4449       <td>
4450         <ul>
4451           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4452           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4453             calculations
4454           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4455             edits
4456           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4457             of alignment)
4458           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4459
4460           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4461             display correctly
4462           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4463           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4464             analysis results
4465           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4466             &#8739;
4467           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4468           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4469           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4470
4471         </ul>
4472       </td>
4473     </tr>
4474     <tr>
4475       <td>
4476         <div align="center">
4477           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4478         </div>
4479       </td>
4480       <td>
4481         <ul>
4482           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485       <td>
4486         <ul>
4487           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4488             sequence id panel has been resized</li>
4489           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4490             rendered</li>
4491           <li>Annotation files with sequence references - all
4492             elements in file are relative to sequence position</li>
4493           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4494         </ul>
4495       </td>
4496     </tr>
4497     <tr>
4498       <td>
4499         <div align="center">
4500           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4501         </div>
4502       </td>
4503       <td>
4504         <ul>
4505           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4506           <li>DAS Feature fetching</li>
4507           <li>Hide sequences and columns</li>
4508           <li>Export Annotations and Features</li>
4509           <li>GFF file reading / writing</li>
4510           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4511             files</li>
4512           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4513           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4514           <li>Applet can launch the full application</li>
4515           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4516             required)</li>
4517           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4518           <li>Applet can load sequences from parameter
4519             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4520           </li>
4521         </ul>
4522       </td>
4523       <td>
4524         <ul>
4525           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4526           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4527           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4528         </ul>
4529       </td>
4530     </tr>
4531     <tr>
4532       <td>
4533         <div align="center">
4534           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4535         </div>
4536       </td>
4537       <td>
4538         <ul>
4539           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4540           <li>Choose to match case when searching</li>
4541           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4542             expand the visible width and height of the alignment</li>
4543         </ul>
4544       </td>
4545       <td>
4546         <ul>
4547           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550     </tr>
4551     <tr>
4552       <td>
4553         <div align="center">
4554           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4555         </div>
4556       </td>
4557       <td>&nbsp;</td>
4558       <td>
4559         <ul>
4560           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4561           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4562             value</li>
4563         </ul>
4564       </td>
4565     </tr>
4566     <tr>
4567       <td>
4568         <div align="center">
4569           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4570         </div>
4571       </td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4575           <li>Keyboard editing</li>
4576           <li>Create sequence features from searches</li>
4577           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4578             alignments</li>
4579           <li>Features file allows grouping of features</li>
4580           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4581           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4582           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4583         </ul>
4584       </td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4588           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4589             descriptions saved.</li>
4590         </ul>
4591       </td>
4592     </tr>
4593     <tr>
4594       <td>
4595         <div align="center">
4596           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4597         </div>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4602           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4603           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4604             name for file output</li>
4605           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4606           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4607             used for HTML form input</li>
4608         </ul>
4609       </td>
4610       <td>
4611         <ul>
4612           <li>HTML output writes groups and features</li>
4613           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4614           <li>File IO bugs</li>
4615         </ul>
4616       </td>
4617     </tr>
4618     <tr>
4619       <td>
4620         <div align="center">
4621           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4622         </div>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4627           <li>More options for PCA viewer</li>
4628         </ul>
4629       </td>
4630       <td>
4631         <ul>
4632           <li>GUI bugs resolved</li>
4633           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4634         </ul>
4635       </td>
4636     </tr>
4637     <tr>
4638       <td height="63">
4639         <div align="center">
4640           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4641         </div>
4642       </td>
4643       <td>
4644         <ul>
4645           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4646           <li>Jar files are executable</li>
4647           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4648         </ul>
4649       </td>
4650       <td>
4651         <ul>
4652           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4653           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4654           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4655         </ul>
4656       </td>
4657     </tr>
4658     <tr>
4659       <td>
4660         <div align="center">
4661           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4662         </div>
4663       </td>
4664       <td>
4665         <ul>
4666           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4667         </ul>
4668       </td>
4669       <td>
4670         <ul>
4671           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4672         </ul>
4673       </td>
4674     </tr>
4675     <tr>
4676       <td>
4677         <div align="center">
4678           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4679         </div>
4680       </td>
4681       <td>
4682         <ul>
4683           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4684             size</li>
4685         </ul>
4686       </td>
4687       <td>
4688         <ul>
4689           <li>Improved JPred client reliability</li>
4690           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695       <td>
4696         <div align="center">
4697           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4698         </div>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4703           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4704           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4705             to Colour Menu</li>
4706           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4707           <li>Unix users can set default web browser</li>
4708           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4709           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4710         </ul>
4711       </td>
4712       <td>
4713         <ul>
4714           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717     </tr>
4718     <tr>
4719       <td>
4720         <div align="center">
4721           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td>&nbsp;</td>
4725       <td>
4726         <ul>
4727           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4728             alignment order.</li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731     </tr>
4732     <tr>
4733       <td>
4734         <div align="center">
4735           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4736         </div>
4737       </td>
4738       <td>
4739         <ul>
4740           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4741           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4742           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4743             annotations.</li>
4744           <li>Version and build date written to build properties
4745             file.</li>
4746           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4747             at launch of Jalview.</li>
4748         </ul>
4749       </td>
4750       <td>
4751         <ul>
4752           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4753           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4754           <li>Can remove groups one by one.</li>
4755           <li>Filechooser icons installed.</li>
4756           <li>Finder ignores return character when searching.
4757             Return key will initiate a search.<br>
4758           </li>
4759         </ul>
4760       </td>
4761     </tr>
4762     <tr>
4763       <td>
4764         <div align="center">
4765           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4766         </div>
4767       </td>
4768       <td>
4769         <ul>
4770           <li>New codebase</li>
4771         </ul>
4772       </td>
4773       <td>&nbsp;</td>
4774     </tr>
4775   </table>
4776   <p>&nbsp;</p>
4777 </body>
4778 </html>