help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 112             argument to prevent automatic discovery of analysis
 113             webservices on launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 117             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 118             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 119             textbox
 120           </li>
 121         </ul>
 122         <em>Jalview Native App</em>
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 126             to get at Jalview's development builds
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 130             and Jalview Develop applications.
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 134             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 135             than anonymous 'Java' icons
 136           </li>
 137         </ul> <em>JalviewJS</em>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 141             SIFTS
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL- -->
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL- -->
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 154             reported once per key (avoids excessive log output in js
 155             console)
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 159             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 160           </li>
 161           <li></li>
 162         </ul> <em>Development</em>
 163         <ul>
 164           <li>
 165             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 166           </li>
 167           <li>Updated building instructions</li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 170             process, added support for system package provided eclipse
 171             installs on linux
 172           </li>
 173           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 174           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 175             Sur and Monterey</li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 178             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 179             the DMG
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 183             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 184             Jalview Launcher
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 188             with Java 17 (next LTS target)
 189           </li>
 190
 191         </ul>
 192
 193       </td>
 194       <td>
 195         <ul>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 198             execution
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 202             disappears when only one structure is shown (and many
 203             sequences:one chain mappings are present)
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 207             the first SEQUENCE_GROUP defined
 208
 209           </li>
 210
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 213             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 214             trees (known defect from 2.11.1.3)
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 218             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 222             base in DNA sequences
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 226             Structure Preferences
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 236             modified graduated colour
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 240             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 241             clustal colouring is enabled
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 248             routing to stderr and appear as a raw template
 249           </li>
 250         </ul> <em>JalviewJS</em>
 251         <ul>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 254             down) percentage values causing a divide by zero
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- -->
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- -->
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- -->
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- -->
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 270             via Info.args when there are arguments on the URL
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 277             JalviewJS
 278           </li>
 279         </ul> <em>Development</em>
 280         <ul>
 281           <li>Gradle
 282             <ul>
 283               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 284               <li>
 285                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 286                 Gradle v.6.6+
 287               </li>
 288             </ul>
 289           </li>
 290
 291         </ul>
 292       </td>
 293     </tr>
 294     <tr>
 295       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 296           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 297           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 298       <td></td>
 299       <td align="left" valign="top">
 300         <ul>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 303             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 304             Unix/BSD OSs)
 305           </li>
 306         </ul> <em>Security</em>
 307         <ul>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 310             certificates.
 311           </li>
 312         </ul>
 313     </tr>
 314     <tr>
 315       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 316           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 317           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 318
 319       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 320         <ul>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 323             2.16.0 to 2.17.0.
 324           </li>
 325         </ul></td>
 326       <td></td>
 327     </tr>
 328     <tr>
 329       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 330           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 331           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 332
 333       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 334         <ul>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 337             (was log4j 1.2.x).
 338         </ul> <em>Development</em>
 339         <ul>
 340           <li>Updated building instructions</li>
 341         </ul></td>
 342       <td>
 343         <ul>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 346             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 347             and display)
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 351             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 352             only)
 353           </li>
 354         </ul> <em>Development</em>
 355         <ul>
 356           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 357         </ul>
 358       </td>
 359     </tr>
 360     <tr>
 361       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 362           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 363           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 364       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 365           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 369             launch of the news browser (like -nonews argument)
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 373             download of linkout URLs from
 374             www.jalview.org/services/identifiers
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 378             download of BIOJSHTML templates
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 382             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 383             disabled
 384           </li>
 385         </ul></td>
 386       <td align="left" valign="top">
 387         <ul>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 390             Jmol
 391           </li>
 392         </ul> <em>New Known defects</em>
 393         <ul>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 396             always restored from project (since 2.10.3)
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 400             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 401           </li>
 402         </ul>
 403       </td>
 404     </tr>
 405     <tr>
 406       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 407           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 408           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 409       <td align="left" valign="top">
 410         <ul>
 411
 412         </ul>
 413       </td>
 414       <td align="left" valign="top">
 415         <ul>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 418             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 422             sequences can be classed as nucleotide
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 426             sequences after alignment of protein products (known defect
 427             first reported for 2.11.1.0)
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 431             features outwith CDS shown overlaid on protein
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 435             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 436             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 440             CDS features
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 444             always select corresponding protein sequences
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 448             column selection doesn't always ignore hidden columns
 449           </li>
 450         </ul> <em>Installer</em>
 451         <ul>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 454             Windows prevents install4j launching getdown
 455           </li>
 456         </ul> <em>Development</em>
 457         <ul>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 460             version numbers in doc/building.md
 461           </li>
 462         </ul>
 463       </td>
 464     </tr>
 465     <tr>
 466       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 467           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 468           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 469       <td align="left" valign="top">
 470         <ul>
 471         </ul>
 472       </td>
 473       <td align="left" valign="top">
 474         <ul>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 477             "Encountered problems opening
 478             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 479           </li>
 480         </ul>
 481       </td>
 482     </tr>
 483     <tr>
 484       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 485           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 486           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 487       <td align="left" valign="top">
 488         <ul>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 491             residue in cursor mode
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 495             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 499             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 500             improved compatibility with JalviewJS
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 504             alignments from Pfam and Rfam
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 508             import (no longer based on .gz extension)
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 515             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 516             EMBL flat file
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 520             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 521             saving or making backup files.
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 525             <ul>
 526               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 527               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 528             </ul>
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 532             when running on Linux (Requires Java 11+)
 533           </li>
 534         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 535         <ul>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 538             through a system property
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 542             line help for configuring Jalview's memory
 543           </li>
 544         </ul>
 545       </td>
 546       <td align="left" valign="top">
 547         <ul>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 550             but not calculated and no protein or DNA score models are
 551             available for tree/PCA calculation when launched with
 552             Turkish language locale
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 556             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 560             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 564             sequence under the cursor
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 568             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 572             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 573             '%s'" on the console
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 577             when there are both local and complementary features mapped
 578             to the position under the cursor
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 582             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 586             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 590             internationalised text for some messages and log output
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 594             hidden gapped columns
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 598             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 602             specifying output format when exporting an alignment via the
 603             command line
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 607             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 608             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 609             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 610             file again, and if that fails, delete the original file and
 611             save in place.)
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 615             via command line
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 619             program and documentation
 620           </li>
 621         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 622         <ul>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 625             first time for a version that has different jars to the
 626             previous launched version.
 627           </li>
 628         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 629         <ul>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 632             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 633             OutOfMemory error.
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 637             monitor the release channel
 638           </li>
 639         </ul> <em>New Known defects</em>
 640         <ul>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 643             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 644             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 645             RNA viruses)
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 649             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 650             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 654             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 655             works for the top left quadrant of the alignment window
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 659             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 663             when alignment view restored from project (since Jalview
 664             2.11.0)
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 668             protein products for certain ENA records are repeatedly
 669             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 670           </li>
 671         </ul>
 672       </td>
 673     </tr>
 674     <tr>
 675       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 676           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 677           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 678       <td align="left" valign="top">
 679         <ul>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 682             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 683             for display in alignments, on structure views (including
 684             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 685             export.
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 689             exported and re-imported as GFF3 files
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 693             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 697             validation while parsing
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 701             position if reopened
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 705             of associated view
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 709             enabled by default
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 713             tooltips and menus
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 717             with no feature types visible
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 721             attributes with large integer values
 722           </li>
 723         </ul>
 724         <em>Jalview Installer</em>
 725         <ul>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 728             installer template version reported in console (may be null
 729             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 733             higher quality background images
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 737             generated with install4j 8.0.4
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 741             Platforms
 742           </li>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 745             setting when running on large memory machines
 746           </li>
 747         </ul> <em>Release processes</em>
 748         <ul>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 754             access to test-release channel builds
 755           </li>
 756         </ul> <em>Build System</em>
 757         <ul>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 760           </li>
 761           <li>
 762             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 763             report
 764           </li>
 765         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 766         <ul>
 767           <li>
 768             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 769             to stdout containing the consensus sequence for each
 770             alignment in a Jalview session
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 774             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 775             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 776           </li>
 777         </ul>
 778       </td>
 779       <td align="left" valign="top">
 780         <ul>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 783             'Show hidden markers' option is not ticked
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 787             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 788             jalview preferences or properties file
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 792             'Show Sequence Features' option is not ticked
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 796             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 797             features are visible
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 801             equal when split frame is first opened
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 805             correct after editing a sequence's start position
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 809             with annotation and exceptions thrown when only a few
 810             columns shown in wrapped mode
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 814             wrapped alignment figure with annotations
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 818             ID fails with ClassCastException
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 822             Project
 823           </li>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 826             feature settings dialog also selects columns
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 830             IllegalArgumentException in some circumstances
 831           </li>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 834             opened for a view
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 838             alignment window is closed
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 842             help documentation for 2.11.0 release
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 846             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 847             Uniprot Accession
 848           </li>
 849         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 850         <ul>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 853             PDB/Uniprot search panel
 854           </li>
 855         </ul> <em>Installer</em>
 856         <ul>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 859             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 860           </li>
 861         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 862         <ul>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 865             repository
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 869             memory
 870           </li>
 871         </ul> <em>New Known Issues</em>
 872         <ul>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 875             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 876             command line
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 880             clipped in headless figure export when Right Align option
 881             enabled
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 885             'Source' in console output
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 889             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 890           </li>
 891         </ul>
 892       </td>
 893     </tr>
 894     <tr>
 895       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 896           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 897       <td align="left" valign="top">
 898         <ul>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 901             Application and Installers built with <a
 902             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 903             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 904             InstallAnywhere
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 908             memory settings, receive over the air updates and launch
 909             specific versions via (<a
 910             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 911               Rings' GetDown</a>)
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 915             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 916             files)
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 920             line arguments and switch between different getdown channels
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 924             project or alignment files
 925           </li>
 926
 927           <li>
 928             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 929             data files
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 933             updated to version 2.12.0
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 937             'Translate as cDNA'
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 941           </li>
 942           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 943               of Sequence Features</strong>
 944             <ul>
 945               <li>
 946                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 947                 implementation that allows updates) used for Sequence
 948                 Feature collections
 949               </li>
 950               <li>
 951                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 952                 features can be filtered and shaded according to any
 953                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 954                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 955                 file)
 956               </li>
 957               <li>
 958                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 959                 stored and restored from Jalview Projects
 960               </li>
 961               <li>
 962                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 963                 BioJava) to recognise variant features
 964               </li>
 965               <li>
 966                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 967                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 968               </li>
 969               <li>
 970                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 971                 selected sequence feature's details
 972               </li>
 973               <li>
 974                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 975                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 976                 and filter aware)
 977               </li>
 978               <li>
 979                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 980                 Settings dialog
 981               </li>
 982             </ul></li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 985             and PCA calculations
 986           </li>
 987           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 988             <ul>
 989               <li>
 990                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 991                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 992               </li>
 993               <li>
 994                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 995                 viewer's drop-down menus
 996               </li>
 997               <li>
 998                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
 999                 PCA image incrementally
1000               </li>
1001               <li>
1002                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1003               </li>
1004             </ul></li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1007           </li>
1008           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1009             <ul>
1010               <li>
1011                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1012                 selections and multiple groups when working with large
1013                 alignments
1014               </li>
1015               <li>
1016                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1017                 parsing Stockholm files
1018               </li>
1019             </ul>
1020           <li><strong>User Interface</strong>
1021             <ul>
1022               <li>
1023                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1024                 each view
1025               </li>
1026               <li>
1027                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1028                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1029                 regions of alignment are shown by default (can be
1030                 changed in user preferences)
1031               </li>
1032               <li>
1033                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1034                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1035               </li>
1036               <li>
1037                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1038                 when all sequences are hidden
1039               </li>
1040               <li>
1041                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1042                 selection region, and gap count when inserting or
1043                 deleting gaps
1044               </li>
1045               <li>
1046                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1047                 annotation labels
1048               </li>
1049               <li>
1050                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1051                 shown when in wrapped mode
1052               </li>
1053               <li>
1054                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1055                 left/right in a graph or histogram annotation
1056               </li>
1057               <li>
1058                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1059                 search panels
1060               </li>
1061               <li>
1062                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1063                 Overview panel
1064               </li>
1065               <li>
1066                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1067                 sequence id popup menu
1068               </li>
1069               <li>
1070                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1071                 not shown if no subgroups are created
1072               </li>
1073               <li>
1074                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1075                 search history by right-clicking search box
1076               </li>
1077
1078
1079             </ul></li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1082             Groovy v2.5
1083           </li>
1084           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1085               release)</strong>
1086             <ul>
1087               <li>
1088                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1089                 entry and trapping CMD-Q
1090               </li>
1091             </ul></li>
1092         </ul> <em>Deprecations</em>
1093         <ul>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1096             capabilities removed from the Jalview Desktop
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1100             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1101             projects and XML based data retrieval clients
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1105             removal
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1109             Start
1110           </li>
1111         </ul> <em>Documentation</em>
1112         <ul>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1115             effects not supported in EPS figure export
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1119             dialog
1120           </li>
1121         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1122         <ul>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1125             from Ant to Gradle
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1129             keys in Message bundles
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1133             gradle-eclipse
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1137             continuous integration for unattended Test Suite execution
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1141             operations
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1145             issues resolved
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1149             markdown (with HTML rendering)
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1156             versions of Jalview
1157           </li>
1158         </ul>
1159       </td>
1160       <td align="left" valign="top">
1161         <ul>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1167             superposition in Jmol fail on Windows
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1171             discovering structures for sequences with lots of PDB
1172             structures
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1176             with monospaced font
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1180             Jalview project involving multiple views
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1184             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1185             Annotation dialog hides columns
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1189             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1190             selection in one view, then making another selection in the
1191             other view
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1195             columns
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1199             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1203             redrawing the overview with large alignments
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1207             region if columns were selected by dragging right-to-left
1208             and the mouse moved to the left of the first column
1209           </li>
1210           <li>
1211             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1212             a hidden column marker via scale popup menu
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1216             URLs doesn't tell users the invalid URL
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1220             score from view
1221           </li>
1222           <li>
1223             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1224             during show cross references or Fetch Database References
1225             are shown in red in original view
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1229             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1230             p.Res.null)
1231           </li>
1232           <li>
1233             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1234             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1238             printed when columns are hidden
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1242             Columns by Annotation description
1243           </li>
1244           <li>
1245             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1246             dragging out of Scale or Annotation Panel
1247           </li>
1248           <li>
1249             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1250             out of scale panel
1251           </li>
1252           <li>
1253             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1254             alignment down
1255           </li>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1258             in scale panel
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1262             Down, Page Up in wrapped mode
1263           </li>
1264           <li>
1265             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1269           </li>
1270           <li>
1271             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1272             selected on opening an alignment
1273           </li>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1276             in Colour menu
1277           </li>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1280             when different groups in the alignment are selected
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1284             shown correctly in menu
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1288             min/max threshold limit
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1292             threshold gets 'unrounded'
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1296             colour
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1300             axis
1301           </li>
1302           <li>
1303             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1307             alignment, not Tree font
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1311             from project file
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1315             Overview shown in complementary view
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1319             shown without normalisation
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1323             positioned at top of report
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1330             OSX Mojave
1331           </li>
1332         </ul> <em>Editing</em>
1333         <ul>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1336             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1337             via 'Edit' sequence
1338           </li>
1339           <li>
1340             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1341             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1342             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1346             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1350             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1351             in 2.10.5)
1352           </li>
1353         </ul> <em>Datamodel</em>
1354         <ul>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1357             sequence's End is greater than its length
1358           </li>
1359         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1360           release)</em>
1361         <ul>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1364           </li>
1365         </ul> <em>New Known Defects</em>
1366         <ul>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1369             clicking ignores bounds of an existing selected region
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1373             gapped regions of protein alignment.
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1377             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1381             after 'New View'
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1385             columns within hidden columns
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1389             re-enters window after dragging left to select columns to
1390             left of visible region
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1394             description string and thresholded by score in earlier
1395             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1396             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1400             reset group visibility
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1404             linked CDS/Protein view
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1408             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1409           </li>
1410         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1411         <ul>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1414             alphabetically when saved
1415           </li>
1416         </ul>
1417       </td>
1418     </tr>
1419     <tr>
1420       <td width="60" nowrap>
1421         <div align="center">
1422           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1423         </div>
1424       </td>
1425       <td><div align="left">
1426           <em></em>
1427           <ul>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1430               InstallAnywhere increased to 1G.
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1434               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1435               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1436                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1437                 properties file.</em>
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1441               API and sequence data now imported as JSON.
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1445               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1446               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1447               property.
1448             </li>
1449           </ul>
1450           <em>Development</em>
1451           <ul>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1454               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1455                 Clover</a>
1456             </li>
1457           </ul>
1458         </div></td>
1459       <td><div align="left">
1460           <em></em>
1461           <ul>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1464               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1465               alignment.
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1469               annotation displayed.
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1473               for newly created group when 'Apply to all groups'
1474               selected
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1478               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1479               visible.
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1483               when sequences are selected in exported view.</em>
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1487               aren't rendered with correct colour.
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1491               types of knotted RNA secondary structure.
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1495               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1496               do not start at 1.
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1500               annotation when columns are inserted into an alignment,
1501               and when exporting as Stockholm flatfile.
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1505               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1506               treated as RNA secondary structure.
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1510               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1514               transfers focus to previous window on OSX
1515             </li>
1516           </ul>
1517           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1518           <ul>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1521               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1522               box.
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1526               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1527               'look and feel' which has improved compatibility with the
1528               latest version of OSX.
1529             </li>
1530           </ul>
1531         </div></td>
1532     </tr>
1533     <tr>
1534       <td width="60" nowrap>
1535         <div align="center">
1536           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1537             <em>7/06/2018</em></strong>
1538         </div>
1539       </td>
1540       <td><div align="left">
1541           <em></em>
1542           <ul>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1545               annotation retrieved from Uniprot
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1549               onto the Jalview Desktop
1550             </li>
1551           </ul>
1552         </div></td>
1553       <td><div align="left">
1554           <em></em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1558               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1562               right-hand column parsed correctly
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1566               not alignment area in exported graphic
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1570               window has input focus
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1574               annotation added to view (Windows)
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1578               network connectivity is poor
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1582               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1583                 the currently open URL and links from a page viewed in
1584                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1585                 you are using Edge, only links in the page can be
1586                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1587                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1588             </li>
1589           </ul>
1590           <em>New Known Defects</em>
1591           <ul>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1594               Annotation
1595             </li>
1596           </ul>
1597         </div></td>
1598     </tr>
1599     <tr>
1600       <td width="60" nowrap>
1601         <div align="center">
1602           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1603         </div>
1604       </td>
1605       <td><div align="left">
1606           <em></em>
1607           <ul>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1610               for disabling automatic superposition of multiple
1611               structures and open structures in existing views
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1615               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1616               adjust them.
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1620               Ensembl services
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1624               and lots of hidden columns
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1628               of features (particularly when transparency is disabled)
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1632               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1633               made generally available
1634             </li>
1635           </ul>
1636         </div></td>
1637       <td><div align="left">
1638           <ul>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1641               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1645               overlapping alignment panel
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1649               sequence as gaps
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1653               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1654               UTR
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1658               factor annotation not added to sequence when local PDB
1659               file associated with it by drag'n'drop or structure
1660               chooser
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1664               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1668               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1672               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1676               columns in annotation row
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1680               not honored in batch mode
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1684               for structures added to existing Jmol view
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1688               entries after importing project with multiple views
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1692               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1693               with negative residue numbers or missing residues fails
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1697               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1698               files (e.g. as generated by CONSURF)
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1702               tooltip doesn't include a text description of mutation
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1706               structure and/or overview windows are also shown
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1710               regions very slow for alignments with large numbers of
1711               sequences
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1715               with 'StringIndexOutOfBounds'
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1719               Feel for OSX platforms running Java 10
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1723               view appears to do nothing because the view is hidden
1724               behind the alignment view
1725             </li>
1726           </ul>
1727           <em>Applet</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1731               should copy the group consensus when popup is opened on it
1732             </li>
1733           </ul>
1734           <em>Batch Mode</em>
1735           <ul>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1738               respected
1739             </li>
1740           </ul>
1741           <em>New Known Defects</em>
1742           <ul>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1745               editing a large alignment and overview is displayed
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1749               repeatedly after a series of edits even when the overview
1750               is no longer reflecting updates
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1754               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1755               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1756               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1760               CSV option gives blank output
1761             </li>
1762           </ul>
1763         </div></td>
1764     </tr>
1765     <tr>
1766       <td width="60" nowrap>
1767         <div align="center">
1768           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1769             <em>24/1/2018</em></strong>
1770         </div>
1771       </td>
1772       <td><div align="left">
1773           <ul>
1774             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1775               30th November 2018)</li>
1776           </ul>
1777         </div></td>
1778       <td><div align="left">
1779           <em>Desktop</em>
1780           <ul>
1781             <ul>
1782               <li>
1783                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1784                 several sequences and structures are selected for
1785                 viewing/superposing
1786               </li>
1787               <li>
1788                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1789                 vertically via trackpad and scrollwheel
1790               </li>
1791               <li>
1792                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1793                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1794                 start of alignment
1795               </li>
1796               <li>
1797                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1798                 scrolled into view if columns are hidden
1799               </li>
1800               <li>
1801                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1802                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1803                 hidden columns
1804               </li>
1805               <li>
1806                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1807                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1808                 effect
1809               </li>
1810               <li>
1811                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1812                 relationships when retrieving sequences from
1813                 EnsemblGenomes
1814               </li>
1815             </ul>
1816         </div></td>
1817     </tr>
1818     <tr>
1819       <td width="60" nowrap>
1820         <div align="center">
1821           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1822         </div>
1823       </td>
1824       <td><div align="left">
1825           <em></em>
1826           <ul>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1829               rendering of sequence features
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1833               429 rate limit request hander
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1837               their colours have changed
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1841               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1845               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1849               view from Ensembl locus cross-references
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1853               Alignment report
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1857               feature can be disabled
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1861               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1865               Uniprot
1866             </li>
1867           </ul>
1868           <em>Scripting</em>
1869           <ul>
1870             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1871             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1872               percent identity scores for current alignment.</li>
1873           </ul>
1874           <em>Testing and Deployment</em>
1875           <ul>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1878             </li>
1879           </ul>
1880         </div></td>
1881       <td><div align="left">
1882           <em>General</em>
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1886               threshold text field doesn't trigger an update to the
1887               alignment view
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1891               strings in parallel
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1895               alignment window is closed
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1899               group visibility
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1903               takes a long time in Cursor mode
1904             </li>
1905           </ul>
1906           <em>Desktop</em>
1907           <ul>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1910               cannot be viewed in Chimera
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1914               CDS/Protein view
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1918               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1919               Search Dialogs
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1929               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1933               scrolling right in unwapped alignment view
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1937               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1938               database
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1942               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1946               features of same type and group to be selected for
1947               amending
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1951               alignments when hidden columns are present
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1955               displaying several structures
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1959               moving a window
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1963               within the Jalview desktop on OSX
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1967               when in wrapped alignment mode
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1971               hand end of alignment
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1975               each selected sequence do not have correct start/end
1976               positions
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1980               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1984               restoring project until a new view is created
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1988               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1989               configured (since 2.10.2b2)
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1993               position is adjusted
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1997               in a multi-chain structure when viewing alignment
1998               involving more than one chain (since 2.10)
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2002               if new selection moves alignment window
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2006               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2010               that produces correctly annotated transcripts and products
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2014               doesn't update associated structure view
2015             </li>
2016           </ul>
2017           <em>Applet</em><br />
2018           <ul>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2021               closing alignment panel
2022             </li>
2023           </ul>
2024           <em>BioJSON</em><br />
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2028               non-positional features
2029             </li>
2030           </ul>
2031           <em>New Known Issues</em>
2032           <ul>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2035               sequence features correctly (for many previous versions of
2036               Jalview)
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2040               using cursor in wrapped panel other than top
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2044               graduated colour threshold
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2048               always preserve numbering and sequence features
2049             </li>
2050           </ul>
2051           <em>Known Java 9 Issues</em>
2052           <ul>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2055               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2056               9.01, OSX 10.10)
2057             </li>
2058           </ul>
2059         </div></td>
2060     </tr>
2061     <tr>
2062       <td width="60" nowrap>
2063         <div align="center">
2064           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2065             <em>2/10/2017</em></strong>
2066         </div>
2067       </td>
2068       <td><div align="left">
2069           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2070           <ul>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2073               at uniprot.org
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2077               ebi.ac.uk
2078             </li>
2079           </ul>
2080         </div></td>
2081       <td><div align="left"></div></td>
2082     </tr>
2083     <tr>
2084       <td width="60" nowrap>
2085         <div align="center">
2086           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2087             <em>7/9/2017</em></strong>
2088         </div>
2089       </td>
2090       <td><div align="left">
2091           <em></em>
2092           <ul>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2095               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2096               white)
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2100               Preferences
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2104               in size and progress bar shown as higher resolution
2105               overview is recalculated
2106             </li>
2107
2108           </ul>
2109         </div></td>
2110       <td><div align="left">
2111           <em></em>
2112           <ul>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2115               column region row by row
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2119               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2123               format setting is unticked
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2127               if group has show boxes format setting unticked
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2131               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2132               include sequences and columns not currently displayed
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2136               assemblies are imported via CIF file
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2140               displayed when threshold or conservation colouring is also
2141               enabled.
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2145               server version
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2149               dragging a selected region off the visible region of the
2150               alignment
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2154               colourscheme to all groups in a view
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2158               initially after font size change using the Font chooser or
2159               middle-mouse zoom
2160             </li>
2161           </ul>
2162         </div></td>
2163     </tr>
2164     <tr>
2165       <td width="60" nowrap>
2166         <div align="center">
2167           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2168         </div>
2169       </td>
2170       <td><div align="left">
2171           <em>Calculations</em>
2172           <ul>
2173
2174             <li>
2175               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2176               ungapped positions in each column of the alignment.
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2180               a calculation dialog box
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2184               and memory efficiency (~30x faster)
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2188               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2189               and other calculations
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2193               files within the Jalview codebase
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2197               Similarity may have different topology due to increased
2198               precision
2199             </li>
2200           </ul>
2201           <em>Rendering</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2205               model for alignments and groups
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2209               scripts
2210             </li>
2211           </ul>
2212           <em>Overview</em>
2213           <ul>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2216               with alignment and overview windows
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2220               overview
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2224               omitted in Overview
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2228               adjustment of visible position
2229             </li>
2230           </ul>
2231
2232           <em>Data import/export</em>
2233           <ul>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2236               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2240               annotation input/output via stockholm flatfile
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2244               extension when importing structure files without embedded
2245               names or PDB accessions
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2249               format sequence substitution matrices
2250             </li>
2251           </ul>
2252           <em>User Interface</em>
2253           <ul>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2256               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2257               the application.
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2261               via Overview or sequence motif search operations
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2265               opened by double clicking gaps within sequence feature
2266               extent
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2270               aligned positions were available to create a 3D structure
2271               superposition.
2272             </li>
2273           </ul>
2274           <em>3D Structure</em>
2275           <ul>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2278               coloured in linked structure views
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2282               file-based command exchange
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2286               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2287               structures are already available for sequences
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2291               the Jalview project rather than downloaded again when the
2292               project is reopened.
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2296               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2297               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2298                 Feature</strong>)
2299             </li>
2300           </ul>
2301           <em>Web Services</em>
2302           <ul>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2308               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2309               Analysis services
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2313               cross-references provided by identifiers.org and the
2314               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2315             </li>
2316           </ul>
2317
2318           <em>Scripting</em>
2319           <ul>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2322               identifying file formats (instead of String constants)
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2326               efficiency when counting all displayed features (not
2327               backwards compatible with 2.10.1)
2328             </li>
2329           </ul>
2330           <em>Example files</em>
2331           <ul>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2334               included in the example feature file
2335             </li>
2336           </ul>
2337           <em>Documentation</em>
2338           <ul>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2341               with the built-in Java help viewer
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2345               sequence description' option
2346             </li>
2347           </ul>
2348           <em>Test Suite</em>
2349           <ul>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2352               Uniprot REST Free Text Search Client
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2359               during tests
2360             </li>
2361           </ul>
2362         </div></td>
2363       <td><div align="left">
2364           <em>Calculations</em>
2365           <ul>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2368               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2369               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2370             </li>
2371             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2372               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2373               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2374               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2375               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2376               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2377               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2378               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2379               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2380               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2381               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2382               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2383               // for 2.10.1 mode <br />
2384               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2385               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2386                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2387                 calculations (not recommended)</em></li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2390               scaling of branch lengths for trees computed using
2391               Sequence Feature Similarity.
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2395               generating output report when working with highly
2396               redundant alignments
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2400               right of selected region when gaps present on right-hand
2401               boundary
2402             </li>
2403           </ul>
2404           <em>User Interface</em>
2405           <ul>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2408               doesn't reselect a specific sequence's associated
2409               annotation after it was used for colouring a view
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2413               opened on a region of alignment without groups
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2417               of an alignment with overlapping groups
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2421               name and description match
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2425               hidden regions results in incorrect hidden regions
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2429               changing colour does not apply Conservation slider value
2430               to all groups
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2434               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2438               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2442               gaps before start of features
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2446               restored to UI when feature colour is edited
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2450               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2454               as graduate feature colour settings are modified via the
2455               dialog box
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2459               when a group defined on the alignment is resized
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2463               wrapped view result in positional status updates
2464             </li>
2465
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2468               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2472               alignment included gapped columns
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2476               widgets don't permanently disappear
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2480               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2481               T-Coffee column reliability scores)
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2485               sequence feature on gaps only
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2489               button from a Find inherit previously defined feature type
2490               rather than the Find query string
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2494               exporting tree calculated in Jalview
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2498               and then revealing them reorders sequences on the
2499               alignment
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2503               doesn't update to reflect available set of groups after
2504               interactively adding or modifying features
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2508               Linux
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2512               only excluded gaps in current sequence and ignored
2513               selection.
2514             </li>
2515           </ul>
2516           <em>Rendering</em>
2517           <ul>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2520               erratically when hidden rows or columns are present
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2524               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2525               sequence colouring
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2529               colour and group colour menu for protein alignments
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2533               reflect currently selected view or group's shading
2534               thresholds
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2538               when rendered on overview and structures when opacity at
2539               100%
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2543               overview when features overlaid on alignment
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2547               recovered correctly from Jalview project file
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2551               opened (automatically via preferences) are different to
2552               the main alignment panel
2553             </li>
2554           </ul>
2555           <em>Data import/export</em>
2556           <ul>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2559               load
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2563               added after a sequence was imported are not written to
2564               Stockholm File
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2568               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2572               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2576               with lightGray or darkGray via features file (but can
2577               specify lightgray)
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2581               when alignment view imported from project
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2585               structure and sequences extracted from structure files
2586               imported via URL and viewed in Jmol
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2590               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2591               the project is loaded and the structure viewed
2592             </li>
2593           </ul>
2594           <em>Web Services</em>
2595           <ul>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2598               release of Ensembl v.88
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2602               appear enabled in Preferences->Connections
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2606               removed from console output
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2610               Ensembl by Peptide ID
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2614               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2615               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2616               due to 'null' string rather than empty string used for
2617               residues with no corresponding PDB mapping).
2618             </li>
2619           </ul>
2620           <em>Application UI</em>
2621           <ul>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2624               menu
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2628               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2629               new documentation and tooltips added)
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2633               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2637               new features are added to alignment
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2641               changes to feature colours via the Amend features dialog
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2645               edit graduated feature colour via amend features dialog
2646               box
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2650               selection menu changes colours of alignment views
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2654               from alignment calculation workers after alignment has
2655               been closed
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2659               groups now 'Create Group'
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2663               Create/Undefine group doesn't always work
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2667               shown again after pressing 'Cancel'
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2671               adjusts start position in wrap mode
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2675               ambiguous amino acids
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2679               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2680               proteins
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2684               Defined' don't appear in Colours menu
2685             </li>
2686           </ul>
2687           <em>Applet</em>
2688           <ul>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2691               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2695               overview or linked structure view
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2699               work (since 2.8)
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2703               user-defined colourscheme doesn't restore original
2704               colourscheme
2705             </li>
2706           </ul>
2707           <em>Test Suite</em>
2708           <ul>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2711               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2715               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2716               problems with deep array comparison equality asserts in
2717               successive versions of TestNG
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2721               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2722             </li>
2723           </ul>
2724           <em>New Known Issues</em>
2725           <ul>
2726             <li>
2727               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2728               phase after a sequence motif find operation
2729             </li>
2730             <li>
2731               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2732               containing just upper and lower case letters are
2733               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2737               reliably from eggnog Ortholog database
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2741               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2742               to mark columns containing highlighted regions.
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2746               doesn't always add secondary structure annotation.
2747             </li>
2748           </ul>
2749         </div>
2750     <tr>
2751       <td width="60" nowrap>
2752         <div align="center">
2753           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2754         </div>
2755       </td>
2756       <td><div align="left">
2757           <em>General</em>
2758           <ul>
2759             <li>
2760               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2761               for all consensus calculations
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2765               3rd Oct 2016)
2766             </li>
2767             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2768               for 2016-2017</li>
2769           </ul>
2770           <em>Application</em>
2771           <ul>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2774               set of database cross-references, sorted alphabetically
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2778               from database cross references. Users with custom links
2779               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2780                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2784               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2785               Chimera session
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2789               the Chimera it is connected to is shut down
2790             </li>
2791             <li>
2792               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2793               columns menu item to mark columns containing highlighted
2794               regions (e.g. from structure selections or results of a
2795               Find operation)
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2799               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2800               MSAviewer
2801             </li>
2802           </ul>
2803         </div></td>
2804       <td>
2805         <div align="left">
2806           <em>General</em>
2807           <ul>
2808             <li>
2809               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2810               are not coloured or thresholded according to percent
2811               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2812             </li>
2813             <li>
2814               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2815               hydrophobic
2816             </li>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2819               threshold, amino acid properties)
2820             </li>
2821             <li>
2822               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2823               reported as mapped to residues in a structure file in the
2824               View Mapping report
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2828               could be added multiple times to a sequence
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2832               bond features shown as two highlighted residues rather
2833               than a range in linked structure views, and treated
2834               correctly when selecting and computing trees from features
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2838               cross-references are matched to database name regardless
2839               of case
2840             </li>
2841
2842           </ul>
2843           <em>Application</em>
2844           <ul>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2847               names without regular expressions also offer links from
2848               Sequence ID
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2852               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2853               update Jalview configuration
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2857               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2861               files with similarly named sequences if dropped onto the
2862               alignment
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2866               entries where more chains exist in the PDB accession than
2867               are reported in the SIFTS file
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2871               the structure view when displayed with Chimera
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2875               panel's View->Show Chains submenu
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2879               work for wrapped alignment views
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2883               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2887               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2888               first annotation row
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2892               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2896               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2897             </li>
2898             <!-- JAL-2319 -->
2899             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2900             coordindate data
2901             </li>
2902           </ul>
2903           <!--           <em>New Known Issues</em>
2904           <ul>
2905             <li></li>
2906           </ul> -->
2907         </div>
2908       </td>
2909     </tr>
2910     <td width="60" nowrap>
2911       <div align="center">
2912         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2913           <em>25/10/2016</em></strong>
2914       </div>
2915     </td>
2916     <td><em>Application</em>
2917       <ul>
2918         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2919           view if structures already loaded</li>
2920         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2921           structure views</li>
2922       </ul></td>
2923     <td>
2924       <div align="left">
2925         <em>General</em>
2926         <ul>
2927           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2928             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2929           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2930             example sequences/projects/trees</li>
2931         </ul>
2932         <em>Application</em>
2933         <ul>
2934           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2935             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2936           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2937             without timeout for structures with multiple models or
2938             multiple sequences in alignment</li>
2939           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2940             PDB ID HEADER line</li>
2941           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2942             is performed</li>
2943           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2944             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2945           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2946           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2947             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2948             option</li>
2949           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2950             is created on the alignment</li>
2951           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2952             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2953             pop-up menu</li>
2954         </ul>
2955         <em>Build and deployment</em>
2956         <ul>
2957           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2958             tags</li>
2959         </ul>
2960         <em>New Known Issues</em>
2961         <ul>
2962           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2963             on Windows</li>
2964         </ul>
2965       </div>
2966     </td>
2967     </tr>
2968     <tr>
2969       <td width="60" nowrap>
2970         <div align="center">
2971           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2972         </div>
2973       </td>
2974       <td><em>General</em>
2975         <ul>
2976           <li>
2977             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2978           </li>
2979           <li>
2980             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2981             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2982             better PDB parsing.
2983           </li>
2984           <li>
2985             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2986             reference sequence
2987           </li>
2988           <li>
2989             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2990             mousing over sequence associated annotation
2991           </li>
2992           <li>
2993             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2994             for manual entry
2995           </li>
2996           <li>
2997             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2998             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2999             for each column
3000           </li>
3001           <li>
3002             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3003             showing or hiding columns containing a feature
3004           </li>
3005           <li>
3006             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3007             group and sequence associated annotation labels
3008           </li>
3009           <li>
3010             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3011             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3012             dialogs
3013           </li>
3014
3015         </ul> <em>Application</em>
3016         <ul>
3017           <li>
3018             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3019             gene/transcript view
3020           </li>
3021           <li>
3022             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3023             dialog
3024           </li>
3025           <li>
3026             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3027             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3028           </li>
3029           <li>
3030             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3031             Pfam sources to xfam.org
3032           </li>
3033           <li>
3034             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3035           </li>
3036           <li>
3037             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3038             over sequences in Jalview
3039           </li>
3040           <li>
3041             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3042             regions in ENA and EMBL
3043           </li>
3044           <li>
3045             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3046             for record retrieval via ENA rest API
3047           </li>
3048           <li>
3049             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3050             complement operator
3051           </li>
3052           <li>
3053             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3054             groovy script execution
3055           </li>
3056           <li>
3057             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3058             alignment window's Calculate menu
3059           </li>
3060           <li>
3061             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3062             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3063           </li>
3064           <li>
3065             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3066             calculation workers from groovy scripts
3067           </li>
3068           <li>
3069             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3070             Jalview projects
3071           </li>
3072           <li>
3073             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3074             associations are now saved/restored from project
3075           </li>
3076           <li>
3077             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3078             before sequence fetcher is opened
3079           </li>
3080           <li>
3081             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3082             database chooser opens a sequence fetcher
3083           </li>
3084           <li>
3085             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3086             the UniProt REST API
3087           </li>
3088           <li>
3089             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3090             the news reader opening
3091           </li>
3092           <li>
3093             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3094             querying stored in preferences
3095           </li>
3096           <li>
3097             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3098             search results
3099           </li>
3100           <li>
3101             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3102           </li>
3103           <li>
3104             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3105             menu for nucleotide sequences
3106           </li>
3107           <li>
3108             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3109             and feature counts preserves alignment ordering (and
3110             debugged for complex feature sets).
3111           </li>
3112           <li>
3113             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3114             viewing structures with Jalview 2.10
3115           </li>
3116           <li>
3117             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3118             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3119             Ensembl Genomes REST API
3120           </li>
3121           <li>
3122             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3123             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3124             (Ensembl)
3125           </li>
3126           <li>
3127             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3128             sequences
3129           </li>
3130           <li>
3131             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3132             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3133             data from external database records.
3134           </li>
3135           <li>
3136             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3137             efficient recovery of sequence coding and alignment
3138             annotation relationships.
3139           </li>
3140         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3141         <ul>
3142           <li>
3143             -- JAL---
3144           </li>
3145         </ul> --></td>
3146       <td>
3147         <div align="left">
3148           <em>General</em>
3149           <ul>
3150             <li>
3151               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3152               menu on OSX
3153             </li>
3154             <li>
3155               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3156               includes graduated colourschemes
3157             </li>
3158             <li>
3159               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3160               working with big alignments and lots of hidden columns
3161             </li>
3162             <li>
3163               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3164               at right of alignment window
3165             </li>
3166             <li>
3167               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3168               contents
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3172               for DNA alignments
3173             </li>
3174             <li>
3175               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3176               based tree calculation
3177             </li>
3178             <li>
3179               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3180               unconserved enabled for group on alignment
3181             </li>
3182             <li>
3183               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3184               set as reference
3185             </li>
3186             <li>
3187               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3188               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3189               annotation
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3193               hidden columns present
3194             </li>
3195             <li>
3196               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3197               user created annotation added to alignment
3198             </li>
3199             <li>
3200               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3201               '()' base pair annotation
3202             </li>
3203             <li>
3204               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3205               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3206               Consensus
3207             </li>
3208             <li>
3209               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3210               feature not working
3211             </li>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3214               beginning of sequence
3215             </li>
3216             <li>
3217               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3218               entry 3a6s
3219             </li>
3220             <li>
3221               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3222               from a tree when t-coffee scores are shown
3223             </li>
3224             <li>
3225               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3226               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3227             </li>
3228             <li>
3229               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3230               some structures
3231             </li>
3232             <li>
3233               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3234               to Clustal, PIR and PileUp output
3235             </li>
3236             <li>
3237               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3238               not visible causes alignment window to repaint
3239             </li>
3240             <li>
3241               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3242               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3243               scores associated with features and annotation rows
3244             </li>
3245             <li>
3246               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3247               calculation should be case independent
3248             </li>
3249             <li>
3250               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3251               columns
3252             </li>
3253             <li>
3254               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3255               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3256               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3260               problems when reference sequence defined and 'show
3261               non-conserved' enabled
3262             </li>
3263             <li>
3264               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3265               load even when Consensus calculation is disabled
3266             </li>
3267             <li>
3268               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3269               alignment does nothing
3270             </li>
3271           </ul>
3272           <em>Application</em>
3273           <ul>
3274             <li>
3275               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3276               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3277               yet fixed for El Capitan)
3278             </li>
3279             <li>
3280               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3281               output when running on non-gb/us i18n platforms
3282             </li>
3283             <li>
3284               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3285               hidden sequences as flat-file alignment
3286             </li>
3287             <li>
3288               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3289               launching Chimera
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3293               (also hotfix for 2.9.0b2)
3294             </li>
3295             <li>
3296               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3297               reference sequence defined
3298             </li>
3299             <li>
3300               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3301               alignments and views when revealing hidden columns
3302             </li>
3303             <li>
3304               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3305               view in a cDNA/Protein splitframe
3306             </li>
3307             <li>
3308               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3309               sequence from project when only one sequence is
3310               represented
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3314               in Structure Chooser
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3318               structure consensus didn't refresh annotation panel
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3322               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3323             </li>
3324             <li>
3325               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3326               dialogs format columns correctly, don't display array
3327               data, sort columns according to type
3328             </li>
3329             <li>
3330               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3331               file chooser is cancelled during an image export
3332             </li>
3333             <li>
3334               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3335               sequence name containing special characters
3336             </li>
3337             <li>
3338               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3339               case insensitive
3340             </li>
3341             <li>
3342               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3343               formatting don't wrap
3344             </li>
3345             <li>
3346               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3347               truncated so L looks like I in consensus annotation
3348             </li>
3349             <li>
3350               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3351               currently displayed features for the current selection or
3352               view
3353             </li>
3354             <li>
3355               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3356               after fetching cross-references, and restoring from
3357               project
3358             </li>
3359             <li>
3360               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3361               followed in the structure viewer
3362             </li>
3363             <li>
3364               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3365               splitframe not restored from project
3366             </li>
3367             <li>
3368               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3369               trailing end of protein alignment in transcript/product
3370               splitview when pad-gaps not enabled by default
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3374               is case dependent
3375             </li>
3376             <li>
3377               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3378               article has been read (reopened issue due to
3379               internationalisation problems)
3380             </li>
3381             <li>
3382               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3383               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3384               cross-references
3385             </li>
3386
3387             <li>
3388               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3389               alignment as HTML
3390             </li>
3391             <li>
3392               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3393               multiple structures are shown for one or more sequences.
3394             </li>
3395             <li>
3396               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3397               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3398               is enabled.
3399             </li>
3400             <li>
3401               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3402               specific PDB id for sequence
3403             </li>
3404             <li>
3405               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3406               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3407               columns' is disabled.
3408             </li>
3409             <li>
3410               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3411               selects lowest rather than highest resolution structures
3412               for each sequence
3413             </li>
3414             <li>
3415               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3416               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3417             </li>
3418             <li>
3419               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3420               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3421             </li>
3422             <li>
3423               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3424               after clicking on it to create new annotation for a
3425               column.
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3429               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3430             </li>
3431             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3432             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3433           </ul>
3434           <em>Applet</em>
3435           <ul>
3436             <li>
3437               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3438               hidden columns present before start of sequence
3439             </li>
3440             <li>
3441               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3442               (JSON jars)
3443             </li>
3444             <li>
3445               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3446               sequences are hidden in applet
3447             </li>
3448             <li>
3449               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3450               deployment on examples pages.
3451             </li>
3452           </ul>
3453         </div>
3454       </td>
3455     </tr>
3456     <tr>
3457       <td width="60" nowrap>
3458         <div align="center">
3459           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3460             <em>16/10/2015</em></strong>
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td><em>General</em>
3464         <ul>
3465           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3466             jars</li>
3467         </ul></td>
3468       <td>
3469         <div align="left">
3470           <em>Application</em>
3471           <ul>
3472             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3473               shown when tree is partitioned</li>
3474             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3475               multiple cDNA/Protein split views</li>
3476           </ul>
3477         </div>
3478       </td>
3479     </tr>
3480     <tr>
3481       <td width="60" nowrap>
3482         <div align="center">
3483           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3484             <em>8/10/2015</em></strong>
3485         </div>
3486       </td>
3487       <td><em>General</em>
3488         <ul>
3489           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3490             2.9</li>
3491         </ul> <em>Application</em>
3492         <ul>
3493           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3494           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3495           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3496         </ul> <em>Applet</em>
3497         <ul>
3498           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3499         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3500         <ul>
3501           <li>
3502             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3503             suite
3504           </li>
3505         </ul></td>
3506       <td>
3507         <div align="left">
3508           <em>General</em>
3509           <ul>
3510             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3511               incorrect when sequence start > 1</li>
3512             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3513               documentation</li>
3514             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3515             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3516               loading a features file containing HTML tags in feature
3517               description</li>
3518
3519           </ul>
3520           <em>Application</em>
3521           <ul>
3522             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3523               reimport</li>
3524             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3525               with 'trim retrieved sequences'</li>
3526             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3527               deleting selected columns</li>
3528             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3529               JNLP templates for webstart launch</li>
3530             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3531               unreleased structures for download or viewing</li>
3532             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3533               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3534             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3535               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3536             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3537               recovered from jalview project</li>
3538             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3539               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3540               alignment view</li>
3541             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3542               color schemes from BioJSON</li>
3543           </ul>
3544           <em>Applet</em>
3545           <ul>
3546             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3547               frame</li>
3548             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3549           </ul>
3550         </div>
3551       </td>
3552     </tr>
3553     <tr>
3554       <td><div align="center">
3555           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3556         </div></td>
3557       <td><em>General</em>
3558         <ul>
3559           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3560             alignments:
3561             <ul>
3562               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3563                 and DNA alignment views</li>
3564               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3565                 cDNA alignment views</li>
3566               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3567                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3568               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3569                 protein sequences</li>
3570             </ul>
3571           </li>
3572           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3573           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3574             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3575           <li>New alignment annotation file statements for
3576             reference sequences and marking hidden columns</li>
3577           <li>Reference sequence based alignment shading to
3578             highlight variation</li>
3579           <li>Select or hide columns according to alignment
3580             annotation</li>
3581           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3582           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3583             acid conservation row</li>
3584           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3585         </ul> <em>Application</em>
3586         <ul>
3587           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3588             <ul>
3589               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3590                 view with cDNA/Protein</li>
3591               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3592                 sequences are placed in the same alignment</li>
3593               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3594                 projects</li>
3595             </ul>
3596           </li>
3597
3598           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3599           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3600             Jalview windows</li>
3601
3602           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3603           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3604           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3605             be shown in VARNA</li>
3606
3607           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3608             as the active selected region</li>
3609
3610           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3611             similarity</li>
3612           <li>New Export options
3613             <ul>
3614               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3615                 region export in flat file generation</li>
3616
3617               <li>Export alignment views for display with the <a
3618                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3619
3620               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3621               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3622                 alignment figures to HTML</li>
3623           </li>
3624           <li>3D structure retrieval and display
3625             <ul>
3626               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3627                 Search API</li>
3628               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3629                 PDB structures for a sequence set</li>
3630             </ul>
3631           </li>
3632
3633           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3634             predictions</li>
3635           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3636             for one or a group of sequences</li>
3637           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3638             from the JPred4 web server</li>
3639           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3640             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3641             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3642           </li>
3643           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3644             VARNA 2D Structure'</li>
3645           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3646             Structure ..."</li>
3647
3648         </ul> <em>Applet</em>
3649         <ul>
3650           <li>New layout for applet example pages</li>
3651           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3652             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3653           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3654             Protein alignments</li>
3655         </ul> <em>Development and deployment</em>
3656         <ul>
3657           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3658           <li>Include installation type and git revision in build
3659             properties and console log output</li>
3660           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3661             storing BioJsMSA Templates</li>
3662           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3663         </ul></td>
3664       <td>
3665         <!-- <em>General</em>
3666         <ul>
3667         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3668         <ul>
3669           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3670           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3671           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3672             predictions are not highlighted in amber</li>
3673           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3674             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3675           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3676             associated structure views</li>
3677           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3678             width checkbox not enabled</li>
3679           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3680             creating user defined colours</li>
3681           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3682             mappings for just that viewer's sequences</li>
3683           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3684             multiple models in Chimera</li>
3685           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3686             over Jmol structure</li>
3687           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3688             output to text box</li>
3689           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3690             have incorrect sequence start/end</li>
3691           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3692             Jalview fails</li>
3693           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3694             work for nucleotide</li>
3695           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3696             to a grey/invisible alignment window</li>
3697           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3698             imports to different position</li>
3699           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3700             on some platforms</li>
3701           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3702             populated</li>
3703           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3704             console if Chimera has been opened</li>
3705           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3706           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3707             retrieved</li>
3708           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3709           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3710             either sequence shows on first structure</li>
3711           <li>'Show annotations' options should not make
3712             non-positional annotations visible</li>
3713           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3714             in right place after 'view flanking regions'</li>
3715           <li>File Save As type unset when current file format is
3716             unknown</li>
3717           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3718             projects</li>
3719           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3720             responsive</li>
3721           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3722             several views on same alignment</li>
3723           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3724           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3725             spaces</li>
3726         </ul> <em>Applet</em>
3727         <ul>
3728           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3729           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3730             descriptions containing angle brackets</li>
3731         </ul> <em>General</em>
3732         <ul>
3733           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3734             via jalview annotation file</li>
3735           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3736             with RNA secondary structure</li>
3737           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3738             translation doesn't work.</li>
3739           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3740           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3741             positions</li>
3742           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3743             choosing 1pt font</li>
3744           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3745             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3746             'h'</li>
3747           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3748             new feature</li>
3749           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3750             order dependent</li>
3751           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3752             sequences</li>
3753           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3754         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3755         <ul>
3756           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3757             www.jalview.org</li>
3758         </ul> <em>Application Known issues</em>
3759         <ul>
3760           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3761           <li>Misleading message appears after trying to delete
3762             solid column.</li>
3763           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3764             version launches</li>
3765           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3766             fails with a sequence mismatch</li>
3767           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3768             scrolling alignment to right</li>
3769           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3770             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3771           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3772             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3773           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3774             ultra-high resolution</li>
3775           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3776             quality and conservation</li>
3777           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3778             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3779         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3780         <ul>
3781           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3782           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3783             window is being resized</li>
3784
3785         </ul>
3786       </td>
3787     </tr>
3788     <tr>
3789       <td><div align="center">
3790           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3791         </div></td>
3792       <td><em>General</em>
3793         <ul>
3794           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3795             Certum.PL.</li>
3796           <li>Features and annotation preserved when performing
3797             pairwise alignment</li>
3798           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3799             imported/exported/displayed</li>
3800           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3801             protein secondary structure</li>
3802           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3803               post-hoc with 2.9 release</em>)
3804           </li>
3805
3806         </ul> <em>Application</em>
3807         <ul>
3808           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3809             with 3D structures</li>
3810           <li>Support for parsing RNAML</li>
3811           <li>Annotations menu for layout
3812             <ul>
3813               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3814               <li>place sequence annotation above/below alignment
3815                 annotation</li>
3816             </ul>
3817           <li>Output in Stockholm format</li>
3818           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3819             translation</li>
3820           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3821           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3822             shared between alignments</li>
3823           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3824             Jalview</li>
3825           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3826             all or current selection</li>
3827           <li>disorder and secondary structure predictions
3828             available as dataset annotation</li>
3829           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3830
3831
3832           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3833             alignments from Rfam</li>
3834           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3835
3836           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3837             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3838           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3839           <li>include installation type in build properties and
3840             console log output</li>
3841           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3842             annotation</li>
3843         </ul></td>
3844       <td>
3845         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3846         <ul>
3847           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3848             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3849           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3850             alignment</li>
3851           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3852           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3853           <li>Double click on sequence associated annotation
3854             selects only first column</li>
3855           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3856             leaves shown in tree</li>
3857           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3858             properly</li>
3859           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3860           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3861             screen and buttons not visible</li>
3862           <li>author list isn't updated if already written to
3863             Jalview properties</li>
3864           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3865             from database</li>
3866           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3867           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3868             browser search window</li>
3869           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3870             in feature settings dialog</li>
3871           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3872             desktop</li>
3873           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3874             pass validation</li>
3875           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3876             fit on screen</li>
3877           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3878             tooltip</li>
3879           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3880             defined user preset</li>
3881           <li>MSA web services warns user if they were launched
3882             with invalid input</li>
3883           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3884             Java 8</li>
3885           <li>
3886             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3887             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3888             created
3889           </li>
3890
3891         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3892         <ul>
3893         </ul> <em>General</em>
3894         <ul>
3895         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3896         <ul>
3897           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3898             memory allocation</li>
3899           <li>launchApp service doesn't automatically open
3900             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3901           <li>
3902             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3903             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3904             1.7_055 is available
3905           </li>
3906         </ul> <em>Application Known issues</em>
3907         <ul>
3908           <li>
3909             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3910             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3911             alignment to right
3912           </li>
3913           <li>
3914             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3915             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3916             with large number of ID
3917           </li>
3918           <li>
3919             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3920             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3921             start/end
3922           </li>
3923           <li>
3924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3925             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3926             structure tracks are rearranged
3927           </li>
3928           <li>
3929             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3930             invalid rna structure positional highlighting does not
3931             highlight position of invalid base pairs
3932           </li>
3933           <li>
3934             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3935             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3936             project from alignment window file menu
3937           </li>
3938           <li>
3939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3940             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3941             structures
3942           </li>
3943           <li>
3944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3945             colour by RNA Helices not enabled when user created
3946             annotation added to alignment
3947           </li>
3948           <li>
3949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3950             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3951           </li>
3952         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3953         <ul>
3954           <li>
3955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3956             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3957           </li>
3958           <li>
3959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3960             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3961           </li>
3962
3963           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3964             when selected</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967     </tr>
3968     <tr>
3969       <td><div align="center">
3970           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3971         </div></td>
3972       <td>
3973         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3974         <em>General</em>
3975         <ul>
3976           <li>Internationalisation of user interface (usually
3977             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3978           <li>Define/Undefine group on current selection with
3979             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3980           <li>Improved group creation/removal options in
3981             alignment/sequence Popup menu</li>
3982           <li>Sensible precision for symbol distribution
3983             percentages shown in logo tooltip.</li>
3984           <li>Annotation panel height set according to amount of
3985             annotation when alignment first opened</li>
3986         </ul> <em>Application</em>
3987         <ul>
3988           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3989             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3990           <li>Select columns containing particular features from
3991             Feature Settings dialog</li>
3992           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3993             sequences</li>
3994           <li>Update Jalview project format:
3995             <ul>
3996               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3997               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3998                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3999               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4000                 colouring</li>
4001             </ul>
4002           </li>
4003           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4004             (PAM250)</li>
4005           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4006             flanking regions for an alignment</li>
4007         </ul>
4008       </td>
4009       <td>
4010         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4011         <ul>
4012           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4013             running after job is cancelled</li>
4014           <li>cannot export features from alignments imported from
4015             Jalview/VAMSAS projects</li>
4016           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4017             float values</li>
4018           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4019             have 'display all symbols' flag set</li>
4020           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4021             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4022           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4023             Jalview</li>
4024           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4025             Lion/Webstart</li>
4026           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4027           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4028           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4029             alignment onto desktop</li>
4030           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4031             'extract scores' function</li>
4032           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4033             alignment window</li>
4034           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4035             performing IUPred disorder prediction</li>
4036           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4037             changing 'normalise logo' display setting</li>
4038           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4039             nothing matches query</li>
4040           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4041             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4042           </li>
4043           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4044             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4045           </li>
4046           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4047             Jalview's menu</li>
4048           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4049             'invalid literal/length code'</li>
4050           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4051             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4052           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4053             colourscheme</li>
4054
4055         </ul> <em>Applet</em>
4056         <ul>
4057           <li>Remove group option is shown even when selection is
4058             not a group</li>
4059           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4060             don't affect groups</li>
4061           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4062             colourscheme name</li>
4063           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4064             Annotation panel is not displayed</li>
4065           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4066             embedded windows</li>
4067         </ul> <em>Other</em>
4068         <ul>
4069           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4070             single sequence were not calculated</li>
4071           <li>annotation files that contain only groups imported as
4072             annotation and junk sequences</li>
4073           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4074             recognised as PFAM or BLC</li>
4075           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4076             doesn't affect background (2.8.0b1)
4077           <li></li>
4078           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4079           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4080             trailing gaps</li>
4081           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4082             registered correctly on import</li>
4083           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4084             certain alignments</li>
4085           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4086             existing annotation based 'use original colours'
4087             colourscheme loses original colours setting</li>
4088         </ul>
4089       </td>
4090     </tr>
4091     <tr>
4092       <td><div align="center">
4093           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4094             <em>30/1/2014</em></strong>
4095         </div></td>
4096       <td>
4097         <ul>
4098           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4099             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4100             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4101             open source project).
4102           </li>
4103           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4104           <li>Output in Stockholm format</li>
4105           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4106           <li>Export/import group and sequence associated line
4107             graph thresholds</li>
4108           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4109             ambiguity codes</li>
4110           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4111             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4112             works</li>
4113           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4114         </ul> <em>Other improvements</em>
4115         <ul>
4116           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4117           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4118             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4119           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4120             files</li>
4121           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4122           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4123             link but no description</li>
4124           <li>Select primary source when selecting authority in
4125             database fetcher GUI</li>
4126           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4127             Jalview</li>
4128           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4129         </ul>
4130       </td>
4131       <td>
4132         <ul>
4133           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4134             displayed</li>
4135           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4136             secondary structure annotation line</li>
4137           <li>Sequence database accessions not imported when
4138             fetching alignments from Rfam</li>
4139           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4140             identical IDs</li>
4141           <li>View all structures does not always superpose
4142             structures</li>
4143           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4144             reflect user or preset settings</li>
4145           <li>Null pointer exceptions for some services without
4146             presets or adjustable parameters</li>
4147           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4148             discover PDB xRefs</li>
4149           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4150             features with DAS</li>
4151           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4152             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4153           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4154             residue follows a gap</li>
4155           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4156             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4157           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4158             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4159           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4160             annotation already exists on alignment</li>
4161           <li>oninit javascript function should be called after
4162             initialisation completes</li>
4163           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4164             alignment window display</li>
4165           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4166           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4167             to annotation file</li>
4168           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4169             groups created</li>
4170           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4171             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4172           <li>Pressing return several times causes Number Format
4173             exceptions in keyboard mode</li>
4174           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4175             correct partitions for input data</li>
4176           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4177           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4178           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4179           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4180             mode</li>
4181           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4182             changes one row&#39;s threshold</li>
4183           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4184             doesn&#39;t open</li>
4185           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4186             quality histograms</li>
4187         </ul>
4188       </td>
4189     </tr>
4190     <tr>
4191       <td><div align="center">
4192           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4193         </div></td>
4194       <td><em>Application</em>
4195         <ul>
4196           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4197             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4198           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4199             preferences</li>
4200           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4201             in Jalview alignment window</li>
4202           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4203             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4204           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4205             RNA and ambiguity codes</li>
4206
4207           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4208           <li>Support fetching and database reference look up
4209             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4210             refs')</li>
4211           <li>Jalview project improvements
4212             <ul>
4213               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4214                 flag for annotation</li>
4215               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4216                 alignment</li>
4217               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4218                 Jalview project</li>
4219
4220             </ul>
4221           </li>
4222           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4223           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4224             running</li>
4225           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4226           <li>visual indication that web service results are still
4227             being retrieved from server</li>
4228           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4229             starts up for first time</li>
4230           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4231             services</li>
4232           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4233             client library</li>
4234           <li>Examples directory and Groovy library included in
4235             InstallAnywhere distribution</li>
4236         </ul> <em>Applet</em>
4237         <ul>
4238           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4239             visualization applet example</li>
4240         </ul> <em>General</em>
4241         <ul>
4242           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4243           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4244             defaults</li>
4245           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4246             calculation</li>
4247           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4248             matrices
4249           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4250             in HTML</li>
4251           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4252             structure contacts</li>
4253           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4254           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4255           <li>Parse sequence associated secondary structure
4256             information in Stockholm files</li>
4257           <li>HTML Export database accessions and annotation
4258             information presented in tooltip for sequences</li>
4259           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4260             style RNA alignment files</li>
4261           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4262             alignment</li>
4263           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4264             shade each sequence according to its associated alignment
4265             annotation</li>
4266           <li>New Jalview Logo</li>
4267         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4268         <ul>
4269           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4270           <li>New Website!</li>
4271         </ul></td>
4272       <td><em>Application</em>
4273         <ul>
4274           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4275             wsdbfetch REST service</li>
4276           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4277           <li>Filetype associations not installed for webstart
4278             launch</li>
4279           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4280             job execution in full once it is complete</li>
4281           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4282             uploaded via ali_file parameter</li>
4283           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4284           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4285           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4286             submitted for prediction</li>
4287           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4288             desktop window</li>
4289           <li>Putting fractional value into integer text box in
4290             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4291           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4292             windows 7</li>
4293           <li>View all structures fails with exception shown in
4294             structure view</li>
4295           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4296             escaped in a platform independent way</li>
4297           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4298             using proxy</li>
4299           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4300             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4301           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4302             failure when java web start temporary file caching is
4303             disabled</li>
4304           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4305             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4306           <li>Errors during processing of command line arguments
4307             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4308           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4309             DAS sources in sequence fetcher</li>
4310           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4311             dialog is shown</li>
4312           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4313           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4314           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4315           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4316             on OSX Mountain Lion</li>
4317           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4318             sequences with alignment annotation are pasted into the
4319             alignment</li>
4320           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4321             when loaded from Jalview project</li>
4322           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4323           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4324             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4325           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4326             associated with all views</li>
4327           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4328             annotation rows to new window</li>
4329         </ul> <em>Applet</em>
4330         <ul>
4331           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4332             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4333           <li>loading features via javascript API automatically
4334             enables feature display</li>
4335           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4336             work</li>
4337         </ul> <em>General</em>
4338         <ul>
4339           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4340           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4341             and then deselected</li>
4342           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4343           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4344             coloured with clustalx</li>
4345           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4346             exceptions and redraw errors</li>
4347           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4348             reconfigured view</li>
4349           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4350             colour</li>
4351           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4352             for lots of labels</li>
4353         </ul>
4354     </tr>
4355     <tr>
4356       <td>
4357         <div align="center">
4358           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4359         </div>
4360       </td>
4361       <td><em>Application</em>
4362         <ul>
4363           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4364           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4365           <li>View/alignment association menu to enable user to
4366             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4367             its colours/correspondences from</li>
4368           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4369           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4370             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4371           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4372           <li>Annotation row column label formatting attributes
4373             stored in project file</li>
4374           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4375             rows preserved in Jalview project file</li>
4376           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4377             saved using Desktop window menu</li>
4378           <li>Visual indication that command line arguments are
4379             still being processed</li>
4380           <li>Groovy script execution from URL</li>
4381           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4382             preferences</li>
4383           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4384             alignment with sequences that have high similarity and
4385             matching IDs</li>
4386           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4387           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4388             structures in same window</li>
4389           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4390           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4391             analysis function in its own submenu</li>
4392         </ul> <em>Applet</em>
4393         <ul>
4394           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4395             groups</li>
4396           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4397           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4398           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4399           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4400           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4401             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4402           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4403           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4404             parameters are treated as such</li>
4405           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4406             <ul>
4407               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4408               <li>Javascript callbacks for
4409                 <ul>
4410                   <li>Applet initialisation</li>
4411                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4412                 </ul>
4413               </li>
4414               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4415                 functions</li>
4416               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4417               <li>javascript structure viewer harness to pass
4418                 messages between Jmol and Jalview when running as
4419                 distinct applets</li>
4420               <li>sortBy method</li>
4421               <li>Set of applet and application examples shipped
4422                 with documentation</li>
4423               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4424                 javascript message exchange</li>
4425             </ul>
4426         </ul> <em>General</em>
4427         <ul>
4428           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4429             multiple alignments</li>
4430           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4431           <li>User configurable link to enable redirects to a
4432             www.Jalview.org mirror</li>
4433           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4434           <li>Configurable newline string when writing alignment
4435             and other flat files</li>
4436           <li>Allow alignment annotation description lines to
4437             contain html tags</li>
4438         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4439         <ul>
4440           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4441             examples</li>
4442           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4443             using a web service before displaying the result in the
4444             Jalview desktop</li>
4445           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4446           <li>Ant target to publish example html files with applet
4447             archive</li>
4448           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4449           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4450         </ul></td>
4451       <td><em>Application</em>
4452         <ul>
4453           <li>User defined colourscheme throws exception when
4454             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4455           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4456             dialog for valid filename/format</li>
4457           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4458           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4459             P37173</li>
4460           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4461             which sequence is to be associated with the file</li>
4462           <li>Find All raises null pointer exception when query
4463             only matches sequence IDs</li>
4464           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4465           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4466             2.4 cannot be loaded</li>
4467           <li>Filetype associations not installed for webstart
4468             launch</li>
4469           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4470             with sequences in different alignments do not get coloured
4471             by their associated sequence</li>
4472           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4473             not preserved when project is loaded</li>
4474           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4475             stored in Jalview project</li>
4476           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4477             Jalview project</li>
4478           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4479           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4480             by conservation</li>
4481           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4482             created on new view</li>
4483           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4484             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4485           <li>Alignment quality not updated after alignment
4486             annotation row is hidden then shown</li>
4487           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4488             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4489           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4490             properly</li>
4491           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4492             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4493           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4494           <li>Structures imported from file and saved in project
4495             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4496           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4497             job execution in full once it is complete</li>
4498         </ul> <em>Applet</em>
4499         <ul>
4500           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4501             annotation rows are displayed</li>
4502           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4503             codebase</li>
4504           <li>View follows highlighting does not work for positions
4505             in sequences</li>
4506           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4507           <li>Export features raises exception when no features
4508             exist</li>
4509           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4510             for javascript api is modified when separator string
4511             provided as parameter</li>
4512           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4513             alignment with no existing selection</li>
4514           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4515             to applet&#39;s codebase</li>
4516           <li>Status bar not updated after finished searching and
4517             search wraps around to first result</li>
4518           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4519             several Jalview applets causes race conditions and memory
4520             leaks</li>
4521           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4522             not sent from Jmol in applet</li>
4523           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4524             applet API fatally hang browser</li>
4525         </ul> <em>General</em>
4526         <ul>
4527           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4528             position with wrapped view and hidden regions</li>
4529           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4530             with/without hidden columns</li>
4531           <li>Sequence length given in alignment properties window
4532             is off by 1</li>
4533           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4534             import PDB like structure files</li>
4535           <li>Positional search results are only highlighted
4536             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4537           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4538           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4539             given sequence position</li>
4540           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4541             output</li>
4542           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4543             from nucleotide chains correctly</li>
4544           <li>Structure colours not updated when tree partition
4545             changed in alignment</li>
4546           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4547             parsed in interleaved stockholm</li>
4548           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4549             state</li>
4550           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4551             properly</li>
4552           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4553             properly associated with their pdb files</li>
4554         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4555         <ul>
4556           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4557             ApplyCopyright tool</li>
4558         </ul></td>
4559     </tr>
4560     <tr>
4561       <td>
4562         <div align="center">
4563           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4564         </div>
4565       </td>
4566       <td><em>Application</em>
4567         <ul>
4568           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4569             contact web services</li>
4570           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4571             service job window</li>
4572           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4573         </ul></td>
4574       <td>
4575         <ul>
4576           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4577             pir file emitted by Jalview</li>
4578           <li>Existing feature settings transferred to new
4579             alignment view created from cut'n'paste</li>
4580           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4581             parsing PDB files</li>
4582           <li>Consensus and conservation annotation rows
4583             occasionally become blank for all new windows</li>
4584           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4585             in wrapped view mode</li>
4586         </ul> <em>Application</em>
4587         <ul>
4588           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4589             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4590           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4591             parameter names</li>
4592           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4593             is down</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596     </tr>
4597     <tr>
4598       <td>
4599         <div align="center">
4600           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4601         </div>
4602       </td>
4603       <td><em>Application</em>
4604         <ul>
4605           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4606             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4607             (JABAWS)
4608           </li>
4609           <li>Web Services preference tab</li>
4610           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4611             preferences</li>
4612           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4613           <li>Superpose structures using associated sequence
4614             alignment</li>
4615           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4616             viewer</li>
4617         </ul> <em>Applet</em>
4618         <ul>
4619           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4620             link out mechanism</li>
4621         </ul> <em>Other</em>
4622         <ul>
4623           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4624             series 12</li>
4625           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4626             require Java 1.5</li>
4627           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4628             sequence annotation files</li>
4629           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4630             type colour specification</li>
4631           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4632             script to check if it being run in an interactive session or
4633             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4634         </ul></td>
4635       <td>
4636         <ul>
4637           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4638             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4639         </ul> <em>Application</em>
4640         <ul>
4641           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4642             selected Regions menu item</li>
4643           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4644             part of a valid accession ID</li>
4645           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4646             runs out of memory</li>
4647           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4648             analysis results</li>
4649           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4650             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4651           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4652         </ul> <em>Applet</em>
4653         <ul>
4654           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4655             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4656             defined.</li>
4657         </ul>
4658       </td>
4659     </tr>
4660     <tr>
4661       <td>
4662         <div align="center">
4663           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4664         </div>
4665       </td>
4666       <td></td>
4667       <td>
4668         <ul>
4669           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4670             sequence IDs</li>
4671           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4672             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4673           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4674             import correctly</li>
4675           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4676             number of columns are hidden</li>
4677           <li>annotation label popup menu not providing correct
4678             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4679             present</li>
4680           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4681             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4682           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4683             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4684
4685         </ul> <em>Applet</em>
4686         <ul>
4687           <li>annotation panel disappears when annotation is
4688             hidden/removed</li>
4689         </ul> <em>Application</em>
4690         <ul>
4691           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4692             alignment opened where annotation panel is visible but no
4693             annotations are present on alignment</li>
4694           <li>pasted region containing hidden columns is
4695             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4696           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4697             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4698           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4699             selected Rregions menu item.</li>
4700           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4701             'Un' or 'Non'conserved</li>
4702           <li>Sequence feature settings are being shared by
4703             multiple distinct alignments</li>
4704           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4705             changed</li>
4706           <li>double click on group annotation to select sequences
4707             does not propagate to associated trees</li>
4708           <li>Mac OSX specific issues:
4709             <ul>
4710               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4711                 window background</li>
4712               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4713                 name set correctly</li>
4714               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4715                 save feature colourscheme button</li>
4716             </ul>
4717           </li>
4718         </ul>
4719       </td>
4720     </tr>
4721     <tr>
4722
4723       <td>
4724         <div align="center">
4725           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4726         </div>
4727       </td>
4728       <td><em>New Capabilities</em>
4729         <ul>
4730           <li>URL links generated from description line for
4731             regular-expression based URL links (applet and application)
4732
4733
4734           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4735             menu</li>
4736           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4737             structures</li>
4738           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4739             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4740           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4741             average score or total feature count for each sequence.</li>
4742           <li>Shading features by score or associated description</li>
4743           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4744             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4745           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4746             hide everything but the currently selected region.</li>
4747           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4748         </ul> <em>Application</em>
4749         <ul>
4750           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4751             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4752           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4753             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4754           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4755             database references and protein_name is parsed as
4756             description line (BioSapiens terms).</li>
4757           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4758             references in sequence ID tooltip from View menu in
4759             application.</li>
4760           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4761       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4762           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4763             conservation plots</li>
4764           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4765             and visualized as sequence logos</li>
4766           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4767             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4768           </li>
4769           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4770             when a new tree is opened.</li>
4771           <li>Jalview Java Console</li>
4772           <li>Better placement of desktop window when moving
4773             between different screens.</li>
4774           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4775             consensus annotation</li>
4776           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4777             Workflows</li>
4778           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4779             <ul>
4780               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4781                 used to preserve views, structures, and tree display
4782                 settings)</li>
4783               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4784                 command line</li>
4785               <li>Sharing of selected regions between views and
4786                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4787               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4788             </ul></li>
4789         </ul> <em>Applet</em>
4790         <ul>
4791           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4792           <li>New Parameters
4793             <ul>
4794               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4795                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4796                 opened.</li>
4797               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4798                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4799               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4800                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4801               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4802                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4803                 view</li>
4804               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4805                 increase the height or width of a cell in the alignment
4806                 grid relative to the current font size.</li>
4807             </ul>
4808           </li>
4809           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4810             tooltip</li>
4811         </ul> <em>Other</em>
4812         <ul>
4813           <li>Features format: graduated colour definitions and
4814             specification of feature scores</li>
4815           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4816             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4817             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4818           <li>XML formats extended to support graduated feature
4819             colourschemes, group associated annotation, and profile
4820             visualization settings.</li></td>
4821       <td>
4822         <ul>
4823           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4824             rather than description</li>
4825           <li>Non-positional features are now included in sequence
4826             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4827             visibility in tooltip).</li>
4828           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4829           <li>Added URL embedding instructions to features file
4830             documentation.</li>
4831           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4832             'X' in peptide product</li>
4833           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4834             sequence ID and sequence string and query strings do not
4835             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4836           <li>AMSA files only contain first column of
4837             multi-character column annotation labels</li>
4838           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4839             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4840             exported and re-imported)</li>
4841           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4842             name</li>
4843           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4844             as subsequence matches, and correctly reports total number
4845             of both.</li>
4846           <li>Application:
4847             <ul>
4848               <li>Better handling of exceptions during sequence
4849                 retrieval</li>
4850               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4851                 link text excludes the start_end suffix</li>
4852               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4853                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4854               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4855               <li>Sequence description lines properly shared via
4856                 VAMSAS</li>
4857               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4858                 data sources</li>
4859               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4860                 completes before alignment figures are generated.</li>
4861               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4862                 first time.</li>
4863               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4864                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4865               <li>User defined group colours properly recovered
4866                 from Jalview projects.</li>
4867             </ul>
4868           </li>
4869         </ul>
4870       </td>
4871
4872     </tr>
4873     <tr>
4874       <td>
4875         <div align="center">
4876           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4877         </div>
4878       </td>
4879       <td>
4880         <ul>
4881           <li>Experimental support for google analytics usage
4882             tracking.</li>
4883           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4884         </ul>
4885       </td>
4886       <td>
4887         <ul>
4888           <li>Race condition in applet preventing startup in
4889             jre1.6.0u12+.</li>
4890           <li>Exception when feature created from selection beyond
4891             length of sequence.</li>
4892           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4893           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4894             all sequences with a given id</li>
4895           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4896             ID string searches</li>
4897           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4898             alignment to fail with exception</li>
4899         </ul> <em>Application Issues</em>
4900         <ul>
4901           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4902           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4903             data sources</li>
4904         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4905         <ul>
4906           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4907             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4908           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4909             version (java class versioning error fixed)</li>
4910         </ul>
4911       </td>
4912     </tr>
4913     <tr>
4914       <td>
4915
4916         <div align="center">
4917           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4918         </div>
4919       </td>
4920       <td><em>User Interface</em>
4921         <ul>
4922           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4923             translation and protein products</li>
4924           <li>Linked highlighting of structure associated with
4925             residue mapping to codon position</li>
4926           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4927             and 'clear' button</li>
4928           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4929             Tools menu</li>
4930           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4931             numeric data in description line</li>
4932           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4933           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4934             of sequence</li>
4935         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4936         <ul>
4937           <li>JPred3 web service</li>
4938           <li>Prototype sequence search client (no public services
4939             available yet)</li>
4940           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4941             PFAM</li>
4942           <li>URL Links created for matching database cross
4943             references as well as sequence ID</li>
4944           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4945         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4946         <ul>
4947           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4948             databases</li>
4949           <li>Generalised database reference retrieval and
4950             validation to all fetchable databases</li>
4951           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4952             sequence command</li>
4953         </ul> <em>Import and Export</em>
4954         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4955         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4956           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4957         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4958           File</li>
4959         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4960           triplet as name of colourscheme</li>
4961         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4962         <ul>
4963           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4964           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4965             alignments (experimental)</li>
4966           <li>Create new or select existing session to join</li>
4967           <li>load and save of vamsas documents</li>
4968         </ul> <em>Application command line</em>
4969         <ul>
4970           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4971             from applet)</li>
4972           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4973             of DAS servers to query for alignment features</li>
4974           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4975             that are also automatically queried for features</li>
4976           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4977             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4978         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4979         <ul>
4980           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4981             application (when using &quot;View in full
4982             application&quot;)</li>
4983         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4984         <ul>
4985           <li>feature group display control parameter</li>
4986           <li>debug parameter</li>
4987           <li>showbutton parameter</li>
4988         </ul> <em>Applet API methods</em>
4989         <ul>
4990           <li>newView public method</li>
4991           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4992           <li>Feature display control methods</li>
4993           <li>get list of currently selected sequences</li>
4994         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4995         <ul>
4996           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4997           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4998             Jalview release.</li>
4999           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5000             property controls execution of obfuscator</li>
5001           <li>Build target for generating source distribution</li>
5002           <li>Debug flag for javacc</li>
5003           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5004             jalview.bin.Cache</li>
5005           <li>Continuous Build Integration for stable and
5006             development version of Application, Applet and source
5007             distribution</li>
5008         </ul></td>
5009       <td>
5010         <ul>
5011           <li>selected region output includes visible annotations
5012             (for certain formats)</li>
5013           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5014             for editing</li>
5015           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5016           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5017           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5018           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5019             comments</li>
5020           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5021             filenames containing a ':'</li>
5022           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5023             global sequence features</li>
5024           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5025             references from alignment sequences goes to zero</li>
5026           <li>Close of tree branch colour box without colour
5027             selection causes cascading exceptions</li>
5028           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5029           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5030             file parsing fails.</li>
5031           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5032           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5033             not a valid output format</li>
5034           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5035             vamsas</li>
5036           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5037           <li>error messages passed up and output when data read
5038             fails</li>
5039           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5040             sequence is edited</li>
5041           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5042             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5043           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5044             filetype</li>
5045           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5046             import fixed for PFAM records</li>
5047           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5048             window list</li>
5049           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5050             can be read and written correctly to annotation file</li>
5051           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5052             correctly</li>
5053           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5054             non-italic font for representatives in Applet</li>
5055           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5056             Macs.</li>
5057           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5058             Applet)</li>
5059           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5060             due to null pointer exceptions</li>
5061           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5062             first column of alignment</li>
5063           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5064             July 2008</li>
5065           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5066             file is case-insensitive</li>
5067           <li>Sequence features read from Features file appended to
5068             all sequences with matching IDs</li>
5069           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5070             containing a sub-sequence</li>
5071           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5072           <li>feature and annotation file applet parameters
5073             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5074           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5075           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5076             splash-screen version check to complete</li>
5077           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5078             when passing them to the launchApp service</li>
5079           <li>display name and local features preserved in results
5080             retrieved from web service</li>
5081           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5082             sequence fetcher initialisation</li>
5083           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5084             dasobert DAS client</li>
5085           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5086             association</li>
5087           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5088             sequences
5089           </li>
5090         </ul>
5091       </td>
5092     </tr>
5093     <tr>
5094       <td>
5095         <div align="center">
5096           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5097         </div>
5098       </td>
5099       <td>
5100         <ul>
5101           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5102           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5103           <li>Slide sequences</li>
5104           <li>Edit sequence in place</li>
5105           <li>EMBL CDS features</li>
5106           <li>DAS Feature mapping</li>
5107           <li>Feature ordering</li>
5108           <li>Alignment Properties</li>
5109           <li>Annotation Scores</li>
5110           <li>Sort by scores</li>
5111           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5112         </ul>
5113       </td>
5114       <td>
5115         <ul>
5116           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5117           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5118           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5119           <li>Feature group display state in XML</li>
5120           <li>Feature ordering in XML</li>
5121           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5122           <li>Stockholm alignment properties</li>
5123           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5124           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5125           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5126           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5127         </ul>
5128       </td>
5129
5130     </tr>
5131     <tr>
5132       <td>
5133         <div align="center">
5134           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5135         </div>
5136       </td>
5137       <td>
5138         <ul>
5139           <li>Non standard characters can be read and displayed
5140           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5141             applet via textbox
5142           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5143             name &amp; description
5144           <li>Preference setting to display sequence name in
5145             italics
5146           <li>Annotation file format extended to allow
5147             Sequence_groups to be defined
5148           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5149             specified in preferences
5150           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5151             sequences
5152         </ul>
5153       </td>
5154       <td>
5155         <ul>
5156           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5157             installed
5158           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5159           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5160         </ul>
5161       </td>
5162     </tr>
5163     <tr>
5164       <td>
5165         <div align="center">
5166           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5167         </div>
5168       </td>
5169       <td>
5170         <ul>
5171           <li>Multiple views on alignment
5172           <li>Sequence feature editing
5173           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5174           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5175           <li>Background dependent text colour
5176           <li>Right align sequence ids
5177           <li>User-defined lower case residue colours
5178           <li>Format Menu
5179           <li>Select Menu
5180           <li>Menu item accelerator keys
5181           <li>Control-V pastes to current alignment
5182           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5183           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5184           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5185
5186
5187           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5188         </ul>
5189       </td>
5190       <td>
5191         <ul>
5192           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5193           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5194             calculations
5195           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5196             edits
5197           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5198             of alignment)
5199           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5200
5201
5202           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5203             display correctly
5204           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5205           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5206             analysis results
5207           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5208             &#8739;
5209           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5210           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5211           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5212
5213
5214         </ul>
5215       </td>
5216     </tr>
5217     <tr>
5218       <td>
5219         <div align="center">
5220           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5221         </div>
5222       </td>
5223       <td>
5224         <ul>
5225           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5226         </ul>
5227       </td>
5228       <td>
5229         <ul>
5230           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5231             sequence id panel has been resized</li>
5232           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5233             rendered</li>
5234           <li>Annotation files with sequence references - all
5235             elements in file are relative to sequence position</li>
5236           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5237         </ul>
5238       </td>
5239     </tr>
5240     <tr>
5241       <td>
5242         <div align="center">
5243           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5244         </div>
5245       </td>
5246       <td>
5247         <ul>
5248           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5249           <li>DAS Feature fetching</li>
5250           <li>Hide sequences and columns</li>
5251           <li>Export Annotations and Features</li>
5252           <li>GFF file reading / writing</li>
5253           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5254             files</li>
5255           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5256           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5257           <li>Applet can launch the full application</li>
5258           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5259             required)</li>
5260           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5261           <li>Applet can load sequences from parameter
5262             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5263           </li>
5264         </ul>
5265       </td>
5266       <td>
5267         <ul>
5268           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5269           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5270           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5271         </ul>
5272       </td>
5273     </tr>
5274     <tr>
5275       <td>
5276         <div align="center">
5277           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5278         </div>
5279       </td>
5280       <td>
5281         <ul>
5282           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5283           <li>Choose to match case when searching</li>
5284           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5285             expand the visible width and height of the alignment</li>
5286         </ul>
5287       </td>
5288       <td>
5289         <ul>
5290           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5291         </ul>
5292       </td>
5293     </tr>
5294     <tr>
5295       <td>
5296         <div align="center">
5297           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5298         </div>
5299       </td>
5300       <td>&nbsp;</td>
5301       <td>
5302         <ul>
5303           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5304           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5305             value</li>
5306         </ul>
5307       </td>
5308     </tr>
5309     <tr>
5310       <td>
5311         <div align="center">
5312           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5313         </div>
5314       </td>
5315       <td>
5316         <ul>
5317           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5318           <li>Keyboard editing</li>
5319           <li>Create sequence features from searches</li>
5320           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5321             alignments</li>
5322           <li>Features file allows grouping of features</li>
5323           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5324           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5325           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5326         </ul>
5327       </td>
5328       <td>
5329         <ul>
5330           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5331           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5332             descriptions saved.</li>
5333         </ul>
5334       </td>
5335     </tr>
5336     <tr>
5337       <td>
5338         <div align="center">
5339           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5340         </div>
5341       </td>
5342       <td>
5343         <ul>
5344           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5345           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5346           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5347             name for file output</li>
5348           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5349           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5350             used for HTML form input</li>
5351         </ul>
5352       </td>
5353       <td>
5354         <ul>
5355           <li>HTML output writes groups and features</li>
5356           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5357           <li>File IO bugs</li>
5358         </ul>
5359       </td>
5360     </tr>
5361     <tr>
5362       <td>
5363         <div align="center">
5364           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5365         </div>
5366       </td>
5367       <td>
5368         <ul>
5369           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5370           <li>More options for PCA viewer</li>
5371         </ul>
5372       </td>
5373       <td>
5374         <ul>
5375           <li>GUI bugs resolved</li>
5376           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5377         </ul>
5378       </td>
5379     </tr>
5380     <tr>
5381       <td height="63">
5382         <div align="center">
5383           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5384         </div>
5385       </td>
5386       <td>
5387         <ul>
5388           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5389           <li>Jar files are executable</li>
5390           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5391         </ul>
5392       </td>
5393       <td>
5394         <ul>
5395           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5396           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5397           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5398         </ul>
5399       </td>
5400     </tr>
5401     <tr>
5402       <td>
5403         <div align="center">
5404           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5405         </div>
5406       </td>
5407       <td>
5408         <ul>
5409           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5410         </ul>
5411       </td>
5412       <td>
5413         <ul>
5414           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5415         </ul>
5416       </td>
5417     </tr>
5418     <tr>
5419       <td>
5420         <div align="center">
5421           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5422         </div>
5423       </td>
5424       <td>
5425         <ul>
5426           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5427             size</li>
5428         </ul>
5429       </td>
5430       <td>
5431         <ul>
5432           <li>Improved JPred client reliability</li>
5433           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5434         </ul>
5435       </td>
5436     </tr>
5437     <tr>
5438       <td>
5439         <div align="center">
5440           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5441         </div>
5442       </td>
5443       <td>
5444         <ul>
5445           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5446           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5447           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5448             to Colour Menu</li>
5449           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5450           <li>Unix users can set default web browser</li>
5451           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5452           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5453         </ul>
5454       </td>
5455       <td>
5456         <ul>
5457           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5458         </ul>
5459       </td>
5460     </tr>
5461     <tr>
5462       <td>
5463         <div align="center">
5464           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5465         </div>
5466       </td>
5467       <td>&nbsp;</td>
5468       <td>
5469         <ul>
5470           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5471             alignment order.</li>
5472         </ul>
5473       </td>
5474     </tr>
5475     <tr>
5476       <td>
5477         <div align="center">
5478           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5479         </div>
5480       </td>
5481       <td>
5482         <ul>
5483           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5484           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5485           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5486             annotations.</li>
5487           <li>Version and build date written to build properties
5488             file.</li>
5489           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5490             at launch of Jalview.</li>
5491         </ul>
5492       </td>
5493       <td>
5494         <ul>
5495           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5496           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5497           <li>Can remove groups one by one.</li>
5498           <li>Filechooser icons installed.</li>
5499           <li>Finder ignores return character when searching.
5500             Return key will initiate a search.<br>
5501           </li>
5502         </ul>
5503       </td>
5504     </tr>
5505     <tr>
5506       <td>
5507         <div align="center">
5508           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5509         </div>
5510       </td>
5511       <td>
5512         <ul>
5513           <li>New codebase</li>
5514         </ul>
5515       </td>
5516       <td>&nbsp;</td>
5517     </tr>
5518   </table>
5519   <p>&nbsp;</p>
5520 </body>
5521 </html>