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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>15/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 126             but not calculated and no protein or DNA score models are
 127             available for tree/PCA calculation when launched with
 128             Turkish language locale
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 132             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 136             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 140             sequence under the cursor
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 144             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 148             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 149             '%s'" on the console
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 153             when there are both local and complementary features mapped
 154             to the position under the cursor
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 158             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 162             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 166             internationalised text for some messages and log output
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 170             hidden gapped columns
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 174             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 178             specifying output format when exporting an alignment via the
 179             command line
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 183             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 184             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 185             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 186             file again, and if that fails, delete the original file and
 187             save in place.)
 188           </li>
 189         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 190         <ul>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 193             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 194             OutOfMemory error.
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 198             monitor the release channel
 199           </li>
 200         </ul> <em>New Known defects</em>
 201         <ul>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 204             are ordered differently when shown on alignment and in
 205             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 209             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 210             works for the top left quadrant of the alignment window
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 214             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 218             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 219           </li>
 220         </ul>
 221       </td>
 222     </tr>
 223     <tr>
 224       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 225           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 226           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 227       <td align="left" valign="top">
 228         <ul>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 231             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 232             for display in alignments, on structure views (including
 233             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 234             export.
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 238             exported and re-imported as GFF3 files
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 242             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 246             validation while parsing
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 250             position if reopened
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 254             of associated view
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 258             enabled by default
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 262             tooltips and menus
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 266             with no feature types visible
 267           </li>
 268           <li>
 269           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 270           </li>
 271         </ul><em>Jalview Installer</em>
 272             <ul>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 275             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 282           </li>
 283               <li>
 284                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 285               <li>
 286                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 287         </ul> <em>Release processes</em>
 288         <ul>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 294           </li>
 295         </ul> <em>Build System</em>
 296         <ul>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 302             report
 303           </li>
 304         </ul>
 305         <em>Groovy Scripts</em>
 306             <ul>
 307           <li>
 308             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 309             to stdout containing the consensus sequence for each
 310             alignment in a Jalview session
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 314             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 315             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 316           </li>
 317         </ul>
 318       </td>
 319       <td align="left" valign="top">
 320         <ul>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 323             'Show hidden markers' option is not ticked
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 327             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 328             jalview preferences or properties file
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 332             'Show Sequence Features' option is not ticked
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 336             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 337             features are visible
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 341             equal when split frame is first opened
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 345             correct after editing a sequence's start position
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 349             with annotation and exceptions thrown when only a few
 350             columns shown in wrapped mode
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 354             wrapped alignment figure with annotations
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 358             ID fails with ClassCastException
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 362             Project
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 366             feature settings dialog also selects columns
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 370             IllegalArgumentException in some circumstances
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 374             opened for a view
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 378             alignment window is closed
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 382             help documentation for 2.11.0 release
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 386             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 387             Uniprot Accession
 388           </li>
 389         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 390         <ul>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 393             PDB/Uniprot search panel
 394           </li>
 395         </ul> <em>Installer</em>
 396         <ul>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 399             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 400           </li>
 401         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 402         <ul>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 405             repository
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 409             memory
 410           </li>
 411         </ul> <em>New Known Issues</em>
 412         <ul>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 415             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 416             command line
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 420             clipped in headless figure export when Right Align option
 421             enabled
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 425             'Source' in console output
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 429             bamboo server but run fine locally.
 430           </li>
 431         </ul>
 432       </td>
 433     </tr>
 434     <tr>
 435       <td width="60" align="center" nowrap>
 436           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 437             <em>04/07/2019</em></strong>
 438       </td>
 439       <td align="left" valign="top">
 440         <ul>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 443             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 444             source project) rather than InstallAnywhere
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 448             settings, receive over the air updates and launch specific
 449             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 450               Rings' GetDown</a>)
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 454             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 458             arguments and switch between different getdown channels
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 462             or alignment files
 463           </li>
 464
 465           <li>
 466             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 467             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 470             'Translate as cDNA'</li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 473           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 474             <ul>
 475                       <li>
 476             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 477             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 478           <li>
 479                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 480                 features can be filtered and shaded according to any
 481                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 482                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 483                 file)
 484               </li>
 485               <li>
 486                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 487                 stored and restored from Jalview Projects
 488               </li>
 489               <li>
 490                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 491                 recognise variant features
 492               </li>
 493               <li>
 494                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 495                 sequences (also coloured red by default)
 496               </li>
 497               <li>
 498                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 499                 details
 500               </li>
 501               <li>
 502                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 503                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 504               </li>
 505               <li>
 506                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 507                 dialog
 508               </li>
 509             </ul>
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 513             tree and PCA calculations
 514           </li>
 515           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 516             <ul>
 517               <li>
 518                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 519                 and Viewer state saved in Jalview Project
 520               </li>
 521               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 522                 drop-down menus</li>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 525                 incrementally
 526               </li>
 527               <li>
 528                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 529               </li>
 530             </ul>
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 534           </li>
 535           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 536           <ul>
 537               <li>
 538                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 539                 multiple groups when working with large alignments
 540               </li>
 541               <li>
 542                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 543                 Stockholm files
 544               </li>
 545             </ul>
 546           <li><strong>User Interface</strong>
 547           <ul>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 550                 view
 551               </li>
 552               <li>
 553                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 554                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 555                 default (can be changed in user preferences)
 556               </li>
 557               <li>
 558                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 559                 to the Overwrite Dialog
 560               </li>
 561               <li>
 562                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 563                 sequences are hidden
 564               </li>
 565               <li>
 566                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 567                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 568               </li>
 569               <li>
 570                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 571                 labels
 572               </li>
 573               <li>
 574                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 575                 when in wrapped mode
 576               </li>
 577               <li>
 578                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 579                 annotation
 580               </li>
 581               <li>
 582                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 583               </li>
 584               <li>
 585                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 586                 panel
 587               </li>
 588               <li>
 589                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 590                 popup menu
 591               </li>
 592               <li>
 593               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 594               <li>
 595               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 596
 597
 598             </ul></li>
 599             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 600           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 601             <ul>
 602               <li>
 603                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 604                 trapping CMD-Q
 605               </li>
 606             </ul></li>
 607         </ul>
 608         <em>Deprecations</em>
 609         <ul>
 610           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 611             capabilities removed from the Jalview Desktop
 612           </li>
 613           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 614             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 615             and XML based data retrieval clients</li>
 616           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 617           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 618         </ul> <em>Documentation</em>
 619         <ul>
 620           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 621             not supported in EPS figure export
 622           </li>
 623           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 624         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 625         <ul>
 626           <li>
 627           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 628           </li>
 629       <li>
 630       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 631           <li>
 632           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 633             gradle-eclipse
 634           </li>
 635           <li>
 636           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 637             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 638             execution
 639           </li>
 640           <li>
 641           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 642             operations
 643           </li>
 644           <li>
 645           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 646             issues resolved
 647           </li>
 648           <li>
 649           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 650             markdown (with HTML rendering)
 651           </li>
 652           <li>
 653           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 654           </li>
 655           <li>
 656           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 657             versions of Jalview
 658           </li>
 659         </ul>
 660       </td>
 661       <td align="left" valign="top">
 662         <ul>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 668             superposition in Jmol fail on Windows
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 672             structures for sequences with lots of PDB structures
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 676             monospaced font
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 680             project involving multiple views
 681           </li>
 682           <li>
 683             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 684             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 685             Annotation dialog hides columns
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 689             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 690             one view, then making another selection in the other view
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 694             columns
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 698             Settings and Jalview Preferences panels
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 702             overview with large alignments
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 706             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 707             mouse moved to the left of the first column
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 711             hidden column marker via scale popup menu
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 715             doesn't tell users the invalid URL
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 719             score from view
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 723             show cross references or Fetch Database References are shown in
 724             red in original view
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 728             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 732             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 736             when columns are hidden
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 740             Columns by Annotation description
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 744             out of Scale or Annotation Panel
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 748             scale panel
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 752             alignment down
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 756             scale panel
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 760             Page Up in wrapped mode
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 770             on opening an alignment
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 774             Colour menu
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 778             different groups in the alignment are selected
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 782             correctly in menu
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 786             threshold limit
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 790             threshold gets 'unrounded'
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 794             colour
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 804             Tree font
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 808             project file
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 812             shown in complementary view
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 816             without normalisation
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 820             of report
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 824           </li>
 825           <li>
 826           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 827           </li>
 828         </ul> <em>Editing</em>
 829         <ul>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 832             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 833             sequence
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 837             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 838             removed (Known defect since 2.10)
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 842             dialog corrupts dataset sequence
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 846             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 847           </li>
 848         </ul> <em>Datamodel</em>
 849         <ul>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 852             sequence's End is greater than its length
 853           </li>
 854         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 855           general release)</em>
 856         <ul>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 859           </li>
 860         </ul> <em>New Known Defects</em>
 861         <ul>
 862         <li>
 863         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 864         </li>
 865         <li>
 866           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 867           regions of protein alignment.
 868         </li>
 869         <li>
 870           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 871           is restored from a Jalview 2.11 project
 872         </li>
 873         <li>
 874           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 875           'New View'
 876         </li>
 877         <li>
 878           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 879           columns within hidden columns
 880         </li>
 881         <li>
 882           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 883           window after dragging left to select columns to left of visible
 884           region
 885         </li>
 886         <li>
 887           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 888           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 889           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 890           create a Score filter instead.
 891         </li>
 892         <li>
 893         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 894         <li>
 895         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 896         </li>
 897         <li>
 898           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 899           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 900         </li>
 901         </ul>
 902         <em>Java 11 Specific defects</em>
 903           <ul>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 906               alphabetically when saved
 907             </li>
 908         </ul>
 909       </td>
 910     </tr>
 911     <tr>
 912     <td width="60" nowrap>
 913       <div align="center">
 914         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 915       </div>
 916     </td>
 917     <td><div align="left">
 918         <em></em>
 919         <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 922               InstallAnywhere increased to 1G.
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 926               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 927               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 928                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 929                 properties file.</em>
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 933               API and sequence data now imported as JSON.
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 937               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 938               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 939               property.
 940             </li>
 941           </ul>
 942           <em>Development</em>
 943           <ul>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 946               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 947                 Clover</a>
 948             </li>
 949           </ul>
 950         </div></td>
 951     <td><div align="left">
 952         <em></em>
 953         <ul>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 956               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 957               alignment.
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 961               annotation displayed.
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 965               for newly created group when 'Apply to all groups'
 966               selected
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 970               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 971               visible.
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 975               when sequences are selected in exported view.</em>
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 979               aren't rendered with correct colour.
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 983               types of knotted RNA secondary structure.
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 987               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 988               do not start at 1.
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 992               annotation when columns are inserted into an alignment,
 993               and when exporting as Stockholm flatfile.
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 997               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 998               treated as RNA secondary structure.
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1002               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1006               transfers focus to previous window on OSX
1007             </li>
1008           </ul>
1009           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1010           <ul>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1013               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1014               box.
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1018               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1019               'look and feel' which has improved compatibility with the
1020               latest version of OSX.
1021             </li>
1022           </ul>
1023         </div>
1024     </td>
1025     </tr>
1026     <tr>
1027       <td width="60" nowrap>
1028         <div align="center">
1029           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1030             <em>7/06/2018</em></strong>
1031         </div>
1032       </td>
1033       <td><div align="left">
1034           <em></em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1038               annotation retrieved from Uniprot
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1042               onto the Jalview Desktop
1043             </li>
1044           </ul>
1045         </div></td>
1046       <td><div align="left">
1047           <em></em>
1048           <ul>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1051               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1055               right-hand column parsed correctly
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1059               not alignment area in exported graphic
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1063               window has input focus
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1067               annotation added to view (Windows)
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1071               network connectivity is poor
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1075               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1076                 the currently open URL and links from a page viewed in
1077                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1078                 you are using Edge, only links in the page can be
1079                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1080                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1081             </li>
1082           </ul>
1083           <em>New Known Defects</em>
1084           <ul>
1085             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1086           </ul>
1087         </div></td>
1088     </tr>
1089     <tr>
1090       <td width="60" nowrap>
1091         <div align="center">
1092           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1093         </div>
1094       </td>
1095       <td><div align="left">
1096           <em></em>
1097           <ul>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1100               for disabling automatic superposition of multiple
1101               structures and open structures in existing views
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1105               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1106               adjust them.
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1110               Ensembl services
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1114               and lots of hidden columns
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1118               of features (particularly when transparency is disabled)
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1122               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1123               generally available
1124             </li>
1125           </ul>
1126           </div>
1127       </td>
1128       <td><div align="left">
1129           <ul>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1132               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1136               overlapping alignment panel
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1140               sequence as gaps
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1144               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1145               UTR
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1149               factor annotation not added to sequence when local PDB
1150               file associated with it by drag'n'drop or structure
1151               chooser
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1155               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1159               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1163               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1167               columns in annotation row
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1171               honored in batch mode
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1175               for structures added to existing Jmol view
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1179               entries after importing project with multiple views
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1183               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1184               with negative residue numbers or missing residues fails
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1188               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1189               as generated by CONSURF)
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1193               tooltip doesn't include a text description of mutation
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1197               structure and/or overview windows are also shown
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1201               very slow for alignments with large numbers of sequences
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1205               with 'StringIndexOutOfBounds'
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1209               platforms running Java 10
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1213               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1214             </li>
1215           </ul>
1216           <em>Applet</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1220               should copy the group consensus when popup is opened on it
1221             </li>
1222           </ul>
1223           <em>Batch Mode</em>
1224           <ul>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1227           </li>
1228           </ul>
1229           <em>New Known Defects</em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1233               editing a large alignment and overview is displayed
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1237               repeatedly after a series of edits even when the overview
1238               is no longer reflecting updates
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1242               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1243               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1244               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1248               option gives blank output
1249             </li>
1250           </ul>
1251         </div>
1252           </td>
1253     </tr>
1254     <tr>
1255       <td width="60" nowrap>
1256         <div align="center">
1257           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1258         </div>
1259       </td>
1260       <td><div align="left">
1261           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1262               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1263       <td><div align="left">
1264           <em>Desktop</em><ul>
1265           <ul>
1266             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1267             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1268             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1269             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1270             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1271             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1272             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1273           </ul>
1274           </div>
1275       </td>
1276     </tr>
1277     <tr>
1278       <td width="60" nowrap>
1279         <div align="center">
1280           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1281         </div>
1282       </td>
1283       <td><div align="left">
1284           <em></em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1288               rendering of sequence features
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1292               429 rate limit request hander
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1296               their colours have changed
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1300               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1304               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1308               view from Ensembl locus cross-references
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1312               Alignment report
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1316               feature can be disabled
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1320               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1324               Uniprot
1325             </li>
1326           </ul>
1327           <em>Scripting</em>
1328           <ul>
1329             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1330             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1331               percent identity scores for current alignment.</li>
1332           </ul>
1333           <em>Testing and Deployment</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1337             </li>
1338           </ul>
1339         </div></td>
1340       <td><div align="left">
1341           <em>General</em>
1342           <ul>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1345               threshold text field doesn't trigger an update to the
1346               alignment view
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1350               strings in parallel
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1354               alignment window is closed
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1358               group visibility
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1362               takes a long time in Cursor mode
1363             </li>
1364           </ul>
1365           <em>Desktop</em>
1366           <ul>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1369               cannot be viewed in Chimera
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1373               CDS/Protein view
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1377               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1378               Search Dialogs
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1388               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1392               scrolling right in unwapped alignment view
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1396               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1397               database
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1401               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1405               features of same type and group to be selected for
1406               amending
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1410               alignments when hidden columns are present
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1414               displaying several structures
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1418               moving a window
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1422               within the Jalview desktop on OSX
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1426               when in wrapped alignment mode
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1430               hand end of alignment
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1434               each selected sequence do not have correct start/end
1435               positions
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1439               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1443               restoring project until a new view is created
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1447               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1448               configured (since 2.10.2b2)
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1452               position is adjusted
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1456               in a multi-chain structure when viewing alignment
1457               involving more than one chain (since 2.10)
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1461               if new selection moves alignment window
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1465               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1469               that produces correctly annotated transcripts and products
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1473               doesn't update associated structure view
1474             </li>
1475           </ul>
1476           <em>Applet</em><br />
1477           <ul>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1480               closing alignment panel
1481             </li>
1482           </ul>
1483           <em>BioJSON</em><br />
1484           <ul>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1487               non-positional features
1488             </li>
1489           </ul>
1490           <em>New Known Issues</em>
1491           <ul>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1494               sequence features correctly (for many previous versions of
1495               Jalview)
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1499               using cursor in wrapped panel other than top
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1503               graduated colour threshold
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1507               always preserve numbering and sequence features
1508             </li>
1509           </ul>
1510           <em>Known Java 9 Issues</em>
1511           <ul>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1514               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1515               9.01, OSX 10.10)
1516             </li>
1517           </ul>
1518         </div></td>
1519     </tr>
1520     <tr>
1521       <td width="60" nowrap>
1522         <div align="center">
1523           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1524             <em>2/10/2017</em></strong>
1525         </div>
1526       </td>
1527       <td><div align="left">
1528           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1529           <ul>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1532             </li>
1533             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1534             </li>
1535           </ul>
1536         </div></td>
1537       <td><div align="left">
1538         </div></td>
1539     </tr>
1540     <tr>
1541       <td width="60" nowrap>
1542         <div align="center">
1543           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1544             <em>7/9/2017</em></strong>
1545         </div>
1546       </td>
1547       <td><div align="left">
1548           <em></em>
1549           <ul>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1552               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1553               white)
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1557               Preferences
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1561               in size and progress bar shown as higher resolution
1562               overview is recalculated
1563             </li>
1564
1565           </ul>
1566         </div></td>
1567       <td><div align="left">
1568           <em></em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1572               column region row by row
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1576               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1580               format setting is unticked
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1584               if group has show boxes format setting unticked
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1588               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1589               include sequences and columns not currently displayed
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1593               assemblies are imported via CIF file
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1597               displayed when threshold or conservation colouring is also
1598               enabled.
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1602               server version
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1606               dragging a selected region off the visible region of the
1607               alignment
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1611               colourscheme to all groups in a view
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1615               initially after font size change using the Font chooser or
1616               middle-mouse zoom
1617             </li>
1618           </ul>
1619         </div></td>
1620     </tr>
1621     <tr>
1622       <td width="60" nowrap>
1623         <div align="center">
1624           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1625         </div>
1626       </td>
1627       <td><div align="left">
1628           <em>Calculations</em>
1629           <ul>
1630
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1633               ungapped positions in each column of the alignment.
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1637               a calculation dialog box
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1641               and memory efficiency (~30x faster)
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1645               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1646               and other calculations
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1650               files within the Jalview codebase
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1654               Similarity may have different topology due to increased
1655               precision
1656             </li>
1657           </ul>
1658           <em>Rendering</em>
1659           <ul>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1662               model for alignments and groups
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1666               scripts
1667             </li>
1668           </ul>
1669           <em>Overview</em>
1670           <ul>
1671             <li>
1672               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1673               with alignment and overview windows
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1677               overview
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1681               omitted in Overview
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1685               adjustment of visible position
1686             </li>
1687           </ul>
1688
1689           <em>Data import/export</em>
1690           <ul>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1693               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1697               annotation input/output via stockholm flatfile
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1701               extension when importing structure files without embedded
1702               names or PDB accessions
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1706               format sequence substitution matrices
1707             </li>
1708           </ul>
1709           <em>User Interface</em>
1710           <ul>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1713               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1714               the application.
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1718               via Overview or sequence motif search operations
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1722               opened by double clicking gaps within sequence feature
1723               extent
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1727               aligned positions were available to create a 3D structure
1728               superposition.
1729             </li>
1730           </ul>
1731           <em>3D Structure</em>
1732           <ul>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1735               coloured in linked structure views
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1739               file-based command exchange
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1743               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1744               structures are already available for sequences
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1748               the Jalview project rather than downloaded again when the
1749               project is reopened.
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1753               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1754               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1755                 Feature</strong>)
1756             </li>
1757           </ul>
1758           <em>Web Services</em>
1759           <ul>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1765               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1766               Analysis services
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1770               cross-references provided by identifiers.org and the
1771               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1772             </li>
1773           </ul>
1774
1775           <em>Scripting</em>
1776           <ul>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1779               identifying file formats (instead of String constants)
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1783               efficiency when counting all displayed features (not
1784               backwards compatible with 2.10.1)
1785             </li>
1786           </ul>
1787           <em>Example files</em>
1788           <ul>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1791               included in the example feature file
1792             </li>
1793           </ul>
1794           <em>Documentation</em>
1795           <ul>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1798               with the built-in Java help viewer
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1802               sequence description' option
1803             </li>
1804           </ul>
1805           <em>Test Suite</em>
1806           <ul>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1809               Uniprot REST Free Text Search Client
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1816               during tests
1817             </li>
1818           </ul>
1819         </div></td>
1820       <td><div align="left">
1821           <em>Calculations</em>
1822           <ul>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1825               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1826               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1827             </li>
1828             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1829               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1830               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1831               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1832               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1833               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1834               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1835               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1836               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1837               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1838               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1839               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1840               // for 2.10.1 mode <br />
1841               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1842               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1843                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1844                 calculations (not recommended)</em></li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1847               scaling of branch lengths for trees computed using
1848               Sequence Feature Similarity.
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1852               generating output report when working with highly
1853               redundant alignments
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1857               right of selected region when gaps present on right-hand
1858               boundary
1859             </li>
1860           </ul>
1861           <em>User Interface</em>
1862           <ul>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1865               doesn't reselect a specific sequence's associated
1866               annotation after it was used for colouring a view
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1870               opened on a region of alignment without groups
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1874               of an alignment with overlapping groups
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1878               name and description match
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1882               hidden regions results in incorrect hidden regions
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1886               changing colour does not apply Conservation slider value
1887               to all groups
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1891               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1895               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1899               gaps before start of features
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1903               restored to UI when feature colour is edited
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1907               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1911               as graduate feature colour settings are modified via the
1912               dialog box
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1916               when a group defined on the alignment is resized
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1920               wrapped view result in positional status updates
1921             </li>
1922
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1925               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1929               alignment included gapped columns
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1933               widgets don't permanently disappear
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1937               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1938               T-Coffee column reliability scores)
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1942               sequence feature on gaps only
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1946               button from a Find inherit previously defined feature type
1947               rather than the Find query string
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1951               exporting tree calculated in Jalview
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1955               and then revealing them reorders sequences on the
1956               alignment
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1960               doesn't update to reflect available set of groups after
1961               interactively adding or modifying features
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1965               Linux
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1969               only excluded gaps in current sequence and ignored
1970               selection.
1971             </li>
1972           </ul>
1973           <em>Rendering</em>
1974           <ul>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1977               erratically when hidden rows or columns are present
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1981               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1982               sequence colouring
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1986               colour and group colour menu for protein alignments
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1990               reflect currently selected view or group's shading
1991               thresholds
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1995               when rendered on overview and structures when opacity at
1996               100%
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2000               overview when features overlaid on alignment
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2004               recovered correctly from Jalview project file
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2008               (automatically via preferences) are different to the main
2009               alignment panel
2010             </li>
2011           </ul>
2012           <em>Data import/export</em>
2013           <ul>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2016               load
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2020               added after a sequence was imported are not written to
2021               Stockholm File
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2025               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2029               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2033               with lightGray or darkGray via features file (but can
2034               specify lightgray)
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2038               when alignment view imported from project
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2042               structure and sequences extracted from structure files
2043               imported via URL and viewed in Jmol
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2047               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2048               the project is loaded and the structure viewed
2049             </li>
2050           </ul>
2051           <em>Web Services</em>
2052           <ul>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2055               release of Ensembl v.88
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2059               appear enabled in Preferences->Connections
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2063               removed from console output
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2067               Ensembl by Peptide ID
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2071               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2072               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2073               due to 'null' string rather than empty string used for
2074               residues with no corresponding PDB mapping).
2075             </li>
2076           </ul>
2077           <em>Application UI</em>
2078           <ul>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2081               menu
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2085               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2086               new documentation and tooltips added)
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2090               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2094               new features are added to alignment
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2098               changes to feature colours via the Amend features dialog
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2102               edit graduated feature colour via amend features dialog
2103               box
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2107               selection menu changes colours of alignment views
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2111               from alignment calculation workers after alignment has
2112               been closed
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2116               groups now 'Create Group'
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2120               Create/Undefine group doesn't always work
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2124               shown again after pressing 'Cancel'
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2128               adjusts start position in wrap mode
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2132               ambiguous amino acids
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2136               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2137               proteins
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2141               Defined' don't appear in Colours menu
2142             </li>
2143           </ul>
2144           <em>Applet</em>
2145           <ul>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2148               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2152               overview or linked structure view
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2156               work (since 2.8)
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2160               user-defined colourscheme doesn't restore original
2161               colourscheme
2162             </li>
2163           </ul>
2164           <em>Test Suite</em>
2165           <ul>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2168               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2172               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2173               problems with deep array comparison equality asserts in
2174               successive versions of TestNG
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2178               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2179             </li>
2180           </ul>
2181           <em>New Known Issues</em>
2182           <ul>
2183             <li>
2184               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2185               phase after a sequence motif find operation
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2189               containing just upper and lower case letters are
2190               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2194               reliably from eggnog Ortholog database
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2198               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2199               to mark columns containing highlighted regions.
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2203               doesn't always add secondary structure annotation.
2204             </li>
2205           </ul>
2206         </div>
2207     <tr>
2208       <td width="60" nowrap>
2209         <div align="center">
2210           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2211         </div>
2212       </td>
2213       <td><div align="left">
2214           <em>General</em>
2215           <ul>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2218               for all consensus calculations
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2222               3rd Oct 2016)
2223             </li>
2224             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2225               for 2016-2017</li>
2226           </ul>
2227           <em>Application</em>
2228           <ul>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2231               set of database cross-references, sorted alphabetically
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2235               from database cross references. Users with custom links
2236               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2237                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2241               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2242               Chimera session
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2246               the Chimera it is connected to is shut down
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2250               columns menu item to mark columns containing highlighted
2251               regions (e.g. from structure selections or results of a
2252               Find operation)
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2256               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2257               MSAviewer
2258             </li>
2259           </ul>
2260         </div></td>
2261       <td>
2262         <div align="left">
2263           <em>General</em>
2264           <ul>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2267               are not coloured or thresholded according to percent
2268               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2272               hydrophobic
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2276               threshold, amino acid properties)
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2280               reported as mapped to residues in a structure file in the
2281               View Mapping report
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2285               could be added multiple times to a sequence
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2289               bond features shown as two highlighted residues rather
2290               than a range in linked structure views, and treated
2291               correctly when selecting and computing trees from features
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2295               cross-references are matched to database name regardless
2296               of case
2297             </li>
2298
2299           </ul>
2300           <em>Application</em>
2301           <ul>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2304               names without regular expressions also offer links from
2305               Sequence ID
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2309               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2310               update Jalview configuration
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2314               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2318               files with similarly named sequences if dropped onto the
2319               alignment
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2323               entries where more chains exist in the PDB accession than
2324               are reported in the SIFTS file
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2328               the structure view when displayed with Chimera
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2332               panel's View->Show Chains submenu
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2336               work for wrapped alignment views
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2340               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2344               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2345               first annotation row
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2349               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2353               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2354             </li>
2355             <!-- JAL-2319 -->
2356             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2357             coordindate data
2358             </li>
2359           </ul>
2360           <!--           <em>New Known Issues</em>
2361           <ul>
2362             <li></li>
2363           </ul> -->
2364         </div>
2365       </td>
2366     </tr>
2367     <td width="60" nowrap>
2368       <div align="center">
2369         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2370           <em>25/10/2016</em></strong>
2371       </div>
2372     </td>
2373     <td><em>Application</em>
2374       <ul>
2375         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2376           view if structures already loaded</li>
2377         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2378           structure views</li>
2379       </ul></td>
2380     <td>
2381       <div align="left">
2382         <em>General</em>
2383         <ul>
2384           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2385             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2386           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2387             example sequences/projects/trees</li>
2388         </ul>
2389         <em>Application</em>
2390         <ul>
2391           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2392             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2393           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2394             without timeout for structures with multiple models or
2395             multiple sequences in alignment</li>
2396           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2397             PDB ID HEADER line</li>
2398           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2399             is performed</li>
2400           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2401             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2402           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2403           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2404             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2405             option</li>
2406           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2407             is created on the alignment</li>
2408           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2409             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2410             pop-up menu</li>
2411         </ul>
2412         <em>Build and deployment</em>
2413         <ul>
2414           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2415             tags</li>
2416         </ul>
2417         <em>New Known Issues</em>
2418         <ul>
2419           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2420             on Windows</li>
2421         </ul>
2422       </div>
2423     </td>
2424     </tr>
2425     <tr>
2426       <td width="60" nowrap>
2427         <div align="center">
2428           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2429         </div>
2430       </td>
2431       <td><em>General</em>
2432         <ul>
2433           <li>
2434             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2438             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2439             better PDB parsing.
2440           </li>
2441           <li>
2442             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2443             reference sequence
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2447             mousing over sequence associated annotation
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2451             for manual entry
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2455             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2456             for each column
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2460             showing or hiding columns containing a feature
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2464             group and sequence associated annotation labels
2465           </li>
2466           <li>
2467             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2468             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2469             dialogs
2470           </li>
2471
2472         </ul> <em>Application</em>
2473         <ul>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2476             gene/transcript view
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2480             dialog
2481           </li>
2482           <li>
2483             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2484             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2485           </li>
2486           <li>
2487             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2488             Pfam sources to xfam.org
2489           </li>
2490           <li>
2491             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2495             over sequences in Jalview
2496           </li>
2497           <li>
2498             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2499             regions in ENA and EMBL
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2503             for record retrieval via ENA rest API
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2507             complement operator
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2511             groovy script execution
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2515             alignment window's Calculate menu
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2519             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2523             calculation workers from groovy scripts
2524           </li>
2525           <li>
2526             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2527             Jalview projects
2528           </li>
2529           <li>
2530             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2531             associations are now saved/restored from project
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2535             before sequence fetcher is opened
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2539             database chooser opens a sequence fetcher
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2543             the UniProt REST API
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2547             the news reader opening
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2551             querying stored in preferences
2552           </li>
2553           <li>
2554             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2555             search results
2556           </li>
2557           <li>
2558             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2559           </li>
2560           <li>
2561             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2562             menu for nucleotide sequences
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2566             and feature counts preserves alignment ordering (and
2567             debugged for complex feature sets).
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2571             viewing structures with Jalview 2.10
2572           </li>
2573           <li>
2574             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2575             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2576             Ensembl Genomes REST API
2577           </li>
2578           <li>
2579             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2580             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2581             (Ensembl)
2582           </li>
2583           <li>
2584             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2585             sequences
2586           </li>
2587           <li>
2588             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2589             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2590             data from external database records.
2591           </li>
2592           <li>
2593             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2594             efficient recovery of sequence coding and alignment
2595             annotation relationships.
2596           </li>
2597         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2598         <ul>
2599           <li>
2600             -- JAL---
2601           </li>
2602         </ul> --></td>
2603       <td>
2604         <div align="left">
2605           <em>General</em>
2606           <ul>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2609               menu on OSX
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2613               includes graduated colourschemes
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2617               working with big alignments and lots of hidden columns
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2621               at right of alignment window
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2625               contents
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2629               for DNA alignments
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2633               based tree calculation
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2637               unconserved enabled for group on alignment
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2641               set as reference
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2645               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2646               annotation
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2650               hidden columns present
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2654               user created annotation added to alignment
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2658               '()' base pair annotation
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2662               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2663               Consensus
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2667               feature not working
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2671               beginning of sequence
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2675               entry 3a6s
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2679               from a tree when t-coffee scores are shown
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2683               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2687               some structures
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2691               to Clustal, PIR and PileUp output
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2695               not visible causes alignment window to repaint
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2699               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2700               scores associated with features and annotation rows
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2704               calculation should be case independent
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2708               columns
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2712               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2713               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2717               problems when reference sequence defined and 'show
2718               non-conserved' enabled
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2722               load even when Consensus calculation is disabled
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2726               alignment does nothing
2727             </li>
2728           </ul>
2729           <em>Application</em>
2730           <ul>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2733               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2734               yet fixed for El Capitan)
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2738               output when running on non-gb/us i18n platforms
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2742               hidden sequences as flat-file alignment
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2746               launching Chimera
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2750               (also hotfix for 2.9.0b2)
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2754               reference sequence defined
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2758               alignments and views when revealing hidden columns
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2762               view in a cDNA/Protein splitframe
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2766               sequence from project when only one sequence is
2767               represented
2768             </li>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2771               in Structure Chooser
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2775               structure consensus didn't refresh annotation panel
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2779               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2783               dialogs format columns correctly, don't display array
2784               data, sort columns according to type
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2788               file chooser is cancelled during an image export
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2792               sequence name containing special characters
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2796               case insensitive
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2800               formatting don't wrap
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2804               truncated so L looks like I in consensus annotation
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2808               currently displayed features for the current selection or
2809               view
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2813               after fetching cross-references, and restoring from
2814               project
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2818               followed in the structure viewer
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2822               splitframe not restored from project
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2826               trailing end of protein alignment in transcript/product
2827               splitview when pad-gaps not enabled by default
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2831               is case dependent
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2835               article has been read (reopened issue due to
2836               internationalisation problems)
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2840               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2841               cross-references
2842             </li>
2843
2844             <li>
2845               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2846               alignment as HTML
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2850               multiple structures are shown for one or more sequences.
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2854               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2855               is enabled.
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2859               specific PDB id for sequence
2860             </li>
2861             <li>
2862               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2863               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2864               columns' is disabled.
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2868               selects lowest rather than highest resolution structures
2869               for each sequence
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2873               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2877               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2881               after clicking on it to create new annotation for a
2882               column.
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2886               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2887             </li>
2888             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2889             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2890           </ul>
2891           <em>Applet</em>
2892           <ul>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2895               hidden columns present before start of sequence
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2899               (JSON jars)
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2903               sequences are hidden in applet
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2907               deployment on examples pages.
2908             </li>
2909           </ul>
2910         </div>
2911       </td>
2912     </tr>
2913     <tr>
2914       <td width="60" nowrap>
2915         <div align="center">
2916           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2917             <em>16/10/2015</em></strong>
2918         </div>
2919       </td>
2920       <td><em>General</em>
2921         <ul>
2922           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2923             jars</li>
2924         </ul></td>
2925       <td>
2926         <div align="left">
2927           <em>Application</em>
2928           <ul>
2929             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2930               shown when tree is partitioned</li>
2931             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2932               multiple cDNA/Protein split views</li>
2933           </ul>
2934         </div>
2935       </td>
2936     </tr>
2937     <tr>
2938       <td width="60" nowrap>
2939         <div align="center">
2940           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2941             <em>8/10/2015</em></strong>
2942         </div>
2943       </td>
2944       <td><em>General</em>
2945         <ul>
2946           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2947             2.9</li>
2948         </ul> <em>Application</em>
2949         <ul>
2950           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2951           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2952           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2953         </ul> <em>Applet</em>
2954         <ul>
2955           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2956         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2957         <ul>
2958           <li>
2959             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2960             suite
2961           </li>
2962         </ul></td>
2963       <td>
2964         <div align="left">
2965           <em>General</em>
2966           <ul>
2967             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2968               incorrect when sequence start > 1</li>
2969             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2970               documentation</li>
2971             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2972             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2973               loading a features file containing HTML tags in feature
2974               description</li>
2975
2976           </ul>
2977           <em>Application</em>
2978           <ul>
2979             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2980               reimport</li>
2981             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2982               with 'trim retrieved sequences'</li>
2983             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2984               deleting selected columns</li>
2985             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2986               JNLP templates for webstart launch</li>
2987             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2988               unreleased structures for download or viewing</li>
2989             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2990               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2991             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2992               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2993             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2994               recovered from jalview project</li>
2995             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2996               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2997               alignment view</li>
2998             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2999               color schemes from BioJSON</li>
3000           </ul>
3001           <em>Applet</em>
3002           <ul>
3003             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3004               frame</li>
3005             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3006           </ul>
3007         </div>
3008       </td>
3009     </tr>
3010     <tr>
3011       <td><div align="center">
3012           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3013         </div></td>
3014       <td><em>General</em>
3015         <ul>
3016           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3017             alignments:
3018             <ul>
3019               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3020                 and DNA alignment views</li>
3021               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3022                 cDNA alignment views</li>
3023               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3024                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3025               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3026                 protein sequences</li>
3027             </ul>
3028           </li>
3029           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3030           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3031             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3032           <li>New alignment annotation file statements for
3033             reference sequences and marking hidden columns</li>
3034           <li>Reference sequence based alignment shading to
3035             highlight variation</li>
3036           <li>Select or hide columns according to alignment
3037             annotation</li>
3038           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3039           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3040             acid conservation row</li>
3041           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3042         </ul> <em>Application</em>
3043         <ul>
3044           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3045             <ul>
3046               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3047                 view with cDNA/Protein</li>
3048               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3049                 sequences are placed in the same alignment</li>
3050               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3051                 projects</li>
3052             </ul>
3053           </li>
3054
3055           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3056           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3057             Jalview windows</li>
3058
3059           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3060           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3061           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3062             be shown in VARNA</li>
3063
3064           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3065             as the active selected region</li>
3066
3067           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3068             similarity</li>
3069           <li>New Export options
3070             <ul>
3071               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3072                 region export in flat file generation</li>
3073
3074               <li>Export alignment views for display with the <a
3075                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3076
3077               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3078               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3079                 alignment figures to HTML</li>
3080           </li>
3081           <li>3D structure retrieval and display
3082             <ul>
3083               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3084                 Search API</li>
3085               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3086                 PDB structures for a sequence set</li>
3087             </ul>
3088           </li>
3089
3090           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3091             predictions</li>
3092           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3093             for one or a group of sequences</li>
3094           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3095             from the JPred4 web server</li>
3096           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3097             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3098             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3099           </li>
3100           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3101             VARNA 2D Structure'</li>
3102           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3103             Structure ..."</li>
3104
3105         </ul> <em>Applet</em>
3106         <ul>
3107           <li>New layout for applet example pages</li>
3108           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3109             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3110           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3111             Protein alignments</li>
3112         </ul> <em>Development and deployment</em>
3113         <ul>
3114           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3115           <li>Include installation type and git revision in build
3116             properties and console log output</li>
3117           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3118             storing BioJsMSA Templates</li>
3119           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3120         </ul></td>
3121       <td>
3122         <!-- <em>General</em>
3123         <ul>
3124         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3125         <ul>
3126           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3127           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3128           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3129             predictions are not highlighted in amber</li>
3130           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3131             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3132           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3133             associated structure views</li>
3134           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3135             width checkbox not enabled</li>
3136           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3137             creating user defined colours</li>
3138           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3139             mappings for just that viewer's sequences</li>
3140           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3141             multiple models in Chimera</li>
3142           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3143             over Jmol structure</li>
3144           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3145             output to text box</li>
3146           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3147             have incorrect sequence start/end</li>
3148           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3149             Jalview fails</li>
3150           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3151             work for nucleotide</li>
3152           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3153             to a grey/invisible alignment window</li>
3154           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3155             imports to different position</li>
3156           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3157             on some platforms</li>
3158           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3159             populated</li>
3160           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3161             console if Chimera has been opened</li>
3162           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3163           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3164             retrieved</li>
3165           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3166           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3167             either sequence shows on first structure</li>
3168           <li>'Show annotations' options should not make
3169             non-positional annotations visible</li>
3170           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3171             in right place after 'view flanking regions'</li>
3172           <li>File Save As type unset when current file format is
3173             unknown</li>
3174           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3175             projects</li>
3176           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3177             responsive</li>
3178           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3179             several views on same alignment</li>
3180           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3181           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3182             spaces</li>
3183         </ul> <em>Applet</em>
3184         <ul>
3185           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3186           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3187             descriptions containing angle brackets</li>
3188         </ul> <em>General</em>
3189         <ul>
3190           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3191             via jalview annotation file</li>
3192           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3193             with RNA secondary structure</li>
3194           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3195             translation doesn't work.</li>
3196           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3197           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3198             positions</li>
3199           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3200             choosing 1pt font</li>
3201           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3202             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3203             'h'</li>
3204           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3205             new feature</li>
3206           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3207             order dependent</li>
3208           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3209             sequences</li>
3210           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3211         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3212         <ul>
3213           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3214             www.jalview.org</li>
3215         </ul> <em>Application Known issues</em>
3216         <ul>
3217           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3218           <li>Misleading message appears after trying to delete
3219             solid column.</li>
3220           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3221             version launches</li>
3222           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3223             fails with a sequence mismatch</li>
3224           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3225             scrolling alignment to right</li>
3226           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3227             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3228           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3229             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3230           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3231             ultra-high resolution</li>
3232           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3233             quality and conservation</li>
3234           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3235             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3236         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3237         <ul>
3238           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3239           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3240             window is being resized</li>
3241
3242         </ul>
3243       </td>
3244     </tr>
3245     <tr>
3246       <td><div align="center">
3247           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3248         </div></td>
3249       <td><em>General</em>
3250         <ul>
3251           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3252             Certum.PL.</li>
3253           <li>Features and annotation preserved when performing
3254             pairwise alignment</li>
3255           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3256             imported/exported/displayed</li>
3257           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3258             protein secondary structure</li>
3259           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3260               post-hoc with 2.9 release</em>)
3261           </li>
3262
3263         </ul> <em>Application</em>
3264         <ul>
3265           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3266             with 3D structures</li>
3267           <li>Support for parsing RNAML</li>
3268           <li>Annotations menu for layout
3269             <ul>
3270               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3271               <li>place sequence annotation above/below alignment
3272                 annotation</li>
3273             </ul>
3274           <li>Output in Stockholm format</li>
3275           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3276             translation</li>
3277           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3278           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3279             shared between alignments</li>
3280           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3281             Jalview</li>
3282           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3283             all or current selection</li>
3284           <li>disorder and secondary structure predictions
3285             available as dataset annotation</li>
3286           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3287
3288
3289           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3290             alignments from Rfam</li>
3291           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3292
3293           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3294             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3295           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3296           <li>include installation type in build properties and
3297             console log output</li>
3298           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3299             annotation</li>
3300         </ul></td>
3301       <td>
3302         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3303         <ul>
3304           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3305             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3306           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3307             alignment</li>
3308           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3309           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3310           <li>Double click on sequence associated annotation
3311             selects only first column</li>
3312           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3313             leaves shown in tree</li>
3314           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3315             properly</li>
3316           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3317           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3318             screen and buttons not visible</li>
3319           <li>author list isn't updated if already written to
3320             Jalview properties</li>
3321           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3322             from database</li>
3323           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3324           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3325             browser search window</li>
3326           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3327             in feature settings dialog</li>
3328           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3329             desktop</li>
3330           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3331             pass validation</li>
3332           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3333             fit on screen</li>
3334           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3335             tooltip</li>
3336           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3337             defined user preset</li>
3338           <li>MSA web services warns user if they were launched
3339             with invalid input</li>
3340           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3341             Java 8</li>
3342           <li>
3343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3344             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3345             created
3346           </li>
3347
3348         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3349         <ul>
3350         </ul> <em>General</em>
3351         <ul>
3352         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3353         <ul>
3354           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3355             memory allocation</li>
3356           <li>launchApp service doesn't automatically open
3357             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3358           <li>
3359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3360             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3361             1.7_055 is available
3362           </li>
3363         </ul> <em>Application Known issues</em>
3364         <ul>
3365           <li>
3366             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3367             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3368             alignment to right
3369           </li>
3370           <li>
3371             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3372             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3373             with large number of ID
3374           </li>
3375           <li>
3376             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3377             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3378             start/end
3379           </li>
3380           <li>
3381             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3382             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3383             structure tracks are rearranged
3384           </li>
3385           <li>
3386             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3387             invalid rna structure positional highlighting does not
3388             highlight position of invalid base pairs
3389           </li>
3390           <li>
3391             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3392             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3393             project from alignment window file menu
3394           </li>
3395           <li>
3396             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3397             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3398             structures
3399           </li>
3400           <li>
3401             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3402             colour by RNA Helices not enabled when user created
3403             annotation added to alignment
3404           </li>
3405           <li>
3406             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3407             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3408           </li>
3409         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3410         <ul>
3411           <li>
3412             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3413             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3414           </li>
3415           <li>
3416             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3417             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3418           </li>
3419
3420           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3421             when selected</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424     </tr>
3425     <tr>
3426       <td><div align="center">
3427           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3428         </div></td>
3429       <td>
3430         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3431         <em>General</em>
3432         <ul>
3433           <li>Internationalisation of user interface (usually
3434             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3435           <li>Define/Undefine group on current selection with
3436             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3437           <li>Improved group creation/removal options in
3438             alignment/sequence Popup menu</li>
3439           <li>Sensible precision for symbol distribution
3440             percentages shown in logo tooltip.</li>
3441           <li>Annotation panel height set according to amount of
3442             annotation when alignment first opened</li>
3443         </ul> <em>Application</em>
3444         <ul>
3445           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3446             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3447           <li>Select columns containing particular features from
3448             Feature Settings dialog</li>
3449           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3450             sequences</li>
3451           <li>Update Jalview project format:
3452             <ul>
3453               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3454               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3455                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3456               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3457                 colouring</li>
3458             </ul>
3459           </li>
3460           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3461             (PAM250)</li>
3462           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3463             flanking regions for an alignment</li>
3464         </ul>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3468         <ul>
3469           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3470             running after job is cancelled</li>
3471           <li>cannot export features from alignments imported from
3472             Jalview/VAMSAS projects</li>
3473           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3474             float values</li>
3475           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3476             have 'display all symbols' flag set</li>
3477           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3478             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3479           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3480             Jalview</li>
3481           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3482             Lion/Webstart</li>
3483           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3484           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3485           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3486             alignment onto desktop</li>
3487           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3488             'extract scores' function</li>
3489           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3490             alignment window</li>
3491           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3492             performing IUPred disorder prediction</li>
3493           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3494             changing 'normalise logo' display setting</li>
3495           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3496             nothing matches query</li>
3497           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3498             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3499           </li>
3500           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3501             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3502           </li>
3503           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3504             Jalview's menu</li>
3505           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3506             'invalid literal/length code'</li>
3507           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3508             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3509           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3510             colourscheme</li>
3511
3512         </ul> <em>Applet</em>
3513         <ul>
3514           <li>Remove group option is shown even when selection is
3515             not a group</li>
3516           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3517             don't affect groups</li>
3518           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3519             colourscheme name</li>
3520           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3521             Annotation panel is not displayed</li>
3522           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3523             embedded windows</li>
3524         </ul> <em>Other</em>
3525         <ul>
3526           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3527             single sequence were not calculated</li>
3528           <li>annotation files that contain only groups imported as
3529             annotation and junk sequences</li>
3530           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3531             recognised as PFAM or BLC</li>
3532           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3533             doesn't affect background (2.8.0b1)
3534           <li></li>
3535           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3536           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3537             trailing gaps</li>
3538           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3539             registered correctly on import</li>
3540           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3541             certain alignments</li>
3542           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3543             existing annotation based 'use original colours'
3544             colourscheme loses original colours setting</li>
3545         </ul>
3546       </td>
3547     </tr>
3548     <tr>
3549       <td><div align="center">
3550           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3551             <em>30/1/2014</em></strong>
3552         </div></td>
3553       <td>
3554         <ul>
3555           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3556             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3557             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3558             open source project).
3559           </li>
3560           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3561           <li>Output in Stockholm format</li>
3562           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3563           <li>Export/import group and sequence associated line
3564             graph thresholds</li>
3565           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3566             ambiguity codes</li>
3567           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3568             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3569             works</li>
3570           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3571         </ul> <em>Other improvements</em>
3572         <ul>
3573           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3574           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3575             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3576           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3577             files</li>
3578           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3579           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3580             link but no description</li>
3581           <li>Select primary source when selecting authority in
3582             database fetcher GUI</li>
3583           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3584             Jalview</li>
3585           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3586         </ul>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3591             displayed</li>
3592           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3593             secondary structure annotation line</li>
3594           <li>Sequence database accessions not imported when
3595             fetching alignments from Rfam</li>
3596           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3597             identical IDs</li>
3598           <li>View all structures does not always superpose
3599             structures</li>
3600           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3601             reflect user or preset settings</li>
3602           <li>Null pointer exceptions for some services without
3603             presets or adjustable parameters</li>
3604           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3605             discover PDB xRefs</li>
3606           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3607             features with DAS</li>
3608           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3609             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3610           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3611             residue follows a gap</li>
3612           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3613             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3614           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3615             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3616           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3617             annotation already exists on alignment</li>
3618           <li>oninit javascript function should be called after
3619             initialisation completes</li>
3620           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3621             alignment window display</li>
3622           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3623           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3624             to annotation file</li>
3625           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3626             groups created</li>
3627           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3628             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3629           <li>Pressing return several times causes Number Format
3630             exceptions in keyboard mode</li>
3631           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3632             correct partitions for input data</li>
3633           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3634           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3635           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3636           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3637             mode</li>
3638           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3639             changes one row&#39;s threshold</li>
3640           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3641             doesn&#39;t open</li>
3642           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3643             quality histograms</li>
3644         </ul>
3645       </td>
3646     </tr>
3647     <tr>
3648       <td><div align="center">
3649           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3650         </div></td>
3651       <td><em>Application</em>
3652         <ul>
3653           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3654             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3655           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3656             preferences</li>
3657           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3658             in Jalview alignment window</li>
3659           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3660             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3661           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3662             RNA and ambiguity codes</li>
3663
3664           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3665           <li>Support fetching and database reference look up
3666             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3667             refs')</li>
3668           <li>Jalview project improvements
3669             <ul>
3670               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3671                 flag for annotation</li>
3672               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3673                 alignment</li>
3674               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3675                 Jalview project</li>
3676
3677             </ul>
3678           </li>
3679           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3680           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3681             running</li>
3682           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3683           <li>visual indication that web service results are still
3684             being retrieved from server</li>
3685           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3686             starts up for first time</li>
3687           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3688             services</li>
3689           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3690             client library</li>
3691           <li>Examples directory and Groovy library included in
3692             InstallAnywhere distribution</li>
3693         </ul> <em>Applet</em>
3694         <ul>
3695           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3696             visualization applet example</li>
3697         </ul> <em>General</em>
3698         <ul>
3699           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3700           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3701             defaults</li>
3702           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3703             calculation</li>
3704           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3705             matrices
3706           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3707             in HTML</li>
3708           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3709             structure contacts</li>
3710           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3711           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3712           <li>Parse sequence associated secondary structure
3713             information in Stockholm files</li>
3714           <li>HTML Export database accessions and annotation
3715             information presented in tooltip for sequences</li>
3716           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3717             style RNA alignment files</li>
3718           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3719             alignment</li>
3720           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3721             shade each sequence according to its associated alignment
3722             annotation</li>
3723           <li>New Jalview Logo</li>
3724         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3725         <ul>
3726           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3727           <li>New Website!</li>
3728         </ul></td>
3729       <td><em>Application</em>
3730         <ul>
3731           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3732             wsdbfetch REST service</li>
3733           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3734           <li>Filetype associations not installed for webstart
3735             launch</li>
3736           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3737             job execution in full once it is complete</li>
3738           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3739             uploaded via ali_file parameter</li>
3740           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3741           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3742           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3743             submitted for prediction</li>
3744           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3745             desktop window</li>
3746           <li>Putting fractional value into integer text box in
3747             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3748           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3749             windows 7</li>
3750           <li>View all structures fails with exception shown in
3751             structure view</li>
3752           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3753             escaped in a platform independent way</li>
3754           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3755             using proxy</li>
3756           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3757             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3758           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3759             failure when java web start temporary file caching is
3760             disabled</li>
3761           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3762             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3763           <li>Errors during processing of command line arguments
3764             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3765           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3766             DAS sources in sequence fetcher</li>
3767           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3768             dialog is shown</li>
3769           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3770           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3771           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3772           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3773             on OSX Mountain Lion</li>
3774           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3775             sequences with alignment annotation are pasted into the
3776             alignment</li>
3777           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3778             when loaded from Jalview project</li>
3779           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3780           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3781             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3782           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3783             associated with all views</li>
3784           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3785             annotation rows to new window</li>
3786         </ul> <em>Applet</em>
3787         <ul>
3788           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3789             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3790           <li>loading features via javascript API automatically
3791             enables feature display</li>
3792           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3793             work</li>
3794         </ul> <em>General</em>
3795         <ul>
3796           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3797           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3798             and then deselected</li>
3799           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3800           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3801             coloured with clustalx</li>
3802           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3803             exceptions and redraw errors</li>
3804           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3805             reconfigured view</li>
3806           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3807             colour</li>
3808           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3809             for lots of labels</li>
3810         </ul>
3811     </tr>
3812     <tr>
3813       <td>
3814         <div align="center">
3815           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3816         </div>
3817       </td>
3818       <td><em>Application</em>
3819         <ul>
3820           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3821           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3822           <li>View/alignment association menu to enable user to
3823             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3824             its colours/correspondences from</li>
3825           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3826           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3827             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3828           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3829           <li>Annotation row column label formatting attributes
3830             stored in project file</li>
3831           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3832             rows preserved in Jalview project file</li>
3833           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3834             saved using Desktop window menu</li>
3835           <li>Visual indication that command line arguments are
3836             still being processed</li>
3837           <li>Groovy script execution from URL</li>
3838           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3839             preferences</li>
3840           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3841             alignment with sequences that have high similarity and
3842             matching IDs</li>
3843           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3844           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3845             structures in same window</li>
3846           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3847           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3848             analysis function in its own submenu</li>
3849         </ul> <em>Applet</em>
3850         <ul>
3851           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3852             groups</li>
3853           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3854           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3855           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3856           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3857           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3858             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3859           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3860           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3861             parameters are treated as such</li>
3862           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3863             <ul>
3864               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3865               <li>Javascript callbacks for
3866                 <ul>
3867                   <li>Applet initialisation</li>
3868                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3869                 </ul>
3870               </li>
3871               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3872                 functions</li>
3873               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3874               <li>javascript structure viewer harness to pass
3875                 messages between Jmol and Jalview when running as
3876                 distinct applets</li>
3877               <li>sortBy method</li>
3878               <li>Set of applet and application examples shipped
3879                 with documentation</li>
3880               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3881                 javascript message exchange</li>
3882             </ul>
3883         </ul> <em>General</em>
3884         <ul>
3885           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3886             multiple alignments</li>
3887           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3888           <li>User configurable link to enable redirects to a
3889             www.Jalview.org mirror</li>
3890           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3891           <li>Configurable newline string when writing alignment
3892             and other flat files</li>
3893           <li>Allow alignment annotation description lines to
3894             contain html tags</li>
3895         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3896         <ul>
3897           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3898             examples</li>
3899           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3900             using a web service before displaying the result in the
3901             Jalview desktop</li>
3902           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3903           <li>Ant target to publish example html files with applet
3904             archive</li>
3905           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3906           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3907         </ul></td>
3908       <td><em>Application</em>
3909         <ul>
3910           <li>User defined colourscheme throws exception when
3911             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3912           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3913             dialog for valid filename/format</li>
3914           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3915           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3916             P37173</li>
3917           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3918             which sequence is to be associated with the file</li>
3919           <li>Find All raises null pointer exception when query
3920             only matches sequence IDs</li>
3921           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3922           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3923             2.4 cannot be loaded</li>
3924           <li>Filetype associations not installed for webstart
3925             launch</li>
3926           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3927             with sequences in different alignments do not get coloured
3928             by their associated sequence</li>
3929           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3930             not preserved when project is loaded</li>
3931           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3932             stored in Jalview project</li>
3933           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3934             Jalview project</li>
3935           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3936           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3937             by conservation</li>
3938           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3939             created on new view</li>
3940           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3941             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3942           <li>Alignment quality not updated after alignment
3943             annotation row is hidden then shown</li>
3944           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3945             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3946           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3947             properly</li>
3948           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3949             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3950           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3951           <li>Structures imported from file and saved in project
3952             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3953           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3954             job execution in full once it is complete</li>
3955         </ul> <em>Applet</em>
3956         <ul>
3957           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3958             annotation rows are displayed</li>
3959           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3960             codebase</li>
3961           <li>View follows highlighting does not work for positions
3962             in sequences</li>
3963           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3964           <li>Export features raises exception when no features
3965             exist</li>
3966           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3967             for javascript api is modified when separator string
3968             provided as parameter</li>
3969           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3970             alignment with no existing selection</li>
3971           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3972             to applet&#39;s codebase</li>
3973           <li>Status bar not updated after finished searching and
3974             search wraps around to first result</li>
3975           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3976             several Jalview applets causes race conditions and memory
3977             leaks</li>
3978           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3979             not sent from Jmol in applet</li>
3980           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3981             applet API fatally hang browser</li>
3982         </ul> <em>General</em>
3983         <ul>
3984           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3985             position with wrapped view and hidden regions</li>
3986           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3987             with/without hidden columns</li>
3988           <li>Sequence length given in alignment properties window
3989             is off by 1</li>
3990           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3991             import PDB like structure files</li>
3992           <li>Positional search results are only highlighted
3993             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3994           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3995           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3996             given sequence position</li>
3997           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3998             output</li>
3999           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4000             from nucleotide chains correctly</li>
4001           <li>Structure colours not updated when tree partition
4002             changed in alignment</li>
4003           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4004             parsed in interleaved stockholm</li>
4005           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4006             state</li>
4007           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4008             properly</li>
4009           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4010             properly associated with their pdb files</li>
4011         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4012         <ul>
4013           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4014             ApplyCopyright tool</li>
4015         </ul></td>
4016     </tr>
4017     <tr>
4018       <td>
4019         <div align="center">
4020           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4021         </div>
4022       </td>
4023       <td><em>Application</em>
4024         <ul>
4025           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4026             contact web services</li>
4027           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4028             service job window</li>
4029           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4030         </ul></td>
4031       <td>
4032         <ul>
4033           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4034             pir file emitted by Jalview</li>
4035           <li>Existing feature settings transferred to new
4036             alignment view created from cut'n'paste</li>
4037           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4038             parsing PDB files</li>
4039           <li>Consensus and conservation annotation rows
4040             occasionally become blank for all new windows</li>
4041           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4042             in wrapped view mode</li>
4043         </ul> <em>Application</em>
4044         <ul>
4045           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4046             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4047           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4048             parameter names</li>
4049           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4050             is down</li>
4051         </ul>
4052       </td>
4053     </tr>
4054     <tr>
4055       <td>
4056         <div align="center">
4057           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4058         </div>
4059       </td>
4060       <td><em>Application</em>
4061         <ul>
4062           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4063             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4064             (JABAWS)
4065           </li>
4066           <li>Web Services preference tab</li>
4067           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4068             preferences</li>
4069           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4070           <li>Superpose structures using associated sequence
4071             alignment</li>
4072           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4073             viewer</li>
4074         </ul> <em>Applet</em>
4075         <ul>
4076           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4077             link out mechanism</li>
4078         </ul> <em>Other</em>
4079         <ul>
4080           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4081             series 12</li>
4082           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4083             require Java 1.5</li>
4084           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4085             sequence annotation files</li>
4086           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4087             type colour specification</li>
4088           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4089             script to check if it being run in an interactive session or
4090             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4091         </ul></td>
4092       <td>
4093         <ul>
4094           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4095             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4096         </ul> <em>Application</em>
4097         <ul>
4098           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4099             selected Regions menu item</li>
4100           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4101             part of a valid accession ID</li>
4102           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4103             runs out of memory</li>
4104           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4105             analysis results</li>
4106           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4107             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4108           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4109         </ul> <em>Applet</em>
4110         <ul>
4111           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4112             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4113             defined.</li>
4114         </ul>
4115       </td>
4116     </tr>
4117     <tr>
4118       <td>
4119         <div align="center">
4120           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4121         </div>
4122       </td>
4123       <td></td>
4124       <td>
4125         <ul>
4126           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4127             sequence IDs</li>
4128           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4129             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4130           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4131             import correctly</li>
4132           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4133             number of columns are hidden</li>
4134           <li>annotation label popup menu not providing correct
4135             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4136             present</li>
4137           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4138             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4139           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4140             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4141
4142         </ul> <em>Applet</em>
4143         <ul>
4144           <li>annotation panel disappears when annotation is
4145             hidden/removed</li>
4146         </ul> <em>Application</em>
4147         <ul>
4148           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4149             alignment opened where annotation panel is visible but no
4150             annotations are present on alignment</li>
4151           <li>pasted region containing hidden columns is
4152             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4153           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4154             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4155           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4156             selected Rregions menu item.</li>
4157           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4158             'Un' or 'Non'conserved</li>
4159           <li>Sequence feature settings are being shared by
4160             multiple distinct alignments</li>
4161           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4162             changed</li>
4163           <li>double click on group annotation to select sequences
4164             does not propagate to associated trees</li>
4165           <li>Mac OSX specific issues:
4166             <ul>
4167               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4168                 window background</li>
4169               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4170                 name set correctly</li>
4171               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4172                 save feature colourscheme button</li>
4173             </ul>
4174           </li>
4175         </ul>
4176       </td>
4177     </tr>
4178     <tr>
4179
4180       <td>
4181         <div align="center">
4182           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4183         </div>
4184       </td>
4185       <td><em>New Capabilities</em>
4186         <ul>
4187           <li>URL links generated from description line for
4188             regular-expression based URL links (applet and application)
4189
4190           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4191             menu</li>
4192           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4193             structures</li>
4194           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4195             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4196           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4197             average score or total feature count for each sequence.</li>
4198           <li>Shading features by score or associated description</li>
4199           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4200             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4201           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4202             hide everything but the currently selected region.</li>
4203           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4204         </ul> <em>Application</em>
4205         <ul>
4206           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4207             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4208           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4209             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4210           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4211             database references and protein_name is parsed as
4212             description line (BioSapiens terms).</li>
4213           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4214             references in sequence ID tooltip from View menu in
4215             application.</li>
4216           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4217       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4218           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4219             conservation plots</li>
4220           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4221             and visualized as sequence logos</li>
4222           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4223             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4224           </li>
4225           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4226             when a new tree is opened.</li>
4227           <li>Jalview Java Console</li>
4228           <li>Better placement of desktop window when moving
4229             between different screens.</li>
4230           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4231             consensus annotation</li>
4232           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4233             Workflows</li>
4234           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4235             <ul>
4236               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4237                 used to preserve views, structures, and tree display
4238                 settings)</li>
4239               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4240                 command line</li>
4241               <li>Sharing of selected regions between views and
4242                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4243               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4244             </ul></li>
4245         </ul> <em>Applet</em>
4246         <ul>
4247           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4248           <li>New Parameters
4249             <ul>
4250               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4251                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4252                 opened.</li>
4253               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4254                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4255               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4256                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4257               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4258                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4259                 view</li>
4260               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4261                 increase the height or width of a cell in the alignment
4262                 grid relative to the current font size.</li>
4263             </ul>
4264           </li>
4265           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4266             tooltip</li>
4267         </ul> <em>Other</em>
4268         <ul>
4269           <li>Features format: graduated colour definitions and
4270             specification of feature scores</li>
4271           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4272             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4273             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4274           <li>XML formats extended to support graduated feature
4275             colourschemes, group associated annotation, and profile
4276             visualization settings.</li></td>
4277       <td>
4278         <ul>
4279           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4280             rather than description</li>
4281           <li>Non-positional features are now included in sequence
4282             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4283             visibility in tooltip).</li>
4284           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4285           <li>Added URL embedding instructions to features file
4286             documentation.</li>
4287           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4288             'X' in peptide product</li>
4289           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4290             sequence ID and sequence string and query strings do not
4291             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4292           <li>AMSA files only contain first column of
4293             multi-character column annotation labels</li>
4294           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4295             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4296             exported and re-imported)</li>
4297           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4298             name</li>
4299           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4300             as subsequence matches, and correctly reports total number
4301             of both.</li>
4302           <li>Application:
4303             <ul>
4304               <li>Better handling of exceptions during sequence
4305                 retrieval</li>
4306               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4307                 link text excludes the start_end suffix</li>
4308               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4309                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4310               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4311               <li>Sequence description lines properly shared via
4312                 VAMSAS</li>
4313               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4314                 data sources</li>
4315               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4316                 completes before alignment figures are generated.</li>
4317               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4318                 first time.</li>
4319               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4320                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4321               <li>User defined group colours properly recovered
4322                 from Jalview projects.</li>
4323             </ul>
4324           </li>
4325         </ul>
4326       </td>
4327
4328     </tr>
4329     <tr>
4330       <td>
4331         <div align="center">
4332           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4333         </div>
4334       </td>
4335       <td>
4336         <ul>
4337           <li>Experimental support for google analytics usage
4338             tracking.</li>
4339           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342       <td>
4343         <ul>
4344           <li>Race condition in applet preventing startup in
4345             jre1.6.0u12+.</li>
4346           <li>Exception when feature created from selection beyond
4347             length of sequence.</li>
4348           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4349           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4350             all sequences with a given id</li>
4351           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4352             ID string searches</li>
4353           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4354             alignment to fail with exception</li>
4355         </ul> <em>Application Issues</em>
4356         <ul>
4357           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4358           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4359             data sources</li>
4360         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4361         <ul>
4362           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4363             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4364           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4365             version (java class versioning error fixed)</li>
4366         </ul>
4367       </td>
4368     </tr>
4369     <tr>
4370       <td>
4371
4372         <div align="center">
4373           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4374         </div>
4375       </td>
4376       <td><em>User Interface</em>
4377         <ul>
4378           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4379             translation and protein products</li>
4380           <li>Linked highlighting of structure associated with
4381             residue mapping to codon position</li>
4382           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4383             and 'clear' button</li>
4384           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4385             Tools menu</li>
4386           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4387             numeric data in description line</li>
4388           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4389           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4390             of sequence</li>
4391         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4392         <ul>
4393           <li>JPred3 web service</li>
4394           <li>Prototype sequence search client (no public services
4395             available yet)</li>
4396           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4397             PFAM</li>
4398           <li>URL Links created for matching database cross
4399             references as well as sequence ID</li>
4400           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4401         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4402         <ul>
4403           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4404             databases</li>
4405           <li>Generalised database reference retrieval and
4406             validation to all fetchable databases</li>
4407           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4408             sequence command</li>
4409         </ul> <em>Import and Export</em>
4410         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4411         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4412           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4413         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4414           File</li>
4415         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4416           triplet as name of colourscheme</li>
4417         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4418         <ul>
4419           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4420           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4421             alignments (experimental)</li>
4422           <li>Create new or select existing session to join</li>
4423           <li>load and save of vamsas documents</li>
4424         </ul> <em>Application command line</em>
4425         <ul>
4426           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4427             from applet)</li>
4428           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4429             of DAS servers to query for alignment features</li>
4430           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4431             that are also automatically queried for features</li>
4432           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4433             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4434         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4435         <ul>
4436           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4437             application (when using &quot;View in full
4438             application&quot;)</li>
4439         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4440         <ul>
4441           <li>feature group display control parameter</li>
4442           <li>debug parameter</li>
4443           <li>showbutton parameter</li>
4444         </ul> <em>Applet API methods</em>
4445         <ul>
4446           <li>newView public method</li>
4447           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4448           <li>Feature display control methods</li>
4449           <li>get list of currently selected sequences</li>
4450         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4451         <ul>
4452           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4453           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4454             Jalview release.</li>
4455           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4456             property controls execution of obfuscator</li>
4457           <li>Build target for generating source distribution</li>
4458           <li>Debug flag for javacc</li>
4459           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4460             jalview.bin.Cache</li>
4461           <li>Continuous Build Integration for stable and
4462             development version of Application, Applet and source
4463             distribution</li>
4464         </ul></td>
4465       <td>
4466         <ul>
4467           <li>selected region output includes visible annotations
4468             (for certain formats)</li>
4469           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4470             for editing</li>
4471           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4472           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4473           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4474           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4475             comments</li>
4476           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4477             filenames containing a ':'</li>
4478           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4479             global sequence features</li>
4480           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4481             references from alignment sequences goes to zero</li>
4482           <li>Close of tree branch colour box without colour
4483             selection causes cascading exceptions</li>
4484           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4485           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4486             file parsing fails.</li>
4487           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4488           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4489             not a valid output format</li>
4490           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4491             vamsas</li>
4492           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4493           <li>error messages passed up and output when data read
4494             fails</li>
4495           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4496             sequence is edited</li>
4497           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4498             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4499           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4500             filetype</li>
4501           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4502             import fixed for PFAM records</li>
4503           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4504             window list</li>
4505           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4506             can be read and written correctly to annotation file</li>
4507           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4508             correctly</li>
4509           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4510             non-italic font for representatives in Applet</li>
4511           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4512             Macs.</li>
4513           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4514             Applet)</li>
4515           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4516             due to null pointer exceptions</li>
4517           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4518             first column of alignment</li>
4519           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4520             July 2008</li>
4521           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4522             file is case-insensitive</li>
4523           <li>Sequence features read from Features file appended to
4524             all sequences with matching IDs</li>
4525           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4526             containing a sub-sequence</li>
4527           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4528           <li>feature and annotation file applet parameters
4529             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4530           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4531           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4532             splash-screen version check to complete</li>
4533           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4534             when passing them to the launchApp service</li>
4535           <li>display name and local features preserved in results
4536             retrieved from web service</li>
4537           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4538             sequence fetcher initialisation</li>
4539           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4540             dasobert DAS client</li>
4541           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4542             association</li>
4543           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4544             sequences
4545           </li>
4546         </ul>
4547       </td>
4548     </tr>
4549     <tr>
4550       <td>
4551         <div align="center">
4552           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4553         </div>
4554       </td>
4555       <td>
4556         <ul>
4557           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4558           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4559           <li>Slide sequences</li>
4560           <li>Edit sequence in place</li>
4561           <li>EMBL CDS features</li>
4562           <li>DAS Feature mapping</li>
4563           <li>Feature ordering</li>
4564           <li>Alignment Properties</li>
4565           <li>Annotation Scores</li>
4566           <li>Sort by scores</li>
4567           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4568         </ul>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4573           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4574           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4575           <li>Feature group display state in XML</li>
4576           <li>Feature ordering in XML</li>
4577           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4578           <li>Stockholm alignment properties</li>
4579           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4580           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4581           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4582           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4583         </ul>
4584       </td>
4585
4586     </tr>
4587     <tr>
4588       <td>
4589         <div align="center">
4590           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4591         </div>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>Non standard characters can be read and displayed
4596           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4597             applet via textbox
4598           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4599             name &amp; description
4600           <li>Preference setting to display sequence name in
4601             italics
4602           <li>Annotation file format extended to allow
4603             Sequence_groups to be defined
4604           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4605             specified in preferences
4606           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4607             sequences
4608         </ul>
4609       </td>
4610       <td>
4611         <ul>
4612           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4613             installed
4614           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4615           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4616         </ul>
4617       </td>
4618     </tr>
4619     <tr>
4620       <td>
4621         <div align="center">
4622           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4623         </div>
4624       </td>
4625       <td>
4626         <ul>
4627           <li>Multiple views on alignment
4628           <li>Sequence feature editing
4629           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4630           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4631           <li>Background dependent text colour
4632           <li>Right align sequence ids
4633           <li>User-defined lower case residue colours
4634           <li>Format Menu
4635           <li>Select Menu
4636           <li>Menu item accelerator keys
4637           <li>Control-V pastes to current alignment
4638           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4639           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4640           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4641
4642           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4643         </ul>
4644       </td>
4645       <td>
4646         <ul>
4647           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4648           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4649             calculations
4650           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4651             edits
4652           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4653             of alignment)
4654           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4655
4656           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4657             display correctly
4658           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4659           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4660             analysis results
4661           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4662             &#8739;
4663           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4664           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4665           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4666
4667         </ul>
4668       </td>
4669     </tr>
4670     <tr>
4671       <td>
4672         <div align="center">
4673           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4674         </div>
4675       </td>
4676       <td>
4677         <ul>
4678           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681       <td>
4682         <ul>
4683           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4684             sequence id panel has been resized</li>
4685           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4686             rendered</li>
4687           <li>Annotation files with sequence references - all
4688             elements in file are relative to sequence position</li>
4689           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4690         </ul>
4691       </td>
4692     </tr>
4693     <tr>
4694       <td>
4695         <div align="center">
4696           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4697         </div>
4698       </td>
4699       <td>
4700         <ul>
4701           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4702           <li>DAS Feature fetching</li>
4703           <li>Hide sequences and columns</li>
4704           <li>Export Annotations and Features</li>
4705           <li>GFF file reading / writing</li>
4706           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4707             files</li>
4708           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4709           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4710           <li>Applet can launch the full application</li>
4711           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4712             required)</li>
4713           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4714           <li>Applet can load sequences from parameter
4715             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4716           </li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4722           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4723           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4724         </ul>
4725       </td>
4726     </tr>
4727     <tr>
4728       <td>
4729         <div align="center">
4730           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4731         </div>
4732       </td>
4733       <td>
4734         <ul>
4735           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4736           <li>Choose to match case when searching</li>
4737           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4738             expand the visible width and height of the alignment</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741       <td>
4742         <ul>
4743           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4744         </ul>
4745       </td>
4746     </tr>
4747     <tr>
4748       <td>
4749         <div align="center">
4750           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4751         </div>
4752       </td>
4753       <td>&nbsp;</td>
4754       <td>
4755         <ul>
4756           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4757           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4758             value</li>
4759         </ul>
4760       </td>
4761     </tr>
4762     <tr>
4763       <td>
4764         <div align="center">
4765           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4766         </div>
4767       </td>
4768       <td>
4769         <ul>
4770           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4771           <li>Keyboard editing</li>
4772           <li>Create sequence features from searches</li>
4773           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4774             alignments</li>
4775           <li>Features file allows grouping of features</li>
4776           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4777           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4778           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4779         </ul>
4780       </td>
4781       <td>
4782         <ul>
4783           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4784           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4785             descriptions saved.</li>
4786         </ul>
4787       </td>
4788     </tr>
4789     <tr>
4790       <td>
4791         <div align="center">
4792           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4793         </div>
4794       </td>
4795       <td>
4796         <ul>
4797           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4798           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4799           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4800             name for file output</li>
4801           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4802           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4803             used for HTML form input</li>
4804         </ul>
4805       </td>
4806       <td>
4807         <ul>
4808           <li>HTML output writes groups and features</li>
4809           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4810           <li>File IO bugs</li>
4811         </ul>
4812       </td>
4813     </tr>
4814     <tr>
4815       <td>
4816         <div align="center">
4817           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4818         </div>
4819       </td>
4820       <td>
4821         <ul>
4822           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4823           <li>More options for PCA viewer</li>
4824         </ul>
4825       </td>
4826       <td>
4827         <ul>
4828           <li>GUI bugs resolved</li>
4829           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4830         </ul>
4831       </td>
4832     </tr>
4833     <tr>
4834       <td height="63">
4835         <div align="center">
4836           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4837         </div>
4838       </td>
4839       <td>
4840         <ul>
4841           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4842           <li>Jar files are executable</li>
4843           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846       <td>
4847         <ul>
4848           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4849           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4850           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4851         </ul>
4852       </td>
4853     </tr>
4854     <tr>
4855       <td>
4856         <div align="center">
4857           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4858         </div>
4859       </td>
4860       <td>
4861         <ul>
4862           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4863         </ul>
4864       </td>
4865       <td>
4866         <ul>
4867           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4868         </ul>
4869       </td>
4870     </tr>
4871     <tr>
4872       <td>
4873         <div align="center">
4874           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4875         </div>
4876       </td>
4877       <td>
4878         <ul>
4879           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4880             size</li>
4881         </ul>
4882       </td>
4883       <td>
4884         <ul>
4885           <li>Improved JPred client reliability</li>
4886           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4887         </ul>
4888       </td>
4889     </tr>
4890     <tr>
4891       <td>
4892         <div align="center">
4893           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4894         </div>
4895       </td>
4896       <td>
4897         <ul>
4898           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4899           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4900           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4901             to Colour Menu</li>
4902           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4903           <li>Unix users can set default web browser</li>
4904           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4905           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908       <td>
4909         <ul>
4910           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4911         </ul>
4912       </td>
4913     </tr>
4914     <tr>
4915       <td>
4916         <div align="center">
4917           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4918         </div>
4919       </td>
4920       <td>&nbsp;</td>
4921       <td>
4922         <ul>
4923           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4924             alignment order.</li>
4925         </ul>
4926       </td>
4927     </tr>
4928     <tr>
4929       <td>
4930         <div align="center">
4931           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4932         </div>
4933       </td>
4934       <td>
4935         <ul>
4936           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4937           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4938           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4939             annotations.</li>
4940           <li>Version and build date written to build properties
4941             file.</li>
4942           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4943             at launch of Jalview.</li>
4944         </ul>
4945       </td>
4946       <td>
4947         <ul>
4948           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4949           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4950           <li>Can remove groups one by one.</li>
4951           <li>Filechooser icons installed.</li>
4952           <li>Finder ignores return character when searching.
4953             Return key will initiate a search.<br>
4954           </li>
4955         </ul>
4956       </td>
4957     </tr>
4958     <tr>
4959       <td>
4960         <div align="center">
4961           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4962         </div>
4963       </td>
4964       <td>
4965         <ul>
4966           <li>New codebase</li>
4967         </ul>
4968       </td>
4969       <td>&nbsp;</td>
4970     </tr>
4971   </table>
4972   <p>&nbsp;</p>
4973 </body>
4974 </html>