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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 246         </ul>
 247       </td>
 248                         <td align="left" valign="top">
 249                                 <ul>
 250                                         <li>
 251                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 252                                         </li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 255                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 256                                         </li>
 257                                         <li>
 258                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 259                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 260                                         </li>
 261                                         <li>
 262                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 263                                                 monospaced font
 264                                         </li>
 265                                         <li>
 266                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 267                                                 project involving multiple views
 268                                         </li>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 271                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 272                                                 Annotation dialog hides columns
 273                                         </li>
 274                                         <li>
 275                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 276                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 277                                                 one view, then making another selection in the other view
 278                                         </li>
 279                                         <li>
 280                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 281                                                 columns
 282                                         </li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 285                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 286                                         </li>
 287                                         <li>
 288                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 289                                                 overview updates with large alignments
 290                                         </li>
 291                                         <li>
 292                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 293                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 294                                                 mouse moved to the left of the first column
 295                                         </li>
 296                                         <li>
 297                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 298                                                 hidden column marker via scale popup menu
 299                                         </li>
 300                                         <li>
 301                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 302                                                 doesn't tell users the invalid URL
 303                                         </li>
 304                                         <li>
 305                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 306                                                 export as Jalview features file
 307                                         </li>
 308                                         <li>
 309                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 310                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 311                                         </li>
 312                                         <li>
 313                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 314                                                 when columns are hidden
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 318                                                 Columns by Annotation description
 319                                         </li>
 320                                         <li>
 321                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 322                                                 out of Scale or Annotation Panel
 323                                         </li>
 324                                         <li>
 325                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 326                                                 scale panel
 327                                         </li>
 328                                         <li>
 329                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 330                                                 alignment down
 331                                         </li>
 332                                         <li>
 333                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 334                                                 scale panel
 335                                         </li>
 336                                         <li>
 337                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 338                                                 Page Up in wrapped mode
 339                                         </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions
 342                                         </li>
 343                                         <li>
 344                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 348                                                 on opening an alignment
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 352                                                 Colour menu
 353                                         </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 356                                                 different groups in the alignment are selected
 357                                         </li>
 358                                         <li>
 359                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 360                                                 correctly in menu
 361                                         </li>
 362                                         <li>
 363                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 364                                                 threshold limit
 365                                         </li>
 366                                         <li>
 367                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 368                                                 threshold gets 'unrounded'
 369                                         </li>
 370                                         <li>
 371                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 372                                                 colour
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 376                                         </li>
 377                                         <li>
 378                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 379                                         </li>
 380                                         <li>
 381                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 382                                                 Tree font
 383                                         </li>
 384                                         <li>
 385                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 386                                                 project file
 387                                         </li>
 388                                         <li>
 389                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 390                                                 shown in complementary view
 391                                         </li>
 392                                         <li>
 393                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 394                                                 peptide sequence
 395                                         </li>
 396                                         <li>
 397                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 398                                                 of report
 399                                         </li>
 400                                         <li>
 401                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 402                                         </li>
 403                                 </ul> <em>Editing</em>
 404                                 <ul>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 407                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 408                                                 sequence
 409                                         </li>
 410                                         <li>
 411                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 412                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 413                                                 removed (Known defect since 2.10)
 414                                         </li>
 415                                         <li>
 416                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 417                                                 dialog corrupts dataset sequence
 418                                         </li>
 419                                         <li>
 420                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled when
 421                                                 shown without normalisation
 422                                         </li>
 423                                 </ul>
 424                                 <em>New Known Defects</em>
 425                                 <ul>
 426                                         <li>
 427                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 428                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 429                                         </li>
 430                                         <li>
 431                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 432                                                 'New View'
 433                                         </li>
 434                                         <li>
 435                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 436                                                 columns within hidden columns
 437                                         </li>
 438                                         <li>
 439                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 440                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 441                                                 region
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 445                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 446                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 447                                                 create a Score filter instead.
 448                                         </li>
 449                                 </ul>
 450                         </td>
 451                 </tr>
 452     <tr>
 453     <td width="60" nowrap>
 454       <div align="center">
 455         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 456       </div>
 457     </td>
 458     <td><div align="left">
 459         <em></em>
 460         <ul>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 463               InstallAnywhere increased to 1G.
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 467               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 468               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 469                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 470                 properties file.</em>
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 474               API and sequence data now imported as JSON.
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 478               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 479               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 480               property.
 481             </li>
 482           </ul>
 483           <em>Development</em>
 484           <ul>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 487               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 488                 Clover</a>
 489             </li>
 490           </ul>
 491         </div></td>
 492     <td><div align="left">
 493         <em></em>
 494         <ul>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 497               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 498               alignment.
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 502               annotation displayed.
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 506               for newly created group when 'Apply to all groups'
 507               selected
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 511               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 512               visible.
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 516               when sequences are selected in exported view.</em>
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 520               aren't rendered with correct colour.
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 524               types of knotted RNA secondary structure.
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 528               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 529               do not start at 1.
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 533               annotation when columns are inserted into an alignment,
 534               and when exporting as Stockholm flatfile.
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 538               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 539               treated as RNA secondary structure.
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 543               (not .jar) when saving a jalview project file.
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 547               transfers focus to previous window on OSX
 548             </li>
 549           </ul>
 550           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 551           <ul>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 554               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 555               box.
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 559               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 560               'look and feel' which has improved compatibility with the
 561               latest version of OSX.
 562             </li>
 563           </ul>
 564         </div>
 565     </td>
 566     </tr>
 567     <tr>
 568       <td width="60" nowrap>
 569         <div align="center">
 570           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 571             <em>7/06/2018</em></strong>
 572         </div>
 573       </td>
 574       <td><div align="left">
 575           <em></em>
 576           <ul>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 579               annotation retrieved from Uniprot
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 583               onto the Jalview Desktop
 584             </li>
 585           </ul>
 586         </div></td>
 587       <td><div align="left">
 588           <em></em>
 589           <ul>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 592               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 596               right-hand column parsed correctly
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 600               not alignment area in exported graphic
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 604               window has input focus
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 608               annotation added to view (Windows)
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 612               network connectivity is poor
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 616               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 617                 the currently open URL and links from a page viewed in
 618                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 619                 you are using Edge, only links in the page can be
 620                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 621                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 622             </li>
 623           </ul>
 624         </div></td>
 625     </tr>
 626     <tr>
 627       <td width="60" nowrap>
 628         <div align="center">
 629           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 630         </div>
 631       </td>
 632       <td><div align="left">
 633           <em></em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 637               for disabling automatic superposition of multiple
 638               structures and open structures in existing views
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 642               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 643               adjust them.
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 647               Ensembl services
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 651               and lots of hidden columns
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 655               of features (particularly when transparency is disabled)
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 659               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 660               generally available
 661             </li>
 662           </ul>
 663           </div>
 664       </td>
 665       <td><div align="left">
 666           <ul>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 669               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 673               overlapping alignment panel
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 677               sequence as gaps
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 681               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 682               UTR
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 686               factor annotation not added to sequence when local PDB
 687               file associated with it by drag'n'drop or structure
 688               chooser
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 692               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 696               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 700               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 704               columns in annotation row
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 708               honored in batch mode
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 712               for structures added to existing Jmol view
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 716               entries after importing project with multiple views
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 720               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 721               with negative residue numbers or missing residues fails
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 725               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 726               as generated by CONSURF)
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 730               tooltip doesn't include a text description of mutation
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 734               structure and/or overview windows are also shown
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 738               very slow for alignments with large numbers of sequences
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 742               with 'StringIndexOutOfBounds'
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 746               platforms running Java 10
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 750               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 751             </li>
 752           </ul>
 753           <em>Applet</em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 757               should copy the group consensus when popup is opened on it
 758             </li>
 759           </ul>
 760           <em>Batch Mode</em>
 761           <ul>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 764           </li>
 765           </ul>
 766           <em>New Known Defects</em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 770               editing a large alignment and overview is displayed
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 774               repeatedly after a series of edits even when the overview
 775               is no longer reflecting updates
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 779               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 780               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 781               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 782             </li>
 783           </ul>
 784         </div>
 785           </td>
 786     </tr>
 787     <tr>
 788       <td width="60" nowrap>
 789         <div align="center">
 790           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 791         </div>
 792       </td>
 793       <td><div align="left">
 794           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 795               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 796       <td><div align="left">
 797           <em>Desktop</em><ul>
 798           <ul>
 799             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 800             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 801             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 802             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 803             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 804             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 805             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 806           </ul>
 807           </div>
 808       </td>
 809     </tr>
 810     <tr>
 811       <td width="60" nowrap>
 812         <div align="center">
 813           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 814         </div>
 815       </td>
 816       <td><div align="left">
 817           <em></em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 821               rendering of sequence features
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 825               429 rate limit request hander
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 829               their colours have changed
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 833               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 837               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 841               view from Ensembl locus cross-references
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 845               Alignment report
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 849               feature can be disabled
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 853               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 857               Uniprot
 858             </li>
 859           </ul>
 860           <em>Scripting</em>
 861           <ul>
 862             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 863             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 864               percent identity scores for current alignment.</li>
 865           </ul>
 866           <em>Testing and Deployment</em>
 867           <ul>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 870             </li>
 871           </ul>
 872         </div></td>
 873       <td><div align="left">
 874           <em>General</em>
 875           <ul>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 878               threshold text field doesn't trigger an update to the
 879               alignment view
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 883               strings in parallel
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 887               alignment window is closed
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 891               group visibility
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 895               takes a long time in Cursor mode
 896             </li>
 897           </ul>
 898           <em>Desktop</em>
 899           <ul>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 902               cannot be viewed in Chimera
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 906               CDS/Protein view
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 910               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 911               Search Dialogs
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 921               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 925               scrolling right in unwapped alignment view
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 929               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 930               database
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 934               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 938               features of same type and group to be selected for
 939               amending
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 943               alignments when hidden columns are present
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 947               displaying several structures
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 951               moving a window
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 955               within the Jalview desktop on OSX
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 959               when in wrapped alignment mode
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 963               hand end of alignment
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 967               each selected sequence do not have correct start/end
 968               positions
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 972               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 976               restoring project until a new view is created
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 980               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 981               configured (since 2.10.2b2)
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 985               position is adjusted
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 989               in a multi-chain structure when viewing alignment
 990               involving more than one chain (since 2.10)
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 994               if new selection moves alignment window
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 998               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1002               that produces correctly annotated transcripts and products
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1006               doesn't update associated structure view
1007             </li>
1008           </ul>
1009           <em>Applet</em><br />
1010           <ul>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1013               closing alignment panel
1014             </li>
1015           </ul>
1016           <em>BioJSON</em><br />
1017           <ul>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1020               non-positional features
1021             </li>
1022           </ul>
1023           <em>New Known Issues</em>
1024           <ul>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1027               sequence features correctly (for many previous versions of
1028               Jalview)
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1032               using cursor in wrapped panel other than top
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1036               graduated colour threshold
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1040               always preserve numbering and sequence features
1041             </li>
1042           </ul>
1043           <em>Known Java 9 Issues</em>
1044           <ul>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1047               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1048               9.01, OSX 10.10)
1049             </li>
1050           </ul>
1051         </div></td>
1052     </tr>
1053     <tr>
1054       <td width="60" nowrap>
1055         <div align="center">
1056           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1057             <em>2/10/2017</em></strong>
1058         </div>
1059       </td>
1060       <td><div align="left">
1061           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1062           <ul>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1065             </li>
1066             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1067             </li>
1068           </ul>
1069         </div></td>
1070       <td><div align="left">
1071         </div></td>
1072     </tr>
1073     <tr>
1074       <td width="60" nowrap>
1075         <div align="center">
1076           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1077             <em>7/9/2017</em></strong>
1078         </div>
1079       </td>
1080       <td><div align="left">
1081           <em></em>
1082           <ul>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1085               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1086               white)
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1090               Preferences
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1094               in size and progress bar shown as higher resolution
1095               overview is recalculated
1096             </li>
1097
1098           </ul>
1099         </div></td>
1100       <td><div align="left">
1101           <em></em>
1102           <ul>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1105               column region row by row
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1109               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1113               format setting is unticked
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1117               if group has show boxes format setting unticked
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1121               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1122               include sequences and columns not currently displayed
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1126               assemblies are imported via CIF file
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1130               displayed when threshold or conservation colouring is also
1131               enabled.
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1135               server version
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1139               dragging a selected region off the visible region of the
1140               alignment
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1144               colourscheme to all groups in a view
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1148               initially after font size change using the Font chooser or
1149               middle-mouse zoom
1150             </li>
1151           </ul>
1152         </div></td>
1153     </tr>
1154     <tr>
1155       <td width="60" nowrap>
1156         <div align="center">
1157           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1158         </div>
1159       </td>
1160       <td><div align="left">
1161           <em>Calculations</em>
1162           <ul>
1163
1164             <li>
1165               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1166               ungapped positions in each column of the alignment.
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1170               a calculation dialog box
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1174               and memory efficiency (~30x faster)
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1178               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1179               and other calculations
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1183               files within the Jalview codebase
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1187               Similarity may have different topology due to increased
1188               precision
1189             </li>
1190           </ul>
1191           <em>Rendering</em>
1192           <ul>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1195               model for alignments and groups
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1199               scripts
1200             </li>
1201           </ul>
1202           <em>Overview</em>
1203           <ul>
1204             <li>
1205               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1206               with alignment and overview windows
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1210               overview
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1214               omitted in Overview
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1218               adjustment of visible position
1219             </li>
1220           </ul>
1221
1222           <em>Data import/export</em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1226               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1230               annotation input/output via stockholm flatfile
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1234               extension when importing structure files without embedded
1235               names or PDB accessions
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1239               format sequence substitution matrices
1240             </li>
1241           </ul>
1242           <em>User Interface</em>
1243           <ul>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1246               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1247               the application.
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1251               via Overview or sequence motif search operations
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1255               opened by double clicking gaps within sequence feature
1256               extent
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1260               aligned positions were available to create a 3D structure
1261               superposition.
1262             </li>
1263           </ul>
1264           <em>3D Structure</em>
1265           <ul>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1268               coloured in linked structure views
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1272               file-based command exchange
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1276               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1277               structures are already available for sequences
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1281               the Jalview project rather than downloaded again when the
1282               project is reopened.
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1286               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1287               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1288                 Feature</strong>)
1289             </li>
1290           </ul>
1291           <em>Web Services</em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1298               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1299               Analysis services
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1303               cross-references provided by identifiers.org and the
1304               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1305             </li>
1306           </ul>
1307
1308           <em>Scripting</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1312               identifying file formats (instead of String constants)
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1316               efficiency when counting all displayed features (not
1317               backwards compatible with 2.10.1)
1318             </li>
1319           </ul>
1320           <em>Example files</em>
1321           <ul>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1324               included in the example feature file
1325             </li>
1326           </ul>
1327           <em>Documentation</em>
1328           <ul>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1331               with the built-in Java help viewer
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1335               sequence description' option
1336             </li>
1337           </ul>
1338           <em>Test Suite</em>
1339           <ul>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1342               Uniprot REST Free Text Search Client
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1349               during tests
1350             </li>
1351           </ul>
1352         </div></td>
1353       <td><div align="left">
1354           <em>Calculations</em>
1355           <ul>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1358               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1359               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1360             </li>
1361             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1362               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1363               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1364               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1365               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1366               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1367               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1368               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1369               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1370               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1371               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1372               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1373               // for 2.10.1 mode <br />
1374               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1375               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1376                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1377                 calculations (not recommended)</em></li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1380               scaling of branch lengths for trees computed using
1381               Sequence Feature Similarity.
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1385               generating output report when working with highly
1386               redundant alignments
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1390               right of selected region when gaps present on right-hand
1391               boundary
1392             </li>
1393           </ul>
1394           <em>User Interface</em>
1395           <ul>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1398               doesn't reselect a specific sequence's associated
1399               annotation after it was used for colouring a view
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1403               opened on a region of alignment without groups
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1407               of an alignment with overlapping groups
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1411               name and description match
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1415               hidden regions results in incorrect hidden regions
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1419               changing colour does not apply Conservation slider value
1420               to all groups
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1424               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1428               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1432               gaps before start of features
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1436               restored to UI when feature colour is edited
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1440               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1444               as graduate feature colour settings are modified via the
1445               dialog box
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1449               when a group defined on the alignment is resized
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1453               wrapped view result in positional status updates
1454             </li>
1455
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1458               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1462               alignment included gapped columns
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1466               widgets don't permanently disappear
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1470               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1471               T-Coffee column reliability scores)
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1475               sequence feature on gaps only
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1479               button from a Find inherit previously defined feature type
1480               rather than the Find query string
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1484               exporting tree calculated in Jalview
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1488               and then revealing them reorders sequences on the
1489               alignment
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1493               doesn't update to reflect available set of groups after
1494               interactively adding or modifying features
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1498               Linux
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1502               only excluded gaps in current sequence and ignored
1503               selection.
1504             </li>
1505           </ul>
1506           <em>Rendering</em>
1507           <ul>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1510               erratically when hidden rows or columns are present
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1514               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1515               sequence colouring
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1519               colour and group colour menu for protein alignments
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1523               reflect currently selected view or group's shading
1524               thresholds
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1528               when rendered on overview and structures when opacity at
1529               100%
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1533               overview when features overlaid on alignment
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1537               recovered correctly from Jalview project file
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1541               (automatically via preferences) are different to the main
1542               alignment panel
1543             </li>
1544           </ul>
1545           <em>Data import/export</em>
1546           <ul>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1549               load
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1553               added after a sequence was imported are not written to
1554               Stockholm File
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1558               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1562               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1566               with lightGray or darkGray via features file (but can
1567               specify lightgray)
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1571               when alignment view imported from project
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1575               structure and sequences extracted from structure files
1576               imported via URL and viewed in Jmol
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1580               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1581               the project is loaded and the structure viewed
1582             </li>
1583           </ul>
1584           <em>Web Services</em>
1585           <ul>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1588               release of Ensembl v.88
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1592               appear enabled in Preferences->Connections
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1596               removed from console output
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1600               Ensembl by Peptide ID
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1604               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1605               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1606               due to 'null' string rather than empty string used for
1607               residues with no corresponding PDB mapping).
1608             </li>
1609           </ul>
1610           <em>Application UI</em>
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1614               menu
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1618               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1619               new documentation and tooltips added)
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1623               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1627               new features are added to alignment
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1631               changes to feature colours via the Amend features dialog
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1635               edit graduated feature colour via amend features dialog
1636               box
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1640               selection menu changes colours of alignment views
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1644               from alignment calculation workers after alignment has
1645               been closed
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1649               groups now 'Create Group'
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1653               Create/Undefine group doesn't always work
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1657               shown again after pressing 'Cancel'
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1661               adjusts start position in wrap mode
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1665               ambiguous amino acids
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1669               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1670               proteins
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1674               Defined' don't appear in Colours menu
1675             </li>
1676           </ul>
1677           <em>Applet</em>
1678           <ul>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1681               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1685               overview or linked structure view
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1689               work (since 2.8)
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1693               user-defined colourscheme doesn't restore original
1694               colourscheme
1695             </li>
1696           </ul>
1697           <em>Test Suite</em>
1698           <ul>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1701               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1705               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1706               problems with deep array comparison equality asserts in
1707               successive versions of TestNG
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1711               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1712             </li>
1713           </ul>
1714           <em>New Known Issues</em>
1715           <ul>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1718               phase after a sequence motif find operation
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1722               containing just upper and lower case letters are
1723               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1727               reliably from eggnog Ortholog database
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1731               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1732               to mark columns containing highlighted regions.
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1736               doesn't always add secondary structure annotation.
1737             </li>
1738           </ul>
1739         </div>
1740     <tr>
1741       <td width="60" nowrap>
1742         <div align="center">
1743           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1744         </div>
1745       </td>
1746       <td><div align="left">
1747           <em>General</em>
1748           <ul>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1751               for all consensus calculations
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1755               3rd Oct 2016)
1756             </li>
1757             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1758               for 2016-2017</li>
1759           </ul>
1760           <em>Application</em>
1761           <ul>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1764               set of database cross-references, sorted alphabetically
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1768               from database cross references. Users with custom links
1769               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1770                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1774               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1775               Chimera session
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1779               the Chimera it is connected to is shut down
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1783               columns menu item to mark columns containing highlighted
1784               regions (e.g. from structure selections or results of a
1785               Find operation)
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1789               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1790               MSAviewer
1791             </li>
1792           </ul>
1793         </div></td>
1794       <td>
1795         <div align="left">
1796           <em>General</em>
1797           <ul>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1800               are not coloured or thresholded according to percent
1801               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1805               hydrophobic
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1809               threshold, amino acid properties)
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1813               reported as mapped to residues in a structure file in the
1814               View Mapping report
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1818               could be added multiple times to a sequence
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1822               bond features shown as two highlighted residues rather
1823               than a range in linked structure views, and treated
1824               correctly when selecting and computing trees from features
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1828               cross-references are matched to database name regardless
1829               of case
1830             </li>
1831
1832           </ul>
1833           <em>Application</em>
1834           <ul>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1837               names without regular expressions also offer links from
1838               Sequence ID
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1842               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1843               update Jalview configuration
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1847               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1851               files with similarly named sequences if dropped onto the
1852               alignment
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1856               entries where more chains exist in the PDB accession than
1857               are reported in the SIFTS file
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1861               the structure view when displayed with Chimera
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1865               panel's View->Show Chains submenu
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1869               work for wrapped alignment views
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1873               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1877               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1878               first annotation row
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1882               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1886               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1887             </li>
1888             <!-- JAL-2319 -->
1889             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1890             coordindate data
1891             </li>
1892           </ul>
1893           <!--           <em>New Known Issues</em>
1894           <ul>
1895             <li></li>
1896           </ul> -->
1897         </div>
1898       </td>
1899     </tr>
1900     <td width="60" nowrap>
1901       <div align="center">
1902         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1903           <em>25/10/2016</em></strong>
1904       </div>
1905     </td>
1906     <td><em>Application</em>
1907       <ul>
1908         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1909           view if structures already loaded</li>
1910         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1911           structure views</li>
1912       </ul></td>
1913     <td>
1914       <div align="left">
1915         <em>General</em>
1916         <ul>
1917           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1918             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1919           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1920             example sequences/projects/trees</li>
1921         </ul>
1922         <em>Application</em>
1923         <ul>
1924           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1925             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1926           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1927             without timeout for structures with multiple models or
1928             multiple sequences in alignment</li>
1929           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1930             PDB ID HEADER line</li>
1931           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1932             is performed</li>
1933           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1934             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1935           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1936           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1937             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1938             option</li>
1939           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1940             is created on the alignment</li>
1941           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1942             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1943             pop-up menu</li>
1944         </ul>
1945         <em>Build and deployment</em>
1946         <ul>
1947           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1948             tags</li>
1949         </ul>
1950         <em>New Known Issues</em>
1951         <ul>
1952           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1953             on Windows</li>
1954         </ul>
1955       </div>
1956     </td>
1957     </tr>
1958     <tr>
1959       <td width="60" nowrap>
1960         <div align="center">
1961           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1962         </div>
1963       </td>
1964       <td><em>General</em>
1965         <ul>
1966           <li>
1967             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1971             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1972             better PDB parsing.
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1976             reference sequence
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1980             mousing over sequence associated annotation
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1984             for manual entry
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1988             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1989             for each column
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1993             showing or hiding columns containing a feature
1994           </li>
1995           <li>
1996             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1997             group and sequence associated annotation labels
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2001             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2002             dialogs
2003           </li>
2004
2005         </ul> <em>Application</em>
2006         <ul>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2009             gene/transcript view
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2013             dialog
2014           </li>
2015           <li>
2016             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2017             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2021             Pfam sources to xfam.org
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2028             over sequences in Jalview
2029           </li>
2030           <li>
2031             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2032             regions in ENA and EMBL
2033           </li>
2034           <li>
2035             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2036             for record retrieval via ENA rest API
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2040             complement operator
2041           </li>
2042           <li>
2043             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2044             groovy script execution
2045           </li>
2046           <li>
2047             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2048             alignment window's Calculate menu
2049           </li>
2050           <li>
2051             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2052             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2053           </li>
2054           <li>
2055             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2056             calculation workers from groovy scripts
2057           </li>
2058           <li>
2059             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2060             Jalview projects
2061           </li>
2062           <li>
2063             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2064             associations are now saved/restored from project
2065           </li>
2066           <li>
2067             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2068             before sequence fetcher is opened
2069           </li>
2070           <li>
2071             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2072             database chooser opens a sequence fetcher
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2076             the UniProt REST API
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2080             the news reader opening
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2084             querying stored in preferences
2085           </li>
2086           <li>
2087             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2088             search results
2089           </li>
2090           <li>
2091             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2092           </li>
2093           <li>
2094             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2095             menu for nucleotide sequences
2096           </li>
2097           <li>
2098             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2099             and feature counts preserves alignment ordering (and
2100             debugged for complex feature sets).
2101           </li>
2102           <li>
2103             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2104             viewing structures with Jalview 2.10
2105           </li>
2106           <li>
2107             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2108             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2109             Ensembl Genomes REST API
2110           </li>
2111           <li>
2112             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2113             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2114             (Ensembl)
2115           </li>
2116           <li>
2117             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2118             sequences
2119           </li>
2120           <li>
2121             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2122             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2123             data from external database records.
2124           </li>
2125           <li>
2126             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2127             efficient recovery of sequence coding and alignment
2128             annotation relationships.
2129           </li>
2130         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2131         <ul>
2132           <li>
2133             -- JAL---
2134           </li>
2135         </ul> --></td>
2136       <td>
2137         <div align="left">
2138           <em>General</em>
2139           <ul>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2142               menu on OSX
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2146               includes graduated colourschemes
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2150               working with big alignments and lots of hidden columns
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2154               at right of alignment window
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2158               contents
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2162               for DNA alignments
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2166               based tree calculation
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2170               unconserved enabled for group on alignment
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2174               set as reference
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2178               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2179               annotation
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2183               hidden columns present
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2187               user created annotation added to alignment
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2191               '()' base pair annotation
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2195               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2196               Consensus
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2200               feature not working
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2204               beginning of sequence
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2208               entry 3a6s
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2212               from a tree when t-coffee scores are shown
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2216               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2220               some structures
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2224               to Clustal, PIR and PileUp output
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2228               not visible causes alignment window to repaint
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2232               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2233               scores associated with features and annotation rows
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2237               calculation should be case independent
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2241               columns
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2245               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2246               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2250               problems when reference sequence defined and 'show
2251               non-conserved' enabled
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2255               load even when Consensus calculation is disabled
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2259               alignment does nothing
2260             </li>
2261           </ul>
2262           <em>Application</em>
2263           <ul>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2266               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2267               yet fixed for El Capitan)
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2271               output when running on non-gb/us i18n platforms
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2275               hidden sequences as flat-file alignment
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2279               launching Chimera
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2283               (also hotfix for 2.9.0b2)
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2287               reference sequence defined
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2291               alignments and views when revealing hidden columns
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2295               view in a cDNA/Protein splitframe
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2299               sequence from project when only one sequence is
2300               represented
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2304               in Structure Chooser
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2308               structure consensus didn't refresh annotation panel
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2312               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2316               dialogs format columns correctly, don't display array
2317               data, sort columns according to type
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2321               file chooser is cancelled during an image export
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2325               sequence name containing special characters
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2329               case insensitive
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2333               formatting don't wrap
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2337               truncated so L looks like I in consensus annotation
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2341               currently displayed features for the current selection or
2342               view
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2346               after fetching cross-references, and restoring from
2347               project
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2351               followed in the structure viewer
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2355               splitframe not restored from project
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2359               trailing end of protein alignment in transcript/product
2360               splitview when pad-gaps not enabled by default
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2364               is case dependent
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2368               article has been read (reopened issue due to
2369               internationalisation problems)
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2373               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2374               cross-references
2375             </li>
2376
2377             <li>
2378               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2379               alignment as HTML
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2383               multiple structures are shown for one or more sequences.
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2387               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2388               is enabled.
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2392               specific PDB id for sequence
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2396               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2397               columns' is disabled.
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2401               selects lowest rather than highest resolution structures
2402               for each sequence
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2406               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2410               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2414               after clicking on it to create new annotation for a
2415               column.
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2419               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2420             </li>
2421             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2422             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2423           </ul>
2424           <em>Applet</em>
2425           <ul>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2428               hidden columns present before start of sequence
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2432               (JSON jars)
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2436               sequences are hidden in applet
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2440               deployment on examples pages.
2441             </li>
2442           </ul>
2443         </div>
2444       </td>
2445     </tr>
2446     <tr>
2447       <td width="60" nowrap>
2448         <div align="center">
2449           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2450             <em>16/10/2015</em></strong>
2451         </div>
2452       </td>
2453       <td><em>General</em>
2454         <ul>
2455           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2456             jars</li>
2457         </ul></td>
2458       <td>
2459         <div align="left">
2460           <em>Application</em>
2461           <ul>
2462             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2463               shown when tree is partitioned</li>
2464             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2465               multiple cDNA/Protein split views</li>
2466           </ul>
2467         </div>
2468       </td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471       <td width="60" nowrap>
2472         <div align="center">
2473           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2474             <em>8/10/2015</em></strong>
2475         </div>
2476       </td>
2477       <td><em>General</em>
2478         <ul>
2479           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2480             2.9</li>
2481         </ul> <em>Application</em>
2482         <ul>
2483           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2484           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2485           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2486         </ul> <em>Applet</em>
2487         <ul>
2488           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2489         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2490         <ul>
2491           <li>
2492             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2493             suite
2494           </li>
2495         </ul></td>
2496       <td>
2497         <div align="left">
2498           <em>General</em>
2499           <ul>
2500             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2501               incorrect when sequence start > 1</li>
2502             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2503               documentation</li>
2504             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2505             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2506               loading a features file containing HTML tags in feature
2507               description</li>
2508
2509           </ul>
2510           <em>Application</em>
2511           <ul>
2512             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2513               reimport</li>
2514             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2515               with 'trim retrieved sequences'</li>
2516             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2517               deleting selected columns</li>
2518             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2519               JNLP templates for webstart launch</li>
2520             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2521               unreleased structures for download or viewing</li>
2522             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2523               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2524             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2525               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2526             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2527               recovered from jalview project</li>
2528             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2529               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2530               alignment view</li>
2531             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2532               color schemes from BioJSON</li>
2533           </ul>
2534           <em>Applet</em>
2535           <ul>
2536             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2537               frame</li>
2538             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2539           </ul>
2540         </div>
2541       </td>
2542     </tr>
2543     <tr>
2544       <td><div align="center">
2545           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2546         </div></td>
2547       <td><em>General</em>
2548         <ul>
2549           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2550             alignments:
2551             <ul>
2552               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2553                 and DNA alignment views</li>
2554               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2555                 cDNA alignment views</li>
2556               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2557                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2558               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2559                 protein sequences</li>
2560             </ul>
2561           </li>
2562           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2563           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2564             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2565           <li>New alignment annotation file statements for
2566             reference sequences and marking hidden columns</li>
2567           <li>Reference sequence based alignment shading to
2568             highlight variation</li>
2569           <li>Select or hide columns according to alignment
2570             annotation</li>
2571           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2572           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2573             acid conservation row</li>
2574           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2575         </ul> <em>Application</em>
2576         <ul>
2577           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2578             <ul>
2579               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2580                 view with cDNA/Protein</li>
2581               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2582                 sequences are placed in the same alignment</li>
2583               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2584                 projects</li>
2585             </ul>
2586           </li>
2587
2588           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2589           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2590             Jalview windows</li>
2591
2592           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2593           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2594           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2595             be shown in VARNA</li>
2596
2597           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2598             as the active selected region</li>
2599
2600           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2601             similarity</li>
2602           <li>New Export options
2603             <ul>
2604               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2605                 region export in flat file generation</li>
2606
2607               <li>Export alignment views for display with the <a
2608                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2609
2610               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2611               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2612                 alignment figures to HTML</li>
2613           </li>
2614           <li>3D structure retrieval and display
2615             <ul>
2616               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2617                 Search API</li>
2618               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2619                 PDB structures for a sequence set</li>
2620             </ul>
2621           </li>
2622
2623           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2624             predictions</li>
2625           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2626             for one or a group of sequences</li>
2627           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2628             from the JPred4 web server</li>
2629           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2630             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2631             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2632           </li>
2633           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2634             VARNA 2D Structure'</li>
2635           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2636             Structure ..."</li>
2637
2638         </ul> <em>Applet</em>
2639         <ul>
2640           <li>New layout for applet example pages</li>
2641           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2642             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2643           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2644             Protein alignments</li>
2645         </ul> <em>Development and deployment</em>
2646         <ul>
2647           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2648           <li>Include installation type and git revision in build
2649             properties and console log output</li>
2650           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2651             storing BioJsMSA Templates</li>
2652           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2653         </ul></td>
2654       <td>
2655         <!-- <em>General</em>
2656         <ul>
2657         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2658         <ul>
2659           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2660           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2661           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2662             predictions are not highlighted in amber</li>
2663           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2664             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2665           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2666             associated structure views</li>
2667           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2668             width checkbox not enabled</li>
2669           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2670             creating user defined colours</li>
2671           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2672             mappings for just that viewer's sequences</li>
2673           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2674             multiple models in Chimera</li>
2675           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2676             over Jmol structure</li>
2677           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2678             output to text box</li>
2679           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2680             have incorrect sequence start/end</li>
2681           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2682             Jalview fails</li>
2683           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2684             work for nucleotide</li>
2685           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2686             to a grey/invisible alignment window</li>
2687           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2688             imports to different position</li>
2689           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2690             on some platforms</li>
2691           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2692             populated</li>
2693           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2694             console if Chimera has been opened</li>
2695           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2696           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2697             retrieved</li>
2698           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2699           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2700             either sequence shows on first structure</li>
2701           <li>'Show annotations' options should not make
2702             non-positional annotations visible</li>
2703           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2704             in right place after 'view flanking regions'</li>
2705           <li>File Save As type unset when current file format is
2706             unknown</li>
2707           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2708             projects</li>
2709           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2710             responsive</li>
2711           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2712             several views on same alignment</li>
2713           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2714           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2715             spaces</li>
2716         </ul> <em>Applet</em>
2717         <ul>
2718           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2719           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2720             descriptions containing angle brackets</li>
2721         </ul> <em>General</em>
2722         <ul>
2723           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2724             via jalview annotation file</li>
2725           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2726             with RNA secondary structure</li>
2727           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2728             translation doesn't work.</li>
2729           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2730           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2731             positions</li>
2732           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2733             choosing 1pt font</li>
2734           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2735             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2736             'h'</li>
2737           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2738             new feature</li>
2739           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2740             order dependent</li>
2741           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2742             sequences</li>
2743           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2744         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2745         <ul>
2746           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2747             www.jalview.org</li>
2748         </ul> <em>Application Known issues</em>
2749         <ul>
2750           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2751           <li>Misleading message appears after trying to delete
2752             solid column.</li>
2753           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2754             version launches</li>
2755           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2756             fails with a sequence mismatch</li>
2757           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2758             scrolling alignment to right</li>
2759           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2760             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2761           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2762             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2763           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2764             ultra-high resolution</li>
2765           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2766             quality and conservation</li>
2767           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2768             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2769         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2770         <ul>
2771           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2772           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2773             window is being resized</li>
2774
2775         </ul>
2776       </td>
2777     </tr>
2778     <tr>
2779       <td><div align="center">
2780           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2781         </div></td>
2782       <td><em>General</em>
2783         <ul>
2784           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2785             Certum.PL.</li>
2786           <li>Features and annotation preserved when performing
2787             pairwise alignment</li>
2788           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2789             imported/exported/displayed</li>
2790           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2791             protein secondary structure</li>
2792           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2793               post-hoc with 2.9 release</em>)
2794           </li>
2795
2796         </ul> <em>Application</em>
2797         <ul>
2798           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2799             with 3D structures</li>
2800           <li>Support for parsing RNAML</li>
2801           <li>Annotations menu for layout
2802             <ul>
2803               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2804               <li>place sequence annotation above/below alignment
2805                 annotation</li>
2806             </ul>
2807           <li>Output in Stockholm format</li>
2808           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2809             translation</li>
2810           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2811           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2812             shared between alignments</li>
2813           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2814             Jalview</li>
2815           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2816             all or current selection</li>
2817           <li>disorder and secondary structure predictions
2818             available as dataset annotation</li>
2819           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2820
2821
2822           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2823             alignments from Rfam</li>
2824           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2825
2826           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2827             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2828           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2829           <li>include installation type in build properties and
2830             console log output</li>
2831           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2832             annotation</li>
2833         </ul></td>
2834       <td>
2835         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2836         <ul>
2837           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2838             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2839           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2840             alignment</li>
2841           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2842           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2843           <li>Double click on sequence associated annotation
2844             selects only first column</li>
2845           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2846             leaves shown in tree</li>
2847           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2848             properly</li>
2849           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2850           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2851             screen and buttons not visible</li>
2852           <li>author list isn't updated if already written to
2853             Jalview properties</li>
2854           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2855             from database</li>
2856           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2857           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2858             browser search window</li>
2859           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2860             in feature settings dialog</li>
2861           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2862             desktop</li>
2863           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2864             pass validation</li>
2865           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2866             fit on screen</li>
2867           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2868             tooltip</li>
2869           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2870             defined user preset</li>
2871           <li>MSA web services warns user if they were launched
2872             with invalid input</li>
2873           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2874             Java 8</li>
2875           <li>
2876             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2877             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2878             created
2879           </li>
2880
2881         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2882         <ul>
2883         </ul> <em>General</em>
2884         <ul>
2885         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2886         <ul>
2887           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2888             memory allocation</li>
2889           <li>launchApp service doesn't automatically open
2890             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2891           <li>
2892             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2893             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2894             1.7_055 is available
2895           </li>
2896         </ul> <em>Application Known issues</em>
2897         <ul>
2898           <li>
2899             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2900             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2901             alignment to right
2902           </li>
2903           <li>
2904             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2905             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2906             with large number of ID
2907           </li>
2908           <li>
2909             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2910             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2911             start/end
2912           </li>
2913           <li>
2914             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2915             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2916             structure tracks are rearranged
2917           </li>
2918           <li>
2919             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2920             invalid rna structure positional highlighting does not
2921             highlight position of invalid base pairs
2922           </li>
2923           <li>
2924             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2925             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2926             project from alignment window file menu
2927           </li>
2928           <li>
2929             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2930             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2931             structures
2932           </li>
2933           <li>
2934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2935             colour by RNA Helices not enabled when user created
2936             annotation added to alignment
2937           </li>
2938           <li>
2939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2940             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2941           </li>
2942         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2943         <ul>
2944           <li>
2945             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2946             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2947           </li>
2948           <li>
2949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2950             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2951           </li>
2952
2953           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2954             when selected</li>
2955         </ul>
2956       </td>
2957     </tr>
2958     <tr>
2959       <td><div align="center">
2960           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2961         </div></td>
2962       <td>
2963         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2964         <em>General</em>
2965         <ul>
2966           <li>Internationalisation of user interface (usually
2967             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2968           <li>Define/Undefine group on current selection with
2969             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2970           <li>Improved group creation/removal options in
2971             alignment/sequence Popup menu</li>
2972           <li>Sensible precision for symbol distribution
2973             percentages shown in logo tooltip.</li>
2974           <li>Annotation panel height set according to amount of
2975             annotation when alignment first opened</li>
2976         </ul> <em>Application</em>
2977         <ul>
2978           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2979             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2980           <li>Select columns containing particular features from
2981             Feature Settings dialog</li>
2982           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2983             sequences</li>
2984           <li>Update Jalview project format:
2985             <ul>
2986               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2987               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2988                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2989               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2990                 colouring</li>
2991             </ul>
2992           </li>
2993           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2994             (PAM250)</li>
2995           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2996             flanking regions for an alignment</li>
2997         </ul>
2998       </td>
2999       <td>
3000         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3001         <ul>
3002           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3003             running after job is cancelled</li>
3004           <li>cannot export features from alignments imported from
3005             Jalview/VAMSAS projects</li>
3006           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3007             float values</li>
3008           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3009             have 'display all symbols' flag set</li>
3010           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3011             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3012           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3013             Jalview</li>
3014           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3015             Lion/Webstart</li>
3016           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3017           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3018           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3019             alignment onto desktop</li>
3020           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3021             'extract scores' function</li>
3022           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3023             alignment window</li>
3024           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3025             performing IUPred disorder prediction</li>
3026           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3027             changing 'normalise logo' display setting</li>
3028           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3029             nothing matches query</li>
3030           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3031             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3032           </li>
3033           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3034             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3035           </li>
3036           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3037             Jalview's menu</li>
3038           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3039             'invalid literal/length code'</li>
3040           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3041             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3042           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3043             colourscheme</li>
3044
3045         </ul> <em>Applet</em>
3046         <ul>
3047           <li>Remove group option is shown even when selection is
3048             not a group</li>
3049           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3050             don't affect groups</li>
3051           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3052             colourscheme name</li>
3053           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3054             Annotation panel is not displayed</li>
3055           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3056             embedded windows</li>
3057         </ul> <em>Other</em>
3058         <ul>
3059           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3060             single sequence were not calculated</li>
3061           <li>annotation files that contain only groups imported as
3062             annotation and junk sequences</li>
3063           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3064             recognised as PFAM or BLC</li>
3065           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3066             doesn't affect background (2.8.0b1)
3067           <li></li>
3068           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3069           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3070             trailing gaps</li>
3071           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3072             registered correctly on import</li>
3073           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3074             certain alignments</li>
3075           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3076             existing annotation based 'use original colours'
3077             colourscheme loses original colours setting</li>
3078         </ul>
3079       </td>
3080     </tr>
3081     <tr>
3082       <td><div align="center">
3083           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3084             <em>30/1/2014</em></strong>
3085         </div></td>
3086       <td>
3087         <ul>
3088           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3089             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3090             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3091             open source project).
3092           </li>
3093           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3094           <li>Output in Stockholm format</li>
3095           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3096           <li>Export/import group and sequence associated line
3097             graph thresholds</li>
3098           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3099             ambiguity codes</li>
3100           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3101             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3102             works</li>
3103           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3104         </ul> <em>Other improvements</em>
3105         <ul>
3106           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3107           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3108             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3109           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3110             files</li>
3111           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3112           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3113             link but no description</li>
3114           <li>Select primary source when selecting authority in
3115             database fetcher GUI</li>
3116           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3117             Jalview</li>
3118           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3119         </ul>
3120       </td>
3121       <td>
3122         <ul>
3123           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3124             displayed</li>
3125           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3126             secondary structure annotation line</li>
3127           <li>Sequence database accessions not imported when
3128             fetching alignments from Rfam</li>
3129           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3130             identical IDs</li>
3131           <li>View all structures does not always superpose
3132             structures</li>
3133           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3134             reflect user or preset settings</li>
3135           <li>Null pointer exceptions for some services without
3136             presets or adjustable parameters</li>
3137           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3138             discover PDB xRefs</li>
3139           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3140             features with DAS</li>
3141           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3142             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3143           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3144             residue follows a gap</li>
3145           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3146             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3147           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3148             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3149           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3150             annotation already exists on alignment</li>
3151           <li>oninit javascript function should be called after
3152             initialisation completes</li>
3153           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3154             alignment window display</li>
3155           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3156           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3157             to annotation file</li>
3158           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3159             groups created</li>
3160           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3161             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3162           <li>Pressing return several times causes Number Format
3163             exceptions in keyboard mode</li>
3164           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3165             correct partitions for input data</li>
3166           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3167           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3168           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3169           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3170             mode</li>
3171           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3172             changes one row&#39;s threshold</li>
3173           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3174             doesn&#39;t open</li>
3175           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3176             quality histograms</li>
3177         </ul>
3178       </td>
3179     </tr>
3180     <tr>
3181       <td><div align="center">
3182           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3183         </div></td>
3184       <td><em>Application</em>
3185         <ul>
3186           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3187             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3188           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3189             preferences</li>
3190           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3191             in Jalview alignment window</li>
3192           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3193             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3194           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3195             RNA and ambiguity codes</li>
3196
3197           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3198           <li>Support fetching and database reference look up
3199             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3200             refs')</li>
3201           <li>Jalview project improvements
3202             <ul>
3203               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3204                 flag for annotation</li>
3205               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3206                 alignment</li>
3207               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3208                 Jalview project</li>
3209
3210             </ul>
3211           </li>
3212           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3213           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3214             running</li>
3215           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3216           <li>visual indication that web service results are still
3217             being retrieved from server</li>
3218           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3219             starts up for first time</li>
3220           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3221             services</li>
3222           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3223             client library</li>
3224           <li>Examples directory and Groovy library included in
3225             InstallAnywhere distribution</li>
3226         </ul> <em>Applet</em>
3227         <ul>
3228           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3229             visualization applet example</li>
3230         </ul> <em>General</em>
3231         <ul>
3232           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3233           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3234             defaults</li>
3235           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3236             calculation</li>
3237           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3238             matrices
3239           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3240             in HTML</li>
3241           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3242             structure contacts</li>
3243           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3244           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3245           <li>Parse sequence associated secondary structure
3246             information in Stockholm files</li>
3247           <li>HTML Export database accessions and annotation
3248             information presented in tooltip for sequences</li>
3249           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3250             style RNA alignment files</li>
3251           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3252             alignment</li>
3253           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3254             shade each sequence according to its associated alignment
3255             annotation</li>
3256           <li>New Jalview Logo</li>
3257         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3258         <ul>
3259           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3260           <li>New Website!</li>
3261         </ul></td>
3262       <td><em>Application</em>
3263         <ul>
3264           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3265             wsdbfetch REST service</li>
3266           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3267           <li>Filetype associations not installed for webstart
3268             launch</li>
3269           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3270             job execution in full once it is complete</li>
3271           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3272             uploaded via ali_file parameter</li>
3273           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3274           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3275           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3276             submitted for prediction</li>
3277           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3278             desktop window</li>
3279           <li>Putting fractional value into integer text box in
3280             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3281           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3282             windows 7</li>
3283           <li>View all structures fails with exception shown in
3284             structure view</li>
3285           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3286             escaped in a platform independent way</li>
3287           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3288             using proxy</li>
3289           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3290             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3291           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3292             failure when java web start temporary file caching is
3293             disabled</li>
3294           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3295             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3296           <li>Errors during processing of command line arguments
3297             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3298           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3299             DAS sources in sequence fetcher</li>
3300           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3301             dialog is shown</li>
3302           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3303           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3304           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3305           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3306             on OSX Mountain Lion</li>
3307           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3308             sequences with alignment annotation are pasted into the
3309             alignment</li>
3310           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3311             when loaded from Jalview project</li>
3312           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3313           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3314             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3315           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3316             associated with all views</li>
3317           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3318             annotation rows to new window</li>
3319         </ul> <em>Applet</em>
3320         <ul>
3321           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3322             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3323           <li>loading features via javascript API automatically
3324             enables feature display</li>
3325           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3326             work</li>
3327         </ul> <em>General</em>
3328         <ul>
3329           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3330           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3331             and then deselected</li>
3332           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3333           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3334             coloured with clustalx</li>
3335           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3336             exceptions and redraw errors</li>
3337           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3338             reconfigured view</li>
3339           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3340             colour</li>
3341           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3342             for lots of labels</li>
3343         </ul>
3344     </tr>
3345     <tr>
3346       <td>
3347         <div align="center">
3348           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3349         </div>
3350       </td>
3351       <td><em>Application</em>
3352         <ul>
3353           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3354           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3355           <li>View/alignment association menu to enable user to
3356             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3357             its colours/correspondences from</li>
3358           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3359           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3360             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3361           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3362           <li>Annotation row column label formatting attributes
3363             stored in project file</li>
3364           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3365             rows preserved in Jalview project file</li>
3366           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3367             saved using Desktop window menu</li>
3368           <li>Visual indication that command line arguments are
3369             still being processed</li>
3370           <li>Groovy script execution from URL</li>
3371           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3372             preferences</li>
3373           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3374             alignment with sequences that have high similarity and
3375             matching IDs</li>
3376           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3377           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3378             structures in same window</li>
3379           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3380           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3381             analysis function in its own submenu</li>
3382         </ul> <em>Applet</em>
3383         <ul>
3384           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3385             groups</li>
3386           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3387           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3388           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3389           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3390           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3391             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3392           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3393           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3394             parameters are treated as such</li>
3395           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3396             <ul>
3397               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3398               <li>Javascript callbacks for
3399                 <ul>
3400                   <li>Applet initialisation</li>
3401                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3402                 </ul>
3403               </li>
3404               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3405                 functions</li>
3406               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3407               <li>javascript structure viewer harness to pass
3408                 messages between Jmol and Jalview when running as
3409                 distinct applets</li>
3410               <li>sortBy method</li>
3411               <li>Set of applet and application examples shipped
3412                 with documentation</li>
3413               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3414                 javascript message exchange</li>
3415             </ul>
3416         </ul> <em>General</em>
3417         <ul>
3418           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3419             multiple alignments</li>
3420           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3421           <li>User configurable link to enable redirects to a
3422             www.Jalview.org mirror</li>
3423           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3424           <li>Configurable newline string when writing alignment
3425             and other flat files</li>
3426           <li>Allow alignment annotation description lines to
3427             contain html tags</li>
3428         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3429         <ul>
3430           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3431             examples</li>
3432           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3433             using a web service before displaying the result in the
3434             Jalview desktop</li>
3435           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3436           <li>Ant target to publish example html files with applet
3437             archive</li>
3438           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3439           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3440         </ul></td>
3441       <td><em>Application</em>
3442         <ul>
3443           <li>User defined colourscheme throws exception when
3444             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3445           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3446             dialog for valid filename/format</li>
3447           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3448           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3449             P37173</li>
3450           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3451             which sequence is to be associated with the file</li>
3452           <li>Find All raises null pointer exception when query
3453             only matches sequence IDs</li>
3454           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3455           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3456             2.4 cannot be loaded</li>
3457           <li>Filetype associations not installed for webstart
3458             launch</li>
3459           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3460             with sequences in different alignments do not get coloured
3461             by their associated sequence</li>
3462           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3463             not preserved when project is loaded</li>
3464           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3465             stored in Jalview project</li>
3466           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3467             Jalview project</li>
3468           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3469           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3470             by conservation</li>
3471           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3472             created on new view</li>
3473           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3474             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3475           <li>Alignment quality not updated after alignment
3476             annotation row is hidden then shown</li>
3477           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3478             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3479           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3480             properly</li>
3481           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3482             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3483           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3484           <li>Structures imported from file and saved in project
3485             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3486           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3487             job execution in full once it is complete</li>
3488         </ul> <em>Applet</em>
3489         <ul>
3490           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3491             annotation rows are displayed</li>
3492           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3493             codebase</li>
3494           <li>View follows highlighting does not work for positions
3495             in sequences</li>
3496           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3497           <li>Export features raises exception when no features
3498             exist</li>
3499           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3500             for javascript api is modified when separator string
3501             provided as parameter</li>
3502           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3503             alignment with no existing selection</li>
3504           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3505             to applet&#39;s codebase</li>
3506           <li>Status bar not updated after finished searching and
3507             search wraps around to first result</li>
3508           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3509             several Jalview applets causes race conditions and memory
3510             leaks</li>
3511           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3512             not sent from Jmol in applet</li>
3513           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3514             applet API fatally hang browser</li>
3515         </ul> <em>General</em>
3516         <ul>
3517           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3518             position with wrapped view and hidden regions</li>
3519           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3520             with/without hidden columns</li>
3521           <li>Sequence length given in alignment properties window
3522             is off by 1</li>
3523           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3524             import PDB like structure files</li>
3525           <li>Positional search results are only highlighted
3526             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3527           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3528           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3529             given sequence position</li>
3530           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3531             output</li>
3532           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3533             from nucleotide chains correctly</li>
3534           <li>Structure colours not updated when tree partition
3535             changed in alignment</li>
3536           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3537             parsed in interleaved stockholm</li>
3538           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3539             state</li>
3540           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3541             properly</li>
3542           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3543             properly associated with their pdb files</li>
3544         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3545         <ul>
3546           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3547             ApplyCopyright tool</li>
3548         </ul></td>
3549     </tr>
3550     <tr>
3551       <td>
3552         <div align="center">
3553           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3554         </div>
3555       </td>
3556       <td><em>Application</em>
3557         <ul>
3558           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3559             contact web services</li>
3560           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3561             service job window</li>
3562           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3563         </ul></td>
3564       <td>
3565         <ul>
3566           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3567             pir file emitted by Jalview</li>
3568           <li>Existing feature settings transferred to new
3569             alignment view created from cut'n'paste</li>
3570           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3571             parsing PDB files</li>
3572           <li>Consensus and conservation annotation rows
3573             occasionally become blank for all new windows</li>
3574           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3575             in wrapped view mode</li>
3576         </ul> <em>Application</em>
3577         <ul>
3578           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3579             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3580           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3581             parameter names</li>
3582           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3583             is down</li>
3584         </ul>
3585       </td>
3586     </tr>
3587     <tr>
3588       <td>
3589         <div align="center">
3590           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3591         </div>
3592       </td>
3593       <td><em>Application</em>
3594         <ul>
3595           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3596             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3597             (JABAWS)
3598           </li>
3599           <li>Web Services preference tab</li>
3600           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3601             preferences</li>
3602           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3603           <li>Superpose structures using associated sequence
3604             alignment</li>
3605           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3606             viewer</li>
3607         </ul> <em>Applet</em>
3608         <ul>
3609           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3610             link out mechanism</li>
3611         </ul> <em>Other</em>
3612         <ul>
3613           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3614             series 12</li>
3615           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3616             require Java 1.5</li>
3617           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3618             sequence annotation files</li>
3619           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3620             type colour specification</li>
3621           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3622             script to check if it being run in an interactive session or
3623             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3624         </ul></td>
3625       <td>
3626         <ul>
3627           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3628             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3629         </ul> <em>Application</em>
3630         <ul>
3631           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3632             selected Regions menu item</li>
3633           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3634             part of a valid accession ID</li>
3635           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3636             runs out of memory</li>
3637           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3638             analysis results</li>
3639           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3640             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3641           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3642         </ul> <em>Applet</em>
3643         <ul>
3644           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3645             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3646             defined.</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649     </tr>
3650     <tr>
3651       <td>
3652         <div align="center">
3653           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3654         </div>
3655       </td>
3656       <td></td>
3657       <td>
3658         <ul>
3659           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3660             sequence IDs</li>
3661           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3662             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3663           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3664             import correctly</li>
3665           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3666             number of columns are hidden</li>
3667           <li>annotation label popup menu not providing correct
3668             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3669             present</li>
3670           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3671             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3672           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3673             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3674
3675         </ul> <em>Applet</em>
3676         <ul>
3677           <li>annotation panel disappears when annotation is
3678             hidden/removed</li>
3679         </ul> <em>Application</em>
3680         <ul>
3681           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3682             alignment opened where annotation panel is visible but no
3683             annotations are present on alignment</li>
3684           <li>pasted region containing hidden columns is
3685             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3686           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3687             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3688           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3689             selected Rregions menu item.</li>
3690           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3691             'Un' or 'Non'conserved</li>
3692           <li>Sequence feature settings are being shared by
3693             multiple distinct alignments</li>
3694           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3695             changed</li>
3696           <li>double click on group annotation to select sequences
3697             does not propagate to associated trees</li>
3698           <li>Mac OSX specific issues:
3699             <ul>
3700               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3701                 window background</li>
3702               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3703                 name set correctly</li>
3704               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3705                 save feature colourscheme button</li>
3706             </ul>
3707           </li>
3708         </ul>
3709       </td>
3710     </tr>
3711     <tr>
3712
3713       <td>
3714         <div align="center">
3715           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3716         </div>
3717       </td>
3718       <td><em>New Capabilities</em>
3719         <ul>
3720           <li>URL links generated from description line for
3721             regular-expression based URL links (applet and application)
3722
3723           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3724             menu</li>
3725           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3726             structures</li>
3727           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3728             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3729           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3730             average score or total feature count for each sequence.</li>
3731           <li>Shading features by score or associated description</li>
3732           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3733             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3734           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3735             hide everything but the currently selected region.</li>
3736           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3737         </ul> <em>Application</em>
3738         <ul>
3739           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3740             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3741           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3742             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3743           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3744             database references and protein_name is parsed as
3745             description line (BioSapiens terms).</li>
3746           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3747             references in sequence ID tooltip from View menu in
3748             application.</li>
3749           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3750       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3751           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3752             conservation plots</li>
3753           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3754             and visualized as sequence logos</li>
3755           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3756             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3757           </li>
3758           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3759             when a new tree is opened.</li>
3760           <li>Jalview Java Console</li>
3761           <li>Better placement of desktop window when moving
3762             between different screens.</li>
3763           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3764             consensus annotation</li>
3765           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3766             Workflows</li>
3767           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3768             <ul>
3769               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3770                 used to preserve views, structures, and tree display
3771                 settings)</li>
3772               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3773                 command line</li>
3774               <li>Sharing of selected regions between views and
3775                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3776               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3777             </ul></li>
3778         </ul> <em>Applet</em>
3779         <ul>
3780           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3781           <li>New Parameters
3782             <ul>
3783               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3784                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3785                 opened.</li>
3786               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3787                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3788               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3789                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3790               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3791                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3792                 view</li>
3793               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3794                 increase the height or width of a cell in the alignment
3795                 grid relative to the current font size.</li>
3796             </ul>
3797           </li>
3798           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3799             tooltip</li>
3800         </ul> <em>Other</em>
3801         <ul>
3802           <li>Features format: graduated colour definitions and
3803             specification of feature scores</li>
3804           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3805             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3806             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3807           <li>XML formats extended to support graduated feature
3808             colourschemes, group associated annotation, and profile
3809             visualization settings.</li></td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3813             rather than description</li>
3814           <li>Non-positional features are now included in sequence
3815             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3816             visibility in tooltip).</li>
3817           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3818           <li>Added URL embedding instructions to features file
3819             documentation.</li>
3820           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3821             'X' in peptide product</li>
3822           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3823             sequence ID and sequence string and query strings do not
3824             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3825           <li>AMSA files only contain first column of
3826             multi-character column annotation labels</li>
3827           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3828             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3829             exported and re-imported)</li>
3830           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3831             name</li>
3832           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3833             as subsequence matches, and correctly reports total number
3834             of both.</li>
3835           <li>Application:
3836             <ul>
3837               <li>Better handling of exceptions during sequence
3838                 retrieval</li>
3839               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3840                 link text excludes the start_end suffix</li>
3841               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3842                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3843               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3844               <li>Sequence description lines properly shared via
3845                 VAMSAS</li>
3846               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3847                 data sources</li>
3848               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3849                 completes before alignment figures are generated.</li>
3850               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3851                 first time.</li>
3852               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3853                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3854               <li>User defined group colours properly recovered
3855                 from Jalview projects.</li>
3856             </ul>
3857           </li>
3858         </ul>
3859       </td>
3860
3861     </tr>
3862     <tr>
3863       <td>
3864         <div align="center">
3865           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3866         </div>
3867       </td>
3868       <td>
3869         <ul>
3870           <li>Experimental support for google analytics usage
3871             tracking.</li>
3872           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3873         </ul>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>Race condition in applet preventing startup in
3878             jre1.6.0u12+.</li>
3879           <li>Exception when feature created from selection beyond
3880             length of sequence.</li>
3881           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3882           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3883             all sequences with a given id</li>
3884           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3885             ID string searches</li>
3886           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3887             alignment to fail with exception</li>
3888         </ul> <em>Application Issues</em>
3889         <ul>
3890           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3891           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3892             data sources</li>
3893         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3894         <ul>
3895           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3896             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3897           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3898             version (java class versioning error fixed)</li>
3899         </ul>
3900       </td>
3901     </tr>
3902     <tr>
3903       <td>
3904
3905         <div align="center">
3906           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3907         </div>
3908       </td>
3909       <td><em>User Interface</em>
3910         <ul>
3911           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3912             translation and protein products</li>
3913           <li>Linked highlighting of structure associated with
3914             residue mapping to codon position</li>
3915           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3916             and 'clear' button</li>
3917           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3918             Tools menu</li>
3919           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3920             numeric data in description line</li>
3921           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3922           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3923             of sequence</li>
3924         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3925         <ul>
3926           <li>JPred3 web service</li>
3927           <li>Prototype sequence search client (no public services
3928             available yet)</li>
3929           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3930             PFAM</li>
3931           <li>URL Links created for matching database cross
3932             references as well as sequence ID</li>
3933           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3934         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3935         <ul>
3936           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3937             databases</li>
3938           <li>Generalised database reference retrieval and
3939             validation to all fetchable databases</li>
3940           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3941             sequence command</li>
3942         </ul> <em>Import and Export</em>
3943         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3944         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3945           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3946         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3947           File</li>
3948         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3949           triplet as name of colourscheme</li>
3950         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3951         <ul>
3952           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3953           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3954             alignments (experimental)</li>
3955           <li>Create new or select existing session to join</li>
3956           <li>load and save of vamsas documents</li>
3957         </ul> <em>Application command line</em>
3958         <ul>
3959           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3960             from applet)</li>
3961           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3962             of DAS servers to query for alignment features</li>
3963           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3964             that are also automatically queried for features</li>
3965           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3966             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3967         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3968         <ul>
3969           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3970             application (when using &quot;View in full
3971             application&quot;)</li>
3972         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3973         <ul>
3974           <li>feature group display control parameter</li>
3975           <li>debug parameter</li>
3976           <li>showbutton parameter</li>
3977         </ul> <em>Applet API methods</em>
3978         <ul>
3979           <li>newView public method</li>
3980           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3981           <li>Feature display control methods</li>
3982           <li>get list of currently selected sequences</li>
3983         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3984         <ul>
3985           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3986           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3987             Jalview release.</li>
3988           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3989             property controls execution of obfuscator</li>
3990           <li>Build target for generating source distribution</li>
3991           <li>Debug flag for javacc</li>
3992           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3993             jalview.bin.Cache</li>
3994           <li>Continuous Build Integration for stable and
3995             development version of Application, Applet and source
3996             distribution</li>
3997         </ul></td>
3998       <td>
3999         <ul>
4000           <li>selected region output includes visible annotations
4001             (for certain formats)</li>
4002           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4003             for editing</li>
4004           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4005           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4006           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4007           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4008             comments</li>
4009           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4010             filenames containing a ':'</li>
4011           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4012             global sequence features</li>
4013           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4014             references from alignment sequences goes to zero</li>
4015           <li>Close of tree branch colour box without colour
4016             selection causes cascading exceptions</li>
4017           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4018           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4019             file parsing fails.</li>
4020           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4021           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4022             not a valid output format</li>
4023           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4024             vamsas</li>
4025           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4026           <li>error messages passed up and output when data read
4027             fails</li>
4028           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4029             sequence is edited</li>
4030           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4031             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4032           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4033             filetype</li>
4034           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4035             import fixed for PFAM records</li>
4036           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4037             window list</li>
4038           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4039             can be read and written correctly to annotation file</li>
4040           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4041             correctly</li>
4042           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4043             non-italic font for representatives in Applet</li>
4044           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4045             Macs.</li>
4046           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4047             Applet)</li>
4048           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4049             due to null pointer exceptions</li>
4050           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4051             first column of alignment</li>
4052           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4053             July 2008</li>
4054           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4055             file is case-insensitive</li>
4056           <li>Sequence features read from Features file appended to
4057             all sequences with matching IDs</li>
4058           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4059             containing a sub-sequence</li>
4060           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4061           <li>feature and annotation file applet parameters
4062             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4063           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4064           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4065             splash-screen version check to complete</li>
4066           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4067             when passing them to the launchApp service</li>
4068           <li>display name and local features preserved in results
4069             retrieved from web service</li>
4070           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4071             sequence fetcher initialisation</li>
4072           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4073             dasobert DAS client</li>
4074           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4075             association</li>
4076           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4077             sequences
4078           </li>
4079         </ul>
4080       </td>
4081     </tr>
4082     <tr>
4083       <td>
4084         <div align="center">
4085           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4086         </div>
4087       </td>
4088       <td>
4089         <ul>
4090           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4091           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4092           <li>Slide sequences</li>
4093           <li>Edit sequence in place</li>
4094           <li>EMBL CDS features</li>
4095           <li>DAS Feature mapping</li>
4096           <li>Feature ordering</li>
4097           <li>Alignment Properties</li>
4098           <li>Annotation Scores</li>
4099           <li>Sort by scores</li>
4100           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4101         </ul>
4102       </td>
4103       <td>
4104         <ul>
4105           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4106           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4107           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4108           <li>Feature group display state in XML</li>
4109           <li>Feature ordering in XML</li>
4110           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4111           <li>Stockholm alignment properties</li>
4112           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4113           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4114           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4115           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4116         </ul>
4117       </td>
4118
4119     </tr>
4120     <tr>
4121       <td>
4122         <div align="center">
4123           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4124         </div>
4125       </td>
4126       <td>
4127         <ul>
4128           <li>Non standard characters can be read and displayed
4129           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4130             applet via textbox
4131           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4132             name &amp; description
4133           <li>Preference setting to display sequence name in
4134             italics
4135           <li>Annotation file format extended to allow
4136             Sequence_groups to be defined
4137           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4138             specified in preferences
4139           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4140             sequences
4141         </ul>
4142       </td>
4143       <td>
4144         <ul>
4145           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4146             installed
4147           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4148           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4149         </ul>
4150       </td>
4151     </tr>
4152     <tr>
4153       <td>
4154         <div align="center">
4155           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4156         </div>
4157       </td>
4158       <td>
4159         <ul>
4160           <li>Multiple views on alignment
4161           <li>Sequence feature editing
4162           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4163           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4164           <li>Background dependent text colour
4165           <li>Right align sequence ids
4166           <li>User-defined lower case residue colours
4167           <li>Format Menu
4168           <li>Select Menu
4169           <li>Menu item accelerator keys
4170           <li>Control-V pastes to current alignment
4171           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4172           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4173           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4174
4175           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4176         </ul>
4177       </td>
4178       <td>
4179         <ul>
4180           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4181           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4182             calculations
4183           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4184             edits
4185           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4186             of alignment)
4187           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4188
4189           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4190             display correctly
4191           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4192           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4193             analysis results
4194           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4195             &#8739;
4196           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4197           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4198           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4199
4200         </ul>
4201       </td>
4202     </tr>
4203     <tr>
4204       <td>
4205         <div align="center">
4206           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4207         </div>
4208       </td>
4209       <td>
4210         <ul>
4211           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4212         </ul>
4213       </td>
4214       <td>
4215         <ul>
4216           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4217             sequence id panel has been resized</li>
4218           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4219             rendered</li>
4220           <li>Annotation files with sequence references - all
4221             elements in file are relative to sequence position</li>
4222           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4223         </ul>
4224       </td>
4225     </tr>
4226     <tr>
4227       <td>
4228         <div align="center">
4229           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4230         </div>
4231       </td>
4232       <td>
4233         <ul>
4234           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4235           <li>DAS Feature fetching</li>
4236           <li>Hide sequences and columns</li>
4237           <li>Export Annotations and Features</li>
4238           <li>GFF file reading / writing</li>
4239           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4240             files</li>
4241           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4242           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4243           <li>Applet can launch the full application</li>
4244           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4245             required)</li>
4246           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4247           <li>Applet can load sequences from parameter
4248             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4249           </li>
4250         </ul>
4251       </td>
4252       <td>
4253         <ul>
4254           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4255           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4256           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4257         </ul>
4258       </td>
4259     </tr>
4260     <tr>
4261       <td>
4262         <div align="center">
4263           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4264         </div>
4265       </td>
4266       <td>
4267         <ul>
4268           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4269           <li>Choose to match case when searching</li>
4270           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4271             expand the visible width and height of the alignment</li>
4272         </ul>
4273       </td>
4274       <td>
4275         <ul>
4276           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4277         </ul>
4278       </td>
4279     </tr>
4280     <tr>
4281       <td>
4282         <div align="center">
4283           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4284         </div>
4285       </td>
4286       <td>&nbsp;</td>
4287       <td>
4288         <ul>
4289           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4290           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4291             value</li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294     </tr>
4295     <tr>
4296       <td>
4297         <div align="center">
4298           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4299         </div>
4300       </td>
4301       <td>
4302         <ul>
4303           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4304           <li>Keyboard editing</li>
4305           <li>Create sequence features from searches</li>
4306           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4307             alignments</li>
4308           <li>Features file allows grouping of features</li>
4309           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4310           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4311           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314       <td>
4315         <ul>
4316           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4317           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4318             descriptions saved.</li>
4319         </ul>
4320       </td>
4321     </tr>
4322     <tr>
4323       <td>
4324         <div align="center">
4325           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4326         </div>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4331           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4332           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4333             name for file output</li>
4334           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4335           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4336             used for HTML form input</li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339       <td>
4340         <ul>
4341           <li>HTML output writes groups and features</li>
4342           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4343           <li>File IO bugs</li>
4344         </ul>
4345       </td>
4346     </tr>
4347     <tr>
4348       <td>
4349         <div align="center">
4350           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4351         </div>
4352       </td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4356           <li>More options for PCA viewer</li>
4357         </ul>
4358       </td>
4359       <td>
4360         <ul>
4361           <li>GUI bugs resolved</li>
4362           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4363         </ul>
4364       </td>
4365     </tr>
4366     <tr>
4367       <td height="63">
4368         <div align="center">
4369           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4370         </div>
4371       </td>
4372       <td>
4373         <ul>
4374           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4375           <li>Jar files are executable</li>
4376           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4377         </ul>
4378       </td>
4379       <td>
4380         <ul>
4381           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4382           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4383           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4384         </ul>
4385       </td>
4386     </tr>
4387     <tr>
4388       <td>
4389         <div align="center">
4390           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4391         </div>
4392       </td>
4393       <td>
4394         <ul>
4395           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4396         </ul>
4397       </td>
4398       <td>
4399         <ul>
4400           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4401         </ul>
4402       </td>
4403     </tr>
4404     <tr>
4405       <td>
4406         <div align="center">
4407           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4408         </div>
4409       </td>
4410       <td>
4411         <ul>
4412           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4413             size</li>
4414         </ul>
4415       </td>
4416       <td>
4417         <ul>
4418           <li>Improved JPred client reliability</li>
4419           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4420         </ul>
4421       </td>
4422     </tr>
4423     <tr>
4424       <td>
4425         <div align="center">
4426           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4427         </div>
4428       </td>
4429       <td>
4430         <ul>
4431           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4432           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4433           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4434             to Colour Menu</li>
4435           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4436           <li>Unix users can set default web browser</li>
4437           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4438           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4439         </ul>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4444         </ul>
4445       </td>
4446     </tr>
4447     <tr>
4448       <td>
4449         <div align="center">
4450           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4451         </div>
4452       </td>
4453       <td>&nbsp;</td>
4454       <td>
4455         <ul>
4456           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4457             alignment order.</li>
4458         </ul>
4459       </td>
4460     </tr>
4461     <tr>
4462       <td>
4463         <div align="center">
4464           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4465         </div>
4466       </td>
4467       <td>
4468         <ul>
4469           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4470           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4471           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4472             annotations.</li>
4473           <li>Version and build date written to build properties
4474             file.</li>
4475           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4476             at launch of Jalview.</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479       <td>
4480         <ul>
4481           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4482           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4483           <li>Can remove groups one by one.</li>
4484           <li>Filechooser icons installed.</li>
4485           <li>Finder ignores return character when searching.
4486             Return key will initiate a search.<br>
4487           </li>
4488         </ul>
4489       </td>
4490     </tr>
4491     <tr>
4492       <td>
4493         <div align="center">
4494           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4495         </div>
4496       </td>
4497       <td>
4498         <ul>
4499           <li>New codebase</li>
4500         </ul>
4501       </td>
4502       <td>&nbsp;</td>
4503     </tr>
4504   </table>
4505   <p>&nbsp;</p>
4506 </body>
4507 </html>