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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><br />
  61             <em>01/10/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li><!-- -->
  66           </li>
  67         </ul>
  68         <em>Deprecations</em>
  69       </td>
  70       <td align="left" valign="top">
  71         <ul>
  72         </ul>
  73       </td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td width="60" align="center" nowrap>
  77           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  78             <em>04/07/2019</em></strong>
  79       </td>
  80       <td align="left" valign="top">
  81         <ul>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  84             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  85             source project) rather than InstallAnywhere
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  89             settings, receive over the air updates and launch specific
  90             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  91               Rings' GetDown</a>)
  92           </li>
  93                                         <li>
  94                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  95                                                 formats supported by Jalview (including .jvp project files)
  96                                         </li>
  97                                         <li>
  98                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  99                                                 arguments and switch between different getdown channels
 100                                         </li>
 101                                         <li>
 102                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 103                                                 or alignment files
 104                                         </li>
 105
 106                                         <li>
 107             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 108             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 111             'Translate as cDNA'</li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 114                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 115                                                 <ul>
 116                                                           <li>
 117             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 118             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 119           <li>
 120                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 121                 features can be filtered and shaded according to any
 122                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 123                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 124                 file)
 125               </li>
 126               <li>
 127                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 128                 stored and restored from Jalview Projects
 129               </li>
 130               <li>
 131                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 132                                                                 recognise variant features
 133                                                         </li>
 134                                                         <li>
 135                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 136                                                                 sequences (also coloured red by default)
 137                                                         </li>
 138                                                         <li>
 139                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 140                                                                 details
 141                                                         </li>
 142                                                         <li>
 143                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 144                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 145                                                         </li>
 146                                                         <li>
 147                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 148                                                                 dialog
 149                                                         </li>
 150                                                 </ul>
 151                                         </li>
 152                                         <li>
 153                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 154                                                 tree and PCA calculations
 155                                         </li>
 156                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 157             <ul>
 158                                                         <li>
 159                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 160                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 161                                                         </li>
 162                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 163                                                                 drop-down menus</li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 166                                                                 incrementally
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 170                                                         </li>
 171                                                 </ul>
 172                                         </li>
 173                                         <li>
 174                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 175                                         </li>
 176                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 177                                         <ul>
 178                                                         <li>
 179                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 180                                                                 multiple groups when working with large alignments
 181                                                         </li>
 182                                                         <li>
 183                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 184                                                                 Stockholm files
 185                                                         </li>
 186                                                 </ul>
 187                                         <li><strong>User Interface</strong>
 188                                         <ul>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 191                                                                 view
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 195                                                                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 196                                                                 default (can be changed in user preferences)
 197                                                         </li>
 198                                                         <li>
 199                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 200                                                                 to the Overwrite Dialog
 201                                                         </li>
 202                                                         <li>
 203                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 204                                                                 sequences are hidden
 205                                                         </li>
 206                                                         <li>
 207                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 208                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 209                                                         </li>
 210                                                         <li>
 211                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 212                                                                 labels
 213                                                         </li>
 214                                                         <li>
 215                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 216                                                                 when in wrapped mode
 217                                                         </li>
 218                                                         <li>
 219                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 220                                                                 annotation
 221                                                         </li>
 222                                                         <li>
 223                                                                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 224                                                         </li>
 225                                                         <li>
 226                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 227                                                                 panel
 228                                                         </li>
 229                                                         <li>
 230                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 231                                                                 popup menu
 232                                                         </li>
 233                                                         <li>
 234                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 235                                                         <li>
 236                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 237
 238
 239                                                 </ul></li>
 240                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 241                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 242                                                 <ul>
 243                                                         <li>
 244                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 245                                                                 trapping CMD-Q
 246                                                         </li>
 247                                                 </ul></li>
 248                                 </ul>
 249         <em>Deprecations</em>
 250         <ul>
 251           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 252             capabilities removed from the Jalview Desktop
 253           </li>
 254           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 255             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 256             and XML based data retrieval clients</li>
 257           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 258           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 259         </ul> <em>Documentation</em>
 260                                 <ul>
 261                                         <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 262                                                 not supported in EPS figure export
 263                                         </li>
 264                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 265                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 266         <ul>
 267                 <li>
 268                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 269                                         </li>
 270                         <li>
 271                         <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 272           <li>
 273           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 274             gradle-eclipse
 275           </li>
 276           <li>
 277           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 278             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 279             execution
 280           </li>
 281           <li>
 282           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 283             operations
 284           </li>
 285           <li>
 286           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 287             issues resolved
 288           </li>
 289           <li>
 290           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 291             markdown (with HTML rendering)
 292           </li>
 293           <li>
 294           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 295           </li>
 296           <li>
 297           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 298             versions of Jalview
 299           </li>
 300         </ul>
 301       </td>
 302                         <td align="left" valign="top">
 303                                 <ul>
 304                                         <li>
 305                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 306                                         </li>
 307                                         <li>
 308                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 309                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 310                                         </li>
 311                                         <li>
 312                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 313                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 314                                         </li>
 315                                         <li>
 316                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 317                                                 monospaced font
 318                                         </li>
 319                                         <li>
 320                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 321                                                 project involving multiple views
 322                                         </li>
 323                                         <li>
 324                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 325                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 326                                                 Annotation dialog hides columns
 327                                         </li>
 328                                         <li>
 329                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 330                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 331                                                 one view, then making another selection in the other view
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 335                                                 columns
 336                                         </li>
 337                                         <li>
 338                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 339                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 340                                         </li>
 341                                         <li>
 342                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 343                                                 overview with large alignments
 344                                         </li>
 345                                         <li>
 346                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 347                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 348                                                 mouse moved to the left of the first column
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 352                                                 hidden column marker via scale popup menu
 353                                         </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 356                                                 doesn't tell users the invalid URL
 357                                         </li>
 358                                         <li>
 359                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 360                                                 score from view
 361                                         </li>
 362                                         <li>
 363                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 364                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 365                                                 red in original view
 366                                         </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 369             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 370           </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 373                                                 manually created features (where feature score is Float.NaN)
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 377                                                 when columns are hidden
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 381                                                 Columns by Annotation description
 382                                         </li>
 383                                         <li>
 384                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 385                                                 out of Scale or Annotation Panel
 386                                         </li>
 387                                         <li>
 388                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 389                                                 scale panel
 390                                         </li>
 391                                         <li>
 392                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 393                                                 alignment down
 394                                         </li>
 395                                         <li>
 396                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 397                                                 scale panel
 398                                         </li>
 399                                         <li>
 400                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 401                                                 Page Up in wrapped mode
 402                                         </li>
 403                                         <li>
 404                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 405                                         </li>
 406                                         <li>
 407                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 411                                                 on opening an alignment
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 415                                                 Colour menu
 416                                         </li>
 417                                         <li>
 418                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 419                                                 different groups in the alignment are selected
 420                                         </li>
 421                                         <li>
 422                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 423                                                 correctly in menu
 424                                         </li>
 425                                         <li>
 426                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 427                                                 threshold limit
 428                                         </li>
 429                                         <li>
 430                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 431                                                 threshold gets 'unrounded'
 432                                         </li>
 433                                         <li>
 434                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 435                                                 colour
 436                                         </li>
 437                                         <li>
 438                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 439                                         </li>
 440                                         <li>
 441                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 445                                                 Tree font
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 449                                                 project file
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 453                                                 shown in complementary view
 454                                         </li>
 455                                         <li>
 456                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 457                                                 without normalisation
 458                                         </li>
 459                                         <li>
 460                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 461                                                 of report
 462                                         </li>
 463                                         <li>
 464                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 465                                         </li>
 466                                   <li>
 467                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 468                                   </li>
 469                                 </ul> <em>Editing</em>
 470                                 <ul>
 471                                         <li>
 472                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 473                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 474                                                 sequence
 475                                         </li>
 476                                         <li>
 477                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 478                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 479                                                 removed (Known defect since 2.10)
 480                                         </li>
 481                                         <li>
 482                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 483                                                 dialog corrupts dataset sequence
 484                                         </li>
 485                                         <li>
 486                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 487                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 488                                         </li>
 489                                 </ul> <em>Datamodel</em>
 490         <ul>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 493             sequence's End is greater than its length
 494           </li>
 495         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 496           general release)</em>
 497         <ul>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 500           </li>
 501         </ul> <em>New Known Defects</em>
 502         <ul>
 503                                 <li>
 504                                 <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 505                                 </li>
 506                                         <li>
 507                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 508                                                 regions of protein alignment.
 509                                         </li>
 510                                         <li>
 511                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 512                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 513                                         </li>
 514                                         <li>
 515                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 516                                                 'New View'
 517                                         </li>
 518                                         <li>
 519                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 520                                                 columns within hidden columns
 521                                         </li>
 522                                         <li>
 523                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 524                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 525                                                 region
 526                                         </li>
 527                                         <li>
 528                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 529                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 530                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 531                                                 create a Score filter instead.
 532                                         </li>
 533                                         <li>
 534                                         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 535                                         <li>
 536                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 537                                         </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 540             alignments with multiple views can close views unexpectedly
 541           </li>
 542           </ul>
 543           <em>Java 11 Specific defects</em>
 544             <ul>
 545               <li>
 546                 <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 547                 alphabetically when saved
 548               </li>
 549           </ul>
 550                         </td>
 551                 </tr>
 552     <tr>
 553     <td width="60" nowrap>
 554       <div align="center">
 555         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 556       </div>
 557     </td>
 558     <td><div align="left">
 559         <em></em>
 560         <ul>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 563               InstallAnywhere increased to 1G.
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 567               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 568               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 569                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 570                 properties file.</em>
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 574               API and sequence data now imported as JSON.
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 578               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 579               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 580               property.
 581             </li>
 582           </ul>
 583           <em>Development</em>
 584           <ul>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 587               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 588                 Clover</a>
 589             </li>
 590           </ul>
 591         </div></td>
 592     <td><div align="left">
 593         <em></em>
 594         <ul>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 597               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 598               alignment.
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 602               annotation displayed.
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 606               for newly created group when 'Apply to all groups'
 607               selected
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 611               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 612               visible.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 616               when sequences are selected in exported view.</em>
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 620               aren't rendered with correct colour.
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 624               types of knotted RNA secondary structure.
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 628               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 629               do not start at 1.
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 633               annotation when columns are inserted into an alignment,
 634               and when exporting as Stockholm flatfile.
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 638               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 639               treated as RNA secondary structure.
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 643               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 647               transfers focus to previous window on OSX
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 654               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 655               box.
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 659               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 660               'look and feel' which has improved compatibility with the
 661               latest version of OSX.
 662             </li>
 663           </ul>
 664         </div>
 665     </td>
 666     </tr>
 667     <tr>
 668       <td width="60" nowrap>
 669         <div align="center">
 670           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 671             <em>7/06/2018</em></strong>
 672         </div>
 673       </td>
 674       <td><div align="left">
 675           <em></em>
 676           <ul>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 679               annotation retrieved from Uniprot
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 683               onto the Jalview Desktop
 684             </li>
 685           </ul>
 686         </div></td>
 687       <td><div align="left">
 688           <em></em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 692               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 696               right-hand column parsed correctly
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 700               not alignment area in exported graphic
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 704               window has input focus
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 708               annotation added to view (Windows)
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 712               network connectivity is poor
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 716               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 717                 the currently open URL and links from a page viewed in
 718                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 719                 you are using Edge, only links in the page can be
 720                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 721                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 722             </li>
 723           </ul>
 724           <em>New Known Defects</em>
 725           <ul>
 726             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 727           </ul>
 728         </div></td>
 729     </tr>
 730     <tr>
 731       <td width="60" nowrap>
 732         <div align="center">
 733           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 734         </div>
 735       </td>
 736       <td><div align="left">
 737           <em></em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 741               for disabling automatic superposition of multiple
 742               structures and open structures in existing views
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 746               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 747               adjust them.
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 751               Ensembl services
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 755               and lots of hidden columns
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 759               of features (particularly when transparency is disabled)
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 763               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 764               generally available
 765             </li>
 766           </ul>
 767           </div>
 768       </td>
 769       <td><div align="left">
 770           <ul>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 773               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 777               overlapping alignment panel
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 781               sequence as gaps
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 785               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 786               UTR
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 790               factor annotation not added to sequence when local PDB
 791               file associated with it by drag'n'drop or structure
 792               chooser
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 796               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 800               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 804               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 808               columns in annotation row
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 812               honored in batch mode
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 816               for structures added to existing Jmol view
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 820               entries after importing project with multiple views
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 824               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 825               with negative residue numbers or missing residues fails
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 829               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 830               as generated by CONSURF)
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 834               tooltip doesn't include a text description of mutation
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 838               structure and/or overview windows are also shown
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 842               very slow for alignments with large numbers of sequences
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 846               with 'StringIndexOutOfBounds'
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 850               platforms running Java 10
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 854               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 855             </li>
 856           </ul>
 857           <em>Applet</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 861               should copy the group consensus when popup is opened on it
 862             </li>
 863           </ul>
 864           <em>Batch Mode</em>
 865           <ul>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 868           </li>
 869           </ul>
 870           <em>New Known Defects</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 874               editing a large alignment and overview is displayed
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 878               repeatedly after a series of edits even when the overview
 879               is no longer reflecting updates
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 883               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 884               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 885               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 886             </li>
 887                                                 <li>
 888                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 889                                                         option gives blank output
 890                                                 </li>
 891                                         </ul>
 892         </div>
 893           </td>
 894     </tr>
 895     <tr>
 896       <td width="60" nowrap>
 897         <div align="center">
 898           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 899         </div>
 900       </td>
 901       <td><div align="left">
 902           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 903               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 904       <td><div align="left">
 905           <em>Desktop</em><ul>
 906           <ul>
 907             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 908             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 909             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 910             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 911             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 912             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 913             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 914           </ul>
 915           </div>
 916       </td>
 917     </tr>
 918     <tr>
 919       <td width="60" nowrap>
 920         <div align="center">
 921           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 922         </div>
 923       </td>
 924       <td><div align="left">
 925           <em></em>
 926           <ul>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 929               rendering of sequence features
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 933               429 rate limit request hander
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 937               their colours have changed
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 941               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 945               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 949               view from Ensembl locus cross-references
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 953               Alignment report
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 957               feature can be disabled
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 961               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 965               Uniprot
 966             </li>
 967           </ul>
 968           <em>Scripting</em>
 969           <ul>
 970             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 971             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 972               percent identity scores for current alignment.</li>
 973           </ul>
 974           <em>Testing and Deployment</em>
 975           <ul>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 978             </li>
 979           </ul>
 980         </div></td>
 981       <td><div align="left">
 982           <em>General</em>
 983           <ul>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 986               threshold text field doesn't trigger an update to the
 987               alignment view
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 991               strings in parallel
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 995               alignment window is closed
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 999               group visibility
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1003               takes a long time in Cursor mode
1004             </li>
1005           </ul>
1006           <em>Desktop</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1010               cannot be viewed in Chimera
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1014               CDS/Protein view
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1018               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1019               Search Dialogs
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1029               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1033               scrolling right in unwapped alignment view
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1037               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1038               database
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1042               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1046               features of same type and group to be selected for
1047               amending
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1051               alignments when hidden columns are present
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1055               displaying several structures
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1059               moving a window
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1063               within the Jalview desktop on OSX
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1067               when in wrapped alignment mode
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1071               hand end of alignment
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1075               each selected sequence do not have correct start/end
1076               positions
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1080               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1084               restoring project until a new view is created
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1088               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1089               configured (since 2.10.2b2)
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1093               position is adjusted
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1097               in a multi-chain structure when viewing alignment
1098               involving more than one chain (since 2.10)
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1102               if new selection moves alignment window
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1106               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1110               that produces correctly annotated transcripts and products
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1114               doesn't update associated structure view
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>Applet</em><br />
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1121               closing alignment panel
1122             </li>
1123           </ul>
1124           <em>BioJSON</em><br />
1125           <ul>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1128               non-positional features
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>New Known Issues</em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1135               sequence features correctly (for many previous versions of
1136               Jalview)
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1140               using cursor in wrapped panel other than top
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1144               graduated colour threshold
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1148               always preserve numbering and sequence features
1149             </li>
1150           </ul>
1151           <em>Known Java 9 Issues</em>
1152           <ul>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1155               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1156               9.01, OSX 10.10)
1157             </li>
1158           </ul>
1159         </div></td>
1160     </tr>
1161     <tr>
1162       <td width="60" nowrap>
1163         <div align="center">
1164           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1165             <em>2/10/2017</em></strong>
1166         </div>
1167       </td>
1168       <td><div align="left">
1169           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1173             </li>
1174             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1175             </li>
1176           </ul>
1177         </div></td>
1178       <td><div align="left">
1179         </div></td>
1180     </tr>
1181     <tr>
1182       <td width="60" nowrap>
1183         <div align="center">
1184           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1185             <em>7/9/2017</em></strong>
1186         </div>
1187       </td>
1188       <td><div align="left">
1189           <em></em>
1190           <ul>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1193               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1194               white)
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1198               Preferences
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1202               in size and progress bar shown as higher resolution
1203               overview is recalculated
1204             </li>
1205
1206           </ul>
1207         </div></td>
1208       <td><div align="left">
1209           <em></em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1213               column region row by row
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1217               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1221               format setting is unticked
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1225               if group has show boxes format setting unticked
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1229               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1230               include sequences and columns not currently displayed
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1234               assemblies are imported via CIF file
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1238               displayed when threshold or conservation colouring is also
1239               enabled.
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1243               server version
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1247               dragging a selected region off the visible region of the
1248               alignment
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1252               colourscheme to all groups in a view
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1256               initially after font size change using the Font chooser or
1257               middle-mouse zoom
1258             </li>
1259           </ul>
1260         </div></td>
1261     </tr>
1262     <tr>
1263       <td width="60" nowrap>
1264         <div align="center">
1265           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1266         </div>
1267       </td>
1268       <td><div align="left">
1269           <em>Calculations</em>
1270           <ul>
1271
1272             <li>
1273               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1274               ungapped positions in each column of the alignment.
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1278               a calculation dialog box
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1282               and memory efficiency (~30x faster)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1286               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1287               and other calculations
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1291               files within the Jalview codebase
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1295               Similarity may have different topology due to increased
1296               precision
1297             </li>
1298           </ul>
1299           <em>Rendering</em>
1300           <ul>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1303               model for alignments and groups
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1307               scripts
1308             </li>
1309           </ul>
1310           <em>Overview</em>
1311           <ul>
1312             <li>
1313               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1314               with alignment and overview windows
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1318               overview
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1322               omitted in Overview
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1326               adjustment of visible position
1327             </li>
1328           </ul>
1329
1330           <em>Data import/export</em>
1331           <ul>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1334               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1338               annotation input/output via stockholm flatfile
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1342               extension when importing structure files without embedded
1343               names or PDB accessions
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1347               format sequence substitution matrices
1348             </li>
1349           </ul>
1350           <em>User Interface</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1354               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1355               the application.
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1359               via Overview or sequence motif search operations
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1363               opened by double clicking gaps within sequence feature
1364               extent
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1368               aligned positions were available to create a 3D structure
1369               superposition.
1370             </li>
1371           </ul>
1372           <em>3D Structure</em>
1373           <ul>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1376               coloured in linked structure views
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1380               file-based command exchange
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1384               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1385               structures are already available for sequences
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1389               the Jalview project rather than downloaded again when the
1390               project is reopened.
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1394               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1395               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1396                 Feature</strong>)
1397             </li>
1398           </ul>
1399           <em>Web Services</em>
1400           <ul>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1406               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1407               Analysis services
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1411               cross-references provided by identifiers.org and the
1412               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1413             </li>
1414           </ul>
1415
1416           <em>Scripting</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1420               identifying file formats (instead of String constants)
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1424               efficiency when counting all displayed features (not
1425               backwards compatible with 2.10.1)
1426             </li>
1427           </ul>
1428           <em>Example files</em>
1429           <ul>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1432               included in the example feature file
1433             </li>
1434           </ul>
1435           <em>Documentation</em>
1436           <ul>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1439               with the built-in Java help viewer
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1443               sequence description' option
1444             </li>
1445           </ul>
1446           <em>Test Suite</em>
1447           <ul>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1450               Uniprot REST Free Text Search Client
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1457               during tests
1458             </li>
1459           </ul>
1460         </div></td>
1461       <td><div align="left">
1462           <em>Calculations</em>
1463           <ul>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1466               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1467               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1468             </li>
1469             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1470               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1471               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1472               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1473               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1474               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1475               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1476               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1477               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1478               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1479               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1480               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1481               // for 2.10.1 mode <br />
1482               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1483               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1484                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1485                 calculations (not recommended)</em></li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1488               scaling of branch lengths for trees computed using
1489               Sequence Feature Similarity.
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1493               generating output report when working with highly
1494               redundant alignments
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1498               right of selected region when gaps present on right-hand
1499               boundary
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>User Interface</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1506               doesn't reselect a specific sequence's associated
1507               annotation after it was used for colouring a view
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1511               opened on a region of alignment without groups
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1515               of an alignment with overlapping groups
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1519               name and description match
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1523               hidden regions results in incorrect hidden regions
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1527               changing colour does not apply Conservation slider value
1528               to all groups
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1532               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1536               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1540               gaps before start of features
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1544               restored to UI when feature colour is edited
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1548               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1552               as graduate feature colour settings are modified via the
1553               dialog box
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1557               when a group defined on the alignment is resized
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1561               wrapped view result in positional status updates
1562             </li>
1563
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1566               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1570               alignment included gapped columns
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1574               widgets don't permanently disappear
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1578               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1579               T-Coffee column reliability scores)
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1583               sequence feature on gaps only
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1587               button from a Find inherit previously defined feature type
1588               rather than the Find query string
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1592               exporting tree calculated in Jalview
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1596               and then revealing them reorders sequences on the
1597               alignment
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1601               doesn't update to reflect available set of groups after
1602               interactively adding or modifying features
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1606               Linux
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1610               only excluded gaps in current sequence and ignored
1611               selection.
1612             </li>
1613           </ul>
1614           <em>Rendering</em>
1615           <ul>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1618               erratically when hidden rows or columns are present
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1622               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1623               sequence colouring
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1627               colour and group colour menu for protein alignments
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1631               reflect currently selected view or group's shading
1632               thresholds
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1636               when rendered on overview and structures when opacity at
1637               100%
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1641               overview when features overlaid on alignment
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1645               recovered correctly from Jalview project file
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1649               (automatically via preferences) are different to the main
1650               alignment panel
1651             </li>
1652           </ul>
1653           <em>Data import/export</em>
1654           <ul>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1657               load
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1661               added after a sequence was imported are not written to
1662               Stockholm File
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1666               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1670               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1674               with lightGray or darkGray via features file (but can
1675               specify lightgray)
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1679               when alignment view imported from project
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1683               structure and sequences extracted from structure files
1684               imported via URL and viewed in Jmol
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1688               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1689               the project is loaded and the structure viewed
1690             </li>
1691           </ul>
1692           <em>Web Services</em>
1693           <ul>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1696               release of Ensembl v.88
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1700               appear enabled in Preferences->Connections
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1704               removed from console output
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1708               Ensembl by Peptide ID
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1712               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1713               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1714               due to 'null' string rather than empty string used for
1715               residues with no corresponding PDB mapping).
1716             </li>
1717           </ul>
1718           <em>Application UI</em>
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1722               menu
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1726               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1727               new documentation and tooltips added)
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1731               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1735               new features are added to alignment
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1739               changes to feature colours via the Amend features dialog
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1743               edit graduated feature colour via amend features dialog
1744               box
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1748               selection menu changes colours of alignment views
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1752               from alignment calculation workers after alignment has
1753               been closed
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1757               groups now 'Create Group'
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1761               Create/Undefine group doesn't always work
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1765               shown again after pressing 'Cancel'
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1769               adjusts start position in wrap mode
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1773               ambiguous amino acids
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1777               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1778               proteins
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1782               Defined' don't appear in Colours menu
1783             </li>
1784           </ul>
1785           <em>Applet</em>
1786           <ul>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1789               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1793               overview or linked structure view
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1797               work (since 2.8)
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1801               user-defined colourscheme doesn't restore original
1802               colourscheme
1803             </li>
1804           </ul>
1805           <em>Test Suite</em>
1806           <ul>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1809               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1813               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1814               problems with deep array comparison equality asserts in
1815               successive versions of TestNG
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1819               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1820             </li>
1821           </ul>
1822           <em>New Known Issues</em>
1823           <ul>
1824             <li>
1825               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1826               phase after a sequence motif find operation
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1830               containing just upper and lower case letters are
1831               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1835               reliably from eggnog Ortholog database
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1839               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1840               to mark columns containing highlighted regions.
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1844               doesn't always add secondary structure annotation.
1845             </li>
1846           </ul>
1847         </div>
1848     <tr>
1849       <td width="60" nowrap>
1850         <div align="center">
1851           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1852         </div>
1853       </td>
1854       <td><div align="left">
1855           <em>General</em>
1856           <ul>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1859               for all consensus calculations
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1863               3rd Oct 2016)
1864             </li>
1865             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1866               for 2016-2017</li>
1867           </ul>
1868           <em>Application</em>
1869           <ul>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1872               set of database cross-references, sorted alphabetically
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1876               from database cross references. Users with custom links
1877               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1878                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1882               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1883               Chimera session
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1887               the Chimera it is connected to is shut down
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1891               columns menu item to mark columns containing highlighted
1892               regions (e.g. from structure selections or results of a
1893               Find operation)
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1897               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1898               MSAviewer
1899             </li>
1900           </ul>
1901         </div></td>
1902       <td>
1903         <div align="left">
1904           <em>General</em>
1905           <ul>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1908               are not coloured or thresholded according to percent
1909               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1913               hydrophobic
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1917               threshold, amino acid properties)
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1921               reported as mapped to residues in a structure file in the
1922               View Mapping report
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1926               could be added multiple times to a sequence
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1930               bond features shown as two highlighted residues rather
1931               than a range in linked structure views, and treated
1932               correctly when selecting and computing trees from features
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1936               cross-references are matched to database name regardless
1937               of case
1938             </li>
1939
1940           </ul>
1941           <em>Application</em>
1942           <ul>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1945               names without regular expressions also offer links from
1946               Sequence ID
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1950               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1951               update Jalview configuration
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1955               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1959               files with similarly named sequences if dropped onto the
1960               alignment
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1964               entries where more chains exist in the PDB accession than
1965               are reported in the SIFTS file
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1969               the structure view when displayed with Chimera
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1973               panel's View->Show Chains submenu
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1977               work for wrapped alignment views
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1981               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1985               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1986               first annotation row
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1990               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1994               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1995             </li>
1996             <!-- JAL-2319 -->
1997             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1998             coordindate data
1999             </li>
2000           </ul>
2001           <!--           <em>New Known Issues</em>
2002           <ul>
2003             <li></li>
2004           </ul> -->
2005         </div>
2006       </td>
2007     </tr>
2008     <td width="60" nowrap>
2009       <div align="center">
2010         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2011           <em>25/10/2016</em></strong>
2012       </div>
2013     </td>
2014     <td><em>Application</em>
2015       <ul>
2016         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2017           view if structures already loaded</li>
2018         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2019           structure views</li>
2020       </ul></td>
2021     <td>
2022       <div align="left">
2023         <em>General</em>
2024         <ul>
2025           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2026             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2027           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2028             example sequences/projects/trees</li>
2029         </ul>
2030         <em>Application</em>
2031         <ul>
2032           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2033             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2034           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2035             without timeout for structures with multiple models or
2036             multiple sequences in alignment</li>
2037           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2038             PDB ID HEADER line</li>
2039           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2040             is performed</li>
2041           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2042             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2043           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2044           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2045             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2046             option</li>
2047           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2048             is created on the alignment</li>
2049           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2050             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2051             pop-up menu</li>
2052         </ul>
2053         <em>Build and deployment</em>
2054         <ul>
2055           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2056             tags</li>
2057         </ul>
2058         <em>New Known Issues</em>
2059         <ul>
2060           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2061             on Windows</li>
2062         </ul>
2063       </div>
2064     </td>
2065     </tr>
2066     <tr>
2067       <td width="60" nowrap>
2068         <div align="center">
2069           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2070         </div>
2071       </td>
2072       <td><em>General</em>
2073         <ul>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2076           </li>
2077           <li>
2078             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2079             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2080             better PDB parsing.
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2084             reference sequence
2085           </li>
2086           <li>
2087             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2088             mousing over sequence associated annotation
2089           </li>
2090           <li>
2091             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2092             for manual entry
2093           </li>
2094           <li>
2095             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2096             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2097             for each column
2098           </li>
2099           <li>
2100             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2101             showing or hiding columns containing a feature
2102           </li>
2103           <li>
2104             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2105             group and sequence associated annotation labels
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2109             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2110             dialogs
2111           </li>
2112
2113         </ul> <em>Application</em>
2114         <ul>
2115           <li>
2116             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2117             gene/transcript view
2118           </li>
2119           <li>
2120             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2121             dialog
2122           </li>
2123           <li>
2124             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2125             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2126           </li>
2127           <li>
2128             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2129             Pfam sources to xfam.org
2130           </li>
2131           <li>
2132             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2133           </li>
2134           <li>
2135             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2136             over sequences in Jalview
2137           </li>
2138           <li>
2139             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2140             regions in ENA and EMBL
2141           </li>
2142           <li>
2143             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2144             for record retrieval via ENA rest API
2145           </li>
2146           <li>
2147             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2148             complement operator
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2152             groovy script execution
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2156             alignment window's Calculate menu
2157           </li>
2158           <li>
2159             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2160             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2161           </li>
2162           <li>
2163             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2164             calculation workers from groovy scripts
2165           </li>
2166           <li>
2167             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2168             Jalview projects
2169           </li>
2170           <li>
2171             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2172             associations are now saved/restored from project
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2176             before sequence fetcher is opened
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2180             database chooser opens a sequence fetcher
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2184             the UniProt REST API
2185           </li>
2186           <li>
2187             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2188             the news reader opening
2189           </li>
2190           <li>
2191             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2192             querying stored in preferences
2193           </li>
2194           <li>
2195             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2196             search results
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2200           </li>
2201           <li>
2202             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2203             menu for nucleotide sequences
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2207             and feature counts preserves alignment ordering (and
2208             debugged for complex feature sets).
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2212             viewing structures with Jalview 2.10
2213           </li>
2214           <li>
2215             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2216             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2217             Ensembl Genomes REST API
2218           </li>
2219           <li>
2220             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2221             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2222             (Ensembl)
2223           </li>
2224           <li>
2225             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2226             sequences
2227           </li>
2228           <li>
2229             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2230             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2231             data from external database records.
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2235             efficient recovery of sequence coding and alignment
2236             annotation relationships.
2237           </li>
2238         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2239         <ul>
2240           <li>
2241             -- JAL---
2242           </li>
2243         </ul> --></td>
2244       <td>
2245         <div align="left">
2246           <em>General</em>
2247           <ul>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2250               menu on OSX
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2254               includes graduated colourschemes
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2258               working with big alignments and lots of hidden columns
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2262               at right of alignment window
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2266               contents
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2270               for DNA alignments
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2274               based tree calculation
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2278               unconserved enabled for group on alignment
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2282               set as reference
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2286               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2287               annotation
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2291               hidden columns present
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2295               user created annotation added to alignment
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2299               '()' base pair annotation
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2303               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2304               Consensus
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2308               feature not working
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2312               beginning of sequence
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2316               entry 3a6s
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2320               from a tree when t-coffee scores are shown
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2324               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2328               some structures
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2332               to Clustal, PIR and PileUp output
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2336               not visible causes alignment window to repaint
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2340               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2341               scores associated with features and annotation rows
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2345               calculation should be case independent
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2349               columns
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2353               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2354               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2358               problems when reference sequence defined and 'show
2359               non-conserved' enabled
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2363               load even when Consensus calculation is disabled
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2367               alignment does nothing
2368             </li>
2369           </ul>
2370           <em>Application</em>
2371           <ul>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2374               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2375               yet fixed for El Capitan)
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2379               output when running on non-gb/us i18n platforms
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2383               hidden sequences as flat-file alignment
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2387               launching Chimera
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2391               (also hotfix for 2.9.0b2)
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2395               reference sequence defined
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2399               alignments and views when revealing hidden columns
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2403               view in a cDNA/Protein splitframe
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2407               sequence from project when only one sequence is
2408               represented
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2412               in Structure Chooser
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2416               structure consensus didn't refresh annotation panel
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2420               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2424               dialogs format columns correctly, don't display array
2425               data, sort columns according to type
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2429               file chooser is cancelled during an image export
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2433               sequence name containing special characters
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2437               case insensitive
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2441               formatting don't wrap
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2445               truncated so L looks like I in consensus annotation
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2449               currently displayed features for the current selection or
2450               view
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2454               after fetching cross-references, and restoring from
2455               project
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2459               followed in the structure viewer
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2463               splitframe not restored from project
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2467               trailing end of protein alignment in transcript/product
2468               splitview when pad-gaps not enabled by default
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2472               is case dependent
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2476               article has been read (reopened issue due to
2477               internationalisation problems)
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2481               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2482               cross-references
2483             </li>
2484
2485             <li>
2486               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2487               alignment as HTML
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2491               multiple structures are shown for one or more sequences.
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2495               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2496               is enabled.
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2500               specific PDB id for sequence
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2504               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2505               columns' is disabled.
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2509               selects lowest rather than highest resolution structures
2510               for each sequence
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2514               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2518               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2522               after clicking on it to create new annotation for a
2523               column.
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2527               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2528             </li>
2529             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2530             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2531           </ul>
2532           <em>Applet</em>
2533           <ul>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2536               hidden columns present before start of sequence
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2540               (JSON jars)
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2544               sequences are hidden in applet
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2548               deployment on examples pages.
2549             </li>
2550           </ul>
2551         </div>
2552       </td>
2553     </tr>
2554     <tr>
2555       <td width="60" nowrap>
2556         <div align="center">
2557           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2558             <em>16/10/2015</em></strong>
2559         </div>
2560       </td>
2561       <td><em>General</em>
2562         <ul>
2563           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2564             jars</li>
2565         </ul></td>
2566       <td>
2567         <div align="left">
2568           <em>Application</em>
2569           <ul>
2570             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2571               shown when tree is partitioned</li>
2572             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2573               multiple cDNA/Protein split views</li>
2574           </ul>
2575         </div>
2576       </td>
2577     </tr>
2578     <tr>
2579       <td width="60" nowrap>
2580         <div align="center">
2581           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2582             <em>8/10/2015</em></strong>
2583         </div>
2584       </td>
2585       <td><em>General</em>
2586         <ul>
2587           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2588             2.9</li>
2589         </ul> <em>Application</em>
2590         <ul>
2591           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2592           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2593           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2594         </ul> <em>Applet</em>
2595         <ul>
2596           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2597         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2598         <ul>
2599           <li>
2600             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2601             suite
2602           </li>
2603         </ul></td>
2604       <td>
2605         <div align="left">
2606           <em>General</em>
2607           <ul>
2608             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2609               incorrect when sequence start > 1</li>
2610             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2611               documentation</li>
2612             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2613             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2614               loading a features file containing HTML tags in feature
2615               description</li>
2616
2617           </ul>
2618           <em>Application</em>
2619           <ul>
2620             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2621               reimport</li>
2622             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2623               with 'trim retrieved sequences'</li>
2624             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2625               deleting selected columns</li>
2626             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2627               JNLP templates for webstart launch</li>
2628             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2629               unreleased structures for download or viewing</li>
2630             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2631               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2632             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2633               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2634             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2635               recovered from jalview project</li>
2636             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2637               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2638               alignment view</li>
2639             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2640               color schemes from BioJSON</li>
2641           </ul>
2642           <em>Applet</em>
2643           <ul>
2644             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2645               frame</li>
2646             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2647           </ul>
2648         </div>
2649       </td>
2650     </tr>
2651     <tr>
2652       <td><div align="center">
2653           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2654         </div></td>
2655       <td><em>General</em>
2656         <ul>
2657           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2658             alignments:
2659             <ul>
2660               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2661                 and DNA alignment views</li>
2662               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2663                 cDNA alignment views</li>
2664               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2665                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2666               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2667                 protein sequences</li>
2668             </ul>
2669           </li>
2670           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2671           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2672             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2673           <li>New alignment annotation file statements for
2674             reference sequences and marking hidden columns</li>
2675           <li>Reference sequence based alignment shading to
2676             highlight variation</li>
2677           <li>Select or hide columns according to alignment
2678             annotation</li>
2679           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2680           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2681             acid conservation row</li>
2682           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2683         </ul> <em>Application</em>
2684         <ul>
2685           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2686             <ul>
2687               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2688                 view with cDNA/Protein</li>
2689               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2690                 sequences are placed in the same alignment</li>
2691               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2692                 projects</li>
2693             </ul>
2694           </li>
2695
2696           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2697           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2698             Jalview windows</li>
2699
2700           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2701           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2702           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2703             be shown in VARNA</li>
2704
2705           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2706             as the active selected region</li>
2707
2708           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2709             similarity</li>
2710           <li>New Export options
2711             <ul>
2712               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2713                 region export in flat file generation</li>
2714
2715               <li>Export alignment views for display with the <a
2716                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2717
2718               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2719               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2720                 alignment figures to HTML</li>
2721           </li>
2722           <li>3D structure retrieval and display
2723             <ul>
2724               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2725                 Search API</li>
2726               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2727                 PDB structures for a sequence set</li>
2728             </ul>
2729           </li>
2730
2731           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2732             predictions</li>
2733           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2734             for one or a group of sequences</li>
2735           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2736             from the JPred4 web server</li>
2737           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2738             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2739             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2740           </li>
2741           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2742             VARNA 2D Structure'</li>
2743           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2744             Structure ..."</li>
2745
2746         </ul> <em>Applet</em>
2747         <ul>
2748           <li>New layout for applet example pages</li>
2749           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2750             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2751           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2752             Protein alignments</li>
2753         </ul> <em>Development and deployment</em>
2754         <ul>
2755           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2756           <li>Include installation type and git revision in build
2757             properties and console log output</li>
2758           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2759             storing BioJsMSA Templates</li>
2760           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2761         </ul></td>
2762       <td>
2763         <!-- <em>General</em>
2764         <ul>
2765         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2766         <ul>
2767           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2768           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2769           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2770             predictions are not highlighted in amber</li>
2771           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2772             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2773           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2774             associated structure views</li>
2775           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2776             width checkbox not enabled</li>
2777           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2778             creating user defined colours</li>
2779           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2780             mappings for just that viewer's sequences</li>
2781           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2782             multiple models in Chimera</li>
2783           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2784             over Jmol structure</li>
2785           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2786             output to text box</li>
2787           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2788             have incorrect sequence start/end</li>
2789           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2790             Jalview fails</li>
2791           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2792             work for nucleotide</li>
2793           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2794             to a grey/invisible alignment window</li>
2795           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2796             imports to different position</li>
2797           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2798             on some platforms</li>
2799           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2800             populated</li>
2801           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2802             console if Chimera has been opened</li>
2803           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2804           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2805             retrieved</li>
2806           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2807           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2808             either sequence shows on first structure</li>
2809           <li>'Show annotations' options should not make
2810             non-positional annotations visible</li>
2811           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2812             in right place after 'view flanking regions'</li>
2813           <li>File Save As type unset when current file format is
2814             unknown</li>
2815           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2816             projects</li>
2817           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2818             responsive</li>
2819           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2820             several views on same alignment</li>
2821           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2822           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2823             spaces</li>
2824         </ul> <em>Applet</em>
2825         <ul>
2826           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2827           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2828             descriptions containing angle brackets</li>
2829         </ul> <em>General</em>
2830         <ul>
2831           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2832             via jalview annotation file</li>
2833           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2834             with RNA secondary structure</li>
2835           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2836             translation doesn't work.</li>
2837           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2838           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2839             positions</li>
2840           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2841             choosing 1pt font</li>
2842           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2843             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2844             'h'</li>
2845           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2846             new feature</li>
2847           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2848             order dependent</li>
2849           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2850             sequences</li>
2851           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2852         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2853         <ul>
2854           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2855             www.jalview.org</li>
2856         </ul> <em>Application Known issues</em>
2857         <ul>
2858           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2859           <li>Misleading message appears after trying to delete
2860             solid column.</li>
2861           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2862             version launches</li>
2863           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2864             fails with a sequence mismatch</li>
2865           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2866             scrolling alignment to right</li>
2867           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2868             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2869           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2870             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2871           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2872             ultra-high resolution</li>
2873           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2874             quality and conservation</li>
2875           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2876             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2877         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2878         <ul>
2879           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2880           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2881             window is being resized</li>
2882
2883         </ul>
2884       </td>
2885     </tr>
2886     <tr>
2887       <td><div align="center">
2888           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2889         </div></td>
2890       <td><em>General</em>
2891         <ul>
2892           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2893             Certum.PL.</li>
2894           <li>Features and annotation preserved when performing
2895             pairwise alignment</li>
2896           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2897             imported/exported/displayed</li>
2898           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2899             protein secondary structure</li>
2900           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2901               post-hoc with 2.9 release</em>)
2902           </li>
2903
2904         </ul> <em>Application</em>
2905         <ul>
2906           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2907             with 3D structures</li>
2908           <li>Support for parsing RNAML</li>
2909           <li>Annotations menu for layout
2910             <ul>
2911               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2912               <li>place sequence annotation above/below alignment
2913                 annotation</li>
2914             </ul>
2915           <li>Output in Stockholm format</li>
2916           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2917             translation</li>
2918           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2919           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2920             shared between alignments</li>
2921           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2922             Jalview</li>
2923           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2924             all or current selection</li>
2925           <li>disorder and secondary structure predictions
2926             available as dataset annotation</li>
2927           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2928
2929
2930           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2931             alignments from Rfam</li>
2932           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2933
2934           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2935             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2936           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2937           <li>include installation type in build properties and
2938             console log output</li>
2939           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2940             annotation</li>
2941         </ul></td>
2942       <td>
2943         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2944         <ul>
2945           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2946             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2947           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2948             alignment</li>
2949           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2950           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2951           <li>Double click on sequence associated annotation
2952             selects only first column</li>
2953           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2954             leaves shown in tree</li>
2955           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2956             properly</li>
2957           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2958           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2959             screen and buttons not visible</li>
2960           <li>author list isn't updated if already written to
2961             Jalview properties</li>
2962           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2963             from database</li>
2964           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2965           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2966             browser search window</li>
2967           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2968             in feature settings dialog</li>
2969           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2970             desktop</li>
2971           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2972             pass validation</li>
2973           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2974             fit on screen</li>
2975           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2976             tooltip</li>
2977           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2978             defined user preset</li>
2979           <li>MSA web services warns user if they were launched
2980             with invalid input</li>
2981           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2982             Java 8</li>
2983           <li>
2984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2985             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2986             created
2987           </li>
2988
2989         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2990         <ul>
2991         </ul> <em>General</em>
2992         <ul>
2993         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2994         <ul>
2995           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2996             memory allocation</li>
2997           <li>launchApp service doesn't automatically open
2998             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2999           <li>
3000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3001             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3002             1.7_055 is available
3003           </li>
3004         </ul> <em>Application Known issues</em>
3005         <ul>
3006           <li>
3007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3008             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3009             alignment to right
3010           </li>
3011           <li>
3012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3013             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3014             with large number of ID
3015           </li>
3016           <li>
3017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3018             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3019             start/end
3020           </li>
3021           <li>
3022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3023             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3024             structure tracks are rearranged
3025           </li>
3026           <li>
3027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3028             invalid rna structure positional highlighting does not
3029             highlight position of invalid base pairs
3030           </li>
3031           <li>
3032             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3033             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3034             project from alignment window file menu
3035           </li>
3036           <li>
3037             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3038             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3039             structures
3040           </li>
3041           <li>
3042             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3043             colour by RNA Helices not enabled when user created
3044             annotation added to alignment
3045           </li>
3046           <li>
3047             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3048             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3049           </li>
3050         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3051         <ul>
3052           <li>
3053             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3054             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3055           </li>
3056           <li>
3057             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3058             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3059           </li>
3060
3061           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3062             when selected</li>
3063         </ul>
3064       </td>
3065     </tr>
3066     <tr>
3067       <td><div align="center">
3068           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3069         </div></td>
3070       <td>
3071         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3072         <em>General</em>
3073         <ul>
3074           <li>Internationalisation of user interface (usually
3075             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3076           <li>Define/Undefine group on current selection with
3077             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3078           <li>Improved group creation/removal options in
3079             alignment/sequence Popup menu</li>
3080           <li>Sensible precision for symbol distribution
3081             percentages shown in logo tooltip.</li>
3082           <li>Annotation panel height set according to amount of
3083             annotation when alignment first opened</li>
3084         </ul> <em>Application</em>
3085         <ul>
3086           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3087             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3088           <li>Select columns containing particular features from
3089             Feature Settings dialog</li>
3090           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3091             sequences</li>
3092           <li>Update Jalview project format:
3093             <ul>
3094               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3095               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3096                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3097               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3098                 colouring</li>
3099             </ul>
3100           </li>
3101           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3102             (PAM250)</li>
3103           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3104             flanking regions for an alignment</li>
3105         </ul>
3106       </td>
3107       <td>
3108         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3109         <ul>
3110           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3111             running after job is cancelled</li>
3112           <li>cannot export features from alignments imported from
3113             Jalview/VAMSAS projects</li>
3114           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3115             float values</li>
3116           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3117             have 'display all symbols' flag set</li>
3118           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3119             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3120           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3121             Jalview</li>
3122           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3123             Lion/Webstart</li>
3124           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3125           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3126           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3127             alignment onto desktop</li>
3128           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3129             'extract scores' function</li>
3130           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3131             alignment window</li>
3132           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3133             performing IUPred disorder prediction</li>
3134           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3135             changing 'normalise logo' display setting</li>
3136           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3137             nothing matches query</li>
3138           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3139             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3140           </li>
3141           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3142             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3143           </li>
3144           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3145             Jalview's menu</li>
3146           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3147             'invalid literal/length code'</li>
3148           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3149             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3150           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3151             colourscheme</li>
3152
3153         </ul> <em>Applet</em>
3154         <ul>
3155           <li>Remove group option is shown even when selection is
3156             not a group</li>
3157           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3158             don't affect groups</li>
3159           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3160             colourscheme name</li>
3161           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3162             Annotation panel is not displayed</li>
3163           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3164             embedded windows</li>
3165         </ul> <em>Other</em>
3166         <ul>
3167           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3168             single sequence were not calculated</li>
3169           <li>annotation files that contain only groups imported as
3170             annotation and junk sequences</li>
3171           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3172             recognised as PFAM or BLC</li>
3173           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3174             doesn't affect background (2.8.0b1)
3175           <li></li>
3176           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3177           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3178             trailing gaps</li>
3179           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3180             registered correctly on import</li>
3181           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3182             certain alignments</li>
3183           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3184             existing annotation based 'use original colours'
3185             colourscheme loses original colours setting</li>
3186         </ul>
3187       </td>
3188     </tr>
3189     <tr>
3190       <td><div align="center">
3191           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3192             <em>30/1/2014</em></strong>
3193         </div></td>
3194       <td>
3195         <ul>
3196           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3197             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3198             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3199             open source project).
3200           </li>
3201           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3202           <li>Output in Stockholm format</li>
3203           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3204           <li>Export/import group and sequence associated line
3205             graph thresholds</li>
3206           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3207             ambiguity codes</li>
3208           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3209             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3210             works</li>
3211           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3212         </ul> <em>Other improvements</em>
3213         <ul>
3214           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3215           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3216             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3217           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3218             files</li>
3219           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3220           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3221             link but no description</li>
3222           <li>Select primary source when selecting authority in
3223             database fetcher GUI</li>
3224           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3225             Jalview</li>
3226           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3227         </ul>
3228       </td>
3229       <td>
3230         <ul>
3231           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3232             displayed</li>
3233           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3234             secondary structure annotation line</li>
3235           <li>Sequence database accessions not imported when
3236             fetching alignments from Rfam</li>
3237           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3238             identical IDs</li>
3239           <li>View all structures does not always superpose
3240             structures</li>
3241           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3242             reflect user or preset settings</li>
3243           <li>Null pointer exceptions for some services without
3244             presets or adjustable parameters</li>
3245           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3246             discover PDB xRefs</li>
3247           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3248             features with DAS</li>
3249           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3250             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3251           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3252             residue follows a gap</li>
3253           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3254             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3255           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3256             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3257           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3258             annotation already exists on alignment</li>
3259           <li>oninit javascript function should be called after
3260             initialisation completes</li>
3261           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3262             alignment window display</li>
3263           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3264           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3265             to annotation file</li>
3266           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3267             groups created</li>
3268           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3269             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3270           <li>Pressing return several times causes Number Format
3271             exceptions in keyboard mode</li>
3272           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3273             correct partitions for input data</li>
3274           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3275           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3276           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3277           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3278             mode</li>
3279           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3280             changes one row&#39;s threshold</li>
3281           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3282             doesn&#39;t open</li>
3283           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3284             quality histograms</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td><div align="center">
3290           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3291         </div></td>
3292       <td><em>Application</em>
3293         <ul>
3294           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3295             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3296           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3297             preferences</li>
3298           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3299             in Jalview alignment window</li>
3300           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3301             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3302           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3303             RNA and ambiguity codes</li>
3304
3305           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3306           <li>Support fetching and database reference look up
3307             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3308             refs')</li>
3309           <li>Jalview project improvements
3310             <ul>
3311               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3312                 flag for annotation</li>
3313               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3314                 alignment</li>
3315               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3316                 Jalview project</li>
3317
3318             </ul>
3319           </li>
3320           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3321           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3322             running</li>
3323           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3324           <li>visual indication that web service results are still
3325             being retrieved from server</li>
3326           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3327             starts up for first time</li>
3328           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3329             services</li>
3330           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3331             client library</li>
3332           <li>Examples directory and Groovy library included in
3333             InstallAnywhere distribution</li>
3334         </ul> <em>Applet</em>
3335         <ul>
3336           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3337             visualization applet example</li>
3338         </ul> <em>General</em>
3339         <ul>
3340           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3341           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3342             defaults</li>
3343           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3344             calculation</li>
3345           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3346             matrices
3347           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3348             in HTML</li>
3349           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3350             structure contacts</li>
3351           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3352           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3353           <li>Parse sequence associated secondary structure
3354             information in Stockholm files</li>
3355           <li>HTML Export database accessions and annotation
3356             information presented in tooltip for sequences</li>
3357           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3358             style RNA alignment files</li>
3359           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3360             alignment</li>
3361           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3362             shade each sequence according to its associated alignment
3363             annotation</li>
3364           <li>New Jalview Logo</li>
3365         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3366         <ul>
3367           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3368           <li>New Website!</li>
3369         </ul></td>
3370       <td><em>Application</em>
3371         <ul>
3372           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3373             wsdbfetch REST service</li>
3374           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3375           <li>Filetype associations not installed for webstart
3376             launch</li>
3377           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3378             job execution in full once it is complete</li>
3379           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3380             uploaded via ali_file parameter</li>
3381           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3382           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3383           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3384             submitted for prediction</li>
3385           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3386             desktop window</li>
3387           <li>Putting fractional value into integer text box in
3388             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3389           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3390             windows 7</li>
3391           <li>View all structures fails with exception shown in
3392             structure view</li>
3393           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3394             escaped in a platform independent way</li>
3395           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3396             using proxy</li>
3397           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3398             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3399           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3400             failure when java web start temporary file caching is
3401             disabled</li>
3402           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3403             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3404           <li>Errors during processing of command line arguments
3405             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3406           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3407             DAS sources in sequence fetcher</li>
3408           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3409             dialog is shown</li>
3410           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3411           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3412           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3413           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3414             on OSX Mountain Lion</li>
3415           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3416             sequences with alignment annotation are pasted into the
3417             alignment</li>
3418           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3419             when loaded from Jalview project</li>
3420           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3421           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3422             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3423           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3424             associated with all views</li>
3425           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3426             annotation rows to new window</li>
3427         </ul> <em>Applet</em>
3428         <ul>
3429           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3430             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3431           <li>loading features via javascript API automatically
3432             enables feature display</li>
3433           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3434             work</li>
3435         </ul> <em>General</em>
3436         <ul>
3437           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3438           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3439             and then deselected</li>
3440           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3441           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3442             coloured with clustalx</li>
3443           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3444             exceptions and redraw errors</li>
3445           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3446             reconfigured view</li>
3447           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3448             colour</li>
3449           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3450             for lots of labels</li>
3451         </ul>
3452     </tr>
3453     <tr>
3454       <td>
3455         <div align="center">
3456           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3457         </div>
3458       </td>
3459       <td><em>Application</em>
3460         <ul>
3461           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3462           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3463           <li>View/alignment association menu to enable user to
3464             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3465             its colours/correspondences from</li>
3466           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3467           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3468             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3469           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3470           <li>Annotation row column label formatting attributes
3471             stored in project file</li>
3472           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3473             rows preserved in Jalview project file</li>
3474           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3475             saved using Desktop window menu</li>
3476           <li>Visual indication that command line arguments are
3477             still being processed</li>
3478           <li>Groovy script execution from URL</li>
3479           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3480             preferences</li>
3481           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3482             alignment with sequences that have high similarity and
3483             matching IDs</li>
3484           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3485           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3486             structures in same window</li>
3487           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3488           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3489             analysis function in its own submenu</li>
3490         </ul> <em>Applet</em>
3491         <ul>
3492           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3493             groups</li>
3494           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3495           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3496           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3497           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3498           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3499             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3500           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3501           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3502             parameters are treated as such</li>
3503           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3504             <ul>
3505               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3506               <li>Javascript callbacks for
3507                 <ul>
3508                   <li>Applet initialisation</li>
3509                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3510                 </ul>
3511               </li>
3512               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3513                 functions</li>
3514               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3515               <li>javascript structure viewer harness to pass
3516                 messages between Jmol and Jalview when running as
3517                 distinct applets</li>
3518               <li>sortBy method</li>
3519               <li>Set of applet and application examples shipped
3520                 with documentation</li>
3521               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3522                 javascript message exchange</li>
3523             </ul>
3524         </ul> <em>General</em>
3525         <ul>
3526           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3527             multiple alignments</li>
3528           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3529           <li>User configurable link to enable redirects to a
3530             www.Jalview.org mirror</li>
3531           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3532           <li>Configurable newline string when writing alignment
3533             and other flat files</li>
3534           <li>Allow alignment annotation description lines to
3535             contain html tags</li>
3536         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3537         <ul>
3538           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3539             examples</li>
3540           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3541             using a web service before displaying the result in the
3542             Jalview desktop</li>
3543           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3544           <li>Ant target to publish example html files with applet
3545             archive</li>
3546           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3547           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3548         </ul></td>
3549       <td><em>Application</em>
3550         <ul>
3551           <li>User defined colourscheme throws exception when
3552             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3553           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3554             dialog for valid filename/format</li>
3555           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3556           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3557             P37173</li>
3558           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3559             which sequence is to be associated with the file</li>
3560           <li>Find All raises null pointer exception when query
3561             only matches sequence IDs</li>
3562           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3563           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3564             2.4 cannot be loaded</li>
3565           <li>Filetype associations not installed for webstart
3566             launch</li>
3567           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3568             with sequences in different alignments do not get coloured
3569             by their associated sequence</li>
3570           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3571             not preserved when project is loaded</li>
3572           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3573             stored in Jalview project</li>
3574           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3575             Jalview project</li>
3576           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3577           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3578             by conservation</li>
3579           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3580             created on new view</li>
3581           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3582             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3583           <li>Alignment quality not updated after alignment
3584             annotation row is hidden then shown</li>
3585           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3586             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3587           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3588             properly</li>
3589           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3590             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3591           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3592           <li>Structures imported from file and saved in project
3593             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3594           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3595             job execution in full once it is complete</li>
3596         </ul> <em>Applet</em>
3597         <ul>
3598           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3599             annotation rows are displayed</li>
3600           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3601             codebase</li>
3602           <li>View follows highlighting does not work for positions
3603             in sequences</li>
3604           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3605           <li>Export features raises exception when no features
3606             exist</li>
3607           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3608             for javascript api is modified when separator string
3609             provided as parameter</li>
3610           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3611             alignment with no existing selection</li>
3612           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3613             to applet&#39;s codebase</li>
3614           <li>Status bar not updated after finished searching and
3615             search wraps around to first result</li>
3616           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3617             several Jalview applets causes race conditions and memory
3618             leaks</li>
3619           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3620             not sent from Jmol in applet</li>
3621           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3622             applet API fatally hang browser</li>
3623         </ul> <em>General</em>
3624         <ul>
3625           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3626             position with wrapped view and hidden regions</li>
3627           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3628             with/without hidden columns</li>
3629           <li>Sequence length given in alignment properties window
3630             is off by 1</li>
3631           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3632             import PDB like structure files</li>
3633           <li>Positional search results are only highlighted
3634             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3635           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3636           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3637             given sequence position</li>
3638           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3639             output</li>
3640           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3641             from nucleotide chains correctly</li>
3642           <li>Structure colours not updated when tree partition
3643             changed in alignment</li>
3644           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3645             parsed in interleaved stockholm</li>
3646           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3647             state</li>
3648           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3649             properly</li>
3650           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3651             properly associated with their pdb files</li>
3652         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3653         <ul>
3654           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3655             ApplyCopyright tool</li>
3656         </ul></td>
3657     </tr>
3658     <tr>
3659       <td>
3660         <div align="center">
3661           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3662         </div>
3663       </td>
3664       <td><em>Application</em>
3665         <ul>
3666           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3667             contact web services</li>
3668           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3669             service job window</li>
3670           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3671         </ul></td>
3672       <td>
3673         <ul>
3674           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3675             pir file emitted by Jalview</li>
3676           <li>Existing feature settings transferred to new
3677             alignment view created from cut'n'paste</li>
3678           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3679             parsing PDB files</li>
3680           <li>Consensus and conservation annotation rows
3681             occasionally become blank for all new windows</li>
3682           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3683             in wrapped view mode</li>
3684         </ul> <em>Application</em>
3685         <ul>
3686           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3687             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3688           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3689             parameter names</li>
3690           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3691             is down</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694     </tr>
3695     <tr>
3696       <td>
3697         <div align="center">
3698           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3699         </div>
3700       </td>
3701       <td><em>Application</em>
3702         <ul>
3703           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3704             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3705             (JABAWS)
3706           </li>
3707           <li>Web Services preference tab</li>
3708           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3709             preferences</li>
3710           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3711           <li>Superpose structures using associated sequence
3712             alignment</li>
3713           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3714             viewer</li>
3715         </ul> <em>Applet</em>
3716         <ul>
3717           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3718             link out mechanism</li>
3719         </ul> <em>Other</em>
3720         <ul>
3721           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3722             series 12</li>
3723           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3724             require Java 1.5</li>
3725           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3726             sequence annotation files</li>
3727           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3728             type colour specification</li>
3729           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3730             script to check if it being run in an interactive session or
3731             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3732         </ul></td>
3733       <td>
3734         <ul>
3735           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3736             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3737         </ul> <em>Application</em>
3738         <ul>
3739           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3740             selected Regions menu item</li>
3741           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3742             part of a valid accession ID</li>
3743           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3744             runs out of memory</li>
3745           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3746             analysis results</li>
3747           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3748             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3749           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3750         </ul> <em>Applet</em>
3751         <ul>
3752           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3753             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3754             defined.</li>
3755         </ul>
3756       </td>
3757     </tr>
3758     <tr>
3759       <td>
3760         <div align="center">
3761           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3762         </div>
3763       </td>
3764       <td></td>
3765       <td>
3766         <ul>
3767           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3768             sequence IDs</li>
3769           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3770             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3771           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3772             import correctly</li>
3773           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3774             number of columns are hidden</li>
3775           <li>annotation label popup menu not providing correct
3776             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3777             present</li>
3778           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3779             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3780           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3781             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3782
3783         </ul> <em>Applet</em>
3784         <ul>
3785           <li>annotation panel disappears when annotation is
3786             hidden/removed</li>
3787         </ul> <em>Application</em>
3788         <ul>
3789           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3790             alignment opened where annotation panel is visible but no
3791             annotations are present on alignment</li>
3792           <li>pasted region containing hidden columns is
3793             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3794           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3795             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3796           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3797             selected Rregions menu item.</li>
3798           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3799             'Un' or 'Non'conserved</li>
3800           <li>Sequence feature settings are being shared by
3801             multiple distinct alignments</li>
3802           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3803             changed</li>
3804           <li>double click on group annotation to select sequences
3805             does not propagate to associated trees</li>
3806           <li>Mac OSX specific issues:
3807             <ul>
3808               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3809                 window background</li>
3810               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3811                 name set correctly</li>
3812               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3813                 save feature colourscheme button</li>
3814             </ul>
3815           </li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820
3821       <td>
3822         <div align="center">
3823           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3824         </div>
3825       </td>
3826       <td><em>New Capabilities</em>
3827         <ul>
3828           <li>URL links generated from description line for
3829             regular-expression based URL links (applet and application)
3830
3831           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3832             menu</li>
3833           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3834             structures</li>
3835           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3836             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3837           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3838             average score or total feature count for each sequence.</li>
3839           <li>Shading features by score or associated description</li>
3840           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3841             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3842           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3843             hide everything but the currently selected region.</li>
3844           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3845         </ul> <em>Application</em>
3846         <ul>
3847           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3848             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3849           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3850             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3851           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3852             database references and protein_name is parsed as
3853             description line (BioSapiens terms).</li>
3854           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3855             references in sequence ID tooltip from View menu in
3856             application.</li>
3857           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3858       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3859           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3860             conservation plots</li>
3861           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3862             and visualized as sequence logos</li>
3863           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3864             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3865           </li>
3866           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3867             when a new tree is opened.</li>
3868           <li>Jalview Java Console</li>
3869           <li>Better placement of desktop window when moving
3870             between different screens.</li>
3871           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3872             consensus annotation</li>
3873           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3874             Workflows</li>
3875           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3876             <ul>
3877               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3878                 used to preserve views, structures, and tree display
3879                 settings)</li>
3880               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3881                 command line</li>
3882               <li>Sharing of selected regions between views and
3883                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3884               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3885             </ul></li>
3886         </ul> <em>Applet</em>
3887         <ul>
3888           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3889           <li>New Parameters
3890             <ul>
3891               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3892                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3893                 opened.</li>
3894               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3895                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3896               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3897                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3898               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3899                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3900                 view</li>
3901               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3902                 increase the height or width of a cell in the alignment
3903                 grid relative to the current font size.</li>
3904             </ul>
3905           </li>
3906           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3907             tooltip</li>
3908         </ul> <em>Other</em>
3909         <ul>
3910           <li>Features format: graduated colour definitions and
3911             specification of feature scores</li>
3912           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3913             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3914             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3915           <li>XML formats extended to support graduated feature
3916             colourschemes, group associated annotation, and profile
3917             visualization settings.</li></td>
3918       <td>
3919         <ul>
3920           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3921             rather than description</li>
3922           <li>Non-positional features are now included in sequence
3923             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3924             visibility in tooltip).</li>
3925           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3926           <li>Added URL embedding instructions to features file
3927             documentation.</li>
3928           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3929             'X' in peptide product</li>
3930           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3931             sequence ID and sequence string and query strings do not
3932             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3933           <li>AMSA files only contain first column of
3934             multi-character column annotation labels</li>
3935           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3936             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3937             exported and re-imported)</li>
3938           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3939             name</li>
3940           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3941             as subsequence matches, and correctly reports total number
3942             of both.</li>
3943           <li>Application:
3944             <ul>
3945               <li>Better handling of exceptions during sequence
3946                 retrieval</li>
3947               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3948                 link text excludes the start_end suffix</li>
3949               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3950                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3951               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3952               <li>Sequence description lines properly shared via
3953                 VAMSAS</li>
3954               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3955                 data sources</li>
3956               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3957                 completes before alignment figures are generated.</li>
3958               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3959                 first time.</li>
3960               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3961                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3962               <li>User defined group colours properly recovered
3963                 from Jalview projects.</li>
3964             </ul>
3965           </li>
3966         </ul>
3967       </td>
3968
3969     </tr>
3970     <tr>
3971       <td>
3972         <div align="center">
3973           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3974         </div>
3975       </td>
3976       <td>
3977         <ul>
3978           <li>Experimental support for google analytics usage
3979             tracking.</li>
3980           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3981         </ul>
3982       </td>
3983       <td>
3984         <ul>
3985           <li>Race condition in applet preventing startup in
3986             jre1.6.0u12+.</li>
3987           <li>Exception when feature created from selection beyond
3988             length of sequence.</li>
3989           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3990           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3991             all sequences with a given id</li>
3992           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3993             ID string searches</li>
3994           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3995             alignment to fail with exception</li>
3996         </ul> <em>Application Issues</em>
3997         <ul>
3998           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3999           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4000             data sources</li>
4001         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4002         <ul>
4003           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4004             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4005           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4006             version (java class versioning error fixed)</li>
4007         </ul>
4008       </td>
4009     </tr>
4010     <tr>
4011       <td>
4012
4013         <div align="center">
4014           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4015         </div>
4016       </td>
4017       <td><em>User Interface</em>
4018         <ul>
4019           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4020             translation and protein products</li>
4021           <li>Linked highlighting of structure associated with
4022             residue mapping to codon position</li>
4023           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4024             and 'clear' button</li>
4025           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4026             Tools menu</li>
4027           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4028             numeric data in description line</li>
4029           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4030           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4031             of sequence</li>
4032         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4033         <ul>
4034           <li>JPred3 web service</li>
4035           <li>Prototype sequence search client (no public services
4036             available yet)</li>
4037           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4038             PFAM</li>
4039           <li>URL Links created for matching database cross
4040             references as well as sequence ID</li>
4041           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4042         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4043         <ul>
4044           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4045             databases</li>
4046           <li>Generalised database reference retrieval and
4047             validation to all fetchable databases</li>
4048           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4049             sequence command</li>
4050         </ul> <em>Import and Export</em>
4051         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4052         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4053           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4054         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4055           File</li>
4056         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4057           triplet as name of colourscheme</li>
4058         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4059         <ul>
4060           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4061           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4062             alignments (experimental)</li>
4063           <li>Create new or select existing session to join</li>
4064           <li>load and save of vamsas documents</li>
4065         </ul> <em>Application command line</em>
4066         <ul>
4067           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4068             from applet)</li>
4069           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4070             of DAS servers to query for alignment features</li>
4071           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4072             that are also automatically queried for features</li>
4073           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4074             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4075         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4076         <ul>
4077           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4078             application (when using &quot;View in full
4079             application&quot;)</li>
4080         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4081         <ul>
4082           <li>feature group display control parameter</li>
4083           <li>debug parameter</li>
4084           <li>showbutton parameter</li>
4085         </ul> <em>Applet API methods</em>
4086         <ul>
4087           <li>newView public method</li>
4088           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4089           <li>Feature display control methods</li>
4090           <li>get list of currently selected sequences</li>
4091         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4092         <ul>
4093           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4094           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4095             Jalview release.</li>
4096           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4097             property controls execution of obfuscator</li>
4098           <li>Build target for generating source distribution</li>
4099           <li>Debug flag for javacc</li>
4100           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4101             jalview.bin.Cache</li>
4102           <li>Continuous Build Integration for stable and
4103             development version of Application, Applet and source
4104             distribution</li>
4105         </ul></td>
4106       <td>
4107         <ul>
4108           <li>selected region output includes visible annotations
4109             (for certain formats)</li>
4110           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4111             for editing</li>
4112           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4113           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4114           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4115           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4116             comments</li>
4117           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4118             filenames containing a ':'</li>
4119           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4120             global sequence features</li>
4121           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4122             references from alignment sequences goes to zero</li>
4123           <li>Close of tree branch colour box without colour
4124             selection causes cascading exceptions</li>
4125           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4126           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4127             file parsing fails.</li>
4128           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4129           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4130             not a valid output format</li>
4131           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4132             vamsas</li>
4133           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4134           <li>error messages passed up and output when data read
4135             fails</li>
4136           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4137             sequence is edited</li>
4138           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4139             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4140           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4141             filetype</li>
4142           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4143             import fixed for PFAM records</li>
4144           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4145             window list</li>
4146           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4147             can be read and written correctly to annotation file</li>
4148           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4149             correctly</li>
4150           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4151             non-italic font for representatives in Applet</li>
4152           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4153             Macs.</li>
4154           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4155             Applet)</li>
4156           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4157             due to null pointer exceptions</li>
4158           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4159             first column of alignment</li>
4160           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4161             July 2008</li>
4162           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4163             file is case-insensitive</li>
4164           <li>Sequence features read from Features file appended to
4165             all sequences with matching IDs</li>
4166           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4167             containing a sub-sequence</li>
4168           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4169           <li>feature and annotation file applet parameters
4170             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4171           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4172           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4173             splash-screen version check to complete</li>
4174           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4175             when passing them to the launchApp service</li>
4176           <li>display name and local features preserved in results
4177             retrieved from web service</li>
4178           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4179             sequence fetcher initialisation</li>
4180           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4181             dasobert DAS client</li>
4182           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4183             association</li>
4184           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4185             sequences
4186           </li>
4187         </ul>
4188       </td>
4189     </tr>
4190     <tr>
4191       <td>
4192         <div align="center">
4193           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4194         </div>
4195       </td>
4196       <td>
4197         <ul>
4198           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4199           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4200           <li>Slide sequences</li>
4201           <li>Edit sequence in place</li>
4202           <li>EMBL CDS features</li>
4203           <li>DAS Feature mapping</li>
4204           <li>Feature ordering</li>
4205           <li>Alignment Properties</li>
4206           <li>Annotation Scores</li>
4207           <li>Sort by scores</li>
4208           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4209         </ul>
4210       </td>
4211       <td>
4212         <ul>
4213           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4214           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4215           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4216           <li>Feature group display state in XML</li>
4217           <li>Feature ordering in XML</li>
4218           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4219           <li>Stockholm alignment properties</li>
4220           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4221           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4222           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4223           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4224         </ul>
4225       </td>
4226
4227     </tr>
4228     <tr>
4229       <td>
4230         <div align="center">
4231           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4232         </div>
4233       </td>
4234       <td>
4235         <ul>
4236           <li>Non standard characters can be read and displayed
4237           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4238             applet via textbox
4239           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4240             name &amp; description
4241           <li>Preference setting to display sequence name in
4242             italics
4243           <li>Annotation file format extended to allow
4244             Sequence_groups to be defined
4245           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4246             specified in preferences
4247           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4248             sequences
4249         </ul>
4250       </td>
4251       <td>
4252         <ul>
4253           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4254             installed
4255           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4256           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4257         </ul>
4258       </td>
4259     </tr>
4260     <tr>
4261       <td>
4262         <div align="center">
4263           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4264         </div>
4265       </td>
4266       <td>
4267         <ul>
4268           <li>Multiple views on alignment
4269           <li>Sequence feature editing
4270           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4271           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4272           <li>Background dependent text colour
4273           <li>Right align sequence ids
4274           <li>User-defined lower case residue colours
4275           <li>Format Menu
4276           <li>Select Menu
4277           <li>Menu item accelerator keys
4278           <li>Control-V pastes to current alignment
4279           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4280           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4281           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4282
4283           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4284         </ul>
4285       </td>
4286       <td>
4287         <ul>
4288           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4289           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4290             calculations
4291           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4292             edits
4293           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4294             of alignment)
4295           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4296
4297           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4298             display correctly
4299           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4300           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4301             analysis results
4302           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4303             &#8739;
4304           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4305           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4306           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4307
4308         </ul>
4309       </td>
4310     </tr>
4311     <tr>
4312       <td>
4313         <div align="center">
4314           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4315         </div>
4316       </td>
4317       <td>
4318         <ul>
4319           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4320         </ul>
4321       </td>
4322       <td>
4323         <ul>
4324           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4325             sequence id panel has been resized</li>
4326           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4327             rendered</li>
4328           <li>Annotation files with sequence references - all
4329             elements in file are relative to sequence position</li>
4330           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4331         </ul>
4332       </td>
4333     </tr>
4334     <tr>
4335       <td>
4336         <div align="center">
4337           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4338         </div>
4339       </td>
4340       <td>
4341         <ul>
4342           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4343           <li>DAS Feature fetching</li>
4344           <li>Hide sequences and columns</li>
4345           <li>Export Annotations and Features</li>
4346           <li>GFF file reading / writing</li>
4347           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4348             files</li>
4349           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4350           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4351           <li>Applet can launch the full application</li>
4352           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4353             required)</li>
4354           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4355           <li>Applet can load sequences from parameter
4356             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4357           </li>
4358         </ul>
4359       </td>
4360       <td>
4361         <ul>
4362           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4363           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4364           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4365         </ul>
4366       </td>
4367     </tr>
4368     <tr>
4369       <td>
4370         <div align="center">
4371           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4372         </div>
4373       </td>
4374       <td>
4375         <ul>
4376           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4377           <li>Choose to match case when searching</li>
4378           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4379             expand the visible width and height of the alignment</li>
4380         </ul>
4381       </td>
4382       <td>
4383         <ul>
4384           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4385         </ul>
4386       </td>
4387     </tr>
4388     <tr>
4389       <td>
4390         <div align="center">
4391           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4392         </div>
4393       </td>
4394       <td>&nbsp;</td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4398           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4399             value</li>
4400         </ul>
4401       </td>
4402     </tr>
4403     <tr>
4404       <td>
4405         <div align="center">
4406           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4407         </div>
4408       </td>
4409       <td>
4410         <ul>
4411           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4412           <li>Keyboard editing</li>
4413           <li>Create sequence features from searches</li>
4414           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4415             alignments</li>
4416           <li>Features file allows grouping of features</li>
4417           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4418           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4419           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4420         </ul>
4421       </td>
4422       <td>
4423         <ul>
4424           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4425           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4426             descriptions saved.</li>
4427         </ul>
4428       </td>
4429     </tr>
4430     <tr>
4431       <td>
4432         <div align="center">
4433           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4434         </div>
4435       </td>
4436       <td>
4437         <ul>
4438           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4439           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4440           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4441             name for file output</li>
4442           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4443           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4444             used for HTML form input</li>
4445         </ul>
4446       </td>
4447       <td>
4448         <ul>
4449           <li>HTML output writes groups and features</li>
4450           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4451           <li>File IO bugs</li>
4452         </ul>
4453       </td>
4454     </tr>
4455     <tr>
4456       <td>
4457         <div align="center">
4458           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4459         </div>
4460       </td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4464           <li>More options for PCA viewer</li>
4465         </ul>
4466       </td>
4467       <td>
4468         <ul>
4469           <li>GUI bugs resolved</li>
4470           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4471         </ul>
4472       </td>
4473     </tr>
4474     <tr>
4475       <td height="63">
4476         <div align="center">
4477           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4478         </div>
4479       </td>
4480       <td>
4481         <ul>
4482           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4483           <li>Jar files are executable</li>
4484           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4485         </ul>
4486       </td>
4487       <td>
4488         <ul>
4489           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4490           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4491           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4492         </ul>
4493       </td>
4494     </tr>
4495     <tr>
4496       <td>
4497         <div align="center">
4498           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4499         </div>
4500       </td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4504         </ul>
4505       </td>
4506       <td>
4507         <ul>
4508           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4509         </ul>
4510       </td>
4511     </tr>
4512     <tr>
4513       <td>
4514         <div align="center">
4515           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4516         </div>
4517       </td>
4518       <td>
4519         <ul>
4520           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4521             size</li>
4522         </ul>
4523       </td>
4524       <td>
4525         <ul>
4526           <li>Improved JPred client reliability</li>
4527           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4528         </ul>
4529       </td>
4530     </tr>
4531     <tr>
4532       <td>
4533         <div align="center">
4534           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4535         </div>
4536       </td>
4537       <td>
4538         <ul>
4539           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4540           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4541           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4542             to Colour Menu</li>
4543           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4544           <li>Unix users can set default web browser</li>
4545           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4546           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4547         </ul>
4548       </td>
4549       <td>
4550         <ul>
4551           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554     </tr>
4555     <tr>
4556       <td>
4557         <div align="center">
4558           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4559         </div>
4560       </td>
4561       <td>&nbsp;</td>
4562       <td>
4563         <ul>
4564           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4565             alignment order.</li>
4566         </ul>
4567       </td>
4568     </tr>
4569     <tr>
4570       <td>
4571         <div align="center">
4572           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4573         </div>
4574       </td>
4575       <td>
4576         <ul>
4577           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4578           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4579           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4580             annotations.</li>
4581           <li>Version and build date written to build properties
4582             file.</li>
4583           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4584             at launch of Jalview.</li>
4585         </ul>
4586       </td>
4587       <td>
4588         <ul>
4589           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4590           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4591           <li>Can remove groups one by one.</li>
4592           <li>Filechooser icons installed.</li>
4593           <li>Finder ignores return character when searching.
4594             Return key will initiate a search.<br>
4595           </li>
4596         </ul>
4597       </td>
4598     </tr>
4599     <tr>
4600       <td>
4601         <div align="center">
4602           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4603         </div>
4604       </td>
4605       <td>
4606         <ul>
4607           <li>New codebase</li>
4608         </ul>
4609       </td>
4610       <td>&nbsp;</td>
4611     </tr>
4612   </table>
4613   <p>&nbsp;</p>
4614 </body>
4615 </html>