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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
  62           <em>22/06/2021</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top"><em>Development</em>
  64         <ul>
  65           <li>Updated building instructions</li>
  66         </ul></td>
  67       <td>
  68         <ul>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
  71             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
  72             and display)
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
  76             scale factors being set with buggy window-managers (linux
  77             only)
  78           </li>
  79         </ul> <em>Development</em>
  80         <ul>
  81           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  82         </ul>
  83       </td>
  84     </tr>
  85     <tr>
  86       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  87           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
  88           <em>09/03/2021</em></strong></td>
  89       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
  90           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
  91         <ul>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
  94             launch of the news browser (like -nonews argument)
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
  98             download of linkout URLs from
  99             www.jalview.org/services/identifiers
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 103             download of BIOJSHTML templates
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 107             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 108             disabled
 109           </li>
 110         </ul></td>
 111       <td align="left" valign="top">
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 115             Jmol
 116           </li>
 117         </ul> <em>New Known defects</em>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 121             always restored from project (since 2.10.3)
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 125             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 126           </li>
 127         </ul>
 128       </td>
 129     </tr>
 130     <tr>
 131       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 132           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 133           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 134       <td align="left" valign="top">
 135         <ul>
 136
 137         </ul>
 138       </td>
 139       <td align="left" valign="top">
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 143             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 147             sequences can be classed as nucleotide
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 151             sequences after alignment of protein products (known defect
 152             first reported for 2.11.1.0)
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 156             features outwith CDS shown overlaid on protein
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 160             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 161             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 165             CDS features
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 169             always select corresponding protein sequences
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 173             column selection doesn't always ignore hidden columns
 174           </li>
 175         </ul> <em>Installer</em>
 176         <ul>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 179             Windows prevents install4j launching getdown
 180           </li>
 181         </ul> <em>Development</em>
 182         <ul>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 185             version numbers in doc/building.md
 186           </li>
 187         </ul>
 188       </td>
 189     </tr>
 190     <tr>
 191       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 192           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 193           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 194       <td align="left" valign="top">
 195         <ul>
 196         </ul>
 197       </td>
 198       <td align="left" valign="top">
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 202             "Encountered problems opening
 203             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 204           </li>
 205         </ul>
 206       </td>
 207     </tr>
 208     <tr>
 209       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 210           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 211           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 212       <td align="left" valign="top">
 213         <ul>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 216             residue in cursor mode
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 220             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 224             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 225             improved compatibility with JalviewJS
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 229             alignments from Pfam and Rfam
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 233             import (no longer based on .gz extension)
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 240             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 241             EMBL flat file
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 245             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 246             saving or making backup files.
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 250             <ul>
 251               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 252               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 253             </ul>
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 257             when running on Linux (Requires Java 11+)
 258           </li>
 259         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 260         <ul>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 263             through a system property
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 267             line help for configuring Jalview's memory
 268           </li>
 269         </ul>
 270       </td>
 271       <td align="left" valign="top">
 272         <ul>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 275             but not calculated and no protein or DNA score models are
 276             available for tree/PCA calculation when launched with
 277             Turkish language locale
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 281             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 285             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 289             sequence under the cursor
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 293             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 297             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 298             '%s'" on the console
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 302             when there are both local and complementary features mapped
 303             to the position under the cursor
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 307             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 311             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 315             internationalised text for some messages and log output
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 319             hidden gapped columns
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 323             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 327             specifying output format when exporting an alignment via the
 328             command line
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 332             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 333             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 334             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 335             file again, and if that fails, delete the original file and
 336             save in place.)
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 340             via command line
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 344             program and documentation
 345           </li>
 346         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 347         <ul>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 350             first time for a version that has different jars to the
 351             previous launched version.
 352           </li>
 353         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 354         <ul>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 357             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 358             OutOfMemory error.
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 362             monitor the release channel
 363           </li>
 364         </ul> <em>New Known defects</em>
 365         <ul>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 368             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 369             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 370             genome of RNA viruses)
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 374             are ordered differently when shown on alignment and in
 375             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 379             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 380             works for the top left quadrant of the alignment window
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 384             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 388             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 392             protein products for certain ENA records are repeatedly
 393             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 394           </li>
 395         </ul>
 396       </td>
 397     </tr>
 398     <tr>
 399       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 400           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 401           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 402       <td align="left" valign="top">
 403         <ul>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 406             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 407             for display in alignments, on structure views (including
 408             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 409             export.
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 413             exported and re-imported as GFF3 files
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 417             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 421             validation while parsing
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 425             position if reopened
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 429             of associated view
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 433             enabled by default
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 437             tooltips and menus
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 441             with no feature types visible
 442           </li>
 443           <li>
 444           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 445           </li>
 446         </ul><em>Jalview Installer</em>
 447             <ul>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 450             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 457           </li>
 458               <li>
 459                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 460               <li>
 461                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 462         </ul> <em>Release processes</em>
 463         <ul>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 469           </li>
 470         </ul> <em>Build System</em>
 471         <ul>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 477             report
 478           </li>
 479         </ul>
 480         <em>Groovy Scripts</em>
 481             <ul>
 482           <li>
 483             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 484             to stdout containing the consensus sequence for each
 485             alignment in a Jalview session
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 489             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 490             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 491           </li>
 492         </ul>
 493       </td>
 494       <td align="left" valign="top">
 495         <ul>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 498             'Show hidden markers' option is not ticked
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 502             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 503             jalview preferences or properties file
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 507             'Show Sequence Features' option is not ticked
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 511             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 512             features are visible
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 516             equal when split frame is first opened
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 520             correct after editing a sequence's start position
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 524             with annotation and exceptions thrown when only a few
 525             columns shown in wrapped mode
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 529             wrapped alignment figure with annotations
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 533             ID fails with ClassCastException
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 537             Project
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 541             feature settings dialog also selects columns
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 545             IllegalArgumentException in some circumstances
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 549             opened for a view
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 553             alignment window is closed
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 557             help documentation for 2.11.0 release
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 561             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 562             Uniprot Accession
 563           </li>
 564         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 565         <ul>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 568             PDB/Uniprot search panel
 569           </li>
 570         </ul> <em>Installer</em>
 571         <ul>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 574             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 575           </li>
 576         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 577         <ul>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 580             repository
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 584             memory
 585           </li>
 586         </ul> <em>New Known Issues</em>
 587         <ul>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 590             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 591             command line
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 595             clipped in headless figure export when Right Align option
 596             enabled
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 600             'Source' in console output
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 604             bamboo server but run fine locally.
 605           </li>
 606         </ul>
 607       </td>
 608     </tr>
 609     <tr>
 610       <td width="60" align="center" nowrap>
 611           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 612             <em>04/07/2019</em></strong>
 613       </td>
 614       <td align="left" valign="top">
 615         <ul>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 618             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 619             source project) rather than InstallAnywhere
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 623             settings, receive over the air updates and launch specific
 624             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 625               Rings' GetDown</a>)
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 629             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 633             arguments and switch between different getdown channels
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 637             or alignment files
 638           </li>
 639
 640           <li>
 641             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 642             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 645             'Translate as cDNA'</li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 648           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 649             <ul>
 650                       <li>
 651             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 652             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 653           <li>
 654                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 655                 features can be filtered and shaded according to any
 656                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 657                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 658                 file)
 659               </li>
 660               <li>
 661                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 662                 stored and restored from Jalview Projects
 663               </li>
 664               <li>
 665                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 666                 recognise variant features
 667               </li>
 668               <li>
 669                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 670                 sequences (also coloured red by default)
 671               </li>
 672               <li>
 673                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 674                 details
 675               </li>
 676               <li>
 677                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 678                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 679               </li>
 680               <li>
 681                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 682                 dialog
 683               </li>
 684             </ul>
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 688             tree and PCA calculations
 689           </li>
 690           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 691             <ul>
 692               <li>
 693                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 694                 and Viewer state saved in Jalview Project
 695               </li>
 696               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 697                 drop-down menus</li>
 698               <li>
 699                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 700                 incrementally
 701               </li>
 702               <li>
 703                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 704               </li>
 705             </ul>
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 709           </li>
 710           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 711           <ul>
 712               <li>
 713                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 714                 multiple groups when working with large alignments
 715               </li>
 716               <li>
 717                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 718                 Stockholm files
 719               </li>
 720             </ul>
 721           <li><strong>User Interface</strong>
 722           <ul>
 723               <li>
 724                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 725                 view
 726               </li>
 727               <li>
 728                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 729                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 730                 default (can be changed in user preferences)
 731               </li>
 732               <li>
 733                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 734                 to the Overwrite Dialog
 735               </li>
 736               <li>
 737                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 738                 sequences are hidden
 739               </li>
 740               <li>
 741                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 742                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 743               </li>
 744               <li>
 745                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 746                 labels
 747               </li>
 748               <li>
 749                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 750                 when in wrapped mode
 751               </li>
 752               <li>
 753                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 754                 annotation
 755               </li>
 756               <li>
 757                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 758               </li>
 759               <li>
 760                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 761                 panel
 762               </li>
 763               <li>
 764                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 765                 popup menu
 766               </li>
 767               <li>
 768               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 769               <li>
 770               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 771
 772
 773             </ul></li>
 774             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 775           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 776             <ul>
 777               <li>
 778                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 779                 trapping CMD-Q
 780               </li>
 781             </ul></li>
 782         </ul>
 783         <em>Deprecations</em>
 784         <ul>
 785           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 786             capabilities removed from the Jalview Desktop
 787           </li>
 788           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 789             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 790             and XML based data retrieval clients</li>
 791           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 792           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 793         </ul> <em>Documentation</em>
 794         <ul>
 795           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 796             not supported in EPS figure export
 797           </li>
 798           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 799         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 800         <ul>
 801           <li>
 802           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 803           </li>
 804       <li>
 805       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 806           <li>
 807           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 808             gradle-eclipse
 809           </li>
 810           <li>
 811           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 812             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 813             execution
 814           </li>
 815           <li>
 816           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 817             operations
 818           </li>
 819           <li>
 820           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 821             issues resolved
 822           </li>
 823           <li>
 824           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 825             markdown (with HTML rendering)
 826           </li>
 827           <li>
 828           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 829           </li>
 830           <li>
 831           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 832             versions of Jalview
 833           </li>
 834         </ul>
 835       </td>
 836       <td align="left" valign="top">
 837         <ul>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 843             superposition in Jmol fail on Windows
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 847             structures for sequences with lots of PDB structures
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 851             monospaced font
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 855             project involving multiple views
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 859             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 860             Annotation dialog hides columns
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 864             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 865             one view, then making another selection in the other view
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 869             columns
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 873             Settings and Jalview Preferences panels
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 877             overview with large alignments
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 881             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 882             mouse moved to the left of the first column
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 886             hidden column marker via scale popup menu
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 890             doesn't tell users the invalid URL
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 894             score from view
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 898             show cross references or Fetch Database References are shown in
 899             red in original view
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 903             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 907             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 911             when columns are hidden
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 915             Columns by Annotation description
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 919             out of Scale or Annotation Panel
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 923             scale panel
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 927             alignment down
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 931             scale panel
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 935             Page Up in wrapped mode
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 945             on opening an alignment
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 949             Colour menu
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 953             different groups in the alignment are selected
 954           </li>
 955           <li>
 956             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 957             correctly in menu
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 961             threshold limit
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 965             threshold gets 'unrounded'
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 969             colour
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 979             Tree font
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 983             project file
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 987             shown in complementary view
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 991             without normalisation
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 995             of report
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 999           </li>
1000           <li>
1001           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1002           </li>
1003         </ul> <em>Editing</em>
1004         <ul>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1007             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1008             sequence
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1012             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1013             removed (Known defect since 2.10)
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1017             dialog corrupts dataset sequence
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1021             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1022           </li>
1023         </ul> <em>Datamodel</em>
1024         <ul>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1027             sequence's End is greater than its length
1028           </li>
1029         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1030           general release)</em>
1031         <ul>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1034           </li>
1035         </ul> <em>New Known Defects</em>
1036         <ul>
1037         <li>
1038         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1039         </li>
1040         <li>
1041           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1042           regions of protein alignment.
1043         </li>
1044         <li>
1045           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1046           is restored from a Jalview 2.11 project
1047         </li>
1048         <li>
1049           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1050           'New View'
1051         </li>
1052         <li>
1053           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1054           columns within hidden columns
1055         </li>
1056         <li>
1057           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1058           window after dragging left to select columns to left of visible
1059           region
1060         </li>
1061         <li>
1062           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1063           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1064           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1065           create a Score filter instead.
1066         </li>
1067         <li>
1068         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1069         <li>
1070         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1071         </li>
1072         <li>
1073           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1074           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1075         </li>
1076         </ul>
1077         <em>Java 11 Specific defects</em>
1078           <ul>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1081               alphabetically when saved
1082             </li>
1083         </ul>
1084       </td>
1085     </tr>
1086     <tr>
1087     <td width="60" nowrap>
1088       <div align="center">
1089         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1090       </div>
1091     </td>
1092     <td><div align="left">
1093         <em></em>
1094         <ul>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1097               InstallAnywhere increased to 1G.
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1101               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1102               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1103                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1104                 properties file.</em>
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1108               API and sequence data now imported as JSON.
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1112               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1113               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1114               property.
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>Development</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1121               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1122                 Clover</a>
1123             </li>
1124           </ul>
1125         </div></td>
1126     <td><div align="left">
1127         <em></em>
1128         <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1131               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1132               alignment.
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1136               annotation displayed.
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1140               for newly created group when 'Apply to all groups'
1141               selected
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1145               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1146               visible.
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1150               when sequences are selected in exported view.</em>
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1154               aren't rendered with correct colour.
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1158               types of knotted RNA secondary structure.
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1162               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1163               do not start at 1.
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1167               annotation when columns are inserted into an alignment,
1168               and when exporting as Stockholm flatfile.
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1172               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1173               treated as RNA secondary structure.
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1177               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1181               transfers focus to previous window on OSX
1182             </li>
1183           </ul>
1184           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1185           <ul>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1188               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1189               box.
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1193               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1194               'look and feel' which has improved compatibility with the
1195               latest version of OSX.
1196             </li>
1197           </ul>
1198         </div>
1199     </td>
1200     </tr>
1201     <tr>
1202       <td width="60" nowrap>
1203         <div align="center">
1204           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1205             <em>7/06/2018</em></strong>
1206         </div>
1207       </td>
1208       <td><div align="left">
1209           <em></em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1213               annotation retrieved from Uniprot
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1217               onto the Jalview Desktop
1218             </li>
1219           </ul>
1220         </div></td>
1221       <td><div align="left">
1222           <em></em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1226               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1230               right-hand column parsed correctly
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1234               not alignment area in exported graphic
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1238               window has input focus
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1242               annotation added to view (Windows)
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1246               network connectivity is poor
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1250               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1251                 the currently open URL and links from a page viewed in
1252                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1253                 you are using Edge, only links in the page can be
1254                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1255                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1256             </li>
1257           </ul>
1258           <em>New Known Defects</em>
1259           <ul>
1260             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1261           </ul>
1262         </div></td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td width="60" nowrap>
1266         <div align="center">
1267           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1268         </div>
1269       </td>
1270       <td><div align="left">
1271           <em></em>
1272           <ul>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1275               for disabling automatic superposition of multiple
1276               structures and open structures in existing views
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1280               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1281               adjust them.
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1285               Ensembl services
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1289               and lots of hidden columns
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1293               of features (particularly when transparency is disabled)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1297               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1298               generally available
1299             </li>
1300           </ul>
1301           </div>
1302       </td>
1303       <td><div align="left">
1304           <ul>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1307               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1311               overlapping alignment panel
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1315               sequence as gaps
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1319               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1320               UTR
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1324               factor annotation not added to sequence when local PDB
1325               file associated with it by drag'n'drop or structure
1326               chooser
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1330               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1334               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1338               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1342               columns in annotation row
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1346               honored in batch mode
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1350               for structures added to existing Jmol view
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1354               entries after importing project with multiple views
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1358               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1359               with negative residue numbers or missing residues fails
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1363               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1364               as generated by CONSURF)
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1368               tooltip doesn't include a text description of mutation
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1372               structure and/or overview windows are also shown
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1376               very slow for alignments with large numbers of sequences
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1380               with 'StringIndexOutOfBounds'
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1384               platforms running Java 10
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1388               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1389             </li>
1390           </ul>
1391           <em>Applet</em>
1392           <ul>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1395               should copy the group consensus when popup is opened on it
1396             </li>
1397           </ul>
1398           <em>Batch Mode</em>
1399           <ul>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1402           </li>
1403           </ul>
1404           <em>New Known Defects</em>
1405           <ul>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1408               editing a large alignment and overview is displayed
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1412               repeatedly after a series of edits even when the overview
1413               is no longer reflecting updates
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1417               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1418               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1419               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1423               option gives blank output
1424             </li>
1425           </ul>
1426         </div>
1427           </td>
1428     </tr>
1429     <tr>
1430       <td width="60" nowrap>
1431         <div align="center">
1432           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1433         </div>
1434       </td>
1435       <td><div align="left">
1436           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1437               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1438       <td><div align="left">
1439           <em>Desktop</em><ul>
1440           <ul>
1441             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1442             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1443             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1444             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1445             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1446             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1447             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1448           </ul>
1449           </div>
1450       </td>
1451     </tr>
1452     <tr>
1453       <td width="60" nowrap>
1454         <div align="center">
1455           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1456         </div>
1457       </td>
1458       <td><div align="left">
1459           <em></em>
1460           <ul>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1463               rendering of sequence features
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1467               429 rate limit request hander
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1471               their colours have changed
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1475               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1479               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1483               view from Ensembl locus cross-references
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1487               Alignment report
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1491               feature can be disabled
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1495               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1499               Uniprot
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>Scripting</em>
1503           <ul>
1504             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1505             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1506               percent identity scores for current alignment.</li>
1507           </ul>
1508           <em>Testing and Deployment</em>
1509           <ul>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1512             </li>
1513           </ul>
1514         </div></td>
1515       <td><div align="left">
1516           <em>General</em>
1517           <ul>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1520               threshold text field doesn't trigger an update to the
1521               alignment view
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1525               strings in parallel
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1529               alignment window is closed
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1533               group visibility
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1537               takes a long time in Cursor mode
1538             </li>
1539           </ul>
1540           <em>Desktop</em>
1541           <ul>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1544               cannot be viewed in Chimera
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1548               CDS/Protein view
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1552               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1553               Search Dialogs
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1563               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1567               scrolling right in unwapped alignment view
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1571               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1572               database
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1576               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1580               features of same type and group to be selected for
1581               amending
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1585               alignments when hidden columns are present
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1589               displaying several structures
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1593               moving a window
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1597               within the Jalview desktop on OSX
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1601               when in wrapped alignment mode
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1605               hand end of alignment
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1609               each selected sequence do not have correct start/end
1610               positions
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1614               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1618               restoring project until a new view is created
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1622               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1623               configured (since 2.10.2b2)
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1627               position is adjusted
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1631               in a multi-chain structure when viewing alignment
1632               involving more than one chain (since 2.10)
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1636               if new selection moves alignment window
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1640               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1644               that produces correctly annotated transcripts and products
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1648               doesn't update associated structure view
1649             </li>
1650           </ul>
1651           <em>Applet</em><br />
1652           <ul>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1655               closing alignment panel
1656             </li>
1657           </ul>
1658           <em>BioJSON</em><br />
1659           <ul>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1662               non-positional features
1663             </li>
1664           </ul>
1665           <em>New Known Issues</em>
1666           <ul>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1669               sequence features correctly (for many previous versions of
1670               Jalview)
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1674               using cursor in wrapped panel other than top
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1678               graduated colour threshold
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1682               always preserve numbering and sequence features
1683             </li>
1684           </ul>
1685           <em>Known Java 9 Issues</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1689               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1690               9.01, OSX 10.10)
1691             </li>
1692           </ul>
1693         </div></td>
1694     </tr>
1695     <tr>
1696       <td width="60" nowrap>
1697         <div align="center">
1698           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1699             <em>2/10/2017</em></strong>
1700         </div>
1701       </td>
1702       <td><div align="left">
1703           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1704           <ul>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1707             </li>
1708             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1709             </li>
1710           </ul>
1711         </div></td>
1712       <td><div align="left">
1713         </div></td>
1714     </tr>
1715     <tr>
1716       <td width="60" nowrap>
1717         <div align="center">
1718           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1719             <em>7/9/2017</em></strong>
1720         </div>
1721       </td>
1722       <td><div align="left">
1723           <em></em>
1724           <ul>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1727               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1728               white)
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1732               Preferences
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1736               in size and progress bar shown as higher resolution
1737               overview is recalculated
1738             </li>
1739
1740           </ul>
1741         </div></td>
1742       <td><div align="left">
1743           <em></em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1747               column region row by row
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1751               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1755               format setting is unticked
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1759               if group has show boxes format setting unticked
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1763               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1764               include sequences and columns not currently displayed
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1768               assemblies are imported via CIF file
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1772               displayed when threshold or conservation colouring is also
1773               enabled.
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1777               server version
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1781               dragging a selected region off the visible region of the
1782               alignment
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1786               colourscheme to all groups in a view
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1790               initially after font size change using the Font chooser or
1791               middle-mouse zoom
1792             </li>
1793           </ul>
1794         </div></td>
1795     </tr>
1796     <tr>
1797       <td width="60" nowrap>
1798         <div align="center">
1799           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1800         </div>
1801       </td>
1802       <td><div align="left">
1803           <em>Calculations</em>
1804           <ul>
1805
1806             <li>
1807               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1808               ungapped positions in each column of the alignment.
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1812               a calculation dialog box
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1816               and memory efficiency (~30x faster)
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1820               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1821               and other calculations
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1825               files within the Jalview codebase
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1829               Similarity may have different topology due to increased
1830               precision
1831             </li>
1832           </ul>
1833           <em>Rendering</em>
1834           <ul>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1837               model for alignments and groups
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1841               scripts
1842             </li>
1843           </ul>
1844           <em>Overview</em>
1845           <ul>
1846             <li>
1847               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1848               with alignment and overview windows
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1852               overview
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1856               omitted in Overview
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1860               adjustment of visible position
1861             </li>
1862           </ul>
1863
1864           <em>Data import/export</em>
1865           <ul>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1868               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1872               annotation input/output via stockholm flatfile
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1876               extension when importing structure files without embedded
1877               names or PDB accessions
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1881               format sequence substitution matrices
1882             </li>
1883           </ul>
1884           <em>User Interface</em>
1885           <ul>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1888               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1889               the application.
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1893               via Overview or sequence motif search operations
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1897               opened by double clicking gaps within sequence feature
1898               extent
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1902               aligned positions were available to create a 3D structure
1903               superposition.
1904             </li>
1905           </ul>
1906           <em>3D Structure</em>
1907           <ul>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1910               coloured in linked structure views
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1914               file-based command exchange
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1918               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1919               structures are already available for sequences
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1923               the Jalview project rather than downloaded again when the
1924               project is reopened.
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1928               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1929               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1930                 Feature</strong>)
1931             </li>
1932           </ul>
1933           <em>Web Services</em>
1934           <ul>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1940               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1941               Analysis services
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1945               cross-references provided by identifiers.org and the
1946               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1947             </li>
1948           </ul>
1949
1950           <em>Scripting</em>
1951           <ul>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1954               identifying file formats (instead of String constants)
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1958               efficiency when counting all displayed features (not
1959               backwards compatible with 2.10.1)
1960             </li>
1961           </ul>
1962           <em>Example files</em>
1963           <ul>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1966               included in the example feature file
1967             </li>
1968           </ul>
1969           <em>Documentation</em>
1970           <ul>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1973               with the built-in Java help viewer
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1977               sequence description' option
1978             </li>
1979           </ul>
1980           <em>Test Suite</em>
1981           <ul>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1984               Uniprot REST Free Text Search Client
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1991               during tests
1992             </li>
1993           </ul>
1994         </div></td>
1995       <td><div align="left">
1996           <em>Calculations</em>
1997           <ul>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2000               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2001               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2002             </li>
2003             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2004               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2005               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2006               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2007               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2008               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2009               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2010               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2011               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2012               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2013               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2014               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2015               // for 2.10.1 mode <br />
2016               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2017               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2018                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2019                 calculations (not recommended)</em></li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2022               scaling of branch lengths for trees computed using
2023               Sequence Feature Similarity.
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2027               generating output report when working with highly
2028               redundant alignments
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2032               right of selected region when gaps present on right-hand
2033               boundary
2034             </li>
2035           </ul>
2036           <em>User Interface</em>
2037           <ul>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2040               doesn't reselect a specific sequence's associated
2041               annotation after it was used for colouring a view
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2045               opened on a region of alignment without groups
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2049               of an alignment with overlapping groups
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2053               name and description match
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2057               hidden regions results in incorrect hidden regions
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2061               changing colour does not apply Conservation slider value
2062               to all groups
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2066               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2070               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2074               gaps before start of features
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2078               restored to UI when feature colour is edited
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2082               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2086               as graduate feature colour settings are modified via the
2087               dialog box
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2091               when a group defined on the alignment is resized
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2095               wrapped view result in positional status updates
2096             </li>
2097
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2100               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2104               alignment included gapped columns
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2108               widgets don't permanently disappear
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2112               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2113               T-Coffee column reliability scores)
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2117               sequence feature on gaps only
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2121               button from a Find inherit previously defined feature type
2122               rather than the Find query string
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2126               exporting tree calculated in Jalview
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2130               and then revealing them reorders sequences on the
2131               alignment
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2135               doesn't update to reflect available set of groups after
2136               interactively adding or modifying features
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2140               Linux
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2144               only excluded gaps in current sequence and ignored
2145               selection.
2146             </li>
2147           </ul>
2148           <em>Rendering</em>
2149           <ul>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2152               erratically when hidden rows or columns are present
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2156               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2157               sequence colouring
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2161               colour and group colour menu for protein alignments
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2165               reflect currently selected view or group's shading
2166               thresholds
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2170               when rendered on overview and structures when opacity at
2171               100%
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2175               overview when features overlaid on alignment
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2179               recovered correctly from Jalview project file
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2183               (automatically via preferences) are different to the main
2184               alignment panel
2185             </li>
2186           </ul>
2187           <em>Data import/export</em>
2188           <ul>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2191               load
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2195               added after a sequence was imported are not written to
2196               Stockholm File
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2200               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2204               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2208               with lightGray or darkGray via features file (but can
2209               specify lightgray)
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2213               when alignment view imported from project
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2217               structure and sequences extracted from structure files
2218               imported via URL and viewed in Jmol
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2222               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2223               the project is loaded and the structure viewed
2224             </li>
2225           </ul>
2226           <em>Web Services</em>
2227           <ul>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2230               release of Ensembl v.88
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2234               appear enabled in Preferences->Connections
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2238               removed from console output
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2242               Ensembl by Peptide ID
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2246               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2247               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2248               due to 'null' string rather than empty string used for
2249               residues with no corresponding PDB mapping).
2250             </li>
2251           </ul>
2252           <em>Application UI</em>
2253           <ul>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2256               menu
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2260               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2261               new documentation and tooltips added)
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2265               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2269               new features are added to alignment
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2273               changes to feature colours via the Amend features dialog
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2277               edit graduated feature colour via amend features dialog
2278               box
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2282               selection menu changes colours of alignment views
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2286               from alignment calculation workers after alignment has
2287               been closed
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2291               groups now 'Create Group'
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2295               Create/Undefine group doesn't always work
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2299               shown again after pressing 'Cancel'
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2303               adjusts start position in wrap mode
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2307               ambiguous amino acids
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2311               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2312               proteins
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2316               Defined' don't appear in Colours menu
2317             </li>
2318           </ul>
2319           <em>Applet</em>
2320           <ul>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2323               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2327               overview or linked structure view
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2331               work (since 2.8)
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2335               user-defined colourscheme doesn't restore original
2336               colourscheme
2337             </li>
2338           </ul>
2339           <em>Test Suite</em>
2340           <ul>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2343               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2347               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2348               problems with deep array comparison equality asserts in
2349               successive versions of TestNG
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2353               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2354             </li>
2355           </ul>
2356           <em>New Known Issues</em>
2357           <ul>
2358             <li>
2359               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2360               phase after a sequence motif find operation
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2364               containing just upper and lower case letters are
2365               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2369               reliably from eggnog Ortholog database
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2373               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2374               to mark columns containing highlighted regions.
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2378               doesn't always add secondary structure annotation.
2379             </li>
2380           </ul>
2381         </div>
2382     <tr>
2383       <td width="60" nowrap>
2384         <div align="center">
2385           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2386         </div>
2387       </td>
2388       <td><div align="left">
2389           <em>General</em>
2390           <ul>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2393               for all consensus calculations
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2397               3rd Oct 2016)
2398             </li>
2399             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2400               for 2016-2017</li>
2401           </ul>
2402           <em>Application</em>
2403           <ul>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2406               set of database cross-references, sorted alphabetically
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2410               from database cross references. Users with custom links
2411               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2412                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2416               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2417               Chimera session
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2421               the Chimera it is connected to is shut down
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2425               columns menu item to mark columns containing highlighted
2426               regions (e.g. from structure selections or results of a
2427               Find operation)
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2431               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2432               MSAviewer
2433             </li>
2434           </ul>
2435         </div></td>
2436       <td>
2437         <div align="left">
2438           <em>General</em>
2439           <ul>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2442               are not coloured or thresholded according to percent
2443               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2447               hydrophobic
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2451               threshold, amino acid properties)
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2455               reported as mapped to residues in a structure file in the
2456               View Mapping report
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2460               could be added multiple times to a sequence
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2464               bond features shown as two highlighted residues rather
2465               than a range in linked structure views, and treated
2466               correctly when selecting and computing trees from features
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2470               cross-references are matched to database name regardless
2471               of case
2472             </li>
2473
2474           </ul>
2475           <em>Application</em>
2476           <ul>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2479               names without regular expressions also offer links from
2480               Sequence ID
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2484               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2485               update Jalview configuration
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2489               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2493               files with similarly named sequences if dropped onto the
2494               alignment
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2498               entries where more chains exist in the PDB accession than
2499               are reported in the SIFTS file
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2503               the structure view when displayed with Chimera
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2507               panel's View->Show Chains submenu
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2511               work for wrapped alignment views
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2515               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2519               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2520               first annotation row
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2524               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2528               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2529             </li>
2530             <!-- JAL-2319 -->
2531             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2532             coordindate data
2533             </li>
2534           </ul>
2535           <!--           <em>New Known Issues</em>
2536           <ul>
2537             <li></li>
2538           </ul> -->
2539         </div>
2540       </td>
2541     </tr>
2542     <td width="60" nowrap>
2543       <div align="center">
2544         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2545           <em>25/10/2016</em></strong>
2546       </div>
2547     </td>
2548     <td><em>Application</em>
2549       <ul>
2550         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2551           view if structures already loaded</li>
2552         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2553           structure views</li>
2554       </ul></td>
2555     <td>
2556       <div align="left">
2557         <em>General</em>
2558         <ul>
2559           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2560             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2561           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2562             example sequences/projects/trees</li>
2563         </ul>
2564         <em>Application</em>
2565         <ul>
2566           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2567             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2568           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2569             without timeout for structures with multiple models or
2570             multiple sequences in alignment</li>
2571           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2572             PDB ID HEADER line</li>
2573           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2574             is performed</li>
2575           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2576             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2577           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2578           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2579             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2580             option</li>
2581           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2582             is created on the alignment</li>
2583           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2584             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2585             pop-up menu</li>
2586         </ul>
2587         <em>Build and deployment</em>
2588         <ul>
2589           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2590             tags</li>
2591         </ul>
2592         <em>New Known Issues</em>
2593         <ul>
2594           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2595             on Windows</li>
2596         </ul>
2597       </div>
2598     </td>
2599     </tr>
2600     <tr>
2601       <td width="60" nowrap>
2602         <div align="center">
2603           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2604         </div>
2605       </td>
2606       <td><em>General</em>
2607         <ul>
2608           <li>
2609             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2610           </li>
2611           <li>
2612             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2613             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2614             better PDB parsing.
2615           </li>
2616           <li>
2617             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2618             reference sequence
2619           </li>
2620           <li>
2621             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2622             mousing over sequence associated annotation
2623           </li>
2624           <li>
2625             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2626             for manual entry
2627           </li>
2628           <li>
2629             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2630             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2631             for each column
2632           </li>
2633           <li>
2634             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2635             showing or hiding columns containing a feature
2636           </li>
2637           <li>
2638             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2639             group and sequence associated annotation labels
2640           </li>
2641           <li>
2642             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2643             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2644             dialogs
2645           </li>
2646
2647         </ul> <em>Application</em>
2648         <ul>
2649           <li>
2650             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2651             gene/transcript view
2652           </li>
2653           <li>
2654             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2655             dialog
2656           </li>
2657           <li>
2658             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2659             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2660           </li>
2661           <li>
2662             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2663             Pfam sources to xfam.org
2664           </li>
2665           <li>
2666             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2670             over sequences in Jalview
2671           </li>
2672           <li>
2673             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2674             regions in ENA and EMBL
2675           </li>
2676           <li>
2677             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2678             for record retrieval via ENA rest API
2679           </li>
2680           <li>
2681             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2682             complement operator
2683           </li>
2684           <li>
2685             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2686             groovy script execution
2687           </li>
2688           <li>
2689             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2690             alignment window's Calculate menu
2691           </li>
2692           <li>
2693             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2694             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2695           </li>
2696           <li>
2697             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2698             calculation workers from groovy scripts
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2702             Jalview projects
2703           </li>
2704           <li>
2705             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2706             associations are now saved/restored from project
2707           </li>
2708           <li>
2709             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2710             before sequence fetcher is opened
2711           </li>
2712           <li>
2713             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2714             database chooser opens a sequence fetcher
2715           </li>
2716           <li>
2717             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2718             the UniProt REST API
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2722             the news reader opening
2723           </li>
2724           <li>
2725             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2726             querying stored in preferences
2727           </li>
2728           <li>
2729             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2730             search results
2731           </li>
2732           <li>
2733             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2737             menu for nucleotide sequences
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2741             and feature counts preserves alignment ordering (and
2742             debugged for complex feature sets).
2743           </li>
2744           <li>
2745             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2746             viewing structures with Jalview 2.10
2747           </li>
2748           <li>
2749             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2750             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2751             Ensembl Genomes REST API
2752           </li>
2753           <li>
2754             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2755             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2756             (Ensembl)
2757           </li>
2758           <li>
2759             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2760             sequences
2761           </li>
2762           <li>
2763             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2764             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2765             data from external database records.
2766           </li>
2767           <li>
2768             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2769             efficient recovery of sequence coding and alignment
2770             annotation relationships.
2771           </li>
2772         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2773         <ul>
2774           <li>
2775             -- JAL---
2776           </li>
2777         </ul> --></td>
2778       <td>
2779         <div align="left">
2780           <em>General</em>
2781           <ul>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2784               menu on OSX
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2788               includes graduated colourschemes
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2792               working with big alignments and lots of hidden columns
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2796               at right of alignment window
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2800               contents
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2804               for DNA alignments
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2808               based tree calculation
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2812               unconserved enabled for group on alignment
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2816               set as reference
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2820               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2821               annotation
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2825               hidden columns present
2826             </li>
2827             <li>
2828               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2829               user created annotation added to alignment
2830             </li>
2831             <li>
2832               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2833               '()' base pair annotation
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2837               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2838               Consensus
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2842               feature not working
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2846               beginning of sequence
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2850               entry 3a6s
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2854               from a tree when t-coffee scores are shown
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2858               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2862               some structures
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2866               to Clustal, PIR and PileUp output
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2870               not visible causes alignment window to repaint
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2874               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2875               scores associated with features and annotation rows
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2879               calculation should be case independent
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2883               columns
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2887               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2888               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2892               problems when reference sequence defined and 'show
2893               non-conserved' enabled
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2897               load even when Consensus calculation is disabled
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2901               alignment does nothing
2902             </li>
2903           </ul>
2904           <em>Application</em>
2905           <ul>
2906             <li>
2907               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2908               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2909               yet fixed for El Capitan)
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2913               output when running on non-gb/us i18n platforms
2914             </li>
2915             <li>
2916               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2917               hidden sequences as flat-file alignment
2918             </li>
2919             <li>
2920               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2921               launching Chimera
2922             </li>
2923             <li>
2924               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2925               (also hotfix for 2.9.0b2)
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2929               reference sequence defined
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2933               alignments and views when revealing hidden columns
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2937               view in a cDNA/Protein splitframe
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2941               sequence from project when only one sequence is
2942               represented
2943             </li>
2944             <li>
2945               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2946               in Structure Chooser
2947             </li>
2948             <li>
2949               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2950               structure consensus didn't refresh annotation panel
2951             </li>
2952             <li>
2953               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2954               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2955             </li>
2956             <li>
2957               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2958               dialogs format columns correctly, don't display array
2959               data, sort columns according to type
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2963               file chooser is cancelled during an image export
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2967               sequence name containing special characters
2968             </li>
2969             <li>
2970               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2971               case insensitive
2972             </li>
2973             <li>
2974               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2975               formatting don't wrap
2976             </li>
2977             <li>
2978               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2979               truncated so L looks like I in consensus annotation
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2983               currently displayed features for the current selection or
2984               view
2985             </li>
2986             <li>
2987               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2988               after fetching cross-references, and restoring from
2989               project
2990             </li>
2991             <li>
2992               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2993               followed in the structure viewer
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2997               splitframe not restored from project
2998             </li>
2999             <li>
3000               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3001               trailing end of protein alignment in transcript/product
3002               splitview when pad-gaps not enabled by default
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3006               is case dependent
3007             </li>
3008             <li>
3009               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3010               article has been read (reopened issue due to
3011               internationalisation problems)
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3015               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3016               cross-references
3017             </li>
3018
3019             <li>
3020               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3021               alignment as HTML
3022             </li>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3025               multiple structures are shown for one or more sequences.
3026             </li>
3027             <li>
3028               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3029               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3030               is enabled.
3031             </li>
3032             <li>
3033               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3034               specific PDB id for sequence
3035             </li>
3036             <li>
3037               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3038               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3039               columns' is disabled.
3040             </li>
3041             <li>
3042               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3043               selects lowest rather than highest resolution structures
3044               for each sequence
3045             </li>
3046             <li>
3047               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3048               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3049             </li>
3050             <li>
3051               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3052               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3053             </li>
3054             <li>
3055               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3056               after clicking on it to create new annotation for a
3057               column.
3058             </li>
3059             <li>
3060               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3061               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3062             </li>
3063             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3064             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3065           </ul>
3066           <em>Applet</em>
3067           <ul>
3068             <li>
3069               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3070               hidden columns present before start of sequence
3071             </li>
3072             <li>
3073               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3074               (JSON jars)
3075             </li>
3076             <li>
3077               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3078               sequences are hidden in applet
3079             </li>
3080             <li>
3081               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3082               deployment on examples pages.
3083             </li>
3084           </ul>
3085         </div>
3086       </td>
3087     </tr>
3088     <tr>
3089       <td width="60" nowrap>
3090         <div align="center">
3091           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3092             <em>16/10/2015</em></strong>
3093         </div>
3094       </td>
3095       <td><em>General</em>
3096         <ul>
3097           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3098             jars</li>
3099         </ul></td>
3100       <td>
3101         <div align="left">
3102           <em>Application</em>
3103           <ul>
3104             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3105               shown when tree is partitioned</li>
3106             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3107               multiple cDNA/Protein split views</li>
3108           </ul>
3109         </div>
3110       </td>
3111     </tr>
3112     <tr>
3113       <td width="60" nowrap>
3114         <div align="center">
3115           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3116             <em>8/10/2015</em></strong>
3117         </div>
3118       </td>
3119       <td><em>General</em>
3120         <ul>
3121           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3122             2.9</li>
3123         </ul> <em>Application</em>
3124         <ul>
3125           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3126           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3127           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3128         </ul> <em>Applet</em>
3129         <ul>
3130           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3131         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3132         <ul>
3133           <li>
3134             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3135             suite
3136           </li>
3137         </ul></td>
3138       <td>
3139         <div align="left">
3140           <em>General</em>
3141           <ul>
3142             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3143               incorrect when sequence start > 1</li>
3144             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3145               documentation</li>
3146             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3147             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3148               loading a features file containing HTML tags in feature
3149               description</li>
3150
3151           </ul>
3152           <em>Application</em>
3153           <ul>
3154             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3155               reimport</li>
3156             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3157               with 'trim retrieved sequences'</li>
3158             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3159               deleting selected columns</li>
3160             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3161               JNLP templates for webstart launch</li>
3162             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3163               unreleased structures for download or viewing</li>
3164             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3165               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3166             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3167               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3168             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3169               recovered from jalview project</li>
3170             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3171               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3172               alignment view</li>
3173             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3174               color schemes from BioJSON</li>
3175           </ul>
3176           <em>Applet</em>
3177           <ul>
3178             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3179               frame</li>
3180             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3181           </ul>
3182         </div>
3183       </td>
3184     </tr>
3185     <tr>
3186       <td><div align="center">
3187           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3188         </div></td>
3189       <td><em>General</em>
3190         <ul>
3191           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3192             alignments:
3193             <ul>
3194               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3195                 and DNA alignment views</li>
3196               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3197                 cDNA alignment views</li>
3198               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3199                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3200               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3201                 protein sequences</li>
3202             </ul>
3203           </li>
3204           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3205           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3206             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3207           <li>New alignment annotation file statements for
3208             reference sequences and marking hidden columns</li>
3209           <li>Reference sequence based alignment shading to
3210             highlight variation</li>
3211           <li>Select or hide columns according to alignment
3212             annotation</li>
3213           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3214           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3215             acid conservation row</li>
3216           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3217         </ul> <em>Application</em>
3218         <ul>
3219           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3220             <ul>
3221               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3222                 view with cDNA/Protein</li>
3223               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3224                 sequences are placed in the same alignment</li>
3225               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3226                 projects</li>
3227             </ul>
3228           </li>
3229
3230           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3231           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3232             Jalview windows</li>
3233
3234           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3235           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3236           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3237             be shown in VARNA</li>
3238
3239           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3240             as the active selected region</li>
3241
3242           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3243             similarity</li>
3244           <li>New Export options
3245             <ul>
3246               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3247                 region export in flat file generation</li>
3248
3249               <li>Export alignment views for display with the <a
3250                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3251
3252               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3253               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3254                 alignment figures to HTML</li>
3255           </li>
3256           <li>3D structure retrieval and display
3257             <ul>
3258               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3259                 Search API</li>
3260               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3261                 PDB structures for a sequence set</li>
3262             </ul>
3263           </li>
3264
3265           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3266             predictions</li>
3267           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3268             for one or a group of sequences</li>
3269           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3270             from the JPred4 web server</li>
3271           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3272             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3273             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3274           </li>
3275           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3276             VARNA 2D Structure'</li>
3277           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3278             Structure ..."</li>
3279
3280         </ul> <em>Applet</em>
3281         <ul>
3282           <li>New layout for applet example pages</li>
3283           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3284             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3285           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3286             Protein alignments</li>
3287         </ul> <em>Development and deployment</em>
3288         <ul>
3289           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3290           <li>Include installation type and git revision in build
3291             properties and console log output</li>
3292           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3293             storing BioJsMSA Templates</li>
3294           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3295         </ul></td>
3296       <td>
3297         <!-- <em>General</em>
3298         <ul>
3299         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3300         <ul>
3301           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3302           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3303           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3304             predictions are not highlighted in amber</li>
3305           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3306             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3307           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3308             associated structure views</li>
3309           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3310             width checkbox not enabled</li>
3311           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3312             creating user defined colours</li>
3313           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3314             mappings for just that viewer's sequences</li>
3315           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3316             multiple models in Chimera</li>
3317           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3318             over Jmol structure</li>
3319           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3320             output to text box</li>
3321           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3322             have incorrect sequence start/end</li>
3323           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3324             Jalview fails</li>
3325           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3326             work for nucleotide</li>
3327           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3328             to a grey/invisible alignment window</li>
3329           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3330             imports to different position</li>
3331           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3332             on some platforms</li>
3333           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3334             populated</li>
3335           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3336             console if Chimera has been opened</li>
3337           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3338           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3339             retrieved</li>
3340           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3341           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3342             either sequence shows on first structure</li>
3343           <li>'Show annotations' options should not make
3344             non-positional annotations visible</li>
3345           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3346             in right place after 'view flanking regions'</li>
3347           <li>File Save As type unset when current file format is
3348             unknown</li>
3349           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3350             projects</li>
3351           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3352             responsive</li>
3353           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3354             several views on same alignment</li>
3355           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3356           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3357             spaces</li>
3358         </ul> <em>Applet</em>
3359         <ul>
3360           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3361           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3362             descriptions containing angle brackets</li>
3363         </ul> <em>General</em>
3364         <ul>
3365           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3366             via jalview annotation file</li>
3367           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3368             with RNA secondary structure</li>
3369           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3370             translation doesn't work.</li>
3371           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3372           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3373             positions</li>
3374           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3375             choosing 1pt font</li>
3376           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3377             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3378             'h'</li>
3379           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3380             new feature</li>
3381           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3382             order dependent</li>
3383           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3384             sequences</li>
3385           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3386         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3387         <ul>
3388           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3389             www.jalview.org</li>
3390         </ul> <em>Application Known issues</em>
3391         <ul>
3392           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3393           <li>Misleading message appears after trying to delete
3394             solid column.</li>
3395           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3396             version launches</li>
3397           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3398             fails with a sequence mismatch</li>
3399           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3400             scrolling alignment to right</li>
3401           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3402             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3403           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3404             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3405           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3406             ultra-high resolution</li>
3407           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3408             quality and conservation</li>
3409           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3410             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3411         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3412         <ul>
3413           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3414           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3415             window is being resized</li>
3416
3417         </ul>
3418       </td>
3419     </tr>
3420     <tr>
3421       <td><div align="center">
3422           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3423         </div></td>
3424       <td><em>General</em>
3425         <ul>
3426           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3427             Certum.PL.</li>
3428           <li>Features and annotation preserved when performing
3429             pairwise alignment</li>
3430           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3431             imported/exported/displayed</li>
3432           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3433             protein secondary structure</li>
3434           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3435               post-hoc with 2.9 release</em>)
3436           </li>
3437
3438         </ul> <em>Application</em>
3439         <ul>
3440           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3441             with 3D structures</li>
3442           <li>Support for parsing RNAML</li>
3443           <li>Annotations menu for layout
3444             <ul>
3445               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3446               <li>place sequence annotation above/below alignment
3447                 annotation</li>
3448             </ul>
3449           <li>Output in Stockholm format</li>
3450           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3451             translation</li>
3452           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3453           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3454             shared between alignments</li>
3455           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3456             Jalview</li>
3457           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3458             all or current selection</li>
3459           <li>disorder and secondary structure predictions
3460             available as dataset annotation</li>
3461           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3462
3463
3464           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3465             alignments from Rfam</li>
3466           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3467
3468           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3469             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3470           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3471           <li>include installation type in build properties and
3472             console log output</li>
3473           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3474             annotation</li>
3475         </ul></td>
3476       <td>
3477         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3478         <ul>
3479           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3480             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3481           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3482             alignment</li>
3483           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3484           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3485           <li>Double click on sequence associated annotation
3486             selects only first column</li>
3487           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3488             leaves shown in tree</li>
3489           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3490             properly</li>
3491           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3492           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3493             screen and buttons not visible</li>
3494           <li>author list isn't updated if already written to
3495             Jalview properties</li>
3496           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3497             from database</li>
3498           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3499           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3500             browser search window</li>
3501           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3502             in feature settings dialog</li>
3503           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3504             desktop</li>
3505           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3506             pass validation</li>
3507           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3508             fit on screen</li>
3509           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3510             tooltip</li>
3511           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3512             defined user preset</li>
3513           <li>MSA web services warns user if they were launched
3514             with invalid input</li>
3515           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3516             Java 8</li>
3517           <li>
3518             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3519             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3520             created
3521           </li>
3522
3523         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3524         <ul>
3525         </ul> <em>General</em>
3526         <ul>
3527         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3528         <ul>
3529           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3530             memory allocation</li>
3531           <li>launchApp service doesn't automatically open
3532             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3533           <li>
3534             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3535             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3536             1.7_055 is available
3537           </li>
3538         </ul> <em>Application Known issues</em>
3539         <ul>
3540           <li>
3541             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3542             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3543             alignment to right
3544           </li>
3545           <li>
3546             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3547             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3548             with large number of ID
3549           </li>
3550           <li>
3551             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3552             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3553             start/end
3554           </li>
3555           <li>
3556             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3557             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3558             structure tracks are rearranged
3559           </li>
3560           <li>
3561             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3562             invalid rna structure positional highlighting does not
3563             highlight position of invalid base pairs
3564           </li>
3565           <li>
3566             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3567             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3568             project from alignment window file menu
3569           </li>
3570           <li>
3571             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3572             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3573             structures
3574           </li>
3575           <li>
3576             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3577             colour by RNA Helices not enabled when user created
3578             annotation added to alignment
3579           </li>
3580           <li>
3581             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3582             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3583           </li>
3584         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3585         <ul>
3586           <li>
3587             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3588             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3589           </li>
3590           <li>
3591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3592             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3593           </li>
3594
3595           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3596             when selected</li>
3597         </ul>
3598       </td>
3599     </tr>
3600     <tr>
3601       <td><div align="center">
3602           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3603         </div></td>
3604       <td>
3605         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3606         <em>General</em>
3607         <ul>
3608           <li>Internationalisation of user interface (usually
3609             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3610           <li>Define/Undefine group on current selection with
3611             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3612           <li>Improved group creation/removal options in
3613             alignment/sequence Popup menu</li>
3614           <li>Sensible precision for symbol distribution
3615             percentages shown in logo tooltip.</li>
3616           <li>Annotation panel height set according to amount of
3617             annotation when alignment first opened</li>
3618         </ul> <em>Application</em>
3619         <ul>
3620           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3621             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3622           <li>Select columns containing particular features from
3623             Feature Settings dialog</li>
3624           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3625             sequences</li>
3626           <li>Update Jalview project format:
3627             <ul>
3628               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3629               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3630                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3631               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3632                 colouring</li>
3633             </ul>
3634           </li>
3635           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3636             (PAM250)</li>
3637           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3638             flanking regions for an alignment</li>
3639         </ul>
3640       </td>
3641       <td>
3642         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3643         <ul>
3644           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3645             running after job is cancelled</li>
3646           <li>cannot export features from alignments imported from
3647             Jalview/VAMSAS projects</li>
3648           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3649             float values</li>
3650           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3651             have 'display all symbols' flag set</li>
3652           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3653             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3654           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3655             Jalview</li>
3656           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3657             Lion/Webstart</li>
3658           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3659           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3660           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3661             alignment onto desktop</li>
3662           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3663             'extract scores' function</li>
3664           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3665             alignment window</li>
3666           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3667             performing IUPred disorder prediction</li>
3668           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3669             changing 'normalise logo' display setting</li>
3670           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3671             nothing matches query</li>
3672           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3673             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3674           </li>
3675           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3676             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3677           </li>
3678           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3679             Jalview's menu</li>
3680           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3681             'invalid literal/length code'</li>
3682           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3683             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3684           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3685             colourscheme</li>
3686
3687         </ul> <em>Applet</em>
3688         <ul>
3689           <li>Remove group option is shown even when selection is
3690             not a group</li>
3691           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3692             don't affect groups</li>
3693           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3694             colourscheme name</li>
3695           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3696             Annotation panel is not displayed</li>
3697           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3698             embedded windows</li>
3699         </ul> <em>Other</em>
3700         <ul>
3701           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3702             single sequence were not calculated</li>
3703           <li>annotation files that contain only groups imported as
3704             annotation and junk sequences</li>
3705           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3706             recognised as PFAM or BLC</li>
3707           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3708             doesn't affect background (2.8.0b1)
3709           <li></li>
3710           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3711           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3712             trailing gaps</li>
3713           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3714             registered correctly on import</li>
3715           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3716             certain alignments</li>
3717           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3718             existing annotation based 'use original colours'
3719             colourscheme loses original colours setting</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722     </tr>
3723     <tr>
3724       <td><div align="center">
3725           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3726             <em>30/1/2014</em></strong>
3727         </div></td>
3728       <td>
3729         <ul>
3730           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3731             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3732             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3733             open source project).
3734           </li>
3735           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3736           <li>Output in Stockholm format</li>
3737           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3738           <li>Export/import group and sequence associated line
3739             graph thresholds</li>
3740           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3741             ambiguity codes</li>
3742           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3743             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3744             works</li>
3745           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3746         </ul> <em>Other improvements</em>
3747         <ul>
3748           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3749           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3750             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3751           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3752             files</li>
3753           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3754           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3755             link but no description</li>
3756           <li>Select primary source when selecting authority in
3757             database fetcher GUI</li>
3758           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3759             Jalview</li>
3760           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763       <td>
3764         <ul>
3765           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3766             displayed</li>
3767           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3768             secondary structure annotation line</li>
3769           <li>Sequence database accessions not imported when
3770             fetching alignments from Rfam</li>
3771           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3772             identical IDs</li>
3773           <li>View all structures does not always superpose
3774             structures</li>
3775           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3776             reflect user or preset settings</li>
3777           <li>Null pointer exceptions for some services without
3778             presets or adjustable parameters</li>
3779           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3780             discover PDB xRefs</li>
3781           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3782             features with DAS</li>
3783           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3784             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3785           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3786             residue follows a gap</li>
3787           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3788             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3789           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3790             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3791           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3792             annotation already exists on alignment</li>
3793           <li>oninit javascript function should be called after
3794             initialisation completes</li>
3795           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3796             alignment window display</li>
3797           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3798           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3799             to annotation file</li>
3800           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3801             groups created</li>
3802           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3803             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3804           <li>Pressing return several times causes Number Format
3805             exceptions in keyboard mode</li>
3806           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3807             correct partitions for input data</li>
3808           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3809           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3810           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3811           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3812             mode</li>
3813           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3814             changes one row&#39;s threshold</li>
3815           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3816             doesn&#39;t open</li>
3817           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3818             quality histograms</li>
3819         </ul>
3820       </td>
3821     </tr>
3822     <tr>
3823       <td><div align="center">
3824           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3825         </div></td>
3826       <td><em>Application</em>
3827         <ul>
3828           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3829             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3830           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3831             preferences</li>
3832           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3833             in Jalview alignment window</li>
3834           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3835             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3836           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3837             RNA and ambiguity codes</li>
3838
3839           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3840           <li>Support fetching and database reference look up
3841             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3842             refs')</li>
3843           <li>Jalview project improvements
3844             <ul>
3845               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3846                 flag for annotation</li>
3847               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3848                 alignment</li>
3849               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3850                 Jalview project</li>
3851
3852             </ul>
3853           </li>
3854           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3855           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3856             running</li>
3857           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3858           <li>visual indication that web service results are still
3859             being retrieved from server</li>
3860           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3861             starts up for first time</li>
3862           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3863             services</li>
3864           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3865             client library</li>
3866           <li>Examples directory and Groovy library included in
3867             InstallAnywhere distribution</li>
3868         </ul> <em>Applet</em>
3869         <ul>
3870           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3871             visualization applet example</li>
3872         </ul> <em>General</em>
3873         <ul>
3874           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3875           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3876             defaults</li>
3877           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3878             calculation</li>
3879           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3880             matrices
3881           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3882             in HTML</li>
3883           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3884             structure contacts</li>
3885           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3886           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3887           <li>Parse sequence associated secondary structure
3888             information in Stockholm files</li>
3889           <li>HTML Export database accessions and annotation
3890             information presented in tooltip for sequences</li>
3891           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3892             style RNA alignment files</li>
3893           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3894             alignment</li>
3895           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3896             shade each sequence according to its associated alignment
3897             annotation</li>
3898           <li>New Jalview Logo</li>
3899         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3900         <ul>
3901           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3902           <li>New Website!</li>
3903         </ul></td>
3904       <td><em>Application</em>
3905         <ul>
3906           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3907             wsdbfetch REST service</li>
3908           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3909           <li>Filetype associations not installed for webstart
3910             launch</li>
3911           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3912             job execution in full once it is complete</li>
3913           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3914             uploaded via ali_file parameter</li>
3915           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3916           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3917           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3918             submitted for prediction</li>
3919           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3920             desktop window</li>
3921           <li>Putting fractional value into integer text box in
3922             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3923           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3924             windows 7</li>
3925           <li>View all structures fails with exception shown in
3926             structure view</li>
3927           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3928             escaped in a platform independent way</li>
3929           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3930             using proxy</li>
3931           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3932             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3933           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3934             failure when java web start temporary file caching is
3935             disabled</li>
3936           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3937             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3938           <li>Errors during processing of command line arguments
3939             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3940           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3941             DAS sources in sequence fetcher</li>
3942           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3943             dialog is shown</li>
3944           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3945           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3946           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3947           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3948             on OSX Mountain Lion</li>
3949           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3950             sequences with alignment annotation are pasted into the
3951             alignment</li>
3952           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3953             when loaded from Jalview project</li>
3954           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3955           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3956             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3957           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3958             associated with all views</li>
3959           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3960             annotation rows to new window</li>
3961         </ul> <em>Applet</em>
3962         <ul>
3963           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3964             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3965           <li>loading features via javascript API automatically
3966             enables feature display</li>
3967           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3968             work</li>
3969         </ul> <em>General</em>
3970         <ul>
3971           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3972           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3973             and then deselected</li>
3974           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3975           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3976             coloured with clustalx</li>
3977           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3978             exceptions and redraw errors</li>
3979           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3980             reconfigured view</li>
3981           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3982             colour</li>
3983           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3984             for lots of labels</li>
3985         </ul>
3986     </tr>
3987     <tr>
3988       <td>
3989         <div align="center">
3990           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3991         </div>
3992       </td>
3993       <td><em>Application</em>
3994         <ul>
3995           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3996           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3997           <li>View/alignment association menu to enable user to
3998             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3999             its colours/correspondences from</li>
4000           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4001           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4002             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4003           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4004           <li>Annotation row column label formatting attributes
4005             stored in project file</li>
4006           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4007             rows preserved in Jalview project file</li>
4008           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4009             saved using Desktop window menu</li>
4010           <li>Visual indication that command line arguments are
4011             still being processed</li>
4012           <li>Groovy script execution from URL</li>
4013           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4014             preferences</li>
4015           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4016             alignment with sequences that have high similarity and
4017             matching IDs</li>
4018           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4019           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4020             structures in same window</li>
4021           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4022           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4023             analysis function in its own submenu</li>
4024         </ul> <em>Applet</em>
4025         <ul>
4026           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4027             groups</li>
4028           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4029           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4030           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4031           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4032           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4033             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4034           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4035           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4036             parameters are treated as such</li>
4037           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4038             <ul>
4039               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4040               <li>Javascript callbacks for
4041                 <ul>
4042                   <li>Applet initialisation</li>
4043                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4044                 </ul>
4045               </li>
4046               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4047                 functions</li>
4048               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4049               <li>javascript structure viewer harness to pass
4050                 messages between Jmol and Jalview when running as
4051                 distinct applets</li>
4052               <li>sortBy method</li>
4053               <li>Set of applet and application examples shipped
4054                 with documentation</li>
4055               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4056                 javascript message exchange</li>
4057             </ul>
4058         </ul> <em>General</em>
4059         <ul>
4060           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4061             multiple alignments</li>
4062           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4063           <li>User configurable link to enable redirects to a
4064             www.Jalview.org mirror</li>
4065           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4066           <li>Configurable newline string when writing alignment
4067             and other flat files</li>
4068           <li>Allow alignment annotation description lines to
4069             contain html tags</li>
4070         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4071         <ul>
4072           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4073             examples</li>
4074           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4075             using a web service before displaying the result in the
4076             Jalview desktop</li>
4077           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4078           <li>Ant target to publish example html files with applet
4079             archive</li>
4080           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4081           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4082         </ul></td>
4083       <td><em>Application</em>
4084         <ul>
4085           <li>User defined colourscheme throws exception when
4086             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4087           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4088             dialog for valid filename/format</li>
4089           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4090           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4091             P37173</li>
4092           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4093             which sequence is to be associated with the file</li>
4094           <li>Find All raises null pointer exception when query
4095             only matches sequence IDs</li>
4096           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4097           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4098             2.4 cannot be loaded</li>
4099           <li>Filetype associations not installed for webstart
4100             launch</li>
4101           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4102             with sequences in different alignments do not get coloured
4103             by their associated sequence</li>
4104           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4105             not preserved when project is loaded</li>
4106           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4107             stored in Jalview project</li>
4108           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4109             Jalview project</li>
4110           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4111           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4112             by conservation</li>
4113           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4114             created on new view</li>
4115           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4116             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4117           <li>Alignment quality not updated after alignment
4118             annotation row is hidden then shown</li>
4119           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4120             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4121           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4122             properly</li>
4123           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4124             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4125           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4126           <li>Structures imported from file and saved in project
4127             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4128           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4129             job execution in full once it is complete</li>
4130         </ul> <em>Applet</em>
4131         <ul>
4132           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4133             annotation rows are displayed</li>
4134           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4135             codebase</li>
4136           <li>View follows highlighting does not work for positions
4137             in sequences</li>
4138           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4139           <li>Export features raises exception when no features
4140             exist</li>
4141           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4142             for javascript api is modified when separator string
4143             provided as parameter</li>
4144           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4145             alignment with no existing selection</li>
4146           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4147             to applet&#39;s codebase</li>
4148           <li>Status bar not updated after finished searching and
4149             search wraps around to first result</li>
4150           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4151             several Jalview applets causes race conditions and memory
4152             leaks</li>
4153           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4154             not sent from Jmol in applet</li>
4155           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4156             applet API fatally hang browser</li>
4157         </ul> <em>General</em>
4158         <ul>
4159           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4160             position with wrapped view and hidden regions</li>
4161           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4162             with/without hidden columns</li>
4163           <li>Sequence length given in alignment properties window
4164             is off by 1</li>
4165           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4166             import PDB like structure files</li>
4167           <li>Positional search results are only highlighted
4168             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4169           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4170           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4171             given sequence position</li>
4172           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4173             output</li>
4174           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4175             from nucleotide chains correctly</li>
4176           <li>Structure colours not updated when tree partition
4177             changed in alignment</li>
4178           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4179             parsed in interleaved stockholm</li>
4180           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4181             state</li>
4182           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4183             properly</li>
4184           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4185             properly associated with their pdb files</li>
4186         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4187         <ul>
4188           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4189             ApplyCopyright tool</li>
4190         </ul></td>
4191     </tr>
4192     <tr>
4193       <td>
4194         <div align="center">
4195           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4196         </div>
4197       </td>
4198       <td><em>Application</em>
4199         <ul>
4200           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4201             contact web services</li>
4202           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4203             service job window</li>
4204           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4205         </ul></td>
4206       <td>
4207         <ul>
4208           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4209             pir file emitted by Jalview</li>
4210           <li>Existing feature settings transferred to new
4211             alignment view created from cut'n'paste</li>
4212           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4213             parsing PDB files</li>
4214           <li>Consensus and conservation annotation rows
4215             occasionally become blank for all new windows</li>
4216           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4217             in wrapped view mode</li>
4218         </ul> <em>Application</em>
4219         <ul>
4220           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4221             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4222           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4223             parameter names</li>
4224           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4225             is down</li>
4226         </ul>
4227       </td>
4228     </tr>
4229     <tr>
4230       <td>
4231         <div align="center">
4232           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4233         </div>
4234       </td>
4235       <td><em>Application</em>
4236         <ul>
4237           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4238             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4239             (JABAWS)
4240           </li>
4241           <li>Web Services preference tab</li>
4242           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4243             preferences</li>
4244           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4245           <li>Superpose structures using associated sequence
4246             alignment</li>
4247           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4248             viewer</li>
4249         </ul> <em>Applet</em>
4250         <ul>
4251           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4252             link out mechanism</li>
4253         </ul> <em>Other</em>
4254         <ul>
4255           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4256             series 12</li>
4257           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4258             require Java 1.5</li>
4259           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4260             sequence annotation files</li>
4261           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4262             type colour specification</li>
4263           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4264             script to check if it being run in an interactive session or
4265             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4266         </ul></td>
4267       <td>
4268         <ul>
4269           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4270             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4271         </ul> <em>Application</em>
4272         <ul>
4273           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4274             selected Regions menu item</li>
4275           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4276             part of a valid accession ID</li>
4277           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4278             runs out of memory</li>
4279           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4280             analysis results</li>
4281           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4282             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4283           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4284         </ul> <em>Applet</em>
4285         <ul>
4286           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4287             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4288             defined.</li>
4289         </ul>
4290       </td>
4291     </tr>
4292     <tr>
4293       <td>
4294         <div align="center">
4295           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4296         </div>
4297       </td>
4298       <td></td>
4299       <td>
4300         <ul>
4301           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4302             sequence IDs</li>
4303           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4304             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4305           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4306             import correctly</li>
4307           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4308             number of columns are hidden</li>
4309           <li>annotation label popup menu not providing correct
4310             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4311             present</li>
4312           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4313             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4314           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4315             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4316
4317         </ul> <em>Applet</em>
4318         <ul>
4319           <li>annotation panel disappears when annotation is
4320             hidden/removed</li>
4321         </ul> <em>Application</em>
4322         <ul>
4323           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4324             alignment opened where annotation panel is visible but no
4325             annotations are present on alignment</li>
4326           <li>pasted region containing hidden columns is
4327             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4328           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4329             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4330           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4331             selected Rregions menu item.</li>
4332           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4333             'Un' or 'Non'conserved</li>
4334           <li>Sequence feature settings are being shared by
4335             multiple distinct alignments</li>
4336           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4337             changed</li>
4338           <li>double click on group annotation to select sequences
4339             does not propagate to associated trees</li>
4340           <li>Mac OSX specific issues:
4341             <ul>
4342               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4343                 window background</li>
4344               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4345                 name set correctly</li>
4346               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4347                 save feature colourscheme button</li>
4348             </ul>
4349           </li>
4350         </ul>
4351       </td>
4352     </tr>
4353     <tr>
4354
4355       <td>
4356         <div align="center">
4357           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4358         </div>
4359       </td>
4360       <td><em>New Capabilities</em>
4361         <ul>
4362           <li>URL links generated from description line for
4363             regular-expression based URL links (applet and application)
4364
4365           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4366             menu</li>
4367           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4368             structures</li>
4369           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4370             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4371           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4372             average score or total feature count for each sequence.</li>
4373           <li>Shading features by score or associated description</li>
4374           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4375             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4376           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4377             hide everything but the currently selected region.</li>
4378           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4379         </ul> <em>Application</em>
4380         <ul>
4381           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4382             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4383           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4384             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4385           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4386             database references and protein_name is parsed as
4387             description line (BioSapiens terms).</li>
4388           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4389             references in sequence ID tooltip from View menu in
4390             application.</li>
4391           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4392       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4393           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4394             conservation plots</li>
4395           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4396             and visualized as sequence logos</li>
4397           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4398             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4399           </li>
4400           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4401             when a new tree is opened.</li>
4402           <li>Jalview Java Console</li>
4403           <li>Better placement of desktop window when moving
4404             between different screens.</li>
4405           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4406             consensus annotation</li>
4407           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4408             Workflows</li>
4409           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4410             <ul>
4411               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4412                 used to preserve views, structures, and tree display
4413                 settings)</li>
4414               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4415                 command line</li>
4416               <li>Sharing of selected regions between views and
4417                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4418               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4419             </ul></li>
4420         </ul> <em>Applet</em>
4421         <ul>
4422           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4423           <li>New Parameters
4424             <ul>
4425               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4426                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4427                 opened.</li>
4428               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4429                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4430               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4431                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4432               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4433                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4434                 view</li>
4435               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4436                 increase the height or width of a cell in the alignment
4437                 grid relative to the current font size.</li>
4438             </ul>
4439           </li>
4440           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4441             tooltip</li>
4442         </ul> <em>Other</em>
4443         <ul>
4444           <li>Features format: graduated colour definitions and
4445             specification of feature scores</li>
4446           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4447             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4448             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4449           <li>XML formats extended to support graduated feature
4450             colourschemes, group associated annotation, and profile
4451             visualization settings.</li></td>
4452       <td>
4453         <ul>
4454           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4455             rather than description</li>
4456           <li>Non-positional features are now included in sequence
4457             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4458             visibility in tooltip).</li>
4459           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4460           <li>Added URL embedding instructions to features file
4461             documentation.</li>
4462           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4463             'X' in peptide product</li>
4464           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4465             sequence ID and sequence string and query strings do not
4466             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4467           <li>AMSA files only contain first column of
4468             multi-character column annotation labels</li>
4469           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4470             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4471             exported and re-imported)</li>
4472           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4473             name</li>
4474           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4475             as subsequence matches, and correctly reports total number
4476             of both.</li>
4477           <li>Application:
4478             <ul>
4479               <li>Better handling of exceptions during sequence
4480                 retrieval</li>
4481               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4482                 link text excludes the start_end suffix</li>
4483               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4484                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4485               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4486               <li>Sequence description lines properly shared via
4487                 VAMSAS</li>
4488               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4489                 data sources</li>
4490               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4491                 completes before alignment figures are generated.</li>
4492               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4493                 first time.</li>
4494               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4495                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4496               <li>User defined group colours properly recovered
4497                 from Jalview projects.</li>
4498             </ul>
4499           </li>
4500         </ul>
4501       </td>
4502
4503     </tr>
4504     <tr>
4505       <td>
4506         <div align="center">
4507           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4508         </div>
4509       </td>
4510       <td>
4511         <ul>
4512           <li>Experimental support for google analytics usage
4513             tracking.</li>
4514           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4515         </ul>
4516       </td>
4517       <td>
4518         <ul>
4519           <li>Race condition in applet preventing startup in
4520             jre1.6.0u12+.</li>
4521           <li>Exception when feature created from selection beyond
4522             length of sequence.</li>
4523           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4524           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4525             all sequences with a given id</li>
4526           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4527             ID string searches</li>
4528           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4529             alignment to fail with exception</li>
4530         </ul> <em>Application Issues</em>
4531         <ul>
4532           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4533           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4534             data sources</li>
4535         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4536         <ul>
4537           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4538             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4539           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4540             version (java class versioning error fixed)</li>
4541         </ul>
4542       </td>
4543     </tr>
4544     <tr>
4545       <td>
4546
4547         <div align="center">
4548           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4549         </div>
4550       </td>
4551       <td><em>User Interface</em>
4552         <ul>
4553           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4554             translation and protein products</li>
4555           <li>Linked highlighting of structure associated with
4556             residue mapping to codon position</li>
4557           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4558             and 'clear' button</li>
4559           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4560             Tools menu</li>
4561           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4562             numeric data in description line</li>
4563           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4564           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4565             of sequence</li>
4566         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4567         <ul>
4568           <li>JPred3 web service</li>
4569           <li>Prototype sequence search client (no public services
4570             available yet)</li>
4571           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4572             PFAM</li>
4573           <li>URL Links created for matching database cross
4574             references as well as sequence ID</li>
4575           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4576         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4577         <ul>
4578           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4579             databases</li>
4580           <li>Generalised database reference retrieval and
4581             validation to all fetchable databases</li>
4582           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4583             sequence command</li>
4584         </ul> <em>Import and Export</em>
4585         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4586         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4587           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4588         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4589           File</li>
4590         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4591           triplet as name of colourscheme</li>
4592         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4593         <ul>
4594           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4595           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4596             alignments (experimental)</li>
4597           <li>Create new or select existing session to join</li>
4598           <li>load and save of vamsas documents</li>
4599         </ul> <em>Application command line</em>
4600         <ul>
4601           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4602             from applet)</li>
4603           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4604             of DAS servers to query for alignment features</li>
4605           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4606             that are also automatically queried for features</li>
4607           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4608             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4609         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4610         <ul>
4611           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4612             application (when using &quot;View in full
4613             application&quot;)</li>
4614         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4615         <ul>
4616           <li>feature group display control parameter</li>
4617           <li>debug parameter</li>
4618           <li>showbutton parameter</li>
4619         </ul> <em>Applet API methods</em>
4620         <ul>
4621           <li>newView public method</li>
4622           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4623           <li>Feature display control methods</li>
4624           <li>get list of currently selected sequences</li>
4625         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4626         <ul>
4627           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4628           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4629             Jalview release.</li>
4630           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4631             property controls execution of obfuscator</li>
4632           <li>Build target for generating source distribution</li>
4633           <li>Debug flag for javacc</li>
4634           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4635             jalview.bin.Cache</li>
4636           <li>Continuous Build Integration for stable and
4637             development version of Application, Applet and source
4638             distribution</li>
4639         </ul></td>
4640       <td>
4641         <ul>
4642           <li>selected region output includes visible annotations
4643             (for certain formats)</li>
4644           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4645             for editing</li>
4646           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4647           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4648           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4649           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4650             comments</li>
4651           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4652             filenames containing a ':'</li>
4653           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4654             global sequence features</li>
4655           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4656             references from alignment sequences goes to zero</li>
4657           <li>Close of tree branch colour box without colour
4658             selection causes cascading exceptions</li>
4659           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4660           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4661             file parsing fails.</li>
4662           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4663           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4664             not a valid output format</li>
4665           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4666             vamsas</li>
4667           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4668           <li>error messages passed up and output when data read
4669             fails</li>
4670           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4671             sequence is edited</li>
4672           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4673             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4674           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4675             filetype</li>
4676           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4677             import fixed for PFAM records</li>
4678           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4679             window list</li>
4680           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4681             can be read and written correctly to annotation file</li>
4682           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4683             correctly</li>
4684           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4685             non-italic font for representatives in Applet</li>
4686           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4687             Macs.</li>
4688           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4689             Applet)</li>
4690           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4691             due to null pointer exceptions</li>
4692           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4693             first column of alignment</li>
4694           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4695             July 2008</li>
4696           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4697             file is case-insensitive</li>
4698           <li>Sequence features read from Features file appended to
4699             all sequences with matching IDs</li>
4700           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4701             containing a sub-sequence</li>
4702           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4703           <li>feature and annotation file applet parameters
4704             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4705           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4706           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4707             splash-screen version check to complete</li>
4708           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4709             when passing them to the launchApp service</li>
4710           <li>display name and local features preserved in results
4711             retrieved from web service</li>
4712           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4713             sequence fetcher initialisation</li>
4714           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4715             dasobert DAS client</li>
4716           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4717             association</li>
4718           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4719             sequences
4720           </li>
4721         </ul>
4722       </td>
4723     </tr>
4724     <tr>
4725       <td>
4726         <div align="center">
4727           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4728         </div>
4729       </td>
4730       <td>
4731         <ul>
4732           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4733           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4734           <li>Slide sequences</li>
4735           <li>Edit sequence in place</li>
4736           <li>EMBL CDS features</li>
4737           <li>DAS Feature mapping</li>
4738           <li>Feature ordering</li>
4739           <li>Alignment Properties</li>
4740           <li>Annotation Scores</li>
4741           <li>Sort by scores</li>
4742           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4743         </ul>
4744       </td>
4745       <td>
4746         <ul>
4747           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4748           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4749           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4750           <li>Feature group display state in XML</li>
4751           <li>Feature ordering in XML</li>
4752           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4753           <li>Stockholm alignment properties</li>
4754           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4755           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4756           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4757           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4758         </ul>
4759       </td>
4760
4761     </tr>
4762     <tr>
4763       <td>
4764         <div align="center">
4765           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4766         </div>
4767       </td>
4768       <td>
4769         <ul>
4770           <li>Non standard characters can be read and displayed
4771           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4772             applet via textbox
4773           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4774             name &amp; description
4775           <li>Preference setting to display sequence name in
4776             italics
4777           <li>Annotation file format extended to allow
4778             Sequence_groups to be defined
4779           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4780             specified in preferences
4781           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4782             sequences
4783         </ul>
4784       </td>
4785       <td>
4786         <ul>
4787           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4788             installed
4789           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4790           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4791         </ul>
4792       </td>
4793     </tr>
4794     <tr>
4795       <td>
4796         <div align="center">
4797           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4798         </div>
4799       </td>
4800       <td>
4801         <ul>
4802           <li>Multiple views on alignment
4803           <li>Sequence feature editing
4804           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4805           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4806           <li>Background dependent text colour
4807           <li>Right align sequence ids
4808           <li>User-defined lower case residue colours
4809           <li>Format Menu
4810           <li>Select Menu
4811           <li>Menu item accelerator keys
4812           <li>Control-V pastes to current alignment
4813           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4814           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4815           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4816
4817           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4818         </ul>
4819       </td>
4820       <td>
4821         <ul>
4822           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4823           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4824             calculations
4825           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4826             edits
4827           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4828             of alignment)
4829           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4830
4831           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4832             display correctly
4833           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4834           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4835             analysis results
4836           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4837             &#8739;
4838           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4839           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4840           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4841
4842         </ul>
4843       </td>
4844     </tr>
4845     <tr>
4846       <td>
4847         <div align="center">
4848           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4849         </div>
4850       </td>
4851       <td>
4852         <ul>
4853           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4854         </ul>
4855       </td>
4856       <td>
4857         <ul>
4858           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4859             sequence id panel has been resized</li>
4860           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4861             rendered</li>
4862           <li>Annotation files with sequence references - all
4863             elements in file are relative to sequence position</li>
4864           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4865         </ul>
4866       </td>
4867     </tr>
4868     <tr>
4869       <td>
4870         <div align="center">
4871           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4872         </div>
4873       </td>
4874       <td>
4875         <ul>
4876           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4877           <li>DAS Feature fetching</li>
4878           <li>Hide sequences and columns</li>
4879           <li>Export Annotations and Features</li>
4880           <li>GFF file reading / writing</li>
4881           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4882             files</li>
4883           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4884           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4885           <li>Applet can launch the full application</li>
4886           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4887             required)</li>
4888           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4889           <li>Applet can load sequences from parameter
4890             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4891           </li>
4892         </ul>
4893       </td>
4894       <td>
4895         <ul>
4896           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4897           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4898           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4899         </ul>
4900       </td>
4901     </tr>
4902     <tr>
4903       <td>
4904         <div align="center">
4905           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4906         </div>
4907       </td>
4908       <td>
4909         <ul>
4910           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4911           <li>Choose to match case when searching</li>
4912           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4913             expand the visible width and height of the alignment</li>
4914         </ul>
4915       </td>
4916       <td>
4917         <ul>
4918           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4919         </ul>
4920       </td>
4921     </tr>
4922     <tr>
4923       <td>
4924         <div align="center">
4925           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4926         </div>
4927       </td>
4928       <td>&nbsp;</td>
4929       <td>
4930         <ul>
4931           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4932           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4933             value</li>
4934         </ul>
4935       </td>
4936     </tr>
4937     <tr>
4938       <td>
4939         <div align="center">
4940           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4941         </div>
4942       </td>
4943       <td>
4944         <ul>
4945           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4946           <li>Keyboard editing</li>
4947           <li>Create sequence features from searches</li>
4948           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4949             alignments</li>
4950           <li>Features file allows grouping of features</li>
4951           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4952           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4953           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4954         </ul>
4955       </td>
4956       <td>
4957         <ul>
4958           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4959           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4960             descriptions saved.</li>
4961         </ul>
4962       </td>
4963     </tr>
4964     <tr>
4965       <td>
4966         <div align="center">
4967           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4968         </div>
4969       </td>
4970       <td>
4971         <ul>
4972           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4973           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4974           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4975             name for file output</li>
4976           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4977           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4978             used for HTML form input</li>
4979         </ul>
4980       </td>
4981       <td>
4982         <ul>
4983           <li>HTML output writes groups and features</li>
4984           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4985           <li>File IO bugs</li>
4986         </ul>
4987       </td>
4988     </tr>
4989     <tr>
4990       <td>
4991         <div align="center">
4992           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4993         </div>
4994       </td>
4995       <td>
4996         <ul>
4997           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4998           <li>More options for PCA viewer</li>
4999         </ul>
5000       </td>
5001       <td>
5002         <ul>
5003           <li>GUI bugs resolved</li>
5004           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5005         </ul>
5006       </td>
5007     </tr>
5008     <tr>
5009       <td height="63">
5010         <div align="center">
5011           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5012         </div>
5013       </td>
5014       <td>
5015         <ul>
5016           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5017           <li>Jar files are executable</li>
5018           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5019         </ul>
5020       </td>
5021       <td>
5022         <ul>
5023           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5024           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5025           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5026         </ul>
5027       </td>
5028     </tr>
5029     <tr>
5030       <td>
5031         <div align="center">
5032           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5033         </div>
5034       </td>
5035       <td>
5036         <ul>
5037           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5038         </ul>
5039       </td>
5040       <td>
5041         <ul>
5042           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5043         </ul>
5044       </td>
5045     </tr>
5046     <tr>
5047       <td>
5048         <div align="center">
5049           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5050         </div>
5051       </td>
5052       <td>
5053         <ul>
5054           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5055             size</li>
5056         </ul>
5057       </td>
5058       <td>
5059         <ul>
5060           <li>Improved JPred client reliability</li>
5061           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5062         </ul>
5063       </td>
5064     </tr>
5065     <tr>
5066       <td>
5067         <div align="center">
5068           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5069         </div>
5070       </td>
5071       <td>
5072         <ul>
5073           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5074           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5075           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5076             to Colour Menu</li>
5077           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5078           <li>Unix users can set default web browser</li>
5079           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5080           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5081         </ul>
5082       </td>
5083       <td>
5084         <ul>
5085           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5086         </ul>
5087       </td>
5088     </tr>
5089     <tr>
5090       <td>
5091         <div align="center">
5092           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5093         </div>
5094       </td>
5095       <td>&nbsp;</td>
5096       <td>
5097         <ul>
5098           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5099             alignment order.</li>
5100         </ul>
5101       </td>
5102     </tr>
5103     <tr>
5104       <td>
5105         <div align="center">
5106           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5107         </div>
5108       </td>
5109       <td>
5110         <ul>
5111           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5112           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5113           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5114             annotations.</li>
5115           <li>Version and build date written to build properties
5116             file.</li>
5117           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5118             at launch of Jalview.</li>
5119         </ul>
5120       </td>
5121       <td>
5122         <ul>
5123           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5124           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5125           <li>Can remove groups one by one.</li>
5126           <li>Filechooser icons installed.</li>
5127           <li>Finder ignores return character when searching.
5128             Return key will initiate a search.<br>
5129           </li>
5130         </ul>
5131       </td>
5132     </tr>
5133     <tr>
5134       <td>
5135         <div align="center">
5136           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5137         </div>
5138       </td>
5139       <td>
5140         <ul>
5141           <li>New codebase</li>
5142         </ul>
5143       </td>
5144       <td>&nbsp;</td>
5145     </tr>
5146   </table>
5147   <p>&nbsp;</p>
5148 </body>
5149 </html>