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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-3141 -->Optional automatic backups when saving
  69             Jalview project or alignment files</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  72             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  73             parameters' option has also been removed from the PCA viewer</li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' (subgroup) option</li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables supported for
  78             'Translate as cDNA'</li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each view</li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  83             multiple groups when working with large alignments</li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  86             parsing stockholm files</li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  91             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  92             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  93             column 9 of GFF file)</li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide sequences</li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2792 -->Popup report of a selected sequence feature's details</li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
 100             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)</li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 103             only visible region of alignment (this can be changed in
 104             user preferences)</li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after Cancel overwrite</li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when
 109           all sequences are hidden</li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a selection
 112           region, and gap count when inserting or deleting gaps</li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation labels</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3093 -->Show annotation tooltips and popup menus in wrapped mode</li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in annotations</li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings dialog</li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview panel</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3203  -->Overview panel default changed to not show hidden regions</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id popup menu</li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3218 -->Scale panel popup menu allows Hide selected columns adjacent
 133             to a hidden column marker</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image incrementally</li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-2965 -->PCA depth queuing with graduated colours</li>
 138         </ul>
 139         <em>Deprecations</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 143             capabilities removed from the Jalview Desktop
 144           </li>
 145         </ul>
 146         <em>Release Processes</em>
 147         <ul>
 148           <li>
 149           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 150             unattended Test Suite execution</li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 153             operations</li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 156             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 159             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 160             and XML based data retrieval clients</li>
 161         </ul>
 162       </td>
 163     <td align="left" valign="top">
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 173             Jalview project involving multiple views</li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 176             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 177             Annotation dialog hides columns</li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 180             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 181             selection in one view, then making another selection in the
 182             other view</li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 187             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 190             or the overview updates with large alignments</li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 193             region if columns were selected by dragging right-to-left
 194             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 197             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 200             on export as Jalview features file</li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 203             printed when columns are hidden</li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 208             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 223             opening an alignment</li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 228             different groups in the alignment are selected</li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 251         </ul>
 252         <em>Editing</em>
 253         <ul>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 256             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 257             via 'Edit' sequence</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 260             sequence features correctly when start of sequence is
 261             removed (Known defect since 2.10)</li>
 262         </ul>
 263         <em>New Known Defects</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 269         </ul>
 270       </td>
 271     </tr>
 272     <tr>
 273     <td width="60" nowrap>
 274       <div align="center">
 275         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 276       </div>
 277     </td>
 278     <td><div align="left">
 279         <em></em>
 280         <ul>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 283               InstallAnywhere increased to 1G.
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 287               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 288               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 289                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 290                 properties file.</em>
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 294               API and sequence data now imported as JSON.
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 298               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 299               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 300               property.
 301             </li>
 302           </ul>
 303           <em>Development</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 307               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 308                 Clover</a>
 309             </li>
 310           </ul>
 311         </div></td>
 312     <td><div align="left">
 313         <em></em>
 314         <ul>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 317               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 318               alignment.
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 322               annotation displayed.
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 326               for newly created group when 'Apply to all groups'
 327               selected
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 331               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 332               visible.
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 336               when sequences are selected in exported view.</em>
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 340               aren't rendered with correct colour.
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 344               types of knotted RNA secondary structure.
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 348               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 349               do not start at 1.
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 353               annotation when columns are inserted into an alignment,
 354               and when exporting as Stockholm flatfile.
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 358               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 359               treated as RNA secondary structure.
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 363               (not .jar) when saving a jalview project file.
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 367               transfers focus to previous window on OSX
 368             </li>
 369           </ul>
 370           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 371           <ul>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 374               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 375               box.
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 379               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 380               'look and feel' which has improved compatibility with the
 381               latest version of OSX.
 382             </li>
 383           </ul>
 384         </div>
 385     </td>
 386     </tr>
 387     <tr>
 388       <td width="60" nowrap>
 389         <div align="center">
 390           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 391             <em>7/06/2018</em></strong>
 392         </div>
 393       </td>
 394       <td><div align="left">
 395           <em></em>
 396           <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 399               annotation retrieved from Uniprot
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 403               onto the Jalview Desktop
 404             </li>
 405           </ul>
 406         </div></td>
 407       <td><div align="left">
 408           <em></em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 412               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 416               right-hand column parsed correctly
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 420               not alignment area in exported graphic
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 424               window has input focus
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 428               annotation added to view (Windows)
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 432               network connectivity is poor
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 436               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 437                 the currently open URL and links from a page viewed in
 438                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 439                 you are using Edge, only links in the page can be
 440                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 441                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 442             </li>
 443           </ul>
 444         </div></td>
 445     </tr>
 446     <tr>
 447       <td width="60" nowrap>
 448         <div align="center">
 449           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 450         </div>
 451       </td>
 452       <td><div align="left">
 453           <em></em>
 454           <ul>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 457               for disabling automatic superposition of multiple
 458               structures and open structures in existing views
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 462               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 463               adjust them.
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 467               Ensembl services
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 471               and lots of hidden columns
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 475               of features (particularly when transparency is disabled)
 476             </li>
 477           </ul>
 478           </div>
 479       </td>
 480       <td><div align="left">
 481           <ul>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 484               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 488               overlapping alignment panel
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 492               sequence as gaps
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 496               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 497               UTR
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 501               factor annotation not added to sequence when local PDB
 502               file associated with it by drag'n'drop or structure
 503               chooser
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 507               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 511               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 515               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 519               columns in annotation row
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 523               honored in batch mode
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 527               for structures added to existing Jmol view
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 531               entries after importing project with multiple views
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 535               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 536               with negative residue numbers or missing residues fails
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 540               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 541               as generated by CONSURF)
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 545               tooltip doesn't include a text description of mutation
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 549               structure and/or overview windows are also shown
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 553               very slow for alignments with large numbers of sequences
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 557               with 'StringIndexOutOfBounds'
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 561               platforms running Java 10
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 565               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 566             </li>
 567           </ul>
 568           <em>Applet</em>
 569           <ul>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 572               should copy the group consensus when popup is opened on it
 573             </li>
 574           </ul>
 575           <em>Batch Mode</em>
 576           <ul>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 579           </li>
 580           </ul>
 581           <em>New Known Defects</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 585               editing a large alignment and overview is displayed
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 589               repeatedly after a series of edits even when the overview
 590               is no longer reflecting updates
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 594               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 595               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 596               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 597             </li>
 598           </ul>
 599         </div>
 600           </td>
 601     </tr>
 602     <tr>
 603       <td width="60" nowrap>
 604         <div align="center">
 605           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 606         </div>
 607       </td>
 608       <td><div align="left">
 609           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 610               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 611       <td><div align="left">
 612           <em>Desktop</em><ul>
 613           <ul>
 614             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 615             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 616             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 617             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 618             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 619             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 620             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 621           </ul>
 622           </div>
 623       </td>
 624     </tr>
 625     <tr>
 626       <td width="60" nowrap>
 627         <div align="center">
 628           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 629         </div>
 630       </td>
 631       <td><div align="left">
 632           <em></em>
 633           <ul>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 636               rendering of sequence features
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 640               429 rate limit request hander
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 644               their colours have changed
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 648               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 652               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 656               view from Ensembl locus cross-references
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 660               Alignment report
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 664               feature can be disabled
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 668               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 672               Uniprot
 673             </li>
 674           </ul>
 675           <em>Scripting</em>
 676           <ul>
 677             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 678             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 679               percent identity scores for current alignment.</li>
 680           </ul>
 681           <em>Testing and Deployment</em>
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 685             </li>
 686           </ul>
 687         </div></td>
 688       <td><div align="left">
 689           <em>General</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 693               threshold text field doesn't trigger an update to the
 694               alignment view
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 698               strings in parallel
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 702               alignment window is closed
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 706               group visibility
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 710               takes a long time in Cursor mode
 711             </li>
 712           </ul>
 713           <em>Desktop</em>
 714           <ul>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 717               cannot be viewed in Chimera
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 721               CDS/Protein view
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 725               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 726               Search Dialogs
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 736               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 740               scrolling right in unwapped alignment view
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 744               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 745               database
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 749               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 753               features of same type and group to be selected for
 754               amending
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 758               alignments when hidden columns are present
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 762               displaying several structures
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 766               moving a window
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 770               within the Jalview desktop on OSX
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 774               when in wrapped alignment mode
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 778               hand end of alignment
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 782               each selected sequence do not have correct start/end
 783               positions
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 787               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 791               restoring project until a new view is created
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 795               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 796               configured (since 2.10.2b2)
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 800               position is adjusted
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 804               in a multi-chain structure when viewing alignment
 805               involving more than one chain (since 2.10)
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 809               if new selection moves alignment window
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 813               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 817               that produces correctly annotated transcripts and products
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 821               doesn't update associated structure view
 822             </li>
 823           </ul>
 824           <em>Applet</em><br />
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 828               closing alignment panel
 829             </li>
 830           </ul>
 831           <em>BioJSON</em><br />
 832           <ul>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 835               non-positional features
 836             </li>
 837           </ul>
 838           <em>New Known Issues</em>
 839           <ul>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 842               sequence features correctly (for many previous versions of
 843               Jalview)
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 847               using cursor in wrapped panel other than top
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 851               graduated colour threshold
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 855               always preserve numbering and sequence features
 856             </li>
 857           </ul>
 858           <em>Known Java 9 Issues</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 862               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 863               9.01, OSX 10.10)
 864             </li>
 865           </ul>
 866         </div></td>
 867     </tr>
 868     <tr>
 869       <td width="60" nowrap>
 870         <div align="center">
 871           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 872             <em>2/10/2017</em></strong>
 873         </div>
 874       </td>
 875       <td><div align="left">
 876           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 880             </li>
 881             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 882             </li>
 883           </ul>
 884         </div></td>
 885       <td><div align="left">
 886         </div></td>
 887     </tr>
 888     <tr>
 889       <td width="60" nowrap>
 890         <div align="center">
 891           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 892             <em>7/9/2017</em></strong>
 893         </div>
 894       </td>
 895       <td><div align="left">
 896           <em></em>
 897           <ul>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 900               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 901               white)
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 905               Preferences
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 909               in size and progress bar shown as higher resolution
 910               overview is recalculated
 911             </li>
 912
 913           </ul>
 914         </div></td>
 915       <td><div align="left">
 916           <em></em>
 917           <ul>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 920               column region row by row
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 924               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 928               format setting is unticked
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 932               if group has show boxes format setting unticked
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 936               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 937               include sequences and columns not currently displayed
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 941               assemblies are imported via CIF file
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 945               displayed when threshold or conservation colouring is also
 946               enabled.
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 950               server version
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 954               dragging a selected region off the visible region of the
 955               alignment
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 959               colourscheme to all groups in a view
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 963               initially after font size change using the Font chooser or
 964               middle-mouse zoom
 965             </li>
 966           </ul>
 967         </div></td>
 968     </tr>
 969     <tr>
 970       <td width="60" nowrap>
 971         <div align="center">
 972           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 973         </div>
 974       </td>
 975       <td><div align="left">
 976           <em>Calculations</em>
 977           <ul>
 978
 979             <li>
 980               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 981               ungapped positions in each column of the alignment.
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 985               a calculation dialog box
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 989               and memory efficiency (~30x faster)
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 993               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 994               and other calculations
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 998               files within the Jalview codebase
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1002               Similarity may have different topology due to increased
1003               precision
1004             </li>
1005           </ul>
1006           <em>Rendering</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1010               model for alignments and groups
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1014               scripts
1015             </li>
1016           </ul>
1017           <em>Overview</em>
1018           <ul>
1019             <li>
1020               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1021               with alignment and overview windows
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1025               overview
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1029               omitted in Overview
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1033               adjustment of visible position
1034             </li>
1035           </ul>
1036
1037           <em>Data import/export</em>
1038           <ul>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1041               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1045               annotation input/output via stockholm flatfile
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1049               extension when importing structure files without embedded
1050               names or PDB accessions
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1054               format sequence substitution matrices
1055             </li>
1056           </ul>
1057           <em>User Interface</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1061               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1062               the application.
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1066               via Overview or sequence motif search operations
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1070               opened by double clicking gaps within sequence feature
1071               extent
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1075               aligned positions were available to create a 3D structure
1076               superposition.
1077             </li>
1078           </ul>
1079           <em>3D Structure</em>
1080           <ul>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1083               coloured in linked structure views
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1087               file-based command exchange
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1091               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1092               structures are already available for sequences
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1096               the Jalview project rather than downloaded again when the
1097               project is reopened.
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1101               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1102               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1103                 Feature</strong>)
1104             </li>
1105           </ul>
1106           <em>Web Services</em>
1107           <ul>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1113               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1114               Analysis services
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1118               cross-references provided by identifiers.org and the
1119               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1120             </li>
1121           </ul>
1122
1123           <em>Scripting</em>
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1127               identifying file formats (instead of String constants)
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1131               efficiency when counting all displayed features (not
1132               backwards compatible with 2.10.1)
1133             </li>
1134           </ul>
1135           <em>Example files</em>
1136           <ul>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1139               included in the example feature file
1140             </li>
1141           </ul>
1142           <em>Documentation</em>
1143           <ul>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1146               with the built-in Java help viewer
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1150               sequence description' option
1151             </li>
1152           </ul>
1153           <em>Test Suite</em>
1154           <ul>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1157               Uniprot REST Free Text Search Client
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1164               during tests
1165             </li>
1166           </ul>
1167         </div></td>
1168       <td><div align="left">
1169           <em>Calculations</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1173               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1174               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1175             </li>
1176             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1177               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1178               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1179               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1180               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1181               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1182               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1183               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1184               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1185               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1186               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1187               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1188               // for 2.10.1 mode <br />
1189               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1190               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1191                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1192                 calculations (not recommended)</em></li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1195               scaling of branch lengths for trees computed using
1196               Sequence Feature Similarity.
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1200               generating output report when working with highly
1201               redundant alignments
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1205               right of selected region when gaps present on right-hand
1206               boundary
1207             </li>
1208           </ul>
1209           <em>User Interface</em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1213               doesn't reselect a specific sequence's associated
1214               annotation after it was used for colouring a view
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1218               opened on a region of alignment without groups
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1222               of an alignment with overlapping groups
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1226               name and description match
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1230               hidden regions results in incorrect hidden regions
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1234               changing colour does not apply Conservation slider value
1235               to all groups
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1239               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1243               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1247               gaps before start of features
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1251               restored to UI when feature colour is edited
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1255               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1259               as graduate feature colour settings are modified via the
1260               dialog box
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1264               when a group defined on the alignment is resized
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1268               wrapped view result in positional status updates
1269             </li>
1270
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1273               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1277               alignment included gapped columns
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1281               widgets don't permanently disappear
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1285               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1286               T-Coffee column reliability scores)
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1290               sequence feature on gaps only
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1294               button from a Find inherit previously defined feature type
1295               rather than the Find query string
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1299               exporting tree calculated in Jalview
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1303               and then revealing them reorders sequences on the
1304               alignment
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1308               doesn't update to reflect available set of groups after
1309               interactively adding or modifying features
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1313               Linux
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1317               only excluded gaps in current sequence and ignored
1318               selection.
1319             </li>
1320           </ul>
1321           <em>Rendering</em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1325               erratically when hidden rows or columns are present
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1329               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1330               sequence colouring
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1334               colour and group colour menu for protein alignments
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1338               reflect currently selected view or group's shading
1339               thresholds
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1343               when rendered on overview and structures when opacity at
1344               100%
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1348               overview when features overlaid on alignment
1349             </li>
1350           </ul>
1351           <em>Data import/export</em>
1352           <ul>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1355               load
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1359               added after a sequence was imported are not written to
1360               Stockholm File
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1364               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1368               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1372               with lightGray or darkGray via features file (but can
1373               specify lightgray)
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1377               when alignment view imported from project
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1381               structure and sequences extracted from structure files
1382               imported via URL and viewed in Jmol
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1386               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1387               the project is loaded and the structure viewed
1388             </li>
1389           </ul>
1390           <em>Web Services</em>
1391           <ul>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1394               release of Ensembl v.88
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1398               appear enabled in Preferences->Connections
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1402               removed from console output
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1406               Ensembl by Peptide ID
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1410               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1411               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1412               due to 'null' string rather than empty string used for
1413               residues with no corresponding PDB mapping).
1414             </li>
1415           </ul>
1416           <em>Application UI</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1420               menu
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1424               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1425               new documentation and tooltips added)
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1429               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1433               new features are added to alignment
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1437               changes to feature colours via the Amend features dialog
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1441               edit graduated feature colour via amend features dialog
1442               box
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1446               selection menu changes colours of alignment views
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1450               from alignment calculation workers after alignment has
1451               been closed
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1455               groups now 'Create Group'
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1459               Create/Undefine group doesn't always work
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1463               shown again after pressing 'Cancel'
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1467               adjusts start position in wrap mode
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1471               ambiguous amino acids
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1475               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1476               proteins
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1480               Defined' don't appear in Colours menu
1481             </li>
1482           </ul>
1483           <em>Applet</em>
1484           <ul>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1487               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1491               overview or linked structure view
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1495               work (since 2.8)
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1499               user-defined colourscheme doesn't restore original
1500               colourscheme
1501             </li>
1502           </ul>
1503           <em>Test Suite</em>
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1507               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1511               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1512               problems with deep array comparison equality asserts in
1513               successive versions of TestNG
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1517               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1518             </li>
1519           </ul>
1520           <em>New Known Issues</em>
1521           <ul>
1522             <li>
1523               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1524               phase after a sequence motif find operation
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1528               containing just upper and lower case letters are
1529               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1533               reliably from eggnog Ortholog database
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1537               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1538               to mark columns containing highlighted regions.
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1542               doesn't always add secondary structure annotation.
1543             </li>
1544           </ul>
1545         </div>
1546     <tr>
1547       <td width="60" nowrap>
1548         <div align="center">
1549           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1550         </div>
1551       </td>
1552       <td><div align="left">
1553           <em>General</em>
1554           <ul>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1557               for all consensus calculations
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1561               3rd Oct 2016)
1562             </li>
1563             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1564               for 2016-2017</li>
1565           </ul>
1566           <em>Application</em>
1567           <ul>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1570               set of database cross-references, sorted alphabetically
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1574               from database cross references. Users with custom links
1575               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1576                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1580               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1581               Chimera session
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1585               the Chimera it is connected to is shut down
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1589               columns menu item to mark columns containing highlighted
1590               regions (e.g. from structure selections or results of a
1591               Find operation)
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1595               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1596               MSAviewer
1597             </li>
1598           </ul>
1599         </div></td>
1600       <td>
1601         <div align="left">
1602           <em>General</em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1606               are not coloured or thresholded according to percent
1607               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1611               hydrophobic
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1615               threshold, amino acid properties)
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1619               reported as mapped to residues in a structure file in the
1620               View Mapping report
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1624               could be added multiple times to a sequence
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1628               bond features shown as two highlighted residues rather
1629               than a range in linked structure views, and treated
1630               correctly when selecting and computing trees from features
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1634               cross-references are matched to database name regardless
1635               of case
1636             </li>
1637
1638           </ul>
1639           <em>Application</em>
1640           <ul>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1643               names without regular expressions also offer links from
1644               Sequence ID
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1648               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1649               update Jalview configuration
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1653               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1657               files with similarly named sequences if dropped onto the
1658               alignment
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1662               entries where more chains exist in the PDB accession than
1663               are reported in the SIFTS file
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1667               the structure view when displayed with Chimera
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1671               panel's View->Show Chains submenu
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1675               work for wrapped alignment views
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1679               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1683               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1684               first annotation row
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1688               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1692               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1693             </li>
1694             <!-- JAL-2319 -->
1695             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1696             coordindate data
1697             </li>
1698           </ul>
1699           <!--           <em>New Known Issues</em>
1700           <ul>
1701             <li></li>
1702           </ul> -->
1703         </div>
1704       </td>
1705     </tr>
1706     <td width="60" nowrap>
1707       <div align="center">
1708         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1709           <em>25/10/2016</em></strong>
1710       </div>
1711     </td>
1712     <td><em>Application</em>
1713       <ul>
1714         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1715           view if structures already loaded</li>
1716         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1717           structure views</li>
1718       </ul></td>
1719     <td>
1720       <div align="left">
1721         <em>General</em>
1722         <ul>
1723           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1724             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1725           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1726             example sequences/projects/trees</li>
1727         </ul>
1728         <em>Application</em>
1729         <ul>
1730           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1731             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1732           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1733             without timeout for structures with multiple models or
1734             multiple sequences in alignment</li>
1735           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1736             PDB ID HEADER line</li>
1737           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1738             is performed</li>
1739           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1740             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1741           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1742           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1743             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1744             option</li>
1745           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1746             is created on the alignment</li>
1747           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1748             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1749             pop-up menu</li>
1750         </ul>
1751         <em>Build and deployment</em>
1752         <ul>
1753           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1754             tags</li>
1755         </ul>
1756         <em>New Known Issues</em>
1757         <ul>
1758           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1759             on Windows</li>
1760         </ul>
1761       </div>
1762     </td>
1763     </tr>
1764     <tr>
1765       <td width="60" nowrap>
1766         <div align="center">
1767           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1768         </div>
1769       </td>
1770       <td><em>General</em>
1771         <ul>
1772           <li>
1773             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1774           </li>
1775           <li>
1776             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1777             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1778             better PDB parsing.
1779           </li>
1780           <li>
1781             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1782             reference sequence
1783           </li>
1784           <li>
1785             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1786             mousing over sequence associated annotation
1787           </li>
1788           <li>
1789             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1790             for manual entry
1791           </li>
1792           <li>
1793             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1794             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1795             for each column
1796           </li>
1797           <li>
1798             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1799             showing or hiding columns containing a feature
1800           </li>
1801           <li>
1802             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1803             group and sequence associated annotation labels
1804           </li>
1805           <li>
1806             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1807             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1808             dialogs
1809           </li>
1810
1811         </ul> <em>Application</em>
1812         <ul>
1813           <li>
1814             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1815             gene/transcript view
1816           </li>
1817           <li>
1818             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1819             dialog
1820           </li>
1821           <li>
1822             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1823             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1824           </li>
1825           <li>
1826             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1827             Pfam sources to xfam.org
1828           </li>
1829           <li>
1830             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1831           </li>
1832           <li>
1833             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1834             over sequences in Jalview
1835           </li>
1836           <li>
1837             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1838             regions in ENA and EMBL
1839           </li>
1840           <li>
1841             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1842             for record retrieval via ENA rest API
1843           </li>
1844           <li>
1845             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1846             complement operator
1847           </li>
1848           <li>
1849             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1850             groovy script execution
1851           </li>
1852           <li>
1853             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1854             alignment window's Calculate menu
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1858             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1859           </li>
1860           <li>
1861             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1862             calculation workers from groovy scripts
1863           </li>
1864           <li>
1865             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1866             Jalview projects
1867           </li>
1868           <li>
1869             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1870             associations are now saved/restored from project
1871           </li>
1872           <li>
1873             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1874             before sequence fetcher is opened
1875           </li>
1876           <li>
1877             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1878             database chooser opens a sequence fetcher
1879           </li>
1880           <li>
1881             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1882             the UniProt REST API
1883           </li>
1884           <li>
1885             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1886             the news reader opening
1887           </li>
1888           <li>
1889             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1890             querying stored in preferences
1891           </li>
1892           <li>
1893             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1894             search results
1895           </li>
1896           <li>
1897             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1898           </li>
1899           <li>
1900             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1901             menu for nucleotide sequences
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1905             and feature counts preserves alignment ordering (and
1906             debugged for complex feature sets).
1907           </li>
1908           <li>
1909             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1910             viewing structures with Jalview 2.10
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1914             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1915             Ensembl Genomes REST API
1916           </li>
1917           <li>
1918             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1919             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1920             (Ensembl)
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1924             sequences
1925           </li>
1926           <li>
1927             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1928             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1929             data from external database records.
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1933             efficient recovery of sequence coding and alignment
1934             annotation relationships.
1935           </li>
1936         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1937         <ul>
1938           <li>
1939             -- JAL---
1940           </li>
1941         </ul> --></td>
1942       <td>
1943         <div align="left">
1944           <em>General</em>
1945           <ul>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1948               menu on OSX
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1952               includes graduated colourschemes
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1956               working with big alignments and lots of hidden columns
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1960               at right of alignment window
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1964               contents
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1968               for DNA alignments
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1972               based tree calculation
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1976               unconserved enabled for group on alignment
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1980               set as reference
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1984               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1985               annotation
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1989               hidden columns present
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1993               user created annotation added to alignment
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1997               '()' base pair annotation
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2001               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2002               Consensus
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2006               feature not working
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2010               beginning of sequence
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2014               entry 3a6s
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2018               from a tree when t-coffee scores are shown
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2022               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2026               some structures
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2030               to Clustal, PIR and PileUp output
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2034               not visible causes alignment window to repaint
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2038               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2039               scores associated with features and annotation rows
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2043               calculation should be case independent
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2047               columns
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2051               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2052               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2056               problems when reference sequence defined and 'show
2057               non-conserved' enabled
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2061               load even when Consensus calculation is disabled
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2065               alignment does nothing
2066             </li>
2067           </ul>
2068           <em>Application</em>
2069           <ul>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2072               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2073               yet fixed for El Capitan)
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2077               output when running on non-gb/us i18n platforms
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2081               hidden sequences as flat-file alignment
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2085               launching Chimera
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2089               (also hotfix for 2.9.0b2)
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2093               reference sequence defined
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2097               alignments and views when revealing hidden columns
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2101               view in a cDNA/Protein splitframe
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2105               sequence from project when only one sequence is
2106               represented
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2110               in Structure Chooser
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2114               structure consensus didn't refresh annotation panel
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2118               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2122               dialogs format columns correctly, don't display array
2123               data, sort columns according to type
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2127               file chooser is cancelled during an image export
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2131               sequence name containing special characters
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2135               case insensitive
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2139               formatting don't wrap
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2143               truncated so L looks like I in consensus annotation
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2147               currently displayed features for the current selection or
2148               view
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2152               after fetching cross-references, and restoring from
2153               project
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2157               followed in the structure viewer
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2161               splitframe not restored from project
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2165               trailing end of protein alignment in transcript/product
2166               splitview when pad-gaps not enabled by default
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2170               is case dependent
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2174               article has been read (reopened issue due to
2175               internationalisation problems)
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2179               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2180               cross-references
2181             </li>
2182
2183             <li>
2184               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2185               alignment as HTML
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2189               multiple structures are shown for one or more sequences.
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2193               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2194               is enabled.
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2198               specific PDB id for sequence
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2202               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2203               columns' is disabled.
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2207               selects lowest rather than highest resolution structures
2208               for each sequence
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2212               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2216               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2220               after clicking on it to create new annotation for a
2221               column.
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2225               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2226             </li>
2227             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2228             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2229           </ul>
2230           <em>Applet</em>
2231           <ul>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2234               hidden columns present before start of sequence
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2238               (JSON jars)
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2242               sequences are hidden in applet
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2246               deployment on examples pages.
2247             </li>
2248           </ul>
2249         </div>
2250       </td>
2251     </tr>
2252     <tr>
2253       <td width="60" nowrap>
2254         <div align="center">
2255           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2256             <em>16/10/2015</em></strong>
2257         </div>
2258       </td>
2259       <td><em>General</em>
2260         <ul>
2261           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2262             jars</li>
2263         </ul></td>
2264       <td>
2265         <div align="left">
2266           <em>Application</em>
2267           <ul>
2268             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2269               shown when tree is partitioned</li>
2270             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2271               multiple cDNA/Protein split views</li>
2272           </ul>
2273         </div>
2274       </td>
2275     </tr>
2276     <tr>
2277       <td width="60" nowrap>
2278         <div align="center">
2279           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2280             <em>8/10/2015</em></strong>
2281         </div>
2282       </td>
2283       <td><em>General</em>
2284         <ul>
2285           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2286             2.9</li>
2287         </ul> <em>Application</em>
2288         <ul>
2289           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2290           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2291           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2292         </ul> <em>Applet</em>
2293         <ul>
2294           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2295         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2296         <ul>
2297           <li>
2298             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2299             suite
2300           </li>
2301         </ul></td>
2302       <td>
2303         <div align="left">
2304           <em>General</em>
2305           <ul>
2306             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2307               incorrect when sequence start > 1</li>
2308             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2309               documentation</li>
2310             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2311             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2312               loading a features file containing HTML tags in feature
2313               description</li>
2314
2315           </ul>
2316           <em>Application</em>
2317           <ul>
2318             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2319               reimport</li>
2320             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2321               with 'trim retrieved sequences'</li>
2322             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2323               deleting selected columns</li>
2324             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2325               JNLP templates for webstart launch</li>
2326             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2327               unreleased structures for download or viewing</li>
2328             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2329               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2330             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2331               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2332             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2333               recovered from jalview project</li>
2334             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2335               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2336               alignment view</li>
2337             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2338               color schemes from BioJSON</li>
2339           </ul>
2340           <em>Applet</em>
2341           <ul>
2342             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2343               frame</li>
2344             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2345           </ul>
2346         </div>
2347       </td>
2348     </tr>
2349     <tr>
2350       <td><div align="center">
2351           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2352         </div></td>
2353       <td><em>General</em>
2354         <ul>
2355           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2356             alignments:
2357             <ul>
2358               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2359                 and DNA alignment views</li>
2360               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2361                 cDNA alignment views</li>
2362               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2363                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2364               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2365                 protein sequences</li>
2366             </ul>
2367           </li>
2368           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2369           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2370             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2371           <li>New alignment annotation file statements for
2372             reference sequences and marking hidden columns</li>
2373           <li>Reference sequence based alignment shading to
2374             highlight variation</li>
2375           <li>Select or hide columns according to alignment
2376             annotation</li>
2377           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2378           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2379             acid conservation row</li>
2380           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2381         </ul> <em>Application</em>
2382         <ul>
2383           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2384             <ul>
2385               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2386                 view with cDNA/Protein</li>
2387               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2388                 sequences are placed in the same alignment</li>
2389               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2390                 projects</li>
2391             </ul>
2392           </li>
2393
2394           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2395           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2396             Jalview windows</li>
2397
2398           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2399           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2400           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2401             be shown in VARNA</li>
2402
2403           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2404             as the active selected region</li>
2405
2406           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2407             similarity</li>
2408           <li>New Export options
2409             <ul>
2410               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2411                 region export in flat file generation</li>
2412
2413               <li>Export alignment views for display with the <a
2414                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2415
2416               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2417               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2418                 alignment figures to HTML</li>
2419           </li>
2420           <li>3D structure retrieval and display
2421             <ul>
2422               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2423                 Search API</li>
2424               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2425                 PDB structures for a sequence set</li>
2426             </ul>
2427           </li>
2428
2429           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2430             predictions</li>
2431           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2432             for one or a group of sequences</li>
2433           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2434             from the JPred4 web server</li>
2435           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2436             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2437             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2438           </li>
2439           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2440             VARNA 2D Structure'</li>
2441           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2442             Structure ..."</li>
2443
2444         </ul> <em>Applet</em>
2445         <ul>
2446           <li>New layout for applet example pages</li>
2447           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2448             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2449           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2450             Protein alignments</li>
2451         </ul> <em>Development and deployment</em>
2452         <ul>
2453           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2454           <li>Include installation type and git revision in build
2455             properties and console log output</li>
2456           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2457             storing BioJsMSA Templates</li>
2458           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2459         </ul></td>
2460       <td>
2461         <!-- <em>General</em>
2462         <ul>
2463         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2464         <ul>
2465           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2466           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2467           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2468             predictions are not highlighted in amber</li>
2469           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2470             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2471           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2472             associated structure views</li>
2473           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2474             width checkbox not enabled</li>
2475           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2476             creating user defined colours</li>
2477           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2478             mappings for just that viewer's sequences</li>
2479           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2480             multiple models in Chimera</li>
2481           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2482             over Jmol structure</li>
2483           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2484             output to text box</li>
2485           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2486             have incorrect sequence start/end</li>
2487           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2488             Jalview fails</li>
2489           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2490             work for nucleotide</li>
2491           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2492             to a grey/invisible alignment window</li>
2493           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2494             imports to different position</li>
2495           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2496             on some platforms</li>
2497           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2498             populated</li>
2499           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2500             console if Chimera has been opened</li>
2501           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2502           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2503             retrieved</li>
2504           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2505           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2506             either sequence shows on first structure</li>
2507           <li>'Show annotations' options should not make
2508             non-positional annotations visible</li>
2509           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2510             in right place after 'view flanking regions'</li>
2511           <li>File Save As type unset when current file format is
2512             unknown</li>
2513           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2514             projects</li>
2515           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2516             responsive</li>
2517           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2518             several views on same alignment</li>
2519           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2520           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2521             spaces</li>
2522         </ul> <em>Applet</em>
2523         <ul>
2524           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2525           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2526             descriptions containing angle brackets</li>
2527         </ul> <em>General</em>
2528         <ul>
2529           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2530             via jalview annotation file</li>
2531           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2532             with RNA secondary structure</li>
2533           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2534             translation doesn't work.</li>
2535           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2536           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2537             positions</li>
2538           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2539             choosing 1pt font</li>
2540           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2541             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2542             'h'</li>
2543           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2544             new feature</li>
2545           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2546             order dependent</li>
2547           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2548             sequences</li>
2549           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2550         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2551         <ul>
2552           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2553             www.jalview.org</li>
2554         </ul> <em>Application Known issues</em>
2555         <ul>
2556           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2557           <li>Misleading message appears after trying to delete
2558             solid column.</li>
2559           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2560             version launches</li>
2561           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2562             fails with a sequence mismatch</li>
2563           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2564             scrolling alignment to right</li>
2565           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2566             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2567           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2568             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2569           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2570             ultra-high resolution</li>
2571           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2572             quality and conservation</li>
2573           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2574             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2575         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2576         <ul>
2577           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2578           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2579             window is being resized</li>
2580
2581         </ul>
2582       </td>
2583     </tr>
2584     <tr>
2585       <td><div align="center">
2586           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2587         </div></td>
2588       <td><em>General</em>
2589         <ul>
2590           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2591             Certum.PL.</li>
2592           <li>Features and annotation preserved when performing
2593             pairwise alignment</li>
2594           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2595             imported/exported/displayed</li>
2596           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2597             protein secondary structure</li>
2598           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2599               post-hoc with 2.9 release</em>)
2600           </li>
2601
2602         </ul> <em>Application</em>
2603         <ul>
2604           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2605             with 3D structures</li>
2606           <li>Support for parsing RNAML</li>
2607           <li>Annotations menu for layout
2608             <ul>
2609               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2610               <li>place sequence annotation above/below alignment
2611                 annotation</li>
2612             </ul>
2613           <li>Output in Stockholm format</li>
2614           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2615             translation</li>
2616           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2617           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2618             shared between alignments</li>
2619           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2620             Jalview</li>
2621           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2622             all or current selection</li>
2623           <li>disorder and secondary structure predictions
2624             available as dataset annotation</li>
2625           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2626
2627
2628           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2629             alignments from Rfam</li>
2630           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2631
2632           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2633             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2634           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2635           <li>include installation type in build properties and
2636             console log output</li>
2637           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2638             annotation</li>
2639         </ul></td>
2640       <td>
2641         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2642         <ul>
2643           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2644             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2645           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2646             alignment</li>
2647           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2648           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2649           <li>Double click on sequence associated annotation
2650             selects only first column</li>
2651           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2652             leaves shown in tree</li>
2653           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2654             properly</li>
2655           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2656           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2657             screen and buttons not visible</li>
2658           <li>author list isn't updated if already written to
2659             Jalview properties</li>
2660           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2661             from database</li>
2662           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2663           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2664             browser search window</li>
2665           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2666             in feature settings dialog</li>
2667           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2668             desktop</li>
2669           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2670             pass validation</li>
2671           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2672             fit on screen</li>
2673           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2674             tooltip</li>
2675           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2676             defined user preset</li>
2677           <li>MSA web services warns user if they were launched
2678             with invalid input</li>
2679           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2680             Java 8</li>
2681           <li>
2682             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2683             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2684             created
2685           </li>
2686
2687         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2688         <ul>
2689         </ul> <em>General</em>
2690         <ul>
2691         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2692         <ul>
2693           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2694             memory allocation</li>
2695           <li>launchApp service doesn't automatically open
2696             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2697           <li>
2698             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2699             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2700             1.7_055 is available
2701           </li>
2702         </ul> <em>Application Known issues</em>
2703         <ul>
2704           <li>
2705             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2706             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2707             alignment to right
2708           </li>
2709           <li>
2710             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2711             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2712             with large number of ID
2713           </li>
2714           <li>
2715             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2716             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2717             start/end
2718           </li>
2719           <li>
2720             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2721             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2722             structure tracks are rearranged
2723           </li>
2724           <li>
2725             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2726             invalid rna structure positional highlighting does not
2727             highlight position of invalid base pairs
2728           </li>
2729           <li>
2730             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2731             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2732             project from alignment window file menu
2733           </li>
2734           <li>
2735             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2736             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2737             structures
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2741             colour by RNA Helices not enabled when user created
2742             annotation added to alignment
2743           </li>
2744           <li>
2745             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2746             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2747           </li>
2748         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2749         <ul>
2750           <li>
2751             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2752             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2753           </li>
2754           <li>
2755             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2756             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2757           </li>
2758
2759           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2760             when selected</li>
2761         </ul>
2762       </td>
2763     </tr>
2764     <tr>
2765       <td><div align="center">
2766           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2767         </div></td>
2768       <td>
2769         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2770         <em>General</em>
2771         <ul>
2772           <li>Internationalisation of user interface (usually
2773             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2774           <li>Define/Undefine group on current selection with
2775             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2776           <li>Improved group creation/removal options in
2777             alignment/sequence Popup menu</li>
2778           <li>Sensible precision for symbol distribution
2779             percentages shown in logo tooltip.</li>
2780           <li>Annotation panel height set according to amount of
2781             annotation when alignment first opened</li>
2782         </ul> <em>Application</em>
2783         <ul>
2784           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2785             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2786           <li>Select columns containing particular features from
2787             Feature Settings dialog</li>
2788           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2789             sequences</li>
2790           <li>Update Jalview project format:
2791             <ul>
2792               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2793               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2794                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2795               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2796                 colouring</li>
2797             </ul>
2798           </li>
2799           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2800             (PAM250)</li>
2801           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2802             flanking regions for an alignment</li>
2803         </ul>
2804       </td>
2805       <td>
2806         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2807         <ul>
2808           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2809             running after job is cancelled</li>
2810           <li>cannot export features from alignments imported from
2811             Jalview/VAMSAS projects</li>
2812           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2813             float values</li>
2814           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2815             have 'display all symbols' flag set</li>
2816           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2817             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2818           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2819             Jalview</li>
2820           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2821             Lion/Webstart</li>
2822           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2823           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2824           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2825             alignment onto desktop</li>
2826           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2827             'extract scores' function</li>
2828           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2829             alignment window</li>
2830           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2831             performing IUPred disorder prediction</li>
2832           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2833             changing 'normalise logo' display setting</li>
2834           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2835             nothing matches query</li>
2836           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2837             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2838           </li>
2839           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2840             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2841           </li>
2842           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2843             Jalview's menu</li>
2844           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2845             'invalid literal/length code'</li>
2846           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2847             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2848           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2849             colourscheme</li>
2850
2851         </ul> <em>Applet</em>
2852         <ul>
2853           <li>Remove group option is shown even when selection is
2854             not a group</li>
2855           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2856             don't affect groups</li>
2857           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2858             colourscheme name</li>
2859           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2860             Annotation panel is not displayed</li>
2861           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2862             embedded windows</li>
2863         </ul> <em>Other</em>
2864         <ul>
2865           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2866             single sequence were not calculated</li>
2867           <li>annotation files that contain only groups imported as
2868             annotation and junk sequences</li>
2869           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2870             recognised as PFAM or BLC</li>
2871           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2872             doesn't affect background (2.8.0b1)
2873           <li></li>
2874           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2875           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2876             trailing gaps</li>
2877           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2878             registered correctly on import</li>
2879           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2880             certain alignments</li>
2881           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2882             existing annotation based 'use original colours'
2883             colourscheme loses original colours setting</li>
2884         </ul>
2885       </td>
2886     </tr>
2887     <tr>
2888       <td><div align="center">
2889           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2890             <em>30/1/2014</em></strong>
2891         </div></td>
2892       <td>
2893         <ul>
2894           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2895             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2896             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2897             open source project).
2898           </li>
2899           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2900           <li>Output in Stockholm format</li>
2901           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2902           <li>Export/import group and sequence associated line
2903             graph thresholds</li>
2904           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2905             ambiguity codes</li>
2906           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2907             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2908             works</li>
2909           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2910         </ul> <em>Other improvements</em>
2911         <ul>
2912           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2913           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2914             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2915           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2916             files</li>
2917           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2918           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2919             link but no description</li>
2920           <li>Select primary source when selecting authority in
2921             database fetcher GUI</li>
2922           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2923             Jalview</li>
2924           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2925         </ul>
2926       </td>
2927       <td>
2928         <ul>
2929           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2930             displayed</li>
2931           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2932             secondary structure annotation line</li>
2933           <li>Sequence database accessions not imported when
2934             fetching alignments from Rfam</li>
2935           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2936             identical IDs</li>
2937           <li>View all structures does not always superpose
2938             structures</li>
2939           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2940             reflect user or preset settings</li>
2941           <li>Null pointer exceptions for some services without
2942             presets or adjustable parameters</li>
2943           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2944             discover PDB xRefs</li>
2945           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2946             features with DAS</li>
2947           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2948             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2949           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2950             residue follows a gap</li>
2951           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2952             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2953           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2954             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2955           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2956             annotation already exists on alignment</li>
2957           <li>oninit javascript function should be called after
2958             initialisation completes</li>
2959           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2960             alignment window display</li>
2961           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2962           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2963             to annotation file</li>
2964           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2965             groups created</li>
2966           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2967             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2968           <li>Pressing return several times causes Number Format
2969             exceptions in keyboard mode</li>
2970           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2971             correct partitions for input data</li>
2972           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2973           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2974           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2975           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2976             mode</li>
2977           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2978             changes one row&#39;s threshold</li>
2979           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2980             doesn&#39;t open</li>
2981           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2982             quality histograms</li>
2983         </ul>
2984       </td>
2985     </tr>
2986     <tr>
2987       <td><div align="center">
2988           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2989         </div></td>
2990       <td><em>Application</em>
2991         <ul>
2992           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2993             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2994           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2995             preferences</li>
2996           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2997             in Jalview alignment window</li>
2998           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2999             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3000           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3001             RNA and ambiguity codes</li>
3002
3003           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3004           <li>Support fetching and database reference look up
3005             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3006             refs')</li>
3007           <li>Jalview project improvements
3008             <ul>
3009               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3010                 flag for annotation</li>
3011               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3012                 alignment</li>
3013               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3014                 Jalview project</li>
3015
3016             </ul>
3017           </li>
3018           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3019           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3020             running</li>
3021           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3022           <li>visual indication that web service results are still
3023             being retrieved from server</li>
3024           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3025             starts up for first time</li>
3026           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3027             services</li>
3028           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3029             client library</li>
3030           <li>Examples directory and Groovy library included in
3031             InstallAnywhere distribution</li>
3032         </ul> <em>Applet</em>
3033         <ul>
3034           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3035             visualization applet example</li>
3036         </ul> <em>General</em>
3037         <ul>
3038           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3039           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3040             defaults</li>
3041           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3042             calculation</li>
3043           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3044             matrices
3045           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3046             in HTML</li>
3047           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3048             structure contacts</li>
3049           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3050           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3051           <li>Parse sequence associated secondary structure
3052             information in Stockholm files</li>
3053           <li>HTML Export database accessions and annotation
3054             information presented in tooltip for sequences</li>
3055           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3056             style RNA alignment files</li>
3057           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3058             alignment</li>
3059           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3060             shade each sequence according to its associated alignment
3061             annotation</li>
3062           <li>New Jalview Logo</li>
3063         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3064         <ul>
3065           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3066           <li>New Website!</li>
3067         </ul></td>
3068       <td><em>Application</em>
3069         <ul>
3070           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3071             wsdbfetch REST service</li>
3072           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3073           <li>Filetype associations not installed for webstart
3074             launch</li>
3075           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3076             job execution in full once it is complete</li>
3077           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3078             uploaded via ali_file parameter</li>
3079           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3080           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3081           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3082             submitted for prediction</li>
3083           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3084             desktop window</li>
3085           <li>Putting fractional value into integer text box in
3086             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3087           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3088             windows 7</li>
3089           <li>View all structures fails with exception shown in
3090             structure view</li>
3091           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3092             escaped in a platform independent way</li>
3093           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3094             using proxy</li>
3095           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3096             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3097           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3098             failure when java web start temporary file caching is
3099             disabled</li>
3100           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3101             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3102           <li>Errors during processing of command line arguments
3103             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3104           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3105             DAS sources in sequence fetcher</li>
3106           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3107             dialog is shown</li>
3108           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3109           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3110           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3111           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3112             on OSX Mountain Lion</li>
3113           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3114             sequences with alignment annotation are pasted into the
3115             alignment</li>
3116           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3117             when loaded from Jalview project</li>
3118           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3119           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3120             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3121           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3122             associated with all views</li>
3123           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3124             annotation rows to new window</li>
3125         </ul> <em>Applet</em>
3126         <ul>
3127           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3128             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3129           <li>loading features via javascript API automatically
3130             enables feature display</li>
3131           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3132             work</li>
3133         </ul> <em>General</em>
3134         <ul>
3135           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3136           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3137             and then deselected</li>
3138           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3139           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3140             coloured with clustalx</li>
3141           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3142             exceptions and redraw errors</li>
3143           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3144             reconfigured view</li>
3145           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3146             colour</li>
3147           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3148             for lots of labels</li>
3149         </ul>
3150     </tr>
3151     <tr>
3152       <td>
3153         <div align="center">
3154           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3155         </div>
3156       </td>
3157       <td><em>Application</em>
3158         <ul>
3159           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3160           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3161           <li>View/alignment association menu to enable user to
3162             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3163             its colours/correspondences from</li>
3164           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3165           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3166             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3167           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3168           <li>Annotation row column label formatting attributes
3169             stored in project file</li>
3170           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3171             rows preserved in Jalview project file</li>
3172           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3173             saved using Desktop window menu</li>
3174           <li>Visual indication that command line arguments are
3175             still being processed</li>
3176           <li>Groovy script execution from URL</li>
3177           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3178             preferences</li>
3179           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3180             alignment with sequences that have high similarity and
3181             matching IDs</li>
3182           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3183           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3184             structures in same window</li>
3185           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3186           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3187             analysis function in its own submenu</li>
3188         </ul> <em>Applet</em>
3189         <ul>
3190           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3191             groups</li>
3192           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3193           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3194           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3195           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3196           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3197             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3198           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3199           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3200             parameters are treated as such</li>
3201           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3202             <ul>
3203               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3204               <li>Javascript callbacks for
3205                 <ul>
3206                   <li>Applet initialisation</li>
3207                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3208                 </ul>
3209               </li>
3210               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3211                 functions</li>
3212               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3213               <li>javascript structure viewer harness to pass
3214                 messages between Jmol and Jalview when running as
3215                 distinct applets</li>
3216               <li>sortBy method</li>
3217               <li>Set of applet and application examples shipped
3218                 with documentation</li>
3219               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3220                 javascript message exchange</li>
3221             </ul>
3222         </ul> <em>General</em>
3223         <ul>
3224           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3225             multiple alignments</li>
3226           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3227           <li>User configurable link to enable redirects to a
3228             www.Jalview.org mirror</li>
3229           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3230           <li>Configurable newline string when writing alignment
3231             and other flat files</li>
3232           <li>Allow alignment annotation description lines to
3233             contain html tags</li>
3234         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3235         <ul>
3236           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3237             examples</li>
3238           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3239             using a web service before displaying the result in the
3240             Jalview desktop</li>
3241           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3242           <li>Ant target to publish example html files with applet
3243             archive</li>
3244           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3245           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3246         </ul></td>
3247       <td><em>Application</em>
3248         <ul>
3249           <li>User defined colourscheme throws exception when
3250             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3251           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3252             dialog for valid filename/format</li>
3253           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3254           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3255             P37173</li>
3256           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3257             which sequence is to be associated with the file</li>
3258           <li>Find All raises null pointer exception when query
3259             only matches sequence IDs</li>
3260           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3261           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3262             2.4 cannot be loaded</li>
3263           <li>Filetype associations not installed for webstart
3264             launch</li>
3265           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3266             with sequences in different alignments do not get coloured
3267             by their associated sequence</li>
3268           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3269             not preserved when project is loaded</li>
3270           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3271             stored in Jalview project</li>
3272           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3273             Jalview project</li>
3274           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3275           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3276             by conservation</li>
3277           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3278             created on new view</li>
3279           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3280             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3281           <li>Alignment quality not updated after alignment
3282             annotation row is hidden then shown</li>
3283           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3284             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3285           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3286             properly</li>
3287           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3288             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3289           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3290           <li>Structures imported from file and saved in project
3291             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3292           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3293             job execution in full once it is complete</li>
3294         </ul> <em>Applet</em>
3295         <ul>
3296           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3297             annotation rows are displayed</li>
3298           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3299             codebase</li>
3300           <li>View follows highlighting does not work for positions
3301             in sequences</li>
3302           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3303           <li>Export features raises exception when no features
3304             exist</li>
3305           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3306             for javascript api is modified when separator string
3307             provided as parameter</li>
3308           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3309             alignment with no existing selection</li>
3310           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3311             to applet&#39;s codebase</li>
3312           <li>Status bar not updated after finished searching and
3313             search wraps around to first result</li>
3314           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3315             several Jalview applets causes race conditions and memory
3316             leaks</li>
3317           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3318             not sent from Jmol in applet</li>
3319           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3320             applet API fatally hang browser</li>
3321         </ul> <em>General</em>
3322         <ul>
3323           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3324             position with wrapped view and hidden regions</li>
3325           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3326             with/without hidden columns</li>
3327           <li>Sequence length given in alignment properties window
3328             is off by 1</li>
3329           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3330             import PDB like structure files</li>
3331           <li>Positional search results are only highlighted
3332             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3333           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3334           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3335             given sequence position</li>
3336           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3337             output</li>
3338           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3339             from nucleotide chains correctly</li>
3340           <li>Structure colours not updated when tree partition
3341             changed in alignment</li>
3342           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3343             parsed in interleaved stockholm</li>
3344           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3345             state</li>
3346           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3347             properly</li>
3348           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3349             properly associated with their pdb files</li>
3350         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3351         <ul>
3352           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3353             ApplyCopyright tool</li>
3354         </ul></td>
3355     </tr>
3356     <tr>
3357       <td>
3358         <div align="center">
3359           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3360         </div>
3361       </td>
3362       <td><em>Application</em>
3363         <ul>
3364           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3365             contact web services</li>
3366           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3367             service job window</li>
3368           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3369         </ul></td>
3370       <td>
3371         <ul>
3372           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3373             pir file emitted by Jalview</li>
3374           <li>Existing feature settings transferred to new
3375             alignment view created from cut'n'paste</li>
3376           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3377             parsing PDB files</li>
3378           <li>Consensus and conservation annotation rows
3379             occasionally become blank for all new windows</li>
3380           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3381             in wrapped view mode</li>
3382         </ul> <em>Application</em>
3383         <ul>
3384           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3385             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3386           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3387             parameter names</li>
3388           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3389             is down</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392     </tr>
3393     <tr>
3394       <td>
3395         <div align="center">
3396           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3397         </div>
3398       </td>
3399       <td><em>Application</em>
3400         <ul>
3401           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3402             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3403             (JABAWS)
3404           </li>
3405           <li>Web Services preference tab</li>
3406           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3407             preferences</li>
3408           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3409           <li>Superpose structures using associated sequence
3410             alignment</li>
3411           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3412             viewer</li>
3413         </ul> <em>Applet</em>
3414         <ul>
3415           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3416             link out mechanism</li>
3417         </ul> <em>Other</em>
3418         <ul>
3419           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3420             series 12</li>
3421           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3422             require Java 1.5</li>
3423           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3424             sequence annotation files</li>
3425           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3426             type colour specification</li>
3427           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3428             script to check if it being run in an interactive session or
3429             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3430         </ul></td>
3431       <td>
3432         <ul>
3433           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3434             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3435         </ul> <em>Application</em>
3436         <ul>
3437           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3438             selected Regions menu item</li>
3439           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3440             part of a valid accession ID</li>
3441           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3442             runs out of memory</li>
3443           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3444             analysis results</li>
3445           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3446             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3447           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3448         </ul> <em>Applet</em>
3449         <ul>
3450           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3451             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3452             defined.</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455     </tr>
3456     <tr>
3457       <td>
3458         <div align="center">
3459           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3460         </div>
3461       </td>
3462       <td></td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3466             sequence IDs</li>
3467           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3468             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3469           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3470             import correctly</li>
3471           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3472             number of columns are hidden</li>
3473           <li>annotation label popup menu not providing correct
3474             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3475             present</li>
3476           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3477             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3478           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3479             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3480
3481         </ul> <em>Applet</em>
3482         <ul>
3483           <li>annotation panel disappears when annotation is
3484             hidden/removed</li>
3485         </ul> <em>Application</em>
3486         <ul>
3487           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3488             alignment opened where annotation panel is visible but no
3489             annotations are present on alignment</li>
3490           <li>pasted region containing hidden columns is
3491             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3492           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3493             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3494           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3495             selected Rregions menu item.</li>
3496           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3497             'Un' or 'Non'conserved</li>
3498           <li>Sequence feature settings are being shared by
3499             multiple distinct alignments</li>
3500           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3501             changed</li>
3502           <li>double click on group annotation to select sequences
3503             does not propagate to associated trees</li>
3504           <li>Mac OSX specific issues:
3505             <ul>
3506               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3507                 window background</li>
3508               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3509                 name set correctly</li>
3510               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3511                 save feature colourscheme button</li>
3512             </ul>
3513           </li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516     </tr>
3517     <tr>
3518
3519       <td>
3520         <div align="center">
3521           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3522         </div>
3523       </td>
3524       <td><em>New Capabilities</em>
3525         <ul>
3526           <li>URL links generated from description line for
3527             regular-expression based URL links (applet and application)
3528
3529           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3530             menu</li>
3531           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3532             structures</li>
3533           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3534             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3535           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3536             average score or total feature count for each sequence.</li>
3537           <li>Shading features by score or associated description</li>
3538           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3539             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3540           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3541             hide everything but the currently selected region.</li>
3542           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3543         </ul> <em>Application</em>
3544         <ul>
3545           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3546             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3547           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3548             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3549           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3550             database references and protein_name is parsed as
3551             description line (BioSapiens terms).</li>
3552           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3553             references in sequence ID tooltip from View menu in
3554             application.</li>
3555           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3556       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3557           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3558             conservation plots</li>
3559           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3560             and visualized as sequence logos</li>
3561           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3562             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3563           </li>
3564           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3565             when a new tree is opened.</li>
3566           <li>Jalview Java Console</li>
3567           <li>Better placement of desktop window when moving
3568             between different screens.</li>
3569           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3570             consensus annotation</li>
3571           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3572             Workflows</li>
3573           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3574             <ul>
3575               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3576                 used to preserve views, structures, and tree display
3577                 settings)</li>
3578               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3579                 command line</li>
3580               <li>Sharing of selected regions between views and
3581                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3582               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3583             </ul></li>
3584         </ul> <em>Applet</em>
3585         <ul>
3586           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3587           <li>New Parameters
3588             <ul>
3589               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3590                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3591                 opened.</li>
3592               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3593                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3594               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3595                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3596               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3597                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3598                 view</li>
3599               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3600                 increase the height or width of a cell in the alignment
3601                 grid relative to the current font size.</li>
3602             </ul>
3603           </li>
3604           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3605             tooltip</li>
3606         </ul> <em>Other</em>
3607         <ul>
3608           <li>Features format: graduated colour definitions and
3609             specification of feature scores</li>
3610           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3611             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3612             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3613           <li>XML formats extended to support graduated feature
3614             colourschemes, group associated annotation, and profile
3615             visualization settings.</li></td>
3616       <td>
3617         <ul>
3618           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3619             rather than description</li>
3620           <li>Non-positional features are now included in sequence
3621             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3622             visibility in tooltip).</li>
3623           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3624           <li>Added URL embedding instructions to features file
3625             documentation.</li>
3626           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3627             'X' in peptide product</li>
3628           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3629             sequence ID and sequence string and query strings do not
3630             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3631           <li>AMSA files only contain first column of
3632             multi-character column annotation labels</li>
3633           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3634             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3635             exported and re-imported)</li>
3636           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3637             name</li>
3638           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3639             as subsequence matches, and correctly reports total number
3640             of both.</li>
3641           <li>Application:
3642             <ul>
3643               <li>Better handling of exceptions during sequence
3644                 retrieval</li>
3645               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3646                 link text excludes the start_end suffix</li>
3647               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3648                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3649               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3650               <li>Sequence description lines properly shared via
3651                 VAMSAS</li>
3652               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3653                 data sources</li>
3654               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3655                 completes before alignment figures are generated.</li>
3656               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3657                 first time.</li>
3658               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3659                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3660               <li>User defined group colours properly recovered
3661                 from Jalview projects.</li>
3662             </ul>
3663           </li>
3664         </ul>
3665       </td>
3666
3667     </tr>
3668     <tr>
3669       <td>
3670         <div align="center">
3671           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3672         </div>
3673       </td>
3674       <td>
3675         <ul>
3676           <li>Experimental support for google analytics usage
3677             tracking.</li>
3678           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3679         </ul>
3680       </td>
3681       <td>
3682         <ul>
3683           <li>Race condition in applet preventing startup in
3684             jre1.6.0u12+.</li>
3685           <li>Exception when feature created from selection beyond
3686             length of sequence.</li>
3687           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3688           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3689             all sequences with a given id</li>
3690           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3691             ID string searches</li>
3692           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3693             alignment to fail with exception</li>
3694         </ul> <em>Application Issues</em>
3695         <ul>
3696           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3697           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3698             data sources</li>
3699         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3700         <ul>
3701           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3702             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3703           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3704             version (java class versioning error fixed)</li>
3705         </ul>
3706       </td>
3707     </tr>
3708     <tr>
3709       <td>
3710
3711         <div align="center">
3712           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3713         </div>
3714       </td>
3715       <td><em>User Interface</em>
3716         <ul>
3717           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3718             translation and protein products</li>
3719           <li>Linked highlighting of structure associated with
3720             residue mapping to codon position</li>
3721           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3722             and 'clear' button</li>
3723           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3724             Tools menu</li>
3725           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3726             numeric data in description line</li>
3727           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3728           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3729             of sequence</li>
3730         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3731         <ul>
3732           <li>JPred3 web service</li>
3733           <li>Prototype sequence search client (no public services
3734             available yet)</li>
3735           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3736             PFAM</li>
3737           <li>URL Links created for matching database cross
3738             references as well as sequence ID</li>
3739           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3740         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3741         <ul>
3742           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3743             databases</li>
3744           <li>Generalised database reference retrieval and
3745             validation to all fetchable databases</li>
3746           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3747             sequence command</li>
3748         </ul> <em>Import and Export</em>
3749         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3750         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3751           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3752         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3753           File</li>
3754         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3755           triplet as name of colourscheme</li>
3756         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3757         <ul>
3758           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3759           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3760             alignments (experimental)</li>
3761           <li>Create new or select existing session to join</li>
3762           <li>load and save of vamsas documents</li>
3763         </ul> <em>Application command line</em>
3764         <ul>
3765           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3766             from applet)</li>
3767           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3768             of DAS servers to query for alignment features</li>
3769           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3770             that are also automatically queried for features</li>
3771           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3772             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3773         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3774         <ul>
3775           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3776             application (when using &quot;View in full
3777             application&quot;)</li>
3778         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3779         <ul>
3780           <li>feature group display control parameter</li>
3781           <li>debug parameter</li>
3782           <li>showbutton parameter</li>
3783         </ul> <em>Applet API methods</em>
3784         <ul>
3785           <li>newView public method</li>
3786           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3787           <li>Feature display control methods</li>
3788           <li>get list of currently selected sequences</li>
3789         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3790         <ul>
3791           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3792           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3793             Jalview release.</li>
3794           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3795             property controls execution of obfuscator</li>
3796           <li>Build target for generating source distribution</li>
3797           <li>Debug flag for javacc</li>
3798           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3799             jalview.bin.Cache</li>
3800           <li>Continuous Build Integration for stable and
3801             development version of Application, Applet and source
3802             distribution</li>
3803         </ul></td>
3804       <td>
3805         <ul>
3806           <li>selected region output includes visible annotations
3807             (for certain formats)</li>
3808           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3809             for editing</li>
3810           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3811           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3812           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3813           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3814             comments</li>
3815           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3816             filenames containing a ':'</li>
3817           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3818             global sequence features</li>
3819           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3820             references from alignment sequences goes to zero</li>
3821           <li>Close of tree branch colour box without colour
3822             selection causes cascading exceptions</li>
3823           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3824           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3825             file parsing fails.</li>
3826           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3827           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3828             not a valid output format</li>
3829           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3830             vamsas</li>
3831           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3832           <li>error messages passed up and output when data read
3833             fails</li>
3834           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3835             sequence is edited</li>
3836           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3837             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3838           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3839             filetype</li>
3840           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3841             import fixed for PFAM records</li>
3842           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3843             window list</li>
3844           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3845             can be read and written correctly to annotation file</li>
3846           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3847             correctly</li>
3848           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3849             non-italic font for representatives in Applet</li>
3850           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3851             Macs.</li>
3852           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3853             Applet)</li>
3854           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3855             due to null pointer exceptions</li>
3856           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3857             first column of alignment</li>
3858           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3859             July 2008</li>
3860           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3861             file is case-insensitive</li>
3862           <li>Sequence features read from Features file appended to
3863             all sequences with matching IDs</li>
3864           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3865             containing a sub-sequence</li>
3866           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3867           <li>feature and annotation file applet parameters
3868             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3869           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3870           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3871             splash-screen version check to complete</li>
3872           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3873             when passing them to the launchApp service</li>
3874           <li>display name and local features preserved in results
3875             retrieved from web service</li>
3876           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3877             sequence fetcher initialisation</li>
3878           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3879             dasobert DAS client</li>
3880           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3881             association</li>
3882           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3883             sequences
3884           </li>
3885         </ul>
3886       </td>
3887     </tr>
3888     <tr>
3889       <td>
3890         <div align="center">
3891           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3892         </div>
3893       </td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3897           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3898           <li>Slide sequences</li>
3899           <li>Edit sequence in place</li>
3900           <li>EMBL CDS features</li>
3901           <li>DAS Feature mapping</li>
3902           <li>Feature ordering</li>
3903           <li>Alignment Properties</li>
3904           <li>Annotation Scores</li>
3905           <li>Sort by scores</li>
3906           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3907         </ul>
3908       </td>
3909       <td>
3910         <ul>
3911           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3912           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3913           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3914           <li>Feature group display state in XML</li>
3915           <li>Feature ordering in XML</li>
3916           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3917           <li>Stockholm alignment properties</li>
3918           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3919           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3920           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3921           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3922         </ul>
3923       </td>
3924
3925     </tr>
3926     <tr>
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>Non standard characters can be read and displayed
3935           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3936             applet via textbox
3937           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3938             name &amp; description
3939           <li>Preference setting to display sequence name in
3940             italics
3941           <li>Annotation file format extended to allow
3942             Sequence_groups to be defined
3943           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3944             specified in preferences
3945           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3946             sequences
3947         </ul>
3948       </td>
3949       <td>
3950         <ul>
3951           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3952             installed
3953           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3954           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3955         </ul>
3956       </td>
3957     </tr>
3958     <tr>
3959       <td>
3960         <div align="center">
3961           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3962         </div>
3963       </td>
3964       <td>
3965         <ul>
3966           <li>Multiple views on alignment
3967           <li>Sequence feature editing
3968           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3969           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3970           <li>Background dependent text colour
3971           <li>Right align sequence ids
3972           <li>User-defined lower case residue colours
3973           <li>Format Menu
3974           <li>Select Menu
3975           <li>Menu item accelerator keys
3976           <li>Control-V pastes to current alignment
3977           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3978           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3979           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3980
3981           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3982         </ul>
3983       </td>
3984       <td>
3985         <ul>
3986           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3987           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3988             calculations
3989           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3990             edits
3991           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3992             of alignment)
3993           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3994
3995           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3996             display correctly
3997           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3998           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3999             analysis results
4000           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4001             &#8739;
4002           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4003           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4004           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4005
4006         </ul>
4007       </td>
4008     </tr>
4009     <tr>
4010       <td>
4011         <div align="center">
4012           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4013         </div>
4014       </td>
4015       <td>
4016         <ul>
4017           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4018         </ul>
4019       </td>
4020       <td>
4021         <ul>
4022           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4023             sequence id panel has been resized</li>
4024           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4025             rendered</li>
4026           <li>Annotation files with sequence references - all
4027             elements in file are relative to sequence position</li>
4028           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4029         </ul>
4030       </td>
4031     </tr>
4032     <tr>
4033       <td>
4034         <div align="center">
4035           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4036         </div>
4037       </td>
4038       <td>
4039         <ul>
4040           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4041           <li>DAS Feature fetching</li>
4042           <li>Hide sequences and columns</li>
4043           <li>Export Annotations and Features</li>
4044           <li>GFF file reading / writing</li>
4045           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4046             files</li>
4047           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4048           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4049           <li>Applet can launch the full application</li>
4050           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4051             required)</li>
4052           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4053           <li>Applet can load sequences from parameter
4054             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4055           </li>
4056         </ul>
4057       </td>
4058       <td>
4059         <ul>
4060           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4061           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4062           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4063         </ul>
4064       </td>
4065     </tr>
4066     <tr>
4067       <td>
4068         <div align="center">
4069           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4070         </div>
4071       </td>
4072       <td>
4073         <ul>
4074           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4075           <li>Choose to match case when searching</li>
4076           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4077             expand the visible width and height of the alignment</li>
4078         </ul>
4079       </td>
4080       <td>
4081         <ul>
4082           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4083         </ul>
4084       </td>
4085     </tr>
4086     <tr>
4087       <td>
4088         <div align="center">
4089           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4090         </div>
4091       </td>
4092       <td>&nbsp;</td>
4093       <td>
4094         <ul>
4095           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4096           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4097             value</li>
4098         </ul>
4099       </td>
4100     </tr>
4101     <tr>
4102       <td>
4103         <div align="center">
4104           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4105         </div>
4106       </td>
4107       <td>
4108         <ul>
4109           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4110           <li>Keyboard editing</li>
4111           <li>Create sequence features from searches</li>
4112           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4113             alignments</li>
4114           <li>Features file allows grouping of features</li>
4115           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4116           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4117           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4118         </ul>
4119       </td>
4120       <td>
4121         <ul>
4122           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4123           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4124             descriptions saved.</li>
4125         </ul>
4126       </td>
4127     </tr>
4128     <tr>
4129       <td>
4130         <div align="center">
4131           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4132         </div>
4133       </td>
4134       <td>
4135         <ul>
4136           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4137           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4138           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4139             name for file output</li>
4140           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4141           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4142             used for HTML form input</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145       <td>
4146         <ul>
4147           <li>HTML output writes groups and features</li>
4148           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4149           <li>File IO bugs</li>
4150         </ul>
4151       </td>
4152     </tr>
4153     <tr>
4154       <td>
4155         <div align="center">
4156           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4157         </div>
4158       </td>
4159       <td>
4160         <ul>
4161           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4162           <li>More options for PCA viewer</li>
4163         </ul>
4164       </td>
4165       <td>
4166         <ul>
4167           <li>GUI bugs resolved</li>
4168           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4169         </ul>
4170       </td>
4171     </tr>
4172     <tr>
4173       <td height="63">
4174         <div align="center">
4175           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4176         </div>
4177       </td>
4178       <td>
4179         <ul>
4180           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4181           <li>Jar files are executable</li>
4182           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4183         </ul>
4184       </td>
4185       <td>
4186         <ul>
4187           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4188           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4189           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4190         </ul>
4191       </td>
4192     </tr>
4193     <tr>
4194       <td>
4195         <div align="center">
4196           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4197         </div>
4198       </td>
4199       <td>
4200         <ul>
4201           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4202         </ul>
4203       </td>
4204       <td>
4205         <ul>
4206           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4207         </ul>
4208       </td>
4209     </tr>
4210     <tr>
4211       <td>
4212         <div align="center">
4213           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4214         </div>
4215       </td>
4216       <td>
4217         <ul>
4218           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4219             size</li>
4220         </ul>
4221       </td>
4222       <td>
4223         <ul>
4224           <li>Improved JPred client reliability</li>
4225           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4226         </ul>
4227       </td>
4228     </tr>
4229     <tr>
4230       <td>
4231         <div align="center">
4232           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4233         </div>
4234       </td>
4235       <td>
4236         <ul>
4237           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4238           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4239           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4240             to Colour Menu</li>
4241           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4242           <li>Unix users can set default web browser</li>
4243           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4244           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4245         </ul>
4246       </td>
4247       <td>
4248         <ul>
4249           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4250         </ul>
4251       </td>
4252     </tr>
4253     <tr>
4254       <td>
4255         <div align="center">
4256           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4257         </div>
4258       </td>
4259       <td>&nbsp;</td>
4260       <td>
4261         <ul>
4262           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4263             alignment order.</li>
4264         </ul>
4265       </td>
4266     </tr>
4267     <tr>
4268       <td>
4269         <div align="center">
4270           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4271         </div>
4272       </td>
4273       <td>
4274         <ul>
4275           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4276           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4277           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4278             annotations.</li>
4279           <li>Version and build date written to build properties
4280             file.</li>
4281           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4282             at launch of Jalview.</li>
4283         </ul>
4284       </td>
4285       <td>
4286         <ul>
4287           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4288           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4289           <li>Can remove groups one by one.</li>
4290           <li>Filechooser icons installed.</li>
4291           <li>Finder ignores return character when searching.
4292             Return key will initiate a search.<br>
4293           </li>
4294         </ul>
4295       </td>
4296     </tr>
4297     <tr>
4298       <td>
4299         <div align="center">
4300           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4301         </div>
4302       </td>
4303       <td>
4304         <ul>
4305           <li>New codebase</li>
4306         </ul>
4307       </td>
4308       <td>&nbsp;</td>
4309     </tr>
4310   </table>
4311   <p>&nbsp;</p>
4312 </body>
4313 </html>