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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>01/02/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- -->
  67           </li>
  68         </ul> <!-- <em>Development</em>
  69         <ul>
  70           <li>Updated building instructions</li>
  71         </ul> -->
  72
  73       </td>
  74       <td>
  75         <ul>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
  78             Structure Preferences
  79           </li>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3702, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
  82             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
  83             Unix/BSD OSs)
  84           </li>
  85
  86         </ul> <em>Development</em>
  87         <ul>
  88           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  89         </ul>
  90       </td>
  91     </tr>
  92     <tr>
  93       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  94           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
  95           <em>6/01/2022</em></strong></td>
  96
  97       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  98         <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 101             </li>
 102         </ul></td>
 103       <td>
 104       </td>
 105     </tr>
 106     <tr>
 107       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 108           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 109           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 110
 111       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 115             (was log4j 1.2.x).
 116         </ul> <em>Development</em>
 117         <ul>
 118           <li>Updated building instructions</li>
 119         </ul></td>
 120       <td>
 121         <ul>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 124             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 125             and display)
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 129             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 130             only)
 131           </li>
 132         </ul> <em>Development</em>
 133         <ul>
 134           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 135         </ul>
 136       </td>
 137     </tr>
 138     <tr>
 139       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 140           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 141           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 142       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 143           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 144         <ul>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 147             launch of the news browser (like -nonews argument)
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 151             download of linkout URLs from
 152             www.jalview.org/services/identifiers
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 156             download of BIOJSHTML templates
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 160             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 161             disabled
 162           </li>
 163         </ul></td>
 164       <td align="left" valign="top">
 165         <ul>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 168             Jmol
 169           </li>
 170         </ul> <em>New Known defects</em>
 171         <ul>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 174             always restored from project (since 2.10.3)
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 178             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 179           </li>
 180         </ul>
 181       </td>
 182     </tr>
 183     <tr>
 184       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 185           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 186           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 187       <td align="left" valign="top">
 188         <ul>
 189
 190         </ul>
 191       </td>
 192       <td align="left" valign="top">
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 196             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 200             sequences can be classed as nucleotide
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 204             sequences after alignment of protein products (known defect
 205             first reported for 2.11.1.0)
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 209             features outwith CDS shown overlaid on protein
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 213             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 214             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 218             CDS features
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 222             always select corresponding protein sequences
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 226             column selection doesn't always ignore hidden columns
 227           </li>
 228         </ul> <em>Installer</em>
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 232             Windows prevents install4j launching getdown
 233           </li>
 234         </ul> <em>Development</em>
 235         <ul>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 238             version numbers in doc/building.md
 239           </li>
 240         </ul>
 241       </td>
 242     </tr>
 243     <tr>
 244       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 245           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 246           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 247       <td align="left" valign="top">
 248         <ul>
 249         </ul>
 250       </td>
 251       <td align="left" valign="top">
 252         <ul>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 255             "Encountered problems opening
 256             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 257           </li>
 258         </ul>
 259       </td>
 260     </tr>
 261     <tr>
 262       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 263           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 264           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 265       <td align="left" valign="top">
 266         <ul>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 269             residue in cursor mode
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 273             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 277             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 278             improved compatibility with JalviewJS
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 282             alignments from Pfam and Rfam
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 286             import (no longer based on .gz extension)
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 293             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 294             EMBL flat file
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 298             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 299             saving or making backup files.
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 303             <ul>
 304               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 305               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 306             </ul>
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 310             when running on Linux (Requires Java 11+)
 311           </li>
 312         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 313         <ul>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 316             through a system property
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 320             line help for configuring Jalview's memory
 321           </li>
 322         </ul>
 323       </td>
 324       <td align="left" valign="top">
 325         <ul>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 328             but not calculated and no protein or DNA score models are
 329             available for tree/PCA calculation when launched with
 330             Turkish language locale
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 334             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 338             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 342             sequence under the cursor
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 346             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 350             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 351             '%s'" on the console
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 355             when there are both local and complementary features mapped
 356             to the position under the cursor
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 360             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 364             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 368             internationalised text for some messages and log output
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 372             hidden gapped columns
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 376             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 380             specifying output format when exporting an alignment via the
 381             command line
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 385             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 386             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 387             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 388             file again, and if that fails, delete the original file and
 389             save in place.)
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 393             via command line
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 397             program and documentation
 398           </li>
 399         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 400         <ul>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 403             first time for a version that has different jars to the
 404             previous launched version.
 405           </li>
 406         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 407         <ul>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 410             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 411             OutOfMemory error.
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 415             monitor the release channel
 416           </li>
 417         </ul> <em>New Known defects</em>
 418         <ul>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 421             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 422             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 423             genome of RNA viruses)
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 427             are ordered differently when shown on alignment and in
 428             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 432             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 433             works for the top left quadrant of the alignment window
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 437             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 441             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 445             protein products for certain ENA records are repeatedly
 446             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 447           </li>
 448         </ul>
 449       </td>
 450     </tr>
 451     <tr>
 452       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 453           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 454           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 455       <td align="left" valign="top">
 456         <ul>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 459             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 460             for display in alignments, on structure views (including
 461             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 462             export.
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 466             exported and re-imported as GFF3 files
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 470             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 474             validation while parsing
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 478             position if reopened
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 482             of associated view
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 486             enabled by default
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 490             tooltips and menus
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 494             with no feature types visible
 495           </li>
 496           <li>
 497           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 498           </li>
 499         </ul><em>Jalview Installer</em>
 500             <ul>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 503             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 510           </li>
 511               <li>
 512                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 513               <li>
 514                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 515         </ul> <em>Release processes</em>
 516         <ul>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 522           </li>
 523         </ul> <em>Build System</em>
 524         <ul>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 530             report
 531           </li>
 532         </ul>
 533         <em>Groovy Scripts</em>
 534             <ul>
 535           <li>
 536             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 537             to stdout containing the consensus sequence for each
 538             alignment in a Jalview session
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 542             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 543             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 544           </li>
 545         </ul>
 546       </td>
 547       <td align="left" valign="top">
 548         <ul>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 551             'Show hidden markers' option is not ticked
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 555             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 556             jalview preferences or properties file
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 560             'Show Sequence Features' option is not ticked
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 564             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 565             features are visible
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 569             equal when split frame is first opened
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 573             correct after editing a sequence's start position
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 577             with annotation and exceptions thrown when only a few
 578             columns shown in wrapped mode
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 582             wrapped alignment figure with annotations
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 586             ID fails with ClassCastException
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 590             Project
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 594             feature settings dialog also selects columns
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 598             IllegalArgumentException in some circumstances
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 602             opened for a view
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 606             alignment window is closed
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 610             help documentation for 2.11.0 release
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 614             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 615             Uniprot Accession
 616           </li>
 617         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 618         <ul>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 621             PDB/Uniprot search panel
 622           </li>
 623         </ul> <em>Installer</em>
 624         <ul>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 627             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 628           </li>
 629         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 630         <ul>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 633             repository
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 637             memory
 638           </li>
 639         </ul> <em>New Known Issues</em>
 640         <ul>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 643             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 644             command line
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 648             clipped in headless figure export when Right Align option
 649             enabled
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 653             'Source' in console output
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 657             bamboo server but run fine locally.
 658           </li>
 659         </ul>
 660       </td>
 661     </tr>
 662     <tr>
 663       <td width="60" align="center" nowrap>
 664           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 665             <em>04/07/2019</em></strong>
 666       </td>
 667       <td align="left" valign="top">
 668         <ul>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 671             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 672             source project) rather than InstallAnywhere
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 676             settings, receive over the air updates and launch specific
 677             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 678               Rings' GetDown</a>)
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 682             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 686             arguments and switch between different getdown channels
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 690             or alignment files
 691           </li>
 692
 693           <li>
 694             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 695             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 698             'Translate as cDNA'</li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 701           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 702             <ul>
 703                       <li>
 704             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 705             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 706           <li>
 707                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 708                 features can be filtered and shaded according to any
 709                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 710                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 711                 file)
 712               </li>
 713               <li>
 714                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 715                 stored and restored from Jalview Projects
 716               </li>
 717               <li>
 718                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 719                 recognise variant features
 720               </li>
 721               <li>
 722                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 723                 sequences (also coloured red by default)
 724               </li>
 725               <li>
 726                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 727                 details
 728               </li>
 729               <li>
 730                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 731                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 732               </li>
 733               <li>
 734                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 735                 dialog
 736               </li>
 737             </ul>
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 741             tree and PCA calculations
 742           </li>
 743           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 744             <ul>
 745               <li>
 746                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 747                 and Viewer state saved in Jalview Project
 748               </li>
 749               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 750                 drop-down menus</li>
 751               <li>
 752                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 753                 incrementally
 754               </li>
 755               <li>
 756                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 757               </li>
 758             </ul>
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 762           </li>
 763           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 764           <ul>
 765               <li>
 766                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 767                 multiple groups when working with large alignments
 768               </li>
 769               <li>
 770                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 771                 Stockholm files
 772               </li>
 773             </ul>
 774           <li><strong>User Interface</strong>
 775           <ul>
 776               <li>
 777                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 778                 view
 779               </li>
 780               <li>
 781                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 782                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 783                 default (can be changed in user preferences)
 784               </li>
 785               <li>
 786                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 787                 to the Overwrite Dialog
 788               </li>
 789               <li>
 790                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 791                 sequences are hidden
 792               </li>
 793               <li>
 794                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 795                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 796               </li>
 797               <li>
 798                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 799                 labels
 800               </li>
 801               <li>
 802                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 803                 when in wrapped mode
 804               </li>
 805               <li>
 806                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 807                 annotation
 808               </li>
 809               <li>
 810                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 811               </li>
 812               <li>
 813                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 814                 panel
 815               </li>
 816               <li>
 817                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 818                 popup menu
 819               </li>
 820               <li>
 821               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 822               <li>
 823               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 824
 825
 826             </ul></li>
 827             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 828           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 829             <ul>
 830               <li>
 831                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 832                 trapping CMD-Q
 833               </li>
 834             </ul></li>
 835         </ul>
 836         <em>Deprecations</em>
 837         <ul>
 838           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 839             capabilities removed from the Jalview Desktop
 840           </li>
 841           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 842             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 843             and XML based data retrieval clients</li>
 844           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 845           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 846         </ul> <em>Documentation</em>
 847         <ul>
 848           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 849             not supported in EPS figure export
 850           </li>
 851           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 852         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 853         <ul>
 854           <li>
 855           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 856           </li>
 857       <li>
 858       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 859           <li>
 860           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 861             gradle-eclipse
 862           </li>
 863           <li>
 864           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 865             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 866             execution
 867           </li>
 868           <li>
 869           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 870             operations
 871           </li>
 872           <li>
 873           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 874             issues resolved
 875           </li>
 876           <li>
 877           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 878             markdown (with HTML rendering)
 879           </li>
 880           <li>
 881           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 882           </li>
 883           <li>
 884           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 885             versions of Jalview
 886           </li>
 887         </ul>
 888       </td>
 889       <td align="left" valign="top">
 890         <ul>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 893           </li>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 896             superposition in Jmol fail on Windows
 897           </li>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 900             structures for sequences with lots of PDB structures
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 904             monospaced font
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 908             project involving multiple views
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 912             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 913             Annotation dialog hides columns
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 917             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 918             one view, then making another selection in the other view
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 922             columns
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 926             Settings and Jalview Preferences panels
 927           </li>
 928           <li>
 929             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 930             overview with large alignments
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 934             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 935             mouse moved to the left of the first column
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 939             hidden column marker via scale popup menu
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 943             doesn't tell users the invalid URL
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 947             score from view
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 951             show cross references or Fetch Database References are shown in
 952             red in original view
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 956             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 960             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 964             when columns are hidden
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 968             Columns by Annotation description
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 972             out of Scale or Annotation Panel
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 976             scale panel
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 980             alignment down
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 984             scale panel
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 988             Page Up in wrapped mode
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 998             on opening an alignment
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1002             Colour menu
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1006             different groups in the alignment are selected
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1010             correctly in menu
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1014             threshold limit
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1018             threshold gets 'unrounded'
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1022             colour
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1032             Tree font
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1036             project file
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1040             shown in complementary view
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1044             without normalisation
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1048             of report
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1052           </li>
1053           <li>
1054           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1055           </li>
1056         </ul> <em>Editing</em>
1057         <ul>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1060             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1061             sequence
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1065             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1066             removed (Known defect since 2.10)
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1070             dialog corrupts dataset sequence
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1074             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1075           </li>
1076         </ul> <em>Datamodel</em>
1077         <ul>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1080             sequence's End is greater than its length
1081           </li>
1082         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1083           general release)</em>
1084         <ul>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1087           </li>
1088         </ul> <em>New Known Defects</em>
1089         <ul>
1090         <li>
1091         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1092         </li>
1093         <li>
1094           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1095           regions of protein alignment.
1096         </li>
1097         <li>
1098           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1099           is restored from a Jalview 2.11 project
1100         </li>
1101         <li>
1102           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1103           'New View'
1104         </li>
1105         <li>
1106           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1107           columns within hidden columns
1108         </li>
1109         <li>
1110           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1111           window after dragging left to select columns to left of visible
1112           region
1113         </li>
1114         <li>
1115           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1116           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1117           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1118           create a Score filter instead.
1119         </li>
1120         <li>
1121         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1122         <li>
1123         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1124         </li>
1125         <li>
1126           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1127           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1128         </li>
1129         </ul>
1130         <em>Java 11 Specific defects</em>
1131           <ul>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1134               alphabetically when saved
1135             </li>
1136         </ul>
1137       </td>
1138     </tr>
1139     <tr>
1140     <td width="60" nowrap>
1141       <div align="center">
1142         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1143       </div>
1144     </td>
1145     <td><div align="left">
1146         <em></em>
1147         <ul>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1150               InstallAnywhere increased to 1G.
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1154               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1155               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1156                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1157                 properties file.</em>
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1161               API and sequence data now imported as JSON.
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1165               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1166               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1167               property.
1168             </li>
1169           </ul>
1170           <em>Development</em>
1171           <ul>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1174               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1175                 Clover</a>
1176             </li>
1177           </ul>
1178         </div></td>
1179     <td><div align="left">
1180         <em></em>
1181         <ul>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1184               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1185               alignment.
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1189               annotation displayed.
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1193               for newly created group when 'Apply to all groups'
1194               selected
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1198               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1199               visible.
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1203               when sequences are selected in exported view.</em>
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1207               aren't rendered with correct colour.
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1211               types of knotted RNA secondary structure.
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1215               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1216               do not start at 1.
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1220               annotation when columns are inserted into an alignment,
1221               and when exporting as Stockholm flatfile.
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1225               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1226               treated as RNA secondary structure.
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1230               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1234               transfers focus to previous window on OSX
1235             </li>
1236           </ul>
1237           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1238           <ul>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1241               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1242               box.
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1246               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1247               'look and feel' which has improved compatibility with the
1248               latest version of OSX.
1249             </li>
1250           </ul>
1251         </div>
1252     </td>
1253     </tr>
1254     <tr>
1255       <td width="60" nowrap>
1256         <div align="center">
1257           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1258             <em>7/06/2018</em></strong>
1259         </div>
1260       </td>
1261       <td><div align="left">
1262           <em></em>
1263           <ul>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1266               annotation retrieved from Uniprot
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1270               onto the Jalview Desktop
1271             </li>
1272           </ul>
1273         </div></td>
1274       <td><div align="left">
1275           <em></em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1279               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1283               right-hand column parsed correctly
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1287               not alignment area in exported graphic
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1291               window has input focus
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1295               annotation added to view (Windows)
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1299               network connectivity is poor
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1303               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1304                 the currently open URL and links from a page viewed in
1305                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1306                 you are using Edge, only links in the page can be
1307                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1308                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1309             </li>
1310           </ul>
1311           <em>New Known Defects</em>
1312           <ul>
1313             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1314           </ul>
1315         </div></td>
1316     </tr>
1317     <tr>
1318       <td width="60" nowrap>
1319         <div align="center">
1320           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1321         </div>
1322       </td>
1323       <td><div align="left">
1324           <em></em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1328               for disabling automatic superposition of multiple
1329               structures and open structures in existing views
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1333               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1334               adjust them.
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1338               Ensembl services
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1342               and lots of hidden columns
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1346               of features (particularly when transparency is disabled)
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1350               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1351               generally available
1352             </li>
1353           </ul>
1354           </div>
1355       </td>
1356       <td><div align="left">
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1360               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1364               overlapping alignment panel
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1368               sequence as gaps
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1372               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1373               UTR
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1377               factor annotation not added to sequence when local PDB
1378               file associated with it by drag'n'drop or structure
1379               chooser
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1383               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1387               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1391               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1395               columns in annotation row
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1399               honored in batch mode
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1403               for structures added to existing Jmol view
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1407               entries after importing project with multiple views
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1411               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1412               with negative residue numbers or missing residues fails
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1416               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1417               as generated by CONSURF)
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1421               tooltip doesn't include a text description of mutation
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1425               structure and/or overview windows are also shown
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1429               very slow for alignments with large numbers of sequences
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1433               with 'StringIndexOutOfBounds'
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1437               platforms running Java 10
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1441               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1442             </li>
1443           </ul>
1444           <em>Applet</em>
1445           <ul>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1448               should copy the group consensus when popup is opened on it
1449             </li>
1450           </ul>
1451           <em>Batch Mode</em>
1452           <ul>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1455           </li>
1456           </ul>
1457           <em>New Known Defects</em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1461               editing a large alignment and overview is displayed
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1465               repeatedly after a series of edits even when the overview
1466               is no longer reflecting updates
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1470               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1471               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1472               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1476               option gives blank output
1477             </li>
1478           </ul>
1479         </div>
1480           </td>
1481     </tr>
1482     <tr>
1483       <td width="60" nowrap>
1484         <div align="center">
1485           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1486         </div>
1487       </td>
1488       <td><div align="left">
1489           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1490               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1491       <td><div align="left">
1492           <em>Desktop</em><ul>
1493           <ul>
1494             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1495             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1496             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1497             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1498             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1499             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1500             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1501           </ul>
1502           </div>
1503       </td>
1504     </tr>
1505     <tr>
1506       <td width="60" nowrap>
1507         <div align="center">
1508           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1509         </div>
1510       </td>
1511       <td><div align="left">
1512           <em></em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1516               rendering of sequence features
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1520               429 rate limit request hander
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1524               their colours have changed
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1528               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1532               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1536               view from Ensembl locus cross-references
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1540               Alignment report
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1544               feature can be disabled
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1548               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1552               Uniprot
1553             </li>
1554           </ul>
1555           <em>Scripting</em>
1556           <ul>
1557             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1558             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1559               percent identity scores for current alignment.</li>
1560           </ul>
1561           <em>Testing and Deployment</em>
1562           <ul>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1565             </li>
1566           </ul>
1567         </div></td>
1568       <td><div align="left">
1569           <em>General</em>
1570           <ul>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1573               threshold text field doesn't trigger an update to the
1574               alignment view
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1578               strings in parallel
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1582               alignment window is closed
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1586               group visibility
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1590               takes a long time in Cursor mode
1591             </li>
1592           </ul>
1593           <em>Desktop</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1597               cannot be viewed in Chimera
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1601               CDS/Protein view
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1605               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1606               Search Dialogs
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1616               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1620               scrolling right in unwapped alignment view
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1624               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1625               database
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1629               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1633               features of same type and group to be selected for
1634               amending
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1638               alignments when hidden columns are present
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1642               displaying several structures
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1646               moving a window
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1650               within the Jalview desktop on OSX
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1654               when in wrapped alignment mode
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1658               hand end of alignment
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1662               each selected sequence do not have correct start/end
1663               positions
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1667               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1671               restoring project until a new view is created
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1675               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1676               configured (since 2.10.2b2)
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1680               position is adjusted
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1684               in a multi-chain structure when viewing alignment
1685               involving more than one chain (since 2.10)
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1689               if new selection moves alignment window
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1693               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1697               that produces correctly annotated transcripts and products
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1701               doesn't update associated structure view
1702             </li>
1703           </ul>
1704           <em>Applet</em><br />
1705           <ul>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1708               closing alignment panel
1709             </li>
1710           </ul>
1711           <em>BioJSON</em><br />
1712           <ul>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1715               non-positional features
1716             </li>
1717           </ul>
1718           <em>New Known Issues</em>
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1722               sequence features correctly (for many previous versions of
1723               Jalview)
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1727               using cursor in wrapped panel other than top
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1731               graduated colour threshold
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1735               always preserve numbering and sequence features
1736             </li>
1737           </ul>
1738           <em>Known Java 9 Issues</em>
1739           <ul>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1742               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1743               9.01, OSX 10.10)
1744             </li>
1745           </ul>
1746         </div></td>
1747     </tr>
1748     <tr>
1749       <td width="60" nowrap>
1750         <div align="center">
1751           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1752             <em>2/10/2017</em></strong>
1753         </div>
1754       </td>
1755       <td><div align="left">
1756           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1757           <ul>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1760             </li>
1761             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1762             </li>
1763           </ul>
1764         </div></td>
1765       <td><div align="left">
1766         </div></td>
1767     </tr>
1768     <tr>
1769       <td width="60" nowrap>
1770         <div align="center">
1771           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1772             <em>7/9/2017</em></strong>
1773         </div>
1774       </td>
1775       <td><div align="left">
1776           <em></em>
1777           <ul>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1780               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1781               white)
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1785               Preferences
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1789               in size and progress bar shown as higher resolution
1790               overview is recalculated
1791             </li>
1792
1793           </ul>
1794         </div></td>
1795       <td><div align="left">
1796           <em></em>
1797           <ul>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1800               column region row by row
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1804               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1808               format setting is unticked
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1812               if group has show boxes format setting unticked
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1816               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1817               include sequences and columns not currently displayed
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1821               assemblies are imported via CIF file
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1825               displayed when threshold or conservation colouring is also
1826               enabled.
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1830               server version
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1834               dragging a selected region off the visible region of the
1835               alignment
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1839               colourscheme to all groups in a view
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1843               initially after font size change using the Font chooser or
1844               middle-mouse zoom
1845             </li>
1846           </ul>
1847         </div></td>
1848     </tr>
1849     <tr>
1850       <td width="60" nowrap>
1851         <div align="center">
1852           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1853         </div>
1854       </td>
1855       <td><div align="left">
1856           <em>Calculations</em>
1857           <ul>
1858
1859             <li>
1860               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1861               ungapped positions in each column of the alignment.
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1865               a calculation dialog box
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1869               and memory efficiency (~30x faster)
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1873               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1874               and other calculations
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1878               files within the Jalview codebase
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1882               Similarity may have different topology due to increased
1883               precision
1884             </li>
1885           </ul>
1886           <em>Rendering</em>
1887           <ul>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1890               model for alignments and groups
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1894               scripts
1895             </li>
1896           </ul>
1897           <em>Overview</em>
1898           <ul>
1899             <li>
1900               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1901               with alignment and overview windows
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1905               overview
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1909               omitted in Overview
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1913               adjustment of visible position
1914             </li>
1915           </ul>
1916
1917           <em>Data import/export</em>
1918           <ul>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1921               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1925               annotation input/output via stockholm flatfile
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1929               extension when importing structure files without embedded
1930               names or PDB accessions
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1934               format sequence substitution matrices
1935             </li>
1936           </ul>
1937           <em>User Interface</em>
1938           <ul>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1941               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1942               the application.
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1946               via Overview or sequence motif search operations
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1950               opened by double clicking gaps within sequence feature
1951               extent
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1955               aligned positions were available to create a 3D structure
1956               superposition.
1957             </li>
1958           </ul>
1959           <em>3D Structure</em>
1960           <ul>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1963               coloured in linked structure views
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1967               file-based command exchange
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1971               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1972               structures are already available for sequences
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1976               the Jalview project rather than downloaded again when the
1977               project is reopened.
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1981               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1982               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1983                 Feature</strong>)
1984             </li>
1985           </ul>
1986           <em>Web Services</em>
1987           <ul>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1993               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1994               Analysis services
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1998               cross-references provided by identifiers.org and the
1999               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2000             </li>
2001           </ul>
2002
2003           <em>Scripting</em>
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2007               identifying file formats (instead of String constants)
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2011               efficiency when counting all displayed features (not
2012               backwards compatible with 2.10.1)
2013             </li>
2014           </ul>
2015           <em>Example files</em>
2016           <ul>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2019               included in the example feature file
2020             </li>
2021           </ul>
2022           <em>Documentation</em>
2023           <ul>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2026               with the built-in Java help viewer
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2030               sequence description' option
2031             </li>
2032           </ul>
2033           <em>Test Suite</em>
2034           <ul>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2037               Uniprot REST Free Text Search Client
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2044               during tests
2045             </li>
2046           </ul>
2047         </div></td>
2048       <td><div align="left">
2049           <em>Calculations</em>
2050           <ul>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2053               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2054               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2055             </li>
2056             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2057               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2058               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2059               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2060               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2061               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2062               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2063               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2064               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2065               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2066               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2067               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2068               // for 2.10.1 mode <br />
2069               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2070               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2071                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2072                 calculations (not recommended)</em></li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2075               scaling of branch lengths for trees computed using
2076               Sequence Feature Similarity.
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2080               generating output report when working with highly
2081               redundant alignments
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2085               right of selected region when gaps present on right-hand
2086               boundary
2087             </li>
2088           </ul>
2089           <em>User Interface</em>
2090           <ul>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2093               doesn't reselect a specific sequence's associated
2094               annotation after it was used for colouring a view
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2098               opened on a region of alignment without groups
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2102               of an alignment with overlapping groups
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2106               name and description match
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2110               hidden regions results in incorrect hidden regions
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2114               changing colour does not apply Conservation slider value
2115               to all groups
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2119               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2123               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2127               gaps before start of features
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2131               restored to UI when feature colour is edited
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2135               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2139               as graduate feature colour settings are modified via the
2140               dialog box
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2144               when a group defined on the alignment is resized
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2148               wrapped view result in positional status updates
2149             </li>
2150
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2153               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2157               alignment included gapped columns
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2161               widgets don't permanently disappear
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2165               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2166               T-Coffee column reliability scores)
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2170               sequence feature on gaps only
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2174               button from a Find inherit previously defined feature type
2175               rather than the Find query string
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2179               exporting tree calculated in Jalview
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2183               and then revealing them reorders sequences on the
2184               alignment
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2188               doesn't update to reflect available set of groups after
2189               interactively adding or modifying features
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2193               Linux
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2197               only excluded gaps in current sequence and ignored
2198               selection.
2199             </li>
2200           </ul>
2201           <em>Rendering</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2205               erratically when hidden rows or columns are present
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2209               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2210               sequence colouring
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2214               colour and group colour menu for protein alignments
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2218               reflect currently selected view or group's shading
2219               thresholds
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2223               when rendered on overview and structures when opacity at
2224               100%
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2228               overview when features overlaid on alignment
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2232               recovered correctly from Jalview project file
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2236               (automatically via preferences) are different to the main
2237               alignment panel
2238             </li>
2239           </ul>
2240           <em>Data import/export</em>
2241           <ul>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2244               load
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2248               added after a sequence was imported are not written to
2249               Stockholm File
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2253               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2257               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2261               with lightGray or darkGray via features file (but can
2262               specify lightgray)
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2266               when alignment view imported from project
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2270               structure and sequences extracted from structure files
2271               imported via URL and viewed in Jmol
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2275               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2276               the project is loaded and the structure viewed
2277             </li>
2278           </ul>
2279           <em>Web Services</em>
2280           <ul>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2283               release of Ensembl v.88
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2287               appear enabled in Preferences->Connections
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2291               removed from console output
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2295               Ensembl by Peptide ID
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2299               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2300               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2301               due to 'null' string rather than empty string used for
2302               residues with no corresponding PDB mapping).
2303             </li>
2304           </ul>
2305           <em>Application UI</em>
2306           <ul>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2309               menu
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2313               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2314               new documentation and tooltips added)
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2318               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2322               new features are added to alignment
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2326               changes to feature colours via the Amend features dialog
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2330               edit graduated feature colour via amend features dialog
2331               box
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2335               selection menu changes colours of alignment views
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2339               from alignment calculation workers after alignment has
2340               been closed
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2344               groups now 'Create Group'
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2348               Create/Undefine group doesn't always work
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2352               shown again after pressing 'Cancel'
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2356               adjusts start position in wrap mode
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2360               ambiguous amino acids
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2364               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2365               proteins
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2369               Defined' don't appear in Colours menu
2370             </li>
2371           </ul>
2372           <em>Applet</em>
2373           <ul>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2376               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2380               overview or linked structure view
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2384               work (since 2.8)
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2388               user-defined colourscheme doesn't restore original
2389               colourscheme
2390             </li>
2391           </ul>
2392           <em>Test Suite</em>
2393           <ul>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2396               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2400               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2401               problems with deep array comparison equality asserts in
2402               successive versions of TestNG
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2406               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2407             </li>
2408           </ul>
2409           <em>New Known Issues</em>
2410           <ul>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2413               phase after a sequence motif find operation
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2417               containing just upper and lower case letters are
2418               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2422               reliably from eggnog Ortholog database
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2426               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2427               to mark columns containing highlighted regions.
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2431               doesn't always add secondary structure annotation.
2432             </li>
2433           </ul>
2434         </div>
2435     <tr>
2436       <td width="60" nowrap>
2437         <div align="center">
2438           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2439         </div>
2440       </td>
2441       <td><div align="left">
2442           <em>General</em>
2443           <ul>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2446               for all consensus calculations
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2450               3rd Oct 2016)
2451             </li>
2452             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2453               for 2016-2017</li>
2454           </ul>
2455           <em>Application</em>
2456           <ul>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2459               set of database cross-references, sorted alphabetically
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2463               from database cross references. Users with custom links
2464               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2465                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2469               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2470               Chimera session
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2474               the Chimera it is connected to is shut down
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2478               columns menu item to mark columns containing highlighted
2479               regions (e.g. from structure selections or results of a
2480               Find operation)
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2484               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2485               MSAviewer
2486             </li>
2487           </ul>
2488         </div></td>
2489       <td>
2490         <div align="left">
2491           <em>General</em>
2492           <ul>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2495               are not coloured or thresholded according to percent
2496               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2500               hydrophobic
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2504               threshold, amino acid properties)
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2508               reported as mapped to residues in a structure file in the
2509               View Mapping report
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2513               could be added multiple times to a sequence
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2517               bond features shown as two highlighted residues rather
2518               than a range in linked structure views, and treated
2519               correctly when selecting and computing trees from features
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2523               cross-references are matched to database name regardless
2524               of case
2525             </li>
2526
2527           </ul>
2528           <em>Application</em>
2529           <ul>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2532               names without regular expressions also offer links from
2533               Sequence ID
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2537               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2538               update Jalview configuration
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2542               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2546               files with similarly named sequences if dropped onto the
2547               alignment
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2551               entries where more chains exist in the PDB accession than
2552               are reported in the SIFTS file
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2556               the structure view when displayed with Chimera
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2560               panel's View->Show Chains submenu
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2564               work for wrapped alignment views
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2568               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2572               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2573               first annotation row
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2577               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2581               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2582             </li>
2583             <!-- JAL-2319 -->
2584             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2585             coordindate data
2586             </li>
2587           </ul>
2588           <!--           <em>New Known Issues</em>
2589           <ul>
2590             <li></li>
2591           </ul> -->
2592         </div>
2593       </td>
2594     </tr>
2595     <td width="60" nowrap>
2596       <div align="center">
2597         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2598           <em>25/10/2016</em></strong>
2599       </div>
2600     </td>
2601     <td><em>Application</em>
2602       <ul>
2603         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2604           view if structures already loaded</li>
2605         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2606           structure views</li>
2607       </ul></td>
2608     <td>
2609       <div align="left">
2610         <em>General</em>
2611         <ul>
2612           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2613             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2614           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2615             example sequences/projects/trees</li>
2616         </ul>
2617         <em>Application</em>
2618         <ul>
2619           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2620             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2621           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2622             without timeout for structures with multiple models or
2623             multiple sequences in alignment</li>
2624           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2625             PDB ID HEADER line</li>
2626           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2627             is performed</li>
2628           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2629             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2630           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2631           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2632             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2633             option</li>
2634           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2635             is created on the alignment</li>
2636           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2637             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2638             pop-up menu</li>
2639         </ul>
2640         <em>Build and deployment</em>
2641         <ul>
2642           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2643             tags</li>
2644         </ul>
2645         <em>New Known Issues</em>
2646         <ul>
2647           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2648             on Windows</li>
2649         </ul>
2650       </div>
2651     </td>
2652     </tr>
2653     <tr>
2654       <td width="60" nowrap>
2655         <div align="center">
2656           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2657         </div>
2658       </td>
2659       <td><em>General</em>
2660         <ul>
2661           <li>
2662             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2663           </li>
2664           <li>
2665             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2666             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2667             better PDB parsing.
2668           </li>
2669           <li>
2670             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2671             reference sequence
2672           </li>
2673           <li>
2674             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2675             mousing over sequence associated annotation
2676           </li>
2677           <li>
2678             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2679             for manual entry
2680           </li>
2681           <li>
2682             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2683             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2684             for each column
2685           </li>
2686           <li>
2687             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2688             showing or hiding columns containing a feature
2689           </li>
2690           <li>
2691             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2692             group and sequence associated annotation labels
2693           </li>
2694           <li>
2695             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2696             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2697             dialogs
2698           </li>
2699
2700         </ul> <em>Application</em>
2701         <ul>
2702           <li>
2703             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2704             gene/transcript view
2705           </li>
2706           <li>
2707             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2708             dialog
2709           </li>
2710           <li>
2711             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2712             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2713           </li>
2714           <li>
2715             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2716             Pfam sources to xfam.org
2717           </li>
2718           <li>
2719             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2720           </li>
2721           <li>
2722             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2723             over sequences in Jalview
2724           </li>
2725           <li>
2726             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2727             regions in ENA and EMBL
2728           </li>
2729           <li>
2730             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2731             for record retrieval via ENA rest API
2732           </li>
2733           <li>
2734             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2735             complement operator
2736           </li>
2737           <li>
2738             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2739             groovy script execution
2740           </li>
2741           <li>
2742             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2743             alignment window's Calculate menu
2744           </li>
2745           <li>
2746             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2747             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2748           </li>
2749           <li>
2750             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2751             calculation workers from groovy scripts
2752           </li>
2753           <li>
2754             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2755             Jalview projects
2756           </li>
2757           <li>
2758             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2759             associations are now saved/restored from project
2760           </li>
2761           <li>
2762             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2763             before sequence fetcher is opened
2764           </li>
2765           <li>
2766             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2767             database chooser opens a sequence fetcher
2768           </li>
2769           <li>
2770             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2771             the UniProt REST API
2772           </li>
2773           <li>
2774             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2775             the news reader opening
2776           </li>
2777           <li>
2778             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2779             querying stored in preferences
2780           </li>
2781           <li>
2782             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2783             search results
2784           </li>
2785           <li>
2786             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2787           </li>
2788           <li>
2789             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2790             menu for nucleotide sequences
2791           </li>
2792           <li>
2793             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2794             and feature counts preserves alignment ordering (and
2795             debugged for complex feature sets).
2796           </li>
2797           <li>
2798             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2799             viewing structures with Jalview 2.10
2800           </li>
2801           <li>
2802             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2803             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2804             Ensembl Genomes REST API
2805           </li>
2806           <li>
2807             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2808             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2809             (Ensembl)
2810           </li>
2811           <li>
2812             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2813             sequences
2814           </li>
2815           <li>
2816             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2817             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2818             data from external database records.
2819           </li>
2820           <li>
2821             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2822             efficient recovery of sequence coding and alignment
2823             annotation relationships.
2824           </li>
2825         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2826         <ul>
2827           <li>
2828             -- JAL---
2829           </li>
2830         </ul> --></td>
2831       <td>
2832         <div align="left">
2833           <em>General</em>
2834           <ul>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2837               menu on OSX
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2841               includes graduated colourschemes
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2845               working with big alignments and lots of hidden columns
2846             </li>
2847             <li>
2848               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2849               at right of alignment window
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2853               contents
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2857               for DNA alignments
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2861               based tree calculation
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2865               unconserved enabled for group on alignment
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2869               set as reference
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2873               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2874               annotation
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2878               hidden columns present
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2882               user created annotation added to alignment
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2886               '()' base pair annotation
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2890               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2891               Consensus
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2895               feature not working
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2899               beginning of sequence
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2903               entry 3a6s
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2907               from a tree when t-coffee scores are shown
2908             </li>
2909             <li>
2910               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2911               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2912             </li>
2913             <li>
2914               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2915               some structures
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2919               to Clustal, PIR and PileUp output
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2923               not visible causes alignment window to repaint
2924             </li>
2925             <li>
2926               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2927               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2928               scores associated with features and annotation rows
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2932               calculation should be case independent
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2936               columns
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2940               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2941               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2942             </li>
2943             <li>
2944               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2945               problems when reference sequence defined and 'show
2946               non-conserved' enabled
2947             </li>
2948             <li>
2949               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2950               load even when Consensus calculation is disabled
2951             </li>
2952             <li>
2953               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2954               alignment does nothing
2955             </li>
2956           </ul>
2957           <em>Application</em>
2958           <ul>
2959             <li>
2960               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2961               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2962               yet fixed for El Capitan)
2963             </li>
2964             <li>
2965               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2966               output when running on non-gb/us i18n platforms
2967             </li>
2968             <li>
2969               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2970               hidden sequences as flat-file alignment
2971             </li>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2974               launching Chimera
2975             </li>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2978               (also hotfix for 2.9.0b2)
2979             </li>
2980             <li>
2981               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2982               reference sequence defined
2983             </li>
2984             <li>
2985               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2986               alignments and views when revealing hidden columns
2987             </li>
2988             <li>
2989               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2990               view in a cDNA/Protein splitframe
2991             </li>
2992             <li>
2993               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2994               sequence from project when only one sequence is
2995               represented
2996             </li>
2997             <li>
2998               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2999               in Structure Chooser
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3003               structure consensus didn't refresh annotation panel
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3007               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3011               dialogs format columns correctly, don't display array
3012               data, sort columns according to type
3013             </li>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3016               file chooser is cancelled during an image export
3017             </li>
3018             <li>
3019               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3020               sequence name containing special characters
3021             </li>
3022             <li>
3023               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3024               case insensitive
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3028               formatting don't wrap
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3032               truncated so L looks like I in consensus annotation
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3036               currently displayed features for the current selection or
3037               view
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3041               after fetching cross-references, and restoring from
3042               project
3043             </li>
3044             <li>
3045               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3046               followed in the structure viewer
3047             </li>
3048             <li>
3049               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3050               splitframe not restored from project
3051             </li>
3052             <li>
3053               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3054               trailing end of protein alignment in transcript/product
3055               splitview when pad-gaps not enabled by default
3056             </li>
3057             <li>
3058               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3059               is case dependent
3060             </li>
3061             <li>
3062               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3063               article has been read (reopened issue due to
3064               internationalisation problems)
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3068               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3069               cross-references
3070             </li>
3071
3072             <li>
3073               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3074               alignment as HTML
3075             </li>
3076             <li>
3077               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3078               multiple structures are shown for one or more sequences.
3079             </li>
3080             <li>
3081               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3082               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3083               is enabled.
3084             </li>
3085             <li>
3086               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3087               specific PDB id for sequence
3088             </li>
3089             <li>
3090               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3091               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3092               columns' is disabled.
3093             </li>
3094             <li>
3095               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3096               selects lowest rather than highest resolution structures
3097               for each sequence
3098             </li>
3099             <li>
3100               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3101               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3102             </li>
3103             <li>
3104               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3105               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3106             </li>
3107             <li>
3108               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3109               after clicking on it to create new annotation for a
3110               column.
3111             </li>
3112             <li>
3113               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3114               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3115             </li>
3116             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3117             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3118           </ul>
3119           <em>Applet</em>
3120           <ul>
3121             <li>
3122               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3123               hidden columns present before start of sequence
3124             </li>
3125             <li>
3126               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3127               (JSON jars)
3128             </li>
3129             <li>
3130               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3131               sequences are hidden in applet
3132             </li>
3133             <li>
3134               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3135               deployment on examples pages.
3136             </li>
3137           </ul>
3138         </div>
3139       </td>
3140     </tr>
3141     <tr>
3142       <td width="60" nowrap>
3143         <div align="center">
3144           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3145             <em>16/10/2015</em></strong>
3146         </div>
3147       </td>
3148       <td><em>General</em>
3149         <ul>
3150           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3151             jars</li>
3152         </ul></td>
3153       <td>
3154         <div align="left">
3155           <em>Application</em>
3156           <ul>
3157             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3158               shown when tree is partitioned</li>
3159             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3160               multiple cDNA/Protein split views</li>
3161           </ul>
3162         </div>
3163       </td>
3164     </tr>
3165     <tr>
3166       <td width="60" nowrap>
3167         <div align="center">
3168           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3169             <em>8/10/2015</em></strong>
3170         </div>
3171       </td>
3172       <td><em>General</em>
3173         <ul>
3174           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3175             2.9</li>
3176         </ul> <em>Application</em>
3177         <ul>
3178           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3179           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3180           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3181         </ul> <em>Applet</em>
3182         <ul>
3183           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3184         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3185         <ul>
3186           <li>
3187             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3188             suite
3189           </li>
3190         </ul></td>
3191       <td>
3192         <div align="left">
3193           <em>General</em>
3194           <ul>
3195             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3196               incorrect when sequence start > 1</li>
3197             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3198               documentation</li>
3199             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3200             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3201               loading a features file containing HTML tags in feature
3202               description</li>
3203
3204           </ul>
3205           <em>Application</em>
3206           <ul>
3207             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3208               reimport</li>
3209             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3210               with 'trim retrieved sequences'</li>
3211             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3212               deleting selected columns</li>
3213             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3214               JNLP templates for webstart launch</li>
3215             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3216               unreleased structures for download or viewing</li>
3217             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3218               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3219             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3220               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3221             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3222               recovered from jalview project</li>
3223             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3224               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3225               alignment view</li>
3226             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3227               color schemes from BioJSON</li>
3228           </ul>
3229           <em>Applet</em>
3230           <ul>
3231             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3232               frame</li>
3233             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3234           </ul>
3235         </div>
3236       </td>
3237     </tr>
3238     <tr>
3239       <td><div align="center">
3240           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3241         </div></td>
3242       <td><em>General</em>
3243         <ul>
3244           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3245             alignments:
3246             <ul>
3247               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3248                 and DNA alignment views</li>
3249               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3250                 cDNA alignment views</li>
3251               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3252                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3253               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3254                 protein sequences</li>
3255             </ul>
3256           </li>
3257           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3258           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3259             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3260           <li>New alignment annotation file statements for
3261             reference sequences and marking hidden columns</li>
3262           <li>Reference sequence based alignment shading to
3263             highlight variation</li>
3264           <li>Select or hide columns according to alignment
3265             annotation</li>
3266           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3267           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3268             acid conservation row</li>
3269           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3270         </ul> <em>Application</em>
3271         <ul>
3272           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3273             <ul>
3274               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3275                 view with cDNA/Protein</li>
3276               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3277                 sequences are placed in the same alignment</li>
3278               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3279                 projects</li>
3280             </ul>
3281           </li>
3282
3283           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3284           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3285             Jalview windows</li>
3286
3287           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3288           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3289           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3290             be shown in VARNA</li>
3291
3292           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3293             as the active selected region</li>
3294
3295           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3296             similarity</li>
3297           <li>New Export options
3298             <ul>
3299               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3300                 region export in flat file generation</li>
3301
3302               <li>Export alignment views for display with the <a
3303                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3304
3305               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3306               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3307                 alignment figures to HTML</li>
3308           </li>
3309           <li>3D structure retrieval and display
3310             <ul>
3311               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3312                 Search API</li>
3313               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3314                 PDB structures for a sequence set</li>
3315             </ul>
3316           </li>
3317
3318           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3319             predictions</li>
3320           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3321             for one or a group of sequences</li>
3322           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3323             from the JPred4 web server</li>
3324           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3325             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3326             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3327           </li>
3328           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3329             VARNA 2D Structure'</li>
3330           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3331             Structure ..."</li>
3332
3333         </ul> <em>Applet</em>
3334         <ul>
3335           <li>New layout for applet example pages</li>
3336           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3337             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3338           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3339             Protein alignments</li>
3340         </ul> <em>Development and deployment</em>
3341         <ul>
3342           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3343           <li>Include installation type and git revision in build
3344             properties and console log output</li>
3345           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3346             storing BioJsMSA Templates</li>
3347           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3348         </ul></td>
3349       <td>
3350         <!-- <em>General</em>
3351         <ul>
3352         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3353         <ul>
3354           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3355           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3356           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3357             predictions are not highlighted in amber</li>
3358           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3359             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3360           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3361             associated structure views</li>
3362           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3363             width checkbox not enabled</li>
3364           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3365             creating user defined colours</li>
3366           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3367             mappings for just that viewer's sequences</li>
3368           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3369             multiple models in Chimera</li>
3370           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3371             over Jmol structure</li>
3372           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3373             output to text box</li>
3374           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3375             have incorrect sequence start/end</li>
3376           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3377             Jalview fails</li>
3378           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3379             work for nucleotide</li>
3380           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3381             to a grey/invisible alignment window</li>
3382           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3383             imports to different position</li>
3384           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3385             on some platforms</li>
3386           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3387             populated</li>
3388           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3389             console if Chimera has been opened</li>
3390           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3391           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3392             retrieved</li>
3393           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3394           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3395             either sequence shows on first structure</li>
3396           <li>'Show annotations' options should not make
3397             non-positional annotations visible</li>
3398           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3399             in right place after 'view flanking regions'</li>
3400           <li>File Save As type unset when current file format is
3401             unknown</li>
3402           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3403             projects</li>
3404           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3405             responsive</li>
3406           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3407             several views on same alignment</li>
3408           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3409           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3410             spaces</li>
3411         </ul> <em>Applet</em>
3412         <ul>
3413           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3414           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3415             descriptions containing angle brackets</li>
3416         </ul> <em>General</em>
3417         <ul>
3418           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3419             via jalview annotation file</li>
3420           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3421             with RNA secondary structure</li>
3422           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3423             translation doesn't work.</li>
3424           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3425           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3426             positions</li>
3427           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3428             choosing 1pt font</li>
3429           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3430             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3431             'h'</li>
3432           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3433             new feature</li>
3434           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3435             order dependent</li>
3436           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3437             sequences</li>
3438           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3439         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3440         <ul>
3441           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3442             www.jalview.org</li>
3443         </ul> <em>Application Known issues</em>
3444         <ul>
3445           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3446           <li>Misleading message appears after trying to delete
3447             solid column.</li>
3448           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3449             version launches</li>
3450           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3451             fails with a sequence mismatch</li>
3452           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3453             scrolling alignment to right</li>
3454           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3455             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3456           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3457             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3458           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3459             ultra-high resolution</li>
3460           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3461             quality and conservation</li>
3462           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3463             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3464         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3465         <ul>
3466           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3467           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3468             window is being resized</li>
3469
3470         </ul>
3471       </td>
3472     </tr>
3473     <tr>
3474       <td><div align="center">
3475           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3476         </div></td>
3477       <td><em>General</em>
3478         <ul>
3479           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3480             Certum.PL.</li>
3481           <li>Features and annotation preserved when performing
3482             pairwise alignment</li>
3483           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3484             imported/exported/displayed</li>
3485           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3486             protein secondary structure</li>
3487           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3488               post-hoc with 2.9 release</em>)
3489           </li>
3490
3491         </ul> <em>Application</em>
3492         <ul>
3493           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3494             with 3D structures</li>
3495           <li>Support for parsing RNAML</li>
3496           <li>Annotations menu for layout
3497             <ul>
3498               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3499               <li>place sequence annotation above/below alignment
3500                 annotation</li>
3501             </ul>
3502           <li>Output in Stockholm format</li>
3503           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3504             translation</li>
3505           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3506           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3507             shared between alignments</li>
3508           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3509             Jalview</li>
3510           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3511             all or current selection</li>
3512           <li>disorder and secondary structure predictions
3513             available as dataset annotation</li>
3514           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3515
3516
3517           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3518             alignments from Rfam</li>
3519           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3520
3521           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3522             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3523           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3524           <li>include installation type in build properties and
3525             console log output</li>
3526           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3527             annotation</li>
3528         </ul></td>
3529       <td>
3530         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3531         <ul>
3532           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3533             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3534           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3535             alignment</li>
3536           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3537           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3538           <li>Double click on sequence associated annotation
3539             selects only first column</li>
3540           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3541             leaves shown in tree</li>
3542           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3543             properly</li>
3544           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3545           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3546             screen and buttons not visible</li>
3547           <li>author list isn't updated if already written to
3548             Jalview properties</li>
3549           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3550             from database</li>
3551           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3552           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3553             browser search window</li>
3554           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3555             in feature settings dialog</li>
3556           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3557             desktop</li>
3558           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3559             pass validation</li>
3560           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3561             fit on screen</li>
3562           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3563             tooltip</li>
3564           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3565             defined user preset</li>
3566           <li>MSA web services warns user if they were launched
3567             with invalid input</li>
3568           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3569             Java 8</li>
3570           <li>
3571             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3572             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3573             created
3574           </li>
3575
3576         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3577         <ul>
3578         </ul> <em>General</em>
3579         <ul>
3580         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3581         <ul>
3582           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3583             memory allocation</li>
3584           <li>launchApp service doesn't automatically open
3585             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3586           <li>
3587             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3588             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3589             1.7_055 is available
3590           </li>
3591         </ul> <em>Application Known issues</em>
3592         <ul>
3593           <li>
3594             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3595             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3596             alignment to right
3597           </li>
3598           <li>
3599             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3600             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3601             with large number of ID
3602           </li>
3603           <li>
3604             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3605             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3606             start/end
3607           </li>
3608           <li>
3609             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3610             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3611             structure tracks are rearranged
3612           </li>
3613           <li>
3614             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3615             invalid rna structure positional highlighting does not
3616             highlight position of invalid base pairs
3617           </li>
3618           <li>
3619             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3620             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3621             project from alignment window file menu
3622           </li>
3623           <li>
3624             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3625             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3626             structures
3627           </li>
3628           <li>
3629             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3630             colour by RNA Helices not enabled when user created
3631             annotation added to alignment
3632           </li>
3633           <li>
3634             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3635             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3636           </li>
3637         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3638         <ul>
3639           <li>
3640             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3641             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3642           </li>
3643           <li>
3644             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3645             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3646           </li>
3647
3648           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3649             when selected</li>
3650         </ul>
3651       </td>
3652     </tr>
3653     <tr>
3654       <td><div align="center">
3655           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3656         </div></td>
3657       <td>
3658         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3659         <em>General</em>
3660         <ul>
3661           <li>Internationalisation of user interface (usually
3662             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3663           <li>Define/Undefine group on current selection with
3664             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3665           <li>Improved group creation/removal options in
3666             alignment/sequence Popup menu</li>
3667           <li>Sensible precision for symbol distribution
3668             percentages shown in logo tooltip.</li>
3669           <li>Annotation panel height set according to amount of
3670             annotation when alignment first opened</li>
3671         </ul> <em>Application</em>
3672         <ul>
3673           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3674             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3675           <li>Select columns containing particular features from
3676             Feature Settings dialog</li>
3677           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3678             sequences</li>
3679           <li>Update Jalview project format:
3680             <ul>
3681               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3682               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3683                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3684               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3685                 colouring</li>
3686             </ul>
3687           </li>
3688           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3689             (PAM250)</li>
3690           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3691             flanking regions for an alignment</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694       <td>
3695         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3696         <ul>
3697           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3698             running after job is cancelled</li>
3699           <li>cannot export features from alignments imported from
3700             Jalview/VAMSAS projects</li>
3701           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3702             float values</li>
3703           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3704             have 'display all symbols' flag set</li>
3705           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3706             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3707           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3708             Jalview</li>
3709           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3710             Lion/Webstart</li>
3711           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3712           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3713           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3714             alignment onto desktop</li>
3715           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3716             'extract scores' function</li>
3717           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3718             alignment window</li>
3719           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3720             performing IUPred disorder prediction</li>
3721           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3722             changing 'normalise logo' display setting</li>
3723           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3724             nothing matches query</li>
3725           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3726             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3727           </li>
3728           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3729             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3730           </li>
3731           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3732             Jalview's menu</li>
3733           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3734             'invalid literal/length code'</li>
3735           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3736             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3737           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3738             colourscheme</li>
3739
3740         </ul> <em>Applet</em>
3741         <ul>
3742           <li>Remove group option is shown even when selection is
3743             not a group</li>
3744           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3745             don't affect groups</li>
3746           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3747             colourscheme name</li>
3748           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3749             Annotation panel is not displayed</li>
3750           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3751             embedded windows</li>
3752         </ul> <em>Other</em>
3753         <ul>
3754           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3755             single sequence were not calculated</li>
3756           <li>annotation files that contain only groups imported as
3757             annotation and junk sequences</li>
3758           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3759             recognised as PFAM or BLC</li>
3760           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3761             doesn't affect background (2.8.0b1)
3762           <li></li>
3763           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3764           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3765             trailing gaps</li>
3766           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3767             registered correctly on import</li>
3768           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3769             certain alignments</li>
3770           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3771             existing annotation based 'use original colours'
3772             colourscheme loses original colours setting</li>
3773         </ul>
3774       </td>
3775     </tr>
3776     <tr>
3777       <td><div align="center">
3778           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3779             <em>30/1/2014</em></strong>
3780         </div></td>
3781       <td>
3782         <ul>
3783           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3784             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3785             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3786             open source project).
3787           </li>
3788           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3789           <li>Output in Stockholm format</li>
3790           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3791           <li>Export/import group and sequence associated line
3792             graph thresholds</li>
3793           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3794             ambiguity codes</li>
3795           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3796             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3797             works</li>
3798           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3799         </ul> <em>Other improvements</em>
3800         <ul>
3801           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3802           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3803             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3804           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3805             files</li>
3806           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3807           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3808             link but no description</li>
3809           <li>Select primary source when selecting authority in
3810             database fetcher GUI</li>
3811           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3812             Jalview</li>
3813           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816       <td>
3817         <ul>
3818           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3819             displayed</li>
3820           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3821             secondary structure annotation line</li>
3822           <li>Sequence database accessions not imported when
3823             fetching alignments from Rfam</li>
3824           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3825             identical IDs</li>
3826           <li>View all structures does not always superpose
3827             structures</li>
3828           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3829             reflect user or preset settings</li>
3830           <li>Null pointer exceptions for some services without
3831             presets or adjustable parameters</li>
3832           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3833             discover PDB xRefs</li>
3834           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3835             features with DAS</li>
3836           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3837             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3838           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3839             residue follows a gap</li>
3840           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3841             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3842           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3843             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3844           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3845             annotation already exists on alignment</li>
3846           <li>oninit javascript function should be called after
3847             initialisation completes</li>
3848           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3849             alignment window display</li>
3850           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3851           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3852             to annotation file</li>
3853           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3854             groups created</li>
3855           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3856             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3857           <li>Pressing return several times causes Number Format
3858             exceptions in keyboard mode</li>
3859           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3860             correct partitions for input data</li>
3861           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3862           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3863           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3864           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3865             mode</li>
3866           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3867             changes one row&#39;s threshold</li>
3868           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3869             doesn&#39;t open</li>
3870           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3871             quality histograms</li>
3872         </ul>
3873       </td>
3874     </tr>
3875     <tr>
3876       <td><div align="center">
3877           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3878         </div></td>
3879       <td><em>Application</em>
3880         <ul>
3881           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3882             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3883           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3884             preferences</li>
3885           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3886             in Jalview alignment window</li>
3887           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3888             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3889           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3890             RNA and ambiguity codes</li>
3891
3892           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3893           <li>Support fetching and database reference look up
3894             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3895             refs')</li>
3896           <li>Jalview project improvements
3897             <ul>
3898               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3899                 flag for annotation</li>
3900               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3901                 alignment</li>
3902               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3903                 Jalview project</li>
3904
3905             </ul>
3906           </li>
3907           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3908           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3909             running</li>
3910           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3911           <li>visual indication that web service results are still
3912             being retrieved from server</li>
3913           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3914             starts up for first time</li>
3915           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3916             services</li>
3917           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3918             client library</li>
3919           <li>Examples directory and Groovy library included in
3920             InstallAnywhere distribution</li>
3921         </ul> <em>Applet</em>
3922         <ul>
3923           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3924             visualization applet example</li>
3925         </ul> <em>General</em>
3926         <ul>
3927           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3928           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3929             defaults</li>
3930           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3931             calculation</li>
3932           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3933             matrices
3934           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3935             in HTML</li>
3936           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3937             structure contacts</li>
3938           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3939           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3940           <li>Parse sequence associated secondary structure
3941             information in Stockholm files</li>
3942           <li>HTML Export database accessions and annotation
3943             information presented in tooltip for sequences</li>
3944           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3945             style RNA alignment files</li>
3946           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3947             alignment</li>
3948           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3949             shade each sequence according to its associated alignment
3950             annotation</li>
3951           <li>New Jalview Logo</li>
3952         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3953         <ul>
3954           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3955           <li>New Website!</li>
3956         </ul></td>
3957       <td><em>Application</em>
3958         <ul>
3959           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3960             wsdbfetch REST service</li>
3961           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3962           <li>Filetype associations not installed for webstart
3963             launch</li>
3964           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3965             job execution in full once it is complete</li>
3966           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3967             uploaded via ali_file parameter</li>
3968           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3969           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3970           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3971             submitted for prediction</li>
3972           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3973             desktop window</li>
3974           <li>Putting fractional value into integer text box in
3975             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3976           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3977             windows 7</li>
3978           <li>View all structures fails with exception shown in
3979             structure view</li>
3980           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3981             escaped in a platform independent way</li>
3982           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3983             using proxy</li>
3984           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3985             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3986           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3987             failure when java web start temporary file caching is
3988             disabled</li>
3989           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3990             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3991           <li>Errors during processing of command line arguments
3992             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3993           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3994             DAS sources in sequence fetcher</li>
3995           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3996             dialog is shown</li>
3997           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3998           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3999           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4000           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4001             on OSX Mountain Lion</li>
4002           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4003             sequences with alignment annotation are pasted into the
4004             alignment</li>
4005           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4006             when loaded from Jalview project</li>
4007           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4008           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4009             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4010           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4011             associated with all views</li>
4012           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4013             annotation rows to new window</li>
4014         </ul> <em>Applet</em>
4015         <ul>
4016           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4017             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4018           <li>loading features via javascript API automatically
4019             enables feature display</li>
4020           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4021             work</li>
4022         </ul> <em>General</em>
4023         <ul>
4024           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4025           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4026             and then deselected</li>
4027           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4028           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4029             coloured with clustalx</li>
4030           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4031             exceptions and redraw errors</li>
4032           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4033             reconfigured view</li>
4034           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4035             colour</li>
4036           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4037             for lots of labels</li>
4038         </ul>
4039     </tr>
4040     <tr>
4041       <td>
4042         <div align="center">
4043           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4044         </div>
4045       </td>
4046       <td><em>Application</em>
4047         <ul>
4048           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4049           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4050           <li>View/alignment association menu to enable user to
4051             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4052             its colours/correspondences from</li>
4053           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4054           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4055             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4056           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4057           <li>Annotation row column label formatting attributes
4058             stored in project file</li>
4059           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4060             rows preserved in Jalview project file</li>
4061           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4062             saved using Desktop window menu</li>
4063           <li>Visual indication that command line arguments are
4064             still being processed</li>
4065           <li>Groovy script execution from URL</li>
4066           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4067             preferences</li>
4068           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4069             alignment with sequences that have high similarity and
4070             matching IDs</li>
4071           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4072           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4073             structures in same window</li>
4074           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4075           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4076             analysis function in its own submenu</li>
4077         </ul> <em>Applet</em>
4078         <ul>
4079           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4080             groups</li>
4081           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4082           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4083           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4084           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4085           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4086             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4087           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4088           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4089             parameters are treated as such</li>
4090           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4091             <ul>
4092               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4093               <li>Javascript callbacks for
4094                 <ul>
4095                   <li>Applet initialisation</li>
4096                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4097                 </ul>
4098               </li>
4099               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4100                 functions</li>
4101               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4102               <li>javascript structure viewer harness to pass
4103                 messages between Jmol and Jalview when running as
4104                 distinct applets</li>
4105               <li>sortBy method</li>
4106               <li>Set of applet and application examples shipped
4107                 with documentation</li>
4108               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4109                 javascript message exchange</li>
4110             </ul>
4111         </ul> <em>General</em>
4112         <ul>
4113           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4114             multiple alignments</li>
4115           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4116           <li>User configurable link to enable redirects to a
4117             www.Jalview.org mirror</li>
4118           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4119           <li>Configurable newline string when writing alignment
4120             and other flat files</li>
4121           <li>Allow alignment annotation description lines to
4122             contain html tags</li>
4123         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4124         <ul>
4125           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4126             examples</li>
4127           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4128             using a web service before displaying the result in the
4129             Jalview desktop</li>
4130           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4131           <li>Ant target to publish example html files with applet
4132             archive</li>
4133           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4134           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4135         </ul></td>
4136       <td><em>Application</em>
4137         <ul>
4138           <li>User defined colourscheme throws exception when
4139             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4140           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4141             dialog for valid filename/format</li>
4142           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4143           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4144             P37173</li>
4145           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4146             which sequence is to be associated with the file</li>
4147           <li>Find All raises null pointer exception when query
4148             only matches sequence IDs</li>
4149           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4150           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4151             2.4 cannot be loaded</li>
4152           <li>Filetype associations not installed for webstart
4153             launch</li>
4154           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4155             with sequences in different alignments do not get coloured
4156             by their associated sequence</li>
4157           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4158             not preserved when project is loaded</li>
4159           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4160             stored in Jalview project</li>
4161           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4162             Jalview project</li>
4163           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4164           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4165             by conservation</li>
4166           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4167             created on new view</li>
4168           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4169             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4170           <li>Alignment quality not updated after alignment
4171             annotation row is hidden then shown</li>
4172           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4173             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4174           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4175             properly</li>
4176           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4177             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4178           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4179           <li>Structures imported from file and saved in project
4180             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4181           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4182             job execution in full once it is complete</li>
4183         </ul> <em>Applet</em>
4184         <ul>
4185           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4186             annotation rows are displayed</li>
4187           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4188             codebase</li>
4189           <li>View follows highlighting does not work for positions
4190             in sequences</li>
4191           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4192           <li>Export features raises exception when no features
4193             exist</li>
4194           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4195             for javascript api is modified when separator string
4196             provided as parameter</li>
4197           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4198             alignment with no existing selection</li>
4199           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4200             to applet&#39;s codebase</li>
4201           <li>Status bar not updated after finished searching and
4202             search wraps around to first result</li>
4203           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4204             several Jalview applets causes race conditions and memory
4205             leaks</li>
4206           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4207             not sent from Jmol in applet</li>
4208           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4209             applet API fatally hang browser</li>
4210         </ul> <em>General</em>
4211         <ul>
4212           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4213             position with wrapped view and hidden regions</li>
4214           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4215             with/without hidden columns</li>
4216           <li>Sequence length given in alignment properties window
4217             is off by 1</li>
4218           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4219             import PDB like structure files</li>
4220           <li>Positional search results are only highlighted
4221             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4222           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4223           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4224             given sequence position</li>
4225           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4226             output</li>
4227           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4228             from nucleotide chains correctly</li>
4229           <li>Structure colours not updated when tree partition
4230             changed in alignment</li>
4231           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4232             parsed in interleaved stockholm</li>
4233           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4234             state</li>
4235           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4236             properly</li>
4237           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4238             properly associated with their pdb files</li>
4239         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4240         <ul>
4241           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4242             ApplyCopyright tool</li>
4243         </ul></td>
4244     </tr>
4245     <tr>
4246       <td>
4247         <div align="center">
4248           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4249         </div>
4250       </td>
4251       <td><em>Application</em>
4252         <ul>
4253           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4254             contact web services</li>
4255           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4256             service job window</li>
4257           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4258         </ul></td>
4259       <td>
4260         <ul>
4261           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4262             pir file emitted by Jalview</li>
4263           <li>Existing feature settings transferred to new
4264             alignment view created from cut'n'paste</li>
4265           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4266             parsing PDB files</li>
4267           <li>Consensus and conservation annotation rows
4268             occasionally become blank for all new windows</li>
4269           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4270             in wrapped view mode</li>
4271         </ul> <em>Application</em>
4272         <ul>
4273           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4274             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4275           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4276             parameter names</li>
4277           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4278             is down</li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281     </tr>
4282     <tr>
4283       <td>
4284         <div align="center">
4285           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4286         </div>
4287       </td>
4288       <td><em>Application</em>
4289         <ul>
4290           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4291             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4292             (JABAWS)
4293           </li>
4294           <li>Web Services preference tab</li>
4295           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4296             preferences</li>
4297           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4298           <li>Superpose structures using associated sequence
4299             alignment</li>
4300           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4301             viewer</li>
4302         </ul> <em>Applet</em>
4303         <ul>
4304           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4305             link out mechanism</li>
4306         </ul> <em>Other</em>
4307         <ul>
4308           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4309             series 12</li>
4310           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4311             require Java 1.5</li>
4312           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4313             sequence annotation files</li>
4314           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4315             type colour specification</li>
4316           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4317             script to check if it being run in an interactive session or
4318             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4319         </ul></td>
4320       <td>
4321         <ul>
4322           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4323             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4324         </ul> <em>Application</em>
4325         <ul>
4326           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4327             selected Regions menu item</li>
4328           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4329             part of a valid accession ID</li>
4330           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4331             runs out of memory</li>
4332           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4333             analysis results</li>
4334           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4335             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4336           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4337         </ul> <em>Applet</em>
4338         <ul>
4339           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4340             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4341             defined.</li>
4342         </ul>
4343       </td>
4344     </tr>
4345     <tr>
4346       <td>
4347         <div align="center">
4348           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4349         </div>
4350       </td>
4351       <td></td>
4352       <td>
4353         <ul>
4354           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4355             sequence IDs</li>
4356           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4357             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4358           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4359             import correctly</li>
4360           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4361             number of columns are hidden</li>
4362           <li>annotation label popup menu not providing correct
4363             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4364             present</li>
4365           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4366             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4367           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4368             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4369
4370         </ul> <em>Applet</em>
4371         <ul>
4372           <li>annotation panel disappears when annotation is
4373             hidden/removed</li>
4374         </ul> <em>Application</em>
4375         <ul>
4376           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4377             alignment opened where annotation panel is visible but no
4378             annotations are present on alignment</li>
4379           <li>pasted region containing hidden columns is
4380             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4381           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4382             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4383           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4384             selected Rregions menu item.</li>
4385           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4386             'Un' or 'Non'conserved</li>
4387           <li>Sequence feature settings are being shared by
4388             multiple distinct alignments</li>
4389           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4390             changed</li>
4391           <li>double click on group annotation to select sequences
4392             does not propagate to associated trees</li>
4393           <li>Mac OSX specific issues:
4394             <ul>
4395               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4396                 window background</li>
4397               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4398                 name set correctly</li>
4399               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4400                 save feature colourscheme button</li>
4401             </ul>
4402           </li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405     </tr>
4406     <tr>
4407
4408       <td>
4409         <div align="center">
4410           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4411         </div>
4412       </td>
4413       <td><em>New Capabilities</em>
4414         <ul>
4415           <li>URL links generated from description line for
4416             regular-expression based URL links (applet and application)
4417
4418           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4419             menu</li>
4420           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4421             structures</li>
4422           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4423             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4424           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4425             average score or total feature count for each sequence.</li>
4426           <li>Shading features by score or associated description</li>
4427           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4428             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4429           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4430             hide everything but the currently selected region.</li>
4431           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4432         </ul> <em>Application</em>
4433         <ul>
4434           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4435             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4436           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4437             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4438           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4439             database references and protein_name is parsed as
4440             description line (BioSapiens terms).</li>
4441           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4442             references in sequence ID tooltip from View menu in
4443             application.</li>
4444           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4445       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4446           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4447             conservation plots</li>
4448           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4449             and visualized as sequence logos</li>
4450           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4451             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4452           </li>
4453           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4454             when a new tree is opened.</li>
4455           <li>Jalview Java Console</li>
4456           <li>Better placement of desktop window when moving
4457             between different screens.</li>
4458           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4459             consensus annotation</li>
4460           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4461             Workflows</li>
4462           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4463             <ul>
4464               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4465                 used to preserve views, structures, and tree display
4466                 settings)</li>
4467               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4468                 command line</li>
4469               <li>Sharing of selected regions between views and
4470                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4471               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4472             </ul></li>
4473         </ul> <em>Applet</em>
4474         <ul>
4475           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4476           <li>New Parameters
4477             <ul>
4478               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4479                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4480                 opened.</li>
4481               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4482                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4483               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4484                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4485               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4486                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4487                 view</li>
4488               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4489                 increase the height or width of a cell in the alignment
4490                 grid relative to the current font size.</li>
4491             </ul>
4492           </li>
4493           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4494             tooltip</li>
4495         </ul> <em>Other</em>
4496         <ul>
4497           <li>Features format: graduated colour definitions and
4498             specification of feature scores</li>
4499           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4500             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4501             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4502           <li>XML formats extended to support graduated feature
4503             colourschemes, group associated annotation, and profile
4504             visualization settings.</li></td>
4505       <td>
4506         <ul>
4507           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4508             rather than description</li>
4509           <li>Non-positional features are now included in sequence
4510             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4511             visibility in tooltip).</li>
4512           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4513           <li>Added URL embedding instructions to features file
4514             documentation.</li>
4515           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4516             'X' in peptide product</li>
4517           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4518             sequence ID and sequence string and query strings do not
4519             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4520           <li>AMSA files only contain first column of
4521             multi-character column annotation labels</li>
4522           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4523             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4524             exported and re-imported)</li>
4525           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4526             name</li>
4527           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4528             as subsequence matches, and correctly reports total number
4529             of both.</li>
4530           <li>Application:
4531             <ul>
4532               <li>Better handling of exceptions during sequence
4533                 retrieval</li>
4534               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4535                 link text excludes the start_end suffix</li>
4536               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4537                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4538               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4539               <li>Sequence description lines properly shared via
4540                 VAMSAS</li>
4541               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4542                 data sources</li>
4543               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4544                 completes before alignment figures are generated.</li>
4545               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4546                 first time.</li>
4547               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4548                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4549               <li>User defined group colours properly recovered
4550                 from Jalview projects.</li>
4551             </ul>
4552           </li>
4553         </ul>
4554       </td>
4555
4556     </tr>
4557     <tr>
4558       <td>
4559         <div align="center">
4560           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4561         </div>
4562       </td>
4563       <td>
4564         <ul>
4565           <li>Experimental support for google analytics usage
4566             tracking.</li>
4567           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4568         </ul>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>Race condition in applet preventing startup in
4573             jre1.6.0u12+.</li>
4574           <li>Exception when feature created from selection beyond
4575             length of sequence.</li>
4576           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4577           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4578             all sequences with a given id</li>
4579           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4580             ID string searches</li>
4581           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4582             alignment to fail with exception</li>
4583         </ul> <em>Application Issues</em>
4584         <ul>
4585           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4586           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4587             data sources</li>
4588         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4589         <ul>
4590           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4591             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4592           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4593             version (java class versioning error fixed)</li>
4594         </ul>
4595       </td>
4596     </tr>
4597     <tr>
4598       <td>
4599
4600         <div align="center">
4601           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4602         </div>
4603       </td>
4604       <td><em>User Interface</em>
4605         <ul>
4606           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4607             translation and protein products</li>
4608           <li>Linked highlighting of structure associated with
4609             residue mapping to codon position</li>
4610           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4611             and 'clear' button</li>
4612           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4613             Tools menu</li>
4614           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4615             numeric data in description line</li>
4616           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4617           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4618             of sequence</li>
4619         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4620         <ul>
4621           <li>JPred3 web service</li>
4622           <li>Prototype sequence search client (no public services
4623             available yet)</li>
4624           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4625             PFAM</li>
4626           <li>URL Links created for matching database cross
4627             references as well as sequence ID</li>
4628           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4629         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4630         <ul>
4631           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4632             databases</li>
4633           <li>Generalised database reference retrieval and
4634             validation to all fetchable databases</li>
4635           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4636             sequence command</li>
4637         </ul> <em>Import and Export</em>
4638         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4639         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4640           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4641         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4642           File</li>
4643         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4644           triplet as name of colourscheme</li>
4645         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4646         <ul>
4647           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4648           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4649             alignments (experimental)</li>
4650           <li>Create new or select existing session to join</li>
4651           <li>load and save of vamsas documents</li>
4652         </ul> <em>Application command line</em>
4653         <ul>
4654           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4655             from applet)</li>
4656           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4657             of DAS servers to query for alignment features</li>
4658           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4659             that are also automatically queried for features</li>
4660           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4661             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4662         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4663         <ul>
4664           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4665             application (when using &quot;View in full
4666             application&quot;)</li>
4667         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4668         <ul>
4669           <li>feature group display control parameter</li>
4670           <li>debug parameter</li>
4671           <li>showbutton parameter</li>
4672         </ul> <em>Applet API methods</em>
4673         <ul>
4674           <li>newView public method</li>
4675           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4676           <li>Feature display control methods</li>
4677           <li>get list of currently selected sequences</li>
4678         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4679         <ul>
4680           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4681           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4682             Jalview release.</li>
4683           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4684             property controls execution of obfuscator</li>
4685           <li>Build target for generating source distribution</li>
4686           <li>Debug flag for javacc</li>
4687           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4688             jalview.bin.Cache</li>
4689           <li>Continuous Build Integration for stable and
4690             development version of Application, Applet and source
4691             distribution</li>
4692         </ul></td>
4693       <td>
4694         <ul>
4695           <li>selected region output includes visible annotations
4696             (for certain formats)</li>
4697           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4698             for editing</li>
4699           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4700           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4701           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4702           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4703             comments</li>
4704           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4705             filenames containing a ':'</li>
4706           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4707             global sequence features</li>
4708           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4709             references from alignment sequences goes to zero</li>
4710           <li>Close of tree branch colour box without colour
4711             selection causes cascading exceptions</li>
4712           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4713           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4714             file parsing fails.</li>
4715           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4716           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4717             not a valid output format</li>
4718           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4719             vamsas</li>
4720           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4721           <li>error messages passed up and output when data read
4722             fails</li>
4723           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4724             sequence is edited</li>
4725           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4726             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4727           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4728             filetype</li>
4729           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4730             import fixed for PFAM records</li>
4731           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4732             window list</li>
4733           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4734             can be read and written correctly to annotation file</li>
4735           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4736             correctly</li>
4737           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4738             non-italic font for representatives in Applet</li>
4739           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4740             Macs.</li>
4741           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4742             Applet)</li>
4743           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4744             due to null pointer exceptions</li>
4745           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4746             first column of alignment</li>
4747           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4748             July 2008</li>
4749           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4750             file is case-insensitive</li>
4751           <li>Sequence features read from Features file appended to
4752             all sequences with matching IDs</li>
4753           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4754             containing a sub-sequence</li>
4755           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4756           <li>feature and annotation file applet parameters
4757             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4758           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4759           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4760             splash-screen version check to complete</li>
4761           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4762             when passing them to the launchApp service</li>
4763           <li>display name and local features preserved in results
4764             retrieved from web service</li>
4765           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4766             sequence fetcher initialisation</li>
4767           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4768             dasobert DAS client</li>
4769           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4770             association</li>
4771           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4772             sequences
4773           </li>
4774         </ul>
4775       </td>
4776     </tr>
4777     <tr>
4778       <td>
4779         <div align="center">
4780           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4781         </div>
4782       </td>
4783       <td>
4784         <ul>
4785           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4786           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4787           <li>Slide sequences</li>
4788           <li>Edit sequence in place</li>
4789           <li>EMBL CDS features</li>
4790           <li>DAS Feature mapping</li>
4791           <li>Feature ordering</li>
4792           <li>Alignment Properties</li>
4793           <li>Annotation Scores</li>
4794           <li>Sort by scores</li>
4795           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4796         </ul>
4797       </td>
4798       <td>
4799         <ul>
4800           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4801           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4802           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4803           <li>Feature group display state in XML</li>
4804           <li>Feature ordering in XML</li>
4805           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4806           <li>Stockholm alignment properties</li>
4807           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4808           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4809           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4810           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4811         </ul>
4812       </td>
4813
4814     </tr>
4815     <tr>
4816       <td>
4817         <div align="center">
4818           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4819         </div>
4820       </td>
4821       <td>
4822         <ul>
4823           <li>Non standard characters can be read and displayed
4824           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4825             applet via textbox
4826           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4827             name &amp; description
4828           <li>Preference setting to display sequence name in
4829             italics
4830           <li>Annotation file format extended to allow
4831             Sequence_groups to be defined
4832           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4833             specified in preferences
4834           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4835             sequences
4836         </ul>
4837       </td>
4838       <td>
4839         <ul>
4840           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4841             installed
4842           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4843           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4844         </ul>
4845       </td>
4846     </tr>
4847     <tr>
4848       <td>
4849         <div align="center">
4850           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4851         </div>
4852       </td>
4853       <td>
4854         <ul>
4855           <li>Multiple views on alignment
4856           <li>Sequence feature editing
4857           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4858           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4859           <li>Background dependent text colour
4860           <li>Right align sequence ids
4861           <li>User-defined lower case residue colours
4862           <li>Format Menu
4863           <li>Select Menu
4864           <li>Menu item accelerator keys
4865           <li>Control-V pastes to current alignment
4866           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4867           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4868           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4869
4870           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4871         </ul>
4872       </td>
4873       <td>
4874         <ul>
4875           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4876           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4877             calculations
4878           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4879             edits
4880           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4881             of alignment)
4882           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4883
4884           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4885             display correctly
4886           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4887           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4888             analysis results
4889           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4890             &#8739;
4891           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4892           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4893           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4894
4895         </ul>
4896       </td>
4897     </tr>
4898     <tr>
4899       <td>
4900         <div align="center">
4901           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4902         </div>
4903       </td>
4904       <td>
4905         <ul>
4906           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4907         </ul>
4908       </td>
4909       <td>
4910         <ul>
4911           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4912             sequence id panel has been resized</li>
4913           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4914             rendered</li>
4915           <li>Annotation files with sequence references - all
4916             elements in file are relative to sequence position</li>
4917           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4918         </ul>
4919       </td>
4920     </tr>
4921     <tr>
4922       <td>
4923         <div align="center">
4924           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4925         </div>
4926       </td>
4927       <td>
4928         <ul>
4929           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4930           <li>DAS Feature fetching</li>
4931           <li>Hide sequences and columns</li>
4932           <li>Export Annotations and Features</li>
4933           <li>GFF file reading / writing</li>
4934           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4935             files</li>
4936           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4937           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4938           <li>Applet can launch the full application</li>
4939           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4940             required)</li>
4941           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4942           <li>Applet can load sequences from parameter
4943             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4944           </li>
4945         </ul>
4946       </td>
4947       <td>
4948         <ul>
4949           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4950           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4951           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4952         </ul>
4953       </td>
4954     </tr>
4955     <tr>
4956       <td>
4957         <div align="center">
4958           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4959         </div>
4960       </td>
4961       <td>
4962         <ul>
4963           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4964           <li>Choose to match case when searching</li>
4965           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4966             expand the visible width and height of the alignment</li>
4967         </ul>
4968       </td>
4969       <td>
4970         <ul>
4971           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4972         </ul>
4973       </td>
4974     </tr>
4975     <tr>
4976       <td>
4977         <div align="center">
4978           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4979         </div>
4980       </td>
4981       <td>&nbsp;</td>
4982       <td>
4983         <ul>
4984           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4985           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4986             value</li>
4987         </ul>
4988       </td>
4989     </tr>
4990     <tr>
4991       <td>
4992         <div align="center">
4993           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4994         </div>
4995       </td>
4996       <td>
4997         <ul>
4998           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4999           <li>Keyboard editing</li>
5000           <li>Create sequence features from searches</li>
5001           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5002             alignments</li>
5003           <li>Features file allows grouping of features</li>
5004           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5005           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5006           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5007         </ul>
5008       </td>
5009       <td>
5010         <ul>
5011           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5012           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5013             descriptions saved.</li>
5014         </ul>
5015       </td>
5016     </tr>
5017     <tr>
5018       <td>
5019         <div align="center">
5020           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5021         </div>
5022       </td>
5023       <td>
5024         <ul>
5025           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5026           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5027           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5028             name for file output</li>
5029           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5030           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5031             used for HTML form input</li>
5032         </ul>
5033       </td>
5034       <td>
5035         <ul>
5036           <li>HTML output writes groups and features</li>
5037           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5038           <li>File IO bugs</li>
5039         </ul>
5040       </td>
5041     </tr>
5042     <tr>
5043       <td>
5044         <div align="center">
5045           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5046         </div>
5047       </td>
5048       <td>
5049         <ul>
5050           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5051           <li>More options for PCA viewer</li>
5052         </ul>
5053       </td>
5054       <td>
5055         <ul>
5056           <li>GUI bugs resolved</li>
5057           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5058         </ul>
5059       </td>
5060     </tr>
5061     <tr>
5062       <td height="63">
5063         <div align="center">
5064           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5065         </div>
5066       </td>
5067       <td>
5068         <ul>
5069           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5070           <li>Jar files are executable</li>
5071           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5072         </ul>
5073       </td>
5074       <td>
5075         <ul>
5076           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5077           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5078           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5079         </ul>
5080       </td>
5081     </tr>
5082     <tr>
5083       <td>
5084         <div align="center">
5085           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5086         </div>
5087       </td>
5088       <td>
5089         <ul>
5090           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093       <td>
5094         <ul>
5095           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5096         </ul>
5097       </td>
5098     </tr>
5099     <tr>
5100       <td>
5101         <div align="center">
5102           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5103         </div>
5104       </td>
5105       <td>
5106         <ul>
5107           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5108             size</li>
5109         </ul>
5110       </td>
5111       <td>
5112         <ul>
5113           <li>Improved JPred client reliability</li>
5114           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5115         </ul>
5116       </td>
5117     </tr>
5118     <tr>
5119       <td>
5120         <div align="center">
5121           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5122         </div>
5123       </td>
5124       <td>
5125         <ul>
5126           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5127           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5128           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5129             to Colour Menu</li>
5130           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5131           <li>Unix users can set default web browser</li>
5132           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5133           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5134         </ul>
5135       </td>
5136       <td>
5137         <ul>
5138           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5139         </ul>
5140       </td>
5141     </tr>
5142     <tr>
5143       <td>
5144         <div align="center">
5145           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5146         </div>
5147       </td>
5148       <td>&nbsp;</td>
5149       <td>
5150         <ul>
5151           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5152             alignment order.</li>
5153         </ul>
5154       </td>
5155     </tr>
5156     <tr>
5157       <td>
5158         <div align="center">
5159           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5160         </div>
5161       </td>
5162       <td>
5163         <ul>
5164           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5165           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5166           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5167             annotations.</li>
5168           <li>Version and build date written to build properties
5169             file.</li>
5170           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5171             at launch of Jalview.</li>
5172         </ul>
5173       </td>
5174       <td>
5175         <ul>
5176           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5177           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5178           <li>Can remove groups one by one.</li>
5179           <li>Filechooser icons installed.</li>
5180           <li>Finder ignores return character when searching.
5181             Return key will initiate a search.<br>
5182           </li>
5183         </ul>
5184       </td>
5185     </tr>
5186     <tr>
5187       <td>
5188         <div align="center">
5189           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5190         </div>
5191       </td>
5192       <td>
5193         <ul>
5194           <li>New codebase</li>
5195         </ul>
5196       </td>
5197       <td>&nbsp;</td>
5198     </tr>
5199   </table>
5200   <p>&nbsp;</p>
5201 </body>
5202 </html>