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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  72             memory settings at launch
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  76             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  77             fetcher dialog.
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  81             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  82             Annotation' for a sequence
  83           </li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  89             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
  95             schema
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is disabled by default
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL- -->
 102           </li>
 103           <li>
 104           </li>
 105         </ul> <em>JalviewJS</em>
 106         <ul>
 107           <li>
 108             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 109             SIFTS
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL- -->
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL- -->
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL- -->
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 122             reported once per key (avoids excessive log output in js
 123             console)
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 127             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 128           </li>
 129           <li></li>
 130         </ul> <em>Development</em>
 131         <ul>
 132           <li>
 133             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 134           </li>
 135           <li>Updated building instructions</li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 138             process, added support for system package provided eclipse
 139             installs on linux
 140           </li>
 141           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 142           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 143             Sur and Monterey</li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 146             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 147             the DMG
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 151             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 152             Jalview Launcher
 153           </li>
 154
 155         </ul>
 156
 157       </td>
 158       <td>
 159         <ul>
 160                   <li>
 161             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 162             execution
 163           </li>
 164         <li>
 165             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 166             disappears when only one structure is shown (and many
 167             sequences:one chain mappings are present)
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 171             the first SEQUENCE_GROUP defined
 172
 173           </li>
 174
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 177             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 178             trees (known defect from 2.11.1.3)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 182             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 183           </li>
 184                     <li>
 185             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown base
 186             in DNA sequences
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 190             Structure Preferences
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 200             modified graduated colour
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 204             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 205             clustal colouring is enabled
 206           </li>
 207           <li><!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels</li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 210             routing to stderr and appear as a raw template
 211           </li>
 212         </ul> <em>JalviewJS</em>
 213         <ul>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 216             down) percentage values causing a divide by zero
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- -->
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- -->
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- -->
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- -->
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 232             via Info.args when there are arguments on the URL
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 239             JalviewJS
 240           </li>
 241         </ul> <em>Development</em>
 242         <ul>
 243           <li>Gradle
 244             <ul>
 245               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 246               <li>
 247                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 248                 Gradle v.6.6+
 249               </li>
 250             </ul>
 251           </li>
 252
 253         </ul>
 254       </td>
 255     </tr>
 256     <tr>
 257       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 258           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 259           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 260       <td></td>
 261       <td align="left" valign="top">
 262         <ul>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 265             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 266             Unix/BSD OSs)
 267           </li>
 268         </ul> <em>Security</em>
 269         <ul>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 272             certificates.
 273           </li>
 274         </ul>
 275     </tr>
 276     <tr>
 277       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 278           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 279           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 280
 281       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 282         <ul>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 285             </li>
 286         </ul></td>
 287       <td>
 288       </td>
 289     </tr>
 290     <tr>
 291       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 292           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 293           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 294
 295       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 296         <ul>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 299             (was log4j 1.2.x).
 300         </ul> <em>Development</em>
 301         <ul>
 302           <li>Updated building instructions</li>
 303         </ul></td>
 304       <td>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 308             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 309             and display)
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 313             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 314             only)
 315           </li>
 316         </ul> <em>Development</em>
 317         <ul>
 318           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 319         </ul>
 320       </td>
 321     </tr>
 322     <tr>
 323       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 324           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 325           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 326       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 327           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 328         <ul>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 331             launch of the news browser (like -nonews argument)
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 335             download of linkout URLs from
 336             www.jalview.org/services/identifiers
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 340             download of BIOJSHTML templates
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 344             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 345             disabled
 346           </li>
 347         </ul></td>
 348       <td align="left" valign="top">
 349         <ul>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 352             Jmol
 353           </li>
 354         </ul> <em>New Known defects</em>
 355         <ul>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 358             always restored from project (since 2.10.3)
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 362             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 363           </li>
 364         </ul>
 365       </td>
 366     </tr>
 367     <tr>
 368       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 369           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 370           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 371       <td align="left" valign="top">
 372         <ul>
 373
 374         </ul>
 375       </td>
 376       <td align="left" valign="top">
 377         <ul>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 380             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 384             sequences can be classed as nucleotide
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 388             sequences after alignment of protein products (known defect
 389             first reported for 2.11.1.0)
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 393             features outwith CDS shown overlaid on protein
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 397             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 398             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 402             CDS features
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 406             always select corresponding protein sequences
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 410             column selection doesn't always ignore hidden columns
 411           </li>
 412         </ul> <em>Installer</em>
 413         <ul>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 416             Windows prevents install4j launching getdown
 417           </li>
 418         </ul> <em>Development</em>
 419         <ul>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 422             version numbers in doc/building.md
 423           </li>
 424         </ul>
 425       </td>
 426     </tr>
 427     <tr>
 428       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 429           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 430           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 431       <td align="left" valign="top">
 432         <ul>
 433         </ul>
 434       </td>
 435       <td align="left" valign="top">
 436         <ul>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 439             "Encountered problems opening
 440             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 441           </li>
 442         </ul>
 443       </td>
 444     </tr>
 445     <tr>
 446       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 447           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 448           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 449       <td align="left" valign="top">
 450         <ul>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 453             residue in cursor mode
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 457             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 461             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 462             improved compatibility with JalviewJS
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 466             alignments from Pfam and Rfam
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 470             import (no longer based on .gz extension)
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 477             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 478             EMBL flat file
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 482             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 483             saving or making backup files.
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 487             <ul>
 488               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 489               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 490             </ul>
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 494             when running on Linux (Requires Java 11+)
 495           </li>
 496         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 497         <ul>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 500             through a system property
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 504             line help for configuring Jalview's memory
 505           </li>
 506         </ul>
 507       </td>
 508       <td align="left" valign="top">
 509         <ul>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 512             but not calculated and no protein or DNA score models are
 513             available for tree/PCA calculation when launched with
 514             Turkish language locale
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 518             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 522             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 526             sequence under the cursor
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 530             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 534             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 535             '%s'" on the console
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 539             when there are both local and complementary features mapped
 540             to the position under the cursor
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 544             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 548             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 552             internationalised text for some messages and log output
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 556             hidden gapped columns
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 560             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 564             specifying output format when exporting an alignment via the
 565             command line
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 569             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 570             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 571             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 572             file again, and if that fails, delete the original file and
 573             save in place.)
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 577             via command line
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 581             program and documentation
 582           </li>
 583         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 584         <ul>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 587             first time for a version that has different jars to the
 588             previous launched version.
 589           </li>
 590         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 591         <ul>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 594             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 595             OutOfMemory error.
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 599             monitor the release channel
 600           </li>
 601         </ul> <em>New Known defects</em>
 602         <ul>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 605             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 606             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 607             genome of RNA viruses)
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 611             are ordered differently when shown on alignment and in
 612             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 616             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 617             works for the top left quadrant of the alignment window
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 621             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 625             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 629             protein products for certain ENA records are repeatedly
 630             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 631           </li>
 632         </ul>
 633       </td>
 634     </tr>
 635     <tr>
 636       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 637           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 638           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 639       <td align="left" valign="top">
 640         <ul>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 643             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 644             for display in alignments, on structure views (including
 645             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 646             export.
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 650             exported and re-imported as GFF3 files
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 654             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 655           </li>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 658             validation while parsing
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 662             position if reopened
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 666             of associated view
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 670             enabled by default
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 674             tooltips and menus
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 678             with no feature types visible
 679           </li>
 680           <li>
 681           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 682           </li>
 683         </ul><em>Jalview Installer</em>
 684             <ul>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 687             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 694           </li>
 695               <li>
 696                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 697               <li>
 698                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 699         </ul> <em>Release processes</em>
 700         <ul>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 706           </li>
 707         </ul> <em>Build System</em>
 708         <ul>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 714             report
 715           </li>
 716         </ul>
 717         <em>Groovy Scripts</em>
 718             <ul>
 719           <li>
 720             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 721             to stdout containing the consensus sequence for each
 722             alignment in a Jalview session
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 726             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 727             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 728           </li>
 729         </ul>
 730       </td>
 731       <td align="left" valign="top">
 732         <ul>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 735             'Show hidden markers' option is not ticked
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 739             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 740             jalview preferences or properties file
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 744             'Show Sequence Features' option is not ticked
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 748             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 749             features are visible
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 753             equal when split frame is first opened
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 757             correct after editing a sequence's start position
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 761             with annotation and exceptions thrown when only a few
 762             columns shown in wrapped mode
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 766             wrapped alignment figure with annotations
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 770             ID fails with ClassCastException
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 774             Project
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 778             feature settings dialog also selects columns
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 782             IllegalArgumentException in some circumstances
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 786             opened for a view
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 790             alignment window is closed
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 794             help documentation for 2.11.0 release
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 798             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 799             Uniprot Accession
 800           </li>
 801         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 802         <ul>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 805             PDB/Uniprot search panel
 806           </li>
 807         </ul> <em>Installer</em>
 808         <ul>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 811             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 812           </li>
 813         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 814         <ul>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 817             repository
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 821             memory
 822           </li>
 823         </ul> <em>New Known Issues</em>
 824         <ul>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 827             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 828             command line
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 832             clipped in headless figure export when Right Align option
 833             enabled
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 837             'Source' in console output
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 841             bamboo server but run fine locally.
 842           </li>
 843         </ul>
 844       </td>
 845     </tr>
 846     <tr>
 847       <td width="60" align="center" nowrap>
 848           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 849             <em>04/07/2019</em></strong>
 850       </td>
 851       <td align="left" valign="top">
 852         <ul>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 855             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 856             source project) rather than InstallAnywhere
 857           </li>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 860             settings, receive over the air updates and launch specific
 861             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 862               Rings' GetDown</a>)
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 866             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 867           </li>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 870             arguments and switch between different getdown channels
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 874             or alignment files
 875           </li>
 876
 877           <li>
 878             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 879             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 882             'Translate as cDNA'</li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 885           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 886             <ul>
 887                       <li>
 888             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 889             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 890           <li>
 891                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 892                 features can be filtered and shaded according to any
 893                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 894                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 895                 file)
 896               </li>
 897               <li>
 898                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 899                 stored and restored from Jalview Projects
 900               </li>
 901               <li>
 902                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 903                 recognise variant features
 904               </li>
 905               <li>
 906                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 907                 sequences (also coloured red by default)
 908               </li>
 909               <li>
 910                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 911                 details
 912               </li>
 913               <li>
 914                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 915                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 916               </li>
 917               <li>
 918                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 919                 dialog
 920               </li>
 921             </ul>
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 925             tree and PCA calculations
 926           </li>
 927           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 928             <ul>
 929               <li>
 930                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 931                 and Viewer state saved in Jalview Project
 932               </li>
 933               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 934                 drop-down menus</li>
 935               <li>
 936                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 937                 incrementally
 938               </li>
 939               <li>
 940                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 941               </li>
 942             </ul>
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 946           </li>
 947           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 948           <ul>
 949               <li>
 950                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 951                 multiple groups when working with large alignments
 952               </li>
 953               <li>
 954                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 955                 Stockholm files
 956               </li>
 957             </ul>
 958           <li><strong>User Interface</strong>
 959           <ul>
 960               <li>
 961                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 962                 view
 963               </li>
 964               <li>
 965                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 966                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 967                 default (can be changed in user preferences)
 968               </li>
 969               <li>
 970                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 971                 to the Overwrite Dialog
 972               </li>
 973               <li>
 974                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 975                 sequences are hidden
 976               </li>
 977               <li>
 978                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 979                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 980               </li>
 981               <li>
 982                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 983                 labels
 984               </li>
 985               <li>
 986                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 987                 when in wrapped mode
 988               </li>
 989               <li>
 990                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 991                 annotation
 992               </li>
 993               <li>
 994                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 995               </li>
 996               <li>
 997                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 998                 panel
 999               </li>
1000               <li>
1001                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
1002                 popup menu
1003               </li>
1004               <li>
1005               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
1006               <li>
1007               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
1008
1009
1010             </ul></li>
1011             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
1012           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
1013             <ul>
1014               <li>
1015                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
1016                 trapping CMD-Q
1017               </li>
1018             </ul></li>
1019         </ul>
1020         <em>Deprecations</em>
1021         <ul>
1022           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1023             capabilities removed from the Jalview Desktop
1024           </li>
1025           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
1026             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
1027             and XML based data retrieval clients</li>
1028           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
1029           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
1030         </ul> <em>Documentation</em>
1031         <ul>
1032           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
1033             not supported in EPS figure export
1034           </li>
1035           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
1036         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1037         <ul>
1038           <li>
1039           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
1040           </li>
1041       <li>
1042       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
1043           <li>
1044           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1045             gradle-eclipse
1046           </li>
1047           <li>
1048           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
1049             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
1050             execution
1051           </li>
1052           <li>
1053           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1054             operations
1055           </li>
1056           <li>
1057           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1058             issues resolved
1059           </li>
1060           <li>
1061           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1062             markdown (with HTML rendering)
1063           </li>
1064           <li>
1065           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1066           </li>
1067           <li>
1068           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1069             versions of Jalview
1070           </li>
1071         </ul>
1072       </td>
1073       <td align="left" valign="top">
1074         <ul>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1080             superposition in Jmol fail on Windows
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
1084             structures for sequences with lots of PDB structures
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
1088             monospaced font
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
1092             project involving multiple views
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1096             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1097             Annotation dialog hides columns
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
1101             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
1102             one view, then making another selection in the other view
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1106             columns
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
1110             Settings and Jalview Preferences panels
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
1114             overview with large alignments
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1118             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
1119             mouse moved to the left of the first column
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
1123             hidden column marker via scale popup menu
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
1127             doesn't tell users the invalid URL
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1131             score from view
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
1135             show cross references or Fetch Database References are shown in
1136             red in original view
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
1140             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1144             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
1148             when columns are hidden
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1152             Columns by Annotation description
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1156             out of Scale or Annotation Panel
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1160             scale panel
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1164             alignment down
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1168             scale panel
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1172             Page Up in wrapped mode
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1182             on opening an alignment
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1186             Colour menu
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1190             different groups in the alignment are selected
1191           </li>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1194             correctly in menu
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1198             threshold limit
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1202             threshold gets 'unrounded'
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1206             colour
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1216             Tree font
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1220             project file
1221           </li>
1222           <li>
1223             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1224             shown in complementary view
1225           </li>
1226           <li>
1227             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1228             without normalisation
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1232             of report
1233           </li>
1234           <li>
1235             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1236           </li>
1237           <li>
1238           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1239           </li>
1240         </ul> <em>Editing</em>
1241         <ul>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1244             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1245             sequence
1246           </li>
1247           <li>
1248             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1249             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1250             removed (Known defect since 2.10)
1251           </li>
1252           <li>
1253             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1254             dialog corrupts dataset sequence
1255           </li>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1258             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1259           </li>
1260         </ul> <em>Datamodel</em>
1261         <ul>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1264             sequence's End is greater than its length
1265           </li>
1266         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1267           general release)</em>
1268         <ul>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1271           </li>
1272         </ul> <em>New Known Defects</em>
1273         <ul>
1274         <li>
1275         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1276         </li>
1277         <li>
1278           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1279           regions of protein alignment.
1280         </li>
1281         <li>
1282           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1283           is restored from a Jalview 2.11 project
1284         </li>
1285         <li>
1286           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1287           'New View'
1288         </li>
1289         <li>
1290           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1291           columns within hidden columns
1292         </li>
1293         <li>
1294           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1295           window after dragging left to select columns to left of visible
1296           region
1297         </li>
1298         <li>
1299           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1300           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1301           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1302           create a Score filter instead.
1303         </li>
1304         <li>
1305         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1306         <li>
1307         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1308         </li>
1309         <li>
1310           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1311           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1312         </li>
1313         </ul>
1314         <em>Java 11 Specific defects</em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1318               alphabetically when saved
1319             </li>
1320         </ul>
1321       </td>
1322     </tr>
1323     <tr>
1324     <td width="60" nowrap>
1325       <div align="center">
1326         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1327       </div>
1328     </td>
1329     <td><div align="left">
1330         <em></em>
1331         <ul>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1334               InstallAnywhere increased to 1G.
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1338               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1339               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1340                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1341                 properties file.</em>
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1345               API and sequence data now imported as JSON.
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1349               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1350               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1351               property.
1352             </li>
1353           </ul>
1354           <em>Development</em>
1355           <ul>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1358               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1359                 Clover</a>
1360             </li>
1361           </ul>
1362         </div></td>
1363     <td><div align="left">
1364         <em></em>
1365         <ul>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1368               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1369               alignment.
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1373               annotation displayed.
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1377               for newly created group when 'Apply to all groups'
1378               selected
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1382               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1383               visible.
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1387               when sequences are selected in exported view.</em>
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1391               aren't rendered with correct colour.
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1395               types of knotted RNA secondary structure.
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1399               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1400               do not start at 1.
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1404               annotation when columns are inserted into an alignment,
1405               and when exporting as Stockholm flatfile.
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1409               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1410               treated as RNA secondary structure.
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1414               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1418               transfers focus to previous window on OSX
1419             </li>
1420           </ul>
1421           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1422           <ul>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1425               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1426               box.
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1430               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1431               'look and feel' which has improved compatibility with the
1432               latest version of OSX.
1433             </li>
1434           </ul>
1435         </div>
1436     </td>
1437     </tr>
1438     <tr>
1439       <td width="60" nowrap>
1440         <div align="center">
1441           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1442             <em>7/06/2018</em></strong>
1443         </div>
1444       </td>
1445       <td><div align="left">
1446           <em></em>
1447           <ul>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1450               annotation retrieved from Uniprot
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1454               onto the Jalview Desktop
1455             </li>
1456           </ul>
1457         </div></td>
1458       <td><div align="left">
1459           <em></em>
1460           <ul>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1463               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1467               right-hand column parsed correctly
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1471               not alignment area in exported graphic
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1475               window has input focus
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1479               annotation added to view (Windows)
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1483               network connectivity is poor
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1487               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1488                 the currently open URL and links from a page viewed in
1489                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1490                 you are using Edge, only links in the page can be
1491                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1492                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1493             </li>
1494           </ul>
1495           <em>New Known Defects</em>
1496           <ul>
1497             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1498           </ul>
1499         </div></td>
1500     </tr>
1501     <tr>
1502       <td width="60" nowrap>
1503         <div align="center">
1504           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1505         </div>
1506       </td>
1507       <td><div align="left">
1508           <em></em>
1509           <ul>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1512               for disabling automatic superposition of multiple
1513               structures and open structures in existing views
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1517               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1518               adjust them.
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1522               Ensembl services
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1526               and lots of hidden columns
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1530               of features (particularly when transparency is disabled)
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1534               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1535               generally available
1536             </li>
1537           </ul>
1538           </div>
1539       </td>
1540       <td><div align="left">
1541           <ul>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1544               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1548               overlapping alignment panel
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1552               sequence as gaps
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1556               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1557               UTR
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1561               factor annotation not added to sequence when local PDB
1562               file associated with it by drag'n'drop or structure
1563               chooser
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1567               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1571               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1575               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1579               columns in annotation row
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1583               honored in batch mode
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1587               for structures added to existing Jmol view
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1591               entries after importing project with multiple views
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1595               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1596               with negative residue numbers or missing residues fails
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1600               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1601               as generated by CONSURF)
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1605               tooltip doesn't include a text description of mutation
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1609               structure and/or overview windows are also shown
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1613               very slow for alignments with large numbers of sequences
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1617               with 'StringIndexOutOfBounds'
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1621               platforms running Java 10
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1625               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1626             </li>
1627           </ul>
1628           <em>Applet</em>
1629           <ul>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1632               should copy the group consensus when popup is opened on it
1633             </li>
1634           </ul>
1635           <em>Batch Mode</em>
1636           <ul>
1637           <li>
1638             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1639           </li>
1640           </ul>
1641           <em>New Known Defects</em>
1642           <ul>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1645               editing a large alignment and overview is displayed
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1649               repeatedly after a series of edits even when the overview
1650               is no longer reflecting updates
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1654               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1655               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1656               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1660               option gives blank output
1661             </li>
1662           </ul>
1663         </div>
1664           </td>
1665     </tr>
1666     <tr>
1667       <td width="60" nowrap>
1668         <div align="center">
1669           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1670         </div>
1671       </td>
1672       <td><div align="left">
1673           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1674               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1675       <td><div align="left">
1676           <em>Desktop</em><ul>
1677           <ul>
1678             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1679             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1680             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1681             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1682             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1683             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1684             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1685           </ul>
1686           </div>
1687       </td>
1688     </tr>
1689     <tr>
1690       <td width="60" nowrap>
1691         <div align="center">
1692           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1693         </div>
1694       </td>
1695       <td><div align="left">
1696           <em></em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1700               rendering of sequence features
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1704               429 rate limit request hander
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1708               their colours have changed
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1712               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1716               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1720               view from Ensembl locus cross-references
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1724               Alignment report
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1728               feature can be disabled
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1732               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1736               Uniprot
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>Scripting</em>
1740           <ul>
1741             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1742             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1743               percent identity scores for current alignment.</li>
1744           </ul>
1745           <em>Testing and Deployment</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1749             </li>
1750           </ul>
1751         </div></td>
1752       <td><div align="left">
1753           <em>General</em>
1754           <ul>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1757               threshold text field doesn't trigger an update to the
1758               alignment view
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1762               strings in parallel
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1766               alignment window is closed
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1770               group visibility
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1774               takes a long time in Cursor mode
1775             </li>
1776           </ul>
1777           <em>Desktop</em>
1778           <ul>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1781               cannot be viewed in Chimera
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1785               CDS/Protein view
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1789               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1790               Search Dialogs
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1800               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1804               scrolling right in unwapped alignment view
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1808               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1809               database
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1813               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1817               features of same type and group to be selected for
1818               amending
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1822               alignments when hidden columns are present
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1826               displaying several structures
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1830               moving a window
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1834               within the Jalview desktop on OSX
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1838               when in wrapped alignment mode
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1842               hand end of alignment
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1846               each selected sequence do not have correct start/end
1847               positions
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1851               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1855               restoring project until a new view is created
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1859               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1860               configured (since 2.10.2b2)
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1864               position is adjusted
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1868               in a multi-chain structure when viewing alignment
1869               involving more than one chain (since 2.10)
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1873               if new selection moves alignment window
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1877               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1881               that produces correctly annotated transcripts and products
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1885               doesn't update associated structure view
1886             </li>
1887           </ul>
1888           <em>Applet</em><br />
1889           <ul>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1892               closing alignment panel
1893             </li>
1894           </ul>
1895           <em>BioJSON</em><br />
1896           <ul>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1899               non-positional features
1900             </li>
1901           </ul>
1902           <em>New Known Issues</em>
1903           <ul>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1906               sequence features correctly (for many previous versions of
1907               Jalview)
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1911               using cursor in wrapped panel other than top
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1915               graduated colour threshold
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1919               always preserve numbering and sequence features
1920             </li>
1921           </ul>
1922           <em>Known Java 9 Issues</em>
1923           <ul>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1926               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1927               9.01, OSX 10.10)
1928             </li>
1929           </ul>
1930         </div></td>
1931     </tr>
1932     <tr>
1933       <td width="60" nowrap>
1934         <div align="center">
1935           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1936             <em>2/10/2017</em></strong>
1937         </div>
1938       </td>
1939       <td><div align="left">
1940           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1941           <ul>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1944             </li>
1945             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1946             </li>
1947           </ul>
1948         </div></td>
1949       <td><div align="left">
1950         </div></td>
1951     </tr>
1952     <tr>
1953       <td width="60" nowrap>
1954         <div align="center">
1955           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1956             <em>7/9/2017</em></strong>
1957         </div>
1958       </td>
1959       <td><div align="left">
1960           <em></em>
1961           <ul>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1964               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1965               white)
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1969               Preferences
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1973               in size and progress bar shown as higher resolution
1974               overview is recalculated
1975             </li>
1976
1977           </ul>
1978         </div></td>
1979       <td><div align="left">
1980           <em></em>
1981           <ul>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1984               column region row by row
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1988               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1992               format setting is unticked
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1996               if group has show boxes format setting unticked
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2000               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2001               include sequences and columns not currently displayed
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2005               assemblies are imported via CIF file
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2009               displayed when threshold or conservation colouring is also
2010               enabled.
2011             </li>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2014               server version
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2018               dragging a selected region off the visible region of the
2019               alignment
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2023               colourscheme to all groups in a view
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2027               initially after font size change using the Font chooser or
2028               middle-mouse zoom
2029             </li>
2030           </ul>
2031         </div></td>
2032     </tr>
2033     <tr>
2034       <td width="60" nowrap>
2035         <div align="center">
2036           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2037         </div>
2038       </td>
2039       <td><div align="left">
2040           <em>Calculations</em>
2041           <ul>
2042
2043             <li>
2044               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2045               ungapped positions in each column of the alignment.
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2049               a calculation dialog box
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2053               and memory efficiency (~30x faster)
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2057               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2058               and other calculations
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2062               files within the Jalview codebase
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2066               Similarity may have different topology due to increased
2067               precision
2068             </li>
2069           </ul>
2070           <em>Rendering</em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2074               model for alignments and groups
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2078               scripts
2079             </li>
2080           </ul>
2081           <em>Overview</em>
2082           <ul>
2083             <li>
2084               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2085               with alignment and overview windows
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2089               overview
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2093               omitted in Overview
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2097               adjustment of visible position
2098             </li>
2099           </ul>
2100
2101           <em>Data import/export</em>
2102           <ul>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2105               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2109               annotation input/output via stockholm flatfile
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2113               extension when importing structure files without embedded
2114               names or PDB accessions
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2118               format sequence substitution matrices
2119             </li>
2120           </ul>
2121           <em>User Interface</em>
2122           <ul>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2125               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2126               the application.
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2130               via Overview or sequence motif search operations
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2134               opened by double clicking gaps within sequence feature
2135               extent
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2139               aligned positions were available to create a 3D structure
2140               superposition.
2141             </li>
2142           </ul>
2143           <em>3D Structure</em>
2144           <ul>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2147               coloured in linked structure views
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2151               file-based command exchange
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2155               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2156               structures are already available for sequences
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2160               the Jalview project rather than downloaded again when the
2161               project is reopened.
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2165               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2166               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2167                 Feature</strong>)
2168             </li>
2169           </ul>
2170           <em>Web Services</em>
2171           <ul>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2177               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2178               Analysis services
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2182               cross-references provided by identifiers.org and the
2183               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2184             </li>
2185           </ul>
2186
2187           <em>Scripting</em>
2188           <ul>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2191               identifying file formats (instead of String constants)
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2195               efficiency when counting all displayed features (not
2196               backwards compatible with 2.10.1)
2197             </li>
2198           </ul>
2199           <em>Example files</em>
2200           <ul>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2203               included in the example feature file
2204             </li>
2205           </ul>
2206           <em>Documentation</em>
2207           <ul>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2210               with the built-in Java help viewer
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2214               sequence description' option
2215             </li>
2216           </ul>
2217           <em>Test Suite</em>
2218           <ul>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2221               Uniprot REST Free Text Search Client
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2228               during tests
2229             </li>
2230           </ul>
2231         </div></td>
2232       <td><div align="left">
2233           <em>Calculations</em>
2234           <ul>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2237               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2238               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2239             </li>
2240             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2241               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2242               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2243               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2244               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2245               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2246               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2247               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2248               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2249               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2250               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2251               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2252               // for 2.10.1 mode <br />
2253               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2254               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2255                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2256                 calculations (not recommended)</em></li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2259               scaling of branch lengths for trees computed using
2260               Sequence Feature Similarity.
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2264               generating output report when working with highly
2265               redundant alignments
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2269               right of selected region when gaps present on right-hand
2270               boundary
2271             </li>
2272           </ul>
2273           <em>User Interface</em>
2274           <ul>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2277               doesn't reselect a specific sequence's associated
2278               annotation after it was used for colouring a view
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2282               opened on a region of alignment without groups
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2286               of an alignment with overlapping groups
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2290               name and description match
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2294               hidden regions results in incorrect hidden regions
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2298               changing colour does not apply Conservation slider value
2299               to all groups
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2303               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2307               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2311               gaps before start of features
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2315               restored to UI when feature colour is edited
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2319               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2323               as graduate feature colour settings are modified via the
2324               dialog box
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2328               when a group defined on the alignment is resized
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2332               wrapped view result in positional status updates
2333             </li>
2334
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2337               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2341               alignment included gapped columns
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2345               widgets don't permanently disappear
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2349               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2350               T-Coffee column reliability scores)
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2354               sequence feature on gaps only
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2358               button from a Find inherit previously defined feature type
2359               rather than the Find query string
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2363               exporting tree calculated in Jalview
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2367               and then revealing them reorders sequences on the
2368               alignment
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2372               doesn't update to reflect available set of groups after
2373               interactively adding or modifying features
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2377               Linux
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2381               only excluded gaps in current sequence and ignored
2382               selection.
2383             </li>
2384           </ul>
2385           <em>Rendering</em>
2386           <ul>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2389               erratically when hidden rows or columns are present
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2393               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2394               sequence colouring
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2398               colour and group colour menu for protein alignments
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2402               reflect currently selected view or group's shading
2403               thresholds
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2407               when rendered on overview and structures when opacity at
2408               100%
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2412               overview when features overlaid on alignment
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2416               recovered correctly from Jalview project file
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2420               (automatically via preferences) are different to the main
2421               alignment panel
2422             </li>
2423           </ul>
2424           <em>Data import/export</em>
2425           <ul>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2428               load
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2432               added after a sequence was imported are not written to
2433               Stockholm File
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2437               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2441               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2445               with lightGray or darkGray via features file (but can
2446               specify lightgray)
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2450               when alignment view imported from project
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2454               structure and sequences extracted from structure files
2455               imported via URL and viewed in Jmol
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2459               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2460               the project is loaded and the structure viewed
2461             </li>
2462           </ul>
2463           <em>Web Services</em>
2464           <ul>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2467               release of Ensembl v.88
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2471               appear enabled in Preferences->Connections
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2475               removed from console output
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2479               Ensembl by Peptide ID
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2483               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2484               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2485               due to 'null' string rather than empty string used for
2486               residues with no corresponding PDB mapping).
2487             </li>
2488           </ul>
2489           <em>Application UI</em>
2490           <ul>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2493               menu
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2497               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2498               new documentation and tooltips added)
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2502               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2506               new features are added to alignment
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2510               changes to feature colours via the Amend features dialog
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2514               edit graduated feature colour via amend features dialog
2515               box
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2519               selection menu changes colours of alignment views
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2523               from alignment calculation workers after alignment has
2524               been closed
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2528               groups now 'Create Group'
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2532               Create/Undefine group doesn't always work
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2536               shown again after pressing 'Cancel'
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2540               adjusts start position in wrap mode
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2544               ambiguous amino acids
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2548               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2549               proteins
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2553               Defined' don't appear in Colours menu
2554             </li>
2555           </ul>
2556           <em>Applet</em>
2557           <ul>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2560               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2564               overview or linked structure view
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2568               work (since 2.8)
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2572               user-defined colourscheme doesn't restore original
2573               colourscheme
2574             </li>
2575           </ul>
2576           <em>Test Suite</em>
2577           <ul>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2580               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2584               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2585               problems with deep array comparison equality asserts in
2586               successive versions of TestNG
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2590               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2591             </li>
2592           </ul>
2593           <em>New Known Issues</em>
2594           <ul>
2595             <li>
2596               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2597               phase after a sequence motif find operation
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2601               containing just upper and lower case letters are
2602               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2606               reliably from eggnog Ortholog database
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2610               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2611               to mark columns containing highlighted regions.
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2615               doesn't always add secondary structure annotation.
2616             </li>
2617           </ul>
2618         </div>
2619     <tr>
2620       <td width="60" nowrap>
2621         <div align="center">
2622           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2623         </div>
2624       </td>
2625       <td><div align="left">
2626           <em>General</em>
2627           <ul>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2630               for all consensus calculations
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2634               3rd Oct 2016)
2635             </li>
2636             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2637               for 2016-2017</li>
2638           </ul>
2639           <em>Application</em>
2640           <ul>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2643               set of database cross-references, sorted alphabetically
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2647               from database cross references. Users with custom links
2648               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2649                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2653               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2654               Chimera session
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2658               the Chimera it is connected to is shut down
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2662               columns menu item to mark columns containing highlighted
2663               regions (e.g. from structure selections or results of a
2664               Find operation)
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2668               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2669               MSAviewer
2670             </li>
2671           </ul>
2672         </div></td>
2673       <td>
2674         <div align="left">
2675           <em>General</em>
2676           <ul>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2679               are not coloured or thresholded according to percent
2680               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2684               hydrophobic
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2688               threshold, amino acid properties)
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2692               reported as mapped to residues in a structure file in the
2693               View Mapping report
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2697               could be added multiple times to a sequence
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2701               bond features shown as two highlighted residues rather
2702               than a range in linked structure views, and treated
2703               correctly when selecting and computing trees from features
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2707               cross-references are matched to database name regardless
2708               of case
2709             </li>
2710
2711           </ul>
2712           <em>Application</em>
2713           <ul>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2716               names without regular expressions also offer links from
2717               Sequence ID
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2721               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2722               update Jalview configuration
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2726               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2730               files with similarly named sequences if dropped onto the
2731               alignment
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2735               entries where more chains exist in the PDB accession than
2736               are reported in the SIFTS file
2737             </li>
2738             <li>
2739               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2740               the structure view when displayed with Chimera
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2744               panel's View->Show Chains submenu
2745             </li>
2746             <li>
2747               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2748               work for wrapped alignment views
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2752               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2756               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2757               first annotation row
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2761               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2762             </li>
2763             <li>
2764               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2765               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2766             </li>
2767             <!-- JAL-2319 -->
2768             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2769             coordindate data
2770             </li>
2771           </ul>
2772           <!--           <em>New Known Issues</em>
2773           <ul>
2774             <li></li>
2775           </ul> -->
2776         </div>
2777       </td>
2778     </tr>
2779     <td width="60" nowrap>
2780       <div align="center">
2781         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2782           <em>25/10/2016</em></strong>
2783       </div>
2784     </td>
2785     <td><em>Application</em>
2786       <ul>
2787         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2788           view if structures already loaded</li>
2789         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2790           structure views</li>
2791       </ul></td>
2792     <td>
2793       <div align="left">
2794         <em>General</em>
2795         <ul>
2796           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2797             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2798           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2799             example sequences/projects/trees</li>
2800         </ul>
2801         <em>Application</em>
2802         <ul>
2803           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2804             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2805           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2806             without timeout for structures with multiple models or
2807             multiple sequences in alignment</li>
2808           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2809             PDB ID HEADER line</li>
2810           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2811             is performed</li>
2812           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2813             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2814           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2815           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2816             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2817             option</li>
2818           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2819             is created on the alignment</li>
2820           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2821             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2822             pop-up menu</li>
2823         </ul>
2824         <em>Build and deployment</em>
2825         <ul>
2826           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2827             tags</li>
2828         </ul>
2829         <em>New Known Issues</em>
2830         <ul>
2831           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2832             on Windows</li>
2833         </ul>
2834       </div>
2835     </td>
2836     </tr>
2837     <tr>
2838       <td width="60" nowrap>
2839         <div align="center">
2840           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2841         </div>
2842       </td>
2843       <td><em>General</em>
2844         <ul>
2845           <li>
2846             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2847           </li>
2848           <li>
2849             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2850             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2851             better PDB parsing.
2852           </li>
2853           <li>
2854             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2855             reference sequence
2856           </li>
2857           <li>
2858             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2859             mousing over sequence associated annotation
2860           </li>
2861           <li>
2862             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2863             for manual entry
2864           </li>
2865           <li>
2866             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2867             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2868             for each column
2869           </li>
2870           <li>
2871             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2872             showing or hiding columns containing a feature
2873           </li>
2874           <li>
2875             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2876             group and sequence associated annotation labels
2877           </li>
2878           <li>
2879             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2880             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2881             dialogs
2882           </li>
2883
2884         </ul> <em>Application</em>
2885         <ul>
2886           <li>
2887             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2888             gene/transcript view
2889           </li>
2890           <li>
2891             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2892             dialog
2893           </li>
2894           <li>
2895             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2896             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2897           </li>
2898           <li>
2899             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2900             Pfam sources to xfam.org
2901           </li>
2902           <li>
2903             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2904           </li>
2905           <li>
2906             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2907             over sequences in Jalview
2908           </li>
2909           <li>
2910             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2911             regions in ENA and EMBL
2912           </li>
2913           <li>
2914             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2915             for record retrieval via ENA rest API
2916           </li>
2917           <li>
2918             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2919             complement operator
2920           </li>
2921           <li>
2922             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2923             groovy script execution
2924           </li>
2925           <li>
2926             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2927             alignment window's Calculate menu
2928           </li>
2929           <li>
2930             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2931             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2932           </li>
2933           <li>
2934             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2935             calculation workers from groovy scripts
2936           </li>
2937           <li>
2938             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2939             Jalview projects
2940           </li>
2941           <li>
2942             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2943             associations are now saved/restored from project
2944           </li>
2945           <li>
2946             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2947             before sequence fetcher is opened
2948           </li>
2949           <li>
2950             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2951             database chooser opens a sequence fetcher
2952           </li>
2953           <li>
2954             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2955             the UniProt REST API
2956           </li>
2957           <li>
2958             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2959             the news reader opening
2960           </li>
2961           <li>
2962             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2963             querying stored in preferences
2964           </li>
2965           <li>
2966             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2967             search results
2968           </li>
2969           <li>
2970             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2971           </li>
2972           <li>
2973             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2974             menu for nucleotide sequences
2975           </li>
2976           <li>
2977             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2978             and feature counts preserves alignment ordering (and
2979             debugged for complex feature sets).
2980           </li>
2981           <li>
2982             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2983             viewing structures with Jalview 2.10
2984           </li>
2985           <li>
2986             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2987             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2988             Ensembl Genomes REST API
2989           </li>
2990           <li>
2991             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2992             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2993             (Ensembl)
2994           </li>
2995           <li>
2996             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2997             sequences
2998           </li>
2999           <li>
3000             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3001             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3002             data from external database records.
3003           </li>
3004           <li>
3005             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3006             efficient recovery of sequence coding and alignment
3007             annotation relationships.
3008           </li>
3009         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3010         <ul>
3011           <li>
3012             -- JAL---
3013           </li>
3014         </ul> --></td>
3015       <td>
3016         <div align="left">
3017           <em>General</em>
3018           <ul>
3019             <li>
3020               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3021               menu on OSX
3022             </li>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3025               includes graduated colourschemes
3026             </li>
3027             <li>
3028               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3029               working with big alignments and lots of hidden columns
3030             </li>
3031             <li>
3032               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3033               at right of alignment window
3034             </li>
3035             <li>
3036               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3037               contents
3038             </li>
3039             <li>
3040               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3041               for DNA alignments
3042             </li>
3043             <li>
3044               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3045               based tree calculation
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3049               unconserved enabled for group on alignment
3050             </li>
3051             <li>
3052               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3053               set as reference
3054             </li>
3055             <li>
3056               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3057               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3058               annotation
3059             </li>
3060             <li>
3061               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3062               hidden columns present
3063             </li>
3064             <li>
3065               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3066               user created annotation added to alignment
3067             </li>
3068             <li>
3069               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3070               '()' base pair annotation
3071             </li>
3072             <li>
3073               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3074               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3075               Consensus
3076             </li>
3077             <li>
3078               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3079               feature not working
3080             </li>
3081             <li>
3082               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3083               beginning of sequence
3084             </li>
3085             <li>
3086               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3087               entry 3a6s
3088             </li>
3089             <li>
3090               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3091               from a tree when t-coffee scores are shown
3092             </li>
3093             <li>
3094               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3095               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3096             </li>
3097             <li>
3098               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3099               some structures
3100             </li>
3101             <li>
3102               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3103               to Clustal, PIR and PileUp output
3104             </li>
3105             <li>
3106               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3107               not visible causes alignment window to repaint
3108             </li>
3109             <li>
3110               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3111               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3112               scores associated with features and annotation rows
3113             </li>
3114             <li>
3115               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3116               calculation should be case independent
3117             </li>
3118             <li>
3119               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3120               columns
3121             </li>
3122             <li>
3123               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3124               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3125               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3126             </li>
3127             <li>
3128               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3129               problems when reference sequence defined and 'show
3130               non-conserved' enabled
3131             </li>
3132             <li>
3133               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3134               load even when Consensus calculation is disabled
3135             </li>
3136             <li>
3137               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3138               alignment does nothing
3139             </li>
3140           </ul>
3141           <em>Application</em>
3142           <ul>
3143             <li>
3144               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3145               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3146               yet fixed for El Capitan)
3147             </li>
3148             <li>
3149               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3150               output when running on non-gb/us i18n platforms
3151             </li>
3152             <li>
3153               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3154               hidden sequences as flat-file alignment
3155             </li>
3156             <li>
3157               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3158               launching Chimera
3159             </li>
3160             <li>
3161               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3162               (also hotfix for 2.9.0b2)
3163             </li>
3164             <li>
3165               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3166               reference sequence defined
3167             </li>
3168             <li>
3169               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3170               alignments and views when revealing hidden columns
3171             </li>
3172             <li>
3173               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3174               view in a cDNA/Protein splitframe
3175             </li>
3176             <li>
3177               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3178               sequence from project when only one sequence is
3179               represented
3180             </li>
3181             <li>
3182               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3183               in Structure Chooser
3184             </li>
3185             <li>
3186               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3187               structure consensus didn't refresh annotation panel
3188             </li>
3189             <li>
3190               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3191               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3192             </li>
3193             <li>
3194               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3195               dialogs format columns correctly, don't display array
3196               data, sort columns according to type
3197             </li>
3198             <li>
3199               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3200               file chooser is cancelled during an image export
3201             </li>
3202             <li>
3203               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3204               sequence name containing special characters
3205             </li>
3206             <li>
3207               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3208               case insensitive
3209             </li>
3210             <li>
3211               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3212               formatting don't wrap
3213             </li>
3214             <li>
3215               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3216               truncated so L looks like I in consensus annotation
3217             </li>
3218             <li>
3219               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3220               currently displayed features for the current selection or
3221               view
3222             </li>
3223             <li>
3224               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3225               after fetching cross-references, and restoring from
3226               project
3227             </li>
3228             <li>
3229               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3230               followed in the structure viewer
3231             </li>
3232             <li>
3233               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3234               splitframe not restored from project
3235             </li>
3236             <li>
3237               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3238               trailing end of protein alignment in transcript/product
3239               splitview when pad-gaps not enabled by default
3240             </li>
3241             <li>
3242               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3243               is case dependent
3244             </li>
3245             <li>
3246               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3247               article has been read (reopened issue due to
3248               internationalisation problems)
3249             </li>
3250             <li>
3251               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3252               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3253               cross-references
3254             </li>
3255
3256             <li>
3257               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3258               alignment as HTML
3259             </li>
3260             <li>
3261               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3262               multiple structures are shown for one or more sequences.
3263             </li>
3264             <li>
3265               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3266               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3267               is enabled.
3268             </li>
3269             <li>
3270               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3271               specific PDB id for sequence
3272             </li>
3273             <li>
3274               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3275               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3276               columns' is disabled.
3277             </li>
3278             <li>
3279               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3280               selects lowest rather than highest resolution structures
3281               for each sequence
3282             </li>
3283             <li>
3284               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3285               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3286             </li>
3287             <li>
3288               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3289               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3293               after clicking on it to create new annotation for a
3294               column.
3295             </li>
3296             <li>
3297               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3298               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3299             </li>
3300             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3301             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3302           </ul>
3303           <em>Applet</em>
3304           <ul>
3305             <li>
3306               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3307               hidden columns present before start of sequence
3308             </li>
3309             <li>
3310               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3311               (JSON jars)
3312             </li>
3313             <li>
3314               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3315               sequences are hidden in applet
3316             </li>
3317             <li>
3318               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3319               deployment on examples pages.
3320             </li>
3321           </ul>
3322         </div>
3323       </td>
3324     </tr>
3325     <tr>
3326       <td width="60" nowrap>
3327         <div align="center">
3328           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3329             <em>16/10/2015</em></strong>
3330         </div>
3331       </td>
3332       <td><em>General</em>
3333         <ul>
3334           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3335             jars</li>
3336         </ul></td>
3337       <td>
3338         <div align="left">
3339           <em>Application</em>
3340           <ul>
3341             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3342               shown when tree is partitioned</li>
3343             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3344               multiple cDNA/Protein split views</li>
3345           </ul>
3346         </div>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td width="60" nowrap>
3351         <div align="center">
3352           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3353             <em>8/10/2015</em></strong>
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td><em>General</em>
3357         <ul>
3358           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3359             2.9</li>
3360         </ul> <em>Application</em>
3361         <ul>
3362           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3363           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3364           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3365         </ul> <em>Applet</em>
3366         <ul>
3367           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3368         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3369         <ul>
3370           <li>
3371             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3372             suite
3373           </li>
3374         </ul></td>
3375       <td>
3376         <div align="left">
3377           <em>General</em>
3378           <ul>
3379             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3380               incorrect when sequence start > 1</li>
3381             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3382               documentation</li>
3383             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3384             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3385               loading a features file containing HTML tags in feature
3386               description</li>
3387
3388           </ul>
3389           <em>Application</em>
3390           <ul>
3391             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3392               reimport</li>
3393             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3394               with 'trim retrieved sequences'</li>
3395             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3396               deleting selected columns</li>
3397             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3398               JNLP templates for webstart launch</li>
3399             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3400               unreleased structures for download or viewing</li>
3401             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3402               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3403             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3404               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3405             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3406               recovered from jalview project</li>
3407             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3408               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3409               alignment view</li>
3410             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3411               color schemes from BioJSON</li>
3412           </ul>
3413           <em>Applet</em>
3414           <ul>
3415             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3416               frame</li>
3417             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3418           </ul>
3419         </div>
3420       </td>
3421     </tr>
3422     <tr>
3423       <td><div align="center">
3424           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3425         </div></td>
3426       <td><em>General</em>
3427         <ul>
3428           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3429             alignments:
3430             <ul>
3431               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3432                 and DNA alignment views</li>
3433               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3434                 cDNA alignment views</li>
3435               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3436                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3437               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3438                 protein sequences</li>
3439             </ul>
3440           </li>
3441           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3442           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3443             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3444           <li>New alignment annotation file statements for
3445             reference sequences and marking hidden columns</li>
3446           <li>Reference sequence based alignment shading to
3447             highlight variation</li>
3448           <li>Select or hide columns according to alignment
3449             annotation</li>
3450           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3451           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3452             acid conservation row</li>
3453           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3454         </ul> <em>Application</em>
3455         <ul>
3456           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3457             <ul>
3458               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3459                 view with cDNA/Protein</li>
3460               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3461                 sequences are placed in the same alignment</li>
3462               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3463                 projects</li>
3464             </ul>
3465           </li>
3466
3467           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3468           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3469             Jalview windows</li>
3470
3471           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3472           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3473           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3474             be shown in VARNA</li>
3475
3476           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3477             as the active selected region</li>
3478
3479           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3480             similarity</li>
3481           <li>New Export options
3482             <ul>
3483               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3484                 region export in flat file generation</li>
3485
3486               <li>Export alignment views for display with the <a
3487                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3488
3489               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3490               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3491                 alignment figures to HTML</li>
3492           </li>
3493           <li>3D structure retrieval and display
3494             <ul>
3495               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3496                 Search API</li>
3497               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3498                 PDB structures for a sequence set</li>
3499             </ul>
3500           </li>
3501
3502           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3503             predictions</li>
3504           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3505             for one or a group of sequences</li>
3506           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3507             from the JPred4 web server</li>
3508           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3509             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3510             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3511           </li>
3512           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3513             VARNA 2D Structure'</li>
3514           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3515             Structure ..."</li>
3516
3517         </ul> <em>Applet</em>
3518         <ul>
3519           <li>New layout for applet example pages</li>
3520           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3521             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3522           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3523             Protein alignments</li>
3524         </ul> <em>Development and deployment</em>
3525         <ul>
3526           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3527           <li>Include installation type and git revision in build
3528             properties and console log output</li>
3529           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3530             storing BioJsMSA Templates</li>
3531           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3532         </ul></td>
3533       <td>
3534         <!-- <em>General</em>
3535         <ul>
3536         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3537         <ul>
3538           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3539           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3540           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3541             predictions are not highlighted in amber</li>
3542           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3543             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3544           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3545             associated structure views</li>
3546           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3547             width checkbox not enabled</li>
3548           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3549             creating user defined colours</li>
3550           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3551             mappings for just that viewer's sequences</li>
3552           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3553             multiple models in Chimera</li>
3554           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3555             over Jmol structure</li>
3556           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3557             output to text box</li>
3558           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3559             have incorrect sequence start/end</li>
3560           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3561             Jalview fails</li>
3562           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3563             work for nucleotide</li>
3564           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3565             to a grey/invisible alignment window</li>
3566           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3567             imports to different position</li>
3568           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3569             on some platforms</li>
3570           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3571             populated</li>
3572           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3573             console if Chimera has been opened</li>
3574           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3575           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3576             retrieved</li>
3577           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3578           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3579             either sequence shows on first structure</li>
3580           <li>'Show annotations' options should not make
3581             non-positional annotations visible</li>
3582           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3583             in right place after 'view flanking regions'</li>
3584           <li>File Save As type unset when current file format is
3585             unknown</li>
3586           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3587             projects</li>
3588           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3589             responsive</li>
3590           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3591             several views on same alignment</li>
3592           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3593           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3594             spaces</li>
3595         </ul> <em>Applet</em>
3596         <ul>
3597           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3598           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3599             descriptions containing angle brackets</li>
3600         </ul> <em>General</em>
3601         <ul>
3602           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3603             via jalview annotation file</li>
3604           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3605             with RNA secondary structure</li>
3606           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3607             translation doesn't work.</li>
3608           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3609           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3610             positions</li>
3611           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3612             choosing 1pt font</li>
3613           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3614             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3615             'h'</li>
3616           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3617             new feature</li>
3618           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3619             order dependent</li>
3620           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3621             sequences</li>
3622           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3623         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3624         <ul>
3625           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3626             www.jalview.org</li>
3627         </ul> <em>Application Known issues</em>
3628         <ul>
3629           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3630           <li>Misleading message appears after trying to delete
3631             solid column.</li>
3632           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3633             version launches</li>
3634           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3635             fails with a sequence mismatch</li>
3636           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3637             scrolling alignment to right</li>
3638           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3639             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3640           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3641             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3642           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3643             ultra-high resolution</li>
3644           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3645             quality and conservation</li>
3646           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3647             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3648         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3649         <ul>
3650           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3651           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3652             window is being resized</li>
3653
3654         </ul>
3655       </td>
3656     </tr>
3657     <tr>
3658       <td><div align="center">
3659           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3660         </div></td>
3661       <td><em>General</em>
3662         <ul>
3663           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3664             Certum.PL.</li>
3665           <li>Features and annotation preserved when performing
3666             pairwise alignment</li>
3667           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3668             imported/exported/displayed</li>
3669           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3670             protein secondary structure</li>
3671           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3672               post-hoc with 2.9 release</em>)
3673           </li>
3674
3675         </ul> <em>Application</em>
3676         <ul>
3677           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3678             with 3D structures</li>
3679           <li>Support for parsing RNAML</li>
3680           <li>Annotations menu for layout
3681             <ul>
3682               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3683               <li>place sequence annotation above/below alignment
3684                 annotation</li>
3685             </ul>
3686           <li>Output in Stockholm format</li>
3687           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3688             translation</li>
3689           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3690           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3691             shared between alignments</li>
3692           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3693             Jalview</li>
3694           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3695             all or current selection</li>
3696           <li>disorder and secondary structure predictions
3697             available as dataset annotation</li>
3698           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3699
3700
3701           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3702             alignments from Rfam</li>
3703           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3704
3705           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3706             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3707           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3708           <li>include installation type in build properties and
3709             console log output</li>
3710           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3711             annotation</li>
3712         </ul></td>
3713       <td>
3714         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3715         <ul>
3716           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3717             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3718           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3719             alignment</li>
3720           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3721           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3722           <li>Double click on sequence associated annotation
3723             selects only first column</li>
3724           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3725             leaves shown in tree</li>
3726           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3727             properly</li>
3728           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3729           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3730             screen and buttons not visible</li>
3731           <li>author list isn't updated if already written to
3732             Jalview properties</li>
3733           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3734             from database</li>
3735           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3736           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3737             browser search window</li>
3738           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3739             in feature settings dialog</li>
3740           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3741             desktop</li>
3742           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3743             pass validation</li>
3744           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3745             fit on screen</li>
3746           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3747             tooltip</li>
3748           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3749             defined user preset</li>
3750           <li>MSA web services warns user if they were launched
3751             with invalid input</li>
3752           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3753             Java 8</li>
3754           <li>
3755             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3756             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3757             created
3758           </li>
3759
3760         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3761         <ul>
3762         </ul> <em>General</em>
3763         <ul>
3764         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3765         <ul>
3766           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3767             memory allocation</li>
3768           <li>launchApp service doesn't automatically open
3769             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3770           <li>
3771             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3772             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3773             1.7_055 is available
3774           </li>
3775         </ul> <em>Application Known issues</em>
3776         <ul>
3777           <li>
3778             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3779             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3780             alignment to right
3781           </li>
3782           <li>
3783             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3784             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3785             with large number of ID
3786           </li>
3787           <li>
3788             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3789             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3790             start/end
3791           </li>
3792           <li>
3793             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3794             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3795             structure tracks are rearranged
3796           </li>
3797           <li>
3798             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3799             invalid rna structure positional highlighting does not
3800             highlight position of invalid base pairs
3801           </li>
3802           <li>
3803             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3804             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3805             project from alignment window file menu
3806           </li>
3807           <li>
3808             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3809             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3810             structures
3811           </li>
3812           <li>
3813             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3814             colour by RNA Helices not enabled when user created
3815             annotation added to alignment
3816           </li>
3817           <li>
3818             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3819             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3820           </li>
3821         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3822         <ul>
3823           <li>
3824             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3825             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3826           </li>
3827           <li>
3828             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3829             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3830           </li>
3831
3832           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3833             when selected</li>
3834         </ul>
3835       </td>
3836     </tr>
3837     <tr>
3838       <td><div align="center">
3839           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3840         </div></td>
3841       <td>
3842         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3843         <em>General</em>
3844         <ul>
3845           <li>Internationalisation of user interface (usually
3846             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3847           <li>Define/Undefine group on current selection with
3848             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3849           <li>Improved group creation/removal options in
3850             alignment/sequence Popup menu</li>
3851           <li>Sensible precision for symbol distribution
3852             percentages shown in logo tooltip.</li>
3853           <li>Annotation panel height set according to amount of
3854             annotation when alignment first opened</li>
3855         </ul> <em>Application</em>
3856         <ul>
3857           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3858             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3859           <li>Select columns containing particular features from
3860             Feature Settings dialog</li>
3861           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3862             sequences</li>
3863           <li>Update Jalview project format:
3864             <ul>
3865               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3866               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3867                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3868               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3869                 colouring</li>
3870             </ul>
3871           </li>
3872           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3873             (PAM250)</li>
3874           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3875             flanking regions for an alignment</li>
3876         </ul>
3877       </td>
3878       <td>
3879         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3880         <ul>
3881           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3882             running after job is cancelled</li>
3883           <li>cannot export features from alignments imported from
3884             Jalview/VAMSAS projects</li>
3885           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3886             float values</li>
3887           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3888             have 'display all symbols' flag set</li>
3889           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3890             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3891           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3892             Jalview</li>
3893           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3894             Lion/Webstart</li>
3895           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3896           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3897           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3898             alignment onto desktop</li>
3899           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3900             'extract scores' function</li>
3901           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3902             alignment window</li>
3903           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3904             performing IUPred disorder prediction</li>
3905           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3906             changing 'normalise logo' display setting</li>
3907           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3908             nothing matches query</li>
3909           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3910             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3911           </li>
3912           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3913             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3914           </li>
3915           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3916             Jalview's menu</li>
3917           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3918             'invalid literal/length code'</li>
3919           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3920             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3921           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3922             colourscheme</li>
3923
3924         </ul> <em>Applet</em>
3925         <ul>
3926           <li>Remove group option is shown even when selection is
3927             not a group</li>
3928           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3929             don't affect groups</li>
3930           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3931             colourscheme name</li>
3932           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3933             Annotation panel is not displayed</li>
3934           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3935             embedded windows</li>
3936         </ul> <em>Other</em>
3937         <ul>
3938           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3939             single sequence were not calculated</li>
3940           <li>annotation files that contain only groups imported as
3941             annotation and junk sequences</li>
3942           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3943             recognised as PFAM or BLC</li>
3944           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3945             doesn't affect background (2.8.0b1)
3946           <li></li>
3947           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3948           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3949             trailing gaps</li>
3950           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3951             registered correctly on import</li>
3952           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3953             certain alignments</li>
3954           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3955             existing annotation based 'use original colours'
3956             colourscheme loses original colours setting</li>
3957         </ul>
3958       </td>
3959     </tr>
3960     <tr>
3961       <td><div align="center">
3962           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3963             <em>30/1/2014</em></strong>
3964         </div></td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3968             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3969             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3970             open source project).
3971           </li>
3972           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3973           <li>Output in Stockholm format</li>
3974           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3975           <li>Export/import group and sequence associated line
3976             graph thresholds</li>
3977           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3978             ambiguity codes</li>
3979           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3980             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3981             works</li>
3982           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3983         </ul> <em>Other improvements</em>
3984         <ul>
3985           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3986           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3987             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3988           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3989             files</li>
3990           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3991           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3992             link but no description</li>
3993           <li>Select primary source when selecting authority in
3994             database fetcher GUI</li>
3995           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3996             Jalview</li>
3997           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3998         </ul>
3999       </td>
4000       <td>
4001         <ul>
4002           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4003             displayed</li>
4004           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4005             secondary structure annotation line</li>
4006           <li>Sequence database accessions not imported when
4007             fetching alignments from Rfam</li>
4008           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4009             identical IDs</li>
4010           <li>View all structures does not always superpose
4011             structures</li>
4012           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4013             reflect user or preset settings</li>
4014           <li>Null pointer exceptions for some services without
4015             presets or adjustable parameters</li>
4016           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4017             discover PDB xRefs</li>
4018           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4019             features with DAS</li>
4020           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4021             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4022           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4023             residue follows a gap</li>
4024           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4025             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4026           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4027             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4028           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4029             annotation already exists on alignment</li>
4030           <li>oninit javascript function should be called after
4031             initialisation completes</li>
4032           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4033             alignment window display</li>
4034           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4035           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4036             to annotation file</li>
4037           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4038             groups created</li>
4039           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4040             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4041           <li>Pressing return several times causes Number Format
4042             exceptions in keyboard mode</li>
4043           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4044             correct partitions for input data</li>
4045           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4046           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4047           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4048           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4049             mode</li>
4050           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4051             changes one row&#39;s threshold</li>
4052           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4053             doesn&#39;t open</li>
4054           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4055             quality histograms</li>
4056         </ul>
4057       </td>
4058     </tr>
4059     <tr>
4060       <td><div align="center">
4061           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4062         </div></td>
4063       <td><em>Application</em>
4064         <ul>
4065           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4066             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4067           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4068             preferences</li>
4069           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4070             in Jalview alignment window</li>
4071           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4072             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4073           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4074             RNA and ambiguity codes</li>
4075
4076           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4077           <li>Support fetching and database reference look up
4078             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4079             refs')</li>
4080           <li>Jalview project improvements
4081             <ul>
4082               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4083                 flag for annotation</li>
4084               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4085                 alignment</li>
4086               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4087                 Jalview project</li>
4088
4089             </ul>
4090           </li>
4091           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4092           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4093             running</li>
4094           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4095           <li>visual indication that web service results are still
4096             being retrieved from server</li>
4097           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4098             starts up for first time</li>
4099           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4100             services</li>
4101           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4102             client library</li>
4103           <li>Examples directory and Groovy library included in
4104             InstallAnywhere distribution</li>
4105         </ul> <em>Applet</em>
4106         <ul>
4107           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4108             visualization applet example</li>
4109         </ul> <em>General</em>
4110         <ul>
4111           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4112           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4113             defaults</li>
4114           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4115             calculation</li>
4116           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4117             matrices
4118           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4119             in HTML</li>
4120           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4121             structure contacts</li>
4122           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4123           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4124           <li>Parse sequence associated secondary structure
4125             information in Stockholm files</li>
4126           <li>HTML Export database accessions and annotation
4127             information presented in tooltip for sequences</li>
4128           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4129             style RNA alignment files</li>
4130           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4131             alignment</li>
4132           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4133             shade each sequence according to its associated alignment
4134             annotation</li>
4135           <li>New Jalview Logo</li>
4136         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4137         <ul>
4138           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4139           <li>New Website!</li>
4140         </ul></td>
4141       <td><em>Application</em>
4142         <ul>
4143           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4144             wsdbfetch REST service</li>
4145           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4146           <li>Filetype associations not installed for webstart
4147             launch</li>
4148           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4149             job execution in full once it is complete</li>
4150           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4151             uploaded via ali_file parameter</li>
4152           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4153           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4154           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4155             submitted for prediction</li>
4156           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4157             desktop window</li>
4158           <li>Putting fractional value into integer text box in
4159             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4160           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4161             windows 7</li>
4162           <li>View all structures fails with exception shown in
4163             structure view</li>
4164           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4165             escaped in a platform independent way</li>
4166           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4167             using proxy</li>
4168           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4169             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4170           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4171             failure when java web start temporary file caching is
4172             disabled</li>
4173           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4174             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4175           <li>Errors during processing of command line arguments
4176             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4177           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4178             DAS sources in sequence fetcher</li>
4179           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4180             dialog is shown</li>
4181           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4182           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4183           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4184           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4185             on OSX Mountain Lion</li>
4186           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4187             sequences with alignment annotation are pasted into the
4188             alignment</li>
4189           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4190             when loaded from Jalview project</li>
4191           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4192           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4193             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4194           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4195             associated with all views</li>
4196           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4197             annotation rows to new window</li>
4198         </ul> <em>Applet</em>
4199         <ul>
4200           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4201             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4202           <li>loading features via javascript API automatically
4203             enables feature display</li>
4204           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4205             work</li>
4206         </ul> <em>General</em>
4207         <ul>
4208           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4209           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4210             and then deselected</li>
4211           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4212           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4213             coloured with clustalx</li>
4214           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4215             exceptions and redraw errors</li>
4216           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4217             reconfigured view</li>
4218           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4219             colour</li>
4220           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4221             for lots of labels</li>
4222         </ul>
4223     </tr>
4224     <tr>
4225       <td>
4226         <div align="center">
4227           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4228         </div>
4229       </td>
4230       <td><em>Application</em>
4231         <ul>
4232           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4233           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4234           <li>View/alignment association menu to enable user to
4235             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4236             its colours/correspondences from</li>
4237           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4238           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4239             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4240           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4241           <li>Annotation row column label formatting attributes
4242             stored in project file</li>
4243           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4244             rows preserved in Jalview project file</li>
4245           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4246             saved using Desktop window menu</li>
4247           <li>Visual indication that command line arguments are
4248             still being processed</li>
4249           <li>Groovy script execution from URL</li>
4250           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4251             preferences</li>
4252           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4253             alignment with sequences that have high similarity and
4254             matching IDs</li>
4255           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4256           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4257             structures in same window</li>
4258           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4259           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4260             analysis function in its own submenu</li>
4261         </ul> <em>Applet</em>
4262         <ul>
4263           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4264             groups</li>
4265           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4266           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4267           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4268           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4269           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4270             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4271           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4272           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4273             parameters are treated as such</li>
4274           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4275             <ul>
4276               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4277               <li>Javascript callbacks for
4278                 <ul>
4279                   <li>Applet initialisation</li>
4280                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4281                 </ul>
4282               </li>
4283               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4284                 functions</li>
4285               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4286               <li>javascript structure viewer harness to pass
4287                 messages between Jmol and Jalview when running as
4288                 distinct applets</li>
4289               <li>sortBy method</li>
4290               <li>Set of applet and application examples shipped
4291                 with documentation</li>
4292               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4293                 javascript message exchange</li>
4294             </ul>
4295         </ul> <em>General</em>
4296         <ul>
4297           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4298             multiple alignments</li>
4299           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4300           <li>User configurable link to enable redirects to a
4301             www.Jalview.org mirror</li>
4302           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4303           <li>Configurable newline string when writing alignment
4304             and other flat files</li>
4305           <li>Allow alignment annotation description lines to
4306             contain html tags</li>
4307         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4308         <ul>
4309           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4310             examples</li>
4311           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4312             using a web service before displaying the result in the
4313             Jalview desktop</li>
4314           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4315           <li>Ant target to publish example html files with applet
4316             archive</li>
4317           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4318           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4319         </ul></td>
4320       <td><em>Application</em>
4321         <ul>
4322           <li>User defined colourscheme throws exception when
4323             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4324           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4325             dialog for valid filename/format</li>
4326           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4327           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4328             P37173</li>
4329           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4330             which sequence is to be associated with the file</li>
4331           <li>Find All raises null pointer exception when query
4332             only matches sequence IDs</li>
4333           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4334           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4335             2.4 cannot be loaded</li>
4336           <li>Filetype associations not installed for webstart
4337             launch</li>
4338           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4339             with sequences in different alignments do not get coloured
4340             by their associated sequence</li>
4341           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4342             not preserved when project is loaded</li>
4343           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4344             stored in Jalview project</li>
4345           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4346             Jalview project</li>
4347           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4348           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4349             by conservation</li>
4350           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4351             created on new view</li>
4352           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4353             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4354           <li>Alignment quality not updated after alignment
4355             annotation row is hidden then shown</li>
4356           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4357             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4358           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4359             properly</li>
4360           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4361             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4362           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4363           <li>Structures imported from file and saved in project
4364             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4365           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4366             job execution in full once it is complete</li>
4367         </ul> <em>Applet</em>
4368         <ul>
4369           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4370             annotation rows are displayed</li>
4371           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4372             codebase</li>
4373           <li>View follows highlighting does not work for positions
4374             in sequences</li>
4375           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4376           <li>Export features raises exception when no features
4377             exist</li>
4378           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4379             for javascript api is modified when separator string
4380             provided as parameter</li>
4381           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4382             alignment with no existing selection</li>
4383           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4384             to applet&#39;s codebase</li>
4385           <li>Status bar not updated after finished searching and
4386             search wraps around to first result</li>
4387           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4388             several Jalview applets causes race conditions and memory
4389             leaks</li>
4390           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4391             not sent from Jmol in applet</li>
4392           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4393             applet API fatally hang browser</li>
4394         </ul> <em>General</em>
4395         <ul>
4396           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4397             position with wrapped view and hidden regions</li>
4398           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4399             with/without hidden columns</li>
4400           <li>Sequence length given in alignment properties window
4401             is off by 1</li>
4402           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4403             import PDB like structure files</li>
4404           <li>Positional search results are only highlighted
4405             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4406           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4407           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4408             given sequence position</li>
4409           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4410             output</li>
4411           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4412             from nucleotide chains correctly</li>
4413           <li>Structure colours not updated when tree partition
4414             changed in alignment</li>
4415           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4416             parsed in interleaved stockholm</li>
4417           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4418             state</li>
4419           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4420             properly</li>
4421           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4422             properly associated with their pdb files</li>
4423         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4424         <ul>
4425           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4426             ApplyCopyright tool</li>
4427         </ul></td>
4428     </tr>
4429     <tr>
4430       <td>
4431         <div align="center">
4432           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4433         </div>
4434       </td>
4435       <td><em>Application</em>
4436         <ul>
4437           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4438             contact web services</li>
4439           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4440             service job window</li>
4441           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4442         </ul></td>
4443       <td>
4444         <ul>
4445           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4446             pir file emitted by Jalview</li>
4447           <li>Existing feature settings transferred to new
4448             alignment view created from cut'n'paste</li>
4449           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4450             parsing PDB files</li>
4451           <li>Consensus and conservation annotation rows
4452             occasionally become blank for all new windows</li>
4453           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4454             in wrapped view mode</li>
4455         </ul> <em>Application</em>
4456         <ul>
4457           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4458             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4459           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4460             parameter names</li>
4461           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4462             is down</li>
4463         </ul>
4464       </td>
4465     </tr>
4466     <tr>
4467       <td>
4468         <div align="center">
4469           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4470         </div>
4471       </td>
4472       <td><em>Application</em>
4473         <ul>
4474           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4475             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4476             (JABAWS)
4477           </li>
4478           <li>Web Services preference tab</li>
4479           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4480             preferences</li>
4481           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4482           <li>Superpose structures using associated sequence
4483             alignment</li>
4484           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4485             viewer</li>
4486         </ul> <em>Applet</em>
4487         <ul>
4488           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4489             link out mechanism</li>
4490         </ul> <em>Other</em>
4491         <ul>
4492           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4493             series 12</li>
4494           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4495             require Java 1.5</li>
4496           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4497             sequence annotation files</li>
4498           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4499             type colour specification</li>
4500           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4501             script to check if it being run in an interactive session or
4502             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4503         </ul></td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4507             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4508         </ul> <em>Application</em>
4509         <ul>
4510           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4511             selected Regions menu item</li>
4512           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4513             part of a valid accession ID</li>
4514           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4515             runs out of memory</li>
4516           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4517             analysis results</li>
4518           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4519             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4520           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4521         </ul> <em>Applet</em>
4522         <ul>
4523           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4524             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4525             defined.</li>
4526         </ul>
4527       </td>
4528     </tr>
4529     <tr>
4530       <td>
4531         <div align="center">
4532           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4533         </div>
4534       </td>
4535       <td></td>
4536       <td>
4537         <ul>
4538           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4539             sequence IDs</li>
4540           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4541             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4542           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4543             import correctly</li>
4544           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4545             number of columns are hidden</li>
4546           <li>annotation label popup menu not providing correct
4547             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4548             present</li>
4549           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4550             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4551           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4552             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4553
4554         </ul> <em>Applet</em>
4555         <ul>
4556           <li>annotation panel disappears when annotation is
4557             hidden/removed</li>
4558         </ul> <em>Application</em>
4559         <ul>
4560           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4561             alignment opened where annotation panel is visible but no
4562             annotations are present on alignment</li>
4563           <li>pasted region containing hidden columns is
4564             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4565           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4566             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4567           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4568             selected Rregions menu item.</li>
4569           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4570             'Un' or 'Non'conserved</li>
4571           <li>Sequence feature settings are being shared by
4572             multiple distinct alignments</li>
4573           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4574             changed</li>
4575           <li>double click on group annotation to select sequences
4576             does not propagate to associated trees</li>
4577           <li>Mac OSX specific issues:
4578             <ul>
4579               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4580                 window background</li>
4581               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4582                 name set correctly</li>
4583               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4584                 save feature colourscheme button</li>
4585             </ul>
4586           </li>
4587         </ul>
4588       </td>
4589     </tr>
4590     <tr>
4591
4592       <td>
4593         <div align="center">
4594           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4595         </div>
4596       </td>
4597       <td><em>New Capabilities</em>
4598         <ul>
4599           <li>URL links generated from description line for
4600             regular-expression based URL links (applet and application)
4601
4602           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4603             menu</li>
4604           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4605             structures</li>
4606           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4607             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4608           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4609             average score or total feature count for each sequence.</li>
4610           <li>Shading features by score or associated description</li>
4611           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4612             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4613           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4614             hide everything but the currently selected region.</li>
4615           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4616         </ul> <em>Application</em>
4617         <ul>
4618           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4619             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4620           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4621             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4622           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4623             database references and protein_name is parsed as
4624             description line (BioSapiens terms).</li>
4625           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4626             references in sequence ID tooltip from View menu in
4627             application.</li>
4628           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4629       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4630           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4631             conservation plots</li>
4632           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4633             and visualized as sequence logos</li>
4634           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4635             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4636           </li>
4637           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4638             when a new tree is opened.</li>
4639           <li>Jalview Java Console</li>
4640           <li>Better placement of desktop window when moving
4641             between different screens.</li>
4642           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4643             consensus annotation</li>
4644           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4645             Workflows</li>
4646           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4647             <ul>
4648               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4649                 used to preserve views, structures, and tree display
4650                 settings)</li>
4651               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4652                 command line</li>
4653               <li>Sharing of selected regions between views and
4654                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4655               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4656             </ul></li>
4657         </ul> <em>Applet</em>
4658         <ul>
4659           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4660           <li>New Parameters
4661             <ul>
4662               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4663                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4664                 opened.</li>
4665               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4666                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4667               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4668                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4669               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4670                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4671                 view</li>
4672               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4673                 increase the height or width of a cell in the alignment
4674                 grid relative to the current font size.</li>
4675             </ul>
4676           </li>
4677           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4678             tooltip</li>
4679         </ul> <em>Other</em>
4680         <ul>
4681           <li>Features format: graduated colour definitions and
4682             specification of feature scores</li>
4683           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4684             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4685             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4686           <li>XML formats extended to support graduated feature
4687             colourschemes, group associated annotation, and profile
4688             visualization settings.</li></td>
4689       <td>
4690         <ul>
4691           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4692             rather than description</li>
4693           <li>Non-positional features are now included in sequence
4694             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4695             visibility in tooltip).</li>
4696           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4697           <li>Added URL embedding instructions to features file
4698             documentation.</li>
4699           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4700             'X' in peptide product</li>
4701           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4702             sequence ID and sequence string and query strings do not
4703             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4704           <li>AMSA files only contain first column of
4705             multi-character column annotation labels</li>
4706           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4707             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4708             exported and re-imported)</li>
4709           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4710             name</li>
4711           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4712             as subsequence matches, and correctly reports total number
4713             of both.</li>
4714           <li>Application:
4715             <ul>
4716               <li>Better handling of exceptions during sequence
4717                 retrieval</li>
4718               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4719                 link text excludes the start_end suffix</li>
4720               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4721                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4722               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4723               <li>Sequence description lines properly shared via
4724                 VAMSAS</li>
4725               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4726                 data sources</li>
4727               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4728                 completes before alignment figures are generated.</li>
4729               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4730                 first time.</li>
4731               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4732                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4733               <li>User defined group colours properly recovered
4734                 from Jalview projects.</li>
4735             </ul>
4736           </li>
4737         </ul>
4738       </td>
4739
4740     </tr>
4741     <tr>
4742       <td>
4743         <div align="center">
4744           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4745         </div>
4746       </td>
4747       <td>
4748         <ul>
4749           <li>Experimental support for google analytics usage
4750             tracking.</li>
4751           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4752         </ul>
4753       </td>
4754       <td>
4755         <ul>
4756           <li>Race condition in applet preventing startup in
4757             jre1.6.0u12+.</li>
4758           <li>Exception when feature created from selection beyond
4759             length of sequence.</li>
4760           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4761           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4762             all sequences with a given id</li>
4763           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4764             ID string searches</li>
4765           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4766             alignment to fail with exception</li>
4767         </ul> <em>Application Issues</em>
4768         <ul>
4769           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4770           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4771             data sources</li>
4772         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4773         <ul>
4774           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4775             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4776           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4777             version (java class versioning error fixed)</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780     </tr>
4781     <tr>
4782       <td>
4783
4784         <div align="center">
4785           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4786         </div>
4787       </td>
4788       <td><em>User Interface</em>
4789         <ul>
4790           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4791             translation and protein products</li>
4792           <li>Linked highlighting of structure associated with
4793             residue mapping to codon position</li>
4794           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4795             and 'clear' button</li>
4796           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4797             Tools menu</li>
4798           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4799             numeric data in description line</li>
4800           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4801           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4802             of sequence</li>
4803         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4804         <ul>
4805           <li>JPred3 web service</li>
4806           <li>Prototype sequence search client (no public services
4807             available yet)</li>
4808           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4809             PFAM</li>
4810           <li>URL Links created for matching database cross
4811             references as well as sequence ID</li>
4812           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4813         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4814         <ul>
4815           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4816             databases</li>
4817           <li>Generalised database reference retrieval and
4818             validation to all fetchable databases</li>
4819           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4820             sequence command</li>
4821         </ul> <em>Import and Export</em>
4822         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4823         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4824           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4825         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4826           File</li>
4827         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4828           triplet as name of colourscheme</li>
4829         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4830         <ul>
4831           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4832           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4833             alignments (experimental)</li>
4834           <li>Create new or select existing session to join</li>
4835           <li>load and save of vamsas documents</li>
4836         </ul> <em>Application command line</em>
4837         <ul>
4838           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4839             from applet)</li>
4840           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4841             of DAS servers to query for alignment features</li>
4842           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4843             that are also automatically queried for features</li>
4844           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4845             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4846         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4847         <ul>
4848           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4849             application (when using &quot;View in full
4850             application&quot;)</li>
4851         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4852         <ul>
4853           <li>feature group display control parameter</li>
4854           <li>debug parameter</li>
4855           <li>showbutton parameter</li>
4856         </ul> <em>Applet API methods</em>
4857         <ul>
4858           <li>newView public method</li>
4859           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4860           <li>Feature display control methods</li>
4861           <li>get list of currently selected sequences</li>
4862         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4863         <ul>
4864           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4865           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4866             Jalview release.</li>
4867           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4868             property controls execution of obfuscator</li>
4869           <li>Build target for generating source distribution</li>
4870           <li>Debug flag for javacc</li>
4871           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4872             jalview.bin.Cache</li>
4873           <li>Continuous Build Integration for stable and
4874             development version of Application, Applet and source
4875             distribution</li>
4876         </ul></td>
4877       <td>
4878         <ul>
4879           <li>selected region output includes visible annotations
4880             (for certain formats)</li>
4881           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4882             for editing</li>
4883           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4884           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4885           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4886           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4887             comments</li>
4888           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4889             filenames containing a ':'</li>
4890           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4891             global sequence features</li>
4892           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4893             references from alignment sequences goes to zero</li>
4894           <li>Close of tree branch colour box without colour
4895             selection causes cascading exceptions</li>
4896           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4897           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4898             file parsing fails.</li>
4899           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4900           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4901             not a valid output format</li>
4902           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4903             vamsas</li>
4904           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4905           <li>error messages passed up and output when data read
4906             fails</li>
4907           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4908             sequence is edited</li>
4909           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4910             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4911           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4912             filetype</li>
4913           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4914             import fixed for PFAM records</li>
4915           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4916             window list</li>
4917           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4918             can be read and written correctly to annotation file</li>
4919           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4920             correctly</li>
4921           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4922             non-italic font for representatives in Applet</li>
4923           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4924             Macs.</li>
4925           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4926             Applet)</li>
4927           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4928             due to null pointer exceptions</li>
4929           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4930             first column of alignment</li>
4931           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4932             July 2008</li>
4933           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4934             file is case-insensitive</li>
4935           <li>Sequence features read from Features file appended to
4936             all sequences with matching IDs</li>
4937           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4938             containing a sub-sequence</li>
4939           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4940           <li>feature and annotation file applet parameters
4941             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4942           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4943           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4944             splash-screen version check to complete</li>
4945           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4946             when passing them to the launchApp service</li>
4947           <li>display name and local features preserved in results
4948             retrieved from web service</li>
4949           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4950             sequence fetcher initialisation</li>
4951           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4952             dasobert DAS client</li>
4953           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4954             association</li>
4955           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4956             sequences
4957           </li>
4958         </ul>
4959       </td>
4960     </tr>
4961     <tr>
4962       <td>
4963         <div align="center">
4964           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4965         </div>
4966       </td>
4967       <td>
4968         <ul>
4969           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4970           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4971           <li>Slide sequences</li>
4972           <li>Edit sequence in place</li>
4973           <li>EMBL CDS features</li>
4974           <li>DAS Feature mapping</li>
4975           <li>Feature ordering</li>
4976           <li>Alignment Properties</li>
4977           <li>Annotation Scores</li>
4978           <li>Sort by scores</li>
4979           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4980         </ul>
4981       </td>
4982       <td>
4983         <ul>
4984           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4985           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4986           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4987           <li>Feature group display state in XML</li>
4988           <li>Feature ordering in XML</li>
4989           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4990           <li>Stockholm alignment properties</li>
4991           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4992           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4993           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4994           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4995         </ul>
4996       </td>
4997
4998     </tr>
4999     <tr>
5000       <td>
5001         <div align="center">
5002           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5003         </div>
5004       </td>
5005       <td>
5006         <ul>
5007           <li>Non standard characters can be read and displayed
5008           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5009             applet via textbox
5010           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5011             name &amp; description
5012           <li>Preference setting to display sequence name in
5013             italics
5014           <li>Annotation file format extended to allow
5015             Sequence_groups to be defined
5016           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5017             specified in preferences
5018           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5019             sequences
5020         </ul>
5021       </td>
5022       <td>
5023         <ul>
5024           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5025             installed
5026           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5027           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5028         </ul>
5029       </td>
5030     </tr>
5031     <tr>
5032       <td>
5033         <div align="center">
5034           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5035         </div>
5036       </td>
5037       <td>
5038         <ul>
5039           <li>Multiple views on alignment
5040           <li>Sequence feature editing
5041           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5042           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5043           <li>Background dependent text colour
5044           <li>Right align sequence ids
5045           <li>User-defined lower case residue colours
5046           <li>Format Menu
5047           <li>Select Menu
5048           <li>Menu item accelerator keys
5049           <li>Control-V pastes to current alignment
5050           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5051           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5052           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5053
5054           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5055         </ul>
5056       </td>
5057       <td>
5058         <ul>
5059           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5060           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5061             calculations
5062           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5063             edits
5064           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5065             of alignment)
5066           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5067
5068           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5069             display correctly
5070           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5071           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5072             analysis results
5073           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5074             &#8739;
5075           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5076           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5077           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5078
5079         </ul>
5080       </td>
5081     </tr>
5082     <tr>
5083       <td>
5084         <div align="center">
5085           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5086         </div>
5087       </td>
5088       <td>
5089         <ul>
5090           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093       <td>
5094         <ul>
5095           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5096             sequence id panel has been resized</li>
5097           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5098             rendered</li>
5099           <li>Annotation files with sequence references - all
5100             elements in file are relative to sequence position</li>
5101           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5102         </ul>
5103       </td>
5104     </tr>
5105     <tr>
5106       <td>
5107         <div align="center">
5108           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5109         </div>
5110       </td>
5111       <td>
5112         <ul>
5113           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5114           <li>DAS Feature fetching</li>
5115           <li>Hide sequences and columns</li>
5116           <li>Export Annotations and Features</li>
5117           <li>GFF file reading / writing</li>
5118           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5119             files</li>
5120           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5121           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5122           <li>Applet can launch the full application</li>
5123           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5124             required)</li>
5125           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5126           <li>Applet can load sequences from parameter
5127             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5128           </li>
5129         </ul>
5130       </td>
5131       <td>
5132         <ul>
5133           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5134           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5135           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5136         </ul>
5137       </td>
5138     </tr>
5139     <tr>
5140       <td>
5141         <div align="center">
5142           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5143         </div>
5144       </td>
5145       <td>
5146         <ul>
5147           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5148           <li>Choose to match case when searching</li>
5149           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5150             expand the visible width and height of the alignment</li>
5151         </ul>
5152       </td>
5153       <td>
5154         <ul>
5155           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5156         </ul>
5157       </td>
5158     </tr>
5159     <tr>
5160       <td>
5161         <div align="center">
5162           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5163         </div>
5164       </td>
5165       <td>&nbsp;</td>
5166       <td>
5167         <ul>
5168           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5169           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5170             value</li>
5171         </ul>
5172       </td>
5173     </tr>
5174     <tr>
5175       <td>
5176         <div align="center">
5177           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5178         </div>
5179       </td>
5180       <td>
5181         <ul>
5182           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5183           <li>Keyboard editing</li>
5184           <li>Create sequence features from searches</li>
5185           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5186             alignments</li>
5187           <li>Features file allows grouping of features</li>
5188           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5189           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5190           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5191         </ul>
5192       </td>
5193       <td>
5194         <ul>
5195           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5196           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5197             descriptions saved.</li>
5198         </ul>
5199       </td>
5200     </tr>
5201     <tr>
5202       <td>
5203         <div align="center">
5204           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5205         </div>
5206       </td>
5207       <td>
5208         <ul>
5209           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5210           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5211           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5212             name for file output</li>
5213           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5214           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5215             used for HTML form input</li>
5216         </ul>
5217       </td>
5218       <td>
5219         <ul>
5220           <li>HTML output writes groups and features</li>
5221           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5222           <li>File IO bugs</li>
5223         </ul>
5224       </td>
5225     </tr>
5226     <tr>
5227       <td>
5228         <div align="center">
5229           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5230         </div>
5231       </td>
5232       <td>
5233         <ul>
5234           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5235           <li>More options for PCA viewer</li>
5236         </ul>
5237       </td>
5238       <td>
5239         <ul>
5240           <li>GUI bugs resolved</li>
5241           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5242         </ul>
5243       </td>
5244     </tr>
5245     <tr>
5246       <td height="63">
5247         <div align="center">
5248           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5249         </div>
5250       </td>
5251       <td>
5252         <ul>
5253           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5254           <li>Jar files are executable</li>
5255           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5256         </ul>
5257       </td>
5258       <td>
5259         <ul>
5260           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5261           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5262           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5263         </ul>
5264       </td>
5265     </tr>
5266     <tr>
5267       <td>
5268         <div align="center">
5269           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5270         </div>
5271       </td>
5272       <td>
5273         <ul>
5274           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5275         </ul>
5276       </td>
5277       <td>
5278         <ul>
5279           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5280         </ul>
5281       </td>
5282     </tr>
5283     <tr>
5284       <td>
5285         <div align="center">
5286           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5287         </div>
5288       </td>
5289       <td>
5290         <ul>
5291           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5292             size</li>
5293         </ul>
5294       </td>
5295       <td>
5296         <ul>
5297           <li>Improved JPred client reliability</li>
5298           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5299         </ul>
5300       </td>
5301     </tr>
5302     <tr>
5303       <td>
5304         <div align="center">
5305           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5306         </div>
5307       </td>
5308       <td>
5309         <ul>
5310           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5311           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5312           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5313             to Colour Menu</li>
5314           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5315           <li>Unix users can set default web browser</li>
5316           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5317           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5318         </ul>
5319       </td>
5320       <td>
5321         <ul>
5322           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5323         </ul>
5324       </td>
5325     </tr>
5326     <tr>
5327       <td>
5328         <div align="center">
5329           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5330         </div>
5331       </td>
5332       <td>&nbsp;</td>
5333       <td>
5334         <ul>
5335           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5336             alignment order.</li>
5337         </ul>
5338       </td>
5339     </tr>
5340     <tr>
5341       <td>
5342         <div align="center">
5343           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5344         </div>
5345       </td>
5346       <td>
5347         <ul>
5348           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5349           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5350           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5351             annotations.</li>
5352           <li>Version and build date written to build properties
5353             file.</li>
5354           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5355             at launch of Jalview.</li>
5356         </ul>
5357       </td>
5358       <td>
5359         <ul>
5360           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5361           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5362           <li>Can remove groups one by one.</li>
5363           <li>Filechooser icons installed.</li>
5364           <li>Finder ignores return character when searching.
5365             Return key will initiate a search.<br>
5366           </li>
5367         </ul>
5368       </td>
5369     </tr>
5370     <tr>
5371       <td>
5372         <div align="center">
5373           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5374         </div>
5375       </td>
5376       <td>
5377         <ul>
5378           <li>New codebase</li>
5379         </ul>
5380       </td>
5381       <td>&nbsp;</td>
5382     </tr>
5383   </table>
5384   <p>&nbsp;</p>
5385 </body>
5386 </html>