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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul>
 211         <em>Development and Release Processes</em>
 212         <ul>
 213                                         <li>
 214                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 215                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 216                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 217                                         </li>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 220                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 221                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 222                                                         Rings' GetDown</a>)
 223                                         </li>
 224                                         <li>
 225                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 226                                         </li>
 227                                         <li>
 228                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 229                                                 gradle-eclipse
 230                                         </li>
 231           <li>
 232           Atlassian Bamboo continuous integration for
 233             unattended Test Suite execution</li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 236             operations</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 239             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 240         </ul>
 241       </td>
 242     <td align="left" valign="top">
 243         <ul>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 252             Jalview project involving multiple views</li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 255             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 256             Annotation dialog hides columns</li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 259             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 260             selection in one view, then making another selection in the
 261             other view</li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 266             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 269             or the overview updates with large alignments</li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 272             region if columns were selected by dragging right-to-left
 273             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 274             <li>
 275             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 276             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 279             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 282             on export as Jalview features file</li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 285                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 286                                         </li>
 287                                         <li>
 288             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 289             printed when columns are hidden</li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 294             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 309             opening an alignment</li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 314             different groups in the alignment are selected</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 339         </ul>
 340         <em>Editing</em>
 341         <ul>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 344             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 345             via 'Edit' sequence</li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 348             sequence features correctly when start of sequence is
 349             removed (Known defect since 2.10)</li>
 350         </ul>
 351         <em>New Known Defects</em>
 352         <ul>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 357                                         <li>
 358                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 359                                                 columns within hidden columns
 360                                         </li>
 361                                         <li>
 362                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 363                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 364                                                 region
 365                                         </li>
 366                                 </ul>
 367       </td>
 368     </tr>
 369     <tr>
 370     <td width="60" nowrap>
 371       <div align="center">
 372         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 373       </div>
 374     </td>
 375     <td><div align="left">
 376         <em></em>
 377         <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 380               InstallAnywhere increased to 1G.
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 384               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 385               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 386                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 387                 properties file.</em>
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 391               API and sequence data now imported as JSON.
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 395               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 396               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 397               property.
 398             </li>
 399           </ul>
 400           <em>Development</em>
 401           <ul>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 404               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 405                 Clover</a>
 406             </li>
 407           </ul>
 408         </div></td>
 409     <td><div align="left">
 410         <em></em>
 411         <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 414               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 415               alignment.
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 419               annotation displayed.
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 423               for newly created group when 'Apply to all groups'
 424               selected
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 428               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 429               visible.
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 433               when sequences are selected in exported view.</em>
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 437               aren't rendered with correct colour.
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 441               types of knotted RNA secondary structure.
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 445               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 446               do not start at 1.
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 450               annotation when columns are inserted into an alignment,
 451               and when exporting as Stockholm flatfile.
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 455               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 456               treated as RNA secondary structure.
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 460               (not .jar) when saving a jalview project file.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 464               transfers focus to previous window on OSX
 465             </li>
 466           </ul>
 467           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 468           <ul>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 471               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 472               box.
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 476               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 477               'look and feel' which has improved compatibility with the
 478               latest version of OSX.
 479             </li>
 480           </ul>
 481         </div>
 482     </td>
 483     </tr>
 484     <tr>
 485       <td width="60" nowrap>
 486         <div align="center">
 487           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 488             <em>7/06/2018</em></strong>
 489         </div>
 490       </td>
 491       <td><div align="left">
 492           <em></em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 496               annotation retrieved from Uniprot
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 500               onto the Jalview Desktop
 501             </li>
 502           </ul>
 503         </div></td>
 504       <td><div align="left">
 505           <em></em>
 506           <ul>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 509               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 513               right-hand column parsed correctly
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 517               not alignment area in exported graphic
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 521               window has input focus
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 525               annotation added to view (Windows)
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 529               network connectivity is poor
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 533               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 534                 the currently open URL and links from a page viewed in
 535                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 536                 you are using Edge, only links in the page can be
 537                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 538                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 539             </li>
 540           </ul>
 541         </div></td>
 542     </tr>
 543     <tr>
 544       <td width="60" nowrap>
 545         <div align="center">
 546           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 547         </div>
 548       </td>
 549       <td><div align="left">
 550           <em></em>
 551           <ul>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 554               for disabling automatic superposition of multiple
 555               structures and open structures in existing views
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 559               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 560               adjust them.
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 564               Ensembl services
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 568               and lots of hidden columns
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 572               of features (particularly when transparency is disabled)
 573             </li>
 574           </ul>
 575           </div>
 576       </td>
 577       <td><div align="left">
 578           <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 581               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 585               overlapping alignment panel
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 589               sequence as gaps
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 593               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 594               UTR
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 598               factor annotation not added to sequence when local PDB
 599               file associated with it by drag'n'drop or structure
 600               chooser
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 604               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 608               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 612               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 616               columns in annotation row
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 620               honored in batch mode
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 624               for structures added to existing Jmol view
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 628               entries after importing project with multiple views
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 632               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 633               with negative residue numbers or missing residues fails
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 637               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 638               as generated by CONSURF)
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 642               tooltip doesn't include a text description of mutation
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 646               structure and/or overview windows are also shown
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 650               very slow for alignments with large numbers of sequences
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 654               with 'StringIndexOutOfBounds'
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 658               platforms running Java 10
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 662               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 663             </li>
 664           </ul>
 665           <em>Applet</em>
 666           <ul>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 669               should copy the group consensus when popup is opened on it
 670             </li>
 671           </ul>
 672           <em>Batch Mode</em>
 673           <ul>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 676           </li>
 677           </ul>
 678           <em>New Known Defects</em>
 679           <ul>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 682               editing a large alignment and overview is displayed
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 686               repeatedly after a series of edits even when the overview
 687               is no longer reflecting updates
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 691               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 692               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 693               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 694             </li>
 695           </ul>
 696         </div>
 697           </td>
 698     </tr>
 699     <tr>
 700       <td width="60" nowrap>
 701         <div align="center">
 702           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 703         </div>
 704       </td>
 705       <td><div align="left">
 706           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 707               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 708       <td><div align="left">
 709           <em>Desktop</em><ul>
 710           <ul>
 711             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 712             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 713             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 714             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 715             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 716             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 717             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 718           </ul>
 719           </div>
 720       </td>
 721     </tr>
 722     <tr>
 723       <td width="60" nowrap>
 724         <div align="center">
 725           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 726         </div>
 727       </td>
 728       <td><div align="left">
 729           <em></em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 733               rendering of sequence features
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 737               429 rate limit request hander
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 741               their colours have changed
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 745               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 749               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 753               view from Ensembl locus cross-references
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 757               Alignment report
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 761               feature can be disabled
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 765               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 769               Uniprot
 770             </li>
 771           </ul>
 772           <em>Scripting</em>
 773           <ul>
 774             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 775             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 776               percent identity scores for current alignment.</li>
 777           </ul>
 778           <em>Testing and Deployment</em>
 779           <ul>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 782             </li>
 783           </ul>
 784         </div></td>
 785       <td><div align="left">
 786           <em>General</em>
 787           <ul>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 790               threshold text field doesn't trigger an update to the
 791               alignment view
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 795               strings in parallel
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 799               alignment window is closed
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 803               group visibility
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 807               takes a long time in Cursor mode
 808             </li>
 809           </ul>
 810           <em>Desktop</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 814               cannot be viewed in Chimera
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 818               CDS/Protein view
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 822               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 823               Search Dialogs
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 833               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 837               scrolling right in unwapped alignment view
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 841               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 842               database
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 846               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 850               features of same type and group to be selected for
 851               amending
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 855               alignments when hidden columns are present
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 859               displaying several structures
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 863               moving a window
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 867               within the Jalview desktop on OSX
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 871               when in wrapped alignment mode
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 875               hand end of alignment
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 879               each selected sequence do not have correct start/end
 880               positions
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 884               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 888               restoring project until a new view is created
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 892               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 893               configured (since 2.10.2b2)
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 897               position is adjusted
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 901               in a multi-chain structure when viewing alignment
 902               involving more than one chain (since 2.10)
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 906               if new selection moves alignment window
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 910               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 914               that produces correctly annotated transcripts and products
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 918               doesn't update associated structure view
 919             </li>
 920           </ul>
 921           <em>Applet</em><br />
 922           <ul>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 925               closing alignment panel
 926             </li>
 927           </ul>
 928           <em>BioJSON</em><br />
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 932               non-positional features
 933             </li>
 934           </ul>
 935           <em>New Known Issues</em>
 936           <ul>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 939               sequence features correctly (for many previous versions of
 940               Jalview)
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 944               using cursor in wrapped panel other than top
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 948               graduated colour threshold
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 952               always preserve numbering and sequence features
 953             </li>
 954           </ul>
 955           <em>Known Java 9 Issues</em>
 956           <ul>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 959               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 960               9.01, OSX 10.10)
 961             </li>
 962           </ul>
 963         </div></td>
 964     </tr>
 965     <tr>
 966       <td width="60" nowrap>
 967         <div align="center">
 968           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 969             <em>2/10/2017</em></strong>
 970         </div>
 971       </td>
 972       <td><div align="left">
 973           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 974           <ul>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 977             </li>
 978             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 979             </li>
 980           </ul>
 981         </div></td>
 982       <td><div align="left">
 983         </div></td>
 984     </tr>
 985     <tr>
 986       <td width="60" nowrap>
 987         <div align="center">
 988           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 989             <em>7/9/2017</em></strong>
 990         </div>
 991       </td>
 992       <td><div align="left">
 993           <em></em>
 994           <ul>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 997               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 998               white)
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1002               Preferences
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1006               in size and progress bar shown as higher resolution
1007               overview is recalculated
1008             </li>
1009
1010           </ul>
1011         </div></td>
1012       <td><div align="left">
1013           <em></em>
1014           <ul>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1017               column region row by row
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1021               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1025               format setting is unticked
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1029               if group has show boxes format setting unticked
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1033               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1034               include sequences and columns not currently displayed
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1038               assemblies are imported via CIF file
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1042               displayed when threshold or conservation colouring is also
1043               enabled.
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1047               server version
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1051               dragging a selected region off the visible region of the
1052               alignment
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1056               colourscheme to all groups in a view
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1060               initially after font size change using the Font chooser or
1061               middle-mouse zoom
1062             </li>
1063           </ul>
1064         </div></td>
1065     </tr>
1066     <tr>
1067       <td width="60" nowrap>
1068         <div align="center">
1069           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1070         </div>
1071       </td>
1072       <td><div align="left">
1073           <em>Calculations</em>
1074           <ul>
1075
1076             <li>
1077               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1078               ungapped positions in each column of the alignment.
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1082               a calculation dialog box
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1086               and memory efficiency (~30x faster)
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1090               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1091               and other calculations
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1095               files within the Jalview codebase
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1099               Similarity may have different topology due to increased
1100               precision
1101             </li>
1102           </ul>
1103           <em>Rendering</em>
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1107               model for alignments and groups
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1111               scripts
1112             </li>
1113           </ul>
1114           <em>Overview</em>
1115           <ul>
1116             <li>
1117               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1118               with alignment and overview windows
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1122               overview
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1126               omitted in Overview
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1130               adjustment of visible position
1131             </li>
1132           </ul>
1133
1134           <em>Data import/export</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1138               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1142               annotation input/output via stockholm flatfile
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1146               extension when importing structure files without embedded
1147               names or PDB accessions
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1151               format sequence substitution matrices
1152             </li>
1153           </ul>
1154           <em>User Interface</em>
1155           <ul>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1158               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1159               the application.
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1163               via Overview or sequence motif search operations
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1167               opened by double clicking gaps within sequence feature
1168               extent
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1172               aligned positions were available to create a 3D structure
1173               superposition.
1174             </li>
1175           </ul>
1176           <em>3D Structure</em>
1177           <ul>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1180               coloured in linked structure views
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1184               file-based command exchange
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1188               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1189               structures are already available for sequences
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1193               the Jalview project rather than downloaded again when the
1194               project is reopened.
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1198               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1199               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1200                 Feature</strong>)
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>Web Services</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1210               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1211               Analysis services
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1215               cross-references provided by identifiers.org and the
1216               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1217             </li>
1218           </ul>
1219
1220           <em>Scripting</em>
1221           <ul>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1224               identifying file formats (instead of String constants)
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1228               efficiency when counting all displayed features (not
1229               backwards compatible with 2.10.1)
1230             </li>
1231           </ul>
1232           <em>Example files</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1236               included in the example feature file
1237             </li>
1238           </ul>
1239           <em>Documentation</em>
1240           <ul>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1243               with the built-in Java help viewer
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1247               sequence description' option
1248             </li>
1249           </ul>
1250           <em>Test Suite</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1254               Uniprot REST Free Text Search Client
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1261               during tests
1262             </li>
1263           </ul>
1264         </div></td>
1265       <td><div align="left">
1266           <em>Calculations</em>
1267           <ul>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1270               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1271               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1272             </li>
1273             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1274               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1275               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1276               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1277               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1278               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1279               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1280               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1281               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1282               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1283               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1284               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1285               // for 2.10.1 mode <br />
1286               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1287               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1288                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1289                 calculations (not recommended)</em></li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1292               scaling of branch lengths for trees computed using
1293               Sequence Feature Similarity.
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1297               generating output report when working with highly
1298               redundant alignments
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1302               right of selected region when gaps present on right-hand
1303               boundary
1304             </li>
1305           </ul>
1306           <em>User Interface</em>
1307           <ul>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1310               doesn't reselect a specific sequence's associated
1311               annotation after it was used for colouring a view
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1315               opened on a region of alignment without groups
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1319               of an alignment with overlapping groups
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1323               name and description match
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1327               hidden regions results in incorrect hidden regions
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1331               changing colour does not apply Conservation slider value
1332               to all groups
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1336               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1340               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1344               gaps before start of features
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1348               restored to UI when feature colour is edited
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1352               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1356               as graduate feature colour settings are modified via the
1357               dialog box
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1361               when a group defined on the alignment is resized
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1365               wrapped view result in positional status updates
1366             </li>
1367
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1370               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1374               alignment included gapped columns
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1378               widgets don't permanently disappear
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1382               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1383               T-Coffee column reliability scores)
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1387               sequence feature on gaps only
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1391               button from a Find inherit previously defined feature type
1392               rather than the Find query string
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1396               exporting tree calculated in Jalview
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1400               and then revealing them reorders sequences on the
1401               alignment
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1405               doesn't update to reflect available set of groups after
1406               interactively adding or modifying features
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1410               Linux
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1414               only excluded gaps in current sequence and ignored
1415               selection.
1416             </li>
1417           </ul>
1418           <em>Rendering</em>
1419           <ul>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1422               erratically when hidden rows or columns are present
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1426               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1427               sequence colouring
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1431               colour and group colour menu for protein alignments
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1435               reflect currently selected view or group's shading
1436               thresholds
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1440               when rendered on overview and structures when opacity at
1441               100%
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1445               overview when features overlaid on alignment
1446             </li>
1447           </ul>
1448           <em>Data import/export</em>
1449           <ul>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1452               load
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1456               added after a sequence was imported are not written to
1457               Stockholm File
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1461               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1465               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1469               with lightGray or darkGray via features file (but can
1470               specify lightgray)
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1474               when alignment view imported from project
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1478               structure and sequences extracted from structure files
1479               imported via URL and viewed in Jmol
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1483               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1484               the project is loaded and the structure viewed
1485             </li>
1486           </ul>
1487           <em>Web Services</em>
1488           <ul>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1491               release of Ensembl v.88
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1495               appear enabled in Preferences->Connections
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1499               removed from console output
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1503               Ensembl by Peptide ID
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1507               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1508               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1509               due to 'null' string rather than empty string used for
1510               residues with no corresponding PDB mapping).
1511             </li>
1512           </ul>
1513           <em>Application UI</em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1517               menu
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1521               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1522               new documentation and tooltips added)
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1526               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1530               new features are added to alignment
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1534               changes to feature colours via the Amend features dialog
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1538               edit graduated feature colour via amend features dialog
1539               box
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1543               selection menu changes colours of alignment views
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1547               from alignment calculation workers after alignment has
1548               been closed
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1552               groups now 'Create Group'
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1556               Create/Undefine group doesn't always work
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1560               shown again after pressing 'Cancel'
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1564               adjusts start position in wrap mode
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1568               ambiguous amino acids
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1572               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1573               proteins
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1577               Defined' don't appear in Colours menu
1578             </li>
1579           </ul>
1580           <em>Applet</em>
1581           <ul>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1584               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1588               overview or linked structure view
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1592               work (since 2.8)
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1596               user-defined colourscheme doesn't restore original
1597               colourscheme
1598             </li>
1599           </ul>
1600           <em>Test Suite</em>
1601           <ul>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1604               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1608               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1609               problems with deep array comparison equality asserts in
1610               successive versions of TestNG
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1614               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1615             </li>
1616           </ul>
1617           <em>New Known Issues</em>
1618           <ul>
1619             <li>
1620               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1621               phase after a sequence motif find operation
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1625               containing just upper and lower case letters are
1626               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1630               reliably from eggnog Ortholog database
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1634               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1635               to mark columns containing highlighted regions.
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1639               doesn't always add secondary structure annotation.
1640             </li>
1641           </ul>
1642         </div>
1643     <tr>
1644       <td width="60" nowrap>
1645         <div align="center">
1646           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1647         </div>
1648       </td>
1649       <td><div align="left">
1650           <em>General</em>
1651           <ul>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1654               for all consensus calculations
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1658               3rd Oct 2016)
1659             </li>
1660             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1661               for 2016-2017</li>
1662           </ul>
1663           <em>Application</em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1667               set of database cross-references, sorted alphabetically
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1671               from database cross references. Users with custom links
1672               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1673                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1677               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1678               Chimera session
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1682               the Chimera it is connected to is shut down
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1686               columns menu item to mark columns containing highlighted
1687               regions (e.g. from structure selections or results of a
1688               Find operation)
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1692               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1693               MSAviewer
1694             </li>
1695           </ul>
1696         </div></td>
1697       <td>
1698         <div align="left">
1699           <em>General</em>
1700           <ul>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1703               are not coloured or thresholded according to percent
1704               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1708               hydrophobic
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1712               threshold, amino acid properties)
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1716               reported as mapped to residues in a structure file in the
1717               View Mapping report
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1721               could be added multiple times to a sequence
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1725               bond features shown as two highlighted residues rather
1726               than a range in linked structure views, and treated
1727               correctly when selecting and computing trees from features
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1731               cross-references are matched to database name regardless
1732               of case
1733             </li>
1734
1735           </ul>
1736           <em>Application</em>
1737           <ul>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1740               names without regular expressions also offer links from
1741               Sequence ID
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1745               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1746               update Jalview configuration
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1750               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1754               files with similarly named sequences if dropped onto the
1755               alignment
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1759               entries where more chains exist in the PDB accession than
1760               are reported in the SIFTS file
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1764               the structure view when displayed with Chimera
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1768               panel's View->Show Chains submenu
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1772               work for wrapped alignment views
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1776               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1780               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1781               first annotation row
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1785               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1789               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1790             </li>
1791             <!-- JAL-2319 -->
1792             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1793             coordindate data
1794             </li>
1795           </ul>
1796           <!--           <em>New Known Issues</em>
1797           <ul>
1798             <li></li>
1799           </ul> -->
1800         </div>
1801       </td>
1802     </tr>
1803     <td width="60" nowrap>
1804       <div align="center">
1805         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1806           <em>25/10/2016</em></strong>
1807       </div>
1808     </td>
1809     <td><em>Application</em>
1810       <ul>
1811         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1812           view if structures already loaded</li>
1813         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1814           structure views</li>
1815       </ul></td>
1816     <td>
1817       <div align="left">
1818         <em>General</em>
1819         <ul>
1820           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1821             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1822           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1823             example sequences/projects/trees</li>
1824         </ul>
1825         <em>Application</em>
1826         <ul>
1827           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1828             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1829           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1830             without timeout for structures with multiple models or
1831             multiple sequences in alignment</li>
1832           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1833             PDB ID HEADER line</li>
1834           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1835             is performed</li>
1836           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1837             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1838           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1839           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1840             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1841             option</li>
1842           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1843             is created on the alignment</li>
1844           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1845             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1846             pop-up menu</li>
1847         </ul>
1848         <em>Build and deployment</em>
1849         <ul>
1850           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1851             tags</li>
1852         </ul>
1853         <em>New Known Issues</em>
1854         <ul>
1855           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1856             on Windows</li>
1857         </ul>
1858       </div>
1859     </td>
1860     </tr>
1861     <tr>
1862       <td width="60" nowrap>
1863         <div align="center">
1864           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1865         </div>
1866       </td>
1867       <td><em>General</em>
1868         <ul>
1869           <li>
1870             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1871           </li>
1872           <li>
1873             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1874             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1875             better PDB parsing.
1876           </li>
1877           <li>
1878             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1879             reference sequence
1880           </li>
1881           <li>
1882             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1883             mousing over sequence associated annotation
1884           </li>
1885           <li>
1886             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1887             for manual entry
1888           </li>
1889           <li>
1890             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1891             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1892             for each column
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1896             showing or hiding columns containing a feature
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1900             group and sequence associated annotation labels
1901           </li>
1902           <li>
1903             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1904             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1905             dialogs
1906           </li>
1907
1908         </ul> <em>Application</em>
1909         <ul>
1910           <li>
1911             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1912             gene/transcript view
1913           </li>
1914           <li>
1915             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1916             dialog
1917           </li>
1918           <li>
1919             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1920             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1924             Pfam sources to xfam.org
1925           </li>
1926           <li>
1927             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1928           </li>
1929           <li>
1930             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1931             over sequences in Jalview
1932           </li>
1933           <li>
1934             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1935             regions in ENA and EMBL
1936           </li>
1937           <li>
1938             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1939             for record retrieval via ENA rest API
1940           </li>
1941           <li>
1942             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1943             complement operator
1944           </li>
1945           <li>
1946             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1947             groovy script execution
1948           </li>
1949           <li>
1950             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1951             alignment window's Calculate menu
1952           </li>
1953           <li>
1954             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1955             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1956           </li>
1957           <li>
1958             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1959             calculation workers from groovy scripts
1960           </li>
1961           <li>
1962             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1963             Jalview projects
1964           </li>
1965           <li>
1966             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1967             associations are now saved/restored from project
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1971             before sequence fetcher is opened
1972           </li>
1973           <li>
1974             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1975             database chooser opens a sequence fetcher
1976           </li>
1977           <li>
1978             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1979             the UniProt REST API
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1983             the news reader opening
1984           </li>
1985           <li>
1986             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1987             querying stored in preferences
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1991             search results
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1995           </li>
1996           <li>
1997             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1998             menu for nucleotide sequences
1999           </li>
2000           <li>
2001             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2002             and feature counts preserves alignment ordering (and
2003             debugged for complex feature sets).
2004           </li>
2005           <li>
2006             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2007             viewing structures with Jalview 2.10
2008           </li>
2009           <li>
2010             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2011             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2012             Ensembl Genomes REST API
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2016             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2017             (Ensembl)
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2021             sequences
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2025             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2026             data from external database records.
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2030             efficient recovery of sequence coding and alignment
2031             annotation relationships.
2032           </li>
2033         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2034         <ul>
2035           <li>
2036             -- JAL---
2037           </li>
2038         </ul> --></td>
2039       <td>
2040         <div align="left">
2041           <em>General</em>
2042           <ul>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2045               menu on OSX
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2049               includes graduated colourschemes
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2053               working with big alignments and lots of hidden columns
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2057               at right of alignment window
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2061               contents
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2065               for DNA alignments
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2069               based tree calculation
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2073               unconserved enabled for group on alignment
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2077               set as reference
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2081               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2082               annotation
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2086               hidden columns present
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2090               user created annotation added to alignment
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2094               '()' base pair annotation
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2098               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2099               Consensus
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2103               feature not working
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2107               beginning of sequence
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2111               entry 3a6s
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2115               from a tree when t-coffee scores are shown
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2119               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2123               some structures
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2127               to Clustal, PIR and PileUp output
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2131               not visible causes alignment window to repaint
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2135               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2136               scores associated with features and annotation rows
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2140               calculation should be case independent
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2144               columns
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2148               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2149               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2153               problems when reference sequence defined and 'show
2154               non-conserved' enabled
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2158               load even when Consensus calculation is disabled
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2162               alignment does nothing
2163             </li>
2164           </ul>
2165           <em>Application</em>
2166           <ul>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2169               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2170               yet fixed for El Capitan)
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2174               output when running on non-gb/us i18n platforms
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2178               hidden sequences as flat-file alignment
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2182               launching Chimera
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2186               (also hotfix for 2.9.0b2)
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2190               reference sequence defined
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2194               alignments and views when revealing hidden columns
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2198               view in a cDNA/Protein splitframe
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2202               sequence from project when only one sequence is
2203               represented
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2207               in Structure Chooser
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2211               structure consensus didn't refresh annotation panel
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2215               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2219               dialogs format columns correctly, don't display array
2220               data, sort columns according to type
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2224               file chooser is cancelled during an image export
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2228               sequence name containing special characters
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2232               case insensitive
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2236               formatting don't wrap
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2240               truncated so L looks like I in consensus annotation
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2244               currently displayed features for the current selection or
2245               view
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2249               after fetching cross-references, and restoring from
2250               project
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2254               followed in the structure viewer
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2258               splitframe not restored from project
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2262               trailing end of protein alignment in transcript/product
2263               splitview when pad-gaps not enabled by default
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2267               is case dependent
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2271               article has been read (reopened issue due to
2272               internationalisation problems)
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2276               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2277               cross-references
2278             </li>
2279
2280             <li>
2281               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2282               alignment as HTML
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2286               multiple structures are shown for one or more sequences.
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2290               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2291               is enabled.
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2295               specific PDB id for sequence
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2299               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2300               columns' is disabled.
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2304               selects lowest rather than highest resolution structures
2305               for each sequence
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2309               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2313               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2317               after clicking on it to create new annotation for a
2318               column.
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2322               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2323             </li>
2324             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2325             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2326           </ul>
2327           <em>Applet</em>
2328           <ul>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2331               hidden columns present before start of sequence
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2335               (JSON jars)
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2339               sequences are hidden in applet
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2343               deployment on examples pages.
2344             </li>
2345           </ul>
2346         </div>
2347       </td>
2348     </tr>
2349     <tr>
2350       <td width="60" nowrap>
2351         <div align="center">
2352           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2353             <em>16/10/2015</em></strong>
2354         </div>
2355       </td>
2356       <td><em>General</em>
2357         <ul>
2358           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2359             jars</li>
2360         </ul></td>
2361       <td>
2362         <div align="left">
2363           <em>Application</em>
2364           <ul>
2365             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2366               shown when tree is partitioned</li>
2367             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2368               multiple cDNA/Protein split views</li>
2369           </ul>
2370         </div>
2371       </td>
2372     </tr>
2373     <tr>
2374       <td width="60" nowrap>
2375         <div align="center">
2376           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2377             <em>8/10/2015</em></strong>
2378         </div>
2379       </td>
2380       <td><em>General</em>
2381         <ul>
2382           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2383             2.9</li>
2384         </ul> <em>Application</em>
2385         <ul>
2386           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2387           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2388           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2389         </ul> <em>Applet</em>
2390         <ul>
2391           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2392         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2393         <ul>
2394           <li>
2395             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2396             suite
2397           </li>
2398         </ul></td>
2399       <td>
2400         <div align="left">
2401           <em>General</em>
2402           <ul>
2403             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2404               incorrect when sequence start > 1</li>
2405             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2406               documentation</li>
2407             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2408             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2409               loading a features file containing HTML tags in feature
2410               description</li>
2411
2412           </ul>
2413           <em>Application</em>
2414           <ul>
2415             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2416               reimport</li>
2417             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2418               with 'trim retrieved sequences'</li>
2419             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2420               deleting selected columns</li>
2421             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2422               JNLP templates for webstart launch</li>
2423             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2424               unreleased structures for download or viewing</li>
2425             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2426               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2427             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2428               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2429             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2430               recovered from jalview project</li>
2431             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2432               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2433               alignment view</li>
2434             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2435               color schemes from BioJSON</li>
2436           </ul>
2437           <em>Applet</em>
2438           <ul>
2439             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2440               frame</li>
2441             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2442           </ul>
2443         </div>
2444       </td>
2445     </tr>
2446     <tr>
2447       <td><div align="center">
2448           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2449         </div></td>
2450       <td><em>General</em>
2451         <ul>
2452           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2453             alignments:
2454             <ul>
2455               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2456                 and DNA alignment views</li>
2457               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2458                 cDNA alignment views</li>
2459               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2460                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2461               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2462                 protein sequences</li>
2463             </ul>
2464           </li>
2465           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2466           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2467             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2468           <li>New alignment annotation file statements for
2469             reference sequences and marking hidden columns</li>
2470           <li>Reference sequence based alignment shading to
2471             highlight variation</li>
2472           <li>Select or hide columns according to alignment
2473             annotation</li>
2474           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2475           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2476             acid conservation row</li>
2477           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2478         </ul> <em>Application</em>
2479         <ul>
2480           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2481             <ul>
2482               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2483                 view with cDNA/Protein</li>
2484               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2485                 sequences are placed in the same alignment</li>
2486               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2487                 projects</li>
2488             </ul>
2489           </li>
2490
2491           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2492           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2493             Jalview windows</li>
2494
2495           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2496           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2497           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2498             be shown in VARNA</li>
2499
2500           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2501             as the active selected region</li>
2502
2503           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2504             similarity</li>
2505           <li>New Export options
2506             <ul>
2507               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2508                 region export in flat file generation</li>
2509
2510               <li>Export alignment views for display with the <a
2511                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2512
2513               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2514               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2515                 alignment figures to HTML</li>
2516           </li>
2517           <li>3D structure retrieval and display
2518             <ul>
2519               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2520                 Search API</li>
2521               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2522                 PDB structures for a sequence set</li>
2523             </ul>
2524           </li>
2525
2526           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2527             predictions</li>
2528           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2529             for one or a group of sequences</li>
2530           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2531             from the JPred4 web server</li>
2532           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2533             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2534             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2535           </li>
2536           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2537             VARNA 2D Structure'</li>
2538           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2539             Structure ..."</li>
2540
2541         </ul> <em>Applet</em>
2542         <ul>
2543           <li>New layout for applet example pages</li>
2544           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2545             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2546           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2547             Protein alignments</li>
2548         </ul> <em>Development and deployment</em>
2549         <ul>
2550           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2551           <li>Include installation type and git revision in build
2552             properties and console log output</li>
2553           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2554             storing BioJsMSA Templates</li>
2555           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2556         </ul></td>
2557       <td>
2558         <!-- <em>General</em>
2559         <ul>
2560         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2561         <ul>
2562           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2563           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2564           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2565             predictions are not highlighted in amber</li>
2566           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2567             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2568           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2569             associated structure views</li>
2570           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2571             width checkbox not enabled</li>
2572           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2573             creating user defined colours</li>
2574           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2575             mappings for just that viewer's sequences</li>
2576           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2577             multiple models in Chimera</li>
2578           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2579             over Jmol structure</li>
2580           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2581             output to text box</li>
2582           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2583             have incorrect sequence start/end</li>
2584           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2585             Jalview fails</li>
2586           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2587             work for nucleotide</li>
2588           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2589             to a grey/invisible alignment window</li>
2590           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2591             imports to different position</li>
2592           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2593             on some platforms</li>
2594           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2595             populated</li>
2596           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2597             console if Chimera has been opened</li>
2598           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2599           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2600             retrieved</li>
2601           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2602           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2603             either sequence shows on first structure</li>
2604           <li>'Show annotations' options should not make
2605             non-positional annotations visible</li>
2606           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2607             in right place after 'view flanking regions'</li>
2608           <li>File Save As type unset when current file format is
2609             unknown</li>
2610           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2611             projects</li>
2612           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2613             responsive</li>
2614           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2615             several views on same alignment</li>
2616           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2617           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2618             spaces</li>
2619         </ul> <em>Applet</em>
2620         <ul>
2621           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2622           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2623             descriptions containing angle brackets</li>
2624         </ul> <em>General</em>
2625         <ul>
2626           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2627             via jalview annotation file</li>
2628           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2629             with RNA secondary structure</li>
2630           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2631             translation doesn't work.</li>
2632           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2633           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2634             positions</li>
2635           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2636             choosing 1pt font</li>
2637           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2638             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2639             'h'</li>
2640           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2641             new feature</li>
2642           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2643             order dependent</li>
2644           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2645             sequences</li>
2646           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2647         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2648         <ul>
2649           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2650             www.jalview.org</li>
2651         </ul> <em>Application Known issues</em>
2652         <ul>
2653           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2654           <li>Misleading message appears after trying to delete
2655             solid column.</li>
2656           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2657             version launches</li>
2658           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2659             fails with a sequence mismatch</li>
2660           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2661             scrolling alignment to right</li>
2662           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2663             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2664           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2665             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2666           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2667             ultra-high resolution</li>
2668           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2669             quality and conservation</li>
2670           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2671             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2672         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2673         <ul>
2674           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2675           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2676             window is being resized</li>
2677
2678         </ul>
2679       </td>
2680     </tr>
2681     <tr>
2682       <td><div align="center">
2683           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2684         </div></td>
2685       <td><em>General</em>
2686         <ul>
2687           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2688             Certum.PL.</li>
2689           <li>Features and annotation preserved when performing
2690             pairwise alignment</li>
2691           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2692             imported/exported/displayed</li>
2693           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2694             protein secondary structure</li>
2695           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2696               post-hoc with 2.9 release</em>)
2697           </li>
2698
2699         </ul> <em>Application</em>
2700         <ul>
2701           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2702             with 3D structures</li>
2703           <li>Support for parsing RNAML</li>
2704           <li>Annotations menu for layout
2705             <ul>
2706               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2707               <li>place sequence annotation above/below alignment
2708                 annotation</li>
2709             </ul>
2710           <li>Output in Stockholm format</li>
2711           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2712             translation</li>
2713           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2714           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2715             shared between alignments</li>
2716           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2717             Jalview</li>
2718           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2719             all or current selection</li>
2720           <li>disorder and secondary structure predictions
2721             available as dataset annotation</li>
2722           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2723
2724
2725           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2726             alignments from Rfam</li>
2727           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2728
2729           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2730             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2731           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2732           <li>include installation type in build properties and
2733             console log output</li>
2734           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2735             annotation</li>
2736         </ul></td>
2737       <td>
2738         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2739         <ul>
2740           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2741             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2742           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2743             alignment</li>
2744           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2745           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2746           <li>Double click on sequence associated annotation
2747             selects only first column</li>
2748           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2749             leaves shown in tree</li>
2750           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2751             properly</li>
2752           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2753           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2754             screen and buttons not visible</li>
2755           <li>author list isn't updated if already written to
2756             Jalview properties</li>
2757           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2758             from database</li>
2759           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2760           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2761             browser search window</li>
2762           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2763             in feature settings dialog</li>
2764           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2765             desktop</li>
2766           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2767             pass validation</li>
2768           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2769             fit on screen</li>
2770           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2771             tooltip</li>
2772           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2773             defined user preset</li>
2774           <li>MSA web services warns user if they were launched
2775             with invalid input</li>
2776           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2777             Java 8</li>
2778           <li>
2779             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2780             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2781             created
2782           </li>
2783
2784         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2785         <ul>
2786         </ul> <em>General</em>
2787         <ul>
2788         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2789         <ul>
2790           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2791             memory allocation</li>
2792           <li>launchApp service doesn't automatically open
2793             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2794           <li>
2795             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2796             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2797             1.7_055 is available
2798           </li>
2799         </ul> <em>Application Known issues</em>
2800         <ul>
2801           <li>
2802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2803             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2804             alignment to right
2805           </li>
2806           <li>
2807             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2808             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2809             with large number of ID
2810           </li>
2811           <li>
2812             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2813             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2814             start/end
2815           </li>
2816           <li>
2817             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2818             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2819             structure tracks are rearranged
2820           </li>
2821           <li>
2822             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2823             invalid rna structure positional highlighting does not
2824             highlight position of invalid base pairs
2825           </li>
2826           <li>
2827             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2828             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2829             project from alignment window file menu
2830           </li>
2831           <li>
2832             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2833             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2834             structures
2835           </li>
2836           <li>
2837             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2838             colour by RNA Helices not enabled when user created
2839             annotation added to alignment
2840           </li>
2841           <li>
2842             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2843             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2844           </li>
2845         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2846         <ul>
2847           <li>
2848             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2849             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2850           </li>
2851           <li>
2852             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2853             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2854           </li>
2855
2856           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2857             when selected</li>
2858         </ul>
2859       </td>
2860     </tr>
2861     <tr>
2862       <td><div align="center">
2863           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2864         </div></td>
2865       <td>
2866         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2867         <em>General</em>
2868         <ul>
2869           <li>Internationalisation of user interface (usually
2870             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2871           <li>Define/Undefine group on current selection with
2872             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2873           <li>Improved group creation/removal options in
2874             alignment/sequence Popup menu</li>
2875           <li>Sensible precision for symbol distribution
2876             percentages shown in logo tooltip.</li>
2877           <li>Annotation panel height set according to amount of
2878             annotation when alignment first opened</li>
2879         </ul> <em>Application</em>
2880         <ul>
2881           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2882             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2883           <li>Select columns containing particular features from
2884             Feature Settings dialog</li>
2885           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2886             sequences</li>
2887           <li>Update Jalview project format:
2888             <ul>
2889               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2890               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2891                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2892               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2893                 colouring</li>
2894             </ul>
2895           </li>
2896           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2897             (PAM250)</li>
2898           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2899             flanking regions for an alignment</li>
2900         </ul>
2901       </td>
2902       <td>
2903         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2904         <ul>
2905           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2906             running after job is cancelled</li>
2907           <li>cannot export features from alignments imported from
2908             Jalview/VAMSAS projects</li>
2909           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2910             float values</li>
2911           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2912             have 'display all symbols' flag set</li>
2913           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2914             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2915           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2916             Jalview</li>
2917           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2918             Lion/Webstart</li>
2919           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2920           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2921           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2922             alignment onto desktop</li>
2923           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2924             'extract scores' function</li>
2925           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2926             alignment window</li>
2927           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2928             performing IUPred disorder prediction</li>
2929           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2930             changing 'normalise logo' display setting</li>
2931           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2932             nothing matches query</li>
2933           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2934             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2935           </li>
2936           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2937             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2938           </li>
2939           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2940             Jalview's menu</li>
2941           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2942             'invalid literal/length code'</li>
2943           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2944             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2945           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2946             colourscheme</li>
2947
2948         </ul> <em>Applet</em>
2949         <ul>
2950           <li>Remove group option is shown even when selection is
2951             not a group</li>
2952           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2953             don't affect groups</li>
2954           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2955             colourscheme name</li>
2956           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2957             Annotation panel is not displayed</li>
2958           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2959             embedded windows</li>
2960         </ul> <em>Other</em>
2961         <ul>
2962           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2963             single sequence were not calculated</li>
2964           <li>annotation files that contain only groups imported as
2965             annotation and junk sequences</li>
2966           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2967             recognised as PFAM or BLC</li>
2968           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2969             doesn't affect background (2.8.0b1)
2970           <li></li>
2971           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2972           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2973             trailing gaps</li>
2974           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2975             registered correctly on import</li>
2976           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2977             certain alignments</li>
2978           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2979             existing annotation based 'use original colours'
2980             colourscheme loses original colours setting</li>
2981         </ul>
2982       </td>
2983     </tr>
2984     <tr>
2985       <td><div align="center">
2986           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2987             <em>30/1/2014</em></strong>
2988         </div></td>
2989       <td>
2990         <ul>
2991           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2992             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2993             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2994             open source project).
2995           </li>
2996           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2997           <li>Output in Stockholm format</li>
2998           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2999           <li>Export/import group and sequence associated line
3000             graph thresholds</li>
3001           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3002             ambiguity codes</li>
3003           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3004             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3005             works</li>
3006           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3007         </ul> <em>Other improvements</em>
3008         <ul>
3009           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3010           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3011             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3012           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3013             files</li>
3014           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3015           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3016             link but no description</li>
3017           <li>Select primary source when selecting authority in
3018             database fetcher GUI</li>
3019           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3020             Jalview</li>
3021           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3022         </ul>
3023       </td>
3024       <td>
3025         <ul>
3026           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3027             displayed</li>
3028           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3029             secondary structure annotation line</li>
3030           <li>Sequence database accessions not imported when
3031             fetching alignments from Rfam</li>
3032           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3033             identical IDs</li>
3034           <li>View all structures does not always superpose
3035             structures</li>
3036           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3037             reflect user or preset settings</li>
3038           <li>Null pointer exceptions for some services without
3039             presets or adjustable parameters</li>
3040           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3041             discover PDB xRefs</li>
3042           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3043             features with DAS</li>
3044           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3045             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3046           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3047             residue follows a gap</li>
3048           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3049             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3050           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3051             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3052           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3053             annotation already exists on alignment</li>
3054           <li>oninit javascript function should be called after
3055             initialisation completes</li>
3056           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3057             alignment window display</li>
3058           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3059           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3060             to annotation file</li>
3061           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3062             groups created</li>
3063           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3064             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3065           <li>Pressing return several times causes Number Format
3066             exceptions in keyboard mode</li>
3067           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3068             correct partitions for input data</li>
3069           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3070           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3071           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3072           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3073             mode</li>
3074           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3075             changes one row&#39;s threshold</li>
3076           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3077             doesn&#39;t open</li>
3078           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3079             quality histograms</li>
3080         </ul>
3081       </td>
3082     </tr>
3083     <tr>
3084       <td><div align="center">
3085           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3086         </div></td>
3087       <td><em>Application</em>
3088         <ul>
3089           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3090             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3091           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3092             preferences</li>
3093           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3094             in Jalview alignment window</li>
3095           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3096             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3097           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3098             RNA and ambiguity codes</li>
3099
3100           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3101           <li>Support fetching and database reference look up
3102             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3103             refs')</li>
3104           <li>Jalview project improvements
3105             <ul>
3106               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3107                 flag for annotation</li>
3108               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3109                 alignment</li>
3110               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3111                 Jalview project</li>
3112
3113             </ul>
3114           </li>
3115           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3116           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3117             running</li>
3118           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3119           <li>visual indication that web service results are still
3120             being retrieved from server</li>
3121           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3122             starts up for first time</li>
3123           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3124             services</li>
3125           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3126             client library</li>
3127           <li>Examples directory and Groovy library included in
3128             InstallAnywhere distribution</li>
3129         </ul> <em>Applet</em>
3130         <ul>
3131           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3132             visualization applet example</li>
3133         </ul> <em>General</em>
3134         <ul>
3135           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3136           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3137             defaults</li>
3138           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3139             calculation</li>
3140           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3141             matrices
3142           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3143             in HTML</li>
3144           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3145             structure contacts</li>
3146           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3147           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3148           <li>Parse sequence associated secondary structure
3149             information in Stockholm files</li>
3150           <li>HTML Export database accessions and annotation
3151             information presented in tooltip for sequences</li>
3152           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3153             style RNA alignment files</li>
3154           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3155             alignment</li>
3156           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3157             shade each sequence according to its associated alignment
3158             annotation</li>
3159           <li>New Jalview Logo</li>
3160         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3161         <ul>
3162           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3163           <li>New Website!</li>
3164         </ul></td>
3165       <td><em>Application</em>
3166         <ul>
3167           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3168             wsdbfetch REST service</li>
3169           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3170           <li>Filetype associations not installed for webstart
3171             launch</li>
3172           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3173             job execution in full once it is complete</li>
3174           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3175             uploaded via ali_file parameter</li>
3176           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3177           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3178           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3179             submitted for prediction</li>
3180           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3181             desktop window</li>
3182           <li>Putting fractional value into integer text box in
3183             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3184           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3185             windows 7</li>
3186           <li>View all structures fails with exception shown in
3187             structure view</li>
3188           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3189             escaped in a platform independent way</li>
3190           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3191             using proxy</li>
3192           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3193             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3194           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3195             failure when java web start temporary file caching is
3196             disabled</li>
3197           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3198             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3199           <li>Errors during processing of command line arguments
3200             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3201           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3202             DAS sources in sequence fetcher</li>
3203           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3204             dialog is shown</li>
3205           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3206           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3207           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3208           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3209             on OSX Mountain Lion</li>
3210           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3211             sequences with alignment annotation are pasted into the
3212             alignment</li>
3213           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3214             when loaded from Jalview project</li>
3215           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3216           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3217             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3218           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3219             associated with all views</li>
3220           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3221             annotation rows to new window</li>
3222         </ul> <em>Applet</em>
3223         <ul>
3224           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3225             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3226           <li>loading features via javascript API automatically
3227             enables feature display</li>
3228           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3229             work</li>
3230         </ul> <em>General</em>
3231         <ul>
3232           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3233           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3234             and then deselected</li>
3235           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3236           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3237             coloured with clustalx</li>
3238           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3239             exceptions and redraw errors</li>
3240           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3241             reconfigured view</li>
3242           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3243             colour</li>
3244           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3245             for lots of labels</li>
3246         </ul>
3247     </tr>
3248     <tr>
3249       <td>
3250         <div align="center">
3251           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3252         </div>
3253       </td>
3254       <td><em>Application</em>
3255         <ul>
3256           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3257           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3258           <li>View/alignment association menu to enable user to
3259             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3260             its colours/correspondences from</li>
3261           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3262           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3263             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3264           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3265           <li>Annotation row column label formatting attributes
3266             stored in project file</li>
3267           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3268             rows preserved in Jalview project file</li>
3269           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3270             saved using Desktop window menu</li>
3271           <li>Visual indication that command line arguments are
3272             still being processed</li>
3273           <li>Groovy script execution from URL</li>
3274           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3275             preferences</li>
3276           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3277             alignment with sequences that have high similarity and
3278             matching IDs</li>
3279           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3280           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3281             structures in same window</li>
3282           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3283           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3284             analysis function in its own submenu</li>
3285         </ul> <em>Applet</em>
3286         <ul>
3287           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3288             groups</li>
3289           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3290           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3291           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3292           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3293           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3294             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3295           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3296           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3297             parameters are treated as such</li>
3298           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3299             <ul>
3300               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3301               <li>Javascript callbacks for
3302                 <ul>
3303                   <li>Applet initialisation</li>
3304                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3305                 </ul>
3306               </li>
3307               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3308                 functions</li>
3309               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3310               <li>javascript structure viewer harness to pass
3311                 messages between Jmol and Jalview when running as
3312                 distinct applets</li>
3313               <li>sortBy method</li>
3314               <li>Set of applet and application examples shipped
3315                 with documentation</li>
3316               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3317                 javascript message exchange</li>
3318             </ul>
3319         </ul> <em>General</em>
3320         <ul>
3321           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3322             multiple alignments</li>
3323           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3324           <li>User configurable link to enable redirects to a
3325             www.Jalview.org mirror</li>
3326           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3327           <li>Configurable newline string when writing alignment
3328             and other flat files</li>
3329           <li>Allow alignment annotation description lines to
3330             contain html tags</li>
3331         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3332         <ul>
3333           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3334             examples</li>
3335           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3336             using a web service before displaying the result in the
3337             Jalview desktop</li>
3338           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3339           <li>Ant target to publish example html files with applet
3340             archive</li>
3341           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3342           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3343         </ul></td>
3344       <td><em>Application</em>
3345         <ul>
3346           <li>User defined colourscheme throws exception when
3347             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3348           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3349             dialog for valid filename/format</li>
3350           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3351           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3352             P37173</li>
3353           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3354             which sequence is to be associated with the file</li>
3355           <li>Find All raises null pointer exception when query
3356             only matches sequence IDs</li>
3357           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3358           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3359             2.4 cannot be loaded</li>
3360           <li>Filetype associations not installed for webstart
3361             launch</li>
3362           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3363             with sequences in different alignments do not get coloured
3364             by their associated sequence</li>
3365           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3366             not preserved when project is loaded</li>
3367           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3368             stored in Jalview project</li>
3369           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3370             Jalview project</li>
3371           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3372           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3373             by conservation</li>
3374           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3375             created on new view</li>
3376           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3377             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3378           <li>Alignment quality not updated after alignment
3379             annotation row is hidden then shown</li>
3380           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3381             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3382           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3383             properly</li>
3384           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3385             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3386           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3387           <li>Structures imported from file and saved in project
3388             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3389           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3390             job execution in full once it is complete</li>
3391         </ul> <em>Applet</em>
3392         <ul>
3393           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3394             annotation rows are displayed</li>
3395           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3396             codebase</li>
3397           <li>View follows highlighting does not work for positions
3398             in sequences</li>
3399           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3400           <li>Export features raises exception when no features
3401             exist</li>
3402           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3403             for javascript api is modified when separator string
3404             provided as parameter</li>
3405           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3406             alignment with no existing selection</li>
3407           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3408             to applet&#39;s codebase</li>
3409           <li>Status bar not updated after finished searching and
3410             search wraps around to first result</li>
3411           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3412             several Jalview applets causes race conditions and memory
3413             leaks</li>
3414           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3415             not sent from Jmol in applet</li>
3416           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3417             applet API fatally hang browser</li>
3418         </ul> <em>General</em>
3419         <ul>
3420           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3421             position with wrapped view and hidden regions</li>
3422           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3423             with/without hidden columns</li>
3424           <li>Sequence length given in alignment properties window
3425             is off by 1</li>
3426           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3427             import PDB like structure files</li>
3428           <li>Positional search results are only highlighted
3429             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3430           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3431           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3432             given sequence position</li>
3433           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3434             output</li>
3435           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3436             from nucleotide chains correctly</li>
3437           <li>Structure colours not updated when tree partition
3438             changed in alignment</li>
3439           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3440             parsed in interleaved stockholm</li>
3441           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3442             state</li>
3443           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3444             properly</li>
3445           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3446             properly associated with their pdb files</li>
3447         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3448         <ul>
3449           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3450             ApplyCopyright tool</li>
3451         </ul></td>
3452     </tr>
3453     <tr>
3454       <td>
3455         <div align="center">
3456           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3457         </div>
3458       </td>
3459       <td><em>Application</em>
3460         <ul>
3461           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3462             contact web services</li>
3463           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3464             service job window</li>
3465           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3466         </ul></td>
3467       <td>
3468         <ul>
3469           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3470             pir file emitted by Jalview</li>
3471           <li>Existing feature settings transferred to new
3472             alignment view created from cut'n'paste</li>
3473           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3474             parsing PDB files</li>
3475           <li>Consensus and conservation annotation rows
3476             occasionally become blank for all new windows</li>
3477           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3478             in wrapped view mode</li>
3479         </ul> <em>Application</em>
3480         <ul>
3481           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3482             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3483           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3484             parameter names</li>
3485           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3486             is down</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489     </tr>
3490     <tr>
3491       <td>
3492         <div align="center">
3493           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3494         </div>
3495       </td>
3496       <td><em>Application</em>
3497         <ul>
3498           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3499             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3500             (JABAWS)
3501           </li>
3502           <li>Web Services preference tab</li>
3503           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3504             preferences</li>
3505           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3506           <li>Superpose structures using associated sequence
3507             alignment</li>
3508           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3509             viewer</li>
3510         </ul> <em>Applet</em>
3511         <ul>
3512           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3513             link out mechanism</li>
3514         </ul> <em>Other</em>
3515         <ul>
3516           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3517             series 12</li>
3518           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3519             require Java 1.5</li>
3520           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3521             sequence annotation files</li>
3522           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3523             type colour specification</li>
3524           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3525             script to check if it being run in an interactive session or
3526             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3527         </ul></td>
3528       <td>
3529         <ul>
3530           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3531             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3532         </ul> <em>Application</em>
3533         <ul>
3534           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3535             selected Regions menu item</li>
3536           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3537             part of a valid accession ID</li>
3538           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3539             runs out of memory</li>
3540           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3541             analysis results</li>
3542           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3543             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3544           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3545         </ul> <em>Applet</em>
3546         <ul>
3547           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3548             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3549             defined.</li>
3550         </ul>
3551       </td>
3552     </tr>
3553     <tr>
3554       <td>
3555         <div align="center">
3556           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3557         </div>
3558       </td>
3559       <td></td>
3560       <td>
3561         <ul>
3562           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3563             sequence IDs</li>
3564           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3565             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3566           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3567             import correctly</li>
3568           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3569             number of columns are hidden</li>
3570           <li>annotation label popup menu not providing correct
3571             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3572             present</li>
3573           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3574             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3575           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3576             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3577
3578         </ul> <em>Applet</em>
3579         <ul>
3580           <li>annotation panel disappears when annotation is
3581             hidden/removed</li>
3582         </ul> <em>Application</em>
3583         <ul>
3584           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3585             alignment opened where annotation panel is visible but no
3586             annotations are present on alignment</li>
3587           <li>pasted region containing hidden columns is
3588             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3589           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3590             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3591           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3592             selected Rregions menu item.</li>
3593           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3594             'Un' or 'Non'conserved</li>
3595           <li>Sequence feature settings are being shared by
3596             multiple distinct alignments</li>
3597           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3598             changed</li>
3599           <li>double click on group annotation to select sequences
3600             does not propagate to associated trees</li>
3601           <li>Mac OSX specific issues:
3602             <ul>
3603               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3604                 window background</li>
3605               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3606                 name set correctly</li>
3607               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3608                 save feature colourscheme button</li>
3609             </ul>
3610           </li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613     </tr>
3614     <tr>
3615
3616       <td>
3617         <div align="center">
3618           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3619         </div>
3620       </td>
3621       <td><em>New Capabilities</em>
3622         <ul>
3623           <li>URL links generated from description line for
3624             regular-expression based URL links (applet and application)
3625
3626           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3627             menu</li>
3628           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3629             structures</li>
3630           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3631             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3632           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3633             average score or total feature count for each sequence.</li>
3634           <li>Shading features by score or associated description</li>
3635           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3636             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3637           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3638             hide everything but the currently selected region.</li>
3639           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3640         </ul> <em>Application</em>
3641         <ul>
3642           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3643             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3644           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3645             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3646           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3647             database references and protein_name is parsed as
3648             description line (BioSapiens terms).</li>
3649           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3650             references in sequence ID tooltip from View menu in
3651             application.</li>
3652           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3653       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3654           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3655             conservation plots</li>
3656           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3657             and visualized as sequence logos</li>
3658           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3659             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3660           </li>
3661           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3662             when a new tree is opened.</li>
3663           <li>Jalview Java Console</li>
3664           <li>Better placement of desktop window when moving
3665             between different screens.</li>
3666           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3667             consensus annotation</li>
3668           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3669             Workflows</li>
3670           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3671             <ul>
3672               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3673                 used to preserve views, structures, and tree display
3674                 settings)</li>
3675               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3676                 command line</li>
3677               <li>Sharing of selected regions between views and
3678                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3679               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3680             </ul></li>
3681         </ul> <em>Applet</em>
3682         <ul>
3683           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3684           <li>New Parameters
3685             <ul>
3686               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3687                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3688                 opened.</li>
3689               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3690                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3691               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3692                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3693               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3694                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3695                 view</li>
3696               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3697                 increase the height or width of a cell in the alignment
3698                 grid relative to the current font size.</li>
3699             </ul>
3700           </li>
3701           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3702             tooltip</li>
3703         </ul> <em>Other</em>
3704         <ul>
3705           <li>Features format: graduated colour definitions and
3706             specification of feature scores</li>
3707           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3708             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3709             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3710           <li>XML formats extended to support graduated feature
3711             colourschemes, group associated annotation, and profile
3712             visualization settings.</li></td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3716             rather than description</li>
3717           <li>Non-positional features are now included in sequence
3718             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3719             visibility in tooltip).</li>
3720           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3721           <li>Added URL embedding instructions to features file
3722             documentation.</li>
3723           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3724             'X' in peptide product</li>
3725           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3726             sequence ID and sequence string and query strings do not
3727             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3728           <li>AMSA files only contain first column of
3729             multi-character column annotation labels</li>
3730           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3731             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3732             exported and re-imported)</li>
3733           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3734             name</li>
3735           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3736             as subsequence matches, and correctly reports total number
3737             of both.</li>
3738           <li>Application:
3739             <ul>
3740               <li>Better handling of exceptions during sequence
3741                 retrieval</li>
3742               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3743                 link text excludes the start_end suffix</li>
3744               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3745                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3746               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3747               <li>Sequence description lines properly shared via
3748                 VAMSAS</li>
3749               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3750                 data sources</li>
3751               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3752                 completes before alignment figures are generated.</li>
3753               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3754                 first time.</li>
3755               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3756                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3757               <li>User defined group colours properly recovered
3758                 from Jalview projects.</li>
3759             </ul>
3760           </li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763
3764     </tr>
3765     <tr>
3766       <td>
3767         <div align="center">
3768           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3769         </div>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Experimental support for google analytics usage
3774             tracking.</li>
3775           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3776         </ul>
3777       </td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>Race condition in applet preventing startup in
3781             jre1.6.0u12+.</li>
3782           <li>Exception when feature created from selection beyond
3783             length of sequence.</li>
3784           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3785           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3786             all sequences with a given id</li>
3787           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3788             ID string searches</li>
3789           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3790             alignment to fail with exception</li>
3791         </ul> <em>Application Issues</em>
3792         <ul>
3793           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3794           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3795             data sources</li>
3796         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3797         <ul>
3798           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3799             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3800           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3801             version (java class versioning error fixed)</li>
3802         </ul>
3803       </td>
3804     </tr>
3805     <tr>
3806       <td>
3807
3808         <div align="center">
3809           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3810         </div>
3811       </td>
3812       <td><em>User Interface</em>
3813         <ul>
3814           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3815             translation and protein products</li>
3816           <li>Linked highlighting of structure associated with
3817             residue mapping to codon position</li>
3818           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3819             and 'clear' button</li>
3820           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3821             Tools menu</li>
3822           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3823             numeric data in description line</li>
3824           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3825           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3826             of sequence</li>
3827         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3828         <ul>
3829           <li>JPred3 web service</li>
3830           <li>Prototype sequence search client (no public services
3831             available yet)</li>
3832           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3833             PFAM</li>
3834           <li>URL Links created for matching database cross
3835             references as well as sequence ID</li>
3836           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3837         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3838         <ul>
3839           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3840             databases</li>
3841           <li>Generalised database reference retrieval and
3842             validation to all fetchable databases</li>
3843           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3844             sequence command</li>
3845         </ul> <em>Import and Export</em>
3846         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3847         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3848           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3849         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3850           File</li>
3851         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3852           triplet as name of colourscheme</li>
3853         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3854         <ul>
3855           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3856           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3857             alignments (experimental)</li>
3858           <li>Create new or select existing session to join</li>
3859           <li>load and save of vamsas documents</li>
3860         </ul> <em>Application command line</em>
3861         <ul>
3862           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3863             from applet)</li>
3864           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3865             of DAS servers to query for alignment features</li>
3866           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3867             that are also automatically queried for features</li>
3868           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3869             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3870         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3871         <ul>
3872           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3873             application (when using &quot;View in full
3874             application&quot;)</li>
3875         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3876         <ul>
3877           <li>feature group display control parameter</li>
3878           <li>debug parameter</li>
3879           <li>showbutton parameter</li>
3880         </ul> <em>Applet API methods</em>
3881         <ul>
3882           <li>newView public method</li>
3883           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3884           <li>Feature display control methods</li>
3885           <li>get list of currently selected sequences</li>
3886         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3887         <ul>
3888           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3889           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3890             Jalview release.</li>
3891           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3892             property controls execution of obfuscator</li>
3893           <li>Build target for generating source distribution</li>
3894           <li>Debug flag for javacc</li>
3895           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3896             jalview.bin.Cache</li>
3897           <li>Continuous Build Integration for stable and
3898             development version of Application, Applet and source
3899             distribution</li>
3900         </ul></td>
3901       <td>
3902         <ul>
3903           <li>selected region output includes visible annotations
3904             (for certain formats)</li>
3905           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3906             for editing</li>
3907           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3908           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3909           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3910           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3911             comments</li>
3912           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3913             filenames containing a ':'</li>
3914           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3915             global sequence features</li>
3916           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3917             references from alignment sequences goes to zero</li>
3918           <li>Close of tree branch colour box without colour
3919             selection causes cascading exceptions</li>
3920           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3921           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3922             file parsing fails.</li>
3923           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3924           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3925             not a valid output format</li>
3926           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3927             vamsas</li>
3928           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3929           <li>error messages passed up and output when data read
3930             fails</li>
3931           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3932             sequence is edited</li>
3933           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3934             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3935           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3936             filetype</li>
3937           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3938             import fixed for PFAM records</li>
3939           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3940             window list</li>
3941           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3942             can be read and written correctly to annotation file</li>
3943           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3944             correctly</li>
3945           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3946             non-italic font for representatives in Applet</li>
3947           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3948             Macs.</li>
3949           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3950             Applet)</li>
3951           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3952             due to null pointer exceptions</li>
3953           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3954             first column of alignment</li>
3955           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3956             July 2008</li>
3957           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3958             file is case-insensitive</li>
3959           <li>Sequence features read from Features file appended to
3960             all sequences with matching IDs</li>
3961           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3962             containing a sub-sequence</li>
3963           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3964           <li>feature and annotation file applet parameters
3965             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3966           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3967           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3968             splash-screen version check to complete</li>
3969           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3970             when passing them to the launchApp service</li>
3971           <li>display name and local features preserved in results
3972             retrieved from web service</li>
3973           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3974             sequence fetcher initialisation</li>
3975           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3976             dasobert DAS client</li>
3977           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3978             association</li>
3979           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3980             sequences
3981           </li>
3982         </ul>
3983       </td>
3984     </tr>
3985     <tr>
3986       <td>
3987         <div align="center">
3988           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3989         </div>
3990       </td>
3991       <td>
3992         <ul>
3993           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3994           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3995           <li>Slide sequences</li>
3996           <li>Edit sequence in place</li>
3997           <li>EMBL CDS features</li>
3998           <li>DAS Feature mapping</li>
3999           <li>Feature ordering</li>
4000           <li>Alignment Properties</li>
4001           <li>Annotation Scores</li>
4002           <li>Sort by scores</li>
4003           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4004         </ul>
4005       </td>
4006       <td>
4007         <ul>
4008           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4009           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4010           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4011           <li>Feature group display state in XML</li>
4012           <li>Feature ordering in XML</li>
4013           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4014           <li>Stockholm alignment properties</li>
4015           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4016           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4017           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4018           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4019         </ul>
4020       </td>
4021
4022     </tr>
4023     <tr>
4024       <td>
4025         <div align="center">
4026           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4027         </div>
4028       </td>
4029       <td>
4030         <ul>
4031           <li>Non standard characters can be read and displayed
4032           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4033             applet via textbox
4034           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4035             name &amp; description
4036           <li>Preference setting to display sequence name in
4037             italics
4038           <li>Annotation file format extended to allow
4039             Sequence_groups to be defined
4040           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4041             specified in preferences
4042           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4043             sequences
4044         </ul>
4045       </td>
4046       <td>
4047         <ul>
4048           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4049             installed
4050           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4051           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4052         </ul>
4053       </td>
4054     </tr>
4055     <tr>
4056       <td>
4057         <div align="center">
4058           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4059         </div>
4060       </td>
4061       <td>
4062         <ul>
4063           <li>Multiple views on alignment
4064           <li>Sequence feature editing
4065           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4066           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4067           <li>Background dependent text colour
4068           <li>Right align sequence ids
4069           <li>User-defined lower case residue colours
4070           <li>Format Menu
4071           <li>Select Menu
4072           <li>Menu item accelerator keys
4073           <li>Control-V pastes to current alignment
4074           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4075           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4076           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4077
4078           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4079         </ul>
4080       </td>
4081       <td>
4082         <ul>
4083           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4084           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4085             calculations
4086           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4087             edits
4088           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4089             of alignment)
4090           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4091
4092           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4093             display correctly
4094           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4095           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4096             analysis results
4097           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4098             &#8739;
4099           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4100           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4101           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4102
4103         </ul>
4104       </td>
4105     </tr>
4106     <tr>
4107       <td>
4108         <div align="center">
4109           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4110         </div>
4111       </td>
4112       <td>
4113         <ul>
4114           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4115         </ul>
4116       </td>
4117       <td>
4118         <ul>
4119           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4120             sequence id panel has been resized</li>
4121           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4122             rendered</li>
4123           <li>Annotation files with sequence references - all
4124             elements in file are relative to sequence position</li>
4125           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4126         </ul>
4127       </td>
4128     </tr>
4129     <tr>
4130       <td>
4131         <div align="center">
4132           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4133         </div>
4134       </td>
4135       <td>
4136         <ul>
4137           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4138           <li>DAS Feature fetching</li>
4139           <li>Hide sequences and columns</li>
4140           <li>Export Annotations and Features</li>
4141           <li>GFF file reading / writing</li>
4142           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4143             files</li>
4144           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4145           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4146           <li>Applet can launch the full application</li>
4147           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4148             required)</li>
4149           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4150           <li>Applet can load sequences from parameter
4151             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4152           </li>
4153         </ul>
4154       </td>
4155       <td>
4156         <ul>
4157           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4158           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4159           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162     </tr>
4163     <tr>
4164       <td>
4165         <div align="center">
4166           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4167         </div>
4168       </td>
4169       <td>
4170         <ul>
4171           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4172           <li>Choose to match case when searching</li>
4173           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4174             expand the visible width and height of the alignment</li>
4175         </ul>
4176       </td>
4177       <td>
4178         <ul>
4179           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4180         </ul>
4181       </td>
4182     </tr>
4183     <tr>
4184       <td>
4185         <div align="center">
4186           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4187         </div>
4188       </td>
4189       <td>&nbsp;</td>
4190       <td>
4191         <ul>
4192           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4193           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4194             value</li>
4195         </ul>
4196       </td>
4197     </tr>
4198     <tr>
4199       <td>
4200         <div align="center">
4201           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4202         </div>
4203       </td>
4204       <td>
4205         <ul>
4206           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4207           <li>Keyboard editing</li>
4208           <li>Create sequence features from searches</li>
4209           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4210             alignments</li>
4211           <li>Features file allows grouping of features</li>
4212           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4213           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4214           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4215         </ul>
4216       </td>
4217       <td>
4218         <ul>
4219           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4220           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4221             descriptions saved.</li>
4222         </ul>
4223       </td>
4224     </tr>
4225     <tr>
4226       <td>
4227         <div align="center">
4228           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4229         </div>
4230       </td>
4231       <td>
4232         <ul>
4233           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4234           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4235           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4236             name for file output</li>
4237           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4238           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4239             used for HTML form input</li>
4240         </ul>
4241       </td>
4242       <td>
4243         <ul>
4244           <li>HTML output writes groups and features</li>
4245           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4246           <li>File IO bugs</li>
4247         </ul>
4248       </td>
4249     </tr>
4250     <tr>
4251       <td>
4252         <div align="center">
4253           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4254         </div>
4255       </td>
4256       <td>
4257         <ul>
4258           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4259           <li>More options for PCA viewer</li>
4260         </ul>
4261       </td>
4262       <td>
4263         <ul>
4264           <li>GUI bugs resolved</li>
4265           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4266         </ul>
4267       </td>
4268     </tr>
4269     <tr>
4270       <td height="63">
4271         <div align="center">
4272           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4273         </div>
4274       </td>
4275       <td>
4276         <ul>
4277           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4278           <li>Jar files are executable</li>
4279           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4280         </ul>
4281       </td>
4282       <td>
4283         <ul>
4284           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4285           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4286           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4287         </ul>
4288       </td>
4289     </tr>
4290     <tr>
4291       <td>
4292         <div align="center">
4293           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4294         </div>
4295       </td>
4296       <td>
4297         <ul>
4298           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4299         </ul>
4300       </td>
4301       <td>
4302         <ul>
4303           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4304         </ul>
4305       </td>
4306     </tr>
4307     <tr>
4308       <td>
4309         <div align="center">
4310           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4311         </div>
4312       </td>
4313       <td>
4314         <ul>
4315           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4316             size</li>
4317         </ul>
4318       </td>
4319       <td>
4320         <ul>
4321           <li>Improved JPred client reliability</li>
4322           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4323         </ul>
4324       </td>
4325     </tr>
4326     <tr>
4327       <td>
4328         <div align="center">
4329           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4330         </div>
4331       </td>
4332       <td>
4333         <ul>
4334           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4335           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4336           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4337             to Colour Menu</li>
4338           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4339           <li>Unix users can set default web browser</li>
4340           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4341           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4342         </ul>
4343       </td>
4344       <td>
4345         <ul>
4346           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4347         </ul>
4348       </td>
4349     </tr>
4350     <tr>
4351       <td>
4352         <div align="center">
4353           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4354         </div>
4355       </td>
4356       <td>&nbsp;</td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4360             alignment order.</li>
4361         </ul>
4362       </td>
4363     </tr>
4364     <tr>
4365       <td>
4366         <div align="center">
4367           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4368         </div>
4369       </td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4373           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4374           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4375             annotations.</li>
4376           <li>Version and build date written to build properties
4377             file.</li>
4378           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4379             at launch of Jalview.</li>
4380         </ul>
4381       </td>
4382       <td>
4383         <ul>
4384           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4385           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4386           <li>Can remove groups one by one.</li>
4387           <li>Filechooser icons installed.</li>
4388           <li>Finder ignores return character when searching.
4389             Return key will initiate a search.<br>
4390           </li>
4391         </ul>
4392       </td>
4393     </tr>
4394     <tr>
4395       <td>
4396         <div align="center">
4397           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4398         </div>
4399       </td>
4400       <td>
4401         <ul>
4402           <li>New codebase</li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405       <td>&nbsp;</td>
4406     </tr>
4407   </table>
4408   <p>&nbsp;</p>
4409 </body>
4410 </html>