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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  72             memory settings at launch
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  76             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  77             fetcher dialog.
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL- -->
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL- -->
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  87             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  88             Annotation' for a sequence
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  95             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 101             schema
 102           </li>
 103         </ul> <em>JalviewJS</em>
 104         <ul>
 105           <li>
 106             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 107             SIFTS
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL- -->
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL- -->
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL- -->
 117           </li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 120             reported once per key (avoids excessive log output in js
 121             console)
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 125             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 126           </li>
 127           <li></li>
 128         </ul> <em>Development</em>
 129         <ul>
 130           <li>
 131             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 132           </li>
 133           <li>Updated building instructions</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 136             process, added support for system package provided eclipse
 137             installs on linux
 138           </li>
 139           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 140           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 141             Sur and Monterey</li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 144             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 145             the DMG
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 149             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 150             Jalview Launcher
 151           </li>
 152
 153         </ul>
 154
 155       </td>
 156       <td>
 157         <ul>
 158                   <li>
 159             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 160             execution
 161           </li>
 162         <li>
 163             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 164             disappears when only one structure is shown (and many
 165             sequences:one chain mappings are present)
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 169             the first SEQUENCE_GROUP defined
 170
 171           </li>
 172
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 175             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 176             trees (known defect from 2.11.1.3)
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 180             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 181           </li>
 182                     <li>
 183             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown base
 184             in DNA sequences
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 188             Structure Preferences
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 198             modified graduated colour
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 202             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 203             clustal colouring is enabled
 204           </li>
 205           <li><!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels</li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 208             routing to stderr and appear as a raw template
 209           </li>
 210         </ul> <em>JalviewJS</em>
 211         <ul>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 214             down) percentage values causing a divide by zero
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- -->
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- -->
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- -->
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- -->
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 230             via Info.args when there are arguments on the URL
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 237             JalviewJS
 238           </li>
 239         </ul> <em>Development</em>
 240         <ul>
 241           <li>Gradle
 242             <ul>
 243               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 244               <li>
 245                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 246                 Gradle v.6.6+
 247               </li>
 248             </ul>
 249           </li>
 250
 251         </ul>
 252       </td>
 253     </tr>
 254     <tr>
 255       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 256           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 257           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 258       <td></td>
 259       <td align="left" valign="top">
 260         <ul>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 263             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 264             Unix/BSD OSs)
 265           </li>
 266         </ul> <em>Security</em>
 267         <ul>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 270             certificates.
 271           </li>
 272         </ul>
 273     </tr>
 274     <tr>
 275       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 276           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 277           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 278
 279       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 280         <ul>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 283             </li>
 284         </ul></td>
 285       <td>
 286       </td>
 287     </tr>
 288     <tr>
 289       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 290           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 291           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 292
 293       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 294         <ul>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 297             (was log4j 1.2.x).
 298         </ul> <em>Development</em>
 299         <ul>
 300           <li>Updated building instructions</li>
 301         </ul></td>
 302       <td>
 303         <ul>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 306             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 307             and display)
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 311             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 312             only)
 313           </li>
 314         </ul> <em>Development</em>
 315         <ul>
 316           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 317         </ul>
 318       </td>
 319     </tr>
 320     <tr>
 321       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 322           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 323           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 324       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 325           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 326         <ul>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 329             launch of the news browser (like -nonews argument)
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 333             download of linkout URLs from
 334             www.jalview.org/services/identifiers
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 338             download of BIOJSHTML templates
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 342             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 343             disabled
 344           </li>
 345         </ul></td>
 346       <td align="left" valign="top">
 347         <ul>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 350             Jmol
 351           </li>
 352         </ul> <em>New Known defects</em>
 353         <ul>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 356             always restored from project (since 2.10.3)
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 360             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 361           </li>
 362         </ul>
 363       </td>
 364     </tr>
 365     <tr>
 366       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 367           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 368           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 369       <td align="left" valign="top">
 370         <ul>
 371
 372         </ul>
 373       </td>
 374       <td align="left" valign="top">
 375         <ul>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 378             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 382             sequences can be classed as nucleotide
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 386             sequences after alignment of protein products (known defect
 387             first reported for 2.11.1.0)
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 391             features outwith CDS shown overlaid on protein
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 395             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 396             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 400             CDS features
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 404             always select corresponding protein sequences
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 408             column selection doesn't always ignore hidden columns
 409           </li>
 410         </ul> <em>Installer</em>
 411         <ul>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 414             Windows prevents install4j launching getdown
 415           </li>
 416         </ul> <em>Development</em>
 417         <ul>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 420             version numbers in doc/building.md
 421           </li>
 422         </ul>
 423       </td>
 424     </tr>
 425     <tr>
 426       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 427           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 428           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 429       <td align="left" valign="top">
 430         <ul>
 431         </ul>
 432       </td>
 433       <td align="left" valign="top">
 434         <ul>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 437             "Encountered problems opening
 438             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 439           </li>
 440         </ul>
 441       </td>
 442     </tr>
 443     <tr>
 444       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 445           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 446           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 447       <td align="left" valign="top">
 448         <ul>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 451             residue in cursor mode
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 455             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 459             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 460             improved compatibility with JalviewJS
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 464             alignments from Pfam and Rfam
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 468             import (no longer based on .gz extension)
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 475             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 476             EMBL flat file
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 480             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 481             saving or making backup files.
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 485             <ul>
 486               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 487               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 488             </ul>
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 492             when running on Linux (Requires Java 11+)
 493           </li>
 494         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 495         <ul>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 498             through a system property
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 502             line help for configuring Jalview's memory
 503           </li>
 504         </ul>
 505       </td>
 506       <td align="left" valign="top">
 507         <ul>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 510             but not calculated and no protein or DNA score models are
 511             available for tree/PCA calculation when launched with
 512             Turkish language locale
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 516             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 520             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 524             sequence under the cursor
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 528             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 532             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 533             '%s'" on the console
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 537             when there are both local and complementary features mapped
 538             to the position under the cursor
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 542             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 546             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 550             internationalised text for some messages and log output
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 554             hidden gapped columns
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 558             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 562             specifying output format when exporting an alignment via the
 563             command line
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 567             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 568             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 569             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 570             file again, and if that fails, delete the original file and
 571             save in place.)
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 575             via command line
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 579             program and documentation
 580           </li>
 581         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 582         <ul>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 585             first time for a version that has different jars to the
 586             previous launched version.
 587           </li>
 588         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 589         <ul>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 592             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 593             OutOfMemory error.
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 597             monitor the release channel
 598           </li>
 599         </ul> <em>New Known defects</em>
 600         <ul>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 603             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 604             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 605             genome of RNA viruses)
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 609             are ordered differently when shown on alignment and in
 610             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 614             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 615             works for the top left quadrant of the alignment window
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 619             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 623             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 627             protein products for certain ENA records are repeatedly
 628             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 629           </li>
 630         </ul>
 631       </td>
 632     </tr>
 633     <tr>
 634       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 635           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 636           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 637       <td align="left" valign="top">
 638         <ul>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 641             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 642             for display in alignments, on structure views (including
 643             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 644             export.
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 648             exported and re-imported as GFF3 files
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 652             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 656             validation while parsing
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 660             position if reopened
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 664             of associated view
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 668             enabled by default
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 672             tooltips and menus
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 676             with no feature types visible
 677           </li>
 678           <li>
 679           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 680           </li>
 681         </ul><em>Jalview Installer</em>
 682             <ul>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 685             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 692           </li>
 693               <li>
 694                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 695               <li>
 696                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 697         </ul> <em>Release processes</em>
 698         <ul>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 704           </li>
 705         </ul> <em>Build System</em>
 706         <ul>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 712             report
 713           </li>
 714         </ul>
 715         <em>Groovy Scripts</em>
 716             <ul>
 717           <li>
 718             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 719             to stdout containing the consensus sequence for each
 720             alignment in a Jalview session
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 724             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 725             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 726           </li>
 727         </ul>
 728       </td>
 729       <td align="left" valign="top">
 730         <ul>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 733             'Show hidden markers' option is not ticked
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 737             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 738             jalview preferences or properties file
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 742             'Show Sequence Features' option is not ticked
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 746             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 747             features are visible
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 751             equal when split frame is first opened
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 755             correct after editing a sequence's start position
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 759             with annotation and exceptions thrown when only a few
 760             columns shown in wrapped mode
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 764             wrapped alignment figure with annotations
 765           </li>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 768             ID fails with ClassCastException
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 772             Project
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 776             feature settings dialog also selects columns
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 780             IllegalArgumentException in some circumstances
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 784             opened for a view
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 788             alignment window is closed
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 792             help documentation for 2.11.0 release
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 796             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 797             Uniprot Accession
 798           </li>
 799         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 800         <ul>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 803             PDB/Uniprot search panel
 804           </li>
 805         </ul> <em>Installer</em>
 806         <ul>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 809             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 810           </li>
 811         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 812         <ul>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 815             repository
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 819             memory
 820           </li>
 821         </ul> <em>New Known Issues</em>
 822         <ul>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 825             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 826             command line
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 830             clipped in headless figure export when Right Align option
 831             enabled
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 835             'Source' in console output
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 839             bamboo server but run fine locally.
 840           </li>
 841         </ul>
 842       </td>
 843     </tr>
 844     <tr>
 845       <td width="60" align="center" nowrap>
 846           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 847             <em>04/07/2019</em></strong>
 848       </td>
 849       <td align="left" valign="top">
 850         <ul>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 853             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 854             source project) rather than InstallAnywhere
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 858             settings, receive over the air updates and launch specific
 859             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 860               Rings' GetDown</a>)
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 864             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 868             arguments and switch between different getdown channels
 869           </li>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 872             or alignment files
 873           </li>
 874
 875           <li>
 876             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 877             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 880             'Translate as cDNA'</li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 883           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 884             <ul>
 885                       <li>
 886             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 887             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 888           <li>
 889                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 890                 features can be filtered and shaded according to any
 891                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 892                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 893                 file)
 894               </li>
 895               <li>
 896                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 897                 stored and restored from Jalview Projects
 898               </li>
 899               <li>
 900                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 901                 recognise variant features
 902               </li>
 903               <li>
 904                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 905                 sequences (also coloured red by default)
 906               </li>
 907               <li>
 908                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 909                 details
 910               </li>
 911               <li>
 912                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 913                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 914               </li>
 915               <li>
 916                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 917                 dialog
 918               </li>
 919             </ul>
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 923             tree and PCA calculations
 924           </li>
 925           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 926             <ul>
 927               <li>
 928                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 929                 and Viewer state saved in Jalview Project
 930               </li>
 931               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 932                 drop-down menus</li>
 933               <li>
 934                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 935                 incrementally
 936               </li>
 937               <li>
 938                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 939               </li>
 940             </ul>
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 944           </li>
 945           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 946           <ul>
 947               <li>
 948                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 949                 multiple groups when working with large alignments
 950               </li>
 951               <li>
 952                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 953                 Stockholm files
 954               </li>
 955             </ul>
 956           <li><strong>User Interface</strong>
 957           <ul>
 958               <li>
 959                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 960                 view
 961               </li>
 962               <li>
 963                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 964                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 965                 default (can be changed in user preferences)
 966               </li>
 967               <li>
 968                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 969                 to the Overwrite Dialog
 970               </li>
 971               <li>
 972                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 973                 sequences are hidden
 974               </li>
 975               <li>
 976                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 977                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 978               </li>
 979               <li>
 980                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 981                 labels
 982               </li>
 983               <li>
 984                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 985                 when in wrapped mode
 986               </li>
 987               <li>
 988                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 989                 annotation
 990               </li>
 991               <li>
 992                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 993               </li>
 994               <li>
 995                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 996                 panel
 997               </li>
 998               <li>
 999                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
1000                 popup menu
1001               </li>
1002               <li>
1003               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
1004               <li>
1005               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
1006
1007
1008             </ul></li>
1009             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
1010           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
1011             <ul>
1012               <li>
1013                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
1014                 trapping CMD-Q
1015               </li>
1016             </ul></li>
1017         </ul>
1018         <em>Deprecations</em>
1019         <ul>
1020           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1021             capabilities removed from the Jalview Desktop
1022           </li>
1023           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
1024             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
1025             and XML based data retrieval clients</li>
1026           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
1027           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
1028         </ul> <em>Documentation</em>
1029         <ul>
1030           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
1031             not supported in EPS figure export
1032           </li>
1033           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
1034         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1035         <ul>
1036           <li>
1037           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
1038           </li>
1039       <li>
1040       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
1041           <li>
1042           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1043             gradle-eclipse
1044           </li>
1045           <li>
1046           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
1047             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
1048             execution
1049           </li>
1050           <li>
1051           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1052             operations
1053           </li>
1054           <li>
1055           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1056             issues resolved
1057           </li>
1058           <li>
1059           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1060             markdown (with HTML rendering)
1061           </li>
1062           <li>
1063           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1064           </li>
1065           <li>
1066           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1067             versions of Jalview
1068           </li>
1069         </ul>
1070       </td>
1071       <td align="left" valign="top">
1072         <ul>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1078             superposition in Jmol fail on Windows
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
1082             structures for sequences with lots of PDB structures
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
1086             monospaced font
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
1090             project involving multiple views
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1094             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1095             Annotation dialog hides columns
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
1099             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
1100             one view, then making another selection in the other view
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1104             columns
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
1108             Settings and Jalview Preferences panels
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
1112             overview with large alignments
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1116             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
1117             mouse moved to the left of the first column
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
1121             hidden column marker via scale popup menu
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
1125             doesn't tell users the invalid URL
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1129             score from view
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
1133             show cross references or Fetch Database References are shown in
1134             red in original view
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
1138             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1142             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
1146             when columns are hidden
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1150             Columns by Annotation description
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1154             out of Scale or Annotation Panel
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1158             scale panel
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1162             alignment down
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1166             scale panel
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1170             Page Up in wrapped mode
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1180             on opening an alignment
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1184             Colour menu
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1188             different groups in the alignment are selected
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1192             correctly in menu
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1196             threshold limit
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1200             threshold gets 'unrounded'
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1204             colour
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1208           </li>
1209           <li>
1210             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1214             Tree font
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1218             project file
1219           </li>
1220           <li>
1221             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1222             shown in complementary view
1223           </li>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1226             without normalisation
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1230             of report
1231           </li>
1232           <li>
1233             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1234           </li>
1235           <li>
1236           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1237           </li>
1238         </ul> <em>Editing</em>
1239         <ul>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1242             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1243             sequence
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1247             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1248             removed (Known defect since 2.10)
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1252             dialog corrupts dataset sequence
1253           </li>
1254           <li>
1255             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1256             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1257           </li>
1258         </ul> <em>Datamodel</em>
1259         <ul>
1260           <li>
1261             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1262             sequence's End is greater than its length
1263           </li>
1264         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1265           general release)</em>
1266         <ul>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1269           </li>
1270         </ul> <em>New Known Defects</em>
1271         <ul>
1272         <li>
1273         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1274         </li>
1275         <li>
1276           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1277           regions of protein alignment.
1278         </li>
1279         <li>
1280           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1281           is restored from a Jalview 2.11 project
1282         </li>
1283         <li>
1284           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1285           'New View'
1286         </li>
1287         <li>
1288           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1289           columns within hidden columns
1290         </li>
1291         <li>
1292           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1293           window after dragging left to select columns to left of visible
1294           region
1295         </li>
1296         <li>
1297           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1298           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1299           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1300           create a Score filter instead.
1301         </li>
1302         <li>
1303         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1304         <li>
1305         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1306         </li>
1307         <li>
1308           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1309           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1310         </li>
1311         </ul>
1312         <em>Java 11 Specific defects</em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1316               alphabetically when saved
1317             </li>
1318         </ul>
1319       </td>
1320     </tr>
1321     <tr>
1322     <td width="60" nowrap>
1323       <div align="center">
1324         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1325       </div>
1326     </td>
1327     <td><div align="left">
1328         <em></em>
1329         <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1332               InstallAnywhere increased to 1G.
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1336               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1337               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1338                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1339                 properties file.</em>
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1343               API and sequence data now imported as JSON.
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1347               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1348               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1349               property.
1350             </li>
1351           </ul>
1352           <em>Development</em>
1353           <ul>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1356               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1357                 Clover</a>
1358             </li>
1359           </ul>
1360         </div></td>
1361     <td><div align="left">
1362         <em></em>
1363         <ul>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1366               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1367               alignment.
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1371               annotation displayed.
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1375               for newly created group when 'Apply to all groups'
1376               selected
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1380               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1381               visible.
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1385               when sequences are selected in exported view.</em>
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1389               aren't rendered with correct colour.
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1393               types of knotted RNA secondary structure.
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1397               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1398               do not start at 1.
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1402               annotation when columns are inserted into an alignment,
1403               and when exporting as Stockholm flatfile.
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1407               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1408               treated as RNA secondary structure.
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1412               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1416               transfers focus to previous window on OSX
1417             </li>
1418           </ul>
1419           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1423               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1424               box.
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1428               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1429               'look and feel' which has improved compatibility with the
1430               latest version of OSX.
1431             </li>
1432           </ul>
1433         </div>
1434     </td>
1435     </tr>
1436     <tr>
1437       <td width="60" nowrap>
1438         <div align="center">
1439           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1440             <em>7/06/2018</em></strong>
1441         </div>
1442       </td>
1443       <td><div align="left">
1444           <em></em>
1445           <ul>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1448               annotation retrieved from Uniprot
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1452               onto the Jalview Desktop
1453             </li>
1454           </ul>
1455         </div></td>
1456       <td><div align="left">
1457           <em></em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1461               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1465               right-hand column parsed correctly
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1469               not alignment area in exported graphic
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1473               window has input focus
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1477               annotation added to view (Windows)
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1481               network connectivity is poor
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1485               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1486                 the currently open URL and links from a page viewed in
1487                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1488                 you are using Edge, only links in the page can be
1489                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1490                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1491             </li>
1492           </ul>
1493           <em>New Known Defects</em>
1494           <ul>
1495             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1496           </ul>
1497         </div></td>
1498     </tr>
1499     <tr>
1500       <td width="60" nowrap>
1501         <div align="center">
1502           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1503         </div>
1504       </td>
1505       <td><div align="left">
1506           <em></em>
1507           <ul>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1510               for disabling automatic superposition of multiple
1511               structures and open structures in existing views
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1515               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1516               adjust them.
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1520               Ensembl services
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1524               and lots of hidden columns
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1528               of features (particularly when transparency is disabled)
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1532               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1533               generally available
1534             </li>
1535           </ul>
1536           </div>
1537       </td>
1538       <td><div align="left">
1539           <ul>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1542               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1546               overlapping alignment panel
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1550               sequence as gaps
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1554               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1555               UTR
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1559               factor annotation not added to sequence when local PDB
1560               file associated with it by drag'n'drop or structure
1561               chooser
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1565               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1569               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1573               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1577               columns in annotation row
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1581               honored in batch mode
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1585               for structures added to existing Jmol view
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1589               entries after importing project with multiple views
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1593               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1594               with negative residue numbers or missing residues fails
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1598               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1599               as generated by CONSURF)
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1603               tooltip doesn't include a text description of mutation
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1607               structure and/or overview windows are also shown
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1611               very slow for alignments with large numbers of sequences
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1615               with 'StringIndexOutOfBounds'
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1619               platforms running Java 10
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1623               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1624             </li>
1625           </ul>
1626           <em>Applet</em>
1627           <ul>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1630               should copy the group consensus when popup is opened on it
1631             </li>
1632           </ul>
1633           <em>Batch Mode</em>
1634           <ul>
1635           <li>
1636             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1637           </li>
1638           </ul>
1639           <em>New Known Defects</em>
1640           <ul>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1643               editing a large alignment and overview is displayed
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1647               repeatedly after a series of edits even when the overview
1648               is no longer reflecting updates
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1652               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1653               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1654               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1658               option gives blank output
1659             </li>
1660           </ul>
1661         </div>
1662           </td>
1663     </tr>
1664     <tr>
1665       <td width="60" nowrap>
1666         <div align="center">
1667           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1668         </div>
1669       </td>
1670       <td><div align="left">
1671           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1672               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1673       <td><div align="left">
1674           <em>Desktop</em><ul>
1675           <ul>
1676             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1677             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1678             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1679             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1680             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1681             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1682             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1683           </ul>
1684           </div>
1685       </td>
1686     </tr>
1687     <tr>
1688       <td width="60" nowrap>
1689         <div align="center">
1690           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1691         </div>
1692       </td>
1693       <td><div align="left">
1694           <em></em>
1695           <ul>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1698               rendering of sequence features
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1702               429 rate limit request hander
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1706               their colours have changed
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1710               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1714               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1718               view from Ensembl locus cross-references
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1722               Alignment report
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1726               feature can be disabled
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1730               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1734               Uniprot
1735             </li>
1736           </ul>
1737           <em>Scripting</em>
1738           <ul>
1739             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1740             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1741               percent identity scores for current alignment.</li>
1742           </ul>
1743           <em>Testing and Deployment</em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1747             </li>
1748           </ul>
1749         </div></td>
1750       <td><div align="left">
1751           <em>General</em>
1752           <ul>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1755               threshold text field doesn't trigger an update to the
1756               alignment view
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1760               strings in parallel
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1764               alignment window is closed
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1768               group visibility
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1772               takes a long time in Cursor mode
1773             </li>
1774           </ul>
1775           <em>Desktop</em>
1776           <ul>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1779               cannot be viewed in Chimera
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1783               CDS/Protein view
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1787               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1788               Search Dialogs
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1798               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1802               scrolling right in unwapped alignment view
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1806               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1807               database
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1811               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1815               features of same type and group to be selected for
1816               amending
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1820               alignments when hidden columns are present
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1824               displaying several structures
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1828               moving a window
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1832               within the Jalview desktop on OSX
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1836               when in wrapped alignment mode
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1840               hand end of alignment
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1844               each selected sequence do not have correct start/end
1845               positions
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1849               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1853               restoring project until a new view is created
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1857               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1858               configured (since 2.10.2b2)
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1862               position is adjusted
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1866               in a multi-chain structure when viewing alignment
1867               involving more than one chain (since 2.10)
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1871               if new selection moves alignment window
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1875               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1879               that produces correctly annotated transcripts and products
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1883               doesn't update associated structure view
1884             </li>
1885           </ul>
1886           <em>Applet</em><br />
1887           <ul>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1890               closing alignment panel
1891             </li>
1892           </ul>
1893           <em>BioJSON</em><br />
1894           <ul>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1897               non-positional features
1898             </li>
1899           </ul>
1900           <em>New Known Issues</em>
1901           <ul>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1904               sequence features correctly (for many previous versions of
1905               Jalview)
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1909               using cursor in wrapped panel other than top
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1913               graduated colour threshold
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1917               always preserve numbering and sequence features
1918             </li>
1919           </ul>
1920           <em>Known Java 9 Issues</em>
1921           <ul>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1924               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1925               9.01, OSX 10.10)
1926             </li>
1927           </ul>
1928         </div></td>
1929     </tr>
1930     <tr>
1931       <td width="60" nowrap>
1932         <div align="center">
1933           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1934             <em>2/10/2017</em></strong>
1935         </div>
1936       </td>
1937       <td><div align="left">
1938           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1939           <ul>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1942             </li>
1943             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1944             </li>
1945           </ul>
1946         </div></td>
1947       <td><div align="left">
1948         </div></td>
1949     </tr>
1950     <tr>
1951       <td width="60" nowrap>
1952         <div align="center">
1953           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1954             <em>7/9/2017</em></strong>
1955         </div>
1956       </td>
1957       <td><div align="left">
1958           <em></em>
1959           <ul>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1962               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1963               white)
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1967               Preferences
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1971               in size and progress bar shown as higher resolution
1972               overview is recalculated
1973             </li>
1974
1975           </ul>
1976         </div></td>
1977       <td><div align="left">
1978           <em></em>
1979           <ul>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1982               column region row by row
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1986               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1990               format setting is unticked
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1994               if group has show boxes format setting unticked
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1998               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1999               include sequences and columns not currently displayed
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2003               assemblies are imported via CIF file
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2007               displayed when threshold or conservation colouring is also
2008               enabled.
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2012               server version
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2016               dragging a selected region off the visible region of the
2017               alignment
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2021               colourscheme to all groups in a view
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2025               initially after font size change using the Font chooser or
2026               middle-mouse zoom
2027             </li>
2028           </ul>
2029         </div></td>
2030     </tr>
2031     <tr>
2032       <td width="60" nowrap>
2033         <div align="center">
2034           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2035         </div>
2036       </td>
2037       <td><div align="left">
2038           <em>Calculations</em>
2039           <ul>
2040
2041             <li>
2042               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2043               ungapped positions in each column of the alignment.
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2047               a calculation dialog box
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2051               and memory efficiency (~30x faster)
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2055               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2056               and other calculations
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2060               files within the Jalview codebase
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2064               Similarity may have different topology due to increased
2065               precision
2066             </li>
2067           </ul>
2068           <em>Rendering</em>
2069           <ul>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2072               model for alignments and groups
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2076               scripts
2077             </li>
2078           </ul>
2079           <em>Overview</em>
2080           <ul>
2081             <li>
2082               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2083               with alignment and overview windows
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2087               overview
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2091               omitted in Overview
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2095               adjustment of visible position
2096             </li>
2097           </ul>
2098
2099           <em>Data import/export</em>
2100           <ul>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2103               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2107               annotation input/output via stockholm flatfile
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2111               extension when importing structure files without embedded
2112               names or PDB accessions
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2116               format sequence substitution matrices
2117             </li>
2118           </ul>
2119           <em>User Interface</em>
2120           <ul>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2123               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2124               the application.
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2128               via Overview or sequence motif search operations
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2132               opened by double clicking gaps within sequence feature
2133               extent
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2137               aligned positions were available to create a 3D structure
2138               superposition.
2139             </li>
2140           </ul>
2141           <em>3D Structure</em>
2142           <ul>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2145               coloured in linked structure views
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2149               file-based command exchange
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2153               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2154               structures are already available for sequences
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2158               the Jalview project rather than downloaded again when the
2159               project is reopened.
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2163               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2164               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2165                 Feature</strong>)
2166             </li>
2167           </ul>
2168           <em>Web Services</em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2175               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2176               Analysis services
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2180               cross-references provided by identifiers.org and the
2181               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2182             </li>
2183           </ul>
2184
2185           <em>Scripting</em>
2186           <ul>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2189               identifying file formats (instead of String constants)
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2193               efficiency when counting all displayed features (not
2194               backwards compatible with 2.10.1)
2195             </li>
2196           </ul>
2197           <em>Example files</em>
2198           <ul>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2201               included in the example feature file
2202             </li>
2203           </ul>
2204           <em>Documentation</em>
2205           <ul>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2208               with the built-in Java help viewer
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2212               sequence description' option
2213             </li>
2214           </ul>
2215           <em>Test Suite</em>
2216           <ul>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2219               Uniprot REST Free Text Search Client
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2226               during tests
2227             </li>
2228           </ul>
2229         </div></td>
2230       <td><div align="left">
2231           <em>Calculations</em>
2232           <ul>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2235               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2236               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2237             </li>
2238             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2239               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2240               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2241               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2242               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2243               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2244               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2245               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2246               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2247               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2248               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2249               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2250               // for 2.10.1 mode <br />
2251               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2252               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2253                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2254                 calculations (not recommended)</em></li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2257               scaling of branch lengths for trees computed using
2258               Sequence Feature Similarity.
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2262               generating output report when working with highly
2263               redundant alignments
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2267               right of selected region when gaps present on right-hand
2268               boundary
2269             </li>
2270           </ul>
2271           <em>User Interface</em>
2272           <ul>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2275               doesn't reselect a specific sequence's associated
2276               annotation after it was used for colouring a view
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2280               opened on a region of alignment without groups
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2284               of an alignment with overlapping groups
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2288               name and description match
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2292               hidden regions results in incorrect hidden regions
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2296               changing colour does not apply Conservation slider value
2297               to all groups
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2301               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2305               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2309               gaps before start of features
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2313               restored to UI when feature colour is edited
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2317               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2321               as graduate feature colour settings are modified via the
2322               dialog box
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2326               when a group defined on the alignment is resized
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2330               wrapped view result in positional status updates
2331             </li>
2332
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2335               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2336             </li>
2337             <li>
2338               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2339               alignment included gapped columns
2340             </li>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2343               widgets don't permanently disappear
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2347               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2348               T-Coffee column reliability scores)
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2352               sequence feature on gaps only
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2356               button from a Find inherit previously defined feature type
2357               rather than the Find query string
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2361               exporting tree calculated in Jalview
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2365               and then revealing them reorders sequences on the
2366               alignment
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2370               doesn't update to reflect available set of groups after
2371               interactively adding or modifying features
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2375               Linux
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2379               only excluded gaps in current sequence and ignored
2380               selection.
2381             </li>
2382           </ul>
2383           <em>Rendering</em>
2384           <ul>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2387               erratically when hidden rows or columns are present
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2391               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2392               sequence colouring
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2396               colour and group colour menu for protein alignments
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2400               reflect currently selected view or group's shading
2401               thresholds
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2405               when rendered on overview and structures when opacity at
2406               100%
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2410               overview when features overlaid on alignment
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2414               recovered correctly from Jalview project file
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2418               (automatically via preferences) are different to the main
2419               alignment panel
2420             </li>
2421           </ul>
2422           <em>Data import/export</em>
2423           <ul>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2426               load
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2430               added after a sequence was imported are not written to
2431               Stockholm File
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2435               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2439               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2443               with lightGray or darkGray via features file (but can
2444               specify lightgray)
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2448               when alignment view imported from project
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2452               structure and sequences extracted from structure files
2453               imported via URL and viewed in Jmol
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2457               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2458               the project is loaded and the structure viewed
2459             </li>
2460           </ul>
2461           <em>Web Services</em>
2462           <ul>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2465               release of Ensembl v.88
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2469               appear enabled in Preferences->Connections
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2473               removed from console output
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2477               Ensembl by Peptide ID
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2481               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2482               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2483               due to 'null' string rather than empty string used for
2484               residues with no corresponding PDB mapping).
2485             </li>
2486           </ul>
2487           <em>Application UI</em>
2488           <ul>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2491               menu
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2495               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2496               new documentation and tooltips added)
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2500               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2504               new features are added to alignment
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2508               changes to feature colours via the Amend features dialog
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2512               edit graduated feature colour via amend features dialog
2513               box
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2517               selection menu changes colours of alignment views
2518             </li>
2519             <li>
2520               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2521               from alignment calculation workers after alignment has
2522               been closed
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2526               groups now 'Create Group'
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2530               Create/Undefine group doesn't always work
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2534               shown again after pressing 'Cancel'
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2538               adjusts start position in wrap mode
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2542               ambiguous amino acids
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2546               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2547               proteins
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2551               Defined' don't appear in Colours menu
2552             </li>
2553           </ul>
2554           <em>Applet</em>
2555           <ul>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2558               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2562               overview or linked structure view
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2566               work (since 2.8)
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2570               user-defined colourscheme doesn't restore original
2571               colourscheme
2572             </li>
2573           </ul>
2574           <em>Test Suite</em>
2575           <ul>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2578               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2582               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2583               problems with deep array comparison equality asserts in
2584               successive versions of TestNG
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2588               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2589             </li>
2590           </ul>
2591           <em>New Known Issues</em>
2592           <ul>
2593             <li>
2594               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2595               phase after a sequence motif find operation
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2599               containing just upper and lower case letters are
2600               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2604               reliably from eggnog Ortholog database
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2608               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2609               to mark columns containing highlighted regions.
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2613               doesn't always add secondary structure annotation.
2614             </li>
2615           </ul>
2616         </div>
2617     <tr>
2618       <td width="60" nowrap>
2619         <div align="center">
2620           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2621         </div>
2622       </td>
2623       <td><div align="left">
2624           <em>General</em>
2625           <ul>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2628               for all consensus calculations
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2632               3rd Oct 2016)
2633             </li>
2634             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2635               for 2016-2017</li>
2636           </ul>
2637           <em>Application</em>
2638           <ul>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2641               set of database cross-references, sorted alphabetically
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2645               from database cross references. Users with custom links
2646               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2647                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2651               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2652               Chimera session
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2656               the Chimera it is connected to is shut down
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2660               columns menu item to mark columns containing highlighted
2661               regions (e.g. from structure selections or results of a
2662               Find operation)
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2666               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2667               MSAviewer
2668             </li>
2669           </ul>
2670         </div></td>
2671       <td>
2672         <div align="left">
2673           <em>General</em>
2674           <ul>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2677               are not coloured or thresholded according to percent
2678               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2682               hydrophobic
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2686               threshold, amino acid properties)
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2690               reported as mapped to residues in a structure file in the
2691               View Mapping report
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2695               could be added multiple times to a sequence
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2699               bond features shown as two highlighted residues rather
2700               than a range in linked structure views, and treated
2701               correctly when selecting and computing trees from features
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2705               cross-references are matched to database name regardless
2706               of case
2707             </li>
2708
2709           </ul>
2710           <em>Application</em>
2711           <ul>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2714               names without regular expressions also offer links from
2715               Sequence ID
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2719               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2720               update Jalview configuration
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2724               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2728               files with similarly named sequences if dropped onto the
2729               alignment
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2733               entries where more chains exist in the PDB accession than
2734               are reported in the SIFTS file
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2738               the structure view when displayed with Chimera
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2742               panel's View->Show Chains submenu
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2746               work for wrapped alignment views
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2750               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2754               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2755               first annotation row
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2759               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2763               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2764             </li>
2765             <!-- JAL-2319 -->
2766             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2767             coordindate data
2768             </li>
2769           </ul>
2770           <!--           <em>New Known Issues</em>
2771           <ul>
2772             <li></li>
2773           </ul> -->
2774         </div>
2775       </td>
2776     </tr>
2777     <td width="60" nowrap>
2778       <div align="center">
2779         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2780           <em>25/10/2016</em></strong>
2781       </div>
2782     </td>
2783     <td><em>Application</em>
2784       <ul>
2785         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2786           view if structures already loaded</li>
2787         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2788           structure views</li>
2789       </ul></td>
2790     <td>
2791       <div align="left">
2792         <em>General</em>
2793         <ul>
2794           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2795             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2796           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2797             example sequences/projects/trees</li>
2798         </ul>
2799         <em>Application</em>
2800         <ul>
2801           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2802             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2803           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2804             without timeout for structures with multiple models or
2805             multiple sequences in alignment</li>
2806           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2807             PDB ID HEADER line</li>
2808           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2809             is performed</li>
2810           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2811             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2812           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2813           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2814             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2815             option</li>
2816           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2817             is created on the alignment</li>
2818           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2819             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2820             pop-up menu</li>
2821         </ul>
2822         <em>Build and deployment</em>
2823         <ul>
2824           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2825             tags</li>
2826         </ul>
2827         <em>New Known Issues</em>
2828         <ul>
2829           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2830             on Windows</li>
2831         </ul>
2832       </div>
2833     </td>
2834     </tr>
2835     <tr>
2836       <td width="60" nowrap>
2837         <div align="center">
2838           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2839         </div>
2840       </td>
2841       <td><em>General</em>
2842         <ul>
2843           <li>
2844             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2845           </li>
2846           <li>
2847             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2848             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2849             better PDB parsing.
2850           </li>
2851           <li>
2852             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2853             reference sequence
2854           </li>
2855           <li>
2856             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2857             mousing over sequence associated annotation
2858           </li>
2859           <li>
2860             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2861             for manual entry
2862           </li>
2863           <li>
2864             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2865             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2866             for each column
2867           </li>
2868           <li>
2869             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2870             showing or hiding columns containing a feature
2871           </li>
2872           <li>
2873             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2874             group and sequence associated annotation labels
2875           </li>
2876           <li>
2877             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2878             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2879             dialogs
2880           </li>
2881
2882         </ul> <em>Application</em>
2883         <ul>
2884           <li>
2885             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2886             gene/transcript view
2887           </li>
2888           <li>
2889             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2890             dialog
2891           </li>
2892           <li>
2893             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2894             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2895           </li>
2896           <li>
2897             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2898             Pfam sources to xfam.org
2899           </li>
2900           <li>
2901             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2902           </li>
2903           <li>
2904             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2905             over sequences in Jalview
2906           </li>
2907           <li>
2908             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2909             regions in ENA and EMBL
2910           </li>
2911           <li>
2912             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2913             for record retrieval via ENA rest API
2914           </li>
2915           <li>
2916             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2917             complement operator
2918           </li>
2919           <li>
2920             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2921             groovy script execution
2922           </li>
2923           <li>
2924             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2925             alignment window's Calculate menu
2926           </li>
2927           <li>
2928             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2929             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2930           </li>
2931           <li>
2932             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2933             calculation workers from groovy scripts
2934           </li>
2935           <li>
2936             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2937             Jalview projects
2938           </li>
2939           <li>
2940             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2941             associations are now saved/restored from project
2942           </li>
2943           <li>
2944             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2945             before sequence fetcher is opened
2946           </li>
2947           <li>
2948             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2949             database chooser opens a sequence fetcher
2950           </li>
2951           <li>
2952             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2953             the UniProt REST API
2954           </li>
2955           <li>
2956             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2957             the news reader opening
2958           </li>
2959           <li>
2960             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2961             querying stored in preferences
2962           </li>
2963           <li>
2964             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2965             search results
2966           </li>
2967           <li>
2968             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2969           </li>
2970           <li>
2971             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2972             menu for nucleotide sequences
2973           </li>
2974           <li>
2975             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2976             and feature counts preserves alignment ordering (and
2977             debugged for complex feature sets).
2978           </li>
2979           <li>
2980             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2981             viewing structures with Jalview 2.10
2982           </li>
2983           <li>
2984             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2985             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2986             Ensembl Genomes REST API
2987           </li>
2988           <li>
2989             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2990             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2991             (Ensembl)
2992           </li>
2993           <li>
2994             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2995             sequences
2996           </li>
2997           <li>
2998             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2999             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3000             data from external database records.
3001           </li>
3002           <li>
3003             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3004             efficient recovery of sequence coding and alignment
3005             annotation relationships.
3006           </li>
3007         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3008         <ul>
3009           <li>
3010             -- JAL---
3011           </li>
3012         </ul> --></td>
3013       <td>
3014         <div align="left">
3015           <em>General</em>
3016           <ul>
3017             <li>
3018               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3019               menu on OSX
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3023               includes graduated colourschemes
3024             </li>
3025             <li>
3026               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3027               working with big alignments and lots of hidden columns
3028             </li>
3029             <li>
3030               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3031               at right of alignment window
3032             </li>
3033             <li>
3034               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3035               contents
3036             </li>
3037             <li>
3038               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3039               for DNA alignments
3040             </li>
3041             <li>
3042               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3043               based tree calculation
3044             </li>
3045             <li>
3046               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3047               unconserved enabled for group on alignment
3048             </li>
3049             <li>
3050               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3051               set as reference
3052             </li>
3053             <li>
3054               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3055               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3056               annotation
3057             </li>
3058             <li>
3059               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3060               hidden columns present
3061             </li>
3062             <li>
3063               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3064               user created annotation added to alignment
3065             </li>
3066             <li>
3067               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3068               '()' base pair annotation
3069             </li>
3070             <li>
3071               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3072               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3073               Consensus
3074             </li>
3075             <li>
3076               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3077               feature not working
3078             </li>
3079             <li>
3080               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3081               beginning of sequence
3082             </li>
3083             <li>
3084               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3085               entry 3a6s
3086             </li>
3087             <li>
3088               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3089               from a tree when t-coffee scores are shown
3090             </li>
3091             <li>
3092               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3093               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3094             </li>
3095             <li>
3096               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3097               some structures
3098             </li>
3099             <li>
3100               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3101               to Clustal, PIR and PileUp output
3102             </li>
3103             <li>
3104               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3105               not visible causes alignment window to repaint
3106             </li>
3107             <li>
3108               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3109               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3110               scores associated with features and annotation rows
3111             </li>
3112             <li>
3113               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3114               calculation should be case independent
3115             </li>
3116             <li>
3117               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3118               columns
3119             </li>
3120             <li>
3121               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3122               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3123               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3124             </li>
3125             <li>
3126               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3127               problems when reference sequence defined and 'show
3128               non-conserved' enabled
3129             </li>
3130             <li>
3131               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3132               load even when Consensus calculation is disabled
3133             </li>
3134             <li>
3135               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3136               alignment does nothing
3137             </li>
3138           </ul>
3139           <em>Application</em>
3140           <ul>
3141             <li>
3142               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3143               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3144               yet fixed for El Capitan)
3145             </li>
3146             <li>
3147               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3148               output when running on non-gb/us i18n platforms
3149             </li>
3150             <li>
3151               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3152               hidden sequences as flat-file alignment
3153             </li>
3154             <li>
3155               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3156               launching Chimera
3157             </li>
3158             <li>
3159               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3160               (also hotfix for 2.9.0b2)
3161             </li>
3162             <li>
3163               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3164               reference sequence defined
3165             </li>
3166             <li>
3167               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3168               alignments and views when revealing hidden columns
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3172               view in a cDNA/Protein splitframe
3173             </li>
3174             <li>
3175               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3176               sequence from project when only one sequence is
3177               represented
3178             </li>
3179             <li>
3180               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3181               in Structure Chooser
3182             </li>
3183             <li>
3184               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3185               structure consensus didn't refresh annotation panel
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3189               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3193               dialogs format columns correctly, don't display array
3194               data, sort columns according to type
3195             </li>
3196             <li>
3197               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3198               file chooser is cancelled during an image export
3199             </li>
3200             <li>
3201               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3202               sequence name containing special characters
3203             </li>
3204             <li>
3205               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3206               case insensitive
3207             </li>
3208             <li>
3209               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3210               formatting don't wrap
3211             </li>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3214               truncated so L looks like I in consensus annotation
3215             </li>
3216             <li>
3217               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3218               currently displayed features for the current selection or
3219               view
3220             </li>
3221             <li>
3222               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3223               after fetching cross-references, and restoring from
3224               project
3225             </li>
3226             <li>
3227               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3228               followed in the structure viewer
3229             </li>
3230             <li>
3231               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3232               splitframe not restored from project
3233             </li>
3234             <li>
3235               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3236               trailing end of protein alignment in transcript/product
3237               splitview when pad-gaps not enabled by default
3238             </li>
3239             <li>
3240               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3241               is case dependent
3242             </li>
3243             <li>
3244               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3245               article has been read (reopened issue due to
3246               internationalisation problems)
3247             </li>
3248             <li>
3249               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3250               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3251               cross-references
3252             </li>
3253
3254             <li>
3255               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3256               alignment as HTML
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3260               multiple structures are shown for one or more sequences.
3261             </li>
3262             <li>
3263               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3264               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3265               is enabled.
3266             </li>
3267             <li>
3268               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3269               specific PDB id for sequence
3270             </li>
3271             <li>
3272               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3273               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3274               columns' is disabled.
3275             </li>
3276             <li>
3277               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3278               selects lowest rather than highest resolution structures
3279               for each sequence
3280             </li>
3281             <li>
3282               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3283               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3287               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3288             </li>
3289             <li>
3290               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3291               after clicking on it to create new annotation for a
3292               column.
3293             </li>
3294             <li>
3295               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3296               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3297             </li>
3298             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3299             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3300           </ul>
3301           <em>Applet</em>
3302           <ul>
3303             <li>
3304               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3305               hidden columns present before start of sequence
3306             </li>
3307             <li>
3308               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3309               (JSON jars)
3310             </li>
3311             <li>
3312               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3313               sequences are hidden in applet
3314             </li>
3315             <li>
3316               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3317               deployment on examples pages.
3318             </li>
3319           </ul>
3320         </div>
3321       </td>
3322     </tr>
3323     <tr>
3324       <td width="60" nowrap>
3325         <div align="center">
3326           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3327             <em>16/10/2015</em></strong>
3328         </div>
3329       </td>
3330       <td><em>General</em>
3331         <ul>
3332           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3333             jars</li>
3334         </ul></td>
3335       <td>
3336         <div align="left">
3337           <em>Application</em>
3338           <ul>
3339             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3340               shown when tree is partitioned</li>
3341             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3342               multiple cDNA/Protein split views</li>
3343           </ul>
3344         </div>
3345       </td>
3346     </tr>
3347     <tr>
3348       <td width="60" nowrap>
3349         <div align="center">
3350           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3351             <em>8/10/2015</em></strong>
3352         </div>
3353       </td>
3354       <td><em>General</em>
3355         <ul>
3356           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3357             2.9</li>
3358         </ul> <em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3361           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3362           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3363         </ul> <em>Applet</em>
3364         <ul>
3365           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3366         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3367         <ul>
3368           <li>
3369             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3370             suite
3371           </li>
3372         </ul></td>
3373       <td>
3374         <div align="left">
3375           <em>General</em>
3376           <ul>
3377             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3378               incorrect when sequence start > 1</li>
3379             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3380               documentation</li>
3381             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3382             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3383               loading a features file containing HTML tags in feature
3384               description</li>
3385
3386           </ul>
3387           <em>Application</em>
3388           <ul>
3389             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3390               reimport</li>
3391             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3392               with 'trim retrieved sequences'</li>
3393             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3394               deleting selected columns</li>
3395             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3396               JNLP templates for webstart launch</li>
3397             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3398               unreleased structures for download or viewing</li>
3399             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3400               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3401             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3402               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3403             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3404               recovered from jalview project</li>
3405             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3406               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3407               alignment view</li>
3408             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3409               color schemes from BioJSON</li>
3410           </ul>
3411           <em>Applet</em>
3412           <ul>
3413             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3414               frame</li>
3415             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3416           </ul>
3417         </div>
3418       </td>
3419     </tr>
3420     <tr>
3421       <td><div align="center">
3422           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3423         </div></td>
3424       <td><em>General</em>
3425         <ul>
3426           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3427             alignments:
3428             <ul>
3429               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3430                 and DNA alignment views</li>
3431               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3432                 cDNA alignment views</li>
3433               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3434                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3435               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3436                 protein sequences</li>
3437             </ul>
3438           </li>
3439           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3440           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3441             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3442           <li>New alignment annotation file statements for
3443             reference sequences and marking hidden columns</li>
3444           <li>Reference sequence based alignment shading to
3445             highlight variation</li>
3446           <li>Select or hide columns according to alignment
3447             annotation</li>
3448           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3449           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3450             acid conservation row</li>
3451           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3452         </ul> <em>Application</em>
3453         <ul>
3454           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3455             <ul>
3456               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3457                 view with cDNA/Protein</li>
3458               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3459                 sequences are placed in the same alignment</li>
3460               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3461                 projects</li>
3462             </ul>
3463           </li>
3464
3465           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3466           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3467             Jalview windows</li>
3468
3469           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3470           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3471           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3472             be shown in VARNA</li>
3473
3474           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3475             as the active selected region</li>
3476
3477           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3478             similarity</li>
3479           <li>New Export options
3480             <ul>
3481               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3482                 region export in flat file generation</li>
3483
3484               <li>Export alignment views for display with the <a
3485                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3486
3487               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3488               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3489                 alignment figures to HTML</li>
3490           </li>
3491           <li>3D structure retrieval and display
3492             <ul>
3493               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3494                 Search API</li>
3495               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3496                 PDB structures for a sequence set</li>
3497             </ul>
3498           </li>
3499
3500           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3501             predictions</li>
3502           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3503             for one or a group of sequences</li>
3504           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3505             from the JPred4 web server</li>
3506           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3507             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3508             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3509           </li>
3510           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3511             VARNA 2D Structure'</li>
3512           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3513             Structure ..."</li>
3514
3515         </ul> <em>Applet</em>
3516         <ul>
3517           <li>New layout for applet example pages</li>
3518           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3519             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3520           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3521             Protein alignments</li>
3522         </ul> <em>Development and deployment</em>
3523         <ul>
3524           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3525           <li>Include installation type and git revision in build
3526             properties and console log output</li>
3527           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3528             storing BioJsMSA Templates</li>
3529           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3530         </ul></td>
3531       <td>
3532         <!-- <em>General</em>
3533         <ul>
3534         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3535         <ul>
3536           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3537           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3538           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3539             predictions are not highlighted in amber</li>
3540           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3541             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3542           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3543             associated structure views</li>
3544           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3545             width checkbox not enabled</li>
3546           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3547             creating user defined colours</li>
3548           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3549             mappings for just that viewer's sequences</li>
3550           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3551             multiple models in Chimera</li>
3552           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3553             over Jmol structure</li>
3554           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3555             output to text box</li>
3556           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3557             have incorrect sequence start/end</li>
3558           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3559             Jalview fails</li>
3560           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3561             work for nucleotide</li>
3562           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3563             to a grey/invisible alignment window</li>
3564           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3565             imports to different position</li>
3566           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3567             on some platforms</li>
3568           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3569             populated</li>
3570           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3571             console if Chimera has been opened</li>
3572           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3573           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3574             retrieved</li>
3575           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3576           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3577             either sequence shows on first structure</li>
3578           <li>'Show annotations' options should not make
3579             non-positional annotations visible</li>
3580           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3581             in right place after 'view flanking regions'</li>
3582           <li>File Save As type unset when current file format is
3583             unknown</li>
3584           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3585             projects</li>
3586           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3587             responsive</li>
3588           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3589             several views on same alignment</li>
3590           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3591           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3592             spaces</li>
3593         </ul> <em>Applet</em>
3594         <ul>
3595           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3596           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3597             descriptions containing angle brackets</li>
3598         </ul> <em>General</em>
3599         <ul>
3600           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3601             via jalview annotation file</li>
3602           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3603             with RNA secondary structure</li>
3604           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3605             translation doesn't work.</li>
3606           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3607           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3608             positions</li>
3609           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3610             choosing 1pt font</li>
3611           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3612             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3613             'h'</li>
3614           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3615             new feature</li>
3616           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3617             order dependent</li>
3618           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3619             sequences</li>
3620           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3621         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3622         <ul>
3623           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3624             www.jalview.org</li>
3625         </ul> <em>Application Known issues</em>
3626         <ul>
3627           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3628           <li>Misleading message appears after trying to delete
3629             solid column.</li>
3630           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3631             version launches</li>
3632           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3633             fails with a sequence mismatch</li>
3634           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3635             scrolling alignment to right</li>
3636           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3637             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3638           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3639             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3640           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3641             ultra-high resolution</li>
3642           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3643             quality and conservation</li>
3644           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3645             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3646         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3647         <ul>
3648           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3649           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3650             window is being resized</li>
3651
3652         </ul>
3653       </td>
3654     </tr>
3655     <tr>
3656       <td><div align="center">
3657           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3658         </div></td>
3659       <td><em>General</em>
3660         <ul>
3661           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3662             Certum.PL.</li>
3663           <li>Features and annotation preserved when performing
3664             pairwise alignment</li>
3665           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3666             imported/exported/displayed</li>
3667           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3668             protein secondary structure</li>
3669           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3670               post-hoc with 2.9 release</em>)
3671           </li>
3672
3673         </ul> <em>Application</em>
3674         <ul>
3675           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3676             with 3D structures</li>
3677           <li>Support for parsing RNAML</li>
3678           <li>Annotations menu for layout
3679             <ul>
3680               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3681               <li>place sequence annotation above/below alignment
3682                 annotation</li>
3683             </ul>
3684           <li>Output in Stockholm format</li>
3685           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3686             translation</li>
3687           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3688           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3689             shared between alignments</li>
3690           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3691             Jalview</li>
3692           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3693             all or current selection</li>
3694           <li>disorder and secondary structure predictions
3695             available as dataset annotation</li>
3696           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3697
3698
3699           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3700             alignments from Rfam</li>
3701           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3702
3703           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3704             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3705           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3706           <li>include installation type in build properties and
3707             console log output</li>
3708           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3709             annotation</li>
3710         </ul></td>
3711       <td>
3712         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3713         <ul>
3714           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3715             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3716           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3717             alignment</li>
3718           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3719           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3720           <li>Double click on sequence associated annotation
3721             selects only first column</li>
3722           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3723             leaves shown in tree</li>
3724           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3725             properly</li>
3726           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3727           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3728             screen and buttons not visible</li>
3729           <li>author list isn't updated if already written to
3730             Jalview properties</li>
3731           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3732             from database</li>
3733           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3734           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3735             browser search window</li>
3736           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3737             in feature settings dialog</li>
3738           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3739             desktop</li>
3740           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3741             pass validation</li>
3742           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3743             fit on screen</li>
3744           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3745             tooltip</li>
3746           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3747             defined user preset</li>
3748           <li>MSA web services warns user if they were launched
3749             with invalid input</li>
3750           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3751             Java 8</li>
3752           <li>
3753             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3754             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3755             created
3756           </li>
3757
3758         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3759         <ul>
3760         </ul> <em>General</em>
3761         <ul>
3762         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3763         <ul>
3764           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3765             memory allocation</li>
3766           <li>launchApp service doesn't automatically open
3767             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3768           <li>
3769             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3770             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3771             1.7_055 is available
3772           </li>
3773         </ul> <em>Application Known issues</em>
3774         <ul>
3775           <li>
3776             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3777             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3778             alignment to right
3779           </li>
3780           <li>
3781             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3782             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3783             with large number of ID
3784           </li>
3785           <li>
3786             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3787             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3788             start/end
3789           </li>
3790           <li>
3791             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3792             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3793             structure tracks are rearranged
3794           </li>
3795           <li>
3796             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3797             invalid rna structure positional highlighting does not
3798             highlight position of invalid base pairs
3799           </li>
3800           <li>
3801             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3802             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3803             project from alignment window file menu
3804           </li>
3805           <li>
3806             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3807             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3808             structures
3809           </li>
3810           <li>
3811             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3812             colour by RNA Helices not enabled when user created
3813             annotation added to alignment
3814           </li>
3815           <li>
3816             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3817             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3818           </li>
3819         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3820         <ul>
3821           <li>
3822             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3823             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3824           </li>
3825           <li>
3826             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3827             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3828           </li>
3829
3830           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3831             when selected</li>
3832         </ul>
3833       </td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td><div align="center">
3837           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3838         </div></td>
3839       <td>
3840         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3841         <em>General</em>
3842         <ul>
3843           <li>Internationalisation of user interface (usually
3844             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3845           <li>Define/Undefine group on current selection with
3846             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3847           <li>Improved group creation/removal options in
3848             alignment/sequence Popup menu</li>
3849           <li>Sensible precision for symbol distribution
3850             percentages shown in logo tooltip.</li>
3851           <li>Annotation panel height set according to amount of
3852             annotation when alignment first opened</li>
3853         </ul> <em>Application</em>
3854         <ul>
3855           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3856             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3857           <li>Select columns containing particular features from
3858             Feature Settings dialog</li>
3859           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3860             sequences</li>
3861           <li>Update Jalview project format:
3862             <ul>
3863               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3864               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3865                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3866               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3867                 colouring</li>
3868             </ul>
3869           </li>
3870           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3871             (PAM250)</li>
3872           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3873             flanking regions for an alignment</li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876       <td>
3877         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3878         <ul>
3879           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3880             running after job is cancelled</li>
3881           <li>cannot export features from alignments imported from
3882             Jalview/VAMSAS projects</li>
3883           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3884             float values</li>
3885           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3886             have 'display all symbols' flag set</li>
3887           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3888             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3889           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3890             Jalview</li>
3891           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3892             Lion/Webstart</li>
3893           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3894           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3895           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3896             alignment onto desktop</li>
3897           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3898             'extract scores' function</li>
3899           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3900             alignment window</li>
3901           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3902             performing IUPred disorder prediction</li>
3903           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3904             changing 'normalise logo' display setting</li>
3905           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3906             nothing matches query</li>
3907           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3908             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3909           </li>
3910           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3911             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3912           </li>
3913           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3914             Jalview's menu</li>
3915           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3916             'invalid literal/length code'</li>
3917           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3918             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3919           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3920             colourscheme</li>
3921
3922         </ul> <em>Applet</em>
3923         <ul>
3924           <li>Remove group option is shown even when selection is
3925             not a group</li>
3926           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3927             don't affect groups</li>
3928           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3929             colourscheme name</li>
3930           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3931             Annotation panel is not displayed</li>
3932           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3933             embedded windows</li>
3934         </ul> <em>Other</em>
3935         <ul>
3936           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3937             single sequence were not calculated</li>
3938           <li>annotation files that contain only groups imported as
3939             annotation and junk sequences</li>
3940           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3941             recognised as PFAM or BLC</li>
3942           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3943             doesn't affect background (2.8.0b1)
3944           <li></li>
3945           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3946           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3947             trailing gaps</li>
3948           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3949             registered correctly on import</li>
3950           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3951             certain alignments</li>
3952           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3953             existing annotation based 'use original colours'
3954             colourscheme loses original colours setting</li>
3955         </ul>
3956       </td>
3957     </tr>
3958     <tr>
3959       <td><div align="center">
3960           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3961             <em>30/1/2014</em></strong>
3962         </div></td>
3963       <td>
3964         <ul>
3965           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3966             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3967             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3968             open source project).
3969           </li>
3970           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3971           <li>Output in Stockholm format</li>
3972           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3973           <li>Export/import group and sequence associated line
3974             graph thresholds</li>
3975           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3976             ambiguity codes</li>
3977           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3978             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3979             works</li>
3980           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3981         </ul> <em>Other improvements</em>
3982         <ul>
3983           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3984           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3985             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3986           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3987             files</li>
3988           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3989           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3990             link but no description</li>
3991           <li>Select primary source when selecting authority in
3992             database fetcher GUI</li>
3993           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3994             Jalview</li>
3995           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3996         </ul>
3997       </td>
3998       <td>
3999         <ul>
4000           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4001             displayed</li>
4002           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4003             secondary structure annotation line</li>
4004           <li>Sequence database accessions not imported when
4005             fetching alignments from Rfam</li>
4006           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4007             identical IDs</li>
4008           <li>View all structures does not always superpose
4009             structures</li>
4010           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4011             reflect user or preset settings</li>
4012           <li>Null pointer exceptions for some services without
4013             presets or adjustable parameters</li>
4014           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4015             discover PDB xRefs</li>
4016           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4017             features with DAS</li>
4018           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4019             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4020           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4021             residue follows a gap</li>
4022           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4023             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4024           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4025             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4026           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4027             annotation already exists on alignment</li>
4028           <li>oninit javascript function should be called after
4029             initialisation completes</li>
4030           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4031             alignment window display</li>
4032           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4033           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4034             to annotation file</li>
4035           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4036             groups created</li>
4037           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4038             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4039           <li>Pressing return several times causes Number Format
4040             exceptions in keyboard mode</li>
4041           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4042             correct partitions for input data</li>
4043           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4044           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4045           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4046           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4047             mode</li>
4048           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4049             changes one row&#39;s threshold</li>
4050           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4051             doesn&#39;t open</li>
4052           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4053             quality histograms</li>
4054         </ul>
4055       </td>
4056     </tr>
4057     <tr>
4058       <td><div align="center">
4059           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4060         </div></td>
4061       <td><em>Application</em>
4062         <ul>
4063           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4064             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4065           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4066             preferences</li>
4067           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4068             in Jalview alignment window</li>
4069           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4070             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4071           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4072             RNA and ambiguity codes</li>
4073
4074           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4075           <li>Support fetching and database reference look up
4076             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4077             refs')</li>
4078           <li>Jalview project improvements
4079             <ul>
4080               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4081                 flag for annotation</li>
4082               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4083                 alignment</li>
4084               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4085                 Jalview project</li>
4086
4087             </ul>
4088           </li>
4089           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4090           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4091             running</li>
4092           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4093           <li>visual indication that web service results are still
4094             being retrieved from server</li>
4095           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4096             starts up for first time</li>
4097           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4098             services</li>
4099           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4100             client library</li>
4101           <li>Examples directory and Groovy library included in
4102             InstallAnywhere distribution</li>
4103         </ul> <em>Applet</em>
4104         <ul>
4105           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4106             visualization applet example</li>
4107         </ul> <em>General</em>
4108         <ul>
4109           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4110           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4111             defaults</li>
4112           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4113             calculation</li>
4114           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4115             matrices
4116           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4117             in HTML</li>
4118           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4119             structure contacts</li>
4120           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4121           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4122           <li>Parse sequence associated secondary structure
4123             information in Stockholm files</li>
4124           <li>HTML Export database accessions and annotation
4125             information presented in tooltip for sequences</li>
4126           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4127             style RNA alignment files</li>
4128           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4129             alignment</li>
4130           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4131             shade each sequence according to its associated alignment
4132             annotation</li>
4133           <li>New Jalview Logo</li>
4134         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4135         <ul>
4136           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4137           <li>New Website!</li>
4138         </ul></td>
4139       <td><em>Application</em>
4140         <ul>
4141           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4142             wsdbfetch REST service</li>
4143           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4144           <li>Filetype associations not installed for webstart
4145             launch</li>
4146           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4147             job execution in full once it is complete</li>
4148           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4149             uploaded via ali_file parameter</li>
4150           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4151           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4152           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4153             submitted for prediction</li>
4154           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4155             desktop window</li>
4156           <li>Putting fractional value into integer text box in
4157             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4158           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4159             windows 7</li>
4160           <li>View all structures fails with exception shown in
4161             structure view</li>
4162           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4163             escaped in a platform independent way</li>
4164           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4165             using proxy</li>
4166           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4167             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4168           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4169             failure when java web start temporary file caching is
4170             disabled</li>
4171           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4172             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4173           <li>Errors during processing of command line arguments
4174             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4175           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4176             DAS sources in sequence fetcher</li>
4177           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4178             dialog is shown</li>
4179           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4180           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4181           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4182           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4183             on OSX Mountain Lion</li>
4184           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4185             sequences with alignment annotation are pasted into the
4186             alignment</li>
4187           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4188             when loaded from Jalview project</li>
4189           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4190           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4191             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4192           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4193             associated with all views</li>
4194           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4195             annotation rows to new window</li>
4196         </ul> <em>Applet</em>
4197         <ul>
4198           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4199             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4200           <li>loading features via javascript API automatically
4201             enables feature display</li>
4202           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4203             work</li>
4204         </ul> <em>General</em>
4205         <ul>
4206           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4207           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4208             and then deselected</li>
4209           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4210           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4211             coloured with clustalx</li>
4212           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4213             exceptions and redraw errors</li>
4214           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4215             reconfigured view</li>
4216           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4217             colour</li>
4218           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4219             for lots of labels</li>
4220         </ul>
4221     </tr>
4222     <tr>
4223       <td>
4224         <div align="center">
4225           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4226         </div>
4227       </td>
4228       <td><em>Application</em>
4229         <ul>
4230           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4231           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4232           <li>View/alignment association menu to enable user to
4233             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4234             its colours/correspondences from</li>
4235           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4236           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4237             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4238           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4239           <li>Annotation row column label formatting attributes
4240             stored in project file</li>
4241           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4242             rows preserved in Jalview project file</li>
4243           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4244             saved using Desktop window menu</li>
4245           <li>Visual indication that command line arguments are
4246             still being processed</li>
4247           <li>Groovy script execution from URL</li>
4248           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4249             preferences</li>
4250           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4251             alignment with sequences that have high similarity and
4252             matching IDs</li>
4253           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4254           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4255             structures in same window</li>
4256           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4257           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4258             analysis function in its own submenu</li>
4259         </ul> <em>Applet</em>
4260         <ul>
4261           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4262             groups</li>
4263           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4264           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4265           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4266           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4267           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4268             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4269           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4270           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4271             parameters are treated as such</li>
4272           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4273             <ul>
4274               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4275               <li>Javascript callbacks for
4276                 <ul>
4277                   <li>Applet initialisation</li>
4278                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4279                 </ul>
4280               </li>
4281               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4282                 functions</li>
4283               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4284               <li>javascript structure viewer harness to pass
4285                 messages between Jmol and Jalview when running as
4286                 distinct applets</li>
4287               <li>sortBy method</li>
4288               <li>Set of applet and application examples shipped
4289                 with documentation</li>
4290               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4291                 javascript message exchange</li>
4292             </ul>
4293         </ul> <em>General</em>
4294         <ul>
4295           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4296             multiple alignments</li>
4297           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4298           <li>User configurable link to enable redirects to a
4299             www.Jalview.org mirror</li>
4300           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4301           <li>Configurable newline string when writing alignment
4302             and other flat files</li>
4303           <li>Allow alignment annotation description lines to
4304             contain html tags</li>
4305         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4306         <ul>
4307           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4308             examples</li>
4309           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4310             using a web service before displaying the result in the
4311             Jalview desktop</li>
4312           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4313           <li>Ant target to publish example html files with applet
4314             archive</li>
4315           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4316           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4317         </ul></td>
4318       <td><em>Application</em>
4319         <ul>
4320           <li>User defined colourscheme throws exception when
4321             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4322           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4323             dialog for valid filename/format</li>
4324           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4325           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4326             P37173</li>
4327           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4328             which sequence is to be associated with the file</li>
4329           <li>Find All raises null pointer exception when query
4330             only matches sequence IDs</li>
4331           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4332           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4333             2.4 cannot be loaded</li>
4334           <li>Filetype associations not installed for webstart
4335             launch</li>
4336           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4337             with sequences in different alignments do not get coloured
4338             by their associated sequence</li>
4339           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4340             not preserved when project is loaded</li>
4341           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4342             stored in Jalview project</li>
4343           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4344             Jalview project</li>
4345           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4346           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4347             by conservation</li>
4348           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4349             created on new view</li>
4350           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4351             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4352           <li>Alignment quality not updated after alignment
4353             annotation row is hidden then shown</li>
4354           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4355             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4356           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4357             properly</li>
4358           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4359             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4360           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4361           <li>Structures imported from file and saved in project
4362             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4363           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4364             job execution in full once it is complete</li>
4365         </ul> <em>Applet</em>
4366         <ul>
4367           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4368             annotation rows are displayed</li>
4369           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4370             codebase</li>
4371           <li>View follows highlighting does not work for positions
4372             in sequences</li>
4373           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4374           <li>Export features raises exception when no features
4375             exist</li>
4376           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4377             for javascript api is modified when separator string
4378             provided as parameter</li>
4379           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4380             alignment with no existing selection</li>
4381           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4382             to applet&#39;s codebase</li>
4383           <li>Status bar not updated after finished searching and
4384             search wraps around to first result</li>
4385           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4386             several Jalview applets causes race conditions and memory
4387             leaks</li>
4388           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4389             not sent from Jmol in applet</li>
4390           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4391             applet API fatally hang browser</li>
4392         </ul> <em>General</em>
4393         <ul>
4394           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4395             position with wrapped view and hidden regions</li>
4396           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4397             with/without hidden columns</li>
4398           <li>Sequence length given in alignment properties window
4399             is off by 1</li>
4400           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4401             import PDB like structure files</li>
4402           <li>Positional search results are only highlighted
4403             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4404           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4405           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4406             given sequence position</li>
4407           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4408             output</li>
4409           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4410             from nucleotide chains correctly</li>
4411           <li>Structure colours not updated when tree partition
4412             changed in alignment</li>
4413           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4414             parsed in interleaved stockholm</li>
4415           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4416             state</li>
4417           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4418             properly</li>
4419           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4420             properly associated with their pdb files</li>
4421         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4422         <ul>
4423           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4424             ApplyCopyright tool</li>
4425         </ul></td>
4426     </tr>
4427     <tr>
4428       <td>
4429         <div align="center">
4430           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4431         </div>
4432       </td>
4433       <td><em>Application</em>
4434         <ul>
4435           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4436             contact web services</li>
4437           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4438             service job window</li>
4439           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4440         </ul></td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4444             pir file emitted by Jalview</li>
4445           <li>Existing feature settings transferred to new
4446             alignment view created from cut'n'paste</li>
4447           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4448             parsing PDB files</li>
4449           <li>Consensus and conservation annotation rows
4450             occasionally become blank for all new windows</li>
4451           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4452             in wrapped view mode</li>
4453         </ul> <em>Application</em>
4454         <ul>
4455           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4456             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4457           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4458             parameter names</li>
4459           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4460             is down</li>
4461         </ul>
4462       </td>
4463     </tr>
4464     <tr>
4465       <td>
4466         <div align="center">
4467           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4468         </div>
4469       </td>
4470       <td><em>Application</em>
4471         <ul>
4472           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4473             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4474             (JABAWS)
4475           </li>
4476           <li>Web Services preference tab</li>
4477           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4478             preferences</li>
4479           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4480           <li>Superpose structures using associated sequence
4481             alignment</li>
4482           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4483             viewer</li>
4484         </ul> <em>Applet</em>
4485         <ul>
4486           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4487             link out mechanism</li>
4488         </ul> <em>Other</em>
4489         <ul>
4490           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4491             series 12</li>
4492           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4493             require Java 1.5</li>
4494           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4495             sequence annotation files</li>
4496           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4497             type colour specification</li>
4498           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4499             script to check if it being run in an interactive session or
4500             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4501         </ul></td>
4502       <td>
4503         <ul>
4504           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4505             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4506         </ul> <em>Application</em>
4507         <ul>
4508           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4509             selected Regions menu item</li>
4510           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4511             part of a valid accession ID</li>
4512           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4513             runs out of memory</li>
4514           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4515             analysis results</li>
4516           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4517             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4518           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4519         </ul> <em>Applet</em>
4520         <ul>
4521           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4522             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4523             defined.</li>
4524         </ul>
4525       </td>
4526     </tr>
4527     <tr>
4528       <td>
4529         <div align="center">
4530           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4531         </div>
4532       </td>
4533       <td></td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4537             sequence IDs</li>
4538           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4539             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4540           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4541             import correctly</li>
4542           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4543             number of columns are hidden</li>
4544           <li>annotation label popup menu not providing correct
4545             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4546             present</li>
4547           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4548             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4549           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4550             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4551
4552         </ul> <em>Applet</em>
4553         <ul>
4554           <li>annotation panel disappears when annotation is
4555             hidden/removed</li>
4556         </ul> <em>Application</em>
4557         <ul>
4558           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4559             alignment opened where annotation panel is visible but no
4560             annotations are present on alignment</li>
4561           <li>pasted region containing hidden columns is
4562             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4563           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4564             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4565           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4566             selected Rregions menu item.</li>
4567           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4568             'Un' or 'Non'conserved</li>
4569           <li>Sequence feature settings are being shared by
4570             multiple distinct alignments</li>
4571           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4572             changed</li>
4573           <li>double click on group annotation to select sequences
4574             does not propagate to associated trees</li>
4575           <li>Mac OSX specific issues:
4576             <ul>
4577               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4578                 window background</li>
4579               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4580                 name set correctly</li>
4581               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4582                 save feature colourscheme button</li>
4583             </ul>
4584           </li>
4585         </ul>
4586       </td>
4587     </tr>
4588     <tr>
4589
4590       <td>
4591         <div align="center">
4592           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4593         </div>
4594       </td>
4595       <td><em>New Capabilities</em>
4596         <ul>
4597           <li>URL links generated from description line for
4598             regular-expression based URL links (applet and application)
4599
4600           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4601             menu</li>
4602           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4603             structures</li>
4604           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4605             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4606           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4607             average score or total feature count for each sequence.</li>
4608           <li>Shading features by score or associated description</li>
4609           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4610             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4611           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4612             hide everything but the currently selected region.</li>
4613           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4614         </ul> <em>Application</em>
4615         <ul>
4616           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4617             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4618           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4619             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4620           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4621             database references and protein_name is parsed as
4622             description line (BioSapiens terms).</li>
4623           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4624             references in sequence ID tooltip from View menu in
4625             application.</li>
4626           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4627       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4628           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4629             conservation plots</li>
4630           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4631             and visualized as sequence logos</li>
4632           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4633             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4634           </li>
4635           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4636             when a new tree is opened.</li>
4637           <li>Jalview Java Console</li>
4638           <li>Better placement of desktop window when moving
4639             between different screens.</li>
4640           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4641             consensus annotation</li>
4642           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4643             Workflows</li>
4644           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4645             <ul>
4646               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4647                 used to preserve views, structures, and tree display
4648                 settings)</li>
4649               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4650                 command line</li>
4651               <li>Sharing of selected regions between views and
4652                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4653               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4654             </ul></li>
4655         </ul> <em>Applet</em>
4656         <ul>
4657           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4658           <li>New Parameters
4659             <ul>
4660               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4661                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4662                 opened.</li>
4663               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4664                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4665               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4666                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4667               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4668                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4669                 view</li>
4670               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4671                 increase the height or width of a cell in the alignment
4672                 grid relative to the current font size.</li>
4673             </ul>
4674           </li>
4675           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4676             tooltip</li>
4677         </ul> <em>Other</em>
4678         <ul>
4679           <li>Features format: graduated colour definitions and
4680             specification of feature scores</li>
4681           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4682             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4683             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4684           <li>XML formats extended to support graduated feature
4685             colourschemes, group associated annotation, and profile
4686             visualization settings.</li></td>
4687       <td>
4688         <ul>
4689           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4690             rather than description</li>
4691           <li>Non-positional features are now included in sequence
4692             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4693             visibility in tooltip).</li>
4694           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4695           <li>Added URL embedding instructions to features file
4696             documentation.</li>
4697           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4698             'X' in peptide product</li>
4699           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4700             sequence ID and sequence string and query strings do not
4701             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4702           <li>AMSA files only contain first column of
4703             multi-character column annotation labels</li>
4704           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4705             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4706             exported and re-imported)</li>
4707           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4708             name</li>
4709           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4710             as subsequence matches, and correctly reports total number
4711             of both.</li>
4712           <li>Application:
4713             <ul>
4714               <li>Better handling of exceptions during sequence
4715                 retrieval</li>
4716               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4717                 link text excludes the start_end suffix</li>
4718               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4719                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4720               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4721               <li>Sequence description lines properly shared via
4722                 VAMSAS</li>
4723               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4724                 data sources</li>
4725               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4726                 completes before alignment figures are generated.</li>
4727               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4728                 first time.</li>
4729               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4730                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4731               <li>User defined group colours properly recovered
4732                 from Jalview projects.</li>
4733             </ul>
4734           </li>
4735         </ul>
4736       </td>
4737
4738     </tr>
4739     <tr>
4740       <td>
4741         <div align="center">
4742           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4743         </div>
4744       </td>
4745       <td>
4746         <ul>
4747           <li>Experimental support for google analytics usage
4748             tracking.</li>
4749           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4750         </ul>
4751       </td>
4752       <td>
4753         <ul>
4754           <li>Race condition in applet preventing startup in
4755             jre1.6.0u12+.</li>
4756           <li>Exception when feature created from selection beyond
4757             length of sequence.</li>
4758           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4759           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4760             all sequences with a given id</li>
4761           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4762             ID string searches</li>
4763           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4764             alignment to fail with exception</li>
4765         </ul> <em>Application Issues</em>
4766         <ul>
4767           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4768           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4769             data sources</li>
4770         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4771         <ul>
4772           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4773             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4774           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4775             version (java class versioning error fixed)</li>
4776         </ul>
4777       </td>
4778     </tr>
4779     <tr>
4780       <td>
4781
4782         <div align="center">
4783           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4784         </div>
4785       </td>
4786       <td><em>User Interface</em>
4787         <ul>
4788           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4789             translation and protein products</li>
4790           <li>Linked highlighting of structure associated with
4791             residue mapping to codon position</li>
4792           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4793             and 'clear' button</li>
4794           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4795             Tools menu</li>
4796           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4797             numeric data in description line</li>
4798           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4799           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4800             of sequence</li>
4801         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4802         <ul>
4803           <li>JPred3 web service</li>
4804           <li>Prototype sequence search client (no public services
4805             available yet)</li>
4806           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4807             PFAM</li>
4808           <li>URL Links created for matching database cross
4809             references as well as sequence ID</li>
4810           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4811         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4812         <ul>
4813           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4814             databases</li>
4815           <li>Generalised database reference retrieval and
4816             validation to all fetchable databases</li>
4817           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4818             sequence command</li>
4819         </ul> <em>Import and Export</em>
4820         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4821         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4822           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4823         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4824           File</li>
4825         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4826           triplet as name of colourscheme</li>
4827         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4828         <ul>
4829           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4830           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4831             alignments (experimental)</li>
4832           <li>Create new or select existing session to join</li>
4833           <li>load and save of vamsas documents</li>
4834         </ul> <em>Application command line</em>
4835         <ul>
4836           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4837             from applet)</li>
4838           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4839             of DAS servers to query for alignment features</li>
4840           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4841             that are also automatically queried for features</li>
4842           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4843             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4844         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4845         <ul>
4846           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4847             application (when using &quot;View in full
4848             application&quot;)</li>
4849         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4850         <ul>
4851           <li>feature group display control parameter</li>
4852           <li>debug parameter</li>
4853           <li>showbutton parameter</li>
4854         </ul> <em>Applet API methods</em>
4855         <ul>
4856           <li>newView public method</li>
4857           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4858           <li>Feature display control methods</li>
4859           <li>get list of currently selected sequences</li>
4860         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4861         <ul>
4862           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4863           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4864             Jalview release.</li>
4865           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4866             property controls execution of obfuscator</li>
4867           <li>Build target for generating source distribution</li>
4868           <li>Debug flag for javacc</li>
4869           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4870             jalview.bin.Cache</li>
4871           <li>Continuous Build Integration for stable and
4872             development version of Application, Applet and source
4873             distribution</li>
4874         </ul></td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>selected region output includes visible annotations
4878             (for certain formats)</li>
4879           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4880             for editing</li>
4881           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4882           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4883           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4884           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4885             comments</li>
4886           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4887             filenames containing a ':'</li>
4888           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4889             global sequence features</li>
4890           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4891             references from alignment sequences goes to zero</li>
4892           <li>Close of tree branch colour box without colour
4893             selection causes cascading exceptions</li>
4894           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4895           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4896             file parsing fails.</li>
4897           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4898           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4899             not a valid output format</li>
4900           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4901             vamsas</li>
4902           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4903           <li>error messages passed up and output when data read
4904             fails</li>
4905           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4906             sequence is edited</li>
4907           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4908             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4909           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4910             filetype</li>
4911           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4912             import fixed for PFAM records</li>
4913           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4914             window list</li>
4915           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4916             can be read and written correctly to annotation file</li>
4917           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4918             correctly</li>
4919           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4920             non-italic font for representatives in Applet</li>
4921           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4922             Macs.</li>
4923           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4924             Applet)</li>
4925           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4926             due to null pointer exceptions</li>
4927           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4928             first column of alignment</li>
4929           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4930             July 2008</li>
4931           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4932             file is case-insensitive</li>
4933           <li>Sequence features read from Features file appended to
4934             all sequences with matching IDs</li>
4935           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4936             containing a sub-sequence</li>
4937           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4938           <li>feature and annotation file applet parameters
4939             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4940           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4941           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4942             splash-screen version check to complete</li>
4943           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4944             when passing them to the launchApp service</li>
4945           <li>display name and local features preserved in results
4946             retrieved from web service</li>
4947           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4948             sequence fetcher initialisation</li>
4949           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4950             dasobert DAS client</li>
4951           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4952             association</li>
4953           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4954             sequences
4955           </li>
4956         </ul>
4957       </td>
4958     </tr>
4959     <tr>
4960       <td>
4961         <div align="center">
4962           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4963         </div>
4964       </td>
4965       <td>
4966         <ul>
4967           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4968           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4969           <li>Slide sequences</li>
4970           <li>Edit sequence in place</li>
4971           <li>EMBL CDS features</li>
4972           <li>DAS Feature mapping</li>
4973           <li>Feature ordering</li>
4974           <li>Alignment Properties</li>
4975           <li>Annotation Scores</li>
4976           <li>Sort by scores</li>
4977           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4978         </ul>
4979       </td>
4980       <td>
4981         <ul>
4982           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4983           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4984           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4985           <li>Feature group display state in XML</li>
4986           <li>Feature ordering in XML</li>
4987           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4988           <li>Stockholm alignment properties</li>
4989           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4990           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4991           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4992           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4993         </ul>
4994       </td>
4995
4996     </tr>
4997     <tr>
4998       <td>
4999         <div align="center">
5000           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5001         </div>
5002       </td>
5003       <td>
5004         <ul>
5005           <li>Non standard characters can be read and displayed
5006           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5007             applet via textbox
5008           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5009             name &amp; description
5010           <li>Preference setting to display sequence name in
5011             italics
5012           <li>Annotation file format extended to allow
5013             Sequence_groups to be defined
5014           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5015             specified in preferences
5016           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5017             sequences
5018         </ul>
5019       </td>
5020       <td>
5021         <ul>
5022           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5023             installed
5024           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5025           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5026         </ul>
5027       </td>
5028     </tr>
5029     <tr>
5030       <td>
5031         <div align="center">
5032           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5033         </div>
5034       </td>
5035       <td>
5036         <ul>
5037           <li>Multiple views on alignment
5038           <li>Sequence feature editing
5039           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5040           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5041           <li>Background dependent text colour
5042           <li>Right align sequence ids
5043           <li>User-defined lower case residue colours
5044           <li>Format Menu
5045           <li>Select Menu
5046           <li>Menu item accelerator keys
5047           <li>Control-V pastes to current alignment
5048           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5049           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5050           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5051
5052           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5053         </ul>
5054       </td>
5055       <td>
5056         <ul>
5057           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5058           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5059             calculations
5060           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5061             edits
5062           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5063             of alignment)
5064           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5065
5066           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5067             display correctly
5068           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5069           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5070             analysis results
5071           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5072             &#8739;
5073           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5074           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5075           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5076
5077         </ul>
5078       </td>
5079     </tr>
5080     <tr>
5081       <td>
5082         <div align="center">
5083           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5084         </div>
5085       </td>
5086       <td>
5087         <ul>
5088           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5089         </ul>
5090       </td>
5091       <td>
5092         <ul>
5093           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5094             sequence id panel has been resized</li>
5095           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5096             rendered</li>
5097           <li>Annotation files with sequence references - all
5098             elements in file are relative to sequence position</li>
5099           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5100         </ul>
5101       </td>
5102     </tr>
5103     <tr>
5104       <td>
5105         <div align="center">
5106           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5107         </div>
5108       </td>
5109       <td>
5110         <ul>
5111           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5112           <li>DAS Feature fetching</li>
5113           <li>Hide sequences and columns</li>
5114           <li>Export Annotations and Features</li>
5115           <li>GFF file reading / writing</li>
5116           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5117             files</li>
5118           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5119           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5120           <li>Applet can launch the full application</li>
5121           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5122             required)</li>
5123           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5124           <li>Applet can load sequences from parameter
5125             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5126           </li>
5127         </ul>
5128       </td>
5129       <td>
5130         <ul>
5131           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5132           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5133           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5134         </ul>
5135       </td>
5136     </tr>
5137     <tr>
5138       <td>
5139         <div align="center">
5140           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5141         </div>
5142       </td>
5143       <td>
5144         <ul>
5145           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5146           <li>Choose to match case when searching</li>
5147           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5148             expand the visible width and height of the alignment</li>
5149         </ul>
5150       </td>
5151       <td>
5152         <ul>
5153           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5154         </ul>
5155       </td>
5156     </tr>
5157     <tr>
5158       <td>
5159         <div align="center">
5160           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5161         </div>
5162       </td>
5163       <td>&nbsp;</td>
5164       <td>
5165         <ul>
5166           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5167           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5168             value</li>
5169         </ul>
5170       </td>
5171     </tr>
5172     <tr>
5173       <td>
5174         <div align="center">
5175           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5176         </div>
5177       </td>
5178       <td>
5179         <ul>
5180           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5181           <li>Keyboard editing</li>
5182           <li>Create sequence features from searches</li>
5183           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5184             alignments</li>
5185           <li>Features file allows grouping of features</li>
5186           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5187           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5188           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5189         </ul>
5190       </td>
5191       <td>
5192         <ul>
5193           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5194           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5195             descriptions saved.</li>
5196         </ul>
5197       </td>
5198     </tr>
5199     <tr>
5200       <td>
5201         <div align="center">
5202           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5203         </div>
5204       </td>
5205       <td>
5206         <ul>
5207           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5208           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5209           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5210             name for file output</li>
5211           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5212           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5213             used for HTML form input</li>
5214         </ul>
5215       </td>
5216       <td>
5217         <ul>
5218           <li>HTML output writes groups and features</li>
5219           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5220           <li>File IO bugs</li>
5221         </ul>
5222       </td>
5223     </tr>
5224     <tr>
5225       <td>
5226         <div align="center">
5227           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5228         </div>
5229       </td>
5230       <td>
5231         <ul>
5232           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5233           <li>More options for PCA viewer</li>
5234         </ul>
5235       </td>
5236       <td>
5237         <ul>
5238           <li>GUI bugs resolved</li>
5239           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5240         </ul>
5241       </td>
5242     </tr>
5243     <tr>
5244       <td height="63">
5245         <div align="center">
5246           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5247         </div>
5248       </td>
5249       <td>
5250         <ul>
5251           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5252           <li>Jar files are executable</li>
5253           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5254         </ul>
5255       </td>
5256       <td>
5257         <ul>
5258           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5259           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5260           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5261         </ul>
5262       </td>
5263     </tr>
5264     <tr>
5265       <td>
5266         <div align="center">
5267           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5268         </div>
5269       </td>
5270       <td>
5271         <ul>
5272           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5273         </ul>
5274       </td>
5275       <td>
5276         <ul>
5277           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5278         </ul>
5279       </td>
5280     </tr>
5281     <tr>
5282       <td>
5283         <div align="center">
5284           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5285         </div>
5286       </td>
5287       <td>
5288         <ul>
5289           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5290             size</li>
5291         </ul>
5292       </td>
5293       <td>
5294         <ul>
5295           <li>Improved JPred client reliability</li>
5296           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5297         </ul>
5298       </td>
5299     </tr>
5300     <tr>
5301       <td>
5302         <div align="center">
5303           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5304         </div>
5305       </td>
5306       <td>
5307         <ul>
5308           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5309           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5310           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5311             to Colour Menu</li>
5312           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5313           <li>Unix users can set default web browser</li>
5314           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5315           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5316         </ul>
5317       </td>
5318       <td>
5319         <ul>
5320           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5321         </ul>
5322       </td>
5323     </tr>
5324     <tr>
5325       <td>
5326         <div align="center">
5327           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5328         </div>
5329       </td>
5330       <td>&nbsp;</td>
5331       <td>
5332         <ul>
5333           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5334             alignment order.</li>
5335         </ul>
5336       </td>
5337     </tr>
5338     <tr>
5339       <td>
5340         <div align="center">
5341           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5342         </div>
5343       </td>
5344       <td>
5345         <ul>
5346           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5347           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5348           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5349             annotations.</li>
5350           <li>Version and build date written to build properties
5351             file.</li>
5352           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5353             at launch of Jalview.</li>
5354         </ul>
5355       </td>
5356       <td>
5357         <ul>
5358           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5359           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5360           <li>Can remove groups one by one.</li>
5361           <li>Filechooser icons installed.</li>
5362           <li>Finder ignores return character when searching.
5363             Return key will initiate a search.<br>
5364           </li>
5365         </ul>
5366       </td>
5367     </tr>
5368     <tr>
5369       <td>
5370         <div align="center">
5371           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5372         </div>
5373       </td>
5374       <td>
5375         <ul>
5376           <li>New codebase</li>
5377         </ul>
5378       </td>
5379       <td>&nbsp;</td>
5380     </tr>
5381   </table>
5382   <p>&nbsp;</p>
5383 </body>
5384 </html>