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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65           <!-- JAL-3187 -->Option to show 'virtual' codon features on protein (or vice versa)
  66           </li>
  67           <li>
  68           <!-- JAL-3304 -->Option to export virtual features if shown
  69           </li>
  70           <li>
  71           <!-- JAL-3302 -->Option to transfer virtual features to Chimera
  72           </li>
  73           <li>
  74           <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  75           </li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values POS,
  78             ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  79           </li>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation while parsing
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  85            </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  88            </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in tooltips and menus
  91            </li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted with no feature types visible
  94           </li>
  95         </ul><em>Jalview Installer</em>
  96             <ul>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
  99             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 106           </li>
 107               <li>
 108                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 109               <li>
 110                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 111         </ul> <em>Release processes</em>
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 115           </li>
 116         </ul> <em>Build System</em>
 117         <ul>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 123             report
 124           </li>
 125         </ul>
 126       </td>
 127       <td align="left" valign="top">
 128         <ul>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 137             with annotation and exceptions thrown when only a few
 138             columns shown in wrapped mode
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 142             wrapped alignment figure with annotations
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 146             ID fails with ClassCastException
 147           </li>
 148           <li>
 149             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 150             Project
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 154             feature settings dialog also selects columns
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 158             IllegalArgumentException in some circumstances
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be opened for a view
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if alignment window is closed
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 168             help documentation for 2.11.0 release
 169           </li>
 170         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 171         <ul>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in PDB/Uniprot search panel
 174           </li>
 175         </ul> <em>Installer</em>
 176         <ul>
 177           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 178           </li>
 179         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 180         <ul>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from repository
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of memory
 186           </li>
 187         </ul>
 188         <em>New Known Issues</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 192             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 193             command line
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 197             clipped in headless figure export when Right Align option
 198             enabled
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output
 202           </li>
 203         </ul>
 204       </td>
 205     </tr>
 206     <tr>
 207       <td width="60" align="center" nowrap>
 208           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 209             <em>04/07/2019</em></strong>
 210       </td>
 211       <td align="left" valign="top">
 212         <ul>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 215             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 216             source project) rather than InstallAnywhere
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 220             settings, receive over the air updates and launch specific
 221             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 222               Rings' GetDown</a>)
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 226             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 230             arguments and switch between different getdown channels
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 234             or alignment files
 235           </li>
 236
 237           <li>
 238             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 239             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 242             'Translate as cDNA'</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 245           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 246             <ul>
 247                       <li>
 248             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 249             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 250           <li>
 251                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 252                 features can be filtered and shaded according to any
 253                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 254                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 255                 file)
 256               </li>
 257               <li>
 258                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 259                 stored and restored from Jalview Projects
 260               </li>
 261               <li>
 262                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 263                 recognise variant features
 264               </li>
 265               <li>
 266                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 267                 sequences (also coloured red by default)
 268               </li>
 269               <li>
 270                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 271                 details
 272               </li>
 273               <li>
 274                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 275                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 276               </li>
 277               <li>
 278                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 279                 dialog
 280               </li>
 281             </ul>
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 285             tree and PCA calculations
 286           </li>
 287           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 288             <ul>
 289               <li>
 290                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 291                 and Viewer state saved in Jalview Project
 292               </li>
 293               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 294                 drop-down menus</li>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 297                 incrementally
 298               </li>
 299               <li>
 300                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 301               </li>
 302             </ul>
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 306           </li>
 307           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 308           <ul>
 309               <li>
 310                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 311                 multiple groups when working with large alignments
 312               </li>
 313               <li>
 314                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 315                 Stockholm files
 316               </li>
 317             </ul>
 318           <li><strong>User Interface</strong>
 319           <ul>
 320               <li>
 321                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 322                 view
 323               </li>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 326                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 327                 default (can be changed in user preferences)
 328               </li>
 329               <li>
 330                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 331                 to the Overwrite Dialog
 332               </li>
 333               <li>
 334                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 335                 sequences are hidden
 336               </li>
 337               <li>
 338                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 339                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 340               </li>
 341               <li>
 342                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 343                 labels
 344               </li>
 345               <li>
 346                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 347                 when in wrapped mode
 348               </li>
 349               <li>
 350                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 351                 annotation
 352               </li>
 353               <li>
 354                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 355               </li>
 356               <li>
 357                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 358                 panel
 359               </li>
 360               <li>
 361                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 362                 popup menu
 363               </li>
 364               <li>
 365               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 366               <li>
 367               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 368
 369
 370             </ul></li>
 371             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 372           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 373             <ul>
 374               <li>
 375                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 376                 trapping CMD-Q
 377               </li>
 378             </ul></li>
 379         </ul>
 380         <em>Deprecations</em>
 381         <ul>
 382           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 383             capabilities removed from the Jalview Desktop
 384           </li>
 385           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 386             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 387             and XML based data retrieval clients</li>
 388           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 389           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 390         </ul> <em>Documentation</em>
 391         <ul>
 392           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 393             not supported in EPS figure export
 394           </li>
 395           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 396         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 397         <ul>
 398           <li>
 399           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 400           </li>
 401       <li>
 402       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 403           <li>
 404           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 405             gradle-eclipse
 406           </li>
 407           <li>
 408           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 409             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 410             execution
 411           </li>
 412           <li>
 413           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 414             operations
 415           </li>
 416           <li>
 417           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 418             issues resolved
 419           </li>
 420           <li>
 421           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 422             markdown (with HTML rendering)
 423           </li>
 424           <li>
 425           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 426           </li>
 427           <li>
 428           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 429             versions of Jalview
 430           </li>
 431         </ul>
 432       </td>
 433       <td align="left" valign="top">
 434         <ul>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 440             superposition in Jmol fail on Windows
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 444             structures for sequences with lots of PDB structures
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 448             monospaced font
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 452             project involving multiple views
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 456             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 457             Annotation dialog hides columns
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 461             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 462             one view, then making another selection in the other view
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 466             columns
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 470             Settings and Jalview Preferences panels
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 474             overview with large alignments
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 478             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 479             mouse moved to the left of the first column
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 483             hidden column marker via scale popup menu
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 487             doesn't tell users the invalid URL
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 491             score from view
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 495             show cross references or Fetch Database References are shown in
 496             red in original view
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 500             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 504             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 508             when columns are hidden
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 512             Columns by Annotation description
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 516             out of Scale or Annotation Panel
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 520             scale panel
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 524             alignment down
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 528             scale panel
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 532             Page Up in wrapped mode
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 542             on opening an alignment
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 546             Colour menu
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 550             different groups in the alignment are selected
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 554             correctly in menu
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 558             threshold limit
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 562             threshold gets 'unrounded'
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 566             colour
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 576             Tree font
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 580             project file
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 584             shown in complementary view
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 588             without normalisation
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 592             of report
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 596           </li>
 597           <li>
 598           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 599           </li>
 600         </ul> <em>Editing</em>
 601         <ul>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 604             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 605             sequence
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 609             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 610             removed (Known defect since 2.10)
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 614             dialog corrupts dataset sequence
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 618             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 619           </li>
 620         </ul> <em>Datamodel</em>
 621         <ul>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 624             sequence's End is greater than its length
 625           </li>
 626         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 627           general release)</em>
 628         <ul>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 631           </li>
 632         </ul> <em>New Known Defects</em>
 633         <ul>
 634         <li>
 635         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 636         </li>
 637         <li>
 638           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 639           regions of protein alignment.
 640         </li>
 641         <li>
 642           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 643           is restored from a Jalview 2.11 project
 644         </li>
 645         <li>
 646           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 647           'New View'
 648         </li>
 649         <li>
 650           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 651           columns within hidden columns
 652         </li>
 653         <li>
 654           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 655           window after dragging left to select columns to left of visible
 656           region
 657         </li>
 658         <li>
 659           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 660           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 661           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 662           create a Score filter instead.
 663         </li>
 664         <li>
 665         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 666         <li>
 667         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 668         </li>
 669         <li>
 670           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 671           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 672         </li>
 673         </ul>
 674         <em>Java 11 Specific defects</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 678               alphabetically when saved
 679             </li>
 680         </ul>
 681       </td>
 682     </tr>
 683     <tr>
 684     <td width="60" nowrap>
 685       <div align="center">
 686         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 687       </div>
 688     </td>
 689     <td><div align="left">
 690         <em></em>
 691         <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 694               InstallAnywhere increased to 1G.
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 698               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 699               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 700                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 701                 properties file.</em>
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 705               API and sequence data now imported as JSON.
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 709               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 710               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 711               property.
 712             </li>
 713           </ul>
 714           <em>Development</em>
 715           <ul>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 718               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 719                 Clover</a>
 720             </li>
 721           </ul>
 722         </div></td>
 723     <td><div align="left">
 724         <em></em>
 725         <ul>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 728               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 729               alignment.
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 733               annotation displayed.
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 737               for newly created group when 'Apply to all groups'
 738               selected
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 742               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 743               visible.
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 747               when sequences are selected in exported view.</em>
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 751               aren't rendered with correct colour.
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 755               types of knotted RNA secondary structure.
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 759               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 760               do not start at 1.
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 764               annotation when columns are inserted into an alignment,
 765               and when exporting as Stockholm flatfile.
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 769               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 770               treated as RNA secondary structure.
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 774               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 778               transfers focus to previous window on OSX
 779             </li>
 780           </ul>
 781           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 782           <ul>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 785               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 786               box.
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 790               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 791               'look and feel' which has improved compatibility with the
 792               latest version of OSX.
 793             </li>
 794           </ul>
 795         </div>
 796     </td>
 797     </tr>
 798     <tr>
 799       <td width="60" nowrap>
 800         <div align="center">
 801           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 802             <em>7/06/2018</em></strong>
 803         </div>
 804       </td>
 805       <td><div align="left">
 806           <em></em>
 807           <ul>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 810               annotation retrieved from Uniprot
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 814               onto the Jalview Desktop
 815             </li>
 816           </ul>
 817         </div></td>
 818       <td><div align="left">
 819           <em></em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 823               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 827               right-hand column parsed correctly
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 831               not alignment area in exported graphic
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 835               window has input focus
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 839               annotation added to view (Windows)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 843               network connectivity is poor
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 847               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 848                 the currently open URL and links from a page viewed in
 849                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 850                 you are using Edge, only links in the page can be
 851                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 852                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 853             </li>
 854           </ul>
 855           <em>New Known Defects</em>
 856           <ul>
 857             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 858           </ul>
 859         </div></td>
 860     </tr>
 861     <tr>
 862       <td width="60" nowrap>
 863         <div align="center">
 864           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 865         </div>
 866       </td>
 867       <td><div align="left">
 868           <em></em>
 869           <ul>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 872               for disabling automatic superposition of multiple
 873               structures and open structures in existing views
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 877               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 878               adjust them.
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 882               Ensembl services
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 886               and lots of hidden columns
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 890               of features (particularly when transparency is disabled)
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 894               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 895               generally available
 896             </li>
 897           </ul>
 898           </div>
 899       </td>
 900       <td><div align="left">
 901           <ul>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 904               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 908               overlapping alignment panel
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 912               sequence as gaps
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 916               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 917               UTR
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 921               factor annotation not added to sequence when local PDB
 922               file associated with it by drag'n'drop or structure
 923               chooser
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 927               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 931               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 935               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 939               columns in annotation row
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 943               honored in batch mode
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 947               for structures added to existing Jmol view
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 951               entries after importing project with multiple views
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 955               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 956               with negative residue numbers or missing residues fails
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 960               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 961               as generated by CONSURF)
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 965               tooltip doesn't include a text description of mutation
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 969               structure and/or overview windows are also shown
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 973               very slow for alignments with large numbers of sequences
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 977               with 'StringIndexOutOfBounds'
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 981               platforms running Java 10
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 985               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 986             </li>
 987           </ul>
 988           <em>Applet</em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 992               should copy the group consensus when popup is opened on it
 993             </li>
 994           </ul>
 995           <em>Batch Mode</em>
 996           <ul>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 999           </li>
1000           </ul>
1001           <em>New Known Defects</em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1005               editing a large alignment and overview is displayed
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1009               repeatedly after a series of edits even when the overview
1010               is no longer reflecting updates
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1014               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1015               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1016               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1020               option gives blank output
1021             </li>
1022           </ul>
1023         </div>
1024           </td>
1025     </tr>
1026     <tr>
1027       <td width="60" nowrap>
1028         <div align="center">
1029           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1030         </div>
1031       </td>
1032       <td><div align="left">
1033           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1034               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1035       <td><div align="left">
1036           <em>Desktop</em><ul>
1037           <ul>
1038             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1039             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1040             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1041             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1042             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1043             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1044             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1045           </ul>
1046           </div>
1047       </td>
1048     </tr>
1049     <tr>
1050       <td width="60" nowrap>
1051         <div align="center">
1052           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1053         </div>
1054       </td>
1055       <td><div align="left">
1056           <em></em>
1057           <ul>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1060               rendering of sequence features
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1064               429 rate limit request hander
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1068               their colours have changed
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1072               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1076               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1080               view from Ensembl locus cross-references
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1084               Alignment report
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1088               feature can be disabled
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1092               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1096               Uniprot
1097             </li>
1098           </ul>
1099           <em>Scripting</em>
1100           <ul>
1101             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1102             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1103               percent identity scores for current alignment.</li>
1104           </ul>
1105           <em>Testing and Deployment</em>
1106           <ul>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1109             </li>
1110           </ul>
1111         </div></td>
1112       <td><div align="left">
1113           <em>General</em>
1114           <ul>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1117               threshold text field doesn't trigger an update to the
1118               alignment view
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1122               strings in parallel
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1126               alignment window is closed
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1130               group visibility
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1134               takes a long time in Cursor mode
1135             </li>
1136           </ul>
1137           <em>Desktop</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1141               cannot be viewed in Chimera
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1145               CDS/Protein view
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1149               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1150               Search Dialogs
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1160               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1164               scrolling right in unwapped alignment view
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1168               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1169               database
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1173               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1177               features of same type and group to be selected for
1178               amending
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1182               alignments when hidden columns are present
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1186               displaying several structures
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1190               moving a window
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1194               within the Jalview desktop on OSX
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1198               when in wrapped alignment mode
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1202               hand end of alignment
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1206               each selected sequence do not have correct start/end
1207               positions
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1211               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1215               restoring project until a new view is created
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1219               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1220               configured (since 2.10.2b2)
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1224               position is adjusted
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1228               in a multi-chain structure when viewing alignment
1229               involving more than one chain (since 2.10)
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1233               if new selection moves alignment window
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1237               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1241               that produces correctly annotated transcripts and products
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1245               doesn't update associated structure view
1246             </li>
1247           </ul>
1248           <em>Applet</em><br />
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1252               closing alignment panel
1253             </li>
1254           </ul>
1255           <em>BioJSON</em><br />
1256           <ul>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1259               non-positional features
1260             </li>
1261           </ul>
1262           <em>New Known Issues</em>
1263           <ul>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1266               sequence features correctly (for many previous versions of
1267               Jalview)
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1271               using cursor in wrapped panel other than top
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1275               graduated colour threshold
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1279               always preserve numbering and sequence features
1280             </li>
1281           </ul>
1282           <em>Known Java 9 Issues</em>
1283           <ul>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1286               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1287               9.01, OSX 10.10)
1288             </li>
1289           </ul>
1290         </div></td>
1291     </tr>
1292     <tr>
1293       <td width="60" nowrap>
1294         <div align="center">
1295           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1296             <em>2/10/2017</em></strong>
1297         </div>
1298       </td>
1299       <td><div align="left">
1300           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1301           <ul>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1304             </li>
1305             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1306             </li>
1307           </ul>
1308         </div></td>
1309       <td><div align="left">
1310         </div></td>
1311     </tr>
1312     <tr>
1313       <td width="60" nowrap>
1314         <div align="center">
1315           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1316             <em>7/9/2017</em></strong>
1317         </div>
1318       </td>
1319       <td><div align="left">
1320           <em></em>
1321           <ul>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1324               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1325               white)
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1329               Preferences
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1333               in size and progress bar shown as higher resolution
1334               overview is recalculated
1335             </li>
1336
1337           </ul>
1338         </div></td>
1339       <td><div align="left">
1340           <em></em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1344               column region row by row
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1348               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1352               format setting is unticked
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1356               if group has show boxes format setting unticked
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1360               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1361               include sequences and columns not currently displayed
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1365               assemblies are imported via CIF file
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1369               displayed when threshold or conservation colouring is also
1370               enabled.
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1374               server version
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1378               dragging a selected region off the visible region of the
1379               alignment
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1383               colourscheme to all groups in a view
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1387               initially after font size change using the Font chooser or
1388               middle-mouse zoom
1389             </li>
1390           </ul>
1391         </div></td>
1392     </tr>
1393     <tr>
1394       <td width="60" nowrap>
1395         <div align="center">
1396           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1397         </div>
1398       </td>
1399       <td><div align="left">
1400           <em>Calculations</em>
1401           <ul>
1402
1403             <li>
1404               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1405               ungapped positions in each column of the alignment.
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1409               a calculation dialog box
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1413               and memory efficiency (~30x faster)
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1417               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1418               and other calculations
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1422               files within the Jalview codebase
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1426               Similarity may have different topology due to increased
1427               precision
1428             </li>
1429           </ul>
1430           <em>Rendering</em>
1431           <ul>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1434               model for alignments and groups
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1438               scripts
1439             </li>
1440           </ul>
1441           <em>Overview</em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1445               with alignment and overview windows
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1449               overview
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1453               omitted in Overview
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1457               adjustment of visible position
1458             </li>
1459           </ul>
1460
1461           <em>Data import/export</em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1465               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1469               annotation input/output via stockholm flatfile
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1473               extension when importing structure files without embedded
1474               names or PDB accessions
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1478               format sequence substitution matrices
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>User Interface</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1485               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1486               the application.
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1490               via Overview or sequence motif search operations
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1494               opened by double clicking gaps within sequence feature
1495               extent
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1499               aligned positions were available to create a 3D structure
1500               superposition.
1501             </li>
1502           </ul>
1503           <em>3D Structure</em>
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1507               coloured in linked structure views
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1511               file-based command exchange
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1515               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1516               structures are already available for sequences
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1520               the Jalview project rather than downloaded again when the
1521               project is reopened.
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1525               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1526               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1527                 Feature</strong>)
1528             </li>
1529           </ul>
1530           <em>Web Services</em>
1531           <ul>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1537               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1538               Analysis services
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1542               cross-references provided by identifiers.org and the
1543               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1544             </li>
1545           </ul>
1546
1547           <em>Scripting</em>
1548           <ul>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1551               identifying file formats (instead of String constants)
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1555               efficiency when counting all displayed features (not
1556               backwards compatible with 2.10.1)
1557             </li>
1558           </ul>
1559           <em>Example files</em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1563               included in the example feature file
1564             </li>
1565           </ul>
1566           <em>Documentation</em>
1567           <ul>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1570               with the built-in Java help viewer
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1574               sequence description' option
1575             </li>
1576           </ul>
1577           <em>Test Suite</em>
1578           <ul>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1581               Uniprot REST Free Text Search Client
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1588               during tests
1589             </li>
1590           </ul>
1591         </div></td>
1592       <td><div align="left">
1593           <em>Calculations</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1597               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1598               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1599             </li>
1600             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1601               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1602               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1603               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1604               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1605               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1606               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1607               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1608               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1609               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1610               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1611               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1612               // for 2.10.1 mode <br />
1613               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1614               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1615                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1616                 calculations (not recommended)</em></li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1619               scaling of branch lengths for trees computed using
1620               Sequence Feature Similarity.
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1624               generating output report when working with highly
1625               redundant alignments
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1629               right of selected region when gaps present on right-hand
1630               boundary
1631             </li>
1632           </ul>
1633           <em>User Interface</em>
1634           <ul>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1637               doesn't reselect a specific sequence's associated
1638               annotation after it was used for colouring a view
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1642               opened on a region of alignment without groups
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1646               of an alignment with overlapping groups
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1650               name and description match
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1654               hidden regions results in incorrect hidden regions
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1658               changing colour does not apply Conservation slider value
1659               to all groups
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1663               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1667               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1671               gaps before start of features
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1675               restored to UI when feature colour is edited
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1679               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1683               as graduate feature colour settings are modified via the
1684               dialog box
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1688               when a group defined on the alignment is resized
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1692               wrapped view result in positional status updates
1693             </li>
1694
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1697               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1701               alignment included gapped columns
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1705               widgets don't permanently disappear
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1709               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1710               T-Coffee column reliability scores)
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1714               sequence feature on gaps only
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1718               button from a Find inherit previously defined feature type
1719               rather than the Find query string
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1723               exporting tree calculated in Jalview
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1727               and then revealing them reorders sequences on the
1728               alignment
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1732               doesn't update to reflect available set of groups after
1733               interactively adding or modifying features
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1737               Linux
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1741               only excluded gaps in current sequence and ignored
1742               selection.
1743             </li>
1744           </ul>
1745           <em>Rendering</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1749               erratically when hidden rows or columns are present
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1753               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1754               sequence colouring
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1758               colour and group colour menu for protein alignments
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1762               reflect currently selected view or group's shading
1763               thresholds
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1767               when rendered on overview and structures when opacity at
1768               100%
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1772               overview when features overlaid on alignment
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1776               recovered correctly from Jalview project file
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1780               (automatically via preferences) are different to the main
1781               alignment panel
1782             </li>
1783           </ul>
1784           <em>Data import/export</em>
1785           <ul>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1788               load
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1792               added after a sequence was imported are not written to
1793               Stockholm File
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1797               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1801               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1805               with lightGray or darkGray via features file (but can
1806               specify lightgray)
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1810               when alignment view imported from project
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1814               structure and sequences extracted from structure files
1815               imported via URL and viewed in Jmol
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1819               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1820               the project is loaded and the structure viewed
1821             </li>
1822           </ul>
1823           <em>Web Services</em>
1824           <ul>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1827               release of Ensembl v.88
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1831               appear enabled in Preferences->Connections
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1835               removed from console output
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1839               Ensembl by Peptide ID
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1843               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1844               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1845               due to 'null' string rather than empty string used for
1846               residues with no corresponding PDB mapping).
1847             </li>
1848           </ul>
1849           <em>Application UI</em>
1850           <ul>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1853               menu
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1857               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1858               new documentation and tooltips added)
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1862               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1866               new features are added to alignment
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1870               changes to feature colours via the Amend features dialog
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1874               edit graduated feature colour via amend features dialog
1875               box
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1879               selection menu changes colours of alignment views
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1883               from alignment calculation workers after alignment has
1884               been closed
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1888               groups now 'Create Group'
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1892               Create/Undefine group doesn't always work
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1896               shown again after pressing 'Cancel'
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1900               adjusts start position in wrap mode
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1904               ambiguous amino acids
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1908               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1909               proteins
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1913               Defined' don't appear in Colours menu
1914             </li>
1915           </ul>
1916           <em>Applet</em>
1917           <ul>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1920               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1924               overview or linked structure view
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1928               work (since 2.8)
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1932               user-defined colourscheme doesn't restore original
1933               colourscheme
1934             </li>
1935           </ul>
1936           <em>Test Suite</em>
1937           <ul>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1940               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1944               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1945               problems with deep array comparison equality asserts in
1946               successive versions of TestNG
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1950               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1951             </li>
1952           </ul>
1953           <em>New Known Issues</em>
1954           <ul>
1955             <li>
1956               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1957               phase after a sequence motif find operation
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1961               containing just upper and lower case letters are
1962               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1966               reliably from eggnog Ortholog database
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1970               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1971               to mark columns containing highlighted regions.
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1975               doesn't always add secondary structure annotation.
1976             </li>
1977           </ul>
1978         </div>
1979     <tr>
1980       <td width="60" nowrap>
1981         <div align="center">
1982           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1983         </div>
1984       </td>
1985       <td><div align="left">
1986           <em>General</em>
1987           <ul>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1990               for all consensus calculations
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1994               3rd Oct 2016)
1995             </li>
1996             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1997               for 2016-2017</li>
1998           </ul>
1999           <em>Application</em>
2000           <ul>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2003               set of database cross-references, sorted alphabetically
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2007               from database cross references. Users with custom links
2008               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2009                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2013               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2014               Chimera session
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2018               the Chimera it is connected to is shut down
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2022               columns menu item to mark columns containing highlighted
2023               regions (e.g. from structure selections or results of a
2024               Find operation)
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2028               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2029               MSAviewer
2030             </li>
2031           </ul>
2032         </div></td>
2033       <td>
2034         <div align="left">
2035           <em>General</em>
2036           <ul>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2039               are not coloured or thresholded according to percent
2040               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2044               hydrophobic
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2048               threshold, amino acid properties)
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2052               reported as mapped to residues in a structure file in the
2053               View Mapping report
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2057               could be added multiple times to a sequence
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2061               bond features shown as two highlighted residues rather
2062               than a range in linked structure views, and treated
2063               correctly when selecting and computing trees from features
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2067               cross-references are matched to database name regardless
2068               of case
2069             </li>
2070
2071           </ul>
2072           <em>Application</em>
2073           <ul>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2076               names without regular expressions also offer links from
2077               Sequence ID
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2081               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2082               update Jalview configuration
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2086               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2090               files with similarly named sequences if dropped onto the
2091               alignment
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2095               entries where more chains exist in the PDB accession than
2096               are reported in the SIFTS file
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2100               the structure view when displayed with Chimera
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2104               panel's View->Show Chains submenu
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2108               work for wrapped alignment views
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2112               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2116               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2117               first annotation row
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2121               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2125               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2126             </li>
2127             <!-- JAL-2319 -->
2128             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2129             coordindate data
2130             </li>
2131           </ul>
2132           <!--           <em>New Known Issues</em>
2133           <ul>
2134             <li></li>
2135           </ul> -->
2136         </div>
2137       </td>
2138     </tr>
2139     <td width="60" nowrap>
2140       <div align="center">
2141         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2142           <em>25/10/2016</em></strong>
2143       </div>
2144     </td>
2145     <td><em>Application</em>
2146       <ul>
2147         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2148           view if structures already loaded</li>
2149         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2150           structure views</li>
2151       </ul></td>
2152     <td>
2153       <div align="left">
2154         <em>General</em>
2155         <ul>
2156           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2157             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2158           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2159             example sequences/projects/trees</li>
2160         </ul>
2161         <em>Application</em>
2162         <ul>
2163           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2164             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2165           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2166             without timeout for structures with multiple models or
2167             multiple sequences in alignment</li>
2168           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2169             PDB ID HEADER line</li>
2170           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2171             is performed</li>
2172           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2173             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2174           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2175           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2176             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2177             option</li>
2178           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2179             is created on the alignment</li>
2180           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2181             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2182             pop-up menu</li>
2183         </ul>
2184         <em>Build and deployment</em>
2185         <ul>
2186           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2187             tags</li>
2188         </ul>
2189         <em>New Known Issues</em>
2190         <ul>
2191           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2192             on Windows</li>
2193         </ul>
2194       </div>
2195     </td>
2196     </tr>
2197     <tr>
2198       <td width="60" nowrap>
2199         <div align="center">
2200           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2201         </div>
2202       </td>
2203       <td><em>General</em>
2204         <ul>
2205           <li>
2206             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2210             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2211             better PDB parsing.
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2215             reference sequence
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2219             mousing over sequence associated annotation
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2223             for manual entry
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2227             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2228             for each column
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2232             showing or hiding columns containing a feature
2233           </li>
2234           <li>
2235             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2236             group and sequence associated annotation labels
2237           </li>
2238           <li>
2239             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2240             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2241             dialogs
2242           </li>
2243
2244         </ul> <em>Application</em>
2245         <ul>
2246           <li>
2247             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2248             gene/transcript view
2249           </li>
2250           <li>
2251             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2252             dialog
2253           </li>
2254           <li>
2255             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2256             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2257           </li>
2258           <li>
2259             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2260             Pfam sources to xfam.org
2261           </li>
2262           <li>
2263             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2267             over sequences in Jalview
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2271             regions in ENA and EMBL
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2275             for record retrieval via ENA rest API
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2279             complement operator
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2283             groovy script execution
2284           </li>
2285           <li>
2286             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2287             alignment window's Calculate menu
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2291             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2295             calculation workers from groovy scripts
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2299             Jalview projects
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2303             associations are now saved/restored from project
2304           </li>
2305           <li>
2306             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2307             before sequence fetcher is opened
2308           </li>
2309           <li>
2310             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2311             database chooser opens a sequence fetcher
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2315             the UniProt REST API
2316           </li>
2317           <li>
2318             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2319             the news reader opening
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2323             querying stored in preferences
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2327             search results
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2334             menu for nucleotide sequences
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2338             and feature counts preserves alignment ordering (and
2339             debugged for complex feature sets).
2340           </li>
2341           <li>
2342             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2343             viewing structures with Jalview 2.10
2344           </li>
2345           <li>
2346             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2347             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2348             Ensembl Genomes REST API
2349           </li>
2350           <li>
2351             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2352             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2353             (Ensembl)
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2357             sequences
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2361             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2362             data from external database records.
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2366             efficient recovery of sequence coding and alignment
2367             annotation relationships.
2368           </li>
2369         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2370         <ul>
2371           <li>
2372             -- JAL---
2373           </li>
2374         </ul> --></td>
2375       <td>
2376         <div align="left">
2377           <em>General</em>
2378           <ul>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2381               menu on OSX
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2385               includes graduated colourschemes
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2389               working with big alignments and lots of hidden columns
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2393               at right of alignment window
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2397               contents
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2401               for DNA alignments
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2405               based tree calculation
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2409               unconserved enabled for group on alignment
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2413               set as reference
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2417               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2418               annotation
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2422               hidden columns present
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2426               user created annotation added to alignment
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2430               '()' base pair annotation
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2434               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2435               Consensus
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2439               feature not working
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2443               beginning of sequence
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2447               entry 3a6s
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2451               from a tree when t-coffee scores are shown
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2455               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2459               some structures
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2463               to Clustal, PIR and PileUp output
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2467               not visible causes alignment window to repaint
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2471               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2472               scores associated with features and annotation rows
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2476               calculation should be case independent
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2480               columns
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2484               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2485               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2489               problems when reference sequence defined and 'show
2490               non-conserved' enabled
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2494               load even when Consensus calculation is disabled
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2498               alignment does nothing
2499             </li>
2500           </ul>
2501           <em>Application</em>
2502           <ul>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2505               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2506               yet fixed for El Capitan)
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2510               output when running on non-gb/us i18n platforms
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2514               hidden sequences as flat-file alignment
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2518               launching Chimera
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2522               (also hotfix for 2.9.0b2)
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2526               reference sequence defined
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2530               alignments and views when revealing hidden columns
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2534               view in a cDNA/Protein splitframe
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2538               sequence from project when only one sequence is
2539               represented
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2543               in Structure Chooser
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2547               structure consensus didn't refresh annotation panel
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2551               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2555               dialogs format columns correctly, don't display array
2556               data, sort columns according to type
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2560               file chooser is cancelled during an image export
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2564               sequence name containing special characters
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2568               case insensitive
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2572               formatting don't wrap
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2576               truncated so L looks like I in consensus annotation
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2580               currently displayed features for the current selection or
2581               view
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2585               after fetching cross-references, and restoring from
2586               project
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2590               followed in the structure viewer
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2594               splitframe not restored from project
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2598               trailing end of protein alignment in transcript/product
2599               splitview when pad-gaps not enabled by default
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2603               is case dependent
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2607               article has been read (reopened issue due to
2608               internationalisation problems)
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2612               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2613               cross-references
2614             </li>
2615
2616             <li>
2617               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2618               alignment as HTML
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2622               multiple structures are shown for one or more sequences.
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2626               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2627               is enabled.
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2631               specific PDB id for sequence
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2635               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2636               columns' is disabled.
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2640               selects lowest rather than highest resolution structures
2641               for each sequence
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2645               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2649               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2653               after clicking on it to create new annotation for a
2654               column.
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2658               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2659             </li>
2660             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2661             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2662           </ul>
2663           <em>Applet</em>
2664           <ul>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2667               hidden columns present before start of sequence
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2671               (JSON jars)
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2675               sequences are hidden in applet
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2679               deployment on examples pages.
2680             </li>
2681           </ul>
2682         </div>
2683       </td>
2684     </tr>
2685     <tr>
2686       <td width="60" nowrap>
2687         <div align="center">
2688           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2689             <em>16/10/2015</em></strong>
2690         </div>
2691       </td>
2692       <td><em>General</em>
2693         <ul>
2694           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2695             jars</li>
2696         </ul></td>
2697       <td>
2698         <div align="left">
2699           <em>Application</em>
2700           <ul>
2701             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2702               shown when tree is partitioned</li>
2703             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2704               multiple cDNA/Protein split views</li>
2705           </ul>
2706         </div>
2707       </td>
2708     </tr>
2709     <tr>
2710       <td width="60" nowrap>
2711         <div align="center">
2712           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2713             <em>8/10/2015</em></strong>
2714         </div>
2715       </td>
2716       <td><em>General</em>
2717         <ul>
2718           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2719             2.9</li>
2720         </ul> <em>Application</em>
2721         <ul>
2722           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2723           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2724           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2725         </ul> <em>Applet</em>
2726         <ul>
2727           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2728         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2729         <ul>
2730           <li>
2731             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2732             suite
2733           </li>
2734         </ul></td>
2735       <td>
2736         <div align="left">
2737           <em>General</em>
2738           <ul>
2739             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2740               incorrect when sequence start > 1</li>
2741             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2742               documentation</li>
2743             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2744             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2745               loading a features file containing HTML tags in feature
2746               description</li>
2747
2748           </ul>
2749           <em>Application</em>
2750           <ul>
2751             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2752               reimport</li>
2753             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2754               with 'trim retrieved sequences'</li>
2755             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2756               deleting selected columns</li>
2757             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2758               JNLP templates for webstart launch</li>
2759             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2760               unreleased structures for download or viewing</li>
2761             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2762               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2763             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2764               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2765             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2766               recovered from jalview project</li>
2767             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2768               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2769               alignment view</li>
2770             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2771               color schemes from BioJSON</li>
2772           </ul>
2773           <em>Applet</em>
2774           <ul>
2775             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2776               frame</li>
2777             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2778           </ul>
2779         </div>
2780       </td>
2781     </tr>
2782     <tr>
2783       <td><div align="center">
2784           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2785         </div></td>
2786       <td><em>General</em>
2787         <ul>
2788           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2789             alignments:
2790             <ul>
2791               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2792                 and DNA alignment views</li>
2793               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2794                 cDNA alignment views</li>
2795               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2796                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2797               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2798                 protein sequences</li>
2799             </ul>
2800           </li>
2801           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2802           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2803             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2804           <li>New alignment annotation file statements for
2805             reference sequences and marking hidden columns</li>
2806           <li>Reference sequence based alignment shading to
2807             highlight variation</li>
2808           <li>Select or hide columns according to alignment
2809             annotation</li>
2810           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2811           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2812             acid conservation row</li>
2813           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2814         </ul> <em>Application</em>
2815         <ul>
2816           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2817             <ul>
2818               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2819                 view with cDNA/Protein</li>
2820               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2821                 sequences are placed in the same alignment</li>
2822               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2823                 projects</li>
2824             </ul>
2825           </li>
2826
2827           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2828           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2829             Jalview windows</li>
2830
2831           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2832           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2833           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2834             be shown in VARNA</li>
2835
2836           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2837             as the active selected region</li>
2838
2839           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2840             similarity</li>
2841           <li>New Export options
2842             <ul>
2843               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2844                 region export in flat file generation</li>
2845
2846               <li>Export alignment views for display with the <a
2847                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2848
2849               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2850               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2851                 alignment figures to HTML</li>
2852           </li>
2853           <li>3D structure retrieval and display
2854             <ul>
2855               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2856                 Search API</li>
2857               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2858                 PDB structures for a sequence set</li>
2859             </ul>
2860           </li>
2861
2862           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2863             predictions</li>
2864           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2865             for one or a group of sequences</li>
2866           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2867             from the JPred4 web server</li>
2868           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2869             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2870             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2871           </li>
2872           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2873             VARNA 2D Structure'</li>
2874           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2875             Structure ..."</li>
2876
2877         </ul> <em>Applet</em>
2878         <ul>
2879           <li>New layout for applet example pages</li>
2880           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2881             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2882           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2883             Protein alignments</li>
2884         </ul> <em>Development and deployment</em>
2885         <ul>
2886           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2887           <li>Include installation type and git revision in build
2888             properties and console log output</li>
2889           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2890             storing BioJsMSA Templates</li>
2891           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2892         </ul></td>
2893       <td>
2894         <!-- <em>General</em>
2895         <ul>
2896         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2897         <ul>
2898           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2899           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2900           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2901             predictions are not highlighted in amber</li>
2902           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2903             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2904           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2905             associated structure views</li>
2906           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2907             width checkbox not enabled</li>
2908           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2909             creating user defined colours</li>
2910           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2911             mappings for just that viewer's sequences</li>
2912           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2913             multiple models in Chimera</li>
2914           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2915             over Jmol structure</li>
2916           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2917             output to text box</li>
2918           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2919             have incorrect sequence start/end</li>
2920           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2921             Jalview fails</li>
2922           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2923             work for nucleotide</li>
2924           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2925             to a grey/invisible alignment window</li>
2926           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2927             imports to different position</li>
2928           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2929             on some platforms</li>
2930           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2931             populated</li>
2932           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2933             console if Chimera has been opened</li>
2934           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2935           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2936             retrieved</li>
2937           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2938           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2939             either sequence shows on first structure</li>
2940           <li>'Show annotations' options should not make
2941             non-positional annotations visible</li>
2942           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2943             in right place after 'view flanking regions'</li>
2944           <li>File Save As type unset when current file format is
2945             unknown</li>
2946           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2947             projects</li>
2948           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2949             responsive</li>
2950           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2951             several views on same alignment</li>
2952           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2953           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2954             spaces</li>
2955         </ul> <em>Applet</em>
2956         <ul>
2957           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2958           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2959             descriptions containing angle brackets</li>
2960         </ul> <em>General</em>
2961         <ul>
2962           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2963             via jalview annotation file</li>
2964           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2965             with RNA secondary structure</li>
2966           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2967             translation doesn't work.</li>
2968           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2969           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2970             positions</li>
2971           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2972             choosing 1pt font</li>
2973           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2974             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2975             'h'</li>
2976           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2977             new feature</li>
2978           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2979             order dependent</li>
2980           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2981             sequences</li>
2982           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2983         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2984         <ul>
2985           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2986             www.jalview.org</li>
2987         </ul> <em>Application Known issues</em>
2988         <ul>
2989           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2990           <li>Misleading message appears after trying to delete
2991             solid column.</li>
2992           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2993             version launches</li>
2994           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2995             fails with a sequence mismatch</li>
2996           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2997             scrolling alignment to right</li>
2998           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2999             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3000           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3001             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3002           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3003             ultra-high resolution</li>
3004           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3005             quality and conservation</li>
3006           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3007             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3008         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3009         <ul>
3010           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3011           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3012             window is being resized</li>
3013
3014         </ul>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018       <td><div align="center">
3019           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3020         </div></td>
3021       <td><em>General</em>
3022         <ul>
3023           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3024             Certum.PL.</li>
3025           <li>Features and annotation preserved when performing
3026             pairwise alignment</li>
3027           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3028             imported/exported/displayed</li>
3029           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3030             protein secondary structure</li>
3031           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3032               post-hoc with 2.9 release</em>)
3033           </li>
3034
3035         </ul> <em>Application</em>
3036         <ul>
3037           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3038             with 3D structures</li>
3039           <li>Support for parsing RNAML</li>
3040           <li>Annotations menu for layout
3041             <ul>
3042               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3043               <li>place sequence annotation above/below alignment
3044                 annotation</li>
3045             </ul>
3046           <li>Output in Stockholm format</li>
3047           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3048             translation</li>
3049           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3050           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3051             shared between alignments</li>
3052           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3053             Jalview</li>
3054           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3055             all or current selection</li>
3056           <li>disorder and secondary structure predictions
3057             available as dataset annotation</li>
3058           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3059
3060
3061           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3062             alignments from Rfam</li>
3063           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3064
3065           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3066             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3067           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3068           <li>include installation type in build properties and
3069             console log output</li>
3070           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3071             annotation</li>
3072         </ul></td>
3073       <td>
3074         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3075         <ul>
3076           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3077             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3078           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3079             alignment</li>
3080           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3081           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3082           <li>Double click on sequence associated annotation
3083             selects only first column</li>
3084           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3085             leaves shown in tree</li>
3086           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3087             properly</li>
3088           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3089           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3090             screen and buttons not visible</li>
3091           <li>author list isn't updated if already written to
3092             Jalview properties</li>
3093           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3094             from database</li>
3095           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3096           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3097             browser search window</li>
3098           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3099             in feature settings dialog</li>
3100           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3101             desktop</li>
3102           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3103             pass validation</li>
3104           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3105             fit on screen</li>
3106           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3107             tooltip</li>
3108           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3109             defined user preset</li>
3110           <li>MSA web services warns user if they were launched
3111             with invalid input</li>
3112           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3113             Java 8</li>
3114           <li>
3115             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3116             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3117             created
3118           </li>
3119
3120         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3121         <ul>
3122         </ul> <em>General</em>
3123         <ul>
3124         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3125         <ul>
3126           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3127             memory allocation</li>
3128           <li>launchApp service doesn't automatically open
3129             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3130           <li>
3131             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3132             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3133             1.7_055 is available
3134           </li>
3135         </ul> <em>Application Known issues</em>
3136         <ul>
3137           <li>
3138             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3139             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3140             alignment to right
3141           </li>
3142           <li>
3143             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3144             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3145             with large number of ID
3146           </li>
3147           <li>
3148             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3149             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3150             start/end
3151           </li>
3152           <li>
3153             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3154             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3155             structure tracks are rearranged
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3159             invalid rna structure positional highlighting does not
3160             highlight position of invalid base pairs
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3164             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3165             project from alignment window file menu
3166           </li>
3167           <li>
3168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3169             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3170             structures
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3174             colour by RNA Helices not enabled when user created
3175             annotation added to alignment
3176           </li>
3177           <li>
3178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3179             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3180           </li>
3181         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3182         <ul>
3183           <li>
3184             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3185             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3186           </li>
3187           <li>
3188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3189             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3190           </li>
3191
3192           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3193             when selected</li>
3194         </ul>
3195       </td>
3196     </tr>
3197     <tr>
3198       <td><div align="center">
3199           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3200         </div></td>
3201       <td>
3202         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3203         <em>General</em>
3204         <ul>
3205           <li>Internationalisation of user interface (usually
3206             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3207           <li>Define/Undefine group on current selection with
3208             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3209           <li>Improved group creation/removal options in
3210             alignment/sequence Popup menu</li>
3211           <li>Sensible precision for symbol distribution
3212             percentages shown in logo tooltip.</li>
3213           <li>Annotation panel height set according to amount of
3214             annotation when alignment first opened</li>
3215         </ul> <em>Application</em>
3216         <ul>
3217           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3218             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3219           <li>Select columns containing particular features from
3220             Feature Settings dialog</li>
3221           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3222             sequences</li>
3223           <li>Update Jalview project format:
3224             <ul>
3225               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3226               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3227                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3228               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3229                 colouring</li>
3230             </ul>
3231           </li>
3232           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3233             (PAM250)</li>
3234           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3235             flanking regions for an alignment</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3240         <ul>
3241           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3242             running after job is cancelled</li>
3243           <li>cannot export features from alignments imported from
3244             Jalview/VAMSAS projects</li>
3245           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3246             float values</li>
3247           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3248             have 'display all symbols' flag set</li>
3249           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3250             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3251           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3252             Jalview</li>
3253           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3254             Lion/Webstart</li>
3255           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3256           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3257           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3258             alignment onto desktop</li>
3259           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3260             'extract scores' function</li>
3261           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3262             alignment window</li>
3263           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3264             performing IUPred disorder prediction</li>
3265           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3266             changing 'normalise logo' display setting</li>
3267           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3268             nothing matches query</li>
3269           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3270             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3271           </li>
3272           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3273             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3274           </li>
3275           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3276             Jalview's menu</li>
3277           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3278             'invalid literal/length code'</li>
3279           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3280             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3281           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3282             colourscheme</li>
3283
3284         </ul> <em>Applet</em>
3285         <ul>
3286           <li>Remove group option is shown even when selection is
3287             not a group</li>
3288           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3289             don't affect groups</li>
3290           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3291             colourscheme name</li>
3292           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3293             Annotation panel is not displayed</li>
3294           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3295             embedded windows</li>
3296         </ul> <em>Other</em>
3297         <ul>
3298           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3299             single sequence were not calculated</li>
3300           <li>annotation files that contain only groups imported as
3301             annotation and junk sequences</li>
3302           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3303             recognised as PFAM or BLC</li>
3304           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3305             doesn't affect background (2.8.0b1)
3306           <li></li>
3307           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3308           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3309             trailing gaps</li>
3310           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3311             registered correctly on import</li>
3312           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3313             certain alignments</li>
3314           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3315             existing annotation based 'use original colours'
3316             colourscheme loses original colours setting</li>
3317         </ul>
3318       </td>
3319     </tr>
3320     <tr>
3321       <td><div align="center">
3322           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3323             <em>30/1/2014</em></strong>
3324         </div></td>
3325       <td>
3326         <ul>
3327           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3328             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3329             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3330             open source project).
3331           </li>
3332           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3333           <li>Output in Stockholm format</li>
3334           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3335           <li>Export/import group and sequence associated line
3336             graph thresholds</li>
3337           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3338             ambiguity codes</li>
3339           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3340             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3341             works</li>
3342           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3343         </ul> <em>Other improvements</em>
3344         <ul>
3345           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3346           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3347             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3348           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3349             files</li>
3350           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3351           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3352             link but no description</li>
3353           <li>Select primary source when selecting authority in
3354             database fetcher GUI</li>
3355           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3356             Jalview</li>
3357           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360       <td>
3361         <ul>
3362           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3363             displayed</li>
3364           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3365             secondary structure annotation line</li>
3366           <li>Sequence database accessions not imported when
3367             fetching alignments from Rfam</li>
3368           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3369             identical IDs</li>
3370           <li>View all structures does not always superpose
3371             structures</li>
3372           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3373             reflect user or preset settings</li>
3374           <li>Null pointer exceptions for some services without
3375             presets or adjustable parameters</li>
3376           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3377             discover PDB xRefs</li>
3378           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3379             features with DAS</li>
3380           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3381             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3382           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3383             residue follows a gap</li>
3384           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3385             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3386           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3387             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3388           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3389             annotation already exists on alignment</li>
3390           <li>oninit javascript function should be called after
3391             initialisation completes</li>
3392           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3393             alignment window display</li>
3394           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3395           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3396             to annotation file</li>
3397           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3398             groups created</li>
3399           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3400             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3401           <li>Pressing return several times causes Number Format
3402             exceptions in keyboard mode</li>
3403           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3404             correct partitions for input data</li>
3405           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3406           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3407           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3408           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3409             mode</li>
3410           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3411             changes one row&#39;s threshold</li>
3412           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3413             doesn&#39;t open</li>
3414           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3415             quality histograms</li>
3416         </ul>
3417       </td>
3418     </tr>
3419     <tr>
3420       <td><div align="center">
3421           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3422         </div></td>
3423       <td><em>Application</em>
3424         <ul>
3425           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3426             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3427           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3428             preferences</li>
3429           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3430             in Jalview alignment window</li>
3431           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3432             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3433           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3434             RNA and ambiguity codes</li>
3435
3436           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3437           <li>Support fetching and database reference look up
3438             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3439             refs')</li>
3440           <li>Jalview project improvements
3441             <ul>
3442               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3443                 flag for annotation</li>
3444               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3445                 alignment</li>
3446               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3447                 Jalview project</li>
3448
3449             </ul>
3450           </li>
3451           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3452           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3453             running</li>
3454           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3455           <li>visual indication that web service results are still
3456             being retrieved from server</li>
3457           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3458             starts up for first time</li>
3459           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3460             services</li>
3461           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3462             client library</li>
3463           <li>Examples directory and Groovy library included in
3464             InstallAnywhere distribution</li>
3465         </ul> <em>Applet</em>
3466         <ul>
3467           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3468             visualization applet example</li>
3469         </ul> <em>General</em>
3470         <ul>
3471           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3472           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3473             defaults</li>
3474           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3475             calculation</li>
3476           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3477             matrices
3478           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3479             in HTML</li>
3480           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3481             structure contacts</li>
3482           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3483           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3484           <li>Parse sequence associated secondary structure
3485             information in Stockholm files</li>
3486           <li>HTML Export database accessions and annotation
3487             information presented in tooltip for sequences</li>
3488           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3489             style RNA alignment files</li>
3490           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3491             alignment</li>
3492           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3493             shade each sequence according to its associated alignment
3494             annotation</li>
3495           <li>New Jalview Logo</li>
3496         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3497         <ul>
3498           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3499           <li>New Website!</li>
3500         </ul></td>
3501       <td><em>Application</em>
3502         <ul>
3503           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3504             wsdbfetch REST service</li>
3505           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3506           <li>Filetype associations not installed for webstart
3507             launch</li>
3508           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3509             job execution in full once it is complete</li>
3510           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3511             uploaded via ali_file parameter</li>
3512           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3513           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3514           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3515             submitted for prediction</li>
3516           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3517             desktop window</li>
3518           <li>Putting fractional value into integer text box in
3519             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3520           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3521             windows 7</li>
3522           <li>View all structures fails with exception shown in
3523             structure view</li>
3524           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3525             escaped in a platform independent way</li>
3526           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3527             using proxy</li>
3528           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3529             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3530           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3531             failure when java web start temporary file caching is
3532             disabled</li>
3533           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3534             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3535           <li>Errors during processing of command line arguments
3536             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3537           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3538             DAS sources in sequence fetcher</li>
3539           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3540             dialog is shown</li>
3541           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3542           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3543           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3544           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3545             on OSX Mountain Lion</li>
3546           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3547             sequences with alignment annotation are pasted into the
3548             alignment</li>
3549           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3550             when loaded from Jalview project</li>
3551           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3552           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3553             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3554           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3555             associated with all views</li>
3556           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3557             annotation rows to new window</li>
3558         </ul> <em>Applet</em>
3559         <ul>
3560           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3561             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3562           <li>loading features via javascript API automatically
3563             enables feature display</li>
3564           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3565             work</li>
3566         </ul> <em>General</em>
3567         <ul>
3568           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3569           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3570             and then deselected</li>
3571           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3572           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3573             coloured with clustalx</li>
3574           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3575             exceptions and redraw errors</li>
3576           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3577             reconfigured view</li>
3578           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3579             colour</li>
3580           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3581             for lots of labels</li>
3582         </ul>
3583     </tr>
3584     <tr>
3585       <td>
3586         <div align="center">
3587           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3588         </div>
3589       </td>
3590       <td><em>Application</em>
3591         <ul>
3592           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3593           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3594           <li>View/alignment association menu to enable user to
3595             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3596             its colours/correspondences from</li>
3597           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3598           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3599             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3600           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3601           <li>Annotation row column label formatting attributes
3602             stored in project file</li>
3603           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3604             rows preserved in Jalview project file</li>
3605           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3606             saved using Desktop window menu</li>
3607           <li>Visual indication that command line arguments are
3608             still being processed</li>
3609           <li>Groovy script execution from URL</li>
3610           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3611             preferences</li>
3612           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3613             alignment with sequences that have high similarity and
3614             matching IDs</li>
3615           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3616           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3617             structures in same window</li>
3618           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3619           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3620             analysis function in its own submenu</li>
3621         </ul> <em>Applet</em>
3622         <ul>
3623           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3624             groups</li>
3625           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3626           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3627           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3628           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3629           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3630             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3631           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3632           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3633             parameters are treated as such</li>
3634           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3635             <ul>
3636               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3637               <li>Javascript callbacks for
3638                 <ul>
3639                   <li>Applet initialisation</li>
3640                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3641                 </ul>
3642               </li>
3643               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3644                 functions</li>
3645               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3646               <li>javascript structure viewer harness to pass
3647                 messages between Jmol and Jalview when running as
3648                 distinct applets</li>
3649               <li>sortBy method</li>
3650               <li>Set of applet and application examples shipped
3651                 with documentation</li>
3652               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3653                 javascript message exchange</li>
3654             </ul>
3655         </ul> <em>General</em>
3656         <ul>
3657           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3658             multiple alignments</li>
3659           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3660           <li>User configurable link to enable redirects to a
3661             www.Jalview.org mirror</li>
3662           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3663           <li>Configurable newline string when writing alignment
3664             and other flat files</li>
3665           <li>Allow alignment annotation description lines to
3666             contain html tags</li>
3667         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3668         <ul>
3669           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3670             examples</li>
3671           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3672             using a web service before displaying the result in the
3673             Jalview desktop</li>
3674           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3675           <li>Ant target to publish example html files with applet
3676             archive</li>
3677           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3678           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3679         </ul></td>
3680       <td><em>Application</em>
3681         <ul>
3682           <li>User defined colourscheme throws exception when
3683             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3684           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3685             dialog for valid filename/format</li>
3686           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3687           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3688             P37173</li>
3689           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3690             which sequence is to be associated with the file</li>
3691           <li>Find All raises null pointer exception when query
3692             only matches sequence IDs</li>
3693           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3694           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3695             2.4 cannot be loaded</li>
3696           <li>Filetype associations not installed for webstart
3697             launch</li>
3698           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3699             with sequences in different alignments do not get coloured
3700             by their associated sequence</li>
3701           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3702             not preserved when project is loaded</li>
3703           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3704             stored in Jalview project</li>
3705           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3706             Jalview project</li>
3707           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3708           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3709             by conservation</li>
3710           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3711             created on new view</li>
3712           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3713             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3714           <li>Alignment quality not updated after alignment
3715             annotation row is hidden then shown</li>
3716           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3717             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3718           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3719             properly</li>
3720           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3721             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3722           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3723           <li>Structures imported from file and saved in project
3724             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3725           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3726             job execution in full once it is complete</li>
3727         </ul> <em>Applet</em>
3728         <ul>
3729           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3730             annotation rows are displayed</li>
3731           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3732             codebase</li>
3733           <li>View follows highlighting does not work for positions
3734             in sequences</li>
3735           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3736           <li>Export features raises exception when no features
3737             exist</li>
3738           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3739             for javascript api is modified when separator string
3740             provided as parameter</li>
3741           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3742             alignment with no existing selection</li>
3743           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3744             to applet&#39;s codebase</li>
3745           <li>Status bar not updated after finished searching and
3746             search wraps around to first result</li>
3747           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3748             several Jalview applets causes race conditions and memory
3749             leaks</li>
3750           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3751             not sent from Jmol in applet</li>
3752           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3753             applet API fatally hang browser</li>
3754         </ul> <em>General</em>
3755         <ul>
3756           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3757             position with wrapped view and hidden regions</li>
3758           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3759             with/without hidden columns</li>
3760           <li>Sequence length given in alignment properties window
3761             is off by 1</li>
3762           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3763             import PDB like structure files</li>
3764           <li>Positional search results are only highlighted
3765             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3766           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3767           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3768             given sequence position</li>
3769           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3770             output</li>
3771           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3772             from nucleotide chains correctly</li>
3773           <li>Structure colours not updated when tree partition
3774             changed in alignment</li>
3775           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3776             parsed in interleaved stockholm</li>
3777           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3778             state</li>
3779           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3780             properly</li>
3781           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3782             properly associated with their pdb files</li>
3783         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3784         <ul>
3785           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3786             ApplyCopyright tool</li>
3787         </ul></td>
3788     </tr>
3789     <tr>
3790       <td>
3791         <div align="center">
3792           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3793         </div>
3794       </td>
3795       <td><em>Application</em>
3796         <ul>
3797           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3798             contact web services</li>
3799           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3800             service job window</li>
3801           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3802         </ul></td>
3803       <td>
3804         <ul>
3805           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3806             pir file emitted by Jalview</li>
3807           <li>Existing feature settings transferred to new
3808             alignment view created from cut'n'paste</li>
3809           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3810             parsing PDB files</li>
3811           <li>Consensus and conservation annotation rows
3812             occasionally become blank for all new windows</li>
3813           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3814             in wrapped view mode</li>
3815         </ul> <em>Application</em>
3816         <ul>
3817           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3818             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3819           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3820             parameter names</li>
3821           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3822             is down</li>
3823         </ul>
3824       </td>
3825     </tr>
3826     <tr>
3827       <td>
3828         <div align="center">
3829           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3830         </div>
3831       </td>
3832       <td><em>Application</em>
3833         <ul>
3834           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3835             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3836             (JABAWS)
3837           </li>
3838           <li>Web Services preference tab</li>
3839           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3840             preferences</li>
3841           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3842           <li>Superpose structures using associated sequence
3843             alignment</li>
3844           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3845             viewer</li>
3846         </ul> <em>Applet</em>
3847         <ul>
3848           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3849             link out mechanism</li>
3850         </ul> <em>Other</em>
3851         <ul>
3852           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3853             series 12</li>
3854           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3855             require Java 1.5</li>
3856           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3857             sequence annotation files</li>
3858           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3859             type colour specification</li>
3860           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3861             script to check if it being run in an interactive session or
3862             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3863         </ul></td>
3864       <td>
3865         <ul>
3866           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3867             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3868         </ul> <em>Application</em>
3869         <ul>
3870           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3871             selected Regions menu item</li>
3872           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3873             part of a valid accession ID</li>
3874           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3875             runs out of memory</li>
3876           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3877             analysis results</li>
3878           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3879             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3880           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3881         </ul> <em>Applet</em>
3882         <ul>
3883           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3884             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3885             defined.</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888     </tr>
3889     <tr>
3890       <td>
3891         <div align="center">
3892           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3893         </div>
3894       </td>
3895       <td></td>
3896       <td>
3897         <ul>
3898           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3899             sequence IDs</li>
3900           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3901             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3902           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3903             import correctly</li>
3904           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3905             number of columns are hidden</li>
3906           <li>annotation label popup menu not providing correct
3907             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3908             present</li>
3909           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3910             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3911           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3912             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3913
3914         </ul> <em>Applet</em>
3915         <ul>
3916           <li>annotation panel disappears when annotation is
3917             hidden/removed</li>
3918         </ul> <em>Application</em>
3919         <ul>
3920           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3921             alignment opened where annotation panel is visible but no
3922             annotations are present on alignment</li>
3923           <li>pasted region containing hidden columns is
3924             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3925           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3926             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3927           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3928             selected Rregions menu item.</li>
3929           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3930             'Un' or 'Non'conserved</li>
3931           <li>Sequence feature settings are being shared by
3932             multiple distinct alignments</li>
3933           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3934             changed</li>
3935           <li>double click on group annotation to select sequences
3936             does not propagate to associated trees</li>
3937           <li>Mac OSX specific issues:
3938             <ul>
3939               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3940                 window background</li>
3941               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3942                 name set correctly</li>
3943               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3944                 save feature colourscheme button</li>
3945             </ul>
3946           </li>
3947         </ul>
3948       </td>
3949     </tr>
3950     <tr>
3951
3952       <td>
3953         <div align="center">
3954           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td><em>New Capabilities</em>
3958         <ul>
3959           <li>URL links generated from description line for
3960             regular-expression based URL links (applet and application)
3961
3962           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3963             menu</li>
3964           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3965             structures</li>
3966           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3967             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3968           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3969             average score or total feature count for each sequence.</li>
3970           <li>Shading features by score or associated description</li>
3971           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3972             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3973           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3974             hide everything but the currently selected region.</li>
3975           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3976         </ul> <em>Application</em>
3977         <ul>
3978           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3979             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3980           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3981             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3982           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3983             database references and protein_name is parsed as
3984             description line (BioSapiens terms).</li>
3985           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3986             references in sequence ID tooltip from View menu in
3987             application.</li>
3988           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3989       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3990           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3991             conservation plots</li>
3992           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3993             and visualized as sequence logos</li>
3994           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3995             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3996           </li>
3997           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3998             when a new tree is opened.</li>
3999           <li>Jalview Java Console</li>
4000           <li>Better placement of desktop window when moving
4001             between different screens.</li>
4002           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4003             consensus annotation</li>
4004           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4005             Workflows</li>
4006           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4007             <ul>
4008               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4009                 used to preserve views, structures, and tree display
4010                 settings)</li>
4011               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4012                 command line</li>
4013               <li>Sharing of selected regions between views and
4014                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4015               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4016             </ul></li>
4017         </ul> <em>Applet</em>
4018         <ul>
4019           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4020           <li>New Parameters
4021             <ul>
4022               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4023                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4024                 opened.</li>
4025               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4026                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4027               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4028                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4029               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4030                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4031                 view</li>
4032               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4033                 increase the height or width of a cell in the alignment
4034                 grid relative to the current font size.</li>
4035             </ul>
4036           </li>
4037           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4038             tooltip</li>
4039         </ul> <em>Other</em>
4040         <ul>
4041           <li>Features format: graduated colour definitions and
4042             specification of feature scores</li>
4043           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4044             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4045             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4046           <li>XML formats extended to support graduated feature
4047             colourschemes, group associated annotation, and profile
4048             visualization settings.</li></td>
4049       <td>
4050         <ul>
4051           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4052             rather than description</li>
4053           <li>Non-positional features are now included in sequence
4054             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4055             visibility in tooltip).</li>
4056           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4057           <li>Added URL embedding instructions to features file
4058             documentation.</li>
4059           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4060             'X' in peptide product</li>
4061           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4062             sequence ID and sequence string and query strings do not
4063             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4064           <li>AMSA files only contain first column of
4065             multi-character column annotation labels</li>
4066           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4067             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4068             exported and re-imported)</li>
4069           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4070             name</li>
4071           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4072             as subsequence matches, and correctly reports total number
4073             of both.</li>
4074           <li>Application:
4075             <ul>
4076               <li>Better handling of exceptions during sequence
4077                 retrieval</li>
4078               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4079                 link text excludes the start_end suffix</li>
4080               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4081                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4082               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4083               <li>Sequence description lines properly shared via
4084                 VAMSAS</li>
4085               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4086                 data sources</li>
4087               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4088                 completes before alignment figures are generated.</li>
4089               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4090                 first time.</li>
4091               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4092                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4093               <li>User defined group colours properly recovered
4094                 from Jalview projects.</li>
4095             </ul>
4096           </li>
4097         </ul>
4098       </td>
4099
4100     </tr>
4101     <tr>
4102       <td>
4103         <div align="center">
4104           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4105         </div>
4106       </td>
4107       <td>
4108         <ul>
4109           <li>Experimental support for google analytics usage
4110             tracking.</li>
4111           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4112         </ul>
4113       </td>
4114       <td>
4115         <ul>
4116           <li>Race condition in applet preventing startup in
4117             jre1.6.0u12+.</li>
4118           <li>Exception when feature created from selection beyond
4119             length of sequence.</li>
4120           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4121           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4122             all sequences with a given id</li>
4123           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4124             ID string searches</li>
4125           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4126             alignment to fail with exception</li>
4127         </ul> <em>Application Issues</em>
4128         <ul>
4129           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4130           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4131             data sources</li>
4132         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4133         <ul>
4134           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4135             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4136           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4137             version (java class versioning error fixed)</li>
4138         </ul>
4139       </td>
4140     </tr>
4141     <tr>
4142       <td>
4143
4144         <div align="center">
4145           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4146         </div>
4147       </td>
4148       <td><em>User Interface</em>
4149         <ul>
4150           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4151             translation and protein products</li>
4152           <li>Linked highlighting of structure associated with
4153             residue mapping to codon position</li>
4154           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4155             and 'clear' button</li>
4156           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4157             Tools menu</li>
4158           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4159             numeric data in description line</li>
4160           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4161           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4162             of sequence</li>
4163         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4164         <ul>
4165           <li>JPred3 web service</li>
4166           <li>Prototype sequence search client (no public services
4167             available yet)</li>
4168           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4169             PFAM</li>
4170           <li>URL Links created for matching database cross
4171             references as well as sequence ID</li>
4172           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4173         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4174         <ul>
4175           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4176             databases</li>
4177           <li>Generalised database reference retrieval and
4178             validation to all fetchable databases</li>
4179           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4180             sequence command</li>
4181         </ul> <em>Import and Export</em>
4182         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4183         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4184           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4185         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4186           File</li>
4187         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4188           triplet as name of colourscheme</li>
4189         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4190         <ul>
4191           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4192           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4193             alignments (experimental)</li>
4194           <li>Create new or select existing session to join</li>
4195           <li>load and save of vamsas documents</li>
4196         </ul> <em>Application command line</em>
4197         <ul>
4198           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4199             from applet)</li>
4200           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4201             of DAS servers to query for alignment features</li>
4202           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4203             that are also automatically queried for features</li>
4204           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4205             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4206         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4207         <ul>
4208           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4209             application (when using &quot;View in full
4210             application&quot;)</li>
4211         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4212         <ul>
4213           <li>feature group display control parameter</li>
4214           <li>debug parameter</li>
4215           <li>showbutton parameter</li>
4216         </ul> <em>Applet API methods</em>
4217         <ul>
4218           <li>newView public method</li>
4219           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4220           <li>Feature display control methods</li>
4221           <li>get list of currently selected sequences</li>
4222         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4223         <ul>
4224           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4225           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4226             Jalview release.</li>
4227           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4228             property controls execution of obfuscator</li>
4229           <li>Build target for generating source distribution</li>
4230           <li>Debug flag for javacc</li>
4231           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4232             jalview.bin.Cache</li>
4233           <li>Continuous Build Integration for stable and
4234             development version of Application, Applet and source
4235             distribution</li>
4236         </ul></td>
4237       <td>
4238         <ul>
4239           <li>selected region output includes visible annotations
4240             (for certain formats)</li>
4241           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4242             for editing</li>
4243           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4244           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4245           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4246           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4247             comments</li>
4248           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4249             filenames containing a ':'</li>
4250           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4251             global sequence features</li>
4252           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4253             references from alignment sequences goes to zero</li>
4254           <li>Close of tree branch colour box without colour
4255             selection causes cascading exceptions</li>
4256           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4257           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4258             file parsing fails.</li>
4259           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4260           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4261             not a valid output format</li>
4262           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4263             vamsas</li>
4264           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4265           <li>error messages passed up and output when data read
4266             fails</li>
4267           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4268             sequence is edited</li>
4269           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4270             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4271           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4272             filetype</li>
4273           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4274             import fixed for PFAM records</li>
4275           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4276             window list</li>
4277           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4278             can be read and written correctly to annotation file</li>
4279           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4280             correctly</li>
4281           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4282             non-italic font for representatives in Applet</li>
4283           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4284             Macs.</li>
4285           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4286             Applet)</li>
4287           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4288             due to null pointer exceptions</li>
4289           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4290             first column of alignment</li>
4291           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4292             July 2008</li>
4293           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4294             file is case-insensitive</li>
4295           <li>Sequence features read from Features file appended to
4296             all sequences with matching IDs</li>
4297           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4298             containing a sub-sequence</li>
4299           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4300           <li>feature and annotation file applet parameters
4301             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4302           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4303           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4304             splash-screen version check to complete</li>
4305           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4306             when passing them to the launchApp service</li>
4307           <li>display name and local features preserved in results
4308             retrieved from web service</li>
4309           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4310             sequence fetcher initialisation</li>
4311           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4312             dasobert DAS client</li>
4313           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4314             association</li>
4315           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4316             sequences
4317           </li>
4318         </ul>
4319       </td>
4320     </tr>
4321     <tr>
4322       <td>
4323         <div align="center">
4324           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4325         </div>
4326       </td>
4327       <td>
4328         <ul>
4329           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4330           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4331           <li>Slide sequences</li>
4332           <li>Edit sequence in place</li>
4333           <li>EMBL CDS features</li>
4334           <li>DAS Feature mapping</li>
4335           <li>Feature ordering</li>
4336           <li>Alignment Properties</li>
4337           <li>Annotation Scores</li>
4338           <li>Sort by scores</li>
4339           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342       <td>
4343         <ul>
4344           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4345           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4346           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4347           <li>Feature group display state in XML</li>
4348           <li>Feature ordering in XML</li>
4349           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4350           <li>Stockholm alignment properties</li>
4351           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4352           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4353           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4354           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4355         </ul>
4356       </td>
4357
4358     </tr>
4359     <tr>
4360       <td>
4361         <div align="center">
4362           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4363         </div>
4364       </td>
4365       <td>
4366         <ul>
4367           <li>Non standard characters can be read and displayed
4368           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4369             applet via textbox
4370           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4371             name &amp; description
4372           <li>Preference setting to display sequence name in
4373             italics
4374           <li>Annotation file format extended to allow
4375             Sequence_groups to be defined
4376           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4377             specified in preferences
4378           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4379             sequences
4380         </ul>
4381       </td>
4382       <td>
4383         <ul>
4384           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4385             installed
4386           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4387           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4388         </ul>
4389       </td>
4390     </tr>
4391     <tr>
4392       <td>
4393         <div align="center">
4394           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4395         </div>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Multiple views on alignment
4400           <li>Sequence feature editing
4401           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4402           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4403           <li>Background dependent text colour
4404           <li>Right align sequence ids
4405           <li>User-defined lower case residue colours
4406           <li>Format Menu
4407           <li>Select Menu
4408           <li>Menu item accelerator keys
4409           <li>Control-V pastes to current alignment
4410           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4411           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4412           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4413
4414           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4415         </ul>
4416       </td>
4417       <td>
4418         <ul>
4419           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4420           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4421             calculations
4422           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4423             edits
4424           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4425             of alignment)
4426           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4427
4428           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4429             display correctly
4430           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4431           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4432             analysis results
4433           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4434             &#8739;
4435           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4436           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4437           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4438
4439         </ul>
4440       </td>
4441     </tr>
4442     <tr>
4443       <td>
4444         <div align="center">
4445           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4446         </div>
4447       </td>
4448       <td>
4449         <ul>
4450           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4451         </ul>
4452       </td>
4453       <td>
4454         <ul>
4455           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4456             sequence id panel has been resized</li>
4457           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4458             rendered</li>
4459           <li>Annotation files with sequence references - all
4460             elements in file are relative to sequence position</li>
4461           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4462         </ul>
4463       </td>
4464     </tr>
4465     <tr>
4466       <td>
4467         <div align="center">
4468           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4469         </div>
4470       </td>
4471       <td>
4472         <ul>
4473           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4474           <li>DAS Feature fetching</li>
4475           <li>Hide sequences and columns</li>
4476           <li>Export Annotations and Features</li>
4477           <li>GFF file reading / writing</li>
4478           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4479             files</li>
4480           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4481           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4482           <li>Applet can launch the full application</li>
4483           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4484             required)</li>
4485           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4486           <li>Applet can load sequences from parameter
4487             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4488           </li>
4489         </ul>
4490       </td>
4491       <td>
4492         <ul>
4493           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4494           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4495           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4496         </ul>
4497       </td>
4498     </tr>
4499     <tr>
4500       <td>
4501         <div align="center">
4502           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4503         </div>
4504       </td>
4505       <td>
4506         <ul>
4507           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4508           <li>Choose to match case when searching</li>
4509           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4510             expand the visible width and height of the alignment</li>
4511         </ul>
4512       </td>
4513       <td>
4514         <ul>
4515           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4516         </ul>
4517       </td>
4518     </tr>
4519     <tr>
4520       <td>
4521         <div align="center">
4522           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4523         </div>
4524       </td>
4525       <td>&nbsp;</td>
4526       <td>
4527         <ul>
4528           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4529           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4530             value</li>
4531         </ul>
4532       </td>
4533     </tr>
4534     <tr>
4535       <td>
4536         <div align="center">
4537           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4538         </div>
4539       </td>
4540       <td>
4541         <ul>
4542           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4543           <li>Keyboard editing</li>
4544           <li>Create sequence features from searches</li>
4545           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4546             alignments</li>
4547           <li>Features file allows grouping of features</li>
4548           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4549           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4550           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4551         </ul>
4552       </td>
4553       <td>
4554         <ul>
4555           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4556           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4557             descriptions saved.</li>
4558         </ul>
4559       </td>
4560     </tr>
4561     <tr>
4562       <td>
4563         <div align="center">
4564           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4565         </div>
4566       </td>
4567       <td>
4568         <ul>
4569           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4570           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4571           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4572             name for file output</li>
4573           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4574           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4575             used for HTML form input</li>
4576         </ul>
4577       </td>
4578       <td>
4579         <ul>
4580           <li>HTML output writes groups and features</li>
4581           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4582           <li>File IO bugs</li>
4583         </ul>
4584       </td>
4585     </tr>
4586     <tr>
4587       <td>
4588         <div align="center">
4589           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4590         </div>
4591       </td>
4592       <td>
4593         <ul>
4594           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4595           <li>More options for PCA viewer</li>
4596         </ul>
4597       </td>
4598       <td>
4599         <ul>
4600           <li>GUI bugs resolved</li>
4601           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4602         </ul>
4603       </td>
4604     </tr>
4605     <tr>
4606       <td height="63">
4607         <div align="center">
4608           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4609         </div>
4610       </td>
4611       <td>
4612         <ul>
4613           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4614           <li>Jar files are executable</li>
4615           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4616         </ul>
4617       </td>
4618       <td>
4619         <ul>
4620           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4621           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4622           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4623         </ul>
4624       </td>
4625     </tr>
4626     <tr>
4627       <td>
4628         <div align="center">
4629           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4630         </div>
4631       </td>
4632       <td>
4633         <ul>
4634           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4635         </ul>
4636       </td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4640         </ul>
4641       </td>
4642     </tr>
4643     <tr>
4644       <td>
4645         <div align="center">
4646           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4647         </div>
4648       </td>
4649       <td>
4650         <ul>
4651           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4652             size</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655       <td>
4656         <ul>
4657           <li>Improved JPred client reliability</li>
4658           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4659         </ul>
4660       </td>
4661     </tr>
4662     <tr>
4663       <td>
4664         <div align="center">
4665           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4666         </div>
4667       </td>
4668       <td>
4669         <ul>
4670           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4671           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4672           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4673             to Colour Menu</li>
4674           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4675           <li>Unix users can set default web browser</li>
4676           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4677           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4678         </ul>
4679       </td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4683         </ul>
4684       </td>
4685     </tr>
4686     <tr>
4687       <td>
4688         <div align="center">
4689           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4690         </div>
4691       </td>
4692       <td>&nbsp;</td>
4693       <td>
4694         <ul>
4695           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4696             alignment order.</li>
4697         </ul>
4698       </td>
4699     </tr>
4700     <tr>
4701       <td>
4702         <div align="center">
4703           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4704         </div>
4705       </td>
4706       <td>
4707         <ul>
4708           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4709           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4710           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4711             annotations.</li>
4712           <li>Version and build date written to build properties
4713             file.</li>
4714           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4715             at launch of Jalview.</li>
4716         </ul>
4717       </td>
4718       <td>
4719         <ul>
4720           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4721           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4722           <li>Can remove groups one by one.</li>
4723           <li>Filechooser icons installed.</li>
4724           <li>Finder ignores return character when searching.
4725             Return key will initiate a search.<br>
4726           </li>
4727         </ul>
4728       </td>
4729     </tr>
4730     <tr>
4731       <td>
4732         <div align="center">
4733           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4734         </div>
4735       </td>
4736       <td>
4737         <ul>
4738           <li>New codebase</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741       <td>&nbsp;</td>
4742     </tr>
4743   </table>
4744   <p>&nbsp;</p>
4745 </body>
4746 </html>