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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>16/04/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
  87             of associated view
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  91             enabled by default
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  95             tooltips and menus
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  99             with no feature types visible
 100           </li>
 101         </ul><em>Jalview Installer</em>
 102             <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 105             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 112           </li>
 113               <li>
 114                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 115               <li>
 116                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 117         </ul> <em>Release processes</em>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 124           </li>
 125         </ul> <em>Build System</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 132             report
 133           </li>
 134         </ul>
 135         <em>Groovy Scripts</em>
 136             <ul>
 137           <li>
 138             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 139             to stdout containing the consensus sequence for each
 140             alignment in a Jalview session
 141           </li>
 142         </ul>
 143       </td>
 144       <td align="left" valign="top">
 145         <ul>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 148             'Show hidden markers' option is not ticked
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 152             'Show Sequence Features' option is not ticked
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 156             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 157             features are visible
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 161             equal when split frame is first opened
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 165             correct after editing a sequence's start position
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 169             with annotation and exceptions thrown when only a few
 170             columns shown in wrapped mode
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 174             wrapped alignment figure with annotations
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 178             ID fails with ClassCastException
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 182             Project
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 186             feature settings dialog also selects columns
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 190             IllegalArgumentException in some circumstances
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 194             opened for a view
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 198             alignment window is closed
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 202             help documentation for 2.11.0 release
 203           </li>
 204         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 205         <ul>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 208             PDB/Uniprot search panel
 209           </li>
 210         </ul> <em>Installer</em>
 211         <ul>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 214             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 215           </li>
 216         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 217         <ul>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 220             repository
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 224             memory
 225           </li>
 226         </ul> <em>New Known Issues</em>
 227         <ul>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 230             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 231             command line
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 235             clipped in headless figure export when Right Align option
 236             enabled
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 240             'Source' in console output
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 244             bamboo server but run fine locally.
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3574 -->Filtering features by genomic location (POS) is broken by rounding
 248           </li>
 249         </ul>
 250       </td>
 251     </tr>
 252     <tr>
 253       <td width="60" align="center" nowrap>
 254           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 255             <em>04/07/2019</em></strong>
 256       </td>
 257       <td align="left" valign="top">
 258         <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 261             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 262             source project) rather than InstallAnywhere
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 266             settings, receive over the air updates and launch specific
 267             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 268               Rings' GetDown</a>)
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 272             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 276             arguments and switch between different getdown channels
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 280             or alignment files
 281           </li>
 282
 283           <li>
 284             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 285             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 288             'Translate as cDNA'</li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 291           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 292             <ul>
 293                       <li>
 294             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 295             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 296           <li>
 297                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 298                 features can be filtered and shaded according to any
 299                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 300                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 301                 file)
 302               </li>
 303               <li>
 304                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 305                 stored and restored from Jalview Projects
 306               </li>
 307               <li>
 308                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 309                 recognise variant features
 310               </li>
 311               <li>
 312                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 313                 sequences (also coloured red by default)
 314               </li>
 315               <li>
 316                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 317                 details
 318               </li>
 319               <li>
 320                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 321                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 322               </li>
 323               <li>
 324                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 325                 dialog
 326               </li>
 327             </ul>
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 331             tree and PCA calculations
 332           </li>
 333           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 334             <ul>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 337                 and Viewer state saved in Jalview Project
 338               </li>
 339               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 340                 drop-down menus</li>
 341               <li>
 342                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 343                 incrementally
 344               </li>
 345               <li>
 346                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 347               </li>
 348             </ul>
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 352           </li>
 353           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 354           <ul>
 355               <li>
 356                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 357                 multiple groups when working with large alignments
 358               </li>
 359               <li>
 360                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 361                 Stockholm files
 362               </li>
 363             </ul>
 364           <li><strong>User Interface</strong>
 365           <ul>
 366               <li>
 367                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 368                 view
 369               </li>
 370               <li>
 371                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 372                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 373                 default (can be changed in user preferences)
 374               </li>
 375               <li>
 376                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 377                 to the Overwrite Dialog
 378               </li>
 379               <li>
 380                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 381                 sequences are hidden
 382               </li>
 383               <li>
 384                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 385                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 386               </li>
 387               <li>
 388                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 389                 labels
 390               </li>
 391               <li>
 392                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 393                 when in wrapped mode
 394               </li>
 395               <li>
 396                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 397                 annotation
 398               </li>
 399               <li>
 400                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 401               </li>
 402               <li>
 403                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 404                 panel
 405               </li>
 406               <li>
 407                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 408                 popup menu
 409               </li>
 410               <li>
 411               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 412               <li>
 413               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 414
 415
 416             </ul></li>
 417             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 418           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 419             <ul>
 420               <li>
 421                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 422                 trapping CMD-Q
 423               </li>
 424             </ul></li>
 425         </ul>
 426         <em>Deprecations</em>
 427         <ul>
 428           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 429             capabilities removed from the Jalview Desktop
 430           </li>
 431           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 432             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 433             and XML based data retrieval clients</li>
 434           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 435           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 436         </ul> <em>Documentation</em>
 437         <ul>
 438           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 439             not supported in EPS figure export
 440           </li>
 441           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 442         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 443         <ul>
 444           <li>
 445           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 446           </li>
 447       <li>
 448       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 449           <li>
 450           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 451             gradle-eclipse
 452           </li>
 453           <li>
 454           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 455             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 456             execution
 457           </li>
 458           <li>
 459           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 460             operations
 461           </li>
 462           <li>
 463           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 464             issues resolved
 465           </li>
 466           <li>
 467           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 468             markdown (with HTML rendering)
 469           </li>
 470           <li>
 471           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 472           </li>
 473           <li>
 474           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 475             versions of Jalview
 476           </li>
 477         </ul>
 478       </td>
 479       <td align="left" valign="top">
 480         <ul>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 486             superposition in Jmol fail on Windows
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 490             structures for sequences with lots of PDB structures
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 494             monospaced font
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 498             project involving multiple views
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 502             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 503             Annotation dialog hides columns
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 507             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 508             one view, then making another selection in the other view
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 512             columns
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 516             Settings and Jalview Preferences panels
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 520             overview with large alignments
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 524             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 525             mouse moved to the left of the first column
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 529             hidden column marker via scale popup menu
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 533             doesn't tell users the invalid URL
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 537             score from view
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 541             show cross references or Fetch Database References are shown in
 542             red in original view
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 546             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 550             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 554             when columns are hidden
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 558             Columns by Annotation description
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 562             out of Scale or Annotation Panel
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 566             scale panel
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 570             alignment down
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 574             scale panel
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 578             Page Up in wrapped mode
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 588             on opening an alignment
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 592             Colour menu
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 596             different groups in the alignment are selected
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 600             correctly in menu
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 604             threshold limit
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 608             threshold gets 'unrounded'
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 612             colour
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 622             Tree font
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 626             project file
 627           </li>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 630             shown in complementary view
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 634             without normalisation
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 638             of report
 639           </li>
 640           <li>
 641             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 642           </li>
 643           <li>
 644           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 645           </li>
 646         </ul> <em>Editing</em>
 647         <ul>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 650             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 651             sequence
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 655             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 656             removed (Known defect since 2.10)
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 660             dialog corrupts dataset sequence
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 664             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 665           </li>
 666         </ul> <em>Datamodel</em>
 667         <ul>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 670             sequence's End is greater than its length
 671           </li>
 672         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 673           general release)</em>
 674         <ul>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 677           </li>
 678         </ul> <em>New Known Defects</em>
 679         <ul>
 680         <li>
 681         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 682         </li>
 683         <li>
 684           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 685           regions of protein alignment.
 686         </li>
 687         <li>
 688           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 689           is restored from a Jalview 2.11 project
 690         </li>
 691         <li>
 692           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 693           'New View'
 694         </li>
 695         <li>
 696           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 697           columns within hidden columns
 698         </li>
 699         <li>
 700           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 701           window after dragging left to select columns to left of visible
 702           region
 703         </li>
 704         <li>
 705           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 706           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 707           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 708           create a Score filter instead.
 709         </li>
 710         <li>
 711         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 712         <li>
 713         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 714         </li>
 715         <li>
 716           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 717           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 718         </li>
 719         </ul>
 720         <em>Java 11 Specific defects</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 724               alphabetically when saved
 725             </li>
 726         </ul>
 727       </td>
 728     </tr>
 729     <tr>
 730     <td width="60" nowrap>
 731       <div align="center">
 732         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 733       </div>
 734     </td>
 735     <td><div align="left">
 736         <em></em>
 737         <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 740               InstallAnywhere increased to 1G.
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 744               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 745               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 746                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 747                 properties file.</em>
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 751               API and sequence data now imported as JSON.
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 755               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 756               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 757               property.
 758             </li>
 759           </ul>
 760           <em>Development</em>
 761           <ul>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 764               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 765                 Clover</a>
 766             </li>
 767           </ul>
 768         </div></td>
 769     <td><div align="left">
 770         <em></em>
 771         <ul>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 774               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 775               alignment.
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 779               annotation displayed.
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 783               for newly created group when 'Apply to all groups'
 784               selected
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 788               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 789               visible.
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 793               when sequences are selected in exported view.</em>
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 797               aren't rendered with correct colour.
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 801               types of knotted RNA secondary structure.
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 805               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 806               do not start at 1.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 810               annotation when columns are inserted into an alignment,
 811               and when exporting as Stockholm flatfile.
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 815               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 816               treated as RNA secondary structure.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 820               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 824               transfers focus to previous window on OSX
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 831               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 832               box.
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 836               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 837               'look and feel' which has improved compatibility with the
 838               latest version of OSX.
 839             </li>
 840           </ul>
 841         </div>
 842     </td>
 843     </tr>
 844     <tr>
 845       <td width="60" nowrap>
 846         <div align="center">
 847           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 848             <em>7/06/2018</em></strong>
 849         </div>
 850       </td>
 851       <td><div align="left">
 852           <em></em>
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 856               annotation retrieved from Uniprot
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 860               onto the Jalview Desktop
 861             </li>
 862           </ul>
 863         </div></td>
 864       <td><div align="left">
 865           <em></em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 869               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 873               right-hand column parsed correctly
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 877               not alignment area in exported graphic
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 881               window has input focus
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 885               annotation added to view (Windows)
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 889               network connectivity is poor
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 893               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 894                 the currently open URL and links from a page viewed in
 895                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 896                 you are using Edge, only links in the page can be
 897                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 898                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 899             </li>
 900           </ul>
 901           <em>New Known Defects</em>
 902           <ul>
 903             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 904           </ul>
 905         </div></td>
 906     </tr>
 907     <tr>
 908       <td width="60" nowrap>
 909         <div align="center">
 910           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 911         </div>
 912       </td>
 913       <td><div align="left">
 914           <em></em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 918               for disabling automatic superposition of multiple
 919               structures and open structures in existing views
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 923               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 924               adjust them.
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 928               Ensembl services
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 932               and lots of hidden columns
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 936               of features (particularly when transparency is disabled)
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 940               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 941               generally available
 942             </li>
 943           </ul>
 944           </div>
 945       </td>
 946       <td><div align="left">
 947           <ul>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 950               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 954               overlapping alignment panel
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 958               sequence as gaps
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 962               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 963               UTR
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 967               factor annotation not added to sequence when local PDB
 968               file associated with it by drag'n'drop or structure
 969               chooser
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 973               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 977               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 981               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 985               columns in annotation row
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 989               honored in batch mode
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 993               for structures added to existing Jmol view
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 997               entries after importing project with multiple views
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1001               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1002               with negative residue numbers or missing residues fails
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1006               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1007               as generated by CONSURF)
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1011               tooltip doesn't include a text description of mutation
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1015               structure and/or overview windows are also shown
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1019               very slow for alignments with large numbers of sequences
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1023               with 'StringIndexOutOfBounds'
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1027               platforms running Java 10
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1031               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1032             </li>
1033           </ul>
1034           <em>Applet</em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1038               should copy the group consensus when popup is opened on it
1039             </li>
1040           </ul>
1041           <em>Batch Mode</em>
1042           <ul>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1045           </li>
1046           </ul>
1047           <em>New Known Defects</em>
1048           <ul>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1051               editing a large alignment and overview is displayed
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1055               repeatedly after a series of edits even when the overview
1056               is no longer reflecting updates
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1060               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1061               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1062               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1066               option gives blank output
1067             </li>
1068           </ul>
1069         </div>
1070           </td>
1071     </tr>
1072     <tr>
1073       <td width="60" nowrap>
1074         <div align="center">
1075           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1076         </div>
1077       </td>
1078       <td><div align="left">
1079           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1080               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1081       <td><div align="left">
1082           <em>Desktop</em><ul>
1083           <ul>
1084             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1085             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1086             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1087             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1088             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1089             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1090             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1091           </ul>
1092           </div>
1093       </td>
1094     </tr>
1095     <tr>
1096       <td width="60" nowrap>
1097         <div align="center">
1098           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1099         </div>
1100       </td>
1101       <td><div align="left">
1102           <em></em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1106               rendering of sequence features
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1110               429 rate limit request hander
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1114               their colours have changed
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1118               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1122               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1126               view from Ensembl locus cross-references
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1130               Alignment report
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1134               feature can be disabled
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1138               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1142               Uniprot
1143             </li>
1144           </ul>
1145           <em>Scripting</em>
1146           <ul>
1147             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1148             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1149               percent identity scores for current alignment.</li>
1150           </ul>
1151           <em>Testing and Deployment</em>
1152           <ul>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1155             </li>
1156           </ul>
1157         </div></td>
1158       <td><div align="left">
1159           <em>General</em>
1160           <ul>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1163               threshold text field doesn't trigger an update to the
1164               alignment view
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1168               strings in parallel
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1172               alignment window is closed
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1176               group visibility
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1180               takes a long time in Cursor mode
1181             </li>
1182           </ul>
1183           <em>Desktop</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1187               cannot be viewed in Chimera
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1191               CDS/Protein view
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1195               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1196               Search Dialogs
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1206               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1210               scrolling right in unwapped alignment view
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1214               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1215               database
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1219               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1223               features of same type and group to be selected for
1224               amending
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1228               alignments when hidden columns are present
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1232               displaying several structures
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1236               moving a window
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1240               within the Jalview desktop on OSX
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1244               when in wrapped alignment mode
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1248               hand end of alignment
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1252               each selected sequence do not have correct start/end
1253               positions
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1257               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1261               restoring project until a new view is created
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1265               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1266               configured (since 2.10.2b2)
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1270               position is adjusted
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1274               in a multi-chain structure when viewing alignment
1275               involving more than one chain (since 2.10)
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1279               if new selection moves alignment window
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1283               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1287               that produces correctly annotated transcripts and products
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1291               doesn't update associated structure view
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>Applet</em><br />
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1298               closing alignment panel
1299             </li>
1300           </ul>
1301           <em>BioJSON</em><br />
1302           <ul>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1305               non-positional features
1306             </li>
1307           </ul>
1308           <em>New Known Issues</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1312               sequence features correctly (for many previous versions of
1313               Jalview)
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1317               using cursor in wrapped panel other than top
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1321               graduated colour threshold
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1325               always preserve numbering and sequence features
1326             </li>
1327           </ul>
1328           <em>Known Java 9 Issues</em>
1329           <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1332               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1333               9.01, OSX 10.10)
1334             </li>
1335           </ul>
1336         </div></td>
1337     </tr>
1338     <tr>
1339       <td width="60" nowrap>
1340         <div align="center">
1341           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1342             <em>2/10/2017</em></strong>
1343         </div>
1344       </td>
1345       <td><div align="left">
1346           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1347           <ul>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1350             </li>
1351             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1352             </li>
1353           </ul>
1354         </div></td>
1355       <td><div align="left">
1356         </div></td>
1357     </tr>
1358     <tr>
1359       <td width="60" nowrap>
1360         <div align="center">
1361           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1362             <em>7/9/2017</em></strong>
1363         </div>
1364       </td>
1365       <td><div align="left">
1366           <em></em>
1367           <ul>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1370               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1371               white)
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1375               Preferences
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1379               in size and progress bar shown as higher resolution
1380               overview is recalculated
1381             </li>
1382
1383           </ul>
1384         </div></td>
1385       <td><div align="left">
1386           <em></em>
1387           <ul>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1390               column region row by row
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1394               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1398               format setting is unticked
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1402               if group has show boxes format setting unticked
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1406               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1407               include sequences and columns not currently displayed
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1411               assemblies are imported via CIF file
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1415               displayed when threshold or conservation colouring is also
1416               enabled.
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1420               server version
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1424               dragging a selected region off the visible region of the
1425               alignment
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1429               colourscheme to all groups in a view
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1433               initially after font size change using the Font chooser or
1434               middle-mouse zoom
1435             </li>
1436           </ul>
1437         </div></td>
1438     </tr>
1439     <tr>
1440       <td width="60" nowrap>
1441         <div align="center">
1442           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1443         </div>
1444       </td>
1445       <td><div align="left">
1446           <em>Calculations</em>
1447           <ul>
1448
1449             <li>
1450               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1451               ungapped positions in each column of the alignment.
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1455               a calculation dialog box
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1459               and memory efficiency (~30x faster)
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1463               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1464               and other calculations
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1468               files within the Jalview codebase
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1472               Similarity may have different topology due to increased
1473               precision
1474             </li>
1475           </ul>
1476           <em>Rendering</em>
1477           <ul>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1480               model for alignments and groups
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1484               scripts
1485             </li>
1486           </ul>
1487           <em>Overview</em>
1488           <ul>
1489             <li>
1490               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1491               with alignment and overview windows
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1495               overview
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1499               omitted in Overview
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1503               adjustment of visible position
1504             </li>
1505           </ul>
1506
1507           <em>Data import/export</em>
1508           <ul>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1511               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1515               annotation input/output via stockholm flatfile
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1519               extension when importing structure files without embedded
1520               names or PDB accessions
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1524               format sequence substitution matrices
1525             </li>
1526           </ul>
1527           <em>User Interface</em>
1528           <ul>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1531               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1532               the application.
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1536               via Overview or sequence motif search operations
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1540               opened by double clicking gaps within sequence feature
1541               extent
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1545               aligned positions were available to create a 3D structure
1546               superposition.
1547             </li>
1548           </ul>
1549           <em>3D Structure</em>
1550           <ul>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1553               coloured in linked structure views
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1557               file-based command exchange
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1561               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1562               structures are already available for sequences
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1566               the Jalview project rather than downloaded again when the
1567               project is reopened.
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1571               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1572               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1573                 Feature</strong>)
1574             </li>
1575           </ul>
1576           <em>Web Services</em>
1577           <ul>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1583               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1584               Analysis services
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1588               cross-references provided by identifiers.org and the
1589               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1590             </li>
1591           </ul>
1592
1593           <em>Scripting</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1597               identifying file formats (instead of String constants)
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1601               efficiency when counting all displayed features (not
1602               backwards compatible with 2.10.1)
1603             </li>
1604           </ul>
1605           <em>Example files</em>
1606           <ul>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1609               included in the example feature file
1610             </li>
1611           </ul>
1612           <em>Documentation</em>
1613           <ul>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1616               with the built-in Java help viewer
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1620               sequence description' option
1621             </li>
1622           </ul>
1623           <em>Test Suite</em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1627               Uniprot REST Free Text Search Client
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1634               during tests
1635             </li>
1636           </ul>
1637         </div></td>
1638       <td><div align="left">
1639           <em>Calculations</em>
1640           <ul>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1643               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1644               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1645             </li>
1646             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1647               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1648               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1649               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1650               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1651               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1652               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1653               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1654               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1655               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1656               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1657               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1658               // for 2.10.1 mode <br />
1659               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1660               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1661                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1662                 calculations (not recommended)</em></li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1665               scaling of branch lengths for trees computed using
1666               Sequence Feature Similarity.
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1670               generating output report when working with highly
1671               redundant alignments
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1675               right of selected region when gaps present on right-hand
1676               boundary
1677             </li>
1678           </ul>
1679           <em>User Interface</em>
1680           <ul>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1683               doesn't reselect a specific sequence's associated
1684               annotation after it was used for colouring a view
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1688               opened on a region of alignment without groups
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1692               of an alignment with overlapping groups
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1696               name and description match
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1700               hidden regions results in incorrect hidden regions
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1704               changing colour does not apply Conservation slider value
1705               to all groups
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1709               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1713               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1717               gaps before start of features
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1721               restored to UI when feature colour is edited
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1725               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1729               as graduate feature colour settings are modified via the
1730               dialog box
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1734               when a group defined on the alignment is resized
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1738               wrapped view result in positional status updates
1739             </li>
1740
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1743               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1747               alignment included gapped columns
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1751               widgets don't permanently disappear
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1755               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1756               T-Coffee column reliability scores)
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1760               sequence feature on gaps only
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1764               button from a Find inherit previously defined feature type
1765               rather than the Find query string
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1769               exporting tree calculated in Jalview
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1773               and then revealing them reorders sequences on the
1774               alignment
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1778               doesn't update to reflect available set of groups after
1779               interactively adding or modifying features
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1783               Linux
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1787               only excluded gaps in current sequence and ignored
1788               selection.
1789             </li>
1790           </ul>
1791           <em>Rendering</em>
1792           <ul>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1795               erratically when hidden rows or columns are present
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1799               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1800               sequence colouring
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1804               colour and group colour menu for protein alignments
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1808               reflect currently selected view or group's shading
1809               thresholds
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1813               when rendered on overview and structures when opacity at
1814               100%
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1818               overview when features overlaid on alignment
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1822               recovered correctly from Jalview project file
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1826               (automatically via preferences) are different to the main
1827               alignment panel
1828             </li>
1829           </ul>
1830           <em>Data import/export</em>
1831           <ul>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1834               load
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1838               added after a sequence was imported are not written to
1839               Stockholm File
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1843               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1847               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1851               with lightGray or darkGray via features file (but can
1852               specify lightgray)
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1856               when alignment view imported from project
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1860               structure and sequences extracted from structure files
1861               imported via URL and viewed in Jmol
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1865               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1866               the project is loaded and the structure viewed
1867             </li>
1868           </ul>
1869           <em>Web Services</em>
1870           <ul>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1873               release of Ensembl v.88
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1877               appear enabled in Preferences->Connections
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1881               removed from console output
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1885               Ensembl by Peptide ID
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1889               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1890               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1891               due to 'null' string rather than empty string used for
1892               residues with no corresponding PDB mapping).
1893             </li>
1894           </ul>
1895           <em>Application UI</em>
1896           <ul>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1899               menu
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1903               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1904               new documentation and tooltips added)
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1908               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1912               new features are added to alignment
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1916               changes to feature colours via the Amend features dialog
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1920               edit graduated feature colour via amend features dialog
1921               box
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1925               selection menu changes colours of alignment views
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1929               from alignment calculation workers after alignment has
1930               been closed
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1934               groups now 'Create Group'
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1938               Create/Undefine group doesn't always work
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1942               shown again after pressing 'Cancel'
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1946               adjusts start position in wrap mode
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1950               ambiguous amino acids
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1954               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1955               proteins
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1959               Defined' don't appear in Colours menu
1960             </li>
1961           </ul>
1962           <em>Applet</em>
1963           <ul>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1966               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1970               overview or linked structure view
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1974               work (since 2.8)
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1978               user-defined colourscheme doesn't restore original
1979               colourscheme
1980             </li>
1981           </ul>
1982           <em>Test Suite</em>
1983           <ul>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1986               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1990               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1991               problems with deep array comparison equality asserts in
1992               successive versions of TestNG
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1996               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1997             </li>
1998           </ul>
1999           <em>New Known Issues</em>
2000           <ul>
2001             <li>
2002               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2003               phase after a sequence motif find operation
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2007               containing just upper and lower case letters are
2008               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2012               reliably from eggnog Ortholog database
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2016               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2017               to mark columns containing highlighted regions.
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2021               doesn't always add secondary structure annotation.
2022             </li>
2023           </ul>
2024         </div>
2025     <tr>
2026       <td width="60" nowrap>
2027         <div align="center">
2028           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2029         </div>
2030       </td>
2031       <td><div align="left">
2032           <em>General</em>
2033           <ul>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2036               for all consensus calculations
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2040               3rd Oct 2016)
2041             </li>
2042             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2043               for 2016-2017</li>
2044           </ul>
2045           <em>Application</em>
2046           <ul>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2049               set of database cross-references, sorted alphabetically
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2053               from database cross references. Users with custom links
2054               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2055                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2059               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2060               Chimera session
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2064               the Chimera it is connected to is shut down
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2068               columns menu item to mark columns containing highlighted
2069               regions (e.g. from structure selections or results of a
2070               Find operation)
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2074               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2075               MSAviewer
2076             </li>
2077           </ul>
2078         </div></td>
2079       <td>
2080         <div align="left">
2081           <em>General</em>
2082           <ul>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2085               are not coloured or thresholded according to percent
2086               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2090               hydrophobic
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2094               threshold, amino acid properties)
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2098               reported as mapped to residues in a structure file in the
2099               View Mapping report
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2103               could be added multiple times to a sequence
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2107               bond features shown as two highlighted residues rather
2108               than a range in linked structure views, and treated
2109               correctly when selecting and computing trees from features
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2113               cross-references are matched to database name regardless
2114               of case
2115             </li>
2116
2117           </ul>
2118           <em>Application</em>
2119           <ul>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2122               names without regular expressions also offer links from
2123               Sequence ID
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2127               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2128               update Jalview configuration
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2132               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2136               files with similarly named sequences if dropped onto the
2137               alignment
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2141               entries where more chains exist in the PDB accession than
2142               are reported in the SIFTS file
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2146               the structure view when displayed with Chimera
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2150               panel's View->Show Chains submenu
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2154               work for wrapped alignment views
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2158               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2162               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2163               first annotation row
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2167               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2171               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2172             </li>
2173             <!-- JAL-2319 -->
2174             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2175             coordindate data
2176             </li>
2177           </ul>
2178           <!--           <em>New Known Issues</em>
2179           <ul>
2180             <li></li>
2181           </ul> -->
2182         </div>
2183       </td>
2184     </tr>
2185     <td width="60" nowrap>
2186       <div align="center">
2187         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2188           <em>25/10/2016</em></strong>
2189       </div>
2190     </td>
2191     <td><em>Application</em>
2192       <ul>
2193         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2194           view if structures already loaded</li>
2195         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2196           structure views</li>
2197       </ul></td>
2198     <td>
2199       <div align="left">
2200         <em>General</em>
2201         <ul>
2202           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2203             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2204           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2205             example sequences/projects/trees</li>
2206         </ul>
2207         <em>Application</em>
2208         <ul>
2209           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2210             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2211           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2212             without timeout for structures with multiple models or
2213             multiple sequences in alignment</li>
2214           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2215             PDB ID HEADER line</li>
2216           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2217             is performed</li>
2218           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2219             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2220           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2221           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2222             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2223             option</li>
2224           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2225             is created on the alignment</li>
2226           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2227             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2228             pop-up menu</li>
2229         </ul>
2230         <em>Build and deployment</em>
2231         <ul>
2232           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2233             tags</li>
2234         </ul>
2235         <em>New Known Issues</em>
2236         <ul>
2237           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2238             on Windows</li>
2239         </ul>
2240       </div>
2241     </td>
2242     </tr>
2243     <tr>
2244       <td width="60" nowrap>
2245         <div align="center">
2246           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2247         </div>
2248       </td>
2249       <td><em>General</em>
2250         <ul>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2253           </li>
2254           <li>
2255             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2256             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2257             better PDB parsing.
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2261             reference sequence
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2265             mousing over sequence associated annotation
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2269             for manual entry
2270           </li>
2271           <li>
2272             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2273             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2274             for each column
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2278             showing or hiding columns containing a feature
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2282             group and sequence associated annotation labels
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2286             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2287             dialogs
2288           </li>
2289
2290         </ul> <em>Application</em>
2291         <ul>
2292           <li>
2293             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2294             gene/transcript view
2295           </li>
2296           <li>
2297             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2298             dialog
2299           </li>
2300           <li>
2301             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2302             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2306             Pfam sources to xfam.org
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2313             over sequences in Jalview
2314           </li>
2315           <li>
2316             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2317             regions in ENA and EMBL
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2321             for record retrieval via ENA rest API
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2325             complement operator
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2329             groovy script execution
2330           </li>
2331           <li>
2332             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2333             alignment window's Calculate menu
2334           </li>
2335           <li>
2336             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2337             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2341             calculation workers from groovy scripts
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2345             Jalview projects
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2349             associations are now saved/restored from project
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2353             before sequence fetcher is opened
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2357             database chooser opens a sequence fetcher
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2361             the UniProt REST API
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2365             the news reader opening
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2369             querying stored in preferences
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2373             search results
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2377           </li>
2378           <li>
2379             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2380             menu for nucleotide sequences
2381           </li>
2382           <li>
2383             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2384             and feature counts preserves alignment ordering (and
2385             debugged for complex feature sets).
2386           </li>
2387           <li>
2388             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2389             viewing structures with Jalview 2.10
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2393             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2394             Ensembl Genomes REST API
2395           </li>
2396           <li>
2397             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2398             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2399             (Ensembl)
2400           </li>
2401           <li>
2402             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2403             sequences
2404           </li>
2405           <li>
2406             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2407             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2408             data from external database records.
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2412             efficient recovery of sequence coding and alignment
2413             annotation relationships.
2414           </li>
2415         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2416         <ul>
2417           <li>
2418             -- JAL---
2419           </li>
2420         </ul> --></td>
2421       <td>
2422         <div align="left">
2423           <em>General</em>
2424           <ul>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2427               menu on OSX
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2431               includes graduated colourschemes
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2435               working with big alignments and lots of hidden columns
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2439               at right of alignment window
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2443               contents
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2447               for DNA alignments
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2451               based tree calculation
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2455               unconserved enabled for group on alignment
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2459               set as reference
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2463               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2464               annotation
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2468               hidden columns present
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2472               user created annotation added to alignment
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2476               '()' base pair annotation
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2480               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2481               Consensus
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2485               feature not working
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2489               beginning of sequence
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2493               entry 3a6s
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2497               from a tree when t-coffee scores are shown
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2501               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2505               some structures
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2509               to Clustal, PIR and PileUp output
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2513               not visible causes alignment window to repaint
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2517               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2518               scores associated with features and annotation rows
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2522               calculation should be case independent
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2526               columns
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2530               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2531               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2535               problems when reference sequence defined and 'show
2536               non-conserved' enabled
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2540               load even when Consensus calculation is disabled
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2544               alignment does nothing
2545             </li>
2546           </ul>
2547           <em>Application</em>
2548           <ul>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2551               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2552               yet fixed for El Capitan)
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2556               output when running on non-gb/us i18n platforms
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2560               hidden sequences as flat-file alignment
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2564               launching Chimera
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2568               (also hotfix for 2.9.0b2)
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2572               reference sequence defined
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2576               alignments and views when revealing hidden columns
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2580               view in a cDNA/Protein splitframe
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2584               sequence from project when only one sequence is
2585               represented
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2589               in Structure Chooser
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2593               structure consensus didn't refresh annotation panel
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2597               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2601               dialogs format columns correctly, don't display array
2602               data, sort columns according to type
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2606               file chooser is cancelled during an image export
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2610               sequence name containing special characters
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2614               case insensitive
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2618               formatting don't wrap
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2622               truncated so L looks like I in consensus annotation
2623             </li>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2626               currently displayed features for the current selection or
2627               view
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2631               after fetching cross-references, and restoring from
2632               project
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2636               followed in the structure viewer
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2640               splitframe not restored from project
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2644               trailing end of protein alignment in transcript/product
2645               splitview when pad-gaps not enabled by default
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2649               is case dependent
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2653               article has been read (reopened issue due to
2654               internationalisation problems)
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2658               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2659               cross-references
2660             </li>
2661
2662             <li>
2663               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2664               alignment as HTML
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2668               multiple structures are shown for one or more sequences.
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2672               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2673               is enabled.
2674             </li>
2675             <li>
2676               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2677               specific PDB id for sequence
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2681               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2682               columns' is disabled.
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2686               selects lowest rather than highest resolution structures
2687               for each sequence
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2691               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2695               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2699               after clicking on it to create new annotation for a
2700               column.
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2704               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2705             </li>
2706             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2707             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2708           </ul>
2709           <em>Applet</em>
2710           <ul>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2713               hidden columns present before start of sequence
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2717               (JSON jars)
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2721               sequences are hidden in applet
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2725               deployment on examples pages.
2726             </li>
2727           </ul>
2728         </div>
2729       </td>
2730     </tr>
2731     <tr>
2732       <td width="60" nowrap>
2733         <div align="center">
2734           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2735             <em>16/10/2015</em></strong>
2736         </div>
2737       </td>
2738       <td><em>General</em>
2739         <ul>
2740           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2741             jars</li>
2742         </ul></td>
2743       <td>
2744         <div align="left">
2745           <em>Application</em>
2746           <ul>
2747             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2748               shown when tree is partitioned</li>
2749             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2750               multiple cDNA/Protein split views</li>
2751           </ul>
2752         </div>
2753       </td>
2754     </tr>
2755     <tr>
2756       <td width="60" nowrap>
2757         <div align="center">
2758           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2759             <em>8/10/2015</em></strong>
2760         </div>
2761       </td>
2762       <td><em>General</em>
2763         <ul>
2764           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2765             2.9</li>
2766         </ul> <em>Application</em>
2767         <ul>
2768           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2769           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2770           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2771         </ul> <em>Applet</em>
2772         <ul>
2773           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2774         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2775         <ul>
2776           <li>
2777             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2778             suite
2779           </li>
2780         </ul></td>
2781       <td>
2782         <div align="left">
2783           <em>General</em>
2784           <ul>
2785             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2786               incorrect when sequence start > 1</li>
2787             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2788               documentation</li>
2789             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2790             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2791               loading a features file containing HTML tags in feature
2792               description</li>
2793
2794           </ul>
2795           <em>Application</em>
2796           <ul>
2797             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2798               reimport</li>
2799             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2800               with 'trim retrieved sequences'</li>
2801             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2802               deleting selected columns</li>
2803             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2804               JNLP templates for webstart launch</li>
2805             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2806               unreleased structures for download or viewing</li>
2807             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2808               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2809             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2810               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2811             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2812               recovered from jalview project</li>
2813             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2814               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2815               alignment view</li>
2816             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2817               color schemes from BioJSON</li>
2818           </ul>
2819           <em>Applet</em>
2820           <ul>
2821             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2822               frame</li>
2823             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2824           </ul>
2825         </div>
2826       </td>
2827     </tr>
2828     <tr>
2829       <td><div align="center">
2830           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2831         </div></td>
2832       <td><em>General</em>
2833         <ul>
2834           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2835             alignments:
2836             <ul>
2837               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2838                 and DNA alignment views</li>
2839               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2840                 cDNA alignment views</li>
2841               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2842                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2843               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2844                 protein sequences</li>
2845             </ul>
2846           </li>
2847           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2848           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2849             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2850           <li>New alignment annotation file statements for
2851             reference sequences and marking hidden columns</li>
2852           <li>Reference sequence based alignment shading to
2853             highlight variation</li>
2854           <li>Select or hide columns according to alignment
2855             annotation</li>
2856           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2857           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2858             acid conservation row</li>
2859           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2860         </ul> <em>Application</em>
2861         <ul>
2862           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2863             <ul>
2864               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2865                 view with cDNA/Protein</li>
2866               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2867                 sequences are placed in the same alignment</li>
2868               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2869                 projects</li>
2870             </ul>
2871           </li>
2872
2873           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2874           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2875             Jalview windows</li>
2876
2877           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2878           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2879           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2880             be shown in VARNA</li>
2881
2882           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2883             as the active selected region</li>
2884
2885           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2886             similarity</li>
2887           <li>New Export options
2888             <ul>
2889               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2890                 region export in flat file generation</li>
2891
2892               <li>Export alignment views for display with the <a
2893                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2894
2895               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2896               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2897                 alignment figures to HTML</li>
2898           </li>
2899           <li>3D structure retrieval and display
2900             <ul>
2901               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2902                 Search API</li>
2903               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2904                 PDB structures for a sequence set</li>
2905             </ul>
2906           </li>
2907
2908           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2909             predictions</li>
2910           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2911             for one or a group of sequences</li>
2912           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2913             from the JPred4 web server</li>
2914           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2915             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2916             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2917           </li>
2918           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2919             VARNA 2D Structure'</li>
2920           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2921             Structure ..."</li>
2922
2923         </ul> <em>Applet</em>
2924         <ul>
2925           <li>New layout for applet example pages</li>
2926           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2927             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2928           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2929             Protein alignments</li>
2930         </ul> <em>Development and deployment</em>
2931         <ul>
2932           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2933           <li>Include installation type and git revision in build
2934             properties and console log output</li>
2935           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2936             storing BioJsMSA Templates</li>
2937           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2938         </ul></td>
2939       <td>
2940         <!-- <em>General</em>
2941         <ul>
2942         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2943         <ul>
2944           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2945           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2946           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2947             predictions are not highlighted in amber</li>
2948           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2949             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2950           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2951             associated structure views</li>
2952           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2953             width checkbox not enabled</li>
2954           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2955             creating user defined colours</li>
2956           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2957             mappings for just that viewer's sequences</li>
2958           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2959             multiple models in Chimera</li>
2960           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2961             over Jmol structure</li>
2962           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2963             output to text box</li>
2964           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2965             have incorrect sequence start/end</li>
2966           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2967             Jalview fails</li>
2968           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2969             work for nucleotide</li>
2970           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2971             to a grey/invisible alignment window</li>
2972           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2973             imports to different position</li>
2974           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2975             on some platforms</li>
2976           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2977             populated</li>
2978           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2979             console if Chimera has been opened</li>
2980           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2981           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2982             retrieved</li>
2983           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2984           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2985             either sequence shows on first structure</li>
2986           <li>'Show annotations' options should not make
2987             non-positional annotations visible</li>
2988           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2989             in right place after 'view flanking regions'</li>
2990           <li>File Save As type unset when current file format is
2991             unknown</li>
2992           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2993             projects</li>
2994           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2995             responsive</li>
2996           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2997             several views on same alignment</li>
2998           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2999           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3000             spaces</li>
3001         </ul> <em>Applet</em>
3002         <ul>
3003           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3004           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3005             descriptions containing angle brackets</li>
3006         </ul> <em>General</em>
3007         <ul>
3008           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3009             via jalview annotation file</li>
3010           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3011             with RNA secondary structure</li>
3012           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3013             translation doesn't work.</li>
3014           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3015           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3016             positions</li>
3017           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3018             choosing 1pt font</li>
3019           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3020             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3021             'h'</li>
3022           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3023             new feature</li>
3024           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3025             order dependent</li>
3026           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3027             sequences</li>
3028           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3029         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3030         <ul>
3031           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3032             www.jalview.org</li>
3033         </ul> <em>Application Known issues</em>
3034         <ul>
3035           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3036           <li>Misleading message appears after trying to delete
3037             solid column.</li>
3038           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3039             version launches</li>
3040           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3041             fails with a sequence mismatch</li>
3042           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3043             scrolling alignment to right</li>
3044           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3045             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3046           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3047             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3048           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3049             ultra-high resolution</li>
3050           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3051             quality and conservation</li>
3052           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3053             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3054         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3055         <ul>
3056           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3057           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3058             window is being resized</li>
3059
3060         </ul>
3061       </td>
3062     </tr>
3063     <tr>
3064       <td><div align="center">
3065           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3066         </div></td>
3067       <td><em>General</em>
3068         <ul>
3069           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3070             Certum.PL.</li>
3071           <li>Features and annotation preserved when performing
3072             pairwise alignment</li>
3073           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3074             imported/exported/displayed</li>
3075           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3076             protein secondary structure</li>
3077           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3078               post-hoc with 2.9 release</em>)
3079           </li>
3080
3081         </ul> <em>Application</em>
3082         <ul>
3083           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3084             with 3D structures</li>
3085           <li>Support for parsing RNAML</li>
3086           <li>Annotations menu for layout
3087             <ul>
3088               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3089               <li>place sequence annotation above/below alignment
3090                 annotation</li>
3091             </ul>
3092           <li>Output in Stockholm format</li>
3093           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3094             translation</li>
3095           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3096           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3097             shared between alignments</li>
3098           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3099             Jalview</li>
3100           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3101             all or current selection</li>
3102           <li>disorder and secondary structure predictions
3103             available as dataset annotation</li>
3104           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3105
3106
3107           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3108             alignments from Rfam</li>
3109           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3110
3111           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3112             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3113           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3114           <li>include installation type in build properties and
3115             console log output</li>
3116           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3117             annotation</li>
3118         </ul></td>
3119       <td>
3120         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3121         <ul>
3122           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3123             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3124           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3125             alignment</li>
3126           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3127           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3128           <li>Double click on sequence associated annotation
3129             selects only first column</li>
3130           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3131             leaves shown in tree</li>
3132           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3133             properly</li>
3134           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3135           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3136             screen and buttons not visible</li>
3137           <li>author list isn't updated if already written to
3138             Jalview properties</li>
3139           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3140             from database</li>
3141           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3142           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3143             browser search window</li>
3144           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3145             in feature settings dialog</li>
3146           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3147             desktop</li>
3148           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3149             pass validation</li>
3150           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3151             fit on screen</li>
3152           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3153             tooltip</li>
3154           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3155             defined user preset</li>
3156           <li>MSA web services warns user if they were launched
3157             with invalid input</li>
3158           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3159             Java 8</li>
3160           <li>
3161             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3162             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3163             created
3164           </li>
3165
3166         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3167         <ul>
3168         </ul> <em>General</em>
3169         <ul>
3170         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3171         <ul>
3172           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3173             memory allocation</li>
3174           <li>launchApp service doesn't automatically open
3175             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3176           <li>
3177             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3178             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3179             1.7_055 is available
3180           </li>
3181         </ul> <em>Application Known issues</em>
3182         <ul>
3183           <li>
3184             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3185             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3186             alignment to right
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3190             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3191             with large number of ID
3192           </li>
3193           <li>
3194             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3195             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3196             start/end
3197           </li>
3198           <li>
3199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3200             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3201             structure tracks are rearranged
3202           </li>
3203           <li>
3204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3205             invalid rna structure positional highlighting does not
3206             highlight position of invalid base pairs
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3210             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3211             project from alignment window file menu
3212           </li>
3213           <li>
3214             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3215             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3216             structures
3217           </li>
3218           <li>
3219             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3220             colour by RNA Helices not enabled when user created
3221             annotation added to alignment
3222           </li>
3223           <li>
3224             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3225             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3226           </li>
3227         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3228         <ul>
3229           <li>
3230             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3231             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3232           </li>
3233           <li>
3234             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3235             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3236           </li>
3237
3238           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3239             when selected</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td><div align="center">
3245           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3246         </div></td>
3247       <td>
3248         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3249         <em>General</em>
3250         <ul>
3251           <li>Internationalisation of user interface (usually
3252             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3253           <li>Define/Undefine group on current selection with
3254             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3255           <li>Improved group creation/removal options in
3256             alignment/sequence Popup menu</li>
3257           <li>Sensible precision for symbol distribution
3258             percentages shown in logo tooltip.</li>
3259           <li>Annotation panel height set according to amount of
3260             annotation when alignment first opened</li>
3261         </ul> <em>Application</em>
3262         <ul>
3263           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3264             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3265           <li>Select columns containing particular features from
3266             Feature Settings dialog</li>
3267           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3268             sequences</li>
3269           <li>Update Jalview project format:
3270             <ul>
3271               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3272               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3273                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3274               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3275                 colouring</li>
3276             </ul>
3277           </li>
3278           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3279             (PAM250)</li>
3280           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3281             flanking regions for an alignment</li>
3282         </ul>
3283       </td>
3284       <td>
3285         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3286         <ul>
3287           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3288             running after job is cancelled</li>
3289           <li>cannot export features from alignments imported from
3290             Jalview/VAMSAS projects</li>
3291           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3292             float values</li>
3293           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3294             have 'display all symbols' flag set</li>
3295           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3296             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3297           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3298             Jalview</li>
3299           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3300             Lion/Webstart</li>
3301           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3302           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3303           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3304             alignment onto desktop</li>
3305           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3306             'extract scores' function</li>
3307           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3308             alignment window</li>
3309           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3310             performing IUPred disorder prediction</li>
3311           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3312             changing 'normalise logo' display setting</li>
3313           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3314             nothing matches query</li>
3315           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3316             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3317           </li>
3318           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3319             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3320           </li>
3321           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3322             Jalview's menu</li>
3323           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3324             'invalid literal/length code'</li>
3325           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3326             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3327           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3328             colourscheme</li>
3329
3330         </ul> <em>Applet</em>
3331         <ul>
3332           <li>Remove group option is shown even when selection is
3333             not a group</li>
3334           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3335             don't affect groups</li>
3336           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3337             colourscheme name</li>
3338           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3339             Annotation panel is not displayed</li>
3340           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3341             embedded windows</li>
3342         </ul> <em>Other</em>
3343         <ul>
3344           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3345             single sequence were not calculated</li>
3346           <li>annotation files that contain only groups imported as
3347             annotation and junk sequences</li>
3348           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3349             recognised as PFAM or BLC</li>
3350           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3351             doesn't affect background (2.8.0b1)
3352           <li></li>
3353           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3354           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3355             trailing gaps</li>
3356           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3357             registered correctly on import</li>
3358           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3359             certain alignments</li>
3360           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3361             existing annotation based 'use original colours'
3362             colourscheme loses original colours setting</li>
3363         </ul>
3364       </td>
3365     </tr>
3366     <tr>
3367       <td><div align="center">
3368           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3369             <em>30/1/2014</em></strong>
3370         </div></td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3374             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3375             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3376             open source project).
3377           </li>
3378           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3379           <li>Output in Stockholm format</li>
3380           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3381           <li>Export/import group and sequence associated line
3382             graph thresholds</li>
3383           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3384             ambiguity codes</li>
3385           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3386             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3387             works</li>
3388           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3389         </ul> <em>Other improvements</em>
3390         <ul>
3391           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3392           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3393             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3394           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3395             files</li>
3396           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3397           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3398             link but no description</li>
3399           <li>Select primary source when selecting authority in
3400             database fetcher GUI</li>
3401           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3402             Jalview</li>
3403           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3404         </ul>
3405       </td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3409             displayed</li>
3410           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3411             secondary structure annotation line</li>
3412           <li>Sequence database accessions not imported when
3413             fetching alignments from Rfam</li>
3414           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3415             identical IDs</li>
3416           <li>View all structures does not always superpose
3417             structures</li>
3418           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3419             reflect user or preset settings</li>
3420           <li>Null pointer exceptions for some services without
3421             presets or adjustable parameters</li>
3422           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3423             discover PDB xRefs</li>
3424           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3425             features with DAS</li>
3426           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3427             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3428           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3429             residue follows a gap</li>
3430           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3431             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3432           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3433             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3434           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3435             annotation already exists on alignment</li>
3436           <li>oninit javascript function should be called after
3437             initialisation completes</li>
3438           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3439             alignment window display</li>
3440           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3441           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3442             to annotation file</li>
3443           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3444             groups created</li>
3445           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3446             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3447           <li>Pressing return several times causes Number Format
3448             exceptions in keyboard mode</li>
3449           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3450             correct partitions for input data</li>
3451           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3452           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3453           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3454           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3455             mode</li>
3456           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3457             changes one row&#39;s threshold</li>
3458           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3459             doesn&#39;t open</li>
3460           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3461             quality histograms</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464     </tr>
3465     <tr>
3466       <td><div align="center">
3467           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3468         </div></td>
3469       <td><em>Application</em>
3470         <ul>
3471           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3472             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3473           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3474             preferences</li>
3475           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3476             in Jalview alignment window</li>
3477           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3478             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3479           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3480             RNA and ambiguity codes</li>
3481
3482           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3483           <li>Support fetching and database reference look up
3484             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3485             refs')</li>
3486           <li>Jalview project improvements
3487             <ul>
3488               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3489                 flag for annotation</li>
3490               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3491                 alignment</li>
3492               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3493                 Jalview project</li>
3494
3495             </ul>
3496           </li>
3497           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3498           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3499             running</li>
3500           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3501           <li>visual indication that web service results are still
3502             being retrieved from server</li>
3503           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3504             starts up for first time</li>
3505           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3506             services</li>
3507           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3508             client library</li>
3509           <li>Examples directory and Groovy library included in
3510             InstallAnywhere distribution</li>
3511         </ul> <em>Applet</em>
3512         <ul>
3513           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3514             visualization applet example</li>
3515         </ul> <em>General</em>
3516         <ul>
3517           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3518           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3519             defaults</li>
3520           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3521             calculation</li>
3522           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3523             matrices
3524           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3525             in HTML</li>
3526           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3527             structure contacts</li>
3528           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3529           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3530           <li>Parse sequence associated secondary structure
3531             information in Stockholm files</li>
3532           <li>HTML Export database accessions and annotation
3533             information presented in tooltip for sequences</li>
3534           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3535             style RNA alignment files</li>
3536           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3537             alignment</li>
3538           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3539             shade each sequence according to its associated alignment
3540             annotation</li>
3541           <li>New Jalview Logo</li>
3542         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3543         <ul>
3544           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3545           <li>New Website!</li>
3546         </ul></td>
3547       <td><em>Application</em>
3548         <ul>
3549           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3550             wsdbfetch REST service</li>
3551           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3552           <li>Filetype associations not installed for webstart
3553             launch</li>
3554           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3555             job execution in full once it is complete</li>
3556           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3557             uploaded via ali_file parameter</li>
3558           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3559           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3560           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3561             submitted for prediction</li>
3562           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3563             desktop window</li>
3564           <li>Putting fractional value into integer text box in
3565             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3566           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3567             windows 7</li>
3568           <li>View all structures fails with exception shown in
3569             structure view</li>
3570           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3571             escaped in a platform independent way</li>
3572           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3573             using proxy</li>
3574           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3575             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3576           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3577             failure when java web start temporary file caching is
3578             disabled</li>
3579           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3580             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3581           <li>Errors during processing of command line arguments
3582             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3583           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3584             DAS sources in sequence fetcher</li>
3585           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3586             dialog is shown</li>
3587           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3588           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3589           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3590           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3591             on OSX Mountain Lion</li>
3592           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3593             sequences with alignment annotation are pasted into the
3594             alignment</li>
3595           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3596             when loaded from Jalview project</li>
3597           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3598           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3599             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3600           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3601             associated with all views</li>
3602           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3603             annotation rows to new window</li>
3604         </ul> <em>Applet</em>
3605         <ul>
3606           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3607             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3608           <li>loading features via javascript API automatically
3609             enables feature display</li>
3610           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3611             work</li>
3612         </ul> <em>General</em>
3613         <ul>
3614           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3615           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3616             and then deselected</li>
3617           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3618           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3619             coloured with clustalx</li>
3620           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3621             exceptions and redraw errors</li>
3622           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3623             reconfigured view</li>
3624           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3625             colour</li>
3626           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3627             for lots of labels</li>
3628         </ul>
3629     </tr>
3630     <tr>
3631       <td>
3632         <div align="center">
3633           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3634         </div>
3635       </td>
3636       <td><em>Application</em>
3637         <ul>
3638           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3639           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3640           <li>View/alignment association menu to enable user to
3641             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3642             its colours/correspondences from</li>
3643           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3644           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3645             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3646           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3647           <li>Annotation row column label formatting attributes
3648             stored in project file</li>
3649           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3650             rows preserved in Jalview project file</li>
3651           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3652             saved using Desktop window menu</li>
3653           <li>Visual indication that command line arguments are
3654             still being processed</li>
3655           <li>Groovy script execution from URL</li>
3656           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3657             preferences</li>
3658           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3659             alignment with sequences that have high similarity and
3660             matching IDs</li>
3661           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3662           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3663             structures in same window</li>
3664           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3665           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3666             analysis function in its own submenu</li>
3667         </ul> <em>Applet</em>
3668         <ul>
3669           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3670             groups</li>
3671           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3672           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3673           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3674           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3675           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3676             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3677           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3678           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3679             parameters are treated as such</li>
3680           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3681             <ul>
3682               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3683               <li>Javascript callbacks for
3684                 <ul>
3685                   <li>Applet initialisation</li>
3686                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3687                 </ul>
3688               </li>
3689               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3690                 functions</li>
3691               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3692               <li>javascript structure viewer harness to pass
3693                 messages between Jmol and Jalview when running as
3694                 distinct applets</li>
3695               <li>sortBy method</li>
3696               <li>Set of applet and application examples shipped
3697                 with documentation</li>
3698               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3699                 javascript message exchange</li>
3700             </ul>
3701         </ul> <em>General</em>
3702         <ul>
3703           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3704             multiple alignments</li>
3705           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3706           <li>User configurable link to enable redirects to a
3707             www.Jalview.org mirror</li>
3708           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3709           <li>Configurable newline string when writing alignment
3710             and other flat files</li>
3711           <li>Allow alignment annotation description lines to
3712             contain html tags</li>
3713         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3714         <ul>
3715           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3716             examples</li>
3717           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3718             using a web service before displaying the result in the
3719             Jalview desktop</li>
3720           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3721           <li>Ant target to publish example html files with applet
3722             archive</li>
3723           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3724           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3725         </ul></td>
3726       <td><em>Application</em>
3727         <ul>
3728           <li>User defined colourscheme throws exception when
3729             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3730           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3731             dialog for valid filename/format</li>
3732           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3733           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3734             P37173</li>
3735           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3736             which sequence is to be associated with the file</li>
3737           <li>Find All raises null pointer exception when query
3738             only matches sequence IDs</li>
3739           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3740           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3741             2.4 cannot be loaded</li>
3742           <li>Filetype associations not installed for webstart
3743             launch</li>
3744           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3745             with sequences in different alignments do not get coloured
3746             by their associated sequence</li>
3747           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3748             not preserved when project is loaded</li>
3749           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3750             stored in Jalview project</li>
3751           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3752             Jalview project</li>
3753           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3754           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3755             by conservation</li>
3756           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3757             created on new view</li>
3758           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3759             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3760           <li>Alignment quality not updated after alignment
3761             annotation row is hidden then shown</li>
3762           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3763             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3764           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3765             properly</li>
3766           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3767             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3768           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3769           <li>Structures imported from file and saved in project
3770             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3771           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3772             job execution in full once it is complete</li>
3773         </ul> <em>Applet</em>
3774         <ul>
3775           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3776             annotation rows are displayed</li>
3777           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3778             codebase</li>
3779           <li>View follows highlighting does not work for positions
3780             in sequences</li>
3781           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3782           <li>Export features raises exception when no features
3783             exist</li>
3784           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3785             for javascript api is modified when separator string
3786             provided as parameter</li>
3787           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3788             alignment with no existing selection</li>
3789           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3790             to applet&#39;s codebase</li>
3791           <li>Status bar not updated after finished searching and
3792             search wraps around to first result</li>
3793           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3794             several Jalview applets causes race conditions and memory
3795             leaks</li>
3796           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3797             not sent from Jmol in applet</li>
3798           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3799             applet API fatally hang browser</li>
3800         </ul> <em>General</em>
3801         <ul>
3802           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3803             position with wrapped view and hidden regions</li>
3804           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3805             with/without hidden columns</li>
3806           <li>Sequence length given in alignment properties window
3807             is off by 1</li>
3808           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3809             import PDB like structure files</li>
3810           <li>Positional search results are only highlighted
3811             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3812           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3813           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3814             given sequence position</li>
3815           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3816             output</li>
3817           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3818             from nucleotide chains correctly</li>
3819           <li>Structure colours not updated when tree partition
3820             changed in alignment</li>
3821           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3822             parsed in interleaved stockholm</li>
3823           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3824             state</li>
3825           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3826             properly</li>
3827           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3828             properly associated with their pdb files</li>
3829         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3830         <ul>
3831           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3832             ApplyCopyright tool</li>
3833         </ul></td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td>
3837         <div align="center">
3838           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3839         </div>
3840       </td>
3841       <td><em>Application</em>
3842         <ul>
3843           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3844             contact web services</li>
3845           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3846             service job window</li>
3847           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3848         </ul></td>
3849       <td>
3850         <ul>
3851           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3852             pir file emitted by Jalview</li>
3853           <li>Existing feature settings transferred to new
3854             alignment view created from cut'n'paste</li>
3855           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3856             parsing PDB files</li>
3857           <li>Consensus and conservation annotation rows
3858             occasionally become blank for all new windows</li>
3859           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3860             in wrapped view mode</li>
3861         </ul> <em>Application</em>
3862         <ul>
3863           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3864             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3865           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3866             parameter names</li>
3867           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3868             is down</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873       <td>
3874         <div align="center">
3875           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3876         </div>
3877       </td>
3878       <td><em>Application</em>
3879         <ul>
3880           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3881             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3882             (JABAWS)
3883           </li>
3884           <li>Web Services preference tab</li>
3885           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3886             preferences</li>
3887           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3888           <li>Superpose structures using associated sequence
3889             alignment</li>
3890           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3891             viewer</li>
3892         </ul> <em>Applet</em>
3893         <ul>
3894           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3895             link out mechanism</li>
3896         </ul> <em>Other</em>
3897         <ul>
3898           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3899             series 12</li>
3900           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3901             require Java 1.5</li>
3902           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3903             sequence annotation files</li>
3904           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3905             type colour specification</li>
3906           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3907             script to check if it being run in an interactive session or
3908             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3909         </ul></td>
3910       <td>
3911         <ul>
3912           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3913             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3914         </ul> <em>Application</em>
3915         <ul>
3916           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3917             selected Regions menu item</li>
3918           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3919             part of a valid accession ID</li>
3920           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3921             runs out of memory</li>
3922           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3923             analysis results</li>
3924           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3925             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3926           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3927         </ul> <em>Applet</em>
3928         <ul>
3929           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3930             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3931             defined.</li>
3932         </ul>
3933       </td>
3934     </tr>
3935     <tr>
3936       <td>
3937         <div align="center">
3938           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3939         </div>
3940       </td>
3941       <td></td>
3942       <td>
3943         <ul>
3944           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3945             sequence IDs</li>
3946           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3947             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3948           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3949             import correctly</li>
3950           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3951             number of columns are hidden</li>
3952           <li>annotation label popup menu not providing correct
3953             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3954             present</li>
3955           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3956             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3957           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3958             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3959
3960         </ul> <em>Applet</em>
3961         <ul>
3962           <li>annotation panel disappears when annotation is
3963             hidden/removed</li>
3964         </ul> <em>Application</em>
3965         <ul>
3966           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3967             alignment opened where annotation panel is visible but no
3968             annotations are present on alignment</li>
3969           <li>pasted region containing hidden columns is
3970             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3971           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3972             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3973           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3974             selected Rregions menu item.</li>
3975           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3976             'Un' or 'Non'conserved</li>
3977           <li>Sequence feature settings are being shared by
3978             multiple distinct alignments</li>
3979           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3980             changed</li>
3981           <li>double click on group annotation to select sequences
3982             does not propagate to associated trees</li>
3983           <li>Mac OSX specific issues:
3984             <ul>
3985               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3986                 window background</li>
3987               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3988                 name set correctly</li>
3989               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3990                 save feature colourscheme button</li>
3991             </ul>
3992           </li>
3993         </ul>
3994       </td>
3995     </tr>
3996     <tr>
3997
3998       <td>
3999         <div align="center">
4000           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4001         </div>
4002       </td>
4003       <td><em>New Capabilities</em>
4004         <ul>
4005           <li>URL links generated from description line for
4006             regular-expression based URL links (applet and application)
4007
4008           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4009             menu</li>
4010           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4011             structures</li>
4012           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4013             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4014           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4015             average score or total feature count for each sequence.</li>
4016           <li>Shading features by score or associated description</li>
4017           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4018             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4019           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4020             hide everything but the currently selected region.</li>
4021           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4022         </ul> <em>Application</em>
4023         <ul>
4024           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4025             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4026           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4027             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4028           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4029             database references and protein_name is parsed as
4030             description line (BioSapiens terms).</li>
4031           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4032             references in sequence ID tooltip from View menu in
4033             application.</li>
4034           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4035       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4036           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4037             conservation plots</li>
4038           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4039             and visualized as sequence logos</li>
4040           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4041             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4042           </li>
4043           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4044             when a new tree is opened.</li>
4045           <li>Jalview Java Console</li>
4046           <li>Better placement of desktop window when moving
4047             between different screens.</li>
4048           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4049             consensus annotation</li>
4050           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4051             Workflows</li>
4052           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4053             <ul>
4054               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4055                 used to preserve views, structures, and tree display
4056                 settings)</li>
4057               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4058                 command line</li>
4059               <li>Sharing of selected regions between views and
4060                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4061               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4062             </ul></li>
4063         </ul> <em>Applet</em>
4064         <ul>
4065           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4066           <li>New Parameters
4067             <ul>
4068               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4069                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4070                 opened.</li>
4071               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4072                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4073               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4074                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4075               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4076                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4077                 view</li>
4078               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4079                 increase the height or width of a cell in the alignment
4080                 grid relative to the current font size.</li>
4081             </ul>
4082           </li>
4083           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4084             tooltip</li>
4085         </ul> <em>Other</em>
4086         <ul>
4087           <li>Features format: graduated colour definitions and
4088             specification of feature scores</li>
4089           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4090             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4091             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4092           <li>XML formats extended to support graduated feature
4093             colourschemes, group associated annotation, and profile
4094             visualization settings.</li></td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4098             rather than description</li>
4099           <li>Non-positional features are now included in sequence
4100             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4101             visibility in tooltip).</li>
4102           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4103           <li>Added URL embedding instructions to features file
4104             documentation.</li>
4105           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4106             'X' in peptide product</li>
4107           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4108             sequence ID and sequence string and query strings do not
4109             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4110           <li>AMSA files only contain first column of
4111             multi-character column annotation labels</li>
4112           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4113             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4114             exported and re-imported)</li>
4115           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4116             name</li>
4117           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4118             as subsequence matches, and correctly reports total number
4119             of both.</li>
4120           <li>Application:
4121             <ul>
4122               <li>Better handling of exceptions during sequence
4123                 retrieval</li>
4124               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4125                 link text excludes the start_end suffix</li>
4126               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4127                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4128               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4129               <li>Sequence description lines properly shared via
4130                 VAMSAS</li>
4131               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4132                 data sources</li>
4133               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4134                 completes before alignment figures are generated.</li>
4135               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4136                 first time.</li>
4137               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4138                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4139               <li>User defined group colours properly recovered
4140                 from Jalview projects.</li>
4141             </ul>
4142           </li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145
4146     </tr>
4147     <tr>
4148       <td>
4149         <div align="center">
4150           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4151         </div>
4152       </td>
4153       <td>
4154         <ul>
4155           <li>Experimental support for google analytics usage
4156             tracking.</li>
4157           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4158         </ul>
4159       </td>
4160       <td>
4161         <ul>
4162           <li>Race condition in applet preventing startup in
4163             jre1.6.0u12+.</li>
4164           <li>Exception when feature created from selection beyond
4165             length of sequence.</li>
4166           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4167           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4168             all sequences with a given id</li>
4169           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4170             ID string searches</li>
4171           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4172             alignment to fail with exception</li>
4173         </ul> <em>Application Issues</em>
4174         <ul>
4175           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4176           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4177             data sources</li>
4178         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4179         <ul>
4180           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4181             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4182           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4183             version (java class versioning error fixed)</li>
4184         </ul>
4185       </td>
4186     </tr>
4187     <tr>
4188       <td>
4189
4190         <div align="center">
4191           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4192         </div>
4193       </td>
4194       <td><em>User Interface</em>
4195         <ul>
4196           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4197             translation and protein products</li>
4198           <li>Linked highlighting of structure associated with
4199             residue mapping to codon position</li>
4200           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4201             and 'clear' button</li>
4202           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4203             Tools menu</li>
4204           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4205             numeric data in description line</li>
4206           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4207           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4208             of sequence</li>
4209         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4210         <ul>
4211           <li>JPred3 web service</li>
4212           <li>Prototype sequence search client (no public services
4213             available yet)</li>
4214           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4215             PFAM</li>
4216           <li>URL Links created for matching database cross
4217             references as well as sequence ID</li>
4218           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4219         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4220         <ul>
4221           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4222             databases</li>
4223           <li>Generalised database reference retrieval and
4224             validation to all fetchable databases</li>
4225           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4226             sequence command</li>
4227         </ul> <em>Import and Export</em>
4228         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4229         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4230           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4231         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4232           File</li>
4233         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4234           triplet as name of colourscheme</li>
4235         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4236         <ul>
4237           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4238           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4239             alignments (experimental)</li>
4240           <li>Create new or select existing session to join</li>
4241           <li>load and save of vamsas documents</li>
4242         </ul> <em>Application command line</em>
4243         <ul>
4244           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4245             from applet)</li>
4246           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4247             of DAS servers to query for alignment features</li>
4248           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4249             that are also automatically queried for features</li>
4250           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4251             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4252         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4253         <ul>
4254           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4255             application (when using &quot;View in full
4256             application&quot;)</li>
4257         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4258         <ul>
4259           <li>feature group display control parameter</li>
4260           <li>debug parameter</li>
4261           <li>showbutton parameter</li>
4262         </ul> <em>Applet API methods</em>
4263         <ul>
4264           <li>newView public method</li>
4265           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4266           <li>Feature display control methods</li>
4267           <li>get list of currently selected sequences</li>
4268         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4269         <ul>
4270           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4271           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4272             Jalview release.</li>
4273           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4274             property controls execution of obfuscator</li>
4275           <li>Build target for generating source distribution</li>
4276           <li>Debug flag for javacc</li>
4277           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4278             jalview.bin.Cache</li>
4279           <li>Continuous Build Integration for stable and
4280             development version of Application, Applet and source
4281             distribution</li>
4282         </ul></td>
4283       <td>
4284         <ul>
4285           <li>selected region output includes visible annotations
4286             (for certain formats)</li>
4287           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4288             for editing</li>
4289           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4290           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4291           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4292           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4293             comments</li>
4294           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4295             filenames containing a ':'</li>
4296           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4297             global sequence features</li>
4298           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4299             references from alignment sequences goes to zero</li>
4300           <li>Close of tree branch colour box without colour
4301             selection causes cascading exceptions</li>
4302           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4303           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4304             file parsing fails.</li>
4305           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4306           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4307             not a valid output format</li>
4308           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4309             vamsas</li>
4310           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4311           <li>error messages passed up and output when data read
4312             fails</li>
4313           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4314             sequence is edited</li>
4315           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4316             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4317           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4318             filetype</li>
4319           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4320             import fixed for PFAM records</li>
4321           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4322             window list</li>
4323           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4324             can be read and written correctly to annotation file</li>
4325           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4326             correctly</li>
4327           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4328             non-italic font for representatives in Applet</li>
4329           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4330             Macs.</li>
4331           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4332             Applet)</li>
4333           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4334             due to null pointer exceptions</li>
4335           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4336             first column of alignment</li>
4337           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4338             July 2008</li>
4339           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4340             file is case-insensitive</li>
4341           <li>Sequence features read from Features file appended to
4342             all sequences with matching IDs</li>
4343           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4344             containing a sub-sequence</li>
4345           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4346           <li>feature and annotation file applet parameters
4347             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4348           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4349           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4350             splash-screen version check to complete</li>
4351           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4352             when passing them to the launchApp service</li>
4353           <li>display name and local features preserved in results
4354             retrieved from web service</li>
4355           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4356             sequence fetcher initialisation</li>
4357           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4358             dasobert DAS client</li>
4359           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4360             association</li>
4361           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4362             sequences
4363           </li>
4364         </ul>
4365       </td>
4366     </tr>
4367     <tr>
4368       <td>
4369         <div align="center">
4370           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4371         </div>
4372       </td>
4373       <td>
4374         <ul>
4375           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4376           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4377           <li>Slide sequences</li>
4378           <li>Edit sequence in place</li>
4379           <li>EMBL CDS features</li>
4380           <li>DAS Feature mapping</li>
4381           <li>Feature ordering</li>
4382           <li>Alignment Properties</li>
4383           <li>Annotation Scores</li>
4384           <li>Sort by scores</li>
4385           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388       <td>
4389         <ul>
4390           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4391           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4392           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4393           <li>Feature group display state in XML</li>
4394           <li>Feature ordering in XML</li>
4395           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4396           <li>Stockholm alignment properties</li>
4397           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4398           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4399           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4400           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4401         </ul>
4402       </td>
4403
4404     </tr>
4405     <tr>
4406       <td>
4407         <div align="center">
4408           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4409         </div>
4410       </td>
4411       <td>
4412         <ul>
4413           <li>Non standard characters can be read and displayed
4414           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4415             applet via textbox
4416           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4417             name &amp; description
4418           <li>Preference setting to display sequence name in
4419             italics
4420           <li>Annotation file format extended to allow
4421             Sequence_groups to be defined
4422           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4423             specified in preferences
4424           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4425             sequences
4426         </ul>
4427       </td>
4428       <td>
4429         <ul>
4430           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4431             installed
4432           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4433           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4434         </ul>
4435       </td>
4436     </tr>
4437     <tr>
4438       <td>
4439         <div align="center">
4440           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4441         </div>
4442       </td>
4443       <td>
4444         <ul>
4445           <li>Multiple views on alignment
4446           <li>Sequence feature editing
4447           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4448           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4449           <li>Background dependent text colour
4450           <li>Right align sequence ids
4451           <li>User-defined lower case residue colours
4452           <li>Format Menu
4453           <li>Select Menu
4454           <li>Menu item accelerator keys
4455           <li>Control-V pastes to current alignment
4456           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4457           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4458           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4459
4460           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4461         </ul>
4462       </td>
4463       <td>
4464         <ul>
4465           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4466           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4467             calculations
4468           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4469             edits
4470           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4471             of alignment)
4472           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4473
4474           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4475             display correctly
4476           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4477           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4478             analysis results
4479           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4480             &#8739;
4481           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4482           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4483           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4484
4485         </ul>
4486       </td>
4487     </tr>
4488     <tr>
4489       <td>
4490         <div align="center">
4491           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4492         </div>
4493       </td>
4494       <td>
4495         <ul>
4496           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4497         </ul>
4498       </td>
4499       <td>
4500         <ul>
4501           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4502             sequence id panel has been resized</li>
4503           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4504             rendered</li>
4505           <li>Annotation files with sequence references - all
4506             elements in file are relative to sequence position</li>
4507           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4508         </ul>
4509       </td>
4510     </tr>
4511     <tr>
4512       <td>
4513         <div align="center">
4514           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4515         </div>
4516       </td>
4517       <td>
4518         <ul>
4519           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4520           <li>DAS Feature fetching</li>
4521           <li>Hide sequences and columns</li>
4522           <li>Export Annotations and Features</li>
4523           <li>GFF file reading / writing</li>
4524           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4525             files</li>
4526           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4527           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4528           <li>Applet can launch the full application</li>
4529           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4530             required)</li>
4531           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4532           <li>Applet can load sequences from parameter
4533             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4534           </li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537       <td>
4538         <ul>
4539           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4540           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4541           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4542         </ul>
4543       </td>
4544     </tr>
4545     <tr>
4546       <td>
4547         <div align="center">
4548           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4549         </div>
4550       </td>
4551       <td>
4552         <ul>
4553           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4554           <li>Choose to match case when searching</li>
4555           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4556             expand the visible width and height of the alignment</li>
4557         </ul>
4558       </td>
4559       <td>
4560         <ul>
4561           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4562         </ul>
4563       </td>
4564     </tr>
4565     <tr>
4566       <td>
4567         <div align="center">
4568           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4569         </div>
4570       </td>
4571       <td>&nbsp;</td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4575           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4576             value</li>
4577         </ul>
4578       </td>
4579     </tr>
4580     <tr>
4581       <td>
4582         <div align="center">
4583           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4584         </div>
4585       </td>
4586       <td>
4587         <ul>
4588           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4589           <li>Keyboard editing</li>
4590           <li>Create sequence features from searches</li>
4591           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4592             alignments</li>
4593           <li>Features file allows grouping of features</li>
4594           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4595           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4596           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4597         </ul>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4602           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4603             descriptions saved.</li>
4604         </ul>
4605       </td>
4606     </tr>
4607     <tr>
4608       <td>
4609         <div align="center">
4610           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4611         </div>
4612       </td>
4613       <td>
4614         <ul>
4615           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4616           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4617           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4618             name for file output</li>
4619           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4620           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4621             used for HTML form input</li>
4622         </ul>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>HTML output writes groups and features</li>
4627           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4628           <li>File IO bugs</li>
4629         </ul>
4630       </td>
4631     </tr>
4632     <tr>
4633       <td>
4634         <div align="center">
4635           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4636         </div>
4637       </td>
4638       <td>
4639         <ul>
4640           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4641           <li>More options for PCA viewer</li>
4642         </ul>
4643       </td>
4644       <td>
4645         <ul>
4646           <li>GUI bugs resolved</li>
4647           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4648         </ul>
4649       </td>
4650     </tr>
4651     <tr>
4652       <td height="63">
4653         <div align="center">
4654           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4655         </div>
4656       </td>
4657       <td>
4658         <ul>
4659           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4660           <li>Jar files are executable</li>
4661           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4662         </ul>
4663       </td>
4664       <td>
4665         <ul>
4666           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4667           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4668           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4669         </ul>
4670       </td>
4671     </tr>
4672     <tr>
4673       <td>
4674         <div align="center">
4675           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4676         </div>
4677       </td>
4678       <td>
4679         <ul>
4680           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4681         </ul>
4682       </td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4686         </ul>
4687       </td>
4688     </tr>
4689     <tr>
4690       <td>
4691         <div align="center">
4692           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4693         </div>
4694       </td>
4695       <td>
4696         <ul>
4697           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4698             size</li>
4699         </ul>
4700       </td>
4701       <td>
4702         <ul>
4703           <li>Improved JPred client reliability</li>
4704           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4705         </ul>
4706       </td>
4707     </tr>
4708     <tr>
4709       <td>
4710         <div align="center">
4711           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4712         </div>
4713       </td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4717           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4718           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4719             to Colour Menu</li>
4720           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4721           <li>Unix users can set default web browser</li>
4722           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4723           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4724         </ul>
4725       </td>
4726       <td>
4727         <ul>
4728           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731     </tr>
4732     <tr>
4733       <td>
4734         <div align="center">
4735           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4736         </div>
4737       </td>
4738       <td>&nbsp;</td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4742             alignment order.</li>
4743         </ul>
4744       </td>
4745     </tr>
4746     <tr>
4747       <td>
4748         <div align="center">
4749           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4750         </div>
4751       </td>
4752       <td>
4753         <ul>
4754           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4755           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4756           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4757             annotations.</li>
4758           <li>Version and build date written to build properties
4759             file.</li>
4760           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4761             at launch of Jalview.</li>
4762         </ul>
4763       </td>
4764       <td>
4765         <ul>
4766           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4767           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4768           <li>Can remove groups one by one.</li>
4769           <li>Filechooser icons installed.</li>
4770           <li>Finder ignores return character when searching.
4771             Return key will initiate a search.<br>
4772           </li>
4773         </ul>
4774       </td>
4775     </tr>
4776     <tr>
4777       <td>
4778         <div align="center">
4779           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4780         </div>
4781       </td>
4782       <td>
4783         <ul>
4784           <li>New codebase</li>
4785         </ul>
4786       </td>
4787       <td>&nbsp;</td>
4788     </tr>
4789   </table>
4790   <p>&nbsp;</p>
4791 </body>
4792 </html>