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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL- -->
 112           </li>
 113           <li></li>
 114         </ul> <em>JalviewJS</em>
 115         <ul>
 116           <li>
 117             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 118             SIFTS
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL- -->
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL- -->
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL- -->
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 131             reported once per key (avoids excessive log output in js
 132             console)
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 136             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 137           </li>
 138           <li></li>
 139         </ul> <em>Development</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 143           </li>
 144           <li>Updated building instructions</li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 147             process, added support for system package provided eclipse
 148             installs on linux
 149           </li>
 150           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 151           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 152             Sur and Monterey</li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 155             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 156             the DMG
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 160             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 161             Jalview Launcher
 162           </li>
 163
 164         </ul>
 165
 166       </td>
 167       <td>
 168         <ul>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 171             execution
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 175             disappears when only one structure is shown (and many
 176             sequences:one chain mappings are present)
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 180             the first SEQUENCE_GROUP defined
 181
 182           </li>
 183
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 186             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 187             trees (known defect from 2.11.1.3)
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 191             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 195             base in DNA sequences
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 199             Structure Preferences
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 209             modified graduated colour
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 213             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 214             clustal colouring is enabled
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 221             routing to stderr and appear as a raw template
 222           </li>
 223         </ul> <em>JalviewJS</em>
 224         <ul>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 227             down) percentage values causing a divide by zero
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- -->
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- -->
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- -->
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- -->
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 243             via Info.args when there are arguments on the URL
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 250             JalviewJS
 251           </li>
 252         </ul> <em>Development</em>
 253         <ul>
 254           <li>Gradle
 255             <ul>
 256               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 257               <li>
 258                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 259                 Gradle v.6.6+
 260               </li>
 261             </ul>
 262           </li>
 263
 264         </ul>
 265       </td>
 266     </tr>
 267     <tr>
 268       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 269           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 270           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 271       <td></td>
 272       <td align="left" valign="top">
 273         <ul>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 276             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 277             Unix/BSD OSs)
 278           </li>
 279         </ul> <em>Security</em>
 280         <ul>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 283             certificates.
 284           </li>
 285         </ul>
 286     </tr>
 287     <tr>
 288       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 289           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 290           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 291
 292       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 293         <ul>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 296             2.16.0 to 2.17.0.
 297           </li>
 298         </ul></td>
 299       <td></td>
 300     </tr>
 301     <tr>
 302       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 303           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 304           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 305
 306       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 307         <ul>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 310             (was log4j 1.2.x).
 311         </ul> <em>Development</em>
 312         <ul>
 313           <li>Updated building instructions</li>
 314         </ul></td>
 315       <td>
 316         <ul>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 319             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 320             and display)
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 324             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 325             only)
 326           </li>
 327         </ul> <em>Development</em>
 328         <ul>
 329           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 330         </ul>
 331       </td>
 332     </tr>
 333     <tr>
 334       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 335           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 336           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 337       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 338           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 339         <ul>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 342             launch of the news browser (like -nonews argument)
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 346             download of linkout URLs from
 347             www.jalview.org/services/identifiers
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 351             download of BIOJSHTML templates
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 355             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 356             disabled
 357           </li>
 358         </ul></td>
 359       <td align="left" valign="top">
 360         <ul>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 363             Jmol
 364           </li>
 365         </ul> <em>New Known defects</em>
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 369             always restored from project (since 2.10.3)
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 373             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 374           </li>
 375         </ul>
 376       </td>
 377     </tr>
 378     <tr>
 379       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 380           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 381           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 382       <td align="left" valign="top">
 383         <ul>
 384
 385         </ul>
 386       </td>
 387       <td align="left" valign="top">
 388         <ul>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 391             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 395             sequences can be classed as nucleotide
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 399             sequences after alignment of protein products (known defect
 400             first reported for 2.11.1.0)
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 404             features outwith CDS shown overlaid on protein
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 408             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 409             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 413             CDS features
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 417             always select corresponding protein sequences
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 421             column selection doesn't always ignore hidden columns
 422           </li>
 423         </ul> <em>Installer</em>
 424         <ul>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 427             Windows prevents install4j launching getdown
 428           </li>
 429         </ul> <em>Development</em>
 430         <ul>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 433             version numbers in doc/building.md
 434           </li>
 435         </ul>
 436       </td>
 437     </tr>
 438     <tr>
 439       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 440           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 441           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 442       <td align="left" valign="top">
 443         <ul>
 444         </ul>
 445       </td>
 446       <td align="left" valign="top">
 447         <ul>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 450             "Encountered problems opening
 451             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 452           </li>
 453         </ul>
 454       </td>
 455     </tr>
 456     <tr>
 457       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 458           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 459           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 460       <td align="left" valign="top">
 461         <ul>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 464             residue in cursor mode
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 468             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 472             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 473             improved compatibility with JalviewJS
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 477             alignments from Pfam and Rfam
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 481             import (no longer based on .gz extension)
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 488             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 489             EMBL flat file
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 493             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 494             saving or making backup files.
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 498             <ul>
 499               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 500               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 501             </ul>
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 505             when running on Linux (Requires Java 11+)
 506           </li>
 507         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 508         <ul>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 511             through a system property
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 515             line help for configuring Jalview's memory
 516           </li>
 517         </ul>
 518       </td>
 519       <td align="left" valign="top">
 520         <ul>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 523             but not calculated and no protein or DNA score models are
 524             available for tree/PCA calculation when launched with
 525             Turkish language locale
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 529             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 533             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 537             sequence under the cursor
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 541             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 545             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 546             '%s'" on the console
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 550             when there are both local and complementary features mapped
 551             to the position under the cursor
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 555             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 559             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 563             internationalised text for some messages and log output
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 567             hidden gapped columns
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 571             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 575             specifying output format when exporting an alignment via the
 576             command line
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 580             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 581             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 582             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 583             file again, and if that fails, delete the original file and
 584             save in place.)
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 588             via command line
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 592             program and documentation
 593           </li>
 594         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 595         <ul>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 598             first time for a version that has different jars to the
 599             previous launched version.
 600           </li>
 601         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 602         <ul>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 605             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 606             OutOfMemory error.
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 610             monitor the release channel
 611           </li>
 612         </ul> <em>New Known defects</em>
 613         <ul>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 616             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 617             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 618             RNA viruses)
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 622             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 623             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 627             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 628             works for the top left quadrant of the alignment window
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 632             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 636             when alignment view restored from project (since Jalview
 637             2.11.0)
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 641             protein products for certain ENA records are repeatedly
 642             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 643           </li>
 644         </ul>
 645       </td>
 646     </tr>
 647     <tr>
 648       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 649           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 650           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 651       <td align="left" valign="top">
 652         <ul>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 655             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 656             for display in alignments, on structure views (including
 657             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 658             export.
 659           </li>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 662             exported and re-imported as GFF3 files
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 666             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 670             validation while parsing
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 674             position if reopened
 675           </li>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 678             of associated view
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 682             enabled by default
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 686             tooltips and menus
 687           </li>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 690             with no feature types visible
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 694             attributes with large integer values
 695           </li>
 696         </ul>
 697         <em>Jalview Installer</em>
 698         <ul>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 701             installer template version reported in console (may be null
 702             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 706             higher quality background images
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 710             generated with install4j 8.0.4
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 714             Platforms
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 718             setting when running on large memory machines
 719           </li>
 720         </ul> <em>Release processes</em>
 721         <ul>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 727             access to test-release channel builds
 728           </li>
 729         </ul> <em>Build System</em>
 730         <ul>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 736             report
 737           </li>
 738         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 739         <ul>
 740           <li>
 741             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 742             to stdout containing the consensus sequence for each
 743             alignment in a Jalview session
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 747             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 748             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 749           </li>
 750         </ul>
 751       </td>
 752       <td align="left" valign="top">
 753         <ul>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 756             'Show hidden markers' option is not ticked
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 760             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 761             jalview preferences or properties file
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 765             'Show Sequence Features' option is not ticked
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 769             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 770             features are visible
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 774             equal when split frame is first opened
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 778             correct after editing a sequence's start position
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 782             with annotation and exceptions thrown when only a few
 783             columns shown in wrapped mode
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 787             wrapped alignment figure with annotations
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 791             ID fails with ClassCastException
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 795             Project
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 799             feature settings dialog also selects columns
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 803             IllegalArgumentException in some circumstances
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 807             opened for a view
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 811             alignment window is closed
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 815             help documentation for 2.11.0 release
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 819             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 820             Uniprot Accession
 821           </li>
 822         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 823         <ul>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 826             PDB/Uniprot search panel
 827           </li>
 828         </ul> <em>Installer</em>
 829         <ul>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 832             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 833           </li>
 834         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 835         <ul>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 838             repository
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 842             memory
 843           </li>
 844         </ul> <em>New Known Issues</em>
 845         <ul>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 848             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 849             command line
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 853             clipped in headless figure export when Right Align option
 854             enabled
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 858             'Source' in console output
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 862             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 863           </li>
 864         </ul>
 865       </td>
 866     </tr>
 867     <tr>
 868       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 869           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 870       <td align="left" valign="top">
 871         <ul>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 874             Application and Installers built with <a
 875             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 876             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 877             InstallAnywhere
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 881             memory settings, receive over the air updates and launch
 882             specific versions via (<a
 883             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 884               Rings' GetDown</a>)
 885           </li>
 886           <li>
 887             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 888             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 889             files)
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 893             line arguments and switch between different getdown channels
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 897             project or alignment files
 898           </li>
 899
 900           <li>
 901             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 902             data files
 903           </li>
 904           <li>
 905             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 906             updated to version 2.12.0
 907           </li>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 910             'Translate as cDNA'
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 914           </li>
 915           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 916               of Sequence Features</strong>
 917             <ul>
 918               <li>
 919                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 920                 implementation that allows updates) used for Sequence
 921                 Feature collections
 922               </li>
 923               <li>
 924                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 925                 features can be filtered and shaded according to any
 926                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 927                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 928                 file)
 929               </li>
 930               <li>
 931                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 932                 stored and restored from Jalview Projects
 933               </li>
 934               <li>
 935                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 936                 BioJava) to recognise variant features
 937               </li>
 938               <li>
 939                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 940                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 941               </li>
 942               <li>
 943                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 944                 selected sequence feature's details
 945               </li>
 946               <li>
 947                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 948                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 949                 and filter aware)
 950               </li>
 951               <li>
 952                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 953                 Settings dialog
 954               </li>
 955             </ul></li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 958             and PCA calculations
 959           </li>
 960           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 961             <ul>
 962               <li>
 963                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 964                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 965               </li>
 966               <li>
 967                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 968                 viewer's drop-down menus
 969               </li>
 970               <li>
 971                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
 972                 PCA image incrementally
 973               </li>
 974               <li>
 975                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 976               </li>
 977             </ul></li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 980           </li>
 981           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 982             <ul>
 983               <li>
 984                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
 985                 selections and multiple groups when working with large
 986                 alignments
 987               </li>
 988               <li>
 989                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
 990                 parsing Stockholm files
 991               </li>
 992             </ul>
 993           <li><strong>User Interface</strong>
 994             <ul>
 995               <li>
 996                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
 997                 each view
 998               </li>
 999               <li>
1000                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1001                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1002                 regions of alignment are shown by default (can be
1003                 changed in user preferences)
1004               </li>
1005               <li>
1006                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1007                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1008               </li>
1009               <li>
1010                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1011                 when all sequences are hidden
1012               </li>
1013               <li>
1014                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1015                 selection region, and gap count when inserting or
1016                 deleting gaps
1017               </li>
1018               <li>
1019                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1020                 annotation labels
1021               </li>
1022               <li>
1023                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1024                 shown when in wrapped mode
1025               </li>
1026               <li>
1027                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1028                 left/right in a graph or histogram annotation
1029               </li>
1030               <li>
1031                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1032                 search panels
1033               </li>
1034               <li>
1035                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1036                 Overview panel
1037               </li>
1038               <li>
1039                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1040                 sequence id popup menu
1041               </li>
1042               <li>
1043                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1044                 not shown if no subgroups are created
1045               </li>
1046               <li>
1047                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1048                 search history by right-clicking search box
1049               </li>
1050
1051
1052             </ul></li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1055             Groovy v2.5
1056           </li>
1057           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1058               release)</strong>
1059             <ul>
1060               <li>
1061                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1062                 entry and trapping CMD-Q
1063               </li>
1064             </ul></li>
1065         </ul> <em>Deprecations</em>
1066         <ul>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1069             capabilities removed from the Jalview Desktop
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1073             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1074             projects and XML based data retrieval clients
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1078             removal
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1082             Start
1083           </li>
1084         </ul> <em>Documentation</em>
1085         <ul>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1088             effects not supported in EPS figure export
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1092             dialog
1093           </li>
1094         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1095         <ul>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1098             from Ant to Gradle
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1102             keys in Message bundles
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1106             gradle-eclipse
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1110             continuous integration for unattended Test Suite execution
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1114             operations
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1118             issues resolved
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1122             markdown (with HTML rendering)
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1129             versions of Jalview
1130           </li>
1131         </ul>
1132       </td>
1133       <td align="left" valign="top">
1134         <ul>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1140             superposition in Jmol fail on Windows
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1144             discovering structures for sequences with lots of PDB
1145             structures
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1149             with monospaced font
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1153             Jalview project involving multiple views
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1157             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1158             Annotation dialog hides columns
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1162             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1163             selection in one view, then making another selection in the
1164             other view
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1168             columns
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1172             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1176             redrawing the overview with large alignments
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1180             region if columns were selected by dragging right-to-left
1181             and the mouse moved to the left of the first column
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1185             a hidden column marker via scale popup menu
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1189             URLs doesn't tell users the invalid URL
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1193             score from view
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1197             during show cross references or Fetch Database References
1198             are shown in red in original view
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1202             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1203             p.Res.null)
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1207             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1208           </li>
1209           <li>
1210             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1211             printed when columns are hidden
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1215             Columns by Annotation description
1216           </li>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1219             dragging out of Scale or Annotation Panel
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1223             out of scale panel
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1227             alignment down
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1231             in scale panel
1232           </li>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1235             Down, Page Up in wrapped mode
1236           </li>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1245             selected on opening an alignment
1246           </li>
1247           <li>
1248             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1249             in Colour menu
1250           </li>
1251           <li>
1252             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1253             when different groups in the alignment are selected
1254           </li>
1255           <li>
1256             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1257             shown correctly in menu
1258           </li>
1259           <li>
1260             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1261             min/max threshold limit
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1265             threshold gets 'unrounded'
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1269             colour
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1273             axis
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1277           </li>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1280             alignment, not Tree font
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1284             from project file
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1288             Overview shown in complementary view
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1292             shown without normalisation
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1296             positioned at top of report
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1303             OSX Mojave
1304           </li>
1305         </ul> <em>Editing</em>
1306         <ul>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1309             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1310             via 'Edit' sequence
1311           </li>
1312           <li>
1313             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1314             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1315             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1319             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1323             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1324             in 2.10.5)
1325           </li>
1326         </ul> <em>Datamodel</em>
1327         <ul>
1328           <li>
1329             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1330             sequence's End is greater than its length
1331           </li>
1332         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1333           release)</em>
1334         <ul>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1337           </li>
1338         </ul> <em>New Known Defects</em>
1339         <ul>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1342             clicking ignores bounds of an existing selected region
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1346             gapped regions of protein alignment.
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1350             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1354             after 'New View'
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1358             columns within hidden columns
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1362             re-enters window after dragging left to select columns to
1363             left of visible region
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1367             description string and thresholded by score in earlier
1368             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1369             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1373             reset group visibility
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1377             linked CDS/Protein view
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1381             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1382           </li>
1383         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1384         <ul>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1387             alphabetically when saved
1388           </li>
1389         </ul>
1390       </td>
1391     </tr>
1392     <tr>
1393       <td width="60" nowrap>
1394         <div align="center">
1395           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1396         </div>
1397       </td>
1398       <td><div align="left">
1399           <em></em>
1400           <ul>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1403               InstallAnywhere increased to 1G.
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1407               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1408               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1409                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1410                 properties file.</em>
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1414               API and sequence data now imported as JSON.
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1418               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1419               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1420               property.
1421             </li>
1422           </ul>
1423           <em>Development</em>
1424           <ul>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1427               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1428                 Clover</a>
1429             </li>
1430           </ul>
1431         </div></td>
1432       <td><div align="left">
1433           <em></em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1437               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1438               alignment.
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1442               annotation displayed.
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1446               for newly created group when 'Apply to all groups'
1447               selected
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1451               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1452               visible.
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1456               when sequences are selected in exported view.</em>
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1460               aren't rendered with correct colour.
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1464               types of knotted RNA secondary structure.
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1468               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1469               do not start at 1.
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1473               annotation when columns are inserted into an alignment,
1474               and when exporting as Stockholm flatfile.
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1478               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1479               treated as RNA secondary structure.
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1483               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1487               transfers focus to previous window on OSX
1488             </li>
1489           </ul>
1490           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1491           <ul>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1494               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1495               box.
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1499               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1500               'look and feel' which has improved compatibility with the
1501               latest version of OSX.
1502             </li>
1503           </ul>
1504         </div></td>
1505     </tr>
1506     <tr>
1507       <td width="60" nowrap>
1508         <div align="center">
1509           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1510             <em>7/06/2018</em></strong>
1511         </div>
1512       </td>
1513       <td><div align="left">
1514           <em></em>
1515           <ul>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1518               annotation retrieved from Uniprot
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1522               onto the Jalview Desktop
1523             </li>
1524           </ul>
1525         </div></td>
1526       <td><div align="left">
1527           <em></em>
1528           <ul>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1531               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1535               right-hand column parsed correctly
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1539               not alignment area in exported graphic
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1543               window has input focus
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1547               annotation added to view (Windows)
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1551               network connectivity is poor
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1555               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1556                 the currently open URL and links from a page viewed in
1557                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1558                 you are using Edge, only links in the page can be
1559                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1560                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1561             </li>
1562           </ul>
1563           <em>New Known Defects</em>
1564           <ul>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1567               Annotation
1568             </li>
1569           </ul>
1570         </div></td>
1571     </tr>
1572     <tr>
1573       <td width="60" nowrap>
1574         <div align="center">
1575           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1576         </div>
1577       </td>
1578       <td><div align="left">
1579           <em></em>
1580           <ul>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1583               for disabling automatic superposition of multiple
1584               structures and open structures in existing views
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1588               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1589               adjust them.
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1593               Ensembl services
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1597               and lots of hidden columns
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1601               of features (particularly when transparency is disabled)
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1605               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1606               made generally available
1607             </li>
1608           </ul>
1609         </div></td>
1610       <td><div align="left">
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1614               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1618               overlapping alignment panel
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1622               sequence as gaps
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1626               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1627               UTR
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1631               factor annotation not added to sequence when local PDB
1632               file associated with it by drag'n'drop or structure
1633               chooser
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1637               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1641               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1645               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1649               columns in annotation row
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1653               not honored in batch mode
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1657               for structures added to existing Jmol view
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1661               entries after importing project with multiple views
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1665               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1666               with negative residue numbers or missing residues fails
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1670               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1671               files (e.g. as generated by CONSURF)
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1675               tooltip doesn't include a text description of mutation
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1679               structure and/or overview windows are also shown
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1683               regions very slow for alignments with large numbers of
1684               sequences
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1688               with 'StringIndexOutOfBounds'
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1692               Feel for OSX platforms running Java 10
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1696               view appears to do nothing because the view is hidden
1697               behind the alignment view
1698             </li>
1699           </ul>
1700           <em>Applet</em>
1701           <ul>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1704               should copy the group consensus when popup is opened on it
1705             </li>
1706           </ul>
1707           <em>Batch Mode</em>
1708           <ul>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1711               respected
1712             </li>
1713           </ul>
1714           <em>New Known Defects</em>
1715           <ul>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1718               editing a large alignment and overview is displayed
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1722               repeatedly after a series of edits even when the overview
1723               is no longer reflecting updates
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1727               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1728               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1729               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1733               CSV option gives blank output
1734             </li>
1735           </ul>
1736         </div></td>
1737     </tr>
1738     <tr>
1739       <td width="60" nowrap>
1740         <div align="center">
1741           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1742             <em>24/1/2018</em></strong>
1743         </div>
1744       </td>
1745       <td><div align="left">
1746           <ul>
1747             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1748               30th November 2018)</li>
1749           </ul>
1750         </div></td>
1751       <td><div align="left">
1752           <em>Desktop</em>
1753           <ul>
1754             <ul>
1755               <li>
1756                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1757                 several sequences and structures are selected for
1758                 viewing/superposing
1759               </li>
1760               <li>
1761                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1762                 vertically via trackpad and scrollwheel
1763               </li>
1764               <li>
1765                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1766                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1767                 start of alignment
1768               </li>
1769               <li>
1770                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1771                 scrolled into view if columns are hidden
1772               </li>
1773               <li>
1774                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1775                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1776                 hidden columns
1777               </li>
1778               <li>
1779                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1780                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1781                 effect
1782               </li>
1783               <li>
1784                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1785                 relationships when retrieving sequences from
1786                 EnsemblGenomes
1787               </li>
1788             </ul>
1789         </div></td>
1790     </tr>
1791     <tr>
1792       <td width="60" nowrap>
1793         <div align="center">
1794           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1795         </div>
1796       </td>
1797       <td><div align="left">
1798           <em></em>
1799           <ul>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1802               rendering of sequence features
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1806               429 rate limit request hander
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1810               their colours have changed
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1814               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1818               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1822               view from Ensembl locus cross-references
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1826               Alignment report
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1830               feature can be disabled
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1834               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1838               Uniprot
1839             </li>
1840           </ul>
1841           <em>Scripting</em>
1842           <ul>
1843             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1844             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1845               percent identity scores for current alignment.</li>
1846           </ul>
1847           <em>Testing and Deployment</em>
1848           <ul>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1851             </li>
1852           </ul>
1853         </div></td>
1854       <td><div align="left">
1855           <em>General</em>
1856           <ul>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1859               threshold text field doesn't trigger an update to the
1860               alignment view
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1864               strings in parallel
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1868               alignment window is closed
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1872               group visibility
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1876               takes a long time in Cursor mode
1877             </li>
1878           </ul>
1879           <em>Desktop</em>
1880           <ul>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1883               cannot be viewed in Chimera
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1887               CDS/Protein view
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1891               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1892               Search Dialogs
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1902               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1906               scrolling right in unwapped alignment view
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1910               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1911               database
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1915               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1919               features of same type and group to be selected for
1920               amending
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1924               alignments when hidden columns are present
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1928               displaying several structures
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1932               moving a window
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1936               within the Jalview desktop on OSX
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1940               when in wrapped alignment mode
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1944               hand end of alignment
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1948               each selected sequence do not have correct start/end
1949               positions
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1953               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1957               restoring project until a new view is created
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1961               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1962               configured (since 2.10.2b2)
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1966               position is adjusted
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1970               in a multi-chain structure when viewing alignment
1971               involving more than one chain (since 2.10)
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1975               if new selection moves alignment window
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1979               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1983               that produces correctly annotated transcripts and products
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1987               doesn't update associated structure view
1988             </li>
1989           </ul>
1990           <em>Applet</em><br />
1991           <ul>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1994               closing alignment panel
1995             </li>
1996           </ul>
1997           <em>BioJSON</em><br />
1998           <ul>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2001               non-positional features
2002             </li>
2003           </ul>
2004           <em>New Known Issues</em>
2005           <ul>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2008               sequence features correctly (for many previous versions of
2009               Jalview)
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2013               using cursor in wrapped panel other than top
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2017               graduated colour threshold
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2021               always preserve numbering and sequence features
2022             </li>
2023           </ul>
2024           <em>Known Java 9 Issues</em>
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2028               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2029               9.01, OSX 10.10)
2030             </li>
2031           </ul>
2032         </div></td>
2033     </tr>
2034     <tr>
2035       <td width="60" nowrap>
2036         <div align="center">
2037           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2038             <em>2/10/2017</em></strong>
2039         </div>
2040       </td>
2041       <td><div align="left">
2042           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2043           <ul>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2046               at uniprot.org
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2050               ebi.ac.uk
2051             </li>
2052           </ul>
2053         </div></td>
2054       <td><div align="left"></div></td>
2055     </tr>
2056     <tr>
2057       <td width="60" nowrap>
2058         <div align="center">
2059           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2060             <em>7/9/2017</em></strong>
2061         </div>
2062       </td>
2063       <td><div align="left">
2064           <em></em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2068               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2069               white)
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2073               Preferences
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2077               in size and progress bar shown as higher resolution
2078               overview is recalculated
2079             </li>
2080
2081           </ul>
2082         </div></td>
2083       <td><div align="left">
2084           <em></em>
2085           <ul>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2088               column region row by row
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2092               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2096               format setting is unticked
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2100               if group has show boxes format setting unticked
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2104               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2105               include sequences and columns not currently displayed
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2109               assemblies are imported via CIF file
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2113               displayed when threshold or conservation colouring is also
2114               enabled.
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2118               server version
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2122               dragging a selected region off the visible region of the
2123               alignment
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2127               colourscheme to all groups in a view
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2131               initially after font size change using the Font chooser or
2132               middle-mouse zoom
2133             </li>
2134           </ul>
2135         </div></td>
2136     </tr>
2137     <tr>
2138       <td width="60" nowrap>
2139         <div align="center">
2140           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2141         </div>
2142       </td>
2143       <td><div align="left">
2144           <em>Calculations</em>
2145           <ul>
2146
2147             <li>
2148               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2149               ungapped positions in each column of the alignment.
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2153               a calculation dialog box
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2157               and memory efficiency (~30x faster)
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2161               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2162               and other calculations
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2166               files within the Jalview codebase
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2170               Similarity may have different topology due to increased
2171               precision
2172             </li>
2173           </ul>
2174           <em>Rendering</em>
2175           <ul>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2178               model for alignments and groups
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2182               scripts
2183             </li>
2184           </ul>
2185           <em>Overview</em>
2186           <ul>
2187             <li>
2188               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2189               with alignment and overview windows
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2193               overview
2194             </li>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2197               omitted in Overview
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2201               adjustment of visible position
2202             </li>
2203           </ul>
2204
2205           <em>Data import/export</em>
2206           <ul>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2209               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2213               annotation input/output via stockholm flatfile
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2217               extension when importing structure files without embedded
2218               names or PDB accessions
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2222               format sequence substitution matrices
2223             </li>
2224           </ul>
2225           <em>User Interface</em>
2226           <ul>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2229               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2230               the application.
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2234               via Overview or sequence motif search operations
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2238               opened by double clicking gaps within sequence feature
2239               extent
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2243               aligned positions were available to create a 3D structure
2244               superposition.
2245             </li>
2246           </ul>
2247           <em>3D Structure</em>
2248           <ul>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2251               coloured in linked structure views
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2255               file-based command exchange
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2259               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2260               structures are already available for sequences
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2264               the Jalview project rather than downloaded again when the
2265               project is reopened.
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2269               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2270               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2271                 Feature</strong>)
2272             </li>
2273           </ul>
2274           <em>Web Services</em>
2275           <ul>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2281               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2282               Analysis services
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2286               cross-references provided by identifiers.org and the
2287               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2288             </li>
2289           </ul>
2290
2291           <em>Scripting</em>
2292           <ul>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2295               identifying file formats (instead of String constants)
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2299               efficiency when counting all displayed features (not
2300               backwards compatible with 2.10.1)
2301             </li>
2302           </ul>
2303           <em>Example files</em>
2304           <ul>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2307               included in the example feature file
2308             </li>
2309           </ul>
2310           <em>Documentation</em>
2311           <ul>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2314               with the built-in Java help viewer
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2318               sequence description' option
2319             </li>
2320           </ul>
2321           <em>Test Suite</em>
2322           <ul>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2325               Uniprot REST Free Text Search Client
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2332               during tests
2333             </li>
2334           </ul>
2335         </div></td>
2336       <td><div align="left">
2337           <em>Calculations</em>
2338           <ul>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2341               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2342               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2343             </li>
2344             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2345               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2346               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2347               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2348               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2349               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2350               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2351               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2352               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2353               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2354               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2355               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2356               // for 2.10.1 mode <br />
2357               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2358               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2359                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2360                 calculations (not recommended)</em></li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2363               scaling of branch lengths for trees computed using
2364               Sequence Feature Similarity.
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2368               generating output report when working with highly
2369               redundant alignments
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2373               right of selected region when gaps present on right-hand
2374               boundary
2375             </li>
2376           </ul>
2377           <em>User Interface</em>
2378           <ul>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2381               doesn't reselect a specific sequence's associated
2382               annotation after it was used for colouring a view
2383             </li>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2386               opened on a region of alignment without groups
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2390               of an alignment with overlapping groups
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2394               name and description match
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2398               hidden regions results in incorrect hidden regions
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2402               changing colour does not apply Conservation slider value
2403               to all groups
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2407               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2411               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2415               gaps before start of features
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2419               restored to UI when feature colour is edited
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2423               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2427               as graduate feature colour settings are modified via the
2428               dialog box
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2432               when a group defined on the alignment is resized
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2436               wrapped view result in positional status updates
2437             </li>
2438
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2441               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2445               alignment included gapped columns
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2449               widgets don't permanently disappear
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2453               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2454               T-Coffee column reliability scores)
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2458               sequence feature on gaps only
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2462               button from a Find inherit previously defined feature type
2463               rather than the Find query string
2464             </li>
2465             <li>
2466               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2467               exporting tree calculated in Jalview
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2471               and then revealing them reorders sequences on the
2472               alignment
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2476               doesn't update to reflect available set of groups after
2477               interactively adding or modifying features
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2481               Linux
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2485               only excluded gaps in current sequence and ignored
2486               selection.
2487             </li>
2488           </ul>
2489           <em>Rendering</em>
2490           <ul>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2493               erratically when hidden rows or columns are present
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2497               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2498               sequence colouring
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2502               colour and group colour menu for protein alignments
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2506               reflect currently selected view or group's shading
2507               thresholds
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2511               when rendered on overview and structures when opacity at
2512               100%
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2516               overview when features overlaid on alignment
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2520               recovered correctly from Jalview project file
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2524               opened (automatically via preferences) are different to
2525               the main alignment panel
2526             </li>
2527           </ul>
2528           <em>Data import/export</em>
2529           <ul>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2532               load
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2536               added after a sequence was imported are not written to
2537               Stockholm File
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2541               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2545               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2549               with lightGray or darkGray via features file (but can
2550               specify lightgray)
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2554               when alignment view imported from project
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2558               structure and sequences extracted from structure files
2559               imported via URL and viewed in Jmol
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2563               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2564               the project is loaded and the structure viewed
2565             </li>
2566           </ul>
2567           <em>Web Services</em>
2568           <ul>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2571               release of Ensembl v.88
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2575               appear enabled in Preferences->Connections
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2579               removed from console output
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2583               Ensembl by Peptide ID
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2587               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2588               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2589               due to 'null' string rather than empty string used for
2590               residues with no corresponding PDB mapping).
2591             </li>
2592           </ul>
2593           <em>Application UI</em>
2594           <ul>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2597               menu
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2601               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2602               new documentation and tooltips added)
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2606               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2610               new features are added to alignment
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2614               changes to feature colours via the Amend features dialog
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2618               edit graduated feature colour via amend features dialog
2619               box
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2623               selection menu changes colours of alignment views
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2627               from alignment calculation workers after alignment has
2628               been closed
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2632               groups now 'Create Group'
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2636               Create/Undefine group doesn't always work
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2640               shown again after pressing 'Cancel'
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2644               adjusts start position in wrap mode
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2648               ambiguous amino acids
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2652               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2653               proteins
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2657               Defined' don't appear in Colours menu
2658             </li>
2659           </ul>
2660           <em>Applet</em>
2661           <ul>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2664               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2668               overview or linked structure view
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2672               work (since 2.8)
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2676               user-defined colourscheme doesn't restore original
2677               colourscheme
2678             </li>
2679           </ul>
2680           <em>Test Suite</em>
2681           <ul>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2684               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2688               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2689               problems with deep array comparison equality asserts in
2690               successive versions of TestNG
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2694               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2695             </li>
2696           </ul>
2697           <em>New Known Issues</em>
2698           <ul>
2699             <li>
2700               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2701               phase after a sequence motif find operation
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2705               containing just upper and lower case letters are
2706               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2707             </li>
2708             <li>
2709               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2710               reliably from eggnog Ortholog database
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2714               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2715               to mark columns containing highlighted regions.
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2719               doesn't always add secondary structure annotation.
2720             </li>
2721           </ul>
2722         </div>
2723     <tr>
2724       <td width="60" nowrap>
2725         <div align="center">
2726           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2727         </div>
2728       </td>
2729       <td><div align="left">
2730           <em>General</em>
2731           <ul>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2734               for all consensus calculations
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2738               3rd Oct 2016)
2739             </li>
2740             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2741               for 2016-2017</li>
2742           </ul>
2743           <em>Application</em>
2744           <ul>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2747               set of database cross-references, sorted alphabetically
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2751               from database cross references. Users with custom links
2752               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2753                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2757               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2758               Chimera session
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2762               the Chimera it is connected to is shut down
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2766               columns menu item to mark columns containing highlighted
2767               regions (e.g. from structure selections or results of a
2768               Find operation)
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2772               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2773               MSAviewer
2774             </li>
2775           </ul>
2776         </div></td>
2777       <td>
2778         <div align="left">
2779           <em>General</em>
2780           <ul>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2783               are not coloured or thresholded according to percent
2784               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2788               hydrophobic
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2792               threshold, amino acid properties)
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2796               reported as mapped to residues in a structure file in the
2797               View Mapping report
2798             </li>
2799             <li>
2800               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2801               could be added multiple times to a sequence
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2805               bond features shown as two highlighted residues rather
2806               than a range in linked structure views, and treated
2807               correctly when selecting and computing trees from features
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2811               cross-references are matched to database name regardless
2812               of case
2813             </li>
2814
2815           </ul>
2816           <em>Application</em>
2817           <ul>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2820               names without regular expressions also offer links from
2821               Sequence ID
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2825               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2826               update Jalview configuration
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2830               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2834               files with similarly named sequences if dropped onto the
2835               alignment
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2839               entries where more chains exist in the PDB accession than
2840               are reported in the SIFTS file
2841             </li>
2842             <li>
2843               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2844               the structure view when displayed with Chimera
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2848               panel's View->Show Chains submenu
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2852               work for wrapped alignment views
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2856               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2860               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2861               first annotation row
2862             </li>
2863             <li>
2864               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2865               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2869               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2870             </li>
2871             <!-- JAL-2319 -->
2872             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2873             coordindate data
2874             </li>
2875           </ul>
2876           <!--           <em>New Known Issues</em>
2877           <ul>
2878             <li></li>
2879           </ul> -->
2880         </div>
2881       </td>
2882     </tr>
2883     <td width="60" nowrap>
2884       <div align="center">
2885         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2886           <em>25/10/2016</em></strong>
2887       </div>
2888     </td>
2889     <td><em>Application</em>
2890       <ul>
2891         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2892           view if structures already loaded</li>
2893         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2894           structure views</li>
2895       </ul></td>
2896     <td>
2897       <div align="left">
2898         <em>General</em>
2899         <ul>
2900           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2901             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2902           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2903             example sequences/projects/trees</li>
2904         </ul>
2905         <em>Application</em>
2906         <ul>
2907           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2908             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2909           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2910             without timeout for structures with multiple models or
2911             multiple sequences in alignment</li>
2912           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2913             PDB ID HEADER line</li>
2914           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2915             is performed</li>
2916           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2917             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2918           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2919           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2920             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2921             option</li>
2922           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2923             is created on the alignment</li>
2924           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2925             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2926             pop-up menu</li>
2927         </ul>
2928         <em>Build and deployment</em>
2929         <ul>
2930           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2931             tags</li>
2932         </ul>
2933         <em>New Known Issues</em>
2934         <ul>
2935           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2936             on Windows</li>
2937         </ul>
2938       </div>
2939     </td>
2940     </tr>
2941     <tr>
2942       <td width="60" nowrap>
2943         <div align="center">
2944           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2945         </div>
2946       </td>
2947       <td><em>General</em>
2948         <ul>
2949           <li>
2950             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2951           </li>
2952           <li>
2953             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2954             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2955             better PDB parsing.
2956           </li>
2957           <li>
2958             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2959             reference sequence
2960           </li>
2961           <li>
2962             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2963             mousing over sequence associated annotation
2964           </li>
2965           <li>
2966             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2967             for manual entry
2968           </li>
2969           <li>
2970             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2971             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2972             for each column
2973           </li>
2974           <li>
2975             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2976             showing or hiding columns containing a feature
2977           </li>
2978           <li>
2979             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2980             group and sequence associated annotation labels
2981           </li>
2982           <li>
2983             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2984             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2985             dialogs
2986           </li>
2987
2988         </ul> <em>Application</em>
2989         <ul>
2990           <li>
2991             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2992             gene/transcript view
2993           </li>
2994           <li>
2995             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2996             dialog
2997           </li>
2998           <li>
2999             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3000             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3001           </li>
3002           <li>
3003             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3004             Pfam sources to xfam.org
3005           </li>
3006           <li>
3007             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3008           </li>
3009           <li>
3010             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3011             over sequences in Jalview
3012           </li>
3013           <li>
3014             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3015             regions in ENA and EMBL
3016           </li>
3017           <li>
3018             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3019             for record retrieval via ENA rest API
3020           </li>
3021           <li>
3022             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3023             complement operator
3024           </li>
3025           <li>
3026             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3027             groovy script execution
3028           </li>
3029           <li>
3030             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3031             alignment window's Calculate menu
3032           </li>
3033           <li>
3034             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3035             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3036           </li>
3037           <li>
3038             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3039             calculation workers from groovy scripts
3040           </li>
3041           <li>
3042             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3043             Jalview projects
3044           </li>
3045           <li>
3046             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3047             associations are now saved/restored from project
3048           </li>
3049           <li>
3050             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3051             before sequence fetcher is opened
3052           </li>
3053           <li>
3054             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3055             database chooser opens a sequence fetcher
3056           </li>
3057           <li>
3058             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3059             the UniProt REST API
3060           </li>
3061           <li>
3062             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3063             the news reader opening
3064           </li>
3065           <li>
3066             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3067             querying stored in preferences
3068           </li>
3069           <li>
3070             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3071             search results
3072           </li>
3073           <li>
3074             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3075           </li>
3076           <li>
3077             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3078             menu for nucleotide sequences
3079           </li>
3080           <li>
3081             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3082             and feature counts preserves alignment ordering (and
3083             debugged for complex feature sets).
3084           </li>
3085           <li>
3086             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3087             viewing structures with Jalview 2.10
3088           </li>
3089           <li>
3090             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3091             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3092             Ensembl Genomes REST API
3093           </li>
3094           <li>
3095             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3096             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3097             (Ensembl)
3098           </li>
3099           <li>
3100             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3101             sequences
3102           </li>
3103           <li>
3104             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3105             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3106             data from external database records.
3107           </li>
3108           <li>
3109             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3110             efficient recovery of sequence coding and alignment
3111             annotation relationships.
3112           </li>
3113         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3114         <ul>
3115           <li>
3116             -- JAL---
3117           </li>
3118         </ul> --></td>
3119       <td>
3120         <div align="left">
3121           <em>General</em>
3122           <ul>
3123             <li>
3124               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3125               menu on OSX
3126             </li>
3127             <li>
3128               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3129               includes graduated colourschemes
3130             </li>
3131             <li>
3132               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3133               working with big alignments and lots of hidden columns
3134             </li>
3135             <li>
3136               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3137               at right of alignment window
3138             </li>
3139             <li>
3140               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3141               contents
3142             </li>
3143             <li>
3144               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3145               for DNA alignments
3146             </li>
3147             <li>
3148               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3149               based tree calculation
3150             </li>
3151             <li>
3152               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3153               unconserved enabled for group on alignment
3154             </li>
3155             <li>
3156               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3157               set as reference
3158             </li>
3159             <li>
3160               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3161               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3162               annotation
3163             </li>
3164             <li>
3165               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3166               hidden columns present
3167             </li>
3168             <li>
3169               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3170               user created annotation added to alignment
3171             </li>
3172             <li>
3173               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3174               '()' base pair annotation
3175             </li>
3176             <li>
3177               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3178               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3179               Consensus
3180             </li>
3181             <li>
3182               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3183               feature not working
3184             </li>
3185             <li>
3186               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3187               beginning of sequence
3188             </li>
3189             <li>
3190               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3191               entry 3a6s
3192             </li>
3193             <li>
3194               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3195               from a tree when t-coffee scores are shown
3196             </li>
3197             <li>
3198               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3199               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3200             </li>
3201             <li>
3202               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3203               some structures
3204             </li>
3205             <li>
3206               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3207               to Clustal, PIR and PileUp output
3208             </li>
3209             <li>
3210               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3211               not visible causes alignment window to repaint
3212             </li>
3213             <li>
3214               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3215               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3216               scores associated with features and annotation rows
3217             </li>
3218             <li>
3219               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3220               calculation should be case independent
3221             </li>
3222             <li>
3223               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3224               columns
3225             </li>
3226             <li>
3227               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3228               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3229               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3230             </li>
3231             <li>
3232               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3233               problems when reference sequence defined and 'show
3234               non-conserved' enabled
3235             </li>
3236             <li>
3237               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3238               load even when Consensus calculation is disabled
3239             </li>
3240             <li>
3241               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3242               alignment does nothing
3243             </li>
3244           </ul>
3245           <em>Application</em>
3246           <ul>
3247             <li>
3248               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3249               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3250               yet fixed for El Capitan)
3251             </li>
3252             <li>
3253               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3254               output when running on non-gb/us i18n platforms
3255             </li>
3256             <li>
3257               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3258               hidden sequences as flat-file alignment
3259             </li>
3260             <li>
3261               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3262               launching Chimera
3263             </li>
3264             <li>
3265               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3266               (also hotfix for 2.9.0b2)
3267             </li>
3268             <li>
3269               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3270               reference sequence defined
3271             </li>
3272             <li>
3273               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3274               alignments and views when revealing hidden columns
3275             </li>
3276             <li>
3277               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3278               view in a cDNA/Protein splitframe
3279             </li>
3280             <li>
3281               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3282               sequence from project when only one sequence is
3283               represented
3284             </li>
3285             <li>
3286               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3287               in Structure Chooser
3288             </li>
3289             <li>
3290               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3291               structure consensus didn't refresh annotation panel
3292             </li>
3293             <li>
3294               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3295               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3296             </li>
3297             <li>
3298               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3299               dialogs format columns correctly, don't display array
3300               data, sort columns according to type
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3304               file chooser is cancelled during an image export
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3308               sequence name containing special characters
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3312               case insensitive
3313             </li>
3314             <li>
3315               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3316               formatting don't wrap
3317             </li>
3318             <li>
3319               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3320               truncated so L looks like I in consensus annotation
3321             </li>
3322             <li>
3323               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3324               currently displayed features for the current selection or
3325               view
3326             </li>
3327             <li>
3328               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3329               after fetching cross-references, and restoring from
3330               project
3331             </li>
3332             <li>
3333               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3334               followed in the structure viewer
3335             </li>
3336             <li>
3337               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3338               splitframe not restored from project
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3342               trailing end of protein alignment in transcript/product
3343               splitview when pad-gaps not enabled by default
3344             </li>
3345             <li>
3346               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3347               is case dependent
3348             </li>
3349             <li>
3350               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3351               article has been read (reopened issue due to
3352               internationalisation problems)
3353             </li>
3354             <li>
3355               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3356               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3357               cross-references
3358             </li>
3359
3360             <li>
3361               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3362               alignment as HTML
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3366               multiple structures are shown for one or more sequences.
3367             </li>
3368             <li>
3369               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3370               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3371               is enabled.
3372             </li>
3373             <li>
3374               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3375               specific PDB id for sequence
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3379               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3380               columns' is disabled.
3381             </li>
3382             <li>
3383               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3384               selects lowest rather than highest resolution structures
3385               for each sequence
3386             </li>
3387             <li>
3388               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3389               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3390             </li>
3391             <li>
3392               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3393               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3394             </li>
3395             <li>
3396               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3397               after clicking on it to create new annotation for a
3398               column.
3399             </li>
3400             <li>
3401               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3402               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3403             </li>
3404             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3405             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3406           </ul>
3407           <em>Applet</em>
3408           <ul>
3409             <li>
3410               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3411               hidden columns present before start of sequence
3412             </li>
3413             <li>
3414               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3415               (JSON jars)
3416             </li>
3417             <li>
3418               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3419               sequences are hidden in applet
3420             </li>
3421             <li>
3422               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3423               deployment on examples pages.
3424             </li>
3425           </ul>
3426         </div>
3427       </td>
3428     </tr>
3429     <tr>
3430       <td width="60" nowrap>
3431         <div align="center">
3432           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3433             <em>16/10/2015</em></strong>
3434         </div>
3435       </td>
3436       <td><em>General</em>
3437         <ul>
3438           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3439             jars</li>
3440         </ul></td>
3441       <td>
3442         <div align="left">
3443           <em>Application</em>
3444           <ul>
3445             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3446               shown when tree is partitioned</li>
3447             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3448               multiple cDNA/Protein split views</li>
3449           </ul>
3450         </div>
3451       </td>
3452     </tr>
3453     <tr>
3454       <td width="60" nowrap>
3455         <div align="center">
3456           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3457             <em>8/10/2015</em></strong>
3458         </div>
3459       </td>
3460       <td><em>General</em>
3461         <ul>
3462           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3463             2.9</li>
3464         </ul> <em>Application</em>
3465         <ul>
3466           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3467           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3468           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3469         </ul> <em>Applet</em>
3470         <ul>
3471           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3472         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3473         <ul>
3474           <li>
3475             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3476             suite
3477           </li>
3478         </ul></td>
3479       <td>
3480         <div align="left">
3481           <em>General</em>
3482           <ul>
3483             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3484               incorrect when sequence start > 1</li>
3485             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3486               documentation</li>
3487             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3488             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3489               loading a features file containing HTML tags in feature
3490               description</li>
3491
3492           </ul>
3493           <em>Application</em>
3494           <ul>
3495             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3496               reimport</li>
3497             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3498               with 'trim retrieved sequences'</li>
3499             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3500               deleting selected columns</li>
3501             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3502               JNLP templates for webstart launch</li>
3503             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3504               unreleased structures for download or viewing</li>
3505             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3506               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3507             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3508               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3509             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3510               recovered from jalview project</li>
3511             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3512               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3513               alignment view</li>
3514             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3515               color schemes from BioJSON</li>
3516           </ul>
3517           <em>Applet</em>
3518           <ul>
3519             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3520               frame</li>
3521             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3522           </ul>
3523         </div>
3524       </td>
3525     </tr>
3526     <tr>
3527       <td><div align="center">
3528           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3529         </div></td>
3530       <td><em>General</em>
3531         <ul>
3532           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3533             alignments:
3534             <ul>
3535               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3536                 and DNA alignment views</li>
3537               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3538                 cDNA alignment views</li>
3539               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3540                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3541               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3542                 protein sequences</li>
3543             </ul>
3544           </li>
3545           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3546           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3547             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3548           <li>New alignment annotation file statements for
3549             reference sequences and marking hidden columns</li>
3550           <li>Reference sequence based alignment shading to
3551             highlight variation</li>
3552           <li>Select or hide columns according to alignment
3553             annotation</li>
3554           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3555           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3556             acid conservation row</li>
3557           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3558         </ul> <em>Application</em>
3559         <ul>
3560           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3561             <ul>
3562               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3563                 view with cDNA/Protein</li>
3564               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3565                 sequences are placed in the same alignment</li>
3566               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3567                 projects</li>
3568             </ul>
3569           </li>
3570
3571           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3572           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3573             Jalview windows</li>
3574
3575           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3576           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3577           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3578             be shown in VARNA</li>
3579
3580           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3581             as the active selected region</li>
3582
3583           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3584             similarity</li>
3585           <li>New Export options
3586             <ul>
3587               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3588                 region export in flat file generation</li>
3589
3590               <li>Export alignment views for display with the <a
3591                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3592
3593               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3594               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3595                 alignment figures to HTML</li>
3596           </li>
3597           <li>3D structure retrieval and display
3598             <ul>
3599               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3600                 Search API</li>
3601               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3602                 PDB structures for a sequence set</li>
3603             </ul>
3604           </li>
3605
3606           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3607             predictions</li>
3608           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3609             for one or a group of sequences</li>
3610           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3611             from the JPred4 web server</li>
3612           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3613             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3614             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3615           </li>
3616           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3617             VARNA 2D Structure'</li>
3618           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3619             Structure ..."</li>
3620
3621         </ul> <em>Applet</em>
3622         <ul>
3623           <li>New layout for applet example pages</li>
3624           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3625             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3626           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3627             Protein alignments</li>
3628         </ul> <em>Development and deployment</em>
3629         <ul>
3630           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3631           <li>Include installation type and git revision in build
3632             properties and console log output</li>
3633           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3634             storing BioJsMSA Templates</li>
3635           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3636         </ul></td>
3637       <td>
3638         <!-- <em>General</em>
3639         <ul>
3640         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3641         <ul>
3642           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3643           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3644           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3645             predictions are not highlighted in amber</li>
3646           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3647             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3648           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3649             associated structure views</li>
3650           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3651             width checkbox not enabled</li>
3652           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3653             creating user defined colours</li>
3654           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3655             mappings for just that viewer's sequences</li>
3656           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3657             multiple models in Chimera</li>
3658           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3659             over Jmol structure</li>
3660           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3661             output to text box</li>
3662           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3663             have incorrect sequence start/end</li>
3664           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3665             Jalview fails</li>
3666           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3667             work for nucleotide</li>
3668           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3669             to a grey/invisible alignment window</li>
3670           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3671             imports to different position</li>
3672           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3673             on some platforms</li>
3674           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3675             populated</li>
3676           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3677             console if Chimera has been opened</li>
3678           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3679           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3680             retrieved</li>
3681           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3682           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3683             either sequence shows on first structure</li>
3684           <li>'Show annotations' options should not make
3685             non-positional annotations visible</li>
3686           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3687             in right place after 'view flanking regions'</li>
3688           <li>File Save As type unset when current file format is
3689             unknown</li>
3690           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3691             projects</li>
3692           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3693             responsive</li>
3694           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3695             several views on same alignment</li>
3696           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3697           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3698             spaces</li>
3699         </ul> <em>Applet</em>
3700         <ul>
3701           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3702           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3703             descriptions containing angle brackets</li>
3704         </ul> <em>General</em>
3705         <ul>
3706           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3707             via jalview annotation file</li>
3708           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3709             with RNA secondary structure</li>
3710           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3711             translation doesn't work.</li>
3712           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3713           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3714             positions</li>
3715           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3716             choosing 1pt font</li>
3717           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3718             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3719             'h'</li>
3720           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3721             new feature</li>
3722           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3723             order dependent</li>
3724           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3725             sequences</li>
3726           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3727         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3728         <ul>
3729           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3730             www.jalview.org</li>
3731         </ul> <em>Application Known issues</em>
3732         <ul>
3733           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3734           <li>Misleading message appears after trying to delete
3735             solid column.</li>
3736           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3737             version launches</li>
3738           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3739             fails with a sequence mismatch</li>
3740           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3741             scrolling alignment to right</li>
3742           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3743             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3744           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3745             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3746           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3747             ultra-high resolution</li>
3748           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3749             quality and conservation</li>
3750           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3751             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3752         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3753         <ul>
3754           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3755           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3756             window is being resized</li>
3757
3758         </ul>
3759       </td>
3760     </tr>
3761     <tr>
3762       <td><div align="center">
3763           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3764         </div></td>
3765       <td><em>General</em>
3766         <ul>
3767           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3768             Certum.PL.</li>
3769           <li>Features and annotation preserved when performing
3770             pairwise alignment</li>
3771           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3772             imported/exported/displayed</li>
3773           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3774             protein secondary structure</li>
3775           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3776               post-hoc with 2.9 release</em>)
3777           </li>
3778
3779         </ul> <em>Application</em>
3780         <ul>
3781           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3782             with 3D structures</li>
3783           <li>Support for parsing RNAML</li>
3784           <li>Annotations menu for layout
3785             <ul>
3786               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3787               <li>place sequence annotation above/below alignment
3788                 annotation</li>
3789             </ul>
3790           <li>Output in Stockholm format</li>
3791           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3792             translation</li>
3793           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3794           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3795             shared between alignments</li>
3796           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3797             Jalview</li>
3798           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3799             all or current selection</li>
3800           <li>disorder and secondary structure predictions
3801             available as dataset annotation</li>
3802           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3803
3804
3805           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3806             alignments from Rfam</li>
3807           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3808
3809           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3810             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3811           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3812           <li>include installation type in build properties and
3813             console log output</li>
3814           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3815             annotation</li>
3816         </ul></td>
3817       <td>
3818         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3819         <ul>
3820           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3821             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3822           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3823             alignment</li>
3824           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3825           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3826           <li>Double click on sequence associated annotation
3827             selects only first column</li>
3828           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3829             leaves shown in tree</li>
3830           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3831             properly</li>
3832           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3833           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3834             screen and buttons not visible</li>
3835           <li>author list isn't updated if already written to
3836             Jalview properties</li>
3837           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3838             from database</li>
3839           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3840           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3841             browser search window</li>
3842           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3843             in feature settings dialog</li>
3844           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3845             desktop</li>
3846           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3847             pass validation</li>
3848           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3849             fit on screen</li>
3850           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3851             tooltip</li>
3852           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3853             defined user preset</li>
3854           <li>MSA web services warns user if they were launched
3855             with invalid input</li>
3856           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3857             Java 8</li>
3858           <li>
3859             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3860             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3861             created
3862           </li>
3863
3864         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3865         <ul>
3866         </ul> <em>General</em>
3867         <ul>
3868         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3869         <ul>
3870           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3871             memory allocation</li>
3872           <li>launchApp service doesn't automatically open
3873             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3874           <li>
3875             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3876             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3877             1.7_055 is available
3878           </li>
3879         </ul> <em>Application Known issues</em>
3880         <ul>
3881           <li>
3882             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3883             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3884             alignment to right
3885           </li>
3886           <li>
3887             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3888             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3889             with large number of ID
3890           </li>
3891           <li>
3892             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3893             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3894             start/end
3895           </li>
3896           <li>
3897             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3898             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3899             structure tracks are rearranged
3900           </li>
3901           <li>
3902             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3903             invalid rna structure positional highlighting does not
3904             highlight position of invalid base pairs
3905           </li>
3906           <li>
3907             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3908             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3909             project from alignment window file menu
3910           </li>
3911           <li>
3912             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3913             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3914             structures
3915           </li>
3916           <li>
3917             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3918             colour by RNA Helices not enabled when user created
3919             annotation added to alignment
3920           </li>
3921           <li>
3922             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3923             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3924           </li>
3925         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3926         <ul>
3927           <li>
3928             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3929             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3930           </li>
3931           <li>
3932             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3933             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3934           </li>
3935
3936           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3937             when selected</li>
3938         </ul>
3939       </td>
3940     </tr>
3941     <tr>
3942       <td><div align="center">
3943           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3944         </div></td>
3945       <td>
3946         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3947         <em>General</em>
3948         <ul>
3949           <li>Internationalisation of user interface (usually
3950             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3951           <li>Define/Undefine group on current selection with
3952             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3953           <li>Improved group creation/removal options in
3954             alignment/sequence Popup menu</li>
3955           <li>Sensible precision for symbol distribution
3956             percentages shown in logo tooltip.</li>
3957           <li>Annotation panel height set according to amount of
3958             annotation when alignment first opened</li>
3959         </ul> <em>Application</em>
3960         <ul>
3961           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3962             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3963           <li>Select columns containing particular features from
3964             Feature Settings dialog</li>
3965           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3966             sequences</li>
3967           <li>Update Jalview project format:
3968             <ul>
3969               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3970               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3971                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3972               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3973                 colouring</li>
3974             </ul>
3975           </li>
3976           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3977             (PAM250)</li>
3978           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3979             flanking regions for an alignment</li>
3980         </ul>
3981       </td>
3982       <td>
3983         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3984         <ul>
3985           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3986             running after job is cancelled</li>
3987           <li>cannot export features from alignments imported from
3988             Jalview/VAMSAS projects</li>
3989           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3990             float values</li>
3991           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3992             have 'display all symbols' flag set</li>
3993           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3994             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3995           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3996             Jalview</li>
3997           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3998             Lion/Webstart</li>
3999           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4000           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4001           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4002             alignment onto desktop</li>
4003           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4004             'extract scores' function</li>
4005           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4006             alignment window</li>
4007           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4008             performing IUPred disorder prediction</li>
4009           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4010             changing 'normalise logo' display setting</li>
4011           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4012             nothing matches query</li>
4013           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4014             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4015           </li>
4016           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4017             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4018           </li>
4019           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4020             Jalview's menu</li>
4021           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4022             'invalid literal/length code'</li>
4023           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4024             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4025           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4026             colourscheme</li>
4027
4028         </ul> <em>Applet</em>
4029         <ul>
4030           <li>Remove group option is shown even when selection is
4031             not a group</li>
4032           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4033             don't affect groups</li>
4034           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4035             colourscheme name</li>
4036           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4037             Annotation panel is not displayed</li>
4038           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4039             embedded windows</li>
4040         </ul> <em>Other</em>
4041         <ul>
4042           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4043             single sequence were not calculated</li>
4044           <li>annotation files that contain only groups imported as
4045             annotation and junk sequences</li>
4046           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4047             recognised as PFAM or BLC</li>
4048           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4049             doesn't affect background (2.8.0b1)
4050           <li></li>
4051           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4052           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4053             trailing gaps</li>
4054           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4055             registered correctly on import</li>
4056           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4057             certain alignments</li>
4058           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4059             existing annotation based 'use original colours'
4060             colourscheme loses original colours setting</li>
4061         </ul>
4062       </td>
4063     </tr>
4064     <tr>
4065       <td><div align="center">
4066           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4067             <em>30/1/2014</em></strong>
4068         </div></td>
4069       <td>
4070         <ul>
4071           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4072             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4073             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4074             open source project).
4075           </li>
4076           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4077           <li>Output in Stockholm format</li>
4078           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4079           <li>Export/import group and sequence associated line
4080             graph thresholds</li>
4081           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4082             ambiguity codes</li>
4083           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4084             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4085             works</li>
4086           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4087         </ul> <em>Other improvements</em>
4088         <ul>
4089           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4090           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4091             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4092           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4093             files</li>
4094           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4095           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4096             link but no description</li>
4097           <li>Select primary source when selecting authority in
4098             database fetcher GUI</li>
4099           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4100             Jalview</li>
4101           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4102         </ul>
4103       </td>
4104       <td>
4105         <ul>
4106           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4107             displayed</li>
4108           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4109             secondary structure annotation line</li>
4110           <li>Sequence database accessions not imported when
4111             fetching alignments from Rfam</li>
4112           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4113             identical IDs</li>
4114           <li>View all structures does not always superpose
4115             structures</li>
4116           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4117             reflect user or preset settings</li>
4118           <li>Null pointer exceptions for some services without
4119             presets or adjustable parameters</li>
4120           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4121             discover PDB xRefs</li>
4122           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4123             features with DAS</li>
4124           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4125             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4126           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4127             residue follows a gap</li>
4128           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4129             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4130           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4131             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4132           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4133             annotation already exists on alignment</li>
4134           <li>oninit javascript function should be called after
4135             initialisation completes</li>
4136           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4137             alignment window display</li>
4138           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4139           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4140             to annotation file</li>
4141           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4142             groups created</li>
4143           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4144             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4145           <li>Pressing return several times causes Number Format
4146             exceptions in keyboard mode</li>
4147           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4148             correct partitions for input data</li>
4149           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4150           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4151           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4152           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4153             mode</li>
4154           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4155             changes one row&#39;s threshold</li>
4156           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4157             doesn&#39;t open</li>
4158           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4159             quality histograms</li>
4160         </ul>
4161       </td>
4162     </tr>
4163     <tr>
4164       <td><div align="center">
4165           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4166         </div></td>
4167       <td><em>Application</em>
4168         <ul>
4169           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4170             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4171           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4172             preferences</li>
4173           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4174             in Jalview alignment window</li>
4175           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4176             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4177           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4178             RNA and ambiguity codes</li>
4179
4180           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4181           <li>Support fetching and database reference look up
4182             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4183             refs')</li>
4184           <li>Jalview project improvements
4185             <ul>
4186               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4187                 flag for annotation</li>
4188               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4189                 alignment</li>
4190               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4191                 Jalview project</li>
4192
4193             </ul>
4194           </li>
4195           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4196           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4197             running</li>
4198           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4199           <li>visual indication that web service results are still
4200             being retrieved from server</li>
4201           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4202             starts up for first time</li>
4203           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4204             services</li>
4205           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4206             client library</li>
4207           <li>Examples directory and Groovy library included in
4208             InstallAnywhere distribution</li>
4209         </ul> <em>Applet</em>
4210         <ul>
4211           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4212             visualization applet example</li>
4213         </ul> <em>General</em>
4214         <ul>
4215           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4216           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4217             defaults</li>
4218           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4219             calculation</li>
4220           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4221             matrices
4222           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4223             in HTML</li>
4224           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4225             structure contacts</li>
4226           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4227           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4228           <li>Parse sequence associated secondary structure
4229             information in Stockholm files</li>
4230           <li>HTML Export database accessions and annotation
4231             information presented in tooltip for sequences</li>
4232           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4233             style RNA alignment files</li>
4234           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4235             alignment</li>
4236           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4237             shade each sequence according to its associated alignment
4238             annotation</li>
4239           <li>New Jalview Logo</li>
4240         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4241         <ul>
4242           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4243           <li>New Website!</li>
4244         </ul></td>
4245       <td><em>Application</em>
4246         <ul>
4247           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4248             wsdbfetch REST service</li>
4249           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4250           <li>Filetype associations not installed for webstart
4251             launch</li>
4252           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4253             job execution in full once it is complete</li>
4254           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4255             uploaded via ali_file parameter</li>
4256           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4257           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4258           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4259             submitted for prediction</li>
4260           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4261             desktop window</li>
4262           <li>Putting fractional value into integer text box in
4263             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4264           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4265             windows 7</li>
4266           <li>View all structures fails with exception shown in
4267             structure view</li>
4268           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4269             escaped in a platform independent way</li>
4270           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4271             using proxy</li>
4272           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4273             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4274           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4275             failure when java web start temporary file caching is
4276             disabled</li>
4277           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4278             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4279           <li>Errors during processing of command line arguments
4280             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4281           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4282             DAS sources in sequence fetcher</li>
4283           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4284             dialog is shown</li>
4285           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4286           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4287           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4288           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4289             on OSX Mountain Lion</li>
4290           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4291             sequences with alignment annotation are pasted into the
4292             alignment</li>
4293           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4294             when loaded from Jalview project</li>
4295           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4296           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4297             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4298           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4299             associated with all views</li>
4300           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4301             annotation rows to new window</li>
4302         </ul> <em>Applet</em>
4303         <ul>
4304           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4305             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4306           <li>loading features via javascript API automatically
4307             enables feature display</li>
4308           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4309             work</li>
4310         </ul> <em>General</em>
4311         <ul>
4312           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4313           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4314             and then deselected</li>
4315           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4316           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4317             coloured with clustalx</li>
4318           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4319             exceptions and redraw errors</li>
4320           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4321             reconfigured view</li>
4322           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4323             colour</li>
4324           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4325             for lots of labels</li>
4326         </ul>
4327     </tr>
4328     <tr>
4329       <td>
4330         <div align="center">
4331           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4332         </div>
4333       </td>
4334       <td><em>Application</em>
4335         <ul>
4336           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4337           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4338           <li>View/alignment association menu to enable user to
4339             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4340             its colours/correspondences from</li>
4341           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4342           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4343             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4344           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4345           <li>Annotation row column label formatting attributes
4346             stored in project file</li>
4347           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4348             rows preserved in Jalview project file</li>
4349           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4350             saved using Desktop window menu</li>
4351           <li>Visual indication that command line arguments are
4352             still being processed</li>
4353           <li>Groovy script execution from URL</li>
4354           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4355             preferences</li>
4356           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4357             alignment with sequences that have high similarity and
4358             matching IDs</li>
4359           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4360           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4361             structures in same window</li>
4362           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4363           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4364             analysis function in its own submenu</li>
4365         </ul> <em>Applet</em>
4366         <ul>
4367           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4368             groups</li>
4369           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4370           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4371           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4372           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4373           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4374             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4375           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4376           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4377             parameters are treated as such</li>
4378           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4379             <ul>
4380               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4381               <li>Javascript callbacks for
4382                 <ul>
4383                   <li>Applet initialisation</li>
4384                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4385                 </ul>
4386               </li>
4387               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4388                 functions</li>
4389               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4390               <li>javascript structure viewer harness to pass
4391                 messages between Jmol and Jalview when running as
4392                 distinct applets</li>
4393               <li>sortBy method</li>
4394               <li>Set of applet and application examples shipped
4395                 with documentation</li>
4396               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4397                 javascript message exchange</li>
4398             </ul>
4399         </ul> <em>General</em>
4400         <ul>
4401           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4402             multiple alignments</li>
4403           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4404           <li>User configurable link to enable redirects to a
4405             www.Jalview.org mirror</li>
4406           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4407           <li>Configurable newline string when writing alignment
4408             and other flat files</li>
4409           <li>Allow alignment annotation description lines to
4410             contain html tags</li>
4411         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4412         <ul>
4413           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4414             examples</li>
4415           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4416             using a web service before displaying the result in the
4417             Jalview desktop</li>
4418           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4419           <li>Ant target to publish example html files with applet
4420             archive</li>
4421           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4422           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4423         </ul></td>
4424       <td><em>Application</em>
4425         <ul>
4426           <li>User defined colourscheme throws exception when
4427             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4428           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4429             dialog for valid filename/format</li>
4430           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4431           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4432             P37173</li>
4433           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4434             which sequence is to be associated with the file</li>
4435           <li>Find All raises null pointer exception when query
4436             only matches sequence IDs</li>
4437           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4438           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4439             2.4 cannot be loaded</li>
4440           <li>Filetype associations not installed for webstart
4441             launch</li>
4442           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4443             with sequences in different alignments do not get coloured
4444             by their associated sequence</li>
4445           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4446             not preserved when project is loaded</li>
4447           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4448             stored in Jalview project</li>
4449           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4450             Jalview project</li>
4451           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4452           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4453             by conservation</li>
4454           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4455             created on new view</li>
4456           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4457             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4458           <li>Alignment quality not updated after alignment
4459             annotation row is hidden then shown</li>
4460           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4461             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4462           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4463             properly</li>
4464           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4465             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4466           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4467           <li>Structures imported from file and saved in project
4468             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4469           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4470             job execution in full once it is complete</li>
4471         </ul> <em>Applet</em>
4472         <ul>
4473           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4474             annotation rows are displayed</li>
4475           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4476             codebase</li>
4477           <li>View follows highlighting does not work for positions
4478             in sequences</li>
4479           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4480           <li>Export features raises exception when no features
4481             exist</li>
4482           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4483             for javascript api is modified when separator string
4484             provided as parameter</li>
4485           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4486             alignment with no existing selection</li>
4487           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4488             to applet&#39;s codebase</li>
4489           <li>Status bar not updated after finished searching and
4490             search wraps around to first result</li>
4491           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4492             several Jalview applets causes race conditions and memory
4493             leaks</li>
4494           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4495             not sent from Jmol in applet</li>
4496           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4497             applet API fatally hang browser</li>
4498         </ul> <em>General</em>
4499         <ul>
4500           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4501             position with wrapped view and hidden regions</li>
4502           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4503             with/without hidden columns</li>
4504           <li>Sequence length given in alignment properties window
4505             is off by 1</li>
4506           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4507             import PDB like structure files</li>
4508           <li>Positional search results are only highlighted
4509             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4510           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4511           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4512             given sequence position</li>
4513           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4514             output</li>
4515           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4516             from nucleotide chains correctly</li>
4517           <li>Structure colours not updated when tree partition
4518             changed in alignment</li>
4519           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4520             parsed in interleaved stockholm</li>
4521           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4522             state</li>
4523           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4524             properly</li>
4525           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4526             properly associated with their pdb files</li>
4527         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4528         <ul>
4529           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4530             ApplyCopyright tool</li>
4531         </ul></td>
4532     </tr>
4533     <tr>
4534       <td>
4535         <div align="center">
4536           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4537         </div>
4538       </td>
4539       <td><em>Application</em>
4540         <ul>
4541           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4542             contact web services</li>
4543           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4544             service job window</li>
4545           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4546         </ul></td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4550             pir file emitted by Jalview</li>
4551           <li>Existing feature settings transferred to new
4552             alignment view created from cut'n'paste</li>
4553           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4554             parsing PDB files</li>
4555           <li>Consensus and conservation annotation rows
4556             occasionally become blank for all new windows</li>
4557           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4558             in wrapped view mode</li>
4559         </ul> <em>Application</em>
4560         <ul>
4561           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4562             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4563           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4564             parameter names</li>
4565           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4566             is down</li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569     </tr>
4570     <tr>
4571       <td>
4572         <div align="center">
4573           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4574         </div>
4575       </td>
4576       <td><em>Application</em>
4577         <ul>
4578           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4579             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4580             (JABAWS)
4581           </li>
4582           <li>Web Services preference tab</li>
4583           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4584             preferences</li>
4585           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4586           <li>Superpose structures using associated sequence
4587             alignment</li>
4588           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4589             viewer</li>
4590         </ul> <em>Applet</em>
4591         <ul>
4592           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4593             link out mechanism</li>
4594         </ul> <em>Other</em>
4595         <ul>
4596           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4597             series 12</li>
4598           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4599             require Java 1.5</li>
4600           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4601             sequence annotation files</li>
4602           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4603             type colour specification</li>
4604           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4605             script to check if it being run in an interactive session or
4606             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4607         </ul></td>
4608       <td>
4609         <ul>
4610           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4611             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4612         </ul> <em>Application</em>
4613         <ul>
4614           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4615             selected Regions menu item</li>
4616           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4617             part of a valid accession ID</li>
4618           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4619             runs out of memory</li>
4620           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4621             analysis results</li>
4622           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4623             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4624           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4625         </ul> <em>Applet</em>
4626         <ul>
4627           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4628             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4629             defined.</li>
4630         </ul>
4631       </td>
4632     </tr>
4633     <tr>
4634       <td>
4635         <div align="center">
4636           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4637         </div>
4638       </td>
4639       <td></td>
4640       <td>
4641         <ul>
4642           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4643             sequence IDs</li>
4644           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4645             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4646           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4647             import correctly</li>
4648           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4649             number of columns are hidden</li>
4650           <li>annotation label popup menu not providing correct
4651             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4652             present</li>
4653           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4654             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4655           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4656             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4657
4658         </ul> <em>Applet</em>
4659         <ul>
4660           <li>annotation panel disappears when annotation is
4661             hidden/removed</li>
4662         </ul> <em>Application</em>
4663         <ul>
4664           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4665             alignment opened where annotation panel is visible but no
4666             annotations are present on alignment</li>
4667           <li>pasted region containing hidden columns is
4668             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4669           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4670             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4671           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4672             selected Rregions menu item.</li>
4673           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4674             'Un' or 'Non'conserved</li>
4675           <li>Sequence feature settings are being shared by
4676             multiple distinct alignments</li>
4677           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4678             changed</li>
4679           <li>double click on group annotation to select sequences
4680             does not propagate to associated trees</li>
4681           <li>Mac OSX specific issues:
4682             <ul>
4683               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4684                 window background</li>
4685               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4686                 name set correctly</li>
4687               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4688                 save feature colourscheme button</li>
4689             </ul>
4690           </li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693     </tr>
4694     <tr>
4695
4696       <td>
4697         <div align="center">
4698           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4699         </div>
4700       </td>
4701       <td><em>New Capabilities</em>
4702         <ul>
4703           <li>URL links generated from description line for
4704             regular-expression based URL links (applet and application)
4705
4706
4707           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4708             menu</li>
4709           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4710             structures</li>
4711           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4712             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4713           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4714             average score or total feature count for each sequence.</li>
4715           <li>Shading features by score or associated description</li>
4716           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4717             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4718           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4719             hide everything but the currently selected region.</li>
4720           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4721         </ul> <em>Application</em>
4722         <ul>
4723           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4724             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4725           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4726             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4727           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4728             database references and protein_name is parsed as
4729             description line (BioSapiens terms).</li>
4730           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4731             references in sequence ID tooltip from View menu in
4732             application.</li>
4733           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4734       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4735           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4736             conservation plots</li>
4737           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4738             and visualized as sequence logos</li>
4739           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4740             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4741           </li>
4742           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4743             when a new tree is opened.</li>
4744           <li>Jalview Java Console</li>
4745           <li>Better placement of desktop window when moving
4746             between different screens.</li>
4747           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4748             consensus annotation</li>
4749           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4750             Workflows</li>
4751           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4752             <ul>
4753               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4754                 used to preserve views, structures, and tree display
4755                 settings)</li>
4756               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4757                 command line</li>
4758               <li>Sharing of selected regions between views and
4759                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4760               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4761             </ul></li>
4762         </ul> <em>Applet</em>
4763         <ul>
4764           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4765           <li>New Parameters
4766             <ul>
4767               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4768                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4769                 opened.</li>
4770               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4771                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4772               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4773                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4774               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4775                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4776                 view</li>
4777               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4778                 increase the height or width of a cell in the alignment
4779                 grid relative to the current font size.</li>
4780             </ul>
4781           </li>
4782           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4783             tooltip</li>
4784         </ul> <em>Other</em>
4785         <ul>
4786           <li>Features format: graduated colour definitions and
4787             specification of feature scores</li>
4788           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4789             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4790             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4791           <li>XML formats extended to support graduated feature
4792             colourschemes, group associated annotation, and profile
4793             visualization settings.</li></td>
4794       <td>
4795         <ul>
4796           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4797             rather than description</li>
4798           <li>Non-positional features are now included in sequence
4799             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4800             visibility in tooltip).</li>
4801           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4802           <li>Added URL embedding instructions to features file
4803             documentation.</li>
4804           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4805             'X' in peptide product</li>
4806           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4807             sequence ID and sequence string and query strings do not
4808             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4809           <li>AMSA files only contain first column of
4810             multi-character column annotation labels</li>
4811           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4812             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4813             exported and re-imported)</li>
4814           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4815             name</li>
4816           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4817             as subsequence matches, and correctly reports total number
4818             of both.</li>
4819           <li>Application:
4820             <ul>
4821               <li>Better handling of exceptions during sequence
4822                 retrieval</li>
4823               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4824                 link text excludes the start_end suffix</li>
4825               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4826                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4827               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4828               <li>Sequence description lines properly shared via
4829                 VAMSAS</li>
4830               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4831                 data sources</li>
4832               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4833                 completes before alignment figures are generated.</li>
4834               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4835                 first time.</li>
4836               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4837                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4838               <li>User defined group colours properly recovered
4839                 from Jalview projects.</li>
4840             </ul>
4841           </li>
4842         </ul>
4843       </td>
4844
4845     </tr>
4846     <tr>
4847       <td>
4848         <div align="center">
4849           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4850         </div>
4851       </td>
4852       <td>
4853         <ul>
4854           <li>Experimental support for google analytics usage
4855             tracking.</li>
4856           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4857         </ul>
4858       </td>
4859       <td>
4860         <ul>
4861           <li>Race condition in applet preventing startup in
4862             jre1.6.0u12+.</li>
4863           <li>Exception when feature created from selection beyond
4864             length of sequence.</li>
4865           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4866           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4867             all sequences with a given id</li>
4868           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4869             ID string searches</li>
4870           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4871             alignment to fail with exception</li>
4872         </ul> <em>Application Issues</em>
4873         <ul>
4874           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4875           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4876             data sources</li>
4877         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4878         <ul>
4879           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4880             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4881           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4882             version (java class versioning error fixed)</li>
4883         </ul>
4884       </td>
4885     </tr>
4886     <tr>
4887       <td>
4888
4889         <div align="center">
4890           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4891         </div>
4892       </td>
4893       <td><em>User Interface</em>
4894         <ul>
4895           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4896             translation and protein products</li>
4897           <li>Linked highlighting of structure associated with
4898             residue mapping to codon position</li>
4899           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4900             and 'clear' button</li>
4901           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4902             Tools menu</li>
4903           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4904             numeric data in description line</li>
4905           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4906           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4907             of sequence</li>
4908         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4909         <ul>
4910           <li>JPred3 web service</li>
4911           <li>Prototype sequence search client (no public services
4912             available yet)</li>
4913           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4914             PFAM</li>
4915           <li>URL Links created for matching database cross
4916             references as well as sequence ID</li>
4917           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4918         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4919         <ul>
4920           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4921             databases</li>
4922           <li>Generalised database reference retrieval and
4923             validation to all fetchable databases</li>
4924           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4925             sequence command</li>
4926         </ul> <em>Import and Export</em>
4927         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4928         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4929           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4930         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4931           File</li>
4932         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4933           triplet as name of colourscheme</li>
4934         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4935         <ul>
4936           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4937           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4938             alignments (experimental)</li>
4939           <li>Create new or select existing session to join</li>
4940           <li>load and save of vamsas documents</li>
4941         </ul> <em>Application command line</em>
4942         <ul>
4943           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4944             from applet)</li>
4945           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4946             of DAS servers to query for alignment features</li>
4947           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4948             that are also automatically queried for features</li>
4949           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4950             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4951         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4952         <ul>
4953           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4954             application (when using &quot;View in full
4955             application&quot;)</li>
4956         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4957         <ul>
4958           <li>feature group display control parameter</li>
4959           <li>debug parameter</li>
4960           <li>showbutton parameter</li>
4961         </ul> <em>Applet API methods</em>
4962         <ul>
4963           <li>newView public method</li>
4964           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4965           <li>Feature display control methods</li>
4966           <li>get list of currently selected sequences</li>
4967         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4968         <ul>
4969           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4970           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4971             Jalview release.</li>
4972           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4973             property controls execution of obfuscator</li>
4974           <li>Build target for generating source distribution</li>
4975           <li>Debug flag for javacc</li>
4976           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4977             jalview.bin.Cache</li>
4978           <li>Continuous Build Integration for stable and
4979             development version of Application, Applet and source
4980             distribution</li>
4981         </ul></td>
4982       <td>
4983         <ul>
4984           <li>selected region output includes visible annotations
4985             (for certain formats)</li>
4986           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4987             for editing</li>
4988           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4989           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4990           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4991           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4992             comments</li>
4993           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4994             filenames containing a ':'</li>
4995           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4996             global sequence features</li>
4997           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4998             references from alignment sequences goes to zero</li>
4999           <li>Close of tree branch colour box without colour
5000             selection causes cascading exceptions</li>
5001           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5002           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5003             file parsing fails.</li>
5004           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5005           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5006             not a valid output format</li>
5007           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5008             vamsas</li>
5009           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5010           <li>error messages passed up and output when data read
5011             fails</li>
5012           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5013             sequence is edited</li>
5014           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5015             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5016           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5017             filetype</li>
5018           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5019             import fixed for PFAM records</li>
5020           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5021             window list</li>
5022           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5023             can be read and written correctly to annotation file</li>
5024           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5025             correctly</li>
5026           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5027             non-italic font for representatives in Applet</li>
5028           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5029             Macs.</li>
5030           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5031             Applet)</li>
5032           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5033             due to null pointer exceptions</li>
5034           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5035             first column of alignment</li>
5036           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5037             July 2008</li>
5038           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5039             file is case-insensitive</li>
5040           <li>Sequence features read from Features file appended to
5041             all sequences with matching IDs</li>
5042           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5043             containing a sub-sequence</li>
5044           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5045           <li>feature and annotation file applet parameters
5046             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5047           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5048           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5049             splash-screen version check to complete</li>
5050           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5051             when passing them to the launchApp service</li>
5052           <li>display name and local features preserved in results
5053             retrieved from web service</li>
5054           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5055             sequence fetcher initialisation</li>
5056           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5057             dasobert DAS client</li>
5058           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5059             association</li>
5060           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5061             sequences
5062           </li>
5063         </ul>
5064       </td>
5065     </tr>
5066     <tr>
5067       <td>
5068         <div align="center">
5069           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5070         </div>
5071       </td>
5072       <td>
5073         <ul>
5074           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5075           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5076           <li>Slide sequences</li>
5077           <li>Edit sequence in place</li>
5078           <li>EMBL CDS features</li>
5079           <li>DAS Feature mapping</li>
5080           <li>Feature ordering</li>
5081           <li>Alignment Properties</li>
5082           <li>Annotation Scores</li>
5083           <li>Sort by scores</li>
5084           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5085         </ul>
5086       </td>
5087       <td>
5088         <ul>
5089           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5090           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5091           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5092           <li>Feature group display state in XML</li>
5093           <li>Feature ordering in XML</li>
5094           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5095           <li>Stockholm alignment properties</li>
5096           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5097           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5098           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5099           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5100         </ul>
5101       </td>
5102
5103     </tr>
5104     <tr>
5105       <td>
5106         <div align="center">
5107           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5108         </div>
5109       </td>
5110       <td>
5111         <ul>
5112           <li>Non standard characters can be read and displayed
5113           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5114             applet via textbox
5115           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5116             name &amp; description
5117           <li>Preference setting to display sequence name in
5118             italics
5119           <li>Annotation file format extended to allow
5120             Sequence_groups to be defined
5121           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5122             specified in preferences
5123           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5124             sequences
5125         </ul>
5126       </td>
5127       <td>
5128         <ul>
5129           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5130             installed
5131           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5132           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5133         </ul>
5134       </td>
5135     </tr>
5136     <tr>
5137       <td>
5138         <div align="center">
5139           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5140         </div>
5141       </td>
5142       <td>
5143         <ul>
5144           <li>Multiple views on alignment
5145           <li>Sequence feature editing
5146           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5147           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5148           <li>Background dependent text colour
5149           <li>Right align sequence ids
5150           <li>User-defined lower case residue colours
5151           <li>Format Menu
5152           <li>Select Menu
5153           <li>Menu item accelerator keys
5154           <li>Control-V pastes to current alignment
5155           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5156           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5157           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5158
5159
5160           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5161         </ul>
5162       </td>
5163       <td>
5164         <ul>
5165           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5166           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5167             calculations
5168           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5169             edits
5170           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5171             of alignment)
5172           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5173
5174
5175           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5176             display correctly
5177           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5178           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5179             analysis results
5180           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5181             &#8739;
5182           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5183           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5184           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5185
5186
5187         </ul>
5188       </td>
5189     </tr>
5190     <tr>
5191       <td>
5192         <div align="center">
5193           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5194         </div>
5195       </td>
5196       <td>
5197         <ul>
5198           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5199         </ul>
5200       </td>
5201       <td>
5202         <ul>
5203           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5204             sequence id panel has been resized</li>
5205           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5206             rendered</li>
5207           <li>Annotation files with sequence references - all
5208             elements in file are relative to sequence position</li>
5209           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5210         </ul>
5211       </td>
5212     </tr>
5213     <tr>
5214       <td>
5215         <div align="center">
5216           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5217         </div>
5218       </td>
5219       <td>
5220         <ul>
5221           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5222           <li>DAS Feature fetching</li>
5223           <li>Hide sequences and columns</li>
5224           <li>Export Annotations and Features</li>
5225           <li>GFF file reading / writing</li>
5226           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5227             files</li>
5228           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5229           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5230           <li>Applet can launch the full application</li>
5231           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5232             required)</li>
5233           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5234           <li>Applet can load sequences from parameter
5235             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5236           </li>
5237         </ul>
5238       </td>
5239       <td>
5240         <ul>
5241           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5242           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5243           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5244         </ul>
5245       </td>
5246     </tr>
5247     <tr>
5248       <td>
5249         <div align="center">
5250           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5251         </div>
5252       </td>
5253       <td>
5254         <ul>
5255           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5256           <li>Choose to match case when searching</li>
5257           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5258             expand the visible width and height of the alignment</li>
5259         </ul>
5260       </td>
5261       <td>
5262         <ul>
5263           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5264         </ul>
5265       </td>
5266     </tr>
5267     <tr>
5268       <td>
5269         <div align="center">
5270           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5271         </div>
5272       </td>
5273       <td>&nbsp;</td>
5274       <td>
5275         <ul>
5276           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5277           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5278             value</li>
5279         </ul>
5280       </td>
5281     </tr>
5282     <tr>
5283       <td>
5284         <div align="center">
5285           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5286         </div>
5287       </td>
5288       <td>
5289         <ul>
5290           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5291           <li>Keyboard editing</li>
5292           <li>Create sequence features from searches</li>
5293           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5294             alignments</li>
5295           <li>Features file allows grouping of features</li>
5296           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5297           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5298           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5299         </ul>
5300       </td>
5301       <td>
5302         <ul>
5303           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5304           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5305             descriptions saved.</li>
5306         </ul>
5307       </td>
5308     </tr>
5309     <tr>
5310       <td>
5311         <div align="center">
5312           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5313         </div>
5314       </td>
5315       <td>
5316         <ul>
5317           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5318           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5319           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5320             name for file output</li>
5321           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5322           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5323             used for HTML form input</li>
5324         </ul>
5325       </td>
5326       <td>
5327         <ul>
5328           <li>HTML output writes groups and features</li>
5329           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5330           <li>File IO bugs</li>
5331         </ul>
5332       </td>
5333     </tr>
5334     <tr>
5335       <td>
5336         <div align="center">
5337           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5338         </div>
5339       </td>
5340       <td>
5341         <ul>
5342           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5343           <li>More options for PCA viewer</li>
5344         </ul>
5345       </td>
5346       <td>
5347         <ul>
5348           <li>GUI bugs resolved</li>
5349           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5350         </ul>
5351       </td>
5352     </tr>
5353     <tr>
5354       <td height="63">
5355         <div align="center">
5356           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5357         </div>
5358       </td>
5359       <td>
5360         <ul>
5361           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5362           <li>Jar files are executable</li>
5363           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5364         </ul>
5365       </td>
5366       <td>
5367         <ul>
5368           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5369           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5370           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5371         </ul>
5372       </td>
5373     </tr>
5374     <tr>
5375       <td>
5376         <div align="center">
5377           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5378         </div>
5379       </td>
5380       <td>
5381         <ul>
5382           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5383         </ul>
5384       </td>
5385       <td>
5386         <ul>
5387           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5388         </ul>
5389       </td>
5390     </tr>
5391     <tr>
5392       <td>
5393         <div align="center">
5394           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5395         </div>
5396       </td>
5397       <td>
5398         <ul>
5399           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5400             size</li>
5401         </ul>
5402       </td>
5403       <td>
5404         <ul>
5405           <li>Improved JPred client reliability</li>
5406           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5407         </ul>
5408       </td>
5409     </tr>
5410     <tr>
5411       <td>
5412         <div align="center">
5413           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5414         </div>
5415       </td>
5416       <td>
5417         <ul>
5418           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5419           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5420           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5421             to Colour Menu</li>
5422           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5423           <li>Unix users can set default web browser</li>
5424           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5425           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5426         </ul>
5427       </td>
5428       <td>
5429         <ul>
5430           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5431         </ul>
5432       </td>
5433     </tr>
5434     <tr>
5435       <td>
5436         <div align="center">
5437           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5438         </div>
5439       </td>
5440       <td>&nbsp;</td>
5441       <td>
5442         <ul>
5443           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5444             alignment order.</li>
5445         </ul>
5446       </td>
5447     </tr>
5448     <tr>
5449       <td>
5450         <div align="center">
5451           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5452         </div>
5453       </td>
5454       <td>
5455         <ul>
5456           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5457           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5458           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5459             annotations.</li>
5460           <li>Version and build date written to build properties
5461             file.</li>
5462           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5463             at launch of Jalview.</li>
5464         </ul>
5465       </td>
5466       <td>
5467         <ul>
5468           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5469           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5470           <li>Can remove groups one by one.</li>
5471           <li>Filechooser icons installed.</li>
5472           <li>Finder ignores return character when searching.
5473             Return key will initiate a search.<br>
5474           </li>
5475         </ul>
5476       </td>
5477     </tr>
5478     <tr>
5479       <td>
5480         <div align="center">
5481           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5482         </div>
5483       </td>
5484       <td>
5485         <ul>
5486           <li>New codebase</li>
5487         </ul>
5488       </td>
5489       <td>&nbsp;</td>
5490     </tr>
5491   </table>
5492   <p>&nbsp;</p>
5493 </body>
5494 </html>