help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted alignments from Pfam and Rfam
  80           </li>
  81           <li>
  82           <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File import (no longer based on .gz extension)
  83           </li>
  84           <li></li>
  85         </ul>
  86       </td>
  87       <td align="left" valign="top">
  88         <ul>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
  91             alignment (Since Jalview 2.10.3)
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
  95             doesn't slide selected sequences
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
  99             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 103             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 104             '%s'" on the console
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 108             when there are both local and complementary features mapped
 109             to the position under the cursor
 110           </li>
 111         </ul>
 112       </td>
 113     </tr>
 114     <tr>
 115       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 116           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 117           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 118       <td align="left" valign="top">
 119         <ul>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 122             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 123             for display in alignments, on structure views (including
 124             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 125             export.
 126           </li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 129             exported and re-imported as GFF3 files
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 133             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 137             validation while parsing
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 141             position if reopened
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 145             of associated view
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 149             enabled by default
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 153             tooltips and menus
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 157             with no feature types visible
 158           </li>
 159           <li>
 160           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 161           </li>
 162         </ul><em>Jalview Installer</em>
 163             <ul>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 166             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 173           </li>
 174               <li>
 175                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 176               <li>
 177                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 178         </ul> <em>Release processes</em>
 179         <ul>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 185           </li>
 186         </ul> <em>Build System</em>
 187         <ul>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 193             report
 194           </li>
 195         </ul>
 196         <em>Groovy Scripts</em>
 197             <ul>
 198           <li>
 199             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 200             to stdout containing the consensus sequence for each
 201             alignment in a Jalview session
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 205             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 206             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 207           </li>
 208         </ul>
 209       </td>
 210       <td align="left" valign="top">
 211         <ul>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 214             'Show hidden markers' option is not ticked
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 218             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 219             jalview preferences or properties file
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 223             'Show Sequence Features' option is not ticked
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 227             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 228             features are visible
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 232             equal when split frame is first opened
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 236             correct after editing a sequence's start position
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 240             with annotation and exceptions thrown when only a few
 241             columns shown in wrapped mode
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 245             wrapped alignment figure with annotations
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 249             ID fails with ClassCastException
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 253             Project
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 257             feature settings dialog also selects columns
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 261             IllegalArgumentException in some circumstances
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 265             opened for a view
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 269             alignment window is closed
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 273             help documentation for 2.11.0 release
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 277             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 278             Uniprot Accession
 279           </li>
 280         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 281         <ul>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 284             PDB/Uniprot search panel
 285           </li>
 286         </ul> <em>Installer</em>
 287         <ul>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 290             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 291           </li>
 292         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 293         <ul>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 296             repository
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 300             memory
 301           </li>
 302         </ul> <em>New Known Issues</em>
 303         <ul>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 306             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 307             command line
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 311             clipped in headless figure export when Right Align option
 312             enabled
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 316             'Source' in console output
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 320             bamboo server but run fine locally.
 321           </li>
 322         </ul>
 323       </td>
 324     </tr>
 325     <tr>
 326       <td width="60" align="center" nowrap>
 327           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 328             <em>04/07/2019</em></strong>
 329       </td>
 330       <td align="left" valign="top">
 331         <ul>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 334             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 335             source project) rather than InstallAnywhere
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 339             settings, receive over the air updates and launch specific
 340             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 341               Rings' GetDown</a>)
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 345             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 349             arguments and switch between different getdown channels
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 353             or alignment files
 354           </li>
 355
 356           <li>
 357             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 358             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 361             'Translate as cDNA'</li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 364           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 365             <ul>
 366                       <li>
 367             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 368             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 369           <li>
 370                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 371                 features can be filtered and shaded according to any
 372                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 373                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 374                 file)
 375               </li>
 376               <li>
 377                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 378                 stored and restored from Jalview Projects
 379               </li>
 380               <li>
 381                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 382                 recognise variant features
 383               </li>
 384               <li>
 385                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 386                 sequences (also coloured red by default)
 387               </li>
 388               <li>
 389                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 390                 details
 391               </li>
 392               <li>
 393                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 394                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 395               </li>
 396               <li>
 397                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 398                 dialog
 399               </li>
 400             </ul>
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 404             tree and PCA calculations
 405           </li>
 406           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 407             <ul>
 408               <li>
 409                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 410                 and Viewer state saved in Jalview Project
 411               </li>
 412               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 413                 drop-down menus</li>
 414               <li>
 415                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 416                 incrementally
 417               </li>
 418               <li>
 419                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 420               </li>
 421             </ul>
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 425           </li>
 426           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 427           <ul>
 428               <li>
 429                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 430                 multiple groups when working with large alignments
 431               </li>
 432               <li>
 433                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 434                 Stockholm files
 435               </li>
 436             </ul>
 437           <li><strong>User Interface</strong>
 438           <ul>
 439               <li>
 440                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 441                 view
 442               </li>
 443               <li>
 444                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 445                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 446                 default (can be changed in user preferences)
 447               </li>
 448               <li>
 449                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 450                 to the Overwrite Dialog
 451               </li>
 452               <li>
 453                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 454                 sequences are hidden
 455               </li>
 456               <li>
 457                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 458                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 459               </li>
 460               <li>
 461                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 462                 labels
 463               </li>
 464               <li>
 465                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 466                 when in wrapped mode
 467               </li>
 468               <li>
 469                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 470                 annotation
 471               </li>
 472               <li>
 473                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 474               </li>
 475               <li>
 476                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 477                 panel
 478               </li>
 479               <li>
 480                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 481                 popup menu
 482               </li>
 483               <li>
 484               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 485               <li>
 486               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 487
 488
 489             </ul></li>
 490             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 491           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 492             <ul>
 493               <li>
 494                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 495                 trapping CMD-Q
 496               </li>
 497             </ul></li>
 498         </ul>
 499         <em>Deprecations</em>
 500         <ul>
 501           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 502             capabilities removed from the Jalview Desktop
 503           </li>
 504           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 505             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 506             and XML based data retrieval clients</li>
 507           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 508           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 509         </ul> <em>Documentation</em>
 510         <ul>
 511           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 512             not supported in EPS figure export
 513           </li>
 514           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 515         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 516         <ul>
 517           <li>
 518           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 519           </li>
 520       <li>
 521       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 522           <li>
 523           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 524             gradle-eclipse
 525           </li>
 526           <li>
 527           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 528             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 529             execution
 530           </li>
 531           <li>
 532           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 533             operations
 534           </li>
 535           <li>
 536           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 537             issues resolved
 538           </li>
 539           <li>
 540           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 541             markdown (with HTML rendering)
 542           </li>
 543           <li>
 544           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 545           </li>
 546           <li>
 547           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 548             versions of Jalview
 549           </li>
 550         </ul>
 551       </td>
 552       <td align="left" valign="top">
 553         <ul>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 559             superposition in Jmol fail on Windows
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 563             structures for sequences with lots of PDB structures
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 567             monospaced font
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 571             project involving multiple views
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 575             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 576             Annotation dialog hides columns
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 580             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 581             one view, then making another selection in the other view
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 585             columns
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 589             Settings and Jalview Preferences panels
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 593             overview with large alignments
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 597             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 598             mouse moved to the left of the first column
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 602             hidden column marker via scale popup menu
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 606             doesn't tell users the invalid URL
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 610             score from view
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 614             show cross references or Fetch Database References are shown in
 615             red in original view
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 619             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 623             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 627             when columns are hidden
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 631             Columns by Annotation description
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 635             out of Scale or Annotation Panel
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 639             scale panel
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 643             alignment down
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 647             scale panel
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 651             Page Up in wrapped mode
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 655           </li>
 656           <li>
 657             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 661             on opening an alignment
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 665             Colour menu
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 669             different groups in the alignment are selected
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 673             correctly in menu
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 677             threshold limit
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 681             threshold gets 'unrounded'
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 685             colour
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 695             Tree font
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 699             project file
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 703             shown in complementary view
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 707             without normalisation
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 711             of report
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 715           </li>
 716           <li>
 717           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 718           </li>
 719         </ul> <em>Editing</em>
 720         <ul>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 723             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 724             sequence
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 728             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 729             removed (Known defect since 2.10)
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 733             dialog corrupts dataset sequence
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 737             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 738           </li>
 739         </ul> <em>Datamodel</em>
 740         <ul>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 743             sequence's End is greater than its length
 744           </li>
 745         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 746           general release)</em>
 747         <ul>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 750           </li>
 751         </ul> <em>New Known Defects</em>
 752         <ul>
 753         <li>
 754         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 755         </li>
 756         <li>
 757           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 758           regions of protein alignment.
 759         </li>
 760         <li>
 761           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 762           is restored from a Jalview 2.11 project
 763         </li>
 764         <li>
 765           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 766           'New View'
 767         </li>
 768         <li>
 769           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 770           columns within hidden columns
 771         </li>
 772         <li>
 773           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 774           window after dragging left to select columns to left of visible
 775           region
 776         </li>
 777         <li>
 778           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 779           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 780           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 781           create a Score filter instead.
 782         </li>
 783         <li>
 784         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 785         <li>
 786         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 787         </li>
 788         <li>
 789           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 790           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 791         </li>
 792         </ul>
 793         <em>Java 11 Specific defects</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 797               alphabetically when saved
 798             </li>
 799         </ul>
 800       </td>
 801     </tr>
 802     <tr>
 803     <td width="60" nowrap>
 804       <div align="center">
 805         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 806       </div>
 807     </td>
 808     <td><div align="left">
 809         <em></em>
 810         <ul>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 813               InstallAnywhere increased to 1G.
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 817               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 818               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 819                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 820                 properties file.</em>
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 824               API and sequence data now imported as JSON.
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 828               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 829               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 830               property.
 831             </li>
 832           </ul>
 833           <em>Development</em>
 834           <ul>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 837               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 838                 Clover</a>
 839             </li>
 840           </ul>
 841         </div></td>
 842     <td><div align="left">
 843         <em></em>
 844         <ul>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 847               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 848               alignment.
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 852               annotation displayed.
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 856               for newly created group when 'Apply to all groups'
 857               selected
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 861               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 862               visible.
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 866               when sequences are selected in exported view.</em>
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 870               aren't rendered with correct colour.
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 874               types of knotted RNA secondary structure.
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 878               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 879               do not start at 1.
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 883               annotation when columns are inserted into an alignment,
 884               and when exporting as Stockholm flatfile.
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 888               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 889               treated as RNA secondary structure.
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 893               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 897               transfers focus to previous window on OSX
 898             </li>
 899           </ul>
 900           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 901           <ul>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 904               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 905               box.
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 909               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 910               'look and feel' which has improved compatibility with the
 911               latest version of OSX.
 912             </li>
 913           </ul>
 914         </div>
 915     </td>
 916     </tr>
 917     <tr>
 918       <td width="60" nowrap>
 919         <div align="center">
 920           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 921             <em>7/06/2018</em></strong>
 922         </div>
 923       </td>
 924       <td><div align="left">
 925           <em></em>
 926           <ul>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 929               annotation retrieved from Uniprot
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 933               onto the Jalview Desktop
 934             </li>
 935           </ul>
 936         </div></td>
 937       <td><div align="left">
 938           <em></em>
 939           <ul>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 942               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 946               right-hand column parsed correctly
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 950               not alignment area in exported graphic
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 954               window has input focus
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 958               annotation added to view (Windows)
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 962               network connectivity is poor
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 966               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 967                 the currently open URL and links from a page viewed in
 968                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 969                 you are using Edge, only links in the page can be
 970                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 971                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 972             </li>
 973           </ul>
 974           <em>New Known Defects</em>
 975           <ul>
 976             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 977           </ul>
 978         </div></td>
 979     </tr>
 980     <tr>
 981       <td width="60" nowrap>
 982         <div align="center">
 983           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 984         </div>
 985       </td>
 986       <td><div align="left">
 987           <em></em>
 988           <ul>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 991               for disabling automatic superposition of multiple
 992               structures and open structures in existing views
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 996               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 997               adjust them.
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1001               Ensembl services
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1005               and lots of hidden columns
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1009               of features (particularly when transparency is disabled)
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1013               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1014               generally available
1015             </li>
1016           </ul>
1017           </div>
1018       </td>
1019       <td><div align="left">
1020           <ul>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1023               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1027               overlapping alignment panel
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1031               sequence as gaps
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1035               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1036               UTR
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1040               factor annotation not added to sequence when local PDB
1041               file associated with it by drag'n'drop or structure
1042               chooser
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1046               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1050               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1054               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1058               columns in annotation row
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1062               honored in batch mode
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1066               for structures added to existing Jmol view
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1070               entries after importing project with multiple views
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1074               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1075               with negative residue numbers or missing residues fails
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1079               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1080               as generated by CONSURF)
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1084               tooltip doesn't include a text description of mutation
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1088               structure and/or overview windows are also shown
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1092               very slow for alignments with large numbers of sequences
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1096               with 'StringIndexOutOfBounds'
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1100               platforms running Java 10
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1104               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1105             </li>
1106           </ul>
1107           <em>Applet</em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1111               should copy the group consensus when popup is opened on it
1112             </li>
1113           </ul>
1114           <em>Batch Mode</em>
1115           <ul>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1118           </li>
1119           </ul>
1120           <em>New Known Defects</em>
1121           <ul>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1124               editing a large alignment and overview is displayed
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1128               repeatedly after a series of edits even when the overview
1129               is no longer reflecting updates
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1133               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1134               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1135               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1139               option gives blank output
1140             </li>
1141           </ul>
1142         </div>
1143           </td>
1144     </tr>
1145     <tr>
1146       <td width="60" nowrap>
1147         <div align="center">
1148           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1149         </div>
1150       </td>
1151       <td><div align="left">
1152           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1153               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1154       <td><div align="left">
1155           <em>Desktop</em><ul>
1156           <ul>
1157             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1158             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1159             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1160             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1161             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1162             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1163             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1164           </ul>
1165           </div>
1166       </td>
1167     </tr>
1168     <tr>
1169       <td width="60" nowrap>
1170         <div align="center">
1171           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1172         </div>
1173       </td>
1174       <td><div align="left">
1175           <em></em>
1176           <ul>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1179               rendering of sequence features
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1183               429 rate limit request hander
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1187               their colours have changed
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1191               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1195               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1199               view from Ensembl locus cross-references
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1203               Alignment report
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1207               feature can be disabled
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1211               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1215               Uniprot
1216             </li>
1217           </ul>
1218           <em>Scripting</em>
1219           <ul>
1220             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1221             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1222               percent identity scores for current alignment.</li>
1223           </ul>
1224           <em>Testing and Deployment</em>
1225           <ul>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1228             </li>
1229           </ul>
1230         </div></td>
1231       <td><div align="left">
1232           <em>General</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1236               threshold text field doesn't trigger an update to the
1237               alignment view
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1241               strings in parallel
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1245               alignment window is closed
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1249               group visibility
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1253               takes a long time in Cursor mode
1254             </li>
1255           </ul>
1256           <em>Desktop</em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1260               cannot be viewed in Chimera
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1264               CDS/Protein view
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1268               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1269               Search Dialogs
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1279               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1283               scrolling right in unwapped alignment view
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1287               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1288               database
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1292               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1296               features of same type and group to be selected for
1297               amending
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1301               alignments when hidden columns are present
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1305               displaying several structures
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1309               moving a window
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1313               within the Jalview desktop on OSX
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1317               when in wrapped alignment mode
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1321               hand end of alignment
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1325               each selected sequence do not have correct start/end
1326               positions
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1330               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1334               restoring project until a new view is created
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1338               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1339               configured (since 2.10.2b2)
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1343               position is adjusted
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1347               in a multi-chain structure when viewing alignment
1348               involving more than one chain (since 2.10)
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1352               if new selection moves alignment window
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1356               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1360               that produces correctly annotated transcripts and products
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1364               doesn't update associated structure view
1365             </li>
1366           </ul>
1367           <em>Applet</em><br />
1368           <ul>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1371               closing alignment panel
1372             </li>
1373           </ul>
1374           <em>BioJSON</em><br />
1375           <ul>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1378               non-positional features
1379             </li>
1380           </ul>
1381           <em>New Known Issues</em>
1382           <ul>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1385               sequence features correctly (for many previous versions of
1386               Jalview)
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1390               using cursor in wrapped panel other than top
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1394               graduated colour threshold
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1398               always preserve numbering and sequence features
1399             </li>
1400           </ul>
1401           <em>Known Java 9 Issues</em>
1402           <ul>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1405               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1406               9.01, OSX 10.10)
1407             </li>
1408           </ul>
1409         </div></td>
1410     </tr>
1411     <tr>
1412       <td width="60" nowrap>
1413         <div align="center">
1414           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1415             <em>2/10/2017</em></strong>
1416         </div>
1417       </td>
1418       <td><div align="left">
1419           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1423             </li>
1424             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1425             </li>
1426           </ul>
1427         </div></td>
1428       <td><div align="left">
1429         </div></td>
1430     </tr>
1431     <tr>
1432       <td width="60" nowrap>
1433         <div align="center">
1434           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1435             <em>7/9/2017</em></strong>
1436         </div>
1437       </td>
1438       <td><div align="left">
1439           <em></em>
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1443               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1444               white)
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1448               Preferences
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1452               in size and progress bar shown as higher resolution
1453               overview is recalculated
1454             </li>
1455
1456           </ul>
1457         </div></td>
1458       <td><div align="left">
1459           <em></em>
1460           <ul>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1463               column region row by row
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1467               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1471               format setting is unticked
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1475               if group has show boxes format setting unticked
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1479               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1480               include sequences and columns not currently displayed
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1484               assemblies are imported via CIF file
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1488               displayed when threshold or conservation colouring is also
1489               enabled.
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1493               server version
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1497               dragging a selected region off the visible region of the
1498               alignment
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1502               colourscheme to all groups in a view
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1506               initially after font size change using the Font chooser or
1507               middle-mouse zoom
1508             </li>
1509           </ul>
1510         </div></td>
1511     </tr>
1512     <tr>
1513       <td width="60" nowrap>
1514         <div align="center">
1515           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1516         </div>
1517       </td>
1518       <td><div align="left">
1519           <em>Calculations</em>
1520           <ul>
1521
1522             <li>
1523               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1524               ungapped positions in each column of the alignment.
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1528               a calculation dialog box
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1532               and memory efficiency (~30x faster)
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1536               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1537               and other calculations
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1541               files within the Jalview codebase
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1545               Similarity may have different topology due to increased
1546               precision
1547             </li>
1548           </ul>
1549           <em>Rendering</em>
1550           <ul>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1553               model for alignments and groups
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1557               scripts
1558             </li>
1559           </ul>
1560           <em>Overview</em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1564               with alignment and overview windows
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1568               overview
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1572               omitted in Overview
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1576               adjustment of visible position
1577             </li>
1578           </ul>
1579
1580           <em>Data import/export</em>
1581           <ul>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1584               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1588               annotation input/output via stockholm flatfile
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1592               extension when importing structure files without embedded
1593               names or PDB accessions
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1597               format sequence substitution matrices
1598             </li>
1599           </ul>
1600           <em>User Interface</em>
1601           <ul>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1604               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1605               the application.
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1609               via Overview or sequence motif search operations
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1613               opened by double clicking gaps within sequence feature
1614               extent
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1618               aligned positions were available to create a 3D structure
1619               superposition.
1620             </li>
1621           </ul>
1622           <em>3D Structure</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1626               coloured in linked structure views
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1630               file-based command exchange
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1634               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1635               structures are already available for sequences
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1639               the Jalview project rather than downloaded again when the
1640               project is reopened.
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1644               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1645               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1646                 Feature</strong>)
1647             </li>
1648           </ul>
1649           <em>Web Services</em>
1650           <ul>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1656               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1657               Analysis services
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1661               cross-references provided by identifiers.org and the
1662               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1663             </li>
1664           </ul>
1665
1666           <em>Scripting</em>
1667           <ul>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1670               identifying file formats (instead of String constants)
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1674               efficiency when counting all displayed features (not
1675               backwards compatible with 2.10.1)
1676             </li>
1677           </ul>
1678           <em>Example files</em>
1679           <ul>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1682               included in the example feature file
1683             </li>
1684           </ul>
1685           <em>Documentation</em>
1686           <ul>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1689               with the built-in Java help viewer
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1693               sequence description' option
1694             </li>
1695           </ul>
1696           <em>Test Suite</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1700               Uniprot REST Free Text Search Client
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1707               during tests
1708             </li>
1709           </ul>
1710         </div></td>
1711       <td><div align="left">
1712           <em>Calculations</em>
1713           <ul>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1716               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1717               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1718             </li>
1719             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1720               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1721               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1722               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1723               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1724               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1725               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1726               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1727               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1728               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1729               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1730               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1731               // for 2.10.1 mode <br />
1732               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1733               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1734                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1735                 calculations (not recommended)</em></li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1738               scaling of branch lengths for trees computed using
1739               Sequence Feature Similarity.
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1743               generating output report when working with highly
1744               redundant alignments
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1748               right of selected region when gaps present on right-hand
1749               boundary
1750             </li>
1751           </ul>
1752           <em>User Interface</em>
1753           <ul>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1756               doesn't reselect a specific sequence's associated
1757               annotation after it was used for colouring a view
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1761               opened on a region of alignment without groups
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1765               of an alignment with overlapping groups
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1769               name and description match
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1773               hidden regions results in incorrect hidden regions
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1777               changing colour does not apply Conservation slider value
1778               to all groups
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1782               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1786               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1790               gaps before start of features
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1794               restored to UI when feature colour is edited
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1798               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1802               as graduate feature colour settings are modified via the
1803               dialog box
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1807               when a group defined on the alignment is resized
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1811               wrapped view result in positional status updates
1812             </li>
1813
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1816               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1820               alignment included gapped columns
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1824               widgets don't permanently disappear
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1828               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1829               T-Coffee column reliability scores)
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1833               sequence feature on gaps only
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1837               button from a Find inherit previously defined feature type
1838               rather than the Find query string
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1842               exporting tree calculated in Jalview
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1846               and then revealing them reorders sequences on the
1847               alignment
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1851               doesn't update to reflect available set of groups after
1852               interactively adding or modifying features
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1856               Linux
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1860               only excluded gaps in current sequence and ignored
1861               selection.
1862             </li>
1863           </ul>
1864           <em>Rendering</em>
1865           <ul>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1868               erratically when hidden rows or columns are present
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1872               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1873               sequence colouring
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1877               colour and group colour menu for protein alignments
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1881               reflect currently selected view or group's shading
1882               thresholds
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1886               when rendered on overview and structures when opacity at
1887               100%
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1891               overview when features overlaid on alignment
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1895               recovered correctly from Jalview project file
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1899               (automatically via preferences) are different to the main
1900               alignment panel
1901             </li>
1902           </ul>
1903           <em>Data import/export</em>
1904           <ul>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1907               load
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1911               added after a sequence was imported are not written to
1912               Stockholm File
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1916               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1920               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1924               with lightGray or darkGray via features file (but can
1925               specify lightgray)
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1929               when alignment view imported from project
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1933               structure and sequences extracted from structure files
1934               imported via URL and viewed in Jmol
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1938               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1939               the project is loaded and the structure viewed
1940             </li>
1941           </ul>
1942           <em>Web Services</em>
1943           <ul>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1946               release of Ensembl v.88
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1950               appear enabled in Preferences->Connections
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1954               removed from console output
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1958               Ensembl by Peptide ID
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1962               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1963               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1964               due to 'null' string rather than empty string used for
1965               residues with no corresponding PDB mapping).
1966             </li>
1967           </ul>
1968           <em>Application UI</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1972               menu
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1976               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1977               new documentation and tooltips added)
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1981               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1985               new features are added to alignment
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1989               changes to feature colours via the Amend features dialog
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1993               edit graduated feature colour via amend features dialog
1994               box
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1998               selection menu changes colours of alignment views
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2002               from alignment calculation workers after alignment has
2003               been closed
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2007               groups now 'Create Group'
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2011               Create/Undefine group doesn't always work
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2015               shown again after pressing 'Cancel'
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2019               adjusts start position in wrap mode
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2023               ambiguous amino acids
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2027               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2028               proteins
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2032               Defined' don't appear in Colours menu
2033             </li>
2034           </ul>
2035           <em>Applet</em>
2036           <ul>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2039               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2043               overview or linked structure view
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2047               work (since 2.8)
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2051               user-defined colourscheme doesn't restore original
2052               colourscheme
2053             </li>
2054           </ul>
2055           <em>Test Suite</em>
2056           <ul>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2059               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2063               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2064               problems with deep array comparison equality asserts in
2065               successive versions of TestNG
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2069               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2070             </li>
2071           </ul>
2072           <em>New Known Issues</em>
2073           <ul>
2074             <li>
2075               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2076               phase after a sequence motif find operation
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2080               containing just upper and lower case letters are
2081               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2085               reliably from eggnog Ortholog database
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2089               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2090               to mark columns containing highlighted regions.
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2094               doesn't always add secondary structure annotation.
2095             </li>
2096           </ul>
2097         </div>
2098     <tr>
2099       <td width="60" nowrap>
2100         <div align="center">
2101           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2102         </div>
2103       </td>
2104       <td><div align="left">
2105           <em>General</em>
2106           <ul>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2109               for all consensus calculations
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2113               3rd Oct 2016)
2114             </li>
2115             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2116               for 2016-2017</li>
2117           </ul>
2118           <em>Application</em>
2119           <ul>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2122               set of database cross-references, sorted alphabetically
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2126               from database cross references. Users with custom links
2127               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2128                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2132               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2133               Chimera session
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2137               the Chimera it is connected to is shut down
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2141               columns menu item to mark columns containing highlighted
2142               regions (e.g. from structure selections or results of a
2143               Find operation)
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2147               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2148               MSAviewer
2149             </li>
2150           </ul>
2151         </div></td>
2152       <td>
2153         <div align="left">
2154           <em>General</em>
2155           <ul>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2158               are not coloured or thresholded according to percent
2159               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2163               hydrophobic
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2167               threshold, amino acid properties)
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2171               reported as mapped to residues in a structure file in the
2172               View Mapping report
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2176               could be added multiple times to a sequence
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2180               bond features shown as two highlighted residues rather
2181               than a range in linked structure views, and treated
2182               correctly when selecting and computing trees from features
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2186               cross-references are matched to database name regardless
2187               of case
2188             </li>
2189
2190           </ul>
2191           <em>Application</em>
2192           <ul>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2195               names without regular expressions also offer links from
2196               Sequence ID
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2200               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2201               update Jalview configuration
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2205               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2209               files with similarly named sequences if dropped onto the
2210               alignment
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2214               entries where more chains exist in the PDB accession than
2215               are reported in the SIFTS file
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2219               the structure view when displayed with Chimera
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2223               panel's View->Show Chains submenu
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2227               work for wrapped alignment views
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2231               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2235               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2236               first annotation row
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2240               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2244               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2245             </li>
2246             <!-- JAL-2319 -->
2247             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2248             coordindate data
2249             </li>
2250           </ul>
2251           <!--           <em>New Known Issues</em>
2252           <ul>
2253             <li></li>
2254           </ul> -->
2255         </div>
2256       </td>
2257     </tr>
2258     <td width="60" nowrap>
2259       <div align="center">
2260         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2261           <em>25/10/2016</em></strong>
2262       </div>
2263     </td>
2264     <td><em>Application</em>
2265       <ul>
2266         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2267           view if structures already loaded</li>
2268         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2269           structure views</li>
2270       </ul></td>
2271     <td>
2272       <div align="left">
2273         <em>General</em>
2274         <ul>
2275           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2276             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2277           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2278             example sequences/projects/trees</li>
2279         </ul>
2280         <em>Application</em>
2281         <ul>
2282           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2283             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2284           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2285             without timeout for structures with multiple models or
2286             multiple sequences in alignment</li>
2287           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2288             PDB ID HEADER line</li>
2289           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2290             is performed</li>
2291           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2292             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2293           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2294           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2295             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2296             option</li>
2297           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2298             is created on the alignment</li>
2299           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2300             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2301             pop-up menu</li>
2302         </ul>
2303         <em>Build and deployment</em>
2304         <ul>
2305           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2306             tags</li>
2307         </ul>
2308         <em>New Known Issues</em>
2309         <ul>
2310           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2311             on Windows</li>
2312         </ul>
2313       </div>
2314     </td>
2315     </tr>
2316     <tr>
2317       <td width="60" nowrap>
2318         <div align="center">
2319           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2320         </div>
2321       </td>
2322       <td><em>General</em>
2323         <ul>
2324           <li>
2325             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2329             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2330             better PDB parsing.
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2334             reference sequence
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2338             mousing over sequence associated annotation
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2342             for manual entry
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2346             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2347             for each column
2348           </li>
2349           <li>
2350             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2351             showing or hiding columns containing a feature
2352           </li>
2353           <li>
2354             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2355             group and sequence associated annotation labels
2356           </li>
2357           <li>
2358             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2359             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2360             dialogs
2361           </li>
2362
2363         </ul> <em>Application</em>
2364         <ul>
2365           <li>
2366             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2367             gene/transcript view
2368           </li>
2369           <li>
2370             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2371             dialog
2372           </li>
2373           <li>
2374             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2375             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2376           </li>
2377           <li>
2378             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2379             Pfam sources to xfam.org
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2383           </li>
2384           <li>
2385             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2386             over sequences in Jalview
2387           </li>
2388           <li>
2389             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2390             regions in ENA and EMBL
2391           </li>
2392           <li>
2393             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2394             for record retrieval via ENA rest API
2395           </li>
2396           <li>
2397             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2398             complement operator
2399           </li>
2400           <li>
2401             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2402             groovy script execution
2403           </li>
2404           <li>
2405             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2406             alignment window's Calculate menu
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2410             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2411           </li>
2412           <li>
2413             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2414             calculation workers from groovy scripts
2415           </li>
2416           <li>
2417             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2418             Jalview projects
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2422             associations are now saved/restored from project
2423           </li>
2424           <li>
2425             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2426             before sequence fetcher is opened
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2430             database chooser opens a sequence fetcher
2431           </li>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2434             the UniProt REST API
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2438             the news reader opening
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2442             querying stored in preferences
2443           </li>
2444           <li>
2445             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2446             search results
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2450           </li>
2451           <li>
2452             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2453             menu for nucleotide sequences
2454           </li>
2455           <li>
2456             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2457             and feature counts preserves alignment ordering (and
2458             debugged for complex feature sets).
2459           </li>
2460           <li>
2461             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2462             viewing structures with Jalview 2.10
2463           </li>
2464           <li>
2465             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2466             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2467             Ensembl Genomes REST API
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2471             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2472             (Ensembl)
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2476             sequences
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2480             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2481             data from external database records.
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2485             efficient recovery of sequence coding and alignment
2486             annotation relationships.
2487           </li>
2488         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2489         <ul>
2490           <li>
2491             -- JAL---
2492           </li>
2493         </ul> --></td>
2494       <td>
2495         <div align="left">
2496           <em>General</em>
2497           <ul>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2500               menu on OSX
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2504               includes graduated colourschemes
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2508               working with big alignments and lots of hidden columns
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2512               at right of alignment window
2513             </li>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2516               contents
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2520               for DNA alignments
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2524               based tree calculation
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2528               unconserved enabled for group on alignment
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2532               set as reference
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2536               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2537               annotation
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2541               hidden columns present
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2545               user created annotation added to alignment
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2549               '()' base pair annotation
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2553               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2554               Consensus
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2558               feature not working
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2562               beginning of sequence
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2566               entry 3a6s
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2570               from a tree when t-coffee scores are shown
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2574               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2578               some structures
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2582               to Clustal, PIR and PileUp output
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2586               not visible causes alignment window to repaint
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2590               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2591               scores associated with features and annotation rows
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2595               calculation should be case independent
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2599               columns
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2603               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2604               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2608               problems when reference sequence defined and 'show
2609               non-conserved' enabled
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2613               load even when Consensus calculation is disabled
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2617               alignment does nothing
2618             </li>
2619           </ul>
2620           <em>Application</em>
2621           <ul>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2624               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2625               yet fixed for El Capitan)
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2629               output when running on non-gb/us i18n platforms
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2633               hidden sequences as flat-file alignment
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2637               launching Chimera
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2641               (also hotfix for 2.9.0b2)
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2645               reference sequence defined
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2649               alignments and views when revealing hidden columns
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2653               view in a cDNA/Protein splitframe
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2657               sequence from project when only one sequence is
2658               represented
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2662               in Structure Chooser
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2666               structure consensus didn't refresh annotation panel
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2670               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2674               dialogs format columns correctly, don't display array
2675               data, sort columns according to type
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2679               file chooser is cancelled during an image export
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2683               sequence name containing special characters
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2687               case insensitive
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2691               formatting don't wrap
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2695               truncated so L looks like I in consensus annotation
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2699               currently displayed features for the current selection or
2700               view
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2704               after fetching cross-references, and restoring from
2705               project
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2709               followed in the structure viewer
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2713               splitframe not restored from project
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2717               trailing end of protein alignment in transcript/product
2718               splitview when pad-gaps not enabled by default
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2722               is case dependent
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2726               article has been read (reopened issue due to
2727               internationalisation problems)
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2731               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2732               cross-references
2733             </li>
2734
2735             <li>
2736               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2737               alignment as HTML
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2741               multiple structures are shown for one or more sequences.
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2745               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2746               is enabled.
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2750               specific PDB id for sequence
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2754               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2755               columns' is disabled.
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2759               selects lowest rather than highest resolution structures
2760               for each sequence
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2764               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2768               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2772               after clicking on it to create new annotation for a
2773               column.
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2777               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2778             </li>
2779             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2780             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2781           </ul>
2782           <em>Applet</em>
2783           <ul>
2784             <li>
2785               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2786               hidden columns present before start of sequence
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2790               (JSON jars)
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2794               sequences are hidden in applet
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2798               deployment on examples pages.
2799             </li>
2800           </ul>
2801         </div>
2802       </td>
2803     </tr>
2804     <tr>
2805       <td width="60" nowrap>
2806         <div align="center">
2807           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2808             <em>16/10/2015</em></strong>
2809         </div>
2810       </td>
2811       <td><em>General</em>
2812         <ul>
2813           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2814             jars</li>
2815         </ul></td>
2816       <td>
2817         <div align="left">
2818           <em>Application</em>
2819           <ul>
2820             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2821               shown when tree is partitioned</li>
2822             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2823               multiple cDNA/Protein split views</li>
2824           </ul>
2825         </div>
2826       </td>
2827     </tr>
2828     <tr>
2829       <td width="60" nowrap>
2830         <div align="center">
2831           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2832             <em>8/10/2015</em></strong>
2833         </div>
2834       </td>
2835       <td><em>General</em>
2836         <ul>
2837           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2838             2.9</li>
2839         </ul> <em>Application</em>
2840         <ul>
2841           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2842           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2843           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2844         </ul> <em>Applet</em>
2845         <ul>
2846           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2847         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2848         <ul>
2849           <li>
2850             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2851             suite
2852           </li>
2853         </ul></td>
2854       <td>
2855         <div align="left">
2856           <em>General</em>
2857           <ul>
2858             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2859               incorrect when sequence start > 1</li>
2860             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2861               documentation</li>
2862             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2863             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2864               loading a features file containing HTML tags in feature
2865               description</li>
2866
2867           </ul>
2868           <em>Application</em>
2869           <ul>
2870             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2871               reimport</li>
2872             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2873               with 'trim retrieved sequences'</li>
2874             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2875               deleting selected columns</li>
2876             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2877               JNLP templates for webstart launch</li>
2878             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2879               unreleased structures for download or viewing</li>
2880             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2881               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2882             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2883               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2884             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2885               recovered from jalview project</li>
2886             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2887               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2888               alignment view</li>
2889             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2890               color schemes from BioJSON</li>
2891           </ul>
2892           <em>Applet</em>
2893           <ul>
2894             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2895               frame</li>
2896             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2897           </ul>
2898         </div>
2899       </td>
2900     </tr>
2901     <tr>
2902       <td><div align="center">
2903           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2904         </div></td>
2905       <td><em>General</em>
2906         <ul>
2907           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2908             alignments:
2909             <ul>
2910               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2911                 and DNA alignment views</li>
2912               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2913                 cDNA alignment views</li>
2914               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2915                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2916               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2917                 protein sequences</li>
2918             </ul>
2919           </li>
2920           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2921           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2922             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2923           <li>New alignment annotation file statements for
2924             reference sequences and marking hidden columns</li>
2925           <li>Reference sequence based alignment shading to
2926             highlight variation</li>
2927           <li>Select or hide columns according to alignment
2928             annotation</li>
2929           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2930           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2931             acid conservation row</li>
2932           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2933         </ul> <em>Application</em>
2934         <ul>
2935           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2936             <ul>
2937               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2938                 view with cDNA/Protein</li>
2939               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2940                 sequences are placed in the same alignment</li>
2941               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2942                 projects</li>
2943             </ul>
2944           </li>
2945
2946           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2947           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2948             Jalview windows</li>
2949
2950           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2951           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2952           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2953             be shown in VARNA</li>
2954
2955           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2956             as the active selected region</li>
2957
2958           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2959             similarity</li>
2960           <li>New Export options
2961             <ul>
2962               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2963                 region export in flat file generation</li>
2964
2965               <li>Export alignment views for display with the <a
2966                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2967
2968               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2969               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2970                 alignment figures to HTML</li>
2971           </li>
2972           <li>3D structure retrieval and display
2973             <ul>
2974               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2975                 Search API</li>
2976               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2977                 PDB structures for a sequence set</li>
2978             </ul>
2979           </li>
2980
2981           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2982             predictions</li>
2983           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2984             for one or a group of sequences</li>
2985           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2986             from the JPred4 web server</li>
2987           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2988             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2989             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2990           </li>
2991           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2992             VARNA 2D Structure'</li>
2993           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2994             Structure ..."</li>
2995
2996         </ul> <em>Applet</em>
2997         <ul>
2998           <li>New layout for applet example pages</li>
2999           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3000             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3001           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3002             Protein alignments</li>
3003         </ul> <em>Development and deployment</em>
3004         <ul>
3005           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3006           <li>Include installation type and git revision in build
3007             properties and console log output</li>
3008           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3009             storing BioJsMSA Templates</li>
3010           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3011         </ul></td>
3012       <td>
3013         <!-- <em>General</em>
3014         <ul>
3015         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3016         <ul>
3017           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3018           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3019           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3020             predictions are not highlighted in amber</li>
3021           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3022             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3023           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3024             associated structure views</li>
3025           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3026             width checkbox not enabled</li>
3027           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3028             creating user defined colours</li>
3029           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3030             mappings for just that viewer's sequences</li>
3031           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3032             multiple models in Chimera</li>
3033           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3034             over Jmol structure</li>
3035           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3036             output to text box</li>
3037           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3038             have incorrect sequence start/end</li>
3039           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3040             Jalview fails</li>
3041           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3042             work for nucleotide</li>
3043           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3044             to a grey/invisible alignment window</li>
3045           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3046             imports to different position</li>
3047           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3048             on some platforms</li>
3049           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3050             populated</li>
3051           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3052             console if Chimera has been opened</li>
3053           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3054           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3055             retrieved</li>
3056           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3057           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3058             either sequence shows on first structure</li>
3059           <li>'Show annotations' options should not make
3060             non-positional annotations visible</li>
3061           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3062             in right place after 'view flanking regions'</li>
3063           <li>File Save As type unset when current file format is
3064             unknown</li>
3065           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3066             projects</li>
3067           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3068             responsive</li>
3069           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3070             several views on same alignment</li>
3071           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3072           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3073             spaces</li>
3074         </ul> <em>Applet</em>
3075         <ul>
3076           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3077           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3078             descriptions containing angle brackets</li>
3079         </ul> <em>General</em>
3080         <ul>
3081           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3082             via jalview annotation file</li>
3083           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3084             with RNA secondary structure</li>
3085           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3086             translation doesn't work.</li>
3087           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3088           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3089             positions</li>
3090           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3091             choosing 1pt font</li>
3092           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3093             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3094             'h'</li>
3095           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3096             new feature</li>
3097           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3098             order dependent</li>
3099           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3100             sequences</li>
3101           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3102         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3103         <ul>
3104           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3105             www.jalview.org</li>
3106         </ul> <em>Application Known issues</em>
3107         <ul>
3108           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3109           <li>Misleading message appears after trying to delete
3110             solid column.</li>
3111           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3112             version launches</li>
3113           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3114             fails with a sequence mismatch</li>
3115           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3116             scrolling alignment to right</li>
3117           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3118             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3119           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3120             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3121           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3122             ultra-high resolution</li>
3123           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3124             quality and conservation</li>
3125           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3126             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3127         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3128         <ul>
3129           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3130           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3131             window is being resized</li>
3132
3133         </ul>
3134       </td>
3135     </tr>
3136     <tr>
3137       <td><div align="center">
3138           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3139         </div></td>
3140       <td><em>General</em>
3141         <ul>
3142           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3143             Certum.PL.</li>
3144           <li>Features and annotation preserved when performing
3145             pairwise alignment</li>
3146           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3147             imported/exported/displayed</li>
3148           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3149             protein secondary structure</li>
3150           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3151               post-hoc with 2.9 release</em>)
3152           </li>
3153
3154         </ul> <em>Application</em>
3155         <ul>
3156           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3157             with 3D structures</li>
3158           <li>Support for parsing RNAML</li>
3159           <li>Annotations menu for layout
3160             <ul>
3161               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3162               <li>place sequence annotation above/below alignment
3163                 annotation</li>
3164             </ul>
3165           <li>Output in Stockholm format</li>
3166           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3167             translation</li>
3168           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3169           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3170             shared between alignments</li>
3171           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3172             Jalview</li>
3173           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3174             all or current selection</li>
3175           <li>disorder and secondary structure predictions
3176             available as dataset annotation</li>
3177           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3178
3179
3180           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3181             alignments from Rfam</li>
3182           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3183
3184           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3185             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3186           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3187           <li>include installation type in build properties and
3188             console log output</li>
3189           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3190             annotation</li>
3191         </ul></td>
3192       <td>
3193         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3194         <ul>
3195           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3196             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3197           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3198             alignment</li>
3199           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3200           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3201           <li>Double click on sequence associated annotation
3202             selects only first column</li>
3203           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3204             leaves shown in tree</li>
3205           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3206             properly</li>
3207           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3208           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3209             screen and buttons not visible</li>
3210           <li>author list isn't updated if already written to
3211             Jalview properties</li>
3212           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3213             from database</li>
3214           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3215           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3216             browser search window</li>
3217           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3218             in feature settings dialog</li>
3219           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3220             desktop</li>
3221           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3222             pass validation</li>
3223           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3224             fit on screen</li>
3225           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3226             tooltip</li>
3227           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3228             defined user preset</li>
3229           <li>MSA web services warns user if they were launched
3230             with invalid input</li>
3231           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3232             Java 8</li>
3233           <li>
3234             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3235             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3236             created
3237           </li>
3238
3239         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3240         <ul>
3241         </ul> <em>General</em>
3242         <ul>
3243         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3244         <ul>
3245           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3246             memory allocation</li>
3247           <li>launchApp service doesn't automatically open
3248             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3249           <li>
3250             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3251             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3252             1.7_055 is available
3253           </li>
3254         </ul> <em>Application Known issues</em>
3255         <ul>
3256           <li>
3257             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3258             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3259             alignment to right
3260           </li>
3261           <li>
3262             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3263             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3264             with large number of ID
3265           </li>
3266           <li>
3267             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3268             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3269             start/end
3270           </li>
3271           <li>
3272             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3273             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3274             structure tracks are rearranged
3275           </li>
3276           <li>
3277             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3278             invalid rna structure positional highlighting does not
3279             highlight position of invalid base pairs
3280           </li>
3281           <li>
3282             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3283             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3284             project from alignment window file menu
3285           </li>
3286           <li>
3287             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3288             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3289             structures
3290           </li>
3291           <li>
3292             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3293             colour by RNA Helices not enabled when user created
3294             annotation added to alignment
3295           </li>
3296           <li>
3297             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3298             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3299           </li>
3300         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3301         <ul>
3302           <li>
3303             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3304             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3305           </li>
3306           <li>
3307             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3308             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3309           </li>
3310
3311           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3312             when selected</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315     </tr>
3316     <tr>
3317       <td><div align="center">
3318           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3319         </div></td>
3320       <td>
3321         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3322         <em>General</em>
3323         <ul>
3324           <li>Internationalisation of user interface (usually
3325             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3326           <li>Define/Undefine group on current selection with
3327             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3328           <li>Improved group creation/removal options in
3329             alignment/sequence Popup menu</li>
3330           <li>Sensible precision for symbol distribution
3331             percentages shown in logo tooltip.</li>
3332           <li>Annotation panel height set according to amount of
3333             annotation when alignment first opened</li>
3334         </ul> <em>Application</em>
3335         <ul>
3336           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3337             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3338           <li>Select columns containing particular features from
3339             Feature Settings dialog</li>
3340           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3341             sequences</li>
3342           <li>Update Jalview project format:
3343             <ul>
3344               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3345               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3346                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3347               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3348                 colouring</li>
3349             </ul>
3350           </li>
3351           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3352             (PAM250)</li>
3353           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3354             flanking regions for an alignment</li>
3355         </ul>
3356       </td>
3357       <td>
3358         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3361             running after job is cancelled</li>
3362           <li>cannot export features from alignments imported from
3363             Jalview/VAMSAS projects</li>
3364           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3365             float values</li>
3366           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3367             have 'display all symbols' flag set</li>
3368           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3369             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3370           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3371             Jalview</li>
3372           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3373             Lion/Webstart</li>
3374           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3375           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3376           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3377             alignment onto desktop</li>
3378           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3379             'extract scores' function</li>
3380           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3381             alignment window</li>
3382           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3383             performing IUPred disorder prediction</li>
3384           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3385             changing 'normalise logo' display setting</li>
3386           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3387             nothing matches query</li>
3388           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3389             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3390           </li>
3391           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3392             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3393           </li>
3394           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3395             Jalview's menu</li>
3396           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3397             'invalid literal/length code'</li>
3398           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3399             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3400           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3401             colourscheme</li>
3402
3403         </ul> <em>Applet</em>
3404         <ul>
3405           <li>Remove group option is shown even when selection is
3406             not a group</li>
3407           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3408             don't affect groups</li>
3409           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3410             colourscheme name</li>
3411           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3412             Annotation panel is not displayed</li>
3413           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3414             embedded windows</li>
3415         </ul> <em>Other</em>
3416         <ul>
3417           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3418             single sequence were not calculated</li>
3419           <li>annotation files that contain only groups imported as
3420             annotation and junk sequences</li>
3421           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3422             recognised as PFAM or BLC</li>
3423           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3424             doesn't affect background (2.8.0b1)
3425           <li></li>
3426           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3427           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3428             trailing gaps</li>
3429           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3430             registered correctly on import</li>
3431           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3432             certain alignments</li>
3433           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3434             existing annotation based 'use original colours'
3435             colourscheme loses original colours setting</li>
3436         </ul>
3437       </td>
3438     </tr>
3439     <tr>
3440       <td><div align="center">
3441           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3442             <em>30/1/2014</em></strong>
3443         </div></td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3447             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3448             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3449             open source project).
3450           </li>
3451           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3452           <li>Output in Stockholm format</li>
3453           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3454           <li>Export/import group and sequence associated line
3455             graph thresholds</li>
3456           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3457             ambiguity codes</li>
3458           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3459             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3460             works</li>
3461           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3462         </ul> <em>Other improvements</em>
3463         <ul>
3464           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3465           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3466             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3467           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3468             files</li>
3469           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3470           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3471             link but no description</li>
3472           <li>Select primary source when selecting authority in
3473             database fetcher GUI</li>
3474           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3475             Jalview</li>
3476           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3477         </ul>
3478       </td>
3479       <td>
3480         <ul>
3481           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3482             displayed</li>
3483           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3484             secondary structure annotation line</li>
3485           <li>Sequence database accessions not imported when
3486             fetching alignments from Rfam</li>
3487           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3488             identical IDs</li>
3489           <li>View all structures does not always superpose
3490             structures</li>
3491           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3492             reflect user or preset settings</li>
3493           <li>Null pointer exceptions for some services without
3494             presets or adjustable parameters</li>
3495           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3496             discover PDB xRefs</li>
3497           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3498             features with DAS</li>
3499           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3500             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3501           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3502             residue follows a gap</li>
3503           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3504             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3505           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3506             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3507           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3508             annotation already exists on alignment</li>
3509           <li>oninit javascript function should be called after
3510             initialisation completes</li>
3511           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3512             alignment window display</li>
3513           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3514           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3515             to annotation file</li>
3516           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3517             groups created</li>
3518           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3519             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3520           <li>Pressing return several times causes Number Format
3521             exceptions in keyboard mode</li>
3522           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3523             correct partitions for input data</li>
3524           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3525           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3526           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3527           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3528             mode</li>
3529           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3530             changes one row&#39;s threshold</li>
3531           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3532             doesn&#39;t open</li>
3533           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3534             quality histograms</li>
3535         </ul>
3536       </td>
3537     </tr>
3538     <tr>
3539       <td><div align="center">
3540           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3541         </div></td>
3542       <td><em>Application</em>
3543         <ul>
3544           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3545             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3546           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3547             preferences</li>
3548           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3549             in Jalview alignment window</li>
3550           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3551             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3552           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3553             RNA and ambiguity codes</li>
3554
3555           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3556           <li>Support fetching and database reference look up
3557             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3558             refs')</li>
3559           <li>Jalview project improvements
3560             <ul>
3561               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3562                 flag for annotation</li>
3563               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3564                 alignment</li>
3565               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3566                 Jalview project</li>
3567
3568             </ul>
3569           </li>
3570           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3571           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3572             running</li>
3573           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3574           <li>visual indication that web service results are still
3575             being retrieved from server</li>
3576           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3577             starts up for first time</li>
3578           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3579             services</li>
3580           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3581             client library</li>
3582           <li>Examples directory and Groovy library included in
3583             InstallAnywhere distribution</li>
3584         </ul> <em>Applet</em>
3585         <ul>
3586           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3587             visualization applet example</li>
3588         </ul> <em>General</em>
3589         <ul>
3590           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3591           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3592             defaults</li>
3593           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3594             calculation</li>
3595           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3596             matrices
3597           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3598             in HTML</li>
3599           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3600             structure contacts</li>
3601           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3602           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3603           <li>Parse sequence associated secondary structure
3604             information in Stockholm files</li>
3605           <li>HTML Export database accessions and annotation
3606             information presented in tooltip for sequences</li>
3607           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3608             style RNA alignment files</li>
3609           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3610             alignment</li>
3611           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3612             shade each sequence according to its associated alignment
3613             annotation</li>
3614           <li>New Jalview Logo</li>
3615         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3616         <ul>
3617           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3618           <li>New Website!</li>
3619         </ul></td>
3620       <td><em>Application</em>
3621         <ul>
3622           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3623             wsdbfetch REST service</li>
3624           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3625           <li>Filetype associations not installed for webstart
3626             launch</li>
3627           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3628             job execution in full once it is complete</li>
3629           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3630             uploaded via ali_file parameter</li>
3631           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3632           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3633           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3634             submitted for prediction</li>
3635           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3636             desktop window</li>
3637           <li>Putting fractional value into integer text box in
3638             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3639           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3640             windows 7</li>
3641           <li>View all structures fails with exception shown in
3642             structure view</li>
3643           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3644             escaped in a platform independent way</li>
3645           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3646             using proxy</li>
3647           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3648             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3649           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3650             failure when java web start temporary file caching is
3651             disabled</li>
3652           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3653             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3654           <li>Errors during processing of command line arguments
3655             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3656           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3657             DAS sources in sequence fetcher</li>
3658           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3659             dialog is shown</li>
3660           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3661           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3662           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3663           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3664             on OSX Mountain Lion</li>
3665           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3666             sequences with alignment annotation are pasted into the
3667             alignment</li>
3668           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3669             when loaded from Jalview project</li>
3670           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3671           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3672             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3673           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3674             associated with all views</li>
3675           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3676             annotation rows to new window</li>
3677         </ul> <em>Applet</em>
3678         <ul>
3679           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3680             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3681           <li>loading features via javascript API automatically
3682             enables feature display</li>
3683           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3684             work</li>
3685         </ul> <em>General</em>
3686         <ul>
3687           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3688           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3689             and then deselected</li>
3690           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3691           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3692             coloured with clustalx</li>
3693           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3694             exceptions and redraw errors</li>
3695           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3696             reconfigured view</li>
3697           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3698             colour</li>
3699           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3700             for lots of labels</li>
3701         </ul>
3702     </tr>
3703     <tr>
3704       <td>
3705         <div align="center">
3706           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3707         </div>
3708       </td>
3709       <td><em>Application</em>
3710         <ul>
3711           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3712           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3713           <li>View/alignment association menu to enable user to
3714             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3715             its colours/correspondences from</li>
3716           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3717           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3718             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3719           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3720           <li>Annotation row column label formatting attributes
3721             stored in project file</li>
3722           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3723             rows preserved in Jalview project file</li>
3724           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3725             saved using Desktop window menu</li>
3726           <li>Visual indication that command line arguments are
3727             still being processed</li>
3728           <li>Groovy script execution from URL</li>
3729           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3730             preferences</li>
3731           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3732             alignment with sequences that have high similarity and
3733             matching IDs</li>
3734           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3735           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3736             structures in same window</li>
3737           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3738           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3739             analysis function in its own submenu</li>
3740         </ul> <em>Applet</em>
3741         <ul>
3742           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3743             groups</li>
3744           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3745           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3746           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3747           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3748           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3749             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3750           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3751           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3752             parameters are treated as such</li>
3753           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3754             <ul>
3755               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3756               <li>Javascript callbacks for
3757                 <ul>
3758                   <li>Applet initialisation</li>
3759                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3760                 </ul>
3761               </li>
3762               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3763                 functions</li>
3764               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3765               <li>javascript structure viewer harness to pass
3766                 messages between Jmol and Jalview when running as
3767                 distinct applets</li>
3768               <li>sortBy method</li>
3769               <li>Set of applet and application examples shipped
3770                 with documentation</li>
3771               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3772                 javascript message exchange</li>
3773             </ul>
3774         </ul> <em>General</em>
3775         <ul>
3776           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3777             multiple alignments</li>
3778           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3779           <li>User configurable link to enable redirects to a
3780             www.Jalview.org mirror</li>
3781           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3782           <li>Configurable newline string when writing alignment
3783             and other flat files</li>
3784           <li>Allow alignment annotation description lines to
3785             contain html tags</li>
3786         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3787         <ul>
3788           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3789             examples</li>
3790           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3791             using a web service before displaying the result in the
3792             Jalview desktop</li>
3793           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3794           <li>Ant target to publish example html files with applet
3795             archive</li>
3796           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3797           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3798         </ul></td>
3799       <td><em>Application</em>
3800         <ul>
3801           <li>User defined colourscheme throws exception when
3802             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3803           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3804             dialog for valid filename/format</li>
3805           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3806           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3807             P37173</li>
3808           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3809             which sequence is to be associated with the file</li>
3810           <li>Find All raises null pointer exception when query
3811             only matches sequence IDs</li>
3812           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3813           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3814             2.4 cannot be loaded</li>
3815           <li>Filetype associations not installed for webstart
3816             launch</li>
3817           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3818             with sequences in different alignments do not get coloured
3819             by their associated sequence</li>
3820           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3821             not preserved when project is loaded</li>
3822           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3823             stored in Jalview project</li>
3824           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3825             Jalview project</li>
3826           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3827           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3828             by conservation</li>
3829           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3830             created on new view</li>
3831           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3832             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3833           <li>Alignment quality not updated after alignment
3834             annotation row is hidden then shown</li>
3835           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3836             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3837           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3838             properly</li>
3839           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3840             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3841           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3842           <li>Structures imported from file and saved in project
3843             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3844           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3845             job execution in full once it is complete</li>
3846         </ul> <em>Applet</em>
3847         <ul>
3848           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3849             annotation rows are displayed</li>
3850           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3851             codebase</li>
3852           <li>View follows highlighting does not work for positions
3853             in sequences</li>
3854           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3855           <li>Export features raises exception when no features
3856             exist</li>
3857           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3858             for javascript api is modified when separator string
3859             provided as parameter</li>
3860           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3861             alignment with no existing selection</li>
3862           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3863             to applet&#39;s codebase</li>
3864           <li>Status bar not updated after finished searching and
3865             search wraps around to first result</li>
3866           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3867             several Jalview applets causes race conditions and memory
3868             leaks</li>
3869           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3870             not sent from Jmol in applet</li>
3871           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3872             applet API fatally hang browser</li>
3873         </ul> <em>General</em>
3874         <ul>
3875           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3876             position with wrapped view and hidden regions</li>
3877           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3878             with/without hidden columns</li>
3879           <li>Sequence length given in alignment properties window
3880             is off by 1</li>
3881           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3882             import PDB like structure files</li>
3883           <li>Positional search results are only highlighted
3884             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3885           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3886           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3887             given sequence position</li>
3888           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3889             output</li>
3890           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3891             from nucleotide chains correctly</li>
3892           <li>Structure colours not updated when tree partition
3893             changed in alignment</li>
3894           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3895             parsed in interleaved stockholm</li>
3896           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3897             state</li>
3898           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3899             properly</li>
3900           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3901             properly associated with their pdb files</li>
3902         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3903         <ul>
3904           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3905             ApplyCopyright tool</li>
3906         </ul></td>
3907     </tr>
3908     <tr>
3909       <td>
3910         <div align="center">
3911           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3912         </div>
3913       </td>
3914       <td><em>Application</em>
3915         <ul>
3916           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3917             contact web services</li>
3918           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3919             service job window</li>
3920           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3921         </ul></td>
3922       <td>
3923         <ul>
3924           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3925             pir file emitted by Jalview</li>
3926           <li>Existing feature settings transferred to new
3927             alignment view created from cut'n'paste</li>
3928           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3929             parsing PDB files</li>
3930           <li>Consensus and conservation annotation rows
3931             occasionally become blank for all new windows</li>
3932           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3933             in wrapped view mode</li>
3934         </ul> <em>Application</em>
3935         <ul>
3936           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3937             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3938           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3939             parameter names</li>
3940           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3941             is down</li>
3942         </ul>
3943       </td>
3944     </tr>
3945     <tr>
3946       <td>
3947         <div align="center">
3948           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td><em>Application</em>
3952         <ul>
3953           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3954             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3955             (JABAWS)
3956           </li>
3957           <li>Web Services preference tab</li>
3958           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3959             preferences</li>
3960           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3961           <li>Superpose structures using associated sequence
3962             alignment</li>
3963           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3964             viewer</li>
3965         </ul> <em>Applet</em>
3966         <ul>
3967           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3968             link out mechanism</li>
3969         </ul> <em>Other</em>
3970         <ul>
3971           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3972             series 12</li>
3973           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3974             require Java 1.5</li>
3975           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3976             sequence annotation files</li>
3977           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3978             type colour specification</li>
3979           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3980             script to check if it being run in an interactive session or
3981             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3982         </ul></td>
3983       <td>
3984         <ul>
3985           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3986             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3987         </ul> <em>Application</em>
3988         <ul>
3989           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3990             selected Regions menu item</li>
3991           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3992             part of a valid accession ID</li>
3993           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3994             runs out of memory</li>
3995           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3996             analysis results</li>
3997           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3998             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3999           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4000         </ul> <em>Applet</em>
4001         <ul>
4002           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4003             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4004             defined.</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007     </tr>
4008     <tr>
4009       <td>
4010         <div align="center">
4011           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4012         </div>
4013       </td>
4014       <td></td>
4015       <td>
4016         <ul>
4017           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4018             sequence IDs</li>
4019           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4020             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4021           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4022             import correctly</li>
4023           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4024             number of columns are hidden</li>
4025           <li>annotation label popup menu not providing correct
4026             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4027             present</li>
4028           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4029             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4030           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4031             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4032
4033         </ul> <em>Applet</em>
4034         <ul>
4035           <li>annotation panel disappears when annotation is
4036             hidden/removed</li>
4037         </ul> <em>Application</em>
4038         <ul>
4039           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4040             alignment opened where annotation panel is visible but no
4041             annotations are present on alignment</li>
4042           <li>pasted region containing hidden columns is
4043             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4044           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4045             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4046           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4047             selected Rregions menu item.</li>
4048           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4049             'Un' or 'Non'conserved</li>
4050           <li>Sequence feature settings are being shared by
4051             multiple distinct alignments</li>
4052           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4053             changed</li>
4054           <li>double click on group annotation to select sequences
4055             does not propagate to associated trees</li>
4056           <li>Mac OSX specific issues:
4057             <ul>
4058               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4059                 window background</li>
4060               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4061                 name set correctly</li>
4062               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4063                 save feature colourscheme button</li>
4064             </ul>
4065           </li>
4066         </ul>
4067       </td>
4068     </tr>
4069     <tr>
4070
4071       <td>
4072         <div align="center">
4073           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4074         </div>
4075       </td>
4076       <td><em>New Capabilities</em>
4077         <ul>
4078           <li>URL links generated from description line for
4079             regular-expression based URL links (applet and application)
4080
4081           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4082             menu</li>
4083           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4084             structures</li>
4085           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4086             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4087           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4088             average score or total feature count for each sequence.</li>
4089           <li>Shading features by score or associated description</li>
4090           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4091             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4092           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4093             hide everything but the currently selected region.</li>
4094           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4095         </ul> <em>Application</em>
4096         <ul>
4097           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4098             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4099           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4100             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4101           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4102             database references and protein_name is parsed as
4103             description line (BioSapiens terms).</li>
4104           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4105             references in sequence ID tooltip from View menu in
4106             application.</li>
4107           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4108       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4109           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4110             conservation plots</li>
4111           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4112             and visualized as sequence logos</li>
4113           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4114             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4115           </li>
4116           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4117             when a new tree is opened.</li>
4118           <li>Jalview Java Console</li>
4119           <li>Better placement of desktop window when moving
4120             between different screens.</li>
4121           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4122             consensus annotation</li>
4123           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4124             Workflows</li>
4125           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4126             <ul>
4127               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4128                 used to preserve views, structures, and tree display
4129                 settings)</li>
4130               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4131                 command line</li>
4132               <li>Sharing of selected regions between views and
4133                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4134               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4135             </ul></li>
4136         </ul> <em>Applet</em>
4137         <ul>
4138           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4139           <li>New Parameters
4140             <ul>
4141               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4142                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4143                 opened.</li>
4144               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4145                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4146               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4147                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4148               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4149                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4150                 view</li>
4151               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4152                 increase the height or width of a cell in the alignment
4153                 grid relative to the current font size.</li>
4154             </ul>
4155           </li>
4156           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4157             tooltip</li>
4158         </ul> <em>Other</em>
4159         <ul>
4160           <li>Features format: graduated colour definitions and
4161             specification of feature scores</li>
4162           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4163             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4164             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4165           <li>XML formats extended to support graduated feature
4166             colourschemes, group associated annotation, and profile
4167             visualization settings.</li></td>
4168       <td>
4169         <ul>
4170           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4171             rather than description</li>
4172           <li>Non-positional features are now included in sequence
4173             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4174             visibility in tooltip).</li>
4175           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4176           <li>Added URL embedding instructions to features file
4177             documentation.</li>
4178           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4179             'X' in peptide product</li>
4180           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4181             sequence ID and sequence string and query strings do not
4182             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4183           <li>AMSA files only contain first column of
4184             multi-character column annotation labels</li>
4185           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4186             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4187             exported and re-imported)</li>
4188           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4189             name</li>
4190           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4191             as subsequence matches, and correctly reports total number
4192             of both.</li>
4193           <li>Application:
4194             <ul>
4195               <li>Better handling of exceptions during sequence
4196                 retrieval</li>
4197               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4198                 link text excludes the start_end suffix</li>
4199               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4200                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4201               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4202               <li>Sequence description lines properly shared via
4203                 VAMSAS</li>
4204               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4205                 data sources</li>
4206               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4207                 completes before alignment figures are generated.</li>
4208               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4209                 first time.</li>
4210               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4211                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4212               <li>User defined group colours properly recovered
4213                 from Jalview projects.</li>
4214             </ul>
4215           </li>
4216         </ul>
4217       </td>
4218
4219     </tr>
4220     <tr>
4221       <td>
4222         <div align="center">
4223           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4224         </div>
4225       </td>
4226       <td>
4227         <ul>
4228           <li>Experimental support for google analytics usage
4229             tracking.</li>
4230           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4231         </ul>
4232       </td>
4233       <td>
4234         <ul>
4235           <li>Race condition in applet preventing startup in
4236             jre1.6.0u12+.</li>
4237           <li>Exception when feature created from selection beyond
4238             length of sequence.</li>
4239           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4240           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4241             all sequences with a given id</li>
4242           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4243             ID string searches</li>
4244           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4245             alignment to fail with exception</li>
4246         </ul> <em>Application Issues</em>
4247         <ul>
4248           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4249           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4250             data sources</li>
4251         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4252         <ul>
4253           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4254             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4255           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4256             version (java class versioning error fixed)</li>
4257         </ul>
4258       </td>
4259     </tr>
4260     <tr>
4261       <td>
4262
4263         <div align="center">
4264           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4265         </div>
4266       </td>
4267       <td><em>User Interface</em>
4268         <ul>
4269           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4270             translation and protein products</li>
4271           <li>Linked highlighting of structure associated with
4272             residue mapping to codon position</li>
4273           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4274             and 'clear' button</li>
4275           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4276             Tools menu</li>
4277           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4278             numeric data in description line</li>
4279           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4280           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4281             of sequence</li>
4282         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4283         <ul>
4284           <li>JPred3 web service</li>
4285           <li>Prototype sequence search client (no public services
4286             available yet)</li>
4287           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4288             PFAM</li>
4289           <li>URL Links created for matching database cross
4290             references as well as sequence ID</li>
4291           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4292         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4293         <ul>
4294           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4295             databases</li>
4296           <li>Generalised database reference retrieval and
4297             validation to all fetchable databases</li>
4298           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4299             sequence command</li>
4300         </ul> <em>Import and Export</em>
4301         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4302         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4303           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4304         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4305           File</li>
4306         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4307           triplet as name of colourscheme</li>
4308         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4309         <ul>
4310           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4311           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4312             alignments (experimental)</li>
4313           <li>Create new or select existing session to join</li>
4314           <li>load and save of vamsas documents</li>
4315         </ul> <em>Application command line</em>
4316         <ul>
4317           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4318             from applet)</li>
4319           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4320             of DAS servers to query for alignment features</li>
4321           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4322             that are also automatically queried for features</li>
4323           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4324             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4325         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4326         <ul>
4327           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4328             application (when using &quot;View in full
4329             application&quot;)</li>
4330         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4331         <ul>
4332           <li>feature group display control parameter</li>
4333           <li>debug parameter</li>
4334           <li>showbutton parameter</li>
4335         </ul> <em>Applet API methods</em>
4336         <ul>
4337           <li>newView public method</li>
4338           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4339           <li>Feature display control methods</li>
4340           <li>get list of currently selected sequences</li>
4341         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4342         <ul>
4343           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4344           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4345             Jalview release.</li>
4346           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4347             property controls execution of obfuscator</li>
4348           <li>Build target for generating source distribution</li>
4349           <li>Debug flag for javacc</li>
4350           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4351             jalview.bin.Cache</li>
4352           <li>Continuous Build Integration for stable and
4353             development version of Application, Applet and source
4354             distribution</li>
4355         </ul></td>
4356       <td>
4357         <ul>
4358           <li>selected region output includes visible annotations
4359             (for certain formats)</li>
4360           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4361             for editing</li>
4362           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4363           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4364           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4365           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4366             comments</li>
4367           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4368             filenames containing a ':'</li>
4369           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4370             global sequence features</li>
4371           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4372             references from alignment sequences goes to zero</li>
4373           <li>Close of tree branch colour box without colour
4374             selection causes cascading exceptions</li>
4375           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4376           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4377             file parsing fails.</li>
4378           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4379           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4380             not a valid output format</li>
4381           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4382             vamsas</li>
4383           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4384           <li>error messages passed up and output when data read
4385             fails</li>
4386           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4387             sequence is edited</li>
4388           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4389             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4390           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4391             filetype</li>
4392           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4393             import fixed for PFAM records</li>
4394           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4395             window list</li>
4396           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4397             can be read and written correctly to annotation file</li>
4398           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4399             correctly</li>
4400           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4401             non-italic font for representatives in Applet</li>
4402           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4403             Macs.</li>
4404           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4405             Applet)</li>
4406           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4407             due to null pointer exceptions</li>
4408           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4409             first column of alignment</li>
4410           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4411             July 2008</li>
4412           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4413             file is case-insensitive</li>
4414           <li>Sequence features read from Features file appended to
4415             all sequences with matching IDs</li>
4416           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4417             containing a sub-sequence</li>
4418           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4419           <li>feature and annotation file applet parameters
4420             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4421           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4422           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4423             splash-screen version check to complete</li>
4424           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4425             when passing them to the launchApp service</li>
4426           <li>display name and local features preserved in results
4427             retrieved from web service</li>
4428           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4429             sequence fetcher initialisation</li>
4430           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4431             dasobert DAS client</li>
4432           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4433             association</li>
4434           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4435             sequences
4436           </li>
4437         </ul>
4438       </td>
4439     </tr>
4440     <tr>
4441       <td>
4442         <div align="center">
4443           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4444         </div>
4445       </td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4449           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4450           <li>Slide sequences</li>
4451           <li>Edit sequence in place</li>
4452           <li>EMBL CDS features</li>
4453           <li>DAS Feature mapping</li>
4454           <li>Feature ordering</li>
4455           <li>Alignment Properties</li>
4456           <li>Annotation Scores</li>
4457           <li>Sort by scores</li>
4458           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4459         </ul>
4460       </td>
4461       <td>
4462         <ul>
4463           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4464           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4465           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4466           <li>Feature group display state in XML</li>
4467           <li>Feature ordering in XML</li>
4468           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4469           <li>Stockholm alignment properties</li>
4470           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4471           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4472           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4473           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4474         </ul>
4475       </td>
4476
4477     </tr>
4478     <tr>
4479       <td>
4480         <div align="center">
4481           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4482         </div>
4483       </td>
4484       <td>
4485         <ul>
4486           <li>Non standard characters can be read and displayed
4487           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4488             applet via textbox
4489           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4490             name &amp; description
4491           <li>Preference setting to display sequence name in
4492             italics
4493           <li>Annotation file format extended to allow
4494             Sequence_groups to be defined
4495           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4496             specified in preferences
4497           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4498             sequences
4499         </ul>
4500       </td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4504             installed
4505           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4506           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4507         </ul>
4508       </td>
4509     </tr>
4510     <tr>
4511       <td>
4512         <div align="center">
4513           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4514         </div>
4515       </td>
4516       <td>
4517         <ul>
4518           <li>Multiple views on alignment
4519           <li>Sequence feature editing
4520           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4521           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4522           <li>Background dependent text colour
4523           <li>Right align sequence ids
4524           <li>User-defined lower case residue colours
4525           <li>Format Menu
4526           <li>Select Menu
4527           <li>Menu item accelerator keys
4528           <li>Control-V pastes to current alignment
4529           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4530           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4531           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4532
4533           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4534         </ul>
4535       </td>
4536       <td>
4537         <ul>
4538           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4539           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4540             calculations
4541           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4542             edits
4543           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4544             of alignment)
4545           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4546
4547           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4548             display correctly
4549           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4550           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4551             analysis results
4552           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4553             &#8739;
4554           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4555           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4556           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4557
4558         </ul>
4559       </td>
4560     </tr>
4561     <tr>
4562       <td>
4563         <div align="center">
4564           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4565         </div>
4566       </td>
4567       <td>
4568         <ul>
4569           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4570         </ul>
4571       </td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4575             sequence id panel has been resized</li>
4576           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4577             rendered</li>
4578           <li>Annotation files with sequence references - all
4579             elements in file are relative to sequence position</li>
4580           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583     </tr>
4584     <tr>
4585       <td>
4586         <div align="center">
4587           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4588         </div>
4589       </td>
4590       <td>
4591         <ul>
4592           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4593           <li>DAS Feature fetching</li>
4594           <li>Hide sequences and columns</li>
4595           <li>Export Annotations and Features</li>
4596           <li>GFF file reading / writing</li>
4597           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4598             files</li>
4599           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4600           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4601           <li>Applet can launch the full application</li>
4602           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4603             required)</li>
4604           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4605           <li>Applet can load sequences from parameter
4606             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4607           </li>
4608         </ul>
4609       </td>
4610       <td>
4611         <ul>
4612           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4613           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4614           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4615         </ul>
4616       </td>
4617     </tr>
4618     <tr>
4619       <td>
4620         <div align="center">
4621           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4622         </div>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4627           <li>Choose to match case when searching</li>
4628           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4629             expand the visible width and height of the alignment</li>
4630         </ul>
4631       </td>
4632       <td>
4633         <ul>
4634           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4635         </ul>
4636       </td>
4637     </tr>
4638     <tr>
4639       <td>
4640         <div align="center">
4641           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4642         </div>
4643       </td>
4644       <td>&nbsp;</td>
4645       <td>
4646         <ul>
4647           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4648           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4649             value</li>
4650         </ul>
4651       </td>
4652     </tr>
4653     <tr>
4654       <td>
4655         <div align="center">
4656           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4657         </div>
4658       </td>
4659       <td>
4660         <ul>
4661           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4662           <li>Keyboard editing</li>
4663           <li>Create sequence features from searches</li>
4664           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4665             alignments</li>
4666           <li>Features file allows grouping of features</li>
4667           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4668           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4669           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4670         </ul>
4671       </td>
4672       <td>
4673         <ul>
4674           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4675           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4676             descriptions saved.</li>
4677         </ul>
4678       </td>
4679     </tr>
4680     <tr>
4681       <td>
4682         <div align="center">
4683           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4684         </div>
4685       </td>
4686       <td>
4687         <ul>
4688           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4689           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4690           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4691             name for file output</li>
4692           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4693           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4694             used for HTML form input</li>
4695         </ul>
4696       </td>
4697       <td>
4698         <ul>
4699           <li>HTML output writes groups and features</li>
4700           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4701           <li>File IO bugs</li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704     </tr>
4705     <tr>
4706       <td>
4707         <div align="center">
4708           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4709         </div>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4714           <li>More options for PCA viewer</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717       <td>
4718         <ul>
4719           <li>GUI bugs resolved</li>
4720           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4721         </ul>
4722       </td>
4723     </tr>
4724     <tr>
4725       <td height="63">
4726         <div align="center">
4727           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4728         </div>
4729       </td>
4730       <td>
4731         <ul>
4732           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4733           <li>Jar files are executable</li>
4734           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4735         </ul>
4736       </td>
4737       <td>
4738         <ul>
4739           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4740           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4741           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4742         </ul>
4743       </td>
4744     </tr>
4745     <tr>
4746       <td>
4747         <div align="center">
4748           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4749         </div>
4750       </td>
4751       <td>
4752         <ul>
4753           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4754         </ul>
4755       </td>
4756       <td>
4757         <ul>
4758           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4759         </ul>
4760       </td>
4761     </tr>
4762     <tr>
4763       <td>
4764         <div align="center">
4765           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4766         </div>
4767       </td>
4768       <td>
4769         <ul>
4770           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4771             size</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>Improved JPred client reliability</li>
4777           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4778         </ul>
4779       </td>
4780     </tr>
4781     <tr>
4782       <td>
4783         <div align="center">
4784           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4785         </div>
4786       </td>
4787       <td>
4788         <ul>
4789           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4790           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4791           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4792             to Colour Menu</li>
4793           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4794           <li>Unix users can set default web browser</li>
4795           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4796           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4797         </ul>
4798       </td>
4799       <td>
4800         <ul>
4801           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4802         </ul>
4803       </td>
4804     </tr>
4805     <tr>
4806       <td>
4807         <div align="center">
4808           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4809         </div>
4810       </td>
4811       <td>&nbsp;</td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4815             alignment order.</li>
4816         </ul>
4817       </td>
4818     </tr>
4819     <tr>
4820       <td>
4821         <div align="center">
4822           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4823         </div>
4824       </td>
4825       <td>
4826         <ul>
4827           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4828           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4829           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4830             annotations.</li>
4831           <li>Version and build date written to build properties
4832             file.</li>
4833           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4834             at launch of Jalview.</li>
4835         </ul>
4836       </td>
4837       <td>
4838         <ul>
4839           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4840           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4841           <li>Can remove groups one by one.</li>
4842           <li>Filechooser icons installed.</li>
4843           <li>Finder ignores return character when searching.
4844             Return key will initiate a search.<br>
4845           </li>
4846         </ul>
4847       </td>
4848     </tr>
4849     <tr>
4850       <td>
4851         <div align="center">
4852           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4853         </div>
4854       </td>
4855       <td>
4856         <ul>
4857           <li>New codebase</li>
4858         </ul>
4859       </td>
4860       <td>&nbsp;</td>
4861     </tr>
4862   </table>
4863   <p>&nbsp;</p>
4864 </body>
4865 </html>