help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 112             argument to prevent automatic discovery of analysis
 113             webservices on launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 117             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 118             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 119             textbox
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 123             text
 124           </li>
 125         </ul>
 126         <em>Jalview Native App</em>
 127         <ul>
 128           <li>
 129             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 130             to get at Jalview's development builds
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 134             and Jalview Develop applications.
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 138             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 139             than anonymous 'Java' icons
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing) Look and Feel used by Jalview
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh, .ps1, .bat) usable on
 146             macOS, Linux/Unix, Windows and documentation in Help.  Installer wizard has option
 147             to add this to PATH, or link to it in your PATH.
 148           </li>
 149
 150         </ul> <em>JalviewJS</em>
 151         <ul>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 154             SIFTS
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 161             reported once per key (avoids excessive log output in js
 162             console)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 166             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 167           </li>
 168           <li></li>
 169         </ul> <em>Development</em>
 170         <ul>
 171           <li>
 172             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 173           </li>
 174           <li>Updated building instructions</li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 177             process, added support for system package provided eclipse
 178             installs on linux
 179           </li>
 180           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 181           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 182             Sur and Monterey</li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 185             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 186             the DMG
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 190             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 191             Jalview Launcher
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 195             with Java 17 (next LTS target)
 196           </li>
 197
 198         </ul>
 199
 200       </td>
 201       <td>
 202         <ul>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 205             execution
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 209             disappears when only one structure is shown (and many
 210             sequences:one chain mappings are present)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 214             the first SEQUENCE_GROUP defined
 215
 216           </li>
 217
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 220             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 221             trees (known defect from 2.11.1.3)
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 225             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 229             base in DNA sequences
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 233             Structure Preferences
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 243             modified graduated colour
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 247             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 248             clustal colouring is enabled
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 255             routing to stderr and appear as a raw template
 256           </li>
 257         </ul> <em>JalviewJS</em>
 258         <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 261             down) percentage values causing a divide by zero
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- -->
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!-- -->
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- -->
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- -->
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 277             via Info.args when there are arguments on the URL
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 284             JalviewJS
 285           </li>
 286         </ul> <em>Development</em>
 287         <ul>
 288           <li>Gradle
 289             <ul>
 290               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 291               <li>
 292                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 293                 Gradle v.6.6+
 294               </li>
 295             </ul>
 296           </li>
 297
 298         </ul>
 299       </td>
 300     </tr>
 301     <tr>
 302       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 303           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 304           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 305       <td></td>
 306       <td align="left" valign="top">
 307         <ul>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 310             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 311             Unix/BSD OSs)
 312           </li>
 313         </ul> <em>Security</em>
 314         <ul>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 317             certificates.
 318           </li>
 319         </ul>
 320     </tr>
 321     <tr>
 322       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 323           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 324           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 325
 326       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 330             2.16.0 to 2.17.0.
 331           </li>
 332         </ul></td>
 333       <td></td>
 334     </tr>
 335     <tr>
 336       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 337           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 338           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 339
 340       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 341         <ul>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 344             (was log4j 1.2.x).
 345         </ul> <em>Development</em>
 346         <ul>
 347           <li>Updated building instructions</li>
 348         </ul></td>
 349       <td>
 350         <ul>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 353             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 354             and display)
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 358             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 359             only)
 360           </li>
 361         </ul> <em>Development</em>
 362         <ul>
 363           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 364         </ul>
 365       </td>
 366     </tr>
 367     <tr>
 368       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 369           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 370           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 371       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 372           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 373         <ul>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 376             launch of the news browser (like -nonews argument)
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 380             download of linkout URLs from
 381             www.jalview.org/services/identifiers
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 385             download of BIOJSHTML templates
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 389             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 390             disabled
 391           </li>
 392         </ul></td>
 393       <td align="left" valign="top">
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 397             Jmol
 398           </li>
 399         </ul> <em>New Known defects</em>
 400         <ul>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 403             always restored from project (since 2.10.3)
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 407             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 408           </li>
 409         </ul>
 410       </td>
 411     </tr>
 412     <tr>
 413       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 414           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 415           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 416       <td align="left" valign="top">
 417         <ul>
 418
 419         </ul>
 420       </td>
 421       <td align="left" valign="top">
 422         <ul>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 425             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 429             sequences can be classed as nucleotide
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 433             sequences after alignment of protein products (known defect
 434             first reported for 2.11.1.0)
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 438             features outwith CDS shown overlaid on protein
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 442             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 443             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 447             CDS features
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 451             always select corresponding protein sequences
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 455             column selection doesn't always ignore hidden columns
 456           </li>
 457         </ul> <em>Installer</em>
 458         <ul>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 461             Windows prevents install4j launching getdown
 462           </li>
 463         </ul> <em>Development</em>
 464         <ul>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 467             version numbers in doc/building.md
 468           </li>
 469         </ul>
 470       </td>
 471     </tr>
 472     <tr>
 473       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 474           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 475           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 476       <td align="left" valign="top">
 477         <ul>
 478         </ul>
 479       </td>
 480       <td align="left" valign="top">
 481         <ul>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 484             "Encountered problems opening
 485             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 486           </li>
 487         </ul>
 488       </td>
 489     </tr>
 490     <tr>
 491       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 492           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 493           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 494       <td align="left" valign="top">
 495         <ul>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 498             residue in cursor mode
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 502             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 506             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 507             improved compatibility with JalviewJS
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 511             alignments from Pfam and Rfam
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 515             import (no longer based on .gz extension)
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 522             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 523             EMBL flat file
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 527             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 528             saving or making backup files.
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 532             <ul>
 533               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 534               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 535             </ul>
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 539             when running on Linux (Requires Java 11+)
 540           </li>
 541         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 542         <ul>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 545             through a system property
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 549             line help for configuring Jalview's memory
 550           </li>
 551         </ul>
 552       </td>
 553       <td align="left" valign="top">
 554         <ul>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 557             but not calculated and no protein or DNA score models are
 558             available for tree/PCA calculation when launched with
 559             Turkish language locale
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 563             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 567             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 571             sequence under the cursor
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 575             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 579             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 580             '%s'" on the console
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 584             when there are both local and complementary features mapped
 585             to the position under the cursor
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 589             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 593             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 594           </li>
 595           <li>
 596             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 597             internationalised text for some messages and log output
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 601             hidden gapped columns
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 605             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 609             specifying output format when exporting an alignment via the
 610             command line
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 614             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 615             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 616             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 617             file again, and if that fails, delete the original file and
 618             save in place.)
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 622             via command line
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 626             program and documentation
 627           </li>
 628         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 629         <ul>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 632             first time for a version that has different jars to the
 633             previous launched version.
 634           </li>
 635         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 636         <ul>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 639             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 640             OutOfMemory error.
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 644             monitor the release channel
 645           </li>
 646         </ul> <em>New Known defects</em>
 647         <ul>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 650             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 651             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 652             RNA viruses)
 653           </li>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 656             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 657             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 661             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 662             works for the top left quadrant of the alignment window
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 666             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 670             when alignment view restored from project (since Jalview
 671             2.11.0)
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 675             protein products for certain ENA records are repeatedly
 676             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 677           </li>
 678         </ul>
 679       </td>
 680     </tr>
 681     <tr>
 682       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 683           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 684           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 685       <td align="left" valign="top">
 686         <ul>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 689             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 690             for display in alignments, on structure views (including
 691             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 692             export.
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 696             exported and re-imported as GFF3 files
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 700             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 701           </li>
 702           <li>
 703             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 704             validation while parsing
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 708             position if reopened
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 712             of associated view
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 716             enabled by default
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 720             tooltips and menus
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 724             with no feature types visible
 725           </li>
 726           <li>
 727             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 728             attributes with large integer values
 729           </li>
 730         </ul>
 731         <em>Jalview Installer</em>
 732         <ul>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 735             installer template version reported in console (may be null
 736             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 740             higher quality background images
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 744             generated with install4j 8.0.4
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 748             Platforms
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 752             setting when running on large memory machines
 753           </li>
 754         </ul> <em>Release processes</em>
 755         <ul>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 761             access to test-release channel builds
 762           </li>
 763         </ul> <em>Build System</em>
 764         <ul>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 770             report
 771           </li>
 772         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 773         <ul>
 774           <li>
 775             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 776             to stdout containing the consensus sequence for each
 777             alignment in a Jalview session
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 781             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 782             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 783           </li>
 784         </ul>
 785       </td>
 786       <td align="left" valign="top">
 787         <ul>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 790             'Show hidden markers' option is not ticked
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 794             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 795             jalview preferences or properties file
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 799             'Show Sequence Features' option is not ticked
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 803             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 804             features are visible
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 808             equal when split frame is first opened
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 812             correct after editing a sequence's start position
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 816             with annotation and exceptions thrown when only a few
 817             columns shown in wrapped mode
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 821             wrapped alignment figure with annotations
 822           </li>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 825             ID fails with ClassCastException
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 829             Project
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 833             feature settings dialog also selects columns
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 837             IllegalArgumentException in some circumstances
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 841             opened for a view
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 845             alignment window is closed
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 849             help documentation for 2.11.0 release
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 853             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 854             Uniprot Accession
 855           </li>
 856         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 857         <ul>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 860             PDB/Uniprot search panel
 861           </li>
 862         </ul> <em>Installer</em>
 863         <ul>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 866             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 867           </li>
 868         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 869         <ul>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 872             repository
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 876             memory
 877           </li>
 878         </ul> <em>New Known Issues</em>
 879         <ul>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 882             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 883             command line
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 887             clipped in headless figure export when Right Align option
 888             enabled
 889           </li>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 892             'Source' in console output
 893           </li>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 896             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 897           </li>
 898         </ul>
 899       </td>
 900     </tr>
 901     <tr>
 902       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 903           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 904       <td align="left" valign="top">
 905         <ul>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 908             Application and Installers built with <a
 909             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 910             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 911             InstallAnywhere
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 915             memory settings, receive over the air updates and launch
 916             specific versions via (<a
 917             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 918               Rings' GetDown</a>)
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 922             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 923             files)
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 927             line arguments and switch between different getdown channels
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 931             project or alignment files
 932           </li>
 933
 934           <li>
 935             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 936             data files
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 940             updated to version 2.12.0
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 944             'Translate as cDNA'
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 948           </li>
 949           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 950               of Sequence Features</strong>
 951             <ul>
 952               <li>
 953                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 954                 implementation that allows updates) used for Sequence
 955                 Feature collections
 956               </li>
 957               <li>
 958                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 959                 features can be filtered and shaded according to any
 960                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 961                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 962                 file)
 963               </li>
 964               <li>
 965                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 966                 stored and restored from Jalview Projects
 967               </li>
 968               <li>
 969                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 970                 BioJava) to recognise variant features
 971               </li>
 972               <li>
 973                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 974                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 975               </li>
 976               <li>
 977                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 978                 selected sequence feature's details
 979               </li>
 980               <li>
 981                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 982                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 983                 and filter aware)
 984               </li>
 985               <li>
 986                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 987                 Settings dialog
 988               </li>
 989             </ul></li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 992             and PCA calculations
 993           </li>
 994           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 995             <ul>
 996               <li>
 997                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 998                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 999               </li>
1000               <li>
1001                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1002                 viewer's drop-down menus
1003               </li>
1004               <li>
1005                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1006                 PCA image incrementally
1007               </li>
1008               <li>
1009                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1010               </li>
1011             </ul></li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1014           </li>
1015           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1016             <ul>
1017               <li>
1018                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1019                 selections and multiple groups when working with large
1020                 alignments
1021               </li>
1022               <li>
1023                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1024                 parsing Stockholm files
1025               </li>
1026             </ul>
1027           <li><strong>User Interface</strong>
1028             <ul>
1029               <li>
1030                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1031                 each view
1032               </li>
1033               <li>
1034                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1035                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1036                 regions of alignment are shown by default (can be
1037                 changed in user preferences)
1038               </li>
1039               <li>
1040                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1041                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1042               </li>
1043               <li>
1044                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1045                 when all sequences are hidden
1046               </li>
1047               <li>
1048                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1049                 selection region, and gap count when inserting or
1050                 deleting gaps
1051               </li>
1052               <li>
1053                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1054                 annotation labels
1055               </li>
1056               <li>
1057                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1058                 shown when in wrapped mode
1059               </li>
1060               <li>
1061                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1062                 left/right in a graph or histogram annotation
1063               </li>
1064               <li>
1065                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1066                 search panels
1067               </li>
1068               <li>
1069                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1070                 Overview panel
1071               </li>
1072               <li>
1073                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1074                 sequence id popup menu
1075               </li>
1076               <li>
1077                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1078                 not shown if no subgroups are created
1079               </li>
1080               <li>
1081                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1082                 search history by right-clicking search box
1083               </li>
1084
1085
1086             </ul></li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1089             Groovy v2.5
1090           </li>
1091           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1092               release)</strong>
1093             <ul>
1094               <li>
1095                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1096                 entry and trapping CMD-Q
1097               </li>
1098             </ul></li>
1099         </ul> <em>Deprecations</em>
1100         <ul>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1103             capabilities removed from the Jalview Desktop
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1107             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1108             projects and XML based data retrieval clients
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1112             removal
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1116             Start
1117           </li>
1118         </ul> <em>Documentation</em>
1119         <ul>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1122             effects not supported in EPS figure export
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1126             dialog
1127           </li>
1128         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1129         <ul>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1132             from Ant to Gradle
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1136             keys in Message bundles
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1140             gradle-eclipse
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1144             continuous integration for unattended Test Suite execution
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1148             operations
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1152             issues resolved
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1156             markdown (with HTML rendering)
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1163             versions of Jalview
1164           </li>
1165         </ul>
1166       </td>
1167       <td align="left" valign="top">
1168         <ul>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1174             superposition in Jmol fail on Windows
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1178             discovering structures for sequences with lots of PDB
1179             structures
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1183             with monospaced font
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1187             Jalview project involving multiple views
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1191             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1192             Annotation dialog hides columns
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1196             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1197             selection in one view, then making another selection in the
1198             other view
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1202             columns
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1206             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1210             redrawing the overview with large alignments
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1214             region if columns were selected by dragging right-to-left
1215             and the mouse moved to the left of the first column
1216           </li>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1219             a hidden column marker via scale popup menu
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1223             URLs doesn't tell users the invalid URL
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1227             score from view
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1231             during show cross references or Fetch Database References
1232             are shown in red in original view
1233           </li>
1234           <li>
1235             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1236             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1237             p.Res.null)
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1241             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1245             printed when columns are hidden
1246           </li>
1247           <li>
1248             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1249             Columns by Annotation description
1250           </li>
1251           <li>
1252             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1253             dragging out of Scale or Annotation Panel
1254           </li>
1255           <li>
1256             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1257             out of scale panel
1258           </li>
1259           <li>
1260             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1261             alignment down
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1265             in scale panel
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1269             Down, Page Up in wrapped mode
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1273           </li>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1279             selected on opening an alignment
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1283             in Colour menu
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1287             when different groups in the alignment are selected
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1291             shown correctly in menu
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1295             min/max threshold limit
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1299             threshold gets 'unrounded'
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1303             colour
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1307             axis
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1311           </li>
1312           <li>
1313             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1314             alignment, not Tree font
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1318             from project file
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1322             Overview shown in complementary view
1323           </li>
1324           <li>
1325             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1326             shown without normalisation
1327           </li>
1328           <li>
1329             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1330             positioned at top of report
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1337             OSX Mojave
1338           </li>
1339         </ul> <em>Editing</em>
1340         <ul>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1343             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1344             via 'Edit' sequence
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1348             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1349             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1353             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1357             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1358             in 2.10.5)
1359           </li>
1360         </ul> <em>Datamodel</em>
1361         <ul>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1364             sequence's End is greater than its length
1365           </li>
1366         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1367           release)</em>
1368         <ul>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1371           </li>
1372         </ul> <em>New Known Defects</em>
1373         <ul>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1376             clicking ignores bounds of an existing selected region
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1380             gapped regions of protein alignment.
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1384             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1388             after 'New View'
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1392             columns within hidden columns
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1396             re-enters window after dragging left to select columns to
1397             left of visible region
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1401             description string and thresholded by score in earlier
1402             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1403             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1407             reset group visibility
1408           </li>
1409           <li>
1410             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1411             linked CDS/Protein view
1412           </li>
1413           <li>
1414             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1415             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1416           </li>
1417         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1418         <ul>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1421             alphabetically when saved
1422           </li>
1423         </ul>
1424       </td>
1425     </tr>
1426     <tr>
1427       <td width="60" nowrap>
1428         <div align="center">
1429           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1430         </div>
1431       </td>
1432       <td><div align="left">
1433           <em></em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1437               InstallAnywhere increased to 1G.
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1441               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1442               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1443                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1444                 properties file.</em>
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1448               API and sequence data now imported as JSON.
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1452               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1453               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1454               property.
1455             </li>
1456           </ul>
1457           <em>Development</em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1461               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1462                 Clover</a>
1463             </li>
1464           </ul>
1465         </div></td>
1466       <td><div align="left">
1467           <em></em>
1468           <ul>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1471               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1472               alignment.
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1476               annotation displayed.
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1480               for newly created group when 'Apply to all groups'
1481               selected
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1485               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1486               visible.
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1490               when sequences are selected in exported view.</em>
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1494               aren't rendered with correct colour.
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1498               types of knotted RNA secondary structure.
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1502               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1503               do not start at 1.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1507               annotation when columns are inserted into an alignment,
1508               and when exporting as Stockholm flatfile.
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1512               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1513               treated as RNA secondary structure.
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1517               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1521               transfers focus to previous window on OSX
1522             </li>
1523           </ul>
1524           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1528               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1529               box.
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1533               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1534               'look and feel' which has improved compatibility with the
1535               latest version of OSX.
1536             </li>
1537           </ul>
1538         </div></td>
1539     </tr>
1540     <tr>
1541       <td width="60" nowrap>
1542         <div align="center">
1543           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1544             <em>7/06/2018</em></strong>
1545         </div>
1546       </td>
1547       <td><div align="left">
1548           <em></em>
1549           <ul>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1552               annotation retrieved from Uniprot
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1556               onto the Jalview Desktop
1557             </li>
1558           </ul>
1559         </div></td>
1560       <td><div align="left">
1561           <em></em>
1562           <ul>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1565               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1569               right-hand column parsed correctly
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1573               not alignment area in exported graphic
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1577               window has input focus
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1581               annotation added to view (Windows)
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1585               network connectivity is poor
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1589               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1590                 the currently open URL and links from a page viewed in
1591                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1592                 you are using Edge, only links in the page can be
1593                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1594                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1595             </li>
1596           </ul>
1597           <em>New Known Defects</em>
1598           <ul>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1601               Annotation
1602             </li>
1603           </ul>
1604         </div></td>
1605     </tr>
1606     <tr>
1607       <td width="60" nowrap>
1608         <div align="center">
1609           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1610         </div>
1611       </td>
1612       <td><div align="left">
1613           <em></em>
1614           <ul>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1617               for disabling automatic superposition of multiple
1618               structures and open structures in existing views
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1622               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1623               adjust them.
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1627               Ensembl services
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1631               and lots of hidden columns
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1635               of features (particularly when transparency is disabled)
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1639               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1640               made generally available
1641             </li>
1642           </ul>
1643         </div></td>
1644       <td><div align="left">
1645           <ul>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1648               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1652               overlapping alignment panel
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1656               sequence as gaps
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1660               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1661               UTR
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1665               factor annotation not added to sequence when local PDB
1666               file associated with it by drag'n'drop or structure
1667               chooser
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1671               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1675               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1679               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1683               columns in annotation row
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1687               not honored in batch mode
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1691               for structures added to existing Jmol view
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1695               entries after importing project with multiple views
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1699               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1700               with negative residue numbers or missing residues fails
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1704               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1705               files (e.g. as generated by CONSURF)
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1709               tooltip doesn't include a text description of mutation
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1713               structure and/or overview windows are also shown
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1717               regions very slow for alignments with large numbers of
1718               sequences
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1722               with 'StringIndexOutOfBounds'
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1726               Feel for OSX platforms running Java 10
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1730               view appears to do nothing because the view is hidden
1731               behind the alignment view
1732             </li>
1733           </ul>
1734           <em>Applet</em>
1735           <ul>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1738               should copy the group consensus when popup is opened on it
1739             </li>
1740           </ul>
1741           <em>Batch Mode</em>
1742           <ul>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1745               respected
1746             </li>
1747           </ul>
1748           <em>New Known Defects</em>
1749           <ul>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1752               editing a large alignment and overview is displayed
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1756               repeatedly after a series of edits even when the overview
1757               is no longer reflecting updates
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1761               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1762               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1763               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1767               CSV option gives blank output
1768             </li>
1769           </ul>
1770         </div></td>
1771     </tr>
1772     <tr>
1773       <td width="60" nowrap>
1774         <div align="center">
1775           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1776             <em>24/1/2018</em></strong>
1777         </div>
1778       </td>
1779       <td><div align="left">
1780           <ul>
1781             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1782               30th November 2018)</li>
1783           </ul>
1784         </div></td>
1785       <td><div align="left">
1786           <em>Desktop</em>
1787           <ul>
1788             <ul>
1789               <li>
1790                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1791                 several sequences and structures are selected for
1792                 viewing/superposing
1793               </li>
1794               <li>
1795                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1796                 vertically via trackpad and scrollwheel
1797               </li>
1798               <li>
1799                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1800                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1801                 start of alignment
1802               </li>
1803               <li>
1804                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1805                 scrolled into view if columns are hidden
1806               </li>
1807               <li>
1808                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1809                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1810                 hidden columns
1811               </li>
1812               <li>
1813                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1814                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1815                 effect
1816               </li>
1817               <li>
1818                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1819                 relationships when retrieving sequences from
1820                 EnsemblGenomes
1821               </li>
1822             </ul>
1823         </div></td>
1824     </tr>
1825     <tr>
1826       <td width="60" nowrap>
1827         <div align="center">
1828           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1829         </div>
1830       </td>
1831       <td><div align="left">
1832           <em></em>
1833           <ul>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1836               rendering of sequence features
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1840               429 rate limit request hander
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1844               their colours have changed
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1848               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1852               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1856               view from Ensembl locus cross-references
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1860               Alignment report
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1864               feature can be disabled
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1868               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1872               Uniprot
1873             </li>
1874           </ul>
1875           <em>Scripting</em>
1876           <ul>
1877             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1878             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1879               percent identity scores for current alignment.</li>
1880           </ul>
1881           <em>Testing and Deployment</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1885             </li>
1886           </ul>
1887         </div></td>
1888       <td><div align="left">
1889           <em>General</em>
1890           <ul>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1893               threshold text field doesn't trigger an update to the
1894               alignment view
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1898               strings in parallel
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1902               alignment window is closed
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1906               group visibility
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1910               takes a long time in Cursor mode
1911             </li>
1912           </ul>
1913           <em>Desktop</em>
1914           <ul>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1917               cannot be viewed in Chimera
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1921               CDS/Protein view
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1925               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1926               Search Dialogs
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1936               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1940               scrolling right in unwapped alignment view
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1944               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1945               database
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1949               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1953               features of same type and group to be selected for
1954               amending
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1958               alignments when hidden columns are present
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1962               displaying several structures
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1966               moving a window
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1970               within the Jalview desktop on OSX
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1974               when in wrapped alignment mode
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1978               hand end of alignment
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1982               each selected sequence do not have correct start/end
1983               positions
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1987               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1991               restoring project until a new view is created
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1995               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1996               configured (since 2.10.2b2)
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2000               position is adjusted
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2004               in a multi-chain structure when viewing alignment
2005               involving more than one chain (since 2.10)
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2009               if new selection moves alignment window
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2013               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2017               that produces correctly annotated transcripts and products
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2021               doesn't update associated structure view
2022             </li>
2023           </ul>
2024           <em>Applet</em><br />
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2028               closing alignment panel
2029             </li>
2030           </ul>
2031           <em>BioJSON</em><br />
2032           <ul>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2035               non-positional features
2036             </li>
2037           </ul>
2038           <em>New Known Issues</em>
2039           <ul>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2042               sequence features correctly (for many previous versions of
2043               Jalview)
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2047               using cursor in wrapped panel other than top
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2051               graduated colour threshold
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2055               always preserve numbering and sequence features
2056             </li>
2057           </ul>
2058           <em>Known Java 9 Issues</em>
2059           <ul>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2062               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2063               9.01, OSX 10.10)
2064             </li>
2065           </ul>
2066         </div></td>
2067     </tr>
2068     <tr>
2069       <td width="60" nowrap>
2070         <div align="center">
2071           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2072             <em>2/10/2017</em></strong>
2073         </div>
2074       </td>
2075       <td><div align="left">
2076           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2077           <ul>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2080               at uniprot.org
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2084               ebi.ac.uk
2085             </li>
2086           </ul>
2087         </div></td>
2088       <td><div align="left"></div></td>
2089     </tr>
2090     <tr>
2091       <td width="60" nowrap>
2092         <div align="center">
2093           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2094             <em>7/9/2017</em></strong>
2095         </div>
2096       </td>
2097       <td><div align="left">
2098           <em></em>
2099           <ul>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2102               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2103               white)
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2107               Preferences
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2111               in size and progress bar shown as higher resolution
2112               overview is recalculated
2113             </li>
2114
2115           </ul>
2116         </div></td>
2117       <td><div align="left">
2118           <em></em>
2119           <ul>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2122               column region row by row
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2126               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2130               format setting is unticked
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2134               if group has show boxes format setting unticked
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2138               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2139               include sequences and columns not currently displayed
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2143               assemblies are imported via CIF file
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2147               displayed when threshold or conservation colouring is also
2148               enabled.
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2152               server version
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2156               dragging a selected region off the visible region of the
2157               alignment
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2161               colourscheme to all groups in a view
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2165               initially after font size change using the Font chooser or
2166               middle-mouse zoom
2167             </li>
2168           </ul>
2169         </div></td>
2170     </tr>
2171     <tr>
2172       <td width="60" nowrap>
2173         <div align="center">
2174           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2175         </div>
2176       </td>
2177       <td><div align="left">
2178           <em>Calculations</em>
2179           <ul>
2180
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2183               ungapped positions in each column of the alignment.
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2187               a calculation dialog box
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2191               and memory efficiency (~30x faster)
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2195               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2196               and other calculations
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2200               files within the Jalview codebase
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2204               Similarity may have different topology due to increased
2205               precision
2206             </li>
2207           </ul>
2208           <em>Rendering</em>
2209           <ul>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2212               model for alignments and groups
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2216               scripts
2217             </li>
2218           </ul>
2219           <em>Overview</em>
2220           <ul>
2221             <li>
2222               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2223               with alignment and overview windows
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2227               overview
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2231               omitted in Overview
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2235               adjustment of visible position
2236             </li>
2237           </ul>
2238
2239           <em>Data import/export</em>
2240           <ul>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2243               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2247               annotation input/output via stockholm flatfile
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2251               extension when importing structure files without embedded
2252               names or PDB accessions
2253             </li>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2256               format sequence substitution matrices
2257             </li>
2258           </ul>
2259           <em>User Interface</em>
2260           <ul>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2263               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2264               the application.
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2268               via Overview or sequence motif search operations
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2272               opened by double clicking gaps within sequence feature
2273               extent
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2277               aligned positions were available to create a 3D structure
2278               superposition.
2279             </li>
2280           </ul>
2281           <em>3D Structure</em>
2282           <ul>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2285               coloured in linked structure views
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2289               file-based command exchange
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2293               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2294               structures are already available for sequences
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2298               the Jalview project rather than downloaded again when the
2299               project is reopened.
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2303               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2304               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2305                 Feature</strong>)
2306             </li>
2307           </ul>
2308           <em>Web Services</em>
2309           <ul>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2315               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2316               Analysis services
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2320               cross-references provided by identifiers.org and the
2321               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2322             </li>
2323           </ul>
2324
2325           <em>Scripting</em>
2326           <ul>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2329               identifying file formats (instead of String constants)
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2333               efficiency when counting all displayed features (not
2334               backwards compatible with 2.10.1)
2335             </li>
2336           </ul>
2337           <em>Example files</em>
2338           <ul>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2341               included in the example feature file
2342             </li>
2343           </ul>
2344           <em>Documentation</em>
2345           <ul>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2348               with the built-in Java help viewer
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2352               sequence description' option
2353             </li>
2354           </ul>
2355           <em>Test Suite</em>
2356           <ul>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2359               Uniprot REST Free Text Search Client
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2366               during tests
2367             </li>
2368           </ul>
2369         </div></td>
2370       <td><div align="left">
2371           <em>Calculations</em>
2372           <ul>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2375               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2376               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2377             </li>
2378             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2379               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2380               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2381               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2382               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2383               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2384               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2385               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2386               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2387               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2388               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2389               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2390               // for 2.10.1 mode <br />
2391               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2392               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2393                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2394                 calculations (not recommended)</em></li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2397               scaling of branch lengths for trees computed using
2398               Sequence Feature Similarity.
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2402               generating output report when working with highly
2403               redundant alignments
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2407               right of selected region when gaps present on right-hand
2408               boundary
2409             </li>
2410           </ul>
2411           <em>User Interface</em>
2412           <ul>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2415               doesn't reselect a specific sequence's associated
2416               annotation after it was used for colouring a view
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2420               opened on a region of alignment without groups
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2424               of an alignment with overlapping groups
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2428               name and description match
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2432               hidden regions results in incorrect hidden regions
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2436               changing colour does not apply Conservation slider value
2437               to all groups
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2441               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2445               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2449               gaps before start of features
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2453               restored to UI when feature colour is edited
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2457               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2461               as graduate feature colour settings are modified via the
2462               dialog box
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2466               when a group defined on the alignment is resized
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2470               wrapped view result in positional status updates
2471             </li>
2472
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2475               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2479               alignment included gapped columns
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2483               widgets don't permanently disappear
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2487               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2488               T-Coffee column reliability scores)
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2492               sequence feature on gaps only
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2496               button from a Find inherit previously defined feature type
2497               rather than the Find query string
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2501               exporting tree calculated in Jalview
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2505               and then revealing them reorders sequences on the
2506               alignment
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2510               doesn't update to reflect available set of groups after
2511               interactively adding or modifying features
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2515               Linux
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2519               only excluded gaps in current sequence and ignored
2520               selection.
2521             </li>
2522           </ul>
2523           <em>Rendering</em>
2524           <ul>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2527               erratically when hidden rows or columns are present
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2531               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2532               sequence colouring
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2536               colour and group colour menu for protein alignments
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2540               reflect currently selected view or group's shading
2541               thresholds
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2545               when rendered on overview and structures when opacity at
2546               100%
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2550               overview when features overlaid on alignment
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2554               recovered correctly from Jalview project file
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2558               opened (automatically via preferences) are different to
2559               the main alignment panel
2560             </li>
2561           </ul>
2562           <em>Data import/export</em>
2563           <ul>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2566               load
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2570               added after a sequence was imported are not written to
2571               Stockholm File
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2575               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2579               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2583               with lightGray or darkGray via features file (but can
2584               specify lightgray)
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2588               when alignment view imported from project
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2592               structure and sequences extracted from structure files
2593               imported via URL and viewed in Jmol
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2597               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2598               the project is loaded and the structure viewed
2599             </li>
2600           </ul>
2601           <em>Web Services</em>
2602           <ul>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2605               release of Ensembl v.88
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2609               appear enabled in Preferences->Connections
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2613               removed from console output
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2617               Ensembl by Peptide ID
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2621               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2622               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2623               due to 'null' string rather than empty string used for
2624               residues with no corresponding PDB mapping).
2625             </li>
2626           </ul>
2627           <em>Application UI</em>
2628           <ul>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2631               menu
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2635               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2636               new documentation and tooltips added)
2637             </li>
2638             <li>
2639               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2640               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2644               new features are added to alignment
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2648               changes to feature colours via the Amend features dialog
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2652               edit graduated feature colour via amend features dialog
2653               box
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2657               selection menu changes colours of alignment views
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2661               from alignment calculation workers after alignment has
2662               been closed
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2666               groups now 'Create Group'
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2670               Create/Undefine group doesn't always work
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2674               shown again after pressing 'Cancel'
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2678               adjusts start position in wrap mode
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2682               ambiguous amino acids
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2686               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2687               proteins
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2691               Defined' don't appear in Colours menu
2692             </li>
2693           </ul>
2694           <em>Applet</em>
2695           <ul>
2696             <li>
2697               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2698               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2702               overview or linked structure view
2703             </li>
2704             <li>
2705               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2706               work (since 2.8)
2707             </li>
2708             <li>
2709               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2710               user-defined colourscheme doesn't restore original
2711               colourscheme
2712             </li>
2713           </ul>
2714           <em>Test Suite</em>
2715           <ul>
2716             <li>
2717               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2718               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2722               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2723               problems with deep array comparison equality asserts in
2724               successive versions of TestNG
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2728               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2729             </li>
2730           </ul>
2731           <em>New Known Issues</em>
2732           <ul>
2733             <li>
2734               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2735               phase after a sequence motif find operation
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2739               containing just upper and lower case letters are
2740               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2744               reliably from eggnog Ortholog database
2745             </li>
2746             <li>
2747               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2748               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2749               to mark columns containing highlighted regions.
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2753               doesn't always add secondary structure annotation.
2754             </li>
2755           </ul>
2756         </div>
2757     <tr>
2758       <td width="60" nowrap>
2759         <div align="center">
2760           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2761         </div>
2762       </td>
2763       <td><div align="left">
2764           <em>General</em>
2765           <ul>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2768               for all consensus calculations
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2772               3rd Oct 2016)
2773             </li>
2774             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2775               for 2016-2017</li>
2776           </ul>
2777           <em>Application</em>
2778           <ul>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2781               set of database cross-references, sorted alphabetically
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2785               from database cross references. Users with custom links
2786               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2787                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2791               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2792               Chimera session
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2796               the Chimera it is connected to is shut down
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2800               columns menu item to mark columns containing highlighted
2801               regions (e.g. from structure selections or results of a
2802               Find operation)
2803             </li>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2806               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2807               MSAviewer
2808             </li>
2809           </ul>
2810         </div></td>
2811       <td>
2812         <div align="left">
2813           <em>General</em>
2814           <ul>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2817               are not coloured or thresholded according to percent
2818               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2822               hydrophobic
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2826               threshold, amino acid properties)
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2830               reported as mapped to residues in a structure file in the
2831               View Mapping report
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2835               could be added multiple times to a sequence
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2839               bond features shown as two highlighted residues rather
2840               than a range in linked structure views, and treated
2841               correctly when selecting and computing trees from features
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2845               cross-references are matched to database name regardless
2846               of case
2847             </li>
2848
2849           </ul>
2850           <em>Application</em>
2851           <ul>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2854               names without regular expressions also offer links from
2855               Sequence ID
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2859               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2860               update Jalview configuration
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2864               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2868               files with similarly named sequences if dropped onto the
2869               alignment
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2873               entries where more chains exist in the PDB accession than
2874               are reported in the SIFTS file
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2878               the structure view when displayed with Chimera
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2882               panel's View->Show Chains submenu
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2886               work for wrapped alignment views
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2890               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2894               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2895               first annotation row
2896             </li>
2897             <li>
2898               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2899               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2900             </li>
2901             <li>
2902               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2903               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2904             </li>
2905             <!-- JAL-2319 -->
2906             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2907             coordindate data
2908             </li>
2909           </ul>
2910           <!--           <em>New Known Issues</em>
2911           <ul>
2912             <li></li>
2913           </ul> -->
2914         </div>
2915       </td>
2916     </tr>
2917     <td width="60" nowrap>
2918       <div align="center">
2919         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2920           <em>25/10/2016</em></strong>
2921       </div>
2922     </td>
2923     <td><em>Application</em>
2924       <ul>
2925         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2926           view if structures already loaded</li>
2927         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2928           structure views</li>
2929       </ul></td>
2930     <td>
2931       <div align="left">
2932         <em>General</em>
2933         <ul>
2934           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2935             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2936           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2937             example sequences/projects/trees</li>
2938         </ul>
2939         <em>Application</em>
2940         <ul>
2941           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2942             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2943           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2944             without timeout for structures with multiple models or
2945             multiple sequences in alignment</li>
2946           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2947             PDB ID HEADER line</li>
2948           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2949             is performed</li>
2950           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2951             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2952           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2953           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2954             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2955             option</li>
2956           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2957             is created on the alignment</li>
2958           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2959             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2960             pop-up menu</li>
2961         </ul>
2962         <em>Build and deployment</em>
2963         <ul>
2964           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2965             tags</li>
2966         </ul>
2967         <em>New Known Issues</em>
2968         <ul>
2969           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2970             on Windows</li>
2971         </ul>
2972       </div>
2973     </td>
2974     </tr>
2975     <tr>
2976       <td width="60" nowrap>
2977         <div align="center">
2978           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2979         </div>
2980       </td>
2981       <td><em>General</em>
2982         <ul>
2983           <li>
2984             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2985           </li>
2986           <li>
2987             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2988             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2989             better PDB parsing.
2990           </li>
2991           <li>
2992             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2993             reference sequence
2994           </li>
2995           <li>
2996             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2997             mousing over sequence associated annotation
2998           </li>
2999           <li>
3000             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3001             for manual entry
3002           </li>
3003           <li>
3004             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3005             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3006             for each column
3007           </li>
3008           <li>
3009             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3010             showing or hiding columns containing a feature
3011           </li>
3012           <li>
3013             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3014             group and sequence associated annotation labels
3015           </li>
3016           <li>
3017             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3018             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3019             dialogs
3020           </li>
3021
3022         </ul> <em>Application</em>
3023         <ul>
3024           <li>
3025             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3026             gene/transcript view
3027           </li>
3028           <li>
3029             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3030             dialog
3031           </li>
3032           <li>
3033             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3034             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3035           </li>
3036           <li>
3037             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3038             Pfam sources to xfam.org
3039           </li>
3040           <li>
3041             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3042           </li>
3043           <li>
3044             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3045             over sequences in Jalview
3046           </li>
3047           <li>
3048             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3049             regions in ENA and EMBL
3050           </li>
3051           <li>
3052             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3053             for record retrieval via ENA rest API
3054           </li>
3055           <li>
3056             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3057             complement operator
3058           </li>
3059           <li>
3060             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3061             groovy script execution
3062           </li>
3063           <li>
3064             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3065             alignment window's Calculate menu
3066           </li>
3067           <li>
3068             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3069             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3070           </li>
3071           <li>
3072             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3073             calculation workers from groovy scripts
3074           </li>
3075           <li>
3076             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3077             Jalview projects
3078           </li>
3079           <li>
3080             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3081             associations are now saved/restored from project
3082           </li>
3083           <li>
3084             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3085             before sequence fetcher is opened
3086           </li>
3087           <li>
3088             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3089             database chooser opens a sequence fetcher
3090           </li>
3091           <li>
3092             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3093             the UniProt REST API
3094           </li>
3095           <li>
3096             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3097             the news reader opening
3098           </li>
3099           <li>
3100             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3101             querying stored in preferences
3102           </li>
3103           <li>
3104             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3105             search results
3106           </li>
3107           <li>
3108             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3109           </li>
3110           <li>
3111             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3112             menu for nucleotide sequences
3113           </li>
3114           <li>
3115             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3116             and feature counts preserves alignment ordering (and
3117             debugged for complex feature sets).
3118           </li>
3119           <li>
3120             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3121             viewing structures with Jalview 2.10
3122           </li>
3123           <li>
3124             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3125             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3126             Ensembl Genomes REST API
3127           </li>
3128           <li>
3129             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3130             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3131             (Ensembl)
3132           </li>
3133           <li>
3134             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3135             sequences
3136           </li>
3137           <li>
3138             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3139             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3140             data from external database records.
3141           </li>
3142           <li>
3143             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3144             efficient recovery of sequence coding and alignment
3145             annotation relationships.
3146           </li>
3147         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3148         <ul>
3149           <li>
3150             -- JAL---
3151           </li>
3152         </ul> --></td>
3153       <td>
3154         <div align="left">
3155           <em>General</em>
3156           <ul>
3157             <li>
3158               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3159               menu on OSX
3160             </li>
3161             <li>
3162               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3163               includes graduated colourschemes
3164             </li>
3165             <li>
3166               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3167               working with big alignments and lots of hidden columns
3168             </li>
3169             <li>
3170               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3171               at right of alignment window
3172             </li>
3173             <li>
3174               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3175               contents
3176             </li>
3177             <li>
3178               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3179               for DNA alignments
3180             </li>
3181             <li>
3182               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3183               based tree calculation
3184             </li>
3185             <li>
3186               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3187               unconserved enabled for group on alignment
3188             </li>
3189             <li>
3190               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3191               set as reference
3192             </li>
3193             <li>
3194               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3195               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3196               annotation
3197             </li>
3198             <li>
3199               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3200               hidden columns present
3201             </li>
3202             <li>
3203               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3204               user created annotation added to alignment
3205             </li>
3206             <li>
3207               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3208               '()' base pair annotation
3209             </li>
3210             <li>
3211               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3212               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3213               Consensus
3214             </li>
3215             <li>
3216               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3217               feature not working
3218             </li>
3219             <li>
3220               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3221               beginning of sequence
3222             </li>
3223             <li>
3224               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3225               entry 3a6s
3226             </li>
3227             <li>
3228               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3229               from a tree when t-coffee scores are shown
3230             </li>
3231             <li>
3232               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3233               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3234             </li>
3235             <li>
3236               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3237               some structures
3238             </li>
3239             <li>
3240               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3241               to Clustal, PIR and PileUp output
3242             </li>
3243             <li>
3244               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3245               not visible causes alignment window to repaint
3246             </li>
3247             <li>
3248               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3249               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3250               scores associated with features and annotation rows
3251             </li>
3252             <li>
3253               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3254               calculation should be case independent
3255             </li>
3256             <li>
3257               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3258               columns
3259             </li>
3260             <li>
3261               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3262               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3263               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3264             </li>
3265             <li>
3266               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3267               problems when reference sequence defined and 'show
3268               non-conserved' enabled
3269             </li>
3270             <li>
3271               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3272               load even when Consensus calculation is disabled
3273             </li>
3274             <li>
3275               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3276               alignment does nothing
3277             </li>
3278           </ul>
3279           <em>Application</em>
3280           <ul>
3281             <li>
3282               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3283               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3284               yet fixed for El Capitan)
3285             </li>
3286             <li>
3287               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3288               output when running on non-gb/us i18n platforms
3289             </li>
3290             <li>
3291               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3292               hidden sequences as flat-file alignment
3293             </li>
3294             <li>
3295               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3296               launching Chimera
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3300               (also hotfix for 2.9.0b2)
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3304               reference sequence defined
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3308               alignments and views when revealing hidden columns
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3312               view in a cDNA/Protein splitframe
3313             </li>
3314             <li>
3315               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3316               sequence from project when only one sequence is
3317               represented
3318             </li>
3319             <li>
3320               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3321               in Structure Chooser
3322             </li>
3323             <li>
3324               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3325               structure consensus didn't refresh annotation panel
3326             </li>
3327             <li>
3328               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3329               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3330             </li>
3331             <li>
3332               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3333               dialogs format columns correctly, don't display array
3334               data, sort columns according to type
3335             </li>
3336             <li>
3337               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3338               file chooser is cancelled during an image export
3339             </li>
3340             <li>
3341               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3342               sequence name containing special characters
3343             </li>
3344             <li>
3345               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3346               case insensitive
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3350               formatting don't wrap
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3354               truncated so L looks like I in consensus annotation
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3358               currently displayed features for the current selection or
3359               view
3360             </li>
3361             <li>
3362               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3363               after fetching cross-references, and restoring from
3364               project
3365             </li>
3366             <li>
3367               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3368               followed in the structure viewer
3369             </li>
3370             <li>
3371               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3372               splitframe not restored from project
3373             </li>
3374             <li>
3375               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3376               trailing end of protein alignment in transcript/product
3377               splitview when pad-gaps not enabled by default
3378             </li>
3379             <li>
3380               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3381               is case dependent
3382             </li>
3383             <li>
3384               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3385               article has been read (reopened issue due to
3386               internationalisation problems)
3387             </li>
3388             <li>
3389               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3390               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3391               cross-references
3392             </li>
3393
3394             <li>
3395               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3396               alignment as HTML
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3400               multiple structures are shown for one or more sequences.
3401             </li>
3402             <li>
3403               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3404               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3405               is enabled.
3406             </li>
3407             <li>
3408               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3409               specific PDB id for sequence
3410             </li>
3411             <li>
3412               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3413               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3414               columns' is disabled.
3415             </li>
3416             <li>
3417               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3418               selects lowest rather than highest resolution structures
3419               for each sequence
3420             </li>
3421             <li>
3422               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3423               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3424             </li>
3425             <li>
3426               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3427               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3428             </li>
3429             <li>
3430               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3431               after clicking on it to create new annotation for a
3432               column.
3433             </li>
3434             <li>
3435               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3436               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3437             </li>
3438             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3439             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3440           </ul>
3441           <em>Applet</em>
3442           <ul>
3443             <li>
3444               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3445               hidden columns present before start of sequence
3446             </li>
3447             <li>
3448               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3449               (JSON jars)
3450             </li>
3451             <li>
3452               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3453               sequences are hidden in applet
3454             </li>
3455             <li>
3456               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3457               deployment on examples pages.
3458             </li>
3459           </ul>
3460         </div>
3461       </td>
3462     </tr>
3463     <tr>
3464       <td width="60" nowrap>
3465         <div align="center">
3466           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3467             <em>16/10/2015</em></strong>
3468         </div>
3469       </td>
3470       <td><em>General</em>
3471         <ul>
3472           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3473             jars</li>
3474         </ul></td>
3475       <td>
3476         <div align="left">
3477           <em>Application</em>
3478           <ul>
3479             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3480               shown when tree is partitioned</li>
3481             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3482               multiple cDNA/Protein split views</li>
3483           </ul>
3484         </div>
3485       </td>
3486     </tr>
3487     <tr>
3488       <td width="60" nowrap>
3489         <div align="center">
3490           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3491             <em>8/10/2015</em></strong>
3492         </div>
3493       </td>
3494       <td><em>General</em>
3495         <ul>
3496           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3497             2.9</li>
3498         </ul> <em>Application</em>
3499         <ul>
3500           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3501           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3502           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3503         </ul> <em>Applet</em>
3504         <ul>
3505           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3506         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3507         <ul>
3508           <li>
3509             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3510             suite
3511           </li>
3512         </ul></td>
3513       <td>
3514         <div align="left">
3515           <em>General</em>
3516           <ul>
3517             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3518               incorrect when sequence start > 1</li>
3519             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3520               documentation</li>
3521             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3522             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3523               loading a features file containing HTML tags in feature
3524               description</li>
3525
3526           </ul>
3527           <em>Application</em>
3528           <ul>
3529             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3530               reimport</li>
3531             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3532               with 'trim retrieved sequences'</li>
3533             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3534               deleting selected columns</li>
3535             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3536               JNLP templates for webstart launch</li>
3537             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3538               unreleased structures for download or viewing</li>
3539             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3540               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3541             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3542               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3543             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3544               recovered from jalview project</li>
3545             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3546               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3547               alignment view</li>
3548             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3549               color schemes from BioJSON</li>
3550           </ul>
3551           <em>Applet</em>
3552           <ul>
3553             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3554               frame</li>
3555             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3556           </ul>
3557         </div>
3558       </td>
3559     </tr>
3560     <tr>
3561       <td><div align="center">
3562           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3563         </div></td>
3564       <td><em>General</em>
3565         <ul>
3566           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3567             alignments:
3568             <ul>
3569               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3570                 and DNA alignment views</li>
3571               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3572                 cDNA alignment views</li>
3573               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3574                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3575               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3576                 protein sequences</li>
3577             </ul>
3578           </li>
3579           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3580           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3581             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3582           <li>New alignment annotation file statements for
3583             reference sequences and marking hidden columns</li>
3584           <li>Reference sequence based alignment shading to
3585             highlight variation</li>
3586           <li>Select or hide columns according to alignment
3587             annotation</li>
3588           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3589           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3590             acid conservation row</li>
3591           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3592         </ul> <em>Application</em>
3593         <ul>
3594           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3595             <ul>
3596               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3597                 view with cDNA/Protein</li>
3598               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3599                 sequences are placed in the same alignment</li>
3600               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3601                 projects</li>
3602             </ul>
3603           </li>
3604
3605           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3606           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3607             Jalview windows</li>
3608
3609           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3610           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3611           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3612             be shown in VARNA</li>
3613
3614           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3615             as the active selected region</li>
3616
3617           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3618             similarity</li>
3619           <li>New Export options
3620             <ul>
3621               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3622                 region export in flat file generation</li>
3623
3624               <li>Export alignment views for display with the <a
3625                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3626
3627               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3628               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3629                 alignment figures to HTML</li>
3630           </li>
3631           <li>3D structure retrieval and display
3632             <ul>
3633               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3634                 Search API</li>
3635               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3636                 PDB structures for a sequence set</li>
3637             </ul>
3638           </li>
3639
3640           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3641             predictions</li>
3642           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3643             for one or a group of sequences</li>
3644           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3645             from the JPred4 web server</li>
3646           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3647             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3648             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3649           </li>
3650           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3651             VARNA 2D Structure'</li>
3652           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3653             Structure ..."</li>
3654
3655         </ul> <em>Applet</em>
3656         <ul>
3657           <li>New layout for applet example pages</li>
3658           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3659             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3660           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3661             Protein alignments</li>
3662         </ul> <em>Development and deployment</em>
3663         <ul>
3664           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3665           <li>Include installation type and git revision in build
3666             properties and console log output</li>
3667           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3668             storing BioJsMSA Templates</li>
3669           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3670         </ul></td>
3671       <td>
3672         <!-- <em>General</em>
3673         <ul>
3674         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3675         <ul>
3676           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3677           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3678           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3679             predictions are not highlighted in amber</li>
3680           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3681             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3682           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3683             associated structure views</li>
3684           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3685             width checkbox not enabled</li>
3686           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3687             creating user defined colours</li>
3688           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3689             mappings for just that viewer's sequences</li>
3690           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3691             multiple models in Chimera</li>
3692           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3693             over Jmol structure</li>
3694           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3695             output to text box</li>
3696           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3697             have incorrect sequence start/end</li>
3698           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3699             Jalview fails</li>
3700           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3701             work for nucleotide</li>
3702           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3703             to a grey/invisible alignment window</li>
3704           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3705             imports to different position</li>
3706           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3707             on some platforms</li>
3708           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3709             populated</li>
3710           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3711             console if Chimera has been opened</li>
3712           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3713           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3714             retrieved</li>
3715           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3716           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3717             either sequence shows on first structure</li>
3718           <li>'Show annotations' options should not make
3719             non-positional annotations visible</li>
3720           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3721             in right place after 'view flanking regions'</li>
3722           <li>File Save As type unset when current file format is
3723             unknown</li>
3724           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3725             projects</li>
3726           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3727             responsive</li>
3728           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3729             several views on same alignment</li>
3730           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3731           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3732             spaces</li>
3733         </ul> <em>Applet</em>
3734         <ul>
3735           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3736           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3737             descriptions containing angle brackets</li>
3738         </ul> <em>General</em>
3739         <ul>
3740           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3741             via jalview annotation file</li>
3742           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3743             with RNA secondary structure</li>
3744           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3745             translation doesn't work.</li>
3746           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3747           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3748             positions</li>
3749           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3750             choosing 1pt font</li>
3751           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3752             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3753             'h'</li>
3754           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3755             new feature</li>
3756           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3757             order dependent</li>
3758           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3759             sequences</li>
3760           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3761         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3762         <ul>
3763           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3764             www.jalview.org</li>
3765         </ul> <em>Application Known issues</em>
3766         <ul>
3767           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3768           <li>Misleading message appears after trying to delete
3769             solid column.</li>
3770           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3771             version launches</li>
3772           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3773             fails with a sequence mismatch</li>
3774           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3775             scrolling alignment to right</li>
3776           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3777             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3778           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3779             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3780           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3781             ultra-high resolution</li>
3782           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3783             quality and conservation</li>
3784           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3785             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3786         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3787         <ul>
3788           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3789           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3790             window is being resized</li>
3791
3792         </ul>
3793       </td>
3794     </tr>
3795     <tr>
3796       <td><div align="center">
3797           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3798         </div></td>
3799       <td><em>General</em>
3800         <ul>
3801           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3802             Certum.PL.</li>
3803           <li>Features and annotation preserved when performing
3804             pairwise alignment</li>
3805           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3806             imported/exported/displayed</li>
3807           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3808             protein secondary structure</li>
3809           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3810               post-hoc with 2.9 release</em>)
3811           </li>
3812
3813         </ul> <em>Application</em>
3814         <ul>
3815           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3816             with 3D structures</li>
3817           <li>Support for parsing RNAML</li>
3818           <li>Annotations menu for layout
3819             <ul>
3820               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3821               <li>place sequence annotation above/below alignment
3822                 annotation</li>
3823             </ul>
3824           <li>Output in Stockholm format</li>
3825           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3826             translation</li>
3827           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3828           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3829             shared between alignments</li>
3830           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3831             Jalview</li>
3832           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3833             all or current selection</li>
3834           <li>disorder and secondary structure predictions
3835             available as dataset annotation</li>
3836           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3837
3838
3839           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3840             alignments from Rfam</li>
3841           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3842
3843           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3844             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3845           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3846           <li>include installation type in build properties and
3847             console log output</li>
3848           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3849             annotation</li>
3850         </ul></td>
3851       <td>
3852         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3853         <ul>
3854           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3855             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3856           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3857             alignment</li>
3858           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3859           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3860           <li>Double click on sequence associated annotation
3861             selects only first column</li>
3862           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3863             leaves shown in tree</li>
3864           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3865             properly</li>
3866           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3867           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3868             screen and buttons not visible</li>
3869           <li>author list isn't updated if already written to
3870             Jalview properties</li>
3871           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3872             from database</li>
3873           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3874           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3875             browser search window</li>
3876           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3877             in feature settings dialog</li>
3878           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3879             desktop</li>
3880           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3881             pass validation</li>
3882           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3883             fit on screen</li>
3884           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3885             tooltip</li>
3886           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3887             defined user preset</li>
3888           <li>MSA web services warns user if they were launched
3889             with invalid input</li>
3890           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3891             Java 8</li>
3892           <li>
3893             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3894             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3895             created
3896           </li>
3897
3898         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3899         <ul>
3900         </ul> <em>General</em>
3901         <ul>
3902         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3903         <ul>
3904           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3905             memory allocation</li>
3906           <li>launchApp service doesn't automatically open
3907             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3908           <li>
3909             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3910             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3911             1.7_055 is available
3912           </li>
3913         </ul> <em>Application Known issues</em>
3914         <ul>
3915           <li>
3916             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3917             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3918             alignment to right
3919           </li>
3920           <li>
3921             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3922             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3923             with large number of ID
3924           </li>
3925           <li>
3926             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3927             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3928             start/end
3929           </li>
3930           <li>
3931             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3932             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3933             structure tracks are rearranged
3934           </li>
3935           <li>
3936             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3937             invalid rna structure positional highlighting does not
3938             highlight position of invalid base pairs
3939           </li>
3940           <li>
3941             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3942             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3943             project from alignment window file menu
3944           </li>
3945           <li>
3946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3947             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3948             structures
3949           </li>
3950           <li>
3951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3952             colour by RNA Helices not enabled when user created
3953             annotation added to alignment
3954           </li>
3955           <li>
3956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3957             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3958           </li>
3959         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3960         <ul>
3961           <li>
3962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3963             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3964           </li>
3965           <li>
3966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3967             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3968           </li>
3969
3970           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3971             when selected</li>
3972         </ul>
3973       </td>
3974     </tr>
3975     <tr>
3976       <td><div align="center">
3977           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3978         </div></td>
3979       <td>
3980         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3981         <em>General</em>
3982         <ul>
3983           <li>Internationalisation of user interface (usually
3984             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3985           <li>Define/Undefine group on current selection with
3986             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3987           <li>Improved group creation/removal options in
3988             alignment/sequence Popup menu</li>
3989           <li>Sensible precision for symbol distribution
3990             percentages shown in logo tooltip.</li>
3991           <li>Annotation panel height set according to amount of
3992             annotation when alignment first opened</li>
3993         </ul> <em>Application</em>
3994         <ul>
3995           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3996             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3997           <li>Select columns containing particular features from
3998             Feature Settings dialog</li>
3999           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4000             sequences</li>
4001           <li>Update Jalview project format:
4002             <ul>
4003               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4004               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4005                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4006               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4007                 colouring</li>
4008             </ul>
4009           </li>
4010           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4011             (PAM250)</li>
4012           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4013             flanking regions for an alignment</li>
4014         </ul>
4015       </td>
4016       <td>
4017         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4018         <ul>
4019           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4020             running after job is cancelled</li>
4021           <li>cannot export features from alignments imported from
4022             Jalview/VAMSAS projects</li>
4023           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4024             float values</li>
4025           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4026             have 'display all symbols' flag set</li>
4027           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4028             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4029           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4030             Jalview</li>
4031           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4032             Lion/Webstart</li>
4033           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4034           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4035           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4036             alignment onto desktop</li>
4037           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4038             'extract scores' function</li>
4039           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4040             alignment window</li>
4041           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4042             performing IUPred disorder prediction</li>
4043           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4044             changing 'normalise logo' display setting</li>
4045           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4046             nothing matches query</li>
4047           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4048             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4049           </li>
4050           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4051             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4052           </li>
4053           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4054             Jalview's menu</li>
4055           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4056             'invalid literal/length code'</li>
4057           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4058             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4059           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4060             colourscheme</li>
4061
4062         </ul> <em>Applet</em>
4063         <ul>
4064           <li>Remove group option is shown even when selection is
4065             not a group</li>
4066           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4067             don't affect groups</li>
4068           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4069             colourscheme name</li>
4070           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4071             Annotation panel is not displayed</li>
4072           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4073             embedded windows</li>
4074         </ul> <em>Other</em>
4075         <ul>
4076           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4077             single sequence were not calculated</li>
4078           <li>annotation files that contain only groups imported as
4079             annotation and junk sequences</li>
4080           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4081             recognised as PFAM or BLC</li>
4082           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4083             doesn't affect background (2.8.0b1)
4084           <li></li>
4085           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4086           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4087             trailing gaps</li>
4088           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4089             registered correctly on import</li>
4090           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4091             certain alignments</li>
4092           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4093             existing annotation based 'use original colours'
4094             colourscheme loses original colours setting</li>
4095         </ul>
4096       </td>
4097     </tr>
4098     <tr>
4099       <td><div align="center">
4100           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4101             <em>30/1/2014</em></strong>
4102         </div></td>
4103       <td>
4104         <ul>
4105           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4106             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4107             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4108             open source project).
4109           </li>
4110           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4111           <li>Output in Stockholm format</li>
4112           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4113           <li>Export/import group and sequence associated line
4114             graph thresholds</li>
4115           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4116             ambiguity codes</li>
4117           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4118             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4119             works</li>
4120           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4121         </ul> <em>Other improvements</em>
4122         <ul>
4123           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4124           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4125             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4126           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4127             files</li>
4128           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4129           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4130             link but no description</li>
4131           <li>Select primary source when selecting authority in
4132             database fetcher GUI</li>
4133           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4134             Jalview</li>
4135           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4136         </ul>
4137       </td>
4138       <td>
4139         <ul>
4140           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4141             displayed</li>
4142           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4143             secondary structure annotation line</li>
4144           <li>Sequence database accessions not imported when
4145             fetching alignments from Rfam</li>
4146           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4147             identical IDs</li>
4148           <li>View all structures does not always superpose
4149             structures</li>
4150           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4151             reflect user or preset settings</li>
4152           <li>Null pointer exceptions for some services without
4153             presets or adjustable parameters</li>
4154           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4155             discover PDB xRefs</li>
4156           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4157             features with DAS</li>
4158           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4159             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4160           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4161             residue follows a gap</li>
4162           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4163             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4164           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4165             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4166           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4167             annotation already exists on alignment</li>
4168           <li>oninit javascript function should be called after
4169             initialisation completes</li>
4170           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4171             alignment window display</li>
4172           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4173           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4174             to annotation file</li>
4175           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4176             groups created</li>
4177           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4178             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4179           <li>Pressing return several times causes Number Format
4180             exceptions in keyboard mode</li>
4181           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4182             correct partitions for input data</li>
4183           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4184           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4185           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4186           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4187             mode</li>
4188           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4189             changes one row&#39;s threshold</li>
4190           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4191             doesn&#39;t open</li>
4192           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4193             quality histograms</li>
4194         </ul>
4195       </td>
4196     </tr>
4197     <tr>
4198       <td><div align="center">
4199           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4200         </div></td>
4201       <td><em>Application</em>
4202         <ul>
4203           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4204             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4205           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4206             preferences</li>
4207           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4208             in Jalview alignment window</li>
4209           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4210             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4211           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4212             RNA and ambiguity codes</li>
4213
4214           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4215           <li>Support fetching and database reference look up
4216             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4217             refs')</li>
4218           <li>Jalview project improvements
4219             <ul>
4220               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4221                 flag for annotation</li>
4222               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4223                 alignment</li>
4224               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4225                 Jalview project</li>
4226
4227             </ul>
4228           </li>
4229           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4230           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4231             running</li>
4232           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4233           <li>visual indication that web service results are still
4234             being retrieved from server</li>
4235           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4236             starts up for first time</li>
4237           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4238             services</li>
4239           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4240             client library</li>
4241           <li>Examples directory and Groovy library included in
4242             InstallAnywhere distribution</li>
4243         </ul> <em>Applet</em>
4244         <ul>
4245           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4246             visualization applet example</li>
4247         </ul> <em>General</em>
4248         <ul>
4249           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4250           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4251             defaults</li>
4252           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4253             calculation</li>
4254           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4255             matrices
4256           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4257             in HTML</li>
4258           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4259             structure contacts</li>
4260           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4261           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4262           <li>Parse sequence associated secondary structure
4263             information in Stockholm files</li>
4264           <li>HTML Export database accessions and annotation
4265             information presented in tooltip for sequences</li>
4266           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4267             style RNA alignment files</li>
4268           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4269             alignment</li>
4270           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4271             shade each sequence according to its associated alignment
4272             annotation</li>
4273           <li>New Jalview Logo</li>
4274         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4275         <ul>
4276           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4277           <li>New Website!</li>
4278         </ul></td>
4279       <td><em>Application</em>
4280         <ul>
4281           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4282             wsdbfetch REST service</li>
4283           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4284           <li>Filetype associations not installed for webstart
4285             launch</li>
4286           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4287             job execution in full once it is complete</li>
4288           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4289             uploaded via ali_file parameter</li>
4290           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4291           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4292           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4293             submitted for prediction</li>
4294           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4295             desktop window</li>
4296           <li>Putting fractional value into integer text box in
4297             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4298           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4299             windows 7</li>
4300           <li>View all structures fails with exception shown in
4301             structure view</li>
4302           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4303             escaped in a platform independent way</li>
4304           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4305             using proxy</li>
4306           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4307             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4308           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4309             failure when java web start temporary file caching is
4310             disabled</li>
4311           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4312             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4313           <li>Errors during processing of command line arguments
4314             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4315           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4316             DAS sources in sequence fetcher</li>
4317           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4318             dialog is shown</li>
4319           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4320           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4321           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4322           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4323             on OSX Mountain Lion</li>
4324           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4325             sequences with alignment annotation are pasted into the
4326             alignment</li>
4327           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4328             when loaded from Jalview project</li>
4329           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4330           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4331             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4332           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4333             associated with all views</li>
4334           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4335             annotation rows to new window</li>
4336         </ul> <em>Applet</em>
4337         <ul>
4338           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4339             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4340           <li>loading features via javascript API automatically
4341             enables feature display</li>
4342           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4343             work</li>
4344         </ul> <em>General</em>
4345         <ul>
4346           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4347           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4348             and then deselected</li>
4349           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4350           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4351             coloured with clustalx</li>
4352           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4353             exceptions and redraw errors</li>
4354           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4355             reconfigured view</li>
4356           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4357             colour</li>
4358           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4359             for lots of labels</li>
4360         </ul>
4361     </tr>
4362     <tr>
4363       <td>
4364         <div align="center">
4365           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4366         </div>
4367       </td>
4368       <td><em>Application</em>
4369         <ul>
4370           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4371           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4372           <li>View/alignment association menu to enable user to
4373             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4374             its colours/correspondences from</li>
4375           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4376           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4377             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4378           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4379           <li>Annotation row column label formatting attributes
4380             stored in project file</li>
4381           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4382             rows preserved in Jalview project file</li>
4383           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4384             saved using Desktop window menu</li>
4385           <li>Visual indication that command line arguments are
4386             still being processed</li>
4387           <li>Groovy script execution from URL</li>
4388           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4389             preferences</li>
4390           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4391             alignment with sequences that have high similarity and
4392             matching IDs</li>
4393           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4394           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4395             structures in same window</li>
4396           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4397           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4398             analysis function in its own submenu</li>
4399         </ul> <em>Applet</em>
4400         <ul>
4401           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4402             groups</li>
4403           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4404           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4405           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4406           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4407           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4408             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4409           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4410           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4411             parameters are treated as such</li>
4412           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4413             <ul>
4414               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4415               <li>Javascript callbacks for
4416                 <ul>
4417                   <li>Applet initialisation</li>
4418                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4419                 </ul>
4420               </li>
4421               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4422                 functions</li>
4423               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4424               <li>javascript structure viewer harness to pass
4425                 messages between Jmol and Jalview when running as
4426                 distinct applets</li>
4427               <li>sortBy method</li>
4428               <li>Set of applet and application examples shipped
4429                 with documentation</li>
4430               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4431                 javascript message exchange</li>
4432             </ul>
4433         </ul> <em>General</em>
4434         <ul>
4435           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4436             multiple alignments</li>
4437           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4438           <li>User configurable link to enable redirects to a
4439             www.Jalview.org mirror</li>
4440           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4441           <li>Configurable newline string when writing alignment
4442             and other flat files</li>
4443           <li>Allow alignment annotation description lines to
4444             contain html tags</li>
4445         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4446         <ul>
4447           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4448             examples</li>
4449           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4450             using a web service before displaying the result in the
4451             Jalview desktop</li>
4452           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4453           <li>Ant target to publish example html files with applet
4454             archive</li>
4455           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4456           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4457         </ul></td>
4458       <td><em>Application</em>
4459         <ul>
4460           <li>User defined colourscheme throws exception when
4461             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4462           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4463             dialog for valid filename/format</li>
4464           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4465           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4466             P37173</li>
4467           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4468             which sequence is to be associated with the file</li>
4469           <li>Find All raises null pointer exception when query
4470             only matches sequence IDs</li>
4471           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4472           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4473             2.4 cannot be loaded</li>
4474           <li>Filetype associations not installed for webstart
4475             launch</li>
4476           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4477             with sequences in different alignments do not get coloured
4478             by their associated sequence</li>
4479           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4480             not preserved when project is loaded</li>
4481           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4482             stored in Jalview project</li>
4483           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4484             Jalview project</li>
4485           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4486           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4487             by conservation</li>
4488           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4489             created on new view</li>
4490           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4491             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4492           <li>Alignment quality not updated after alignment
4493             annotation row is hidden then shown</li>
4494           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4495             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4496           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4497             properly</li>
4498           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4499             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4500           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4501           <li>Structures imported from file and saved in project
4502             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4503           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4504             job execution in full once it is complete</li>
4505         </ul> <em>Applet</em>
4506         <ul>
4507           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4508             annotation rows are displayed</li>
4509           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4510             codebase</li>
4511           <li>View follows highlighting does not work for positions
4512             in sequences</li>
4513           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4514           <li>Export features raises exception when no features
4515             exist</li>
4516           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4517             for javascript api is modified when separator string
4518             provided as parameter</li>
4519           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4520             alignment with no existing selection</li>
4521           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4522             to applet&#39;s codebase</li>
4523           <li>Status bar not updated after finished searching and
4524             search wraps around to first result</li>
4525           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4526             several Jalview applets causes race conditions and memory
4527             leaks</li>
4528           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4529             not sent from Jmol in applet</li>
4530           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4531             applet API fatally hang browser</li>
4532         </ul> <em>General</em>
4533         <ul>
4534           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4535             position with wrapped view and hidden regions</li>
4536           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4537             with/without hidden columns</li>
4538           <li>Sequence length given in alignment properties window
4539             is off by 1</li>
4540           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4541             import PDB like structure files</li>
4542           <li>Positional search results are only highlighted
4543             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4544           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4545           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4546             given sequence position</li>
4547           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4548             output</li>
4549           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4550             from nucleotide chains correctly</li>
4551           <li>Structure colours not updated when tree partition
4552             changed in alignment</li>
4553           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4554             parsed in interleaved stockholm</li>
4555           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4556             state</li>
4557           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4558             properly</li>
4559           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4560             properly associated with their pdb files</li>
4561         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4562         <ul>
4563           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4564             ApplyCopyright tool</li>
4565         </ul></td>
4566     </tr>
4567     <tr>
4568       <td>
4569         <div align="center">
4570           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4571         </div>
4572       </td>
4573       <td><em>Application</em>
4574         <ul>
4575           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4576             contact web services</li>
4577           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4578             service job window</li>
4579           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4580         </ul></td>
4581       <td>
4582         <ul>
4583           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4584             pir file emitted by Jalview</li>
4585           <li>Existing feature settings transferred to new
4586             alignment view created from cut'n'paste</li>
4587           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4588             parsing PDB files</li>
4589           <li>Consensus and conservation annotation rows
4590             occasionally become blank for all new windows</li>
4591           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4592             in wrapped view mode</li>
4593         </ul> <em>Application</em>
4594         <ul>
4595           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4596             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4597           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4598             parameter names</li>
4599           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4600             is down</li>
4601         </ul>
4602       </td>
4603     </tr>
4604     <tr>
4605       <td>
4606         <div align="center">
4607           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4608         </div>
4609       </td>
4610       <td><em>Application</em>
4611         <ul>
4612           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4613             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4614             (JABAWS)
4615           </li>
4616           <li>Web Services preference tab</li>
4617           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4618             preferences</li>
4619           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4620           <li>Superpose structures using associated sequence
4621             alignment</li>
4622           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4623             viewer</li>
4624         </ul> <em>Applet</em>
4625         <ul>
4626           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4627             link out mechanism</li>
4628         </ul> <em>Other</em>
4629         <ul>
4630           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4631             series 12</li>
4632           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4633             require Java 1.5</li>
4634           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4635             sequence annotation files</li>
4636           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4637             type colour specification</li>
4638           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4639             script to check if it being run in an interactive session or
4640             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4641         </ul></td>
4642       <td>
4643         <ul>
4644           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4645             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4646         </ul> <em>Application</em>
4647         <ul>
4648           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4649             selected Regions menu item</li>
4650           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4651             part of a valid accession ID</li>
4652           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4653             runs out of memory</li>
4654           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4655             analysis results</li>
4656           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4657             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4658           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4659         </ul> <em>Applet</em>
4660         <ul>
4661           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4662             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4663             defined.</li>
4664         </ul>
4665       </td>
4666     </tr>
4667     <tr>
4668       <td>
4669         <div align="center">
4670           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4671         </div>
4672       </td>
4673       <td></td>
4674       <td>
4675         <ul>
4676           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4677             sequence IDs</li>
4678           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4679             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4680           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4681             import correctly</li>
4682           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4683             number of columns are hidden</li>
4684           <li>annotation label popup menu not providing correct
4685             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4686             present</li>
4687           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4688             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4689           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4690             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4691
4692         </ul> <em>Applet</em>
4693         <ul>
4694           <li>annotation panel disappears when annotation is
4695             hidden/removed</li>
4696         </ul> <em>Application</em>
4697         <ul>
4698           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4699             alignment opened where annotation panel is visible but no
4700             annotations are present on alignment</li>
4701           <li>pasted region containing hidden columns is
4702             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4703           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4704             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4705           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4706             selected Rregions menu item.</li>
4707           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4708             'Un' or 'Non'conserved</li>
4709           <li>Sequence feature settings are being shared by
4710             multiple distinct alignments</li>
4711           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4712             changed</li>
4713           <li>double click on group annotation to select sequences
4714             does not propagate to associated trees</li>
4715           <li>Mac OSX specific issues:
4716             <ul>
4717               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4718                 window background</li>
4719               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4720                 name set correctly</li>
4721               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4722                 save feature colourscheme button</li>
4723             </ul>
4724           </li>
4725         </ul>
4726       </td>
4727     </tr>
4728     <tr>
4729
4730       <td>
4731         <div align="center">
4732           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4733         </div>
4734       </td>
4735       <td><em>New Capabilities</em>
4736         <ul>
4737           <li>URL links generated from description line for
4738             regular-expression based URL links (applet and application)
4739
4740
4741           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4742             menu</li>
4743           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4744             structures</li>
4745           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4746             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4747           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4748             average score or total feature count for each sequence.</li>
4749           <li>Shading features by score or associated description</li>
4750           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4751             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4752           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4753             hide everything but the currently selected region.</li>
4754           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4755         </ul> <em>Application</em>
4756         <ul>
4757           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4758             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4759           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4760             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4761           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4762             database references and protein_name is parsed as
4763             description line (BioSapiens terms).</li>
4764           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4765             references in sequence ID tooltip from View menu in
4766             application.</li>
4767           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4768       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4769           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4770             conservation plots</li>
4771           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4772             and visualized as sequence logos</li>
4773           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4774             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4775           </li>
4776           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4777             when a new tree is opened.</li>
4778           <li>Jalview Java Console</li>
4779           <li>Better placement of desktop window when moving
4780             between different screens.</li>
4781           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4782             consensus annotation</li>
4783           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4784             Workflows</li>
4785           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4786             <ul>
4787               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4788                 used to preserve views, structures, and tree display
4789                 settings)</li>
4790               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4791                 command line</li>
4792               <li>Sharing of selected regions between views and
4793                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4794               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4795             </ul></li>
4796         </ul> <em>Applet</em>
4797         <ul>
4798           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4799           <li>New Parameters
4800             <ul>
4801               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4802                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4803                 opened.</li>
4804               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4805                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4806               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4807                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4808               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4809                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4810                 view</li>
4811               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4812                 increase the height or width of a cell in the alignment
4813                 grid relative to the current font size.</li>
4814             </ul>
4815           </li>
4816           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4817             tooltip</li>
4818         </ul> <em>Other</em>
4819         <ul>
4820           <li>Features format: graduated colour definitions and
4821             specification of feature scores</li>
4822           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4823             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4824             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4825           <li>XML formats extended to support graduated feature
4826             colourschemes, group associated annotation, and profile
4827             visualization settings.</li></td>
4828       <td>
4829         <ul>
4830           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4831             rather than description</li>
4832           <li>Non-positional features are now included in sequence
4833             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4834             visibility in tooltip).</li>
4835           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4836           <li>Added URL embedding instructions to features file
4837             documentation.</li>
4838           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4839             'X' in peptide product</li>
4840           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4841             sequence ID and sequence string and query strings do not
4842             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4843           <li>AMSA files only contain first column of
4844             multi-character column annotation labels</li>
4845           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4846             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4847             exported and re-imported)</li>
4848           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4849             name</li>
4850           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4851             as subsequence matches, and correctly reports total number
4852             of both.</li>
4853           <li>Application:
4854             <ul>
4855               <li>Better handling of exceptions during sequence
4856                 retrieval</li>
4857               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4858                 link text excludes the start_end suffix</li>
4859               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4860                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4861               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4862               <li>Sequence description lines properly shared via
4863                 VAMSAS</li>
4864               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4865                 data sources</li>
4866               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4867                 completes before alignment figures are generated.</li>
4868               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4869                 first time.</li>
4870               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4871                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4872               <li>User defined group colours properly recovered
4873                 from Jalview projects.</li>
4874             </ul>
4875           </li>
4876         </ul>
4877       </td>
4878
4879     </tr>
4880     <tr>
4881       <td>
4882         <div align="center">
4883           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4884         </div>
4885       </td>
4886       <td>
4887         <ul>
4888           <li>Experimental support for google analytics usage
4889             tracking.</li>
4890           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4891         </ul>
4892       </td>
4893       <td>
4894         <ul>
4895           <li>Race condition in applet preventing startup in
4896             jre1.6.0u12+.</li>
4897           <li>Exception when feature created from selection beyond
4898             length of sequence.</li>
4899           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4900           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4901             all sequences with a given id</li>
4902           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4903             ID string searches</li>
4904           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4905             alignment to fail with exception</li>
4906         </ul> <em>Application Issues</em>
4907         <ul>
4908           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4909           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4910             data sources</li>
4911         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4912         <ul>
4913           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4914             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4915           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4916             version (java class versioning error fixed)</li>
4917         </ul>
4918       </td>
4919     </tr>
4920     <tr>
4921       <td>
4922
4923         <div align="center">
4924           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4925         </div>
4926       </td>
4927       <td><em>User Interface</em>
4928         <ul>
4929           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4930             translation and protein products</li>
4931           <li>Linked highlighting of structure associated with
4932             residue mapping to codon position</li>
4933           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4934             and 'clear' button</li>
4935           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4936             Tools menu</li>
4937           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4938             numeric data in description line</li>
4939           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4940           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4941             of sequence</li>
4942         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4943         <ul>
4944           <li>JPred3 web service</li>
4945           <li>Prototype sequence search client (no public services
4946             available yet)</li>
4947           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4948             PFAM</li>
4949           <li>URL Links created for matching database cross
4950             references as well as sequence ID</li>
4951           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4952         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4953         <ul>
4954           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4955             databases</li>
4956           <li>Generalised database reference retrieval and
4957             validation to all fetchable databases</li>
4958           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4959             sequence command</li>
4960         </ul> <em>Import and Export</em>
4961         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4962         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4963           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4964         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4965           File</li>
4966         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4967           triplet as name of colourscheme</li>
4968         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4969         <ul>
4970           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4971           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4972             alignments (experimental)</li>
4973           <li>Create new or select existing session to join</li>
4974           <li>load and save of vamsas documents</li>
4975         </ul> <em>Application command line</em>
4976         <ul>
4977           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4978             from applet)</li>
4979           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4980             of DAS servers to query for alignment features</li>
4981           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4982             that are also automatically queried for features</li>
4983           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4984             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4985         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4986         <ul>
4987           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4988             application (when using &quot;View in full
4989             application&quot;)</li>
4990         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4991         <ul>
4992           <li>feature group display control parameter</li>
4993           <li>debug parameter</li>
4994           <li>showbutton parameter</li>
4995         </ul> <em>Applet API methods</em>
4996         <ul>
4997           <li>newView public method</li>
4998           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4999           <li>Feature display control methods</li>
5000           <li>get list of currently selected sequences</li>
5001         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5002         <ul>
5003           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5004           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5005             Jalview release.</li>
5006           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5007             property controls execution of obfuscator</li>
5008           <li>Build target for generating source distribution</li>
5009           <li>Debug flag for javacc</li>
5010           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5011             jalview.bin.Cache</li>
5012           <li>Continuous Build Integration for stable and
5013             development version of Application, Applet and source
5014             distribution</li>
5015         </ul></td>
5016       <td>
5017         <ul>
5018           <li>selected region output includes visible annotations
5019             (for certain formats)</li>
5020           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5021             for editing</li>
5022           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5023           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5024           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5025           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5026             comments</li>
5027           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5028             filenames containing a ':'</li>
5029           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5030             global sequence features</li>
5031           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5032             references from alignment sequences goes to zero</li>
5033           <li>Close of tree branch colour box without colour
5034             selection causes cascading exceptions</li>
5035           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5036           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5037             file parsing fails.</li>
5038           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5039           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5040             not a valid output format</li>
5041           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5042             vamsas</li>
5043           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5044           <li>error messages passed up and output when data read
5045             fails</li>
5046           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5047             sequence is edited</li>
5048           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5049             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5050           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5051             filetype</li>
5052           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5053             import fixed for PFAM records</li>
5054           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5055             window list</li>
5056           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5057             can be read and written correctly to annotation file</li>
5058           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5059             correctly</li>
5060           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5061             non-italic font for representatives in Applet</li>
5062           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5063             Macs.</li>
5064           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5065             Applet)</li>
5066           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5067             due to null pointer exceptions</li>
5068           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5069             first column of alignment</li>
5070           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5071             July 2008</li>
5072           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5073             file is case-insensitive</li>
5074           <li>Sequence features read from Features file appended to
5075             all sequences with matching IDs</li>
5076           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5077             containing a sub-sequence</li>
5078           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5079           <li>feature and annotation file applet parameters
5080             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5081           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5082           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5083             splash-screen version check to complete</li>
5084           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5085             when passing them to the launchApp service</li>
5086           <li>display name and local features preserved in results
5087             retrieved from web service</li>
5088           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5089             sequence fetcher initialisation</li>
5090           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5091             dasobert DAS client</li>
5092           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5093             association</li>
5094           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5095             sequences
5096           </li>
5097         </ul>
5098       </td>
5099     </tr>
5100     <tr>
5101       <td>
5102         <div align="center">
5103           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5104         </div>
5105       </td>
5106       <td>
5107         <ul>
5108           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5109           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5110           <li>Slide sequences</li>
5111           <li>Edit sequence in place</li>
5112           <li>EMBL CDS features</li>
5113           <li>DAS Feature mapping</li>
5114           <li>Feature ordering</li>
5115           <li>Alignment Properties</li>
5116           <li>Annotation Scores</li>
5117           <li>Sort by scores</li>
5118           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5119         </ul>
5120       </td>
5121       <td>
5122         <ul>
5123           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5124           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5125           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5126           <li>Feature group display state in XML</li>
5127           <li>Feature ordering in XML</li>
5128           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5129           <li>Stockholm alignment properties</li>
5130           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5131           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5132           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5133           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5134         </ul>
5135       </td>
5136
5137     </tr>
5138     <tr>
5139       <td>
5140         <div align="center">
5141           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5142         </div>
5143       </td>
5144       <td>
5145         <ul>
5146           <li>Non standard characters can be read and displayed
5147           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5148             applet via textbox
5149           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5150             name &amp; description
5151           <li>Preference setting to display sequence name in
5152             italics
5153           <li>Annotation file format extended to allow
5154             Sequence_groups to be defined
5155           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5156             specified in preferences
5157           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5158             sequences
5159         </ul>
5160       </td>
5161       <td>
5162         <ul>
5163           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5164             installed
5165           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5166           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5167         </ul>
5168       </td>
5169     </tr>
5170     <tr>
5171       <td>
5172         <div align="center">
5173           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5174         </div>
5175       </td>
5176       <td>
5177         <ul>
5178           <li>Multiple views on alignment
5179           <li>Sequence feature editing
5180           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5181           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5182           <li>Background dependent text colour
5183           <li>Right align sequence ids
5184           <li>User-defined lower case residue colours
5185           <li>Format Menu
5186           <li>Select Menu
5187           <li>Menu item accelerator keys
5188           <li>Control-V pastes to current alignment
5189           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5190           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5191           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5192
5193
5194           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5195         </ul>
5196       </td>
5197       <td>
5198         <ul>
5199           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5200           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5201             calculations
5202           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5203             edits
5204           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5205             of alignment)
5206           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5207
5208
5209           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5210             display correctly
5211           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5212           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5213             analysis results
5214           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5215             &#8739;
5216           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5217           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5218           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5219
5220
5221         </ul>
5222       </td>
5223     </tr>
5224     <tr>
5225       <td>
5226         <div align="center">
5227           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5228         </div>
5229       </td>
5230       <td>
5231         <ul>
5232           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5233         </ul>
5234       </td>
5235       <td>
5236         <ul>
5237           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5238             sequence id panel has been resized</li>
5239           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5240             rendered</li>
5241           <li>Annotation files with sequence references - all
5242             elements in file are relative to sequence position</li>
5243           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5244         </ul>
5245       </td>
5246     </tr>
5247     <tr>
5248       <td>
5249         <div align="center">
5250           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5251         </div>
5252       </td>
5253       <td>
5254         <ul>
5255           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5256           <li>DAS Feature fetching</li>
5257           <li>Hide sequences and columns</li>
5258           <li>Export Annotations and Features</li>
5259           <li>GFF file reading / writing</li>
5260           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5261             files</li>
5262           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5263           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5264           <li>Applet can launch the full application</li>
5265           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5266             required)</li>
5267           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5268           <li>Applet can load sequences from parameter
5269             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5270           </li>
5271         </ul>
5272       </td>
5273       <td>
5274         <ul>
5275           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5276           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5277           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5278         </ul>
5279       </td>
5280     </tr>
5281     <tr>
5282       <td>
5283         <div align="center">
5284           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5285         </div>
5286       </td>
5287       <td>
5288         <ul>
5289           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5290           <li>Choose to match case when searching</li>
5291           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5292             expand the visible width and height of the alignment</li>
5293         </ul>
5294       </td>
5295       <td>
5296         <ul>
5297           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5298         </ul>
5299       </td>
5300     </tr>
5301     <tr>
5302       <td>
5303         <div align="center">
5304           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5305         </div>
5306       </td>
5307       <td>&nbsp;</td>
5308       <td>
5309         <ul>
5310           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5311           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5312             value</li>
5313         </ul>
5314       </td>
5315     </tr>
5316     <tr>
5317       <td>
5318         <div align="center">
5319           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5320         </div>
5321       </td>
5322       <td>
5323         <ul>
5324           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5325           <li>Keyboard editing</li>
5326           <li>Create sequence features from searches</li>
5327           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5328             alignments</li>
5329           <li>Features file allows grouping of features</li>
5330           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5331           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5332           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5333         </ul>
5334       </td>
5335       <td>
5336         <ul>
5337           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5338           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5339             descriptions saved.</li>
5340         </ul>
5341       </td>
5342     </tr>
5343     <tr>
5344       <td>
5345         <div align="center">
5346           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5347         </div>
5348       </td>
5349       <td>
5350         <ul>
5351           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5352           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5353           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5354             name for file output</li>
5355           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5356           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5357             used for HTML form input</li>
5358         </ul>
5359       </td>
5360       <td>
5361         <ul>
5362           <li>HTML output writes groups and features</li>
5363           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5364           <li>File IO bugs</li>
5365         </ul>
5366       </td>
5367     </tr>
5368     <tr>
5369       <td>
5370         <div align="center">
5371           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5372         </div>
5373       </td>
5374       <td>
5375         <ul>
5376           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5377           <li>More options for PCA viewer</li>
5378         </ul>
5379       </td>
5380       <td>
5381         <ul>
5382           <li>GUI bugs resolved</li>
5383           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5384         </ul>
5385       </td>
5386     </tr>
5387     <tr>
5388       <td height="63">
5389         <div align="center">
5390           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5391         </div>
5392       </td>
5393       <td>
5394         <ul>
5395           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5396           <li>Jar files are executable</li>
5397           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5398         </ul>
5399       </td>
5400       <td>
5401         <ul>
5402           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5403           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5404           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5405         </ul>
5406       </td>
5407     </tr>
5408     <tr>
5409       <td>
5410         <div align="center">
5411           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5412         </div>
5413       </td>
5414       <td>
5415         <ul>
5416           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5417         </ul>
5418       </td>
5419       <td>
5420         <ul>
5421           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5422         </ul>
5423       </td>
5424     </tr>
5425     <tr>
5426       <td>
5427         <div align="center">
5428           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5429         </div>
5430       </td>
5431       <td>
5432         <ul>
5433           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5434             size</li>
5435         </ul>
5436       </td>
5437       <td>
5438         <ul>
5439           <li>Improved JPred client reliability</li>
5440           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5441         </ul>
5442       </td>
5443     </tr>
5444     <tr>
5445       <td>
5446         <div align="center">
5447           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5448         </div>
5449       </td>
5450       <td>
5451         <ul>
5452           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5453           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5454           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5455             to Colour Menu</li>
5456           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5457           <li>Unix users can set default web browser</li>
5458           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5459           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5460         </ul>
5461       </td>
5462       <td>
5463         <ul>
5464           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5465         </ul>
5466       </td>
5467     </tr>
5468     <tr>
5469       <td>
5470         <div align="center">
5471           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5472         </div>
5473       </td>
5474       <td>&nbsp;</td>
5475       <td>
5476         <ul>
5477           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5478             alignment order.</li>
5479         </ul>
5480       </td>
5481     </tr>
5482     <tr>
5483       <td>
5484         <div align="center">
5485           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5486         </div>
5487       </td>
5488       <td>
5489         <ul>
5490           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5491           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5492           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5493             annotations.</li>
5494           <li>Version and build date written to build properties
5495             file.</li>
5496           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5497             at launch of Jalview.</li>
5498         </ul>
5499       </td>
5500       <td>
5501         <ul>
5502           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5503           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5504           <li>Can remove groups one by one.</li>
5505           <li>Filechooser icons installed.</li>
5506           <li>Finder ignores return character when searching.
5507             Return key will initiate a search.<br>
5508           </li>
5509         </ul>
5510       </td>
5511     </tr>
5512     <tr>
5513       <td>
5514         <div align="center">
5515           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5516         </div>
5517       </td>
5518       <td>
5519         <ul>
5520           <li>New codebase</li>
5521         </ul>
5522       </td>
5523       <td>&nbsp;</td>
5524     </tr>
5525   </table>
5526   <p>&nbsp;</p>
5527 </body>
5528 </html>