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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>25/2/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li><!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  65           </li>
  66           <li>
  67             <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS,
  68             ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  72             validation while parsing (e.g. AF* attributes)
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  76             enabled by default
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL -->
  80           </li>
  81         </ul><em>Jalview Installer</em>
  82         <ul>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
  85             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
  89          </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3393 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
  92           </li>
  93           <li><!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
  94           <li><!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
  95         </ul> <em>Release processes</em>
  96         <ul>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
  99           </li>
 100         </ul> <em>Build System</em>
 101         <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 107             report
 108           </li>
 109         </ul> <em>Deprecations</em>
 110       </td>
 111       <td align="left" valign="top">
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- -->
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 118             with annotation and exceptions thrown when only a few
 119             columns shown in wrapped mode
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 123             wrapped alignment figure with annotations
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 127             ID fails with ClassCastException
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 131             Project
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 135             feature settings dialog also selects columns
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causing
 139             IllegalArgumentException in some circumstances
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 143             help documentation for 2.11.0 release
 144           </li>
 145         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 146         <ul>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
 149           </li>
 150         </ul> <em>Installer</em>
 151         <ul>
 152           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview does not automatically create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)</li>
 153         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 154         <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3474 -->removed redundant .gitignore files from
 157             repository
 158           </li>
 159         </ul>
 160         <em>New Known Issues</em>
 161         <ul>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 164             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 165             command line
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 169             clipped in headless figure export when Right Align option
 170             enabled
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output.
 174           </li>
 175         </ul>
 176       </td>
 177     </tr>
 178     <tr>
 179       <td width="60" align="center" nowrap>
 180           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 181             <em>04/07/2019</em></strong>
 182       </td>
 183       <td align="left" valign="top">
 184         <ul>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 187             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 188             source project) rather than InstallAnywhere
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 192             settings, receive over the air updates and launch specific
 193             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 194               Rings' GetDown</a>)
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 198             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 202             arguments and switch between different getdown channels
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 206             or alignment files
 207           </li>
 208
 209           <li>
 210             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 211             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 214             'Translate as cDNA'</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 217           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 218             <ul>
 219                       <li>
 220             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 221             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 222           <li>
 223                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 224                 features can be filtered and shaded according to any
 225                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 226                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 227                 file)
 228               </li>
 229               <li>
 230                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 231                 stored and restored from Jalview Projects
 232               </li>
 233               <li>
 234                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 235                 recognise variant features
 236               </li>
 237               <li>
 238                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 239                 sequences (also coloured red by default)
 240               </li>
 241               <li>
 242                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 243                 details
 244               </li>
 245               <li>
 246                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 247                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 248               </li>
 249               <li>
 250                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 251                 dialog
 252               </li>
 253             </ul>
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 257             tree and PCA calculations
 258           </li>
 259           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 260             <ul>
 261               <li>
 262                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 263                 and Viewer state saved in Jalview Project
 264               </li>
 265               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 266                 drop-down menus</li>
 267               <li>
 268                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 269                 incrementally
 270               </li>
 271               <li>
 272                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 273               </li>
 274             </ul>
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 278           </li>
 279           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 280           <ul>
 281               <li>
 282                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 283                 multiple groups when working with large alignments
 284               </li>
 285               <li>
 286                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 287                 Stockholm files
 288               </li>
 289             </ul>
 290           <li><strong>User Interface</strong>
 291           <ul>
 292               <li>
 293                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 294                 view
 295               </li>
 296               <li>
 297                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 298                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 299                 default (can be changed in user preferences)
 300               </li>
 301               <li>
 302                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 303                 to the Overwrite Dialog
 304               </li>
 305               <li>
 306                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 307                 sequences are hidden
 308               </li>
 309               <li>
 310                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 311                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 312               </li>
 313               <li>
 314                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 315                 labels
 316               </li>
 317               <li>
 318                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 319                 when in wrapped mode
 320               </li>
 321               <li>
 322                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 323                 annotation
 324               </li>
 325               <li>
 326                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 330                 panel
 331               </li>
 332               <li>
 333                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 334                 popup menu
 335               </li>
 336               <li>
 337               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 338               <li>
 339               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 340
 341
 342             </ul></li>
 343             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 344           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 345             <ul>
 346               <li>
 347                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 348                 trapping CMD-Q
 349               </li>
 350             </ul></li>
 351         </ul>
 352         <em>Deprecations</em>
 353         <ul>
 354           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 355             capabilities removed from the Jalview Desktop
 356           </li>
 357           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 358             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 359             and XML based data retrieval clients</li>
 360           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 361           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 362         </ul> <em>Documentation</em>
 363         <ul>
 364           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 365             not supported in EPS figure export
 366           </li>
 367           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 368         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 369         <ul>
 370           <li>
 371           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 372           </li>
 373       <li>
 374       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 375           <li>
 376           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 377             gradle-eclipse
 378           </li>
 379           <li>
 380           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 381             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 382             execution
 383           </li>
 384           <li>
 385           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 386             operations
 387           </li>
 388           <li>
 389           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 390             issues resolved
 391           </li>
 392           <li>
 393           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 394             markdown (with HTML rendering)
 395           </li>
 396           <li>
 397           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 398           </li>
 399           <li>
 400           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 401             versions of Jalview
 402           </li>
 403         </ul>
 404       </td>
 405       <td align="left" valign="top">
 406         <ul>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 412             superposition in Jmol fail on Windows
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 416             structures for sequences with lots of PDB structures
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 420             monospaced font
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 424             project involving multiple views
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 428             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 429             Annotation dialog hides columns
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 433             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 434             one view, then making another selection in the other view
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 438             columns
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 442             Settings and Jalview Preferences panels
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 446             overview with large alignments
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 450             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 451             mouse moved to the left of the first column
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 455             hidden column marker via scale popup menu
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 459             doesn't tell users the invalid URL
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 463             score from view
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 467             show cross references or Fetch Database References are shown in
 468             red in original view
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 472             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 476             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 480             when columns are hidden
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 484             Columns by Annotation description
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 488             out of Scale or Annotation Panel
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 492             scale panel
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 496             alignment down
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 500             scale panel
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 504             Page Up in wrapped mode
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 514             on opening an alignment
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 518             Colour menu
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 522             different groups in the alignment are selected
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 526             correctly in menu
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 530             threshold limit
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 534             threshold gets 'unrounded'
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 538             colour
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 548             Tree font
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 552             project file
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 556             shown in complementary view
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 560             without normalisation
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 564             of report
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 568           </li>
 569           <li>
 570           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 571           </li>
 572         </ul> <em>Editing</em>
 573         <ul>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 576             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 577             sequence
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 581             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 582             removed (Known defect since 2.10)
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 586             dialog corrupts dataset sequence
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 590             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 591           </li>
 592         </ul> <em>Datamodel</em>
 593         <ul>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 596             sequence's End is greater than its length
 597           </li>
 598         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 599           general release)</em>
 600         <ul>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 603           </li>
 604         </ul> <em>New Known Defects</em>
 605         <ul>
 606         <li>
 607         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 608         </li>
 609         <li>
 610           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 611           regions of protein alignment.
 612         </li>
 613         <li>
 614           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 615           is restored from a Jalview 2.11 project
 616         </li>
 617         <li>
 618           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 619           'New View'
 620         </li>
 621         <li>
 622           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 623           columns within hidden columns
 624         </li>
 625         <li>
 626           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 627           window after dragging left to select columns to left of visible
 628           region
 629         </li>
 630         <li>
 631           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 632           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 633           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 634           create a Score filter instead.
 635         </li>
 636         <li>
 637         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 638         <li>
 639         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 640         </li>
 641         <li>
 642           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 643           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 644         </li>
 645         </ul>
 646         <em>Java 11 Specific defects</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 650               alphabetically when saved
 651             </li>
 652         </ul>
 653       </td>
 654     </tr>
 655     <tr>
 656     <td width="60" nowrap>
 657       <div align="center">
 658         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 659       </div>
 660     </td>
 661     <td><div align="left">
 662         <em></em>
 663         <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 666               InstallAnywhere increased to 1G.
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 670               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 671               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 672                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 673                 properties file.</em>
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 677               API and sequence data now imported as JSON.
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 681               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 682               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 683               property.
 684             </li>
 685           </ul>
 686           <em>Development</em>
 687           <ul>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 690               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 691                 Clover</a>
 692             </li>
 693           </ul>
 694         </div></td>
 695     <td><div align="left">
 696         <em></em>
 697         <ul>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 700               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 701               alignment.
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 705               annotation displayed.
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 709               for newly created group when 'Apply to all groups'
 710               selected
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 714               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 715               visible.
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 719               when sequences are selected in exported view.</em>
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 723               aren't rendered with correct colour.
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 727               types of knotted RNA secondary structure.
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 731               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 732               do not start at 1.
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 736               annotation when columns are inserted into an alignment,
 737               and when exporting as Stockholm flatfile.
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 741               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 742               treated as RNA secondary structure.
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 746               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 750               transfers focus to previous window on OSX
 751             </li>
 752           </ul>
 753           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 757               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 758               box.
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 762               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 763               'look and feel' which has improved compatibility with the
 764               latest version of OSX.
 765             </li>
 766           </ul>
 767         </div>
 768     </td>
 769     </tr>
 770     <tr>
 771       <td width="60" nowrap>
 772         <div align="center">
 773           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 774             <em>7/06/2018</em></strong>
 775         </div>
 776       </td>
 777       <td><div align="left">
 778           <em></em>
 779           <ul>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 782               annotation retrieved from Uniprot
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 786               onto the Jalview Desktop
 787             </li>
 788           </ul>
 789         </div></td>
 790       <td><div align="left">
 791           <em></em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 795               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 799               right-hand column parsed correctly
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 803               not alignment area in exported graphic
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 807               window has input focus
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 811               annotation added to view (Windows)
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 815               network connectivity is poor
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 819               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 820                 the currently open URL and links from a page viewed in
 821                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 822                 you are using Edge, only links in the page can be
 823                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 824                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>New Known Defects</em>
 828           <ul>
 829             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 830           </ul>
 831         </div></td>
 832     </tr>
 833     <tr>
 834       <td width="60" nowrap>
 835         <div align="center">
 836           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 837         </div>
 838       </td>
 839       <td><div align="left">
 840           <em></em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 844               for disabling automatic superposition of multiple
 845               structures and open structures in existing views
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 849               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 850               adjust them.
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 854               Ensembl services
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 858               and lots of hidden columns
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 862               of features (particularly when transparency is disabled)
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 866               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 867               generally available
 868             </li>
 869           </ul>
 870           </div>
 871       </td>
 872       <td><div align="left">
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 876               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 880               overlapping alignment panel
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 884               sequence as gaps
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 888               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 889               UTR
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 893               factor annotation not added to sequence when local PDB
 894               file associated with it by drag'n'drop or structure
 895               chooser
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 899               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 903               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 907               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 911               columns in annotation row
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 915               honored in batch mode
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 919               for structures added to existing Jmol view
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 923               entries after importing project with multiple views
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 927               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 928               with negative residue numbers or missing residues fails
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 932               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 933               as generated by CONSURF)
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 937               tooltip doesn't include a text description of mutation
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 941               structure and/or overview windows are also shown
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 945               very slow for alignments with large numbers of sequences
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 949               with 'StringIndexOutOfBounds'
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 953               platforms running Java 10
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 957               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 958             </li>
 959           </ul>
 960           <em>Applet</em>
 961           <ul>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 964               should copy the group consensus when popup is opened on it
 965             </li>
 966           </ul>
 967           <em>Batch Mode</em>
 968           <ul>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 971           </li>
 972           </ul>
 973           <em>New Known Defects</em>
 974           <ul>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 977               editing a large alignment and overview is displayed
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 981               repeatedly after a series of edits even when the overview
 982               is no longer reflecting updates
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 986               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 987               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 988               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 992               option gives blank output
 993             </li>
 994           </ul>
 995         </div>
 996           </td>
 997     </tr>
 998     <tr>
 999       <td width="60" nowrap>
1000         <div align="center">
1001           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1002         </div>
1003       </td>
1004       <td><div align="left">
1005           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1006               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1007       <td><div align="left">
1008           <em>Desktop</em><ul>
1009           <ul>
1010             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1011             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1012             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1013             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1014             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1015             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1016             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1017           </ul>
1018           </div>
1019       </td>
1020     </tr>
1021     <tr>
1022       <td width="60" nowrap>
1023         <div align="center">
1024           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1025         </div>
1026       </td>
1027       <td><div align="left">
1028           <em></em>
1029           <ul>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1032               rendering of sequence features
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1036               429 rate limit request hander
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1040               their colours have changed
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1044               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1048               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1052               view from Ensembl locus cross-references
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1056               Alignment report
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1060               feature can be disabled
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1064               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1068               Uniprot
1069             </li>
1070           </ul>
1071           <em>Scripting</em>
1072           <ul>
1073             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1074             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1075               percent identity scores for current alignment.</li>
1076           </ul>
1077           <em>Testing and Deployment</em>
1078           <ul>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1081             </li>
1082           </ul>
1083         </div></td>
1084       <td><div align="left">
1085           <em>General</em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1089               threshold text field doesn't trigger an update to the
1090               alignment view
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1094               strings in parallel
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1098               alignment window is closed
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1102               group visibility
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1106               takes a long time in Cursor mode
1107             </li>
1108           </ul>
1109           <em>Desktop</em>
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1113               cannot be viewed in Chimera
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1117               CDS/Protein view
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1121               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1122               Search Dialogs
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1132               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1136               scrolling right in unwapped alignment view
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1140               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1141               database
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1145               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1149               features of same type and group to be selected for
1150               amending
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1154               alignments when hidden columns are present
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1158               displaying several structures
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1162               moving a window
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1166               within the Jalview desktop on OSX
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1170               when in wrapped alignment mode
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1174               hand end of alignment
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1178               each selected sequence do not have correct start/end
1179               positions
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1183               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1187               restoring project until a new view is created
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1191               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1192               configured (since 2.10.2b2)
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1196               position is adjusted
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1200               in a multi-chain structure when viewing alignment
1201               involving more than one chain (since 2.10)
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1205               if new selection moves alignment window
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1209               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1213               that produces correctly annotated transcripts and products
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1217               doesn't update associated structure view
1218             </li>
1219           </ul>
1220           <em>Applet</em><br />
1221           <ul>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1224               closing alignment panel
1225             </li>
1226           </ul>
1227           <em>BioJSON</em><br />
1228           <ul>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1231               non-positional features
1232             </li>
1233           </ul>
1234           <em>New Known Issues</em>
1235           <ul>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1238               sequence features correctly (for many previous versions of
1239               Jalview)
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1243               using cursor in wrapped panel other than top
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1247               graduated colour threshold
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1251               always preserve numbering and sequence features
1252             </li>
1253           </ul>
1254           <em>Known Java 9 Issues</em>
1255           <ul>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1258               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1259               9.01, OSX 10.10)
1260             </li>
1261           </ul>
1262         </div></td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td width="60" nowrap>
1266         <div align="center">
1267           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1268             <em>2/10/2017</em></strong>
1269         </div>
1270       </td>
1271       <td><div align="left">
1272           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1273           <ul>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1276             </li>
1277             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1278             </li>
1279           </ul>
1280         </div></td>
1281       <td><div align="left">
1282         </div></td>
1283     </tr>
1284     <tr>
1285       <td width="60" nowrap>
1286         <div align="center">
1287           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1288             <em>7/9/2017</em></strong>
1289         </div>
1290       </td>
1291       <td><div align="left">
1292           <em></em>
1293           <ul>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1296               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1297               white)
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1301               Preferences
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1305               in size and progress bar shown as higher resolution
1306               overview is recalculated
1307             </li>
1308
1309           </ul>
1310         </div></td>
1311       <td><div align="left">
1312           <em></em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1316               column region row by row
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1320               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1324               format setting is unticked
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1328               if group has show boxes format setting unticked
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1332               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1333               include sequences and columns not currently displayed
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1337               assemblies are imported via CIF file
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1341               displayed when threshold or conservation colouring is also
1342               enabled.
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1346               server version
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1350               dragging a selected region off the visible region of the
1351               alignment
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1355               colourscheme to all groups in a view
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1359               initially after font size change using the Font chooser or
1360               middle-mouse zoom
1361             </li>
1362           </ul>
1363         </div></td>
1364     </tr>
1365     <tr>
1366       <td width="60" nowrap>
1367         <div align="center">
1368           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1369         </div>
1370       </td>
1371       <td><div align="left">
1372           <em>Calculations</em>
1373           <ul>
1374
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1377               ungapped positions in each column of the alignment.
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1381               a calculation dialog box
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1385               and memory efficiency (~30x faster)
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1389               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1390               and other calculations
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1394               files within the Jalview codebase
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1398               Similarity may have different topology due to increased
1399               precision
1400             </li>
1401           </ul>
1402           <em>Rendering</em>
1403           <ul>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1406               model for alignments and groups
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1410               scripts
1411             </li>
1412           </ul>
1413           <em>Overview</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1417               with alignment and overview windows
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1421               overview
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1425               omitted in Overview
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1429               adjustment of visible position
1430             </li>
1431           </ul>
1432
1433           <em>Data import/export</em>
1434           <ul>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1437               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1441               annotation input/output via stockholm flatfile
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1445               extension when importing structure files without embedded
1446               names or PDB accessions
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1450               format sequence substitution matrices
1451             </li>
1452           </ul>
1453           <em>User Interface</em>
1454           <ul>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1457               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1458               the application.
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1462               via Overview or sequence motif search operations
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1466               opened by double clicking gaps within sequence feature
1467               extent
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1471               aligned positions were available to create a 3D structure
1472               superposition.
1473             </li>
1474           </ul>
1475           <em>3D Structure</em>
1476           <ul>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1479               coloured in linked structure views
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1483               file-based command exchange
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1487               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1488               structures are already available for sequences
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1492               the Jalview project rather than downloaded again when the
1493               project is reopened.
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1497               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1498               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1499                 Feature</strong>)
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>Web Services</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1509               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1510               Analysis services
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1514               cross-references provided by identifiers.org and the
1515               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1516             </li>
1517           </ul>
1518
1519           <em>Scripting</em>
1520           <ul>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1523               identifying file formats (instead of String constants)
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1527               efficiency when counting all displayed features (not
1528               backwards compatible with 2.10.1)
1529             </li>
1530           </ul>
1531           <em>Example files</em>
1532           <ul>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1535               included in the example feature file
1536             </li>
1537           </ul>
1538           <em>Documentation</em>
1539           <ul>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1542               with the built-in Java help viewer
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1546               sequence description' option
1547             </li>
1548           </ul>
1549           <em>Test Suite</em>
1550           <ul>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1553               Uniprot REST Free Text Search Client
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1560               during tests
1561             </li>
1562           </ul>
1563         </div></td>
1564       <td><div align="left">
1565           <em>Calculations</em>
1566           <ul>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1569               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1570               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1571             </li>
1572             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1573               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1574               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1575               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1576               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1577               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1578               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1579               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1580               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1581               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1582               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1583               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1584               // for 2.10.1 mode <br />
1585               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1586               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1587                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1588                 calculations (not recommended)</em></li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1591               scaling of branch lengths for trees computed using
1592               Sequence Feature Similarity.
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1596               generating output report when working with highly
1597               redundant alignments
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1601               right of selected region when gaps present on right-hand
1602               boundary
1603             </li>
1604           </ul>
1605           <em>User Interface</em>
1606           <ul>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1609               doesn't reselect a specific sequence's associated
1610               annotation after it was used for colouring a view
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1614               opened on a region of alignment without groups
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1618               of an alignment with overlapping groups
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1622               name and description match
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1626               hidden regions results in incorrect hidden regions
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1630               changing colour does not apply Conservation slider value
1631               to all groups
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1635               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1639               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1643               gaps before start of features
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1647               restored to UI when feature colour is edited
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1651               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1655               as graduate feature colour settings are modified via the
1656               dialog box
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1660               when a group defined on the alignment is resized
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1664               wrapped view result in positional status updates
1665             </li>
1666
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1669               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1673               alignment included gapped columns
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1677               widgets don't permanently disappear
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1681               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1682               T-Coffee column reliability scores)
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1686               sequence feature on gaps only
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1690               button from a Find inherit previously defined feature type
1691               rather than the Find query string
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1695               exporting tree calculated in Jalview
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1699               and then revealing them reorders sequences on the
1700               alignment
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1704               doesn't update to reflect available set of groups after
1705               interactively adding or modifying features
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1709               Linux
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1713               only excluded gaps in current sequence and ignored
1714               selection.
1715             </li>
1716           </ul>
1717           <em>Rendering</em>
1718           <ul>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1721               erratically when hidden rows or columns are present
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1725               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1726               sequence colouring
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1730               colour and group colour menu for protein alignments
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1734               reflect currently selected view or group's shading
1735               thresholds
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1739               when rendered on overview and structures when opacity at
1740               100%
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1744               overview when features overlaid on alignment
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1748               recovered correctly from Jalview project file
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1752               (automatically via preferences) are different to the main
1753               alignment panel
1754             </li>
1755           </ul>
1756           <em>Data import/export</em>
1757           <ul>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1760               load
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1764               added after a sequence was imported are not written to
1765               Stockholm File
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1769               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1773               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1777               with lightGray or darkGray via features file (but can
1778               specify lightgray)
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1782               when alignment view imported from project
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1786               structure and sequences extracted from structure files
1787               imported via URL and viewed in Jmol
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1791               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1792               the project is loaded and the structure viewed
1793             </li>
1794           </ul>
1795           <em>Web Services</em>
1796           <ul>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1799               release of Ensembl v.88
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1803               appear enabled in Preferences->Connections
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1807               removed from console output
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1811               Ensembl by Peptide ID
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1815               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1816               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1817               due to 'null' string rather than empty string used for
1818               residues with no corresponding PDB mapping).
1819             </li>
1820           </ul>
1821           <em>Application UI</em>
1822           <ul>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1825               menu
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1829               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1830               new documentation and tooltips added)
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1834               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1838               new features are added to alignment
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1842               changes to feature colours via the Amend features dialog
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1846               edit graduated feature colour via amend features dialog
1847               box
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1851               selection menu changes colours of alignment views
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1855               from alignment calculation workers after alignment has
1856               been closed
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1860               groups now 'Create Group'
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1864               Create/Undefine group doesn't always work
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1868               shown again after pressing 'Cancel'
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1872               adjusts start position in wrap mode
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1876               ambiguous amino acids
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1880               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1881               proteins
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1885               Defined' don't appear in Colours menu
1886             </li>
1887           </ul>
1888           <em>Applet</em>
1889           <ul>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1892               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1896               overview or linked structure view
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1900               work (since 2.8)
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1904               user-defined colourscheme doesn't restore original
1905               colourscheme
1906             </li>
1907           </ul>
1908           <em>Test Suite</em>
1909           <ul>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1912               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1916               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1917               problems with deep array comparison equality asserts in
1918               successive versions of TestNG
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1922               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1923             </li>
1924           </ul>
1925           <em>New Known Issues</em>
1926           <ul>
1927             <li>
1928               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1929               phase after a sequence motif find operation
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1933               containing just upper and lower case letters are
1934               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1938               reliably from eggnog Ortholog database
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1942               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1943               to mark columns containing highlighted regions.
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1947               doesn't always add secondary structure annotation.
1948             </li>
1949           </ul>
1950         </div>
1951     <tr>
1952       <td width="60" nowrap>
1953         <div align="center">
1954           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1955         </div>
1956       </td>
1957       <td><div align="left">
1958           <em>General</em>
1959           <ul>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1962               for all consensus calculations
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1966               3rd Oct 2016)
1967             </li>
1968             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1969               for 2016-2017</li>
1970           </ul>
1971           <em>Application</em>
1972           <ul>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1975               set of database cross-references, sorted alphabetically
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1979               from database cross references. Users with custom links
1980               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1981                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1985               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1986               Chimera session
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1990               the Chimera it is connected to is shut down
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1994               columns menu item to mark columns containing highlighted
1995               regions (e.g. from structure selections or results of a
1996               Find operation)
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2000               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2001               MSAviewer
2002             </li>
2003           </ul>
2004         </div></td>
2005       <td>
2006         <div align="left">
2007           <em>General</em>
2008           <ul>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2011               are not coloured or thresholded according to percent
2012               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2016               hydrophobic
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2020               threshold, amino acid properties)
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2024               reported as mapped to residues in a structure file in the
2025               View Mapping report
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2029               could be added multiple times to a sequence
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2033               bond features shown as two highlighted residues rather
2034               than a range in linked structure views, and treated
2035               correctly when selecting and computing trees from features
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2039               cross-references are matched to database name regardless
2040               of case
2041             </li>
2042
2043           </ul>
2044           <em>Application</em>
2045           <ul>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2048               names without regular expressions also offer links from
2049               Sequence ID
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2053               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2054               update Jalview configuration
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2058               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2062               files with similarly named sequences if dropped onto the
2063               alignment
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2067               entries where more chains exist in the PDB accession than
2068               are reported in the SIFTS file
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2072               the structure view when displayed with Chimera
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2076               panel's View->Show Chains submenu
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2080               work for wrapped alignment views
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2084               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2088               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2089               first annotation row
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2093               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2097               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2098             </li>
2099             <!-- JAL-2319 -->
2100             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2101             coordindate data
2102             </li>
2103           </ul>
2104           <!--           <em>New Known Issues</em>
2105           <ul>
2106             <li></li>
2107           </ul> -->
2108         </div>
2109       </td>
2110     </tr>
2111     <td width="60" nowrap>
2112       <div align="center">
2113         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2114           <em>25/10/2016</em></strong>
2115       </div>
2116     </td>
2117     <td><em>Application</em>
2118       <ul>
2119         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2120           view if structures already loaded</li>
2121         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2122           structure views</li>
2123       </ul></td>
2124     <td>
2125       <div align="left">
2126         <em>General</em>
2127         <ul>
2128           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2129             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2130           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2131             example sequences/projects/trees</li>
2132         </ul>
2133         <em>Application</em>
2134         <ul>
2135           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2136             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2137           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2138             without timeout for structures with multiple models or
2139             multiple sequences in alignment</li>
2140           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2141             PDB ID HEADER line</li>
2142           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2143             is performed</li>
2144           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2145             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2146           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2147           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2148             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2149             option</li>
2150           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2151             is created on the alignment</li>
2152           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2153             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2154             pop-up menu</li>
2155         </ul>
2156         <em>Build and deployment</em>
2157         <ul>
2158           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2159             tags</li>
2160         </ul>
2161         <em>New Known Issues</em>
2162         <ul>
2163           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2164             on Windows</li>
2165         </ul>
2166       </div>
2167     </td>
2168     </tr>
2169     <tr>
2170       <td width="60" nowrap>
2171         <div align="center">
2172           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2173         </div>
2174       </td>
2175       <td><em>General</em>
2176         <ul>
2177           <li>
2178             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2182             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2183             better PDB parsing.
2184           </li>
2185           <li>
2186             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2187             reference sequence
2188           </li>
2189           <li>
2190             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2191             mousing over sequence associated annotation
2192           </li>
2193           <li>
2194             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2195             for manual entry
2196           </li>
2197           <li>
2198             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2199             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2200             for each column
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2204             showing or hiding columns containing a feature
2205           </li>
2206           <li>
2207             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2208             group and sequence associated annotation labels
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2212             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2213             dialogs
2214           </li>
2215
2216         </ul> <em>Application</em>
2217         <ul>
2218           <li>
2219             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2220             gene/transcript view
2221           </li>
2222           <li>
2223             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2224             dialog
2225           </li>
2226           <li>
2227             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2228             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2232             Pfam sources to xfam.org
2233           </li>
2234           <li>
2235             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2239             over sequences in Jalview
2240           </li>
2241           <li>
2242             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2243             regions in ENA and EMBL
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2247             for record retrieval via ENA rest API
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2251             complement operator
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2255             groovy script execution
2256           </li>
2257           <li>
2258             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2259             alignment window's Calculate menu
2260           </li>
2261           <li>
2262             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2263             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2267             calculation workers from groovy scripts
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2271             Jalview projects
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2275             associations are now saved/restored from project
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2279             before sequence fetcher is opened
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2283             database chooser opens a sequence fetcher
2284           </li>
2285           <li>
2286             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2287             the UniProt REST API
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2291             the news reader opening
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2295             querying stored in preferences
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2299             search results
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2306             menu for nucleotide sequences
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2310             and feature counts preserves alignment ordering (and
2311             debugged for complex feature sets).
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2315             viewing structures with Jalview 2.10
2316           </li>
2317           <li>
2318             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2319             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2320             Ensembl Genomes REST API
2321           </li>
2322           <li>
2323             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2324             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2325             (Ensembl)
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2329             sequences
2330           </li>
2331           <li>
2332             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2333             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2334             data from external database records.
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2338             efficient recovery of sequence coding and alignment
2339             annotation relationships.
2340           </li>
2341         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2342         <ul>
2343           <li>
2344             -- JAL---
2345           </li>
2346         </ul> --></td>
2347       <td>
2348         <div align="left">
2349           <em>General</em>
2350           <ul>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2353               menu on OSX
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2357               includes graduated colourschemes
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2361               working with big alignments and lots of hidden columns
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2365               at right of alignment window
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2369               contents
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2373               for DNA alignments
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2377               based tree calculation
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2381               unconserved enabled for group on alignment
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2385               set as reference
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2389               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2390               annotation
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2394               hidden columns present
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2398               user created annotation added to alignment
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2402               '()' base pair annotation
2403             </li>
2404             <li>
2405               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2406               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2407               Consensus
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2411               feature not working
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2415               beginning of sequence
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2419               entry 3a6s
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2423               from a tree when t-coffee scores are shown
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2427               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2431               some structures
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2435               to Clustal, PIR and PileUp output
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2439               not visible causes alignment window to repaint
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2443               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2444               scores associated with features and annotation rows
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2448               calculation should be case independent
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2452               columns
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2456               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2457               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2461               problems when reference sequence defined and 'show
2462               non-conserved' enabled
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2466               load even when Consensus calculation is disabled
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2470               alignment does nothing
2471             </li>
2472           </ul>
2473           <em>Application</em>
2474           <ul>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2477               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2478               yet fixed for El Capitan)
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2482               output when running on non-gb/us i18n platforms
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2486               hidden sequences as flat-file alignment
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2490               launching Chimera
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2494               (also hotfix for 2.9.0b2)
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2498               reference sequence defined
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2502               alignments and views when revealing hidden columns
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2506               view in a cDNA/Protein splitframe
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2510               sequence from project when only one sequence is
2511               represented
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2515               in Structure Chooser
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2519               structure consensus didn't refresh annotation panel
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2523               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2527               dialogs format columns correctly, don't display array
2528               data, sort columns according to type
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2532               file chooser is cancelled during an image export
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2536               sequence name containing special characters
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2540               case insensitive
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2544               formatting don't wrap
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2548               truncated so L looks like I in consensus annotation
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2552               currently displayed features for the current selection or
2553               view
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2557               after fetching cross-references, and restoring from
2558               project
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2562               followed in the structure viewer
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2566               splitframe not restored from project
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2570               trailing end of protein alignment in transcript/product
2571               splitview when pad-gaps not enabled by default
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2575               is case dependent
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2579               article has been read (reopened issue due to
2580               internationalisation problems)
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2584               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2585               cross-references
2586             </li>
2587
2588             <li>
2589               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2590               alignment as HTML
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2594               multiple structures are shown for one or more sequences.
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2598               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2599               is enabled.
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2603               specific PDB id for sequence
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2607               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2608               columns' is disabled.
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2612               selects lowest rather than highest resolution structures
2613               for each sequence
2614             </li>
2615             <li>
2616               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2617               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2618             </li>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2621               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2625               after clicking on it to create new annotation for a
2626               column.
2627             </li>
2628             <li>
2629               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2630               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2631             </li>
2632             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2633             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2634           </ul>
2635           <em>Applet</em>
2636           <ul>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2639               hidden columns present before start of sequence
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2643               (JSON jars)
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2647               sequences are hidden in applet
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2651               deployment on examples pages.
2652             </li>
2653           </ul>
2654         </div>
2655       </td>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td width="60" nowrap>
2659         <div align="center">
2660           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2661             <em>16/10/2015</em></strong>
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td><em>General</em>
2665         <ul>
2666           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2667             jars</li>
2668         </ul></td>
2669       <td>
2670         <div align="left">
2671           <em>Application</em>
2672           <ul>
2673             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2674               shown when tree is partitioned</li>
2675             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2676               multiple cDNA/Protein split views</li>
2677           </ul>
2678         </div>
2679       </td>
2680     </tr>
2681     <tr>
2682       <td width="60" nowrap>
2683         <div align="center">
2684           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2685             <em>8/10/2015</em></strong>
2686         </div>
2687       </td>
2688       <td><em>General</em>
2689         <ul>
2690           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2691             2.9</li>
2692         </ul> <em>Application</em>
2693         <ul>
2694           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2695           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2696           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2697         </ul> <em>Applet</em>
2698         <ul>
2699           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2700         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2701         <ul>
2702           <li>
2703             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2704             suite
2705           </li>
2706         </ul></td>
2707       <td>
2708         <div align="left">
2709           <em>General</em>
2710           <ul>
2711             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2712               incorrect when sequence start > 1</li>
2713             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2714               documentation</li>
2715             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2716             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2717               loading a features file containing HTML tags in feature
2718               description</li>
2719
2720           </ul>
2721           <em>Application</em>
2722           <ul>
2723             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2724               reimport</li>
2725             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2726               with 'trim retrieved sequences'</li>
2727             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2728               deleting selected columns</li>
2729             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2730               JNLP templates for webstart launch</li>
2731             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2732               unreleased structures for download or viewing</li>
2733             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2734               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2735             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2736               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2737             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2738               recovered from jalview project</li>
2739             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2740               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2741               alignment view</li>
2742             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2743               color schemes from BioJSON</li>
2744           </ul>
2745           <em>Applet</em>
2746           <ul>
2747             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2748               frame</li>
2749             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2750           </ul>
2751         </div>
2752       </td>
2753     </tr>
2754     <tr>
2755       <td><div align="center">
2756           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2757         </div></td>
2758       <td><em>General</em>
2759         <ul>
2760           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2761             alignments:
2762             <ul>
2763               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2764                 and DNA alignment views</li>
2765               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2766                 cDNA alignment views</li>
2767               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2768                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2769               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2770                 protein sequences</li>
2771             </ul>
2772           </li>
2773           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2774           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2775             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2776           <li>New alignment annotation file statements for
2777             reference sequences and marking hidden columns</li>
2778           <li>Reference sequence based alignment shading to
2779             highlight variation</li>
2780           <li>Select or hide columns according to alignment
2781             annotation</li>
2782           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2783           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2784             acid conservation row</li>
2785           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2786         </ul> <em>Application</em>
2787         <ul>
2788           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2789             <ul>
2790               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2791                 view with cDNA/Protein</li>
2792               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2793                 sequences are placed in the same alignment</li>
2794               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2795                 projects</li>
2796             </ul>
2797           </li>
2798
2799           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2800           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2801             Jalview windows</li>
2802
2803           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2804           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2805           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2806             be shown in VARNA</li>
2807
2808           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2809             as the active selected region</li>
2810
2811           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2812             similarity</li>
2813           <li>New Export options
2814             <ul>
2815               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2816                 region export in flat file generation</li>
2817
2818               <li>Export alignment views for display with the <a
2819                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2820
2821               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2822               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2823                 alignment figures to HTML</li>
2824           </li>
2825           <li>3D structure retrieval and display
2826             <ul>
2827               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2828                 Search API</li>
2829               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2830                 PDB structures for a sequence set</li>
2831             </ul>
2832           </li>
2833
2834           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2835             predictions</li>
2836           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2837             for one or a group of sequences</li>
2838           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2839             from the JPred4 web server</li>
2840           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2841             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2842             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2843           </li>
2844           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2845             VARNA 2D Structure'</li>
2846           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2847             Structure ..."</li>
2848
2849         </ul> <em>Applet</em>
2850         <ul>
2851           <li>New layout for applet example pages</li>
2852           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2853             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2854           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2855             Protein alignments</li>
2856         </ul> <em>Development and deployment</em>
2857         <ul>
2858           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2859           <li>Include installation type and git revision in build
2860             properties and console log output</li>
2861           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2862             storing BioJsMSA Templates</li>
2863           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2864         </ul></td>
2865       <td>
2866         <!-- <em>General</em>
2867         <ul>
2868         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2869         <ul>
2870           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2871           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2872           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2873             predictions are not highlighted in amber</li>
2874           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2875             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2876           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2877             associated structure views</li>
2878           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2879             width checkbox not enabled</li>
2880           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2881             creating user defined colours</li>
2882           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2883             mappings for just that viewer's sequences</li>
2884           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2885             multiple models in Chimera</li>
2886           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2887             over Jmol structure</li>
2888           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2889             output to text box</li>
2890           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2891             have incorrect sequence start/end</li>
2892           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2893             Jalview fails</li>
2894           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2895             work for nucleotide</li>
2896           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2897             to a grey/invisible alignment window</li>
2898           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2899             imports to different position</li>
2900           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2901             on some platforms</li>
2902           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2903             populated</li>
2904           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2905             console if Chimera has been opened</li>
2906           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2907           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2908             retrieved</li>
2909           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2910           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2911             either sequence shows on first structure</li>
2912           <li>'Show annotations' options should not make
2913             non-positional annotations visible</li>
2914           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2915             in right place after 'view flanking regions'</li>
2916           <li>File Save As type unset when current file format is
2917             unknown</li>
2918           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2919             projects</li>
2920           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2921             responsive</li>
2922           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2923             several views on same alignment</li>
2924           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2925           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2926             spaces</li>
2927         </ul> <em>Applet</em>
2928         <ul>
2929           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2930           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2931             descriptions containing angle brackets</li>
2932         </ul> <em>General</em>
2933         <ul>
2934           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2935             via jalview annotation file</li>
2936           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2937             with RNA secondary structure</li>
2938           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2939             translation doesn't work.</li>
2940           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2941           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2942             positions</li>
2943           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2944             choosing 1pt font</li>
2945           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2946             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2947             'h'</li>
2948           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2949             new feature</li>
2950           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2951             order dependent</li>
2952           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2953             sequences</li>
2954           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2955         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2956         <ul>
2957           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2958             www.jalview.org</li>
2959         </ul> <em>Application Known issues</em>
2960         <ul>
2961           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2962           <li>Misleading message appears after trying to delete
2963             solid column.</li>
2964           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2965             version launches</li>
2966           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2967             fails with a sequence mismatch</li>
2968           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2969             scrolling alignment to right</li>
2970           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2971             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2972           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2973             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2974           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2975             ultra-high resolution</li>
2976           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2977             quality and conservation</li>
2978           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2979             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2980         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2981         <ul>
2982           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2983           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2984             window is being resized</li>
2985
2986         </ul>
2987       </td>
2988     </tr>
2989     <tr>
2990       <td><div align="center">
2991           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2992         </div></td>
2993       <td><em>General</em>
2994         <ul>
2995           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2996             Certum.PL.</li>
2997           <li>Features and annotation preserved when performing
2998             pairwise alignment</li>
2999           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3000             imported/exported/displayed</li>
3001           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3002             protein secondary structure</li>
3003           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3004               post-hoc with 2.9 release</em>)
3005           </li>
3006
3007         </ul> <em>Application</em>
3008         <ul>
3009           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3010             with 3D structures</li>
3011           <li>Support for parsing RNAML</li>
3012           <li>Annotations menu for layout
3013             <ul>
3014               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3015               <li>place sequence annotation above/below alignment
3016                 annotation</li>
3017             </ul>
3018           <li>Output in Stockholm format</li>
3019           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3020             translation</li>
3021           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3022           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3023             shared between alignments</li>
3024           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3025             Jalview</li>
3026           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3027             all or current selection</li>
3028           <li>disorder and secondary structure predictions
3029             available as dataset annotation</li>
3030           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3031
3032
3033           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3034             alignments from Rfam</li>
3035           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3036
3037           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3038             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3039           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3040           <li>include installation type in build properties and
3041             console log output</li>
3042           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3043             annotation</li>
3044         </ul></td>
3045       <td>
3046         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3047         <ul>
3048           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3049             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3050           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3051             alignment</li>
3052           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3053           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3054           <li>Double click on sequence associated annotation
3055             selects only first column</li>
3056           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3057             leaves shown in tree</li>
3058           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3059             properly</li>
3060           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3061           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3062             screen and buttons not visible</li>
3063           <li>author list isn't updated if already written to
3064             Jalview properties</li>
3065           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3066             from database</li>
3067           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3068           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3069             browser search window</li>
3070           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3071             in feature settings dialog</li>
3072           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3073             desktop</li>
3074           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3075             pass validation</li>
3076           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3077             fit on screen</li>
3078           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3079             tooltip</li>
3080           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3081             defined user preset</li>
3082           <li>MSA web services warns user if they were launched
3083             with invalid input</li>
3084           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3085             Java 8</li>
3086           <li>
3087             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3088             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3089             created
3090           </li>
3091
3092         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3093         <ul>
3094         </ul> <em>General</em>
3095         <ul>
3096         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3097         <ul>
3098           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3099             memory allocation</li>
3100           <li>launchApp service doesn't automatically open
3101             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3102           <li>
3103             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3104             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3105             1.7_055 is available
3106           </li>
3107         </ul> <em>Application Known issues</em>
3108         <ul>
3109           <li>
3110             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3111             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3112             alignment to right
3113           </li>
3114           <li>
3115             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3116             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3117             with large number of ID
3118           </li>
3119           <li>
3120             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3121             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3122             start/end
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3126             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3127             structure tracks are rearranged
3128           </li>
3129           <li>
3130             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3131             invalid rna structure positional highlighting does not
3132             highlight position of invalid base pairs
3133           </li>
3134           <li>
3135             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3136             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3137             project from alignment window file menu
3138           </li>
3139           <li>
3140             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3141             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3142             structures
3143           </li>
3144           <li>
3145             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3146             colour by RNA Helices not enabled when user created
3147             annotation added to alignment
3148           </li>
3149           <li>
3150             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3151             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3152           </li>
3153         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3154         <ul>
3155           <li>
3156             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3157             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3158           </li>
3159           <li>
3160             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3161             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3162           </li>
3163
3164           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3165             when selected</li>
3166         </ul>
3167       </td>
3168     </tr>
3169     <tr>
3170       <td><div align="center">
3171           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3172         </div></td>
3173       <td>
3174         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3175         <em>General</em>
3176         <ul>
3177           <li>Internationalisation of user interface (usually
3178             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3179           <li>Define/Undefine group on current selection with
3180             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3181           <li>Improved group creation/removal options in
3182             alignment/sequence Popup menu</li>
3183           <li>Sensible precision for symbol distribution
3184             percentages shown in logo tooltip.</li>
3185           <li>Annotation panel height set according to amount of
3186             annotation when alignment first opened</li>
3187         </ul> <em>Application</em>
3188         <ul>
3189           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3190             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3191           <li>Select columns containing particular features from
3192             Feature Settings dialog</li>
3193           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3194             sequences</li>
3195           <li>Update Jalview project format:
3196             <ul>
3197               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3198               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3199                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3200               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3201                 colouring</li>
3202             </ul>
3203           </li>
3204           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3205             (PAM250)</li>
3206           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3207             flanking regions for an alignment</li>
3208         </ul>
3209       </td>
3210       <td>
3211         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3212         <ul>
3213           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3214             running after job is cancelled</li>
3215           <li>cannot export features from alignments imported from
3216             Jalview/VAMSAS projects</li>
3217           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3218             float values</li>
3219           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3220             have 'display all symbols' flag set</li>
3221           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3222             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3223           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3224             Jalview</li>
3225           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3226             Lion/Webstart</li>
3227           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3228           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3229           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3230             alignment onto desktop</li>
3231           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3232             'extract scores' function</li>
3233           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3234             alignment window</li>
3235           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3236             performing IUPred disorder prediction</li>
3237           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3238             changing 'normalise logo' display setting</li>
3239           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3240             nothing matches query</li>
3241           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3242             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3243           </li>
3244           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3245             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3246           </li>
3247           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3248             Jalview's menu</li>
3249           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3250             'invalid literal/length code'</li>
3251           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3252             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3253           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3254             colourscheme</li>
3255
3256         </ul> <em>Applet</em>
3257         <ul>
3258           <li>Remove group option is shown even when selection is
3259             not a group</li>
3260           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3261             don't affect groups</li>
3262           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3263             colourscheme name</li>
3264           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3265             Annotation panel is not displayed</li>
3266           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3267             embedded windows</li>
3268         </ul> <em>Other</em>
3269         <ul>
3270           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3271             single sequence were not calculated</li>
3272           <li>annotation files that contain only groups imported as
3273             annotation and junk sequences</li>
3274           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3275             recognised as PFAM or BLC</li>
3276           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3277             doesn't affect background (2.8.0b1)
3278           <li></li>
3279           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3280           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3281             trailing gaps</li>
3282           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3283             registered correctly on import</li>
3284           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3285             certain alignments</li>
3286           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3287             existing annotation based 'use original colours'
3288             colourscheme loses original colours setting</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td><div align="center">
3294           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3295             <em>30/1/2014</em></strong>
3296         </div></td>
3297       <td>
3298         <ul>
3299           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3300             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3301             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3302             open source project).
3303           </li>
3304           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3305           <li>Output in Stockholm format</li>
3306           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3307           <li>Export/import group and sequence associated line
3308             graph thresholds</li>
3309           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3310             ambiguity codes</li>
3311           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3312             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3313             works</li>
3314           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3315         </ul> <em>Other improvements</em>
3316         <ul>
3317           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3318           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3319             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3320           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3321             files</li>
3322           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3323           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3324             link but no description</li>
3325           <li>Select primary source when selecting authority in
3326             database fetcher GUI</li>
3327           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3328             Jalview</li>
3329           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3335             displayed</li>
3336           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3337             secondary structure annotation line</li>
3338           <li>Sequence database accessions not imported when
3339             fetching alignments from Rfam</li>
3340           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3341             identical IDs</li>
3342           <li>View all structures does not always superpose
3343             structures</li>
3344           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3345             reflect user or preset settings</li>
3346           <li>Null pointer exceptions for some services without
3347             presets or adjustable parameters</li>
3348           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3349             discover PDB xRefs</li>
3350           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3351             features with DAS</li>
3352           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3353             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3354           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3355             residue follows a gap</li>
3356           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3357             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3358           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3359             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3360           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3361             annotation already exists on alignment</li>
3362           <li>oninit javascript function should be called after
3363             initialisation completes</li>
3364           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3365             alignment window display</li>
3366           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3367           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3368             to annotation file</li>
3369           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3370             groups created</li>
3371           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3372             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3373           <li>Pressing return several times causes Number Format
3374             exceptions in keyboard mode</li>
3375           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3376             correct partitions for input data</li>
3377           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3378           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3379           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3380           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3381             mode</li>
3382           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3383             changes one row&#39;s threshold</li>
3384           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3385             doesn&#39;t open</li>
3386           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3387             quality histograms</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390     </tr>
3391     <tr>
3392       <td><div align="center">
3393           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3394         </div></td>
3395       <td><em>Application</em>
3396         <ul>
3397           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3398             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3399           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3400             preferences</li>
3401           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3402             in Jalview alignment window</li>
3403           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3404             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3405           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3406             RNA and ambiguity codes</li>
3407
3408           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3409           <li>Support fetching and database reference look up
3410             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3411             refs')</li>
3412           <li>Jalview project improvements
3413             <ul>
3414               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3415                 flag for annotation</li>
3416               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3417                 alignment</li>
3418               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3419                 Jalview project</li>
3420
3421             </ul>
3422           </li>
3423           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3424           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3425             running</li>
3426           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3427           <li>visual indication that web service results are still
3428             being retrieved from server</li>
3429           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3430             starts up for first time</li>
3431           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3432             services</li>
3433           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3434             client library</li>
3435           <li>Examples directory and Groovy library included in
3436             InstallAnywhere distribution</li>
3437         </ul> <em>Applet</em>
3438         <ul>
3439           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3440             visualization applet example</li>
3441         </ul> <em>General</em>
3442         <ul>
3443           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3444           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3445             defaults</li>
3446           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3447             calculation</li>
3448           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3449             matrices
3450           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3451             in HTML</li>
3452           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3453             structure contacts</li>
3454           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3455           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3456           <li>Parse sequence associated secondary structure
3457             information in Stockholm files</li>
3458           <li>HTML Export database accessions and annotation
3459             information presented in tooltip for sequences</li>
3460           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3461             style RNA alignment files</li>
3462           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3463             alignment</li>
3464           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3465             shade each sequence according to its associated alignment
3466             annotation</li>
3467           <li>New Jalview Logo</li>
3468         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3469         <ul>
3470           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3471           <li>New Website!</li>
3472         </ul></td>
3473       <td><em>Application</em>
3474         <ul>
3475           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3476             wsdbfetch REST service</li>
3477           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3478           <li>Filetype associations not installed for webstart
3479             launch</li>
3480           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3481             job execution in full once it is complete</li>
3482           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3483             uploaded via ali_file parameter</li>
3484           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3485           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3486           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3487             submitted for prediction</li>
3488           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3489             desktop window</li>
3490           <li>Putting fractional value into integer text box in
3491             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3492           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3493             windows 7</li>
3494           <li>View all structures fails with exception shown in
3495             structure view</li>
3496           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3497             escaped in a platform independent way</li>
3498           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3499             using proxy</li>
3500           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3501             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3502           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3503             failure when java web start temporary file caching is
3504             disabled</li>
3505           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3506             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3507           <li>Errors during processing of command line arguments
3508             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3509           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3510             DAS sources in sequence fetcher</li>
3511           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3512             dialog is shown</li>
3513           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3514           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3515           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3516           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3517             on OSX Mountain Lion</li>
3518           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3519             sequences with alignment annotation are pasted into the
3520             alignment</li>
3521           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3522             when loaded from Jalview project</li>
3523           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3524           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3525             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3526           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3527             associated with all views</li>
3528           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3529             annotation rows to new window</li>
3530         </ul> <em>Applet</em>
3531         <ul>
3532           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3533             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3534           <li>loading features via javascript API automatically
3535             enables feature display</li>
3536           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3537             work</li>
3538         </ul> <em>General</em>
3539         <ul>
3540           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3541           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3542             and then deselected</li>
3543           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3544           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3545             coloured with clustalx</li>
3546           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3547             exceptions and redraw errors</li>
3548           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3549             reconfigured view</li>
3550           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3551             colour</li>
3552           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3553             for lots of labels</li>
3554         </ul>
3555     </tr>
3556     <tr>
3557       <td>
3558         <div align="center">
3559           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3560         </div>
3561       </td>
3562       <td><em>Application</em>
3563         <ul>
3564           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3565           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3566           <li>View/alignment association menu to enable user to
3567             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3568             its colours/correspondences from</li>
3569           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3570           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3571             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3572           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3573           <li>Annotation row column label formatting attributes
3574             stored in project file</li>
3575           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3576             rows preserved in Jalview project file</li>
3577           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3578             saved using Desktop window menu</li>
3579           <li>Visual indication that command line arguments are
3580             still being processed</li>
3581           <li>Groovy script execution from URL</li>
3582           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3583             preferences</li>
3584           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3585             alignment with sequences that have high similarity and
3586             matching IDs</li>
3587           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3588           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3589             structures in same window</li>
3590           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3591           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3592             analysis function in its own submenu</li>
3593         </ul> <em>Applet</em>
3594         <ul>
3595           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3596             groups</li>
3597           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3598           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3599           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3600           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3601           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3602             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3603           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3604           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3605             parameters are treated as such</li>
3606           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3607             <ul>
3608               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3609               <li>Javascript callbacks for
3610                 <ul>
3611                   <li>Applet initialisation</li>
3612                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3613                 </ul>
3614               </li>
3615               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3616                 functions</li>
3617               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3618               <li>javascript structure viewer harness to pass
3619                 messages between Jmol and Jalview when running as
3620                 distinct applets</li>
3621               <li>sortBy method</li>
3622               <li>Set of applet and application examples shipped
3623                 with documentation</li>
3624               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3625                 javascript message exchange</li>
3626             </ul>
3627         </ul> <em>General</em>
3628         <ul>
3629           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3630             multiple alignments</li>
3631           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3632           <li>User configurable link to enable redirects to a
3633             www.Jalview.org mirror</li>
3634           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3635           <li>Configurable newline string when writing alignment
3636             and other flat files</li>
3637           <li>Allow alignment annotation description lines to
3638             contain html tags</li>
3639         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3640         <ul>
3641           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3642             examples</li>
3643           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3644             using a web service before displaying the result in the
3645             Jalview desktop</li>
3646           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3647           <li>Ant target to publish example html files with applet
3648             archive</li>
3649           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3650           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3651         </ul></td>
3652       <td><em>Application</em>
3653         <ul>
3654           <li>User defined colourscheme throws exception when
3655             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3656           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3657             dialog for valid filename/format</li>
3658           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3659           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3660             P37173</li>
3661           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3662             which sequence is to be associated with the file</li>
3663           <li>Find All raises null pointer exception when query
3664             only matches sequence IDs</li>
3665           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3666           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3667             2.4 cannot be loaded</li>
3668           <li>Filetype associations not installed for webstart
3669             launch</li>
3670           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3671             with sequences in different alignments do not get coloured
3672             by their associated sequence</li>
3673           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3674             not preserved when project is loaded</li>
3675           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3676             stored in Jalview project</li>
3677           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3678             Jalview project</li>
3679           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3680           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3681             by conservation</li>
3682           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3683             created on new view</li>
3684           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3685             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3686           <li>Alignment quality not updated after alignment
3687             annotation row is hidden then shown</li>
3688           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3689             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3690           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3691             properly</li>
3692           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3693             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3694           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3695           <li>Structures imported from file and saved in project
3696             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3697           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3698             job execution in full once it is complete</li>
3699         </ul> <em>Applet</em>
3700         <ul>
3701           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3702             annotation rows are displayed</li>
3703           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3704             codebase</li>
3705           <li>View follows highlighting does not work for positions
3706             in sequences</li>
3707           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3708           <li>Export features raises exception when no features
3709             exist</li>
3710           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3711             for javascript api is modified when separator string
3712             provided as parameter</li>
3713           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3714             alignment with no existing selection</li>
3715           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3716             to applet&#39;s codebase</li>
3717           <li>Status bar not updated after finished searching and
3718             search wraps around to first result</li>
3719           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3720             several Jalview applets causes race conditions and memory
3721             leaks</li>
3722           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3723             not sent from Jmol in applet</li>
3724           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3725             applet API fatally hang browser</li>
3726         </ul> <em>General</em>
3727         <ul>
3728           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3729             position with wrapped view and hidden regions</li>
3730           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3731             with/without hidden columns</li>
3732           <li>Sequence length given in alignment properties window
3733             is off by 1</li>
3734           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3735             import PDB like structure files</li>
3736           <li>Positional search results are only highlighted
3737             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3738           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3739           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3740             given sequence position</li>
3741           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3742             output</li>
3743           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3744             from nucleotide chains correctly</li>
3745           <li>Structure colours not updated when tree partition
3746             changed in alignment</li>
3747           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3748             parsed in interleaved stockholm</li>
3749           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3750             state</li>
3751           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3752             properly</li>
3753           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3754             properly associated with their pdb files</li>
3755         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3756         <ul>
3757           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3758             ApplyCopyright tool</li>
3759         </ul></td>
3760     </tr>
3761     <tr>
3762       <td>
3763         <div align="center">
3764           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3765         </div>
3766       </td>
3767       <td><em>Application</em>
3768         <ul>
3769           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3770             contact web services</li>
3771           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3772             service job window</li>
3773           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3774         </ul></td>
3775       <td>
3776         <ul>
3777           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3778             pir file emitted by Jalview</li>
3779           <li>Existing feature settings transferred to new
3780             alignment view created from cut'n'paste</li>
3781           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3782             parsing PDB files</li>
3783           <li>Consensus and conservation annotation rows
3784             occasionally become blank for all new windows</li>
3785           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3786             in wrapped view mode</li>
3787         </ul> <em>Application</em>
3788         <ul>
3789           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3790             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3791           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3792             parameter names</li>
3793           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3794             is down</li>
3795         </ul>
3796       </td>
3797     </tr>
3798     <tr>
3799       <td>
3800         <div align="center">
3801           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3802         </div>
3803       </td>
3804       <td><em>Application</em>
3805         <ul>
3806           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3807             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3808             (JABAWS)
3809           </li>
3810           <li>Web Services preference tab</li>
3811           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3812             preferences</li>
3813           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3814           <li>Superpose structures using associated sequence
3815             alignment</li>
3816           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3817             viewer</li>
3818         </ul> <em>Applet</em>
3819         <ul>
3820           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3821             link out mechanism</li>
3822         </ul> <em>Other</em>
3823         <ul>
3824           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3825             series 12</li>
3826           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3827             require Java 1.5</li>
3828           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3829             sequence annotation files</li>
3830           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3831             type colour specification</li>
3832           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3833             script to check if it being run in an interactive session or
3834             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3835         </ul></td>
3836       <td>
3837         <ul>
3838           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3839             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3840         </ul> <em>Application</em>
3841         <ul>
3842           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3843             selected Regions menu item</li>
3844           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3845             part of a valid accession ID</li>
3846           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3847             runs out of memory</li>
3848           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3849             analysis results</li>
3850           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3851             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3852           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3853         </ul> <em>Applet</em>
3854         <ul>
3855           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3856             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3857             defined.</li>
3858         </ul>
3859       </td>
3860     </tr>
3861     <tr>
3862       <td>
3863         <div align="center">
3864           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3865         </div>
3866       </td>
3867       <td></td>
3868       <td>
3869         <ul>
3870           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3871             sequence IDs</li>
3872           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3873             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3874           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3875             import correctly</li>
3876           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3877             number of columns are hidden</li>
3878           <li>annotation label popup menu not providing correct
3879             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3880             present</li>
3881           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3882             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3883           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3884             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3885
3886         </ul> <em>Applet</em>
3887         <ul>
3888           <li>annotation panel disappears when annotation is
3889             hidden/removed</li>
3890         </ul> <em>Application</em>
3891         <ul>
3892           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3893             alignment opened where annotation panel is visible but no
3894             annotations are present on alignment</li>
3895           <li>pasted region containing hidden columns is
3896             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3897           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3898             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3899           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3900             selected Rregions menu item.</li>
3901           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3902             'Un' or 'Non'conserved</li>
3903           <li>Sequence feature settings are being shared by
3904             multiple distinct alignments</li>
3905           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3906             changed</li>
3907           <li>double click on group annotation to select sequences
3908             does not propagate to associated trees</li>
3909           <li>Mac OSX specific issues:
3910             <ul>
3911               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3912                 window background</li>
3913               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3914                 name set correctly</li>
3915               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3916                 save feature colourscheme button</li>
3917             </ul>
3918           </li>
3919         </ul>
3920       </td>
3921     </tr>
3922     <tr>
3923
3924       <td>
3925         <div align="center">
3926           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3927         </div>
3928       </td>
3929       <td><em>New Capabilities</em>
3930         <ul>
3931           <li>URL links generated from description line for
3932             regular-expression based URL links (applet and application)
3933
3934           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3935             menu</li>
3936           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3937             structures</li>
3938           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3939             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3940           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3941             average score or total feature count for each sequence.</li>
3942           <li>Shading features by score or associated description</li>
3943           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3944             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3945           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3946             hide everything but the currently selected region.</li>
3947           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3948         </ul> <em>Application</em>
3949         <ul>
3950           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3951             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3952           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3953             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3954           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3955             database references and protein_name is parsed as
3956             description line (BioSapiens terms).</li>
3957           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3958             references in sequence ID tooltip from View menu in
3959             application.</li>
3960           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3961       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3962           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3963             conservation plots</li>
3964           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3965             and visualized as sequence logos</li>
3966           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3967             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3968           </li>
3969           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3970             when a new tree is opened.</li>
3971           <li>Jalview Java Console</li>
3972           <li>Better placement of desktop window when moving
3973             between different screens.</li>
3974           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3975             consensus annotation</li>
3976           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3977             Workflows</li>
3978           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3979             <ul>
3980               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3981                 used to preserve views, structures, and tree display
3982                 settings)</li>
3983               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3984                 command line</li>
3985               <li>Sharing of selected regions between views and
3986                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3987               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3988             </ul></li>
3989         </ul> <em>Applet</em>
3990         <ul>
3991           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3992           <li>New Parameters
3993             <ul>
3994               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3995                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3996                 opened.</li>
3997               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3998                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3999               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4000                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4001               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4002                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4003                 view</li>
4004               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4005                 increase the height or width of a cell in the alignment
4006                 grid relative to the current font size.</li>
4007             </ul>
4008           </li>
4009           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4010             tooltip</li>
4011         </ul> <em>Other</em>
4012         <ul>
4013           <li>Features format: graduated colour definitions and
4014             specification of feature scores</li>
4015           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4016             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4017             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4018           <li>XML formats extended to support graduated feature
4019             colourschemes, group associated annotation, and profile
4020             visualization settings.</li></td>
4021       <td>
4022         <ul>
4023           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4024             rather than description</li>
4025           <li>Non-positional features are now included in sequence
4026             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4027             visibility in tooltip).</li>
4028           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4029           <li>Added URL embedding instructions to features file
4030             documentation.</li>
4031           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4032             'X' in peptide product</li>
4033           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4034             sequence ID and sequence string and query strings do not
4035             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4036           <li>AMSA files only contain first column of
4037             multi-character column annotation labels</li>
4038           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4039             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4040             exported and re-imported)</li>
4041           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4042             name</li>
4043           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4044             as subsequence matches, and correctly reports total number
4045             of both.</li>
4046           <li>Application:
4047             <ul>
4048               <li>Better handling of exceptions during sequence
4049                 retrieval</li>
4050               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4051                 link text excludes the start_end suffix</li>
4052               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4053                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4054               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4055               <li>Sequence description lines properly shared via
4056                 VAMSAS</li>
4057               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4058                 data sources</li>
4059               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4060                 completes before alignment figures are generated.</li>
4061               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4062                 first time.</li>
4063               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4064                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4065               <li>User defined group colours properly recovered
4066                 from Jalview projects.</li>
4067             </ul>
4068           </li>
4069         </ul>
4070       </td>
4071
4072     </tr>
4073     <tr>
4074       <td>
4075         <div align="center">
4076           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4077         </div>
4078       </td>
4079       <td>
4080         <ul>
4081           <li>Experimental support for google analytics usage
4082             tracking.</li>
4083           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4084         </ul>
4085       </td>
4086       <td>
4087         <ul>
4088           <li>Race condition in applet preventing startup in
4089             jre1.6.0u12+.</li>
4090           <li>Exception when feature created from selection beyond
4091             length of sequence.</li>
4092           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4093           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4094             all sequences with a given id</li>
4095           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4096             ID string searches</li>
4097           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4098             alignment to fail with exception</li>
4099         </ul> <em>Application Issues</em>
4100         <ul>
4101           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4102           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4103             data sources</li>
4104         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4105         <ul>
4106           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4107             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4108           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4109             version (java class versioning error fixed)</li>
4110         </ul>
4111       </td>
4112     </tr>
4113     <tr>
4114       <td>
4115
4116         <div align="center">
4117           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4118         </div>
4119       </td>
4120       <td><em>User Interface</em>
4121         <ul>
4122           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4123             translation and protein products</li>
4124           <li>Linked highlighting of structure associated with
4125             residue mapping to codon position</li>
4126           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4127             and 'clear' button</li>
4128           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4129             Tools menu</li>
4130           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4131             numeric data in description line</li>
4132           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4133           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4134             of sequence</li>
4135         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4136         <ul>
4137           <li>JPred3 web service</li>
4138           <li>Prototype sequence search client (no public services
4139             available yet)</li>
4140           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4141             PFAM</li>
4142           <li>URL Links created for matching database cross
4143             references as well as sequence ID</li>
4144           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4145         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4146         <ul>
4147           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4148             databases</li>
4149           <li>Generalised database reference retrieval and
4150             validation to all fetchable databases</li>
4151           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4152             sequence command</li>
4153         </ul> <em>Import and Export</em>
4154         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4155         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4156           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4157         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4158           File</li>
4159         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4160           triplet as name of colourscheme</li>
4161         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4162         <ul>
4163           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4164           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4165             alignments (experimental)</li>
4166           <li>Create new or select existing session to join</li>
4167           <li>load and save of vamsas documents</li>
4168         </ul> <em>Application command line</em>
4169         <ul>
4170           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4171             from applet)</li>
4172           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4173             of DAS servers to query for alignment features</li>
4174           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4175             that are also automatically queried for features</li>
4176           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4177             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4178         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4179         <ul>
4180           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4181             application (when using &quot;View in full
4182             application&quot;)</li>
4183         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4184         <ul>
4185           <li>feature group display control parameter</li>
4186           <li>debug parameter</li>
4187           <li>showbutton parameter</li>
4188         </ul> <em>Applet API methods</em>
4189         <ul>
4190           <li>newView public method</li>
4191           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4192           <li>Feature display control methods</li>
4193           <li>get list of currently selected sequences</li>
4194         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4195         <ul>
4196           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4197           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4198             Jalview release.</li>
4199           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4200             property controls execution of obfuscator</li>
4201           <li>Build target for generating source distribution</li>
4202           <li>Debug flag for javacc</li>
4203           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4204             jalview.bin.Cache</li>
4205           <li>Continuous Build Integration for stable and
4206             development version of Application, Applet and source
4207             distribution</li>
4208         </ul></td>
4209       <td>
4210         <ul>
4211           <li>selected region output includes visible annotations
4212             (for certain formats)</li>
4213           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4214             for editing</li>
4215           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4216           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4217           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4218           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4219             comments</li>
4220           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4221             filenames containing a ':'</li>
4222           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4223             global sequence features</li>
4224           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4225             references from alignment sequences goes to zero</li>
4226           <li>Close of tree branch colour box without colour
4227             selection causes cascading exceptions</li>
4228           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4229           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4230             file parsing fails.</li>
4231           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4232           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4233             not a valid output format</li>
4234           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4235             vamsas</li>
4236           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4237           <li>error messages passed up and output when data read
4238             fails</li>
4239           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4240             sequence is edited</li>
4241           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4242             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4243           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4244             filetype</li>
4245           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4246             import fixed for PFAM records</li>
4247           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4248             window list</li>
4249           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4250             can be read and written correctly to annotation file</li>
4251           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4252             correctly</li>
4253           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4254             non-italic font for representatives in Applet</li>
4255           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4256             Macs.</li>
4257           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4258             Applet)</li>
4259           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4260             due to null pointer exceptions</li>
4261           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4262             first column of alignment</li>
4263           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4264             July 2008</li>
4265           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4266             file is case-insensitive</li>
4267           <li>Sequence features read from Features file appended to
4268             all sequences with matching IDs</li>
4269           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4270             containing a sub-sequence</li>
4271           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4272           <li>feature and annotation file applet parameters
4273             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4274           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4275           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4276             splash-screen version check to complete</li>
4277           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4278             when passing them to the launchApp service</li>
4279           <li>display name and local features preserved in results
4280             retrieved from web service</li>
4281           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4282             sequence fetcher initialisation</li>
4283           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4284             dasobert DAS client</li>
4285           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4286             association</li>
4287           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4288             sequences
4289           </li>
4290         </ul>
4291       </td>
4292     </tr>
4293     <tr>
4294       <td>
4295         <div align="center">
4296           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4297         </div>
4298       </td>
4299       <td>
4300         <ul>
4301           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4302           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4303           <li>Slide sequences</li>
4304           <li>Edit sequence in place</li>
4305           <li>EMBL CDS features</li>
4306           <li>DAS Feature mapping</li>
4307           <li>Feature ordering</li>
4308           <li>Alignment Properties</li>
4309           <li>Annotation Scores</li>
4310           <li>Sort by scores</li>
4311           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314       <td>
4315         <ul>
4316           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4317           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4318           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4319           <li>Feature group display state in XML</li>
4320           <li>Feature ordering in XML</li>
4321           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4322           <li>Stockholm alignment properties</li>
4323           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4324           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4325           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4326           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4327         </ul>
4328       </td>
4329
4330     </tr>
4331     <tr>
4332       <td>
4333         <div align="center">
4334           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4335         </div>
4336       </td>
4337       <td>
4338         <ul>
4339           <li>Non standard characters can be read and displayed
4340           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4341             applet via textbox
4342           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4343             name &amp; description
4344           <li>Preference setting to display sequence name in
4345             italics
4346           <li>Annotation file format extended to allow
4347             Sequence_groups to be defined
4348           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4349             specified in preferences
4350           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4351             sequences
4352         </ul>
4353       </td>
4354       <td>
4355         <ul>
4356           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4357             installed
4358           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4359           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4360         </ul>
4361       </td>
4362     </tr>
4363     <tr>
4364       <td>
4365         <div align="center">
4366           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4367         </div>
4368       </td>
4369       <td>
4370         <ul>
4371           <li>Multiple views on alignment
4372           <li>Sequence feature editing
4373           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4374           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4375           <li>Background dependent text colour
4376           <li>Right align sequence ids
4377           <li>User-defined lower case residue colours
4378           <li>Format Menu
4379           <li>Select Menu
4380           <li>Menu item accelerator keys
4381           <li>Control-V pastes to current alignment
4382           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4383           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4384           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4385
4386           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4387         </ul>
4388       </td>
4389       <td>
4390         <ul>
4391           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4392           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4393             calculations
4394           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4395             edits
4396           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4397             of alignment)
4398           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4399
4400           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4401             display correctly
4402           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4403           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4404             analysis results
4405           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4406             &#8739;
4407           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4408           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4409           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4410
4411         </ul>
4412       </td>
4413     </tr>
4414     <tr>
4415       <td>
4416         <div align="center">
4417           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4418         </div>
4419       </td>
4420       <td>
4421         <ul>
4422           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4423         </ul>
4424       </td>
4425       <td>
4426         <ul>
4427           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4428             sequence id panel has been resized</li>
4429           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4430             rendered</li>
4431           <li>Annotation files with sequence references - all
4432             elements in file are relative to sequence position</li>
4433           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4434         </ul>
4435       </td>
4436     </tr>
4437     <tr>
4438       <td>
4439         <div align="center">
4440           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4441         </div>
4442       </td>
4443       <td>
4444         <ul>
4445           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4446           <li>DAS Feature fetching</li>
4447           <li>Hide sequences and columns</li>
4448           <li>Export Annotations and Features</li>
4449           <li>GFF file reading / writing</li>
4450           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4451             files</li>
4452           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4453           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4454           <li>Applet can launch the full application</li>
4455           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4456             required)</li>
4457           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4458           <li>Applet can load sequences from parameter
4459             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4460           </li>
4461         </ul>
4462       </td>
4463       <td>
4464         <ul>
4465           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4466           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4467           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4468         </ul>
4469       </td>
4470     </tr>
4471     <tr>
4472       <td>
4473         <div align="center">
4474           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4475         </div>
4476       </td>
4477       <td>
4478         <ul>
4479           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4480           <li>Choose to match case when searching</li>
4481           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4482             expand the visible width and height of the alignment</li>
4483         </ul>
4484       </td>
4485       <td>
4486         <ul>
4487           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4488         </ul>
4489       </td>
4490     </tr>
4491     <tr>
4492       <td>
4493         <div align="center">
4494           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4495         </div>
4496       </td>
4497       <td>&nbsp;</td>
4498       <td>
4499         <ul>
4500           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4501           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4502             value</li>
4503         </ul>
4504       </td>
4505     </tr>
4506     <tr>
4507       <td>
4508         <div align="center">
4509           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4510         </div>
4511       </td>
4512       <td>
4513         <ul>
4514           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4515           <li>Keyboard editing</li>
4516           <li>Create sequence features from searches</li>
4517           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4518             alignments</li>
4519           <li>Features file allows grouping of features</li>
4520           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4521           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4522           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4523         </ul>
4524       </td>
4525       <td>
4526         <ul>
4527           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4528           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4529             descriptions saved.</li>
4530         </ul>
4531       </td>
4532     </tr>
4533     <tr>
4534       <td>
4535         <div align="center">
4536           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4537         </div>
4538       </td>
4539       <td>
4540         <ul>
4541           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4542           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4543           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4544             name for file output</li>
4545           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4546           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4547             used for HTML form input</li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550       <td>
4551         <ul>
4552           <li>HTML output writes groups and features</li>
4553           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4554           <li>File IO bugs</li>
4555         </ul>
4556       </td>
4557     </tr>
4558     <tr>
4559       <td>
4560         <div align="center">
4561           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4562         </div>
4563       </td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4567           <li>More options for PCA viewer</li>
4568         </ul>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>GUI bugs resolved</li>
4573           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4574         </ul>
4575       </td>
4576     </tr>
4577     <tr>
4578       <td height="63">
4579         <div align="center">
4580           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4581         </div>
4582       </td>
4583       <td>
4584         <ul>
4585           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4586           <li>Jar files are executable</li>
4587           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4588         </ul>
4589       </td>
4590       <td>
4591         <ul>
4592           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4593           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4594           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4595         </ul>
4596       </td>
4597     </tr>
4598     <tr>
4599       <td>
4600         <div align="center">
4601           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4602         </div>
4603       </td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4607         </ul>
4608       </td>
4609       <td>
4610         <ul>
4611           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4612         </ul>
4613       </td>
4614     </tr>
4615     <tr>
4616       <td>
4617         <div align="center">
4618           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4619         </div>
4620       </td>
4621       <td>
4622         <ul>
4623           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4624             size</li>
4625         </ul>
4626       </td>
4627       <td>
4628         <ul>
4629           <li>Improved JPred client reliability</li>
4630           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4631         </ul>
4632       </td>
4633     </tr>
4634     <tr>
4635       <td>
4636         <div align="center">
4637           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4638         </div>
4639       </td>
4640       <td>
4641         <ul>
4642           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4643           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4644           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4645             to Colour Menu</li>
4646           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4647           <li>Unix users can set default web browser</li>
4648           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4649           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4650         </ul>
4651       </td>
4652       <td>
4653         <ul>
4654           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4655         </ul>
4656       </td>
4657     </tr>
4658     <tr>
4659       <td>
4660         <div align="center">
4661           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4662         </div>
4663       </td>
4664       <td>&nbsp;</td>
4665       <td>
4666         <ul>
4667           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4668             alignment order.</li>
4669         </ul>
4670       </td>
4671     </tr>
4672     <tr>
4673       <td>
4674         <div align="center">
4675           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4676         </div>
4677       </td>
4678       <td>
4679         <ul>
4680           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4681           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4682           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4683             annotations.</li>
4684           <li>Version and build date written to build properties
4685             file.</li>
4686           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4687             at launch of Jalview.</li>
4688         </ul>
4689       </td>
4690       <td>
4691         <ul>
4692           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4693           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4694           <li>Can remove groups one by one.</li>
4695           <li>Filechooser icons installed.</li>
4696           <li>Finder ignores return character when searching.
4697             Return key will initiate a search.<br>
4698           </li>
4699         </ul>
4700       </td>
4701     </tr>
4702     <tr>
4703       <td>
4704         <div align="center">
4705           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4706         </div>
4707       </td>
4708       <td>
4709         <ul>
4710           <li>New codebase</li>
4711         </ul>
4712       </td>
4713       <td>&nbsp;</td>
4714     </tr>
4715   </table>
4716   <p>&nbsp;</p>
4717 </body>
4718 </html>