help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.1</a><br />
  62           <em>31/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3973 -->Distribution Tarball includes git commit
  67             and branch details
  68           </li>
  69         </ul>
  70       </td>
  71       <td align="left" valign="top">
  72         <ul>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3975 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  75             using the "Create sequence feature" dialog
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3976 -->3D Structure chooser fails to select
  79             structures from 3D-beacons and pops up a 'null' dialog
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3985 -->PDB FTS query results in error dialog
  83             containing '414' [URL too long]
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3973 -->Cannot build Jalview 2.11.2.0 via gradle
  87             from its source tarball
  88           </li>
  89         </ul> <em>New Known Issues</em>
  90         <ul>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3984 -->Keyboard mode (F2) stops working after
  93             using the "Text Colour" dialog
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3873 -->Colour by->all views doesn't allow
  97             colouring same structure from different views (since
  98             2.11.2.0)
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-3980 --> Sequence ID tooltip not showing during
 102             long running retrieval/crossref operations (affects at least
 103             2.11.1 onwards)
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3886 -->Pfam and Rfam alignment retrieval as
 107             gzipped stockholm doesn't work on JalviewJS build of 2.11.2
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3972 -->Java 11 Only: Jalview 2.11.2.0 OSX install
 111             not working due to VAqua requiring
 112             sun.awt.image.MultiResolutionImage
 113           </li>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-3981 -->Sequence Details can take a long time to be
 116             displayed for heavily annotated sequences (all versions)
 117           </li>
 118         </ul>
 119       </td>
 120     </tr>
 121     <tr>
 122       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 123           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
 124           <em>10/03/2022</em></strong></td>
 125       <td align="left" valign="top">
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
 129             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
 130             Chimera.
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
 134             with Uniprot references via 3D-Beacons
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
 138             Uniprot sequences according to number of residues in
 139             structure mapped to positions involved in the alignment
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
 143             chains in 3D structures are included in the 'Reference
 144             Annotation' for a sequence
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
 151             molecules imported from ENA records are shown as RNA
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
 157             memory settings at launch
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3881 -->Sequence IDs split on '_' as well as other
 161             non-alphanumerics when discovering database references with
 162             'Fetch DB Refs'
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3884 -->Suppressed harmless exceptions output to
 166             Console whilst discovering database references for a
 167             sequence
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 171             schema
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 175             disabled by default
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
 179             menu for selecting which database to fetch from in sequence
 180             fetcher dialog.
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3018 -->Updated Ensembl REST Client compatibility
 184             to 15.2 and revised model organism names (rat, xenopus,
 185             dmelanogaster now rattus_norvegicus, xenopus_tropicalis,
 186             drosophila_melanogaster)
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 190             argument to prevent automatic discovery of analysis
 191             webservices on launch
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 195             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 196             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 197             textbox
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->support for HTTP/S access via
 201             proxies that require authentication
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3103 -->New mechanism for opening URLs with system
 205             default browser (works on OSX and Linux as well as Windows)
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3871 JAL-3874 -->Upgraded bundled version of Jmol
 209             to 14.31.53
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3837 -->GPL license info on splash screen and About
 213             text
 214           </li>
 215         </ul> <em>Jalview Native App</em>
 216         <ul>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3830 -->New command line launcher scripts (.sh,
 219             .ps1, .bat) usable on macOS, Linux/Unix, Windows and
 220             documentation in Help. Installer wizard has option to add
 221             this to PATH, or link to it in your PATH.<br /> <em>This
 222               is the recommended workaround for known issue about
 223               working directory preservation when running native
 224               application from command line. <!-- JAL-3523 -->
 225           </em>
 226           </li>
 227           <li>Notarized MacOS installer for compliance with latest
 228             OSX releases (Monterey)</li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 231             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 232             the OSX disk image
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3608 -->Options to allow user to choose the (Swing)
 236             Look and Feel (LaF) used by Jalview
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3552, JAL-3609 -->Metal LaF used to improved
 240             operation on Linux Ubuntu with HiDPI display in Java 11
 241             (still known issues with HiDPI screens in java 8 and 11. see
 242             <a href="https://issues.jalview.org/browse/JAL-3137">JAL-3137</a>)
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3633 -->Getdown launcher inherits HTTP/S proxy
 246             configuration from jalview_properties
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 250             to get at Jalview's development builds
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 254             and Jalview Develop applications.
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 258             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 259             than anonymous 'Java' icons
 260           </li>
 261         </ul> <em>JalviewJS</em>
 262         <ul>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences
 265             with SIFTS
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for
 269             JalviewJS only
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 273             reported once per key (avoids excessive log output in js
 274             console)
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 278             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3279 -->Build details reported in About window
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3038 JAL-3071 JAL-3263 JAL-3084 -->Numerous minor
 285             GUI additions and improvements in sync with Java
 286             application.
 287           </li>
 288         </ul> <em>Development</em>
 289         <ul>
 290           <li>
 291             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3841,JAL-3248 -->Updated README and doc/building.md
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 298             process, added support for system package provided eclipse
 299             installs on linux
 300           </li>
 301           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 304             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 305             Jalview Launcher
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3907 -->Improved compatibility of Jalview build
 309             with Java 17 (next LTS target)
 310           </li>
 311         </ul>
 312       </td>
 313       <td align="left" valign="top">
 314         <ul>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 317             execution
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 321             disappears when only one structure is shown (and many
 322             sequences:one chain mappings are present)
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 326             the first SEQUENCE_GROUP defined
 327           </li>
 328
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 331             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 332             trees (known defect from 2.11.1.3)
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 336             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 340             base in DNA sequences
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 344             Structure Preferences
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 354             modified graduated colour
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 358             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 359             clustal colouring is enabled
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3633 -->Properly configure HTTPS proxy settings
 366             from Preferences
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 370             routing to stderr and appear as a raw template
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3739 -->Entering web service parameter values in
 374             numerical field doesn't update the value of the parameter
 375             until return is pressed.
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3749 -->Resolved known issue (from 2.11.1.1)
 379             concerning duplicate CDS sequences generated when protein
 380             products for certain ENA records are repeatedly shown via
 381             Calculate-&gt;Show Cross Refs
 382           </li>
 383         </ul> <em>JalviewJS</em>
 384         <ul>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 387             down) percentage values causing a divide by zero
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 391             via Info.args when there are arguments on the URL
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 398             JalviewJS
 399           </li>
 400         </ul> <em>Development</em>
 401         <ul>
 402           <li>Gradle
 403             <ul>
 404               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 405               <li>
 406                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 407                 Gradle v.6.6+
 408               </li>
 409             </ul>
 410           </li>
 411
 412         </ul> <em>Known Issues</em>
 413         <ul>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3764 -->Display of RESNUM sequence features are not
 416             suppressed when structures associated with a sequence are
 417             viewed with an external viewer (Regression from 2.11.1
 418             series)
 419           </li>
 420         </ul>
 421       </td>
 422     </tr>
 423     <tr>
 424       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 425           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 426           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 427       <td></td>
 428       <td align="left" valign="top">
 429         <ul>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 432             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 433             Unix/BSD OSs)
 434           </li>
 435         </ul> <em>Security</em>
 436         <ul>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 439             certificates.
 440           </li>
 441         </ul>
 442     </tr>
 443     <tr>
 444       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 445           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 446           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 447
 448       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 449         <ul>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 452             2.16.0 to 2.17.0.
 453           </li>
 454         </ul></td>
 455       <td></td>
 456     </tr>
 457     <tr>
 458       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 459           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 460           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 461
 462       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 463         <ul>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 466             (was log4j 1.2.x).
 467         </ul> <em>Development</em>
 468         <ul>
 469           <li>Updated building instructions</li>
 470         </ul></td>
 471       <td>
 472         <ul>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 475             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 476             and display)
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 480             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 481             only)
 482           </li>
 483         </ul> <em>Development</em>
 484         <ul>
 485           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 486         </ul>
 487       </td>
 488     </tr>
 489     <tr>
 490       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 491           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 492           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 493       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 494           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 495         <ul>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 498             launch of the news browser (like -nonews argument)
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 502             download of linkout URLs from
 503             www.jalview.org/services/identifiers
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 507             download of BIOJSHTML templates
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 511             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 512             disabled
 513           </li>
 514         </ul></td>
 515       <td align="left" valign="top">
 516         <ul>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 519             Jmol
 520           </li>
 521         </ul> <em>New Known defects</em>
 522         <ul>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 525             always restored from project (since 2.10.3)
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 529             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 530           </li>
 531         </ul>
 532       </td>
 533     </tr>
 534     <tr>
 535       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 536           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 537           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 538       <td align="left" valign="top">
 539         <ul>
 540
 541         </ul>
 542       </td>
 543       <td align="left" valign="top">
 544         <ul>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 547             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 551             sequences can be classed as nucleotide
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 555             sequences after alignment of protein products (known defect
 556             first reported for 2.11.1.0)
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 560             features outwith CDS shown overlaid on protein
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 564             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 565             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 569             CDS features
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 573             always select corresponding protein sequences
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 577             column selection doesn't always ignore hidden columns
 578           </li>
 579         </ul> <em>Installer</em>
 580         <ul>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 583             Windows prevents install4j launching getdown
 584           </li>
 585         </ul> <em>Development</em>
 586         <ul>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 589             version numbers in doc/building.md
 590           </li>
 591         </ul>
 592       </td>
 593     </tr>
 594     <tr>
 595       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 596           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 597           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 598       <td align="left" valign="top">
 599         <ul>
 600         </ul>
 601       </td>
 602       <td align="left" valign="top">
 603         <ul>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 606             "Encountered problems opening
 607             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 608           </li>
 609         </ul>
 610       </td>
 611     </tr>
 612     <tr>
 613       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 614           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 615           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 616       <td align="left" valign="top">
 617         <ul>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 620             residue in cursor mode
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 624             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 628             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 629             improved compatibility with JalviewJS
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 633             alignments from Pfam and Rfam
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 637             import (no longer based on .gz extension)
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 644             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 645             EMBL flat file
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 649             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 650             saving or making backup files.
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 654             <ul>
 655               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 656               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 657             </ul>
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 661             when running on Linux (Requires Java 11+)
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-1842 JAL-3509 -->RESNUM sequence features (the
 665             green ones) are not automatically displayed when associated
 666             structures are displayed or for sequences retrieved from the
 667             PDB.
 668           </li>
 669         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 670         <ul>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 673             through a system property
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 677             line help for configuring Jalview's memory
 678           </li>
 679         </ul>
 680       </td>
 681       <td align="left" valign="top">
 682         <ul>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 685             but not calculated and no protein or DNA score models are
 686             available for tree/PCA calculation when launched with
 687             Turkish language locale
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 691             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 692           </li>
 693           <li>
 694             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 695             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 696           </li>
 697           <li>
 698             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 699             sequence under the cursor
 700           </li>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 703             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 707             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 708             '%s'" on the console
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 712             when there are both local and complementary features mapped
 713             to the position under the cursor
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 717             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 721             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 722           </li>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 725             internationalised text for some messages and log output
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 729             hidden gapped columns
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 733             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 737             specifying output format when exporting an alignment via the
 738             command line
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 742             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 743             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 744             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 745             file again, and if that fails, delete the original file and
 746             save in place.)
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3509 -->Dragging a PDB file onto an alignment with
 750             sequence features displayed causes displayed features to be
 751             hidden.
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 755             via command line
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 759             program and documentation
 760           </li>
 761         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 762         <ul>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 765             first time for a version that has different jars to the
 766             previous launched version.
 767           </li>
 768         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 769         <ul>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 772             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 773             OutOfMemory error.
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 777             monitor the release channel
 778           </li>
 779         </ul> <em>New Known defects</em>
 780         <ul>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 783             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 784             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 785             RNA viruses)
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 789             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 790             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 794             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 795             works for the top left quadrant of the alignment window
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 799             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 803             when alignment view restored from project (since Jalview
 804             2.11.0)
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 808             protein products for certain ENA records are repeatedly
 809             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 810           </li>
 811         </ul>
 812       </td>
 813     </tr>
 814     <tr>
 815       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 816           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 817           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 818       <td align="left" valign="top">
 819         <ul>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 822             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 823             for display in alignments, on structure views (including
 824             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 825             export.
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 829             exported and re-imported as GFF3 files
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 833             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 837             validation while parsing
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 841             position if reopened
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 845             of associated view
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 849             enabled by default
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 853             tooltips and menus
 854           </li>
 855           <li>
 856             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 857             with no feature types visible
 858           </li>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 861             attributes with large integer values
 862           </li>
 863         </ul>
 864         <em>Jalview Installer</em>
 865         <ul>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 868             installer template version reported in console (may be null
 869             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 870           </li>
 871           <li>
 872             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 873             higher quality background images
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 877             generated with install4j 8.0.4
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 881             Platforms
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 885             setting when running on large memory machines
 886           </li>
 887         </ul> <em>Release processes</em>
 888         <ul>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 894             access to test-release channel builds
 895           </li>
 896         </ul> <em>Build System</em>
 897         <ul>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 903             report
 904           </li>
 905         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 906         <ul>
 907           <li>
 908             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 909             to stdout containing the consensus sequence for each
 910             alignment in a Jalview session
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 914             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 915             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 916           </li>
 917         </ul>
 918       </td>
 919       <td align="left" valign="top">
 920         <ul>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 923             'Show hidden markers' option is not ticked
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 927             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 928             jalview preferences or properties file
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 932             'Show Sequence Features' option is not ticked
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 936             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 937             features are visible
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 941             equal when split frame is first opened
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 945             correct after editing a sequence's start position
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 949             with annotation and exceptions thrown when only a few
 950             columns shown in wrapped mode
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 954             wrapped alignment figure with annotations
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 958             ID fails with ClassCastException
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 962             Project
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 966             feature settings dialog also selects columns
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 970             IllegalArgumentException in some circumstances
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 974             opened for a view
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 978             alignment window is closed
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 982             help documentation for 2.11.0 release
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 986             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 987             Uniprot Accession
 988           </li>
 989         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 990         <ul>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 993             PDB/Uniprot search panel
 994           </li>
 995         </ul> <em>Installer</em>
 996         <ul>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 999             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
1000           </li>
1001         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
1002         <ul>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
1005             repository
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
1009             memory
1010           </li>
1011         </ul> <em>New Known Issues</em>
1012         <ul>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
1015             preserved when Jalview.app launched with parameters from
1016             command line
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
1020             clipped in headless figure export when Right Align option
1021             enabled
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
1025             'Source' in console output
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
1029             on jalview's bamboo server but run fine locally.
1030           </li>
1031         </ul>
1032       </td>
1033     </tr>
1034     <tr>
1035       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
1036           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
1037       <td align="left" valign="top">
1038         <ul>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
1041             Application and Installers built with <a
1042             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
1043             (licensed to the Jalview open source project) rather than
1044             InstallAnywhere
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
1048             memory settings, receive over the air updates and launch
1049             specific versions via (<a
1050             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
1051               Rings' GetDown</a>)
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
1055             for formats supported by Jalview (including .jvp project
1056             files)
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
1060             line arguments and switch between different getdown channels
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
1064             project or alignment files
1065           </li>
1066
1067           <li>
1068             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
1069             data files
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
1073             updated to version 2.12.0
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
1077             'Translate as cDNA'
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
1081           </li>
1082           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
1083               of Sequence Features</strong>
1084             <ul>
1085               <li>
1086                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
1087                 implementation that allows updates) used for Sequence
1088                 Feature collections
1089               </li>
1090               <li>
1091                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
1092                 features can be filtered and shaded according to any
1093                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
1094                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
1095                 file)
1096               </li>
1097               <li>
1098                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
1099                 stored and restored from Jalview Projects
1100               </li>
1101               <li>
1102                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
1103                 BioJava) to recognise variant features
1104               </li>
1105               <li>
1106                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
1107                 on peptide sequences (also coloured red by default)
1108               </li>
1109               <li>
1110                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
1111                 selected sequence feature's details
1112               </li>
1113               <li>
1114                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
1115                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
1116                 and filter aware)
1117               </li>
1118               <li>
1119                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
1120                 Settings dialog
1121               </li>
1122             </ul></li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
1125             and PCA calculations
1126           </li>
1127           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
1128             <ul>
1129               <li>
1130                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
1131                 results and Viewer state saved in Jalview Project
1132               </li>
1133               <li>
1134                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
1135                 viewer's drop-down menus
1136               </li>
1137               <li>
1138                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
1139                 PCA image incrementally
1140               </li>
1141               <li>
1142                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
1143               </li>
1144             </ul></li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1147           </li>
1148           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1149             <ul>
1150               <li>
1151                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1152                 selections and multiple groups when working with large
1153                 alignments
1154               </li>
1155               <li>
1156                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1157                 parsing Stockholm files
1158               </li>
1159             </ul>
1160           <li><strong>User Interface</strong>
1161             <ul>
1162               <li>
1163                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1164                 each view
1165               </li>
1166               <li>
1167                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1168                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1169                 regions of alignment are shown by default (can be
1170                 changed in user preferences)
1171               </li>
1172               <li>
1173                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1174                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1175               </li>
1176               <li>
1177                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1178                 when all sequences are hidden
1179               </li>
1180               <li>
1181                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1182                 selection region, and gap count when inserting or
1183                 deleting gaps
1184               </li>
1185               <li>
1186                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1187                 annotation labels
1188               </li>
1189               <li>
1190                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1191                 shown when in wrapped mode
1192               </li>
1193               <li>
1194                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1195                 left/right in a graph or histogram annotation
1196               </li>
1197               <li>
1198                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1199                 search panels
1200               </li>
1201               <li>
1202                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1203                 Overview panel
1204               </li>
1205               <li>
1206                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1207                 sequence id popup menu
1208               </li>
1209               <li>
1210                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1211                 not shown if no subgroups are created
1212               </li>
1213               <li>
1214                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1215                 search history by right-clicking search box
1216               </li>
1217
1218
1219             </ul></li>
1220           <li>
1221             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1222             Groovy v2.5
1223           </li>
1224           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1225               release)</strong>
1226             <ul>
1227               <li>
1228                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1229                 entry and trapping CMD-Q
1230               </li>
1231             </ul></li>
1232         </ul> <em>Deprecations</em>
1233         <ul>
1234           <li>
1235             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1236             capabilities removed from the Jalview Desktop
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1240             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1241             projects and XML based data retrieval clients
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1245             removal
1246           </li>
1247           <li>
1248             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1249             Start
1250           </li>
1251         </ul> <em>Documentation</em>
1252         <ul>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1255             effects not supported in EPS figure export
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1259             dialog
1260           </li>
1261         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1262         <ul>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1265             from Ant to Gradle
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1269             keys in Message bundles
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1273             gradle-eclipse
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1277             continuous integration for unattended Test Suite execution
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1281             operations
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1285             issues resolved
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1289             markdown (with HTML rendering)
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1296             versions of Jalview
1297           </li>
1298         </ul>
1299       </td>
1300       <td align="left" valign="top">
1301         <ul>
1302           <li>
1303             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1307             superposition in Jmol fail on Windows
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1311             discovering structures for sequences with lots of PDB
1312             structures
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1316             with monospaced font
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1320             Jalview project involving multiple views
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1324             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1325             Annotation dialog hides columns
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1329             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1330             selection in one view, then making another selection in the
1331             other view
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1335             columns
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1339             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1343             redrawing the overview with large alignments
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1347             region if columns were selected by dragging right-to-left
1348             and the mouse moved to the left of the first column
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1352             a hidden column marker via scale popup menu
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1356             URLs doesn't tell users the invalid URL
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1360             score from view
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1364             during show cross references or Fetch Database References
1365             are shown in red in original view
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1369             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1370             p.Res.null)
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1374             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1378             printed when columns are hidden
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1382             Columns by Annotation description
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1386             dragging out of Scale or Annotation Panel
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1390             out of scale panel
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1394             alignment down
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1398             in scale panel
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1402             Down, Page Up in wrapped mode
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1412             selected on opening an alignment
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1416             in Colour menu
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1420             when different groups in the alignment are selected
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1424             shown correctly in menu
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1428             min/max threshold limit
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1432             threshold gets 'unrounded'
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1436             colour
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1440             axis
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1447             alignment, not Tree font
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1451             from project file
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1455             Overview shown in complementary view
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1459             shown without normalisation
1460           </li>
1461           <li>
1462             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1463             positioned at top of report
1464           </li>
1465           <li>
1466             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1470             OSX Mojave
1471           </li>
1472         </ul> <em>Editing</em>
1473         <ul>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1476             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1477             via 'Edit' sequence
1478           </li>
1479           <li>
1480             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1481             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1482             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1486             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1487           </li>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1490             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1491             in 2.10.5)
1492           </li>
1493         </ul> <em>Datamodel</em>
1494         <ul>
1495           <li>
1496             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1497             sequence's End is greater than its length
1498           </li>
1499         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1500           release)</em>
1501         <ul>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1504           </li>
1505         </ul> <em>New Known Defects</em>
1506         <ul>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1509             clicking ignores bounds of an existing selected region
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1513             gapped regions of protein alignment.
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1517             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1521             after 'New View'
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1525             columns within hidden columns
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1529             re-enters window after dragging left to select columns to
1530             left of visible region
1531           </li>
1532           <li>
1533             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1534             description string and thresholded by score in earlier
1535             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1536             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1540             reset group visibility
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1544             linked CDS/Protein view
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1548             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1549           </li>
1550         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1551         <ul>
1552           <li>
1553             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1554             alphabetically when saved
1555           </li>
1556         </ul>
1557       </td>
1558     </tr>
1559     <tr>
1560       <td width="60" nowrap>
1561         <div align="center">
1562           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1563         </div>
1564       </td>
1565       <td><div align="left">
1566           <em></em>
1567           <ul>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1570               InstallAnywhere increased to 1G.
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1574               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1575               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1576                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1577                 properties file.</em>
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1581               API and sequence data now imported as JSON.
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1585               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1586               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1587               property.
1588             </li>
1589           </ul>
1590           <em>Development</em>
1591           <ul>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1594               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1595                 Clover</a>
1596             </li>
1597           </ul>
1598         </div></td>
1599       <td><div align="left">
1600           <em></em>
1601           <ul>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1604               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1605               alignment.
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1609               annotation displayed.
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1613               for newly created group when 'Apply to all groups'
1614               selected
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1618               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1619               visible.
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1623               when sequences are selected in exported view.</em>
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1627               aren't rendered with correct colour.
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1631               types of knotted RNA secondary structure.
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1635               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1636               do not start at 1.
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1640               annotation when columns are inserted into an alignment,
1641               and when exporting as Stockholm flatfile.
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1645               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1646               treated as RNA secondary structure.
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1650               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1654               transfers focus to previous window on OSX
1655             </li>
1656           </ul>
1657           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1658           <ul>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1661               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1662               box.
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1666               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1667               'look and feel' which has improved compatibility with the
1668               latest version of OSX.
1669             </li>
1670           </ul>
1671         </div></td>
1672     </tr>
1673     <tr>
1674       <td width="60" nowrap>
1675         <div align="center">
1676           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1677             <em>7/06/2018</em></strong>
1678         </div>
1679       </td>
1680       <td><div align="left">
1681           <em></em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1685               annotation retrieved from Uniprot
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1689               onto the Jalview Desktop
1690             </li>
1691           </ul>
1692         </div></td>
1693       <td><div align="left">
1694           <em></em>
1695           <ul>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1698               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1702               right-hand column parsed correctly
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1706               not alignment area in exported graphic
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1710               window has input focus
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1714               annotation added to view (Windows)
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1718               network connectivity is poor
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1722               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1723                 the currently open URL and links from a page viewed in
1724                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1725                 you are using Edge, only links in the page can be
1726                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1727                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1728             </li>
1729           </ul>
1730           <em>New Known Defects</em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1734               Annotation
1735             </li>
1736           </ul>
1737         </div></td>
1738     </tr>
1739     <tr>
1740       <td width="60" nowrap>
1741         <div align="center">
1742           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1743         </div>
1744       </td>
1745       <td><div align="left">
1746           <em></em>
1747           <ul>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1750               for disabling automatic superposition of multiple
1751               structures and open structures in existing views
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1755               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1756               adjust them.
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1760               Ensembl services
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1764               and lots of hidden columns
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1768               of features (particularly when transparency is disabled)
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1772               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1773               made generally available
1774             </li>
1775           </ul>
1776         </div></td>
1777       <td><div align="left">
1778           <ul>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1781               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1785               overlapping alignment panel
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1789               sequence as gaps
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1793               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1794               UTR
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1798               factor annotation not added to sequence when local PDB
1799               file associated with it by drag'n'drop or structure
1800               chooser
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1804               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1808               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1812               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1816               columns in annotation row
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1820               not honored in batch mode
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1824               for structures added to existing Jmol view
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1828               entries after importing project with multiple views
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1832               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1833               with negative residue numbers or missing residues fails
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1837               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1838               files (e.g. as generated by CONSURF)
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1842               tooltip doesn't include a text description of mutation
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1846               structure and/or overview windows are also shown
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1850               regions very slow for alignments with large numbers of
1851               sequences
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1855               with 'StringIndexOutOfBounds'
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1859               Feel for OSX platforms running Java 10
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1863               view appears to do nothing because the view is hidden
1864               behind the alignment view
1865             </li>
1866           </ul>
1867           <em>Applet</em>
1868           <ul>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1871               should copy the group consensus when popup is opened on it
1872             </li>
1873           </ul>
1874           <em>Batch Mode</em>
1875           <ul>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1878               respected
1879             </li>
1880           </ul>
1881           <em>New Known Defects</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1885               editing a large alignment and overview is displayed
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1889               repeatedly after a series of edits even when the overview
1890               is no longer reflecting updates
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1894               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1895               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1896               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1900               CSV option gives blank output
1901             </li>
1902           </ul>
1903         </div></td>
1904     </tr>
1905     <tr>
1906       <td width="60" nowrap>
1907         <div align="center">
1908           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1909             <em>24/1/2018</em></strong>
1910         </div>
1911       </td>
1912       <td><div align="left">
1913           <ul>
1914             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1915               30th November 2018)</li>
1916           </ul>
1917         </div></td>
1918       <td><div align="left">
1919           <em>Desktop</em>
1920           <ul>
1921             <ul>
1922               <li>
1923                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1924                 several sequences and structures are selected for
1925                 viewing/superposing
1926               </li>
1927               <li>
1928                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1929                 vertically via trackpad and scrollwheel
1930               </li>
1931               <li>
1932                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1933                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1934                 start of alignment
1935               </li>
1936               <li>
1937                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1938                 scrolled into view if columns are hidden
1939               </li>
1940               <li>
1941                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1942                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1943                 hidden columns
1944               </li>
1945               <li>
1946                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1947                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1948                 effect
1949               </li>
1950               <li>
1951                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1952                 relationships when retrieving sequences from
1953                 EnsemblGenomes
1954               </li>
1955             </ul>
1956         </div></td>
1957     </tr>
1958     <tr>
1959       <td width="60" nowrap>
1960         <div align="center">
1961           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1962         </div>
1963       </td>
1964       <td><div align="left">
1965           <em></em>
1966           <ul>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1969               rendering of sequence features
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1973               429 rate limit request hander
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1977               their colours have changed
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1981               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1985               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1989               view from Ensembl locus cross-references
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1993               Alignment report
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1997               feature can be disabled
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
2001               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
2005               Uniprot
2006             </li>
2007           </ul>
2008           <em>Scripting</em>
2009           <ul>
2010             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
2011             <li>Example groovy script for generating a matrix of
2012               percent identity scores for current alignment.</li>
2013           </ul>
2014           <em>Testing and Deployment</em>
2015           <ul>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
2018             </li>
2019           </ul>
2020         </div></td>
2021       <td><div align="left">
2022           <em>General</em>
2023           <ul>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
2026               threshold text field doesn't trigger an update to the
2027               alignment view
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
2031               strings in parallel
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
2035               alignment window is closed
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
2039               group visibility
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
2043               takes a long time in Cursor mode
2044             </li>
2045           </ul>
2046           <em>Desktop</em>
2047           <ul>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
2050               cannot be viewed in Chimera
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
2054               CDS/Protein view
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
2058               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
2059               Search Dialogs
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
2069               rendered when switching back from Wrapped to normal view
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
2073               scrolling right in unwapped alignment view
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
2077               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
2078               database
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
2082               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
2086               features of same type and group to be selected for
2087               amending
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
2091               alignments when hidden columns are present
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
2095               displaying several structures
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
2099               moving a window
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
2103               within the Jalview desktop on OSX
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
2107               when in wrapped alignment mode
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
2111               hand end of alignment
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
2115               each selected sequence do not have correct start/end
2116               positions
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
2120               after canceling the Alignment Window's Font dialog
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
2124               restoring project until a new view is created
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
2128               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
2129               configured (since 2.10.2b2)
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
2133               position is adjusted
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
2137               in a multi-chain structure when viewing alignment
2138               involving more than one chain (since 2.10)
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
2142               if new selection moves alignment window
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2146               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2150               that produces correctly annotated transcripts and products
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2154               doesn't update associated structure view
2155             </li>
2156           </ul>
2157           <em>Applet</em><br />
2158           <ul>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2161               closing alignment panel
2162             </li>
2163           </ul>
2164           <em>BioJSON</em><br />
2165           <ul>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2168               non-positional features
2169             </li>
2170           </ul>
2171           <em>New Known Issues</em>
2172           <ul>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2175               sequence features correctly (for many previous versions of
2176               Jalview)
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2180               using cursor in wrapped panel other than top
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2184               graduated colour threshold
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2188               always preserve numbering and sequence features
2189             </li>
2190           </ul>
2191           <em>Known Java 9 Issues</em>
2192           <ul>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2195               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2196               9.01, OSX 10.10)
2197             </li>
2198           </ul>
2199         </div></td>
2200     </tr>
2201     <tr>
2202       <td width="60" nowrap>
2203         <div align="center">
2204           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2205             <em>2/10/2017</em></strong>
2206         </div>
2207       </td>
2208       <td><div align="left">
2209           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2210           <ul>
2211             <li>
2212               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2213               at uniprot.org
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2217               ebi.ac.uk
2218             </li>
2219           </ul>
2220         </div></td>
2221       <td><div align="left"></div></td>
2222     </tr>
2223     <tr>
2224       <td width="60" nowrap>
2225         <div align="center">
2226           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2227             <em>7/9/2017</em></strong>
2228         </div>
2229       </td>
2230       <td><div align="left">
2231           <em></em>
2232           <ul>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2235               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2236               white)
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2240               Preferences
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2244               in size and progress bar shown as higher resolution
2245               overview is recalculated
2246             </li>
2247
2248           </ul>
2249         </div></td>
2250       <td><div align="left">
2251           <em></em>
2252           <ul>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2255               column region row by row
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2259               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2263               format setting is unticked
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2267               if group has show boxes format setting unticked
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2271               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2272               include sequences and columns not currently displayed
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2276               assemblies are imported via CIF file
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2280               displayed when threshold or conservation colouring is also
2281               enabled.
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2285               server version
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2289               dragging a selected region off the visible region of the
2290               alignment
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2294               colourscheme to all groups in a view
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2298               initially after font size change using the Font chooser or
2299               middle-mouse zoom
2300             </li>
2301           </ul>
2302         </div></td>
2303     </tr>
2304     <tr>
2305       <td width="60" nowrap>
2306         <div align="center">
2307           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2308         </div>
2309       </td>
2310       <td><div align="left">
2311           <em>Calculations</em>
2312           <ul>
2313
2314             <li>
2315               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2316               ungapped positions in each column of the alignment.
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2320               a calculation dialog box
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2324               and memory efficiency (~30x faster)
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2328               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2329               and other calculations
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2333               files within the Jalview codebase
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2337               Similarity may have different topology due to increased
2338               precision
2339             </li>
2340           </ul>
2341           <em>Rendering</em>
2342           <ul>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2345               model for alignments and groups
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2349               scripts
2350             </li>
2351           </ul>
2352           <em>Overview</em>
2353           <ul>
2354             <li>
2355               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2356               with alignment and overview windows
2357             </li>
2358             <li>
2359               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2360               overview
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2364               omitted in Overview
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2368               adjustment of visible position
2369             </li>
2370           </ul>
2371
2372           <em>Data import/export</em>
2373           <ul>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2376               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2380               annotation input/output via stockholm flatfile
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2384               extension when importing structure files without embedded
2385               names or PDB accessions
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2389               format sequence substitution matrices
2390             </li>
2391           </ul>
2392           <em>User Interface</em>
2393           <ul>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2396               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2397               the application.
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2401               via Overview or sequence motif search operations
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2405               opened by double clicking gaps within sequence feature
2406               extent
2407             </li>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2410               aligned positions were available to create a 3D structure
2411               superposition.
2412             </li>
2413           </ul>
2414           <em>3D Structure</em>
2415           <ul>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2418               coloured in linked structure views
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2422               file-based command exchange
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2426               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2427               structures are already available for sequences
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2431               the Jalview project rather than downloaded again when the
2432               project is reopened.
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2436               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2437               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2438                 Feature</strong>)
2439             </li>
2440           </ul>
2441           <em>Web Services</em>
2442           <ul>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2448               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2449               Analysis services
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2453               cross-references provided by identifiers.org and the
2454               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2455             </li>
2456           </ul>
2457
2458           <em>Scripting</em>
2459           <ul>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2462               identifying file formats (instead of String constants)
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2466               efficiency when counting all displayed features (not
2467               backwards compatible with 2.10.1)
2468             </li>
2469           </ul>
2470           <em>Example files</em>
2471           <ul>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2474               included in the example feature file
2475             </li>
2476           </ul>
2477           <em>Documentation</em>
2478           <ul>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2481               with the built-in Java help viewer
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2485               sequence description' option
2486             </li>
2487           </ul>
2488           <em>Test Suite</em>
2489           <ul>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2492               Uniprot REST Free Text Search Client
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2499               during tests
2500             </li>
2501           </ul>
2502         </div></td>
2503       <td><div align="left">
2504           <em>Calculations</em>
2505           <ul>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2508               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2509               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2510             </li>
2511             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2512               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2513               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2514               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2515               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2516               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2517               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2518               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2519               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2520               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2521               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2522               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2523               // for 2.10.1 mode <br />
2524               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2525               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2526                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2527                 calculations (not recommended)</em></li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2530               scaling of branch lengths for trees computed using
2531               Sequence Feature Similarity.
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2535               generating output report when working with highly
2536               redundant alignments
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2540               right of selected region when gaps present on right-hand
2541               boundary
2542             </li>
2543           </ul>
2544           <em>User Interface</em>
2545           <ul>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2548               doesn't reselect a specific sequence's associated
2549               annotation after it was used for colouring a view
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2553               opened on a region of alignment without groups
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2557               of an alignment with overlapping groups
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2561               name and description match
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2565               hidden regions results in incorrect hidden regions
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2569               changing colour does not apply Conservation slider value
2570               to all groups
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2574               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2578               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2582               gaps before start of features
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2586               restored to UI when feature colour is edited
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2590               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2594               as graduate feature colour settings are modified via the
2595               dialog box
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2599               when a group defined on the alignment is resized
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2603               wrapped view result in positional status updates
2604             </li>
2605
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2608               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2612               alignment included gapped columns
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2616               widgets don't permanently disappear
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2620               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2621               T-Coffee column reliability scores)
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2625               sequence feature on gaps only
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2629               button from a Find inherit previously defined feature type
2630               rather than the Find query string
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2634               exporting tree calculated in Jalview
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2638               and then revealing them reorders sequences on the
2639               alignment
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2643               doesn't update to reflect available set of groups after
2644               interactively adding or modifying features
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2648               Linux
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2652               only excluded gaps in current sequence and ignored
2653               selection.
2654             </li>
2655           </ul>
2656           <em>Rendering</em>
2657           <ul>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2660               erratically when hidden rows or columns are present
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2664               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2665               sequence colouring
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2669               colour and group colour menu for protein alignments
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2673               reflect currently selected view or group's shading
2674               thresholds
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2678               when rendered on overview and structures when opacity at
2679               100%
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2683               overview when features overlaid on alignment
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2687               recovered correctly from Jalview project file
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2691               opened (automatically via preferences) are different to
2692               the main alignment panel
2693             </li>
2694           </ul>
2695           <em>Data import/export</em>
2696           <ul>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2699               load
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2703               added after a sequence was imported are not written to
2704               Stockholm File
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2708               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2712               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2716               with lightGray or darkGray via features file (but can
2717               specify lightgray)
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2721               when alignment view imported from project
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2725               structure and sequences extracted from structure files
2726               imported via URL and viewed in Jmol
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2730               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2731               the project is loaded and the structure viewed
2732             </li>
2733           </ul>
2734           <em>Web Services</em>
2735           <ul>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2738               release of Ensembl v.88
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2742               appear enabled in Preferences->Connections
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2746               removed from console output
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2750               Ensembl by Peptide ID
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2754               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2755               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2756               due to 'null' string rather than empty string used for
2757               residues with no corresponding PDB mapping).
2758             </li>
2759           </ul>
2760           <em>Application UI</em>
2761           <ul>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2764               menu
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2768               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2769               new documentation and tooltips added)
2770             </li>
2771             <li>
2772               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2773               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2777               new features are added to alignment
2778             </li>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2781               changes to feature colours via the Amend features dialog
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2785               edit graduated feature colour via amend features dialog
2786               box
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2790               selection menu changes colours of alignment views
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2794               from alignment calculation workers after alignment has
2795               been closed
2796             </li>
2797             <li>
2798               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2799               groups now 'Create Group'
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2803               Create/Undefine group doesn't always work
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2807               shown again after pressing 'Cancel'
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2811               adjusts start position in wrap mode
2812             </li>
2813             <li>
2814               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2815               ambiguous amino acids
2816             </li>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2819               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2820               proteins
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2824               Defined' don't appear in Colours menu
2825             </li>
2826           </ul>
2827           <em>Applet</em>
2828           <ul>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2831               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2832             </li>
2833             <li>
2834               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2835               overview or linked structure view
2836             </li>
2837             <li>
2838               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2839               work (since 2.8)
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2843               user-defined colourscheme doesn't restore original
2844               colourscheme
2845             </li>
2846           </ul>
2847           <em>Test Suite</em>
2848           <ul>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2851               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2855               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2856               problems with deep array comparison equality asserts in
2857               successive versions of TestNG
2858             </li>
2859             <li>
2860               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2861               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2862             </li>
2863           </ul>
2864           <em>New Known Issues</em>
2865           <ul>
2866             <li>
2867               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2868               phase after a sequence motif find operation
2869             </li>
2870             <li>
2871               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2872               containing just upper and lower case letters are
2873               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2877               reliably from eggnog Ortholog database
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2881               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2882               to mark columns containing highlighted regions.
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2886               doesn't always add secondary structure annotation.
2887             </li>
2888           </ul>
2889         </div>
2890     <tr>
2891       <td width="60" nowrap>
2892         <div align="center">
2893           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2894         </div>
2895       </td>
2896       <td><div align="left">
2897           <em>General</em>
2898           <ul>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2901               for all consensus calculations
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2905               3rd Oct 2016)
2906             </li>
2907             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2908               for 2016-2017</li>
2909           </ul>
2910           <em>Application</em>
2911           <ul>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2914               set of database cross-references, sorted alphabetically
2915             </li>
2916             <li>
2917               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2918               from database cross references. Users with custom links
2919               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2920                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2924               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2925               Chimera session
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2929               the Chimera it is connected to is shut down
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2933               columns menu item to mark columns containing highlighted
2934               regions (e.g. from structure selections or results of a
2935               Find operation)
2936             </li>
2937             <li>
2938               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2939               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2940               MSAviewer
2941             </li>
2942           </ul>
2943         </div></td>
2944       <td>
2945         <div align="left">
2946           <em>General</em>
2947           <ul>
2948             <li>
2949               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2950               are not coloured or thresholded according to percent
2951               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2952             </li>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2955               hydrophobic
2956             </li>
2957             <li>
2958               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2959               threshold, amino acid properties)
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2963               reported as mapped to residues in a structure file in the
2964               View Mapping report
2965             </li>
2966             <li>
2967               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2968               could be added multiple times to a sequence
2969             </li>
2970             <li>
2971               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2972               bond features shown as two highlighted residues rather
2973               than a range in linked structure views, and treated
2974               correctly when selecting and computing trees from features
2975             </li>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2978               cross-references are matched to database name regardless
2979               of case
2980             </li>
2981
2982           </ul>
2983           <em>Application</em>
2984           <ul>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2987               names without regular expressions also offer links from
2988               Sequence ID
2989             </li>
2990             <li>
2991               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2992               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2993               update Jalview configuration
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2997               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2998             </li>
2999             <li>
3000               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
3001               files with similarly named sequences if dropped onto the
3002               alignment
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
3006               entries where more chains exist in the PDB accession than
3007               are reported in the SIFTS file
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
3011               the structure view when displayed with Chimera
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
3015               panel's View->Show Chains submenu
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
3019               work for wrapped alignment views
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
3023               predictions from 'JNet' to 'JPred'
3024             </li>
3025             <li>
3026               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
3027               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
3028               first annotation row
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
3032               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
3036               ranges for PDB and sequence for SIFTS
3037             </li>
3038             <!-- JAL-2319 -->
3039             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
3040             coordindate data
3041             </li>
3042           </ul>
3043           <!--           <em>New Known Issues</em>
3044           <ul>
3045             <li></li>
3046           </ul> -->
3047         </div>
3048       </td>
3049     </tr>
3050     <td width="60" nowrap>
3051       <div align="center">
3052         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
3053           <em>25/10/2016</em></strong>
3054       </div>
3055     </td>
3056     <td><em>Application</em>
3057       <ul>
3058         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
3059           view if structures already loaded</li>
3060         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
3061           structure views</li>
3062       </ul></td>
3063     <td>
3064       <div align="left">
3065         <em>General</em>
3066         <ul>
3067           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
3068             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
3069           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
3070             example sequences/projects/trees</li>
3071         </ul>
3072         <em>Application</em>
3073         <ul>
3074           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
3075             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
3076           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
3077             without timeout for structures with multiple models or
3078             multiple sequences in alignment</li>
3079           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
3080             PDB ID HEADER line</li>
3081           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
3082             is performed</li>
3083           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
3084             OSX versions earlier than El Capitan</li>
3085           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
3086           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
3087             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
3088             option</li>
3089           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
3090             is created on the alignment</li>
3091           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
3092             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
3093             pop-up menu</li>
3094         </ul>
3095         <em>Build and deployment</em>
3096         <ul>
3097           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
3098             tags</li>
3099         </ul>
3100         <em>New Known Issues</em>
3101         <ul>
3102           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
3103             on Windows</li>
3104         </ul>
3105       </div>
3106     </td>
3107     </tr>
3108     <tr>
3109       <td width="60" nowrap>
3110         <div align="center">
3111           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
3112         </div>
3113       </td>
3114       <td><em>General</em>
3115         <ul>
3116           <li>
3117             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
3118           </li>
3119           <li>
3120             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
3121             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
3122             better PDB parsing.
3123           </li>
3124           <li>
3125             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
3126             reference sequence
3127           </li>
3128           <li>
3129             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
3130             mousing over sequence associated annotation
3131           </li>
3132           <li>
3133             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
3134             for manual entry
3135           </li>
3136           <li>
3137             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
3138             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
3139             for each column
3140           </li>
3141           <li>
3142             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
3143             showing or hiding columns containing a feature
3144           </li>
3145           <li>
3146             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3147             group and sequence associated annotation labels
3148           </li>
3149           <li>
3150             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3151             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3152             dialogs
3153           </li>
3154
3155         </ul> <em>Application</em>
3156         <ul>
3157           <li>
3158             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3159             gene/transcript view
3160           </li>
3161           <li>
3162             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3163             dialog
3164           </li>
3165           <li>
3166             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3167             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3168           </li>
3169           <li>
3170             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3171             Pfam sources to xfam.org
3172           </li>
3173           <li>
3174             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3175           </li>
3176           <li>
3177             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3178             over sequences in Jalview
3179           </li>
3180           <li>
3181             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3182             regions in ENA and EMBL
3183           </li>
3184           <li>
3185             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3186             for record retrieval via ENA rest API
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3190             complement operator
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3194             groovy script execution
3195           </li>
3196           <li>
3197             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3198             alignment window's Calculate menu
3199           </li>
3200           <li>
3201             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3202             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3203           </li>
3204           <li>
3205             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3206             calculation workers from groovy scripts
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3210             Jalview projects
3211           </li>
3212           <li>
3213             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3214             associations are now saved/restored from project
3215           </li>
3216           <li>
3217             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3218             before sequence fetcher is opened
3219           </li>
3220           <li>
3221             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3222             database chooser opens a sequence fetcher
3223           </li>
3224           <li>
3225             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3226             the UniProt REST API
3227           </li>
3228           <li>
3229             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3230             the news reader opening
3231           </li>
3232           <li>
3233             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3234             querying stored in preferences
3235           </li>
3236           <li>
3237             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3238             search results
3239           </li>
3240           <li>
3241             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3242           </li>
3243           <li>
3244             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3245             menu for nucleotide sequences
3246           </li>
3247           <li>
3248             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3249             and feature counts preserves alignment ordering (and
3250             debugged for complex feature sets).
3251           </li>
3252           <li>
3253             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3254             viewing structures with Jalview 2.10
3255           </li>
3256           <li>
3257             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3258             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3259             Ensembl Genomes REST API
3260           </li>
3261           <li>
3262             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3263             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3264             (Ensembl)
3265           </li>
3266           <li>
3267             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3268             sequences
3269           </li>
3270           <li>
3271             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3272             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3273             data from external database records.
3274           </li>
3275           <li>
3276             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3277             efficient recovery of sequence coding and alignment
3278             annotation relationships.
3279           </li>
3280         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3281         <ul>
3282           <li>
3283             -- JAL---
3284           </li>
3285         </ul> --></td>
3286       <td>
3287         <div align="left">
3288           <em>General</em>
3289           <ul>
3290             <li>
3291               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3292               menu on OSX
3293             </li>
3294             <li>
3295               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3296               includes graduated colourschemes
3297             </li>
3298             <li>
3299               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3300               working with big alignments and lots of hidden columns
3301             </li>
3302             <li>
3303               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3304               at right of alignment window
3305             </li>
3306             <li>
3307               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3308               contents
3309             </li>
3310             <li>
3311               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3312               for DNA alignments
3313             </li>
3314             <li>
3315               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3316               based tree calculation
3317             </li>
3318             <li>
3319               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3320               unconserved enabled for group on alignment
3321             </li>
3322             <li>
3323               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3324               set as reference
3325             </li>
3326             <li>
3327               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3328               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3329               annotation
3330             </li>
3331             <li>
3332               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3333               hidden columns present
3334             </li>
3335             <li>
3336               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3337               user created annotation added to alignment
3338             </li>
3339             <li>
3340               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3341               '()' base pair annotation
3342             </li>
3343             <li>
3344               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3345               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3346               Consensus
3347             </li>
3348             <li>
3349               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3350               feature not working
3351             </li>
3352             <li>
3353               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3354               beginning of sequence
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3358               entry 3a6s
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3362               from a tree when t-coffee scores are shown
3363             </li>
3364             <li>
3365               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3366               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3367             </li>
3368             <li>
3369               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3370               some structures
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3374               to Clustal, PIR and PileUp output
3375             </li>
3376             <li>
3377               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3378               not visible causes alignment window to repaint
3379             </li>
3380             <li>
3381               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3382               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3383               scores associated with features and annotation rows
3384             </li>
3385             <li>
3386               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3387               calculation should be case independent
3388             </li>
3389             <li>
3390               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3391               columns
3392             </li>
3393             <li>
3394               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3395               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3396               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3397             </li>
3398             <li>
3399               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3400               problems when reference sequence defined and 'show
3401               non-conserved' enabled
3402             </li>
3403             <li>
3404               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3405               load even when Consensus calculation is disabled
3406             </li>
3407             <li>
3408               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3409               alignment does nothing
3410             </li>
3411           </ul>
3412           <em>Application</em>
3413           <ul>
3414             <li>
3415               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3416               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3417               yet fixed for El Capitan)
3418             </li>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3421               output when running on non-gb/us i18n platforms
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3425               hidden sequences as flat-file alignment
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3429               launching Chimera
3430             </li>
3431             <li>
3432               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3433               (also hotfix for 2.9.0b2)
3434             </li>
3435             <li>
3436               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3437               reference sequence defined
3438             </li>
3439             <li>
3440               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3441               alignments and views when revealing hidden columns
3442             </li>
3443             <li>
3444               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3445               view in a cDNA/Protein splitframe
3446             </li>
3447             <li>
3448               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3449               sequence from project when only one sequence is
3450               represented
3451             </li>
3452             <li>
3453               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3454               in Structure Chooser
3455             </li>
3456             <li>
3457               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3458               structure consensus didn't refresh annotation panel
3459             </li>
3460             <li>
3461               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3462               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3463             </li>
3464             <li>
3465               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3466               dialogs format columns correctly, don't display array
3467               data, sort columns according to type
3468             </li>
3469             <li>
3470               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3471               file chooser is cancelled during an image export
3472             </li>
3473             <li>
3474               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3475               sequence name containing special characters
3476             </li>
3477             <li>
3478               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3479               case insensitive
3480             </li>
3481             <li>
3482               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3483               formatting don't wrap
3484             </li>
3485             <li>
3486               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3487               truncated so L looks like I in consensus annotation
3488             </li>
3489             <li>
3490               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3491               currently displayed features for the current selection or
3492               view
3493             </li>
3494             <li>
3495               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3496               after fetching cross-references, and restoring from
3497               project
3498             </li>
3499             <li>
3500               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3501               followed in the structure viewer
3502             </li>
3503             <li>
3504               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3505               splitframe not restored from project
3506             </li>
3507             <li>
3508               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3509               trailing end of protein alignment in transcript/product
3510               splitview when pad-gaps not enabled by default
3511             </li>
3512             <li>
3513               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3514               is case dependent
3515             </li>
3516             <li>
3517               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3518               article has been read (reopened issue due to
3519               internationalisation problems)
3520             </li>
3521             <li>
3522               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3523               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3524               cross-references
3525             </li>
3526
3527             <li>
3528               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3529               alignment as HTML
3530             </li>
3531             <li>
3532               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3533               multiple structures are shown for one or more sequences.
3534             </li>
3535             <li>
3536               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3537               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3538               is enabled.
3539             </li>
3540             <li>
3541               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3542               specific PDB id for sequence
3543             </li>
3544             <li>
3545               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3546               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3547               columns' is disabled.
3548             </li>
3549             <li>
3550               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3551               selects lowest rather than highest resolution structures
3552               for each sequence
3553             </li>
3554             <li>
3555               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3556               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3557             </li>
3558             <li>
3559               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3560               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3561             </li>
3562             <li>
3563               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3564               after clicking on it to create new annotation for a
3565               column.
3566             </li>
3567             <li>
3568               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3569               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3570             </li>
3571             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3572             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3573           </ul>
3574           <em>Applet</em>
3575           <ul>
3576             <li>
3577               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3578               hidden columns present before start of sequence
3579             </li>
3580             <li>
3581               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3582               (JSON jars)
3583             </li>
3584             <li>
3585               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3586               sequences are hidden in applet
3587             </li>
3588             <li>
3589               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3590               deployment on examples pages.
3591             </li>
3592           </ul>
3593         </div>
3594       </td>
3595     </tr>
3596     <tr>
3597       <td width="60" nowrap>
3598         <div align="center">
3599           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3600             <em>16/10/2015</em></strong>
3601         </div>
3602       </td>
3603       <td><em>General</em>
3604         <ul>
3605           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3606             jars</li>
3607         </ul></td>
3608       <td>
3609         <div align="left">
3610           <em>Application</em>
3611           <ul>
3612             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3613               shown when tree is partitioned</li>
3614             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3615               multiple cDNA/Protein split views</li>
3616           </ul>
3617         </div>
3618       </td>
3619     </tr>
3620     <tr>
3621       <td width="60" nowrap>
3622         <div align="center">
3623           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3624             <em>8/10/2015</em></strong>
3625         </div>
3626       </td>
3627       <td><em>General</em>
3628         <ul>
3629           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3630             2.9</li>
3631         </ul> <em>Application</em>
3632         <ul>
3633           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3634           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3635           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3636         </ul> <em>Applet</em>
3637         <ul>
3638           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3639         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3640         <ul>
3641           <li>
3642             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3643             suite
3644           </li>
3645         </ul></td>
3646       <td>
3647         <div align="left">
3648           <em>General</em>
3649           <ul>
3650             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3651               incorrect when sequence start > 1</li>
3652             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3653               documentation</li>
3654             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3655             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3656               loading a features file containing HTML tags in feature
3657               description</li>
3658
3659           </ul>
3660           <em>Application</em>
3661           <ul>
3662             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3663               reimport</li>
3664             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3665               with 'trim retrieved sequences'</li>
3666             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3667               deleting selected columns</li>
3668             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3669               JNLP templates for webstart launch</li>
3670             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3671               unreleased structures for download or viewing</li>
3672             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3673               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3674             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3675               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3676             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3677               recovered from jalview project</li>
3678             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3679               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3680               alignment view</li>
3681             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3682               color schemes from BioJSON</li>
3683           </ul>
3684           <em>Applet</em>
3685           <ul>
3686             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3687               frame</li>
3688             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3689           </ul>
3690         </div>
3691       </td>
3692     </tr>
3693     <tr>
3694       <td><div align="center">
3695           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3696         </div></td>
3697       <td><em>General</em>
3698         <ul>
3699           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3700             alignments:
3701             <ul>
3702               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3703                 and DNA alignment views</li>
3704               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3705                 cDNA alignment views</li>
3706               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3707                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3708               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3709                 protein sequences</li>
3710             </ul>
3711           </li>
3712           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3713           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3714             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3715           <li>New alignment annotation file statements for
3716             reference sequences and marking hidden columns</li>
3717           <li>Reference sequence based alignment shading to
3718             highlight variation</li>
3719           <li>Select or hide columns according to alignment
3720             annotation</li>
3721           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3722           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3723             acid conservation row</li>
3724           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3725         </ul> <em>Application</em>
3726         <ul>
3727           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3728             <ul>
3729               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3730                 view with cDNA/Protein</li>
3731               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3732                 sequences are placed in the same alignment</li>
3733               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3734                 projects</li>
3735             </ul>
3736           </li>
3737
3738           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3739           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3740             Jalview windows</li>
3741
3742           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3743           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3744           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3745             be shown in VARNA</li>
3746
3747           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3748             as the active selected region</li>
3749
3750           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3751             similarity</li>
3752           <li>New Export options
3753             <ul>
3754               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3755                 region export in flat file generation</li>
3756
3757               <li>Export alignment views for display with the <a
3758                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3759
3760               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3761               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3762                 alignment figures to HTML</li>
3763           </li>
3764           <li>3D structure retrieval and display
3765             <ul>
3766               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3767                 Search API</li>
3768               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3769                 PDB structures for a sequence set</li>
3770             </ul>
3771           </li>
3772
3773           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3774             predictions</li>
3775           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3776             for one or a group of sequences</li>
3777           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3778             from the JPred4 web server</li>
3779           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3780             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3781             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3782           </li>
3783           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3784             VARNA 2D Structure'</li>
3785           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3786             Structure ..."</li>
3787
3788         </ul> <em>Applet</em>
3789         <ul>
3790           <li>New layout for applet example pages</li>
3791           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3792             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3793           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3794             Protein alignments</li>
3795         </ul> <em>Development and deployment</em>
3796         <ul>
3797           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3798           <li>Include installation type and git revision in build
3799             properties and console log output</li>
3800           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3801             storing BioJsMSA Templates</li>
3802           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3803         </ul></td>
3804       <td>
3805         <!-- <em>General</em>
3806         <ul>
3807         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3808         <ul>
3809           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3810           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3811           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3812             predictions are not highlighted in amber</li>
3813           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3814             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3815           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3816             associated structure views</li>
3817           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3818             width checkbox not enabled</li>
3819           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3820             creating user defined colours</li>
3821           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3822             mappings for just that viewer's sequences</li>
3823           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3824             multiple models in Chimera</li>
3825           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3826             over Jmol structure</li>
3827           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3828             output to text box</li>
3829           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3830             have incorrect sequence start/end</li>
3831           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3832             Jalview fails</li>
3833           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3834             work for nucleotide</li>
3835           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3836             to a grey/invisible alignment window</li>
3837           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3838             imports to different position</li>
3839           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3840             on some platforms</li>
3841           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3842             populated</li>
3843           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3844             console if Chimera has been opened</li>
3845           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3846           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3847             retrieved</li>
3848           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3849           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3850             either sequence shows on first structure</li>
3851           <li>'Show annotations' options should not make
3852             non-positional annotations visible</li>
3853           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3854             in right place after 'view flanking regions'</li>
3855           <li>File Save As type unset when current file format is
3856             unknown</li>
3857           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3858             projects</li>
3859           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3860             responsive</li>
3861           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3862             several views on same alignment</li>
3863           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3864           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3865             spaces</li>
3866         </ul> <em>Applet</em>
3867         <ul>
3868           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3869           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3870             descriptions containing angle brackets</li>
3871         </ul> <em>General</em>
3872         <ul>
3873           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3874             via jalview annotation file</li>
3875           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3876             with RNA secondary structure</li>
3877           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3878             translation doesn't work.</li>
3879           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3880           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3881             positions</li>
3882           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3883             choosing 1pt font</li>
3884           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3885             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3886             'h'</li>
3887           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3888             new feature</li>
3889           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3890             order dependent</li>
3891           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3892             sequences</li>
3893           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3894         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3895         <ul>
3896           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3897             www.jalview.org</li>
3898         </ul> <em>Application Known issues</em>
3899         <ul>
3900           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3901           <li>Misleading message appears after trying to delete
3902             solid column.</li>
3903           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3904             version launches</li>
3905           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3906             fails with a sequence mismatch</li>
3907           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3908             scrolling alignment to right</li>
3909           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3910             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3911           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3912             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3913           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3914             ultra-high resolution</li>
3915           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3916             quality and conservation</li>
3917           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3918             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3919         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3920         <ul>
3921           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3922           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3923             window is being resized</li>
3924
3925         </ul>
3926       </td>
3927     </tr>
3928     <tr>
3929       <td><div align="center">
3930           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3931         </div></td>
3932       <td><em>General</em>
3933         <ul>
3934           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3935             Certum.PL.</li>
3936           <li>Features and annotation preserved when performing
3937             pairwise alignment</li>
3938           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3939             imported/exported/displayed</li>
3940           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3941             protein secondary structure</li>
3942           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3943               post-hoc with 2.9 release</em>)
3944           </li>
3945
3946         </ul> <em>Application</em>
3947         <ul>
3948           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3949             with 3D structures</li>
3950           <li>Support for parsing RNAML</li>
3951           <li>Annotations menu for layout
3952             <ul>
3953               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3954               <li>place sequence annotation above/below alignment
3955                 annotation</li>
3956             </ul>
3957           <li>Output in Stockholm format</li>
3958           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3959             translation</li>
3960           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3961           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3962             shared between alignments</li>
3963           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3964             Jalview</li>
3965           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3966             all or current selection</li>
3967           <li>disorder and secondary structure predictions
3968             available as dataset annotation</li>
3969           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3970
3971
3972           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3973             alignments from Rfam</li>
3974           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3975
3976           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3977             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3978           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3979           <li>include installation type in build properties and
3980             console log output</li>
3981           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3982             annotation</li>
3983         </ul></td>
3984       <td>
3985         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3986         <ul>
3987           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3988             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3989           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3990             alignment</li>
3991           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3992           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3993           <li>Double click on sequence associated annotation
3994             selects only first column</li>
3995           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3996             leaves shown in tree</li>
3997           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3998             properly</li>
3999           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
4000           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
4001             screen and buttons not visible</li>
4002           <li>author list isn't updated if already written to
4003             Jalview properties</li>
4004           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
4005             from database</li>
4006           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
4007           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
4008             browser search window</li>
4009           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
4010             in feature settings dialog</li>
4011           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
4012             desktop</li>
4013           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
4014             pass validation</li>
4015           <li>Web services parameters dialog box is too large to
4016             fit on screen</li>
4017           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
4018             tooltip</li>
4019           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
4020             defined user preset</li>
4021           <li>MSA web services warns user if they were launched
4022             with invalid input</li>
4023           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
4024             Java 8</li>
4025           <li>
4026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
4027             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
4028             created
4029           </li>
4030
4031         </ul> <!--  <em>Applet</em>
4032         <ul>
4033         </ul> <em>General</em>
4034         <ul>
4035         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
4036         <ul>
4037           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
4038             memory allocation</li>
4039           <li>launchApp service doesn't automatically open
4040             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
4041           <li>
4042             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
4043             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
4044             1.7_055 is available
4045           </li>
4046         </ul> <em>Application Known issues</em>
4047         <ul>
4048           <li>
4049             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
4050             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
4051             alignment to right
4052           </li>
4053           <li>
4054             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
4055             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
4056             with large number of ID
4057           </li>
4058           <li>
4059             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
4060             flatfile output of visible region has incorrect sequence
4061             start/end
4062           </li>
4063           <li>
4064             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
4065             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
4066             structure tracks are rearranged
4067           </li>
4068           <li>
4069             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
4070             invalid rna structure positional highlighting does not
4071             highlight position of invalid base pairs
4072           </li>
4073           <li>
4074             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
4075             out of memory errors are not raised when saving Jalview
4076             project from alignment window file menu
4077           </li>
4078           <li>
4079             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
4080             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
4081             structures
4082           </li>
4083           <li>
4084             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
4085             colour by RNA Helices not enabled when user created
4086             annotation added to alignment
4087           </li>
4088           <li>
4089             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
4090             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
4091           </li>
4092         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
4093         <ul>
4094           <li>
4095             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
4096             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
4097           </li>
4098           <li>
4099             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
4100             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
4101           </li>
4102
4103           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
4104             when selected</li>
4105         </ul>
4106       </td>
4107     </tr>
4108     <tr>
4109       <td><div align="center">
4110           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
4111         </div></td>
4112       <td>
4113         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
4114         <em>General</em>
4115         <ul>
4116           <li>Internationalisation of user interface (usually
4117             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
4118           <li>Define/Undefine group on current selection with
4119             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
4120           <li>Improved group creation/removal options in
4121             alignment/sequence Popup menu</li>
4122           <li>Sensible precision for symbol distribution
4123             percentages shown in logo tooltip.</li>
4124           <li>Annotation panel height set according to amount of
4125             annotation when alignment first opened</li>
4126         </ul> <em>Application</em>
4127         <ul>
4128           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
4129             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
4130           <li>Select columns containing particular features from
4131             Feature Settings dialog</li>
4132           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
4133             sequences</li>
4134           <li>Update Jalview project format:
4135             <ul>
4136               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
4137               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
4138                 store secondary structure annotation,etc)</li>
4139               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
4140                 colouring</li>
4141             </ul>
4142           </li>
4143           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4144             (PAM250)</li>
4145           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4146             flanking regions for an alignment</li>
4147         </ul>
4148       </td>
4149       <td>
4150         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4151         <ul>
4152           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4153             running after job is cancelled</li>
4154           <li>cannot export features from alignments imported from
4155             Jalview/VAMSAS projects</li>
4156           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4157             float values</li>
4158           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4159             have 'display all symbols' flag set</li>
4160           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4161             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4162           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4163             Jalview</li>
4164           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4165             Lion/Webstart</li>
4166           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4167           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4168           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4169             alignment onto desktop</li>
4170           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4171             'extract scores' function</li>
4172           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4173             alignment window</li>
4174           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4175             performing IUPred disorder prediction</li>
4176           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4177             changing 'normalise logo' display setting</li>
4178           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4179             nothing matches query</li>
4180           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4181             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4182           </li>
4183           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4184             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4185           </li>
4186           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4187             Jalview's menu</li>
4188           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4189             'invalid literal/length code'</li>
4190           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4191             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4192           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4193             colourscheme</li>
4194
4195         </ul> <em>Applet</em>
4196         <ul>
4197           <li>Remove group option is shown even when selection is
4198             not a group</li>
4199           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4200             don't affect groups</li>
4201           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4202             colourscheme name</li>
4203           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4204             Annotation panel is not displayed</li>
4205           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4206             embedded windows</li>
4207         </ul> <em>Other</em>
4208         <ul>
4209           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4210             single sequence were not calculated</li>
4211           <li>annotation files that contain only groups imported as
4212             annotation and junk sequences</li>
4213           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4214             recognised as PFAM or BLC</li>
4215           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4216             doesn't affect background (2.8.0b1)
4217           <li></li>
4218           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4219           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4220             trailing gaps</li>
4221           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4222             registered correctly on import</li>
4223           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4224             certain alignments</li>
4225           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4226             existing annotation based 'use original colours'
4227             colourscheme loses original colours setting</li>
4228         </ul>
4229       </td>
4230     </tr>
4231     <tr>
4232       <td><div align="center">
4233           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4234             <em>30/1/2014</em></strong>
4235         </div></td>
4236       <td>
4237         <ul>
4238           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4239             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4240             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4241             open source project).
4242           </li>
4243           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4244           <li>Output in Stockholm format</li>
4245           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4246           <li>Export/import group and sequence associated line
4247             graph thresholds</li>
4248           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4249             ambiguity codes</li>
4250           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4251             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4252             works</li>
4253           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4254         </ul> <em>Other improvements</em>
4255         <ul>
4256           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4257           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4258             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4259           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4260             files</li>
4261           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4262           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4263             link but no description</li>
4264           <li>Select primary source when selecting authority in
4265             database fetcher GUI</li>
4266           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4267             Jalview</li>
4268           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4269         </ul>
4270       </td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4274             displayed</li>
4275           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4276             secondary structure annotation line</li>
4277           <li>Sequence database accessions not imported when
4278             fetching alignments from Rfam</li>
4279           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4280             identical IDs</li>
4281           <li>View all structures does not always superpose
4282             structures</li>
4283           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4284             reflect user or preset settings</li>
4285           <li>Null pointer exceptions for some services without
4286             presets or adjustable parameters</li>
4287           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4288             discover PDB xRefs</li>
4289           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4290             features with DAS</li>
4291           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4292             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4293           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4294             residue follows a gap</li>
4295           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4296             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4297           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4298             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4299           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4300             annotation already exists on alignment</li>
4301           <li>oninit javascript function should be called after
4302             initialisation completes</li>
4303           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4304             alignment window display</li>
4305           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4306           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4307             to annotation file</li>
4308           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4309             groups created</li>
4310           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4311             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4312           <li>Pressing return several times causes Number Format
4313             exceptions in keyboard mode</li>
4314           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4315             correct partitions for input data</li>
4316           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4317           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4318           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4319           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4320             mode</li>
4321           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4322             changes one row&#39;s threshold</li>
4323           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4324             doesn&#39;t open</li>
4325           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4326             quality histograms</li>
4327         </ul>
4328       </td>
4329     </tr>
4330     <tr>
4331       <td><div align="center">
4332           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4333         </div></td>
4334       <td><em>Application</em>
4335         <ul>
4336           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4337             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4338           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4339             preferences</li>
4340           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4341             in Jalview alignment window</li>
4342           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4343             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4344           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4345             RNA and ambiguity codes</li>
4346
4347           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4348           <li>Support fetching and database reference look up
4349             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4350             refs')</li>
4351           <li>Jalview project improvements
4352             <ul>
4353               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4354                 flag for annotation</li>
4355               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4356                 alignment</li>
4357               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4358                 Jalview project</li>
4359
4360             </ul>
4361           </li>
4362           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4363           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4364             running</li>
4365           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4366           <li>visual indication that web service results are still
4367             being retrieved from server</li>
4368           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4369             starts up for first time</li>
4370           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4371             services</li>
4372           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4373             client library</li>
4374           <li>Examples directory and Groovy library included in
4375             InstallAnywhere distribution</li>
4376         </ul> <em>Applet</em>
4377         <ul>
4378           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4379             visualization applet example</li>
4380         </ul> <em>General</em>
4381         <ul>
4382           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4383           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4384             defaults</li>
4385           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4386             calculation</li>
4387           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4388             matrices
4389           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4390             in HTML</li>
4391           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4392             structure contacts</li>
4393           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4394           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4395           <li>Parse sequence associated secondary structure
4396             information in Stockholm files</li>
4397           <li>HTML Export database accessions and annotation
4398             information presented in tooltip for sequences</li>
4399           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4400             style RNA alignment files</li>
4401           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4402             alignment</li>
4403           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4404             shade each sequence according to its associated alignment
4405             annotation</li>
4406           <li>New Jalview Logo</li>
4407         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4408         <ul>
4409           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4410           <li>New Website!</li>
4411         </ul></td>
4412       <td><em>Application</em>
4413         <ul>
4414           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4415             wsdbfetch REST service</li>
4416           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4417           <li>Filetype associations not installed for webstart
4418             launch</li>
4419           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4420             job execution in full once it is complete</li>
4421           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4422             uploaded via ali_file parameter</li>
4423           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4424           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4425           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4426             submitted for prediction</li>
4427           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4428             desktop window</li>
4429           <li>Putting fractional value into integer text box in
4430             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4431           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4432             windows 7</li>
4433           <li>View all structures fails with exception shown in
4434             structure view</li>
4435           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4436             escaped in a platform independent way</li>
4437           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4438             using proxy</li>
4439           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4440             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4441           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4442             failure when java web start temporary file caching is
4443             disabled</li>
4444           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4445             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4446           <li>Errors during processing of command line arguments
4447             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4448           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4449             DAS sources in sequence fetcher</li>
4450           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4451             dialog is shown</li>
4452           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4453           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4454           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4455           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4456             on OSX Mountain Lion</li>
4457           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4458             sequences with alignment annotation are pasted into the
4459             alignment</li>
4460           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4461             when loaded from Jalview project</li>
4462           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4463           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4464             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4465           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4466             associated with all views</li>
4467           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4468             annotation rows to new window</li>
4469         </ul> <em>Applet</em>
4470         <ul>
4471           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4472             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4473           <li>loading features via javascript API automatically
4474             enables feature display</li>
4475           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4476             work</li>
4477         </ul> <em>General</em>
4478         <ul>
4479           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4480           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4481             and then deselected</li>
4482           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4483           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4484             coloured with clustalx</li>
4485           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4486             exceptions and redraw errors</li>
4487           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4488             reconfigured view</li>
4489           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4490             colour</li>
4491           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4492             for lots of labels</li>
4493         </ul>
4494     </tr>
4495     <tr>
4496       <td>
4497         <div align="center">
4498           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4499         </div>
4500       </td>
4501       <td><em>Application</em>
4502         <ul>
4503           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4504           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4505           <li>View/alignment association menu to enable user to
4506             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4507             its colours/correspondences from</li>
4508           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4509           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4510             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4511           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4512           <li>Annotation row column label formatting attributes
4513             stored in project file</li>
4514           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4515             rows preserved in Jalview project file</li>
4516           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4517             saved using Desktop window menu</li>
4518           <li>Visual indication that command line arguments are
4519             still being processed</li>
4520           <li>Groovy script execution from URL</li>
4521           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4522             preferences</li>
4523           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4524             alignment with sequences that have high similarity and
4525             matching IDs</li>
4526           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4527           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4528             structures in same window</li>
4529           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4530           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4531             analysis function in its own submenu</li>
4532         </ul> <em>Applet</em>
4533         <ul>
4534           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4535             groups</li>
4536           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4537           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4538           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4539           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4540           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4541             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4542           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4543           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4544             parameters are treated as such</li>
4545           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4546             <ul>
4547               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4548               <li>Javascript callbacks for
4549                 <ul>
4550                   <li>Applet initialisation</li>
4551                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4552                 </ul>
4553               </li>
4554               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4555                 functions</li>
4556               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4557               <li>javascript structure viewer harness to pass
4558                 messages between Jmol and Jalview when running as
4559                 distinct applets</li>
4560               <li>sortBy method</li>
4561               <li>Set of applet and application examples shipped
4562                 with documentation</li>
4563               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4564                 javascript message exchange</li>
4565             </ul>
4566         </ul> <em>General</em>
4567         <ul>
4568           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4569             multiple alignments</li>
4570           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4571           <li>User configurable link to enable redirects to a
4572             www.Jalview.org mirror</li>
4573           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4574           <li>Configurable newline string when writing alignment
4575             and other flat files</li>
4576           <li>Allow alignment annotation description lines to
4577             contain html tags</li>
4578         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4579         <ul>
4580           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4581             examples</li>
4582           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4583             using a web service before displaying the result in the
4584             Jalview desktop</li>
4585           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4586           <li>Ant target to publish example html files with applet
4587             archive</li>
4588           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4589           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4590         </ul></td>
4591       <td><em>Application</em>
4592         <ul>
4593           <li>User defined colourscheme throws exception when
4594             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4595           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4596             dialog for valid filename/format</li>
4597           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4598           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4599             P37173</li>
4600           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4601             which sequence is to be associated with the file</li>
4602           <li>Find All raises null pointer exception when query
4603             only matches sequence IDs</li>
4604           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4605           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4606             2.4 cannot be loaded</li>
4607           <li>Filetype associations not installed for webstart
4608             launch</li>
4609           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4610             with sequences in different alignments do not get coloured
4611             by their associated sequence</li>
4612           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4613             not preserved when project is loaded</li>
4614           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4615             stored in Jalview project</li>
4616           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4617             Jalview project</li>
4618           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4619           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4620             by conservation</li>
4621           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4622             created on new view</li>
4623           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4624             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4625           <li>Alignment quality not updated after alignment
4626             annotation row is hidden then shown</li>
4627           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4628             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4629           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4630             properly</li>
4631           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4632             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4633           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4634           <li>Structures imported from file and saved in project
4635             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4636           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4637             job execution in full once it is complete</li>
4638         </ul> <em>Applet</em>
4639         <ul>
4640           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4641             annotation rows are displayed</li>
4642           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4643             codebase</li>
4644           <li>View follows highlighting does not work for positions
4645             in sequences</li>
4646           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4647           <li>Export features raises exception when no features
4648             exist</li>
4649           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4650             for javascript api is modified when separator string
4651             provided as parameter</li>
4652           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4653             alignment with no existing selection</li>
4654           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4655             to applet&#39;s codebase</li>
4656           <li>Status bar not updated after finished searching and
4657             search wraps around to first result</li>
4658           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4659             several Jalview applets causes race conditions and memory
4660             leaks</li>
4661           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4662             not sent from Jmol in applet</li>
4663           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4664             applet API fatally hang browser</li>
4665         </ul> <em>General</em>
4666         <ul>
4667           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4668             position with wrapped view and hidden regions</li>
4669           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4670             with/without hidden columns</li>
4671           <li>Sequence length given in alignment properties window
4672             is off by 1</li>
4673           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4674             import PDB like structure files</li>
4675           <li>Positional search results are only highlighted
4676             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4677           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4678           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4679             given sequence position</li>
4680           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4681             output</li>
4682           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4683             from nucleotide chains correctly</li>
4684           <li>Structure colours not updated when tree partition
4685             changed in alignment</li>
4686           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4687             parsed in interleaved stockholm</li>
4688           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4689             state</li>
4690           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4691             properly</li>
4692           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4693             properly associated with their pdb files</li>
4694         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4695         <ul>
4696           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4697             ApplyCopyright tool</li>
4698         </ul></td>
4699     </tr>
4700     <tr>
4701       <td>
4702         <div align="center">
4703           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4704         </div>
4705       </td>
4706       <td><em>Application</em>
4707         <ul>
4708           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4709             contact web services</li>
4710           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4711             service job window</li>
4712           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4713         </ul></td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4717             pir file emitted by Jalview</li>
4718           <li>Existing feature settings transferred to new
4719             alignment view created from cut'n'paste</li>
4720           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4721             parsing PDB files</li>
4722           <li>Consensus and conservation annotation rows
4723             occasionally become blank for all new windows</li>
4724           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4725             in wrapped view mode</li>
4726         </ul> <em>Application</em>
4727         <ul>
4728           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4729             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4730           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4731             parameter names</li>
4732           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4733             is down</li>
4734         </ul>
4735       </td>
4736     </tr>
4737     <tr>
4738       <td>
4739         <div align="center">
4740           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4741         </div>
4742       </td>
4743       <td><em>Application</em>
4744         <ul>
4745           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4746             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4747             (JABAWS)
4748           </li>
4749           <li>Web Services preference tab</li>
4750           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4751             preferences</li>
4752           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4753           <li>Superpose structures using associated sequence
4754             alignment</li>
4755           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4756             viewer</li>
4757         </ul> <em>Applet</em>
4758         <ul>
4759           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4760             link out mechanism</li>
4761         </ul> <em>Other</em>
4762         <ul>
4763           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4764             series 12</li>
4765           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4766             require Java 1.5</li>
4767           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4768             sequence annotation files</li>
4769           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4770             type colour specification</li>
4771           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4772             script to check if it being run in an interactive session or
4773             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4774         </ul></td>
4775       <td>
4776         <ul>
4777           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4778             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4779         </ul> <em>Application</em>
4780         <ul>
4781           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4782             selected Regions menu item</li>
4783           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4784             part of a valid accession ID</li>
4785           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4786             runs out of memory</li>
4787           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4788             analysis results</li>
4789           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4790             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4791           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4792         </ul> <em>Applet</em>
4793         <ul>
4794           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4795             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4796             defined.</li>
4797         </ul>
4798       </td>
4799     </tr>
4800     <tr>
4801       <td>
4802         <div align="center">
4803           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4804         </div>
4805       </td>
4806       <td></td>
4807       <td>
4808         <ul>
4809           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4810             sequence IDs</li>
4811           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4812             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4813           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4814             import correctly</li>
4815           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4816             number of columns are hidden</li>
4817           <li>annotation label popup menu not providing correct
4818             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4819             present</li>
4820           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4821             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4822           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4823             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4824
4825         </ul> <em>Applet</em>
4826         <ul>
4827           <li>annotation panel disappears when annotation is
4828             hidden/removed</li>
4829         </ul> <em>Application</em>
4830         <ul>
4831           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4832             alignment opened where annotation panel is visible but no
4833             annotations are present on alignment</li>
4834           <li>pasted region containing hidden columns is
4835             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4836           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4837             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4838           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4839             selected Rregions menu item.</li>
4840           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4841             'Un' or 'Non'conserved</li>
4842           <li>Sequence feature settings are being shared by
4843             multiple distinct alignments</li>
4844           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4845             changed</li>
4846           <li>double click on group annotation to select sequences
4847             does not propagate to associated trees</li>
4848           <li>Mac OSX specific issues:
4849             <ul>
4850               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4851                 window background</li>
4852               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4853                 name set correctly</li>
4854               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4855                 save feature colourscheme button</li>
4856             </ul>
4857           </li>
4858         </ul>
4859       </td>
4860     </tr>
4861     <tr>
4862
4863       <td>
4864         <div align="center">
4865           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4866         </div>
4867       </td>
4868       <td><em>New Capabilities</em>
4869         <ul>
4870           <li>URL links generated from description line for
4871             regular-expression based URL links (applet and application)
4872
4873
4874           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4875             menu</li>
4876           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4877             structures</li>
4878           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4879             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4880           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4881             average score or total feature count for each sequence.</li>
4882           <li>Shading features by score or associated description</li>
4883           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4884             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4885           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4886             hide everything but the currently selected region.</li>
4887           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4888         </ul> <em>Application</em>
4889         <ul>
4890           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4891             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4892           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4893             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4894           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4895             database references and protein_name is parsed as
4896             description line (BioSapiens terms).</li>
4897           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4898             references in sequence ID tooltip from View menu in
4899             application.</li>
4900           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4901       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4902           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4903             conservation plots</li>
4904           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4905             and visualized as sequence logos</li>
4906           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4907             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4908           </li>
4909           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4910             when a new tree is opened.</li>
4911           <li>Jalview Java Console</li>
4912           <li>Better placement of desktop window when moving
4913             between different screens.</li>
4914           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4915             consensus annotation</li>
4916           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4917             Workflows</li>
4918           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4919             <ul>
4920               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4921                 used to preserve views, structures, and tree display
4922                 settings)</li>
4923               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4924                 command line</li>
4925               <li>Sharing of selected regions between views and
4926                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4927               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4928             </ul></li>
4929         </ul> <em>Applet</em>
4930         <ul>
4931           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4932           <li>New Parameters
4933             <ul>
4934               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4935                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4936                 opened.</li>
4937               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4938                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4939               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4940                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4941               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4942                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4943                 view</li>
4944               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4945                 increase the height or width of a cell in the alignment
4946                 grid relative to the current font size.</li>
4947             </ul>
4948           </li>
4949           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4950             tooltip</li>
4951         </ul> <em>Other</em>
4952         <ul>
4953           <li>Features format: graduated colour definitions and
4954             specification of feature scores</li>
4955           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4956             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4957             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4958           <li>XML formats extended to support graduated feature
4959             colourschemes, group associated annotation, and profile
4960             visualization settings.</li></td>
4961       <td>
4962         <ul>
4963           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4964             rather than description</li>
4965           <li>Non-positional features are now included in sequence
4966             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4967             visibility in tooltip).</li>
4968           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4969           <li>Added URL embedding instructions to features file
4970             documentation.</li>
4971           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4972             'X' in peptide product</li>
4973           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4974             sequence ID and sequence string and query strings do not
4975             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4976           <li>AMSA files only contain first column of
4977             multi-character column annotation labels</li>
4978           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4979             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4980             exported and re-imported)</li>
4981           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4982             name</li>
4983           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4984             as subsequence matches, and correctly reports total number
4985             of both.</li>
4986           <li>Application:
4987             <ul>
4988               <li>Better handling of exceptions during sequence
4989                 retrieval</li>
4990               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4991                 link text excludes the start_end suffix</li>
4992               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4993                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4994               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4995               <li>Sequence description lines properly shared via
4996                 VAMSAS</li>
4997               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4998                 data sources</li>
4999               <li>Ensured that command line das feature retrieval
5000                 completes before alignment figures are generated.</li>
5001               <li>Reduced time taken when opening file browser for
5002                 first time.</li>
5003               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
5004                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
5005               <li>User defined group colours properly recovered
5006                 from Jalview projects.</li>
5007             </ul>
5008           </li>
5009         </ul>
5010       </td>
5011
5012     </tr>
5013     <tr>
5014       <td>
5015         <div align="center">
5016           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
5017         </div>
5018       </td>
5019       <td>
5020         <ul>
5021           <li>Experimental support for google analytics usage
5022             tracking.</li>
5023           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
5024         </ul>
5025       </td>
5026       <td>
5027         <ul>
5028           <li>Race condition in applet preventing startup in
5029             jre1.6.0u12+.</li>
5030           <li>Exception when feature created from selection beyond
5031             length of sequence.</li>
5032           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
5033           <li>Sequence associated annotation rows associate with
5034             all sequences with a given id</li>
5035           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
5036             ID string searches</li>
5037           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
5038             alignment to fail with exception</li>
5039         </ul> <em>Application Issues</em>
5040         <ul>
5041           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
5042           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
5043             data sources</li>
5044         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
5045         <ul>
5046           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
5047             issue with installAnywhere mechanism)</li>
5048           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
5049             version (java class versioning error fixed)</li>
5050         </ul>
5051       </td>
5052     </tr>
5053     <tr>
5054       <td>
5055
5056         <div align="center">
5057           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
5058         </div>
5059       </td>
5060       <td><em>User Interface</em>
5061         <ul>
5062           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
5063             translation and protein products</li>
5064           <li>Linked highlighting of structure associated with
5065             residue mapping to codon position</li>
5066           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
5067             and 'clear' button</li>
5068           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
5069             Tools menu</li>
5070           <li>Extract score function to parse whitespace separated
5071             numeric data in description line</li>
5072           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
5073           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
5074             of sequence</li>
5075         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
5076         <ul>
5077           <li>JPred3 web service</li>
5078           <li>Prototype sequence search client (no public services
5079             available yet)</li>
5080           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
5081             PFAM</li>
5082           <li>URL Links created for matching database cross
5083             references as well as sequence ID</li>
5084           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
5085         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
5086         <ul>
5087           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
5088             databases</li>
5089           <li>Generalised database reference retrieval and
5090             validation to all fetchable databases</li>
5091           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
5092             sequence command</li>
5093         </ul> <em>Import and Export</em>
5094         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
5095         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
5096           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
5097         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
5098           File</li>
5099         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
5100           triplet as name of colourscheme</li>
5101         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
5102         <ul>
5103           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
5104           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
5105             alignments (experimental)</li>
5106           <li>Create new or select existing session to join</li>
5107           <li>load and save of vamsas documents</li>
5108         </ul> <em>Application command line</em>
5109         <ul>
5110           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
5111             from applet)</li>
5112           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
5113             of DAS servers to query for alignment features</li>
5114           <li>-dasserver command line argument to add new servers
5115             that are also automatically queried for features</li>
5116           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
5117             script after all input data has been loaded and parsed</li>
5118         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
5119         <ul>
5120           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
5121             application (when using &quot;View in full
5122             application&quot;)</li>
5123         </ul> <em>Applet Parameters</em>
5124         <ul>
5125           <li>feature group display control parameter</li>
5126           <li>debug parameter</li>
5127           <li>showbutton parameter</li>
5128         </ul> <em>Applet API methods</em>
5129         <ul>
5130           <li>newView public method</li>
5131           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
5132           <li>Feature display control methods</li>
5133           <li>get list of currently selected sequences</li>
5134         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
5135         <ul>
5136           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
5137           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
5138             Jalview release.</li>
5139           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
5140             property controls execution of obfuscator</li>
5141           <li>Build target for generating source distribution</li>
5142           <li>Debug flag for javacc</li>
5143           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5144             jalview.bin.Cache</li>
5145           <li>Continuous Build Integration for stable and
5146             development version of Application, Applet and source
5147             distribution</li>
5148         </ul></td>
5149       <td>
5150         <ul>
5151           <li>selected region output includes visible annotations
5152             (for certain formats)</li>
5153           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5154             for editing</li>
5155           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5156           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5157           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5158           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5159             comments</li>
5160           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5161             filenames containing a ':'</li>
5162           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5163             global sequence features</li>
5164           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5165             references from alignment sequences goes to zero</li>
5166           <li>Close of tree branch colour box without colour
5167             selection causes cascading exceptions</li>
5168           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5169           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5170             file parsing fails.</li>
5171           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5172           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5173             not a valid output format</li>
5174           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5175             vamsas</li>
5176           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5177           <li>error messages passed up and output when data read
5178             fails</li>
5179           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5180             sequence is edited</li>
5181           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5182             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5183           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5184             filetype</li>
5185           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5186             import fixed for PFAM records</li>
5187           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5188             window list</li>
5189           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5190             can be read and written correctly to annotation file</li>
5191           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5192             correctly</li>
5193           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5194             non-italic font for representatives in Applet</li>
5195           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5196             Macs.</li>
5197           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5198             Applet)</li>
5199           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5200             due to null pointer exceptions</li>
5201           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5202             first column of alignment</li>
5203           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5204             July 2008</li>
5205           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5206             file is case-insensitive</li>
5207           <li>Sequence features read from Features file appended to
5208             all sequences with matching IDs</li>
5209           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5210             containing a sub-sequence</li>
5211           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5212           <li>feature and annotation file applet parameters
5213             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5214           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5215           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5216             splash-screen version check to complete</li>
5217           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5218             when passing them to the launchApp service</li>
5219           <li>display name and local features preserved in results
5220             retrieved from web service</li>
5221           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5222             sequence fetcher initialisation</li>
5223           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5224             dasobert DAS client</li>
5225           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5226             association</li>
5227           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5228             sequences
5229           </li>
5230         </ul>
5231       </td>
5232     </tr>
5233     <tr>
5234       <td>
5235         <div align="center">
5236           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5237         </div>
5238       </td>
5239       <td>
5240         <ul>
5241           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5242           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5243           <li>Slide sequences</li>
5244           <li>Edit sequence in place</li>
5245           <li>EMBL CDS features</li>
5246           <li>DAS Feature mapping</li>
5247           <li>Feature ordering</li>
5248           <li>Alignment Properties</li>
5249           <li>Annotation Scores</li>
5250           <li>Sort by scores</li>
5251           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5252         </ul>
5253       </td>
5254       <td>
5255         <ul>
5256           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5257           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5258           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5259           <li>Feature group display state in XML</li>
5260           <li>Feature ordering in XML</li>
5261           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5262           <li>Stockholm alignment properties</li>
5263           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5264           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5265           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5266           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5267         </ul>
5268       </td>
5269
5270     </tr>
5271     <tr>
5272       <td>
5273         <div align="center">
5274           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5275         </div>
5276       </td>
5277       <td>
5278         <ul>
5279           <li>Non standard characters can be read and displayed
5280           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5281             applet via textbox
5282           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5283             name &amp; description
5284           <li>Preference setting to display sequence name in
5285             italics
5286           <li>Annotation file format extended to allow
5287             Sequence_groups to be defined
5288           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5289             specified in preferences
5290           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5291             sequences
5292         </ul>
5293       </td>
5294       <td>
5295         <ul>
5296           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5297             installed
5298           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5299           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5300         </ul>
5301       </td>
5302     </tr>
5303     <tr>
5304       <td>
5305         <div align="center">
5306           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5307         </div>
5308       </td>
5309       <td>
5310         <ul>
5311           <li>Multiple views on alignment
5312           <li>Sequence feature editing
5313           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5314           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5315           <li>Background dependent text colour
5316           <li>Right align sequence ids
5317           <li>User-defined lower case residue colours
5318           <li>Format Menu
5319           <li>Select Menu
5320           <li>Menu item accelerator keys
5321           <li>Control-V pastes to current alignment
5322           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5323           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5324           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5325
5326
5327           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5328         </ul>
5329       </td>
5330       <td>
5331         <ul>
5332           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5333           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5334             calculations
5335           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5336             edits
5337           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5338             of alignment)
5339           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5340
5341
5342           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5343             display correctly
5344           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5345           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5346             analysis results
5347           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5348             &#8739;
5349           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5350           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5351           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5352
5353
5354         </ul>
5355       </td>
5356     </tr>
5357     <tr>
5358       <td>
5359         <div align="center">
5360           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5361         </div>
5362       </td>
5363       <td>
5364         <ul>
5365           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5366         </ul>
5367       </td>
5368       <td>
5369         <ul>
5370           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5371             sequence id panel has been resized</li>
5372           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5373             rendered</li>
5374           <li>Annotation files with sequence references - all
5375             elements in file are relative to sequence position</li>
5376           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5377         </ul>
5378       </td>
5379     </tr>
5380     <tr>
5381       <td>
5382         <div align="center">
5383           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5384         </div>
5385       </td>
5386       <td>
5387         <ul>
5388           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5389           <li>DAS Feature fetching</li>
5390           <li>Hide sequences and columns</li>
5391           <li>Export Annotations and Features</li>
5392           <li>GFF file reading / writing</li>
5393           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5394             files</li>
5395           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5396           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5397           <li>Applet can launch the full application</li>
5398           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5399             required)</li>
5400           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5401           <li>Applet can load sequences from parameter
5402             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5403           </li>
5404         </ul>
5405       </td>
5406       <td>
5407         <ul>
5408           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5409           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5410           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5411         </ul>
5412       </td>
5413     </tr>
5414     <tr>
5415       <td>
5416         <div align="center">
5417           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5418         </div>
5419       </td>
5420       <td>
5421         <ul>
5422           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5423           <li>Choose to match case when searching</li>
5424           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5425             expand the visible width and height of the alignment</li>
5426         </ul>
5427       </td>
5428       <td>
5429         <ul>
5430           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5431         </ul>
5432       </td>
5433     </tr>
5434     <tr>
5435       <td>
5436         <div align="center">
5437           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5438         </div>
5439       </td>
5440       <td>&nbsp;</td>
5441       <td>
5442         <ul>
5443           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5444           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5445             value</li>
5446         </ul>
5447       </td>
5448     </tr>
5449     <tr>
5450       <td>
5451         <div align="center">
5452           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5453         </div>
5454       </td>
5455       <td>
5456         <ul>
5457           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5458           <li>Keyboard editing</li>
5459           <li>Create sequence features from searches</li>
5460           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5461             alignments</li>
5462           <li>Features file allows grouping of features</li>
5463           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5464           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5465           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5466         </ul>
5467       </td>
5468       <td>
5469         <ul>
5470           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5471           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5472             descriptions saved.</li>
5473         </ul>
5474       </td>
5475     </tr>
5476     <tr>
5477       <td>
5478         <div align="center">
5479           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5480         </div>
5481       </td>
5482       <td>
5483         <ul>
5484           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5485           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5486           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5487             name for file output</li>
5488           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5489           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5490             used for HTML form input</li>
5491         </ul>
5492       </td>
5493       <td>
5494         <ul>
5495           <li>HTML output writes groups and features</li>
5496           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5497           <li>File IO bugs</li>
5498         </ul>
5499       </td>
5500     </tr>
5501     <tr>
5502       <td>
5503         <div align="center">
5504           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5505         </div>
5506       </td>
5507       <td>
5508         <ul>
5509           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5510           <li>More options for PCA viewer</li>
5511         </ul>
5512       </td>
5513       <td>
5514         <ul>
5515           <li>GUI bugs resolved</li>
5516           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5517         </ul>
5518       </td>
5519     </tr>
5520     <tr>
5521       <td height="63">
5522         <div align="center">
5523           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5524         </div>
5525       </td>
5526       <td>
5527         <ul>
5528           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5529           <li>Jar files are executable</li>
5530           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5531         </ul>
5532       </td>
5533       <td>
5534         <ul>
5535           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5536           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5537           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5538         </ul>
5539       </td>
5540     </tr>
5541     <tr>
5542       <td>
5543         <div align="center">
5544           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5545         </div>
5546       </td>
5547       <td>
5548         <ul>
5549           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5550         </ul>
5551       </td>
5552       <td>
5553         <ul>
5554           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5555         </ul>
5556       </td>
5557     </tr>
5558     <tr>
5559       <td>
5560         <div align="center">
5561           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5562         </div>
5563       </td>
5564       <td>
5565         <ul>
5566           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5567             size</li>
5568         </ul>
5569       </td>
5570       <td>
5571         <ul>
5572           <li>Improved JPred client reliability</li>
5573           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5574         </ul>
5575       </td>
5576     </tr>
5577     <tr>
5578       <td>
5579         <div align="center">
5580           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5581         </div>
5582       </td>
5583       <td>
5584         <ul>
5585           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5586           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5587           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5588             to Colour Menu</li>
5589           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5590           <li>Unix users can set default web browser</li>
5591           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5592           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5593         </ul>
5594       </td>
5595       <td>
5596         <ul>
5597           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5598         </ul>
5599       </td>
5600     </tr>
5601     <tr>
5602       <td>
5603         <div align="center">
5604           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5605         </div>
5606       </td>
5607       <td>&nbsp;</td>
5608       <td>
5609         <ul>
5610           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5611             alignment order.</li>
5612         </ul>
5613       </td>
5614     </tr>
5615     <tr>
5616       <td>
5617         <div align="center">
5618           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5619         </div>
5620       </td>
5621       <td>
5622         <ul>
5623           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5624           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5625           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5626             annotations.</li>
5627           <li>Version and build date written to build properties
5628             file.</li>
5629           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5630             at launch of Jalview.</li>
5631         </ul>
5632       </td>
5633       <td>
5634         <ul>
5635           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5636           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5637           <li>Can remove groups one by one.</li>
5638           <li>Filechooser icons installed.</li>
5639           <li>Finder ignores return character when searching.
5640             Return key will initiate a search.<br>
5641           </li>
5642         </ul>
5643       </td>
5644     </tr>
5645     <tr>
5646       <td>
5647         <div align="center">
5648           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5649         </div>
5650       </td>
5651       <td>
5652         <ul>
5653           <li>New codebase</li>
5654         </ul>
5655       </td>
5656       <td>&nbsp;</td>
5657     </tr>
5658   </table>
5659   <p>&nbsp;</p>
5660 </body>
5661 </html>