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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187 -->Option to show 'virtual' codon features on
  66             protein (or vice versa)
  67             <ul>
  68               <li>
  69                 <!-- JAL-3304 -->Option to export virtual features if
  70                 shown
  71               </li>
  72               <li>
  73                 <!-- JAL-3302 -->Option to transfer virtual features to
  74                 Chimera
  75               </li>
  76             </ul>
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values POS,
  83             ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation while parsing
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  90            </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  93            </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in tooltips and menus
  96            </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted with no feature types visible
  99           </li>
 100         </ul><em>Jalview Installer</em>
 101             <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 104             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 111           </li>
 112               <li>
 113                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 114               <li>
 115                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 116         </ul> <em>Release processes</em>
 117         <ul>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 120           </li>
 121         </ul> <em>Build System</em>
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 128             report
 129           </li>
 130         </ul>
 131         <ul>
 132           <em>Groovy Scripts</em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA
 136               file to stdout containing the consensus sequence for each
 137               alignment in a Jalview session
 138             </li>
 139           </ul>
 140         </ul>
 141       </td>
 142       <td align="left" valign="top">
 143         <ul>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 152             with annotation and exceptions thrown when only a few
 153             columns shown in wrapped mode
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 157             wrapped alignment figure with annotations
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 161             ID fails with ClassCastException
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 165             Project
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 169             feature settings dialog also selects columns
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 173             IllegalArgumentException in some circumstances
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be opened for a view
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if alignment window is closed
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 183             help documentation for 2.11.0 release
 184           </li>
 185         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 186         <ul>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in PDB/Uniprot search panel
 189           </li>
 190         </ul> <em>Installer</em>
 191         <ul>
 192           <li><!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 193           </li>
 194         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 195         <ul>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from repository
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of memory
 201           </li>
 202         </ul>
 203         <em>New Known Issues</em>
 204         <ul>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 207             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 208             command line
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 212             clipped in headless figure export when Right Align option
 213             enabled
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output
 217           </li>
 218         </ul>
 219       </td>
 220     </tr>
 221     <tr>
 222       <td width="60" align="center" nowrap>
 223           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 224             <em>04/07/2019</em></strong>
 225       </td>
 226       <td align="left" valign="top">
 227         <ul>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 230             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 231             source project) rather than InstallAnywhere
 232           </li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 235             settings, receive over the air updates and launch specific
 236             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 237               Rings' GetDown</a>)
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 241             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 245             arguments and switch between different getdown channels
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 249             or alignment files
 250           </li>
 251
 252           <li>
 253             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 254             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 257             'Translate as cDNA'</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 260           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 261             <ul>
 262                       <li>
 263             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 264             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 265           <li>
 266                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 267                 features can be filtered and shaded according to any
 268                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 269                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 270                 file)
 271               </li>
 272               <li>
 273                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 274                 stored and restored from Jalview Projects
 275               </li>
 276               <li>
 277                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 278                 recognise variant features
 279               </li>
 280               <li>
 281                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 282                 sequences (also coloured red by default)
 283               </li>
 284               <li>
 285                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 286                 details
 287               </li>
 288               <li>
 289                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 290                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 291               </li>
 292               <li>
 293                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 294                 dialog
 295               </li>
 296             </ul>
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 300             tree and PCA calculations
 301           </li>
 302           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 303             <ul>
 304               <li>
 305                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 306                 and Viewer state saved in Jalview Project
 307               </li>
 308               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 309                 drop-down menus</li>
 310               <li>
 311                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 312                 incrementally
 313               </li>
 314               <li>
 315                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 316               </li>
 317             </ul>
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 321           </li>
 322           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 323           <ul>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 326                 multiple groups when working with large alignments
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 330                 Stockholm files
 331               </li>
 332             </ul>
 333           <li><strong>User Interface</strong>
 334           <ul>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 337                 view
 338               </li>
 339               <li>
 340                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 341                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 342                 default (can be changed in user preferences)
 343               </li>
 344               <li>
 345                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 346                 to the Overwrite Dialog
 347               </li>
 348               <li>
 349                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 350                 sequences are hidden
 351               </li>
 352               <li>
 353                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 354                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 355               </li>
 356               <li>
 357                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 358                 labels
 359               </li>
 360               <li>
 361                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 362                 when in wrapped mode
 363               </li>
 364               <li>
 365                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 366                 annotation
 367               </li>
 368               <li>
 369                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 370               </li>
 371               <li>
 372                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 373                 panel
 374               </li>
 375               <li>
 376                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 377                 popup menu
 378               </li>
 379               <li>
 380               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 381               <li>
 382               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 383
 384
 385             </ul></li>
 386             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 387           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 388             <ul>
 389               <li>
 390                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 391                 trapping CMD-Q
 392               </li>
 393             </ul></li>
 394         </ul>
 395         <em>Deprecations</em>
 396         <ul>
 397           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 398             capabilities removed from the Jalview Desktop
 399           </li>
 400           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 401             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 402             and XML based data retrieval clients</li>
 403           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 404           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 405         </ul> <em>Documentation</em>
 406         <ul>
 407           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 408             not supported in EPS figure export
 409           </li>
 410           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 411         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 412         <ul>
 413           <li>
 414           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 415           </li>
 416       <li>
 417       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 418           <li>
 419           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 420             gradle-eclipse
 421           </li>
 422           <li>
 423           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 424             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 425             execution
 426           </li>
 427           <li>
 428           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 429             operations
 430           </li>
 431           <li>
 432           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 433             issues resolved
 434           </li>
 435           <li>
 436           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 437             markdown (with HTML rendering)
 438           </li>
 439           <li>
 440           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 441           </li>
 442           <li>
 443           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 444             versions of Jalview
 445           </li>
 446         </ul>
 447       </td>
 448       <td align="left" valign="top">
 449         <ul>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 455             superposition in Jmol fail on Windows
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 459             structures for sequences with lots of PDB structures
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 463             monospaced font
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 467             project involving multiple views
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 471             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 472             Annotation dialog hides columns
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 476             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 477             one view, then making another selection in the other view
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 481             columns
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 485             Settings and Jalview Preferences panels
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 489             overview with large alignments
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 493             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 494             mouse moved to the left of the first column
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 498             hidden column marker via scale popup menu
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 502             doesn't tell users the invalid URL
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 506             score from view
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 510             show cross references or Fetch Database References are shown in
 511             red in original view
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 515             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 519             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 523             when columns are hidden
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 527             Columns by Annotation description
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 531             out of Scale or Annotation Panel
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 535             scale panel
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 539             alignment down
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 543             scale panel
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 547             Page Up in wrapped mode
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 557             on opening an alignment
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 561             Colour menu
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 565             different groups in the alignment are selected
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 569             correctly in menu
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 573             threshold limit
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 577             threshold gets 'unrounded'
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 581             colour
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 591             Tree font
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 595             project file
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 599             shown in complementary view
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 603             without normalisation
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 607             of report
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 611           </li>
 612           <li>
 613           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 614           </li>
 615         </ul> <em>Editing</em>
 616         <ul>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 619             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 620             sequence
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 624             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 625             removed (Known defect since 2.10)
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 629             dialog corrupts dataset sequence
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 633             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 634           </li>
 635         </ul> <em>Datamodel</em>
 636         <ul>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 639             sequence's End is greater than its length
 640           </li>
 641         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 642           general release)</em>
 643         <ul>
 644           <li>
 645             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 646           </li>
 647         </ul> <em>New Known Defects</em>
 648         <ul>
 649         <li>
 650         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 651         </li>
 652         <li>
 653           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 654           regions of protein alignment.
 655         </li>
 656         <li>
 657           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 658           is restored from a Jalview 2.11 project
 659         </li>
 660         <li>
 661           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 662           'New View'
 663         </li>
 664         <li>
 665           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 666           columns within hidden columns
 667         </li>
 668         <li>
 669           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 670           window after dragging left to select columns to left of visible
 671           region
 672         </li>
 673         <li>
 674           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 675           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 676           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 677           create a Score filter instead.
 678         </li>
 679         <li>
 680         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 681         <li>
 682         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 683         </li>
 684         <li>
 685           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 686           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 687         </li>
 688         </ul>
 689         <em>Java 11 Specific defects</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 693               alphabetically when saved
 694             </li>
 695         </ul>
 696       </td>
 697     </tr>
 698     <tr>
 699     <td width="60" nowrap>
 700       <div align="center">
 701         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 702       </div>
 703     </td>
 704     <td><div align="left">
 705         <em></em>
 706         <ul>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 709               InstallAnywhere increased to 1G.
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 713               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 714               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 715                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 716                 properties file.</em>
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 720               API and sequence data now imported as JSON.
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 724               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 725               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 726               property.
 727             </li>
 728           </ul>
 729           <em>Development</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 733               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 734                 Clover</a>
 735             </li>
 736           </ul>
 737         </div></td>
 738     <td><div align="left">
 739         <em></em>
 740         <ul>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 743               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 744               alignment.
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 748               annotation displayed.
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 752               for newly created group when 'Apply to all groups'
 753               selected
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 757               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 758               visible.
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 762               when sequences are selected in exported view.</em>
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 766               aren't rendered with correct colour.
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 770               types of knotted RNA secondary structure.
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 774               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 775               do not start at 1.
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 779               annotation when columns are inserted into an alignment,
 780               and when exporting as Stockholm flatfile.
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 784               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 785               treated as RNA secondary structure.
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 789               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 793               transfers focus to previous window on OSX
 794             </li>
 795           </ul>
 796           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 797           <ul>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 800               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 801               box.
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 805               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 806               'look and feel' which has improved compatibility with the
 807               latest version of OSX.
 808             </li>
 809           </ul>
 810         </div>
 811     </td>
 812     </tr>
 813     <tr>
 814       <td width="60" nowrap>
 815         <div align="center">
 816           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 817             <em>7/06/2018</em></strong>
 818         </div>
 819       </td>
 820       <td><div align="left">
 821           <em></em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 825               annotation retrieved from Uniprot
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 829               onto the Jalview Desktop
 830             </li>
 831           </ul>
 832         </div></td>
 833       <td><div align="left">
 834           <em></em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 838               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 842               right-hand column parsed correctly
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 846               not alignment area in exported graphic
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 850               window has input focus
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 854               annotation added to view (Windows)
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 858               network connectivity is poor
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 862               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 863                 the currently open URL and links from a page viewed in
 864                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 865                 you are using Edge, only links in the page can be
 866                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 867                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 868             </li>
 869           </ul>
 870           <em>New Known Defects</em>
 871           <ul>
 872             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 873           </ul>
 874         </div></td>
 875     </tr>
 876     <tr>
 877       <td width="60" nowrap>
 878         <div align="center">
 879           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 880         </div>
 881       </td>
 882       <td><div align="left">
 883           <em></em>
 884           <ul>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 887               for disabling automatic superposition of multiple
 888               structures and open structures in existing views
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 892               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 893               adjust them.
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 897               Ensembl services
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 901               and lots of hidden columns
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 905               of features (particularly when transparency is disabled)
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 909               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 910               generally available
 911             </li>
 912           </ul>
 913           </div>
 914       </td>
 915       <td><div align="left">
 916           <ul>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 919               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 923               overlapping alignment panel
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 927               sequence as gaps
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 931               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 932               UTR
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 936               factor annotation not added to sequence when local PDB
 937               file associated with it by drag'n'drop or structure
 938               chooser
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 942               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 946               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 950               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 954               columns in annotation row
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 958               honored in batch mode
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 962               for structures added to existing Jmol view
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 966               entries after importing project with multiple views
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 970               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 971               with negative residue numbers or missing residues fails
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 975               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 976               as generated by CONSURF)
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 980               tooltip doesn't include a text description of mutation
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 984               structure and/or overview windows are also shown
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 988               very slow for alignments with large numbers of sequences
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 992               with 'StringIndexOutOfBounds'
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 996               platforms running Java 10
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1000               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <em>Applet</em>
1004           <ul>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1007               should copy the group consensus when popup is opened on it
1008             </li>
1009           </ul>
1010           <em>Batch Mode</em>
1011           <ul>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1014           </li>
1015           </ul>
1016           <em>New Known Defects</em>
1017           <ul>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1020               editing a large alignment and overview is displayed
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1024               repeatedly after a series of edits even when the overview
1025               is no longer reflecting updates
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1029               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1030               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1031               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1035               option gives blank output
1036             </li>
1037           </ul>
1038         </div>
1039           </td>
1040     </tr>
1041     <tr>
1042       <td width="60" nowrap>
1043         <div align="center">
1044           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1045         </div>
1046       </td>
1047       <td><div align="left">
1048           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1049               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1050       <td><div align="left">
1051           <em>Desktop</em><ul>
1052           <ul>
1053             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1054             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1055             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1056             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1057             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1058             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1059             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1060           </ul>
1061           </div>
1062       </td>
1063     </tr>
1064     <tr>
1065       <td width="60" nowrap>
1066         <div align="center">
1067           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1068         </div>
1069       </td>
1070       <td><div align="left">
1071           <em></em>
1072           <ul>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1075               rendering of sequence features
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1079               429 rate limit request hander
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1083               their colours have changed
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1087               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1091               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1095               view from Ensembl locus cross-references
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1099               Alignment report
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1103               feature can be disabled
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1107               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1111               Uniprot
1112             </li>
1113           </ul>
1114           <em>Scripting</em>
1115           <ul>
1116             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1117             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1118               percent identity scores for current alignment.</li>
1119           </ul>
1120           <em>Testing and Deployment</em>
1121           <ul>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1124             </li>
1125           </ul>
1126         </div></td>
1127       <td><div align="left">
1128           <em>General</em>
1129           <ul>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1132               threshold text field doesn't trigger an update to the
1133               alignment view
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1137               strings in parallel
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1141               alignment window is closed
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1145               group visibility
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1149               takes a long time in Cursor mode
1150             </li>
1151           </ul>
1152           <em>Desktop</em>
1153           <ul>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1156               cannot be viewed in Chimera
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1160               CDS/Protein view
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1164               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1165               Search Dialogs
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1175               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1179               scrolling right in unwapped alignment view
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1183               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1184               database
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1188               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1192               features of same type and group to be selected for
1193               amending
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1197               alignments when hidden columns are present
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1201               displaying several structures
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1205               moving a window
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1209               within the Jalview desktop on OSX
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1213               when in wrapped alignment mode
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1217               hand end of alignment
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1221               each selected sequence do not have correct start/end
1222               positions
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1226               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1230               restoring project until a new view is created
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1234               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1235               configured (since 2.10.2b2)
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1239               position is adjusted
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1243               in a multi-chain structure when viewing alignment
1244               involving more than one chain (since 2.10)
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1248               if new selection moves alignment window
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1252               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1256               that produces correctly annotated transcripts and products
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1260               doesn't update associated structure view
1261             </li>
1262           </ul>
1263           <em>Applet</em><br />
1264           <ul>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1267               closing alignment panel
1268             </li>
1269           </ul>
1270           <em>BioJSON</em><br />
1271           <ul>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1274               non-positional features
1275             </li>
1276           </ul>
1277           <em>New Known Issues</em>
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1281               sequence features correctly (for many previous versions of
1282               Jalview)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1286               using cursor in wrapped panel other than top
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1290               graduated colour threshold
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1294               always preserve numbering and sequence features
1295             </li>
1296           </ul>
1297           <em>Known Java 9 Issues</em>
1298           <ul>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1301               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1302               9.01, OSX 10.10)
1303             </li>
1304           </ul>
1305         </div></td>
1306     </tr>
1307     <tr>
1308       <td width="60" nowrap>
1309         <div align="center">
1310           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1311             <em>2/10/2017</em></strong>
1312         </div>
1313       </td>
1314       <td><div align="left">
1315           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1319             </li>
1320             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1321             </li>
1322           </ul>
1323         </div></td>
1324       <td><div align="left">
1325         </div></td>
1326     </tr>
1327     <tr>
1328       <td width="60" nowrap>
1329         <div align="center">
1330           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1331             <em>7/9/2017</em></strong>
1332         </div>
1333       </td>
1334       <td><div align="left">
1335           <em></em>
1336           <ul>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1339               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1340               white)
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1344               Preferences
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1348               in size and progress bar shown as higher resolution
1349               overview is recalculated
1350             </li>
1351
1352           </ul>
1353         </div></td>
1354       <td><div align="left">
1355           <em></em>
1356           <ul>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1359               column region row by row
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1363               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1367               format setting is unticked
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1371               if group has show boxes format setting unticked
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1375               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1376               include sequences and columns not currently displayed
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1380               assemblies are imported via CIF file
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1384               displayed when threshold or conservation colouring is also
1385               enabled.
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1389               server version
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1393               dragging a selected region off the visible region of the
1394               alignment
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1398               colourscheme to all groups in a view
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1402               initially after font size change using the Font chooser or
1403               middle-mouse zoom
1404             </li>
1405           </ul>
1406         </div></td>
1407     </tr>
1408     <tr>
1409       <td width="60" nowrap>
1410         <div align="center">
1411           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1412         </div>
1413       </td>
1414       <td><div align="left">
1415           <em>Calculations</em>
1416           <ul>
1417
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1420               ungapped positions in each column of the alignment.
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1424               a calculation dialog box
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1428               and memory efficiency (~30x faster)
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1432               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1433               and other calculations
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1437               files within the Jalview codebase
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1441               Similarity may have different topology due to increased
1442               precision
1443             </li>
1444           </ul>
1445           <em>Rendering</em>
1446           <ul>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1449               model for alignments and groups
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1453               scripts
1454             </li>
1455           </ul>
1456           <em>Overview</em>
1457           <ul>
1458             <li>
1459               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1460               with alignment and overview windows
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1464               overview
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1468               omitted in Overview
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1472               adjustment of visible position
1473             </li>
1474           </ul>
1475
1476           <em>Data import/export</em>
1477           <ul>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1480               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1484               annotation input/output via stockholm flatfile
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1488               extension when importing structure files without embedded
1489               names or PDB accessions
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1493               format sequence substitution matrices
1494             </li>
1495           </ul>
1496           <em>User Interface</em>
1497           <ul>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1500               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1501               the application.
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1505               via Overview or sequence motif search operations
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1509               opened by double clicking gaps within sequence feature
1510               extent
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1514               aligned positions were available to create a 3D structure
1515               superposition.
1516             </li>
1517           </ul>
1518           <em>3D Structure</em>
1519           <ul>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1522               coloured in linked structure views
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1526               file-based command exchange
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1530               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1531               structures are already available for sequences
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1535               the Jalview project rather than downloaded again when the
1536               project is reopened.
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1540               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1541               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1542                 Feature</strong>)
1543             </li>
1544           </ul>
1545           <em>Web Services</em>
1546           <ul>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1552               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1553               Analysis services
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1557               cross-references provided by identifiers.org and the
1558               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1559             </li>
1560           </ul>
1561
1562           <em>Scripting</em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1566               identifying file formats (instead of String constants)
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1570               efficiency when counting all displayed features (not
1571               backwards compatible with 2.10.1)
1572             </li>
1573           </ul>
1574           <em>Example files</em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1578               included in the example feature file
1579             </li>
1580           </ul>
1581           <em>Documentation</em>
1582           <ul>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1585               with the built-in Java help viewer
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1589               sequence description' option
1590             </li>
1591           </ul>
1592           <em>Test Suite</em>
1593           <ul>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1596               Uniprot REST Free Text Search Client
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1603               during tests
1604             </li>
1605           </ul>
1606         </div></td>
1607       <td><div align="left">
1608           <em>Calculations</em>
1609           <ul>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1612               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1613               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1614             </li>
1615             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1616               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1617               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1618               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1619               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1620               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1621               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1622               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1623               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1624               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1625               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1626               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1627               // for 2.10.1 mode <br />
1628               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1629               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1630                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1631                 calculations (not recommended)</em></li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1634               scaling of branch lengths for trees computed using
1635               Sequence Feature Similarity.
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1639               generating output report when working with highly
1640               redundant alignments
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1644               right of selected region when gaps present on right-hand
1645               boundary
1646             </li>
1647           </ul>
1648           <em>User Interface</em>
1649           <ul>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1652               doesn't reselect a specific sequence's associated
1653               annotation after it was used for colouring a view
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1657               opened on a region of alignment without groups
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1661               of an alignment with overlapping groups
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1665               name and description match
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1669               hidden regions results in incorrect hidden regions
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1673               changing colour does not apply Conservation slider value
1674               to all groups
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1678               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1682               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1686               gaps before start of features
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1690               restored to UI when feature colour is edited
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1694               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1698               as graduate feature colour settings are modified via the
1699               dialog box
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1703               when a group defined on the alignment is resized
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1707               wrapped view result in positional status updates
1708             </li>
1709
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1712               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1716               alignment included gapped columns
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1720               widgets don't permanently disappear
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1724               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1725               T-Coffee column reliability scores)
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1729               sequence feature on gaps only
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1733               button from a Find inherit previously defined feature type
1734               rather than the Find query string
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1738               exporting tree calculated in Jalview
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1742               and then revealing them reorders sequences on the
1743               alignment
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1747               doesn't update to reflect available set of groups after
1748               interactively adding or modifying features
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1752               Linux
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1756               only excluded gaps in current sequence and ignored
1757               selection.
1758             </li>
1759           </ul>
1760           <em>Rendering</em>
1761           <ul>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1764               erratically when hidden rows or columns are present
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1768               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1769               sequence colouring
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1773               colour and group colour menu for protein alignments
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1777               reflect currently selected view or group's shading
1778               thresholds
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1782               when rendered on overview and structures when opacity at
1783               100%
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1787               overview when features overlaid on alignment
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1791               recovered correctly from Jalview project file
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1795               (automatically via preferences) are different to the main
1796               alignment panel
1797             </li>
1798           </ul>
1799           <em>Data import/export</em>
1800           <ul>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1803               load
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1807               added after a sequence was imported are not written to
1808               Stockholm File
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1812               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1816               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1820               with lightGray or darkGray via features file (but can
1821               specify lightgray)
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1825               when alignment view imported from project
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1829               structure and sequences extracted from structure files
1830               imported via URL and viewed in Jmol
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1834               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1835               the project is loaded and the structure viewed
1836             </li>
1837           </ul>
1838           <em>Web Services</em>
1839           <ul>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1842               release of Ensembl v.88
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1846               appear enabled in Preferences->Connections
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1850               removed from console output
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1854               Ensembl by Peptide ID
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1858               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1859               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1860               due to 'null' string rather than empty string used for
1861               residues with no corresponding PDB mapping).
1862             </li>
1863           </ul>
1864           <em>Application UI</em>
1865           <ul>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1868               menu
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1872               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1873               new documentation and tooltips added)
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1877               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1881               new features are added to alignment
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1885               changes to feature colours via the Amend features dialog
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1889               edit graduated feature colour via amend features dialog
1890               box
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1894               selection menu changes colours of alignment views
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1898               from alignment calculation workers after alignment has
1899               been closed
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1903               groups now 'Create Group'
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1907               Create/Undefine group doesn't always work
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1911               shown again after pressing 'Cancel'
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1915               adjusts start position in wrap mode
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1919               ambiguous amino acids
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1923               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1924               proteins
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1928               Defined' don't appear in Colours menu
1929             </li>
1930           </ul>
1931           <em>Applet</em>
1932           <ul>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1935               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1939               overview or linked structure view
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1943               work (since 2.8)
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1947               user-defined colourscheme doesn't restore original
1948               colourscheme
1949             </li>
1950           </ul>
1951           <em>Test Suite</em>
1952           <ul>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1955               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1959               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1960               problems with deep array comparison equality asserts in
1961               successive versions of TestNG
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1965               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1966             </li>
1967           </ul>
1968           <em>New Known Issues</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1972               phase after a sequence motif find operation
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1976               containing just upper and lower case letters are
1977               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1981               reliably from eggnog Ortholog database
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1985               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1986               to mark columns containing highlighted regions.
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1990               doesn't always add secondary structure annotation.
1991             </li>
1992           </ul>
1993         </div>
1994     <tr>
1995       <td width="60" nowrap>
1996         <div align="center">
1997           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1998         </div>
1999       </td>
2000       <td><div align="left">
2001           <em>General</em>
2002           <ul>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2005               for all consensus calculations
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2009               3rd Oct 2016)
2010             </li>
2011             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2012               for 2016-2017</li>
2013           </ul>
2014           <em>Application</em>
2015           <ul>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2018               set of database cross-references, sorted alphabetically
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2022               from database cross references. Users with custom links
2023               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2024                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2028               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2029               Chimera session
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2033               the Chimera it is connected to is shut down
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2037               columns menu item to mark columns containing highlighted
2038               regions (e.g. from structure selections or results of a
2039               Find operation)
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2043               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2044               MSAviewer
2045             </li>
2046           </ul>
2047         </div></td>
2048       <td>
2049         <div align="left">
2050           <em>General</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2054               are not coloured or thresholded according to percent
2055               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2059               hydrophobic
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2063               threshold, amino acid properties)
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2067               reported as mapped to residues in a structure file in the
2068               View Mapping report
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2072               could be added multiple times to a sequence
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2076               bond features shown as two highlighted residues rather
2077               than a range in linked structure views, and treated
2078               correctly when selecting and computing trees from features
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2082               cross-references are matched to database name regardless
2083               of case
2084             </li>
2085
2086           </ul>
2087           <em>Application</em>
2088           <ul>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2091               names without regular expressions also offer links from
2092               Sequence ID
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2096               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2097               update Jalview configuration
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2101               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2105               files with similarly named sequences if dropped onto the
2106               alignment
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2110               entries where more chains exist in the PDB accession than
2111               are reported in the SIFTS file
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2115               the structure view when displayed with Chimera
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2119               panel's View->Show Chains submenu
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2123               work for wrapped alignment views
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2127               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2131               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2132               first annotation row
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2136               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2140               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2141             </li>
2142             <!-- JAL-2319 -->
2143             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2144             coordindate data
2145             </li>
2146           </ul>
2147           <!--           <em>New Known Issues</em>
2148           <ul>
2149             <li></li>
2150           </ul> -->
2151         </div>
2152       </td>
2153     </tr>
2154     <td width="60" nowrap>
2155       <div align="center">
2156         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2157           <em>25/10/2016</em></strong>
2158       </div>
2159     </td>
2160     <td><em>Application</em>
2161       <ul>
2162         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2163           view if structures already loaded</li>
2164         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2165           structure views</li>
2166       </ul></td>
2167     <td>
2168       <div align="left">
2169         <em>General</em>
2170         <ul>
2171           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2172             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2173           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2174             example sequences/projects/trees</li>
2175         </ul>
2176         <em>Application</em>
2177         <ul>
2178           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2179             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2180           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2181             without timeout for structures with multiple models or
2182             multiple sequences in alignment</li>
2183           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2184             PDB ID HEADER line</li>
2185           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2186             is performed</li>
2187           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2188             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2189           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2190           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2191             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2192             option</li>
2193           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2194             is created on the alignment</li>
2195           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2196             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2197             pop-up menu</li>
2198         </ul>
2199         <em>Build and deployment</em>
2200         <ul>
2201           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2202             tags</li>
2203         </ul>
2204         <em>New Known Issues</em>
2205         <ul>
2206           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2207             on Windows</li>
2208         </ul>
2209       </div>
2210     </td>
2211     </tr>
2212     <tr>
2213       <td width="60" nowrap>
2214         <div align="center">
2215           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2216         </div>
2217       </td>
2218       <td><em>General</em>
2219         <ul>
2220           <li>
2221             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2222           </li>
2223           <li>
2224             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2225             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2226             better PDB parsing.
2227           </li>
2228           <li>
2229             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2230             reference sequence
2231           </li>
2232           <li>
2233             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2234             mousing over sequence associated annotation
2235           </li>
2236           <li>
2237             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2238             for manual entry
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2242             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2243             for each column
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2247             showing or hiding columns containing a feature
2248           </li>
2249           <li>
2250             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2251             group and sequence associated annotation labels
2252           </li>
2253           <li>
2254             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2255             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2256             dialogs
2257           </li>
2258
2259         </ul> <em>Application</em>
2260         <ul>
2261           <li>
2262             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2263             gene/transcript view
2264           </li>
2265           <li>
2266             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2267             dialog
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2271             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2275             Pfam sources to xfam.org
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2282             over sequences in Jalview
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2286             regions in ENA and EMBL
2287           </li>
2288           <li>
2289             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2290             for record retrieval via ENA rest API
2291           </li>
2292           <li>
2293             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2294             complement operator
2295           </li>
2296           <li>
2297             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2298             groovy script execution
2299           </li>
2300           <li>
2301             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2302             alignment window's Calculate menu
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2306             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2310             calculation workers from groovy scripts
2311           </li>
2312           <li>
2313             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2314             Jalview projects
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2318             associations are now saved/restored from project
2319           </li>
2320           <li>
2321             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2322             before sequence fetcher is opened
2323           </li>
2324           <li>
2325             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2326             database chooser opens a sequence fetcher
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2330             the UniProt REST API
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2334             the news reader opening
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2338             querying stored in preferences
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2342             search results
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2349             menu for nucleotide sequences
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2353             and feature counts preserves alignment ordering (and
2354             debugged for complex feature sets).
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2358             viewing structures with Jalview 2.10
2359           </li>
2360           <li>
2361             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2362             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2363             Ensembl Genomes REST API
2364           </li>
2365           <li>
2366             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2367             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2368             (Ensembl)
2369           </li>
2370           <li>
2371             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2372             sequences
2373           </li>
2374           <li>
2375             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2376             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2377             data from external database records.
2378           </li>
2379           <li>
2380             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2381             efficient recovery of sequence coding and alignment
2382             annotation relationships.
2383           </li>
2384         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2385         <ul>
2386           <li>
2387             -- JAL---
2388           </li>
2389         </ul> --></td>
2390       <td>
2391         <div align="left">
2392           <em>General</em>
2393           <ul>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2396               menu on OSX
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2400               includes graduated colourschemes
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2404               working with big alignments and lots of hidden columns
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2408               at right of alignment window
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2412               contents
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2416               for DNA alignments
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2420               based tree calculation
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2424               unconserved enabled for group on alignment
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2428               set as reference
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2432               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2433               annotation
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2437               hidden columns present
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2441               user created annotation added to alignment
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2445               '()' base pair annotation
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2449               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2450               Consensus
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2454               feature not working
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2458               beginning of sequence
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2462               entry 3a6s
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2466               from a tree when t-coffee scores are shown
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2470               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2474               some structures
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2478               to Clustal, PIR and PileUp output
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2482               not visible causes alignment window to repaint
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2486               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2487               scores associated with features and annotation rows
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2491               calculation should be case independent
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2495               columns
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2499               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2500               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2504               problems when reference sequence defined and 'show
2505               non-conserved' enabled
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2509               load even when Consensus calculation is disabled
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2513               alignment does nothing
2514             </li>
2515           </ul>
2516           <em>Application</em>
2517           <ul>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2520               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2521               yet fixed for El Capitan)
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2525               output when running on non-gb/us i18n platforms
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2529               hidden sequences as flat-file alignment
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2533               launching Chimera
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2537               (also hotfix for 2.9.0b2)
2538             </li>
2539             <li>
2540               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2541               reference sequence defined
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2545               alignments and views when revealing hidden columns
2546             </li>
2547             <li>
2548               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2549               view in a cDNA/Protein splitframe
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2553               sequence from project when only one sequence is
2554               represented
2555             </li>
2556             <li>
2557               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2558               in Structure Chooser
2559             </li>
2560             <li>
2561               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2562               structure consensus didn't refresh annotation panel
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2566               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2570               dialogs format columns correctly, don't display array
2571               data, sort columns according to type
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2575               file chooser is cancelled during an image export
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2579               sequence name containing special characters
2580             </li>
2581             <li>
2582               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2583               case insensitive
2584             </li>
2585             <li>
2586               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2587               formatting don't wrap
2588             </li>
2589             <li>
2590               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2591               truncated so L looks like I in consensus annotation
2592             </li>
2593             <li>
2594               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2595               currently displayed features for the current selection or
2596               view
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2600               after fetching cross-references, and restoring from
2601               project
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2605               followed in the structure viewer
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2609               splitframe not restored from project
2610             </li>
2611             <li>
2612               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2613               trailing end of protein alignment in transcript/product
2614               splitview when pad-gaps not enabled by default
2615             </li>
2616             <li>
2617               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2618               is case dependent
2619             </li>
2620             <li>
2621               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2622               article has been read (reopened issue due to
2623               internationalisation problems)
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2627               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2628               cross-references
2629             </li>
2630
2631             <li>
2632               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2633               alignment as HTML
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2637               multiple structures are shown for one or more sequences.
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2641               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2642               is enabled.
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2646               specific PDB id for sequence
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2650               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2651               columns' is disabled.
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2655               selects lowest rather than highest resolution structures
2656               for each sequence
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2660               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2664               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2668               after clicking on it to create new annotation for a
2669               column.
2670             </li>
2671             <li>
2672               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2673               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2674             </li>
2675             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2676             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2677           </ul>
2678           <em>Applet</em>
2679           <ul>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2682               hidden columns present before start of sequence
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2686               (JSON jars)
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2690               sequences are hidden in applet
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2694               deployment on examples pages.
2695             </li>
2696           </ul>
2697         </div>
2698       </td>
2699     </tr>
2700     <tr>
2701       <td width="60" nowrap>
2702         <div align="center">
2703           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2704             <em>16/10/2015</em></strong>
2705         </div>
2706       </td>
2707       <td><em>General</em>
2708         <ul>
2709           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2710             jars</li>
2711         </ul></td>
2712       <td>
2713         <div align="left">
2714           <em>Application</em>
2715           <ul>
2716             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2717               shown when tree is partitioned</li>
2718             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2719               multiple cDNA/Protein split views</li>
2720           </ul>
2721         </div>
2722       </td>
2723     </tr>
2724     <tr>
2725       <td width="60" nowrap>
2726         <div align="center">
2727           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2728             <em>8/10/2015</em></strong>
2729         </div>
2730       </td>
2731       <td><em>General</em>
2732         <ul>
2733           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2734             2.9</li>
2735         </ul> <em>Application</em>
2736         <ul>
2737           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2738           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2739           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2740         </ul> <em>Applet</em>
2741         <ul>
2742           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2743         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2744         <ul>
2745           <li>
2746             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2747             suite
2748           </li>
2749         </ul></td>
2750       <td>
2751         <div align="left">
2752           <em>General</em>
2753           <ul>
2754             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2755               incorrect when sequence start > 1</li>
2756             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2757               documentation</li>
2758             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2759             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2760               loading a features file containing HTML tags in feature
2761               description</li>
2762
2763           </ul>
2764           <em>Application</em>
2765           <ul>
2766             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2767               reimport</li>
2768             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2769               with 'trim retrieved sequences'</li>
2770             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2771               deleting selected columns</li>
2772             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2773               JNLP templates for webstart launch</li>
2774             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2775               unreleased structures for download or viewing</li>
2776             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2777               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2778             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2779               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2780             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2781               recovered from jalview project</li>
2782             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2783               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2784               alignment view</li>
2785             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2786               color schemes from BioJSON</li>
2787           </ul>
2788           <em>Applet</em>
2789           <ul>
2790             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2791               frame</li>
2792             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2793           </ul>
2794         </div>
2795       </td>
2796     </tr>
2797     <tr>
2798       <td><div align="center">
2799           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2800         </div></td>
2801       <td><em>General</em>
2802         <ul>
2803           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2804             alignments:
2805             <ul>
2806               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2807                 and DNA alignment views</li>
2808               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2809                 cDNA alignment views</li>
2810               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2811                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2812               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2813                 protein sequences</li>
2814             </ul>
2815           </li>
2816           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2817           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2818             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2819           <li>New alignment annotation file statements for
2820             reference sequences and marking hidden columns</li>
2821           <li>Reference sequence based alignment shading to
2822             highlight variation</li>
2823           <li>Select or hide columns according to alignment
2824             annotation</li>
2825           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2826           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2827             acid conservation row</li>
2828           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2829         </ul> <em>Application</em>
2830         <ul>
2831           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2832             <ul>
2833               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2834                 view with cDNA/Protein</li>
2835               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2836                 sequences are placed in the same alignment</li>
2837               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2838                 projects</li>
2839             </ul>
2840           </li>
2841
2842           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2843           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2844             Jalview windows</li>
2845
2846           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2847           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2848           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2849             be shown in VARNA</li>
2850
2851           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2852             as the active selected region</li>
2853
2854           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2855             similarity</li>
2856           <li>New Export options
2857             <ul>
2858               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2859                 region export in flat file generation</li>
2860
2861               <li>Export alignment views for display with the <a
2862                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2863
2864               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2865               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2866                 alignment figures to HTML</li>
2867           </li>
2868           <li>3D structure retrieval and display
2869             <ul>
2870               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2871                 Search API</li>
2872               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2873                 PDB structures for a sequence set</li>
2874             </ul>
2875           </li>
2876
2877           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2878             predictions</li>
2879           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2880             for one or a group of sequences</li>
2881           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2882             from the JPred4 web server</li>
2883           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2884             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2885             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2886           </li>
2887           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2888             VARNA 2D Structure'</li>
2889           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2890             Structure ..."</li>
2891
2892         </ul> <em>Applet</em>
2893         <ul>
2894           <li>New layout for applet example pages</li>
2895           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2896             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2897           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2898             Protein alignments</li>
2899         </ul> <em>Development and deployment</em>
2900         <ul>
2901           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2902           <li>Include installation type and git revision in build
2903             properties and console log output</li>
2904           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2905             storing BioJsMSA Templates</li>
2906           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2907         </ul></td>
2908       <td>
2909         <!-- <em>General</em>
2910         <ul>
2911         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2912         <ul>
2913           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2914           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2915           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2916             predictions are not highlighted in amber</li>
2917           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2918             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2919           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2920             associated structure views</li>
2921           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2922             width checkbox not enabled</li>
2923           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2924             creating user defined colours</li>
2925           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2926             mappings for just that viewer's sequences</li>
2927           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2928             multiple models in Chimera</li>
2929           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2930             over Jmol structure</li>
2931           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2932             output to text box</li>
2933           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2934             have incorrect sequence start/end</li>
2935           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2936             Jalview fails</li>
2937           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2938             work for nucleotide</li>
2939           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2940             to a grey/invisible alignment window</li>
2941           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2942             imports to different position</li>
2943           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2944             on some platforms</li>
2945           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2946             populated</li>
2947           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2948             console if Chimera has been opened</li>
2949           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2950           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2951             retrieved</li>
2952           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2953           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2954             either sequence shows on first structure</li>
2955           <li>'Show annotations' options should not make
2956             non-positional annotations visible</li>
2957           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2958             in right place after 'view flanking regions'</li>
2959           <li>File Save As type unset when current file format is
2960             unknown</li>
2961           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2962             projects</li>
2963           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2964             responsive</li>
2965           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2966             several views on same alignment</li>
2967           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2968           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2969             spaces</li>
2970         </ul> <em>Applet</em>
2971         <ul>
2972           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2973           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2974             descriptions containing angle brackets</li>
2975         </ul> <em>General</em>
2976         <ul>
2977           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2978             via jalview annotation file</li>
2979           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2980             with RNA secondary structure</li>
2981           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2982             translation doesn't work.</li>
2983           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2984           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2985             positions</li>
2986           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2987             choosing 1pt font</li>
2988           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2989             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2990             'h'</li>
2991           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2992             new feature</li>
2993           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2994             order dependent</li>
2995           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2996             sequences</li>
2997           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2998         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2999         <ul>
3000           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3001             www.jalview.org</li>
3002         </ul> <em>Application Known issues</em>
3003         <ul>
3004           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3005           <li>Misleading message appears after trying to delete
3006             solid column.</li>
3007           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3008             version launches</li>
3009           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3010             fails with a sequence mismatch</li>
3011           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3012             scrolling alignment to right</li>
3013           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3014             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3015           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3016             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3017           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3018             ultra-high resolution</li>
3019           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3020             quality and conservation</li>
3021           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3022             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3023         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3024         <ul>
3025           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3026           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3027             window is being resized</li>
3028
3029         </ul>
3030       </td>
3031     </tr>
3032     <tr>
3033       <td><div align="center">
3034           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3035         </div></td>
3036       <td><em>General</em>
3037         <ul>
3038           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3039             Certum.PL.</li>
3040           <li>Features and annotation preserved when performing
3041             pairwise alignment</li>
3042           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3043             imported/exported/displayed</li>
3044           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3045             protein secondary structure</li>
3046           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3047               post-hoc with 2.9 release</em>)
3048           </li>
3049
3050         </ul> <em>Application</em>
3051         <ul>
3052           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3053             with 3D structures</li>
3054           <li>Support for parsing RNAML</li>
3055           <li>Annotations menu for layout
3056             <ul>
3057               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3058               <li>place sequence annotation above/below alignment
3059                 annotation</li>
3060             </ul>
3061           <li>Output in Stockholm format</li>
3062           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3063             translation</li>
3064           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3065           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3066             shared between alignments</li>
3067           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3068             Jalview</li>
3069           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3070             all or current selection</li>
3071           <li>disorder and secondary structure predictions
3072             available as dataset annotation</li>
3073           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3074
3075
3076           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3077             alignments from Rfam</li>
3078           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3079
3080           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3081             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3082           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3083           <li>include installation type in build properties and
3084             console log output</li>
3085           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3086             annotation</li>
3087         </ul></td>
3088       <td>
3089         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3090         <ul>
3091           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3092             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3093           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3094             alignment</li>
3095           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3096           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3097           <li>Double click on sequence associated annotation
3098             selects only first column</li>
3099           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3100             leaves shown in tree</li>
3101           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3102             properly</li>
3103           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3104           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3105             screen and buttons not visible</li>
3106           <li>author list isn't updated if already written to
3107             Jalview properties</li>
3108           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3109             from database</li>
3110           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3111           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3112             browser search window</li>
3113           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3114             in feature settings dialog</li>
3115           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3116             desktop</li>
3117           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3118             pass validation</li>
3119           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3120             fit on screen</li>
3121           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3122             tooltip</li>
3123           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3124             defined user preset</li>
3125           <li>MSA web services warns user if they were launched
3126             with invalid input</li>
3127           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3128             Java 8</li>
3129           <li>
3130             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3131             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3132             created
3133           </li>
3134
3135         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3136         <ul>
3137         </ul> <em>General</em>
3138         <ul>
3139         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3140         <ul>
3141           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3142             memory allocation</li>
3143           <li>launchApp service doesn't automatically open
3144             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3145           <li>
3146             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3147             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3148             1.7_055 is available
3149           </li>
3150         </ul> <em>Application Known issues</em>
3151         <ul>
3152           <li>
3153             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3154             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3155             alignment to right
3156           </li>
3157           <li>
3158             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3159             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3160             with large number of ID
3161           </li>
3162           <li>
3163             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3164             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3165             start/end
3166           </li>
3167           <li>
3168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3169             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3170             structure tracks are rearranged
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3174             invalid rna structure positional highlighting does not
3175             highlight position of invalid base pairs
3176           </li>
3177           <li>
3178             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3179             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3180             project from alignment window file menu
3181           </li>
3182           <li>
3183             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3184             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3185             structures
3186           </li>
3187           <li>
3188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3189             colour by RNA Helices not enabled when user created
3190             annotation added to alignment
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3194             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3195           </li>
3196         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3197         <ul>
3198           <li>
3199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3200             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3201           </li>
3202           <li>
3203             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3204             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3205           </li>
3206
3207           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3208             when selected</li>
3209         </ul>
3210       </td>
3211     </tr>
3212     <tr>
3213       <td><div align="center">
3214           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3215         </div></td>
3216       <td>
3217         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3218         <em>General</em>
3219         <ul>
3220           <li>Internationalisation of user interface (usually
3221             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3222           <li>Define/Undefine group on current selection with
3223             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3224           <li>Improved group creation/removal options in
3225             alignment/sequence Popup menu</li>
3226           <li>Sensible precision for symbol distribution
3227             percentages shown in logo tooltip.</li>
3228           <li>Annotation panel height set according to amount of
3229             annotation when alignment first opened</li>
3230         </ul> <em>Application</em>
3231         <ul>
3232           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3233             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3234           <li>Select columns containing particular features from
3235             Feature Settings dialog</li>
3236           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3237             sequences</li>
3238           <li>Update Jalview project format:
3239             <ul>
3240               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3241               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3242                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3243               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3244                 colouring</li>
3245             </ul>
3246           </li>
3247           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3248             (PAM250)</li>
3249           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3250             flanking regions for an alignment</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253       <td>
3254         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3255         <ul>
3256           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3257             running after job is cancelled</li>
3258           <li>cannot export features from alignments imported from
3259             Jalview/VAMSAS projects</li>
3260           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3261             float values</li>
3262           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3263             have 'display all symbols' flag set</li>
3264           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3265             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3266           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3267             Jalview</li>
3268           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3269             Lion/Webstart</li>
3270           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3271           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3272           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3273             alignment onto desktop</li>
3274           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3275             'extract scores' function</li>
3276           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3277             alignment window</li>
3278           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3279             performing IUPred disorder prediction</li>
3280           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3281             changing 'normalise logo' display setting</li>
3282           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3283             nothing matches query</li>
3284           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3285             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3286           </li>
3287           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3288             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3289           </li>
3290           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3291             Jalview's menu</li>
3292           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3293             'invalid literal/length code'</li>
3294           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3295             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3296           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3297             colourscheme</li>
3298
3299         </ul> <em>Applet</em>
3300         <ul>
3301           <li>Remove group option is shown even when selection is
3302             not a group</li>
3303           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3304             don't affect groups</li>
3305           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3306             colourscheme name</li>
3307           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3308             Annotation panel is not displayed</li>
3309           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3310             embedded windows</li>
3311         </ul> <em>Other</em>
3312         <ul>
3313           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3314             single sequence were not calculated</li>
3315           <li>annotation files that contain only groups imported as
3316             annotation and junk sequences</li>
3317           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3318             recognised as PFAM or BLC</li>
3319           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3320             doesn't affect background (2.8.0b1)
3321           <li></li>
3322           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3323           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3324             trailing gaps</li>
3325           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3326             registered correctly on import</li>
3327           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3328             certain alignments</li>
3329           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3330             existing annotation based 'use original colours'
3331             colourscheme loses original colours setting</li>
3332         </ul>
3333       </td>
3334     </tr>
3335     <tr>
3336       <td><div align="center">
3337           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3338             <em>30/1/2014</em></strong>
3339         </div></td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3343             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3344             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3345             open source project).
3346           </li>
3347           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3348           <li>Output in Stockholm format</li>
3349           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3350           <li>Export/import group and sequence associated line
3351             graph thresholds</li>
3352           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3353             ambiguity codes</li>
3354           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3355             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3356             works</li>
3357           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3358         </ul> <em>Other improvements</em>
3359         <ul>
3360           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3361           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3362             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3363           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3364             files</li>
3365           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3366           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3367             link but no description</li>
3368           <li>Select primary source when selecting authority in
3369             database fetcher GUI</li>
3370           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3371             Jalview</li>
3372           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3378             displayed</li>
3379           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3380             secondary structure annotation line</li>
3381           <li>Sequence database accessions not imported when
3382             fetching alignments from Rfam</li>
3383           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3384             identical IDs</li>
3385           <li>View all structures does not always superpose
3386             structures</li>
3387           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3388             reflect user or preset settings</li>
3389           <li>Null pointer exceptions for some services without
3390             presets or adjustable parameters</li>
3391           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3392             discover PDB xRefs</li>
3393           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3394             features with DAS</li>
3395           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3396             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3397           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3398             residue follows a gap</li>
3399           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3400             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3401           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3402             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3403           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3404             annotation already exists on alignment</li>
3405           <li>oninit javascript function should be called after
3406             initialisation completes</li>
3407           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3408             alignment window display</li>
3409           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3410           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3411             to annotation file</li>
3412           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3413             groups created</li>
3414           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3415             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3416           <li>Pressing return several times causes Number Format
3417             exceptions in keyboard mode</li>
3418           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3419             correct partitions for input data</li>
3420           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3421           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3422           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3423           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3424             mode</li>
3425           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3426             changes one row&#39;s threshold</li>
3427           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3428             doesn&#39;t open</li>
3429           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3430             quality histograms</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433     </tr>
3434     <tr>
3435       <td><div align="center">
3436           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3437         </div></td>
3438       <td><em>Application</em>
3439         <ul>
3440           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3441             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3442           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3443             preferences</li>
3444           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3445             in Jalview alignment window</li>
3446           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3447             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3448           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3449             RNA and ambiguity codes</li>
3450
3451           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3452           <li>Support fetching and database reference look up
3453             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3454             refs')</li>
3455           <li>Jalview project improvements
3456             <ul>
3457               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3458                 flag for annotation</li>
3459               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3460                 alignment</li>
3461               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3462                 Jalview project</li>
3463
3464             </ul>
3465           </li>
3466           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3467           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3468             running</li>
3469           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3470           <li>visual indication that web service results are still
3471             being retrieved from server</li>
3472           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3473             starts up for first time</li>
3474           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3475             services</li>
3476           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3477             client library</li>
3478           <li>Examples directory and Groovy library included in
3479             InstallAnywhere distribution</li>
3480         </ul> <em>Applet</em>
3481         <ul>
3482           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3483             visualization applet example</li>
3484         </ul> <em>General</em>
3485         <ul>
3486           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3487           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3488             defaults</li>
3489           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3490             calculation</li>
3491           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3492             matrices
3493           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3494             in HTML</li>
3495           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3496             structure contacts</li>
3497           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3498           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3499           <li>Parse sequence associated secondary structure
3500             information in Stockholm files</li>
3501           <li>HTML Export database accessions and annotation
3502             information presented in tooltip for sequences</li>
3503           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3504             style RNA alignment files</li>
3505           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3506             alignment</li>
3507           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3508             shade each sequence according to its associated alignment
3509             annotation</li>
3510           <li>New Jalview Logo</li>
3511         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3512         <ul>
3513           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3514           <li>New Website!</li>
3515         </ul></td>
3516       <td><em>Application</em>
3517         <ul>
3518           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3519             wsdbfetch REST service</li>
3520           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3521           <li>Filetype associations not installed for webstart
3522             launch</li>
3523           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3524             job execution in full once it is complete</li>
3525           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3526             uploaded via ali_file parameter</li>
3527           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3528           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3529           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3530             submitted for prediction</li>
3531           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3532             desktop window</li>
3533           <li>Putting fractional value into integer text box in
3534             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3535           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3536             windows 7</li>
3537           <li>View all structures fails with exception shown in
3538             structure view</li>
3539           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3540             escaped in a platform independent way</li>
3541           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3542             using proxy</li>
3543           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3544             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3545           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3546             failure when java web start temporary file caching is
3547             disabled</li>
3548           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3549             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3550           <li>Errors during processing of command line arguments
3551             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3552           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3553             DAS sources in sequence fetcher</li>
3554           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3555             dialog is shown</li>
3556           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3557           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3558           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3559           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3560             on OSX Mountain Lion</li>
3561           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3562             sequences with alignment annotation are pasted into the
3563             alignment</li>
3564           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3565             when loaded from Jalview project</li>
3566           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3567           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3568             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3569           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3570             associated with all views</li>
3571           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3572             annotation rows to new window</li>
3573         </ul> <em>Applet</em>
3574         <ul>
3575           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3576             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3577           <li>loading features via javascript API automatically
3578             enables feature display</li>
3579           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3580             work</li>
3581         </ul> <em>General</em>
3582         <ul>
3583           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3584           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3585             and then deselected</li>
3586           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3587           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3588             coloured with clustalx</li>
3589           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3590             exceptions and redraw errors</li>
3591           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3592             reconfigured view</li>
3593           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3594             colour</li>
3595           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3596             for lots of labels</li>
3597         </ul>
3598     </tr>
3599     <tr>
3600       <td>
3601         <div align="center">
3602           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3603         </div>
3604       </td>
3605       <td><em>Application</em>
3606         <ul>
3607           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3608           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3609           <li>View/alignment association menu to enable user to
3610             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3611             its colours/correspondences from</li>
3612           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3613           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3614             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3615           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3616           <li>Annotation row column label formatting attributes
3617             stored in project file</li>
3618           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3619             rows preserved in Jalview project file</li>
3620           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3621             saved using Desktop window menu</li>
3622           <li>Visual indication that command line arguments are
3623             still being processed</li>
3624           <li>Groovy script execution from URL</li>
3625           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3626             preferences</li>
3627           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3628             alignment with sequences that have high similarity and
3629             matching IDs</li>
3630           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3631           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3632             structures in same window</li>
3633           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3634           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3635             analysis function in its own submenu</li>
3636         </ul> <em>Applet</em>
3637         <ul>
3638           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3639             groups</li>
3640           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3641           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3642           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3643           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3644           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3645             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3646           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3647           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3648             parameters are treated as such</li>
3649           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3650             <ul>
3651               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3652               <li>Javascript callbacks for
3653                 <ul>
3654                   <li>Applet initialisation</li>
3655                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3656                 </ul>
3657               </li>
3658               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3659                 functions</li>
3660               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3661               <li>javascript structure viewer harness to pass
3662                 messages between Jmol and Jalview when running as
3663                 distinct applets</li>
3664               <li>sortBy method</li>
3665               <li>Set of applet and application examples shipped
3666                 with documentation</li>
3667               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3668                 javascript message exchange</li>
3669             </ul>
3670         </ul> <em>General</em>
3671         <ul>
3672           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3673             multiple alignments</li>
3674           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3675           <li>User configurable link to enable redirects to a
3676             www.Jalview.org mirror</li>
3677           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3678           <li>Configurable newline string when writing alignment
3679             and other flat files</li>
3680           <li>Allow alignment annotation description lines to
3681             contain html tags</li>
3682         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3683         <ul>
3684           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3685             examples</li>
3686           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3687             using a web service before displaying the result in the
3688             Jalview desktop</li>
3689           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3690           <li>Ant target to publish example html files with applet
3691             archive</li>
3692           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3693           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3694         </ul></td>
3695       <td><em>Application</em>
3696         <ul>
3697           <li>User defined colourscheme throws exception when
3698             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3699           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3700             dialog for valid filename/format</li>
3701           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3702           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3703             P37173</li>
3704           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3705             which sequence is to be associated with the file</li>
3706           <li>Find All raises null pointer exception when query
3707             only matches sequence IDs</li>
3708           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3709           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3710             2.4 cannot be loaded</li>
3711           <li>Filetype associations not installed for webstart
3712             launch</li>
3713           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3714             with sequences in different alignments do not get coloured
3715             by their associated sequence</li>
3716           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3717             not preserved when project is loaded</li>
3718           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3719             stored in Jalview project</li>
3720           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3721             Jalview project</li>
3722           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3723           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3724             by conservation</li>
3725           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3726             created on new view</li>
3727           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3728             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3729           <li>Alignment quality not updated after alignment
3730             annotation row is hidden then shown</li>
3731           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3732             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3733           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3734             properly</li>
3735           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3736             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3737           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3738           <li>Structures imported from file and saved in project
3739             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3740           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3741             job execution in full once it is complete</li>
3742         </ul> <em>Applet</em>
3743         <ul>
3744           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3745             annotation rows are displayed</li>
3746           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3747             codebase</li>
3748           <li>View follows highlighting does not work for positions
3749             in sequences</li>
3750           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3751           <li>Export features raises exception when no features
3752             exist</li>
3753           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3754             for javascript api is modified when separator string
3755             provided as parameter</li>
3756           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3757             alignment with no existing selection</li>
3758           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3759             to applet&#39;s codebase</li>
3760           <li>Status bar not updated after finished searching and
3761             search wraps around to first result</li>
3762           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3763             several Jalview applets causes race conditions and memory
3764             leaks</li>
3765           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3766             not sent from Jmol in applet</li>
3767           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3768             applet API fatally hang browser</li>
3769         </ul> <em>General</em>
3770         <ul>
3771           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3772             position with wrapped view and hidden regions</li>
3773           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3774             with/without hidden columns</li>
3775           <li>Sequence length given in alignment properties window
3776             is off by 1</li>
3777           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3778             import PDB like structure files</li>
3779           <li>Positional search results are only highlighted
3780             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3781           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3782           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3783             given sequence position</li>
3784           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3785             output</li>
3786           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3787             from nucleotide chains correctly</li>
3788           <li>Structure colours not updated when tree partition
3789             changed in alignment</li>
3790           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3791             parsed in interleaved stockholm</li>
3792           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3793             state</li>
3794           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3795             properly</li>
3796           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3797             properly associated with their pdb files</li>
3798         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3799         <ul>
3800           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3801             ApplyCopyright tool</li>
3802         </ul></td>
3803     </tr>
3804     <tr>
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td><em>Application</em>
3811         <ul>
3812           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3813             contact web services</li>
3814           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3815             service job window</li>
3816           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3817         </ul></td>
3818       <td>
3819         <ul>
3820           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3821             pir file emitted by Jalview</li>
3822           <li>Existing feature settings transferred to new
3823             alignment view created from cut'n'paste</li>
3824           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3825             parsing PDB files</li>
3826           <li>Consensus and conservation annotation rows
3827             occasionally become blank for all new windows</li>
3828           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3829             in wrapped view mode</li>
3830         </ul> <em>Application</em>
3831         <ul>
3832           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3833             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3834           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3835             parameter names</li>
3836           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3837             is down</li>
3838         </ul>
3839       </td>
3840     </tr>
3841     <tr>
3842       <td>
3843         <div align="center">
3844           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3845         </div>
3846       </td>
3847       <td><em>Application</em>
3848         <ul>
3849           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3850             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3851             (JABAWS)
3852           </li>
3853           <li>Web Services preference tab</li>
3854           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3855             preferences</li>
3856           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3857           <li>Superpose structures using associated sequence
3858             alignment</li>
3859           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3860             viewer</li>
3861         </ul> <em>Applet</em>
3862         <ul>
3863           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3864             link out mechanism</li>
3865         </ul> <em>Other</em>
3866         <ul>
3867           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3868             series 12</li>
3869           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3870             require Java 1.5</li>
3871           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3872             sequence annotation files</li>
3873           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3874             type colour specification</li>
3875           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3876             script to check if it being run in an interactive session or
3877             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3878         </ul></td>
3879       <td>
3880         <ul>
3881           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3882             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3883         </ul> <em>Application</em>
3884         <ul>
3885           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3886             selected Regions menu item</li>
3887           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3888             part of a valid accession ID</li>
3889           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3890             runs out of memory</li>
3891           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3892             analysis results</li>
3893           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3894             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3895           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3896         </ul> <em>Applet</em>
3897         <ul>
3898           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3899             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3900             defined.</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903     </tr>
3904     <tr>
3905       <td>
3906         <div align="center">
3907           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3908         </div>
3909       </td>
3910       <td></td>
3911       <td>
3912         <ul>
3913           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3914             sequence IDs</li>
3915           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3916             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3917           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3918             import correctly</li>
3919           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3920             number of columns are hidden</li>
3921           <li>annotation label popup menu not providing correct
3922             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3923             present</li>
3924           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3925             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3926           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3927             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3928
3929         </ul> <em>Applet</em>
3930         <ul>
3931           <li>annotation panel disappears when annotation is
3932             hidden/removed</li>
3933         </ul> <em>Application</em>
3934         <ul>
3935           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3936             alignment opened where annotation panel is visible but no
3937             annotations are present on alignment</li>
3938           <li>pasted region containing hidden columns is
3939             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3940           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3941             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3942           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3943             selected Rregions menu item.</li>
3944           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3945             'Un' or 'Non'conserved</li>
3946           <li>Sequence feature settings are being shared by
3947             multiple distinct alignments</li>
3948           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3949             changed</li>
3950           <li>double click on group annotation to select sequences
3951             does not propagate to associated trees</li>
3952           <li>Mac OSX specific issues:
3953             <ul>
3954               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3955                 window background</li>
3956               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3957                 name set correctly</li>
3958               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3959                 save feature colourscheme button</li>
3960             </ul>
3961           </li>
3962         </ul>
3963       </td>
3964     </tr>
3965     <tr>
3966
3967       <td>
3968         <div align="center">
3969           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3970         </div>
3971       </td>
3972       <td><em>New Capabilities</em>
3973         <ul>
3974           <li>URL links generated from description line for
3975             regular-expression based URL links (applet and application)
3976
3977           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3978             menu</li>
3979           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3980             structures</li>
3981           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3982             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3983           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3984             average score or total feature count for each sequence.</li>
3985           <li>Shading features by score or associated description</li>
3986           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3987             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3988           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3989             hide everything but the currently selected region.</li>
3990           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3991         </ul> <em>Application</em>
3992         <ul>
3993           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3994             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3995           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3996             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3997           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3998             database references and protein_name is parsed as
3999             description line (BioSapiens terms).</li>
4000           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4001             references in sequence ID tooltip from View menu in
4002             application.</li>
4003           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4004       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4005           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4006             conservation plots</li>
4007           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4008             and visualized as sequence logos</li>
4009           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4010             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4011           </li>
4012           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4013             when a new tree is opened.</li>
4014           <li>Jalview Java Console</li>
4015           <li>Better placement of desktop window when moving
4016             between different screens.</li>
4017           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4018             consensus annotation</li>
4019           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4020             Workflows</li>
4021           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4022             <ul>
4023               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4024                 used to preserve views, structures, and tree display
4025                 settings)</li>
4026               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4027                 command line</li>
4028               <li>Sharing of selected regions between views and
4029                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4030               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4031             </ul></li>
4032         </ul> <em>Applet</em>
4033         <ul>
4034           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4035           <li>New Parameters
4036             <ul>
4037               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4038                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4039                 opened.</li>
4040               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4041                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4042               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4043                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4044               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4045                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4046                 view</li>
4047               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4048                 increase the height or width of a cell in the alignment
4049                 grid relative to the current font size.</li>
4050             </ul>
4051           </li>
4052           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4053             tooltip</li>
4054         </ul> <em>Other</em>
4055         <ul>
4056           <li>Features format: graduated colour definitions and
4057             specification of feature scores</li>
4058           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4059             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4060             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4061           <li>XML formats extended to support graduated feature
4062             colourschemes, group associated annotation, and profile
4063             visualization settings.</li></td>
4064       <td>
4065         <ul>
4066           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4067             rather than description</li>
4068           <li>Non-positional features are now included in sequence
4069             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4070             visibility in tooltip).</li>
4071           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4072           <li>Added URL embedding instructions to features file
4073             documentation.</li>
4074           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4075             'X' in peptide product</li>
4076           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4077             sequence ID and sequence string and query strings do not
4078             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4079           <li>AMSA files only contain first column of
4080             multi-character column annotation labels</li>
4081           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4082             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4083             exported and re-imported)</li>
4084           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4085             name</li>
4086           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4087             as subsequence matches, and correctly reports total number
4088             of both.</li>
4089           <li>Application:
4090             <ul>
4091               <li>Better handling of exceptions during sequence
4092                 retrieval</li>
4093               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4094                 link text excludes the start_end suffix</li>
4095               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4096                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4097               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4098               <li>Sequence description lines properly shared via
4099                 VAMSAS</li>
4100               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4101                 data sources</li>
4102               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4103                 completes before alignment figures are generated.</li>
4104               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4105                 first time.</li>
4106               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4107                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4108               <li>User defined group colours properly recovered
4109                 from Jalview projects.</li>
4110             </ul>
4111           </li>
4112         </ul>
4113       </td>
4114
4115     </tr>
4116     <tr>
4117       <td>
4118         <div align="center">
4119           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4120         </div>
4121       </td>
4122       <td>
4123         <ul>
4124           <li>Experimental support for google analytics usage
4125             tracking.</li>
4126           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4127         </ul>
4128       </td>
4129       <td>
4130         <ul>
4131           <li>Race condition in applet preventing startup in
4132             jre1.6.0u12+.</li>
4133           <li>Exception when feature created from selection beyond
4134             length of sequence.</li>
4135           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4136           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4137             all sequences with a given id</li>
4138           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4139             ID string searches</li>
4140           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4141             alignment to fail with exception</li>
4142         </ul> <em>Application Issues</em>
4143         <ul>
4144           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4145           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4146             data sources</li>
4147         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4148         <ul>
4149           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4150             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4151           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4152             version (java class versioning error fixed)</li>
4153         </ul>
4154       </td>
4155     </tr>
4156     <tr>
4157       <td>
4158
4159         <div align="center">
4160           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4161         </div>
4162       </td>
4163       <td><em>User Interface</em>
4164         <ul>
4165           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4166             translation and protein products</li>
4167           <li>Linked highlighting of structure associated with
4168             residue mapping to codon position</li>
4169           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4170             and 'clear' button</li>
4171           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4172             Tools menu</li>
4173           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4174             numeric data in description line</li>
4175           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4176           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4177             of sequence</li>
4178         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4179         <ul>
4180           <li>JPred3 web service</li>
4181           <li>Prototype sequence search client (no public services
4182             available yet)</li>
4183           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4184             PFAM</li>
4185           <li>URL Links created for matching database cross
4186             references as well as sequence ID</li>
4187           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4188         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4189         <ul>
4190           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4191             databases</li>
4192           <li>Generalised database reference retrieval and
4193             validation to all fetchable databases</li>
4194           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4195             sequence command</li>
4196         </ul> <em>Import and Export</em>
4197         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4198         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4199           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4200         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4201           File</li>
4202         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4203           triplet as name of colourscheme</li>
4204         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4205         <ul>
4206           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4207           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4208             alignments (experimental)</li>
4209           <li>Create new or select existing session to join</li>
4210           <li>load and save of vamsas documents</li>
4211         </ul> <em>Application command line</em>
4212         <ul>
4213           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4214             from applet)</li>
4215           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4216             of DAS servers to query for alignment features</li>
4217           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4218             that are also automatically queried for features</li>
4219           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4220             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4221         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4222         <ul>
4223           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4224             application (when using &quot;View in full
4225             application&quot;)</li>
4226         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4227         <ul>
4228           <li>feature group display control parameter</li>
4229           <li>debug parameter</li>
4230           <li>showbutton parameter</li>
4231         </ul> <em>Applet API methods</em>
4232         <ul>
4233           <li>newView public method</li>
4234           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4235           <li>Feature display control methods</li>
4236           <li>get list of currently selected sequences</li>
4237         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4238         <ul>
4239           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4240           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4241             Jalview release.</li>
4242           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4243             property controls execution of obfuscator</li>
4244           <li>Build target for generating source distribution</li>
4245           <li>Debug flag for javacc</li>
4246           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4247             jalview.bin.Cache</li>
4248           <li>Continuous Build Integration for stable and
4249             development version of Application, Applet and source
4250             distribution</li>
4251         </ul></td>
4252       <td>
4253         <ul>
4254           <li>selected region output includes visible annotations
4255             (for certain formats)</li>
4256           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4257             for editing</li>
4258           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4259           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4260           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4261           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4262             comments</li>
4263           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4264             filenames containing a ':'</li>
4265           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4266             global sequence features</li>
4267           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4268             references from alignment sequences goes to zero</li>
4269           <li>Close of tree branch colour box without colour
4270             selection causes cascading exceptions</li>
4271           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4272           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4273             file parsing fails.</li>
4274           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4275           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4276             not a valid output format</li>
4277           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4278             vamsas</li>
4279           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4280           <li>error messages passed up and output when data read
4281             fails</li>
4282           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4283             sequence is edited</li>
4284           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4285             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4286           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4287             filetype</li>
4288           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4289             import fixed for PFAM records</li>
4290           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4291             window list</li>
4292           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4293             can be read and written correctly to annotation file</li>
4294           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4295             correctly</li>
4296           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4297             non-italic font for representatives in Applet</li>
4298           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4299             Macs.</li>
4300           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4301             Applet)</li>
4302           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4303             due to null pointer exceptions</li>
4304           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4305             first column of alignment</li>
4306           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4307             July 2008</li>
4308           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4309             file is case-insensitive</li>
4310           <li>Sequence features read from Features file appended to
4311             all sequences with matching IDs</li>
4312           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4313             containing a sub-sequence</li>
4314           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4315           <li>feature and annotation file applet parameters
4316             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4317           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4318           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4319             splash-screen version check to complete</li>
4320           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4321             when passing them to the launchApp service</li>
4322           <li>display name and local features preserved in results
4323             retrieved from web service</li>
4324           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4325             sequence fetcher initialisation</li>
4326           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4327             dasobert DAS client</li>
4328           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4329             association</li>
4330           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4331             sequences
4332           </li>
4333         </ul>
4334       </td>
4335     </tr>
4336     <tr>
4337       <td>
4338         <div align="center">
4339           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4340         </div>
4341       </td>
4342       <td>
4343         <ul>
4344           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4345           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4346           <li>Slide sequences</li>
4347           <li>Edit sequence in place</li>
4348           <li>EMBL CDS features</li>
4349           <li>DAS Feature mapping</li>
4350           <li>Feature ordering</li>
4351           <li>Alignment Properties</li>
4352           <li>Annotation Scores</li>
4353           <li>Sort by scores</li>
4354           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4355         </ul>
4356       </td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4360           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4361           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4362           <li>Feature group display state in XML</li>
4363           <li>Feature ordering in XML</li>
4364           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4365           <li>Stockholm alignment properties</li>
4366           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4367           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4368           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4369           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4370         </ul>
4371       </td>
4372
4373     </tr>
4374     <tr>
4375       <td>
4376         <div align="center">
4377           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4378         </div>
4379       </td>
4380       <td>
4381         <ul>
4382           <li>Non standard characters can be read and displayed
4383           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4384             applet via textbox
4385           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4386             name &amp; description
4387           <li>Preference setting to display sequence name in
4388             italics
4389           <li>Annotation file format extended to allow
4390             Sequence_groups to be defined
4391           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4392             specified in preferences
4393           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4394             sequences
4395         </ul>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4400             installed
4401           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4402           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4403         </ul>
4404       </td>
4405     </tr>
4406     <tr>
4407       <td>
4408         <div align="center">
4409           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4410         </div>
4411       </td>
4412       <td>
4413         <ul>
4414           <li>Multiple views on alignment
4415           <li>Sequence feature editing
4416           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4417           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4418           <li>Background dependent text colour
4419           <li>Right align sequence ids
4420           <li>User-defined lower case residue colours
4421           <li>Format Menu
4422           <li>Select Menu
4423           <li>Menu item accelerator keys
4424           <li>Control-V pastes to current alignment
4425           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4426           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4427           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4428
4429           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4430         </ul>
4431       </td>
4432       <td>
4433         <ul>
4434           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4435           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4436             calculations
4437           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4438             edits
4439           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4440             of alignment)
4441           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4442
4443           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4444             display correctly
4445           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4446           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4447             analysis results
4448           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4449             &#8739;
4450           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4451           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4452           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4453
4454         </ul>
4455       </td>
4456     </tr>
4457     <tr>
4458       <td>
4459         <div align="center">
4460           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4461         </div>
4462       </td>
4463       <td>
4464         <ul>
4465           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4466         </ul>
4467       </td>
4468       <td>
4469         <ul>
4470           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4471             sequence id panel has been resized</li>
4472           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4473             rendered</li>
4474           <li>Annotation files with sequence references - all
4475             elements in file are relative to sequence position</li>
4476           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479     </tr>
4480     <tr>
4481       <td>
4482         <div align="center">
4483           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4484         </div>
4485       </td>
4486       <td>
4487         <ul>
4488           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4489           <li>DAS Feature fetching</li>
4490           <li>Hide sequences and columns</li>
4491           <li>Export Annotations and Features</li>
4492           <li>GFF file reading / writing</li>
4493           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4494             files</li>
4495           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4496           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4497           <li>Applet can launch the full application</li>
4498           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4499             required)</li>
4500           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4501           <li>Applet can load sequences from parameter
4502             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4503           </li>
4504         </ul>
4505       </td>
4506       <td>
4507         <ul>
4508           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4509           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4510           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4511         </ul>
4512       </td>
4513     </tr>
4514     <tr>
4515       <td>
4516         <div align="center">
4517           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4518         </div>
4519       </td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4523           <li>Choose to match case when searching</li>
4524           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4525             expand the visible width and height of the alignment</li>
4526         </ul>
4527       </td>
4528       <td>
4529         <ul>
4530           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4531         </ul>
4532       </td>
4533     </tr>
4534     <tr>
4535       <td>
4536         <div align="center">
4537           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4538         </div>
4539       </td>
4540       <td>&nbsp;</td>
4541       <td>
4542         <ul>
4543           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4544           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4545             value</li>
4546         </ul>
4547       </td>
4548     </tr>
4549     <tr>
4550       <td>
4551         <div align="center">
4552           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4553         </div>
4554       </td>
4555       <td>
4556         <ul>
4557           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4558           <li>Keyboard editing</li>
4559           <li>Create sequence features from searches</li>
4560           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4561             alignments</li>
4562           <li>Features file allows grouping of features</li>
4563           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4564           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4565           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4566         </ul>
4567       </td>
4568       <td>
4569         <ul>
4570           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4571           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4572             descriptions saved.</li>
4573         </ul>
4574       </td>
4575     </tr>
4576     <tr>
4577       <td>
4578         <div align="center">
4579           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4580         </div>
4581       </td>
4582       <td>
4583         <ul>
4584           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4585           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4586           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4587             name for file output</li>
4588           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4589           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4590             used for HTML form input</li>
4591         </ul>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>HTML output writes groups and features</li>
4596           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4597           <li>File IO bugs</li>
4598         </ul>
4599       </td>
4600     </tr>
4601     <tr>
4602       <td>
4603         <div align="center">
4604           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4605         </div>
4606       </td>
4607       <td>
4608         <ul>
4609           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4610           <li>More options for PCA viewer</li>
4611         </ul>
4612       </td>
4613       <td>
4614         <ul>
4615           <li>GUI bugs resolved</li>
4616           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4617         </ul>
4618       </td>
4619     </tr>
4620     <tr>
4621       <td height="63">
4622         <div align="center">
4623           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4624         </div>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4629           <li>Jar files are executable</li>
4630           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4631         </ul>
4632       </td>
4633       <td>
4634         <ul>
4635           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4636           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4637           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4638         </ul>
4639       </td>
4640     </tr>
4641     <tr>
4642       <td>
4643         <div align="center">
4644           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4645         </div>
4646       </td>
4647       <td>
4648         <ul>
4649           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4650         </ul>
4651       </td>
4652       <td>
4653         <ul>
4654           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4655         </ul>
4656       </td>
4657     </tr>
4658     <tr>
4659       <td>
4660         <div align="center">
4661           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4662         </div>
4663       </td>
4664       <td>
4665         <ul>
4666           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4667             size</li>
4668         </ul>
4669       </td>
4670       <td>
4671         <ul>
4672           <li>Improved JPred client reliability</li>
4673           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4674         </ul>
4675       </td>
4676     </tr>
4677     <tr>
4678       <td>
4679         <div align="center">
4680           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4681         </div>
4682       </td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4686           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4687           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4688             to Colour Menu</li>
4689           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4690           <li>Unix users can set default web browser</li>
4691           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4692           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4693         </ul>
4694       </td>
4695       <td>
4696         <ul>
4697           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4698         </ul>
4699       </td>
4700     </tr>
4701     <tr>
4702       <td>
4703         <div align="center">
4704           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4705         </div>
4706       </td>
4707       <td>&nbsp;</td>
4708       <td>
4709         <ul>
4710           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4711             alignment order.</li>
4712         </ul>
4713       </td>
4714     </tr>
4715     <tr>
4716       <td>
4717         <div align="center">
4718           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4719         </div>
4720       </td>
4721       <td>
4722         <ul>
4723           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4724           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4725           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4726             annotations.</li>
4727           <li>Version and build date written to build properties
4728             file.</li>
4729           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4730             at launch of Jalview.</li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733       <td>
4734         <ul>
4735           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4736           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4737           <li>Can remove groups one by one.</li>
4738           <li>Filechooser icons installed.</li>
4739           <li>Finder ignores return character when searching.
4740             Return key will initiate a search.<br>
4741           </li>
4742         </ul>
4743       </td>
4744     </tr>
4745     <tr>
4746       <td>
4747         <div align="center">
4748           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4749         </div>
4750       </td>
4751       <td>
4752         <ul>
4753           <li>New codebase</li>
4754         </ul>
4755       </td>
4756       <td>&nbsp;</td>
4757     </tr>
4758   </table>
4759   <p>&nbsp;</p>
4760 </body>
4761 </html>