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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>29/09/2021</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li><!-- --></li>
  66         </ul>
  67         <em>Development</em>
  68         <ul>
  69           <li>Updated building instructions</li>
  70         </ul></td>
  71       <td>
  72         <ul>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
  75             Structure Preferences
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3702, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
  79             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
  80             Unix/BSD OSs)
  81           </li>
  82
  83         </ul> <em>Development</em>
  84         <ul>
  85           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  86         </ul>
  87       </td>
  88     </tr>
  89         <tr>
  90       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  91           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
  92           <em>6/01/2022</em></strong></td>
  93
  94       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
  95         <ul>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
  98             </li>
  99         </ul></td>
 100       <td>
 101       </td>
 102     </tr>
 103     <tr>
 104       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 105           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 106           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 107
 108       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 109         <ul>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 112             (was log4j 1.2.x).
 113         </ul> <em>Development</em>
 114         <ul>
 115           <li>Updated building instructions</li>
 116         </ul></td>
 117       <td>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 121             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 122             and display)
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 126             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 127             only)
 128           </li>
 129         </ul> <em>Development</em>
 130         <ul>
 131           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 132         </ul>
 133       </td>
 134     </tr>
 135     <tr>
 136       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 137           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 138           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 139       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 140           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 141         <ul>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 144             launch of the news browser (like -nonews argument)
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 148             download of linkout URLs from
 149             www.jalview.org/services/identifiers
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 153             download of BIOJSHTML templates
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 157             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 158             disabled
 159           </li>
 160         </ul></td>
 161       <td align="left" valign="top">
 162         <ul>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 165             Jmol
 166           </li>
 167         </ul> <em>New Known defects</em>
 168         <ul>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 171             always restored from project (since 2.10.3)
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 175             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 176           </li>
 177         </ul>
 178       </td>
 179     </tr>
 180     <tr>
 181       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 182           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 183           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 184       <td align="left" valign="top">
 185         <ul>
 186
 187         </ul>
 188       </td>
 189       <td align="left" valign="top">
 190         <ul>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 193             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 197             sequences can be classed as nucleotide
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 201             sequences after alignment of protein products (known defect
 202             first reported for 2.11.1.0)
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 206             features outwith CDS shown overlaid on protein
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 210             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 211             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 215             CDS features
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 219             always select corresponding protein sequences
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 223             column selection doesn't always ignore hidden columns
 224           </li>
 225         </ul> <em>Installer</em>
 226         <ul>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 229             Windows prevents install4j launching getdown
 230           </li>
 231         </ul> <em>Development</em>
 232         <ul>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 235             version numbers in doc/building.md
 236           </li>
 237         </ul>
 238       </td>
 239     </tr>
 240     <tr>
 241       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 242           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 243           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 244       <td align="left" valign="top">
 245         <ul>
 246         </ul>
 247       </td>
 248       <td align="left" valign="top">
 249         <ul>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 252             "Encountered problems opening
 253             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 254           </li>
 255         </ul>
 256       </td>
 257     </tr>
 258     <tr>
 259       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 260           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 261           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 262       <td align="left" valign="top">
 263         <ul>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 266             residue in cursor mode
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 270             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 274             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 275             improved compatibility with JalviewJS
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 279             alignments from Pfam and Rfam
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 283             import (no longer based on .gz extension)
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 290             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 291             EMBL flat file
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 295             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 296             saving or making backup files.
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 300             <ul>
 301               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 302               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 303             </ul>
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 307             when running on Linux (Requires Java 11+)
 308           </li>
 309         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 310         <ul>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 313             through a system property
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 317             line help for configuring Jalview's memory
 318           </li>
 319         </ul>
 320       </td>
 321       <td align="left" valign="top">
 322         <ul>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 325             but not calculated and no protein or DNA score models are
 326             available for tree/PCA calculation when launched with
 327             Turkish language locale
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 331             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 335             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 339             sequence under the cursor
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 343             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 347             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 348             '%s'" on the console
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 352             when there are both local and complementary features mapped
 353             to the position under the cursor
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 357             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 361             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 365             internationalised text for some messages and log output
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 369             hidden gapped columns
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 373             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 377             specifying output format when exporting an alignment via the
 378             command line
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 382             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 383             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 384             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 385             file again, and if that fails, delete the original file and
 386             save in place.)
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 390             via command line
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 394             program and documentation
 395           </li>
 396         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 397         <ul>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 400             first time for a version that has different jars to the
 401             previous launched version.
 402           </li>
 403         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 404         <ul>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 407             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 408             OutOfMemory error.
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 412             monitor the release channel
 413           </li>
 414         </ul> <em>New Known defects</em>
 415         <ul>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 418             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 419             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 420             genome of RNA viruses)
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 424             are ordered differently when shown on alignment and in
 425             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 429             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 430             works for the top left quadrant of the alignment window
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 434             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 438             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 442             protein products for certain ENA records are repeatedly
 443             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 444           </li>
 445         </ul>
 446       </td>
 447     </tr>
 448     <tr>
 449       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 450           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 451           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 452       <td align="left" valign="top">
 453         <ul>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 456             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 457             for display in alignments, on structure views (including
 458             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 459             export.
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 463             exported and re-imported as GFF3 files
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 467             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 471             validation while parsing
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 475             position if reopened
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 479             of associated view
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 483             enabled by default
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 487             tooltips and menus
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 491             with no feature types visible
 492           </li>
 493           <li>
 494           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 495           </li>
 496         </ul><em>Jalview Installer</em>
 497             <ul>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 500             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 507           </li>
 508               <li>
 509                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 510               <li>
 511                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 512         </ul> <em>Release processes</em>
 513         <ul>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 519           </li>
 520         </ul> <em>Build System</em>
 521         <ul>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 527             report
 528           </li>
 529         </ul>
 530         <em>Groovy Scripts</em>
 531             <ul>
 532           <li>
 533             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 534             to stdout containing the consensus sequence for each
 535             alignment in a Jalview session
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 539             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 540             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 541           </li>
 542         </ul>
 543       </td>
 544       <td align="left" valign="top">
 545         <ul>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 548             'Show hidden markers' option is not ticked
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 552             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 553             jalview preferences or properties file
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 557             'Show Sequence Features' option is not ticked
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 561             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 562             features are visible
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 566             equal when split frame is first opened
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 570             correct after editing a sequence's start position
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 574             with annotation and exceptions thrown when only a few
 575             columns shown in wrapped mode
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 579             wrapped alignment figure with annotations
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 583             ID fails with ClassCastException
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 587             Project
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 591             feature settings dialog also selects columns
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 595             IllegalArgumentException in some circumstances
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 599             opened for a view
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 603             alignment window is closed
 604           </li>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 607             help documentation for 2.11.0 release
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 611             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 612             Uniprot Accession
 613           </li>
 614         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 615         <ul>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 618             PDB/Uniprot search panel
 619           </li>
 620         </ul> <em>Installer</em>
 621         <ul>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 624             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 625           </li>
 626         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 627         <ul>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 630             repository
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 634             memory
 635           </li>
 636         </ul> <em>New Known Issues</em>
 637         <ul>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 640             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 641             command line
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 645             clipped in headless figure export when Right Align option
 646             enabled
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 650             'Source' in console output
 651           </li>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 654             bamboo server but run fine locally.
 655           </li>
 656         </ul>
 657       </td>
 658     </tr>
 659     <tr>
 660       <td width="60" align="center" nowrap>
 661           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 662             <em>04/07/2019</em></strong>
 663       </td>
 664       <td align="left" valign="top">
 665         <ul>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 668             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 669             source project) rather than InstallAnywhere
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 673             settings, receive over the air updates and launch specific
 674             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 675               Rings' GetDown</a>)
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 679             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 683             arguments and switch between different getdown channels
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 687             or alignment files
 688           </li>
 689
 690           <li>
 691             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 692             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 693           <li>
 694             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 695             'Translate as cDNA'</li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 698           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 699             <ul>
 700                       <li>
 701             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 702             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 703           <li>
 704                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 705                 features can be filtered and shaded according to any
 706                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 707                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 708                 file)
 709               </li>
 710               <li>
 711                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 712                 stored and restored from Jalview Projects
 713               </li>
 714               <li>
 715                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 716                 recognise variant features
 717               </li>
 718               <li>
 719                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 720                 sequences (also coloured red by default)
 721               </li>
 722               <li>
 723                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 724                 details
 725               </li>
 726               <li>
 727                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 728                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 729               </li>
 730               <li>
 731                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 732                 dialog
 733               </li>
 734             </ul>
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 738             tree and PCA calculations
 739           </li>
 740           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 741             <ul>
 742               <li>
 743                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 744                 and Viewer state saved in Jalview Project
 745               </li>
 746               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 747                 drop-down menus</li>
 748               <li>
 749                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 750                 incrementally
 751               </li>
 752               <li>
 753                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 754               </li>
 755             </ul>
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 759           </li>
 760           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 761           <ul>
 762               <li>
 763                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 764                 multiple groups when working with large alignments
 765               </li>
 766               <li>
 767                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 768                 Stockholm files
 769               </li>
 770             </ul>
 771           <li><strong>User Interface</strong>
 772           <ul>
 773               <li>
 774                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 775                 view
 776               </li>
 777               <li>
 778                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 779                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 780                 default (can be changed in user preferences)
 781               </li>
 782               <li>
 783                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 784                 to the Overwrite Dialog
 785               </li>
 786               <li>
 787                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 788                 sequences are hidden
 789               </li>
 790               <li>
 791                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 792                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 793               </li>
 794               <li>
 795                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 796                 labels
 797               </li>
 798               <li>
 799                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 800                 when in wrapped mode
 801               </li>
 802               <li>
 803                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 804                 annotation
 805               </li>
 806               <li>
 807                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 808               </li>
 809               <li>
 810                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 811                 panel
 812               </li>
 813               <li>
 814                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 815                 popup menu
 816               </li>
 817               <li>
 818               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 819               <li>
 820               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 821
 822
 823             </ul></li>
 824             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 825           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 826             <ul>
 827               <li>
 828                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 829                 trapping CMD-Q
 830               </li>
 831             </ul></li>
 832         </ul>
 833         <em>Deprecations</em>
 834         <ul>
 835           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 836             capabilities removed from the Jalview Desktop
 837           </li>
 838           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 839             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 840             and XML based data retrieval clients</li>
 841           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 842           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 843         </ul> <em>Documentation</em>
 844         <ul>
 845           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 846             not supported in EPS figure export
 847           </li>
 848           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 849         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 850         <ul>
 851           <li>
 852           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 853           </li>
 854       <li>
 855       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 856           <li>
 857           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 858             gradle-eclipse
 859           </li>
 860           <li>
 861           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 862             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 863             execution
 864           </li>
 865           <li>
 866           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 867             operations
 868           </li>
 869           <li>
 870           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 871             issues resolved
 872           </li>
 873           <li>
 874           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 875             markdown (with HTML rendering)
 876           </li>
 877           <li>
 878           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 879           </li>
 880           <li>
 881           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 882             versions of Jalview
 883           </li>
 884         </ul>
 885       </td>
 886       <td align="left" valign="top">
 887         <ul>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 893             superposition in Jmol fail on Windows
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 897             structures for sequences with lots of PDB structures
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 901             monospaced font
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 905             project involving multiple views
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 909             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 910             Annotation dialog hides columns
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 914             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 915             one view, then making another selection in the other view
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 919             columns
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 923             Settings and Jalview Preferences panels
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 927             overview with large alignments
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 931             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 932             mouse moved to the left of the first column
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 936             hidden column marker via scale popup menu
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 940             doesn't tell users the invalid URL
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 944             score from view
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 948             show cross references or Fetch Database References are shown in
 949             red in original view
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 953             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 954           </li>
 955           <li>
 956             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 957             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 961             when columns are hidden
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 965             Columns by Annotation description
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 969             out of Scale or Annotation Panel
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 973             scale panel
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 977             alignment down
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 981             scale panel
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 985             Page Up in wrapped mode
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 995             on opening an alignment
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 999             Colour menu
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1003             different groups in the alignment are selected
1004           </li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1007             correctly in menu
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1011             threshold limit
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1015             threshold gets 'unrounded'
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1019             colour
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1029             Tree font
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1033             project file
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1037             shown in complementary view
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1041             without normalisation
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1045             of report
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1049           </li>
1050           <li>
1051           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1052           </li>
1053         </ul> <em>Editing</em>
1054         <ul>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1057             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1058             sequence
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1062             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1063             removed (Known defect since 2.10)
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1067             dialog corrupts dataset sequence
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1071             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1072           </li>
1073         </ul> <em>Datamodel</em>
1074         <ul>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1077             sequence's End is greater than its length
1078           </li>
1079         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1080           general release)</em>
1081         <ul>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1084           </li>
1085         </ul> <em>New Known Defects</em>
1086         <ul>
1087         <li>
1088         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1089         </li>
1090         <li>
1091           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1092           regions of protein alignment.
1093         </li>
1094         <li>
1095           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1096           is restored from a Jalview 2.11 project
1097         </li>
1098         <li>
1099           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1100           'New View'
1101         </li>
1102         <li>
1103           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1104           columns within hidden columns
1105         </li>
1106         <li>
1107           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1108           window after dragging left to select columns to left of visible
1109           region
1110         </li>
1111         <li>
1112           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1113           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1114           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1115           create a Score filter instead.
1116         </li>
1117         <li>
1118         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1119         <li>
1120         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1121         </li>
1122         <li>
1123           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1124           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1125         </li>
1126         </ul>
1127         <em>Java 11 Specific defects</em>
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1131               alphabetically when saved
1132             </li>
1133         </ul>
1134       </td>
1135     </tr>
1136     <tr>
1137     <td width="60" nowrap>
1138       <div align="center">
1139         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1140       </div>
1141     </td>
1142     <td><div align="left">
1143         <em></em>
1144         <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1147               InstallAnywhere increased to 1G.
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1151               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1152               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1153                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1154                 properties file.</em>
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1158               API and sequence data now imported as JSON.
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1162               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1163               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1164               property.
1165             </li>
1166           </ul>
1167           <em>Development</em>
1168           <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1171               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1172                 Clover</a>
1173             </li>
1174           </ul>
1175         </div></td>
1176     <td><div align="left">
1177         <em></em>
1178         <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1181               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1182               alignment.
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1186               annotation displayed.
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1190               for newly created group when 'Apply to all groups'
1191               selected
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1195               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1196               visible.
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1200               when sequences are selected in exported view.</em>
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1204               aren't rendered with correct colour.
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1208               types of knotted RNA secondary structure.
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1212               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1213               do not start at 1.
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1217               annotation when columns are inserted into an alignment,
1218               and when exporting as Stockholm flatfile.
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1222               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1223               treated as RNA secondary structure.
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1227               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1231               transfers focus to previous window on OSX
1232             </li>
1233           </ul>
1234           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1235           <ul>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1238               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1239               box.
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1243               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1244               'look and feel' which has improved compatibility with the
1245               latest version of OSX.
1246             </li>
1247           </ul>
1248         </div>
1249     </td>
1250     </tr>
1251     <tr>
1252       <td width="60" nowrap>
1253         <div align="center">
1254           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1255             <em>7/06/2018</em></strong>
1256         </div>
1257       </td>
1258       <td><div align="left">
1259           <em></em>
1260           <ul>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1263               annotation retrieved from Uniprot
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1267               onto the Jalview Desktop
1268             </li>
1269           </ul>
1270         </div></td>
1271       <td><div align="left">
1272           <em></em>
1273           <ul>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1276               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1280               right-hand column parsed correctly
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1284               not alignment area in exported graphic
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1288               window has input focus
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1292               annotation added to view (Windows)
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1296               network connectivity is poor
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1300               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1301                 the currently open URL and links from a page viewed in
1302                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1303                 you are using Edge, only links in the page can be
1304                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1305                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1306             </li>
1307           </ul>
1308           <em>New Known Defects</em>
1309           <ul>
1310             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1311           </ul>
1312         </div></td>
1313     </tr>
1314     <tr>
1315       <td width="60" nowrap>
1316         <div align="center">
1317           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1318         </div>
1319       </td>
1320       <td><div align="left">
1321           <em></em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1325               for disabling automatic superposition of multiple
1326               structures and open structures in existing views
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1330               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1331               adjust them.
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1335               Ensembl services
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1339               and lots of hidden columns
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1343               of features (particularly when transparency is disabled)
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1347               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1348               generally available
1349             </li>
1350           </ul>
1351           </div>
1352       </td>
1353       <td><div align="left">
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1357               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1361               overlapping alignment panel
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1365               sequence as gaps
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1369               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1370               UTR
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1374               factor annotation not added to sequence when local PDB
1375               file associated with it by drag'n'drop or structure
1376               chooser
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1380               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1384               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1388               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1392               columns in annotation row
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1396               honored in batch mode
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1400               for structures added to existing Jmol view
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1404               entries after importing project with multiple views
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1408               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1409               with negative residue numbers or missing residues fails
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1413               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1414               as generated by CONSURF)
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1418               tooltip doesn't include a text description of mutation
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1422               structure and/or overview windows are also shown
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1426               very slow for alignments with large numbers of sequences
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1430               with 'StringIndexOutOfBounds'
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1434               platforms running Java 10
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1438               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1439             </li>
1440           </ul>
1441           <em>Applet</em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1445               should copy the group consensus when popup is opened on it
1446             </li>
1447           </ul>
1448           <em>Batch Mode</em>
1449           <ul>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1452           </li>
1453           </ul>
1454           <em>New Known Defects</em>
1455           <ul>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1458               editing a large alignment and overview is displayed
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1462               repeatedly after a series of edits even when the overview
1463               is no longer reflecting updates
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1467               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1468               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1469               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1473               option gives blank output
1474             </li>
1475           </ul>
1476         </div>
1477           </td>
1478     </tr>
1479     <tr>
1480       <td width="60" nowrap>
1481         <div align="center">
1482           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1483         </div>
1484       </td>
1485       <td><div align="left">
1486           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1487               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1488       <td><div align="left">
1489           <em>Desktop</em><ul>
1490           <ul>
1491             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1492             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1493             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1494             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1495             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1496             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1497             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1498           </ul>
1499           </div>
1500       </td>
1501     </tr>
1502     <tr>
1503       <td width="60" nowrap>
1504         <div align="center">
1505           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1506         </div>
1507       </td>
1508       <td><div align="left">
1509           <em></em>
1510           <ul>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1513               rendering of sequence features
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1517               429 rate limit request hander
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1521               their colours have changed
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1525               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1529               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1533               view from Ensembl locus cross-references
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1537               Alignment report
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1541               feature can be disabled
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1545               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1549               Uniprot
1550             </li>
1551           </ul>
1552           <em>Scripting</em>
1553           <ul>
1554             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1555             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1556               percent identity scores for current alignment.</li>
1557           </ul>
1558           <em>Testing and Deployment</em>
1559           <ul>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1562             </li>
1563           </ul>
1564         </div></td>
1565       <td><div align="left">
1566           <em>General</em>
1567           <ul>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1570               threshold text field doesn't trigger an update to the
1571               alignment view
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1575               strings in parallel
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1579               alignment window is closed
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1583               group visibility
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1587               takes a long time in Cursor mode
1588             </li>
1589           </ul>
1590           <em>Desktop</em>
1591           <ul>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1594               cannot be viewed in Chimera
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1598               CDS/Protein view
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1602               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1603               Search Dialogs
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1613               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1617               scrolling right in unwapped alignment view
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1621               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1622               database
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1626               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1630               features of same type and group to be selected for
1631               amending
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1635               alignments when hidden columns are present
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1639               displaying several structures
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1643               moving a window
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1647               within the Jalview desktop on OSX
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1651               when in wrapped alignment mode
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1655               hand end of alignment
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1659               each selected sequence do not have correct start/end
1660               positions
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1664               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1668               restoring project until a new view is created
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1672               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1673               configured (since 2.10.2b2)
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1677               position is adjusted
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1681               in a multi-chain structure when viewing alignment
1682               involving more than one chain (since 2.10)
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1686               if new selection moves alignment window
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1690               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1694               that produces correctly annotated transcripts and products
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1698               doesn't update associated structure view
1699             </li>
1700           </ul>
1701           <em>Applet</em><br />
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1705               closing alignment panel
1706             </li>
1707           </ul>
1708           <em>BioJSON</em><br />
1709           <ul>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1712               non-positional features
1713             </li>
1714           </ul>
1715           <em>New Known Issues</em>
1716           <ul>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1719               sequence features correctly (for many previous versions of
1720               Jalview)
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1724               using cursor in wrapped panel other than top
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1728               graduated colour threshold
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1732               always preserve numbering and sequence features
1733             </li>
1734           </ul>
1735           <em>Known Java 9 Issues</em>
1736           <ul>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1739               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1740               9.01, OSX 10.10)
1741             </li>
1742           </ul>
1743         </div></td>
1744     </tr>
1745     <tr>
1746       <td width="60" nowrap>
1747         <div align="center">
1748           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1749             <em>2/10/2017</em></strong>
1750         </div>
1751       </td>
1752       <td><div align="left">
1753           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1754           <ul>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1757             </li>
1758             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1759             </li>
1760           </ul>
1761         </div></td>
1762       <td><div align="left">
1763         </div></td>
1764     </tr>
1765     <tr>
1766       <td width="60" nowrap>
1767         <div align="center">
1768           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1769             <em>7/9/2017</em></strong>
1770         </div>
1771       </td>
1772       <td><div align="left">
1773           <em></em>
1774           <ul>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1777               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1778               white)
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1782               Preferences
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1786               in size and progress bar shown as higher resolution
1787               overview is recalculated
1788             </li>
1789
1790           </ul>
1791         </div></td>
1792       <td><div align="left">
1793           <em></em>
1794           <ul>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1797               column region row by row
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1801               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1805               format setting is unticked
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1809               if group has show boxes format setting unticked
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1813               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1814               include sequences and columns not currently displayed
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1818               assemblies are imported via CIF file
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1822               displayed when threshold or conservation colouring is also
1823               enabled.
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1827               server version
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1831               dragging a selected region off the visible region of the
1832               alignment
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1836               colourscheme to all groups in a view
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1840               initially after font size change using the Font chooser or
1841               middle-mouse zoom
1842             </li>
1843           </ul>
1844         </div></td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td width="60" nowrap>
1848         <div align="center">
1849           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1850         </div>
1851       </td>
1852       <td><div align="left">
1853           <em>Calculations</em>
1854           <ul>
1855
1856             <li>
1857               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1858               ungapped positions in each column of the alignment.
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1862               a calculation dialog box
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1866               and memory efficiency (~30x faster)
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1870               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1871               and other calculations
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1875               files within the Jalview codebase
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1879               Similarity may have different topology due to increased
1880               precision
1881             </li>
1882           </ul>
1883           <em>Rendering</em>
1884           <ul>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1887               model for alignments and groups
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1891               scripts
1892             </li>
1893           </ul>
1894           <em>Overview</em>
1895           <ul>
1896             <li>
1897               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1898               with alignment and overview windows
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1902               overview
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1906               omitted in Overview
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1910               adjustment of visible position
1911             </li>
1912           </ul>
1913
1914           <em>Data import/export</em>
1915           <ul>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1918               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1922               annotation input/output via stockholm flatfile
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1926               extension when importing structure files without embedded
1927               names or PDB accessions
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1931               format sequence substitution matrices
1932             </li>
1933           </ul>
1934           <em>User Interface</em>
1935           <ul>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1938               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1939               the application.
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1943               via Overview or sequence motif search operations
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1947               opened by double clicking gaps within sequence feature
1948               extent
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1952               aligned positions were available to create a 3D structure
1953               superposition.
1954             </li>
1955           </ul>
1956           <em>3D Structure</em>
1957           <ul>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1960               coloured in linked structure views
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1964               file-based command exchange
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1968               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1969               structures are already available for sequences
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1973               the Jalview project rather than downloaded again when the
1974               project is reopened.
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1978               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1979               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1980                 Feature</strong>)
1981             </li>
1982           </ul>
1983           <em>Web Services</em>
1984           <ul>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1990               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1991               Analysis services
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1995               cross-references provided by identifiers.org and the
1996               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1997             </li>
1998           </ul>
1999
2000           <em>Scripting</em>
2001           <ul>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2004               identifying file formats (instead of String constants)
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2008               efficiency when counting all displayed features (not
2009               backwards compatible with 2.10.1)
2010             </li>
2011           </ul>
2012           <em>Example files</em>
2013           <ul>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2016               included in the example feature file
2017             </li>
2018           </ul>
2019           <em>Documentation</em>
2020           <ul>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2023               with the built-in Java help viewer
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2027               sequence description' option
2028             </li>
2029           </ul>
2030           <em>Test Suite</em>
2031           <ul>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2034               Uniprot REST Free Text Search Client
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2041               during tests
2042             </li>
2043           </ul>
2044         </div></td>
2045       <td><div align="left">
2046           <em>Calculations</em>
2047           <ul>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2050               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2051               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2052             </li>
2053             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2054               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2055               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2056               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2057               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2058               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2059               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2060               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2061               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2062               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2063               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2064               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2065               // for 2.10.1 mode <br />
2066               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2067               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2068                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2069                 calculations (not recommended)</em></li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2072               scaling of branch lengths for trees computed using
2073               Sequence Feature Similarity.
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2077               generating output report when working with highly
2078               redundant alignments
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2082               right of selected region when gaps present on right-hand
2083               boundary
2084             </li>
2085           </ul>
2086           <em>User Interface</em>
2087           <ul>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2090               doesn't reselect a specific sequence's associated
2091               annotation after it was used for colouring a view
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2095               opened on a region of alignment without groups
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2099               of an alignment with overlapping groups
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2103               name and description match
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2107               hidden regions results in incorrect hidden regions
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2111               changing colour does not apply Conservation slider value
2112               to all groups
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2116               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2120               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2124               gaps before start of features
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2128               restored to UI when feature colour is edited
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2132               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2136               as graduate feature colour settings are modified via the
2137               dialog box
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2141               when a group defined on the alignment is resized
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2145               wrapped view result in positional status updates
2146             </li>
2147
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2150               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2154               alignment included gapped columns
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2158               widgets don't permanently disappear
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2162               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2163               T-Coffee column reliability scores)
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2167               sequence feature on gaps only
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2171               button from a Find inherit previously defined feature type
2172               rather than the Find query string
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2176               exporting tree calculated in Jalview
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2180               and then revealing them reorders sequences on the
2181               alignment
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2185               doesn't update to reflect available set of groups after
2186               interactively adding or modifying features
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2190               Linux
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2194               only excluded gaps in current sequence and ignored
2195               selection.
2196             </li>
2197           </ul>
2198           <em>Rendering</em>
2199           <ul>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2202               erratically when hidden rows or columns are present
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2206               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2207               sequence colouring
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2211               colour and group colour menu for protein alignments
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2215               reflect currently selected view or group's shading
2216               thresholds
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2220               when rendered on overview and structures when opacity at
2221               100%
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2225               overview when features overlaid on alignment
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2229               recovered correctly from Jalview project file
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2233               (automatically via preferences) are different to the main
2234               alignment panel
2235             </li>
2236           </ul>
2237           <em>Data import/export</em>
2238           <ul>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2241               load
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2245               added after a sequence was imported are not written to
2246               Stockholm File
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2250               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2254               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2258               with lightGray or darkGray via features file (but can
2259               specify lightgray)
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2263               when alignment view imported from project
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2267               structure and sequences extracted from structure files
2268               imported via URL and viewed in Jmol
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2272               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2273               the project is loaded and the structure viewed
2274             </li>
2275           </ul>
2276           <em>Web Services</em>
2277           <ul>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2280               release of Ensembl v.88
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2284               appear enabled in Preferences->Connections
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2288               removed from console output
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2292               Ensembl by Peptide ID
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2296               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2297               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2298               due to 'null' string rather than empty string used for
2299               residues with no corresponding PDB mapping).
2300             </li>
2301           </ul>
2302           <em>Application UI</em>
2303           <ul>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2306               menu
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2310               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2311               new documentation and tooltips added)
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2315               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2319               new features are added to alignment
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2323               changes to feature colours via the Amend features dialog
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2327               edit graduated feature colour via amend features dialog
2328               box
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2332               selection menu changes colours of alignment views
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2336               from alignment calculation workers after alignment has
2337               been closed
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2341               groups now 'Create Group'
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2345               Create/Undefine group doesn't always work
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2349               shown again after pressing 'Cancel'
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2353               adjusts start position in wrap mode
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2357               ambiguous amino acids
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2361               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2362               proteins
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2366               Defined' don't appear in Colours menu
2367             </li>
2368           </ul>
2369           <em>Applet</em>
2370           <ul>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2373               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2377               overview or linked structure view
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2381               work (since 2.8)
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2385               user-defined colourscheme doesn't restore original
2386               colourscheme
2387             </li>
2388           </ul>
2389           <em>Test Suite</em>
2390           <ul>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2393               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2397               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2398               problems with deep array comparison equality asserts in
2399               successive versions of TestNG
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2403               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2404             </li>
2405           </ul>
2406           <em>New Known Issues</em>
2407           <ul>
2408             <li>
2409               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2410               phase after a sequence motif find operation
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2414               containing just upper and lower case letters are
2415               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2419               reliably from eggnog Ortholog database
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2423               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2424               to mark columns containing highlighted regions.
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2428               doesn't always add secondary structure annotation.
2429             </li>
2430           </ul>
2431         </div>
2432     <tr>
2433       <td width="60" nowrap>
2434         <div align="center">
2435           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2436         </div>
2437       </td>
2438       <td><div align="left">
2439           <em>General</em>
2440           <ul>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2443               for all consensus calculations
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2447               3rd Oct 2016)
2448             </li>
2449             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2450               for 2016-2017</li>
2451           </ul>
2452           <em>Application</em>
2453           <ul>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2456               set of database cross-references, sorted alphabetically
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2460               from database cross references. Users with custom links
2461               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2462                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2466               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2467               Chimera session
2468             </li>
2469             <li>
2470               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2471               the Chimera it is connected to is shut down
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2475               columns menu item to mark columns containing highlighted
2476               regions (e.g. from structure selections or results of a
2477               Find operation)
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2481               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2482               MSAviewer
2483             </li>
2484           </ul>
2485         </div></td>
2486       <td>
2487         <div align="left">
2488           <em>General</em>
2489           <ul>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2492               are not coloured or thresholded according to percent
2493               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2497               hydrophobic
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2501               threshold, amino acid properties)
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2505               reported as mapped to residues in a structure file in the
2506               View Mapping report
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2510               could be added multiple times to a sequence
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2514               bond features shown as two highlighted residues rather
2515               than a range in linked structure views, and treated
2516               correctly when selecting and computing trees from features
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2520               cross-references are matched to database name regardless
2521               of case
2522             </li>
2523
2524           </ul>
2525           <em>Application</em>
2526           <ul>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2529               names without regular expressions also offer links from
2530               Sequence ID
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2534               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2535               update Jalview configuration
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2539               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2543               files with similarly named sequences if dropped onto the
2544               alignment
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2548               entries where more chains exist in the PDB accession than
2549               are reported in the SIFTS file
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2553               the structure view when displayed with Chimera
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2557               panel's View->Show Chains submenu
2558             </li>
2559             <li>
2560               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2561               work for wrapped alignment views
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2565               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2569               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2570               first annotation row
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2574               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2578               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2579             </li>
2580             <!-- JAL-2319 -->
2581             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2582             coordindate data
2583             </li>
2584           </ul>
2585           <!--           <em>New Known Issues</em>
2586           <ul>
2587             <li></li>
2588           </ul> -->
2589         </div>
2590       </td>
2591     </tr>
2592     <td width="60" nowrap>
2593       <div align="center">
2594         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2595           <em>25/10/2016</em></strong>
2596       </div>
2597     </td>
2598     <td><em>Application</em>
2599       <ul>
2600         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2601           view if structures already loaded</li>
2602         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2603           structure views</li>
2604       </ul></td>
2605     <td>
2606       <div align="left">
2607         <em>General</em>
2608         <ul>
2609           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2610             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2611           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2612             example sequences/projects/trees</li>
2613         </ul>
2614         <em>Application</em>
2615         <ul>
2616           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2617             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2618           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2619             without timeout for structures with multiple models or
2620             multiple sequences in alignment</li>
2621           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2622             PDB ID HEADER line</li>
2623           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2624             is performed</li>
2625           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2626             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2627           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2628           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2629             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2630             option</li>
2631           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2632             is created on the alignment</li>
2633           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2634             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2635             pop-up menu</li>
2636         </ul>
2637         <em>Build and deployment</em>
2638         <ul>
2639           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2640             tags</li>
2641         </ul>
2642         <em>New Known Issues</em>
2643         <ul>
2644           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2645             on Windows</li>
2646         </ul>
2647       </div>
2648     </td>
2649     </tr>
2650     <tr>
2651       <td width="60" nowrap>
2652         <div align="center">
2653           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2654         </div>
2655       </td>
2656       <td><em>General</em>
2657         <ul>
2658           <li>
2659             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2660           </li>
2661           <li>
2662             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2663             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2664             better PDB parsing.
2665           </li>
2666           <li>
2667             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2668             reference sequence
2669           </li>
2670           <li>
2671             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2672             mousing over sequence associated annotation
2673           </li>
2674           <li>
2675             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2676             for manual entry
2677           </li>
2678           <li>
2679             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2680             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2681             for each column
2682           </li>
2683           <li>
2684             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2685             showing or hiding columns containing a feature
2686           </li>
2687           <li>
2688             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2689             group and sequence associated annotation labels
2690           </li>
2691           <li>
2692             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2693             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2694             dialogs
2695           </li>
2696
2697         </ul> <em>Application</em>
2698         <ul>
2699           <li>
2700             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2701             gene/transcript view
2702           </li>
2703           <li>
2704             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2705             dialog
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2709             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2713             Pfam sources to xfam.org
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2717           </li>
2718           <li>
2719             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2720             over sequences in Jalview
2721           </li>
2722           <li>
2723             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2724             regions in ENA and EMBL
2725           </li>
2726           <li>
2727             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2728             for record retrieval via ENA rest API
2729           </li>
2730           <li>
2731             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2732             complement operator
2733           </li>
2734           <li>
2735             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2736             groovy script execution
2737           </li>
2738           <li>
2739             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2740             alignment window's Calculate menu
2741           </li>
2742           <li>
2743             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2744             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2745           </li>
2746           <li>
2747             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2748             calculation workers from groovy scripts
2749           </li>
2750           <li>
2751             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2752             Jalview projects
2753           </li>
2754           <li>
2755             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2756             associations are now saved/restored from project
2757           </li>
2758           <li>
2759             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2760             before sequence fetcher is opened
2761           </li>
2762           <li>
2763             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2764             database chooser opens a sequence fetcher
2765           </li>
2766           <li>
2767             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2768             the UniProt REST API
2769           </li>
2770           <li>
2771             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2772             the news reader opening
2773           </li>
2774           <li>
2775             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2776             querying stored in preferences
2777           </li>
2778           <li>
2779             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2780             search results
2781           </li>
2782           <li>
2783             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2784           </li>
2785           <li>
2786             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2787             menu for nucleotide sequences
2788           </li>
2789           <li>
2790             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2791             and feature counts preserves alignment ordering (and
2792             debugged for complex feature sets).
2793           </li>
2794           <li>
2795             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2796             viewing structures with Jalview 2.10
2797           </li>
2798           <li>
2799             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2800             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2801             Ensembl Genomes REST API
2802           </li>
2803           <li>
2804             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2805             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2806             (Ensembl)
2807           </li>
2808           <li>
2809             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2810             sequences
2811           </li>
2812           <li>
2813             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2814             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2815             data from external database records.
2816           </li>
2817           <li>
2818             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2819             efficient recovery of sequence coding and alignment
2820             annotation relationships.
2821           </li>
2822         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2823         <ul>
2824           <li>
2825             -- JAL---
2826           </li>
2827         </ul> --></td>
2828       <td>
2829         <div align="left">
2830           <em>General</em>
2831           <ul>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2834               menu on OSX
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2838               includes graduated colourschemes
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2842               working with big alignments and lots of hidden columns
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2846               at right of alignment window
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2850               contents
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2854               for DNA alignments
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2858               based tree calculation
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2862               unconserved enabled for group on alignment
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2866               set as reference
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2870               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2871               annotation
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2875               hidden columns present
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2879               user created annotation added to alignment
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2883               '()' base pair annotation
2884             </li>
2885             <li>
2886               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2887               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2888               Consensus
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2892               feature not working
2893             </li>
2894             <li>
2895               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2896               beginning of sequence
2897             </li>
2898             <li>
2899               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2900               entry 3a6s
2901             </li>
2902             <li>
2903               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2904               from a tree when t-coffee scores are shown
2905             </li>
2906             <li>
2907               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2908               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2909             </li>
2910             <li>
2911               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2912               some structures
2913             </li>
2914             <li>
2915               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2916               to Clustal, PIR and PileUp output
2917             </li>
2918             <li>
2919               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2920               not visible causes alignment window to repaint
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2924               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2925               scores associated with features and annotation rows
2926             </li>
2927             <li>
2928               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2929               calculation should be case independent
2930             </li>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2933               columns
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2937               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2938               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2939             </li>
2940             <li>
2941               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2942               problems when reference sequence defined and 'show
2943               non-conserved' enabled
2944             </li>
2945             <li>
2946               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2947               load even when Consensus calculation is disabled
2948             </li>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2951               alignment does nothing
2952             </li>
2953           </ul>
2954           <em>Application</em>
2955           <ul>
2956             <li>
2957               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2958               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2959               yet fixed for El Capitan)
2960             </li>
2961             <li>
2962               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2963               output when running on non-gb/us i18n platforms
2964             </li>
2965             <li>
2966               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2967               hidden sequences as flat-file alignment
2968             </li>
2969             <li>
2970               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2971               launching Chimera
2972             </li>
2973             <li>
2974               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2975               (also hotfix for 2.9.0b2)
2976             </li>
2977             <li>
2978               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2979               reference sequence defined
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2983               alignments and views when revealing hidden columns
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2987               view in a cDNA/Protein splitframe
2988             </li>
2989             <li>
2990               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2991               sequence from project when only one sequence is
2992               represented
2993             </li>
2994             <li>
2995               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2996               in Structure Chooser
2997             </li>
2998             <li>
2999               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3000               structure consensus didn't refresh annotation panel
3001             </li>
3002             <li>
3003               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3004               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3005             </li>
3006             <li>
3007               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3008               dialogs format columns correctly, don't display array
3009               data, sort columns according to type
3010             </li>
3011             <li>
3012               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3013               file chooser is cancelled during an image export
3014             </li>
3015             <li>
3016               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3017               sequence name containing special characters
3018             </li>
3019             <li>
3020               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3021               case insensitive
3022             </li>
3023             <li>
3024               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3025               formatting don't wrap
3026             </li>
3027             <li>
3028               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3029               truncated so L looks like I in consensus annotation
3030             </li>
3031             <li>
3032               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3033               currently displayed features for the current selection or
3034               view
3035             </li>
3036             <li>
3037               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3038               after fetching cross-references, and restoring from
3039               project
3040             </li>
3041             <li>
3042               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3043               followed in the structure viewer
3044             </li>
3045             <li>
3046               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3047               splitframe not restored from project
3048             </li>
3049             <li>
3050               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3051               trailing end of protein alignment in transcript/product
3052               splitview when pad-gaps not enabled by default
3053             </li>
3054             <li>
3055               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3056               is case dependent
3057             </li>
3058             <li>
3059               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3060               article has been read (reopened issue due to
3061               internationalisation problems)
3062             </li>
3063             <li>
3064               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3065               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3066               cross-references
3067             </li>
3068
3069             <li>
3070               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3071               alignment as HTML
3072             </li>
3073             <li>
3074               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3075               multiple structures are shown for one or more sequences.
3076             </li>
3077             <li>
3078               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3079               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3080               is enabled.
3081             </li>
3082             <li>
3083               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3084               specific PDB id for sequence
3085             </li>
3086             <li>
3087               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3088               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3089               columns' is disabled.
3090             </li>
3091             <li>
3092               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3093               selects lowest rather than highest resolution structures
3094               for each sequence
3095             </li>
3096             <li>
3097               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3098               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3099             </li>
3100             <li>
3101               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3102               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3103             </li>
3104             <li>
3105               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3106               after clicking on it to create new annotation for a
3107               column.
3108             </li>
3109             <li>
3110               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3111               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3112             </li>
3113             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3114             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3115           </ul>
3116           <em>Applet</em>
3117           <ul>
3118             <li>
3119               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3120               hidden columns present before start of sequence
3121             </li>
3122             <li>
3123               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3124               (JSON jars)
3125             </li>
3126             <li>
3127               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3128               sequences are hidden in applet
3129             </li>
3130             <li>
3131               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3132               deployment on examples pages.
3133             </li>
3134           </ul>
3135         </div>
3136       </td>
3137     </tr>
3138     <tr>
3139       <td width="60" nowrap>
3140         <div align="center">
3141           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3142             <em>16/10/2015</em></strong>
3143         </div>
3144       </td>
3145       <td><em>General</em>
3146         <ul>
3147           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3148             jars</li>
3149         </ul></td>
3150       <td>
3151         <div align="left">
3152           <em>Application</em>
3153           <ul>
3154             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3155               shown when tree is partitioned</li>
3156             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3157               multiple cDNA/Protein split views</li>
3158           </ul>
3159         </div>
3160       </td>
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td width="60" nowrap>
3164         <div align="center">
3165           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3166             <em>8/10/2015</em></strong>
3167         </div>
3168       </td>
3169       <td><em>General</em>
3170         <ul>
3171           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3172             2.9</li>
3173         </ul> <em>Application</em>
3174         <ul>
3175           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3176           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3177           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3178         </ul> <em>Applet</em>
3179         <ul>
3180           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3181         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3182         <ul>
3183           <li>
3184             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3185             suite
3186           </li>
3187         </ul></td>
3188       <td>
3189         <div align="left">
3190           <em>General</em>
3191           <ul>
3192             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3193               incorrect when sequence start > 1</li>
3194             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3195               documentation</li>
3196             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3197             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3198               loading a features file containing HTML tags in feature
3199               description</li>
3200
3201           </ul>
3202           <em>Application</em>
3203           <ul>
3204             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3205               reimport</li>
3206             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3207               with 'trim retrieved sequences'</li>
3208             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3209               deleting selected columns</li>
3210             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3211               JNLP templates for webstart launch</li>
3212             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3213               unreleased structures for download or viewing</li>
3214             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3215               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3216             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3217               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3218             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3219               recovered from jalview project</li>
3220             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3221               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3222               alignment view</li>
3223             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3224               color schemes from BioJSON</li>
3225           </ul>
3226           <em>Applet</em>
3227           <ul>
3228             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3229               frame</li>
3230             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3231           </ul>
3232         </div>
3233       </td>
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td><div align="center">
3237           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3238         </div></td>
3239       <td><em>General</em>
3240         <ul>
3241           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3242             alignments:
3243             <ul>
3244               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3245                 and DNA alignment views</li>
3246               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3247                 cDNA alignment views</li>
3248               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3249                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3250               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3251                 protein sequences</li>
3252             </ul>
3253           </li>
3254           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3255           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3256             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3257           <li>New alignment annotation file statements for
3258             reference sequences and marking hidden columns</li>
3259           <li>Reference sequence based alignment shading to
3260             highlight variation</li>
3261           <li>Select or hide columns according to alignment
3262             annotation</li>
3263           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3264           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3265             acid conservation row</li>
3266           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3267         </ul> <em>Application</em>
3268         <ul>
3269           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3270             <ul>
3271               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3272                 view with cDNA/Protein</li>
3273               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3274                 sequences are placed in the same alignment</li>
3275               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3276                 projects</li>
3277             </ul>
3278           </li>
3279
3280           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3281           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3282             Jalview windows</li>
3283
3284           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3285           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3286           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3287             be shown in VARNA</li>
3288
3289           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3290             as the active selected region</li>
3291
3292           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3293             similarity</li>
3294           <li>New Export options
3295             <ul>
3296               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3297                 region export in flat file generation</li>
3298
3299               <li>Export alignment views for display with the <a
3300                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3301
3302               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3303               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3304                 alignment figures to HTML</li>
3305           </li>
3306           <li>3D structure retrieval and display
3307             <ul>
3308               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3309                 Search API</li>
3310               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3311                 PDB structures for a sequence set</li>
3312             </ul>
3313           </li>
3314
3315           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3316             predictions</li>
3317           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3318             for one or a group of sequences</li>
3319           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3320             from the JPred4 web server</li>
3321           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3322             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3323             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3324           </li>
3325           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3326             VARNA 2D Structure'</li>
3327           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3328             Structure ..."</li>
3329
3330         </ul> <em>Applet</em>
3331         <ul>
3332           <li>New layout for applet example pages</li>
3333           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3334             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3335           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3336             Protein alignments</li>
3337         </ul> <em>Development and deployment</em>
3338         <ul>
3339           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3340           <li>Include installation type and git revision in build
3341             properties and console log output</li>
3342           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3343             storing BioJsMSA Templates</li>
3344           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3345         </ul></td>
3346       <td>
3347         <!-- <em>General</em>
3348         <ul>
3349         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3350         <ul>
3351           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3352           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3353           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3354             predictions are not highlighted in amber</li>
3355           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3356             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3357           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3358             associated structure views</li>
3359           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3360             width checkbox not enabled</li>
3361           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3362             creating user defined colours</li>
3363           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3364             mappings for just that viewer's sequences</li>
3365           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3366             multiple models in Chimera</li>
3367           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3368             over Jmol structure</li>
3369           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3370             output to text box</li>
3371           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3372             have incorrect sequence start/end</li>
3373           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3374             Jalview fails</li>
3375           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3376             work for nucleotide</li>
3377           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3378             to a grey/invisible alignment window</li>
3379           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3380             imports to different position</li>
3381           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3382             on some platforms</li>
3383           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3384             populated</li>
3385           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3386             console if Chimera has been opened</li>
3387           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3388           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3389             retrieved</li>
3390           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3391           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3392             either sequence shows on first structure</li>
3393           <li>'Show annotations' options should not make
3394             non-positional annotations visible</li>
3395           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3396             in right place after 'view flanking regions'</li>
3397           <li>File Save As type unset when current file format is
3398             unknown</li>
3399           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3400             projects</li>
3401           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3402             responsive</li>
3403           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3404             several views on same alignment</li>
3405           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3406           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3407             spaces</li>
3408         </ul> <em>Applet</em>
3409         <ul>
3410           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3411           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3412             descriptions containing angle brackets</li>
3413         </ul> <em>General</em>
3414         <ul>
3415           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3416             via jalview annotation file</li>
3417           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3418             with RNA secondary structure</li>
3419           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3420             translation doesn't work.</li>
3421           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3422           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3423             positions</li>
3424           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3425             choosing 1pt font</li>
3426           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3427             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3428             'h'</li>
3429           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3430             new feature</li>
3431           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3432             order dependent</li>
3433           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3434             sequences</li>
3435           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3436         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3437         <ul>
3438           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3439             www.jalview.org</li>
3440         </ul> <em>Application Known issues</em>
3441         <ul>
3442           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3443           <li>Misleading message appears after trying to delete
3444             solid column.</li>
3445           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3446             version launches</li>
3447           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3448             fails with a sequence mismatch</li>
3449           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3450             scrolling alignment to right</li>
3451           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3452             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3453           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3454             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3455           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3456             ultra-high resolution</li>
3457           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3458             quality and conservation</li>
3459           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3460             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3461         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3462         <ul>
3463           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3464           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3465             window is being resized</li>
3466
3467         </ul>
3468       </td>
3469     </tr>
3470     <tr>
3471       <td><div align="center">
3472           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3473         </div></td>
3474       <td><em>General</em>
3475         <ul>
3476           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3477             Certum.PL.</li>
3478           <li>Features and annotation preserved when performing
3479             pairwise alignment</li>
3480           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3481             imported/exported/displayed</li>
3482           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3483             protein secondary structure</li>
3484           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3485               post-hoc with 2.9 release</em>)
3486           </li>
3487
3488         </ul> <em>Application</em>
3489         <ul>
3490           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3491             with 3D structures</li>
3492           <li>Support for parsing RNAML</li>
3493           <li>Annotations menu for layout
3494             <ul>
3495               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3496               <li>place sequence annotation above/below alignment
3497                 annotation</li>
3498             </ul>
3499           <li>Output in Stockholm format</li>
3500           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3501             translation</li>
3502           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3503           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3504             shared between alignments</li>
3505           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3506             Jalview</li>
3507           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3508             all or current selection</li>
3509           <li>disorder and secondary structure predictions
3510             available as dataset annotation</li>
3511           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3512
3513
3514           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3515             alignments from Rfam</li>
3516           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3517
3518           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3519             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3520           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3521           <li>include installation type in build properties and
3522             console log output</li>
3523           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3524             annotation</li>
3525         </ul></td>
3526       <td>
3527         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3528         <ul>
3529           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3530             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3531           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3532             alignment</li>
3533           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3534           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3535           <li>Double click on sequence associated annotation
3536             selects only first column</li>
3537           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3538             leaves shown in tree</li>
3539           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3540             properly</li>
3541           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3542           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3543             screen and buttons not visible</li>
3544           <li>author list isn't updated if already written to
3545             Jalview properties</li>
3546           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3547             from database</li>
3548           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3549           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3550             browser search window</li>
3551           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3552             in feature settings dialog</li>
3553           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3554             desktop</li>
3555           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3556             pass validation</li>
3557           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3558             fit on screen</li>
3559           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3560             tooltip</li>
3561           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3562             defined user preset</li>
3563           <li>MSA web services warns user if they were launched
3564             with invalid input</li>
3565           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3566             Java 8</li>
3567           <li>
3568             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3569             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3570             created
3571           </li>
3572
3573         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3574         <ul>
3575         </ul> <em>General</em>
3576         <ul>
3577         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3578         <ul>
3579           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3580             memory allocation</li>
3581           <li>launchApp service doesn't automatically open
3582             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3583           <li>
3584             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3585             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3586             1.7_055 is available
3587           </li>
3588         </ul> <em>Application Known issues</em>
3589         <ul>
3590           <li>
3591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3592             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3593             alignment to right
3594           </li>
3595           <li>
3596             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3597             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3598             with large number of ID
3599           </li>
3600           <li>
3601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3602             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3603             start/end
3604           </li>
3605           <li>
3606             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3607             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3608             structure tracks are rearranged
3609           </li>
3610           <li>
3611             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3612             invalid rna structure positional highlighting does not
3613             highlight position of invalid base pairs
3614           </li>
3615           <li>
3616             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3617             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3618             project from alignment window file menu
3619           </li>
3620           <li>
3621             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3622             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3623             structures
3624           </li>
3625           <li>
3626             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3627             colour by RNA Helices not enabled when user created
3628             annotation added to alignment
3629           </li>
3630           <li>
3631             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3632             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3633           </li>
3634         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3635         <ul>
3636           <li>
3637             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3638             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3639           </li>
3640           <li>
3641             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3642             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3643           </li>
3644
3645           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3646             when selected</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649     </tr>
3650     <tr>
3651       <td><div align="center">
3652           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3653         </div></td>
3654       <td>
3655         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3656         <em>General</em>
3657         <ul>
3658           <li>Internationalisation of user interface (usually
3659             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3660           <li>Define/Undefine group on current selection with
3661             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3662           <li>Improved group creation/removal options in
3663             alignment/sequence Popup menu</li>
3664           <li>Sensible precision for symbol distribution
3665             percentages shown in logo tooltip.</li>
3666           <li>Annotation panel height set according to amount of
3667             annotation when alignment first opened</li>
3668         </ul> <em>Application</em>
3669         <ul>
3670           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3671             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3672           <li>Select columns containing particular features from
3673             Feature Settings dialog</li>
3674           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3675             sequences</li>
3676           <li>Update Jalview project format:
3677             <ul>
3678               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3679               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3680                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3681               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3682                 colouring</li>
3683             </ul>
3684           </li>
3685           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3686             (PAM250)</li>
3687           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3688             flanking regions for an alignment</li>
3689         </ul>
3690       </td>
3691       <td>
3692         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3693         <ul>
3694           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3695             running after job is cancelled</li>
3696           <li>cannot export features from alignments imported from
3697             Jalview/VAMSAS projects</li>
3698           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3699             float values</li>
3700           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3701             have 'display all symbols' flag set</li>
3702           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3703             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3704           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3705             Jalview</li>
3706           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3707             Lion/Webstart</li>
3708           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3709           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3710           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3711             alignment onto desktop</li>
3712           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3713             'extract scores' function</li>
3714           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3715             alignment window</li>
3716           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3717             performing IUPred disorder prediction</li>
3718           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3719             changing 'normalise logo' display setting</li>
3720           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3721             nothing matches query</li>
3722           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3723             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3724           </li>
3725           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3726             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3727           </li>
3728           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3729             Jalview's menu</li>
3730           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3731             'invalid literal/length code'</li>
3732           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3733             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3734           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3735             colourscheme</li>
3736
3737         </ul> <em>Applet</em>
3738         <ul>
3739           <li>Remove group option is shown even when selection is
3740             not a group</li>
3741           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3742             don't affect groups</li>
3743           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3744             colourscheme name</li>
3745           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3746             Annotation panel is not displayed</li>
3747           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3748             embedded windows</li>
3749         </ul> <em>Other</em>
3750         <ul>
3751           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3752             single sequence were not calculated</li>
3753           <li>annotation files that contain only groups imported as
3754             annotation and junk sequences</li>
3755           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3756             recognised as PFAM or BLC</li>
3757           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3758             doesn't affect background (2.8.0b1)
3759           <li></li>
3760           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3761           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3762             trailing gaps</li>
3763           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3764             registered correctly on import</li>
3765           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3766             certain alignments</li>
3767           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3768             existing annotation based 'use original colours'
3769             colourscheme loses original colours setting</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772     </tr>
3773     <tr>
3774       <td><div align="center">
3775           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3776             <em>30/1/2014</em></strong>
3777         </div></td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3781             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3782             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3783             open source project).
3784           </li>
3785           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3786           <li>Output in Stockholm format</li>
3787           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3788           <li>Export/import group and sequence associated line
3789             graph thresholds</li>
3790           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3791             ambiguity codes</li>
3792           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3793             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3794             works</li>
3795           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3796         </ul> <em>Other improvements</em>
3797         <ul>
3798           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3799           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3800             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3801           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3802             files</li>
3803           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3804           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3805             link but no description</li>
3806           <li>Select primary source when selecting authority in
3807             database fetcher GUI</li>
3808           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3809             Jalview</li>
3810           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3811         </ul>
3812       </td>
3813       <td>
3814         <ul>
3815           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3816             displayed</li>
3817           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3818             secondary structure annotation line</li>
3819           <li>Sequence database accessions not imported when
3820             fetching alignments from Rfam</li>
3821           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3822             identical IDs</li>
3823           <li>View all structures does not always superpose
3824             structures</li>
3825           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3826             reflect user or preset settings</li>
3827           <li>Null pointer exceptions for some services without
3828             presets or adjustable parameters</li>
3829           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3830             discover PDB xRefs</li>
3831           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3832             features with DAS</li>
3833           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3834             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3835           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3836             residue follows a gap</li>
3837           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3838             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3839           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3840             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3841           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3842             annotation already exists on alignment</li>
3843           <li>oninit javascript function should be called after
3844             initialisation completes</li>
3845           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3846             alignment window display</li>
3847           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3848           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3849             to annotation file</li>
3850           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3851             groups created</li>
3852           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3853             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3854           <li>Pressing return several times causes Number Format
3855             exceptions in keyboard mode</li>
3856           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3857             correct partitions for input data</li>
3858           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3859           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3860           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3861           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3862             mode</li>
3863           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3864             changes one row&#39;s threshold</li>
3865           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3866             doesn&#39;t open</li>
3867           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3868             quality histograms</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873       <td><div align="center">
3874           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3875         </div></td>
3876       <td><em>Application</em>
3877         <ul>
3878           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3879             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3880           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3881             preferences</li>
3882           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3883             in Jalview alignment window</li>
3884           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3885             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3886           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3887             RNA and ambiguity codes</li>
3888
3889           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3890           <li>Support fetching and database reference look up
3891             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3892             refs')</li>
3893           <li>Jalview project improvements
3894             <ul>
3895               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3896                 flag for annotation</li>
3897               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3898                 alignment</li>
3899               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3900                 Jalview project</li>
3901
3902             </ul>
3903           </li>
3904           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3905           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3906             running</li>
3907           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3908           <li>visual indication that web service results are still
3909             being retrieved from server</li>
3910           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3911             starts up for first time</li>
3912           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3913             services</li>
3914           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3915             client library</li>
3916           <li>Examples directory and Groovy library included in
3917             InstallAnywhere distribution</li>
3918         </ul> <em>Applet</em>
3919         <ul>
3920           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3921             visualization applet example</li>
3922         </ul> <em>General</em>
3923         <ul>
3924           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3925           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3926             defaults</li>
3927           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3928             calculation</li>
3929           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3930             matrices
3931           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3932             in HTML</li>
3933           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3934             structure contacts</li>
3935           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3936           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3937           <li>Parse sequence associated secondary structure
3938             information in Stockholm files</li>
3939           <li>HTML Export database accessions and annotation
3940             information presented in tooltip for sequences</li>
3941           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3942             style RNA alignment files</li>
3943           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3944             alignment</li>
3945           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3946             shade each sequence according to its associated alignment
3947             annotation</li>
3948           <li>New Jalview Logo</li>
3949         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3950         <ul>
3951           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3952           <li>New Website!</li>
3953         </ul></td>
3954       <td><em>Application</em>
3955         <ul>
3956           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3957             wsdbfetch REST service</li>
3958           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3959           <li>Filetype associations not installed for webstart
3960             launch</li>
3961           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3962             job execution in full once it is complete</li>
3963           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3964             uploaded via ali_file parameter</li>
3965           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3966           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3967           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3968             submitted for prediction</li>
3969           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3970             desktop window</li>
3971           <li>Putting fractional value into integer text box in
3972             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3973           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3974             windows 7</li>
3975           <li>View all structures fails with exception shown in
3976             structure view</li>
3977           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3978             escaped in a platform independent way</li>
3979           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3980             using proxy</li>
3981           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3982             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3983           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3984             failure when java web start temporary file caching is
3985             disabled</li>
3986           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3987             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3988           <li>Errors during processing of command line arguments
3989             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3990           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3991             DAS sources in sequence fetcher</li>
3992           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3993             dialog is shown</li>
3994           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3995           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3996           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3997           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3998             on OSX Mountain Lion</li>
3999           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4000             sequences with alignment annotation are pasted into the
4001             alignment</li>
4002           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4003             when loaded from Jalview project</li>
4004           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4005           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4006             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4007           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4008             associated with all views</li>
4009           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4010             annotation rows to new window</li>
4011         </ul> <em>Applet</em>
4012         <ul>
4013           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4014             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4015           <li>loading features via javascript API automatically
4016             enables feature display</li>
4017           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4018             work</li>
4019         </ul> <em>General</em>
4020         <ul>
4021           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4022           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4023             and then deselected</li>
4024           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4025           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4026             coloured with clustalx</li>
4027           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4028             exceptions and redraw errors</li>
4029           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4030             reconfigured view</li>
4031           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4032             colour</li>
4033           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4034             for lots of labels</li>
4035         </ul>
4036     </tr>
4037     <tr>
4038       <td>
4039         <div align="center">
4040           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4041         </div>
4042       </td>
4043       <td><em>Application</em>
4044         <ul>
4045           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4046           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4047           <li>View/alignment association menu to enable user to
4048             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4049             its colours/correspondences from</li>
4050           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4051           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4052             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4053           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4054           <li>Annotation row column label formatting attributes
4055             stored in project file</li>
4056           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4057             rows preserved in Jalview project file</li>
4058           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4059             saved using Desktop window menu</li>
4060           <li>Visual indication that command line arguments are
4061             still being processed</li>
4062           <li>Groovy script execution from URL</li>
4063           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4064             preferences</li>
4065           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4066             alignment with sequences that have high similarity and
4067             matching IDs</li>
4068           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4069           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4070             structures in same window</li>
4071           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4072           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4073             analysis function in its own submenu</li>
4074         </ul> <em>Applet</em>
4075         <ul>
4076           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4077             groups</li>
4078           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4079           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4080           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4081           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4082           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4083             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4084           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4085           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4086             parameters are treated as such</li>
4087           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4088             <ul>
4089               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4090               <li>Javascript callbacks for
4091                 <ul>
4092                   <li>Applet initialisation</li>
4093                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4094                 </ul>
4095               </li>
4096               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4097                 functions</li>
4098               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4099               <li>javascript structure viewer harness to pass
4100                 messages between Jmol and Jalview when running as
4101                 distinct applets</li>
4102               <li>sortBy method</li>
4103               <li>Set of applet and application examples shipped
4104                 with documentation</li>
4105               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4106                 javascript message exchange</li>
4107             </ul>
4108         </ul> <em>General</em>
4109         <ul>
4110           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4111             multiple alignments</li>
4112           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4113           <li>User configurable link to enable redirects to a
4114             www.Jalview.org mirror</li>
4115           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4116           <li>Configurable newline string when writing alignment
4117             and other flat files</li>
4118           <li>Allow alignment annotation description lines to
4119             contain html tags</li>
4120         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4121         <ul>
4122           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4123             examples</li>
4124           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4125             using a web service before displaying the result in the
4126             Jalview desktop</li>
4127           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4128           <li>Ant target to publish example html files with applet
4129             archive</li>
4130           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4131           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4132         </ul></td>
4133       <td><em>Application</em>
4134         <ul>
4135           <li>User defined colourscheme throws exception when
4136             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4137           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4138             dialog for valid filename/format</li>
4139           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4140           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4141             P37173</li>
4142           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4143             which sequence is to be associated with the file</li>
4144           <li>Find All raises null pointer exception when query
4145             only matches sequence IDs</li>
4146           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4147           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4148             2.4 cannot be loaded</li>
4149           <li>Filetype associations not installed for webstart
4150             launch</li>
4151           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4152             with sequences in different alignments do not get coloured
4153             by their associated sequence</li>
4154           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4155             not preserved when project is loaded</li>
4156           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4157             stored in Jalview project</li>
4158           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4159             Jalview project</li>
4160           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4161           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4162             by conservation</li>
4163           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4164             created on new view</li>
4165           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4166             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4167           <li>Alignment quality not updated after alignment
4168             annotation row is hidden then shown</li>
4169           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4170             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4171           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4172             properly</li>
4173           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4174             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4175           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4176           <li>Structures imported from file and saved in project
4177             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4178           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4179             job execution in full once it is complete</li>
4180         </ul> <em>Applet</em>
4181         <ul>
4182           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4183             annotation rows are displayed</li>
4184           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4185             codebase</li>
4186           <li>View follows highlighting does not work for positions
4187             in sequences</li>
4188           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4189           <li>Export features raises exception when no features
4190             exist</li>
4191           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4192             for javascript api is modified when separator string
4193             provided as parameter</li>
4194           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4195             alignment with no existing selection</li>
4196           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4197             to applet&#39;s codebase</li>
4198           <li>Status bar not updated after finished searching and
4199             search wraps around to first result</li>
4200           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4201             several Jalview applets causes race conditions and memory
4202             leaks</li>
4203           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4204             not sent from Jmol in applet</li>
4205           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4206             applet API fatally hang browser</li>
4207         </ul> <em>General</em>
4208         <ul>
4209           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4210             position with wrapped view and hidden regions</li>
4211           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4212             with/without hidden columns</li>
4213           <li>Sequence length given in alignment properties window
4214             is off by 1</li>
4215           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4216             import PDB like structure files</li>
4217           <li>Positional search results are only highlighted
4218             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4219           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4220           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4221             given sequence position</li>
4222           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4223             output</li>
4224           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4225             from nucleotide chains correctly</li>
4226           <li>Structure colours not updated when tree partition
4227             changed in alignment</li>
4228           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4229             parsed in interleaved stockholm</li>
4230           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4231             state</li>
4232           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4233             properly</li>
4234           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4235             properly associated with their pdb files</li>
4236         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4237         <ul>
4238           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4239             ApplyCopyright tool</li>
4240         </ul></td>
4241     </tr>
4242     <tr>
4243       <td>
4244         <div align="center">
4245           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4246         </div>
4247       </td>
4248       <td><em>Application</em>
4249         <ul>
4250           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4251             contact web services</li>
4252           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4253             service job window</li>
4254           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4255         </ul></td>
4256       <td>
4257         <ul>
4258           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4259             pir file emitted by Jalview</li>
4260           <li>Existing feature settings transferred to new
4261             alignment view created from cut'n'paste</li>
4262           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4263             parsing PDB files</li>
4264           <li>Consensus and conservation annotation rows
4265             occasionally become blank for all new windows</li>
4266           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4267             in wrapped view mode</li>
4268         </ul> <em>Application</em>
4269         <ul>
4270           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4271             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4272           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4273             parameter names</li>
4274           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4275             is down</li>
4276         </ul>
4277       </td>
4278     </tr>
4279     <tr>
4280       <td>
4281         <div align="center">
4282           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4283         </div>
4284       </td>
4285       <td><em>Application</em>
4286         <ul>
4287           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4288             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4289             (JABAWS)
4290           </li>
4291           <li>Web Services preference tab</li>
4292           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4293             preferences</li>
4294           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4295           <li>Superpose structures using associated sequence
4296             alignment</li>
4297           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4298             viewer</li>
4299         </ul> <em>Applet</em>
4300         <ul>
4301           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4302             link out mechanism</li>
4303         </ul> <em>Other</em>
4304         <ul>
4305           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4306             series 12</li>
4307           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4308             require Java 1.5</li>
4309           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4310             sequence annotation files</li>
4311           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4312             type colour specification</li>
4313           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4314             script to check if it being run in an interactive session or
4315             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4316         </ul></td>
4317       <td>
4318         <ul>
4319           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4320             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4321         </ul> <em>Application</em>
4322         <ul>
4323           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4324             selected Regions menu item</li>
4325           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4326             part of a valid accession ID</li>
4327           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4328             runs out of memory</li>
4329           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4330             analysis results</li>
4331           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4332             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4333           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4334         </ul> <em>Applet</em>
4335         <ul>
4336           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4337             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4338             defined.</li>
4339         </ul>
4340       </td>
4341     </tr>
4342     <tr>
4343       <td>
4344         <div align="center">
4345           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4346         </div>
4347       </td>
4348       <td></td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4352             sequence IDs</li>
4353           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4354             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4355           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4356             import correctly</li>
4357           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4358             number of columns are hidden</li>
4359           <li>annotation label popup menu not providing correct
4360             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4361             present</li>
4362           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4363             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4364           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4365             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4366
4367         </ul> <em>Applet</em>
4368         <ul>
4369           <li>annotation panel disappears when annotation is
4370             hidden/removed</li>
4371         </ul> <em>Application</em>
4372         <ul>
4373           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4374             alignment opened where annotation panel is visible but no
4375             annotations are present on alignment</li>
4376           <li>pasted region containing hidden columns is
4377             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4378           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4379             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4380           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4381             selected Rregions menu item.</li>
4382           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4383             'Un' or 'Non'conserved</li>
4384           <li>Sequence feature settings are being shared by
4385             multiple distinct alignments</li>
4386           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4387             changed</li>
4388           <li>double click on group annotation to select sequences
4389             does not propagate to associated trees</li>
4390           <li>Mac OSX specific issues:
4391             <ul>
4392               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4393                 window background</li>
4394               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4395                 name set correctly</li>
4396               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4397                 save feature colourscheme button</li>
4398             </ul>
4399           </li>
4400         </ul>
4401       </td>
4402     </tr>
4403     <tr>
4404
4405       <td>
4406         <div align="center">
4407           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4408         </div>
4409       </td>
4410       <td><em>New Capabilities</em>
4411         <ul>
4412           <li>URL links generated from description line for
4413             regular-expression based URL links (applet and application)
4414
4415           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4416             menu</li>
4417           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4418             structures</li>
4419           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4420             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4421           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4422             average score or total feature count for each sequence.</li>
4423           <li>Shading features by score or associated description</li>
4424           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4425             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4426           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4427             hide everything but the currently selected region.</li>
4428           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4429         </ul> <em>Application</em>
4430         <ul>
4431           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4432             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4433           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4434             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4435           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4436             database references and protein_name is parsed as
4437             description line (BioSapiens terms).</li>
4438           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4439             references in sequence ID tooltip from View menu in
4440             application.</li>
4441           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4442       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4443           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4444             conservation plots</li>
4445           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4446             and visualized as sequence logos</li>
4447           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4448             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4449           </li>
4450           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4451             when a new tree is opened.</li>
4452           <li>Jalview Java Console</li>
4453           <li>Better placement of desktop window when moving
4454             between different screens.</li>
4455           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4456             consensus annotation</li>
4457           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4458             Workflows</li>
4459           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4460             <ul>
4461               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4462                 used to preserve views, structures, and tree display
4463                 settings)</li>
4464               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4465                 command line</li>
4466               <li>Sharing of selected regions between views and
4467                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4468               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4469             </ul></li>
4470         </ul> <em>Applet</em>
4471         <ul>
4472           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4473           <li>New Parameters
4474             <ul>
4475               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4476                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4477                 opened.</li>
4478               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4479                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4480               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4481                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4482               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4483                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4484                 view</li>
4485               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4486                 increase the height or width of a cell in the alignment
4487                 grid relative to the current font size.</li>
4488             </ul>
4489           </li>
4490           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4491             tooltip</li>
4492         </ul> <em>Other</em>
4493         <ul>
4494           <li>Features format: graduated colour definitions and
4495             specification of feature scores</li>
4496           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4497             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4498             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4499           <li>XML formats extended to support graduated feature
4500             colourschemes, group associated annotation, and profile
4501             visualization settings.</li></td>
4502       <td>
4503         <ul>
4504           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4505             rather than description</li>
4506           <li>Non-positional features are now included in sequence
4507             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4508             visibility in tooltip).</li>
4509           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4510           <li>Added URL embedding instructions to features file
4511             documentation.</li>
4512           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4513             'X' in peptide product</li>
4514           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4515             sequence ID and sequence string and query strings do not
4516             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4517           <li>AMSA files only contain first column of
4518             multi-character column annotation labels</li>
4519           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4520             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4521             exported and re-imported)</li>
4522           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4523             name</li>
4524           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4525             as subsequence matches, and correctly reports total number
4526             of both.</li>
4527           <li>Application:
4528             <ul>
4529               <li>Better handling of exceptions during sequence
4530                 retrieval</li>
4531               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4532                 link text excludes the start_end suffix</li>
4533               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4534                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4535               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4536               <li>Sequence description lines properly shared via
4537                 VAMSAS</li>
4538               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4539                 data sources</li>
4540               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4541                 completes before alignment figures are generated.</li>
4542               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4543                 first time.</li>
4544               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4545                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4546               <li>User defined group colours properly recovered
4547                 from Jalview projects.</li>
4548             </ul>
4549           </li>
4550         </ul>
4551       </td>
4552
4553     </tr>
4554     <tr>
4555       <td>
4556         <div align="center">
4557           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4558         </div>
4559       </td>
4560       <td>
4561         <ul>
4562           <li>Experimental support for google analytics usage
4563             tracking.</li>
4564           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4565         </ul>
4566       </td>
4567       <td>
4568         <ul>
4569           <li>Race condition in applet preventing startup in
4570             jre1.6.0u12+.</li>
4571           <li>Exception when feature created from selection beyond
4572             length of sequence.</li>
4573           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4574           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4575             all sequences with a given id</li>
4576           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4577             ID string searches</li>
4578           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4579             alignment to fail with exception</li>
4580         </ul> <em>Application Issues</em>
4581         <ul>
4582           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4583           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4584             data sources</li>
4585         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4586         <ul>
4587           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4588             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4589           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4590             version (java class versioning error fixed)</li>
4591         </ul>
4592       </td>
4593     </tr>
4594     <tr>
4595       <td>
4596
4597         <div align="center">
4598           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4599         </div>
4600       </td>
4601       <td><em>User Interface</em>
4602         <ul>
4603           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4604             translation and protein products</li>
4605           <li>Linked highlighting of structure associated with
4606             residue mapping to codon position</li>
4607           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4608             and 'clear' button</li>
4609           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4610             Tools menu</li>
4611           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4612             numeric data in description line</li>
4613           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4614           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4615             of sequence</li>
4616         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4617         <ul>
4618           <li>JPred3 web service</li>
4619           <li>Prototype sequence search client (no public services
4620             available yet)</li>
4621           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4622             PFAM</li>
4623           <li>URL Links created for matching database cross
4624             references as well as sequence ID</li>
4625           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4626         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4627         <ul>
4628           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4629             databases</li>
4630           <li>Generalised database reference retrieval and
4631             validation to all fetchable databases</li>
4632           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4633             sequence command</li>
4634         </ul> <em>Import and Export</em>
4635         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4636         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4637           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4638         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4639           File</li>
4640         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4641           triplet as name of colourscheme</li>
4642         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4643         <ul>
4644           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4645           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4646             alignments (experimental)</li>
4647           <li>Create new or select existing session to join</li>
4648           <li>load and save of vamsas documents</li>
4649         </ul> <em>Application command line</em>
4650         <ul>
4651           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4652             from applet)</li>
4653           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4654             of DAS servers to query for alignment features</li>
4655           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4656             that are also automatically queried for features</li>
4657           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4658             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4659         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4660         <ul>
4661           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4662             application (when using &quot;View in full
4663             application&quot;)</li>
4664         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4665         <ul>
4666           <li>feature group display control parameter</li>
4667           <li>debug parameter</li>
4668           <li>showbutton parameter</li>
4669         </ul> <em>Applet API methods</em>
4670         <ul>
4671           <li>newView public method</li>
4672           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4673           <li>Feature display control methods</li>
4674           <li>get list of currently selected sequences</li>
4675         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4676         <ul>
4677           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4678           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4679             Jalview release.</li>
4680           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4681             property controls execution of obfuscator</li>
4682           <li>Build target for generating source distribution</li>
4683           <li>Debug flag for javacc</li>
4684           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4685             jalview.bin.Cache</li>
4686           <li>Continuous Build Integration for stable and
4687             development version of Application, Applet and source
4688             distribution</li>
4689         </ul></td>
4690       <td>
4691         <ul>
4692           <li>selected region output includes visible annotations
4693             (for certain formats)</li>
4694           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4695             for editing</li>
4696           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4697           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4698           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4699           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4700             comments</li>
4701           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4702             filenames containing a ':'</li>
4703           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4704             global sequence features</li>
4705           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4706             references from alignment sequences goes to zero</li>
4707           <li>Close of tree branch colour box without colour
4708             selection causes cascading exceptions</li>
4709           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4710           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4711             file parsing fails.</li>
4712           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4713           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4714             not a valid output format</li>
4715           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4716             vamsas</li>
4717           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4718           <li>error messages passed up and output when data read
4719             fails</li>
4720           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4721             sequence is edited</li>
4722           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4723             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4724           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4725             filetype</li>
4726           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4727             import fixed for PFAM records</li>
4728           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4729             window list</li>
4730           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4731             can be read and written correctly to annotation file</li>
4732           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4733             correctly</li>
4734           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4735             non-italic font for representatives in Applet</li>
4736           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4737             Macs.</li>
4738           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4739             Applet)</li>
4740           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4741             due to null pointer exceptions</li>
4742           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4743             first column of alignment</li>
4744           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4745             July 2008</li>
4746           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4747             file is case-insensitive</li>
4748           <li>Sequence features read from Features file appended to
4749             all sequences with matching IDs</li>
4750           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4751             containing a sub-sequence</li>
4752           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4753           <li>feature and annotation file applet parameters
4754             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4755           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4756           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4757             splash-screen version check to complete</li>
4758           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4759             when passing them to the launchApp service</li>
4760           <li>display name and local features preserved in results
4761             retrieved from web service</li>
4762           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4763             sequence fetcher initialisation</li>
4764           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4765             dasobert DAS client</li>
4766           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4767             association</li>
4768           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4769             sequences
4770           </li>
4771         </ul>
4772       </td>
4773     </tr>
4774     <tr>
4775       <td>
4776         <div align="center">
4777           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4778         </div>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4783           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4784           <li>Slide sequences</li>
4785           <li>Edit sequence in place</li>
4786           <li>EMBL CDS features</li>
4787           <li>DAS Feature mapping</li>
4788           <li>Feature ordering</li>
4789           <li>Alignment Properties</li>
4790           <li>Annotation Scores</li>
4791           <li>Sort by scores</li>
4792           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4793         </ul>
4794       </td>
4795       <td>
4796         <ul>
4797           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4798           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4799           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4800           <li>Feature group display state in XML</li>
4801           <li>Feature ordering in XML</li>
4802           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4803           <li>Stockholm alignment properties</li>
4804           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4805           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4806           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4807           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4808         </ul>
4809       </td>
4810
4811     </tr>
4812     <tr>
4813       <td>
4814         <div align="center">
4815           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4816         </div>
4817       </td>
4818       <td>
4819         <ul>
4820           <li>Non standard characters can be read and displayed
4821           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4822             applet via textbox
4823           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4824             name &amp; description
4825           <li>Preference setting to display sequence name in
4826             italics
4827           <li>Annotation file format extended to allow
4828             Sequence_groups to be defined
4829           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4830             specified in preferences
4831           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4832             sequences
4833         </ul>
4834       </td>
4835       <td>
4836         <ul>
4837           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4838             installed
4839           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4840           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4841         </ul>
4842       </td>
4843     </tr>
4844     <tr>
4845       <td>
4846         <div align="center">
4847           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4848         </div>
4849       </td>
4850       <td>
4851         <ul>
4852           <li>Multiple views on alignment
4853           <li>Sequence feature editing
4854           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4855           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4856           <li>Background dependent text colour
4857           <li>Right align sequence ids
4858           <li>User-defined lower case residue colours
4859           <li>Format Menu
4860           <li>Select Menu
4861           <li>Menu item accelerator keys
4862           <li>Control-V pastes to current alignment
4863           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4864           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4865           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4866
4867           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4868         </ul>
4869       </td>
4870       <td>
4871         <ul>
4872           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4873           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4874             calculations
4875           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4876             edits
4877           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4878             of alignment)
4879           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4880
4881           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4882             display correctly
4883           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4884           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4885             analysis results
4886           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4887             &#8739;
4888           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4889           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4890           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4891
4892         </ul>
4893       </td>
4894     </tr>
4895     <tr>
4896       <td>
4897         <div align="center">
4898           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4899         </div>
4900       </td>
4901       <td>
4902         <ul>
4903           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4904         </ul>
4905       </td>
4906       <td>
4907         <ul>
4908           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4909             sequence id panel has been resized</li>
4910           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4911             rendered</li>
4912           <li>Annotation files with sequence references - all
4913             elements in file are relative to sequence position</li>
4914           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4915         </ul>
4916       </td>
4917     </tr>
4918     <tr>
4919       <td>
4920         <div align="center">
4921           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4922         </div>
4923       </td>
4924       <td>
4925         <ul>
4926           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4927           <li>DAS Feature fetching</li>
4928           <li>Hide sequences and columns</li>
4929           <li>Export Annotations and Features</li>
4930           <li>GFF file reading / writing</li>
4931           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4932             files</li>
4933           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4934           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4935           <li>Applet can launch the full application</li>
4936           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4937             required)</li>
4938           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4939           <li>Applet can load sequences from parameter
4940             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4941           </li>
4942         </ul>
4943       </td>
4944       <td>
4945         <ul>
4946           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4947           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4948           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4949         </ul>
4950       </td>
4951     </tr>
4952     <tr>
4953       <td>
4954         <div align="center">
4955           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4956         </div>
4957       </td>
4958       <td>
4959         <ul>
4960           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4961           <li>Choose to match case when searching</li>
4962           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4963             expand the visible width and height of the alignment</li>
4964         </ul>
4965       </td>
4966       <td>
4967         <ul>
4968           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4969         </ul>
4970       </td>
4971     </tr>
4972     <tr>
4973       <td>
4974         <div align="center">
4975           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4976         </div>
4977       </td>
4978       <td>&nbsp;</td>
4979       <td>
4980         <ul>
4981           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4982           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4983             value</li>
4984         </ul>
4985       </td>
4986     </tr>
4987     <tr>
4988       <td>
4989         <div align="center">
4990           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4991         </div>
4992       </td>
4993       <td>
4994         <ul>
4995           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4996           <li>Keyboard editing</li>
4997           <li>Create sequence features from searches</li>
4998           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4999             alignments</li>
5000           <li>Features file allows grouping of features</li>
5001           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5002           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5003           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5004         </ul>
5005       </td>
5006       <td>
5007         <ul>
5008           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5009           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5010             descriptions saved.</li>
5011         </ul>
5012       </td>
5013     </tr>
5014     <tr>
5015       <td>
5016         <div align="center">
5017           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5018         </div>
5019       </td>
5020       <td>
5021         <ul>
5022           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5023           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5024           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5025             name for file output</li>
5026           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5027           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5028             used for HTML form input</li>
5029         </ul>
5030       </td>
5031       <td>
5032         <ul>
5033           <li>HTML output writes groups and features</li>
5034           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5035           <li>File IO bugs</li>
5036         </ul>
5037       </td>
5038     </tr>
5039     <tr>
5040       <td>
5041         <div align="center">
5042           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5043         </div>
5044       </td>
5045       <td>
5046         <ul>
5047           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5048           <li>More options for PCA viewer</li>
5049         </ul>
5050       </td>
5051       <td>
5052         <ul>
5053           <li>GUI bugs resolved</li>
5054           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5055         </ul>
5056       </td>
5057     </tr>
5058     <tr>
5059       <td height="63">
5060         <div align="center">
5061           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5062         </div>
5063       </td>
5064       <td>
5065         <ul>
5066           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5067           <li>Jar files are executable</li>
5068           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5069         </ul>
5070       </td>
5071       <td>
5072         <ul>
5073           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5074           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5075           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5076         </ul>
5077       </td>
5078     </tr>
5079     <tr>
5080       <td>
5081         <div align="center">
5082           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5083         </div>
5084       </td>
5085       <td>
5086         <ul>
5087           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5088         </ul>
5089       </td>
5090       <td>
5091         <ul>
5092           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5093         </ul>
5094       </td>
5095     </tr>
5096     <tr>
5097       <td>
5098         <div align="center">
5099           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5100         </div>
5101       </td>
5102       <td>
5103         <ul>
5104           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5105             size</li>
5106         </ul>
5107       </td>
5108       <td>
5109         <ul>
5110           <li>Improved JPred client reliability</li>
5111           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5112         </ul>
5113       </td>
5114     </tr>
5115     <tr>
5116       <td>
5117         <div align="center">
5118           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5119         </div>
5120       </td>
5121       <td>
5122         <ul>
5123           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5124           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5125           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5126             to Colour Menu</li>
5127           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5128           <li>Unix users can set default web browser</li>
5129           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5130           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5131         </ul>
5132       </td>
5133       <td>
5134         <ul>
5135           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5136         </ul>
5137       </td>
5138     </tr>
5139     <tr>
5140       <td>
5141         <div align="center">
5142           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5143         </div>
5144       </td>
5145       <td>&nbsp;</td>
5146       <td>
5147         <ul>
5148           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5149             alignment order.</li>
5150         </ul>
5151       </td>
5152     </tr>
5153     <tr>
5154       <td>
5155         <div align="center">
5156           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5157         </div>
5158       </td>
5159       <td>
5160         <ul>
5161           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5162           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5163           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5164             annotations.</li>
5165           <li>Version and build date written to build properties
5166             file.</li>
5167           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5168             at launch of Jalview.</li>
5169         </ul>
5170       </td>
5171       <td>
5172         <ul>
5173           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5174           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5175           <li>Can remove groups one by one.</li>
5176           <li>Filechooser icons installed.</li>
5177           <li>Finder ignores return character when searching.
5178             Return key will initiate a search.<br>
5179           </li>
5180         </ul>
5181       </td>
5182     </tr>
5183     <tr>
5184       <td>
5185         <div align="center">
5186           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5187         </div>
5188       </td>
5189       <td>
5190         <ul>
5191           <li>New codebase</li>
5192         </ul>
5193       </td>
5194       <td>&nbsp;</td>
5195     </tr>
5196   </table>
5197   <p>&nbsp;</p>
5198 </body>
5199 </html>