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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187 -->Option to show 'virtual' codon features on
  66             protein (or vice versa)
  67             <ul>
  68               <li>
  69                 <!-- JAL-3304 -->Option to export virtual features if
  70                 shown
  71               </li>
  72               <li>
  73                 <!-- JAL-3302 -->Option to transfer virtual features to
  74                 Chimera
  75               </li>
  76             </ul>
  77           </li>
  78           <li>
  79           <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values POS,
  83             ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field validation while parsing
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen position if reopened
  90            </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views enabled by default
  93            </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in tooltips and menus
  96            </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted with no feature types visible
  99           </li>
 100         </ul><em>Jalview Installer</em>
 101             <ul>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 104             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 111           </li>
 112               <li>
 113                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 114               <li>
 115                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 116         </ul> <em>Release processes</em>
 117         <ul>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 120           </li>
 121         </ul> <em>Build System</em>
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 128             report
 129           </li>
 130         </ul>
 131         <ul>
 132           <em>Groovy Scripts</em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA
 136               file to stdout containing the consensus sequence for each
 137               alignment in a Jalview session
 138             </li>
 139           </ul>
 140         </ul>
 141       </td>
 142       <td align="left" valign="top">
 143         <ul>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 146             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 147             features are visible
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 151             equal when split frame is first opened
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 155             correct after editing a sequence's start position
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 159             with annotation and exceptions thrown when only a few
 160             columns shown in wrapped mode
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 164             wrapped alignment figure with annotations
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 168             ID fails with ClassCastException
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 172             Project
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 176             feature settings dialog also selects columns
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 180             IllegalArgumentException in some circumstances
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 184             opened for a view
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 188             alignment window is closed
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 192             help documentation for 2.11.0 release
 193           </li>
 194         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 195         <ul>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 198             PDB/Uniprot search panel
 199           </li>
 200         </ul> <em>Installer</em>
 201         <ul>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 204             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 205           </li>
 206         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 207         <ul>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 210             repository
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 214             memory
 215           </li>
 216         </ul> <em>New Known Issues</em>
 217         <ul>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 220             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 221             command line
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 225             clipped in headless figure export when Right Align option
 226             enabled
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 230             'Source' in console output
 231           </li>
 232         </ul>
 233       </td>
 234     </tr>
 235     <tr>
 236       <td width="60" align="center" nowrap>
 237           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 238             <em>04/07/2019</em></strong>
 239       </td>
 240       <td align="left" valign="top">
 241         <ul>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 244             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 245             source project) rather than InstallAnywhere
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 249             settings, receive over the air updates and launch specific
 250             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 251               Rings' GetDown</a>)
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 255             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 259             arguments and switch between different getdown channels
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 263             or alignment files
 264           </li>
 265
 266           <li>
 267             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 268             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 271             'Translate as cDNA'</li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 274           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 275             <ul>
 276                       <li>
 277             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 278             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 279           <li>
 280                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 281                 features can be filtered and shaded according to any
 282                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 283                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 284                 file)
 285               </li>
 286               <li>
 287                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 288                 stored and restored from Jalview Projects
 289               </li>
 290               <li>
 291                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 292                 recognise variant features
 293               </li>
 294               <li>
 295                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 296                 sequences (also coloured red by default)
 297               </li>
 298               <li>
 299                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 300                 details
 301               </li>
 302               <li>
 303                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 304                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 305               </li>
 306               <li>
 307                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 308                 dialog
 309               </li>
 310             </ul>
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 314             tree and PCA calculations
 315           </li>
 316           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 317             <ul>
 318               <li>
 319                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 320                 and Viewer state saved in Jalview Project
 321               </li>
 322               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 323                 drop-down menus</li>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 326                 incrementally
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 330               </li>
 331             </ul>
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 335           </li>
 336           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 337           <ul>
 338               <li>
 339                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 340                 multiple groups when working with large alignments
 341               </li>
 342               <li>
 343                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 344                 Stockholm files
 345               </li>
 346             </ul>
 347           <li><strong>User Interface</strong>
 348           <ul>
 349               <li>
 350                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 351                 view
 352               </li>
 353               <li>
 354                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 355                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 356                 default (can be changed in user preferences)
 357               </li>
 358               <li>
 359                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 360                 to the Overwrite Dialog
 361               </li>
 362               <li>
 363                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 364                 sequences are hidden
 365               </li>
 366               <li>
 367                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 368                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 369               </li>
 370               <li>
 371                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 372                 labels
 373               </li>
 374               <li>
 375                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 376                 when in wrapped mode
 377               </li>
 378               <li>
 379                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 380                 annotation
 381               </li>
 382               <li>
 383                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 384               </li>
 385               <li>
 386                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 387                 panel
 388               </li>
 389               <li>
 390                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 391                 popup menu
 392               </li>
 393               <li>
 394               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 395               <li>
 396               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 397
 398
 399             </ul></li>
 400             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 401           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 402             <ul>
 403               <li>
 404                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 405                 trapping CMD-Q
 406               </li>
 407             </ul></li>
 408         </ul>
 409         <em>Deprecations</em>
 410         <ul>
 411           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 412             capabilities removed from the Jalview Desktop
 413           </li>
 414           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 415             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 416             and XML based data retrieval clients</li>
 417           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 418           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 419         </ul> <em>Documentation</em>
 420         <ul>
 421           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 422             not supported in EPS figure export
 423           </li>
 424           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 425         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 426         <ul>
 427           <li>
 428           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 429           </li>
 430       <li>
 431       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 432           <li>
 433           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 434             gradle-eclipse
 435           </li>
 436           <li>
 437           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 438             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 439             execution
 440           </li>
 441           <li>
 442           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 443             operations
 444           </li>
 445           <li>
 446           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 447             issues resolved
 448           </li>
 449           <li>
 450           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 451             markdown (with HTML rendering)
 452           </li>
 453           <li>
 454           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 455           </li>
 456           <li>
 457           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 458             versions of Jalview
 459           </li>
 460         </ul>
 461       </td>
 462       <td align="left" valign="top">
 463         <ul>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 469             superposition in Jmol fail on Windows
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 473             structures for sequences with lots of PDB structures
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 477             monospaced font
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 481             project involving multiple views
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 485             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 486             Annotation dialog hides columns
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 490             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 491             one view, then making another selection in the other view
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 495             columns
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 499             Settings and Jalview Preferences panels
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 503             overview with large alignments
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 507             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 508             mouse moved to the left of the first column
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 512             hidden column marker via scale popup menu
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 516             doesn't tell users the invalid URL
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 520             score from view
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 524             show cross references or Fetch Database References are shown in
 525             red in original view
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 529             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 533             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 537             when columns are hidden
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 541             Columns by Annotation description
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 545             out of Scale or Annotation Panel
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 549             scale panel
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 553             alignment down
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 557             scale panel
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 561             Page Up in wrapped mode
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 571             on opening an alignment
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 575             Colour menu
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 579             different groups in the alignment are selected
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 583             correctly in menu
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 587             threshold limit
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 591             threshold gets 'unrounded'
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 595             colour
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 605             Tree font
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 609             project file
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 613             shown in complementary view
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 617             without normalisation
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 621             of report
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 625           </li>
 626           <li>
 627           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 628           </li>
 629         </ul> <em>Editing</em>
 630         <ul>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 633             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 634             sequence
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 638             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 639             removed (Known defect since 2.10)
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 643             dialog corrupts dataset sequence
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 647             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 648           </li>
 649         </ul> <em>Datamodel</em>
 650         <ul>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 653             sequence's End is greater than its length
 654           </li>
 655         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 656           general release)</em>
 657         <ul>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 660           </li>
 661         </ul> <em>New Known Defects</em>
 662         <ul>
 663         <li>
 664         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 665         </li>
 666         <li>
 667           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 668           regions of protein alignment.
 669         </li>
 670         <li>
 671           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 672           is restored from a Jalview 2.11 project
 673         </li>
 674         <li>
 675           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 676           'New View'
 677         </li>
 678         <li>
 679           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 680           columns within hidden columns
 681         </li>
 682         <li>
 683           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 684           window after dragging left to select columns to left of visible
 685           region
 686         </li>
 687         <li>
 688           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 689           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 690           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 691           create a Score filter instead.
 692         </li>
 693         <li>
 694         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 695         <li>
 696         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 697         </li>
 698         <li>
 699           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 700           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 701         </li>
 702         </ul>
 703         <em>Java 11 Specific defects</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 707               alphabetically when saved
 708             </li>
 709         </ul>
 710       </td>
 711     </tr>
 712     <tr>
 713     <td width="60" nowrap>
 714       <div align="center">
 715         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 716       </div>
 717     </td>
 718     <td><div align="left">
 719         <em></em>
 720         <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 723               InstallAnywhere increased to 1G.
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 727               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 728               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 729                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 730                 properties file.</em>
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 734               API and sequence data now imported as JSON.
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 738               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 739               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 740               property.
 741             </li>
 742           </ul>
 743           <em>Development</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 747               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 748                 Clover</a>
 749             </li>
 750           </ul>
 751         </div></td>
 752     <td><div align="left">
 753         <em></em>
 754         <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 757               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 758               alignment.
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 762               annotation displayed.
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 766               for newly created group when 'Apply to all groups'
 767               selected
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 771               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 772               visible.
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 776               when sequences are selected in exported view.</em>
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 780               aren't rendered with correct colour.
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 784               types of knotted RNA secondary structure.
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 788               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 789               do not start at 1.
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 793               annotation when columns are inserted into an alignment,
 794               and when exporting as Stockholm flatfile.
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 798               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 799               treated as RNA secondary structure.
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 803               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 807               transfers focus to previous window on OSX
 808             </li>
 809           </ul>
 810           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 814               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 815               box.
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 819               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 820               'look and feel' which has improved compatibility with the
 821               latest version of OSX.
 822             </li>
 823           </ul>
 824         </div>
 825     </td>
 826     </tr>
 827     <tr>
 828       <td width="60" nowrap>
 829         <div align="center">
 830           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 831             <em>7/06/2018</em></strong>
 832         </div>
 833       </td>
 834       <td><div align="left">
 835           <em></em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 839               annotation retrieved from Uniprot
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 843               onto the Jalview Desktop
 844             </li>
 845           </ul>
 846         </div></td>
 847       <td><div align="left">
 848           <em></em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 852               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 856               right-hand column parsed correctly
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 860               not alignment area in exported graphic
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 864               window has input focus
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 868               annotation added to view (Windows)
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 872               network connectivity is poor
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 876               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 877                 the currently open URL and links from a page viewed in
 878                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 879                 you are using Edge, only links in the page can be
 880                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 881                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 882             </li>
 883           </ul>
 884           <em>New Known Defects</em>
 885           <ul>
 886             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 887           </ul>
 888         </div></td>
 889     </tr>
 890     <tr>
 891       <td width="60" nowrap>
 892         <div align="center">
 893           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 894         </div>
 895       </td>
 896       <td><div align="left">
 897           <em></em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 901               for disabling automatic superposition of multiple
 902               structures and open structures in existing views
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 906               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 907               adjust them.
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 911               Ensembl services
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 915               and lots of hidden columns
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 919               of features (particularly when transparency is disabled)
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 923               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 924               generally available
 925             </li>
 926           </ul>
 927           </div>
 928       </td>
 929       <td><div align="left">
 930           <ul>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 933               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 937               overlapping alignment panel
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 941               sequence as gaps
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 945               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 946               UTR
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 950               factor annotation not added to sequence when local PDB
 951               file associated with it by drag'n'drop or structure
 952               chooser
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 956               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 960               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 964               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 968               columns in annotation row
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 972               honored in batch mode
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 976               for structures added to existing Jmol view
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 980               entries after importing project with multiple views
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 984               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 985               with negative residue numbers or missing residues fails
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 989               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 990               as generated by CONSURF)
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 994               tooltip doesn't include a text description of mutation
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 998               structure and/or overview windows are also shown
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1002               very slow for alignments with large numbers of sequences
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1006               with 'StringIndexOutOfBounds'
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1010               platforms running Java 10
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1014               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1015             </li>
1016           </ul>
1017           <em>Applet</em>
1018           <ul>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1021               should copy the group consensus when popup is opened on it
1022             </li>
1023           </ul>
1024           <em>Batch Mode</em>
1025           <ul>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1028           </li>
1029           </ul>
1030           <em>New Known Defects</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1034               editing a large alignment and overview is displayed
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1038               repeatedly after a series of edits even when the overview
1039               is no longer reflecting updates
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1043               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1044               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1045               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1049               option gives blank output
1050             </li>
1051           </ul>
1052         </div>
1053           </td>
1054     </tr>
1055     <tr>
1056       <td width="60" nowrap>
1057         <div align="center">
1058           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1059         </div>
1060       </td>
1061       <td><div align="left">
1062           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1063               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1064       <td><div align="left">
1065           <em>Desktop</em><ul>
1066           <ul>
1067             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1068             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1069             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1070             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1071             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1072             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1073             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1074           </ul>
1075           </div>
1076       </td>
1077     </tr>
1078     <tr>
1079       <td width="60" nowrap>
1080         <div align="center">
1081           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1082         </div>
1083       </td>
1084       <td><div align="left">
1085           <em></em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1089               rendering of sequence features
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1093               429 rate limit request hander
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1097               their colours have changed
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1101               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1105               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1109               view from Ensembl locus cross-references
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1113               Alignment report
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1117               feature can be disabled
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1121               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1125               Uniprot
1126             </li>
1127           </ul>
1128           <em>Scripting</em>
1129           <ul>
1130             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1131             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1132               percent identity scores for current alignment.</li>
1133           </ul>
1134           <em>Testing and Deployment</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1138             </li>
1139           </ul>
1140         </div></td>
1141       <td><div align="left">
1142           <em>General</em>
1143           <ul>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1146               threshold text field doesn't trigger an update to the
1147               alignment view
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1151               strings in parallel
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1155               alignment window is closed
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1159               group visibility
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1163               takes a long time in Cursor mode
1164             </li>
1165           </ul>
1166           <em>Desktop</em>
1167           <ul>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1170               cannot be viewed in Chimera
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1174               CDS/Protein view
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1178               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1179               Search Dialogs
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1189               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1193               scrolling right in unwapped alignment view
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1197               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1198               database
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1202               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1206               features of same type and group to be selected for
1207               amending
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1211               alignments when hidden columns are present
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1215               displaying several structures
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1219               moving a window
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1223               within the Jalview desktop on OSX
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1227               when in wrapped alignment mode
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1231               hand end of alignment
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1235               each selected sequence do not have correct start/end
1236               positions
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1240               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1244               restoring project until a new view is created
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1248               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1249               configured (since 2.10.2b2)
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1253               position is adjusted
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1257               in a multi-chain structure when viewing alignment
1258               involving more than one chain (since 2.10)
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1262               if new selection moves alignment window
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1266               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1270               that produces correctly annotated transcripts and products
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1274               doesn't update associated structure view
1275             </li>
1276           </ul>
1277           <em>Applet</em><br />
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1281               closing alignment panel
1282             </li>
1283           </ul>
1284           <em>BioJSON</em><br />
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1288               non-positional features
1289             </li>
1290           </ul>
1291           <em>New Known Issues</em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1295               sequence features correctly (for many previous versions of
1296               Jalview)
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1300               using cursor in wrapped panel other than top
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1304               graduated colour threshold
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1308               always preserve numbering and sequence features
1309             </li>
1310           </ul>
1311           <em>Known Java 9 Issues</em>
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1315               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1316               9.01, OSX 10.10)
1317             </li>
1318           </ul>
1319         </div></td>
1320     </tr>
1321     <tr>
1322       <td width="60" nowrap>
1323         <div align="center">
1324           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1325             <em>2/10/2017</em></strong>
1326         </div>
1327       </td>
1328       <td><div align="left">
1329           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1330           <ul>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1333             </li>
1334             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1335             </li>
1336           </ul>
1337         </div></td>
1338       <td><div align="left">
1339         </div></td>
1340     </tr>
1341     <tr>
1342       <td width="60" nowrap>
1343         <div align="center">
1344           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1345             <em>7/9/2017</em></strong>
1346         </div>
1347       </td>
1348       <td><div align="left">
1349           <em></em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1353               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1354               white)
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1358               Preferences
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1362               in size and progress bar shown as higher resolution
1363               overview is recalculated
1364             </li>
1365
1366           </ul>
1367         </div></td>
1368       <td><div align="left">
1369           <em></em>
1370           <ul>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1373               column region row by row
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1377               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1381               format setting is unticked
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1385               if group has show boxes format setting unticked
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1389               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1390               include sequences and columns not currently displayed
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1394               assemblies are imported via CIF file
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1398               displayed when threshold or conservation colouring is also
1399               enabled.
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1403               server version
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1407               dragging a selected region off the visible region of the
1408               alignment
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1412               colourscheme to all groups in a view
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1416               initially after font size change using the Font chooser or
1417               middle-mouse zoom
1418             </li>
1419           </ul>
1420         </div></td>
1421     </tr>
1422     <tr>
1423       <td width="60" nowrap>
1424         <div align="center">
1425           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1426         </div>
1427       </td>
1428       <td><div align="left">
1429           <em>Calculations</em>
1430           <ul>
1431
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1434               ungapped positions in each column of the alignment.
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1438               a calculation dialog box
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1442               and memory efficiency (~30x faster)
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1446               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1447               and other calculations
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1451               files within the Jalview codebase
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1455               Similarity may have different topology due to increased
1456               precision
1457             </li>
1458           </ul>
1459           <em>Rendering</em>
1460           <ul>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1463               model for alignments and groups
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1467               scripts
1468             </li>
1469           </ul>
1470           <em>Overview</em>
1471           <ul>
1472             <li>
1473               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1474               with alignment and overview windows
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1478               overview
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1482               omitted in Overview
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1486               adjustment of visible position
1487             </li>
1488           </ul>
1489
1490           <em>Data import/export</em>
1491           <ul>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1494               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1498               annotation input/output via stockholm flatfile
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1502               extension when importing structure files without embedded
1503               names or PDB accessions
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1507               format sequence substitution matrices
1508             </li>
1509           </ul>
1510           <em>User Interface</em>
1511           <ul>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1514               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1515               the application.
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1519               via Overview or sequence motif search operations
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1523               opened by double clicking gaps within sequence feature
1524               extent
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1528               aligned positions were available to create a 3D structure
1529               superposition.
1530             </li>
1531           </ul>
1532           <em>3D Structure</em>
1533           <ul>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1536               coloured in linked structure views
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1540               file-based command exchange
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1544               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1545               structures are already available for sequences
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1549               the Jalview project rather than downloaded again when the
1550               project is reopened.
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1554               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1555               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1556                 Feature</strong>)
1557             </li>
1558           </ul>
1559           <em>Web Services</em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1566               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1567               Analysis services
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1571               cross-references provided by identifiers.org and the
1572               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1573             </li>
1574           </ul>
1575
1576           <em>Scripting</em>
1577           <ul>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1580               identifying file formats (instead of String constants)
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1584               efficiency when counting all displayed features (not
1585               backwards compatible with 2.10.1)
1586             </li>
1587           </ul>
1588           <em>Example files</em>
1589           <ul>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1592               included in the example feature file
1593             </li>
1594           </ul>
1595           <em>Documentation</em>
1596           <ul>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1599               with the built-in Java help viewer
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1603               sequence description' option
1604             </li>
1605           </ul>
1606           <em>Test Suite</em>
1607           <ul>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1610               Uniprot REST Free Text Search Client
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1617               during tests
1618             </li>
1619           </ul>
1620         </div></td>
1621       <td><div align="left">
1622           <em>Calculations</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1626               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1627               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1628             </li>
1629             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1630               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1631               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1632               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1633               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1634               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1635               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1636               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1637               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1638               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1639               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1640               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1641               // for 2.10.1 mode <br />
1642               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1643               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1644                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1645                 calculations (not recommended)</em></li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1648               scaling of branch lengths for trees computed using
1649               Sequence Feature Similarity.
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1653               generating output report when working with highly
1654               redundant alignments
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1658               right of selected region when gaps present on right-hand
1659               boundary
1660             </li>
1661           </ul>
1662           <em>User Interface</em>
1663           <ul>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1666               doesn't reselect a specific sequence's associated
1667               annotation after it was used for colouring a view
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1671               opened on a region of alignment without groups
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1675               of an alignment with overlapping groups
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1679               name and description match
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1683               hidden regions results in incorrect hidden regions
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1687               changing colour does not apply Conservation slider value
1688               to all groups
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1692               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1696               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1700               gaps before start of features
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1704               restored to UI when feature colour is edited
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1708               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1712               as graduate feature colour settings are modified via the
1713               dialog box
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1717               when a group defined on the alignment is resized
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1721               wrapped view result in positional status updates
1722             </li>
1723
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1726               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1730               alignment included gapped columns
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1734               widgets don't permanently disappear
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1738               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1739               T-Coffee column reliability scores)
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1743               sequence feature on gaps only
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1747               button from a Find inherit previously defined feature type
1748               rather than the Find query string
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1752               exporting tree calculated in Jalview
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1756               and then revealing them reorders sequences on the
1757               alignment
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1761               doesn't update to reflect available set of groups after
1762               interactively adding or modifying features
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1766               Linux
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1770               only excluded gaps in current sequence and ignored
1771               selection.
1772             </li>
1773           </ul>
1774           <em>Rendering</em>
1775           <ul>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1778               erratically when hidden rows or columns are present
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1782               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1783               sequence colouring
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1787               colour and group colour menu for protein alignments
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1791               reflect currently selected view or group's shading
1792               thresholds
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1796               when rendered on overview and structures when opacity at
1797               100%
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1801               overview when features overlaid on alignment
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1805               recovered correctly from Jalview project file
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1809               (automatically via preferences) are different to the main
1810               alignment panel
1811             </li>
1812           </ul>
1813           <em>Data import/export</em>
1814           <ul>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1817               load
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1821               added after a sequence was imported are not written to
1822               Stockholm File
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1826               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1830               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1834               with lightGray or darkGray via features file (but can
1835               specify lightgray)
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1839               when alignment view imported from project
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1843               structure and sequences extracted from structure files
1844               imported via URL and viewed in Jmol
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1848               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1849               the project is loaded and the structure viewed
1850             </li>
1851           </ul>
1852           <em>Web Services</em>
1853           <ul>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1856               release of Ensembl v.88
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1860               appear enabled in Preferences->Connections
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1864               removed from console output
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1868               Ensembl by Peptide ID
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1872               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1873               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1874               due to 'null' string rather than empty string used for
1875               residues with no corresponding PDB mapping).
1876             </li>
1877           </ul>
1878           <em>Application UI</em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1882               menu
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1886               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1887               new documentation and tooltips added)
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1891               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1895               new features are added to alignment
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1899               changes to feature colours via the Amend features dialog
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1903               edit graduated feature colour via amend features dialog
1904               box
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1908               selection menu changes colours of alignment views
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1912               from alignment calculation workers after alignment has
1913               been closed
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1917               groups now 'Create Group'
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1921               Create/Undefine group doesn't always work
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1925               shown again after pressing 'Cancel'
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1929               adjusts start position in wrap mode
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1933               ambiguous amino acids
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1937               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1938               proteins
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1942               Defined' don't appear in Colours menu
1943             </li>
1944           </ul>
1945           <em>Applet</em>
1946           <ul>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1949               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1953               overview or linked structure view
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1957               work (since 2.8)
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1961               user-defined colourscheme doesn't restore original
1962               colourscheme
1963             </li>
1964           </ul>
1965           <em>Test Suite</em>
1966           <ul>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1969               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1973               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1974               problems with deep array comparison equality asserts in
1975               successive versions of TestNG
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1979               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1980             </li>
1981           </ul>
1982           <em>New Known Issues</em>
1983           <ul>
1984             <li>
1985               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1986               phase after a sequence motif find operation
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1990               containing just upper and lower case letters are
1991               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1995               reliably from eggnog Ortholog database
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1999               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2000               to mark columns containing highlighted regions.
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2004               doesn't always add secondary structure annotation.
2005             </li>
2006           </ul>
2007         </div>
2008     <tr>
2009       <td width="60" nowrap>
2010         <div align="center">
2011           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2012         </div>
2013       </td>
2014       <td><div align="left">
2015           <em>General</em>
2016           <ul>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2019               for all consensus calculations
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2023               3rd Oct 2016)
2024             </li>
2025             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2026               for 2016-2017</li>
2027           </ul>
2028           <em>Application</em>
2029           <ul>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2032               set of database cross-references, sorted alphabetically
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2036               from database cross references. Users with custom links
2037               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2038                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2042               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2043               Chimera session
2044             </li>
2045             <li>
2046               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2047               the Chimera it is connected to is shut down
2048             </li>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2051               columns menu item to mark columns containing highlighted
2052               regions (e.g. from structure selections or results of a
2053               Find operation)
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2057               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2058               MSAviewer
2059             </li>
2060           </ul>
2061         </div></td>
2062       <td>
2063         <div align="left">
2064           <em>General</em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2068               are not coloured or thresholded according to percent
2069               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2073               hydrophobic
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2077               threshold, amino acid properties)
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2081               reported as mapped to residues in a structure file in the
2082               View Mapping report
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2086               could be added multiple times to a sequence
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2090               bond features shown as two highlighted residues rather
2091               than a range in linked structure views, and treated
2092               correctly when selecting and computing trees from features
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2096               cross-references are matched to database name regardless
2097               of case
2098             </li>
2099
2100           </ul>
2101           <em>Application</em>
2102           <ul>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2105               names without regular expressions also offer links from
2106               Sequence ID
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2110               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2111               update Jalview configuration
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2115               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2119               files with similarly named sequences if dropped onto the
2120               alignment
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2124               entries where more chains exist in the PDB accession than
2125               are reported in the SIFTS file
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2129               the structure view when displayed with Chimera
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2133               panel's View->Show Chains submenu
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2137               work for wrapped alignment views
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2141               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2145               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2146               first annotation row
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2150               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2154               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2155             </li>
2156             <!-- JAL-2319 -->
2157             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2158             coordindate data
2159             </li>
2160           </ul>
2161           <!--           <em>New Known Issues</em>
2162           <ul>
2163             <li></li>
2164           </ul> -->
2165         </div>
2166       </td>
2167     </tr>
2168     <td width="60" nowrap>
2169       <div align="center">
2170         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2171           <em>25/10/2016</em></strong>
2172       </div>
2173     </td>
2174     <td><em>Application</em>
2175       <ul>
2176         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2177           view if structures already loaded</li>
2178         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2179           structure views</li>
2180       </ul></td>
2181     <td>
2182       <div align="left">
2183         <em>General</em>
2184         <ul>
2185           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2186             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2187           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2188             example sequences/projects/trees</li>
2189         </ul>
2190         <em>Application</em>
2191         <ul>
2192           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2193             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2194           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2195             without timeout for structures with multiple models or
2196             multiple sequences in alignment</li>
2197           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2198             PDB ID HEADER line</li>
2199           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2200             is performed</li>
2201           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2202             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2203           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2204           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2205             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2206             option</li>
2207           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2208             is created on the alignment</li>
2209           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2210             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2211             pop-up menu</li>
2212         </ul>
2213         <em>Build and deployment</em>
2214         <ul>
2215           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2216             tags</li>
2217         </ul>
2218         <em>New Known Issues</em>
2219         <ul>
2220           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2221             on Windows</li>
2222         </ul>
2223       </div>
2224     </td>
2225     </tr>
2226     <tr>
2227       <td width="60" nowrap>
2228         <div align="center">
2229           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2230         </div>
2231       </td>
2232       <td><em>General</em>
2233         <ul>
2234           <li>
2235             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2236           </li>
2237           <li>
2238             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2239             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2240             better PDB parsing.
2241           </li>
2242           <li>
2243             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2244             reference sequence
2245           </li>
2246           <li>
2247             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2248             mousing over sequence associated annotation
2249           </li>
2250           <li>
2251             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2252             for manual entry
2253           </li>
2254           <li>
2255             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2256             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2257             for each column
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2261             showing or hiding columns containing a feature
2262           </li>
2263           <li>
2264             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2265             group and sequence associated annotation labels
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2269             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2270             dialogs
2271           </li>
2272
2273         </ul> <em>Application</em>
2274         <ul>
2275           <li>
2276             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2277             gene/transcript view
2278           </li>
2279           <li>
2280             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2281             dialog
2282           </li>
2283           <li>
2284             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2285             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2286           </li>
2287           <li>
2288             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2289             Pfam sources to xfam.org
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2296             over sequences in Jalview
2297           </li>
2298           <li>
2299             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2300             regions in ENA and EMBL
2301           </li>
2302           <li>
2303             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2304             for record retrieval via ENA rest API
2305           </li>
2306           <li>
2307             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2308             complement operator
2309           </li>
2310           <li>
2311             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2312             groovy script execution
2313           </li>
2314           <li>
2315             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2316             alignment window's Calculate menu
2317           </li>
2318           <li>
2319             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2320             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2321           </li>
2322           <li>
2323             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2324             calculation workers from groovy scripts
2325           </li>
2326           <li>
2327             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2328             Jalview projects
2329           </li>
2330           <li>
2331             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2332             associations are now saved/restored from project
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2336             before sequence fetcher is opened
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2340             database chooser opens a sequence fetcher
2341           </li>
2342           <li>
2343             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2344             the UniProt REST API
2345           </li>
2346           <li>
2347             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2348             the news reader opening
2349           </li>
2350           <li>
2351             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2352             querying stored in preferences
2353           </li>
2354           <li>
2355             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2356             search results
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2360           </li>
2361           <li>
2362             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2363             menu for nucleotide sequences
2364           </li>
2365           <li>
2366             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2367             and feature counts preserves alignment ordering (and
2368             debugged for complex feature sets).
2369           </li>
2370           <li>
2371             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2372             viewing structures with Jalview 2.10
2373           </li>
2374           <li>
2375             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2376             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2377             Ensembl Genomes REST API
2378           </li>
2379           <li>
2380             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2381             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2382             (Ensembl)
2383           </li>
2384           <li>
2385             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2386             sequences
2387           </li>
2388           <li>
2389             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2390             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2391             data from external database records.
2392           </li>
2393           <li>
2394             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2395             efficient recovery of sequence coding and alignment
2396             annotation relationships.
2397           </li>
2398         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2399         <ul>
2400           <li>
2401             -- JAL---
2402           </li>
2403         </ul> --></td>
2404       <td>
2405         <div align="left">
2406           <em>General</em>
2407           <ul>
2408             <li>
2409               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2410               menu on OSX
2411             </li>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2414               includes graduated colourschemes
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2418               working with big alignments and lots of hidden columns
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2422               at right of alignment window
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2426               contents
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2430               for DNA alignments
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2434               based tree calculation
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2438               unconserved enabled for group on alignment
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2442               set as reference
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2446               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2447               annotation
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2451               hidden columns present
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2455               user created annotation added to alignment
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2459               '()' base pair annotation
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2463               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2464               Consensus
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2468               feature not working
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2472               beginning of sequence
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2476               entry 3a6s
2477             </li>
2478             <li>
2479               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2480               from a tree when t-coffee scores are shown
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2484               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2488               some structures
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2492               to Clustal, PIR and PileUp output
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2496               not visible causes alignment window to repaint
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2500               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2501               scores associated with features and annotation rows
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2505               calculation should be case independent
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2509               columns
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2513               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2514               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2518               problems when reference sequence defined and 'show
2519               non-conserved' enabled
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2523               load even when Consensus calculation is disabled
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2527               alignment does nothing
2528             </li>
2529           </ul>
2530           <em>Application</em>
2531           <ul>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2534               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2535               yet fixed for El Capitan)
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2539               output when running on non-gb/us i18n platforms
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2543               hidden sequences as flat-file alignment
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2547               launching Chimera
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2551               (also hotfix for 2.9.0b2)
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2555               reference sequence defined
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2559               alignments and views when revealing hidden columns
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2563               view in a cDNA/Protein splitframe
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2567               sequence from project when only one sequence is
2568               represented
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2572               in Structure Chooser
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2576               structure consensus didn't refresh annotation panel
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2580               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2584               dialogs format columns correctly, don't display array
2585               data, sort columns according to type
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2589               file chooser is cancelled during an image export
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2593               sequence name containing special characters
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2597               case insensitive
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2601               formatting don't wrap
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2605               truncated so L looks like I in consensus annotation
2606             </li>
2607             <li>
2608               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2609               currently displayed features for the current selection or
2610               view
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2614               after fetching cross-references, and restoring from
2615               project
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2619               followed in the structure viewer
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2623               splitframe not restored from project
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2627               trailing end of protein alignment in transcript/product
2628               splitview when pad-gaps not enabled by default
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2632               is case dependent
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2636               article has been read (reopened issue due to
2637               internationalisation problems)
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2641               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2642               cross-references
2643             </li>
2644
2645             <li>
2646               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2647               alignment as HTML
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2651               multiple structures are shown for one or more sequences.
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2655               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2656               is enabled.
2657             </li>
2658             <li>
2659               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2660               specific PDB id for sequence
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2664               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2665               columns' is disabled.
2666             </li>
2667             <li>
2668               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2669               selects lowest rather than highest resolution structures
2670               for each sequence
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2674               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2678               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2682               after clicking on it to create new annotation for a
2683               column.
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2687               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2688             </li>
2689             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2690             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2691           </ul>
2692           <em>Applet</em>
2693           <ul>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2696               hidden columns present before start of sequence
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2700               (JSON jars)
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2704               sequences are hidden in applet
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2708               deployment on examples pages.
2709             </li>
2710           </ul>
2711         </div>
2712       </td>
2713     </tr>
2714     <tr>
2715       <td width="60" nowrap>
2716         <div align="center">
2717           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2718             <em>16/10/2015</em></strong>
2719         </div>
2720       </td>
2721       <td><em>General</em>
2722         <ul>
2723           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2724             jars</li>
2725         </ul></td>
2726       <td>
2727         <div align="left">
2728           <em>Application</em>
2729           <ul>
2730             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2731               shown when tree is partitioned</li>
2732             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2733               multiple cDNA/Protein split views</li>
2734           </ul>
2735         </div>
2736       </td>
2737     </tr>
2738     <tr>
2739       <td width="60" nowrap>
2740         <div align="center">
2741           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2742             <em>8/10/2015</em></strong>
2743         </div>
2744       </td>
2745       <td><em>General</em>
2746         <ul>
2747           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2748             2.9</li>
2749         </ul> <em>Application</em>
2750         <ul>
2751           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2752           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2753           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2754         </ul> <em>Applet</em>
2755         <ul>
2756           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2757         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2758         <ul>
2759           <li>
2760             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2761             suite
2762           </li>
2763         </ul></td>
2764       <td>
2765         <div align="left">
2766           <em>General</em>
2767           <ul>
2768             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2769               incorrect when sequence start > 1</li>
2770             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2771               documentation</li>
2772             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2773             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2774               loading a features file containing HTML tags in feature
2775               description</li>
2776
2777           </ul>
2778           <em>Application</em>
2779           <ul>
2780             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2781               reimport</li>
2782             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2783               with 'trim retrieved sequences'</li>
2784             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2785               deleting selected columns</li>
2786             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2787               JNLP templates for webstart launch</li>
2788             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2789               unreleased structures for download or viewing</li>
2790             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2791               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2792             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2793               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2794             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2795               recovered from jalview project</li>
2796             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2797               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2798               alignment view</li>
2799             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2800               color schemes from BioJSON</li>
2801           </ul>
2802           <em>Applet</em>
2803           <ul>
2804             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2805               frame</li>
2806             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2807           </ul>
2808         </div>
2809       </td>
2810     </tr>
2811     <tr>
2812       <td><div align="center">
2813           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2814         </div></td>
2815       <td><em>General</em>
2816         <ul>
2817           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2818             alignments:
2819             <ul>
2820               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2821                 and DNA alignment views</li>
2822               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2823                 cDNA alignment views</li>
2824               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2825                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2826               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2827                 protein sequences</li>
2828             </ul>
2829           </li>
2830           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2831           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2832             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2833           <li>New alignment annotation file statements for
2834             reference sequences and marking hidden columns</li>
2835           <li>Reference sequence based alignment shading to
2836             highlight variation</li>
2837           <li>Select or hide columns according to alignment
2838             annotation</li>
2839           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2840           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2841             acid conservation row</li>
2842           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2843         </ul> <em>Application</em>
2844         <ul>
2845           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2846             <ul>
2847               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2848                 view with cDNA/Protein</li>
2849               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2850                 sequences are placed in the same alignment</li>
2851               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2852                 projects</li>
2853             </ul>
2854           </li>
2855
2856           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2857           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2858             Jalview windows</li>
2859
2860           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2861           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2862           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2863             be shown in VARNA</li>
2864
2865           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2866             as the active selected region</li>
2867
2868           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2869             similarity</li>
2870           <li>New Export options
2871             <ul>
2872               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2873                 region export in flat file generation</li>
2874
2875               <li>Export alignment views for display with the <a
2876                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2877
2878               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2879               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2880                 alignment figures to HTML</li>
2881           </li>
2882           <li>3D structure retrieval and display
2883             <ul>
2884               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2885                 Search API</li>
2886               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2887                 PDB structures for a sequence set</li>
2888             </ul>
2889           </li>
2890
2891           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2892             predictions</li>
2893           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2894             for one or a group of sequences</li>
2895           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2896             from the JPred4 web server</li>
2897           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2898             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2899             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2900           </li>
2901           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2902             VARNA 2D Structure'</li>
2903           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2904             Structure ..."</li>
2905
2906         </ul> <em>Applet</em>
2907         <ul>
2908           <li>New layout for applet example pages</li>
2909           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2910             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2911           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2912             Protein alignments</li>
2913         </ul> <em>Development and deployment</em>
2914         <ul>
2915           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2916           <li>Include installation type and git revision in build
2917             properties and console log output</li>
2918           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2919             storing BioJsMSA Templates</li>
2920           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2921         </ul></td>
2922       <td>
2923         <!-- <em>General</em>
2924         <ul>
2925         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2926         <ul>
2927           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2928           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2929           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2930             predictions are not highlighted in amber</li>
2931           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2932             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2933           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2934             associated structure views</li>
2935           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2936             width checkbox not enabled</li>
2937           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2938             creating user defined colours</li>
2939           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2940             mappings for just that viewer's sequences</li>
2941           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2942             multiple models in Chimera</li>
2943           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2944             over Jmol structure</li>
2945           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2946             output to text box</li>
2947           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2948             have incorrect sequence start/end</li>
2949           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2950             Jalview fails</li>
2951           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2952             work for nucleotide</li>
2953           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2954             to a grey/invisible alignment window</li>
2955           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2956             imports to different position</li>
2957           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2958             on some platforms</li>
2959           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2960             populated</li>
2961           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2962             console if Chimera has been opened</li>
2963           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2964           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2965             retrieved</li>
2966           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2967           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2968             either sequence shows on first structure</li>
2969           <li>'Show annotations' options should not make
2970             non-positional annotations visible</li>
2971           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2972             in right place after 'view flanking regions'</li>
2973           <li>File Save As type unset when current file format is
2974             unknown</li>
2975           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2976             projects</li>
2977           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2978             responsive</li>
2979           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2980             several views on same alignment</li>
2981           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2982           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2983             spaces</li>
2984         </ul> <em>Applet</em>
2985         <ul>
2986           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2987           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2988             descriptions containing angle brackets</li>
2989         </ul> <em>General</em>
2990         <ul>
2991           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2992             via jalview annotation file</li>
2993           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2994             with RNA secondary structure</li>
2995           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2996             translation doesn't work.</li>
2997           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2998           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2999             positions</li>
3000           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3001             choosing 1pt font</li>
3002           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3003             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3004             'h'</li>
3005           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3006             new feature</li>
3007           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3008             order dependent</li>
3009           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3010             sequences</li>
3011           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3012         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3013         <ul>
3014           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3015             www.jalview.org</li>
3016         </ul> <em>Application Known issues</em>
3017         <ul>
3018           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3019           <li>Misleading message appears after trying to delete
3020             solid column.</li>
3021           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3022             version launches</li>
3023           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3024             fails with a sequence mismatch</li>
3025           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3026             scrolling alignment to right</li>
3027           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3028             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3029           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3030             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3031           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3032             ultra-high resolution</li>
3033           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3034             quality and conservation</li>
3035           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3036             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3037         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3038         <ul>
3039           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3040           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3041             window is being resized</li>
3042
3043         </ul>
3044       </td>
3045     </tr>
3046     <tr>
3047       <td><div align="center">
3048           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3049         </div></td>
3050       <td><em>General</em>
3051         <ul>
3052           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3053             Certum.PL.</li>
3054           <li>Features and annotation preserved when performing
3055             pairwise alignment</li>
3056           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3057             imported/exported/displayed</li>
3058           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3059             protein secondary structure</li>
3060           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3061               post-hoc with 2.9 release</em>)
3062           </li>
3063
3064         </ul> <em>Application</em>
3065         <ul>
3066           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3067             with 3D structures</li>
3068           <li>Support for parsing RNAML</li>
3069           <li>Annotations menu for layout
3070             <ul>
3071               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3072               <li>place sequence annotation above/below alignment
3073                 annotation</li>
3074             </ul>
3075           <li>Output in Stockholm format</li>
3076           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3077             translation</li>
3078           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3079           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3080             shared between alignments</li>
3081           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3082             Jalview</li>
3083           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3084             all or current selection</li>
3085           <li>disorder and secondary structure predictions
3086             available as dataset annotation</li>
3087           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3088
3089
3090           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3091             alignments from Rfam</li>
3092           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3093
3094           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3095             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3096           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3097           <li>include installation type in build properties and
3098             console log output</li>
3099           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3100             annotation</li>
3101         </ul></td>
3102       <td>
3103         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3104         <ul>
3105           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3106             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3107           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3108             alignment</li>
3109           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3110           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3111           <li>Double click on sequence associated annotation
3112             selects only first column</li>
3113           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3114             leaves shown in tree</li>
3115           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3116             properly</li>
3117           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3118           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3119             screen and buttons not visible</li>
3120           <li>author list isn't updated if already written to
3121             Jalview properties</li>
3122           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3123             from database</li>
3124           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3125           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3126             browser search window</li>
3127           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3128             in feature settings dialog</li>
3129           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3130             desktop</li>
3131           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3132             pass validation</li>
3133           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3134             fit on screen</li>
3135           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3136             tooltip</li>
3137           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3138             defined user preset</li>
3139           <li>MSA web services warns user if they were launched
3140             with invalid input</li>
3141           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3142             Java 8</li>
3143           <li>
3144             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3145             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3146             created
3147           </li>
3148
3149         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3150         <ul>
3151         </ul> <em>General</em>
3152         <ul>
3153         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3154         <ul>
3155           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3156             memory allocation</li>
3157           <li>launchApp service doesn't automatically open
3158             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3159           <li>
3160             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3161             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3162             1.7_055 is available
3163           </li>
3164         </ul> <em>Application Known issues</em>
3165         <ul>
3166           <li>
3167             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3168             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3169             alignment to right
3170           </li>
3171           <li>
3172             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3173             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3174             with large number of ID
3175           </li>
3176           <li>
3177             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3178             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3179             start/end
3180           </li>
3181           <li>
3182             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3183             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3184             structure tracks are rearranged
3185           </li>
3186           <li>
3187             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3188             invalid rna structure positional highlighting does not
3189             highlight position of invalid base pairs
3190           </li>
3191           <li>
3192             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3193             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3194             project from alignment window file menu
3195           </li>
3196           <li>
3197             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3198             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3199             structures
3200           </li>
3201           <li>
3202             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3203             colour by RNA Helices not enabled when user created
3204             annotation added to alignment
3205           </li>
3206           <li>
3207             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3208             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3209           </li>
3210         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3211         <ul>
3212           <li>
3213             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3214             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3215           </li>
3216           <li>
3217             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3218             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3219           </li>
3220
3221           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3222             when selected</li>
3223         </ul>
3224       </td>
3225     </tr>
3226     <tr>
3227       <td><div align="center">
3228           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3229         </div></td>
3230       <td>
3231         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3232         <em>General</em>
3233         <ul>
3234           <li>Internationalisation of user interface (usually
3235             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3236           <li>Define/Undefine group on current selection with
3237             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3238           <li>Improved group creation/removal options in
3239             alignment/sequence Popup menu</li>
3240           <li>Sensible precision for symbol distribution
3241             percentages shown in logo tooltip.</li>
3242           <li>Annotation panel height set according to amount of
3243             annotation when alignment first opened</li>
3244         </ul> <em>Application</em>
3245         <ul>
3246           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3247             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3248           <li>Select columns containing particular features from
3249             Feature Settings dialog</li>
3250           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3251             sequences</li>
3252           <li>Update Jalview project format:
3253             <ul>
3254               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3255               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3256                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3257               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3258                 colouring</li>
3259             </ul>
3260           </li>
3261           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3262             (PAM250)</li>
3263           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3264             flanking regions for an alignment</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267       <td>
3268         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3269         <ul>
3270           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3271             running after job is cancelled</li>
3272           <li>cannot export features from alignments imported from
3273             Jalview/VAMSAS projects</li>
3274           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3275             float values</li>
3276           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3277             have 'display all symbols' flag set</li>
3278           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3279             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3280           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3281             Jalview</li>
3282           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3283             Lion/Webstart</li>
3284           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3285           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3286           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3287             alignment onto desktop</li>
3288           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3289             'extract scores' function</li>
3290           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3291             alignment window</li>
3292           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3293             performing IUPred disorder prediction</li>
3294           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3295             changing 'normalise logo' display setting</li>
3296           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3297             nothing matches query</li>
3298           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3299             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3300           </li>
3301           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3302             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3303           </li>
3304           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3305             Jalview's menu</li>
3306           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3307             'invalid literal/length code'</li>
3308           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3309             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3310           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3311             colourscheme</li>
3312
3313         </ul> <em>Applet</em>
3314         <ul>
3315           <li>Remove group option is shown even when selection is
3316             not a group</li>
3317           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3318             don't affect groups</li>
3319           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3320             colourscheme name</li>
3321           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3322             Annotation panel is not displayed</li>
3323           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3324             embedded windows</li>
3325         </ul> <em>Other</em>
3326         <ul>
3327           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3328             single sequence were not calculated</li>
3329           <li>annotation files that contain only groups imported as
3330             annotation and junk sequences</li>
3331           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3332             recognised as PFAM or BLC</li>
3333           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3334             doesn't affect background (2.8.0b1)
3335           <li></li>
3336           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3337           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3338             trailing gaps</li>
3339           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3340             registered correctly on import</li>
3341           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3342             certain alignments</li>
3343           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3344             existing annotation based 'use original colours'
3345             colourscheme loses original colours setting</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td><div align="center">
3351           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3352             <em>30/1/2014</em></strong>
3353         </div></td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3357             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3358             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3359             open source project).
3360           </li>
3361           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3362           <li>Output in Stockholm format</li>
3363           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3364           <li>Export/import group and sequence associated line
3365             graph thresholds</li>
3366           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3367             ambiguity codes</li>
3368           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3369             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3370             works</li>
3371           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3372         </ul> <em>Other improvements</em>
3373         <ul>
3374           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3375           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3376             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3377           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3378             files</li>
3379           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3380           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3381             link but no description</li>
3382           <li>Select primary source when selecting authority in
3383             database fetcher GUI</li>
3384           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3385             Jalview</li>
3386           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3392             displayed</li>
3393           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3394             secondary structure annotation line</li>
3395           <li>Sequence database accessions not imported when
3396             fetching alignments from Rfam</li>
3397           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3398             identical IDs</li>
3399           <li>View all structures does not always superpose
3400             structures</li>
3401           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3402             reflect user or preset settings</li>
3403           <li>Null pointer exceptions for some services without
3404             presets or adjustable parameters</li>
3405           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3406             discover PDB xRefs</li>
3407           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3408             features with DAS</li>
3409           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3410             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3411           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3412             residue follows a gap</li>
3413           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3414             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3415           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3416             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3417           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3418             annotation already exists on alignment</li>
3419           <li>oninit javascript function should be called after
3420             initialisation completes</li>
3421           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3422             alignment window display</li>
3423           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3424           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3425             to annotation file</li>
3426           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3427             groups created</li>
3428           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3429             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3430           <li>Pressing return several times causes Number Format
3431             exceptions in keyboard mode</li>
3432           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3433             correct partitions for input data</li>
3434           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3435           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3436           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3437           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3438             mode</li>
3439           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3440             changes one row&#39;s threshold</li>
3441           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3442             doesn&#39;t open</li>
3443           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3444             quality histograms</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447     </tr>
3448     <tr>
3449       <td><div align="center">
3450           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3451         </div></td>
3452       <td><em>Application</em>
3453         <ul>
3454           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3455             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3456           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3457             preferences</li>
3458           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3459             in Jalview alignment window</li>
3460           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3461             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3462           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3463             RNA and ambiguity codes</li>
3464
3465           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3466           <li>Support fetching and database reference look up
3467             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3468             refs')</li>
3469           <li>Jalview project improvements
3470             <ul>
3471               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3472                 flag for annotation</li>
3473               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3474                 alignment</li>
3475               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3476                 Jalview project</li>
3477
3478             </ul>
3479           </li>
3480           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3481           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3482             running</li>
3483           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3484           <li>visual indication that web service results are still
3485             being retrieved from server</li>
3486           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3487             starts up for first time</li>
3488           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3489             services</li>
3490           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3491             client library</li>
3492           <li>Examples directory and Groovy library included in
3493             InstallAnywhere distribution</li>
3494         </ul> <em>Applet</em>
3495         <ul>
3496           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3497             visualization applet example</li>
3498         </ul> <em>General</em>
3499         <ul>
3500           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3501           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3502             defaults</li>
3503           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3504             calculation</li>
3505           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3506             matrices
3507           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3508             in HTML</li>
3509           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3510             structure contacts</li>
3511           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3512           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3513           <li>Parse sequence associated secondary structure
3514             information in Stockholm files</li>
3515           <li>HTML Export database accessions and annotation
3516             information presented in tooltip for sequences</li>
3517           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3518             style RNA alignment files</li>
3519           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3520             alignment</li>
3521           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3522             shade each sequence according to its associated alignment
3523             annotation</li>
3524           <li>New Jalview Logo</li>
3525         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3526         <ul>
3527           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3528           <li>New Website!</li>
3529         </ul></td>
3530       <td><em>Application</em>
3531         <ul>
3532           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3533             wsdbfetch REST service</li>
3534           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3535           <li>Filetype associations not installed for webstart
3536             launch</li>
3537           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3538             job execution in full once it is complete</li>
3539           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3540             uploaded via ali_file parameter</li>
3541           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3542           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3543           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3544             submitted for prediction</li>
3545           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3546             desktop window</li>
3547           <li>Putting fractional value into integer text box in
3548             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3549           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3550             windows 7</li>
3551           <li>View all structures fails with exception shown in
3552             structure view</li>
3553           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3554             escaped in a platform independent way</li>
3555           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3556             using proxy</li>
3557           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3558             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3559           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3560             failure when java web start temporary file caching is
3561             disabled</li>
3562           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3563             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3564           <li>Errors during processing of command line arguments
3565             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3566           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3567             DAS sources in sequence fetcher</li>
3568           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3569             dialog is shown</li>
3570           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3571           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3572           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3573           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3574             on OSX Mountain Lion</li>
3575           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3576             sequences with alignment annotation are pasted into the
3577             alignment</li>
3578           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3579             when loaded from Jalview project</li>
3580           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3581           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3582             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3583           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3584             associated with all views</li>
3585           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3586             annotation rows to new window</li>
3587         </ul> <em>Applet</em>
3588         <ul>
3589           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3590             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3591           <li>loading features via javascript API automatically
3592             enables feature display</li>
3593           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3594             work</li>
3595         </ul> <em>General</em>
3596         <ul>
3597           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3598           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3599             and then deselected</li>
3600           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3601           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3602             coloured with clustalx</li>
3603           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3604             exceptions and redraw errors</li>
3605           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3606             reconfigured view</li>
3607           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3608             colour</li>
3609           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3610             for lots of labels</li>
3611         </ul>
3612     </tr>
3613     <tr>
3614       <td>
3615         <div align="center">
3616           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3617         </div>
3618       </td>
3619       <td><em>Application</em>
3620         <ul>
3621           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3622           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3623           <li>View/alignment association menu to enable user to
3624             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3625             its colours/correspondences from</li>
3626           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3627           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3628             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3629           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3630           <li>Annotation row column label formatting attributes
3631             stored in project file</li>
3632           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3633             rows preserved in Jalview project file</li>
3634           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3635             saved using Desktop window menu</li>
3636           <li>Visual indication that command line arguments are
3637             still being processed</li>
3638           <li>Groovy script execution from URL</li>
3639           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3640             preferences</li>
3641           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3642             alignment with sequences that have high similarity and
3643             matching IDs</li>
3644           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3645           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3646             structures in same window</li>
3647           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3648           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3649             analysis function in its own submenu</li>
3650         </ul> <em>Applet</em>
3651         <ul>
3652           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3653             groups</li>
3654           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3655           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3656           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3657           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3658           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3659             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3660           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3661           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3662             parameters are treated as such</li>
3663           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3664             <ul>
3665               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3666               <li>Javascript callbacks for
3667                 <ul>
3668                   <li>Applet initialisation</li>
3669                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3670                 </ul>
3671               </li>
3672               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3673                 functions</li>
3674               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3675               <li>javascript structure viewer harness to pass
3676                 messages between Jmol and Jalview when running as
3677                 distinct applets</li>
3678               <li>sortBy method</li>
3679               <li>Set of applet and application examples shipped
3680                 with documentation</li>
3681               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3682                 javascript message exchange</li>
3683             </ul>
3684         </ul> <em>General</em>
3685         <ul>
3686           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3687             multiple alignments</li>
3688           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3689           <li>User configurable link to enable redirects to a
3690             www.Jalview.org mirror</li>
3691           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3692           <li>Configurable newline string when writing alignment
3693             and other flat files</li>
3694           <li>Allow alignment annotation description lines to
3695             contain html tags</li>
3696         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3697         <ul>
3698           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3699             examples</li>
3700           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3701             using a web service before displaying the result in the
3702             Jalview desktop</li>
3703           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3704           <li>Ant target to publish example html files with applet
3705             archive</li>
3706           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3707           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3708         </ul></td>
3709       <td><em>Application</em>
3710         <ul>
3711           <li>User defined colourscheme throws exception when
3712             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3713           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3714             dialog for valid filename/format</li>
3715           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3716           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3717             P37173</li>
3718           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3719             which sequence is to be associated with the file</li>
3720           <li>Find All raises null pointer exception when query
3721             only matches sequence IDs</li>
3722           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3723           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3724             2.4 cannot be loaded</li>
3725           <li>Filetype associations not installed for webstart
3726             launch</li>
3727           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3728             with sequences in different alignments do not get coloured
3729             by their associated sequence</li>
3730           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3731             not preserved when project is loaded</li>
3732           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3733             stored in Jalview project</li>
3734           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3735             Jalview project</li>
3736           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3737           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3738             by conservation</li>
3739           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3740             created on new view</li>
3741           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3742             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3743           <li>Alignment quality not updated after alignment
3744             annotation row is hidden then shown</li>
3745           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3746             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3747           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3748             properly</li>
3749           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3750             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3751           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3752           <li>Structures imported from file and saved in project
3753             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3754           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3755             job execution in full once it is complete</li>
3756         </ul> <em>Applet</em>
3757         <ul>
3758           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3759             annotation rows are displayed</li>
3760           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3761             codebase</li>
3762           <li>View follows highlighting does not work for positions
3763             in sequences</li>
3764           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3765           <li>Export features raises exception when no features
3766             exist</li>
3767           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3768             for javascript api is modified when separator string
3769             provided as parameter</li>
3770           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3771             alignment with no existing selection</li>
3772           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3773             to applet&#39;s codebase</li>
3774           <li>Status bar not updated after finished searching and
3775             search wraps around to first result</li>
3776           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3777             several Jalview applets causes race conditions and memory
3778             leaks</li>
3779           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3780             not sent from Jmol in applet</li>
3781           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3782             applet API fatally hang browser</li>
3783         </ul> <em>General</em>
3784         <ul>
3785           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3786             position with wrapped view and hidden regions</li>
3787           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3788             with/without hidden columns</li>
3789           <li>Sequence length given in alignment properties window
3790             is off by 1</li>
3791           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3792             import PDB like structure files</li>
3793           <li>Positional search results are only highlighted
3794             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3795           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3796           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3797             given sequence position</li>
3798           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3799             output</li>
3800           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3801             from nucleotide chains correctly</li>
3802           <li>Structure colours not updated when tree partition
3803             changed in alignment</li>
3804           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3805             parsed in interleaved stockholm</li>
3806           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3807             state</li>
3808           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3809             properly</li>
3810           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3811             properly associated with their pdb files</li>
3812         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3813         <ul>
3814           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3815             ApplyCopyright tool</li>
3816         </ul></td>
3817     </tr>
3818     <tr>
3819       <td>
3820         <div align="center">
3821           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3822         </div>
3823       </td>
3824       <td><em>Application</em>
3825         <ul>
3826           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3827             contact web services</li>
3828           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3829             service job window</li>
3830           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3831         </ul></td>
3832       <td>
3833         <ul>
3834           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3835             pir file emitted by Jalview</li>
3836           <li>Existing feature settings transferred to new
3837             alignment view created from cut'n'paste</li>
3838           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3839             parsing PDB files</li>
3840           <li>Consensus and conservation annotation rows
3841             occasionally become blank for all new windows</li>
3842           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3843             in wrapped view mode</li>
3844         </ul> <em>Application</em>
3845         <ul>
3846           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3847             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3848           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3849             parameter names</li>
3850           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3851             is down</li>
3852         </ul>
3853       </td>
3854     </tr>
3855     <tr>
3856       <td>
3857         <div align="center">
3858           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3859         </div>
3860       </td>
3861       <td><em>Application</em>
3862         <ul>
3863           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3864             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3865             (JABAWS)
3866           </li>
3867           <li>Web Services preference tab</li>
3868           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3869             preferences</li>
3870           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3871           <li>Superpose structures using associated sequence
3872             alignment</li>
3873           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3874             viewer</li>
3875         </ul> <em>Applet</em>
3876         <ul>
3877           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3878             link out mechanism</li>
3879         </ul> <em>Other</em>
3880         <ul>
3881           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3882             series 12</li>
3883           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3884             require Java 1.5</li>
3885           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3886             sequence annotation files</li>
3887           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3888             type colour specification</li>
3889           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3890             script to check if it being run in an interactive session or
3891             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3892         </ul></td>
3893       <td>
3894         <ul>
3895           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3896             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3897         </ul> <em>Application</em>
3898         <ul>
3899           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3900             selected Regions menu item</li>
3901           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3902             part of a valid accession ID</li>
3903           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3904             runs out of memory</li>
3905           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3906             analysis results</li>
3907           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3908             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3909           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3910         </ul> <em>Applet</em>
3911         <ul>
3912           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3913             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3914             defined.</li>
3915         </ul>
3916       </td>
3917     </tr>
3918     <tr>
3919       <td>
3920         <div align="center">
3921           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3922         </div>
3923       </td>
3924       <td></td>
3925       <td>
3926         <ul>
3927           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3928             sequence IDs</li>
3929           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3930             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3931           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3932             import correctly</li>
3933           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3934             number of columns are hidden</li>
3935           <li>annotation label popup menu not providing correct
3936             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3937             present</li>
3938           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3939             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3940           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3941             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3942
3943         </ul> <em>Applet</em>
3944         <ul>
3945           <li>annotation panel disappears when annotation is
3946             hidden/removed</li>
3947         </ul> <em>Application</em>
3948         <ul>
3949           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3950             alignment opened where annotation panel is visible but no
3951             annotations are present on alignment</li>
3952           <li>pasted region containing hidden columns is
3953             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3954           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3955             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3956           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3957             selected Rregions menu item.</li>
3958           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3959             'Un' or 'Non'conserved</li>
3960           <li>Sequence feature settings are being shared by
3961             multiple distinct alignments</li>
3962           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3963             changed</li>
3964           <li>double click on group annotation to select sequences
3965             does not propagate to associated trees</li>
3966           <li>Mac OSX specific issues:
3967             <ul>
3968               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3969                 window background</li>
3970               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3971                 name set correctly</li>
3972               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3973                 save feature colourscheme button</li>
3974             </ul>
3975           </li>
3976         </ul>
3977       </td>
3978     </tr>
3979     <tr>
3980
3981       <td>
3982         <div align="center">
3983           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3984         </div>
3985       </td>
3986       <td><em>New Capabilities</em>
3987         <ul>
3988           <li>URL links generated from description line for
3989             regular-expression based URL links (applet and application)
3990
3991           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3992             menu</li>
3993           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3994             structures</li>
3995           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3996             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3997           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3998             average score or total feature count for each sequence.</li>
3999           <li>Shading features by score or associated description</li>
4000           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4001             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4002           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4003             hide everything but the currently selected region.</li>
4004           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4005         </ul> <em>Application</em>
4006         <ul>
4007           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4008             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4009           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4010             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4011           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4012             database references and protein_name is parsed as
4013             description line (BioSapiens terms).</li>
4014           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4015             references in sequence ID tooltip from View menu in
4016             application.</li>
4017           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4018       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4019           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4020             conservation plots</li>
4021           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4022             and visualized as sequence logos</li>
4023           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4024             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4025           </li>
4026           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4027             when a new tree is opened.</li>
4028           <li>Jalview Java Console</li>
4029           <li>Better placement of desktop window when moving
4030             between different screens.</li>
4031           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4032             consensus annotation</li>
4033           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4034             Workflows</li>
4035           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4036             <ul>
4037               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4038                 used to preserve views, structures, and tree display
4039                 settings)</li>
4040               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4041                 command line</li>
4042               <li>Sharing of selected regions between views and
4043                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4044               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4045             </ul></li>
4046         </ul> <em>Applet</em>
4047         <ul>
4048           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4049           <li>New Parameters
4050             <ul>
4051               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4052                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4053                 opened.</li>
4054               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4055                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4056               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4057                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4058               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4059                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4060                 view</li>
4061               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4062                 increase the height or width of a cell in the alignment
4063                 grid relative to the current font size.</li>
4064             </ul>
4065           </li>
4066           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4067             tooltip</li>
4068         </ul> <em>Other</em>
4069         <ul>
4070           <li>Features format: graduated colour definitions and
4071             specification of feature scores</li>
4072           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4073             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4074             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4075           <li>XML formats extended to support graduated feature
4076             colourschemes, group associated annotation, and profile
4077             visualization settings.</li></td>
4078       <td>
4079         <ul>
4080           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4081             rather than description</li>
4082           <li>Non-positional features are now included in sequence
4083             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4084             visibility in tooltip).</li>
4085           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4086           <li>Added URL embedding instructions to features file
4087             documentation.</li>
4088           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4089             'X' in peptide product</li>
4090           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4091             sequence ID and sequence string and query strings do not
4092             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4093           <li>AMSA files only contain first column of
4094             multi-character column annotation labels</li>
4095           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4096             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4097             exported and re-imported)</li>
4098           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4099             name</li>
4100           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4101             as subsequence matches, and correctly reports total number
4102             of both.</li>
4103           <li>Application:
4104             <ul>
4105               <li>Better handling of exceptions during sequence
4106                 retrieval</li>
4107               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4108                 link text excludes the start_end suffix</li>
4109               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4110                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4111               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4112               <li>Sequence description lines properly shared via
4113                 VAMSAS</li>
4114               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4115                 data sources</li>
4116               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4117                 completes before alignment figures are generated.</li>
4118               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4119                 first time.</li>
4120               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4121                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4122               <li>User defined group colours properly recovered
4123                 from Jalview projects.</li>
4124             </ul>
4125           </li>
4126         </ul>
4127       </td>
4128
4129     </tr>
4130     <tr>
4131       <td>
4132         <div align="center">
4133           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4134         </div>
4135       </td>
4136       <td>
4137         <ul>
4138           <li>Experimental support for google analytics usage
4139             tracking.</li>
4140           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4141         </ul>
4142       </td>
4143       <td>
4144         <ul>
4145           <li>Race condition in applet preventing startup in
4146             jre1.6.0u12+.</li>
4147           <li>Exception when feature created from selection beyond
4148             length of sequence.</li>
4149           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4150           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4151             all sequences with a given id</li>
4152           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4153             ID string searches</li>
4154           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4155             alignment to fail with exception</li>
4156         </ul> <em>Application Issues</em>
4157         <ul>
4158           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4159           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4160             data sources</li>
4161         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4162         <ul>
4163           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4164             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4165           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4166             version (java class versioning error fixed)</li>
4167         </ul>
4168       </td>
4169     </tr>
4170     <tr>
4171       <td>
4172
4173         <div align="center">
4174           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4175         </div>
4176       </td>
4177       <td><em>User Interface</em>
4178         <ul>
4179           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4180             translation and protein products</li>
4181           <li>Linked highlighting of structure associated with
4182             residue mapping to codon position</li>
4183           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4184             and 'clear' button</li>
4185           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4186             Tools menu</li>
4187           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4188             numeric data in description line</li>
4189           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4190           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4191             of sequence</li>
4192         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4193         <ul>
4194           <li>JPred3 web service</li>
4195           <li>Prototype sequence search client (no public services
4196             available yet)</li>
4197           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4198             PFAM</li>
4199           <li>URL Links created for matching database cross
4200             references as well as sequence ID</li>
4201           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4202         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4203         <ul>
4204           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4205             databases</li>
4206           <li>Generalised database reference retrieval and
4207             validation to all fetchable databases</li>
4208           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4209             sequence command</li>
4210         </ul> <em>Import and Export</em>
4211         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4212         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4213           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4214         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4215           File</li>
4216         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4217           triplet as name of colourscheme</li>
4218         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4219         <ul>
4220           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4221           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4222             alignments (experimental)</li>
4223           <li>Create new or select existing session to join</li>
4224           <li>load and save of vamsas documents</li>
4225         </ul> <em>Application command line</em>
4226         <ul>
4227           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4228             from applet)</li>
4229           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4230             of DAS servers to query for alignment features</li>
4231           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4232             that are also automatically queried for features</li>
4233           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4234             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4235         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4236         <ul>
4237           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4238             application (when using &quot;View in full
4239             application&quot;)</li>
4240         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4241         <ul>
4242           <li>feature group display control parameter</li>
4243           <li>debug parameter</li>
4244           <li>showbutton parameter</li>
4245         </ul> <em>Applet API methods</em>
4246         <ul>
4247           <li>newView public method</li>
4248           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4249           <li>Feature display control methods</li>
4250           <li>get list of currently selected sequences</li>
4251         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4252         <ul>
4253           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4254           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4255             Jalview release.</li>
4256           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4257             property controls execution of obfuscator</li>
4258           <li>Build target for generating source distribution</li>
4259           <li>Debug flag for javacc</li>
4260           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4261             jalview.bin.Cache</li>
4262           <li>Continuous Build Integration for stable and
4263             development version of Application, Applet and source
4264             distribution</li>
4265         </ul></td>
4266       <td>
4267         <ul>
4268           <li>selected region output includes visible annotations
4269             (for certain formats)</li>
4270           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4271             for editing</li>
4272           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4273           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4274           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4275           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4276             comments</li>
4277           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4278             filenames containing a ':'</li>
4279           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4280             global sequence features</li>
4281           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4282             references from alignment sequences goes to zero</li>
4283           <li>Close of tree branch colour box without colour
4284             selection causes cascading exceptions</li>
4285           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4286           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4287             file parsing fails.</li>
4288           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4289           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4290             not a valid output format</li>
4291           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4292             vamsas</li>
4293           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4294           <li>error messages passed up and output when data read
4295             fails</li>
4296           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4297             sequence is edited</li>
4298           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4299             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4300           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4301             filetype</li>
4302           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4303             import fixed for PFAM records</li>
4304           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4305             window list</li>
4306           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4307             can be read and written correctly to annotation file</li>
4308           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4309             correctly</li>
4310           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4311             non-italic font for representatives in Applet</li>
4312           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4313             Macs.</li>
4314           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4315             Applet)</li>
4316           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4317             due to null pointer exceptions</li>
4318           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4319             first column of alignment</li>
4320           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4321             July 2008</li>
4322           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4323             file is case-insensitive</li>
4324           <li>Sequence features read from Features file appended to
4325             all sequences with matching IDs</li>
4326           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4327             containing a sub-sequence</li>
4328           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4329           <li>feature and annotation file applet parameters
4330             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4331           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4332           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4333             splash-screen version check to complete</li>
4334           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4335             when passing them to the launchApp service</li>
4336           <li>display name and local features preserved in results
4337             retrieved from web service</li>
4338           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4339             sequence fetcher initialisation</li>
4340           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4341             dasobert DAS client</li>
4342           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4343             association</li>
4344           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4345             sequences
4346           </li>
4347         </ul>
4348       </td>
4349     </tr>
4350     <tr>
4351       <td>
4352         <div align="center">
4353           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4354         </div>
4355       </td>
4356       <td>
4357         <ul>
4358           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4359           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4360           <li>Slide sequences</li>
4361           <li>Edit sequence in place</li>
4362           <li>EMBL CDS features</li>
4363           <li>DAS Feature mapping</li>
4364           <li>Feature ordering</li>
4365           <li>Alignment Properties</li>
4366           <li>Annotation Scores</li>
4367           <li>Sort by scores</li>
4368           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4369         </ul>
4370       </td>
4371       <td>
4372         <ul>
4373           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4374           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4375           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4376           <li>Feature group display state in XML</li>
4377           <li>Feature ordering in XML</li>
4378           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4379           <li>Stockholm alignment properties</li>
4380           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4381           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4382           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4383           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4384         </ul>
4385       </td>
4386
4387     </tr>
4388     <tr>
4389       <td>
4390         <div align="center">
4391           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4392         </div>
4393       </td>
4394       <td>
4395         <ul>
4396           <li>Non standard characters can be read and displayed
4397           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4398             applet via textbox
4399           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4400             name &amp; description
4401           <li>Preference setting to display sequence name in
4402             italics
4403           <li>Annotation file format extended to allow
4404             Sequence_groups to be defined
4405           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4406             specified in preferences
4407           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4408             sequences
4409         </ul>
4410       </td>
4411       <td>
4412         <ul>
4413           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4414             installed
4415           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4416           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4417         </ul>
4418       </td>
4419     </tr>
4420     <tr>
4421       <td>
4422         <div align="center">
4423           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4424         </div>
4425       </td>
4426       <td>
4427         <ul>
4428           <li>Multiple views on alignment
4429           <li>Sequence feature editing
4430           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4431           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4432           <li>Background dependent text colour
4433           <li>Right align sequence ids
4434           <li>User-defined lower case residue colours
4435           <li>Format Menu
4436           <li>Select Menu
4437           <li>Menu item accelerator keys
4438           <li>Control-V pastes to current alignment
4439           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4440           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4441           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4442
4443           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4444         </ul>
4445       </td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4449           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4450             calculations
4451           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4452             edits
4453           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4454             of alignment)
4455           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4456
4457           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4458             display correctly
4459           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4460           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4461             analysis results
4462           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4463             &#8739;
4464           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4465           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4466           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4467
4468         </ul>
4469       </td>
4470     </tr>
4471     <tr>
4472       <td>
4473         <div align="center">
4474           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4475         </div>
4476       </td>
4477       <td>
4478         <ul>
4479           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4480         </ul>
4481       </td>
4482       <td>
4483         <ul>
4484           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4485             sequence id panel has been resized</li>
4486           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4487             rendered</li>
4488           <li>Annotation files with sequence references - all
4489             elements in file are relative to sequence position</li>
4490           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4491         </ul>
4492       </td>
4493     </tr>
4494     <tr>
4495       <td>
4496         <div align="center">
4497           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4498         </div>
4499       </td>
4500       <td>
4501         <ul>
4502           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4503           <li>DAS Feature fetching</li>
4504           <li>Hide sequences and columns</li>
4505           <li>Export Annotations and Features</li>
4506           <li>GFF file reading / writing</li>
4507           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4508             files</li>
4509           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4510           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4511           <li>Applet can launch the full application</li>
4512           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4513             required)</li>
4514           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4515           <li>Applet can load sequences from parameter
4516             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4517           </li>
4518         </ul>
4519       </td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4523           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4524           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4525         </ul>
4526       </td>
4527     </tr>
4528     <tr>
4529       <td>
4530         <div align="center">
4531           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4532         </div>
4533       </td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4537           <li>Choose to match case when searching</li>
4538           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4539             expand the visible width and height of the alignment</li>
4540         </ul>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547     </tr>
4548     <tr>
4549       <td>
4550         <div align="center">
4551           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4552         </div>
4553       </td>
4554       <td>&nbsp;</td>
4555       <td>
4556         <ul>
4557           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4558           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4559             value</li>
4560         </ul>
4561       </td>
4562     </tr>
4563     <tr>
4564       <td>
4565         <div align="center">
4566           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4567         </div>
4568       </td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4572           <li>Keyboard editing</li>
4573           <li>Create sequence features from searches</li>
4574           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4575             alignments</li>
4576           <li>Features file allows grouping of features</li>
4577           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4578           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4579           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4580         </ul>
4581       </td>
4582       <td>
4583         <ul>
4584           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4585           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4586             descriptions saved.</li>
4587         </ul>
4588       </td>
4589     </tr>
4590     <tr>
4591       <td>
4592         <div align="center">
4593           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4594         </div>
4595       </td>
4596       <td>
4597         <ul>
4598           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4599           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4600           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4601             name for file output</li>
4602           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4603           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4604             used for HTML form input</li>
4605         </ul>
4606       </td>
4607       <td>
4608         <ul>
4609           <li>HTML output writes groups and features</li>
4610           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4611           <li>File IO bugs</li>
4612         </ul>
4613       </td>
4614     </tr>
4615     <tr>
4616       <td>
4617         <div align="center">
4618           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4619         </div>
4620       </td>
4621       <td>
4622         <ul>
4623           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4624           <li>More options for PCA viewer</li>
4625         </ul>
4626       </td>
4627       <td>
4628         <ul>
4629           <li>GUI bugs resolved</li>
4630           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4631         </ul>
4632       </td>
4633     </tr>
4634     <tr>
4635       <td height="63">
4636         <div align="center">
4637           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4638         </div>
4639       </td>
4640       <td>
4641         <ul>
4642           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4643           <li>Jar files are executable</li>
4644           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4645         </ul>
4646       </td>
4647       <td>
4648         <ul>
4649           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4650           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4651           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4652         </ul>
4653       </td>
4654     </tr>
4655     <tr>
4656       <td>
4657         <div align="center">
4658           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4659         </div>
4660       </td>
4661       <td>
4662         <ul>
4663           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4664         </ul>
4665       </td>
4666       <td>
4667         <ul>
4668           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4669         </ul>
4670       </td>
4671     </tr>
4672     <tr>
4673       <td>
4674         <div align="center">
4675           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4676         </div>
4677       </td>
4678       <td>
4679         <ul>
4680           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4681             size</li>
4682         </ul>
4683       </td>
4684       <td>
4685         <ul>
4686           <li>Improved JPred client reliability</li>
4687           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4688         </ul>
4689       </td>
4690     </tr>
4691     <tr>
4692       <td>
4693         <div align="center">
4694           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4695         </div>
4696       </td>
4697       <td>
4698         <ul>
4699           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4700           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4701           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4702             to Colour Menu</li>
4703           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4704           <li>Unix users can set default web browser</li>
4705           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4706           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4707         </ul>
4708       </td>
4709       <td>
4710         <ul>
4711           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4712         </ul>
4713       </td>
4714     </tr>
4715     <tr>
4716       <td>
4717         <div align="center">
4718           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4719         </div>
4720       </td>
4721       <td>&nbsp;</td>
4722       <td>
4723         <ul>
4724           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4725             alignment order.</li>
4726         </ul>
4727       </td>
4728     </tr>
4729     <tr>
4730       <td>
4731         <div align="center">
4732           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4733         </div>
4734       </td>
4735       <td>
4736         <ul>
4737           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4738           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4739           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4740             annotations.</li>
4741           <li>Version and build date written to build properties
4742             file.</li>
4743           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4744             at launch of Jalview.</li>
4745         </ul>
4746       </td>
4747       <td>
4748         <ul>
4749           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4750           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4751           <li>Can remove groups one by one.</li>
4752           <li>Filechooser icons installed.</li>
4753           <li>Finder ignores return character when searching.
4754             Return key will initiate a search.<br>
4755           </li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758     </tr>
4759     <tr>
4760       <td>
4761         <div align="center">
4762           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4763         </div>
4764       </td>
4765       <td>
4766         <ul>
4767           <li>New codebase</li>
4768         </ul>
4769       </td>
4770       <td>&nbsp;</td>
4771     </tr>
4772   </table>
4773   <p>&nbsp;</p>
4774 </body>
4775 </html>