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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  87             enabled by default
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  91             tooltips and menus
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  95             with no feature types visible
  96           </li>
  97         </ul><em>Jalview Installer</em>
  98             <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 101             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 108           </li>
 109               <li>
 110                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 111               <li>
 112                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 113         </ul> <em>Release processes</em>
 114         <ul>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 117           </li>
 118         </ul> <em>Build System</em>
 119         <ul>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 125             report
 126           </li>
 127         </ul>
 128         <ul>
 129           <em>Groovy Scripts</em>
 130           <ul>
 131             <li>
 132               <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA
 133               file to stdout containing the consensus sequence for each
 134               alignment in a Jalview session
 135             </li>
 136           </ul>
 137         </ul>
 138       </td>
 139       <td align="left" valign="top">
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 143             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 144             features are visible
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 148             equal when split frame is first opened
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 152             correct after editing a sequence's start position
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 156             with annotation and exceptions thrown when only a few
 157             columns shown in wrapped mode
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 161             wrapped alignment figure with annotations
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 165             ID fails with ClassCastException
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 169             Project
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 173             feature settings dialog also selects columns
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 177             IllegalArgumentException in some circumstances
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 181             opened for a view
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 185             alignment window is closed
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 189             help documentation for 2.11.0 release
 190           </li>
 191         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 192         <ul>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 195             PDB/Uniprot search panel
 196           </li>
 197         </ul> <em>Installer</em>
 198         <ul>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 201             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 202           </li>
 203         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 204         <ul>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 207             repository
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 211             memory
 212           </li>
 213         </ul> <em>New Known Issues</em>
 214         <ul>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 217             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 218             command line
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 222             clipped in headless figure export when Right Align option
 223             enabled
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 227             'Source' in console output
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 231             bamboo server but run fine locally.
 232           </li>
 233         </ul>
 234       </td>
 235     </tr>
 236     <tr>
 237       <td width="60" align="center" nowrap>
 238           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 239             <em>04/07/2019</em></strong>
 240       </td>
 241       <td align="left" valign="top">
 242         <ul>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 245             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 246             source project) rather than InstallAnywhere
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 250             settings, receive over the air updates and launch specific
 251             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 252               Rings' GetDown</a>)
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 256             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 260             arguments and switch between different getdown channels
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 264             or alignment files
 265           </li>
 266
 267           <li>
 268             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 269             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 272             'Translate as cDNA'</li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 275           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 276             <ul>
 277                       <li>
 278             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 279             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 280           <li>
 281                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 282                 features can be filtered and shaded according to any
 283                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 284                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 285                 file)
 286               </li>
 287               <li>
 288                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 289                 stored and restored from Jalview Projects
 290               </li>
 291               <li>
 292                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 293                 recognise variant features
 294               </li>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 297                 sequences (also coloured red by default)
 298               </li>
 299               <li>
 300                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 301                 details
 302               </li>
 303               <li>
 304                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 305                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 306               </li>
 307               <li>
 308                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 309                 dialog
 310               </li>
 311             </ul>
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 315             tree and PCA calculations
 316           </li>
 317           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 318             <ul>
 319               <li>
 320                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 321                 and Viewer state saved in Jalview Project
 322               </li>
 323               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 324                 drop-down menus</li>
 325               <li>
 326                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 327                 incrementally
 328               </li>
 329               <li>
 330                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 331               </li>
 332             </ul>
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 336           </li>
 337           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 338           <ul>
 339               <li>
 340                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 341                 multiple groups when working with large alignments
 342               </li>
 343               <li>
 344                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 345                 Stockholm files
 346               </li>
 347             </ul>
 348           <li><strong>User Interface</strong>
 349           <ul>
 350               <li>
 351                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 352                 view
 353               </li>
 354               <li>
 355                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 356                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 357                 default (can be changed in user preferences)
 358               </li>
 359               <li>
 360                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 361                 to the Overwrite Dialog
 362               </li>
 363               <li>
 364                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 365                 sequences are hidden
 366               </li>
 367               <li>
 368                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 369                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 370               </li>
 371               <li>
 372                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 373                 labels
 374               </li>
 375               <li>
 376                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 377                 when in wrapped mode
 378               </li>
 379               <li>
 380                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 381                 annotation
 382               </li>
 383               <li>
 384                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 385               </li>
 386               <li>
 387                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 388                 panel
 389               </li>
 390               <li>
 391                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 392                 popup menu
 393               </li>
 394               <li>
 395               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 396               <li>
 397               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 398
 399
 400             </ul></li>
 401             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 402           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 403             <ul>
 404               <li>
 405                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 406                 trapping CMD-Q
 407               </li>
 408             </ul></li>
 409         </ul>
 410         <em>Deprecations</em>
 411         <ul>
 412           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 413             capabilities removed from the Jalview Desktop
 414           </li>
 415           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 416             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 417             and XML based data retrieval clients</li>
 418           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 419           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 420         </ul> <em>Documentation</em>
 421         <ul>
 422           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 423             not supported in EPS figure export
 424           </li>
 425           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 426         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 427         <ul>
 428           <li>
 429           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 430           </li>
 431       <li>
 432       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 433           <li>
 434           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 435             gradle-eclipse
 436           </li>
 437           <li>
 438           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 439             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 440             execution
 441           </li>
 442           <li>
 443           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 444             operations
 445           </li>
 446           <li>
 447           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 448             issues resolved
 449           </li>
 450           <li>
 451           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 452             markdown (with HTML rendering)
 453           </li>
 454           <li>
 455           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 456           </li>
 457           <li>
 458           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 459             versions of Jalview
 460           </li>
 461         </ul>
 462       </td>
 463       <td align="left" valign="top">
 464         <ul>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 470             superposition in Jmol fail on Windows
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 474             structures for sequences with lots of PDB structures
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 478             monospaced font
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 482             project involving multiple views
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 486             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 487             Annotation dialog hides columns
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 491             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 492             one view, then making another selection in the other view
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 496             columns
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 500             Settings and Jalview Preferences panels
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 504             overview with large alignments
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 508             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 509             mouse moved to the left of the first column
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 513             hidden column marker via scale popup menu
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 517             doesn't tell users the invalid URL
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 521             score from view
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 525             show cross references or Fetch Database References are shown in
 526             red in original view
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 530             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 534             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 538             when columns are hidden
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 542             Columns by Annotation description
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 546             out of Scale or Annotation Panel
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 550             scale panel
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 554             alignment down
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 558             scale panel
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 562             Page Up in wrapped mode
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 572             on opening an alignment
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 576             Colour menu
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 580             different groups in the alignment are selected
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 584             correctly in menu
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 588             threshold limit
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 592             threshold gets 'unrounded'
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 596             colour
 597           </li>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 606             Tree font
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 610             project file
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 614             shown in complementary view
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 618             without normalisation
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 622             of report
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 626           </li>
 627           <li>
 628           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 629           </li>
 630         </ul> <em>Editing</em>
 631         <ul>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 634             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 635             sequence
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 639             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 640             removed (Known defect since 2.10)
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 644             dialog corrupts dataset sequence
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 648             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 649           </li>
 650         </ul> <em>Datamodel</em>
 651         <ul>
 652           <li>
 653             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 654             sequence's End is greater than its length
 655           </li>
 656         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 657           general release)</em>
 658         <ul>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 661           </li>
 662         </ul> <em>New Known Defects</em>
 663         <ul>
 664         <li>
 665         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 666         </li>
 667         <li>
 668           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 669           regions of protein alignment.
 670         </li>
 671         <li>
 672           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 673           is restored from a Jalview 2.11 project
 674         </li>
 675         <li>
 676           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 677           'New View'
 678         </li>
 679         <li>
 680           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 681           columns within hidden columns
 682         </li>
 683         <li>
 684           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 685           window after dragging left to select columns to left of visible
 686           region
 687         </li>
 688         <li>
 689           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 690           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 691           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 692           create a Score filter instead.
 693         </li>
 694         <li>
 695         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 696         <li>
 697         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 698         </li>
 699         <li>
 700           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 701           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 702         </li>
 703         </ul>
 704         <em>Java 11 Specific defects</em>
 705           <ul>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 708               alphabetically when saved
 709             </li>
 710         </ul>
 711       </td>
 712     </tr>
 713     <tr>
 714     <td width="60" nowrap>
 715       <div align="center">
 716         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 717       </div>
 718     </td>
 719     <td><div align="left">
 720         <em></em>
 721         <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 724               InstallAnywhere increased to 1G.
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 728               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 729               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 730                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 731                 properties file.</em>
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 735               API and sequence data now imported as JSON.
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 739               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 740               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 741               property.
 742             </li>
 743           </ul>
 744           <em>Development</em>
 745           <ul>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 748               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 749                 Clover</a>
 750             </li>
 751           </ul>
 752         </div></td>
 753     <td><div align="left">
 754         <em></em>
 755         <ul>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 758               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 759               alignment.
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 763               annotation displayed.
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 767               for newly created group when 'Apply to all groups'
 768               selected
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 772               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 773               visible.
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 777               when sequences are selected in exported view.</em>
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 781               aren't rendered with correct colour.
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 785               types of knotted RNA secondary structure.
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 789               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 790               do not start at 1.
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 794               annotation when columns are inserted into an alignment,
 795               and when exporting as Stockholm flatfile.
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 799               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 800               treated as RNA secondary structure.
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 804               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 808               transfers focus to previous window on OSX
 809             </li>
 810           </ul>
 811           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 815               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 816               box.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 820               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 821               'look and feel' which has improved compatibility with the
 822               latest version of OSX.
 823             </li>
 824           </ul>
 825         </div>
 826     </td>
 827     </tr>
 828     <tr>
 829       <td width="60" nowrap>
 830         <div align="center">
 831           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 832             <em>7/06/2018</em></strong>
 833         </div>
 834       </td>
 835       <td><div align="left">
 836           <em></em>
 837           <ul>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 840               annotation retrieved from Uniprot
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 844               onto the Jalview Desktop
 845             </li>
 846           </ul>
 847         </div></td>
 848       <td><div align="left">
 849           <em></em>
 850           <ul>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 853               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 857               right-hand column parsed correctly
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 861               not alignment area in exported graphic
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 865               window has input focus
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 869               annotation added to view (Windows)
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 873               network connectivity is poor
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 877               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 878                 the currently open URL and links from a page viewed in
 879                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 880                 you are using Edge, only links in the page can be
 881                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 882                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 883             </li>
 884           </ul>
 885           <em>New Known Defects</em>
 886           <ul>
 887             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 888           </ul>
 889         </div></td>
 890     </tr>
 891     <tr>
 892       <td width="60" nowrap>
 893         <div align="center">
 894           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 895         </div>
 896       </td>
 897       <td><div align="left">
 898           <em></em>
 899           <ul>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 902               for disabling automatic superposition of multiple
 903               structures and open structures in existing views
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 907               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 908               adjust them.
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 912               Ensembl services
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 916               and lots of hidden columns
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 920               of features (particularly when transparency is disabled)
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 924               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 925               generally available
 926             </li>
 927           </ul>
 928           </div>
 929       </td>
 930       <td><div align="left">
 931           <ul>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 934               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 938               overlapping alignment panel
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 942               sequence as gaps
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 946               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 947               UTR
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 951               factor annotation not added to sequence when local PDB
 952               file associated with it by drag'n'drop or structure
 953               chooser
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 957               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 961               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 965               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 969               columns in annotation row
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 973               honored in batch mode
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 977               for structures added to existing Jmol view
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 981               entries after importing project with multiple views
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 985               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 986               with negative residue numbers or missing residues fails
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 990               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 991               as generated by CONSURF)
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 995               tooltip doesn't include a text description of mutation
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 999               structure and/or overview windows are also shown
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1003               very slow for alignments with large numbers of sequences
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1007               with 'StringIndexOutOfBounds'
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1011               platforms running Java 10
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1015               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1016             </li>
1017           </ul>
1018           <em>Applet</em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1022               should copy the group consensus when popup is opened on it
1023             </li>
1024           </ul>
1025           <em>Batch Mode</em>
1026           <ul>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1029           </li>
1030           </ul>
1031           <em>New Known Defects</em>
1032           <ul>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1035               editing a large alignment and overview is displayed
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1039               repeatedly after a series of edits even when the overview
1040               is no longer reflecting updates
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1044               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1045               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1046               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1050               option gives blank output
1051             </li>
1052           </ul>
1053         </div>
1054           </td>
1055     </tr>
1056     <tr>
1057       <td width="60" nowrap>
1058         <div align="center">
1059           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1060         </div>
1061       </td>
1062       <td><div align="left">
1063           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1064               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1065       <td><div align="left">
1066           <em>Desktop</em><ul>
1067           <ul>
1068             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1069             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1070             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1071             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1072             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1073             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1074             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1075           </ul>
1076           </div>
1077       </td>
1078     </tr>
1079     <tr>
1080       <td width="60" nowrap>
1081         <div align="center">
1082           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1083         </div>
1084       </td>
1085       <td><div align="left">
1086           <em></em>
1087           <ul>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1090               rendering of sequence features
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1094               429 rate limit request hander
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1098               their colours have changed
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1102               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1106               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1110               view from Ensembl locus cross-references
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1114               Alignment report
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1118               feature can be disabled
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1122               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1126               Uniprot
1127             </li>
1128           </ul>
1129           <em>Scripting</em>
1130           <ul>
1131             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1132             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1133               percent identity scores for current alignment.</li>
1134           </ul>
1135           <em>Testing and Deployment</em>
1136           <ul>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1139             </li>
1140           </ul>
1141         </div></td>
1142       <td><div align="left">
1143           <em>General</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1147               threshold text field doesn't trigger an update to the
1148               alignment view
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1152               strings in parallel
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1156               alignment window is closed
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1160               group visibility
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1164               takes a long time in Cursor mode
1165             </li>
1166           </ul>
1167           <em>Desktop</em>
1168           <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1171               cannot be viewed in Chimera
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1175               CDS/Protein view
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1179               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1180               Search Dialogs
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1190               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1194               scrolling right in unwapped alignment view
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1198               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1199               database
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1203               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1207               features of same type and group to be selected for
1208               amending
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1212               alignments when hidden columns are present
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1216               displaying several structures
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1220               moving a window
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1224               within the Jalview desktop on OSX
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1228               when in wrapped alignment mode
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1232               hand end of alignment
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1236               each selected sequence do not have correct start/end
1237               positions
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1241               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1245               restoring project until a new view is created
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1249               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1250               configured (since 2.10.2b2)
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1254               position is adjusted
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1258               in a multi-chain structure when viewing alignment
1259               involving more than one chain (since 2.10)
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1263               if new selection moves alignment window
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1267               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1271               that produces correctly annotated transcripts and products
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1275               doesn't update associated structure view
1276             </li>
1277           </ul>
1278           <em>Applet</em><br />
1279           <ul>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1282               closing alignment panel
1283             </li>
1284           </ul>
1285           <em>BioJSON</em><br />
1286           <ul>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1289               non-positional features
1290             </li>
1291           </ul>
1292           <em>New Known Issues</em>
1293           <ul>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1296               sequence features correctly (for many previous versions of
1297               Jalview)
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1301               using cursor in wrapped panel other than top
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1305               graduated colour threshold
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1309               always preserve numbering and sequence features
1310             </li>
1311           </ul>
1312           <em>Known Java 9 Issues</em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1316               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1317               9.01, OSX 10.10)
1318             </li>
1319           </ul>
1320         </div></td>
1321     </tr>
1322     <tr>
1323       <td width="60" nowrap>
1324         <div align="center">
1325           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1326             <em>2/10/2017</em></strong>
1327         </div>
1328       </td>
1329       <td><div align="left">
1330           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1331           <ul>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1334             </li>
1335             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1336             </li>
1337           </ul>
1338         </div></td>
1339       <td><div align="left">
1340         </div></td>
1341     </tr>
1342     <tr>
1343       <td width="60" nowrap>
1344         <div align="center">
1345           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1346             <em>7/9/2017</em></strong>
1347         </div>
1348       </td>
1349       <td><div align="left">
1350           <em></em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1354               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1355               white)
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1359               Preferences
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1363               in size and progress bar shown as higher resolution
1364               overview is recalculated
1365             </li>
1366
1367           </ul>
1368         </div></td>
1369       <td><div align="left">
1370           <em></em>
1371           <ul>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1374               column region row by row
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1378               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1382               format setting is unticked
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1386               if group has show boxes format setting unticked
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1390               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1391               include sequences and columns not currently displayed
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1395               assemblies are imported via CIF file
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1399               displayed when threshold or conservation colouring is also
1400               enabled.
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1404               server version
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1408               dragging a selected region off the visible region of the
1409               alignment
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1413               colourscheme to all groups in a view
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1417               initially after font size change using the Font chooser or
1418               middle-mouse zoom
1419             </li>
1420           </ul>
1421         </div></td>
1422     </tr>
1423     <tr>
1424       <td width="60" nowrap>
1425         <div align="center">
1426           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1427         </div>
1428       </td>
1429       <td><div align="left">
1430           <em>Calculations</em>
1431           <ul>
1432
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1435               ungapped positions in each column of the alignment.
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1439               a calculation dialog box
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1443               and memory efficiency (~30x faster)
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1447               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1448               and other calculations
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1452               files within the Jalview codebase
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1456               Similarity may have different topology due to increased
1457               precision
1458             </li>
1459           </ul>
1460           <em>Rendering</em>
1461           <ul>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1464               model for alignments and groups
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1468               scripts
1469             </li>
1470           </ul>
1471           <em>Overview</em>
1472           <ul>
1473             <li>
1474               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1475               with alignment and overview windows
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1479               overview
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1483               omitted in Overview
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1487               adjustment of visible position
1488             </li>
1489           </ul>
1490
1491           <em>Data import/export</em>
1492           <ul>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1495               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1499               annotation input/output via stockholm flatfile
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1503               extension when importing structure files without embedded
1504               names or PDB accessions
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1508               format sequence substitution matrices
1509             </li>
1510           </ul>
1511           <em>User Interface</em>
1512           <ul>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1515               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1516               the application.
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1520               via Overview or sequence motif search operations
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1524               opened by double clicking gaps within sequence feature
1525               extent
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1529               aligned positions were available to create a 3D structure
1530               superposition.
1531             </li>
1532           </ul>
1533           <em>3D Structure</em>
1534           <ul>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1537               coloured in linked structure views
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1541               file-based command exchange
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1545               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1546               structures are already available for sequences
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1550               the Jalview project rather than downloaded again when the
1551               project is reopened.
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1555               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1556               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1557                 Feature</strong>)
1558             </li>
1559           </ul>
1560           <em>Web Services</em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1567               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1568               Analysis services
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1572               cross-references provided by identifiers.org and the
1573               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1574             </li>
1575           </ul>
1576
1577           <em>Scripting</em>
1578           <ul>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1581               identifying file formats (instead of String constants)
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1585               efficiency when counting all displayed features (not
1586               backwards compatible with 2.10.1)
1587             </li>
1588           </ul>
1589           <em>Example files</em>
1590           <ul>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1593               included in the example feature file
1594             </li>
1595           </ul>
1596           <em>Documentation</em>
1597           <ul>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1600               with the built-in Java help viewer
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1604               sequence description' option
1605             </li>
1606           </ul>
1607           <em>Test Suite</em>
1608           <ul>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1611               Uniprot REST Free Text Search Client
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1618               during tests
1619             </li>
1620           </ul>
1621         </div></td>
1622       <td><div align="left">
1623           <em>Calculations</em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1627               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1628               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1629             </li>
1630             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1631               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1632               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1633               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1634               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1635               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1636               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1637               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1638               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1639               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1640               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1641               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1642               // for 2.10.1 mode <br />
1643               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1644               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1645                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1646                 calculations (not recommended)</em></li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1649               scaling of branch lengths for trees computed using
1650               Sequence Feature Similarity.
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1654               generating output report when working with highly
1655               redundant alignments
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1659               right of selected region when gaps present on right-hand
1660               boundary
1661             </li>
1662           </ul>
1663           <em>User Interface</em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1667               doesn't reselect a specific sequence's associated
1668               annotation after it was used for colouring a view
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1672               opened on a region of alignment without groups
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1676               of an alignment with overlapping groups
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1680               name and description match
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1684               hidden regions results in incorrect hidden regions
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1688               changing colour does not apply Conservation slider value
1689               to all groups
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1693               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1697               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1701               gaps before start of features
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1705               restored to UI when feature colour is edited
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1709               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1713               as graduate feature colour settings are modified via the
1714               dialog box
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1718               when a group defined on the alignment is resized
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1722               wrapped view result in positional status updates
1723             </li>
1724
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1727               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1731               alignment included gapped columns
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1735               widgets don't permanently disappear
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1739               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1740               T-Coffee column reliability scores)
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1744               sequence feature on gaps only
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1748               button from a Find inherit previously defined feature type
1749               rather than the Find query string
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1753               exporting tree calculated in Jalview
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1757               and then revealing them reorders sequences on the
1758               alignment
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1762               doesn't update to reflect available set of groups after
1763               interactively adding or modifying features
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1767               Linux
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1771               only excluded gaps in current sequence and ignored
1772               selection.
1773             </li>
1774           </ul>
1775           <em>Rendering</em>
1776           <ul>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1779               erratically when hidden rows or columns are present
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1783               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1784               sequence colouring
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1788               colour and group colour menu for protein alignments
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1792               reflect currently selected view or group's shading
1793               thresholds
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1797               when rendered on overview and structures when opacity at
1798               100%
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1802               overview when features overlaid on alignment
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1806               recovered correctly from Jalview project file
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1810               (automatically via preferences) are different to the main
1811               alignment panel
1812             </li>
1813           </ul>
1814           <em>Data import/export</em>
1815           <ul>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1818               load
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1822               added after a sequence was imported are not written to
1823               Stockholm File
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1827               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1831               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1835               with lightGray or darkGray via features file (but can
1836               specify lightgray)
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1840               when alignment view imported from project
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1844               structure and sequences extracted from structure files
1845               imported via URL and viewed in Jmol
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1849               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1850               the project is loaded and the structure viewed
1851             </li>
1852           </ul>
1853           <em>Web Services</em>
1854           <ul>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1857               release of Ensembl v.88
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1861               appear enabled in Preferences->Connections
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1865               removed from console output
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1869               Ensembl by Peptide ID
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1873               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1874               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1875               due to 'null' string rather than empty string used for
1876               residues with no corresponding PDB mapping).
1877             </li>
1878           </ul>
1879           <em>Application UI</em>
1880           <ul>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1883               menu
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1887               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1888               new documentation and tooltips added)
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1892               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1896               new features are added to alignment
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1900               changes to feature colours via the Amend features dialog
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1904               edit graduated feature colour via amend features dialog
1905               box
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1909               selection menu changes colours of alignment views
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1913               from alignment calculation workers after alignment has
1914               been closed
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1918               groups now 'Create Group'
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1922               Create/Undefine group doesn't always work
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1926               shown again after pressing 'Cancel'
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1930               adjusts start position in wrap mode
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1934               ambiguous amino acids
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1938               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1939               proteins
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1943               Defined' don't appear in Colours menu
1944             </li>
1945           </ul>
1946           <em>Applet</em>
1947           <ul>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1950               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1954               overview or linked structure view
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1958               work (since 2.8)
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1962               user-defined colourscheme doesn't restore original
1963               colourscheme
1964             </li>
1965           </ul>
1966           <em>Test Suite</em>
1967           <ul>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1970               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1974               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1975               problems with deep array comparison equality asserts in
1976               successive versions of TestNG
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1980               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1981             </li>
1982           </ul>
1983           <em>New Known Issues</em>
1984           <ul>
1985             <li>
1986               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1987               phase after a sequence motif find operation
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1991               containing just upper and lower case letters are
1992               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1996               reliably from eggnog Ortholog database
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2000               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2001               to mark columns containing highlighted regions.
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2005               doesn't always add secondary structure annotation.
2006             </li>
2007           </ul>
2008         </div>
2009     <tr>
2010       <td width="60" nowrap>
2011         <div align="center">
2012           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2013         </div>
2014       </td>
2015       <td><div align="left">
2016           <em>General</em>
2017           <ul>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2020               for all consensus calculations
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2024               3rd Oct 2016)
2025             </li>
2026             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2027               for 2016-2017</li>
2028           </ul>
2029           <em>Application</em>
2030           <ul>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2033               set of database cross-references, sorted alphabetically
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2037               from database cross references. Users with custom links
2038               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2039                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2043               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2044               Chimera session
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2048               the Chimera it is connected to is shut down
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2052               columns menu item to mark columns containing highlighted
2053               regions (e.g. from structure selections or results of a
2054               Find operation)
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2058               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2059               MSAviewer
2060             </li>
2061           </ul>
2062         </div></td>
2063       <td>
2064         <div align="left">
2065           <em>General</em>
2066           <ul>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2069               are not coloured or thresholded according to percent
2070               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2074               hydrophobic
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2078               threshold, amino acid properties)
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2082               reported as mapped to residues in a structure file in the
2083               View Mapping report
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2087               could be added multiple times to a sequence
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2091               bond features shown as two highlighted residues rather
2092               than a range in linked structure views, and treated
2093               correctly when selecting and computing trees from features
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2097               cross-references are matched to database name regardless
2098               of case
2099             </li>
2100
2101           </ul>
2102           <em>Application</em>
2103           <ul>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2106               names without regular expressions also offer links from
2107               Sequence ID
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2111               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2112               update Jalview configuration
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2116               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2120               files with similarly named sequences if dropped onto the
2121               alignment
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2125               entries where more chains exist in the PDB accession than
2126               are reported in the SIFTS file
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2130               the structure view when displayed with Chimera
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2134               panel's View->Show Chains submenu
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2138               work for wrapped alignment views
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2142               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2146               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2147               first annotation row
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2151               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2155               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2156             </li>
2157             <!-- JAL-2319 -->
2158             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2159             coordindate data
2160             </li>
2161           </ul>
2162           <!--           <em>New Known Issues</em>
2163           <ul>
2164             <li></li>
2165           </ul> -->
2166         </div>
2167       </td>
2168     </tr>
2169     <td width="60" nowrap>
2170       <div align="center">
2171         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2172           <em>25/10/2016</em></strong>
2173       </div>
2174     </td>
2175     <td><em>Application</em>
2176       <ul>
2177         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2178           view if structures already loaded</li>
2179         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2180           structure views</li>
2181       </ul></td>
2182     <td>
2183       <div align="left">
2184         <em>General</em>
2185         <ul>
2186           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2187             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2188           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2189             example sequences/projects/trees</li>
2190         </ul>
2191         <em>Application</em>
2192         <ul>
2193           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2194             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2195           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2196             without timeout for structures with multiple models or
2197             multiple sequences in alignment</li>
2198           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2199             PDB ID HEADER line</li>
2200           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2201             is performed</li>
2202           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2203             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2204           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2205           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2206             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2207             option</li>
2208           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2209             is created on the alignment</li>
2210           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2211             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2212             pop-up menu</li>
2213         </ul>
2214         <em>Build and deployment</em>
2215         <ul>
2216           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2217             tags</li>
2218         </ul>
2219         <em>New Known Issues</em>
2220         <ul>
2221           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2222             on Windows</li>
2223         </ul>
2224       </div>
2225     </td>
2226     </tr>
2227     <tr>
2228       <td width="60" nowrap>
2229         <div align="center">
2230           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2231         </div>
2232       </td>
2233       <td><em>General</em>
2234         <ul>
2235           <li>
2236             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2237           </li>
2238           <li>
2239             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2240             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2241             better PDB parsing.
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2245             reference sequence
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2249             mousing over sequence associated annotation
2250           </li>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2253             for manual entry
2254           </li>
2255           <li>
2256             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2257             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2258             for each column
2259           </li>
2260           <li>
2261             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2262             showing or hiding columns containing a feature
2263           </li>
2264           <li>
2265             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2266             group and sequence associated annotation labels
2267           </li>
2268           <li>
2269             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2270             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2271             dialogs
2272           </li>
2273
2274         </ul> <em>Application</em>
2275         <ul>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2278             gene/transcript view
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2282             dialog
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2286             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2287           </li>
2288           <li>
2289             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2290             Pfam sources to xfam.org
2291           </li>
2292           <li>
2293             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2297             over sequences in Jalview
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2301             regions in ENA and EMBL
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2305             for record retrieval via ENA rest API
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2309             complement operator
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2313             groovy script execution
2314           </li>
2315           <li>
2316             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2317             alignment window's Calculate menu
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2321             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2325             calculation workers from groovy scripts
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2329             Jalview projects
2330           </li>
2331           <li>
2332             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2333             associations are now saved/restored from project
2334           </li>
2335           <li>
2336             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2337             before sequence fetcher is opened
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2341             database chooser opens a sequence fetcher
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2345             the UniProt REST API
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2349             the news reader opening
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2353             querying stored in preferences
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2357             search results
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2361           </li>
2362           <li>
2363             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2364             menu for nucleotide sequences
2365           </li>
2366           <li>
2367             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2368             and feature counts preserves alignment ordering (and
2369             debugged for complex feature sets).
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2373             viewing structures with Jalview 2.10
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2377             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2378             Ensembl Genomes REST API
2379           </li>
2380           <li>
2381             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2382             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2383             (Ensembl)
2384           </li>
2385           <li>
2386             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2387             sequences
2388           </li>
2389           <li>
2390             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2391             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2392             data from external database records.
2393           </li>
2394           <li>
2395             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2396             efficient recovery of sequence coding and alignment
2397             annotation relationships.
2398           </li>
2399         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2400         <ul>
2401           <li>
2402             -- JAL---
2403           </li>
2404         </ul> --></td>
2405       <td>
2406         <div align="left">
2407           <em>General</em>
2408           <ul>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2411               menu on OSX
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2415               includes graduated colourschemes
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2419               working with big alignments and lots of hidden columns
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2423               at right of alignment window
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2427               contents
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2431               for DNA alignments
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2435               based tree calculation
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2439               unconserved enabled for group on alignment
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2443               set as reference
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2447               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2448               annotation
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2452               hidden columns present
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2456               user created annotation added to alignment
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2460               '()' base pair annotation
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2464               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2465               Consensus
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2469               feature not working
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2473               beginning of sequence
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2477               entry 3a6s
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2481               from a tree when t-coffee scores are shown
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2485               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2489               some structures
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2493               to Clustal, PIR and PileUp output
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2497               not visible causes alignment window to repaint
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2501               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2502               scores associated with features and annotation rows
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2506               calculation should be case independent
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2510               columns
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2514               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2515               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2519               problems when reference sequence defined and 'show
2520               non-conserved' enabled
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2524               load even when Consensus calculation is disabled
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2528               alignment does nothing
2529             </li>
2530           </ul>
2531           <em>Application</em>
2532           <ul>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2535               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2536               yet fixed for El Capitan)
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2540               output when running on non-gb/us i18n platforms
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2544               hidden sequences as flat-file alignment
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2548               launching Chimera
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2552               (also hotfix for 2.9.0b2)
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2556               reference sequence defined
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2560               alignments and views when revealing hidden columns
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2564               view in a cDNA/Protein splitframe
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2568               sequence from project when only one sequence is
2569               represented
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2573               in Structure Chooser
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2577               structure consensus didn't refresh annotation panel
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2581               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2585               dialogs format columns correctly, don't display array
2586               data, sort columns according to type
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2590               file chooser is cancelled during an image export
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2594               sequence name containing special characters
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2598               case insensitive
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2602               formatting don't wrap
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2606               truncated so L looks like I in consensus annotation
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2610               currently displayed features for the current selection or
2611               view
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2615               after fetching cross-references, and restoring from
2616               project
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2620               followed in the structure viewer
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2624               splitframe not restored from project
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2628               trailing end of protein alignment in transcript/product
2629               splitview when pad-gaps not enabled by default
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2633               is case dependent
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2637               article has been read (reopened issue due to
2638               internationalisation problems)
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2642               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2643               cross-references
2644             </li>
2645
2646             <li>
2647               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2648               alignment as HTML
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2652               multiple structures are shown for one or more sequences.
2653             </li>
2654             <li>
2655               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2656               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2657               is enabled.
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2661               specific PDB id for sequence
2662             </li>
2663             <li>
2664               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2665               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2666               columns' is disabled.
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2670               selects lowest rather than highest resolution structures
2671               for each sequence
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2675               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2679               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2683               after clicking on it to create new annotation for a
2684               column.
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2688               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2689             </li>
2690             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2691             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2692           </ul>
2693           <em>Applet</em>
2694           <ul>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2697               hidden columns present before start of sequence
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2701               (JSON jars)
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2705               sequences are hidden in applet
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2709               deployment on examples pages.
2710             </li>
2711           </ul>
2712         </div>
2713       </td>
2714     </tr>
2715     <tr>
2716       <td width="60" nowrap>
2717         <div align="center">
2718           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2719             <em>16/10/2015</em></strong>
2720         </div>
2721       </td>
2722       <td><em>General</em>
2723         <ul>
2724           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2725             jars</li>
2726         </ul></td>
2727       <td>
2728         <div align="left">
2729           <em>Application</em>
2730           <ul>
2731             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2732               shown when tree is partitioned</li>
2733             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2734               multiple cDNA/Protein split views</li>
2735           </ul>
2736         </div>
2737       </td>
2738     </tr>
2739     <tr>
2740       <td width="60" nowrap>
2741         <div align="center">
2742           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2743             <em>8/10/2015</em></strong>
2744         </div>
2745       </td>
2746       <td><em>General</em>
2747         <ul>
2748           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2749             2.9</li>
2750         </ul> <em>Application</em>
2751         <ul>
2752           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2753           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2754           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2755         </ul> <em>Applet</em>
2756         <ul>
2757           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2758         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2759         <ul>
2760           <li>
2761             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2762             suite
2763           </li>
2764         </ul></td>
2765       <td>
2766         <div align="left">
2767           <em>General</em>
2768           <ul>
2769             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2770               incorrect when sequence start > 1</li>
2771             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2772               documentation</li>
2773             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2774             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2775               loading a features file containing HTML tags in feature
2776               description</li>
2777
2778           </ul>
2779           <em>Application</em>
2780           <ul>
2781             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2782               reimport</li>
2783             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2784               with 'trim retrieved sequences'</li>
2785             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2786               deleting selected columns</li>
2787             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2788               JNLP templates for webstart launch</li>
2789             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2790               unreleased structures for download or viewing</li>
2791             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2792               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2793             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2794               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2795             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2796               recovered from jalview project</li>
2797             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2798               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2799               alignment view</li>
2800             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2801               color schemes from BioJSON</li>
2802           </ul>
2803           <em>Applet</em>
2804           <ul>
2805             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2806               frame</li>
2807             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2808           </ul>
2809         </div>
2810       </td>
2811     </tr>
2812     <tr>
2813       <td><div align="center">
2814           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2815         </div></td>
2816       <td><em>General</em>
2817         <ul>
2818           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2819             alignments:
2820             <ul>
2821               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2822                 and DNA alignment views</li>
2823               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2824                 cDNA alignment views</li>
2825               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2826                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2827               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2828                 protein sequences</li>
2829             </ul>
2830           </li>
2831           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2832           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2833             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2834           <li>New alignment annotation file statements for
2835             reference sequences and marking hidden columns</li>
2836           <li>Reference sequence based alignment shading to
2837             highlight variation</li>
2838           <li>Select or hide columns according to alignment
2839             annotation</li>
2840           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2841           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2842             acid conservation row</li>
2843           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2844         </ul> <em>Application</em>
2845         <ul>
2846           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2847             <ul>
2848               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2849                 view with cDNA/Protein</li>
2850               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2851                 sequences are placed in the same alignment</li>
2852               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2853                 projects</li>
2854             </ul>
2855           </li>
2856
2857           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2858           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2859             Jalview windows</li>
2860
2861           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2862           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2863           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2864             be shown in VARNA</li>
2865
2866           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2867             as the active selected region</li>
2868
2869           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2870             similarity</li>
2871           <li>New Export options
2872             <ul>
2873               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2874                 region export in flat file generation</li>
2875
2876               <li>Export alignment views for display with the <a
2877                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2878
2879               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2880               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2881                 alignment figures to HTML</li>
2882           </li>
2883           <li>3D structure retrieval and display
2884             <ul>
2885               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2886                 Search API</li>
2887               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2888                 PDB structures for a sequence set</li>
2889             </ul>
2890           </li>
2891
2892           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2893             predictions</li>
2894           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2895             for one or a group of sequences</li>
2896           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2897             from the JPred4 web server</li>
2898           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2899             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2900             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2901           </li>
2902           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2903             VARNA 2D Structure'</li>
2904           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2905             Structure ..."</li>
2906
2907         </ul> <em>Applet</em>
2908         <ul>
2909           <li>New layout for applet example pages</li>
2910           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2911             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2912           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2913             Protein alignments</li>
2914         </ul> <em>Development and deployment</em>
2915         <ul>
2916           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2917           <li>Include installation type and git revision in build
2918             properties and console log output</li>
2919           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2920             storing BioJsMSA Templates</li>
2921           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2922         </ul></td>
2923       <td>
2924         <!-- <em>General</em>
2925         <ul>
2926         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2927         <ul>
2928           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2929           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2930           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2931             predictions are not highlighted in amber</li>
2932           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2933             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2934           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2935             associated structure views</li>
2936           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2937             width checkbox not enabled</li>
2938           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2939             creating user defined colours</li>
2940           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2941             mappings for just that viewer's sequences</li>
2942           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2943             multiple models in Chimera</li>
2944           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2945             over Jmol structure</li>
2946           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2947             output to text box</li>
2948           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2949             have incorrect sequence start/end</li>
2950           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2951             Jalview fails</li>
2952           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2953             work for nucleotide</li>
2954           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2955             to a grey/invisible alignment window</li>
2956           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2957             imports to different position</li>
2958           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2959             on some platforms</li>
2960           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2961             populated</li>
2962           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2963             console if Chimera has been opened</li>
2964           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2965           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2966             retrieved</li>
2967           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2968           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2969             either sequence shows on first structure</li>
2970           <li>'Show annotations' options should not make
2971             non-positional annotations visible</li>
2972           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2973             in right place after 'view flanking regions'</li>
2974           <li>File Save As type unset when current file format is
2975             unknown</li>
2976           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2977             projects</li>
2978           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2979             responsive</li>
2980           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2981             several views on same alignment</li>
2982           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2983           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2984             spaces</li>
2985         </ul> <em>Applet</em>
2986         <ul>
2987           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2988           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2989             descriptions containing angle brackets</li>
2990         </ul> <em>General</em>
2991         <ul>
2992           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2993             via jalview annotation file</li>
2994           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2995             with RNA secondary structure</li>
2996           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2997             translation doesn't work.</li>
2998           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2999           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3000             positions</li>
3001           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3002             choosing 1pt font</li>
3003           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3004             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3005             'h'</li>
3006           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3007             new feature</li>
3008           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3009             order dependent</li>
3010           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3011             sequences</li>
3012           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3013         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3014         <ul>
3015           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3016             www.jalview.org</li>
3017         </ul> <em>Application Known issues</em>
3018         <ul>
3019           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3020           <li>Misleading message appears after trying to delete
3021             solid column.</li>
3022           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3023             version launches</li>
3024           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3025             fails with a sequence mismatch</li>
3026           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3027             scrolling alignment to right</li>
3028           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3029             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3030           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3031             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3032           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3033             ultra-high resolution</li>
3034           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3035             quality and conservation</li>
3036           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3037             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3038         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3039         <ul>
3040           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3041           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3042             window is being resized</li>
3043
3044         </ul>
3045       </td>
3046     </tr>
3047     <tr>
3048       <td><div align="center">
3049           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3050         </div></td>
3051       <td><em>General</em>
3052         <ul>
3053           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3054             Certum.PL.</li>
3055           <li>Features and annotation preserved when performing
3056             pairwise alignment</li>
3057           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3058             imported/exported/displayed</li>
3059           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3060             protein secondary structure</li>
3061           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3062               post-hoc with 2.9 release</em>)
3063           </li>
3064
3065         </ul> <em>Application</em>
3066         <ul>
3067           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3068             with 3D structures</li>
3069           <li>Support for parsing RNAML</li>
3070           <li>Annotations menu for layout
3071             <ul>
3072               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3073               <li>place sequence annotation above/below alignment
3074                 annotation</li>
3075             </ul>
3076           <li>Output in Stockholm format</li>
3077           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3078             translation</li>
3079           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3080           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3081             shared between alignments</li>
3082           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3083             Jalview</li>
3084           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3085             all or current selection</li>
3086           <li>disorder and secondary structure predictions
3087             available as dataset annotation</li>
3088           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3089
3090
3091           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3092             alignments from Rfam</li>
3093           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3094
3095           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3096             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3097           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3098           <li>include installation type in build properties and
3099             console log output</li>
3100           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3101             annotation</li>
3102         </ul></td>
3103       <td>
3104         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3105         <ul>
3106           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3107             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3108           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3109             alignment</li>
3110           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3111           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3112           <li>Double click on sequence associated annotation
3113             selects only first column</li>
3114           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3115             leaves shown in tree</li>
3116           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3117             properly</li>
3118           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3119           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3120             screen and buttons not visible</li>
3121           <li>author list isn't updated if already written to
3122             Jalview properties</li>
3123           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3124             from database</li>
3125           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3126           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3127             browser search window</li>
3128           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3129             in feature settings dialog</li>
3130           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3131             desktop</li>
3132           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3133             pass validation</li>
3134           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3135             fit on screen</li>
3136           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3137             tooltip</li>
3138           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3139             defined user preset</li>
3140           <li>MSA web services warns user if they were launched
3141             with invalid input</li>
3142           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3143             Java 8</li>
3144           <li>
3145             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3146             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3147             created
3148           </li>
3149
3150         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3151         <ul>
3152         </ul> <em>General</em>
3153         <ul>
3154         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3155         <ul>
3156           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3157             memory allocation</li>
3158           <li>launchApp service doesn't automatically open
3159             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3160           <li>
3161             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3162             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3163             1.7_055 is available
3164           </li>
3165         </ul> <em>Application Known issues</em>
3166         <ul>
3167           <li>
3168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3169             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3170             alignment to right
3171           </li>
3172           <li>
3173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3174             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3175             with large number of ID
3176           </li>
3177           <li>
3178             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3179             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3180             start/end
3181           </li>
3182           <li>
3183             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3184             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3185             structure tracks are rearranged
3186           </li>
3187           <li>
3188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3189             invalid rna structure positional highlighting does not
3190             highlight position of invalid base pairs
3191           </li>
3192           <li>
3193             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3194             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3195             project from alignment window file menu
3196           </li>
3197           <li>
3198             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3199             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3200             structures
3201           </li>
3202           <li>
3203             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3204             colour by RNA Helices not enabled when user created
3205             annotation added to alignment
3206           </li>
3207           <li>
3208             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3209             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3210           </li>
3211         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3212         <ul>
3213           <li>
3214             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3215             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3216           </li>
3217           <li>
3218             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3219             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3220           </li>
3221
3222           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3223             when selected</li>
3224         </ul>
3225       </td>
3226     </tr>
3227     <tr>
3228       <td><div align="center">
3229           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3230         </div></td>
3231       <td>
3232         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3233         <em>General</em>
3234         <ul>
3235           <li>Internationalisation of user interface (usually
3236             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3237           <li>Define/Undefine group on current selection with
3238             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3239           <li>Improved group creation/removal options in
3240             alignment/sequence Popup menu</li>
3241           <li>Sensible precision for symbol distribution
3242             percentages shown in logo tooltip.</li>
3243           <li>Annotation panel height set according to amount of
3244             annotation when alignment first opened</li>
3245         </ul> <em>Application</em>
3246         <ul>
3247           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3248             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3249           <li>Select columns containing particular features from
3250             Feature Settings dialog</li>
3251           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3252             sequences</li>
3253           <li>Update Jalview project format:
3254             <ul>
3255               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3256               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3257                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3258               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3259                 colouring</li>
3260             </ul>
3261           </li>
3262           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3263             (PAM250)</li>
3264           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3265             flanking regions for an alignment</li>
3266         </ul>
3267       </td>
3268       <td>
3269         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3270         <ul>
3271           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3272             running after job is cancelled</li>
3273           <li>cannot export features from alignments imported from
3274             Jalview/VAMSAS projects</li>
3275           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3276             float values</li>
3277           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3278             have 'display all symbols' flag set</li>
3279           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3280             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3281           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3282             Jalview</li>
3283           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3284             Lion/Webstart</li>
3285           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3286           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3287           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3288             alignment onto desktop</li>
3289           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3290             'extract scores' function</li>
3291           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3292             alignment window</li>
3293           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3294             performing IUPred disorder prediction</li>
3295           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3296             changing 'normalise logo' display setting</li>
3297           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3298             nothing matches query</li>
3299           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3300             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3301           </li>
3302           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3303             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3304           </li>
3305           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3306             Jalview's menu</li>
3307           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3308             'invalid literal/length code'</li>
3309           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3310             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3311           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3312             colourscheme</li>
3313
3314         </ul> <em>Applet</em>
3315         <ul>
3316           <li>Remove group option is shown even when selection is
3317             not a group</li>
3318           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3319             don't affect groups</li>
3320           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3321             colourscheme name</li>
3322           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3323             Annotation panel is not displayed</li>
3324           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3325             embedded windows</li>
3326         </ul> <em>Other</em>
3327         <ul>
3328           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3329             single sequence were not calculated</li>
3330           <li>annotation files that contain only groups imported as
3331             annotation and junk sequences</li>
3332           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3333             recognised as PFAM or BLC</li>
3334           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3335             doesn't affect background (2.8.0b1)
3336           <li></li>
3337           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3338           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3339             trailing gaps</li>
3340           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3341             registered correctly on import</li>
3342           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3343             certain alignments</li>
3344           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3345             existing annotation based 'use original colours'
3346             colourscheme loses original colours setting</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td><div align="center">
3352           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3353             <em>30/1/2014</em></strong>
3354         </div></td>
3355       <td>
3356         <ul>
3357           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3358             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3359             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3360             open source project).
3361           </li>
3362           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3363           <li>Output in Stockholm format</li>
3364           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3365           <li>Export/import group and sequence associated line
3366             graph thresholds</li>
3367           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3368             ambiguity codes</li>
3369           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3370             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3371             works</li>
3372           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3373         </ul> <em>Other improvements</em>
3374         <ul>
3375           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3376           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3377             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3378           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3379             files</li>
3380           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3381           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3382             link but no description</li>
3383           <li>Select primary source when selecting authority in
3384             database fetcher GUI</li>
3385           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3386             Jalview</li>
3387           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390       <td>
3391         <ul>
3392           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3393             displayed</li>
3394           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3395             secondary structure annotation line</li>
3396           <li>Sequence database accessions not imported when
3397             fetching alignments from Rfam</li>
3398           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3399             identical IDs</li>
3400           <li>View all structures does not always superpose
3401             structures</li>
3402           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3403             reflect user or preset settings</li>
3404           <li>Null pointer exceptions for some services without
3405             presets or adjustable parameters</li>
3406           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3407             discover PDB xRefs</li>
3408           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3409             features with DAS</li>
3410           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3411             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3412           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3413             residue follows a gap</li>
3414           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3415             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3416           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3417             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3418           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3419             annotation already exists on alignment</li>
3420           <li>oninit javascript function should be called after
3421             initialisation completes</li>
3422           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3423             alignment window display</li>
3424           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3425           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3426             to annotation file</li>
3427           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3428             groups created</li>
3429           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3430             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3431           <li>Pressing return several times causes Number Format
3432             exceptions in keyboard mode</li>
3433           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3434             correct partitions for input data</li>
3435           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3436           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3437           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3438           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3439             mode</li>
3440           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3441             changes one row&#39;s threshold</li>
3442           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3443             doesn&#39;t open</li>
3444           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3445             quality histograms</li>
3446         </ul>
3447       </td>
3448     </tr>
3449     <tr>
3450       <td><div align="center">
3451           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3452         </div></td>
3453       <td><em>Application</em>
3454         <ul>
3455           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3456             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3457           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3458             preferences</li>
3459           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3460             in Jalview alignment window</li>
3461           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3462             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3463           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3464             RNA and ambiguity codes</li>
3465
3466           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3467           <li>Support fetching and database reference look up
3468             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3469             refs')</li>
3470           <li>Jalview project improvements
3471             <ul>
3472               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3473                 flag for annotation</li>
3474               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3475                 alignment</li>
3476               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3477                 Jalview project</li>
3478
3479             </ul>
3480           </li>
3481           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3482           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3483             running</li>
3484           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3485           <li>visual indication that web service results are still
3486             being retrieved from server</li>
3487           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3488             starts up for first time</li>
3489           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3490             services</li>
3491           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3492             client library</li>
3493           <li>Examples directory and Groovy library included in
3494             InstallAnywhere distribution</li>
3495         </ul> <em>Applet</em>
3496         <ul>
3497           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3498             visualization applet example</li>
3499         </ul> <em>General</em>
3500         <ul>
3501           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3502           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3503             defaults</li>
3504           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3505             calculation</li>
3506           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3507             matrices
3508           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3509             in HTML</li>
3510           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3511             structure contacts</li>
3512           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3513           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3514           <li>Parse sequence associated secondary structure
3515             information in Stockholm files</li>
3516           <li>HTML Export database accessions and annotation
3517             information presented in tooltip for sequences</li>
3518           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3519             style RNA alignment files</li>
3520           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3521             alignment</li>
3522           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3523             shade each sequence according to its associated alignment
3524             annotation</li>
3525           <li>New Jalview Logo</li>
3526         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3527         <ul>
3528           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3529           <li>New Website!</li>
3530         </ul></td>
3531       <td><em>Application</em>
3532         <ul>
3533           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3534             wsdbfetch REST service</li>
3535           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3536           <li>Filetype associations not installed for webstart
3537             launch</li>
3538           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3539             job execution in full once it is complete</li>
3540           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3541             uploaded via ali_file parameter</li>
3542           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3543           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3544           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3545             submitted for prediction</li>
3546           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3547             desktop window</li>
3548           <li>Putting fractional value into integer text box in
3549             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3550           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3551             windows 7</li>
3552           <li>View all structures fails with exception shown in
3553             structure view</li>
3554           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3555             escaped in a platform independent way</li>
3556           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3557             using proxy</li>
3558           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3559             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3560           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3561             failure when java web start temporary file caching is
3562             disabled</li>
3563           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3564             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3565           <li>Errors during processing of command line arguments
3566             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3567           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3568             DAS sources in sequence fetcher</li>
3569           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3570             dialog is shown</li>
3571           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3572           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3573           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3574           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3575             on OSX Mountain Lion</li>
3576           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3577             sequences with alignment annotation are pasted into the
3578             alignment</li>
3579           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3580             when loaded from Jalview project</li>
3581           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3582           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3583             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3584           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3585             associated with all views</li>
3586           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3587             annotation rows to new window</li>
3588         </ul> <em>Applet</em>
3589         <ul>
3590           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3591             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3592           <li>loading features via javascript API automatically
3593             enables feature display</li>
3594           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3595             work</li>
3596         </ul> <em>General</em>
3597         <ul>
3598           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3599           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3600             and then deselected</li>
3601           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3602           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3603             coloured with clustalx</li>
3604           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3605             exceptions and redraw errors</li>
3606           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3607             reconfigured view</li>
3608           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3609             colour</li>
3610           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3611             for lots of labels</li>
3612         </ul>
3613     </tr>
3614     <tr>
3615       <td>
3616         <div align="center">
3617           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3618         </div>
3619       </td>
3620       <td><em>Application</em>
3621         <ul>
3622           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3623           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3624           <li>View/alignment association menu to enable user to
3625             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3626             its colours/correspondences from</li>
3627           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3628           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3629             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3630           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3631           <li>Annotation row column label formatting attributes
3632             stored in project file</li>
3633           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3634             rows preserved in Jalview project file</li>
3635           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3636             saved using Desktop window menu</li>
3637           <li>Visual indication that command line arguments are
3638             still being processed</li>
3639           <li>Groovy script execution from URL</li>
3640           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3641             preferences</li>
3642           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3643             alignment with sequences that have high similarity and
3644             matching IDs</li>
3645           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3646           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3647             structures in same window</li>
3648           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3649           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3650             analysis function in its own submenu</li>
3651         </ul> <em>Applet</em>
3652         <ul>
3653           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3654             groups</li>
3655           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3656           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3657           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3658           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3659           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3660             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3661           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3662           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3663             parameters are treated as such</li>
3664           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3665             <ul>
3666               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3667               <li>Javascript callbacks for
3668                 <ul>
3669                   <li>Applet initialisation</li>
3670                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3671                 </ul>
3672               </li>
3673               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3674                 functions</li>
3675               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3676               <li>javascript structure viewer harness to pass
3677                 messages between Jmol and Jalview when running as
3678                 distinct applets</li>
3679               <li>sortBy method</li>
3680               <li>Set of applet and application examples shipped
3681                 with documentation</li>
3682               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3683                 javascript message exchange</li>
3684             </ul>
3685         </ul> <em>General</em>
3686         <ul>
3687           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3688             multiple alignments</li>
3689           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3690           <li>User configurable link to enable redirects to a
3691             www.Jalview.org mirror</li>
3692           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3693           <li>Configurable newline string when writing alignment
3694             and other flat files</li>
3695           <li>Allow alignment annotation description lines to
3696             contain html tags</li>
3697         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3698         <ul>
3699           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3700             examples</li>
3701           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3702             using a web service before displaying the result in the
3703             Jalview desktop</li>
3704           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3705           <li>Ant target to publish example html files with applet
3706             archive</li>
3707           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3708           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3709         </ul></td>
3710       <td><em>Application</em>
3711         <ul>
3712           <li>User defined colourscheme throws exception when
3713             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3714           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3715             dialog for valid filename/format</li>
3716           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3717           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3718             P37173</li>
3719           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3720             which sequence is to be associated with the file</li>
3721           <li>Find All raises null pointer exception when query
3722             only matches sequence IDs</li>
3723           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3724           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3725             2.4 cannot be loaded</li>
3726           <li>Filetype associations not installed for webstart
3727             launch</li>
3728           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3729             with sequences in different alignments do not get coloured
3730             by their associated sequence</li>
3731           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3732             not preserved when project is loaded</li>
3733           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3734             stored in Jalview project</li>
3735           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3736             Jalview project</li>
3737           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3738           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3739             by conservation</li>
3740           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3741             created on new view</li>
3742           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3743             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3744           <li>Alignment quality not updated after alignment
3745             annotation row is hidden then shown</li>
3746           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3747             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3748           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3749             properly</li>
3750           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3751             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3752           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3753           <li>Structures imported from file and saved in project
3754             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3755           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3756             job execution in full once it is complete</li>
3757         </ul> <em>Applet</em>
3758         <ul>
3759           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3760             annotation rows are displayed</li>
3761           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3762             codebase</li>
3763           <li>View follows highlighting does not work for positions
3764             in sequences</li>
3765           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3766           <li>Export features raises exception when no features
3767             exist</li>
3768           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3769             for javascript api is modified when separator string
3770             provided as parameter</li>
3771           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3772             alignment with no existing selection</li>
3773           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3774             to applet&#39;s codebase</li>
3775           <li>Status bar not updated after finished searching and
3776             search wraps around to first result</li>
3777           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3778             several Jalview applets causes race conditions and memory
3779             leaks</li>
3780           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3781             not sent from Jmol in applet</li>
3782           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3783             applet API fatally hang browser</li>
3784         </ul> <em>General</em>
3785         <ul>
3786           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3787             position with wrapped view and hidden regions</li>
3788           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3789             with/without hidden columns</li>
3790           <li>Sequence length given in alignment properties window
3791             is off by 1</li>
3792           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3793             import PDB like structure files</li>
3794           <li>Positional search results are only highlighted
3795             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3796           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3797           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3798             given sequence position</li>
3799           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3800             output</li>
3801           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3802             from nucleotide chains correctly</li>
3803           <li>Structure colours not updated when tree partition
3804             changed in alignment</li>
3805           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3806             parsed in interleaved stockholm</li>
3807           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3808             state</li>
3809           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3810             properly</li>
3811           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3812             properly associated with their pdb files</li>
3813         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3814         <ul>
3815           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3816             ApplyCopyright tool</li>
3817         </ul></td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820       <td>
3821         <div align="center">
3822           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3823         </div>
3824       </td>
3825       <td><em>Application</em>
3826         <ul>
3827           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3828             contact web services</li>
3829           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3830             service job window</li>
3831           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3832         </ul></td>
3833       <td>
3834         <ul>
3835           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3836             pir file emitted by Jalview</li>
3837           <li>Existing feature settings transferred to new
3838             alignment view created from cut'n'paste</li>
3839           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3840             parsing PDB files</li>
3841           <li>Consensus and conservation annotation rows
3842             occasionally become blank for all new windows</li>
3843           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3844             in wrapped view mode</li>
3845         </ul> <em>Application</em>
3846         <ul>
3847           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3848             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3849           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3850             parameter names</li>
3851           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3852             is down</li>
3853         </ul>
3854       </td>
3855     </tr>
3856     <tr>
3857       <td>
3858         <div align="center">
3859           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3860         </div>
3861       </td>
3862       <td><em>Application</em>
3863         <ul>
3864           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3865             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3866             (JABAWS)
3867           </li>
3868           <li>Web Services preference tab</li>
3869           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3870             preferences</li>
3871           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3872           <li>Superpose structures using associated sequence
3873             alignment</li>
3874           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3875             viewer</li>
3876         </ul> <em>Applet</em>
3877         <ul>
3878           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3879             link out mechanism</li>
3880         </ul> <em>Other</em>
3881         <ul>
3882           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3883             series 12</li>
3884           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3885             require Java 1.5</li>
3886           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3887             sequence annotation files</li>
3888           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3889             type colour specification</li>
3890           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3891             script to check if it being run in an interactive session or
3892             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3893         </ul></td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3897             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3898         </ul> <em>Application</em>
3899         <ul>
3900           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3901             selected Regions menu item</li>
3902           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3903             part of a valid accession ID</li>
3904           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3905             runs out of memory</li>
3906           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3907             analysis results</li>
3908           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3909             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3910           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3911         </ul> <em>Applet</em>
3912         <ul>
3913           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3914             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3915             defined.</li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918     </tr>
3919     <tr>
3920       <td>
3921         <div align="center">
3922           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3923         </div>
3924       </td>
3925       <td></td>
3926       <td>
3927         <ul>
3928           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3929             sequence IDs</li>
3930           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3931             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3932           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3933             import correctly</li>
3934           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3935             number of columns are hidden</li>
3936           <li>annotation label popup menu not providing correct
3937             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3938             present</li>
3939           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3940             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3941           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3942             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3943
3944         </ul> <em>Applet</em>
3945         <ul>
3946           <li>annotation panel disappears when annotation is
3947             hidden/removed</li>
3948         </ul> <em>Application</em>
3949         <ul>
3950           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3951             alignment opened where annotation panel is visible but no
3952             annotations are present on alignment</li>
3953           <li>pasted region containing hidden columns is
3954             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3955           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3956             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3957           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3958             selected Rregions menu item.</li>
3959           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3960             'Un' or 'Non'conserved</li>
3961           <li>Sequence feature settings are being shared by
3962             multiple distinct alignments</li>
3963           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3964             changed</li>
3965           <li>double click on group annotation to select sequences
3966             does not propagate to associated trees</li>
3967           <li>Mac OSX specific issues:
3968             <ul>
3969               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3970                 window background</li>
3971               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3972                 name set correctly</li>
3973               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3974                 save feature colourscheme button</li>
3975             </ul>
3976           </li>
3977         </ul>
3978       </td>
3979     </tr>
3980     <tr>
3981
3982       <td>
3983         <div align="center">
3984           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3985         </div>
3986       </td>
3987       <td><em>New Capabilities</em>
3988         <ul>
3989           <li>URL links generated from description line for
3990             regular-expression based URL links (applet and application)
3991
3992           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3993             menu</li>
3994           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3995             structures</li>
3996           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3997             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3998           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3999             average score or total feature count for each sequence.</li>
4000           <li>Shading features by score or associated description</li>
4001           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4002             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4003           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4004             hide everything but the currently selected region.</li>
4005           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4006         </ul> <em>Application</em>
4007         <ul>
4008           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4009             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4010           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4011             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4012           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4013             database references and protein_name is parsed as
4014             description line (BioSapiens terms).</li>
4015           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4016             references in sequence ID tooltip from View menu in
4017             application.</li>
4018           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4019       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4020           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4021             conservation plots</li>
4022           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4023             and visualized as sequence logos</li>
4024           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4025             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4026           </li>
4027           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4028             when a new tree is opened.</li>
4029           <li>Jalview Java Console</li>
4030           <li>Better placement of desktop window when moving
4031             between different screens.</li>
4032           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4033             consensus annotation</li>
4034           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4035             Workflows</li>
4036           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4037             <ul>
4038               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4039                 used to preserve views, structures, and tree display
4040                 settings)</li>
4041               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4042                 command line</li>
4043               <li>Sharing of selected regions between views and
4044                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4045               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4046             </ul></li>
4047         </ul> <em>Applet</em>
4048         <ul>
4049           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4050           <li>New Parameters
4051             <ul>
4052               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4053                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4054                 opened.</li>
4055               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4056                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4057               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4058                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4059               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4060                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4061                 view</li>
4062               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4063                 increase the height or width of a cell in the alignment
4064                 grid relative to the current font size.</li>
4065             </ul>
4066           </li>
4067           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4068             tooltip</li>
4069         </ul> <em>Other</em>
4070         <ul>
4071           <li>Features format: graduated colour definitions and
4072             specification of feature scores</li>
4073           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4074             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4075             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4076           <li>XML formats extended to support graduated feature
4077             colourschemes, group associated annotation, and profile
4078             visualization settings.</li></td>
4079       <td>
4080         <ul>
4081           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4082             rather than description</li>
4083           <li>Non-positional features are now included in sequence
4084             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4085             visibility in tooltip).</li>
4086           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4087           <li>Added URL embedding instructions to features file
4088             documentation.</li>
4089           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4090             'X' in peptide product</li>
4091           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4092             sequence ID and sequence string and query strings do not
4093             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4094           <li>AMSA files only contain first column of
4095             multi-character column annotation labels</li>
4096           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4097             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4098             exported and re-imported)</li>
4099           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4100             name</li>
4101           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4102             as subsequence matches, and correctly reports total number
4103             of both.</li>
4104           <li>Application:
4105             <ul>
4106               <li>Better handling of exceptions during sequence
4107                 retrieval</li>
4108               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4109                 link text excludes the start_end suffix</li>
4110               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4111                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4112               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4113               <li>Sequence description lines properly shared via
4114                 VAMSAS</li>
4115               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4116                 data sources</li>
4117               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4118                 completes before alignment figures are generated.</li>
4119               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4120                 first time.</li>
4121               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4122                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4123               <li>User defined group colours properly recovered
4124                 from Jalview projects.</li>
4125             </ul>
4126           </li>
4127         </ul>
4128       </td>
4129
4130     </tr>
4131     <tr>
4132       <td>
4133         <div align="center">
4134           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4135         </div>
4136       </td>
4137       <td>
4138         <ul>
4139           <li>Experimental support for google analytics usage
4140             tracking.</li>
4141           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4142         </ul>
4143       </td>
4144       <td>
4145         <ul>
4146           <li>Race condition in applet preventing startup in
4147             jre1.6.0u12+.</li>
4148           <li>Exception when feature created from selection beyond
4149             length of sequence.</li>
4150           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4151           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4152             all sequences with a given id</li>
4153           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4154             ID string searches</li>
4155           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4156             alignment to fail with exception</li>
4157         </ul> <em>Application Issues</em>
4158         <ul>
4159           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4160           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4161             data sources</li>
4162         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4163         <ul>
4164           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4165             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4166           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4167             version (java class versioning error fixed)</li>
4168         </ul>
4169       </td>
4170     </tr>
4171     <tr>
4172       <td>
4173
4174         <div align="center">
4175           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4176         </div>
4177       </td>
4178       <td><em>User Interface</em>
4179         <ul>
4180           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4181             translation and protein products</li>
4182           <li>Linked highlighting of structure associated with
4183             residue mapping to codon position</li>
4184           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4185             and 'clear' button</li>
4186           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4187             Tools menu</li>
4188           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4189             numeric data in description line</li>
4190           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4191           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4192             of sequence</li>
4193         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4194         <ul>
4195           <li>JPred3 web service</li>
4196           <li>Prototype sequence search client (no public services
4197             available yet)</li>
4198           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4199             PFAM</li>
4200           <li>URL Links created for matching database cross
4201             references as well as sequence ID</li>
4202           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4203         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4204         <ul>
4205           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4206             databases</li>
4207           <li>Generalised database reference retrieval and
4208             validation to all fetchable databases</li>
4209           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4210             sequence command</li>
4211         </ul> <em>Import and Export</em>
4212         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4213         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4214           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4215         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4216           File</li>
4217         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4218           triplet as name of colourscheme</li>
4219         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4220         <ul>
4221           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4222           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4223             alignments (experimental)</li>
4224           <li>Create new or select existing session to join</li>
4225           <li>load and save of vamsas documents</li>
4226         </ul> <em>Application command line</em>
4227         <ul>
4228           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4229             from applet)</li>
4230           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4231             of DAS servers to query for alignment features</li>
4232           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4233             that are also automatically queried for features</li>
4234           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4235             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4236         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4237         <ul>
4238           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4239             application (when using &quot;View in full
4240             application&quot;)</li>
4241         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4242         <ul>
4243           <li>feature group display control parameter</li>
4244           <li>debug parameter</li>
4245           <li>showbutton parameter</li>
4246         </ul> <em>Applet API methods</em>
4247         <ul>
4248           <li>newView public method</li>
4249           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4250           <li>Feature display control methods</li>
4251           <li>get list of currently selected sequences</li>
4252         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4253         <ul>
4254           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4255           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4256             Jalview release.</li>
4257           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4258             property controls execution of obfuscator</li>
4259           <li>Build target for generating source distribution</li>
4260           <li>Debug flag for javacc</li>
4261           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4262             jalview.bin.Cache</li>
4263           <li>Continuous Build Integration for stable and
4264             development version of Application, Applet and source
4265             distribution</li>
4266         </ul></td>
4267       <td>
4268         <ul>
4269           <li>selected region output includes visible annotations
4270             (for certain formats)</li>
4271           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4272             for editing</li>
4273           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4274           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4275           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4276           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4277             comments</li>
4278           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4279             filenames containing a ':'</li>
4280           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4281             global sequence features</li>
4282           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4283             references from alignment sequences goes to zero</li>
4284           <li>Close of tree branch colour box without colour
4285             selection causes cascading exceptions</li>
4286           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4287           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4288             file parsing fails.</li>
4289           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4290           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4291             not a valid output format</li>
4292           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4293             vamsas</li>
4294           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4295           <li>error messages passed up and output when data read
4296             fails</li>
4297           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4298             sequence is edited</li>
4299           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4300             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4301           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4302             filetype</li>
4303           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4304             import fixed for PFAM records</li>
4305           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4306             window list</li>
4307           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4308             can be read and written correctly to annotation file</li>
4309           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4310             correctly</li>
4311           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4312             non-italic font for representatives in Applet</li>
4313           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4314             Macs.</li>
4315           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4316             Applet)</li>
4317           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4318             due to null pointer exceptions</li>
4319           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4320             first column of alignment</li>
4321           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4322             July 2008</li>
4323           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4324             file is case-insensitive</li>
4325           <li>Sequence features read from Features file appended to
4326             all sequences with matching IDs</li>
4327           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4328             containing a sub-sequence</li>
4329           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4330           <li>feature and annotation file applet parameters
4331             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4332           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4333           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4334             splash-screen version check to complete</li>
4335           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4336             when passing them to the launchApp service</li>
4337           <li>display name and local features preserved in results
4338             retrieved from web service</li>
4339           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4340             sequence fetcher initialisation</li>
4341           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4342             dasobert DAS client</li>
4343           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4344             association</li>
4345           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4346             sequences
4347           </li>
4348         </ul>
4349       </td>
4350     </tr>
4351     <tr>
4352       <td>
4353         <div align="center">
4354           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4355         </div>
4356       </td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4360           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4361           <li>Slide sequences</li>
4362           <li>Edit sequence in place</li>
4363           <li>EMBL CDS features</li>
4364           <li>DAS Feature mapping</li>
4365           <li>Feature ordering</li>
4366           <li>Alignment Properties</li>
4367           <li>Annotation Scores</li>
4368           <li>Sort by scores</li>
4369           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4370         </ul>
4371       </td>
4372       <td>
4373         <ul>
4374           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4375           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4376           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4377           <li>Feature group display state in XML</li>
4378           <li>Feature ordering in XML</li>
4379           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4380           <li>Stockholm alignment properties</li>
4381           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4382           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4383           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4384           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4385         </ul>
4386       </td>
4387
4388     </tr>
4389     <tr>
4390       <td>
4391         <div align="center">
4392           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4393         </div>
4394       </td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>Non standard characters can be read and displayed
4398           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4399             applet via textbox
4400           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4401             name &amp; description
4402           <li>Preference setting to display sequence name in
4403             italics
4404           <li>Annotation file format extended to allow
4405             Sequence_groups to be defined
4406           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4407             specified in preferences
4408           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4409             sequences
4410         </ul>
4411       </td>
4412       <td>
4413         <ul>
4414           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4415             installed
4416           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4417           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4418         </ul>
4419       </td>
4420     </tr>
4421     <tr>
4422       <td>
4423         <div align="center">
4424           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4425         </div>
4426       </td>
4427       <td>
4428         <ul>
4429           <li>Multiple views on alignment
4430           <li>Sequence feature editing
4431           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4432           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4433           <li>Background dependent text colour
4434           <li>Right align sequence ids
4435           <li>User-defined lower case residue colours
4436           <li>Format Menu
4437           <li>Select Menu
4438           <li>Menu item accelerator keys
4439           <li>Control-V pastes to current alignment
4440           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4441           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4442           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4443
4444           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4445         </ul>
4446       </td>
4447       <td>
4448         <ul>
4449           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4450           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4451             calculations
4452           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4453             edits
4454           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4455             of alignment)
4456           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4457
4458           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4459             display correctly
4460           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4461           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4462             analysis results
4463           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4464             &#8739;
4465           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4466           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4467           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4468
4469         </ul>
4470       </td>
4471     </tr>
4472     <tr>
4473       <td>
4474         <div align="center">
4475           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4476         </div>
4477       </td>
4478       <td>
4479         <ul>
4480           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4481         </ul>
4482       </td>
4483       <td>
4484         <ul>
4485           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4486             sequence id panel has been resized</li>
4487           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4488             rendered</li>
4489           <li>Annotation files with sequence references - all
4490             elements in file are relative to sequence position</li>
4491           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4492         </ul>
4493       </td>
4494     </tr>
4495     <tr>
4496       <td>
4497         <div align="center">
4498           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4499         </div>
4500       </td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4504           <li>DAS Feature fetching</li>
4505           <li>Hide sequences and columns</li>
4506           <li>Export Annotations and Features</li>
4507           <li>GFF file reading / writing</li>
4508           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4509             files</li>
4510           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4511           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4512           <li>Applet can launch the full application</li>
4513           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4514             required)</li>
4515           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4516           <li>Applet can load sequences from parameter
4517             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4518           </li>
4519         </ul>
4520       </td>
4521       <td>
4522         <ul>
4523           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4524           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4525           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4526         </ul>
4527       </td>
4528     </tr>
4529     <tr>
4530       <td>
4531         <div align="center">
4532           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4533         </div>
4534       </td>
4535       <td>
4536         <ul>
4537           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4538           <li>Choose to match case when searching</li>
4539           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4540             expand the visible width and height of the alignment</li>
4541         </ul>
4542       </td>
4543       <td>
4544         <ul>
4545           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4546         </ul>
4547       </td>
4548     </tr>
4549     <tr>
4550       <td>
4551         <div align="center">
4552           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4553         </div>
4554       </td>
4555       <td>&nbsp;</td>
4556       <td>
4557         <ul>
4558           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4559           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4560             value</li>
4561         </ul>
4562       </td>
4563     </tr>
4564     <tr>
4565       <td>
4566         <div align="center">
4567           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4568         </div>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4573           <li>Keyboard editing</li>
4574           <li>Create sequence features from searches</li>
4575           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4576             alignments</li>
4577           <li>Features file allows grouping of features</li>
4578           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4579           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4580           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4581         </ul>
4582       </td>
4583       <td>
4584         <ul>
4585           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4586           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4587             descriptions saved.</li>
4588         </ul>
4589       </td>
4590     </tr>
4591     <tr>
4592       <td>
4593         <div align="center">
4594           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4595         </div>
4596       </td>
4597       <td>
4598         <ul>
4599           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4600           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4601           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4602             name for file output</li>
4603           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4604           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4605             used for HTML form input</li>
4606         </ul>
4607       </td>
4608       <td>
4609         <ul>
4610           <li>HTML output writes groups and features</li>
4611           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4612           <li>File IO bugs</li>
4613         </ul>
4614       </td>
4615     </tr>
4616     <tr>
4617       <td>
4618         <div align="center">
4619           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4620         </div>
4621       </td>
4622       <td>
4623         <ul>
4624           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4625           <li>More options for PCA viewer</li>
4626         </ul>
4627       </td>
4628       <td>
4629         <ul>
4630           <li>GUI bugs resolved</li>
4631           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4632         </ul>
4633       </td>
4634     </tr>
4635     <tr>
4636       <td height="63">
4637         <div align="center">
4638           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4639         </div>
4640       </td>
4641       <td>
4642         <ul>
4643           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4644           <li>Jar files are executable</li>
4645           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4646         </ul>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4651           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4652           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655     </tr>
4656     <tr>
4657       <td>
4658         <div align="center">
4659           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4660         </div>
4661       </td>
4662       <td>
4663         <ul>
4664           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4665         </ul>
4666       </td>
4667       <td>
4668         <ul>
4669           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4670         </ul>
4671       </td>
4672     </tr>
4673     <tr>
4674       <td>
4675         <div align="center">
4676           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4677         </div>
4678       </td>
4679       <td>
4680         <ul>
4681           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4682             size</li>
4683         </ul>
4684       </td>
4685       <td>
4686         <ul>
4687           <li>Improved JPred client reliability</li>
4688           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4689         </ul>
4690       </td>
4691     </tr>
4692     <tr>
4693       <td>
4694         <div align="center">
4695           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4696         </div>
4697       </td>
4698       <td>
4699         <ul>
4700           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4701           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4702           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4703             to Colour Menu</li>
4704           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4705           <li>Unix users can set default web browser</li>
4706           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4707           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4708         </ul>
4709       </td>
4710       <td>
4711         <ul>
4712           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4713         </ul>
4714       </td>
4715     </tr>
4716     <tr>
4717       <td>
4718         <div align="center">
4719           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4720         </div>
4721       </td>
4722       <td>&nbsp;</td>
4723       <td>
4724         <ul>
4725           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4726             alignment order.</li>
4727         </ul>
4728       </td>
4729     </tr>
4730     <tr>
4731       <td>
4732         <div align="center">
4733           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4734         </div>
4735       </td>
4736       <td>
4737         <ul>
4738           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4739           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4740           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4741             annotations.</li>
4742           <li>Version and build date written to build properties
4743             file.</li>
4744           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4745             at launch of Jalview.</li>
4746         </ul>
4747       </td>
4748       <td>
4749         <ul>
4750           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4751           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4752           <li>Can remove groups one by one.</li>
4753           <li>Filechooser icons installed.</li>
4754           <li>Finder ignores return character when searching.
4755             Return key will initiate a search.<br>
4756           </li>
4757         </ul>
4758       </td>
4759     </tr>
4760     <tr>
4761       <td>
4762         <div align="center">
4763           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4764         </div>
4765       </td>
4766       <td>
4767         <ul>
4768           <li>New codebase</li>
4769         </ul>
4770       </td>
4771       <td>&nbsp;</td>
4772     </tr>
4773   </table>
4774   <p>&nbsp;</p>
4775 </body>
4776 </html>