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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  72             memory settings at launch
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  76             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  77             fetcher dialog.
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL- -->
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL- -->
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  87             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  88             Annotation' for a sequence
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  95             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 101             schema
 102           </li>
 103         </ul> <em>JalviewJS</em>
 104         <ul>
 105           <li>
 106             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 107             SIFTS
 108           </li>
 109           <li>
 110             <!-- JAL- -->
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL- -->
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL- -->
 117           </li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 120             reported once per key (avoids excessive log output in js
 121             console)
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 125             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 126           </li>
 127           <li></li>
 128         </ul> <em>Development</em>
 129         <ul>
 130           <li>First integrated JalviewJS and Jalview release</li>
 131           <li>Updated building instructions</li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build process
 134             for system package provided eclipse installs on linux
 135           </li>
 136           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 137           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 138             Sur and Monterey</li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 141             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 142             the DMG
 143           </li>
 144           <li>
 145             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 146             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 147             Jalview Launcher
 148           </li>
 149
 150         </ul>
 151
 152       </td>
 153       <td>
 154         <ul>
 155                   <li>
 156             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 157             execution
 158           </li>
 159         <li>
 160             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 161             disappears when only one structure is shown (and many
 162             sequences:one chain mappings are present)
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 166             the first SEQUENCE_GROUP defined
 167
 168           </li>
 169
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 172             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 173             trees (known defect from 2.11.1.3)
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 177             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 178           </li>
 179                     <li>
 180             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown base
 181             in DNA sequences
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 185             Structure Preferences
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 195             modified graduated colour
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 199             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 200             clustal colouring is enabled
 201           </li>
 202           <li><!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels</li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 205             routing to stderr and appear as a raw template
 206           </li>
 207         </ul> <em>JalviewJS</em>
 208         <ul>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 211             down) percentage values causing a divide by zero
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- -->
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- -->
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- -->
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- -->
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 227             via Info.args when there are arguments on the URL
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 234             JalviewJS
 235           </li>
 236         </ul> <em>Development</em>
 237         <ul>
 238           <li>Gradle
 239             <ul>
 240               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 241               <li>
 242                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 243                 Gradle v.6.6+
 244               </li>
 245             </ul>
 246           </li>
 247
 248         </ul>
 249       </td>
 250     </tr>
 251     <tr>
 252       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 253           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 254           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 255       <td></td>
 256       <td align="left" valign="top">
 257         <ul>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 260             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 261             Unix/BSD OSs)
 262           </li>
 263         </ul> <em>Security</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 267             certificates.
 268           </li>
 269         </ul>
 270     </tr>
 271     <tr>
 272       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 273           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 274           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 275
 276       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 277         <ul>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 280             </li>
 281         </ul></td>
 282       <td>
 283       </td>
 284     </tr>
 285     <tr>
 286       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 287           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 288           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 289
 290       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 291         <ul>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 294             (was log4j 1.2.x).
 295         </ul> <em>Development</em>
 296         <ul>
 297           <li>Updated building instructions</li>
 298         </ul></td>
 299       <td>
 300         <ul>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 303             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 304             and display)
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 308             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 309             only)
 310           </li>
 311         </ul> <em>Development</em>
 312         <ul>
 313           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 314         </ul>
 315       </td>
 316     </tr>
 317     <tr>
 318       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 319           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 320           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 321       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 322           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 323         <ul>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 326             launch of the news browser (like -nonews argument)
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 330             download of linkout URLs from
 331             www.jalview.org/services/identifiers
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 335             download of BIOJSHTML templates
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 339             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 340             disabled
 341           </li>
 342         </ul></td>
 343       <td align="left" valign="top">
 344         <ul>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 347             Jmol
 348           </li>
 349         </ul> <em>New Known defects</em>
 350         <ul>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 353             always restored from project (since 2.10.3)
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 357             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 358           </li>
 359         </ul>
 360       </td>
 361     </tr>
 362     <tr>
 363       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 364           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 365           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 366       <td align="left" valign="top">
 367         <ul>
 368
 369         </ul>
 370       </td>
 371       <td align="left" valign="top">
 372         <ul>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 375             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 379             sequences can be classed as nucleotide
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 383             sequences after alignment of protein products (known defect
 384             first reported for 2.11.1.0)
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 388             features outwith CDS shown overlaid on protein
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 392             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 393             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 397             CDS features
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 401             always select corresponding protein sequences
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 405             column selection doesn't always ignore hidden columns
 406           </li>
 407         </ul> <em>Installer</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 411             Windows prevents install4j launching getdown
 412           </li>
 413         </ul> <em>Development</em>
 414         <ul>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 417             version numbers in doc/building.md
 418           </li>
 419         </ul>
 420       </td>
 421     </tr>
 422     <tr>
 423       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 424           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 425           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 426       <td align="left" valign="top">
 427         <ul>
 428         </ul>
 429       </td>
 430       <td align="left" valign="top">
 431         <ul>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 434             "Encountered problems opening
 435             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 436           </li>
 437         </ul>
 438       </td>
 439     </tr>
 440     <tr>
 441       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 442           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 443           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 444       <td align="left" valign="top">
 445         <ul>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 448             residue in cursor mode
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 452             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 456             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 457             improved compatibility with JalviewJS
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 461             alignments from Pfam and Rfam
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 465             import (no longer based on .gz extension)
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 472             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 473             EMBL flat file
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 477             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 478             saving or making backup files.
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 482             <ul>
 483               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 484               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 485             </ul>
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 489             when running on Linux (Requires Java 11+)
 490           </li>
 491         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 492         <ul>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 495             through a system property
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 499             line help for configuring Jalview's memory
 500           </li>
 501         </ul>
 502       </td>
 503       <td align="left" valign="top">
 504         <ul>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 507             but not calculated and no protein or DNA score models are
 508             available for tree/PCA calculation when launched with
 509             Turkish language locale
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 513             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 517             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 521             sequence under the cursor
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 525             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 529             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 530             '%s'" on the console
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 534             when there are both local and complementary features mapped
 535             to the position under the cursor
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 539             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 543             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 547             internationalised text for some messages and log output
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 551             hidden gapped columns
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 555             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 559             specifying output format when exporting an alignment via the
 560             command line
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 564             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 565             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 566             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 567             file again, and if that fails, delete the original file and
 568             save in place.)
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 572             via command line
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 576             program and documentation
 577           </li>
 578         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 579         <ul>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 582             first time for a version that has different jars to the
 583             previous launched version.
 584           </li>
 585         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 586         <ul>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 589             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 590             OutOfMemory error.
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 594             monitor the release channel
 595           </li>
 596         </ul> <em>New Known defects</em>
 597         <ul>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 600             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 601             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 602             genome of RNA viruses)
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 606             are ordered differently when shown on alignment and in
 607             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 611             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 612             works for the top left quadrant of the alignment window
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 616             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 617           </li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 620             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 624             protein products for certain ENA records are repeatedly
 625             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 626           </li>
 627         </ul>
 628       </td>
 629     </tr>
 630     <tr>
 631       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 632           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 633           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 634       <td align="left" valign="top">
 635         <ul>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 638             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 639             for display in alignments, on structure views (including
 640             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 641             export.
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 645             exported and re-imported as GFF3 files
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 649             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 653             validation while parsing
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 657             position if reopened
 658           </li>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 661             of associated view
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 665             enabled by default
 666           </li>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 669             tooltips and menus
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 673             with no feature types visible
 674           </li>
 675           <li>
 676           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 677           </li>
 678         </ul><em>Jalview Installer</em>
 679             <ul>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 682             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 689           </li>
 690               <li>
 691                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 692               <li>
 693                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 694         </ul> <em>Release processes</em>
 695         <ul>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 701           </li>
 702         </ul> <em>Build System</em>
 703         <ul>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 709             report
 710           </li>
 711         </ul>
 712         <em>Groovy Scripts</em>
 713             <ul>
 714           <li>
 715             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 716             to stdout containing the consensus sequence for each
 717             alignment in a Jalview session
 718           </li>
 719           <li>
 720             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 721             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 722             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 723           </li>
 724         </ul>
 725       </td>
 726       <td align="left" valign="top">
 727         <ul>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 730             'Show hidden markers' option is not ticked
 731           </li>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 734             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 735             jalview preferences or properties file
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 739             'Show Sequence Features' option is not ticked
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 743             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 744             features are visible
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 748             equal when split frame is first opened
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 752             correct after editing a sequence's start position
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 756             with annotation and exceptions thrown when only a few
 757             columns shown in wrapped mode
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 761             wrapped alignment figure with annotations
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 765             ID fails with ClassCastException
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 769             Project
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 773             feature settings dialog also selects columns
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 777             IllegalArgumentException in some circumstances
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 781             opened for a view
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 785             alignment window is closed
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 789             help documentation for 2.11.0 release
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 793             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 794             Uniprot Accession
 795           </li>
 796         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 797         <ul>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 800             PDB/Uniprot search panel
 801           </li>
 802         </ul> <em>Installer</em>
 803         <ul>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 806             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 807           </li>
 808         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 809         <ul>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 812             repository
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 816             memory
 817           </li>
 818         </ul> <em>New Known Issues</em>
 819         <ul>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 822             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 823             command line
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 827             clipped in headless figure export when Right Align option
 828             enabled
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 832             'Source' in console output
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 836             bamboo server but run fine locally.
 837           </li>
 838         </ul>
 839       </td>
 840     </tr>
 841     <tr>
 842       <td width="60" align="center" nowrap>
 843           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 844             <em>04/07/2019</em></strong>
 845       </td>
 846       <td align="left" valign="top">
 847         <ul>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 850             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 851             source project) rather than InstallAnywhere
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 855             settings, receive over the air updates and launch specific
 856             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 857               Rings' GetDown</a>)
 858           </li>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 861             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 862           </li>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 865             arguments and switch between different getdown channels
 866           </li>
 867           <li>
 868             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 869             or alignment files
 870           </li>
 871
 872           <li>
 873             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 874             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 877             'Translate as cDNA'</li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 880           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 881             <ul>
 882                       <li>
 883             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 884             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 885           <li>
 886                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 887                 features can be filtered and shaded according to any
 888                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 889                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 890                 file)
 891               </li>
 892               <li>
 893                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 894                 stored and restored from Jalview Projects
 895               </li>
 896               <li>
 897                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 898                 recognise variant features
 899               </li>
 900               <li>
 901                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 902                 sequences (also coloured red by default)
 903               </li>
 904               <li>
 905                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 906                 details
 907               </li>
 908               <li>
 909                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 910                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 911               </li>
 912               <li>
 913                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 914                 dialog
 915               </li>
 916             </ul>
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 920             tree and PCA calculations
 921           </li>
 922           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 923             <ul>
 924               <li>
 925                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 926                 and Viewer state saved in Jalview Project
 927               </li>
 928               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 929                 drop-down menus</li>
 930               <li>
 931                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 932                 incrementally
 933               </li>
 934               <li>
 935                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 936               </li>
 937             </ul>
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 941           </li>
 942           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 943           <ul>
 944               <li>
 945                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 946                 multiple groups when working with large alignments
 947               </li>
 948               <li>
 949                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 950                 Stockholm files
 951               </li>
 952             </ul>
 953           <li><strong>User Interface</strong>
 954           <ul>
 955               <li>
 956                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 957                 view
 958               </li>
 959               <li>
 960                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 961                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 962                 default (can be changed in user preferences)
 963               </li>
 964               <li>
 965                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 966                 to the Overwrite Dialog
 967               </li>
 968               <li>
 969                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 970                 sequences are hidden
 971               </li>
 972               <li>
 973                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 974                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 975               </li>
 976               <li>
 977                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 978                 labels
 979               </li>
 980               <li>
 981                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 982                 when in wrapped mode
 983               </li>
 984               <li>
 985                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 986                 annotation
 987               </li>
 988               <li>
 989                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 990               </li>
 991               <li>
 992                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 993                 panel
 994               </li>
 995               <li>
 996                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 997                 popup menu
 998               </li>
 999               <li>
1000               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
1001               <li>
1002               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
1003
1004
1005             </ul></li>
1006             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
1007           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
1008             <ul>
1009               <li>
1010                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
1011                 trapping CMD-Q
1012               </li>
1013             </ul></li>
1014         </ul>
1015         <em>Deprecations</em>
1016         <ul>
1017           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1018             capabilities removed from the Jalview Desktop
1019           </li>
1020           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
1021             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
1022             and XML based data retrieval clients</li>
1023           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
1024           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
1025         </ul> <em>Documentation</em>
1026         <ul>
1027           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
1028             not supported in EPS figure export
1029           </li>
1030           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
1031         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1032         <ul>
1033           <li>
1034           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
1035           </li>
1036       <li>
1037       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
1038           <li>
1039           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1040             gradle-eclipse
1041           </li>
1042           <li>
1043           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
1044             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
1045             execution
1046           </li>
1047           <li>
1048           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1049             operations
1050           </li>
1051           <li>
1052           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1053             issues resolved
1054           </li>
1055           <li>
1056           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1057             markdown (with HTML rendering)
1058           </li>
1059           <li>
1060           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1061           </li>
1062           <li>
1063           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1064             versions of Jalview
1065           </li>
1066         </ul>
1067       </td>
1068       <td align="left" valign="top">
1069         <ul>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1075             superposition in Jmol fail on Windows
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
1079             structures for sequences with lots of PDB structures
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
1083             monospaced font
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
1087             project involving multiple views
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1091             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1092             Annotation dialog hides columns
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
1096             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
1097             one view, then making another selection in the other view
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1101             columns
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
1105             Settings and Jalview Preferences panels
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
1109             overview with large alignments
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1113             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
1114             mouse moved to the left of the first column
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
1118             hidden column marker via scale popup menu
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
1122             doesn't tell users the invalid URL
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1126             score from view
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
1130             show cross references or Fetch Database References are shown in
1131             red in original view
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
1135             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1139             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
1143             when columns are hidden
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1147             Columns by Annotation description
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1151             out of Scale or Annotation Panel
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1155             scale panel
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1159             alignment down
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1163             scale panel
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1167             Page Up in wrapped mode
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1177             on opening an alignment
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1181             Colour menu
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1185             different groups in the alignment are selected
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1189             correctly in menu
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1193             threshold limit
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1197             threshold gets 'unrounded'
1198           </li>
1199           <li>
1200             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1201             colour
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1208           </li>
1209           <li>
1210             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1211             Tree font
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1215             project file
1216           </li>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1219             shown in complementary view
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1223             without normalisation
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1227             of report
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1231           </li>
1232           <li>
1233           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1234           </li>
1235         </ul> <em>Editing</em>
1236         <ul>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1239             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1240             sequence
1241           </li>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1244             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1245             removed (Known defect since 2.10)
1246           </li>
1247           <li>
1248             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1249             dialog corrupts dataset sequence
1250           </li>
1251           <li>
1252             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1253             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1254           </li>
1255         </ul> <em>Datamodel</em>
1256         <ul>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1259             sequence's End is greater than its length
1260           </li>
1261         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1262           general release)</em>
1263         <ul>
1264           <li>
1265             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1266           </li>
1267         </ul> <em>New Known Defects</em>
1268         <ul>
1269         <li>
1270         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1271         </li>
1272         <li>
1273           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1274           regions of protein alignment.
1275         </li>
1276         <li>
1277           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1278           is restored from a Jalview 2.11 project
1279         </li>
1280         <li>
1281           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1282           'New View'
1283         </li>
1284         <li>
1285           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1286           columns within hidden columns
1287         </li>
1288         <li>
1289           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1290           window after dragging left to select columns to left of visible
1291           region
1292         </li>
1293         <li>
1294           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1295           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1296           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1297           create a Score filter instead.
1298         </li>
1299         <li>
1300         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1301         <li>
1302         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1303         </li>
1304         <li>
1305           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1306           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1307         </li>
1308         </ul>
1309         <em>Java 11 Specific defects</em>
1310           <ul>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1313               alphabetically when saved
1314             </li>
1315         </ul>
1316       </td>
1317     </tr>
1318     <tr>
1319     <td width="60" nowrap>
1320       <div align="center">
1321         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1322       </div>
1323     </td>
1324     <td><div align="left">
1325         <em></em>
1326         <ul>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1329               InstallAnywhere increased to 1G.
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1333               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1334               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1335                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1336                 properties file.</em>
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1340               API and sequence data now imported as JSON.
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1344               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1345               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1346               property.
1347             </li>
1348           </ul>
1349           <em>Development</em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1353               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1354                 Clover</a>
1355             </li>
1356           </ul>
1357         </div></td>
1358     <td><div align="left">
1359         <em></em>
1360         <ul>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1363               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1364               alignment.
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1368               annotation displayed.
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1372               for newly created group when 'Apply to all groups'
1373               selected
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1377               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1378               visible.
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1382               when sequences are selected in exported view.</em>
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1386               aren't rendered with correct colour.
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1390               types of knotted RNA secondary structure.
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1394               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1395               do not start at 1.
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1399               annotation when columns are inserted into an alignment,
1400               and when exporting as Stockholm flatfile.
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1404               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1405               treated as RNA secondary structure.
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1409               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1413               transfers focus to previous window on OSX
1414             </li>
1415           </ul>
1416           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1420               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1421               box.
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1425               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1426               'look and feel' which has improved compatibility with the
1427               latest version of OSX.
1428             </li>
1429           </ul>
1430         </div>
1431     </td>
1432     </tr>
1433     <tr>
1434       <td width="60" nowrap>
1435         <div align="center">
1436           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1437             <em>7/06/2018</em></strong>
1438         </div>
1439       </td>
1440       <td><div align="left">
1441           <em></em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1445               annotation retrieved from Uniprot
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1449               onto the Jalview Desktop
1450             </li>
1451           </ul>
1452         </div></td>
1453       <td><div align="left">
1454           <em></em>
1455           <ul>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1458               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1462               right-hand column parsed correctly
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1466               not alignment area in exported graphic
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1470               window has input focus
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1474               annotation added to view (Windows)
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1478               network connectivity is poor
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1482               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1483                 the currently open URL and links from a page viewed in
1484                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1485                 you are using Edge, only links in the page can be
1486                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1487                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1488             </li>
1489           </ul>
1490           <em>New Known Defects</em>
1491           <ul>
1492             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1493           </ul>
1494         </div></td>
1495     </tr>
1496     <tr>
1497       <td width="60" nowrap>
1498         <div align="center">
1499           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1500         </div>
1501       </td>
1502       <td><div align="left">
1503           <em></em>
1504           <ul>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1507               for disabling automatic superposition of multiple
1508               structures and open structures in existing views
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1512               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1513               adjust them.
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1517               Ensembl services
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1521               and lots of hidden columns
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1525               of features (particularly when transparency is disabled)
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1529               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1530               generally available
1531             </li>
1532           </ul>
1533           </div>
1534       </td>
1535       <td><div align="left">
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1539               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1543               overlapping alignment panel
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1547               sequence as gaps
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1551               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1552               UTR
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1556               factor annotation not added to sequence when local PDB
1557               file associated with it by drag'n'drop or structure
1558               chooser
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1562               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1566               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1570               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1574               columns in annotation row
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1578               honored in batch mode
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1582               for structures added to existing Jmol view
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1586               entries after importing project with multiple views
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1590               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1591               with negative residue numbers or missing residues fails
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1595               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1596               as generated by CONSURF)
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1600               tooltip doesn't include a text description of mutation
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1604               structure and/or overview windows are also shown
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1608               very slow for alignments with large numbers of sequences
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1612               with 'StringIndexOutOfBounds'
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1616               platforms running Java 10
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1620               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1621             </li>
1622           </ul>
1623           <em>Applet</em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1627               should copy the group consensus when popup is opened on it
1628             </li>
1629           </ul>
1630           <em>Batch Mode</em>
1631           <ul>
1632           <li>
1633             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1634           </li>
1635           </ul>
1636           <em>New Known Defects</em>
1637           <ul>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1640               editing a large alignment and overview is displayed
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1644               repeatedly after a series of edits even when the overview
1645               is no longer reflecting updates
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1649               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1650               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1651               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1655               option gives blank output
1656             </li>
1657           </ul>
1658         </div>
1659           </td>
1660     </tr>
1661     <tr>
1662       <td width="60" nowrap>
1663         <div align="center">
1664           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1665         </div>
1666       </td>
1667       <td><div align="left">
1668           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1669               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1670       <td><div align="left">
1671           <em>Desktop</em><ul>
1672           <ul>
1673             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1674             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1675             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1676             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1677             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1678             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1679             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1680           </ul>
1681           </div>
1682       </td>
1683     </tr>
1684     <tr>
1685       <td width="60" nowrap>
1686         <div align="center">
1687           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1688         </div>
1689       </td>
1690       <td><div align="left">
1691           <em></em>
1692           <ul>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1695               rendering of sequence features
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1699               429 rate limit request hander
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1703               their colours have changed
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1707               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1711               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1715               view from Ensembl locus cross-references
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1719               Alignment report
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1723               feature can be disabled
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1727               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1731               Uniprot
1732             </li>
1733           </ul>
1734           <em>Scripting</em>
1735           <ul>
1736             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1737             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1738               percent identity scores for current alignment.</li>
1739           </ul>
1740           <em>Testing and Deployment</em>
1741           <ul>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1744             </li>
1745           </ul>
1746         </div></td>
1747       <td><div align="left">
1748           <em>General</em>
1749           <ul>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1752               threshold text field doesn't trigger an update to the
1753               alignment view
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1757               strings in parallel
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1761               alignment window is closed
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1765               group visibility
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1769               takes a long time in Cursor mode
1770             </li>
1771           </ul>
1772           <em>Desktop</em>
1773           <ul>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1776               cannot be viewed in Chimera
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1780               CDS/Protein view
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1784               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1785               Search Dialogs
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1795               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1799               scrolling right in unwapped alignment view
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1803               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1804               database
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1808               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1812               features of same type and group to be selected for
1813               amending
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1817               alignments when hidden columns are present
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1821               displaying several structures
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1825               moving a window
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1829               within the Jalview desktop on OSX
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1833               when in wrapped alignment mode
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1837               hand end of alignment
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1841               each selected sequence do not have correct start/end
1842               positions
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1846               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1850               restoring project until a new view is created
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1854               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1855               configured (since 2.10.2b2)
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1859               position is adjusted
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1863               in a multi-chain structure when viewing alignment
1864               involving more than one chain (since 2.10)
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1868               if new selection moves alignment window
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1872               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1876               that produces correctly annotated transcripts and products
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1880               doesn't update associated structure view
1881             </li>
1882           </ul>
1883           <em>Applet</em><br />
1884           <ul>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1887               closing alignment panel
1888             </li>
1889           </ul>
1890           <em>BioJSON</em><br />
1891           <ul>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1894               non-positional features
1895             </li>
1896           </ul>
1897           <em>New Known Issues</em>
1898           <ul>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1901               sequence features correctly (for many previous versions of
1902               Jalview)
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1906               using cursor in wrapped panel other than top
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1910               graduated colour threshold
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1914               always preserve numbering and sequence features
1915             </li>
1916           </ul>
1917           <em>Known Java 9 Issues</em>
1918           <ul>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1921               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1922               9.01, OSX 10.10)
1923             </li>
1924           </ul>
1925         </div></td>
1926     </tr>
1927     <tr>
1928       <td width="60" nowrap>
1929         <div align="center">
1930           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1931             <em>2/10/2017</em></strong>
1932         </div>
1933       </td>
1934       <td><div align="left">
1935           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1936           <ul>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1939             </li>
1940             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1941             </li>
1942           </ul>
1943         </div></td>
1944       <td><div align="left">
1945         </div></td>
1946     </tr>
1947     <tr>
1948       <td width="60" nowrap>
1949         <div align="center">
1950           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1951             <em>7/9/2017</em></strong>
1952         </div>
1953       </td>
1954       <td><div align="left">
1955           <em></em>
1956           <ul>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1959               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1960               white)
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1964               Preferences
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1968               in size and progress bar shown as higher resolution
1969               overview is recalculated
1970             </li>
1971
1972           </ul>
1973         </div></td>
1974       <td><div align="left">
1975           <em></em>
1976           <ul>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1979               column region row by row
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1983               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1987               format setting is unticked
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1991               if group has show boxes format setting unticked
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1995               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1996               include sequences and columns not currently displayed
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2000               assemblies are imported via CIF file
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2004               displayed when threshold or conservation colouring is also
2005               enabled.
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2009               server version
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2013               dragging a selected region off the visible region of the
2014               alignment
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2018               colourscheme to all groups in a view
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2022               initially after font size change using the Font chooser or
2023               middle-mouse zoom
2024             </li>
2025           </ul>
2026         </div></td>
2027     </tr>
2028     <tr>
2029       <td width="60" nowrap>
2030         <div align="center">
2031           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2032         </div>
2033       </td>
2034       <td><div align="left">
2035           <em>Calculations</em>
2036           <ul>
2037
2038             <li>
2039               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2040               ungapped positions in each column of the alignment.
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2044               a calculation dialog box
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2048               and memory efficiency (~30x faster)
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2052               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2053               and other calculations
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2057               files within the Jalview codebase
2058             </li>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2061               Similarity may have different topology due to increased
2062               precision
2063             </li>
2064           </ul>
2065           <em>Rendering</em>
2066           <ul>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2069               model for alignments and groups
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2073               scripts
2074             </li>
2075           </ul>
2076           <em>Overview</em>
2077           <ul>
2078             <li>
2079               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2080               with alignment and overview windows
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2084               overview
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2088               omitted in Overview
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2092               adjustment of visible position
2093             </li>
2094           </ul>
2095
2096           <em>Data import/export</em>
2097           <ul>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2100               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2104               annotation input/output via stockholm flatfile
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2108               extension when importing structure files without embedded
2109               names or PDB accessions
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2113               format sequence substitution matrices
2114             </li>
2115           </ul>
2116           <em>User Interface</em>
2117           <ul>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2120               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2121               the application.
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2125               via Overview or sequence motif search operations
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2129               opened by double clicking gaps within sequence feature
2130               extent
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2134               aligned positions were available to create a 3D structure
2135               superposition.
2136             </li>
2137           </ul>
2138           <em>3D Structure</em>
2139           <ul>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2142               coloured in linked structure views
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2146               file-based command exchange
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2150               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2151               structures are already available for sequences
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2155               the Jalview project rather than downloaded again when the
2156               project is reopened.
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2160               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2161               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2162                 Feature</strong>)
2163             </li>
2164           </ul>
2165           <em>Web Services</em>
2166           <ul>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2172               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2173               Analysis services
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2177               cross-references provided by identifiers.org and the
2178               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2179             </li>
2180           </ul>
2181
2182           <em>Scripting</em>
2183           <ul>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2186               identifying file formats (instead of String constants)
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2190               efficiency when counting all displayed features (not
2191               backwards compatible with 2.10.1)
2192             </li>
2193           </ul>
2194           <em>Example files</em>
2195           <ul>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2198               included in the example feature file
2199             </li>
2200           </ul>
2201           <em>Documentation</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2205               with the built-in Java help viewer
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2209               sequence description' option
2210             </li>
2211           </ul>
2212           <em>Test Suite</em>
2213           <ul>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2216               Uniprot REST Free Text Search Client
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2223               during tests
2224             </li>
2225           </ul>
2226         </div></td>
2227       <td><div align="left">
2228           <em>Calculations</em>
2229           <ul>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2232               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2233               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2234             </li>
2235             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2236               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2237               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2238               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2239               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2240               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2241               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2242               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2243               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2244               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2245               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2246               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2247               // for 2.10.1 mode <br />
2248               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2249               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2250                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2251                 calculations (not recommended)</em></li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2254               scaling of branch lengths for trees computed using
2255               Sequence Feature Similarity.
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2259               generating output report when working with highly
2260               redundant alignments
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2264               right of selected region when gaps present on right-hand
2265               boundary
2266             </li>
2267           </ul>
2268           <em>User Interface</em>
2269           <ul>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2272               doesn't reselect a specific sequence's associated
2273               annotation after it was used for colouring a view
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2277               opened on a region of alignment without groups
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2281               of an alignment with overlapping groups
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2285               name and description match
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2289               hidden regions results in incorrect hidden regions
2290             </li>
2291             <li>
2292               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2293               changing colour does not apply Conservation slider value
2294               to all groups
2295             </li>
2296             <li>
2297               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2298               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2302               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2306               gaps before start of features
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2310               restored to UI when feature colour is edited
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2314               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2318               as graduate feature colour settings are modified via the
2319               dialog box
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2323               when a group defined on the alignment is resized
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2327               wrapped view result in positional status updates
2328             </li>
2329
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2332               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2336               alignment included gapped columns
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2340               widgets don't permanently disappear
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2344               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2345               T-Coffee column reliability scores)
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2349               sequence feature on gaps only
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2353               button from a Find inherit previously defined feature type
2354               rather than the Find query string
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2358               exporting tree calculated in Jalview
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2362               and then revealing them reorders sequences on the
2363               alignment
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2367               doesn't update to reflect available set of groups after
2368               interactively adding or modifying features
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2372               Linux
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2376               only excluded gaps in current sequence and ignored
2377               selection.
2378             </li>
2379           </ul>
2380           <em>Rendering</em>
2381           <ul>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2384               erratically when hidden rows or columns are present
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2388               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2389               sequence colouring
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2393               colour and group colour menu for protein alignments
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2397               reflect currently selected view or group's shading
2398               thresholds
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2402               when rendered on overview and structures when opacity at
2403               100%
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2407               overview when features overlaid on alignment
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2411               recovered correctly from Jalview project file
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2415               (automatically via preferences) are different to the main
2416               alignment panel
2417             </li>
2418           </ul>
2419           <em>Data import/export</em>
2420           <ul>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2423               load
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2427               added after a sequence was imported are not written to
2428               Stockholm File
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2432               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2436               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2440               with lightGray or darkGray via features file (but can
2441               specify lightgray)
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2445               when alignment view imported from project
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2449               structure and sequences extracted from structure files
2450               imported via URL and viewed in Jmol
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2454               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2455               the project is loaded and the structure viewed
2456             </li>
2457           </ul>
2458           <em>Web Services</em>
2459           <ul>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2462               release of Ensembl v.88
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2466               appear enabled in Preferences->Connections
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2470               removed from console output
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2474               Ensembl by Peptide ID
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2478               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2479               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2480               due to 'null' string rather than empty string used for
2481               residues with no corresponding PDB mapping).
2482             </li>
2483           </ul>
2484           <em>Application UI</em>
2485           <ul>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2488               menu
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2492               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2493               new documentation and tooltips added)
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2497               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2501               new features are added to alignment
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2505               changes to feature colours via the Amend features dialog
2506             </li>
2507             <li>
2508               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2509               edit graduated feature colour via amend features dialog
2510               box
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2514               selection menu changes colours of alignment views
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2518               from alignment calculation workers after alignment has
2519               been closed
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2523               groups now 'Create Group'
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2527               Create/Undefine group doesn't always work
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2531               shown again after pressing 'Cancel'
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2535               adjusts start position in wrap mode
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2539               ambiguous amino acids
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2543               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2544               proteins
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2548               Defined' don't appear in Colours menu
2549             </li>
2550           </ul>
2551           <em>Applet</em>
2552           <ul>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2555               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2559               overview or linked structure view
2560             </li>
2561             <li>
2562               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2563               work (since 2.8)
2564             </li>
2565             <li>
2566               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2567               user-defined colourscheme doesn't restore original
2568               colourscheme
2569             </li>
2570           </ul>
2571           <em>Test Suite</em>
2572           <ul>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2575               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2576             </li>
2577             <li>
2578               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2579               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2580               problems with deep array comparison equality asserts in
2581               successive versions of TestNG
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2585               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2586             </li>
2587           </ul>
2588           <em>New Known Issues</em>
2589           <ul>
2590             <li>
2591               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2592               phase after a sequence motif find operation
2593             </li>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2596               containing just upper and lower case letters are
2597               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2601               reliably from eggnog Ortholog database
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2605               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2606               to mark columns containing highlighted regions.
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2610               doesn't always add secondary structure annotation.
2611             </li>
2612           </ul>
2613         </div>
2614     <tr>
2615       <td width="60" nowrap>
2616         <div align="center">
2617           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2618         </div>
2619       </td>
2620       <td><div align="left">
2621           <em>General</em>
2622           <ul>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2625               for all consensus calculations
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2629               3rd Oct 2016)
2630             </li>
2631             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2632               for 2016-2017</li>
2633           </ul>
2634           <em>Application</em>
2635           <ul>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2638               set of database cross-references, sorted alphabetically
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2642               from database cross references. Users with custom links
2643               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2644                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2648               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2649               Chimera session
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2653               the Chimera it is connected to is shut down
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2657               columns menu item to mark columns containing highlighted
2658               regions (e.g. from structure selections or results of a
2659               Find operation)
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2663               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2664               MSAviewer
2665             </li>
2666           </ul>
2667         </div></td>
2668       <td>
2669         <div align="left">
2670           <em>General</em>
2671           <ul>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2674               are not coloured or thresholded according to percent
2675               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2679               hydrophobic
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2683               threshold, amino acid properties)
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2687               reported as mapped to residues in a structure file in the
2688               View Mapping report
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2692               could be added multiple times to a sequence
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2696               bond features shown as two highlighted residues rather
2697               than a range in linked structure views, and treated
2698               correctly when selecting and computing trees from features
2699             </li>
2700             <li>
2701               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2702               cross-references are matched to database name regardless
2703               of case
2704             </li>
2705
2706           </ul>
2707           <em>Application</em>
2708           <ul>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2711               names without regular expressions also offer links from
2712               Sequence ID
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2716               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2717               update Jalview configuration
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2721               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2725               files with similarly named sequences if dropped onto the
2726               alignment
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2730               entries where more chains exist in the PDB accession than
2731               are reported in the SIFTS file
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2735               the structure view when displayed with Chimera
2736             </li>
2737             <li>
2738               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2739               panel's View->Show Chains submenu
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2743               work for wrapped alignment views
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2747               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2748             </li>
2749             <li>
2750               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2751               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2752               first annotation row
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2756               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2760               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2761             </li>
2762             <!-- JAL-2319 -->
2763             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2764             coordindate data
2765             </li>
2766           </ul>
2767           <!--           <em>New Known Issues</em>
2768           <ul>
2769             <li></li>
2770           </ul> -->
2771         </div>
2772       </td>
2773     </tr>
2774     <td width="60" nowrap>
2775       <div align="center">
2776         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2777           <em>25/10/2016</em></strong>
2778       </div>
2779     </td>
2780     <td><em>Application</em>
2781       <ul>
2782         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2783           view if structures already loaded</li>
2784         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2785           structure views</li>
2786       </ul></td>
2787     <td>
2788       <div align="left">
2789         <em>General</em>
2790         <ul>
2791           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2792             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2793           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2794             example sequences/projects/trees</li>
2795         </ul>
2796         <em>Application</em>
2797         <ul>
2798           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2799             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2800           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2801             without timeout for structures with multiple models or
2802             multiple sequences in alignment</li>
2803           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2804             PDB ID HEADER line</li>
2805           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2806             is performed</li>
2807           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2808             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2809           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2810           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2811             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2812             option</li>
2813           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2814             is created on the alignment</li>
2815           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2816             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2817             pop-up menu</li>
2818         </ul>
2819         <em>Build and deployment</em>
2820         <ul>
2821           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2822             tags</li>
2823         </ul>
2824         <em>New Known Issues</em>
2825         <ul>
2826           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2827             on Windows</li>
2828         </ul>
2829       </div>
2830     </td>
2831     </tr>
2832     <tr>
2833       <td width="60" nowrap>
2834         <div align="center">
2835           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2836         </div>
2837       </td>
2838       <td><em>General</em>
2839         <ul>
2840           <li>
2841             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2842           </li>
2843           <li>
2844             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2845             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2846             better PDB parsing.
2847           </li>
2848           <li>
2849             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2850             reference sequence
2851           </li>
2852           <li>
2853             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2854             mousing over sequence associated annotation
2855           </li>
2856           <li>
2857             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2858             for manual entry
2859           </li>
2860           <li>
2861             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2862             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2863             for each column
2864           </li>
2865           <li>
2866             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2867             showing or hiding columns containing a feature
2868           </li>
2869           <li>
2870             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2871             group and sequence associated annotation labels
2872           </li>
2873           <li>
2874             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2875             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2876             dialogs
2877           </li>
2878
2879         </ul> <em>Application</em>
2880         <ul>
2881           <li>
2882             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2883             gene/transcript view
2884           </li>
2885           <li>
2886             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2887             dialog
2888           </li>
2889           <li>
2890             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2891             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2892           </li>
2893           <li>
2894             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2895             Pfam sources to xfam.org
2896           </li>
2897           <li>
2898             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2899           </li>
2900           <li>
2901             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2902             over sequences in Jalview
2903           </li>
2904           <li>
2905             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2906             regions in ENA and EMBL
2907           </li>
2908           <li>
2909             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2910             for record retrieval via ENA rest API
2911           </li>
2912           <li>
2913             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2914             complement operator
2915           </li>
2916           <li>
2917             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2918             groovy script execution
2919           </li>
2920           <li>
2921             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2922             alignment window's Calculate menu
2923           </li>
2924           <li>
2925             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2926             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2927           </li>
2928           <li>
2929             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2930             calculation workers from groovy scripts
2931           </li>
2932           <li>
2933             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2934             Jalview projects
2935           </li>
2936           <li>
2937             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2938             associations are now saved/restored from project
2939           </li>
2940           <li>
2941             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2942             before sequence fetcher is opened
2943           </li>
2944           <li>
2945             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2946             database chooser opens a sequence fetcher
2947           </li>
2948           <li>
2949             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2950             the UniProt REST API
2951           </li>
2952           <li>
2953             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2954             the news reader opening
2955           </li>
2956           <li>
2957             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2958             querying stored in preferences
2959           </li>
2960           <li>
2961             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2962             search results
2963           </li>
2964           <li>
2965             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2966           </li>
2967           <li>
2968             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2969             menu for nucleotide sequences
2970           </li>
2971           <li>
2972             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2973             and feature counts preserves alignment ordering (and
2974             debugged for complex feature sets).
2975           </li>
2976           <li>
2977             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2978             viewing structures with Jalview 2.10
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2982             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2983             Ensembl Genomes REST API
2984           </li>
2985           <li>
2986             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2987             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2988             (Ensembl)
2989           </li>
2990           <li>
2991             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2992             sequences
2993           </li>
2994           <li>
2995             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2996             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2997             data from external database records.
2998           </li>
2999           <li>
3000             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3001             efficient recovery of sequence coding and alignment
3002             annotation relationships.
3003           </li>
3004         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3005         <ul>
3006           <li>
3007             -- JAL---
3008           </li>
3009         </ul> --></td>
3010       <td>
3011         <div align="left">
3012           <em>General</em>
3013           <ul>
3014             <li>
3015               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3016               menu on OSX
3017             </li>
3018             <li>
3019               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3020               includes graduated colourschemes
3021             </li>
3022             <li>
3023               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3024               working with big alignments and lots of hidden columns
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3028               at right of alignment window
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3032               contents
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3036               for DNA alignments
3037             </li>
3038             <li>
3039               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3040               based tree calculation
3041             </li>
3042             <li>
3043               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3044               unconserved enabled for group on alignment
3045             </li>
3046             <li>
3047               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3048               set as reference
3049             </li>
3050             <li>
3051               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3052               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3053               annotation
3054             </li>
3055             <li>
3056               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3057               hidden columns present
3058             </li>
3059             <li>
3060               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3061               user created annotation added to alignment
3062             </li>
3063             <li>
3064               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3065               '()' base pair annotation
3066             </li>
3067             <li>
3068               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3069               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3070               Consensus
3071             </li>
3072             <li>
3073               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3074               feature not working
3075             </li>
3076             <li>
3077               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3078               beginning of sequence
3079             </li>
3080             <li>
3081               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3082               entry 3a6s
3083             </li>
3084             <li>
3085               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3086               from a tree when t-coffee scores are shown
3087             </li>
3088             <li>
3089               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3090               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3091             </li>
3092             <li>
3093               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3094               some structures
3095             </li>
3096             <li>
3097               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3098               to Clustal, PIR and PileUp output
3099             </li>
3100             <li>
3101               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3102               not visible causes alignment window to repaint
3103             </li>
3104             <li>
3105               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3106               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3107               scores associated with features and annotation rows
3108             </li>
3109             <li>
3110               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3111               calculation should be case independent
3112             </li>
3113             <li>
3114               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3115               columns
3116             </li>
3117             <li>
3118               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3119               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3120               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3121             </li>
3122             <li>
3123               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3124               problems when reference sequence defined and 'show
3125               non-conserved' enabled
3126             </li>
3127             <li>
3128               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3129               load even when Consensus calculation is disabled
3130             </li>
3131             <li>
3132               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3133               alignment does nothing
3134             </li>
3135           </ul>
3136           <em>Application</em>
3137           <ul>
3138             <li>
3139               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3140               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3141               yet fixed for El Capitan)
3142             </li>
3143             <li>
3144               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3145               output when running on non-gb/us i18n platforms
3146             </li>
3147             <li>
3148               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3149               hidden sequences as flat-file alignment
3150             </li>
3151             <li>
3152               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3153               launching Chimera
3154             </li>
3155             <li>
3156               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3157               (also hotfix for 2.9.0b2)
3158             </li>
3159             <li>
3160               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3161               reference sequence defined
3162             </li>
3163             <li>
3164               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3165               alignments and views when revealing hidden columns
3166             </li>
3167             <li>
3168               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3169               view in a cDNA/Protein splitframe
3170             </li>
3171             <li>
3172               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3173               sequence from project when only one sequence is
3174               represented
3175             </li>
3176             <li>
3177               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3178               in Structure Chooser
3179             </li>
3180             <li>
3181               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3182               structure consensus didn't refresh annotation panel
3183             </li>
3184             <li>
3185               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3186               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3187             </li>
3188             <li>
3189               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3190               dialogs format columns correctly, don't display array
3191               data, sort columns according to type
3192             </li>
3193             <li>
3194               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3195               file chooser is cancelled during an image export
3196             </li>
3197             <li>
3198               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3199               sequence name containing special characters
3200             </li>
3201             <li>
3202               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3203               case insensitive
3204             </li>
3205             <li>
3206               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3207               formatting don't wrap
3208             </li>
3209             <li>
3210               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3211               truncated so L looks like I in consensus annotation
3212             </li>
3213             <li>
3214               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3215               currently displayed features for the current selection or
3216               view
3217             </li>
3218             <li>
3219               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3220               after fetching cross-references, and restoring from
3221               project
3222             </li>
3223             <li>
3224               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3225               followed in the structure viewer
3226             </li>
3227             <li>
3228               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3229               splitframe not restored from project
3230             </li>
3231             <li>
3232               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3233               trailing end of protein alignment in transcript/product
3234               splitview when pad-gaps not enabled by default
3235             </li>
3236             <li>
3237               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3238               is case dependent
3239             </li>
3240             <li>
3241               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3242               article has been read (reopened issue due to
3243               internationalisation problems)
3244             </li>
3245             <li>
3246               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3247               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3248               cross-references
3249             </li>
3250
3251             <li>
3252               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3253               alignment as HTML
3254             </li>
3255             <li>
3256               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3257               multiple structures are shown for one or more sequences.
3258             </li>
3259             <li>
3260               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3261               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3262               is enabled.
3263             </li>
3264             <li>
3265               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3266               specific PDB id for sequence
3267             </li>
3268             <li>
3269               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3270               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3271               columns' is disabled.
3272             </li>
3273             <li>
3274               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3275               selects lowest rather than highest resolution structures
3276               for each sequence
3277             </li>
3278             <li>
3279               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3280               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3281             </li>
3282             <li>
3283               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3284               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3285             </li>
3286             <li>
3287               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3288               after clicking on it to create new annotation for a
3289               column.
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3293               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3294             </li>
3295             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3296             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3297           </ul>
3298           <em>Applet</em>
3299           <ul>
3300             <li>
3301               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3302               hidden columns present before start of sequence
3303             </li>
3304             <li>
3305               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3306               (JSON jars)
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3310               sequences are hidden in applet
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3314               deployment on examples pages.
3315             </li>
3316           </ul>
3317         </div>
3318       </td>
3319     </tr>
3320     <tr>
3321       <td width="60" nowrap>
3322         <div align="center">
3323           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3324             <em>16/10/2015</em></strong>
3325         </div>
3326       </td>
3327       <td><em>General</em>
3328         <ul>
3329           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3330             jars</li>
3331         </ul></td>
3332       <td>
3333         <div align="left">
3334           <em>Application</em>
3335           <ul>
3336             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3337               shown when tree is partitioned</li>
3338             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3339               multiple cDNA/Protein split views</li>
3340           </ul>
3341         </div>
3342       </td>
3343     </tr>
3344     <tr>
3345       <td width="60" nowrap>
3346         <div align="center">
3347           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3348             <em>8/10/2015</em></strong>
3349         </div>
3350       </td>
3351       <td><em>General</em>
3352         <ul>
3353           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3354             2.9</li>
3355         </ul> <em>Application</em>
3356         <ul>
3357           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3358           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3359           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3360         </ul> <em>Applet</em>
3361         <ul>
3362           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3363         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3364         <ul>
3365           <li>
3366             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3367             suite
3368           </li>
3369         </ul></td>
3370       <td>
3371         <div align="left">
3372           <em>General</em>
3373           <ul>
3374             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3375               incorrect when sequence start > 1</li>
3376             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3377               documentation</li>
3378             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3379             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3380               loading a features file containing HTML tags in feature
3381               description</li>
3382
3383           </ul>
3384           <em>Application</em>
3385           <ul>
3386             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3387               reimport</li>
3388             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3389               with 'trim retrieved sequences'</li>
3390             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3391               deleting selected columns</li>
3392             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3393               JNLP templates for webstart launch</li>
3394             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3395               unreleased structures for download or viewing</li>
3396             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3397               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3398             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3399               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3400             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3401               recovered from jalview project</li>
3402             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3403               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3404               alignment view</li>
3405             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3406               color schemes from BioJSON</li>
3407           </ul>
3408           <em>Applet</em>
3409           <ul>
3410             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3411               frame</li>
3412             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3413           </ul>
3414         </div>
3415       </td>
3416     </tr>
3417     <tr>
3418       <td><div align="center">
3419           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3420         </div></td>
3421       <td><em>General</em>
3422         <ul>
3423           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3424             alignments:
3425             <ul>
3426               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3427                 and DNA alignment views</li>
3428               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3429                 cDNA alignment views</li>
3430               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3431                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3432               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3433                 protein sequences</li>
3434             </ul>
3435           </li>
3436           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3437           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3438             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3439           <li>New alignment annotation file statements for
3440             reference sequences and marking hidden columns</li>
3441           <li>Reference sequence based alignment shading to
3442             highlight variation</li>
3443           <li>Select or hide columns according to alignment
3444             annotation</li>
3445           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3446           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3447             acid conservation row</li>
3448           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3449         </ul> <em>Application</em>
3450         <ul>
3451           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3452             <ul>
3453               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3454                 view with cDNA/Protein</li>
3455               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3456                 sequences are placed in the same alignment</li>
3457               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3458                 projects</li>
3459             </ul>
3460           </li>
3461
3462           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3463           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3464             Jalview windows</li>
3465
3466           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3467           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3468           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3469             be shown in VARNA</li>
3470
3471           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3472             as the active selected region</li>
3473
3474           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3475             similarity</li>
3476           <li>New Export options
3477             <ul>
3478               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3479                 region export in flat file generation</li>
3480
3481               <li>Export alignment views for display with the <a
3482                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3483
3484               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3485               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3486                 alignment figures to HTML</li>
3487           </li>
3488           <li>3D structure retrieval and display
3489             <ul>
3490               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3491                 Search API</li>
3492               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3493                 PDB structures for a sequence set</li>
3494             </ul>
3495           </li>
3496
3497           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3498             predictions</li>
3499           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3500             for one or a group of sequences</li>
3501           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3502             from the JPred4 web server</li>
3503           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3504             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3505             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3506           </li>
3507           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3508             VARNA 2D Structure'</li>
3509           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3510             Structure ..."</li>
3511
3512         </ul> <em>Applet</em>
3513         <ul>
3514           <li>New layout for applet example pages</li>
3515           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3516             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3517           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3518             Protein alignments</li>
3519         </ul> <em>Development and deployment</em>
3520         <ul>
3521           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3522           <li>Include installation type and git revision in build
3523             properties and console log output</li>
3524           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3525             storing BioJsMSA Templates</li>
3526           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3527         </ul></td>
3528       <td>
3529         <!-- <em>General</em>
3530         <ul>
3531         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3532         <ul>
3533           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3534           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3535           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3536             predictions are not highlighted in amber</li>
3537           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3538             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3539           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3540             associated structure views</li>
3541           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3542             width checkbox not enabled</li>
3543           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3544             creating user defined colours</li>
3545           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3546             mappings for just that viewer's sequences</li>
3547           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3548             multiple models in Chimera</li>
3549           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3550             over Jmol structure</li>
3551           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3552             output to text box</li>
3553           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3554             have incorrect sequence start/end</li>
3555           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3556             Jalview fails</li>
3557           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3558             work for nucleotide</li>
3559           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3560             to a grey/invisible alignment window</li>
3561           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3562             imports to different position</li>
3563           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3564             on some platforms</li>
3565           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3566             populated</li>
3567           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3568             console if Chimera has been opened</li>
3569           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3570           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3571             retrieved</li>
3572           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3573           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3574             either sequence shows on first structure</li>
3575           <li>'Show annotations' options should not make
3576             non-positional annotations visible</li>
3577           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3578             in right place after 'view flanking regions'</li>
3579           <li>File Save As type unset when current file format is
3580             unknown</li>
3581           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3582             projects</li>
3583           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3584             responsive</li>
3585           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3586             several views on same alignment</li>
3587           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3588           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3589             spaces</li>
3590         </ul> <em>Applet</em>
3591         <ul>
3592           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3593           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3594             descriptions containing angle brackets</li>
3595         </ul> <em>General</em>
3596         <ul>
3597           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3598             via jalview annotation file</li>
3599           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3600             with RNA secondary structure</li>
3601           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3602             translation doesn't work.</li>
3603           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3604           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3605             positions</li>
3606           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3607             choosing 1pt font</li>
3608           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3609             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3610             'h'</li>
3611           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3612             new feature</li>
3613           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3614             order dependent</li>
3615           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3616             sequences</li>
3617           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3618         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3619         <ul>
3620           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3621             www.jalview.org</li>
3622         </ul> <em>Application Known issues</em>
3623         <ul>
3624           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3625           <li>Misleading message appears after trying to delete
3626             solid column.</li>
3627           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3628             version launches</li>
3629           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3630             fails with a sequence mismatch</li>
3631           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3632             scrolling alignment to right</li>
3633           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3634             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3635           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3636             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3637           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3638             ultra-high resolution</li>
3639           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3640             quality and conservation</li>
3641           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3642             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3643         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3644         <ul>
3645           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3646           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3647             window is being resized</li>
3648
3649         </ul>
3650       </td>
3651     </tr>
3652     <tr>
3653       <td><div align="center">
3654           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3655         </div></td>
3656       <td><em>General</em>
3657         <ul>
3658           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3659             Certum.PL.</li>
3660           <li>Features and annotation preserved when performing
3661             pairwise alignment</li>
3662           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3663             imported/exported/displayed</li>
3664           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3665             protein secondary structure</li>
3666           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3667               post-hoc with 2.9 release</em>)
3668           </li>
3669
3670         </ul> <em>Application</em>
3671         <ul>
3672           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3673             with 3D structures</li>
3674           <li>Support for parsing RNAML</li>
3675           <li>Annotations menu for layout
3676             <ul>
3677               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3678               <li>place sequence annotation above/below alignment
3679                 annotation</li>
3680             </ul>
3681           <li>Output in Stockholm format</li>
3682           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3683             translation</li>
3684           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3685           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3686             shared between alignments</li>
3687           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3688             Jalview</li>
3689           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3690             all or current selection</li>
3691           <li>disorder and secondary structure predictions
3692             available as dataset annotation</li>
3693           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3694
3695
3696           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3697             alignments from Rfam</li>
3698           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3699
3700           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3701             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3702           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3703           <li>include installation type in build properties and
3704             console log output</li>
3705           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3706             annotation</li>
3707         </ul></td>
3708       <td>
3709         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3710         <ul>
3711           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3712             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3713           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3714             alignment</li>
3715           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3716           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3717           <li>Double click on sequence associated annotation
3718             selects only first column</li>
3719           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3720             leaves shown in tree</li>
3721           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3722             properly</li>
3723           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3724           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3725             screen and buttons not visible</li>
3726           <li>author list isn't updated if already written to
3727             Jalview properties</li>
3728           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3729             from database</li>
3730           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3731           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3732             browser search window</li>
3733           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3734             in feature settings dialog</li>
3735           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3736             desktop</li>
3737           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3738             pass validation</li>
3739           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3740             fit on screen</li>
3741           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3742             tooltip</li>
3743           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3744             defined user preset</li>
3745           <li>MSA web services warns user if they were launched
3746             with invalid input</li>
3747           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3748             Java 8</li>
3749           <li>
3750             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3751             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3752             created
3753           </li>
3754
3755         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3756         <ul>
3757         </ul> <em>General</em>
3758         <ul>
3759         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3760         <ul>
3761           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3762             memory allocation</li>
3763           <li>launchApp service doesn't automatically open
3764             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3765           <li>
3766             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3767             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3768             1.7_055 is available
3769           </li>
3770         </ul> <em>Application Known issues</em>
3771         <ul>
3772           <li>
3773             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3774             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3775             alignment to right
3776           </li>
3777           <li>
3778             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3779             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3780             with large number of ID
3781           </li>
3782           <li>
3783             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3784             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3785             start/end
3786           </li>
3787           <li>
3788             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3789             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3790             structure tracks are rearranged
3791           </li>
3792           <li>
3793             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3794             invalid rna structure positional highlighting does not
3795             highlight position of invalid base pairs
3796           </li>
3797           <li>
3798             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3799             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3800             project from alignment window file menu
3801           </li>
3802           <li>
3803             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3804             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3805             structures
3806           </li>
3807           <li>
3808             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3809             colour by RNA Helices not enabled when user created
3810             annotation added to alignment
3811           </li>
3812           <li>
3813             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3814             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3815           </li>
3816         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3817         <ul>
3818           <li>
3819             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3820             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3821           </li>
3822           <li>
3823             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3824             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3825           </li>
3826
3827           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3828             when selected</li>
3829         </ul>
3830       </td>
3831     </tr>
3832     <tr>
3833       <td><div align="center">
3834           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3835         </div></td>
3836       <td>
3837         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3838         <em>General</em>
3839         <ul>
3840           <li>Internationalisation of user interface (usually
3841             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3842           <li>Define/Undefine group on current selection with
3843             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3844           <li>Improved group creation/removal options in
3845             alignment/sequence Popup menu</li>
3846           <li>Sensible precision for symbol distribution
3847             percentages shown in logo tooltip.</li>
3848           <li>Annotation panel height set according to amount of
3849             annotation when alignment first opened</li>
3850         </ul> <em>Application</em>
3851         <ul>
3852           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3853             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3854           <li>Select columns containing particular features from
3855             Feature Settings dialog</li>
3856           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3857             sequences</li>
3858           <li>Update Jalview project format:
3859             <ul>
3860               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3861               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3862                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3863               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3864                 colouring</li>
3865             </ul>
3866           </li>
3867           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3868             (PAM250)</li>
3869           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3870             flanking regions for an alignment</li>
3871         </ul>
3872       </td>
3873       <td>
3874         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3875         <ul>
3876           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3877             running after job is cancelled</li>
3878           <li>cannot export features from alignments imported from
3879             Jalview/VAMSAS projects</li>
3880           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3881             float values</li>
3882           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3883             have 'display all symbols' flag set</li>
3884           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3885             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3886           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3887             Jalview</li>
3888           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3889             Lion/Webstart</li>
3890           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3891           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3892           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3893             alignment onto desktop</li>
3894           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3895             'extract scores' function</li>
3896           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3897             alignment window</li>
3898           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3899             performing IUPred disorder prediction</li>
3900           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3901             changing 'normalise logo' display setting</li>
3902           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3903             nothing matches query</li>
3904           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3905             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3906           </li>
3907           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3908             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3909           </li>
3910           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3911             Jalview's menu</li>
3912           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3913             'invalid literal/length code'</li>
3914           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3915             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3916           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3917             colourscheme</li>
3918
3919         </ul> <em>Applet</em>
3920         <ul>
3921           <li>Remove group option is shown even when selection is
3922             not a group</li>
3923           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3924             don't affect groups</li>
3925           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3926             colourscheme name</li>
3927           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3928             Annotation panel is not displayed</li>
3929           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3930             embedded windows</li>
3931         </ul> <em>Other</em>
3932         <ul>
3933           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3934             single sequence were not calculated</li>
3935           <li>annotation files that contain only groups imported as
3936             annotation and junk sequences</li>
3937           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3938             recognised as PFAM or BLC</li>
3939           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3940             doesn't affect background (2.8.0b1)
3941           <li></li>
3942           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3943           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3944             trailing gaps</li>
3945           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3946             registered correctly on import</li>
3947           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3948             certain alignments</li>
3949           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3950             existing annotation based 'use original colours'
3951             colourscheme loses original colours setting</li>
3952         </ul>
3953       </td>
3954     </tr>
3955     <tr>
3956       <td><div align="center">
3957           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3958             <em>30/1/2014</em></strong>
3959         </div></td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3963             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3964             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3965             open source project).
3966           </li>
3967           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3968           <li>Output in Stockholm format</li>
3969           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3970           <li>Export/import group and sequence associated line
3971             graph thresholds</li>
3972           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3973             ambiguity codes</li>
3974           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3975             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3976             works</li>
3977           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3978         </ul> <em>Other improvements</em>
3979         <ul>
3980           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3981           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3982             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3983           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3984             files</li>
3985           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3986           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3987             link but no description</li>
3988           <li>Select primary source when selecting authority in
3989             database fetcher GUI</li>
3990           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3991             Jalview</li>
3992           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3993         </ul>
3994       </td>
3995       <td>
3996         <ul>
3997           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3998             displayed</li>
3999           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4000             secondary structure annotation line</li>
4001           <li>Sequence database accessions not imported when
4002             fetching alignments from Rfam</li>
4003           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4004             identical IDs</li>
4005           <li>View all structures does not always superpose
4006             structures</li>
4007           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4008             reflect user or preset settings</li>
4009           <li>Null pointer exceptions for some services without
4010             presets or adjustable parameters</li>
4011           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4012             discover PDB xRefs</li>
4013           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4014             features with DAS</li>
4015           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4016             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4017           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4018             residue follows a gap</li>
4019           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4020             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4021           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4022             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4023           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4024             annotation already exists on alignment</li>
4025           <li>oninit javascript function should be called after
4026             initialisation completes</li>
4027           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4028             alignment window display</li>
4029           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4030           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4031             to annotation file</li>
4032           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4033             groups created</li>
4034           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4035             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4036           <li>Pressing return several times causes Number Format
4037             exceptions in keyboard mode</li>
4038           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4039             correct partitions for input data</li>
4040           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4041           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4042           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4043           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4044             mode</li>
4045           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4046             changes one row&#39;s threshold</li>
4047           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4048             doesn&#39;t open</li>
4049           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4050             quality histograms</li>
4051         </ul>
4052       </td>
4053     </tr>
4054     <tr>
4055       <td><div align="center">
4056           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4057         </div></td>
4058       <td><em>Application</em>
4059         <ul>
4060           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4061             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4062           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4063             preferences</li>
4064           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4065             in Jalview alignment window</li>
4066           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4067             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4068           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4069             RNA and ambiguity codes</li>
4070
4071           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4072           <li>Support fetching and database reference look up
4073             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4074             refs')</li>
4075           <li>Jalview project improvements
4076             <ul>
4077               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4078                 flag for annotation</li>
4079               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4080                 alignment</li>
4081               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4082                 Jalview project</li>
4083
4084             </ul>
4085           </li>
4086           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4087           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4088             running</li>
4089           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4090           <li>visual indication that web service results are still
4091             being retrieved from server</li>
4092           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4093             starts up for first time</li>
4094           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4095             services</li>
4096           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4097             client library</li>
4098           <li>Examples directory and Groovy library included in
4099             InstallAnywhere distribution</li>
4100         </ul> <em>Applet</em>
4101         <ul>
4102           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4103             visualization applet example</li>
4104         </ul> <em>General</em>
4105         <ul>
4106           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4107           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4108             defaults</li>
4109           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4110             calculation</li>
4111           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4112             matrices
4113           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4114             in HTML</li>
4115           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4116             structure contacts</li>
4117           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4118           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4119           <li>Parse sequence associated secondary structure
4120             information in Stockholm files</li>
4121           <li>HTML Export database accessions and annotation
4122             information presented in tooltip for sequences</li>
4123           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4124             style RNA alignment files</li>
4125           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4126             alignment</li>
4127           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4128             shade each sequence according to its associated alignment
4129             annotation</li>
4130           <li>New Jalview Logo</li>
4131         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4132         <ul>
4133           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4134           <li>New Website!</li>
4135         </ul></td>
4136       <td><em>Application</em>
4137         <ul>
4138           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4139             wsdbfetch REST service</li>
4140           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4141           <li>Filetype associations not installed for webstart
4142             launch</li>
4143           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4144             job execution in full once it is complete</li>
4145           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4146             uploaded via ali_file parameter</li>
4147           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4148           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4149           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4150             submitted for prediction</li>
4151           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4152             desktop window</li>
4153           <li>Putting fractional value into integer text box in
4154             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4155           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4156             windows 7</li>
4157           <li>View all structures fails with exception shown in
4158             structure view</li>
4159           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4160             escaped in a platform independent way</li>
4161           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4162             using proxy</li>
4163           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4164             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4165           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4166             failure when java web start temporary file caching is
4167             disabled</li>
4168           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4169             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4170           <li>Errors during processing of command line arguments
4171             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4172           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4173             DAS sources in sequence fetcher</li>
4174           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4175             dialog is shown</li>
4176           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4177           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4178           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4179           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4180             on OSX Mountain Lion</li>
4181           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4182             sequences with alignment annotation are pasted into the
4183             alignment</li>
4184           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4185             when loaded from Jalview project</li>
4186           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4187           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4188             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4189           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4190             associated with all views</li>
4191           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4192             annotation rows to new window</li>
4193         </ul> <em>Applet</em>
4194         <ul>
4195           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4196             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4197           <li>loading features via javascript API automatically
4198             enables feature display</li>
4199           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4200             work</li>
4201         </ul> <em>General</em>
4202         <ul>
4203           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4204           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4205             and then deselected</li>
4206           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4207           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4208             coloured with clustalx</li>
4209           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4210             exceptions and redraw errors</li>
4211           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4212             reconfigured view</li>
4213           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4214             colour</li>
4215           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4216             for lots of labels</li>
4217         </ul>
4218     </tr>
4219     <tr>
4220       <td>
4221         <div align="center">
4222           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4223         </div>
4224       </td>
4225       <td><em>Application</em>
4226         <ul>
4227           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4228           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4229           <li>View/alignment association menu to enable user to
4230             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4231             its colours/correspondences from</li>
4232           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4233           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4234             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4235           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4236           <li>Annotation row column label formatting attributes
4237             stored in project file</li>
4238           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4239             rows preserved in Jalview project file</li>
4240           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4241             saved using Desktop window menu</li>
4242           <li>Visual indication that command line arguments are
4243             still being processed</li>
4244           <li>Groovy script execution from URL</li>
4245           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4246             preferences</li>
4247           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4248             alignment with sequences that have high similarity and
4249             matching IDs</li>
4250           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4251           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4252             structures in same window</li>
4253           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4254           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4255             analysis function in its own submenu</li>
4256         </ul> <em>Applet</em>
4257         <ul>
4258           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4259             groups</li>
4260           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4261           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4262           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4263           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4264           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4265             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4266           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4267           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4268             parameters are treated as such</li>
4269           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4270             <ul>
4271               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4272               <li>Javascript callbacks for
4273                 <ul>
4274                   <li>Applet initialisation</li>
4275                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4276                 </ul>
4277               </li>
4278               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4279                 functions</li>
4280               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4281               <li>javascript structure viewer harness to pass
4282                 messages between Jmol and Jalview when running as
4283                 distinct applets</li>
4284               <li>sortBy method</li>
4285               <li>Set of applet and application examples shipped
4286                 with documentation</li>
4287               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4288                 javascript message exchange</li>
4289             </ul>
4290         </ul> <em>General</em>
4291         <ul>
4292           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4293             multiple alignments</li>
4294           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4295           <li>User configurable link to enable redirects to a
4296             www.Jalview.org mirror</li>
4297           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4298           <li>Configurable newline string when writing alignment
4299             and other flat files</li>
4300           <li>Allow alignment annotation description lines to
4301             contain html tags</li>
4302         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4303         <ul>
4304           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4305             examples</li>
4306           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4307             using a web service before displaying the result in the
4308             Jalview desktop</li>
4309           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4310           <li>Ant target to publish example html files with applet
4311             archive</li>
4312           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4313           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4314         </ul></td>
4315       <td><em>Application</em>
4316         <ul>
4317           <li>User defined colourscheme throws exception when
4318             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4319           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4320             dialog for valid filename/format</li>
4321           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4322           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4323             P37173</li>
4324           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4325             which sequence is to be associated with the file</li>
4326           <li>Find All raises null pointer exception when query
4327             only matches sequence IDs</li>
4328           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4329           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4330             2.4 cannot be loaded</li>
4331           <li>Filetype associations not installed for webstart
4332             launch</li>
4333           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4334             with sequences in different alignments do not get coloured
4335             by their associated sequence</li>
4336           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4337             not preserved when project is loaded</li>
4338           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4339             stored in Jalview project</li>
4340           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4341             Jalview project</li>
4342           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4343           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4344             by conservation</li>
4345           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4346             created on new view</li>
4347           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4348             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4349           <li>Alignment quality not updated after alignment
4350             annotation row is hidden then shown</li>
4351           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4352             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4353           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4354             properly</li>
4355           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4356             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4357           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4358           <li>Structures imported from file and saved in project
4359             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4360           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4361             job execution in full once it is complete</li>
4362         </ul> <em>Applet</em>
4363         <ul>
4364           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4365             annotation rows are displayed</li>
4366           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4367             codebase</li>
4368           <li>View follows highlighting does not work for positions
4369             in sequences</li>
4370           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4371           <li>Export features raises exception when no features
4372             exist</li>
4373           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4374             for javascript api is modified when separator string
4375             provided as parameter</li>
4376           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4377             alignment with no existing selection</li>
4378           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4379             to applet&#39;s codebase</li>
4380           <li>Status bar not updated after finished searching and
4381             search wraps around to first result</li>
4382           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4383             several Jalview applets causes race conditions and memory
4384             leaks</li>
4385           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4386             not sent from Jmol in applet</li>
4387           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4388             applet API fatally hang browser</li>
4389         </ul> <em>General</em>
4390         <ul>
4391           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4392             position with wrapped view and hidden regions</li>
4393           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4394             with/without hidden columns</li>
4395           <li>Sequence length given in alignment properties window
4396             is off by 1</li>
4397           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4398             import PDB like structure files</li>
4399           <li>Positional search results are only highlighted
4400             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4401           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4402           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4403             given sequence position</li>
4404           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4405             output</li>
4406           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4407             from nucleotide chains correctly</li>
4408           <li>Structure colours not updated when tree partition
4409             changed in alignment</li>
4410           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4411             parsed in interleaved stockholm</li>
4412           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4413             state</li>
4414           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4415             properly</li>
4416           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4417             properly associated with their pdb files</li>
4418         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4419         <ul>
4420           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4421             ApplyCopyright tool</li>
4422         </ul></td>
4423     </tr>
4424     <tr>
4425       <td>
4426         <div align="center">
4427           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4428         </div>
4429       </td>
4430       <td><em>Application</em>
4431         <ul>
4432           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4433             contact web services</li>
4434           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4435             service job window</li>
4436           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4437         </ul></td>
4438       <td>
4439         <ul>
4440           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4441             pir file emitted by Jalview</li>
4442           <li>Existing feature settings transferred to new
4443             alignment view created from cut'n'paste</li>
4444           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4445             parsing PDB files</li>
4446           <li>Consensus and conservation annotation rows
4447             occasionally become blank for all new windows</li>
4448           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4449             in wrapped view mode</li>
4450         </ul> <em>Application</em>
4451         <ul>
4452           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4453             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4454           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4455             parameter names</li>
4456           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4457             is down</li>
4458         </ul>
4459       </td>
4460     </tr>
4461     <tr>
4462       <td>
4463         <div align="center">
4464           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4465         </div>
4466       </td>
4467       <td><em>Application</em>
4468         <ul>
4469           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4470             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4471             (JABAWS)
4472           </li>
4473           <li>Web Services preference tab</li>
4474           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4475             preferences</li>
4476           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4477           <li>Superpose structures using associated sequence
4478             alignment</li>
4479           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4480             viewer</li>
4481         </ul> <em>Applet</em>
4482         <ul>
4483           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4484             link out mechanism</li>
4485         </ul> <em>Other</em>
4486         <ul>
4487           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4488             series 12</li>
4489           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4490             require Java 1.5</li>
4491           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4492             sequence annotation files</li>
4493           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4494             type colour specification</li>
4495           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4496             script to check if it being run in an interactive session or
4497             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4498         </ul></td>
4499       <td>
4500         <ul>
4501           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4502             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4503         </ul> <em>Application</em>
4504         <ul>
4505           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4506             selected Regions menu item</li>
4507           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4508             part of a valid accession ID</li>
4509           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4510             runs out of memory</li>
4511           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4512             analysis results</li>
4513           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4514             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4515           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4516         </ul> <em>Applet</em>
4517         <ul>
4518           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4519             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4520             defined.</li>
4521         </ul>
4522       </td>
4523     </tr>
4524     <tr>
4525       <td>
4526         <div align="center">
4527           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4528         </div>
4529       </td>
4530       <td></td>
4531       <td>
4532         <ul>
4533           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4534             sequence IDs</li>
4535           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4536             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4537           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4538             import correctly</li>
4539           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4540             number of columns are hidden</li>
4541           <li>annotation label popup menu not providing correct
4542             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4543             present</li>
4544           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4545             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4546           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4547             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4548
4549         </ul> <em>Applet</em>
4550         <ul>
4551           <li>annotation panel disappears when annotation is
4552             hidden/removed</li>
4553         </ul> <em>Application</em>
4554         <ul>
4555           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4556             alignment opened where annotation panel is visible but no
4557             annotations are present on alignment</li>
4558           <li>pasted region containing hidden columns is
4559             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4560           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4561             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4562           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4563             selected Rregions menu item.</li>
4564           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4565             'Un' or 'Non'conserved</li>
4566           <li>Sequence feature settings are being shared by
4567             multiple distinct alignments</li>
4568           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4569             changed</li>
4570           <li>double click on group annotation to select sequences
4571             does not propagate to associated trees</li>
4572           <li>Mac OSX specific issues:
4573             <ul>
4574               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4575                 window background</li>
4576               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4577                 name set correctly</li>
4578               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4579                 save feature colourscheme button</li>
4580             </ul>
4581           </li>
4582         </ul>
4583       </td>
4584     </tr>
4585     <tr>
4586
4587       <td>
4588         <div align="center">
4589           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4590         </div>
4591       </td>
4592       <td><em>New Capabilities</em>
4593         <ul>
4594           <li>URL links generated from description line for
4595             regular-expression based URL links (applet and application)
4596
4597           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4598             menu</li>
4599           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4600             structures</li>
4601           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4602             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4603           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4604             average score or total feature count for each sequence.</li>
4605           <li>Shading features by score or associated description</li>
4606           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4607             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4608           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4609             hide everything but the currently selected region.</li>
4610           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4611         </ul> <em>Application</em>
4612         <ul>
4613           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4614             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4615           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4616             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4617           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4618             database references and protein_name is parsed as
4619             description line (BioSapiens terms).</li>
4620           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4621             references in sequence ID tooltip from View menu in
4622             application.</li>
4623           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4624       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4625           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4626             conservation plots</li>
4627           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4628             and visualized as sequence logos</li>
4629           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4630             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4631           </li>
4632           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4633             when a new tree is opened.</li>
4634           <li>Jalview Java Console</li>
4635           <li>Better placement of desktop window when moving
4636             between different screens.</li>
4637           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4638             consensus annotation</li>
4639           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4640             Workflows</li>
4641           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4642             <ul>
4643               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4644                 used to preserve views, structures, and tree display
4645                 settings)</li>
4646               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4647                 command line</li>
4648               <li>Sharing of selected regions between views and
4649                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4650               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4651             </ul></li>
4652         </ul> <em>Applet</em>
4653         <ul>
4654           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4655           <li>New Parameters
4656             <ul>
4657               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4658                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4659                 opened.</li>
4660               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4661                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4662               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4663                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4664               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4665                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4666                 view</li>
4667               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4668                 increase the height or width of a cell in the alignment
4669                 grid relative to the current font size.</li>
4670             </ul>
4671           </li>
4672           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4673             tooltip</li>
4674         </ul> <em>Other</em>
4675         <ul>
4676           <li>Features format: graduated colour definitions and
4677             specification of feature scores</li>
4678           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4679             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4680             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4681           <li>XML formats extended to support graduated feature
4682             colourschemes, group associated annotation, and profile
4683             visualization settings.</li></td>
4684       <td>
4685         <ul>
4686           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4687             rather than description</li>
4688           <li>Non-positional features are now included in sequence
4689             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4690             visibility in tooltip).</li>
4691           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4692           <li>Added URL embedding instructions to features file
4693             documentation.</li>
4694           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4695             'X' in peptide product</li>
4696           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4697             sequence ID and sequence string and query strings do not
4698             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4699           <li>AMSA files only contain first column of
4700             multi-character column annotation labels</li>
4701           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4702             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4703             exported and re-imported)</li>
4704           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4705             name</li>
4706           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4707             as subsequence matches, and correctly reports total number
4708             of both.</li>
4709           <li>Application:
4710             <ul>
4711               <li>Better handling of exceptions during sequence
4712                 retrieval</li>
4713               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4714                 link text excludes the start_end suffix</li>
4715               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4716                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4717               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4718               <li>Sequence description lines properly shared via
4719                 VAMSAS</li>
4720               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4721                 data sources</li>
4722               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4723                 completes before alignment figures are generated.</li>
4724               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4725                 first time.</li>
4726               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4727                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4728               <li>User defined group colours properly recovered
4729                 from Jalview projects.</li>
4730             </ul>
4731           </li>
4732         </ul>
4733       </td>
4734
4735     </tr>
4736     <tr>
4737       <td>
4738         <div align="center">
4739           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4740         </div>
4741       </td>
4742       <td>
4743         <ul>
4744           <li>Experimental support for google analytics usage
4745             tracking.</li>
4746           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4747         </ul>
4748       </td>
4749       <td>
4750         <ul>
4751           <li>Race condition in applet preventing startup in
4752             jre1.6.0u12+.</li>
4753           <li>Exception when feature created from selection beyond
4754             length of sequence.</li>
4755           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4756           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4757             all sequences with a given id</li>
4758           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4759             ID string searches</li>
4760           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4761             alignment to fail with exception</li>
4762         </ul> <em>Application Issues</em>
4763         <ul>
4764           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4765           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4766             data sources</li>
4767         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4768         <ul>
4769           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4770             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4771           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4772             version (java class versioning error fixed)</li>
4773         </ul>
4774       </td>
4775     </tr>
4776     <tr>
4777       <td>
4778
4779         <div align="center">
4780           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4781         </div>
4782       </td>
4783       <td><em>User Interface</em>
4784         <ul>
4785           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4786             translation and protein products</li>
4787           <li>Linked highlighting of structure associated with
4788             residue mapping to codon position</li>
4789           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4790             and 'clear' button</li>
4791           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4792             Tools menu</li>
4793           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4794             numeric data in description line</li>
4795           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4796           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4797             of sequence</li>
4798         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4799         <ul>
4800           <li>JPred3 web service</li>
4801           <li>Prototype sequence search client (no public services
4802             available yet)</li>
4803           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4804             PFAM</li>
4805           <li>URL Links created for matching database cross
4806             references as well as sequence ID</li>
4807           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4808         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4809         <ul>
4810           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4811             databases</li>
4812           <li>Generalised database reference retrieval and
4813             validation to all fetchable databases</li>
4814           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4815             sequence command</li>
4816         </ul> <em>Import and Export</em>
4817         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4818         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4819           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4820         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4821           File</li>
4822         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4823           triplet as name of colourscheme</li>
4824         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4825         <ul>
4826           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4827           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4828             alignments (experimental)</li>
4829           <li>Create new or select existing session to join</li>
4830           <li>load and save of vamsas documents</li>
4831         </ul> <em>Application command line</em>
4832         <ul>
4833           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4834             from applet)</li>
4835           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4836             of DAS servers to query for alignment features</li>
4837           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4838             that are also automatically queried for features</li>
4839           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4840             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4841         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4842         <ul>
4843           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4844             application (when using &quot;View in full
4845             application&quot;)</li>
4846         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4847         <ul>
4848           <li>feature group display control parameter</li>
4849           <li>debug parameter</li>
4850           <li>showbutton parameter</li>
4851         </ul> <em>Applet API methods</em>
4852         <ul>
4853           <li>newView public method</li>
4854           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4855           <li>Feature display control methods</li>
4856           <li>get list of currently selected sequences</li>
4857         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4858         <ul>
4859           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4860           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4861             Jalview release.</li>
4862           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4863             property controls execution of obfuscator</li>
4864           <li>Build target for generating source distribution</li>
4865           <li>Debug flag for javacc</li>
4866           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4867             jalview.bin.Cache</li>
4868           <li>Continuous Build Integration for stable and
4869             development version of Application, Applet and source
4870             distribution</li>
4871         </ul></td>
4872       <td>
4873         <ul>
4874           <li>selected region output includes visible annotations
4875             (for certain formats)</li>
4876           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4877             for editing</li>
4878           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4879           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4880           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4881           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4882             comments</li>
4883           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4884             filenames containing a ':'</li>
4885           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4886             global sequence features</li>
4887           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4888             references from alignment sequences goes to zero</li>
4889           <li>Close of tree branch colour box without colour
4890             selection causes cascading exceptions</li>
4891           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4892           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4893             file parsing fails.</li>
4894           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4895           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4896             not a valid output format</li>
4897           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4898             vamsas</li>
4899           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4900           <li>error messages passed up and output when data read
4901             fails</li>
4902           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4903             sequence is edited</li>
4904           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4905             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4906           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4907             filetype</li>
4908           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4909             import fixed for PFAM records</li>
4910           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4911             window list</li>
4912           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4913             can be read and written correctly to annotation file</li>
4914           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4915             correctly</li>
4916           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4917             non-italic font for representatives in Applet</li>
4918           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4919             Macs.</li>
4920           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4921             Applet)</li>
4922           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4923             due to null pointer exceptions</li>
4924           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4925             first column of alignment</li>
4926           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4927             July 2008</li>
4928           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4929             file is case-insensitive</li>
4930           <li>Sequence features read from Features file appended to
4931             all sequences with matching IDs</li>
4932           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4933             containing a sub-sequence</li>
4934           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4935           <li>feature and annotation file applet parameters
4936             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4937           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4938           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4939             splash-screen version check to complete</li>
4940           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4941             when passing them to the launchApp service</li>
4942           <li>display name and local features preserved in results
4943             retrieved from web service</li>
4944           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4945             sequence fetcher initialisation</li>
4946           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4947             dasobert DAS client</li>
4948           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4949             association</li>
4950           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4951             sequences
4952           </li>
4953         </ul>
4954       </td>
4955     </tr>
4956     <tr>
4957       <td>
4958         <div align="center">
4959           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4960         </div>
4961       </td>
4962       <td>
4963         <ul>
4964           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4965           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4966           <li>Slide sequences</li>
4967           <li>Edit sequence in place</li>
4968           <li>EMBL CDS features</li>
4969           <li>DAS Feature mapping</li>
4970           <li>Feature ordering</li>
4971           <li>Alignment Properties</li>
4972           <li>Annotation Scores</li>
4973           <li>Sort by scores</li>
4974           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4975         </ul>
4976       </td>
4977       <td>
4978         <ul>
4979           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4980           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4981           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4982           <li>Feature group display state in XML</li>
4983           <li>Feature ordering in XML</li>
4984           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4985           <li>Stockholm alignment properties</li>
4986           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4987           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4988           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4989           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4990         </ul>
4991       </td>
4992
4993     </tr>
4994     <tr>
4995       <td>
4996         <div align="center">
4997           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4998         </div>
4999       </td>
5000       <td>
5001         <ul>
5002           <li>Non standard characters can be read and displayed
5003           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5004             applet via textbox
5005           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5006             name &amp; description
5007           <li>Preference setting to display sequence name in
5008             italics
5009           <li>Annotation file format extended to allow
5010             Sequence_groups to be defined
5011           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5012             specified in preferences
5013           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5014             sequences
5015         </ul>
5016       </td>
5017       <td>
5018         <ul>
5019           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5020             installed
5021           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5022           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5023         </ul>
5024       </td>
5025     </tr>
5026     <tr>
5027       <td>
5028         <div align="center">
5029           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5030         </div>
5031       </td>
5032       <td>
5033         <ul>
5034           <li>Multiple views on alignment
5035           <li>Sequence feature editing
5036           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5037           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5038           <li>Background dependent text colour
5039           <li>Right align sequence ids
5040           <li>User-defined lower case residue colours
5041           <li>Format Menu
5042           <li>Select Menu
5043           <li>Menu item accelerator keys
5044           <li>Control-V pastes to current alignment
5045           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5046           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5047           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5048
5049           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5050         </ul>
5051       </td>
5052       <td>
5053         <ul>
5054           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5055           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5056             calculations
5057           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5058             edits
5059           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5060             of alignment)
5061           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5062
5063           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5064             display correctly
5065           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5066           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5067             analysis results
5068           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5069             &#8739;
5070           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5071           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5072           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5073
5074         </ul>
5075       </td>
5076     </tr>
5077     <tr>
5078       <td>
5079         <div align="center">
5080           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5081         </div>
5082       </td>
5083       <td>
5084         <ul>
5085           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5086         </ul>
5087       </td>
5088       <td>
5089         <ul>
5090           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5091             sequence id panel has been resized</li>
5092           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5093             rendered</li>
5094           <li>Annotation files with sequence references - all
5095             elements in file are relative to sequence position</li>
5096           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5097         </ul>
5098       </td>
5099     </tr>
5100     <tr>
5101       <td>
5102         <div align="center">
5103           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5104         </div>
5105       </td>
5106       <td>
5107         <ul>
5108           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5109           <li>DAS Feature fetching</li>
5110           <li>Hide sequences and columns</li>
5111           <li>Export Annotations and Features</li>
5112           <li>GFF file reading / writing</li>
5113           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5114             files</li>
5115           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5116           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5117           <li>Applet can launch the full application</li>
5118           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5119             required)</li>
5120           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5121           <li>Applet can load sequences from parameter
5122             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5123           </li>
5124         </ul>
5125       </td>
5126       <td>
5127         <ul>
5128           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5129           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5130           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5131         </ul>
5132       </td>
5133     </tr>
5134     <tr>
5135       <td>
5136         <div align="center">
5137           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5138         </div>
5139       </td>
5140       <td>
5141         <ul>
5142           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5143           <li>Choose to match case when searching</li>
5144           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5145             expand the visible width and height of the alignment</li>
5146         </ul>
5147       </td>
5148       <td>
5149         <ul>
5150           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5151         </ul>
5152       </td>
5153     </tr>
5154     <tr>
5155       <td>
5156         <div align="center">
5157           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5158         </div>
5159       </td>
5160       <td>&nbsp;</td>
5161       <td>
5162         <ul>
5163           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5164           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5165             value</li>
5166         </ul>
5167       </td>
5168     </tr>
5169     <tr>
5170       <td>
5171         <div align="center">
5172           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5173         </div>
5174       </td>
5175       <td>
5176         <ul>
5177           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5178           <li>Keyboard editing</li>
5179           <li>Create sequence features from searches</li>
5180           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5181             alignments</li>
5182           <li>Features file allows grouping of features</li>
5183           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5184           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5185           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5186         </ul>
5187       </td>
5188       <td>
5189         <ul>
5190           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5191           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5192             descriptions saved.</li>
5193         </ul>
5194       </td>
5195     </tr>
5196     <tr>
5197       <td>
5198         <div align="center">
5199           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5200         </div>
5201       </td>
5202       <td>
5203         <ul>
5204           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5205           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5206           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5207             name for file output</li>
5208           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5209           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5210             used for HTML form input</li>
5211         </ul>
5212       </td>
5213       <td>
5214         <ul>
5215           <li>HTML output writes groups and features</li>
5216           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5217           <li>File IO bugs</li>
5218         </ul>
5219       </td>
5220     </tr>
5221     <tr>
5222       <td>
5223         <div align="center">
5224           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5225         </div>
5226       </td>
5227       <td>
5228         <ul>
5229           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5230           <li>More options for PCA viewer</li>
5231         </ul>
5232       </td>
5233       <td>
5234         <ul>
5235           <li>GUI bugs resolved</li>
5236           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5237         </ul>
5238       </td>
5239     </tr>
5240     <tr>
5241       <td height="63">
5242         <div align="center">
5243           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5244         </div>
5245       </td>
5246       <td>
5247         <ul>
5248           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5249           <li>Jar files are executable</li>
5250           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5251         </ul>
5252       </td>
5253       <td>
5254         <ul>
5255           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5256           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5257           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5258         </ul>
5259       </td>
5260     </tr>
5261     <tr>
5262       <td>
5263         <div align="center">
5264           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5265         </div>
5266       </td>
5267       <td>
5268         <ul>
5269           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5270         </ul>
5271       </td>
5272       <td>
5273         <ul>
5274           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5275         </ul>
5276       </td>
5277     </tr>
5278     <tr>
5279       <td>
5280         <div align="center">
5281           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5282         </div>
5283       </td>
5284       <td>
5285         <ul>
5286           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5287             size</li>
5288         </ul>
5289       </td>
5290       <td>
5291         <ul>
5292           <li>Improved JPred client reliability</li>
5293           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5294         </ul>
5295       </td>
5296     </tr>
5297     <tr>
5298       <td>
5299         <div align="center">
5300           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5301         </div>
5302       </td>
5303       <td>
5304         <ul>
5305           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5306           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5307           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5308             to Colour Menu</li>
5309           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5310           <li>Unix users can set default web browser</li>
5311           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5312           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5313         </ul>
5314       </td>
5315       <td>
5316         <ul>
5317           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5318         </ul>
5319       </td>
5320     </tr>
5321     <tr>
5322       <td>
5323         <div align="center">
5324           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5325         </div>
5326       </td>
5327       <td>&nbsp;</td>
5328       <td>
5329         <ul>
5330           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5331             alignment order.</li>
5332         </ul>
5333       </td>
5334     </tr>
5335     <tr>
5336       <td>
5337         <div align="center">
5338           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5339         </div>
5340       </td>
5341       <td>
5342         <ul>
5343           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5344           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5345           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5346             annotations.</li>
5347           <li>Version and build date written to build properties
5348             file.</li>
5349           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5350             at launch of Jalview.</li>
5351         </ul>
5352       </td>
5353       <td>
5354         <ul>
5355           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5356           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5357           <li>Can remove groups one by one.</li>
5358           <li>Filechooser icons installed.</li>
5359           <li>Finder ignores return character when searching.
5360             Return key will initiate a search.<br>
5361           </li>
5362         </ul>
5363       </td>
5364     </tr>
5365     <tr>
5366       <td>
5367         <div align="center">
5368           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5369         </div>
5370       </td>
5371       <td>
5372         <ul>
5373           <li>New codebase</li>
5374         </ul>
5375       </td>
5376       <td>&nbsp;</td>
5377     </tr>
5378   </table>
5379   <p>&nbsp;</p>
5380 </body>
5381 </html>