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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>24/02/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- -->
  67           </li>
  68         </ul> <em>JalviewJS</em>
  69         <ul><li><!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with SIFTS</li>
  70         <li></li>
  71         </ul> <em>Development</em>
  72         <ul>
  73           <li>Updated building instructions</li>
  74           <li>First integrated JalviewJS and Jalview release</li>
  75         </ul>
  76
  77       </td>
  78       <td>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not propagated between Linked CDS - Protein alignments and their trees (known defect from 2.11.1.3)
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
  85             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
  89             Structure Preferences
  90           </li>
  91           <li><!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)</li>
  92           <li><!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end</li>
  93           <li><!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a modified graduated colour</li>
  94         </ul> <em>Development</em>
  95         <ul>
  96           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
  97
  98         </ul>
  99       </td>
 100     </tr>
 101     <tr>
 102       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 103           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 104           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 105       <td></td>
 106       <td align="left" valign="top">
 107         <ul>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 110             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 111             Unix/BSD OSs)
 112           </li>
 113         </ul> <em>Security</em>
 114         <ul>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 117             certificates.
 118           </li>
 119         </ul>
 120     </tr>
 121     <tr>
 122       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 123           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 124           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 125
 126       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 127         <ul>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j 2.16.0 to 2.17.0.
 130             </li>
 131         </ul></td>
 132       <td>
 133       </td>
 134     </tr>
 135     <tr>
 136       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 137           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 138           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 139
 140       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 141         <ul>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 144             (was log4j 1.2.x).
 145         </ul> <em>Development</em>
 146         <ul>
 147           <li>Updated building instructions</li>
 148         </ul></td>
 149       <td>
 150         <ul>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 153             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 154             and display)
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 158             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 159             only)
 160           </li>
 161         </ul> <em>Development</em>
 162         <ul>
 163           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 164         </ul>
 165       </td>
 166     </tr>
 167     <tr>
 168       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 169           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 170           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 171       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 172           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 173         <ul>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 176             launch of the news browser (like -nonews argument)
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 180             download of linkout URLs from
 181             www.jalview.org/services/identifiers
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 185             download of BIOJSHTML templates
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 189             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 190             disabled
 191           </li>
 192         </ul></td>
 193       <td align="left" valign="top">
 194         <ul>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 197             Jmol
 198           </li>
 199         </ul> <em>New Known defects</em>
 200         <ul>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 203             always restored from project (since 2.10.3)
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 207             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 208           </li>
 209         </ul>
 210       </td>
 211     </tr>
 212     <tr>
 213       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 214           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 215           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 216       <td align="left" valign="top">
 217         <ul>
 218
 219         </ul>
 220       </td>
 221       <td align="left" valign="top">
 222         <ul>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 225             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 229             sequences can be classed as nucleotide
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 233             sequences after alignment of protein products (known defect
 234             first reported for 2.11.1.0)
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 238             features outwith CDS shown overlaid on protein
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 242             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 243             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 247             CDS features
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 251             always select corresponding protein sequences
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 255             column selection doesn't always ignore hidden columns
 256           </li>
 257         </ul> <em>Installer</em>
 258         <ul>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 261             Windows prevents install4j launching getdown
 262           </li>
 263         </ul> <em>Development</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 267             version numbers in doc/building.md
 268           </li>
 269         </ul>
 270       </td>
 271     </tr>
 272     <tr>
 273       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 274           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 275           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 276       <td align="left" valign="top">
 277         <ul>
 278         </ul>
 279       </td>
 280       <td align="left" valign="top">
 281         <ul>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 284             "Encountered problems opening
 285             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 286           </li>
 287         </ul>
 288       </td>
 289     </tr>
 290     <tr>
 291       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 292           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 293           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 294       <td align="left" valign="top">
 295         <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 298             residue in cursor mode
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 302             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 306             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 307             improved compatibility with JalviewJS
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 311             alignments from Pfam and Rfam
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 315             import (no longer based on .gz extension)
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 322             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 323             EMBL flat file
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 327             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 328             saving or making backup files.
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 332             <ul>
 333               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 334               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 335             </ul>
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 339             when running on Linux (Requires Java 11+)
 340           </li>
 341         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 342         <ul>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 345             through a system property
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 349             line help for configuring Jalview's memory
 350           </li>
 351         </ul>
 352       </td>
 353       <td align="left" valign="top">
 354         <ul>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 357             but not calculated and no protein or DNA score models are
 358             available for tree/PCA calculation when launched with
 359             Turkish language locale
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 363             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 367             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 371             sequence under the cursor
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 375             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 379             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 380             '%s'" on the console
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 384             when there are both local and complementary features mapped
 385             to the position under the cursor
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 389             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 393             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 397             internationalised text for some messages and log output
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 401             hidden gapped columns
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 405             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 409             specifying output format when exporting an alignment via the
 410             command line
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 414             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 415             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 416             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 417             file again, and if that fails, delete the original file and
 418             save in place.)
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 422             via command line
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 426             program and documentation
 427           </li>
 428         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 429         <ul>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 432             first time for a version that has different jars to the
 433             previous launched version.
 434           </li>
 435         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 436         <ul>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 439             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 440             OutOfMemory error.
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 444             monitor the release channel
 445           </li>
 446         </ul> <em>New Known defects</em>
 447         <ul>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 450             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 451             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 452             genome of RNA viruses)
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 456             are ordered differently when shown on alignment and in
 457             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 461             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 462             works for the top left quadrant of the alignment window
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 466             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 470             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 474             protein products for certain ENA records are repeatedly
 475             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 476           </li>
 477         </ul>
 478       </td>
 479     </tr>
 480     <tr>
 481       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 482           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 483           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 484       <td align="left" valign="top">
 485         <ul>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 488             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 489             for display in alignments, on structure views (including
 490             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 491             export.
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 495             exported and re-imported as GFF3 files
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 499             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 503             validation while parsing
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 507             position if reopened
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 511             of associated view
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 515             enabled by default
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 519             tooltips and menus
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 523             with no feature types visible
 524           </li>
 525           <li>
 526           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 527           </li>
 528         </ul><em>Jalview Installer</em>
 529             <ul>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 532             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 539           </li>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 542               <li>
 543                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 544         </ul> <em>Release processes</em>
 545         <ul>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 551           </li>
 552         </ul> <em>Build System</em>
 553         <ul>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 559             report
 560           </li>
 561         </ul>
 562         <em>Groovy Scripts</em>
 563             <ul>
 564           <li>
 565             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 566             to stdout containing the consensus sequence for each
 567             alignment in a Jalview session
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 571             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 572             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 573           </li>
 574         </ul>
 575       </td>
 576       <td align="left" valign="top">
 577         <ul>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 580             'Show hidden markers' option is not ticked
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 584             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 585             jalview preferences or properties file
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 589             'Show Sequence Features' option is not ticked
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 593             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 594             features are visible
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 598             equal when split frame is first opened
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 602             correct after editing a sequence's start position
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 606             with annotation and exceptions thrown when only a few
 607             columns shown in wrapped mode
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 611             wrapped alignment figure with annotations
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 615             ID fails with ClassCastException
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 619             Project
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 623             feature settings dialog also selects columns
 624           </li>
 625           <li>
 626             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 627             IllegalArgumentException in some circumstances
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 631             opened for a view
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 635             alignment window is closed
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 639             help documentation for 2.11.0 release
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 643             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 644             Uniprot Accession
 645           </li>
 646         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 647         <ul>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 650             PDB/Uniprot search panel
 651           </li>
 652         </ul> <em>Installer</em>
 653         <ul>
 654           <li>
 655             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 656             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 657           </li>
 658         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 659         <ul>
 660           <li>
 661             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 662             repository
 663           </li>
 664           <li>
 665             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 666             memory
 667           </li>
 668         </ul> <em>New Known Issues</em>
 669         <ul>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 672             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 673             command line
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 677             clipped in headless figure export when Right Align option
 678             enabled
 679           </li>
 680           <li>
 681             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 682             'Source' in console output
 683           </li>
 684           <li>
 685             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 686             bamboo server but run fine locally.
 687           </li>
 688         </ul>
 689       </td>
 690     </tr>
 691     <tr>
 692       <td width="60" align="center" nowrap>
 693           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 694             <em>04/07/2019</em></strong>
 695       </td>
 696       <td align="left" valign="top">
 697         <ul>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 700             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 701             source project) rather than InstallAnywhere
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 705             settings, receive over the air updates and launch specific
 706             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 707               Rings' GetDown</a>)
 708           </li>
 709           <li>
 710             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 711             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 715             arguments and switch between different getdown channels
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 719             or alignment files
 720           </li>
 721
 722           <li>
 723             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 724             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 727             'Translate as cDNA'</li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 730           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 731             <ul>
 732                       <li>
 733             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 734             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 735           <li>
 736                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 737                 features can be filtered and shaded according to any
 738                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 739                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 740                 file)
 741               </li>
 742               <li>
 743                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 744                 stored and restored from Jalview Projects
 745               </li>
 746               <li>
 747                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 748                 recognise variant features
 749               </li>
 750               <li>
 751                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 752                 sequences (also coloured red by default)
 753               </li>
 754               <li>
 755                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 756                 details
 757               </li>
 758               <li>
 759                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 760                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 761               </li>
 762               <li>
 763                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 764                 dialog
 765               </li>
 766             </ul>
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 770             tree and PCA calculations
 771           </li>
 772           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 773             <ul>
 774               <li>
 775                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 776                 and Viewer state saved in Jalview Project
 777               </li>
 778               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 779                 drop-down menus</li>
 780               <li>
 781                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 782                 incrementally
 783               </li>
 784               <li>
 785                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 786               </li>
 787             </ul>
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 791           </li>
 792           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 793           <ul>
 794               <li>
 795                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 796                 multiple groups when working with large alignments
 797               </li>
 798               <li>
 799                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 800                 Stockholm files
 801               </li>
 802             </ul>
 803           <li><strong>User Interface</strong>
 804           <ul>
 805               <li>
 806                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 807                 view
 808               </li>
 809               <li>
 810                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 811                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 812                 default (can be changed in user preferences)
 813               </li>
 814               <li>
 815                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 816                 to the Overwrite Dialog
 817               </li>
 818               <li>
 819                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 820                 sequences are hidden
 821               </li>
 822               <li>
 823                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 824                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 825               </li>
 826               <li>
 827                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 828                 labels
 829               </li>
 830               <li>
 831                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 832                 when in wrapped mode
 833               </li>
 834               <li>
 835                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 836                 annotation
 837               </li>
 838               <li>
 839                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 840               </li>
 841               <li>
 842                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 843                 panel
 844               </li>
 845               <li>
 846                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 847                 popup menu
 848               </li>
 849               <li>
 850               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 851               <li>
 852               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 853
 854
 855             </ul></li>
 856             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 857           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 858             <ul>
 859               <li>
 860                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 861                 trapping CMD-Q
 862               </li>
 863             </ul></li>
 864         </ul>
 865         <em>Deprecations</em>
 866         <ul>
 867           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 868             capabilities removed from the Jalview Desktop
 869           </li>
 870           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 871             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 872             and XML based data retrieval clients</li>
 873           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 874           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 875         </ul> <em>Documentation</em>
 876         <ul>
 877           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 878             not supported in EPS figure export
 879           </li>
 880           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 881         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 882         <ul>
 883           <li>
 884           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 885           </li>
 886       <li>
 887       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 888           <li>
 889           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 890             gradle-eclipse
 891           </li>
 892           <li>
 893           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 894             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 895             execution
 896           </li>
 897           <li>
 898           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 899             operations
 900           </li>
 901           <li>
 902           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 903             issues resolved
 904           </li>
 905           <li>
 906           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 907             markdown (with HTML rendering)
 908           </li>
 909           <li>
 910           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 911           </li>
 912           <li>
 913           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 914             versions of Jalview
 915           </li>
 916         </ul>
 917       </td>
 918       <td align="left" valign="top">
 919         <ul>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 925             superposition in Jmol fail on Windows
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 929             structures for sequences with lots of PDB structures
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 933             monospaced font
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 937             project involving multiple views
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 941             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 942             Annotation dialog hides columns
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 946             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 947             one view, then making another selection in the other view
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 951             columns
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 955             Settings and Jalview Preferences panels
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 959             overview with large alignments
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 963             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 964             mouse moved to the left of the first column
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 968             hidden column marker via scale popup menu
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 972             doesn't tell users the invalid URL
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 976             score from view
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 980             show cross references or Fetch Database References are shown in
 981             red in original view
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 985             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 989             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 993             when columns are hidden
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 997             Columns by Annotation description
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
1001             out of Scale or Annotation Panel
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
1005             scale panel
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1009             alignment down
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
1013             scale panel
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
1017             Page Up in wrapped mode
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
1027             on opening an alignment
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
1031             Colour menu
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
1035             different groups in the alignment are selected
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
1039             correctly in menu
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
1043             threshold limit
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1047             threshold gets 'unrounded'
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1051             colour
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
1061             Tree font
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
1065             project file
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
1069             shown in complementary view
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
1073             without normalisation
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
1077             of report
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1081           </li>
1082           <li>
1083           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
1084           </li>
1085         </ul> <em>Editing</em>
1086         <ul>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
1089             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
1090             sequence
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
1094             relocate sequence features correctly when start of sequence is
1095             removed (Known defect since 2.10)
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
1099             dialog corrupts dataset sequence
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
1103             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
1104           </li>
1105         </ul> <em>Datamodel</em>
1106         <ul>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1109             sequence's End is greater than its length
1110           </li>
1111         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1112           general release)</em>
1113         <ul>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1116           </li>
1117         </ul> <em>New Known Defects</em>
1118         <ul>
1119         <li>
1120         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1121         </li>
1122         <li>
1123           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1124           regions of protein alignment.
1125         </li>
1126         <li>
1127           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1128           is restored from a Jalview 2.11 project
1129         </li>
1130         <li>
1131           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1132           'New View'
1133         </li>
1134         <li>
1135           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1136           columns within hidden columns
1137         </li>
1138         <li>
1139           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1140           window after dragging left to select columns to left of visible
1141           region
1142         </li>
1143         <li>
1144           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1145           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1146           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1147           create a Score filter instead.
1148         </li>
1149         <li>
1150         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1151         <li>
1152         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1153         </li>
1154         <li>
1155           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1156           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1157         </li>
1158         </ul>
1159         <em>Java 11 Specific defects</em>
1160           <ul>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1163               alphabetically when saved
1164             </li>
1165         </ul>
1166       </td>
1167     </tr>
1168     <tr>
1169     <td width="60" nowrap>
1170       <div align="center">
1171         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1172       </div>
1173     </td>
1174     <td><div align="left">
1175         <em></em>
1176         <ul>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1179               InstallAnywhere increased to 1G.
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1183               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1184               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1185                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1186                 properties file.</em>
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1190               API and sequence data now imported as JSON.
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1194               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1195               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1196               property.
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <em>Development</em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1203               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1204                 Clover</a>
1205             </li>
1206           </ul>
1207         </div></td>
1208     <td><div align="left">
1209         <em></em>
1210         <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1213               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1214               alignment.
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1218               annotation displayed.
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1222               for newly created group when 'Apply to all groups'
1223               selected
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1227               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1228               visible.
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1232               when sequences are selected in exported view.</em>
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1236               aren't rendered with correct colour.
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1240               types of knotted RNA secondary structure.
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1244               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1245               do not start at 1.
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1249               annotation when columns are inserted into an alignment,
1250               and when exporting as Stockholm flatfile.
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1254               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1255               treated as RNA secondary structure.
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1259               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1263               transfers focus to previous window on OSX
1264             </li>
1265           </ul>
1266           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1267           <ul>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1270               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1271               box.
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1275               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1276               'look and feel' which has improved compatibility with the
1277               latest version of OSX.
1278             </li>
1279           </ul>
1280         </div>
1281     </td>
1282     </tr>
1283     <tr>
1284       <td width="60" nowrap>
1285         <div align="center">
1286           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1287             <em>7/06/2018</em></strong>
1288         </div>
1289       </td>
1290       <td><div align="left">
1291           <em></em>
1292           <ul>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1295               annotation retrieved from Uniprot
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1299               onto the Jalview Desktop
1300             </li>
1301           </ul>
1302         </div></td>
1303       <td><div align="left">
1304           <em></em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1308               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1312               right-hand column parsed correctly
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1316               not alignment area in exported graphic
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1320               window has input focus
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1324               annotation added to view (Windows)
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1328               network connectivity is poor
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1332               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1333                 the currently open URL and links from a page viewed in
1334                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1335                 you are using Edge, only links in the page can be
1336                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1337                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1338             </li>
1339           </ul>
1340           <em>New Known Defects</em>
1341           <ul>
1342             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1343           </ul>
1344         </div></td>
1345     </tr>
1346     <tr>
1347       <td width="60" nowrap>
1348         <div align="center">
1349           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1350         </div>
1351       </td>
1352       <td><div align="left">
1353           <em></em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1357               for disabling automatic superposition of multiple
1358               structures and open structures in existing views
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1362               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1363               adjust them.
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1367               Ensembl services
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1371               and lots of hidden columns
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1375               of features (particularly when transparency is disabled)
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1379               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1380               generally available
1381             </li>
1382           </ul>
1383           </div>
1384       </td>
1385       <td><div align="left">
1386           <ul>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1389               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1393               overlapping alignment panel
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1397               sequence as gaps
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1401               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1402               UTR
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1406               factor annotation not added to sequence when local PDB
1407               file associated with it by drag'n'drop or structure
1408               chooser
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1412               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1416               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1420               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1424               columns in annotation row
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1428               honored in batch mode
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1432               for structures added to existing Jmol view
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1436               entries after importing project with multiple views
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1440               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1441               with negative residue numbers or missing residues fails
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1445               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1446               as generated by CONSURF)
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1450               tooltip doesn't include a text description of mutation
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1454               structure and/or overview windows are also shown
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1458               very slow for alignments with large numbers of sequences
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1462               with 'StringIndexOutOfBounds'
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1466               platforms running Java 10
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1470               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1471             </li>
1472           </ul>
1473           <em>Applet</em>
1474           <ul>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1477               should copy the group consensus when popup is opened on it
1478             </li>
1479           </ul>
1480           <em>Batch Mode</em>
1481           <ul>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1484           </li>
1485           </ul>
1486           <em>New Known Defects</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1490               editing a large alignment and overview is displayed
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1494               repeatedly after a series of edits even when the overview
1495               is no longer reflecting updates
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1499               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1500               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1501               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1505               option gives blank output
1506             </li>
1507           </ul>
1508         </div>
1509           </td>
1510     </tr>
1511     <tr>
1512       <td width="60" nowrap>
1513         <div align="center">
1514           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1515         </div>
1516       </td>
1517       <td><div align="left">
1518           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1519               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1520       <td><div align="left">
1521           <em>Desktop</em><ul>
1522           <ul>
1523             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1524             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1525             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1526             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1527             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1528             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1529             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1530           </ul>
1531           </div>
1532       </td>
1533     </tr>
1534     <tr>
1535       <td width="60" nowrap>
1536         <div align="center">
1537           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1538         </div>
1539       </td>
1540       <td><div align="left">
1541           <em></em>
1542           <ul>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1545               rendering of sequence features
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1549               429 rate limit request hander
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1553               their colours have changed
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1557               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1561               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1565               view from Ensembl locus cross-references
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1569               Alignment report
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1573               feature can be disabled
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1577               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1581               Uniprot
1582             </li>
1583           </ul>
1584           <em>Scripting</em>
1585           <ul>
1586             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1587             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1588               percent identity scores for current alignment.</li>
1589           </ul>
1590           <em>Testing and Deployment</em>
1591           <ul>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1594             </li>
1595           </ul>
1596         </div></td>
1597       <td><div align="left">
1598           <em>General</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1602               threshold text field doesn't trigger an update to the
1603               alignment view
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1607               strings in parallel
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1611               alignment window is closed
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1615               group visibility
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1619               takes a long time in Cursor mode
1620             </li>
1621           </ul>
1622           <em>Desktop</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1626               cannot be viewed in Chimera
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1630               CDS/Protein view
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1634               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1635               Search Dialogs
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1645               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1649               scrolling right in unwapped alignment view
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1653               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1654               database
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1658               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1662               features of same type and group to be selected for
1663               amending
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1667               alignments when hidden columns are present
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1671               displaying several structures
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1675               moving a window
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1679               within the Jalview desktop on OSX
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1683               when in wrapped alignment mode
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1687               hand end of alignment
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1691               each selected sequence do not have correct start/end
1692               positions
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1696               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1700               restoring project until a new view is created
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1704               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1705               configured (since 2.10.2b2)
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1709               position is adjusted
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1713               in a multi-chain structure when viewing alignment
1714               involving more than one chain (since 2.10)
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1718               if new selection moves alignment window
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1722               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1726               that produces correctly annotated transcripts and products
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1730               doesn't update associated structure view
1731             </li>
1732           </ul>
1733           <em>Applet</em><br />
1734           <ul>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1737               closing alignment panel
1738             </li>
1739           </ul>
1740           <em>BioJSON</em><br />
1741           <ul>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1744               non-positional features
1745             </li>
1746           </ul>
1747           <em>New Known Issues</em>
1748           <ul>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1751               sequence features correctly (for many previous versions of
1752               Jalview)
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1756               using cursor in wrapped panel other than top
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1760               graduated colour threshold
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1764               always preserve numbering and sequence features
1765             </li>
1766           </ul>
1767           <em>Known Java 9 Issues</em>
1768           <ul>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1771               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1772               9.01, OSX 10.10)
1773             </li>
1774           </ul>
1775         </div></td>
1776     </tr>
1777     <tr>
1778       <td width="60" nowrap>
1779         <div align="center">
1780           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1781             <em>2/10/2017</em></strong>
1782         </div>
1783       </td>
1784       <td><div align="left">
1785           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1786           <ul>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1789             </li>
1790             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1791             </li>
1792           </ul>
1793         </div></td>
1794       <td><div align="left">
1795         </div></td>
1796     </tr>
1797     <tr>
1798       <td width="60" nowrap>
1799         <div align="center">
1800           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1801             <em>7/9/2017</em></strong>
1802         </div>
1803       </td>
1804       <td><div align="left">
1805           <em></em>
1806           <ul>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1809               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1810               white)
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1814               Preferences
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1818               in size and progress bar shown as higher resolution
1819               overview is recalculated
1820             </li>
1821
1822           </ul>
1823         </div></td>
1824       <td><div align="left">
1825           <em></em>
1826           <ul>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1829               column region row by row
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1833               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1837               format setting is unticked
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1841               if group has show boxes format setting unticked
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1845               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1846               include sequences and columns not currently displayed
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1850               assemblies are imported via CIF file
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1854               displayed when threshold or conservation colouring is also
1855               enabled.
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1859               server version
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1863               dragging a selected region off the visible region of the
1864               alignment
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1868               colourscheme to all groups in a view
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1872               initially after font size change using the Font chooser or
1873               middle-mouse zoom
1874             </li>
1875           </ul>
1876         </div></td>
1877     </tr>
1878     <tr>
1879       <td width="60" nowrap>
1880         <div align="center">
1881           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1882         </div>
1883       </td>
1884       <td><div align="left">
1885           <em>Calculations</em>
1886           <ul>
1887
1888             <li>
1889               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1890               ungapped positions in each column of the alignment.
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1894               a calculation dialog box
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1898               and memory efficiency (~30x faster)
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1902               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1903               and other calculations
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1907               files within the Jalview codebase
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1911               Similarity may have different topology due to increased
1912               precision
1913             </li>
1914           </ul>
1915           <em>Rendering</em>
1916           <ul>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1919               model for alignments and groups
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1923               scripts
1924             </li>
1925           </ul>
1926           <em>Overview</em>
1927           <ul>
1928             <li>
1929               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1930               with alignment and overview windows
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1934               overview
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1938               omitted in Overview
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1942               adjustment of visible position
1943             </li>
1944           </ul>
1945
1946           <em>Data import/export</em>
1947           <ul>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1950               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1954               annotation input/output via stockholm flatfile
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1958               extension when importing structure files without embedded
1959               names or PDB accessions
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1963               format sequence substitution matrices
1964             </li>
1965           </ul>
1966           <em>User Interface</em>
1967           <ul>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1970               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1971               the application.
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1975               via Overview or sequence motif search operations
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1979               opened by double clicking gaps within sequence feature
1980               extent
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1984               aligned positions were available to create a 3D structure
1985               superposition.
1986             </li>
1987           </ul>
1988           <em>3D Structure</em>
1989           <ul>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1992               coloured in linked structure views
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1996               file-based command exchange
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2000               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2001               structures are already available for sequences
2002             </li>
2003             <li>
2004               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2005               the Jalview project rather than downloaded again when the
2006               project is reopened.
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2010               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2011               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2012                 Feature</strong>)
2013             </li>
2014           </ul>
2015           <em>Web Services</em>
2016           <ul>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2022               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2023               Analysis services
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2027               cross-references provided by identifiers.org and the
2028               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2029             </li>
2030           </ul>
2031
2032           <em>Scripting</em>
2033           <ul>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2036               identifying file formats (instead of String constants)
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2040               efficiency when counting all displayed features (not
2041               backwards compatible with 2.10.1)
2042             </li>
2043           </ul>
2044           <em>Example files</em>
2045           <ul>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2048               included in the example feature file
2049             </li>
2050           </ul>
2051           <em>Documentation</em>
2052           <ul>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2055               with the built-in Java help viewer
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2059               sequence description' option
2060             </li>
2061           </ul>
2062           <em>Test Suite</em>
2063           <ul>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2066               Uniprot REST Free Text Search Client
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2073               during tests
2074             </li>
2075           </ul>
2076         </div></td>
2077       <td><div align="left">
2078           <em>Calculations</em>
2079           <ul>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2082               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2083               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2084             </li>
2085             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2086               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2087               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2088               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2089               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2090               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2091               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2092               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2093               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2094               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2095               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2096               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2097               // for 2.10.1 mode <br />
2098               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2099               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2100                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2101                 calculations (not recommended)</em></li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2104               scaling of branch lengths for trees computed using
2105               Sequence Feature Similarity.
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2109               generating output report when working with highly
2110               redundant alignments
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2114               right of selected region when gaps present on right-hand
2115               boundary
2116             </li>
2117           </ul>
2118           <em>User Interface</em>
2119           <ul>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2122               doesn't reselect a specific sequence's associated
2123               annotation after it was used for colouring a view
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2127               opened on a region of alignment without groups
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2131               of an alignment with overlapping groups
2132             </li>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2135               name and description match
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2139               hidden regions results in incorrect hidden regions
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2143               changing colour does not apply Conservation slider value
2144               to all groups
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2148               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2152               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2156               gaps before start of features
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2160               restored to UI when feature colour is edited
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2164               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2168               as graduate feature colour settings are modified via the
2169               dialog box
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2173               when a group defined on the alignment is resized
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2177               wrapped view result in positional status updates
2178             </li>
2179
2180             <li>
2181               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2182               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2186               alignment included gapped columns
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2190               widgets don't permanently disappear
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2194               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2195               T-Coffee column reliability scores)
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2199               sequence feature on gaps only
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2203               button from a Find inherit previously defined feature type
2204               rather than the Find query string
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2208               exporting tree calculated in Jalview
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2212               and then revealing them reorders sequences on the
2213               alignment
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2217               doesn't update to reflect available set of groups after
2218               interactively adding or modifying features
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2222               Linux
2223             </li>
2224             <li>
2225               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2226               only excluded gaps in current sequence and ignored
2227               selection.
2228             </li>
2229           </ul>
2230           <em>Rendering</em>
2231           <ul>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2234               erratically when hidden rows or columns are present
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2238               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2239               sequence colouring
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2243               colour and group colour menu for protein alignments
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2247               reflect currently selected view or group's shading
2248               thresholds
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2252               when rendered on overview and structures when opacity at
2253               100%
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2257               overview when features overlaid on alignment
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2261               recovered correctly from Jalview project file
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2265               (automatically via preferences) are different to the main
2266               alignment panel
2267             </li>
2268           </ul>
2269           <em>Data import/export</em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2273               load
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2277               added after a sequence was imported are not written to
2278               Stockholm File
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2282               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2286               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2290               with lightGray or darkGray via features file (but can
2291               specify lightgray)
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2295               when alignment view imported from project
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2299               structure and sequences extracted from structure files
2300               imported via URL and viewed in Jmol
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2304               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2305               the project is loaded and the structure viewed
2306             </li>
2307           </ul>
2308           <em>Web Services</em>
2309           <ul>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2312               release of Ensembl v.88
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2316               appear enabled in Preferences->Connections
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2320               removed from console output
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2324               Ensembl by Peptide ID
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2328               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2329               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2330               due to 'null' string rather than empty string used for
2331               residues with no corresponding PDB mapping).
2332             </li>
2333           </ul>
2334           <em>Application UI</em>
2335           <ul>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2338               menu
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2342               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2343               new documentation and tooltips added)
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2347               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2351               new features are added to alignment
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2355               changes to feature colours via the Amend features dialog
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2359               edit graduated feature colour via amend features dialog
2360               box
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2364               selection menu changes colours of alignment views
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2368               from alignment calculation workers after alignment has
2369               been closed
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2373               groups now 'Create Group'
2374             </li>
2375             <li>
2376               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2377               Create/Undefine group doesn't always work
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2381               shown again after pressing 'Cancel'
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2385               adjusts start position in wrap mode
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2389               ambiguous amino acids
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2393               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2394               proteins
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2398               Defined' don't appear in Colours menu
2399             </li>
2400           </ul>
2401           <em>Applet</em>
2402           <ul>
2403             <li>
2404               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2405               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2409               overview or linked structure view
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2413               work (since 2.8)
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2417               user-defined colourscheme doesn't restore original
2418               colourscheme
2419             </li>
2420           </ul>
2421           <em>Test Suite</em>
2422           <ul>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2425               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2429               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2430               problems with deep array comparison equality asserts in
2431               successive versions of TestNG
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2435               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2436             </li>
2437           </ul>
2438           <em>New Known Issues</em>
2439           <ul>
2440             <li>
2441               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2442               phase after a sequence motif find operation
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2446               containing just upper and lower case letters are
2447               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2451               reliably from eggnog Ortholog database
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2455               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2456               to mark columns containing highlighted regions.
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2460               doesn't always add secondary structure annotation.
2461             </li>
2462           </ul>
2463         </div>
2464     <tr>
2465       <td width="60" nowrap>
2466         <div align="center">
2467           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2468         </div>
2469       </td>
2470       <td><div align="left">
2471           <em>General</em>
2472           <ul>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2475               for all consensus calculations
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2479               3rd Oct 2016)
2480             </li>
2481             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2482               for 2016-2017</li>
2483           </ul>
2484           <em>Application</em>
2485           <ul>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2488               set of database cross-references, sorted alphabetically
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2492               from database cross references. Users with custom links
2493               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2494                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2498               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2499               Chimera session
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2503               the Chimera it is connected to is shut down
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2507               columns menu item to mark columns containing highlighted
2508               regions (e.g. from structure selections or results of a
2509               Find operation)
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2513               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2514               MSAviewer
2515             </li>
2516           </ul>
2517         </div></td>
2518       <td>
2519         <div align="left">
2520           <em>General</em>
2521           <ul>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2524               are not coloured or thresholded according to percent
2525               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2529               hydrophobic
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2533               threshold, amino acid properties)
2534             </li>
2535             <li>
2536               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2537               reported as mapped to residues in a structure file in the
2538               View Mapping report
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2542               could be added multiple times to a sequence
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2546               bond features shown as two highlighted residues rather
2547               than a range in linked structure views, and treated
2548               correctly when selecting and computing trees from features
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2552               cross-references are matched to database name regardless
2553               of case
2554             </li>
2555
2556           </ul>
2557           <em>Application</em>
2558           <ul>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2561               names without regular expressions also offer links from
2562               Sequence ID
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2566               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2567               update Jalview configuration
2568             </li>
2569             <li>
2570               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2571               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2572             </li>
2573             <li>
2574               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2575               files with similarly named sequences if dropped onto the
2576               alignment
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2580               entries where more chains exist in the PDB accession than
2581               are reported in the SIFTS file
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2585               the structure view when displayed with Chimera
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2589               panel's View->Show Chains submenu
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2593               work for wrapped alignment views
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2597               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2601               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2602               first annotation row
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2606               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2610               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2611             </li>
2612             <!-- JAL-2319 -->
2613             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2614             coordindate data
2615             </li>
2616           </ul>
2617           <!--           <em>New Known Issues</em>
2618           <ul>
2619             <li></li>
2620           </ul> -->
2621         </div>
2622       </td>
2623     </tr>
2624     <td width="60" nowrap>
2625       <div align="center">
2626         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2627           <em>25/10/2016</em></strong>
2628       </div>
2629     </td>
2630     <td><em>Application</em>
2631       <ul>
2632         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2633           view if structures already loaded</li>
2634         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2635           structure views</li>
2636       </ul></td>
2637     <td>
2638       <div align="left">
2639         <em>General</em>
2640         <ul>
2641           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2642             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2643           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2644             example sequences/projects/trees</li>
2645         </ul>
2646         <em>Application</em>
2647         <ul>
2648           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2649             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2650           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2651             without timeout for structures with multiple models or
2652             multiple sequences in alignment</li>
2653           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2654             PDB ID HEADER line</li>
2655           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2656             is performed</li>
2657           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2658             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2659           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2660           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2661             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2662             option</li>
2663           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2664             is created on the alignment</li>
2665           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2666             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2667             pop-up menu</li>
2668         </ul>
2669         <em>Build and deployment</em>
2670         <ul>
2671           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2672             tags</li>
2673         </ul>
2674         <em>New Known Issues</em>
2675         <ul>
2676           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2677             on Windows</li>
2678         </ul>
2679       </div>
2680     </td>
2681     </tr>
2682     <tr>
2683       <td width="60" nowrap>
2684         <div align="center">
2685           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2686         </div>
2687       </td>
2688       <td><em>General</em>
2689         <ul>
2690           <li>
2691             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2692           </li>
2693           <li>
2694             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2695             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2696             better PDB parsing.
2697           </li>
2698           <li>
2699             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2700             reference sequence
2701           </li>
2702           <li>
2703             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2704             mousing over sequence associated annotation
2705           </li>
2706           <li>
2707             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2708             for manual entry
2709           </li>
2710           <li>
2711             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2712             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2713             for each column
2714           </li>
2715           <li>
2716             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2717             showing or hiding columns containing a feature
2718           </li>
2719           <li>
2720             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2721             group and sequence associated annotation labels
2722           </li>
2723           <li>
2724             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2725             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2726             dialogs
2727           </li>
2728
2729         </ul> <em>Application</em>
2730         <ul>
2731           <li>
2732             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2733             gene/transcript view
2734           </li>
2735           <li>
2736             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2737             dialog
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2741             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2742           </li>
2743           <li>
2744             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2745             Pfam sources to xfam.org
2746           </li>
2747           <li>
2748             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2749           </li>
2750           <li>
2751             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2752             over sequences in Jalview
2753           </li>
2754           <li>
2755             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2756             regions in ENA and EMBL
2757           </li>
2758           <li>
2759             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2760             for record retrieval via ENA rest API
2761           </li>
2762           <li>
2763             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2764             complement operator
2765           </li>
2766           <li>
2767             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2768             groovy script execution
2769           </li>
2770           <li>
2771             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2772             alignment window's Calculate menu
2773           </li>
2774           <li>
2775             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2776             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2777           </li>
2778           <li>
2779             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2780             calculation workers from groovy scripts
2781           </li>
2782           <li>
2783             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2784             Jalview projects
2785           </li>
2786           <li>
2787             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2788             associations are now saved/restored from project
2789           </li>
2790           <li>
2791             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2792             before sequence fetcher is opened
2793           </li>
2794           <li>
2795             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2796             database chooser opens a sequence fetcher
2797           </li>
2798           <li>
2799             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2800             the UniProt REST API
2801           </li>
2802           <li>
2803             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2804             the news reader opening
2805           </li>
2806           <li>
2807             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2808             querying stored in preferences
2809           </li>
2810           <li>
2811             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2812             search results
2813           </li>
2814           <li>
2815             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2816           </li>
2817           <li>
2818             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2819             menu for nucleotide sequences
2820           </li>
2821           <li>
2822             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2823             and feature counts preserves alignment ordering (and
2824             debugged for complex feature sets).
2825           </li>
2826           <li>
2827             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2828             viewing structures with Jalview 2.10
2829           </li>
2830           <li>
2831             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2832             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2833             Ensembl Genomes REST API
2834           </li>
2835           <li>
2836             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2837             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2838             (Ensembl)
2839           </li>
2840           <li>
2841             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2842             sequences
2843           </li>
2844           <li>
2845             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2846             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2847             data from external database records.
2848           </li>
2849           <li>
2850             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2851             efficient recovery of sequence coding and alignment
2852             annotation relationships.
2853           </li>
2854         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2855         <ul>
2856           <li>
2857             -- JAL---
2858           </li>
2859         </ul> --></td>
2860       <td>
2861         <div align="left">
2862           <em>General</em>
2863           <ul>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2866               menu on OSX
2867             </li>
2868             <li>
2869               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2870               includes graduated colourschemes
2871             </li>
2872             <li>
2873               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2874               working with big alignments and lots of hidden columns
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2878               at right of alignment window
2879             </li>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2882               contents
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2886               for DNA alignments
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2890               based tree calculation
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2894               unconserved enabled for group on alignment
2895             </li>
2896             <li>
2897               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2898               set as reference
2899             </li>
2900             <li>
2901               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2902               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2903               annotation
2904             </li>
2905             <li>
2906               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2907               hidden columns present
2908             </li>
2909             <li>
2910               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2911               user created annotation added to alignment
2912             </li>
2913             <li>
2914               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2915               '()' base pair annotation
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2919               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2920               Consensus
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2924               feature not working
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2928               beginning of sequence
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2932               entry 3a6s
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2936               from a tree when t-coffee scores are shown
2937             </li>
2938             <li>
2939               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2940               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2941             </li>
2942             <li>
2943               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2944               some structures
2945             </li>
2946             <li>
2947               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2948               to Clustal, PIR and PileUp output
2949             </li>
2950             <li>
2951               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2952               not visible causes alignment window to repaint
2953             </li>
2954             <li>
2955               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2956               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2957               scores associated with features and annotation rows
2958             </li>
2959             <li>
2960               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2961               calculation should be case independent
2962             </li>
2963             <li>
2964               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2965               columns
2966             </li>
2967             <li>
2968               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2969               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2970               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2971             </li>
2972             <li>
2973               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2974               problems when reference sequence defined and 'show
2975               non-conserved' enabled
2976             </li>
2977             <li>
2978               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2979               load even when Consensus calculation is disabled
2980             </li>
2981             <li>
2982               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2983               alignment does nothing
2984             </li>
2985           </ul>
2986           <em>Application</em>
2987           <ul>
2988             <li>
2989               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2990               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2991               yet fixed for El Capitan)
2992             </li>
2993             <li>
2994               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2995               output when running on non-gb/us i18n platforms
2996             </li>
2997             <li>
2998               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2999               hidden sequences as flat-file alignment
3000             </li>
3001             <li>
3002               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3003               launching Chimera
3004             </li>
3005             <li>
3006               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3007               (also hotfix for 2.9.0b2)
3008             </li>
3009             <li>
3010               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3011               reference sequence defined
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3015               alignments and views when revealing hidden columns
3016             </li>
3017             <li>
3018               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3019               view in a cDNA/Protein splitframe
3020             </li>
3021             <li>
3022               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3023               sequence from project when only one sequence is
3024               represented
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3028               in Structure Chooser
3029             </li>
3030             <li>
3031               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3032               structure consensus didn't refresh annotation panel
3033             </li>
3034             <li>
3035               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3036               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3037             </li>
3038             <li>
3039               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3040               dialogs format columns correctly, don't display array
3041               data, sort columns according to type
3042             </li>
3043             <li>
3044               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3045               file chooser is cancelled during an image export
3046             </li>
3047             <li>
3048               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3049               sequence name containing special characters
3050             </li>
3051             <li>
3052               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3053               case insensitive
3054             </li>
3055             <li>
3056               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3057               formatting don't wrap
3058             </li>
3059             <li>
3060               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3061               truncated so L looks like I in consensus annotation
3062             </li>
3063             <li>
3064               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3065               currently displayed features for the current selection or
3066               view
3067             </li>
3068             <li>
3069               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3070               after fetching cross-references, and restoring from
3071               project
3072             </li>
3073             <li>
3074               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3075               followed in the structure viewer
3076             </li>
3077             <li>
3078               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3079               splitframe not restored from project
3080             </li>
3081             <li>
3082               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3083               trailing end of protein alignment in transcript/product
3084               splitview when pad-gaps not enabled by default
3085             </li>
3086             <li>
3087               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3088               is case dependent
3089             </li>
3090             <li>
3091               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3092               article has been read (reopened issue due to
3093               internationalisation problems)
3094             </li>
3095             <li>
3096               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3097               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3098               cross-references
3099             </li>
3100
3101             <li>
3102               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3103               alignment as HTML
3104             </li>
3105             <li>
3106               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3107               multiple structures are shown for one or more sequences.
3108             </li>
3109             <li>
3110               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3111               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3112               is enabled.
3113             </li>
3114             <li>
3115               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3116               specific PDB id for sequence
3117             </li>
3118             <li>
3119               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3120               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3121               columns' is disabled.
3122             </li>
3123             <li>
3124               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3125               selects lowest rather than highest resolution structures
3126               for each sequence
3127             </li>
3128             <li>
3129               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3130               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3131             </li>
3132             <li>
3133               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3134               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3135             </li>
3136             <li>
3137               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3138               after clicking on it to create new annotation for a
3139               column.
3140             </li>
3141             <li>
3142               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3143               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3144             </li>
3145             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3146             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3147           </ul>
3148           <em>Applet</em>
3149           <ul>
3150             <li>
3151               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3152               hidden columns present before start of sequence
3153             </li>
3154             <li>
3155               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3156               (JSON jars)
3157             </li>
3158             <li>
3159               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3160               sequences are hidden in applet
3161             </li>
3162             <li>
3163               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3164               deployment on examples pages.
3165             </li>
3166           </ul>
3167         </div>
3168       </td>
3169     </tr>
3170     <tr>
3171       <td width="60" nowrap>
3172         <div align="center">
3173           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3174             <em>16/10/2015</em></strong>
3175         </div>
3176       </td>
3177       <td><em>General</em>
3178         <ul>
3179           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3180             jars</li>
3181         </ul></td>
3182       <td>
3183         <div align="left">
3184           <em>Application</em>
3185           <ul>
3186             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3187               shown when tree is partitioned</li>
3188             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3189               multiple cDNA/Protein split views</li>
3190           </ul>
3191         </div>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td width="60" nowrap>
3196         <div align="center">
3197           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3198             <em>8/10/2015</em></strong>
3199         </div>
3200       </td>
3201       <td><em>General</em>
3202         <ul>
3203           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3204             2.9</li>
3205         </ul> <em>Application</em>
3206         <ul>
3207           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3208           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3209           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3210         </ul> <em>Applet</em>
3211         <ul>
3212           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3213         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3214         <ul>
3215           <li>
3216             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3217             suite
3218           </li>
3219         </ul></td>
3220       <td>
3221         <div align="left">
3222           <em>General</em>
3223           <ul>
3224             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3225               incorrect when sequence start > 1</li>
3226             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3227               documentation</li>
3228             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3229             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3230               loading a features file containing HTML tags in feature
3231               description</li>
3232
3233           </ul>
3234           <em>Application</em>
3235           <ul>
3236             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3237               reimport</li>
3238             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3239               with 'trim retrieved sequences'</li>
3240             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3241               deleting selected columns</li>
3242             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3243               JNLP templates for webstart launch</li>
3244             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3245               unreleased structures for download or viewing</li>
3246             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3247               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3248             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3249               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3250             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3251               recovered from jalview project</li>
3252             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3253               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3254               alignment view</li>
3255             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3256               color schemes from BioJSON</li>
3257           </ul>
3258           <em>Applet</em>
3259           <ul>
3260             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3261               frame</li>
3262             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3263           </ul>
3264         </div>
3265       </td>
3266     </tr>
3267     <tr>
3268       <td><div align="center">
3269           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3270         </div></td>
3271       <td><em>General</em>
3272         <ul>
3273           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3274             alignments:
3275             <ul>
3276               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3277                 and DNA alignment views</li>
3278               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3279                 cDNA alignment views</li>
3280               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3281                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3282               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3283                 protein sequences</li>
3284             </ul>
3285           </li>
3286           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3287           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3288             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3289           <li>New alignment annotation file statements for
3290             reference sequences and marking hidden columns</li>
3291           <li>Reference sequence based alignment shading to
3292             highlight variation</li>
3293           <li>Select or hide columns according to alignment
3294             annotation</li>
3295           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3296           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3297             acid conservation row</li>
3298           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3299         </ul> <em>Application</em>
3300         <ul>
3301           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3302             <ul>
3303               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3304                 view with cDNA/Protein</li>
3305               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3306                 sequences are placed in the same alignment</li>
3307               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3308                 projects</li>
3309             </ul>
3310           </li>
3311
3312           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3313           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3314             Jalview windows</li>
3315
3316           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3317           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3318           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3319             be shown in VARNA</li>
3320
3321           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3322             as the active selected region</li>
3323
3324           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3325             similarity</li>
3326           <li>New Export options
3327             <ul>
3328               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3329                 region export in flat file generation</li>
3330
3331               <li>Export alignment views for display with the <a
3332                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3333
3334               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3335               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3336                 alignment figures to HTML</li>
3337           </li>
3338           <li>3D structure retrieval and display
3339             <ul>
3340               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3341                 Search API</li>
3342               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3343                 PDB structures for a sequence set</li>
3344             </ul>
3345           </li>
3346
3347           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3348             predictions</li>
3349           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3350             for one or a group of sequences</li>
3351           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3352             from the JPred4 web server</li>
3353           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3354             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3355             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3356           </li>
3357           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3358             VARNA 2D Structure'</li>
3359           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3360             Structure ..."</li>
3361
3362         </ul> <em>Applet</em>
3363         <ul>
3364           <li>New layout for applet example pages</li>
3365           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3366             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3367           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3368             Protein alignments</li>
3369         </ul> <em>Development and deployment</em>
3370         <ul>
3371           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3372           <li>Include installation type and git revision in build
3373             properties and console log output</li>
3374           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3375             storing BioJsMSA Templates</li>
3376           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3377         </ul></td>
3378       <td>
3379         <!-- <em>General</em>
3380         <ul>
3381         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3382         <ul>
3383           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3384           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3385           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3386             predictions are not highlighted in amber</li>
3387           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3388             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3389           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3390             associated structure views</li>
3391           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3392             width checkbox not enabled</li>
3393           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3394             creating user defined colours</li>
3395           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3396             mappings for just that viewer's sequences</li>
3397           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3398             multiple models in Chimera</li>
3399           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3400             over Jmol structure</li>
3401           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3402             output to text box</li>
3403           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3404             have incorrect sequence start/end</li>
3405           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3406             Jalview fails</li>
3407           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3408             work for nucleotide</li>
3409           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3410             to a grey/invisible alignment window</li>
3411           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3412             imports to different position</li>
3413           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3414             on some platforms</li>
3415           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3416             populated</li>
3417           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3418             console if Chimera has been opened</li>
3419           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3420           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3421             retrieved</li>
3422           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3423           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3424             either sequence shows on first structure</li>
3425           <li>'Show annotations' options should not make
3426             non-positional annotations visible</li>
3427           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3428             in right place after 'view flanking regions'</li>
3429           <li>File Save As type unset when current file format is
3430             unknown</li>
3431           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3432             projects</li>
3433           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3434             responsive</li>
3435           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3436             several views on same alignment</li>
3437           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3438           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3439             spaces</li>
3440         </ul> <em>Applet</em>
3441         <ul>
3442           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3443           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3444             descriptions containing angle brackets</li>
3445         </ul> <em>General</em>
3446         <ul>
3447           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3448             via jalview annotation file</li>
3449           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3450             with RNA secondary structure</li>
3451           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3452             translation doesn't work.</li>
3453           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3454           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3455             positions</li>
3456           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3457             choosing 1pt font</li>
3458           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3459             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3460             'h'</li>
3461           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3462             new feature</li>
3463           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3464             order dependent</li>
3465           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3466             sequences</li>
3467           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3468         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3469         <ul>
3470           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3471             www.jalview.org</li>
3472         </ul> <em>Application Known issues</em>
3473         <ul>
3474           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3475           <li>Misleading message appears after trying to delete
3476             solid column.</li>
3477           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3478             version launches</li>
3479           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3480             fails with a sequence mismatch</li>
3481           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3482             scrolling alignment to right</li>
3483           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3484             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3485           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3486             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3487           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3488             ultra-high resolution</li>
3489           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3490             quality and conservation</li>
3491           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3492             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3493         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3494         <ul>
3495           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3496           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3497             window is being resized</li>
3498
3499         </ul>
3500       </td>
3501     </tr>
3502     <tr>
3503       <td><div align="center">
3504           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3505         </div></td>
3506       <td><em>General</em>
3507         <ul>
3508           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3509             Certum.PL.</li>
3510           <li>Features and annotation preserved when performing
3511             pairwise alignment</li>
3512           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3513             imported/exported/displayed</li>
3514           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3515             protein secondary structure</li>
3516           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3517               post-hoc with 2.9 release</em>)
3518           </li>
3519
3520         </ul> <em>Application</em>
3521         <ul>
3522           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3523             with 3D structures</li>
3524           <li>Support for parsing RNAML</li>
3525           <li>Annotations menu for layout
3526             <ul>
3527               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3528               <li>place sequence annotation above/below alignment
3529                 annotation</li>
3530             </ul>
3531           <li>Output in Stockholm format</li>
3532           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3533             translation</li>
3534           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3535           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3536             shared between alignments</li>
3537           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3538             Jalview</li>
3539           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3540             all or current selection</li>
3541           <li>disorder and secondary structure predictions
3542             available as dataset annotation</li>
3543           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3544
3545
3546           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3547             alignments from Rfam</li>
3548           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3549
3550           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3551             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3552           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3553           <li>include installation type in build properties and
3554             console log output</li>
3555           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3556             annotation</li>
3557         </ul></td>
3558       <td>
3559         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3560         <ul>
3561           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3562             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3563           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3564             alignment</li>
3565           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3566           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3567           <li>Double click on sequence associated annotation
3568             selects only first column</li>
3569           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3570             leaves shown in tree</li>
3571           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3572             properly</li>
3573           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3574           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3575             screen and buttons not visible</li>
3576           <li>author list isn't updated if already written to
3577             Jalview properties</li>
3578           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3579             from database</li>
3580           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3581           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3582             browser search window</li>
3583           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3584             in feature settings dialog</li>
3585           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3586             desktop</li>
3587           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3588             pass validation</li>
3589           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3590             fit on screen</li>
3591           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3592             tooltip</li>
3593           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3594             defined user preset</li>
3595           <li>MSA web services warns user if they were launched
3596             with invalid input</li>
3597           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3598             Java 8</li>
3599           <li>
3600             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3601             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3602             created
3603           </li>
3604
3605         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3606         <ul>
3607         </ul> <em>General</em>
3608         <ul>
3609         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3610         <ul>
3611           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3612             memory allocation</li>
3613           <li>launchApp service doesn't automatically open
3614             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3615           <li>
3616             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3617             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3618             1.7_055 is available
3619           </li>
3620         </ul> <em>Application Known issues</em>
3621         <ul>
3622           <li>
3623             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3624             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3625             alignment to right
3626           </li>
3627           <li>
3628             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3629             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3630             with large number of ID
3631           </li>
3632           <li>
3633             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3634             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3635             start/end
3636           </li>
3637           <li>
3638             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3639             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3640             structure tracks are rearranged
3641           </li>
3642           <li>
3643             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3644             invalid rna structure positional highlighting does not
3645             highlight position of invalid base pairs
3646           </li>
3647           <li>
3648             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3649             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3650             project from alignment window file menu
3651           </li>
3652           <li>
3653             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3654             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3655             structures
3656           </li>
3657           <li>
3658             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3659             colour by RNA Helices not enabled when user created
3660             annotation added to alignment
3661           </li>
3662           <li>
3663             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3664             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3665           </li>
3666         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3667         <ul>
3668           <li>
3669             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3670             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3671           </li>
3672           <li>
3673             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3674             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3675           </li>
3676
3677           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3678             when selected</li>
3679         </ul>
3680       </td>
3681     </tr>
3682     <tr>
3683       <td><div align="center">
3684           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3685         </div></td>
3686       <td>
3687         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3688         <em>General</em>
3689         <ul>
3690           <li>Internationalisation of user interface (usually
3691             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3692           <li>Define/Undefine group on current selection with
3693             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3694           <li>Improved group creation/removal options in
3695             alignment/sequence Popup menu</li>
3696           <li>Sensible precision for symbol distribution
3697             percentages shown in logo tooltip.</li>
3698           <li>Annotation panel height set according to amount of
3699             annotation when alignment first opened</li>
3700         </ul> <em>Application</em>
3701         <ul>
3702           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3703             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3704           <li>Select columns containing particular features from
3705             Feature Settings dialog</li>
3706           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3707             sequences</li>
3708           <li>Update Jalview project format:
3709             <ul>
3710               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3711               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3712                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3713               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3714                 colouring</li>
3715             </ul>
3716           </li>
3717           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3718             (PAM250)</li>
3719           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3720             flanking regions for an alignment</li>
3721         </ul>
3722       </td>
3723       <td>
3724         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3725         <ul>
3726           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3727             running after job is cancelled</li>
3728           <li>cannot export features from alignments imported from
3729             Jalview/VAMSAS projects</li>
3730           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3731             float values</li>
3732           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3733             have 'display all symbols' flag set</li>
3734           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3735             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3736           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3737             Jalview</li>
3738           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3739             Lion/Webstart</li>
3740           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3741           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3742           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3743             alignment onto desktop</li>
3744           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3745             'extract scores' function</li>
3746           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3747             alignment window</li>
3748           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3749             performing IUPred disorder prediction</li>
3750           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3751             changing 'normalise logo' display setting</li>
3752           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3753             nothing matches query</li>
3754           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3755             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3756           </li>
3757           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3758             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3759           </li>
3760           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3761             Jalview's menu</li>
3762           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3763             'invalid literal/length code'</li>
3764           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3765             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3766           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3767             colourscheme</li>
3768
3769         </ul> <em>Applet</em>
3770         <ul>
3771           <li>Remove group option is shown even when selection is
3772             not a group</li>
3773           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3774             don't affect groups</li>
3775           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3776             colourscheme name</li>
3777           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3778             Annotation panel is not displayed</li>
3779           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3780             embedded windows</li>
3781         </ul> <em>Other</em>
3782         <ul>
3783           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3784             single sequence were not calculated</li>
3785           <li>annotation files that contain only groups imported as
3786             annotation and junk sequences</li>
3787           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3788             recognised as PFAM or BLC</li>
3789           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3790             doesn't affect background (2.8.0b1)
3791           <li></li>
3792           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3793           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3794             trailing gaps</li>
3795           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3796             registered correctly on import</li>
3797           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3798             certain alignments</li>
3799           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3800             existing annotation based 'use original colours'
3801             colourscheme loses original colours setting</li>
3802         </ul>
3803       </td>
3804     </tr>
3805     <tr>
3806       <td><div align="center">
3807           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3808             <em>30/1/2014</em></strong>
3809         </div></td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3813             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3814             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3815             open source project).
3816           </li>
3817           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3818           <li>Output in Stockholm format</li>
3819           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3820           <li>Export/import group and sequence associated line
3821             graph thresholds</li>
3822           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3823             ambiguity codes</li>
3824           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3825             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3826             works</li>
3827           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3828         </ul> <em>Other improvements</em>
3829         <ul>
3830           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3831           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3832             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3833           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3834             files</li>
3835           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3836           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3837             link but no description</li>
3838           <li>Select primary source when selecting authority in
3839             database fetcher GUI</li>
3840           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3841             Jalview</li>
3842           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3843         </ul>
3844       </td>
3845       <td>
3846         <ul>
3847           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3848             displayed</li>
3849           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3850             secondary structure annotation line</li>
3851           <li>Sequence database accessions not imported when
3852             fetching alignments from Rfam</li>
3853           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3854             identical IDs</li>
3855           <li>View all structures does not always superpose
3856             structures</li>
3857           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3858             reflect user or preset settings</li>
3859           <li>Null pointer exceptions for some services without
3860             presets or adjustable parameters</li>
3861           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3862             discover PDB xRefs</li>
3863           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3864             features with DAS</li>
3865           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3866             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3867           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3868             residue follows a gap</li>
3869           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3870             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3871           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3872             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3873           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3874             annotation already exists on alignment</li>
3875           <li>oninit javascript function should be called after
3876             initialisation completes</li>
3877           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3878             alignment window display</li>
3879           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3880           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3881             to annotation file</li>
3882           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3883             groups created</li>
3884           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3885             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3886           <li>Pressing return several times causes Number Format
3887             exceptions in keyboard mode</li>
3888           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3889             correct partitions for input data</li>
3890           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3891           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3892           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3893           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3894             mode</li>
3895           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3896             changes one row&#39;s threshold</li>
3897           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3898             doesn&#39;t open</li>
3899           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3900             quality histograms</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903     </tr>
3904     <tr>
3905       <td><div align="center">
3906           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3907         </div></td>
3908       <td><em>Application</em>
3909         <ul>
3910           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3911             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3912           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3913             preferences</li>
3914           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3915             in Jalview alignment window</li>
3916           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3917             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3918           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3919             RNA and ambiguity codes</li>
3920
3921           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3922           <li>Support fetching and database reference look up
3923             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3924             refs')</li>
3925           <li>Jalview project improvements
3926             <ul>
3927               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3928                 flag for annotation</li>
3929               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3930                 alignment</li>
3931               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3932                 Jalview project</li>
3933
3934             </ul>
3935           </li>
3936           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3937           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3938             running</li>
3939           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3940           <li>visual indication that web service results are still
3941             being retrieved from server</li>
3942           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3943             starts up for first time</li>
3944           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3945             services</li>
3946           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3947             client library</li>
3948           <li>Examples directory and Groovy library included in
3949             InstallAnywhere distribution</li>
3950         </ul> <em>Applet</em>
3951         <ul>
3952           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3953             visualization applet example</li>
3954         </ul> <em>General</em>
3955         <ul>
3956           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3957           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3958             defaults</li>
3959           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3960             calculation</li>
3961           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3962             matrices
3963           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3964             in HTML</li>
3965           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3966             structure contacts</li>
3967           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3968           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3969           <li>Parse sequence associated secondary structure
3970             information in Stockholm files</li>
3971           <li>HTML Export database accessions and annotation
3972             information presented in tooltip for sequences</li>
3973           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3974             style RNA alignment files</li>
3975           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3976             alignment</li>
3977           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3978             shade each sequence according to its associated alignment
3979             annotation</li>
3980           <li>New Jalview Logo</li>
3981         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3982         <ul>
3983           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3984           <li>New Website!</li>
3985         </ul></td>
3986       <td><em>Application</em>
3987         <ul>
3988           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3989             wsdbfetch REST service</li>
3990           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3991           <li>Filetype associations not installed for webstart
3992             launch</li>
3993           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3994             job execution in full once it is complete</li>
3995           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3996             uploaded via ali_file parameter</li>
3997           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3998           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3999           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4000             submitted for prediction</li>
4001           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4002             desktop window</li>
4003           <li>Putting fractional value into integer text box in
4004             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4005           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4006             windows 7</li>
4007           <li>View all structures fails with exception shown in
4008             structure view</li>
4009           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4010             escaped in a platform independent way</li>
4011           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4012             using proxy</li>
4013           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4014             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4015           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4016             failure when java web start temporary file caching is
4017             disabled</li>
4018           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4019             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4020           <li>Errors during processing of command line arguments
4021             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4022           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4023             DAS sources in sequence fetcher</li>
4024           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4025             dialog is shown</li>
4026           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4027           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4028           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4029           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4030             on OSX Mountain Lion</li>
4031           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4032             sequences with alignment annotation are pasted into the
4033             alignment</li>
4034           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4035             when loaded from Jalview project</li>
4036           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4037           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4038             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4039           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4040             associated with all views</li>
4041           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4042             annotation rows to new window</li>
4043         </ul> <em>Applet</em>
4044         <ul>
4045           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4046             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4047           <li>loading features via javascript API automatically
4048             enables feature display</li>
4049           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4050             work</li>
4051         </ul> <em>General</em>
4052         <ul>
4053           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4054           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4055             and then deselected</li>
4056           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4057           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4058             coloured with clustalx</li>
4059           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4060             exceptions and redraw errors</li>
4061           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4062             reconfigured view</li>
4063           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4064             colour</li>
4065           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4066             for lots of labels</li>
4067         </ul>
4068     </tr>
4069     <tr>
4070       <td>
4071         <div align="center">
4072           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4073         </div>
4074       </td>
4075       <td><em>Application</em>
4076         <ul>
4077           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4078           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4079           <li>View/alignment association menu to enable user to
4080             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4081             its colours/correspondences from</li>
4082           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4083           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4084             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4085           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4086           <li>Annotation row column label formatting attributes
4087             stored in project file</li>
4088           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4089             rows preserved in Jalview project file</li>
4090           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4091             saved using Desktop window menu</li>
4092           <li>Visual indication that command line arguments are
4093             still being processed</li>
4094           <li>Groovy script execution from URL</li>
4095           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4096             preferences</li>
4097           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4098             alignment with sequences that have high similarity and
4099             matching IDs</li>
4100           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4101           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4102             structures in same window</li>
4103           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4104           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4105             analysis function in its own submenu</li>
4106         </ul> <em>Applet</em>
4107         <ul>
4108           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4109             groups</li>
4110           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4111           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4112           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4113           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4114           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4115             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4116           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4117           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4118             parameters are treated as such</li>
4119           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4120             <ul>
4121               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4122               <li>Javascript callbacks for
4123                 <ul>
4124                   <li>Applet initialisation</li>
4125                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4126                 </ul>
4127               </li>
4128               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4129                 functions</li>
4130               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4131               <li>javascript structure viewer harness to pass
4132                 messages between Jmol and Jalview when running as
4133                 distinct applets</li>
4134               <li>sortBy method</li>
4135               <li>Set of applet and application examples shipped
4136                 with documentation</li>
4137               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4138                 javascript message exchange</li>
4139             </ul>
4140         </ul> <em>General</em>
4141         <ul>
4142           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4143             multiple alignments</li>
4144           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4145           <li>User configurable link to enable redirects to a
4146             www.Jalview.org mirror</li>
4147           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4148           <li>Configurable newline string when writing alignment
4149             and other flat files</li>
4150           <li>Allow alignment annotation description lines to
4151             contain html tags</li>
4152         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4153         <ul>
4154           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4155             examples</li>
4156           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4157             using a web service before displaying the result in the
4158             Jalview desktop</li>
4159           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4160           <li>Ant target to publish example html files with applet
4161             archive</li>
4162           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4163           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4164         </ul></td>
4165       <td><em>Application</em>
4166         <ul>
4167           <li>User defined colourscheme throws exception when
4168             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4169           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4170             dialog for valid filename/format</li>
4171           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4172           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4173             P37173</li>
4174           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4175             which sequence is to be associated with the file</li>
4176           <li>Find All raises null pointer exception when query
4177             only matches sequence IDs</li>
4178           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4179           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4180             2.4 cannot be loaded</li>
4181           <li>Filetype associations not installed for webstart
4182             launch</li>
4183           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4184             with sequences in different alignments do not get coloured
4185             by their associated sequence</li>
4186           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4187             not preserved when project is loaded</li>
4188           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4189             stored in Jalview project</li>
4190           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4191             Jalview project</li>
4192           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4193           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4194             by conservation</li>
4195           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4196             created on new view</li>
4197           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4198             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4199           <li>Alignment quality not updated after alignment
4200             annotation row is hidden then shown</li>
4201           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4202             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4203           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4204             properly</li>
4205           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4206             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4207           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4208           <li>Structures imported from file and saved in project
4209             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4210           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4211             job execution in full once it is complete</li>
4212         </ul> <em>Applet</em>
4213         <ul>
4214           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4215             annotation rows are displayed</li>
4216           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4217             codebase</li>
4218           <li>View follows highlighting does not work for positions
4219             in sequences</li>
4220           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4221           <li>Export features raises exception when no features
4222             exist</li>
4223           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4224             for javascript api is modified when separator string
4225             provided as parameter</li>
4226           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4227             alignment with no existing selection</li>
4228           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4229             to applet&#39;s codebase</li>
4230           <li>Status bar not updated after finished searching and
4231             search wraps around to first result</li>
4232           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4233             several Jalview applets causes race conditions and memory
4234             leaks</li>
4235           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4236             not sent from Jmol in applet</li>
4237           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4238             applet API fatally hang browser</li>
4239         </ul> <em>General</em>
4240         <ul>
4241           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4242             position with wrapped view and hidden regions</li>
4243           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4244             with/without hidden columns</li>
4245           <li>Sequence length given in alignment properties window
4246             is off by 1</li>
4247           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4248             import PDB like structure files</li>
4249           <li>Positional search results are only highlighted
4250             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4251           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4252           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4253             given sequence position</li>
4254           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4255             output</li>
4256           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4257             from nucleotide chains correctly</li>
4258           <li>Structure colours not updated when tree partition
4259             changed in alignment</li>
4260           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4261             parsed in interleaved stockholm</li>
4262           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4263             state</li>
4264           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4265             properly</li>
4266           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4267             properly associated with their pdb files</li>
4268         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4269         <ul>
4270           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4271             ApplyCopyright tool</li>
4272         </ul></td>
4273     </tr>
4274     <tr>
4275       <td>
4276         <div align="center">
4277           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4278         </div>
4279       </td>
4280       <td><em>Application</em>
4281         <ul>
4282           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4283             contact web services</li>
4284           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4285             service job window</li>
4286           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4287         </ul></td>
4288       <td>
4289         <ul>
4290           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4291             pir file emitted by Jalview</li>
4292           <li>Existing feature settings transferred to new
4293             alignment view created from cut'n'paste</li>
4294           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4295             parsing PDB files</li>
4296           <li>Consensus and conservation annotation rows
4297             occasionally become blank for all new windows</li>
4298           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4299             in wrapped view mode</li>
4300         </ul> <em>Application</em>
4301         <ul>
4302           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4303             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4304           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4305             parameter names</li>
4306           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4307             is down</li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310     </tr>
4311     <tr>
4312       <td>
4313         <div align="center">
4314           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4315         </div>
4316       </td>
4317       <td><em>Application</em>
4318         <ul>
4319           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4320             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4321             (JABAWS)
4322           </li>
4323           <li>Web Services preference tab</li>
4324           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4325             preferences</li>
4326           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4327           <li>Superpose structures using associated sequence
4328             alignment</li>
4329           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4330             viewer</li>
4331         </ul> <em>Applet</em>
4332         <ul>
4333           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4334             link out mechanism</li>
4335         </ul> <em>Other</em>
4336         <ul>
4337           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4338             series 12</li>
4339           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4340             require Java 1.5</li>
4341           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4342             sequence annotation files</li>
4343           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4344             type colour specification</li>
4345           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4346             script to check if it being run in an interactive session or
4347             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4348         </ul></td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4352             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4353         </ul> <em>Application</em>
4354         <ul>
4355           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4356             selected Regions menu item</li>
4357           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4358             part of a valid accession ID</li>
4359           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4360             runs out of memory</li>
4361           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4362             analysis results</li>
4363           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4364             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4365           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4366         </ul> <em>Applet</em>
4367         <ul>
4368           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4369             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4370             defined.</li>
4371         </ul>
4372       </td>
4373     </tr>
4374     <tr>
4375       <td>
4376         <div align="center">
4377           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4378         </div>
4379       </td>
4380       <td></td>
4381       <td>
4382         <ul>
4383           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4384             sequence IDs</li>
4385           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4386             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4387           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4388             import correctly</li>
4389           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4390             number of columns are hidden</li>
4391           <li>annotation label popup menu not providing correct
4392             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4393             present</li>
4394           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4395             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4396           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4397             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4398
4399         </ul> <em>Applet</em>
4400         <ul>
4401           <li>annotation panel disappears when annotation is
4402             hidden/removed</li>
4403         </ul> <em>Application</em>
4404         <ul>
4405           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4406             alignment opened where annotation panel is visible but no
4407             annotations are present on alignment</li>
4408           <li>pasted region containing hidden columns is
4409             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4410           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4411             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4412           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4413             selected Rregions menu item.</li>
4414           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4415             'Un' or 'Non'conserved</li>
4416           <li>Sequence feature settings are being shared by
4417             multiple distinct alignments</li>
4418           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4419             changed</li>
4420           <li>double click on group annotation to select sequences
4421             does not propagate to associated trees</li>
4422           <li>Mac OSX specific issues:
4423             <ul>
4424               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4425                 window background</li>
4426               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4427                 name set correctly</li>
4428               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4429                 save feature colourscheme button</li>
4430             </ul>
4431           </li>
4432         </ul>
4433       </td>
4434     </tr>
4435     <tr>
4436
4437       <td>
4438         <div align="center">
4439           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4440         </div>
4441       </td>
4442       <td><em>New Capabilities</em>
4443         <ul>
4444           <li>URL links generated from description line for
4445             regular-expression based URL links (applet and application)
4446
4447           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4448             menu</li>
4449           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4450             structures</li>
4451           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4452             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4453           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4454             average score or total feature count for each sequence.</li>
4455           <li>Shading features by score or associated description</li>
4456           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4457             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4458           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4459             hide everything but the currently selected region.</li>
4460           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4461         </ul> <em>Application</em>
4462         <ul>
4463           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4464             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4465           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4466             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4467           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4468             database references and protein_name is parsed as
4469             description line (BioSapiens terms).</li>
4470           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4471             references in sequence ID tooltip from View menu in
4472             application.</li>
4473           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4474       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4475           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4476             conservation plots</li>
4477           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4478             and visualized as sequence logos</li>
4479           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4480             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4481           </li>
4482           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4483             when a new tree is opened.</li>
4484           <li>Jalview Java Console</li>
4485           <li>Better placement of desktop window when moving
4486             between different screens.</li>
4487           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4488             consensus annotation</li>
4489           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4490             Workflows</li>
4491           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4492             <ul>
4493               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4494                 used to preserve views, structures, and tree display
4495                 settings)</li>
4496               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4497                 command line</li>
4498               <li>Sharing of selected regions between views and
4499                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4500               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4501             </ul></li>
4502         </ul> <em>Applet</em>
4503         <ul>
4504           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4505           <li>New Parameters
4506             <ul>
4507               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4508                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4509                 opened.</li>
4510               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4511                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4512               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4513                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4514               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4515                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4516                 view</li>
4517               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4518                 increase the height or width of a cell in the alignment
4519                 grid relative to the current font size.</li>
4520             </ul>
4521           </li>
4522           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4523             tooltip</li>
4524         </ul> <em>Other</em>
4525         <ul>
4526           <li>Features format: graduated colour definitions and
4527             specification of feature scores</li>
4528           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4529             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4530             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4531           <li>XML formats extended to support graduated feature
4532             colourschemes, group associated annotation, and profile
4533             visualization settings.</li></td>
4534       <td>
4535         <ul>
4536           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4537             rather than description</li>
4538           <li>Non-positional features are now included in sequence
4539             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4540             visibility in tooltip).</li>
4541           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4542           <li>Added URL embedding instructions to features file
4543             documentation.</li>
4544           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4545             'X' in peptide product</li>
4546           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4547             sequence ID and sequence string and query strings do not
4548             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4549           <li>AMSA files only contain first column of
4550             multi-character column annotation labels</li>
4551           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4552             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4553             exported and re-imported)</li>
4554           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4555             name</li>
4556           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4557             as subsequence matches, and correctly reports total number
4558             of both.</li>
4559           <li>Application:
4560             <ul>
4561               <li>Better handling of exceptions during sequence
4562                 retrieval</li>
4563               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4564                 link text excludes the start_end suffix</li>
4565               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4566                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4567               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4568               <li>Sequence description lines properly shared via
4569                 VAMSAS</li>
4570               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4571                 data sources</li>
4572               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4573                 completes before alignment figures are generated.</li>
4574               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4575                 first time.</li>
4576               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4577                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4578               <li>User defined group colours properly recovered
4579                 from Jalview projects.</li>
4580             </ul>
4581           </li>
4582         </ul>
4583       </td>
4584
4585     </tr>
4586     <tr>
4587       <td>
4588         <div align="center">
4589           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4590         </div>
4591       </td>
4592       <td>
4593         <ul>
4594           <li>Experimental support for google analytics usage
4595             tracking.</li>
4596           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4597         </ul>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Race condition in applet preventing startup in
4602             jre1.6.0u12+.</li>
4603           <li>Exception when feature created from selection beyond
4604             length of sequence.</li>
4605           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4606           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4607             all sequences with a given id</li>
4608           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4609             ID string searches</li>
4610           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4611             alignment to fail with exception</li>
4612         </ul> <em>Application Issues</em>
4613         <ul>
4614           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4615           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4616             data sources</li>
4617         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4618         <ul>
4619           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4620             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4621           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4622             version (java class versioning error fixed)</li>
4623         </ul>
4624       </td>
4625     </tr>
4626     <tr>
4627       <td>
4628
4629         <div align="center">
4630           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4631         </div>
4632       </td>
4633       <td><em>User Interface</em>
4634         <ul>
4635           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4636             translation and protein products</li>
4637           <li>Linked highlighting of structure associated with
4638             residue mapping to codon position</li>
4639           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4640             and 'clear' button</li>
4641           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4642             Tools menu</li>
4643           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4644             numeric data in description line</li>
4645           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4646           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4647             of sequence</li>
4648         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4649         <ul>
4650           <li>JPred3 web service</li>
4651           <li>Prototype sequence search client (no public services
4652             available yet)</li>
4653           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4654             PFAM</li>
4655           <li>URL Links created for matching database cross
4656             references as well as sequence ID</li>
4657           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4658         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4659         <ul>
4660           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4661             databases</li>
4662           <li>Generalised database reference retrieval and
4663             validation to all fetchable databases</li>
4664           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4665             sequence command</li>
4666         </ul> <em>Import and Export</em>
4667         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4668         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4669           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4670         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4671           File</li>
4672         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4673           triplet as name of colourscheme</li>
4674         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4675         <ul>
4676           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4677           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4678             alignments (experimental)</li>
4679           <li>Create new or select existing session to join</li>
4680           <li>load and save of vamsas documents</li>
4681         </ul> <em>Application command line</em>
4682         <ul>
4683           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4684             from applet)</li>
4685           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4686             of DAS servers to query for alignment features</li>
4687           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4688             that are also automatically queried for features</li>
4689           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4690             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4691         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4692         <ul>
4693           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4694             application (when using &quot;View in full
4695             application&quot;)</li>
4696         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4697         <ul>
4698           <li>feature group display control parameter</li>
4699           <li>debug parameter</li>
4700           <li>showbutton parameter</li>
4701         </ul> <em>Applet API methods</em>
4702         <ul>
4703           <li>newView public method</li>
4704           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4705           <li>Feature display control methods</li>
4706           <li>get list of currently selected sequences</li>
4707         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4708         <ul>
4709           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4710           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4711             Jalview release.</li>
4712           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4713             property controls execution of obfuscator</li>
4714           <li>Build target for generating source distribution</li>
4715           <li>Debug flag for javacc</li>
4716           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4717             jalview.bin.Cache</li>
4718           <li>Continuous Build Integration for stable and
4719             development version of Application, Applet and source
4720             distribution</li>
4721         </ul></td>
4722       <td>
4723         <ul>
4724           <li>selected region output includes visible annotations
4725             (for certain formats)</li>
4726           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4727             for editing</li>
4728           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4729           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4730           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4731           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4732             comments</li>
4733           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4734             filenames containing a ':'</li>
4735           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4736             global sequence features</li>
4737           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4738             references from alignment sequences goes to zero</li>
4739           <li>Close of tree branch colour box without colour
4740             selection causes cascading exceptions</li>
4741           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4742           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4743             file parsing fails.</li>
4744           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4745           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4746             not a valid output format</li>
4747           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4748             vamsas</li>
4749           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4750           <li>error messages passed up and output when data read
4751             fails</li>
4752           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4753             sequence is edited</li>
4754           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4755             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4756           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4757             filetype</li>
4758           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4759             import fixed for PFAM records</li>
4760           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4761             window list</li>
4762           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4763             can be read and written correctly to annotation file</li>
4764           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4765             correctly</li>
4766           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4767             non-italic font for representatives in Applet</li>
4768           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4769             Macs.</li>
4770           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4771             Applet)</li>
4772           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4773             due to null pointer exceptions</li>
4774           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4775             first column of alignment</li>
4776           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4777             July 2008</li>
4778           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4779             file is case-insensitive</li>
4780           <li>Sequence features read from Features file appended to
4781             all sequences with matching IDs</li>
4782           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4783             containing a sub-sequence</li>
4784           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4785           <li>feature and annotation file applet parameters
4786             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4787           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4788           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4789             splash-screen version check to complete</li>
4790           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4791             when passing them to the launchApp service</li>
4792           <li>display name and local features preserved in results
4793             retrieved from web service</li>
4794           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4795             sequence fetcher initialisation</li>
4796           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4797             dasobert DAS client</li>
4798           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4799             association</li>
4800           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4801             sequences
4802           </li>
4803         </ul>
4804       </td>
4805     </tr>
4806     <tr>
4807       <td>
4808         <div align="center">
4809           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4810         </div>
4811       </td>
4812       <td>
4813         <ul>
4814           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4815           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4816           <li>Slide sequences</li>
4817           <li>Edit sequence in place</li>
4818           <li>EMBL CDS features</li>
4819           <li>DAS Feature mapping</li>
4820           <li>Feature ordering</li>
4821           <li>Alignment Properties</li>
4822           <li>Annotation Scores</li>
4823           <li>Sort by scores</li>
4824           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4825         </ul>
4826       </td>
4827       <td>
4828         <ul>
4829           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4830           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4831           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4832           <li>Feature group display state in XML</li>
4833           <li>Feature ordering in XML</li>
4834           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4835           <li>Stockholm alignment properties</li>
4836           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4837           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4838           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4839           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4840         </ul>
4841       </td>
4842
4843     </tr>
4844     <tr>
4845       <td>
4846         <div align="center">
4847           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4848         </div>
4849       </td>
4850       <td>
4851         <ul>
4852           <li>Non standard characters can be read and displayed
4853           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4854             applet via textbox
4855           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4856             name &amp; description
4857           <li>Preference setting to display sequence name in
4858             italics
4859           <li>Annotation file format extended to allow
4860             Sequence_groups to be defined
4861           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4862             specified in preferences
4863           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4864             sequences
4865         </ul>
4866       </td>
4867       <td>
4868         <ul>
4869           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4870             installed
4871           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4872           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4873         </ul>
4874       </td>
4875     </tr>
4876     <tr>
4877       <td>
4878         <div align="center">
4879           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4880         </div>
4881       </td>
4882       <td>
4883         <ul>
4884           <li>Multiple views on alignment
4885           <li>Sequence feature editing
4886           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4887           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4888           <li>Background dependent text colour
4889           <li>Right align sequence ids
4890           <li>User-defined lower case residue colours
4891           <li>Format Menu
4892           <li>Select Menu
4893           <li>Menu item accelerator keys
4894           <li>Control-V pastes to current alignment
4895           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4896           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4897           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4898
4899           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4900         </ul>
4901       </td>
4902       <td>
4903         <ul>
4904           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4905           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4906             calculations
4907           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4908             edits
4909           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4910             of alignment)
4911           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4912
4913           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4914             display correctly
4915           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4916           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4917             analysis results
4918           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4919             &#8739;
4920           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4921           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4922           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4923
4924         </ul>
4925       </td>
4926     </tr>
4927     <tr>
4928       <td>
4929         <div align="center">
4930           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4931         </div>
4932       </td>
4933       <td>
4934         <ul>
4935           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4936         </ul>
4937       </td>
4938       <td>
4939         <ul>
4940           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4941             sequence id panel has been resized</li>
4942           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4943             rendered</li>
4944           <li>Annotation files with sequence references - all
4945             elements in file are relative to sequence position</li>
4946           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4947         </ul>
4948       </td>
4949     </tr>
4950     <tr>
4951       <td>
4952         <div align="center">
4953           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4954         </div>
4955       </td>
4956       <td>
4957         <ul>
4958           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4959           <li>DAS Feature fetching</li>
4960           <li>Hide sequences and columns</li>
4961           <li>Export Annotations and Features</li>
4962           <li>GFF file reading / writing</li>
4963           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4964             files</li>
4965           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4966           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4967           <li>Applet can launch the full application</li>
4968           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4969             required)</li>
4970           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4971           <li>Applet can load sequences from parameter
4972             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4973           </li>
4974         </ul>
4975       </td>
4976       <td>
4977         <ul>
4978           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4979           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4980           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4981         </ul>
4982       </td>
4983     </tr>
4984     <tr>
4985       <td>
4986         <div align="center">
4987           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4988         </div>
4989       </td>
4990       <td>
4991         <ul>
4992           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4993           <li>Choose to match case when searching</li>
4994           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4995             expand the visible width and height of the alignment</li>
4996         </ul>
4997       </td>
4998       <td>
4999         <ul>
5000           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5001         </ul>
5002       </td>
5003     </tr>
5004     <tr>
5005       <td>
5006         <div align="center">
5007           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5008         </div>
5009       </td>
5010       <td>&nbsp;</td>
5011       <td>
5012         <ul>
5013           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5014           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5015             value</li>
5016         </ul>
5017       </td>
5018     </tr>
5019     <tr>
5020       <td>
5021         <div align="center">
5022           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5023         </div>
5024       </td>
5025       <td>
5026         <ul>
5027           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5028           <li>Keyboard editing</li>
5029           <li>Create sequence features from searches</li>
5030           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5031             alignments</li>
5032           <li>Features file allows grouping of features</li>
5033           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5034           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5035           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5036         </ul>
5037       </td>
5038       <td>
5039         <ul>
5040           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5041           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5042             descriptions saved.</li>
5043         </ul>
5044       </td>
5045     </tr>
5046     <tr>
5047       <td>
5048         <div align="center">
5049           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5050         </div>
5051       </td>
5052       <td>
5053         <ul>
5054           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5055           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5056           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5057             name for file output</li>
5058           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5059           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5060             used for HTML form input</li>
5061         </ul>
5062       </td>
5063       <td>
5064         <ul>
5065           <li>HTML output writes groups and features</li>
5066           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5067           <li>File IO bugs</li>
5068         </ul>
5069       </td>
5070     </tr>
5071     <tr>
5072       <td>
5073         <div align="center">
5074           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5075         </div>
5076       </td>
5077       <td>
5078         <ul>
5079           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5080           <li>More options for PCA viewer</li>
5081         </ul>
5082       </td>
5083       <td>
5084         <ul>
5085           <li>GUI bugs resolved</li>
5086           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5087         </ul>
5088       </td>
5089     </tr>
5090     <tr>
5091       <td height="63">
5092         <div align="center">
5093           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5094         </div>
5095       </td>
5096       <td>
5097         <ul>
5098           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5099           <li>Jar files are executable</li>
5100           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5101         </ul>
5102       </td>
5103       <td>
5104         <ul>
5105           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5106           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5107           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5108         </ul>
5109       </td>
5110     </tr>
5111     <tr>
5112       <td>
5113         <div align="center">
5114           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5115         </div>
5116       </td>
5117       <td>
5118         <ul>
5119           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5120         </ul>
5121       </td>
5122       <td>
5123         <ul>
5124           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5125         </ul>
5126       </td>
5127     </tr>
5128     <tr>
5129       <td>
5130         <div align="center">
5131           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5132         </div>
5133       </td>
5134       <td>
5135         <ul>
5136           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5137             size</li>
5138         </ul>
5139       </td>
5140       <td>
5141         <ul>
5142           <li>Improved JPred client reliability</li>
5143           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5144         </ul>
5145       </td>
5146     </tr>
5147     <tr>
5148       <td>
5149         <div align="center">
5150           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5151         </div>
5152       </td>
5153       <td>
5154         <ul>
5155           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5156           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5157           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5158             to Colour Menu</li>
5159           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5160           <li>Unix users can set default web browser</li>
5161           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5162           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5163         </ul>
5164       </td>
5165       <td>
5166         <ul>
5167           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5168         </ul>
5169       </td>
5170     </tr>
5171     <tr>
5172       <td>
5173         <div align="center">
5174           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5175         </div>
5176       </td>
5177       <td>&nbsp;</td>
5178       <td>
5179         <ul>
5180           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5181             alignment order.</li>
5182         </ul>
5183       </td>
5184     </tr>
5185     <tr>
5186       <td>
5187         <div align="center">
5188           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5189         </div>
5190       </td>
5191       <td>
5192         <ul>
5193           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5194           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5195           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5196             annotations.</li>
5197           <li>Version and build date written to build properties
5198             file.</li>
5199           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5200             at launch of Jalview.</li>
5201         </ul>
5202       </td>
5203       <td>
5204         <ul>
5205           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5206           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5207           <li>Can remove groups one by one.</li>
5208           <li>Filechooser icons installed.</li>
5209           <li>Finder ignores return character when searching.
5210             Return key will initiate a search.<br>
5211           </li>
5212         </ul>
5213       </td>
5214     </tr>
5215     <tr>
5216       <td>
5217         <div align="center">
5218           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5219         </div>
5220       </td>
5221       <td>
5222         <ul>
5223           <li>New codebase</li>
5224         </ul>
5225       </td>
5226       <td>&nbsp;</td>
5227     </tr>
5228   </table>
5229   <p>&nbsp;</p>
5230 </body>
5231 </html>