help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>11/08/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  71             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  75             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  76             improved compatibility with JalviewJS
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  80             alignments from Pfam and Rfam
  81           </li>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  84             import (no longer based on .gz extension)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  91             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  92             EMBL flat file
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  96             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  97             saving or making backup files.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 101             <ul>
 102               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 103               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 104             </ul>
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 108             when running on Linux (Requires Java 11+)
 109           </li>
 110         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 111         <ul>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 114             through a system property
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 118             line help for configuring Jalview's memory
 119           </li>
 120         </ul>
 121       </td>
 122       <td align="left" valign="top">
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 126             but not calculated and no protein or DNA score models are
 127             available for tree/PCA calculation when launched with
 128             Turkish language locale
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 132             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 136             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 137           </li>
 138           <li>
 139             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 140             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 144             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 145             '%s'" on the console
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 149             when there are both local and complementary features mapped
 150             to the position under the cursor
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 154             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 155           </li>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 158             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 162             internationalised text for some messages and log output
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 166             hidden gapped columns
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 170             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 174             specifying output format when exporting an alignment via the
 175             command line
 176           </li>
 177         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 178         <ul>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 181             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 182             OutOfMemory error.
 183           </li>
 184         </ul> <em>New Known defects</em>
 185         <ul>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 188             are ordered differently when shown on alignment and in
 189             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 193             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 194             overwrite an existing file and raises a warning dialog.
 195             Workaround is to try to save the file again, and if that
 196             fails, delete the original file and save in place.
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 200             alignment window not working correctly when in a HiDPI
 201             scaled mode in Linux
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 205             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 206           </li>
 207         </ul>
 208       </td>
 209     </tr>
 210     <tr>
 211       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 212           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 213           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 214       <td align="left" valign="top">
 215         <ul>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 218             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 219             for display in alignments, on structure views (including
 220             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 221             export.
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 225             exported and re-imported as GFF3 files
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 229             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 233             validation while parsing
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 237             position if reopened
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 241             of associated view
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 245             enabled by default
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 249             tooltips and menus
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 253             with no feature types visible
 254           </li>
 255           <li>
 256           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 257           </li>
 258         </ul><em>Jalview Installer</em>
 259             <ul>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 262             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 269           </li>
 270               <li>
 271                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 272               <li>
 273                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 274         </ul> <em>Release processes</em>
 275         <ul>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 281           </li>
 282         </ul> <em>Build System</em>
 283         <ul>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 289             report
 290           </li>
 291         </ul>
 292         <em>Groovy Scripts</em>
 293             <ul>
 294           <li>
 295             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 296             to stdout containing the consensus sequence for each
 297             alignment in a Jalview session
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 301             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 302             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 303           </li>
 304         </ul>
 305       </td>
 306       <td align="left" valign="top">
 307         <ul>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 310             'Show hidden markers' option is not ticked
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 314             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 315             jalview preferences or properties file
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 319             'Show Sequence Features' option is not ticked
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 323             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 324             features are visible
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 328             equal when split frame is first opened
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 332             correct after editing a sequence's start position
 333           </li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 336             with annotation and exceptions thrown when only a few
 337             columns shown in wrapped mode
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 341             wrapped alignment figure with annotations
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 345             ID fails with ClassCastException
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 349             Project
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 353             feature settings dialog also selects columns
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 357             IllegalArgumentException in some circumstances
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 361             opened for a view
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 365             alignment window is closed
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 369             help documentation for 2.11.0 release
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 373             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 374             Uniprot Accession
 375           </li>
 376         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 377         <ul>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 380             PDB/Uniprot search panel
 381           </li>
 382         </ul> <em>Installer</em>
 383         <ul>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 386             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 387           </li>
 388         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 389         <ul>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 392             repository
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 396             memory
 397           </li>
 398         </ul> <em>New Known Issues</em>
 399         <ul>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 402             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 403             command line
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 407             clipped in headless figure export when Right Align option
 408             enabled
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 412             'Source' in console output
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 416             bamboo server but run fine locally.
 417           </li>
 418         </ul>
 419       </td>
 420     </tr>
 421     <tr>
 422       <td width="60" align="center" nowrap>
 423           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 424             <em>04/07/2019</em></strong>
 425       </td>
 426       <td align="left" valign="top">
 427         <ul>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 430             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 431             source project) rather than InstallAnywhere
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 435             settings, receive over the air updates and launch specific
 436             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 437               Rings' GetDown</a>)
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 441             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 445             arguments and switch between different getdown channels
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 449             or alignment files
 450           </li>
 451
 452           <li>
 453             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 454             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 457             'Translate as cDNA'</li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 460           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 461             <ul>
 462                       <li>
 463             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 464             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 465           <li>
 466                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 467                 features can be filtered and shaded according to any
 468                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 469                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 470                 file)
 471               </li>
 472               <li>
 473                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 474                 stored and restored from Jalview Projects
 475               </li>
 476               <li>
 477                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 478                 recognise variant features
 479               </li>
 480               <li>
 481                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 482                 sequences (also coloured red by default)
 483               </li>
 484               <li>
 485                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 486                 details
 487               </li>
 488               <li>
 489                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 490                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 491               </li>
 492               <li>
 493                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 494                 dialog
 495               </li>
 496             </ul>
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 500             tree and PCA calculations
 501           </li>
 502           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 503             <ul>
 504               <li>
 505                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 506                 and Viewer state saved in Jalview Project
 507               </li>
 508               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 509                 drop-down menus</li>
 510               <li>
 511                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 512                 incrementally
 513               </li>
 514               <li>
 515                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 516               </li>
 517             </ul>
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 521           </li>
 522           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 523           <ul>
 524               <li>
 525                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 526                 multiple groups when working with large alignments
 527               </li>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 530                 Stockholm files
 531               </li>
 532             </ul>
 533           <li><strong>User Interface</strong>
 534           <ul>
 535               <li>
 536                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 537                 view
 538               </li>
 539               <li>
 540                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 541                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 542                 default (can be changed in user preferences)
 543               </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 546                 to the Overwrite Dialog
 547               </li>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 550                 sequences are hidden
 551               </li>
 552               <li>
 553                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 554                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 555               </li>
 556               <li>
 557                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 558                 labels
 559               </li>
 560               <li>
 561                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 562                 when in wrapped mode
 563               </li>
 564               <li>
 565                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 566                 annotation
 567               </li>
 568               <li>
 569                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 570               </li>
 571               <li>
 572                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 573                 panel
 574               </li>
 575               <li>
 576                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 577                 popup menu
 578               </li>
 579               <li>
 580               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 581               <li>
 582               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 583
 584
 585             </ul></li>
 586             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 587           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 588             <ul>
 589               <li>
 590                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 591                 trapping CMD-Q
 592               </li>
 593             </ul></li>
 594         </ul>
 595         <em>Deprecations</em>
 596         <ul>
 597           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 598             capabilities removed from the Jalview Desktop
 599           </li>
 600           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 601             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 602             and XML based data retrieval clients</li>
 603           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 604           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 605         </ul> <em>Documentation</em>
 606         <ul>
 607           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 608             not supported in EPS figure export
 609           </li>
 610           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 611         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 612         <ul>
 613           <li>
 614           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 615           </li>
 616       <li>
 617       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 618           <li>
 619           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 620             gradle-eclipse
 621           </li>
 622           <li>
 623           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 624             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 625             execution
 626           </li>
 627           <li>
 628           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 629             operations
 630           </li>
 631           <li>
 632           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 633             issues resolved
 634           </li>
 635           <li>
 636           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 637             markdown (with HTML rendering)
 638           </li>
 639           <li>
 640           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 641           </li>
 642           <li>
 643           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 644             versions of Jalview
 645           </li>
 646         </ul>
 647       </td>
 648       <td align="left" valign="top">
 649         <ul>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 655             superposition in Jmol fail on Windows
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 659             structures for sequences with lots of PDB structures
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 663             monospaced font
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 667             project involving multiple views
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 671             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 672             Annotation dialog hides columns
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 676             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 677             one view, then making another selection in the other view
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 681             columns
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 685             Settings and Jalview Preferences panels
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 689             overview with large alignments
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 693             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 694             mouse moved to the left of the first column
 695           </li>
 696           <li>
 697             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 698             hidden column marker via scale popup menu
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 702             doesn't tell users the invalid URL
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 706             score from view
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 710             show cross references or Fetch Database References are shown in
 711             red in original view
 712           </li>
 713           <li>
 714             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 715             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 716           </li>
 717           <li>
 718             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 719             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 723             when columns are hidden
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 727             Columns by Annotation description
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 731             out of Scale or Annotation Panel
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 735             scale panel
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 739             alignment down
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 743             scale panel
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 747             Page Up in wrapped mode
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 751           </li>
 752           <li>
 753             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 757             on opening an alignment
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 761             Colour menu
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 765             different groups in the alignment are selected
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 769             correctly in menu
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 773             threshold limit
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 777             threshold gets 'unrounded'
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 781             colour
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 791             Tree font
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 795             project file
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 799             shown in complementary view
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 803             without normalisation
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 807             of report
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 811           </li>
 812           <li>
 813           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 814           </li>
 815         </ul> <em>Editing</em>
 816         <ul>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 819             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 820             sequence
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 824             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 825             removed (Known defect since 2.10)
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 829             dialog corrupts dataset sequence
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 833             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 834           </li>
 835         </ul> <em>Datamodel</em>
 836         <ul>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 839             sequence's End is greater than its length
 840           </li>
 841         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 842           general release)</em>
 843         <ul>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 846           </li>
 847         </ul> <em>New Known Defects</em>
 848         <ul>
 849         <li>
 850         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 851         </li>
 852         <li>
 853           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 854           regions of protein alignment.
 855         </li>
 856         <li>
 857           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 858           is restored from a Jalview 2.11 project
 859         </li>
 860         <li>
 861           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 862           'New View'
 863         </li>
 864         <li>
 865           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 866           columns within hidden columns
 867         </li>
 868         <li>
 869           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 870           window after dragging left to select columns to left of visible
 871           region
 872         </li>
 873         <li>
 874           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 875           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 876           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 877           create a Score filter instead.
 878         </li>
 879         <li>
 880         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 881         <li>
 882         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 883         </li>
 884         <li>
 885           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 886           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 887         </li>
 888         </ul>
 889         <em>Java 11 Specific defects</em>
 890           <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 893               alphabetically when saved
 894             </li>
 895         </ul>
 896       </td>
 897     </tr>
 898     <tr>
 899     <td width="60" nowrap>
 900       <div align="center">
 901         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 902       </div>
 903     </td>
 904     <td><div align="left">
 905         <em></em>
 906         <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 909               InstallAnywhere increased to 1G.
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 913               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 914               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 915                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 916                 properties file.</em>
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 920               API and sequence data now imported as JSON.
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 924               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 925               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 926               property.
 927             </li>
 928           </ul>
 929           <em>Development</em>
 930           <ul>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 933               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 934                 Clover</a>
 935             </li>
 936           </ul>
 937         </div></td>
 938     <td><div align="left">
 939         <em></em>
 940         <ul>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 943               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 944               alignment.
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 948               annotation displayed.
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 952               for newly created group when 'Apply to all groups'
 953               selected
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 957               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 958               visible.
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 962               when sequences are selected in exported view.</em>
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 966               aren't rendered with correct colour.
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 970               types of knotted RNA secondary structure.
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 974               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 975               do not start at 1.
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 979               annotation when columns are inserted into an alignment,
 980               and when exporting as Stockholm flatfile.
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 984               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 985               treated as RNA secondary structure.
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 989               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 993               transfers focus to previous window on OSX
 994             </li>
 995           </ul>
 996           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1000               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1001               box.
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1005               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1006               'look and feel' which has improved compatibility with the
1007               latest version of OSX.
1008             </li>
1009           </ul>
1010         </div>
1011     </td>
1012     </tr>
1013     <tr>
1014       <td width="60" nowrap>
1015         <div align="center">
1016           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1017             <em>7/06/2018</em></strong>
1018         </div>
1019       </td>
1020       <td><div align="left">
1021           <em></em>
1022           <ul>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1025               annotation retrieved from Uniprot
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1029               onto the Jalview Desktop
1030             </li>
1031           </ul>
1032         </div></td>
1033       <td><div align="left">
1034           <em></em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1038               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1042               right-hand column parsed correctly
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1046               not alignment area in exported graphic
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1050               window has input focus
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1054               annotation added to view (Windows)
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1058               network connectivity is poor
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1062               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1063                 the currently open URL and links from a page viewed in
1064                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1065                 you are using Edge, only links in the page can be
1066                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1067                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1068             </li>
1069           </ul>
1070           <em>New Known Defects</em>
1071           <ul>
1072             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1073           </ul>
1074         </div></td>
1075     </tr>
1076     <tr>
1077       <td width="60" nowrap>
1078         <div align="center">
1079           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1080         </div>
1081       </td>
1082       <td><div align="left">
1083           <em></em>
1084           <ul>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1087               for disabling automatic superposition of multiple
1088               structures and open structures in existing views
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1092               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1093               adjust them.
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1097               Ensembl services
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1101               and lots of hidden columns
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1105               of features (particularly when transparency is disabled)
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1109               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1110               generally available
1111             </li>
1112           </ul>
1113           </div>
1114       </td>
1115       <td><div align="left">
1116           <ul>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1119               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1123               overlapping alignment panel
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1127               sequence as gaps
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1131               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1132               UTR
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1136               factor annotation not added to sequence when local PDB
1137               file associated with it by drag'n'drop or structure
1138               chooser
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1142               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1146               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1150               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1154               columns in annotation row
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1158               honored in batch mode
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1162               for structures added to existing Jmol view
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1166               entries after importing project with multiple views
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1170               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1171               with negative residue numbers or missing residues fails
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1175               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1176               as generated by CONSURF)
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1180               tooltip doesn't include a text description of mutation
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1184               structure and/or overview windows are also shown
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1188               very slow for alignments with large numbers of sequences
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1192               with 'StringIndexOutOfBounds'
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1196               platforms running Java 10
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1200               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>Applet</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1207               should copy the group consensus when popup is opened on it
1208             </li>
1209           </ul>
1210           <em>Batch Mode</em>
1211           <ul>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1214           </li>
1215           </ul>
1216           <em>New Known Defects</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1220               editing a large alignment and overview is displayed
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1224               repeatedly after a series of edits even when the overview
1225               is no longer reflecting updates
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1229               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1230               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1231               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1235               option gives blank output
1236             </li>
1237           </ul>
1238         </div>
1239           </td>
1240     </tr>
1241     <tr>
1242       <td width="60" nowrap>
1243         <div align="center">
1244           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1245         </div>
1246       </td>
1247       <td><div align="left">
1248           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1249               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1250       <td><div align="left">
1251           <em>Desktop</em><ul>
1252           <ul>
1253             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1254             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1255             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1256             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1257             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1258             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1259             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1260           </ul>
1261           </div>
1262       </td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td width="60" nowrap>
1266         <div align="center">
1267           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1268         </div>
1269       </td>
1270       <td><div align="left">
1271           <em></em>
1272           <ul>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1275               rendering of sequence features
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1279               429 rate limit request hander
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1283               their colours have changed
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1287               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1291               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1295               view from Ensembl locus cross-references
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1299               Alignment report
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1303               feature can be disabled
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1307               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1311               Uniprot
1312             </li>
1313           </ul>
1314           <em>Scripting</em>
1315           <ul>
1316             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1317             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1318               percent identity scores for current alignment.</li>
1319           </ul>
1320           <em>Testing and Deployment</em>
1321           <ul>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1324             </li>
1325           </ul>
1326         </div></td>
1327       <td><div align="left">
1328           <em>General</em>
1329           <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1332               threshold text field doesn't trigger an update to the
1333               alignment view
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1337               strings in parallel
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1341               alignment window is closed
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1345               group visibility
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1349               takes a long time in Cursor mode
1350             </li>
1351           </ul>
1352           <em>Desktop</em>
1353           <ul>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1356               cannot be viewed in Chimera
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1360               CDS/Protein view
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1364               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1365               Search Dialogs
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1375               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1379               scrolling right in unwapped alignment view
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1383               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1384               database
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1388               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1392               features of same type and group to be selected for
1393               amending
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1397               alignments when hidden columns are present
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1401               displaying several structures
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1405               moving a window
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1409               within the Jalview desktop on OSX
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1413               when in wrapped alignment mode
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1417               hand end of alignment
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1421               each selected sequence do not have correct start/end
1422               positions
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1426               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1430               restoring project until a new view is created
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1434               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1435               configured (since 2.10.2b2)
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1439               position is adjusted
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1443               in a multi-chain structure when viewing alignment
1444               involving more than one chain (since 2.10)
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1448               if new selection moves alignment window
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1452               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1456               that produces correctly annotated transcripts and products
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1460               doesn't update associated structure view
1461             </li>
1462           </ul>
1463           <em>Applet</em><br />
1464           <ul>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1467               closing alignment panel
1468             </li>
1469           </ul>
1470           <em>BioJSON</em><br />
1471           <ul>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1474               non-positional features
1475             </li>
1476           </ul>
1477           <em>New Known Issues</em>
1478           <ul>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1481               sequence features correctly (for many previous versions of
1482               Jalview)
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1486               using cursor in wrapped panel other than top
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1490               graduated colour threshold
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1494               always preserve numbering and sequence features
1495             </li>
1496           </ul>
1497           <em>Known Java 9 Issues</em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1501               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1502               9.01, OSX 10.10)
1503             </li>
1504           </ul>
1505         </div></td>
1506     </tr>
1507     <tr>
1508       <td width="60" nowrap>
1509         <div align="center">
1510           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1511             <em>2/10/2017</em></strong>
1512         </div>
1513       </td>
1514       <td><div align="left">
1515           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1516           <ul>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1519             </li>
1520             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1521             </li>
1522           </ul>
1523         </div></td>
1524       <td><div align="left">
1525         </div></td>
1526     </tr>
1527     <tr>
1528       <td width="60" nowrap>
1529         <div align="center">
1530           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1531             <em>7/9/2017</em></strong>
1532         </div>
1533       </td>
1534       <td><div align="left">
1535           <em></em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1539               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1540               white)
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1544               Preferences
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1548               in size and progress bar shown as higher resolution
1549               overview is recalculated
1550             </li>
1551
1552           </ul>
1553         </div></td>
1554       <td><div align="left">
1555           <em></em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1559               column region row by row
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1563               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1567               format setting is unticked
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1571               if group has show boxes format setting unticked
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1575               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1576               include sequences and columns not currently displayed
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1580               assemblies are imported via CIF file
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1584               displayed when threshold or conservation colouring is also
1585               enabled.
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1589               server version
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1593               dragging a selected region off the visible region of the
1594               alignment
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1598               colourscheme to all groups in a view
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1602               initially after font size change using the Font chooser or
1603               middle-mouse zoom
1604             </li>
1605           </ul>
1606         </div></td>
1607     </tr>
1608     <tr>
1609       <td width="60" nowrap>
1610         <div align="center">
1611           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1612         </div>
1613       </td>
1614       <td><div align="left">
1615           <em>Calculations</em>
1616           <ul>
1617
1618             <li>
1619               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1620               ungapped positions in each column of the alignment.
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1624               a calculation dialog box
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1628               and memory efficiency (~30x faster)
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1632               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1633               and other calculations
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1637               files within the Jalview codebase
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1641               Similarity may have different topology due to increased
1642               precision
1643             </li>
1644           </ul>
1645           <em>Rendering</em>
1646           <ul>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1649               model for alignments and groups
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1653               scripts
1654             </li>
1655           </ul>
1656           <em>Overview</em>
1657           <ul>
1658             <li>
1659               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1660               with alignment and overview windows
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1664               overview
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1668               omitted in Overview
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1672               adjustment of visible position
1673             </li>
1674           </ul>
1675
1676           <em>Data import/export</em>
1677           <ul>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1680               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1684               annotation input/output via stockholm flatfile
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1688               extension when importing structure files without embedded
1689               names or PDB accessions
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1693               format sequence substitution matrices
1694             </li>
1695           </ul>
1696           <em>User Interface</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1700               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1701               the application.
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1705               via Overview or sequence motif search operations
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1709               opened by double clicking gaps within sequence feature
1710               extent
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1714               aligned positions were available to create a 3D structure
1715               superposition.
1716             </li>
1717           </ul>
1718           <em>3D Structure</em>
1719           <ul>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1722               coloured in linked structure views
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1726               file-based command exchange
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1730               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1731               structures are already available for sequences
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1735               the Jalview project rather than downloaded again when the
1736               project is reopened.
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1740               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1741               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1742                 Feature</strong>)
1743             </li>
1744           </ul>
1745           <em>Web Services</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1752               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1753               Analysis services
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1757               cross-references provided by identifiers.org and the
1758               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1759             </li>
1760           </ul>
1761
1762           <em>Scripting</em>
1763           <ul>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1766               identifying file formats (instead of String constants)
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1770               efficiency when counting all displayed features (not
1771               backwards compatible with 2.10.1)
1772             </li>
1773           </ul>
1774           <em>Example files</em>
1775           <ul>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1778               included in the example feature file
1779             </li>
1780           </ul>
1781           <em>Documentation</em>
1782           <ul>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1785               with the built-in Java help viewer
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1789               sequence description' option
1790             </li>
1791           </ul>
1792           <em>Test Suite</em>
1793           <ul>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1796               Uniprot REST Free Text Search Client
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1803               during tests
1804             </li>
1805           </ul>
1806         </div></td>
1807       <td><div align="left">
1808           <em>Calculations</em>
1809           <ul>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1812               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1813               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1814             </li>
1815             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1816               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1817               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1818               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1819               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1820               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1821               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1822               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1823               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1824               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1825               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1826               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1827               // for 2.10.1 mode <br />
1828               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1829               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1830                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1831                 calculations (not recommended)</em></li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1834               scaling of branch lengths for trees computed using
1835               Sequence Feature Similarity.
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1839               generating output report when working with highly
1840               redundant alignments
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1844               right of selected region when gaps present on right-hand
1845               boundary
1846             </li>
1847           </ul>
1848           <em>User Interface</em>
1849           <ul>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1852               doesn't reselect a specific sequence's associated
1853               annotation after it was used for colouring a view
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1857               opened on a region of alignment without groups
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1861               of an alignment with overlapping groups
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1865               name and description match
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1869               hidden regions results in incorrect hidden regions
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1873               changing colour does not apply Conservation slider value
1874               to all groups
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1878               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1882               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1886               gaps before start of features
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1890               restored to UI when feature colour is edited
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1894               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1898               as graduate feature colour settings are modified via the
1899               dialog box
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1903               when a group defined on the alignment is resized
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1907               wrapped view result in positional status updates
1908             </li>
1909
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1912               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1916               alignment included gapped columns
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1920               widgets don't permanently disappear
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1924               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1925               T-Coffee column reliability scores)
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1929               sequence feature on gaps only
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1933               button from a Find inherit previously defined feature type
1934               rather than the Find query string
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1938               exporting tree calculated in Jalview
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1942               and then revealing them reorders sequences on the
1943               alignment
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1947               doesn't update to reflect available set of groups after
1948               interactively adding or modifying features
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1952               Linux
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1956               only excluded gaps in current sequence and ignored
1957               selection.
1958             </li>
1959           </ul>
1960           <em>Rendering</em>
1961           <ul>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1964               erratically when hidden rows or columns are present
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1968               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1969               sequence colouring
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1973               colour and group colour menu for protein alignments
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1977               reflect currently selected view or group's shading
1978               thresholds
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1982               when rendered on overview and structures when opacity at
1983               100%
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1987               overview when features overlaid on alignment
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1991               recovered correctly from Jalview project file
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1995               (automatically via preferences) are different to the main
1996               alignment panel
1997             </li>
1998           </ul>
1999           <em>Data import/export</em>
2000           <ul>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2003               load
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2007               added after a sequence was imported are not written to
2008               Stockholm File
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2012               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2016               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2020               with lightGray or darkGray via features file (but can
2021               specify lightgray)
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2025               when alignment view imported from project
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2029               structure and sequences extracted from structure files
2030               imported via URL and viewed in Jmol
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2034               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2035               the project is loaded and the structure viewed
2036             </li>
2037           </ul>
2038           <em>Web Services</em>
2039           <ul>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2042               release of Ensembl v.88
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2046               appear enabled in Preferences->Connections
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2050               removed from console output
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2054               Ensembl by Peptide ID
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2058               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2059               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2060               due to 'null' string rather than empty string used for
2061               residues with no corresponding PDB mapping).
2062             </li>
2063           </ul>
2064           <em>Application UI</em>
2065           <ul>
2066             <li>
2067               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2068               menu
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2072               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2073               new documentation and tooltips added)
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2077               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2081               new features are added to alignment
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2085               changes to feature colours via the Amend features dialog
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2089               edit graduated feature colour via amend features dialog
2090               box
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2094               selection menu changes colours of alignment views
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2098               from alignment calculation workers after alignment has
2099               been closed
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2103               groups now 'Create Group'
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2107               Create/Undefine group doesn't always work
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2111               shown again after pressing 'Cancel'
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2115               adjusts start position in wrap mode
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2119               ambiguous amino acids
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2123               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2124               proteins
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2128               Defined' don't appear in Colours menu
2129             </li>
2130           </ul>
2131           <em>Applet</em>
2132           <ul>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2135               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2139               overview or linked structure view
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2143               work (since 2.8)
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2147               user-defined colourscheme doesn't restore original
2148               colourscheme
2149             </li>
2150           </ul>
2151           <em>Test Suite</em>
2152           <ul>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2155               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2159               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2160               problems with deep array comparison equality asserts in
2161               successive versions of TestNG
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2165               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2166             </li>
2167           </ul>
2168           <em>New Known Issues</em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2172               phase after a sequence motif find operation
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2176               containing just upper and lower case letters are
2177               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2181               reliably from eggnog Ortholog database
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2185               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2186               to mark columns containing highlighted regions.
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2190               doesn't always add secondary structure annotation.
2191             </li>
2192           </ul>
2193         </div>
2194     <tr>
2195       <td width="60" nowrap>
2196         <div align="center">
2197           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2198         </div>
2199       </td>
2200       <td><div align="left">
2201           <em>General</em>
2202           <ul>
2203             <li>
2204               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2205               for all consensus calculations
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2209               3rd Oct 2016)
2210             </li>
2211             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2212               for 2016-2017</li>
2213           </ul>
2214           <em>Application</em>
2215           <ul>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2218               set of database cross-references, sorted alphabetically
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2222               from database cross references. Users with custom links
2223               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2224                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2228               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2229               Chimera session
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2233               the Chimera it is connected to is shut down
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2237               columns menu item to mark columns containing highlighted
2238               regions (e.g. from structure selections or results of a
2239               Find operation)
2240             </li>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2243               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2244               MSAviewer
2245             </li>
2246           </ul>
2247         </div></td>
2248       <td>
2249         <div align="left">
2250           <em>General</em>
2251           <ul>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2254               are not coloured or thresholded according to percent
2255               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2259               hydrophobic
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2263               threshold, amino acid properties)
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2267               reported as mapped to residues in a structure file in the
2268               View Mapping report
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2272               could be added multiple times to a sequence
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2276               bond features shown as two highlighted residues rather
2277               than a range in linked structure views, and treated
2278               correctly when selecting and computing trees from features
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2282               cross-references are matched to database name regardless
2283               of case
2284             </li>
2285
2286           </ul>
2287           <em>Application</em>
2288           <ul>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2291               names without regular expressions also offer links from
2292               Sequence ID
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2296               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2297               update Jalview configuration
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2301               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2305               files with similarly named sequences if dropped onto the
2306               alignment
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2310               entries where more chains exist in the PDB accession than
2311               are reported in the SIFTS file
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2315               the structure view when displayed with Chimera
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2319               panel's View->Show Chains submenu
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2323               work for wrapped alignment views
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2327               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2331               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2332               first annotation row
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2336               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2340               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2341             </li>
2342             <!-- JAL-2319 -->
2343             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2344             coordindate data
2345             </li>
2346           </ul>
2347           <!--           <em>New Known Issues</em>
2348           <ul>
2349             <li></li>
2350           </ul> -->
2351         </div>
2352       </td>
2353     </tr>
2354     <td width="60" nowrap>
2355       <div align="center">
2356         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2357           <em>25/10/2016</em></strong>
2358       </div>
2359     </td>
2360     <td><em>Application</em>
2361       <ul>
2362         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2363           view if structures already loaded</li>
2364         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2365           structure views</li>
2366       </ul></td>
2367     <td>
2368       <div align="left">
2369         <em>General</em>
2370         <ul>
2371           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2372             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2373           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2374             example sequences/projects/trees</li>
2375         </ul>
2376         <em>Application</em>
2377         <ul>
2378           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2379             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2380           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2381             without timeout for structures with multiple models or
2382             multiple sequences in alignment</li>
2383           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2384             PDB ID HEADER line</li>
2385           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2386             is performed</li>
2387           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2388             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2389           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2390           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2391             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2392             option</li>
2393           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2394             is created on the alignment</li>
2395           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2396             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2397             pop-up menu</li>
2398         </ul>
2399         <em>Build and deployment</em>
2400         <ul>
2401           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2402             tags</li>
2403         </ul>
2404         <em>New Known Issues</em>
2405         <ul>
2406           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2407             on Windows</li>
2408         </ul>
2409       </div>
2410     </td>
2411     </tr>
2412     <tr>
2413       <td width="60" nowrap>
2414         <div align="center">
2415           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2416         </div>
2417       </td>
2418       <td><em>General</em>
2419         <ul>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2422           </li>
2423           <li>
2424             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2425             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2426             better PDB parsing.
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2430             reference sequence
2431           </li>
2432           <li>
2433             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2434             mousing over sequence associated annotation
2435           </li>
2436           <li>
2437             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2438             for manual entry
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2442             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2443             for each column
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2447             showing or hiding columns containing a feature
2448           </li>
2449           <li>
2450             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2451             group and sequence associated annotation labels
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2455             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2456             dialogs
2457           </li>
2458
2459         </ul> <em>Application</em>
2460         <ul>
2461           <li>
2462             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2463             gene/transcript view
2464           </li>
2465           <li>
2466             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2467             dialog
2468           </li>
2469           <li>
2470             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2471             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2475             Pfam sources to xfam.org
2476           </li>
2477           <li>
2478             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2479           </li>
2480           <li>
2481             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2482             over sequences in Jalview
2483           </li>
2484           <li>
2485             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2486             regions in ENA and EMBL
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2490             for record retrieval via ENA rest API
2491           </li>
2492           <li>
2493             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2494             complement operator
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2498             groovy script execution
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2502             alignment window's Calculate menu
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2506             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2510             calculation workers from groovy scripts
2511           </li>
2512           <li>
2513             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2514             Jalview projects
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2518             associations are now saved/restored from project
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2522             before sequence fetcher is opened
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2526             database chooser opens a sequence fetcher
2527           </li>
2528           <li>
2529             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2530             the UniProt REST API
2531           </li>
2532           <li>
2533             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2534             the news reader opening
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2538             querying stored in preferences
2539           </li>
2540           <li>
2541             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2542             search results
2543           </li>
2544           <li>
2545             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2546           </li>
2547           <li>
2548             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2549             menu for nucleotide sequences
2550           </li>
2551           <li>
2552             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2553             and feature counts preserves alignment ordering (and
2554             debugged for complex feature sets).
2555           </li>
2556           <li>
2557             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2558             viewing structures with Jalview 2.10
2559           </li>
2560           <li>
2561             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2562             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2563             Ensembl Genomes REST API
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2567             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2568             (Ensembl)
2569           </li>
2570           <li>
2571             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2572             sequences
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2576             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2577             data from external database records.
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2581             efficient recovery of sequence coding and alignment
2582             annotation relationships.
2583           </li>
2584         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2585         <ul>
2586           <li>
2587             -- JAL---
2588           </li>
2589         </ul> --></td>
2590       <td>
2591         <div align="left">
2592           <em>General</em>
2593           <ul>
2594             <li>
2595               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2596               menu on OSX
2597             </li>
2598             <li>
2599               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2600               includes graduated colourschemes
2601             </li>
2602             <li>
2603               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2604               working with big alignments and lots of hidden columns
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2608               at right of alignment window
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2612               contents
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2616               for DNA alignments
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2620               based tree calculation
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2624               unconserved enabled for group on alignment
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2628               set as reference
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2632               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2633               annotation
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2637               hidden columns present
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2641               user created annotation added to alignment
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2645               '()' base pair annotation
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2649               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2650               Consensus
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2654               feature not working
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2658               beginning of sequence
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2662               entry 3a6s
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2666               from a tree when t-coffee scores are shown
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2670               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2674               some structures
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2678               to Clustal, PIR and PileUp output
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2682               not visible causes alignment window to repaint
2683             </li>
2684             <li>
2685               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2686               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2687               scores associated with features and annotation rows
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2691               calculation should be case independent
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2695               columns
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2699               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2700               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2704               problems when reference sequence defined and 'show
2705               non-conserved' enabled
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2709               load even when Consensus calculation is disabled
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2713               alignment does nothing
2714             </li>
2715           </ul>
2716           <em>Application</em>
2717           <ul>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2720               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2721               yet fixed for El Capitan)
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2725               output when running on non-gb/us i18n platforms
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2729               hidden sequences as flat-file alignment
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2733               launching Chimera
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2737               (also hotfix for 2.9.0b2)
2738             </li>
2739             <li>
2740               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2741               reference sequence defined
2742             </li>
2743             <li>
2744               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2745               alignments and views when revealing hidden columns
2746             </li>
2747             <li>
2748               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2749               view in a cDNA/Protein splitframe
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2753               sequence from project when only one sequence is
2754               represented
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2758               in Structure Chooser
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2762               structure consensus didn't refresh annotation panel
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2766               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2770               dialogs format columns correctly, don't display array
2771               data, sort columns according to type
2772             </li>
2773             <li>
2774               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2775               file chooser is cancelled during an image export
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2779               sequence name containing special characters
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2783               case insensitive
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2787               formatting don't wrap
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2791               truncated so L looks like I in consensus annotation
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2795               currently displayed features for the current selection or
2796               view
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2800               after fetching cross-references, and restoring from
2801               project
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2805               followed in the structure viewer
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2809               splitframe not restored from project
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2813               trailing end of protein alignment in transcript/product
2814               splitview when pad-gaps not enabled by default
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2818               is case dependent
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2822               article has been read (reopened issue due to
2823               internationalisation problems)
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2827               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2828               cross-references
2829             </li>
2830
2831             <li>
2832               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2833               alignment as HTML
2834             </li>
2835             <li>
2836               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2837               multiple structures are shown for one or more sequences.
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2841               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2842               is enabled.
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2846               specific PDB id for sequence
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2850               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2851               columns' is disabled.
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2855               selects lowest rather than highest resolution structures
2856               for each sequence
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2860               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2864               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2868               after clicking on it to create new annotation for a
2869               column.
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2873               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2874             </li>
2875             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2876             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2877           </ul>
2878           <em>Applet</em>
2879           <ul>
2880             <li>
2881               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2882               hidden columns present before start of sequence
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2886               (JSON jars)
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2890               sequences are hidden in applet
2891             </li>
2892             <li>
2893               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2894               deployment on examples pages.
2895             </li>
2896           </ul>
2897         </div>
2898       </td>
2899     </tr>
2900     <tr>
2901       <td width="60" nowrap>
2902         <div align="center">
2903           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2904             <em>16/10/2015</em></strong>
2905         </div>
2906       </td>
2907       <td><em>General</em>
2908         <ul>
2909           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2910             jars</li>
2911         </ul></td>
2912       <td>
2913         <div align="left">
2914           <em>Application</em>
2915           <ul>
2916             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2917               shown when tree is partitioned</li>
2918             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2919               multiple cDNA/Protein split views</li>
2920           </ul>
2921         </div>
2922       </td>
2923     </tr>
2924     <tr>
2925       <td width="60" nowrap>
2926         <div align="center">
2927           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2928             <em>8/10/2015</em></strong>
2929         </div>
2930       </td>
2931       <td><em>General</em>
2932         <ul>
2933           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2934             2.9</li>
2935         </ul> <em>Application</em>
2936         <ul>
2937           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2938           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2939           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2940         </ul> <em>Applet</em>
2941         <ul>
2942           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2943         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2944         <ul>
2945           <li>
2946             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2947             suite
2948           </li>
2949         </ul></td>
2950       <td>
2951         <div align="left">
2952           <em>General</em>
2953           <ul>
2954             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2955               incorrect when sequence start > 1</li>
2956             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2957               documentation</li>
2958             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2959             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2960               loading a features file containing HTML tags in feature
2961               description</li>
2962
2963           </ul>
2964           <em>Application</em>
2965           <ul>
2966             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2967               reimport</li>
2968             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2969               with 'trim retrieved sequences'</li>
2970             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2971               deleting selected columns</li>
2972             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2973               JNLP templates for webstart launch</li>
2974             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2975               unreleased structures for download or viewing</li>
2976             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2977               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2978             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2979               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2980             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2981               recovered from jalview project</li>
2982             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2983               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2984               alignment view</li>
2985             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2986               color schemes from BioJSON</li>
2987           </ul>
2988           <em>Applet</em>
2989           <ul>
2990             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2991               frame</li>
2992             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2993           </ul>
2994         </div>
2995       </td>
2996     </tr>
2997     <tr>
2998       <td><div align="center">
2999           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3000         </div></td>
3001       <td><em>General</em>
3002         <ul>
3003           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3004             alignments:
3005             <ul>
3006               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3007                 and DNA alignment views</li>
3008               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3009                 cDNA alignment views</li>
3010               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3011                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3012               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3013                 protein sequences</li>
3014             </ul>
3015           </li>
3016           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3017           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3018             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3019           <li>New alignment annotation file statements for
3020             reference sequences and marking hidden columns</li>
3021           <li>Reference sequence based alignment shading to
3022             highlight variation</li>
3023           <li>Select or hide columns according to alignment
3024             annotation</li>
3025           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3026           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3027             acid conservation row</li>
3028           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3029         </ul> <em>Application</em>
3030         <ul>
3031           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3032             <ul>
3033               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3034                 view with cDNA/Protein</li>
3035               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3036                 sequences are placed in the same alignment</li>
3037               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3038                 projects</li>
3039             </ul>
3040           </li>
3041
3042           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3043           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3044             Jalview windows</li>
3045
3046           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3047           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3048           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3049             be shown in VARNA</li>
3050
3051           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3052             as the active selected region</li>
3053
3054           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3055             similarity</li>
3056           <li>New Export options
3057             <ul>
3058               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3059                 region export in flat file generation</li>
3060
3061               <li>Export alignment views for display with the <a
3062                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3063
3064               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3065               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3066                 alignment figures to HTML</li>
3067           </li>
3068           <li>3D structure retrieval and display
3069             <ul>
3070               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3071                 Search API</li>
3072               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3073                 PDB structures for a sequence set</li>
3074             </ul>
3075           </li>
3076
3077           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3078             predictions</li>
3079           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3080             for one or a group of sequences</li>
3081           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3082             from the JPred4 web server</li>
3083           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3084             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3085             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3086           </li>
3087           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3088             VARNA 2D Structure'</li>
3089           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3090             Structure ..."</li>
3091
3092         </ul> <em>Applet</em>
3093         <ul>
3094           <li>New layout for applet example pages</li>
3095           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3096             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3097           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3098             Protein alignments</li>
3099         </ul> <em>Development and deployment</em>
3100         <ul>
3101           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3102           <li>Include installation type and git revision in build
3103             properties and console log output</li>
3104           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3105             storing BioJsMSA Templates</li>
3106           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3107         </ul></td>
3108       <td>
3109         <!-- <em>General</em>
3110         <ul>
3111         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3112         <ul>
3113           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3114           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3115           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3116             predictions are not highlighted in amber</li>
3117           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3118             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3119           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3120             associated structure views</li>
3121           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3122             width checkbox not enabled</li>
3123           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3124             creating user defined colours</li>
3125           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3126             mappings for just that viewer's sequences</li>
3127           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3128             multiple models in Chimera</li>
3129           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3130             over Jmol structure</li>
3131           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3132             output to text box</li>
3133           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3134             have incorrect sequence start/end</li>
3135           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3136             Jalview fails</li>
3137           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3138             work for nucleotide</li>
3139           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3140             to a grey/invisible alignment window</li>
3141           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3142             imports to different position</li>
3143           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3144             on some platforms</li>
3145           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3146             populated</li>
3147           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3148             console if Chimera has been opened</li>
3149           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3150           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3151             retrieved</li>
3152           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3153           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3154             either sequence shows on first structure</li>
3155           <li>'Show annotations' options should not make
3156             non-positional annotations visible</li>
3157           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3158             in right place after 'view flanking regions'</li>
3159           <li>File Save As type unset when current file format is
3160             unknown</li>
3161           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3162             projects</li>
3163           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3164             responsive</li>
3165           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3166             several views on same alignment</li>
3167           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3168           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3169             spaces</li>
3170         </ul> <em>Applet</em>
3171         <ul>
3172           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3173           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3174             descriptions containing angle brackets</li>
3175         </ul> <em>General</em>
3176         <ul>
3177           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3178             via jalview annotation file</li>
3179           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3180             with RNA secondary structure</li>
3181           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3182             translation doesn't work.</li>
3183           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3184           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3185             positions</li>
3186           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3187             choosing 1pt font</li>
3188           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3189             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3190             'h'</li>
3191           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3192             new feature</li>
3193           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3194             order dependent</li>
3195           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3196             sequences</li>
3197           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3198         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3199         <ul>
3200           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3201             www.jalview.org</li>
3202         </ul> <em>Application Known issues</em>
3203         <ul>
3204           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3205           <li>Misleading message appears after trying to delete
3206             solid column.</li>
3207           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3208             version launches</li>
3209           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3210             fails with a sequence mismatch</li>
3211           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3212             scrolling alignment to right</li>
3213           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3214             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3215           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3216             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3217           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3218             ultra-high resolution</li>
3219           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3220             quality and conservation</li>
3221           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3222             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3223         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3224         <ul>
3225           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3226           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3227             window is being resized</li>
3228
3229         </ul>
3230       </td>
3231     </tr>
3232     <tr>
3233       <td><div align="center">
3234           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3235         </div></td>
3236       <td><em>General</em>
3237         <ul>
3238           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3239             Certum.PL.</li>
3240           <li>Features and annotation preserved when performing
3241             pairwise alignment</li>
3242           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3243             imported/exported/displayed</li>
3244           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3245             protein secondary structure</li>
3246           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3247               post-hoc with 2.9 release</em>)
3248           </li>
3249
3250         </ul> <em>Application</em>
3251         <ul>
3252           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3253             with 3D structures</li>
3254           <li>Support for parsing RNAML</li>
3255           <li>Annotations menu for layout
3256             <ul>
3257               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3258               <li>place sequence annotation above/below alignment
3259                 annotation</li>
3260             </ul>
3261           <li>Output in Stockholm format</li>
3262           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3263             translation</li>
3264           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3265           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3266             shared between alignments</li>
3267           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3268             Jalview</li>
3269           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3270             all or current selection</li>
3271           <li>disorder and secondary structure predictions
3272             available as dataset annotation</li>
3273           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3274
3275
3276           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3277             alignments from Rfam</li>
3278           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3279
3280           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3281             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3282           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3283           <li>include installation type in build properties and
3284             console log output</li>
3285           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3286             annotation</li>
3287         </ul></td>
3288       <td>
3289         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3290         <ul>
3291           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3292             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3293           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3294             alignment</li>
3295           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3296           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3297           <li>Double click on sequence associated annotation
3298             selects only first column</li>
3299           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3300             leaves shown in tree</li>
3301           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3302             properly</li>
3303           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3304           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3305             screen and buttons not visible</li>
3306           <li>author list isn't updated if already written to
3307             Jalview properties</li>
3308           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3309             from database</li>
3310           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3311           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3312             browser search window</li>
3313           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3314             in feature settings dialog</li>
3315           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3316             desktop</li>
3317           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3318             pass validation</li>
3319           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3320             fit on screen</li>
3321           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3322             tooltip</li>
3323           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3324             defined user preset</li>
3325           <li>MSA web services warns user if they were launched
3326             with invalid input</li>
3327           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3328             Java 8</li>
3329           <li>
3330             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3331             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3332             created
3333           </li>
3334
3335         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3336         <ul>
3337         </ul> <em>General</em>
3338         <ul>
3339         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3340         <ul>
3341           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3342             memory allocation</li>
3343           <li>launchApp service doesn't automatically open
3344             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3345           <li>
3346             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3347             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3348             1.7_055 is available
3349           </li>
3350         </ul> <em>Application Known issues</em>
3351         <ul>
3352           <li>
3353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3354             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3355             alignment to right
3356           </li>
3357           <li>
3358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3359             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3360             with large number of ID
3361           </li>
3362           <li>
3363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3364             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3365             start/end
3366           </li>
3367           <li>
3368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3369             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3370             structure tracks are rearranged
3371           </li>
3372           <li>
3373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3374             invalid rna structure positional highlighting does not
3375             highlight position of invalid base pairs
3376           </li>
3377           <li>
3378             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3379             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3380             project from alignment window file menu
3381           </li>
3382           <li>
3383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3384             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3385             structures
3386           </li>
3387           <li>
3388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3389             colour by RNA Helices not enabled when user created
3390             annotation added to alignment
3391           </li>
3392           <li>
3393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3394             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3395           </li>
3396         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3397         <ul>
3398           <li>
3399             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3400             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3401           </li>
3402           <li>
3403             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3404             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3405           </li>
3406
3407           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3408             when selected</li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411     </tr>
3412     <tr>
3413       <td><div align="center">
3414           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3415         </div></td>
3416       <td>
3417         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3418         <em>General</em>
3419         <ul>
3420           <li>Internationalisation of user interface (usually
3421             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3422           <li>Define/Undefine group on current selection with
3423             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3424           <li>Improved group creation/removal options in
3425             alignment/sequence Popup menu</li>
3426           <li>Sensible precision for symbol distribution
3427             percentages shown in logo tooltip.</li>
3428           <li>Annotation panel height set according to amount of
3429             annotation when alignment first opened</li>
3430         </ul> <em>Application</em>
3431         <ul>
3432           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3433             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3434           <li>Select columns containing particular features from
3435             Feature Settings dialog</li>
3436           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3437             sequences</li>
3438           <li>Update Jalview project format:
3439             <ul>
3440               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3441               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3442                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3443               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3444                 colouring</li>
3445             </ul>
3446           </li>
3447           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3448             (PAM250)</li>
3449           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3450             flanking regions for an alignment</li>
3451         </ul>
3452       </td>
3453       <td>
3454         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3455         <ul>
3456           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3457             running after job is cancelled</li>
3458           <li>cannot export features from alignments imported from
3459             Jalview/VAMSAS projects</li>
3460           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3461             float values</li>
3462           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3463             have 'display all symbols' flag set</li>
3464           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3465             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3466           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3467             Jalview</li>
3468           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3469             Lion/Webstart</li>
3470           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3471           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3472           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3473             alignment onto desktop</li>
3474           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3475             'extract scores' function</li>
3476           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3477             alignment window</li>
3478           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3479             performing IUPred disorder prediction</li>
3480           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3481             changing 'normalise logo' display setting</li>
3482           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3483             nothing matches query</li>
3484           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3485             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3486           </li>
3487           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3488             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3489           </li>
3490           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3491             Jalview's menu</li>
3492           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3493             'invalid literal/length code'</li>
3494           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3495             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3496           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3497             colourscheme</li>
3498
3499         </ul> <em>Applet</em>
3500         <ul>
3501           <li>Remove group option is shown even when selection is
3502             not a group</li>
3503           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3504             don't affect groups</li>
3505           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3506             colourscheme name</li>
3507           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3508             Annotation panel is not displayed</li>
3509           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3510             embedded windows</li>
3511         </ul> <em>Other</em>
3512         <ul>
3513           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3514             single sequence were not calculated</li>
3515           <li>annotation files that contain only groups imported as
3516             annotation and junk sequences</li>
3517           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3518             recognised as PFAM or BLC</li>
3519           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3520             doesn't affect background (2.8.0b1)
3521           <li></li>
3522           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3523           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3524             trailing gaps</li>
3525           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3526             registered correctly on import</li>
3527           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3528             certain alignments</li>
3529           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3530             existing annotation based 'use original colours'
3531             colourscheme loses original colours setting</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534     </tr>
3535     <tr>
3536       <td><div align="center">
3537           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3538             <em>30/1/2014</em></strong>
3539         </div></td>
3540       <td>
3541         <ul>
3542           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3543             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3544             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3545             open source project).
3546           </li>
3547           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3548           <li>Output in Stockholm format</li>
3549           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3550           <li>Export/import group and sequence associated line
3551             graph thresholds</li>
3552           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3553             ambiguity codes</li>
3554           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3555             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3556             works</li>
3557           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3558         </ul> <em>Other improvements</em>
3559         <ul>
3560           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3561           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3562             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3563           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3564             files</li>
3565           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3566           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3567             link but no description</li>
3568           <li>Select primary source when selecting authority in
3569             database fetcher GUI</li>
3570           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3571             Jalview</li>
3572           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3573         </ul>
3574       </td>
3575       <td>
3576         <ul>
3577           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3578             displayed</li>
3579           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3580             secondary structure annotation line</li>
3581           <li>Sequence database accessions not imported when
3582             fetching alignments from Rfam</li>
3583           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3584             identical IDs</li>
3585           <li>View all structures does not always superpose
3586             structures</li>
3587           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3588             reflect user or preset settings</li>
3589           <li>Null pointer exceptions for some services without
3590             presets or adjustable parameters</li>
3591           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3592             discover PDB xRefs</li>
3593           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3594             features with DAS</li>
3595           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3596             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3597           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3598             residue follows a gap</li>
3599           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3600             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3601           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3602             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3603           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3604             annotation already exists on alignment</li>
3605           <li>oninit javascript function should be called after
3606             initialisation completes</li>
3607           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3608             alignment window display</li>
3609           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3610           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3611             to annotation file</li>
3612           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3613             groups created</li>
3614           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3615             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3616           <li>Pressing return several times causes Number Format
3617             exceptions in keyboard mode</li>
3618           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3619             correct partitions for input data</li>
3620           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3621           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3622           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3623           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3624             mode</li>
3625           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3626             changes one row&#39;s threshold</li>
3627           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3628             doesn&#39;t open</li>
3629           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3630             quality histograms</li>
3631         </ul>
3632       </td>
3633     </tr>
3634     <tr>
3635       <td><div align="center">
3636           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3637         </div></td>
3638       <td><em>Application</em>
3639         <ul>
3640           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3641             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3642           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3643             preferences</li>
3644           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3645             in Jalview alignment window</li>
3646           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3647             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3648           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3649             RNA and ambiguity codes</li>
3650
3651           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3652           <li>Support fetching and database reference look up
3653             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3654             refs')</li>
3655           <li>Jalview project improvements
3656             <ul>
3657               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3658                 flag for annotation</li>
3659               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3660                 alignment</li>
3661               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3662                 Jalview project</li>
3663
3664             </ul>
3665           </li>
3666           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3667           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3668             running</li>
3669           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3670           <li>visual indication that web service results are still
3671             being retrieved from server</li>
3672           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3673             starts up for first time</li>
3674           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3675             services</li>
3676           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3677             client library</li>
3678           <li>Examples directory and Groovy library included in
3679             InstallAnywhere distribution</li>
3680         </ul> <em>Applet</em>
3681         <ul>
3682           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3683             visualization applet example</li>
3684         </ul> <em>General</em>
3685         <ul>
3686           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3687           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3688             defaults</li>
3689           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3690             calculation</li>
3691           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3692             matrices
3693           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3694             in HTML</li>
3695           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3696             structure contacts</li>
3697           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3698           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3699           <li>Parse sequence associated secondary structure
3700             information in Stockholm files</li>
3701           <li>HTML Export database accessions and annotation
3702             information presented in tooltip for sequences</li>
3703           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3704             style RNA alignment files</li>
3705           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3706             alignment</li>
3707           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3708             shade each sequence according to its associated alignment
3709             annotation</li>
3710           <li>New Jalview Logo</li>
3711         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3712         <ul>
3713           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3714           <li>New Website!</li>
3715         </ul></td>
3716       <td><em>Application</em>
3717         <ul>
3718           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3719             wsdbfetch REST service</li>
3720           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3721           <li>Filetype associations not installed for webstart
3722             launch</li>
3723           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3724             job execution in full once it is complete</li>
3725           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3726             uploaded via ali_file parameter</li>
3727           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3728           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3729           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3730             submitted for prediction</li>
3731           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3732             desktop window</li>
3733           <li>Putting fractional value into integer text box in
3734             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3735           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3736             windows 7</li>
3737           <li>View all structures fails with exception shown in
3738             structure view</li>
3739           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3740             escaped in a platform independent way</li>
3741           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3742             using proxy</li>
3743           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3744             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3745           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3746             failure when java web start temporary file caching is
3747             disabled</li>
3748           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3749             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3750           <li>Errors during processing of command line arguments
3751             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3752           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3753             DAS sources in sequence fetcher</li>
3754           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3755             dialog is shown</li>
3756           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3757           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3758           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3759           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3760             on OSX Mountain Lion</li>
3761           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3762             sequences with alignment annotation are pasted into the
3763             alignment</li>
3764           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3765             when loaded from Jalview project</li>
3766           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3767           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3768             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3769           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3770             associated with all views</li>
3771           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3772             annotation rows to new window</li>
3773         </ul> <em>Applet</em>
3774         <ul>
3775           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3776             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3777           <li>loading features via javascript API automatically
3778             enables feature display</li>
3779           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3780             work</li>
3781         </ul> <em>General</em>
3782         <ul>
3783           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3784           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3785             and then deselected</li>
3786           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3787           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3788             coloured with clustalx</li>
3789           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3790             exceptions and redraw errors</li>
3791           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3792             reconfigured view</li>
3793           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3794             colour</li>
3795           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3796             for lots of labels</li>
3797         </ul>
3798     </tr>
3799     <tr>
3800       <td>
3801         <div align="center">
3802           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3803         </div>
3804       </td>
3805       <td><em>Application</em>
3806         <ul>
3807           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3808           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3809           <li>View/alignment association menu to enable user to
3810             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3811             its colours/correspondences from</li>
3812           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3813           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3814             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3815           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3816           <li>Annotation row column label formatting attributes
3817             stored in project file</li>
3818           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3819             rows preserved in Jalview project file</li>
3820           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3821             saved using Desktop window menu</li>
3822           <li>Visual indication that command line arguments are
3823             still being processed</li>
3824           <li>Groovy script execution from URL</li>
3825           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3826             preferences</li>
3827           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3828             alignment with sequences that have high similarity and
3829             matching IDs</li>
3830           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3831           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3832             structures in same window</li>
3833           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3834           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3835             analysis function in its own submenu</li>
3836         </ul> <em>Applet</em>
3837         <ul>
3838           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3839             groups</li>
3840           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3841           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3842           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3843           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3844           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3845             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3846           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3847           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3848             parameters are treated as such</li>
3849           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3850             <ul>
3851               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3852               <li>Javascript callbacks for
3853                 <ul>
3854                   <li>Applet initialisation</li>
3855                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3856                 </ul>
3857               </li>
3858               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3859                 functions</li>
3860               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3861               <li>javascript structure viewer harness to pass
3862                 messages between Jmol and Jalview when running as
3863                 distinct applets</li>
3864               <li>sortBy method</li>
3865               <li>Set of applet and application examples shipped
3866                 with documentation</li>
3867               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3868                 javascript message exchange</li>
3869             </ul>
3870         </ul> <em>General</em>
3871         <ul>
3872           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3873             multiple alignments</li>
3874           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3875           <li>User configurable link to enable redirects to a
3876             www.Jalview.org mirror</li>
3877           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3878           <li>Configurable newline string when writing alignment
3879             and other flat files</li>
3880           <li>Allow alignment annotation description lines to
3881             contain html tags</li>
3882         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3883         <ul>
3884           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3885             examples</li>
3886           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3887             using a web service before displaying the result in the
3888             Jalview desktop</li>
3889           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3890           <li>Ant target to publish example html files with applet
3891             archive</li>
3892           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3893           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3894         </ul></td>
3895       <td><em>Application</em>
3896         <ul>
3897           <li>User defined colourscheme throws exception when
3898             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3899           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3900             dialog for valid filename/format</li>
3901           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3902           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3903             P37173</li>
3904           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3905             which sequence is to be associated with the file</li>
3906           <li>Find All raises null pointer exception when query
3907             only matches sequence IDs</li>
3908           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3909           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3910             2.4 cannot be loaded</li>
3911           <li>Filetype associations not installed for webstart
3912             launch</li>
3913           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3914             with sequences in different alignments do not get coloured
3915             by their associated sequence</li>
3916           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3917             not preserved when project is loaded</li>
3918           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3919             stored in Jalview project</li>
3920           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3921             Jalview project</li>
3922           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3923           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3924             by conservation</li>
3925           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3926             created on new view</li>
3927           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3928             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3929           <li>Alignment quality not updated after alignment
3930             annotation row is hidden then shown</li>
3931           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3932             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3933           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3934             properly</li>
3935           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3936             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3937           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3938           <li>Structures imported from file and saved in project
3939             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3940           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3941             job execution in full once it is complete</li>
3942         </ul> <em>Applet</em>
3943         <ul>
3944           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3945             annotation rows are displayed</li>
3946           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3947             codebase</li>
3948           <li>View follows highlighting does not work for positions
3949             in sequences</li>
3950           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3951           <li>Export features raises exception when no features
3952             exist</li>
3953           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3954             for javascript api is modified when separator string
3955             provided as parameter</li>
3956           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3957             alignment with no existing selection</li>
3958           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3959             to applet&#39;s codebase</li>
3960           <li>Status bar not updated after finished searching and
3961             search wraps around to first result</li>
3962           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3963             several Jalview applets causes race conditions and memory
3964             leaks</li>
3965           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3966             not sent from Jmol in applet</li>
3967           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3968             applet API fatally hang browser</li>
3969         </ul> <em>General</em>
3970         <ul>
3971           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3972             position with wrapped view and hidden regions</li>
3973           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3974             with/without hidden columns</li>
3975           <li>Sequence length given in alignment properties window
3976             is off by 1</li>
3977           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3978             import PDB like structure files</li>
3979           <li>Positional search results are only highlighted
3980             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3981           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3982           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3983             given sequence position</li>
3984           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3985             output</li>
3986           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3987             from nucleotide chains correctly</li>
3988           <li>Structure colours not updated when tree partition
3989             changed in alignment</li>
3990           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3991             parsed in interleaved stockholm</li>
3992           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3993             state</li>
3994           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3995             properly</li>
3996           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3997             properly associated with their pdb files</li>
3998         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3999         <ul>
4000           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4001             ApplyCopyright tool</li>
4002         </ul></td>
4003     </tr>
4004     <tr>
4005       <td>
4006         <div align="center">
4007           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4008         </div>
4009       </td>
4010       <td><em>Application</em>
4011         <ul>
4012           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4013             contact web services</li>
4014           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4015             service job window</li>
4016           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4017         </ul></td>
4018       <td>
4019         <ul>
4020           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4021             pir file emitted by Jalview</li>
4022           <li>Existing feature settings transferred to new
4023             alignment view created from cut'n'paste</li>
4024           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4025             parsing PDB files</li>
4026           <li>Consensus and conservation annotation rows
4027             occasionally become blank for all new windows</li>
4028           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4029             in wrapped view mode</li>
4030         </ul> <em>Application</em>
4031         <ul>
4032           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4033             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4034           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4035             parameter names</li>
4036           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4037             is down</li>
4038         </ul>
4039       </td>
4040     </tr>
4041     <tr>
4042       <td>
4043         <div align="center">
4044           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4045         </div>
4046       </td>
4047       <td><em>Application</em>
4048         <ul>
4049           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4050             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4051             (JABAWS)
4052           </li>
4053           <li>Web Services preference tab</li>
4054           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4055             preferences</li>
4056           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4057           <li>Superpose structures using associated sequence
4058             alignment</li>
4059           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4060             viewer</li>
4061         </ul> <em>Applet</em>
4062         <ul>
4063           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4064             link out mechanism</li>
4065         </ul> <em>Other</em>
4066         <ul>
4067           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4068             series 12</li>
4069           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4070             require Java 1.5</li>
4071           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4072             sequence annotation files</li>
4073           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4074             type colour specification</li>
4075           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4076             script to check if it being run in an interactive session or
4077             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4078         </ul></td>
4079       <td>
4080         <ul>
4081           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4082             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4083         </ul> <em>Application</em>
4084         <ul>
4085           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4086             selected Regions menu item</li>
4087           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4088             part of a valid accession ID</li>
4089           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4090             runs out of memory</li>
4091           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4092             analysis results</li>
4093           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4094             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4095           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4096         </ul> <em>Applet</em>
4097         <ul>
4098           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4099             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4100             defined.</li>
4101         </ul>
4102       </td>
4103     </tr>
4104     <tr>
4105       <td>
4106         <div align="center">
4107           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4108         </div>
4109       </td>
4110       <td></td>
4111       <td>
4112         <ul>
4113           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4114             sequence IDs</li>
4115           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4116             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4117           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4118             import correctly</li>
4119           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4120             number of columns are hidden</li>
4121           <li>annotation label popup menu not providing correct
4122             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4123             present</li>
4124           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4125             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4126           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4127             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4128
4129         </ul> <em>Applet</em>
4130         <ul>
4131           <li>annotation panel disappears when annotation is
4132             hidden/removed</li>
4133         </ul> <em>Application</em>
4134         <ul>
4135           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4136             alignment opened where annotation panel is visible but no
4137             annotations are present on alignment</li>
4138           <li>pasted region containing hidden columns is
4139             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4140           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4141             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4142           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4143             selected Rregions menu item.</li>
4144           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4145             'Un' or 'Non'conserved</li>
4146           <li>Sequence feature settings are being shared by
4147             multiple distinct alignments</li>
4148           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4149             changed</li>
4150           <li>double click on group annotation to select sequences
4151             does not propagate to associated trees</li>
4152           <li>Mac OSX specific issues:
4153             <ul>
4154               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4155                 window background</li>
4156               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4157                 name set correctly</li>
4158               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4159                 save feature colourscheme button</li>
4160             </ul>
4161           </li>
4162         </ul>
4163       </td>
4164     </tr>
4165     <tr>
4166
4167       <td>
4168         <div align="center">
4169           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4170         </div>
4171       </td>
4172       <td><em>New Capabilities</em>
4173         <ul>
4174           <li>URL links generated from description line for
4175             regular-expression based URL links (applet and application)
4176
4177           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4178             menu</li>
4179           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4180             structures</li>
4181           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4182             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4183           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4184             average score or total feature count for each sequence.</li>
4185           <li>Shading features by score or associated description</li>
4186           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4187             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4188           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4189             hide everything but the currently selected region.</li>
4190           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4191         </ul> <em>Application</em>
4192         <ul>
4193           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4194             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4195           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4196             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4197           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4198             database references and protein_name is parsed as
4199             description line (BioSapiens terms).</li>
4200           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4201             references in sequence ID tooltip from View menu in
4202             application.</li>
4203           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4204       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4205           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4206             conservation plots</li>
4207           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4208             and visualized as sequence logos</li>
4209           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4210             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4211           </li>
4212           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4213             when a new tree is opened.</li>
4214           <li>Jalview Java Console</li>
4215           <li>Better placement of desktop window when moving
4216             between different screens.</li>
4217           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4218             consensus annotation</li>
4219           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4220             Workflows</li>
4221           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4222             <ul>
4223               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4224                 used to preserve views, structures, and tree display
4225                 settings)</li>
4226               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4227                 command line</li>
4228               <li>Sharing of selected regions between views and
4229                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4230               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4231             </ul></li>
4232         </ul> <em>Applet</em>
4233         <ul>
4234           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4235           <li>New Parameters
4236             <ul>
4237               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4238                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4239                 opened.</li>
4240               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4241                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4242               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4243                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4244               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4245                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4246                 view</li>
4247               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4248                 increase the height or width of a cell in the alignment
4249                 grid relative to the current font size.</li>
4250             </ul>
4251           </li>
4252           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4253             tooltip</li>
4254         </ul> <em>Other</em>
4255         <ul>
4256           <li>Features format: graduated colour definitions and
4257             specification of feature scores</li>
4258           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4259             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4260             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4261           <li>XML formats extended to support graduated feature
4262             colourschemes, group associated annotation, and profile
4263             visualization settings.</li></td>
4264       <td>
4265         <ul>
4266           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4267             rather than description</li>
4268           <li>Non-positional features are now included in sequence
4269             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4270             visibility in tooltip).</li>
4271           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4272           <li>Added URL embedding instructions to features file
4273             documentation.</li>
4274           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4275             'X' in peptide product</li>
4276           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4277             sequence ID and sequence string and query strings do not
4278             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4279           <li>AMSA files only contain first column of
4280             multi-character column annotation labels</li>
4281           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4282             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4283             exported and re-imported)</li>
4284           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4285             name</li>
4286           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4287             as subsequence matches, and correctly reports total number
4288             of both.</li>
4289           <li>Application:
4290             <ul>
4291               <li>Better handling of exceptions during sequence
4292                 retrieval</li>
4293               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4294                 link text excludes the start_end suffix</li>
4295               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4296                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4297               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4298               <li>Sequence description lines properly shared via
4299                 VAMSAS</li>
4300               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4301                 data sources</li>
4302               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4303                 completes before alignment figures are generated.</li>
4304               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4305                 first time.</li>
4306               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4307                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4308               <li>User defined group colours properly recovered
4309                 from Jalview projects.</li>
4310             </ul>
4311           </li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314
4315     </tr>
4316     <tr>
4317       <td>
4318         <div align="center">
4319           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4320         </div>
4321       </td>
4322       <td>
4323         <ul>
4324           <li>Experimental support for google analytics usage
4325             tracking.</li>
4326           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4327         </ul>
4328       </td>
4329       <td>
4330         <ul>
4331           <li>Race condition in applet preventing startup in
4332             jre1.6.0u12+.</li>
4333           <li>Exception when feature created from selection beyond
4334             length of sequence.</li>
4335           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4336           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4337             all sequences with a given id</li>
4338           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4339             ID string searches</li>
4340           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4341             alignment to fail with exception</li>
4342         </ul> <em>Application Issues</em>
4343         <ul>
4344           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4345           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4346             data sources</li>
4347         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4348         <ul>
4349           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4350             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4351           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4352             version (java class versioning error fixed)</li>
4353         </ul>
4354       </td>
4355     </tr>
4356     <tr>
4357       <td>
4358
4359         <div align="center">
4360           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4361         </div>
4362       </td>
4363       <td><em>User Interface</em>
4364         <ul>
4365           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4366             translation and protein products</li>
4367           <li>Linked highlighting of structure associated with
4368             residue mapping to codon position</li>
4369           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4370             and 'clear' button</li>
4371           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4372             Tools menu</li>
4373           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4374             numeric data in description line</li>
4375           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4376           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4377             of sequence</li>
4378         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4379         <ul>
4380           <li>JPred3 web service</li>
4381           <li>Prototype sequence search client (no public services
4382             available yet)</li>
4383           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4384             PFAM</li>
4385           <li>URL Links created for matching database cross
4386             references as well as sequence ID</li>
4387           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4388         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4389         <ul>
4390           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4391             databases</li>
4392           <li>Generalised database reference retrieval and
4393             validation to all fetchable databases</li>
4394           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4395             sequence command</li>
4396         </ul> <em>Import and Export</em>
4397         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4398         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4399           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4400         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4401           File</li>
4402         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4403           triplet as name of colourscheme</li>
4404         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4405         <ul>
4406           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4407           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4408             alignments (experimental)</li>
4409           <li>Create new or select existing session to join</li>
4410           <li>load and save of vamsas documents</li>
4411         </ul> <em>Application command line</em>
4412         <ul>
4413           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4414             from applet)</li>
4415           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4416             of DAS servers to query for alignment features</li>
4417           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4418             that are also automatically queried for features</li>
4419           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4420             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4421         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4422         <ul>
4423           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4424             application (when using &quot;View in full
4425             application&quot;)</li>
4426         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4427         <ul>
4428           <li>feature group display control parameter</li>
4429           <li>debug parameter</li>
4430           <li>showbutton parameter</li>
4431         </ul> <em>Applet API methods</em>
4432         <ul>
4433           <li>newView public method</li>
4434           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4435           <li>Feature display control methods</li>
4436           <li>get list of currently selected sequences</li>
4437         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4438         <ul>
4439           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4440           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4441             Jalview release.</li>
4442           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4443             property controls execution of obfuscator</li>
4444           <li>Build target for generating source distribution</li>
4445           <li>Debug flag for javacc</li>
4446           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4447             jalview.bin.Cache</li>
4448           <li>Continuous Build Integration for stable and
4449             development version of Application, Applet and source
4450             distribution</li>
4451         </ul></td>
4452       <td>
4453         <ul>
4454           <li>selected region output includes visible annotations
4455             (for certain formats)</li>
4456           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4457             for editing</li>
4458           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4459           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4460           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4461           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4462             comments</li>
4463           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4464             filenames containing a ':'</li>
4465           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4466             global sequence features</li>
4467           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4468             references from alignment sequences goes to zero</li>
4469           <li>Close of tree branch colour box without colour
4470             selection causes cascading exceptions</li>
4471           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4472           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4473             file parsing fails.</li>
4474           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4475           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4476             not a valid output format</li>
4477           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4478             vamsas</li>
4479           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4480           <li>error messages passed up and output when data read
4481             fails</li>
4482           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4483             sequence is edited</li>
4484           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4485             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4486           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4487             filetype</li>
4488           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4489             import fixed for PFAM records</li>
4490           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4491             window list</li>
4492           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4493             can be read and written correctly to annotation file</li>
4494           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4495             correctly</li>
4496           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4497             non-italic font for representatives in Applet</li>
4498           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4499             Macs.</li>
4500           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4501             Applet)</li>
4502           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4503             due to null pointer exceptions</li>
4504           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4505             first column of alignment</li>
4506           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4507             July 2008</li>
4508           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4509             file is case-insensitive</li>
4510           <li>Sequence features read from Features file appended to
4511             all sequences with matching IDs</li>
4512           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4513             containing a sub-sequence</li>
4514           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4515           <li>feature and annotation file applet parameters
4516             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4517           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4518           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4519             splash-screen version check to complete</li>
4520           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4521             when passing them to the launchApp service</li>
4522           <li>display name and local features preserved in results
4523             retrieved from web service</li>
4524           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4525             sequence fetcher initialisation</li>
4526           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4527             dasobert DAS client</li>
4528           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4529             association</li>
4530           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4531             sequences
4532           </li>
4533         </ul>
4534       </td>
4535     </tr>
4536     <tr>
4537       <td>
4538         <div align="center">
4539           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4540         </div>
4541       </td>
4542       <td>
4543         <ul>
4544           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4545           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4546           <li>Slide sequences</li>
4547           <li>Edit sequence in place</li>
4548           <li>EMBL CDS features</li>
4549           <li>DAS Feature mapping</li>
4550           <li>Feature ordering</li>
4551           <li>Alignment Properties</li>
4552           <li>Annotation Scores</li>
4553           <li>Sort by scores</li>
4554           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4555         </ul>
4556       </td>
4557       <td>
4558         <ul>
4559           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4560           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4561           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4562           <li>Feature group display state in XML</li>
4563           <li>Feature ordering in XML</li>
4564           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4565           <li>Stockholm alignment properties</li>
4566           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4567           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4568           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4569           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4570         </ul>
4571       </td>
4572
4573     </tr>
4574     <tr>
4575       <td>
4576         <div align="center">
4577           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4578         </div>
4579       </td>
4580       <td>
4581         <ul>
4582           <li>Non standard characters can be read and displayed
4583           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4584             applet via textbox
4585           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4586             name &amp; description
4587           <li>Preference setting to display sequence name in
4588             italics
4589           <li>Annotation file format extended to allow
4590             Sequence_groups to be defined
4591           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4592             specified in preferences
4593           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4594             sequences
4595         </ul>
4596       </td>
4597       <td>
4598         <ul>
4599           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4600             installed
4601           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4602           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4603         </ul>
4604       </td>
4605     </tr>
4606     <tr>
4607       <td>
4608         <div align="center">
4609           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4610         </div>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>Multiple views on alignment
4615           <li>Sequence feature editing
4616           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4617           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4618           <li>Background dependent text colour
4619           <li>Right align sequence ids
4620           <li>User-defined lower case residue colours
4621           <li>Format Menu
4622           <li>Select Menu
4623           <li>Menu item accelerator keys
4624           <li>Control-V pastes to current alignment
4625           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4626           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4627           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4628
4629           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4630         </ul>
4631       </td>
4632       <td>
4633         <ul>
4634           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4635           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4636             calculations
4637           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4638             edits
4639           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4640             of alignment)
4641           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4642
4643           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4644             display correctly
4645           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4646           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4647             analysis results
4648           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4649             &#8739;
4650           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4651           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4652           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4653
4654         </ul>
4655       </td>
4656     </tr>
4657     <tr>
4658       <td>
4659         <div align="center">
4660           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4661         </div>
4662       </td>
4663       <td>
4664         <ul>
4665           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4666         </ul>
4667       </td>
4668       <td>
4669         <ul>
4670           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4671             sequence id panel has been resized</li>
4672           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4673             rendered</li>
4674           <li>Annotation files with sequence references - all
4675             elements in file are relative to sequence position</li>
4676           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4677         </ul>
4678       </td>
4679     </tr>
4680     <tr>
4681       <td>
4682         <div align="center">
4683           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4684         </div>
4685       </td>
4686       <td>
4687         <ul>
4688           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4689           <li>DAS Feature fetching</li>
4690           <li>Hide sequences and columns</li>
4691           <li>Export Annotations and Features</li>
4692           <li>GFF file reading / writing</li>
4693           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4694             files</li>
4695           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4696           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4697           <li>Applet can launch the full application</li>
4698           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4699             required)</li>
4700           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4701           <li>Applet can load sequences from parameter
4702             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4703           </li>
4704         </ul>
4705       </td>
4706       <td>
4707         <ul>
4708           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4709           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4710           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4711         </ul>
4712       </td>
4713     </tr>
4714     <tr>
4715       <td>
4716         <div align="center">
4717           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4718         </div>
4719       </td>
4720       <td>
4721         <ul>
4722           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4723           <li>Choose to match case when searching</li>
4724           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4725             expand the visible width and height of the alignment</li>
4726         </ul>
4727       </td>
4728       <td>
4729         <ul>
4730           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4731         </ul>
4732       </td>
4733     </tr>
4734     <tr>
4735       <td>
4736         <div align="center">
4737           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4738         </div>
4739       </td>
4740       <td>&nbsp;</td>
4741       <td>
4742         <ul>
4743           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4744           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4745             value</li>
4746         </ul>
4747       </td>
4748     </tr>
4749     <tr>
4750       <td>
4751         <div align="center">
4752           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4753         </div>
4754       </td>
4755       <td>
4756         <ul>
4757           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4758           <li>Keyboard editing</li>
4759           <li>Create sequence features from searches</li>
4760           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4761             alignments</li>
4762           <li>Features file allows grouping of features</li>
4763           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4764           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4765           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4766         </ul>
4767       </td>
4768       <td>
4769         <ul>
4770           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4771           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4772             descriptions saved.</li>
4773         </ul>
4774       </td>
4775     </tr>
4776     <tr>
4777       <td>
4778         <div align="center">
4779           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4780         </div>
4781       </td>
4782       <td>
4783         <ul>
4784           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4785           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4786           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4787             name for file output</li>
4788           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4789           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4790             used for HTML form input</li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793       <td>
4794         <ul>
4795           <li>HTML output writes groups and features</li>
4796           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4797           <li>File IO bugs</li>
4798         </ul>
4799       </td>
4800     </tr>
4801     <tr>
4802       <td>
4803         <div align="center">
4804           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4805         </div>
4806       </td>
4807       <td>
4808         <ul>
4809           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4810           <li>More options for PCA viewer</li>
4811         </ul>
4812       </td>
4813       <td>
4814         <ul>
4815           <li>GUI bugs resolved</li>
4816           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4817         </ul>
4818       </td>
4819     </tr>
4820     <tr>
4821       <td height="63">
4822         <div align="center">
4823           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4824         </div>
4825       </td>
4826       <td>
4827         <ul>
4828           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4829           <li>Jar files are executable</li>
4830           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4831         </ul>
4832       </td>
4833       <td>
4834         <ul>
4835           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4836           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4837           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4838         </ul>
4839       </td>
4840     </tr>
4841     <tr>
4842       <td>
4843         <div align="center">
4844           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4845         </div>
4846       </td>
4847       <td>
4848         <ul>
4849           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4850         </ul>
4851       </td>
4852       <td>
4853         <ul>
4854           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4855         </ul>
4856       </td>
4857     </tr>
4858     <tr>
4859       <td>
4860         <div align="center">
4861           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4862         </div>
4863       </td>
4864       <td>
4865         <ul>
4866           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4867             size</li>
4868         </ul>
4869       </td>
4870       <td>
4871         <ul>
4872           <li>Improved JPred client reliability</li>
4873           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4874         </ul>
4875       </td>
4876     </tr>
4877     <tr>
4878       <td>
4879         <div align="center">
4880           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4881         </div>
4882       </td>
4883       <td>
4884         <ul>
4885           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4886           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4887           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4888             to Colour Menu</li>
4889           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4890           <li>Unix users can set default web browser</li>
4891           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4892           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4893         </ul>
4894       </td>
4895       <td>
4896         <ul>
4897           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4898         </ul>
4899       </td>
4900     </tr>
4901     <tr>
4902       <td>
4903         <div align="center">
4904           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4905         </div>
4906       </td>
4907       <td>&nbsp;</td>
4908       <td>
4909         <ul>
4910           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4911             alignment order.</li>
4912         </ul>
4913       </td>
4914     </tr>
4915     <tr>
4916       <td>
4917         <div align="center">
4918           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4919         </div>
4920       </td>
4921       <td>
4922         <ul>
4923           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4924           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4925           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4926             annotations.</li>
4927           <li>Version and build date written to build properties
4928             file.</li>
4929           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4930             at launch of Jalview.</li>
4931         </ul>
4932       </td>
4933       <td>
4934         <ul>
4935           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4936           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4937           <li>Can remove groups one by one.</li>
4938           <li>Filechooser icons installed.</li>
4939           <li>Finder ignores return character when searching.
4940             Return key will initiate a search.<br>
4941           </li>
4942         </ul>
4943       </td>
4944     </tr>
4945     <tr>
4946       <td>
4947         <div align="center">
4948           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4949         </div>
4950       </td>
4951       <td>
4952         <ul>
4953           <li>New codebase</li>
4954         </ul>
4955       </td>
4956       <td>&nbsp;</td>
4957     </tr>
4958   </table>
4959   <p>&nbsp;</p>
4960 </body>
4961 </html>