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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line argument to
 112             prevent automatic discovery of analysis webservices on
 113             launch
 114           </li>
 115           <li></li>
 116         </ul> <em>JalviewJS</em>
 117         <ul>
 118           <li>
 119             <!-- 3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 120             SIFTS
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL- -->
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL- -->
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL- -->
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 133             reported once per key (avoids excessive log output in js
 134             console)
 135           </li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 138             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 139           </li>
 140           <li></li>
 141         </ul> <em>Development</em>
 142         <ul>
 143           <li>
 144             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 145           </li>
 146           <li>Updated building instructions</li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 149             process, added support for system package provided eclipse
 150             installs on linux
 151           </li>
 152           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 153           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 154             Sur and Monterey</li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 157             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 158             the DMG
 159           </li>
 160           <li>
 161             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 162             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 163             Jalview Launcher
 164           </li>
 165
 166         </ul>
 167
 168       </td>
 169       <td>
 170         <ul>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 173             execution
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 177             disappears when only one structure is shown (and many
 178             sequences:one chain mappings are present)
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 182             the first SEQUENCE_GROUP defined
 183
 184           </li>
 185
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 188             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 189             trees (known defect from 2.11.1.3)
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 193             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 197             base in DNA sequences
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 201             Structure Preferences
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 211             modified graduated colour
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 215             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 216             clustal colouring is enabled
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 220           </li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 223             routing to stderr and appear as a raw template
 224           </li>
 225         </ul> <em>JalviewJS</em>
 226         <ul>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 229             down) percentage values causing a divide by zero
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- -->
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- -->
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- -->
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- -->
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 245             via Info.args when there are arguments on the URL
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 252             JalviewJS
 253           </li>
 254         </ul> <em>Development</em>
 255         <ul>
 256           <li>Gradle
 257             <ul>
 258               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 259               <li>
 260                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 261                 Gradle v.6.6+
 262               </li>
 263             </ul>
 264           </li>
 265
 266         </ul>
 267       </td>
 268     </tr>
 269     <tr>
 270       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 271           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 272           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 273       <td></td>
 274       <td align="left" valign="top">
 275         <ul>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 278             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 279             Unix/BSD OSs)
 280           </li>
 281         </ul> <em>Security</em>
 282         <ul>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 285             certificates.
 286           </li>
 287         </ul>
 288     </tr>
 289     <tr>
 290       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 291           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 292           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 293
 294       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 295         <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 298             2.16.0 to 2.17.0.
 299           </li>
 300         </ul></td>
 301       <td></td>
 302     </tr>
 303     <tr>
 304       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 305           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 306           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 307
 308       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 309         <ul>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 312             (was log4j 1.2.x).
 313         </ul> <em>Development</em>
 314         <ul>
 315           <li>Updated building instructions</li>
 316         </ul></td>
 317       <td>
 318         <ul>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 321             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 322             and display)
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 326             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 327             only)
 328           </li>
 329         </ul> <em>Development</em>
 330         <ul>
 331           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 332         </ul>
 333       </td>
 334     </tr>
 335     <tr>
 336       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 337           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 338           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 339       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 340           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 341         <ul>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 344             launch of the news browser (like -nonews argument)
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 348             download of linkout URLs from
 349             www.jalview.org/services/identifiers
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 353             download of BIOJSHTML templates
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 357             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 358             disabled
 359           </li>
 360         </ul></td>
 361       <td align="left" valign="top">
 362         <ul>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 365             Jmol
 366           </li>
 367         </ul> <em>New Known defects</em>
 368         <ul>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 371             always restored from project (since 2.10.3)
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 375             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 376           </li>
 377         </ul>
 378       </td>
 379     </tr>
 380     <tr>
 381       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 382           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 383           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 384       <td align="left" valign="top">
 385         <ul>
 386
 387         </ul>
 388       </td>
 389       <td align="left" valign="top">
 390         <ul>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 393             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 397             sequences can be classed as nucleotide
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 401             sequences after alignment of protein products (known defect
 402             first reported for 2.11.1.0)
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 406             features outwith CDS shown overlaid on protein
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 410             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 411             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 415             CDS features
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 419             always select corresponding protein sequences
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 423             column selection doesn't always ignore hidden columns
 424           </li>
 425         </ul> <em>Installer</em>
 426         <ul>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 429             Windows prevents install4j launching getdown
 430           </li>
 431         </ul> <em>Development</em>
 432         <ul>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 435             version numbers in doc/building.md
 436           </li>
 437         </ul>
 438       </td>
 439     </tr>
 440     <tr>
 441       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 442           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 443           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 444       <td align="left" valign="top">
 445         <ul>
 446         </ul>
 447       </td>
 448       <td align="left" valign="top">
 449         <ul>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 452             "Encountered problems opening
 453             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 454           </li>
 455         </ul>
 456       </td>
 457     </tr>
 458     <tr>
 459       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 460           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 461           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 462       <td align="left" valign="top">
 463         <ul>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 466             residue in cursor mode
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 470             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 474             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 475             improved compatibility with JalviewJS
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 479             alignments from Pfam and Rfam
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 483             import (no longer based on .gz extension)
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 490             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 491             EMBL flat file
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 495             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 496             saving or making backup files.
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 500             <ul>
 501               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 502               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 503             </ul>
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 507             when running on Linux (Requires Java 11+)
 508           </li>
 509         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 510         <ul>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 513             through a system property
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 517             line help for configuring Jalview's memory
 518           </li>
 519         </ul>
 520       </td>
 521       <td align="left" valign="top">
 522         <ul>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 525             but not calculated and no protein or DNA score models are
 526             available for tree/PCA calculation when launched with
 527             Turkish language locale
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 531             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 535             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 539             sequence under the cursor
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 543             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 547             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 548             '%s'" on the console
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 552             when there are both local and complementary features mapped
 553             to the position under the cursor
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 557             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 561             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 565             internationalised text for some messages and log output
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 569             hidden gapped columns
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 573             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 577             specifying output format when exporting an alignment via the
 578             command line
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 582             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 583             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 584             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 585             file again, and if that fails, delete the original file and
 586             save in place.)
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 590             via command line
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 594             program and documentation
 595           </li>
 596         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 597         <ul>
 598           <li>
 599             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 600             first time for a version that has different jars to the
 601             previous launched version.
 602           </li>
 603         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 604         <ul>
 605           <li>
 606             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 607             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 608             OutOfMemory error.
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 612             monitor the release channel
 613           </li>
 614         </ul> <em>New Known defects</em>
 615         <ul>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 618             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 619             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 620             RNA viruses)
 621           </li>
 622           <li>
 623             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 624             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 625             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 629             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 630             works for the top left quadrant of the alignment window
 631           </li>
 632           <li>
 633             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 634             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 638             when alignment view restored from project (since Jalview
 639             2.11.0)
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 643             protein products for certain ENA records are repeatedly
 644             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 645           </li>
 646         </ul>
 647       </td>
 648     </tr>
 649     <tr>
 650       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 651           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 652           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 653       <td align="left" valign="top">
 654         <ul>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 657             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 658             for display in alignments, on structure views (including
 659             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 660             export.
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 664             exported and re-imported as GFF3 files
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 668             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 672             validation while parsing
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 676             position if reopened
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 680             of associated view
 681           </li>
 682           <li>
 683             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 684             enabled by default
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 688             tooltips and menus
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 692             with no feature types visible
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 696             attributes with large integer values
 697           </li>
 698         </ul>
 699         <em>Jalview Installer</em>
 700         <ul>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 703             installer template version reported in console (may be null
 704             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 705           </li>
 706           <li>
 707             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 708             higher quality background images
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 712             generated with install4j 8.0.4
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 716             Platforms
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 720             setting when running on large memory machines
 721           </li>
 722         </ul> <em>Release processes</em>
 723         <ul>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 729             access to test-release channel builds
 730           </li>
 731         </ul> <em>Build System</em>
 732         <ul>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 738             report
 739           </li>
 740         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 741         <ul>
 742           <li>
 743             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 744             to stdout containing the consensus sequence for each
 745             alignment in a Jalview session
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 749             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 750             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 751           </li>
 752         </ul>
 753       </td>
 754       <td align="left" valign="top">
 755         <ul>
 756           <li>
 757             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 758             'Show hidden markers' option is not ticked
 759           </li>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 762             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 763             jalview preferences or properties file
 764           </li>
 765           <li>
 766             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 767             'Show Sequence Features' option is not ticked
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 771             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 772             features are visible
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 776             equal when split frame is first opened
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 780             correct after editing a sequence's start position
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 784             with annotation and exceptions thrown when only a few
 785             columns shown in wrapped mode
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 789             wrapped alignment figure with annotations
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 793             ID fails with ClassCastException
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 797             Project
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 801             feature settings dialog also selects columns
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 805             IllegalArgumentException in some circumstances
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 809             opened for a view
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 813             alignment window is closed
 814           </li>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 817             help documentation for 2.11.0 release
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 821             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 822             Uniprot Accession
 823           </li>
 824         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 825         <ul>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 828             PDB/Uniprot search panel
 829           </li>
 830         </ul> <em>Installer</em>
 831         <ul>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 834             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 835           </li>
 836         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 837         <ul>
 838           <li>
 839             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 840             repository
 841           </li>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 844             memory
 845           </li>
 846         </ul> <em>New Known Issues</em>
 847         <ul>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 850             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 851             command line
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 855             clipped in headless figure export when Right Align option
 856             enabled
 857           </li>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 860             'Source' in console output
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 864             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 865           </li>
 866         </ul>
 867       </td>
 868     </tr>
 869     <tr>
 870       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 871           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 872       <td align="left" valign="top">
 873         <ul>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 876             Application and Installers built with <a
 877             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 878             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 879             InstallAnywhere
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 883             memory settings, receive over the air updates and launch
 884             specific versions via (<a
 885             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 886               Rings' GetDown</a>)
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 890             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 891             files)
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 895             line arguments and switch between different getdown channels
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 899             project or alignment files
 900           </li>
 901
 902           <li>
 903             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 904             data files
 905           </li>
 906           <li>
 907             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 908             updated to version 2.12.0
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 912             'Translate as cDNA'
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 916           </li>
 917           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 918               of Sequence Features</strong>
 919             <ul>
 920               <li>
 921                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 922                 implementation that allows updates) used for Sequence
 923                 Feature collections
 924               </li>
 925               <li>
 926                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 927                 features can be filtered and shaded according to any
 928                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 929                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 930                 file)
 931               </li>
 932               <li>
 933                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 934                 stored and restored from Jalview Projects
 935               </li>
 936               <li>
 937                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 938                 BioJava) to recognise variant features
 939               </li>
 940               <li>
 941                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 942                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 943               </li>
 944               <li>
 945                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 946                 selected sequence feature's details
 947               </li>
 948               <li>
 949                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 950                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 951                 and filter aware)
 952               </li>
 953               <li>
 954                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 955                 Settings dialog
 956               </li>
 957             </ul></li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 960             and PCA calculations
 961           </li>
 962           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 963             <ul>
 964               <li>
 965                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 966                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 967               </li>
 968               <li>
 969                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 970                 viewer's drop-down menus
 971               </li>
 972               <li>
 973                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
 974                 PCA image incrementally
 975               </li>
 976               <li>
 977                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 978               </li>
 979             </ul></li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 982           </li>
 983           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 984             <ul>
 985               <li>
 986                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
 987                 selections and multiple groups when working with large
 988                 alignments
 989               </li>
 990               <li>
 991                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
 992                 parsing Stockholm files
 993               </li>
 994             </ul>
 995           <li><strong>User Interface</strong>
 996             <ul>
 997               <li>
 998                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
 999                 each view
1000               </li>
1001               <li>
1002                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1003                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1004                 regions of alignment are shown by default (can be
1005                 changed in user preferences)
1006               </li>
1007               <li>
1008                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1009                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1010               </li>
1011               <li>
1012                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1013                 when all sequences are hidden
1014               </li>
1015               <li>
1016                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1017                 selection region, and gap count when inserting or
1018                 deleting gaps
1019               </li>
1020               <li>
1021                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1022                 annotation labels
1023               </li>
1024               <li>
1025                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1026                 shown when in wrapped mode
1027               </li>
1028               <li>
1029                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1030                 left/right in a graph or histogram annotation
1031               </li>
1032               <li>
1033                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1034                 search panels
1035               </li>
1036               <li>
1037                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1038                 Overview panel
1039               </li>
1040               <li>
1041                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1042                 sequence id popup menu
1043               </li>
1044               <li>
1045                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1046                 not shown if no subgroups are created
1047               </li>
1048               <li>
1049                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1050                 search history by right-clicking search box
1051               </li>
1052
1053
1054             </ul></li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1057             Groovy v2.5
1058           </li>
1059           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1060               release)</strong>
1061             <ul>
1062               <li>
1063                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1064                 entry and trapping CMD-Q
1065               </li>
1066             </ul></li>
1067         </ul> <em>Deprecations</em>
1068         <ul>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1071             capabilities removed from the Jalview Desktop
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1075             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1076             projects and XML based data retrieval clients
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1080             removal
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1084             Start
1085           </li>
1086         </ul> <em>Documentation</em>
1087         <ul>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1090             effects not supported in EPS figure export
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1094             dialog
1095           </li>
1096         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1097         <ul>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1100             from Ant to Gradle
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1104             keys in Message bundles
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1108             gradle-eclipse
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1112             continuous integration for unattended Test Suite execution
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1116             operations
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1120             issues resolved
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1124             markdown (with HTML rendering)
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1131             versions of Jalview
1132           </li>
1133         </ul>
1134       </td>
1135       <td align="left" valign="top">
1136         <ul>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1142             superposition in Jmol fail on Windows
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1146             discovering structures for sequences with lots of PDB
1147             structures
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1151             with monospaced font
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1155             Jalview project involving multiple views
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1159             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1160             Annotation dialog hides columns
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1164             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1165             selection in one view, then making another selection in the
1166             other view
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1170             columns
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1174             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1178             redrawing the overview with large alignments
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1182             region if columns were selected by dragging right-to-left
1183             and the mouse moved to the left of the first column
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1187             a hidden column marker via scale popup menu
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1191             URLs doesn't tell users the invalid URL
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1195             score from view
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1199             during show cross references or Fetch Database References
1200             are shown in red in original view
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1204             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1205             p.Res.null)
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1209             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1213             printed when columns are hidden
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1217             Columns by Annotation description
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1221             dragging out of Scale or Annotation Panel
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1225             out of scale panel
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1229             alignment down
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1233             in scale panel
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1237             Down, Page Up in wrapped mode
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1241           </li>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1247             selected on opening an alignment
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1251             in Colour menu
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1255             when different groups in the alignment are selected
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1259             shown correctly in menu
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1263             min/max threshold limit
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1267             threshold gets 'unrounded'
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1271             colour
1272           </li>
1273           <li>
1274             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1275             axis
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1279           </li>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1282             alignment, not Tree font
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1286             from project file
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1290             Overview shown in complementary view
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1294             shown without normalisation
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1298             positioned at top of report
1299           </li>
1300           <li>
1301             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1305             OSX Mojave
1306           </li>
1307         </ul> <em>Editing</em>
1308         <ul>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1311             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1312             via 'Edit' sequence
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1316             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1317             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1321             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1325             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1326             in 2.10.5)
1327           </li>
1328         </ul> <em>Datamodel</em>
1329         <ul>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1332             sequence's End is greater than its length
1333           </li>
1334         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1335           release)</em>
1336         <ul>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1339           </li>
1340         </ul> <em>New Known Defects</em>
1341         <ul>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1344             clicking ignores bounds of an existing selected region
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1348             gapped regions of protein alignment.
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1352             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1356             after 'New View'
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1360             columns within hidden columns
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1364             re-enters window after dragging left to select columns to
1365             left of visible region
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1369             description string and thresholded by score in earlier
1370             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1371             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1375             reset group visibility
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1379             linked CDS/Protein view
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1383             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1384           </li>
1385         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1386         <ul>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1389             alphabetically when saved
1390           </li>
1391         </ul>
1392       </td>
1393     </tr>
1394     <tr>
1395       <td width="60" nowrap>
1396         <div align="center">
1397           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1398         </div>
1399       </td>
1400       <td><div align="left">
1401           <em></em>
1402           <ul>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1405               InstallAnywhere increased to 1G.
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1409               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1410               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1411                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1412                 properties file.</em>
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1416               API and sequence data now imported as JSON.
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1420               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1421               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1422               property.
1423             </li>
1424           </ul>
1425           <em>Development</em>
1426           <ul>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1429               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1430                 Clover</a>
1431             </li>
1432           </ul>
1433         </div></td>
1434       <td><div align="left">
1435           <em></em>
1436           <ul>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1439               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1440               alignment.
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1444               annotation displayed.
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1448               for newly created group when 'Apply to all groups'
1449               selected
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1453               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1454               visible.
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1458               when sequences are selected in exported view.</em>
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1462               aren't rendered with correct colour.
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1466               types of knotted RNA secondary structure.
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1470               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1471               do not start at 1.
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1475               annotation when columns are inserted into an alignment,
1476               and when exporting as Stockholm flatfile.
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1480               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1481               treated as RNA secondary structure.
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1485               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1489               transfers focus to previous window on OSX
1490             </li>
1491           </ul>
1492           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1493           <ul>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1496               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1497               box.
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1501               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1502               'look and feel' which has improved compatibility with the
1503               latest version of OSX.
1504             </li>
1505           </ul>
1506         </div></td>
1507     </tr>
1508     <tr>
1509       <td width="60" nowrap>
1510         <div align="center">
1511           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1512             <em>7/06/2018</em></strong>
1513         </div>
1514       </td>
1515       <td><div align="left">
1516           <em></em>
1517           <ul>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1520               annotation retrieved from Uniprot
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1524               onto the Jalview Desktop
1525             </li>
1526           </ul>
1527         </div></td>
1528       <td><div align="left">
1529           <em></em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1533               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1537               right-hand column parsed correctly
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1541               not alignment area in exported graphic
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1545               window has input focus
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1549               annotation added to view (Windows)
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1553               network connectivity is poor
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1557               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1558                 the currently open URL and links from a page viewed in
1559                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1560                 you are using Edge, only links in the page can be
1561                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1562                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1563             </li>
1564           </ul>
1565           <em>New Known Defects</em>
1566           <ul>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1569               Annotation
1570             </li>
1571           </ul>
1572         </div></td>
1573     </tr>
1574     <tr>
1575       <td width="60" nowrap>
1576         <div align="center">
1577           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1578         </div>
1579       </td>
1580       <td><div align="left">
1581           <em></em>
1582           <ul>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1585               for disabling automatic superposition of multiple
1586               structures and open structures in existing views
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1590               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1591               adjust them.
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1595               Ensembl services
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1599               and lots of hidden columns
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1603               of features (particularly when transparency is disabled)
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1607               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1608               made generally available
1609             </li>
1610           </ul>
1611         </div></td>
1612       <td><div align="left">
1613           <ul>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1616               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1620               overlapping alignment panel
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1624               sequence as gaps
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1628               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1629               UTR
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1633               factor annotation not added to sequence when local PDB
1634               file associated with it by drag'n'drop or structure
1635               chooser
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1639               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1643               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1647               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1651               columns in annotation row
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1655               not honored in batch mode
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1659               for structures added to existing Jmol view
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1663               entries after importing project with multiple views
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1667               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1668               with negative residue numbers or missing residues fails
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1672               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1673               files (e.g. as generated by CONSURF)
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1677               tooltip doesn't include a text description of mutation
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1681               structure and/or overview windows are also shown
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1685               regions very slow for alignments with large numbers of
1686               sequences
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1690               with 'StringIndexOutOfBounds'
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1694               Feel for OSX platforms running Java 10
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1698               view appears to do nothing because the view is hidden
1699               behind the alignment view
1700             </li>
1701           </ul>
1702           <em>Applet</em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1706               should copy the group consensus when popup is opened on it
1707             </li>
1708           </ul>
1709           <em>Batch Mode</em>
1710           <ul>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1713               respected
1714             </li>
1715           </ul>
1716           <em>New Known Defects</em>
1717           <ul>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1720               editing a large alignment and overview is displayed
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1724               repeatedly after a series of edits even when the overview
1725               is no longer reflecting updates
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1729               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1730               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1731               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1735               CSV option gives blank output
1736             </li>
1737           </ul>
1738         </div></td>
1739     </tr>
1740     <tr>
1741       <td width="60" nowrap>
1742         <div align="center">
1743           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1744             <em>24/1/2018</em></strong>
1745         </div>
1746       </td>
1747       <td><div align="left">
1748           <ul>
1749             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1750               30th November 2018)</li>
1751           </ul>
1752         </div></td>
1753       <td><div align="left">
1754           <em>Desktop</em>
1755           <ul>
1756             <ul>
1757               <li>
1758                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1759                 several sequences and structures are selected for
1760                 viewing/superposing
1761               </li>
1762               <li>
1763                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1764                 vertically via trackpad and scrollwheel
1765               </li>
1766               <li>
1767                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1768                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1769                 start of alignment
1770               </li>
1771               <li>
1772                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1773                 scrolled into view if columns are hidden
1774               </li>
1775               <li>
1776                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1777                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1778                 hidden columns
1779               </li>
1780               <li>
1781                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1782                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1783                 effect
1784               </li>
1785               <li>
1786                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1787                 relationships when retrieving sequences from
1788                 EnsemblGenomes
1789               </li>
1790             </ul>
1791         </div></td>
1792     </tr>
1793     <tr>
1794       <td width="60" nowrap>
1795         <div align="center">
1796           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1797         </div>
1798       </td>
1799       <td><div align="left">
1800           <em></em>
1801           <ul>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1804               rendering of sequence features
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1808               429 rate limit request hander
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1812               their colours have changed
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1816               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1820               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1824               view from Ensembl locus cross-references
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1828               Alignment report
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1832               feature can be disabled
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1836               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1840               Uniprot
1841             </li>
1842           </ul>
1843           <em>Scripting</em>
1844           <ul>
1845             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1846             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1847               percent identity scores for current alignment.</li>
1848           </ul>
1849           <em>Testing and Deployment</em>
1850           <ul>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1853             </li>
1854           </ul>
1855         </div></td>
1856       <td><div align="left">
1857           <em>General</em>
1858           <ul>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1861               threshold text field doesn't trigger an update to the
1862               alignment view
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1866               strings in parallel
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1870               alignment window is closed
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1874               group visibility
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1878               takes a long time in Cursor mode
1879             </li>
1880           </ul>
1881           <em>Desktop</em>
1882           <ul>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1885               cannot be viewed in Chimera
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1889               CDS/Protein view
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1893               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1894               Search Dialogs
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1904               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1908               scrolling right in unwapped alignment view
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1912               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1913               database
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1917               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1921               features of same type and group to be selected for
1922               amending
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1926               alignments when hidden columns are present
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1930               displaying several structures
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1934               moving a window
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1938               within the Jalview desktop on OSX
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1942               when in wrapped alignment mode
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1946               hand end of alignment
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1950               each selected sequence do not have correct start/end
1951               positions
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1955               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1959               restoring project until a new view is created
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1963               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1964               configured (since 2.10.2b2)
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1968               position is adjusted
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1972               in a multi-chain structure when viewing alignment
1973               involving more than one chain (since 2.10)
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1977               if new selection moves alignment window
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1981               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1985               that produces correctly annotated transcripts and products
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1989               doesn't update associated structure view
1990             </li>
1991           </ul>
1992           <em>Applet</em><br />
1993           <ul>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1996               closing alignment panel
1997             </li>
1998           </ul>
1999           <em>BioJSON</em><br />
2000           <ul>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2003               non-positional features
2004             </li>
2005           </ul>
2006           <em>New Known Issues</em>
2007           <ul>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2010               sequence features correctly (for many previous versions of
2011               Jalview)
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2015               using cursor in wrapped panel other than top
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2019               graduated colour threshold
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2023               always preserve numbering and sequence features
2024             </li>
2025           </ul>
2026           <em>Known Java 9 Issues</em>
2027           <ul>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2030               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2031               9.01, OSX 10.10)
2032             </li>
2033           </ul>
2034         </div></td>
2035     </tr>
2036     <tr>
2037       <td width="60" nowrap>
2038         <div align="center">
2039           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2040             <em>2/10/2017</em></strong>
2041         </div>
2042       </td>
2043       <td><div align="left">
2044           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2045           <ul>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2048               at uniprot.org
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2052               ebi.ac.uk
2053             </li>
2054           </ul>
2055         </div></td>
2056       <td><div align="left"></div></td>
2057     </tr>
2058     <tr>
2059       <td width="60" nowrap>
2060         <div align="center">
2061           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2062             <em>7/9/2017</em></strong>
2063         </div>
2064       </td>
2065       <td><div align="left">
2066           <em></em>
2067           <ul>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2070               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2071               white)
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2075               Preferences
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2079               in size and progress bar shown as higher resolution
2080               overview is recalculated
2081             </li>
2082
2083           </ul>
2084         </div></td>
2085       <td><div align="left">
2086           <em></em>
2087           <ul>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2090               column region row by row
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2094               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2098               format setting is unticked
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2102               if group has show boxes format setting unticked
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2106               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2107               include sequences and columns not currently displayed
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2111               assemblies are imported via CIF file
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2115               displayed when threshold or conservation colouring is also
2116               enabled.
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2120               server version
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2124               dragging a selected region off the visible region of the
2125               alignment
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2129               colourscheme to all groups in a view
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2133               initially after font size change using the Font chooser or
2134               middle-mouse zoom
2135             </li>
2136           </ul>
2137         </div></td>
2138     </tr>
2139     <tr>
2140       <td width="60" nowrap>
2141         <div align="center">
2142           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2143         </div>
2144       </td>
2145       <td><div align="left">
2146           <em>Calculations</em>
2147           <ul>
2148
2149             <li>
2150               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2151               ungapped positions in each column of the alignment.
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2155               a calculation dialog box
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2159               and memory efficiency (~30x faster)
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2163               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2164               and other calculations
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2168               files within the Jalview codebase
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2172               Similarity may have different topology due to increased
2173               precision
2174             </li>
2175           </ul>
2176           <em>Rendering</em>
2177           <ul>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2180               model for alignments and groups
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2184               scripts
2185             </li>
2186           </ul>
2187           <em>Overview</em>
2188           <ul>
2189             <li>
2190               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2191               with alignment and overview windows
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2195               overview
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2199               omitted in Overview
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2203               adjustment of visible position
2204             </li>
2205           </ul>
2206
2207           <em>Data import/export</em>
2208           <ul>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2211               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2215               annotation input/output via stockholm flatfile
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2219               extension when importing structure files without embedded
2220               names or PDB accessions
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2224               format sequence substitution matrices
2225             </li>
2226           </ul>
2227           <em>User Interface</em>
2228           <ul>
2229             <li>
2230               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2231               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2232               the application.
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2236               via Overview or sequence motif search operations
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2240               opened by double clicking gaps within sequence feature
2241               extent
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2245               aligned positions were available to create a 3D structure
2246               superposition.
2247             </li>
2248           </ul>
2249           <em>3D Structure</em>
2250           <ul>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2253               coloured in linked structure views
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2257               file-based command exchange
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2261               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2262               structures are already available for sequences
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2266               the Jalview project rather than downloaded again when the
2267               project is reopened.
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2271               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2272               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2273                 Feature</strong>)
2274             </li>
2275           </ul>
2276           <em>Web Services</em>
2277           <ul>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2283               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2284               Analysis services
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2288               cross-references provided by identifiers.org and the
2289               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2290             </li>
2291           </ul>
2292
2293           <em>Scripting</em>
2294           <ul>
2295             <li>
2296               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2297               identifying file formats (instead of String constants)
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2301               efficiency when counting all displayed features (not
2302               backwards compatible with 2.10.1)
2303             </li>
2304           </ul>
2305           <em>Example files</em>
2306           <ul>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2309               included in the example feature file
2310             </li>
2311           </ul>
2312           <em>Documentation</em>
2313           <ul>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2316               with the built-in Java help viewer
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2320               sequence description' option
2321             </li>
2322           </ul>
2323           <em>Test Suite</em>
2324           <ul>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2327               Uniprot REST Free Text Search Client
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2334               during tests
2335             </li>
2336           </ul>
2337         </div></td>
2338       <td><div align="left">
2339           <em>Calculations</em>
2340           <ul>
2341             <li>
2342               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2343               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2344               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2345             </li>
2346             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2347               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2348               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2349               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2350               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2351               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2352               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2353               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2354               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2355               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2356               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2357               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2358               // for 2.10.1 mode <br />
2359               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2360               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2361                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2362                 calculations (not recommended)</em></li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2365               scaling of branch lengths for trees computed using
2366               Sequence Feature Similarity.
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2370               generating output report when working with highly
2371               redundant alignments
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2375               right of selected region when gaps present on right-hand
2376               boundary
2377             </li>
2378           </ul>
2379           <em>User Interface</em>
2380           <ul>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2383               doesn't reselect a specific sequence's associated
2384               annotation after it was used for colouring a view
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2388               opened on a region of alignment without groups
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2392               of an alignment with overlapping groups
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2396               name and description match
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2400               hidden regions results in incorrect hidden regions
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2404               changing colour does not apply Conservation slider value
2405               to all groups
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2409               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2413               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2417               gaps before start of features
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2421               restored to UI when feature colour is edited
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2425               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2429               as graduate feature colour settings are modified via the
2430               dialog box
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2434               when a group defined on the alignment is resized
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2438               wrapped view result in positional status updates
2439             </li>
2440
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2443               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2447               alignment included gapped columns
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2451               widgets don't permanently disappear
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2455               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2456               T-Coffee column reliability scores)
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2460               sequence feature on gaps only
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2464               button from a Find inherit previously defined feature type
2465               rather than the Find query string
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2469               exporting tree calculated in Jalview
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2473               and then revealing them reorders sequences on the
2474               alignment
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2478               doesn't update to reflect available set of groups after
2479               interactively adding or modifying features
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2483               Linux
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2487               only excluded gaps in current sequence and ignored
2488               selection.
2489             </li>
2490           </ul>
2491           <em>Rendering</em>
2492           <ul>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2495               erratically when hidden rows or columns are present
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2499               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2500               sequence colouring
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2504               colour and group colour menu for protein alignments
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2508               reflect currently selected view or group's shading
2509               thresholds
2510             </li>
2511             <li>
2512               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2513               when rendered on overview and structures when opacity at
2514               100%
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2518               overview when features overlaid on alignment
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2522               recovered correctly from Jalview project file
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2526               opened (automatically via preferences) are different to
2527               the main alignment panel
2528             </li>
2529           </ul>
2530           <em>Data import/export</em>
2531           <ul>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2534               load
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2538               added after a sequence was imported are not written to
2539               Stockholm File
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2543               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2547               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2551               with lightGray or darkGray via features file (but can
2552               specify lightgray)
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2556               when alignment view imported from project
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2560               structure and sequences extracted from structure files
2561               imported via URL and viewed in Jmol
2562             </li>
2563             <li>
2564               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2565               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2566               the project is loaded and the structure viewed
2567             </li>
2568           </ul>
2569           <em>Web Services</em>
2570           <ul>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2573               release of Ensembl v.88
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2577               appear enabled in Preferences->Connections
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2581               removed from console output
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2585               Ensembl by Peptide ID
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2589               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2590               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2591               due to 'null' string rather than empty string used for
2592               residues with no corresponding PDB mapping).
2593             </li>
2594           </ul>
2595           <em>Application UI</em>
2596           <ul>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2599               menu
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2603               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2604               new documentation and tooltips added)
2605             </li>
2606             <li>
2607               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2608               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2612               new features are added to alignment
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2616               changes to feature colours via the Amend features dialog
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2620               edit graduated feature colour via amend features dialog
2621               box
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2625               selection menu changes colours of alignment views
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2629               from alignment calculation workers after alignment has
2630               been closed
2631             </li>
2632             <li>
2633               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2634               groups now 'Create Group'
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2638               Create/Undefine group doesn't always work
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2642               shown again after pressing 'Cancel'
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2646               adjusts start position in wrap mode
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2650               ambiguous amino acids
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2654               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2655               proteins
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2659               Defined' don't appear in Colours menu
2660             </li>
2661           </ul>
2662           <em>Applet</em>
2663           <ul>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2666               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2670               overview or linked structure view
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2674               work (since 2.8)
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2678               user-defined colourscheme doesn't restore original
2679               colourscheme
2680             </li>
2681           </ul>
2682           <em>Test Suite</em>
2683           <ul>
2684             <li>
2685               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2686               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2690               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2691               problems with deep array comparison equality asserts in
2692               successive versions of TestNG
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2696               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2697             </li>
2698           </ul>
2699           <em>New Known Issues</em>
2700           <ul>
2701             <li>
2702               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2703               phase after a sequence motif find operation
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2707               containing just upper and lower case letters are
2708               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2712               reliably from eggnog Ortholog database
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2716               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2717               to mark columns containing highlighted regions.
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2721               doesn't always add secondary structure annotation.
2722             </li>
2723           </ul>
2724         </div>
2725     <tr>
2726       <td width="60" nowrap>
2727         <div align="center">
2728           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2729         </div>
2730       </td>
2731       <td><div align="left">
2732           <em>General</em>
2733           <ul>
2734             <li>
2735               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2736               for all consensus calculations
2737             </li>
2738             <li>
2739               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2740               3rd Oct 2016)
2741             </li>
2742             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2743               for 2016-2017</li>
2744           </ul>
2745           <em>Application</em>
2746           <ul>
2747             <li>
2748               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2749               set of database cross-references, sorted alphabetically
2750             </li>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2753               from database cross references. Users with custom links
2754               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2755                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2759               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2760               Chimera session
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2764               the Chimera it is connected to is shut down
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2768               columns menu item to mark columns containing highlighted
2769               regions (e.g. from structure selections or results of a
2770               Find operation)
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2774               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2775               MSAviewer
2776             </li>
2777           </ul>
2778         </div></td>
2779       <td>
2780         <div align="left">
2781           <em>General</em>
2782           <ul>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2785               are not coloured or thresholded according to percent
2786               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2787             </li>
2788             <li>
2789               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2790               hydrophobic
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2794               threshold, amino acid properties)
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2798               reported as mapped to residues in a structure file in the
2799               View Mapping report
2800             </li>
2801             <li>
2802               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2803               could be added multiple times to a sequence
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2807               bond features shown as two highlighted residues rather
2808               than a range in linked structure views, and treated
2809               correctly when selecting and computing trees from features
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2813               cross-references are matched to database name regardless
2814               of case
2815             </li>
2816
2817           </ul>
2818           <em>Application</em>
2819           <ul>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2822               names without regular expressions also offer links from
2823               Sequence ID
2824             </li>
2825             <li>
2826               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2827               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2828               update Jalview configuration
2829             </li>
2830             <li>
2831               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2832               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2836               files with similarly named sequences if dropped onto the
2837               alignment
2838             </li>
2839             <li>
2840               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2841               entries where more chains exist in the PDB accession than
2842               are reported in the SIFTS file
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2846               the structure view when displayed with Chimera
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2850               panel's View->Show Chains submenu
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2854               work for wrapped alignment views
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2858               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2862               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2863               first annotation row
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2867               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2871               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2872             </li>
2873             <!-- JAL-2319 -->
2874             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2875             coordindate data
2876             </li>
2877           </ul>
2878           <!--           <em>New Known Issues</em>
2879           <ul>
2880             <li></li>
2881           </ul> -->
2882         </div>
2883       </td>
2884     </tr>
2885     <td width="60" nowrap>
2886       <div align="center">
2887         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2888           <em>25/10/2016</em></strong>
2889       </div>
2890     </td>
2891     <td><em>Application</em>
2892       <ul>
2893         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2894           view if structures already loaded</li>
2895         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2896           structure views</li>
2897       </ul></td>
2898     <td>
2899       <div align="left">
2900         <em>General</em>
2901         <ul>
2902           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2903             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2904           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2905             example sequences/projects/trees</li>
2906         </ul>
2907         <em>Application</em>
2908         <ul>
2909           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2910             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2911           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2912             without timeout for structures with multiple models or
2913             multiple sequences in alignment</li>
2914           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2915             PDB ID HEADER line</li>
2916           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2917             is performed</li>
2918           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2919             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2920           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2921           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2922             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2923             option</li>
2924           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2925             is created on the alignment</li>
2926           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2927             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2928             pop-up menu</li>
2929         </ul>
2930         <em>Build and deployment</em>
2931         <ul>
2932           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2933             tags</li>
2934         </ul>
2935         <em>New Known Issues</em>
2936         <ul>
2937           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2938             on Windows</li>
2939         </ul>
2940       </div>
2941     </td>
2942     </tr>
2943     <tr>
2944       <td width="60" nowrap>
2945         <div align="center">
2946           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2947         </div>
2948       </td>
2949       <td><em>General</em>
2950         <ul>
2951           <li>
2952             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2953           </li>
2954           <li>
2955             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2956             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2957             better PDB parsing.
2958           </li>
2959           <li>
2960             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2961             reference sequence
2962           </li>
2963           <li>
2964             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2965             mousing over sequence associated annotation
2966           </li>
2967           <li>
2968             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2969             for manual entry
2970           </li>
2971           <li>
2972             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2973             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2974             for each column
2975           </li>
2976           <li>
2977             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2978             showing or hiding columns containing a feature
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2982             group and sequence associated annotation labels
2983           </li>
2984           <li>
2985             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2986             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2987             dialogs
2988           </li>
2989
2990         </ul> <em>Application</em>
2991         <ul>
2992           <li>
2993             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2994             gene/transcript view
2995           </li>
2996           <li>
2997             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2998             dialog
2999           </li>
3000           <li>
3001             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3002             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3003           </li>
3004           <li>
3005             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3006             Pfam sources to xfam.org
3007           </li>
3008           <li>
3009             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3010           </li>
3011           <li>
3012             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3013             over sequences in Jalview
3014           </li>
3015           <li>
3016             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3017             regions in ENA and EMBL
3018           </li>
3019           <li>
3020             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3021             for record retrieval via ENA rest API
3022           </li>
3023           <li>
3024             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3025             complement operator
3026           </li>
3027           <li>
3028             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3029             groovy script execution
3030           </li>
3031           <li>
3032             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3033             alignment window's Calculate menu
3034           </li>
3035           <li>
3036             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3037             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3038           </li>
3039           <li>
3040             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3041             calculation workers from groovy scripts
3042           </li>
3043           <li>
3044             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3045             Jalview projects
3046           </li>
3047           <li>
3048             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3049             associations are now saved/restored from project
3050           </li>
3051           <li>
3052             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3053             before sequence fetcher is opened
3054           </li>
3055           <li>
3056             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3057             database chooser opens a sequence fetcher
3058           </li>
3059           <li>
3060             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3061             the UniProt REST API
3062           </li>
3063           <li>
3064             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3065             the news reader opening
3066           </li>
3067           <li>
3068             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3069             querying stored in preferences
3070           </li>
3071           <li>
3072             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3073             search results
3074           </li>
3075           <li>
3076             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3077           </li>
3078           <li>
3079             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3080             menu for nucleotide sequences
3081           </li>
3082           <li>
3083             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3084             and feature counts preserves alignment ordering (and
3085             debugged for complex feature sets).
3086           </li>
3087           <li>
3088             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3089             viewing structures with Jalview 2.10
3090           </li>
3091           <li>
3092             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3093             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3094             Ensembl Genomes REST API
3095           </li>
3096           <li>
3097             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3098             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3099             (Ensembl)
3100           </li>
3101           <li>
3102             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3103             sequences
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3107             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3108             data from external database records.
3109           </li>
3110           <li>
3111             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3112             efficient recovery of sequence coding and alignment
3113             annotation relationships.
3114           </li>
3115         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3116         <ul>
3117           <li>
3118             -- JAL---
3119           </li>
3120         </ul> --></td>
3121       <td>
3122         <div align="left">
3123           <em>General</em>
3124           <ul>
3125             <li>
3126               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3127               menu on OSX
3128             </li>
3129             <li>
3130               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3131               includes graduated colourschemes
3132             </li>
3133             <li>
3134               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3135               working with big alignments and lots of hidden columns
3136             </li>
3137             <li>
3138               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3139               at right of alignment window
3140             </li>
3141             <li>
3142               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3143               contents
3144             </li>
3145             <li>
3146               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3147               for DNA alignments
3148             </li>
3149             <li>
3150               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3151               based tree calculation
3152             </li>
3153             <li>
3154               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3155               unconserved enabled for group on alignment
3156             </li>
3157             <li>
3158               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3159               set as reference
3160             </li>
3161             <li>
3162               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3163               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3164               annotation
3165             </li>
3166             <li>
3167               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3168               hidden columns present
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3172               user created annotation added to alignment
3173             </li>
3174             <li>
3175               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3176               '()' base pair annotation
3177             </li>
3178             <li>
3179               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3180               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3181               Consensus
3182             </li>
3183             <li>
3184               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3185               feature not working
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3189               beginning of sequence
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3193               entry 3a6s
3194             </li>
3195             <li>
3196               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3197               from a tree when t-coffee scores are shown
3198             </li>
3199             <li>
3200               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3201               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3202             </li>
3203             <li>
3204               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3205               some structures
3206             </li>
3207             <li>
3208               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3209               to Clustal, PIR and PileUp output
3210             </li>
3211             <li>
3212               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3213               not visible causes alignment window to repaint
3214             </li>
3215             <li>
3216               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3217               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3218               scores associated with features and annotation rows
3219             </li>
3220             <li>
3221               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3222               calculation should be case independent
3223             </li>
3224             <li>
3225               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3226               columns
3227             </li>
3228             <li>
3229               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3230               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3231               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3232             </li>
3233             <li>
3234               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3235               problems when reference sequence defined and 'show
3236               non-conserved' enabled
3237             </li>
3238             <li>
3239               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3240               load even when Consensus calculation is disabled
3241             </li>
3242             <li>
3243               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3244               alignment does nothing
3245             </li>
3246           </ul>
3247           <em>Application</em>
3248           <ul>
3249             <li>
3250               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3251               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3252               yet fixed for El Capitan)
3253             </li>
3254             <li>
3255               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3256               output when running on non-gb/us i18n platforms
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3260               hidden sequences as flat-file alignment
3261             </li>
3262             <li>
3263               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3264               launching Chimera
3265             </li>
3266             <li>
3267               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3268               (also hotfix for 2.9.0b2)
3269             </li>
3270             <li>
3271               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3272               reference sequence defined
3273             </li>
3274             <li>
3275               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3276               alignments and views when revealing hidden columns
3277             </li>
3278             <li>
3279               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3280               view in a cDNA/Protein splitframe
3281             </li>
3282             <li>
3283               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3284               sequence from project when only one sequence is
3285               represented
3286             </li>
3287             <li>
3288               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3289               in Structure Chooser
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3293               structure consensus didn't refresh annotation panel
3294             </li>
3295             <li>
3296               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3297               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3298             </li>
3299             <li>
3300               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3301               dialogs format columns correctly, don't display array
3302               data, sort columns according to type
3303             </li>
3304             <li>
3305               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3306               file chooser is cancelled during an image export
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3310               sequence name containing special characters
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3314               case insensitive
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3318               formatting don't wrap
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3322               truncated so L looks like I in consensus annotation
3323             </li>
3324             <li>
3325               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3326               currently displayed features for the current selection or
3327               view
3328             </li>
3329             <li>
3330               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3331               after fetching cross-references, and restoring from
3332               project
3333             </li>
3334             <li>
3335               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3336               followed in the structure viewer
3337             </li>
3338             <li>
3339               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3340               splitframe not restored from project
3341             </li>
3342             <li>
3343               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3344               trailing end of protein alignment in transcript/product
3345               splitview when pad-gaps not enabled by default
3346             </li>
3347             <li>
3348               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3349               is case dependent
3350             </li>
3351             <li>
3352               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3353               article has been read (reopened issue due to
3354               internationalisation problems)
3355             </li>
3356             <li>
3357               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3358               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3359               cross-references
3360             </li>
3361
3362             <li>
3363               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3364               alignment as HTML
3365             </li>
3366             <li>
3367               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3368               multiple structures are shown for one or more sequences.
3369             </li>
3370             <li>
3371               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3372               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3373               is enabled.
3374             </li>
3375             <li>
3376               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3377               specific PDB id for sequence
3378             </li>
3379             <li>
3380               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3381               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3382               columns' is disabled.
3383             </li>
3384             <li>
3385               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3386               selects lowest rather than highest resolution structures
3387               for each sequence
3388             </li>
3389             <li>
3390               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3391               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3392             </li>
3393             <li>
3394               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3395               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3396             </li>
3397             <li>
3398               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3399               after clicking on it to create new annotation for a
3400               column.
3401             </li>
3402             <li>
3403               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3404               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3405             </li>
3406             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3407             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3408           </ul>
3409           <em>Applet</em>
3410           <ul>
3411             <li>
3412               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3413               hidden columns present before start of sequence
3414             </li>
3415             <li>
3416               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3417               (JSON jars)
3418             </li>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3421               sequences are hidden in applet
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3425               deployment on examples pages.
3426             </li>
3427           </ul>
3428         </div>
3429       </td>
3430     </tr>
3431     <tr>
3432       <td width="60" nowrap>
3433         <div align="center">
3434           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3435             <em>16/10/2015</em></strong>
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td><em>General</em>
3439         <ul>
3440           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3441             jars</li>
3442         </ul></td>
3443       <td>
3444         <div align="left">
3445           <em>Application</em>
3446           <ul>
3447             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3448               shown when tree is partitioned</li>
3449             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3450               multiple cDNA/Protein split views</li>
3451           </ul>
3452         </div>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td width="60" nowrap>
3457         <div align="center">
3458           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3459             <em>8/10/2015</em></strong>
3460         </div>
3461       </td>
3462       <td><em>General</em>
3463         <ul>
3464           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3465             2.9</li>
3466         </ul> <em>Application</em>
3467         <ul>
3468           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3469           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3470           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3471         </ul> <em>Applet</em>
3472         <ul>
3473           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3474         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3475         <ul>
3476           <li>
3477             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3478             suite
3479           </li>
3480         </ul></td>
3481       <td>
3482         <div align="left">
3483           <em>General</em>
3484           <ul>
3485             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3486               incorrect when sequence start > 1</li>
3487             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3488               documentation</li>
3489             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3490             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3491               loading a features file containing HTML tags in feature
3492               description</li>
3493
3494           </ul>
3495           <em>Application</em>
3496           <ul>
3497             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3498               reimport</li>
3499             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3500               with 'trim retrieved sequences'</li>
3501             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3502               deleting selected columns</li>
3503             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3504               JNLP templates for webstart launch</li>
3505             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3506               unreleased structures for download or viewing</li>
3507             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3508               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3509             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3510               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3511             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3512               recovered from jalview project</li>
3513             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3514               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3515               alignment view</li>
3516             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3517               color schemes from BioJSON</li>
3518           </ul>
3519           <em>Applet</em>
3520           <ul>
3521             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3522               frame</li>
3523             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3524           </ul>
3525         </div>
3526       </td>
3527     </tr>
3528     <tr>
3529       <td><div align="center">
3530           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3531         </div></td>
3532       <td><em>General</em>
3533         <ul>
3534           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3535             alignments:
3536             <ul>
3537               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3538                 and DNA alignment views</li>
3539               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3540                 cDNA alignment views</li>
3541               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3542                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3543               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3544                 protein sequences</li>
3545             </ul>
3546           </li>
3547           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3548           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3549             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3550           <li>New alignment annotation file statements for
3551             reference sequences and marking hidden columns</li>
3552           <li>Reference sequence based alignment shading to
3553             highlight variation</li>
3554           <li>Select or hide columns according to alignment
3555             annotation</li>
3556           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3557           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3558             acid conservation row</li>
3559           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3560         </ul> <em>Application</em>
3561         <ul>
3562           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3563             <ul>
3564               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3565                 view with cDNA/Protein</li>
3566               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3567                 sequences are placed in the same alignment</li>
3568               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3569                 projects</li>
3570             </ul>
3571           </li>
3572
3573           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3574           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3575             Jalview windows</li>
3576
3577           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3578           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3579           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3580             be shown in VARNA</li>
3581
3582           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3583             as the active selected region</li>
3584
3585           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3586             similarity</li>
3587           <li>New Export options
3588             <ul>
3589               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3590                 region export in flat file generation</li>
3591
3592               <li>Export alignment views for display with the <a
3593                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3594
3595               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3596               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3597                 alignment figures to HTML</li>
3598           </li>
3599           <li>3D structure retrieval and display
3600             <ul>
3601               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3602                 Search API</li>
3603               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3604                 PDB structures for a sequence set</li>
3605             </ul>
3606           </li>
3607
3608           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3609             predictions</li>
3610           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3611             for one or a group of sequences</li>
3612           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3613             from the JPred4 web server</li>
3614           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3615             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3616             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3617           </li>
3618           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3619             VARNA 2D Structure'</li>
3620           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3621             Structure ..."</li>
3622
3623         </ul> <em>Applet</em>
3624         <ul>
3625           <li>New layout for applet example pages</li>
3626           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3627             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3628           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3629             Protein alignments</li>
3630         </ul> <em>Development and deployment</em>
3631         <ul>
3632           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3633           <li>Include installation type and git revision in build
3634             properties and console log output</li>
3635           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3636             storing BioJsMSA Templates</li>
3637           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3638         </ul></td>
3639       <td>
3640         <!-- <em>General</em>
3641         <ul>
3642         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3643         <ul>
3644           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3645           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3646           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3647             predictions are not highlighted in amber</li>
3648           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3649             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3650           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3651             associated structure views</li>
3652           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3653             width checkbox not enabled</li>
3654           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3655             creating user defined colours</li>
3656           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3657             mappings for just that viewer's sequences</li>
3658           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3659             multiple models in Chimera</li>
3660           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3661             over Jmol structure</li>
3662           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3663             output to text box</li>
3664           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3665             have incorrect sequence start/end</li>
3666           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3667             Jalview fails</li>
3668           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3669             work for nucleotide</li>
3670           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3671             to a grey/invisible alignment window</li>
3672           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3673             imports to different position</li>
3674           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3675             on some platforms</li>
3676           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3677             populated</li>
3678           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3679             console if Chimera has been opened</li>
3680           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3681           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3682             retrieved</li>
3683           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3684           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3685             either sequence shows on first structure</li>
3686           <li>'Show annotations' options should not make
3687             non-positional annotations visible</li>
3688           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3689             in right place after 'view flanking regions'</li>
3690           <li>File Save As type unset when current file format is
3691             unknown</li>
3692           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3693             projects</li>
3694           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3695             responsive</li>
3696           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3697             several views on same alignment</li>
3698           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3699           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3700             spaces</li>
3701         </ul> <em>Applet</em>
3702         <ul>
3703           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3704           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3705             descriptions containing angle brackets</li>
3706         </ul> <em>General</em>
3707         <ul>
3708           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3709             via jalview annotation file</li>
3710           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3711             with RNA secondary structure</li>
3712           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3713             translation doesn't work.</li>
3714           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3715           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3716             positions</li>
3717           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3718             choosing 1pt font</li>
3719           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3720             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3721             'h'</li>
3722           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3723             new feature</li>
3724           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3725             order dependent</li>
3726           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3727             sequences</li>
3728           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3729         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3730         <ul>
3731           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3732             www.jalview.org</li>
3733         </ul> <em>Application Known issues</em>
3734         <ul>
3735           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3736           <li>Misleading message appears after trying to delete
3737             solid column.</li>
3738           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3739             version launches</li>
3740           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3741             fails with a sequence mismatch</li>
3742           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3743             scrolling alignment to right</li>
3744           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3745             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3746           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3747             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3748           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3749             ultra-high resolution</li>
3750           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3751             quality and conservation</li>
3752           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3753             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3754         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3755         <ul>
3756           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3757           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3758             window is being resized</li>
3759
3760         </ul>
3761       </td>
3762     </tr>
3763     <tr>
3764       <td><div align="center">
3765           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3766         </div></td>
3767       <td><em>General</em>
3768         <ul>
3769           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3770             Certum.PL.</li>
3771           <li>Features and annotation preserved when performing
3772             pairwise alignment</li>
3773           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3774             imported/exported/displayed</li>
3775           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3776             protein secondary structure</li>
3777           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3778               post-hoc with 2.9 release</em>)
3779           </li>
3780
3781         </ul> <em>Application</em>
3782         <ul>
3783           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3784             with 3D structures</li>
3785           <li>Support for parsing RNAML</li>
3786           <li>Annotations menu for layout
3787             <ul>
3788               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3789               <li>place sequence annotation above/below alignment
3790                 annotation</li>
3791             </ul>
3792           <li>Output in Stockholm format</li>
3793           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3794             translation</li>
3795           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3796           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3797             shared between alignments</li>
3798           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3799             Jalview</li>
3800           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3801             all or current selection</li>
3802           <li>disorder and secondary structure predictions
3803             available as dataset annotation</li>
3804           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3805
3806
3807           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3808             alignments from Rfam</li>
3809           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3810
3811           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3812             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3813           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3814           <li>include installation type in build properties and
3815             console log output</li>
3816           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3817             annotation</li>
3818         </ul></td>
3819       <td>
3820         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3821         <ul>
3822           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3823             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3824           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3825             alignment</li>
3826           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3827           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3828           <li>Double click on sequence associated annotation
3829             selects only first column</li>
3830           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3831             leaves shown in tree</li>
3832           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3833             properly</li>
3834           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3835           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3836             screen and buttons not visible</li>
3837           <li>author list isn't updated if already written to
3838             Jalview properties</li>
3839           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3840             from database</li>
3841           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3842           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3843             browser search window</li>
3844           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3845             in feature settings dialog</li>
3846           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3847             desktop</li>
3848           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3849             pass validation</li>
3850           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3851             fit on screen</li>
3852           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3853             tooltip</li>
3854           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3855             defined user preset</li>
3856           <li>MSA web services warns user if they were launched
3857             with invalid input</li>
3858           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3859             Java 8</li>
3860           <li>
3861             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3862             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3863             created
3864           </li>
3865
3866         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3867         <ul>
3868         </ul> <em>General</em>
3869         <ul>
3870         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3871         <ul>
3872           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3873             memory allocation</li>
3874           <li>launchApp service doesn't automatically open
3875             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3876           <li>
3877             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3878             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3879             1.7_055 is available
3880           </li>
3881         </ul> <em>Application Known issues</em>
3882         <ul>
3883           <li>
3884             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3885             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3886             alignment to right
3887           </li>
3888           <li>
3889             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3890             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3891             with large number of ID
3892           </li>
3893           <li>
3894             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3895             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3896             start/end
3897           </li>
3898           <li>
3899             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3900             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3901             structure tracks are rearranged
3902           </li>
3903           <li>
3904             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3905             invalid rna structure positional highlighting does not
3906             highlight position of invalid base pairs
3907           </li>
3908           <li>
3909             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3910             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3911             project from alignment window file menu
3912           </li>
3913           <li>
3914             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3915             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3916             structures
3917           </li>
3918           <li>
3919             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3920             colour by RNA Helices not enabled when user created
3921             annotation added to alignment
3922           </li>
3923           <li>
3924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3925             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3926           </li>
3927         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3928         <ul>
3929           <li>
3930             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3931             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3932           </li>
3933           <li>
3934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3935             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3936           </li>
3937
3938           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3939             when selected</li>
3940         </ul>
3941       </td>
3942     </tr>
3943     <tr>
3944       <td><div align="center">
3945           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3946         </div></td>
3947       <td>
3948         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3949         <em>General</em>
3950         <ul>
3951           <li>Internationalisation of user interface (usually
3952             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3953           <li>Define/Undefine group on current selection with
3954             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3955           <li>Improved group creation/removal options in
3956             alignment/sequence Popup menu</li>
3957           <li>Sensible precision for symbol distribution
3958             percentages shown in logo tooltip.</li>
3959           <li>Annotation panel height set according to amount of
3960             annotation when alignment first opened</li>
3961         </ul> <em>Application</em>
3962         <ul>
3963           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3964             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3965           <li>Select columns containing particular features from
3966             Feature Settings dialog</li>
3967           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3968             sequences</li>
3969           <li>Update Jalview project format:
3970             <ul>
3971               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3972               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3973                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3974               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3975                 colouring</li>
3976             </ul>
3977           </li>
3978           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3979             (PAM250)</li>
3980           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3981             flanking regions for an alignment</li>
3982         </ul>
3983       </td>
3984       <td>
3985         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3986         <ul>
3987           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3988             running after job is cancelled</li>
3989           <li>cannot export features from alignments imported from
3990             Jalview/VAMSAS projects</li>
3991           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3992             float values</li>
3993           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3994             have 'display all symbols' flag set</li>
3995           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3996             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3997           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3998             Jalview</li>
3999           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4000             Lion/Webstart</li>
4001           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4002           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4003           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4004             alignment onto desktop</li>
4005           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4006             'extract scores' function</li>
4007           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4008             alignment window</li>
4009           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4010             performing IUPred disorder prediction</li>
4011           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4012             changing 'normalise logo' display setting</li>
4013           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4014             nothing matches query</li>
4015           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4016             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4017           </li>
4018           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4019             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4020           </li>
4021           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4022             Jalview's menu</li>
4023           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4024             'invalid literal/length code'</li>
4025           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4026             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4027           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4028             colourscheme</li>
4029
4030         </ul> <em>Applet</em>
4031         <ul>
4032           <li>Remove group option is shown even when selection is
4033             not a group</li>
4034           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4035             don't affect groups</li>
4036           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4037             colourscheme name</li>
4038           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4039             Annotation panel is not displayed</li>
4040           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4041             embedded windows</li>
4042         </ul> <em>Other</em>
4043         <ul>
4044           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4045             single sequence were not calculated</li>
4046           <li>annotation files that contain only groups imported as
4047             annotation and junk sequences</li>
4048           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4049             recognised as PFAM or BLC</li>
4050           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4051             doesn't affect background (2.8.0b1)
4052           <li></li>
4053           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4054           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4055             trailing gaps</li>
4056           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4057             registered correctly on import</li>
4058           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4059             certain alignments</li>
4060           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4061             existing annotation based 'use original colours'
4062             colourscheme loses original colours setting</li>
4063         </ul>
4064       </td>
4065     </tr>
4066     <tr>
4067       <td><div align="center">
4068           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4069             <em>30/1/2014</em></strong>
4070         </div></td>
4071       <td>
4072         <ul>
4073           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4074             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4075             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4076             open source project).
4077           </li>
4078           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4079           <li>Output in Stockholm format</li>
4080           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4081           <li>Export/import group and sequence associated line
4082             graph thresholds</li>
4083           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4084             ambiguity codes</li>
4085           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4086             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4087             works</li>
4088           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4089         </ul> <em>Other improvements</em>
4090         <ul>
4091           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4092           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4093             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4094           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4095             files</li>
4096           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4097           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4098             link but no description</li>
4099           <li>Select primary source when selecting authority in
4100             database fetcher GUI</li>
4101           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4102             Jalview</li>
4103           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4104         </ul>
4105       </td>
4106       <td>
4107         <ul>
4108           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4109             displayed</li>
4110           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4111             secondary structure annotation line</li>
4112           <li>Sequence database accessions not imported when
4113             fetching alignments from Rfam</li>
4114           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4115             identical IDs</li>
4116           <li>View all structures does not always superpose
4117             structures</li>
4118           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4119             reflect user or preset settings</li>
4120           <li>Null pointer exceptions for some services without
4121             presets or adjustable parameters</li>
4122           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4123             discover PDB xRefs</li>
4124           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4125             features with DAS</li>
4126           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4127             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4128           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4129             residue follows a gap</li>
4130           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4131             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4132           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4133             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4134           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4135             annotation already exists on alignment</li>
4136           <li>oninit javascript function should be called after
4137             initialisation completes</li>
4138           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4139             alignment window display</li>
4140           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4141           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4142             to annotation file</li>
4143           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4144             groups created</li>
4145           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4146             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4147           <li>Pressing return several times causes Number Format
4148             exceptions in keyboard mode</li>
4149           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4150             correct partitions for input data</li>
4151           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4152           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4153           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4154           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4155             mode</li>
4156           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4157             changes one row&#39;s threshold</li>
4158           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4159             doesn&#39;t open</li>
4160           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4161             quality histograms</li>
4162         </ul>
4163       </td>
4164     </tr>
4165     <tr>
4166       <td><div align="center">
4167           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4168         </div></td>
4169       <td><em>Application</em>
4170         <ul>
4171           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4172             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4173           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4174             preferences</li>
4175           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4176             in Jalview alignment window</li>
4177           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4178             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4179           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4180             RNA and ambiguity codes</li>
4181
4182           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4183           <li>Support fetching and database reference look up
4184             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4185             refs')</li>
4186           <li>Jalview project improvements
4187             <ul>
4188               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4189                 flag for annotation</li>
4190               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4191                 alignment</li>
4192               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4193                 Jalview project</li>
4194
4195             </ul>
4196           </li>
4197           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4198           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4199             running</li>
4200           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4201           <li>visual indication that web service results are still
4202             being retrieved from server</li>
4203           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4204             starts up for first time</li>
4205           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4206             services</li>
4207           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4208             client library</li>
4209           <li>Examples directory and Groovy library included in
4210             InstallAnywhere distribution</li>
4211         </ul> <em>Applet</em>
4212         <ul>
4213           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4214             visualization applet example</li>
4215         </ul> <em>General</em>
4216         <ul>
4217           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4218           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4219             defaults</li>
4220           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4221             calculation</li>
4222           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4223             matrices
4224           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4225             in HTML</li>
4226           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4227             structure contacts</li>
4228           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4229           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4230           <li>Parse sequence associated secondary structure
4231             information in Stockholm files</li>
4232           <li>HTML Export database accessions and annotation
4233             information presented in tooltip for sequences</li>
4234           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4235             style RNA alignment files</li>
4236           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4237             alignment</li>
4238           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4239             shade each sequence according to its associated alignment
4240             annotation</li>
4241           <li>New Jalview Logo</li>
4242         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4243         <ul>
4244           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4245           <li>New Website!</li>
4246         </ul></td>
4247       <td><em>Application</em>
4248         <ul>
4249           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4250             wsdbfetch REST service</li>
4251           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4252           <li>Filetype associations not installed for webstart
4253             launch</li>
4254           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4255             job execution in full once it is complete</li>
4256           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4257             uploaded via ali_file parameter</li>
4258           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4259           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4260           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4261             submitted for prediction</li>
4262           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4263             desktop window</li>
4264           <li>Putting fractional value into integer text box in
4265             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4266           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4267             windows 7</li>
4268           <li>View all structures fails with exception shown in
4269             structure view</li>
4270           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4271             escaped in a platform independent way</li>
4272           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4273             using proxy</li>
4274           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4275             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4276           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4277             failure when java web start temporary file caching is
4278             disabled</li>
4279           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4280             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4281           <li>Errors during processing of command line arguments
4282             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4283           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4284             DAS sources in sequence fetcher</li>
4285           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4286             dialog is shown</li>
4287           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4288           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4289           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4290           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4291             on OSX Mountain Lion</li>
4292           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4293             sequences with alignment annotation are pasted into the
4294             alignment</li>
4295           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4296             when loaded from Jalview project</li>
4297           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4298           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4299             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4300           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4301             associated with all views</li>
4302           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4303             annotation rows to new window</li>
4304         </ul> <em>Applet</em>
4305         <ul>
4306           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4307             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4308           <li>loading features via javascript API automatically
4309             enables feature display</li>
4310           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4311             work</li>
4312         </ul> <em>General</em>
4313         <ul>
4314           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4315           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4316             and then deselected</li>
4317           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4318           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4319             coloured with clustalx</li>
4320           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4321             exceptions and redraw errors</li>
4322           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4323             reconfigured view</li>
4324           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4325             colour</li>
4326           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4327             for lots of labels</li>
4328         </ul>
4329     </tr>
4330     <tr>
4331       <td>
4332         <div align="center">
4333           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4334         </div>
4335       </td>
4336       <td><em>Application</em>
4337         <ul>
4338           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4339           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4340           <li>View/alignment association menu to enable user to
4341             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4342             its colours/correspondences from</li>
4343           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4344           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4345             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4346           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4347           <li>Annotation row column label formatting attributes
4348             stored in project file</li>
4349           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4350             rows preserved in Jalview project file</li>
4351           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4352             saved using Desktop window menu</li>
4353           <li>Visual indication that command line arguments are
4354             still being processed</li>
4355           <li>Groovy script execution from URL</li>
4356           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4357             preferences</li>
4358           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4359             alignment with sequences that have high similarity and
4360             matching IDs</li>
4361           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4362           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4363             structures in same window</li>
4364           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4365           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4366             analysis function in its own submenu</li>
4367         </ul> <em>Applet</em>
4368         <ul>
4369           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4370             groups</li>
4371           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4372           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4373           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4374           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4375           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4376             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4377           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4378           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4379             parameters are treated as such</li>
4380           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4381             <ul>
4382               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4383               <li>Javascript callbacks for
4384                 <ul>
4385                   <li>Applet initialisation</li>
4386                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4387                 </ul>
4388               </li>
4389               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4390                 functions</li>
4391               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4392               <li>javascript structure viewer harness to pass
4393                 messages between Jmol and Jalview when running as
4394                 distinct applets</li>
4395               <li>sortBy method</li>
4396               <li>Set of applet and application examples shipped
4397                 with documentation</li>
4398               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4399                 javascript message exchange</li>
4400             </ul>
4401         </ul> <em>General</em>
4402         <ul>
4403           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4404             multiple alignments</li>
4405           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4406           <li>User configurable link to enable redirects to a
4407             www.Jalview.org mirror</li>
4408           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4409           <li>Configurable newline string when writing alignment
4410             and other flat files</li>
4411           <li>Allow alignment annotation description lines to
4412             contain html tags</li>
4413         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4414         <ul>
4415           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4416             examples</li>
4417           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4418             using a web service before displaying the result in the
4419             Jalview desktop</li>
4420           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4421           <li>Ant target to publish example html files with applet
4422             archive</li>
4423           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4424           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4425         </ul></td>
4426       <td><em>Application</em>
4427         <ul>
4428           <li>User defined colourscheme throws exception when
4429             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4430           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4431             dialog for valid filename/format</li>
4432           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4433           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4434             P37173</li>
4435           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4436             which sequence is to be associated with the file</li>
4437           <li>Find All raises null pointer exception when query
4438             only matches sequence IDs</li>
4439           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4440           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4441             2.4 cannot be loaded</li>
4442           <li>Filetype associations not installed for webstart
4443             launch</li>
4444           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4445             with sequences in different alignments do not get coloured
4446             by their associated sequence</li>
4447           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4448             not preserved when project is loaded</li>
4449           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4450             stored in Jalview project</li>
4451           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4452             Jalview project</li>
4453           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4454           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4455             by conservation</li>
4456           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4457             created on new view</li>
4458           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4459             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4460           <li>Alignment quality not updated after alignment
4461             annotation row is hidden then shown</li>
4462           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4463             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4464           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4465             properly</li>
4466           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4467             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4468           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4469           <li>Structures imported from file and saved in project
4470             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4471           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4472             job execution in full once it is complete</li>
4473         </ul> <em>Applet</em>
4474         <ul>
4475           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4476             annotation rows are displayed</li>
4477           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4478             codebase</li>
4479           <li>View follows highlighting does not work for positions
4480             in sequences</li>
4481           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4482           <li>Export features raises exception when no features
4483             exist</li>
4484           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4485             for javascript api is modified when separator string
4486             provided as parameter</li>
4487           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4488             alignment with no existing selection</li>
4489           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4490             to applet&#39;s codebase</li>
4491           <li>Status bar not updated after finished searching and
4492             search wraps around to first result</li>
4493           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4494             several Jalview applets causes race conditions and memory
4495             leaks</li>
4496           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4497             not sent from Jmol in applet</li>
4498           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4499             applet API fatally hang browser</li>
4500         </ul> <em>General</em>
4501         <ul>
4502           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4503             position with wrapped view and hidden regions</li>
4504           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4505             with/without hidden columns</li>
4506           <li>Sequence length given in alignment properties window
4507             is off by 1</li>
4508           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4509             import PDB like structure files</li>
4510           <li>Positional search results are only highlighted
4511             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4512           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4513           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4514             given sequence position</li>
4515           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4516             output</li>
4517           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4518             from nucleotide chains correctly</li>
4519           <li>Structure colours not updated when tree partition
4520             changed in alignment</li>
4521           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4522             parsed in interleaved stockholm</li>
4523           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4524             state</li>
4525           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4526             properly</li>
4527           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4528             properly associated with their pdb files</li>
4529         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4530         <ul>
4531           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4532             ApplyCopyright tool</li>
4533         </ul></td>
4534     </tr>
4535     <tr>
4536       <td>
4537         <div align="center">
4538           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4539         </div>
4540       </td>
4541       <td><em>Application</em>
4542         <ul>
4543           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4544             contact web services</li>
4545           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4546             service job window</li>
4547           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4548         </ul></td>
4549       <td>
4550         <ul>
4551           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4552             pir file emitted by Jalview</li>
4553           <li>Existing feature settings transferred to new
4554             alignment view created from cut'n'paste</li>
4555           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4556             parsing PDB files</li>
4557           <li>Consensus and conservation annotation rows
4558             occasionally become blank for all new windows</li>
4559           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4560             in wrapped view mode</li>
4561         </ul> <em>Application</em>
4562         <ul>
4563           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4564             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4565           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4566             parameter names</li>
4567           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4568             is down</li>
4569         </ul>
4570       </td>
4571     </tr>
4572     <tr>
4573       <td>
4574         <div align="center">
4575           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4576         </div>
4577       </td>
4578       <td><em>Application</em>
4579         <ul>
4580           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4581             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4582             (JABAWS)
4583           </li>
4584           <li>Web Services preference tab</li>
4585           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4586             preferences</li>
4587           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4588           <li>Superpose structures using associated sequence
4589             alignment</li>
4590           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4591             viewer</li>
4592         </ul> <em>Applet</em>
4593         <ul>
4594           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4595             link out mechanism</li>
4596         </ul> <em>Other</em>
4597         <ul>
4598           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4599             series 12</li>
4600           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4601             require Java 1.5</li>
4602           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4603             sequence annotation files</li>
4604           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4605             type colour specification</li>
4606           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4607             script to check if it being run in an interactive session or
4608             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4609         </ul></td>
4610       <td>
4611         <ul>
4612           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4613             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4614         </ul> <em>Application</em>
4615         <ul>
4616           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4617             selected Regions menu item</li>
4618           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4619             part of a valid accession ID</li>
4620           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4621             runs out of memory</li>
4622           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4623             analysis results</li>
4624           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4625             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4626           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4627         </ul> <em>Applet</em>
4628         <ul>
4629           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4630             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4631             defined.</li>
4632         </ul>
4633       </td>
4634     </tr>
4635     <tr>
4636       <td>
4637         <div align="center">
4638           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4639         </div>
4640       </td>
4641       <td></td>
4642       <td>
4643         <ul>
4644           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4645             sequence IDs</li>
4646           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4647             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4648           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4649             import correctly</li>
4650           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4651             number of columns are hidden</li>
4652           <li>annotation label popup menu not providing correct
4653             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4654             present</li>
4655           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4656             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4657           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4658             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4659
4660         </ul> <em>Applet</em>
4661         <ul>
4662           <li>annotation panel disappears when annotation is
4663             hidden/removed</li>
4664         </ul> <em>Application</em>
4665         <ul>
4666           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4667             alignment opened where annotation panel is visible but no
4668             annotations are present on alignment</li>
4669           <li>pasted region containing hidden columns is
4670             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4671           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4672             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4673           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4674             selected Rregions menu item.</li>
4675           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4676             'Un' or 'Non'conserved</li>
4677           <li>Sequence feature settings are being shared by
4678             multiple distinct alignments</li>
4679           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4680             changed</li>
4681           <li>double click on group annotation to select sequences
4682             does not propagate to associated trees</li>
4683           <li>Mac OSX specific issues:
4684             <ul>
4685               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4686                 window background</li>
4687               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4688                 name set correctly</li>
4689               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4690                 save feature colourscheme button</li>
4691             </ul>
4692           </li>
4693         </ul>
4694       </td>
4695     </tr>
4696     <tr>
4697
4698       <td>
4699         <div align="center">
4700           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4701         </div>
4702       </td>
4703       <td><em>New Capabilities</em>
4704         <ul>
4705           <li>URL links generated from description line for
4706             regular-expression based URL links (applet and application)
4707
4708
4709           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4710             menu</li>
4711           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4712             structures</li>
4713           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4714             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4715           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4716             average score or total feature count for each sequence.</li>
4717           <li>Shading features by score or associated description</li>
4718           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4719             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4720           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4721             hide everything but the currently selected region.</li>
4722           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4723         </ul> <em>Application</em>
4724         <ul>
4725           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4726             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4727           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4728             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4729           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4730             database references and protein_name is parsed as
4731             description line (BioSapiens terms).</li>
4732           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4733             references in sequence ID tooltip from View menu in
4734             application.</li>
4735           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4736       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4737           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4738             conservation plots</li>
4739           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4740             and visualized as sequence logos</li>
4741           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4742             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4743           </li>
4744           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4745             when a new tree is opened.</li>
4746           <li>Jalview Java Console</li>
4747           <li>Better placement of desktop window when moving
4748             between different screens.</li>
4749           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4750             consensus annotation</li>
4751           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4752             Workflows</li>
4753           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4754             <ul>
4755               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4756                 used to preserve views, structures, and tree display
4757                 settings)</li>
4758               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4759                 command line</li>
4760               <li>Sharing of selected regions between views and
4761                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4762               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4763             </ul></li>
4764         </ul> <em>Applet</em>
4765         <ul>
4766           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4767           <li>New Parameters
4768             <ul>
4769               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4770                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4771                 opened.</li>
4772               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4773                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4774               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4775                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4776               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4777                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4778                 view</li>
4779               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4780                 increase the height or width of a cell in the alignment
4781                 grid relative to the current font size.</li>
4782             </ul>
4783           </li>
4784           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4785             tooltip</li>
4786         </ul> <em>Other</em>
4787         <ul>
4788           <li>Features format: graduated colour definitions and
4789             specification of feature scores</li>
4790           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4791             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4792             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4793           <li>XML formats extended to support graduated feature
4794             colourschemes, group associated annotation, and profile
4795             visualization settings.</li></td>
4796       <td>
4797         <ul>
4798           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4799             rather than description</li>
4800           <li>Non-positional features are now included in sequence
4801             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4802             visibility in tooltip).</li>
4803           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4804           <li>Added URL embedding instructions to features file
4805             documentation.</li>
4806           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4807             'X' in peptide product</li>
4808           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4809             sequence ID and sequence string and query strings do not
4810             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4811           <li>AMSA files only contain first column of
4812             multi-character column annotation labels</li>
4813           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4814             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4815             exported and re-imported)</li>
4816           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4817             name</li>
4818           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4819             as subsequence matches, and correctly reports total number
4820             of both.</li>
4821           <li>Application:
4822             <ul>
4823               <li>Better handling of exceptions during sequence
4824                 retrieval</li>
4825               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4826                 link text excludes the start_end suffix</li>
4827               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4828                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4829               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4830               <li>Sequence description lines properly shared via
4831                 VAMSAS</li>
4832               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4833                 data sources</li>
4834               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4835                 completes before alignment figures are generated.</li>
4836               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4837                 first time.</li>
4838               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4839                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4840               <li>User defined group colours properly recovered
4841                 from Jalview projects.</li>
4842             </ul>
4843           </li>
4844         </ul>
4845       </td>
4846
4847     </tr>
4848     <tr>
4849       <td>
4850         <div align="center">
4851           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4852         </div>
4853       </td>
4854       <td>
4855         <ul>
4856           <li>Experimental support for google analytics usage
4857             tracking.</li>
4858           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4859         </ul>
4860       </td>
4861       <td>
4862         <ul>
4863           <li>Race condition in applet preventing startup in
4864             jre1.6.0u12+.</li>
4865           <li>Exception when feature created from selection beyond
4866             length of sequence.</li>
4867           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4868           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4869             all sequences with a given id</li>
4870           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4871             ID string searches</li>
4872           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4873             alignment to fail with exception</li>
4874         </ul> <em>Application Issues</em>
4875         <ul>
4876           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4877           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4878             data sources</li>
4879         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4880         <ul>
4881           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4882             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4883           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4884             version (java class versioning error fixed)</li>
4885         </ul>
4886       </td>
4887     </tr>
4888     <tr>
4889       <td>
4890
4891         <div align="center">
4892           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4893         </div>
4894       </td>
4895       <td><em>User Interface</em>
4896         <ul>
4897           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4898             translation and protein products</li>
4899           <li>Linked highlighting of structure associated with
4900             residue mapping to codon position</li>
4901           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4902             and 'clear' button</li>
4903           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4904             Tools menu</li>
4905           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4906             numeric data in description line</li>
4907           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4908           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4909             of sequence</li>
4910         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4911         <ul>
4912           <li>JPred3 web service</li>
4913           <li>Prototype sequence search client (no public services
4914             available yet)</li>
4915           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4916             PFAM</li>
4917           <li>URL Links created for matching database cross
4918             references as well as sequence ID</li>
4919           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4920         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4921         <ul>
4922           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4923             databases</li>
4924           <li>Generalised database reference retrieval and
4925             validation to all fetchable databases</li>
4926           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4927             sequence command</li>
4928         </ul> <em>Import and Export</em>
4929         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4930         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4931           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4932         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4933           File</li>
4934         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4935           triplet as name of colourscheme</li>
4936         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4937         <ul>
4938           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4939           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4940             alignments (experimental)</li>
4941           <li>Create new or select existing session to join</li>
4942           <li>load and save of vamsas documents</li>
4943         </ul> <em>Application command line</em>
4944         <ul>
4945           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4946             from applet)</li>
4947           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4948             of DAS servers to query for alignment features</li>
4949           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4950             that are also automatically queried for features</li>
4951           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4952             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4953         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4954         <ul>
4955           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4956             application (when using &quot;View in full
4957             application&quot;)</li>
4958         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4959         <ul>
4960           <li>feature group display control parameter</li>
4961           <li>debug parameter</li>
4962           <li>showbutton parameter</li>
4963         </ul> <em>Applet API methods</em>
4964         <ul>
4965           <li>newView public method</li>
4966           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4967           <li>Feature display control methods</li>
4968           <li>get list of currently selected sequences</li>
4969         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4970         <ul>
4971           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4972           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4973             Jalview release.</li>
4974           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4975             property controls execution of obfuscator</li>
4976           <li>Build target for generating source distribution</li>
4977           <li>Debug flag for javacc</li>
4978           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4979             jalview.bin.Cache</li>
4980           <li>Continuous Build Integration for stable and
4981             development version of Application, Applet and source
4982             distribution</li>
4983         </ul></td>
4984       <td>
4985         <ul>
4986           <li>selected region output includes visible annotations
4987             (for certain formats)</li>
4988           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4989             for editing</li>
4990           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4991           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4992           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4993           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4994             comments</li>
4995           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4996             filenames containing a ':'</li>
4997           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4998             global sequence features</li>
4999           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5000             references from alignment sequences goes to zero</li>
5001           <li>Close of tree branch colour box without colour
5002             selection causes cascading exceptions</li>
5003           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5004           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5005             file parsing fails.</li>
5006           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5007           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5008             not a valid output format</li>
5009           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5010             vamsas</li>
5011           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5012           <li>error messages passed up and output when data read
5013             fails</li>
5014           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5015             sequence is edited</li>
5016           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5017             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5018           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5019             filetype</li>
5020           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5021             import fixed for PFAM records</li>
5022           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5023             window list</li>
5024           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5025             can be read and written correctly to annotation file</li>
5026           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5027             correctly</li>
5028           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5029             non-italic font for representatives in Applet</li>
5030           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5031             Macs.</li>
5032           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5033             Applet)</li>
5034           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5035             due to null pointer exceptions</li>
5036           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5037             first column of alignment</li>
5038           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5039             July 2008</li>
5040           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5041             file is case-insensitive</li>
5042           <li>Sequence features read from Features file appended to
5043             all sequences with matching IDs</li>
5044           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5045             containing a sub-sequence</li>
5046           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5047           <li>feature and annotation file applet parameters
5048             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5049           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5050           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5051             splash-screen version check to complete</li>
5052           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5053             when passing them to the launchApp service</li>
5054           <li>display name and local features preserved in results
5055             retrieved from web service</li>
5056           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5057             sequence fetcher initialisation</li>
5058           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5059             dasobert DAS client</li>
5060           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5061             association</li>
5062           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5063             sequences
5064           </li>
5065         </ul>
5066       </td>
5067     </tr>
5068     <tr>
5069       <td>
5070         <div align="center">
5071           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5072         </div>
5073       </td>
5074       <td>
5075         <ul>
5076           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5077           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5078           <li>Slide sequences</li>
5079           <li>Edit sequence in place</li>
5080           <li>EMBL CDS features</li>
5081           <li>DAS Feature mapping</li>
5082           <li>Feature ordering</li>
5083           <li>Alignment Properties</li>
5084           <li>Annotation Scores</li>
5085           <li>Sort by scores</li>
5086           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5087         </ul>
5088       </td>
5089       <td>
5090         <ul>
5091           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5092           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5093           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5094           <li>Feature group display state in XML</li>
5095           <li>Feature ordering in XML</li>
5096           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5097           <li>Stockholm alignment properties</li>
5098           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5099           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5100           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5101           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5102         </ul>
5103       </td>
5104
5105     </tr>
5106     <tr>
5107       <td>
5108         <div align="center">
5109           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5110         </div>
5111       </td>
5112       <td>
5113         <ul>
5114           <li>Non standard characters can be read and displayed
5115           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5116             applet via textbox
5117           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5118             name &amp; description
5119           <li>Preference setting to display sequence name in
5120             italics
5121           <li>Annotation file format extended to allow
5122             Sequence_groups to be defined
5123           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5124             specified in preferences
5125           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5126             sequences
5127         </ul>
5128       </td>
5129       <td>
5130         <ul>
5131           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5132             installed
5133           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5134           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5135         </ul>
5136       </td>
5137     </tr>
5138     <tr>
5139       <td>
5140         <div align="center">
5141           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5142         </div>
5143       </td>
5144       <td>
5145         <ul>
5146           <li>Multiple views on alignment
5147           <li>Sequence feature editing
5148           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5149           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5150           <li>Background dependent text colour
5151           <li>Right align sequence ids
5152           <li>User-defined lower case residue colours
5153           <li>Format Menu
5154           <li>Select Menu
5155           <li>Menu item accelerator keys
5156           <li>Control-V pastes to current alignment
5157           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5158           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5159           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5160
5161
5162           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5163         </ul>
5164       </td>
5165       <td>
5166         <ul>
5167           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5168           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5169             calculations
5170           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5171             edits
5172           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5173             of alignment)
5174           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5175
5176
5177           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5178             display correctly
5179           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5180           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5181             analysis results
5182           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5183             &#8739;
5184           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5185           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5186           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5187
5188
5189         </ul>
5190       </td>
5191     </tr>
5192     <tr>
5193       <td>
5194         <div align="center">
5195           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5196         </div>
5197       </td>
5198       <td>
5199         <ul>
5200           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5201         </ul>
5202       </td>
5203       <td>
5204         <ul>
5205           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5206             sequence id panel has been resized</li>
5207           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5208             rendered</li>
5209           <li>Annotation files with sequence references - all
5210             elements in file are relative to sequence position</li>
5211           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5212         </ul>
5213       </td>
5214     </tr>
5215     <tr>
5216       <td>
5217         <div align="center">
5218           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5219         </div>
5220       </td>
5221       <td>
5222         <ul>
5223           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5224           <li>DAS Feature fetching</li>
5225           <li>Hide sequences and columns</li>
5226           <li>Export Annotations and Features</li>
5227           <li>GFF file reading / writing</li>
5228           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5229             files</li>
5230           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5231           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5232           <li>Applet can launch the full application</li>
5233           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5234             required)</li>
5235           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5236           <li>Applet can load sequences from parameter
5237             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5238           </li>
5239         </ul>
5240       </td>
5241       <td>
5242         <ul>
5243           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5244           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5245           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5246         </ul>
5247       </td>
5248     </tr>
5249     <tr>
5250       <td>
5251         <div align="center">
5252           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5253         </div>
5254       </td>
5255       <td>
5256         <ul>
5257           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5258           <li>Choose to match case when searching</li>
5259           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5260             expand the visible width and height of the alignment</li>
5261         </ul>
5262       </td>
5263       <td>
5264         <ul>
5265           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5266         </ul>
5267       </td>
5268     </tr>
5269     <tr>
5270       <td>
5271         <div align="center">
5272           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5273         </div>
5274       </td>
5275       <td>&nbsp;</td>
5276       <td>
5277         <ul>
5278           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5279           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5280             value</li>
5281         </ul>
5282       </td>
5283     </tr>
5284     <tr>
5285       <td>
5286         <div align="center">
5287           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5288         </div>
5289       </td>
5290       <td>
5291         <ul>
5292           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5293           <li>Keyboard editing</li>
5294           <li>Create sequence features from searches</li>
5295           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5296             alignments</li>
5297           <li>Features file allows grouping of features</li>
5298           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5299           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5300           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5301         </ul>
5302       </td>
5303       <td>
5304         <ul>
5305           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5306           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5307             descriptions saved.</li>
5308         </ul>
5309       </td>
5310     </tr>
5311     <tr>
5312       <td>
5313         <div align="center">
5314           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5315         </div>
5316       </td>
5317       <td>
5318         <ul>
5319           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5320           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5321           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5322             name for file output</li>
5323           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5324           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5325             used for HTML form input</li>
5326         </ul>
5327       </td>
5328       <td>
5329         <ul>
5330           <li>HTML output writes groups and features</li>
5331           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5332           <li>File IO bugs</li>
5333         </ul>
5334       </td>
5335     </tr>
5336     <tr>
5337       <td>
5338         <div align="center">
5339           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5340         </div>
5341       </td>
5342       <td>
5343         <ul>
5344           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5345           <li>More options for PCA viewer</li>
5346         </ul>
5347       </td>
5348       <td>
5349         <ul>
5350           <li>GUI bugs resolved</li>
5351           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5352         </ul>
5353       </td>
5354     </tr>
5355     <tr>
5356       <td height="63">
5357         <div align="center">
5358           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5359         </div>
5360       </td>
5361       <td>
5362         <ul>
5363           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5364           <li>Jar files are executable</li>
5365           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5366         </ul>
5367       </td>
5368       <td>
5369         <ul>
5370           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5371           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5372           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5373         </ul>
5374       </td>
5375     </tr>
5376     <tr>
5377       <td>
5378         <div align="center">
5379           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5380         </div>
5381       </td>
5382       <td>
5383         <ul>
5384           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5385         </ul>
5386       </td>
5387       <td>
5388         <ul>
5389           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5390         </ul>
5391       </td>
5392     </tr>
5393     <tr>
5394       <td>
5395         <div align="center">
5396           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5397         </div>
5398       </td>
5399       <td>
5400         <ul>
5401           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5402             size</li>
5403         </ul>
5404       </td>
5405       <td>
5406         <ul>
5407           <li>Improved JPred client reliability</li>
5408           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5409         </ul>
5410       </td>
5411     </tr>
5412     <tr>
5413       <td>
5414         <div align="center">
5415           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5416         </div>
5417       </td>
5418       <td>
5419         <ul>
5420           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5421           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5422           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5423             to Colour Menu</li>
5424           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5425           <li>Unix users can set default web browser</li>
5426           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5427           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5428         </ul>
5429       </td>
5430       <td>
5431         <ul>
5432           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5433         </ul>
5434       </td>
5435     </tr>
5436     <tr>
5437       <td>
5438         <div align="center">
5439           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5440         </div>
5441       </td>
5442       <td>&nbsp;</td>
5443       <td>
5444         <ul>
5445           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5446             alignment order.</li>
5447         </ul>
5448       </td>
5449     </tr>
5450     <tr>
5451       <td>
5452         <div align="center">
5453           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5454         </div>
5455       </td>
5456       <td>
5457         <ul>
5458           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5459           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5460           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5461             annotations.</li>
5462           <li>Version and build date written to build properties
5463             file.</li>
5464           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5465             at launch of Jalview.</li>
5466         </ul>
5467       </td>
5468       <td>
5469         <ul>
5470           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5471           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5472           <li>Can remove groups one by one.</li>
5473           <li>Filechooser icons installed.</li>
5474           <li>Finder ignores return character when searching.
5475             Return key will initiate a search.<br>
5476           </li>
5477         </ul>
5478       </td>
5479     </tr>
5480     <tr>
5481       <td>
5482         <div align="center">
5483           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5484         </div>
5485       </td>
5486       <td>
5487         <ul>
5488           <li>New codebase</li>
5489         </ul>
5490       </td>
5491       <td>&nbsp;</td>
5492     </tr>
5493   </table>
5494   <p>&nbsp;</p>
5495 </body>
5496 </html>